JAL-1369 additional asserts in testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings

JAL-1270 unit tests for HiddenSequences

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1960 updated unit test to include the test case where a sequences has no PDBId entry(s) but has Uniprot & PDB dbrefs

JAL-2130 now simply viewer.dispose() to close down Jmol threads

Merge branch 'develop' into merge_JAL-2110

JAL-1996 added notes for an alternative way to view example pages source code

JAL-1270 test group fix

JAL-2110 make indirect xref searches work by not filtering refs on candidates after selecting them by molecule type (direct==same, indirect==different)

JAL-2110 warning message when routine finds non-ds sequences in the dataset (seems to happen with alignments returned from Ensembl sequence fetcher)

JAL-2110 clarify javadoc

JAL-2110 refactor to split SequenceFetcher from x-ref resolution routine

JAL-2110 JAL-1551 formatting

JAL-2110 enable and fix failing tests

JAL-2110 enable and fix test

JAL-2110 refactor sequenceFetcherTest to allow verifying cross-reference retrieval for a single sequence sourc

JAL-2110 use SequenceI.isProtein()

JAL-2110 SequenceI.isProtein method

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1996 added link for viewing example source codes, changed release history outline from list to table

JAL-2015 fixed bug in copy constructor and added tests

JAL-1982 defensive checks for null annotations array

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1982 defensive test for null array of annotations

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1996 removed quick links in example pages, added one minimal applet embedding example to applet deployment page

JAL-2110 remove hardwired detection of search context from the dataset ‘isNucleotide()’ flag

Merge branch 'features/JAL-2110_crossRefDuplications' into merge_JAL-2110

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2074 suppress prompt to save closed Groovy script on Jalview Quit

JAL-1270 remove test artefact file after test

Merge branch 'features/JAL-1956_featureStyles' into merge_JAL-1956

JAL-1270 ensure before/after clauses have at least alwaysRun=true in them

JAL-1270 added runAlways=true to setUp method

JAL-2074 reuse Groovy window when reopening; rebind Cmd-Q to Jalview
when closing

JAL-2089 cleared out old ‘What’s new’

JAL-192 JAL-1369 release notes

Merge branch 'features/JAL-1369_refseqproject' into develop

JAL-1369 make sure desktop is cleared before test starts

JAL-1369 jalview2xml tests need to be run sequentially

JAL-2110 updated unit test to match code changes

JAL-1369 mark reference sequence & view state and restore it

JAL-1369 project XML efficiency TODO

JAL-1369 dead code TODO?

JAL-1369 ensure *real* alignment’s metadata written in Jalview2XML when view contains hidden sequences

JAL-1369 fix the test

JAL-1369 make sure the fake AlignmentI produced by getFullAlignment retains the current reference sequence

JAL-1369 HUGE WARNING: datamodel.HiddenSequences is NOT SAFE

JAL-2113 tidy up canonicalisation of Uniprot xrefs in EMBL data

JAL-2113 tidy up canonicalisation of Uniprot xrefs in EMBL data

JAL-1369 updated project schema - flag on JSeq to mark view’s reference seq

JAL-1369 failing test

JAL-1989 JAL-1011 release notes

JAL-2086 JAL-2085 release notes

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2065 release notes

Merge branch 'bugs/JAL-2065' into develop

JAL-2065 port patch to applet

JAL-1551 tidy

JAL-1551 tidy

JAL-2065 don’t pass stale group reference

JAL-2068 avoid ArrayIndexOutOfBounds when consensus accessed before calculation has been completed

JAL-2065 check position lies within group before getting consensus char

JAL-1996 added JalviewApplet to download list in applet deployment page

Merge branch 'develop' into features/JAL-2068groovyAnnotationWorker
fun fact: Jalview.getCurrentAlignFrame() should be used in place of Desktop.getCurrentAlignFrame() now

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1823 Deleted two obsolete methods in PopupMenu.java, updated tooltip text for manual PDB entry, and fixed error while manually retrieving some specific PDB chains.

Merge branch 'r291_docs' into develop

JAL-1812 groovy always present

JAL-1812 release notes

JAL-1812 documentation TBC for AlignFrame->Calculate->Run Groovy Script

JAL-2089 typo

JAL-1868 fix typo in test data.

Merge branch 'features/JAL-1812_JAL-2083_groovyBinding' into develop

Merge branch 'develop' into features/JAL-1812_JAL-2083_groovyBinding

JAL-2130 call viewer.dispose() on closing Jmol

JAL-1667 updated PDB example query to a valid id (without chain code)

JAL-2110 pass dataset to makeCDSalignment

JAL-2110 catch case when updateDBRef argument has null version string

JAL-2110 List now used for AlignCodonFrame references

JAL-2110 copy alcodonframes only if copy constructor called on dataset alignmentI instance

JAL-2110 distinct alignedcodonframe entries for tests

JAL-2110 test alcodonframes must be distinct

JAL-2110 JAL-2131 JAL-1765 remove reference to jalview.datamodel.Alignment from AlignmentI

JAL-1823 Updated tooltip to reflect how a specific chain can be retrieved

JAL-1976 clear message if export is cancelled at 'Rendering options' stage.

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1996 update applet deployment note pages

JAL-1557 selection from annotation (and group annotation) added to help

JAL-1976 improved exception handler.

JAL-1976 added an intermediate message between a user selecting an export file and export completion.

tests for validating start-end number/sequence length, annotation and metadata for retrieval from PDB via mmCIF and PDB JAL-2007 JAL-2005 JAL-1919

JAL-1993 close sequence fetcher when opening database chooser

JAL-2110 todo - select mappings involving sequences in alignment

JAL-2110 change test for desired behaviour of getCodonFrame()

JAL-2110 equals and hashcode should check fromSeq

JAL-2110 throw implementation error if not given a dataset for CDS alignment synthesis

JAL-2110 typo caused infinite loop

JAL-2124 JAL-1990 additional translations

JAL-2112 optimisation of EMBL CDS parsing