JAL-2314 Tweaks to stop thread sync issues

JAL-2464 fix cancel tree print behaviour

JAL-2314 Tidies

JAL-2314 Re-annotated unit tests using Jws2Discoverer

JAL-2463 bugfix

JAL-2461 Removed DAS error stack trace, updated message

JAL-2388 Reinstated original overview checks for annotation display

Merge remote-tracking branch
'origin/bug/JAL-2436featureRendererThreading' into develop

Conflicts:
src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java
src/jalview/gui/OverviewPanel.java

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into
bug/JAL-2436featureRendererThreading

Conflicts:
src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java
src/jalview/gui/OverviewPanel.java

JAL-2311 suppress autocalc'd annotation to isolate the 'real' failure

JAL-2307 Fixed SiftsClient unit test

JAL-2306 assert no DAS sources

JAL-2438 removed (non-functional) lastSeq, lastSequenceFeatures

JAL-2243 update discovered features on opening structure in Chimera

JAL-2438 check for null FeatureRenderer

Merge branch 'features/JAL-2388OverviewWindow' into develop

Merge branch 'bug/JAL-2421overviewboxflicker' into develop

Merge JAL-2136_phyre2_integration to develop

JAL-2388 Comment typo

JAL-2136 JAL-2137 Improvements: enable STRUCTMODEL annotation statement to be less stringent and backwards compatible, Link query and template sequences, transfer annotation from model to template sequence

JAL-2388 ViewportRanges unit test

JAL-2437 Synchronization corrections and unit tests

JAL-2388 Renamed column and row subtraction functions

Merge branch 'merges/develop_JAL2295setChimeraAttributes' into develop

JAL-1933 refactor parameter for code clarity

JAL-2388 Applied ViewportRanges to code

JAL-2388 Renamed viewport position props to viewport ranges

JAL-2388 Unit test update

JAL-2388 Applet update for overview panel

JAL-2439 Out-by-one in setting endRes/endSeq

JAL-2431 show cDNA consensus after New View in split frame

JAL-2388 Unit tests and tidies

JAL-2443 push getResidueBoxColour inside getResidueColour

JAL-2438 corrected getFeatureRenderer()

JAL-2442 applet feature transparency also on overview or structure

JAL-2438 handle null FeatureRenderer in FeatureColourFinder

JAL-2438 refactored checks for 'no features displayed'

JAL-2438 clarify code and javadoc, reinstate updateFeatures() check

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2436featureRendererThreading

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into features/JAL-2388OverviewWindow

JAL-2388 Working overview panel

JAL-2439 Fixes to out-by-one sequence indexing in gui classes

JAL-2388 New hidden cols/seqs functions to support overview panel

JAL-2136 JAL-2137 Improved STRUCTMODEL annotation syntax to reinstated fasta file specification, improved implementation to link the Fasta mapping file to Phyre2 model entry, and moved Phyre2 model info from sequence detail to PDBEntry properties

JAL-2438 unit test, fixes, Javadoc updates

JAL-2438 unit tests for FeatureColourFinder (transparency tbc!)

JAL-2438 Javadoc updates

JAL-2438 comment/Javadoc tidies

JAL-2438 corrected handling of default colour

JAL-2438 FeatureColourFinder refactored from FeatureRenderer, fr not
cloned for structure viewers

JAL-2437 Fixed reordering of sequences when hiding and revealing

JAL-2136 JAL-2137 Modified STRUCTMODEL annotation format and added implementation to register Phyre2 model file from AnnotationFile such that it could be properly processed Phyre2 client on structure viewing.

JAL-2388 Moving some alignment panel logic into overview (in progress)

JAL-2426 Checks on conservation thread in case we are shutting down

JAL-2426 Removal of NPE in conservation thread when closing Jalview

JAL-2388 Minor fix for annotation graph, removed unit test dep on gui

JAL-2430 colour columns hidden in alignment gray on structure

JAL-2295 avoid quotes breaking attribute value parsing

JAL-2388 Fixed inherited&new out-by-one errors; further unit tests

JAL-2295 status messages for Chimera attributes set and for failed
superposition

JAL-2388 Additional unit tests

JAL-2388 Missed commit

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into features/JAL-2388OverviewWindow

JAL-2429 Messed something up, merged conflicts

JAL-2429 findColumnPosition returns 0 for cols in region starting at 0

JAL-2429 Additional fix to ColumnSelection when hidden cols start at 0

JAL-2388 Dependency tidy

JAL-2388 Remove OverviewDimensions dependency on gui classes

JAL-2388 Corrected overview panel behaviour, updated tests

Merge branch 'merges/develop_JAL2295setChimeraAttributes' into features/JAL-1933_occupancy
update occupancy branch for other changes - will merge in with JAL-2295 and JAL-1933

JAL-2429 Fix to ColumnSelection::findColumnPosition

JAL-2388 Initial removal of hidden cols/seqs out of overview

JAL-2295 tweak order and wording of Superpose menu items and tooltip

JAL-2295 make 'Jmol' menu appear; enable/disable Superpose option for
Chimera

JAL-2388 Reverted to previous

JAL-1264 smarter way to skip autocalc'd annotations in asserts

Merge branch 'features/JAL-2295setChimeraAttributes' into
merges/develop_JAL2295setChimeraAttributes

Conflicts:
src/jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraCommands.java
src/jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraBinding.java
src/jalview/gui/ChimeraViewFrame.java
test/jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraCommandsTest.java

JAL-2388 Preliminary refactor check-in, does not compile

JAL-2426 Removal of NPE in conservation thread when closing Jalview

JAL-2388 Removing sources of non-determinism in unit tests

JAL-2388 First move of endRes etc out of AlignmentViewport (in progress)

JAL-2136 added improvement to parse crudelist file instead of scrapping 'summary.html' and renamed testfiles accordingly

JAL-2426 Checks on conservation thread in case we are shutting down

JAL-2388 Make startRes,startSeq,endRes,endSeq private with get/setters

JAL-2388 Minor refactoring

JAL-2388 Unit tests take 2

JAL-2388 Unit tests for columns, take 1

JAL-2388 Unit tests in progress

Merge branch 'bug/JAL-2421overviewboxflicker' into
features/JAL-2388OverviewWindow

Conflicts:
src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

Merge branch 'develop' into features/JAL-2388OverviewWindow

JAL-2421 Unit test

JAL-2136 merged and resolved conflicts with 80edaa84d6d9beac9f0d2c71b50b7b56fd393427

Merge branch 'features/JAL-2379pcaMemory' into develop

Merge branch 'reviews/features/JAL-2136_phyre2_integration_withJims' into merge/JAL-2136_phyre2_integration

JAL-2388 Incomplete unit tests

JAL-2421 incomplete unit test

JAL-2421 Fix to alignment panel scroll values, and start of unit test.

Merge branch 'bug/JAL-2374_JAL-2419_overlappinggroups_currentselection_popupmenu' into develop

JAL-2374 JAL-2419 - TODO suspiciously redundant nested if clauses probably need a cleanup

fix for JAL-2419 - don’t trash the current selection