binaries/linuxAMD64/fasta34/nr_to_sql.pl

   1 #!/usr/bin/perl -w
   2
   3 use DBI;
   4
   5 $SIG{__WARN__} = sub { die @_ };
   6
   7 my $mysql = DBI->connect("DBI:mysql:database=seq_demo;user=seq_demo;password=demo_pass");
   8
   9 $mysql->do(q{LOCK TABLES prot WRITE,
  10              annot WRITE,
  11              sp WRITE });
  12
  13 my $EL = 125;
  14 my $NA = 123;
  15
  16 my @aatrans = ($EL,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$EL,$NA,$NA,$EL,$NA,$NA,
  17                $NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,
  18                $NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA, 24,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,
  19                $NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,
  20                $NA,  1, 21,  5,  4,  7, 14,  8,  9, 10,$NA, 12, 11, 13,  3,$NA,
  21                 15,  6,  2, 16, 17,$NA, 20, 18, 23, 19, 22,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA,
  22                $NA,  1, 21,  5,  4,  7, 14,  8,  9, 10,$NA, 12, 11, 13,  3,$NA,
  23                 15,  6,  2, 16, 17,$NA, 20, 18, 23, 19, 22,$NA,$NA,$NA,$NA,$NA
  24               );
  25
  26 my $ins_prot = $mysql->prepare(q{
  27     INSERT INTO prot (seq,bin,len) VALUES (?, ?, ?)
  28     });
  29
  30 my $ins_annot = $mysql->prepare(q{
  31     INSERT INTO annot (gi, prot_id, db, descr) VALUES (?, ?, ?, ?)
  32     });
  33
  34 my $ins_sp = $mysql->prepare(q{
  35     INSERT INTO sp (gi, acc, name) VALUES (?, ?, ?)
  36     });
  37
  38 use vars qw( $seq $bin $tot_seq $tot_annot $tot_sp );
  39 use vars qw( $gi $prot_id $db $desc $sp_acc $sp_name );
  40 use vars qw( $header $seq @entries );
  41 use vars qw( $gi $db $db_acc $db_name $desc);
  42
  43 $tot_seq = $tot_annot = $tot_sp = 0;
  44
  45 for my $db_file ( @ARGV ) {
  46     open(DATA, "<$db_file") or die $!;
  47     local $/ = "\n>";
  48     while (<DATA>) {
  49         chomp; # remove trailing "\n>" record header
  50         ($header, $seq) = $_ =~ m/^>?  # record separator (first entry)
  51             ( [^\n]* ) \n  # header line
  52                 (     .* )     # the sequence
  53                     /osx; # optimize, multiline, commented
  54
  55         $seq =~ s/\W|\d//sg;
  56         $bin = pack('C*', map { $aatrans[unpack('C', $_)] } split(//, $seq));
  57         $ins_prot->execute($seq,$bin,length($seq));
  58         $prot_id = $ins_prot->{mysql_insertid};
  59
  60         $tot_seq++;
  61
  62 #       print STDERR "Inserted $prot_id: ". length($seq)."\n";
  63
  64         @entries = split(/\001/, $header);
  65
  66         for ( @entries ) {
  67             ($gi,$db,$db_acc,$db_name,$desc)=
  68                 $_ =~ /^gi\|(\d+)\|([a-z]+)\|(\S*)\|(\S*) (.*)$/o;
  69 #           print "$prot_id: $gi\t$db\t$db_acc\t$desc\n";
  70             $ins_annot->execute($gi,$prot_id,$db,$desc);
  71
  72             $tot_annot++;
  73
  74             if ($db eq "sp") {
  75                 $ins_sp->execute($gi,$db_acc,$db_name);
  76                 $tot_sp++;
  77             }
  78         }
  79     }
  80     close(DATA);
  81 }
  82
  83 print "Inserted $tot_seq sequences; $tot_annot annotations; $tot_sp swissprot\n";
  84
  85
  86