binaries/src/ViennaRNA/doc/html/group__cofold.html

   1 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
   2 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
   3 <head>
   4 <meta http-equiv="Content-Type" content="text/xhtml;charset=UTF-8"/>
   5 <meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=9"/>
   6 <title>RNAlib-2.1.2: Calculate Secondary Structures of two RNAs upon Dimerization</title>
   7 <link href="tabs.css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
   8 <script type="text/javascript" src="jquery.js"></script>
   9 <script type="text/javascript" src="dynsections.js"></script>
  10 <link href="navtree.css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
  11 <script type="text/javascript" src="resize.js"></script>
  12 <script type="text/javascript" src="navtree.js"></script>
  13 <script type="text/javascript">
  14   $(document).ready(initResizable);
  15 </script>
  16 <link href="doxygen.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
  17 </head>
  18 <body>
  19 <div id="top"><!-- do not remove this div, it is closed by doxygen! -->
  20 <div id="titlearea">
  21 <table cellspacing="0" cellpadding="0">
  22  <tbody>
  23  <tr style="height: 56px;">
  24   <td style="padding-left: 0.5em;">
  25    <div id="projectname">RNAlib-2.1.2
  26    </div>
  27   </td>
  28  </tr>
  29  </tbody>
  30 </table>
  31 </div>
  32 <!-- end header part -->
  33 <!-- Generated by Doxygen 1.8.1.1 -->
  34   <div id="navrow1" class="tabs">
  35     <ul class="tablist">
  36       <li><a href="index.html"><span>Main&#160;Page</span></a></li>
  37       <li><a href="pages.html"><span>Related&#160;Pages</span></a></li>
  38       <li><a href="modules.html"><span>Modules</span></a></li>
  39       <li><a href="annotated.html"><span>Data&#160;Structures</span></a></li>
  40       <li><a href="files.html"><span>Files</span></a></li>
  41     </ul>
  42   </div>
  43 </div><!-- top -->
  44 <div id="side-nav" class="ui-resizable side-nav-resizable">
  45   <div id="nav-tree">
  46     <div id="nav-tree-contents">
  47     </div>
  48   </div>
  49   <div id="splitbar" style="-moz-user-select:none;"
  50        class="ui-resizable-handle">
  51   </div>
  52 </div>
  53 <script type="text/javascript">
  54 $(document).ready(function(){initNavTree('group__cofold.html','');});
  55 </script>
  56 <div id="doc-content">
  57 <div class="header">
  58   <div class="summary">
  59 <a href="#groups">Modules</a>  </div>
  60   <div class="headertitle">
  61 <div class="title">Calculate Secondary Structures of two RNAs upon Dimerization</div>  </div>
  62 <div class="ingroups"><a class="el" href="group__folding__routines.html">RNA Secondary Structure Folding</a></div></div><!--header-->
  63 <div class="contents">
  64
  65 <p>Predict structures formed by two molecules upon hybridization.
  66 <a href="#details">More...</a></p>
  67 <div id="dynsection-0" onclick="return toggleVisibility(this)" class="dynheader closed" style="cursor:pointer;">
  68   <img id="dynsection-0-trigger" src="closed.png" alt="+"/> Collaboration diagram for Calculate Secondary Structures of two RNAs upon Dimerization:</div>
  69 <div id="dynsection-0-summary" class="dynsummary" style="display:block;">
  70 </div>
  71 <div id="dynsection-0-content" class="dyncontent" style="display:none;">
  72 <center><table><tr><td><img src="group__cofold.png" border="0" alt="" usemap="#group____cofold"/>
  73 <map name="group____cofold" id="group____cofold">
  74 <area shape="rect" id="node1" href="group__up__cofold.html" title="Partition Function Cofolding as a stepwise process." alt="" coords="461,5,648,75"/><area shape="rect" id="node2" href="group__mfe__cofold.html" title="MFE Structures of two\l hybridized Sequences" alt="" coords="471,99,638,141"/><area shape="rect" id="node3" href="group__folding__routines.html" title="This module contains all functions related to thermodynamic folding of RNAs." alt="" coords="6,99,191,141"/><area shape="rect" id="node5" href="group__pf__cofold.html" title="Partition Function Cofolding." alt="" coords="485,164,624,220"/></map>
  75 </td></tr></table></center>
  76 </div>
  77 <table class="memberdecls">
  78 <tr class="heading"><td colspan="2"><h2><a name="groups"></a>
  79 Modules</h2></td></tr>
  80 <tr class="memitem:group__mfe__cofold"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="group__mfe__cofold.html">MFE Structures of two hybridized Sequences</a></td></tr>
  81 <tr class="memitem:group__pf__cofold"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="group__pf__cofold.html">Partition Function for two hybridized Sequences</a></td></tr>
  82 <tr class="memdesc:group__pf__cofold"><td class="mdescLeft">&#160;</td><td class="mdescRight">Partition Function Cofolding. <br/></td></tr>
  83 <tr class="memitem:group__up__cofold"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">&#160;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="group__up__cofold.html">Partition Function for two hybridized Sequences as a stepwise Process</a></td></tr>
  84 <tr class="memdesc:group__up__cofold"><td class="mdescLeft">&#160;</td><td class="mdescRight">Partition Function Cofolding as a stepwise process. <br/></td></tr>
  85 </table>
  86 <hr/><a name="details" id="details"></a><h2>Detailed Description</h2>
  87 <p>Predict structures formed by two molecules upon hybridization. </p>
  88 <p>The function of an RNA molecule often depends on its interaction with other RNAs. The following routines therefore allow to predict structures formed by two RNA molecules upon hybridization.<br/>
  89  One approach to co-folding two RNAs consists of concatenating the two sequences and keeping track of the concatenation point in all energy evaluations. Correspondingly, many of the <a class="el" href="group__mfe__cofold.html#gabc8517f22cfe70595ee81fc837910d52" title="Compute the minimum free energy of two interacting RNA molecules.">cofold()</a> and <a class="el" href="group__pf__cofold.html#gaa86a5f998789ed71813d23d7307a791b" title="Calculate partition function and base pair probabilities.">co_pf_fold()</a> routines below take one sequence string as argument and use the the global variable <a class="el" href="fold__vars_8h.html#ab9b2c3a37a5516614c06d0ab54b97cda" title="Marks the position (starting from 1) of the first nucleotide of the second molecule within the concat...">cut_point</a> to mark the concatenation point. Note that while the <em>RNAcofold</em> program uses the '&amp;' character to mark the chain break in its input, you should not use an '&amp;' when using the library routines (set <a class="el" href="fold__vars_8h.html#ab9b2c3a37a5516614c06d0ab54b97cda" title="Marks the position (starting from 1) of the first nucleotide of the second molecule within the concat...">cut_point</a> instead).<br/>
  90  In a second approach to co-folding two RNAs, cofolding is seen as a stepwise process. In the first step the probability of an unpaired region is calculated and in a second step this probability of an unpaired region is multiplied with the probability of an interaction between the two RNAs. This approach is implemented for the interaction between a long target sequence and a short ligand RNA. Function <a class="el" href="group__up__cofold.html#ga5b4ee40e190d2f633cd01cf0d2fe93cf" title="Calculate the partition function over all unpaired regions of a maximal length.">pf_unstru()</a> calculates the partition function over all unpaired regions in the input sequence. Function <a class="el" href="group__up__cofold.html#ga1aa0aa02bc3a724f87360c03097afd00" title="Calculates the probability of a local interaction between two sequences.">pf_interact()</a>, which calculates the partition function over all possible interactions between two sequences, needs both sequence as separate strings as input. </p>
  91 </div><!-- contents -->
  92 </div><!-- doc-content -->
  93 <!-- start footer part -->
  94 <div id="nav-path" class="navpath"><!-- id is needed for treeview function! -->
  95   <ul>
  96     <li class="footer">Generated on Wed Jul 24 2013 13:38:59 for RNAlib-2.1.2 by
  97     <a href="http://www.doxygen.org/index.html">
  98     <img class="footer" src="doxygen.png" alt="doxygen"/></a> 1.8.1.1 </li>
  99   </ul>
 100 </div>
 101 </body>
 102 </html>