binaries/src/clustalo/configure.ac

   1 # configure.ac for Clustal Omega
   2 #
   3 # RCS $Id: configure.ac 256 2011-06-23 13:57:28Z fabian $
   4
   5
   6 # release
   7 #
   8 #AC_INIT([Clustal Omega], [0.1.1], [clustalw@ucd.ie])
   9 #PACKAGE_CODENAME="OppidumLeonis"
  10 #r238
  11 #AC_INIT([Clustal Omega], [0.2.0], [clustalw@ucd.ie])
  12 #PACKAGE_CODENAME="IbiMeVidebunt"
  13 #r250
  14 #AC_INIT([Clustal Omega], [1.0.1], [clustalw@ucd.ie])
  15 #PACKAGE_CODENAME="DeshilHollesEamus"
  16 #r255
  17 AC_INIT([Clustal Omega], [1.0.2], [clustalw@ucd.ie])
  18 PACKAGE_CODENAME="DeshilHollesEamus"
  19
  20 # The AC_INIT macro can take any source file as an argument. It just
  21 # checks that the file is there, which should, in turn, mean that the
  22 # source directory is there. AC_INIT generates the following m4
  23 # macros, output variables and preprocessor symbols:
  24 AC_SUBST(PACKAGE_NAME)
  25 AC_SUBST(PACKAGE_TARNAME)
  26 AC_SUBST(PACKAGE_VERSION)
  27 AC_SUBST(PACKAGE_STRING)
  28 AC_SUBST(PACKAGE_BUGREPORT)
  29 AC_SUBST(PACKAGE_CODENAME)
  30
  31 AC_MSG_NOTICE([
  32
  33     Welcome to $PACKAGE_NAME - version $PACKAGE_VERSION ($PACKAGE_CODENAME)
  34
  35                        +NMMMMMMMMMS=
  36                     MMMMM?      :MMMMM8
  37                   IMMMMS           MMMMM,
  38                 ~MMMMN              ,MMMMM
  39                =MMMMM                 MMMMM
  40               ?MMMMM                  +MMMMM
  41               MMMMMS                   MMMMM
  42               MMMMM                    MMMMM:
  43               MMMMM                    MMMMM+
  44               MMMMM                    MMMMM~
  45               MMMMM                    MMMMM
  46               MMMMMZ                   MMMMM
  47                MMMMM                  ,MMMMZ
  48                 MMMM8                 MMMM+
  49                  MMMMS               MMMM,
  50                    MMMMO           MMMM
  51             ,N       SMMM        MMM8       +8
  52             ,M7         M+       M+        :M8
  53             ,MMMMMMMMMMMMI       MMMMMMMMMMMM8
  54             ,MMMMMMMMMMMM8       MMMMMMMMMMMM8
  55             ,MMMMMMMMMMMMN       MMMMMMMMMMMM8
  56
  57               ])
  58 #
  59 # Created with http://www.glassgiant.com/ascii/ and Wikipedia's Omega
  60 # Replaced all dollars with S's.
  61 #
  62 #
  63 #                 ,MMMMMMMMMD:        MMMMM
  64 #               NMMMMMMMMMMMMMM+      SMMMM
  65 #             DMMMMMMMMMMMMMMMMMM,    +MMMM
  66 #            MMMMMMMMM8ZSO8MMMMMMMM   +MMMM
  67 #           MMMMM7             SMMMM  +MMMM
  68 #          MMMO                   MM? +MMMM
  69 #         ?MMI                     NMIIMMMM
  70 #         MMM                       MMMMMMM
  71 #         MM
  72 #         MN
  73 #         MD
  74 #         MM
  75 #         MM?                       ,~+ISON
  76 #         =MMI                     MMSOMMMM
  77 #          MMMZ                   MMS +MMMM
  78 #           MMMM8:             :NMMM  +MMMM
  79 #            MMMMMMMMMDOODMMMMMMMMM   +MMMM
  80 #             MMMMMMMMMMMMMMMMMMMM    +MMMM
  81 #               OMMMMMMMMMMMMMMZ      SMMMM
  82 #                  MMMMMMMMMM+        MMMMM
  83 #
  84
  85
  86 # AC_MSG_NOTICE([Configuring for your system...])
  87
  88 AC_PREREQ(2.6) # 2.60 needed for AC_USE_SYSTEM_EXTENSIONS
  89 # consider 2.64 which allows to define a URL as well
  90
  91 # The AM_INIT_AUTOMAKE line adds several standard checks.
  92 # This macro is always needed for automake
  93 # Obsolete: It takes the program name and version number as arguments.
  94 AM_INIT_AUTOMAKE
  95
  96 # config header: provides a way for people to customise the
  97 # configuration for their platform, via #defines. config.h.in can be
  98 # generated automatically with the autoheader tool. However, you need
  99 # a stamp-h file in your project to ensure that automake regenerates
 100 # config.h from config.h.in. Type 'touch stamp-h' to add this file to
 101 # your project.
 102 #
 103 AM_CONFIG_HEADER(src/config.h)
 104
 105 # the following allows to install a copy config.h for libclustalo in a
 106 # namespace like way, i.e. no name clash with your own config.h
 107 AX_PREFIX_CONFIG_H(src/clustal-omega-config.h)
 108
 109 # This macro was introduced in Autoconf 2.60. If possible, enable
 110 # extensions to C or Posix on hosts that normally disable the
 111 # extensions.
 112 AC_USE_SYSTEM_EXTENSIONS
 113
 114
 115 # for cross compilation
 116 #
 117 AC_CANONICAL_HOST
 118 ## AC_CANONICAL_BUILD
 119 ## AC_CANONICAL_TARGET
 120
 121 # Set the @SET_MAKE@ variable=make if $(MAKE) not set
 122 AC_PROG_MAKE_SET
 123
 124 # AC_PROG_RANLIB will allow you to build code in sub-directories into
 125 # temporary libraries, which make will then link in with the rest of
 126 # the code.
 127 # Rendered obsolte by LT_INIT: AC_PROG_RANLIB
 128 #AC_PROG_LIBTOOL
 129 LT_INIT
 130
 131 # AC_PROG_INSTALL will generate an install target so that users may
 132 # just type 'make install' to install the software.
 133 AC_PROG_INSTALL
 134
 135 # check for C++ preprocessor and compiler and the library compiler
 136 # (might change the compiler flags)
 137 #
 138 # Determine a C compiler to use. If using the GNU C compiler, set
 139 # shell variable GCC to `yes'. If output variable CFLAGS was not
 140 # already set, set it to `-g -O2' for the GNU C compiler (`-O2' on
 141 # systems where GCC does not accept `-g'), or `-g' for other
 142 # compilers.
 143 AC_PROG_CC
 144 # Set output variable CPP to a command that runs the C preprocessor.
 145 AC_PROG_CPP
 146 #
 147 # Determine a C++ compiler to use. If output variable CXXFLAGS was not
 148 # already set, set it to `-g -O2' for the GNU C++ compiler (`-O2' on
 149 # systems where G++ does not accept `-g'), or `-g' for other
 150 # compilers.
 151 AC_PROG_CXX
 152 # Set CXXCPP to a command that runs the C++ preprocessor
 153 AC_PROG_CXXCPP
 154 #
 155 # reset compiler flags to initial flags
 156 #CXXFLAGS=$OLD_CXXFLAGS
 157
 158
 159
 160
 161 # safety check: AC_CONFIG_SRCDIR([src/clustal.h])
 162
 163 # Let source files know in which context they are being used
 164 AC_DEFINE([CLUSTALO], [1],
 165           [Let all files know they are being used inside Clustal Omega])
 166
 167 AC_DEFINE_UNQUOTED(PACKAGE_CODENAME, "$PACKAGE_CODENAME", [The package code name])
 168
 169
 170 # Get svn revision
 171 #AC_PATH_PROG(svnversioncommand, svnversion)
 172 #if test "X$svnversioncommand" = "X" || test `$svnversioncommand -n '.'` = "exported"; then
 173 #AC_DEFINE_UNQUOTED(SVN_VERSION, ["`cat saved_svn_version.txt`"], [repository svn version])
 174 #else
 175 #AC_DEFINE_UNQUOTED(SVN_VERSION, ["`svnversion -n`"], [repository svn version])
 176 #`svnversion -n > saved_svn_version.txt`
 177 #fi
 178
 179
 180
 181
 182 # AW: we might need this in the future
 183 #
 184 case "$host_os" in
 185 linux*)
 186 #      AC_DEFINE(LINUX,1,[This is a Linux system])
 187      AC_DEFINE_UNQUOTED(LINUX,1,[This is a LINUX system])
 188 #     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, true)
 189 #     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, false)
 190 #     XTRA_CPPLIBS=-lstdc++
 191 #     LIBEXT=.so
 192      ;;
 193 freebsd*)
 194      AC_DEFINE_UNQUOTED(SOMEBSD,1,[This is a BSD system])
 195 #     AC_CHECK_LIB(c_r, pthread_create)
 196 #     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, true)
 197 #     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, true)
 198 #     XTRA_CPPLIBS=-lstdc++
 199 #     LIBEXT=.so
 200      ;;
 201 openbsd*)
 202      AC_DEFINE_UNQUOTED(SOMEBSD,1,[This is a BSD system])
 203 #     AC_CHECK_LIB(c_r, pthread_create)
 204 #     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, true)
 205 #     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, true)
 206 #     XTRA_CPPLIBS=-lstdc++
 207 #     LIBEXT=.so
 208      ;;
 209 netbsd*)
 210      AC_DEFINE_UNQUOTED(SOMEBSD,1,[This is a BSD system])
 211 #     AC_CHECK_LIB(c_r, pthread_create)
 212 #     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, true)
 213 #     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, true)
 214 #     XTRA_CPPLIBS=-lstdc++
 215 #     LIBEXT=.so
 216      ;;
 217 *solaris*)
 218      AC_DEFINE_UNQUOTED(SOLARIS,1,[This is a Solaris system])
 219 #     AC_CHECK_LIB(resolv, res_init)
 220 #     XTRA_CPPLIBS=-lstdc++
 221 #     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, false)
 222 #     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, false)
 223 #     CFLAGS="-D_POSIX_PTHREAD_SEMANTICS $CFLAGS"
 224 #     LIBEXT=.so
 225      ;;
 226 darwin*)
 227      AC_DEFINE_UNQUOTED(DARWIN,1,[This is a Darwin system])
 228 #     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, false)
 229 #     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, false)
 230 #     CFLAGS="-fno-common $CFLAGS"
 231 #     LIBEXT=.so
 232      ;;
 233 cygwin*)
 234      AC_DEFINE_UNQUOTED(CYGWIN,1,[This is a CYGWIN system])
 235 #     LDFLAGS="$LDFLAGS -no-undefined"
 236 #     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, false)
 237 #     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, false)
 238 #     LIBEXT=.dll
 239      ;;
 240 mingw*)
 241      AC_DEFINE_UNQUOTED(MINGW,1,[This is a MinGW system])
 242 #     AC_DEFINE_UNQUOTED(WINDOWS,1,[This is a Windows system])
 243 #     AC_CHECK_LIB(intl, gettext)
 244 #     AC_CHECK_LIB(ws2_32, _head_libws2_32_a,,[AC_MSG_ERROR([libextractor requires Winsock2])])
 245 #     AC_CHECK_LIB(plibc, plibc_init,,[AC_MSG_ERROR([libextractor requires PlibC])])
 246 #     LDFLAGS="$LDFLAGS -no-undefined -Wl,--export-all-symbols"
 247 #                LIBSOLD=$LIBS
 248 #     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, true)
 249 #     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, false)
 250 #     LIBEXT=.dll
 251      ;;
 252 *)
 253 #     AC_MSG_RESULT(Unrecognised OS $host_os)
 254      AC_DEFINE_UNQUOTED(OTHEROS,1,[Some strange OS])
 255 #     AC_MSG_RESULT(otheros)
 256 #     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, false)
 257 #     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, false)
 258 #     LIBEXT=.so
 259      ;;
 260 esac
 261
 262
 263
 264 # Checks for standard header files.
 265 # obsolescent according to http://www.gnu.org/software/hello/manual/autoconf/Particular-Headers.html
 266 AC_HEADER_STDC
 267 # Guess the next one is obsolete as well then?
 268 AC_CHECK_HEADERS(assert.h ctype.h float.h limits.h math.h memory.h stdarg.h stdio.h stdlib.h string.h time.h unistd.h)
 269 #  awk  '/^#include *</ {print $2}' $(find src/ -name \*.[ch] -or -name \*.cpp) | grep -v argtable2.h  | sort -u | tr -d '<>'
 270
 271 # Checks for typedefs, structures, and compiler characteristics.
 272 AC_C_CONST
 273 AC_TYPE_SIZE_T
 274 AC_C_INLINE
 275
 276 # Checks for library functions.
 277 # AC_CHECK_FUNCS(strdup strstr strchr erand48)
 278 # AW is there an automatic way to extract library functions used in the program?
 279
 280
 281 # explicit libm check
 282 AC_CHECK_LIB(m, log,, AC_MSG_ERROR([Could not find libm]))
 283 AC_CHECK_LIB(m, log2, AC_DEFINE(HAVE_LOG2, 1, [Has log2()]))
 284
 285
 286 # ---    argtable header and library check
 287 #
 288 #
 289 AC_CHECK_HEADERS([argtable2.h], [],
 290                  AC_MSG_ERROR([Could not find argtable2.h. Try $ ./configure CFLAGS='-Iyour-argtable2-include-path]))
 291 AC_CHECK_LIB(argtable2, arg_parse, [],
 292              AC_MSG_ERROR([Could not find libargtable2. Try $ ./configure LDFLAGS="-Lyour-argtable2-lib-path']))
 293
 294
 295 # enable python if requested (--with-python)
 296 #
 297 #AC_ARG_WITH([python],
 298 #        [AS_HELP_STRING([--with-python],
 299 #        [Enable Python Interface])],
 300 #        [with_python=$withval],
 301 #        [with_python=no])
 302 #if test "$with_python" = "yes"; then
 303 #   AC_MSG_CHECKING([for python-config to get compiler flags])
 304 #   AC_CHECK_PROG(python_config, 'python-config', yes)
 305 #   if test "${python_config}" != "yes"; then
 306 #      AC_MSG_ERROR("Could not run python-config.")
 307 #   fi
 308 #   PYTHON_CFLAGS=`python-config --cflags`
 309 #   PYTHON_LDFLAGS=`python-config --ldflags`
 310 #   AC_DEFINE([PYTHON_ENABLED], [1], [define for python usage])
 311 #fi
 312 #AC_SUBST(PYTHON_CFLAGS)
 313 #AC_SUBST(PYTHON_LDFLAGS)
 314
 315
 316 # ---   SSE support
 317 # "One instruction to do the same operation on 4 packed elements simultaneously."
 318 #
 319 # http://www.codeproject.com/KB/recipes/sseintro.aspx?msg=568491
 320 # http://www.drdobbs.com/go-parallel/blog/archives/2010/03/getting_amazing.html
 321 # http://software.intel.com/file/1000
 322 #
 323 # AC_MSG_CHECKING(for SSE in current arch/CFLAGS)
 324 # AC_LINK_IFELSE([
 325 # AC_LANG_PROGRAM([[
 326 # #include <xmmintrin.h>
 327 # __m128 testfunc(float *a, float *b) {
 328 #   return _mm_add_ps(_mm_loadu_ps(a), _mm_loadu_ps(b));
 329 # }
 330 # ]])],
 331 # [has_sse=yes], [has_sse=no]
 332 # )
 333 # AC_MSG_RESULT($has_sse)
 334 #
 335 # AC_ARG_ENABLE([sse],
 336 #         [AS_HELP_STRING([--enable-sse],
 337 #                         [Enable SSE support])],
 338 #         [has_sse="$enableval"],
 339 #         [has_sse=no])
 340 #
 341 # if test x"$has_sse" = x"yes"; then
 342 #    AC_DEFINE([USE_SSE], , [Enable SSE support])
 343 #    CFLAGS="${CFLAGS} -msse"
 344 # fi
 345
 346
 347 # --- openmp
 348 #
 349 AC_CONFIG_MACRO_DIR([m4])
 350 m4_include([m4/ax_openmp.m4])
 351 AC_ARG_WITH([openmp],
 352     AS_HELP_STRING([--without-openmp], [Do not use OpenMP]))
 353 AS_IF([test "x$with_openmp" = "xno"],
 354             [],
 355             [AX_OPENMP(
 356                 AC_DEFINE([HAVE_OPENMP],[1],[Defined if OpenMP should and can be used])
 357              )]
 358      )
 359 AC_SUBST(OPENMP_CFLAGS)
 360 # according to http://beagle-lib.googlecode.com/svn-history/r824/trunk/configure.ac:
 361 # "OpenMP checker only defines for C when compiling both C and C++"
 362 OPENMP_CXXFLAGS=$OPENMP_CFLAGS
 363 AC_SUBST(OPENMP_CXXFLAGS)
 364
 365 # version 2: enable openmp only if explicitely asked for it
 366 #AC_ARG_ENABLE(openmp, AS_HELP_STRING([--enable-openmp], [Multi-threaded parallel version using OpenMP]))
 367 #if test -n "${enable_openmp}" -a x"${enable_openmp}" != x"no"; then
 368 #   m4_include([m4/ax_openmp.m4])
 369 #   AX_OPENMP(AC_DEFINE(HAVE_OPENMP, 1, [enable OpenMP support]),
 370 #             AC_MSG_ERROR([Compiler does not seem to support OpenMP]))
 371 #   AC_SUBST(OPENMP_CFLAGS)
 372 #   AC_SUBST(OPENMP_CXXFLAGS)
 373 #fi
 374
 375 # ---   squid
 376 #
 377 #
 378 # Extra checks for squid; see their configure, config.log, squidconf.h
 379 # etc. For example, I'm not sure about USE_HOST_BYTESWAP_FUNCTIONS,
 380 # SIZEOF_UNSIGNED_LONG, HAVE_STRTOUL and HAVE_STRTOULL
 381 #
 382 # Might not just have to set compiler flags but create use squidconf.h.in
 383 #
 384 # The following hopefully takes about byte ordering (big-endian...).
 385 # My hope is that it will set WORDS_BIGENDIAN and
 386 # USE_HOST_BYTESWAP_FUNCTIONS (as used by squid) if necessary:
 387 #
 388 AC_C_BIGENDIAN(AC_MSG_WARN([$PACKAGE_NAME hasn't been tested on Big-Endian machines...expecting trouble!]))
 389 AC_CHECK_FUNCS([ntohs ntohl ntons ntonl])
 390 #
 391 AC_CHECK_SIZEOF(unsigned short)
 392 AC_CHECK_SIZEOF(unsigned int)
 393 AC_CHECK_SIZEOF(unsigned long)
 394 AC_CHECK_SIZEOF(unsigned long long)
 395 #
 396 AC_CHECK_FUNCS([stroul strtoull])
 397 AC_CHECK_FUNCS([ftello fseeko])
 398 AC_CHECK_FUNCS([ftello64 fseeko64])
 399 AC_CHECK_FUNCS([ftell64 fseek64])
 400 #
 401 AC_TYPE_OFF_T
 402 AC_CHECK_SIZEOF(fpos_t)
 403 #
 404 # struct stat64 and stat64 test:
 405 # version 1:
 406 #AC_CHECK_TYPE(struct stat64,
 407 #               [AC_CHECK_FUNC([stat64],
 408 #                             AC_DEFINE([HAVE_STAT64], [1], [Define if you have the stat64 function]))])
 409 # version 2:
 410 #AC_MSG_CHECKING(for struct stat64)
 411 #AC_CACHE_VAL(sc_cv_type_stat64,
 412 #[AC_TRY_COMPILE([#include <sys/stat.h>],[struct stat64 s;],
 413 #[sc_cv_type_stat64=yes],
 414 #[sc_cv_type_stat64=no])])
 415 #if test $sc_cv_type_stat64 = yes; then
 416 #   AC_MSG_RESULT($sc_cv_type_stat64)
 417 #   AC_CHECK_FUNC([stat64], AC_DEFINE([HAVE_STAT64], [1], [Define if you have the stat64 function]))
 418 #   #AC_DEFINE(HAVE_STAT64, [1], [Define if you have the stat64 function])
 419 #fi
 420 #
 421 #
 422 # Above fails on myosin because storage size of struct 64 is unknown:
 423 #  ssi.c:480: error: storage size of ‘s1’ isn’t known
 424 #
 425 # On my MacBook OS X 10.6 I get:
 426 #  ssi.c:481: warning: ‘stat64’ is deprecated (declared at /usr/include/sys/stat.h:465)
 427 #
 428 # So forget about it: we won't use stat64 or define HAVE_STAT64 and
 429 # consequently do no tests here
 430 #
 431
 432
 433
 434 # Add support for the Dmalloc package. If the user runs configure with
 435 # --with-dmalloc, then define WITH_DMALLOC and add -ldmalloc to LIBS.
 436 AM_WITH_DMALLOC
 437
 438
 439 # Check if svnversion is installed
 440 #AC_PATH_PROG([SVNVERSION_BIN], [svnversionFIXME], [no])
 441 ## checking if we build in a subversion WC
 442 #wc_found="no";
 443 #if test "$SVNVERSION_BIN" != "no"; then
 444 #   SVNVERSION=`$SVNVERSION_BIN -n $srcdir`
 445 #   if test $SVNVERSION != "exported";
 446 #   then
 447 #       AC_MSG_NOTICE($SVNVERSION);
 448 #   fi
 449 #fi
 450
 451
 452 # ---   debugging
 453 #
 454 #
 455 #
 456 AC_MSG_CHECKING([whether to build with debug information])
 457 AC_ARG_ENABLE([debug],
 458               [AS_HELP_STRING([--enable-debug],
 459                               [Enable debugging (default=no)])],
 460               [debugit="$enableval"],
 461               [debugit=no])
 462 AC_MSG_RESULT([$debugit])
 463
 464 if test x"$debugit" = x"yes"; then
 465     # User variables CFLAGS/CXXFLAGS are used last during compilation and
 466     # can therefore overwrite system settings.
 467     #
 468     # if debugging was requested, add debugging info at the end of
 469     # C[XX]FLAGS, which makes sure previous optimisation flags are
 470     # overwritten (normally C[XX]FLAGS should not be modified as they
 471     # are user variables):
 472     # switch off assert etc
 473     # AC_DEFINE([DEBUG],[],[Debug Mode])
 474     CFLAGS="${CFLAGS} -g -ansi -Wall -O0"
 475     CXXFLAGS="${CXXFLAGS} -g -ansi -Wall -O0"
 476 else
 477     # switch off assert etc
 478     AC_DEFINE([NDEBUG],[],[No-debug Mode])
 479     # if no debugging is requested, we make optimisation explicit
 480     AM_CXXFLAGS="${AM_CXXFLAGS} -O3"
 481     AM_CFLAGS="${AM_CFLAGS} -O3"
 482 fi
 483
 484
 485
 486 AC_SUBST([AM_CXXFLAGS])
 487 AC_SUBST([AM_CFLAGS])
 488 AC_SUBST([AM_LDFLAGS])
 489
 490
 491 AC_CONFIG_FILES(Makefile
 492  src/Makefile
 493  clustalo.pc
 494  Doxyfile
 495  src/clustal/Makefile
 496  src/hhalign/Makefile
 497  src/kmpp/Makefile
 498  src/squid/Makefile)
 499 AC_OUTPUT