Wrapper for Clustal Omega.
authorpvtroshin <pvtroshin@e3abac25-378b-4346-85de-24260fe3988d>
Wed, 3 Aug 2011 17:06:32 +0000 (17:06 +0000)
committerpvtroshin <pvtroshin@e3abac25-378b-4346-85de-24260fe3988d>
Wed, 3 Aug 2011 17:06:32 +0000 (17:06 +0000)
git-svn-id: link to svn.lifesci.dundee.ac.uk/svn/barton/ptroshin/JABA2@4458 e3abac25-378b-4346-85de-24260fe3988d

183 files changed:
ExecutionStatistic/log/log.ctrl
ExecutionStatistic/log/log10.dat
ExecutionStatistic/log/logmirror.ctrl
ExecutionStatistic/seg0/c470.dat
ExecutionStatistic/seg0/c481.dat
ExecutionStatistic/seg0/c90.dat
binaries/src/clustalo/AUTHORS [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/COPYING [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/ChangeLog [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/Doxyfile [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/Doxyfile.in [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/INSTALL [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/Makefile.am [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/Makefile.in [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/NEWS [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/README [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/TODO [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/aclocal.m4 [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/clustalo.pc.in [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/config.guess [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/config.sub [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/configure [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/configure.ac [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/depcomp [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/install-sh [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/ltmain.sh [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/m4/ax_openmp.m4 [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/m4/ax_prefix_config_h.m4 [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/m4/libtool.m4 [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/m4/ltoptions.m4 [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/m4/ltsugar.m4 [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/m4/ltversion.m4 [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/m4/lt~obsolete.m4 [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/missing [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/Makefile.am [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/Makefile.in [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal-omega-config.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal-omega.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal-omega.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/Makefile.am [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/Makefile.in [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/hhalign_wrapper.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/hhalign_wrapper.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/ktuple_pair.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/ktuple_pair.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/list.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/list.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/log.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/log.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/mbed.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/mbed.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/muscle_tree.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/muscle_tree.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/muscle_upgma.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/muscle_upgma.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/pair_dist.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/pair_dist.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/progress.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/progress.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/queue.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/seq.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/seq.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/symmatrix.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/symmatrix.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/tree.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/tree.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/util.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/util.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/weights.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustal/weights.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/clustalo-api-test.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/config.h.in [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/Makefile.am [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/Makefile.in [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/general.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/hash-C.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/hash.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhalign.cpp [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhalign.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhalignment-C.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhalignment.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhdecl-C.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhfullalignment-C.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhfullalignment.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhfunc-C.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhfunc.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhalfalignment-C.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhalfalignment.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhit-C.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhit.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhitlist-C.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhitlist.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhmm-C.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhmm.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhmatrices-C.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhutil-C.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/list-C.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/list.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/hhalign/util-C.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/kmpp/KMeans.cpp [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/kmpp/KMeans.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/kmpp/KmTree.cpp [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/kmpp/KmTree.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/kmpp/KmUtils.cpp [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/kmpp/KmUtils.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/kmpp/Makefile.am [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/kmpp/Makefile.in [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/main.cpp [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/mymain.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/mymain.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/00README [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/COPYRIGHT [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/LICENSE [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/Makefile.am [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/Makefile.in [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/a2m.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/aligneval.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/alignio.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/clustal.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/clustalo.README [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/cluster.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/dayhoff.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/eps.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/file.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/getopt.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/gki.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/gki.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/gsi.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/gsi.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/gsi64.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/gsi64.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/hsregex.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/iupac.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/msa.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/msa.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/msf.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/phylip.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/revcomp.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/rk.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/rk.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/selex.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/seqencode.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/shuffle.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/sqerror.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/sqfuncs.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/sqio.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/squid-1.9g.tar.gz [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/squid.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/squidcore.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/sre_ctype.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/sre_math.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/sre_random.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/sre_random.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/sre_string.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/ssi.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/ssi.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/stack.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/stockholm.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/stockholm.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/stopwatch.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/stopwatch.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/translate.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/types.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/vectorops.c [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/vectorops.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/version.h [new file with mode: 0644]
binaries/src/clustalo/src/squid/weight.c [new file with mode: 0644]
binaries/windows/clustalo/AUTHORS.txt [new file with mode: 0644]
binaries/windows/clustalo/COPYING.txt [new file with mode: 0644]
binaries/windows/clustalo/ChangeLog.txt [new file with mode: 0644]
binaries/windows/clustalo/INSTALL.txt [new file with mode: 0644]
binaries/windows/clustalo/README.txt [new file with mode: 0644]
binaries/windows/clustalo/clustalo.exe [new file with mode: 0644]
binaries/windows/clustalo/issues.txt [new file with mode: 0644]
binaries/windows/clustalo/libgomp-1.dll [new file with mode: 0644]
binaries/windows/clustalo/mingwm10.dll [new file with mode: 0644]
binaries/windows/clustalo/pthreadGC2.dll [new file with mode: 0644]
conf/Executable.properties
conf/settings/ClustaloLimits.xml [new file with mode: 0644]
conf/settings/ClustaloParameters.xml [new file with mode: 0644]
conf/settings/ClustaloPresets.xml [new file with mode: 0644]
runner/compbio/runner/msa/ClustalO.java [new file with mode: 0644]
testsrc/compbio/runner/msa/ClustalOTester.java [new file with mode: 0644]

index 30411c9..7569991 100644 (file)
Binary files a/ExecutionStatistic/log/log.ctrl and b/ExecutionStatistic/log/log.ctrl differ
index e98a2ea..0bea765 100644 (file)
Binary files a/ExecutionStatistic/log/log10.dat and b/ExecutionStatistic/log/log10.dat differ
index 30411c9..7569991 100644 (file)
Binary files a/ExecutionStatistic/log/logmirror.ctrl and b/ExecutionStatistic/log/logmirror.ctrl differ
index 7d279d4..ad12605 100644 (file)
Binary files a/ExecutionStatistic/seg0/c470.dat and b/ExecutionStatistic/seg0/c470.dat differ
index 4c84aa8..64db05d 100644 (file)
Binary files a/ExecutionStatistic/seg0/c481.dat and b/ExecutionStatistic/seg0/c481.dat differ
index 28670cb..8f74a8b 100644 (file)
Binary files a/ExecutionStatistic/seg0/c90.dat and b/ExecutionStatistic/seg0/c90.dat differ
diff --git a/binaries/src/clustalo/AUTHORS b/binaries/src/clustalo/AUTHORS
new file mode 100644 (file)
index 0000000..fae1aa2
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,20 @@
+* Clustal Omega:
+Fabian Sievers   UCD Dublin, Ireland
+Andreas Wilm     UCD Dublin, Ireland
+David Dineen     UCD Dublin, Ireland
+Johannes Söding  Gene Center Munich, Germany
+Michael Remmert  Gene Center Munich, Germany
+
+* Clustal 2
+Mark Larkin      UCD Dublin, Ireland
+
+* Clustal 1.X
+Toby Gibson      EMBL Heidelberg, Germany
+Des Higgins      UCC Cork, Ireland
+Julie Thompson   IGBMC Strasbourg, France
+
+* Contributors:
+Chenna Ramu      EMBL Heidelberg, Germany
+Nigel Brown      EMBL Heidelberg, Germany
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/COPYING b/binaries/src/clustalo/COPYING
new file mode 100644 (file)
index 0000000..d159169
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,339 @@
+                    GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
+                       Version 2, June 1991
+
+ Copyright (C) 1989, 1991 Free Software Foundation, Inc.,
+ 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA
+ Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
+ of this license document, but changing it is not allowed.
+
+                            Preamble
+
+  The licenses for most software are designed to take away your
+freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
+License is intended to guarantee your freedom to share and change free
+software--to make sure the software is free for all its users.  This
+General Public License applies to most of the Free Software
+Foundation's software and to any other program whose authors commit to
+using it.  (Some other Free Software Foundation software is covered by
+the GNU Lesser General Public License instead.)  You can apply it to
+your programs, too.
+
+  When we speak of free software, we are referring to freedom, not
+price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that you
+have the freedom to distribute copies of free software (and charge for
+this service if you wish), that you receive source code or can get it
+if you want it, that you can change the software or use pieces of it
+in new free programs; and that you know you can do these things.
+
+  To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
+anyone to deny you these rights or to ask you to surrender the rights.
+These restrictions translate to certain responsibilities for you if you
+distribute copies of the software, or if you modify it.
+
+  For example, if you distribute copies of such a program, whether
+gratis or for a fee, you must give the recipients all the rights that
+you have.  You must make sure that they, too, receive or can get the
+source code.  And you must show them these terms so they know their
+rights.
+
+  We protect your rights with two steps: (1) copyright the software, and
+(2) offer you this license which gives you legal permission to copy,
+distribute and/or modify the software.
+
+  Also, for each author's protection and ours, we want to make certain
+that everyone understands that there is no warranty for this free
+software.  If the software is modified by someone else and passed on, we
+want its recipients to know that what they have is not the original, so
+that any problems introduced by others will not reflect on the original
+authors' reputations.
+
+  Finally, any free program is threatened constantly by software
+patents.  We wish to avoid the danger that redistributors of a free
+program will individually obtain patent licenses, in effect making the
+program proprietary.  To prevent this, we have made it clear that any
+patent must be licensed for everyone's free use or not licensed at all.
+
+  The precise terms and conditions for copying, distribution and
+modification follow.
+
+                    GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
+   TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
+
+  0. This License applies to any program or other work which contains
+a notice placed by the copyright holder saying it may be distributed
+under the terms of this General Public License.  The "Program", below,
+refers to any such program or work, and a "work based on the Program"
+means either the Program or any derivative work under copyright law:
+that is to say, a work containing the Program or a portion of it,
+either verbatim or with modifications and/or translated into another
+language.  (Hereinafter, translation is included without limitation in
+the term "modification".)  Each licensee is addressed as "you".
+
+Activities other than copying, distribution and modification are not
+covered by this License; they are outside its scope.  The act of
+running the Program is not restricted, and the output from the Program
+is covered only if its contents constitute a work based on the
+Program (independent of having been made by running the Program).
+Whether that is true depends on what the Program does.
+
+  1. You may copy and distribute verbatim copies of the Program's
+source code as you receive it, in any medium, provided that you
+conspicuously and appropriately publish on each copy an appropriate
+copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact all the
+notices that refer to this License and to the absence of any warranty;
+and give any other recipients of the Program a copy of this License
+along with the Program.
+
+You may charge a fee for the physical act of transferring a copy, and
+you may at your option offer warranty protection in exchange for a fee.
+
+  2. You may modify your copy or copies of the Program or any portion
+of it, thus forming a work based on the Program, and copy and
+distribute such modifications or work under the terms of Section 1
+above, provided that you also meet all of these conditions:
+
+    a) You must cause the modified files to carry prominent notices
+    stating that you changed the files and the date of any change.
+
+    b) You must cause any work that you distribute or publish, that in
+    whole or in part contains or is derived from the Program or any
+    part thereof, to be licensed as a whole at no charge to all third
+    parties under the terms of this License.
+
+    c) If the modified program normally reads commands interactively
+    when run, you must cause it, when started running for such
+    interactive use in the most ordinary way, to print or display an
+    announcement including an appropriate copyright notice and a
+    notice that there is no warranty (or else, saying that you provide
+    a warranty) and that users may redistribute the program under
+    these conditions, and telling the user how to view a copy of this
+    License.  (Exception: if the Program itself is interactive but
+    does not normally print such an announcement, your work based on
+    the Program is not required to print an announcement.)
+
+These requirements apply to the modified work as a whole.  If
+identifiable sections of that work are not derived from the Program,
+and can be reasonably considered independent and separate works in
+themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
+sections when you distribute them as separate works.  But when you
+distribute the same sections as part of a whole which is a work based
+on the Program, the distribution of the whole must be on the terms of
+this License, whose permissions for other licensees extend to the
+entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote it.
+
+Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
+your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
+exercise the right to control the distribution of derivative or
+collective works based on the Program.
+
+In addition, mere aggregation of another work not based on the Program
+with the Program (or with a work based on the Program) on a volume of
+a storage or distribution medium does not bring the other work under
+the scope of this License.
+
+  3. You may copy and distribute the Program (or a work based on it,
+under Section 2) in object code or executable form under the terms of
+Sections 1 and 2 above provided that you also do one of the following:
+
+    a) Accompany it with the complete corresponding machine-readable
+    source code, which must be distributed under the terms of Sections
+    1 and 2 above on a medium customarily used for software interchange; or,
+
+    b) Accompany it with a written offer, valid for at least three
+    years, to give any third party, for a charge no more than your
+    cost of physically performing source distribution, a complete
+    machine-readable copy of the corresponding source code, to be
+    distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a medium
+    customarily used for software interchange; or,
+
+    c) Accompany it with the information you received as to the offer
+    to distribute corresponding source code.  (This alternative is
+    allowed only for noncommercial distribution and only if you
+    received the program in object code or executable form with such
+    an offer, in accord with Subsection b above.)
+
+The source code for a work means the preferred form of the work for
+making modifications to it.  For an executable work, complete source
+code means all the source code for all modules it contains, plus any
+associated interface definition files, plus the scripts used to
+control compilation and installation of the executable.  However, as a
+special exception, the source code distributed need not include
+anything that is normally distributed (in either source or binary
+form) with the major components (compiler, kernel, and so on) of the
+operating system on which the executable runs, unless that component
+itself accompanies the executable.
+
+If distribution of executable or object code is made by offering
+access to copy from a designated place, then offering equivalent
+access to copy the source code from the same place counts as
+distribution of the source code, even though third parties are not
+compelled to copy the source along with the object code.
+
+  4. You may not copy, modify, sublicense, or distribute the Program
+except as expressly provided under this License.  Any attempt
+otherwise to copy, modify, sublicense or distribute the Program is
+void, and will automatically terminate your rights under this License.
+However, parties who have received copies, or rights, from you under
+this License will not have their licenses terminated so long as such
+parties remain in full compliance.
+
+  5. You are not required to accept this License, since you have not
+signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
+distribute the Program or its derivative works.  These actions are
+prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
+modifying or distributing the Program (or any work based on the
+Program), you indicate your acceptance of this License to do so, and
+all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
+the Program or works based on it.
+
+  6. Each time you redistribute the Program (or any work based on the
+Program), the recipient automatically receives a license from the
+original licensor to copy, distribute or modify the Program subject to
+these terms and conditions.  You may not impose any further
+restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
+You are not responsible for enforcing compliance by third parties to
+this License.
+
+  7. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
+infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
+conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
+otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
+excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
+distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
+License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
+may not distribute the Program at all.  For example, if a patent
+license would not permit royalty-free redistribution of the Program by
+all those who receive copies directly or indirectly through you, then
+the only way you could satisfy both it and this License would be to
+refrain entirely from distribution of the Program.
+
+If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
+any particular circumstance, the balance of the section is intended to
+apply and the section as a whole is intended to apply in other
+circumstances.
+
+It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
+patents or other property right claims or to contest validity of any
+such claims; this section has the sole purpose of protecting the
+integrity of the free software distribution system, which is
+implemented by public license practices.  Many people have made
+generous contributions to the wide range of software distributed
+through that system in reliance on consistent application of that
+system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
+to distribute software through any other system and a licensee cannot
+impose that choice.
+
+This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
+be a consequence of the rest of this License.
+
+  8. If the distribution and/or use of the Program is restricted in
+certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
+original copyright holder who places the Program under this License
+may add an explicit geographical distribution limitation excluding
+those countries, so that distribution is permitted only in or among
+countries not thus excluded.  In such case, this License incorporates
+the limitation as if written in the body of this License.
+
+  9. The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions
+of the General Public License from time to time.  Such new versions will
+be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to
+address new problems or concerns.
+
+Each version is given a distinguishing version number.  If the Program
+specifies a version number of this License which applies to it and "any
+later version", you have the option of following the terms and conditions
+either of that version or of any later version published by the Free
+Software Foundation.  If the Program does not specify a version number of
+this License, you may choose any version ever published by the Free Software
+Foundation.
+
+  10. If you wish to incorporate parts of the Program into other free
+programs whose distribution conditions are different, write to the author
+to ask for permission.  For software which is copyrighted by the Free
+Software Foundation, write to the Free Software Foundation; we sometimes
+make exceptions for this.  Our decision will be guided by the two goals
+of preserving the free status of all derivatives of our free software and
+of promoting the sharing and reuse of software generally.
+
+                            NO WARRANTY
+
+  11. BECAUSE THE PROGRAM IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO WARRANTY
+FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.  EXCEPT WHEN
+OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES
+PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED
+OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF
+MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS
+TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU.  SHOULD THE
+PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING,
+REPAIR OR CORRECTION.
+
+  12. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING
+WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY AND/OR
+REDISTRIBUTE THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES,
+INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING
+OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED
+TO LOSS OF DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY
+YOU OR THIRD PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER
+PROGRAMS), EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE
+POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES.
+
+                     END OF TERMS AND CONDITIONS
+
+            How to Apply These Terms to Your New Programs
+
+  If you develop a new program, and you want it to be of the greatest
+possible use to the public, the best way to achieve this is to make it
+free software which everyone can redistribute and change under these terms.
+
+  To do so, attach the following notices to the program.  It is safest
+to attach them to the start of each source file to most effectively
+convey the exclusion of warranty; and each file should have at least
+the "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
+
+    <one line to give the program's name and a brief idea of what it does.>
+    Copyright (C) <year>  <name of author>
+
+    This program is free software; you can redistribute it and/or modify
+    it under the terms of the GNU General Public License as published by
+    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
+    (at your option) any later version.
+
+    This program is distributed in the hope that it will be useful,
+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+    GNU General Public License for more details.
+
+    You should have received a copy of the GNU General Public License along
+    with this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
+    51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
+
+Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
+
+If the program is interactive, make it output a short notice like this
+when it starts in an interactive mode:
+
+    Gnomovision version 69, Copyright (C) year name of author
+    Gnomovision comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type `show w'.
+    This is free software, and you are welcome to redistribute it
+    under certain conditions; type `show c' for details.
+
+The hypothetical commands `show w' and `show c' should show the appropriate
+parts of the General Public License.  Of course, the commands you use may
+be called something other than `show w' and `show c'; they could even be
+mouse-clicks or menu items--whatever suits your program.
+
+You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
+school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the program, if
+necessary.  Here is a sample; alter the names:
+
+  Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the program
+  `Gnomovision' (which makes passes at compilers) written by James Hacker.
+
+  <signature of Ty Coon>, 1 April 1989
+  Ty Coon, President of Vice
+
+This General Public License does not permit incorporating your program into
+proprietary programs.  If your program is a subroutine library, you may
+consider it more useful to permit linking proprietary applications with the
+library.  If this is what you want to do, use the GNU Lesser General
+Public License instead of this License.
diff --git a/binaries/src/clustalo/ChangeLog b/binaries/src/clustalo/ChangeLog
new file mode 100644 (file)
index 0000000..a44aa31
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,15 @@
+2010-06-17 Release 0.0.1 (Dubliniensis)
+               
+               First "release" as program has been able for a while to perform
+               all basic tasks without problems.
+
+               Non-standard features already built-in include:
+               HMM-iteration (using HMMER for building an HMM) and guide-tree
+               iteration. On top of that HMM input works fine and
+               background-frequencies are added to the HHalign process.
+               
+               Known issues: RNA/DNA alignment is considered buggy. Aligned
+               sequences have to be dealigned for HHalign to work properly.
+               
+               The HMMER version message can be ignored if no HMM-iteration
+               was used.
diff --git a/binaries/src/clustalo/Doxyfile b/binaries/src/clustalo/Doxyfile
new file mode 100644 (file)
index 0000000..41b2865
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1510 @@
+# Doxyfile 1.5.8
+
+# This file describes the settings to be used by the documentation system
+# doxygen (www.doxygen.org) for a project
+#
+# All text after a hash (#) is considered a comment and will be ignored
+# The format is:
+#       TAG = value [value, ...]
+# For lists items can also be appended using:
+#       TAG += value [value, ...]
+# Values that contain spaces should be placed between quotes (" ")
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Project related configuration options
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# This tag specifies the encoding used for all characters in the config file 
+# that follow. The default is UTF-8 which is also the encoding used for all 
+# text before the first occurrence of this tag. Doxygen uses libiconv (or the 
+# iconv built into libc) for the transcoding. See 
+# http://www.gnu.org/software/libiconv for the list of possible encodings.
+
+DOXYFILE_ENCODING      = UTF-8
+
+# The PROJECT_NAME tag is a single word (or a sequence of words surrounded 
+# by quotes) that should identify the project.
+
+PROJECT_NAME           = "Clustal Omega"
+
+# The PROJECT_NUMBER tag can be used to enter a project or revision number. 
+# This could be handy for archiving the generated documentation or 
+# if some version control system is used.
+
+PROJECT_NUMBER         = 1.0.2
+
+# The OUTPUT_DIRECTORY tag is used to specify the (relative or absolute) 
+# base path where the generated documentation will be put. 
+# If a relative path is entered, it will be relative to the location 
+# where doxygen was started. If left blank the current directory will be used.
+
+OUTPUT_DIRECTORY       = ./doc/doxygen/
+
+# If the CREATE_SUBDIRS tag is set to YES, then doxygen will create 
+# 4096 sub-directories (in 2 levels) under the output directory of each output 
+# format and will distribute the generated files over these directories. 
+# Enabling this option can be useful when feeding doxygen a huge amount of 
+# source files, where putting all generated files in the same directory would 
+# otherwise cause performance problems for the file system.
+
+CREATE_SUBDIRS         = NO
+
+# The OUTPUT_LANGUAGE tag is used to specify the language in which all 
+# documentation generated by doxygen is written. Doxygen will use this 
+# information to generate all constant output in the proper language. 
+# The default language is English, other supported languages are: 
+# Afrikaans, Arabic, Brazilian, Catalan, Chinese, Chinese-Traditional, 
+# Croatian, Czech, Danish, Dutch, Farsi, Finnish, French, German, Greek, 
+# Hungarian, Italian, Japanese, Japanese-en (Japanese with English messages), 
+# Korean, Korean-en, Lithuanian, Norwegian, Macedonian, Persian, Polish, 
+# Portuguese, Romanian, Russian, Serbian, Serbian-Cyrilic, Slovak, Slovene, 
+# Spanish, Swedish, and Ukrainian.
+
+OUTPUT_LANGUAGE        = English
+
+# If the BRIEF_MEMBER_DESC tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# include brief member descriptions after the members that are listed in 
+# the file and class documentation (similar to JavaDoc). 
+# Set to NO to disable this.
+
+BRIEF_MEMBER_DESC      = YES
+
+# If the REPEAT_BRIEF tag is set to YES (the default) Doxygen will prepend 
+# the brief description of a member or function before the detailed description. 
+# Note: if both HIDE_UNDOC_MEMBERS and BRIEF_MEMBER_DESC are set to NO, the 
+# brief descriptions will be completely suppressed.
+
+REPEAT_BRIEF           = YES
+
+# This tag implements a quasi-intelligent brief description abbreviator 
+# that is used to form the text in various listings. Each string 
+# in this list, if found as the leading text of the brief description, will be 
+# stripped from the text and the result after processing the whole list, is 
+# used as the annotated text. Otherwise, the brief description is used as-is. 
+# If left blank, the following values are used ("$name" is automatically 
+# replaced with the name of the entity): "The $name class" "The $name widget" 
+# "The $name file" "is" "provides" "specifies" "contains" 
+# "represents" "a" "an" "the"
+
+ABBREVIATE_BRIEF       = 
+
+# If the ALWAYS_DETAILED_SEC and REPEAT_BRIEF tags are both set to YES then 
+# Doxygen will generate a detailed section even if there is only a brief 
+# description.
+
+ALWAYS_DETAILED_SEC    = NO
+
+# If the INLINE_INHERITED_MEMB tag is set to YES, doxygen will show all 
+# inherited members of a class in the documentation of that class as if those 
+# members were ordinary class members. Constructors, destructors and assignment 
+# operators of the base classes will not be shown.
+
+INLINE_INHERITED_MEMB  = NO
+
+# If the FULL_PATH_NAMES tag is set to YES then Doxygen will prepend the full 
+# path before files name in the file list and in the header files. If set 
+# to NO the shortest path that makes the file name unique will be used.
+
+FULL_PATH_NAMES        = YES
+
+# If the FULL_PATH_NAMES tag is set to YES then the STRIP_FROM_PATH tag 
+# can be used to strip a user-defined part of the path. Stripping is 
+# only done if one of the specified strings matches the left-hand part of 
+# the path. The tag can be used to show relative paths in the file list. 
+# If left blank the directory from which doxygen is run is used as the 
+# path to strip.
+
+STRIP_FROM_PATH        = 
+
+# The STRIP_FROM_INC_PATH tag can be used to strip a user-defined part of 
+# the path mentioned in the documentation of a class, which tells 
+# the reader which header file to include in order to use a class. 
+# If left blank only the name of the header file containing the class 
+# definition is used. Otherwise one should specify the include paths that 
+# are normally passed to the compiler using the -I flag.
+
+STRIP_FROM_INC_PATH    = 
+
+# If the SHORT_NAMES tag is set to YES, doxygen will generate much shorter 
+# (but less readable) file names. This can be useful is your file systems 
+# doesn't support long names like on DOS, Mac, or CD-ROM.
+
+SHORT_NAMES            = NO
+
+# If the JAVADOC_AUTOBRIEF tag is set to YES then Doxygen 
+# will interpret the first line (until the first dot) of a JavaDoc-style 
+# comment as the brief description. If set to NO, the JavaDoc 
+# comments will behave just like regular Qt-style comments 
+# (thus requiring an explicit @brief command for a brief description.)
+
+JAVADOC_AUTOBRIEF      = NO
+
+# If the QT_AUTOBRIEF tag is set to YES then Doxygen will 
+# interpret the first line (until the first dot) of a Qt-style 
+# comment as the brief description. If set to NO, the comments 
+# will behave just like regular Qt-style comments (thus requiring 
+# an explicit \brief command for a brief description.)
+
+QT_AUTOBRIEF           = NO
+
+# The MULTILINE_CPP_IS_BRIEF tag can be set to YES to make Doxygen 
+# treat a multi-line C++ special comment block (i.e. a block of //! or /// 
+# comments) as a brief description. This used to be the default behaviour. 
+# The new default is to treat a multi-line C++ comment block as a detailed 
+# description. Set this tag to YES if you prefer the old behaviour instead.
+
+MULTILINE_CPP_IS_BRIEF = NO
+
+# If the INHERIT_DOCS tag is set to YES (the default) then an undocumented 
+# member inherits the documentation from any documented member that it 
+# re-implements.
+
+INHERIT_DOCS           = YES
+
+# If the SEPARATE_MEMBER_PAGES tag is set to YES, then doxygen will produce 
+# a new page for each member. If set to NO, the documentation of a member will 
+# be part of the file/class/namespace that contains it.
+
+SEPARATE_MEMBER_PAGES  = NO
+
+# The TAB_SIZE tag can be used to set the number of spaces in a tab. 
+# Doxygen uses this value to replace tabs by spaces in code fragments.
+
+TAB_SIZE               = 4
+
+# This tag can be used to specify a number of aliases that acts 
+# as commands in the documentation. An alias has the form "name=value". 
+# For example adding "sideeffect=\par Side Effects:\n" will allow you to 
+# put the command \sideeffect (or @sideeffect) in the documentation, which 
+# will result in a user-defined paragraph with heading "Side Effects:". 
+# You can put \n's in the value part of an alias to insert newlines.
+
+ALIASES                = 
+
+# Set the OPTIMIZE_OUTPUT_FOR_C tag to YES if your project consists of C 
+# sources only. Doxygen will then generate output that is more tailored for C. 
+# For instance, some of the names that are used will be different. The list 
+# of all members will be omitted, etc.
+
+OPTIMIZE_OUTPUT_FOR_C  = YES
+
+# Set the OPTIMIZE_OUTPUT_JAVA tag to YES if your project consists of Java 
+# sources only. Doxygen will then generate output that is more tailored for 
+# Java. For instance, namespaces will be presented as packages, qualified 
+# scopes will look different, etc.
+
+OPTIMIZE_OUTPUT_JAVA   = NO
+
+# Set the OPTIMIZE_FOR_FORTRAN tag to YES if your project consists of Fortran 
+# sources only. Doxygen will then generate output that is more tailored for 
+# Fortran.
+
+OPTIMIZE_FOR_FORTRAN   = NO
+
+# Set the OPTIMIZE_OUTPUT_VHDL tag to YES if your project consists of VHDL 
+# sources. Doxygen will then generate output that is tailored for 
+# VHDL.
+
+OPTIMIZE_OUTPUT_VHDL   = NO
+
+# Doxygen selects the parser to use depending on the extension of the files it parses. 
+# With this tag you can assign which parser to use for a given extension. 
+# Doxygen has a built-in mapping, but you can override or extend it using this tag. 
+# The format is ext=language, where ext is a file extension, and language is one of 
+# the parsers supported by doxygen: IDL, Java, Javascript, C#, C, C++, D, PHP, 
+# Objective-C, Python, Fortran, VHDL, C, C++. For instance to make doxygen treat 
+# .inc files as Fortran files (default is PHP), and .f files as C (default is Fortran), 
+# use: inc=Fortran f=C
+
+EXTENSION_MAPPING      = 
+
+# If you use STL classes (i.e. std::string, std::vector, etc.) but do not want 
+# to include (a tag file for) the STL sources as input, then you should 
+# set this tag to YES in order to let doxygen match functions declarations and 
+# definitions whose arguments contain STL classes (e.g. func(std::string); v.s. 
+# func(std::string) {}). This also make the inheritance and collaboration 
+# diagrams that involve STL classes more complete and accurate.
+
+BUILTIN_STL_SUPPORT    = NO
+
+# If you use Microsoft's C++/CLI language, you should set this option to YES to 
+# enable parsing support.
+
+CPP_CLI_SUPPORT        = NO
+
+# Set the SIP_SUPPORT tag to YES if your project consists of sip sources only. 
+# Doxygen will parse them like normal C++ but will assume all classes use public 
+# instead of private inheritance when no explicit protection keyword is present.
+
+SIP_SUPPORT            = NO
+
+# For Microsoft's IDL there are propget and propput attributes to indicate getter 
+# and setter methods for a property. Setting this option to YES (the default) 
+# will make doxygen to replace the get and set methods by a property in the 
+# documentation. This will only work if the methods are indeed getting or 
+# setting a simple type. If this is not the case, or you want to show the 
+# methods anyway, you should set this option to NO.
+
+IDL_PROPERTY_SUPPORT   = YES
+
+# If member grouping is used in the documentation and the DISTRIBUTE_GROUP_DOC 
+# tag is set to YES, then doxygen will reuse the documentation of the first 
+# member in the group (if any) for the other members of the group. By default 
+# all members of a group must be documented explicitly.
+
+DISTRIBUTE_GROUP_DOC   = NO
+
+# Set the SUBGROUPING tag to YES (the default) to allow class member groups of 
+# the same type (for instance a group of public functions) to be put as a 
+# subgroup of that type (e.g. under the Public Functions section). Set it to 
+# NO to prevent subgrouping. Alternatively, this can be done per class using 
+# the \nosubgrouping command.
+
+SUBGROUPING            = YES
+
+# When TYPEDEF_HIDES_STRUCT is enabled, a typedef of a struct, union, or enum 
+# is documented as struct, union, or enum with the name of the typedef. So 
+# typedef struct TypeS {} TypeT, will appear in the documentation as a struct 
+# with name TypeT. When disabled the typedef will appear as a member of a file, 
+# namespace, or class. And the struct will be named TypeS. This can typically 
+# be useful for C code in case the coding convention dictates that all compound 
+# types are typedef'ed and only the typedef is referenced, never the tag name.
+
+TYPEDEF_HIDES_STRUCT   = NO
+
+# The SYMBOL_CACHE_SIZE determines the size of the internal cache use to 
+# determine which symbols to keep in memory and which to flush to disk. 
+# When the cache is full, less often used symbols will be written to disk. 
+# For small to medium size projects (<1000 input files) the default value is 
+# probably good enough. For larger projects a too small cache size can cause 
+# doxygen to be busy swapping symbols to and from disk most of the time 
+# causing a significant performance penality. 
+# If the system has enough physical memory increasing the cache will improve the 
+# performance by keeping more symbols in memory. Note that the value works on 
+# a logarithmic scale so increasing the size by one will rougly double the 
+# memory usage. The cache size is given by this formula: 
+# 2^(16+SYMBOL_CACHE_SIZE). The valid range is 0..9, the default is 0, 
+# corresponding to a cache size of 2^16 = 65536 symbols
+
+SYMBOL_CACHE_SIZE      = 0
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Build related configuration options
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the EXTRACT_ALL tag is set to YES doxygen will assume all entities in 
+# documentation are documented, even if no documentation was available. 
+# Private class members and static file members will be hidden unless 
+# the EXTRACT_PRIVATE and EXTRACT_STATIC tags are set to YES
+
+EXTRACT_ALL            = YES
+
+# If the EXTRACT_PRIVATE tag is set to YES all private members of a class 
+# will be included in the documentation.
+
+EXTRACT_PRIVATE        = NO
+
+# If the EXTRACT_STATIC tag is set to YES all static members of a file 
+# will be included in the documentation.
+
+EXTRACT_STATIC         = NO
+
+# If the EXTRACT_LOCAL_CLASSES tag is set to YES classes (and structs) 
+# defined locally in source files will be included in the documentation. 
+# If set to NO only classes defined in header files are included.
+
+EXTRACT_LOCAL_CLASSES  = YES
+
+# This flag is only useful for Objective-C code. When set to YES local 
+# methods, which are defined in the implementation section but not in 
+# the interface are included in the documentation. 
+# If set to NO (the default) only methods in the interface are included.
+
+EXTRACT_LOCAL_METHODS  = NO
+
+# If this flag is set to YES, the members of anonymous namespaces will be 
+# extracted and appear in the documentation as a namespace called 
+# 'anonymous_namespace{file}', where file will be replaced with the base 
+# name of the file that contains the anonymous namespace. By default 
+# anonymous namespace are hidden.
+
+EXTRACT_ANON_NSPACES   = NO
+
+# If the HIDE_UNDOC_MEMBERS tag is set to YES, Doxygen will hide all 
+# undocumented members of documented classes, files or namespaces. 
+# If set to NO (the default) these members will be included in the 
+# various overviews, but no documentation section is generated. 
+# This option has no effect if EXTRACT_ALL is enabled.
+
+HIDE_UNDOC_MEMBERS     = NO
+
+# If the HIDE_UNDOC_CLASSES tag is set to YES, Doxygen will hide all 
+# undocumented classes that are normally visible in the class hierarchy. 
+# If set to NO (the default) these classes will be included in the various 
+# overviews. This option has no effect if EXTRACT_ALL is enabled.
+
+HIDE_UNDOC_CLASSES     = NO
+
+# If the HIDE_FRIEND_COMPOUNDS tag is set to YES, Doxygen will hide all 
+# friend (class|struct|union) declarations. 
+# If set to NO (the default) these declarations will be included in the 
+# documentation.
+
+HIDE_FRIEND_COMPOUNDS  = NO
+
+# If the HIDE_IN_BODY_DOCS tag is set to YES, Doxygen will hide any 
+# documentation blocks found inside the body of a function. 
+# If set to NO (the default) these blocks will be appended to the 
+# function's detailed documentation block.
+
+HIDE_IN_BODY_DOCS      = NO
+
+# The INTERNAL_DOCS tag determines if documentation 
+# that is typed after a \internal command is included. If the tag is set 
+# to NO (the default) then the documentation will be excluded. 
+# Set it to YES to include the internal documentation.
+
+INTERNAL_DOCS          = NO
+
+# If the CASE_SENSE_NAMES tag is set to NO then Doxygen will only generate 
+# file names in lower-case letters. If set to YES upper-case letters are also 
+# allowed. This is useful if you have classes or files whose names only differ 
+# in case and if your file system supports case sensitive file names. Windows 
+# and Mac users are advised to set this option to NO.
+
+CASE_SENSE_NAMES       = YES
+
+# If the HIDE_SCOPE_NAMES tag is set to NO (the default) then Doxygen 
+# will show members with their full class and namespace scopes in the 
+# documentation. If set to YES the scope will be hidden.
+
+HIDE_SCOPE_NAMES       = NO
+
+# If the SHOW_INCLUDE_FILES tag is set to YES (the default) then Doxygen 
+# will put a list of the files that are included by a file in the documentation 
+# of that file.
+
+SHOW_INCLUDE_FILES     = YES
+
+# If the INLINE_INFO tag is set to YES (the default) then a tag [inline] 
+# is inserted in the documentation for inline members.
+
+INLINE_INFO            = YES
+
+# If the SORT_MEMBER_DOCS tag is set to YES (the default) then doxygen 
+# will sort the (detailed) documentation of file and class members 
+# alphabetically by member name. If set to NO the members will appear in 
+# declaration order.
+
+SORT_MEMBER_DOCS       = YES
+
+# If the SORT_BRIEF_DOCS tag is set to YES then doxygen will sort the 
+# brief documentation of file, namespace and class members alphabetically 
+# by member name. If set to NO (the default) the members will appear in 
+# declaration order.
+
+SORT_BRIEF_DOCS        = NO
+
+# If the SORT_GROUP_NAMES tag is set to YES then doxygen will sort the 
+# hierarchy of group names into alphabetical order. If set to NO (the default) 
+# the group names will appear in their defined order.
+
+SORT_GROUP_NAMES       = NO
+
+# If the SORT_BY_SCOPE_NAME tag is set to YES, the class list will be 
+# sorted by fully-qualified names, including namespaces. If set to 
+# NO (the default), the class list will be sorted only by class name, 
+# not including the namespace part. 
+# Note: This option is not very useful if HIDE_SCOPE_NAMES is set to YES. 
+# Note: This option applies only to the class list, not to the 
+# alphabetical list.
+
+SORT_BY_SCOPE_NAME     = NO
+
+# The GENERATE_TODOLIST tag can be used to enable (YES) or 
+# disable (NO) the todo list. This list is created by putting \todo 
+# commands in the documentation.
+
+GENERATE_TODOLIST      = YES
+
+# The GENERATE_TESTLIST tag can be used to enable (YES) or 
+# disable (NO) the test list. This list is created by putting \test 
+# commands in the documentation.
+
+GENERATE_TESTLIST      = YES
+
+# The GENERATE_BUGLIST tag can be used to enable (YES) or 
+# disable (NO) the bug list. This list is created by putting \bug 
+# commands in the documentation.
+
+GENERATE_BUGLIST       = YES
+
+# The GENERATE_DEPRECATEDLIST tag can be used to enable (YES) or 
+# disable (NO) the deprecated list. This list is created by putting 
+# \deprecated commands in the documentation.
+
+GENERATE_DEPRECATEDLIST= YES
+
+# The ENABLED_SECTIONS tag can be used to enable conditional 
+# documentation sections, marked by \if sectionname ... \endif.
+
+ENABLED_SECTIONS       = 
+
+# The MAX_INITIALIZER_LINES tag determines the maximum number of lines 
+# the initial value of a variable or define consists of for it to appear in 
+# the documentation. If the initializer consists of more lines than specified 
+# here it will be hidden. Use a value of 0 to hide initializers completely. 
+# The appearance of the initializer of individual variables and defines in the 
+# documentation can be controlled using \showinitializer or \hideinitializer 
+# command in the documentation regardless of this setting.
+
+MAX_INITIALIZER_LINES  = 30
+
+# Set the SHOW_USED_FILES tag to NO to disable the list of files generated 
+# at the bottom of the documentation of classes and structs. If set to YES the 
+# list will mention the files that were used to generate the documentation.
+
+SHOW_USED_FILES        = YES
+
+# If the sources in your project are distributed over multiple directories 
+# then setting the SHOW_DIRECTORIES tag to YES will show the directory hierarchy 
+# in the documentation. The default is NO.
+
+SHOW_DIRECTORIES       = NO
+
+# Set the SHOW_FILES tag to NO to disable the generation of the Files page. 
+# This will remove the Files entry from the Quick Index and from the 
+# Folder Tree View (if specified). The default is YES.
+
+SHOW_FILES             = YES
+
+# Set the SHOW_NAMESPACES tag to NO to disable the generation of the 
+# Namespaces page. 
+# This will remove the Namespaces entry from the Quick Index 
+# and from the Folder Tree View (if specified). The default is YES.
+
+SHOW_NAMESPACES        = YES
+
+# The FILE_VERSION_FILTER tag can be used to specify a program or script that 
+# doxygen should invoke to get the current version for each file (typically from 
+# the version control system). Doxygen will invoke the program by executing (via 
+# popen()) the command <command> <input-file>, where <command> is the value of 
+# the FILE_VERSION_FILTER tag, and <input-file> is the name of an input file 
+# provided by doxygen. Whatever the program writes to standard output 
+# is used as the file version. See the manual for examples.
+
+FILE_VERSION_FILTER    = 
+
+# The LAYOUT_FILE tag can be used to specify a layout file which will be parsed by 
+# doxygen. The layout file controls the global structure of the generated output files 
+# in an output format independent way. The create the layout file that represents 
+# doxygen's defaults, run doxygen with the -l option. You can optionally specify a 
+# file name after the option, if omitted DoxygenLayout.xml will be used as the name 
+# of the layout file.
+
+LAYOUT_FILE            = 
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to warning and progress messages
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# The QUIET tag can be used to turn on/off the messages that are generated 
+# by doxygen. Possible values are YES and NO. If left blank NO is used.
+
+QUIET                  = YES
+
+# The WARNINGS tag can be used to turn on/off the warning messages that are 
+# generated by doxygen. Possible values are YES and NO. If left blank 
+# NO is used.
+
+WARNINGS               = YES
+
+# If WARN_IF_UNDOCUMENTED is set to YES, then doxygen will generate warnings 
+# for undocumented members. If EXTRACT_ALL is set to YES then this flag will 
+# automatically be disabled.
+
+WARN_IF_UNDOCUMENTED   = YES
+
+# If WARN_IF_DOC_ERROR is set to YES, doxygen will generate warnings for 
+# potential errors in the documentation, such as not documenting some 
+# parameters in a documented function, or documenting parameters that 
+# don't exist or using markup commands wrongly.
+
+WARN_IF_DOC_ERROR      = YES
+
+# This WARN_NO_PARAMDOC option can be abled to get warnings for 
+# functions that are documented, but have no documentation for their parameters 
+# or return value. If set to NO (the default) doxygen will only warn about 
+# wrong or incomplete parameter documentation, but not about the absence of 
+# documentation.
+
+WARN_NO_PARAMDOC       = YES
+
+# The WARN_FORMAT tag determines the format of the warning messages that 
+# doxygen can produce. The string should contain the $file, $line, and $text 
+# tags, which will be replaced by the file and line number from which the 
+# warning originated and the warning text. Optionally the format may contain 
+# $version, which will be replaced by the version of the file (if it could 
+# be obtained via FILE_VERSION_FILTER)
+
+WARN_FORMAT            = "$file:$line: $text"
+
+# The WARN_LOGFILE tag can be used to specify a file to which warning 
+# and error messages should be written. If left blank the output is written 
+# to stderr.
+
+WARN_LOGFILE           = 
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the input files
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# The INPUT tag can be used to specify the files and/or directories that contain 
+# documented source files. You may enter file names like "myfile.cpp" or 
+# directories like "/usr/src/myproject". Separate the files or directories 
+# with spaces.
+
+INPUT                  = ./src/clustal ./src/clustal-omega.h ./src/clustal-omega.c
+
+# This tag can be used to specify the character encoding of the source files 
+# that doxygen parses. Internally doxygen uses the UTF-8 encoding, which is 
+# also the default input encoding. Doxygen uses libiconv (or the iconv built 
+# into libc) for the transcoding. See http://www.gnu.org/software/libiconv for 
+# the list of possible encodings.
+
+INPUT_ENCODING         = UTF-8
+
+# If the value of the INPUT tag contains directories, you can use the 
+# FILE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard pattern (like *.cpp 
+# and *.h) to filter out the source-files in the directories. If left 
+# blank the following patterns are tested: 
+# *.c *.cc *.cxx *.cpp *.c++ *.java *.ii *.ixx *.ipp *.i++ *.inl *.h *.hh *.hxx 
+# *.hpp *.h++ *.idl *.odl *.cs *.php *.php3 *.inc *.m *.mm *.py *.f90
+
+FILE_PATTERNS          = *.h *.c
+
+# The RECURSIVE tag can be used to turn specify whether or not subdirectories 
+# should be searched for input files as well. Possible values are YES and NO. 
+# If left blank NO is used.
+
+RECURSIVE              = NO
+
+# The EXCLUDE tag can be used to specify files and/or directories that should 
+# excluded from the INPUT source files. This way you can easily exclude a 
+# subdirectory from a directory tree whose root is specified with the INPUT tag.
+
+EXCLUDE                = ./src/config.h
+
+# The EXCLUDE_SYMLINKS tag can be used select whether or not files or 
+# directories that are symbolic links (a Unix filesystem feature) are excluded 
+# from the input.
+
+EXCLUDE_SYMLINKS       = NO
+
+# If the value of the INPUT tag contains directories, you can use the 
+# EXCLUDE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard patterns to exclude 
+# certain files from those directories. Note that the wildcards are matched 
+# against the file with absolute path, so to exclude all test directories 
+# for example use the pattern */test/*
+
+EXCLUDE_PATTERNS       = 
+
+# The EXCLUDE_SYMBOLS tag can be used to specify one or more symbol names 
+# (namespaces, classes, functions, etc.) that should be excluded from the 
+# output. The symbol name can be a fully qualified name, a word, or if the 
+# wildcard * is used, a substring. Examples: ANamespace, AClass, 
+# AClass::ANamespace, ANamespace::*Test
+
+EXCLUDE_SYMBOLS        = 
+
+# The EXAMPLE_PATH tag can be used to specify one or more files or 
+# directories that contain example code fragments that are included (see 
+# the \include command).
+
+EXAMPLE_PATH           = ./src/
+
+# If the value of the EXAMPLE_PATH tag contains directories, you can use the 
+# EXAMPLE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard pattern (like *.cpp 
+# and *.h) to filter out the source-files in the directories. If left 
+# blank all files are included.
+
+EXAMPLE_PATTERNS       = 
+
+# If the EXAMPLE_RECURSIVE tag is set to YES then subdirectories will be 
+# searched for input files to be used with the \include or \dontinclude 
+# commands irrespective of the value of the RECURSIVE tag. 
+# Possible values are YES and NO. If left blank NO is used.
+
+EXAMPLE_RECURSIVE      = NO
+
+# The IMAGE_PATH tag can be used to specify one or more files or 
+# directories that contain image that are included in the documentation (see 
+# the \image command).
+
+IMAGE_PATH             = 
+
+# The INPUT_FILTER tag can be used to specify a program that doxygen should 
+# invoke to filter for each input file. Doxygen will invoke the filter program 
+# by executing (via popen()) the command <filter> <input-file>, where <filter> 
+# is the value of the INPUT_FILTER tag, and <input-file> is the name of an 
+# input file. Doxygen will then use the output that the filter program writes 
+# to standard output. 
+# If FILTER_PATTERNS is specified, this tag will be 
+# ignored.
+
+INPUT_FILTER           = 
+
+# The FILTER_PATTERNS tag can be used to specify filters on a per file pattern 
+# basis. 
+# Doxygen will compare the file name with each pattern and apply the 
+# filter if there is a match. 
+# The filters are a list of the form: 
+# pattern=filter (like *.cpp=my_cpp_filter). See INPUT_FILTER for further 
+# info on how filters are used. If FILTER_PATTERNS is empty, INPUT_FILTER 
+# is applied to all files.
+
+FILTER_PATTERNS        = 
+
+# If the FILTER_SOURCE_FILES tag is set to YES, the input filter (if set using 
+# INPUT_FILTER) will be used to filter the input files when producing source 
+# files to browse (i.e. when SOURCE_BROWSER is set to YES).
+
+FILTER_SOURCE_FILES    = NO
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to source browsing
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the SOURCE_BROWSER tag is set to YES then a list of source files will 
+# be generated. Documented entities will be cross-referenced with these sources. 
+# Note: To get rid of all source code in the generated output, make sure also 
+# VERBATIM_HEADERS is set to NO.
+
+SOURCE_BROWSER         = NO
+
+# Setting the INLINE_SOURCES tag to YES will include the body 
+# of functions and classes directly in the documentation.
+
+INLINE_SOURCES         = NO
+
+# Setting the STRIP_CODE_COMMENTS tag to YES (the default) will instruct 
+# doxygen to hide any special comment blocks from generated source code 
+# fragments. Normal C and C++ comments will always remain visible.
+
+STRIP_CODE_COMMENTS    = YES
+
+# If the REFERENCED_BY_RELATION tag is set to YES 
+# then for each documented function all documented 
+# functions referencing it will be listed.
+
+REFERENCED_BY_RELATION = NO
+
+# If the REFERENCES_RELATION tag is set to YES 
+# then for each documented function all documented entities 
+# called/used by that function will be listed.
+
+REFERENCES_RELATION    = NO
+
+# If the REFERENCES_LINK_SOURCE tag is set to YES (the default) 
+# and SOURCE_BROWSER tag is set to YES, then the hyperlinks from 
+# functions in REFERENCES_RELATION and REFERENCED_BY_RELATION lists will 
+# link to the source code. 
+# Otherwise they will link to the documentation.
+
+REFERENCES_LINK_SOURCE = YES
+
+# If the USE_HTAGS tag is set to YES then the references to source code 
+# will point to the HTML generated by the htags(1) tool instead of doxygen 
+# built-in source browser. The htags tool is part of GNU's global source 
+# tagging system (see http://www.gnu.org/software/global/global.html). You 
+# will need version 4.8.6 or higher.
+
+USE_HTAGS              = NO
+
+# If the VERBATIM_HEADERS tag is set to YES (the default) then Doxygen 
+# will generate a verbatim copy of the header file for each class for 
+# which an include is specified. Set to NO to disable this.
+
+VERBATIM_HEADERS       = YES
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the alphabetical class index
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the ALPHABETICAL_INDEX tag is set to YES, an alphabetical index 
+# of all compounds will be generated. Enable this if the project 
+# contains a lot of classes, structs, unions or interfaces.
+
+ALPHABETICAL_INDEX     = NO
+
+# If the alphabetical index is enabled (see ALPHABETICAL_INDEX) then 
+# the COLS_IN_ALPHA_INDEX tag can be used to specify the number of columns 
+# in which this list will be split (can be a number in the range [1..20])
+
+COLS_IN_ALPHA_INDEX    = 5
+
+# In case all classes in a project start with a common prefix, all 
+# classes will be put under the same header in the alphabetical index. 
+# The IGNORE_PREFIX tag can be used to specify one or more prefixes that 
+# should be ignored while generating the index headers.
+
+IGNORE_PREFIX          = 
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the HTML output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_HTML tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# generate HTML output.
+
+GENERATE_HTML          = YES
+
+# The HTML_OUTPUT tag is used to specify where the HTML docs will be put. 
+# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be 
+# put in front of it. If left blank `html' will be used as the default path.
+
+HTML_OUTPUT            = html
+
+# The HTML_FILE_EXTENSION tag can be used to specify the file extension for 
+# each generated HTML page (for example: .htm,.php,.asp). If it is left blank 
+# doxygen will generate files with .html extension.
+
+HTML_FILE_EXTENSION    = .html
+
+# The HTML_HEADER tag can be used to specify a personal HTML header for 
+# each generated HTML page. If it is left blank doxygen will generate a 
+# standard header.
+
+HTML_HEADER            = 
+
+# The HTML_FOOTER tag can be used to specify a personal HTML footer for 
+# each generated HTML page. If it is left blank doxygen will generate a 
+# standard footer.
+
+HTML_FOOTER            = 
+
+# The HTML_STYLESHEET tag can be used to specify a user-defined cascading 
+# style sheet that is used by each HTML page. It can be used to 
+# fine-tune the look of the HTML output. If the tag is left blank doxygen 
+# will generate a default style sheet. Note that doxygen will try to copy 
+# the style sheet file to the HTML output directory, so don't put your own 
+# stylesheet in the HTML output directory as well, or it will be erased!
+
+HTML_STYLESHEET        = 
+
+# If the HTML_ALIGN_MEMBERS tag is set to YES, the members of classes, 
+# files or namespaces will be aligned in HTML using tables. If set to 
+# NO a bullet list will be used.
+
+HTML_ALIGN_MEMBERS     = YES
+
+# If the HTML_DYNAMIC_SECTIONS tag is set to YES then the generated HTML 
+# documentation will contain sections that can be hidden and shown after the 
+# page has loaded. For this to work a browser that supports 
+# JavaScript and DHTML is required (for instance Mozilla 1.0+, Firefox 
+# Netscape 6.0+, Internet explorer 5.0+, Konqueror, or Safari).
+
+HTML_DYNAMIC_SECTIONS  = NO
+
+# If the GENERATE_DOCSET tag is set to YES, additional index files 
+# will be generated that can be used as input for Apple's Xcode 3 
+# integrated development environment, introduced with OSX 10.5 (Leopard). 
+# To create a documentation set, doxygen will generate a Makefile in the 
+# HTML output directory. Running make will produce the docset in that 
+# directory and running "make install" will install the docset in 
+# ~/Library/Developer/Shared/Documentation/DocSets so that Xcode will find 
+# it at startup. 
+# See http://developer.apple.com/tools/creatingdocsetswithdoxygen.html for more information.
+
+GENERATE_DOCSET        = NO
+
+# When GENERATE_DOCSET tag is set to YES, this tag determines the name of the 
+# feed. A documentation feed provides an umbrella under which multiple 
+# documentation sets from a single provider (such as a company or product suite) 
+# can be grouped.
+
+DOCSET_FEEDNAME        = "Doxygen generated docs"
+
+# When GENERATE_DOCSET tag is set to YES, this tag specifies a string that 
+# should uniquely identify the documentation set bundle. This should be a 
+# reverse domain-name style string, e.g. com.mycompany.MyDocSet. Doxygen 
+# will append .docset to the name.
+
+DOCSET_BUNDLE_ID       = org.doxygen.Project
+
+# If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES, additional index files 
+# will be generated that can be used as input for tools like the 
+# Microsoft HTML help workshop to generate a compiled HTML help file (.chm) 
+# of the generated HTML documentation.
+
+GENERATE_HTMLHELP      = NO
+
+# If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES, the CHM_FILE tag can 
+# be used to specify the file name of the resulting .chm file. You 
+# can add a path in front of the file if the result should not be 
+# written to the html output directory.
+
+CHM_FILE               = 
+
+# If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES, the HHC_LOCATION tag can 
+# be used to specify the location (absolute path including file name) of 
+# the HTML help compiler (hhc.exe). If non-empty doxygen will try to run 
+# the HTML help compiler on the generated index.hhp.
+
+HHC_LOCATION           = 
+
+# If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES, the GENERATE_CHI flag 
+# controls if a separate .chi index file is generated (YES) or that 
+# it should be included in the master .chm file (NO).
+
+GENERATE_CHI           = NO
+
+# If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES, the CHM_INDEX_ENCODING 
+# is used to encode HtmlHelp index (hhk), content (hhc) and project file 
+# content.
+
+CHM_INDEX_ENCODING     = 
+
+# If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES, the BINARY_TOC flag 
+# controls whether a binary table of contents is generated (YES) or a 
+# normal table of contents (NO) in the .chm file.
+
+BINARY_TOC             = NO
+
+# The TOC_EXPAND flag can be set to YES to add extra items for group members 
+# to the contents of the HTML help documentation and to the tree view.
+
+TOC_EXPAND             = NO
+
+# If the GENERATE_QHP tag is set to YES and both QHP_NAMESPACE and QHP_VIRTUAL_FOLDER 
+# are set, an additional index file will be generated that can be used as input for 
+# Qt's qhelpgenerator to generate a Qt Compressed Help (.qch) of the generated 
+# HTML documentation.
+
+GENERATE_QHP           = NO
+
+# If the QHG_LOCATION tag is specified, the QCH_FILE tag can 
+# be used to specify the file name of the resulting .qch file. 
+# The path specified is relative to the HTML output folder.
+
+QCH_FILE               = 
+
+# The QHP_NAMESPACE tag specifies the namespace to use when generating 
+# Qt Help Project output. For more information please see 
+# http://doc.trolltech.com/qthelpproject.html#namespace
+
+QHP_NAMESPACE          = 
+
+# The QHP_VIRTUAL_FOLDER tag specifies the namespace to use when generating 
+# Qt Help Project output. For more information please see 
+# http://doc.trolltech.com/qthelpproject.html#virtual-folders
+
+QHP_VIRTUAL_FOLDER     = doc
+
+# If QHP_CUST_FILTER_NAME is set, it specifies the name of a custom filter to add. 
+# For more information please see 
+# http://doc.trolltech.com/qthelpproject.html#custom-filters
+
+QHP_CUST_FILTER_NAME   = 
+
+# The QHP_CUST_FILT_ATTRS tag specifies the list of the attributes of the custom filter to add.For more information please see 
+# <a href="http://doc.trolltech.com/qthelpproject.html#custom-filters">Qt Help Project / Custom Filters</a>.
+
+QHP_CUST_FILTER_ATTRS  = 
+
+# The QHP_SECT_FILTER_ATTRS tag specifies the list of the attributes this project's 
+# filter section matches. 
+# <a href="http://doc.trolltech.com/qthelpproject.html#filter-attributes">Qt Help Project / Filter Attributes</a>.
+
+QHP_SECT_FILTER_ATTRS  = 
+
+# If the GENERATE_QHP tag is set to YES, the QHG_LOCATION tag can 
+# be used to specify the location of Qt's qhelpgenerator. 
+# If non-empty doxygen will try to run qhelpgenerator on the generated 
+# .qhp file.
+
+QHG_LOCATION           = 
+
+# The DISABLE_INDEX tag can be used to turn on/off the condensed index at 
+# top of each HTML page. The value NO (the default) enables the index and 
+# the value YES disables it.
+
+DISABLE_INDEX          = NO
+
+# This tag can be used to set the number of enum values (range [1..20]) 
+# that doxygen will group on one line in the generated HTML documentation.
+
+ENUM_VALUES_PER_LINE   = 4
+
+# The GENERATE_TREEVIEW tag is used to specify whether a tree-like index 
+# structure should be generated to display hierarchical information. 
+# If the tag value is set to FRAME, a side panel will be generated 
+# containing a tree-like index structure (just like the one that 
+# is generated for HTML Help). For this to work a browser that supports 
+# JavaScript, DHTML, CSS and frames is required (for instance Mozilla 1.0+, 
+# Netscape 6.0+, Internet explorer 5.0+, or Konqueror). Windows users are 
+# probably better off using the HTML help feature. Other possible values 
+# for this tag are: HIERARCHIES, which will generate the Groups, Directories, 
+# and Class Hierarchy pages using a tree view instead of an ordered list; 
+# ALL, which combines the behavior of FRAME and HIERARCHIES; and NONE, which 
+# disables this behavior completely. For backwards compatibility with previous 
+# releases of Doxygen, the values YES and NO are equivalent to FRAME and NONE 
+# respectively.
+
+GENERATE_TREEVIEW      = NONE
+
+# If the treeview is enabled (see GENERATE_TREEVIEW) then this tag can be 
+# used to set the initial width (in pixels) of the frame in which the tree 
+# is shown.
+
+TREEVIEW_WIDTH         = 250
+
+# Use this tag to change the font size of Latex formulas included 
+# as images in the HTML documentation. The default is 10. Note that 
+# when you change the font size after a successful doxygen run you need 
+# to manually remove any form_*.png images from the HTML output directory 
+# to force them to be regenerated.
+
+FORMULA_FONTSIZE       = 10
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the LaTeX output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_LATEX tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# generate Latex output.
+
+GENERATE_LATEX         = YES
+
+# The LATEX_OUTPUT tag is used to specify where the LaTeX docs will be put. 
+# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be 
+# put in front of it. If left blank `latex' will be used as the default path.
+
+LATEX_OUTPUT           = latex
+
+# The LATEX_CMD_NAME tag can be used to specify the LaTeX command name to be 
+# invoked. If left blank `latex' will be used as the default command name.
+
+LATEX_CMD_NAME         = latex
+
+# The MAKEINDEX_CMD_NAME tag can be used to specify the command name to 
+# generate index for LaTeX. If left blank `makeindex' will be used as the 
+# default command name.
+
+MAKEINDEX_CMD_NAME     = makeindex
+
+# If the COMPACT_LATEX tag is set to YES Doxygen generates more compact 
+# LaTeX documents. This may be useful for small projects and may help to 
+# save some trees in general.
+
+COMPACT_LATEX          = NO
+
+# The PAPER_TYPE tag can be used to set the paper type that is used 
+# by the printer. Possible values are: a4, a4wide, letter, legal and 
+# executive. If left blank a4wide will be used.
+
+PAPER_TYPE             = a4wide
+
+# The EXTRA_PACKAGES tag can be to specify one or more names of LaTeX 
+# packages that should be included in the LaTeX output.
+
+EXTRA_PACKAGES         = 
+
+# The LATEX_HEADER tag can be used to specify a personal LaTeX header for 
+# the generated latex document. The header should contain everything until 
+# the first chapter. If it is left blank doxygen will generate a 
+# standard header. Notice: only use this tag if you know what you are doing!
+
+LATEX_HEADER           = 
+
+# If the PDF_HYPERLINKS tag is set to YES, the LaTeX that is generated 
+# is prepared for conversion to pdf (using ps2pdf). The pdf file will 
+# contain links (just like the HTML output) instead of page references 
+# This makes the output suitable for online browsing using a pdf viewer.
+
+PDF_HYPERLINKS         = YES
+
+# If the USE_PDFLATEX tag is set to YES, pdflatex will be used instead of 
+# plain latex in the generated Makefile. Set this option to YES to get a 
+# higher quality PDF documentation.
+
+USE_PDFLATEX           = YES
+
+# If the LATEX_BATCHMODE tag is set to YES, doxygen will add the \\batchmode. 
+# command to the generated LaTeX files. This will instruct LaTeX to keep 
+# running if errors occur, instead of asking the user for help. 
+# This option is also used when generating formulas in HTML.
+
+LATEX_BATCHMODE        = NO
+
+# If LATEX_HIDE_INDICES is set to YES then doxygen will not 
+# include the index chapters (such as File Index, Compound Index, etc.) 
+# in the output.
+
+LATEX_HIDE_INDICES     = NO
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the RTF output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_RTF tag is set to YES Doxygen will generate RTF output 
+# The RTF output is optimized for Word 97 and may not look very pretty with 
+# other RTF readers or editors.
+
+GENERATE_RTF           = NO
+
+# The RTF_OUTPUT tag is used to specify where the RTF docs will be put. 
+# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be 
+# put in front of it. If left blank `rtf' will be used as the default path.
+
+RTF_OUTPUT             = rtf
+
+# If the COMPACT_RTF tag is set to YES Doxygen generates more compact 
+# RTF documents. This may be useful for small projects and may help to 
+# save some trees in general.
+
+COMPACT_RTF            = NO
+
+# If the RTF_HYPERLINKS tag is set to YES, the RTF that is generated 
+# will contain hyperlink fields. The RTF file will 
+# contain links (just like the HTML output) instead of page references. 
+# This makes the output suitable for online browsing using WORD or other 
+# programs which support those fields. 
+# Note: wordpad (write) and others do not support links.
+
+RTF_HYPERLINKS         = NO
+
+# Load stylesheet definitions from file. Syntax is similar to doxygen's 
+# config file, i.e. a series of assignments. You only have to provide 
+# replacements, missing definitions are set to their default value.
+
+RTF_STYLESHEET_FILE    = 
+
+# Set optional variables used in the generation of an rtf document. 
+# Syntax is similar to doxygen's config file.
+
+RTF_EXTENSIONS_FILE    = 
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the man page output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_MAN tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# generate man pages
+
+GENERATE_MAN           = NO
+
+# The MAN_OUTPUT tag is used to specify where the man pages will be put. 
+# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be 
+# put in front of it. If left blank `man' will be used as the default path.
+
+MAN_OUTPUT             = man
+
+# The MAN_EXTENSION tag determines the extension that is added to 
+# the generated man pages (default is the subroutine's section .3)
+
+MAN_EXTENSION          = .3
+
+# If the MAN_LINKS tag is set to YES and Doxygen generates man output, 
+# then it will generate one additional man file for each entity 
+# documented in the real man page(s). These additional files 
+# only source the real man page, but without them the man command 
+# would be unable to find the correct page. The default is NO.
+
+MAN_LINKS              = NO
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the XML output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_XML tag is set to YES Doxygen will 
+# generate an XML file that captures the structure of 
+# the code including all documentation.
+
+GENERATE_XML           = NO
+
+# The XML_OUTPUT tag is used to specify where the XML pages will be put. 
+# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be 
+# put in front of it. If left blank `xml' will be used as the default path.
+
+XML_OUTPUT             = xml
+
+# The XML_SCHEMA tag can be used to specify an XML schema, 
+# which can be used by a validating XML parser to check the 
+# syntax of the XML files.
+
+XML_SCHEMA             = 
+
+# The XML_DTD tag can be used to specify an XML DTD, 
+# which can be used by a validating XML parser to check the 
+# syntax of the XML files.
+
+XML_DTD                = 
+
+# If the XML_PROGRAMLISTING tag is set to YES Doxygen will 
+# dump the program listings (including syntax highlighting 
+# and cross-referencing information) to the XML output. Note that 
+# enabling this will significantly increase the size of the XML output.
+
+XML_PROGRAMLISTING     = YES
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options for the AutoGen Definitions output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_AUTOGEN_DEF tag is set to YES Doxygen will 
+# generate an AutoGen Definitions (see autogen.sf.net) file 
+# that captures the structure of the code including all 
+# documentation. Note that this feature is still experimental 
+# and incomplete at the moment.
+
+GENERATE_AUTOGEN_DEF   = NO
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the Perl module output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_PERLMOD tag is set to YES Doxygen will 
+# generate a Perl module file that captures the structure of 
+# the code including all documentation. Note that this 
+# feature is still experimental and incomplete at the 
+# moment.
+
+GENERATE_PERLMOD       = NO
+
+# If the PERLMOD_LATEX tag is set to YES Doxygen will generate 
+# the necessary Makefile rules, Perl scripts and LaTeX code to be able 
+# to generate PDF and DVI output from the Perl module output.
+
+PERLMOD_LATEX          = NO
+
+# If the PERLMOD_PRETTY tag is set to YES the Perl module output will be 
+# nicely formatted so it can be parsed by a human reader. 
+# This is useful 
+# if you want to understand what is going on. 
+# On the other hand, if this 
+# tag is set to NO the size of the Perl module output will be much smaller 
+# and Perl will parse it just the same.
+
+PERLMOD_PRETTY         = YES
+
+# The names of the make variables in the generated doxyrules.make file 
+# are prefixed with the string contained in PERLMOD_MAKEVAR_PREFIX. 
+# This is useful so different doxyrules.make files included by the same 
+# Makefile don't overwrite each other's variables.
+
+PERLMOD_MAKEVAR_PREFIX = 
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration options related to the preprocessor   
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the ENABLE_PREPROCESSING tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# evaluate all C-preprocessor directives found in the sources and include 
+# files.
+
+ENABLE_PREPROCESSING   = YES
+
+# If the MACRO_EXPANSION tag is set to YES Doxygen will expand all macro 
+# names in the source code. If set to NO (the default) only conditional 
+# compilation will be performed. Macro expansion can be done in a controlled 
+# way by setting EXPAND_ONLY_PREDEF to YES.
+
+MACRO_EXPANSION        = NO
+
+# If the EXPAND_ONLY_PREDEF and MACRO_EXPANSION tags are both set to YES 
+# then the macro expansion is limited to the macros specified with the 
+# PREDEFINED and EXPAND_AS_DEFINED tags.
+
+EXPAND_ONLY_PREDEF     = NO
+
+# If the SEARCH_INCLUDES tag is set to YES (the default) the includes files 
+# in the INCLUDE_PATH (see below) will be search if a #include is found.
+
+SEARCH_INCLUDES        = YES
+
+# The INCLUDE_PATH tag can be used to specify one or more directories that 
+# contain include files that are not input files but should be processed by 
+# the preprocessor.
+
+INCLUDE_PATH           = 
+
+# You can use the INCLUDE_FILE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard 
+# patterns (like *.h and *.hpp) to filter out the header-files in the 
+# directories. If left blank, the patterns specified with FILE_PATTERNS will 
+# be used.
+
+INCLUDE_FILE_PATTERNS  = 
+
+# The PREDEFINED tag can be used to specify one or more macro names that 
+# are defined before the preprocessor is started (similar to the -D option of 
+# gcc). The argument of the tag is a list of macros of the form: name 
+# or name=definition (no spaces). If the definition and the = are 
+# omitted =1 is assumed. To prevent a macro definition from being 
+# undefined via #undef or recursively expanded use the := operator 
+# instead of the = operator.
+
+PREDEFINED             = 
+
+# If the MACRO_EXPANSION and EXPAND_ONLY_PREDEF tags are set to YES then 
+# this tag can be used to specify a list of macro names that should be expanded. 
+# The macro definition that is found in the sources will be used. 
+# Use the PREDEFINED tag if you want to use a different macro definition.
+
+EXPAND_AS_DEFINED      = 
+
+# If the SKIP_FUNCTION_MACROS tag is set to YES (the default) then 
+# doxygen's preprocessor will remove all function-like macros that are alone 
+# on a line, have an all uppercase name, and do not end with a semicolon. Such 
+# function macros are typically used for boiler-plate code, and will confuse 
+# the parser if not removed.
+
+SKIP_FUNCTION_MACROS   = YES
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration::additions related to external references   
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# The TAGFILES option can be used to specify one or more tagfiles. 
+# Optionally an initial location of the external documentation 
+# can be added for each tagfile. The format of a tag file without 
+# this location is as follows: 
+#  
+# TAGFILES = file1 file2 ... 
+# Adding location for the tag files is done as follows: 
+#  
+# TAGFILES = file1=loc1 "file2 = loc2" ... 
+# where "loc1" and "loc2" can be relative or absolute paths or 
+# URLs. If a location is present for each tag, the installdox tool 
+# does not have to be run to correct the links. 
+# Note that each tag file must have a unique name 
+# (where the name does NOT include the path) 
+# If a tag file is not located in the directory in which doxygen 
+# is run, you must also specify the path to the tagfile here.
+
+TAGFILES               = 
+
+# When a file name is specified after GENERATE_TAGFILE, doxygen will create 
+# a tag file that is based on the input files it reads.
+
+GENERATE_TAGFILE       = 
+
+# If the ALLEXTERNALS tag is set to YES all external classes will be listed 
+# in the class index. If set to NO only the inherited external classes 
+# will be listed.
+
+ALLEXTERNALS           = NO
+
+# If the EXTERNAL_GROUPS tag is set to YES all external groups will be listed 
+# in the modules index. If set to NO, only the current project's groups will 
+# be listed.
+
+EXTERNAL_GROUPS        = YES
+
+# The PERL_PATH should be the absolute path and name of the perl script 
+# interpreter (i.e. the result of `which perl').
+
+PERL_PATH              = /usr/bin/perl
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration options related to the dot tool   
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the CLASS_DIAGRAMS tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# generate a inheritance diagram (in HTML, RTF and LaTeX) for classes with base 
+# or super classes. Setting the tag to NO turns the diagrams off. Note that 
+# this option is superseded by the HAVE_DOT option below. This is only a 
+# fallback. It is recommended to install and use dot, since it yields more 
+# powerful graphs.
+
+CLASS_DIAGRAMS         = YES
+
+# You can define message sequence charts within doxygen comments using the \msc 
+# command. Doxygen will then run the mscgen tool (see 
+# http://www.mcternan.me.uk/mscgen/) to produce the chart and insert it in the 
+# documentation. The MSCGEN_PATH tag allows you to specify the directory where 
+# the mscgen tool resides. If left empty the tool is assumed to be found in the 
+# default search path.
+
+MSCGEN_PATH            = 
+
+# If set to YES, the inheritance and collaboration graphs will hide 
+# inheritance and usage relations if the target is undocumented 
+# or is not a class.
+
+HIDE_UNDOC_RELATIONS   = YES
+
+# If you set the HAVE_DOT tag to YES then doxygen will assume the dot tool is 
+# available from the path. This tool is part of Graphviz, a graph visualization 
+# toolkit from AT&T and Lucent Bell Labs. The other options in this section 
+# have no effect if this option is set to NO (the default)
+
+HAVE_DOT               = YES
+
+# By default doxygen will write a font called FreeSans.ttf to the output 
+# directory and reference it in all dot files that doxygen generates. This 
+# font does not include all possible unicode characters however, so when you need 
+# these (or just want a differently looking font) you can specify the font name 
+# using DOT_FONTNAME. You need need to make sure dot is able to find the font, 
+# which can be done by putting it in a standard location or by setting the 
+# DOTFONTPATH environment variable or by setting DOT_FONTPATH to the directory 
+# containing the font.
+
+DOT_FONTNAME           = FreeSans
+
+# The DOT_FONTSIZE tag can be used to set the size of the font of dot graphs. 
+# The default size is 10pt.
+
+DOT_FONTSIZE           = 10
+
+# By default doxygen will tell dot to use the output directory to look for the 
+# FreeSans.ttf font (which doxygen will put there itself). If you specify a 
+# different font using DOT_FONTNAME you can set the path where dot 
+# can find it using this tag.
+
+DOT_FONTPATH           = 
+
+# If the CLASS_GRAPH and HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen 
+# will generate a graph for each documented class showing the direct and 
+# indirect inheritance relations. Setting this tag to YES will force the 
+# the CLASS_DIAGRAMS tag to NO.
+
+CLASS_GRAPH            = YES
+
+# If the COLLABORATION_GRAPH and HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen 
+# will generate a graph for each documented class showing the direct and 
+# indirect implementation dependencies (inheritance, containment, and 
+# class references variables) of the class with other documented classes.
+
+COLLABORATION_GRAPH    = YES
+
+# If the GROUP_GRAPHS and HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen 
+# will generate a graph for groups, showing the direct groups dependencies
+
+GROUP_GRAPHS           = YES
+
+# If the UML_LOOK tag is set to YES doxygen will generate inheritance and 
+# collaboration diagrams in a style similar to the OMG's Unified Modeling 
+# Language.
+
+UML_LOOK               = NO
+
+# If set to YES, the inheritance and collaboration graphs will show the 
+# relations between templates and their instances.
+
+TEMPLATE_RELATIONS     = NO
+
+# If the ENABLE_PREPROCESSING, SEARCH_INCLUDES, INCLUDE_GRAPH, and HAVE_DOT 
+# tags are set to YES then doxygen will generate a graph for each documented 
+# file showing the direct and indirect include dependencies of the file with 
+# other documented files.
+
+INCLUDE_GRAPH          = YES
+
+# If the ENABLE_PREPROCESSING, SEARCH_INCLUDES, INCLUDED_BY_GRAPH, and 
+# HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen will generate a graph for each 
+# documented header file showing the documented files that directly or 
+# indirectly include this file.
+
+INCLUDED_BY_GRAPH      = YES
+
+# If the CALL_GRAPH and HAVE_DOT options are set to YES then 
+# doxygen will generate a call dependency graph for every global function 
+# or class method. Note that enabling this option will significantly increase 
+# the time of a run. So in most cases it will be better to enable call graphs 
+# for selected functions only using the \callgraph command.
+
+CALL_GRAPH             = NO
+
+# If the CALLER_GRAPH and HAVE_DOT tags are set to YES then 
+# doxygen will generate a caller dependency graph for every global function 
+# or class method. Note that enabling this option will significantly increase 
+# the time of a run. So in most cases it will be better to enable caller 
+# graphs for selected functions only using the \callergraph command.
+
+CALLER_GRAPH           = NO
+
+# If the GRAPHICAL_HIERARCHY and HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen 
+# will graphical hierarchy of all classes instead of a textual one.
+
+GRAPHICAL_HIERARCHY    = YES
+
+# If the DIRECTORY_GRAPH, SHOW_DIRECTORIES and HAVE_DOT tags are set to YES 
+# then doxygen will show the dependencies a directory has on other directories 
+# in a graphical way. The dependency relations are determined by the #include 
+# relations between the files in the directories.
+
+DIRECTORY_GRAPH        = YES
+
+# The DOT_IMAGE_FORMAT tag can be used to set the image format of the images 
+# generated by dot. Possible values are png, jpg, or gif 
+# If left blank png will be used.
+
+DOT_IMAGE_FORMAT       = png
+
+# The tag DOT_PATH can be used to specify the path where the dot tool can be 
+# found. If left blank, it is assumed the dot tool can be found in the path.
+
+DOT_PATH               = 
+
+# The DOTFILE_DIRS tag can be used to specify one or more directories that 
+# contain dot files that are included in the documentation (see the 
+# \dotfile command).
+
+DOTFILE_DIRS           = 
+
+# The DOT_GRAPH_MAX_NODES tag can be used to set the maximum number of 
+# nodes that will be shown in the graph. If the number of nodes in a graph 
+# becomes larger than this value, doxygen will truncate the graph, which is 
+# visualized by representing a node as a red box. Note that doxygen if the 
+# number of direct children of the root node in a graph is already larger than 
+# DOT_GRAPH_MAX_NODES then the graph will not be shown at all. Also note 
+# that the size of a graph can be further restricted by MAX_DOT_GRAPH_DEPTH.
+
+DOT_GRAPH_MAX_NODES    = 50
+
+# The MAX_DOT_GRAPH_DEPTH tag can be used to set the maximum depth of the 
+# graphs generated by dot. A depth value of 3 means that only nodes reachable 
+# from the root by following a path via at most 3 edges will be shown. Nodes 
+# that lay further from the root node will be omitted. Note that setting this 
+# option to 1 or 2 may greatly reduce the computation time needed for large 
+# code bases. Also note that the size of a graph can be further restricted by 
+# DOT_GRAPH_MAX_NODES. Using a depth of 0 means no depth restriction.
+
+MAX_DOT_GRAPH_DEPTH    = 0
+
+# Set the DOT_TRANSPARENT tag to YES to generate images with a transparent 
+# background. This is disabled by default, because dot on Windows does not 
+# seem to support this out of the box. Warning: Depending on the platform used, 
+# enabling this option may lead to badly anti-aliased labels on the edges of 
+# a graph (i.e. they become hard to read).
+
+DOT_TRANSPARENT        = NO
+
+# Set the DOT_MULTI_TARGETS tag to YES allow dot to generate multiple output 
+# files in one run (i.e. multiple -o and -T options on the command line). This 
+# makes dot run faster, but since only newer versions of dot (>1.8.10) 
+# support this, this feature is disabled by default.
+
+DOT_MULTI_TARGETS      = NO
+
+# If the GENERATE_LEGEND tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# generate a legend page explaining the meaning of the various boxes and 
+# arrows in the dot generated graphs.
+
+GENERATE_LEGEND        = YES
+
+# If the DOT_CLEANUP tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# remove the intermediate dot files that are used to generate 
+# the various graphs.
+
+DOT_CLEANUP            = YES
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Options related to the search engine
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# The SEARCHENGINE tag specifies whether or not a search engine should be 
+# used. If set to NO the values of all tags below this one will be ignored.
+
+SEARCHENGINE           = NO
diff --git a/binaries/src/clustalo/Doxyfile.in b/binaries/src/clustalo/Doxyfile.in
new file mode 100644 (file)
index 0000000..2ae5566
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1510 @@
+# Doxyfile 1.5.8
+
+# This file describes the settings to be used by the documentation system
+# doxygen (www.doxygen.org) for a project
+#
+# All text after a hash (#) is considered a comment and will be ignored
+# The format is:
+#       TAG = value [value, ...]
+# For lists items can also be appended using:
+#       TAG += value [value, ...]
+# Values that contain spaces should be placed between quotes (" ")
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Project related configuration options
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# This tag specifies the encoding used for all characters in the config file 
+# that follow. The default is UTF-8 which is also the encoding used for all 
+# text before the first occurrence of this tag. Doxygen uses libiconv (or the 
+# iconv built into libc) for the transcoding. See 
+# http://www.gnu.org/software/libiconv for the list of possible encodings.
+
+DOXYFILE_ENCODING      = UTF-8
+
+# The PROJECT_NAME tag is a single word (or a sequence of words surrounded 
+# by quotes) that should identify the project.
+
+PROJECT_NAME           = "@PACKAGE_NAME@"
+
+# The PROJECT_NUMBER tag can be used to enter a project or revision number. 
+# This could be handy for archiving the generated documentation or 
+# if some version control system is used.
+
+PROJECT_NUMBER         = @PACKAGE_VERSION@
+
+# The OUTPUT_DIRECTORY tag is used to specify the (relative or absolute) 
+# base path where the generated documentation will be put. 
+# If a relative path is entered, it will be relative to the location 
+# where doxygen was started. If left blank the current directory will be used.
+
+OUTPUT_DIRECTORY       = ./doc/doxygen/
+
+# If the CREATE_SUBDIRS tag is set to YES, then doxygen will create 
+# 4096 sub-directories (in 2 levels) under the output directory of each output 
+# format and will distribute the generated files over these directories. 
+# Enabling this option can be useful when feeding doxygen a huge amount of 
+# source files, where putting all generated files in the same directory would 
+# otherwise cause performance problems for the file system.
+
+CREATE_SUBDIRS         = NO
+
+# The OUTPUT_LANGUAGE tag is used to specify the language in which all 
+# documentation generated by doxygen is written. Doxygen will use this 
+# information to generate all constant output in the proper language. 
+# The default language is English, other supported languages are: 
+# Afrikaans, Arabic, Brazilian, Catalan, Chinese, Chinese-Traditional, 
+# Croatian, Czech, Danish, Dutch, Farsi, Finnish, French, German, Greek, 
+# Hungarian, Italian, Japanese, Japanese-en (Japanese with English messages), 
+# Korean, Korean-en, Lithuanian, Norwegian, Macedonian, Persian, Polish, 
+# Portuguese, Romanian, Russian, Serbian, Serbian-Cyrilic, Slovak, Slovene, 
+# Spanish, Swedish, and Ukrainian.
+
+OUTPUT_LANGUAGE        = English
+
+# If the BRIEF_MEMBER_DESC tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# include brief member descriptions after the members that are listed in 
+# the file and class documentation (similar to JavaDoc). 
+# Set to NO to disable this.
+
+BRIEF_MEMBER_DESC      = YES
+
+# If the REPEAT_BRIEF tag is set to YES (the default) Doxygen will prepend 
+# the brief description of a member or function before the detailed description. 
+# Note: if both HIDE_UNDOC_MEMBERS and BRIEF_MEMBER_DESC are set to NO, the 
+# brief descriptions will be completely suppressed.
+
+REPEAT_BRIEF           = YES
+
+# This tag implements a quasi-intelligent brief description abbreviator 
+# that is used to form the text in various listings. Each string 
+# in this list, if found as the leading text of the brief description, will be 
+# stripped from the text and the result after processing the whole list, is 
+# used as the annotated text. Otherwise, the brief description is used as-is. 
+# If left blank, the following values are used ("$name" is automatically 
+# replaced with the name of the entity): "The $name class" "The $name widget" 
+# "The $name file" "is" "provides" "specifies" "contains" 
+# "represents" "a" "an" "the"
+
+ABBREVIATE_BRIEF       = 
+
+# If the ALWAYS_DETAILED_SEC and REPEAT_BRIEF tags are both set to YES then 
+# Doxygen will generate a detailed section even if there is only a brief 
+# description.
+
+ALWAYS_DETAILED_SEC    = NO
+
+# If the INLINE_INHERITED_MEMB tag is set to YES, doxygen will show all 
+# inherited members of a class in the documentation of that class as if those 
+# members were ordinary class members. Constructors, destructors and assignment 
+# operators of the base classes will not be shown.
+
+INLINE_INHERITED_MEMB  = NO
+
+# If the FULL_PATH_NAMES tag is set to YES then Doxygen will prepend the full 
+# path before files name in the file list and in the header files. If set 
+# to NO the shortest path that makes the file name unique will be used.
+
+FULL_PATH_NAMES        = YES
+
+# If the FULL_PATH_NAMES tag is set to YES then the STRIP_FROM_PATH tag 
+# can be used to strip a user-defined part of the path. Stripping is 
+# only done if one of the specified strings matches the left-hand part of 
+# the path. The tag can be used to show relative paths in the file list. 
+# If left blank the directory from which doxygen is run is used as the 
+# path to strip.
+
+STRIP_FROM_PATH        = 
+
+# The STRIP_FROM_INC_PATH tag can be used to strip a user-defined part of 
+# the path mentioned in the documentation of a class, which tells 
+# the reader which header file to include in order to use a class. 
+# If left blank only the name of the header file containing the class 
+# definition is used. Otherwise one should specify the include paths that 
+# are normally passed to the compiler using the -I flag.
+
+STRIP_FROM_INC_PATH    = 
+
+# If the SHORT_NAMES tag is set to YES, doxygen will generate much shorter 
+# (but less readable) file names. This can be useful is your file systems 
+# doesn't support long names like on DOS, Mac, or CD-ROM.
+
+SHORT_NAMES            = NO
+
+# If the JAVADOC_AUTOBRIEF tag is set to YES then Doxygen 
+# will interpret the first line (until the first dot) of a JavaDoc-style 
+# comment as the brief description. If set to NO, the JavaDoc 
+# comments will behave just like regular Qt-style comments 
+# (thus requiring an explicit @brief command for a brief description.)
+
+JAVADOC_AUTOBRIEF      = NO
+
+# If the QT_AUTOBRIEF tag is set to YES then Doxygen will 
+# interpret the first line (until the first dot) of a Qt-style 
+# comment as the brief description. If set to NO, the comments 
+# will behave just like regular Qt-style comments (thus requiring 
+# an explicit \brief command for a brief description.)
+
+QT_AUTOBRIEF           = NO
+
+# The MULTILINE_CPP_IS_BRIEF tag can be set to YES to make Doxygen 
+# treat a multi-line C++ special comment block (i.e. a block of //! or /// 
+# comments) as a brief description. This used to be the default behaviour. 
+# The new default is to treat a multi-line C++ comment block as a detailed 
+# description. Set this tag to YES if you prefer the old behaviour instead.
+
+MULTILINE_CPP_IS_BRIEF = NO
+
+# If the INHERIT_DOCS tag is set to YES (the default) then an undocumented 
+# member inherits the documentation from any documented member that it 
+# re-implements.
+
+INHERIT_DOCS           = YES
+
+# If the SEPARATE_MEMBER_PAGES tag is set to YES, then doxygen will produce 
+# a new page for each member. If set to NO, the documentation of a member will 
+# be part of the file/class/namespace that contains it.
+
+SEPARATE_MEMBER_PAGES  = NO
+
+# The TAB_SIZE tag can be used to set the number of spaces in a tab. 
+# Doxygen uses this value to replace tabs by spaces in code fragments.
+
+TAB_SIZE               = 4
+
+# This tag can be used to specify a number of aliases that acts 
+# as commands in the documentation. An alias has the form "name=value". 
+# For example adding "sideeffect=\par Side Effects:\n" will allow you to 
+# put the command \sideeffect (or @sideeffect) in the documentation, which 
+# will result in a user-defined paragraph with heading "Side Effects:". 
+# You can put \n's in the value part of an alias to insert newlines.
+
+ALIASES                = 
+
+# Set the OPTIMIZE_OUTPUT_FOR_C tag to YES if your project consists of C 
+# sources only. Doxygen will then generate output that is more tailored for C. 
+# For instance, some of the names that are used will be different. The list 
+# of all members will be omitted, etc.
+
+OPTIMIZE_OUTPUT_FOR_C  = YES
+
+# Set the OPTIMIZE_OUTPUT_JAVA tag to YES if your project consists of Java 
+# sources only. Doxygen will then generate output that is more tailored for 
+# Java. For instance, namespaces will be presented as packages, qualified 
+# scopes will look different, etc.
+
+OPTIMIZE_OUTPUT_JAVA   = NO
+
+# Set the OPTIMIZE_FOR_FORTRAN tag to YES if your project consists of Fortran 
+# sources only. Doxygen will then generate output that is more tailored for 
+# Fortran.
+
+OPTIMIZE_FOR_FORTRAN   = NO
+
+# Set the OPTIMIZE_OUTPUT_VHDL tag to YES if your project consists of VHDL 
+# sources. Doxygen will then generate output that is tailored for 
+# VHDL.
+
+OPTIMIZE_OUTPUT_VHDL   = NO
+
+# Doxygen selects the parser to use depending on the extension of the files it parses. 
+# With this tag you can assign which parser to use for a given extension. 
+# Doxygen has a built-in mapping, but you can override or extend it using this tag. 
+# The format is ext=language, where ext is a file extension, and language is one of 
+# the parsers supported by doxygen: IDL, Java, Javascript, C#, C, C++, D, PHP, 
+# Objective-C, Python, Fortran, VHDL, C, C++. For instance to make doxygen treat 
+# .inc files as Fortran files (default is PHP), and .f files as C (default is Fortran), 
+# use: inc=Fortran f=C
+
+EXTENSION_MAPPING      = 
+
+# If you use STL classes (i.e. std::string, std::vector, etc.) but do not want 
+# to include (a tag file for) the STL sources as input, then you should 
+# set this tag to YES in order to let doxygen match functions declarations and 
+# definitions whose arguments contain STL classes (e.g. func(std::string); v.s. 
+# func(std::string) {}). This also make the inheritance and collaboration 
+# diagrams that involve STL classes more complete and accurate.
+
+BUILTIN_STL_SUPPORT    = NO
+
+# If you use Microsoft's C++/CLI language, you should set this option to YES to 
+# enable parsing support.
+
+CPP_CLI_SUPPORT        = NO
+
+# Set the SIP_SUPPORT tag to YES if your project consists of sip sources only. 
+# Doxygen will parse them like normal C++ but will assume all classes use public 
+# instead of private inheritance when no explicit protection keyword is present.
+
+SIP_SUPPORT            = NO
+
+# For Microsoft's IDL there are propget and propput attributes to indicate getter 
+# and setter methods for a property. Setting this option to YES (the default) 
+# will make doxygen to replace the get and set methods by a property in the 
+# documentation. This will only work if the methods are indeed getting or 
+# setting a simple type. If this is not the case, or you want to show the 
+# methods anyway, you should set this option to NO.
+
+IDL_PROPERTY_SUPPORT   = YES
+
+# If member grouping is used in the documentation and the DISTRIBUTE_GROUP_DOC 
+# tag is set to YES, then doxygen will reuse the documentation of the first 
+# member in the group (if any) for the other members of the group. By default 
+# all members of a group must be documented explicitly.
+
+DISTRIBUTE_GROUP_DOC   = NO
+
+# Set the SUBGROUPING tag to YES (the default) to allow class member groups of 
+# the same type (for instance a group of public functions) to be put as a 
+# subgroup of that type (e.g. under the Public Functions section). Set it to 
+# NO to prevent subgrouping. Alternatively, this can be done per class using 
+# the \nosubgrouping command.
+
+SUBGROUPING            = YES
+
+# When TYPEDEF_HIDES_STRUCT is enabled, a typedef of a struct, union, or enum 
+# is documented as struct, union, or enum with the name of the typedef. So 
+# typedef struct TypeS {} TypeT, will appear in the documentation as a struct 
+# with name TypeT. When disabled the typedef will appear as a member of a file, 
+# namespace, or class. And the struct will be named TypeS. This can typically 
+# be useful for C code in case the coding convention dictates that all compound 
+# types are typedef'ed and only the typedef is referenced, never the tag name.
+
+TYPEDEF_HIDES_STRUCT   = NO
+
+# The SYMBOL_CACHE_SIZE determines the size of the internal cache use to 
+# determine which symbols to keep in memory and which to flush to disk. 
+# When the cache is full, less often used symbols will be written to disk. 
+# For small to medium size projects (<1000 input files) the default value is 
+# probably good enough. For larger projects a too small cache size can cause 
+# doxygen to be busy swapping symbols to and from disk most of the time 
+# causing a significant performance penality. 
+# If the system has enough physical memory increasing the cache will improve the 
+# performance by keeping more symbols in memory. Note that the value works on 
+# a logarithmic scale so increasing the size by one will rougly double the 
+# memory usage. The cache size is given by this formula: 
+# 2^(16+SYMBOL_CACHE_SIZE). The valid range is 0..9, the default is 0, 
+# corresponding to a cache size of 2^16 = 65536 symbols
+
+SYMBOL_CACHE_SIZE      = 0
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Build related configuration options
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the EXTRACT_ALL tag is set to YES doxygen will assume all entities in 
+# documentation are documented, even if no documentation was available. 
+# Private class members and static file members will be hidden unless 
+# the EXTRACT_PRIVATE and EXTRACT_STATIC tags are set to YES
+
+EXTRACT_ALL            = YES
+
+# If the EXTRACT_PRIVATE tag is set to YES all private members of a class 
+# will be included in the documentation.
+
+EXTRACT_PRIVATE        = NO
+
+# If the EXTRACT_STATIC tag is set to YES all static members of a file 
+# will be included in the documentation.
+
+EXTRACT_STATIC         = NO
+
+# If the EXTRACT_LOCAL_CLASSES tag is set to YES classes (and structs) 
+# defined locally in source files will be included in the documentation. 
+# If set to NO only classes defined in header files are included.
+
+EXTRACT_LOCAL_CLASSES  = YES
+
+# This flag is only useful for Objective-C code. When set to YES local 
+# methods, which are defined in the implementation section but not in 
+# the interface are included in the documentation. 
+# If set to NO (the default) only methods in the interface are included.
+
+EXTRACT_LOCAL_METHODS  = NO
+
+# If this flag is set to YES, the members of anonymous namespaces will be 
+# extracted and appear in the documentation as a namespace called 
+# 'anonymous_namespace{file}', where file will be replaced with the base 
+# name of the file that contains the anonymous namespace. By default 
+# anonymous namespace are hidden.
+
+EXTRACT_ANON_NSPACES   = NO
+
+# If the HIDE_UNDOC_MEMBERS tag is set to YES, Doxygen will hide all 
+# undocumented members of documented classes, files or namespaces. 
+# If set to NO (the default) these members will be included in the 
+# various overviews, but no documentation section is generated. 
+# This option has no effect if EXTRACT_ALL is enabled.
+
+HIDE_UNDOC_MEMBERS     = NO
+
+# If the HIDE_UNDOC_CLASSES tag is set to YES, Doxygen will hide all 
+# undocumented classes that are normally visible in the class hierarchy. 
+# If set to NO (the default) these classes will be included in the various 
+# overviews. This option has no effect if EXTRACT_ALL is enabled.
+
+HIDE_UNDOC_CLASSES     = NO
+
+# If the HIDE_FRIEND_COMPOUNDS tag is set to YES, Doxygen will hide all 
+# friend (class|struct|union) declarations. 
+# If set to NO (the default) these declarations will be included in the 
+# documentation.
+
+HIDE_FRIEND_COMPOUNDS  = NO
+
+# If the HIDE_IN_BODY_DOCS tag is set to YES, Doxygen will hide any 
+# documentation blocks found inside the body of a function. 
+# If set to NO (the default) these blocks will be appended to the 
+# function's detailed documentation block.
+
+HIDE_IN_BODY_DOCS      = NO
+
+# The INTERNAL_DOCS tag determines if documentation 
+# that is typed after a \internal command is included. If the tag is set 
+# to NO (the default) then the documentation will be excluded. 
+# Set it to YES to include the internal documentation.
+
+INTERNAL_DOCS          = NO
+
+# If the CASE_SENSE_NAMES tag is set to NO then Doxygen will only generate 
+# file names in lower-case letters. If set to YES upper-case letters are also 
+# allowed. This is useful if you have classes or files whose names only differ 
+# in case and if your file system supports case sensitive file names. Windows 
+# and Mac users are advised to set this option to NO.
+
+CASE_SENSE_NAMES       = YES
+
+# If the HIDE_SCOPE_NAMES tag is set to NO (the default) then Doxygen 
+# will show members with their full class and namespace scopes in the 
+# documentation. If set to YES the scope will be hidden.
+
+HIDE_SCOPE_NAMES       = NO
+
+# If the SHOW_INCLUDE_FILES tag is set to YES (the default) then Doxygen 
+# will put a list of the files that are included by a file in the documentation 
+# of that file.
+
+SHOW_INCLUDE_FILES     = YES
+
+# If the INLINE_INFO tag is set to YES (the default) then a tag [inline] 
+# is inserted in the documentation for inline members.
+
+INLINE_INFO            = YES
+
+# If the SORT_MEMBER_DOCS tag is set to YES (the default) then doxygen 
+# will sort the (detailed) documentation of file and class members 
+# alphabetically by member name. If set to NO the members will appear in 
+# declaration order.
+
+SORT_MEMBER_DOCS       = YES
+
+# If the SORT_BRIEF_DOCS tag is set to YES then doxygen will sort the 
+# brief documentation of file, namespace and class members alphabetically 
+# by member name. If set to NO (the default) the members will appear in 
+# declaration order.
+
+SORT_BRIEF_DOCS        = NO
+
+# If the SORT_GROUP_NAMES tag is set to YES then doxygen will sort the 
+# hierarchy of group names into alphabetical order. If set to NO (the default) 
+# the group names will appear in their defined order.
+
+SORT_GROUP_NAMES       = NO
+
+# If the SORT_BY_SCOPE_NAME tag is set to YES, the class list will be 
+# sorted by fully-qualified names, including namespaces. If set to 
+# NO (the default), the class list will be sorted only by class name, 
+# not including the namespace part. 
+# Note: This option is not very useful if HIDE_SCOPE_NAMES is set to YES. 
+# Note: This option applies only to the class list, not to the 
+# alphabetical list.
+
+SORT_BY_SCOPE_NAME     = NO
+
+# The GENERATE_TODOLIST tag can be used to enable (YES) or 
+# disable (NO) the todo list. This list is created by putting \todo 
+# commands in the documentation.
+
+GENERATE_TODOLIST      = YES
+
+# The GENERATE_TESTLIST tag can be used to enable (YES) or 
+# disable (NO) the test list. This list is created by putting \test 
+# commands in the documentation.
+
+GENERATE_TESTLIST      = YES
+
+# The GENERATE_BUGLIST tag can be used to enable (YES) or 
+# disable (NO) the bug list. This list is created by putting \bug 
+# commands in the documentation.
+
+GENERATE_BUGLIST       = YES
+
+# The GENERATE_DEPRECATEDLIST tag can be used to enable (YES) or 
+# disable (NO) the deprecated list. This list is created by putting 
+# \deprecated commands in the documentation.
+
+GENERATE_DEPRECATEDLIST= YES
+
+# The ENABLED_SECTIONS tag can be used to enable conditional 
+# documentation sections, marked by \if sectionname ... \endif.
+
+ENABLED_SECTIONS       = 
+
+# The MAX_INITIALIZER_LINES tag determines the maximum number of lines 
+# the initial value of a variable or define consists of for it to appear in 
+# the documentation. If the initializer consists of more lines than specified 
+# here it will be hidden. Use a value of 0 to hide initializers completely. 
+# The appearance of the initializer of individual variables and defines in the 
+# documentation can be controlled using \showinitializer or \hideinitializer 
+# command in the documentation regardless of this setting.
+
+MAX_INITIALIZER_LINES  = 30
+
+# Set the SHOW_USED_FILES tag to NO to disable the list of files generated 
+# at the bottom of the documentation of classes and structs. If set to YES the 
+# list will mention the files that were used to generate the documentation.
+
+SHOW_USED_FILES        = YES
+
+# If the sources in your project are distributed over multiple directories 
+# then setting the SHOW_DIRECTORIES tag to YES will show the directory hierarchy 
+# in the documentation. The default is NO.
+
+SHOW_DIRECTORIES       = NO
+
+# Set the SHOW_FILES tag to NO to disable the generation of the Files page. 
+# This will remove the Files entry from the Quick Index and from the 
+# Folder Tree View (if specified). The default is YES.
+
+SHOW_FILES             = YES
+
+# Set the SHOW_NAMESPACES tag to NO to disable the generation of the 
+# Namespaces page. 
+# This will remove the Namespaces entry from the Quick Index 
+# and from the Folder Tree View (if specified). The default is YES.
+
+SHOW_NAMESPACES        = YES
+
+# The FILE_VERSION_FILTER tag can be used to specify a program or script that 
+# doxygen should invoke to get the current version for each file (typically from 
+# the version control system). Doxygen will invoke the program by executing (via 
+# popen()) the command <command> <input-file>, where <command> is the value of 
+# the FILE_VERSION_FILTER tag, and <input-file> is the name of an input file 
+# provided by doxygen. Whatever the program writes to standard output 
+# is used as the file version. See the manual for examples.
+
+FILE_VERSION_FILTER    = 
+
+# The LAYOUT_FILE tag can be used to specify a layout file which will be parsed by 
+# doxygen. The layout file controls the global structure of the generated output files 
+# in an output format independent way. The create the layout file that represents 
+# doxygen's defaults, run doxygen with the -l option. You can optionally specify a 
+# file name after the option, if omitted DoxygenLayout.xml will be used as the name 
+# of the layout file.
+
+LAYOUT_FILE            = 
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to warning and progress messages
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# The QUIET tag can be used to turn on/off the messages that are generated 
+# by doxygen. Possible values are YES and NO. If left blank NO is used.
+
+QUIET                  = YES
+
+# The WARNINGS tag can be used to turn on/off the warning messages that are 
+# generated by doxygen. Possible values are YES and NO. If left blank 
+# NO is used.
+
+WARNINGS               = YES
+
+# If WARN_IF_UNDOCUMENTED is set to YES, then doxygen will generate warnings 
+# for undocumented members. If EXTRACT_ALL is set to YES then this flag will 
+# automatically be disabled.
+
+WARN_IF_UNDOCUMENTED   = YES
+
+# If WARN_IF_DOC_ERROR is set to YES, doxygen will generate warnings for 
+# potential errors in the documentation, such as not documenting some 
+# parameters in a documented function, or documenting parameters that 
+# don't exist or using markup commands wrongly.
+
+WARN_IF_DOC_ERROR      = YES
+
+# This WARN_NO_PARAMDOC option can be abled to get warnings for 
+# functions that are documented, but have no documentation for their parameters 
+# or return value. If set to NO (the default) doxygen will only warn about 
+# wrong or incomplete parameter documentation, but not about the absence of 
+# documentation.
+
+WARN_NO_PARAMDOC       = YES
+
+# The WARN_FORMAT tag determines the format of the warning messages that 
+# doxygen can produce. The string should contain the $file, $line, and $text 
+# tags, which will be replaced by the file and line number from which the 
+# warning originated and the warning text. Optionally the format may contain 
+# $version, which will be replaced by the version of the file (if it could 
+# be obtained via FILE_VERSION_FILTER)
+
+WARN_FORMAT            = "$file:$line: $text"
+
+# The WARN_LOGFILE tag can be used to specify a file to which warning 
+# and error messages should be written. If left blank the output is written 
+# to stderr.
+
+WARN_LOGFILE           = 
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the input files
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# The INPUT tag can be used to specify the files and/or directories that contain 
+# documented source files. You may enter file names like "myfile.cpp" or 
+# directories like "/usr/src/myproject". Separate the files or directories 
+# with spaces.
+
+INPUT                  = ./src/clustal ./src/clustal-omega.h ./src/clustal-omega.c
+
+# This tag can be used to specify the character encoding of the source files 
+# that doxygen parses. Internally doxygen uses the UTF-8 encoding, which is 
+# also the default input encoding. Doxygen uses libiconv (or the iconv built 
+# into libc) for the transcoding. See http://www.gnu.org/software/libiconv for 
+# the list of possible encodings.
+
+INPUT_ENCODING         = UTF-8
+
+# If the value of the INPUT tag contains directories, you can use the 
+# FILE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard pattern (like *.cpp 
+# and *.h) to filter out the source-files in the directories. If left 
+# blank the following patterns are tested: 
+# *.c *.cc *.cxx *.cpp *.c++ *.java *.ii *.ixx *.ipp *.i++ *.inl *.h *.hh *.hxx 
+# *.hpp *.h++ *.idl *.odl *.cs *.php *.php3 *.inc *.m *.mm *.py *.f90
+
+FILE_PATTERNS          = *.h *.c
+
+# The RECURSIVE tag can be used to turn specify whether or not subdirectories 
+# should be searched for input files as well. Possible values are YES and NO. 
+# If left blank NO is used.
+
+RECURSIVE              = NO
+
+# The EXCLUDE tag can be used to specify files and/or directories that should 
+# excluded from the INPUT source files. This way you can easily exclude a 
+# subdirectory from a directory tree whose root is specified with the INPUT tag.
+
+EXCLUDE                = ./src/config.h
+
+# The EXCLUDE_SYMLINKS tag can be used select whether or not files or 
+# directories that are symbolic links (a Unix filesystem feature) are excluded 
+# from the input.
+
+EXCLUDE_SYMLINKS       = NO
+
+# If the value of the INPUT tag contains directories, you can use the 
+# EXCLUDE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard patterns to exclude 
+# certain files from those directories. Note that the wildcards are matched 
+# against the file with absolute path, so to exclude all test directories 
+# for example use the pattern */test/*
+
+EXCLUDE_PATTERNS       = 
+
+# The EXCLUDE_SYMBOLS tag can be used to specify one or more symbol names 
+# (namespaces, classes, functions, etc.) that should be excluded from the 
+# output. The symbol name can be a fully qualified name, a word, or if the 
+# wildcard * is used, a substring. Examples: ANamespace, AClass, 
+# AClass::ANamespace, ANamespace::*Test
+
+EXCLUDE_SYMBOLS        = 
+
+# The EXAMPLE_PATH tag can be used to specify one or more files or 
+# directories that contain example code fragments that are included (see 
+# the \include command).
+
+EXAMPLE_PATH           = ./src/
+
+# If the value of the EXAMPLE_PATH tag contains directories, you can use the 
+# EXAMPLE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard pattern (like *.cpp 
+# and *.h) to filter out the source-files in the directories. If left 
+# blank all files are included.
+
+EXAMPLE_PATTERNS       = 
+
+# If the EXAMPLE_RECURSIVE tag is set to YES then subdirectories will be 
+# searched for input files to be used with the \include or \dontinclude 
+# commands irrespective of the value of the RECURSIVE tag. 
+# Possible values are YES and NO. If left blank NO is used.
+
+EXAMPLE_RECURSIVE      = NO
+
+# The IMAGE_PATH tag can be used to specify one or more files or 
+# directories that contain image that are included in the documentation (see 
+# the \image command).
+
+IMAGE_PATH             = 
+
+# The INPUT_FILTER tag can be used to specify a program that doxygen should 
+# invoke to filter for each input file. Doxygen will invoke the filter program 
+# by executing (via popen()) the command <filter> <input-file>, where <filter> 
+# is the value of the INPUT_FILTER tag, and <input-file> is the name of an 
+# input file. Doxygen will then use the output that the filter program writes 
+# to standard output. 
+# If FILTER_PATTERNS is specified, this tag will be 
+# ignored.
+
+INPUT_FILTER           = 
+
+# The FILTER_PATTERNS tag can be used to specify filters on a per file pattern 
+# basis. 
+# Doxygen will compare the file name with each pattern and apply the 
+# filter if there is a match. 
+# The filters are a list of the form: 
+# pattern=filter (like *.cpp=my_cpp_filter). See INPUT_FILTER for further 
+# info on how filters are used. If FILTER_PATTERNS is empty, INPUT_FILTER 
+# is applied to all files.
+
+FILTER_PATTERNS        = 
+
+# If the FILTER_SOURCE_FILES tag is set to YES, the input filter (if set using 
+# INPUT_FILTER) will be used to filter the input files when producing source 
+# files to browse (i.e. when SOURCE_BROWSER is set to YES).
+
+FILTER_SOURCE_FILES    = NO
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to source browsing
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the SOURCE_BROWSER tag is set to YES then a list of source files will 
+# be generated. Documented entities will be cross-referenced with these sources. 
+# Note: To get rid of all source code in the generated output, make sure also 
+# VERBATIM_HEADERS is set to NO.
+
+SOURCE_BROWSER         = NO
+
+# Setting the INLINE_SOURCES tag to YES will include the body 
+# of functions and classes directly in the documentation.
+
+INLINE_SOURCES         = NO
+
+# Setting the STRIP_CODE_COMMENTS tag to YES (the default) will instruct 
+# doxygen to hide any special comment blocks from generated source code 
+# fragments. Normal C and C++ comments will always remain visible.
+
+STRIP_CODE_COMMENTS    = YES
+
+# If the REFERENCED_BY_RELATION tag is set to YES 
+# then for each documented function all documented 
+# functions referencing it will be listed.
+
+REFERENCED_BY_RELATION = NO
+
+# If the REFERENCES_RELATION tag is set to YES 
+# then for each documented function all documented entities 
+# called/used by that function will be listed.
+
+REFERENCES_RELATION    = NO
+
+# If the REFERENCES_LINK_SOURCE tag is set to YES (the default) 
+# and SOURCE_BROWSER tag is set to YES, then the hyperlinks from 
+# functions in REFERENCES_RELATION and REFERENCED_BY_RELATION lists will 
+# link to the source code. 
+# Otherwise they will link to the documentation.
+
+REFERENCES_LINK_SOURCE = YES
+
+# If the USE_HTAGS tag is set to YES then the references to source code 
+# will point to the HTML generated by the htags(1) tool instead of doxygen 
+# built-in source browser. The htags tool is part of GNU's global source 
+# tagging system (see http://www.gnu.org/software/global/global.html). You 
+# will need version 4.8.6 or higher.
+
+USE_HTAGS              = NO
+
+# If the VERBATIM_HEADERS tag is set to YES (the default) then Doxygen 
+# will generate a verbatim copy of the header file for each class for 
+# which an include is specified. Set to NO to disable this.
+
+VERBATIM_HEADERS       = YES
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the alphabetical class index
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the ALPHABETICAL_INDEX tag is set to YES, an alphabetical index 
+# of all compounds will be generated. Enable this if the project 
+# contains a lot of classes, structs, unions or interfaces.
+
+ALPHABETICAL_INDEX     = NO
+
+# If the alphabetical index is enabled (see ALPHABETICAL_INDEX) then 
+# the COLS_IN_ALPHA_INDEX tag can be used to specify the number of columns 
+# in which this list will be split (can be a number in the range [1..20])
+
+COLS_IN_ALPHA_INDEX    = 5
+
+# In case all classes in a project start with a common prefix, all 
+# classes will be put under the same header in the alphabetical index. 
+# The IGNORE_PREFIX tag can be used to specify one or more prefixes that 
+# should be ignored while generating the index headers.
+
+IGNORE_PREFIX          = 
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the HTML output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_HTML tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# generate HTML output.
+
+GENERATE_HTML          = YES
+
+# The HTML_OUTPUT tag is used to specify where the HTML docs will be put. 
+# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be 
+# put in front of it. If left blank `html' will be used as the default path.
+
+HTML_OUTPUT            = html
+
+# The HTML_FILE_EXTENSION tag can be used to specify the file extension for 
+# each generated HTML page (for example: .htm,.php,.asp). If it is left blank 
+# doxygen will generate files with .html extension.
+
+HTML_FILE_EXTENSION    = .html
+
+# The HTML_HEADER tag can be used to specify a personal HTML header for 
+# each generated HTML page. If it is left blank doxygen will generate a 
+# standard header.
+
+HTML_HEADER            = 
+
+# The HTML_FOOTER tag can be used to specify a personal HTML footer for 
+# each generated HTML page. If it is left blank doxygen will generate a 
+# standard footer.
+
+HTML_FOOTER            = 
+
+# The HTML_STYLESHEET tag can be used to specify a user-defined cascading 
+# style sheet that is used by each HTML page. It can be used to 
+# fine-tune the look of the HTML output. If the tag is left blank doxygen 
+# will generate a default style sheet. Note that doxygen will try to copy 
+# the style sheet file to the HTML output directory, so don't put your own 
+# stylesheet in the HTML output directory as well, or it will be erased!
+
+HTML_STYLESHEET        = 
+
+# If the HTML_ALIGN_MEMBERS tag is set to YES, the members of classes, 
+# files or namespaces will be aligned in HTML using tables. If set to 
+# NO a bullet list will be used.
+
+HTML_ALIGN_MEMBERS     = YES
+
+# If the HTML_DYNAMIC_SECTIONS tag is set to YES then the generated HTML 
+# documentation will contain sections that can be hidden and shown after the 
+# page has loaded. For this to work a browser that supports 
+# JavaScript and DHTML is required (for instance Mozilla 1.0+, Firefox 
+# Netscape 6.0+, Internet explorer 5.0+, Konqueror, or Safari).
+
+HTML_DYNAMIC_SECTIONS  = NO
+
+# If the GENERATE_DOCSET tag is set to YES, additional index files 
+# will be generated that can be used as input for Apple's Xcode 3 
+# integrated development environment, introduced with OSX 10.5 (Leopard). 
+# To create a documentation set, doxygen will generate a Makefile in the 
+# HTML output directory. Running make will produce the docset in that 
+# directory and running "make install" will install the docset in 
+# ~/Library/Developer/Shared/Documentation/DocSets so that Xcode will find 
+# it at startup. 
+# See http://developer.apple.com/tools/creatingdocsetswithdoxygen.html for more information.
+
+GENERATE_DOCSET        = NO
+
+# When GENERATE_DOCSET tag is set to YES, this tag determines the name of the 
+# feed. A documentation feed provides an umbrella under which multiple 
+# documentation sets from a single provider (such as a company or product suite) 
+# can be grouped.
+
+DOCSET_FEEDNAME        = "Doxygen generated docs"
+
+# When GENERATE_DOCSET tag is set to YES, this tag specifies a string that 
+# should uniquely identify the documentation set bundle. This should be a 
+# reverse domain-name style string, e.g. com.mycompany.MyDocSet. Doxygen 
+# will append .docset to the name.
+
+DOCSET_BUNDLE_ID       = org.doxygen.Project
+
+# If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES, additional index files 
+# will be generated that can be used as input for tools like the 
+# Microsoft HTML help workshop to generate a compiled HTML help file (.chm) 
+# of the generated HTML documentation.
+
+GENERATE_HTMLHELP      = NO
+
+# If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES, the CHM_FILE tag can 
+# be used to specify the file name of the resulting .chm file. You 
+# can add a path in front of the file if the result should not be 
+# written to the html output directory.
+
+CHM_FILE               = 
+
+# If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES, the HHC_LOCATION tag can 
+# be used to specify the location (absolute path including file name) of 
+# the HTML help compiler (hhc.exe). If non-empty doxygen will try to run 
+# the HTML help compiler on the generated index.hhp.
+
+HHC_LOCATION           = 
+
+# If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES, the GENERATE_CHI flag 
+# controls if a separate .chi index file is generated (YES) or that 
+# it should be included in the master .chm file (NO).
+
+GENERATE_CHI           = NO
+
+# If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES, the CHM_INDEX_ENCODING 
+# is used to encode HtmlHelp index (hhk), content (hhc) and project file 
+# content.
+
+CHM_INDEX_ENCODING     = 
+
+# If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES, the BINARY_TOC flag 
+# controls whether a binary table of contents is generated (YES) or a 
+# normal table of contents (NO) in the .chm file.
+
+BINARY_TOC             = NO
+
+# The TOC_EXPAND flag can be set to YES to add extra items for group members 
+# to the contents of the HTML help documentation and to the tree view.
+
+TOC_EXPAND             = NO
+
+# If the GENERATE_QHP tag is set to YES and both QHP_NAMESPACE and QHP_VIRTUAL_FOLDER 
+# are set, an additional index file will be generated that can be used as input for 
+# Qt's qhelpgenerator to generate a Qt Compressed Help (.qch) of the generated 
+# HTML documentation.
+
+GENERATE_QHP           = NO
+
+# If the QHG_LOCATION tag is specified, the QCH_FILE tag can 
+# be used to specify the file name of the resulting .qch file. 
+# The path specified is relative to the HTML output folder.
+
+QCH_FILE               = 
+
+# The QHP_NAMESPACE tag specifies the namespace to use when generating 
+# Qt Help Project output. For more information please see 
+# http://doc.trolltech.com/qthelpproject.html#namespace
+
+QHP_NAMESPACE          = 
+
+# The QHP_VIRTUAL_FOLDER tag specifies the namespace to use when generating 
+# Qt Help Project output. For more information please see 
+# http://doc.trolltech.com/qthelpproject.html#virtual-folders
+
+QHP_VIRTUAL_FOLDER     = doc
+
+# If QHP_CUST_FILTER_NAME is set, it specifies the name of a custom filter to add. 
+# For more information please see 
+# http://doc.trolltech.com/qthelpproject.html#custom-filters
+
+QHP_CUST_FILTER_NAME   = 
+
+# The QHP_CUST_FILT_ATTRS tag specifies the list of the attributes of the custom filter to add.For more information please see 
+# <a href="http://doc.trolltech.com/qthelpproject.html#custom-filters">Qt Help Project / Custom Filters</a>.
+
+QHP_CUST_FILTER_ATTRS  = 
+
+# The QHP_SECT_FILTER_ATTRS tag specifies the list of the attributes this project's 
+# filter section matches. 
+# <a href="http://doc.trolltech.com/qthelpproject.html#filter-attributes">Qt Help Project / Filter Attributes</a>.
+
+QHP_SECT_FILTER_ATTRS  = 
+
+# If the GENERATE_QHP tag is set to YES, the QHG_LOCATION tag can 
+# be used to specify the location of Qt's qhelpgenerator. 
+# If non-empty doxygen will try to run qhelpgenerator on the generated 
+# .qhp file.
+
+QHG_LOCATION           = 
+
+# The DISABLE_INDEX tag can be used to turn on/off the condensed index at 
+# top of each HTML page. The value NO (the default) enables the index and 
+# the value YES disables it.
+
+DISABLE_INDEX          = NO
+
+# This tag can be used to set the number of enum values (range [1..20]) 
+# that doxygen will group on one line in the generated HTML documentation.
+
+ENUM_VALUES_PER_LINE   = 4
+
+# The GENERATE_TREEVIEW tag is used to specify whether a tree-like index 
+# structure should be generated to display hierarchical information. 
+# If the tag value is set to FRAME, a side panel will be generated 
+# containing a tree-like index structure (just like the one that 
+# is generated for HTML Help). For this to work a browser that supports 
+# JavaScript, DHTML, CSS and frames is required (for instance Mozilla 1.0+, 
+# Netscape 6.0+, Internet explorer 5.0+, or Konqueror). Windows users are 
+# probably better off using the HTML help feature. Other possible values 
+# for this tag are: HIERARCHIES, which will generate the Groups, Directories, 
+# and Class Hierarchy pages using a tree view instead of an ordered list; 
+# ALL, which combines the behavior of FRAME and HIERARCHIES; and NONE, which 
+# disables this behavior completely. For backwards compatibility with previous 
+# releases of Doxygen, the values YES and NO are equivalent to FRAME and NONE 
+# respectively.
+
+GENERATE_TREEVIEW      = NONE
+
+# If the treeview is enabled (see GENERATE_TREEVIEW) then this tag can be 
+# used to set the initial width (in pixels) of the frame in which the tree 
+# is shown.
+
+TREEVIEW_WIDTH         = 250
+
+# Use this tag to change the font size of Latex formulas included 
+# as images in the HTML documentation. The default is 10. Note that 
+# when you change the font size after a successful doxygen run you need 
+# to manually remove any form_*.png images from the HTML output directory 
+# to force them to be regenerated.
+
+FORMULA_FONTSIZE       = 10
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the LaTeX output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_LATEX tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# generate Latex output.
+
+GENERATE_LATEX         = YES
+
+# The LATEX_OUTPUT tag is used to specify where the LaTeX docs will be put. 
+# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be 
+# put in front of it. If left blank `latex' will be used as the default path.
+
+LATEX_OUTPUT           = latex
+
+# The LATEX_CMD_NAME tag can be used to specify the LaTeX command name to be 
+# invoked. If left blank `latex' will be used as the default command name.
+
+LATEX_CMD_NAME         = latex
+
+# The MAKEINDEX_CMD_NAME tag can be used to specify the command name to 
+# generate index for LaTeX. If left blank `makeindex' will be used as the 
+# default command name.
+
+MAKEINDEX_CMD_NAME     = makeindex
+
+# If the COMPACT_LATEX tag is set to YES Doxygen generates more compact 
+# LaTeX documents. This may be useful for small projects and may help to 
+# save some trees in general.
+
+COMPACT_LATEX          = NO
+
+# The PAPER_TYPE tag can be used to set the paper type that is used 
+# by the printer. Possible values are: a4, a4wide, letter, legal and 
+# executive. If left blank a4wide will be used.
+
+PAPER_TYPE             = a4wide
+
+# The EXTRA_PACKAGES tag can be to specify one or more names of LaTeX 
+# packages that should be included in the LaTeX output.
+
+EXTRA_PACKAGES         = 
+
+# The LATEX_HEADER tag can be used to specify a personal LaTeX header for 
+# the generated latex document. The header should contain everything until 
+# the first chapter. If it is left blank doxygen will generate a 
+# standard header. Notice: only use this tag if you know what you are doing!
+
+LATEX_HEADER           = 
+
+# If the PDF_HYPERLINKS tag is set to YES, the LaTeX that is generated 
+# is prepared for conversion to pdf (using ps2pdf). The pdf file will 
+# contain links (just like the HTML output) instead of page references 
+# This makes the output suitable for online browsing using a pdf viewer.
+
+PDF_HYPERLINKS         = YES
+
+# If the USE_PDFLATEX tag is set to YES, pdflatex will be used instead of 
+# plain latex in the generated Makefile. Set this option to YES to get a 
+# higher quality PDF documentation.
+
+USE_PDFLATEX           = YES
+
+# If the LATEX_BATCHMODE tag is set to YES, doxygen will add the \\batchmode. 
+# command to the generated LaTeX files. This will instruct LaTeX to keep 
+# running if errors occur, instead of asking the user for help. 
+# This option is also used when generating formulas in HTML.
+
+LATEX_BATCHMODE        = NO
+
+# If LATEX_HIDE_INDICES is set to YES then doxygen will not 
+# include the index chapters (such as File Index, Compound Index, etc.) 
+# in the output.
+
+LATEX_HIDE_INDICES     = NO
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the RTF output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_RTF tag is set to YES Doxygen will generate RTF output 
+# The RTF output is optimized for Word 97 and may not look very pretty with 
+# other RTF readers or editors.
+
+GENERATE_RTF           = NO
+
+# The RTF_OUTPUT tag is used to specify where the RTF docs will be put. 
+# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be 
+# put in front of it. If left blank `rtf' will be used as the default path.
+
+RTF_OUTPUT             = rtf
+
+# If the COMPACT_RTF tag is set to YES Doxygen generates more compact 
+# RTF documents. This may be useful for small projects and may help to 
+# save some trees in general.
+
+COMPACT_RTF            = NO
+
+# If the RTF_HYPERLINKS tag is set to YES, the RTF that is generated 
+# will contain hyperlink fields. The RTF file will 
+# contain links (just like the HTML output) instead of page references. 
+# This makes the output suitable for online browsing using WORD or other 
+# programs which support those fields. 
+# Note: wordpad (write) and others do not support links.
+
+RTF_HYPERLINKS         = NO
+
+# Load stylesheet definitions from file. Syntax is similar to doxygen's 
+# config file, i.e. a series of assignments. You only have to provide 
+# replacements, missing definitions are set to their default value.
+
+RTF_STYLESHEET_FILE    = 
+
+# Set optional variables used in the generation of an rtf document. 
+# Syntax is similar to doxygen's config file.
+
+RTF_EXTENSIONS_FILE    = 
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the man page output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_MAN tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# generate man pages
+
+GENERATE_MAN           = NO
+
+# The MAN_OUTPUT tag is used to specify where the man pages will be put. 
+# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be 
+# put in front of it. If left blank `man' will be used as the default path.
+
+MAN_OUTPUT             = man
+
+# The MAN_EXTENSION tag determines the extension that is added to 
+# the generated man pages (default is the subroutine's section .3)
+
+MAN_EXTENSION          = .3
+
+# If the MAN_LINKS tag is set to YES and Doxygen generates man output, 
+# then it will generate one additional man file for each entity 
+# documented in the real man page(s). These additional files 
+# only source the real man page, but without them the man command 
+# would be unable to find the correct page. The default is NO.
+
+MAN_LINKS              = NO
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the XML output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_XML tag is set to YES Doxygen will 
+# generate an XML file that captures the structure of 
+# the code including all documentation.
+
+GENERATE_XML           = NO
+
+# The XML_OUTPUT tag is used to specify where the XML pages will be put. 
+# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be 
+# put in front of it. If left blank `xml' will be used as the default path.
+
+XML_OUTPUT             = xml
+
+# The XML_SCHEMA tag can be used to specify an XML schema, 
+# which can be used by a validating XML parser to check the 
+# syntax of the XML files.
+
+XML_SCHEMA             = 
+
+# The XML_DTD tag can be used to specify an XML DTD, 
+# which can be used by a validating XML parser to check the 
+# syntax of the XML files.
+
+XML_DTD                = 
+
+# If the XML_PROGRAMLISTING tag is set to YES Doxygen will 
+# dump the program listings (including syntax highlighting 
+# and cross-referencing information) to the XML output. Note that 
+# enabling this will significantly increase the size of the XML output.
+
+XML_PROGRAMLISTING     = YES
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options for the AutoGen Definitions output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_AUTOGEN_DEF tag is set to YES Doxygen will 
+# generate an AutoGen Definitions (see autogen.sf.net) file 
+# that captures the structure of the code including all 
+# documentation. Note that this feature is still experimental 
+# and incomplete at the moment.
+
+GENERATE_AUTOGEN_DEF   = NO
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the Perl module output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_PERLMOD tag is set to YES Doxygen will 
+# generate a Perl module file that captures the structure of 
+# the code including all documentation. Note that this 
+# feature is still experimental and incomplete at the 
+# moment.
+
+GENERATE_PERLMOD       = NO
+
+# If the PERLMOD_LATEX tag is set to YES Doxygen will generate 
+# the necessary Makefile rules, Perl scripts and LaTeX code to be able 
+# to generate PDF and DVI output from the Perl module output.
+
+PERLMOD_LATEX          = NO
+
+# If the PERLMOD_PRETTY tag is set to YES the Perl module output will be 
+# nicely formatted so it can be parsed by a human reader. 
+# This is useful 
+# if you want to understand what is going on. 
+# On the other hand, if this 
+# tag is set to NO the size of the Perl module output will be much smaller 
+# and Perl will parse it just the same.
+
+PERLMOD_PRETTY         = YES
+
+# The names of the make variables in the generated doxyrules.make file 
+# are prefixed with the string contained in PERLMOD_MAKEVAR_PREFIX. 
+# This is useful so different doxyrules.make files included by the same 
+# Makefile don't overwrite each other's variables.
+
+PERLMOD_MAKEVAR_PREFIX = 
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration options related to the preprocessor   
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the ENABLE_PREPROCESSING tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# evaluate all C-preprocessor directives found in the sources and include 
+# files.
+
+ENABLE_PREPROCESSING   = YES
+
+# If the MACRO_EXPANSION tag is set to YES Doxygen will expand all macro 
+# names in the source code. If set to NO (the default) only conditional 
+# compilation will be performed. Macro expansion can be done in a controlled 
+# way by setting EXPAND_ONLY_PREDEF to YES.
+
+MACRO_EXPANSION        = NO
+
+# If the EXPAND_ONLY_PREDEF and MACRO_EXPANSION tags are both set to YES 
+# then the macro expansion is limited to the macros specified with the 
+# PREDEFINED and EXPAND_AS_DEFINED tags.
+
+EXPAND_ONLY_PREDEF     = NO
+
+# If the SEARCH_INCLUDES tag is set to YES (the default) the includes files 
+# in the INCLUDE_PATH (see below) will be search if a #include is found.
+
+SEARCH_INCLUDES        = YES
+
+# The INCLUDE_PATH tag can be used to specify one or more directories that 
+# contain include files that are not input files but should be processed by 
+# the preprocessor.
+
+INCLUDE_PATH           = 
+
+# You can use the INCLUDE_FILE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard 
+# patterns (like *.h and *.hpp) to filter out the header-files in the 
+# directories. If left blank, the patterns specified with FILE_PATTERNS will 
+# be used.
+
+INCLUDE_FILE_PATTERNS  = 
+
+# The PREDEFINED tag can be used to specify one or more macro names that 
+# are defined before the preprocessor is started (similar to the -D option of 
+# gcc). The argument of the tag is a list of macros of the form: name 
+# or name=definition (no spaces). If the definition and the = are 
+# omitted =1 is assumed. To prevent a macro definition from being 
+# undefined via #undef or recursively expanded use the := operator 
+# instead of the = operator.
+
+PREDEFINED             = 
+
+# If the MACRO_EXPANSION and EXPAND_ONLY_PREDEF tags are set to YES then 
+# this tag can be used to specify a list of macro names that should be expanded. 
+# The macro definition that is found in the sources will be used. 
+# Use the PREDEFINED tag if you want to use a different macro definition.
+
+EXPAND_AS_DEFINED      = 
+
+# If the SKIP_FUNCTION_MACROS tag is set to YES (the default) then 
+# doxygen's preprocessor will remove all function-like macros that are alone 
+# on a line, have an all uppercase name, and do not end with a semicolon. Such 
+# function macros are typically used for boiler-plate code, and will confuse 
+# the parser if not removed.
+
+SKIP_FUNCTION_MACROS   = YES
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration::additions related to external references   
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# The TAGFILES option can be used to specify one or more tagfiles. 
+# Optionally an initial location of the external documentation 
+# can be added for each tagfile. The format of a tag file without 
+# this location is as follows: 
+#  
+# TAGFILES = file1 file2 ... 
+# Adding location for the tag files is done as follows: 
+#  
+# TAGFILES = file1=loc1 "file2 = loc2" ... 
+# where "loc1" and "loc2" can be relative or absolute paths or 
+# URLs. If a location is present for each tag, the installdox tool 
+# does not have to be run to correct the links. 
+# Note that each tag file must have a unique name 
+# (where the name does NOT include the path) 
+# If a tag file is not located in the directory in which doxygen 
+# is run, you must also specify the path to the tagfile here.
+
+TAGFILES               = 
+
+# When a file name is specified after GENERATE_TAGFILE, doxygen will create 
+# a tag file that is based on the input files it reads.
+
+GENERATE_TAGFILE       = 
+
+# If the ALLEXTERNALS tag is set to YES all external classes will be listed 
+# in the class index. If set to NO only the inherited external classes 
+# will be listed.
+
+ALLEXTERNALS           = NO
+
+# If the EXTERNAL_GROUPS tag is set to YES all external groups will be listed 
+# in the modules index. If set to NO, only the current project's groups will 
+# be listed.
+
+EXTERNAL_GROUPS        = YES
+
+# The PERL_PATH should be the absolute path and name of the perl script 
+# interpreter (i.e. the result of `which perl').
+
+PERL_PATH              = /usr/bin/perl
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration options related to the dot tool   
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the CLASS_DIAGRAMS tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# generate a inheritance diagram (in HTML, RTF and LaTeX) for classes with base 
+# or super classes. Setting the tag to NO turns the diagrams off. Note that 
+# this option is superseded by the HAVE_DOT option below. This is only a 
+# fallback. It is recommended to install and use dot, since it yields more 
+# powerful graphs.
+
+CLASS_DIAGRAMS         = YES
+
+# You can define message sequence charts within doxygen comments using the \msc 
+# command. Doxygen will then run the mscgen tool (see 
+# http://www.mcternan.me.uk/mscgen/) to produce the chart and insert it in the 
+# documentation. The MSCGEN_PATH tag allows you to specify the directory where 
+# the mscgen tool resides. If left empty the tool is assumed to be found in the 
+# default search path.
+
+MSCGEN_PATH            = 
+
+# If set to YES, the inheritance and collaboration graphs will hide 
+# inheritance and usage relations if the target is undocumented 
+# or is not a class.
+
+HIDE_UNDOC_RELATIONS   = YES
+
+# If you set the HAVE_DOT tag to YES then doxygen will assume the dot tool is 
+# available from the path. This tool is part of Graphviz, a graph visualization 
+# toolkit from AT&T and Lucent Bell Labs. The other options in this section 
+# have no effect if this option is set to NO (the default)
+
+HAVE_DOT               = YES
+
+# By default doxygen will write a font called FreeSans.ttf to the output 
+# directory and reference it in all dot files that doxygen generates. This 
+# font does not include all possible unicode characters however, so when you need 
+# these (or just want a differently looking font) you can specify the font name 
+# using DOT_FONTNAME. You need need to make sure dot is able to find the font, 
+# which can be done by putting it in a standard location or by setting the 
+# DOTFONTPATH environment variable or by setting DOT_FONTPATH to the directory 
+# containing the font.
+
+DOT_FONTNAME           = FreeSans
+
+# The DOT_FONTSIZE tag can be used to set the size of the font of dot graphs. 
+# The default size is 10pt.
+
+DOT_FONTSIZE           = 10
+
+# By default doxygen will tell dot to use the output directory to look for the 
+# FreeSans.ttf font (which doxygen will put there itself). If you specify a 
+# different font using DOT_FONTNAME you can set the path where dot 
+# can find it using this tag.
+
+DOT_FONTPATH           = 
+
+# If the CLASS_GRAPH and HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen 
+# will generate a graph for each documented class showing the direct and 
+# indirect inheritance relations. Setting this tag to YES will force the 
+# the CLASS_DIAGRAMS tag to NO.
+
+CLASS_GRAPH            = YES
+
+# If the COLLABORATION_GRAPH and HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen 
+# will generate a graph for each documented class showing the direct and 
+# indirect implementation dependencies (inheritance, containment, and 
+# class references variables) of the class with other documented classes.
+
+COLLABORATION_GRAPH    = YES
+
+# If the GROUP_GRAPHS and HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen 
+# will generate a graph for groups, showing the direct groups dependencies
+
+GROUP_GRAPHS           = YES
+
+# If the UML_LOOK tag is set to YES doxygen will generate inheritance and 
+# collaboration diagrams in a style similar to the OMG's Unified Modeling 
+# Language.
+
+UML_LOOK               = NO
+
+# If set to YES, the inheritance and collaboration graphs will show the 
+# relations between templates and their instances.
+
+TEMPLATE_RELATIONS     = NO
+
+# If the ENABLE_PREPROCESSING, SEARCH_INCLUDES, INCLUDE_GRAPH, and HAVE_DOT 
+# tags are set to YES then doxygen will generate a graph for each documented 
+# file showing the direct and indirect include dependencies of the file with 
+# other documented files.
+
+INCLUDE_GRAPH          = YES
+
+# If the ENABLE_PREPROCESSING, SEARCH_INCLUDES, INCLUDED_BY_GRAPH, and 
+# HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen will generate a graph for each 
+# documented header file showing the documented files that directly or 
+# indirectly include this file.
+
+INCLUDED_BY_GRAPH      = YES
+
+# If the CALL_GRAPH and HAVE_DOT options are set to YES then 
+# doxygen will generate a call dependency graph for every global function 
+# or class method. Note that enabling this option will significantly increase 
+# the time of a run. So in most cases it will be better to enable call graphs 
+# for selected functions only using the \callgraph command.
+
+CALL_GRAPH             = NO
+
+# If the CALLER_GRAPH and HAVE_DOT tags are set to YES then 
+# doxygen will generate a caller dependency graph for every global function 
+# or class method. Note that enabling this option will significantly increase 
+# the time of a run. So in most cases it will be better to enable caller 
+# graphs for selected functions only using the \callergraph command.
+
+CALLER_GRAPH           = NO
+
+# If the GRAPHICAL_HIERARCHY and HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen 
+# will graphical hierarchy of all classes instead of a textual one.
+
+GRAPHICAL_HIERARCHY    = YES
+
+# If the DIRECTORY_GRAPH, SHOW_DIRECTORIES and HAVE_DOT tags are set to YES 
+# then doxygen will show the dependencies a directory has on other directories 
+# in a graphical way. The dependency relations are determined by the #include 
+# relations between the files in the directories.
+
+DIRECTORY_GRAPH        = YES
+
+# The DOT_IMAGE_FORMAT tag can be used to set the image format of the images 
+# generated by dot. Possible values are png, jpg, or gif 
+# If left blank png will be used.
+
+DOT_IMAGE_FORMAT       = png
+
+# The tag DOT_PATH can be used to specify the path where the dot tool can be 
+# found. If left blank, it is assumed the dot tool can be found in the path.
+
+DOT_PATH               = 
+
+# The DOTFILE_DIRS tag can be used to specify one or more directories that 
+# contain dot files that are included in the documentation (see the 
+# \dotfile command).
+
+DOTFILE_DIRS           = 
+
+# The DOT_GRAPH_MAX_NODES tag can be used to set the maximum number of 
+# nodes that will be shown in the graph. If the number of nodes in a graph 
+# becomes larger than this value, doxygen will truncate the graph, which is 
+# visualized by representing a node as a red box. Note that doxygen if the 
+# number of direct children of the root node in a graph is already larger than 
+# DOT_GRAPH_MAX_NODES then the graph will not be shown at all. Also note 
+# that the size of a graph can be further restricted by MAX_DOT_GRAPH_DEPTH.
+
+DOT_GRAPH_MAX_NODES    = 50
+
+# The MAX_DOT_GRAPH_DEPTH tag can be used to set the maximum depth of the 
+# graphs generated by dot. A depth value of 3 means that only nodes reachable 
+# from the root by following a path via at most 3 edges will be shown. Nodes 
+# that lay further from the root node will be omitted. Note that setting this 
+# option to 1 or 2 may greatly reduce the computation time needed for large 
+# code bases. Also note that the size of a graph can be further restricted by 
+# DOT_GRAPH_MAX_NODES. Using a depth of 0 means no depth restriction.
+
+MAX_DOT_GRAPH_DEPTH    = 0
+
+# Set the DOT_TRANSPARENT tag to YES to generate images with a transparent 
+# background. This is disabled by default, because dot on Windows does not 
+# seem to support this out of the box. Warning: Depending on the platform used, 
+# enabling this option may lead to badly anti-aliased labels on the edges of 
+# a graph (i.e. they become hard to read).
+
+DOT_TRANSPARENT        = NO
+
+# Set the DOT_MULTI_TARGETS tag to YES allow dot to generate multiple output 
+# files in one run (i.e. multiple -o and -T options on the command line). This 
+# makes dot run faster, but since only newer versions of dot (>1.8.10) 
+# support this, this feature is disabled by default.
+
+DOT_MULTI_TARGETS      = NO
+
+# If the GENERATE_LEGEND tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# generate a legend page explaining the meaning of the various boxes and 
+# arrows in the dot generated graphs.
+
+GENERATE_LEGEND        = YES
+
+# If the DOT_CLEANUP tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# remove the intermediate dot files that are used to generate 
+# the various graphs.
+
+DOT_CLEANUP            = YES
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Options related to the search engine
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# The SEARCHENGINE tag specifies whether or not a search engine should be 
+# used. If set to NO the values of all tags below this one will be ignored.
+
+SEARCHENGINE           = NO
diff --git a/binaries/src/clustalo/INSTALL b/binaries/src/clustalo/INSTALL
new file mode 100644 (file)
index 0000000..ede75b5
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,400 @@
+The impatient can try:
+
+$ ./configure
+$ make
+$ make install
+
+
+Clustal-Omega needs argtable2 (http://argtable.sourceforge.net/). If
+argtable2 is installed in a non-standard directory you might have to
+point configure to its installation directory. For example, if you are
+on a Mac and have argtable installed via MacPorts then you should use
+the following command line:
+
+$ ./configure CFLAGS='-I/opt/local/include' LDFLAGS='-L/opt/local/lib'
+
+ClustalO will automatically support multi-threading if your compiler
+supports OpenMP. For some reason automake's OpenMP detection for
+Apple's gcc is broken. You can force OpenMP detection by calling configure 
+like so:
+
+$ ./configure OPENMP_CFLAGS='-fopenmp' CFLAGS='-DHAVE_OPENMP'
+
+You could use a non-Apple gcc installed via MacPorts, adding
+
+CC=/opt/local/bin/gcc-mp-4.5
+
+to the configure call (you will have to change the exact string to match
+your gcc version).
+
+See below for generic installation instructions:
+
+----------------------------------------------------------------------
+
+
+
+Installation Instructions
+*************************
+
+Copyright (C) 1994, 1995, 1996, 1999, 2000, 2001, 2002, 2004, 2005,
+2006, 2007, 2008, 2009 Free Software Foundation, Inc.
+
+   Copying and distribution of this file, with or without modification,
+are permitted in any medium without royalty provided the copyright
+notice and this notice are preserved.  This file is offered as-is,
+without warranty of any kind.
+
+Basic Installation
+==================
+
+   Briefly, the shell commands `./configure; make; make install' should
+configure, build, and install this package.  The following
+more-detailed instructions are generic; see the `README' file for
+instructions specific to this package.  Some packages provide this
+`INSTALL' file but do not implement all of the features documented
+below.  The lack of an optional feature in a given package is not
+necessarily a bug.  More recommendations for GNU packages can be found
+in *note Makefile Conventions: (standards)Makefile Conventions.
+
+   The `configure' shell script attempts to guess correct values for
+various system-dependent variables used during compilation.  It uses
+those values to create a `Makefile' in each directory of the package.
+It may also create one or more `.h' files containing system-dependent
+definitions.  Finally, it creates a shell script `config.status' that
+you can run in the future to recreate the current configuration, and a
+file `config.log' containing compiler output (useful mainly for
+debugging `configure').
+
+   It can also use an optional file (typically called `config.cache'
+and enabled with `--cache-file=config.cache' or simply `-C') that saves
+the results of its tests to speed up reconfiguring.  Caching is
+disabled by default to prevent problems with accidental use of stale
+cache files.
+
+   If you need to do unusual things to compile the package, please try
+to figure out how `configure' could check whether to do them, and mail
+diffs or instructions to the address given in the `README' so they can
+be considered for the next release.  If you are using the cache, and at
+some point `config.cache' contains results you don't want to keep, you
+may remove or edit it.
+
+   The file `configure.ac' (or `configure.in') is used to create
+`configure' by a program called `autoconf'.  You need `configure.ac' if
+you want to change it or regenerate `configure' using a newer version
+of `autoconf'.
+
+   The simplest way to compile this package is:
+
+  1. `cd' to the directory containing the package's source code and type
+     `./configure' to configure the package for your system.
+
+     Running `configure' might take a while.  While running, it prints
+     some messages telling which features it is checking for.
+
+  2. Type `make' to compile the package.
+
+  3. Optionally, type `make check' to run any self-tests that come with
+     the package, generally using the just-built uninstalled binaries.
+
+  4. Type `make install' to install the programs and any data files and
+     documentation.  When installing into a prefix owned by root, it is
+     recommended that the package be configured and built as a regular
+     user, and only the `make install' phase executed with root
+     privileges.
+
+  5. Optionally, type `make installcheck' to repeat any self-tests, but
+     this time using the binaries in their final installed location.
+     This target does not install anything.  Running this target as a
+     regular user, particularly if the prior `make install' required
+     root privileges, verifies that the installation completed
+     correctly.
+
+  6. You can remove the program binaries and object files from the
+     source code directory by typing `make clean'.  To also remove the
+     files that `configure' created (so you can compile the package for
+     a different kind of computer), type `make distclean'.  There is
+     also a `make maintainer-clean' target, but that is intended mainly
+     for the package's developers.  If you use it, you may have to get
+     all sorts of other programs in order to regenerate files that came
+     with the distribution.
+
+  7. Often, you can also type `make uninstall' to remove the installed
+     files again.  In practice, not all packages have tested that
+     uninstallation works correctly, even though it is required by the
+     GNU Coding Standards.
+
+  8. Some packages, particularly those that use Automake, provide `make
+     distcheck', which can by used by developers to test that all other
+     targets like `make install' and `make uninstall' work correctly.
+     This target is generally not run by end users.
+
+Compilers and Options
+=====================
+
+   Some systems require unusual options for compilation or linking that
+the `configure' script does not know about.  Run `./configure --help'
+for details on some of the pertinent environment variables.
+
+   You can give `configure' initial values for configuration parameters
+by setting variables in the command line or in the environment.  Here
+is an example:
+
+     ./configure CC=c99 CFLAGS=-g LIBS=-lposix
+
+   *Note Defining Variables::, for more details.
+
+Compiling For Multiple Architectures
+====================================
+
+   You can compile the package for more than one kind of computer at the
+same time, by placing the object files for each architecture in their
+own directory.  To do this, you can use GNU `make'.  `cd' to the
+directory where you want the object files and executables to go and run
+the `configure' script.  `configure' automatically checks for the
+source code in the directory that `configure' is in and in `..'.  This
+is known as a "VPATH" build.
+
+   With a non-GNU `make', it is safer to compile the package for one
+architecture at a time in the source code directory.  After you have
+installed the package for one architecture, use `make distclean' before
+reconfiguring for another architecture.
+
+   On MacOS X 10.5 and later systems, you can create libraries and
+executables that work on multiple system types--known as "fat" or
+"universal" binaries--by specifying multiple `-arch' options to the
+compiler but only a single `-arch' option to the preprocessor.  Like
+this:
+
+     ./configure CC="gcc -arch i386 -arch x86_64 -arch ppc -arch ppc64" \
+                 CXX="g++ -arch i386 -arch x86_64 -arch ppc -arch ppc64" \
+                 CPP="gcc -E" CXXCPP="g++ -E"
+
+   This is not guaranteed to produce working output in all cases, you
+may have to build one architecture at a time and combine the results
+using the `lipo' tool if you have problems.
+
+Installation Names
+==================
+
+   By default, `make install' installs the package's commands under
+`/usr/local/bin', include files under `/usr/local/include', etc.  You
+can specify an installation prefix other than `/usr/local' by giving
+`configure' the option `--prefix=PREFIX', where PREFIX must be an
+absolute file name.
+
+   You can specify separate installation prefixes for
+architecture-specific files and architecture-independent files.  If you
+pass the option `--exec-prefix=PREFIX' to `configure', the package uses
+PREFIX as the prefix for installing programs and libraries.
+Documentation and other data files still use the regular prefix.
+
+   In addition, if you use an unusual directory layout you can give
+options like `--bindir=DIR' to specify different values for particular
+kinds of files.  Run `configure --help' for a list of the directories
+you can set and what kinds of files go in them.  In general, the
+default for these options is expressed in terms of `${prefix}', so that
+specifying just `--prefix' will affect all of the other directory
+specifications that were not explicitly provided.
+
+   The most portable way to affect installation locations is to pass the
+correct locations to `configure'; however, many packages provide one or
+both of the following shortcuts of passing variable assignments to the
+`make install' command line to change installation locations without
+having to reconfigure or recompile.
+
+   The first method involves providing an override variable for each
+affected directory.  For example, `make install
+prefix=/alternate/directory' will choose an alternate location for all
+directory configuration variables that were expressed in terms of
+`${prefix}'.  Any directories that were specified during `configure',
+but not in terms of `${prefix}', must each be overridden at install
+time for the entire installation to be relocated.  The approach of
+makefile variable overrides for each directory variable is required by
+the GNU Coding Standards, and ideally causes no recompilation.
+However, some platforms have known limitations with the semantics of
+shared libraries that end up requiring recompilation when using this
+method, particularly noticeable in packages that use GNU Libtool.
+
+   The second method involves providing the `DESTDIR' variable.  For
+example, `make install DESTDIR=/alternate/directory' will prepend
+`/alternate/directory' before all installation names.  The approach of
+`DESTDIR' overrides is not required by the GNU Coding Standards, and
+does not work on platforms that have drive letters.  On the other hand,
+it does better at avoiding recompilation issues, and works well even
+when some directory options were not specified in terms of `${prefix}'
+at `configure' time.
+
+Optional Features
+=================
+
+   If the package supports it, you can cause programs to be installed
+with an extra prefix or suffix on their names by giving `configure' the
+option `--program-prefix=PREFIX' or `--program-suffix=SUFFIX'.
+
+   Some packages pay attention to `--enable-FEATURE' options to
+`configure', where FEATURE indicates an optional part of the package.
+They may also pay attention to `--with-PACKAGE' options, where PACKAGE
+is something like `gnu-as' or `x' (for the X Window System).  The
+`README' should mention any `--enable-' and `--with-' options that the
+package recognizes.
+
+   For packages that use the X Window System, `configure' can usually
+find the X include and library files automatically, but if it doesn't,
+you can use the `configure' options `--x-includes=DIR' and
+`--x-libraries=DIR' to specify their locations.
+
+   Some packages offer the ability to configure how verbose the
+execution of `make' will be.  For these packages, running `./configure
+--enable-silent-rules' sets the default to minimal output, which can be
+overridden with `make V=1'; while running `./configure
+--disable-silent-rules' sets the default to verbose, which can be
+overridden with `make V=0'.
+
+Particular systems
+==================
+
+   On HP-UX, the default C compiler is not ANSI C compatible.  If GNU
+CC is not installed, it is recommended to use the following options in
+order to use an ANSI C compiler:
+
+     ./configure CC="cc -Ae -D_XOPEN_SOURCE=500"
+
+and if that doesn't work, install pre-built binaries of GCC for HP-UX.
+
+   On OSF/1 a.k.a. Tru64, some versions of the default C compiler cannot
+parse its `<wchar.h>' header file.  The option `-nodtk' can be used as
+a workaround.  If GNU CC is not installed, it is therefore recommended
+to try
+
+     ./configure CC="cc"
+
+and if that doesn't work, try
+
+     ./configure CC="cc -nodtk"
+
+   On Solaris, don't put `/usr/ucb' early in your `PATH'.  This
+directory contains several dysfunctional programs; working variants of
+these programs are available in `/usr/bin'.  So, if you need `/usr/ucb'
+in your `PATH', put it _after_ `/usr/bin'.
+
+   On Haiku, software installed for all users goes in `/boot/common',
+not `/usr/local'.  It is recommended to use the following options:
+
+     ./configure --prefix=/boot/common
+
+Specifying the System Type
+==========================
+
+   There may be some features `configure' cannot figure out
+automatically, but needs to determine by the type of machine the package
+will run on.  Usually, assuming the package is built to be run on the
+_same_ architectures, `configure' can figure that out, but if it prints
+a message saying it cannot guess the machine type, give it the
+`--build=TYPE' option.  TYPE can either be a short name for the system
+type, such as `sun4', or a canonical name which has the form:
+
+     CPU-COMPANY-SYSTEM
+
+where SYSTEM can have one of these forms:
+
+     OS
+     KERNEL-OS
+
+   See the file `config.sub' for the possible values of each field.  If
+`config.sub' isn't included in this package, then this package doesn't
+need to know the machine type.
+
+   If you are _building_ compiler tools for cross-compiling, you should
+use the option `--target=TYPE' to select the type of system they will
+produce code for.
+
+   If you want to _use_ a cross compiler, that generates code for a
+platform different from the build platform, you should specify the
+"host" platform (i.e., that on which the generated programs will
+eventually be run) with `--host=TYPE'.
+
+Sharing Defaults
+================
+
+   If you want to set default values for `configure' scripts to share,
+you can create a site shell script called `config.site' that gives
+default values for variables like `CC', `cache_file', and `prefix'.
+`configure' looks for `PREFIX/share/config.site' if it exists, then
+`PREFIX/etc/config.site' if it exists.  Or, you can set the
+`CONFIG_SITE' environment variable to the location of the site script.
+A warning: not all `configure' scripts look for a site script.
+
+Defining Variables
+==================
+
+   Variables not defined in a site shell script can be set in the
+environment passed to `configure'.  However, some packages may run
+configure again during the build, and the customized values of these
+variables may be lost.  In order to avoid this problem, you should set
+them in the `configure' command line, using `VAR=value'.  For example:
+
+     ./configure CC=/usr/local2/bin/gcc
+
+causes the specified `gcc' to be used as the C compiler (unless it is
+overridden in the site shell script).
+
+Unfortunately, this technique does not work for `CONFIG_SHELL' due to
+an Autoconf bug.  Until the bug is fixed you can use this workaround:
+
+     CONFIG_SHELL=/bin/bash /bin/bash ./configure CONFIG_SHELL=/bin/bash
+
+`configure' Invocation
+======================
+
+   `configure' recognizes the following options to control how it
+operates.
+
+`--help'
+`-h'
+     Print a summary of all of the options to `configure', and exit.
+
+`--help=short'
+`--help=recursive'
+     Print a summary of the options unique to this package's
+     `configure', and exit.  The `short' variant lists options used
+     only in the top level, while the `recursive' variant lists options
+     also present in any nested packages.
+
+`--version'
+`-V'
+     Print the version of Autoconf used to generate the `configure'
+     script, and exit.
+
+`--cache-file=FILE'
+     Enable the cache: use and save the results of the tests in FILE,
+     traditionally `config.cache'.  FILE defaults to `/dev/null' to
+     disable caching.
+
+`--config-cache'
+`-C'
+     Alias for `--cache-file=config.cache'.
+
+`--quiet'
+`--silent'
+`-q'
+     Do not print messages saying which checks are being made.  To
+     suppress all normal output, redirect it to `/dev/null' (any error
+     messages will still be shown).
+
+`--srcdir=DIR'
+     Look for the package's source code in directory DIR.  Usually
+     `configure' can determine that directory automatically.
+
+`--prefix=DIR'
+     Use DIR as the installation prefix.  *note Installation Names::
+     for more details, including other options available for fine-tuning
+     the installation locations.
+
+`--no-create'
+`-n'
+     Run the configure checks, but stop before creating any output
+     files.
+
+`configure' also accepts some other, not widely useful, options.  Run
+`configure --help' for more details.
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/Makefile.am b/binaries/src/clustalo/Makefile.am
new file mode 100644 (file)
index 0000000..9aeba77
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,25 @@
+# Some useful automake documentation:
+# http://www.openismus.com/documents/linux/automake/automake.shtml
+# http://www.bioinf.uni-freiburg.de/~mmann/HowTo/automake.html
+
+# we do not use GNU-style files: NEWS README AUTHORS ChangeLog
+#AUTOMAKE_OPTIONS = foreign
+
+ACLOCAL_AMFLAGS=-I m4
+SUBDIRS = src
+# SUBDIRS = src tests
+
+dist_doc_DATA = README
+
+EXTRA_DIST = Doxyfile
+
+pkgconfigdir = $(libdir)/pkgconfig
+pkgconfig_DATA = clustalo.pc
+
+
+bug-tests: all
+       cd bug-tests && $(SHELL) bug-tests.sh;
+
+#dist-hook:
+#      svnversion . > $(distdir)/src/svnversion.h 2>/dev/null
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/Makefile.in b/binaries/src/clustalo/Makefile.in
new file mode 100644 (file)
index 0000000..854f4d9
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,706 @@
+# Makefile.in generated by automake 1.10.2 from Makefile.am.
+# @configure_input@
+
+# Copyright (C) 1994, 1995, 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2002,
+# 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008  Free Software Foundation, Inc.
+# This Makefile.in is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# This program is distributed in the hope that it will be useful,
+# but WITHOUT ANY WARRANTY, to the extent permitted by law; without
+# even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A
+# PARTICULAR PURPOSE.
+
+@SET_MAKE@
+
+# Some useful automake documentation:
+# http://www.openismus.com/documents/linux/automake/automake.shtml
+# http://www.bioinf.uni-freiburg.de/~mmann/HowTo/automake.html
+
+# we do not use GNU-style files: NEWS README AUTHORS ChangeLog
+#AUTOMAKE_OPTIONS = foreign
+
+VPATH = @srcdir@
+pkgdatadir = $(datadir)/@PACKAGE@
+pkglibdir = $(libdir)/@PACKAGE@
+pkgincludedir = $(includedir)/@PACKAGE@
+am__cd = CDPATH="$${ZSH_VERSION+.}$(PATH_SEPARATOR)" && cd
+install_sh_DATA = $(install_sh) -c -m 644
+install_sh_PROGRAM = $(install_sh) -c
+install_sh_SCRIPT = $(install_sh) -c
+INSTALL_HEADER = $(INSTALL_DATA)
+transform = $(program_transform_name)
+NORMAL_INSTALL = :
+PRE_INSTALL = :
+POST_INSTALL = :
+NORMAL_UNINSTALL = :
+PRE_UNINSTALL = :
+POST_UNINSTALL = :
+build_triplet = @build@
+host_triplet = @host@
+subdir = .
+DIST_COMMON = README $(am__configure_deps) $(dist_doc_DATA) \
+       $(srcdir)/Doxyfile.in $(srcdir)/Makefile.am \
+       $(srcdir)/Makefile.in $(srcdir)/clustalo.pc.in \
+       $(top_srcdir)/configure AUTHORS COPYING ChangeLog INSTALL NEWS \
+       TODO config.guess config.sub depcomp install-sh ltmain.sh \
+       missing
+ACLOCAL_M4 = $(top_srcdir)/aclocal.m4
+am__aclocal_m4_deps = $(top_srcdir)/m4/ax_prefix_config_h.m4 \
+       $(top_srcdir)/m4/libtool.m4 $(top_srcdir)/m4/ltoptions.m4 \
+       $(top_srcdir)/m4/ltsugar.m4 $(top_srcdir)/m4/ltversion.m4 \
+       $(top_srcdir)/m4/lt~obsolete.m4 $(top_srcdir)/m4/ax_openmp.m4 \
+       $(top_srcdir)/configure.ac
+am__configure_deps = $(am__aclocal_m4_deps) $(CONFIGURE_DEPENDENCIES) \
+       $(ACLOCAL_M4)
+am__CONFIG_DISTCLEAN_FILES = config.status config.cache config.log \
+ configure.lineno config.status.lineno
+mkinstalldirs = $(install_sh) -d
+CONFIG_HEADER = $(top_builddir)/src/config.h
+CONFIG_CLEAN_FILES = clustalo.pc Doxyfile
+SOURCES =
+DIST_SOURCES =
+RECURSIVE_TARGETS = all-recursive check-recursive dvi-recursive \
+       html-recursive info-recursive install-data-recursive \
+       install-dvi-recursive install-exec-recursive \
+       install-html-recursive install-info-recursive \
+       install-pdf-recursive install-ps-recursive install-recursive \
+       installcheck-recursive installdirs-recursive pdf-recursive \
+       ps-recursive uninstall-recursive
+am__vpath_adj_setup = srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's|.|.|g'`;
+am__vpath_adj = case $$p in \
+    $(srcdir)/*) f=`echo "$$p" | sed "s|^$$srcdirstrip/||"`;; \
+    *) f=$$p;; \
+  esac;
+am__strip_dir = `echo $$p | sed -e 's|^.*/||'`;
+am__installdirs = "$(DESTDIR)$(docdir)" "$(DESTDIR)$(pkgconfigdir)"
+dist_docDATA_INSTALL = $(INSTALL_DATA)
+pkgconfigDATA_INSTALL = $(INSTALL_DATA)
+DATA = $(dist_doc_DATA) $(pkgconfig_DATA)
+RECURSIVE_CLEAN_TARGETS = mostlyclean-recursive clean-recursive        \
+  distclean-recursive maintainer-clean-recursive
+ETAGS = etags
+CTAGS = ctags
+DIST_SUBDIRS = $(SUBDIRS)
+DISTFILES = $(DIST_COMMON) $(DIST_SOURCES) $(TEXINFOS) $(EXTRA_DIST)
+distdir = $(PACKAGE)-$(VERSION)
+top_distdir = $(distdir)
+am__remove_distdir = \
+  { test ! -d $(distdir) \
+    || { find $(distdir) -type d ! -perm -200 -exec chmod u+w {} ';' \
+         && rm -fr $(distdir); }; }
+DIST_ARCHIVES = $(distdir).tar.gz
+GZIP_ENV = --best
+distuninstallcheck_listfiles = find . -type f -print
+distcleancheck_listfiles = find . -type f -print
+ACLOCAL = @ACLOCAL@
+AMTAR = @AMTAR@
+AM_CFLAGS = @AM_CFLAGS@
+AM_CXXFLAGS = @AM_CXXFLAGS@
+AM_LDFLAGS = @AM_LDFLAGS@
+AR = @AR@
+AUTOCONF = @AUTOCONF@
+AUTOHEADER = @AUTOHEADER@
+AUTOMAKE = @AUTOMAKE@
+AWK = @AWK@
+CC = @CC@
+CCDEPMODE = @CCDEPMODE@
+CFLAGS = @CFLAGS@
+CPP = @CPP@
+CPPFLAGS = @CPPFLAGS@
+CXX = @CXX@
+CXXCPP = @CXXCPP@
+CXXDEPMODE = @CXXDEPMODE@
+CXXFLAGS = @CXXFLAGS@
+CYGPATH_W = @CYGPATH_W@
+DEFS = @DEFS@
+DEPDIR = @DEPDIR@
+DSYMUTIL = @DSYMUTIL@
+DUMPBIN = @DUMPBIN@
+ECHO_C = @ECHO_C@
+ECHO_N = @ECHO_N@
+ECHO_T = @ECHO_T@
+EGREP = @EGREP@
+EXEEXT = @EXEEXT@
+FGREP = @FGREP@
+GREP = @GREP@
+INSTALL = @INSTALL@
+INSTALL_DATA = @INSTALL_DATA@
+INSTALL_PROGRAM = @INSTALL_PROGRAM@
+INSTALL_SCRIPT = @INSTALL_SCRIPT@
+INSTALL_STRIP_PROGRAM = @INSTALL_STRIP_PROGRAM@
+LD = @LD@
+LDFLAGS = @LDFLAGS@
+LIBOBJS = @LIBOBJS@
+LIBS = @LIBS@
+LIBTOOL = @LIBTOOL@
+LIPO = @LIPO@
+LN_S = @LN_S@
+LTLIBOBJS = @LTLIBOBJS@
+MAKEINFO = @MAKEINFO@
+MKDIR_P = @MKDIR_P@
+NM = @NM@
+NMEDIT = @NMEDIT@
+OBJDUMP = @OBJDUMP@
+OBJEXT = @OBJEXT@
+OPENMP_CFLAGS = @OPENMP_CFLAGS@
+OPENMP_CXXFLAGS = @OPENMP_CXXFLAGS@
+OTOOL = @OTOOL@
+OTOOL64 = @OTOOL64@
+PACKAGE = @PACKAGE@
+PACKAGE_BUGREPORT = @PACKAGE_BUGREPORT@
+PACKAGE_CODENAME = @PACKAGE_CODENAME@
+PACKAGE_NAME = @PACKAGE_NAME@
+PACKAGE_STRING = @PACKAGE_STRING@
+PACKAGE_TARNAME = @PACKAGE_TARNAME@
+PACKAGE_VERSION = @PACKAGE_VERSION@
+PATH_SEPARATOR = @PATH_SEPARATOR@
+RANLIB = @RANLIB@
+SED = @SED@
+SET_MAKE = @SET_MAKE@
+SHELL = @SHELL@
+STRIP = @STRIP@
+VERSION = @VERSION@
+abs_builddir = @abs_builddir@
+abs_srcdir = @abs_srcdir@
+abs_top_builddir = @abs_top_builddir@
+abs_top_srcdir = @abs_top_srcdir@
+ac_ct_CC = @ac_ct_CC@
+ac_ct_CXX = @ac_ct_CXX@
+ac_ct_DUMPBIN = @ac_ct_DUMPBIN@
+am__include = @am__include@
+am__leading_dot = @am__leading_dot@
+am__quote = @am__quote@
+am__tar = @am__tar@
+am__untar = @am__untar@
+bindir = @bindir@
+build = @build@
+build_alias = @build_alias@
+build_cpu = @build_cpu@
+build_os = @build_os@
+build_vendor = @build_vendor@
+builddir = @builddir@
+datadir = @datadir@
+datarootdir = @datarootdir@
+docdir = @docdir@
+dvidir = @dvidir@
+exec_prefix = @exec_prefix@
+host = @host@
+host_alias = @host_alias@
+host_cpu = @host_cpu@
+host_os = @host_os@
+host_vendor = @host_vendor@
+htmldir = @htmldir@
+includedir = @includedir@
+infodir = @infodir@
+install_sh = @install_sh@
+libdir = @libdir@
+libexecdir = @libexecdir@
+localedir = @localedir@
+localstatedir = @localstatedir@
+lt_ECHO = @lt_ECHO@
+mandir = @mandir@
+mkdir_p = @mkdir_p@
+oldincludedir = @oldincludedir@
+pdfdir = @pdfdir@
+prefix = @prefix@
+program_transform_name = @program_transform_name@
+psdir = @psdir@
+sbindir = @sbindir@
+sharedstatedir = @sharedstatedir@
+srcdir = @srcdir@
+sysconfdir = @sysconfdir@
+target_alias = @target_alias@
+top_build_prefix = @top_build_prefix@
+top_builddir = @top_builddir@
+top_srcdir = @top_srcdir@
+ACLOCAL_AMFLAGS = -I m4
+SUBDIRS = src
+# SUBDIRS = src tests
+dist_doc_DATA = README
+EXTRA_DIST = Doxyfile
+pkgconfigdir = $(libdir)/pkgconfig
+pkgconfig_DATA = clustalo.pc
+all: all-recursive
+
+.SUFFIXES:
+am--refresh:
+       @:
+$(srcdir)/Makefile.in:  $(srcdir)/Makefile.am  $(am__configure_deps)
+       @for dep in $?; do \
+         case '$(am__configure_deps)' in \
+           *$$dep*) \
+             echo ' cd $(srcdir) && $(AUTOMAKE) --gnu '; \
+             cd $(srcdir) && $(AUTOMAKE) --gnu  \
+               && exit 0; \
+             exit 1;; \
+         esac; \
+       done; \
+       echo ' cd $(top_srcdir) && $(AUTOMAKE) --gnu  Makefile'; \
+       cd $(top_srcdir) && \
+         $(AUTOMAKE) --gnu  Makefile
+.PRECIOUS: Makefile
+Makefile: $(srcdir)/Makefile.in $(top_builddir)/config.status
+       @case '$?' in \
+         *config.status*) \
+           echo ' $(SHELL) ./config.status'; \
+           $(SHELL) ./config.status;; \
+         *) \
+           echo ' cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $@ $(am__depfiles_maybe)'; \
+           cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $@ $(am__depfiles_maybe);; \
+       esac;
+
+$(top_builddir)/config.status: $(top_srcdir)/configure $(CONFIG_STATUS_DEPENDENCIES)
+       $(SHELL) ./config.status --recheck
+
+$(top_srcdir)/configure:  $(am__configure_deps)
+       cd $(srcdir) && $(AUTOCONF)
+$(ACLOCAL_M4):  $(am__aclocal_m4_deps)
+       cd $(srcdir) && $(ACLOCAL) $(ACLOCAL_AMFLAGS)
+clustalo.pc: $(top_builddir)/config.status $(srcdir)/clustalo.pc.in
+       cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $@
+Doxyfile: $(top_builddir)/config.status $(srcdir)/Doxyfile.in
+       cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $@
+
+mostlyclean-libtool:
+       -rm -f *.lo
+
+clean-libtool:
+       -rm -rf .libs _libs
+
+distclean-libtool:
+       -rm -f libtool config.lt
+install-dist_docDATA: $(dist_doc_DATA)
+       @$(NORMAL_INSTALL)
+       test -z "$(docdir)" || $(MKDIR_P) "$(DESTDIR)$(docdir)"
+       @list='$(dist_doc_DATA)'; for p in $$list; do \
+         if test -f "$$p"; then d=; else d="$(srcdir)/"; fi; \
+         f=$(am__strip_dir) \
+         echo " $(dist_docDATA_INSTALL) '$$d$$p' '$(DESTDIR)$(docdir)/$$f'"; \
+         $(dist_docDATA_INSTALL) "$$d$$p" "$(DESTDIR)$(docdir)/$$f"; \
+       done
+
+uninstall-dist_docDATA:
+       @$(NORMAL_UNINSTALL)
+       @list='$(dist_doc_DATA)'; for p in $$list; do \
+         f=$(am__strip_dir) \
+         echo " rm -f '$(DESTDIR)$(docdir)/$$f'"; \
+         rm -f "$(DESTDIR)$(docdir)/$$f"; \
+       done
+install-pkgconfigDATA: $(pkgconfig_DATA)
+       @$(NORMAL_INSTALL)
+       test -z "$(pkgconfigdir)" || $(MKDIR_P) "$(DESTDIR)$(pkgconfigdir)"
+       @list='$(pkgconfig_DATA)'; for p in $$list; do \
+         if test -f "$$p"; then d=; else d="$(srcdir)/"; fi; \
+         f=$(am__strip_dir) \
+         echo " $(pkgconfigDATA_INSTALL) '$$d$$p' '$(DESTDIR)$(pkgconfigdir)/$$f'"; \
+         $(pkgconfigDATA_INSTALL) "$$d$$p" "$(DESTDIR)$(pkgconfigdir)/$$f"; \
+       done
+
+uninstall-pkgconfigDATA:
+       @$(NORMAL_UNINSTALL)
+       @list='$(pkgconfig_DATA)'; for p in $$list; do \
+         f=$(am__strip_dir) \
+         echo " rm -f '$(DESTDIR)$(pkgconfigdir)/$$f'"; \
+         rm -f "$(DESTDIR)$(pkgconfigdir)/$$f"; \
+       done
+
+# This directory's subdirectories are mostly independent; you can cd
+# into them and run `make' without going through this Makefile.
+# To change the values of `make' variables: instead of editing Makefiles,
+# (1) if the variable is set in `config.status', edit `config.status'
+#     (which will cause the Makefiles to be regenerated when you run `make');
+# (2) otherwise, pass the desired values on the `make' command line.
+$(RECURSIVE_TARGETS):
+       @failcom='exit 1'; \
+       for f in x $$MAKEFLAGS; do \
+         case $$f in \
+           *=* | --[!k]*);; \
+           *k*) failcom='fail=yes';; \
+         esac; \
+       done; \
+       dot_seen=no; \
+       target=`echo $@ | sed s/-recursive//`; \
+       list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
+         echo "Making $$target in $$subdir"; \
+         if test "$$subdir" = "."; then \
+           dot_seen=yes; \
+           local_target="$$target-am"; \
+         else \
+           local_target="$$target"; \
+         fi; \
+         (cd $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) $$local_target) \
+         || eval $$failcom; \
+       done; \
+       if test "$$dot_seen" = "no"; then \
+         $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) "$$target-am" || exit 1; \
+       fi; test -z "$$fail"
+
+$(RECURSIVE_CLEAN_TARGETS):
+       @failcom='exit 1'; \
+       for f in x $$MAKEFLAGS; do \
+         case $$f in \
+           *=* | --[!k]*);; \
+           *k*) failcom='fail=yes';; \
+         esac; \
+       done; \
+       dot_seen=no; \
+       case "$@" in \
+         distclean-* | maintainer-clean-*) list='$(DIST_SUBDIRS)' ;; \
+         *) list='$(SUBDIRS)' ;; \
+       esac; \
+       rev=''; for subdir in $$list; do \
+         if test "$$subdir" = "."; then :; else \
+           rev="$$subdir $$rev"; \
+         fi; \
+       done; \
+       rev="$$rev ."; \
+       target=`echo $@ | sed s/-recursive//`; \
+       for subdir in $$rev; do \
+         echo "Making $$target in $$subdir"; \
+         if test "$$subdir" = "."; then \
+           local_target="$$target-am"; \
+         else \
+           local_target="$$target"; \
+         fi; \
+         (cd $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) $$local_target) \
+         || eval $$failcom; \
+       done && test -z "$$fail"
+tags-recursive:
+       list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
+         test "$$subdir" = . || (cd $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) tags); \
+       done
+ctags-recursive:
+       list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
+         test "$$subdir" = . || (cd $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) ctags); \
+       done
+
+ID: $(HEADERS) $(SOURCES) $(LISP) $(TAGS_FILES)
+       list='$(SOURCES) $(HEADERS) $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
+       unique=`for i in $$list; do \
+           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
+         done | \
+         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
+             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
+       mkid -fID $$unique
+tags: TAGS
+
+TAGS: tags-recursive $(HEADERS) $(SOURCES)  $(TAGS_DEPENDENCIES) \
+               $(TAGS_FILES) $(LISP)
+       tags=; \
+       here=`pwd`; \
+       if ($(ETAGS) --etags-include --version) >/dev/null 2>&1; then \
+         include_option=--etags-include; \
+         empty_fix=.; \
+       else \
+         include_option=--include; \
+         empty_fix=; \
+       fi; \
+       list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
+         if test "$$subdir" = .; then :; else \
+           test ! -f $$subdir/TAGS || \
+             tags="$$tags $$include_option=$$here/$$subdir/TAGS"; \
+         fi; \
+       done; \
+       list='$(SOURCES) $(HEADERS)  $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
+       unique=`for i in $$list; do \
+           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
+         done | \
+         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
+             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
+       if test -z "$(ETAGS_ARGS)$$tags$$unique"; then :; else \
+         test -n "$$unique" || unique=$$empty_fix; \
+         $(ETAGS) $(ETAGSFLAGS) $(AM_ETAGSFLAGS) $(ETAGS_ARGS) \
+           $$tags $$unique; \
+       fi
+ctags: CTAGS
+CTAGS: ctags-recursive $(HEADERS) $(SOURCES)  $(TAGS_DEPENDENCIES) \
+               $(TAGS_FILES) $(LISP)
+       tags=; \
+       list='$(SOURCES) $(HEADERS)  $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
+       unique=`for i in $$list; do \
+           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
+         done | \
+         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
+             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
+       test -z "$(CTAGS_ARGS)$$tags$$unique" \
+         || $(CTAGS) $(CTAGSFLAGS) $(AM_CTAGSFLAGS) $(CTAGS_ARGS) \
+            $$tags $$unique
+
+GTAGS:
+       here=`$(am__cd) $(top_builddir) && pwd` \
+         && cd $(top_srcdir) \
+         && gtags -i $(GTAGS_ARGS) $$here
+
+distclean-tags:
+       -rm -f TAGS ID GTAGS GRTAGS GSYMS GPATH tags
+
+distdir: $(DISTFILES)
+       $(am__remove_distdir)
+       test -d $(distdir) || mkdir $(distdir)
+       @srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
+       topsrcdirstrip=`echo "$(top_srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
+       list='$(DISTFILES)'; \
+         dist_files=`for file in $$list; do echo $$file; done | \
+         sed -e "s|^$$srcdirstrip/||;t" \
+             -e "s|^$$topsrcdirstrip/|$(top_builddir)/|;t"`; \
+       case $$dist_files in \
+         */*) $(MKDIR_P) `echo "$$dist_files" | \
+                          sed '/\//!d;s|^|$(distdir)/|;s,/[^/]*$$,,' | \
+                          sort -u` ;; \
+       esac; \
+       for file in $$dist_files; do \
+         if test -f $$file || test -d $$file; then d=.; else d=$(srcdir); fi; \
+         if test -d $$d/$$file; then \
+           dir=`echo "/$$file" | sed -e 's,/[^/]*$$,,'`; \
+           if test -d $(srcdir)/$$file && test $$d != $(srcdir); then \
+             cp -pR $(srcdir)/$$file $(distdir)$$dir || exit 1; \
+           fi; \
+           cp -pR $$d/$$file $(distdir)$$dir || exit 1; \
+         else \
+           test -f $(distdir)/$$file \
+           || cp -p $$d/$$file $(distdir)/$$file \
+           || exit 1; \
+         fi; \
+       done
+       list='$(DIST_SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
+         if test "$$subdir" = .; then :; else \
+           test -d "$(distdir)/$$subdir" \
+           || $(MKDIR_P) "$(distdir)/$$subdir" \
+           || exit 1; \
+           distdir=`$(am__cd) $(distdir) && pwd`; \
+           top_distdir=`$(am__cd) $(top_distdir) && pwd`; \
+           (cd $$subdir && \
+             $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) \
+               top_distdir="$$top_distdir" \
+               distdir="$$distdir/$$subdir" \
+               am__remove_distdir=: \
+               am__skip_length_check=: \
+               distdir) \
+             || exit 1; \
+         fi; \
+       done
+       -find $(distdir) -type d ! -perm -777 -exec chmod a+rwx {} \; -o \
+         ! -type d ! -perm -444 -links 1 -exec chmod a+r {} \; -o \
+         ! -type d ! -perm -400 -exec chmod a+r {} \; -o \
+         ! -type d ! -perm -444 -exec $(install_sh) -c -m a+r {} {} \; \
+       || chmod -R a+r $(distdir)
+dist-gzip: distdir
+       tardir=$(distdir) && $(am__tar) | GZIP=$(GZIP_ENV) gzip -c >$(distdir).tar.gz
+       $(am__remove_distdir)
+
+dist-bzip2: distdir
+       tardir=$(distdir) && $(am__tar) | bzip2 -9 -c >$(distdir).tar.bz2
+       $(am__remove_distdir)
+
+dist-lzma: distdir
+       tardir=$(distdir) && $(am__tar) | lzma -9 -c >$(distdir).tar.lzma
+       $(am__remove_distdir)
+
+dist-tarZ: distdir
+       tardir=$(distdir) && $(am__tar) | compress -c >$(distdir).tar.Z
+       $(am__remove_distdir)
+
+dist-shar: distdir
+       shar $(distdir) | GZIP=$(GZIP_ENV) gzip -c >$(distdir).shar.gz
+       $(am__remove_distdir)
+
+dist-zip: distdir
+       -rm -f $(distdir).zip
+       zip -rq $(distdir).zip $(distdir)
+       $(am__remove_distdir)
+
+dist dist-all: distdir
+       tardir=$(distdir) && $(am__tar) | GZIP=$(GZIP_ENV) gzip -c >$(distdir).tar.gz
+       $(am__remove_distdir)
+
+# This target untars the dist file and tries a VPATH configuration.  Then
+# it guarantees that the distribution is self-contained by making another
+# tarfile.
+distcheck: dist
+       case '$(DIST_ARCHIVES)' in \
+       *.tar.gz*) \
+         GZIP=$(GZIP_ENV) gunzip -c $(distdir).tar.gz | $(am__untar) ;;\
+       *.tar.bz2*) \
+         bunzip2 -c $(distdir).tar.bz2 | $(am__untar) ;;\
+       *.tar.lzma*) \
+         unlzma -c $(distdir).tar.lzma | $(am__untar) ;;\
+       *.tar.Z*) \
+         uncompress -c $(distdir).tar.Z | $(am__untar) ;;\
+       *.shar.gz*) \
+         GZIP=$(GZIP_ENV) gunzip -c $(distdir).shar.gz | unshar ;;\
+       *.zip*) \
+         unzip $(distdir).zip ;;\
+       esac
+       chmod -R a-w $(distdir); chmod a+w $(distdir)
+       mkdir $(distdir)/_build
+       mkdir $(distdir)/_inst
+       chmod a-w $(distdir)
+       dc_install_base=`$(am__cd) $(distdir)/_inst && pwd | sed -e 's,^[^:\\/]:[\\/],/,'` \
+         && dc_destdir="$${TMPDIR-/tmp}/am-dc-$$$$/" \
+         && cd $(distdir)/_build \
+         && ../configure --srcdir=.. --prefix="$$dc_install_base" \
+           $(DISTCHECK_CONFIGURE_FLAGS) \
+         && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) \
+         && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) dvi \
+         && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) check \
+         && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) install \
+         && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) installcheck \
+         && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) uninstall \
+         && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) distuninstallcheck_dir="$$dc_install_base" \
+               distuninstallcheck \
+         && chmod -R a-w "$$dc_install_base" \
+         && ({ \
+              (cd ../.. && umask 077 && mkdir "$$dc_destdir") \
+              && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) DESTDIR="$$dc_destdir" install \
+              && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) DESTDIR="$$dc_destdir" uninstall \
+              && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) DESTDIR="$$dc_destdir" \
+                   distuninstallcheck_dir="$$dc_destdir" distuninstallcheck; \
+             } || { rm -rf "$$dc_destdir"; exit 1; }) \
+         && rm -rf "$$dc_destdir" \
+         && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) dist \
+         && rm -rf $(DIST_ARCHIVES) \
+         && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) distcleancheck
+       $(am__remove_distdir)
+       @(echo "$(distdir) archives ready for distribution: "; \
+         list='$(DIST_ARCHIVES)'; for i in $$list; do echo $$i; done) | \
+         sed -e 1h -e 1s/./=/g -e 1p -e 1x -e '$$p' -e '$$x'
+distuninstallcheck:
+       @cd $(distuninstallcheck_dir) \
+       && test `$(distuninstallcheck_listfiles) | wc -l` -le 1 \
+          || { echo "ERROR: files left after uninstall:" ; \
+               if test -n "$(DESTDIR)"; then \
+                 echo "  (check DESTDIR support)"; \
+               fi ; \
+               $(distuninstallcheck_listfiles) ; \
+               exit 1; } >&2
+distcleancheck: distclean
+       @if test '$(srcdir)' = . ; then \
+         echo "ERROR: distcleancheck can only run from a VPATH build" ; \
+         exit 1 ; \
+       fi
+       @test `$(distcleancheck_listfiles) | wc -l` -eq 0 \
+         || { echo "ERROR: files left in build directory after distclean:" ; \
+              $(distcleancheck_listfiles) ; \
+              exit 1; } >&2
+check-am: all-am
+check: check-recursive
+all-am: Makefile $(DATA)
+installdirs: installdirs-recursive
+installdirs-am:
+       for dir in "$(DESTDIR)$(docdir)" "$(DESTDIR)$(pkgconfigdir)"; do \
+         test -z "$$dir" || $(MKDIR_P) "$$dir"; \
+       done
+install: install-recursive
+install-exec: install-exec-recursive
+install-data: install-data-recursive
+uninstall: uninstall-recursive
+
+install-am: all-am
+       @$(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) install-exec-am install-data-am
+
+installcheck: installcheck-recursive
+install-strip:
+       $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) INSTALL_PROGRAM="$(INSTALL_STRIP_PROGRAM)" \
+         install_sh_PROGRAM="$(INSTALL_STRIP_PROGRAM)" INSTALL_STRIP_FLAG=-s \
+         `test -z '$(STRIP)' || \
+           echo "INSTALL_PROGRAM_ENV=STRIPPROG='$(STRIP)'"` install
+mostlyclean-generic:
+
+clean-generic:
+
+distclean-generic:
+       -test -z "$(CONFIG_CLEAN_FILES)" || rm -f $(CONFIG_CLEAN_FILES)
+
+maintainer-clean-generic:
+       @echo "This command is intended for maintainers to use"
+       @echo "it deletes files that may require special tools to rebuild."
+clean: clean-recursive
+
+clean-am: clean-generic clean-libtool mostlyclean-am
+
+distclean: distclean-recursive
+       -rm -f $(am__CONFIG_DISTCLEAN_FILES)
+       -rm -f Makefile
+distclean-am: clean-am distclean-generic distclean-libtool \
+       distclean-tags
+
+dvi: dvi-recursive
+
+dvi-am:
+
+html: html-recursive
+
+info: info-recursive
+
+info-am:
+
+install-data-am: install-dist_docDATA install-pkgconfigDATA
+
+install-dvi: install-dvi-recursive
+
+install-exec-am:
+
+install-html: install-html-recursive
+
+install-info: install-info-recursive
+
+install-man:
+
+install-pdf: install-pdf-recursive
+
+install-ps: install-ps-recursive
+
+installcheck-am:
+
+maintainer-clean: maintainer-clean-recursive
+       -rm -f $(am__CONFIG_DISTCLEAN_FILES)
+       -rm -rf $(top_srcdir)/autom4te.cache
+       -rm -f Makefile
+maintainer-clean-am: distclean-am maintainer-clean-generic
+
+mostlyclean: mostlyclean-recursive
+
+mostlyclean-am: mostlyclean-generic mostlyclean-libtool
+
+pdf: pdf-recursive
+
+pdf-am:
+
+ps: ps-recursive
+
+ps-am:
+
+uninstall-am: uninstall-dist_docDATA uninstall-pkgconfigDATA
+
+.MAKE: $(RECURSIVE_CLEAN_TARGETS) $(RECURSIVE_TARGETS) install-am \
+       install-strip
+
+.PHONY: $(RECURSIVE_CLEAN_TARGETS) $(RECURSIVE_TARGETS) CTAGS GTAGS \
+       all all-am am--refresh check check-am clean clean-generic \
+       clean-libtool ctags ctags-recursive dist dist-all dist-bzip2 \
+       dist-gzip dist-lzma dist-shar dist-tarZ dist-zip distcheck \
+       distclean distclean-generic distclean-libtool distclean-tags \
+       distcleancheck distdir distuninstallcheck dvi dvi-am html \
+       html-am info info-am install install-am install-data \
+       install-data-am install-dist_docDATA install-dvi \
+       install-dvi-am install-exec install-exec-am install-html \
+       install-html-am install-info install-info-am install-man \
+       install-pdf install-pdf-am install-pkgconfigDATA install-ps \
+       install-ps-am install-strip installcheck installcheck-am \
+       installdirs installdirs-am maintainer-clean \
+       maintainer-clean-generic mostlyclean mostlyclean-generic \
+       mostlyclean-libtool pdf pdf-am ps ps-am tags tags-recursive \
+       uninstall uninstall-am uninstall-dist_docDATA \
+       uninstall-pkgconfigDATA
+
+
+bug-tests: all
+       cd bug-tests && $(SHELL) bug-tests.sh;
+
+#dist-hook:
+#      svnversion . > $(distdir)/src/svnversion.h 2>/dev/null
+# Tell versions [3.59,3.63) of GNU make to not export all variables.
+# Otherwise a system limit (for SysV at least) may be exceeded.
+.NOEXPORT:
diff --git a/binaries/src/clustalo/NEWS b/binaries/src/clustalo/NEWS
new file mode 100644 (file)
index 0000000..e69de29
diff --git a/binaries/src/clustalo/README b/binaries/src/clustalo/README
new file mode 100644 (file)
index 0000000..109f65e
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,619 @@
+\r
+\r
+CLUSTAL-OMEGA is a general purpose multiple sequence alignment program\r
+for proteins.\r
+\r
+\r
+\r
+INTRODUCTION\r
+\r
+Clustal-Omega is a general purpose multiple sequence alignment (MSA)\r
+program for proteins. It produces high quality MSAs and is capable of\r
+handling data-sets of hundreds of thousands of sequences in reasonable\r
+time.\r
+\r
+In default mode, users give a file of sequences to be aligned and\r
+these are clustered to produce a guide tree and this is used to guide\r
+a "progressive alignment" of the sequences.  There are also facilities\r
+for aligning existing alignments to each other, aligning a sequence to\r
+an alignment and for using a hidden Markov model (HMM) to help guide\r
+an alignment of new sequences that are homologous to the sequences\r
+used to make the HMM.  This latter procedure is referred to as\r
+"external profile alignment" or EPA.\r
+\r
+Clustal-Omega uses HMMs for the alignment engine, based on the HHalign\r
+package from Johannes Soeding [1]. Guide trees are made using an\r
+enhanced version of mBed [2] which can cluster very large numbers of\r
+sequences in O(N*log(N)) time. Multiple alignment then proceeds by\r
+aligning larger and larger alignments using HHalign, following the\r
+clustering given by the guide tree.\r
+\r
+In its current form Clustal-Omega can only align protein sequences but\r
+not DNA/RNA sequences. It is envisioned that DNA/RNA will become\r
+available in a future version.\r
+\r
+\r
+\r
+SEQUENCE INPUT:\r
+\r
+-i, --in, --infile={<file>,-}\r
+       Multiple sequence input file (- for stdin)\r
+\r
+--hmm-in=<file>\r
+       HMM input files\r
+\r
+--dealign\r
+       Dealign input sequences\r
+\r
+--profile1, --p1=<file>\r
+       Pre-aligned multiple sequence file (aligned columns will be kept fixed)\r
+\r
+--profile2, --p2=<file>\r
+       Pre-aligned multiple sequence file (aligned columns will be kept fixed)\r
+\r
+\r
+For sequence and profile input Clustal-Omega uses the Squid library\r
+from Sean Eddy [3].\r
+\r
+\r
+Clustal-Omega accepts 3 types of sequence input: (i) a sequence file\r
+with un-aligned or aligned sequences, (ii) profiles (a multiple\r
+alignment in a file) of aligned sequences, (iii) a HMM. Valid\r
+combinations of the above are:\r
+\r
+(a) one file with un-aligned or aligned sequences (i); the sequences\r
+    will be aligned, and the alignment will be written out. For this\r
+    mode use the -i flag. If the sequences are aligned (all sequences\r
+    have the same length and at least one sequence has at least one\r
+    gap), then the alignment is turned into a HMM, the sequences are\r
+    de-aligned and the now un-aligned sequences are aligned using the\r
+    HMM as an External Profile for External Profile Alignment (EPA).\r
+    If no EPA is desired use the --dealign flag.\r
+\r
+    Use the above option to make a multiple alignment from a set of\r
+    sequences. A sequence file must contain more than one sequence (at\r
+    least two sequences).\r
+\r
+(b) two profiles (ii)+(ii); the columns in each profile will be kept\r
+    fixed and the alignment of the two profiles will be written\r
+    out. Use the --p1 and --p2 flags for this mode.\r
+\r
+    Use this option to align two alignments (profiles) together.\r
+\r
+(c) one file with un/aligned sequences (i) and one profile (ii); the\r
+    profile is converted into a HMM and the un-aligned sequences will\r
+    be multiply aligned (using the HMM background information) to form\r
+    a profile; this constructed profile is aligned with the input\r
+    profile; the columns in each profile (the original one and the one\r
+    created from the un-aligned sequences) will be kept fixed and the\r
+    alignment of the two profiles will be written out. Use the -i flag\r
+    in conjunction with the --p1 flag for this mode.\r
+      The un/aligned sequences file (i) must contain at least two\r
+    sequences. If a single sequence has to be aligned with a profile\r
+    the profile-profile option (b) has to be used.\r
+\r
+    Use the above option to add new sequences to an existing\r
+    alignment.\r
+\r
+(d) one file with un-aligned sequences (i) and one HMM (iii); the\r
+    un-aligned sequences will be aligned to form a profile, using the\r
+    HMM as an External Profile. So far only one HMM can be input and\r
+    only HMMer2 and HMMer3 formats are allowed. The alignment will be\r
+    written out; the HMM information is discarded. As, at the moment,\r
+    only one HMM can be used, no HMM is produced if the sequences are\r
+    already aligned. Use the -i flag in conjunction with the --hmm-in\r
+    flag for this mode. Multiple HMMs can be inputted, however, in the\r
+    current version all but the first HMM will be ignored.\r
+\r
+    Use this option to make a new multiple alignment of sequences from\r
+    the input file and use the HMM as a guide (EPA).\r
+\r
+\r
+Invalid combinations of the above are:\r
+\r
+(v) an un/aligned sequence file containing just one sequence (i)\r
+\r
+(w) an un/aligned sequence file containing just one sequence and a profile\r
+    (i)+(ii)\r
+\r
+(x) an un/aligned sequence file containing just one sequence and a HMM\r
+    (i)+(iii)\r
+\r
+(y) two or more HMMs (iii)+(iii)+... cannot be aligned to one another.\r
+\r
+(z) one profile (ii) cannot be aligned with a HMM (iii)\r
+\r
+\r
+The following MSA file formats are allowed:\r
+\r
+    a2m=fasta, (vienna)\r
+    clustal,\r
+    msf,\r
+    phylip,\r
+    selex,\r
+    stockholm\r
+\r
+\r
+Prior to MSA, Clustal-Omega de-aligns all sequence input (i). However,\r
+alignment information is automatically converted into a HMM and used\r
+during MSA, unless the --dealign flag is specifically set.  Profiles\r
+(ii) are not de-aligned.\r
+\r
+The Clustal-Omega alignment engine can at the moment not process\r
+DNA/RNA. If a sequence input file (i) or a profile (ii) is interpreted\r
+as DNA/RNA the program will terminate during the file input stage.\r
+\r
+\r
+\r
+CLUSTERING:\r
+\r
+  --distmat-in=<file>\r
+       Pairwise distance matrix input file (skips distance computation)\r
+\r
+  --distmat-out=<file>\r
+       Pairwise distance matrix output file\r
+\r
+  --guidetree-in=<file>\r
+       Guide tree input file\r
+       (skips distance computation and guide tree clustering step)\r
+\r
+  --guidetree-out=<file>\r
+       Guide tree output file\r
+\r
+  --full\r
+       Use full distance matrix for guide-tree calculation (slow; mBed is default)\r
+\r
+  --full-iter\r
+       Use full distance matrix for guide-tree calculation during iteration (mBed is default)\r
+\r
+\r
+In order to produce a multiple alignment Clustal-Omega requires a\r
+guide tree which defines the order in which sequences/profiles are\r
+aligned. A guide tree in turn is constructed, based on a distance\r
+matrix. Conventionally, this distance matrix is comprised of all the\r
+pair-wise distances of the sequences. The distance measure\r
+Clustal-Omega uses for pair-wise distances of un-aligned sequences is\r
+the k-tuple measure [4], which was also implemented in Clustal 1.83\r
+and ClustalW2 [5,6]. If the sequences inputted via -i are aligned\r
+Clustal-Omega uses the Kimura-corrected pairwise aligned identities\r
+[7]. The computational effort (time/memory) to calculate and store a\r
+full distance matrix grows quadratically with the number of sequences.\r
+Clustal-Omega can improve this scalability to N*log(N) by employing a\r
+fast clustering algorithm called mBed [2]; this option is\r
+automatically invoked (default). If a full distance matrix evaluation\r
+is desired, then the --full flag has to be set. The mBed mode\r
+calculates a reduced set of pair-wise distances. These distances are\r
+used in a k-means algorithm, that clusters at most 100 sequences. For\r
+each cluster a full distance matrix is calculated. No full distance\r
+matrix (of all input sequences) is calculated in mBed mode. If there\r
+are less than 100 sequences in the input, then in effect a full\r
+distance matrix is calculated in mBed mode, however, no distance\r
+matrix can be outputted (see below).\r
+\r
+\r
+Clustal-Omega uses Muscle's [8] fast UPGMA implementation to construct\r
+its guide trees from the distance matrix. By default, the distance\r
+matrix is used internally to construct the guide tree and is then\r
+discarded. By specifying --distmat-out the internal distance matrix\r
+can be written to file. This is only possible in --full mode. The\r
+guide trees by default are used internally to guide the multiple\r
+alignment and are then discarded. By specifying the --guidetree-out\r
+option these internal guide trees can be written out to\r
+file. Conversely, the distance calculation and/or guide tree building\r
+stage can be skipped, by reading in a pre-calculated distance matrix\r
+and/or pre-calculated guide tree. These options are invoked by\r
+specifying the --distmat-in and/or --guidetree-in flags,\r
+respectively. However, distance matrix reading is disabled in the\r
+current version. By default, distance matrix and guide tree files are\r
+not over-written, if a file with the specified name already exists. In\r
+this case Clustal-Omega aborts during the command-line processing\r
+stage. To force over-writing of already existing files use the --force\r
+flag (see MISCELLANEOUS).  In mBed mode a full distance matrix cannot\r
+be outputted, distance matrix output is only possible in --full mode.\r
+mBed or --full distance mode do not affect the ability to write out\r
+guide-trees.\r
+\r
+Guide trees can be iterated to refine the alignment (see section\r
+ITERATION). Clustal-Omega takes the alignment, that was produced\r
+initially and constructs a new distance matrix from this alignment.\r
+The distance measure used at this stage is the Kimura distance [7]. By\r
+default, Clustal-Omega constructs a reduced distance matrix at this\r
+stage using the mBed algorithm, which will then be used to create an\r
+improved (iterated) new guide tree. To turn off mBed-like clustering\r
+at this stage the --full-iter flag has to be set. While Kimura\r
+distances in general are much faster to calculate than k-tuple\r
+distances, time and memory requirements still scale quadratically with\r
+the number of sequences and --full-iter clustering should only be\r
+considered for smaller cases (<< 10,000 sequences).\r
+\r
+\r
+\r
+ALIGNMENT OUTPUT:\r
+\r
+  -o, --out, --outfile={file,-} Multiple sequence alignment output file (default: stdout)\r
+\r
+  --outfmt={a2m=fa[sta],clu[stal],msf,phy[lip],selex,st[ockholm],vie[nna]} MSA output file format (default: fasta)\r
+\r
+\r
+By default Clustal-Omega writes its results (alignments) to stdout. An\r
+output file can be specified with the -o flag. Output to stdout is not\r
+possible in verbose mode (-v, see MISCELLANEOUS) as verbose/debugging\r
+messages would interfere with the alignment output.  By default,\r
+alignment files are not over-written, if a file with the specified\r
+name already exists. In this case Clustal-Omega aborts during the\r
+command-line processing stage. To force over-writing of already\r
+existing files use the --force flag (see MISCELLANEOUS).\r
+\r
+Clustal-Omega can output alignments in various formats by setting the\r
+--outfmt flag:\r
+\r
+  * for Fasta format set: --outfmt=a2m  or  --outfmt=fa  or  --outfmt=fasta\r
+\r
+  * for Clustal format set: --outfmt=clu  or  --outfmt=clustal\r
+\r
+  * for Msf format: set --outfmt= msf\r
+\r
+  * for Phylip format set: --outfmt=phy  or  --outfmt=phylip\r
+\r
+  * for Selex format set: --outfmt=selex\r
+\r
+  * for Stockholm format set: --outfmt=st  or  --outfmt=stockholm\r
+\r
+  * for Vienna format set: --outfmt=vie  or  --outfmt=vienna\r
+\r
+\r
+ITERATION:\r
+\r
+  --iterations, --iter=<n>  Number of (combined guide tree/HMM) iterations\r
+\r
+  --max-guidetree-iterations=<n> Maximum guide tree iterations\r
+\r
+  --max-hmm-iterations=<n>  Maximum number of HMM iterations\r
+\r
+\r
+By default, Clustal-Omega calculates (or reads in) a guide tree and\r
+performs a multiple alignment in the order specified by this guide\r
+tree. This alignment is then outputted. Clustal-Omega can 'iterate'\r
+its guide tree. The hope is that the (Kimura) distances, that can be\r
+derived from the initial alignment, will give rise to a better guide\r
+tree, and by extension, to a better alignment.\r
+\r
+A similar rationale applies to HMM-iteration. MSAs in general are very\r
+'vulnerable' at their early stages. Sequences that are aligned at an\r
+early stage remain fixed for the rest of the MSA. Another way of\r
+putting this is: 'once a gap, always a gap'. This behaviour can be\r
+mitigated by HMM iteration. An initial alignment is created and turned\r
+into a HMM. This HMM can help in a new round of MSA to 'anticipate'\r
+where residues should align. This is using the HMM as an External\r
+Profile and carrying out iterative EPA.  In practice, individual\r
+sequences and profiles are aligned to the External HMM, derived after\r
+the initial alignment. Pseudo-count information is then transferred to\r
+the (internal) HMM, corresponding to the individual\r
+sequence/profile. The now somewhat 'softened' sequences/profiles are\r
+then in turn aligned in the order specified by the guide\r
+tree. Pseudo-count transfer is reduced with the size of the\r
+profile. Individual sequences attain the greatest pseudo-count\r
+transfer, larger profiles less so. Pseudo-count transfer to profiles\r
+larger than, say, 10 is negligible. The effect of HMM iteration is\r
+more pronounced in larger test sets (that is, with more sequences).\r
+\r
+Both, HMM- and guide tree-iteration come at a cost of increasing the\r
+run-time. One round of guide tree iteration adds on (roughly) the time\r
+it took to construct the initial alignment. If, for example, the\r
+initial alignment took 1min, then it will take (roughly) 2min to\r
+iterate the guide tree once, 3min to iterate the guide tree twice, and\r
+so on. HMM-iteration is more costly, as each round of iteration adds\r
+three times the time required for the alignment stage. For example, if\r
+the initial alignment took 1min, then each additional round of HMM\r
+iteration will add on 3min; so 4 iterations will take 13min\r
+(=1min+4*3min). The factor of 3 stems from the fact that at every\r
+stage both intermediate profiles have to be aligned with the\r
+background HMM, and finally the (softened) HMMs have to be aligned as\r
+well. All times are quoted for single processors.\r
+\r
+By default, guide tree iteration and HMM-iteration are coupled. This\r
+means, at each iteration step both, guide tree and HMM, are\r
+re-calculated. This is invoked by setting the --iter flag. For\r
+example, if --iter=1, then first an initial alignment is produced\r
+(without external HMM background information and using k-tuple\r
+distances to calculate the guide tree). This initial alignment is then\r
+used to re-calculate a new guide tree (using Kimura distances) and to\r
+create a HMM. The new guide tree and the HMM are then used to produce\r
+a new MSA.\r
+\r
+Iteration of guide tree and HMM can be de-coupled. This means that the\r
+number of guide tree iterations and HMM iterations can be\r
+different. This can be done by combining the --iter flag with the\r
+--max-guidetree-iterations and/or the --max-hmm-iterations flag.  The\r
+number of guide tree iterations is the minimum of --iter and\r
+--max-guidetree-iterations, while the number of HMM iterations is the\r
+minimum of --iter and --max-hmm-iterations.  If, for example, HMM\r
+iteration should be performed 5 times but guide tree iteration should\r
+be performed only 3 times, then one should set --iter=5 and\r
+--max-guidetree-iterations=3. All three flags can be specified at the\r
+same time (however, this makes no sense). It is not sufficient just to\r
+specify --max-guidetree-iterations and --max-hmm-iterations but not\r
+--iter. If any iteration is desired --iter has to be set.\r
+\r
+\r
+LIMITS (will exit early, if exceeded):\r
+\r
+  --maxnumseq=<n>           Maximum allowed number of sequences\r
+\r
+  --maxseqlen=<l>           Maximum allowed sequence length\r
+\r
+Limits can be imposed on the number of sequences in the input file\r
+and/or the lengths of the sequences. This cap can be set with the\r
+--maxnumseq and --maxseqlen flags, respectively. Clustal-Omega will\r
+exit early, if these limits are exceeded.\r
+\r
+\r
+MISCELLANEOUS:\r
+\r
+  --auto                    Set options automatically (might overwrite some of your options)\r
+\r
+  --threads=<n>             Number of processors to use\r
+\r
+  -l, --log=<file>          Log all non-essential output to this file\r
+\r
+  -h, --help                Print help and exit\r
+\r
+  -v, --verbose             Verbose output (increases if given multiple times)\r
+\r
+  --version                 Print version information and exit\r
+\r
+  --long-version            Print long version information and exit\r
+\r
+  --force                   Force file overwriting\r
+\r
+\r
+Users may feel unsure which options are appropriate in certain\r
+situations even though using ClustalO without any special options\r
+should give you the desired results. The --auto flag tries to\r
+alleviate this problem and selects accuracy/speed flags according to\r
+the number of sequences. For all cases will use mBed and thereby\r
+possibly overwrite the --full option. For more than 1,000 sequences\r
+the iteration is turned off as the effect of iteration is more\r
+noticeable for 'larger' problems. Otherwise iterations are set to 1 if\r
+not already set to a higher value by the user. Expert users may want\r
+to avoid this flag and exercise more fine tuned control by selecting\r
+the appropriate options manually.\r
+\r
+Certain parts of the MSA calculation have been parallelised. Most\r
+noticeably, the distance matrix calculation, and certain aspects of\r
+the HMM building stage. Clustal-Omega uses OpenMP. By default,\r
+Clustal-Omega will attempt to use as many threads as possible. For\r
+example, on a 4-core machine Clustal-Omega will attempt to use 4\r
+threads. The number of threads can be limited by setting the --threads\r
+flag. This may be desirable, for example, in the case of\r
+benchmarking/timing.\r
+\r
+Usually, non-essential (verbose) output is written to screen. This\r
+output can be written to file by specifying the --log flag.\r
+\r
+Help is available by specifying the -h flag.\r
+\r
+By default Clustal-Omega does not print any information to stdout\r
+(other than the final alignment, if no output file is\r
+specified). Information concerning the progress of the alignment can\r
+be obtained by specifying one verbosity flag (-v). This may be\r
+desirable, to verify what Clustal-Omega is actually doing at the\r
+moment. If two verbosity flags (-v -v) are specified, command-line\r
+flags (explicitly and implicitly set) are printed in addition to the\r
+progress report.  Triple verbose level (-v -v -v) is the most verbose\r
+level. In addition to single- and double-verbose information much more\r
+information is displayed: input sequences and names, details of the\r
+tree construction and intermediate alignments. Tree construction\r
+information includes pairwise distances. The number of pairwise\r
+distances scales with the square of the number of sequences, and\r
+double verbose mode is probably only useful for a small number of\r
+sequences.\r
+\r
+The current version number of Clustal-Omega can be displayed by\r
+setting the --version flag.\r
+\r
+The current version number of Clustal-Omega as well as the code-name\r
+and the build date can be displayed by setting the --long-version\r
+flag.\r
+\r
+By default, Clustal-Omega does not over-write files. These can be (i)\r
+alignment output, (ii) distance matrix and (iii) guide\r
+tree. Overwriting can be forced by setting the --force flag.\r
+\r
+\r
+EXAMPLES:\r
+\r
+./clustalo -i globin.fa\r
+\r
+Clustal-Omega reads the sequence file globin.fa, aligns the sequences\r
+and prints the result to screen in fasta/a2m format.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i globin.fa -o globin.sto --outfmt=st\r
+\r
+If the file globin.sto does not exist, then Clustal-Omega reads the\r
+sequence file globin.fa, aligns the sequences and prints the result to\r
+globin.sto in Stockholm format. If the file globin.sto does exist\r
+already, then Clustal-Omega terminates the alignment process before\r
+reading globin.fa.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i globin.fa        -o globin.aln --outfmt=clu --force\r
+\r
+Clustal-Omega reads the sequence file globin.fa, aligns the sequences\r
+and prints the result to globin.aln in Clustal format, overwriting the\r
+file globin.aln, if it already exists.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i globin.fa --distmat-out=globin.mat --guidetree-out=globin.dnd --force\r
+\r
+Clustal-Omega reads the sequence file globin.fa, aligns the sequences,\r
+prints the result to screen in fasta/a2m format (default), the guide\r
+tree to globin.dnd and the distance matrix to globin.mat, overwriting\r
+those files if they already exist.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i globin.fa        --guidetree-in=globin.dnd\r
+\r
+Clustal-Omega reads the files globin.fa and globin.dnd, skipping\r
+distance calculation and guide tree creation, using instead the guide\r
+tree specified in globin.dnd.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i globin.fa --hmm-in=PF00042.hmm\r
+\r
+Clustal-Omega reads the sequence file globin.fa and the HMM file\r
+PF00042.hmm (in HMMer2 or HMMer3 format).  It then performs the\r
+alignment, transferring pseudo-count information contained in\r
+PF00042.hmm to the sequences/profiles during the MSA.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i globin.sto\r
+\r
+Clustal-Omega reads the file globin.sto (of aligned sequences in\r
+Stockholm format). It converts the alignment into a HMM, de-aligns the\r
+sequences and re-aligns them, transferring pseudo-count information to\r
+the sequences/profiles during the MSA. The guide tree is constructed\r
+using a full distance matrix of Kimura distances.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i globin.sto  --dealign\r
+\r
+Clustal-Omega reads the file globin.sto (of aligned sequences in\r
+Stockholm format). It de-aligns the sequences and then re-aligns\r
+them. No HMM is produced in the process, no pseudo-count information\r
+is transferred. Consequently, the output must be the same as for\r
+unaligned output (like in the first example ./clustalo -i globin.fa)\r
+\r
+\r
+./clustalo -i globin.fa --iter=2\r
+\r
+Clustal-Omega reads the file globin.fa, creates a UPGMA guide tree\r
+built from k-tuple distances, and performs an initial alignment. This\r
+initial alignment is converted into a HMM and a new guide tree is\r
+built from the Kimura distances of the initial alignment. The\r
+un-aligned sequences are then aligned (for the second time but this\r
+time) using pseudo-count information from the HMM created after the\r
+initial alignment (and using the new guide tree). This second\r
+alignment is then again converted into a HMM and a new guide tree is\r
+constructed. The un-aligned sequences are then aligned (for a third\r
+time), again using pseudo-count information of the HMM from the\r
+previous step and the most recent guide tree. The final alignment is\r
+written to screen.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i globin.fa --iter=5 --max-guidetree-iterations=1\r
+\r
+Clustal-Omega reads the file globin.fa, creates a UPGMA guide tree\r
+built from k-tuple distances, and performs an initial alignment. This\r
+initial alignment is converted into a HMM and a new guide tree is\r
+built from the Kimura distances of the initial alignment. The\r
+un-aligned sequences are then aligned (for the second time but this\r
+time) using pseudo-count information from the HMM created after the\r
+initial alignment (and using the new guide tree). For the last 4\r
+iterations the guide tree is left unchanged and only HMM iteration is\r
+performed. This means that intermediate alignments are converted to\r
+HMMs, and these intermediate HMMs are used to guide the MSA during\r
+subsequent iteration stages.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i globin.fa -o globin.a2m -v\r
+\r
+In case the file globin.a2m does not exist, Clustal-Omega reads the\r
+file globin.fa, prints a progress report to screen and writes the\r
+alignment in (default) Fasta format to globin.a2m. The progress report\r
+consists of the number of threads used, the number of sequences read,\r
+the current progress in the k-tuple distance calculation, completion\r
+of the guide tree computation and current progress of the MSA stage.\r
+If the file globin.a2m already exists Clustal-Omega aborts before\r
+reading the file globin.fa. Note that in verbose mode an output file\r
+has to be specified, because progress/debugging information, which is\r
+printed to screen, would interfere with the alignment being printed to\r
+screen.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i PF00042_full.fa --dealign --full --outfmt=vie -o PF00042_full.vie --force\r
+\r
+Clustal-Omega reads the file PF00042_full.fa. This file contains\r
+several thousand aligned sequences. --dealign tells Clustal-Omega to\r
+erase all alignment information and re-align the sequences from\r
+scratch. As there are several thousand sequences calculating a full\r
+distance matrix may be slow. Setting the --full flag specifically\r
+selects the full distance mode over the default mBed mode. The\r
+alignment is then written out in Vienna format (fasta format all on\r
+one line, no line breaks per sequence) to file PF00042_full.vie.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i PF00042_full.fa --dealign --outfmt=vie -o PF00042_full.vie --force\r
+\r
+Clustal-Omega reads the file PF00042_full.fa. This file contains\r
+several thousand aligned sequences. --dealign tells Clustal-Omega to\r
+erase all alignment information and re-align the sequences from\r
+scratch. Calculating the distance matrix will be done by mBed\r
+(default). Clustal-Omega will calculate pairwise distances to a\r
+small number of reference sequences only. This will give a significant\r
+speed-up. The speed-up is greater for larger families (more\r
+sequences). The alignment is then written out in Vienna format (fasta\r
+format all on one line, no line breaks per sequence) to file\r
+PF00042_full.vie.\r
+\r
+\r
+./clustalo --p1=globin.sto --p2=PF00042_full.vie -o globin+pf00042.fa\r
+\r
+Clustal-Omega reads files globin.sto and PF00042_full.vie of aligned\r
+sequences (profiles). Both profiles are then aligned. The relative\r
+positions of residues in both profiles are not changed during this\r
+alignment, however, columns of gaps may be inserted into the profiles,\r
+respectively. The final alignment is written to file globin+pf00042.fa\r
+in fasta format.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i globin.fa --p1=PF00042_full.vie -o pf00042+globin.fa\r
+\r
+Clustal-Omega reads file globin.fa of un-aligned sequences and the\r
+profile (of aligned sequences) in file PF00042_full.vie. A HMM is\r
+created from the profile. This HMM is used to guide the alignment of\r
+the un-aligned sequences in globin.fa. The profile that was generated\r
+during this alignment of un-aligned globin.fa sequences is then\r
+aligned to the input profile PF00042_full.vie. The relative positions\r
+of residues in profile PF00042_full.vie is not changed during this\r
+alignment, however, columns of gaps may be inserted into the\r
+profile. The final alignment is output to file pf00042+globin.fa in\r
+fasta format. The alignment in this example may be slightly different\r
+from the alignment in the previous example, because no HMM guidance\r
+was used generate the profile globin.sto. In this example HMM guidance\r
+was used to align the sequences in globin.fa; the hope being that this\r
+intermediate alignment will have profited from the bigger profile.\r
+\r
+\r
+\r
+LITERATURE:\r
+\r
+[1] Johannes Soding (2005) Protein homology detection by HMM-HMM\r
+    comparison. Bioinformatics 21 (7): 951–960.\r
+\r
+[2] Blackshields G, Sievers F, Shi W, Wilm A, Higgins DG.  Sequence\r
+    embedding for fast construction of guide trees for multiple\r
+    sequence alignment.  Algorithms Mol Biol. 2010 May 14;5:21.\r
+\r
+[3] http://www.genetics.wustl.edu/eddy/software/#squid\r
+\r
+[4] Wilbur and Lipman, 1983; PMID 6572363\r
+\r
+[5] Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ.  (1994). CLUSTAL W: improving\r
+    the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through\r
+    sequence weighting, position-specific gap penalties and weight\r
+    matrix choice. Nucleic Acids Res., 22, 4673-4680.\r
+\r
+[6] Larkin MA, Blackshields G, Brown NP, Chenna R, McGettigan PA,\r
+    McWilliam H, Valentin F, Wallace IM, Wilm A, Lopez R, Thompson JD,\r
+    Gibson TJ, Higgins DG.  (2007). Clustal W and Clustal X version\r
+    2.0. Bioinformatics, 23, 2947-2948.\r
+\r
+[7] Kimura M (1980). "A simple method for estimating evolutionary\r
+    rates of base substitutions through comparative studies of\r
+    nucleotide sequences". Journal of Molecular Evolution 16: 111–120.\r
+\r
+[8] Edgar, R.C. (2004) MUSCLE: multiple sequence alignment with high\r
+    accuracy and high throughput.Nucleic Acids Res. 32(5):1792-1797.\r
+\r
diff --git a/binaries/src/clustalo/TODO b/binaries/src/clustalo/TODO
new file mode 100644 (file)
index 0000000..9df01b3
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,45 @@
+IMPORTANT
+---------
+
+- consensus output (sto,aln) and compatibilety with bioperl/biopython
+
+- Split Homfam refs in two. Use one part as background HMM, the other parts
+  for benchmarking
+
+- Implement meta flags:
+  accurate: --iterations 3
+  default:  --mbed --iterations 1
+  fast: --mbed
+  and for more than 10k sequences: --mbed --mbed-iter
+
+- SSE instructions for hhalign (little use in ClustalO frontend; DD)
+  /
+  Patch new code which already contains SSE instructions
+
+  also fix automake/configure then
+
+- Multi-HMMs; also for Pfam+iteration (FS)
+
+- Show degradation of alignment quality when using x reference sequences
+  added to y random/false sequences
+  (Lio Pachter)
+
+- Seed pre-alignment with M-Coffee, MSAProbs, ...
+
+- GUI/API:
+  Will have to catch/override exits from source.
+  find . -name \*.c -or -name \*.cpp -or -name \*.h | xargs grep 'exit('
+  Also best to allow for user override of
+  void Fatal(char *msg, ...);
+  void Error(char *msg, ...);
+  void Warn(char *msg, ...);
+  void Info(int level, char *msg, ...);
+
+
+- Soeding: DNA/RNA alignment incl. reading of nucleotide HMMs
+
+- Automatic HMM-selection/search/download for input
+
+- Structure input: Psipred predictions are apparently part of their
+  hhms and should therefore be ready to use (part automatic
+  HMM-selection)
diff --git a/binaries/src/clustalo/aclocal.m4 b/binaries/src/clustalo/aclocal.m4
new file mode 100644 (file)
index 0000000..7a8bfaa
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,925 @@
+# generated automatically by aclocal 1.10.2 -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2004,
+# 2005, 2006, 2007, 2008  Free Software Foundation, Inc.
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# This program is distributed in the hope that it will be useful,
+# but WITHOUT ANY WARRANTY, to the extent permitted by law; without
+# even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A
+# PARTICULAR PURPOSE.
+
+m4_ifndef([AC_AUTOCONF_VERSION],
+  [m4_copy([m4_PACKAGE_VERSION], [AC_AUTOCONF_VERSION])])dnl
+m4_if(m4_defn([AC_AUTOCONF_VERSION]), [2.63],,
+[m4_warning([this file was generated for autoconf 2.63.
+You have another version of autoconf.  It may work, but is not guaranteed to.
+If you have problems, you may need to regenerate the build system entirely.
+To do so, use the procedure documented by the package, typically `autoreconf'.])])
+
+# Copyright (C) 2002, 2003, 2005, 2006, 2007, 2008  Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# AM_AUTOMAKE_VERSION(VERSION)
+# ----------------------------
+# Automake X.Y traces this macro to ensure aclocal.m4 has been
+# generated from the m4 files accompanying Automake X.Y.
+# (This private macro should not be called outside this file.)
+AC_DEFUN([AM_AUTOMAKE_VERSION],
+[am__api_version='1.10'
+dnl Some users find AM_AUTOMAKE_VERSION and mistake it for a way to
+dnl require some minimum version.  Point them to the right macro.
+m4_if([$1], [1.10.2], [],
+      [AC_FATAL([Do not call $0, use AM_INIT_AUTOMAKE([$1]).])])dnl
+])
+
+# _AM_AUTOCONF_VERSION(VERSION)
+# -----------------------------
+# aclocal traces this macro to find the Autoconf version.
+# This is a private macro too.  Using m4_define simplifies
+# the logic in aclocal, which can simply ignore this definition.
+m4_define([_AM_AUTOCONF_VERSION], [])
+
+# AM_SET_CURRENT_AUTOMAKE_VERSION
+# -------------------------------
+# Call AM_AUTOMAKE_VERSION and AM_AUTOMAKE_VERSION so they can be traced.
+# This function is AC_REQUIREd by AM_INIT_AUTOMAKE.
+AC_DEFUN([AM_SET_CURRENT_AUTOMAKE_VERSION],
+[AM_AUTOMAKE_VERSION([1.10.2])dnl
+m4_ifndef([AC_AUTOCONF_VERSION],
+  [m4_copy([m4_PACKAGE_VERSION], [AC_AUTOCONF_VERSION])])dnl
+_AM_AUTOCONF_VERSION(m4_defn([AC_AUTOCONF_VERSION]))])
+
+# AM_AUX_DIR_EXPAND                                         -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 2001, 2003, 2005  Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# For projects using AC_CONFIG_AUX_DIR([foo]), Autoconf sets
+# $ac_aux_dir to `$srcdir/foo'.  In other projects, it is set to
+# `$srcdir', `$srcdir/..', or `$srcdir/../..'.
+#
+# Of course, Automake must honor this variable whenever it calls a
+# tool from the auxiliary directory.  The problem is that $srcdir (and
+# therefore $ac_aux_dir as well) can be either absolute or relative,
+# depending on how configure is run.  This is pretty annoying, since
+# it makes $ac_aux_dir quite unusable in subdirectories: in the top
+# source directory, any form will work fine, but in subdirectories a
+# relative path needs to be adjusted first.
+#
+# $ac_aux_dir/missing
+#    fails when called from a subdirectory if $ac_aux_dir is relative
+# $top_srcdir/$ac_aux_dir/missing
+#    fails if $ac_aux_dir is absolute,
+#    fails when called from a subdirectory in a VPATH build with
+#          a relative $ac_aux_dir
+#
+# The reason of the latter failure is that $top_srcdir and $ac_aux_dir
+# are both prefixed by $srcdir.  In an in-source build this is usually
+# harmless because $srcdir is `.', but things will broke when you
+# start a VPATH build or use an absolute $srcdir.
+#
+# So we could use something similar to $top_srcdir/$ac_aux_dir/missing,
+# iff we strip the leading $srcdir from $ac_aux_dir.  That would be:
+#   am_aux_dir='\$(top_srcdir)/'`expr "$ac_aux_dir" : "$srcdir//*\(.*\)"`
+# and then we would define $MISSING as
+#   MISSING="\${SHELL} $am_aux_dir/missing"
+# This will work as long as MISSING is not called from configure, because
+# unfortunately $(top_srcdir) has no meaning in configure.
+# However there are other variables, like CC, which are often used in
+# configure, and could therefore not use this "fixed" $ac_aux_dir.
+#
+# Another solution, used here, is to always expand $ac_aux_dir to an
+# absolute PATH.  The drawback is that using absolute paths prevent a
+# configured tree to be moved without reconfiguration.
+
+AC_DEFUN([AM_AUX_DIR_EXPAND],
+[dnl Rely on autoconf to set up CDPATH properly.
+AC_PREREQ([2.50])dnl
+# expand $ac_aux_dir to an absolute path
+am_aux_dir=`cd $ac_aux_dir && pwd`
+])
+
+# AM_CONDITIONAL                                            -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 1997, 2000, 2001, 2003, 2004, 2005, 2006
+# Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# serial 8
+
+# AM_CONDITIONAL(NAME, SHELL-CONDITION)
+# -------------------------------------
+# Define a conditional.
+AC_DEFUN([AM_CONDITIONAL],
+[AC_PREREQ(2.52)dnl
+ ifelse([$1], [TRUE],  [AC_FATAL([$0: invalid condition: $1])],
+       [$1], [FALSE], [AC_FATAL([$0: invalid condition: $1])])dnl
+AC_SUBST([$1_TRUE])dnl
+AC_SUBST([$1_FALSE])dnl
+_AM_SUBST_NOTMAKE([$1_TRUE])dnl
+_AM_SUBST_NOTMAKE([$1_FALSE])dnl
+if $2; then
+  $1_TRUE=
+  $1_FALSE='#'
+else
+  $1_TRUE='#'
+  $1_FALSE=
+fi
+AC_CONFIG_COMMANDS_PRE(
+[if test -z "${$1_TRUE}" && test -z "${$1_FALSE}"; then
+  AC_MSG_ERROR([[conditional "$1" was never defined.
+Usually this means the macro was only invoked conditionally.]])
+fi])])
+
+# Copyright (C) 1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006
+# Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# serial 9
+
+# There are a few dirty hacks below to avoid letting `AC_PROG_CC' be
+# written in clear, in which case automake, when reading aclocal.m4,
+# will think it sees a *use*, and therefore will trigger all it's
+# C support machinery.  Also note that it means that autoscan, seeing
+# CC etc. in the Makefile, will ask for an AC_PROG_CC use...
+
+
+# _AM_DEPENDENCIES(NAME)
+# ----------------------
+# See how the compiler implements dependency checking.
+# NAME is "CC", "CXX", "GCJ", or "OBJC".
+# We try a few techniques and use that to set a single cache variable.
+#
+# We don't AC_REQUIRE the corresponding AC_PROG_CC since the latter was
+# modified to invoke _AM_DEPENDENCIES(CC); we would have a circular
+# dependency, and given that the user is not expected to run this macro,
+# just rely on AC_PROG_CC.
+AC_DEFUN([_AM_DEPENDENCIES],
+[AC_REQUIRE([AM_SET_DEPDIR])dnl
+AC_REQUIRE([AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS])dnl
+AC_REQUIRE([AM_MAKE_INCLUDE])dnl
+AC_REQUIRE([AM_DEP_TRACK])dnl
+
+ifelse([$1], CC,   [depcc="$CC"   am_compiler_list=],
+       [$1], CXX,  [depcc="$CXX"  am_compiler_list=],
+       [$1], OBJC, [depcc="$OBJC" am_compiler_list='gcc3 gcc'],
+       [$1], UPC,  [depcc="$UPC"  am_compiler_list=],
+       [$1], GCJ,  [depcc="$GCJ"  am_compiler_list='gcc3 gcc'],
+                   [depcc="$$1"   am_compiler_list=])
+
+AC_CACHE_CHECK([dependency style of $depcc],
+               [am_cv_$1_dependencies_compiler_type],
+[if test -z "$AMDEP_TRUE" && test -f "$am_depcomp"; then
+  # We make a subdir and do the tests there.  Otherwise we can end up
+  # making bogus files that we don't know about and never remove.  For
+  # instance it was reported that on HP-UX the gcc test will end up
+  # making a dummy file named `D' -- because `-MD' means `put the output
+  # in D'.
+  mkdir conftest.dir
+  # Copy depcomp to subdir because otherwise we won't find it if we're
+  # using a relative directory.
+  cp "$am_depcomp" conftest.dir
+  cd conftest.dir
+  # We will build objects and dependencies in a subdirectory because
+  # it helps to detect inapplicable dependency modes.  For instance
+  # both Tru64's cc and ICC support -MD to output dependencies as a
+  # side effect of compilation, but ICC will put the dependencies in
+  # the current directory while Tru64 will put them in the object
+  # directory.
+  mkdir sub
+
+  am_cv_$1_dependencies_compiler_type=none
+  if test "$am_compiler_list" = ""; then
+     am_compiler_list=`sed -n ['s/^#*\([a-zA-Z0-9]*\))$/\1/p'] < ./depcomp`
+  fi
+  for depmode in $am_compiler_list; do
+    # Setup a source with many dependencies, because some compilers
+    # like to wrap large dependency lists on column 80 (with \), and
+    # we should not choose a depcomp mode which is confused by this.
+    #
+    # We need to recreate these files for each test, as the compiler may
+    # overwrite some of them when testing with obscure command lines.
+    # This happens at least with the AIX C compiler.
+    : > sub/conftest.c
+    for i in 1 2 3 4 5 6; do
+      echo '#include "conftst'$i'.h"' >> sub/conftest.c
+      # Using `: > sub/conftst$i.h' creates only sub/conftst1.h with
+      # Solaris 8's {/usr,}/bin/sh.
+      touch sub/conftst$i.h
+    done
+    echo "${am__include} ${am__quote}sub/conftest.Po${am__quote}" > confmf
+
+    case $depmode in
+    nosideeffect)
+      # after this tag, mechanisms are not by side-effect, so they'll
+      # only be used when explicitly requested
+      if test "x$enable_dependency_tracking" = xyes; then
+       continue
+      else
+       break
+      fi
+      ;;
+    none) break ;;
+    esac
+    # We check with `-c' and `-o' for the sake of the "dashmstdout"
+    # mode.  It turns out that the SunPro C++ compiler does not properly
+    # handle `-M -o', and we need to detect this.
+    if depmode=$depmode \
+       source=sub/conftest.c object=sub/conftest.${OBJEXT-o} \
+       depfile=sub/conftest.Po tmpdepfile=sub/conftest.TPo \
+       $SHELL ./depcomp $depcc -c -o sub/conftest.${OBJEXT-o} sub/conftest.c \
+         >/dev/null 2>conftest.err &&
+       grep sub/conftst1.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       grep sub/conftst6.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       grep sub/conftest.${OBJEXT-o} sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       ${MAKE-make} -s -f confmf > /dev/null 2>&1; then
+      # icc doesn't choke on unknown options, it will just issue warnings
+      # or remarks (even with -Werror).  So we grep stderr for any message
+      # that says an option was ignored or not supported.
+      # When given -MP, icc 7.0 and 7.1 complain thusly:
+      #   icc: Command line warning: ignoring option '-M'; no argument required
+      # The diagnosis changed in icc 8.0:
+      #   icc: Command line remark: option '-MP' not supported
+      if (grep 'ignoring option' conftest.err ||
+          grep 'not supported' conftest.err) >/dev/null 2>&1; then :; else
+        am_cv_$1_dependencies_compiler_type=$depmode
+        break
+      fi
+    fi
+  done
+
+  cd ..
+  rm -rf conftest.dir
+else
+  am_cv_$1_dependencies_compiler_type=none
+fi
+])
+AC_SUBST([$1DEPMODE], [depmode=$am_cv_$1_dependencies_compiler_type])
+AM_CONDITIONAL([am__fastdep$1], [
+  test "x$enable_dependency_tracking" != xno \
+  && test "$am_cv_$1_dependencies_compiler_type" = gcc3])
+])
+
+
+# AM_SET_DEPDIR
+# -------------
+# Choose a directory name for dependency files.
+# This macro is AC_REQUIREd in _AM_DEPENDENCIES
+AC_DEFUN([AM_SET_DEPDIR],
+[AC_REQUIRE([AM_SET_LEADING_DOT])dnl
+AC_SUBST([DEPDIR], ["${am__leading_dot}deps"])dnl
+])
+
+
+# AM_DEP_TRACK
+# ------------
+AC_DEFUN([AM_DEP_TRACK],
+[AC_ARG_ENABLE(dependency-tracking,
+[  --disable-dependency-tracking  speeds up one-time build
+  --enable-dependency-tracking   do not reject slow dependency extractors])
+if test "x$enable_dependency_tracking" != xno; then
+  am_depcomp="$ac_aux_dir/depcomp"
+  AMDEPBACKSLASH='\'
+fi
+AM_CONDITIONAL([AMDEP], [test "x$enable_dependency_tracking" != xno])
+AC_SUBST([AMDEPBACKSLASH])dnl
+_AM_SUBST_NOTMAKE([AMDEPBACKSLASH])dnl
+])
+
+# Generate code to set up dependency tracking.              -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2008
+# Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+#serial 5
+
+# _AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS
+# ------------------------------
+AC_DEFUN([_AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS],
+[{
+  # Autoconf 2.62 quotes --file arguments for eval, but not when files
+  # are listed without --file.  Let's play safe and only enable the eval
+  # if we detect the quoting.
+  case $CONFIG_FILES in
+  *\'*) eval set x "$CONFIG_FILES" ;;
+  *)   set x $CONFIG_FILES ;;
+  esac
+  shift
+  for mf
+  do
+    # Strip MF so we end up with the name of the file.
+    mf=`echo "$mf" | sed -e 's/:.*$//'`
+    # Check whether this is an Automake generated Makefile or not.
+    # We used to match only the files named `Makefile.in', but
+    # some people rename them; so instead we look at the file content.
+    # Grep'ing the first line is not enough: some people post-process
+    # each Makefile.in and add a new line on top of each file to say so.
+    # Grep'ing the whole file is not good either: AIX grep has a line
+    # limit of 2048, but all sed's we know have understand at least 4000.
+    if sed -n 's,^#.*generated by automake.*,X,p' "$mf" | grep X >/dev/null 2>&1; then
+      dirpart=`AS_DIRNAME("$mf")`
+    else
+      continue
+    fi
+    # Extract the definition of DEPDIR, am__include, and am__quote
+    # from the Makefile without running `make'.
+    DEPDIR=`sed -n 's/^DEPDIR = //p' < "$mf"`
+    test -z "$DEPDIR" && continue
+    am__include=`sed -n 's/^am__include = //p' < "$mf"`
+    test -z "am__include" && continue
+    am__quote=`sed -n 's/^am__quote = //p' < "$mf"`
+    # When using ansi2knr, U may be empty or an underscore; expand it
+    U=`sed -n 's/^U = //p' < "$mf"`
+    # Find all dependency output files, they are included files with
+    # $(DEPDIR) in their names.  We invoke sed twice because it is the
+    # simplest approach to changing $(DEPDIR) to its actual value in the
+    # expansion.
+    for file in `sed -n "
+      s/^$am__include $am__quote\(.*(DEPDIR).*\)$am__quote"'$/\1/p' <"$mf" | \
+        sed -e 's/\$(DEPDIR)/'"$DEPDIR"'/g' -e 's/\$U/'"$U"'/g'`; do
+      # Make sure the directory exists.
+      test -f "$dirpart/$file" && continue
+      fdir=`AS_DIRNAME(["$file"])`
+      AS_MKDIR_P([$dirpart/$fdir])
+      # echo "creating $dirpart/$file"
+      echo '# dummy' > "$dirpart/$file"
+    done
+  done
+}
+])# _AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS
+
+
+# AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS
+# -----------------------------
+# This macro should only be invoked once -- use via AC_REQUIRE.
+#
+# This code is only required when automatic dependency tracking
+# is enabled.  FIXME.  This creates each `.P' file that we will
+# need in order to bootstrap the dependency handling code.
+AC_DEFUN([AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS],
+[AC_CONFIG_COMMANDS([depfiles],
+     [test x"$AMDEP_TRUE" != x"" || _AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS],
+     [AMDEP_TRUE="$AMDEP_TRUE" ac_aux_dir="$ac_aux_dir"])
+])
+
+
+# Copyright (C) 1996, 1998, 1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2005
+# Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# serial 3
+
+AC_DEFUN([AM_WITH_DMALLOC],
+[AC_MSG_CHECKING([if malloc debugging is wanted])
+AC_ARG_WITH(dmalloc,
+[  --with-dmalloc          use dmalloc, as in
+                         http://www.dmalloc.com/dmalloc.tar.gz],
+[if test "$withval" = yes; then
+  AC_MSG_RESULT(yes)
+  AC_DEFINE(WITH_DMALLOC,1,
+           [Define if using the dmalloc debugging malloc package])
+  LIBS="$LIBS -ldmalloc"
+  LDFLAGS="$LDFLAGS -g"
+else
+  AC_MSG_RESULT(no)
+fi], [AC_MSG_RESULT(no)])
+])
+
+AU_DEFUN([fp_WITH_DMALLOC], [AM_WITH_DMALLOC])
+
+# Copyright (C) 1996, 1997, 2000, 2001, 2003, 2005
+# Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# serial 8
+
+# AM_CONFIG_HEADER is obsolete.  It has been replaced by AC_CONFIG_HEADERS.
+AU_DEFUN([AM_CONFIG_HEADER], [AC_CONFIG_HEADERS($@)])
+
+# Do all the work for Automake.                             -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2004,
+# 2005, 2006, 2008 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# serial 13
+
+# This macro actually does too much.  Some checks are only needed if
+# your package does certain things.  But this isn't really a big deal.
+
+# AM_INIT_AUTOMAKE(PACKAGE, VERSION, [NO-DEFINE])
+# AM_INIT_AUTOMAKE([OPTIONS])
+# -----------------------------------------------
+# The call with PACKAGE and VERSION arguments is the old style
+# call (pre autoconf-2.50), which is being phased out.  PACKAGE
+# and VERSION should now be passed to AC_INIT and removed from
+# the call to AM_INIT_AUTOMAKE.
+# We support both call styles for the transition.  After
+# the next Automake release, Autoconf can make the AC_INIT
+# arguments mandatory, and then we can depend on a new Autoconf
+# release and drop the old call support.
+AC_DEFUN([AM_INIT_AUTOMAKE],
+[AC_PREREQ([2.60])dnl
+dnl Autoconf wants to disallow AM_ names.  We explicitly allow
+dnl the ones we care about.
+m4_pattern_allow([^AM_[A-Z]+FLAGS$])dnl
+AC_REQUIRE([AM_SET_CURRENT_AUTOMAKE_VERSION])dnl
+AC_REQUIRE([AC_PROG_INSTALL])dnl
+if test "`cd $srcdir && pwd`" != "`pwd`"; then
+  # Use -I$(srcdir) only when $(srcdir) != ., so that make's output
+  # is not polluted with repeated "-I."
+  AC_SUBST([am__isrc], [' -I$(srcdir)'])_AM_SUBST_NOTMAKE([am__isrc])dnl
+  # test to see if srcdir already configured
+  if test -f $srcdir/config.status; then
+    AC_MSG_ERROR([source directory already configured; run "make distclean" there first])
+  fi
+fi
+
+# test whether we have cygpath
+if test -z "$CYGPATH_W"; then
+  if (cygpath --version) >/dev/null 2>/dev/null; then
+    CYGPATH_W='cygpath -w'
+  else
+    CYGPATH_W=echo
+  fi
+fi
+AC_SUBST([CYGPATH_W])
+
+# Define the identity of the package.
+dnl Distinguish between old-style and new-style calls.
+m4_ifval([$2],
+[m4_ifval([$3], [_AM_SET_OPTION([no-define])])dnl
+ AC_SUBST([PACKAGE], [$1])dnl
+ AC_SUBST([VERSION], [$2])],
+[_AM_SET_OPTIONS([$1])dnl
+dnl Diagnose old-style AC_INIT with new-style AM_AUTOMAKE_INIT.
+m4_if(m4_ifdef([AC_PACKAGE_NAME], 1)m4_ifdef([AC_PACKAGE_VERSION], 1), 11,,
+  [m4_fatal([AC_INIT should be called with package and version arguments])])dnl
+ AC_SUBST([PACKAGE], ['AC_PACKAGE_TARNAME'])dnl
+ AC_SUBST([VERSION], ['AC_PACKAGE_VERSION'])])dnl
+
+_AM_IF_OPTION([no-define],,
+[AC_DEFINE_UNQUOTED(PACKAGE, "$PACKAGE", [Name of package])
+ AC_DEFINE_UNQUOTED(VERSION, "$VERSION", [Version number of package])])dnl
+
+# Some tools Automake needs.
+AC_REQUIRE([AM_SANITY_CHECK])dnl
+AC_REQUIRE([AC_ARG_PROGRAM])dnl
+AM_MISSING_PROG(ACLOCAL, aclocal-${am__api_version})
+AM_MISSING_PROG(AUTOCONF, autoconf)
+AM_MISSING_PROG(AUTOMAKE, automake-${am__api_version})
+AM_MISSING_PROG(AUTOHEADER, autoheader)
+AM_MISSING_PROG(MAKEINFO, makeinfo)
+AM_PROG_INSTALL_SH
+AM_PROG_INSTALL_STRIP
+AC_REQUIRE([AM_PROG_MKDIR_P])dnl
+# We need awk for the "check" target.  The system "awk" is bad on
+# some platforms.
+AC_REQUIRE([AC_PROG_AWK])dnl
+AC_REQUIRE([AC_PROG_MAKE_SET])dnl
+AC_REQUIRE([AM_SET_LEADING_DOT])dnl
+_AM_IF_OPTION([tar-ustar], [_AM_PROG_TAR([ustar])],
+              [_AM_IF_OPTION([tar-pax], [_AM_PROG_TAR([pax])],
+                            [_AM_PROG_TAR([v7])])])
+_AM_IF_OPTION([no-dependencies],,
+[AC_PROVIDE_IFELSE([AC_PROG_CC],
+                  [_AM_DEPENDENCIES(CC)],
+                  [define([AC_PROG_CC],
+                          defn([AC_PROG_CC])[_AM_DEPENDENCIES(CC)])])dnl
+AC_PROVIDE_IFELSE([AC_PROG_CXX],
+                  [_AM_DEPENDENCIES(CXX)],
+                  [define([AC_PROG_CXX],
+                          defn([AC_PROG_CXX])[_AM_DEPENDENCIES(CXX)])])dnl
+AC_PROVIDE_IFELSE([AC_PROG_OBJC],
+                  [_AM_DEPENDENCIES(OBJC)],
+                  [define([AC_PROG_OBJC],
+                          defn([AC_PROG_OBJC])[_AM_DEPENDENCIES(OBJC)])])dnl
+])
+])
+
+
+# When config.status generates a header, we must update the stamp-h file.
+# This file resides in the same directory as the config header
+# that is generated.  The stamp files are numbered to have different names.
+
+# Autoconf calls _AC_AM_CONFIG_HEADER_HOOK (when defined) in the
+# loop where config.status creates the headers, so we can generate
+# our stamp files there.
+AC_DEFUN([_AC_AM_CONFIG_HEADER_HOOK],
+[# Compute $1's index in $config_headers.
+_am_arg=$1
+_am_stamp_count=1
+for _am_header in $config_headers :; do
+  case $_am_header in
+    $_am_arg | $_am_arg:* )
+      break ;;
+    * )
+      _am_stamp_count=`expr $_am_stamp_count + 1` ;;
+  esac
+done
+echo "timestamp for $_am_arg" >`AS_DIRNAME(["$_am_arg"])`/stamp-h[]$_am_stamp_count])
+
+# Copyright (C) 2001, 2003, 2005  Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# AM_PROG_INSTALL_SH
+# ------------------
+# Define $install_sh.
+AC_DEFUN([AM_PROG_INSTALL_SH],
+[AC_REQUIRE([AM_AUX_DIR_EXPAND])dnl
+install_sh=${install_sh-"\$(SHELL) $am_aux_dir/install-sh"}
+AC_SUBST(install_sh)])
+
+# Copyright (C) 2003, 2005  Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# serial 2
+
+# Check whether the underlying file-system supports filenames
+# with a leading dot.  For instance MS-DOS doesn't.
+AC_DEFUN([AM_SET_LEADING_DOT],
+[rm -rf .tst 2>/dev/null
+mkdir .tst 2>/dev/null
+if test -d .tst; then
+  am__leading_dot=.
+else
+  am__leading_dot=_
+fi
+rmdir .tst 2>/dev/null
+AC_SUBST([am__leading_dot])])
+
+# Check to see how 'make' treats includes.                 -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 2001, 2002, 2003, 2005  Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# serial 3
+
+# AM_MAKE_INCLUDE()
+# -----------------
+# Check to see how make treats includes.
+AC_DEFUN([AM_MAKE_INCLUDE],
+[am_make=${MAKE-make}
+cat > confinc << 'END'
+am__doit:
+       @echo done
+.PHONY: am__doit
+END
+# If we don't find an include directive, just comment out the code.
+AC_MSG_CHECKING([for style of include used by $am_make])
+am__include="#"
+am__quote=
+_am_result=none
+# First try GNU make style include.
+echo "include confinc" > confmf
+# We grep out `Entering directory' and `Leaving directory'
+# messages which can occur if `w' ends up in MAKEFLAGS.
+# In particular we don't look at `^make:' because GNU make might
+# be invoked under some other name (usually "gmake"), in which
+# case it prints its new name instead of `make'.
+if test "`$am_make -s -f confmf 2> /dev/null | grep -v 'ing directory'`" = "done"; then
+   am__include=include
+   am__quote=
+   _am_result=GNU
+fi
+# Now try BSD make style include.
+if test "$am__include" = "#"; then
+   echo '.include "confinc"' > confmf
+   if test "`$am_make -s -f confmf 2> /dev/null`" = "done"; then
+      am__include=.include
+      am__quote="\""
+      _am_result=BSD
+   fi
+fi
+AC_SUBST([am__include])
+AC_SUBST([am__quote])
+AC_MSG_RESULT([$_am_result])
+rm -f confinc confmf
+])
+
+# Fake the existence of programs that GNU maintainers use.  -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 1997, 1999, 2000, 2001, 2003, 2004, 2005
+# Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# serial 5
+
+# AM_MISSING_PROG(NAME, PROGRAM)
+# ------------------------------
+AC_DEFUN([AM_MISSING_PROG],
+[AC_REQUIRE([AM_MISSING_HAS_RUN])
+$1=${$1-"${am_missing_run}$2"}
+AC_SUBST($1)])
+
+
+# AM_MISSING_HAS_RUN
+# ------------------
+# Define MISSING if not defined so far and test if it supports --run.
+# If it does, set am_missing_run to use it, otherwise, to nothing.
+AC_DEFUN([AM_MISSING_HAS_RUN],
+[AC_REQUIRE([AM_AUX_DIR_EXPAND])dnl
+AC_REQUIRE_AUX_FILE([missing])dnl
+test x"${MISSING+set}" = xset || MISSING="\${SHELL} $am_aux_dir/missing"
+# Use eval to expand $SHELL
+if eval "$MISSING --run true"; then
+  am_missing_run="$MISSING --run "
+else
+  am_missing_run=
+  AC_MSG_WARN([`missing' script is too old or missing])
+fi
+])
+
+# Copyright (C) 2003, 2004, 2005, 2006  Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# AM_PROG_MKDIR_P
+# ---------------
+# Check for `mkdir -p'.
+AC_DEFUN([AM_PROG_MKDIR_P],
+[AC_PREREQ([2.60])dnl
+AC_REQUIRE([AC_PROG_MKDIR_P])dnl
+dnl Automake 1.8 to 1.9.6 used to define mkdir_p.  We now use MKDIR_P,
+dnl while keeping a definition of mkdir_p for backward compatibility.
+dnl @MKDIR_P@ is magic: AC_OUTPUT adjusts its value for each Makefile.
+dnl However we cannot define mkdir_p as $(MKDIR_P) for the sake of
+dnl Makefile.ins that do not define MKDIR_P, so we do our own
+dnl adjustment using top_builddir (which is defined more often than
+dnl MKDIR_P).
+AC_SUBST([mkdir_p], ["$MKDIR_P"])dnl
+case $mkdir_p in
+  [[\\/$]]* | ?:[[\\/]]*) ;;
+  */*) mkdir_p="\$(top_builddir)/$mkdir_p" ;;
+esac
+])
+
+# Helper functions for option handling.                     -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 2001, 2002, 2003, 2005, 2008  Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# serial 4
+
+# _AM_MANGLE_OPTION(NAME)
+# -----------------------
+AC_DEFUN([_AM_MANGLE_OPTION],
+[[_AM_OPTION_]m4_bpatsubst($1, [[^a-zA-Z0-9_]], [_])])
+
+# _AM_SET_OPTION(NAME)
+# ------------------------------
+# Set option NAME.  Presently that only means defining a flag for this option.
+AC_DEFUN([_AM_SET_OPTION],
+[m4_define(_AM_MANGLE_OPTION([$1]), 1)])
+
+# _AM_SET_OPTIONS(OPTIONS)
+# ----------------------------------
+# OPTIONS is a space-separated list of Automake options.
+AC_DEFUN([_AM_SET_OPTIONS],
+[m4_foreach_w([_AM_Option], [$1], [_AM_SET_OPTION(_AM_Option)])])
+
+# _AM_IF_OPTION(OPTION, IF-SET, [IF-NOT-SET])
+# -------------------------------------------
+# Execute IF-SET if OPTION is set, IF-NOT-SET otherwise.
+AC_DEFUN([_AM_IF_OPTION],
+[m4_ifset(_AM_MANGLE_OPTION([$1]), [$2], [$3])])
+
+# Check to make sure that the build environment is sane.    -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 1996, 1997, 2000, 2001, 2003, 2005
+# Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# serial 4
+
+# AM_SANITY_CHECK
+# ---------------
+AC_DEFUN([AM_SANITY_CHECK],
+[AC_MSG_CHECKING([whether build environment is sane])
+# Just in case
+sleep 1
+echo timestamp > conftest.file
+# Do `set' in a subshell so we don't clobber the current shell's
+# arguments.  Must try -L first in case configure is actually a
+# symlink; some systems play weird games with the mod time of symlinks
+# (eg FreeBSD returns the mod time of the symlink's containing
+# directory).
+if (
+   set X `ls -Lt $srcdir/configure conftest.file 2> /dev/null`
+   if test "$[*]" = "X"; then
+      # -L didn't work.
+      set X `ls -t $srcdir/configure conftest.file`
+   fi
+   rm -f conftest.file
+   if test "$[*]" != "X $srcdir/configure conftest.file" \
+      && test "$[*]" != "X conftest.file $srcdir/configure"; then
+
+      # If neither matched, then we have a broken ls.  This can happen
+      # if, for instance, CONFIG_SHELL is bash and it inherits a
+      # broken ls alias from the environment.  This has actually
+      # happened.  Such a system could not be considered "sane".
+      AC_MSG_ERROR([ls -t appears to fail.  Make sure there is not a broken
+alias in your environment])
+   fi
+
+   test "$[2]" = conftest.file
+   )
+then
+   # Ok.
+   :
+else
+   AC_MSG_ERROR([newly created file is older than distributed files!
+Check your system clock])
+fi
+AC_MSG_RESULT(yes)])
+
+# Copyright (C) 2001, 2003, 2005  Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# AM_PROG_INSTALL_STRIP
+# ---------------------
+# One issue with vendor `install' (even GNU) is that you can't
+# specify the program used to strip binaries.  This is especially
+# annoying in cross-compiling environments, where the build's strip
+# is unlikely to handle the host's binaries.
+# Fortunately install-sh will honor a STRIPPROG variable, so we
+# always use install-sh in `make install-strip', and initialize
+# STRIPPROG with the value of the STRIP variable (set by the user).
+AC_DEFUN([AM_PROG_INSTALL_STRIP],
+[AC_REQUIRE([AM_PROG_INSTALL_SH])dnl
+# Installed binaries are usually stripped using `strip' when the user
+# run `make install-strip'.  However `strip' might not be the right
+# tool to use in cross-compilation environments, therefore Automake
+# will honor the `STRIP' environment variable to overrule this program.
+dnl Don't test for $cross_compiling = yes, because it might be `maybe'.
+if test "$cross_compiling" != no; then
+  AC_CHECK_TOOL([STRIP], [strip], :)
+fi
+INSTALL_STRIP_PROGRAM="\$(install_sh) -c -s"
+AC_SUBST([INSTALL_STRIP_PROGRAM])])
+
+# Copyright (C) 2006  Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# _AM_SUBST_NOTMAKE(VARIABLE)
+# ---------------------------
+# Prevent Automake from outputting VARIABLE = @VARIABLE@ in Makefile.in.
+# This macro is traced by Automake.
+AC_DEFUN([_AM_SUBST_NOTMAKE])
+
+# Check how to create a tarball.                            -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 2004, 2005  Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# serial 2
+
+# _AM_PROG_TAR(FORMAT)
+# --------------------
+# Check how to create a tarball in format FORMAT.
+# FORMAT should be one of `v7', `ustar', or `pax'.
+#
+# Substitute a variable $(am__tar) that is a command
+# writing to stdout a FORMAT-tarball containing the directory
+# $tardir.
+#     tardir=directory && $(am__tar) > result.tar
+#
+# Substitute a variable $(am__untar) that extract such
+# a tarball read from stdin.
+#     $(am__untar) < result.tar
+AC_DEFUN([_AM_PROG_TAR],
+[# Always define AMTAR for backward compatibility.
+AM_MISSING_PROG([AMTAR], [tar])
+m4_if([$1], [v7],
+     [am__tar='${AMTAR} chof - "$$tardir"'; am__untar='${AMTAR} xf -'],
+     [m4_case([$1], [ustar],, [pax],,
+              [m4_fatal([Unknown tar format])])
+AC_MSG_CHECKING([how to create a $1 tar archive])
+# Loop over all known methods to create a tar archive until one works.
+_am_tools='gnutar m4_if([$1], [ustar], [plaintar]) pax cpio none'
+_am_tools=${am_cv_prog_tar_$1-$_am_tools}
+# Do not fold the above two line into one, because Tru64 sh and
+# Solaris sh will not grok spaces in the rhs of `-'.
+for _am_tool in $_am_tools
+do
+  case $_am_tool in
+  gnutar)
+    for _am_tar in tar gnutar gtar;
+    do
+      AM_RUN_LOG([$_am_tar --version]) && break
+    done
+    am__tar="$_am_tar --format=m4_if([$1], [pax], [posix], [$1]) -chf - "'"$$tardir"'
+    am__tar_="$_am_tar --format=m4_if([$1], [pax], [posix], [$1]) -chf - "'"$tardir"'
+    am__untar="$_am_tar -xf -"
+    ;;
+  plaintar)
+    # Must skip GNU tar: if it does not support --format= it doesn't create
+    # ustar tarball either.
+    (tar --version) >/dev/null 2>&1 && continue
+    am__tar='tar chf - "$$tardir"'
+    am__tar_='tar chf - "$tardir"'
+    am__untar='tar xf -'
+    ;;
+  pax)
+    am__tar='pax -L -x $1 -w "$$tardir"'
+    am__tar_='pax -L -x $1 -w "$tardir"'
+    am__untar='pax -r'
+    ;;
+  cpio)
+    am__tar='find "$$tardir" -print | cpio -o -H $1 -L'
+    am__tar_='find "$tardir" -print | cpio -o -H $1 -L'
+    am__untar='cpio -i -H $1 -d'
+    ;;
+  none)
+    am__tar=false
+    am__tar_=false
+    am__untar=false
+    ;;
+  esac
+
+  # If the value was cached, stop now.  We just wanted to have am__tar
+  # and am__untar set.
+  test -n "${am_cv_prog_tar_$1}" && break
+
+  # tar/untar a dummy directory, and stop if the command works
+  rm -rf conftest.dir
+  mkdir conftest.dir
+  echo GrepMe > conftest.dir/file
+  AM_RUN_LOG([tardir=conftest.dir && eval $am__tar_ >conftest.tar])
+  rm -rf conftest.dir
+  if test -s conftest.tar; then
+    AM_RUN_LOG([$am__untar <conftest.tar])
+    grep GrepMe conftest.dir/file >/dev/null 2>&1 && break
+  fi
+done
+rm -rf conftest.dir
+
+AC_CACHE_VAL([am_cv_prog_tar_$1], [am_cv_prog_tar_$1=$_am_tool])
+AC_MSG_RESULT([$am_cv_prog_tar_$1])])
+AC_SUBST([am__tar])
+AC_SUBST([am__untar])
+]) # _AM_PROG_TAR
+
+m4_include([m4/ax_prefix_config_h.m4])
+m4_include([m4/libtool.m4])
+m4_include([m4/ltoptions.m4])
+m4_include([m4/ltsugar.m4])
+m4_include([m4/ltversion.m4])
+m4_include([m4/lt~obsolete.m4])
diff --git a/binaries/src/clustalo/clustalo.pc.in b/binaries/src/clustalo/clustalo.pc.in
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f1fd073
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,12 @@
+prefix=@prefix@
+exec_prefix=@exec_prefix@
+libdir=@libdir@
+includedir=@includedir@
+
+Name: clustal-omega
+Description: @PACKAGE_NAME@ library.
+Version: @PACKAGE_VERSION@
+Requires:
+Libs: -L${libdir} -lclustalo
+Cflags: -I${includedir}/clustalo/
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/config.guess b/binaries/src/clustalo/config.guess
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f32079a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1526 @@
+#! /bin/sh
+# Attempt to guess a canonical system name.
+#   Copyright (C) 1992, 1993, 1994, 1995, 1996, 1997, 1998, 1999,
+#   2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008
+#   Free Software Foundation, Inc.
+
+timestamp='2008-01-23'
+
+# This file is free software; you can redistribute it and/or modify it
+# under the terms of the GNU General Public License as published by
+# the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
+# (at your option) any later version.
+#
+# This program is distributed in the hope that it will be useful, but
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
+# General Public License for more details.
+#
+# You should have received a copy of the GNU General Public License
+# along with this program; if not, write to the Free Software
+# Foundation, Inc., 51 Franklin Street - Fifth Floor, Boston, MA
+# 02110-1301, USA.
+#
+# As a special exception to the GNU General Public License, if you
+# distribute this file as part of a program that contains a
+# configuration script generated by Autoconf, you may include it under
+# the same distribution terms that you use for the rest of that program.
+
+
+# Originally written by Per Bothner <per@bothner.com>.
+# Please send patches to <config-patches@gnu.org>.  Submit a context
+# diff and a properly formatted ChangeLog entry.
+#
+# This script attempts to guess a canonical system name similar to
+# config.sub.  If it succeeds, it prints the system name on stdout, and
+# exits with 0.  Otherwise, it exits with 1.
+#
+# The plan is that this can be called by configure scripts if you
+# don't specify an explicit build system type.
+
+me=`echo "$0" | sed -e 's,.*/,,'`
+
+usage="\
+Usage: $0 [OPTION]
+
+Output the configuration name of the system \`$me' is run on.
+
+Operation modes:
+  -h, --help         print this help, then exit
+  -t, --time-stamp   print date of last modification, then exit
+  -v, --version      print version number, then exit
+
+Report bugs and patches to <config-patches@gnu.org>."
+
+version="\
+GNU config.guess ($timestamp)
+
+Originally written by Per Bothner.
+Copyright (C) 1992, 1993, 1994, 1995, 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001,
+2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Free Software Foundation, Inc.
+
+This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
+warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE."
+
+help="
+Try \`$me --help' for more information."
+
+# Parse command line
+while test $# -gt 0 ; do
+  case $1 in
+    --time-stamp | --time* | -t )
+       echo "$timestamp" ; exit ;;
+    --version | -v )
+       echo "$version" ; exit ;;
+    --help | --h* | -h )
+       echo "$usage"; exit ;;
+    -- )     # Stop option processing
+       shift; break ;;
+    - )        # Use stdin as input.
+       break ;;
+    -* )
+       echo "$me: invalid option $1$help" >&2
+       exit 1 ;;
+    * )
+       break ;;
+  esac
+done
+
+if test $# != 0; then
+  echo "$me: too many arguments$help" >&2
+  exit 1
+fi
+
+trap 'exit 1' 1 2 15
+
+# CC_FOR_BUILD -- compiler used by this script. Note that the use of a
+# compiler to aid in system detection is discouraged as it requires
+# temporary files to be created and, as you can see below, it is a
+# headache to deal with in a portable fashion.
+
+# Historically, `CC_FOR_BUILD' used to be named `HOST_CC'. We still
+# use `HOST_CC' if defined, but it is deprecated.
+
+# Portable tmp directory creation inspired by the Autoconf team.
+
+set_cc_for_build='
+trap "exitcode=\$?; (rm -f \$tmpfiles 2>/dev/null; rmdir \$tmp 2>/dev/null) && exit \$exitcode" 0 ;
+trap "rm -f \$tmpfiles 2>/dev/null; rmdir \$tmp 2>/dev/null; exit 1" 1 2 13 15 ;
+: ${TMPDIR=/tmp} ;
+ { tmp=`(umask 077 && mktemp -d "$TMPDIR/cgXXXXXX") 2>/dev/null` && test -n "$tmp" && test -d "$tmp" ; } ||
+ { test -n "$RANDOM" && tmp=$TMPDIR/cg$$-$RANDOM && (umask 077 && mkdir $tmp) ; } ||
+ { tmp=$TMPDIR/cg-$$ && (umask 077 && mkdir $tmp) && echo "Warning: creating insecure temp directory" >&2 ; } ||
+ { echo "$me: cannot create a temporary directory in $TMPDIR" >&2 ; exit 1 ; } ;
+dummy=$tmp/dummy ;
+tmpfiles="$dummy.c $dummy.o $dummy.rel $dummy" ;
+case $CC_FOR_BUILD,$HOST_CC,$CC in
+ ,,)    echo "int x;" > $dummy.c ;
+       for c in cc gcc c89 c99 ; do
+         if ($c -c -o $dummy.o $dummy.c) >/dev/null 2>&1 ; then
+            CC_FOR_BUILD="$c"; break ;
+         fi ;
+       done ;
+       if test x"$CC_FOR_BUILD" = x ; then
+         CC_FOR_BUILD=no_compiler_found ;
+       fi
+       ;;
+ ,,*)   CC_FOR_BUILD=$CC ;;
+ ,*,*)  CC_FOR_BUILD=$HOST_CC ;;
+esac ; set_cc_for_build= ;'
+
+# This is needed to find uname on a Pyramid OSx when run in the BSD universe.
+# (ghazi@noc.rutgers.edu 1994-08-24)
+if (test -f /.attbin/uname) >/dev/null 2>&1 ; then
+       PATH=$PATH:/.attbin ; export PATH
+fi
+
+UNAME_MACHINE=`(uname -m) 2>/dev/null` || UNAME_MACHINE=unknown
+UNAME_RELEASE=`(uname -r) 2>/dev/null` || UNAME_RELEASE=unknown
+UNAME_SYSTEM=`(uname -s) 2>/dev/null`  || UNAME_SYSTEM=unknown
+UNAME_VERSION=`(uname -v) 2>/dev/null` || UNAME_VERSION=unknown
+
+# Note: order is significant - the case branches are not exclusive.
+
+case "${UNAME_MACHINE}:${UNAME_SYSTEM}:${UNAME_RELEASE}:${UNAME_VERSION}" in
+    *:NetBSD:*:*)
+       # NetBSD (nbsd) targets should (where applicable) match one or
+       # more of the tupples: *-*-netbsdelf*, *-*-netbsdaout*,
+       # *-*-netbsdecoff* and *-*-netbsd*.  For targets that recently
+       # switched to ELF, *-*-netbsd* would select the old
+       # object file format.  This provides both forward
+       # compatibility and a consistent mechanism for selecting the
+       # object file format.
+       #
+       # Note: NetBSD doesn't particularly care about the vendor
+       # portion of the name.  We always set it to "unknown".
+       sysctl="sysctl -n hw.machine_arch"
+       UNAME_MACHINE_ARCH=`(/sbin/$sysctl 2>/dev/null || \
+           /usr/sbin/$sysctl 2>/dev/null || echo unknown)`
+       case "${UNAME_MACHINE_ARCH}" in
+           armeb) machine=armeb-unknown ;;
+           arm*) machine=arm-unknown ;;
+           sh3el) machine=shl-unknown ;;
+           sh3eb) machine=sh-unknown ;;
+           sh5el) machine=sh5le-unknown ;;
+           *) machine=${UNAME_MACHINE_ARCH}-unknown ;;
+       esac
+       # The Operating System including object format, if it has switched
+       # to ELF recently, or will in the future.
+       case "${UNAME_MACHINE_ARCH}" in
+           arm*|i386|m68k|ns32k|sh3*|sparc|vax)
+               eval $set_cc_for_build
+               if echo __ELF__ | $CC_FOR_BUILD -E - 2>/dev/null \
+                       | grep __ELF__ >/dev/null
+               then
+                   # Once all utilities can be ECOFF (netbsdecoff) or a.out (netbsdaout).
+                   # Return netbsd for either.  FIX?
+                   os=netbsd
+               else
+                   os=netbsdelf
+               fi
+               ;;
+           *)
+               os=netbsd
+               ;;
+       esac
+       # The OS release
+       # Debian GNU/NetBSD machines have a different userland, and
+       # thus, need a distinct triplet. However, they do not need
+       # kernel version information, so it can be replaced with a
+       # suitable tag, in the style of linux-gnu.
+       case "${UNAME_VERSION}" in
+           Debian*)
+               release='-gnu'
+               ;;
+           *)
+               release=`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[-_].*/\./'`
+               ;;
+       esac
+       # Since CPU_TYPE-MANUFACTURER-KERNEL-OPERATING_SYSTEM:
+       # contains redundant information, the shorter form:
+       # CPU_TYPE-MANUFACTURER-OPERATING_SYSTEM is used.
+       echo "${machine}-${os}${release}"
+       exit ;;
+    *:OpenBSD:*:*)
+       UNAME_MACHINE_ARCH=`arch | sed 's/OpenBSD.//'`
+       echo ${UNAME_MACHINE_ARCH}-unknown-openbsd${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    *:ekkoBSD:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-ekkobsd${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    *:SolidBSD:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-solidbsd${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    macppc:MirBSD:*:*)
+       echo powerpc-unknown-mirbsd${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    *:MirBSD:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-mirbsd${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    alpha:OSF1:*:*)
+       case $UNAME_RELEASE in
+       *4.0)
+               UNAME_RELEASE=`/usr/sbin/sizer -v | awk '{print $3}'`
+               ;;
+       *5.*)
+               UNAME_RELEASE=`/usr/sbin/sizer -v | awk '{print $4}'`
+               ;;
+       esac
+       # According to Compaq, /usr/sbin/psrinfo has been available on
+       # OSF/1 and Tru64 systems produced since 1995.  I hope that
+       # covers most systems running today.  This code pipes the CPU
+       # types through head -n 1, so we only detect the type of CPU 0.
+       ALPHA_CPU_TYPE=`/usr/sbin/psrinfo -v | sed -n -e 's/^  The alpha \(.*\) processor.*$/\1/p' | head -n 1`
+       case "$ALPHA_CPU_TYPE" in
+           "EV4 (21064)")
+               UNAME_MACHINE="alpha" ;;
+           "EV4.5 (21064)")
+               UNAME_MACHINE="alpha" ;;
+           "LCA4 (21066/21068)")
+               UNAME_MACHINE="alpha" ;;
+           "EV5 (21164)")
+               UNAME_MACHINE="alphaev5" ;;
+           "EV5.6 (21164A)")
+               UNAME_MACHINE="alphaev56" ;;
+           "EV5.6 (21164PC)")
+               UNAME_MACHINE="alphapca56" ;;
+           "EV5.7 (21164PC)")
+               UNAME_MACHINE="alphapca57" ;;
+           "EV6 (21264)")
+               UNAME_MACHINE="alphaev6" ;;
+           "EV6.7 (21264A)")
+               UNAME_MACHINE="alphaev67" ;;
+           "EV6.8CB (21264C)")
+               UNAME_MACHINE="alphaev68" ;;
+           "EV6.8AL (21264B)")
+               UNAME_MACHINE="alphaev68" ;;
+           "EV6.8CX (21264D)")
+               UNAME_MACHINE="alphaev68" ;;
+           "EV6.9A (21264/EV69A)")
+               UNAME_MACHINE="alphaev69" ;;
+           "EV7 (21364)")
+               UNAME_MACHINE="alphaev7" ;;
+           "EV7.9 (21364A)")
+               UNAME_MACHINE="alphaev79" ;;
+       esac
+       # A Pn.n version is a patched version.
+       # A Vn.n version is a released version.
+       # A Tn.n version is a released field test version.
+       # A Xn.n version is an unreleased experimental baselevel.
+       # 1.2 uses "1.2" for uname -r.
+       echo ${UNAME_MACHINE}-dec-osf`echo ${UNAME_RELEASE} | sed -e 's/^[PVTX]//' | tr 'ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ' 'abcdefghijklmnopqrstuvwxyz'`
+       exit ;;
+    Alpha\ *:Windows_NT*:*)
+       # How do we know it's Interix rather than the generic POSIX subsystem?
+       # Should we change UNAME_MACHINE based on the output of uname instead
+       # of the specific Alpha model?
+       echo alpha-pc-interix
+       exit ;;
+    21064:Windows_NT:50:3)
+       echo alpha-dec-winnt3.5
+       exit ;;
+    Amiga*:UNIX_System_V:4.0:*)
+       echo m68k-unknown-sysv4
+       exit ;;
+    *:[Aa]miga[Oo][Ss]:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-amigaos
+       exit ;;
+    *:[Mm]orph[Oo][Ss]:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-morphos
+       exit ;;
+    *:OS/390:*:*)
+       echo i370-ibm-openedition
+       exit ;;
+    *:z/VM:*:*)
+       echo s390-ibm-zvmoe
+       exit ;;
+    *:OS400:*:*)
+        echo powerpc-ibm-os400
+       exit ;;
+    arm:RISC*:1.[012]*:*|arm:riscix:1.[012]*:*)
+       echo arm-acorn-riscix${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    arm:riscos:*:*|arm:RISCOS:*:*)
+       echo arm-unknown-riscos
+       exit ;;
+    SR2?01:HI-UX/MPP:*:* | SR8000:HI-UX/MPP:*:*)
+       echo hppa1.1-hitachi-hiuxmpp
+       exit ;;
+    Pyramid*:OSx*:*:* | MIS*:OSx*:*:* | MIS*:SMP_DC-OSx*:*:*)
+       # akee@wpdis03.wpafb.af.mil (Earle F. Ake) contributed MIS and NILE.
+       if test "`(/bin/universe) 2>/dev/null`" = att ; then
+               echo pyramid-pyramid-sysv3
+       else
+               echo pyramid-pyramid-bsd
+       fi
+       exit ;;
+    NILE*:*:*:dcosx)
+       echo pyramid-pyramid-svr4
+       exit ;;
+    DRS?6000:unix:4.0:6*)
+       echo sparc-icl-nx6
+       exit ;;
+    DRS?6000:UNIX_SV:4.2*:7* | DRS?6000:isis:4.2*:7*)
+       case `/usr/bin/uname -p` in
+           sparc) echo sparc-icl-nx7; exit ;;
+       esac ;;
+    sun4H:SunOS:5.*:*)
+       echo sparc-hal-solaris2`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[^.]*//'`
+       exit ;;
+    sun4*:SunOS:5.*:* | tadpole*:SunOS:5.*:*)
+       echo sparc-sun-solaris2`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[^.]*//'`
+       exit ;;
+    i86pc:SunOS:5.*:* | i86xen:SunOS:5.*:*)
+       echo i386-pc-solaris2`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[^.]*//'`
+       exit ;;
+    sun4*:SunOS:6*:*)
+       # According to config.sub, this is the proper way to canonicalize
+       # SunOS6.  Hard to guess exactly what SunOS6 will be like, but
+       # it's likely to be more like Solaris than SunOS4.
+       echo sparc-sun-solaris3`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[^.]*//'`
+       exit ;;
+    sun4*:SunOS:*:*)
+       case "`/usr/bin/arch -k`" in
+           Series*|S4*)
+               UNAME_RELEASE=`uname -v`
+               ;;
+       esac
+       # Japanese Language versions have a version number like `4.1.3-JL'.
+       echo sparc-sun-sunos`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/-/_/'`
+       exit ;;
+    sun3*:SunOS:*:*)
+       echo m68k-sun-sunos${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    sun*:*:4.2BSD:*)
+       UNAME_RELEASE=`(sed 1q /etc/motd | awk '{print substr($5,1,3)}') 2>/dev/null`
+       test "x${UNAME_RELEASE}" = "x" && UNAME_RELEASE=3
+       case "`/bin/arch`" in
+           sun3)
+               echo m68k-sun-sunos${UNAME_RELEASE}
+               ;;
+           sun4)
+               echo sparc-sun-sunos${UNAME_RELEASE}
+               ;;
+       esac
+       exit ;;
+    aushp:SunOS:*:*)
+       echo sparc-auspex-sunos${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    # The situation for MiNT is a little confusing.  The machine name
+    # can be virtually everything (everything which is not
+    # "atarist" or "atariste" at least should have a processor
+    # > m68000).  The system name ranges from "MiNT" over "FreeMiNT"
+    # to the lowercase version "mint" (or "freemint").  Finally
+    # the system name "TOS" denotes a system which is actually not
+    # MiNT.  But MiNT is downward compatible to TOS, so this should
+    # be no problem.
+    atarist[e]:*MiNT:*:* | atarist[e]:*mint:*:* | atarist[e]:*TOS:*:*)
+        echo m68k-atari-mint${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    atari*:*MiNT:*:* | atari*:*mint:*:* | atarist[e]:*TOS:*:*)
+       echo m68k-atari-mint${UNAME_RELEASE}
+        exit ;;
+    *falcon*:*MiNT:*:* | *falcon*:*mint:*:* | *falcon*:*TOS:*:*)
+        echo m68k-atari-mint${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    milan*:*MiNT:*:* | milan*:*mint:*:* | *milan*:*TOS:*:*)
+        echo m68k-milan-mint${UNAME_RELEASE}
+        exit ;;
+    hades*:*MiNT:*:* | hades*:*mint:*:* | *hades*:*TOS:*:*)
+        echo m68k-hades-mint${UNAME_RELEASE}
+        exit ;;
+    *:*MiNT:*:* | *:*mint:*:* | *:*TOS:*:*)
+        echo m68k-unknown-mint${UNAME_RELEASE}
+        exit ;;
+    m68k:machten:*:*)
+       echo m68k-apple-machten${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    powerpc:machten:*:*)
+       echo powerpc-apple-machten${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    RISC*:Mach:*:*)
+       echo mips-dec-mach_bsd4.3
+       exit ;;
+    RISC*:ULTRIX:*:*)
+       echo mips-dec-ultrix${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    VAX*:ULTRIX*:*:*)
+       echo vax-dec-ultrix${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    2020:CLIX:*:* | 2430:CLIX:*:*)
+       echo clipper-intergraph-clix${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    mips:*:*:UMIPS | mips:*:*:RISCos)
+       eval $set_cc_for_build
+       sed 's/^        //' << EOF >$dummy.c
+#ifdef __cplusplus
+#include <stdio.h>  /* for printf() prototype */
+       int main (int argc, char *argv[]) {
+#else
+       int main (argc, argv) int argc; char *argv[]; {
+#endif
+       #if defined (host_mips) && defined (MIPSEB)
+       #if defined (SYSTYPE_SYSV)
+         printf ("mips-mips-riscos%ssysv\n", argv[1]); exit (0);
+       #endif
+       #if defined (SYSTYPE_SVR4)
+         printf ("mips-mips-riscos%ssvr4\n", argv[1]); exit (0);
+       #endif
+       #if defined (SYSTYPE_BSD43) || defined(SYSTYPE_BSD)
+         printf ("mips-mips-riscos%sbsd\n", argv[1]); exit (0);
+       #endif
+       #endif
+         exit (-1);
+       }
+EOF
+       $CC_FOR_BUILD -o $dummy $dummy.c &&
+         dummyarg=`echo "${UNAME_RELEASE}" | sed -n 's/\([0-9]*\).*/\1/p'` &&
+         SYSTEM_NAME=`$dummy $dummyarg` &&
+           { echo "$SYSTEM_NAME"; exit; }
+       echo mips-mips-riscos${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    Motorola:PowerMAX_OS:*:*)
+       echo powerpc-motorola-powermax
+       exit ;;
+    Motorola:*:4.3:PL8-*)
+       echo powerpc-harris-powermax
+       exit ;;
+    Night_Hawk:*:*:PowerMAX_OS | Synergy:PowerMAX_OS:*:*)
+       echo powerpc-harris-powermax
+       exit ;;
+    Night_Hawk:Power_UNIX:*:*)
+       echo powerpc-harris-powerunix
+       exit ;;
+    m88k:CX/UX:7*:*)
+       echo m88k-harris-cxux7
+       exit ;;
+    m88k:*:4*:R4*)
+       echo m88k-motorola-sysv4
+       exit ;;
+    m88k:*:3*:R3*)
+       echo m88k-motorola-sysv3
+       exit ;;
+    AViiON:dgux:*:*)
+        # DG/UX returns AViiON for all architectures
+        UNAME_PROCESSOR=`/usr/bin/uname -p`
+       if [ $UNAME_PROCESSOR = mc88100 ] || [ $UNAME_PROCESSOR = mc88110 ]
+       then
+           if [ ${TARGET_BINARY_INTERFACE}x = m88kdguxelfx ] || \
+              [ ${TARGET_BINARY_INTERFACE}x = x ]
+           then
+               echo m88k-dg-dgux${UNAME_RELEASE}
+           else
+               echo m88k-dg-dguxbcs${UNAME_RELEASE}
+           fi
+       else
+           echo i586-dg-dgux${UNAME_RELEASE}
+       fi
+       exit ;;
+    M88*:DolphinOS:*:*)        # DolphinOS (SVR3)
+       echo m88k-dolphin-sysv3
+       exit ;;
+    M88*:*:R3*:*)
+       # Delta 88k system running SVR3
+       echo m88k-motorola-sysv3
+       exit ;;
+    XD88*:*:*:*) # Tektronix XD88 system running UTekV (SVR3)
+       echo m88k-tektronix-sysv3
+       exit ;;
+    Tek43[0-9][0-9]:UTek:*:*) # Tektronix 4300 system running UTek (BSD)
+       echo m68k-tektronix-bsd
+       exit ;;
+    *:IRIX*:*:*)
+       echo mips-sgi-irix`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/-/_/g'`
+       exit ;;
+    ????????:AIX?:[12].1:2)   # AIX 2.2.1 or AIX 2.1.1 is RT/PC AIX.
+       echo romp-ibm-aix     # uname -m gives an 8 hex-code CPU id
+       exit ;;               # Note that: echo "'`uname -s`'" gives 'AIX '
+    i*86:AIX:*:*)
+       echo i386-ibm-aix
+       exit ;;
+    ia64:AIX:*:*)
+       if [ -x /usr/bin/oslevel ] ; then
+               IBM_REV=`/usr/bin/oslevel`
+       else
+               IBM_REV=${UNAME_VERSION}.${UNAME_RELEASE}
+       fi
+       echo ${UNAME_MACHINE}-ibm-aix${IBM_REV}
+       exit ;;
+    *:AIX:2:3)
+       if grep bos325 /usr/include/stdio.h >/dev/null 2>&1; then
+               eval $set_cc_for_build
+               sed 's/^                //' << EOF >$dummy.c
+               #include <sys/systemcfg.h>
+
+               main()
+                       {
+                       if (!__power_pc())
+                               exit(1);
+                       puts("powerpc-ibm-aix3.2.5");
+                       exit(0);
+                       }
+EOF
+               if $CC_FOR_BUILD -o $dummy $dummy.c && SYSTEM_NAME=`$dummy`
+               then
+                       echo "$SYSTEM_NAME"
+               else
+                       echo rs6000-ibm-aix3.2.5
+               fi
+       elif grep bos324 /usr/include/stdio.h >/dev/null 2>&1; then
+               echo rs6000-ibm-aix3.2.4
+       else
+               echo rs6000-ibm-aix3.2
+       fi
+       exit ;;
+    *:AIX:*:[456])
+       IBM_CPU_ID=`/usr/sbin/lsdev -C -c processor -S available | sed 1q | awk '{ print $1 }'`
+       if /usr/sbin/lsattr -El ${IBM_CPU_ID} | grep ' POWER' >/dev/null 2>&1; then
+               IBM_ARCH=rs6000
+       else
+               IBM_ARCH=powerpc
+       fi
+       if [ -x /usr/bin/oslevel ] ; then
+               IBM_REV=`/usr/bin/oslevel`
+       else
+               IBM_REV=${UNAME_VERSION}.${UNAME_RELEASE}
+       fi
+       echo ${IBM_ARCH}-ibm-aix${IBM_REV}
+       exit ;;
+    *:AIX:*:*)
+       echo rs6000-ibm-aix
+       exit ;;
+    ibmrt:4.4BSD:*|romp-ibm:BSD:*)
+       echo romp-ibm-bsd4.4
+       exit ;;
+    ibmrt:*BSD:*|romp-ibm:BSD:*)            # covers RT/PC BSD and
+       echo romp-ibm-bsd${UNAME_RELEASE}   # 4.3 with uname added to
+       exit ;;                             # report: romp-ibm BSD 4.3
+    *:BOSX:*:*)
+       echo rs6000-bull-bosx
+       exit ;;
+    DPX/2?00:B.O.S.:*:*)
+       echo m68k-bull-sysv3
+       exit ;;
+    9000/[34]??:4.3bsd:1.*:*)
+       echo m68k-hp-bsd
+       exit ;;
+    hp300:4.4BSD:*:* | 9000/[34]??:4.3bsd:2.*:*)
+       echo m68k-hp-bsd4.4
+       exit ;;
+    9000/[34678]??:HP-UX:*:*)
+       HPUX_REV=`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[^.]*.[0B]*//'`
+       case "${UNAME_MACHINE}" in
+           9000/31? )            HP_ARCH=m68000 ;;
+           9000/[34]?? )         HP_ARCH=m68k ;;
+           9000/[678][0-9][0-9])
+               if [ -x /usr/bin/getconf ]; then
+                   sc_cpu_version=`/usr/bin/getconf SC_CPU_VERSION 2>/dev/null`
+                    sc_kernel_bits=`/usr/bin/getconf SC_KERNEL_BITS 2>/dev/null`
+                    case "${sc_cpu_version}" in
+                      523) HP_ARCH="hppa1.0" ;; # CPU_PA_RISC1_0
+                      528) HP_ARCH="hppa1.1" ;; # CPU_PA_RISC1_1
+                      532)                      # CPU_PA_RISC2_0
+                        case "${sc_kernel_bits}" in
+                          32) HP_ARCH="hppa2.0n" ;;
+                          64) HP_ARCH="hppa2.0w" ;;
+                         '') HP_ARCH="hppa2.0" ;;   # HP-UX 10.20
+                        esac ;;
+                    esac
+               fi
+               if [ "${HP_ARCH}" = "" ]; then
+                   eval $set_cc_for_build
+                   sed 's/^              //' << EOF >$dummy.c
+
+              #define _HPUX_SOURCE
+              #include <stdlib.h>
+              #include <unistd.h>
+
+              int main ()
+              {
+              #if defined(_SC_KERNEL_BITS)
+                  long bits = sysconf(_SC_KERNEL_BITS);
+              #endif
+                  long cpu  = sysconf (_SC_CPU_VERSION);
+
+                  switch (cpu)
+               {
+               case CPU_PA_RISC1_0: puts ("hppa1.0"); break;
+               case CPU_PA_RISC1_1: puts ("hppa1.1"); break;
+               case CPU_PA_RISC2_0:
+              #if defined(_SC_KERNEL_BITS)
+                   switch (bits)
+                       {
+                       case 64: puts ("hppa2.0w"); break;
+                       case 32: puts ("hppa2.0n"); break;
+                       default: puts ("hppa2.0"); break;
+                       } break;
+              #else  /* !defined(_SC_KERNEL_BITS) */
+                   puts ("hppa2.0"); break;
+              #endif
+               default: puts ("hppa1.0"); break;
+               }
+                  exit (0);
+              }
+EOF
+                   (CCOPTS= $CC_FOR_BUILD -o $dummy $dummy.c 2>/dev/null) && HP_ARCH=`$dummy`
+                   test -z "$HP_ARCH" && HP_ARCH=hppa
+               fi ;;
+       esac
+       if [ ${HP_ARCH} = "hppa2.0w" ]
+       then
+           eval $set_cc_for_build
+
+           # hppa2.0w-hp-hpux* has a 64-bit kernel and a compiler generating
+           # 32-bit code.  hppa64-hp-hpux* has the same kernel and a compiler
+           # generating 64-bit code.  GNU and HP use different nomenclature:
+           #
+           # $ CC_FOR_BUILD=cc ./config.guess
+           # => hppa2.0w-hp-hpux11.23
+           # $ CC_FOR_BUILD="cc +DA2.0w" ./config.guess
+           # => hppa64-hp-hpux11.23
+
+           if echo __LP64__ | (CCOPTS= $CC_FOR_BUILD -E - 2>/dev/null) |
+               grep __LP64__ >/dev/null
+           then
+               HP_ARCH="hppa2.0w"
+           else
+               HP_ARCH="hppa64"
+           fi
+       fi
+       echo ${HP_ARCH}-hp-hpux${HPUX_REV}
+       exit ;;
+    ia64:HP-UX:*:*)
+       HPUX_REV=`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[^.]*.[0B]*//'`
+       echo ia64-hp-hpux${HPUX_REV}
+       exit ;;
+    3050*:HI-UX:*:*)
+       eval $set_cc_for_build
+       sed 's/^        //' << EOF >$dummy.c
+       #include <unistd.h>
+       int
+       main ()
+       {
+         long cpu = sysconf (_SC_CPU_VERSION);
+         /* The order matters, because CPU_IS_HP_MC68K erroneously returns
+            true for CPU_PA_RISC1_0.  CPU_IS_PA_RISC returns correct
+            results, however.  */
+         if (CPU_IS_PA_RISC (cpu))
+           {
+             switch (cpu)
+               {
+                 case CPU_PA_RISC1_0: puts ("hppa1.0-hitachi-hiuxwe2"); break;
+                 case CPU_PA_RISC1_1: puts ("hppa1.1-hitachi-hiuxwe2"); break;
+                 case CPU_PA_RISC2_0: puts ("hppa2.0-hitachi-hiuxwe2"); break;
+                 default: puts ("hppa-hitachi-hiuxwe2"); break;
+               }
+           }
+         else if (CPU_IS_HP_MC68K (cpu))
+           puts ("m68k-hitachi-hiuxwe2");
+         else puts ("unknown-hitachi-hiuxwe2");
+         exit (0);
+       }
+EOF
+       $CC_FOR_BUILD -o $dummy $dummy.c && SYSTEM_NAME=`$dummy` &&
+               { echo "$SYSTEM_NAME"; exit; }
+       echo unknown-hitachi-hiuxwe2
+       exit ;;
+    9000/7??:4.3bsd:*:* | 9000/8?[79]:4.3bsd:*:* )
+       echo hppa1.1-hp-bsd
+       exit ;;
+    9000/8??:4.3bsd:*:*)
+       echo hppa1.0-hp-bsd
+       exit ;;
+    *9??*:MPE/iX:*:* | *3000*:MPE/iX:*:*)
+       echo hppa1.0-hp-mpeix
+       exit ;;
+    hp7??:OSF1:*:* | hp8?[79]:OSF1:*:* )
+       echo hppa1.1-hp-osf
+       exit ;;
+    hp8??:OSF1:*:*)
+       echo hppa1.0-hp-osf
+       exit ;;
+    i*86:OSF1:*:*)
+       if [ -x /usr/sbin/sysversion ] ; then
+           echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-osf1mk
+       else
+           echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-osf1
+       fi
+       exit ;;
+    parisc*:Lites*:*:*)
+       echo hppa1.1-hp-lites
+       exit ;;
+    C1*:ConvexOS:*:* | convex:ConvexOS:C1*:*)
+       echo c1-convex-bsd
+        exit ;;
+    C2*:ConvexOS:*:* | convex:ConvexOS:C2*:*)
+       if getsysinfo -f scalar_acc
+       then echo c32-convex-bsd
+       else echo c2-convex-bsd
+       fi
+        exit ;;
+    C34*:ConvexOS:*:* | convex:ConvexOS:C34*:*)
+       echo c34-convex-bsd
+        exit ;;
+    C38*:ConvexOS:*:* | convex:ConvexOS:C38*:*)
+       echo c38-convex-bsd
+        exit ;;
+    C4*:ConvexOS:*:* | convex:ConvexOS:C4*:*)
+       echo c4-convex-bsd
+        exit ;;
+    CRAY*Y-MP:*:*:*)
+       echo ymp-cray-unicos${UNAME_RELEASE} | sed -e 's/\.[^.]*$/.X/'
+       exit ;;
+    CRAY*[A-Z]90:*:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-cray-unicos${UNAME_RELEASE} \
+       | sed -e 's/CRAY.*\([A-Z]90\)/\1/' \
+             -e y/ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ/abcdefghijklmnopqrstuvwxyz/ \
+             -e 's/\.[^.]*$/.X/'
+       exit ;;
+    CRAY*TS:*:*:*)
+       echo t90-cray-unicos${UNAME_RELEASE} | sed -e 's/\.[^.]*$/.X/'
+       exit ;;
+    CRAY*T3E:*:*:*)
+       echo alphaev5-cray-unicosmk${UNAME_RELEASE} | sed -e 's/\.[^.]*$/.X/'
+       exit ;;
+    CRAY*SV1:*:*:*)
+       echo sv1-cray-unicos${UNAME_RELEASE} | sed -e 's/\.[^.]*$/.X/'
+       exit ;;
+    *:UNICOS/mp:*:*)
+       echo craynv-cray-unicosmp${UNAME_RELEASE} | sed -e 's/\.[^.]*$/.X/'
+       exit ;;
+    F30[01]:UNIX_System_V:*:* | F700:UNIX_System_V:*:*)
+       FUJITSU_PROC=`uname -m | tr 'ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ' 'abcdefghijklmnopqrstuvwxyz'`
+        FUJITSU_SYS=`uname -p | tr 'ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ' 'abcdefghijklmnopqrstuvwxyz' | sed -e 's/\///'`
+        FUJITSU_REL=`echo ${UNAME_RELEASE} | sed -e 's/ /_/'`
+        echo "${FUJITSU_PROC}-fujitsu-${FUJITSU_SYS}${FUJITSU_REL}"
+        exit ;;
+    5000:UNIX_System_V:4.*:*)
+        FUJITSU_SYS=`uname -p | tr 'ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ' 'abcdefghijklmnopqrstuvwxyz' | sed -e 's/\///'`
+        FUJITSU_REL=`echo ${UNAME_RELEASE} | tr 'ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ' 'abcdefghijklmnopqrstuvwxyz' | sed -e 's/ /_/'`
+        echo "sparc-fujitsu-${FUJITSU_SYS}${FUJITSU_REL}"
+       exit ;;
+    i*86:BSD/386:*:* | i*86:BSD/OS:*:* | *:Ascend\ Embedded/OS:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-pc-bsdi${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    sparc*:BSD/OS:*:*)
+       echo sparc-unknown-bsdi${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    *:BSD/OS:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-bsdi${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    *:FreeBSD:*:*)
+       case ${UNAME_MACHINE} in
+           pc98)
+               echo i386-unknown-freebsd`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[-(].*//'` ;;
+           amd64)
+               echo x86_64-unknown-freebsd`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[-(].*//'` ;;
+           *)
+               echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-freebsd`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[-(].*//'` ;;
+       esac
+       exit ;;
+    i*:CYGWIN*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-pc-cygwin
+       exit ;;
+    *:MINGW*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-pc-mingw32
+       exit ;;
+    i*:windows32*:*)
+       # uname -m includes "-pc" on this system.
+       echo ${UNAME_MACHINE}-mingw32
+       exit ;;
+    i*:PW*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-pc-pw32
+       exit ;;
+    *:Interix*:[3456]*)
+       case ${UNAME_MACHINE} in
+           x86)
+               echo i586-pc-interix${UNAME_RELEASE}
+               exit ;;
+           EM64T | authenticamd)
+               echo x86_64-unknown-interix${UNAME_RELEASE}
+               exit ;;
+           IA64)
+               echo ia64-unknown-interix${UNAME_RELEASE}
+               exit ;;
+       esac ;;
+    [345]86:Windows_95:* | [345]86:Windows_98:* | [345]86:Windows_NT:*)
+       echo i${UNAME_MACHINE}-pc-mks
+       exit ;;
+    i*:Windows_NT*:* | Pentium*:Windows_NT*:*)
+       # How do we know it's Interix rather than the generic POSIX subsystem?
+       # It also conflicts with pre-2.0 versions of AT&T UWIN. Should we
+       # UNAME_MACHINE based on the output of uname instead of i386?
+       echo i586-pc-interix
+       exit ;;
+    i*:UWIN*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-pc-uwin
+       exit ;;
+    amd64:CYGWIN*:*:* | x86_64:CYGWIN*:*:*)
+       echo x86_64-unknown-cygwin
+       exit ;;
+    p*:CYGWIN*:*)
+       echo powerpcle-unknown-cygwin
+       exit ;;
+    prep*:SunOS:5.*:*)
+       echo powerpcle-unknown-solaris2`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[^.]*//'`
+       exit ;;
+    *:GNU:*:*)
+       # the GNU system
+       echo `echo ${UNAME_MACHINE}|sed -e 's,[-/].*$,,'`-unknown-gnu`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's,/.*$,,'`
+       exit ;;
+    *:GNU/*:*:*)
+       # other systems with GNU libc and userland
+       echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-`echo ${UNAME_SYSTEM} | sed 's,^[^/]*/,,' | tr '[A-Z]' '[a-z]'``echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[-(].*//'`-gnu
+       exit ;;
+    i*86:Minix:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-pc-minix
+       exit ;;
+    arm*:Linux:*:*)
+       eval $set_cc_for_build
+       if echo __ARM_EABI__ | $CC_FOR_BUILD -E - 2>/dev/null \
+           | grep -q __ARM_EABI__
+       then
+           echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-linux-gnu
+       else
+           echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-linux-gnueabi
+       fi
+       exit ;;
+    avr32*:Linux:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-linux-gnu
+       exit ;;
+    cris:Linux:*:*)
+       echo cris-axis-linux-gnu
+       exit ;;
+    crisv32:Linux:*:*)
+       echo crisv32-axis-linux-gnu
+       exit ;;
+    frv:Linux:*:*)
+       echo frv-unknown-linux-gnu
+       exit ;;
+    ia64:Linux:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-linux-gnu
+       exit ;;
+    m32r*:Linux:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-linux-gnu
+       exit ;;
+    m68*:Linux:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-linux-gnu
+       exit ;;
+    mips:Linux:*:*)
+       eval $set_cc_for_build
+       sed 's/^        //' << EOF >$dummy.c
+       #undef CPU
+       #undef mips
+       #undef mipsel
+       #if defined(__MIPSEL__) || defined(__MIPSEL) || defined(_MIPSEL) || defined(MIPSEL)
+       CPU=mipsel
+       #else
+       #if defined(__MIPSEB__) || defined(__MIPSEB) || defined(_MIPSEB) || defined(MIPSEB)
+       CPU=mips
+       #else
+       CPU=
+       #endif
+       #endif
+EOF
+       eval "`$CC_FOR_BUILD -E $dummy.c 2>/dev/null | sed -n '
+           /^CPU/{
+               s: ::g
+               p
+           }'`"
+       test x"${CPU}" != x && { echo "${CPU}-unknown-linux-gnu"; exit; }
+       ;;
+    mips64:Linux:*:*)
+       eval $set_cc_for_build
+       sed 's/^        //' << EOF >$dummy.c
+       #undef CPU
+       #undef mips64
+       #undef mips64el
+       #if defined(__MIPSEL__) || defined(__MIPSEL) || defined(_MIPSEL) || defined(MIPSEL)
+       CPU=mips64el
+       #else
+       #if defined(__MIPSEB__) || defined(__MIPSEB) || defined(_MIPSEB) || defined(MIPSEB)
+       CPU=mips64
+       #else
+       CPU=
+       #endif
+       #endif
+EOF
+       eval "`$CC_FOR_BUILD -E $dummy.c 2>/dev/null | sed -n '
+           /^CPU/{
+               s: ::g
+               p
+           }'`"
+       test x"${CPU}" != x && { echo "${CPU}-unknown-linux-gnu"; exit; }
+       ;;
+    or32:Linux:*:*)
+       echo or32-unknown-linux-gnu
+       exit ;;
+    ppc:Linux:*:*)
+       echo powerpc-unknown-linux-gnu
+       exit ;;
+    ppc64:Linux:*:*)
+       echo powerpc64-unknown-linux-gnu
+       exit ;;
+    alpha:Linux:*:*)
+       case `sed -n '/^cpu model/s/^.*: \(.*\)/\1/p' < /proc/cpuinfo` in
+         EV5)   UNAME_MACHINE=alphaev5 ;;
+         EV56)  UNAME_MACHINE=alphaev56 ;;
+         PCA56) UNAME_MACHINE=alphapca56 ;;
+         PCA57) UNAME_MACHINE=alphapca56 ;;
+         EV6)   UNAME_MACHINE=alphaev6 ;;
+         EV67)  UNAME_MACHINE=alphaev67 ;;
+         EV68*) UNAME_MACHINE=alphaev68 ;;
+        esac
+       objdump --private-headers /bin/sh | grep ld.so.1 >/dev/null
+       if test "$?" = 0 ; then LIBC="libc1" ; else LIBC="" ; fi
+       echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-linux-gnu${LIBC}
+       exit ;;
+    parisc:Linux:*:* | hppa:Linux:*:*)
+       # Look for CPU level
+       case `grep '^cpu[^a-z]*:' /proc/cpuinfo 2>/dev/null | cut -d' ' -f2` in
+         PA7*) echo hppa1.1-unknown-linux-gnu ;;
+         PA8*) echo hppa2.0-unknown-linux-gnu ;;
+         *)    echo hppa-unknown-linux-gnu ;;
+       esac
+       exit ;;
+    parisc64:Linux:*:* | hppa64:Linux:*:*)
+       echo hppa64-unknown-linux-gnu
+       exit ;;
+    s390:Linux:*:* | s390x:Linux:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-ibm-linux
+       exit ;;
+    sh64*:Linux:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-linux-gnu
+       exit ;;
+    sh*:Linux:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-linux-gnu
+       exit ;;
+    sparc:Linux:*:* | sparc64:Linux:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-linux-gnu
+       exit ;;
+    vax:Linux:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-dec-linux-gnu
+       exit ;;
+    x86_64:Linux:*:*)
+       echo x86_64-unknown-linux-gnu
+       exit ;;
+    xtensa*:Linux:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-linux-gnu
+       exit ;;
+    i*86:Linux:*:*)
+       # The BFD linker knows what the default object file format is, so
+       # first see if it will tell us. cd to the root directory to prevent
+       # problems with other programs or directories called `ld' in the path.
+       # Set LC_ALL=C to ensure ld outputs messages in English.
+       ld_supported_targets=`cd /; LC_ALL=C ld --help 2>&1 \
+                        | sed -ne '/supported targets:/!d
+                                   s/[         ][      ]*/ /g
+                                   s/.*supported targets: *//
+                                   s/ .*//
+                                   p'`
+        case "$ld_supported_targets" in
+         elf32-i386)
+               TENTATIVE="${UNAME_MACHINE}-pc-linux-gnu"
+               ;;
+         a.out-i386-linux)
+               echo "${UNAME_MACHINE}-pc-linux-gnuaout"
+               exit ;;
+         coff-i386)
+               echo "${UNAME_MACHINE}-pc-linux-gnucoff"
+               exit ;;
+         "")
+               # Either a pre-BFD a.out linker (linux-gnuoldld) or
+               # one that does not give us useful --help.
+               echo "${UNAME_MACHINE}-pc-linux-gnuoldld"
+               exit ;;
+       esac
+       # Determine whether the default compiler is a.out or elf
+       eval $set_cc_for_build
+       sed 's/^        //' << EOF >$dummy.c
+       #include <features.h>
+       #ifdef __ELF__
+       # ifdef __GLIBC__
+       #  if __GLIBC__ >= 2
+       LIBC=gnu
+       #  else
+       LIBC=gnulibc1
+       #  endif
+       # else
+       LIBC=gnulibc1
+       # endif
+       #else
+       #if defined(__INTEL_COMPILER) || defined(__PGI) || defined(__SUNPRO_C) || defined(__SUNPRO_CC)
+       LIBC=gnu
+       #else
+       LIBC=gnuaout
+       #endif
+       #endif
+       #ifdef __dietlibc__
+       LIBC=dietlibc
+       #endif
+EOF
+       eval "`$CC_FOR_BUILD -E $dummy.c 2>/dev/null | sed -n '
+           /^LIBC/{
+               s: ::g
+               p
+           }'`"
+       test x"${LIBC}" != x && {
+               echo "${UNAME_MACHINE}-pc-linux-${LIBC}"
+               exit
+       }
+       test x"${TENTATIVE}" != x && { echo "${TENTATIVE}"; exit; }
+       ;;
+    i*86:DYNIX/ptx:4*:*)
+       # ptx 4.0 does uname -s correctly, with DYNIX/ptx in there.
+       # earlier versions are messed up and put the nodename in both
+       # sysname and nodename.
+       echo i386-sequent-sysv4
+       exit ;;
+    i*86:UNIX_SV:4.2MP:2.*)
+        # Unixware is an offshoot of SVR4, but it has its own version
+        # number series starting with 2...
+        # I am not positive that other SVR4 systems won't match this,
+       # I just have to hope.  -- rms.
+        # Use sysv4.2uw... so that sysv4* matches it.
+       echo ${UNAME_MACHINE}-pc-sysv4.2uw${UNAME_VERSION}
+       exit ;;
+    i*86:OS/2:*:*)
+       # If we were able to find `uname', then EMX Unix compatibility
+       # is probably installed.
+       echo ${UNAME_MACHINE}-pc-os2-emx
+       exit ;;
+    i*86:XTS-300:*:STOP)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-stop
+       exit ;;
+    i*86:atheos:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-atheos
+       exit ;;
+    i*86:syllable:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-pc-syllable
+       exit ;;
+    i*86:LynxOS:2.*:* | i*86:LynxOS:3.[01]*:* | i*86:LynxOS:4.0*:*)
+       echo i386-unknown-lynxos${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    i*86:*DOS:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-pc-msdosdjgpp
+       exit ;;
+    i*86:*:4.*:* | i*86:SYSTEM_V:4.*:*)
+       UNAME_REL=`echo ${UNAME_RELEASE} | sed 's/\/MP$//'`
+       if grep Novell /usr/include/link.h >/dev/null 2>/dev/null; then
+               echo ${UNAME_MACHINE}-univel-sysv${UNAME_REL}
+       else
+               echo ${UNAME_MACHINE}-pc-sysv${UNAME_REL}
+       fi
+       exit ;;
+    i*86:*:5:[678]*)
+       # UnixWare 7.x, OpenUNIX and OpenServer 6.
+       case `/bin/uname -X | grep "^Machine"` in
+           *486*)           UNAME_MACHINE=i486 ;;
+           *Pentium)        UNAME_MACHINE=i586 ;;
+           *Pent*|*Celeron) UNAME_MACHINE=i686 ;;
+       esac
+       echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-sysv${UNAME_RELEASE}${UNAME_SYSTEM}${UNAME_VERSION}
+       exit ;;
+    i*86:*:3.2:*)
+       if test -f /usr/options/cb.name; then
+               UNAME_REL=`sed -n 's/.*Version //p' </usr/options/cb.name`
+               echo ${UNAME_MACHINE}-pc-isc$UNAME_REL
+       elif /bin/uname -X 2>/dev/null >/dev/null ; then
+               UNAME_REL=`(/bin/uname -X|grep Release|sed -e 's/.*= //')`
+               (/bin/uname -X|grep i80486 >/dev/null) && UNAME_MACHINE=i486
+               (/bin/uname -X|grep '^Machine.*Pentium' >/dev/null) \
+                       && UNAME_MACHINE=i586
+               (/bin/uname -X|grep '^Machine.*Pent *II' >/dev/null) \
+                       && UNAME_MACHINE=i686
+               (/bin/uname -X|grep '^Machine.*Pentium Pro' >/dev/null) \
+                       && UNAME_MACHINE=i686
+               echo ${UNAME_MACHINE}-pc-sco$UNAME_REL
+       else
+               echo ${UNAME_MACHINE}-pc-sysv32
+       fi
+       exit ;;
+    pc:*:*:*)
+       # Left here for compatibility:
+        # uname -m prints for DJGPP always 'pc', but it prints nothing about
+        # the processor, so we play safe by assuming i386.
+       echo i386-pc-msdosdjgpp
+        exit ;;
+    Intel:Mach:3*:*)
+       echo i386-pc-mach3
+       exit ;;
+    paragon:*:*:*)
+       echo i860-intel-osf1
+       exit ;;
+    i860:*:4.*:*) # i860-SVR4
+       if grep Stardent /usr/include/sys/uadmin.h >/dev/null 2>&1 ; then
+         echo i860-stardent-sysv${UNAME_RELEASE} # Stardent Vistra i860-SVR4
+       else # Add other i860-SVR4 vendors below as they are discovered.
+         echo i860-unknown-sysv${UNAME_RELEASE}  # Unknown i860-SVR4
+       fi
+       exit ;;
+    mini*:CTIX:SYS*5:*)
+       # "miniframe"
+       echo m68010-convergent-sysv
+       exit ;;
+    mc68k:UNIX:SYSTEM5:3.51m)
+       echo m68k-convergent-sysv
+       exit ;;
+    M680?0:D-NIX:5.3:*)
+       echo m68k-diab-dnix
+       exit ;;
+    M68*:*:R3V[5678]*:*)
+       test -r /sysV68 && { echo 'm68k-motorola-sysv'; exit; } ;;
+    3[345]??:*:4.0:3.0 | 3[34]??A:*:4.0:3.0 | 3[34]??,*:*:4.0:3.0 | 3[34]??/*:*:4.0:3.0 | 4400:*:4.0:3.0 | 4850:*:4.0:3.0 | SKA40:*:4.0:3.0 | SDS2:*:4.0:3.0 | SHG2:*:4.0:3.0 | S7501*:*:4.0:3.0)
+       OS_REL=''
+       test -r /etc/.relid \
+       && OS_REL=.`sed -n 's/[^ ]* [^ ]* \([0-9][0-9]\).*/\1/p' < /etc/.relid`
+       /bin/uname -p 2>/dev/null | grep 86 >/dev/null \
+         && { echo i486-ncr-sysv4.3${OS_REL}; exit; }
+       /bin/uname -p 2>/dev/null | /bin/grep entium >/dev/null \
+         && { echo i586-ncr-sysv4.3${OS_REL}; exit; } ;;
+    3[34]??:*:4.0:* | 3[34]??,*:*:4.0:*)
+        /bin/uname -p 2>/dev/null | grep 86 >/dev/null \
+          && { echo i486-ncr-sysv4; exit; } ;;
+    m68*:LynxOS:2.*:* | m68*:LynxOS:3.0*:*)
+       echo m68k-unknown-lynxos${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    mc68030:UNIX_System_V:4.*:*)
+       echo m68k-atari-sysv4
+       exit ;;
+    TSUNAMI:LynxOS:2.*:*)
+       echo sparc-unknown-lynxos${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    rs6000:LynxOS:2.*:*)
+       echo rs6000-unknown-lynxos${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    PowerPC:LynxOS:2.*:* | PowerPC:LynxOS:3.[01]*:* | PowerPC:LynxOS:4.0*:*)
+       echo powerpc-unknown-lynxos${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    SM[BE]S:UNIX_SV:*:*)
+       echo mips-dde-sysv${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    RM*:ReliantUNIX-*:*:*)
+       echo mips-sni-sysv4
+       exit ;;
+    RM*:SINIX-*:*:*)
+       echo mips-sni-sysv4
+       exit ;;
+    *:SINIX-*:*:*)
+       if uname -p 2>/dev/null >/dev/null ; then
+               UNAME_MACHINE=`(uname -p) 2>/dev/null`
+               echo ${UNAME_MACHINE}-sni-sysv4
+       else
+               echo ns32k-sni-sysv
+       fi
+       exit ;;
+    PENTIUM:*:4.0*:*) # Unisys `ClearPath HMP IX 4000' SVR4/MP effort
+                      # says <Richard.M.Bartel@ccMail.Census.GOV>
+        echo i586-unisys-sysv4
+        exit ;;
+    *:UNIX_System_V:4*:FTX*)
+       # From Gerald Hewes <hewes@openmarket.com>.
+       # How about differentiating between stratus architectures? -djm
+       echo hppa1.1-stratus-sysv4
+       exit ;;
+    *:*:*:FTX*)
+       # From seanf@swdc.stratus.com.
+       echo i860-stratus-sysv4
+       exit ;;
+    i*86:VOS:*:*)
+       # From Paul.Green@stratus.com.
+       echo ${UNAME_MACHINE}-stratus-vos
+       exit ;;
+    *:VOS:*:*)
+       # From Paul.Green@stratus.com.
+       echo hppa1.1-stratus-vos
+       exit ;;
+    mc68*:A/UX:*:*)
+       echo m68k-apple-aux${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    news*:NEWS-OS:6*:*)
+       echo mips-sony-newsos6
+       exit ;;
+    R[34]000:*System_V*:*:* | R4000:UNIX_SYSV:*:* | R*000:UNIX_SV:*:*)
+       if [ -d /usr/nec ]; then
+               echo mips-nec-sysv${UNAME_RELEASE}
+       else
+               echo mips-unknown-sysv${UNAME_RELEASE}
+       fi
+        exit ;;
+    BeBox:BeOS:*:*)    # BeOS running on hardware made by Be, PPC only.
+       echo powerpc-be-beos
+       exit ;;
+    BeMac:BeOS:*:*)    # BeOS running on Mac or Mac clone, PPC only.
+       echo powerpc-apple-beos
+       exit ;;
+    BePC:BeOS:*:*)     # BeOS running on Intel PC compatible.
+       echo i586-pc-beos
+       exit ;;
+    SX-4:SUPER-UX:*:*)
+       echo sx4-nec-superux${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    SX-5:SUPER-UX:*:*)
+       echo sx5-nec-superux${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    SX-6:SUPER-UX:*:*)
+       echo sx6-nec-superux${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    SX-7:SUPER-UX:*:*)
+       echo sx7-nec-superux${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    SX-8:SUPER-UX:*:*)
+       echo sx8-nec-superux${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    SX-8R:SUPER-UX:*:*)
+       echo sx8r-nec-superux${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    Power*:Rhapsody:*:*)
+       echo powerpc-apple-rhapsody${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    *:Rhapsody:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-apple-rhapsody${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    *:Darwin:*:*)
+       UNAME_PROCESSOR=`uname -p` || UNAME_PROCESSOR=unknown
+       case $UNAME_PROCESSOR in
+           unknown) UNAME_PROCESSOR=powerpc ;;
+       esac
+       echo ${UNAME_PROCESSOR}-apple-darwin${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    *:procnto*:*:* | *:QNX:[0123456789]*:*)
+       UNAME_PROCESSOR=`uname -p`
+       if test "$UNAME_PROCESSOR" = "x86"; then
+               UNAME_PROCESSOR=i386
+               UNAME_MACHINE=pc
+       fi
+       echo ${UNAME_PROCESSOR}-${UNAME_MACHINE}-nto-qnx${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    *:QNX:*:4*)
+       echo i386-pc-qnx
+       exit ;;
+    NSE-?:NONSTOP_KERNEL:*:*)
+       echo nse-tandem-nsk${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    NSR-?:NONSTOP_KERNEL:*:*)
+       echo nsr-tandem-nsk${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    *:NonStop-UX:*:*)
+       echo mips-compaq-nonstopux
+       exit ;;
+    BS2000:POSIX*:*:*)
+       echo bs2000-siemens-sysv
+       exit ;;
+    DS/*:UNIX_System_V:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-${UNAME_SYSTEM}-${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    *:Plan9:*:*)
+       # "uname -m" is not consistent, so use $cputype instead. 386
+       # is converted to i386 for consistency with other x86
+       # operating systems.
+       if test "$cputype" = "386"; then
+           UNAME_MACHINE=i386
+       else
+           UNAME_MACHINE="$cputype"
+       fi
+       echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-plan9
+       exit ;;
+    *:TOPS-10:*:*)
+       echo pdp10-unknown-tops10
+       exit ;;
+    *:TENEX:*:*)
+       echo pdp10-unknown-tenex
+       exit ;;
+    KS10:TOPS-20:*:* | KL10:TOPS-20:*:* | TYPE4:TOPS-20:*:*)
+       echo pdp10-dec-tops20
+       exit ;;
+    XKL-1:TOPS-20:*:* | TYPE5:TOPS-20:*:*)
+       echo pdp10-xkl-tops20
+       exit ;;
+    *:TOPS-20:*:*)
+       echo pdp10-unknown-tops20
+       exit ;;
+    *:ITS:*:*)
+       echo pdp10-unknown-its
+       exit ;;
+    SEI:*:*:SEIUX)
+        echo mips-sei-seiux${UNAME_RELEASE}
+       exit ;;
+    *:DragonFly:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-unknown-dragonfly`echo ${UNAME_RELEASE}|sed -e 's/[-(].*//'`
+       exit ;;
+    *:*VMS:*:*)
+       UNAME_MACHINE=`(uname -p) 2>/dev/null`
+       case "${UNAME_MACHINE}" in
+           A*) echo alpha-dec-vms ; exit ;;
+           I*) echo ia64-dec-vms ; exit ;;
+           V*) echo vax-dec-vms ; exit ;;
+       esac ;;
+    *:XENIX:*:SysV)
+       echo i386-pc-xenix
+       exit ;;
+    i*86:skyos:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-pc-skyos`echo ${UNAME_RELEASE}` | sed -e 's/ .*$//'
+       exit ;;
+    i*86:rdos:*:*)
+       echo ${UNAME_MACHINE}-pc-rdos
+       exit ;;
+esac
+
+#echo '(No uname command or uname output not recognized.)' 1>&2
+#echo "${UNAME_MACHINE}:${UNAME_SYSTEM}:${UNAME_RELEASE}:${UNAME_VERSION}" 1>&2
+
+eval $set_cc_for_build
+cat >$dummy.c <<EOF
+#ifdef _SEQUENT_
+# include <sys/types.h>
+# include <sys/utsname.h>
+#endif
+main ()
+{
+#if defined (sony)
+#if defined (MIPSEB)
+  /* BFD wants "bsd" instead of "newsos".  Perhaps BFD should be changed,
+     I don't know....  */
+  printf ("mips-sony-bsd\n"); exit (0);
+#else
+#include <sys/param.h>
+  printf ("m68k-sony-newsos%s\n",
+#ifdef NEWSOS4
+          "4"
+#else
+         ""
+#endif
+         ); exit (0);
+#endif
+#endif
+
+#if defined (__arm) && defined (__acorn) && defined (__unix)
+  printf ("arm-acorn-riscix\n"); exit (0);
+#endif
+
+#if defined (hp300) && !defined (hpux)
+  printf ("m68k-hp-bsd\n"); exit (0);
+#endif
+
+#if defined (NeXT)
+#if !defined (__ARCHITECTURE__)
+#define __ARCHITECTURE__ "m68k"
+#endif
+  int version;
+  version=`(hostinfo | sed -n 's/.*NeXT Mach \([0-9]*\).*/\1/p') 2>/dev/null`;
+  if (version < 4)
+    printf ("%s-next-nextstep%d\n", __ARCHITECTURE__, version);
+  else
+    printf ("%s-next-openstep%d\n", __ARCHITECTURE__, version);
+  exit (0);
+#endif
+
+#if defined (MULTIMAX) || defined (n16)
+#if defined (UMAXV)
+  printf ("ns32k-encore-sysv\n"); exit (0);
+#else
+#if defined (CMU)
+  printf ("ns32k-encore-mach\n"); exit (0);
+#else
+  printf ("ns32k-encore-bsd\n"); exit (0);
+#endif
+#endif
+#endif
+
+#if defined (__386BSD__)
+  printf ("i386-pc-bsd\n"); exit (0);
+#endif
+
+#if defined (sequent)
+#if defined (i386)
+  printf ("i386-sequent-dynix\n"); exit (0);
+#endif
+#if defined (ns32000)
+  printf ("ns32k-sequent-dynix\n"); exit (0);
+#endif
+#endif
+
+#if defined (_SEQUENT_)
+    struct utsname un;
+
+    uname(&un);
+
+    if (strncmp(un.version, "V2", 2) == 0) {
+       printf ("i386-sequent-ptx2\n"); exit (0);
+    }
+    if (strncmp(un.version, "V1", 2) == 0) { /* XXX is V1 correct? */
+       printf ("i386-sequent-ptx1\n"); exit (0);
+    }
+    printf ("i386-sequent-ptx\n"); exit (0);
+
+#endif
+
+#if defined (vax)
+# if !defined (ultrix)
+#  include <sys/param.h>
+#  if defined (BSD)
+#   if BSD == 43
+      printf ("vax-dec-bsd4.3\n"); exit (0);
+#   else
+#    if BSD == 199006
+      printf ("vax-dec-bsd4.3reno\n"); exit (0);
+#    else
+      printf ("vax-dec-bsd\n"); exit (0);
+#    endif
+#   endif
+#  else
+    printf ("vax-dec-bsd\n"); exit (0);
+#  endif
+# else
+    printf ("vax-dec-ultrix\n"); exit (0);
+# endif
+#endif
+
+#if defined (alliant) && defined (i860)
+  printf ("i860-alliant-bsd\n"); exit (0);
+#endif
+
+  exit (1);
+}
+EOF
+
+$CC_FOR_BUILD -o $dummy $dummy.c 2>/dev/null && SYSTEM_NAME=`$dummy` &&
+       { echo "$SYSTEM_NAME"; exit; }
+
+# Apollos put the system type in the environment.
+
+test -d /usr/apollo && { echo ${ISP}-apollo-${SYSTYPE}; exit; }
+
+# Convex versions that predate uname can use getsysinfo(1)
+
+if [ -x /usr/convex/getsysinfo ]
+then
+    case `getsysinfo -f cpu_type` in
+    c1*)
+       echo c1-convex-bsd
+       exit ;;
+    c2*)
+       if getsysinfo -f scalar_acc
+       then echo c32-convex-bsd
+       else echo c2-convex-bsd
+       fi
+       exit ;;
+    c34*)
+       echo c34-convex-bsd
+       exit ;;
+    c38*)
+       echo c38-convex-bsd
+       exit ;;
+    c4*)
+       echo c4-convex-bsd
+       exit ;;
+    esac
+fi
+
+cat >&2 <<EOF
+$0: unable to guess system type
+
+This script, last modified $timestamp, has failed to recognize
+the operating system you are using. It is advised that you
+download the most up to date version of the config scripts from
+
+  http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.guess;hb=HEAD
+and
+  http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.sub;hb=HEAD
+
+If the version you run ($0) is already up to date, please
+send the following data and any information you think might be
+pertinent to <config-patches@gnu.org> in order to provide the needed
+information to handle your system.
+
+config.guess timestamp = $timestamp
+
+uname -m = `(uname -m) 2>/dev/null || echo unknown`
+uname -r = `(uname -r) 2>/dev/null || echo unknown`
+uname -s = `(uname -s) 2>/dev/null || echo unknown`
+uname -v = `(uname -v) 2>/dev/null || echo unknown`
+
+/usr/bin/uname -p = `(/usr/bin/uname -p) 2>/dev/null`
+/bin/uname -X     = `(/bin/uname -X) 2>/dev/null`
+
+hostinfo               = `(hostinfo) 2>/dev/null`
+/bin/universe          = `(/bin/universe) 2>/dev/null`
+/usr/bin/arch -k       = `(/usr/bin/arch -k) 2>/dev/null`
+/bin/arch              = `(/bin/arch) 2>/dev/null`
+/usr/bin/oslevel       = `(/usr/bin/oslevel) 2>/dev/null`
+/usr/convex/getsysinfo = `(/usr/convex/getsysinfo) 2>/dev/null`
+
+UNAME_MACHINE = ${UNAME_MACHINE}
+UNAME_RELEASE = ${UNAME_RELEASE}
+UNAME_SYSTEM  = ${UNAME_SYSTEM}
+UNAME_VERSION = ${UNAME_VERSION}
+EOF
+
+exit 1
+
+# Local variables:
+# eval: (add-hook 'write-file-hooks 'time-stamp)
+# time-stamp-start: "timestamp='"
+# time-stamp-format: "%:y-%02m-%02d"
+# time-stamp-end: "'"
+# End:
diff --git a/binaries/src/clustalo/config.sub b/binaries/src/clustalo/config.sub
new file mode 100644 (file)
index 0000000..6759825
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1658 @@
+#! /bin/sh
+# Configuration validation subroutine script.
+#   Copyright (C) 1992, 1993, 1994, 1995, 1996, 1997, 1998, 1999,
+#   2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008
+#   Free Software Foundation, Inc.
+
+timestamp='2008-01-16'
+
+# This file is (in principle) common to ALL GNU software.
+# The presence of a machine in this file suggests that SOME GNU software
+# can handle that machine.  It does not imply ALL GNU software can.
+#
+# This file is free software; you can redistribute it and/or modify
+# it under the terms of the GNU General Public License as published by
+# the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
+# (at your option) any later version.
+#
+# This program is distributed in the hope that it will be useful,
+# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+# GNU General Public License for more details.
+#
+# You should have received a copy of the GNU General Public License
+# along with this program; if not, write to the Free Software
+# Foundation, Inc., 51 Franklin Street - Fifth Floor, Boston, MA
+# 02110-1301, USA.
+#
+# As a special exception to the GNU General Public License, if you
+# distribute this file as part of a program that contains a
+# configuration script generated by Autoconf, you may include it under
+# the same distribution terms that you use for the rest of that program.
+
+
+# Please send patches to <config-patches@gnu.org>.  Submit a context
+# diff and a properly formatted ChangeLog entry.
+#
+# Configuration subroutine to validate and canonicalize a configuration type.
+# Supply the specified configuration type as an argument.
+# If it is invalid, we print an error message on stderr and exit with code 1.
+# Otherwise, we print the canonical config type on stdout and succeed.
+
+# This file is supposed to be the same for all GNU packages
+# and recognize all the CPU types, system types and aliases
+# that are meaningful with *any* GNU software.
+# Each package is responsible for reporting which valid configurations
+# it does not support.  The user should be able to distinguish
+# a failure to support a valid configuration from a meaningless
+# configuration.
+
+# The goal of this file is to map all the various variations of a given
+# machine specification into a single specification in the form:
+#      CPU_TYPE-MANUFACTURER-OPERATING_SYSTEM
+# or in some cases, the newer four-part form:
+#      CPU_TYPE-MANUFACTURER-KERNEL-OPERATING_SYSTEM
+# It is wrong to echo any other type of specification.
+
+me=`echo "$0" | sed -e 's,.*/,,'`
+
+usage="\
+Usage: $0 [OPTION] CPU-MFR-OPSYS
+       $0 [OPTION] ALIAS
+
+Canonicalize a configuration name.
+
+Operation modes:
+  -h, --help         print this help, then exit
+  -t, --time-stamp   print date of last modification, then exit
+  -v, --version      print version number, then exit
+
+Report bugs and patches to <config-patches@gnu.org>."
+
+version="\
+GNU config.sub ($timestamp)
+
+Copyright (C) 1992, 1993, 1994, 1995, 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001,
+2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Free Software Foundation, Inc.
+
+This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
+warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE."
+
+help="
+Try \`$me --help' for more information."
+
+# Parse command line
+while test $# -gt 0 ; do
+  case $1 in
+    --time-stamp | --time* | -t )
+       echo "$timestamp" ; exit ;;
+    --version | -v )
+       echo "$version" ; exit ;;
+    --help | --h* | -h )
+       echo "$usage"; exit ;;
+    -- )     # Stop option processing
+       shift; break ;;
+    - )        # Use stdin as input.
+       break ;;
+    -* )
+       echo "$me: invalid option $1$help"
+       exit 1 ;;
+
+    *local*)
+       # First pass through any local machine types.
+       echo $1
+       exit ;;
+
+    * )
+       break ;;
+  esac
+done
+
+case $# in
+ 0) echo "$me: missing argument$help" >&2
+    exit 1;;
+ 1) ;;
+ *) echo "$me: too many arguments$help" >&2
+    exit 1;;
+esac
+
+# Separate what the user gave into CPU-COMPANY and OS or KERNEL-OS (if any).
+# Here we must recognize all the valid KERNEL-OS combinations.
+maybe_os=`echo $1 | sed 's/^\(.*\)-\([^-]*-[^-]*\)$/\2/'`
+case $maybe_os in
+  nto-qnx* | linux-gnu* | linux-dietlibc | linux-newlib* | linux-uclibc* | \
+  uclinux-uclibc* | uclinux-gnu* | kfreebsd*-gnu* | knetbsd*-gnu* | netbsd*-gnu* | \
+  storm-chaos* | os2-emx* | rtmk-nova*)
+    os=-$maybe_os
+    basic_machine=`echo $1 | sed 's/^\(.*\)-\([^-]*-[^-]*\)$/\1/'`
+    ;;
+  *)
+    basic_machine=`echo $1 | sed 's/-[^-]*$//'`
+    if [ $basic_machine != $1 ]
+    then os=`echo $1 | sed 's/.*-/-/'`
+    else os=; fi
+    ;;
+esac
+
+### Let's recognize common machines as not being operating systems so
+### that things like config.sub decstation-3100 work.  We also
+### recognize some manufacturers as not being operating systems, so we
+### can provide default operating systems below.
+case $os in
+       -sun*os*)
+               # Prevent following clause from handling this invalid input.
+               ;;
+       -dec* | -mips* | -sequent* | -encore* | -pc532* | -sgi* | -sony* | \
+       -att* | -7300* | -3300* | -delta* | -motorola* | -sun[234]* | \
+       -unicom* | -ibm* | -next | -hp | -isi* | -apollo | -altos* | \
+       -convergent* | -ncr* | -news | -32* | -3600* | -3100* | -hitachi* |\
+       -c[123]* | -convex* | -sun | -crds | -omron* | -dg | -ultra | -tti* | \
+       -harris | -dolphin | -highlevel | -gould | -cbm | -ns | -masscomp | \
+       -apple | -axis | -knuth | -cray)
+               os=
+               basic_machine=$1
+               ;;
+       -sim | -cisco | -oki | -wec | -winbond)
+               os=
+               basic_machine=$1
+               ;;
+       -scout)
+               ;;
+       -wrs)
+               os=-vxworks
+               basic_machine=$1
+               ;;
+       -chorusos*)
+               os=-chorusos
+               basic_machine=$1
+               ;;
+       -chorusrdb)
+               os=-chorusrdb
+               basic_machine=$1
+               ;;
+       -hiux*)
+               os=-hiuxwe2
+               ;;
+       -sco6)
+               os=-sco5v6
+               basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86-.*/86-pc/'`
+               ;;
+       -sco5)
+               os=-sco3.2v5
+               basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86-.*/86-pc/'`
+               ;;
+       -sco4)
+               os=-sco3.2v4
+               basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86-.*/86-pc/'`
+               ;;
+       -sco3.2.[4-9]*)
+               os=`echo $os | sed -e 's/sco3.2./sco3.2v/'`
+               basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86-.*/86-pc/'`
+               ;;
+       -sco3.2v[4-9]*)
+               # Don't forget version if it is 3.2v4 or newer.
+               basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86-.*/86-pc/'`
+               ;;
+       -sco5v6*)
+               # Don't forget version if it is 3.2v4 or newer.
+               basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86-.*/86-pc/'`
+               ;;
+       -sco*)
+               os=-sco3.2v2
+               basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86-.*/86-pc/'`
+               ;;
+       -udk*)
+               basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86-.*/86-pc/'`
+               ;;
+       -isc)
+               os=-isc2.2
+               basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86-.*/86-pc/'`
+               ;;
+       -clix*)
+               basic_machine=clipper-intergraph
+               ;;
+       -isc*)
+               basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86-.*/86-pc/'`
+               ;;
+       -lynx*)
+               os=-lynxos
+               ;;
+       -ptx*)
+               basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86-.*/86-sequent/'`
+               ;;
+       -windowsnt*)
+               os=`echo $os | sed -e 's/windowsnt/winnt/'`
+               ;;
+       -psos*)
+               os=-psos
+               ;;
+       -mint | -mint[0-9]*)
+               basic_machine=m68k-atari
+               os=-mint
+               ;;
+esac
+
+# Decode aliases for certain CPU-COMPANY combinations.
+case $basic_machine in
+       # Recognize the basic CPU types without company name.
+       # Some are omitted here because they have special meanings below.
+       1750a | 580 \
+       | a29k \
+       | alpha | alphaev[4-8] | alphaev56 | alphaev6[78] | alphapca5[67] \
+       | alpha64 | alpha64ev[4-8] | alpha64ev56 | alpha64ev6[78] | alpha64pca5[67] \
+       | am33_2.0 \
+       | arc | arm | arm[bl]e | arme[lb] | armv[2345] | armv[345][lb] | avr | avr32 \
+       | bfin \
+       | c4x | clipper \
+       | d10v | d30v | dlx | dsp16xx \
+       | fido | fr30 | frv \
+       | h8300 | h8500 | hppa | hppa1.[01] | hppa2.0 | hppa2.0[nw] | hppa64 \
+       | i370 | i860 | i960 | ia64 \
+       | ip2k | iq2000 \
+       | m32c | m32r | m32rle | m68000 | m68k | m88k \
+       | maxq | mb | microblaze | mcore | mep \
+       | mips | mipsbe | mipseb | mipsel | mipsle \
+       | mips16 \
+       | mips64 | mips64el \
+       | mips64vr | mips64vrel \
+       | mips64orion | mips64orionel \
+       | mips64vr4100 | mips64vr4100el \
+       | mips64vr4300 | mips64vr4300el \
+       | mips64vr5000 | mips64vr5000el \
+       | mips64vr5900 | mips64vr5900el \
+       | mipsisa32 | mipsisa32el \
+       | mipsisa32r2 | mipsisa32r2el \
+       | mipsisa64 | mipsisa64el \
+       | mipsisa64r2 | mipsisa64r2el \
+       | mipsisa64sb1 | mipsisa64sb1el \
+       | mipsisa64sr71k | mipsisa64sr71kel \
+       | mipstx39 | mipstx39el \
+       | mn10200 | mn10300 \
+       | mt \
+       | msp430 \
+       | nios | nios2 \
+       | ns16k | ns32k \
+       | or32 \
+       | pdp10 | pdp11 | pj | pjl \
+       | powerpc | powerpc64 | powerpc64le | powerpcle | ppcbe \
+       | pyramid \
+       | score \
+       | sh | sh[1234] | sh[24]a | sh[23]e | sh[34]eb | sheb | shbe | shle | sh[1234]le | sh3ele \
+       | sh64 | sh64le \
+       | sparc | sparc64 | sparc64b | sparc64v | sparc86x | sparclet | sparclite \
+       | sparcv8 | sparcv9 | sparcv9b | sparcv9v \
+       | spu | strongarm \
+       | tahoe | thumb | tic4x | tic80 | tron \
+       | v850 | v850e \
+       | we32k \
+       | x86 | xc16x | xscale | xscalee[bl] | xstormy16 | xtensa \
+       | z8k)
+               basic_machine=$basic_machine-unknown
+               ;;
+       m6811 | m68hc11 | m6812 | m68hc12)
+               # Motorola 68HC11/12.
+               basic_machine=$basic_machine-unknown
+               os=-none
+               ;;
+       m88110 | m680[12346]0 | m683?2 | m68360 | m5200 | v70 | w65 | z8k)
+               ;;
+       ms1)
+               basic_machine=mt-unknown
+               ;;
+
+       # We use `pc' rather than `unknown'
+       # because (1) that's what they normally are, and
+       # (2) the word "unknown" tends to confuse beginning users.
+       i*86 | x86_64)
+         basic_machine=$basic_machine-pc
+         ;;
+       # Object if more than one company name word.
+       *-*-*)
+               echo Invalid configuration \`$1\': machine \`$basic_machine\' not recognized 1>&2
+               exit 1
+               ;;
+       # Recognize the basic CPU types with company name.
+       580-* \
+       | a29k-* \
+       | alpha-* | alphaev[4-8]-* | alphaev56-* | alphaev6[78]-* \
+       | alpha64-* | alpha64ev[4-8]-* | alpha64ev56-* | alpha64ev6[78]-* \
+       | alphapca5[67]-* | alpha64pca5[67]-* | arc-* \
+       | arm-*  | armbe-* | armle-* | armeb-* | armv*-* \
+       | avr-* | avr32-* \
+       | bfin-* | bs2000-* \
+       | c[123]* | c30-* | [cjt]90-* | c4x-* | c54x-* | c55x-* | c6x-* \
+       | clipper-* | craynv-* | cydra-* \
+       | d10v-* | d30v-* | dlx-* \
+       | elxsi-* \
+       | f30[01]-* | f700-* | fido-* | fr30-* | frv-* | fx80-* \
+       | h8300-* | h8500-* \
+       | hppa-* | hppa1.[01]-* | hppa2.0-* | hppa2.0[nw]-* | hppa64-* \
+       | i*86-* | i860-* | i960-* | ia64-* \
+       | ip2k-* | iq2000-* \
+       | m32c-* | m32r-* | m32rle-* \
+       | m68000-* | m680[012346]0-* | m68360-* | m683?2-* | m68k-* \
+       | m88110-* | m88k-* | maxq-* | mcore-* \
+       | mips-* | mipsbe-* | mipseb-* | mipsel-* | mipsle-* \
+       | mips16-* \
+       | mips64-* | mips64el-* \
+       | mips64vr-* | mips64vrel-* \
+       | mips64orion-* | mips64orionel-* \
+       | mips64vr4100-* | mips64vr4100el-* \
+       | mips64vr4300-* | mips64vr4300el-* \
+       | mips64vr5000-* | mips64vr5000el-* \
+       | mips64vr5900-* | mips64vr5900el-* \
+       | mipsisa32-* | mipsisa32el-* \
+       | mipsisa32r2-* | mipsisa32r2el-* \
+       | mipsisa64-* | mipsisa64el-* \
+       | mipsisa64r2-* | mipsisa64r2el-* \
+       | mipsisa64sb1-* | mipsisa64sb1el-* \
+       | mipsisa64sr71k-* | mipsisa64sr71kel-* \
+       | mipstx39-* | mipstx39el-* \
+       | mmix-* \
+       | mt-* \
+       | msp430-* \
+       | nios-* | nios2-* \
+       | none-* | np1-* | ns16k-* | ns32k-* \
+       | orion-* \
+       | pdp10-* | pdp11-* | pj-* | pjl-* | pn-* | power-* \
+       | powerpc-* | powerpc64-* | powerpc64le-* | powerpcle-* | ppcbe-* \
+       | pyramid-* \
+       | romp-* | rs6000-* \
+       | sh-* | sh[1234]-* | sh[24]a-* | sh[23]e-* | sh[34]eb-* | sheb-* | shbe-* \
+       | shle-* | sh[1234]le-* | sh3ele-* | sh64-* | sh64le-* \
+       | sparc-* | sparc64-* | sparc64b-* | sparc64v-* | sparc86x-* | sparclet-* \
+       | sparclite-* \
+       | sparcv8-* | sparcv9-* | sparcv9b-* | sparcv9v-* | strongarm-* | sv1-* | sx?-* \
+       | tahoe-* | thumb-* \
+       | tic30-* | tic4x-* | tic54x-* | tic55x-* | tic6x-* | tic80-* \
+       | tron-* \
+       | v850-* | v850e-* | vax-* \
+       | we32k-* \
+       | x86-* | x86_64-* | xc16x-* | xps100-* | xscale-* | xscalee[bl]-* \
+       | xstormy16-* | xtensa*-* \
+       | ymp-* \
+       | z8k-*)
+               ;;
+       # Recognize the basic CPU types without company name, with glob match.
+       xtensa*)
+               basic_machine=$basic_machine-unknown
+               ;;
+       # Recognize the various machine names and aliases which stand
+       # for a CPU type and a company and sometimes even an OS.
+       386bsd)
+               basic_machine=i386-unknown
+               os=-bsd
+               ;;
+       3b1 | 7300 | 7300-att | att-7300 | pc7300 | safari | unixpc)
+               basic_machine=m68000-att
+               ;;
+       3b*)
+               basic_machine=we32k-att
+               ;;
+       a29khif)
+               basic_machine=a29k-amd
+               os=-udi
+               ;;
+       abacus)
+               basic_machine=abacus-unknown
+               ;;
+       adobe68k)
+               basic_machine=m68010-adobe
+               os=-scout
+               ;;
+       alliant | fx80)
+               basic_machine=fx80-alliant
+               ;;
+       altos | altos3068)
+               basic_machine=m68k-altos
+               ;;
+       am29k)
+               basic_machine=a29k-none
+               os=-bsd
+               ;;
+       amd64)
+               basic_machine=x86_64-pc
+               ;;
+       amd64-*)
+               basic_machine=x86_64-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
+               ;;
+       amdahl)
+               basic_machine=580-amdahl
+               os=-sysv
+               ;;
+       amiga | amiga-*)
+               basic_machine=m68k-unknown
+               ;;
+       amigaos | amigados)
+               basic_machine=m68k-unknown
+               os=-amigaos
+               ;;
+       amigaunix | amix)
+               basic_machine=m68k-unknown
+               os=-sysv4
+               ;;
+       apollo68)
+               basic_machine=m68k-apollo
+               os=-sysv
+               ;;
+       apollo68bsd)
+               basic_machine=m68k-apollo
+               os=-bsd
+               ;;
+       aux)
+               basic_machine=m68k-apple
+               os=-aux
+               ;;
+       balance)
+               basic_machine=ns32k-sequent
+               os=-dynix
+               ;;
+       blackfin)
+               basic_machine=bfin-unknown
+               os=-linux
+               ;;
+       blackfin-*)
+               basic_machine=bfin-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
+               os=-linux
+               ;;
+       c90)
+               basic_machine=c90-cray
+               os=-unicos
+               ;;
+       convex-c1)
+               basic_machine=c1-convex
+               os=-bsd
+               ;;
+       convex-c2)
+               basic_machine=c2-convex
+               os=-bsd
+               ;;
+       convex-c32)
+               basic_machine=c32-convex
+               os=-bsd
+               ;;
+       convex-c34)
+               basic_machine=c34-convex
+               os=-bsd
+               ;;
+       convex-c38)
+               basic_machine=c38-convex
+               os=-bsd
+               ;;
+       cray | j90)
+               basic_machine=j90-cray
+               os=-unicos
+               ;;
+       craynv)
+               basic_machine=craynv-cray
+               os=-unicosmp
+               ;;
+       cr16)
+               basic_machine=cr16-unknown
+               os=-elf
+               ;;
+       crds | unos)
+               basic_machine=m68k-crds
+               ;;
+       crisv32 | crisv32-* | etraxfs*)
+               basic_machine=crisv32-axis
+               ;;
+       cris | cris-* | etrax*)
+               basic_machine=cris-axis
+               ;;
+       crx)
+               basic_machine=crx-unknown
+               os=-elf
+               ;;
+       da30 | da30-*)
+               basic_machine=m68k-da30
+               ;;
+       decstation | decstation-3100 | pmax | pmax-* | pmin | dec3100 | decstatn)
+               basic_machine=mips-dec
+               ;;
+       decsystem10* | dec10*)
+               basic_machine=pdp10-dec
+               os=-tops10
+               ;;
+       decsystem20* | dec20*)
+               basic_machine=pdp10-dec
+               os=-tops20
+               ;;
+       delta | 3300 | motorola-3300 | motorola-delta \
+             | 3300-motorola | delta-motorola)
+               basic_machine=m68k-motorola
+               ;;
+       delta88)
+               basic_machine=m88k-motorola
+               os=-sysv3
+               ;;
+       djgpp)
+               basic_machine=i586-pc
+               os=-msdosdjgpp
+               ;;
+       dpx20 | dpx20-*)
+               basic_machine=rs6000-bull
+               os=-bosx
+               ;;
+       dpx2* | dpx2*-bull)
+               basic_machine=m68k-bull
+               os=-sysv3
+               ;;
+       ebmon29k)
+               basic_machine=a29k-amd
+               os=-ebmon
+               ;;
+       elxsi)
+               basic_machine=elxsi-elxsi
+               os=-bsd
+               ;;
+       encore | umax | mmax)
+               basic_machine=ns32k-encore
+               ;;
+       es1800 | OSE68k | ose68k | ose | OSE)
+               basic_machine=m68k-ericsson
+               os=-ose
+               ;;
+       fx2800)
+               basic_machine=i860-alliant
+               ;;
+       genix)
+               basic_machine=ns32k-ns
+               ;;
+       gmicro)
+               basic_machine=tron-gmicro
+               os=-sysv
+               ;;
+       go32)
+               basic_machine=i386-pc
+               os=-go32
+               ;;
+       h3050r* | hiux*)
+               basic_machine=hppa1.1-hitachi
+               os=-hiuxwe2
+               ;;
+       h8300hms)
+               basic_machine=h8300-hitachi
+               os=-hms
+               ;;
+       h8300xray)
+               basic_machine=h8300-hitachi
+               os=-xray
+               ;;
+       h8500hms)
+               basic_machine=h8500-hitachi
+               os=-hms
+               ;;
+       harris)
+               basic_machine=m88k-harris
+               os=-sysv3
+               ;;
+       hp300-*)
+               basic_machine=m68k-hp
+               ;;
+       hp300bsd)
+               basic_machine=m68k-hp
+               os=-bsd
+               ;;
+       hp300hpux)
+               basic_machine=m68k-hp
+               os=-hpux
+               ;;
+       hp3k9[0-9][0-9] | hp9[0-9][0-9])
+               basic_machine=hppa1.0-hp
+               ;;
+       hp9k2[0-9][0-9] | hp9k31[0-9])
+               basic_machine=m68000-hp
+               ;;
+       hp9k3[2-9][0-9])
+               basic_machine=m68k-hp
+               ;;
+       hp9k6[0-9][0-9] | hp6[0-9][0-9])
+               basic_machine=hppa1.0-hp
+               ;;
+       hp9k7[0-79][0-9] | hp7[0-79][0-9])
+               basic_machine=hppa1.1-hp
+               ;;
+       hp9k78[0-9] | hp78[0-9])
+               # FIXME: really hppa2.0-hp
+               basic_machine=hppa1.1-hp
+               ;;
+       hp9k8[67]1 | hp8[67]1 | hp9k80[24] | hp80[24] | hp9k8[78]9 | hp8[78]9 | hp9k893 | hp893)
+               # FIXME: really hppa2.0-hp
+               basic_machine=hppa1.1-hp
+               ;;
+       hp9k8[0-9][13679] | hp8[0-9][13679])
+               basic_machine=hppa1.1-hp
+               ;;
+       hp9k8[0-9][0-9] | hp8[0-9][0-9])
+               basic_machine=hppa1.0-hp
+               ;;
+       hppa-next)
+               os=-nextstep3
+               ;;
+       hppaosf)
+               basic_machine=hppa1.1-hp
+               os=-osf
+               ;;
+       hppro)
+               basic_machine=hppa1.1-hp
+               os=-proelf
+               ;;
+       i370-ibm* | ibm*)
+               basic_machine=i370-ibm
+               ;;
+# I'm not sure what "Sysv32" means.  Should this be sysv3.2?
+       i*86v32)
+               basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86.*/86-pc/'`
+               os=-sysv32
+               ;;
+       i*86v4*)
+               basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86.*/86-pc/'`
+               os=-sysv4
+               ;;
+       i*86v)
+               basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86.*/86-pc/'`
+               os=-sysv
+               ;;
+       i*86sol2)
+               basic_machine=`echo $1 | sed -e 's/86.*/86-pc/'`
+               os=-solaris2
+               ;;
+       i386mach)
+               basic_machine=i386-mach
+               os=-mach
+               ;;
+       i386-vsta | vsta)
+               basic_machine=i386-unknown
+               os=-vsta
+               ;;
+       iris | iris4d)
+               basic_machine=mips-sgi
+               case $os in
+                   -irix*)
+                       ;;
+                   *)
+                       os=-irix4
+                       ;;
+               esac
+               ;;
+       isi68 | isi)
+               basic_machine=m68k-isi
+               os=-sysv
+               ;;
+       m68knommu)
+               basic_machine=m68k-unknown
+               os=-linux
+               ;;
+       m68knommu-*)
+               basic_machine=m68k-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
+               os=-linux
+               ;;
+       m88k-omron*)
+               basic_machine=m88k-omron
+               ;;
+       magnum | m3230)
+               basic_machine=mips-mips
+               os=-sysv
+               ;;
+       merlin)
+               basic_machine=ns32k-utek
+               os=-sysv
+               ;;
+       mingw32)
+               basic_machine=i386-pc
+               os=-mingw32
+               ;;
+       mingw32ce)
+               basic_machine=arm-unknown
+               os=-mingw32ce
+               ;;
+       miniframe)
+               basic_machine=m68000-convergent
+               ;;
+       *mint | -mint[0-9]* | *MiNT | *MiNT[0-9]*)
+               basic_machine=m68k-atari
+               os=-mint
+               ;;
+       mips3*-*)
+               basic_machine=`echo $basic_machine | sed -e 's/mips3/mips64/'`
+               ;;
+       mips3*)
+               basic_machine=`echo $basic_machine | sed -e 's/mips3/mips64/'`-unknown
+               ;;
+       monitor)
+               basic_machine=m68k-rom68k
+               os=-coff
+               ;;
+       morphos)
+               basic_machine=powerpc-unknown
+               os=-morphos
+               ;;
+       msdos)
+               basic_machine=i386-pc
+               os=-msdos
+               ;;
+       ms1-*)
+               basic_machine=`echo $basic_machine | sed -e 's/ms1-/mt-/'`
+               ;;
+       mvs)
+               basic_machine=i370-ibm
+               os=-mvs
+               ;;
+       ncr3000)
+               basic_machine=i486-ncr
+               os=-sysv4
+               ;;
+       netbsd386)
+               basic_machine=i386-unknown
+               os=-netbsd
+               ;;
+       netwinder)
+               basic_machine=armv4l-rebel
+               os=-linux
+               ;;
+       news | news700 | news800 | news900)
+               basic_machine=m68k-sony
+               os=-newsos
+               ;;
+       news1000)
+               basic_machine=m68030-sony
+               os=-newsos
+               ;;
+       news-3600 | risc-news)
+               basic_machine=mips-sony
+               os=-newsos
+               ;;
+       necv70)
+               basic_machine=v70-nec
+               os=-sysv
+               ;;
+       next | m*-next )
+               basic_machine=m68k-next
+               case $os in
+                   -nextstep* )
+                       ;;
+                   -ns2*)
+                     os=-nextstep2
+                       ;;
+                   *)
+                     os=-nextstep3
+                       ;;
+               esac
+               ;;
+       nh3000)
+               basic_machine=m68k-harris
+               os=-cxux
+               ;;
+       nh[45]000)
+               basic_machine=m88k-harris
+               os=-cxux
+               ;;
+       nindy960)
+               basic_machine=i960-intel
+               os=-nindy
+               ;;
+       mon960)
+               basic_machine=i960-intel
+               os=-mon960
+               ;;
+       nonstopux)
+               basic_machine=mips-compaq
+               os=-nonstopux
+               ;;
+       np1)
+               basic_machine=np1-gould
+               ;;
+       nsr-tandem)
+               basic_machine=nsr-tandem
+               ;;
+       op50n-* | op60c-*)
+               basic_machine=hppa1.1-oki
+               os=-proelf
+               ;;
+       openrisc | openrisc-*)
+               basic_machine=or32-unknown
+               ;;
+       os400)
+               basic_machine=powerpc-ibm
+               os=-os400
+               ;;
+       OSE68000 | ose68000)
+               basic_machine=m68000-ericsson
+               os=-ose
+               ;;
+       os68k)
+               basic_machine=m68k-none
+               os=-os68k
+               ;;
+       pa-hitachi)
+               basic_machine=hppa1.1-hitachi
+               os=-hiuxwe2
+               ;;
+       paragon)
+               basic_machine=i860-intel
+               os=-osf
+               ;;
+       parisc)
+               basic_machine=hppa-unknown
+               os=-linux
+               ;;
+       parisc-*)
+               basic_machine=hppa-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
+               os=-linux
+               ;;
+       pbd)
+               basic_machine=sparc-tti
+               ;;
+       pbb)
+               basic_machine=m68k-tti
+               ;;
+       pc532 | pc532-*)
+               basic_machine=ns32k-pc532
+               ;;
+       pc98)
+               basic_machine=i386-pc
+               ;;
+       pc98-*)
+               basic_machine=i386-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
+               ;;
+       pentium | p5 | k5 | k6 | nexgen | viac3)
+               basic_machine=i586-pc
+               ;;
+       pentiumpro | p6 | 6x86 | athlon | athlon_*)
+               basic_machine=i686-pc
+               ;;
+       pentiumii | pentium2 | pentiumiii | pentium3)
+               basic_machine=i686-pc
+               ;;
+       pentium4)
+               basic_machine=i786-pc
+               ;;
+       pentium-* | p5-* | k5-* | k6-* | nexgen-* | viac3-*)
+               basic_machine=i586-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
+               ;;
+       pentiumpro-* | p6-* | 6x86-* | athlon-*)
+               basic_machine=i686-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
+               ;;
+       pentiumii-* | pentium2-* | pentiumiii-* | pentium3-*)
+               basic_machine=i686-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
+               ;;
+       pentium4-*)
+               basic_machine=i786-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
+               ;;
+       pn)
+               basic_machine=pn-gould
+               ;;
+       power)  basic_machine=power-ibm
+               ;;
+       ppc)    basic_machine=powerpc-unknown
+               ;;
+       ppc-*)  basic_machine=powerpc-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
+               ;;
+       ppcle | powerpclittle | ppc-le | powerpc-little)
+               basic_machine=powerpcle-unknown
+               ;;
+       ppcle-* | powerpclittle-*)
+               basic_machine=powerpcle-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
+               ;;
+       ppc64)  basic_machine=powerpc64-unknown
+               ;;
+       ppc64-*) basic_machine=powerpc64-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
+               ;;
+       ppc64le | powerpc64little | ppc64-le | powerpc64-little)
+               basic_machine=powerpc64le-unknown
+               ;;
+       ppc64le-* | powerpc64little-*)
+               basic_machine=powerpc64le-`echo $basic_machine | sed 's/^[^-]*-//'`
+               ;;
+       ps2)
+               basic_machine=i386-ibm
+               ;;
+       pw32)
+               basic_machine=i586-unknown
+               os=-pw32
+               ;;
+       rdos)
+               basic_machine=i386-pc
+               os=-rdos
+               ;;
+       rom68k)
+               basic_machine=m68k-rom68k
+               os=-coff
+               ;;
+       rm[46]00)
+               basic_machine=mips-siemens
+               ;;
+       rtpc | rtpc-*)
+               basic_machine=romp-ibm
+               ;;
+       s390 | s390-*)
+               basic_machine=s390-ibm
+               ;;
+       s390x | s390x-*)
+               basic_machine=s390x-ibm
+               ;;
+       sa29200)
+               basic_machine=a29k-amd
+               os=-udi
+               ;;
+       sb1)
+               basic_machine=mipsisa64sb1-unknown
+               ;;
+       sb1el)
+               basic_machine=mipsisa64sb1el-unknown
+               ;;
+       sde)
+               basic_machine=mipsisa32-sde
+               os=-elf
+               ;;
+       sei)
+               basic_machine=mips-sei
+               os=-seiux
+               ;;
+       sequent)
+               basic_machine=i386-sequent
+               ;;
+       sh)
+               basic_machine=sh-hitachi
+               os=-hms
+               ;;
+       sh5el)
+               basic_machine=sh5le-unknown
+               ;;
+       sh64)
+               basic_machine=sh64-unknown
+               ;;
+       sparclite-wrs | simso-wrs)
+               basic_machine=sparclite-wrs
+               os=-vxworks
+               ;;
+       sps7)
+               basic_machine=m68k-bull
+               os=-sysv2
+               ;;
+       spur)
+               basic_machine=spur-unknown
+               ;;
+       st2000)
+               basic_machine=m68k-tandem
+               ;;
+       stratus)
+               basic_machine=i860-stratus
+               os=-sysv4
+               ;;
+       sun2)
+               basic_machine=m68000-sun
+               ;;
+       sun2os3)
+               basic_machine=m68000-sun
+               os=-sunos3
+               ;;
+       sun2os4)
+               basic_machine=m68000-sun
+               os=-sunos4
+               ;;
+       sun3os3)
+               basic_machine=m68k-sun
+               os=-sunos3
+               ;;
+       sun3os4)
+               basic_machine=m68k-sun
+               os=-sunos4
+               ;;
+       sun4os3)
+               basic_machine=sparc-sun
+               os=-sunos3
+               ;;
+       sun4os4)
+               basic_machine=sparc-sun
+               os=-sunos4
+               ;;
+       sun4sol2)
+               basic_machine=sparc-sun
+               os=-solaris2
+               ;;
+       sun3 | sun3-*)
+               basic_machine=m68k-sun
+               ;;
+       sun4)
+               basic_machine=sparc-sun
+               ;;
+       sun386 | sun386i | roadrunner)
+               basic_machine=i386-sun
+               ;;
+       sv1)
+               basic_machine=sv1-cray
+               os=-unicos
+               ;;
+       symmetry)
+               basic_machine=i386-sequent
+               os=-dynix
+               ;;
+       t3e)
+               basic_machine=alphaev5-cray
+               os=-unicos
+               ;;
+       t90)
+               basic_machine=t90-cray
+               os=-unicos
+               ;;
+       tic54x | c54x*)
+               basic_machine=tic54x-unknown
+               os=-coff
+               ;;
+       tic55x | c55x*)
+               basic_machine=tic55x-unknown
+               os=-coff
+               ;;
+       tic6x | c6x*)
+               basic_machine=tic6x-unknown
+               os=-coff
+               ;;
+       tile*)
+               basic_machine=tile-unknown
+               os=-linux-gnu
+               ;;
+       tx39)
+               basic_machine=mipstx39-unknown
+               ;;
+       tx39el)
+               basic_machine=mipstx39el-unknown
+               ;;
+       toad1)
+               basic_machine=pdp10-xkl
+               os=-tops20
+               ;;
+       tower | tower-32)
+               basic_machine=m68k-ncr
+               ;;
+       tpf)
+               basic_machine=s390x-ibm
+               os=-tpf
+               ;;
+       udi29k)
+               basic_machine=a29k-amd
+               os=-udi
+               ;;
+       ultra3)
+               basic_machine=a29k-nyu
+               os=-sym1
+               ;;
+       v810 | necv810)
+               basic_machine=v810-nec
+               os=-none
+               ;;
+       vaxv)
+               basic_machine=vax-dec
+               os=-sysv
+               ;;
+       vms)
+               basic_machine=vax-dec
+               os=-vms
+               ;;
+       vpp*|vx|vx-*)
+               basic_machine=f301-fujitsu
+               ;;
+       vxworks960)
+               basic_machine=i960-wrs
+               os=-vxworks
+               ;;
+       vxworks68)
+               basic_machine=m68k-wrs
+               os=-vxworks
+               ;;
+       vxworks29k)
+               basic_machine=a29k-wrs
+               os=-vxworks
+               ;;
+       w65*)
+               basic_machine=w65-wdc
+               os=-none
+               ;;
+       w89k-*)
+               basic_machine=hppa1.1-winbond
+               os=-proelf
+               ;;
+       xbox)
+               basic_machine=i686-pc
+               os=-mingw32
+               ;;
+       xps | xps100)
+               basic_machine=xps100-honeywell
+               ;;
+       ymp)
+               basic_machine=ymp-cray
+               os=-unicos
+               ;;
+       z8k-*-coff)
+               basic_machine=z8k-unknown
+               os=-sim
+               ;;
+       none)
+               basic_machine=none-none
+               os=-none
+               ;;
+
+# Here we handle the default manufacturer of certain CPU types.  It is in
+# some cases the only manufacturer, in others, it is the most popular.
+       w89k)
+               basic_machine=hppa1.1-winbond
+               ;;
+       op50n)
+               basic_machine=hppa1.1-oki
+               ;;
+       op60c)
+               basic_machine=hppa1.1-oki
+               ;;
+       romp)
+               basic_machine=romp-ibm
+               ;;
+       mmix)
+               basic_machine=mmix-knuth
+               ;;
+       rs6000)
+               basic_machine=rs6000-ibm
+               ;;
+       vax)
+               basic_machine=vax-dec
+               ;;
+       pdp10)
+               # there are many clones, so DEC is not a safe bet
+               basic_machine=pdp10-unknown
+               ;;
+       pdp11)
+               basic_machine=pdp11-dec
+               ;;
+       we32k)
+               basic_machine=we32k-att
+               ;;
+       sh[1234] | sh[24]a | sh[34]eb | sh[1234]le | sh[23]ele)
+               basic_machine=sh-unknown
+               ;;
+       sparc | sparcv8 | sparcv9 | sparcv9b | sparcv9v)
+               basic_machine=sparc-sun
+               ;;
+       cydra)
+               basic_machine=cydra-cydrome
+               ;;
+       orion)
+               basic_machine=orion-highlevel
+               ;;
+       orion105)
+               basic_machine=clipper-highlevel
+               ;;
+       mac | mpw | mac-mpw)
+               basic_machine=m68k-apple
+               ;;
+       pmac | pmac-mpw)
+               basic_machine=powerpc-apple
+               ;;
+       *-unknown)
+               # Make sure to match an already-canonicalized machine name.
+               ;;
+       *)
+               echo Invalid configuration \`$1\': machine \`$basic_machine\' not recognized 1>&2
+               exit 1
+               ;;
+esac
+
+# Here we canonicalize certain aliases for manufacturers.
+case $basic_machine in
+       *-digital*)
+               basic_machine=`echo $basic_machine | sed 's/digital.*/dec/'`
+               ;;
+       *-commodore*)
+               basic_machine=`echo $basic_machine | sed 's/commodore.*/cbm/'`
+               ;;
+       *)
+               ;;
+esac
+
+# Decode manufacturer-specific aliases for certain operating systems.
+
+if [ x"$os" != x"" ]
+then
+case $os in
+        # First match some system type aliases
+        # that might get confused with valid system types.
+       # -solaris* is a basic system type, with this one exception.
+       -solaris1 | -solaris1.*)
+               os=`echo $os | sed -e 's|solaris1|sunos4|'`
+               ;;
+       -solaris)
+               os=-solaris2
+               ;;
+       -svr4*)
+               os=-sysv4
+               ;;
+       -unixware*)
+               os=-sysv4.2uw
+               ;;
+       -gnu/linux*)
+               os=`echo $os | sed -e 's|gnu/linux|linux-gnu|'`
+               ;;
+       # First accept the basic system types.
+       # The portable systems comes first.
+       # Each alternative MUST END IN A *, to match a version number.
+       # -sysv* is not here because it comes later, after sysvr4.
+       -gnu* | -bsd* | -mach* | -minix* | -genix* | -ultrix* | -irix* \
+             | -*vms* | -sco* | -esix* | -isc* | -aix* | -sunos | -sunos[34]*\
+             | -hpux* | -unos* | -osf* | -luna* | -dgux* | -solaris* | -sym* \
+             | -amigaos* | -amigados* | -msdos* | -newsos* | -unicos* | -aof* \
+             | -aos* \
+             | -nindy* | -vxsim* | -vxworks* | -ebmon* | -hms* | -mvs* \
+             | -clix* | -riscos* | -uniplus* | -iris* | -rtu* | -xenix* \
+             | -hiux* | -386bsd* | -knetbsd* | -mirbsd* | -netbsd* \
+             | -openbsd* | -solidbsd* \
+             | -ekkobsd* | -kfreebsd* | -freebsd* | -riscix* | -lynxos* \
+             | -bosx* | -nextstep* | -cxux* | -aout* | -elf* | -oabi* \
+             | -ptx* | -coff* | -ecoff* | -winnt* | -domain* | -vsta* \
+             | -udi* | -eabi* | -lites* | -ieee* | -go32* | -aux* \
+             | -chorusos* | -chorusrdb* \
+             | -cygwin* | -pe* | -psos* | -moss* | -proelf* | -rtems* \
+             | -mingw32* | -linux-gnu* | -linux-newlib* | -linux-uclibc* \
+             | -uxpv* | -beos* | -mpeix* | -udk* \
+             | -interix* | -uwin* | -mks* | -rhapsody* | -darwin* | -opened* \
+             | -openstep* | -oskit* | -conix* | -pw32* | -nonstopux* \
+             | -storm-chaos* | -tops10* | -tenex* | -tops20* | -its* \
+             | -os2* | -vos* | -palmos* | -uclinux* | -nucleus* \
+             | -morphos* | -superux* | -rtmk* | -rtmk-nova* | -windiss* \
+             | -powermax* | -dnix* | -nx6 | -nx7 | -sei* | -dragonfly* \
+             | -skyos* | -haiku* | -rdos* | -toppers* | -drops*)
+       # Remember, each alternative MUST END IN *, to match a version number.
+               ;;
+       -qnx*)
+               case $basic_machine in
+                   x86-* | i*86-*)
+                       ;;
+                   *)
+                       os=-nto$os
+                       ;;
+               esac
+               ;;
+       -nto-qnx*)
+               ;;
+       -nto*)
+               os=`echo $os | sed -e 's|nto|nto-qnx|'`
+               ;;
+       -sim | -es1800* | -hms* | -xray | -os68k* | -none* | -v88r* \
+             | -windows* | -osx | -abug | -netware* | -os9* | -beos* | -haiku* \
+             | -macos* | -mpw* | -magic* | -mmixware* | -mon960* | -lnews*)
+               ;;
+       -mac*)
+               os=`echo $os | sed -e 's|mac|macos|'`
+               ;;
+       -linux-dietlibc)
+               os=-linux-dietlibc
+               ;;
+       -linux*)
+               os=`echo $os | sed -e 's|linux|linux-gnu|'`
+               ;;
+       -sunos5*)
+               os=`echo $os | sed -e 's|sunos5|solaris2|'`
+               ;;
+       -sunos6*)
+               os=`echo $os | sed -e 's|sunos6|solaris3|'`
+               ;;
+       -opened*)
+               os=-openedition
+               ;;
+        -os400*)
+               os=-os400
+               ;;
+       -wince*)
+               os=-wince
+               ;;
+       -osfrose*)
+               os=-osfrose
+               ;;
+       -osf*)
+               os=-osf
+               ;;
+       -utek*)
+               os=-bsd
+               ;;
+       -dynix*)
+               os=-bsd
+               ;;
+       -acis*)
+               os=-aos
+               ;;
+       -atheos*)
+               os=-atheos
+               ;;
+       -syllable*)
+               os=-syllable
+               ;;
+       -386bsd)
+               os=-bsd
+               ;;
+       -ctix* | -uts*)
+               os=-sysv
+               ;;
+       -nova*)
+               os=-rtmk-nova
+               ;;
+       -ns2 )
+               os=-nextstep2
+               ;;
+       -nsk*)
+               os=-nsk
+               ;;
+       # Preserve the version number of sinix5.
+       -sinix5.*)
+               os=`echo $os | sed -e 's|sinix|sysv|'`
+               ;;
+       -sinix*)
+               os=-sysv4
+               ;;
+        -tpf*)
+               os=-tpf
+               ;;
+       -triton*)
+               os=-sysv3
+               ;;
+       -oss*)
+               os=-sysv3
+               ;;
+       -svr4)
+               os=-sysv4
+               ;;
+       -svr3)
+               os=-sysv3
+               ;;
+       -sysvr4)
+               os=-sysv4
+               ;;
+       # This must come after -sysvr4.
+       -sysv*)
+               ;;
+       -ose*)
+               os=-ose
+               ;;
+       -es1800*)
+               os=-ose
+               ;;
+       -xenix)
+               os=-xenix
+               ;;
+       -*mint | -mint[0-9]* | -*MiNT | -MiNT[0-9]*)
+               os=-mint
+               ;;
+       -aros*)
+               os=-aros
+               ;;
+       -kaos*)
+               os=-kaos
+               ;;
+       -zvmoe)
+               os=-zvmoe
+               ;;
+       -none)
+               ;;
+       *)
+               # Get rid of the `-' at the beginning of $os.
+               os=`echo $os | sed 's/[^-]*-//'`
+               echo Invalid configuration \`$1\': system \`$os\' not recognized 1>&2
+               exit 1
+               ;;
+esac
+else
+
+# Here we handle the default operating systems that come with various machines.
+# The value should be what the vendor currently ships out the door with their
+# machine or put another way, the most popular os provided with the machine.
+
+# Note that if you're going to try to match "-MANUFACTURER" here (say,
+# "-sun"), then you have to tell the case statement up towards the top
+# that MANUFACTURER isn't an operating system.  Otherwise, code above
+# will signal an error saying that MANUFACTURER isn't an operating
+# system, and we'll never get to this point.
+
+case $basic_machine in
+        score-*)
+               os=-elf
+               ;;
+        spu-*)
+               os=-elf
+               ;;
+       *-acorn)
+               os=-riscix1.2
+               ;;
+       arm*-rebel)
+               os=-linux
+               ;;
+       arm*-semi)
+               os=-aout
+               ;;
+        c4x-* | tic4x-*)
+               os=-coff
+               ;;
+       # This must come before the *-dec entry.
+       pdp10-*)
+               os=-tops20
+               ;;
+       pdp11-*)
+               os=-none
+               ;;
+       *-dec | vax-*)
+               os=-ultrix4.2
+               ;;
+       m68*-apollo)
+               os=-domain
+               ;;
+       i386-sun)
+               os=-sunos4.0.2
+               ;;
+       m68000-sun)
+               os=-sunos3
+               # This also exists in the configure program, but was not the
+               # default.
+               # os=-sunos4
+               ;;
+       m68*-cisco)
+               os=-aout
+               ;;
+        mep-*)
+               os=-elf
+               ;;
+       mips*-cisco)
+               os=-elf
+               ;;
+       mips*-*)
+               os=-elf
+               ;;
+       or32-*)
+               os=-coff
+               ;;
+       *-tti)  # must be before sparc entry or we get the wrong os.
+               os=-sysv3
+               ;;
+       sparc-* | *-sun)
+               os=-sunos4.1.1
+               ;;
+       *-be)
+               os=-beos
+               ;;
+       *-haiku)
+               os=-haiku
+               ;;
+       *-ibm)
+               os=-aix
+               ;;
+       *-knuth)
+               os=-mmixware
+               ;;
+       *-wec)
+               os=-proelf
+               ;;
+       *-winbond)
+               os=-proelf
+               ;;
+       *-oki)
+               os=-proelf
+               ;;
+       *-hp)
+               os=-hpux
+               ;;
+       *-hitachi)
+               os=-hiux
+               ;;
+       i860-* | *-att | *-ncr | *-altos | *-motorola | *-convergent)
+               os=-sysv
+               ;;
+       *-cbm)
+               os=-amigaos
+               ;;
+       *-dg)
+               os=-dgux
+               ;;
+       *-dolphin)
+               os=-sysv3
+               ;;
+       m68k-ccur)
+               os=-rtu
+               ;;
+       m88k-omron*)
+               os=-luna
+               ;;
+       *-next )
+               os=-nextstep
+               ;;
+       *-sequent)
+               os=-ptx
+               ;;
+       *-crds)
+               os=-unos
+               ;;
+       *-ns)
+               os=-genix
+               ;;
+       i370-*)
+               os=-mvs
+               ;;
+       *-next)
+               os=-nextstep3
+               ;;
+       *-gould)
+               os=-sysv
+               ;;
+       *-highlevel)
+               os=-bsd
+               ;;
+       *-encore)
+               os=-bsd
+               ;;
+       *-sgi)
+               os=-irix
+               ;;
+       *-siemens)
+               os=-sysv4
+               ;;
+       *-masscomp)
+               os=-rtu
+               ;;
+       f30[01]-fujitsu | f700-fujitsu)
+               os=-uxpv
+               ;;
+       *-rom68k)
+               os=-coff
+               ;;
+       *-*bug)
+               os=-coff
+               ;;
+       *-apple)
+               os=-macos
+               ;;
+       *-atari*)
+               os=-mint
+               ;;
+       *)
+               os=-none
+               ;;
+esac
+fi
+
+# Here we handle the case where we know the os, and the CPU type, but not the
+# manufacturer.  We pick the logical manufacturer.
+vendor=unknown
+case $basic_machine in
+       *-unknown)
+               case $os in
+                       -riscix*)
+                               vendor=acorn
+                               ;;
+                       -sunos*)
+                               vendor=sun
+                               ;;
+                       -aix*)
+                               vendor=ibm
+                               ;;
+                       -beos*)
+                               vendor=be
+                               ;;
+                       -hpux*)
+                               vendor=hp
+                               ;;
+                       -mpeix*)
+                               vendor=hp
+                               ;;
+                       -hiux*)
+                               vendor=hitachi
+                               ;;
+                       -unos*)
+                               vendor=crds
+                               ;;
+                       -dgux*)
+                               vendor=dg
+                               ;;
+                       -luna*)
+                               vendor=omron
+                               ;;
+                       -genix*)
+                               vendor=ns
+                               ;;
+                       -mvs* | -opened*)
+                               vendor=ibm
+                               ;;
+                       -os400*)
+                               vendor=ibm
+                               ;;
+                       -ptx*)
+                               vendor=sequent
+                               ;;
+                       -tpf*)
+                               vendor=ibm
+                               ;;
+                       -vxsim* | -vxworks* | -windiss*)
+                               vendor=wrs
+                               ;;
+                       -aux*)
+                               vendor=apple
+                               ;;
+                       -hms*)
+                               vendor=hitachi
+                               ;;
+                       -mpw* | -macos*)
+                               vendor=apple
+                               ;;
+                       -*mint | -mint[0-9]* | -*MiNT | -MiNT[0-9]*)
+                               vendor=atari
+                               ;;
+                       -vos*)
+                               vendor=stratus
+                               ;;
+               esac
+               basic_machine=`echo $basic_machine | sed "s/unknown/$vendor/"`
+               ;;
+esac
+
+echo $basic_machine$os
+exit
+
+# Local variables:
+# eval: (add-hook 'write-file-hooks 'time-stamp)
+# time-stamp-start: "timestamp='"
+# time-stamp-format: "%:y-%02m-%02d"
+# time-stamp-end: "'"
+# End:
diff --git a/binaries/src/clustalo/configure b/binaries/src/clustalo/configure
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f359fa7
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,24108 @@
+#! /bin/sh
+# Guess values for system-dependent variables and create Makefiles.
+# Generated by GNU Autoconf 2.63 for Clustal Omega 1.0.2.
+#
+# Report bugs to <clustalw@ucd.ie>.
+#
+# Copyright (C) 1992, 1993, 1994, 1995, 1996, 1998, 1999, 2000, 2001,
+# 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Free Software Foundation, Inc.
+# This configure script is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy, distribute and modify it.
+## --------------------- ##
+## M4sh Initialization.  ##
+## --------------------- ##
+
+# Be more Bourne compatible
+DUALCASE=1; export DUALCASE # for MKS sh
+if test -n "${ZSH_VERSION+set}" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then
+  emulate sh
+  NULLCMD=:
+  # Pre-4.2 versions of Zsh do word splitting on ${1+"$@"}, which
+  # is contrary to our usage.  Disable this feature.
+  alias -g '${1+"$@"}'='"$@"'
+  setopt NO_GLOB_SUBST
+else
+  case `(set -o) 2>/dev/null` in
+  *posix*) set -o posix ;;
+esac
+
+fi
+
+
+
+
+# PATH needs CR
+# Avoid depending upon Character Ranges.
+as_cr_letters='abcdefghijklmnopqrstuvwxyz'
+as_cr_LETTERS='ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ'
+as_cr_Letters=$as_cr_letters$as_cr_LETTERS
+as_cr_digits='0123456789'
+as_cr_alnum=$as_cr_Letters$as_cr_digits
+
+as_nl='
+'
+export as_nl
+# Printing a long string crashes Solaris 7 /usr/bin/printf.
+as_echo='\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\'
+as_echo=$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo
+as_echo=$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo
+if (test "X`printf %s $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
+  as_echo='printf %s\n'
+  as_echo_n='printf %s'
+else
+  if test "X`(/usr/ucb/echo -n -n $as_echo) 2>/dev/null`" = "X-n $as_echo"; then
+    as_echo_body='eval /usr/ucb/echo -n "$1$as_nl"'
+    as_echo_n='/usr/ucb/echo -n'
+  else
+    as_echo_body='eval expr "X$1" : "X\\(.*\\)"'
+    as_echo_n_body='eval
+      arg=$1;
+      case $arg in
+      *"$as_nl"*)
+       expr "X$arg" : "X\\(.*\\)$as_nl";
+       arg=`expr "X$arg" : ".*$as_nl\\(.*\\)"`;;
+      esac;
+      expr "X$arg" : "X\\(.*\\)" | tr -d "$as_nl"
+    '
+    export as_echo_n_body
+    as_echo_n='sh -c $as_echo_n_body as_echo'
+  fi
+  export as_echo_body
+  as_echo='sh -c $as_echo_body as_echo'
+fi
+
+# The user is always right.
+if test "${PATH_SEPARATOR+set}" != set; then
+  PATH_SEPARATOR=:
+  (PATH='/bin;/bin'; FPATH=$PATH; sh -c :) >/dev/null 2>&1 && {
+    (PATH='/bin:/bin'; FPATH=$PATH; sh -c :) >/dev/null 2>&1 ||
+      PATH_SEPARATOR=';'
+  }
+fi
+
+# Support unset when possible.
+if ( (MAIL=60; unset MAIL) || exit) >/dev/null 2>&1; then
+  as_unset=unset
+else
+  as_unset=false
+fi
+
+
+# IFS
+# We need space, tab and new line, in precisely that order.  Quoting is
+# there to prevent editors from complaining about space-tab.
+# (If _AS_PATH_WALK were called with IFS unset, it would disable word
+# splitting by setting IFS to empty value.)
+IFS=" ""       $as_nl"
+
+# Find who we are.  Look in the path if we contain no directory separator.
+case $0 in
+  *[\\/]* ) as_myself=$0 ;;
+  *) as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  test -r "$as_dir/$0" && as_myself=$as_dir/$0 && break
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+     ;;
+esac
+# We did not find ourselves, most probably we were run as `sh COMMAND'
+# in which case we are not to be found in the path.
+if test "x$as_myself" = x; then
+  as_myself=$0
+fi
+if test ! -f "$as_myself"; then
+  $as_echo "$as_myself: error: cannot find myself; rerun with an absolute file name" >&2
+  { (exit 1); exit 1; }
+fi
+
+# Work around bugs in pre-3.0 UWIN ksh.
+for as_var in ENV MAIL MAILPATH
+do ($as_unset $as_var) >/dev/null 2>&1 && $as_unset $as_var
+done
+PS1='$ '
+PS2='> '
+PS4='+ '
+
+# NLS nuisances.
+LC_ALL=C
+export LC_ALL
+LANGUAGE=C
+export LANGUAGE
+
+# Required to use basename.
+if expr a : '\(a\)' >/dev/null 2>&1 &&
+   test "X`expr 00001 : '.*\(...\)'`" = X001; then
+  as_expr=expr
+else
+  as_expr=false
+fi
+
+if (basename -- /) >/dev/null 2>&1 && test "X`basename -- / 2>&1`" = "X/"; then
+  as_basename=basename
+else
+  as_basename=false
+fi
+
+
+# Name of the executable.
+as_me=`$as_basename -- "$0" ||
+$as_expr X/"$0" : '.*/\([^/][^/]*\)/*$' \| \
+        X"$0" : 'X\(//\)$' \| \
+        X"$0" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X/"$0" |
+    sed '/^.*\/\([^/][^/]*\)\/*$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\/\(\/\/\)$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\/\(\/\).*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         s/.*/./; q'`
+
+# CDPATH.
+$as_unset CDPATH
+
+
+if test "x$CONFIG_SHELL" = x; then
+  if (eval ":") 2>/dev/null; then
+  as_have_required=yes
+else
+  as_have_required=no
+fi
+
+  if test $as_have_required = yes &&    (eval ":
+(as_func_return () {
+  (exit \$1)
+}
+as_func_success () {
+  as_func_return 0
+}
+as_func_failure () {
+  as_func_return 1
+}
+as_func_ret_success () {
+  return 0
+}
+as_func_ret_failure () {
+  return 1
+}
+
+exitcode=0
+if as_func_success; then
+  :
+else
+  exitcode=1
+  echo as_func_success failed.
+fi
+
+if as_func_failure; then
+  exitcode=1
+  echo as_func_failure succeeded.
+fi
+
+if as_func_ret_success; then
+  :
+else
+  exitcode=1
+  echo as_func_ret_success failed.
+fi
+
+if as_func_ret_failure; then
+  exitcode=1
+  echo as_func_ret_failure succeeded.
+fi
+
+if ( set x; as_func_ret_success y && test x = \"\$1\" ); then
+  :
+else
+  exitcode=1
+  echo positional parameters were not saved.
+fi
+
+test \$exitcode = 0) || { (exit 1); exit 1; }
+
+(
+  as_lineno_1=\$LINENO
+  as_lineno_2=\$LINENO
+  test \"x\$as_lineno_1\" != \"x\$as_lineno_2\" &&
+  test \"x\`expr \$as_lineno_1 + 1\`\" = \"x\$as_lineno_2\") || { (exit 1); exit 1; }
+") 2> /dev/null; then
+  :
+else
+  as_candidate_shells=
+    as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in /bin$PATH_SEPARATOR/usr/bin$PATH_SEPARATOR$PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  case $as_dir in
+        /*)
+          for as_base in sh bash ksh sh5; do
+            as_candidate_shells="$as_candidate_shells $as_dir/$as_base"
+          done;;
+       esac
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+
+      for as_shell in $as_candidate_shells $SHELL; do
+        # Try only shells that exist, to save several forks.
+        if { test -f "$as_shell" || test -f "$as_shell.exe"; } &&
+               { ("$as_shell") 2> /dev/null <<\_ASEOF
+if test -n "${ZSH_VERSION+set}" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then
+  emulate sh
+  NULLCMD=:
+  # Pre-4.2 versions of Zsh do word splitting on ${1+"$@"}, which
+  # is contrary to our usage.  Disable this feature.
+  alias -g '${1+"$@"}'='"$@"'
+  setopt NO_GLOB_SUBST
+else
+  case `(set -o) 2>/dev/null` in
+  *posix*) set -o posix ;;
+esac
+
+fi
+
+
+:
+_ASEOF
+}; then
+  CONFIG_SHELL=$as_shell
+              as_have_required=yes
+              if { "$as_shell" 2> /dev/null <<\_ASEOF
+if test -n "${ZSH_VERSION+set}" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then
+  emulate sh
+  NULLCMD=:
+  # Pre-4.2 versions of Zsh do word splitting on ${1+"$@"}, which
+  # is contrary to our usage.  Disable this feature.
+  alias -g '${1+"$@"}'='"$@"'
+  setopt NO_GLOB_SUBST
+else
+  case `(set -o) 2>/dev/null` in
+  *posix*) set -o posix ;;
+esac
+
+fi
+
+
+:
+(as_func_return () {
+  (exit $1)
+}
+as_func_success () {
+  as_func_return 0
+}
+as_func_failure () {
+  as_func_return 1
+}
+as_func_ret_success () {
+  return 0
+}
+as_func_ret_failure () {
+  return 1
+}
+
+exitcode=0
+if as_func_success; then
+  :
+else
+  exitcode=1
+  echo as_func_success failed.
+fi
+
+if as_func_failure; then
+  exitcode=1
+  echo as_func_failure succeeded.
+fi
+
+if as_func_ret_success; then
+  :
+else
+  exitcode=1
+  echo as_func_ret_success failed.
+fi
+
+if as_func_ret_failure; then
+  exitcode=1
+  echo as_func_ret_failure succeeded.
+fi
+
+if ( set x; as_func_ret_success y && test x = "$1" ); then
+  :
+else
+  exitcode=1
+  echo positional parameters were not saved.
+fi
+
+test $exitcode = 0) || { (exit 1); exit 1; }
+
+(
+  as_lineno_1=$LINENO
+  as_lineno_2=$LINENO
+  test "x$as_lineno_1" != "x$as_lineno_2" &&
+  test "x`expr $as_lineno_1 + 1`" = "x$as_lineno_2") || { (exit 1); exit 1; }
+
+_ASEOF
+}; then
+  break
+fi
+
+fi
+
+      done
+
+      if test "x$CONFIG_SHELL" != x; then
+  for as_var in BASH_ENV ENV
+       do ($as_unset $as_var) >/dev/null 2>&1 && $as_unset $as_var
+       done
+       export CONFIG_SHELL
+       exec "$CONFIG_SHELL" "$as_myself" ${1+"$@"}
+fi
+
+
+    if test $as_have_required = no; then
+  echo This script requires a shell more modern than all the
+      echo shells that I found on your system.  Please install a
+      echo modern shell, or manually run the script under such a
+      echo shell if you do have one.
+      { (exit 1); exit 1; }
+fi
+
+
+fi
+
+fi
+
+
+
+(eval "as_func_return () {
+  (exit \$1)
+}
+as_func_success () {
+  as_func_return 0
+}
+as_func_failure () {
+  as_func_return 1
+}
+as_func_ret_success () {
+  return 0
+}
+as_func_ret_failure () {
+  return 1
+}
+
+exitcode=0
+if as_func_success; then
+  :
+else
+  exitcode=1
+  echo as_func_success failed.
+fi
+
+if as_func_failure; then
+  exitcode=1
+  echo as_func_failure succeeded.
+fi
+
+if as_func_ret_success; then
+  :
+else
+  exitcode=1
+  echo as_func_ret_success failed.
+fi
+
+if as_func_ret_failure; then
+  exitcode=1
+  echo as_func_ret_failure succeeded.
+fi
+
+if ( set x; as_func_ret_success y && test x = \"\$1\" ); then
+  :
+else
+  exitcode=1
+  echo positional parameters were not saved.
+fi
+
+test \$exitcode = 0") || {
+  echo No shell found that supports shell functions.
+  echo Please tell bug-autoconf@gnu.org about your system,
+  echo including any error possibly output before this message.
+  echo This can help us improve future autoconf versions.
+  echo Configuration will now proceed without shell functions.
+}
+
+
+
+  as_lineno_1=$LINENO
+  as_lineno_2=$LINENO
+  test "x$as_lineno_1" != "x$as_lineno_2" &&
+  test "x`expr $as_lineno_1 + 1`" = "x$as_lineno_2" || {
+
+  # Create $as_me.lineno as a copy of $as_myself, but with $LINENO
+  # uniformly replaced by the line number.  The first 'sed' inserts a
+  # line-number line after each line using $LINENO; the second 'sed'
+  # does the real work.  The second script uses 'N' to pair each
+  # line-number line with the line containing $LINENO, and appends
+  # trailing '-' during substitution so that $LINENO is not a special
+  # case at line end.
+  # (Raja R Harinath suggested sed '=', and Paul Eggert wrote the
+  # scripts with optimization help from Paolo Bonzini.  Blame Lee
+  # E. McMahon (1931-1989) for sed's syntax.  :-)
+  sed -n '
+    p
+    /[$]LINENO/=
+  ' <$as_myself |
+    sed '
+      s/[$]LINENO.*/&-/
+      t lineno
+      b
+      :lineno
+      N
+      :loop
+      s/[$]LINENO\([^'$as_cr_alnum'_].*\n\)\(.*\)/\2\1\2/
+      t loop
+      s/-\n.*//
+    ' >$as_me.lineno &&
+  chmod +x "$as_me.lineno" ||
+    { $as_echo "$as_me: error: cannot create $as_me.lineno; rerun with a POSIX shell" >&2
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+
+  # Don't try to exec as it changes $[0], causing all sort of problems
+  # (the dirname of $[0] is not the place where we might find the
+  # original and so on.  Autoconf is especially sensitive to this).
+  . "./$as_me.lineno"
+  # Exit status is that of the last command.
+  exit
+}
+
+
+if (as_dir=`dirname -- /` && test "X$as_dir" = X/) >/dev/null 2>&1; then
+  as_dirname=dirname
+else
+  as_dirname=false
+fi
+
+ECHO_C= ECHO_N= ECHO_T=
+case `echo -n x` in
+-n*)
+  case `echo 'x\c'` in
+  *c*) ECHO_T='        ';;     # ECHO_T is single tab character.
+  *)   ECHO_C='\c';;
+  esac;;
+*)
+  ECHO_N='-n';;
+esac
+if expr a : '\(a\)' >/dev/null 2>&1 &&
+   test "X`expr 00001 : '.*\(...\)'`" = X001; then
+  as_expr=expr
+else
+  as_expr=false
+fi
+
+rm -f conf$$ conf$$.exe conf$$.file
+if test -d conf$$.dir; then
+  rm -f conf$$.dir/conf$$.file
+else
+  rm -f conf$$.dir
+  mkdir conf$$.dir 2>/dev/null
+fi
+if (echo >conf$$.file) 2>/dev/null; then
+  if ln -s conf$$.file conf$$ 2>/dev/null; then
+    as_ln_s='ln -s'
+    # ... but there are two gotchas:
+    # 1) On MSYS, both `ln -s file dir' and `ln file dir' fail.
+    # 2) DJGPP < 2.04 has no symlinks; `ln -s' creates a wrapper executable.
+    # In both cases, we have to default to `cp -p'.
+    ln -s conf$$.file conf$$.dir 2>/dev/null && test ! -f conf$$.exe ||
+      as_ln_s='cp -p'
+  elif ln conf$$.file conf$$ 2>/dev/null; then
+    as_ln_s=ln
+  else
+    as_ln_s='cp -p'
+  fi
+else
+  as_ln_s='cp -p'
+fi
+rm -f conf$$ conf$$.exe conf$$.dir/conf$$.file conf$$.file
+rmdir conf$$.dir 2>/dev/null
+
+if mkdir -p . 2>/dev/null; then
+  as_mkdir_p=:
+else
+  test -d ./-p && rmdir ./-p
+  as_mkdir_p=false
+fi
+
+if test -x / >/dev/null 2>&1; then
+  as_test_x='test -x'
+else
+  if ls -dL / >/dev/null 2>&1; then
+    as_ls_L_option=L
+  else
+    as_ls_L_option=
+  fi
+  as_test_x='
+    eval sh -c '\''
+      if test -d "$1"; then
+       test -d "$1/.";
+      else
+       case $1 in
+       -*)set "./$1";;
+       esac;
+       case `ls -ld'$as_ls_L_option' "$1" 2>/dev/null` in
+       ???[sx]*):;;*)false;;esac;fi
+    '\'' sh
+  '
+fi
+as_executable_p=$as_test_x
+
+# Sed expression to map a string onto a valid CPP name.
+as_tr_cpp="eval sed 'y%*$as_cr_letters%P$as_cr_LETTERS%;s%[^_$as_cr_alnum]%_%g'"
+
+# Sed expression to map a string onto a valid variable name.
+as_tr_sh="eval sed 'y%*+%pp%;s%[^_$as_cr_alnum]%_%g'"
+
+
+
+
+# Check that we are running under the correct shell.
+SHELL=${CONFIG_SHELL-/bin/sh}
+
+case X$lt_ECHO in
+X*--fallback-echo)
+  # Remove one level of quotation (which was required for Make).
+  ECHO=`echo "$lt_ECHO" | sed 's,\\\\\$\\$0,'$0','`
+  ;;
+esac
+
+ECHO=${lt_ECHO-echo}
+if test "X$1" = X--no-reexec; then
+  # Discard the --no-reexec flag, and continue.
+  shift
+elif test "X$1" = X--fallback-echo; then
+  # Avoid inline document here, it may be left over
+  :
+elif test "X`{ $ECHO '\t'; } 2>/dev/null`" = 'X\t' ; then
+  # Yippee, $ECHO works!
+  :
+else
+  # Restart under the correct shell.
+  exec $SHELL "$0" --no-reexec ${1+"$@"}
+fi
+
+if test "X$1" = X--fallback-echo; then
+  # used as fallback echo
+  shift
+  cat <<_LT_EOF
+$*
+_LT_EOF
+  exit 0
+fi
+
+# The HP-UX ksh and POSIX shell print the target directory to stdout
+# if CDPATH is set.
+(unset CDPATH) >/dev/null 2>&1 && unset CDPATH
+
+if test -z "$lt_ECHO"; then
+  if test "X${echo_test_string+set}" != Xset; then
+    # find a string as large as possible, as long as the shell can cope with it
+    for cmd in 'sed 50q "$0"' 'sed 20q "$0"' 'sed 10q "$0"' 'sed 2q "$0"' 'echo test'; do
+      # expected sizes: less than 2Kb, 1Kb, 512 bytes, 16 bytes, ...
+      if { echo_test_string=`eval $cmd`; } 2>/dev/null &&
+        { test "X$echo_test_string" = "X$echo_test_string"; } 2>/dev/null
+      then
+        break
+      fi
+    done
+  fi
+
+  if test "X`{ $ECHO '\t'; } 2>/dev/null`" = 'X\t' &&
+     echo_testing_string=`{ $ECHO "$echo_test_string"; } 2>/dev/null` &&
+     test "X$echo_testing_string" = "X$echo_test_string"; then
+    :
+  else
+    # The Solaris, AIX, and Digital Unix default echo programs unquote
+    # backslashes.  This makes it impossible to quote backslashes using
+    #   echo "$something" | sed 's/\\/\\\\/g'
+    #
+    # So, first we look for a working echo in the user's PATH.
+
+    lt_save_ifs="$IFS"; IFS=$PATH_SEPARATOR
+    for dir in $PATH /usr/ucb; do
+      IFS="$lt_save_ifs"
+      if (test -f $dir/echo || test -f $dir/echo$ac_exeext) &&
+         test "X`($dir/echo '\t') 2>/dev/null`" = 'X\t' &&
+         echo_testing_string=`($dir/echo "$echo_test_string") 2>/dev/null` &&
+         test "X$echo_testing_string" = "X$echo_test_string"; then
+        ECHO="$dir/echo"
+        break
+      fi
+    done
+    IFS="$lt_save_ifs"
+
+    if test "X$ECHO" = Xecho; then
+      # We didn't find a better echo, so look for alternatives.
+      if test "X`{ print -r '\t'; } 2>/dev/null`" = 'X\t' &&
+         echo_testing_string=`{ print -r "$echo_test_string"; } 2>/dev/null` &&
+         test "X$echo_testing_string" = "X$echo_test_string"; then
+        # This shell has a builtin print -r that does the trick.
+        ECHO='print -r'
+      elif { test -f /bin/ksh || test -f /bin/ksh$ac_exeext; } &&
+          test "X$CONFIG_SHELL" != X/bin/ksh; then
+        # If we have ksh, try running configure again with it.
+        ORIGINAL_CONFIG_SHELL=${CONFIG_SHELL-/bin/sh}
+        export ORIGINAL_CONFIG_SHELL
+        CONFIG_SHELL=/bin/ksh
+        export CONFIG_SHELL
+        exec $CONFIG_SHELL "$0" --no-reexec ${1+"$@"}
+      else
+        # Try using printf.
+        ECHO='printf %s\n'
+        if test "X`{ $ECHO '\t'; } 2>/dev/null`" = 'X\t' &&
+          echo_testing_string=`{ $ECHO "$echo_test_string"; } 2>/dev/null` &&
+          test "X$echo_testing_string" = "X$echo_test_string"; then
+         # Cool, printf works
+         :
+        elif echo_testing_string=`($ORIGINAL_CONFIG_SHELL "$0" --fallback-echo '\t') 2>/dev/null` &&
+            test "X$echo_testing_string" = 'X\t' &&
+            echo_testing_string=`($ORIGINAL_CONFIG_SHELL "$0" --fallback-echo "$echo_test_string") 2>/dev/null` &&
+            test "X$echo_testing_string" = "X$echo_test_string"; then
+         CONFIG_SHELL=$ORIGINAL_CONFIG_SHELL
+         export CONFIG_SHELL
+         SHELL="$CONFIG_SHELL"
+         export SHELL
+         ECHO="$CONFIG_SHELL $0 --fallback-echo"
+        elif echo_testing_string=`($CONFIG_SHELL "$0" --fallback-echo '\t') 2>/dev/null` &&
+            test "X$echo_testing_string" = 'X\t' &&
+            echo_testing_string=`($CONFIG_SHELL "$0" --fallback-echo "$echo_test_string") 2>/dev/null` &&
+            test "X$echo_testing_string" = "X$echo_test_string"; then
+         ECHO="$CONFIG_SHELL $0 --fallback-echo"
+        else
+         # maybe with a smaller string...
+         prev=:
+
+         for cmd in 'echo test' 'sed 2q "$0"' 'sed 10q "$0"' 'sed 20q "$0"' 'sed 50q "$0"'; do
+           if { test "X$echo_test_string" = "X`eval $cmd`"; } 2>/dev/null
+           then
+             break
+           fi
+           prev="$cmd"
+         done
+
+         if test "$prev" != 'sed 50q "$0"'; then
+           echo_test_string=`eval $prev`
+           export echo_test_string
+           exec ${ORIGINAL_CONFIG_SHELL-${CONFIG_SHELL-/bin/sh}} "$0" ${1+"$@"}
+         else
+           # Oops.  We lost completely, so just stick with echo.
+           ECHO=echo
+         fi
+        fi
+      fi
+    fi
+  fi
+fi
+
+# Copy echo and quote the copy suitably for passing to libtool from
+# the Makefile, instead of quoting the original, which is used later.
+lt_ECHO=$ECHO
+if test "X$lt_ECHO" = "X$CONFIG_SHELL $0 --fallback-echo"; then
+   lt_ECHO="$CONFIG_SHELL \\\$\$0 --fallback-echo"
+fi
+
+
+
+
+exec 7<&0 </dev/null 6>&1
+
+# Name of the host.
+# hostname on some systems (SVR3.2, Linux) returns a bogus exit status,
+# so uname gets run too.
+ac_hostname=`(hostname || uname -n) 2>/dev/null | sed 1q`
+
+#
+# Initializations.
+#
+ac_default_prefix=/usr/local
+ac_clean_files=
+ac_config_libobj_dir=.
+LIBOBJS=
+cross_compiling=no
+subdirs=
+MFLAGS=
+MAKEFLAGS=
+SHELL=${CONFIG_SHELL-/bin/sh}
+
+# Identity of this package.
+PACKAGE_NAME='Clustal Omega'
+PACKAGE_TARNAME='clustal-omega'
+PACKAGE_VERSION='1.0.2'
+PACKAGE_STRING='Clustal Omega 1.0.2'
+PACKAGE_BUGREPORT='clustalw@ucd.ie'
+
+# Factoring default headers for most tests.
+ac_includes_default="\
+#include <stdio.h>
+#ifdef HAVE_SYS_TYPES_H
+# include <sys/types.h>
+#endif
+#ifdef HAVE_SYS_STAT_H
+# include <sys/stat.h>
+#endif
+#ifdef STDC_HEADERS
+# include <stdlib.h>
+# include <stddef.h>
+#else
+# ifdef HAVE_STDLIB_H
+#  include <stdlib.h>
+# endif
+#endif
+#ifdef HAVE_STRING_H
+# if !defined STDC_HEADERS && defined HAVE_MEMORY_H
+#  include <memory.h>
+# endif
+# include <string.h>
+#endif
+#ifdef HAVE_STRINGS_H
+# include <strings.h>
+#endif
+#ifdef HAVE_INTTYPES_H
+# include <inttypes.h>
+#endif
+#ifdef HAVE_STDINT_H
+# include <stdint.h>
+#endif
+#ifdef HAVE_UNISTD_H
+# include <unistd.h>
+#endif"
+
+ac_subst_vars='LTLIBOBJS
+LIBOBJS
+AM_LDFLAGS
+AM_CFLAGS
+AM_CXXFLAGS
+OPENMP_CXXFLAGS
+OPENMP_CFLAGS
+CXXCPP
+am__fastdepCXX_FALSE
+am__fastdepCXX_TRUE
+CXXDEPMODE
+ac_ct_CXX
+CXXFLAGS
+CXX
+OTOOL64
+OTOOL
+LIPO
+NMEDIT
+DSYMUTIL
+lt_ECHO
+RANLIB
+AR
+OBJDUMP
+LN_S
+NM
+ac_ct_DUMPBIN
+DUMPBIN
+LD
+FGREP
+SED
+LIBTOOL
+host_os
+host_vendor
+host_cpu
+host
+build_os
+build_vendor
+build_cpu
+build
+EGREP
+GREP
+CPP
+am__fastdepCC_FALSE
+am__fastdepCC_TRUE
+CCDEPMODE
+AMDEPBACKSLASH
+AMDEP_FALSE
+AMDEP_TRUE
+am__quote
+am__include
+DEPDIR
+OBJEXT
+EXEEXT
+ac_ct_CC
+CPPFLAGS
+LDFLAGS
+CFLAGS
+CC
+am__untar
+am__tar
+AMTAR
+am__leading_dot
+SET_MAKE
+AWK
+mkdir_p
+MKDIR_P
+INSTALL_STRIP_PROGRAM
+STRIP
+install_sh
+MAKEINFO
+AUTOHEADER
+AUTOMAKE
+AUTOCONF
+ACLOCAL
+VERSION
+PACKAGE
+CYGPATH_W
+am__isrc
+INSTALL_DATA
+INSTALL_SCRIPT
+INSTALL_PROGRAM
+PACKAGE_CODENAME
+target_alias
+host_alias
+build_alias
+LIBS
+ECHO_T
+ECHO_N
+ECHO_C
+DEFS
+mandir
+localedir
+libdir
+psdir
+pdfdir
+dvidir
+htmldir
+infodir
+docdir
+oldincludedir
+includedir
+localstatedir
+sharedstatedir
+sysconfdir
+datadir
+datarootdir
+libexecdir
+sbindir
+bindir
+program_transform_name
+prefix
+exec_prefix
+PACKAGE_BUGREPORT
+PACKAGE_STRING
+PACKAGE_VERSION
+PACKAGE_TARNAME
+PACKAGE_NAME
+PATH_SEPARATOR
+SHELL'
+ac_subst_files=''
+ac_user_opts='
+enable_option_checking
+enable_dependency_tracking
+enable_shared
+enable_static
+with_pic
+enable_fast_install
+with_gnu_ld
+enable_libtool_lock
+with_openmp
+with_dmalloc
+enable_debug
+'
+      ac_precious_vars='build_alias
+host_alias
+target_alias
+CC
+CFLAGS
+LDFLAGS
+LIBS
+CPPFLAGS
+CPP
+CXX
+CXXFLAGS
+CCC
+CXXCPP'
+
+
+# Initialize some variables set by options.
+ac_init_help=
+ac_init_version=false
+ac_unrecognized_opts=
+ac_unrecognized_sep=
+# The variables have the same names as the options, with
+# dashes changed to underlines.
+cache_file=/dev/null
+exec_prefix=NONE
+no_create=
+no_recursion=
+prefix=NONE
+program_prefix=NONE
+program_suffix=NONE
+program_transform_name=s,x,x,
+silent=
+site=
+srcdir=
+verbose=
+x_includes=NONE
+x_libraries=NONE
+
+# Installation directory options.
+# These are left unexpanded so users can "make install exec_prefix=/foo"
+# and all the variables that are supposed to be based on exec_prefix
+# by default will actually change.
+# Use braces instead of parens because sh, perl, etc. also accept them.
+# (The list follows the same order as the GNU Coding Standards.)
+bindir='${exec_prefix}/bin'
+sbindir='${exec_prefix}/sbin'
+libexecdir='${exec_prefix}/libexec'
+datarootdir='${prefix}/share'
+datadir='${datarootdir}'
+sysconfdir='${prefix}/etc'
+sharedstatedir='${prefix}/com'
+localstatedir='${prefix}/var'
+includedir='${prefix}/include'
+oldincludedir='/usr/include'
+docdir='${datarootdir}/doc/${PACKAGE_TARNAME}'
+infodir='${datarootdir}/info'
+htmldir='${docdir}'
+dvidir='${docdir}'
+pdfdir='${docdir}'
+psdir='${docdir}'
+libdir='${exec_prefix}/lib'
+localedir='${datarootdir}/locale'
+mandir='${datarootdir}/man'
+
+ac_prev=
+ac_dashdash=
+for ac_option
+do
+  # If the previous option needs an argument, assign it.
+  if test -n "$ac_prev"; then
+    eval $ac_prev=\$ac_option
+    ac_prev=
+    continue
+  fi
+
+  case $ac_option in
+  *=*) ac_optarg=`expr "X$ac_option" : '[^=]*=\(.*\)'` ;;
+  *)   ac_optarg=yes ;;
+  esac
+
+  # Accept the important Cygnus configure options, so we can diagnose typos.
+
+  case $ac_dashdash$ac_option in
+  --)
+    ac_dashdash=yes ;;
+
+  -bindir | --bindir | --bindi | --bind | --bin | --bi)
+    ac_prev=bindir ;;
+  -bindir=* | --bindir=* | --bindi=* | --bind=* | --bin=* | --bi=*)
+    bindir=$ac_optarg ;;
+
+  -build | --build | --buil | --bui | --bu)
+    ac_prev=build_alias ;;
+  -build=* | --build=* | --buil=* | --bui=* | --bu=*)
+    build_alias=$ac_optarg ;;
+
+  -cache-file | --cache-file | --cache-fil | --cache-fi \
+  | --cache-f | --cache- | --cache | --cach | --cac | --ca | --c)
+    ac_prev=cache_file ;;
+  -cache-file=* | --cache-file=* | --cache-fil=* | --cache-fi=* \
+  | --cache-f=* | --cache-=* | --cache=* | --cach=* | --cac=* | --ca=* | --c=*)
+    cache_file=$ac_optarg ;;
+
+  --config-cache | -C)
+    cache_file=config.cache ;;
+
+  -datadir | --datadir | --datadi | --datad)
+    ac_prev=datadir ;;
+  -datadir=* | --datadir=* | --datadi=* | --datad=*)
+    datadir=$ac_optarg ;;
+
+  -datarootdir | --datarootdir | --datarootdi | --datarootd | --dataroot \
+  | --dataroo | --dataro | --datar)
+    ac_prev=datarootdir ;;
+  -datarootdir=* | --datarootdir=* | --datarootdi=* | --datarootd=* \
+  | --dataroot=* | --dataroo=* | --dataro=* | --datar=*)
+    datarootdir=$ac_optarg ;;
+
+  -disable-* | --disable-*)
+    ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*disable-\(.*\)'`
+    # Reject names that are not valid shell variable names.
+    expr "x$ac_useropt" : ".*[^-+._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
+      { $as_echo "$as_me: error: invalid feature name: $ac_useropt" >&2
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+    ac_useropt_orig=$ac_useropt
+    ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
+    case $ac_user_opts in
+      *"
+"enable_$ac_useropt"
+"*) ;;
+      *) ac_unrecognized_opts="$ac_unrecognized_opts$ac_unrecognized_sep--disable-$ac_useropt_orig"
+        ac_unrecognized_sep=', ';;
+    esac
+    eval enable_$ac_useropt=no ;;
+
+  -docdir | --docdir | --docdi | --doc | --do)
+    ac_prev=docdir ;;
+  -docdir=* | --docdir=* | --docdi=* | --doc=* | --do=*)
+    docdir=$ac_optarg ;;
+
+  -dvidir | --dvidir | --dvidi | --dvid | --dvi | --dv)
+    ac_prev=dvidir ;;
+  -dvidir=* | --dvidir=* | --dvidi=* | --dvid=* | --dvi=* | --dv=*)
+    dvidir=$ac_optarg ;;
+
+  -enable-* | --enable-*)
+    ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*enable-\([^=]*\)'`
+    # Reject names that are not valid shell variable names.
+    expr "x$ac_useropt" : ".*[^-+._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
+      { $as_echo "$as_me: error: invalid feature name: $ac_useropt" >&2
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+    ac_useropt_orig=$ac_useropt
+    ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
+    case $ac_user_opts in
+      *"
+"enable_$ac_useropt"
+"*) ;;
+      *) ac_unrecognized_opts="$ac_unrecognized_opts$ac_unrecognized_sep--enable-$ac_useropt_orig"
+        ac_unrecognized_sep=', ';;
+    esac
+    eval enable_$ac_useropt=\$ac_optarg ;;
+
+  -exec-prefix | --exec_prefix | --exec-prefix | --exec-prefi \
+  | --exec-pref | --exec-pre | --exec-pr | --exec-p | --exec- \
+  | --exec | --exe | --ex)
+    ac_prev=exec_prefix ;;
+  -exec-prefix=* | --exec_prefix=* | --exec-prefix=* | --exec-prefi=* \
+  | --exec-pref=* | --exec-pre=* | --exec-pr=* | --exec-p=* | --exec-=* \
+  | --exec=* | --exe=* | --ex=*)
+    exec_prefix=$ac_optarg ;;
+
+  -gas | --gas | --ga | --g)
+    # Obsolete; use --with-gas.
+    with_gas=yes ;;
+
+  -help | --help | --hel | --he | -h)
+    ac_init_help=long ;;
+  -help=r* | --help=r* | --hel=r* | --he=r* | -hr*)
+    ac_init_help=recursive ;;
+  -help=s* | --help=s* | --hel=s* | --he=s* | -hs*)
+    ac_init_help=short ;;
+
+  -host | --host | --hos | --ho)
+    ac_prev=host_alias ;;
+  -host=* | --host=* | --hos=* | --ho=*)
+    host_alias=$ac_optarg ;;
+
+  -htmldir | --htmldir | --htmldi | --htmld | --html | --htm | --ht)
+    ac_prev=htmldir ;;
+  -htmldir=* | --htmldir=* | --htmldi=* | --htmld=* | --html=* | --htm=* \
+  | --ht=*)
+    htmldir=$ac_optarg ;;
+
+  -includedir | --includedir | --includedi | --included | --include \
+  | --includ | --inclu | --incl | --inc)
+    ac_prev=includedir ;;
+  -includedir=* | --includedir=* | --includedi=* | --included=* | --include=* \
+  | --includ=* | --inclu=* | --incl=* | --inc=*)
+    includedir=$ac_optarg ;;
+
+  -infodir | --infodir | --infodi | --infod | --info | --inf)
+    ac_prev=infodir ;;
+  -infodir=* | --infodir=* | --infodi=* | --infod=* | --info=* | --inf=*)
+    infodir=$ac_optarg ;;
+
+  -libdir | --libdir | --libdi | --libd)
+    ac_prev=libdir ;;
+  -libdir=* | --libdir=* | --libdi=* | --libd=*)
+    libdir=$ac_optarg ;;
+
+  -libexecdir | --libexecdir | --libexecdi | --libexecd | --libexec \
+  | --libexe | --libex | --libe)
+    ac_prev=libexecdir ;;
+  -libexecdir=* | --libexecdir=* | --libexecdi=* | --libexecd=* | --libexec=* \
+  | --libexe=* | --libex=* | --libe=*)
+    libexecdir=$ac_optarg ;;
+
+  -localedir | --localedir | --localedi | --localed | --locale)
+    ac_prev=localedir ;;
+  -localedir=* | --localedir=* | --localedi=* | --localed=* | --locale=*)
+    localedir=$ac_optarg ;;
+
+  -localstatedir | --localstatedir | --localstatedi | --localstated \
+  | --localstate | --localstat | --localsta | --localst | --locals)
+    ac_prev=localstatedir ;;
+  -localstatedir=* | --localstatedir=* | --localstatedi=* | --localstated=* \
+  | --localstate=* | --localstat=* | --localsta=* | --localst=* | --locals=*)
+    localstatedir=$ac_optarg ;;
+
+  -mandir | --mandir | --mandi | --mand | --man | --ma | --m)
+    ac_prev=mandir ;;
+  -mandir=* | --mandir=* | --mandi=* | --mand=* | --man=* | --ma=* | --m=*)
+    mandir=$ac_optarg ;;
+
+  -nfp | --nfp | --nf)
+    # Obsolete; use --without-fp.
+    with_fp=no ;;
+
+  -no-create | --no-create | --no-creat | --no-crea | --no-cre \
+  | --no-cr | --no-c | -n)
+    no_create=yes ;;
+
+  -no-recursion | --no-recursion | --no-recursio | --no-recursi \
+  | --no-recurs | --no-recur | --no-recu | --no-rec | --no-re | --no-r)
+    no_recursion=yes ;;
+
+  -oldincludedir | --oldincludedir | --oldincludedi | --oldincluded \
+  | --oldinclude | --oldinclud | --oldinclu | --oldincl | --oldinc \
+  | --oldin | --oldi | --old | --ol | --o)
+    ac_prev=oldincludedir ;;
+  -oldincludedir=* | --oldincludedir=* | --oldincludedi=* | --oldincluded=* \
+  | --oldinclude=* | --oldinclud=* | --oldinclu=* | --oldincl=* | --oldinc=* \
+  | --oldin=* | --oldi=* | --old=* | --ol=* | --o=*)
+    oldincludedir=$ac_optarg ;;
+
+  -prefix | --prefix | --prefi | --pref | --pre | --pr | --p)
+    ac_prev=prefix ;;
+  -prefix=* | --prefix=* | --prefi=* | --pref=* | --pre=* | --pr=* | --p=*)
+    prefix=$ac_optarg ;;
+
+  -program-prefix | --program-prefix | --program-prefi | --program-pref \
+  | --program-pre | --program-pr | --program-p)
+    ac_prev=program_prefix ;;
+  -program-prefix=* | --program-prefix=* | --program-prefi=* \
+  | --program-pref=* | --program-pre=* | --program-pr=* | --program-p=*)
+    program_prefix=$ac_optarg ;;
+
+  -program-suffix | --program-suffix | --program-suffi | --program-suff \
+  | --program-suf | --program-su | --program-s)
+    ac_prev=program_suffix ;;
+  -program-suffix=* | --program-suffix=* | --program-suffi=* \
+  | --program-suff=* | --program-suf=* | --program-su=* | --program-s=*)
+    program_suffix=$ac_optarg ;;
+
+  -program-transform-name | --program-transform-name \
+  | --program-transform-nam | --program-transform-na \
+  | --program-transform-n | --program-transform- \
+  | --program-transform | --program-transfor \
+  | --program-transfo | --program-transf \
+  | --program-trans | --program-tran \
+  | --progr-tra | --program-tr | --program-t)
+    ac_prev=program_transform_name ;;
+  -program-transform-name=* | --program-transform-name=* \
+  | --program-transform-nam=* | --program-transform-na=* \
+  | --program-transform-n=* | --program-transform-=* \
+  | --program-transform=* | --program-transfor=* \
+  | --program-transfo=* | --program-transf=* \
+  | --program-trans=* | --program-tran=* \
+  | --progr-tra=* | --program-tr=* | --program-t=*)
+    program_transform_name=$ac_optarg ;;
+
+  -pdfdir | --pdfdir | --pdfdi | --pdfd | --pdf | --pd)
+    ac_prev=pdfdir ;;
+  -pdfdir=* | --pdfdir=* | --pdfdi=* | --pdfd=* | --pdf=* | --pd=*)
+    pdfdir=$ac_optarg ;;
+
+  -psdir | --psdir | --psdi | --psd | --ps)
+    ac_prev=psdir ;;
+  -psdir=* | --psdir=* | --psdi=* | --psd=* | --ps=*)
+    psdir=$ac_optarg ;;
+
+  -q | -quiet | --quiet | --quie | --qui | --qu | --q \
+  | -silent | --silent | --silen | --sile | --sil)
+    silent=yes ;;
+
+  -sbindir | --sbindir | --sbindi | --sbind | --sbin | --sbi | --sb)
+    ac_prev=sbindir ;;
+  -sbindir=* | --sbindir=* | --sbindi=* | --sbind=* | --sbin=* \
+  | --sbi=* | --sb=*)
+    sbindir=$ac_optarg ;;
+
+  -sharedstatedir | --sharedstatedir | --sharedstatedi \
+  | --sharedstated | --sharedstate | --sharedstat | --sharedsta \
+  | --sharedst | --shareds | --shared | --share | --shar \
+  | --sha | --sh)
+    ac_prev=sharedstatedir ;;
+  -sharedstatedir=* | --sharedstatedir=* | --sharedstatedi=* \
+  | --sharedstated=* | --sharedstate=* | --sharedstat=* | --sharedsta=* \
+  | --sharedst=* | --shareds=* | --shared=* | --share=* | --shar=* \
+  | --sha=* | --sh=*)
+    sharedstatedir=$ac_optarg ;;
+
+  -site | --site | --sit)
+    ac_prev=site ;;
+  -site=* | --site=* | --sit=*)
+    site=$ac_optarg ;;
+
+  -srcdir | --srcdir | --srcdi | --srcd | --src | --sr)
+    ac_prev=srcdir ;;
+  -srcdir=* | --srcdir=* | --srcdi=* | --srcd=* | --src=* | --sr=*)
+    srcdir=$ac_optarg ;;
+
+  -sysconfdir | --sysconfdir | --sysconfdi | --sysconfd | --sysconf \
+  | --syscon | --sysco | --sysc | --sys | --sy)
+    ac_prev=sysconfdir ;;
+  -sysconfdir=* | --sysconfdir=* | --sysconfdi=* | --sysconfd=* | --sysconf=* \
+  | --syscon=* | --sysco=* | --sysc=* | --sys=* | --sy=*)
+    sysconfdir=$ac_optarg ;;
+
+  -target | --target | --targe | --targ | --tar | --ta | --t)
+    ac_prev=target_alias ;;
+  -target=* | --target=* | --targe=* | --targ=* | --tar=* | --ta=* | --t=*)
+    target_alias=$ac_optarg ;;
+
+  -v | -verbose | --verbose | --verbos | --verbo | --verb)
+    verbose=yes ;;
+
+  -version | --version | --versio | --versi | --vers | -V)
+    ac_init_version=: ;;
+
+  -with-* | --with-*)
+    ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*with-\([^=]*\)'`
+    # Reject names that are not valid shell variable names.
+    expr "x$ac_useropt" : ".*[^-+._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
+      { $as_echo "$as_me: error: invalid package name: $ac_useropt" >&2
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+    ac_useropt_orig=$ac_useropt
+    ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
+    case $ac_user_opts in
+      *"
+"with_$ac_useropt"
+"*) ;;
+      *) ac_unrecognized_opts="$ac_unrecognized_opts$ac_unrecognized_sep--with-$ac_useropt_orig"
+        ac_unrecognized_sep=', ';;
+    esac
+    eval with_$ac_useropt=\$ac_optarg ;;
+
+  -without-* | --without-*)
+    ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*without-\(.*\)'`
+    # Reject names that are not valid shell variable names.
+    expr "x$ac_useropt" : ".*[^-+._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
+      { $as_echo "$as_me: error: invalid package name: $ac_useropt" >&2
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+    ac_useropt_orig=$ac_useropt
+    ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
+    case $ac_user_opts in
+      *"
+"with_$ac_useropt"
+"*) ;;
+      *) ac_unrecognized_opts="$ac_unrecognized_opts$ac_unrecognized_sep--without-$ac_useropt_orig"
+        ac_unrecognized_sep=', ';;
+    esac
+    eval with_$ac_useropt=no ;;
+
+  --x)
+    # Obsolete; use --with-x.
+    with_x=yes ;;
+
+  -x-includes | --x-includes | --x-include | --x-includ | --x-inclu \
+  | --x-incl | --x-inc | --x-in | --x-i)
+    ac_prev=x_includes ;;
+  -x-includes=* | --x-includes=* | --x-include=* | --x-includ=* | --x-inclu=* \
+  | --x-incl=* | --x-inc=* | --x-in=* | --x-i=*)
+    x_includes=$ac_optarg ;;
+
+  -x-libraries | --x-libraries | --x-librarie | --x-librari \
+  | --x-librar | --x-libra | --x-libr | --x-lib | --x-li | --x-l)
+    ac_prev=x_libraries ;;
+  -x-libraries=* | --x-libraries=* | --x-librarie=* | --x-librari=* \
+  | --x-librar=* | --x-libra=* | --x-libr=* | --x-lib=* | --x-li=* | --x-l=*)
+    x_libraries=$ac_optarg ;;
+
+  -*) { $as_echo "$as_me: error: unrecognized option: $ac_option
+Try \`$0 --help' for more information." >&2
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+    ;;
+
+  *=*)
+    ac_envvar=`expr "x$ac_option" : 'x\([^=]*\)='`
+    # Reject names that are not valid shell variable names.
+    expr "x$ac_envvar" : ".*[^_$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
+      { $as_echo "$as_me: error: invalid variable name: $ac_envvar" >&2
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+    eval $ac_envvar=\$ac_optarg
+    export $ac_envvar ;;
+
+  *)
+    # FIXME: should be removed in autoconf 3.0.
+    $as_echo "$as_me: WARNING: you should use --build, --host, --target" >&2
+    expr "x$ac_option" : ".*[^-._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
+      $as_echo "$as_me: WARNING: invalid host type: $ac_option" >&2
+    : ${build_alias=$ac_option} ${host_alias=$ac_option} ${target_alias=$ac_option}
+    ;;
+
+  esac
+done
+
+if test -n "$ac_prev"; then
+  ac_option=--`echo $ac_prev | sed 's/_/-/g'`
+  { $as_echo "$as_me: error: missing argument to $ac_option" >&2
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+fi
+
+if test -n "$ac_unrecognized_opts"; then
+  case $enable_option_checking in
+    no) ;;
+    fatal) { $as_echo "$as_me: error: unrecognized options: $ac_unrecognized_opts" >&2
+   { (exit 1); exit 1; }; } ;;
+    *)     $as_echo "$as_me: WARNING: unrecognized options: $ac_unrecognized_opts" >&2 ;;
+  esac
+fi
+
+# Check all directory arguments for consistency.
+for ac_var in  exec_prefix prefix bindir sbindir libexecdir datarootdir \
+               datadir sysconfdir sharedstatedir localstatedir includedir \
+               oldincludedir docdir infodir htmldir dvidir pdfdir psdir \
+               libdir localedir mandir
+do
+  eval ac_val=\$$ac_var
+  # Remove trailing slashes.
+  case $ac_val in
+    */ )
+      ac_val=`expr "X$ac_val" : 'X\(.*[^/]\)' \| "X$ac_val" : 'X\(.*\)'`
+      eval $ac_var=\$ac_val;;
+  esac
+  # Be sure to have absolute directory names.
+  case $ac_val in
+    [\\/$]* | ?:[\\/]* )  continue;;
+    NONE | '' ) case $ac_var in *prefix ) continue;; esac;;
+  esac
+  { $as_echo "$as_me: error: expected an absolute directory name for --$ac_var: $ac_val" >&2
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+done
+
+# There might be people who depend on the old broken behavior: `$host'
+# used to hold the argument of --host etc.
+# FIXME: To remove some day.
+build=$build_alias
+host=$host_alias
+target=$target_alias
+
+# FIXME: To remove some day.
+if test "x$host_alias" != x; then
+  if test "x$build_alias" = x; then
+    cross_compiling=maybe
+    $as_echo "$as_me: WARNING: If you wanted to set the --build type, don't use --host.
+    If a cross compiler is detected then cross compile mode will be used." >&2
+  elif test "x$build_alias" != "x$host_alias"; then
+    cross_compiling=yes
+  fi
+fi
+
+ac_tool_prefix=
+test -n "$host_alias" && ac_tool_prefix=$host_alias-
+
+test "$silent" = yes && exec 6>/dev/null
+
+
+ac_pwd=`pwd` && test -n "$ac_pwd" &&
+ac_ls_di=`ls -di .` &&
+ac_pwd_ls_di=`cd "$ac_pwd" && ls -di .` ||
+  { $as_echo "$as_me: error: working directory cannot be determined" >&2
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+test "X$ac_ls_di" = "X$ac_pwd_ls_di" ||
+  { $as_echo "$as_me: error: pwd does not report name of working directory" >&2
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+
+
+# Find the source files, if location was not specified.
+if test -z "$srcdir"; then
+  ac_srcdir_defaulted=yes
+  # Try the directory containing this script, then the parent directory.
+  ac_confdir=`$as_dirname -- "$as_myself" ||
+$as_expr X"$as_myself" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+        X"$as_myself" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+        X"$as_myself" : 'X\(//\)$' \| \
+        X"$as_myself" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$as_myself" |
+    sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\/\)$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\).*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         s/.*/./; q'`
+  srcdir=$ac_confdir
+  if test ! -r "$srcdir/$ac_unique_file"; then
+    srcdir=..
+  fi
+else
+  ac_srcdir_defaulted=no
+fi
+if test ! -r "$srcdir/$ac_unique_file"; then
+  test "$ac_srcdir_defaulted" = yes && srcdir="$ac_confdir or .."
+  { $as_echo "$as_me: error: cannot find sources ($ac_unique_file) in $srcdir" >&2
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+fi
+ac_msg="sources are in $srcdir, but \`cd $srcdir' does not work"
+ac_abs_confdir=`(
+       cd "$srcdir" && test -r "./$ac_unique_file" || { $as_echo "$as_me: error: $ac_msg" >&2
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+       pwd)`
+# When building in place, set srcdir=.
+if test "$ac_abs_confdir" = "$ac_pwd"; then
+  srcdir=.
+fi
+# Remove unnecessary trailing slashes from srcdir.
+# Double slashes in file names in object file debugging info
+# mess up M-x gdb in Emacs.
+case $srcdir in
+*/) srcdir=`expr "X$srcdir" : 'X\(.*[^/]\)' \| "X$srcdir" : 'X\(.*\)'`;;
+esac
+for ac_var in $ac_precious_vars; do
+  eval ac_env_${ac_var}_set=\${${ac_var}+set}
+  eval ac_env_${ac_var}_value=\$${ac_var}
+  eval ac_cv_env_${ac_var}_set=\${${ac_var}+set}
+  eval ac_cv_env_${ac_var}_value=\$${ac_var}
+done
+
+#
+# Report the --help message.
+#
+if test "$ac_init_help" = "long"; then
+  # Omit some internal or obsolete options to make the list less imposing.
+  # This message is too long to be a string in the A/UX 3.1 sh.
+  cat <<_ACEOF
+\`configure' configures Clustal Omega 1.0.2 to adapt to many kinds of systems.
+
+Usage: $0 [OPTION]... [VAR=VALUE]...
+
+To assign environment variables (e.g., CC, CFLAGS...), specify them as
+VAR=VALUE.  See below for descriptions of some of the useful variables.
+
+Defaults for the options are specified in brackets.
+
+Configuration:
+  -h, --help              display this help and exit
+      --help=short        display options specific to this package
+      --help=recursive    display the short help of all the included packages
+  -V, --version           display version information and exit
+  -q, --quiet, --silent   do not print \`checking...' messages
+      --cache-file=FILE   cache test results in FILE [disabled]
+  -C, --config-cache      alias for \`--cache-file=config.cache'
+  -n, --no-create         do not create output files
+      --srcdir=DIR        find the sources in DIR [configure dir or \`..']
+
+Installation directories:
+  --prefix=PREFIX         install architecture-independent files in PREFIX
+                          [$ac_default_prefix]
+  --exec-prefix=EPREFIX   install architecture-dependent files in EPREFIX
+                          [PREFIX]
+
+By default, \`make install' will install all the files in
+\`$ac_default_prefix/bin', \`$ac_default_prefix/lib' etc.  You can specify
+an installation prefix other than \`$ac_default_prefix' using \`--prefix',
+for instance \`--prefix=\$HOME'.
+
+For better control, use the options below.
+
+Fine tuning of the installation directories:
+  --bindir=DIR            user executables [EPREFIX/bin]
+  --sbindir=DIR           system admin executables [EPREFIX/sbin]
+  --libexecdir=DIR        program executables [EPREFIX/libexec]
+  --sysconfdir=DIR        read-only single-machine data [PREFIX/etc]
+  --sharedstatedir=DIR    modifiable architecture-independent data [PREFIX/com]
+  --localstatedir=DIR     modifiable single-machine data [PREFIX/var]
+  --libdir=DIR            object code libraries [EPREFIX/lib]
+  --includedir=DIR        C header files [PREFIX/include]
+  --oldincludedir=DIR     C header files for non-gcc [/usr/include]
+  --datarootdir=DIR       read-only arch.-independent data root [PREFIX/share]
+  --datadir=DIR           read-only architecture-independent data [DATAROOTDIR]
+  --infodir=DIR           info documentation [DATAROOTDIR/info]
+  --localedir=DIR         locale-dependent data [DATAROOTDIR/locale]
+  --mandir=DIR            man documentation [DATAROOTDIR/man]
+  --docdir=DIR            documentation root [DATAROOTDIR/doc/clustal-omega]
+  --htmldir=DIR           html documentation [DOCDIR]
+  --dvidir=DIR            dvi documentation [DOCDIR]
+  --pdfdir=DIR            pdf documentation [DOCDIR]
+  --psdir=DIR             ps documentation [DOCDIR]
+_ACEOF
+
+  cat <<\_ACEOF
+
+Program names:
+  --program-prefix=PREFIX            prepend PREFIX to installed program names
+  --program-suffix=SUFFIX            append SUFFIX to installed program names
+  --program-transform-name=PROGRAM   run sed PROGRAM on installed program names
+
+System types:
+  --build=BUILD     configure for building on BUILD [guessed]
+  --host=HOST       cross-compile to build programs to run on HOST [BUILD]
+_ACEOF
+fi
+
+if test -n "$ac_init_help"; then
+  case $ac_init_help in
+     short | recursive ) echo "Configuration of Clustal Omega 1.0.2:";;
+   esac
+  cat <<\_ACEOF
+
+Optional Features:
+  --disable-option-checking  ignore unrecognized --enable/--with options
+  --disable-FEATURE       do not include FEATURE (same as --enable-FEATURE=no)
+  --enable-FEATURE[=ARG]  include FEATURE [ARG=yes]
+  --disable-dependency-tracking  speeds up one-time build
+  --enable-dependency-tracking   do not reject slow dependency extractors
+  --enable-shared[=PKGS]  build shared libraries [default=yes]
+  --enable-static[=PKGS]  build static libraries [default=yes]
+  --enable-fast-install[=PKGS]
+                          optimize for fast installation [default=yes]
+  --disable-libtool-lock  avoid locking (might break parallel builds)
+  --enable-debug          Enable debugging (default=no)
+
+Optional Packages:
+  --with-PACKAGE[=ARG]    use PACKAGE [ARG=yes]
+  --without-PACKAGE       do not use PACKAGE (same as --with-PACKAGE=no)
+  --with-pic              try to use only PIC/non-PIC objects [default=use
+                          both]
+  --with-gnu-ld           assume the C compiler uses GNU ld [default=no]
+  --without-openmp        Do not use OpenMP
+  --with-dmalloc          use dmalloc, as in
+                         http://www.dmalloc.com/dmalloc.tar.gz
+
+Some influential environment variables:
+  CC          C compiler command
+  CFLAGS      C compiler flags
+  LDFLAGS     linker flags, e.g. -L<lib dir> if you have libraries in a
+              nonstandard directory <lib dir>
+  LIBS        libraries to pass to the linker, e.g. -l<library>
+  CPPFLAGS    C/C++/Objective C preprocessor flags, e.g. -I<include dir> if
+              you have headers in a nonstandard directory <include dir>
+  CPP         C preprocessor
+  CXX         C++ compiler command
+  CXXFLAGS    C++ compiler flags
+  CXXCPP      C++ preprocessor
+
+Use these variables to override the choices made by `configure' or to help
+it to find libraries and programs with nonstandard names/locations.
+
+Report bugs to <clustalw@ucd.ie>.
+_ACEOF
+ac_status=$?
+fi
+
+if test "$ac_init_help" = "recursive"; then
+  # If there are subdirs, report their specific --help.
+  for ac_dir in : $ac_subdirs_all; do test "x$ac_dir" = x: && continue
+    test -d "$ac_dir" ||
+      { cd "$srcdir" && ac_pwd=`pwd` && srcdir=. && test -d "$ac_dir"; } ||
+      continue
+    ac_builddir=.
+
+case "$ac_dir" in
+.) ac_dir_suffix= ac_top_builddir_sub=. ac_top_build_prefix= ;;
+*)
+  ac_dir_suffix=/`$as_echo "$ac_dir" | sed 's|^\.[\\/]||'`
+  # A ".." for each directory in $ac_dir_suffix.
+  ac_top_builddir_sub=`$as_echo "$ac_dir_suffix" | sed 's|/[^\\/]*|/..|g;s|/||'`
+  case $ac_top_builddir_sub in
+  "") ac_top_builddir_sub=. ac_top_build_prefix= ;;
+  *)  ac_top_build_prefix=$ac_top_builddir_sub/ ;;
+  esac ;;
+esac
+ac_abs_top_builddir=$ac_pwd
+ac_abs_builddir=$ac_pwd$ac_dir_suffix
+# for backward compatibility:
+ac_top_builddir=$ac_top_build_prefix
+
+case $srcdir in
+  .)  # We are building in place.
+    ac_srcdir=.
+    ac_top_srcdir=$ac_top_builddir_sub
+    ac_abs_top_srcdir=$ac_pwd ;;
+  [\\/]* | ?:[\\/]* )  # Absolute name.
+    ac_srcdir=$srcdir$ac_dir_suffix;
+    ac_top_srcdir=$srcdir
+    ac_abs_top_srcdir=$srcdir ;;
+  *) # Relative name.
+    ac_srcdir=$ac_top_build_prefix$srcdir$ac_dir_suffix
+    ac_top_srcdir=$ac_top_build_prefix$srcdir
+    ac_abs_top_srcdir=$ac_pwd/$srcdir ;;
+esac
+ac_abs_srcdir=$ac_abs_top_srcdir$ac_dir_suffix
+
+    cd "$ac_dir" || { ac_status=$?; continue; }
+    # Check for guested configure.
+    if test -f "$ac_srcdir/configure.gnu"; then
+      echo &&
+      $SHELL "$ac_srcdir/configure.gnu" --help=recursive
+    elif test -f "$ac_srcdir/configure"; then
+      echo &&
+      $SHELL "$ac_srcdir/configure" --help=recursive
+    else
+      $as_echo "$as_me: WARNING: no configuration information is in $ac_dir" >&2
+    fi || ac_status=$?
+    cd "$ac_pwd" || { ac_status=$?; break; }
+  done
+fi
+
+test -n "$ac_init_help" && exit $ac_status
+if $ac_init_version; then
+  cat <<\_ACEOF
+Clustal Omega configure 1.0.2
+generated by GNU Autoconf 2.63
+
+Copyright (C) 1992, 1993, 1994, 1995, 1996, 1998, 1999, 2000, 2001,
+2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Free Software Foundation, Inc.
+This configure script is free software; the Free Software Foundation
+gives unlimited permission to copy, distribute and modify it.
+_ACEOF
+  exit
+fi
+cat >config.log <<_ACEOF
+This file contains any messages produced by compilers while
+running configure, to aid debugging if configure makes a mistake.
+
+It was created by Clustal Omega $as_me 1.0.2, which was
+generated by GNU Autoconf 2.63.  Invocation command line was
+
+  $ $0 $@
+
+_ACEOF
+exec 5>>config.log
+{
+cat <<_ASUNAME
+## --------- ##
+## Platform. ##
+## --------- ##
+
+hostname = `(hostname || uname -n) 2>/dev/null | sed 1q`
+uname -m = `(uname -m) 2>/dev/null || echo unknown`
+uname -r = `(uname -r) 2>/dev/null || echo unknown`
+uname -s = `(uname -s) 2>/dev/null || echo unknown`
+uname -v = `(uname -v) 2>/dev/null || echo unknown`
+
+/usr/bin/uname -p = `(/usr/bin/uname -p) 2>/dev/null || echo unknown`
+/bin/uname -X     = `(/bin/uname -X) 2>/dev/null     || echo unknown`
+
+/bin/arch              = `(/bin/arch) 2>/dev/null              || echo unknown`
+/usr/bin/arch -k       = `(/usr/bin/arch -k) 2>/dev/null       || echo unknown`
+/usr/convex/getsysinfo = `(/usr/convex/getsysinfo) 2>/dev/null || echo unknown`
+/usr/bin/hostinfo      = `(/usr/bin/hostinfo) 2>/dev/null      || echo unknown`
+/bin/machine           = `(/bin/machine) 2>/dev/null           || echo unknown`
+/usr/bin/oslevel       = `(/usr/bin/oslevel) 2>/dev/null       || echo unknown`
+/bin/universe          = `(/bin/universe) 2>/dev/null          || echo unknown`
+
+_ASUNAME
+
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  $as_echo "PATH: $as_dir"
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+} >&5
+
+cat >&5 <<_ACEOF
+
+
+## ----------- ##
+## Core tests. ##
+## ----------- ##
+
+_ACEOF
+
+
+# Keep a trace of the command line.
+# Strip out --no-create and --no-recursion so they do not pile up.
+# Strip out --silent because we don't want to record it for future runs.
+# Also quote any args containing shell meta-characters.
+# Make two passes to allow for proper duplicate-argument suppression.
+ac_configure_args=
+ac_configure_args0=
+ac_configure_args1=
+ac_must_keep_next=false
+for ac_pass in 1 2
+do
+  for ac_arg
+  do
+    case $ac_arg in
+    -no-create | --no-c* | -n | -no-recursion | --no-r*) continue ;;
+    -q | -quiet | --quiet | --quie | --qui | --qu | --q \
+    | -silent | --silent | --silen | --sile | --sil)
+      continue ;;
+    *\'*)
+      ac_arg=`$as_echo "$ac_arg" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
+    esac
+    case $ac_pass in
+    1) ac_configure_args0="$ac_configure_args0 '$ac_arg'" ;;
+    2)
+      ac_configure_args1="$ac_configure_args1 '$ac_arg'"
+      if test $ac_must_keep_next = true; then
+       ac_must_keep_next=false # Got value, back to normal.
+      else
+       case $ac_arg in
+         *=* | --config-cache | -C | -disable-* | --disable-* \
+         | -enable-* | --enable-* | -gas | --g* | -nfp | --nf* \
+         | -q | -quiet | --q* | -silent | --sil* | -v | -verb* \
+         | -with-* | --with-* | -without-* | --without-* | --x)
+           case "$ac_configure_args0 " in
+             "$ac_configure_args1"*" '$ac_arg' "* ) continue ;;
+           esac
+           ;;
+         -* ) ac_must_keep_next=true ;;
+       esac
+      fi
+      ac_configure_args="$ac_configure_args '$ac_arg'"
+      ;;
+    esac
+  done
+done
+$as_unset ac_configure_args0 || test "${ac_configure_args0+set}" != set || { ac_configure_args0=; export ac_configure_args0; }
+$as_unset ac_configure_args1 || test "${ac_configure_args1+set}" != set || { ac_configure_args1=; export ac_configure_args1; }
+
+# When interrupted or exit'd, cleanup temporary files, and complete
+# config.log.  We remove comments because anyway the quotes in there
+# would cause problems or look ugly.
+# WARNING: Use '\'' to represent an apostrophe within the trap.
+# WARNING: Do not start the trap code with a newline, due to a FreeBSD 4.0 bug.
+trap 'exit_status=$?
+  # Save into config.log some information that might help in debugging.
+  {
+    echo
+
+    cat <<\_ASBOX
+## ---------------- ##
+## Cache variables. ##
+## ---------------- ##
+_ASBOX
+    echo
+    # The following way of writing the cache mishandles newlines in values,
+(
+  for ac_var in `(set) 2>&1 | sed -n '\''s/^\([a-zA-Z_][a-zA-Z0-9_]*\)=.*/\1/p'\''`; do
+    eval ac_val=\$$ac_var
+    case $ac_val in #(
+    *${as_nl}*)
+      case $ac_var in #(
+      *_cv_*) { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&2;} ;;
+      esac
+      case $ac_var in #(
+      _ | IFS | as_nl) ;; #(
+      BASH_ARGV | BASH_SOURCE) eval $ac_var= ;; #(
+      *) $as_unset $ac_var ;;
+      esac ;;
+    esac
+  done
+  (set) 2>&1 |
+    case $as_nl`(ac_space='\'' '\''; set) 2>&1` in #(
+    *${as_nl}ac_space=\ *)
+      sed -n \
+       "s/'\''/'\''\\\\'\'''\''/g;
+         s/^\\([_$as_cr_alnum]*_cv_[_$as_cr_alnum]*\\)=\\(.*\\)/\\1='\''\\2'\''/p"
+      ;; #(
+    *)
+      sed -n "/^[_$as_cr_alnum]*_cv_[_$as_cr_alnum]*=/p"
+      ;;
+    esac |
+    sort
+)
+    echo
+
+    cat <<\_ASBOX
+## ----------------- ##
+## Output variables. ##
+## ----------------- ##
+_ASBOX
+    echo
+    for ac_var in $ac_subst_vars
+    do
+      eval ac_val=\$$ac_var
+      case $ac_val in
+      *\'\''*) ac_val=`$as_echo "$ac_val" | sed "s/'\''/'\''\\\\\\\\'\'''\''/g"`;;
+      esac
+      $as_echo "$ac_var='\''$ac_val'\''"
+    done | sort
+    echo
+
+    if test -n "$ac_subst_files"; then
+      cat <<\_ASBOX
+## ------------------- ##
+## File substitutions. ##
+## ------------------- ##
+_ASBOX
+      echo
+      for ac_var in $ac_subst_files
+      do
+       eval ac_val=\$$ac_var
+       case $ac_val in
+       *\'\''*) ac_val=`$as_echo "$ac_val" | sed "s/'\''/'\''\\\\\\\\'\'''\''/g"`;;
+       esac
+       $as_echo "$ac_var='\''$ac_val'\''"
+      done | sort
+      echo
+    fi
+
+    if test -s confdefs.h; then
+      cat <<\_ASBOX
+## ----------- ##
+## confdefs.h. ##
+## ----------- ##
+_ASBOX
+      echo
+      cat confdefs.h
+      echo
+    fi
+    test "$ac_signal" != 0 &&
+      $as_echo "$as_me: caught signal $ac_signal"
+    $as_echo "$as_me: exit $exit_status"
+  } >&5
+  rm -f core *.core core.conftest.* &&
+    rm -f -r conftest* confdefs* conf$$* $ac_clean_files &&
+    exit $exit_status
+' 0
+for ac_signal in 1 2 13 15; do
+  trap 'ac_signal='$ac_signal'; { (exit 1); exit 1; }' $ac_signal
+done
+ac_signal=0
+
+# confdefs.h avoids OS command line length limits that DEFS can exceed.
+rm -f -r conftest* confdefs.h
+
+# Predefined preprocessor variables.
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define PACKAGE_NAME "$PACKAGE_NAME"
+_ACEOF
+
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define PACKAGE_TARNAME "$PACKAGE_TARNAME"
+_ACEOF
+
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define PACKAGE_VERSION "$PACKAGE_VERSION"
+_ACEOF
+
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define PACKAGE_STRING "$PACKAGE_STRING"
+_ACEOF
+
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define PACKAGE_BUGREPORT "$PACKAGE_BUGREPORT"
+_ACEOF
+
+
+# Let the site file select an alternate cache file if it wants to.
+# Prefer an explicitly selected file to automatically selected ones.
+ac_site_file1=NONE
+ac_site_file2=NONE
+if test -n "$CONFIG_SITE"; then
+  ac_site_file1=$CONFIG_SITE
+elif test "x$prefix" != xNONE; then
+  ac_site_file1=$prefix/share/config.site
+  ac_site_file2=$prefix/etc/config.site
+else
+  ac_site_file1=$ac_default_prefix/share/config.site
+  ac_site_file2=$ac_default_prefix/etc/config.site
+fi
+for ac_site_file in "$ac_site_file1" "$ac_site_file2"
+do
+  test "x$ac_site_file" = xNONE && continue
+  if test -r "$ac_site_file"; then
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: loading site script $ac_site_file" >&5
+$as_echo "$as_me: loading site script $ac_site_file" >&6;}
+    sed 's/^/| /' "$ac_site_file" >&5
+    . "$ac_site_file"
+  fi
+done
+
+if test -r "$cache_file"; then
+  # Some versions of bash will fail to source /dev/null (special
+  # files actually), so we avoid doing that.
+  if test -f "$cache_file"; then
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: loading cache $cache_file" >&5
+$as_echo "$as_me: loading cache $cache_file" >&6;}
+    case $cache_file in
+      [\\/]* | ?:[\\/]* ) . "$cache_file";;
+      *)                      . "./$cache_file";;
+    esac
+  fi
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: creating cache $cache_file" >&5
+$as_echo "$as_me: creating cache $cache_file" >&6;}
+  >$cache_file
+fi
+
+# Check that the precious variables saved in the cache have kept the same
+# value.
+ac_cache_corrupted=false
+for ac_var in $ac_precious_vars; do
+  eval ac_old_set=\$ac_cv_env_${ac_var}_set
+  eval ac_new_set=\$ac_env_${ac_var}_set
+  eval ac_old_val=\$ac_cv_env_${ac_var}_value
+  eval ac_new_val=\$ac_env_${ac_var}_value
+  case $ac_old_set,$ac_new_set in
+    set,)
+      { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: \`$ac_var' was set to \`$ac_old_val' in the previous run" >&5
+$as_echo "$as_me: error: \`$ac_var' was set to \`$ac_old_val' in the previous run" >&2;}
+      ac_cache_corrupted=: ;;
+    ,set)
+      { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: \`$ac_var' was not set in the previous run" >&5
+$as_echo "$as_me: error: \`$ac_var' was not set in the previous run" >&2;}
+      ac_cache_corrupted=: ;;
+    ,);;
+    *)
+      if test "x$ac_old_val" != "x$ac_new_val"; then
+       # differences in whitespace do not lead to failure.
+       ac_old_val_w=`echo x $ac_old_val`
+       ac_new_val_w=`echo x $ac_new_val`
+       if test "$ac_old_val_w" != "$ac_new_val_w"; then
+         { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: \`$ac_var' has changed since the previous run:" >&5
+$as_echo "$as_me: error: \`$ac_var' has changed since the previous run:" >&2;}
+         ac_cache_corrupted=:
+       else
+         { $as_echo "$as_me:$LINENO: warning: ignoring whitespace changes in \`$ac_var' since the previous run:" >&5
+$as_echo "$as_me: warning: ignoring whitespace changes in \`$ac_var' since the previous run:" >&2;}
+         eval $ac_var=\$ac_old_val
+       fi
+       { $as_echo "$as_me:$LINENO:   former value:  \`$ac_old_val'" >&5
+$as_echo "$as_me:   former value:  \`$ac_old_val'" >&2;}
+       { $as_echo "$as_me:$LINENO:   current value: \`$ac_new_val'" >&5
+$as_echo "$as_me:   current value: \`$ac_new_val'" >&2;}
+      fi;;
+  esac
+  # Pass precious variables to config.status.
+  if test "$ac_new_set" = set; then
+    case $ac_new_val in
+    *\'*) ac_arg=$ac_var=`$as_echo "$ac_new_val" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
+    *) ac_arg=$ac_var=$ac_new_val ;;
+    esac
+    case " $ac_configure_args " in
+      *" '$ac_arg' "*) ;; # Avoid dups.  Use of quotes ensures accuracy.
+      *) ac_configure_args="$ac_configure_args '$ac_arg'" ;;
+    esac
+  fi
+done
+if $ac_cache_corrupted; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: changes in the environment can compromise the build" >&5
+$as_echo "$as_me: error: changes in the environment can compromise the build" >&2;}
+  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: run \`make distclean' and/or \`rm $cache_file' and start over" >&5
+$as_echo "$as_me: error: run \`make distclean' and/or \`rm $cache_file' and start over" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+fi
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+
+
+PACKAGE_CODENAME="DeshilHollesEamus"
+
+# The AC_INIT macro can take any source file as an argument. It just
+# checks that the file is there, which should, in turn, mean that the
+# source directory is there. AC_INIT generates the following m4
+# macros, output variables and preprocessor symbols:
+
+
+
+
+
+
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO:
+
+    Welcome to $PACKAGE_NAME - version $PACKAGE_VERSION ($PACKAGE_CODENAME)
+
+                       +NMMMMMMMMMS=
+                    MMMMM?      :MMMMM8
+                  IMMMMS           MMMMM,
+                ~MMMMN              ,MMMMM
+               =MMMMM                 MMMMM
+              ?MMMMM                  +MMMMM
+              MMMMMS                   MMMMM
+              MMMMM                    MMMMM:
+              MMMMM                    MMMMM+
+              MMMMM                    MMMMM~
+              MMMMM                    MMMMM
+              MMMMMZ                   MMMMM
+               MMMMM                  ,MMMMZ
+                MMMM8                 MMMM+
+                 MMMMS               MMMM,
+                   MMMMO           MMMM
+            ,N       SMMM        MMM8       +8
+            ,M7         M+       M+        :M8
+            ,MMMMMMMMMMMMI       MMMMMMMMMMMM8
+            ,MMMMMMMMMMMM8       MMMMMMMMMMMM8
+            ,MMMMMMMMMMMMN       MMMMMMMMMMMM8
+
+              " >&5
+$as_echo "$as_me:
+
+    Welcome to $PACKAGE_NAME - version $PACKAGE_VERSION ($PACKAGE_CODENAME)
+
+                       +NMMMMMMMMMS=
+                    MMMMM?      :MMMMM8
+                  IMMMMS           MMMMM,
+                ~MMMMN              ,MMMMM
+               =MMMMM                 MMMMM
+              ?MMMMM                  +MMMMM
+              MMMMMS                   MMMMM
+              MMMMM                    MMMMM:
+              MMMMM                    MMMMM+
+              MMMMM                    MMMMM~
+              MMMMM                    MMMMM
+              MMMMMZ                   MMMMM
+               MMMMM                  ,MMMMZ
+                MMMM8                 MMMM+
+                 MMMMS               MMMM,
+                   MMMMO           MMMM
+            ,N       SMMM        MMM8       +8
+            ,M7         M+       M+        :M8
+            ,MMMMMMMMMMMMI       MMMMMMMMMMMM8
+            ,MMMMMMMMMMMM8       MMMMMMMMMMMM8
+            ,MMMMMMMMMMMMN       MMMMMMMMMMMM8
+
+              " >&6;}
+#
+# Created with http://www.glassgiant.com/ascii/ and Wikipedia's Omega
+# Replaced all dollars with S's.
+#
+#
+#                 ,MMMMMMMMMD:        MMMMM
+#               NMMMMMMMMMMMMMM+      SMMMM
+#             DMMMMMMMMMMMMMMMMMM,    +MMMM
+#            MMMMMMMMM8ZSO8MMMMMMMM   +MMMM
+#           MMMMM7             SMMMM  +MMMM
+#          MMMO                   MM? +MMMM
+#         ?MMI                     NMIIMMMM
+#         MMM                       MMMMMMM
+#         MM
+#         MN
+#         MD
+#         MM
+#         MM?                       ,~+ISON
+#         =MMI                     MMSOMMMM
+#          MMMZ                   MMS +MMMM
+#           MMMM8:             :NMMM  +MMMM
+#            MMMMMMMMMDOODMMMMMMMMM   +MMMM
+#             MMMMMMMMMMMMMMMMMMMM    +MMMM
+#               OMMMMMMMMMMMMMMZ      SMMMM
+#                  MMMMMMMMMM+        MMMMM
+#
+
+
+# AC_MSG_NOTICE([Configuring for your system...])
+
+ # 2.60 needed for AC_USE_SYSTEM_EXTENSIONS
+# consider 2.64 which allows to define a URL as well
+
+# The AM_INIT_AUTOMAKE line adds several standard checks.
+# This macro is always needed for automake
+# Obsolete: It takes the program name and version number as arguments.
+am__api_version='1.10'
+
+ac_aux_dir=
+for ac_dir in "$srcdir" "$srcdir/.." "$srcdir/../.."; do
+  if test -f "$ac_dir/install-sh"; then
+    ac_aux_dir=$ac_dir
+    ac_install_sh="$ac_aux_dir/install-sh -c"
+    break
+  elif test -f "$ac_dir/install.sh"; then
+    ac_aux_dir=$ac_dir
+    ac_install_sh="$ac_aux_dir/install.sh -c"
+    break
+  elif test -f "$ac_dir/shtool"; then
+    ac_aux_dir=$ac_dir
+    ac_install_sh="$ac_aux_dir/shtool install -c"
+    break
+  fi
+done
+if test -z "$ac_aux_dir"; then
+  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot find install-sh or install.sh in \"$srcdir\" \"$srcdir/..\" \"$srcdir/../..\"" >&5
+$as_echo "$as_me: error: cannot find install-sh or install.sh in \"$srcdir\" \"$srcdir/..\" \"$srcdir/../..\"" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+fi
+
+# These three variables are undocumented and unsupported,
+# and are intended to be withdrawn in a future Autoconf release.
+# They can cause serious problems if a builder's source tree is in a directory
+# whose full name contains unusual characters.
+ac_config_guess="$SHELL $ac_aux_dir/config.guess"  # Please don't use this var.
+ac_config_sub="$SHELL $ac_aux_dir/config.sub"  # Please don't use this var.
+ac_configure="$SHELL $ac_aux_dir/configure"  # Please don't use this var.
+
+
+# Find a good install program.  We prefer a C program (faster),
+# so one script is as good as another.  But avoid the broken or
+# incompatible versions:
+# SysV /etc/install, /usr/sbin/install
+# SunOS /usr/etc/install
+# IRIX /sbin/install
+# AIX /bin/install
+# AmigaOS /C/install, which installs bootblocks on floppy discs
+# AIX 4 /usr/bin/installbsd, which doesn't work without a -g flag
+# AFS /usr/afsws/bin/install, which mishandles nonexistent args
+# SVR4 /usr/ucb/install, which tries to use the nonexistent group "staff"
+# OS/2's system install, which has a completely different semantic
+# ./install, which can be erroneously created by make from ./install.sh.
+# Reject install programs that cannot install multiple files.
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for a BSD-compatible install" >&5
+$as_echo_n "checking for a BSD-compatible install... " >&6; }
+if test -z "$INSTALL"; then
+if test "${ac_cv_path_install+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  # Account for people who put trailing slashes in PATH elements.
+case $as_dir/ in
+  ./ | .// | /cC/* | \
+  /etc/* | /usr/sbin/* | /usr/etc/* | /sbin/* | /usr/afsws/bin/* | \
+  ?:\\/os2\\/install\\/* | ?:\\/OS2\\/INSTALL\\/* | \
+  /usr/ucb/* ) ;;
+  *)
+    # OSF1 and SCO ODT 3.0 have their own names for install.
+    # Don't use installbsd from OSF since it installs stuff as root
+    # by default.
+    for ac_prog in ginstall scoinst install; do
+      for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+       if { test -f "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext"; }; then
+         if test $ac_prog = install &&
+           grep dspmsg "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" >/dev/null 2>&1; then
+           # AIX install.  It has an incompatible calling convention.
+           :
+         elif test $ac_prog = install &&
+           grep pwplus "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" >/dev/null 2>&1; then
+           # program-specific install script used by HP pwplus--don't use.
+           :
+         else
+           rm -rf conftest.one conftest.two conftest.dir
+           echo one > conftest.one
+           echo two > conftest.two
+           mkdir conftest.dir
+           if "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" -c conftest.one conftest.two "`pwd`/conftest.dir" &&
+             test -s conftest.one && test -s conftest.two &&
+             test -s conftest.dir/conftest.one &&
+             test -s conftest.dir/conftest.two
+           then
+             ac_cv_path_install="$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext -c"
+             break 3
+           fi
+         fi
+       fi
+      done
+    done
+    ;;
+esac
+
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+rm -rf conftest.one conftest.two conftest.dir
+
+fi
+  if test "${ac_cv_path_install+set}" = set; then
+    INSTALL=$ac_cv_path_install
+  else
+    # As a last resort, use the slow shell script.  Don't cache a
+    # value for INSTALL within a source directory, because that will
+    # break other packages using the cache if that directory is
+    # removed, or if the value is a relative name.
+    INSTALL=$ac_install_sh
+  fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $INSTALL" >&5
+$as_echo "$INSTALL" >&6; }
+
+# Use test -z because SunOS4 sh mishandles braces in ${var-val}.
+# It thinks the first close brace ends the variable substitution.
+test -z "$INSTALL_PROGRAM" && INSTALL_PROGRAM='${INSTALL}'
+
+test -z "$INSTALL_SCRIPT" && INSTALL_SCRIPT='${INSTALL}'
+
+test -z "$INSTALL_DATA" && INSTALL_DATA='${INSTALL} -m 644'
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether build environment is sane" >&5
+$as_echo_n "checking whether build environment is sane... " >&6; }
+# Just in case
+sleep 1
+echo timestamp > conftest.file
+# Do `set' in a subshell so we don't clobber the current shell's
+# arguments.  Must try -L first in case configure is actually a
+# symlink; some systems play weird games with the mod time of symlinks
+# (eg FreeBSD returns the mod time of the symlink's containing
+# directory).
+if (
+   set X `ls -Lt $srcdir/configure conftest.file 2> /dev/null`
+   if test "$*" = "X"; then
+      # -L didn't work.
+      set X `ls -t $srcdir/configure conftest.file`
+   fi
+   rm -f conftest.file
+   if test "$*" != "X $srcdir/configure conftest.file" \
+      && test "$*" != "X conftest.file $srcdir/configure"; then
+
+      # If neither matched, then we have a broken ls.  This can happen
+      # if, for instance, CONFIG_SHELL is bash and it inherits a
+      # broken ls alias from the environment.  This has actually
+      # happened.  Such a system could not be considered "sane".
+      { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: ls -t appears to fail.  Make sure there is not a broken
+alias in your environment" >&5
+$as_echo "$as_me: error: ls -t appears to fail.  Make sure there is not a broken
+alias in your environment" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+   fi
+
+   test "$2" = conftest.file
+   )
+then
+   # Ok.
+   :
+else
+   { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: newly created file is older than distributed files!
+Check your system clock" >&5
+$as_echo "$as_me: error: newly created file is older than distributed files!
+Check your system clock" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: yes" >&5
+$as_echo "yes" >&6; }
+test "$program_prefix" != NONE &&
+  program_transform_name="s&^&$program_prefix&;$program_transform_name"
+# Use a double $ so make ignores it.
+test "$program_suffix" != NONE &&
+  program_transform_name="s&\$&$program_suffix&;$program_transform_name"
+# Double any \ or $.
+# By default was `s,x,x', remove it if useless.
+ac_script='s/[\\$]/&&/g;s/;s,x,x,$//'
+program_transform_name=`$as_echo "$program_transform_name" | sed "$ac_script"`
+
+# expand $ac_aux_dir to an absolute path
+am_aux_dir=`cd $ac_aux_dir && pwd`
+
+test x"${MISSING+set}" = xset || MISSING="\${SHELL} $am_aux_dir/missing"
+# Use eval to expand $SHELL
+if eval "$MISSING --run true"; then
+  am_missing_run="$MISSING --run "
+else
+  am_missing_run=
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: \`missing' script is too old or missing" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: \`missing' script is too old or missing" >&2;}
+fi
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for a thread-safe mkdir -p" >&5
+$as_echo_n "checking for a thread-safe mkdir -p... " >&6; }
+if test -z "$MKDIR_P"; then
+  if test "${ac_cv_path_mkdir+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH$PATH_SEPARATOR/opt/sfw/bin
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_prog in mkdir gmkdir; do
+        for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+          { test -f "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext"; } || continue
+          case `"$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" --version 2>&1` in #(
+            'mkdir (GNU coreutils) '* | \
+            'mkdir (coreutils) '* | \
+            'mkdir (fileutils) '4.1*)
+              ac_cv_path_mkdir=$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext
+              break 3;;
+          esac
+        done
+       done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+
+  if test "${ac_cv_path_mkdir+set}" = set; then
+    MKDIR_P="$ac_cv_path_mkdir -p"
+  else
+    # As a last resort, use the slow shell script.  Don't cache a
+    # value for MKDIR_P within a source directory, because that will
+    # break other packages using the cache if that directory is
+    # removed, or if the value is a relative name.
+    test -d ./--version && rmdir ./--version
+    MKDIR_P="$ac_install_sh -d"
+  fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $MKDIR_P" >&5
+$as_echo "$MKDIR_P" >&6; }
+
+mkdir_p="$MKDIR_P"
+case $mkdir_p in
+  [\\/$]* | ?:[\\/]*) ;;
+  */*) mkdir_p="\$(top_builddir)/$mkdir_p" ;;
+esac
+
+for ac_prog in gawk mawk nawk awk
+do
+  # Extract the first word of "$ac_prog", so it can be a program name with args.
+set dummy $ac_prog; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_AWK+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$AWK"; then
+  ac_cv_prog_AWK="$AWK" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_AWK="$ac_prog"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+AWK=$ac_cv_prog_AWK
+if test -n "$AWK"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $AWK" >&5
+$as_echo "$AWK" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+  test -n "$AWK" && break
+done
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether ${MAKE-make} sets \$(MAKE)" >&5
+$as_echo_n "checking whether ${MAKE-make} sets \$(MAKE)... " >&6; }
+set x ${MAKE-make}
+ac_make=`$as_echo "$2" | sed 's/+/p/g; s/[^a-zA-Z0-9_]/_/g'`
+if { as_var=ac_cv_prog_make_${ac_make}_set; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat >conftest.make <<\_ACEOF
+SHELL = /bin/sh
+all:
+       @echo '@@@%%%=$(MAKE)=@@@%%%'
+_ACEOF
+# GNU make sometimes prints "make[1]: Entering...", which would confuse us.
+case `${MAKE-make} -f conftest.make 2>/dev/null` in
+  *@@@%%%=?*=@@@%%%*)
+    eval ac_cv_prog_make_${ac_make}_set=yes;;
+  *)
+    eval ac_cv_prog_make_${ac_make}_set=no;;
+esac
+rm -f conftest.make
+fi
+if eval test \$ac_cv_prog_make_${ac_make}_set = yes; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: yes" >&5
+$as_echo "yes" >&6; }
+  SET_MAKE=
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+  SET_MAKE="MAKE=${MAKE-make}"
+fi
+
+rm -rf .tst 2>/dev/null
+mkdir .tst 2>/dev/null
+if test -d .tst; then
+  am__leading_dot=.
+else
+  am__leading_dot=_
+fi
+rmdir .tst 2>/dev/null
+
+if test "`cd $srcdir && pwd`" != "`pwd`"; then
+  # Use -I$(srcdir) only when $(srcdir) != ., so that make's output
+  # is not polluted with repeated "-I."
+  am__isrc=' -I$(srcdir)'
+  # test to see if srcdir already configured
+  if test -f $srcdir/config.status; then
+    { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: source directory already configured; run \"make distclean\" there first" >&5
+$as_echo "$as_me: error: source directory already configured; run \"make distclean\" there first" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+  fi
+fi
+
+# test whether we have cygpath
+if test -z "$CYGPATH_W"; then
+  if (cygpath --version) >/dev/null 2>/dev/null; then
+    CYGPATH_W='cygpath -w'
+  else
+    CYGPATH_W=echo
+  fi
+fi
+
+
+# Define the identity of the package.
+ PACKAGE='clustal-omega'
+ VERSION='1.0.2'
+
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define PACKAGE "$PACKAGE"
+_ACEOF
+
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define VERSION "$VERSION"
+_ACEOF
+
+# Some tools Automake needs.
+
+ACLOCAL=${ACLOCAL-"${am_missing_run}aclocal-${am__api_version}"}
+
+
+AUTOCONF=${AUTOCONF-"${am_missing_run}autoconf"}
+
+
+AUTOMAKE=${AUTOMAKE-"${am_missing_run}automake-${am__api_version}"}
+
+
+AUTOHEADER=${AUTOHEADER-"${am_missing_run}autoheader"}
+
+
+MAKEINFO=${MAKEINFO-"${am_missing_run}makeinfo"}
+
+install_sh=${install_sh-"\$(SHELL) $am_aux_dir/install-sh"}
+
+# Installed binaries are usually stripped using `strip' when the user
+# run `make install-strip'.  However `strip' might not be the right
+# tool to use in cross-compilation environments, therefore Automake
+# will honor the `STRIP' environment variable to overrule this program.
+if test "$cross_compiling" != no; then
+  if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+  # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}strip", so it can be a program name with args.
+set dummy ${ac_tool_prefix}strip; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_STRIP+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$STRIP"; then
+  ac_cv_prog_STRIP="$STRIP" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_STRIP="${ac_tool_prefix}strip"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+STRIP=$ac_cv_prog_STRIP
+if test -n "$STRIP"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $STRIP" >&5
+$as_echo "$STRIP" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+fi
+if test -z "$ac_cv_prog_STRIP"; then
+  ac_ct_STRIP=$STRIP
+  # Extract the first word of "strip", so it can be a program name with args.
+set dummy strip; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_ac_ct_STRIP+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$ac_ct_STRIP"; then
+  ac_cv_prog_ac_ct_STRIP="$ac_ct_STRIP" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_ac_ct_STRIP="strip"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_STRIP=$ac_cv_prog_ac_ct_STRIP
+if test -n "$ac_ct_STRIP"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_ct_STRIP" >&5
+$as_echo "$ac_ct_STRIP" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+  if test "x$ac_ct_STRIP" = x; then
+    STRIP=":"
+  else
+    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+    STRIP=$ac_ct_STRIP
+  fi
+else
+  STRIP="$ac_cv_prog_STRIP"
+fi
+
+fi
+INSTALL_STRIP_PROGRAM="\$(install_sh) -c -s"
+
+# We need awk for the "check" target.  The system "awk" is bad on
+# some platforms.
+# Always define AMTAR for backward compatibility.
+
+AMTAR=${AMTAR-"${am_missing_run}tar"}
+
+am__tar='${AMTAR} chof - "$$tardir"'; am__untar='${AMTAR} xf -'
+
+
+
+
+
+
+# config header: provides a way for people to customise the
+# configuration for their platform, via #defines. config.h.in can be
+# generated automatically with the autoheader tool. However, you need
+# a stamp-h file in your project to ensure that automake regenerates
+# config.h from config.h.in. Type 'touch stamp-h' to add this file to
+# your project.
+#
+ac_config_headers="$ac_config_headers src/config.h"
+
+
+# the following allows to install a copy config.h for libclustalo in a
+# namespace like way, i.e. no name clash with your own config.h
+
+ac_config_commands="$ac_config_commands src/clustal-omega-config.h"
+
+
+# This macro was introduced in Autoconf 2.60. If possible, enable
+# extensions to C or Posix on hosts that normally disable the
+# extensions.
+DEPDIR="${am__leading_dot}deps"
+
+ac_config_commands="$ac_config_commands depfiles"
+
+
+am_make=${MAKE-make}
+cat > confinc << 'END'
+am__doit:
+       @echo done
+.PHONY: am__doit
+END
+# If we don't find an include directive, just comment out the code.
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for style of include used by $am_make" >&5
+$as_echo_n "checking for style of include used by $am_make... " >&6; }
+am__include="#"
+am__quote=
+_am_result=none
+# First try GNU make style include.
+echo "include confinc" > confmf
+# We grep out `Entering directory' and `Leaving directory'
+# messages which can occur if `w' ends up in MAKEFLAGS.
+# In particular we don't look at `^make:' because GNU make might
+# be invoked under some other name (usually "gmake"), in which
+# case it prints its new name instead of `make'.
+if test "`$am_make -s -f confmf 2> /dev/null | grep -v 'ing directory'`" = "done"; then
+   am__include=include
+   am__quote=
+   _am_result=GNU
+fi
+# Now try BSD make style include.
+if test "$am__include" = "#"; then
+   echo '.include "confinc"' > confmf
+   if test "`$am_make -s -f confmf 2> /dev/null`" = "done"; then
+      am__include=.include
+      am__quote="\""
+      _am_result=BSD
+   fi
+fi
+
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $_am_result" >&5
+$as_echo "$_am_result" >&6; }
+rm -f confinc confmf
+
+# Check whether --enable-dependency-tracking was given.
+if test "${enable_dependency_tracking+set}" = set; then
+  enableval=$enable_dependency_tracking;
+fi
+
+if test "x$enable_dependency_tracking" != xno; then
+  am_depcomp="$ac_aux_dir/depcomp"
+  AMDEPBACKSLASH='\'
+fi
+ if test "x$enable_dependency_tracking" != xno; then
+  AMDEP_TRUE=
+  AMDEP_FALSE='#'
+else
+  AMDEP_TRUE='#'
+  AMDEP_FALSE=
+fi
+
+
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+  # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}gcc", so it can be a program name with args.
+set dummy ${ac_tool_prefix}gcc; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_CC+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$CC"; then
+  ac_cv_prog_CC="$CC" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_CC="${ac_tool_prefix}gcc"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+CC=$ac_cv_prog_CC
+if test -n "$CC"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $CC" >&5
+$as_echo "$CC" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+fi
+if test -z "$ac_cv_prog_CC"; then
+  ac_ct_CC=$CC
+  # Extract the first word of "gcc", so it can be a program name with args.
+set dummy gcc; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_ac_ct_CC+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$ac_ct_CC"; then
+  ac_cv_prog_ac_ct_CC="$ac_ct_CC" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_ac_ct_CC="gcc"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_CC=$ac_cv_prog_ac_ct_CC
+if test -n "$ac_ct_CC"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_ct_CC" >&5
+$as_echo "$ac_ct_CC" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+  if test "x$ac_ct_CC" = x; then
+    CC=""
+  else
+    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+    CC=$ac_ct_CC
+  fi
+else
+  CC="$ac_cv_prog_CC"
+fi
+
+if test -z "$CC"; then
+          if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+    # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}cc", so it can be a program name with args.
+set dummy ${ac_tool_prefix}cc; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_CC+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$CC"; then
+  ac_cv_prog_CC="$CC" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_CC="${ac_tool_prefix}cc"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+CC=$ac_cv_prog_CC
+if test -n "$CC"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $CC" >&5
+$as_echo "$CC" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+  fi
+fi
+if test -z "$CC"; then
+  # Extract the first word of "cc", so it can be a program name with args.
+set dummy cc; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_CC+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$CC"; then
+  ac_cv_prog_CC="$CC" # Let the user override the test.
+else
+  ac_prog_rejected=no
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    if test "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" = "/usr/ucb/cc"; then
+       ac_prog_rejected=yes
+       continue
+     fi
+    ac_cv_prog_CC="cc"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+if test $ac_prog_rejected = yes; then
+  # We found a bogon in the path, so make sure we never use it.
+  set dummy $ac_cv_prog_CC
+  shift
+  if test $# != 0; then
+    # We chose a different compiler from the bogus one.
+    # However, it has the same basename, so the bogon will be chosen
+    # first if we set CC to just the basename; use the full file name.
+    shift
+    ac_cv_prog_CC="$as_dir/$ac_word${1+' '}$@"
+  fi
+fi
+fi
+fi
+CC=$ac_cv_prog_CC
+if test -n "$CC"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $CC" >&5
+$as_echo "$CC" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+fi
+if test -z "$CC"; then
+  if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+  for ac_prog in cl.exe
+  do
+    # Extract the first word of "$ac_tool_prefix$ac_prog", so it can be a program name with args.
+set dummy $ac_tool_prefix$ac_prog; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_CC+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$CC"; then
+  ac_cv_prog_CC="$CC" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_CC="$ac_tool_prefix$ac_prog"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+CC=$ac_cv_prog_CC
+if test -n "$CC"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $CC" >&5
+$as_echo "$CC" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+    test -n "$CC" && break
+  done
+fi
+if test -z "$CC"; then
+  ac_ct_CC=$CC
+  for ac_prog in cl.exe
+do
+  # Extract the first word of "$ac_prog", so it can be a program name with args.
+set dummy $ac_prog; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_ac_ct_CC+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$ac_ct_CC"; then
+  ac_cv_prog_ac_ct_CC="$ac_ct_CC" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_ac_ct_CC="$ac_prog"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_CC=$ac_cv_prog_ac_ct_CC
+if test -n "$ac_ct_CC"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_ct_CC" >&5
+$as_echo "$ac_ct_CC" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+  test -n "$ac_ct_CC" && break
+done
+
+  if test "x$ac_ct_CC" = x; then
+    CC=""
+  else
+    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+    CC=$ac_ct_CC
+  fi
+fi
+
+fi
+
+
+test -z "$CC" && { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: no acceptable C compiler found in \$PATH
+See \`config.log' for more details." >&5
+$as_echo "$as_me: error: no acceptable C compiler found in \$PATH
+See \`config.log' for more details." >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }; }
+
+# Provide some information about the compiler.
+$as_echo "$as_me:$LINENO: checking for C compiler version" >&5
+set X $ac_compile
+ac_compiler=$2
+{ (ac_try="$ac_compiler --version >&5"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compiler --version >&5") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }
+{ (ac_try="$ac_compiler -v >&5"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compiler -v >&5") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }
+{ (ac_try="$ac_compiler -V >&5"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compiler -V >&5") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }
+
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+ac_clean_files_save=$ac_clean_files
+ac_clean_files="$ac_clean_files a.out a.out.dSYM a.exe b.out"
+# Try to create an executable without -o first, disregard a.out.
+# It will help us diagnose broken compilers, and finding out an intuition
+# of exeext.
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for C compiler default output file name" >&5
+$as_echo_n "checking for C compiler default output file name... " >&6; }
+ac_link_default=`$as_echo "$ac_link" | sed 's/ -o *conftest[^ ]*//'`
+
+# The possible output files:
+ac_files="a.out conftest.exe conftest a.exe a_out.exe b.out conftest.*"
+
+ac_rmfiles=
+for ac_file in $ac_files
+do
+  case $ac_file in
+    *.$ac_ext | *.xcoff | *.tds | *.d | *.pdb | *.xSYM | *.bb | *.bbg | *.map | *.inf | *.dSYM | *.o | *.obj ) ;;
+    * ) ac_rmfiles="$ac_rmfiles $ac_file";;
+  esac
+done
+rm -f $ac_rmfiles
+
+if { (ac_try="$ac_link_default"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link_default") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }; then
+  # Autoconf-2.13 could set the ac_cv_exeext variable to `no'.
+# So ignore a value of `no', otherwise this would lead to `EXEEXT = no'
+# in a Makefile.  We should not override ac_cv_exeext if it was cached,
+# so that the user can short-circuit this test for compilers unknown to
+# Autoconf.
+for ac_file in $ac_files ''
+do
+  test -f "$ac_file" || continue
+  case $ac_file in
+    *.$ac_ext | *.xcoff | *.tds | *.d | *.pdb | *.xSYM | *.bb | *.bbg | *.map | *.inf | *.dSYM | *.o | *.obj )
+       ;;
+    [ab].out )
+       # We found the default executable, but exeext='' is most
+       # certainly right.
+       break;;
+    *.* )
+        if test "${ac_cv_exeext+set}" = set && test "$ac_cv_exeext" != no;
+       then :; else
+          ac_cv_exeext=`expr "$ac_file" : '[^.]*\(\..*\)'`
+       fi
+       # We set ac_cv_exeext here because the later test for it is not
+       # safe: cross compilers may not add the suffix if given an `-o'
+       # argument, so we may need to know it at that point already.
+       # Even if this section looks crufty: it has the advantage of
+       # actually working.
+       break;;
+    * )
+       break;;
+  esac
+done
+test "$ac_cv_exeext" = no && ac_cv_exeext=
+
+else
+  ac_file=''
+fi
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_file" >&5
+$as_echo "$ac_file" >&6; }
+if test -z "$ac_file"; then
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: C compiler cannot create executables
+See \`config.log' for more details." >&5
+$as_echo "$as_me: error: C compiler cannot create executables
+See \`config.log' for more details." >&2;}
+   { (exit 77); exit 77; }; }; }
+fi
+
+ac_exeext=$ac_cv_exeext
+
+# Check that the compiler produces executables we can run.  If not, either
+# the compiler is broken, or we cross compile.
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether the C compiler works" >&5
+$as_echo_n "checking whether the C compiler works... " >&6; }
+# FIXME: These cross compiler hacks should be removed for Autoconf 3.0
+# If not cross compiling, check that we can run a simple program.
+if test "$cross_compiling" != yes; then
+  if { ac_try='./$ac_file'
+  { (case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_try") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }; }; then
+    cross_compiling=no
+  else
+    if test "$cross_compiling" = maybe; then
+       cross_compiling=yes
+    else
+       { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot run C compiled programs.
+If you meant to cross compile, use \`--host'.
+See \`config.log' for more details." >&5
+$as_echo "$as_me: error: cannot run C compiled programs.
+If you meant to cross compile, use \`--host'.
+See \`config.log' for more details." >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }; }
+    fi
+  fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: yes" >&5
+$as_echo "yes" >&6; }
+
+rm -f -r a.out a.out.dSYM a.exe conftest$ac_cv_exeext b.out
+ac_clean_files=$ac_clean_files_save
+# Check that the compiler produces executables we can run.  If not, either
+# the compiler is broken, or we cross compile.
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether we are cross compiling" >&5
+$as_echo_n "checking whether we are cross compiling... " >&6; }
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $cross_compiling" >&5
+$as_echo "$cross_compiling" >&6; }
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for suffix of executables" >&5
+$as_echo_n "checking for suffix of executables... " >&6; }
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }; then
+  # If both `conftest.exe' and `conftest' are `present' (well, observable)
+# catch `conftest.exe'.  For instance with Cygwin, `ls conftest' will
+# work properly (i.e., refer to `conftest.exe'), while it won't with
+# `rm'.
+for ac_file in conftest.exe conftest conftest.*; do
+  test -f "$ac_file" || continue
+  case $ac_file in
+    *.$ac_ext | *.xcoff | *.tds | *.d | *.pdb | *.xSYM | *.bb | *.bbg | *.map | *.inf | *.dSYM | *.o | *.obj ) ;;
+    *.* ) ac_cv_exeext=`expr "$ac_file" : '[^.]*\(\..*\)'`
+         break;;
+    * ) break;;
+  esac
+done
+else
+  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot compute suffix of executables: cannot compile and link
+See \`config.log' for more details." >&5
+$as_echo "$as_me: error: cannot compute suffix of executables: cannot compile and link
+See \`config.log' for more details." >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }; }
+fi
+
+rm -f conftest$ac_cv_exeext
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_exeext" >&5
+$as_echo "$ac_cv_exeext" >&6; }
+
+rm -f conftest.$ac_ext
+EXEEXT=$ac_cv_exeext
+ac_exeext=$EXEEXT
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for suffix of object files" >&5
+$as_echo_n "checking for suffix of object files... " >&6; }
+if test "${ac_cv_objext+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.o conftest.obj
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }; then
+  for ac_file in conftest.o conftest.obj conftest.*; do
+  test -f "$ac_file" || continue;
+  case $ac_file in
+    *.$ac_ext | *.xcoff | *.tds | *.d | *.pdb | *.xSYM | *.bb | *.bbg | *.map | *.inf | *.dSYM ) ;;
+    *) ac_cv_objext=`expr "$ac_file" : '.*\.\(.*\)'`
+       break;;
+  esac
+done
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot compute suffix of object files: cannot compile
+See \`config.log' for more details." >&5
+$as_echo "$as_me: error: cannot compute suffix of object files: cannot compile
+See \`config.log' for more details." >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }; }
+fi
+
+rm -f conftest.$ac_cv_objext conftest.$ac_ext
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_objext" >&5
+$as_echo "$ac_cv_objext" >&6; }
+OBJEXT=$ac_cv_objext
+ac_objext=$OBJEXT
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether we are using the GNU C compiler" >&5
+$as_echo_n "checking whether we are using the GNU C compiler... " >&6; }
+if test "${ac_cv_c_compiler_gnu+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+#ifndef __GNUC__
+       choke me
+#endif
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_compiler_gnu=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_compiler_gnu=no
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+ac_cv_c_compiler_gnu=$ac_compiler_gnu
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_c_compiler_gnu" >&5
+$as_echo "$ac_cv_c_compiler_gnu" >&6; }
+if test $ac_compiler_gnu = yes; then
+  GCC=yes
+else
+  GCC=
+fi
+ac_test_CFLAGS=${CFLAGS+set}
+ac_save_CFLAGS=$CFLAGS
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether $CC accepts -g" >&5
+$as_echo_n "checking whether $CC accepts -g... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_cc_g+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_save_c_werror_flag=$ac_c_werror_flag
+   ac_c_werror_flag=yes
+   ac_cv_prog_cc_g=no
+   CFLAGS="-g"
+   cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_cv_prog_cc_g=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       CFLAGS=""
+      cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  :
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_c_werror_flag=$ac_save_c_werror_flag
+        CFLAGS="-g"
+        cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_cv_prog_cc_g=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+   ac_c_werror_flag=$ac_save_c_werror_flag
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_prog_cc_g" >&5
+$as_echo "$ac_cv_prog_cc_g" >&6; }
+if test "$ac_test_CFLAGS" = set; then
+  CFLAGS=$ac_save_CFLAGS
+elif test $ac_cv_prog_cc_g = yes; then
+  if test "$GCC" = yes; then
+    CFLAGS="-g -O2"
+  else
+    CFLAGS="-g"
+  fi
+else
+  if test "$GCC" = yes; then
+    CFLAGS="-O2"
+  else
+    CFLAGS=
+  fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $CC option to accept ISO C89" >&5
+$as_echo_n "checking for $CC option to accept ISO C89... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_cc_c89+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_cv_prog_cc_c89=no
+ac_save_CC=$CC
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <stdarg.h>
+#include <stdio.h>
+#include <sys/types.h>
+#include <sys/stat.h>
+/* Most of the following tests are stolen from RCS 5.7's src/conf.sh.  */
+struct buf { int x; };
+FILE * (*rcsopen) (struct buf *, struct stat *, int);
+static char *e (p, i)
+     char **p;
+     int i;
+{
+  return p[i];
+}
+static char *f (char * (*g) (char **, int), char **p, ...)
+{
+  char *s;
+  va_list v;
+  va_start (v,p);
+  s = g (p, va_arg (v,int));
+  va_end (v);
+  return s;
+}
+
+/* OSF 4.0 Compaq cc is some sort of almost-ANSI by default.  It has
+   function prototypes and stuff, but not '\xHH' hex character constants.
+   These don't provoke an error unfortunately, instead are silently treated
+   as 'x'.  The following induces an error, until -std is added to get
+   proper ANSI mode.  Curiously '\x00'!='x' always comes out true, for an
+   array size at least.  It's necessary to write '\x00'==0 to get something
+   that's true only with -std.  */
+int osf4_cc_array ['\x00' == 0 ? 1 : -1];
+
+/* IBM C 6 for AIX is almost-ANSI by default, but it replaces macro parameters
+   inside strings and character constants.  */
+#define FOO(x) 'x'
+int xlc6_cc_array[FOO(a) == 'x' ? 1 : -1];
+
+int test (int i, double x);
+struct s1 {int (*f) (int a);};
+struct s2 {int (*f) (double a);};
+int pairnames (int, char **, FILE *(*)(struct buf *, struct stat *, int), int, int);
+int argc;
+char **argv;
+int
+main ()
+{
+return f (e, argv, 0) != argv[0]  ||  f (e, argv, 1) != argv[1];
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+for ac_arg in '' -qlanglvl=extc89 -qlanglvl=ansi -std \
+       -Ae "-Aa -D_HPUX_SOURCE" "-Xc -D__EXTENSIONS__"
+do
+  CC="$ac_save_CC $ac_arg"
+  rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_cv_prog_cc_c89=$ac_arg
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext
+  test "x$ac_cv_prog_cc_c89" != "xno" && break
+done
+rm -f conftest.$ac_ext
+CC=$ac_save_CC
+
+fi
+# AC_CACHE_VAL
+case "x$ac_cv_prog_cc_c89" in
+  x)
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: none needed" >&5
+$as_echo "none needed" >&6; } ;;
+  xno)
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: unsupported" >&5
+$as_echo "unsupported" >&6; } ;;
+  *)
+    CC="$CC $ac_cv_prog_cc_c89"
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_prog_cc_c89" >&5
+$as_echo "$ac_cv_prog_cc_c89" >&6; } ;;
+esac
+
+
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+
+depcc="$CC"   am_compiler_list=
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking dependency style of $depcc" >&5
+$as_echo_n "checking dependency style of $depcc... " >&6; }
+if test "${am_cv_CC_dependencies_compiler_type+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -z "$AMDEP_TRUE" && test -f "$am_depcomp"; then
+  # We make a subdir and do the tests there.  Otherwise we can end up
+  # making bogus files that we don't know about and never remove.  For
+  # instance it was reported that on HP-UX the gcc test will end up
+  # making a dummy file named `D' -- because `-MD' means `put the output
+  # in D'.
+  mkdir conftest.dir
+  # Copy depcomp to subdir because otherwise we won't find it if we're
+  # using a relative directory.
+  cp "$am_depcomp" conftest.dir
+  cd conftest.dir
+  # We will build objects and dependencies in a subdirectory because
+  # it helps to detect inapplicable dependency modes.  For instance
+  # both Tru64's cc and ICC support -MD to output dependencies as a
+  # side effect of compilation, but ICC will put the dependencies in
+  # the current directory while Tru64 will put them in the object
+  # directory.
+  mkdir sub
+
+  am_cv_CC_dependencies_compiler_type=none
+  if test "$am_compiler_list" = ""; then
+     am_compiler_list=`sed -n 's/^#*\([a-zA-Z0-9]*\))$/\1/p' < ./depcomp`
+  fi
+  for depmode in $am_compiler_list; do
+    # Setup a source with many dependencies, because some compilers
+    # like to wrap large dependency lists on column 80 (with \), and
+    # we should not choose a depcomp mode which is confused by this.
+    #
+    # We need to recreate these files for each test, as the compiler may
+    # overwrite some of them when testing with obscure command lines.
+    # This happens at least with the AIX C compiler.
+    : > sub/conftest.c
+    for i in 1 2 3 4 5 6; do
+      echo '#include "conftst'$i'.h"' >> sub/conftest.c
+      # Using `: > sub/conftst$i.h' creates only sub/conftst1.h with
+      # Solaris 8's {/usr,}/bin/sh.
+      touch sub/conftst$i.h
+    done
+    echo "${am__include} ${am__quote}sub/conftest.Po${am__quote}" > confmf
+
+    case $depmode in
+    nosideeffect)
+      # after this tag, mechanisms are not by side-effect, so they'll
+      # only be used when explicitly requested
+      if test "x$enable_dependency_tracking" = xyes; then
+       continue
+      else
+       break
+      fi
+      ;;
+    none) break ;;
+    esac
+    # We check with `-c' and `-o' for the sake of the "dashmstdout"
+    # mode.  It turns out that the SunPro C++ compiler does not properly
+    # handle `-M -o', and we need to detect this.
+    if depmode=$depmode \
+       source=sub/conftest.c object=sub/conftest.${OBJEXT-o} \
+       depfile=sub/conftest.Po tmpdepfile=sub/conftest.TPo \
+       $SHELL ./depcomp $depcc -c -o sub/conftest.${OBJEXT-o} sub/conftest.c \
+         >/dev/null 2>conftest.err &&
+       grep sub/conftst1.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       grep sub/conftst6.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       grep sub/conftest.${OBJEXT-o} sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       ${MAKE-make} -s -f confmf > /dev/null 2>&1; then
+      # icc doesn't choke on unknown options, it will just issue warnings
+      # or remarks (even with -Werror).  So we grep stderr for any message
+      # that says an option was ignored or not supported.
+      # When given -MP, icc 7.0 and 7.1 complain thusly:
+      #   icc: Command line warning: ignoring option '-M'; no argument required
+      # The diagnosis changed in icc 8.0:
+      #   icc: Command line remark: option '-MP' not supported
+      if (grep 'ignoring option' conftest.err ||
+          grep 'not supported' conftest.err) >/dev/null 2>&1; then :; else
+        am_cv_CC_dependencies_compiler_type=$depmode
+        break
+      fi
+    fi
+  done
+
+  cd ..
+  rm -rf conftest.dir
+else
+  am_cv_CC_dependencies_compiler_type=none
+fi
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $am_cv_CC_dependencies_compiler_type" >&5
+$as_echo "$am_cv_CC_dependencies_compiler_type" >&6; }
+CCDEPMODE=depmode=$am_cv_CC_dependencies_compiler_type
+
+ if
+  test "x$enable_dependency_tracking" != xno \
+  && test "$am_cv_CC_dependencies_compiler_type" = gcc3; then
+  am__fastdepCC_TRUE=
+  am__fastdepCC_FALSE='#'
+else
+  am__fastdepCC_TRUE='#'
+  am__fastdepCC_FALSE=
+fi
+
+
+
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking how to run the C preprocessor" >&5
+$as_echo_n "checking how to run the C preprocessor... " >&6; }
+# On Suns, sometimes $CPP names a directory.
+if test -n "$CPP" && test -d "$CPP"; then
+  CPP=
+fi
+if test -z "$CPP"; then
+  if test "${ac_cv_prog_CPP+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+      # Double quotes because CPP needs to be expanded
+    for CPP in "$CC -E" "$CC -E -traditional-cpp" "/lib/cpp"
+    do
+      ac_preproc_ok=false
+for ac_c_preproc_warn_flag in '' yes
+do
+  # Use a header file that comes with gcc, so configuring glibc
+  # with a fresh cross-compiler works.
+  # Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
+  # <limits.h> exists even on freestanding compilers.
+  # On the NeXT, cc -E runs the code through the compiler's parser,
+  # not just through cpp. "Syntax error" is here to catch this case.
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#ifdef __STDC__
+# include <limits.h>
+#else
+# include <assert.h>
+#endif
+                    Syntax error
+_ACEOF
+if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
+        test -z "$ac_c_preproc_warn_flag$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       }; then
+  :
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+  # Broken: fails on valid input.
+continue
+fi
+
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+
+  # OK, works on sane cases.  Now check whether nonexistent headers
+  # can be detected and how.
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <ac_nonexistent.h>
+_ACEOF
+if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
+        test -z "$ac_c_preproc_warn_flag$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       }; then
+  # Broken: success on invalid input.
+continue
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+  # Passes both tests.
+ac_preproc_ok=:
+break
+fi
+
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+
+done
+# Because of `break', _AC_PREPROC_IFELSE's cleaning code was skipped.
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+if $ac_preproc_ok; then
+  break
+fi
+
+    done
+    ac_cv_prog_CPP=$CPP
+
+fi
+  CPP=$ac_cv_prog_CPP
+else
+  ac_cv_prog_CPP=$CPP
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $CPP" >&5
+$as_echo "$CPP" >&6; }
+ac_preproc_ok=false
+for ac_c_preproc_warn_flag in '' yes
+do
+  # Use a header file that comes with gcc, so configuring glibc
+  # with a fresh cross-compiler works.
+  # Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
+  # <limits.h> exists even on freestanding compilers.
+  # On the NeXT, cc -E runs the code through the compiler's parser,
+  # not just through cpp. "Syntax error" is here to catch this case.
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#ifdef __STDC__
+# include <limits.h>
+#else
+# include <assert.h>
+#endif
+                    Syntax error
+_ACEOF
+if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
+        test -z "$ac_c_preproc_warn_flag$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       }; then
+  :
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+  # Broken: fails on valid input.
+continue
+fi
+
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+
+  # OK, works on sane cases.  Now check whether nonexistent headers
+  # can be detected and how.
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <ac_nonexistent.h>
+_ACEOF
+if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
+        test -z "$ac_c_preproc_warn_flag$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       }; then
+  # Broken: success on invalid input.
+continue
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+  # Passes both tests.
+ac_preproc_ok=:
+break
+fi
+
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+
+done
+# Because of `break', _AC_PREPROC_IFELSE's cleaning code was skipped.
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+if $ac_preproc_ok; then
+  :
+else
+  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: C preprocessor \"$CPP\" fails sanity check
+See \`config.log' for more details." >&5
+$as_echo "$as_me: error: C preprocessor \"$CPP\" fails sanity check
+See \`config.log' for more details." >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }; }
+fi
+
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for grep that handles long lines and -e" >&5
+$as_echo_n "checking for grep that handles long lines and -e... " >&6; }
+if test "${ac_cv_path_GREP+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -z "$GREP"; then
+  ac_path_GREP_found=false
+  # Loop through the user's path and test for each of PROGNAME-LIST
+  as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_prog in grep ggrep; do
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+      ac_path_GREP="$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext"
+      { test -f "$ac_path_GREP" && $as_test_x "$ac_path_GREP"; } || continue
+# Check for GNU ac_path_GREP and select it if it is found.
+  # Check for GNU $ac_path_GREP
+case `"$ac_path_GREP" --version 2>&1` in
+*GNU*)
+  ac_cv_path_GREP="$ac_path_GREP" ac_path_GREP_found=:;;
+*)
+  ac_count=0
+  $as_echo_n 0123456789 >"conftest.in"
+  while :
+  do
+    cat "conftest.in" "conftest.in" >"conftest.tmp"
+    mv "conftest.tmp" "conftest.in"
+    cp "conftest.in" "conftest.nl"
+    $as_echo 'GREP' >> "conftest.nl"
+    "$ac_path_GREP" -e 'GREP$' -e '-(cannot match)-' < "conftest.nl" >"conftest.out" 2>/dev/null || break
+    diff "conftest.out" "conftest.nl" >/dev/null 2>&1 || break
+    ac_count=`expr $ac_count + 1`
+    if test $ac_count -gt ${ac_path_GREP_max-0}; then
+      # Best one so far, save it but keep looking for a better one
+      ac_cv_path_GREP="$ac_path_GREP"
+      ac_path_GREP_max=$ac_count
+    fi
+    # 10*(2^10) chars as input seems more than enough
+    test $ac_count -gt 10 && break
+  done
+  rm -f conftest.in conftest.tmp conftest.nl conftest.out;;
+esac
+
+      $ac_path_GREP_found && break 3
+    done
+  done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+  if test -z "$ac_cv_path_GREP"; then
+    { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: no acceptable grep could be found in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin" >&5
+$as_echo "$as_me: error: no acceptable grep could be found in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+  fi
+else
+  ac_cv_path_GREP=$GREP
+fi
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_path_GREP" >&5
+$as_echo "$ac_cv_path_GREP" >&6; }
+ GREP="$ac_cv_path_GREP"
+
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for egrep" >&5
+$as_echo_n "checking for egrep... " >&6; }
+if test "${ac_cv_path_EGREP+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if echo a | $GREP -E '(a|b)' >/dev/null 2>&1
+   then ac_cv_path_EGREP="$GREP -E"
+   else
+     if test -z "$EGREP"; then
+  ac_path_EGREP_found=false
+  # Loop through the user's path and test for each of PROGNAME-LIST
+  as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_prog in egrep; do
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+      ac_path_EGREP="$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext"
+      { test -f "$ac_path_EGREP" && $as_test_x "$ac_path_EGREP"; } || continue
+# Check for GNU ac_path_EGREP and select it if it is found.
+  # Check for GNU $ac_path_EGREP
+case `"$ac_path_EGREP" --version 2>&1` in
+*GNU*)
+  ac_cv_path_EGREP="$ac_path_EGREP" ac_path_EGREP_found=:;;
+*)
+  ac_count=0
+  $as_echo_n 0123456789 >"conftest.in"
+  while :
+  do
+    cat "conftest.in" "conftest.in" >"conftest.tmp"
+    mv "conftest.tmp" "conftest.in"
+    cp "conftest.in" "conftest.nl"
+    $as_echo 'EGREP' >> "conftest.nl"
+    "$ac_path_EGREP" 'EGREP$' < "conftest.nl" >"conftest.out" 2>/dev/null || break
+    diff "conftest.out" "conftest.nl" >/dev/null 2>&1 || break
+    ac_count=`expr $ac_count + 1`
+    if test $ac_count -gt ${ac_path_EGREP_max-0}; then
+      # Best one so far, save it but keep looking for a better one
+      ac_cv_path_EGREP="$ac_path_EGREP"
+      ac_path_EGREP_max=$ac_count
+    fi
+    # 10*(2^10) chars as input seems more than enough
+    test $ac_count -gt 10 && break
+  done
+  rm -f conftest.in conftest.tmp conftest.nl conftest.out;;
+esac
+
+      $ac_path_EGREP_found && break 3
+    done
+  done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+  if test -z "$ac_cv_path_EGREP"; then
+    { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: no acceptable egrep could be found in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin" >&5
+$as_echo "$as_me: error: no acceptable egrep could be found in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+  fi
+else
+  ac_cv_path_EGREP=$EGREP
+fi
+
+   fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_path_EGREP" >&5
+$as_echo "$ac_cv_path_EGREP" >&6; }
+ EGREP="$ac_cv_path_EGREP"
+
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for ANSI C header files" >&5
+$as_echo_n "checking for ANSI C header files... " >&6; }
+if test "${ac_cv_header_stdc+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <stdlib.h>
+#include <stdarg.h>
+#include <string.h>
+#include <float.h>
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_cv_header_stdc=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_cv_header_stdc=no
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+
+if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
+  # SunOS 4.x string.h does not declare mem*, contrary to ANSI.
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <string.h>
+
+_ACEOF
+if (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>&5 |
+  $EGREP "memchr" >/dev/null 2>&1; then
+  :
+else
+  ac_cv_header_stdc=no
+fi
+rm -f conftest*
+
+fi
+
+if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
+  # ISC 2.0.2 stdlib.h does not declare free, contrary to ANSI.
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <stdlib.h>
+
+_ACEOF
+if (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>&5 |
+  $EGREP "free" >/dev/null 2>&1; then
+  :
+else
+  ac_cv_header_stdc=no
+fi
+rm -f conftest*
+
+fi
+
+if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
+  # /bin/cc in Irix-4.0.5 gets non-ANSI ctype macros unless using -ansi.
+  if test "$cross_compiling" = yes; then
+  :
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <ctype.h>
+#include <stdlib.h>
+#if ((' ' & 0x0FF) == 0x020)
+# define ISLOWER(c) ('a' <= (c) && (c) <= 'z')
+# define TOUPPER(c) (ISLOWER(c) ? 'A' + ((c) - 'a') : (c))
+#else
+# define ISLOWER(c) \
+                  (('a' <= (c) && (c) <= 'i') \
+                    || ('j' <= (c) && (c) <= 'r') \
+                    || ('s' <= (c) && (c) <= 'z'))
+# define TOUPPER(c) (ISLOWER(c) ? ((c) | 0x40) : (c))
+#endif
+
+#define XOR(e, f) (((e) && !(f)) || (!(e) && (f)))
+int
+main ()
+{
+  int i;
+  for (i = 0; i < 256; i++)
+    if (XOR (islower (i), ISLOWER (i))
+       || toupper (i) != TOUPPER (i))
+      return 2;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && { ac_try='./conftest$ac_exeext'
+  { (case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_try") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }; }; then
+  :
+else
+  $as_echo "$as_me: program exited with status $ac_status" >&5
+$as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+( exit $ac_status )
+ac_cv_header_stdc=no
+fi
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core *.core core.conftest.* gmon.out bb.out conftest$ac_exeext conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+
+
+fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_header_stdc" >&5
+$as_echo "$ac_cv_header_stdc" >&6; }
+if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
+
+cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
+#define STDC_HEADERS 1
+_ACEOF
+
+fi
+
+# On IRIX 5.3, sys/types and inttypes.h are conflicting.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+for ac_header in sys/types.h sys/stat.h stdlib.h string.h memory.h strings.h \
+                 inttypes.h stdint.h unistd.h
+do
+as_ac_Header=`$as_echo "ac_cv_header_$ac_header" | $as_tr_sh`
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_header" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_header... " >&6; }
+if { as_var=$as_ac_Header; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+
+#include <$ac_header>
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  eval "$as_ac_Header=yes"
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       eval "$as_ac_Header=no"
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+ac_res=`eval 'as_val=${'$as_ac_Header'}
+                $as_echo "$as_val"'`
+              { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+as_val=`eval 'as_val=${'$as_ac_Header'}
+                $as_echo "$as_val"'`
+   if test "x$as_val" = x""yes; then
+  cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define `$as_echo "HAVE_$ac_header" | $as_tr_cpp` 1
+_ACEOF
+
+fi
+
+done
+
+
+
+  if test "${ac_cv_header_minix_config_h+set}" = set; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for minix/config.h" >&5
+$as_echo_n "checking for minix/config.h... " >&6; }
+if test "${ac_cv_header_minix_config_h+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_header_minix_config_h" >&5
+$as_echo "$ac_cv_header_minix_config_h" >&6; }
+else
+  # Is the header compilable?
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking minix/config.h usability" >&5
+$as_echo_n "checking minix/config.h usability... " >&6; }
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+#include <minix/config.h>
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_header_compiler=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_header_compiler=no
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_header_compiler" >&5
+$as_echo "$ac_header_compiler" >&6; }
+
+# Is the header present?
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking minix/config.h presence" >&5
+$as_echo_n "checking minix/config.h presence... " >&6; }
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <minix/config.h>
+_ACEOF
+if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
+        test -z "$ac_c_preproc_warn_flag$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       }; then
+  ac_header_preproc=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+  ac_header_preproc=no
+fi
+
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_header_preproc" >&5
+$as_echo "$ac_header_preproc" >&6; }
+
+# So?  What about this header?
+case $ac_header_compiler:$ac_header_preproc:$ac_c_preproc_warn_flag in
+  yes:no: )
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: minix/config.h: accepted by the compiler, rejected by the preprocessor!" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: minix/config.h: accepted by the compiler, rejected by the preprocessor!" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: minix/config.h: proceeding with the compiler's result" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: minix/config.h: proceeding with the compiler's result" >&2;}
+    ac_header_preproc=yes
+    ;;
+  no:yes:* )
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: minix/config.h: present but cannot be compiled" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: minix/config.h: present but cannot be compiled" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: minix/config.h:     check for missing prerequisite headers?" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: minix/config.h:     check for missing prerequisite headers?" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: minix/config.h: see the Autoconf documentation" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: minix/config.h: see the Autoconf documentation" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: minix/config.h:     section \"Present But Cannot Be Compiled\"" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: minix/config.h:     section \"Present But Cannot Be Compiled\"" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: minix/config.h: proceeding with the preprocessor's result" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: minix/config.h: proceeding with the preprocessor's result" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: minix/config.h: in the future, the compiler will take precedence" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: minix/config.h: in the future, the compiler will take precedence" >&2;}
+    ( cat <<\_ASBOX
+## ------------------------------ ##
+## Report this to clustalw@ucd.ie ##
+## ------------------------------ ##
+_ASBOX
+     ) | sed "s/^/$as_me: WARNING:     /" >&2
+    ;;
+esac
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for minix/config.h" >&5
+$as_echo_n "checking for minix/config.h... " >&6; }
+if test "${ac_cv_header_minix_config_h+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_cv_header_minix_config_h=$ac_header_preproc
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_header_minix_config_h" >&5
+$as_echo "$ac_cv_header_minix_config_h" >&6; }
+
+fi
+if test "x$ac_cv_header_minix_config_h" = x""yes; then
+  MINIX=yes
+else
+  MINIX=
+fi
+
+
+  if test "$MINIX" = yes; then
+
+cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
+#define _POSIX_SOURCE 1
+_ACEOF
+
+
+cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
+#define _POSIX_1_SOURCE 2
+_ACEOF
+
+
+cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
+#define _MINIX 1
+_ACEOF
+
+  fi
+
+
+
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether it is safe to define __EXTENSIONS__" >&5
+$as_echo_n "checking whether it is safe to define __EXTENSIONS__... " >&6; }
+if test "${ac_cv_safe_to_define___extensions__+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+#        define __EXTENSIONS__ 1
+         $ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_cv_safe_to_define___extensions__=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_cv_safe_to_define___extensions__=no
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_safe_to_define___extensions__" >&5
+$as_echo "$ac_cv_safe_to_define___extensions__" >&6; }
+  test $ac_cv_safe_to_define___extensions__ = yes &&
+    cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
+#define __EXTENSIONS__ 1
+_ACEOF
+
+  cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
+#define _ALL_SOURCE 1
+_ACEOF
+
+  cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
+#define _GNU_SOURCE 1
+_ACEOF
+
+  cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
+#define _POSIX_PTHREAD_SEMANTICS 1
+_ACEOF
+
+  cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
+#define _TANDEM_SOURCE 1
+_ACEOF
+
+
+
+
+# for cross compilation
+#
+# Make sure we can run config.sub.
+$SHELL "$ac_aux_dir/config.sub" sun4 >/dev/null 2>&1 ||
+  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot run $SHELL $ac_aux_dir/config.sub" >&5
+$as_echo "$as_me: error: cannot run $SHELL $ac_aux_dir/config.sub" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking build system type" >&5
+$as_echo_n "checking build system type... " >&6; }
+if test "${ac_cv_build+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_build_alias=$build_alias
+test "x$ac_build_alias" = x &&
+  ac_build_alias=`$SHELL "$ac_aux_dir/config.guess"`
+test "x$ac_build_alias" = x &&
+  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot guess build type; you must specify one" >&5
+$as_echo "$as_me: error: cannot guess build type; you must specify one" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+ac_cv_build=`$SHELL "$ac_aux_dir/config.sub" $ac_build_alias` ||
+  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: $SHELL $ac_aux_dir/config.sub $ac_build_alias failed" >&5
+$as_echo "$as_me: error: $SHELL $ac_aux_dir/config.sub $ac_build_alias failed" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_build" >&5
+$as_echo "$ac_cv_build" >&6; }
+case $ac_cv_build in
+*-*-*) ;;
+*) { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: invalid value of canonical build" >&5
+$as_echo "$as_me: error: invalid value of canonical build" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; };;
+esac
+build=$ac_cv_build
+ac_save_IFS=$IFS; IFS='-'
+set x $ac_cv_build
+shift
+build_cpu=$1
+build_vendor=$2
+shift; shift
+# Remember, the first character of IFS is used to create $*,
+# except with old shells:
+build_os=$*
+IFS=$ac_save_IFS
+case $build_os in *\ *) build_os=`echo "$build_os" | sed 's/ /-/g'`;; esac
+
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking host system type" >&5
+$as_echo_n "checking host system type... " >&6; }
+if test "${ac_cv_host+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test "x$host_alias" = x; then
+  ac_cv_host=$ac_cv_build
+else
+  ac_cv_host=`$SHELL "$ac_aux_dir/config.sub" $host_alias` ||
+    { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: $SHELL $ac_aux_dir/config.sub $host_alias failed" >&5
+$as_echo "$as_me: error: $SHELL $ac_aux_dir/config.sub $host_alias failed" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+fi
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_host" >&5
+$as_echo "$ac_cv_host" >&6; }
+case $ac_cv_host in
+*-*-*) ;;
+*) { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: invalid value of canonical host" >&5
+$as_echo "$as_me: error: invalid value of canonical host" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; };;
+esac
+host=$ac_cv_host
+ac_save_IFS=$IFS; IFS='-'
+set x $ac_cv_host
+shift
+host_cpu=$1
+host_vendor=$2
+shift; shift
+# Remember, the first character of IFS is used to create $*,
+# except with old shells:
+host_os=$*
+IFS=$ac_save_IFS
+case $host_os in *\ *) host_os=`echo "$host_os" | sed 's/ /-/g'`;; esac
+
+
+## AC_CANONICAL_BUILD
+## AC_CANONICAL_TARGET
+
+# Set the @SET_MAKE@ variable=make if $(MAKE) not set
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether ${MAKE-make} sets \$(MAKE)" >&5
+$as_echo_n "checking whether ${MAKE-make} sets \$(MAKE)... " >&6; }
+set x ${MAKE-make}
+ac_make=`$as_echo "$2" | sed 's/+/p/g; s/[^a-zA-Z0-9_]/_/g'`
+if { as_var=ac_cv_prog_make_${ac_make}_set; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat >conftest.make <<\_ACEOF
+SHELL = /bin/sh
+all:
+       @echo '@@@%%%=$(MAKE)=@@@%%%'
+_ACEOF
+# GNU make sometimes prints "make[1]: Entering...", which would confuse us.
+case `${MAKE-make} -f conftest.make 2>/dev/null` in
+  *@@@%%%=?*=@@@%%%*)
+    eval ac_cv_prog_make_${ac_make}_set=yes;;
+  *)
+    eval ac_cv_prog_make_${ac_make}_set=no;;
+esac
+rm -f conftest.make
+fi
+if eval test \$ac_cv_prog_make_${ac_make}_set = yes; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: yes" >&5
+$as_echo "yes" >&6; }
+  SET_MAKE=
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+  SET_MAKE="MAKE=${MAKE-make}"
+fi
+
+
+# AC_PROG_RANLIB will allow you to build code in sub-directories into
+# temporary libraries, which make will then link in with the rest of
+# the code.
+# Rendered obsolte by LT_INIT: AC_PROG_RANLIB
+#AC_PROG_LIBTOOL
+case `pwd` in
+  *\ * | *\    *)
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: Libtool does not cope well with whitespace in \`pwd\`" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: Libtool does not cope well with whitespace in \`pwd\`" >&2;} ;;
+esac
+
+
+
+macro_version='2.2.6'
+macro_revision='1.3012'
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ltmain="$ac_aux_dir/ltmain.sh"
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for a sed that does not truncate output" >&5
+$as_echo_n "checking for a sed that does not truncate output... " >&6; }
+if test "${ac_cv_path_SED+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+            ac_script=s/aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa/bbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbb/
+     for ac_i in 1 2 3 4 5 6 7; do
+       ac_script="$ac_script$as_nl$ac_script"
+     done
+     echo "$ac_script" 2>/dev/null | sed 99q >conftest.sed
+     $as_unset ac_script || ac_script=
+     if test -z "$SED"; then
+  ac_path_SED_found=false
+  # Loop through the user's path and test for each of PROGNAME-LIST
+  as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_prog in sed gsed; do
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+      ac_path_SED="$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext"
+      { test -f "$ac_path_SED" && $as_test_x "$ac_path_SED"; } || continue
+# Check for GNU ac_path_SED and select it if it is found.
+  # Check for GNU $ac_path_SED
+case `"$ac_path_SED" --version 2>&1` in
+*GNU*)
+  ac_cv_path_SED="$ac_path_SED" ac_path_SED_found=:;;
+*)
+  ac_count=0
+  $as_echo_n 0123456789 >"conftest.in"
+  while :
+  do
+    cat "conftest.in" "conftest.in" >"conftest.tmp"
+    mv "conftest.tmp" "conftest.in"
+    cp "conftest.in" "conftest.nl"
+    $as_echo '' >> "conftest.nl"
+    "$ac_path_SED" -f conftest.sed < "conftest.nl" >"conftest.out" 2>/dev/null || break
+    diff "conftest.out" "conftest.nl" >/dev/null 2>&1 || break
+    ac_count=`expr $ac_count + 1`
+    if test $ac_count -gt ${ac_path_SED_max-0}; then
+      # Best one so far, save it but keep looking for a better one
+      ac_cv_path_SED="$ac_path_SED"
+      ac_path_SED_max=$ac_count
+    fi
+    # 10*(2^10) chars as input seems more than enough
+    test $ac_count -gt 10 && break
+  done
+  rm -f conftest.in conftest.tmp conftest.nl conftest.out;;
+esac
+
+      $ac_path_SED_found && break 3
+    done
+  done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+  if test -z "$ac_cv_path_SED"; then
+    { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: no acceptable sed could be found in \$PATH" >&5
+$as_echo "$as_me: error: no acceptable sed could be found in \$PATH" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+  fi
+else
+  ac_cv_path_SED=$SED
+fi
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_path_SED" >&5
+$as_echo "$ac_cv_path_SED" >&6; }
+ SED="$ac_cv_path_SED"
+  rm -f conftest.sed
+
+test -z "$SED" && SED=sed
+Xsed="$SED -e 1s/^X//"
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for fgrep" >&5
+$as_echo_n "checking for fgrep... " >&6; }
+if test "${ac_cv_path_FGREP+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if echo 'ab*c' | $GREP -F 'ab*c' >/dev/null 2>&1
+   then ac_cv_path_FGREP="$GREP -F"
+   else
+     if test -z "$FGREP"; then
+  ac_path_FGREP_found=false
+  # Loop through the user's path and test for each of PROGNAME-LIST
+  as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_prog in fgrep; do
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+      ac_path_FGREP="$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext"
+      { test -f "$ac_path_FGREP" && $as_test_x "$ac_path_FGREP"; } || continue
+# Check for GNU ac_path_FGREP and select it if it is found.
+  # Check for GNU $ac_path_FGREP
+case `"$ac_path_FGREP" --version 2>&1` in
+*GNU*)
+  ac_cv_path_FGREP="$ac_path_FGREP" ac_path_FGREP_found=:;;
+*)
+  ac_count=0
+  $as_echo_n 0123456789 >"conftest.in"
+  while :
+  do
+    cat "conftest.in" "conftest.in" >"conftest.tmp"
+    mv "conftest.tmp" "conftest.in"
+    cp "conftest.in" "conftest.nl"
+    $as_echo 'FGREP' >> "conftest.nl"
+    "$ac_path_FGREP" FGREP < "conftest.nl" >"conftest.out" 2>/dev/null || break
+    diff "conftest.out" "conftest.nl" >/dev/null 2>&1 || break
+    ac_count=`expr $ac_count + 1`
+    if test $ac_count -gt ${ac_path_FGREP_max-0}; then
+      # Best one so far, save it but keep looking for a better one
+      ac_cv_path_FGREP="$ac_path_FGREP"
+      ac_path_FGREP_max=$ac_count
+    fi
+    # 10*(2^10) chars as input seems more than enough
+    test $ac_count -gt 10 && break
+  done
+  rm -f conftest.in conftest.tmp conftest.nl conftest.out;;
+esac
+
+      $ac_path_FGREP_found && break 3
+    done
+  done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+  if test -z "$ac_cv_path_FGREP"; then
+    { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: no acceptable fgrep could be found in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin" >&5
+$as_echo "$as_me: error: no acceptable fgrep could be found in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+  fi
+else
+  ac_cv_path_FGREP=$FGREP
+fi
+
+   fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_path_FGREP" >&5
+$as_echo "$ac_cv_path_FGREP" >&6; }
+ FGREP="$ac_cv_path_FGREP"
+
+
+test -z "$GREP" && GREP=grep
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+# Check whether --with-gnu-ld was given.
+if test "${with_gnu_ld+set}" = set; then
+  withval=$with_gnu_ld; test "$withval" = no || with_gnu_ld=yes
+else
+  with_gnu_ld=no
+fi
+
+ac_prog=ld
+if test "$GCC" = yes; then
+  # Check if gcc -print-prog-name=ld gives a path.
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for ld used by $CC" >&5
+$as_echo_n "checking for ld used by $CC... " >&6; }
+  case $host in
+  *-*-mingw*)
+    # gcc leaves a trailing carriage return which upsets mingw
+    ac_prog=`($CC -print-prog-name=ld) 2>&5 | tr -d '\015'` ;;
+  *)
+    ac_prog=`($CC -print-prog-name=ld) 2>&5` ;;
+  esac
+  case $ac_prog in
+    # Accept absolute paths.
+    [\\/]* | ?:[\\/]*)
+      re_direlt='/[^/][^/]*/\.\./'
+      # Canonicalize the pathname of ld
+      ac_prog=`$ECHO "$ac_prog"| $SED 's%\\\\%/%g'`
+      while $ECHO "$ac_prog" | $GREP "$re_direlt" > /dev/null 2>&1; do
+       ac_prog=`$ECHO $ac_prog| $SED "s%$re_direlt%/%"`
+      done
+      test -z "$LD" && LD="$ac_prog"
+      ;;
+  "")
+    # If it fails, then pretend we aren't using GCC.
+    ac_prog=ld
+    ;;
+  *)
+    # If it is relative, then search for the first ld in PATH.
+    with_gnu_ld=unknown
+    ;;
+  esac
+elif test "$with_gnu_ld" = yes; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for GNU ld" >&5
+$as_echo_n "checking for GNU ld... " >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for non-GNU ld" >&5
+$as_echo_n "checking for non-GNU ld... " >&6; }
+fi
+if test "${lt_cv_path_LD+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -z "$LD"; then
+  lt_save_ifs="$IFS"; IFS=$PATH_SEPARATOR
+  for ac_dir in $PATH; do
+    IFS="$lt_save_ifs"
+    test -z "$ac_dir" && ac_dir=.
+    if test -f "$ac_dir/$ac_prog" || test -f "$ac_dir/$ac_prog$ac_exeext"; then
+      lt_cv_path_LD="$ac_dir/$ac_prog"
+      # Check to see if the program is GNU ld.  I'd rather use --version,
+      # but apparently some variants of GNU ld only accept -v.
+      # Break only if it was the GNU/non-GNU ld that we prefer.
+      case `"$lt_cv_path_LD" -v 2>&1 </dev/null` in
+      *GNU* | *'with BFD'*)
+       test "$with_gnu_ld" != no && break
+       ;;
+      *)
+       test "$with_gnu_ld" != yes && break
+       ;;
+      esac
+    fi
+  done
+  IFS="$lt_save_ifs"
+else
+  lt_cv_path_LD="$LD" # Let the user override the test with a path.
+fi
+fi
+
+LD="$lt_cv_path_LD"
+if test -n "$LD"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $LD" >&5
+$as_echo "$LD" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+test -z "$LD" && { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: no acceptable ld found in \$PATH" >&5
+$as_echo "$as_me: error: no acceptable ld found in \$PATH" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking if the linker ($LD) is GNU ld" >&5
+$as_echo_n "checking if the linker ($LD) is GNU ld... " >&6; }
+if test "${lt_cv_prog_gnu_ld+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  # I'd rather use --version here, but apparently some GNU lds only accept -v.
+case `$LD -v 2>&1 </dev/null` in
+*GNU* | *'with BFD'*)
+  lt_cv_prog_gnu_ld=yes
+  ;;
+*)
+  lt_cv_prog_gnu_ld=no
+  ;;
+esac
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_cv_prog_gnu_ld" >&5
+$as_echo "$lt_cv_prog_gnu_ld" >&6; }
+with_gnu_ld=$lt_cv_prog_gnu_ld
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for BSD- or MS-compatible name lister (nm)" >&5
+$as_echo_n "checking for BSD- or MS-compatible name lister (nm)... " >&6; }
+if test "${lt_cv_path_NM+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$NM"; then
+  # Let the user override the test.
+  lt_cv_path_NM="$NM"
+else
+  lt_nm_to_check="${ac_tool_prefix}nm"
+  if test -n "$ac_tool_prefix" && test "$build" = "$host"; then
+    lt_nm_to_check="$lt_nm_to_check nm"
+  fi
+  for lt_tmp_nm in $lt_nm_to_check; do
+    lt_save_ifs="$IFS"; IFS=$PATH_SEPARATOR
+    for ac_dir in $PATH /usr/ccs/bin/elf /usr/ccs/bin /usr/ucb /bin; do
+      IFS="$lt_save_ifs"
+      test -z "$ac_dir" && ac_dir=.
+      tmp_nm="$ac_dir/$lt_tmp_nm"
+      if test -f "$tmp_nm" || test -f "$tmp_nm$ac_exeext" ; then
+       # Check to see if the nm accepts a BSD-compat flag.
+       # Adding the `sed 1q' prevents false positives on HP-UX, which says:
+       #   nm: unknown option "B" ignored
+       # Tru64's nm complains that /dev/null is an invalid object file
+       case `"$tmp_nm" -B /dev/null 2>&1 | sed '1q'` in
+       */dev/null* | *'Invalid file or object type'*)
+         lt_cv_path_NM="$tmp_nm -B"
+         break
+         ;;
+       *)
+         case `"$tmp_nm" -p /dev/null 2>&1 | sed '1q'` in
+         */dev/null*)
+           lt_cv_path_NM="$tmp_nm -p"
+           break
+           ;;
+         *)
+           lt_cv_path_NM=${lt_cv_path_NM="$tmp_nm"} # keep the first match, but
+           continue # so that we can try to find one that supports BSD flags
+           ;;
+         esac
+         ;;
+       esac
+      fi
+    done
+    IFS="$lt_save_ifs"
+  done
+  : ${lt_cv_path_NM=no}
+fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_cv_path_NM" >&5
+$as_echo "$lt_cv_path_NM" >&6; }
+if test "$lt_cv_path_NM" != "no"; then
+  NM="$lt_cv_path_NM"
+else
+  # Didn't find any BSD compatible name lister, look for dumpbin.
+  if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+  for ac_prog in "dumpbin -symbols" "link -dump -symbols"
+  do
+    # Extract the first word of "$ac_tool_prefix$ac_prog", so it can be a program name with args.
+set dummy $ac_tool_prefix$ac_prog; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_DUMPBIN+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$DUMPBIN"; then
+  ac_cv_prog_DUMPBIN="$DUMPBIN" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_DUMPBIN="$ac_tool_prefix$ac_prog"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+DUMPBIN=$ac_cv_prog_DUMPBIN
+if test -n "$DUMPBIN"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $DUMPBIN" >&5
+$as_echo "$DUMPBIN" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+    test -n "$DUMPBIN" && break
+  done
+fi
+if test -z "$DUMPBIN"; then
+  ac_ct_DUMPBIN=$DUMPBIN
+  for ac_prog in "dumpbin -symbols" "link -dump -symbols"
+do
+  # Extract the first word of "$ac_prog", so it can be a program name with args.
+set dummy $ac_prog; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_ac_ct_DUMPBIN+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$ac_ct_DUMPBIN"; then
+  ac_cv_prog_ac_ct_DUMPBIN="$ac_ct_DUMPBIN" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_ac_ct_DUMPBIN="$ac_prog"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_DUMPBIN=$ac_cv_prog_ac_ct_DUMPBIN
+if test -n "$ac_ct_DUMPBIN"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_ct_DUMPBIN" >&5
+$as_echo "$ac_ct_DUMPBIN" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+  test -n "$ac_ct_DUMPBIN" && break
+done
+
+  if test "x$ac_ct_DUMPBIN" = x; then
+    DUMPBIN=":"
+  else
+    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+    DUMPBIN=$ac_ct_DUMPBIN
+  fi
+fi
+
+
+  if test "$DUMPBIN" != ":"; then
+    NM="$DUMPBIN"
+  fi
+fi
+test -z "$NM" && NM=nm
+
+
+
+
+
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking the name lister ($NM) interface" >&5
+$as_echo_n "checking the name lister ($NM) interface... " >&6; }
+if test "${lt_cv_nm_interface+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  lt_cv_nm_interface="BSD nm"
+  echo "int some_variable = 0;" > conftest.$ac_ext
+  (eval echo "\"\$as_me:5230: $ac_compile\"" >&5)
+  (eval "$ac_compile" 2>conftest.err)
+  cat conftest.err >&5
+  (eval echo "\"\$as_me:5233: $NM \\\"conftest.$ac_objext\\\"\"" >&5)
+  (eval "$NM \"conftest.$ac_objext\"" 2>conftest.err > conftest.out)
+  cat conftest.err >&5
+  (eval echo "\"\$as_me:5236: output\"" >&5)
+  cat conftest.out >&5
+  if $GREP 'External.*some_variable' conftest.out > /dev/null; then
+    lt_cv_nm_interface="MS dumpbin"
+  fi
+  rm -f conftest*
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_cv_nm_interface" >&5
+$as_echo "$lt_cv_nm_interface" >&6; }
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether ln -s works" >&5
+$as_echo_n "checking whether ln -s works... " >&6; }
+LN_S=$as_ln_s
+if test "$LN_S" = "ln -s"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: yes" >&5
+$as_echo "yes" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no, using $LN_S" >&5
+$as_echo "no, using $LN_S" >&6; }
+fi
+
+# find the maximum length of command line arguments
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking the maximum length of command line arguments" >&5
+$as_echo_n "checking the maximum length of command line arguments... " >&6; }
+if test "${lt_cv_sys_max_cmd_len+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+    i=0
+  teststring="ABCD"
+
+  case $build_os in
+  msdosdjgpp*)
+    # On DJGPP, this test can blow up pretty badly due to problems in libc
+    # (any single argument exceeding 2000 bytes causes a buffer overrun
+    # during glob expansion).  Even if it were fixed, the result of this
+    # check would be larger than it should be.
+    lt_cv_sys_max_cmd_len=12288;    # 12K is about right
+    ;;
+
+  gnu*)
+    # Under GNU Hurd, this test is not required because there is
+    # no limit to the length of command line arguments.
+    # Libtool will interpret -1 as no limit whatsoever
+    lt_cv_sys_max_cmd_len=-1;
+    ;;
+
+  cygwin* | mingw* | cegcc*)
+    # On Win9x/ME, this test blows up -- it succeeds, but takes
+    # about 5 minutes as the teststring grows exponentially.
+    # Worse, since 9x/ME are not pre-emptively multitasking,
+    # you end up with a "frozen" computer, even though with patience
+    # the test eventually succeeds (with a max line length of 256k).
+    # Instead, let's just punt: use the minimum linelength reported by
+    # all of the supported platforms: 8192 (on NT/2K/XP).
+    lt_cv_sys_max_cmd_len=8192;
+    ;;
+
+  amigaos*)
+    # On AmigaOS with pdksh, this test takes hours, literally.
+    # So we just punt and use a minimum line length of 8192.
+    lt_cv_sys_max_cmd_len=8192;
+    ;;
+
+  netbsd* | freebsd* | openbsd* | darwin* | dragonfly*)
+    # This has been around since 386BSD, at least.  Likely further.
+    if test -x /sbin/sysctl; then
+      lt_cv_sys_max_cmd_len=`/sbin/sysctl -n kern.argmax`
+    elif test -x /usr/sbin/sysctl; then
+      lt_cv_sys_max_cmd_len=`/usr/sbin/sysctl -n kern.argmax`
+    else
+      lt_cv_sys_max_cmd_len=65536      # usable default for all BSDs
+    fi
+    # And add a safety zone
+    lt_cv_sys_max_cmd_len=`expr $lt_cv_sys_max_cmd_len \/ 4`
+    lt_cv_sys_max_cmd_len=`expr $lt_cv_sys_max_cmd_len \* 3`
+    ;;
+
+  interix*)
+    # We know the value 262144 and hardcode it with a safety zone (like BSD)
+    lt_cv_sys_max_cmd_len=196608
+    ;;
+
+  osf*)
+    # Dr. Hans Ekkehard Plesser reports seeing a kernel panic running configure
+    # due to this test when exec_disable_arg_limit is 1 on Tru64. It is not
+    # nice to cause kernel panics so lets avoid the loop below.
+    # First set a reasonable default.
+    lt_cv_sys_max_cmd_len=16384
+    #
+    if test -x /sbin/sysconfig; then
+      case `/sbin/sysconfig -q proc exec_disable_arg_limit` in
+        *1*) lt_cv_sys_max_cmd_len=-1 ;;
+      esac
+    fi
+    ;;
+  sco3.2v5*)
+    lt_cv_sys_max_cmd_len=102400
+    ;;
+  sysv5* | sco5v6* | sysv4.2uw2*)
+    kargmax=`grep ARG_MAX /etc/conf/cf.d/stune 2>/dev/null`
+    if test -n "$kargmax"; then
+      lt_cv_sys_max_cmd_len=`echo $kargmax | sed 's/.*[         ]//'`
+    else
+      lt_cv_sys_max_cmd_len=32768
+    fi
+    ;;
+  *)
+    lt_cv_sys_max_cmd_len=`(getconf ARG_MAX) 2> /dev/null`
+    if test -n "$lt_cv_sys_max_cmd_len"; then
+      lt_cv_sys_max_cmd_len=`expr $lt_cv_sys_max_cmd_len \/ 4`
+      lt_cv_sys_max_cmd_len=`expr $lt_cv_sys_max_cmd_len \* 3`
+    else
+      # Make teststring a little bigger before we do anything with it.
+      # a 1K string should be a reasonable start.
+      for i in 1 2 3 4 5 6 7 8 ; do
+        teststring=$teststring$teststring
+      done
+      SHELL=${SHELL-${CONFIG_SHELL-/bin/sh}}
+      # If test is not a shell built-in, we'll probably end up computing a
+      # maximum length that is only half of the actual maximum length, but
+      # we can't tell.
+      while { test "X"`$SHELL $0 --fallback-echo "X$teststring$teststring" 2>/dev/null` \
+                = "XX$teststring$teststring"; } >/dev/null 2>&1 &&
+             test $i != 17 # 1/2 MB should be enough
+      do
+        i=`expr $i + 1`
+        teststring=$teststring$teststring
+      done
+      # Only check the string length outside the loop.
+      lt_cv_sys_max_cmd_len=`expr "X$teststring" : ".*" 2>&1`
+      teststring=
+      # Add a significant safety factor because C++ compilers can tack on
+      # massive amounts of additional arguments before passing them to the
+      # linker.  It appears as though 1/2 is a usable value.
+      lt_cv_sys_max_cmd_len=`expr $lt_cv_sys_max_cmd_len \/ 2`
+    fi
+    ;;
+  esac
+
+fi
+
+if test -n $lt_cv_sys_max_cmd_len ; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_cv_sys_max_cmd_len" >&5
+$as_echo "$lt_cv_sys_max_cmd_len" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: none" >&5
+$as_echo "none" >&6; }
+fi
+max_cmd_len=$lt_cv_sys_max_cmd_len
+
+
+
+
+
+
+: ${CP="cp -f"}
+: ${MV="mv -f"}
+: ${RM="rm -f"}
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether the shell understands some XSI constructs" >&5
+$as_echo_n "checking whether the shell understands some XSI constructs... " >&6; }
+# Try some XSI features
+xsi_shell=no
+( _lt_dummy="a/b/c"
+  test "${_lt_dummy##*/},${_lt_dummy%/*},"${_lt_dummy%"$_lt_dummy"}, \
+      = c,a/b,, \
+    && eval 'test $(( 1 + 1 )) -eq 2 \
+    && test "${#_lt_dummy}" -eq 5' ) >/dev/null 2>&1 \
+  && xsi_shell=yes
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $xsi_shell" >&5
+$as_echo "$xsi_shell" >&6; }
+
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether the shell understands \"+=\"" >&5
+$as_echo_n "checking whether the shell understands \"+=\"... " >&6; }
+lt_shell_append=no
+( foo=bar; set foo baz; eval "$1+=\$2" && test "$foo" = barbaz ) \
+    >/dev/null 2>&1 \
+  && lt_shell_append=yes
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_shell_append" >&5
+$as_echo "$lt_shell_append" >&6; }
+
+
+if ( (MAIL=60; unset MAIL) || exit) >/dev/null 2>&1; then
+  lt_unset=unset
+else
+  lt_unset=false
+fi
+
+
+
+
+
+# test EBCDIC or ASCII
+case `echo X|tr X '\101'` in
+ A) # ASCII based system
+    # \n is not interpreted correctly by Solaris 8 /usr/ucb/tr
+  lt_SP2NL='tr \040 \012'
+  lt_NL2SP='tr \015\012 \040\040'
+  ;;
+ *) # EBCDIC based system
+  lt_SP2NL='tr \100 \n'
+  lt_NL2SP='tr \r\n \100\100'
+  ;;
+esac
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $LD option to reload object files" >&5
+$as_echo_n "checking for $LD option to reload object files... " >&6; }
+if test "${lt_cv_ld_reload_flag+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  lt_cv_ld_reload_flag='-r'
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_cv_ld_reload_flag" >&5
+$as_echo "$lt_cv_ld_reload_flag" >&6; }
+reload_flag=$lt_cv_ld_reload_flag
+case $reload_flag in
+"" | " "*) ;;
+*) reload_flag=" $reload_flag" ;;
+esac
+reload_cmds='$LD$reload_flag -o $output$reload_objs'
+case $host_os in
+  darwin*)
+    if test "$GCC" = yes; then
+      reload_cmds='$LTCC $LTCFLAGS -nostdlib ${wl}-r -o $output$reload_objs'
+    else
+      reload_cmds='$LD$reload_flag -o $output$reload_objs'
+    fi
+    ;;
+esac
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+  # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}objdump", so it can be a program name with args.
+set dummy ${ac_tool_prefix}objdump; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_OBJDUMP+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$OBJDUMP"; then
+  ac_cv_prog_OBJDUMP="$OBJDUMP" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_OBJDUMP="${ac_tool_prefix}objdump"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+OBJDUMP=$ac_cv_prog_OBJDUMP
+if test -n "$OBJDUMP"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $OBJDUMP" >&5
+$as_echo "$OBJDUMP" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+fi
+if test -z "$ac_cv_prog_OBJDUMP"; then
+  ac_ct_OBJDUMP=$OBJDUMP
+  # Extract the first word of "objdump", so it can be a program name with args.
+set dummy objdump; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_ac_ct_OBJDUMP+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$ac_ct_OBJDUMP"; then
+  ac_cv_prog_ac_ct_OBJDUMP="$ac_ct_OBJDUMP" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_ac_ct_OBJDUMP="objdump"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_OBJDUMP=$ac_cv_prog_ac_ct_OBJDUMP
+if test -n "$ac_ct_OBJDUMP"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_ct_OBJDUMP" >&5
+$as_echo "$ac_ct_OBJDUMP" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+  if test "x$ac_ct_OBJDUMP" = x; then
+    OBJDUMP="false"
+  else
+    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+    OBJDUMP=$ac_ct_OBJDUMP
+  fi
+else
+  OBJDUMP="$ac_cv_prog_OBJDUMP"
+fi
+
+test -z "$OBJDUMP" && OBJDUMP=objdump
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking how to recognize dependent libraries" >&5
+$as_echo_n "checking how to recognize dependent libraries... " >&6; }
+if test "${lt_cv_deplibs_check_method+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  lt_cv_file_magic_cmd='$MAGIC_CMD'
+lt_cv_file_magic_test_file=
+lt_cv_deplibs_check_method='unknown'
+# Need to set the preceding variable on all platforms that support
+# interlibrary dependencies.
+# 'none' -- dependencies not supported.
+# `unknown' -- same as none, but documents that we really don't know.
+# 'pass_all' -- all dependencies passed with no checks.
+# 'test_compile' -- check by making test program.
+# 'file_magic [[regex]]' -- check by looking for files in library path
+# which responds to the $file_magic_cmd with a given extended regex.
+# If you have `file' or equivalent on your system and you're not sure
+# whether `pass_all' will *always* work, you probably want this one.
+
+case $host_os in
+aix[4-9]*)
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+
+beos*)
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+
+bsdi[45]*)
+  lt_cv_deplibs_check_method='file_magic ELF [0-9][0-9]*-bit [ML]SB (shared object|dynamic lib)'
+  lt_cv_file_magic_cmd='/usr/bin/file -L'
+  lt_cv_file_magic_test_file=/shlib/libc.so
+  ;;
+
+cygwin*)
+  # func_win32_libid is a shell function defined in ltmain.sh
+  lt_cv_deplibs_check_method='file_magic ^x86 archive import|^x86 DLL'
+  lt_cv_file_magic_cmd='func_win32_libid'
+  ;;
+
+mingw* | pw32*)
+  # Base MSYS/MinGW do not provide the 'file' command needed by
+  # func_win32_libid shell function, so use a weaker test based on 'objdump',
+  # unless we find 'file', for example because we are cross-compiling.
+  if ( file / ) >/dev/null 2>&1; then
+    lt_cv_deplibs_check_method='file_magic ^x86 archive import|^x86 DLL'
+    lt_cv_file_magic_cmd='func_win32_libid'
+  else
+    lt_cv_deplibs_check_method='file_magic file format pei*-i386(.*architecture: i386)?'
+    lt_cv_file_magic_cmd='$OBJDUMP -f'
+  fi
+  ;;
+
+cegcc)
+  # use the weaker test based on 'objdump'. See mingw*.
+  lt_cv_deplibs_check_method='file_magic file format pe-arm-.*little(.*architecture: arm)?'
+  lt_cv_file_magic_cmd='$OBJDUMP -f'
+  ;;
+
+darwin* | rhapsody*)
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+
+freebsd* | dragonfly*)
+  if echo __ELF__ | $CC -E - | $GREP __ELF__ > /dev/null; then
+    case $host_cpu in
+    i*86 )
+      # Not sure whether the presence of OpenBSD here was a mistake.
+      # Let's accept both of them until this is cleared up.
+      lt_cv_deplibs_check_method='file_magic (FreeBSD|OpenBSD|DragonFly)/i[3-9]86 (compact )?demand paged shared library'
+      lt_cv_file_magic_cmd=/usr/bin/file
+      lt_cv_file_magic_test_file=`echo /usr/lib/libc.so.*`
+      ;;
+    esac
+  else
+    lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  fi
+  ;;
+
+gnu*)
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+
+hpux10.20* | hpux11*)
+  lt_cv_file_magic_cmd=/usr/bin/file
+  case $host_cpu in
+  ia64*)
+    lt_cv_deplibs_check_method='file_magic (s[0-9][0-9][0-9]|ELF-[0-9][0-9]) shared object file - IA64'
+    lt_cv_file_magic_test_file=/usr/lib/hpux32/libc.so
+    ;;
+  hppa*64*)
+    lt_cv_deplibs_check_method='file_magic (s[0-9][0-9][0-9]|ELF-[0-9][0-9]) shared object file - PA-RISC [0-9].[0-9]'
+    lt_cv_file_magic_test_file=/usr/lib/pa20_64/libc.sl
+    ;;
+  *)
+    lt_cv_deplibs_check_method='file_magic (s[0-9][0-9][0-9]|PA-RISC[0-9].[0-9]) shared library'
+    lt_cv_file_magic_test_file=/usr/lib/libc.sl
+    ;;
+  esac
+  ;;
+
+interix[3-9]*)
+  # PIC code is broken on Interix 3.x, that's why |\.a not |_pic\.a here
+  lt_cv_deplibs_check_method='match_pattern /lib[^/]+(\.so|\.a)$'
+  ;;
+
+irix5* | irix6* | nonstopux*)
+  case $LD in
+  *-32|*"-32 ") libmagic=32-bit;;
+  *-n32|*"-n32 ") libmagic=N32;;
+  *-64|*"-64 ") libmagic=64-bit;;
+  *) libmagic=never-match;;
+  esac
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+
+# This must be Linux ELF.
+linux* | k*bsd*-gnu)
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+
+netbsd* | netbsdelf*-gnu)
+  if echo __ELF__ | $CC -E - | $GREP __ELF__ > /dev/null; then
+    lt_cv_deplibs_check_method='match_pattern /lib[^/]+(\.so\.[0-9]+\.[0-9]+|_pic\.a)$'
+  else
+    lt_cv_deplibs_check_method='match_pattern /lib[^/]+(\.so|_pic\.a)$'
+  fi
+  ;;
+
+newos6*)
+  lt_cv_deplibs_check_method='file_magic ELF [0-9][0-9]*-bit [ML]SB (executable|dynamic lib)'
+  lt_cv_file_magic_cmd=/usr/bin/file
+  lt_cv_file_magic_test_file=/usr/lib/libnls.so
+  ;;
+
+*nto* | *qnx*)
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+
+openbsd*)
+  if test -z "`echo __ELF__ | $CC -E - | $GREP __ELF__`" || test "$host_os-$host_cpu" = "openbsd2.8-powerpc"; then
+    lt_cv_deplibs_check_method='match_pattern /lib[^/]+(\.so\.[0-9]+\.[0-9]+|\.so|_pic\.a)$'
+  else
+    lt_cv_deplibs_check_method='match_pattern /lib[^/]+(\.so\.[0-9]+\.[0-9]+|_pic\.a)$'
+  fi
+  ;;
+
+osf3* | osf4* | osf5*)
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+
+rdos*)
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+
+solaris*)
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+
+sysv5* | sco3.2v5* | sco5v6* | unixware* | OpenUNIX* | sysv4*uw2*)
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+
+sysv4 | sysv4.3*)
+  case $host_vendor in
+  motorola)
+    lt_cv_deplibs_check_method='file_magic ELF [0-9][0-9]*-bit [ML]SB (shared object|dynamic lib) M[0-9][0-9]* Version [0-9]'
+    lt_cv_file_magic_test_file=`echo /usr/lib/libc.so*`
+    ;;
+  ncr)
+    lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+    ;;
+  sequent)
+    lt_cv_file_magic_cmd='/bin/file'
+    lt_cv_deplibs_check_method='file_magic ELF [0-9][0-9]*-bit [LM]SB (shared object|dynamic lib )'
+    ;;
+  sni)
+    lt_cv_file_magic_cmd='/bin/file'
+    lt_cv_deplibs_check_method="file_magic ELF [0-9][0-9]*-bit [LM]SB dynamic lib"
+    lt_cv_file_magic_test_file=/lib/libc.so
+    ;;
+  siemens)
+    lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+    ;;
+  pc)
+    lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+    ;;
+  esac
+  ;;
+
+tpf*)
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+esac
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_cv_deplibs_check_method" >&5
+$as_echo "$lt_cv_deplibs_check_method" >&6; }
+file_magic_cmd=$lt_cv_file_magic_cmd
+deplibs_check_method=$lt_cv_deplibs_check_method
+test -z "$deplibs_check_method" && deplibs_check_method=unknown
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+  # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}ar", so it can be a program name with args.
+set dummy ${ac_tool_prefix}ar; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_AR+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$AR"; then
+  ac_cv_prog_AR="$AR" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_AR="${ac_tool_prefix}ar"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+AR=$ac_cv_prog_AR
+if test -n "$AR"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $AR" >&5
+$as_echo "$AR" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+fi
+if test -z "$ac_cv_prog_AR"; then
+  ac_ct_AR=$AR
+  # Extract the first word of "ar", so it can be a program name with args.
+set dummy ar; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_ac_ct_AR+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$ac_ct_AR"; then
+  ac_cv_prog_ac_ct_AR="$ac_ct_AR" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_ac_ct_AR="ar"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_AR=$ac_cv_prog_ac_ct_AR
+if test -n "$ac_ct_AR"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_ct_AR" >&5
+$as_echo "$ac_ct_AR" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+  if test "x$ac_ct_AR" = x; then
+    AR="false"
+  else
+    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+    AR=$ac_ct_AR
+  fi
+else
+  AR="$ac_cv_prog_AR"
+fi
+
+test -z "$AR" && AR=ar
+test -z "$AR_FLAGS" && AR_FLAGS=cru
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+  # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}strip", so it can be a program name with args.
+set dummy ${ac_tool_prefix}strip; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_STRIP+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$STRIP"; then
+  ac_cv_prog_STRIP="$STRIP" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_STRIP="${ac_tool_prefix}strip"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+STRIP=$ac_cv_prog_STRIP
+if test -n "$STRIP"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $STRIP" >&5
+$as_echo "$STRIP" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+fi
+if test -z "$ac_cv_prog_STRIP"; then
+  ac_ct_STRIP=$STRIP
+  # Extract the first word of "strip", so it can be a program name with args.
+set dummy strip; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_ac_ct_STRIP+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$ac_ct_STRIP"; then
+  ac_cv_prog_ac_ct_STRIP="$ac_ct_STRIP" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_ac_ct_STRIP="strip"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_STRIP=$ac_cv_prog_ac_ct_STRIP
+if test -n "$ac_ct_STRIP"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_ct_STRIP" >&5
+$as_echo "$ac_ct_STRIP" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+  if test "x$ac_ct_STRIP" = x; then
+    STRIP=":"
+  else
+    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+    STRIP=$ac_ct_STRIP
+  fi
+else
+  STRIP="$ac_cv_prog_STRIP"
+fi
+
+test -z "$STRIP" && STRIP=:
+
+
+
+
+
+
+if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+  # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}ranlib", so it can be a program name with args.
+set dummy ${ac_tool_prefix}ranlib; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_RANLIB+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$RANLIB"; then
+  ac_cv_prog_RANLIB="$RANLIB" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_RANLIB="${ac_tool_prefix}ranlib"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+RANLIB=$ac_cv_prog_RANLIB
+if test -n "$RANLIB"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $RANLIB" >&5
+$as_echo "$RANLIB" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+fi
+if test -z "$ac_cv_prog_RANLIB"; then
+  ac_ct_RANLIB=$RANLIB
+  # Extract the first word of "ranlib", so it can be a program name with args.
+set dummy ranlib; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_ac_ct_RANLIB+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$ac_ct_RANLIB"; then
+  ac_cv_prog_ac_ct_RANLIB="$ac_ct_RANLIB" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_ac_ct_RANLIB="ranlib"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_RANLIB=$ac_cv_prog_ac_ct_RANLIB
+if test -n "$ac_ct_RANLIB"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_ct_RANLIB" >&5
+$as_echo "$ac_ct_RANLIB" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+  if test "x$ac_ct_RANLIB" = x; then
+    RANLIB=":"
+  else
+    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+    RANLIB=$ac_ct_RANLIB
+  fi
+else
+  RANLIB="$ac_cv_prog_RANLIB"
+fi
+
+test -z "$RANLIB" && RANLIB=:
+
+
+
+
+
+
+# Determine commands to create old-style static archives.
+old_archive_cmds='$AR $AR_FLAGS $oldlib$oldobjs'
+old_postinstall_cmds='chmod 644 $oldlib'
+old_postuninstall_cmds=
+
+if test -n "$RANLIB"; then
+  case $host_os in
+  openbsd*)
+    old_postinstall_cmds="$old_postinstall_cmds~\$RANLIB -t \$oldlib"
+    ;;
+  *)
+    old_postinstall_cmds="$old_postinstall_cmds~\$RANLIB \$oldlib"
+    ;;
+  esac
+  old_archive_cmds="$old_archive_cmds~\$RANLIB \$oldlib"
+fi
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+# If no C compiler was specified, use CC.
+LTCC=${LTCC-"$CC"}
+
+# If no C compiler flags were specified, use CFLAGS.
+LTCFLAGS=${LTCFLAGS-"$CFLAGS"}
+
+# Allow CC to be a program name with arguments.
+compiler=$CC
+
+
+# Check for command to grab the raw symbol name followed by C symbol from nm.
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking command to parse $NM output from $compiler object" >&5
+$as_echo_n "checking command to parse $NM output from $compiler object... " >&6; }
+if test "${lt_cv_sys_global_symbol_pipe+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+
+# These are sane defaults that work on at least a few old systems.
+# [They come from Ultrix.  What could be older than Ultrix?!! ;)]
+
+# Character class describing NM global symbol codes.
+symcode='[BCDEGRST]'
+
+# Regexp to match symbols that can be accessed directly from C.
+sympat='\([_A-Za-z][_A-Za-z0-9]*\)'
+
+# Define system-specific variables.
+case $host_os in
+aix*)
+  symcode='[BCDT]'
+  ;;
+cygwin* | mingw* | pw32* | cegcc*)
+  symcode='[ABCDGISTW]'
+  ;;
+hpux*)
+  if test "$host_cpu" = ia64; then
+    symcode='[ABCDEGRST]'
+  fi
+  ;;
+irix* | nonstopux*)
+  symcode='[BCDEGRST]'
+  ;;
+osf*)
+  symcode='[BCDEGQRST]'
+  ;;
+solaris*)
+  symcode='[BDRT]'
+  ;;
+sco3.2v5*)
+  symcode='[DT]'
+  ;;
+sysv4.2uw2*)
+  symcode='[DT]'
+  ;;
+sysv5* | sco5v6* | unixware* | OpenUNIX*)
+  symcode='[ABDT]'
+  ;;
+sysv4)
+  symcode='[DFNSTU]'
+  ;;
+esac
+
+# If we're using GNU nm, then use its standard symbol codes.
+case `$NM -V 2>&1` in
+*GNU* | *'with BFD'*)
+  symcode='[ABCDGIRSTW]' ;;
+esac
+
+# Transform an extracted symbol line into a proper C declaration.
+# Some systems (esp. on ia64) link data and code symbols differently,
+# so use this general approach.
+lt_cv_sys_global_symbol_to_cdecl="sed -n -e 's/^T .* \(.*\)$/extern int \1();/p' -e 's/^$symcode* .* \(.*\)$/extern char \1;/p'"
+
+# Transform an extracted symbol line into symbol name and symbol address
+lt_cv_sys_global_symbol_to_c_name_address="sed -n -e 's/^: \([^ ]*\) $/  {\\\"\1\\\", (void *) 0},/p' -e 's/^$symcode* \([^ ]*\) \([^ ]*\)$/  {\"\2\", (void *) \&\2},/p'"
+lt_cv_sys_global_symbol_to_c_name_address_lib_prefix="sed -n -e 's/^: \([^ ]*\) $/  {\\\"\1\\\", (void *) 0},/p' -e 's/^$symcode* \([^ ]*\) \(lib[^ ]*\)$/  {\"\2\", (void *) \&\2},/p' -e 's/^$symcode* \([^ ]*\) \([^ ]*\)$/  {\"lib\2\", (void *) \&\2},/p'"
+
+# Handle CRLF in mingw tool chain
+opt_cr=
+case $build_os in
+mingw*)
+  opt_cr=`$ECHO 'x\{0,1\}' | tr x '\015'` # option cr in regexp
+  ;;
+esac
+
+# Try without a prefix underscore, then with it.
+for ac_symprfx in "" "_"; do
+
+  # Transform symcode, sympat, and symprfx into a raw symbol and a C symbol.
+  symxfrm="\\1 $ac_symprfx\\2 \\2"
+
+  # Write the raw and C identifiers.
+  if test "$lt_cv_nm_interface" = "MS dumpbin"; then
+    # Fake it for dumpbin and say T for any non-static function
+    # and D for any global variable.
+    # Also find C++ and __fastcall symbols from MSVC++,
+    # which start with @ or ?.
+    lt_cv_sys_global_symbol_pipe="$AWK '"\
+"     {last_section=section; section=\$ 3};"\
+"     /Section length .*#relocs.*(pick any)/{hide[last_section]=1};"\
+"     \$ 0!~/External *\|/{next};"\
+"     / 0+ UNDEF /{next}; / UNDEF \([^|]\)*()/{next};"\
+"     {if(hide[section]) next};"\
+"     {f=0}; \$ 0~/\(\).*\|/{f=1}; {printf f ? \"T \" : \"D \"};"\
+"     {split(\$ 0, a, /\||\r/); split(a[2], s)};"\
+"     s[1]~/^[@?]/{print s[1], s[1]; next};"\
+"     s[1]~prfx {split(s[1],t,\"@\"); print t[1], substr(t[1],length(prfx))}"\
+"     ' prfx=^$ac_symprfx"
+  else
+    lt_cv_sys_global_symbol_pipe="sed -n -e 's/^.*[     ]\($symcode$symcode*\)[         ][      ]*$ac_symprfx$sympat$opt_cr$/$symxfrm/p'"
+  fi
+
+  # Check to see that the pipe works correctly.
+  pipe_works=no
+
+  rm -f conftest*
+  cat > conftest.$ac_ext <<_LT_EOF
+#ifdef __cplusplus
+extern "C" {
+#endif
+char nm_test_var;
+void nm_test_func(void);
+void nm_test_func(void){}
+#ifdef __cplusplus
+}
+#endif
+int main(){nm_test_var='a';nm_test_func();return(0);}
+_LT_EOF
+
+  if { (eval echo "$as_me:$LINENO: \"$ac_compile\"") >&5
+  (eval $ac_compile) 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }; then
+    # Now try to grab the symbols.
+    nlist=conftest.nm
+    if { (eval echo "$as_me:$LINENO: \"$NM conftest.$ac_objext \| $lt_cv_sys_global_symbol_pipe \> $nlist\"") >&5
+  (eval $NM conftest.$ac_objext \| $lt_cv_sys_global_symbol_pipe \> $nlist) 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && test -s "$nlist"; then
+      # Try sorting and uniquifying the output.
+      if sort "$nlist" | uniq > "$nlist"T; then
+       mv -f "$nlist"T "$nlist"
+      else
+       rm -f "$nlist"T
+      fi
+
+      # Make sure that we snagged all the symbols we need.
+      if $GREP ' nm_test_var$' "$nlist" >/dev/null; then
+       if $GREP ' nm_test_func$' "$nlist" >/dev/null; then
+         cat <<_LT_EOF > conftest.$ac_ext
+#ifdef __cplusplus
+extern "C" {
+#endif
+
+_LT_EOF
+         # Now generate the symbol file.
+         eval "$lt_cv_sys_global_symbol_to_cdecl"' < "$nlist" | $GREP -v main >> conftest.$ac_ext'
+
+         cat <<_LT_EOF >> conftest.$ac_ext
+
+/* The mapping between symbol names and symbols.  */
+const struct {
+  const char *name;
+  void       *address;
+}
+lt__PROGRAM__LTX_preloaded_symbols[] =
+{
+  { "@PROGRAM@", (void *) 0 },
+_LT_EOF
+         $SED "s/^$symcode$symcode* \(.*\) \(.*\)$/  {\"\2\", (void *) \&\2},/" < "$nlist" | $GREP -v main >> conftest.$ac_ext
+         cat <<\_LT_EOF >> conftest.$ac_ext
+  {0, (void *) 0}
+};
+
+/* This works around a problem in FreeBSD linker */
+#ifdef FREEBSD_WORKAROUND
+static const void *lt_preloaded_setup() {
+  return lt__PROGRAM__LTX_preloaded_symbols;
+}
+#endif
+
+#ifdef __cplusplus
+}
+#endif
+_LT_EOF
+         # Now try linking the two files.
+         mv conftest.$ac_objext conftstm.$ac_objext
+         lt_save_LIBS="$LIBS"
+         lt_save_CFLAGS="$CFLAGS"
+         LIBS="conftstm.$ac_objext"
+         CFLAGS="$CFLAGS$lt_prog_compiler_no_builtin_flag"
+         if { (eval echo "$as_me:$LINENO: \"$ac_link\"") >&5
+  (eval $ac_link) 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && test -s conftest${ac_exeext}; then
+           pipe_works=yes
+         fi
+         LIBS="$lt_save_LIBS"
+         CFLAGS="$lt_save_CFLAGS"
+       else
+         echo "cannot find nm_test_func in $nlist" >&5
+       fi
+      else
+       echo "cannot find nm_test_var in $nlist" >&5
+      fi
+    else
+      echo "cannot run $lt_cv_sys_global_symbol_pipe" >&5
+    fi
+  else
+    echo "$progname: failed program was:" >&5
+    cat conftest.$ac_ext >&5
+  fi
+  rm -rf conftest* conftst*
+
+  # Do not use the global_symbol_pipe unless it works.
+  if test "$pipe_works" = yes; then
+    break
+  else
+    lt_cv_sys_global_symbol_pipe=
+  fi
+done
+
+fi
+
+if test -z "$lt_cv_sys_global_symbol_pipe"; then
+  lt_cv_sys_global_symbol_to_cdecl=
+fi
+if test -z "$lt_cv_sys_global_symbol_pipe$lt_cv_sys_global_symbol_to_cdecl"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: failed" >&5
+$as_echo "failed" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: ok" >&5
+$as_echo "ok" >&6; }
+fi
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+# Check whether --enable-libtool-lock was given.
+if test "${enable_libtool_lock+set}" = set; then
+  enableval=$enable_libtool_lock;
+fi
+
+test "x$enable_libtool_lock" != xno && enable_libtool_lock=yes
+
+# Some flags need to be propagated to the compiler or linker for good
+# libtool support.
+case $host in
+ia64-*-hpux*)
+  # Find out which ABI we are using.
+  echo 'int i;' > conftest.$ac_ext
+  if { (eval echo "$as_me:$LINENO: \"$ac_compile\"") >&5
+  (eval $ac_compile) 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }; then
+    case `/usr/bin/file conftest.$ac_objext` in
+      *ELF-32*)
+       HPUX_IA64_MODE="32"
+       ;;
+      *ELF-64*)
+       HPUX_IA64_MODE="64"
+       ;;
+    esac
+  fi
+  rm -rf conftest*
+  ;;
+*-*-irix6*)
+  # Find out which ABI we are using.
+  echo '#line 6441 "configure"' > conftest.$ac_ext
+  if { (eval echo "$as_me:$LINENO: \"$ac_compile\"") >&5
+  (eval $ac_compile) 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }; then
+    if test "$lt_cv_prog_gnu_ld" = yes; then
+      case `/usr/bin/file conftest.$ac_objext` in
+       *32-bit*)
+         LD="${LD-ld} -melf32bsmip"
+         ;;
+       *N32*)
+         LD="${LD-ld} -melf32bmipn32"
+         ;;
+       *64-bit*)
+         LD="${LD-ld} -melf64bmip"
+       ;;
+      esac
+    else
+      case `/usr/bin/file conftest.$ac_objext` in
+       *32-bit*)
+         LD="${LD-ld} -32"
+         ;;
+       *N32*)
+         LD="${LD-ld} -n32"
+         ;;
+       *64-bit*)
+         LD="${LD-ld} -64"
+         ;;
+      esac
+    fi
+  fi
+  rm -rf conftest*
+  ;;
+
+x86_64-*kfreebsd*-gnu|x86_64-*linux*|ppc*-*linux*|powerpc*-*linux*| \
+s390*-*linux*|s390*-*tpf*|sparc*-*linux*)
+  # Find out which ABI we are using.
+  echo 'int i;' > conftest.$ac_ext
+  if { (eval echo "$as_me:$LINENO: \"$ac_compile\"") >&5
+  (eval $ac_compile) 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }; then
+    case `/usr/bin/file conftest.o` in
+      *32-bit*)
+       case $host in
+         x86_64-*kfreebsd*-gnu)
+           LD="${LD-ld} -m elf_i386_fbsd"
+           ;;
+         x86_64-*linux*)
+           LD="${LD-ld} -m elf_i386"
+           ;;
+         ppc64-*linux*|powerpc64-*linux*)
+           LD="${LD-ld} -m elf32ppclinux"
+           ;;
+         s390x-*linux*)
+           LD="${LD-ld} -m elf_s390"
+           ;;
+         sparc64-*linux*)
+           LD="${LD-ld} -m elf32_sparc"
+           ;;
+       esac
+       ;;
+      *64-bit*)
+       case $host in
+         x86_64-*kfreebsd*-gnu)
+           LD="${LD-ld} -m elf_x86_64_fbsd"
+           ;;
+         x86_64-*linux*)
+           LD="${LD-ld} -m elf_x86_64"
+           ;;
+         ppc*-*linux*|powerpc*-*linux*)
+           LD="${LD-ld} -m elf64ppc"
+           ;;
+         s390*-*linux*|s390*-*tpf*)
+           LD="${LD-ld} -m elf64_s390"
+           ;;
+         sparc*-*linux*)
+           LD="${LD-ld} -m elf64_sparc"
+           ;;
+       esac
+       ;;
+    esac
+  fi
+  rm -rf conftest*
+  ;;
+
+*-*-sco3.2v5*)
+  # On SCO OpenServer 5, we need -belf to get full-featured binaries.
+  SAVE_CFLAGS="$CFLAGS"
+  CFLAGS="$CFLAGS -belf"
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether the C compiler needs -belf" >&5
+$as_echo_n "checking whether the C compiler needs -belf... " >&6; }
+if test "${lt_cv_cc_needs_belf+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+
+     cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+  lt_cv_cc_needs_belf=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       lt_cv_cc_needs_belf=no
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+     ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_cv_cc_needs_belf" >&5
+$as_echo "$lt_cv_cc_needs_belf" >&6; }
+  if test x"$lt_cv_cc_needs_belf" != x"yes"; then
+    # this is probably gcc 2.8.0, egcs 1.0 or newer; no need for -belf
+    CFLAGS="$SAVE_CFLAGS"
+  fi
+  ;;
+sparc*-*solaris*)
+  # Find out which ABI we are using.
+  echo 'int i;' > conftest.$ac_ext
+  if { (eval echo "$as_me:$LINENO: \"$ac_compile\"") >&5
+  (eval $ac_compile) 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }; then
+    case `/usr/bin/file conftest.o` in
+    *64-bit*)
+      case $lt_cv_prog_gnu_ld in
+      yes*) LD="${LD-ld} -m elf64_sparc" ;;
+      *)
+       if ${LD-ld} -64 -r -o conftest2.o conftest.o >/dev/null 2>&1; then
+         LD="${LD-ld} -64"
+       fi
+       ;;
+      esac
+      ;;
+    esac
+  fi
+  rm -rf conftest*
+  ;;
+esac
+
+need_locks="$enable_libtool_lock"
+
+
+  case $host_os in
+    rhapsody* | darwin*)
+    if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+  # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}dsymutil", so it can be a program name with args.
+set dummy ${ac_tool_prefix}dsymutil; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_DSYMUTIL+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$DSYMUTIL"; then
+  ac_cv_prog_DSYMUTIL="$DSYMUTIL" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_DSYMUTIL="${ac_tool_prefix}dsymutil"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+DSYMUTIL=$ac_cv_prog_DSYMUTIL
+if test -n "$DSYMUTIL"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $DSYMUTIL" >&5
+$as_echo "$DSYMUTIL" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+fi
+if test -z "$ac_cv_prog_DSYMUTIL"; then
+  ac_ct_DSYMUTIL=$DSYMUTIL
+  # Extract the first word of "dsymutil", so it can be a program name with args.
+set dummy dsymutil; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_ac_ct_DSYMUTIL+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$ac_ct_DSYMUTIL"; then
+  ac_cv_prog_ac_ct_DSYMUTIL="$ac_ct_DSYMUTIL" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_ac_ct_DSYMUTIL="dsymutil"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_DSYMUTIL=$ac_cv_prog_ac_ct_DSYMUTIL
+if test -n "$ac_ct_DSYMUTIL"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_ct_DSYMUTIL" >&5
+$as_echo "$ac_ct_DSYMUTIL" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+  if test "x$ac_ct_DSYMUTIL" = x; then
+    DSYMUTIL=":"
+  else
+    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+    DSYMUTIL=$ac_ct_DSYMUTIL
+  fi
+else
+  DSYMUTIL="$ac_cv_prog_DSYMUTIL"
+fi
+
+    if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+  # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}nmedit", so it can be a program name with args.
+set dummy ${ac_tool_prefix}nmedit; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_NMEDIT+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$NMEDIT"; then
+  ac_cv_prog_NMEDIT="$NMEDIT" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_NMEDIT="${ac_tool_prefix}nmedit"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+NMEDIT=$ac_cv_prog_NMEDIT
+if test -n "$NMEDIT"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $NMEDIT" >&5
+$as_echo "$NMEDIT" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+fi
+if test -z "$ac_cv_prog_NMEDIT"; then
+  ac_ct_NMEDIT=$NMEDIT
+  # Extract the first word of "nmedit", so it can be a program name with args.
+set dummy nmedit; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_ac_ct_NMEDIT+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$ac_ct_NMEDIT"; then
+  ac_cv_prog_ac_ct_NMEDIT="$ac_ct_NMEDIT" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_ac_ct_NMEDIT="nmedit"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_NMEDIT=$ac_cv_prog_ac_ct_NMEDIT
+if test -n "$ac_ct_NMEDIT"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_ct_NMEDIT" >&5
+$as_echo "$ac_ct_NMEDIT" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+  if test "x$ac_ct_NMEDIT" = x; then
+    NMEDIT=":"
+  else
+    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+    NMEDIT=$ac_ct_NMEDIT
+  fi
+else
+  NMEDIT="$ac_cv_prog_NMEDIT"
+fi
+
+    if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+  # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}lipo", so it can be a program name with args.
+set dummy ${ac_tool_prefix}lipo; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_LIPO+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$LIPO"; then
+  ac_cv_prog_LIPO="$LIPO" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_LIPO="${ac_tool_prefix}lipo"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+LIPO=$ac_cv_prog_LIPO
+if test -n "$LIPO"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $LIPO" >&5
+$as_echo "$LIPO" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+fi
+if test -z "$ac_cv_prog_LIPO"; then
+  ac_ct_LIPO=$LIPO
+  # Extract the first word of "lipo", so it can be a program name with args.
+set dummy lipo; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_ac_ct_LIPO+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$ac_ct_LIPO"; then
+  ac_cv_prog_ac_ct_LIPO="$ac_ct_LIPO" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_ac_ct_LIPO="lipo"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_LIPO=$ac_cv_prog_ac_ct_LIPO
+if test -n "$ac_ct_LIPO"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_ct_LIPO" >&5
+$as_echo "$ac_ct_LIPO" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+  if test "x$ac_ct_LIPO" = x; then
+    LIPO=":"
+  else
+    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+    LIPO=$ac_ct_LIPO
+  fi
+else
+  LIPO="$ac_cv_prog_LIPO"
+fi
+
+    if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+  # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}otool", so it can be a program name with args.
+set dummy ${ac_tool_prefix}otool; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_OTOOL+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$OTOOL"; then
+  ac_cv_prog_OTOOL="$OTOOL" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_OTOOL="${ac_tool_prefix}otool"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+OTOOL=$ac_cv_prog_OTOOL
+if test -n "$OTOOL"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $OTOOL" >&5
+$as_echo "$OTOOL" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+fi
+if test -z "$ac_cv_prog_OTOOL"; then
+  ac_ct_OTOOL=$OTOOL
+  # Extract the first word of "otool", so it can be a program name with args.
+set dummy otool; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_ac_ct_OTOOL+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$ac_ct_OTOOL"; then
+  ac_cv_prog_ac_ct_OTOOL="$ac_ct_OTOOL" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_ac_ct_OTOOL="otool"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_OTOOL=$ac_cv_prog_ac_ct_OTOOL
+if test -n "$ac_ct_OTOOL"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_ct_OTOOL" >&5
+$as_echo "$ac_ct_OTOOL" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+  if test "x$ac_ct_OTOOL" = x; then
+    OTOOL=":"
+  else
+    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+    OTOOL=$ac_ct_OTOOL
+  fi
+else
+  OTOOL="$ac_cv_prog_OTOOL"
+fi
+
+    if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+  # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}otool64", so it can be a program name with args.
+set dummy ${ac_tool_prefix}otool64; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_OTOOL64+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$OTOOL64"; then
+  ac_cv_prog_OTOOL64="$OTOOL64" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_OTOOL64="${ac_tool_prefix}otool64"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+OTOOL64=$ac_cv_prog_OTOOL64
+if test -n "$OTOOL64"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $OTOOL64" >&5
+$as_echo "$OTOOL64" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+fi
+if test -z "$ac_cv_prog_OTOOL64"; then
+  ac_ct_OTOOL64=$OTOOL64
+  # Extract the first word of "otool64", so it can be a program name with args.
+set dummy otool64; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_ac_ct_OTOOL64+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$ac_ct_OTOOL64"; then
+  ac_cv_prog_ac_ct_OTOOL64="$ac_ct_OTOOL64" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_ac_ct_OTOOL64="otool64"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_OTOOL64=$ac_cv_prog_ac_ct_OTOOL64
+if test -n "$ac_ct_OTOOL64"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_ct_OTOOL64" >&5
+$as_echo "$ac_ct_OTOOL64" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+  if test "x$ac_ct_OTOOL64" = x; then
+    OTOOL64=":"
+  else
+    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+    OTOOL64=$ac_ct_OTOOL64
+  fi
+else
+  OTOOL64="$ac_cv_prog_OTOOL64"
+fi
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for -single_module linker flag" >&5
+$as_echo_n "checking for -single_module linker flag... " >&6; }
+if test "${lt_cv_apple_cc_single_mod+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  lt_cv_apple_cc_single_mod=no
+      if test -z "${LT_MULTI_MODULE}"; then
+       # By default we will add the -single_module flag. You can override
+       # by either setting the environment variable LT_MULTI_MODULE
+       # non-empty at configure time, or by adding -multi_module to the
+       # link flags.
+       rm -rf libconftest.dylib*
+       echo "int foo(void){return 1;}" > conftest.c
+       echo "$LTCC $LTCFLAGS $LDFLAGS -o libconftest.dylib \
+-dynamiclib -Wl,-single_module conftest.c" >&5
+       $LTCC $LTCFLAGS $LDFLAGS -o libconftest.dylib \
+         -dynamiclib -Wl,-single_module conftest.c 2>conftest.err
+        _lt_result=$?
+       if test -f libconftest.dylib && test ! -s conftest.err && test $_lt_result = 0; then
+         lt_cv_apple_cc_single_mod=yes
+       else
+         cat conftest.err >&5
+       fi
+       rm -rf libconftest.dylib*
+       rm -f conftest.*
+      fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_cv_apple_cc_single_mod" >&5
+$as_echo "$lt_cv_apple_cc_single_mod" >&6; }
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for -exported_symbols_list linker flag" >&5
+$as_echo_n "checking for -exported_symbols_list linker flag... " >&6; }
+if test "${lt_cv_ld_exported_symbols_list+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  lt_cv_ld_exported_symbols_list=no
+      save_LDFLAGS=$LDFLAGS
+      echo "_main" > conftest.sym
+      LDFLAGS="$LDFLAGS -Wl,-exported_symbols_list,conftest.sym"
+      cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+  lt_cv_ld_exported_symbols_list=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       lt_cv_ld_exported_symbols_list=no
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+       LDFLAGS="$save_LDFLAGS"
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_cv_ld_exported_symbols_list" >&5
+$as_echo "$lt_cv_ld_exported_symbols_list" >&6; }
+    case $host_os in
+    rhapsody* | darwin1.[012])
+      _lt_dar_allow_undefined='${wl}-undefined ${wl}suppress' ;;
+    darwin1.*)
+      _lt_dar_allow_undefined='${wl}-flat_namespace ${wl}-undefined ${wl}suppress' ;;
+    darwin*) # darwin 5.x on
+      # if running on 10.5 or later, the deployment target defaults
+      # to the OS version, if on x86, and 10.4, the deployment
+      # target defaults to 10.4. Don't you love it?
+      case ${MACOSX_DEPLOYMENT_TARGET-10.0},$host in
+       10.0,*86*-darwin8*|10.0,*-darwin[91]*)
+         _lt_dar_allow_undefined='${wl}-undefined ${wl}dynamic_lookup' ;;
+       10.[012]*)
+         _lt_dar_allow_undefined='${wl}-flat_namespace ${wl}-undefined ${wl}suppress' ;;
+       10.*)
+         _lt_dar_allow_undefined='${wl}-undefined ${wl}dynamic_lookup' ;;
+      esac
+    ;;
+  esac
+    if test "$lt_cv_apple_cc_single_mod" = "yes"; then
+      _lt_dar_single_mod='$single_module'
+    fi
+    if test "$lt_cv_ld_exported_symbols_list" = "yes"; then
+      _lt_dar_export_syms=' ${wl}-exported_symbols_list,$output_objdir/${libname}-symbols.expsym'
+    else
+      _lt_dar_export_syms='~$NMEDIT -s $output_objdir/${libname}-symbols.expsym ${lib}'
+    fi
+    if test "$DSYMUTIL" != ":"; then
+      _lt_dsymutil='~$DSYMUTIL $lib || :'
+    else
+      _lt_dsymutil=
+    fi
+    ;;
+  esac
+
+
+for ac_header in dlfcn.h
+do
+as_ac_Header=`$as_echo "ac_cv_header_$ac_header" | $as_tr_sh`
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_header" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_header... " >&6; }
+if { as_var=$as_ac_Header; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+
+#include <$ac_header>
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  eval "$as_ac_Header=yes"
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       eval "$as_ac_Header=no"
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+ac_res=`eval 'as_val=${'$as_ac_Header'}
+                $as_echo "$as_val"'`
+              { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+as_val=`eval 'as_val=${'$as_ac_Header'}
+                $as_echo "$as_val"'`
+   if test "x$as_val" = x""yes; then
+  cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define `$as_echo "HAVE_$ac_header" | $as_tr_cpp` 1
+_ACEOF
+
+fi
+
+done
+
+
+
+# Set options
+
+
+
+        enable_dlopen=no
+
+
+  enable_win32_dll=no
+
+
+            # Check whether --enable-shared was given.
+if test "${enable_shared+set}" = set; then
+  enableval=$enable_shared; p=${PACKAGE-default}
+    case $enableval in
+    yes) enable_shared=yes ;;
+    no) enable_shared=no ;;
+    *)
+      enable_shared=no
+      # Look at the argument we got.  We use all the common list separators.
+      lt_save_ifs="$IFS"; IFS="${IFS}$PATH_SEPARATOR,"
+      for pkg in $enableval; do
+       IFS="$lt_save_ifs"
+       if test "X$pkg" = "X$p"; then
+         enable_shared=yes
+       fi
+      done
+      IFS="$lt_save_ifs"
+      ;;
+    esac
+else
+  enable_shared=yes
+fi
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+  # Check whether --enable-static was given.
+if test "${enable_static+set}" = set; then
+  enableval=$enable_static; p=${PACKAGE-default}
+    case $enableval in
+    yes) enable_static=yes ;;
+    no) enable_static=no ;;
+    *)
+     enable_static=no
+      # Look at the argument we got.  We use all the common list separators.
+      lt_save_ifs="$IFS"; IFS="${IFS}$PATH_SEPARATOR,"
+      for pkg in $enableval; do
+       IFS="$lt_save_ifs"
+       if test "X$pkg" = "X$p"; then
+         enable_static=yes
+       fi
+      done
+      IFS="$lt_save_ifs"
+      ;;
+    esac
+else
+  enable_static=yes
+fi
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+# Check whether --with-pic was given.
+if test "${with_pic+set}" = set; then
+  withval=$with_pic; pic_mode="$withval"
+else
+  pic_mode=default
+fi
+
+
+test -z "$pic_mode" && pic_mode=default
+
+
+
+
+
+
+
+  # Check whether --enable-fast-install was given.
+if test "${enable_fast_install+set}" = set; then
+  enableval=$enable_fast_install; p=${PACKAGE-default}
+    case $enableval in
+    yes) enable_fast_install=yes ;;
+    no) enable_fast_install=no ;;
+    *)
+      enable_fast_install=no
+      # Look at the argument we got.  We use all the common list separators.
+      lt_save_ifs="$IFS"; IFS="${IFS}$PATH_SEPARATOR,"
+      for pkg in $enableval; do
+       IFS="$lt_save_ifs"
+       if test "X$pkg" = "X$p"; then
+         enable_fast_install=yes
+       fi
+      done
+      IFS="$lt_save_ifs"
+      ;;
+    esac
+else
+  enable_fast_install=yes
+fi
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+# This can be used to rebuild libtool when needed
+LIBTOOL_DEPS="$ltmain"
+
+# Always use our own libtool.
+LIBTOOL='$(SHELL) $(top_builddir)/libtool'
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+test -z "$LN_S" && LN_S="ln -s"
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+if test -n "${ZSH_VERSION+set}" ; then
+   setopt NO_GLOB_SUBST
+fi
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for objdir" >&5
+$as_echo_n "checking for objdir... " >&6; }
+if test "${lt_cv_objdir+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  rm -f .libs 2>/dev/null
+mkdir .libs 2>/dev/null
+if test -d .libs; then
+  lt_cv_objdir=.libs
+else
+  # MS-DOS does not allow filenames that begin with a dot.
+  lt_cv_objdir=_libs
+fi
+rmdir .libs 2>/dev/null
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_cv_objdir" >&5
+$as_echo "$lt_cv_objdir" >&6; }
+objdir=$lt_cv_objdir
+
+
+
+
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define LT_OBJDIR "$lt_cv_objdir/"
+_ACEOF
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+case $host_os in
+aix3*)
+  # AIX sometimes has problems with the GCC collect2 program.  For some
+  # reason, if we set the COLLECT_NAMES environment variable, the problems
+  # vanish in a puff of smoke.
+  if test "X${COLLECT_NAMES+set}" != Xset; then
+    COLLECT_NAMES=
+    export COLLECT_NAMES
+  fi
+  ;;
+esac
+
+# Sed substitution that helps us do robust quoting.  It backslashifies
+# metacharacters that are still active within double-quoted strings.
+sed_quote_subst='s/\(["`$\\]\)/\\\1/g'
+
+# Same as above, but do not quote variable references.
+double_quote_subst='s/\(["`\\]\)/\\\1/g'
+
+# Sed substitution to delay expansion of an escaped shell variable in a
+# double_quote_subst'ed string.
+delay_variable_subst='s/\\\\\\\\\\\$/\\\\\\$/g'
+
+# Sed substitution to delay expansion of an escaped single quote.
+delay_single_quote_subst='s/'\''/'\'\\\\\\\'\''/g'
+
+# Sed substitution to avoid accidental globbing in evaled expressions
+no_glob_subst='s/\*/\\\*/g'
+
+# Global variables:
+ofile=libtool
+can_build_shared=yes
+
+# All known linkers require a `.a' archive for static linking (except MSVC,
+# which needs '.lib').
+libext=a
+
+with_gnu_ld="$lt_cv_prog_gnu_ld"
+
+old_CC="$CC"
+old_CFLAGS="$CFLAGS"
+
+# Set sane defaults for various variables
+test -z "$CC" && CC=cc
+test -z "$LTCC" && LTCC=$CC
+test -z "$LTCFLAGS" && LTCFLAGS=$CFLAGS
+test -z "$LD" && LD=ld
+test -z "$ac_objext" && ac_objext=o
+
+for cc_temp in $compiler""; do
+  case $cc_temp in
+    compile | *[\\/]compile | ccache | *[\\/]ccache ) ;;
+    distcc | *[\\/]distcc | purify | *[\\/]purify ) ;;
+    \-*) ;;
+    *) break;;
+  esac
+done
+cc_basename=`$ECHO "X$cc_temp" | $Xsed -e 's%.*/%%' -e "s%^$host_alias-%%"`
+
+
+# Only perform the check for file, if the check method requires it
+test -z "$MAGIC_CMD" && MAGIC_CMD=file
+case $deplibs_check_method in
+file_magic*)
+  if test "$file_magic_cmd" = '$MAGIC_CMD'; then
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for ${ac_tool_prefix}file" >&5
+$as_echo_n "checking for ${ac_tool_prefix}file... " >&6; }
+if test "${lt_cv_path_MAGIC_CMD+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  case $MAGIC_CMD in
+[\\/*] |  ?:[\\/]*)
+  lt_cv_path_MAGIC_CMD="$MAGIC_CMD" # Let the user override the test with a path.
+  ;;
+*)
+  lt_save_MAGIC_CMD="$MAGIC_CMD"
+  lt_save_ifs="$IFS"; IFS=$PATH_SEPARATOR
+  ac_dummy="/usr/bin$PATH_SEPARATOR$PATH"
+  for ac_dir in $ac_dummy; do
+    IFS="$lt_save_ifs"
+    test -z "$ac_dir" && ac_dir=.
+    if test -f $ac_dir/${ac_tool_prefix}file; then
+      lt_cv_path_MAGIC_CMD="$ac_dir/${ac_tool_prefix}file"
+      if test -n "$file_magic_test_file"; then
+       case $deplibs_check_method in
+       "file_magic "*)
+         file_magic_regex=`expr "$deplibs_check_method" : "file_magic \(.*\)"`
+         MAGIC_CMD="$lt_cv_path_MAGIC_CMD"
+         if eval $file_magic_cmd \$file_magic_test_file 2> /dev/null |
+           $EGREP "$file_magic_regex" > /dev/null; then
+           :
+         else
+           cat <<_LT_EOF 1>&2
+
+*** Warning: the command libtool uses to detect shared libraries,
+*** $file_magic_cmd, produces output that libtool cannot recognize.
+*** The result is that libtool may fail to recognize shared libraries
+*** as such.  This will affect the creation of libtool libraries that
+*** depend on shared libraries, but programs linked with such libtool
+*** libraries will work regardless of this problem.  Nevertheless, you
+*** may want to report the problem to your system manager and/or to
+*** bug-libtool@gnu.org
+
+_LT_EOF
+         fi ;;
+       esac
+      fi
+      break
+    fi
+  done
+  IFS="$lt_save_ifs"
+  MAGIC_CMD="$lt_save_MAGIC_CMD"
+  ;;
+esac
+fi
+
+MAGIC_CMD="$lt_cv_path_MAGIC_CMD"
+if test -n "$MAGIC_CMD"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $MAGIC_CMD" >&5
+$as_echo "$MAGIC_CMD" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+
+
+
+if test -z "$lt_cv_path_MAGIC_CMD"; then
+  if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for file" >&5
+$as_echo_n "checking for file... " >&6; }
+if test "${lt_cv_path_MAGIC_CMD+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  case $MAGIC_CMD in
+[\\/*] |  ?:[\\/]*)
+  lt_cv_path_MAGIC_CMD="$MAGIC_CMD" # Let the user override the test with a path.
+  ;;
+*)
+  lt_save_MAGIC_CMD="$MAGIC_CMD"
+  lt_save_ifs="$IFS"; IFS=$PATH_SEPARATOR
+  ac_dummy="/usr/bin$PATH_SEPARATOR$PATH"
+  for ac_dir in $ac_dummy; do
+    IFS="$lt_save_ifs"
+    test -z "$ac_dir" && ac_dir=.
+    if test -f $ac_dir/file; then
+      lt_cv_path_MAGIC_CMD="$ac_dir/file"
+      if test -n "$file_magic_test_file"; then
+       case $deplibs_check_method in
+       "file_magic "*)
+         file_magic_regex=`expr "$deplibs_check_method" : "file_magic \(.*\)"`
+         MAGIC_CMD="$lt_cv_path_MAGIC_CMD"
+         if eval $file_magic_cmd \$file_magic_test_file 2> /dev/null |
+           $EGREP "$file_magic_regex" > /dev/null; then
+           :
+         else
+           cat <<_LT_EOF 1>&2
+
+*** Warning: the command libtool uses to detect shared libraries,
+*** $file_magic_cmd, produces output that libtool cannot recognize.
+*** The result is that libtool may fail to recognize shared libraries
+*** as such.  This will affect the creation of libtool libraries that
+*** depend on shared libraries, but programs linked with such libtool
+*** libraries will work regardless of this problem.  Nevertheless, you
+*** may want to report the problem to your system manager and/or to
+*** bug-libtool@gnu.org
+
+_LT_EOF
+         fi ;;
+       esac
+      fi
+      break
+    fi
+  done
+  IFS="$lt_save_ifs"
+  MAGIC_CMD="$lt_save_MAGIC_CMD"
+  ;;
+esac
+fi
+
+MAGIC_CMD="$lt_cv_path_MAGIC_CMD"
+if test -n "$MAGIC_CMD"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $MAGIC_CMD" >&5
+$as_echo "$MAGIC_CMD" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+  else
+    MAGIC_CMD=:
+  fi
+fi
+
+  fi
+  ;;
+esac
+
+# Use C for the default configuration in the libtool script
+
+lt_save_CC="$CC"
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+
+
+# Source file extension for C test sources.
+ac_ext=c
+
+# Object file extension for compiled C test sources.
+objext=o
+objext=$objext
+
+# Code to be used in simple compile tests
+lt_simple_compile_test_code="int some_variable = 0;"
+
+# Code to be used in simple link tests
+lt_simple_link_test_code='int main(){return(0);}'
+
+
+
+
+
+
+
+# If no C compiler was specified, use CC.
+LTCC=${LTCC-"$CC"}
+
+# If no C compiler flags were specified, use CFLAGS.
+LTCFLAGS=${LTCFLAGS-"$CFLAGS"}
+
+# Allow CC to be a program name with arguments.
+compiler=$CC
+
+# Save the default compiler, since it gets overwritten when the other
+# tags are being tested, and _LT_TAGVAR(compiler, []) is a NOP.
+compiler_DEFAULT=$CC
+
+# save warnings/boilerplate of simple test code
+ac_outfile=conftest.$ac_objext
+echo "$lt_simple_compile_test_code" >conftest.$ac_ext
+eval "$ac_compile" 2>&1 >/dev/null | $SED '/^$/d; /^ *+/d' >conftest.err
+_lt_compiler_boilerplate=`cat conftest.err`
+$RM conftest*
+
+ac_outfile=conftest.$ac_objext
+echo "$lt_simple_link_test_code" >conftest.$ac_ext
+eval "$ac_link" 2>&1 >/dev/null | $SED '/^$/d; /^ *+/d' >conftest.err
+_lt_linker_boilerplate=`cat conftest.err`
+$RM -r conftest*
+
+
+## CAVEAT EMPTOR:
+## There is no encapsulation within the following macros, do not change
+## the running order or otherwise move them around unless you know exactly
+## what you are doing...
+if test -n "$compiler"; then
+
+lt_prog_compiler_no_builtin_flag=
+
+if test "$GCC" = yes; then
+  lt_prog_compiler_no_builtin_flag=' -fno-builtin'
+
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking if $compiler supports -fno-rtti -fno-exceptions" >&5
+$as_echo_n "checking if $compiler supports -fno-rtti -fno-exceptions... " >&6; }
+if test "${lt_cv_prog_compiler_rtti_exceptions+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  lt_cv_prog_compiler_rtti_exceptions=no
+   ac_outfile=conftest.$ac_objext
+   echo "$lt_simple_compile_test_code" > conftest.$ac_ext
+   lt_compiler_flag="-fno-rtti -fno-exceptions"
+   # Insert the option either (1) after the last *FLAGS variable, or
+   # (2) before a word containing "conftest.", or (3) at the end.
+   # Note that $ac_compile itself does not contain backslashes and begins
+   # with a dollar sign (not a hyphen), so the echo should work correctly.
+   # The option is referenced via a variable to avoid confusing sed.
+   lt_compile=`echo "$ac_compile" | $SED \
+   -e 's:.*FLAGS}\{0,1\} :&$lt_compiler_flag :; t' \
+   -e 's: [^ ]*conftest\.: $lt_compiler_flag&:; t' \
+   -e 's:$: $lt_compiler_flag:'`
+   (eval echo "\"\$as_me:7810: $lt_compile\"" >&5)
+   (eval "$lt_compile" 2>conftest.err)
+   ac_status=$?
+   cat conftest.err >&5
+   echo "$as_me:7814: \$? = $ac_status" >&5
+   if (exit $ac_status) && test -s "$ac_outfile"; then
+     # The compiler can only warn and ignore the option if not recognized
+     # So say no if there are warnings other than the usual output.
+     $ECHO "X$_lt_compiler_boilerplate" | $Xsed -e '/^$/d' >conftest.exp
+     $SED '/^$/d; /^ *+/d' conftest.err >conftest.er2
+     if test ! -s conftest.er2 || diff conftest.exp conftest.er2 >/dev/null; then
+       lt_cv_prog_compiler_rtti_exceptions=yes
+     fi
+   fi
+   $RM conftest*
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_cv_prog_compiler_rtti_exceptions" >&5
+$as_echo "$lt_cv_prog_compiler_rtti_exceptions" >&6; }
+
+if test x"$lt_cv_prog_compiler_rtti_exceptions" = xyes; then
+    lt_prog_compiler_no_builtin_flag="$lt_prog_compiler_no_builtin_flag -fno-rtti -fno-exceptions"
+else
+    :
+fi
+
+fi
+
+
+
+
+
+
+  lt_prog_compiler_wl=
+lt_prog_compiler_pic=
+lt_prog_compiler_static=
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $compiler option to produce PIC" >&5
+$as_echo_n "checking for $compiler option to produce PIC... " >&6; }
+
+  if test "$GCC" = yes; then
+    lt_prog_compiler_wl='-Wl,'
+    lt_prog_compiler_static='-static'
+
+    case $host_os in
+      aix*)
+      # All AIX code is PIC.
+      if test "$host_cpu" = ia64; then
+       # AIX 5 now supports IA64 processor
+       lt_prog_compiler_static='-Bstatic'
+      fi
+      ;;
+
+    amigaos*)
+      case $host_cpu in
+      powerpc)
+            # see comment about AmigaOS4 .so support
+            lt_prog_compiler_pic='-fPIC'
+        ;;
+      m68k)
+            # FIXME: we need at least 68020 code to build shared libraries, but
+            # adding the `-m68020' flag to GCC prevents building anything better,
+            # like `-m68040'.
+            lt_prog_compiler_pic='-m68020 -resident32 -malways-restore-a4'
+        ;;
+      esac
+      ;;
+
+    beos* | irix5* | irix6* | nonstopux* | osf3* | osf4* | osf5*)
+      # PIC is the default for these OSes.
+      ;;
+
+    mingw* | cygwin* | pw32* | os2* | cegcc*)
+      # This hack is so that the source file can tell whether it is being
+      # built for inclusion in a dll (and should export symbols for example).
+      # Although the cygwin gcc ignores -fPIC, still need this for old-style
+      # (--disable-auto-import) libraries
+      lt_prog_compiler_pic='-DDLL_EXPORT'
+      ;;
+
+    darwin* | rhapsody*)
+      # PIC is the default on this platform
+      # Common symbols not allowed in MH_DYLIB files
+      lt_prog_compiler_pic='-fno-common'
+      ;;
+
+    hpux*)
+      # PIC is the default for 64-bit PA HP-UX, but not for 32-bit
+      # PA HP-UX.  On IA64 HP-UX, PIC is the default but the pic flag
+      # sets the default TLS model and affects inlining.
+      case $host_cpu in
+      hppa*64*)
+       # +Z the default
+       ;;
+      *)
+       lt_prog_compiler_pic='-fPIC'
+       ;;
+      esac
+      ;;
+
+    interix[3-9]*)
+      # Interix 3.x gcc -fpic/-fPIC options generate broken code.
+      # Instead, we relocate shared libraries at runtime.
+      ;;
+
+    msdosdjgpp*)
+      # Just because we use GCC doesn't mean we suddenly get shared libraries
+      # on systems that don't support them.
+      lt_prog_compiler_can_build_shared=no
+      enable_shared=no
+      ;;
+
+    *nto* | *qnx*)
+      # QNX uses GNU C++, but need to define -shared option too, otherwise
+      # it will coredump.
+      lt_prog_compiler_pic='-fPIC -shared'
+      ;;
+
+    sysv4*MP*)
+      if test -d /usr/nec; then
+       lt_prog_compiler_pic=-Kconform_pic
+      fi
+      ;;
+
+    *)
+      lt_prog_compiler_pic='-fPIC'
+      ;;
+    esac
+  else
+    # PORTME Check for flag to pass linker flags through the system compiler.
+    case $host_os in
+    aix*)
+      lt_prog_compiler_wl='-Wl,'
+      if test "$host_cpu" = ia64; then
+       # AIX 5 now supports IA64 processor
+       lt_prog_compiler_static='-Bstatic'
+      else
+       lt_prog_compiler_static='-bnso -bI:/lib/syscalls.exp'
+      fi
+      ;;
+
+    mingw* | cygwin* | pw32* | os2* | cegcc*)
+      # This hack is so that the source file can tell whether it is being
+      # built for inclusion in a dll (and should export symbols for example).
+      lt_prog_compiler_pic='-DDLL_EXPORT'
+      ;;
+
+    hpux9* | hpux10* | hpux11*)
+      lt_prog_compiler_wl='-Wl,'
+      # PIC is the default for IA64 HP-UX and 64-bit HP-UX, but
+      # not for PA HP-UX.
+      case $host_cpu in
+      hppa*64*|ia64*)
+       # +Z the default
+       ;;
+      *)
+       lt_prog_compiler_pic='+Z'
+       ;;
+      esac
+      # Is there a better lt_prog_compiler_static that works with the bundled CC?
+      lt_prog_compiler_static='${wl}-a ${wl}archive'
+      ;;
+
+    irix5* | irix6* | nonstopux*)
+      lt_prog_compiler_wl='-Wl,'
+      # PIC (with -KPIC) is the default.
+      lt_prog_compiler_static='-non_shared'
+      ;;
+
+    linux* | k*bsd*-gnu)
+      case $cc_basename in
+      # old Intel for x86_64 which still supported -KPIC.
+      ecc*)
+       lt_prog_compiler_wl='-Wl,'
+       lt_prog_compiler_pic='-KPIC'
+       lt_prog_compiler_static='-static'
+        ;;
+      # icc used to be incompatible with GCC.
+      # ICC 10 doesn't accept -KPIC any more.
+      icc* | ifort*)
+       lt_prog_compiler_wl='-Wl,'
+       lt_prog_compiler_pic='-fPIC'
+       lt_prog_compiler_static='-static'
+        ;;
+      # Lahey Fortran 8.1.
+      lf95*)
+       lt_prog_compiler_wl='-Wl,'
+       lt_prog_compiler_pic='--shared'
+       lt_prog_compiler_static='--static'
+       ;;
+      pgcc* | pgf77* | pgf90* | pgf95*)
+        # Portland Group compilers (*not* the Pentium gcc compiler,
+       # which looks to be a dead project)
+       lt_prog_compiler_wl='-Wl,'
+       lt_prog_compiler_pic='-fpic'
+       lt_prog_compiler_static='-Bstatic'
+        ;;
+      ccc*)
+        lt_prog_compiler_wl='-Wl,'
+        # All Alpha code is PIC.
+        lt_prog_compiler_static='-non_shared'
+        ;;
+      xl*)
+       # IBM XL C 8.0/Fortran 10.1 on PPC
+       lt_prog_compiler_wl='-Wl,'
+       lt_prog_compiler_pic='-qpic'
+       lt_prog_compiler_static='-qstaticlink'
+       ;;
+      *)
+       case `$CC -V 2>&1 | sed 5q` in
+       *Sun\ C*)
+         # Sun C 5.9
+         lt_prog_compiler_pic='-KPIC'
+         lt_prog_compiler_static='-Bstatic'
+         lt_prog_compiler_wl='-Wl,'
+         ;;
+       *Sun\ F*)
+         # Sun Fortran 8.3 passes all unrecognized flags to the linker
+         lt_prog_compiler_pic='-KPIC'
+         lt_prog_compiler_static='-Bstatic'
+         lt_prog_compiler_wl=''
+         ;;
+       esac
+       ;;
+      esac
+      ;;
+
+    newsos6)
+      lt_prog_compiler_pic='-KPIC'
+      lt_prog_compiler_static='-Bstatic'
+      ;;
+
+    *nto* | *qnx*)
+      # QNX uses GNU C++, but need to define -shared option too, otherwise
+      # it will coredump.
+      lt_prog_compiler_pic='-fPIC -shared'
+      ;;
+
+    osf3* | osf4* | osf5*)
+      lt_prog_compiler_wl='-Wl,'
+      # All OSF/1 code is PIC.
+      lt_prog_compiler_static='-non_shared'
+      ;;
+
+    rdos*)
+      lt_prog_compiler_static='-non_shared'
+      ;;
+
+    solaris*)
+      lt_prog_compiler_pic='-KPIC'
+      lt_prog_compiler_static='-Bstatic'
+      case $cc_basename in
+      f77* | f90* | f95*)
+       lt_prog_compiler_wl='-Qoption ld ';;
+      *)
+       lt_prog_compiler_wl='-Wl,';;
+      esac
+      ;;
+
+    sunos4*)
+      lt_prog_compiler_wl='-Qoption ld '
+      lt_prog_compiler_pic='-PIC'
+      lt_prog_compiler_static='-Bstatic'
+      ;;
+
+    sysv4 | sysv4.2uw2* | sysv4.3*)
+      lt_prog_compiler_wl='-Wl,'
+      lt_prog_compiler_pic='-KPIC'
+      lt_prog_compiler_static='-Bstatic'
+      ;;
+
+    sysv4*MP*)
+      if test -d /usr/nec ;then
+       lt_prog_compiler_pic='-Kconform_pic'
+       lt_prog_compiler_static='-Bstatic'
+      fi
+      ;;
+
+    sysv5* | unixware* | sco3.2v5* | sco5v6* | OpenUNIX*)
+      lt_prog_compiler_wl='-Wl,'
+      lt_prog_compiler_pic='-KPIC'
+      lt_prog_compiler_static='-Bstatic'
+      ;;
+
+    unicos*)
+      lt_prog_compiler_wl='-Wl,'
+      lt_prog_compiler_can_build_shared=no
+      ;;
+
+    uts4*)
+      lt_prog_compiler_pic='-pic'
+      lt_prog_compiler_static='-Bstatic'
+      ;;
+
+    *)
+      lt_prog_compiler_can_build_shared=no
+      ;;
+    esac
+  fi
+
+case $host_os in
+  # For platforms which do not support PIC, -DPIC is meaningless:
+  *djgpp*)
+    lt_prog_compiler_pic=
+    ;;
+  *)
+    lt_prog_compiler_pic="$lt_prog_compiler_pic -DPIC"
+    ;;
+esac
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_prog_compiler_pic" >&5
+$as_echo "$lt_prog_compiler_pic" >&6; }
+
+
+
+
+
+
+#
+# Check to make sure the PIC flag actually works.
+#
+if test -n "$lt_prog_compiler_pic"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking if $compiler PIC flag $lt_prog_compiler_pic works" >&5
+$as_echo_n "checking if $compiler PIC flag $lt_prog_compiler_pic works... " >&6; }
+if test "${lt_cv_prog_compiler_pic_works+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  lt_cv_prog_compiler_pic_works=no
+   ac_outfile=conftest.$ac_objext
+   echo "$lt_simple_compile_test_code" > conftest.$ac_ext
+   lt_compiler_flag="$lt_prog_compiler_pic -DPIC"
+   # Insert the option either (1) after the last *FLAGS variable, or
+   # (2) before a word containing "conftest.", or (3) at the end.
+   # Note that $ac_compile itself does not contain backslashes and begins
+   # with a dollar sign (not a hyphen), so the echo should work correctly.
+   # The option is referenced via a variable to avoid confusing sed.
+   lt_compile=`echo "$ac_compile" | $SED \
+   -e 's:.*FLAGS}\{0,1\} :&$lt_compiler_flag :; t' \
+   -e 's: [^ ]*conftest\.: $lt_compiler_flag&:; t' \
+   -e 's:$: $lt_compiler_flag:'`
+   (eval echo "\"\$as_me:8149: $lt_compile\"" >&5)
+   (eval "$lt_compile" 2>conftest.err)
+   ac_status=$?
+   cat conftest.err >&5
+   echo "$as_me:8153: \$? = $ac_status" >&5
+   if (exit $ac_status) && test -s "$ac_outfile"; then
+     # The compiler can only warn and ignore the option if not recognized
+     # So say no if there are warnings other than the usual output.
+     $ECHO "X$_lt_compiler_boilerplate" | $Xsed -e '/^$/d' >conftest.exp
+     $SED '/^$/d; /^ *+/d' conftest.err >conftest.er2
+     if test ! -s conftest.er2 || diff conftest.exp conftest.er2 >/dev/null; then
+       lt_cv_prog_compiler_pic_works=yes
+     fi
+   fi
+   $RM conftest*
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_cv_prog_compiler_pic_works" >&5
+$as_echo "$lt_cv_prog_compiler_pic_works" >&6; }
+
+if test x"$lt_cv_prog_compiler_pic_works" = xyes; then
+    case $lt_prog_compiler_pic in
+     "" | " "*) ;;
+     *) lt_prog_compiler_pic=" $lt_prog_compiler_pic" ;;
+     esac
+else
+    lt_prog_compiler_pic=
+     lt_prog_compiler_can_build_shared=no
+fi
+
+fi
+
+
+
+
+
+
+#
+# Check to make sure the static flag actually works.
+#
+wl=$lt_prog_compiler_wl eval lt_tmp_static_flag=\"$lt_prog_compiler_static\"
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking if $compiler static flag $lt_tmp_static_flag works" >&5
+$as_echo_n "checking if $compiler static flag $lt_tmp_static_flag works... " >&6; }
+if test "${lt_cv_prog_compiler_static_works+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  lt_cv_prog_compiler_static_works=no
+   save_LDFLAGS="$LDFLAGS"
+   LDFLAGS="$LDFLAGS $lt_tmp_static_flag"
+   echo "$lt_simple_link_test_code" > conftest.$ac_ext
+   if (eval $ac_link 2>conftest.err) && test -s conftest$ac_exeext; then
+     # The linker can only warn and ignore the option if not recognized
+     # So say no if there are warnings
+     if test -s conftest.err; then
+       # Append any errors to the config.log.
+       cat conftest.err 1>&5
+       $ECHO "X$_lt_linker_boilerplate" | $Xsed -e '/^$/d' > conftest.exp
+       $SED '/^$/d; /^ *+/d' conftest.err >conftest.er2
+       if diff conftest.exp conftest.er2 >/dev/null; then
+         lt_cv_prog_compiler_static_works=yes
+       fi
+     else
+       lt_cv_prog_compiler_static_works=yes
+     fi
+   fi
+   $RM -r conftest*
+   LDFLAGS="$save_LDFLAGS"
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_cv_prog_compiler_static_works" >&5
+$as_echo "$lt_cv_prog_compiler_static_works" >&6; }
+
+if test x"$lt_cv_prog_compiler_static_works" = xyes; then
+    :
+else
+    lt_prog_compiler_static=
+fi
+
+
+
+
+
+
+
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking if $compiler supports -c -o file.$ac_objext" >&5
+$as_echo_n "checking if $compiler supports -c -o file.$ac_objext... " >&6; }
+if test "${lt_cv_prog_compiler_c_o+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  lt_cv_prog_compiler_c_o=no
+   $RM -r conftest 2>/dev/null
+   mkdir conftest
+   cd conftest
+   mkdir out
+   echo "$lt_simple_compile_test_code" > conftest.$ac_ext
+
+   lt_compiler_flag="-o out/conftest2.$ac_objext"
+   # Insert the option either (1) after the last *FLAGS variable, or
+   # (2) before a word containing "conftest.", or (3) at the end.
+   # Note that $ac_compile itself does not contain backslashes and begins
+   # with a dollar sign (not a hyphen), so the echo should work correctly.
+   lt_compile=`echo "$ac_compile" | $SED \
+   -e 's:.*FLAGS}\{0,1\} :&$lt_compiler_flag :; t' \
+   -e 's: [^ ]*conftest\.: $lt_compiler_flag&:; t' \
+   -e 's:$: $lt_compiler_flag:'`
+   (eval echo "\"\$as_me:8254: $lt_compile\"" >&5)
+   (eval "$lt_compile" 2>out/conftest.err)
+   ac_status=$?
+   cat out/conftest.err >&5
+   echo "$as_me:8258: \$? = $ac_status" >&5
+   if (exit $ac_status) && test -s out/conftest2.$ac_objext
+   then
+     # The compiler can only warn and ignore the option if not recognized
+     # So say no if there are warnings
+     $ECHO "X$_lt_compiler_boilerplate" | $Xsed -e '/^$/d' > out/conftest.exp
+     $SED '/^$/d; /^ *+/d' out/conftest.err >out/conftest.er2
+     if test ! -s out/conftest.er2 || diff out/conftest.exp out/conftest.er2 >/dev/null; then
+       lt_cv_prog_compiler_c_o=yes
+     fi
+   fi
+   chmod u+w . 2>&5
+   $RM conftest*
+   # SGI C++ compiler will create directory out/ii_files/ for
+   # template instantiation
+   test -d out/ii_files && $RM out/ii_files/* && rmdir out/ii_files
+   $RM out/* && rmdir out
+   cd ..
+   $RM -r conftest
+   $RM conftest*
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_cv_prog_compiler_c_o" >&5
+$as_echo "$lt_cv_prog_compiler_c_o" >&6; }
+
+
+
+
+
+
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking if $compiler supports -c -o file.$ac_objext" >&5
+$as_echo_n "checking if $compiler supports -c -o file.$ac_objext... " >&6; }
+if test "${lt_cv_prog_compiler_c_o+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  lt_cv_prog_compiler_c_o=no
+   $RM -r conftest 2>/dev/null
+   mkdir conftest
+   cd conftest
+   mkdir out
+   echo "$lt_simple_compile_test_code" > conftest.$ac_ext
+
+   lt_compiler_flag="-o out/conftest2.$ac_objext"
+   # Insert the option either (1) after the last *FLAGS variable, or
+   # (2) before a word containing "conftest.", or (3) at the end.
+   # Note that $ac_compile itself does not contain backslashes and begins
+   # with a dollar sign (not a hyphen), so the echo should work correctly.
+   lt_compile=`echo "$ac_compile" | $SED \
+   -e 's:.*FLAGS}\{0,1\} :&$lt_compiler_flag :; t' \
+   -e 's: [^ ]*conftest\.: $lt_compiler_flag&:; t' \
+   -e 's:$: $lt_compiler_flag:'`
+   (eval echo "\"\$as_me:8309: $lt_compile\"" >&5)
+   (eval "$lt_compile" 2>out/conftest.err)
+   ac_status=$?
+   cat out/conftest.err >&5
+   echo "$as_me:8313: \$? = $ac_status" >&5
+   if (exit $ac_status) && test -s out/conftest2.$ac_objext
+   then
+     # The compiler can only warn and ignore the option if not recognized
+     # So say no if there are warnings
+     $ECHO "X$_lt_compiler_boilerplate" | $Xsed -e '/^$/d' > out/conftest.exp
+     $SED '/^$/d; /^ *+/d' out/conftest.err >out/conftest.er2
+     if test ! -s out/conftest.er2 || diff out/conftest.exp out/conftest.er2 >/dev/null; then
+       lt_cv_prog_compiler_c_o=yes
+     fi
+   fi
+   chmod u+w . 2>&5
+   $RM conftest*
+   # SGI C++ compiler will create directory out/ii_files/ for
+   # template instantiation
+   test -d out/ii_files && $RM out/ii_files/* && rmdir out/ii_files
+   $RM out/* && rmdir out
+   cd ..
+   $RM -r conftest
+   $RM conftest*
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_cv_prog_compiler_c_o" >&5
+$as_echo "$lt_cv_prog_compiler_c_o" >&6; }
+
+
+
+
+hard_links="nottested"
+if test "$lt_cv_prog_compiler_c_o" = no && test "$need_locks" != no; then
+  # do not overwrite the value of need_locks provided by the user
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking if we can lock with hard links" >&5
+$as_echo_n "checking if we can lock with hard links... " >&6; }
+  hard_links=yes
+  $RM conftest*
+  ln conftest.a conftest.b 2>/dev/null && hard_links=no
+  touch conftest.a
+  ln conftest.a conftest.b 2>&5 || hard_links=no
+  ln conftest.a conftest.b 2>/dev/null && hard_links=no
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $hard_links" >&5
+$as_echo "$hard_links" >&6; }
+  if test "$hard_links" = no; then
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: \`$CC' does not support \`-c -o', so \`make -j' may be unsafe" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: \`$CC' does not support \`-c -o', so \`make -j' may be unsafe" >&2;}
+    need_locks=warn
+  fi
+else
+  need_locks=no
+fi
+
+
+
+
+
+
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether the $compiler linker ($LD) supports shared libraries" >&5
+$as_echo_n "checking whether the $compiler linker ($LD) supports shared libraries... " >&6; }
+
+  runpath_var=
+  allow_undefined_flag=
+  always_export_symbols=no
+  archive_cmds=
+  archive_expsym_cmds=
+  compiler_needs_object=no
+  enable_shared_with_static_runtimes=no
+  export_dynamic_flag_spec=
+  export_symbols_cmds='$NM $libobjs $convenience | $global_symbol_pipe | $SED '\''s/.* //'\'' | sort | uniq > $export_symbols'
+  hardcode_automatic=no
+  hardcode_direct=no
+  hardcode_direct_absolute=no
+  hardcode_libdir_flag_spec=
+  hardcode_libdir_flag_spec_ld=
+  hardcode_libdir_separator=
+  hardcode_minus_L=no
+  hardcode_shlibpath_var=unsupported
+  inherit_rpath=no
+  link_all_deplibs=unknown
+  module_cmds=
+  module_expsym_cmds=
+  old_archive_from_new_cmds=
+  old_archive_from_expsyms_cmds=
+  thread_safe_flag_spec=
+  whole_archive_flag_spec=
+  # include_expsyms should be a list of space-separated symbols to be *always*
+  # included in the symbol list
+  include_expsyms=
+  # exclude_expsyms can be an extended regexp of symbols to exclude
+  # it will be wrapped by ` (' and `)$', so one must not match beginning or
+  # end of line.  Example: `a|bc|.*d.*' will exclude the symbols `a' and `bc',
+  # as well as any symbol that contains `d'.
+  exclude_expsyms='_GLOBAL_OFFSET_TABLE_|_GLOBAL__F[ID]_.*'
+  # Although _GLOBAL_OFFSET_TABLE_ is a valid symbol C name, most a.out
+  # platforms (ab)use it in PIC code, but their linkers get confused if
+  # the symbol is explicitly referenced.  Since portable code cannot
+  # rely on this symbol name, it's probably fine to never include it in
+  # preloaded symbol tables.
+  # Exclude shared library initialization/finalization symbols.
+  extract_expsyms_cmds=
+
+  case $host_os in
+  cygwin* | mingw* | pw32* | cegcc*)
+    # FIXME: the MSVC++ port hasn't been tested in a loooong time
+    # When not using gcc, we currently assume that we are using
+    # Microsoft Visual C++.
+    if test "$GCC" != yes; then
+      with_gnu_ld=no
+    fi
+    ;;
+  interix*)
+    # we just hope/assume this is gcc and not c89 (= MSVC++)
+    with_gnu_ld=yes
+    ;;
+  openbsd*)
+    with_gnu_ld=no
+    ;;
+  esac
+
+  ld_shlibs=yes
+  if test "$with_gnu_ld" = yes; then
+    # If archive_cmds runs LD, not CC, wlarc should be empty
+    wlarc='${wl}'
+
+    # Set some defaults for GNU ld with shared library support. These
+    # are reset later if shared libraries are not supported. Putting them
+    # here allows them to be overridden if necessary.
+    runpath_var=LD_RUN_PATH
+    hardcode_libdir_flag_spec='${wl}-rpath ${wl}$libdir'
+    export_dynamic_flag_spec='${wl}--export-dynamic'
+    # ancient GNU ld didn't support --whole-archive et. al.
+    if $LD --help 2>&1 | $GREP 'no-whole-archive' > /dev/null; then
+      whole_archive_flag_spec="$wlarc"'--whole-archive$convenience '"$wlarc"'--no-whole-archive'
+    else
+      whole_archive_flag_spec=
+    fi
+    supports_anon_versioning=no
+    case `$LD -v 2>&1` in
+      *\ [01].* | *\ 2.[0-9].* | *\ 2.10.*) ;; # catch versions < 2.11
+      *\ 2.11.93.0.2\ *) supports_anon_versioning=yes ;; # RH7.3 ...
+      *\ 2.11.92.0.12\ *) supports_anon_versioning=yes ;; # Mandrake 8.2 ...
+      *\ 2.11.*) ;; # other 2.11 versions
+      *) supports_anon_versioning=yes ;;
+    esac
+
+    # See if GNU ld supports shared libraries.
+    case $host_os in
+    aix[3-9]*)
+      # On AIX/PPC, the GNU linker is very broken
+      if test "$host_cpu" != ia64; then
+       ld_shlibs=no
+       cat <<_LT_EOF 1>&2
+
+*** Warning: the GNU linker, at least up to release 2.9.1, is reported
+*** to be unable to reliably create shared libraries on AIX.
+*** Therefore, libtool is disabling shared libraries support.  If you
+*** really care for shared libraries, you may want to modify your PATH
+*** so that a non-GNU linker is found, and then restart.
+
+_LT_EOF
+      fi
+      ;;
+
+    amigaos*)
+      case $host_cpu in
+      powerpc)
+            # see comment about AmigaOS4 .so support
+            archive_cmds='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+            archive_expsym_cmds=''
+        ;;
+      m68k)
+            archive_cmds='$RM $output_objdir/a2ixlibrary.data~$ECHO "#define NAME $libname" > $output_objdir/a2ixlibrary.data~$ECHO "#define LIBRARY_ID 1" >> $output_objdir/a2ixlibrary.data~$ECHO "#define VERSION $major" >> $output_objdir/a2ixlibrary.data~$ECHO "#define REVISION $revision" >> $output_objdir/a2ixlibrary.data~$AR $AR_FLAGS $lib $libobjs~$RANLIB $lib~(cd $output_objdir && a2ixlibrary -32)'
+            hardcode_libdir_flag_spec='-L$libdir'
+            hardcode_minus_L=yes
+        ;;
+      esac
+      ;;
+
+    beos*)
+      if $LD --help 2>&1 | $GREP ': supported targets:.* elf' > /dev/null; then
+       allow_undefined_flag=unsupported
+       # Joseph Beckenbach <jrb3@best.com> says some releases of gcc
+       # support --undefined.  This deserves some investigation.  FIXME
+       archive_cmds='$CC -nostart $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+      else
+       ld_shlibs=no
+      fi
+      ;;
+
+    cygwin* | mingw* | pw32* | cegcc*)
+      # _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, ) is actually meaningless,
+      # as there is no search path for DLLs.
+      hardcode_libdir_flag_spec='-L$libdir'
+      allow_undefined_flag=unsupported
+      always_export_symbols=no
+      enable_shared_with_static_runtimes=yes
+      export_symbols_cmds='$NM $libobjs $convenience | $global_symbol_pipe | $SED -e '\''/^[BCDGRS][ ]/s/.*[ ]\([^ ]*\)/\1 DATA/'\'' | $SED -e '\''/^[AITW][ ]/s/.*[ ]//'\'' | sort | uniq > $export_symbols'
+
+      if $LD --help 2>&1 | $GREP 'auto-import' > /dev/null; then
+        archive_cmds='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags -o $output_objdir/$soname ${wl}--enable-auto-image-base -Xlinker --out-implib -Xlinker $lib'
+       # If the export-symbols file already is a .def file (1st line
+       # is EXPORTS), use it as is; otherwise, prepend...
+       archive_expsym_cmds='if test "x`$SED 1q $export_symbols`" = xEXPORTS; then
+         cp $export_symbols $output_objdir/$soname.def;
+       else
+         echo EXPORTS > $output_objdir/$soname.def;
+         cat $export_symbols >> $output_objdir/$soname.def;
+       fi~
+       $CC -shared $output_objdir/$soname.def $libobjs $deplibs $compiler_flags -o $output_objdir/$soname ${wl}--enable-auto-image-base -Xlinker --out-implib -Xlinker $lib'
+      else
+       ld_shlibs=no
+      fi
+      ;;
+
+    interix[3-9]*)
+      hardcode_direct=no
+      hardcode_shlibpath_var=no
+      hardcode_libdir_flag_spec='${wl}-rpath,$libdir'
+      export_dynamic_flag_spec='${wl}-E'
+      # Hack: On Interix 3.x, we cannot compile PIC because of a broken gcc.
+      # Instead, shared libraries are loaded at an image base (0x10000000 by
+      # default) and relocated if they conflict, which is a slow very memory
+      # consuming and fragmenting process.  To avoid this, we pick a random,
+      # 256 KiB-aligned image base between 0x50000000 and 0x6FFC0000 at link
+      # time.  Moving up from 0x10000000 also allows more sbrk(2) space.
+      archive_cmds='$CC -shared $pic_flag $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-h,$soname ${wl}--image-base,`expr ${RANDOM-$$} % 4096 / 2 \* 262144 + 1342177280` -o $lib'
+      archive_expsym_cmds='sed "s,^,_," $export_symbols >$output_objdir/$soname.expsym~$CC -shared $pic_flag $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-h,$soname ${wl}--retain-symbols-file,$output_objdir/$soname.expsym ${wl}--image-base,`expr ${RANDOM-$$} % 4096 / 2 \* 262144 + 1342177280` -o $lib'
+      ;;
+
+    gnu* | linux* | tpf* | k*bsd*-gnu)
+      tmp_diet=no
+      if test "$host_os" = linux-dietlibc; then
+       case $cc_basename in
+         diet\ *) tmp_diet=yes;;       # linux-dietlibc with static linking (!diet-dyn)
+       esac
+      fi
+      if $LD --help 2>&1 | $EGREP ': supported targets:.* elf' > /dev/null \
+        && test "$tmp_diet" = no
+      then
+       tmp_addflag=
+       tmp_sharedflag='-shared'
+       case $cc_basename,$host_cpu in
+        pgcc*)                         # Portland Group C compiler
+         whole_archive_flag_spec='${wl}--whole-archive`for conv in $convenience\"\"; do test  -n \"$conv\" && new_convenience=\"$new_convenience,$conv\"; done; $ECHO \"$new_convenience\"` ${wl}--no-whole-archive'
+         tmp_addflag=' $pic_flag'
+         ;;
+       pgf77* | pgf90* | pgf95*)       # Portland Group f77 and f90 compilers
+         whole_archive_flag_spec='${wl}--whole-archive`for conv in $convenience\"\"; do test  -n \"$conv\" && new_convenience=\"$new_convenience,$conv\"; done; $ECHO \"$new_convenience\"` ${wl}--no-whole-archive'
+         tmp_addflag=' $pic_flag -Mnomain' ;;
+       ecc*,ia64* | icc*,ia64*)        # Intel C compiler on ia64
+         tmp_addflag=' -i_dynamic' ;;
+       efc*,ia64* | ifort*,ia64*)      # Intel Fortran compiler on ia64
+         tmp_addflag=' -i_dynamic -nofor_main' ;;
+       ifc* | ifort*)                  # Intel Fortran compiler
+         tmp_addflag=' -nofor_main' ;;
+       lf95*)                          # Lahey Fortran 8.1
+         whole_archive_flag_spec=
+         tmp_sharedflag='--shared' ;;
+       xl[cC]*)                        # IBM XL C 8.0 on PPC (deal with xlf below)
+         tmp_sharedflag='-qmkshrobj'
+         tmp_addflag= ;;
+       esac
+       case `$CC -V 2>&1 | sed 5q` in
+       *Sun\ C*)                       # Sun C 5.9
+         whole_archive_flag_spec='${wl}--whole-archive`new_convenience=; for conv in $convenience\"\"; do test -z \"$conv\" || new_convenience=\"$new_convenience,$conv\"; done; $ECHO \"$new_convenience\"` ${wl}--no-whole-archive'
+         compiler_needs_object=yes
+         tmp_sharedflag='-G' ;;
+       *Sun\ F*)                       # Sun Fortran 8.3
+         tmp_sharedflag='-G' ;;
+       esac
+       archive_cmds='$CC '"$tmp_sharedflag""$tmp_addflag"' $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+
+        if test "x$supports_anon_versioning" = xyes; then
+          archive_expsym_cmds='echo "{ global:" > $output_objdir/$libname.ver~
+           cat $export_symbols | sed -e "s/\(.*\)/\1;/" >> $output_objdir/$libname.ver~
+           echo "local: *; };" >> $output_objdir/$libname.ver~
+           $CC '"$tmp_sharedflag""$tmp_addflag"' $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname ${wl}-version-script ${wl}$output_objdir/$libname.ver -o $lib'
+        fi
+
+       case $cc_basename in
+       xlf*)
+         # IBM XL Fortran 10.1 on PPC cannot create shared libs itself
+         whole_archive_flag_spec='--whole-archive$convenience --no-whole-archive'
+         hardcode_libdir_flag_spec=
+         hardcode_libdir_flag_spec_ld='-rpath $libdir'
+         archive_cmds='$LD -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags -soname $soname -o $lib'
+         if test "x$supports_anon_versioning" = xyes; then
+           archive_expsym_cmds='echo "{ global:" > $output_objdir/$libname.ver~
+             cat $export_symbols | sed -e "s/\(.*\)/\1;/" >> $output_objdir/$libname.ver~
+             echo "local: *; };" >> $output_objdir/$libname.ver~
+             $LD -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags -soname $soname -version-script $output_objdir/$libname.ver -o $lib'
+         fi
+         ;;
+       esac
+      else
+        ld_shlibs=no
+      fi
+      ;;
+
+    netbsd* | netbsdelf*-gnu)
+      if echo __ELF__ | $CC -E - | $GREP __ELF__ >/dev/null; then
+       archive_cmds='$LD -Bshareable $libobjs $deplibs $linker_flags -o $lib'
+       wlarc=
+      else
+       archive_cmds='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+       archive_expsym_cmds='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname ${wl}-retain-symbols-file $wl$export_symbols -o $lib'
+      fi
+      ;;
+
+    solaris*)
+      if $LD -v 2>&1 | $GREP 'BFD 2\.8' > /dev/null; then
+       ld_shlibs=no
+       cat <<_LT_EOF 1>&2
+
+*** Warning: The releases 2.8.* of the GNU linker cannot reliably
+*** create shared libraries on Solaris systems.  Therefore, libtool
+*** is disabling shared libraries support.  We urge you to upgrade GNU
+*** binutils to release 2.9.1 or newer.  Another option is to modify
+*** your PATH or compiler configuration so that the native linker is
+*** used, and then restart.
+
+_LT_EOF
+      elif $LD --help 2>&1 | $GREP ': supported targets:.* elf' > /dev/null; then
+       archive_cmds='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+       archive_expsym_cmds='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname ${wl}-retain-symbols-file $wl$export_symbols -o $lib'
+      else
+       ld_shlibs=no
+      fi
+      ;;
+
+    sysv5* | sco3.2v5* | sco5v6* | unixware* | OpenUNIX*)
+      case `$LD -v 2>&1` in
+        *\ [01].* | *\ 2.[0-9].* | *\ 2.1[0-5].*)
+       ld_shlibs=no
+       cat <<_LT_EOF 1>&2
+
+*** Warning: Releases of the GNU linker prior to 2.16.91.0.3 can not
+*** reliably create shared libraries on SCO systems.  Therefore, libtool
+*** is disabling shared libraries support.  We urge you to upgrade GNU
+*** binutils to release 2.16.91.0.3 or newer.  Another option is to modify
+*** your PATH or compiler configuration so that the native linker is
+*** used, and then restart.
+
+_LT_EOF
+       ;;
+       *)
+         # For security reasons, it is highly recommended that you always
+         # use absolute paths for naming shared libraries, and exclude the
+         # DT_RUNPATH tag from executables and libraries.  But doing so
+         # requires that you compile everything twice, which is a pain.
+         if $LD --help 2>&1 | $GREP ': supported targets:.* elf' > /dev/null; then
+           hardcode_libdir_flag_spec='${wl}-rpath ${wl}$libdir'
+           archive_cmds='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+           archive_expsym_cmds='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname ${wl}-retain-symbols-file $wl$export_symbols -o $lib'
+         else
+           ld_shlibs=no
+         fi
+       ;;
+      esac
+      ;;
+
+    sunos4*)
+      archive_cmds='$LD -assert pure-text -Bshareable -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+      wlarc=
+      hardcode_direct=yes
+      hardcode_shlibpath_var=no
+      ;;
+
+    *)
+      if $LD --help 2>&1 | $GREP ': supported targets:.* elf' > /dev/null; then
+       archive_cmds='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+       archive_expsym_cmds='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname ${wl}-retain-symbols-file $wl$export_symbols -o $lib'
+      else
+       ld_shlibs=no
+      fi
+      ;;
+    esac
+
+    if test "$ld_shlibs" = no; then
+      runpath_var=
+      hardcode_libdir_flag_spec=
+      export_dynamic_flag_spec=
+      whole_archive_flag_spec=
+    fi
+  else
+    # PORTME fill in a description of your system's linker (not GNU ld)
+    case $host_os in
+    aix3*)
+      allow_undefined_flag=unsupported
+      always_export_symbols=yes
+      archive_expsym_cmds='$LD -o $output_objdir/$soname $libobjs $deplibs $linker_flags -bE:$export_symbols -T512 -H512 -bM:SRE~$AR $AR_FLAGS $lib $output_objdir/$soname'
+      # Note: this linker hardcodes the directories in LIBPATH if there
+      # are no directories specified by -L.
+      hardcode_minus_L=yes
+      if test "$GCC" = yes && test -z "$lt_prog_compiler_static"; then
+       # Neither direct hardcoding nor static linking is supported with a
+       # broken collect2.
+       hardcode_direct=unsupported
+      fi
+      ;;
+
+    aix[4-9]*)
+      if test "$host_cpu" = ia64; then
+       # On IA64, the linker does run time linking by default, so we don't
+       # have to do anything special.
+       aix_use_runtimelinking=no
+       exp_sym_flag='-Bexport'
+       no_entry_flag=""
+      else
+       # If we're using GNU nm, then we don't want the "-C" option.
+       # -C means demangle to AIX nm, but means don't demangle with GNU nm
+       if $NM -V 2>&1 | $GREP 'GNU' > /dev/null; then
+         export_symbols_cmds='$NM -Bpg $libobjs $convenience | awk '\''{ if (((\$ 2 == "T") || (\$ 2 == "D") || (\$ 2 == "B")) && (substr(\$ 3,1,1) != ".")) { print \$ 3 } }'\'' | sort -u > $export_symbols'
+       else
+         export_symbols_cmds='$NM -BCpg $libobjs $convenience | awk '\''{ if (((\$ 2 == "T") || (\$ 2 == "D") || (\$ 2 == "B")) && (substr(\$ 3,1,1) != ".")) { print \$ 3 } }'\'' | sort -u > $export_symbols'
+       fi
+       aix_use_runtimelinking=no
+
+       # Test if we are trying to use run time linking or normal
+       # AIX style linking. If -brtl is somewhere in LDFLAGS, we
+       # need to do runtime linking.
+       case $host_os in aix4.[23]|aix4.[23].*|aix[5-9]*)
+         for ld_flag in $LDFLAGS; do
+         if (test $ld_flag = "-brtl" || test $ld_flag = "-Wl,-brtl"); then
+           aix_use_runtimelinking=yes
+           break
+         fi
+         done
+         ;;
+       esac
+
+       exp_sym_flag='-bexport'
+       no_entry_flag='-bnoentry'
+      fi
+
+      # When large executables or shared objects are built, AIX ld can
+      # have problems creating the table of contents.  If linking a library
+      # or program results in "error TOC overflow" add -mminimal-toc to
+      # CXXFLAGS/CFLAGS for g++/gcc.  In the cases where that is not
+      # enough to fix the problem, add -Wl,-bbigtoc to LDFLAGS.
+
+      archive_cmds=''
+      hardcode_direct=yes
+      hardcode_direct_absolute=yes
+      hardcode_libdir_separator=':'
+      link_all_deplibs=yes
+      file_list_spec='${wl}-f,'
+
+      if test "$GCC" = yes; then
+       case $host_os in aix4.[012]|aix4.[012].*)
+       # We only want to do this on AIX 4.2 and lower, the check
+       # below for broken collect2 doesn't work under 4.3+
+         collect2name=`${CC} -print-prog-name=collect2`
+         if test -f "$collect2name" &&
+          strings "$collect2name" | $GREP resolve_lib_name >/dev/null
+         then
+         # We have reworked collect2
+         :
+         else
+         # We have old collect2
+         hardcode_direct=unsupported
+         # It fails to find uninstalled libraries when the uninstalled
+         # path is not listed in the libpath.  Setting hardcode_minus_L
+         # to unsupported forces relinking
+         hardcode_minus_L=yes
+         hardcode_libdir_flag_spec='-L$libdir'
+         hardcode_libdir_separator=
+         fi
+         ;;
+       esac
+       shared_flag='-shared'
+       if test "$aix_use_runtimelinking" = yes; then
+         shared_flag="$shared_flag "'${wl}-G'
+       fi
+       link_all_deplibs=no
+      else
+       # not using gcc
+       if test "$host_cpu" = ia64; then
+       # VisualAge C++, Version 5.5 for AIX 5L for IA-64, Beta 3 Release
+       # chokes on -Wl,-G. The following line is correct:
+         shared_flag='-G'
+       else
+         if test "$aix_use_runtimelinking" = yes; then
+           shared_flag='${wl}-G'
+         else
+           shared_flag='${wl}-bM:SRE'
+         fi
+       fi
+      fi
+
+      export_dynamic_flag_spec='${wl}-bexpall'
+      # It seems that -bexpall does not export symbols beginning with
+      # underscore (_), so it is better to generate a list of symbols to export.
+      always_export_symbols=yes
+      if test "$aix_use_runtimelinking" = yes; then
+       # Warning - without using the other runtime loading flags (-brtl),
+       # -berok will link without error, but may produce a broken library.
+       allow_undefined_flag='-berok'
+        # Determine the default libpath from the value encoded in an
+        # empty executable.
+        cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+
+lt_aix_libpath_sed='
+    /Import File Strings/,/^$/ {
+       /^0/ {
+           s/^0  *\(.*\)$/\1/
+           p
+       }
+    }'
+aix_libpath=`dump -H conftest$ac_exeext 2>/dev/null | $SED -n -e "$lt_aix_libpath_sed"`
+# Check for a 64-bit object if we didn't find anything.
+if test -z "$aix_libpath"; then
+  aix_libpath=`dump -HX64 conftest$ac_exeext 2>/dev/null | $SED -n -e "$lt_aix_libpath_sed"`
+fi
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+if test -z "$aix_libpath"; then aix_libpath="/usr/lib:/lib"; fi
+
+        hardcode_libdir_flag_spec='${wl}-blibpath:$libdir:'"$aix_libpath"
+        archive_expsym_cmds='$CC -o $output_objdir/$soname $libobjs $deplibs '"\${wl}$no_entry_flag"' $compiler_flags `if test "x${allow_undefined_flag}" != "x"; then $ECHO "X${wl}${allow_undefined_flag}" | $Xsed; else :; fi` '"\${wl}$exp_sym_flag:\$export_symbols $shared_flag"
+      else
+       if test "$host_cpu" = ia64; then
+         hardcode_libdir_flag_spec='${wl}-R $libdir:/usr/lib:/lib'
+         allow_undefined_flag="-z nodefs"
+         archive_expsym_cmds="\$CC $shared_flag"' -o $output_objdir/$soname $libobjs $deplibs '"\${wl}$no_entry_flag"' $compiler_flags ${wl}${allow_undefined_flag} '"\${wl}$exp_sym_flag:\$export_symbols"
+       else
+        # Determine the default libpath from the value encoded in an
+        # empty executable.
+        cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+
+lt_aix_libpath_sed='
+    /Import File Strings/,/^$/ {
+       /^0/ {
+           s/^0  *\(.*\)$/\1/
+           p
+       }
+    }'
+aix_libpath=`dump -H conftest$ac_exeext 2>/dev/null | $SED -n -e "$lt_aix_libpath_sed"`
+# Check for a 64-bit object if we didn't find anything.
+if test -z "$aix_libpath"; then
+  aix_libpath=`dump -HX64 conftest$ac_exeext 2>/dev/null | $SED -n -e "$lt_aix_libpath_sed"`
+fi
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+if test -z "$aix_libpath"; then aix_libpath="/usr/lib:/lib"; fi
+
+        hardcode_libdir_flag_spec='${wl}-blibpath:$libdir:'"$aix_libpath"
+         # Warning - without using the other run time loading flags,
+         # -berok will link without error, but may produce a broken library.
+         no_undefined_flag=' ${wl}-bernotok'
+         allow_undefined_flag=' ${wl}-berok'
+         # Exported symbols can be pulled into shared objects from archives
+         whole_archive_flag_spec='$convenience'
+         archive_cmds_need_lc=yes
+         # This is similar to how AIX traditionally builds its shared libraries.
+         archive_expsym_cmds="\$CC $shared_flag"' -o $output_objdir/$soname $libobjs $deplibs ${wl}-bnoentry $compiler_flags ${wl}-bE:$export_symbols${allow_undefined_flag}~$AR $AR_FLAGS $output_objdir/$libname$release.a $output_objdir/$soname'
+       fi
+      fi
+      ;;
+
+    amigaos*)
+      case $host_cpu in
+      powerpc)
+            # see comment about AmigaOS4 .so support
+            archive_cmds='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+            archive_expsym_cmds=''
+        ;;
+      m68k)
+            archive_cmds='$RM $output_objdir/a2ixlibrary.data~$ECHO "#define NAME $libname" > $output_objdir/a2ixlibrary.data~$ECHO "#define LIBRARY_ID 1" >> $output_objdir/a2ixlibrary.data~$ECHO "#define VERSION $major" >> $output_objdir/a2ixlibrary.data~$ECHO "#define REVISION $revision" >> $output_objdir/a2ixlibrary.data~$AR $AR_FLAGS $lib $libobjs~$RANLIB $lib~(cd $output_objdir && a2ixlibrary -32)'
+            hardcode_libdir_flag_spec='-L$libdir'
+            hardcode_minus_L=yes
+        ;;
+      esac
+      ;;
+
+    bsdi[45]*)
+      export_dynamic_flag_spec=-rdynamic
+      ;;
+
+    cygwin* | mingw* | pw32* | cegcc*)
+      # When not using gcc, we currently assume that we are using
+      # Microsoft Visual C++.
+      # hardcode_libdir_flag_spec is actually meaningless, as there is
+      # no search path for DLLs.
+      hardcode_libdir_flag_spec=' '
+      allow_undefined_flag=unsupported
+      # Tell ltmain to make .lib files, not .a files.
+      libext=lib
+      # Tell ltmain to make .dll files, not .so files.
+      shrext_cmds=".dll"
+      # FIXME: Setting linknames here is a bad hack.
+      archive_cmds='$CC -o $lib $libobjs $compiler_flags `$ECHO "X$deplibs" | $Xsed -e '\''s/ -lc$//'\''` -link -dll~linknames='
+      # The linker will automatically build a .lib file if we build a DLL.
+      old_archive_from_new_cmds='true'
+      # FIXME: Should let the user specify the lib program.
+      old_archive_cmds='lib -OUT:$oldlib$oldobjs$old_deplibs'
+      fix_srcfile_path='`cygpath -w "$srcfile"`'
+      enable_shared_with_static_runtimes=yes
+      ;;
+
+    darwin* | rhapsody*)
+
+
+  archive_cmds_need_lc=no
+  hardcode_direct=no
+  hardcode_automatic=yes
+  hardcode_shlibpath_var=unsupported
+  whole_archive_flag_spec=''
+  link_all_deplibs=yes
+  allow_undefined_flag="$_lt_dar_allow_undefined"
+  case $cc_basename in
+     ifort*) _lt_dar_can_shared=yes ;;
+     *) _lt_dar_can_shared=$GCC ;;
+  esac
+  if test "$_lt_dar_can_shared" = "yes"; then
+    output_verbose_link_cmd=echo
+    archive_cmds="\$CC -dynamiclib \$allow_undefined_flag -o \$lib \$libobjs \$deplibs \$compiler_flags -install_name \$rpath/\$soname \$verstring $_lt_dar_single_mod${_lt_dsymutil}"
+    module_cmds="\$CC \$allow_undefined_flag -o \$lib -bundle \$libobjs \$deplibs \$compiler_flags${_lt_dsymutil}"
+    archive_expsym_cmds="sed 's,^,_,' < \$export_symbols > \$output_objdir/\${libname}-symbols.expsym~\$CC -dynamiclib \$allow_undefined_flag -o \$lib \$libobjs \$deplibs \$compiler_flags -install_name \$rpath/\$soname \$verstring ${_lt_dar_single_mod}${_lt_dar_export_syms}${_lt_dsymutil}"
+    module_expsym_cmds="sed -e 's,^,_,' < \$export_symbols > \$output_objdir/\${libname}-symbols.expsym~\$CC \$allow_undefined_flag -o \$lib -bundle \$libobjs \$deplibs \$compiler_flags${_lt_dar_export_syms}${_lt_dsymutil}"
+
+  else
+  ld_shlibs=no
+  fi
+
+      ;;
+
+    dgux*)
+      archive_cmds='$LD -G -h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+      hardcode_libdir_flag_spec='-L$libdir'
+      hardcode_shlibpath_var=no
+      ;;
+
+    freebsd1*)
+      ld_shlibs=no
+      ;;
+
+    # FreeBSD 2.2.[012] allows us to include c++rt0.o to get C++ constructor
+    # support.  Future versions do this automatically, but an explicit c++rt0.o
+    # does not break anything, and helps significantly (at the cost of a little
+    # extra space).
+    freebsd2.2*)
+      archive_cmds='$LD -Bshareable -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags /usr/lib/c++rt0.o'
+      hardcode_libdir_flag_spec='-R$libdir'
+      hardcode_direct=yes
+      hardcode_shlibpath_var=no
+      ;;
+
+    # Unfortunately, older versions of FreeBSD 2 do not have this feature.
+    freebsd2*)
+      archive_cmds='$LD -Bshareable -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+      hardcode_direct=yes
+      hardcode_minus_L=yes
+      hardcode_shlibpath_var=no
+      ;;
+
+    # FreeBSD 3 and greater uses gcc -shared to do shared libraries.
+    freebsd* | dragonfly*)
+      archive_cmds='$CC -shared -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+      hardcode_libdir_flag_spec='-R$libdir'
+      hardcode_direct=yes
+      hardcode_shlibpath_var=no
+      ;;
+
+    hpux9*)
+      if test "$GCC" = yes; then
+       archive_cmds='$RM $output_objdir/$soname~$CC -shared -fPIC ${wl}+b ${wl}$install_libdir -o $output_objdir/$soname $libobjs $deplibs $compiler_flags~test $output_objdir/$soname = $lib || mv $output_objdir/$soname $lib'
+      else
+       archive_cmds='$RM $output_objdir/$soname~$LD -b +b $install_libdir -o $output_objdir/$soname $libobjs $deplibs $linker_flags~test $output_objdir/$soname = $lib || mv $output_objdir/$soname $lib'
+      fi
+      hardcode_libdir_flag_spec='${wl}+b ${wl}$libdir'
+      hardcode_libdir_separator=:
+      hardcode_direct=yes
+
+      # hardcode_minus_L: Not really in the search PATH,
+      # but as the default location of the library.
+      hardcode_minus_L=yes
+      export_dynamic_flag_spec='${wl}-E'
+      ;;
+
+    hpux10*)
+      if test "$GCC" = yes -a "$with_gnu_ld" = no; then
+       archive_cmds='$CC -shared -fPIC ${wl}+h ${wl}$soname ${wl}+b ${wl}$install_libdir -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+      else
+       archive_cmds='$LD -b +h $soname +b $install_libdir -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+      fi
+      if test "$with_gnu_ld" = no; then
+       hardcode_libdir_flag_spec='${wl}+b ${wl}$libdir'
+       hardcode_libdir_flag_spec_ld='+b $libdir'
+       hardcode_libdir_separator=:
+       hardcode_direct=yes
+       hardcode_direct_absolute=yes
+       export_dynamic_flag_spec='${wl}-E'
+       # hardcode_minus_L: Not really in the search PATH,
+       # but as the default location of the library.
+       hardcode_minus_L=yes
+      fi
+      ;;
+
+    hpux11*)
+      if test "$GCC" = yes -a "$with_gnu_ld" = no; then
+       case $host_cpu in
+       hppa*64*)
+         archive_cmds='$CC -shared ${wl}+h ${wl}$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         ;;
+       ia64*)
+         archive_cmds='$CC -shared -fPIC ${wl}+h ${wl}$soname ${wl}+nodefaultrpath -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         ;;
+       *)
+         archive_cmds='$CC -shared -fPIC ${wl}+h ${wl}$soname ${wl}+b ${wl}$install_libdir -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         ;;
+       esac
+      else
+       case $host_cpu in
+       hppa*64*)
+         archive_cmds='$CC -b ${wl}+h ${wl}$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         ;;
+       ia64*)
+         archive_cmds='$CC -b ${wl}+h ${wl}$soname ${wl}+nodefaultrpath -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         ;;
+       *)
+         archive_cmds='$CC -b ${wl}+h ${wl}$soname ${wl}+b ${wl}$install_libdir -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         ;;
+       esac
+      fi
+      if test "$with_gnu_ld" = no; then
+       hardcode_libdir_flag_spec='${wl}+b ${wl}$libdir'
+       hardcode_libdir_separator=:
+
+       case $host_cpu in
+       hppa*64*|ia64*)
+         hardcode_direct=no
+         hardcode_shlibpath_var=no
+         ;;
+       *)
+         hardcode_direct=yes
+         hardcode_direct_absolute=yes
+         export_dynamic_flag_spec='${wl}-E'
+
+         # hardcode_minus_L: Not really in the search PATH,
+         # but as the default location of the library.
+         hardcode_minus_L=yes
+         ;;
+       esac
+      fi
+      ;;
+
+    irix5* | irix6* | nonstopux*)
+      if test "$GCC" = yes; then
+       archive_cmds='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname ${wl}$soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X${wl}-set_version ${wl}$verstring" | $Xsed` ${wl}-update_registry ${wl}${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+       # Try to use the -exported_symbol ld option, if it does not
+       # work, assume that -exports_file does not work either and
+       # implicitly export all symbols.
+        save_LDFLAGS="$LDFLAGS"
+        LDFLAGS="$LDFLAGS -shared ${wl}-exported_symbol ${wl}foo ${wl}-update_registry ${wl}/dev/null"
+        cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+int foo(void) {}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+  archive_expsym_cmds='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname ${wl}$soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X${wl}-set_version ${wl}$verstring" | $Xsed` ${wl}-update_registry ${wl}${output_objdir}/so_locations ${wl}-exports_file ${wl}$export_symbols -o $lib'
+
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+        LDFLAGS="$save_LDFLAGS"
+      else
+       archive_cmds='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags -soname $soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X-set_version $verstring" | $Xsed` -update_registry ${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+       archive_expsym_cmds='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags -soname $soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X-set_version $verstring" | $Xsed` -update_registry ${output_objdir}/so_locations -exports_file $export_symbols -o $lib'
+      fi
+      archive_cmds_need_lc='no'
+      hardcode_libdir_flag_spec='${wl}-rpath ${wl}$libdir'
+      hardcode_libdir_separator=:
+      inherit_rpath=yes
+      link_all_deplibs=yes
+      ;;
+
+    netbsd* | netbsdelf*-gnu)
+      if echo __ELF__ | $CC -E - | $GREP __ELF__ >/dev/null; then
+       archive_cmds='$LD -Bshareable -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'  # a.out
+      else
+       archive_cmds='$LD -shared -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'      # ELF
+      fi
+      hardcode_libdir_flag_spec='-R$libdir'
+      hardcode_direct=yes
+      hardcode_shlibpath_var=no
+      ;;
+
+    newsos6)
+      archive_cmds='$LD -G -h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+      hardcode_direct=yes
+      hardcode_libdir_flag_spec='${wl}-rpath ${wl}$libdir'
+      hardcode_libdir_separator=:
+      hardcode_shlibpath_var=no
+      ;;
+
+    *nto* | *qnx*)
+      ;;
+
+    openbsd*)
+      if test -f /usr/libexec/ld.so; then
+       hardcode_direct=yes
+       hardcode_shlibpath_var=no
+       hardcode_direct_absolute=yes
+       if test -z "`echo __ELF__ | $CC -E - | $GREP __ELF__`" || test "$host_os-$host_cpu" = "openbsd2.8-powerpc"; then
+         archive_cmds='$CC -shared $pic_flag -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         archive_expsym_cmds='$CC -shared $pic_flag -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-retain-symbols-file,$export_symbols'
+         hardcode_libdir_flag_spec='${wl}-rpath,$libdir'
+         export_dynamic_flag_spec='${wl}-E'
+       else
+         case $host_os in
+          openbsd[01].* | openbsd2.[0-7] | openbsd2.[0-7].*)
+            archive_cmds='$LD -Bshareable -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+            hardcode_libdir_flag_spec='-R$libdir'
+            ;;
+          *)
+            archive_cmds='$CC -shared $pic_flag -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+            hardcode_libdir_flag_spec='${wl}-rpath,$libdir'
+            ;;
+         esac
+       fi
+      else
+       ld_shlibs=no
+      fi
+      ;;
+
+    os2*)
+      hardcode_libdir_flag_spec='-L$libdir'
+      hardcode_minus_L=yes
+      allow_undefined_flag=unsupported
+      archive_cmds='$ECHO "LIBRARY $libname INITINSTANCE" > $output_objdir/$libname.def~$ECHO "DESCRIPTION \"$libname\"" >> $output_objdir/$libname.def~$ECHO DATA >> $output_objdir/$libname.def~$ECHO " SINGLE NONSHARED" >> $output_objdir/$libname.def~$ECHO EXPORTS >> $output_objdir/$libname.def~emxexp $libobjs >> $output_objdir/$libname.def~$CC -Zdll -Zcrtdll -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags $output_objdir/$libname.def'
+      old_archive_from_new_cmds='emximp -o $output_objdir/$libname.a $output_objdir/$libname.def'
+      ;;
+
+    osf3*)
+      if test "$GCC" = yes; then
+       allow_undefined_flag=' ${wl}-expect_unresolved ${wl}\*'
+       archive_cmds='$CC -shared${allow_undefined_flag} $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname ${wl}$soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X${wl}-set_version ${wl}$verstring" | $Xsed` ${wl}-update_registry ${wl}${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+      else
+       allow_undefined_flag=' -expect_unresolved \*'
+       archive_cmds='$CC -shared${allow_undefined_flag} $libobjs $deplibs $compiler_flags -soname $soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X-set_version $verstring" | $Xsed` -update_registry ${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+      fi
+      archive_cmds_need_lc='no'
+      hardcode_libdir_flag_spec='${wl}-rpath ${wl}$libdir'
+      hardcode_libdir_separator=:
+      ;;
+
+    osf4* | osf5*)     # as osf3* with the addition of -msym flag
+      if test "$GCC" = yes; then
+       allow_undefined_flag=' ${wl}-expect_unresolved ${wl}\*'
+       archive_cmds='$CC -shared${allow_undefined_flag} $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-msym ${wl}-soname ${wl}$soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X${wl}-set_version ${wl}$verstring" | $Xsed` ${wl}-update_registry ${wl}${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+       hardcode_libdir_flag_spec='${wl}-rpath ${wl}$libdir'
+      else
+       allow_undefined_flag=' -expect_unresolved \*'
+       archive_cmds='$CC -shared${allow_undefined_flag} $libobjs $deplibs $compiler_flags -msym -soname $soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X-set_version $verstring" | $Xsed` -update_registry ${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+       archive_expsym_cmds='for i in `cat $export_symbols`; do printf "%s %s\\n" -exported_symbol "\$i" >> $lib.exp; done; printf "%s\\n" "-hidden">> $lib.exp~
+       $CC -shared${allow_undefined_flag} ${wl}-input ${wl}$lib.exp $compiler_flags $libobjs $deplibs -soname $soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X-set_version $verstring" | $Xsed` -update_registry ${output_objdir}/so_locations -o $lib~$RM $lib.exp'
+
+       # Both c and cxx compiler support -rpath directly
+       hardcode_libdir_flag_spec='-rpath $libdir'
+      fi
+      archive_cmds_need_lc='no'
+      hardcode_libdir_separator=:
+      ;;
+
+    solaris*)
+      no_undefined_flag=' -z defs'
+      if test "$GCC" = yes; then
+       wlarc='${wl}'
+       archive_cmds='$CC -shared ${wl}-z ${wl}text ${wl}-h ${wl}$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+       archive_expsym_cmds='echo "{ global:" > $lib.exp~cat $export_symbols | $SED -e "s/\(.*\)/\1;/" >> $lib.exp~echo "local: *; };" >> $lib.exp~
+         $CC -shared ${wl}-z ${wl}text ${wl}-M ${wl}$lib.exp ${wl}-h ${wl}$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags~$RM $lib.exp'
+      else
+       case `$CC -V 2>&1` in
+       *"Compilers 5.0"*)
+         wlarc=''
+         archive_cmds='$LD -G${allow_undefined_flag} -h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+         archive_expsym_cmds='echo "{ global:" > $lib.exp~cat $export_symbols | $SED -e "s/\(.*\)/\1;/" >> $lib.exp~echo "local: *; };" >> $lib.exp~
+         $LD -G${allow_undefined_flag} -M $lib.exp -h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags~$RM $lib.exp'
+         ;;
+       *)
+         wlarc='${wl}'
+         archive_cmds='$CC -G${allow_undefined_flag} -h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         archive_expsym_cmds='echo "{ global:" > $lib.exp~cat $export_symbols | $SED -e "s/\(.*\)/\1;/" >> $lib.exp~echo "local: *; };" >> $lib.exp~
+         $CC -G${allow_undefined_flag} -M $lib.exp -h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags~$RM $lib.exp'
+         ;;
+       esac
+      fi
+      hardcode_libdir_flag_spec='-R$libdir'
+      hardcode_shlibpath_var=no
+      case $host_os in
+      solaris2.[0-5] | solaris2.[0-5].*) ;;
+      *)
+       # The compiler driver will combine and reorder linker options,
+       # but understands `-z linker_flag'.  GCC discards it without `$wl',
+       # but is careful enough not to reorder.
+       # Supported since Solaris 2.6 (maybe 2.5.1?)
+       if test "$GCC" = yes; then
+         whole_archive_flag_spec='${wl}-z ${wl}allextract$convenience ${wl}-z ${wl}defaultextract'
+       else
+         whole_archive_flag_spec='-z allextract$convenience -z defaultextract'
+       fi
+       ;;
+      esac
+      link_all_deplibs=yes
+      ;;
+
+    sunos4*)
+      if test "x$host_vendor" = xsequent; then
+       # Use $CC to link under sequent, because it throws in some extra .o
+       # files that make .init and .fini sections work.
+       archive_cmds='$CC -G ${wl}-h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+      else
+       archive_cmds='$LD -assert pure-text -Bstatic -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+      fi
+      hardcode_libdir_flag_spec='-L$libdir'
+      hardcode_direct=yes
+      hardcode_minus_L=yes
+      hardcode_shlibpath_var=no
+      ;;
+
+    sysv4)
+      case $host_vendor in
+       sni)
+         archive_cmds='$LD -G -h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+         hardcode_direct=yes # is this really true???
+       ;;
+       siemens)
+         ## LD is ld it makes a PLAMLIB
+         ## CC just makes a GrossModule.
+         archive_cmds='$LD -G -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+         reload_cmds='$CC -r -o $output$reload_objs'
+         hardcode_direct=no
+        ;;
+       motorola)
+         archive_cmds='$LD -G -h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+         hardcode_direct=no #Motorola manual says yes, but my tests say they lie
+       ;;
+      esac
+      runpath_var='LD_RUN_PATH'
+      hardcode_shlibpath_var=no
+      ;;
+
+    sysv4.3*)
+      archive_cmds='$LD -G -h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+      hardcode_shlibpath_var=no
+      export_dynamic_flag_spec='-Bexport'
+      ;;
+
+    sysv4*MP*)
+      if test -d /usr/nec; then
+       archive_cmds='$LD -G -h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+       hardcode_shlibpath_var=no
+       runpath_var=LD_RUN_PATH
+       hardcode_runpath_var=yes
+       ld_shlibs=yes
+      fi
+      ;;
+
+    sysv4*uw2* | sysv5OpenUNIX* | sysv5UnixWare7.[01].[10]* | unixware7* | sco3.2v5.0.[024]*)
+      no_undefined_flag='${wl}-z,text'
+      archive_cmds_need_lc=no
+      hardcode_shlibpath_var=no
+      runpath_var='LD_RUN_PATH'
+
+      if test "$GCC" = yes; then
+       archive_cmds='$CC -shared ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+       archive_expsym_cmds='$CC -shared ${wl}-Bexport:$export_symbols ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+      else
+       archive_cmds='$CC -G ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+       archive_expsym_cmds='$CC -G ${wl}-Bexport:$export_symbols ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+      fi
+      ;;
+
+    sysv5* | sco3.2v5* | sco5v6*)
+      # Note: We can NOT use -z defs as we might desire, because we do not
+      # link with -lc, and that would cause any symbols used from libc to
+      # always be unresolved, which means just about no library would
+      # ever link correctly.  If we're not using GNU ld we use -z text
+      # though, which does catch some bad symbols but isn't as heavy-handed
+      # as -z defs.
+      no_undefined_flag='${wl}-z,text'
+      allow_undefined_flag='${wl}-z,nodefs'
+      archive_cmds_need_lc=no
+      hardcode_shlibpath_var=no
+      hardcode_libdir_flag_spec='${wl}-R,$libdir'
+      hardcode_libdir_separator=':'
+      link_all_deplibs=yes
+      export_dynamic_flag_spec='${wl}-Bexport'
+      runpath_var='LD_RUN_PATH'
+
+      if test "$GCC" = yes; then
+       archive_cmds='$CC -shared ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+       archive_expsym_cmds='$CC -shared ${wl}-Bexport:$export_symbols ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+      else
+       archive_cmds='$CC -G ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+       archive_expsym_cmds='$CC -G ${wl}-Bexport:$export_symbols ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+      fi
+      ;;
+
+    uts4*)
+      archive_cmds='$LD -G -h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+      hardcode_libdir_flag_spec='-L$libdir'
+      hardcode_shlibpath_var=no
+      ;;
+
+    *)
+      ld_shlibs=no
+      ;;
+    esac
+
+    if test x$host_vendor = xsni; then
+      case $host in
+      sysv4 | sysv4.2uw2* | sysv4.3* | sysv5*)
+       export_dynamic_flag_spec='${wl}-Blargedynsym'
+       ;;
+      esac
+    fi
+  fi
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ld_shlibs" >&5
+$as_echo "$ld_shlibs" >&6; }
+test "$ld_shlibs" = no && can_build_shared=no
+
+with_gnu_ld=$with_gnu_ld
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+#
+# Do we need to explicitly link libc?
+#
+case "x$archive_cmds_need_lc" in
+x|xyes)
+  # Assume -lc should be added
+  archive_cmds_need_lc=yes
+
+  if test "$enable_shared" = yes && test "$GCC" = yes; then
+    case $archive_cmds in
+    *'~'*)
+      # FIXME: we may have to deal with multi-command sequences.
+      ;;
+    '$CC '*)
+      # Test whether the compiler implicitly links with -lc since on some
+      # systems, -lgcc has to come before -lc. If gcc already passes -lc
+      # to ld, don't add -lc before -lgcc.
+      { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether -lc should be explicitly linked in" >&5
+$as_echo_n "checking whether -lc should be explicitly linked in... " >&6; }
+      $RM conftest*
+      echo "$lt_simple_compile_test_code" > conftest.$ac_ext
+
+      if { (eval echo "$as_me:$LINENO: \"$ac_compile\"") >&5
+  (eval $ac_compile) 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } 2>conftest.err; then
+        soname=conftest
+        lib=conftest
+        libobjs=conftest.$ac_objext
+        deplibs=
+        wl=$lt_prog_compiler_wl
+       pic_flag=$lt_prog_compiler_pic
+        compiler_flags=-v
+        linker_flags=-v
+        verstring=
+        output_objdir=.
+        libname=conftest
+        lt_save_allow_undefined_flag=$allow_undefined_flag
+        allow_undefined_flag=
+        if { (eval echo "$as_me:$LINENO: \"$archive_cmds 2\>\&1 \| $GREP \" -lc \" \>/dev/null 2\>\&1\"") >&5
+  (eval $archive_cmds 2\>\&1 \| $GREP \" -lc \" \>/dev/null 2\>\&1) 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }
+        then
+         archive_cmds_need_lc=no
+        else
+         archive_cmds_need_lc=yes
+        fi
+        allow_undefined_flag=$lt_save_allow_undefined_flag
+      else
+        cat conftest.err 1>&5
+      fi
+      $RM conftest*
+      { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $archive_cmds_need_lc" >&5
+$as_echo "$archive_cmds_need_lc" >&6; }
+      ;;
+    esac
+  fi
+  ;;
+esac
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking dynamic linker characteristics" >&5
+$as_echo_n "checking dynamic linker characteristics... " >&6; }
+
+if test "$GCC" = yes; then
+  case $host_os in
+    darwin*) lt_awk_arg="/^libraries:/,/LR/" ;;
+    *) lt_awk_arg="/^libraries:/" ;;
+  esac
+  lt_search_path_spec=`$CC -print-search-dirs | awk $lt_awk_arg | $SED -e "s/^libraries://" -e "s,=/,/,g"`
+  if $ECHO "$lt_search_path_spec" | $GREP ';' >/dev/null ; then
+    # if the path contains ";" then we assume it to be the separator
+    # otherwise default to the standard path separator (i.e. ":") - it is
+    # assumed that no part of a normal pathname contains ";" but that should
+    # okay in the real world where ";" in dirpaths is itself problematic.
+    lt_search_path_spec=`$ECHO "$lt_search_path_spec" | $SED -e 's/;/ /g'`
+  else
+    lt_search_path_spec=`$ECHO "$lt_search_path_spec" | $SED  -e "s/$PATH_SEPARATOR/ /g"`
+  fi
+  # Ok, now we have the path, separated by spaces, we can step through it
+  # and add multilib dir if necessary.
+  lt_tmp_lt_search_path_spec=
+  lt_multi_os_dir=`$CC $CPPFLAGS $CFLAGS $LDFLAGS -print-multi-os-directory 2>/dev/null`
+  for lt_sys_path in $lt_search_path_spec; do
+    if test -d "$lt_sys_path/$lt_multi_os_dir"; then
+      lt_tmp_lt_search_path_spec="$lt_tmp_lt_search_path_spec $lt_sys_path/$lt_multi_os_dir"
+    else
+      test -d "$lt_sys_path" && \
+       lt_tmp_lt_search_path_spec="$lt_tmp_lt_search_path_spec $lt_sys_path"
+    fi
+  done
+  lt_search_path_spec=`$ECHO $lt_tmp_lt_search_path_spec | awk '
+BEGIN {RS=" "; FS="/|\n";} {
+  lt_foo="";
+  lt_count=0;
+  for (lt_i = NF; lt_i > 0; lt_i--) {
+    if ($lt_i != "" && $lt_i != ".") {
+      if ($lt_i == "..") {
+        lt_count++;
+      } else {
+        if (lt_count == 0) {
+          lt_foo="/" $lt_i lt_foo;
+        } else {
+          lt_count--;
+        }
+      }
+    }
+  }
+  if (lt_foo != "") { lt_freq[lt_foo]++; }
+  if (lt_freq[lt_foo] == 1) { print lt_foo; }
+}'`
+  sys_lib_search_path_spec=`$ECHO $lt_search_path_spec`
+else
+  sys_lib_search_path_spec="/lib /usr/lib /usr/local/lib"
+fi
+library_names_spec=
+libname_spec='lib$name'
+soname_spec=
+shrext_cmds=".so"
+postinstall_cmds=
+postuninstall_cmds=
+finish_cmds=
+finish_eval=
+shlibpath_var=
+shlibpath_overrides_runpath=unknown
+version_type=none
+dynamic_linker="$host_os ld.so"
+sys_lib_dlsearch_path_spec="/lib /usr/lib"
+need_lib_prefix=unknown
+hardcode_into_libs=no
+
+# when you set need_version to no, make sure it does not cause -set_version
+# flags to be left without arguments
+need_version=unknown
+
+case $host_os in
+aix3*)
+  version_type=linux
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix $libname.a'
+  shlibpath_var=LIBPATH
+
+  # AIX 3 has no versioning support, so we append a major version to the name.
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  ;;
+
+aix[4-9]*)
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  hardcode_into_libs=yes
+  if test "$host_cpu" = ia64; then
+    # AIX 5 supports IA64
+    library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major ${libname}${release}${shared_ext}$versuffix $libname${shared_ext}'
+    shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  else
+    # With GCC up to 2.95.x, collect2 would create an import file
+    # for dependence libraries.  The import file would start with
+    # the line `#! .'.  This would cause the generated library to
+    # depend on `.', always an invalid library.  This was fixed in
+    # development snapshots of GCC prior to 3.0.
+    case $host_os in
+      aix4 | aix4.[01] | aix4.[01].*)
+      if { echo '#if __GNUC__ > 2 || (__GNUC__ == 2 && __GNUC_MINOR__ >= 97)'
+          echo ' yes '
+          echo '#endif'; } | ${CC} -E - | $GREP yes > /dev/null; then
+       :
+      else
+       can_build_shared=no
+      fi
+      ;;
+    esac
+    # AIX (on Power*) has no versioning support, so currently we can not hardcode correct
+    # soname into executable. Probably we can add versioning support to
+    # collect2, so additional links can be useful in future.
+    if test "$aix_use_runtimelinking" = yes; then
+      # If using run time linking (on AIX 4.2 or later) use lib<name>.so
+      # instead of lib<name>.a to let people know that these are not
+      # typical AIX shared libraries.
+      library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+    else
+      # We preserve .a as extension for shared libraries through AIX4.2
+      # and later when we are not doing run time linking.
+      library_names_spec='${libname}${release}.a $libname.a'
+      soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+    fi
+    shlibpath_var=LIBPATH
+  fi
+  ;;
+
+amigaos*)
+  case $host_cpu in
+  powerpc)
+    # Since July 2007 AmigaOS4 officially supports .so libraries.
+    # When compiling the executable, add -use-dynld -Lsobjs: to the compileline.
+    library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+    ;;
+  m68k)
+    library_names_spec='$libname.ixlibrary $libname.a'
+    # Create ${libname}_ixlibrary.a entries in /sys/libs.
+    finish_eval='for lib in `ls $libdir/*.ixlibrary 2>/dev/null`; do libname=`$ECHO "X$lib" | $Xsed -e '\''s%^.*/\([^/]*\)\.ixlibrary$%\1%'\''`; test $RM /sys/libs/${libname}_ixlibrary.a; $show "cd /sys/libs && $LN_S $lib ${libname}_ixlibrary.a"; cd /sys/libs && $LN_S $lib ${libname}_ixlibrary.a || exit 1; done'
+    ;;
+  esac
+  ;;
+
+beos*)
+  library_names_spec='${libname}${shared_ext}'
+  dynamic_linker="$host_os ld.so"
+  shlibpath_var=LIBRARY_PATH
+  ;;
+
+bsdi[45]*)
+  version_type=linux
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  finish_cmds='PATH="\$PATH:/sbin" ldconfig $libdir'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  sys_lib_search_path_spec="/shlib /usr/lib /usr/X11/lib /usr/contrib/lib /lib /usr/local/lib"
+  sys_lib_dlsearch_path_spec="/shlib /usr/lib /usr/local/lib"
+  # the default ld.so.conf also contains /usr/contrib/lib and
+  # /usr/X11R6/lib (/usr/X11 is a link to /usr/X11R6), but let us allow
+  # libtool to hard-code these into programs
+  ;;
+
+cygwin* | mingw* | pw32* | cegcc*)
+  version_type=windows
+  shrext_cmds=".dll"
+  need_version=no
+  need_lib_prefix=no
+
+  case $GCC,$host_os in
+  yes,cygwin* | yes,mingw* | yes,pw32* | yes,cegcc*)
+    library_names_spec='$libname.dll.a'
+    # DLL is installed to $(libdir)/../bin by postinstall_cmds
+    postinstall_cmds='base_file=`basename \${file}`~
+      dlpath=`$SHELL 2>&1 -c '\''. $dir/'\''\${base_file}'\''i; echo \$dlname'\''`~
+      dldir=$destdir/`dirname \$dlpath`~
+      test -d \$dldir || mkdir -p \$dldir~
+      $install_prog $dir/$dlname \$dldir/$dlname~
+      chmod a+x \$dldir/$dlname~
+      if test -n '\''$stripme'\'' && test -n '\''$striplib'\''; then
+        eval '\''$striplib \$dldir/$dlname'\'' || exit \$?;
+      fi'
+    postuninstall_cmds='dldll=`$SHELL 2>&1 -c '\''. $file; echo \$dlname'\''`~
+      dlpath=$dir/\$dldll~
+       $RM \$dlpath'
+    shlibpath_overrides_runpath=yes
+
+    case $host_os in
+    cygwin*)
+      # Cygwin DLLs use 'cyg' prefix rather than 'lib'
+      soname_spec='`echo ${libname} | sed -e 's/^lib/cyg/'``echo ${release} | $SED -e 's/[.]/-/g'`${versuffix}${shared_ext}'
+      sys_lib_search_path_spec="/usr/lib /lib/w32api /lib /usr/local/lib"
+      ;;
+    mingw* | cegcc*)
+      # MinGW DLLs use traditional 'lib' prefix
+      soname_spec='${libname}`echo ${release} | $SED -e 's/[.]/-/g'`${versuffix}${shared_ext}'
+      sys_lib_search_path_spec=`$CC -print-search-dirs | $GREP "^libraries:" | $SED -e "s/^libraries://" -e "s,=/,/,g"`
+      if $ECHO "$sys_lib_search_path_spec" | $GREP ';[c-zC-Z]:/' >/dev/null; then
+        # It is most probably a Windows format PATH printed by
+        # mingw gcc, but we are running on Cygwin. Gcc prints its search
+        # path with ; separators, and with drive letters. We can handle the
+        # drive letters (cygwin fileutils understands them), so leave them,
+        # especially as we might pass files found there to a mingw objdump,
+        # which wouldn't understand a cygwinified path. Ahh.
+        sys_lib_search_path_spec=`$ECHO "$sys_lib_search_path_spec" | $SED -e 's/;/ /g'`
+      else
+        sys_lib_search_path_spec=`$ECHO "$sys_lib_search_path_spec" | $SED  -e "s/$PATH_SEPARATOR/ /g"`
+      fi
+      ;;
+    pw32*)
+      # pw32 DLLs use 'pw' prefix rather than 'lib'
+      library_names_spec='`echo ${libname} | sed -e 's/^lib/pw/'``echo ${release} | $SED -e 's/[.]/-/g'`${versuffix}${shared_ext}'
+      ;;
+    esac
+    ;;
+
+  *)
+    library_names_spec='${libname}`echo ${release} | $SED -e 's/[.]/-/g'`${versuffix}${shared_ext} $libname.lib'
+    ;;
+  esac
+  dynamic_linker='Win32 ld.exe'
+  # FIXME: first we should search . and the directory the executable is in
+  shlibpath_var=PATH
+  ;;
+
+darwin* | rhapsody*)
+  dynamic_linker="$host_os dyld"
+  version_type=darwin
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${major}$shared_ext ${libname}$shared_ext'
+  soname_spec='${libname}${release}${major}$shared_ext'
+  shlibpath_overrides_runpath=yes
+  shlibpath_var=DYLD_LIBRARY_PATH
+  shrext_cmds='`test .$module = .yes && echo .so || echo .dylib`'
+
+  sys_lib_search_path_spec="$sys_lib_search_path_spec /usr/local/lib"
+  sys_lib_dlsearch_path_spec='/usr/local/lib /lib /usr/lib'
+  ;;
+
+dgux*)
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname$shared_ext'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  ;;
+
+freebsd1*)
+  dynamic_linker=no
+  ;;
+
+freebsd* | dragonfly*)
+  # DragonFly does not have aout.  When/if they implement a new
+  # versioning mechanism, adjust this.
+  if test -x /usr/bin/objformat; then
+    objformat=`/usr/bin/objformat`
+  else
+    case $host_os in
+    freebsd[123]*) objformat=aout ;;
+    *) objformat=elf ;;
+    esac
+  fi
+  version_type=freebsd-$objformat
+  case $version_type in
+    freebsd-elf*)
+      library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext} $libname${shared_ext}'
+      need_version=no
+      need_lib_prefix=no
+      ;;
+    freebsd-*)
+      library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix $libname${shared_ext}$versuffix'
+      need_version=yes
+      ;;
+  esac
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  case $host_os in
+  freebsd2*)
+    shlibpath_overrides_runpath=yes
+    ;;
+  freebsd3.[01]* | freebsdelf3.[01]*)
+    shlibpath_overrides_runpath=yes
+    hardcode_into_libs=yes
+    ;;
+  freebsd3.[2-9]* | freebsdelf3.[2-9]* | \
+  freebsd4.[0-5] | freebsdelf4.[0-5] | freebsd4.1.1 | freebsdelf4.1.1)
+    shlibpath_overrides_runpath=no
+    hardcode_into_libs=yes
+    ;;
+  *) # from 4.6 on, and DragonFly
+    shlibpath_overrides_runpath=yes
+    hardcode_into_libs=yes
+    ;;
+  esac
+  ;;
+
+gnu*)
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}${major} ${libname}${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  hardcode_into_libs=yes
+  ;;
+
+hpux9* | hpux10* | hpux11*)
+  # Give a soname corresponding to the major version so that dld.sl refuses to
+  # link against other versions.
+  version_type=sunos
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  case $host_cpu in
+  ia64*)
+    shrext_cmds='.so'
+    hardcode_into_libs=yes
+    dynamic_linker="$host_os dld.so"
+    shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+    shlibpath_overrides_runpath=yes # Unless +noenvvar is specified.
+    library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+    soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+    if test "X$HPUX_IA64_MODE" = X32; then
+      sys_lib_search_path_spec="/usr/lib/hpux32 /usr/local/lib/hpux32 /usr/local/lib"
+    else
+      sys_lib_search_path_spec="/usr/lib/hpux64 /usr/local/lib/hpux64"
+    fi
+    sys_lib_dlsearch_path_spec=$sys_lib_search_path_spec
+    ;;
+  hppa*64*)
+    shrext_cmds='.sl'
+    hardcode_into_libs=yes
+    dynamic_linker="$host_os dld.sl"
+    shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH # How should we handle SHLIB_PATH
+    shlibpath_overrides_runpath=yes # Unless +noenvvar is specified.
+    library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+    soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+    sys_lib_search_path_spec="/usr/lib/pa20_64 /usr/ccs/lib/pa20_64"
+    sys_lib_dlsearch_path_spec=$sys_lib_search_path_spec
+    ;;
+  *)
+    shrext_cmds='.sl'
+    dynamic_linker="$host_os dld.sl"
+    shlibpath_var=SHLIB_PATH
+    shlibpath_overrides_runpath=no # +s is required to enable SHLIB_PATH
+    library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+    soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+    ;;
+  esac
+  # HP-UX runs *really* slowly unless shared libraries are mode 555.
+  postinstall_cmds='chmod 555 $lib'
+  ;;
+
+interix[3-9]*)
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major ${libname}${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  dynamic_linker='Interix 3.x ld.so.1 (PE, like ELF)'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=no
+  hardcode_into_libs=yes
+  ;;
+
+irix5* | irix6* | nonstopux*)
+  case $host_os in
+    nonstopux*) version_type=nonstopux ;;
+    *)
+       if test "$lt_cv_prog_gnu_ld" = yes; then
+               version_type=linux
+       else
+               version_type=irix
+       fi ;;
+  esac
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major ${libname}${release}${shared_ext} $libname${shared_ext}'
+  case $host_os in
+  irix5* | nonstopux*)
+    libsuff= shlibsuff=
+    ;;
+  *)
+    case $LD in # libtool.m4 will add one of these switches to LD
+    *-32|*"-32 "|*-melf32bsmip|*"-melf32bsmip ")
+      libsuff= shlibsuff= libmagic=32-bit;;
+    *-n32|*"-n32 "|*-melf32bmipn32|*"-melf32bmipn32 ")
+      libsuff=32 shlibsuff=N32 libmagic=N32;;
+    *-64|*"-64 "|*-melf64bmip|*"-melf64bmip ")
+      libsuff=64 shlibsuff=64 libmagic=64-bit;;
+    *) libsuff= shlibsuff= libmagic=never-match;;
+    esac
+    ;;
+  esac
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY${shlibsuff}_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=no
+  sys_lib_search_path_spec="/usr/lib${libsuff} /lib${libsuff} /usr/local/lib${libsuff}"
+  sys_lib_dlsearch_path_spec="/usr/lib${libsuff} /lib${libsuff}"
+  hardcode_into_libs=yes
+  ;;
+
+# No shared lib support for Linux oldld, aout, or coff.
+linux*oldld* | linux*aout* | linux*coff*)
+  dynamic_linker=no
+  ;;
+
+# This must be Linux ELF.
+linux* | k*bsd*-gnu)
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  finish_cmds='PATH="\$PATH:/sbin" ldconfig -n $libdir'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=no
+  # Some binutils ld are patched to set DT_RUNPATH
+  save_LDFLAGS=$LDFLAGS
+  save_libdir=$libdir
+  eval "libdir=/foo; wl=\"$lt_prog_compiler_wl\"; \
+       LDFLAGS=\"\$LDFLAGS $hardcode_libdir_flag_spec\""
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+  if  ($OBJDUMP -p conftest$ac_exeext) 2>/dev/null | grep "RUNPATH.*$libdir" >/dev/null; then
+  shlibpath_overrides_runpath=yes
+fi
+
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+  LDFLAGS=$save_LDFLAGS
+  libdir=$save_libdir
+
+  # This implies no fast_install, which is unacceptable.
+  # Some rework will be needed to allow for fast_install
+  # before this can be enabled.
+  hardcode_into_libs=yes
+
+  # Append ld.so.conf contents to the search path
+  if test -f /etc/ld.so.conf; then
+    lt_ld_extra=`awk '/^include / { system(sprintf("cd /etc; cat %s 2>/dev/null", \$2)); skip = 1; } { if (!skip) print \$0; skip = 0; }' < /etc/ld.so.conf | $SED -e 's/#.*//;/^[      ]*hwcap[        ]/d;s/[:,      ]/ /g;s/=[^=]*$//;s/=[^= ]* / /g;/^$/d' | tr '\n' ' '`
+    sys_lib_dlsearch_path_spec="/lib /usr/lib $lt_ld_extra"
+  fi
+
+  # We used to test for /lib/ld.so.1 and disable shared libraries on
+  # powerpc, because MkLinux only supported shared libraries with the
+  # GNU dynamic linker.  Since this was broken with cross compilers,
+  # most powerpc-linux boxes support dynamic linking these days and
+  # people can always --disable-shared, the test was removed, and we
+  # assume the GNU/Linux dynamic linker is in use.
+  dynamic_linker='GNU/Linux ld.so'
+  ;;
+
+netbsdelf*-gnu)
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major ${libname}${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=no
+  hardcode_into_libs=yes
+  dynamic_linker='NetBSD ld.elf_so'
+  ;;
+
+netbsd*)
+  version_type=sunos
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  if echo __ELF__ | $CC -E - | $GREP __ELF__ >/dev/null; then
+    library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${shared_ext}$versuffix'
+    finish_cmds='PATH="\$PATH:/sbin" ldconfig -m $libdir'
+    dynamic_linker='NetBSD (a.out) ld.so'
+  else
+    library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major ${libname}${shared_ext}'
+    soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+    dynamic_linker='NetBSD ld.elf_so'
+  fi
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=yes
+  hardcode_into_libs=yes
+  ;;
+
+newsos6)
+  version_type=linux
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=yes
+  ;;
+
+*nto* | *qnx*)
+  version_type=qnx
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=no
+  hardcode_into_libs=yes
+  dynamic_linker='ldqnx.so'
+  ;;
+
+openbsd*)
+  version_type=sunos
+  sys_lib_dlsearch_path_spec="/usr/lib"
+  need_lib_prefix=no
+  # Some older versions of OpenBSD (3.3 at least) *do* need versioned libs.
+  case $host_os in
+    openbsd3.3 | openbsd3.3.*) need_version=yes ;;
+    *)                         need_version=no  ;;
+  esac
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${shared_ext}$versuffix'
+  finish_cmds='PATH="\$PATH:/sbin" ldconfig -m $libdir'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  if test -z "`echo __ELF__ | $CC -E - | $GREP __ELF__`" || test "$host_os-$host_cpu" = "openbsd2.8-powerpc"; then
+    case $host_os in
+      openbsd2.[89] | openbsd2.[89].*)
+       shlibpath_overrides_runpath=no
+       ;;
+      *)
+       shlibpath_overrides_runpath=yes
+       ;;
+      esac
+  else
+    shlibpath_overrides_runpath=yes
+  fi
+  ;;
+
+os2*)
+  libname_spec='$name'
+  shrext_cmds=".dll"
+  need_lib_prefix=no
+  library_names_spec='$libname${shared_ext} $libname.a'
+  dynamic_linker='OS/2 ld.exe'
+  shlibpath_var=LIBPATH
+  ;;
+
+osf3* | osf4* | osf5*)
+  version_type=osf
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  sys_lib_search_path_spec="/usr/shlib /usr/ccs/lib /usr/lib/cmplrs/cc /usr/lib /usr/local/lib /var/shlib"
+  sys_lib_dlsearch_path_spec="$sys_lib_search_path_spec"
+  ;;
+
+rdos*)
+  dynamic_linker=no
+  ;;
+
+solaris*)
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=yes
+  hardcode_into_libs=yes
+  # ldd complains unless libraries are executable
+  postinstall_cmds='chmod +x $lib'
+  ;;
+
+sunos4*)
+  version_type=sunos
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${shared_ext}$versuffix'
+  finish_cmds='PATH="\$PATH:/usr/etc" ldconfig $libdir'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=yes
+  if test "$with_gnu_ld" = yes; then
+    need_lib_prefix=no
+  fi
+  need_version=yes
+  ;;
+
+sysv4 | sysv4.3*)
+  version_type=linux
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  case $host_vendor in
+    sni)
+      shlibpath_overrides_runpath=no
+      need_lib_prefix=no
+      runpath_var=LD_RUN_PATH
+      ;;
+    siemens)
+      need_lib_prefix=no
+      ;;
+    motorola)
+      need_lib_prefix=no
+      need_version=no
+      shlibpath_overrides_runpath=no
+      sys_lib_search_path_spec='/lib /usr/lib /usr/ccs/lib'
+      ;;
+  esac
+  ;;
+
+sysv4*MP*)
+  if test -d /usr/nec ;then
+    version_type=linux
+    library_names_spec='$libname${shared_ext}.$versuffix $libname${shared_ext}.$major $libname${shared_ext}'
+    soname_spec='$libname${shared_ext}.$major'
+    shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  fi
+  ;;
+
+sysv5* | sco3.2v5* | sco5v6* | unixware* | OpenUNIX* | sysv4*uw2*)
+  version_type=freebsd-elf
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext} $libname${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=yes
+  hardcode_into_libs=yes
+  if test "$with_gnu_ld" = yes; then
+    sys_lib_search_path_spec='/usr/local/lib /usr/gnu/lib /usr/ccs/lib /usr/lib /lib'
+  else
+    sys_lib_search_path_spec='/usr/ccs/lib /usr/lib'
+    case $host_os in
+      sco3.2v5*)
+        sys_lib_search_path_spec="$sys_lib_search_path_spec /lib"
+       ;;
+    esac
+  fi
+  sys_lib_dlsearch_path_spec='/usr/lib'
+  ;;
+
+tpf*)
+  # TPF is a cross-target only.  Preferred cross-host = GNU/Linux.
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=no
+  hardcode_into_libs=yes
+  ;;
+
+uts4*)
+  version_type=linux
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  ;;
+
+*)
+  dynamic_linker=no
+  ;;
+esac
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $dynamic_linker" >&5
+$as_echo "$dynamic_linker" >&6; }
+test "$dynamic_linker" = no && can_build_shared=no
+
+variables_saved_for_relink="PATH $shlibpath_var $runpath_var"
+if test "$GCC" = yes; then
+  variables_saved_for_relink="$variables_saved_for_relink GCC_EXEC_PREFIX COMPILER_PATH LIBRARY_PATH"
+fi
+
+if test "${lt_cv_sys_lib_search_path_spec+set}" = set; then
+  sys_lib_search_path_spec="$lt_cv_sys_lib_search_path_spec"
+fi
+if test "${lt_cv_sys_lib_dlsearch_path_spec+set}" = set; then
+  sys_lib_dlsearch_path_spec="$lt_cv_sys_lib_dlsearch_path_spec"
+fi
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking how to hardcode library paths into programs" >&5
+$as_echo_n "checking how to hardcode library paths into programs... " >&6; }
+hardcode_action=
+if test -n "$hardcode_libdir_flag_spec" ||
+   test -n "$runpath_var" ||
+   test "X$hardcode_automatic" = "Xyes" ; then
+
+  # We can hardcode non-existent directories.
+  if test "$hardcode_direct" != no &&
+     # If the only mechanism to avoid hardcoding is shlibpath_var, we
+     # have to relink, otherwise we might link with an installed library
+     # when we should be linking with a yet-to-be-installed one
+     ## test "$_LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, )" != no &&
+     test "$hardcode_minus_L" != no; then
+    # Linking always hardcodes the temporary library directory.
+    hardcode_action=relink
+  else
+    # We can link without hardcoding, and we can hardcode nonexisting dirs.
+    hardcode_action=immediate
+  fi
+else
+  # We cannot hardcode anything, or else we can only hardcode existing
+  # directories.
+  hardcode_action=unsupported
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $hardcode_action" >&5
+$as_echo "$hardcode_action" >&6; }
+
+if test "$hardcode_action" = relink ||
+   test "$inherit_rpath" = yes; then
+  # Fast installation is not supported
+  enable_fast_install=no
+elif test "$shlibpath_overrides_runpath" = yes ||
+     test "$enable_shared" = no; then
+  # Fast installation is not necessary
+  enable_fast_install=needless
+fi
+
+
+
+
+
+
+  if test "x$enable_dlopen" != xyes; then
+  enable_dlopen=unknown
+  enable_dlopen_self=unknown
+  enable_dlopen_self_static=unknown
+else
+  lt_cv_dlopen=no
+  lt_cv_dlopen_libs=
+
+  case $host_os in
+  beos*)
+    lt_cv_dlopen="load_add_on"
+    lt_cv_dlopen_libs=
+    lt_cv_dlopen_self=yes
+    ;;
+
+  mingw* | pw32* | cegcc*)
+    lt_cv_dlopen="LoadLibrary"
+    lt_cv_dlopen_libs=
+    ;;
+
+  cygwin*)
+    lt_cv_dlopen="dlopen"
+    lt_cv_dlopen_libs=
+    ;;
+
+  darwin*)
+  # if libdl is installed we need to link against it
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for dlopen in -ldl" >&5
+$as_echo_n "checking for dlopen in -ldl... " >&6; }
+if test "${ac_cv_lib_dl_dlopen+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_check_lib_save_LIBS=$LIBS
+LIBS="-ldl  $LIBS"
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+/* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
+   Use char because int might match the return type of a GCC
+   builtin and then its argument prototype would still apply.  */
+#ifdef __cplusplus
+extern "C"
+#endif
+char dlopen ();
+int
+main ()
+{
+return dlopen ();
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+  ac_cv_lib_dl_dlopen=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_cv_lib_dl_dlopen=no
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+LIBS=$ac_check_lib_save_LIBS
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_lib_dl_dlopen" >&5
+$as_echo "$ac_cv_lib_dl_dlopen" >&6; }
+if test "x$ac_cv_lib_dl_dlopen" = x""yes; then
+  lt_cv_dlopen="dlopen" lt_cv_dlopen_libs="-ldl"
+else
+
+    lt_cv_dlopen="dyld"
+    lt_cv_dlopen_libs=
+    lt_cv_dlopen_self=yes
+
+fi
+
+    ;;
+
+  *)
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for shl_load" >&5
+$as_echo_n "checking for shl_load... " >&6; }
+if test "${ac_cv_func_shl_load+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+/* Define shl_load to an innocuous variant, in case <limits.h> declares shl_load.
+   For example, HP-UX 11i <limits.h> declares gettimeofday.  */
+#define shl_load innocuous_shl_load
+
+/* System header to define __stub macros and hopefully few prototypes,
+    which can conflict with char shl_load (); below.
+    Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
+    <limits.h> exists even on freestanding compilers.  */
+
+#ifdef __STDC__
+# include <limits.h>
+#else
+# include <assert.h>
+#endif
+
+#undef shl_load
+
+/* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
+   Use char because int might match the return type of a GCC
+   builtin and then its argument prototype would still apply.  */
+#ifdef __cplusplus
+extern "C"
+#endif
+char shl_load ();
+/* The GNU C library defines this for functions which it implements
+    to always fail with ENOSYS.  Some functions are actually named
+    something starting with __ and the normal name is an alias.  */
+#if defined __stub_shl_load || defined __stub___shl_load
+choke me
+#endif
+
+int
+main ()
+{
+return shl_load ();
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+  ac_cv_func_shl_load=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_cv_func_shl_load=no
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_func_shl_load" >&5
+$as_echo "$ac_cv_func_shl_load" >&6; }
+if test "x$ac_cv_func_shl_load" = x""yes; then
+  lt_cv_dlopen="shl_load"
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for shl_load in -ldld" >&5
+$as_echo_n "checking for shl_load in -ldld... " >&6; }
+if test "${ac_cv_lib_dld_shl_load+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_check_lib_save_LIBS=$LIBS
+LIBS="-ldld  $LIBS"
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+/* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
+   Use char because int might match the return type of a GCC
+   builtin and then its argument prototype would still apply.  */
+#ifdef __cplusplus
+extern "C"
+#endif
+char shl_load ();
+int
+main ()
+{
+return shl_load ();
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+  ac_cv_lib_dld_shl_load=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_cv_lib_dld_shl_load=no
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+LIBS=$ac_check_lib_save_LIBS
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_lib_dld_shl_load" >&5
+$as_echo "$ac_cv_lib_dld_shl_load" >&6; }
+if test "x$ac_cv_lib_dld_shl_load" = x""yes; then
+  lt_cv_dlopen="shl_load" lt_cv_dlopen_libs="-ldld"
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for dlopen" >&5
+$as_echo_n "checking for dlopen... " >&6; }
+if test "${ac_cv_func_dlopen+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+/* Define dlopen to an innocuous variant, in case <limits.h> declares dlopen.
+   For example, HP-UX 11i <limits.h> declares gettimeofday.  */
+#define dlopen innocuous_dlopen
+
+/* System header to define __stub macros and hopefully few prototypes,
+    which can conflict with char dlopen (); below.
+    Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
+    <limits.h> exists even on freestanding compilers.  */
+
+#ifdef __STDC__
+# include <limits.h>
+#else
+# include <assert.h>
+#endif
+
+#undef dlopen
+
+/* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
+   Use char because int might match the return type of a GCC
+   builtin and then its argument prototype would still apply.  */
+#ifdef __cplusplus
+extern "C"
+#endif
+char dlopen ();
+/* The GNU C library defines this for functions which it implements
+    to always fail with ENOSYS.  Some functions are actually named
+    something starting with __ and the normal name is an alias.  */
+#if defined __stub_dlopen || defined __stub___dlopen
+choke me
+#endif
+
+int
+main ()
+{
+return dlopen ();
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+  ac_cv_func_dlopen=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_cv_func_dlopen=no
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_func_dlopen" >&5
+$as_echo "$ac_cv_func_dlopen" >&6; }
+if test "x$ac_cv_func_dlopen" = x""yes; then
+  lt_cv_dlopen="dlopen"
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for dlopen in -ldl" >&5
+$as_echo_n "checking for dlopen in -ldl... " >&6; }
+if test "${ac_cv_lib_dl_dlopen+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_check_lib_save_LIBS=$LIBS
+LIBS="-ldl  $LIBS"
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+/* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
+   Use char because int might match the return type of a GCC
+   builtin and then its argument prototype would still apply.  */
+#ifdef __cplusplus
+extern "C"
+#endif
+char dlopen ();
+int
+main ()
+{
+return dlopen ();
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+  ac_cv_lib_dl_dlopen=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_cv_lib_dl_dlopen=no
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+LIBS=$ac_check_lib_save_LIBS
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_lib_dl_dlopen" >&5
+$as_echo "$ac_cv_lib_dl_dlopen" >&6; }
+if test "x$ac_cv_lib_dl_dlopen" = x""yes; then
+  lt_cv_dlopen="dlopen" lt_cv_dlopen_libs="-ldl"
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for dlopen in -lsvld" >&5
+$as_echo_n "checking for dlopen in -lsvld... " >&6; }
+if test "${ac_cv_lib_svld_dlopen+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_check_lib_save_LIBS=$LIBS
+LIBS="-lsvld  $LIBS"
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+/* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
+   Use char because int might match the return type of a GCC
+   builtin and then its argument prototype would still apply.  */
+#ifdef __cplusplus
+extern "C"
+#endif
+char dlopen ();
+int
+main ()
+{
+return dlopen ();
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+  ac_cv_lib_svld_dlopen=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_cv_lib_svld_dlopen=no
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+LIBS=$ac_check_lib_save_LIBS
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_lib_svld_dlopen" >&5
+$as_echo "$ac_cv_lib_svld_dlopen" >&6; }
+if test "x$ac_cv_lib_svld_dlopen" = x""yes; then
+  lt_cv_dlopen="dlopen" lt_cv_dlopen_libs="-lsvld"
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for dld_link in -ldld" >&5
+$as_echo_n "checking for dld_link in -ldld... " >&6; }
+if test "${ac_cv_lib_dld_dld_link+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_check_lib_save_LIBS=$LIBS
+LIBS="-ldld  $LIBS"
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+/* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
+   Use char because int might match the return type of a GCC
+   builtin and then its argument prototype would still apply.  */
+#ifdef __cplusplus
+extern "C"
+#endif
+char dld_link ();
+int
+main ()
+{
+return dld_link ();
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+  ac_cv_lib_dld_dld_link=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_cv_lib_dld_dld_link=no
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+LIBS=$ac_check_lib_save_LIBS
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_lib_dld_dld_link" >&5
+$as_echo "$ac_cv_lib_dld_dld_link" >&6; }
+if test "x$ac_cv_lib_dld_dld_link" = x""yes; then
+  lt_cv_dlopen="dld_link" lt_cv_dlopen_libs="-ldld"
+fi
+
+
+fi
+
+
+fi
+
+
+fi
+
+
+fi
+
+
+fi
+
+    ;;
+  esac
+
+  if test "x$lt_cv_dlopen" != xno; then
+    enable_dlopen=yes
+  else
+    enable_dlopen=no
+  fi
+
+  case $lt_cv_dlopen in
+  dlopen)
+    save_CPPFLAGS="$CPPFLAGS"
+    test "x$ac_cv_header_dlfcn_h" = xyes && CPPFLAGS="$CPPFLAGS -DHAVE_DLFCN_H"
+
+    save_LDFLAGS="$LDFLAGS"
+    wl=$lt_prog_compiler_wl eval LDFLAGS=\"\$LDFLAGS $export_dynamic_flag_spec\"
+
+    save_LIBS="$LIBS"
+    LIBS="$lt_cv_dlopen_libs $LIBS"
+
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether a program can dlopen itself" >&5
+$as_echo_n "checking whether a program can dlopen itself... " >&6; }
+if test "${lt_cv_dlopen_self+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+         if test "$cross_compiling" = yes; then :
+  lt_cv_dlopen_self=cross
+else
+  lt_dlunknown=0; lt_dlno_uscore=1; lt_dlneed_uscore=2
+  lt_status=$lt_dlunknown
+  cat > conftest.$ac_ext <<_LT_EOF
+#line 11122 "configure"
+#include "confdefs.h"
+
+#if HAVE_DLFCN_H
+#include <dlfcn.h>
+#endif
+
+#include <stdio.h>
+
+#ifdef RTLD_GLOBAL
+#  define LT_DLGLOBAL          RTLD_GLOBAL
+#else
+#  ifdef DL_GLOBAL
+#    define LT_DLGLOBAL                DL_GLOBAL
+#  else
+#    define LT_DLGLOBAL                0
+#  endif
+#endif
+
+/* We may have to define LT_DLLAZY_OR_NOW in the command line if we
+   find out it does not work in some platform. */
+#ifndef LT_DLLAZY_OR_NOW
+#  ifdef RTLD_LAZY
+#    define LT_DLLAZY_OR_NOW           RTLD_LAZY
+#  else
+#    ifdef DL_LAZY
+#      define LT_DLLAZY_OR_NOW         DL_LAZY
+#    else
+#      ifdef RTLD_NOW
+#        define LT_DLLAZY_OR_NOW       RTLD_NOW
+#      else
+#        ifdef DL_NOW
+#          define LT_DLLAZY_OR_NOW     DL_NOW
+#        else
+#          define LT_DLLAZY_OR_NOW     0
+#        endif
+#      endif
+#    endif
+#  endif
+#endif
+
+void fnord() { int i=42;}
+int main ()
+{
+  void *self = dlopen (0, LT_DLGLOBAL|LT_DLLAZY_OR_NOW);
+  int status = $lt_dlunknown;
+
+  if (self)
+    {
+      if (dlsym (self,"fnord"))       status = $lt_dlno_uscore;
+      else if (dlsym( self,"_fnord")) status = $lt_dlneed_uscore;
+      /* dlclose (self); */
+    }
+  else
+    puts (dlerror ());
+
+  return status;
+}
+_LT_EOF
+  if { (eval echo "$as_me:$LINENO: \"$ac_link\"") >&5
+  (eval $ac_link) 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && test -s conftest${ac_exeext} 2>/dev/null; then
+    (./conftest; exit; ) >&5 2>/dev/null
+    lt_status=$?
+    case x$lt_status in
+      x$lt_dlno_uscore) lt_cv_dlopen_self=yes ;;
+      x$lt_dlneed_uscore) lt_cv_dlopen_self=yes ;;
+      x$lt_dlunknown|x*) lt_cv_dlopen_self=no ;;
+    esac
+  else :
+    # compilation failed
+    lt_cv_dlopen_self=no
+  fi
+fi
+rm -fr conftest*
+
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_cv_dlopen_self" >&5
+$as_echo "$lt_cv_dlopen_self" >&6; }
+
+    if test "x$lt_cv_dlopen_self" = xyes; then
+      wl=$lt_prog_compiler_wl eval LDFLAGS=\"\$LDFLAGS $lt_prog_compiler_static\"
+      { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether a statically linked program can dlopen itself" >&5
+$as_echo_n "checking whether a statically linked program can dlopen itself... " >&6; }
+if test "${lt_cv_dlopen_self_static+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+         if test "$cross_compiling" = yes; then :
+  lt_cv_dlopen_self_static=cross
+else
+  lt_dlunknown=0; lt_dlno_uscore=1; lt_dlneed_uscore=2
+  lt_status=$lt_dlunknown
+  cat > conftest.$ac_ext <<_LT_EOF
+#line 11218 "configure"
+#include "confdefs.h"
+
+#if HAVE_DLFCN_H
+#include <dlfcn.h>
+#endif
+
+#include <stdio.h>
+
+#ifdef RTLD_GLOBAL
+#  define LT_DLGLOBAL          RTLD_GLOBAL
+#else
+#  ifdef DL_GLOBAL
+#    define LT_DLGLOBAL                DL_GLOBAL
+#  else
+#    define LT_DLGLOBAL                0
+#  endif
+#endif
+
+/* We may have to define LT_DLLAZY_OR_NOW in the command line if we
+   find out it does not work in some platform. */
+#ifndef LT_DLLAZY_OR_NOW
+#  ifdef RTLD_LAZY
+#    define LT_DLLAZY_OR_NOW           RTLD_LAZY
+#  else
+#    ifdef DL_LAZY
+#      define LT_DLLAZY_OR_NOW         DL_LAZY
+#    else
+#      ifdef RTLD_NOW
+#        define LT_DLLAZY_OR_NOW       RTLD_NOW
+#      else
+#        ifdef DL_NOW
+#          define LT_DLLAZY_OR_NOW     DL_NOW
+#        else
+#          define LT_DLLAZY_OR_NOW     0
+#        endif
+#      endif
+#    endif
+#  endif
+#endif
+
+void fnord() { int i=42;}
+int main ()
+{
+  void *self = dlopen (0, LT_DLGLOBAL|LT_DLLAZY_OR_NOW);
+  int status = $lt_dlunknown;
+
+  if (self)
+    {
+      if (dlsym (self,"fnord"))       status = $lt_dlno_uscore;
+      else if (dlsym( self,"_fnord")) status = $lt_dlneed_uscore;
+      /* dlclose (self); */
+    }
+  else
+    puts (dlerror ());
+
+  return status;
+}
+_LT_EOF
+  if { (eval echo "$as_me:$LINENO: \"$ac_link\"") >&5
+  (eval $ac_link) 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && test -s conftest${ac_exeext} 2>/dev/null; then
+    (./conftest; exit; ) >&5 2>/dev/null
+    lt_status=$?
+    case x$lt_status in
+      x$lt_dlno_uscore) lt_cv_dlopen_self_static=yes ;;
+      x$lt_dlneed_uscore) lt_cv_dlopen_self_static=yes ;;
+      x$lt_dlunknown|x*) lt_cv_dlopen_self_static=no ;;
+    esac
+  else :
+    # compilation failed
+    lt_cv_dlopen_self_static=no
+  fi
+fi
+rm -fr conftest*
+
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_cv_dlopen_self_static" >&5
+$as_echo "$lt_cv_dlopen_self_static" >&6; }
+    fi
+
+    CPPFLAGS="$save_CPPFLAGS"
+    LDFLAGS="$save_LDFLAGS"
+    LIBS="$save_LIBS"
+    ;;
+  esac
+
+  case $lt_cv_dlopen_self in
+  yes|no) enable_dlopen_self=$lt_cv_dlopen_self ;;
+  *) enable_dlopen_self=unknown ;;
+  esac
+
+  case $lt_cv_dlopen_self_static in
+  yes|no) enable_dlopen_self_static=$lt_cv_dlopen_self_static ;;
+  *) enable_dlopen_self_static=unknown ;;
+  esac
+fi
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+striplib=
+old_striplib=
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether stripping libraries is possible" >&5
+$as_echo_n "checking whether stripping libraries is possible... " >&6; }
+if test -n "$STRIP" && $STRIP -V 2>&1 | $GREP "GNU strip" >/dev/null; then
+  test -z "$old_striplib" && old_striplib="$STRIP --strip-debug"
+  test -z "$striplib" && striplib="$STRIP --strip-unneeded"
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: yes" >&5
+$as_echo "yes" >&6; }
+else
+# FIXME - insert some real tests, host_os isn't really good enough
+  case $host_os in
+  darwin*)
+    if test -n "$STRIP" ; then
+      striplib="$STRIP -x"
+      old_striplib="$STRIP -S"
+      { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: yes" >&5
+$as_echo "yes" >&6; }
+    else
+      { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+    fi
+    ;;
+  *)
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+    ;;
+  esac
+fi
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+  # Report which library types will actually be built
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking if libtool supports shared libraries" >&5
+$as_echo_n "checking if libtool supports shared libraries... " >&6; }
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $can_build_shared" >&5
+$as_echo "$can_build_shared" >&6; }
+
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether to build shared libraries" >&5
+$as_echo_n "checking whether to build shared libraries... " >&6; }
+  test "$can_build_shared" = "no" && enable_shared=no
+
+  # On AIX, shared libraries and static libraries use the same namespace, and
+  # are all built from PIC.
+  case $host_os in
+  aix3*)
+    test "$enable_shared" = yes && enable_static=no
+    if test -n "$RANLIB"; then
+      archive_cmds="$archive_cmds~\$RANLIB \$lib"
+      postinstall_cmds='$RANLIB $lib'
+    fi
+    ;;
+
+  aix[4-9]*)
+    if test "$host_cpu" != ia64 && test "$aix_use_runtimelinking" = no ; then
+      test "$enable_shared" = yes && enable_static=no
+    fi
+    ;;
+  esac
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $enable_shared" >&5
+$as_echo "$enable_shared" >&6; }
+
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether to build static libraries" >&5
+$as_echo_n "checking whether to build static libraries... " >&6; }
+  # Make sure either enable_shared or enable_static is yes.
+  test "$enable_shared" = yes || enable_static=yes
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $enable_static" >&5
+$as_echo "$enable_static" >&6; }
+
+
+
+
+fi
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+
+CC="$lt_save_CC"
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+        ac_config_commands="$ac_config_commands libtool"
+
+
+
+
+# Only expand once:
+
+
+
+# AC_PROG_INSTALL will generate an install target so that users may
+# just type 'make install' to install the software.
+# Find a good install program.  We prefer a C program (faster),
+# so one script is as good as another.  But avoid the broken or
+# incompatible versions:
+# SysV /etc/install, /usr/sbin/install
+# SunOS /usr/etc/install
+# IRIX /sbin/install
+# AIX /bin/install
+# AmigaOS /C/install, which installs bootblocks on floppy discs
+# AIX 4 /usr/bin/installbsd, which doesn't work without a -g flag
+# AFS /usr/afsws/bin/install, which mishandles nonexistent args
+# SVR4 /usr/ucb/install, which tries to use the nonexistent group "staff"
+# OS/2's system install, which has a completely different semantic
+# ./install, which can be erroneously created by make from ./install.sh.
+# Reject install programs that cannot install multiple files.
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for a BSD-compatible install" >&5
+$as_echo_n "checking for a BSD-compatible install... " >&6; }
+if test -z "$INSTALL"; then
+if test "${ac_cv_path_install+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  # Account for people who put trailing slashes in PATH elements.
+case $as_dir/ in
+  ./ | .// | /cC/* | \
+  /etc/* | /usr/sbin/* | /usr/etc/* | /sbin/* | /usr/afsws/bin/* | \
+  ?:\\/os2\\/install\\/* | ?:\\/OS2\\/INSTALL\\/* | \
+  /usr/ucb/* ) ;;
+  *)
+    # OSF1 and SCO ODT 3.0 have their own names for install.
+    # Don't use installbsd from OSF since it installs stuff as root
+    # by default.
+    for ac_prog in ginstall scoinst install; do
+      for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+       if { test -f "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext"; }; then
+         if test $ac_prog = install &&
+           grep dspmsg "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" >/dev/null 2>&1; then
+           # AIX install.  It has an incompatible calling convention.
+           :
+         elif test $ac_prog = install &&
+           grep pwplus "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" >/dev/null 2>&1; then
+           # program-specific install script used by HP pwplus--don't use.
+           :
+         else
+           rm -rf conftest.one conftest.two conftest.dir
+           echo one > conftest.one
+           echo two > conftest.two
+           mkdir conftest.dir
+           if "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" -c conftest.one conftest.two "`pwd`/conftest.dir" &&
+             test -s conftest.one && test -s conftest.two &&
+             test -s conftest.dir/conftest.one &&
+             test -s conftest.dir/conftest.two
+           then
+             ac_cv_path_install="$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext -c"
+             break 3
+           fi
+         fi
+       fi
+      done
+    done
+    ;;
+esac
+
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+rm -rf conftest.one conftest.two conftest.dir
+
+fi
+  if test "${ac_cv_path_install+set}" = set; then
+    INSTALL=$ac_cv_path_install
+  else
+    # As a last resort, use the slow shell script.  Don't cache a
+    # value for INSTALL within a source directory, because that will
+    # break other packages using the cache if that directory is
+    # removed, or if the value is a relative name.
+    INSTALL=$ac_install_sh
+  fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $INSTALL" >&5
+$as_echo "$INSTALL" >&6; }
+
+# Use test -z because SunOS4 sh mishandles braces in ${var-val}.
+# It thinks the first close brace ends the variable substitution.
+test -z "$INSTALL_PROGRAM" && INSTALL_PROGRAM='${INSTALL}'
+
+test -z "$INSTALL_SCRIPT" && INSTALL_SCRIPT='${INSTALL}'
+
+test -z "$INSTALL_DATA" && INSTALL_DATA='${INSTALL} -m 644'
+
+
+# check for C++ preprocessor and compiler and the library compiler
+# (might change the compiler flags)
+#
+# Determine a C compiler to use. If using the GNU C compiler, set
+# shell variable GCC to `yes'. If output variable CFLAGS was not
+# already set, set it to `-g -O2' for the GNU C compiler (`-O2' on
+# systems where GCC does not accept `-g'), or `-g' for other
+# compilers.
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+  # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}gcc", so it can be a program name with args.
+set dummy ${ac_tool_prefix}gcc; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_CC+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$CC"; then
+  ac_cv_prog_CC="$CC" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_CC="${ac_tool_prefix}gcc"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+CC=$ac_cv_prog_CC
+if test -n "$CC"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $CC" >&5
+$as_echo "$CC" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+fi
+if test -z "$ac_cv_prog_CC"; then
+  ac_ct_CC=$CC
+  # Extract the first word of "gcc", so it can be a program name with args.
+set dummy gcc; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_ac_ct_CC+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$ac_ct_CC"; then
+  ac_cv_prog_ac_ct_CC="$ac_ct_CC" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_ac_ct_CC="gcc"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_CC=$ac_cv_prog_ac_ct_CC
+if test -n "$ac_ct_CC"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_ct_CC" >&5
+$as_echo "$ac_ct_CC" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+  if test "x$ac_ct_CC" = x; then
+    CC=""
+  else
+    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+    CC=$ac_ct_CC
+  fi
+else
+  CC="$ac_cv_prog_CC"
+fi
+
+if test -z "$CC"; then
+          if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+    # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}cc", so it can be a program name with args.
+set dummy ${ac_tool_prefix}cc; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_CC+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$CC"; then
+  ac_cv_prog_CC="$CC" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_CC="${ac_tool_prefix}cc"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+CC=$ac_cv_prog_CC
+if test -n "$CC"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $CC" >&5
+$as_echo "$CC" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+  fi
+fi
+if test -z "$CC"; then
+  # Extract the first word of "cc", so it can be a program name with args.
+set dummy cc; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_CC+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$CC"; then
+  ac_cv_prog_CC="$CC" # Let the user override the test.
+else
+  ac_prog_rejected=no
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    if test "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" = "/usr/ucb/cc"; then
+       ac_prog_rejected=yes
+       continue
+     fi
+    ac_cv_prog_CC="cc"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+if test $ac_prog_rejected = yes; then
+  # We found a bogon in the path, so make sure we never use it.
+  set dummy $ac_cv_prog_CC
+  shift
+  if test $# != 0; then
+    # We chose a different compiler from the bogus one.
+    # However, it has the same basename, so the bogon will be chosen
+    # first if we set CC to just the basename; use the full file name.
+    shift
+    ac_cv_prog_CC="$as_dir/$ac_word${1+' '}$@"
+  fi
+fi
+fi
+fi
+CC=$ac_cv_prog_CC
+if test -n "$CC"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $CC" >&5
+$as_echo "$CC" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+fi
+if test -z "$CC"; then
+  if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+  for ac_prog in cl.exe
+  do
+    # Extract the first word of "$ac_tool_prefix$ac_prog", so it can be a program name with args.
+set dummy $ac_tool_prefix$ac_prog; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_CC+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$CC"; then
+  ac_cv_prog_CC="$CC" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_CC="$ac_tool_prefix$ac_prog"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+CC=$ac_cv_prog_CC
+if test -n "$CC"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $CC" >&5
+$as_echo "$CC" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+    test -n "$CC" && break
+  done
+fi
+if test -z "$CC"; then
+  ac_ct_CC=$CC
+  for ac_prog in cl.exe
+do
+  # Extract the first word of "$ac_prog", so it can be a program name with args.
+set dummy $ac_prog; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_ac_ct_CC+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$ac_ct_CC"; then
+  ac_cv_prog_ac_ct_CC="$ac_ct_CC" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_ac_ct_CC="$ac_prog"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_CC=$ac_cv_prog_ac_ct_CC
+if test -n "$ac_ct_CC"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_ct_CC" >&5
+$as_echo "$ac_ct_CC" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+  test -n "$ac_ct_CC" && break
+done
+
+  if test "x$ac_ct_CC" = x; then
+    CC=""
+  else
+    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+    CC=$ac_ct_CC
+  fi
+fi
+
+fi
+
+
+test -z "$CC" && { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: no acceptable C compiler found in \$PATH
+See \`config.log' for more details." >&5
+$as_echo "$as_me: error: no acceptable C compiler found in \$PATH
+See \`config.log' for more details." >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }; }
+
+# Provide some information about the compiler.
+$as_echo "$as_me:$LINENO: checking for C compiler version" >&5
+set X $ac_compile
+ac_compiler=$2
+{ (ac_try="$ac_compiler --version >&5"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compiler --version >&5") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }
+{ (ac_try="$ac_compiler -v >&5"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compiler -v >&5") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }
+{ (ac_try="$ac_compiler -V >&5"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compiler -V >&5") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether we are using the GNU C compiler" >&5
+$as_echo_n "checking whether we are using the GNU C compiler... " >&6; }
+if test "${ac_cv_c_compiler_gnu+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+#ifndef __GNUC__
+       choke me
+#endif
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_compiler_gnu=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_compiler_gnu=no
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+ac_cv_c_compiler_gnu=$ac_compiler_gnu
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_c_compiler_gnu" >&5
+$as_echo "$ac_cv_c_compiler_gnu" >&6; }
+if test $ac_compiler_gnu = yes; then
+  GCC=yes
+else
+  GCC=
+fi
+ac_test_CFLAGS=${CFLAGS+set}
+ac_save_CFLAGS=$CFLAGS
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether $CC accepts -g" >&5
+$as_echo_n "checking whether $CC accepts -g... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_cc_g+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_save_c_werror_flag=$ac_c_werror_flag
+   ac_c_werror_flag=yes
+   ac_cv_prog_cc_g=no
+   CFLAGS="-g"
+   cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_cv_prog_cc_g=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       CFLAGS=""
+      cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  :
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_c_werror_flag=$ac_save_c_werror_flag
+        CFLAGS="-g"
+        cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_cv_prog_cc_g=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+   ac_c_werror_flag=$ac_save_c_werror_flag
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_prog_cc_g" >&5
+$as_echo "$ac_cv_prog_cc_g" >&6; }
+if test "$ac_test_CFLAGS" = set; then
+  CFLAGS=$ac_save_CFLAGS
+elif test $ac_cv_prog_cc_g = yes; then
+  if test "$GCC" = yes; then
+    CFLAGS="-g -O2"
+  else
+    CFLAGS="-g"
+  fi
+else
+  if test "$GCC" = yes; then
+    CFLAGS="-O2"
+  else
+    CFLAGS=
+  fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $CC option to accept ISO C89" >&5
+$as_echo_n "checking for $CC option to accept ISO C89... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_cc_c89+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_cv_prog_cc_c89=no
+ac_save_CC=$CC
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <stdarg.h>
+#include <stdio.h>
+#include <sys/types.h>
+#include <sys/stat.h>
+/* Most of the following tests are stolen from RCS 5.7's src/conf.sh.  */
+struct buf { int x; };
+FILE * (*rcsopen) (struct buf *, struct stat *, int);
+static char *e (p, i)
+     char **p;
+     int i;
+{
+  return p[i];
+}
+static char *f (char * (*g) (char **, int), char **p, ...)
+{
+  char *s;
+  va_list v;
+  va_start (v,p);
+  s = g (p, va_arg (v,int));
+  va_end (v);
+  return s;
+}
+
+/* OSF 4.0 Compaq cc is some sort of almost-ANSI by default.  It has
+   function prototypes and stuff, but not '\xHH' hex character constants.
+   These don't provoke an error unfortunately, instead are silently treated
+   as 'x'.  The following induces an error, until -std is added to get
+   proper ANSI mode.  Curiously '\x00'!='x' always comes out true, for an
+   array size at least.  It's necessary to write '\x00'==0 to get something
+   that's true only with -std.  */
+int osf4_cc_array ['\x00' == 0 ? 1 : -1];
+
+/* IBM C 6 for AIX is almost-ANSI by default, but it replaces macro parameters
+   inside strings and character constants.  */
+#define FOO(x) 'x'
+int xlc6_cc_array[FOO(a) == 'x' ? 1 : -1];
+
+int test (int i, double x);
+struct s1 {int (*f) (int a);};
+struct s2 {int (*f) (double a);};
+int pairnames (int, char **, FILE *(*)(struct buf *, struct stat *, int), int, int);
+int argc;
+char **argv;
+int
+main ()
+{
+return f (e, argv, 0) != argv[0]  ||  f (e, argv, 1) != argv[1];
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+for ac_arg in '' -qlanglvl=extc89 -qlanglvl=ansi -std \
+       -Ae "-Aa -D_HPUX_SOURCE" "-Xc -D__EXTENSIONS__"
+do
+  CC="$ac_save_CC $ac_arg"
+  rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_cv_prog_cc_c89=$ac_arg
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext
+  test "x$ac_cv_prog_cc_c89" != "xno" && break
+done
+rm -f conftest.$ac_ext
+CC=$ac_save_CC
+
+fi
+# AC_CACHE_VAL
+case "x$ac_cv_prog_cc_c89" in
+  x)
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: none needed" >&5
+$as_echo "none needed" >&6; } ;;
+  xno)
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: unsupported" >&5
+$as_echo "unsupported" >&6; } ;;
+  *)
+    CC="$CC $ac_cv_prog_cc_c89"
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_prog_cc_c89" >&5
+$as_echo "$ac_cv_prog_cc_c89" >&6; } ;;
+esac
+
+
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+
+depcc="$CC"   am_compiler_list=
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking dependency style of $depcc" >&5
+$as_echo_n "checking dependency style of $depcc... " >&6; }
+if test "${am_cv_CC_dependencies_compiler_type+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -z "$AMDEP_TRUE" && test -f "$am_depcomp"; then
+  # We make a subdir and do the tests there.  Otherwise we can end up
+  # making bogus files that we don't know about and never remove.  For
+  # instance it was reported that on HP-UX the gcc test will end up
+  # making a dummy file named `D' -- because `-MD' means `put the output
+  # in D'.
+  mkdir conftest.dir
+  # Copy depcomp to subdir because otherwise we won't find it if we're
+  # using a relative directory.
+  cp "$am_depcomp" conftest.dir
+  cd conftest.dir
+  # We will build objects and dependencies in a subdirectory because
+  # it helps to detect inapplicable dependency modes.  For instance
+  # both Tru64's cc and ICC support -MD to output dependencies as a
+  # side effect of compilation, but ICC will put the dependencies in
+  # the current directory while Tru64 will put them in the object
+  # directory.
+  mkdir sub
+
+  am_cv_CC_dependencies_compiler_type=none
+  if test "$am_compiler_list" = ""; then
+     am_compiler_list=`sed -n 's/^#*\([a-zA-Z0-9]*\))$/\1/p' < ./depcomp`
+  fi
+  for depmode in $am_compiler_list; do
+    # Setup a source with many dependencies, because some compilers
+    # like to wrap large dependency lists on column 80 (with \), and
+    # we should not choose a depcomp mode which is confused by this.
+    #
+    # We need to recreate these files for each test, as the compiler may
+    # overwrite some of them when testing with obscure command lines.
+    # This happens at least with the AIX C compiler.
+    : > sub/conftest.c
+    for i in 1 2 3 4 5 6; do
+      echo '#include "conftst'$i'.h"' >> sub/conftest.c
+      # Using `: > sub/conftst$i.h' creates only sub/conftst1.h with
+      # Solaris 8's {/usr,}/bin/sh.
+      touch sub/conftst$i.h
+    done
+    echo "${am__include} ${am__quote}sub/conftest.Po${am__quote}" > confmf
+
+    case $depmode in
+    nosideeffect)
+      # after this tag, mechanisms are not by side-effect, so they'll
+      # only be used when explicitly requested
+      if test "x$enable_dependency_tracking" = xyes; then
+       continue
+      else
+       break
+      fi
+      ;;
+    none) break ;;
+    esac
+    # We check with `-c' and `-o' for the sake of the "dashmstdout"
+    # mode.  It turns out that the SunPro C++ compiler does not properly
+    # handle `-M -o', and we need to detect this.
+    if depmode=$depmode \
+       source=sub/conftest.c object=sub/conftest.${OBJEXT-o} \
+       depfile=sub/conftest.Po tmpdepfile=sub/conftest.TPo \
+       $SHELL ./depcomp $depcc -c -o sub/conftest.${OBJEXT-o} sub/conftest.c \
+         >/dev/null 2>conftest.err &&
+       grep sub/conftst1.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       grep sub/conftst6.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       grep sub/conftest.${OBJEXT-o} sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       ${MAKE-make} -s -f confmf > /dev/null 2>&1; then
+      # icc doesn't choke on unknown options, it will just issue warnings
+      # or remarks (even with -Werror).  So we grep stderr for any message
+      # that says an option was ignored or not supported.
+      # When given -MP, icc 7.0 and 7.1 complain thusly:
+      #   icc: Command line warning: ignoring option '-M'; no argument required
+      # The diagnosis changed in icc 8.0:
+      #   icc: Command line remark: option '-MP' not supported
+      if (grep 'ignoring option' conftest.err ||
+          grep 'not supported' conftest.err) >/dev/null 2>&1; then :; else
+        am_cv_CC_dependencies_compiler_type=$depmode
+        break
+      fi
+    fi
+  done
+
+  cd ..
+  rm -rf conftest.dir
+else
+  am_cv_CC_dependencies_compiler_type=none
+fi
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $am_cv_CC_dependencies_compiler_type" >&5
+$as_echo "$am_cv_CC_dependencies_compiler_type" >&6; }
+CCDEPMODE=depmode=$am_cv_CC_dependencies_compiler_type
+
+ if
+  test "x$enable_dependency_tracking" != xno \
+  && test "$am_cv_CC_dependencies_compiler_type" = gcc3; then
+  am__fastdepCC_TRUE=
+  am__fastdepCC_FALSE='#'
+else
+  am__fastdepCC_TRUE='#'
+  am__fastdepCC_FALSE=
+fi
+
+
+# Set output variable CPP to a command that runs the C preprocessor.
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking how to run the C preprocessor" >&5
+$as_echo_n "checking how to run the C preprocessor... " >&6; }
+# On Suns, sometimes $CPP names a directory.
+if test -n "$CPP" && test -d "$CPP"; then
+  CPP=
+fi
+if test -z "$CPP"; then
+  if test "${ac_cv_prog_CPP+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+      # Double quotes because CPP needs to be expanded
+    for CPP in "$CC -E" "$CC -E -traditional-cpp" "/lib/cpp"
+    do
+      ac_preproc_ok=false
+for ac_c_preproc_warn_flag in '' yes
+do
+  # Use a header file that comes with gcc, so configuring glibc
+  # with a fresh cross-compiler works.
+  # Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
+  # <limits.h> exists even on freestanding compilers.
+  # On the NeXT, cc -E runs the code through the compiler's parser,
+  # not just through cpp. "Syntax error" is here to catch this case.
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#ifdef __STDC__
+# include <limits.h>
+#else
+# include <assert.h>
+#endif
+                    Syntax error
+_ACEOF
+if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
+        test -z "$ac_c_preproc_warn_flag$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       }; then
+  :
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+  # Broken: fails on valid input.
+continue
+fi
+
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+
+  # OK, works on sane cases.  Now check whether nonexistent headers
+  # can be detected and how.
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <ac_nonexistent.h>
+_ACEOF
+if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
+        test -z "$ac_c_preproc_warn_flag$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       }; then
+  # Broken: success on invalid input.
+continue
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+  # Passes both tests.
+ac_preproc_ok=:
+break
+fi
+
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+
+done
+# Because of `break', _AC_PREPROC_IFELSE's cleaning code was skipped.
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+if $ac_preproc_ok; then
+  break
+fi
+
+    done
+    ac_cv_prog_CPP=$CPP
+
+fi
+  CPP=$ac_cv_prog_CPP
+else
+  ac_cv_prog_CPP=$CPP
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $CPP" >&5
+$as_echo "$CPP" >&6; }
+ac_preproc_ok=false
+for ac_c_preproc_warn_flag in '' yes
+do
+  # Use a header file that comes with gcc, so configuring glibc
+  # with a fresh cross-compiler works.
+  # Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
+  # <limits.h> exists even on freestanding compilers.
+  # On the NeXT, cc -E runs the code through the compiler's parser,
+  # not just through cpp. "Syntax error" is here to catch this case.
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#ifdef __STDC__
+# include <limits.h>
+#else
+# include <assert.h>
+#endif
+                    Syntax error
+_ACEOF
+if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
+        test -z "$ac_c_preproc_warn_flag$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       }; then
+  :
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+  # Broken: fails on valid input.
+continue
+fi
+
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+
+  # OK, works on sane cases.  Now check whether nonexistent headers
+  # can be detected and how.
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <ac_nonexistent.h>
+_ACEOF
+if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
+        test -z "$ac_c_preproc_warn_flag$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       }; then
+  # Broken: success on invalid input.
+continue
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+  # Passes both tests.
+ac_preproc_ok=:
+break
+fi
+
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+
+done
+# Because of `break', _AC_PREPROC_IFELSE's cleaning code was skipped.
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+if $ac_preproc_ok; then
+  :
+else
+  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: C preprocessor \"$CPP\" fails sanity check
+See \`config.log' for more details." >&5
+$as_echo "$as_me: error: C preprocessor \"$CPP\" fails sanity check
+See \`config.log' for more details." >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }; }
+fi
+
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+
+#
+# Determine a C++ compiler to use. If output variable CXXFLAGS was not
+# already set, set it to `-g -O2' for the GNU C++ compiler (`-O2' on
+# systems where G++ does not accept `-g'), or `-g' for other
+# compilers.
+ac_ext=cpp
+ac_cpp='$CXXCPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CXX -c $CXXFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CXX -o conftest$ac_exeext $CXXFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_cxx_compiler_gnu
+if test -z "$CXX"; then
+  if test -n "$CCC"; then
+    CXX=$CCC
+  else
+    if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+  for ac_prog in g++ c++ gpp aCC CC cxx cc++ cl.exe FCC KCC RCC xlC_r xlC
+  do
+    # Extract the first word of "$ac_tool_prefix$ac_prog", so it can be a program name with args.
+set dummy $ac_tool_prefix$ac_prog; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_CXX+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$CXX"; then
+  ac_cv_prog_CXX="$CXX" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_CXX="$ac_tool_prefix$ac_prog"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+CXX=$ac_cv_prog_CXX
+if test -n "$CXX"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $CXX" >&5
+$as_echo "$CXX" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+    test -n "$CXX" && break
+  done
+fi
+if test -z "$CXX"; then
+  ac_ct_CXX=$CXX
+  for ac_prog in g++ c++ gpp aCC CC cxx cc++ cl.exe FCC KCC RCC xlC_r xlC
+do
+  # Extract the first word of "$ac_prog", so it can be a program name with args.
+set dummy $ac_prog; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_ac_ct_CXX+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$ac_ct_CXX"; then
+  ac_cv_prog_ac_ct_CXX="$ac_ct_CXX" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_ac_ct_CXX="$ac_prog"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_CXX=$ac_cv_prog_ac_ct_CXX
+if test -n "$ac_ct_CXX"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_ct_CXX" >&5
+$as_echo "$ac_ct_CXX" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+  test -n "$ac_ct_CXX" && break
+done
+
+  if test "x$ac_ct_CXX" = x; then
+    CXX="g++"
+  else
+    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+    CXX=$ac_ct_CXX
+  fi
+fi
+
+  fi
+fi
+# Provide some information about the compiler.
+$as_echo "$as_me:$LINENO: checking for C++ compiler version" >&5
+set X $ac_compile
+ac_compiler=$2
+{ (ac_try="$ac_compiler --version >&5"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compiler --version >&5") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }
+{ (ac_try="$ac_compiler -v >&5"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compiler -v >&5") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }
+{ (ac_try="$ac_compiler -V >&5"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compiler -V >&5") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether we are using the GNU C++ compiler" >&5
+$as_echo_n "checking whether we are using the GNU C++ compiler... " >&6; }
+if test "${ac_cv_cxx_compiler_gnu+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+#ifndef __GNUC__
+       choke me
+#endif
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_compiler_gnu=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_compiler_gnu=no
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+ac_cv_cxx_compiler_gnu=$ac_compiler_gnu
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_cxx_compiler_gnu" >&5
+$as_echo "$ac_cv_cxx_compiler_gnu" >&6; }
+if test $ac_compiler_gnu = yes; then
+  GXX=yes
+else
+  GXX=
+fi
+ac_test_CXXFLAGS=${CXXFLAGS+set}
+ac_save_CXXFLAGS=$CXXFLAGS
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether $CXX accepts -g" >&5
+$as_echo_n "checking whether $CXX accepts -g... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_cxx_g+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_save_cxx_werror_flag=$ac_cxx_werror_flag
+   ac_cxx_werror_flag=yes
+   ac_cv_prog_cxx_g=no
+   CXXFLAGS="-g"
+   cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_cv_prog_cxx_g=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       CXXFLAGS=""
+      cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  :
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_cxx_werror_flag=$ac_save_cxx_werror_flag
+        CXXFLAGS="-g"
+        cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_cv_prog_cxx_g=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+   ac_cxx_werror_flag=$ac_save_cxx_werror_flag
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_prog_cxx_g" >&5
+$as_echo "$ac_cv_prog_cxx_g" >&6; }
+if test "$ac_test_CXXFLAGS" = set; then
+  CXXFLAGS=$ac_save_CXXFLAGS
+elif test $ac_cv_prog_cxx_g = yes; then
+  if test "$GXX" = yes; then
+    CXXFLAGS="-g -O2"
+  else
+    CXXFLAGS="-g"
+  fi
+else
+  if test "$GXX" = yes; then
+    CXXFLAGS="-O2"
+  else
+    CXXFLAGS=
+  fi
+fi
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+
+depcc="$CXX"  am_compiler_list=
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking dependency style of $depcc" >&5
+$as_echo_n "checking dependency style of $depcc... " >&6; }
+if test "${am_cv_CXX_dependencies_compiler_type+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -z "$AMDEP_TRUE" && test -f "$am_depcomp"; then
+  # We make a subdir and do the tests there.  Otherwise we can end up
+  # making bogus files that we don't know about and never remove.  For
+  # instance it was reported that on HP-UX the gcc test will end up
+  # making a dummy file named `D' -- because `-MD' means `put the output
+  # in D'.
+  mkdir conftest.dir
+  # Copy depcomp to subdir because otherwise we won't find it if we're
+  # using a relative directory.
+  cp "$am_depcomp" conftest.dir
+  cd conftest.dir
+  # We will build objects and dependencies in a subdirectory because
+  # it helps to detect inapplicable dependency modes.  For instance
+  # both Tru64's cc and ICC support -MD to output dependencies as a
+  # side effect of compilation, but ICC will put the dependencies in
+  # the current directory while Tru64 will put them in the object
+  # directory.
+  mkdir sub
+
+  am_cv_CXX_dependencies_compiler_type=none
+  if test "$am_compiler_list" = ""; then
+     am_compiler_list=`sed -n 's/^#*\([a-zA-Z0-9]*\))$/\1/p' < ./depcomp`
+  fi
+  for depmode in $am_compiler_list; do
+    # Setup a source with many dependencies, because some compilers
+    # like to wrap large dependency lists on column 80 (with \), and
+    # we should not choose a depcomp mode which is confused by this.
+    #
+    # We need to recreate these files for each test, as the compiler may
+    # overwrite some of them when testing with obscure command lines.
+    # This happens at least with the AIX C compiler.
+    : > sub/conftest.c
+    for i in 1 2 3 4 5 6; do
+      echo '#include "conftst'$i'.h"' >> sub/conftest.c
+      # Using `: > sub/conftst$i.h' creates only sub/conftst1.h with
+      # Solaris 8's {/usr,}/bin/sh.
+      touch sub/conftst$i.h
+    done
+    echo "${am__include} ${am__quote}sub/conftest.Po${am__quote}" > confmf
+
+    case $depmode in
+    nosideeffect)
+      # after this tag, mechanisms are not by side-effect, so they'll
+      # only be used when explicitly requested
+      if test "x$enable_dependency_tracking" = xyes; then
+       continue
+      else
+       break
+      fi
+      ;;
+    none) break ;;
+    esac
+    # We check with `-c' and `-o' for the sake of the "dashmstdout"
+    # mode.  It turns out that the SunPro C++ compiler does not properly
+    # handle `-M -o', and we need to detect this.
+    if depmode=$depmode \
+       source=sub/conftest.c object=sub/conftest.${OBJEXT-o} \
+       depfile=sub/conftest.Po tmpdepfile=sub/conftest.TPo \
+       $SHELL ./depcomp $depcc -c -o sub/conftest.${OBJEXT-o} sub/conftest.c \
+         >/dev/null 2>conftest.err &&
+       grep sub/conftst1.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       grep sub/conftst6.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       grep sub/conftest.${OBJEXT-o} sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       ${MAKE-make} -s -f confmf > /dev/null 2>&1; then
+      # icc doesn't choke on unknown options, it will just issue warnings
+      # or remarks (even with -Werror).  So we grep stderr for any message
+      # that says an option was ignored or not supported.
+      # When given -MP, icc 7.0 and 7.1 complain thusly:
+      #   icc: Command line warning: ignoring option '-M'; no argument required
+      # The diagnosis changed in icc 8.0:
+      #   icc: Command line remark: option '-MP' not supported
+      if (grep 'ignoring option' conftest.err ||
+          grep 'not supported' conftest.err) >/dev/null 2>&1; then :; else
+        am_cv_CXX_dependencies_compiler_type=$depmode
+        break
+      fi
+    fi
+  done
+
+  cd ..
+  rm -rf conftest.dir
+else
+  am_cv_CXX_dependencies_compiler_type=none
+fi
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $am_cv_CXX_dependencies_compiler_type" >&5
+$as_echo "$am_cv_CXX_dependencies_compiler_type" >&6; }
+CXXDEPMODE=depmode=$am_cv_CXX_dependencies_compiler_type
+
+ if
+  test "x$enable_dependency_tracking" != xno \
+  && test "$am_cv_CXX_dependencies_compiler_type" = gcc3; then
+  am__fastdepCXX_TRUE=
+  am__fastdepCXX_FALSE='#'
+else
+  am__fastdepCXX_TRUE='#'
+  am__fastdepCXX_FALSE=
+fi
+
+
+
+ac_ext=cpp
+ac_cpp='$CXXCPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CXX -c $CXXFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CXX -o conftest$ac_exeext $CXXFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_cxx_compiler_gnu
+if test -z "$CXX"; then
+  if test -n "$CCC"; then
+    CXX=$CCC
+  else
+    if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+  for ac_prog in g++ c++ gpp aCC CC cxx cc++ cl.exe FCC KCC RCC xlC_r xlC
+  do
+    # Extract the first word of "$ac_tool_prefix$ac_prog", so it can be a program name with args.
+set dummy $ac_tool_prefix$ac_prog; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_CXX+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$CXX"; then
+  ac_cv_prog_CXX="$CXX" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_CXX="$ac_tool_prefix$ac_prog"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+CXX=$ac_cv_prog_CXX
+if test -n "$CXX"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $CXX" >&5
+$as_echo "$CXX" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+    test -n "$CXX" && break
+  done
+fi
+if test -z "$CXX"; then
+  ac_ct_CXX=$CXX
+  for ac_prog in g++ c++ gpp aCC CC cxx cc++ cl.exe FCC KCC RCC xlC_r xlC
+do
+  # Extract the first word of "$ac_prog", so it can be a program name with args.
+set dummy $ac_prog; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_ac_ct_CXX+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$ac_ct_CXX"; then
+  ac_cv_prog_ac_ct_CXX="$ac_ct_CXX" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_ac_ct_CXX="$ac_prog"
+    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_CXX=$ac_cv_prog_ac_ct_CXX
+if test -n "$ac_ct_CXX"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_ct_CXX" >&5
+$as_echo "$ac_ct_CXX" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+  test -n "$ac_ct_CXX" && break
+done
+
+  if test "x$ac_ct_CXX" = x; then
+    CXX="g++"
+  else
+    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+    CXX=$ac_ct_CXX
+  fi
+fi
+
+  fi
+fi
+# Provide some information about the compiler.
+$as_echo "$as_me:$LINENO: checking for C++ compiler version" >&5
+set X $ac_compile
+ac_compiler=$2
+{ (ac_try="$ac_compiler --version >&5"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compiler --version >&5") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }
+{ (ac_try="$ac_compiler -v >&5"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compiler -v >&5") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }
+{ (ac_try="$ac_compiler -V >&5"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compiler -V >&5") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether we are using the GNU C++ compiler" >&5
+$as_echo_n "checking whether we are using the GNU C++ compiler... " >&6; }
+if test "${ac_cv_cxx_compiler_gnu+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+#ifndef __GNUC__
+       choke me
+#endif
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_compiler_gnu=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_compiler_gnu=no
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+ac_cv_cxx_compiler_gnu=$ac_compiler_gnu
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_cxx_compiler_gnu" >&5
+$as_echo "$ac_cv_cxx_compiler_gnu" >&6; }
+if test $ac_compiler_gnu = yes; then
+  GXX=yes
+else
+  GXX=
+fi
+ac_test_CXXFLAGS=${CXXFLAGS+set}
+ac_save_CXXFLAGS=$CXXFLAGS
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether $CXX accepts -g" >&5
+$as_echo_n "checking whether $CXX accepts -g... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_cxx_g+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_save_cxx_werror_flag=$ac_cxx_werror_flag
+   ac_cxx_werror_flag=yes
+   ac_cv_prog_cxx_g=no
+   CXXFLAGS="-g"
+   cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_cv_prog_cxx_g=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       CXXFLAGS=""
+      cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  :
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_cxx_werror_flag=$ac_save_cxx_werror_flag
+        CXXFLAGS="-g"
+        cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_cv_prog_cxx_g=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+   ac_cxx_werror_flag=$ac_save_cxx_werror_flag
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_prog_cxx_g" >&5
+$as_echo "$ac_cv_prog_cxx_g" >&6; }
+if test "$ac_test_CXXFLAGS" = set; then
+  CXXFLAGS=$ac_save_CXXFLAGS
+elif test $ac_cv_prog_cxx_g = yes; then
+  if test "$GXX" = yes; then
+    CXXFLAGS="-g -O2"
+  else
+    CXXFLAGS="-g"
+  fi
+else
+  if test "$GXX" = yes; then
+    CXXFLAGS="-O2"
+  else
+    CXXFLAGS=
+  fi
+fi
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+
+depcc="$CXX"  am_compiler_list=
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking dependency style of $depcc" >&5
+$as_echo_n "checking dependency style of $depcc... " >&6; }
+if test "${am_cv_CXX_dependencies_compiler_type+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -z "$AMDEP_TRUE" && test -f "$am_depcomp"; then
+  # We make a subdir and do the tests there.  Otherwise we can end up
+  # making bogus files that we don't know about and never remove.  For
+  # instance it was reported that on HP-UX the gcc test will end up
+  # making a dummy file named `D' -- because `-MD' means `put the output
+  # in D'.
+  mkdir conftest.dir
+  # Copy depcomp to subdir because otherwise we won't find it if we're
+  # using a relative directory.
+  cp "$am_depcomp" conftest.dir
+  cd conftest.dir
+  # We will build objects and dependencies in a subdirectory because
+  # it helps to detect inapplicable dependency modes.  For instance
+  # both Tru64's cc and ICC support -MD to output dependencies as a
+  # side effect of compilation, but ICC will put the dependencies in
+  # the current directory while Tru64 will put them in the object
+  # directory.
+  mkdir sub
+
+  am_cv_CXX_dependencies_compiler_type=none
+  if test "$am_compiler_list" = ""; then
+     am_compiler_list=`sed -n 's/^#*\([a-zA-Z0-9]*\))$/\1/p' < ./depcomp`
+  fi
+  for depmode in $am_compiler_list; do
+    # Setup a source with many dependencies, because some compilers
+    # like to wrap large dependency lists on column 80 (with \), and
+    # we should not choose a depcomp mode which is confused by this.
+    #
+    # We need to recreate these files for each test, as the compiler may
+    # overwrite some of them when testing with obscure command lines.
+    # This happens at least with the AIX C compiler.
+    : > sub/conftest.c
+    for i in 1 2 3 4 5 6; do
+      echo '#include "conftst'$i'.h"' >> sub/conftest.c
+      # Using `: > sub/conftst$i.h' creates only sub/conftst1.h with
+      # Solaris 8's {/usr,}/bin/sh.
+      touch sub/conftst$i.h
+    done
+    echo "${am__include} ${am__quote}sub/conftest.Po${am__quote}" > confmf
+
+    case $depmode in
+    nosideeffect)
+      # after this tag, mechanisms are not by side-effect, so they'll
+      # only be used when explicitly requested
+      if test "x$enable_dependency_tracking" = xyes; then
+       continue
+      else
+       break
+      fi
+      ;;
+    none) break ;;
+    esac
+    # We check with `-c' and `-o' for the sake of the "dashmstdout"
+    # mode.  It turns out that the SunPro C++ compiler does not properly
+    # handle `-M -o', and we need to detect this.
+    if depmode=$depmode \
+       source=sub/conftest.c object=sub/conftest.${OBJEXT-o} \
+       depfile=sub/conftest.Po tmpdepfile=sub/conftest.TPo \
+       $SHELL ./depcomp $depcc -c -o sub/conftest.${OBJEXT-o} sub/conftest.c \
+         >/dev/null 2>conftest.err &&
+       grep sub/conftst1.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       grep sub/conftst6.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       grep sub/conftest.${OBJEXT-o} sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       ${MAKE-make} -s -f confmf > /dev/null 2>&1; then
+      # icc doesn't choke on unknown options, it will just issue warnings
+      # or remarks (even with -Werror).  So we grep stderr for any message
+      # that says an option was ignored or not supported.
+      # When given -MP, icc 7.0 and 7.1 complain thusly:
+      #   icc: Command line warning: ignoring option '-M'; no argument required
+      # The diagnosis changed in icc 8.0:
+      #   icc: Command line remark: option '-MP' not supported
+      if (grep 'ignoring option' conftest.err ||
+          grep 'not supported' conftest.err) >/dev/null 2>&1; then :; else
+        am_cv_CXX_dependencies_compiler_type=$depmode
+        break
+      fi
+    fi
+  done
+
+  cd ..
+  rm -rf conftest.dir
+else
+  am_cv_CXX_dependencies_compiler_type=none
+fi
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $am_cv_CXX_dependencies_compiler_type" >&5
+$as_echo "$am_cv_CXX_dependencies_compiler_type" >&6; }
+CXXDEPMODE=depmode=$am_cv_CXX_dependencies_compiler_type
+
+ if
+  test "x$enable_dependency_tracking" != xno \
+  && test "$am_cv_CXX_dependencies_compiler_type" = gcc3; then
+  am__fastdepCXX_TRUE=
+  am__fastdepCXX_FALSE='#'
+else
+  am__fastdepCXX_TRUE='#'
+  am__fastdepCXX_FALSE=
+fi
+
+
+if test -n "$CXX" && ( test "X$CXX" != "Xno" &&
+    ( (test "X$CXX" = "Xg++" && `g++ -v >/dev/null 2>&1` ) ||
+    (test "X$CXX" != "Xg++"))) ; then
+  ac_ext=cpp
+ac_cpp='$CXXCPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CXX -c $CXXFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CXX -o conftest$ac_exeext $CXXFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_cxx_compiler_gnu
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking how to run the C++ preprocessor" >&5
+$as_echo_n "checking how to run the C++ preprocessor... " >&6; }
+if test -z "$CXXCPP"; then
+  if test "${ac_cv_prog_CXXCPP+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+      # Double quotes because CXXCPP needs to be expanded
+    for CXXCPP in "$CXX -E" "/lib/cpp"
+    do
+      ac_preproc_ok=false
+for ac_cxx_preproc_warn_flag in '' yes
+do
+  # Use a header file that comes with gcc, so configuring glibc
+  # with a fresh cross-compiler works.
+  # Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
+  # <limits.h> exists even on freestanding compilers.
+  # On the NeXT, cc -E runs the code through the compiler's parser,
+  # not just through cpp. "Syntax error" is here to catch this case.
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#ifdef __STDC__
+# include <limits.h>
+#else
+# include <assert.h>
+#endif
+                    Syntax error
+_ACEOF
+if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
+        test -z "$ac_cxx_preproc_warn_flag$ac_cxx_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       }; then
+  :
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+  # Broken: fails on valid input.
+continue
+fi
+
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+
+  # OK, works on sane cases.  Now check whether nonexistent headers
+  # can be detected and how.
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <ac_nonexistent.h>
+_ACEOF
+if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
+        test -z "$ac_cxx_preproc_warn_flag$ac_cxx_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       }; then
+  # Broken: success on invalid input.
+continue
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+  # Passes both tests.
+ac_preproc_ok=:
+break
+fi
+
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+
+done
+# Because of `break', _AC_PREPROC_IFELSE's cleaning code was skipped.
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+if $ac_preproc_ok; then
+  break
+fi
+
+    done
+    ac_cv_prog_CXXCPP=$CXXCPP
+
+fi
+  CXXCPP=$ac_cv_prog_CXXCPP
+else
+  ac_cv_prog_CXXCPP=$CXXCPP
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $CXXCPP" >&5
+$as_echo "$CXXCPP" >&6; }
+ac_preproc_ok=false
+for ac_cxx_preproc_warn_flag in '' yes
+do
+  # Use a header file that comes with gcc, so configuring glibc
+  # with a fresh cross-compiler works.
+  # Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
+  # <limits.h> exists even on freestanding compilers.
+  # On the NeXT, cc -E runs the code through the compiler's parser,
+  # not just through cpp. "Syntax error" is here to catch this case.
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#ifdef __STDC__
+# include <limits.h>
+#else
+# include <assert.h>
+#endif
+                    Syntax error
+_ACEOF
+if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
+        test -z "$ac_cxx_preproc_warn_flag$ac_cxx_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       }; then
+  :
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+  # Broken: fails on valid input.
+continue
+fi
+
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+
+  # OK, works on sane cases.  Now check whether nonexistent headers
+  # can be detected and how.
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <ac_nonexistent.h>
+_ACEOF
+if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
+        test -z "$ac_cxx_preproc_warn_flag$ac_cxx_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       }; then
+  # Broken: success on invalid input.
+continue
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+  # Passes both tests.
+ac_preproc_ok=:
+break
+fi
+
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+
+done
+# Because of `break', _AC_PREPROC_IFELSE's cleaning code was skipped.
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+if $ac_preproc_ok; then
+  :
+else
+  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+_lt_caught_CXX_error=yes; }
+fi
+
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+
+else
+  _lt_caught_CXX_error=yes
+fi
+
+
+
+
+ac_ext=cpp
+ac_cpp='$CXXCPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CXX -c $CXXFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CXX -o conftest$ac_exeext $CXXFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_cxx_compiler_gnu
+
+archive_cmds_need_lc_CXX=no
+allow_undefined_flag_CXX=
+always_export_symbols_CXX=no
+archive_expsym_cmds_CXX=
+compiler_needs_object_CXX=no
+export_dynamic_flag_spec_CXX=
+hardcode_direct_CXX=no
+hardcode_direct_absolute_CXX=no
+hardcode_libdir_flag_spec_CXX=
+hardcode_libdir_flag_spec_ld_CXX=
+hardcode_libdir_separator_CXX=
+hardcode_minus_L_CXX=no
+hardcode_shlibpath_var_CXX=unsupported
+hardcode_automatic_CXX=no
+inherit_rpath_CXX=no
+module_cmds_CXX=
+module_expsym_cmds_CXX=
+link_all_deplibs_CXX=unknown
+old_archive_cmds_CXX=$old_archive_cmds
+no_undefined_flag_CXX=
+whole_archive_flag_spec_CXX=
+enable_shared_with_static_runtimes_CXX=no
+
+# Source file extension for C++ test sources.
+ac_ext=cpp
+
+# Object file extension for compiled C++ test sources.
+objext=o
+objext_CXX=$objext
+
+# No sense in running all these tests if we already determined that
+# the CXX compiler isn't working.  Some variables (like enable_shared)
+# are currently assumed to apply to all compilers on this platform,
+# and will be corrupted by setting them based on a non-working compiler.
+if test "$_lt_caught_CXX_error" != yes; then
+  # Code to be used in simple compile tests
+  lt_simple_compile_test_code="int some_variable = 0;"
+
+  # Code to be used in simple link tests
+  lt_simple_link_test_code='int main(int, char *[]) { return(0); }'
+
+  # ltmain only uses $CC for tagged configurations so make sure $CC is set.
+
+
+
+
+
+
+# If no C compiler was specified, use CC.
+LTCC=${LTCC-"$CC"}
+
+# If no C compiler flags were specified, use CFLAGS.
+LTCFLAGS=${LTCFLAGS-"$CFLAGS"}
+
+# Allow CC to be a program name with arguments.
+compiler=$CC
+
+
+  # save warnings/boilerplate of simple test code
+  ac_outfile=conftest.$ac_objext
+echo "$lt_simple_compile_test_code" >conftest.$ac_ext
+eval "$ac_compile" 2>&1 >/dev/null | $SED '/^$/d; /^ *+/d' >conftest.err
+_lt_compiler_boilerplate=`cat conftest.err`
+$RM conftest*
+
+  ac_outfile=conftest.$ac_objext
+echo "$lt_simple_link_test_code" >conftest.$ac_ext
+eval "$ac_link" 2>&1 >/dev/null | $SED '/^$/d; /^ *+/d' >conftest.err
+_lt_linker_boilerplate=`cat conftest.err`
+$RM -r conftest*
+
+
+  # Allow CC to be a program name with arguments.
+  lt_save_CC=$CC
+  lt_save_LD=$LD
+  lt_save_GCC=$GCC
+  GCC=$GXX
+  lt_save_with_gnu_ld=$with_gnu_ld
+  lt_save_path_LD=$lt_cv_path_LD
+  if test -n "${lt_cv_prog_gnu_ldcxx+set}"; then
+    lt_cv_prog_gnu_ld=$lt_cv_prog_gnu_ldcxx
+  else
+    $as_unset lt_cv_prog_gnu_ld
+  fi
+  if test -n "${lt_cv_path_LDCXX+set}"; then
+    lt_cv_path_LD=$lt_cv_path_LDCXX
+  else
+    $as_unset lt_cv_path_LD
+  fi
+  test -z "${LDCXX+set}" || LD=$LDCXX
+  CC=${CXX-"c++"}
+  compiler=$CC
+  compiler_CXX=$CC
+  for cc_temp in $compiler""; do
+  case $cc_temp in
+    compile | *[\\/]compile | ccache | *[\\/]ccache ) ;;
+    distcc | *[\\/]distcc | purify | *[\\/]purify ) ;;
+    \-*) ;;
+    *) break;;
+  esac
+done
+cc_basename=`$ECHO "X$cc_temp" | $Xsed -e 's%.*/%%' -e "s%^$host_alias-%%"`
+
+
+  if test -n "$compiler"; then
+    # We don't want -fno-exception when compiling C++ code, so set the
+    # no_builtin_flag separately
+    if test "$GXX" = yes; then
+      lt_prog_compiler_no_builtin_flag_CXX=' -fno-builtin'
+    else
+      lt_prog_compiler_no_builtin_flag_CXX=
+    fi
+
+    if test "$GXX" = yes; then
+      # Set up default GNU C++ configuration
+
+
+
+# Check whether --with-gnu-ld was given.
+if test "${with_gnu_ld+set}" = set; then
+  withval=$with_gnu_ld; test "$withval" = no || with_gnu_ld=yes
+else
+  with_gnu_ld=no
+fi
+
+ac_prog=ld
+if test "$GCC" = yes; then
+  # Check if gcc -print-prog-name=ld gives a path.
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for ld used by $CC" >&5
+$as_echo_n "checking for ld used by $CC... " >&6; }
+  case $host in
+  *-*-mingw*)
+    # gcc leaves a trailing carriage return which upsets mingw
+    ac_prog=`($CC -print-prog-name=ld) 2>&5 | tr -d '\015'` ;;
+  *)
+    ac_prog=`($CC -print-prog-name=ld) 2>&5` ;;
+  esac
+  case $ac_prog in
+    # Accept absolute paths.
+    [\\/]* | ?:[\\/]*)
+      re_direlt='/[^/][^/]*/\.\./'
+      # Canonicalize the pathname of ld
+      ac_prog=`$ECHO "$ac_prog"| $SED 's%\\\\%/%g'`
+      while $ECHO "$ac_prog" | $GREP "$re_direlt" > /dev/null 2>&1; do
+       ac_prog=`$ECHO $ac_prog| $SED "s%$re_direlt%/%"`
+      done
+      test -z "$LD" && LD="$ac_prog"
+      ;;
+  "")
+    # If it fails, then pretend we aren't using GCC.
+    ac_prog=ld
+    ;;
+  *)
+    # If it is relative, then search for the first ld in PATH.
+    with_gnu_ld=unknown
+    ;;
+  esac
+elif test "$with_gnu_ld" = yes; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for GNU ld" >&5
+$as_echo_n "checking for GNU ld... " >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for non-GNU ld" >&5
+$as_echo_n "checking for non-GNU ld... " >&6; }
+fi
+if test "${lt_cv_path_LD+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -z "$LD"; then
+  lt_save_ifs="$IFS"; IFS=$PATH_SEPARATOR
+  for ac_dir in $PATH; do
+    IFS="$lt_save_ifs"
+    test -z "$ac_dir" && ac_dir=.
+    if test -f "$ac_dir/$ac_prog" || test -f "$ac_dir/$ac_prog$ac_exeext"; then
+      lt_cv_path_LD="$ac_dir/$ac_prog"
+      # Check to see if the program is GNU ld.  I'd rather use --version,
+      # but apparently some variants of GNU ld only accept -v.
+      # Break only if it was the GNU/non-GNU ld that we prefer.
+      case `"$lt_cv_path_LD" -v 2>&1 </dev/null` in
+      *GNU* | *'with BFD'*)
+       test "$with_gnu_ld" != no && break
+       ;;
+      *)
+       test "$with_gnu_ld" != yes && break
+       ;;
+      esac
+    fi
+  done
+  IFS="$lt_save_ifs"
+else
+  lt_cv_path_LD="$LD" # Let the user override the test with a path.
+fi
+fi
+
+LD="$lt_cv_path_LD"
+if test -n "$LD"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $LD" >&5
+$as_echo "$LD" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+test -z "$LD" && { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: no acceptable ld found in \$PATH" >&5
+$as_echo "$as_me: error: no acceptable ld found in \$PATH" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking if the linker ($LD) is GNU ld" >&5
+$as_echo_n "checking if the linker ($LD) is GNU ld... " >&6; }
+if test "${lt_cv_prog_gnu_ld+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  # I'd rather use --version here, but apparently some GNU lds only accept -v.
+case `$LD -v 2>&1 </dev/null` in
+*GNU* | *'with BFD'*)
+  lt_cv_prog_gnu_ld=yes
+  ;;
+*)
+  lt_cv_prog_gnu_ld=no
+  ;;
+esac
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_cv_prog_gnu_ld" >&5
+$as_echo "$lt_cv_prog_gnu_ld" >&6; }
+with_gnu_ld=$lt_cv_prog_gnu_ld
+
+
+
+
+
+
+
+      # Check if GNU C++ uses GNU ld as the underlying linker, since the
+      # archiving commands below assume that GNU ld is being used.
+      if test "$with_gnu_ld" = yes; then
+        archive_cmds_CXX='$CC -shared -nostdlib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+        archive_expsym_cmds_CXX='$CC -shared -nostdlib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname ${wl}-retain-symbols-file $wl$export_symbols -o $lib'
+
+        hardcode_libdir_flag_spec_CXX='${wl}-rpath ${wl}$libdir'
+        export_dynamic_flag_spec_CXX='${wl}--export-dynamic'
+
+        # If archive_cmds runs LD, not CC, wlarc should be empty
+        # XXX I think wlarc can be eliminated in ltcf-cxx, but I need to
+        #     investigate it a little bit more. (MM)
+        wlarc='${wl}'
+
+        # ancient GNU ld didn't support --whole-archive et. al.
+        if eval "`$CC -print-prog-name=ld` --help 2>&1" |
+         $GREP 'no-whole-archive' > /dev/null; then
+          whole_archive_flag_spec_CXX="$wlarc"'--whole-archive$convenience '"$wlarc"'--no-whole-archive'
+        else
+          whole_archive_flag_spec_CXX=
+        fi
+      else
+        with_gnu_ld=no
+        wlarc=
+
+        # A generic and very simple default shared library creation
+        # command for GNU C++ for the case where it uses the native
+        # linker, instead of GNU ld.  If possible, this setting should
+        # overridden to take advantage of the native linker features on
+        # the platform it is being used on.
+        archive_cmds_CXX='$CC -shared -nostdlib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags -o $lib'
+      fi
+
+      # Commands to make compiler produce verbose output that lists
+      # what "hidden" libraries, object files and flags are used when
+      # linking a shared library.
+      output_verbose_link_cmd='$CC -shared $CFLAGS -v conftest.$objext 2>&1 | $GREP "\-L"'
+
+    else
+      GXX=no
+      with_gnu_ld=no
+      wlarc=
+    fi
+
+    # PORTME: fill in a description of your system's C++ link characteristics
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether the $compiler linker ($LD) supports shared libraries" >&5
+$as_echo_n "checking whether the $compiler linker ($LD) supports shared libraries... " >&6; }
+    ld_shlibs_CXX=yes
+    case $host_os in
+      aix3*)
+        # FIXME: insert proper C++ library support
+        ld_shlibs_CXX=no
+        ;;
+      aix[4-9]*)
+        if test "$host_cpu" = ia64; then
+          # On IA64, the linker does run time linking by default, so we don't
+          # have to do anything special.
+          aix_use_runtimelinking=no
+          exp_sym_flag='-Bexport'
+          no_entry_flag=""
+        else
+          aix_use_runtimelinking=no
+
+          # Test if we are trying to use run time linking or normal
+          # AIX style linking. If -brtl is somewhere in LDFLAGS, we
+          # need to do runtime linking.
+          case $host_os in aix4.[23]|aix4.[23].*|aix[5-9]*)
+           for ld_flag in $LDFLAGS; do
+             case $ld_flag in
+             *-brtl*)
+               aix_use_runtimelinking=yes
+               break
+               ;;
+             esac
+           done
+           ;;
+          esac
+
+          exp_sym_flag='-bexport'
+          no_entry_flag='-bnoentry'
+        fi
+
+        # When large executables or shared objects are built, AIX ld can
+        # have problems creating the table of contents.  If linking a library
+        # or program results in "error TOC overflow" add -mminimal-toc to
+        # CXXFLAGS/CFLAGS for g++/gcc.  In the cases where that is not
+        # enough to fix the problem, add -Wl,-bbigtoc to LDFLAGS.
+
+        archive_cmds_CXX=''
+        hardcode_direct_CXX=yes
+        hardcode_direct_absolute_CXX=yes
+        hardcode_libdir_separator_CXX=':'
+        link_all_deplibs_CXX=yes
+        file_list_spec_CXX='${wl}-f,'
+
+        if test "$GXX" = yes; then
+          case $host_os in aix4.[012]|aix4.[012].*)
+          # We only want to do this on AIX 4.2 and lower, the check
+          # below for broken collect2 doesn't work under 4.3+
+         collect2name=`${CC} -print-prog-name=collect2`
+         if test -f "$collect2name" &&
+            strings "$collect2name" | $GREP resolve_lib_name >/dev/null
+         then
+           # We have reworked collect2
+           :
+         else
+           # We have old collect2
+           hardcode_direct_CXX=unsupported
+           # It fails to find uninstalled libraries when the uninstalled
+           # path is not listed in the libpath.  Setting hardcode_minus_L
+           # to unsupported forces relinking
+           hardcode_minus_L_CXX=yes
+           hardcode_libdir_flag_spec_CXX='-L$libdir'
+           hardcode_libdir_separator_CXX=
+         fi
+          esac
+          shared_flag='-shared'
+         if test "$aix_use_runtimelinking" = yes; then
+           shared_flag="$shared_flag "'${wl}-G'
+         fi
+        else
+          # not using gcc
+          if test "$host_cpu" = ia64; then
+         # VisualAge C++, Version 5.5 for AIX 5L for IA-64, Beta 3 Release
+         # chokes on -Wl,-G. The following line is correct:
+         shared_flag='-G'
+          else
+           if test "$aix_use_runtimelinking" = yes; then
+             shared_flag='${wl}-G'
+           else
+             shared_flag='${wl}-bM:SRE'
+           fi
+          fi
+        fi
+
+        export_dynamic_flag_spec_CXX='${wl}-bexpall'
+        # It seems that -bexpall does not export symbols beginning with
+        # underscore (_), so it is better to generate a list of symbols to
+       # export.
+        always_export_symbols_CXX=yes
+        if test "$aix_use_runtimelinking" = yes; then
+          # Warning - without using the other runtime loading flags (-brtl),
+          # -berok will link without error, but may produce a broken library.
+          allow_undefined_flag_CXX='-berok'
+          # Determine the default libpath from the value encoded in an empty
+          # executable.
+          cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+
+lt_aix_libpath_sed='
+    /Import File Strings/,/^$/ {
+       /^0/ {
+           s/^0  *\(.*\)$/\1/
+           p
+       }
+    }'
+aix_libpath=`dump -H conftest$ac_exeext 2>/dev/null | $SED -n -e "$lt_aix_libpath_sed"`
+# Check for a 64-bit object if we didn't find anything.
+if test -z "$aix_libpath"; then
+  aix_libpath=`dump -HX64 conftest$ac_exeext 2>/dev/null | $SED -n -e "$lt_aix_libpath_sed"`
+fi
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+if test -z "$aix_libpath"; then aix_libpath="/usr/lib:/lib"; fi
+
+          hardcode_libdir_flag_spec_CXX='${wl}-blibpath:$libdir:'"$aix_libpath"
+
+          archive_expsym_cmds_CXX='$CC -o $output_objdir/$soname $libobjs $deplibs '"\${wl}$no_entry_flag"' $compiler_flags `if test "x${allow_undefined_flag}" != "x"; then $ECHO "X${wl}${allow_undefined_flag}" | $Xsed; else :; fi` '"\${wl}$exp_sym_flag:\$export_symbols $shared_flag"
+        else
+          if test "$host_cpu" = ia64; then
+           hardcode_libdir_flag_spec_CXX='${wl}-R $libdir:/usr/lib:/lib'
+           allow_undefined_flag_CXX="-z nodefs"
+           archive_expsym_cmds_CXX="\$CC $shared_flag"' -o $output_objdir/$soname $libobjs $deplibs '"\${wl}$no_entry_flag"' $compiler_flags ${wl}${allow_undefined_flag} '"\${wl}$exp_sym_flag:\$export_symbols"
+          else
+           # Determine the default libpath from the value encoded in an
+           # empty executable.
+           cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+
+lt_aix_libpath_sed='
+    /Import File Strings/,/^$/ {
+       /^0/ {
+           s/^0  *\(.*\)$/\1/
+           p
+       }
+    }'
+aix_libpath=`dump -H conftest$ac_exeext 2>/dev/null | $SED -n -e "$lt_aix_libpath_sed"`
+# Check for a 64-bit object if we didn't find anything.
+if test -z "$aix_libpath"; then
+  aix_libpath=`dump -HX64 conftest$ac_exeext 2>/dev/null | $SED -n -e "$lt_aix_libpath_sed"`
+fi
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+if test -z "$aix_libpath"; then aix_libpath="/usr/lib:/lib"; fi
+
+           hardcode_libdir_flag_spec_CXX='${wl}-blibpath:$libdir:'"$aix_libpath"
+           # Warning - without using the other run time loading flags,
+           # -berok will link without error, but may produce a broken library.
+           no_undefined_flag_CXX=' ${wl}-bernotok'
+           allow_undefined_flag_CXX=' ${wl}-berok'
+           # Exported symbols can be pulled into shared objects from archives
+           whole_archive_flag_spec_CXX='$convenience'
+           archive_cmds_need_lc_CXX=yes
+           # This is similar to how AIX traditionally builds its shared
+           # libraries.
+           archive_expsym_cmds_CXX="\$CC $shared_flag"' -o $output_objdir/$soname $libobjs $deplibs ${wl}-bnoentry $compiler_flags ${wl}-bE:$export_symbols${allow_undefined_flag}~$AR $AR_FLAGS $output_objdir/$libname$release.a $output_objdir/$soname'
+          fi
+        fi
+        ;;
+
+      beos*)
+       if $LD --help 2>&1 | $GREP ': supported targets:.* elf' > /dev/null; then
+         allow_undefined_flag_CXX=unsupported
+         # Joseph Beckenbach <jrb3@best.com> says some releases of gcc
+         # support --undefined.  This deserves some investigation.  FIXME
+         archive_cmds_CXX='$CC -nostart $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+       else
+         ld_shlibs_CXX=no
+       fi
+       ;;
+
+      chorus*)
+        case $cc_basename in
+          *)
+         # FIXME: insert proper C++ library support
+         ld_shlibs_CXX=no
+         ;;
+        esac
+        ;;
+
+      cygwin* | mingw* | pw32* | cegcc*)
+        # _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, CXX) is actually meaningless,
+        # as there is no search path for DLLs.
+        hardcode_libdir_flag_spec_CXX='-L$libdir'
+        allow_undefined_flag_CXX=unsupported
+        always_export_symbols_CXX=no
+        enable_shared_with_static_runtimes_CXX=yes
+
+        if $LD --help 2>&1 | $GREP 'auto-import' > /dev/null; then
+          archive_cmds_CXX='$CC -shared -nostdlib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags -o $output_objdir/$soname ${wl}--enable-auto-image-base -Xlinker --out-implib -Xlinker $lib'
+          # If the export-symbols file already is a .def file (1st line
+          # is EXPORTS), use it as is; otherwise, prepend...
+          archive_expsym_cmds_CXX='if test "x`$SED 1q $export_symbols`" = xEXPORTS; then
+           cp $export_symbols $output_objdir/$soname.def;
+          else
+           echo EXPORTS > $output_objdir/$soname.def;
+           cat $export_symbols >> $output_objdir/$soname.def;
+          fi~
+          $CC -shared -nostdlib $output_objdir/$soname.def $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags -o $output_objdir/$soname ${wl}--enable-auto-image-base -Xlinker --out-implib -Xlinker $lib'
+        else
+          ld_shlibs_CXX=no
+        fi
+        ;;
+      darwin* | rhapsody*)
+
+
+  archive_cmds_need_lc_CXX=no
+  hardcode_direct_CXX=no
+  hardcode_automatic_CXX=yes
+  hardcode_shlibpath_var_CXX=unsupported
+  whole_archive_flag_spec_CXX=''
+  link_all_deplibs_CXX=yes
+  allow_undefined_flag_CXX="$_lt_dar_allow_undefined"
+  case $cc_basename in
+     ifort*) _lt_dar_can_shared=yes ;;
+     *) _lt_dar_can_shared=$GCC ;;
+  esac
+  if test "$_lt_dar_can_shared" = "yes"; then
+    output_verbose_link_cmd=echo
+    archive_cmds_CXX="\$CC -dynamiclib \$allow_undefined_flag -o \$lib \$libobjs \$deplibs \$compiler_flags -install_name \$rpath/\$soname \$verstring $_lt_dar_single_mod${_lt_dsymutil}"
+    module_cmds_CXX="\$CC \$allow_undefined_flag -o \$lib -bundle \$libobjs \$deplibs \$compiler_flags${_lt_dsymutil}"
+    archive_expsym_cmds_CXX="sed 's,^,_,' < \$export_symbols > \$output_objdir/\${libname}-symbols.expsym~\$CC -dynamiclib \$allow_undefined_flag -o \$lib \$libobjs \$deplibs \$compiler_flags -install_name \$rpath/\$soname \$verstring ${_lt_dar_single_mod}${_lt_dar_export_syms}${_lt_dsymutil}"
+    module_expsym_cmds_CXX="sed -e 's,^,_,' < \$export_symbols > \$output_objdir/\${libname}-symbols.expsym~\$CC \$allow_undefined_flag -o \$lib -bundle \$libobjs \$deplibs \$compiler_flags${_lt_dar_export_syms}${_lt_dsymutil}"
+       if test "$lt_cv_apple_cc_single_mod" != "yes"; then
+      archive_cmds_CXX="\$CC -r -keep_private_externs -nostdlib -o \${lib}-master.o \$libobjs~\$CC -dynamiclib \$allow_undefined_flag -o \$lib \${lib}-master.o \$deplibs \$compiler_flags -install_name \$rpath/\$soname \$verstring${_lt_dsymutil}"
+      archive_expsym_cmds_CXX="sed 's,^,_,' < \$export_symbols > \$output_objdir/\${libname}-symbols.expsym~\$CC -r -keep_private_externs -nostdlib -o \${lib}-master.o \$libobjs~\$CC -dynamiclib \$allow_undefined_flag -o \$lib \${lib}-master.o \$deplibs \$compiler_flags -install_name \$rpath/\$soname \$verstring${_lt_dar_export_syms}${_lt_dsymutil}"
+    fi
+
+  else
+  ld_shlibs_CXX=no
+  fi
+
+       ;;
+
+      dgux*)
+        case $cc_basename in
+          ec++*)
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           ld_shlibs_CXX=no
+           ;;
+          ghcx*)
+           # Green Hills C++ Compiler
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           ld_shlibs_CXX=no
+           ;;
+          *)
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           ld_shlibs_CXX=no
+           ;;
+        esac
+        ;;
+
+      freebsd[12]*)
+        # C++ shared libraries reported to be fairly broken before
+       # switch to ELF
+        ld_shlibs_CXX=no
+        ;;
+
+      freebsd-elf*)
+        archive_cmds_need_lc_CXX=no
+        ;;
+
+      freebsd* | dragonfly*)
+        # FreeBSD 3 and later use GNU C++ and GNU ld with standard ELF
+        # conventions
+        ld_shlibs_CXX=yes
+        ;;
+
+      gnu*)
+        ;;
+
+      hpux9*)
+        hardcode_libdir_flag_spec_CXX='${wl}+b ${wl}$libdir'
+        hardcode_libdir_separator_CXX=:
+        export_dynamic_flag_spec_CXX='${wl}-E'
+        hardcode_direct_CXX=yes
+        hardcode_minus_L_CXX=yes # Not in the search PATH,
+                                            # but as the default
+                                            # location of the library.
+
+        case $cc_basename in
+          CC*)
+            # FIXME: insert proper C++ library support
+            ld_shlibs_CXX=no
+            ;;
+          aCC*)
+            archive_cmds_CXX='$RM $output_objdir/$soname~$CC -b ${wl}+b ${wl}$install_libdir -o $output_objdir/$soname $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags~test $output_objdir/$soname = $lib || mv $output_objdir/$soname $lib'
+            # Commands to make compiler produce verbose output that lists
+            # what "hidden" libraries, object files and flags are used when
+            # linking a shared library.
+            #
+            # There doesn't appear to be a way to prevent this compiler from
+            # explicitly linking system object files so we need to strip them
+            # from the output so that they don't get included in the library
+            # dependencies.
+            output_verbose_link_cmd='templist=`($CC -b $CFLAGS -v conftest.$objext 2>&1) | $EGREP "\-L"`; list=""; for z in $templist; do case $z in conftest.$objext) list="$list $z";; *.$objext);; *) list="$list $z";;esac; done; $ECHO "X$list" | $Xsed'
+            ;;
+          *)
+            if test "$GXX" = yes; then
+              archive_cmds_CXX='$RM $output_objdir/$soname~$CC -shared -nostdlib -fPIC ${wl}+b ${wl}$install_libdir -o $output_objdir/$soname $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags~test $output_objdir/$soname = $lib || mv $output_objdir/$soname $lib'
+            else
+              # FIXME: insert proper C++ library support
+              ld_shlibs_CXX=no
+            fi
+            ;;
+        esac
+        ;;
+
+      hpux10*|hpux11*)
+        if test $with_gnu_ld = no; then
+         hardcode_libdir_flag_spec_CXX='${wl}+b ${wl}$libdir'
+         hardcode_libdir_separator_CXX=:
+
+          case $host_cpu in
+            hppa*64*|ia64*)
+              ;;
+            *)
+             export_dynamic_flag_spec_CXX='${wl}-E'
+              ;;
+          esac
+        fi
+        case $host_cpu in
+          hppa*64*|ia64*)
+            hardcode_direct_CXX=no
+            hardcode_shlibpath_var_CXX=no
+            ;;
+          *)
+            hardcode_direct_CXX=yes
+            hardcode_direct_absolute_CXX=yes
+            hardcode_minus_L_CXX=yes # Not in the search PATH,
+                                                # but as the default
+                                                # location of the library.
+            ;;
+        esac
+
+        case $cc_basename in
+          CC*)
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           ld_shlibs_CXX=no
+           ;;
+          aCC*)
+           case $host_cpu in
+             hppa*64*)
+               archive_cmds_CXX='$CC -b ${wl}+h ${wl}$soname -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags'
+               ;;
+             ia64*)
+               archive_cmds_CXX='$CC -b ${wl}+h ${wl}$soname ${wl}+nodefaultrpath -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags'
+               ;;
+             *)
+               archive_cmds_CXX='$CC -b ${wl}+h ${wl}$soname ${wl}+b ${wl}$install_libdir -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags'
+               ;;
+           esac
+           # Commands to make compiler produce verbose output that lists
+           # what "hidden" libraries, object files and flags are used when
+           # linking a shared library.
+           #
+           # There doesn't appear to be a way to prevent this compiler from
+           # explicitly linking system object files so we need to strip them
+           # from the output so that they don't get included in the library
+           # dependencies.
+           output_verbose_link_cmd='templist=`($CC -b $CFLAGS -v conftest.$objext 2>&1) | $GREP "\-L"`; list=""; for z in $templist; do case $z in conftest.$objext) list="$list $z";; *.$objext);; *) list="$list $z";;esac; done; $ECHO "X$list" | $Xsed'
+           ;;
+          *)
+           if test "$GXX" = yes; then
+             if test $with_gnu_ld = no; then
+               case $host_cpu in
+                 hppa*64*)
+                   archive_cmds_CXX='$CC -shared -nostdlib -fPIC ${wl}+h ${wl}$soname -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags'
+                   ;;
+                 ia64*)
+                   archive_cmds_CXX='$CC -shared -nostdlib -fPIC ${wl}+h ${wl}$soname ${wl}+nodefaultrpath -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags'
+                   ;;
+                 *)
+                   archive_cmds_CXX='$CC -shared -nostdlib -fPIC ${wl}+h ${wl}$soname ${wl}+b ${wl}$install_libdir -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags'
+                   ;;
+               esac
+             fi
+           else
+             # FIXME: insert proper C++ library support
+             ld_shlibs_CXX=no
+           fi
+           ;;
+        esac
+        ;;
+
+      interix[3-9]*)
+       hardcode_direct_CXX=no
+       hardcode_shlibpath_var_CXX=no
+       hardcode_libdir_flag_spec_CXX='${wl}-rpath,$libdir'
+       export_dynamic_flag_spec_CXX='${wl}-E'
+       # Hack: On Interix 3.x, we cannot compile PIC because of a broken gcc.
+       # Instead, shared libraries are loaded at an image base (0x10000000 by
+       # default) and relocated if they conflict, which is a slow very memory
+       # consuming and fragmenting process.  To avoid this, we pick a random,
+       # 256 KiB-aligned image base between 0x50000000 and 0x6FFC0000 at link
+       # time.  Moving up from 0x10000000 also allows more sbrk(2) space.
+       archive_cmds_CXX='$CC -shared $pic_flag $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-h,$soname ${wl}--image-base,`expr ${RANDOM-$$} % 4096 / 2 \* 262144 + 1342177280` -o $lib'
+       archive_expsym_cmds_CXX='sed "s,^,_," $export_symbols >$output_objdir/$soname.expsym~$CC -shared $pic_flag $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-h,$soname ${wl}--retain-symbols-file,$output_objdir/$soname.expsym ${wl}--image-base,`expr ${RANDOM-$$} % 4096 / 2 \* 262144 + 1342177280` -o $lib'
+       ;;
+      irix5* | irix6*)
+        case $cc_basename in
+          CC*)
+           # SGI C++
+           archive_cmds_CXX='$CC -shared -all -multigot $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags -soname $soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X-set_version $verstring" | $Xsed` -update_registry ${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+
+           # Archives containing C++ object files must be created using
+           # "CC -ar", where "CC" is the IRIX C++ compiler.  This is
+           # necessary to make sure instantiated templates are included
+           # in the archive.
+           old_archive_cmds_CXX='$CC -ar -WR,-u -o $oldlib $oldobjs'
+           ;;
+          *)
+           if test "$GXX" = yes; then
+             if test "$with_gnu_ld" = no; then
+               archive_cmds_CXX='$CC -shared -nostdlib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname ${wl}$soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X${wl}-set_version ${wl}$verstring" | $Xsed` ${wl}-update_registry ${wl}${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+             else
+               archive_cmds_CXX='$CC -shared -nostdlib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname ${wl}$soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X${wl}-set_version ${wl}$verstring" | $Xsed` -o $lib'
+             fi
+           fi
+           link_all_deplibs_CXX=yes
+           ;;
+        esac
+        hardcode_libdir_flag_spec_CXX='${wl}-rpath ${wl}$libdir'
+        hardcode_libdir_separator_CXX=:
+        inherit_rpath_CXX=yes
+        ;;
+
+      linux* | k*bsd*-gnu)
+        case $cc_basename in
+          KCC*)
+           # Kuck and Associates, Inc. (KAI) C++ Compiler
+
+           # KCC will only create a shared library if the output file
+           # ends with ".so" (or ".sl" for HP-UX), so rename the library
+           # to its proper name (with version) after linking.
+           archive_cmds_CXX='tempext=`echo $shared_ext | $SED -e '\''s/\([^()0-9A-Za-z{}]\)/\\\\\1/g'\''`; templib=`echo $lib | $SED -e "s/\${tempext}\..*/.so/"`; $CC $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags --soname $soname -o \$templib; mv \$templib $lib'
+           archive_expsym_cmds_CXX='tempext=`echo $shared_ext | $SED -e '\''s/\([^()0-9A-Za-z{}]\)/\\\\\1/g'\''`; templib=`echo $lib | $SED -e "s/\${tempext}\..*/.so/"`; $CC $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags --soname $soname -o \$templib ${wl}-retain-symbols-file,$export_symbols; mv \$templib $lib'
+           # Commands to make compiler produce verbose output that lists
+           # what "hidden" libraries, object files and flags are used when
+           # linking a shared library.
+           #
+           # There doesn't appear to be a way to prevent this compiler from
+           # explicitly linking system object files so we need to strip them
+           # from the output so that they don't get included in the library
+           # dependencies.
+           output_verbose_link_cmd='templist=`$CC $CFLAGS -v conftest.$objext -o libconftest$shared_ext 2>&1 | $GREP "ld"`; rm -f libconftest$shared_ext; list=""; for z in $templist; do case $z in conftest.$objext) list="$list $z";; *.$objext);; *) list="$list $z";;esac; done; $ECHO "X$list" | $Xsed'
+
+           hardcode_libdir_flag_spec_CXX='${wl}-rpath,$libdir'
+           export_dynamic_flag_spec_CXX='${wl}--export-dynamic'
+
+           # Archives containing C++ object files must be created using
+           # "CC -Bstatic", where "CC" is the KAI C++ compiler.
+           old_archive_cmds_CXX='$CC -Bstatic -o $oldlib $oldobjs'
+           ;;
+         icpc* | ecpc* )
+           # Intel C++
+           with_gnu_ld=yes
+           # version 8.0 and above of icpc choke on multiply defined symbols
+           # if we add $predep_objects and $postdep_objects, however 7.1 and
+           # earlier do not add the objects themselves.
+           case `$CC -V 2>&1` in
+             *"Version 7."*)
+               archive_cmds_CXX='$CC -shared $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+               archive_expsym_cmds_CXX='$CC -shared $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname ${wl}-retain-symbols-file $wl$export_symbols -o $lib'
+               ;;
+             *)  # Version 8.0 or newer
+               tmp_idyn=
+               case $host_cpu in
+                 ia64*) tmp_idyn=' -i_dynamic';;
+               esac
+               archive_cmds_CXX='$CC -shared'"$tmp_idyn"' $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+               archive_expsym_cmds_CXX='$CC -shared'"$tmp_idyn"' $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname ${wl}-retain-symbols-file $wl$export_symbols -o $lib'
+               ;;
+           esac
+           archive_cmds_need_lc_CXX=no
+           hardcode_libdir_flag_spec_CXX='${wl}-rpath,$libdir'
+           export_dynamic_flag_spec_CXX='${wl}--export-dynamic'
+           whole_archive_flag_spec_CXX='${wl}--whole-archive$convenience ${wl}--no-whole-archive'
+           ;;
+          pgCC* | pgcpp*)
+            # Portland Group C++ compiler
+           case `$CC -V` in
+           *pgCC\ [1-5]* | *pgcpp\ [1-5]*)
+             prelink_cmds_CXX='tpldir=Template.dir~
+               rm -rf $tpldir~
+               $CC --prelink_objects --instantiation_dir $tpldir $objs $libobjs $compile_deplibs~
+               compile_command="$compile_command `find $tpldir -name \*.o | $NL2SP`"'
+             old_archive_cmds_CXX='tpldir=Template.dir~
+               rm -rf $tpldir~
+               $CC --prelink_objects --instantiation_dir $tpldir $oldobjs$old_deplibs~
+               $AR $AR_FLAGS $oldlib$oldobjs$old_deplibs `find $tpldir -name \*.o | $NL2SP`~
+               $RANLIB $oldlib'
+             archive_cmds_CXX='tpldir=Template.dir~
+               rm -rf $tpldir~
+               $CC --prelink_objects --instantiation_dir $tpldir $predep_objects $libobjs $deplibs $convenience $postdep_objects~
+               $CC -shared $pic_flag $predep_objects $libobjs $deplibs `find $tpldir -name \*.o | $NL2SP` $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname ${wl}$soname -o $lib'
+             archive_expsym_cmds_CXX='tpldir=Template.dir~
+               rm -rf $tpldir~
+               $CC --prelink_objects --instantiation_dir $tpldir $predep_objects $libobjs $deplibs $convenience $postdep_objects~
+               $CC -shared $pic_flag $predep_objects $libobjs $deplibs `find $tpldir -name \*.o | $NL2SP` $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname ${wl}$soname ${wl}-retain-symbols-file ${wl}$export_symbols -o $lib'
+             ;;
+           *) # Version 6 will use weak symbols
+             archive_cmds_CXX='$CC -shared $pic_flag $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname ${wl}$soname -o $lib'
+             archive_expsym_cmds_CXX='$CC -shared $pic_flag $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname ${wl}$soname ${wl}-retain-symbols-file ${wl}$export_symbols -o $lib'
+             ;;
+           esac
+
+           hardcode_libdir_flag_spec_CXX='${wl}--rpath ${wl}$libdir'
+           export_dynamic_flag_spec_CXX='${wl}--export-dynamic'
+           whole_archive_flag_spec_CXX='${wl}--whole-archive`for conv in $convenience\"\"; do test  -n \"$conv\" && new_convenience=\"$new_convenience,$conv\"; done; $ECHO \"$new_convenience\"` ${wl}--no-whole-archive'
+            ;;
+         cxx*)
+           # Compaq C++
+           archive_cmds_CXX='$CC -shared $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+           archive_expsym_cmds_CXX='$CC -shared $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname  -o $lib ${wl}-retain-symbols-file $wl$export_symbols'
+
+           runpath_var=LD_RUN_PATH
+           hardcode_libdir_flag_spec_CXX='-rpath $libdir'
+           hardcode_libdir_separator_CXX=:
+
+           # Commands to make compiler produce verbose output that lists
+           # what "hidden" libraries, object files and flags are used when
+           # linking a shared library.
+           #
+           # There doesn't appear to be a way to prevent this compiler from
+           # explicitly linking system object files so we need to strip them
+           # from the output so that they don't get included in the library
+           # dependencies.
+           output_verbose_link_cmd='templist=`$CC -shared $CFLAGS -v conftest.$objext 2>&1 | $GREP "ld"`; templist=`$ECHO "X$templist" | $Xsed -e "s/\(^.*ld.*\)\( .*ld .*$\)/\1/"`; list=""; for z in $templist; do case $z in conftest.$objext) list="$list $z";; *.$objext);; *) list="$list $z";;esac; done; $ECHO "X$list" | $Xsed'
+           ;;
+         xl*)
+           # IBM XL 8.0 on PPC, with GNU ld
+           hardcode_libdir_flag_spec_CXX='${wl}-rpath ${wl}$libdir'
+           export_dynamic_flag_spec_CXX='${wl}--export-dynamic'
+           archive_cmds_CXX='$CC -qmkshrobj $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+           if test "x$supports_anon_versioning" = xyes; then
+             archive_expsym_cmds_CXX='echo "{ global:" > $output_objdir/$libname.ver~
+               cat $export_symbols | sed -e "s/\(.*\)/\1;/" >> $output_objdir/$libname.ver~
+               echo "local: *; };" >> $output_objdir/$libname.ver~
+               $CC -qmkshrobj $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname ${wl}-version-script ${wl}$output_objdir/$libname.ver -o $lib'
+           fi
+           ;;
+         *)
+           case `$CC -V 2>&1 | sed 5q` in
+           *Sun\ C*)
+             # Sun C++ 5.9
+             no_undefined_flag_CXX=' -zdefs'
+             archive_cmds_CXX='$CC -G${allow_undefined_flag} -h$soname -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags'
+             archive_expsym_cmds_CXX='$CC -G${allow_undefined_flag} -h$soname -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-retain-symbols-file ${wl}$export_symbols'
+             hardcode_libdir_flag_spec_CXX='-R$libdir'
+             whole_archive_flag_spec_CXX='${wl}--whole-archive`new_convenience=; for conv in $convenience\"\"; do test -z \"$conv\" || new_convenience=\"$new_convenience,$conv\"; done; $ECHO \"$new_convenience\"` ${wl}--no-whole-archive'
+             compiler_needs_object_CXX=yes
+
+             # Not sure whether something based on
+             # $CC $CFLAGS -v conftest.$objext -o libconftest$shared_ext 2>&1
+             # would be better.
+             output_verbose_link_cmd='echo'
+
+             # Archives containing C++ object files must be created using
+             # "CC -xar", where "CC" is the Sun C++ compiler.  This is
+             # necessary to make sure instantiated templates are included
+             # in the archive.
+             old_archive_cmds_CXX='$CC -xar -o $oldlib $oldobjs'
+             ;;
+           esac
+           ;;
+       esac
+       ;;
+
+      lynxos*)
+        # FIXME: insert proper C++ library support
+       ld_shlibs_CXX=no
+       ;;
+
+      m88k*)
+        # FIXME: insert proper C++ library support
+        ld_shlibs_CXX=no
+       ;;
+
+      mvs*)
+        case $cc_basename in
+          cxx*)
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           ld_shlibs_CXX=no
+           ;;
+         *)
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           ld_shlibs_CXX=no
+           ;;
+       esac
+       ;;
+
+      netbsd*)
+        if echo __ELF__ | $CC -E - | $GREP __ELF__ >/dev/null; then
+         archive_cmds_CXX='$LD -Bshareable  -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $linker_flags'
+         wlarc=
+         hardcode_libdir_flag_spec_CXX='-R$libdir'
+         hardcode_direct_CXX=yes
+         hardcode_shlibpath_var_CXX=no
+       fi
+       # Workaround some broken pre-1.5 toolchains
+       output_verbose_link_cmd='$CC -shared $CFLAGS -v conftest.$objext 2>&1 | $GREP conftest.$objext | $SED -e "s:-lgcc -lc -lgcc::"'
+       ;;
+
+      *nto* | *qnx*)
+        ld_shlibs_CXX=yes
+       ;;
+
+      openbsd2*)
+        # C++ shared libraries are fairly broken
+       ld_shlibs_CXX=no
+       ;;
+
+      openbsd*)
+       if test -f /usr/libexec/ld.so; then
+         hardcode_direct_CXX=yes
+         hardcode_shlibpath_var_CXX=no
+         hardcode_direct_absolute_CXX=yes
+         archive_cmds_CXX='$CC -shared $pic_flag $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags -o $lib'
+         hardcode_libdir_flag_spec_CXX='${wl}-rpath,$libdir'
+         if test -z "`echo __ELF__ | $CC -E - | grep __ELF__`" || test "$host_os-$host_cpu" = "openbsd2.8-powerpc"; then
+           archive_expsym_cmds_CXX='$CC -shared $pic_flag $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-retain-symbols-file,$export_symbols -o $lib'
+           export_dynamic_flag_spec_CXX='${wl}-E'
+           whole_archive_flag_spec_CXX="$wlarc"'--whole-archive$convenience '"$wlarc"'--no-whole-archive'
+         fi
+         output_verbose_link_cmd=echo
+       else
+         ld_shlibs_CXX=no
+       fi
+       ;;
+
+      osf3* | osf4* | osf5*)
+        case $cc_basename in
+          KCC*)
+           # Kuck and Associates, Inc. (KAI) C++ Compiler
+
+           # KCC will only create a shared library if the output file
+           # ends with ".so" (or ".sl" for HP-UX), so rename the library
+           # to its proper name (with version) after linking.
+           archive_cmds_CXX='tempext=`echo $shared_ext | $SED -e '\''s/\([^()0-9A-Za-z{}]\)/\\\\\1/g'\''`; templib=`echo "$lib" | $SED -e "s/\${tempext}\..*/.so/"`; $CC $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags --soname $soname -o \$templib; mv \$templib $lib'
+
+           hardcode_libdir_flag_spec_CXX='${wl}-rpath,$libdir'
+           hardcode_libdir_separator_CXX=:
+
+           # Archives containing C++ object files must be created using
+           # the KAI C++ compiler.
+           case $host in
+             osf3*) old_archive_cmds_CXX='$CC -Bstatic -o $oldlib $oldobjs' ;;
+             *) old_archive_cmds_CXX='$CC -o $oldlib $oldobjs' ;;
+           esac
+           ;;
+          RCC*)
+           # Rational C++ 2.4.1
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           ld_shlibs_CXX=no
+           ;;
+          cxx*)
+           case $host in
+             osf3*)
+               allow_undefined_flag_CXX=' ${wl}-expect_unresolved ${wl}\*'
+               archive_cmds_CXX='$CC -shared${allow_undefined_flag} $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname $soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X${wl}-set_version $verstring" | $Xsed` -update_registry ${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+               hardcode_libdir_flag_spec_CXX='${wl}-rpath ${wl}$libdir'
+               ;;
+             *)
+               allow_undefined_flag_CXX=' -expect_unresolved \*'
+               archive_cmds_CXX='$CC -shared${allow_undefined_flag} $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags -msym -soname $soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X-set_version $verstring" | $Xsed` -update_registry ${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+               archive_expsym_cmds_CXX='for i in `cat $export_symbols`; do printf "%s %s\\n" -exported_symbol "\$i" >> $lib.exp; done~
+                 echo "-hidden">> $lib.exp~
+                 $CC -shared$allow_undefined_flag $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags -msym -soname $soname ${wl}-input ${wl}$lib.exp  `test -n "$verstring" && $ECHO "X-set_version $verstring" | $Xsed` -update_registry ${output_objdir}/so_locations -o $lib~
+                 $RM $lib.exp'
+               hardcode_libdir_flag_spec_CXX='-rpath $libdir'
+               ;;
+           esac
+
+           hardcode_libdir_separator_CXX=:
+
+           # Commands to make compiler produce verbose output that lists
+           # what "hidden" libraries, object files and flags are used when
+           # linking a shared library.
+           #
+           # There doesn't appear to be a way to prevent this compiler from
+           # explicitly linking system object files so we need to strip them
+           # from the output so that they don't get included in the library
+           # dependencies.
+           output_verbose_link_cmd='templist=`$CC -shared $CFLAGS -v conftest.$objext 2>&1 | $GREP "ld" | $GREP -v "ld:"`; templist=`$ECHO "X$templist" | $Xsed -e "s/\(^.*ld.*\)\( .*ld.*$\)/\1/"`; list=""; for z in $templist; do case $z in conftest.$objext) list="$list $z";; *.$objext);; *) list="$list $z";;esac; done; $ECHO "X$list" | $Xsed'
+           ;;
+         *)
+           if test "$GXX" = yes && test "$with_gnu_ld" = no; then
+             allow_undefined_flag_CXX=' ${wl}-expect_unresolved ${wl}\*'
+             case $host in
+               osf3*)
+                 archive_cmds_CXX='$CC -shared -nostdlib ${allow_undefined_flag} $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname ${wl}$soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X${wl}-set_version ${wl}$verstring" | $Xsed` ${wl}-update_registry ${wl}${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+                 ;;
+               *)
+                 archive_cmds_CXX='$CC -shared -nostdlib ${allow_undefined_flag} $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-msym ${wl}-soname ${wl}$soname `test -n "$verstring" && $ECHO "${wl}-set_version ${wl}$verstring" | $Xsed` ${wl}-update_registry ${wl}${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+                 ;;
+             esac
+
+             hardcode_libdir_flag_spec_CXX='${wl}-rpath ${wl}$libdir'
+             hardcode_libdir_separator_CXX=:
+
+             # Commands to make compiler produce verbose output that lists
+             # what "hidden" libraries, object files and flags are used when
+             # linking a shared library.
+             output_verbose_link_cmd='$CC -shared $CFLAGS -v conftest.$objext 2>&1 | $GREP "\-L"'
+
+           else
+             # FIXME: insert proper C++ library support
+             ld_shlibs_CXX=no
+           fi
+           ;;
+        esac
+        ;;
+
+      psos*)
+        # FIXME: insert proper C++ library support
+        ld_shlibs_CXX=no
+        ;;
+
+      sunos4*)
+        case $cc_basename in
+          CC*)
+           # Sun C++ 4.x
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           ld_shlibs_CXX=no
+           ;;
+          lcc*)
+           # Lucid
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           ld_shlibs_CXX=no
+           ;;
+          *)
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           ld_shlibs_CXX=no
+           ;;
+        esac
+        ;;
+
+      solaris*)
+        case $cc_basename in
+          CC*)
+           # Sun C++ 4.2, 5.x and Centerline C++
+            archive_cmds_need_lc_CXX=yes
+           no_undefined_flag_CXX=' -zdefs'
+           archive_cmds_CXX='$CC -G${allow_undefined_flag}  -h$soname -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags'
+           archive_expsym_cmds_CXX='echo "{ global:" > $lib.exp~cat $export_symbols | $SED -e "s/\(.*\)/\1;/" >> $lib.exp~echo "local: *; };" >> $lib.exp~
+             $CC -G${allow_undefined_flag} ${wl}-M ${wl}$lib.exp -h$soname -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags~$RM $lib.exp'
+
+           hardcode_libdir_flag_spec_CXX='-R$libdir'
+           hardcode_shlibpath_var_CXX=no
+           case $host_os in
+             solaris2.[0-5] | solaris2.[0-5].*) ;;
+             *)
+               # The compiler driver will combine and reorder linker options,
+               # but understands `-z linker_flag'.
+               # Supported since Solaris 2.6 (maybe 2.5.1?)
+               whole_archive_flag_spec_CXX='-z allextract$convenience -z defaultextract'
+               ;;
+           esac
+           link_all_deplibs_CXX=yes
+
+           output_verbose_link_cmd='echo'
+
+           # Archives containing C++ object files must be created using
+           # "CC -xar", where "CC" is the Sun C++ compiler.  This is
+           # necessary to make sure instantiated templates are included
+           # in the archive.
+           old_archive_cmds_CXX='$CC -xar -o $oldlib $oldobjs'
+           ;;
+          gcx*)
+           # Green Hills C++ Compiler
+           archive_cmds_CXX='$CC -shared $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-h $wl$soname -o $lib'
+
+           # The C++ compiler must be used to create the archive.
+           old_archive_cmds_CXX='$CC $LDFLAGS -archive -o $oldlib $oldobjs'
+           ;;
+          *)
+           # GNU C++ compiler with Solaris linker
+           if test "$GXX" = yes && test "$with_gnu_ld" = no; then
+             no_undefined_flag_CXX=' ${wl}-z ${wl}defs'
+             if $CC --version | $GREP -v '^2\.7' > /dev/null; then
+               archive_cmds_CXX='$CC -shared -nostdlib $LDFLAGS $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-h $wl$soname -o $lib'
+               archive_expsym_cmds_CXX='echo "{ global:" > $lib.exp~cat $export_symbols | $SED -e "s/\(.*\)/\1;/" >> $lib.exp~echo "local: *; };" >> $lib.exp~
+                 $CC -shared -nostdlib ${wl}-M $wl$lib.exp -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags~$RM $lib.exp'
+
+               # Commands to make compiler produce verbose output that lists
+               # what "hidden" libraries, object files and flags are used when
+               # linking a shared library.
+               output_verbose_link_cmd='$CC -shared $CFLAGS -v conftest.$objext 2>&1 | $GREP "\-L"'
+             else
+               # g++ 2.7 appears to require `-G' NOT `-shared' on this
+               # platform.
+               archive_cmds_CXX='$CC -G -nostdlib $LDFLAGS $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-h $wl$soname -o $lib'
+               archive_expsym_cmds_CXX='echo "{ global:" > $lib.exp~cat $export_symbols | $SED -e "s/\(.*\)/\1;/" >> $lib.exp~echo "local: *; };" >> $lib.exp~
+                 $CC -G -nostdlib ${wl}-M $wl$lib.exp -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags~$RM $lib.exp'
+
+               # Commands to make compiler produce verbose output that lists
+               # what "hidden" libraries, object files and flags are used when
+               # linking a shared library.
+               output_verbose_link_cmd='$CC -G $CFLAGS -v conftest.$objext 2>&1 | $GREP "\-L"'
+             fi
+
+             hardcode_libdir_flag_spec_CXX='${wl}-R $wl$libdir'
+             case $host_os in
+               solaris2.[0-5] | solaris2.[0-5].*) ;;
+               *)
+                 whole_archive_flag_spec_CXX='${wl}-z ${wl}allextract$convenience ${wl}-z ${wl}defaultextract'
+                 ;;
+             esac
+           fi
+           ;;
+        esac
+        ;;
+
+    sysv4*uw2* | sysv5OpenUNIX* | sysv5UnixWare7.[01].[10]* | unixware7* | sco3.2v5.0.[024]*)
+      no_undefined_flag_CXX='${wl}-z,text'
+      archive_cmds_need_lc_CXX=no
+      hardcode_shlibpath_var_CXX=no
+      runpath_var='LD_RUN_PATH'
+
+      case $cc_basename in
+        CC*)
+         archive_cmds_CXX='$CC -G ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         archive_expsym_cmds_CXX='$CC -G ${wl}-Bexport:$export_symbols ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         ;;
+       *)
+         archive_cmds_CXX='$CC -shared ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         archive_expsym_cmds_CXX='$CC -shared ${wl}-Bexport:$export_symbols ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         ;;
+      esac
+      ;;
+
+      sysv5* | sco3.2v5* | sco5v6*)
+       # Note: We can NOT use -z defs as we might desire, because we do not
+       # link with -lc, and that would cause any symbols used from libc to
+       # always be unresolved, which means just about no library would
+       # ever link correctly.  If we're not using GNU ld we use -z text
+       # though, which does catch some bad symbols but isn't as heavy-handed
+       # as -z defs.
+       no_undefined_flag_CXX='${wl}-z,text'
+       allow_undefined_flag_CXX='${wl}-z,nodefs'
+       archive_cmds_need_lc_CXX=no
+       hardcode_shlibpath_var_CXX=no
+       hardcode_libdir_flag_spec_CXX='${wl}-R,$libdir'
+       hardcode_libdir_separator_CXX=':'
+       link_all_deplibs_CXX=yes
+       export_dynamic_flag_spec_CXX='${wl}-Bexport'
+       runpath_var='LD_RUN_PATH'
+
+       case $cc_basename in
+          CC*)
+           archive_cmds_CXX='$CC -G ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+           archive_expsym_cmds_CXX='$CC -G ${wl}-Bexport:$export_symbols ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+           ;;
+         *)
+           archive_cmds_CXX='$CC -shared ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+           archive_expsym_cmds_CXX='$CC -shared ${wl}-Bexport:$export_symbols ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+           ;;
+       esac
+      ;;
+
+      tandem*)
+        case $cc_basename in
+          NCC*)
+           # NonStop-UX NCC 3.20
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           ld_shlibs_CXX=no
+           ;;
+          *)
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           ld_shlibs_CXX=no
+           ;;
+        esac
+        ;;
+
+      vxworks*)
+        # FIXME: insert proper C++ library support
+        ld_shlibs_CXX=no
+        ;;
+
+      *)
+        # FIXME: insert proper C++ library support
+        ld_shlibs_CXX=no
+        ;;
+    esac
+
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ld_shlibs_CXX" >&5
+$as_echo "$ld_shlibs_CXX" >&6; }
+    test "$ld_shlibs_CXX" = no && can_build_shared=no
+
+    GCC_CXX="$GXX"
+    LD_CXX="$LD"
+
+    ## CAVEAT EMPTOR:
+    ## There is no encapsulation within the following macros, do not change
+    ## the running order or otherwise move them around unless you know exactly
+    ## what you are doing...
+    # Dependencies to place before and after the object being linked:
+predep_objects_CXX=
+postdep_objects_CXX=
+predeps_CXX=
+postdeps_CXX=
+compiler_lib_search_path_CXX=
+
+cat > conftest.$ac_ext <<_LT_EOF
+class Foo
+{
+public:
+  Foo (void) { a = 0; }
+private:
+  int a;
+};
+_LT_EOF
+
+if { (eval echo "$as_me:$LINENO: \"$ac_compile\"") >&5
+  (eval $ac_compile) 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }; then
+  # Parse the compiler output and extract the necessary
+  # objects, libraries and library flags.
+
+  # Sentinel used to keep track of whether or not we are before
+  # the conftest object file.
+  pre_test_object_deps_done=no
+
+  for p in `eval "$output_verbose_link_cmd"`; do
+    case $p in
+
+    -L* | -R* | -l*)
+       # Some compilers place space between "-{L,R}" and the path.
+       # Remove the space.
+       if test $p = "-L" ||
+          test $p = "-R"; then
+        prev=$p
+        continue
+       else
+        prev=
+       fi
+
+       if test "$pre_test_object_deps_done" = no; then
+        case $p in
+        -L* | -R*)
+          # Internal compiler library paths should come after those
+          # provided the user.  The postdeps already come after the
+          # user supplied libs so there is no need to process them.
+          if test -z "$compiler_lib_search_path_CXX"; then
+            compiler_lib_search_path_CXX="${prev}${p}"
+          else
+            compiler_lib_search_path_CXX="${compiler_lib_search_path_CXX} ${prev}${p}"
+          fi
+          ;;
+        # The "-l" case would never come before the object being
+        # linked, so don't bother handling this case.
+        esac
+       else
+        if test -z "$postdeps_CXX"; then
+          postdeps_CXX="${prev}${p}"
+        else
+          postdeps_CXX="${postdeps_CXX} ${prev}${p}"
+        fi
+       fi
+       ;;
+
+    *.$objext)
+       # This assumes that the test object file only shows up
+       # once in the compiler output.
+       if test "$p" = "conftest.$objext"; then
+        pre_test_object_deps_done=yes
+        continue
+       fi
+
+       if test "$pre_test_object_deps_done" = no; then
+        if test -z "$predep_objects_CXX"; then
+          predep_objects_CXX="$p"
+        else
+          predep_objects_CXX="$predep_objects_CXX $p"
+        fi
+       else
+        if test -z "$postdep_objects_CXX"; then
+          postdep_objects_CXX="$p"
+        else
+          postdep_objects_CXX="$postdep_objects_CXX $p"
+        fi
+       fi
+       ;;
+
+    *) ;; # Ignore the rest.
+
+    esac
+  done
+
+  # Clean up.
+  rm -f a.out a.exe
+else
+  echo "libtool.m4: error: problem compiling CXX test program"
+fi
+
+$RM -f confest.$objext
+
+# PORTME: override above test on systems where it is broken
+case $host_os in
+interix[3-9]*)
+  # Interix 3.5 installs completely hosed .la files for C++, so rather than
+  # hack all around it, let's just trust "g++" to DTRT.
+  predep_objects_CXX=
+  postdep_objects_CXX=
+  postdeps_CXX=
+  ;;
+
+linux*)
+  case `$CC -V 2>&1 | sed 5q` in
+  *Sun\ C*)
+    # Sun C++ 5.9
+
+    # The more standards-conforming stlport4 library is
+    # incompatible with the Cstd library. Avoid specifying
+    # it if it's in CXXFLAGS. Ignore libCrun as
+    # -library=stlport4 depends on it.
+    case " $CXX $CXXFLAGS " in
+    *" -library=stlport4 "*)
+      solaris_use_stlport4=yes
+      ;;
+    esac
+
+    if test "$solaris_use_stlport4" != yes; then
+      postdeps_CXX='-library=Cstd -library=Crun'
+    fi
+    ;;
+  esac
+  ;;
+
+solaris*)
+  case $cc_basename in
+  CC*)
+    # The more standards-conforming stlport4 library is
+    # incompatible with the Cstd library. Avoid specifying
+    # it if it's in CXXFLAGS. Ignore libCrun as
+    # -library=stlport4 depends on it.
+    case " $CXX $CXXFLAGS " in
+    *" -library=stlport4 "*)
+      solaris_use_stlport4=yes
+      ;;
+    esac
+
+    # Adding this requires a known-good setup of shared libraries for
+    # Sun compiler versions before 5.6, else PIC objects from an old
+    # archive will be linked into the output, leading to subtle bugs.
+    if test "$solaris_use_stlport4" != yes; then
+      postdeps_CXX='-library=Cstd -library=Crun'
+    fi
+    ;;
+  esac
+  ;;
+esac
+
+
+case " $postdeps_CXX " in
+*" -lc "*) archive_cmds_need_lc_CXX=no ;;
+esac
+ compiler_lib_search_dirs_CXX=
+if test -n "${compiler_lib_search_path_CXX}"; then
+ compiler_lib_search_dirs_CXX=`echo " ${compiler_lib_search_path_CXX}" | ${SED} -e 's! -L! !g' -e 's!^ !!'`
+fi
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+    lt_prog_compiler_wl_CXX=
+lt_prog_compiler_pic_CXX=
+lt_prog_compiler_static_CXX=
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $compiler option to produce PIC" >&5
+$as_echo_n "checking for $compiler option to produce PIC... " >&6; }
+
+  # C++ specific cases for pic, static, wl, etc.
+  if test "$GXX" = yes; then
+    lt_prog_compiler_wl_CXX='-Wl,'
+    lt_prog_compiler_static_CXX='-static'
+
+    case $host_os in
+    aix*)
+      # All AIX code is PIC.
+      if test "$host_cpu" = ia64; then
+       # AIX 5 now supports IA64 processor
+       lt_prog_compiler_static_CXX='-Bstatic'
+      fi
+      ;;
+
+    amigaos*)
+      case $host_cpu in
+      powerpc)
+            # see comment about AmigaOS4 .so support
+            lt_prog_compiler_pic_CXX='-fPIC'
+        ;;
+      m68k)
+            # FIXME: we need at least 68020 code to build shared libraries, but
+            # adding the `-m68020' flag to GCC prevents building anything better,
+            # like `-m68040'.
+            lt_prog_compiler_pic_CXX='-m68020 -resident32 -malways-restore-a4'
+        ;;
+      esac
+      ;;
+
+    beos* | irix5* | irix6* | nonstopux* | osf3* | osf4* | osf5*)
+      # PIC is the default for these OSes.
+      ;;
+    mingw* | cygwin* | os2* | pw32* | cegcc*)
+      # This hack is so that the source file can tell whether it is being
+      # built for inclusion in a dll (and should export symbols for example).
+      # Although the cygwin gcc ignores -fPIC, still need this for old-style
+      # (--disable-auto-import) libraries
+      lt_prog_compiler_pic_CXX='-DDLL_EXPORT'
+      ;;
+    darwin* | rhapsody*)
+      # PIC is the default on this platform
+      # Common symbols not allowed in MH_DYLIB files
+      lt_prog_compiler_pic_CXX='-fno-common'
+      ;;
+    *djgpp*)
+      # DJGPP does not support shared libraries at all
+      lt_prog_compiler_pic_CXX=
+      ;;
+    interix[3-9]*)
+      # Interix 3.x gcc -fpic/-fPIC options generate broken code.
+      # Instead, we relocate shared libraries at runtime.
+      ;;
+    sysv4*MP*)
+      if test -d /usr/nec; then
+       lt_prog_compiler_pic_CXX=-Kconform_pic
+      fi
+      ;;
+    hpux*)
+      # PIC is the default for 64-bit PA HP-UX, but not for 32-bit
+      # PA HP-UX.  On IA64 HP-UX, PIC is the default but the pic flag
+      # sets the default TLS model and affects inlining.
+      case $host_cpu in
+      hppa*64*)
+       ;;
+      *)
+       lt_prog_compiler_pic_CXX='-fPIC'
+       ;;
+      esac
+      ;;
+    *qnx* | *nto*)
+      # QNX uses GNU C++, but need to define -shared option too, otherwise
+      # it will coredump.
+      lt_prog_compiler_pic_CXX='-fPIC -shared'
+      ;;
+    *)
+      lt_prog_compiler_pic_CXX='-fPIC'
+      ;;
+    esac
+  else
+    case $host_os in
+      aix[4-9]*)
+       # All AIX code is PIC.
+       if test "$host_cpu" = ia64; then
+         # AIX 5 now supports IA64 processor
+         lt_prog_compiler_static_CXX='-Bstatic'
+       else
+         lt_prog_compiler_static_CXX='-bnso -bI:/lib/syscalls.exp'
+       fi
+       ;;
+      chorus*)
+       case $cc_basename in
+       cxch68*)
+         # Green Hills C++ Compiler
+         # _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, CXX)="--no_auto_instantiation -u __main -u __premain -u _abort -r $COOL_DIR/lib/libOrb.a $MVME_DIR/lib/CC/libC.a $MVME_DIR/lib/classix/libcx.s.a"
+         ;;
+       esac
+       ;;
+      dgux*)
+       case $cc_basename in
+         ec++*)
+           lt_prog_compiler_pic_CXX='-KPIC'
+           ;;
+         ghcx*)
+           # Green Hills C++ Compiler
+           lt_prog_compiler_pic_CXX='-pic'
+           ;;
+         *)
+           ;;
+       esac
+       ;;
+      freebsd* | dragonfly*)
+       # FreeBSD uses GNU C++
+       ;;
+      hpux9* | hpux10* | hpux11*)
+       case $cc_basename in
+         CC*)
+           lt_prog_compiler_wl_CXX='-Wl,'
+           lt_prog_compiler_static_CXX='${wl}-a ${wl}archive'
+           if test "$host_cpu" != ia64; then
+             lt_prog_compiler_pic_CXX='+Z'
+           fi
+           ;;
+         aCC*)
+           lt_prog_compiler_wl_CXX='-Wl,'
+           lt_prog_compiler_static_CXX='${wl}-a ${wl}archive'
+           case $host_cpu in
+           hppa*64*|ia64*)
+             # +Z the default
+             ;;
+           *)
+             lt_prog_compiler_pic_CXX='+Z'
+             ;;
+           esac
+           ;;
+         *)
+           ;;
+       esac
+       ;;
+      interix*)
+       # This is c89, which is MS Visual C++ (no shared libs)
+       # Anyone wants to do a port?
+       ;;
+      irix5* | irix6* | nonstopux*)
+       case $cc_basename in
+         CC*)
+           lt_prog_compiler_wl_CXX='-Wl,'
+           lt_prog_compiler_static_CXX='-non_shared'
+           # CC pic flag -KPIC is the default.
+           ;;
+         *)
+           ;;
+       esac
+       ;;
+      linux* | k*bsd*-gnu)
+       case $cc_basename in
+         KCC*)
+           # KAI C++ Compiler
+           lt_prog_compiler_wl_CXX='--backend -Wl,'
+           lt_prog_compiler_pic_CXX='-fPIC'
+           ;;
+         ecpc* )
+           # old Intel C++ for x86_64 which still supported -KPIC.
+           lt_prog_compiler_wl_CXX='-Wl,'
+           lt_prog_compiler_pic_CXX='-KPIC'
+           lt_prog_compiler_static_CXX='-static'
+           ;;
+         icpc* )
+           # Intel C++, used to be incompatible with GCC.
+           # ICC 10 doesn't accept -KPIC any more.
+           lt_prog_compiler_wl_CXX='-Wl,'
+           lt_prog_compiler_pic_CXX='-fPIC'
+           lt_prog_compiler_static_CXX='-static'
+           ;;
+         pgCC* | pgcpp*)
+           # Portland Group C++ compiler
+           lt_prog_compiler_wl_CXX='-Wl,'
+           lt_prog_compiler_pic_CXX='-fpic'
+           lt_prog_compiler_static_CXX='-Bstatic'
+           ;;
+         cxx*)
+           # Compaq C++
+           # Make sure the PIC flag is empty.  It appears that all Alpha
+           # Linux and Compaq Tru64 Unix objects are PIC.
+           lt_prog_compiler_pic_CXX=
+           lt_prog_compiler_static_CXX='-non_shared'
+           ;;
+         xlc* | xlC*)
+           # IBM XL 8.0 on PPC
+           lt_prog_compiler_wl_CXX='-Wl,'
+           lt_prog_compiler_pic_CXX='-qpic'
+           lt_prog_compiler_static_CXX='-qstaticlink'
+           ;;
+         *)
+           case `$CC -V 2>&1 | sed 5q` in
+           *Sun\ C*)
+             # Sun C++ 5.9
+             lt_prog_compiler_pic_CXX='-KPIC'
+             lt_prog_compiler_static_CXX='-Bstatic'
+             lt_prog_compiler_wl_CXX='-Qoption ld '
+             ;;
+           esac
+           ;;
+       esac
+       ;;
+      lynxos*)
+       ;;
+      m88k*)
+       ;;
+      mvs*)
+       case $cc_basename in
+         cxx*)
+           lt_prog_compiler_pic_CXX='-W c,exportall'
+           ;;
+         *)
+           ;;
+       esac
+       ;;
+      netbsd* | netbsdelf*-gnu)
+       ;;
+      *qnx* | *nto*)
+        # QNX uses GNU C++, but need to define -shared option too, otherwise
+        # it will coredump.
+        lt_prog_compiler_pic_CXX='-fPIC -shared'
+        ;;
+      osf3* | osf4* | osf5*)
+       case $cc_basename in
+         KCC*)
+           lt_prog_compiler_wl_CXX='--backend -Wl,'
+           ;;
+         RCC*)
+           # Rational C++ 2.4.1
+           lt_prog_compiler_pic_CXX='-pic'
+           ;;
+         cxx*)
+           # Digital/Compaq C++
+           lt_prog_compiler_wl_CXX='-Wl,'
+           # Make sure the PIC flag is empty.  It appears that all Alpha
+           # Linux and Compaq Tru64 Unix objects are PIC.
+           lt_prog_compiler_pic_CXX=
+           lt_prog_compiler_static_CXX='-non_shared'
+           ;;
+         *)
+           ;;
+       esac
+       ;;
+      psos*)
+       ;;
+      solaris*)
+       case $cc_basename in
+         CC*)
+           # Sun C++ 4.2, 5.x and Centerline C++
+           lt_prog_compiler_pic_CXX='-KPIC'
+           lt_prog_compiler_static_CXX='-Bstatic'
+           lt_prog_compiler_wl_CXX='-Qoption ld '
+           ;;
+         gcx*)
+           # Green Hills C++ Compiler
+           lt_prog_compiler_pic_CXX='-PIC'
+           ;;
+         *)
+           ;;
+       esac
+       ;;
+      sunos4*)
+       case $cc_basename in
+         CC*)
+           # Sun C++ 4.x
+           lt_prog_compiler_pic_CXX='-pic'
+           lt_prog_compiler_static_CXX='-Bstatic'
+           ;;
+         lcc*)
+           # Lucid
+           lt_prog_compiler_pic_CXX='-pic'
+           ;;
+         *)
+           ;;
+       esac
+       ;;
+      sysv5* | unixware* | sco3.2v5* | sco5v6* | OpenUNIX*)
+       case $cc_basename in
+         CC*)
+           lt_prog_compiler_wl_CXX='-Wl,'
+           lt_prog_compiler_pic_CXX='-KPIC'
+           lt_prog_compiler_static_CXX='-Bstatic'
+           ;;
+       esac
+       ;;
+      tandem*)
+       case $cc_basename in
+         NCC*)
+           # NonStop-UX NCC 3.20
+           lt_prog_compiler_pic_CXX='-KPIC'
+           ;;
+         *)
+           ;;
+       esac
+       ;;
+      vxworks*)
+       ;;
+      *)
+       lt_prog_compiler_can_build_shared_CXX=no
+       ;;
+    esac
+  fi
+
+case $host_os in
+  # For platforms which do not support PIC, -DPIC is meaningless:
+  *djgpp*)
+    lt_prog_compiler_pic_CXX=
+    ;;
+  *)
+    lt_prog_compiler_pic_CXX="$lt_prog_compiler_pic_CXX -DPIC"
+    ;;
+esac
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_prog_compiler_pic_CXX" >&5
+$as_echo "$lt_prog_compiler_pic_CXX" >&6; }
+
+
+
+#
+# Check to make sure the PIC flag actually works.
+#
+if test -n "$lt_prog_compiler_pic_CXX"; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking if $compiler PIC flag $lt_prog_compiler_pic_CXX works" >&5
+$as_echo_n "checking if $compiler PIC flag $lt_prog_compiler_pic_CXX works... " >&6; }
+if test "${lt_cv_prog_compiler_pic_works_CXX+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  lt_cv_prog_compiler_pic_works_CXX=no
+   ac_outfile=conftest.$ac_objext
+   echo "$lt_simple_compile_test_code" > conftest.$ac_ext
+   lt_compiler_flag="$lt_prog_compiler_pic_CXX -DPIC"
+   # Insert the option either (1) after the last *FLAGS variable, or
+   # (2) before a word containing "conftest.", or (3) at the end.
+   # Note that $ac_compile itself does not contain backslashes and begins
+   # with a dollar sign (not a hyphen), so the echo should work correctly.
+   # The option is referenced via a variable to avoid confusing sed.
+   lt_compile=`echo "$ac_compile" | $SED \
+   -e 's:.*FLAGS}\{0,1\} :&$lt_compiler_flag :; t' \
+   -e 's: [^ ]*conftest\.: $lt_compiler_flag&:; t' \
+   -e 's:$: $lt_compiler_flag:'`
+   (eval echo "\"\$as_me:15594: $lt_compile\"" >&5)
+   (eval "$lt_compile" 2>conftest.err)
+   ac_status=$?
+   cat conftest.err >&5
+   echo "$as_me:15598: \$? = $ac_status" >&5
+   if (exit $ac_status) && test -s "$ac_outfile"; then
+     # The compiler can only warn and ignore the option if not recognized
+     # So say no if there are warnings other than the usual output.
+     $ECHO "X$_lt_compiler_boilerplate" | $Xsed -e '/^$/d' >conftest.exp
+     $SED '/^$/d; /^ *+/d' conftest.err >conftest.er2
+     if test ! -s conftest.er2 || diff conftest.exp conftest.er2 >/dev/null; then
+       lt_cv_prog_compiler_pic_works_CXX=yes
+     fi
+   fi
+   $RM conftest*
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_cv_prog_compiler_pic_works_CXX" >&5
+$as_echo "$lt_cv_prog_compiler_pic_works_CXX" >&6; }
+
+if test x"$lt_cv_prog_compiler_pic_works_CXX" = xyes; then
+    case $lt_prog_compiler_pic_CXX in
+     "" | " "*) ;;
+     *) lt_prog_compiler_pic_CXX=" $lt_prog_compiler_pic_CXX" ;;
+     esac
+else
+    lt_prog_compiler_pic_CXX=
+     lt_prog_compiler_can_build_shared_CXX=no
+fi
+
+fi
+
+
+
+#
+# Check to make sure the static flag actually works.
+#
+wl=$lt_prog_compiler_wl_CXX eval lt_tmp_static_flag=\"$lt_prog_compiler_static_CXX\"
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking if $compiler static flag $lt_tmp_static_flag works" >&5
+$as_echo_n "checking if $compiler static flag $lt_tmp_static_flag works... " >&6; }
+if test "${lt_cv_prog_compiler_static_works_CXX+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  lt_cv_prog_compiler_static_works_CXX=no
+   save_LDFLAGS="$LDFLAGS"
+   LDFLAGS="$LDFLAGS $lt_tmp_static_flag"
+   echo "$lt_simple_link_test_code" > conftest.$ac_ext
+   if (eval $ac_link 2>conftest.err) && test -s conftest$ac_exeext; then
+     # The linker can only warn and ignore the option if not recognized
+     # So say no if there are warnings
+     if test -s conftest.err; then
+       # Append any errors to the config.log.
+       cat conftest.err 1>&5
+       $ECHO "X$_lt_linker_boilerplate" | $Xsed -e '/^$/d' > conftest.exp
+       $SED '/^$/d; /^ *+/d' conftest.err >conftest.er2
+       if diff conftest.exp conftest.er2 >/dev/null; then
+         lt_cv_prog_compiler_static_works_CXX=yes
+       fi
+     else
+       lt_cv_prog_compiler_static_works_CXX=yes
+     fi
+   fi
+   $RM -r conftest*
+   LDFLAGS="$save_LDFLAGS"
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_cv_prog_compiler_static_works_CXX" >&5
+$as_echo "$lt_cv_prog_compiler_static_works_CXX" >&6; }
+
+if test x"$lt_cv_prog_compiler_static_works_CXX" = xyes; then
+    :
+else
+    lt_prog_compiler_static_CXX=
+fi
+
+
+
+
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking if $compiler supports -c -o file.$ac_objext" >&5
+$as_echo_n "checking if $compiler supports -c -o file.$ac_objext... " >&6; }
+if test "${lt_cv_prog_compiler_c_o_CXX+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  lt_cv_prog_compiler_c_o_CXX=no
+   $RM -r conftest 2>/dev/null
+   mkdir conftest
+   cd conftest
+   mkdir out
+   echo "$lt_simple_compile_test_code" > conftest.$ac_ext
+
+   lt_compiler_flag="-o out/conftest2.$ac_objext"
+   # Insert the option either (1) after the last *FLAGS variable, or
+   # (2) before a word containing "conftest.", or (3) at the end.
+   # Note that $ac_compile itself does not contain backslashes and begins
+   # with a dollar sign (not a hyphen), so the echo should work correctly.
+   lt_compile=`echo "$ac_compile" | $SED \
+   -e 's:.*FLAGS}\{0,1\} :&$lt_compiler_flag :; t' \
+   -e 's: [^ ]*conftest\.: $lt_compiler_flag&:; t' \
+   -e 's:$: $lt_compiler_flag:'`
+   (eval echo "\"\$as_me:15693: $lt_compile\"" >&5)
+   (eval "$lt_compile" 2>out/conftest.err)
+   ac_status=$?
+   cat out/conftest.err >&5
+   echo "$as_me:15697: \$? = $ac_status" >&5
+   if (exit $ac_status) && test -s out/conftest2.$ac_objext
+   then
+     # The compiler can only warn and ignore the option if not recognized
+     # So say no if there are warnings
+     $ECHO "X$_lt_compiler_boilerplate" | $Xsed -e '/^$/d' > out/conftest.exp
+     $SED '/^$/d; /^ *+/d' out/conftest.err >out/conftest.er2
+     if test ! -s out/conftest.er2 || diff out/conftest.exp out/conftest.er2 >/dev/null; then
+       lt_cv_prog_compiler_c_o_CXX=yes
+     fi
+   fi
+   chmod u+w . 2>&5
+   $RM conftest*
+   # SGI C++ compiler will create directory out/ii_files/ for
+   # template instantiation
+   test -d out/ii_files && $RM out/ii_files/* && rmdir out/ii_files
+   $RM out/* && rmdir out
+   cd ..
+   $RM -r conftest
+   $RM conftest*
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_cv_prog_compiler_c_o_CXX" >&5
+$as_echo "$lt_cv_prog_compiler_c_o_CXX" >&6; }
+
+
+
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking if $compiler supports -c -o file.$ac_objext" >&5
+$as_echo_n "checking if $compiler supports -c -o file.$ac_objext... " >&6; }
+if test "${lt_cv_prog_compiler_c_o_CXX+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  lt_cv_prog_compiler_c_o_CXX=no
+   $RM -r conftest 2>/dev/null
+   mkdir conftest
+   cd conftest
+   mkdir out
+   echo "$lt_simple_compile_test_code" > conftest.$ac_ext
+
+   lt_compiler_flag="-o out/conftest2.$ac_objext"
+   # Insert the option either (1) after the last *FLAGS variable, or
+   # (2) before a word containing "conftest.", or (3) at the end.
+   # Note that $ac_compile itself does not contain backslashes and begins
+   # with a dollar sign (not a hyphen), so the echo should work correctly.
+   lt_compile=`echo "$ac_compile" | $SED \
+   -e 's:.*FLAGS}\{0,1\} :&$lt_compiler_flag :; t' \
+   -e 's: [^ ]*conftest\.: $lt_compiler_flag&:; t' \
+   -e 's:$: $lt_compiler_flag:'`
+   (eval echo "\"\$as_me:15745: $lt_compile\"" >&5)
+   (eval "$lt_compile" 2>out/conftest.err)
+   ac_status=$?
+   cat out/conftest.err >&5
+   echo "$as_me:15749: \$? = $ac_status" >&5
+   if (exit $ac_status) && test -s out/conftest2.$ac_objext
+   then
+     # The compiler can only warn and ignore the option if not recognized
+     # So say no if there are warnings
+     $ECHO "X$_lt_compiler_boilerplate" | $Xsed -e '/^$/d' > out/conftest.exp
+     $SED '/^$/d; /^ *+/d' out/conftest.err >out/conftest.er2
+     if test ! -s out/conftest.er2 || diff out/conftest.exp out/conftest.er2 >/dev/null; then
+       lt_cv_prog_compiler_c_o_CXX=yes
+     fi
+   fi
+   chmod u+w . 2>&5
+   $RM conftest*
+   # SGI C++ compiler will create directory out/ii_files/ for
+   # template instantiation
+   test -d out/ii_files && $RM out/ii_files/* && rmdir out/ii_files
+   $RM out/* && rmdir out
+   cd ..
+   $RM -r conftest
+   $RM conftest*
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $lt_cv_prog_compiler_c_o_CXX" >&5
+$as_echo "$lt_cv_prog_compiler_c_o_CXX" >&6; }
+
+
+
+
+hard_links="nottested"
+if test "$lt_cv_prog_compiler_c_o_CXX" = no && test "$need_locks" != no; then
+  # do not overwrite the value of need_locks provided by the user
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking if we can lock with hard links" >&5
+$as_echo_n "checking if we can lock with hard links... " >&6; }
+  hard_links=yes
+  $RM conftest*
+  ln conftest.a conftest.b 2>/dev/null && hard_links=no
+  touch conftest.a
+  ln conftest.a conftest.b 2>&5 || hard_links=no
+  ln conftest.a conftest.b 2>/dev/null && hard_links=no
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $hard_links" >&5
+$as_echo "$hard_links" >&6; }
+  if test "$hard_links" = no; then
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: \`$CC' does not support \`-c -o', so \`make -j' may be unsafe" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: \`$CC' does not support \`-c -o', so \`make -j' may be unsafe" >&2;}
+    need_locks=warn
+  fi
+else
+  need_locks=no
+fi
+
+
+
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether the $compiler linker ($LD) supports shared libraries" >&5
+$as_echo_n "checking whether the $compiler linker ($LD) supports shared libraries... " >&6; }
+
+  export_symbols_cmds_CXX='$NM $libobjs $convenience | $global_symbol_pipe | $SED '\''s/.* //'\'' | sort | uniq > $export_symbols'
+  case $host_os in
+  aix[4-9]*)
+    # If we're using GNU nm, then we don't want the "-C" option.
+    # -C means demangle to AIX nm, but means don't demangle with GNU nm
+    if $NM -V 2>&1 | $GREP 'GNU' > /dev/null; then
+      export_symbols_cmds_CXX='$NM -Bpg $libobjs $convenience | awk '\''{ if (((\$ 2 == "T") || (\$ 2 == "D") || (\$ 2 == "B")) && (substr(\$ 3,1,1) != ".")) { print \$ 3 } }'\'' | sort -u > $export_symbols'
+    else
+      export_symbols_cmds_CXX='$NM -BCpg $libobjs $convenience | awk '\''{ if (((\$ 2 == "T") || (\$ 2 == "D") || (\$ 2 == "B")) && (substr(\$ 3,1,1) != ".")) { print \$ 3 } }'\'' | sort -u > $export_symbols'
+    fi
+    ;;
+  pw32*)
+    export_symbols_cmds_CXX="$ltdll_cmds"
+  ;;
+  cygwin* | mingw* | cegcc*)
+    export_symbols_cmds_CXX='$NM $libobjs $convenience | $global_symbol_pipe | $SED -e '\''/^[BCDGRS][ ]/s/.*[ ]\([^ ]*\)/\1 DATA/;/^.*[ ]__nm__/s/^.*[ ]__nm__\([^ ]*\)[ ][^ ]*/\1 DATA/;/^I[ ]/d;/^[AITW][ ]/s/.* //'\'' | sort | uniq > $export_symbols'
+  ;;
+  linux* | k*bsd*-gnu)
+    link_all_deplibs_CXX=no
+  ;;
+  *)
+    export_symbols_cmds_CXX='$NM $libobjs $convenience | $global_symbol_pipe | $SED '\''s/.* //'\'' | sort | uniq > $export_symbols'
+  ;;
+  esac
+  exclude_expsyms_CXX='_GLOBAL_OFFSET_TABLE_|_GLOBAL__F[ID]_.*'
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ld_shlibs_CXX" >&5
+$as_echo "$ld_shlibs_CXX" >&6; }
+test "$ld_shlibs_CXX" = no && can_build_shared=no
+
+with_gnu_ld_CXX=$with_gnu_ld
+
+
+
+
+
+
+#
+# Do we need to explicitly link libc?
+#
+case "x$archive_cmds_need_lc_CXX" in
+x|xyes)
+  # Assume -lc should be added
+  archive_cmds_need_lc_CXX=yes
+
+  if test "$enable_shared" = yes && test "$GCC" = yes; then
+    case $archive_cmds_CXX in
+    *'~'*)
+      # FIXME: we may have to deal with multi-command sequences.
+      ;;
+    '$CC '*)
+      # Test whether the compiler implicitly links with -lc since on some
+      # systems, -lgcc has to come before -lc. If gcc already passes -lc
+      # to ld, don't add -lc before -lgcc.
+      { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether -lc should be explicitly linked in" >&5
+$as_echo_n "checking whether -lc should be explicitly linked in... " >&6; }
+      $RM conftest*
+      echo "$lt_simple_compile_test_code" > conftest.$ac_ext
+
+      if { (eval echo "$as_me:$LINENO: \"$ac_compile\"") >&5
+  (eval $ac_compile) 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } 2>conftest.err; then
+        soname=conftest
+        lib=conftest
+        libobjs=conftest.$ac_objext
+        deplibs=
+        wl=$lt_prog_compiler_wl_CXX
+       pic_flag=$lt_prog_compiler_pic_CXX
+        compiler_flags=-v
+        linker_flags=-v
+        verstring=
+        output_objdir=.
+        libname=conftest
+        lt_save_allow_undefined_flag=$allow_undefined_flag_CXX
+        allow_undefined_flag_CXX=
+        if { (eval echo "$as_me:$LINENO: \"$archive_cmds_CXX 2\>\&1 \| $GREP \" -lc \" \>/dev/null 2\>\&1\"") >&5
+  (eval $archive_cmds_CXX 2\>\&1 \| $GREP \" -lc \" \>/dev/null 2\>\&1) 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }
+        then
+         archive_cmds_need_lc_CXX=no
+        else
+         archive_cmds_need_lc_CXX=yes
+        fi
+        allow_undefined_flag_CXX=$lt_save_allow_undefined_flag
+      else
+        cat conftest.err 1>&5
+      fi
+      $RM conftest*
+      { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $archive_cmds_need_lc_CXX" >&5
+$as_echo "$archive_cmds_need_lc_CXX" >&6; }
+      ;;
+    esac
+  fi
+  ;;
+esac
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking dynamic linker characteristics" >&5
+$as_echo_n "checking dynamic linker characteristics... " >&6; }
+
+library_names_spec=
+libname_spec='lib$name'
+soname_spec=
+shrext_cmds=".so"
+postinstall_cmds=
+postuninstall_cmds=
+finish_cmds=
+finish_eval=
+shlibpath_var=
+shlibpath_overrides_runpath=unknown
+version_type=none
+dynamic_linker="$host_os ld.so"
+sys_lib_dlsearch_path_spec="/lib /usr/lib"
+need_lib_prefix=unknown
+hardcode_into_libs=no
+
+# when you set need_version to no, make sure it does not cause -set_version
+# flags to be left without arguments
+need_version=unknown
+
+case $host_os in
+aix3*)
+  version_type=linux
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix $libname.a'
+  shlibpath_var=LIBPATH
+
+  # AIX 3 has no versioning support, so we append a major version to the name.
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  ;;
+
+aix[4-9]*)
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  hardcode_into_libs=yes
+  if test "$host_cpu" = ia64; then
+    # AIX 5 supports IA64
+    library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major ${libname}${release}${shared_ext}$versuffix $libname${shared_ext}'
+    shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  else
+    # With GCC up to 2.95.x, collect2 would create an import file
+    # for dependence libraries.  The import file would start with
+    # the line `#! .'.  This would cause the generated library to
+    # depend on `.', always an invalid library.  This was fixed in
+    # development snapshots of GCC prior to 3.0.
+    case $host_os in
+      aix4 | aix4.[01] | aix4.[01].*)
+      if { echo '#if __GNUC__ > 2 || (__GNUC__ == 2 && __GNUC_MINOR__ >= 97)'
+          echo ' yes '
+          echo '#endif'; } | ${CC} -E - | $GREP yes > /dev/null; then
+       :
+      else
+       can_build_shared=no
+      fi
+      ;;
+    esac
+    # AIX (on Power*) has no versioning support, so currently we can not hardcode correct
+    # soname into executable. Probably we can add versioning support to
+    # collect2, so additional links can be useful in future.
+    if test "$aix_use_runtimelinking" = yes; then
+      # If using run time linking (on AIX 4.2 or later) use lib<name>.so
+      # instead of lib<name>.a to let people know that these are not
+      # typical AIX shared libraries.
+      library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+    else
+      # We preserve .a as extension for shared libraries through AIX4.2
+      # and later when we are not doing run time linking.
+      library_names_spec='${libname}${release}.a $libname.a'
+      soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+    fi
+    shlibpath_var=LIBPATH
+  fi
+  ;;
+
+amigaos*)
+  case $host_cpu in
+  powerpc)
+    # Since July 2007 AmigaOS4 officially supports .so libraries.
+    # When compiling the executable, add -use-dynld -Lsobjs: to the compileline.
+    library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+    ;;
+  m68k)
+    library_names_spec='$libname.ixlibrary $libname.a'
+    # Create ${libname}_ixlibrary.a entries in /sys/libs.
+    finish_eval='for lib in `ls $libdir/*.ixlibrary 2>/dev/null`; do libname=`$ECHO "X$lib" | $Xsed -e '\''s%^.*/\([^/]*\)\.ixlibrary$%\1%'\''`; test $RM /sys/libs/${libname}_ixlibrary.a; $show "cd /sys/libs && $LN_S $lib ${libname}_ixlibrary.a"; cd /sys/libs && $LN_S $lib ${libname}_ixlibrary.a || exit 1; done'
+    ;;
+  esac
+  ;;
+
+beos*)
+  library_names_spec='${libname}${shared_ext}'
+  dynamic_linker="$host_os ld.so"
+  shlibpath_var=LIBRARY_PATH
+  ;;
+
+bsdi[45]*)
+  version_type=linux
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  finish_cmds='PATH="\$PATH:/sbin" ldconfig $libdir'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  sys_lib_search_path_spec="/shlib /usr/lib /usr/X11/lib /usr/contrib/lib /lib /usr/local/lib"
+  sys_lib_dlsearch_path_spec="/shlib /usr/lib /usr/local/lib"
+  # the default ld.so.conf also contains /usr/contrib/lib and
+  # /usr/X11R6/lib (/usr/X11 is a link to /usr/X11R6), but let us allow
+  # libtool to hard-code these into programs
+  ;;
+
+cygwin* | mingw* | pw32* | cegcc*)
+  version_type=windows
+  shrext_cmds=".dll"
+  need_version=no
+  need_lib_prefix=no
+
+  case $GCC,$host_os in
+  yes,cygwin* | yes,mingw* | yes,pw32* | yes,cegcc*)
+    library_names_spec='$libname.dll.a'
+    # DLL is installed to $(libdir)/../bin by postinstall_cmds
+    postinstall_cmds='base_file=`basename \${file}`~
+      dlpath=`$SHELL 2>&1 -c '\''. $dir/'\''\${base_file}'\''i; echo \$dlname'\''`~
+      dldir=$destdir/`dirname \$dlpath`~
+      test -d \$dldir || mkdir -p \$dldir~
+      $install_prog $dir/$dlname \$dldir/$dlname~
+      chmod a+x \$dldir/$dlname~
+      if test -n '\''$stripme'\'' && test -n '\''$striplib'\''; then
+        eval '\''$striplib \$dldir/$dlname'\'' || exit \$?;
+      fi'
+    postuninstall_cmds='dldll=`$SHELL 2>&1 -c '\''. $file; echo \$dlname'\''`~
+      dlpath=$dir/\$dldll~
+       $RM \$dlpath'
+    shlibpath_overrides_runpath=yes
+
+    case $host_os in
+    cygwin*)
+      # Cygwin DLLs use 'cyg' prefix rather than 'lib'
+      soname_spec='`echo ${libname} | sed -e 's/^lib/cyg/'``echo ${release} | $SED -e 's/[.]/-/g'`${versuffix}${shared_ext}'
+      sys_lib_search_path_spec="/usr/lib /lib/w32api /lib /usr/local/lib"
+      ;;
+    mingw* | cegcc*)
+      # MinGW DLLs use traditional 'lib' prefix
+      soname_spec='${libname}`echo ${release} | $SED -e 's/[.]/-/g'`${versuffix}${shared_ext}'
+      sys_lib_search_path_spec=`$CC -print-search-dirs | $GREP "^libraries:" | $SED -e "s/^libraries://" -e "s,=/,/,g"`
+      if $ECHO "$sys_lib_search_path_spec" | $GREP ';[c-zC-Z]:/' >/dev/null; then
+        # It is most probably a Windows format PATH printed by
+        # mingw gcc, but we are running on Cygwin. Gcc prints its search
+        # path with ; separators, and with drive letters. We can handle the
+        # drive letters (cygwin fileutils understands them), so leave them,
+        # especially as we might pass files found there to a mingw objdump,
+        # which wouldn't understand a cygwinified path. Ahh.
+        sys_lib_search_path_spec=`$ECHO "$sys_lib_search_path_spec" | $SED -e 's/;/ /g'`
+      else
+        sys_lib_search_path_spec=`$ECHO "$sys_lib_search_path_spec" | $SED  -e "s/$PATH_SEPARATOR/ /g"`
+      fi
+      ;;
+    pw32*)
+      # pw32 DLLs use 'pw' prefix rather than 'lib'
+      library_names_spec='`echo ${libname} | sed -e 's/^lib/pw/'``echo ${release} | $SED -e 's/[.]/-/g'`${versuffix}${shared_ext}'
+      ;;
+    esac
+    ;;
+
+  *)
+    library_names_spec='${libname}`echo ${release} | $SED -e 's/[.]/-/g'`${versuffix}${shared_ext} $libname.lib'
+    ;;
+  esac
+  dynamic_linker='Win32 ld.exe'
+  # FIXME: first we should search . and the directory the executable is in
+  shlibpath_var=PATH
+  ;;
+
+darwin* | rhapsody*)
+  dynamic_linker="$host_os dyld"
+  version_type=darwin
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${major}$shared_ext ${libname}$shared_ext'
+  soname_spec='${libname}${release}${major}$shared_ext'
+  shlibpath_overrides_runpath=yes
+  shlibpath_var=DYLD_LIBRARY_PATH
+  shrext_cmds='`test .$module = .yes && echo .so || echo .dylib`'
+
+  sys_lib_dlsearch_path_spec='/usr/local/lib /lib /usr/lib'
+  ;;
+
+dgux*)
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname$shared_ext'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  ;;
+
+freebsd1*)
+  dynamic_linker=no
+  ;;
+
+freebsd* | dragonfly*)
+  # DragonFly does not have aout.  When/if they implement a new
+  # versioning mechanism, adjust this.
+  if test -x /usr/bin/objformat; then
+    objformat=`/usr/bin/objformat`
+  else
+    case $host_os in
+    freebsd[123]*) objformat=aout ;;
+    *) objformat=elf ;;
+    esac
+  fi
+  version_type=freebsd-$objformat
+  case $version_type in
+    freebsd-elf*)
+      library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext} $libname${shared_ext}'
+      need_version=no
+      need_lib_prefix=no
+      ;;
+    freebsd-*)
+      library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix $libname${shared_ext}$versuffix'
+      need_version=yes
+      ;;
+  esac
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  case $host_os in
+  freebsd2*)
+    shlibpath_overrides_runpath=yes
+    ;;
+  freebsd3.[01]* | freebsdelf3.[01]*)
+    shlibpath_overrides_runpath=yes
+    hardcode_into_libs=yes
+    ;;
+  freebsd3.[2-9]* | freebsdelf3.[2-9]* | \
+  freebsd4.[0-5] | freebsdelf4.[0-5] | freebsd4.1.1 | freebsdelf4.1.1)
+    shlibpath_overrides_runpath=no
+    hardcode_into_libs=yes
+    ;;
+  *) # from 4.6 on, and DragonFly
+    shlibpath_overrides_runpath=yes
+    hardcode_into_libs=yes
+    ;;
+  esac
+  ;;
+
+gnu*)
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}${major} ${libname}${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  hardcode_into_libs=yes
+  ;;
+
+hpux9* | hpux10* | hpux11*)
+  # Give a soname corresponding to the major version so that dld.sl refuses to
+  # link against other versions.
+  version_type=sunos
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  case $host_cpu in
+  ia64*)
+    shrext_cmds='.so'
+    hardcode_into_libs=yes
+    dynamic_linker="$host_os dld.so"
+    shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+    shlibpath_overrides_runpath=yes # Unless +noenvvar is specified.
+    library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+    soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+    if test "X$HPUX_IA64_MODE" = X32; then
+      sys_lib_search_path_spec="/usr/lib/hpux32 /usr/local/lib/hpux32 /usr/local/lib"
+    else
+      sys_lib_search_path_spec="/usr/lib/hpux64 /usr/local/lib/hpux64"
+    fi
+    sys_lib_dlsearch_path_spec=$sys_lib_search_path_spec
+    ;;
+  hppa*64*)
+    shrext_cmds='.sl'
+    hardcode_into_libs=yes
+    dynamic_linker="$host_os dld.sl"
+    shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH # How should we handle SHLIB_PATH
+    shlibpath_overrides_runpath=yes # Unless +noenvvar is specified.
+    library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+    soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+    sys_lib_search_path_spec="/usr/lib/pa20_64 /usr/ccs/lib/pa20_64"
+    sys_lib_dlsearch_path_spec=$sys_lib_search_path_spec
+    ;;
+  *)
+    shrext_cmds='.sl'
+    dynamic_linker="$host_os dld.sl"
+    shlibpath_var=SHLIB_PATH
+    shlibpath_overrides_runpath=no # +s is required to enable SHLIB_PATH
+    library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+    soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+    ;;
+  esac
+  # HP-UX runs *really* slowly unless shared libraries are mode 555.
+  postinstall_cmds='chmod 555 $lib'
+  ;;
+
+interix[3-9]*)
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major ${libname}${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  dynamic_linker='Interix 3.x ld.so.1 (PE, like ELF)'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=no
+  hardcode_into_libs=yes
+  ;;
+
+irix5* | irix6* | nonstopux*)
+  case $host_os in
+    nonstopux*) version_type=nonstopux ;;
+    *)
+       if test "$lt_cv_prog_gnu_ld" = yes; then
+               version_type=linux
+       else
+               version_type=irix
+       fi ;;
+  esac
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major ${libname}${release}${shared_ext} $libname${shared_ext}'
+  case $host_os in
+  irix5* | nonstopux*)
+    libsuff= shlibsuff=
+    ;;
+  *)
+    case $LD in # libtool.m4 will add one of these switches to LD
+    *-32|*"-32 "|*-melf32bsmip|*"-melf32bsmip ")
+      libsuff= shlibsuff= libmagic=32-bit;;
+    *-n32|*"-n32 "|*-melf32bmipn32|*"-melf32bmipn32 ")
+      libsuff=32 shlibsuff=N32 libmagic=N32;;
+    *-64|*"-64 "|*-melf64bmip|*"-melf64bmip ")
+      libsuff=64 shlibsuff=64 libmagic=64-bit;;
+    *) libsuff= shlibsuff= libmagic=never-match;;
+    esac
+    ;;
+  esac
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY${shlibsuff}_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=no
+  sys_lib_search_path_spec="/usr/lib${libsuff} /lib${libsuff} /usr/local/lib${libsuff}"
+  sys_lib_dlsearch_path_spec="/usr/lib${libsuff} /lib${libsuff}"
+  hardcode_into_libs=yes
+  ;;
+
+# No shared lib support for Linux oldld, aout, or coff.
+linux*oldld* | linux*aout* | linux*coff*)
+  dynamic_linker=no
+  ;;
+
+# This must be Linux ELF.
+linux* | k*bsd*-gnu)
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  finish_cmds='PATH="\$PATH:/sbin" ldconfig -n $libdir'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=no
+  # Some binutils ld are patched to set DT_RUNPATH
+  save_LDFLAGS=$LDFLAGS
+  save_libdir=$libdir
+  eval "libdir=/foo; wl=\"$lt_prog_compiler_wl_CXX\"; \
+       LDFLAGS=\"\$LDFLAGS $hardcode_libdir_flag_spec_CXX\""
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+  if  ($OBJDUMP -p conftest$ac_exeext) 2>/dev/null | grep "RUNPATH.*$libdir" >/dev/null; then
+  shlibpath_overrides_runpath=yes
+fi
+
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+  LDFLAGS=$save_LDFLAGS
+  libdir=$save_libdir
+
+  # This implies no fast_install, which is unacceptable.
+  # Some rework will be needed to allow for fast_install
+  # before this can be enabled.
+  hardcode_into_libs=yes
+
+  # Append ld.so.conf contents to the search path
+  if test -f /etc/ld.so.conf; then
+    lt_ld_extra=`awk '/^include / { system(sprintf("cd /etc; cat %s 2>/dev/null", \$2)); skip = 1; } { if (!skip) print \$0; skip = 0; }' < /etc/ld.so.conf | $SED -e 's/#.*//;/^[      ]*hwcap[        ]/d;s/[:,      ]/ /g;s/=[^=]*$//;s/=[^= ]* / /g;/^$/d' | tr '\n' ' '`
+    sys_lib_dlsearch_path_spec="/lib /usr/lib $lt_ld_extra"
+  fi
+
+  # We used to test for /lib/ld.so.1 and disable shared libraries on
+  # powerpc, because MkLinux only supported shared libraries with the
+  # GNU dynamic linker.  Since this was broken with cross compilers,
+  # most powerpc-linux boxes support dynamic linking these days and
+  # people can always --disable-shared, the test was removed, and we
+  # assume the GNU/Linux dynamic linker is in use.
+  dynamic_linker='GNU/Linux ld.so'
+  ;;
+
+netbsdelf*-gnu)
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major ${libname}${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=no
+  hardcode_into_libs=yes
+  dynamic_linker='NetBSD ld.elf_so'
+  ;;
+
+netbsd*)
+  version_type=sunos
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  if echo __ELF__ | $CC -E - | $GREP __ELF__ >/dev/null; then
+    library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${shared_ext}$versuffix'
+    finish_cmds='PATH="\$PATH:/sbin" ldconfig -m $libdir'
+    dynamic_linker='NetBSD (a.out) ld.so'
+  else
+    library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major ${libname}${shared_ext}'
+    soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+    dynamic_linker='NetBSD ld.elf_so'
+  fi
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=yes
+  hardcode_into_libs=yes
+  ;;
+
+newsos6)
+  version_type=linux
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=yes
+  ;;
+
+*nto* | *qnx*)
+  version_type=qnx
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=no
+  hardcode_into_libs=yes
+  dynamic_linker='ldqnx.so'
+  ;;
+
+openbsd*)
+  version_type=sunos
+  sys_lib_dlsearch_path_spec="/usr/lib"
+  need_lib_prefix=no
+  # Some older versions of OpenBSD (3.3 at least) *do* need versioned libs.
+  case $host_os in
+    openbsd3.3 | openbsd3.3.*) need_version=yes ;;
+    *)                         need_version=no  ;;
+  esac
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${shared_ext}$versuffix'
+  finish_cmds='PATH="\$PATH:/sbin" ldconfig -m $libdir'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  if test -z "`echo __ELF__ | $CC -E - | $GREP __ELF__`" || test "$host_os-$host_cpu" = "openbsd2.8-powerpc"; then
+    case $host_os in
+      openbsd2.[89] | openbsd2.[89].*)
+       shlibpath_overrides_runpath=no
+       ;;
+      *)
+       shlibpath_overrides_runpath=yes
+       ;;
+      esac
+  else
+    shlibpath_overrides_runpath=yes
+  fi
+  ;;
+
+os2*)
+  libname_spec='$name'
+  shrext_cmds=".dll"
+  need_lib_prefix=no
+  library_names_spec='$libname${shared_ext} $libname.a'
+  dynamic_linker='OS/2 ld.exe'
+  shlibpath_var=LIBPATH
+  ;;
+
+osf3* | osf4* | osf5*)
+  version_type=osf
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  sys_lib_search_path_spec="/usr/shlib /usr/ccs/lib /usr/lib/cmplrs/cc /usr/lib /usr/local/lib /var/shlib"
+  sys_lib_dlsearch_path_spec="$sys_lib_search_path_spec"
+  ;;
+
+rdos*)
+  dynamic_linker=no
+  ;;
+
+solaris*)
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=yes
+  hardcode_into_libs=yes
+  # ldd complains unless libraries are executable
+  postinstall_cmds='chmod +x $lib'
+  ;;
+
+sunos4*)
+  version_type=sunos
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${shared_ext}$versuffix'
+  finish_cmds='PATH="\$PATH:/usr/etc" ldconfig $libdir'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=yes
+  if test "$with_gnu_ld" = yes; then
+    need_lib_prefix=no
+  fi
+  need_version=yes
+  ;;
+
+sysv4 | sysv4.3*)
+  version_type=linux
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  case $host_vendor in
+    sni)
+      shlibpath_overrides_runpath=no
+      need_lib_prefix=no
+      runpath_var=LD_RUN_PATH
+      ;;
+    siemens)
+      need_lib_prefix=no
+      ;;
+    motorola)
+      need_lib_prefix=no
+      need_version=no
+      shlibpath_overrides_runpath=no
+      sys_lib_search_path_spec='/lib /usr/lib /usr/ccs/lib'
+      ;;
+  esac
+  ;;
+
+sysv4*MP*)
+  if test -d /usr/nec ;then
+    version_type=linux
+    library_names_spec='$libname${shared_ext}.$versuffix $libname${shared_ext}.$major $libname${shared_ext}'
+    soname_spec='$libname${shared_ext}.$major'
+    shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  fi
+  ;;
+
+sysv5* | sco3.2v5* | sco5v6* | unixware* | OpenUNIX* | sysv4*uw2*)
+  version_type=freebsd-elf
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext} $libname${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=yes
+  hardcode_into_libs=yes
+  if test "$with_gnu_ld" = yes; then
+    sys_lib_search_path_spec='/usr/local/lib /usr/gnu/lib /usr/ccs/lib /usr/lib /lib'
+  else
+    sys_lib_search_path_spec='/usr/ccs/lib /usr/lib'
+    case $host_os in
+      sco3.2v5*)
+        sys_lib_search_path_spec="$sys_lib_search_path_spec /lib"
+       ;;
+    esac
+  fi
+  sys_lib_dlsearch_path_spec='/usr/lib'
+  ;;
+
+tpf*)
+  # TPF is a cross-target only.  Preferred cross-host = GNU/Linux.
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=no
+  hardcode_into_libs=yes
+  ;;
+
+uts4*)
+  version_type=linux
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  ;;
+
+*)
+  dynamic_linker=no
+  ;;
+esac
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $dynamic_linker" >&5
+$as_echo "$dynamic_linker" >&6; }
+test "$dynamic_linker" = no && can_build_shared=no
+
+variables_saved_for_relink="PATH $shlibpath_var $runpath_var"
+if test "$GCC" = yes; then
+  variables_saved_for_relink="$variables_saved_for_relink GCC_EXEC_PREFIX COMPILER_PATH LIBRARY_PATH"
+fi
+
+if test "${lt_cv_sys_lib_search_path_spec+set}" = set; then
+  sys_lib_search_path_spec="$lt_cv_sys_lib_search_path_spec"
+fi
+if test "${lt_cv_sys_lib_dlsearch_path_spec+set}" = set; then
+  sys_lib_dlsearch_path_spec="$lt_cv_sys_lib_dlsearch_path_spec"
+fi
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking how to hardcode library paths into programs" >&5
+$as_echo_n "checking how to hardcode library paths into programs... " >&6; }
+hardcode_action_CXX=
+if test -n "$hardcode_libdir_flag_spec_CXX" ||
+   test -n "$runpath_var_CXX" ||
+   test "X$hardcode_automatic_CXX" = "Xyes" ; then
+
+  # We can hardcode non-existent directories.
+  if test "$hardcode_direct_CXX" != no &&
+     # If the only mechanism to avoid hardcoding is shlibpath_var, we
+     # have to relink, otherwise we might link with an installed library
+     # when we should be linking with a yet-to-be-installed one
+     ## test "$_LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, CXX)" != no &&
+     test "$hardcode_minus_L_CXX" != no; then
+    # Linking always hardcodes the temporary library directory.
+    hardcode_action_CXX=relink
+  else
+    # We can link without hardcoding, and we can hardcode nonexisting dirs.
+    hardcode_action_CXX=immediate
+  fi
+else
+  # We cannot hardcode anything, or else we can only hardcode existing
+  # directories.
+  hardcode_action_CXX=unsupported
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $hardcode_action_CXX" >&5
+$as_echo "$hardcode_action_CXX" >&6; }
+
+if test "$hardcode_action_CXX" = relink ||
+   test "$inherit_rpath_CXX" = yes; then
+  # Fast installation is not supported
+  enable_fast_install=no
+elif test "$shlibpath_overrides_runpath" = yes ||
+     test "$enable_shared" = no; then
+  # Fast installation is not necessary
+  enable_fast_install=needless
+fi
+
+
+
+
+
+
+
+  fi # test -n "$compiler"
+
+  CC=$lt_save_CC
+  LDCXX=$LD
+  LD=$lt_save_LD
+  GCC=$lt_save_GCC
+  with_gnu_ld=$lt_save_with_gnu_ld
+  lt_cv_path_LDCXX=$lt_cv_path_LD
+  lt_cv_path_LD=$lt_save_path_LD
+  lt_cv_prog_gnu_ldcxx=$lt_cv_prog_gnu_ld
+  lt_cv_prog_gnu_ld=$lt_save_with_gnu_ld
+fi # test "$_lt_caught_CXX_error" != yes
+
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+
+
+# Set CXXCPP to a command that runs the C++ preprocessor
+ac_ext=cpp
+ac_cpp='$CXXCPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CXX -c $CXXFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CXX -o conftest$ac_exeext $CXXFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_cxx_compiler_gnu
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking how to run the C++ preprocessor" >&5
+$as_echo_n "checking how to run the C++ preprocessor... " >&6; }
+if test -z "$CXXCPP"; then
+  if test "${ac_cv_prog_CXXCPP+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+      # Double quotes because CXXCPP needs to be expanded
+    for CXXCPP in "$CXX -E" "/lib/cpp"
+    do
+      ac_preproc_ok=false
+for ac_cxx_preproc_warn_flag in '' yes
+do
+  # Use a header file that comes with gcc, so configuring glibc
+  # with a fresh cross-compiler works.
+  # Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
+  # <limits.h> exists even on freestanding compilers.
+  # On the NeXT, cc -E runs the code through the compiler's parser,
+  # not just through cpp. "Syntax error" is here to catch this case.
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#ifdef __STDC__
+# include <limits.h>
+#else
+# include <assert.h>
+#endif
+                    Syntax error
+_ACEOF
+if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
+        test -z "$ac_cxx_preproc_warn_flag$ac_cxx_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       }; then
+  :
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+  # Broken: fails on valid input.
+continue
+fi
+
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+
+  # OK, works on sane cases.  Now check whether nonexistent headers
+  # can be detected and how.
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <ac_nonexistent.h>
+_ACEOF
+if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
+        test -z "$ac_cxx_preproc_warn_flag$ac_cxx_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       }; then
+  # Broken: success on invalid input.
+continue
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+  # Passes both tests.
+ac_preproc_ok=:
+break
+fi
+
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+
+done
+# Because of `break', _AC_PREPROC_IFELSE's cleaning code was skipped.
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+if $ac_preproc_ok; then
+  break
+fi
+
+    done
+    ac_cv_prog_CXXCPP=$CXXCPP
+
+fi
+  CXXCPP=$ac_cv_prog_CXXCPP
+else
+  ac_cv_prog_CXXCPP=$CXXCPP
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $CXXCPP" >&5
+$as_echo "$CXXCPP" >&6; }
+ac_preproc_ok=false
+for ac_cxx_preproc_warn_flag in '' yes
+do
+  # Use a header file that comes with gcc, so configuring glibc
+  # with a fresh cross-compiler works.
+  # Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
+  # <limits.h> exists even on freestanding compilers.
+  # On the NeXT, cc -E runs the code through the compiler's parser,
+  # not just through cpp. "Syntax error" is here to catch this case.
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#ifdef __STDC__
+# include <limits.h>
+#else
+# include <assert.h>
+#endif
+                    Syntax error
+_ACEOF
+if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
+        test -z "$ac_cxx_preproc_warn_flag$ac_cxx_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       }; then
+  :
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+  # Broken: fails on valid input.
+continue
+fi
+
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+
+  # OK, works on sane cases.  Now check whether nonexistent headers
+  # can be detected and how.
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <ac_nonexistent.h>
+_ACEOF
+if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
+        test -z "$ac_cxx_preproc_warn_flag$ac_cxx_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       }; then
+  # Broken: success on invalid input.
+continue
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+  # Passes both tests.
+ac_preproc_ok=:
+break
+fi
+
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+
+done
+# Because of `break', _AC_PREPROC_IFELSE's cleaning code was skipped.
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+if $ac_preproc_ok; then
+  :
+else
+  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: C++ preprocessor \"$CXXCPP\" fails sanity check
+See \`config.log' for more details." >&5
+$as_echo "$as_me: error: C++ preprocessor \"$CXXCPP\" fails sanity check
+See \`config.log' for more details." >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }; }
+fi
+
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+
+#
+# reset compiler flags to initial flags
+#CXXFLAGS=$OLD_CXXFLAGS
+
+
+
+
+# safety check: AC_CONFIG_SRCDIR([src/clustal.h])
+
+# Let source files know in which context they are being used
+
+cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
+#define CLUSTALO 1
+_ACEOF
+
+
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define PACKAGE_CODENAME "$PACKAGE_CODENAME"
+_ACEOF
+
+
+
+# Get svn revision
+#AC_PATH_PROG(svnversioncommand, svnversion)
+#if test "X$svnversioncommand" = "X" || test `$svnversioncommand -n '.'` = "exported"; then
+#AC_DEFINE_UNQUOTED(SVN_VERSION, ["`cat saved_svn_version.txt`"], [repository svn version])
+#else
+#AC_DEFINE_UNQUOTED(SVN_VERSION, ["`svnversion -n`"], [repository svn version])
+#`svnversion -n > saved_svn_version.txt`
+#fi
+
+
+
+
+# AW: we might need this in the future
+#
+case "$host_os" in
+linux*)
+#      AC_DEFINE(LINUX,1,[This is a Linux system])
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define LINUX 1
+_ACEOF
+
+#     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, true)
+#     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, false)
+#     XTRA_CPPLIBS=-lstdc++
+#     LIBEXT=.so
+     ;;
+freebsd*)
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define SOMEBSD 1
+_ACEOF
+
+#     AC_CHECK_LIB(c_r, pthread_create)
+#     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, true)
+#     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, true)
+#     XTRA_CPPLIBS=-lstdc++
+#     LIBEXT=.so
+     ;;
+openbsd*)
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define SOMEBSD 1
+_ACEOF
+
+#     AC_CHECK_LIB(c_r, pthread_create)
+#     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, true)
+#     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, true)
+#     XTRA_CPPLIBS=-lstdc++
+#     LIBEXT=.so
+     ;;
+netbsd*)
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define SOMEBSD 1
+_ACEOF
+
+#     AC_CHECK_LIB(c_r, pthread_create)
+#     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, true)
+#     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, true)
+#     XTRA_CPPLIBS=-lstdc++
+#     LIBEXT=.so
+     ;;
+*solaris*)
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define SOLARIS 1
+_ACEOF
+
+#     AC_CHECK_LIB(resolv, res_init)
+#     XTRA_CPPLIBS=-lstdc++
+#     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, false)
+#     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, false)
+#     CFLAGS="-D_POSIX_PTHREAD_SEMANTICS $CFLAGS"
+#     LIBEXT=.so
+     ;;
+darwin*)
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define DARWIN 1
+_ACEOF
+
+#     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, false)
+#     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, false)
+#     CFLAGS="-fno-common $CFLAGS"
+#     LIBEXT=.so
+     ;;
+cygwin*)
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define CYGWIN 1
+_ACEOF
+
+#     LDFLAGS="$LDFLAGS -no-undefined"
+#     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, false)
+#     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, false)
+#     LIBEXT=.dll
+     ;;
+mingw*)
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define MINGW 1
+_ACEOF
+
+#     AC_DEFINE_UNQUOTED(WINDOWS,1,[This is a Windows system])
+#     AC_CHECK_LIB(intl, gettext)
+#     AC_CHECK_LIB(ws2_32, _head_libws2_32_a,,[AC_MSG_ERROR([libextractor requires Winsock2])])
+#     AC_CHECK_LIB(plibc, plibc_init,,[AC_MSG_ERROR([libextractor requires PlibC])])
+#     LDFLAGS="$LDFLAGS -no-undefined -Wl,--export-all-symbols"
+#               LIBSOLD=$LIBS
+#     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, true)
+#     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, false)
+#     LIBEXT=.dll
+     ;;
+*)
+#     AC_MSG_RESULT(Unrecognised OS $host_os)
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define OTHEROS 1
+_ACEOF
+
+#     AC_MSG_RESULT(otheros)
+#     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, false)
+#     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, false)
+#     LIBEXT=.so
+     ;;
+esac
+
+
+
+# Checks for standard header files.
+# obsolescent according to http://www.gnu.org/software/hello/manual/autoconf/Particular-Headers.html
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for ANSI C header files" >&5
+$as_echo_n "checking for ANSI C header files... " >&6; }
+if test "${ac_cv_header_stdc+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <stdlib.h>
+#include <stdarg.h>
+#include <string.h>
+#include <float.h>
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_cv_header_stdc=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_cv_header_stdc=no
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+
+if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
+  # SunOS 4.x string.h does not declare mem*, contrary to ANSI.
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <string.h>
+
+_ACEOF
+if (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>&5 |
+  $EGREP "memchr" >/dev/null 2>&1; then
+  :
+else
+  ac_cv_header_stdc=no
+fi
+rm -f conftest*
+
+fi
+
+if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
+  # ISC 2.0.2 stdlib.h does not declare free, contrary to ANSI.
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <stdlib.h>
+
+_ACEOF
+if (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>&5 |
+  $EGREP "free" >/dev/null 2>&1; then
+  :
+else
+  ac_cv_header_stdc=no
+fi
+rm -f conftest*
+
+fi
+
+if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
+  # /bin/cc in Irix-4.0.5 gets non-ANSI ctype macros unless using -ansi.
+  if test "$cross_compiling" = yes; then
+  :
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <ctype.h>
+#include <stdlib.h>
+#if ((' ' & 0x0FF) == 0x020)
+# define ISLOWER(c) ('a' <= (c) && (c) <= 'z')
+# define TOUPPER(c) (ISLOWER(c) ? 'A' + ((c) - 'a') : (c))
+#else
+# define ISLOWER(c) \
+                  (('a' <= (c) && (c) <= 'i') \
+                    || ('j' <= (c) && (c) <= 'r') \
+                    || ('s' <= (c) && (c) <= 'z'))
+# define TOUPPER(c) (ISLOWER(c) ? ((c) | 0x40) : (c))
+#endif
+
+#define XOR(e, f) (((e) && !(f)) || (!(e) && (f)))
+int
+main ()
+{
+  int i;
+  for (i = 0; i < 256; i++)
+    if (XOR (islower (i), ISLOWER (i))
+       || toupper (i) != TOUPPER (i))
+      return 2;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && { ac_try='./conftest$ac_exeext'
+  { (case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_try") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }; }; then
+  :
+else
+  $as_echo "$as_me: program exited with status $ac_status" >&5
+$as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+( exit $ac_status )
+ac_cv_header_stdc=no
+fi
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core *.core core.conftest.* gmon.out bb.out conftest$ac_exeext conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+
+
+fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_header_stdc" >&5
+$as_echo "$ac_cv_header_stdc" >&6; }
+if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
+
+cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
+#define STDC_HEADERS 1
+_ACEOF
+
+fi
+
+# Guess the next one is obsolete as well then?
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+for ac_header in assert.h ctype.h float.h limits.h math.h memory.h stdarg.h stdio.h stdlib.h string.h time.h unistd.h
+do
+as_ac_Header=`$as_echo "ac_cv_header_$ac_header" | $as_tr_sh`
+if { as_var=$as_ac_Header; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_header" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_header... " >&6; }
+if { as_var=$as_ac_Header; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+fi
+ac_res=`eval 'as_val=${'$as_ac_Header'}
+                $as_echo "$as_val"'`
+              { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+else
+  # Is the header compilable?
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking $ac_header usability" >&5
+$as_echo_n "checking $ac_header usability... " >&6; }
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+#include <$ac_header>
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_header_compiler=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_header_compiler=no
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_header_compiler" >&5
+$as_echo "$ac_header_compiler" >&6; }
+
+# Is the header present?
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking $ac_header presence" >&5
+$as_echo_n "checking $ac_header presence... " >&6; }
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <$ac_header>
+_ACEOF
+if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
+        test -z "$ac_c_preproc_warn_flag$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       }; then
+  ac_header_preproc=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+  ac_header_preproc=no
+fi
+
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_header_preproc" >&5
+$as_echo "$ac_header_preproc" >&6; }
+
+# So?  What about this header?
+case $ac_header_compiler:$ac_header_preproc:$ac_c_preproc_warn_flag in
+  yes:no: )
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: accepted by the compiler, rejected by the preprocessor!" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: accepted by the compiler, rejected by the preprocessor!" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: proceeding with the compiler's result" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: proceeding with the compiler's result" >&2;}
+    ac_header_preproc=yes
+    ;;
+  no:yes:* )
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: present but cannot be compiled" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: present but cannot be compiled" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header:     check for missing prerequisite headers?" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header:     check for missing prerequisite headers?" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: see the Autoconf documentation" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: see the Autoconf documentation" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header:     section \"Present But Cannot Be Compiled\"" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header:     section \"Present But Cannot Be Compiled\"" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: proceeding with the preprocessor's result" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: proceeding with the preprocessor's result" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: in the future, the compiler will take precedence" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: in the future, the compiler will take precedence" >&2;}
+    ( cat <<\_ASBOX
+## ------------------------------ ##
+## Report this to clustalw@ucd.ie ##
+## ------------------------------ ##
+_ASBOX
+     ) | sed "s/^/$as_me: WARNING:     /" >&2
+    ;;
+esac
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_header" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_header... " >&6; }
+if { as_var=$as_ac_Header; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  eval "$as_ac_Header=\$ac_header_preproc"
+fi
+ac_res=`eval 'as_val=${'$as_ac_Header'}
+                $as_echo "$as_val"'`
+              { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+
+fi
+as_val=`eval 'as_val=${'$as_ac_Header'}
+                $as_echo "$as_val"'`
+   if test "x$as_val" = x""yes; then
+  cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define `$as_echo "HAVE_$ac_header" | $as_tr_cpp` 1
+_ACEOF
+
+fi
+
+done
+
+#  awk  '/^#include *</ {print $2}' $(find src/ -name \*.[ch] -or -name \*.cpp) | grep -v argtable2.h  | sort -u | tr -d '<>'
+
+# Checks for typedefs, structures, and compiler characteristics.
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for an ANSI C-conforming const" >&5
+$as_echo_n "checking for an ANSI C-conforming const... " >&6; }
+if test "${ac_cv_c_const+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+/* FIXME: Include the comments suggested by Paul. */
+#ifndef __cplusplus
+  /* Ultrix mips cc rejects this.  */
+  typedef int charset[2];
+  const charset cs;
+  /* SunOS 4.1.1 cc rejects this.  */
+  char const *const *pcpcc;
+  char **ppc;
+  /* NEC SVR4.0.2 mips cc rejects this.  */
+  struct point {int x, y;};
+  static struct point const zero = {0,0};
+  /* AIX XL C 1.02.0.0 rejects this.
+     It does not let you subtract one const X* pointer from another in
+     an arm of an if-expression whose if-part is not a constant
+     expression */
+  const char *g = "string";
+  pcpcc = &g + (g ? g-g : 0);
+  /* HPUX 7.0 cc rejects these. */
+  ++pcpcc;
+  ppc = (char**) pcpcc;
+  pcpcc = (char const *const *) ppc;
+  { /* SCO 3.2v4 cc rejects this.  */
+    char *t;
+    char const *s = 0 ? (char *) 0 : (char const *) 0;
+
+    *t++ = 0;
+    if (s) return 0;
+  }
+  { /* Someone thinks the Sun supposedly-ANSI compiler will reject this.  */
+    int x[] = {25, 17};
+    const int *foo = &x[0];
+    ++foo;
+  }
+  { /* Sun SC1.0 ANSI compiler rejects this -- but not the above. */
+    typedef const int *iptr;
+    iptr p = 0;
+    ++p;
+  }
+  { /* AIX XL C 1.02.0.0 rejects this saying
+       "k.c", line 2.27: 1506-025 (S) Operand must be a modifiable lvalue. */
+    struct s { int j; const int *ap[3]; };
+    struct s *b; b->j = 5;
+  }
+  { /* ULTRIX-32 V3.1 (Rev 9) vcc rejects this */
+    const int foo = 10;
+    if (!foo) return 0;
+  }
+  return !cs[0] && !zero.x;
+#endif
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_cv_c_const=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_cv_c_const=no
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_c_const" >&5
+$as_echo "$ac_cv_c_const" >&6; }
+if test $ac_cv_c_const = no; then
+
+cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
+#define const /**/
+_ACEOF
+
+fi
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for size_t" >&5
+$as_echo_n "checking for size_t... " >&6; }
+if test "${ac_cv_type_size_t+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_cv_type_size_t=no
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+if (sizeof (size_t))
+       return 0;
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+if (sizeof ((size_t)))
+         return 0;
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  :
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_cv_type_size_t=yes
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_type_size_t" >&5
+$as_echo "$ac_cv_type_size_t" >&6; }
+if test "x$ac_cv_type_size_t" = x""yes; then
+  :
+else
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define size_t unsigned int
+_ACEOF
+
+fi
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for inline" >&5
+$as_echo_n "checking for inline... " >&6; }
+if test "${ac_cv_c_inline+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_cv_c_inline=no
+for ac_kw in inline __inline__ __inline; do
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#ifndef __cplusplus
+typedef int foo_t;
+static $ac_kw foo_t static_foo () {return 0; }
+$ac_kw foo_t foo () {return 0; }
+#endif
+
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_cv_c_inline=$ac_kw
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+  test "$ac_cv_c_inline" != no && break
+done
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_c_inline" >&5
+$as_echo "$ac_cv_c_inline" >&6; }
+
+
+case $ac_cv_c_inline in
+  inline | yes) ;;
+  *)
+    case $ac_cv_c_inline in
+      no) ac_val=;;
+      *) ac_val=$ac_cv_c_inline;;
+    esac
+    cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#ifndef __cplusplus
+#define inline $ac_val
+#endif
+_ACEOF
+    ;;
+esac
+
+
+# Checks for library functions.
+# AC_CHECK_FUNCS(strdup strstr strchr erand48)
+# AW is there an automatic way to extract library functions used in the program?
+
+
+# explicit libm check
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for log in -lm" >&5
+$as_echo_n "checking for log in -lm... " >&6; }
+if test "${ac_cv_lib_m_log+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_check_lib_save_LIBS=$LIBS
+LIBS="-lm  $LIBS"
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+/* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
+   Use char because int might match the return type of a GCC
+   builtin and then its argument prototype would still apply.  */
+#ifdef __cplusplus
+extern "C"
+#endif
+char log ();
+int
+main ()
+{
+return log ();
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+  ac_cv_lib_m_log=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_cv_lib_m_log=no
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+LIBS=$ac_check_lib_save_LIBS
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_lib_m_log" >&5
+$as_echo "$ac_cv_lib_m_log" >&6; }
+if test "x$ac_cv_lib_m_log" = x""yes; then
+  cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define HAVE_LIBM 1
+_ACEOF
+
+  LIBS="-lm $LIBS"
+
+else
+  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: Could not find libm" >&5
+$as_echo "$as_me: error: Could not find libm" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+fi
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for log2 in -lm" >&5
+$as_echo_n "checking for log2 in -lm... " >&6; }
+if test "${ac_cv_lib_m_log2+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_check_lib_save_LIBS=$LIBS
+LIBS="-lm  $LIBS"
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+/* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
+   Use char because int might match the return type of a GCC
+   builtin and then its argument prototype would still apply.  */
+#ifdef __cplusplus
+extern "C"
+#endif
+char log2 ();
+int
+main ()
+{
+return log2 ();
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+  ac_cv_lib_m_log2=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_cv_lib_m_log2=no
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+LIBS=$ac_check_lib_save_LIBS
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_lib_m_log2" >&5
+$as_echo "$ac_cv_lib_m_log2" >&6; }
+if test "x$ac_cv_lib_m_log2" = x""yes; then
+
+cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
+#define HAVE_LOG2 1
+_ACEOF
+
+fi
+
+
+
+# ---    argtable header and library check
+#
+#
+
+for ac_header in argtable2.h
+do
+as_ac_Header=`$as_echo "ac_cv_header_$ac_header" | $as_tr_sh`
+if { as_var=$as_ac_Header; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_header" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_header... " >&6; }
+if { as_var=$as_ac_Header; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+fi
+ac_res=`eval 'as_val=${'$as_ac_Header'}
+                $as_echo "$as_val"'`
+              { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+else
+  # Is the header compilable?
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking $ac_header usability" >&5
+$as_echo_n "checking $ac_header usability... " >&6; }
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+#include <$ac_header>
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_header_compiler=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_header_compiler=no
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_header_compiler" >&5
+$as_echo "$ac_header_compiler" >&6; }
+
+# Is the header present?
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking $ac_header presence" >&5
+$as_echo_n "checking $ac_header presence... " >&6; }
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <$ac_header>
+_ACEOF
+if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
+        test -z "$ac_c_preproc_warn_flag$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       }; then
+  ac_header_preproc=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+  ac_header_preproc=no
+fi
+
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_header_preproc" >&5
+$as_echo "$ac_header_preproc" >&6; }
+
+# So?  What about this header?
+case $ac_header_compiler:$ac_header_preproc:$ac_c_preproc_warn_flag in
+  yes:no: )
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: accepted by the compiler, rejected by the preprocessor!" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: accepted by the compiler, rejected by the preprocessor!" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: proceeding with the compiler's result" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: proceeding with the compiler's result" >&2;}
+    ac_header_preproc=yes
+    ;;
+  no:yes:* )
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: present but cannot be compiled" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: present but cannot be compiled" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header:     check for missing prerequisite headers?" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header:     check for missing prerequisite headers?" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: see the Autoconf documentation" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: see the Autoconf documentation" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header:     section \"Present But Cannot Be Compiled\"" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header:     section \"Present But Cannot Be Compiled\"" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: proceeding with the preprocessor's result" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: proceeding with the preprocessor's result" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: in the future, the compiler will take precedence" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: in the future, the compiler will take precedence" >&2;}
+    ( cat <<\_ASBOX
+## ------------------------------ ##
+## Report this to clustalw@ucd.ie ##
+## ------------------------------ ##
+_ASBOX
+     ) | sed "s/^/$as_me: WARNING:     /" >&2
+    ;;
+esac
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_header" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_header... " >&6; }
+if { as_var=$as_ac_Header; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  eval "$as_ac_Header=\$ac_header_preproc"
+fi
+ac_res=`eval 'as_val=${'$as_ac_Header'}
+                $as_echo "$as_val"'`
+              { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+
+fi
+as_val=`eval 'as_val=${'$as_ac_Header'}
+                $as_echo "$as_val"'`
+   if test "x$as_val" = x""yes; then
+  cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define `$as_echo "HAVE_$ac_header" | $as_tr_cpp` 1
+_ACEOF
+
+else
+  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: Could not find argtable2.h. Try $ ./configure CFLAGS='-Iyour-argtable2-include-path" >&5
+$as_echo "$as_me: error: Could not find argtable2.h. Try $ ./configure CFLAGS='-Iyour-argtable2-include-path" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+fi
+
+done
+
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for arg_parse in -largtable2" >&5
+$as_echo_n "checking for arg_parse in -largtable2... " >&6; }
+if test "${ac_cv_lib_argtable2_arg_parse+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_check_lib_save_LIBS=$LIBS
+LIBS="-largtable2  $LIBS"
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+/* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
+   Use char because int might match the return type of a GCC
+   builtin and then its argument prototype would still apply.  */
+#ifdef __cplusplus
+extern "C"
+#endif
+char arg_parse ();
+int
+main ()
+{
+return arg_parse ();
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+  ac_cv_lib_argtable2_arg_parse=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_cv_lib_argtable2_arg_parse=no
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+LIBS=$ac_check_lib_save_LIBS
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_lib_argtable2_arg_parse" >&5
+$as_echo "$ac_cv_lib_argtable2_arg_parse" >&6; }
+if test "x$ac_cv_lib_argtable2_arg_parse" = x""yes; then
+  cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define HAVE_LIBARGTABLE2 1
+_ACEOF
+
+  LIBS="-largtable2 $LIBS"
+
+else
+  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: Could not find libargtable2. Try $ ./configure LDFLAGS=\"-Lyour-argtable2-lib-path'" >&5
+$as_echo "$as_me: error: Could not find libargtable2. Try $ ./configure LDFLAGS=\"-Lyour-argtable2-lib-path'" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+fi
+
+
+
+# enable python if requested (--with-python)
+#
+#AC_ARG_WITH([python],
+#        [AS_HELP_STRING([--with-python],
+#        [Enable Python Interface])],
+#        [with_python=$withval],
+#        [with_python=no])
+#if test "$with_python" = "yes"; then
+#   AC_MSG_CHECKING([for python-config to get compiler flags])
+#   AC_CHECK_PROG(python_config, 'python-config', yes)
+#   if test "${python_config}" != "yes"; then
+#      AC_MSG_ERROR("Could not run python-config.")
+#   fi
+#   PYTHON_CFLAGS=`python-config --cflags`
+#   PYTHON_LDFLAGS=`python-config --ldflags`
+#   AC_DEFINE([PYTHON_ENABLED], [1], [define for python usage])
+#fi
+#AC_SUBST(PYTHON_CFLAGS)
+#AC_SUBST(PYTHON_LDFLAGS)
+
+
+# ---   SSE support
+# "One instruction to do the same operation on 4 packed elements simultaneously."
+#
+# http://www.codeproject.com/KB/recipes/sseintro.aspx?msg=568491
+# http://www.drdobbs.com/go-parallel/blog/archives/2010/03/getting_amazing.html
+# http://software.intel.com/file/1000
+#
+# AC_MSG_CHECKING(for SSE in current arch/CFLAGS)
+# AC_LINK_IFELSE([
+# AC_LANG_PROGRAM([[
+# #include <xmmintrin.h>
+# __m128 testfunc(float *a, float *b) {
+#   return _mm_add_ps(_mm_loadu_ps(a), _mm_loadu_ps(b));
+# }
+# ]])],
+# [has_sse=yes], [has_sse=no]
+# )
+# AC_MSG_RESULT($has_sse)
+#
+# AC_ARG_ENABLE([sse],
+#         [AS_HELP_STRING([--enable-sse],
+#                         [Enable SSE support])],
+#         [has_sse="$enableval"],
+#         [has_sse=no])
+#
+# if test x"$has_sse" = x"yes"; then
+#    AC_DEFINE([USE_SSE], , [Enable SSE support])
+#    CFLAGS="${CFLAGS} -msse"
+# fi
+
+
+# --- openmp
+#
+
+# ===========================================================================
+#         http://www.gnu.org/software/autoconf-archive/ax_openmp.html
+# ===========================================================================
+#
+# SYNOPSIS
+#
+#   AX_OPENMP([ACTION-IF-FOUND[, ACTION-IF-NOT-FOUND]])
+#
+# DESCRIPTION
+#
+#   This macro tries to find out how to compile programs that use OpenMP a
+#   standard API and set of compiler directives for parallel programming
+#   (see http://www-unix.mcs/)
+#
+#   On success, it sets the OPENMP_CFLAGS/OPENMP_CXXFLAGS/OPENMP_F77FLAGS
+#   output variable to the flag (e.g. -omp) used both to compile *and* link
+#   OpenMP programs in the current language.
+#
+#   NOTE: You are assumed to not only compile your program with these flags,
+#   but also link it with them as well.
+#
+#   If you want to compile everything with OpenMP, you should set:
+#
+#     CFLAGS="$CFLAGS $OPENMP_CFLAGS"
+#     #OR#  CXXFLAGS="$CXXFLAGS $OPENMP_CXXFLAGS"
+#     #OR#  FFLAGS="$FFLAGS $OPENMP_FFLAGS"
+#
+#   (depending on the selected language).
+#
+#   The user can override the default choice by setting the corresponding
+#   environment variable (e.g. OPENMP_CFLAGS).
+#
+#   ACTION-IF-FOUND is a list of shell commands to run if an OpenMP flag is
+#   found, and ACTION-IF-NOT-FOUND is a list of commands to run it if it is
+#   not found. If ACTION-IF-FOUND is not specified, the default action will
+#   define HAVE_OPENMP.
+#
+# LICENSE
+#
+#   Copyright (c) 2008 Steven G. Johnson <stevenj@alum.mit.edu>
+#
+#   This program is free software: you can redistribute it and/or modify it
+#   under the terms of the GNU General Public License as published by the
+#   Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your
+#   option) any later version.
+#
+#   This program is distributed in the hope that it will be useful, but
+#   WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+#   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General
+#   Public License for more details.
+#
+#   You should have received a copy of the GNU General Public License along
+#   with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#
+#   As a special exception, the respective Autoconf Macro's copyright owner
+#   gives unlimited permission to copy, distribute and modify the configure
+#   scripts that are the output of Autoconf when processing the Macro. You
+#   need not follow the terms of the GNU General Public License when using
+#   or distributing such scripts, even though portions of the text of the
+#   Macro appear in them. The GNU General Public License (GPL) does govern
+#   all other use of the material that constitutes the Autoconf Macro.
+#
+#   This special exception to the GPL applies to versions of the Autoconf
+#   Macro released by the Autoconf Archive. When you make and distribute a
+#   modified version of the Autoconf Macro, you may extend this special
+#   exception to the GPL to apply to your modified version as well.
+
+#serial 8
+
+
+
+# Check whether --with-openmp was given.
+if test "${with_openmp+set}" = set; then
+  withval=$with_openmp;
+fi
+
+if test "x$with_openmp" = "xno"; then
+  :
+else
+
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for OpenMP flag of C compiler" >&5
+$as_echo_n "checking for OpenMP flag of C compiler... " >&6; }
+if test "${ax_cv_c_openmp+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  saveCFLAGS=$CFLAGS
+ax_cv_c_openmp=unknown
+# Flags to try:  -fopenmp (gcc), -openmp (icc), -mp (SGI & PGI),
+#                -xopenmp (Sun), -omp (Tru64), -qsmp=omp (AIX), none
+ax_openmp_flags="-fopenmp -openmp -mp -xopenmp -omp -qsmp=omp none"
+if test "x$OPENMP_CFLAGS" != x; then
+  ax_openmp_flags="$OPENMP_CFLAGS $ax_openmp_flags"
+fi
+for ax_openmp_flag in $ax_openmp_flags; do
+  case $ax_openmp_flag in
+    none) CFLAGS=$saveC ;;
+    *) CFLAGS="$saveCFLAGS $ax_openmp_flag" ;;
+  esac
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+
+/* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
+   Use char because int might match the return type of a GCC
+   builtin and then its argument prototype would still apply.  */
+#ifdef __cplusplus
+extern "C"
+#endif
+char omp_set_num_threads ();
+int
+main ()
+{
+return omp_set_num_threads ();
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+  ax_cv_c_openmp=$ax_openmp_flag; break
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+done
+CFLAGS=$saveCFLAGS
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ax_cv_c_openmp" >&5
+$as_echo "$ax_cv_c_openmp" >&6; }
+if test "x$ax_cv_c_openmp" = "xunknown"; then
+  :
+else
+  if test "x$ax_cv_c_openmp" != "xnone"; then
+    OPENMP_CFLAGS=$ax_cv_c_openmp
+  fi
+
+cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
+#define HAVE_OPENMP 1
+_ACEOF
+
+
+fi
+
+
+fi
+
+
+# according to http://beagle-lib.googlecode.com/svn-history/r824/trunk/configure.ac:
+# "OpenMP checker only defines for C when compiling both C and C++"
+OPENMP_CXXFLAGS=$OPENMP_CFLAGS
+
+
+# version 2: enable openmp only if explicitely asked for it
+#AC_ARG_ENABLE(openmp, AS_HELP_STRING([--enable-openmp], [Multi-threaded parallel version using OpenMP]))
+#if test -n "${enable_openmp}" -a x"${enable_openmp}" != x"no"; then
+#   m4_include([m4/ax_openmp.m4])
+#   AX_OPENMP(AC_DEFINE(HAVE_OPENMP, 1, [enable OpenMP support]),
+#             AC_MSG_ERROR([Compiler does not seem to support OpenMP]))
+#   AC_SUBST(OPENMP_CFLAGS)
+#   AC_SUBST(OPENMP_CXXFLAGS)
+#fi
+
+# ---   squid
+#
+#
+# Extra checks for squid; see their configure, config.log, squidconf.h
+# etc. For example, I'm not sure about USE_HOST_BYTESWAP_FUNCTIONS,
+# SIZEOF_UNSIGNED_LONG, HAVE_STRTOUL and HAVE_STRTOULL
+#
+# Might not just have to set compiler flags but create use squidconf.h.in
+#
+# The following hopefully takes about byte ordering (big-endian...).
+# My hope is that it will set WORDS_BIGENDIAN and
+# USE_HOST_BYTESWAP_FUNCTIONS (as used by squid) if necessary:
+#
+
+ { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether byte ordering is bigendian" >&5
+$as_echo_n "checking whether byte ordering is bigendian... " >&6; }
+if test "${ac_cv_c_bigendian+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_cv_c_bigendian=unknown
+    # See if we're dealing with a universal compiler.
+    cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#ifndef __APPLE_CC__
+              not a universal capable compiler
+            #endif
+            typedef int dummy;
+
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+
+       # Check for potential -arch flags.  It is not universal unless
+       # there are some -arch flags.  Note that *ppc* also matches
+       # ppc64.  This check is also rather less than ideal.
+       case "${CC} ${CFLAGS} ${CPPFLAGS} ${LDFLAGS}" in  #(
+         *-arch*ppc*|*-arch*i386*|*-arch*x86_64*) ac_cv_c_bigendian=universal;;
+       esac
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+    if test $ac_cv_c_bigendian = unknown; then
+      # See if sys/param.h defines the BYTE_ORDER macro.
+      cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <sys/types.h>
+            #include <sys/param.h>
+
+int
+main ()
+{
+#if ! (defined BYTE_ORDER && defined BIG_ENDIAN \
+                    && defined LITTLE_ENDIAN && BYTE_ORDER && BIG_ENDIAN \
+                    && LITTLE_ENDIAN)
+             bogus endian macros
+            #endif
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  # It does; now see whether it defined to BIG_ENDIAN or not.
+        cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <sys/types.h>
+               #include <sys/param.h>
+
+int
+main ()
+{
+#if BYTE_ORDER != BIG_ENDIAN
+                not big endian
+               #endif
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_cv_c_bigendian=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_cv_c_bigendian=no
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+    fi
+    if test $ac_cv_c_bigendian = unknown; then
+      # See if <limits.h> defines _LITTLE_ENDIAN or _BIG_ENDIAN (e.g., Solaris).
+      cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <limits.h>
+
+int
+main ()
+{
+#if ! (defined _LITTLE_ENDIAN || defined _BIG_ENDIAN)
+             bogus endian macros
+            #endif
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  # It does; now see whether it defined to _BIG_ENDIAN or not.
+        cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+#include <limits.h>
+
+int
+main ()
+{
+#ifndef _BIG_ENDIAN
+                not big endian
+               #endif
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_cv_c_bigendian=yes
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_cv_c_bigendian=no
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+    fi
+    if test $ac_cv_c_bigendian = unknown; then
+      # Compile a test program.
+      if test "$cross_compiling" = yes; then
+  # Try to guess by grepping values from an object file.
+        cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+short int ascii_mm[] =
+                 { 0x4249, 0x4765, 0x6E44, 0x6961, 0x6E53, 0x7953, 0 };
+               short int ascii_ii[] =
+                 { 0x694C, 0x5454, 0x656C, 0x6E45, 0x6944, 0x6E61, 0 };
+               int use_ascii (int i) {
+                 return ascii_mm[i] + ascii_ii[i];
+               }
+               short int ebcdic_ii[] =
+                 { 0x89D3, 0xE3E3, 0x8593, 0x95C5, 0x89C4, 0x9581, 0 };
+               short int ebcdic_mm[] =
+                 { 0xC2C9, 0xC785, 0x95C4, 0x8981, 0x95E2, 0xA8E2, 0 };
+               int use_ebcdic (int i) {
+                 return ebcdic_mm[i] + ebcdic_ii[i];
+               }
+               extern int foo;
+
+int
+main ()
+{
+return use_ascii (foo) == use_ebcdic (foo);
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  if grep BIGenDianSyS conftest.$ac_objext >/dev/null; then
+             ac_cv_c_bigendian=yes
+           fi
+           if grep LiTTleEnDian conftest.$ac_objext >/dev/null ; then
+             if test "$ac_cv_c_bigendian" = unknown; then
+               ac_cv_c_bigendian=no
+             else
+               # finding both strings is unlikely to happen, but who knows?
+               ac_cv_c_bigendian=unknown
+             fi
+           fi
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+
+            /* Are we little or big endian?  From Harbison&Steele.  */
+            union
+            {
+              long int l;
+              char c[sizeof (long int)];
+            } u;
+            u.l = 1;
+            return u.c[sizeof (long int) - 1] == 1;
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && { ac_try='./conftest$ac_exeext'
+  { (case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_try") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }; }; then
+  ac_cv_c_bigendian=no
+else
+  $as_echo "$as_me: program exited with status $ac_status" >&5
+$as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+( exit $ac_status )
+ac_cv_c_bigendian=yes
+fi
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core *.core core.conftest.* gmon.out bb.out conftest$ac_exeext conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+
+
+    fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_c_bigendian" >&5
+$as_echo "$ac_cv_c_bigendian" >&6; }
+ case $ac_cv_c_bigendian in #(
+   yes)
+     { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $PACKAGE_NAME hasn't been tested on Big-Endian machines...expecting trouble!" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $PACKAGE_NAME hasn't been tested on Big-Endian machines...expecting trouble!" >&2;};; #(
+   no)
+      ;; #(
+   universal)
+
+cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
+#define AC_APPLE_UNIVERSAL_BUILD 1
+_ACEOF
+
+     ;; #(
+   *)
+     { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: unknown endianness
+ presetting ac_cv_c_bigendian=no (or yes) will help" >&5
+$as_echo "$as_me: error: unknown endianness
+ presetting ac_cv_c_bigendian=no (or yes) will help" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; } ;;
+ esac
+
+
+
+
+
+for ac_func in ntohs ntohl ntons ntonl
+do
+as_ac_var=`$as_echo "ac_cv_func_$ac_func" | $as_tr_sh`
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_func" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_func... " >&6; }
+if { as_var=$as_ac_var; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+/* Define $ac_func to an innocuous variant, in case <limits.h> declares $ac_func.
+   For example, HP-UX 11i <limits.h> declares gettimeofday.  */
+#define $ac_func innocuous_$ac_func
+
+/* System header to define __stub macros and hopefully few prototypes,
+    which can conflict with char $ac_func (); below.
+    Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
+    <limits.h> exists even on freestanding compilers.  */
+
+#ifdef __STDC__
+# include <limits.h>
+#else
+# include <assert.h>
+#endif
+
+#undef $ac_func
+
+/* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
+   Use char because int might match the return type of a GCC
+   builtin and then its argument prototype would still apply.  */
+#ifdef __cplusplus
+extern "C"
+#endif
+char $ac_func ();
+/* The GNU C library defines this for functions which it implements
+    to always fail with ENOSYS.  Some functions are actually named
+    something starting with __ and the normal name is an alias.  */
+#if defined __stub_$ac_func || defined __stub___$ac_func
+choke me
+#endif
+
+int
+main ()
+{
+return $ac_func ();
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+  eval "$as_ac_var=yes"
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       eval "$as_ac_var=no"
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+fi
+ac_res=`eval 'as_val=${'$as_ac_var'}
+                $as_echo "$as_val"'`
+              { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+as_val=`eval 'as_val=${'$as_ac_var'}
+                $as_echo "$as_val"'`
+   if test "x$as_val" = x""yes; then
+  cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define `$as_echo "HAVE_$ac_func" | $as_tr_cpp` 1
+_ACEOF
+
+fi
+done
+
+#
+# The cast to long int works around a bug in the HP C Compiler
+# version HP92453-01 B.11.11.23709.GP, which incorrectly rejects
+# declarations like `int a3[[(sizeof (unsigned char)) >= 0]];'.
+# This bug is HP SR number 8606223364.
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking size of unsigned short" >&5
+$as_echo_n "checking size of unsigned short... " >&6; }
+if test "${ac_cv_sizeof_unsigned_short+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test "$cross_compiling" = yes; then
+  # Depending upon the size, compute the lo and hi bounds.
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (unsigned short))) >= 0)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_lo=0 ac_mid=0
+  while :; do
+    cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (unsigned short))) <= $ac_mid)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_hi=$ac_mid; break
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_lo=`expr $ac_mid + 1`
+                       if test $ac_lo -le $ac_mid; then
+                         ac_lo= ac_hi=
+                         break
+                       fi
+                       ac_mid=`expr 2 '*' $ac_mid + 1`
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+  done
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (unsigned short))) < 0)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_hi=-1 ac_mid=-1
+  while :; do
+    cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (unsigned short))) >= $ac_mid)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_lo=$ac_mid; break
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_hi=`expr '(' $ac_mid ')' - 1`
+                       if test $ac_mid -le $ac_hi; then
+                         ac_lo= ac_hi=
+                         break
+                       fi
+                       ac_mid=`expr 2 '*' $ac_mid`
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+  done
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_lo= ac_hi=
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+# Binary search between lo and hi bounds.
+while test "x$ac_lo" != "x$ac_hi"; do
+  ac_mid=`expr '(' $ac_hi - $ac_lo ')' / 2 + $ac_lo`
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (unsigned short))) <= $ac_mid)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_hi=$ac_mid
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_lo=`expr '(' $ac_mid ')' + 1`
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+done
+case $ac_lo in
+?*) ac_cv_sizeof_unsigned_short=$ac_lo;;
+'') if test "$ac_cv_type_unsigned_short" = yes; then
+     { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot compute sizeof (unsigned short)
+See \`config.log' for more details." >&5
+$as_echo "$as_me: error: cannot compute sizeof (unsigned short)
+See \`config.log' for more details." >&2;}
+   { (exit 77); exit 77; }; }; }
+   else
+     ac_cv_sizeof_unsigned_short=0
+   fi ;;
+esac
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+static long int longval () { return (long int) (sizeof (unsigned short)); }
+static unsigned long int ulongval () { return (long int) (sizeof (unsigned short)); }
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+int
+main ()
+{
+
+  FILE *f = fopen ("conftest.val", "w");
+  if (! f)
+    return 1;
+  if (((long int) (sizeof (unsigned short))) < 0)
+    {
+      long int i = longval ();
+      if (i != ((long int) (sizeof (unsigned short))))
+       return 1;
+      fprintf (f, "%ld", i);
+    }
+  else
+    {
+      unsigned long int i = ulongval ();
+      if (i != ((long int) (sizeof (unsigned short))))
+       return 1;
+      fprintf (f, "%lu", i);
+    }
+  /* Do not output a trailing newline, as this causes \r\n confusion
+     on some platforms.  */
+  return ferror (f) || fclose (f) != 0;
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && { ac_try='./conftest$ac_exeext'
+  { (case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_try") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }; }; then
+  ac_cv_sizeof_unsigned_short=`cat conftest.val`
+else
+  $as_echo "$as_me: program exited with status $ac_status" >&5
+$as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+( exit $ac_status )
+if test "$ac_cv_type_unsigned_short" = yes; then
+     { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot compute sizeof (unsigned short)
+See \`config.log' for more details." >&5
+$as_echo "$as_me: error: cannot compute sizeof (unsigned short)
+See \`config.log' for more details." >&2;}
+   { (exit 77); exit 77; }; }; }
+   else
+     ac_cv_sizeof_unsigned_short=0
+   fi
+fi
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core *.core core.conftest.* gmon.out bb.out conftest$ac_exeext conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+rm -f conftest.val
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_sizeof_unsigned_short" >&5
+$as_echo "$ac_cv_sizeof_unsigned_short" >&6; }
+
+
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define SIZEOF_UNSIGNED_SHORT $ac_cv_sizeof_unsigned_short
+_ACEOF
+
+
+# The cast to long int works around a bug in the HP C Compiler
+# version HP92453-01 B.11.11.23709.GP, which incorrectly rejects
+# declarations like `int a3[[(sizeof (unsigned char)) >= 0]];'.
+# This bug is HP SR number 8606223364.
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking size of unsigned int" >&5
+$as_echo_n "checking size of unsigned int... " >&6; }
+if test "${ac_cv_sizeof_unsigned_int+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test "$cross_compiling" = yes; then
+  # Depending upon the size, compute the lo and hi bounds.
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (unsigned int))) >= 0)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_lo=0 ac_mid=0
+  while :; do
+    cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (unsigned int))) <= $ac_mid)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_hi=$ac_mid; break
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_lo=`expr $ac_mid + 1`
+                       if test $ac_lo -le $ac_mid; then
+                         ac_lo= ac_hi=
+                         break
+                       fi
+                       ac_mid=`expr 2 '*' $ac_mid + 1`
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+  done
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (unsigned int))) < 0)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_hi=-1 ac_mid=-1
+  while :; do
+    cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (unsigned int))) >= $ac_mid)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_lo=$ac_mid; break
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_hi=`expr '(' $ac_mid ')' - 1`
+                       if test $ac_mid -le $ac_hi; then
+                         ac_lo= ac_hi=
+                         break
+                       fi
+                       ac_mid=`expr 2 '*' $ac_mid`
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+  done
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_lo= ac_hi=
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+# Binary search between lo and hi bounds.
+while test "x$ac_lo" != "x$ac_hi"; do
+  ac_mid=`expr '(' $ac_hi - $ac_lo ')' / 2 + $ac_lo`
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (unsigned int))) <= $ac_mid)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_hi=$ac_mid
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_lo=`expr '(' $ac_mid ')' + 1`
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+done
+case $ac_lo in
+?*) ac_cv_sizeof_unsigned_int=$ac_lo;;
+'') if test "$ac_cv_type_unsigned_int" = yes; then
+     { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot compute sizeof (unsigned int)
+See \`config.log' for more details." >&5
+$as_echo "$as_me: error: cannot compute sizeof (unsigned int)
+See \`config.log' for more details." >&2;}
+   { (exit 77); exit 77; }; }; }
+   else
+     ac_cv_sizeof_unsigned_int=0
+   fi ;;
+esac
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+static long int longval () { return (long int) (sizeof (unsigned int)); }
+static unsigned long int ulongval () { return (long int) (sizeof (unsigned int)); }
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+int
+main ()
+{
+
+  FILE *f = fopen ("conftest.val", "w");
+  if (! f)
+    return 1;
+  if (((long int) (sizeof (unsigned int))) < 0)
+    {
+      long int i = longval ();
+      if (i != ((long int) (sizeof (unsigned int))))
+       return 1;
+      fprintf (f, "%ld", i);
+    }
+  else
+    {
+      unsigned long int i = ulongval ();
+      if (i != ((long int) (sizeof (unsigned int))))
+       return 1;
+      fprintf (f, "%lu", i);
+    }
+  /* Do not output a trailing newline, as this causes \r\n confusion
+     on some platforms.  */
+  return ferror (f) || fclose (f) != 0;
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && { ac_try='./conftest$ac_exeext'
+  { (case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_try") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }; }; then
+  ac_cv_sizeof_unsigned_int=`cat conftest.val`
+else
+  $as_echo "$as_me: program exited with status $ac_status" >&5
+$as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+( exit $ac_status )
+if test "$ac_cv_type_unsigned_int" = yes; then
+     { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot compute sizeof (unsigned int)
+See \`config.log' for more details." >&5
+$as_echo "$as_me: error: cannot compute sizeof (unsigned int)
+See \`config.log' for more details." >&2;}
+   { (exit 77); exit 77; }; }; }
+   else
+     ac_cv_sizeof_unsigned_int=0
+   fi
+fi
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core *.core core.conftest.* gmon.out bb.out conftest$ac_exeext conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+rm -f conftest.val
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_sizeof_unsigned_int" >&5
+$as_echo "$ac_cv_sizeof_unsigned_int" >&6; }
+
+
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define SIZEOF_UNSIGNED_INT $ac_cv_sizeof_unsigned_int
+_ACEOF
+
+
+# The cast to long int works around a bug in the HP C Compiler
+# version HP92453-01 B.11.11.23709.GP, which incorrectly rejects
+# declarations like `int a3[[(sizeof (unsigned char)) >= 0]];'.
+# This bug is HP SR number 8606223364.
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking size of unsigned long" >&5
+$as_echo_n "checking size of unsigned long... " >&6; }
+if test "${ac_cv_sizeof_unsigned_long+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test "$cross_compiling" = yes; then
+  # Depending upon the size, compute the lo and hi bounds.
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (unsigned long))) >= 0)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_lo=0 ac_mid=0
+  while :; do
+    cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (unsigned long))) <= $ac_mid)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_hi=$ac_mid; break
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_lo=`expr $ac_mid + 1`
+                       if test $ac_lo -le $ac_mid; then
+                         ac_lo= ac_hi=
+                         break
+                       fi
+                       ac_mid=`expr 2 '*' $ac_mid + 1`
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+  done
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (unsigned long))) < 0)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_hi=-1 ac_mid=-1
+  while :; do
+    cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (unsigned long))) >= $ac_mid)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_lo=$ac_mid; break
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_hi=`expr '(' $ac_mid ')' - 1`
+                       if test $ac_mid -le $ac_hi; then
+                         ac_lo= ac_hi=
+                         break
+                       fi
+                       ac_mid=`expr 2 '*' $ac_mid`
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+  done
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_lo= ac_hi=
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+# Binary search between lo and hi bounds.
+while test "x$ac_lo" != "x$ac_hi"; do
+  ac_mid=`expr '(' $ac_hi - $ac_lo ')' / 2 + $ac_lo`
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (unsigned long))) <= $ac_mid)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_hi=$ac_mid
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_lo=`expr '(' $ac_mid ')' + 1`
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+done
+case $ac_lo in
+?*) ac_cv_sizeof_unsigned_long=$ac_lo;;
+'') if test "$ac_cv_type_unsigned_long" = yes; then
+     { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot compute sizeof (unsigned long)
+See \`config.log' for more details." >&5
+$as_echo "$as_me: error: cannot compute sizeof (unsigned long)
+See \`config.log' for more details." >&2;}
+   { (exit 77); exit 77; }; }; }
+   else
+     ac_cv_sizeof_unsigned_long=0
+   fi ;;
+esac
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+static long int longval () { return (long int) (sizeof (unsigned long)); }
+static unsigned long int ulongval () { return (long int) (sizeof (unsigned long)); }
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+int
+main ()
+{
+
+  FILE *f = fopen ("conftest.val", "w");
+  if (! f)
+    return 1;
+  if (((long int) (sizeof (unsigned long))) < 0)
+    {
+      long int i = longval ();
+      if (i != ((long int) (sizeof (unsigned long))))
+       return 1;
+      fprintf (f, "%ld", i);
+    }
+  else
+    {
+      unsigned long int i = ulongval ();
+      if (i != ((long int) (sizeof (unsigned long))))
+       return 1;
+      fprintf (f, "%lu", i);
+    }
+  /* Do not output a trailing newline, as this causes \r\n confusion
+     on some platforms.  */
+  return ferror (f) || fclose (f) != 0;
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && { ac_try='./conftest$ac_exeext'
+  { (case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_try") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }; }; then
+  ac_cv_sizeof_unsigned_long=`cat conftest.val`
+else
+  $as_echo "$as_me: program exited with status $ac_status" >&5
+$as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+( exit $ac_status )
+if test "$ac_cv_type_unsigned_long" = yes; then
+     { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot compute sizeof (unsigned long)
+See \`config.log' for more details." >&5
+$as_echo "$as_me: error: cannot compute sizeof (unsigned long)
+See \`config.log' for more details." >&2;}
+   { (exit 77); exit 77; }; }; }
+   else
+     ac_cv_sizeof_unsigned_long=0
+   fi
+fi
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core *.core core.conftest.* gmon.out bb.out conftest$ac_exeext conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+rm -f conftest.val
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_sizeof_unsigned_long" >&5
+$as_echo "$ac_cv_sizeof_unsigned_long" >&6; }
+
+
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define SIZEOF_UNSIGNED_LONG $ac_cv_sizeof_unsigned_long
+_ACEOF
+
+
+# The cast to long int works around a bug in the HP C Compiler
+# version HP92453-01 B.11.11.23709.GP, which incorrectly rejects
+# declarations like `int a3[[(sizeof (unsigned char)) >= 0]];'.
+# This bug is HP SR number 8606223364.
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking size of unsigned long long" >&5
+$as_echo_n "checking size of unsigned long long... " >&6; }
+if test "${ac_cv_sizeof_unsigned_long_long+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test "$cross_compiling" = yes; then
+  # Depending upon the size, compute the lo and hi bounds.
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (unsigned long long))) >= 0)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_lo=0 ac_mid=0
+  while :; do
+    cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (unsigned long long))) <= $ac_mid)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_hi=$ac_mid; break
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_lo=`expr $ac_mid + 1`
+                       if test $ac_lo -le $ac_mid; then
+                         ac_lo= ac_hi=
+                         break
+                       fi
+                       ac_mid=`expr 2 '*' $ac_mid + 1`
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+  done
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (unsigned long long))) < 0)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_hi=-1 ac_mid=-1
+  while :; do
+    cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (unsigned long long))) >= $ac_mid)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_lo=$ac_mid; break
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_hi=`expr '(' $ac_mid ')' - 1`
+                       if test $ac_mid -le $ac_hi; then
+                         ac_lo= ac_hi=
+                         break
+                       fi
+                       ac_mid=`expr 2 '*' $ac_mid`
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+  done
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_lo= ac_hi=
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+# Binary search between lo and hi bounds.
+while test "x$ac_lo" != "x$ac_hi"; do
+  ac_mid=`expr '(' $ac_hi - $ac_lo ')' / 2 + $ac_lo`
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (unsigned long long))) <= $ac_mid)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_hi=$ac_mid
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_lo=`expr '(' $ac_mid ')' + 1`
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+done
+case $ac_lo in
+?*) ac_cv_sizeof_unsigned_long_long=$ac_lo;;
+'') if test "$ac_cv_type_unsigned_long_long" = yes; then
+     { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot compute sizeof (unsigned long long)
+See \`config.log' for more details." >&5
+$as_echo "$as_me: error: cannot compute sizeof (unsigned long long)
+See \`config.log' for more details." >&2;}
+   { (exit 77); exit 77; }; }; }
+   else
+     ac_cv_sizeof_unsigned_long_long=0
+   fi ;;
+esac
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+static long int longval () { return (long int) (sizeof (unsigned long long)); }
+static unsigned long int ulongval () { return (long int) (sizeof (unsigned long long)); }
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+int
+main ()
+{
+
+  FILE *f = fopen ("conftest.val", "w");
+  if (! f)
+    return 1;
+  if (((long int) (sizeof (unsigned long long))) < 0)
+    {
+      long int i = longval ();
+      if (i != ((long int) (sizeof (unsigned long long))))
+       return 1;
+      fprintf (f, "%ld", i);
+    }
+  else
+    {
+      unsigned long int i = ulongval ();
+      if (i != ((long int) (sizeof (unsigned long long))))
+       return 1;
+      fprintf (f, "%lu", i);
+    }
+  /* Do not output a trailing newline, as this causes \r\n confusion
+     on some platforms.  */
+  return ferror (f) || fclose (f) != 0;
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && { ac_try='./conftest$ac_exeext'
+  { (case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_try") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }; }; then
+  ac_cv_sizeof_unsigned_long_long=`cat conftest.val`
+else
+  $as_echo "$as_me: program exited with status $ac_status" >&5
+$as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+( exit $ac_status )
+if test "$ac_cv_type_unsigned_long_long" = yes; then
+     { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot compute sizeof (unsigned long long)
+See \`config.log' for more details." >&5
+$as_echo "$as_me: error: cannot compute sizeof (unsigned long long)
+See \`config.log' for more details." >&2;}
+   { (exit 77); exit 77; }; }; }
+   else
+     ac_cv_sizeof_unsigned_long_long=0
+   fi
+fi
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core *.core core.conftest.* gmon.out bb.out conftest$ac_exeext conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+rm -f conftest.val
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_sizeof_unsigned_long_long" >&5
+$as_echo "$ac_cv_sizeof_unsigned_long_long" >&6; }
+
+
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define SIZEOF_UNSIGNED_LONG_LONG $ac_cv_sizeof_unsigned_long_long
+_ACEOF
+
+
+#
+
+
+for ac_func in stroul strtoull
+do
+as_ac_var=`$as_echo "ac_cv_func_$ac_func" | $as_tr_sh`
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_func" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_func... " >&6; }
+if { as_var=$as_ac_var; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+/* Define $ac_func to an innocuous variant, in case <limits.h> declares $ac_func.
+   For example, HP-UX 11i <limits.h> declares gettimeofday.  */
+#define $ac_func innocuous_$ac_func
+
+/* System header to define __stub macros and hopefully few prototypes,
+    which can conflict with char $ac_func (); below.
+    Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
+    <limits.h> exists even on freestanding compilers.  */
+
+#ifdef __STDC__
+# include <limits.h>
+#else
+# include <assert.h>
+#endif
+
+#undef $ac_func
+
+/* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
+   Use char because int might match the return type of a GCC
+   builtin and then its argument prototype would still apply.  */
+#ifdef __cplusplus
+extern "C"
+#endif
+char $ac_func ();
+/* The GNU C library defines this for functions which it implements
+    to always fail with ENOSYS.  Some functions are actually named
+    something starting with __ and the normal name is an alias.  */
+#if defined __stub_$ac_func || defined __stub___$ac_func
+choke me
+#endif
+
+int
+main ()
+{
+return $ac_func ();
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+  eval "$as_ac_var=yes"
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       eval "$as_ac_var=no"
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+fi
+ac_res=`eval 'as_val=${'$as_ac_var'}
+                $as_echo "$as_val"'`
+              { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+as_val=`eval 'as_val=${'$as_ac_var'}
+                $as_echo "$as_val"'`
+   if test "x$as_val" = x""yes; then
+  cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define `$as_echo "HAVE_$ac_func" | $as_tr_cpp` 1
+_ACEOF
+
+fi
+done
+
+
+
+for ac_func in ftello fseeko
+do
+as_ac_var=`$as_echo "ac_cv_func_$ac_func" | $as_tr_sh`
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_func" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_func... " >&6; }
+if { as_var=$as_ac_var; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+/* Define $ac_func to an innocuous variant, in case <limits.h> declares $ac_func.
+   For example, HP-UX 11i <limits.h> declares gettimeofday.  */
+#define $ac_func innocuous_$ac_func
+
+/* System header to define __stub macros and hopefully few prototypes,
+    which can conflict with char $ac_func (); below.
+    Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
+    <limits.h> exists even on freestanding compilers.  */
+
+#ifdef __STDC__
+# include <limits.h>
+#else
+# include <assert.h>
+#endif
+
+#undef $ac_func
+
+/* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
+   Use char because int might match the return type of a GCC
+   builtin and then its argument prototype would still apply.  */
+#ifdef __cplusplus
+extern "C"
+#endif
+char $ac_func ();
+/* The GNU C library defines this for functions which it implements
+    to always fail with ENOSYS.  Some functions are actually named
+    something starting with __ and the normal name is an alias.  */
+#if defined __stub_$ac_func || defined __stub___$ac_func
+choke me
+#endif
+
+int
+main ()
+{
+return $ac_func ();
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+  eval "$as_ac_var=yes"
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       eval "$as_ac_var=no"
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+fi
+ac_res=`eval 'as_val=${'$as_ac_var'}
+                $as_echo "$as_val"'`
+              { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+as_val=`eval 'as_val=${'$as_ac_var'}
+                $as_echo "$as_val"'`
+   if test "x$as_val" = x""yes; then
+  cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define `$as_echo "HAVE_$ac_func" | $as_tr_cpp` 1
+_ACEOF
+
+fi
+done
+
+
+
+for ac_func in ftello64 fseeko64
+do
+as_ac_var=`$as_echo "ac_cv_func_$ac_func" | $as_tr_sh`
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_func" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_func... " >&6; }
+if { as_var=$as_ac_var; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+/* Define $ac_func to an innocuous variant, in case <limits.h> declares $ac_func.
+   For example, HP-UX 11i <limits.h> declares gettimeofday.  */
+#define $ac_func innocuous_$ac_func
+
+/* System header to define __stub macros and hopefully few prototypes,
+    which can conflict with char $ac_func (); below.
+    Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
+    <limits.h> exists even on freestanding compilers.  */
+
+#ifdef __STDC__
+# include <limits.h>
+#else
+# include <assert.h>
+#endif
+
+#undef $ac_func
+
+/* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
+   Use char because int might match the return type of a GCC
+   builtin and then its argument prototype would still apply.  */
+#ifdef __cplusplus
+extern "C"
+#endif
+char $ac_func ();
+/* The GNU C library defines this for functions which it implements
+    to always fail with ENOSYS.  Some functions are actually named
+    something starting with __ and the normal name is an alias.  */
+#if defined __stub_$ac_func || defined __stub___$ac_func
+choke me
+#endif
+
+int
+main ()
+{
+return $ac_func ();
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+  eval "$as_ac_var=yes"
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       eval "$as_ac_var=no"
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+fi
+ac_res=`eval 'as_val=${'$as_ac_var'}
+                $as_echo "$as_val"'`
+              { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+as_val=`eval 'as_val=${'$as_ac_var'}
+                $as_echo "$as_val"'`
+   if test "x$as_val" = x""yes; then
+  cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define `$as_echo "HAVE_$ac_func" | $as_tr_cpp` 1
+_ACEOF
+
+fi
+done
+
+
+
+for ac_func in ftell64 fseek64
+do
+as_ac_var=`$as_echo "ac_cv_func_$ac_func" | $as_tr_sh`
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_func" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_func... " >&6; }
+if { as_var=$as_ac_var; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+/* Define $ac_func to an innocuous variant, in case <limits.h> declares $ac_func.
+   For example, HP-UX 11i <limits.h> declares gettimeofday.  */
+#define $ac_func innocuous_$ac_func
+
+/* System header to define __stub macros and hopefully few prototypes,
+    which can conflict with char $ac_func (); below.
+    Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
+    <limits.h> exists even on freestanding compilers.  */
+
+#ifdef __STDC__
+# include <limits.h>
+#else
+# include <assert.h>
+#endif
+
+#undef $ac_func
+
+/* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
+   Use char because int might match the return type of a GCC
+   builtin and then its argument prototype would still apply.  */
+#ifdef __cplusplus
+extern "C"
+#endif
+char $ac_func ();
+/* The GNU C library defines this for functions which it implements
+    to always fail with ENOSYS.  Some functions are actually named
+    something starting with __ and the normal name is an alias.  */
+#if defined __stub_$ac_func || defined __stub___$ac_func
+choke me
+#endif
+
+int
+main ()
+{
+return $ac_func ();
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then
+  eval "$as_ac_var=yes"
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       eval "$as_ac_var=no"
+fi
+
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
+      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+fi
+ac_res=`eval 'as_val=${'$as_ac_var'}
+                $as_echo "$as_val"'`
+              { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+as_val=`eval 'as_val=${'$as_ac_var'}
+                $as_echo "$as_val"'`
+   if test "x$as_val" = x""yes; then
+  cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define `$as_echo "HAVE_$ac_func" | $as_tr_cpp` 1
+_ACEOF
+
+fi
+done
+
+#
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for off_t" >&5
+$as_echo_n "checking for off_t... " >&6; }
+if test "${ac_cv_type_off_t+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_cv_type_off_t=no
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+if (sizeof (off_t))
+       return 0;
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+if (sizeof ((off_t)))
+         return 0;
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  :
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_cv_type_off_t=yes
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_type_off_t" >&5
+$as_echo "$ac_cv_type_off_t" >&6; }
+if test "x$ac_cv_type_off_t" = x""yes; then
+  :
+else
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define off_t long int
+_ACEOF
+
+fi
+
+# The cast to long int works around a bug in the HP C Compiler
+# version HP92453-01 B.11.11.23709.GP, which incorrectly rejects
+# declarations like `int a3[[(sizeof (unsigned char)) >= 0]];'.
+# This bug is HP SR number 8606223364.
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking size of fpos_t" >&5
+$as_echo_n "checking size of fpos_t... " >&6; }
+if test "${ac_cv_sizeof_fpos_t+set}" = set; then
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test "$cross_compiling" = yes; then
+  # Depending upon the size, compute the lo and hi bounds.
+cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (fpos_t))) >= 0)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_lo=0 ac_mid=0
+  while :; do
+    cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (fpos_t))) <= $ac_mid)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_hi=$ac_mid; break
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_lo=`expr $ac_mid + 1`
+                       if test $ac_lo -le $ac_mid; then
+                         ac_lo= ac_hi=
+                         break
+                       fi
+                       ac_mid=`expr 2 '*' $ac_mid + 1`
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+  done
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (fpos_t))) < 0)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_hi=-1 ac_mid=-1
+  while :; do
+    cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (fpos_t))) >= $ac_mid)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_lo=$ac_mid; break
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_hi=`expr '(' $ac_mid ')' - 1`
+                       if test $ac_mid -le $ac_hi; then
+                         ac_lo= ac_hi=
+                         break
+                       fi
+                       ac_mid=`expr 2 '*' $ac_mid`
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+  done
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_lo= ac_hi=
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+# Binary search between lo and hi bounds.
+while test "x$ac_lo" != "x$ac_hi"; do
+  ac_mid=`expr '(' $ac_hi - $ac_lo ')' / 2 + $ac_lo`
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+int
+main ()
+{
+static int test_array [1 - 2 * !(((long int) (sizeof (fpos_t))) <= $ac_mid)];
+test_array [0] = 0
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.$ac_objext
+if { (ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
+  ac_status=$?
+  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
+  rm -f conftest.er1
+  cat conftest.err >&5
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  ac_hi=$ac_mid
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_lo=`expr '(' $ac_mid ')' + 1`
+fi
+
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+done
+case $ac_lo in
+?*) ac_cv_sizeof_fpos_t=$ac_lo;;
+'') if test "$ac_cv_type_fpos_t" = yes; then
+     { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot compute sizeof (fpos_t)
+See \`config.log' for more details." >&5
+$as_echo "$as_me: error: cannot compute sizeof (fpos_t)
+See \`config.log' for more details." >&2;}
+   { (exit 77); exit 77; }; }; }
+   else
+     ac_cv_sizeof_fpos_t=0
+   fi ;;
+esac
+else
+  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* confdefs.h.  */
+_ACEOF
+cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
+cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+/* end confdefs.h.  */
+$ac_includes_default
+static long int longval () { return (long int) (sizeof (fpos_t)); }
+static unsigned long int ulongval () { return (long int) (sizeof (fpos_t)); }
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+int
+main ()
+{
+
+  FILE *f = fopen ("conftest.val", "w");
+  if (! f)
+    return 1;
+  if (((long int) (sizeof (fpos_t))) < 0)
+    {
+      long int i = longval ();
+      if (i != ((long int) (sizeof (fpos_t))))
+       return 1;
+      fprintf (f, "%ld", i);
+    }
+  else
+    {
+      unsigned long int i = ulongval ();
+      if (i != ((long int) (sizeof (fpos_t))))
+       return 1;
+      fprintf (f, "%lu", i);
+    }
+  /* Do not output a trailing newline, as this causes \r\n confusion
+     on some platforms.  */
+  return ferror (f) || fclose (f) != 0;
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest$ac_exeext
+if { (ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_link") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); } && { ac_try='./conftest$ac_exeext'
+  { (case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+  (eval "$ac_try") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+  (exit $ac_status); }; }; then
+  ac_cv_sizeof_fpos_t=`cat conftest.val`
+else
+  $as_echo "$as_me: program exited with status $ac_status" >&5
+$as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+( exit $ac_status )
+if test "$ac_cv_type_fpos_t" = yes; then
+     { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot compute sizeof (fpos_t)
+See \`config.log' for more details." >&5
+$as_echo "$as_me: error: cannot compute sizeof (fpos_t)
+See \`config.log' for more details." >&2;}
+   { (exit 77); exit 77; }; }; }
+   else
+     ac_cv_sizeof_fpos_t=0
+   fi
+fi
+rm -rf conftest.dSYM
+rm -f core *.core core.conftest.* gmon.out bb.out conftest$ac_exeext conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+rm -f conftest.val
+fi
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_sizeof_fpos_t" >&5
+$as_echo "$ac_cv_sizeof_fpos_t" >&6; }
+
+
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define SIZEOF_FPOS_T $ac_cv_sizeof_fpos_t
+_ACEOF
+
+
+#
+# struct stat64 and stat64 test:
+# version 1:
+#AC_CHECK_TYPE(struct stat64,
+#               [AC_CHECK_FUNC([stat64],
+#                             AC_DEFINE([HAVE_STAT64], [1], [Define if you have the stat64 function]))])
+# version 2:
+#AC_MSG_CHECKING(for struct stat64)
+#AC_CACHE_VAL(sc_cv_type_stat64,
+#[AC_TRY_COMPILE([#include <sys/stat.h>],[struct stat64 s;],
+#[sc_cv_type_stat64=yes],
+#[sc_cv_type_stat64=no])])
+#if test $sc_cv_type_stat64 = yes; then
+#   AC_MSG_RESULT($sc_cv_type_stat64)
+#   AC_CHECK_FUNC([stat64], AC_DEFINE([HAVE_STAT64], [1], [Define if you have the stat64 function]))
+#   #AC_DEFINE(HAVE_STAT64, [1], [Define if you have the stat64 function])
+#fi
+#
+#
+# Above fails on myosin because storage size of struct 64 is unknown:
+#  ssi.c:480: error: storage size of â€˜s1’ isn’t known
+#
+# On my MacBook OS X 10.6 I get:
+#  ssi.c:481: warning: â€˜stat64’ is deprecated (declared at /usr/include/sys/stat.h:465)
+#
+# So forget about it: we won't use stat64 or define HAVE_STAT64 and
+# consequently do no tests here
+#
+
+
+
+# Add support for the Dmalloc package. If the user runs configure with
+# --with-dmalloc, then define WITH_DMALLOC and add -ldmalloc to LIBS.
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking if malloc debugging is wanted" >&5
+$as_echo_n "checking if malloc debugging is wanted... " >&6; }
+
+# Check whether --with-dmalloc was given.
+if test "${with_dmalloc+set}" = set; then
+  withval=$with_dmalloc; if test "$withval" = yes; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: yes" >&5
+$as_echo "yes" >&6; }
+
+cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
+#define WITH_DMALLOC 1
+_ACEOF
+
+  LIBS="$LIBS -ldmalloc"
+  LDFLAGS="$LDFLAGS -g"
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+else
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+
+
+# Check if svnversion is installed
+#AC_PATH_PROG([SVNVERSION_BIN], [svnversionFIXME], [no])
+## checking if we build in a subversion WC
+#wc_found="no";
+#if test "$SVNVERSION_BIN" != "no"; then
+#   SVNVERSION=`$SVNVERSION_BIN -n $srcdir`
+#   if test $SVNVERSION != "exported";
+#   then
+#       AC_MSG_NOTICE($SVNVERSION);
+#   fi
+#fi
+
+
+# ---   debugging
+#
+#
+#
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether to build with debug information" >&5
+$as_echo_n "checking whether to build with debug information... " >&6; }
+# Check whether --enable-debug was given.
+if test "${enable_debug+set}" = set; then
+  enableval=$enable_debug; debugit="$enableval"
+else
+  debugit=no
+fi
+
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $debugit" >&5
+$as_echo "$debugit" >&6; }
+
+if test x"$debugit" = x"yes"; then
+    # User variables CFLAGS/CXXFLAGS are used last during compilation and
+    # can therefore overwrite system settings.
+    #
+    # if debugging was requested, add debugging info at the end of
+    # C[XX]FLAGS, which makes sure previous optimisation flags are
+    # overwritten (normally C[XX]FLAGS should not be modified as they
+    # are user variables):
+    # switch off assert etc
+    # AC_DEFINE([DEBUG],[],[Debug Mode])
+    CFLAGS="${CFLAGS} -g -ansi -Wall -O0"
+    CXXFLAGS="${CXXFLAGS} -g -ansi -Wall -O0"
+else
+    # switch off assert etc
+
+cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
+#define NDEBUG /**/
+_ACEOF
+
+    # if no debugging is requested, we make optimisation explicit
+    AM_CXXFLAGS="${AM_CXXFLAGS} -O3"
+    AM_CFLAGS="${AM_CFLAGS} -O3"
+fi
+
+
+
+
+
+
+
+
+ac_config_files="$ac_config_files Makefile src/Makefile clustalo.pc Doxyfile src/clustal/Makefile src/hhalign/Makefile src/kmpp/Makefile src/squid/Makefile"
+
+cat >confcache <<\_ACEOF
+# This file is a shell script that caches the results of configure
+# tests run on this system so they can be shared between configure
+# scripts and configure runs, see configure's option --config-cache.
+# It is not useful on other systems.  If it contains results you don't
+# want to keep, you may remove or edit it.
+#
+# config.status only pays attention to the cache file if you give it
+# the --recheck option to rerun configure.
+#
+# `ac_cv_env_foo' variables (set or unset) will be overridden when
+# loading this file, other *unset* `ac_cv_foo' will be assigned the
+# following values.
+
+_ACEOF
+
+# The following way of writing the cache mishandles newlines in values,
+# but we know of no workaround that is simple, portable, and efficient.
+# So, we kill variables containing newlines.
+# Ultrix sh set writes to stderr and can't be redirected directly,
+# and sets the high bit in the cache file unless we assign to the vars.
+(
+  for ac_var in `(set) 2>&1 | sed -n 's/^\([a-zA-Z_][a-zA-Z0-9_]*\)=.*/\1/p'`; do
+    eval ac_val=\$$ac_var
+    case $ac_val in #(
+    *${as_nl}*)
+      case $ac_var in #(
+      *_cv_*) { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&2;} ;;
+      esac
+      case $ac_var in #(
+      _ | IFS | as_nl) ;; #(
+      BASH_ARGV | BASH_SOURCE) eval $ac_var= ;; #(
+      *) $as_unset $ac_var ;;
+      esac ;;
+    esac
+  done
+
+  (set) 2>&1 |
+    case $as_nl`(ac_space=' '; set) 2>&1` in #(
+    *${as_nl}ac_space=\ *)
+      # `set' does not quote correctly, so add quotes (double-quote
+      # substitution turns \\\\ into \\, and sed turns \\ into \).
+      sed -n \
+       "s/'/'\\\\''/g;
+         s/^\\([_$as_cr_alnum]*_cv_[_$as_cr_alnum]*\\)=\\(.*\\)/\\1='\\2'/p"
+      ;; #(
+    *)
+      # `set' quotes correctly as required by POSIX, so do not add quotes.
+      sed -n "/^[_$as_cr_alnum]*_cv_[_$as_cr_alnum]*=/p"
+      ;;
+    esac |
+    sort
+) |
+  sed '
+     /^ac_cv_env_/b end
+     t clear
+     :clear
+     s/^\([^=]*\)=\(.*[{}].*\)$/test "${\1+set}" = set || &/
+     t end
+     s/^\([^=]*\)=\(.*\)$/\1=${\1=\2}/
+     :end' >>confcache
+if diff "$cache_file" confcache >/dev/null 2>&1; then :; else
+  if test -w "$cache_file"; then
+    test "x$cache_file" != "x/dev/null" &&
+      { $as_echo "$as_me:$LINENO: updating cache $cache_file" >&5
+$as_echo "$as_me: updating cache $cache_file" >&6;}
+    cat confcache >$cache_file
+  else
+    { $as_echo "$as_me:$LINENO: not updating unwritable cache $cache_file" >&5
+$as_echo "$as_me: not updating unwritable cache $cache_file" >&6;}
+  fi
+fi
+rm -f confcache
+
+test "x$prefix" = xNONE && prefix=$ac_default_prefix
+# Let make expand exec_prefix.
+test "x$exec_prefix" = xNONE && exec_prefix='${prefix}'
+
+DEFS=-DHAVE_CONFIG_H
+
+ac_libobjs=
+ac_ltlibobjs=
+for ac_i in : $LIBOBJS; do test "x$ac_i" = x: && continue
+  # 1. Remove the extension, and $U if already installed.
+  ac_script='s/\$U\././;s/\.o$//;s/\.obj$//'
+  ac_i=`$as_echo "$ac_i" | sed "$ac_script"`
+  # 2. Prepend LIBOBJDIR.  When used with automake>=1.10 LIBOBJDIR
+  #    will be set to the directory where LIBOBJS objects are built.
+  ac_libobjs="$ac_libobjs \${LIBOBJDIR}$ac_i\$U.$ac_objext"
+  ac_ltlibobjs="$ac_ltlibobjs \${LIBOBJDIR}$ac_i"'$U.lo'
+done
+LIBOBJS=$ac_libobjs
+
+LTLIBOBJS=$ac_ltlibobjs
+
+
+if test -z "${AMDEP_TRUE}" && test -z "${AMDEP_FALSE}"; then
+  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: conditional \"AMDEP\" was never defined.
+Usually this means the macro was only invoked conditionally." >&5
+$as_echo "$as_me: error: conditional \"AMDEP\" was never defined.
+Usually this means the macro was only invoked conditionally." >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+fi
+if test -z "${am__fastdepCC_TRUE}" && test -z "${am__fastdepCC_FALSE}"; then
+  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: conditional \"am__fastdepCC\" was never defined.
+Usually this means the macro was only invoked conditionally." >&5
+$as_echo "$as_me: error: conditional \"am__fastdepCC\" was never defined.
+Usually this means the macro was only invoked conditionally." >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+fi
+if test -z "${am__fastdepCC_TRUE}" && test -z "${am__fastdepCC_FALSE}"; then
+  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: conditional \"am__fastdepCC\" was never defined.
+Usually this means the macro was only invoked conditionally." >&5
+$as_echo "$as_me: error: conditional \"am__fastdepCC\" was never defined.
+Usually this means the macro was only invoked conditionally." >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+fi
+if test -z "${am__fastdepCXX_TRUE}" && test -z "${am__fastdepCXX_FALSE}"; then
+  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: conditional \"am__fastdepCXX\" was never defined.
+Usually this means the macro was only invoked conditionally." >&5
+$as_echo "$as_me: error: conditional \"am__fastdepCXX\" was never defined.
+Usually this means the macro was only invoked conditionally." >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+fi
+if test -z "${am__fastdepCXX_TRUE}" && test -z "${am__fastdepCXX_FALSE}"; then
+  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: conditional \"am__fastdepCXX\" was never defined.
+Usually this means the macro was only invoked conditionally." >&5
+$as_echo "$as_me: error: conditional \"am__fastdepCXX\" was never defined.
+Usually this means the macro was only invoked conditionally." >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+fi
+
+
+: ${CONFIG_STATUS=./config.status}
+ac_write_fail=0
+ac_clean_files_save=$ac_clean_files
+ac_clean_files="$ac_clean_files $CONFIG_STATUS"
+{ $as_echo "$as_me:$LINENO: creating $CONFIG_STATUS" >&5
+$as_echo "$as_me: creating $CONFIG_STATUS" >&6;}
+cat >$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+#! $SHELL
+# Generated by $as_me.
+# Run this file to recreate the current configuration.
+# Compiler output produced by configure, useful for debugging
+# configure, is in config.log if it exists.
+
+debug=false
+ac_cs_recheck=false
+ac_cs_silent=false
+SHELL=\${CONFIG_SHELL-$SHELL}
+_ACEOF
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+## --------------------- ##
+## M4sh Initialization.  ##
+## --------------------- ##
+
+# Be more Bourne compatible
+DUALCASE=1; export DUALCASE # for MKS sh
+if test -n "${ZSH_VERSION+set}" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then
+  emulate sh
+  NULLCMD=:
+  # Pre-4.2 versions of Zsh do word splitting on ${1+"$@"}, which
+  # is contrary to our usage.  Disable this feature.
+  alias -g '${1+"$@"}'='"$@"'
+  setopt NO_GLOB_SUBST
+else
+  case `(set -o) 2>/dev/null` in
+  *posix*) set -o posix ;;
+esac
+
+fi
+
+
+
+
+# PATH needs CR
+# Avoid depending upon Character Ranges.
+as_cr_letters='abcdefghijklmnopqrstuvwxyz'
+as_cr_LETTERS='ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ'
+as_cr_Letters=$as_cr_letters$as_cr_LETTERS
+as_cr_digits='0123456789'
+as_cr_alnum=$as_cr_Letters$as_cr_digits
+
+as_nl='
+'
+export as_nl
+# Printing a long string crashes Solaris 7 /usr/bin/printf.
+as_echo='\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\'
+as_echo=$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo
+as_echo=$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo
+if (test "X`printf %s $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
+  as_echo='printf %s\n'
+  as_echo_n='printf %s'
+else
+  if test "X`(/usr/ucb/echo -n -n $as_echo) 2>/dev/null`" = "X-n $as_echo"; then
+    as_echo_body='eval /usr/ucb/echo -n "$1$as_nl"'
+    as_echo_n='/usr/ucb/echo -n'
+  else
+    as_echo_body='eval expr "X$1" : "X\\(.*\\)"'
+    as_echo_n_body='eval
+      arg=$1;
+      case $arg in
+      *"$as_nl"*)
+       expr "X$arg" : "X\\(.*\\)$as_nl";
+       arg=`expr "X$arg" : ".*$as_nl\\(.*\\)"`;;
+      esac;
+      expr "X$arg" : "X\\(.*\\)" | tr -d "$as_nl"
+    '
+    export as_echo_n_body
+    as_echo_n='sh -c $as_echo_n_body as_echo'
+  fi
+  export as_echo_body
+  as_echo='sh -c $as_echo_body as_echo'
+fi
+
+# The user is always right.
+if test "${PATH_SEPARATOR+set}" != set; then
+  PATH_SEPARATOR=:
+  (PATH='/bin;/bin'; FPATH=$PATH; sh -c :) >/dev/null 2>&1 && {
+    (PATH='/bin:/bin'; FPATH=$PATH; sh -c :) >/dev/null 2>&1 ||
+      PATH_SEPARATOR=';'
+  }
+fi
+
+# Support unset when possible.
+if ( (MAIL=60; unset MAIL) || exit) >/dev/null 2>&1; then
+  as_unset=unset
+else
+  as_unset=false
+fi
+
+
+# IFS
+# We need space, tab and new line, in precisely that order.  Quoting is
+# there to prevent editors from complaining about space-tab.
+# (If _AS_PATH_WALK were called with IFS unset, it would disable word
+# splitting by setting IFS to empty value.)
+IFS=" ""       $as_nl"
+
+# Find who we are.  Look in the path if we contain no directory separator.
+case $0 in
+  *[\\/]* ) as_myself=$0 ;;
+  *) as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  test -r "$as_dir/$0" && as_myself=$as_dir/$0 && break
+done
+IFS=$as_save_IFS
+
+     ;;
+esac
+# We did not find ourselves, most probably we were run as `sh COMMAND'
+# in which case we are not to be found in the path.
+if test "x$as_myself" = x; then
+  as_myself=$0
+fi
+if test ! -f "$as_myself"; then
+  $as_echo "$as_myself: error: cannot find myself; rerun with an absolute file name" >&2
+  { (exit 1); exit 1; }
+fi
+
+# Work around bugs in pre-3.0 UWIN ksh.
+for as_var in ENV MAIL MAILPATH
+do ($as_unset $as_var) >/dev/null 2>&1 && $as_unset $as_var
+done
+PS1='$ '
+PS2='> '
+PS4='+ '
+
+# NLS nuisances.
+LC_ALL=C
+export LC_ALL
+LANGUAGE=C
+export LANGUAGE
+
+# Required to use basename.
+if expr a : '\(a\)' >/dev/null 2>&1 &&
+   test "X`expr 00001 : '.*\(...\)'`" = X001; then
+  as_expr=expr
+else
+  as_expr=false
+fi
+
+if (basename -- /) >/dev/null 2>&1 && test "X`basename -- / 2>&1`" = "X/"; then
+  as_basename=basename
+else
+  as_basename=false
+fi
+
+
+# Name of the executable.
+as_me=`$as_basename -- "$0" ||
+$as_expr X/"$0" : '.*/\([^/][^/]*\)/*$' \| \
+        X"$0" : 'X\(//\)$' \| \
+        X"$0" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X/"$0" |
+    sed '/^.*\/\([^/][^/]*\)\/*$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\/\(\/\/\)$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\/\(\/\).*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         s/.*/./; q'`
+
+# CDPATH.
+$as_unset CDPATH
+
+
+
+  as_lineno_1=$LINENO
+  as_lineno_2=$LINENO
+  test "x$as_lineno_1" != "x$as_lineno_2" &&
+  test "x`expr $as_lineno_1 + 1`" = "x$as_lineno_2" || {
+
+  # Create $as_me.lineno as a copy of $as_myself, but with $LINENO
+  # uniformly replaced by the line number.  The first 'sed' inserts a
+  # line-number line after each line using $LINENO; the second 'sed'
+  # does the real work.  The second script uses 'N' to pair each
+  # line-number line with the line containing $LINENO, and appends
+  # trailing '-' during substitution so that $LINENO is not a special
+  # case at line end.
+  # (Raja R Harinath suggested sed '=', and Paul Eggert wrote the
+  # scripts with optimization help from Paolo Bonzini.  Blame Lee
+  # E. McMahon (1931-1989) for sed's syntax.  :-)
+  sed -n '
+    p
+    /[$]LINENO/=
+  ' <$as_myself |
+    sed '
+      s/[$]LINENO.*/&-/
+      t lineno
+      b
+      :lineno
+      N
+      :loop
+      s/[$]LINENO\([^'$as_cr_alnum'_].*\n\)\(.*\)/\2\1\2/
+      t loop
+      s/-\n.*//
+    ' >$as_me.lineno &&
+  chmod +x "$as_me.lineno" ||
+    { $as_echo "$as_me: error: cannot create $as_me.lineno; rerun with a POSIX shell" >&2
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+
+  # Don't try to exec as it changes $[0], causing all sort of problems
+  # (the dirname of $[0] is not the place where we might find the
+  # original and so on.  Autoconf is especially sensitive to this).
+  . "./$as_me.lineno"
+  # Exit status is that of the last command.
+  exit
+}
+
+
+if (as_dir=`dirname -- /` && test "X$as_dir" = X/) >/dev/null 2>&1; then
+  as_dirname=dirname
+else
+  as_dirname=false
+fi
+
+ECHO_C= ECHO_N= ECHO_T=
+case `echo -n x` in
+-n*)
+  case `echo 'x\c'` in
+  *c*) ECHO_T='        ';;     # ECHO_T is single tab character.
+  *)   ECHO_C='\c';;
+  esac;;
+*)
+  ECHO_N='-n';;
+esac
+if expr a : '\(a\)' >/dev/null 2>&1 &&
+   test "X`expr 00001 : '.*\(...\)'`" = X001; then
+  as_expr=expr
+else
+  as_expr=false
+fi
+
+rm -f conf$$ conf$$.exe conf$$.file
+if test -d conf$$.dir; then
+  rm -f conf$$.dir/conf$$.file
+else
+  rm -f conf$$.dir
+  mkdir conf$$.dir 2>/dev/null
+fi
+if (echo >conf$$.file) 2>/dev/null; then
+  if ln -s conf$$.file conf$$ 2>/dev/null; then
+    as_ln_s='ln -s'
+    # ... but there are two gotchas:
+    # 1) On MSYS, both `ln -s file dir' and `ln file dir' fail.
+    # 2) DJGPP < 2.04 has no symlinks; `ln -s' creates a wrapper executable.
+    # In both cases, we have to default to `cp -p'.
+    ln -s conf$$.file conf$$.dir 2>/dev/null && test ! -f conf$$.exe ||
+      as_ln_s='cp -p'
+  elif ln conf$$.file conf$$ 2>/dev/null; then
+    as_ln_s=ln
+  else
+    as_ln_s='cp -p'
+  fi
+else
+  as_ln_s='cp -p'
+fi
+rm -f conf$$ conf$$.exe conf$$.dir/conf$$.file conf$$.file
+rmdir conf$$.dir 2>/dev/null
+
+if mkdir -p . 2>/dev/null; then
+  as_mkdir_p=:
+else
+  test -d ./-p && rmdir ./-p
+  as_mkdir_p=false
+fi
+
+if test -x / >/dev/null 2>&1; then
+  as_test_x='test -x'
+else
+  if ls -dL / >/dev/null 2>&1; then
+    as_ls_L_option=L
+  else
+    as_ls_L_option=
+  fi
+  as_test_x='
+    eval sh -c '\''
+      if test -d "$1"; then
+       test -d "$1/.";
+      else
+       case $1 in
+       -*)set "./$1";;
+       esac;
+       case `ls -ld'$as_ls_L_option' "$1" 2>/dev/null` in
+       ???[sx]*):;;*)false;;esac;fi
+    '\'' sh
+  '
+fi
+as_executable_p=$as_test_x
+
+# Sed expression to map a string onto a valid CPP name.
+as_tr_cpp="eval sed 'y%*$as_cr_letters%P$as_cr_LETTERS%;s%[^_$as_cr_alnum]%_%g'"
+
+# Sed expression to map a string onto a valid variable name.
+as_tr_sh="eval sed 'y%*+%pp%;s%[^_$as_cr_alnum]%_%g'"
+
+
+exec 6>&1
+
+# Save the log message, to keep $[0] and so on meaningful, and to
+# report actual input values of CONFIG_FILES etc. instead of their
+# values after options handling.
+ac_log="
+This file was extended by Clustal Omega $as_me 1.0.2, which was
+generated by GNU Autoconf 2.63.  Invocation command line was
+
+  CONFIG_FILES    = $CONFIG_FILES
+  CONFIG_HEADERS  = $CONFIG_HEADERS
+  CONFIG_LINKS    = $CONFIG_LINKS
+  CONFIG_COMMANDS = $CONFIG_COMMANDS
+  $ $0 $@
+
+on `(hostname || uname -n) 2>/dev/null | sed 1q`
+"
+
+_ACEOF
+
+case $ac_config_files in *"
+"*) set x $ac_config_files; shift; ac_config_files=$*;;
+esac
+
+case $ac_config_headers in *"
+"*) set x $ac_config_headers; shift; ac_config_headers=$*;;
+esac
+
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+# Files that config.status was made for.
+config_files="$ac_config_files"
+config_headers="$ac_config_headers"
+config_commands="$ac_config_commands"
+
+_ACEOF
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+ac_cs_usage="\
+\`$as_me' instantiates files from templates according to the
+current configuration.
+
+Usage: $0 [OPTION]... [FILE]...
+
+  -h, --help       print this help, then exit
+  -V, --version    print version number and configuration settings, then exit
+  -q, --quiet, --silent
+                   do not print progress messages
+  -d, --debug      don't remove temporary files
+      --recheck    update $as_me by reconfiguring in the same conditions
+      --file=FILE[:TEMPLATE]
+                   instantiate the configuration file FILE
+      --header=FILE[:TEMPLATE]
+                   instantiate the configuration header FILE
+
+Configuration files:
+$config_files
+
+Configuration headers:
+$config_headers
+
+Configuration commands:
+$config_commands
+
+Report bugs to <bug-autoconf@gnu.org>."
+
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+ac_cs_version="\\
+Clustal Omega config.status 1.0.2
+configured by $0, generated by GNU Autoconf 2.63,
+  with options \\"`$as_echo "$ac_configure_args" | sed 's/^ //; s/[\\""\`\$]/\\\\&/g'`\\"
+
+Copyright (C) 2008 Free Software Foundation, Inc.
+This config.status script is free software; the Free Software Foundation
+gives unlimited permission to copy, distribute and modify it."
+
+ac_pwd='$ac_pwd'
+srcdir='$srcdir'
+INSTALL='$INSTALL'
+MKDIR_P='$MKDIR_P'
+AWK='$AWK'
+test -n "\$AWK" || AWK=awk
+_ACEOF
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+# The default lists apply if the user does not specify any file.
+ac_need_defaults=:
+while test $# != 0
+do
+  case $1 in
+  --*=*)
+    ac_option=`expr "X$1" : 'X\([^=]*\)='`
+    ac_optarg=`expr "X$1" : 'X[^=]*=\(.*\)'`
+    ac_shift=:
+    ;;
+  *)
+    ac_option=$1
+    ac_optarg=$2
+    ac_shift=shift
+    ;;
+  esac
+
+  case $ac_option in
+  # Handling of the options.
+  -recheck | --recheck | --rechec | --reche | --rech | --rec | --re | --r)
+    ac_cs_recheck=: ;;
+  --version | --versio | --versi | --vers | --ver | --ve | --v | -V )
+    $as_echo "$ac_cs_version"; exit ;;
+  --debug | --debu | --deb | --de | --d | -d )
+    debug=: ;;
+  --file | --fil | --fi | --f )
+    $ac_shift
+    case $ac_optarg in
+    *\'*) ac_optarg=`$as_echo "$ac_optarg" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
+    esac
+    CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES '$ac_optarg'"
+    ac_need_defaults=false;;
+  --header | --heade | --head | --hea )
+    $ac_shift
+    case $ac_optarg in
+    *\'*) ac_optarg=`$as_echo "$ac_optarg" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
+    esac
+    CONFIG_HEADERS="$CONFIG_HEADERS '$ac_optarg'"
+    ac_need_defaults=false;;
+  --he | --h)
+    # Conflict between --help and --header
+    { $as_echo "$as_me: error: ambiguous option: $1
+Try \`$0 --help' for more information." >&2
+   { (exit 1); exit 1; }; };;
+  --help | --hel | -h )
+    $as_echo "$ac_cs_usage"; exit ;;
+  -q | -quiet | --quiet | --quie | --qui | --qu | --q \
+  | -silent | --silent | --silen | --sile | --sil | --si | --s)
+    ac_cs_silent=: ;;
+
+  # This is an error.
+  -*) { $as_echo "$as_me: error: unrecognized option: $1
+Try \`$0 --help' for more information." >&2
+   { (exit 1); exit 1; }; } ;;
+
+  *) ac_config_targets="$ac_config_targets $1"
+     ac_need_defaults=false ;;
+
+  esac
+  shift
+done
+
+ac_configure_extra_args=
+
+if $ac_cs_silent; then
+  exec 6>/dev/null
+  ac_configure_extra_args="$ac_configure_extra_args --silent"
+fi
+
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+if \$ac_cs_recheck; then
+  set X '$SHELL' '$0' $ac_configure_args \$ac_configure_extra_args --no-create --no-recursion
+  shift
+  \$as_echo "running CONFIG_SHELL=$SHELL \$*" >&6
+  CONFIG_SHELL='$SHELL'
+  export CONFIG_SHELL
+  exec "\$@"
+fi
+
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+exec 5>>config.log
+{
+  echo
+  sed 'h;s/./-/g;s/^.../## /;s/...$/ ##/;p;x;p;x' <<_ASBOX
+## Running $as_me. ##
+_ASBOX
+  $as_echo "$ac_log"
+} >&5
+
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+#
+# INIT-COMMANDS
+#
+PACKAGE="$PACKAGE"
+AMDEP_TRUE="$AMDEP_TRUE" ac_aux_dir="$ac_aux_dir"
+
+
+# The HP-UX ksh and POSIX shell print the target directory to stdout
+# if CDPATH is set.
+(unset CDPATH) >/dev/null 2>&1 && unset CDPATH
+
+sed_quote_subst='$sed_quote_subst'
+double_quote_subst='$double_quote_subst'
+delay_variable_subst='$delay_variable_subst'
+macro_version='`$ECHO "X$macro_version" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+macro_revision='`$ECHO "X$macro_revision" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+enable_shared='`$ECHO "X$enable_shared" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+enable_static='`$ECHO "X$enable_static" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+pic_mode='`$ECHO "X$pic_mode" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+enable_fast_install='`$ECHO "X$enable_fast_install" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+host_alias='`$ECHO "X$host_alias" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+host='`$ECHO "X$host" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+host_os='`$ECHO "X$host_os" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+build_alias='`$ECHO "X$build_alias" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+build='`$ECHO "X$build" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+build_os='`$ECHO "X$build_os" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+SED='`$ECHO "X$SED" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+Xsed='`$ECHO "X$Xsed" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+GREP='`$ECHO "X$GREP" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+EGREP='`$ECHO "X$EGREP" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+FGREP='`$ECHO "X$FGREP" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+LD='`$ECHO "X$LD" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+NM='`$ECHO "X$NM" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+LN_S='`$ECHO "X$LN_S" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+max_cmd_len='`$ECHO "X$max_cmd_len" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+ac_objext='`$ECHO "X$ac_objext" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+exeext='`$ECHO "X$exeext" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+lt_unset='`$ECHO "X$lt_unset" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+lt_SP2NL='`$ECHO "X$lt_SP2NL" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+lt_NL2SP='`$ECHO "X$lt_NL2SP" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+reload_flag='`$ECHO "X$reload_flag" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+reload_cmds='`$ECHO "X$reload_cmds" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+OBJDUMP='`$ECHO "X$OBJDUMP" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+deplibs_check_method='`$ECHO "X$deplibs_check_method" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+file_magic_cmd='`$ECHO "X$file_magic_cmd" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+AR='`$ECHO "X$AR" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+AR_FLAGS='`$ECHO "X$AR_FLAGS" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+STRIP='`$ECHO "X$STRIP" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+RANLIB='`$ECHO "X$RANLIB" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+old_postinstall_cmds='`$ECHO "X$old_postinstall_cmds" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+old_postuninstall_cmds='`$ECHO "X$old_postuninstall_cmds" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+old_archive_cmds='`$ECHO "X$old_archive_cmds" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+CC='`$ECHO "X$CC" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+CFLAGS='`$ECHO "X$CFLAGS" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+compiler='`$ECHO "X$compiler" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+GCC='`$ECHO "X$GCC" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+lt_cv_sys_global_symbol_pipe='`$ECHO "X$lt_cv_sys_global_symbol_pipe" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+lt_cv_sys_global_symbol_to_cdecl='`$ECHO "X$lt_cv_sys_global_symbol_to_cdecl" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+lt_cv_sys_global_symbol_to_c_name_address='`$ECHO "X$lt_cv_sys_global_symbol_to_c_name_address" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+lt_cv_sys_global_symbol_to_c_name_address_lib_prefix='`$ECHO "X$lt_cv_sys_global_symbol_to_c_name_address_lib_prefix" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+objdir='`$ECHO "X$objdir" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+SHELL='`$ECHO "X$SHELL" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+ECHO='`$ECHO "X$ECHO" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+MAGIC_CMD='`$ECHO "X$MAGIC_CMD" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+lt_prog_compiler_no_builtin_flag='`$ECHO "X$lt_prog_compiler_no_builtin_flag" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+lt_prog_compiler_wl='`$ECHO "X$lt_prog_compiler_wl" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+lt_prog_compiler_pic='`$ECHO "X$lt_prog_compiler_pic" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+lt_prog_compiler_static='`$ECHO "X$lt_prog_compiler_static" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+lt_cv_prog_compiler_c_o='`$ECHO "X$lt_cv_prog_compiler_c_o" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+need_locks='`$ECHO "X$need_locks" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+DSYMUTIL='`$ECHO "X$DSYMUTIL" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+NMEDIT='`$ECHO "X$NMEDIT" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+LIPO='`$ECHO "X$LIPO" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+OTOOL='`$ECHO "X$OTOOL" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+OTOOL64='`$ECHO "X$OTOOL64" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+libext='`$ECHO "X$libext" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+shrext_cmds='`$ECHO "X$shrext_cmds" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+extract_expsyms_cmds='`$ECHO "X$extract_expsyms_cmds" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+archive_cmds_need_lc='`$ECHO "X$archive_cmds_need_lc" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+enable_shared_with_static_runtimes='`$ECHO "X$enable_shared_with_static_runtimes" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+export_dynamic_flag_spec='`$ECHO "X$export_dynamic_flag_spec" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+whole_archive_flag_spec='`$ECHO "X$whole_archive_flag_spec" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+compiler_needs_object='`$ECHO "X$compiler_needs_object" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+old_archive_from_new_cmds='`$ECHO "X$old_archive_from_new_cmds" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+old_archive_from_expsyms_cmds='`$ECHO "X$old_archive_from_expsyms_cmds" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+archive_cmds='`$ECHO "X$archive_cmds" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+archive_expsym_cmds='`$ECHO "X$archive_expsym_cmds" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+module_cmds='`$ECHO "X$module_cmds" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+module_expsym_cmds='`$ECHO "X$module_expsym_cmds" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+with_gnu_ld='`$ECHO "X$with_gnu_ld" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+allow_undefined_flag='`$ECHO "X$allow_undefined_flag" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+no_undefined_flag='`$ECHO "X$no_undefined_flag" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+hardcode_libdir_flag_spec='`$ECHO "X$hardcode_libdir_flag_spec" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+hardcode_libdir_flag_spec_ld='`$ECHO "X$hardcode_libdir_flag_spec_ld" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+hardcode_libdir_separator='`$ECHO "X$hardcode_libdir_separator" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+hardcode_direct='`$ECHO "X$hardcode_direct" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+hardcode_direct_absolute='`$ECHO "X$hardcode_direct_absolute" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+hardcode_minus_L='`$ECHO "X$hardcode_minus_L" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+hardcode_shlibpath_var='`$ECHO "X$hardcode_shlibpath_var" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+hardcode_automatic='`$ECHO "X$hardcode_automatic" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+inherit_rpath='`$ECHO "X$inherit_rpath" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+link_all_deplibs='`$ECHO "X$link_all_deplibs" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+fix_srcfile_path='`$ECHO "X$fix_srcfile_path" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+always_export_symbols='`$ECHO "X$always_export_symbols" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+export_symbols_cmds='`$ECHO "X$export_symbols_cmds" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+exclude_expsyms='`$ECHO "X$exclude_expsyms" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+include_expsyms='`$ECHO "X$include_expsyms" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+prelink_cmds='`$ECHO "X$prelink_cmds" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+file_list_spec='`$ECHO "X$file_list_spec" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+variables_saved_for_relink='`$ECHO "X$variables_saved_for_relink" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+need_lib_prefix='`$ECHO "X$need_lib_prefix" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+need_version='`$ECHO "X$need_version" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+version_type='`$ECHO "X$version_type" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+runpath_var='`$ECHO "X$runpath_var" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+shlibpath_var='`$ECHO "X$shlibpath_var" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+shlibpath_overrides_runpath='`$ECHO "X$shlibpath_overrides_runpath" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+libname_spec='`$ECHO "X$libname_spec" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+library_names_spec='`$ECHO "X$library_names_spec" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+soname_spec='`$ECHO "X$soname_spec" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+postinstall_cmds='`$ECHO "X$postinstall_cmds" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+postuninstall_cmds='`$ECHO "X$postuninstall_cmds" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+finish_cmds='`$ECHO "X$finish_cmds" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+finish_eval='`$ECHO "X$finish_eval" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+hardcode_into_libs='`$ECHO "X$hardcode_into_libs" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+sys_lib_search_path_spec='`$ECHO "X$sys_lib_search_path_spec" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+sys_lib_dlsearch_path_spec='`$ECHO "X$sys_lib_dlsearch_path_spec" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+hardcode_action='`$ECHO "X$hardcode_action" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+enable_dlopen='`$ECHO "X$enable_dlopen" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+enable_dlopen_self='`$ECHO "X$enable_dlopen_self" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+enable_dlopen_self_static='`$ECHO "X$enable_dlopen_self_static" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+old_striplib='`$ECHO "X$old_striplib" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+striplib='`$ECHO "X$striplib" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+compiler_lib_search_dirs='`$ECHO "X$compiler_lib_search_dirs" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+predep_objects='`$ECHO "X$predep_objects" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+postdep_objects='`$ECHO "X$postdep_objects" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+predeps='`$ECHO "X$predeps" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+postdeps='`$ECHO "X$postdeps" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+compiler_lib_search_path='`$ECHO "X$compiler_lib_search_path" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+LD_CXX='`$ECHO "X$LD_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+old_archive_cmds_CXX='`$ECHO "X$old_archive_cmds_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+compiler_CXX='`$ECHO "X$compiler_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+GCC_CXX='`$ECHO "X$GCC_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+lt_prog_compiler_no_builtin_flag_CXX='`$ECHO "X$lt_prog_compiler_no_builtin_flag_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+lt_prog_compiler_wl_CXX='`$ECHO "X$lt_prog_compiler_wl_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+lt_prog_compiler_pic_CXX='`$ECHO "X$lt_prog_compiler_pic_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+lt_prog_compiler_static_CXX='`$ECHO "X$lt_prog_compiler_static_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+lt_cv_prog_compiler_c_o_CXX='`$ECHO "X$lt_cv_prog_compiler_c_o_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+archive_cmds_need_lc_CXX='`$ECHO "X$archive_cmds_need_lc_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+enable_shared_with_static_runtimes_CXX='`$ECHO "X$enable_shared_with_static_runtimes_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+export_dynamic_flag_spec_CXX='`$ECHO "X$export_dynamic_flag_spec_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+whole_archive_flag_spec_CXX='`$ECHO "X$whole_archive_flag_spec_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+compiler_needs_object_CXX='`$ECHO "X$compiler_needs_object_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+old_archive_from_new_cmds_CXX='`$ECHO "X$old_archive_from_new_cmds_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+old_archive_from_expsyms_cmds_CXX='`$ECHO "X$old_archive_from_expsyms_cmds_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+archive_cmds_CXX='`$ECHO "X$archive_cmds_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+archive_expsym_cmds_CXX='`$ECHO "X$archive_expsym_cmds_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+module_cmds_CXX='`$ECHO "X$module_cmds_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+module_expsym_cmds_CXX='`$ECHO "X$module_expsym_cmds_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+with_gnu_ld_CXX='`$ECHO "X$with_gnu_ld_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+allow_undefined_flag_CXX='`$ECHO "X$allow_undefined_flag_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+no_undefined_flag_CXX='`$ECHO "X$no_undefined_flag_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+hardcode_libdir_flag_spec_CXX='`$ECHO "X$hardcode_libdir_flag_spec_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+hardcode_libdir_flag_spec_ld_CXX='`$ECHO "X$hardcode_libdir_flag_spec_ld_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+hardcode_libdir_separator_CXX='`$ECHO "X$hardcode_libdir_separator_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+hardcode_direct_CXX='`$ECHO "X$hardcode_direct_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+hardcode_direct_absolute_CXX='`$ECHO "X$hardcode_direct_absolute_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+hardcode_minus_L_CXX='`$ECHO "X$hardcode_minus_L_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+hardcode_shlibpath_var_CXX='`$ECHO "X$hardcode_shlibpath_var_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+hardcode_automatic_CXX='`$ECHO "X$hardcode_automatic_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+inherit_rpath_CXX='`$ECHO "X$inherit_rpath_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+link_all_deplibs_CXX='`$ECHO "X$link_all_deplibs_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+fix_srcfile_path_CXX='`$ECHO "X$fix_srcfile_path_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+always_export_symbols_CXX='`$ECHO "X$always_export_symbols_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+export_symbols_cmds_CXX='`$ECHO "X$export_symbols_cmds_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+exclude_expsyms_CXX='`$ECHO "X$exclude_expsyms_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+include_expsyms_CXX='`$ECHO "X$include_expsyms_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+prelink_cmds_CXX='`$ECHO "X$prelink_cmds_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+file_list_spec_CXX='`$ECHO "X$file_list_spec_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+hardcode_action_CXX='`$ECHO "X$hardcode_action_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+compiler_lib_search_dirs_CXX='`$ECHO "X$compiler_lib_search_dirs_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+predep_objects_CXX='`$ECHO "X$predep_objects_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+postdep_objects_CXX='`$ECHO "X$postdep_objects_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+predeps_CXX='`$ECHO "X$predeps_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+postdeps_CXX='`$ECHO "X$postdeps_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+compiler_lib_search_path_CXX='`$ECHO "X$compiler_lib_search_path_CXX" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+
+LTCC='$LTCC'
+LTCFLAGS='$LTCFLAGS'
+compiler='$compiler_DEFAULT'
+
+# Quote evaled strings.
+for var in SED \
+GREP \
+EGREP \
+FGREP \
+LD \
+NM \
+LN_S \
+lt_SP2NL \
+lt_NL2SP \
+reload_flag \
+OBJDUMP \
+deplibs_check_method \
+file_magic_cmd \
+AR \
+AR_FLAGS \
+STRIP \
+RANLIB \
+CC \
+CFLAGS \
+compiler \
+lt_cv_sys_global_symbol_pipe \
+lt_cv_sys_global_symbol_to_cdecl \
+lt_cv_sys_global_symbol_to_c_name_address \
+lt_cv_sys_global_symbol_to_c_name_address_lib_prefix \
+SHELL \
+ECHO \
+lt_prog_compiler_no_builtin_flag \
+lt_prog_compiler_wl \
+lt_prog_compiler_pic \
+lt_prog_compiler_static \
+lt_cv_prog_compiler_c_o \
+need_locks \
+DSYMUTIL \
+NMEDIT \
+LIPO \
+OTOOL \
+OTOOL64 \
+shrext_cmds \
+export_dynamic_flag_spec \
+whole_archive_flag_spec \
+compiler_needs_object \
+with_gnu_ld \
+allow_undefined_flag \
+no_undefined_flag \
+hardcode_libdir_flag_spec \
+hardcode_libdir_flag_spec_ld \
+hardcode_libdir_separator \
+fix_srcfile_path \
+exclude_expsyms \
+include_expsyms \
+file_list_spec \
+variables_saved_for_relink \
+libname_spec \
+library_names_spec \
+soname_spec \
+finish_eval \
+old_striplib \
+striplib \
+compiler_lib_search_dirs \
+predep_objects \
+postdep_objects \
+predeps \
+postdeps \
+compiler_lib_search_path \
+LD_CXX \
+compiler_CXX \
+lt_prog_compiler_no_builtin_flag_CXX \
+lt_prog_compiler_wl_CXX \
+lt_prog_compiler_pic_CXX \
+lt_prog_compiler_static_CXX \
+lt_cv_prog_compiler_c_o_CXX \
+export_dynamic_flag_spec_CXX \
+whole_archive_flag_spec_CXX \
+compiler_needs_object_CXX \
+with_gnu_ld_CXX \
+allow_undefined_flag_CXX \
+no_undefined_flag_CXX \
+hardcode_libdir_flag_spec_CXX \
+hardcode_libdir_flag_spec_ld_CXX \
+hardcode_libdir_separator_CXX \
+fix_srcfile_path_CXX \
+exclude_expsyms_CXX \
+include_expsyms_CXX \
+file_list_spec_CXX \
+compiler_lib_search_dirs_CXX \
+predep_objects_CXX \
+postdep_objects_CXX \
+predeps_CXX \
+postdeps_CXX \
+compiler_lib_search_path_CXX; do
+    case \`eval \\\\\$ECHO "X\\\\\$\$var"\` in
+    *[\\\\\\\`\\"\\\$]*)
+      eval "lt_\$var=\\\\\\"\\\`\\\$ECHO \\"X\\\$\$var\\" | \\\$Xsed -e \\"\\\$sed_quote_subst\\"\\\`\\\\\\""
+      ;;
+    *)
+      eval "lt_\$var=\\\\\\"\\\$\$var\\\\\\""
+      ;;
+    esac
+done
+
+# Double-quote double-evaled strings.
+for var in reload_cmds \
+old_postinstall_cmds \
+old_postuninstall_cmds \
+old_archive_cmds \
+extract_expsyms_cmds \
+old_archive_from_new_cmds \
+old_archive_from_expsyms_cmds \
+archive_cmds \
+archive_expsym_cmds \
+module_cmds \
+module_expsym_cmds \
+export_symbols_cmds \
+prelink_cmds \
+postinstall_cmds \
+postuninstall_cmds \
+finish_cmds \
+sys_lib_search_path_spec \
+sys_lib_dlsearch_path_spec \
+old_archive_cmds_CXX \
+old_archive_from_new_cmds_CXX \
+old_archive_from_expsyms_cmds_CXX \
+archive_cmds_CXX \
+archive_expsym_cmds_CXX \
+module_cmds_CXX \
+module_expsym_cmds_CXX \
+export_symbols_cmds_CXX \
+prelink_cmds_CXX; do
+    case \`eval \\\\\$ECHO "X\\\\\$\$var"\` in
+    *[\\\\\\\`\\"\\\$]*)
+      eval "lt_\$var=\\\\\\"\\\`\\\$ECHO \\"X\\\$\$var\\" | \\\$Xsed -e \\"\\\$double_quote_subst\\" -e \\"\\\$sed_quote_subst\\" -e \\"\\\$delay_variable_subst\\"\\\`\\\\\\""
+      ;;
+    *)
+      eval "lt_\$var=\\\\\\"\\\$\$var\\\\\\""
+      ;;
+    esac
+done
+
+# Fix-up fallback echo if it was mangled by the above quoting rules.
+case \$lt_ECHO in
+*'\\\$0 --fallback-echo"')  lt_ECHO=\`\$ECHO "X\$lt_ECHO" | \$Xsed -e 's/\\\\\\\\\\\\\\\$0 --fallback-echo"\$/\$0 --fallback-echo"/'\`
+  ;;
+esac
+
+ac_aux_dir='$ac_aux_dir'
+xsi_shell='$xsi_shell'
+lt_shell_append='$lt_shell_append'
+
+# See if we are running on zsh, and set the options which allow our
+# commands through without removal of \ escapes INIT.
+if test -n "\${ZSH_VERSION+set}" ; then
+   setopt NO_GLOB_SUBST
+fi
+
+
+    PACKAGE='$PACKAGE'
+    VERSION='$VERSION'
+    TIMESTAMP='$TIMESTAMP'
+    RM='$RM'
+    ofile='$ofile'
+
+
+
+
+
+
+_ACEOF
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+
+# Handling of arguments.
+for ac_config_target in $ac_config_targets
+do
+  case $ac_config_target in
+    "src/config.h") CONFIG_HEADERS="$CONFIG_HEADERS src/config.h" ;;
+    "src/clustal-omega-config.h") CONFIG_COMMANDS="$CONFIG_COMMANDS src/clustal-omega-config.h" ;;
+    "depfiles") CONFIG_COMMANDS="$CONFIG_COMMANDS depfiles" ;;
+    "libtool") CONFIG_COMMANDS="$CONFIG_COMMANDS libtool" ;;
+    "Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES Makefile" ;;
+    "src/Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES src/Makefile" ;;
+    "clustalo.pc") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES clustalo.pc" ;;
+    "Doxyfile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES Doxyfile" ;;
+    "src/clustal/Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES src/clustal/Makefile" ;;
+    "src/hhalign/Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES src/hhalign/Makefile" ;;
+    "src/kmpp/Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES src/kmpp/Makefile" ;;
+    "src/squid/Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES src/squid/Makefile" ;;
+
+  *) { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: invalid argument: $ac_config_target" >&5
+$as_echo "$as_me: error: invalid argument: $ac_config_target" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; };;
+  esac
+done
+
+
+# If the user did not use the arguments to specify the items to instantiate,
+# then the envvar interface is used.  Set only those that are not.
+# We use the long form for the default assignment because of an extremely
+# bizarre bug on SunOS 4.1.3.
+if $ac_need_defaults; then
+  test "${CONFIG_FILES+set}" = set || CONFIG_FILES=$config_files
+  test "${CONFIG_HEADERS+set}" = set || CONFIG_HEADERS=$config_headers
+  test "${CONFIG_COMMANDS+set}" = set || CONFIG_COMMANDS=$config_commands
+fi
+
+# Have a temporary directory for convenience.  Make it in the build tree
+# simply because there is no reason against having it here, and in addition,
+# creating and moving files from /tmp can sometimes cause problems.
+# Hook for its removal unless debugging.
+# Note that there is a small window in which the directory will not be cleaned:
+# after its creation but before its name has been assigned to `$tmp'.
+$debug ||
+{
+  tmp=
+  trap 'exit_status=$?
+  { test -z "$tmp" || test ! -d "$tmp" || rm -fr "$tmp"; } && exit $exit_status
+' 0
+  trap '{ (exit 1); exit 1; }' 1 2 13 15
+}
+# Create a (secure) tmp directory for tmp files.
+
+{
+  tmp=`(umask 077 && mktemp -d "./confXXXXXX") 2>/dev/null` &&
+  test -n "$tmp" && test -d "$tmp"
+}  ||
+{
+  tmp=./conf$$-$RANDOM
+  (umask 077 && mkdir "$tmp")
+} ||
+{
+   $as_echo "$as_me: cannot create a temporary directory in ." >&2
+   { (exit 1); exit 1; }
+}
+
+# Set up the scripts for CONFIG_FILES section.
+# No need to generate them if there are no CONFIG_FILES.
+# This happens for instance with `./config.status config.h'.
+if test -n "$CONFIG_FILES"; then
+
+
+ac_cr='\r'
+ac_cs_awk_cr=`$AWK 'BEGIN { print "a\rb" }' </dev/null 2>/dev/null`
+if test "$ac_cs_awk_cr" = "a${ac_cr}b"; then
+  ac_cs_awk_cr='\\r'
+else
+  ac_cs_awk_cr=$ac_cr
+fi
+
+echo 'BEGIN {' >"$tmp/subs1.awk" &&
+_ACEOF
+
+
+{
+  echo "cat >conf$$subs.awk <<_ACEOF" &&
+  echo "$ac_subst_vars" | sed 's/.*/&!$&$ac_delim/' &&
+  echo "_ACEOF"
+} >conf$$subs.sh ||
+  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not make $CONFIG_STATUS" >&5
+$as_echo "$as_me: error: could not make $CONFIG_STATUS" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+ac_delim_num=`echo "$ac_subst_vars" | grep -c '$'`
+ac_delim='%!_!# '
+for ac_last_try in false false false false false :; do
+  . ./conf$$subs.sh ||
+    { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not make $CONFIG_STATUS" >&5
+$as_echo "$as_me: error: could not make $CONFIG_STATUS" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+
+  ac_delim_n=`sed -n "s/.*$ac_delim\$/X/p" conf$$subs.awk | grep -c X`
+  if test $ac_delim_n = $ac_delim_num; then
+    break
+  elif $ac_last_try; then
+    { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not make $CONFIG_STATUS" >&5
+$as_echo "$as_me: error: could not make $CONFIG_STATUS" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+  else
+    ac_delim="$ac_delim!$ac_delim _$ac_delim!! "
+  fi
+done
+rm -f conf$$subs.sh
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+cat >>"\$tmp/subs1.awk" <<\\_ACAWK &&
+_ACEOF
+sed -n '
+h
+s/^/S["/; s/!.*/"]=/
+p
+g
+s/^[^!]*!//
+:repl
+t repl
+s/'"$ac_delim"'$//
+t delim
+:nl
+h
+s/\(.\{148\}\).*/\1/
+t more1
+s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/\\n"\\/
+p
+n
+b repl
+:more1
+s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/"\\/
+p
+g
+s/.\{148\}//
+t nl
+:delim
+h
+s/\(.\{148\}\).*/\1/
+t more2
+s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/"/
+p
+b
+:more2
+s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/"\\/
+p
+g
+s/.\{148\}//
+t delim
+' <conf$$subs.awk | sed '
+/^[^""]/{
+  N
+  s/\n//
+}
+' >>$CONFIG_STATUS || ac_write_fail=1
+rm -f conf$$subs.awk
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+_ACAWK
+cat >>"\$tmp/subs1.awk" <<_ACAWK &&
+  for (key in S) S_is_set[key] = 1
+  FS = "\a"
+
+}
+{
+  line = $ 0
+  nfields = split(line, field, "@")
+  substed = 0
+  len = length(field[1])
+  for (i = 2; i < nfields; i++) {
+    key = field[i]
+    keylen = length(key)
+    if (S_is_set[key]) {
+      value = S[key]
+      line = substr(line, 1, len) "" value "" substr(line, len + keylen + 3)
+      len += length(value) + length(field[++i])
+      substed = 1
+    } else
+      len += 1 + keylen
+  }
+
+  print line
+}
+
+_ACAWK
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+if sed "s/$ac_cr//" < /dev/null > /dev/null 2>&1; then
+  sed "s/$ac_cr\$//; s/$ac_cr/$ac_cs_awk_cr/g"
+else
+  cat
+fi < "$tmp/subs1.awk" > "$tmp/subs.awk" \
+  || { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not setup config files machinery" >&5
+$as_echo "$as_me: error: could not setup config files machinery" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+_ACEOF
+
+# VPATH may cause trouble with some makes, so we remove $(srcdir),
+# ${srcdir} and @srcdir@ from VPATH if srcdir is ".", strip leading and
+# trailing colons and then remove the whole line if VPATH becomes empty
+# (actually we leave an empty line to preserve line numbers).
+if test "x$srcdir" = x.; then
+  ac_vpsub='/^[         ]*VPATH[        ]*=/{
+s/:*\$(srcdir):*/:/
+s/:*\${srcdir}:*/:/
+s/:*@srcdir@:*/:/
+s/^\([^=]*=[    ]*\):*/\1/
+s/:*$//
+s/^[^=]*=[      ]*$//
+}'
+fi
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+fi # test -n "$CONFIG_FILES"
+
+# Set up the scripts for CONFIG_HEADERS section.
+# No need to generate them if there are no CONFIG_HEADERS.
+# This happens for instance with `./config.status Makefile'.
+if test -n "$CONFIG_HEADERS"; then
+cat >"$tmp/defines.awk" <<\_ACAWK ||
+BEGIN {
+_ACEOF
+
+# Transform confdefs.h into an awk script `defines.awk', embedded as
+# here-document in config.status, that substitutes the proper values into
+# config.h.in to produce config.h.
+
+# Create a delimiter string that does not exist in confdefs.h, to ease
+# handling of long lines.
+ac_delim='%!_!# '
+for ac_last_try in false false :; do
+  ac_t=`sed -n "/$ac_delim/p" confdefs.h`
+  if test -z "$ac_t"; then
+    break
+  elif $ac_last_try; then
+    { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not make $CONFIG_HEADERS" >&5
+$as_echo "$as_me: error: could not make $CONFIG_HEADERS" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+  else
+    ac_delim="$ac_delim!$ac_delim _$ac_delim!! "
+  fi
+done
+
+# For the awk script, D is an array of macro values keyed by name,
+# likewise P contains macro parameters if any.  Preserve backslash
+# newline sequences.
+
+ac_word_re=[_$as_cr_Letters][_$as_cr_alnum]*
+sed -n '
+s/.\{148\}/&'"$ac_delim"'/g
+t rset
+:rset
+s/^[    ]*#[    ]*define[       ][      ]*/ /
+t def
+d
+:def
+s/\\$//
+t bsnl
+s/["\\]/\\&/g
+s/^ \('"$ac_word_re"'\)\(([^()]*)\)[    ]*\(.*\)/P["\1"]="\2"\
+D["\1"]=" \3"/p
+s/^ \('"$ac_word_re"'\)[        ]*\(.*\)/D["\1"]=" \2"/p
+d
+:bsnl
+s/["\\]/\\&/g
+s/^ \('"$ac_word_re"'\)\(([^()]*)\)[    ]*\(.*\)/P["\1"]="\2"\
+D["\1"]=" \3\\\\\\n"\\/p
+t cont
+s/^ \('"$ac_word_re"'\)[        ]*\(.*\)/D["\1"]=" \2\\\\\\n"\\/p
+t cont
+d
+:cont
+n
+s/.\{148\}/&'"$ac_delim"'/g
+t clear
+:clear
+s/\\$//
+t bsnlc
+s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/"/p
+d
+:bsnlc
+s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/\\\\\\n"\\/p
+b cont
+' <confdefs.h | sed '
+s/'"$ac_delim"'/"\\\
+"/g' >>$CONFIG_STATUS || ac_write_fail=1
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+  for (key in D) D_is_set[key] = 1
+  FS = "\a"
+}
+/^[\t ]*#[\t ]*(define|undef)[\t ]+$ac_word_re([\t (]|\$)/ {
+  line = \$ 0
+  split(line, arg, " ")
+  if (arg[1] == "#") {
+    defundef = arg[2]
+    mac1 = arg[3]
+  } else {
+    defundef = substr(arg[1], 2)
+    mac1 = arg[2]
+  }
+  split(mac1, mac2, "(") #)
+  macro = mac2[1]
+  prefix = substr(line, 1, index(line, defundef) - 1)
+  if (D_is_set[macro]) {
+    # Preserve the white space surrounding the "#".
+    print prefix "define", macro P[macro] D[macro]
+    next
+  } else {
+    # Replace #undef with comments.  This is necessary, for example,
+    # in the case of _POSIX_SOURCE, which is predefined and required
+    # on some systems where configure will not decide to define it.
+    if (defundef == "undef") {
+      print "/*", prefix defundef, macro, "*/"
+      next
+    }
+  }
+}
+{ print }
+_ACAWK
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not setup config headers machinery" >&5
+$as_echo "$as_me: error: could not setup config headers machinery" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+fi # test -n "$CONFIG_HEADERS"
+
+
+eval set X "  :F $CONFIG_FILES  :H $CONFIG_HEADERS    :C $CONFIG_COMMANDS"
+shift
+for ac_tag
+do
+  case $ac_tag in
+  :[FHLC]) ac_mode=$ac_tag; continue;;
+  esac
+  case $ac_mode$ac_tag in
+  :[FHL]*:*);;
+  :L* | :C*:*) { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: invalid tag $ac_tag" >&5
+$as_echo "$as_me: error: invalid tag $ac_tag" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; };;
+  :[FH]-) ac_tag=-:-;;
+  :[FH]*) ac_tag=$ac_tag:$ac_tag.in;;
+  esac
+  ac_save_IFS=$IFS
+  IFS=:
+  set x $ac_tag
+  IFS=$ac_save_IFS
+  shift
+  ac_file=$1
+  shift
+
+  case $ac_mode in
+  :L) ac_source=$1;;
+  :[FH])
+    ac_file_inputs=
+    for ac_f
+    do
+      case $ac_f in
+      -) ac_f="$tmp/stdin";;
+      *) # Look for the file first in the build tree, then in the source tree
+        # (if the path is not absolute).  The absolute path cannot be DOS-style,
+        # because $ac_f cannot contain `:'.
+        test -f "$ac_f" ||
+          case $ac_f in
+          [\\/$]*) false;;
+          *) test -f "$srcdir/$ac_f" && ac_f="$srcdir/$ac_f";;
+          esac ||
+          { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot find input file: $ac_f" >&5
+$as_echo "$as_me: error: cannot find input file: $ac_f" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; };;
+      esac
+      case $ac_f in *\'*) ac_f=`$as_echo "$ac_f" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;; esac
+      ac_file_inputs="$ac_file_inputs '$ac_f'"
+    done
+
+    # Let's still pretend it is `configure' which instantiates (i.e., don't
+    # use $as_me), people would be surprised to read:
+    #    /* config.h.  Generated by config.status.  */
+    configure_input='Generated from '`
+         $as_echo "$*" | sed 's|^[^:]*/||;s|:[^:]*/|, |g'
+       `' by configure.'
+    if test x"$ac_file" != x-; then
+      configure_input="$ac_file.  $configure_input"
+      { $as_echo "$as_me:$LINENO: creating $ac_file" >&5
+$as_echo "$as_me: creating $ac_file" >&6;}
+    fi
+    # Neutralize special characters interpreted by sed in replacement strings.
+    case $configure_input in #(
+    *\&* | *\|* | *\\* )
+       ac_sed_conf_input=`$as_echo "$configure_input" |
+       sed 's/[\\\\&|]/\\\\&/g'`;; #(
+    *) ac_sed_conf_input=$configure_input;;
+    esac
+
+    case $ac_tag in
+    *:-:* | *:-) cat >"$tmp/stdin" \
+      || { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not create $ac_file" >&5
+$as_echo "$as_me: error: could not create $ac_file" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; } ;;
+    esac
+    ;;
+  esac
+
+  ac_dir=`$as_dirname -- "$ac_file" ||
+$as_expr X"$ac_file" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+        X"$ac_file" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+        X"$ac_file" : 'X\(//\)$' \| \
+        X"$ac_file" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$ac_file" |
+    sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\/\)$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\).*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         s/.*/./; q'`
+  { as_dir="$ac_dir"
+  case $as_dir in #(
+  -*) as_dir=./$as_dir;;
+  esac
+  test -d "$as_dir" || { $as_mkdir_p && mkdir -p "$as_dir"; } || {
+    as_dirs=
+    while :; do
+      case $as_dir in #(
+      *\'*) as_qdir=`$as_echo "$as_dir" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;; #'(
+      *) as_qdir=$as_dir;;
+      esac
+      as_dirs="'$as_qdir' $as_dirs"
+      as_dir=`$as_dirname -- "$as_dir" ||
+$as_expr X"$as_dir" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+        X"$as_dir" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+        X"$as_dir" : 'X\(//\)$' \| \
+        X"$as_dir" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$as_dir" |
+    sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\/\)$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\).*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         s/.*/./; q'`
+      test -d "$as_dir" && break
+    done
+    test -z "$as_dirs" || eval "mkdir $as_dirs"
+  } || test -d "$as_dir" || { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot create directory $as_dir" >&5
+$as_echo "$as_me: error: cannot create directory $as_dir" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }; }
+  ac_builddir=.
+
+case "$ac_dir" in
+.) ac_dir_suffix= ac_top_builddir_sub=. ac_top_build_prefix= ;;
+*)
+  ac_dir_suffix=/`$as_echo "$ac_dir" | sed 's|^\.[\\/]||'`
+  # A ".." for each directory in $ac_dir_suffix.
+  ac_top_builddir_sub=`$as_echo "$ac_dir_suffix" | sed 's|/[^\\/]*|/..|g;s|/||'`
+  case $ac_top_builddir_sub in
+  "") ac_top_builddir_sub=. ac_top_build_prefix= ;;
+  *)  ac_top_build_prefix=$ac_top_builddir_sub/ ;;
+  esac ;;
+esac
+ac_abs_top_builddir=$ac_pwd
+ac_abs_builddir=$ac_pwd$ac_dir_suffix
+# for backward compatibility:
+ac_top_builddir=$ac_top_build_prefix
+
+case $srcdir in
+  .)  # We are building in place.
+    ac_srcdir=.
+    ac_top_srcdir=$ac_top_builddir_sub
+    ac_abs_top_srcdir=$ac_pwd ;;
+  [\\/]* | ?:[\\/]* )  # Absolute name.
+    ac_srcdir=$srcdir$ac_dir_suffix;
+    ac_top_srcdir=$srcdir
+    ac_abs_top_srcdir=$srcdir ;;
+  *) # Relative name.
+    ac_srcdir=$ac_top_build_prefix$srcdir$ac_dir_suffix
+    ac_top_srcdir=$ac_top_build_prefix$srcdir
+    ac_abs_top_srcdir=$ac_pwd/$srcdir ;;
+esac
+ac_abs_srcdir=$ac_abs_top_srcdir$ac_dir_suffix
+
+
+  case $ac_mode in
+  :F)
+  #
+  # CONFIG_FILE
+  #
+
+  case $INSTALL in
+  [\\/$]* | ?:[\\/]* ) ac_INSTALL=$INSTALL ;;
+  *) ac_INSTALL=$ac_top_build_prefix$INSTALL ;;
+  esac
+  ac_MKDIR_P=$MKDIR_P
+  case $MKDIR_P in
+  [\\/$]* | ?:[\\/]* ) ;;
+  */*) ac_MKDIR_P=$ac_top_build_prefix$MKDIR_P ;;
+  esac
+_ACEOF
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+# If the template does not know about datarootdir, expand it.
+# FIXME: This hack should be removed a few years after 2.60.
+ac_datarootdir_hack=; ac_datarootdir_seen=
+
+ac_sed_dataroot='
+/datarootdir/ {
+  p
+  q
+}
+/@datadir@/p
+/@docdir@/p
+/@infodir@/p
+/@localedir@/p
+/@mandir@/p
+'
+case `eval "sed -n \"\$ac_sed_dataroot\" $ac_file_inputs"` in
+*datarootdir*) ac_datarootdir_seen=yes;;
+*@datadir@*|*@docdir@*|*@infodir@*|*@localedir@*|*@mandir@*)
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_file_inputs seems to ignore the --datarootdir setting" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_file_inputs seems to ignore the --datarootdir setting" >&2;}
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+  ac_datarootdir_hack='
+  s&@datadir@&$datadir&g
+  s&@docdir@&$docdir&g
+  s&@infodir@&$infodir&g
+  s&@localedir@&$localedir&g
+  s&@mandir@&$mandir&g
+    s&\\\${datarootdir}&$datarootdir&g' ;;
+esac
+_ACEOF
+
+# Neutralize VPATH when `$srcdir' = `.'.
+# Shell code in configure.ac might set extrasub.
+# FIXME: do we really want to maintain this feature?
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+ac_sed_extra="$ac_vpsub
+$extrasub
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+:t
+/@[a-zA-Z_][a-zA-Z_0-9]*@/!b
+s|@configure_input@|$ac_sed_conf_input|;t t
+s&@top_builddir@&$ac_top_builddir_sub&;t t
+s&@top_build_prefix@&$ac_top_build_prefix&;t t
+s&@srcdir@&$ac_srcdir&;t t
+s&@abs_srcdir@&$ac_abs_srcdir&;t t
+s&@top_srcdir@&$ac_top_srcdir&;t t
+s&@abs_top_srcdir@&$ac_abs_top_srcdir&;t t
+s&@builddir@&$ac_builddir&;t t
+s&@abs_builddir@&$ac_abs_builddir&;t t
+s&@abs_top_builddir@&$ac_abs_top_builddir&;t t
+s&@INSTALL@&$ac_INSTALL&;t t
+s&@MKDIR_P@&$ac_MKDIR_P&;t t
+$ac_datarootdir_hack
+"
+eval sed \"\$ac_sed_extra\" "$ac_file_inputs" | $AWK -f "$tmp/subs.awk" >$tmp/out \
+  || { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not create $ac_file" >&5
+$as_echo "$as_me: error: could not create $ac_file" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+
+test -z "$ac_datarootdir_hack$ac_datarootdir_seen" &&
+  { ac_out=`sed -n '/\${datarootdir}/p' "$tmp/out"`; test -n "$ac_out"; } &&
+  { ac_out=`sed -n '/^[         ]*datarootdir[  ]*:*=/p' "$tmp/out"`; test -z "$ac_out"; } &&
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_file contains a reference to the variable \`datarootdir'
+which seems to be undefined.  Please make sure it is defined." >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_file contains a reference to the variable \`datarootdir'
+which seems to be undefined.  Please make sure it is defined." >&2;}
+
+  rm -f "$tmp/stdin"
+  case $ac_file in
+  -) cat "$tmp/out" && rm -f "$tmp/out";;
+  *) rm -f "$ac_file" && mv "$tmp/out" "$ac_file";;
+  esac \
+  || { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not create $ac_file" >&5
+$as_echo "$as_me: error: could not create $ac_file" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+ ;;
+  :H)
+  #
+  # CONFIG_HEADER
+  #
+  if test x"$ac_file" != x-; then
+    {
+      $as_echo "/* $configure_input  */" \
+      && eval '$AWK -f "$tmp/defines.awk"' "$ac_file_inputs"
+    } >"$tmp/config.h" \
+      || { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not create $ac_file" >&5
+$as_echo "$as_me: error: could not create $ac_file" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+    if diff "$ac_file" "$tmp/config.h" >/dev/null 2>&1; then
+      { $as_echo "$as_me:$LINENO: $ac_file is unchanged" >&5
+$as_echo "$as_me: $ac_file is unchanged" >&6;}
+    else
+      rm -f "$ac_file"
+      mv "$tmp/config.h" "$ac_file" \
+       || { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not create $ac_file" >&5
+$as_echo "$as_me: error: could not create $ac_file" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+    fi
+  else
+    $as_echo "/* $configure_input  */" \
+      && eval '$AWK -f "$tmp/defines.awk"' "$ac_file_inputs" \
+      || { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not create -" >&5
+$as_echo "$as_me: error: could not create -" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+  fi
+# Compute "$ac_file"'s index in $config_headers.
+_am_arg="$ac_file"
+_am_stamp_count=1
+for _am_header in $config_headers :; do
+  case $_am_header in
+    $_am_arg | $_am_arg:* )
+      break ;;
+    * )
+      _am_stamp_count=`expr $_am_stamp_count + 1` ;;
+  esac
+done
+echo "timestamp for $_am_arg" >`$as_dirname -- "$_am_arg" ||
+$as_expr X"$_am_arg" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+        X"$_am_arg" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+        X"$_am_arg" : 'X\(//\)$' \| \
+        X"$_am_arg" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$_am_arg" |
+    sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\/\)$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\).*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         s/.*/./; q'`/stamp-h$_am_stamp_count
+ ;;
+
+  :C)  { $as_echo "$as_me:$LINENO: executing $ac_file commands" >&5
+$as_echo "$as_me: executing $ac_file commands" >&6;}
+ ;;
+  esac
+
+
+  case $ac_file$ac_mode in
+    "src/clustal-omega-config.h":C) ac_prefix_conf_OUT=`echo src/clustal-omega-config.h`
+ac_prefix_conf_DEF=`echo _$ac_prefix_conf_OUT | sed -e "y:abcdefghijklmnopqrstuvwxyz:ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ:" -e "s/[^abcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ]/_/g"`
+ac_prefix_conf_PKG=`echo $PACKAGE`
+ac_prefix_conf_LOW=`echo _$ac_prefix_conf_PKG | sed -e "y:ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ-:abcdefghijklmnopqrstuvwxyz_:"`
+ac_prefix_conf_UPP=`echo $ac_prefix_conf_PKG | sed -e "y:abcdefghijklmnopqrstuvwxyz-:ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ_:"  -e "/^[0123456789]/s/^/_/"`
+ac_prefix_conf_INP=`echo "" | sed -e 's/ *//'`
+if test ".$ac_prefix_conf_INP" = "."; then
+   for ac_file in : $CONFIG_HEADERS; do test "_$ac_file" = _: && continue
+     case "$ac_file" in
+        *.h) ac_prefix_conf_INP=$ac_file ;;
+        *)
+     esac
+     test ".$ac_prefix_conf_INP" != "." && break
+   done
+fi
+if test ".$ac_prefix_conf_INP" = "."; then
+   case "$ac_prefix_conf_OUT" in
+      */*) ac_prefix_conf_INP=`basename "$ac_prefix_conf_OUT"`
+      ;;
+      *-*) ac_prefix_conf_INP=`echo "$ac_prefix_conf_OUT" | sed -e "s/[abcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ0123456789_]*-//"`
+      ;;
+      *) ac_prefix_conf_INP=config.h
+      ;;
+   esac
+fi
+if test -z "$ac_prefix_conf_PKG" ; then
+   { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: no prefix for _PREFIX_PKG_CONFIG_H" >&5
+$as_echo "$as_me: error: no prefix for _PREFIX_PKG_CONFIG_H" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+else
+  if test ! -f "$ac_prefix_conf_INP" ; then if test -f "$srcdir/$ac_prefix_conf_INP" ; then
+     ac_prefix_conf_INP="$srcdir/$ac_prefix_conf_INP"
+  fi fi
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: creating $ac_prefix_conf_OUT - prefix $ac_prefix_conf_UPP for $ac_prefix_conf_INP defines" >&5
+$as_echo "$as_me: creating $ac_prefix_conf_OUT - prefix $ac_prefix_conf_UPP for $ac_prefix_conf_INP defines" >&6;}
+  if test -f $ac_prefix_conf_INP ; then
+    $as_echo "s/^#undef  *\\([ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ_]\\)/#undef $ac_prefix_conf_UPP""_\\1/" > conftest.prefix
+    $as_echo "s/^#undef  *\\([abcdefghijklmnopqrstuvwxyz]\\)/#undef $ac_prefix_conf_LOW""_\\1/" >> conftest.prefix
+    $as_echo "s/^#define  *\\([ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ_][abcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ0123456789_]*\\)\\(.*\\)/#ifndef $ac_prefix_conf_UPP""_\\1\\" >> conftest.prefix
+    $as_echo "#define $ac_prefix_conf_UPP""_\\1\\2\\" >> conftest.prefix
+    $as_echo "#endif/" >> conftest.prefix
+    $as_echo "s/^#define  *\\([abcdefghijklmnopqrstuvwxyz][abcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ0123456789_]*\\)\\(.*\\)/#ifndef $ac_prefix_conf_LOW""_\\1\\" >> conftest.prefix
+    $as_echo "#define $ac_prefix_conf_LOW""_\\1\\2\\" >> conftest.prefix
+    $as_echo "#endif/" >> conftest.prefix
+    # now executing _script on _DEF input to create _OUT output file
+    echo "#ifndef $ac_prefix_conf_DEF"      >$tmp/pconfig.h
+    echo "#define $ac_prefix_conf_DEF 1" >>$tmp/pconfig.h
+    echo ' ' >>$tmp/pconfig.h
+    echo /'*' $ac_prefix_conf_OUT. Generated automatically at end of configure. '*'/ >>$tmp/pconfig.h
+
+    sed -f conftest.prefix $ac_prefix_conf_INP >>$tmp/pconfig.h
+    echo ' ' >>$tmp/pconfig.h
+    echo '/* once:' $ac_prefix_conf_DEF '*/' >>$tmp/pconfig.h
+    echo "#endif" >>$tmp/pconfig.h
+    if cmp -s $ac_prefix_conf_OUT $tmp/pconfig.h 2>/dev/null; then
+      { $as_echo "$as_me:$LINENO: $ac_prefix_conf_OUT is unchanged" >&5
+$as_echo "$as_me: $ac_prefix_conf_OUT is unchanged" >&6;}
+    else
+      ac_dir=`$as_dirname -- "$ac_prefix_conf_OUT" ||
+$as_expr X"$ac_prefix_conf_OUT" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+        X"$ac_prefix_conf_OUT" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+        X"$ac_prefix_conf_OUT" : 'X\(//\)$' \| \
+        X"$ac_prefix_conf_OUT" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$ac_prefix_conf_OUT" |
+    sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\/\)$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\).*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         s/.*/./; q'`
+      { as_dir="$ac_dir"
+  case $as_dir in #(
+  -*) as_dir=./$as_dir;;
+  esac
+  test -d "$as_dir" || { $as_mkdir_p && mkdir -p "$as_dir"; } || {
+    as_dirs=
+    while :; do
+      case $as_dir in #(
+      *\'*) as_qdir=`$as_echo "$as_dir" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;; #'(
+      *) as_qdir=$as_dir;;
+      esac
+      as_dirs="'$as_qdir' $as_dirs"
+      as_dir=`$as_dirname -- "$as_dir" ||
+$as_expr X"$as_dir" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+        X"$as_dir" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+        X"$as_dir" : 'X\(//\)$' \| \
+        X"$as_dir" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$as_dir" |
+    sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\/\)$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\).*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         s/.*/./; q'`
+      test -d "$as_dir" && break
+    done
+    test -z "$as_dirs" || eval "mkdir $as_dirs"
+  } || test -d "$as_dir" || { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot create directory $as_dir" >&5
+$as_echo "$as_me: error: cannot create directory $as_dir" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }; }
+      rm -f "$ac_prefix_conf_OUT"
+      mv $tmp/pconfig.h "$ac_prefix_conf_OUT"
+    fi
+    cp conftest.prefix _configs.sed
+  else
+    { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: input file $ac_prefix_conf_INP does not exist - skip generating $ac_prefix_conf_OUT" >&5
+$as_echo "$as_me: error: input file $ac_prefix_conf_INP does not exist - skip generating $ac_prefix_conf_OUT" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+  fi
+  rm -f conftest.*
+fi
+ ;;
+    "depfiles":C) test x"$AMDEP_TRUE" != x"" || {
+  # Autoconf 2.62 quotes --file arguments for eval, but not when files
+  # are listed without --file.  Let's play safe and only enable the eval
+  # if we detect the quoting.
+  case $CONFIG_FILES in
+  *\'*) eval set x "$CONFIG_FILES" ;;
+  *)   set x $CONFIG_FILES ;;
+  esac
+  shift
+  for mf
+  do
+    # Strip MF so we end up with the name of the file.
+    mf=`echo "$mf" | sed -e 's/:.*$//'`
+    # Check whether this is an Automake generated Makefile or not.
+    # We used to match only the files named `Makefile.in', but
+    # some people rename them; so instead we look at the file content.
+    # Grep'ing the first line is not enough: some people post-process
+    # each Makefile.in and add a new line on top of each file to say so.
+    # Grep'ing the whole file is not good either: AIX grep has a line
+    # limit of 2048, but all sed's we know have understand at least 4000.
+    if sed -n 's,^#.*generated by automake.*,X,p' "$mf" | grep X >/dev/null 2>&1; then
+      dirpart=`$as_dirname -- "$mf" ||
+$as_expr X"$mf" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+        X"$mf" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+        X"$mf" : 'X\(//\)$' \| \
+        X"$mf" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$mf" |
+    sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\/\)$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\).*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         s/.*/./; q'`
+    else
+      continue
+    fi
+    # Extract the definition of DEPDIR, am__include, and am__quote
+    # from the Makefile without running `make'.
+    DEPDIR=`sed -n 's/^DEPDIR = //p' < "$mf"`
+    test -z "$DEPDIR" && continue
+    am__include=`sed -n 's/^am__include = //p' < "$mf"`
+    test -z "am__include" && continue
+    am__quote=`sed -n 's/^am__quote = //p' < "$mf"`
+    # When using ansi2knr, U may be empty or an underscore; expand it
+    U=`sed -n 's/^U = //p' < "$mf"`
+    # Find all dependency output files, they are included files with
+    # $(DEPDIR) in their names.  We invoke sed twice because it is the
+    # simplest approach to changing $(DEPDIR) to its actual value in the
+    # expansion.
+    for file in `sed -n "
+      s/^$am__include $am__quote\(.*(DEPDIR).*\)$am__quote"'$/\1/p' <"$mf" | \
+        sed -e 's/\$(DEPDIR)/'"$DEPDIR"'/g' -e 's/\$U/'"$U"'/g'`; do
+      # Make sure the directory exists.
+      test -f "$dirpart/$file" && continue
+      fdir=`$as_dirname -- "$file" ||
+$as_expr X"$file" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+        X"$file" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+        X"$file" : 'X\(//\)$' \| \
+        X"$file" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$file" |
+    sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\/\)$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\).*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         s/.*/./; q'`
+      { as_dir=$dirpart/$fdir
+  case $as_dir in #(
+  -*) as_dir=./$as_dir;;
+  esac
+  test -d "$as_dir" || { $as_mkdir_p && mkdir -p "$as_dir"; } || {
+    as_dirs=
+    while :; do
+      case $as_dir in #(
+      *\'*) as_qdir=`$as_echo "$as_dir" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;; #'(
+      *) as_qdir=$as_dir;;
+      esac
+      as_dirs="'$as_qdir' $as_dirs"
+      as_dir=`$as_dirname -- "$as_dir" ||
+$as_expr X"$as_dir" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+        X"$as_dir" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+        X"$as_dir" : 'X\(//\)$' \| \
+        X"$as_dir" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$as_dir" |
+    sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\/\)$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\).*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         s/.*/./; q'`
+      test -d "$as_dir" && break
+    done
+    test -z "$as_dirs" || eval "mkdir $as_dirs"
+  } || test -d "$as_dir" || { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot create directory $as_dir" >&5
+$as_echo "$as_me: error: cannot create directory $as_dir" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }; }
+      # echo "creating $dirpart/$file"
+      echo '# dummy' > "$dirpart/$file"
+    done
+  done
+}
+ ;;
+    "libtool":C)
+
+    # See if we are running on zsh, and set the options which allow our
+    # commands through without removal of \ escapes.
+    if test -n "${ZSH_VERSION+set}" ; then
+      setopt NO_GLOB_SUBST
+    fi
+
+    cfgfile="${ofile}T"
+    trap "$RM \"$cfgfile\"; exit 1" 1 2 15
+    $RM "$cfgfile"
+
+    cat <<_LT_EOF >> "$cfgfile"
+#! $SHELL
+
+# `$ECHO "$ofile" | sed 's%^.*/%%'` - Provide generalized library-building support services.
+# Generated automatically by $as_me ($PACKAGE$TIMESTAMP) $VERSION
+# Libtool was configured on host `(hostname || uname -n) 2>/dev/null | sed 1q`:
+# NOTE: Changes made to this file will be lost: look at ltmain.sh.
+#
+#   Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2003, 2004, 2005,
+#                 2006, 2007, 2008 Free Software Foundation, Inc.
+#   Written by Gordon Matzigkeit, 1996
+#
+#   This file is part of GNU Libtool.
+#
+# GNU Libtool is free software; you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License as
+# published by the Free Software Foundation; either version 2 of
+# the License, or (at your option) any later version.
+#
+# As a special exception to the GNU General Public License,
+# if you distribute this file as part of a program or library that
+# is built using GNU Libtool, you may include this file under the
+# same distribution terms that you use for the rest of that program.
+#
+# GNU Libtool is distributed in the hope that it will be useful,
+# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+# GNU General Public License for more details.
+#
+# You should have received a copy of the GNU General Public License
+# along with GNU Libtool; see the file COPYING.  If not, a copy
+# can be downloaded from http://www.gnu.org/licenses/gpl.html, or
+# obtained by writing to the Free Software Foundation, Inc.,
+# 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
+
+
+# The names of the tagged configurations supported by this script.
+available_tags="CXX "
+
+# ### BEGIN LIBTOOL CONFIG
+
+# Which release of libtool.m4 was used?
+macro_version=$macro_version
+macro_revision=$macro_revision
+
+# Whether or not to build shared libraries.
+build_libtool_libs=$enable_shared
+
+# Whether or not to build static libraries.
+build_old_libs=$enable_static
+
+# What type of objects to build.
+pic_mode=$pic_mode
+
+# Whether or not to optimize for fast installation.
+fast_install=$enable_fast_install
+
+# The host system.
+host_alias=$host_alias
+host=$host
+host_os=$host_os
+
+# The build system.
+build_alias=$build_alias
+build=$build
+build_os=$build_os
+
+# A sed program that does not truncate output.
+SED=$lt_SED
+
+# Sed that helps us avoid accidentally triggering echo(1) options like -n.
+Xsed="\$SED -e 1s/^X//"
+
+# A grep program that handles long lines.
+GREP=$lt_GREP
+
+# An ERE matcher.
+EGREP=$lt_EGREP
+
+# A literal string matcher.
+FGREP=$lt_FGREP
+
+# A BSD- or MS-compatible name lister.
+NM=$lt_NM
+
+# Whether we need soft or hard links.
+LN_S=$lt_LN_S
+
+# What is the maximum length of a command?
+max_cmd_len=$max_cmd_len
+
+# Object file suffix (normally "o").
+objext=$ac_objext
+
+# Executable file suffix (normally "").
+exeext=$exeext
+
+# whether the shell understands "unset".
+lt_unset=$lt_unset
+
+# turn spaces into newlines.
+SP2NL=$lt_lt_SP2NL
+
+# turn newlines into spaces.
+NL2SP=$lt_lt_NL2SP
+
+# How to create reloadable object files.
+reload_flag=$lt_reload_flag
+reload_cmds=$lt_reload_cmds
+
+# An object symbol dumper.
+OBJDUMP=$lt_OBJDUMP
+
+# Method to check whether dependent libraries are shared objects.
+deplibs_check_method=$lt_deplibs_check_method
+
+# Command to use when deplibs_check_method == "file_magic".
+file_magic_cmd=$lt_file_magic_cmd
+
+# The archiver.
+AR=$lt_AR
+AR_FLAGS=$lt_AR_FLAGS
+
+# A symbol stripping program.
+STRIP=$lt_STRIP
+
+# Commands used to install an old-style archive.
+RANLIB=$lt_RANLIB
+old_postinstall_cmds=$lt_old_postinstall_cmds
+old_postuninstall_cmds=$lt_old_postuninstall_cmds
+
+# A C compiler.
+LTCC=$lt_CC
+
+# LTCC compiler flags.
+LTCFLAGS=$lt_CFLAGS
+
+# Take the output of nm and produce a listing of raw symbols and C names.
+global_symbol_pipe=$lt_lt_cv_sys_global_symbol_pipe
+
+# Transform the output of nm in a proper C declaration.
+global_symbol_to_cdecl=$lt_lt_cv_sys_global_symbol_to_cdecl
+
+# Transform the output of nm in a C name address pair.
+global_symbol_to_c_name_address=$lt_lt_cv_sys_global_symbol_to_c_name_address
+
+# Transform the output of nm in a C name address pair when lib prefix is needed.
+global_symbol_to_c_name_address_lib_prefix=$lt_lt_cv_sys_global_symbol_to_c_name_address_lib_prefix
+
+# The name of the directory that contains temporary libtool files.
+objdir=$objdir
+
+# Shell to use when invoking shell scripts.
+SHELL=$lt_SHELL
+
+# An echo program that does not interpret backslashes.
+ECHO=$lt_ECHO
+
+# Used to examine libraries when file_magic_cmd begins with "file".
+MAGIC_CMD=$MAGIC_CMD
+
+# Must we lock files when doing compilation?
+need_locks=$lt_need_locks
+
+# Tool to manipulate archived DWARF debug symbol files on Mac OS X.
+DSYMUTIL=$lt_DSYMUTIL
+
+# Tool to change global to local symbols on Mac OS X.
+NMEDIT=$lt_NMEDIT
+
+# Tool to manipulate fat objects and archives on Mac OS X.
+LIPO=$lt_LIPO
+
+# ldd/readelf like tool for Mach-O binaries on Mac OS X.
+OTOOL=$lt_OTOOL
+
+# ldd/readelf like tool for 64 bit Mach-O binaries on Mac OS X 10.4.
+OTOOL64=$lt_OTOOL64
+
+# Old archive suffix (normally "a").
+libext=$libext
+
+# Shared library suffix (normally ".so").
+shrext_cmds=$lt_shrext_cmds
+
+# The commands to extract the exported symbol list from a shared archive.
+extract_expsyms_cmds=$lt_extract_expsyms_cmds
+
+# Variables whose values should be saved in libtool wrapper scripts and
+# restored at link time.
+variables_saved_for_relink=$lt_variables_saved_for_relink
+
+# Do we need the "lib" prefix for modules?
+need_lib_prefix=$need_lib_prefix
+
+# Do we need a version for libraries?
+need_version=$need_version
+
+# Library versioning type.
+version_type=$version_type
+
+# Shared library runtime path variable.
+runpath_var=$runpath_var
+
+# Shared library path variable.
+shlibpath_var=$shlibpath_var
+
+# Is shlibpath searched before the hard-coded library search path?
+shlibpath_overrides_runpath=$shlibpath_overrides_runpath
+
+# Format of library name prefix.
+libname_spec=$lt_libname_spec
+
+# List of archive names.  First name is the real one, the rest are links.
+# The last name is the one that the linker finds with -lNAME
+library_names_spec=$lt_library_names_spec
+
+# The coded name of the library, if different from the real name.
+soname_spec=$lt_soname_spec
+
+# Command to use after installation of a shared archive.
+postinstall_cmds=$lt_postinstall_cmds
+
+# Command to use after uninstallation of a shared archive.
+postuninstall_cmds=$lt_postuninstall_cmds
+
+# Commands used to finish a libtool library installation in a directory.
+finish_cmds=$lt_finish_cmds
+
+# As "finish_cmds", except a single script fragment to be evaled but
+# not shown.
+finish_eval=$lt_finish_eval
+
+# Whether we should hardcode library paths into libraries.
+hardcode_into_libs=$hardcode_into_libs
+
+# Compile-time system search path for libraries.
+sys_lib_search_path_spec=$lt_sys_lib_search_path_spec
+
+# Run-time system search path for libraries.
+sys_lib_dlsearch_path_spec=$lt_sys_lib_dlsearch_path_spec
+
+# Whether dlopen is supported.
+dlopen_support=$enable_dlopen
+
+# Whether dlopen of programs is supported.
+dlopen_self=$enable_dlopen_self
+
+# Whether dlopen of statically linked programs is supported.
+dlopen_self_static=$enable_dlopen_self_static
+
+# Commands to strip libraries.
+old_striplib=$lt_old_striplib
+striplib=$lt_striplib
+
+
+# The linker used to build libraries.
+LD=$lt_LD
+
+# Commands used to build an old-style archive.
+old_archive_cmds=$lt_old_archive_cmds
+
+# A language specific compiler.
+CC=$lt_compiler
+
+# Is the compiler the GNU compiler?
+with_gcc=$GCC
+
+# Compiler flag to turn off builtin functions.
+no_builtin_flag=$lt_lt_prog_compiler_no_builtin_flag
+
+# How to pass a linker flag through the compiler.
+wl=$lt_lt_prog_compiler_wl
+
+# Additional compiler flags for building library objects.
+pic_flag=$lt_lt_prog_compiler_pic
+
+# Compiler flag to prevent dynamic linking.
+link_static_flag=$lt_lt_prog_compiler_static
+
+# Does compiler simultaneously support -c and -o options?
+compiler_c_o=$lt_lt_cv_prog_compiler_c_o
+
+# Whether or not to add -lc for building shared libraries.
+build_libtool_need_lc=$archive_cmds_need_lc
+
+# Whether or not to disallow shared libs when runtime libs are static.
+allow_libtool_libs_with_static_runtimes=$enable_shared_with_static_runtimes
+
+# Compiler flag to allow reflexive dlopens.
+export_dynamic_flag_spec=$lt_export_dynamic_flag_spec
+
+# Compiler flag to generate shared objects directly from archives.
+whole_archive_flag_spec=$lt_whole_archive_flag_spec
+
+# Whether the compiler copes with passing no objects directly.
+compiler_needs_object=$lt_compiler_needs_object
+
+# Create an old-style archive from a shared archive.
+old_archive_from_new_cmds=$lt_old_archive_from_new_cmds
+
+# Create a temporary old-style archive to link instead of a shared archive.
+old_archive_from_expsyms_cmds=$lt_old_archive_from_expsyms_cmds
+
+# Commands used to build a shared archive.
+archive_cmds=$lt_archive_cmds
+archive_expsym_cmds=$lt_archive_expsym_cmds
+
+# Commands used to build a loadable module if different from building
+# a shared archive.
+module_cmds=$lt_module_cmds
+module_expsym_cmds=$lt_module_expsym_cmds
+
+# Whether we are building with GNU ld or not.
+with_gnu_ld=$lt_with_gnu_ld
+
+# Flag that allows shared libraries with undefined symbols to be built.
+allow_undefined_flag=$lt_allow_undefined_flag
+
+# Flag that enforces no undefined symbols.
+no_undefined_flag=$lt_no_undefined_flag
+
+# Flag to hardcode \$libdir into a binary during linking.
+# This must work even if \$libdir does not exist
+hardcode_libdir_flag_spec=$lt_hardcode_libdir_flag_spec
+
+# If ld is used when linking, flag to hardcode \$libdir into a binary
+# during linking.  This must work even if \$libdir does not exist.
+hardcode_libdir_flag_spec_ld=$lt_hardcode_libdir_flag_spec_ld
+
+# Whether we need a single "-rpath" flag with a separated argument.
+hardcode_libdir_separator=$lt_hardcode_libdir_separator
+
+# Set to "yes" if using DIR/libNAME\${shared_ext} during linking hardcodes
+# DIR into the resulting binary.
+hardcode_direct=$hardcode_direct
+
+# Set to "yes" if using DIR/libNAME\${shared_ext} during linking hardcodes
+# DIR into the resulting binary and the resulting library dependency is
+# "absolute",i.e impossible to change by setting \${shlibpath_var} if the
+# library is relocated.
+hardcode_direct_absolute=$hardcode_direct_absolute
+
+# Set to "yes" if using the -LDIR flag during linking hardcodes DIR
+# into the resulting binary.
+hardcode_minus_L=$hardcode_minus_L
+
+# Set to "yes" if using SHLIBPATH_VAR=DIR during linking hardcodes DIR
+# into the resulting binary.
+hardcode_shlibpath_var=$hardcode_shlibpath_var
+
+# Set to "yes" if building a shared library automatically hardcodes DIR
+# into the library and all subsequent libraries and executables linked
+# against it.
+hardcode_automatic=$hardcode_automatic
+
+# Set to yes if linker adds runtime paths of dependent libraries
+# to runtime path list.
+inherit_rpath=$inherit_rpath
+
+# Whether libtool must link a program against all its dependency libraries.
+link_all_deplibs=$link_all_deplibs
+
+# Fix the shell variable \$srcfile for the compiler.
+fix_srcfile_path=$lt_fix_srcfile_path
+
+# Set to "yes" if exported symbols are required.
+always_export_symbols=$always_export_symbols
+
+# The commands to list exported symbols.
+export_symbols_cmds=$lt_export_symbols_cmds
+
+# Symbols that should not be listed in the preloaded symbols.
+exclude_expsyms=$lt_exclude_expsyms
+
+# Symbols that must always be exported.
+include_expsyms=$lt_include_expsyms
+
+# Commands necessary for linking programs (against libraries) with templates.
+prelink_cmds=$lt_prelink_cmds
+
+# Specify filename containing input files.
+file_list_spec=$lt_file_list_spec
+
+# How to hardcode a shared library path into an executable.
+hardcode_action=$hardcode_action
+
+# The directories searched by this compiler when creating a shared library.
+compiler_lib_search_dirs=$lt_compiler_lib_search_dirs
+
+# Dependencies to place before and after the objects being linked to
+# create a shared library.
+predep_objects=$lt_predep_objects
+postdep_objects=$lt_postdep_objects
+predeps=$lt_predeps
+postdeps=$lt_postdeps
+
+# The library search path used internally by the compiler when linking
+# a shared library.
+compiler_lib_search_path=$lt_compiler_lib_search_path
+
+# ### END LIBTOOL CONFIG
+
+_LT_EOF
+
+  case $host_os in
+  aix3*)
+    cat <<\_LT_EOF >> "$cfgfile"
+# AIX sometimes has problems with the GCC collect2 program.  For some
+# reason, if we set the COLLECT_NAMES environment variable, the problems
+# vanish in a puff of smoke.
+if test "X${COLLECT_NAMES+set}" != Xset; then
+  COLLECT_NAMES=
+  export COLLECT_NAMES
+fi
+_LT_EOF
+    ;;
+  esac
+
+
+ltmain="$ac_aux_dir/ltmain.sh"
+
+
+  # We use sed instead of cat because bash on DJGPP gets confused if
+  # if finds mixed CR/LF and LF-only lines.  Since sed operates in
+  # text mode, it properly converts lines to CR/LF.  This bash problem
+  # is reportedly fixed, but why not run on old versions too?
+  sed '/^# Generated shell functions inserted here/q' "$ltmain" >> "$cfgfile" \
+    || (rm -f "$cfgfile"; exit 1)
+
+  case $xsi_shell in
+  yes)
+    cat << \_LT_EOF >> "$cfgfile"
+
+# func_dirname file append nondir_replacement
+# Compute the dirname of FILE.  If nonempty, add APPEND to the result,
+# otherwise set result to NONDIR_REPLACEMENT.
+func_dirname ()
+{
+  case ${1} in
+    */*) func_dirname_result="${1%/*}${2}" ;;
+    *  ) func_dirname_result="${3}" ;;
+  esac
+}
+
+# func_basename file
+func_basename ()
+{
+  func_basename_result="${1##*/}"
+}
+
+# func_dirname_and_basename file append nondir_replacement
+# perform func_basename and func_dirname in a single function
+# call:
+#   dirname:  Compute the dirname of FILE.  If nonempty,
+#             add APPEND to the result, otherwise set result
+#             to NONDIR_REPLACEMENT.
+#             value returned in "$func_dirname_result"
+#   basename: Compute filename of FILE.
+#             value retuned in "$func_basename_result"
+# Implementation must be kept synchronized with func_dirname
+# and func_basename. For efficiency, we do not delegate to
+# those functions but instead duplicate the functionality here.
+func_dirname_and_basename ()
+{
+  case ${1} in
+    */*) func_dirname_result="${1%/*}${2}" ;;
+    *  ) func_dirname_result="${3}" ;;
+  esac
+  func_basename_result="${1##*/}"
+}
+
+# func_stripname prefix suffix name
+# strip PREFIX and SUFFIX off of NAME.
+# PREFIX and SUFFIX must not contain globbing or regex special
+# characters, hashes, percent signs, but SUFFIX may contain a leading
+# dot (in which case that matches only a dot).
+func_stripname ()
+{
+  # pdksh 5.2.14 does not do ${X%$Y} correctly if both X and Y are
+  # positional parameters, so assign one to ordinary parameter first.
+  func_stripname_result=${3}
+  func_stripname_result=${func_stripname_result#"${1}"}
+  func_stripname_result=${func_stripname_result%"${2}"}
+}
+
+# func_opt_split
+func_opt_split ()
+{
+  func_opt_split_opt=${1%%=*}
+  func_opt_split_arg=${1#*=}
+}
+
+# func_lo2o object
+func_lo2o ()
+{
+  case ${1} in
+    *.lo) func_lo2o_result=${1%.lo}.${objext} ;;
+    *)    func_lo2o_result=${1} ;;
+  esac
+}
+
+# func_xform libobj-or-source
+func_xform ()
+{
+  func_xform_result=${1%.*}.lo
+}
+
+# func_arith arithmetic-term...
+func_arith ()
+{
+  func_arith_result=$(( $* ))
+}
+
+# func_len string
+# STRING may not start with a hyphen.
+func_len ()
+{
+  func_len_result=${#1}
+}
+
+_LT_EOF
+    ;;
+  *) # Bourne compatible functions.
+    cat << \_LT_EOF >> "$cfgfile"
+
+# func_dirname file append nondir_replacement
+# Compute the dirname of FILE.  If nonempty, add APPEND to the result,
+# otherwise set result to NONDIR_REPLACEMENT.
+func_dirname ()
+{
+  # Extract subdirectory from the argument.
+  func_dirname_result=`$ECHO "X${1}" | $Xsed -e "$dirname"`
+  if test "X$func_dirname_result" = "X${1}"; then
+    func_dirname_result="${3}"
+  else
+    func_dirname_result="$func_dirname_result${2}"
+  fi
+}
+
+# func_basename file
+func_basename ()
+{
+  func_basename_result=`$ECHO "X${1}" | $Xsed -e "$basename"`
+}
+
+
+# func_stripname prefix suffix name
+# strip PREFIX and SUFFIX off of NAME.
+# PREFIX and SUFFIX must not contain globbing or regex special
+# characters, hashes, percent signs, but SUFFIX may contain a leading
+# dot (in which case that matches only a dot).
+# func_strip_suffix prefix name
+func_stripname ()
+{
+  case ${2} in
+    .*) func_stripname_result=`$ECHO "X${3}" \
+           | $Xsed -e "s%^${1}%%" -e "s%\\\\${2}\$%%"`;;
+    *)  func_stripname_result=`$ECHO "X${3}" \
+           | $Xsed -e "s%^${1}%%" -e "s%${2}\$%%"`;;
+  esac
+}
+
+# sed scripts:
+my_sed_long_opt='1s/^\(-[^=]*\)=.*/\1/;q'
+my_sed_long_arg='1s/^-[^=]*=//'
+
+# func_opt_split
+func_opt_split ()
+{
+  func_opt_split_opt=`$ECHO "X${1}" | $Xsed -e "$my_sed_long_opt"`
+  func_opt_split_arg=`$ECHO "X${1}" | $Xsed -e "$my_sed_long_arg"`
+}
+
+# func_lo2o object
+func_lo2o ()
+{
+  func_lo2o_result=`$ECHO "X${1}" | $Xsed -e "$lo2o"`
+}
+
+# func_xform libobj-or-source
+func_xform ()
+{
+  func_xform_result=`$ECHO "X${1}" | $Xsed -e 's/\.[^.]*$/.lo/'`
+}
+
+# func_arith arithmetic-term...
+func_arith ()
+{
+  func_arith_result=`expr "$@"`
+}
+
+# func_len string
+# STRING may not start with a hyphen.
+func_len ()
+{
+  func_len_result=`expr "$1" : ".*" 2>/dev/null || echo $max_cmd_len`
+}
+
+_LT_EOF
+esac
+
+case $lt_shell_append in
+  yes)
+    cat << \_LT_EOF >> "$cfgfile"
+
+# func_append var value
+# Append VALUE to the end of shell variable VAR.
+func_append ()
+{
+  eval "$1+=\$2"
+}
+_LT_EOF
+    ;;
+  *)
+    cat << \_LT_EOF >> "$cfgfile"
+
+# func_append var value
+# Append VALUE to the end of shell variable VAR.
+func_append ()
+{
+  eval "$1=\$$1\$2"
+}
+
+_LT_EOF
+    ;;
+  esac
+
+
+  sed -n '/^# Generated shell functions inserted here/,$p' "$ltmain" >> "$cfgfile" \
+    || (rm -f "$cfgfile"; exit 1)
+
+  mv -f "$cfgfile" "$ofile" ||
+    (rm -f "$ofile" && cp "$cfgfile" "$ofile" && rm -f "$cfgfile")
+  chmod +x "$ofile"
+
+
+    cat <<_LT_EOF >> "$ofile"
+
+# ### BEGIN LIBTOOL TAG CONFIG: CXX
+
+# The linker used to build libraries.
+LD=$lt_LD_CXX
+
+# Commands used to build an old-style archive.
+old_archive_cmds=$lt_old_archive_cmds_CXX
+
+# A language specific compiler.
+CC=$lt_compiler_CXX
+
+# Is the compiler the GNU compiler?
+with_gcc=$GCC_CXX
+
+# Compiler flag to turn off builtin functions.
+no_builtin_flag=$lt_lt_prog_compiler_no_builtin_flag_CXX
+
+# How to pass a linker flag through the compiler.
+wl=$lt_lt_prog_compiler_wl_CXX
+
+# Additional compiler flags for building library objects.
+pic_flag=$lt_lt_prog_compiler_pic_CXX
+
+# Compiler flag to prevent dynamic linking.
+link_static_flag=$lt_lt_prog_compiler_static_CXX
+
+# Does compiler simultaneously support -c and -o options?
+compiler_c_o=$lt_lt_cv_prog_compiler_c_o_CXX
+
+# Whether or not to add -lc for building shared libraries.
+build_libtool_need_lc=$archive_cmds_need_lc_CXX
+
+# Whether or not to disallow shared libs when runtime libs are static.
+allow_libtool_libs_with_static_runtimes=$enable_shared_with_static_runtimes_CXX
+
+# Compiler flag to allow reflexive dlopens.
+export_dynamic_flag_spec=$lt_export_dynamic_flag_spec_CXX
+
+# Compiler flag to generate shared objects directly from archives.
+whole_archive_flag_spec=$lt_whole_archive_flag_spec_CXX
+
+# Whether the compiler copes with passing no objects directly.
+compiler_needs_object=$lt_compiler_needs_object_CXX
+
+# Create an old-style archive from a shared archive.
+old_archive_from_new_cmds=$lt_old_archive_from_new_cmds_CXX
+
+# Create a temporary old-style archive to link instead of a shared archive.
+old_archive_from_expsyms_cmds=$lt_old_archive_from_expsyms_cmds_CXX
+
+# Commands used to build a shared archive.
+archive_cmds=$lt_archive_cmds_CXX
+archive_expsym_cmds=$lt_archive_expsym_cmds_CXX
+
+# Commands used to build a loadable module if different from building
+# a shared archive.
+module_cmds=$lt_module_cmds_CXX
+module_expsym_cmds=$lt_module_expsym_cmds_CXX
+
+# Whether we are building with GNU ld or not.
+with_gnu_ld=$lt_with_gnu_ld_CXX
+
+# Flag that allows shared libraries with undefined symbols to be built.
+allow_undefined_flag=$lt_allow_undefined_flag_CXX
+
+# Flag that enforces no undefined symbols.
+no_undefined_flag=$lt_no_undefined_flag_CXX
+
+# Flag to hardcode \$libdir into a binary during linking.
+# This must work even if \$libdir does not exist
+hardcode_libdir_flag_spec=$lt_hardcode_libdir_flag_spec_CXX
+
+# If ld is used when linking, flag to hardcode \$libdir into a binary
+# during linking.  This must work even if \$libdir does not exist.
+hardcode_libdir_flag_spec_ld=$lt_hardcode_libdir_flag_spec_ld_CXX
+
+# Whether we need a single "-rpath" flag with a separated argument.
+hardcode_libdir_separator=$lt_hardcode_libdir_separator_CXX
+
+# Set to "yes" if using DIR/libNAME\${shared_ext} during linking hardcodes
+# DIR into the resulting binary.
+hardcode_direct=$hardcode_direct_CXX
+
+# Set to "yes" if using DIR/libNAME\${shared_ext} during linking hardcodes
+# DIR into the resulting binary and the resulting library dependency is
+# "absolute",i.e impossible to change by setting \${shlibpath_var} if the
+# library is relocated.
+hardcode_direct_absolute=$hardcode_direct_absolute_CXX
+
+# Set to "yes" if using the -LDIR flag during linking hardcodes DIR
+# into the resulting binary.
+hardcode_minus_L=$hardcode_minus_L_CXX
+
+# Set to "yes" if using SHLIBPATH_VAR=DIR during linking hardcodes DIR
+# into the resulting binary.
+hardcode_shlibpath_var=$hardcode_shlibpath_var_CXX
+
+# Set to "yes" if building a shared library automatically hardcodes DIR
+# into the library and all subsequent libraries and executables linked
+# against it.
+hardcode_automatic=$hardcode_automatic_CXX
+
+# Set to yes if linker adds runtime paths of dependent libraries
+# to runtime path list.
+inherit_rpath=$inherit_rpath_CXX
+
+# Whether libtool must link a program against all its dependency libraries.
+link_all_deplibs=$link_all_deplibs_CXX
+
+# Fix the shell variable \$srcfile for the compiler.
+fix_srcfile_path=$lt_fix_srcfile_path_CXX
+
+# Set to "yes" if exported symbols are required.
+always_export_symbols=$always_export_symbols_CXX
+
+# The commands to list exported symbols.
+export_symbols_cmds=$lt_export_symbols_cmds_CXX
+
+# Symbols that should not be listed in the preloaded symbols.
+exclude_expsyms=$lt_exclude_expsyms_CXX
+
+# Symbols that must always be exported.
+include_expsyms=$lt_include_expsyms_CXX
+
+# Commands necessary for linking programs (against libraries) with templates.
+prelink_cmds=$lt_prelink_cmds_CXX
+
+# Specify filename containing input files.
+file_list_spec=$lt_file_list_spec_CXX
+
+# How to hardcode a shared library path into an executable.
+hardcode_action=$hardcode_action_CXX
+
+# The directories searched by this compiler when creating a shared library.
+compiler_lib_search_dirs=$lt_compiler_lib_search_dirs_CXX
+
+# Dependencies to place before and after the objects being linked to
+# create a shared library.
+predep_objects=$lt_predep_objects_CXX
+postdep_objects=$lt_postdep_objects_CXX
+predeps=$lt_predeps_CXX
+postdeps=$lt_postdeps_CXX
+
+# The library search path used internally by the compiler when linking
+# a shared library.
+compiler_lib_search_path=$lt_compiler_lib_search_path_CXX
+
+# ### END LIBTOOL TAG CONFIG: CXX
+_LT_EOF
+
+ ;;
+
+  esac
+done # for ac_tag
+
+
+{ (exit 0); exit 0; }
+_ACEOF
+chmod +x $CONFIG_STATUS
+ac_clean_files=$ac_clean_files_save
+
+test $ac_write_fail = 0 ||
+  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: write failure creating $CONFIG_STATUS" >&5
+$as_echo "$as_me: error: write failure creating $CONFIG_STATUS" >&2;}
+   { (exit 1); exit 1; }; }
+
+
+# configure is writing to config.log, and then calls config.status.
+# config.status does its own redirection, appending to config.log.
+# Unfortunately, on DOS this fails, as config.log is still kept open
+# by configure, so config.status won't be able to write to it; its
+# output is simply discarded.  So we exec the FD to /dev/null,
+# effectively closing config.log, so it can be properly (re)opened and
+# appended to by config.status.  When coming back to configure, we
+# need to make the FD available again.
+if test "$no_create" != yes; then
+  ac_cs_success=:
+  ac_config_status_args=
+  test "$silent" = yes &&
+    ac_config_status_args="$ac_config_status_args --quiet"
+  exec 5>/dev/null
+  $SHELL $CONFIG_STATUS $ac_config_status_args || ac_cs_success=false
+  exec 5>>config.log
+  # Use ||, not &&, to avoid exiting from the if with $? = 1, which
+  # would make configure fail if this is the last instruction.
+  $ac_cs_success || { (exit 1); exit 1; }
+fi
+if test -n "$ac_unrecognized_opts" && test "$enable_option_checking" != no; then
+  { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: unrecognized options: $ac_unrecognized_opts" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: unrecognized options: $ac_unrecognized_opts" >&2;}
+fi
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/configure.ac b/binaries/src/clustalo/configure.ac
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f65d9ca
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,499 @@
+# configure.ac for Clustal Omega
+#
+# RCS $Id: configure.ac 256 2011-06-23 13:57:28Z fabian $
+
+
+# release
+#
+#AC_INIT([Clustal Omega], [0.1.1], [clustalw@ucd.ie])
+#PACKAGE_CODENAME="OppidumLeonis"
+#r238
+#AC_INIT([Clustal Omega], [0.2.0], [clustalw@ucd.ie])
+#PACKAGE_CODENAME="IbiMeVidebunt"
+#r250
+#AC_INIT([Clustal Omega], [1.0.1], [clustalw@ucd.ie])
+#PACKAGE_CODENAME="DeshilHollesEamus"
+#r255
+AC_INIT([Clustal Omega], [1.0.2], [clustalw@ucd.ie])
+PACKAGE_CODENAME="DeshilHollesEamus"
+
+# The AC_INIT macro can take any source file as an argument. It just
+# checks that the file is there, which should, in turn, mean that the
+# source directory is there. AC_INIT generates the following m4
+# macros, output variables and preprocessor symbols:
+AC_SUBST(PACKAGE_NAME)
+AC_SUBST(PACKAGE_TARNAME)
+AC_SUBST(PACKAGE_VERSION)
+AC_SUBST(PACKAGE_STRING)
+AC_SUBST(PACKAGE_BUGREPORT)
+AC_SUBST(PACKAGE_CODENAME)
+
+AC_MSG_NOTICE([
+
+    Welcome to $PACKAGE_NAME - version $PACKAGE_VERSION ($PACKAGE_CODENAME)
+                                               
+                       +NMMMMMMMMMS=             
+                    MMMMM?      :MMMMM8          
+                  IMMMMS           MMMMM,        
+                ~MMMMN              ,MMMMM       
+               =MMMMM                 MMMMM      
+              ?MMMMM                  +MMMMM     
+              MMMMMS                   MMMMM     
+              MMMMM                    MMMMM:    
+              MMMMM                    MMMMM+    
+              MMMMM                    MMMMM~    
+              MMMMM                    MMMMM     
+              MMMMMZ                   MMMMM     
+               MMMMM                  ,MMMMZ     
+                MMMM8                 MMMM+      
+                 MMMMS               MMMM,       
+                   MMMMO           MMMM          
+            ,N       SMMM        MMM8       +8   
+            ,M7         M+       M+        :M8   
+            ,MMMMMMMMMMMMI       MMMMMMMMMMMM8   
+            ,MMMMMMMMMMMM8       MMMMMMMMMMMM8   
+            ,MMMMMMMMMMMMN       MMMMMMMMMMMM8   
+                                               
+              ])
+#
+# Created with http://www.glassgiant.com/ascii/ and Wikipedia's Omega
+# Replaced all dollars with S's.
+#
+# 
+#                 ,MMMMMMMMMD:        MMMMM     
+#               NMMMMMMMMMMMMMM+      SMMMM     
+#             DMMMMMMMMMMMMMMMMMM,    +MMMM     
+#            MMMMMMMMM8ZSO8MMMMMMMM   +MMMM     
+#           MMMMM7             SMMMM  +MMMM     
+#          MMMO                   MM? +MMMM     
+#         ?MMI                     NMIIMMMM     
+#         MMM                       MMMMMMM     
+#         MM                                    
+#         MN                                    
+#         MD                                    
+#         MM                                    
+#         MM?                       ,~+ISON     
+#         =MMI                     MMSOMMMM     
+#          MMMZ                   MMS +MMMM     
+#           MMMM8:             :NMMM  +MMMM     
+#            MMMMMMMMMDOODMMMMMMMMM   +MMMM     
+#             MMMMMMMMMMMMMMMMMMMM    +MMMM     
+#               OMMMMMMMMMMMMMMZ      SMMMM     
+#                  MMMMMMMMMM+        MMMMM     
+#                                                
+
+
+# AC_MSG_NOTICE([Configuring for your system...])
+
+AC_PREREQ(2.6) # 2.60 needed for AC_USE_SYSTEM_EXTENSIONS
+# consider 2.64 which allows to define a URL as well
+
+# The AM_INIT_AUTOMAKE line adds several standard checks. 
+# This macro is always needed for automake
+# Obsolete: It takes the program name and version number as arguments.
+AM_INIT_AUTOMAKE
+
+# config header: provides a way for people to customise the
+# configuration for their platform, via #defines. config.h.in can be
+# generated automatically with the autoheader tool. However, you need
+# a stamp-h file in your project to ensure that automake regenerates
+# config.h from config.h.in. Type 'touch stamp-h' to add this file to
+# your project.
+#
+AM_CONFIG_HEADER(src/config.h) 
+
+# the following allows to install a copy config.h for libclustalo in a
+# namespace like way, i.e. no name clash with your own config.h
+AX_PREFIX_CONFIG_H(src/clustal-omega-config.h)
+
+# This macro was introduced in Autoconf 2.60. If possible, enable
+# extensions to C or Posix on hosts that normally disable the
+# extensions.
+AC_USE_SYSTEM_EXTENSIONS
+
+
+# for cross compilation
+#
+AC_CANONICAL_HOST
+## AC_CANONICAL_BUILD
+## AC_CANONICAL_TARGET
+
+# Set the @SET_MAKE@ variable=make if $(MAKE) not set
+AC_PROG_MAKE_SET
+
+# AC_PROG_RANLIB will allow you to build code in sub-directories into
+# temporary libraries, which make will then link in with the rest of
+# the code.
+# Rendered obsolte by LT_INIT: AC_PROG_RANLIB
+#AC_PROG_LIBTOOL
+LT_INIT
+
+# AC_PROG_INSTALL will generate an install target so that users may
+# just type 'make install' to install the software.
+AC_PROG_INSTALL
+
+# check for C++ preprocessor and compiler and the library compiler
+# (might change the compiler flags)
+#
+# Determine a C compiler to use. If using the GNU C compiler, set
+# shell variable GCC to `yes'. If output variable CFLAGS was not
+# already set, set it to `-g -O2' for the GNU C compiler (`-O2' on
+# systems where GCC does not accept `-g'), or `-g' for other
+# compilers.
+AC_PROG_CC
+# Set output variable CPP to a command that runs the C preprocessor. 
+AC_PROG_CPP
+#
+# Determine a C++ compiler to use. If output variable CXXFLAGS was not
+# already set, set it to `-g -O2' for the GNU C++ compiler (`-O2' on
+# systems where G++ does not accept `-g'), or `-g' for other
+# compilers.
+AC_PROG_CXX
+# Set CXXCPP to a command that runs the C++ preprocessor
+AC_PROG_CXXCPP
+#
+# reset compiler flags to initial flags
+#CXXFLAGS=$OLD_CXXFLAGS
+
+
+
+
+# safety check: AC_CONFIG_SRCDIR([src/clustal.h])
+
+# Let source files know in which context they are being used
+AC_DEFINE([CLUSTALO], [1],
+          [Let all files know they are being used inside Clustal Omega])
+
+AC_DEFINE_UNQUOTED(PACKAGE_CODENAME, "$PACKAGE_CODENAME", [The package code name])
+
+
+# Get svn revision
+#AC_PATH_PROG(svnversioncommand, svnversion)
+#if test "X$svnversioncommand" = "X" || test `$svnversioncommand -n '.'` = "exported"; then
+#AC_DEFINE_UNQUOTED(SVN_VERSION, ["`cat saved_svn_version.txt`"], [repository svn version])
+#else
+#AC_DEFINE_UNQUOTED(SVN_VERSION, ["`svnversion -n`"], [repository svn version])
+#`svnversion -n > saved_svn_version.txt`
+#fi
+
+
+
+
+# AW: we might need this in the future
+#
+case "$host_os" in
+linux*)
+#      AC_DEFINE(LINUX,1,[This is a Linux system])
+     AC_DEFINE_UNQUOTED(LINUX,1,[This is a LINUX system])
+#     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, true)    
+#     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, false)
+#     XTRA_CPPLIBS=-lstdc++
+#     LIBEXT=.so
+     ;;
+freebsd*)
+     AC_DEFINE_UNQUOTED(SOMEBSD,1,[This is a BSD system])
+#     AC_CHECK_LIB(c_r, pthread_create)
+#     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, true)
+#     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, true)
+#     XTRA_CPPLIBS=-lstdc++
+#     LIBEXT=.so
+     ;;
+openbsd*)
+     AC_DEFINE_UNQUOTED(SOMEBSD,1,[This is a BSD system])
+#     AC_CHECK_LIB(c_r, pthread_create)
+#     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, true)
+#     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, true)
+#     XTRA_CPPLIBS=-lstdc++
+#     LIBEXT=.so
+     ;;
+netbsd*)
+     AC_DEFINE_UNQUOTED(SOMEBSD,1,[This is a BSD system])
+#     AC_CHECK_LIB(c_r, pthread_create)
+#     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, true)
+#     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, true)
+#     XTRA_CPPLIBS=-lstdc++
+#     LIBEXT=.so
+     ;;
+*solaris*)
+     AC_DEFINE_UNQUOTED(SOLARIS,1,[This is a Solaris system])
+#     AC_CHECK_LIB(resolv, res_init)
+#     XTRA_CPPLIBS=-lstdc++
+#     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, false)
+#     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, false)
+#     CFLAGS="-D_POSIX_PTHREAD_SEMANTICS $CFLAGS"
+#     LIBEXT=.so
+     ;;
+darwin*)
+     AC_DEFINE_UNQUOTED(DARWIN,1,[This is a Darwin system])
+#     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, false)
+#     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, false)
+#     CFLAGS="-fno-common $CFLAGS"
+#     LIBEXT=.so
+     ;;
+cygwin*)
+     AC_DEFINE_UNQUOTED(CYGWIN,1,[This is a CYGWIN system])
+#     LDFLAGS="$LDFLAGS -no-undefined"
+#     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, false)
+#     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, false)
+#     LIBEXT=.dll
+     ;;
+mingw*)
+     AC_DEFINE_UNQUOTED(MINGW,1,[This is a MinGW system])
+#     AC_DEFINE_UNQUOTED(WINDOWS,1,[This is a Windows system])
+#     AC_CHECK_LIB(intl, gettext)
+#     AC_CHECK_LIB(ws2_32, _head_libws2_32_a,,[AC_MSG_ERROR([libextractor requires Winsock2])])
+#     AC_CHECK_LIB(plibc, plibc_init,,[AC_MSG_ERROR([libextractor requires PlibC])])
+#     LDFLAGS="$LDFLAGS -no-undefined -Wl,--export-all-symbols"
+#               LIBSOLD=$LIBS
+#     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, true)
+#     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, false)
+#     LIBEXT=.dll
+     ;;
+*)
+#     AC_MSG_RESULT(Unrecognised OS $host_os)
+     AC_DEFINE_UNQUOTED(OTHEROS,1,[Some strange OS])
+#     AC_MSG_RESULT(otheros)
+#     AM_CONDITIONAL(HAVE_GNU_LD, false)
+#     AM_CONDITIONAL(SOMEBSD, false)
+#     LIBEXT=.so
+     ;;
+esac
+
+
+
+# Checks for standard header files.
+# obsolescent according to http://www.gnu.org/software/hello/manual/autoconf/Particular-Headers.html
+AC_HEADER_STDC
+# Guess the next one is obsolete as well then?
+AC_CHECK_HEADERS(assert.h ctype.h float.h limits.h math.h memory.h stdarg.h stdio.h stdlib.h string.h time.h unistd.h)
+#  awk  '/^#include *</ {print $2}' $(find src/ -name \*.[ch] -or -name \*.cpp) | grep -v argtable2.h  | sort -u | tr -d '<>'
+
+# Checks for typedefs, structures, and compiler characteristics.
+AC_C_CONST
+AC_TYPE_SIZE_T
+AC_C_INLINE
+
+# Checks for library functions.
+# AC_CHECK_FUNCS(strdup strstr strchr erand48)
+# AW is there an automatic way to extract library functions used in the program?
+
+
+# explicit libm check
+AC_CHECK_LIB(m, log,, AC_MSG_ERROR([Could not find libm]))
+AC_CHECK_LIB(m, log2, AC_DEFINE(HAVE_LOG2, 1, [Has log2()]))
+
+
+# ---    argtable header and library check
+#
+#
+AC_CHECK_HEADERS([argtable2.h], [],
+                 AC_MSG_ERROR([Could not find argtable2.h. Try $ ./configure CFLAGS='-Iyour-argtable2-include-path]))
+AC_CHECK_LIB(argtable2, arg_parse, [],
+             AC_MSG_ERROR([Could not find libargtable2. Try $ ./configure LDFLAGS="-Lyour-argtable2-lib-path']))
+
+
+# enable python if requested (--with-python)
+#
+#AC_ARG_WITH([python],
+#        [AS_HELP_STRING([--with-python],
+#        [Enable Python Interface])],
+#        [with_python=$withval],
+#        [with_python=no])
+#if test "$with_python" = "yes"; then
+#   AC_MSG_CHECKING([for python-config to get compiler flags])
+#   AC_CHECK_PROG(python_config, 'python-config', yes)
+#   if test "${python_config}" != "yes"; then
+#      AC_MSG_ERROR("Could not run python-config.")
+#   fi
+#   PYTHON_CFLAGS=`python-config --cflags`
+#   PYTHON_LDFLAGS=`python-config --ldflags`
+#   AC_DEFINE([PYTHON_ENABLED], [1], [define for python usage])
+#fi
+#AC_SUBST(PYTHON_CFLAGS)
+#AC_SUBST(PYTHON_LDFLAGS)
+
+
+# ---   SSE support
+# "One instruction to do the same operation on 4 packed elements simultaneously."
+#
+# http://www.codeproject.com/KB/recipes/sseintro.aspx?msg=568491
+# http://www.drdobbs.com/go-parallel/blog/archives/2010/03/getting_amazing.html
+# http://software.intel.com/file/1000
+#
+# AC_MSG_CHECKING(for SSE in current arch/CFLAGS)
+# AC_LINK_IFELSE([
+# AC_LANG_PROGRAM([[
+# #include <xmmintrin.h>
+# __m128 testfunc(float *a, float *b) {
+#   return _mm_add_ps(_mm_loadu_ps(a), _mm_loadu_ps(b));
+# }
+# ]])],
+# [has_sse=yes], [has_sse=no]
+# )
+# AC_MSG_RESULT($has_sse)  
+#  
+# AC_ARG_ENABLE([sse],
+#         [AS_HELP_STRING([--enable-sse],
+#                         [Enable SSE support])],
+#         [has_sse="$enableval"],
+#         [has_sse=no])
+#  
+# if test x"$has_sse" = x"yes"; then
+#    AC_DEFINE([USE_SSE], , [Enable SSE support])
+#    CFLAGS="${CFLAGS} -msse"
+# fi
+
+
+# --- openmp
+#
+AC_CONFIG_MACRO_DIR([m4])
+m4_include([m4/ax_openmp.m4])
+AC_ARG_WITH([openmp],
+    AS_HELP_STRING([--without-openmp], [Do not use OpenMP]))
+AS_IF([test "x$with_openmp" = "xno"], 
+            [], 
+            [AX_OPENMP(
+                AC_DEFINE([HAVE_OPENMP],[1],[Defined if OpenMP should and can be used])
+             )]
+     )
+AC_SUBST(OPENMP_CFLAGS)
+# according to http://beagle-lib.googlecode.com/svn-history/r824/trunk/configure.ac:
+# "OpenMP checker only defines for C when compiling both C and C++"
+OPENMP_CXXFLAGS=$OPENMP_CFLAGS
+AC_SUBST(OPENMP_CXXFLAGS)
+
+# version 2: enable openmp only if explicitely asked for it
+#AC_ARG_ENABLE(openmp, AS_HELP_STRING([--enable-openmp], [Multi-threaded parallel version using OpenMP]))
+#if test -n "${enable_openmp}" -a x"${enable_openmp}" != x"no"; then
+#   m4_include([m4/ax_openmp.m4])
+#   AX_OPENMP(AC_DEFINE(HAVE_OPENMP, 1, [enable OpenMP support]),
+#             AC_MSG_ERROR([Compiler does not seem to support OpenMP]))
+#   AC_SUBST(OPENMP_CFLAGS)
+#   AC_SUBST(OPENMP_CXXFLAGS)
+#fi
+
+# ---   squid
+#
+#
+# Extra checks for squid; see their configure, config.log, squidconf.h
+# etc. For example, I'm not sure about USE_HOST_BYTESWAP_FUNCTIONS,
+# SIZEOF_UNSIGNED_LONG, HAVE_STRTOUL and HAVE_STRTOULL
+#
+# Might not just have to set compiler flags but create use squidconf.h.in
+#
+# The following hopefully takes about byte ordering (big-endian...).
+# My hope is that it will set WORDS_BIGENDIAN and
+# USE_HOST_BYTESWAP_FUNCTIONS (as used by squid) if necessary:
+#
+AC_C_BIGENDIAN(AC_MSG_WARN([$PACKAGE_NAME hasn't been tested on Big-Endian machines...expecting trouble!]))
+AC_CHECK_FUNCS([ntohs ntohl ntons ntonl])
+#
+AC_CHECK_SIZEOF(unsigned short)
+AC_CHECK_SIZEOF(unsigned int)
+AC_CHECK_SIZEOF(unsigned long)
+AC_CHECK_SIZEOF(unsigned long long)
+#
+AC_CHECK_FUNCS([stroul strtoull])
+AC_CHECK_FUNCS([ftello fseeko])
+AC_CHECK_FUNCS([ftello64 fseeko64])
+AC_CHECK_FUNCS([ftell64 fseek64])
+#
+AC_TYPE_OFF_T
+AC_CHECK_SIZEOF(fpos_t)
+#
+# struct stat64 and stat64 test:
+# version 1:
+#AC_CHECK_TYPE(struct stat64,
+#               [AC_CHECK_FUNC([stat64],
+#                             AC_DEFINE([HAVE_STAT64], [1], [Define if you have the stat64 function]))])
+# version 2:
+#AC_MSG_CHECKING(for struct stat64)
+#AC_CACHE_VAL(sc_cv_type_stat64,
+#[AC_TRY_COMPILE([#include <sys/stat.h>],[struct stat64 s;],
+#[sc_cv_type_stat64=yes],
+#[sc_cv_type_stat64=no])])
+#if test $sc_cv_type_stat64 = yes; then
+#   AC_MSG_RESULT($sc_cv_type_stat64)
+#   AC_CHECK_FUNC([stat64], AC_DEFINE([HAVE_STAT64], [1], [Define if you have the stat64 function]))
+#   #AC_DEFINE(HAVE_STAT64, [1], [Define if you have the stat64 function])
+#fi
+#
+#
+# Above fails on myosin because storage size of struct 64 is unknown:
+#  ssi.c:480: error: storage size of â€˜s1’ isn’t known 
+#
+# On my MacBook OS X 10.6 I get:
+#  ssi.c:481: warning: â€˜stat64’ is deprecated (declared at /usr/include/sys/stat.h:465)
+#
+# So forget about it: we won't use stat64 or define HAVE_STAT64 and
+# consequently do no tests here
+#
+
+
+
+# Add support for the Dmalloc package. If the user runs configure with
+# --with-dmalloc, then define WITH_DMALLOC and add -ldmalloc to LIBS.
+AM_WITH_DMALLOC
+
+
+# Check if svnversion is installed
+#AC_PATH_PROG([SVNVERSION_BIN], [svnversionFIXME], [no])
+## checking if we build in a subversion WC
+#wc_found="no";
+#if test "$SVNVERSION_BIN" != "no"; then
+#   SVNVERSION=`$SVNVERSION_BIN -n $srcdir`
+#   if test $SVNVERSION != "exported";
+#   then
+#       AC_MSG_NOTICE($SVNVERSION);
+#   fi
+#fi
+
+
+# ---   debugging
+# 
+# 
+#
+AC_MSG_CHECKING([whether to build with debug information])
+AC_ARG_ENABLE([debug],
+              [AS_HELP_STRING([--enable-debug],
+                              [Enable debugging (default=no)])],
+              [debugit="$enableval"],
+              [debugit=no])
+AC_MSG_RESULT([$debugit])
+
+if test x"$debugit" = x"yes"; then
+    # User variables CFLAGS/CXXFLAGS are used last during compilation and
+    # can therefore overwrite system settings.
+    #
+    # if debugging was requested, add debugging info at the end of
+    # C[XX]FLAGS, which makes sure previous optimisation flags are
+    # overwritten (normally C[XX]FLAGS should not be modified as they
+    # are user variables):
+    # switch off assert etc
+    # AC_DEFINE([DEBUG],[],[Debug Mode])
+    CFLAGS="${CFLAGS} -g -ansi -Wall -O0"
+    CXXFLAGS="${CXXFLAGS} -g -ansi -Wall -O0"
+else
+    # switch off assert etc
+    AC_DEFINE([NDEBUG],[],[No-debug Mode])
+    # if no debugging is requested, we make optimisation explicit
+    AM_CXXFLAGS="${AM_CXXFLAGS} -O3"
+    AM_CFLAGS="${AM_CFLAGS} -O3"
+fi
+
+
+
+AC_SUBST([AM_CXXFLAGS])
+AC_SUBST([AM_CFLAGS])
+AC_SUBST([AM_LDFLAGS])
+
+
+AC_CONFIG_FILES(Makefile
+ src/Makefile
+ clustalo.pc
+ Doxyfile
+ src/clustal/Makefile
+ src/hhalign/Makefile
+ src/kmpp/Makefile
+ src/squid/Makefile)
+AC_OUTPUT
diff --git a/binaries/src/clustalo/depcomp b/binaries/src/clustalo/depcomp
new file mode 100644 (file)
index 0000000..df8eea7
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,630 @@
+#! /bin/sh
+# depcomp - compile a program generating dependencies as side-effects
+
+scriptversion=2009-04-28.21; # UTC
+
+# Copyright (C) 1999, 2000, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2009 Free
+# Software Foundation, Inc.
+
+# This program is free software; you can redistribute it and/or modify
+# it under the terms of the GNU General Public License as published by
+# the Free Software Foundation; either version 2, or (at your option)
+# any later version.
+
+# This program is distributed in the hope that it will be useful,
+# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+# GNU General Public License for more details.
+
+# You should have received a copy of the GNU General Public License
+# along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+
+# As a special exception to the GNU General Public License, if you
+# distribute this file as part of a program that contains a
+# configuration script generated by Autoconf, you may include it under
+# the same distribution terms that you use for the rest of that program.
+
+# Originally written by Alexandre Oliva <oliva@dcc.unicamp.br>.
+
+case $1 in
+  '')
+     echo "$0: No command.  Try \`$0 --help' for more information." 1>&2
+     exit 1;
+     ;;
+  -h | --h*)
+    cat <<\EOF
+Usage: depcomp [--help] [--version] PROGRAM [ARGS]
+
+Run PROGRAMS ARGS to compile a file, generating dependencies
+as side-effects.
+
+Environment variables:
+  depmode     Dependency tracking mode.
+  source      Source file read by `PROGRAMS ARGS'.
+  object      Object file output by `PROGRAMS ARGS'.
+  DEPDIR      directory where to store dependencies.
+  depfile     Dependency file to output.
+  tmpdepfile  Temporary file to use when outputing dependencies.
+  libtool     Whether libtool is used (yes/no).
+
+Report bugs to <bug-automake@gnu.org>.
+EOF
+    exit $?
+    ;;
+  -v | --v*)
+    echo "depcomp $scriptversion"
+    exit $?
+    ;;
+esac
+
+if test -z "$depmode" || test -z "$source" || test -z "$object"; then
+  echo "depcomp: Variables source, object and depmode must be set" 1>&2
+  exit 1
+fi
+
+# Dependencies for sub/bar.o or sub/bar.obj go into sub/.deps/bar.Po.
+depfile=${depfile-`echo "$object" |
+  sed 's|[^\\/]*$|'${DEPDIR-.deps}'/&|;s|\.\([^.]*\)$|.P\1|;s|Pobj$|Po|'`}
+tmpdepfile=${tmpdepfile-`echo "$depfile" | sed 's/\.\([^.]*\)$/.T\1/'`}
+
+rm -f "$tmpdepfile"
+
+# Some modes work just like other modes, but use different flags.  We
+# parameterize here, but still list the modes in the big case below,
+# to make depend.m4 easier to write.  Note that we *cannot* use a case
+# here, because this file can only contain one case statement.
+if test "$depmode" = hp; then
+  # HP compiler uses -M and no extra arg.
+  gccflag=-M
+  depmode=gcc
+fi
+
+if test "$depmode" = dashXmstdout; then
+   # This is just like dashmstdout with a different argument.
+   dashmflag=-xM
+   depmode=dashmstdout
+fi
+
+cygpath_u="cygpath -u -f -"
+if test "$depmode" = msvcmsys; then
+   # This is just like msvisualcpp but w/o cygpath translation.
+   # Just convert the backslash-escaped backslashes to single forward
+   # slashes to satisfy depend.m4
+   cygpath_u="sed s,\\\\\\\\,/,g"
+   depmode=msvisualcpp
+fi
+
+case "$depmode" in
+gcc3)
+## gcc 3 implements dependency tracking that does exactly what
+## we want.  Yay!  Note: for some reason libtool 1.4 doesn't like
+## it if -MD -MP comes after the -MF stuff.  Hmm.
+## Unfortunately, FreeBSD c89 acceptance of flags depends upon
+## the command line argument order; so add the flags where they
+## appear in depend2.am.  Note that the slowdown incurred here
+## affects only configure: in makefiles, %FASTDEP% shortcuts this.
+  for arg
+  do
+    case $arg in
+    -c) set fnord "$@" -MT "$object" -MD -MP -MF "$tmpdepfile" "$arg" ;;
+    *)  set fnord "$@" "$arg" ;;
+    esac
+    shift # fnord
+    shift # $arg
+  done
+  "$@"
+  stat=$?
+  if test $stat -eq 0; then :
+  else
+    rm -f "$tmpdepfile"
+    exit $stat
+  fi
+  mv "$tmpdepfile" "$depfile"
+  ;;
+
+gcc)
+## There are various ways to get dependency output from gcc.  Here's
+## why we pick this rather obscure method:
+## - Don't want to use -MD because we'd like the dependencies to end
+##   up in a subdir.  Having to rename by hand is ugly.
+##   (We might end up doing this anyway to support other compilers.)
+## - The DEPENDENCIES_OUTPUT environment variable makes gcc act like
+##   -MM, not -M (despite what the docs say).
+## - Using -M directly means running the compiler twice (even worse
+##   than renaming).
+  if test -z "$gccflag"; then
+    gccflag=-MD,
+  fi
+  "$@" -Wp,"$gccflag$tmpdepfile"
+  stat=$?
+  if test $stat -eq 0; then :
+  else
+    rm -f "$tmpdepfile"
+    exit $stat
+  fi
+  rm -f "$depfile"
+  echo "$object : \\" > "$depfile"
+  alpha=ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcdefghijklmnopqrstuvwxyz
+## The second -e expression handles DOS-style file names with drive letters.
+  sed -e 's/^[^:]*: / /' \
+      -e 's/^['$alpha']:\/[^:]*: / /' < "$tmpdepfile" >> "$depfile"
+## This next piece of magic avoids the `deleted header file' problem.
+## The problem is that when a header file which appears in a .P file
+## is deleted, the dependency causes make to die (because there is
+## typically no way to rebuild the header).  We avoid this by adding
+## dummy dependencies for each header file.  Too bad gcc doesn't do
+## this for us directly.
+  tr ' ' '
+' < "$tmpdepfile" |
+## Some versions of gcc put a space before the `:'.  On the theory
+## that the space means something, we add a space to the output as
+## well.
+## Some versions of the HPUX 10.20 sed can't process this invocation
+## correctly.  Breaking it into two sed invocations is a workaround.
+    sed -e 's/^\\$//' -e '/^$/d' -e '/:$/d' | sed -e 's/$/ :/' >> "$depfile"
+  rm -f "$tmpdepfile"
+  ;;
+
+hp)
+  # This case exists only to let depend.m4 do its work.  It works by
+  # looking at the text of this script.  This case will never be run,
+  # since it is checked for above.
+  exit 1
+  ;;
+
+sgi)
+  if test "$libtool" = yes; then
+    "$@" "-Wp,-MDupdate,$tmpdepfile"
+  else
+    "$@" -MDupdate "$tmpdepfile"
+  fi
+  stat=$?
+  if test $stat -eq 0; then :
+  else
+    rm -f "$tmpdepfile"
+    exit $stat
+  fi
+  rm -f "$depfile"
+
+  if test -f "$tmpdepfile"; then  # yes, the sourcefile depend on other files
+    echo "$object : \\" > "$depfile"
+
+    # Clip off the initial element (the dependent).  Don't try to be
+    # clever and replace this with sed code, as IRIX sed won't handle
+    # lines with more than a fixed number of characters (4096 in
+    # IRIX 6.2 sed, 8192 in IRIX 6.5).  We also remove comment lines;
+    # the IRIX cc adds comments like `#:fec' to the end of the
+    # dependency line.
+    tr ' ' '
+' < "$tmpdepfile" \
+    | sed -e 's/^.*\.o://' -e 's/#.*$//' -e '/^$/ d' | \
+    tr '
+' ' ' >> "$depfile"
+    echo >> "$depfile"
+
+    # The second pass generates a dummy entry for each header file.
+    tr ' ' '
+' < "$tmpdepfile" \
+   | sed -e 's/^.*\.o://' -e 's/#.*$//' -e '/^$/ d' -e 's/$/:/' \
+   >> "$depfile"
+  else
+    # The sourcefile does not contain any dependencies, so just
+    # store a dummy comment line, to avoid errors with the Makefile
+    # "include basename.Plo" scheme.
+    echo "#dummy" > "$depfile"
+  fi
+  rm -f "$tmpdepfile"
+  ;;
+
+aix)
+  # The C for AIX Compiler uses -M and outputs the dependencies
+  # in a .u file.  In older versions, this file always lives in the
+  # current directory.  Also, the AIX compiler puts `$object:' at the
+  # start of each line; $object doesn't have directory information.
+  # Version 6 uses the directory in both cases.
+  dir=`echo "$object" | sed -e 's|/[^/]*$|/|'`
+  test "x$dir" = "x$object" && dir=
+  base=`echo "$object" | sed -e 's|^.*/||' -e 's/\.o$//' -e 's/\.lo$//'`
+  if test "$libtool" = yes; then
+    tmpdepfile1=$dir$base.u
+    tmpdepfile2=$base.u
+    tmpdepfile3=$dir.libs/$base.u
+    "$@" -Wc,-M
+  else
+    tmpdepfile1=$dir$base.u
+    tmpdepfile2=$dir$base.u
+    tmpdepfile3=$dir$base.u
+    "$@" -M
+  fi
+  stat=$?
+
+  if test $stat -eq 0; then :
+  else
+    rm -f "$tmpdepfile1" "$tmpdepfile2" "$tmpdepfile3"
+    exit $stat
+  fi
+
+  for tmpdepfile in "$tmpdepfile1" "$tmpdepfile2" "$tmpdepfile3"
+  do
+    test -f "$tmpdepfile" && break
+  done
+  if test -f "$tmpdepfile"; then
+    # Each line is of the form `foo.o: dependent.h'.
+    # Do two passes, one to just change these to
+    # `$object: dependent.h' and one to simply `dependent.h:'.
+    sed -e "s,^.*\.[a-z]*:,$object:," < "$tmpdepfile" > "$depfile"
+    # That's a tab and a space in the [].
+    sed -e 's,^.*\.[a-z]*:[     ]*,,' -e 's,$,:,' < "$tmpdepfile" >> "$depfile"
+  else
+    # The sourcefile does not contain any dependencies, so just
+    # store a dummy comment line, to avoid errors with the Makefile
+    # "include basename.Plo" scheme.
+    echo "#dummy" > "$depfile"
+  fi
+  rm -f "$tmpdepfile"
+  ;;
+
+icc)
+  # Intel's C compiler understands `-MD -MF file'.  However on
+  #    icc -MD -MF foo.d -c -o sub/foo.o sub/foo.c
+  # ICC 7.0 will fill foo.d with something like
+  #    foo.o: sub/foo.c
+  #    foo.o: sub/foo.h
+  # which is wrong.  We want:
+  #    sub/foo.o: sub/foo.c
+  #    sub/foo.o: sub/foo.h
+  #    sub/foo.c:
+  #    sub/foo.h:
+  # ICC 7.1 will output
+  #    foo.o: sub/foo.c sub/foo.h
+  # and will wrap long lines using \ :
+  #    foo.o: sub/foo.c ... \
+  #     sub/foo.h ... \
+  #     ...
+
+  "$@" -MD -MF "$tmpdepfile"
+  stat=$?
+  if test $stat -eq 0; then :
+  else
+    rm -f "$tmpdepfile"
+    exit $stat
+  fi
+  rm -f "$depfile"
+  # Each line is of the form `foo.o: dependent.h',
+  # or `foo.o: dep1.h dep2.h \', or ` dep3.h dep4.h \'.
+  # Do two passes, one to just change these to
+  # `$object: dependent.h' and one to simply `dependent.h:'.
+  sed "s,^[^:]*:,$object :," < "$tmpdepfile" > "$depfile"
+  # Some versions of the HPUX 10.20 sed can't process this invocation
+  # correctly.  Breaking it into two sed invocations is a workaround.
+  sed 's,^[^:]*: \(.*\)$,\1,;s/^\\$//;/^$/d;/:$/d' < "$tmpdepfile" |
+    sed -e 's/$/ :/' >> "$depfile"
+  rm -f "$tmpdepfile"
+  ;;
+
+hp2)
+  # The "hp" stanza above does not work with aCC (C++) and HP's ia64
+  # compilers, which have integrated preprocessors.  The correct option
+  # to use with these is +Maked; it writes dependencies to a file named
+  # 'foo.d', which lands next to the object file, wherever that
+  # happens to be.
+  # Much of this is similar to the tru64 case; see comments there.
+  dir=`echo "$object" | sed -e 's|/[^/]*$|/|'`
+  test "x$dir" = "x$object" && dir=
+  base=`echo "$object" | sed -e 's|^.*/||' -e 's/\.o$//' -e 's/\.lo$//'`
+  if test "$libtool" = yes; then
+    tmpdepfile1=$dir$base.d
+    tmpdepfile2=$dir.libs/$base.d
+    "$@" -Wc,+Maked
+  else
+    tmpdepfile1=$dir$base.d
+    tmpdepfile2=$dir$base.d
+    "$@" +Maked
+  fi
+  stat=$?
+  if test $stat -eq 0; then :
+  else
+     rm -f "$tmpdepfile1" "$tmpdepfile2"
+     exit $stat
+  fi
+
+  for tmpdepfile in "$tmpdepfile1" "$tmpdepfile2"
+  do
+    test -f "$tmpdepfile" && break
+  done
+  if test -f "$tmpdepfile"; then
+    sed -e "s,^.*\.[a-z]*:,$object:," "$tmpdepfile" > "$depfile"
+    # Add `dependent.h:' lines.
+    sed -ne '2,${
+              s/^ *//
+              s/ \\*$//
+              s/$/:/
+              p
+            }' "$tmpdepfile" >> "$depfile"
+  else
+    echo "#dummy" > "$depfile"
+  fi
+  rm -f "$tmpdepfile" "$tmpdepfile2"
+  ;;
+
+tru64)
+   # The Tru64 compiler uses -MD to generate dependencies as a side
+   # effect.  `cc -MD -o foo.o ...' puts the dependencies into `foo.o.d'.
+   # At least on Alpha/Redhat 6.1, Compaq CCC V6.2-504 seems to put
+   # dependencies in `foo.d' instead, so we check for that too.
+   # Subdirectories are respected.
+   dir=`echo "$object" | sed -e 's|/[^/]*$|/|'`
+   test "x$dir" = "x$object" && dir=
+   base=`echo "$object" | sed -e 's|^.*/||' -e 's/\.o$//' -e 's/\.lo$//'`
+
+   if test "$libtool" = yes; then
+      # With Tru64 cc, shared objects can also be used to make a
+      # static library.  This mechanism is used in libtool 1.4 series to
+      # handle both shared and static libraries in a single compilation.
+      # With libtool 1.4, dependencies were output in $dir.libs/$base.lo.d.
+      #
+      # With libtool 1.5 this exception was removed, and libtool now
+      # generates 2 separate objects for the 2 libraries.  These two
+      # compilations output dependencies in $dir.libs/$base.o.d and
+      # in $dir$base.o.d.  We have to check for both files, because
+      # one of the two compilations can be disabled.  We should prefer
+      # $dir$base.o.d over $dir.libs/$base.o.d because the latter is
+      # automatically cleaned when .libs/ is deleted, while ignoring
+      # the former would cause a distcleancheck panic.
+      tmpdepfile1=$dir.libs/$base.lo.d   # libtool 1.4
+      tmpdepfile2=$dir$base.o.d          # libtool 1.5
+      tmpdepfile3=$dir.libs/$base.o.d    # libtool 1.5
+      tmpdepfile4=$dir.libs/$base.d      # Compaq CCC V6.2-504
+      "$@" -Wc,-MD
+   else
+      tmpdepfile1=$dir$base.o.d
+      tmpdepfile2=$dir$base.d
+      tmpdepfile3=$dir$base.d
+      tmpdepfile4=$dir$base.d
+      "$@" -MD
+   fi
+
+   stat=$?
+   if test $stat -eq 0; then :
+   else
+      rm -f "$tmpdepfile1" "$tmpdepfile2" "$tmpdepfile3" "$tmpdepfile4"
+      exit $stat
+   fi
+
+   for tmpdepfile in "$tmpdepfile1" "$tmpdepfile2" "$tmpdepfile3" "$tmpdepfile4"
+   do
+     test -f "$tmpdepfile" && break
+   done
+   if test -f "$tmpdepfile"; then
+      sed -e "s,^.*\.[a-z]*:,$object:," < "$tmpdepfile" > "$depfile"
+      # That's a tab and a space in the [].
+      sed -e 's,^.*\.[a-z]*:[   ]*,,' -e 's,$,:,' < "$tmpdepfile" >> "$depfile"
+   else
+      echo "#dummy" > "$depfile"
+   fi
+   rm -f "$tmpdepfile"
+   ;;
+
+#nosideeffect)
+  # This comment above is used by automake to tell side-effect
+  # dependency tracking mechanisms from slower ones.
+
+dashmstdout)
+  # Important note: in order to support this mode, a compiler *must*
+  # always write the preprocessed file to stdout, regardless of -o.
+  "$@" || exit $?
+
+  # Remove the call to Libtool.
+  if test "$libtool" = yes; then
+    while test "X$1" != 'X--mode=compile'; do
+      shift
+    done
+    shift
+  fi
+
+  # Remove `-o $object'.
+  IFS=" "
+  for arg
+  do
+    case $arg in
+    -o)
+      shift
+      ;;
+    $object)
+      shift
+      ;;
+    *)
+      set fnord "$@" "$arg"
+      shift # fnord
+      shift # $arg
+      ;;
+    esac
+  done
+
+  test -z "$dashmflag" && dashmflag=-M
+  # Require at least two characters before searching for `:'
+  # in the target name.  This is to cope with DOS-style filenames:
+  # a dependency such as `c:/foo/bar' could be seen as target `c' otherwise.
+  "$@" $dashmflag |
+    sed 's:^[  ]*[^: ][^:][^:]*\:[    ]*:'"$object"'\: :' > "$tmpdepfile"
+  rm -f "$depfile"
+  cat < "$tmpdepfile" > "$depfile"
+  tr ' ' '
+' < "$tmpdepfile" | \
+## Some versions of the HPUX 10.20 sed can't process this invocation
+## correctly.  Breaking it into two sed invocations is a workaround.
+    sed -e 's/^\\$//' -e '/^$/d' -e '/:$/d' | sed -e 's/$/ :/' >> "$depfile"
+  rm -f "$tmpdepfile"
+  ;;
+
+dashXmstdout)
+  # This case only exists to satisfy depend.m4.  It is never actually
+  # run, as this mode is specially recognized in the preamble.
+  exit 1
+  ;;
+
+makedepend)
+  "$@" || exit $?
+  # Remove any Libtool call
+  if test "$libtool" = yes; then
+    while test "X$1" != 'X--mode=compile'; do
+      shift
+    done
+    shift
+  fi
+  # X makedepend
+  shift
+  cleared=no eat=no
+  for arg
+  do
+    case $cleared in
+    no)
+      set ""; shift
+      cleared=yes ;;
+    esac
+    if test $eat = yes; then
+      eat=no
+      continue
+    fi
+    case "$arg" in
+    -D*|-I*)
+      set fnord "$@" "$arg"; shift ;;
+    # Strip any option that makedepend may not understand.  Remove
+    # the object too, otherwise makedepend will parse it as a source file.
+    -arch)
+      eat=yes ;;
+    -*|$object)
+      ;;
+    *)
+      set fnord "$@" "$arg"; shift ;;
+    esac
+  done
+  obj_suffix=`echo "$object" | sed 's/^.*\././'`
+  touch "$tmpdepfile"
+  ${MAKEDEPEND-makedepend} -o"$obj_suffix" -f"$tmpdepfile" "$@"
+  rm -f "$depfile"
+  cat < "$tmpdepfile" > "$depfile"
+  sed '1,2d' "$tmpdepfile" | tr ' ' '
+' | \
+## Some versions of the HPUX 10.20 sed can't process this invocation
+## correctly.  Breaking it into two sed invocations is a workaround.
+    sed -e 's/^\\$//' -e '/^$/d' -e '/:$/d' | sed -e 's/$/ :/' >> "$depfile"
+  rm -f "$tmpdepfile" "$tmpdepfile".bak
+  ;;
+
+cpp)
+  # Important note: in order to support this mode, a compiler *must*
+  # always write the preprocessed file to stdout.
+  "$@" || exit $?
+
+  # Remove the call to Libtool.
+  if test "$libtool" = yes; then
+    while test "X$1" != 'X--mode=compile'; do
+      shift
+    done
+    shift
+  fi
+
+  # Remove `-o $object'.
+  IFS=" "
+  for arg
+  do
+    case $arg in
+    -o)
+      shift
+      ;;
+    $object)
+      shift
+      ;;
+    *)
+      set fnord "$@" "$arg"
+      shift # fnord
+      shift # $arg
+      ;;
+    esac
+  done
+
+  "$@" -E |
+    sed -n -e '/^# [0-9][0-9]* "\([^"]*\)".*/ s:: \1 \\:p' \
+       -e '/^#line [0-9][0-9]* "\([^"]*\)".*/ s:: \1 \\:p' |
+    sed '$ s: \\$::' > "$tmpdepfile"
+  rm -f "$depfile"
+  echo "$object : \\" > "$depfile"
+  cat < "$tmpdepfile" >> "$depfile"
+  sed < "$tmpdepfile" '/^$/d;s/^ //;s/ \\$//;s/$/ :/' >> "$depfile"
+  rm -f "$tmpdepfile"
+  ;;
+
+msvisualcpp)
+  # Important note: in order to support this mode, a compiler *must*
+  # always write the preprocessed file to stdout.
+  "$@" || exit $?
+
+  # Remove the call to Libtool.
+  if test "$libtool" = yes; then
+    while test "X$1" != 'X--mode=compile'; do
+      shift
+    done
+    shift
+  fi
+
+  IFS=" "
+  for arg
+  do
+    case "$arg" in
+    -o)
+      shift
+      ;;
+    $object)
+      shift
+      ;;
+    "-Gm"|"/Gm"|"-Gi"|"/Gi"|"-ZI"|"/ZI")
+       set fnord "$@"
+       shift
+       shift
+       ;;
+    *)
+       set fnord "$@" "$arg"
+       shift
+       shift
+       ;;
+    esac
+  done
+  "$@" -E 2>/dev/null |
+  sed -n '/^#line [0-9][0-9]* "\([^"]*\)"/ s::\1:p' | $cygpath_u | sort -u > "$tmpdepfile"
+  rm -f "$depfile"
+  echo "$object : \\" > "$depfile"
+  sed < "$tmpdepfile" -n -e 's% %\\ %g' -e '/^\(.*\)$/ s::     \1 \\:p' >> "$depfile"
+  echo "       " >> "$depfile"
+  sed < "$tmpdepfile" -n -e 's% %\\ %g' -e '/^\(.*\)$/ s::\1\::p' >> "$depfile"
+  rm -f "$tmpdepfile"
+  ;;
+
+msvcmsys)
+  # This case exists only to let depend.m4 do its work.  It works by
+  # looking at the text of this script.  This case will never be run,
+  # since it is checked for above.
+  exit 1
+  ;;
+
+none)
+  exec "$@"
+  ;;
+
+*)
+  echo "Unknown depmode $depmode" 1>&2
+  exit 1
+  ;;
+esac
+
+exit 0
+
+# Local Variables:
+# mode: shell-script
+# sh-indentation: 2
+# eval: (add-hook 'write-file-hooks 'time-stamp)
+# time-stamp-start: "scriptversion="
+# time-stamp-format: "%:y-%02m-%02d.%02H"
+# time-stamp-time-zone: "UTC"
+# time-stamp-end: "; # UTC"
+# End:
diff --git a/binaries/src/clustalo/install-sh b/binaries/src/clustalo/install-sh
new file mode 100644 (file)
index 0000000..6781b98
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,520 @@
+#!/bin/sh
+# install - install a program, script, or datafile
+
+scriptversion=2009-04-28.21; # UTC
+
+# This originates from X11R5 (mit/util/scripts/install.sh), which was
+# later released in X11R6 (xc/config/util/install.sh) with the
+# following copyright and license.
+#
+# Copyright (C) 1994 X Consortium
+#
+# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
+# of this software and associated documentation files (the "Software"), to
+# deal in the Software without restriction, including without limitation the
+# rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or
+# sell copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
+# furnished to do so, subject to the following conditions:
+#
+# The above copyright notice and this permission notice shall be included in
+# all copies or substantial portions of the Software.
+#
+# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
+# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
+# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT.  IN NO EVENT SHALL THE
+# X CONSORTIUM BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN
+# AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNEC-
+# TION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE.
+#
+# Except as contained in this notice, the name of the X Consortium shall not
+# be used in advertising or otherwise to promote the sale, use or other deal-
+# ings in this Software without prior written authorization from the X Consor-
+# tium.
+#
+#
+# FSF changes to this file are in the public domain.
+#
+# Calling this script install-sh is preferred over install.sh, to prevent
+# `make' implicit rules from creating a file called install from it
+# when there is no Makefile.
+#
+# This script is compatible with the BSD install script, but was written
+# from scratch.
+
+nl='
+'
+IFS=" ""       $nl"
+
+# set DOITPROG to echo to test this script
+
+# Don't use :- since 4.3BSD and earlier shells don't like it.
+doit=${DOITPROG-}
+if test -z "$doit"; then
+  doit_exec=exec
+else
+  doit_exec=$doit
+fi
+
+# Put in absolute file names if you don't have them in your path;
+# or use environment vars.
+
+chgrpprog=${CHGRPPROG-chgrp}
+chmodprog=${CHMODPROG-chmod}
+chownprog=${CHOWNPROG-chown}
+cmpprog=${CMPPROG-cmp}
+cpprog=${CPPROG-cp}
+mkdirprog=${MKDIRPROG-mkdir}
+mvprog=${MVPROG-mv}
+rmprog=${RMPROG-rm}
+stripprog=${STRIPPROG-strip}
+
+posix_glob='?'
+initialize_posix_glob='
+  test "$posix_glob" != "?" || {
+    if (set -f) 2>/dev/null; then
+      posix_glob=
+    else
+      posix_glob=:
+    fi
+  }
+'
+
+posix_mkdir=
+
+# Desired mode of installed file.
+mode=0755
+
+chgrpcmd=
+chmodcmd=$chmodprog
+chowncmd=
+mvcmd=$mvprog
+rmcmd="$rmprog -f"
+stripcmd=
+
+src=
+dst=
+dir_arg=
+dst_arg=
+
+copy_on_change=false
+no_target_directory=
+
+usage="\
+Usage: $0 [OPTION]... [-T] SRCFILE DSTFILE
+   or: $0 [OPTION]... SRCFILES... DIRECTORY
+   or: $0 [OPTION]... -t DIRECTORY SRCFILES...
+   or: $0 [OPTION]... -d DIRECTORIES...
+
+In the 1st form, copy SRCFILE to DSTFILE.
+In the 2nd and 3rd, copy all SRCFILES to DIRECTORY.
+In the 4th, create DIRECTORIES.
+
+Options:
+     --help     display this help and exit.
+     --version  display version info and exit.
+
+  -c            (ignored)
+  -C            install only if different (preserve the last data modification time)
+  -d            create directories instead of installing files.
+  -g GROUP      $chgrpprog installed files to GROUP.
+  -m MODE       $chmodprog installed files to MODE.
+  -o USER       $chownprog installed files to USER.
+  -s            $stripprog installed files.
+  -t DIRECTORY  install into DIRECTORY.
+  -T            report an error if DSTFILE is a directory.
+
+Environment variables override the default commands:
+  CHGRPPROG CHMODPROG CHOWNPROG CMPPROG CPPROG MKDIRPROG MVPROG
+  RMPROG STRIPPROG
+"
+
+while test $# -ne 0; do
+  case $1 in
+    -c) ;;
+
+    -C) copy_on_change=true;;
+
+    -d) dir_arg=true;;
+
+    -g) chgrpcmd="$chgrpprog $2"
+       shift;;
+
+    --help) echo "$usage"; exit $?;;
+
+    -m) mode=$2
+       case $mode in
+         *' '* | *'    '* | *'
+'*       | *'*'* | *'?'* | *'['*)
+           echo "$0: invalid mode: $mode" >&2
+           exit 1;;
+       esac
+       shift;;
+
+    -o) chowncmd="$chownprog $2"
+       shift;;
+
+    -s) stripcmd=$stripprog;;
+
+    -t) dst_arg=$2
+       shift;;
+
+    -T) no_target_directory=true;;
+
+    --version) echo "$0 $scriptversion"; exit $?;;
+
+    --)        shift
+       break;;
+
+    -*)        echo "$0: invalid option: $1" >&2
+       exit 1;;
+
+    *)  break;;
+  esac
+  shift
+done
+
+if test $# -ne 0 && test -z "$dir_arg$dst_arg"; then
+  # When -d is used, all remaining arguments are directories to create.
+  # When -t is used, the destination is already specified.
+  # Otherwise, the last argument is the destination.  Remove it from $@.
+  for arg
+  do
+    if test -n "$dst_arg"; then
+      # $@ is not empty: it contains at least $arg.
+      set fnord "$@" "$dst_arg"
+      shift # fnord
+    fi
+    shift # arg
+    dst_arg=$arg
+  done
+fi
+
+if test $# -eq 0; then
+  if test -z "$dir_arg"; then
+    echo "$0: no input file specified." >&2
+    exit 1
+  fi
+  # It's OK to call `install-sh -d' without argument.
+  # This can happen when creating conditional directories.
+  exit 0
+fi
+
+if test -z "$dir_arg"; then
+  trap '(exit $?); exit' 1 2 13 15
+
+  # Set umask so as not to create temps with too-generous modes.
+  # However, 'strip' requires both read and write access to temps.
+  case $mode in
+    # Optimize common cases.
+    *644) cp_umask=133;;
+    *755) cp_umask=22;;
+
+    *[0-7])
+      if test -z "$stripcmd"; then
+       u_plus_rw=
+      else
+       u_plus_rw='% 200'
+      fi
+      cp_umask=`expr '(' 777 - $mode % 1000 ')' $u_plus_rw`;;
+    *)
+      if test -z "$stripcmd"; then
+       u_plus_rw=
+      else
+       u_plus_rw=,u+rw
+      fi
+      cp_umask=$mode$u_plus_rw;;
+  esac
+fi
+
+for src
+do
+  # Protect names starting with `-'.
+  case $src in
+    -*) src=./$src;;
+  esac
+
+  if test -n "$dir_arg"; then
+    dst=$src
+    dstdir=$dst
+    test -d "$dstdir"
+    dstdir_status=$?
+  else
+
+    # Waiting for this to be detected by the "$cpprog $src $dsttmp" command
+    # might cause directories to be created, which would be especially bad
+    # if $src (and thus $dsttmp) contains '*'.
+    if test ! -f "$src" && test ! -d "$src"; then
+      echo "$0: $src does not exist." >&2
+      exit 1
+    fi
+
+    if test -z "$dst_arg"; then
+      echo "$0: no destination specified." >&2
+      exit 1
+    fi
+
+    dst=$dst_arg
+    # Protect names starting with `-'.
+    case $dst in
+      -*) dst=./$dst;;
+    esac
+
+    # If destination is a directory, append the input filename; won't work
+    # if double slashes aren't ignored.
+    if test -d "$dst"; then
+      if test -n "$no_target_directory"; then
+       echo "$0: $dst_arg: Is a directory" >&2
+       exit 1
+      fi
+      dstdir=$dst
+      dst=$dstdir/`basename "$src"`
+      dstdir_status=0
+    else
+      # Prefer dirname, but fall back on a substitute if dirname fails.
+      dstdir=`
+       (dirname "$dst") 2>/dev/null ||
+       expr X"$dst" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+            X"$dst" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+            X"$dst" : 'X\(//\)$' \| \
+            X"$dst" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+       echo X"$dst" |
+           sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+                  s//\1/
+                  q
+                }
+                /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+                  s//\1/
+                  q
+                }
+                /^X\(\/\/\)$/{
+                  s//\1/
+                  q
+                }
+                /^X\(\/\).*/{
+                  s//\1/
+                  q
+                }
+                s/.*/./; q'
+      `
+
+      test -d "$dstdir"
+      dstdir_status=$?
+    fi
+  fi
+
+  obsolete_mkdir_used=false
+
+  if test $dstdir_status != 0; then
+    case $posix_mkdir in
+      '')
+       # Create intermediate dirs using mode 755 as modified by the umask.
+       # This is like FreeBSD 'install' as of 1997-10-28.
+       umask=`umask`
+       case $stripcmd.$umask in
+         # Optimize common cases.
+         *[2367][2367]) mkdir_umask=$umask;;
+         .*0[02][02] | .[02][02] | .[02]) mkdir_umask=22;;
+
+         *[0-7])
+           mkdir_umask=`expr $umask + 22 \
+             - $umask % 100 % 40 + $umask % 20 \
+             - $umask % 10 % 4 + $umask % 2
+           `;;
+         *) mkdir_umask=$umask,go-w;;
+       esac
+
+       # With -d, create the new directory with the user-specified mode.
+       # Otherwise, rely on $mkdir_umask.
+       if test -n "$dir_arg"; then
+         mkdir_mode=-m$mode
+       else
+         mkdir_mode=
+       fi
+
+       posix_mkdir=false
+       case $umask in
+         *[123567][0-7][0-7])
+           # POSIX mkdir -p sets u+wx bits regardless of umask, which
+           # is incompatible with FreeBSD 'install' when (umask & 300) != 0.
+           ;;
+         *)
+           tmpdir=${TMPDIR-/tmp}/ins$RANDOM-$$
+           trap 'ret=$?; rmdir "$tmpdir/d" "$tmpdir" 2>/dev/null; exit $ret' 0
+
+           if (umask $mkdir_umask &&
+               exec $mkdirprog $mkdir_mode -p -- "$tmpdir/d") >/dev/null 2>&1
+           then
+             if test -z "$dir_arg" || {
+                  # Check for POSIX incompatibilities with -m.
+                  # HP-UX 11.23 and IRIX 6.5 mkdir -m -p sets group- or
+                  # other-writeable bit of parent directory when it shouldn't.
+                  # FreeBSD 6.1 mkdir -m -p sets mode of existing directory.
+                  ls_ld_tmpdir=`ls -ld "$tmpdir"`
+                  case $ls_ld_tmpdir in
+                    d????-?r-*) different_mode=700;;
+                    d????-?--*) different_mode=755;;
+                    *) false;;
+                  esac &&
+                  $mkdirprog -m$different_mode -p -- "$tmpdir" && {
+                    ls_ld_tmpdir_1=`ls -ld "$tmpdir"`
+                    test "$ls_ld_tmpdir" = "$ls_ld_tmpdir_1"
+                  }
+                }
+             then posix_mkdir=:
+             fi
+             rmdir "$tmpdir/d" "$tmpdir"
+           else
+             # Remove any dirs left behind by ancient mkdir implementations.
+             rmdir ./$mkdir_mode ./-p ./-- 2>/dev/null
+           fi
+           trap '' 0;;
+       esac;;
+    esac
+
+    if
+      $posix_mkdir && (
+       umask $mkdir_umask &&
+       $doit_exec $mkdirprog $mkdir_mode -p -- "$dstdir"
+      )
+    then :
+    else
+
+      # The umask is ridiculous, or mkdir does not conform to POSIX,
+      # or it failed possibly due to a race condition.  Create the
+      # directory the slow way, step by step, checking for races as we go.
+
+      case $dstdir in
+       /*) prefix='/';;
+       -*) prefix='./';;
+       *)  prefix='';;
+      esac
+
+      eval "$initialize_posix_glob"
+
+      oIFS=$IFS
+      IFS=/
+      $posix_glob set -f
+      set fnord $dstdir
+      shift
+      $posix_glob set +f
+      IFS=$oIFS
+
+      prefixes=
+
+      for d
+      do
+       test -z "$d" && continue
+
+       prefix=$prefix$d
+       if test -d "$prefix"; then
+         prefixes=
+       else
+         if $posix_mkdir; then
+           (umask=$mkdir_umask &&
+            $doit_exec $mkdirprog $mkdir_mode -p -- "$dstdir") && break
+           # Don't fail if two instances are running concurrently.
+           test -d "$prefix" || exit 1
+         else
+           case $prefix in
+             *\'*) qprefix=`echo "$prefix" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;;
+             *) qprefix=$prefix;;
+           esac
+           prefixes="$prefixes '$qprefix'"
+         fi
+       fi
+       prefix=$prefix/
+      done
+
+      if test -n "$prefixes"; then
+       # Don't fail if two instances are running concurrently.
+       (umask $mkdir_umask &&
+        eval "\$doit_exec \$mkdirprog $prefixes") ||
+         test -d "$dstdir" || exit 1
+       obsolete_mkdir_used=true
+      fi
+    fi
+  fi
+
+  if test -n "$dir_arg"; then
+    { test -z "$chowncmd" || $doit $chowncmd "$dst"; } &&
+    { test -z "$chgrpcmd" || $doit $chgrpcmd "$dst"; } &&
+    { test "$obsolete_mkdir_used$chowncmd$chgrpcmd" = false ||
+      test -z "$chmodcmd" || $doit $chmodcmd $mode "$dst"; } || exit 1
+  else
+
+    # Make a couple of temp file names in the proper directory.
+    dsttmp=$dstdir/_inst.$$_
+    rmtmp=$dstdir/_rm.$$_
+
+    # Trap to clean up those temp files at exit.
+    trap 'ret=$?; rm -f "$dsttmp" "$rmtmp" && exit $ret' 0
+
+    # Copy the file name to the temp name.
+    (umask $cp_umask && $doit_exec $cpprog "$src" "$dsttmp") &&
+
+    # and set any options; do chmod last to preserve setuid bits.
+    #
+    # If any of these fail, we abort the whole thing.  If we want to
+    # ignore errors from any of these, just make sure not to ignore
+    # errors from the above "$doit $cpprog $src $dsttmp" command.
+    #
+    { test -z "$chowncmd" || $doit $chowncmd "$dsttmp"; } &&
+    { test -z "$chgrpcmd" || $doit $chgrpcmd "$dsttmp"; } &&
+    { test -z "$stripcmd" || $doit $stripcmd "$dsttmp"; } &&
+    { test -z "$chmodcmd" || $doit $chmodcmd $mode "$dsttmp"; } &&
+
+    # If -C, don't bother to copy if it wouldn't change the file.
+    if $copy_on_change &&
+       old=`LC_ALL=C ls -dlL "$dst"    2>/dev/null` &&
+       new=`LC_ALL=C ls -dlL "$dsttmp" 2>/dev/null` &&
+
+       eval "$initialize_posix_glob" &&
+       $posix_glob set -f &&
+       set X $old && old=:$2:$4:$5:$6 &&
+       set X $new && new=:$2:$4:$5:$6 &&
+       $posix_glob set +f &&
+
+       test "$old" = "$new" &&
+       $cmpprog "$dst" "$dsttmp" >/dev/null 2>&1
+    then
+      rm -f "$dsttmp"
+    else
+      # Rename the file to the real destination.
+      $doit $mvcmd -f "$dsttmp" "$dst" 2>/dev/null ||
+
+      # The rename failed, perhaps because mv can't rename something else
+      # to itself, or perhaps because mv is so ancient that it does not
+      # support -f.
+      {
+       # Now remove or move aside any old file at destination location.
+       # We try this two ways since rm can't unlink itself on some
+       # systems and the destination file might be busy for other
+       # reasons.  In this case, the final cleanup might fail but the new
+       # file should still install successfully.
+       {
+         test ! -f "$dst" ||
+         $doit $rmcmd -f "$dst" 2>/dev/null ||
+         { $doit $mvcmd -f "$dst" "$rmtmp" 2>/dev/null &&
+           { $doit $rmcmd -f "$rmtmp" 2>/dev/null; :; }
+         } ||
+         { echo "$0: cannot unlink or rename $dst" >&2
+           (exit 1); exit 1
+         }
+       } &&
+
+       # Now rename the file to the real destination.
+       $doit $mvcmd "$dsttmp" "$dst"
+      }
+    fi || exit 1
+
+    trap '' 0
+  fi
+done
+
+# Local variables:
+# eval: (add-hook 'write-file-hooks 'time-stamp)
+# time-stamp-start: "scriptversion="
+# time-stamp-format: "%:y-%02m-%02d.%02H"
+# time-stamp-time-zone: "UTC"
+# time-stamp-end: "; # UTC"
+# End:
diff --git a/binaries/src/clustalo/ltmain.sh b/binaries/src/clustalo/ltmain.sh
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b612e9a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,8412 @@
+# Generated from ltmain.m4sh.
+
+# ltmain.sh (GNU libtool) 2.2.6
+# Written by Gordon Matzigkeit <gord@gnu.ai.mit.edu>, 1996
+
+# Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007 2008 Free Software Foundation, Inc.
+# This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
+# warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
+
+# GNU Libtool is free software; you can redistribute it and/or modify
+# it under the terms of the GNU General Public License as published by
+# the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
+# (at your option) any later version.
+#
+# As a special exception to the GNU General Public License,
+# if you distribute this file as part of a program or library that
+# is built using GNU Libtool, you may include this file under the
+# same distribution terms that you use for the rest of that program.
+#
+# GNU Libtool is distributed in the hope that it will be useful, but
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
+# General Public License for more details.
+#
+# You should have received a copy of the GNU General Public License
+# along with GNU Libtool; see the file COPYING.  If not, a copy
+# can be downloaded from http://www.gnu.org/licenses/gpl.html,
+# or obtained by writing to the Free Software Foundation, Inc.,
+# 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
+
+# Usage: $progname [OPTION]... [MODE-ARG]...
+#
+# Provide generalized library-building support services.
+#
+#     --config             show all configuration variables
+#     --debug              enable verbose shell tracing
+# -n, --dry-run            display commands without modifying any files
+#     --features           display basic configuration information and exit
+#     --mode=MODE          use operation mode MODE
+#     --preserve-dup-deps  don't remove duplicate dependency libraries
+#     --quiet, --silent    don't print informational messages
+#     --tag=TAG            use configuration variables from tag TAG
+# -v, --verbose            print informational messages (default)
+#     --version            print version information
+# -h, --help               print short or long help message
+#
+# MODE must be one of the following:
+#
+#       clean              remove files from the build directory
+#       compile            compile a source file into a libtool object
+#       execute            automatically set library path, then run a program
+#       finish             complete the installation of libtool libraries
+#       install            install libraries or executables
+#       link               create a library or an executable
+#       uninstall          remove libraries from an installed directory
+#
+# MODE-ARGS vary depending on the MODE.
+# Try `$progname --help --mode=MODE' for a more detailed description of MODE.
+#
+# When reporting a bug, please describe a test case to reproduce it and
+# include the following information:
+#
+#       host-triplet:  $host
+#       shell:         $SHELL
+#       compiler:              $LTCC
+#       compiler flags:                $LTCFLAGS
+#       linker:                $LD (gnu? $with_gnu_ld)
+#       $progname:             (GNU libtool) 2.2.6 Debian-2.2.6a-1ubuntu1
+#       automake:              $automake_version
+#       autoconf:              $autoconf_version
+#
+# Report bugs to <bug-libtool@gnu.org>.
+
+PROGRAM=ltmain.sh
+PACKAGE=libtool
+VERSION="2.2.6 Debian-2.2.6a-1ubuntu1"
+TIMESTAMP=""
+package_revision=1.3012
+
+# Be Bourne compatible
+if test -n "${ZSH_VERSION+set}" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then
+  emulate sh
+  NULLCMD=:
+  # Zsh 3.x and 4.x performs word splitting on ${1+"$@"}, which
+  # is contrary to our usage.  Disable this feature.
+  alias -g '${1+"$@"}'='"$@"'
+  setopt NO_GLOB_SUBST
+else
+  case `(set -o) 2>/dev/null` in *posix*) set -o posix;; esac
+fi
+BIN_SH=xpg4; export BIN_SH # for Tru64
+DUALCASE=1; export DUALCASE # for MKS sh
+
+# NLS nuisances: We save the old values to restore during execute mode.
+# Only set LANG and LC_ALL to C if already set.
+# These must not be set unconditionally because not all systems understand
+# e.g. LANG=C (notably SCO).
+lt_user_locale=
+lt_safe_locale=
+for lt_var in LANG LANGUAGE LC_ALL LC_CTYPE LC_COLLATE LC_MESSAGES
+do
+  eval "if test \"\${$lt_var+set}\" = set; then
+          save_$lt_var=\$$lt_var
+          $lt_var=C
+         export $lt_var
+         lt_user_locale=\"$lt_var=\\\$save_\$lt_var; \$lt_user_locale\"
+         lt_safe_locale=\"$lt_var=C; \$lt_safe_locale\"
+       fi"
+done
+
+$lt_unset CDPATH
+
+
+
+
+
+: ${CP="cp -f"}
+: ${ECHO="echo"}
+: ${EGREP="/bin/grep -E"}
+: ${FGREP="/bin/grep -F"}
+: ${GREP="/bin/grep"}
+: ${LN_S="ln -s"}
+: ${MAKE="make"}
+: ${MKDIR="mkdir"}
+: ${MV="mv -f"}
+: ${RM="rm -f"}
+: ${SED="/bin/sed"}
+: ${SHELL="${CONFIG_SHELL-/bin/sh}"}
+: ${Xsed="$SED -e 1s/^X//"}
+
+# Global variables:
+EXIT_SUCCESS=0
+EXIT_FAILURE=1
+EXIT_MISMATCH=63  # $? = 63 is used to indicate version mismatch to missing.
+EXIT_SKIP=77     # $? = 77 is used to indicate a skipped test to automake.
+
+exit_status=$EXIT_SUCCESS
+
+# Make sure IFS has a sensible default
+lt_nl='
+'
+IFS="  $lt_nl"
+
+dirname="s,/[^/]*$,,"
+basename="s,^.*/,,"
+
+# func_dirname_and_basename file append nondir_replacement
+# perform func_basename and func_dirname in a single function
+# call:
+#   dirname:  Compute the dirname of FILE.  If nonempty,
+#             add APPEND to the result, otherwise set result
+#             to NONDIR_REPLACEMENT.
+#             value returned in "$func_dirname_result"
+#   basename: Compute filename of FILE.
+#             value retuned in "$func_basename_result"
+# Implementation must be kept synchronized with func_dirname
+# and func_basename. For efficiency, we do not delegate to
+# those functions but instead duplicate the functionality here.
+func_dirname_and_basename ()
+{
+  # Extract subdirectory from the argument.
+  func_dirname_result=`$ECHO "X${1}" | $Xsed -e "$dirname"`
+  if test "X$func_dirname_result" = "X${1}"; then
+    func_dirname_result="${3}"
+  else
+    func_dirname_result="$func_dirname_result${2}"
+  fi
+  func_basename_result=`$ECHO "X${1}" | $Xsed -e "$basename"`
+}
+
+# Generated shell functions inserted here.
+
+# Work around backward compatibility issue on IRIX 6.5. On IRIX 6.4+, sh
+# is ksh but when the shell is invoked as "sh" and the current value of
+# the _XPG environment variable is not equal to 1 (one), the special
+# positional parameter $0, within a function call, is the name of the
+# function.
+progpath="$0"
+
+# The name of this program:
+# In the unlikely event $progname began with a '-', it would play havoc with
+# func_echo (imagine progname=-n), so we prepend ./ in that case:
+func_dirname_and_basename "$progpath"
+progname=$func_basename_result
+case $progname in
+  -*) progname=./$progname ;;
+esac
+
+# Make sure we have an absolute path for reexecution:
+case $progpath in
+  [\\/]*|[A-Za-z]:\\*) ;;
+  *[\\/]*)
+     progdir=$func_dirname_result
+     progdir=`cd "$progdir" && pwd`
+     progpath="$progdir/$progname"
+     ;;
+  *)
+     save_IFS="$IFS"
+     IFS=:
+     for progdir in $PATH; do
+       IFS="$save_IFS"
+       test -x "$progdir/$progname" && break
+     done
+     IFS="$save_IFS"
+     test -n "$progdir" || progdir=`pwd`
+     progpath="$progdir/$progname"
+     ;;
+esac
+
+# Sed substitution that helps us do robust quoting.  It backslashifies
+# metacharacters that are still active within double-quoted strings.
+Xsed="${SED}"' -e 1s/^X//'
+sed_quote_subst='s/\([`"$\\]\)/\\\1/g'
+
+# Same as above, but do not quote variable references.
+double_quote_subst='s/\(["`\\]\)/\\\1/g'
+
+# Re-`\' parameter expansions in output of double_quote_subst that were
+# `\'-ed in input to the same.  If an odd number of `\' preceded a '$'
+# in input to double_quote_subst, that '$' was protected from expansion.
+# Since each input `\' is now two `\'s, look for any number of runs of
+# four `\'s followed by two `\'s and then a '$'.  `\' that '$'.
+bs='\\'
+bs2='\\\\'
+bs4='\\\\\\\\'
+dollar='\$'
+sed_double_backslash="\
+  s/$bs4/&\\
+/g
+  s/^$bs2$dollar/$bs&/
+  s/\\([^$bs]\\)$bs2$dollar/\\1$bs2$bs$dollar/g
+  s/\n//g"
+
+# Standard options:
+opt_dry_run=false
+opt_help=false
+opt_quiet=false
+opt_verbose=false
+opt_warning=:
+
+# func_echo arg...
+# Echo program name prefixed message, along with the current mode
+# name if it has been set yet.
+func_echo ()
+{
+    $ECHO "$progname${mode+: }$mode: $*"
+}
+
+# func_verbose arg...
+# Echo program name prefixed message in verbose mode only.
+func_verbose ()
+{
+    $opt_verbose && func_echo ${1+"$@"}
+
+    # A bug in bash halts the script if the last line of a function
+    # fails when set -e is in force, so we need another command to
+    # work around that:
+    :
+}
+
+# func_error arg...
+# Echo program name prefixed message to standard error.
+func_error ()
+{
+    $ECHO "$progname${mode+: }$mode: "${1+"$@"} 1>&2
+}
+
+# func_warning arg...
+# Echo program name prefixed warning message to standard error.
+func_warning ()
+{
+    $opt_warning && $ECHO "$progname${mode+: }$mode: warning: "${1+"$@"} 1>&2
+
+    # bash bug again:
+    :
+}
+
+# func_fatal_error arg...
+# Echo program name prefixed message to standard error, and exit.
+func_fatal_error ()
+{
+    func_error ${1+"$@"}
+    exit $EXIT_FAILURE
+}
+
+# func_fatal_help arg...
+# Echo program name prefixed message to standard error, followed by
+# a help hint, and exit.
+func_fatal_help ()
+{
+    func_error ${1+"$@"}
+    func_fatal_error "$help"
+}
+help="Try \`$progname --help' for more information."  ## default
+
+
+# func_grep expression filename
+# Check whether EXPRESSION matches any line of FILENAME, without output.
+func_grep ()
+{
+    $GREP "$1" "$2" >/dev/null 2>&1
+}
+
+
+# func_mkdir_p directory-path
+# Make sure the entire path to DIRECTORY-PATH is available.
+func_mkdir_p ()
+{
+    my_directory_path="$1"
+    my_dir_list=
+
+    if test -n "$my_directory_path" && test "$opt_dry_run" != ":"; then
+
+      # Protect directory names starting with `-'
+      case $my_directory_path in
+        -*) my_directory_path="./$my_directory_path" ;;
+      esac
+
+      # While some portion of DIR does not yet exist...
+      while test ! -d "$my_directory_path"; do
+        # ...make a list in topmost first order.  Use a colon delimited
+       # list incase some portion of path contains whitespace.
+        my_dir_list="$my_directory_path:$my_dir_list"
+
+        # If the last portion added has no slash in it, the list is done
+        case $my_directory_path in */*) ;; *) break ;; esac
+
+        # ...otherwise throw away the child directory and loop
+        my_directory_path=`$ECHO "X$my_directory_path" | $Xsed -e "$dirname"`
+      done
+      my_dir_list=`$ECHO "X$my_dir_list" | $Xsed -e 's,:*$,,'`
+
+      save_mkdir_p_IFS="$IFS"; IFS=':'
+      for my_dir in $my_dir_list; do
+       IFS="$save_mkdir_p_IFS"
+        # mkdir can fail with a `File exist' error if two processes
+        # try to create one of the directories concurrently.  Don't
+        # stop in that case!
+        $MKDIR "$my_dir" 2>/dev/null || :
+      done
+      IFS="$save_mkdir_p_IFS"
+
+      # Bail out if we (or some other process) failed to create a directory.
+      test -d "$my_directory_path" || \
+        func_fatal_error "Failed to create \`$1'"
+    fi
+}
+
+
+# func_mktempdir [string]
+# Make a temporary directory that won't clash with other running
+# libtool processes, and avoids race conditions if possible.  If
+# given, STRING is the basename for that directory.
+func_mktempdir ()
+{
+    my_template="${TMPDIR-/tmp}/${1-$progname}"
+
+    if test "$opt_dry_run" = ":"; then
+      # Return a directory name, but don't create it in dry-run mode
+      my_tmpdir="${my_template}-$$"
+    else
+
+      # If mktemp works, use that first and foremost
+      my_tmpdir=`mktemp -d "${my_template}-XXXXXXXX" 2>/dev/null`
+
+      if test ! -d "$my_tmpdir"; then
+        # Failing that, at least try and use $RANDOM to avoid a race
+        my_tmpdir="${my_template}-${RANDOM-0}$$"
+
+        save_mktempdir_umask=`umask`
+        umask 0077
+        $MKDIR "$my_tmpdir"
+        umask $save_mktempdir_umask
+      fi
+
+      # If we're not in dry-run mode, bomb out on failure
+      test -d "$my_tmpdir" || \
+        func_fatal_error "cannot create temporary directory \`$my_tmpdir'"
+    fi
+
+    $ECHO "X$my_tmpdir" | $Xsed
+}
+
+
+# func_quote_for_eval arg
+# Aesthetically quote ARG to be evaled later.
+# This function returns two values: FUNC_QUOTE_FOR_EVAL_RESULT
+# is double-quoted, suitable for a subsequent eval, whereas
+# FUNC_QUOTE_FOR_EVAL_UNQUOTED_RESULT has merely all characters
+# which are still active within double quotes backslashified.
+func_quote_for_eval ()
+{
+    case $1 in
+      *[\\\`\"\$]*)
+       func_quote_for_eval_unquoted_result=`$ECHO "X$1" | $Xsed -e "$sed_quote_subst"` ;;
+      *)
+        func_quote_for_eval_unquoted_result="$1" ;;
+    esac
+
+    case $func_quote_for_eval_unquoted_result in
+      # Double-quote args containing shell metacharacters to delay
+      # word splitting, command substitution and and variable
+      # expansion for a subsequent eval.
+      # Many Bourne shells cannot handle close brackets correctly
+      # in scan sets, so we specify it separately.
+      *[\[\~\#\^\&\*\(\)\{\}\|\;\<\>\?\'\ \    ]*|*]*|"")
+        func_quote_for_eval_result="\"$func_quote_for_eval_unquoted_result\""
+        ;;
+      *)
+        func_quote_for_eval_result="$func_quote_for_eval_unquoted_result"
+    esac
+}
+
+
+# func_quote_for_expand arg
+# Aesthetically quote ARG to be evaled later; same as above,
+# but do not quote variable references.
+func_quote_for_expand ()
+{
+    case $1 in
+      *[\\\`\"]*)
+       my_arg=`$ECHO "X$1" | $Xsed \
+           -e "$double_quote_subst" -e "$sed_double_backslash"` ;;
+      *)
+        my_arg="$1" ;;
+    esac
+
+    case $my_arg in
+      # Double-quote args containing shell metacharacters to delay
+      # word splitting and command substitution for a subsequent eval.
+      # Many Bourne shells cannot handle close brackets correctly
+      # in scan sets, so we specify it separately.
+      *[\[\~\#\^\&\*\(\)\{\}\|\;\<\>\?\'\ \    ]*|*]*|"")
+        my_arg="\"$my_arg\""
+        ;;
+    esac
+
+    func_quote_for_expand_result="$my_arg"
+}
+
+
+# func_show_eval cmd [fail_exp]
+# Unless opt_silent is true, then output CMD.  Then, if opt_dryrun is
+# not true, evaluate CMD.  If the evaluation of CMD fails, and FAIL_EXP
+# is given, then evaluate it.
+func_show_eval ()
+{
+    my_cmd="$1"
+    my_fail_exp="${2-:}"
+
+    ${opt_silent-false} || {
+      func_quote_for_expand "$my_cmd"
+      eval "func_echo $func_quote_for_expand_result"
+    }
+
+    if ${opt_dry_run-false}; then :; else
+      eval "$my_cmd"
+      my_status=$?
+      if test "$my_status" -eq 0; then :; else
+       eval "(exit $my_status); $my_fail_exp"
+      fi
+    fi
+}
+
+
+# func_show_eval_locale cmd [fail_exp]
+# Unless opt_silent is true, then output CMD.  Then, if opt_dryrun is
+# not true, evaluate CMD.  If the evaluation of CMD fails, and FAIL_EXP
+# is given, then evaluate it.  Use the saved locale for evaluation.
+func_show_eval_locale ()
+{
+    my_cmd="$1"
+    my_fail_exp="${2-:}"
+
+    ${opt_silent-false} || {
+      func_quote_for_expand "$my_cmd"
+      eval "func_echo $func_quote_for_expand_result"
+    }
+
+    if ${opt_dry_run-false}; then :; else
+      eval "$lt_user_locale
+           $my_cmd"
+      my_status=$?
+      eval "$lt_safe_locale"
+      if test "$my_status" -eq 0; then :; else
+       eval "(exit $my_status); $my_fail_exp"
+      fi
+    fi
+}
+
+
+
+
+
+# func_version
+# Echo version message to standard output and exit.
+func_version ()
+{
+    $SED -n '/^# '$PROGRAM' (GNU /,/# warranty; / {
+        s/^# //
+       s/^# *$//
+        s/\((C)\)[ 0-9,-]*\( [1-9][0-9]*\)/\1\2/
+        p
+     }' < "$progpath"
+     exit $?
+}
+
+# func_usage
+# Echo short help message to standard output and exit.
+func_usage ()
+{
+    $SED -n '/^# Usage:/,/# -h/ {
+        s/^# //
+       s/^# *$//
+       s/\$progname/'$progname'/
+       p
+    }' < "$progpath"
+    $ECHO
+    $ECHO "run \`$progname --help | more' for full usage"
+    exit $?
+}
+
+# func_help
+# Echo long help message to standard output and exit.
+func_help ()
+{
+    $SED -n '/^# Usage:/,/# Report bugs to/ {
+        s/^# //
+       s/^# *$//
+       s*\$progname*'$progname'*
+       s*\$host*'"$host"'*
+       s*\$SHELL*'"$SHELL"'*
+       s*\$LTCC*'"$LTCC"'*
+       s*\$LTCFLAGS*'"$LTCFLAGS"'*
+       s*\$LD*'"$LD"'*
+       s/\$with_gnu_ld/'"$with_gnu_ld"'/
+       s/\$automake_version/'"`(automake --version) 2>/dev/null |$SED 1q`"'/
+       s/\$autoconf_version/'"`(autoconf --version) 2>/dev/null |$SED 1q`"'/
+       p
+     }' < "$progpath"
+    exit $?
+}
+
+# func_missing_arg argname
+# Echo program name prefixed message to standard error and set global
+# exit_cmd.
+func_missing_arg ()
+{
+    func_error "missing argument for $1"
+    exit_cmd=exit
+}
+
+exit_cmd=:
+
+
+
+
+
+# Check that we have a working $ECHO.
+if test "X$1" = X--no-reexec; then
+  # Discard the --no-reexec flag, and continue.
+  shift
+elif test "X$1" = X--fallback-echo; then
+  # Avoid inline document here, it may be left over
+  :
+elif test "X`{ $ECHO '\t'; } 2>/dev/null`" = 'X\t'; then
+  # Yippee, $ECHO works!
+  :
+else
+  # Restart under the correct shell, and then maybe $ECHO will work.
+  exec $SHELL "$progpath" --no-reexec ${1+"$@"}
+fi
+
+if test "X$1" = X--fallback-echo; then
+  # used as fallback echo
+  shift
+  cat <<EOF
+$*
+EOF
+  exit $EXIT_SUCCESS
+fi
+
+magic="%%%MAGIC variable%%%"
+magic_exe="%%%MAGIC EXE variable%%%"
+
+# Global variables.
+# $mode is unset
+nonopt=
+execute_dlfiles=
+preserve_args=
+lo2o="s/\\.lo\$/.${objext}/"
+o2lo="s/\\.${objext}\$/.lo/"
+extracted_archives=
+extracted_serial=0
+
+opt_dry_run=false
+opt_duplicate_deps=false
+opt_silent=false
+opt_debug=:
+
+# If this variable is set in any of the actions, the command in it
+# will be execed at the end.  This prevents here-documents from being
+# left over by shells.
+exec_cmd=
+
+# func_fatal_configuration arg...
+# Echo program name prefixed message to standard error, followed by
+# a configuration failure hint, and exit.
+func_fatal_configuration ()
+{
+    func_error ${1+"$@"}
+    func_error "See the $PACKAGE documentation for more information."
+    func_fatal_error "Fatal configuration error."
+}
+
+
+# func_config
+# Display the configuration for all the tags in this script.
+func_config ()
+{
+    re_begincf='^# ### BEGIN LIBTOOL'
+    re_endcf='^# ### END LIBTOOL'
+
+    # Default configuration.
+    $SED "1,/$re_begincf CONFIG/d;/$re_endcf CONFIG/,\$d" < "$progpath"
+
+    # Now print the configurations for the tags.
+    for tagname in $taglist; do
+      $SED -n "/$re_begincf TAG CONFIG: $tagname\$/,/$re_endcf TAG CONFIG: $tagname\$/p" < "$progpath"
+    done
+
+    exit $?
+}
+
+# func_features
+# Display the features supported by this script.
+func_features ()
+{
+    $ECHO "host: $host"
+    if test "$build_libtool_libs" = yes; then
+      $ECHO "enable shared libraries"
+    else
+      $ECHO "disable shared libraries"
+    fi
+    if test "$build_old_libs" = yes; then
+      $ECHO "enable static libraries"
+    else
+      $ECHO "disable static libraries"
+    fi
+
+    exit $?
+}
+
+# func_enable_tag tagname
+# Verify that TAGNAME is valid, and either flag an error and exit, or
+# enable the TAGNAME tag.  We also add TAGNAME to the global $taglist
+# variable here.
+func_enable_tag ()
+{
+  # Global variable:
+  tagname="$1"
+
+  re_begincf="^# ### BEGIN LIBTOOL TAG CONFIG: $tagname\$"
+  re_endcf="^# ### END LIBTOOL TAG CONFIG: $tagname\$"
+  sed_extractcf="/$re_begincf/,/$re_endcf/p"
+
+  # Validate tagname.
+  case $tagname in
+    *[!-_A-Za-z0-9,/]*)
+      func_fatal_error "invalid tag name: $tagname"
+      ;;
+  esac
+
+  # Don't test for the "default" C tag, as we know it's
+  # there but not specially marked.
+  case $tagname in
+    CC) ;;
+    *)
+      if $GREP "$re_begincf" "$progpath" >/dev/null 2>&1; then
+       taglist="$taglist $tagname"
+
+       # Evaluate the configuration.  Be careful to quote the path
+       # and the sed script, to avoid splitting on whitespace, but
+       # also don't use non-portable quotes within backquotes within
+       # quotes we have to do it in 2 steps:
+       extractedcf=`$SED -n -e "$sed_extractcf" < "$progpath"`
+       eval "$extractedcf"
+      else
+       func_error "ignoring unknown tag $tagname"
+      fi
+      ;;
+  esac
+}
+
+# Parse options once, thoroughly.  This comes as soon as possible in
+# the script to make things like `libtool --version' happen quickly.
+{
+
+  # Shorthand for --mode=foo, only valid as the first argument
+  case $1 in
+  clean|clea|cle|cl)
+    shift; set dummy --mode clean ${1+"$@"}; shift
+    ;;
+  compile|compil|compi|comp|com|co|c)
+    shift; set dummy --mode compile ${1+"$@"}; shift
+    ;;
+  execute|execut|execu|exec|exe|ex|e)
+    shift; set dummy --mode execute ${1+"$@"}; shift
+    ;;
+  finish|finis|fini|fin|fi|f)
+    shift; set dummy --mode finish ${1+"$@"}; shift
+    ;;
+  install|instal|insta|inst|ins|in|i)
+    shift; set dummy --mode install ${1+"$@"}; shift
+    ;;
+  link|lin|li|l)
+    shift; set dummy --mode link ${1+"$@"}; shift
+    ;;
+  uninstall|uninstal|uninsta|uninst|unins|unin|uni|un|u)
+    shift; set dummy --mode uninstall ${1+"$@"}; shift
+    ;;
+  esac
+
+  # Parse non-mode specific arguments:
+  while test "$#" -gt 0; do
+    opt="$1"
+    shift
+
+    case $opt in
+      --config)                func_config                                     ;;
+
+      --debug)         preserve_args="$preserve_args $opt"
+                       func_echo "enabling shell trace mode"
+                       opt_debug='set -x'
+                       $opt_debug
+                       ;;
+
+      -dlopen)         test "$#" -eq 0 && func_missing_arg "$opt" && break
+                       execute_dlfiles="$execute_dlfiles $1"
+                       shift
+                       ;;
+
+      --dry-run | -n)  opt_dry_run=:                                   ;;
+      --features)       func_features                                  ;;
+      --finish)                mode="finish"                                   ;;
+
+      --mode)          test "$#" -eq 0 && func_missing_arg "$opt" && break
+                       case $1 in
+                         # Valid mode arguments:
+                         clean)        ;;
+                         compile)      ;;
+                         execute)      ;;
+                         finish)       ;;
+                         install)      ;;
+                         link)         ;;
+                         relink)       ;;
+                         uninstall)    ;;
+
+                         # Catch anything else as an error
+                         *) func_error "invalid argument for $opt"
+                            exit_cmd=exit
+                            break
+                            ;;
+                       esac
+
+                       mode="$1"
+                       shift
+                       ;;
+
+      --preserve-dup-deps)
+                       opt_duplicate_deps=:                            ;;
+
+      --quiet|--silent)        preserve_args="$preserve_args $opt"
+                       opt_silent=:
+                       ;;
+
+      --verbose| -v)   preserve_args="$preserve_args $opt"
+                       opt_silent=false
+                       ;;
+
+      --tag)           test "$#" -eq 0 && func_missing_arg "$opt" && break
+                       preserve_args="$preserve_args $opt $1"
+                       func_enable_tag "$1"    # tagname is set here
+                       shift
+                       ;;
+
+      # Separate optargs to long options:
+      -dlopen=*|--mode=*|--tag=*)
+                       func_opt_split "$opt"
+                       set dummy "$func_opt_split_opt" "$func_opt_split_arg" ${1+"$@"}
+                       shift
+                       ;;
+
+      -\?|-h)          func_usage                                      ;;
+      --help)          opt_help=:                                      ;;
+      --version)       func_version                                    ;;
+
+      -*)              func_fatal_help "unrecognized option \`$opt'"   ;;
+
+      *)               nonopt="$opt"
+                       break
+                       ;;
+    esac
+  done
+
+
+  case $host in
+    *cygwin* | *mingw* | *pw32* | *cegcc*)
+      # don't eliminate duplications in $postdeps and $predeps
+      opt_duplicate_compiler_generated_deps=:
+      ;;
+    *)
+      opt_duplicate_compiler_generated_deps=$opt_duplicate_deps
+      ;;
+  esac
+
+  # Having warned about all mis-specified options, bail out if
+  # anything was wrong.
+  $exit_cmd $EXIT_FAILURE
+}
+
+# func_check_version_match
+# Ensure that we are using m4 macros, and libtool script from the same
+# release of libtool.
+func_check_version_match ()
+{
+  if test "$package_revision" != "$macro_revision"; then
+    if test "$VERSION" != "$macro_version"; then
+      if test -z "$macro_version"; then
+        cat >&2 <<_LT_EOF
+$progname: Version mismatch error.  This is $PACKAGE $VERSION, but the
+$progname: definition of this LT_INIT comes from an older release.
+$progname: You should recreate aclocal.m4 with macros from $PACKAGE $VERSION
+$progname: and run autoconf again.
+_LT_EOF
+      else
+        cat >&2 <<_LT_EOF
+$progname: Version mismatch error.  This is $PACKAGE $VERSION, but the
+$progname: definition of this LT_INIT comes from $PACKAGE $macro_version.
+$progname: You should recreate aclocal.m4 with macros from $PACKAGE $VERSION
+$progname: and run autoconf again.
+_LT_EOF
+      fi
+    else
+      cat >&2 <<_LT_EOF
+$progname: Version mismatch error.  This is $PACKAGE $VERSION, revision $package_revision,
+$progname: but the definition of this LT_INIT comes from revision $macro_revision.
+$progname: You should recreate aclocal.m4 with macros from revision $package_revision
+$progname: of $PACKAGE $VERSION and run autoconf again.
+_LT_EOF
+    fi
+
+    exit $EXIT_MISMATCH
+  fi
+}
+
+
+## ----------- ##
+##    Main.    ##
+## ----------- ##
+
+$opt_help || {
+  # Sanity checks first:
+  func_check_version_match
+
+  if test "$build_libtool_libs" != yes && test "$build_old_libs" != yes; then
+    func_fatal_configuration "not configured to build any kind of library"
+  fi
+
+  test -z "$mode" && func_fatal_error "error: you must specify a MODE."
+
+
+  # Darwin sucks
+  eval std_shrext=\"$shrext_cmds\"
+
+
+  # Only execute mode is allowed to have -dlopen flags.
+  if test -n "$execute_dlfiles" && test "$mode" != execute; then
+    func_error "unrecognized option \`-dlopen'"
+    $ECHO "$help" 1>&2
+    exit $EXIT_FAILURE
+  fi
+
+  # Change the help message to a mode-specific one.
+  generic_help="$help"
+  help="Try \`$progname --help --mode=$mode' for more information."
+}
+
+
+# func_lalib_p file
+# True iff FILE is a libtool `.la' library or `.lo' object file.
+# This function is only a basic sanity check; it will hardly flush out
+# determined imposters.
+func_lalib_p ()
+{
+    test -f "$1" &&
+      $SED -e 4q "$1" 2>/dev/null \
+        | $GREP "^# Generated by .*$PACKAGE" > /dev/null 2>&1
+}
+
+# func_lalib_unsafe_p file
+# True iff FILE is a libtool `.la' library or `.lo' object file.
+# This function implements the same check as func_lalib_p without
+# resorting to external programs.  To this end, it redirects stdin and
+# closes it afterwards, without saving the original file descriptor.
+# As a safety measure, use it only where a negative result would be
+# fatal anyway.  Works if `file' does not exist.
+func_lalib_unsafe_p ()
+{
+    lalib_p=no
+    if test -f "$1" && test -r "$1" && exec 5<&0 <"$1"; then
+       for lalib_p_l in 1 2 3 4
+       do
+           read lalib_p_line
+           case "$lalib_p_line" in
+               \#\ Generated\ by\ *$PACKAGE* ) lalib_p=yes; break;;
+           esac
+       done
+       exec 0<&5 5<&-
+    fi
+    test "$lalib_p" = yes
+}
+
+# func_ltwrapper_script_p file
+# True iff FILE is a libtool wrapper script
+# This function is only a basic sanity check; it will hardly flush out
+# determined imposters.
+func_ltwrapper_script_p ()
+{
+    func_lalib_p "$1"
+}
+
+# func_ltwrapper_executable_p file
+# True iff FILE is a libtool wrapper executable
+# This function is only a basic sanity check; it will hardly flush out
+# determined imposters.
+func_ltwrapper_executable_p ()
+{
+    func_ltwrapper_exec_suffix=
+    case $1 in
+    *.exe) ;;
+    *) func_ltwrapper_exec_suffix=.exe ;;
+    esac
+    $GREP "$magic_exe" "$1$func_ltwrapper_exec_suffix" >/dev/null 2>&1
+}
+
+# func_ltwrapper_scriptname file
+# Assumes file is an ltwrapper_executable
+# uses $file to determine the appropriate filename for a
+# temporary ltwrapper_script.
+func_ltwrapper_scriptname ()
+{
+    func_ltwrapper_scriptname_result=""
+    if func_ltwrapper_executable_p "$1"; then
+       func_dirname_and_basename "$1" "" "."
+       func_stripname '' '.exe' "$func_basename_result"
+       func_ltwrapper_scriptname_result="$func_dirname_result/$objdir/${func_stripname_result}_ltshwrapper"
+    fi
+}
+
+# func_ltwrapper_p file
+# True iff FILE is a libtool wrapper script or wrapper executable
+# This function is only a basic sanity check; it will hardly flush out
+# determined imposters.
+func_ltwrapper_p ()
+{
+    func_ltwrapper_script_p "$1" || func_ltwrapper_executable_p "$1"
+}
+
+
+# func_execute_cmds commands fail_cmd
+# Execute tilde-delimited COMMANDS.
+# If FAIL_CMD is given, eval that upon failure.
+# FAIL_CMD may read-access the current command in variable CMD!
+func_execute_cmds ()
+{
+    $opt_debug
+    save_ifs=$IFS; IFS='~'
+    for cmd in $1; do
+      IFS=$save_ifs
+      eval cmd=\"$cmd\"
+      func_show_eval "$cmd" "${2-:}"
+    done
+    IFS=$save_ifs
+}
+
+
+# func_source file
+# Source FILE, adding directory component if necessary.
+# Note that it is not necessary on cygwin/mingw to append a dot to
+# FILE even if both FILE and FILE.exe exist: automatic-append-.exe
+# behavior happens only for exec(3), not for open(2)!  Also, sourcing
+# `FILE.' does not work on cygwin managed mounts.
+func_source ()
+{
+    $opt_debug
+    case $1 in
+    */* | *\\*)        . "$1" ;;
+    *)         . "./$1" ;;
+    esac
+}
+
+
+# func_infer_tag arg
+# Infer tagged configuration to use if any are available and
+# if one wasn't chosen via the "--tag" command line option.
+# Only attempt this if the compiler in the base compile
+# command doesn't match the default compiler.
+# arg is usually of the form 'gcc ...'
+func_infer_tag ()
+{
+    $opt_debug
+    if test -n "$available_tags" && test -z "$tagname"; then
+      CC_quoted=
+      for arg in $CC; do
+        func_quote_for_eval "$arg"
+       CC_quoted="$CC_quoted $func_quote_for_eval_result"
+      done
+      case $@ in
+      # Blanks in the command may have been stripped by the calling shell,
+      # but not from the CC environment variable when configure was run.
+      " $CC "* | "$CC "* | " `$ECHO $CC` "* | "`$ECHO $CC` "* | " $CC_quoted"* | "$CC_quoted "* | " `$ECHO $CC_quoted` "* | "`$ECHO $CC_quoted` "*) ;;
+      # Blanks at the start of $base_compile will cause this to fail
+      # if we don't check for them as well.
+      *)
+       for z in $available_tags; do
+         if $GREP "^# ### BEGIN LIBTOOL TAG CONFIG: $z$" < "$progpath" > /dev/null; then
+           # Evaluate the configuration.
+           eval "`${SED} -n -e '/^# ### BEGIN LIBTOOL TAG CONFIG: '$z'$/,/^# ### END LIBTOOL TAG CONFIG: '$z'$/p' < $progpath`"
+           CC_quoted=
+           for arg in $CC; do
+             # Double-quote args containing other shell metacharacters.
+             func_quote_for_eval "$arg"
+             CC_quoted="$CC_quoted $func_quote_for_eval_result"
+           done
+           case "$@ " in
+             " $CC "* | "$CC "* | " `$ECHO $CC` "* | "`$ECHO $CC` "* | " $CC_quoted"* | "$CC_quoted "* | " `$ECHO $CC_quoted` "* | "`$ECHO $CC_quoted` "*)
+             # The compiler in the base compile command matches
+             # the one in the tagged configuration.
+             # Assume this is the tagged configuration we want.
+             tagname=$z
+             break
+             ;;
+           esac
+         fi
+       done
+       # If $tagname still isn't set, then no tagged configuration
+       # was found and let the user know that the "--tag" command
+       # line option must be used.
+       if test -z "$tagname"; then
+         func_echo "unable to infer tagged configuration"
+         func_fatal_error "specify a tag with \`--tag'"
+#      else
+#        func_verbose "using $tagname tagged configuration"
+       fi
+       ;;
+      esac
+    fi
+}
+
+
+
+# func_write_libtool_object output_name pic_name nonpic_name
+# Create a libtool object file (analogous to a ".la" file),
+# but don't create it if we're doing a dry run.
+func_write_libtool_object ()
+{
+    write_libobj=${1}
+    if test "$build_libtool_libs" = yes; then
+      write_lobj=\'${2}\'
+    else
+      write_lobj=none
+    fi
+
+    if test "$build_old_libs" = yes; then
+      write_oldobj=\'${3}\'
+    else
+      write_oldobj=none
+    fi
+
+    $opt_dry_run || {
+      cat >${write_libobj}T <<EOF
+# $write_libobj - a libtool object file
+# Generated by $PROGRAM (GNU $PACKAGE$TIMESTAMP) $VERSION
+#
+# Please DO NOT delete this file!
+# It is necessary for linking the library.
+
+# Name of the PIC object.
+pic_object=$write_lobj
+
+# Name of the non-PIC object
+non_pic_object=$write_oldobj
+
+EOF
+      $MV "${write_libobj}T" "${write_libobj}"
+    }
+}
+
+# func_mode_compile arg...
+func_mode_compile ()
+{
+    $opt_debug
+    # Get the compilation command and the source file.
+    base_compile=
+    srcfile="$nonopt"  #  always keep a non-empty value in "srcfile"
+    suppress_opt=yes
+    suppress_output=
+    arg_mode=normal
+    libobj=
+    later=
+    pie_flag=
+
+    for arg
+    do
+      case $arg_mode in
+      arg  )
+       # do not "continue".  Instead, add this to base_compile
+       lastarg="$arg"
+       arg_mode=normal
+       ;;
+
+      target )
+       libobj="$arg"
+       arg_mode=normal
+       continue
+       ;;
+
+      normal )
+       # Accept any command-line options.
+       case $arg in
+       -o)
+         test -n "$libobj" && \
+           func_fatal_error "you cannot specify \`-o' more than once"
+         arg_mode=target
+         continue
+         ;;
+
+       -pie | -fpie | -fPIE)
+          pie_flag="$pie_flag $arg"
+         continue
+         ;;
+
+       -shared | -static | -prefer-pic | -prefer-non-pic)
+         later="$later $arg"
+         continue
+         ;;
+
+       -no-suppress)
+         suppress_opt=no
+         continue
+         ;;
+
+       -Xcompiler)
+         arg_mode=arg  #  the next one goes into the "base_compile" arg list
+         continue      #  The current "srcfile" will either be retained or
+         ;;            #  replaced later.  I would guess that would be a bug.
+
+       -Wc,*)
+         func_stripname '-Wc,' '' "$arg"
+         args=$func_stripname_result
+         lastarg=
+         save_ifs="$IFS"; IFS=','
+         for arg in $args; do
+           IFS="$save_ifs"
+           func_quote_for_eval "$arg"
+           lastarg="$lastarg $func_quote_for_eval_result"
+         done
+         IFS="$save_ifs"
+         func_stripname ' ' '' "$lastarg"
+         lastarg=$func_stripname_result
+
+         # Add the arguments to base_compile.
+         base_compile="$base_compile $lastarg"
+         continue
+         ;;
+
+       *)
+         # Accept the current argument as the source file.
+         # The previous "srcfile" becomes the current argument.
+         #
+         lastarg="$srcfile"
+         srcfile="$arg"
+         ;;
+       esac  #  case $arg
+       ;;
+      esac    #  case $arg_mode
+
+      # Aesthetically quote the previous argument.
+      func_quote_for_eval "$lastarg"
+      base_compile="$base_compile $func_quote_for_eval_result"
+    done # for arg
+
+    case $arg_mode in
+    arg)
+      func_fatal_error "you must specify an argument for -Xcompile"
+      ;;
+    target)
+      func_fatal_error "you must specify a target with \`-o'"
+      ;;
+    *)
+      # Get the name of the library object.
+      test -z "$libobj" && {
+       func_basename "$srcfile"
+       libobj="$func_basename_result"
+      }
+      ;;
+    esac
+
+    # Recognize several different file suffixes.
+    # If the user specifies -o file.o, it is replaced with file.lo
+    case $libobj in
+    *.[cCFSifmso] | \
+    *.ada | *.adb | *.ads | *.asm | \
+    *.c++ | *.cc | *.ii | *.class | *.cpp | *.cxx | \
+    *.[fF][09]? | *.for | *.java | *.obj | *.sx)
+      func_xform "$libobj"
+      libobj=$func_xform_result
+      ;;
+    esac
+
+    case $libobj in
+    *.lo) func_lo2o "$libobj"; obj=$func_lo2o_result ;;
+    *)
+      func_fatal_error "cannot determine name of library object from \`$libobj'"
+      ;;
+    esac
+
+    func_infer_tag $base_compile
+
+    for arg in $later; do
+      case $arg in
+      -shared)
+       test "$build_libtool_libs" != yes && \
+         func_fatal_configuration "can not build a shared library"
+       build_old_libs=no
+       continue
+       ;;
+
+      -static)
+       build_libtool_libs=no
+       build_old_libs=yes
+       continue
+       ;;
+
+      -prefer-pic)
+       pic_mode=yes
+       continue
+       ;;
+
+      -prefer-non-pic)
+       pic_mode=no
+       continue
+       ;;
+      esac
+    done
+
+    func_quote_for_eval "$libobj"
+    test "X$libobj" != "X$func_quote_for_eval_result" \
+      && $ECHO "X$libobj" | $GREP '[]~#^*{};<>?"'"'"'   &()|`$[]' \
+      && func_warning "libobj name \`$libobj' may not contain shell special characters."
+    func_dirname_and_basename "$obj" "/" ""
+    objname="$func_basename_result"
+    xdir="$func_dirname_result"
+    lobj=${xdir}$objdir/$objname
+
+    test -z "$base_compile" && \
+      func_fatal_help "you must specify a compilation command"
+
+    # Delete any leftover library objects.
+    if test "$build_old_libs" = yes; then
+      removelist="$obj $lobj $libobj ${libobj}T"
+    else
+      removelist="$lobj $libobj ${libobj}T"
+    fi
+
+    # On Cygwin there's no "real" PIC flag so we must build both object types
+    case $host_os in
+    cygwin* | mingw* | pw32* | os2* | cegcc*)
+      pic_mode=default
+      ;;
+    esac
+    if test "$pic_mode" = no && test "$deplibs_check_method" != pass_all; then
+      # non-PIC code in shared libraries is not supported
+      pic_mode=default
+    fi
+
+    # Calculate the filename of the output object if compiler does
+    # not support -o with -c
+    if test "$compiler_c_o" = no; then
+      output_obj=`$ECHO "X$srcfile" | $Xsed -e 's%^.*/%%' -e 's%\.[^.]*$%%'`.${objext}
+      lockfile="$output_obj.lock"
+    else
+      output_obj=
+      need_locks=no
+      lockfile=
+    fi
+
+    # Lock this critical section if it is needed
+    # We use this script file to make the link, it avoids creating a new file
+    if test "$need_locks" = yes; then
+      until $opt_dry_run || ln "$progpath" "$lockfile" 2>/dev/null; do
+       func_echo "Waiting for $lockfile to be removed"
+       sleep 2
+      done
+    elif test "$need_locks" = warn; then
+      if test -f "$lockfile"; then
+       $ECHO "\
+*** ERROR, $lockfile exists and contains:
+`cat $lockfile 2>/dev/null`
+
+This indicates that another process is trying to use the same
+temporary object file, and libtool could not work around it because
+your compiler does not support \`-c' and \`-o' together.  If you
+repeat this compilation, it may succeed, by chance, but you had better
+avoid parallel builds (make -j) in this platform, or get a better
+compiler."
+
+       $opt_dry_run || $RM $removelist
+       exit $EXIT_FAILURE
+      fi
+      removelist="$removelist $output_obj"
+      $ECHO "$srcfile" > "$lockfile"
+    fi
+
+    $opt_dry_run || $RM $removelist
+    removelist="$removelist $lockfile"
+    trap '$opt_dry_run || $RM $removelist; exit $EXIT_FAILURE' 1 2 15
+
+    if test -n "$fix_srcfile_path"; then
+      eval srcfile=\"$fix_srcfile_path\"
+    fi
+    func_quote_for_eval "$srcfile"
+    qsrcfile=$func_quote_for_eval_result
+
+    # Only build a PIC object if we are building libtool libraries.
+    if test "$build_libtool_libs" = yes; then
+      # Without this assignment, base_compile gets emptied.
+      fbsd_hideous_sh_bug=$base_compile
+
+      if test "$pic_mode" != no; then
+       command="$base_compile $qsrcfile $pic_flag"
+      else
+       # Don't build PIC code
+       command="$base_compile $qsrcfile"
+      fi
+
+      func_mkdir_p "$xdir$objdir"
+
+      if test -z "$output_obj"; then
+       # Place PIC objects in $objdir
+       command="$command -o $lobj"
+      fi
+
+      func_show_eval_locale "$command" \
+          'test -n "$output_obj" && $RM $removelist; exit $EXIT_FAILURE'
+
+      if test "$need_locks" = warn &&
+        test "X`cat $lockfile 2>/dev/null`" != "X$srcfile"; then
+       $ECHO "\
+*** ERROR, $lockfile contains:
+`cat $lockfile 2>/dev/null`
+
+but it should contain:
+$srcfile
+
+This indicates that another process is trying to use the same
+temporary object file, and libtool could not work around it because
+your compiler does not support \`-c' and \`-o' together.  If you
+repeat this compilation, it may succeed, by chance, but you had better
+avoid parallel builds (make -j) in this platform, or get a better
+compiler."
+
+       $opt_dry_run || $RM $removelist
+       exit $EXIT_FAILURE
+      fi
+
+      # Just move the object if needed, then go on to compile the next one
+      if test -n "$output_obj" && test "X$output_obj" != "X$lobj"; then
+       func_show_eval '$MV "$output_obj" "$lobj"' \
+         'error=$?; $opt_dry_run || $RM $removelist; exit $error'
+      fi
+
+      # Allow error messages only from the first compilation.
+      if test "$suppress_opt" = yes; then
+       suppress_output=' >/dev/null 2>&1'
+      fi
+    fi
+
+    # Only build a position-dependent object if we build old libraries.
+    if test "$build_old_libs" = yes; then
+      if test "$pic_mode" != yes; then
+       # Don't build PIC code
+       command="$base_compile $qsrcfile$pie_flag"
+      else
+       command="$base_compile $qsrcfile $pic_flag"
+      fi
+      if test "$compiler_c_o" = yes; then
+       command="$command -o $obj"
+      fi
+
+      # Suppress compiler output if we already did a PIC compilation.
+      command="$command$suppress_output"
+      func_show_eval_locale "$command" \
+        '$opt_dry_run || $RM $removelist; exit $EXIT_FAILURE'
+
+      if test "$need_locks" = warn &&
+        test "X`cat $lockfile 2>/dev/null`" != "X$srcfile"; then
+       $ECHO "\
+*** ERROR, $lockfile contains:
+`cat $lockfile 2>/dev/null`
+
+but it should contain:
+$srcfile
+
+This indicates that another process is trying to use the same
+temporary object file, and libtool could not work around it because
+your compiler does not support \`-c' and \`-o' together.  If you
+repeat this compilation, it may succeed, by chance, but you had better
+avoid parallel builds (make -j) in this platform, or get a better
+compiler."
+
+       $opt_dry_run || $RM $removelist
+       exit $EXIT_FAILURE
+      fi
+
+      # Just move the object if needed
+      if test -n "$output_obj" && test "X$output_obj" != "X$obj"; then
+       func_show_eval '$MV "$output_obj" "$obj"' \
+         'error=$?; $opt_dry_run || $RM $removelist; exit $error'
+      fi
+    fi
+
+    $opt_dry_run || {
+      func_write_libtool_object "$libobj" "$objdir/$objname" "$objname"
+
+      # Unlock the critical section if it was locked
+      if test "$need_locks" != no; then
+       removelist=$lockfile
+        $RM "$lockfile"
+      fi
+    }
+
+    exit $EXIT_SUCCESS
+}
+
+$opt_help || {
+test "$mode" = compile && func_mode_compile ${1+"$@"}
+}
+
+func_mode_help ()
+{
+    # We need to display help for each of the modes.
+    case $mode in
+      "")
+        # Generic help is extracted from the usage comments
+        # at the start of this file.
+        func_help
+        ;;
+
+      clean)
+        $ECHO \
+"Usage: $progname [OPTION]... --mode=clean RM [RM-OPTION]... FILE...
+
+Remove files from the build directory.
+
+RM is the name of the program to use to delete files associated with each FILE
+(typically \`/bin/rm').  RM-OPTIONS are options (such as \`-f') to be passed
+to RM.
+
+If FILE is a libtool library, object or program, all the files associated
+with it are deleted. Otherwise, only FILE itself is deleted using RM."
+        ;;
+
+      compile)
+      $ECHO \
+"Usage: $progname [OPTION]... --mode=compile COMPILE-COMMAND... SOURCEFILE
+
+Compile a source file into a libtool library object.
+
+This mode accepts the following additional options:
+
+  -o OUTPUT-FILE    set the output file name to OUTPUT-FILE
+  -no-suppress      do not suppress compiler output for multiple passes
+  -prefer-pic       try to building PIC objects only
+  -prefer-non-pic   try to building non-PIC objects only
+  -shared           do not build a \`.o' file suitable for static linking
+  -static           only build a \`.o' file suitable for static linking
+
+COMPILE-COMMAND is a command to be used in creating a \`standard' object file
+from the given SOURCEFILE.
+
+The output file name is determined by removing the directory component from
+SOURCEFILE, then substituting the C source code suffix \`.c' with the
+library object suffix, \`.lo'."
+        ;;
+
+      execute)
+        $ECHO \
+"Usage: $progname [OPTION]... --mode=execute COMMAND [ARGS]...
+
+Automatically set library path, then run a program.
+
+This mode accepts the following additional options:
+
+  -dlopen FILE      add the directory containing FILE to the library path
+
+This mode sets the library path environment variable according to \`-dlopen'
+flags.
+
+If any of the ARGS are libtool executable wrappers, then they are translated
+into their corresponding uninstalled binary, and any of their required library
+directories are added to the library path.
+
+Then, COMMAND is executed, with ARGS as arguments."
+        ;;
+
+      finish)
+        $ECHO \
+"Usage: $progname [OPTION]... --mode=finish [LIBDIR]...
+
+Complete the installation of libtool libraries.
+
+Each LIBDIR is a directory that contains libtool libraries.
+
+The commands that this mode executes may require superuser privileges.  Use
+the \`--dry-run' option if you just want to see what would be executed."
+        ;;
+
+      install)
+        $ECHO \
+"Usage: $progname [OPTION]... --mode=install INSTALL-COMMAND...
+
+Install executables or libraries.
+
+INSTALL-COMMAND is the installation command.  The first component should be
+either the \`install' or \`cp' program.
+
+The following components of INSTALL-COMMAND are treated specially:
+
+  -inst-prefix PREFIX-DIR  Use PREFIX-DIR as a staging area for installation
+
+The rest of the components are interpreted as arguments to that command (only
+BSD-compatible install options are recognized)."
+        ;;
+
+      link)
+        $ECHO \
+"Usage: $progname [OPTION]... --mode=link LINK-COMMAND...
+
+Link object files or libraries together to form another library, or to
+create an executable program.
+
+LINK-COMMAND is a command using the C compiler that you would use to create
+a program from several object files.
+
+The following components of LINK-COMMAND are treated specially:
+
+  -all-static       do not do any dynamic linking at all
+  -avoid-version    do not add a version suffix if possible
+  -dlopen FILE      \`-dlpreopen' FILE if it cannot be dlopened at runtime
+  -dlpreopen FILE   link in FILE and add its symbols to lt_preloaded_symbols
+  -export-dynamic   allow symbols from OUTPUT-FILE to be resolved with dlsym(3)
+  -export-symbols SYMFILE
+                    try to export only the symbols listed in SYMFILE
+  -export-symbols-regex REGEX
+                    try to export only the symbols matching REGEX
+  -LLIBDIR          search LIBDIR for required installed libraries
+  -lNAME            OUTPUT-FILE requires the installed library libNAME
+  -module           build a library that can dlopened
+  -no-fast-install  disable the fast-install mode
+  -no-install       link a not-installable executable
+  -no-undefined     declare that a library does not refer to external symbols
+  -o OUTPUT-FILE    create OUTPUT-FILE from the specified objects
+  -objectlist FILE  Use a list of object files found in FILE to specify objects
+  -precious-files-regex REGEX
+                    don't remove output files matching REGEX
+  -release RELEASE  specify package release information
+  -rpath LIBDIR     the created library will eventually be installed in LIBDIR
+  -R[ ]LIBDIR       add LIBDIR to the runtime path of programs and libraries
+  -shared           only do dynamic linking of libtool libraries
+  -shrext SUFFIX    override the standard shared library file extension
+  -static           do not do any dynamic linking of uninstalled libtool libraries
+  -static-libtool-libs
+                    do not do any dynamic linking of libtool libraries
+  -version-info CURRENT[:REVISION[:AGE]]
+                    specify library version info [each variable defaults to 0]
+  -weak LIBNAME     declare that the target provides the LIBNAME interface
+
+All other options (arguments beginning with \`-') are ignored.
+
+Every other argument is treated as a filename.  Files ending in \`.la' are
+treated as uninstalled libtool libraries, other files are standard or library
+object files.
+
+If the OUTPUT-FILE ends in \`.la', then a libtool library is created,
+only library objects (\`.lo' files) may be specified, and \`-rpath' is
+required, except when creating a convenience library.
+
+If OUTPUT-FILE ends in \`.a' or \`.lib', then a standard library is created
+using \`ar' and \`ranlib', or on Windows using \`lib'.
+
+If OUTPUT-FILE ends in \`.lo' or \`.${objext}', then a reloadable object file
+is created, otherwise an executable program is created."
+        ;;
+
+      uninstall)
+        $ECHO \
+"Usage: $progname [OPTION]... --mode=uninstall RM [RM-OPTION]... FILE...
+
+Remove libraries from an installation directory.
+
+RM is the name of the program to use to delete files associated with each FILE
+(typically \`/bin/rm').  RM-OPTIONS are options (such as \`-f') to be passed
+to RM.
+
+If FILE is a libtool library, all the files associated with it are deleted.
+Otherwise, only FILE itself is deleted using RM."
+        ;;
+
+      *)
+        func_fatal_help "invalid operation mode \`$mode'"
+        ;;
+    esac
+
+    $ECHO
+    $ECHO "Try \`$progname --help' for more information about other modes."
+
+    exit $?
+}
+
+  # Now that we've collected a possible --mode arg, show help if necessary
+  $opt_help && func_mode_help
+
+
+# func_mode_execute arg...
+func_mode_execute ()
+{
+    $opt_debug
+    # The first argument is the command name.
+    cmd="$nonopt"
+    test -z "$cmd" && \
+      func_fatal_help "you must specify a COMMAND"
+
+    # Handle -dlopen flags immediately.
+    for file in $execute_dlfiles; do
+      test -f "$file" \
+       || func_fatal_help "\`$file' is not a file"
+
+      dir=
+      case $file in
+      *.la)
+       # Check to see that this really is a libtool archive.
+       func_lalib_unsafe_p "$file" \
+         || func_fatal_help "\`$lib' is not a valid libtool archive"
+
+       # Read the libtool library.
+       dlname=
+       library_names=
+       func_source "$file"
+
+       # Skip this library if it cannot be dlopened.
+       if test -z "$dlname"; then
+         # Warn if it was a shared library.
+         test -n "$library_names" && \
+           func_warning "\`$file' was not linked with \`-export-dynamic'"
+         continue
+       fi
+
+       func_dirname "$file" "" "."
+       dir="$func_dirname_result"
+
+       if test -f "$dir/$objdir/$dlname"; then
+         dir="$dir/$objdir"
+       else
+         if test ! -f "$dir/$dlname"; then
+           func_fatal_error "cannot find \`$dlname' in \`$dir' or \`$dir/$objdir'"
+         fi
+       fi
+       ;;
+
+      *.lo)
+       # Just add the directory containing the .lo file.
+       func_dirname "$file" "" "."
+       dir="$func_dirname_result"
+       ;;
+
+      *)
+       func_warning "\`-dlopen' is ignored for non-libtool libraries and objects"
+       continue
+       ;;
+      esac
+
+      # Get the absolute pathname.
+      absdir=`cd "$dir" && pwd`
+      test -n "$absdir" && dir="$absdir"
+
+      # Now add the directory to shlibpath_var.
+      if eval "test -z \"\$$shlibpath_var\""; then
+       eval "$shlibpath_var=\"\$dir\""
+      else
+       eval "$shlibpath_var=\"\$dir:\$$shlibpath_var\""
+      fi
+    done
+
+    # This variable tells wrapper scripts just to set shlibpath_var
+    # rather than running their programs.
+    libtool_execute_magic="$magic"
+
+    # Check if any of the arguments is a wrapper script.
+    args=
+    for file
+    do
+      case $file in
+      -*) ;;
+      *)
+       # Do a test to see if this is really a libtool program.
+       if func_ltwrapper_script_p "$file"; then
+         func_source "$file"
+         # Transform arg to wrapped name.
+         file="$progdir/$program"
+       elif func_ltwrapper_executable_p "$file"; then
+         func_ltwrapper_scriptname "$file"
+         func_source "$func_ltwrapper_scriptname_result"
+         # Transform arg to wrapped name.
+         file="$progdir/$program"
+       fi
+       ;;
+      esac
+      # Quote arguments (to preserve shell metacharacters).
+      func_quote_for_eval "$file"
+      args="$args $func_quote_for_eval_result"
+    done
+
+    if test "X$opt_dry_run" = Xfalse; then
+      if test -n "$shlibpath_var"; then
+       # Export the shlibpath_var.
+       eval "export $shlibpath_var"
+      fi
+
+      # Restore saved environment variables
+      for lt_var in LANG LANGUAGE LC_ALL LC_CTYPE LC_COLLATE LC_MESSAGES
+      do
+       eval "if test \"\${save_$lt_var+set}\" = set; then
+                $lt_var=\$save_$lt_var; export $lt_var
+             else
+               $lt_unset $lt_var
+             fi"
+      done
+
+      # Now prepare to actually exec the command.
+      exec_cmd="\$cmd$args"
+    else
+      # Display what would be done.
+      if test -n "$shlibpath_var"; then
+       eval "\$ECHO \"\$shlibpath_var=\$$shlibpath_var\""
+       $ECHO "export $shlibpath_var"
+      fi
+      $ECHO "$cmd$args"
+      exit $EXIT_SUCCESS
+    fi
+}
+
+test "$mode" = execute && func_mode_execute ${1+"$@"}
+
+
+# func_mode_finish arg...
+func_mode_finish ()
+{
+    $opt_debug
+    libdirs="$nonopt"
+    admincmds=
+
+    if test -n "$finish_cmds$finish_eval" && test -n "$libdirs"; then
+      for dir
+      do
+       libdirs="$libdirs $dir"
+      done
+
+      for libdir in $libdirs; do
+       if test -n "$finish_cmds"; then
+         # Do each command in the finish commands.
+         func_execute_cmds "$finish_cmds" 'admincmds="$admincmds
+'"$cmd"'"'
+       fi
+       if test -n "$finish_eval"; then
+         # Do the single finish_eval.
+         eval cmds=\"$finish_eval\"
+         $opt_dry_run || eval "$cmds" || admincmds="$admincmds
+       $cmds"
+       fi
+      done
+    fi
+
+    # Exit here if they wanted silent mode.
+    $opt_silent && exit $EXIT_SUCCESS
+
+    $ECHO "X----------------------------------------------------------------------" | $Xsed
+    $ECHO "Libraries have been installed in:"
+    for libdir in $libdirs; do
+      $ECHO "   $libdir"
+    done
+    $ECHO
+    $ECHO "If you ever happen to want to link against installed libraries"
+    $ECHO "in a given directory, LIBDIR, you must either use libtool, and"
+    $ECHO "specify the full pathname of the library, or use the \`-LLIBDIR'"
+    $ECHO "flag during linking and do at least one of the following:"
+    if test -n "$shlibpath_var"; then
+      $ECHO "   - add LIBDIR to the \`$shlibpath_var' environment variable"
+      $ECHO "     during execution"
+    fi
+    if test -n "$runpath_var"; then
+      $ECHO "   - add LIBDIR to the \`$runpath_var' environment variable"
+      $ECHO "     during linking"
+    fi
+    if test -n "$hardcode_libdir_flag_spec"; then
+      libdir=LIBDIR
+      eval flag=\"$hardcode_libdir_flag_spec\"
+
+      $ECHO "   - use the \`$flag' linker flag"
+    fi
+    if test -n "$admincmds"; then
+      $ECHO "   - have your system administrator run these commands:$admincmds"
+    fi
+    if test -f /etc/ld.so.conf; then
+      $ECHO "   - have your system administrator add LIBDIR to \`/etc/ld.so.conf'"
+    fi
+    $ECHO
+
+    $ECHO "See any operating system documentation about shared libraries for"
+    case $host in
+      solaris2.[6789]|solaris2.1[0-9])
+        $ECHO "more information, such as the ld(1), crle(1) and ld.so(8) manual"
+       $ECHO "pages."
+       ;;
+      *)
+        $ECHO "more information, such as the ld(1) and ld.so(8) manual pages."
+        ;;
+    esac
+    $ECHO "X----------------------------------------------------------------------" | $Xsed
+    exit $EXIT_SUCCESS
+}
+
+test "$mode" = finish && func_mode_finish ${1+"$@"}
+
+
+# func_mode_install arg...
+func_mode_install ()
+{
+    $opt_debug
+    # There may be an optional sh(1) argument at the beginning of
+    # install_prog (especially on Windows NT).
+    if test "$nonopt" = "$SHELL" || test "$nonopt" = /bin/sh ||
+       # Allow the use of GNU shtool's install command.
+       $ECHO "X$nonopt" | $GREP shtool >/dev/null; then
+      # Aesthetically quote it.
+      func_quote_for_eval "$nonopt"
+      install_prog="$func_quote_for_eval_result "
+      arg=$1
+      shift
+    else
+      install_prog=
+      arg=$nonopt
+    fi
+
+    # The real first argument should be the name of the installation program.
+    # Aesthetically quote it.
+    func_quote_for_eval "$arg"
+    install_prog="$install_prog$func_quote_for_eval_result"
+
+    # We need to accept at least all the BSD install flags.
+    dest=
+    files=
+    opts=
+    prev=
+    install_type=
+    isdir=no
+    stripme=
+    for arg
+    do
+      if test -n "$dest"; then
+       files="$files $dest"
+       dest=$arg
+       continue
+      fi
+
+      case $arg in
+      -d) isdir=yes ;;
+      -f)
+       case " $install_prog " in
+       *[\\\ /]cp\ *) ;;
+       *) prev=$arg ;;
+       esac
+       ;;
+      -g | -m | -o)
+       prev=$arg
+       ;;
+      -s)
+       stripme=" -s"
+       continue
+       ;;
+      -*)
+       ;;
+      *)
+       # If the previous option needed an argument, then skip it.
+       if test -n "$prev"; then
+         prev=
+       else
+         dest=$arg
+         continue
+       fi
+       ;;
+      esac
+
+      # Aesthetically quote the argument.
+      func_quote_for_eval "$arg"
+      install_prog="$install_prog $func_quote_for_eval_result"
+    done
+
+    test -z "$install_prog" && \
+      func_fatal_help "you must specify an install program"
+
+    test -n "$prev" && \
+      func_fatal_help "the \`$prev' option requires an argument"
+
+    if test -z "$files"; then
+      if test -z "$dest"; then
+       func_fatal_help "no file or destination specified"
+      else
+       func_fatal_help "you must specify a destination"
+      fi
+    fi
+
+    # Strip any trailing slash from the destination.
+    func_stripname '' '/' "$dest"
+    dest=$func_stripname_result
+
+    # Check to see that the destination is a directory.
+    test -d "$dest" && isdir=yes
+    if test "$isdir" = yes; then
+      destdir="$dest"
+      destname=
+    else
+      func_dirname_and_basename "$dest" "" "."
+      destdir="$func_dirname_result"
+      destname="$func_basename_result"
+
+      # Not a directory, so check to see that there is only one file specified.
+      set dummy $files; shift
+      test "$#" -gt 1 && \
+       func_fatal_help "\`$dest' is not a directory"
+    fi
+    case $destdir in
+    [\\/]* | [A-Za-z]:[\\/]*) ;;
+    *)
+      for file in $files; do
+       case $file in
+       *.lo) ;;
+       *)
+         func_fatal_help "\`$destdir' must be an absolute directory name"
+         ;;
+       esac
+      done
+      ;;
+    esac
+
+    # This variable tells wrapper scripts just to set variables rather
+    # than running their programs.
+    libtool_install_magic="$magic"
+
+    staticlibs=
+    future_libdirs=
+    current_libdirs=
+    for file in $files; do
+
+      # Do each installation.
+      case $file in
+      *.$libext)
+       # Do the static libraries later.
+       staticlibs="$staticlibs $file"
+       ;;
+
+      *.la)
+       # Check to see that this really is a libtool archive.
+       func_lalib_unsafe_p "$file" \
+         || func_fatal_help "\`$file' is not a valid libtool archive"
+
+       library_names=
+       old_library=
+       relink_command=
+       func_source "$file"
+
+       # Add the libdir to current_libdirs if it is the destination.
+       if test "X$destdir" = "X$libdir"; then
+         case "$current_libdirs " in
+         *" $libdir "*) ;;
+         *) current_libdirs="$current_libdirs $libdir" ;;
+         esac
+       else
+         # Note the libdir as a future libdir.
+         case "$future_libdirs " in
+         *" $libdir "*) ;;
+         *) future_libdirs="$future_libdirs $libdir" ;;
+         esac
+       fi
+
+       func_dirname "$file" "/" ""
+       dir="$func_dirname_result"
+       dir="$dir$objdir"
+
+       if test -n "$relink_command"; then
+         # Determine the prefix the user has applied to our future dir.
+         inst_prefix_dir=`$ECHO "X$destdir" | $Xsed -e "s%$libdir\$%%"`
+
+         # Don't allow the user to place us outside of our expected
+         # location b/c this prevents finding dependent libraries that
+         # are installed to the same prefix.
+         # At present, this check doesn't affect windows .dll's that
+         # are installed into $libdir/../bin (currently, that works fine)
+         # but it's something to keep an eye on.
+         test "$inst_prefix_dir" = "$destdir" && \
+           func_fatal_error "error: cannot install \`$file' to a directory not ending in $libdir"
+
+         if test -n "$inst_prefix_dir"; then
+           # Stick the inst_prefix_dir data into the link command.
+           relink_command=`$ECHO "X$relink_command" | $Xsed -e "s%@inst_prefix_dir@%-inst-prefix-dir $inst_prefix_dir%"`
+         else
+           relink_command=`$ECHO "X$relink_command" | $Xsed -e "s%@inst_prefix_dir@%%"`
+         fi
+
+         func_warning "relinking \`$file'"
+         func_show_eval "$relink_command" \
+           'func_fatal_error "error: relink \`$file'\'' with the above command before installing it"'
+       fi
+
+       # See the names of the shared library.
+       set dummy $library_names; shift
+       if test -n "$1"; then
+         realname="$1"
+         shift
+
+         srcname="$realname"
+         test -n "$relink_command" && srcname="$realname"T
+
+         # Install the shared library and build the symlinks.
+         func_show_eval "$install_prog $dir/$srcname $destdir/$realname" \
+             'exit $?'
+         tstripme="$stripme"
+         case $host_os in
+         cygwin* | mingw* | pw32* | cegcc*)
+           case $realname in
+           *.dll.a)
+             tstripme=""
+             ;;
+           esac
+           ;;
+         esac
+         if test -n "$tstripme" && test -n "$striplib"; then
+           func_show_eval "$striplib $destdir/$realname" 'exit $?'
+         fi
+
+         if test "$#" -gt 0; then
+           # Delete the old symlinks, and create new ones.
+           # Try `ln -sf' first, because the `ln' binary might depend on
+           # the symlink we replace!  Solaris /bin/ln does not understand -f,
+           # so we also need to try rm && ln -s.
+           for linkname
+           do
+             test "$linkname" != "$realname" \
+               && func_show_eval "(cd $destdir && { $LN_S -f $realname $linkname || { $RM $linkname && $LN_S $realname $linkname; }; })"
+           done
+         fi
+
+         # Do each command in the postinstall commands.
+         lib="$destdir/$realname"
+         func_execute_cmds "$postinstall_cmds" 'exit $?'
+       fi
+
+       # Install the pseudo-library for information purposes.
+       func_basename "$file"
+       name="$func_basename_result"
+       instname="$dir/$name"i
+       func_show_eval "$install_prog $instname $destdir/$name" 'exit $?'
+
+       # Maybe install the static library, too.
+       test -n "$old_library" && staticlibs="$staticlibs $dir/$old_library"
+       ;;
+
+      *.lo)
+       # Install (i.e. copy) a libtool object.
+
+       # Figure out destination file name, if it wasn't already specified.
+       if test -n "$destname"; then
+         destfile="$destdir/$destname"
+       else
+         func_basename "$file"
+         destfile="$func_basename_result"
+         destfile="$destdir/$destfile"
+       fi
+
+       # Deduce the name of the destination old-style object file.
+       case $destfile in
+       *.lo)
+         func_lo2o "$destfile"
+         staticdest=$func_lo2o_result
+         ;;
+       *.$objext)
+         staticdest="$destfile"
+         destfile=
+         ;;
+       *)
+         func_fatal_help "cannot copy a libtool object to \`$destfile'"
+         ;;
+       esac
+
+       # Install the libtool object if requested.
+       test -n "$destfile" && \
+         func_show_eval "$install_prog $file $destfile" 'exit $?'
+
+       # Install the old object if enabled.
+       if test "$build_old_libs" = yes; then
+         # Deduce the name of the old-style object file.
+         func_lo2o "$file"
+         staticobj=$func_lo2o_result
+         func_show_eval "$install_prog \$staticobj \$staticdest" 'exit $?'
+       fi
+       exit $EXIT_SUCCESS
+       ;;
+
+      *)
+       # Figure out destination file name, if it wasn't already specified.
+       if test -n "$destname"; then
+         destfile="$destdir/$destname"
+       else
+         func_basename "$file"
+         destfile="$func_basename_result"
+         destfile="$destdir/$destfile"
+       fi
+
+       # If the file is missing, and there is a .exe on the end, strip it
+       # because it is most likely a libtool script we actually want to
+       # install
+       stripped_ext=""
+       case $file in
+         *.exe)
+           if test ! -f "$file"; then
+             func_stripname '' '.exe' "$file"
+             file=$func_stripname_result
+             stripped_ext=".exe"
+           fi
+           ;;
+       esac
+
+       # Do a test to see if this is really a libtool program.
+       case $host in
+       *cygwin* | *mingw*)
+           if func_ltwrapper_executable_p "$file"; then
+             func_ltwrapper_scriptname "$file"
+             wrapper=$func_ltwrapper_scriptname_result
+           else
+             func_stripname '' '.exe' "$file"
+             wrapper=$func_stripname_result
+           fi
+           ;;
+       *)
+           wrapper=$file
+           ;;
+       esac
+       if func_ltwrapper_script_p "$wrapper"; then
+         notinst_deplibs=
+         relink_command=
+
+         func_source "$wrapper"
+
+         # Check the variables that should have been set.
+         test -z "$generated_by_libtool_version" && \
+           func_fatal_error "invalid libtool wrapper script \`$wrapper'"
+
+         finalize=yes
+         for lib in $notinst_deplibs; do
+           # Check to see that each library is installed.
+           libdir=
+           if test -f "$lib"; then
+             func_source "$lib"
+           fi
+           libfile="$libdir/"`$ECHO "X$lib" | $Xsed -e 's%^.*/%%g'` ### testsuite: skip nested quoting test
+           if test -n "$libdir" && test ! -f "$libfile"; then
+             func_warning "\`$lib' has not been installed in \`$libdir'"
+             finalize=no
+           fi
+         done
+
+         relink_command=
+         func_source "$wrapper"
+
+         outputname=
+         if test "$fast_install" = no && test -n "$relink_command"; then
+           $opt_dry_run || {
+             if test "$finalize" = yes; then
+               tmpdir=`func_mktempdir`
+               func_basename "$file$stripped_ext"
+               file="$func_basename_result"
+               outputname="$tmpdir/$file"
+               # Replace the output file specification.
+               relink_command=`$ECHO "X$relink_command" | $Xsed -e 's%@OUTPUT@%'"$outputname"'%g'`
+
+               $opt_silent || {
+                 func_quote_for_expand "$relink_command"
+                 eval "func_echo $func_quote_for_expand_result"
+               }
+               if eval "$relink_command"; then :
+                 else
+                 func_error "error: relink \`$file' with the above command before installing it"
+                 $opt_dry_run || ${RM}r "$tmpdir"
+                 continue
+               fi
+               file="$outputname"
+             else
+               func_warning "cannot relink \`$file'"
+             fi
+           }
+         else
+           # Install the binary that we compiled earlier.
+           file=`$ECHO "X$file$stripped_ext" | $Xsed -e "s%\([^/]*\)$%$objdir/\1%"`
+         fi
+       fi
+
+       # remove .exe since cygwin /usr/bin/install will append another
+       # one anyway
+       case $install_prog,$host in
+       */usr/bin/install*,*cygwin*)
+         case $file:$destfile in
+         *.exe:*.exe)
+           # this is ok
+           ;;
+         *.exe:*)
+           destfile=$destfile.exe
+           ;;
+         *:*.exe)
+           func_stripname '' '.exe' "$destfile"
+           destfile=$func_stripname_result
+           ;;
+         esac
+         ;;
+       esac
+       func_show_eval "$install_prog\$stripme \$file \$destfile" 'exit $?'
+       $opt_dry_run || if test -n "$outputname"; then
+         ${RM}r "$tmpdir"
+       fi
+       ;;
+      esac
+    done
+
+    for file in $staticlibs; do
+      func_basename "$file"
+      name="$func_basename_result"
+
+      # Set up the ranlib parameters.
+      oldlib="$destdir/$name"
+
+      func_show_eval "$install_prog \$file \$oldlib" 'exit $?'
+
+      if test -n "$stripme" && test -n "$old_striplib"; then
+       func_show_eval "$old_striplib $oldlib" 'exit $?'
+      fi
+
+      # Do each command in the postinstall commands.
+      func_execute_cmds "$old_postinstall_cmds" 'exit $?'
+    done
+
+    test -n "$future_libdirs" && \
+      func_warning "remember to run \`$progname --finish$future_libdirs'"
+
+    if test -n "$current_libdirs"; then
+      # Maybe just do a dry run.
+      $opt_dry_run && current_libdirs=" -n$current_libdirs"
+      exec_cmd='$SHELL $progpath $preserve_args --finish$current_libdirs'
+    else
+      exit $EXIT_SUCCESS
+    fi
+}
+
+test "$mode" = install && func_mode_install ${1+"$@"}
+
+
+# func_generate_dlsyms outputname originator pic_p
+# Extract symbols from dlprefiles and create ${outputname}S.o with
+# a dlpreopen symbol table.
+func_generate_dlsyms ()
+{
+    $opt_debug
+    my_outputname="$1"
+    my_originator="$2"
+    my_pic_p="${3-no}"
+    my_prefix=`$ECHO "$my_originator" | sed 's%[^a-zA-Z0-9]%_%g'`
+    my_dlsyms=
+
+    if test -n "$dlfiles$dlprefiles" || test "$dlself" != no; then
+      if test -n "$NM" && test -n "$global_symbol_pipe"; then
+       my_dlsyms="${my_outputname}S.c"
+      else
+       func_error "not configured to extract global symbols from dlpreopened files"
+      fi
+    fi
+
+    if test -n "$my_dlsyms"; then
+      case $my_dlsyms in
+      "") ;;
+      *.c)
+       # Discover the nlist of each of the dlfiles.
+       nlist="$output_objdir/${my_outputname}.nm"
+
+       func_show_eval "$RM $nlist ${nlist}S ${nlist}T"
+
+       # Parse the name list into a source file.
+       func_verbose "creating $output_objdir/$my_dlsyms"
+
+       $opt_dry_run || $ECHO > "$output_objdir/$my_dlsyms" "\
+/* $my_dlsyms - symbol resolution table for \`$my_outputname' dlsym emulation. */
+/* Generated by $PROGRAM (GNU $PACKAGE$TIMESTAMP) $VERSION */
+
+#ifdef __cplusplus
+extern \"C\" {
+#endif
+
+/* External symbol declarations for the compiler. */\
+"
+
+       if test "$dlself" = yes; then
+         func_verbose "generating symbol list for \`$output'"
+
+         $opt_dry_run || echo ': @PROGRAM@ ' > "$nlist"
+
+         # Add our own program objects to the symbol list.
+         progfiles=`$ECHO "X$objs$old_deplibs" | $SP2NL | $Xsed -e "$lo2o" | $NL2SP`
+         for progfile in $progfiles; do
+           func_verbose "extracting global C symbols from \`$progfile'"
+           $opt_dry_run || eval "$NM $progfile | $global_symbol_pipe >> '$nlist'"
+         done
+
+         if test -n "$exclude_expsyms"; then
+           $opt_dry_run || {
+             eval '$EGREP -v " ($exclude_expsyms)$" "$nlist" > "$nlist"T'
+             eval '$MV "$nlist"T "$nlist"'
+           }
+         fi
+
+         if test -n "$export_symbols_regex"; then
+           $opt_dry_run || {
+             eval '$EGREP -e "$export_symbols_regex" "$nlist" > "$nlist"T'
+             eval '$MV "$nlist"T "$nlist"'
+           }
+         fi
+
+         # Prepare the list of exported symbols
+         if test -z "$export_symbols"; then
+           export_symbols="$output_objdir/$outputname.exp"
+           $opt_dry_run || {
+             $RM $export_symbols
+             eval "${SED} -n -e '/^: @PROGRAM@ $/d' -e 's/^.* \(.*\)$/\1/p' "'< "$nlist" > "$export_symbols"'
+             case $host in
+             *cygwin* | *mingw* | *cegcc* )
+                eval "echo EXPORTS "'> "$output_objdir/$outputname.def"'
+                eval 'cat "$export_symbols" >> "$output_objdir/$outputname.def"'
+               ;;
+             esac
+           }
+         else
+           $opt_dry_run || {
+             eval "${SED} -e 's/\([].[*^$]\)/\\\\\1/g' -e 's/^/ /' -e 's/$/$/'"' < "$export_symbols" > "$output_objdir/$outputname.exp"'
+             eval '$GREP -f "$output_objdir/$outputname.exp" < "$nlist" > "$nlist"T'
+             eval '$MV "$nlist"T "$nlist"'
+             case $host in
+               *cygwin | *mingw* | *cegcc* )
+                 eval "echo EXPORTS "'> "$output_objdir/$outputname.def"'
+                 eval 'cat "$nlist" >> "$output_objdir/$outputname.def"'
+                 ;;
+             esac
+           }
+         fi
+       fi
+
+       for dlprefile in $dlprefiles; do
+         func_verbose "extracting global C symbols from \`$dlprefile'"
+         func_basename "$dlprefile"
+         name="$func_basename_result"
+         $opt_dry_run || {
+           eval '$ECHO ": $name " >> "$nlist"'
+           eval "$NM $dlprefile 2>/dev/null | $global_symbol_pipe >> '$nlist'"
+         }
+       done
+
+       $opt_dry_run || {
+         # Make sure we have at least an empty file.
+         test -f "$nlist" || : > "$nlist"
+
+         if test -n "$exclude_expsyms"; then
+           $EGREP -v " ($exclude_expsyms)$" "$nlist" > "$nlist"T
+           $MV "$nlist"T "$nlist"
+         fi
+
+         # Try sorting and uniquifying the output.
+         if $GREP -v "^: " < "$nlist" |
+             if sort -k 3 </dev/null >/dev/null 2>&1; then
+               sort -k 3
+             else
+               sort +2
+             fi |
+             uniq > "$nlist"S; then
+           :
+         else
+           $GREP -v "^: " < "$nlist" > "$nlist"S
+         fi
+
+         if test -f "$nlist"S; then
+           eval "$global_symbol_to_cdecl"' < "$nlist"S >> "$output_objdir/$my_dlsyms"'
+         else
+           $ECHO '/* NONE */' >> "$output_objdir/$my_dlsyms"
+         fi
+
+         $ECHO >> "$output_objdir/$my_dlsyms" "\
+
+/* The mapping between symbol names and symbols.  */
+typedef struct {
+  const char *name;
+  void *address;
+} lt_dlsymlist;
+"
+         case $host in
+         *cygwin* | *mingw* | *cegcc* )
+           $ECHO >> "$output_objdir/$my_dlsyms" "\
+/* DATA imports from DLLs on WIN32 con't be const, because
+   runtime relocations are performed -- see ld's documentation
+   on pseudo-relocs.  */"
+           lt_dlsym_const= ;;
+         *osf5*)
+           echo >> "$output_objdir/$my_dlsyms" "\
+/* This system does not cope well with relocations in const data */"
+           lt_dlsym_const= ;;
+         *)
+           lt_dlsym_const=const ;;
+         esac
+
+         $ECHO >> "$output_objdir/$my_dlsyms" "\
+extern $lt_dlsym_const lt_dlsymlist
+lt_${my_prefix}_LTX_preloaded_symbols[];
+$lt_dlsym_const lt_dlsymlist
+lt_${my_prefix}_LTX_preloaded_symbols[] =
+{\
+  { \"$my_originator\", (void *) 0 },"
+
+         case $need_lib_prefix in
+         no)
+           eval "$global_symbol_to_c_name_address" < "$nlist" >> "$output_objdir/$my_dlsyms"
+           ;;
+         *)
+           eval "$global_symbol_to_c_name_address_lib_prefix" < "$nlist" >> "$output_objdir/$my_dlsyms"
+           ;;
+         esac
+         $ECHO >> "$output_objdir/$my_dlsyms" "\
+  {0, (void *) 0}
+};
+
+/* This works around a problem in FreeBSD linker */
+#ifdef FREEBSD_WORKAROUND
+static const void *lt_preloaded_setup() {
+  return lt_${my_prefix}_LTX_preloaded_symbols;
+}
+#endif
+
+#ifdef __cplusplus
+}
+#endif\
+"
+       } # !$opt_dry_run
+
+       pic_flag_for_symtable=
+       case "$compile_command " in
+       *" -static "*) ;;
+       *)
+         case $host in
+         # compiling the symbol table file with pic_flag works around
+         # a FreeBSD bug that causes programs to crash when -lm is
+         # linked before any other PIC object.  But we must not use
+         # pic_flag when linking with -static.  The problem exists in
+         # FreeBSD 2.2.6 and is fixed in FreeBSD 3.1.
+         *-*-freebsd2*|*-*-freebsd3.0*|*-*-freebsdelf3.0*)
+           pic_flag_for_symtable=" $pic_flag -DFREEBSD_WORKAROUND" ;;
+         *-*-hpux*)
+           pic_flag_for_symtable=" $pic_flag"  ;;
+         *)
+           if test "X$my_pic_p" != Xno; then
+             pic_flag_for_symtable=" $pic_flag"
+           fi
+           ;;
+         esac
+         ;;
+       esac
+       symtab_cflags=
+       for arg in $LTCFLAGS; do
+         case $arg in
+         -pie | -fpie | -fPIE) ;;
+         *) symtab_cflags="$symtab_cflags $arg" ;;
+         esac
+       done
+
+       # Now compile the dynamic symbol file.
+       func_show_eval '(cd $output_objdir && $LTCC$symtab_cflags -c$no_builtin_flag$pic_flag_for_symtable "$my_dlsyms")' 'exit $?'
+
+       # Clean up the generated files.
+       func_show_eval '$RM "$output_objdir/$my_dlsyms" "$nlist" "${nlist}S" "${nlist}T"'
+
+       # Transform the symbol file into the correct name.
+       symfileobj="$output_objdir/${my_outputname}S.$objext"
+       case $host in
+       *cygwin* | *mingw* | *cegcc* )
+         if test -f "$output_objdir/$my_outputname.def"; then
+           compile_command=`$ECHO "X$compile_command" | $Xsed -e "s%@SYMFILE@%$output_objdir/$my_outputname.def $symfileobj%"`
+           finalize_command=`$ECHO "X$finalize_command" | $Xsed -e "s%@SYMFILE@%$output_objdir/$my_outputname.def $symfileobj%"`
+         else
+           compile_command=`$ECHO "X$compile_command" | $Xsed -e "s%@SYMFILE@%$symfileobj%"`
+           finalize_command=`$ECHO "X$finalize_command" | $Xsed -e "s%@SYMFILE@%$symfileobj%"`
+         fi
+         ;;
+       *)
+         compile_command=`$ECHO "X$compile_command" | $Xsed -e "s%@SYMFILE@%$symfileobj%"`
+         finalize_command=`$ECHO "X$finalize_command" | $Xsed -e "s%@SYMFILE@%$symfileobj%"`
+         ;;
+       esac
+       ;;
+      *)
+       func_fatal_error "unknown suffix for \`$my_dlsyms'"
+       ;;
+      esac
+    else
+      # We keep going just in case the user didn't refer to
+      # lt_preloaded_symbols.  The linker will fail if global_symbol_pipe
+      # really was required.
+
+      # Nullify the symbol file.
+      compile_command=`$ECHO "X$compile_command" | $Xsed -e "s% @SYMFILE@%%"`
+      finalize_command=`$ECHO "X$finalize_command" | $Xsed -e "s% @SYMFILE@%%"`
+    fi
+}
+
+# func_win32_libid arg
+# return the library type of file 'arg'
+#
+# Need a lot of goo to handle *both* DLLs and import libs
+# Has to be a shell function in order to 'eat' the argument
+# that is supplied when $file_magic_command is called.
+func_win32_libid ()
+{
+  $opt_debug
+  win32_libid_type="unknown"
+  win32_fileres=`file -L $1 2>/dev/null`
+  case $win32_fileres in
+  *ar\ archive\ import\ library*) # definitely import
+    win32_libid_type="x86 archive import"
+    ;;
+  *ar\ archive*) # could be an import, or static
+    if eval $OBJDUMP -f $1 | $SED -e '10q' 2>/dev/null |
+       $EGREP 'file format pe-i386(.*architecture: i386)?' >/dev/null ; then
+      win32_nmres=`eval $NM -f posix -A $1 |
+       $SED -n -e '
+           1,100{
+               / I /{
+                   s,.*,import,
+                   p
+                   q
+               }
+           }'`
+      case $win32_nmres in
+      import*)  win32_libid_type="x86 archive import";;
+      *)        win32_libid_type="x86 archive static";;
+      esac
+    fi
+    ;;
+  *DLL*)
+    win32_libid_type="x86 DLL"
+    ;;
+  *executable*) # but shell scripts are "executable" too...
+    case $win32_fileres in
+    *MS\ Windows\ PE\ Intel*)
+      win32_libid_type="x86 DLL"
+      ;;
+    esac
+    ;;
+  esac
+  $ECHO "$win32_libid_type"
+}
+
+
+
+# func_extract_an_archive dir oldlib
+func_extract_an_archive ()
+{
+    $opt_debug
+    f_ex_an_ar_dir="$1"; shift
+    f_ex_an_ar_oldlib="$1"
+    func_show_eval "(cd \$f_ex_an_ar_dir && $AR x \"\$f_ex_an_ar_oldlib\")" 'exit $?'
+    if ($AR t "$f_ex_an_ar_oldlib" | sort | sort -uc >/dev/null 2>&1); then
+     :
+    else
+      func_fatal_error "object name conflicts in archive: $f_ex_an_ar_dir/$f_ex_an_ar_oldlib"
+    fi
+}
+
+
+# func_extract_archives gentop oldlib ...
+func_extract_archives ()
+{
+    $opt_debug
+    my_gentop="$1"; shift
+    my_oldlibs=${1+"$@"}
+    my_oldobjs=""
+    my_xlib=""
+    my_xabs=""
+    my_xdir=""
+
+    for my_xlib in $my_oldlibs; do
+      # Extract the objects.
+      case $my_xlib in
+       [\\/]* | [A-Za-z]:[\\/]*) my_xabs="$my_xlib" ;;
+       *) my_xabs=`pwd`"/$my_xlib" ;;
+      esac
+      func_basename "$my_xlib"
+      my_xlib="$func_basename_result"
+      my_xlib_u=$my_xlib
+      while :; do
+        case " $extracted_archives " in
+       *" $my_xlib_u "*)
+         func_arith $extracted_serial + 1
+         extracted_serial=$func_arith_result
+         my_xlib_u=lt$extracted_serial-$my_xlib ;;
+       *) break ;;
+       esac
+      done
+      extracted_archives="$extracted_archives $my_xlib_u"
+      my_xdir="$my_gentop/$my_xlib_u"
+
+      func_mkdir_p "$my_xdir"
+
+      case $host in
+      *-darwin*)
+       func_verbose "Extracting $my_xabs"
+       # Do not bother doing anything if just a dry run
+       $opt_dry_run || {
+         darwin_orig_dir=`pwd`
+         cd $my_xdir || exit $?
+         darwin_archive=$my_xabs
+         darwin_curdir=`pwd`
+         darwin_base_archive=`basename "$darwin_archive"`
+         darwin_arches=`$LIPO -info "$darwin_archive" 2>/dev/null | $GREP Architectures 2>/dev/null || true`
+         if test -n "$darwin_arches"; then
+           darwin_arches=`$ECHO "$darwin_arches" | $SED -e 's/.*are://'`
+           darwin_arch=
+           func_verbose "$darwin_base_archive has multiple architectures $darwin_arches"
+           for darwin_arch in  $darwin_arches ; do
+             func_mkdir_p "unfat-$$/${darwin_base_archive}-${darwin_arch}"
+             $LIPO -thin $darwin_arch -output "unfat-$$/${darwin_base_archive}-${darwin_arch}/${darwin_base_archive}" "${darwin_archive}"
+             cd "unfat-$$/${darwin_base_archive}-${darwin_arch}"
+             func_extract_an_archive "`pwd`" "${darwin_base_archive}"
+             cd "$darwin_curdir"
+             $RM "unfat-$$/${darwin_base_archive}-${darwin_arch}/${darwin_base_archive}"
+           done # $darwin_arches
+            ## Okay now we've a bunch of thin objects, gotta fatten them up :)
+           darwin_filelist=`find unfat-$$ -type f -name \*.o -print -o -name \*.lo -print | $SED -e "$basename" | sort -u`
+           darwin_file=
+           darwin_files=
+           for darwin_file in $darwin_filelist; do
+             darwin_files=`find unfat-$$ -name $darwin_file -print | $NL2SP`
+             $LIPO -create -output "$darwin_file" $darwin_files
+           done # $darwin_filelist
+           $RM -rf unfat-$$
+           cd "$darwin_orig_dir"
+         else
+           cd $darwin_orig_dir
+           func_extract_an_archive "$my_xdir" "$my_xabs"
+         fi # $darwin_arches
+       } # !$opt_dry_run
+       ;;
+      *)
+        func_extract_an_archive "$my_xdir" "$my_xabs"
+       ;;
+      esac
+      my_oldobjs="$my_oldobjs "`find $my_xdir -name \*.$objext -print -o -name \*.lo -print | $NL2SP`
+    done
+
+    func_extract_archives_result="$my_oldobjs"
+}
+
+
+
+# func_emit_wrapper_part1 [arg=no]
+#
+# Emit the first part of a libtool wrapper script on stdout.
+# For more information, see the description associated with
+# func_emit_wrapper(), below.
+func_emit_wrapper_part1 ()
+{
+       func_emit_wrapper_part1_arg1=no
+       if test -n "$1" ; then
+         func_emit_wrapper_part1_arg1=$1
+       fi
+
+       $ECHO "\
+#! $SHELL
+
+# $output - temporary wrapper script for $objdir/$outputname
+# Generated by $PROGRAM (GNU $PACKAGE$TIMESTAMP) $VERSION
+#
+# The $output program cannot be directly executed until all the libtool
+# libraries that it depends on are installed.
+#
+# This wrapper script should never be moved out of the build directory.
+# If it is, it will not operate correctly.
+
+# Sed substitution that helps us do robust quoting.  It backslashifies
+# metacharacters that are still active within double-quoted strings.
+Xsed='${SED} -e 1s/^X//'
+sed_quote_subst='$sed_quote_subst'
+
+# Be Bourne compatible
+if test -n \"\${ZSH_VERSION+set}\" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then
+  emulate sh
+  NULLCMD=:
+  # Zsh 3.x and 4.x performs word splitting on \${1+\"\$@\"}, which
+  # is contrary to our usage.  Disable this feature.
+  alias -g '\${1+\"\$@\"}'='\"\$@\"'
+  setopt NO_GLOB_SUBST
+else
+  case \`(set -o) 2>/dev/null\` in *posix*) set -o posix;; esac
+fi
+BIN_SH=xpg4; export BIN_SH # for Tru64
+DUALCASE=1; export DUALCASE # for MKS sh
+
+# The HP-UX ksh and POSIX shell print the target directory to stdout
+# if CDPATH is set.
+(unset CDPATH) >/dev/null 2>&1 && unset CDPATH
+
+relink_command=\"$relink_command\"
+
+# This environment variable determines our operation mode.
+if test \"\$libtool_install_magic\" = \"$magic\"; then
+  # install mode needs the following variables:
+  generated_by_libtool_version='$macro_version'
+  notinst_deplibs='$notinst_deplibs'
+else
+  # When we are sourced in execute mode, \$file and \$ECHO are already set.
+  if test \"\$libtool_execute_magic\" != \"$magic\"; then
+    ECHO=\"$qecho\"
+    file=\"\$0\"
+    # Make sure echo works.
+    if test \"X\$1\" = X--no-reexec; then
+      # Discard the --no-reexec flag, and continue.
+      shift
+    elif test \"X\`{ \$ECHO '\t'; } 2>/dev/null\`\" = 'X\t'; then
+      # Yippee, \$ECHO works!
+      :
+    else
+      # Restart under the correct shell, and then maybe \$ECHO will work.
+      exec $SHELL \"\$0\" --no-reexec \${1+\"\$@\"}
+    fi
+  fi\
+"
+       $ECHO "\
+
+  # Find the directory that this script lives in.
+  thisdir=\`\$ECHO \"X\$file\" | \$Xsed -e 's%/[^/]*$%%'\`
+  test \"x\$thisdir\" = \"x\$file\" && thisdir=.
+
+  # Follow symbolic links until we get to the real thisdir.
+  file=\`ls -ld \"\$file\" | ${SED} -n 's/.*-> //p'\`
+  while test -n \"\$file\"; do
+    destdir=\`\$ECHO \"X\$file\" | \$Xsed -e 's%/[^/]*\$%%'\`
+
+    # If there was a directory component, then change thisdir.
+    if test \"x\$destdir\" != \"x\$file\"; then
+      case \"\$destdir\" in
+      [\\\\/]* | [A-Za-z]:[\\\\/]*) thisdir=\"\$destdir\" ;;
+      *) thisdir=\"\$thisdir/\$destdir\" ;;
+      esac
+    fi
+
+    file=\`\$ECHO \"X\$file\" | \$Xsed -e 's%^.*/%%'\`
+    file=\`ls -ld \"\$thisdir/\$file\" | ${SED} -n 's/.*-> //p'\`
+  done
+"
+}
+# end: func_emit_wrapper_part1
+
+# func_emit_wrapper_part2 [arg=no]
+#
+# Emit the second part of a libtool wrapper script on stdout.
+# For more information, see the description associated with
+# func_emit_wrapper(), below.
+func_emit_wrapper_part2 ()
+{
+       func_emit_wrapper_part2_arg1=no
+       if test -n "$1" ; then
+         func_emit_wrapper_part2_arg1=$1
+       fi
+
+       $ECHO "\
+
+  # Usually 'no', except on cygwin/mingw when embedded into
+  # the cwrapper.
+  WRAPPER_SCRIPT_BELONGS_IN_OBJDIR=$func_emit_wrapper_part2_arg1
+  if test \"\$WRAPPER_SCRIPT_BELONGS_IN_OBJDIR\" = \"yes\"; then
+    # special case for '.'
+    if test \"\$thisdir\" = \".\"; then
+      thisdir=\`pwd\`
+    fi
+    # remove .libs from thisdir
+    case \"\$thisdir\" in
+    *[\\\\/]$objdir ) thisdir=\`\$ECHO \"X\$thisdir\" | \$Xsed -e 's%[\\\\/][^\\\\/]*$%%'\` ;;
+    $objdir )   thisdir=. ;;
+    esac
+  fi
+
+  # Try to get the absolute directory name.
+  absdir=\`cd \"\$thisdir\" && pwd\`
+  test -n \"\$absdir\" && thisdir=\"\$absdir\"
+"
+
+       if test "$fast_install" = yes; then
+         $ECHO "\
+  program=lt-'$outputname'$exeext
+  progdir=\"\$thisdir/$objdir\"
+
+  if test ! -f \"\$progdir/\$program\" ||
+     { file=\`ls -1dt \"\$progdir/\$program\" \"\$progdir/../\$program\" 2>/dev/null | ${SED} 1q\`; \\
+       test \"X\$file\" != \"X\$progdir/\$program\"; }; then
+
+    file=\"\$\$-\$program\"
+
+    if test ! -d \"\$progdir\"; then
+      $MKDIR \"\$progdir\"
+    else
+      $RM \"\$progdir/\$file\"
+    fi"
+
+         $ECHO "\
+
+    # relink executable if necessary
+    if test -n \"\$relink_command\"; then
+      if relink_command_output=\`eval \$relink_command 2>&1\`; then :
+      else
+       $ECHO \"\$relink_command_output\" >&2
+       $RM \"\$progdir/\$file\"
+       exit 1
+      fi
+    fi
+
+    $MV \"\$progdir/\$file\" \"\$progdir/\$program\" 2>/dev/null ||
+    { $RM \"\$progdir/\$program\";
+      $MV \"\$progdir/\$file\" \"\$progdir/\$program\"; }
+    $RM \"\$progdir/\$file\"
+  fi"
+       else
+         $ECHO "\
+  program='$outputname'
+  progdir=\"\$thisdir/$objdir\"
+"
+       fi
+
+       $ECHO "\
+
+  if test -f \"\$progdir/\$program\"; then"
+
+       # Export our shlibpath_var if we have one.
+       if test "$shlibpath_overrides_runpath" = yes && test -n "$shlibpath_var" && test -n "$temp_rpath"; then
+         $ECHO "\
+    # Add our own library path to $shlibpath_var
+    $shlibpath_var=\"$temp_rpath\$$shlibpath_var\"
+
+    # Some systems cannot cope with colon-terminated $shlibpath_var
+    # The second colon is a workaround for a bug in BeOS R4 sed
+    $shlibpath_var=\`\$ECHO \"X\$$shlibpath_var\" | \$Xsed -e 's/::*\$//'\`
+
+    export $shlibpath_var
+"
+       fi
+
+       # fixup the dll searchpath if we need to.
+       if test -n "$dllsearchpath"; then
+         $ECHO "\
+    # Add the dll search path components to the executable PATH
+    PATH=$dllsearchpath:\$PATH
+"
+       fi
+
+       $ECHO "\
+    if test \"\$libtool_execute_magic\" != \"$magic\"; then
+      # Run the actual program with our arguments.
+"
+       case $host in
+       # Backslashes separate directories on plain windows
+       *-*-mingw | *-*-os2* | *-cegcc*)
+         $ECHO "\
+      exec \"\$progdir\\\\\$program\" \${1+\"\$@\"}
+"
+         ;;
+
+       *)
+         $ECHO "\
+      exec \"\$progdir/\$program\" \${1+\"\$@\"}
+"
+         ;;
+       esac
+       $ECHO "\
+      \$ECHO \"\$0: cannot exec \$program \$*\" 1>&2
+      exit 1
+    fi
+  else
+    # The program doesn't exist.
+    \$ECHO \"\$0: error: \\\`\$progdir/\$program' does not exist\" 1>&2
+    \$ECHO \"This script is just a wrapper for \$program.\" 1>&2
+    $ECHO \"See the $PACKAGE documentation for more information.\" 1>&2
+    exit 1
+  fi
+fi\
+"
+}
+# end: func_emit_wrapper_part2
+
+
+# func_emit_wrapper [arg=no]
+#
+# Emit a libtool wrapper script on stdout.
+# Don't directly open a file because we may want to
+# incorporate the script contents within a cygwin/mingw
+# wrapper executable.  Must ONLY be called from within
+# func_mode_link because it depends on a number of variables
+# set therein.
+#
+# ARG is the value that the WRAPPER_SCRIPT_BELONGS_IN_OBJDIR
+# variable will take.  If 'yes', then the emitted script
+# will assume that the directory in which it is stored is
+# the $objdir directory.  This is a cygwin/mingw-specific
+# behavior.
+func_emit_wrapper ()
+{
+       func_emit_wrapper_arg1=no
+       if test -n "$1" ; then
+         func_emit_wrapper_arg1=$1
+       fi
+
+       # split this up so that func_emit_cwrapperexe_src
+       # can call each part independently.
+       func_emit_wrapper_part1 "${func_emit_wrapper_arg1}"
+       func_emit_wrapper_part2 "${func_emit_wrapper_arg1}"
+}
+
+
+# func_to_host_path arg
+#
+# Convert paths to host format when used with build tools.
+# Intended for use with "native" mingw (where libtool itself
+# is running under the msys shell), or in the following cross-
+# build environments:
+#    $build          $host
+#    mingw (msys)    mingw  [e.g. native]
+#    cygwin          mingw
+#    *nix + wine     mingw
+# where wine is equipped with the `winepath' executable.
+# In the native mingw case, the (msys) shell automatically
+# converts paths for any non-msys applications it launches,
+# but that facility isn't available from inside the cwrapper.
+# Similar accommodations are necessary for $host mingw and
+# $build cygwin.  Calling this function does no harm for other
+# $host/$build combinations not listed above.
+#
+# ARG is the path (on $build) that should be converted to
+# the proper representation for $host. The result is stored
+# in $func_to_host_path_result.
+func_to_host_path ()
+{
+  func_to_host_path_result="$1"
+  if test -n "$1" ; then
+    case $host in
+      *mingw* )
+        lt_sed_naive_backslashify='s|\\\\*|\\|g;s|/|\\|g;s|\\|\\\\|g'
+        case $build in
+          *mingw* ) # actually, msys
+            # awkward: cmd appends spaces to result
+            lt_sed_strip_trailing_spaces="s/[ ]*\$//"
+            func_to_host_path_tmp1=`( cmd //c echo "$1" |\
+              $SED -e "$lt_sed_strip_trailing_spaces" ) 2>/dev/null || echo ""`
+            func_to_host_path_result=`echo "$func_to_host_path_tmp1" |\
+              $SED -e "$lt_sed_naive_backslashify"`
+            ;;
+          *cygwin* )
+            func_to_host_path_tmp1=`cygpath -w "$1"`
+            func_to_host_path_result=`echo "$func_to_host_path_tmp1" |\
+              $SED -e "$lt_sed_naive_backslashify"`
+            ;;
+          * )
+            # Unfortunately, winepath does not exit with a non-zero
+            # error code, so we are forced to check the contents of
+            # stdout. On the other hand, if the command is not
+            # found, the shell will set an exit code of 127 and print
+            # *an error message* to stdout. So we must check for both
+            # error code of zero AND non-empty stdout, which explains
+            # the odd construction:
+            func_to_host_path_tmp1=`winepath -w "$1" 2>/dev/null`
+            if test "$?" -eq 0 && test -n "${func_to_host_path_tmp1}"; then
+              func_to_host_path_result=`echo "$func_to_host_path_tmp1" |\
+                $SED -e "$lt_sed_naive_backslashify"`
+            else
+              # Allow warning below.
+              func_to_host_path_result=""
+            fi
+            ;;
+        esac
+        if test -z "$func_to_host_path_result" ; then
+          func_error "Could not determine host path corresponding to"
+          func_error "  '$1'"
+          func_error "Continuing, but uninstalled executables may not work."
+          # Fallback:
+          func_to_host_path_result="$1"
+        fi
+        ;;
+    esac
+  fi
+}
+# end: func_to_host_path
+
+# func_to_host_pathlist arg
+#
+# Convert pathlists to host format when used with build tools.
+# See func_to_host_path(), above. This function supports the
+# following $build/$host combinations (but does no harm for
+# combinations not listed here):
+#    $build          $host
+#    mingw (msys)    mingw  [e.g. native]
+#    cygwin          mingw
+#    *nix + wine     mingw
+#
+# Path separators are also converted from $build format to
+# $host format. If ARG begins or ends with a path separator
+# character, it is preserved (but converted to $host format)
+# on output.
+#
+# ARG is a pathlist (on $build) that should be converted to
+# the proper representation on $host. The result is stored
+# in $func_to_host_pathlist_result.
+func_to_host_pathlist ()
+{
+  func_to_host_pathlist_result="$1"
+  if test -n "$1" ; then
+    case $host in
+      *mingw* )
+        lt_sed_naive_backslashify='s|\\\\*|\\|g;s|/|\\|g;s|\\|\\\\|g'
+        # Remove leading and trailing path separator characters from
+        # ARG. msys behavior is inconsistent here, cygpath turns them
+        # into '.;' and ';.', and winepath ignores them completely.
+        func_to_host_pathlist_tmp2="$1"
+        # Once set for this call, this variable should not be
+        # reassigned. It is used in tha fallback case.
+        func_to_host_pathlist_tmp1=`echo "$func_to_host_pathlist_tmp2" |\
+          $SED -e 's|^:*||' -e 's|:*$||'`
+        case $build in
+          *mingw* ) # Actually, msys.
+            # Awkward: cmd appends spaces to result.
+            lt_sed_strip_trailing_spaces="s/[ ]*\$//"
+            func_to_host_pathlist_tmp2=`( cmd //c echo "$func_to_host_pathlist_tmp1" |\
+              $SED -e "$lt_sed_strip_trailing_spaces" ) 2>/dev/null || echo ""`
+            func_to_host_pathlist_result=`echo "$func_to_host_pathlist_tmp2" |\
+              $SED -e "$lt_sed_naive_backslashify"`
+            ;;
+          *cygwin* )
+            func_to_host_pathlist_tmp2=`cygpath -w -p "$func_to_host_pathlist_tmp1"`
+            func_to_host_pathlist_result=`echo "$func_to_host_pathlist_tmp2" |\
+              $SED -e "$lt_sed_naive_backslashify"`
+            ;;
+          * )
+            # unfortunately, winepath doesn't convert pathlists
+            func_to_host_pathlist_result=""
+            func_to_host_pathlist_oldIFS=$IFS
+            IFS=:
+            for func_to_host_pathlist_f in $func_to_host_pathlist_tmp1 ; do
+              IFS=$func_to_host_pathlist_oldIFS
+              if test -n "$func_to_host_pathlist_f" ; then
+                func_to_host_path "$func_to_host_pathlist_f"
+                if test -n "$func_to_host_path_result" ; then
+                  if test -z "$func_to_host_pathlist_result" ; then
+                    func_to_host_pathlist_result="$func_to_host_path_result"
+                  else
+                    func_to_host_pathlist_result="$func_to_host_pathlist_result;$func_to_host_path_result"
+                  fi
+                fi
+              fi
+              IFS=:
+            done
+            IFS=$func_to_host_pathlist_oldIFS
+            ;;
+        esac
+        if test -z "$func_to_host_pathlist_result" ; then
+          func_error "Could not determine the host path(s) corresponding to"
+          func_error "  '$1'"
+          func_error "Continuing, but uninstalled executables may not work."
+          # Fallback. This may break if $1 contains DOS-style drive
+          # specifications. The fix is not to complicate the expression
+          # below, but for the user to provide a working wine installation
+          # with winepath so that path translation in the cross-to-mingw
+          # case works properly.
+          lt_replace_pathsep_nix_to_dos="s|:|;|g"
+          func_to_host_pathlist_result=`echo "$func_to_host_pathlist_tmp1" |\
+            $SED -e "$lt_replace_pathsep_nix_to_dos"`
+        fi
+        # Now, add the leading and trailing path separators back
+        case "$1" in
+          :* ) func_to_host_pathlist_result=";$func_to_host_pathlist_result"
+            ;;
+        esac
+        case "$1" in
+          *: ) func_to_host_pathlist_result="$func_to_host_pathlist_result;"
+            ;;
+        esac
+        ;;
+    esac
+  fi
+}
+# end: func_to_host_pathlist
+
+# func_emit_cwrapperexe_src
+# emit the source code for a wrapper executable on stdout
+# Must ONLY be called from within func_mode_link because
+# it depends on a number of variable set therein.
+func_emit_cwrapperexe_src ()
+{
+       cat <<EOF
+
+/* $cwrappersource - temporary wrapper executable for $objdir/$outputname
+   Generated by $PROGRAM (GNU $PACKAGE$TIMESTAMP) $VERSION
+
+   The $output program cannot be directly executed until all the libtool
+   libraries that it depends on are installed.
+
+   This wrapper executable should never be moved out of the build directory.
+   If it is, it will not operate correctly.
+
+   Currently, it simply execs the wrapper *script* "$SHELL $output",
+   but could eventually absorb all of the scripts functionality and
+   exec $objdir/$outputname directly.
+*/
+EOF
+           cat <<"EOF"
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#ifdef _MSC_VER
+# include <direct.h>
+# include <process.h>
+# include <io.h>
+# define setmode _setmode
+#else
+# include <unistd.h>
+# include <stdint.h>
+# ifdef __CYGWIN__
+#  include <io.h>
+#  define HAVE_SETENV
+#  ifdef __STRICT_ANSI__
+char *realpath (const char *, char *);
+int putenv (char *);
+int setenv (const char *, const char *, int);
+#  endif
+# endif
+#endif
+#include <malloc.h>
+#include <stdarg.h>
+#include <assert.h>
+#include <string.h>
+#include <ctype.h>
+#include <errno.h>
+#include <fcntl.h>
+#include <sys/stat.h>
+
+#if defined(PATH_MAX)
+# define LT_PATHMAX PATH_MAX
+#elif defined(MAXPATHLEN)
+# define LT_PATHMAX MAXPATHLEN
+#else
+# define LT_PATHMAX 1024
+#endif
+
+#ifndef S_IXOTH
+# define S_IXOTH 0
+#endif
+#ifndef S_IXGRP
+# define S_IXGRP 0
+#endif
+
+#ifdef _MSC_VER
+# define S_IXUSR _S_IEXEC
+# define stat _stat
+# ifndef _INTPTR_T_DEFINED
+#  define intptr_t int
+# endif
+#endif
+
+#ifndef DIR_SEPARATOR
+# define DIR_SEPARATOR '/'
+# define PATH_SEPARATOR ':'
+#endif
+
+#if defined (_WIN32) || defined (__MSDOS__) || defined (__DJGPP__) || \
+  defined (__OS2__)
+# define HAVE_DOS_BASED_FILE_SYSTEM
+# define FOPEN_WB "wb"
+# ifndef DIR_SEPARATOR_2
+#  define DIR_SEPARATOR_2 '\\'
+# endif
+# ifndef PATH_SEPARATOR_2
+#  define PATH_SEPARATOR_2 ';'
+# endif
+#endif
+
+#ifndef DIR_SEPARATOR_2
+# define IS_DIR_SEPARATOR(ch) ((ch) == DIR_SEPARATOR)
+#else /* DIR_SEPARATOR_2 */
+# define IS_DIR_SEPARATOR(ch) \
+       (((ch) == DIR_SEPARATOR) || ((ch) == DIR_SEPARATOR_2))
+#endif /* DIR_SEPARATOR_2 */
+
+#ifndef PATH_SEPARATOR_2
+# define IS_PATH_SEPARATOR(ch) ((ch) == PATH_SEPARATOR)
+#else /* PATH_SEPARATOR_2 */
+# define IS_PATH_SEPARATOR(ch) ((ch) == PATH_SEPARATOR_2)
+#endif /* PATH_SEPARATOR_2 */
+
+#ifdef __CYGWIN__
+# define FOPEN_WB "wb"
+#endif
+
+#ifndef FOPEN_WB
+# define FOPEN_WB "w"
+#endif
+#ifndef _O_BINARY
+# define _O_BINARY 0
+#endif
+
+#define XMALLOC(type, num)      ((type *) xmalloc ((num) * sizeof(type)))
+#define XFREE(stale) do { \
+  if (stale) { free ((void *) stale); stale = 0; } \
+} while (0)
+
+#undef LTWRAPPER_DEBUGPRINTF
+#if defined DEBUGWRAPPER
+# define LTWRAPPER_DEBUGPRINTF(args) ltwrapper_debugprintf args
+static void
+ltwrapper_debugprintf (const char *fmt, ...)
+{
+    va_list args;
+    va_start (args, fmt);
+    (void) vfprintf (stderr, fmt, args);
+    va_end (args);
+}
+#else
+# define LTWRAPPER_DEBUGPRINTF(args)
+#endif
+
+const char *program_name = NULL;
+
+void *xmalloc (size_t num);
+char *xstrdup (const char *string);
+const char *base_name (const char *name);
+char *find_executable (const char *wrapper);
+char *chase_symlinks (const char *pathspec);
+int make_executable (const char *path);
+int check_executable (const char *path);
+char *strendzap (char *str, const char *pat);
+void lt_fatal (const char *message, ...);
+void lt_setenv (const char *name, const char *value);
+char *lt_extend_str (const char *orig_value, const char *add, int to_end);
+void lt_opt_process_env_set (const char *arg);
+void lt_opt_process_env_prepend (const char *arg);
+void lt_opt_process_env_append (const char *arg);
+int lt_split_name_value (const char *arg, char** name, char** value);
+void lt_update_exe_path (const char *name, const char *value);
+void lt_update_lib_path (const char *name, const char *value);
+
+static const char *script_text_part1 =
+EOF
+
+           func_emit_wrapper_part1 yes |
+               $SED -e 's/\([\\"]\)/\\\1/g' \
+                    -e 's/^/  "/' -e 's/$/\\n"/'
+           echo ";"
+           cat <<EOF
+
+static const char *script_text_part2 =
+EOF
+           func_emit_wrapper_part2 yes |
+               $SED -e 's/\([\\"]\)/\\\1/g' \
+                    -e 's/^/  "/' -e 's/$/\\n"/'
+           echo ";"
+
+           cat <<EOF
+const char * MAGIC_EXE = "$magic_exe";
+const char * LIB_PATH_VARNAME = "$shlibpath_var";
+EOF
+
+           if test "$shlibpath_overrides_runpath" = yes && test -n "$shlibpath_var" && test -n "$temp_rpath"; then
+              func_to_host_pathlist "$temp_rpath"
+             cat <<EOF
+const char * LIB_PATH_VALUE   = "$func_to_host_pathlist_result";
+EOF
+           else
+             cat <<"EOF"
+const char * LIB_PATH_VALUE   = "";
+EOF
+           fi
+
+           if test -n "$dllsearchpath"; then
+              func_to_host_pathlist "$dllsearchpath:"
+             cat <<EOF
+const char * EXE_PATH_VARNAME = "PATH";
+const char * EXE_PATH_VALUE   = "$func_to_host_pathlist_result";
+EOF
+           else
+             cat <<"EOF"
+const char * EXE_PATH_VARNAME = "";
+const char * EXE_PATH_VALUE   = "";
+EOF
+           fi
+
+           if test "$fast_install" = yes; then
+             cat <<EOF
+const char * TARGET_PROGRAM_NAME = "lt-$outputname"; /* hopefully, no .exe */
+EOF
+           else
+             cat <<EOF
+const char * TARGET_PROGRAM_NAME = "$outputname"; /* hopefully, no .exe */
+EOF
+           fi
+
+
+           cat <<"EOF"
+
+#define LTWRAPPER_OPTION_PREFIX         "--lt-"
+#define LTWRAPPER_OPTION_PREFIX_LENGTH  5
+
+static const size_t opt_prefix_len         = LTWRAPPER_OPTION_PREFIX_LENGTH;
+static const char *ltwrapper_option_prefix = LTWRAPPER_OPTION_PREFIX;
+
+static const char *dumpscript_opt       = LTWRAPPER_OPTION_PREFIX "dump-script";
+
+static const size_t env_set_opt_len     = LTWRAPPER_OPTION_PREFIX_LENGTH + 7;
+static const char *env_set_opt          = LTWRAPPER_OPTION_PREFIX "env-set";
+  /* argument is putenv-style "foo=bar", value of foo is set to bar */
+
+static const size_t env_prepend_opt_len = LTWRAPPER_OPTION_PREFIX_LENGTH + 11;
+static const char *env_prepend_opt      = LTWRAPPER_OPTION_PREFIX "env-prepend";
+  /* argument is putenv-style "foo=bar", new value of foo is bar${foo} */
+
+static const size_t env_append_opt_len  = LTWRAPPER_OPTION_PREFIX_LENGTH + 10;
+static const char *env_append_opt       = LTWRAPPER_OPTION_PREFIX "env-append";
+  /* argument is putenv-style "foo=bar", new value of foo is ${foo}bar */
+
+int
+main (int argc, char *argv[])
+{
+  char **newargz;
+  int  newargc;
+  char *tmp_pathspec;
+  char *actual_cwrapper_path;
+  char *actual_cwrapper_name;
+  char *target_name;
+  char *lt_argv_zero;
+  intptr_t rval = 127;
+
+  int i;
+
+  program_name = (char *) xstrdup (base_name (argv[0]));
+  LTWRAPPER_DEBUGPRINTF (("(main) argv[0]      : %s\n", argv[0]));
+  LTWRAPPER_DEBUGPRINTF (("(main) program_name : %s\n", program_name));
+
+  /* very simple arg parsing; don't want to rely on getopt */
+  for (i = 1; i < argc; i++)
+    {
+      if (strcmp (argv[i], dumpscript_opt) == 0)
+       {
+EOF
+           case "$host" in
+             *mingw* | *cygwin* )
+               # make stdout use "unix" line endings
+               echo "          setmode(1,_O_BINARY);"
+               ;;
+             esac
+
+           cat <<"EOF"
+         printf ("%s", script_text_part1);
+         printf ("%s", script_text_part2);
+         return 0;
+       }
+    }
+
+  newargz = XMALLOC (char *, argc + 1);
+  tmp_pathspec = find_executable (argv[0]);
+  if (tmp_pathspec == NULL)
+    lt_fatal ("Couldn't find %s", argv[0]);
+  LTWRAPPER_DEBUGPRINTF (("(main) found exe (before symlink chase) at : %s\n",
+                         tmp_pathspec));
+
+  actual_cwrapper_path = chase_symlinks (tmp_pathspec);
+  LTWRAPPER_DEBUGPRINTF (("(main) found exe (after symlink chase) at : %s\n",
+                         actual_cwrapper_path));
+  XFREE (tmp_pathspec);
+
+  actual_cwrapper_name = xstrdup( base_name (actual_cwrapper_path));
+  strendzap (actual_cwrapper_path, actual_cwrapper_name);
+
+  /* wrapper name transforms */
+  strendzap (actual_cwrapper_name, ".exe");
+  tmp_pathspec = lt_extend_str (actual_cwrapper_name, ".exe", 1);
+  XFREE (actual_cwrapper_name);
+  actual_cwrapper_name = tmp_pathspec;
+  tmp_pathspec = 0;
+
+  /* target_name transforms -- use actual target program name; might have lt- prefix */
+  target_name = xstrdup (base_name (TARGET_PROGRAM_NAME));
+  strendzap (target_name, ".exe");
+  tmp_pathspec = lt_extend_str (target_name, ".exe", 1);
+  XFREE (target_name);
+  target_name = tmp_pathspec;
+  tmp_pathspec = 0;
+
+  LTWRAPPER_DEBUGPRINTF (("(main) libtool target name: %s\n",
+                         target_name));
+EOF
+
+           cat <<EOF
+  newargz[0] =
+    XMALLOC (char, (strlen (actual_cwrapper_path) +
+                   strlen ("$objdir") + 1 + strlen (actual_cwrapper_name) + 1));
+  strcpy (newargz[0], actual_cwrapper_path);
+  strcat (newargz[0], "$objdir");
+  strcat (newargz[0], "/");
+EOF
+
+           cat <<"EOF"
+  /* stop here, and copy so we don't have to do this twice */
+  tmp_pathspec = xstrdup (newargz[0]);
+
+  /* do NOT want the lt- prefix here, so use actual_cwrapper_name */
+  strcat (newargz[0], actual_cwrapper_name);
+
+  /* DO want the lt- prefix here if it exists, so use target_name */
+  lt_argv_zero = lt_extend_str (tmp_pathspec, target_name, 1);
+  XFREE (tmp_pathspec);
+  tmp_pathspec = NULL;
+EOF
+
+           case $host_os in
+             mingw*)
+           cat <<"EOF"
+  {
+    char* p;
+    while ((p = strchr (newargz[0], '\\')) != NULL)
+      {
+       *p = '/';
+      }
+    while ((p = strchr (lt_argv_zero, '\\')) != NULL)
+      {
+       *p = '/';
+      }
+  }
+EOF
+           ;;
+           esac
+
+           cat <<"EOF"
+  XFREE (target_name);
+  XFREE (actual_cwrapper_path);
+  XFREE (actual_cwrapper_name);
+
+  lt_setenv ("BIN_SH", "xpg4"); /* for Tru64 */
+  lt_setenv ("DUALCASE", "1");  /* for MSK sh */
+  lt_update_lib_path (LIB_PATH_VARNAME, LIB_PATH_VALUE);
+  lt_update_exe_path (EXE_PATH_VARNAME, EXE_PATH_VALUE);
+
+  newargc=0;
+  for (i = 1; i < argc; i++)
+    {
+      if (strncmp (argv[i], env_set_opt, env_set_opt_len) == 0)
+        {
+          if (argv[i][env_set_opt_len] == '=')
+            {
+              const char *p = argv[i] + env_set_opt_len + 1;
+              lt_opt_process_env_set (p);
+            }
+          else if (argv[i][env_set_opt_len] == '\0' && i + 1 < argc)
+            {
+              lt_opt_process_env_set (argv[++i]); /* don't copy */
+            }
+          else
+            lt_fatal ("%s missing required argument", env_set_opt);
+          continue;
+        }
+      if (strncmp (argv[i], env_prepend_opt, env_prepend_opt_len) == 0)
+        {
+          if (argv[i][env_prepend_opt_len] == '=')
+            {
+              const char *p = argv[i] + env_prepend_opt_len + 1;
+              lt_opt_process_env_prepend (p);
+            }
+          else if (argv[i][env_prepend_opt_len] == '\0' && i + 1 < argc)
+            {
+              lt_opt_process_env_prepend (argv[++i]); /* don't copy */
+            }
+          else
+            lt_fatal ("%s missing required argument", env_prepend_opt);
+          continue;
+        }
+      if (strncmp (argv[i], env_append_opt, env_append_opt_len) == 0)
+        {
+          if (argv[i][env_append_opt_len] == '=')
+            {
+              const char *p = argv[i] + env_append_opt_len + 1;
+              lt_opt_process_env_append (p);
+            }
+          else if (argv[i][env_append_opt_len] == '\0' && i + 1 < argc)
+            {
+              lt_opt_process_env_append (argv[++i]); /* don't copy */
+            }
+          else
+            lt_fatal ("%s missing required argument", env_append_opt);
+          continue;
+        }
+      if (strncmp (argv[i], ltwrapper_option_prefix, opt_prefix_len) == 0)
+        {
+          /* however, if there is an option in the LTWRAPPER_OPTION_PREFIX
+             namespace, but it is not one of the ones we know about and
+             have already dealt with, above (inluding dump-script), then
+             report an error. Otherwise, targets might begin to believe
+             they are allowed to use options in the LTWRAPPER_OPTION_PREFIX
+             namespace. The first time any user complains about this, we'll
+             need to make LTWRAPPER_OPTION_PREFIX a configure-time option
+             or a configure.ac-settable value.
+           */
+          lt_fatal ("Unrecognized option in %s namespace: '%s'",
+                    ltwrapper_option_prefix, argv[i]);
+        }
+      /* otherwise ... */
+      newargz[++newargc] = xstrdup (argv[i]);
+    }
+  newargz[++newargc] = NULL;
+
+  LTWRAPPER_DEBUGPRINTF     (("(main) lt_argv_zero : %s\n", (lt_argv_zero ? lt_argv_zero : "<NULL>")));
+  for (i = 0; i < newargc; i++)
+    {
+      LTWRAPPER_DEBUGPRINTF (("(main) newargz[%d]   : %s\n", i, (newargz[i] ? newargz[i] : "<NULL>")));
+    }
+
+EOF
+
+           case $host_os in
+             mingw*)
+               cat <<"EOF"
+  /* execv doesn't actually work on mingw as expected on unix */
+  rval = _spawnv (_P_WAIT, lt_argv_zero, (const char * const *) newargz);
+  if (rval == -1)
+    {
+      /* failed to start process */
+      LTWRAPPER_DEBUGPRINTF (("(main) failed to launch target \"%s\": errno = %d\n", lt_argv_zero, errno));
+      return 127;
+    }
+  return rval;
+EOF
+               ;;
+             *)
+               cat <<"EOF"
+  execv (lt_argv_zero, newargz);
+  return rval; /* =127, but avoids unused variable warning */
+EOF
+               ;;
+           esac
+
+           cat <<"EOF"
+}
+
+void *
+xmalloc (size_t num)
+{
+  void *p = (void *) malloc (num);
+  if (!p)
+    lt_fatal ("Memory exhausted");
+
+  return p;
+}
+
+char *
+xstrdup (const char *string)
+{
+  return string ? strcpy ((char *) xmalloc (strlen (string) + 1),
+                         string) : NULL;
+}
+
+const char *
+base_name (const char *name)
+{
+  const char *base;
+
+#if defined (HAVE_DOS_BASED_FILE_SYSTEM)
+  /* Skip over the disk name in MSDOS pathnames. */
+  if (isalpha ((unsigned char) name[0]) && name[1] == ':')
+    name += 2;
+#endif
+
+  for (base = name; *name; name++)
+    if (IS_DIR_SEPARATOR (*name))
+      base = name + 1;
+  return base;
+}
+
+int
+check_executable (const char *path)
+{
+  struct stat st;
+
+  LTWRAPPER_DEBUGPRINTF (("(check_executable)  : %s\n",
+                         path ? (*path ? path : "EMPTY!") : "NULL!"));
+  if ((!path) || (!*path))
+    return 0;
+
+  if ((stat (path, &st) >= 0)
+      && (st.st_mode & (S_IXUSR | S_IXGRP | S_IXOTH)))
+    return 1;
+  else
+    return 0;
+}
+
+int
+make_executable (const char *path)
+{
+  int rval = 0;
+  struct stat st;
+
+  LTWRAPPER_DEBUGPRINTF (("(make_executable)   : %s\n",
+                         path ? (*path ? path : "EMPTY!") : "NULL!"));
+  if ((!path) || (!*path))
+    return 0;
+
+  if (stat (path, &st) >= 0)
+    {
+      rval = chmod (path, st.st_mode | S_IXOTH | S_IXGRP | S_IXUSR);
+    }
+  return rval;
+}
+
+/* Searches for the full path of the wrapper.  Returns
+   newly allocated full path name if found, NULL otherwise
+   Does not chase symlinks, even on platforms that support them.
+*/
+char *
+find_executable (const char *wrapper)
+{
+  int has_slash = 0;
+  const char *p;
+  const char *p_next;
+  /* static buffer for getcwd */
+  char tmp[LT_PATHMAX + 1];
+  int tmp_len;
+  char *concat_name;
+
+  LTWRAPPER_DEBUGPRINTF (("(find_executable)   : %s\n",
+                         wrapper ? (*wrapper ? wrapper : "EMPTY!") : "NULL!"));
+
+  if ((wrapper == NULL) || (*wrapper == '\0'))
+    return NULL;
+
+  /* Absolute path? */
+#if defined (HAVE_DOS_BASED_FILE_SYSTEM)
+  if (isalpha ((unsigned char) wrapper[0]) && wrapper[1] == ':')
+    {
+      concat_name = xstrdup (wrapper);
+      if (check_executable (concat_name))
+       return concat_name;
+      XFREE (concat_name);
+    }
+  else
+    {
+#endif
+      if (IS_DIR_SEPARATOR (wrapper[0]))
+       {
+         concat_name = xstrdup (wrapper);
+         if (check_executable (concat_name))
+           return concat_name;
+         XFREE (concat_name);
+       }
+#if defined (HAVE_DOS_BASED_FILE_SYSTEM)
+    }
+#endif
+
+  for (p = wrapper; *p; p++)
+    if (*p == '/')
+      {
+       has_slash = 1;
+       break;
+      }
+  if (!has_slash)
+    {
+      /* no slashes; search PATH */
+      const char *path = getenv ("PATH");
+      if (path != NULL)
+       {
+         for (p = path; *p; p = p_next)
+           {
+             const char *q;
+             size_t p_len;
+             for (q = p; *q; q++)
+               if (IS_PATH_SEPARATOR (*q))
+                 break;
+             p_len = q - p;
+             p_next = (*q == '\0' ? q : q + 1);
+             if (p_len == 0)
+               {
+                 /* empty path: current directory */
+                 if (getcwd (tmp, LT_PATHMAX) == NULL)
+                   lt_fatal ("getcwd failed");
+                 tmp_len = strlen (tmp);
+                 concat_name =
+                   XMALLOC (char, tmp_len + 1 + strlen (wrapper) + 1);
+                 memcpy (concat_name, tmp, tmp_len);
+                 concat_name[tmp_len] = '/';
+                 strcpy (concat_name + tmp_len + 1, wrapper);
+               }
+             else
+               {
+                 concat_name =
+                   XMALLOC (char, p_len + 1 + strlen (wrapper) + 1);
+                 memcpy (concat_name, p, p_len);
+                 concat_name[p_len] = '/';
+                 strcpy (concat_name + p_len + 1, wrapper);
+               }
+             if (check_executable (concat_name))
+               return concat_name;
+             XFREE (concat_name);
+           }
+       }
+      /* not found in PATH; assume curdir */
+    }
+  /* Relative path | not found in path: prepend cwd */
+  if (getcwd (tmp, LT_PATHMAX) == NULL)
+    lt_fatal ("getcwd failed");
+  tmp_len = strlen (tmp);
+  concat_name = XMALLOC (char, tmp_len + 1 + strlen (wrapper) + 1);
+  memcpy (concat_name, tmp, tmp_len);
+  concat_name[tmp_len] = '/';
+  strcpy (concat_name + tmp_len + 1, wrapper);
+
+  if (check_executable (concat_name))
+    return concat_name;
+  XFREE (concat_name);
+  return NULL;
+}
+
+char *
+chase_symlinks (const char *pathspec)
+{
+#ifndef S_ISLNK
+  return xstrdup (pathspec);
+#else
+  char buf[LT_PATHMAX];
+  struct stat s;
+  char *tmp_pathspec = xstrdup (pathspec);
+  char *p;
+  int has_symlinks = 0;
+  while (strlen (tmp_pathspec) && !has_symlinks)
+    {
+      LTWRAPPER_DEBUGPRINTF (("checking path component for symlinks: %s\n",
+                             tmp_pathspec));
+      if (lstat (tmp_pathspec, &s) == 0)
+       {
+         if (S_ISLNK (s.st_mode) != 0)
+           {
+             has_symlinks = 1;
+             break;
+           }
+
+         /* search backwards for last DIR_SEPARATOR */
+         p = tmp_pathspec + strlen (tmp_pathspec) - 1;
+         while ((p > tmp_pathspec) && (!IS_DIR_SEPARATOR (*p)))
+           p--;
+         if ((p == tmp_pathspec) && (!IS_DIR_SEPARATOR (*p)))
+           {
+             /* no more DIR_SEPARATORS left */
+             break;
+           }
+         *p = '\0';
+       }
+      else
+       {
+         char *errstr = strerror (errno);
+         lt_fatal ("Error accessing file %s (%s)", tmp_pathspec, errstr);
+       }
+    }
+  XFREE (tmp_pathspec);
+
+  if (!has_symlinks)
+    {
+      return xstrdup (pathspec);
+    }
+
+  tmp_pathspec = realpath (pathspec, buf);
+  if (tmp_pathspec == 0)
+    {
+      lt_fatal ("Could not follow symlinks for %s", pathspec);
+    }
+  return xstrdup (tmp_pathspec);
+#endif
+}
+
+char *
+strendzap (char *str, const char *pat)
+{
+  size_t len, patlen;
+
+  assert (str != NULL);
+  assert (pat != NULL);
+
+  len = strlen (str);
+  patlen = strlen (pat);
+
+  if (patlen <= len)
+    {
+      str += len - patlen;
+      if (strcmp (str, pat) == 0)
+       *str = '\0';
+    }
+  return str;
+}
+
+static void
+lt_error_core (int exit_status, const char *mode,
+              const char *message, va_list ap)
+{
+  fprintf (stderr, "%s: %s: ", program_name, mode);
+  vfprintf (stderr, message, ap);
+  fprintf (stderr, ".\n");
+
+  if (exit_status >= 0)
+    exit (exit_status);
+}
+
+void
+lt_fatal (const char *message, ...)
+{
+  va_list ap;
+  va_start (ap, message);
+  lt_error_core (EXIT_FAILURE, "FATAL", message, ap);
+  va_end (ap);
+}
+
+void
+lt_setenv (const char *name, const char *value)
+{
+  LTWRAPPER_DEBUGPRINTF (("(lt_setenv) setting '%s' to '%s'\n",
+                          (name ? name : "<NULL>"),
+                          (value ? value : "<NULL>")));
+  {
+#ifdef HAVE_SETENV
+    /* always make a copy, for consistency with !HAVE_SETENV */
+    char *str = xstrdup (value);
+    setenv (name, str, 1);
+#else
+    int len = strlen (name) + 1 + strlen (value) + 1;
+    char *str = XMALLOC (char, len);
+    sprintf (str, "%s=%s", name, value);
+    if (putenv (str) != EXIT_SUCCESS)
+      {
+        XFREE (str);
+      }
+#endif
+  }
+}
+
+char *
+lt_extend_str (const char *orig_value, const char *add, int to_end)
+{
+  char *new_value;
+  if (orig_value && *orig_value)
+    {
+      int orig_value_len = strlen (orig_value);
+      int add_len = strlen (add);
+      new_value = XMALLOC (char, add_len + orig_value_len + 1);
+      if (to_end)
+        {
+          strcpy (new_value, orig_value);
+          strcpy (new_value + orig_value_len, add);
+        }
+      else
+        {
+          strcpy (new_value, add);
+          strcpy (new_value + add_len, orig_value);
+        }
+    }
+  else
+    {
+      new_value = xstrdup (add);
+    }
+  return new_value;
+}
+
+int
+lt_split_name_value (const char *arg, char** name, char** value)
+{
+  const char *p;
+  int len;
+  if (!arg || !*arg)
+    return 1;
+
+  p = strchr (arg, (int)'=');
+
+  if (!p)
+    return 1;
+
+  *value = xstrdup (++p);
+
+  len = strlen (arg) - strlen (*value);
+  *name = XMALLOC (char, len);
+  strncpy (*name, arg, len-1);
+  (*name)[len - 1] = '\0';
+
+  return 0;
+}
+
+void
+lt_opt_process_env_set (const char *arg)
+{
+  char *name = NULL;
+  char *value = NULL;
+
+  if (lt_split_name_value (arg, &name, &value) != 0)
+    {
+      XFREE (name);
+      XFREE (value);
+      lt_fatal ("bad argument for %s: '%s'", env_set_opt, arg);
+    }
+
+  lt_setenv (name, value);
+  XFREE (name);
+  XFREE (value);
+}
+
+void
+lt_opt_process_env_prepend (const char *arg)
+{
+  char *name = NULL;
+  char *value = NULL;
+  char *new_value = NULL;
+
+  if (lt_split_name_value (arg, &name, &value) != 0)
+    {
+      XFREE (name);
+      XFREE (value);
+      lt_fatal ("bad argument for %s: '%s'", env_prepend_opt, arg);
+    }
+
+  new_value = lt_extend_str (getenv (name), value, 0);
+  lt_setenv (name, new_value);
+  XFREE (new_value);
+  XFREE (name);
+  XFREE (value);
+}
+
+void
+lt_opt_process_env_append (const char *arg)
+{
+  char *name = NULL;
+  char *value = NULL;
+  char *new_value = NULL;
+
+  if (lt_split_name_value (arg, &name, &value) != 0)
+    {
+      XFREE (name);
+      XFREE (value);
+      lt_fatal ("bad argument for %s: '%s'", env_append_opt, arg);
+    }
+
+  new_value = lt_extend_str (getenv (name), value, 1);
+  lt_setenv (name, new_value);
+  XFREE (new_value);
+  XFREE (name);
+  XFREE (value);
+}
+
+void
+lt_update_exe_path (const char *name, const char *value)
+{
+  LTWRAPPER_DEBUGPRINTF (("(lt_update_exe_path) modifying '%s' by prepending '%s'\n",
+                          (name ? name : "<NULL>"),
+                          (value ? value : "<NULL>")));
+
+  if (name && *name && value && *value)
+    {
+      char *new_value = lt_extend_str (getenv (name), value, 0);
+      /* some systems can't cope with a ':'-terminated path #' */
+      int len = strlen (new_value);
+      while (((len = strlen (new_value)) > 0) && IS_PATH_SEPARATOR (new_value[len-1]))
+        {
+          new_value[len-1] = '\0';
+        }
+      lt_setenv (name, new_value);
+      XFREE (new_value);
+    }
+}
+
+void
+lt_update_lib_path (const char *name, const char *value)
+{
+  LTWRAPPER_DEBUGPRINTF (("(lt_update_lib_path) modifying '%s' by prepending '%s'\n",
+                          (name ? name : "<NULL>"),
+                          (value ? value : "<NULL>")));
+
+  if (name && *name && value && *value)
+    {
+      char *new_value = lt_extend_str (getenv (name), value, 0);
+      lt_setenv (name, new_value);
+      XFREE (new_value);
+    }
+}
+
+
+EOF
+}
+# end: func_emit_cwrapperexe_src
+
+# func_mode_link arg...
+func_mode_link ()
+{
+    $opt_debug
+    case $host in
+    *-*-cygwin* | *-*-mingw* | *-*-pw32* | *-*-os2* | *-cegcc*)
+      # It is impossible to link a dll without this setting, and
+      # we shouldn't force the makefile maintainer to figure out
+      # which system we are compiling for in order to pass an extra
+      # flag for every libtool invocation.
+      # allow_undefined=no
+
+      # FIXME: Unfortunately, there are problems with the above when trying
+      # to make a dll which has undefined symbols, in which case not
+      # even a static library is built.  For now, we need to specify
+      # -no-undefined on the libtool link line when we can be certain
+      # that all symbols are satisfied, otherwise we get a static library.
+      allow_undefined=yes
+      ;;
+    *)
+      allow_undefined=yes
+      ;;
+    esac
+    libtool_args=$nonopt
+    base_compile="$nonopt $@"
+    compile_command=$nonopt
+    finalize_command=$nonopt
+
+    compile_rpath=
+    finalize_rpath=
+    compile_shlibpath=
+    finalize_shlibpath=
+    convenience=
+    old_convenience=
+    deplibs=
+    old_deplibs=
+    compiler_flags=
+    linker_flags=
+    dllsearchpath=
+    lib_search_path=`pwd`
+    inst_prefix_dir=
+    new_inherited_linker_flags=
+
+    avoid_version=no
+    dlfiles=
+    dlprefiles=
+    dlself=no
+    export_dynamic=no
+    export_symbols=
+    export_symbols_regex=
+    generated=
+    libobjs=
+    ltlibs=
+    module=no
+    no_install=no
+    objs=
+    non_pic_objects=
+    precious_files_regex=
+    prefer_static_libs=no
+    preload=no
+    prev=
+    prevarg=
+    release=
+    rpath=
+    xrpath=
+    perm_rpath=
+    temp_rpath=
+    thread_safe=no
+    vinfo=
+    vinfo_number=no
+    weak_libs=
+    single_module="${wl}-single_module"
+    func_infer_tag $base_compile
+
+    # We need to know -static, to get the right output filenames.
+    for arg
+    do
+      case $arg in
+      -shared)
+       test "$build_libtool_libs" != yes && \
+         func_fatal_configuration "can not build a shared library"
+       build_old_libs=no
+       break
+       ;;
+      -all-static | -static | -static-libtool-libs)
+       case $arg in
+       -all-static)
+         if test "$build_libtool_libs" = yes && test -z "$link_static_flag"; then
+           func_warning "complete static linking is impossible in this configuration"
+         fi
+         if test -n "$link_static_flag"; then
+           dlopen_self=$dlopen_self_static
+         fi
+         prefer_static_libs=yes
+         ;;
+       -static)
+         if test -z "$pic_flag" && test -n "$link_static_flag"; then
+           dlopen_self=$dlopen_self_static
+         fi
+         prefer_static_libs=built
+         ;;
+       -static-libtool-libs)
+         if test -z "$pic_flag" && test -n "$link_static_flag"; then
+           dlopen_self=$dlopen_self_static
+         fi
+         prefer_static_libs=yes
+         ;;
+       esac
+       build_libtool_libs=no
+       build_old_libs=yes
+       break
+       ;;
+      esac
+    done
+
+    # See if our shared archives depend on static archives.
+    test -n "$old_archive_from_new_cmds" && build_old_libs=yes
+
+    # Go through the arguments, transforming them on the way.
+    while test "$#" -gt 0; do
+      arg="$1"
+      shift
+      func_quote_for_eval "$arg"
+      qarg=$func_quote_for_eval_unquoted_result
+      func_append libtool_args " $func_quote_for_eval_result"
+
+      # If the previous option needs an argument, assign it.
+      if test -n "$prev"; then
+       case $prev in
+       output)
+         func_append compile_command " @OUTPUT@"
+         func_append finalize_command " @OUTPUT@"
+         ;;
+       esac
+
+       case $prev in
+       dlfiles|dlprefiles)
+         if test "$preload" = no; then
+           # Add the symbol object into the linking commands.
+           func_append compile_command " @SYMFILE@"
+           func_append finalize_command " @SYMFILE@"
+           preload=yes
+         fi
+         case $arg in
+         *.la | *.lo) ;;  # We handle these cases below.
+         force)
+           if test "$dlself" = no; then
+             dlself=needless
+             export_dynamic=yes
+           fi
+           prev=
+           continue
+           ;;
+         self)
+           if test "$prev" = dlprefiles; then
+             dlself=yes
+           elif test "$prev" = dlfiles && test "$dlopen_self" != yes; then
+             dlself=yes
+           else
+             dlself=needless
+             export_dynamic=yes
+           fi
+           prev=
+           continue
+           ;;
+         *)
+           if test "$prev" = dlfiles; then
+             dlfiles="$dlfiles $arg"
+           else
+             dlprefiles="$dlprefiles $arg"
+           fi
+           prev=
+           continue
+           ;;
+         esac
+         ;;
+       expsyms)
+         export_symbols="$arg"
+         test -f "$arg" \
+           || func_fatal_error "symbol file \`$arg' does not exist"
+         prev=
+         continue
+         ;;
+       expsyms_regex)
+         export_symbols_regex="$arg"
+         prev=
+         continue
+         ;;
+       framework)
+         case $host in
+           *-*-darwin*)
+             case "$deplibs " in
+               *" $qarg.ltframework "*) ;;
+               *) deplibs="$deplibs $qarg.ltframework" # this is fixed later
+                  ;;
+             esac
+             ;;
+         esac
+         prev=
+         continue
+         ;;
+       inst_prefix)
+         inst_prefix_dir="$arg"
+         prev=
+         continue
+         ;;
+       objectlist)
+         if test -f "$arg"; then
+           save_arg=$arg
+           moreargs=
+           for fil in `cat "$save_arg"`
+           do
+#            moreargs="$moreargs $fil"
+             arg=$fil
+             # A libtool-controlled object.
+
+             # Check to see that this really is a libtool object.
+             if func_lalib_unsafe_p "$arg"; then
+               pic_object=
+               non_pic_object=
+
+               # Read the .lo file
+               func_source "$arg"
+
+               if test -z "$pic_object" ||
+                  test -z "$non_pic_object" ||
+                  test "$pic_object" = none &&
+                  test "$non_pic_object" = none; then
+                 func_fatal_error "cannot find name of object for \`$arg'"
+               fi
+
+               # Extract subdirectory from the argument.
+               func_dirname "$arg" "/" ""
+               xdir="$func_dirname_result"
+
+               if test "$pic_object" != none; then
+                 # Prepend the subdirectory the object is found in.
+                 pic_object="$xdir$pic_object"
+
+                 if test "$prev" = dlfiles; then
+                   if test "$build_libtool_libs" = yes && test "$dlopen_support" = yes; then
+                     dlfiles="$dlfiles $pic_object"
+                     prev=
+                     continue
+                   else
+                     # If libtool objects are unsupported, then we need to preload.
+                     prev=dlprefiles
+                   fi
+                 fi
+
+                 # CHECK ME:  I think I busted this.  -Ossama
+                 if test "$prev" = dlprefiles; then
+                   # Preload the old-style object.
+                   dlprefiles="$dlprefiles $pic_object"
+                   prev=
+                 fi
+
+                 # A PIC object.
+                 func_append libobjs " $pic_object"
+                 arg="$pic_object"
+               fi
+
+               # Non-PIC object.
+               if test "$non_pic_object" != none; then
+                 # Prepend the subdirectory the object is found in.
+                 non_pic_object="$xdir$non_pic_object"
+
+                 # A standard non-PIC object
+                 func_append non_pic_objects " $non_pic_object"
+                 if test -z "$pic_object" || test "$pic_object" = none ; then
+                   arg="$non_pic_object"
+                 fi
+               else
+                 # If the PIC object exists, use it instead.
+                 # $xdir was prepended to $pic_object above.
+                 non_pic_object="$pic_object"
+                 func_append non_pic_objects " $non_pic_object"
+               fi
+             else
+               # Only an error if not doing a dry-run.
+               if $opt_dry_run; then
+                 # Extract subdirectory from the argument.
+                 func_dirname "$arg" "/" ""
+                 xdir="$func_dirname_result"
+
+                 func_lo2o "$arg"
+                 pic_object=$xdir$objdir/$func_lo2o_result
+                 non_pic_object=$xdir$func_lo2o_result
+                 func_append libobjs " $pic_object"
+                 func_append non_pic_objects " $non_pic_object"
+               else
+                 func_fatal_error "\`$arg' is not a valid libtool object"
+               fi
+             fi
+           done
+         else
+           func_fatal_error "link input file \`$arg' does not exist"
+         fi
+         arg=$save_arg
+         prev=
+         continue
+         ;;
+       precious_regex)
+         precious_files_regex="$arg"
+         prev=
+         continue
+         ;;
+       release)
+         release="-$arg"
+         prev=
+         continue
+         ;;
+       rpath | xrpath)
+         # We need an absolute path.
+         case $arg in
+         [\\/]* | [A-Za-z]:[\\/]*) ;;
+         *)
+           func_fatal_error "only absolute run-paths are allowed"
+           ;;
+         esac
+         if test "$prev" = rpath; then
+           case "$rpath " in
+           *" $arg "*) ;;
+           *) rpath="$rpath $arg" ;;
+           esac
+         else
+           case "$xrpath " in
+           *" $arg "*) ;;
+           *) xrpath="$xrpath $arg" ;;
+           esac
+         fi
+         prev=
+         continue
+         ;;
+       shrext)
+         shrext_cmds="$arg"
+         prev=
+         continue
+         ;;
+       weak)
+         weak_libs="$weak_libs $arg"
+         prev=
+         continue
+         ;;
+       xcclinker)
+         linker_flags="$linker_flags $qarg"
+         compiler_flags="$compiler_flags $qarg"
+         prev=
+         func_append compile_command " $qarg"
+         func_append finalize_command " $qarg"
+         continue
+         ;;
+       xcompiler)
+         compiler_flags="$compiler_flags $qarg"
+         prev=
+         func_append compile_command " $qarg"
+         func_append finalize_command " $qarg"
+         continue
+         ;;
+       xlinker)
+         linker_flags="$linker_flags $qarg"
+         compiler_flags="$compiler_flags $wl$qarg"
+         prev=
+         func_append compile_command " $wl$qarg"
+         func_append finalize_command " $wl$qarg"
+         continue
+         ;;
+       *)
+         eval "$prev=\"\$arg\""
+         prev=
+         continue
+         ;;
+       esac
+      fi # test -n "$prev"
+
+      prevarg="$arg"
+
+      case $arg in
+      -all-static)
+       if test -n "$link_static_flag"; then
+         # See comment for -static flag below, for more details.
+         func_append compile_command " $link_static_flag"
+         func_append finalize_command " $link_static_flag"
+       fi
+       continue
+       ;;
+
+      -allow-undefined)
+       # FIXME: remove this flag sometime in the future.
+       func_fatal_error "\`-allow-undefined' must not be used because it is the default"
+       ;;
+
+      -avoid-version)
+       avoid_version=yes
+       continue
+       ;;
+
+      -dlopen)
+       prev=dlfiles
+       continue
+       ;;
+
+      -dlpreopen)
+       prev=dlprefiles
+       continue
+       ;;
+
+      -export-dynamic)
+       export_dynamic=yes
+       continue
+       ;;
+
+      -export-symbols | -export-symbols-regex)
+       if test -n "$export_symbols" || test -n "$export_symbols_regex"; then
+         func_fatal_error "more than one -exported-symbols argument is not allowed"
+       fi
+       if test "X$arg" = "X-export-symbols"; then
+         prev=expsyms
+       else
+         prev=expsyms_regex
+       fi
+       continue
+       ;;
+
+      -framework)
+       prev=framework
+       continue
+       ;;
+
+      -inst-prefix-dir)
+       prev=inst_prefix
+       continue
+       ;;
+
+      # The native IRIX linker understands -LANG:*, -LIST:* and -LNO:*
+      # so, if we see these flags be careful not to treat them like -L
+      -L[A-Z][A-Z]*:*)
+       case $with_gcc/$host in
+       no/*-*-irix* | /*-*-irix*)
+         func_append compile_command " $arg"
+         func_append finalize_command " $arg"
+         ;;
+       esac
+       continue
+       ;;
+
+      -L*)
+       func_stripname '-L' '' "$arg"
+       dir=$func_stripname_result
+       if test -z "$dir"; then
+         if test "$#" -gt 0; then
+           func_fatal_error "require no space between \`-L' and \`$1'"
+         else
+           func_fatal_error "need path for \`-L' option"
+         fi
+       fi
+       # We need an absolute path.
+       case $dir in
+       [\\/]* | [A-Za-z]:[\\/]*) ;;
+       *)
+         absdir=`cd "$dir" && pwd`
+         test -z "$absdir" && \
+           func_fatal_error "cannot determine absolute directory name of \`$dir'"
+         dir="$absdir"
+         ;;
+       esac
+       case "$deplibs " in
+       *" -L$dir "*) ;;
+       *)
+         deplibs="$deplibs -L$dir"
+         lib_search_path="$lib_search_path $dir"
+         ;;
+       esac
+       case $host in
+       *-*-cygwin* | *-*-mingw* | *-*-pw32* | *-*-os2* | *-cegcc*)
+         testbindir=`$ECHO "X$dir" | $Xsed -e 's*/lib$*/bin*'`
+         case :$dllsearchpath: in
+         *":$dir:"*) ;;
+         ::) dllsearchpath=$dir;;
+         *) dllsearchpath="$dllsearchpath:$dir";;
+         esac
+         case :$dllsearchpath: in
+         *":$testbindir:"*) ;;
+         ::) dllsearchpath=$testbindir;;
+         *) dllsearchpath="$dllsearchpath:$testbindir";;
+         esac
+         ;;
+       esac
+       continue
+       ;;
+
+      -l*)
+       if test "X$arg" = "X-lc" || test "X$arg" = "X-lm"; then
+         case $host in
+         *-*-cygwin* | *-*-mingw* | *-*-pw32* | *-*-beos* | *-cegcc*)
+           # These systems don't actually have a C or math library (as such)
+           continue
+           ;;
+         *-*-os2*)
+           # These systems don't actually have a C library (as such)
+           test "X$arg" = "X-lc" && continue
+           ;;
+         *-*-openbsd* | *-*-freebsd* | *-*-dragonfly*)
+           # Do not include libc due to us having libc/libc_r.
+           test "X$arg" = "X-lc" && continue
+           ;;
+         *-*-rhapsody* | *-*-darwin1.[012])
+           # Rhapsody C and math libraries are in the System framework
+           deplibs="$deplibs System.ltframework"
+           continue
+           ;;
+         *-*-sco3.2v5* | *-*-sco5v6*)
+           # Causes problems with __ctype
+           test "X$arg" = "X-lc" && continue
+           ;;
+         *-*-sysv4.2uw2* | *-*-sysv5* | *-*-unixware* | *-*-OpenUNIX*)
+           # Compiler inserts libc in the correct place for threads to work
+           test "X$arg" = "X-lc" && continue
+           ;;
+         esac
+       elif test "X$arg" = "X-lc_r"; then
+        case $host in
+        *-*-openbsd* | *-*-freebsd* | *-*-dragonfly*)
+          # Do not include libc_r directly, use -pthread flag.
+          continue
+          ;;
+        esac
+       fi
+       deplibs="$deplibs $arg"
+       continue
+       ;;
+
+      -module)
+       module=yes
+       continue
+       ;;
+
+      # Tru64 UNIX uses -model [arg] to determine the layout of C++
+      # classes, name mangling, and exception handling.
+      # Darwin uses the -arch flag to determine output architecture.
+      -model|-arch|-isysroot)
+       compiler_flags="$compiler_flags $arg"
+       func_append compile_command " $arg"
+       func_append finalize_command " $arg"
+       prev=xcompiler
+       continue
+       ;;
+
+      -mt|-mthreads|-kthread|-Kthread|-pthread|-pthreads|--thread-safe|-threads)
+       compiler_flags="$compiler_flags $arg"
+       func_append compile_command " $arg"
+       func_append finalize_command " $arg"
+       case "$new_inherited_linker_flags " in
+           *" $arg "*) ;;
+           * ) new_inherited_linker_flags="$new_inherited_linker_flags $arg" ;;
+       esac
+       continue
+       ;;
+
+      -multi_module)
+       single_module="${wl}-multi_module"
+       continue
+       ;;
+
+      -no-fast-install)
+       fast_install=no
+       continue
+       ;;
+
+      -no-install)
+       case $host in
+       *-*-cygwin* | *-*-mingw* | *-*-pw32* | *-*-os2* | *-*-darwin* | *-cegcc*)
+         # The PATH hackery in wrapper scripts is required on Windows
+         # and Darwin in order for the loader to find any dlls it needs.
+         func_warning "\`-no-install' is ignored for $host"
+         func_warning "assuming \`-no-fast-install' instead"
+         fast_install=no
+         ;;
+       *) no_install=yes ;;
+       esac
+       continue
+       ;;
+
+      -no-undefined)
+       allow_undefined=no
+       continue
+       ;;
+
+      -objectlist)
+       prev=objectlist
+       continue
+       ;;
+
+      -o) prev=output ;;
+
+      -precious-files-regex)
+       prev=precious_regex
+       continue
+       ;;
+
+      -release)
+       prev=release
+       continue
+       ;;
+
+      -rpath)
+       prev=rpath
+       continue
+       ;;
+
+      -R)
+       prev=xrpath
+       continue
+       ;;
+
+      -R*)
+       func_stripname '-R' '' "$arg"
+       dir=$func_stripname_result
+       # We need an absolute path.
+       case $dir in
+       [\\/]* | [A-Za-z]:[\\/]*) ;;
+       *)
+         func_fatal_error "only absolute run-paths are allowed"
+         ;;
+       esac
+       case "$xrpath " in
+       *" $dir "*) ;;
+       *) xrpath="$xrpath $dir" ;;
+       esac
+       continue
+       ;;
+
+      -shared)
+       # The effects of -shared are defined in a previous loop.
+       continue
+       ;;
+
+      -shrext)
+       prev=shrext
+       continue
+       ;;
+
+      -static | -static-libtool-libs)
+       # The effects of -static are defined in a previous loop.
+       # We used to do the same as -all-static on platforms that
+       # didn't have a PIC flag, but the assumption that the effects
+       # would be equivalent was wrong.  It would break on at least
+       # Digital Unix and AIX.
+       continue
+       ;;
+
+      -thread-safe)
+       thread_safe=yes
+       continue
+       ;;
+
+      -version-info)
+       prev=vinfo
+       continue
+       ;;
+
+      -version-number)
+       prev=vinfo
+       vinfo_number=yes
+       continue
+       ;;
+
+      -weak)
+        prev=weak
+       continue
+       ;;
+
+      -Wc,*)
+       func_stripname '-Wc,' '' "$arg"
+       args=$func_stripname_result
+       arg=
+       save_ifs="$IFS"; IFS=','
+       for flag in $args; do
+         IFS="$save_ifs"
+          func_quote_for_eval "$flag"
+         arg="$arg $wl$func_quote_for_eval_result"
+         compiler_flags="$compiler_flags $func_quote_for_eval_result"
+       done
+       IFS="$save_ifs"
+       func_stripname ' ' '' "$arg"
+       arg=$func_stripname_result
+       ;;
+
+      -Wl,*)
+       func_stripname '-Wl,' '' "$arg"
+       args=$func_stripname_result
+       arg=
+       save_ifs="$IFS"; IFS=','
+       for flag in $args; do
+         IFS="$save_ifs"
+          func_quote_for_eval "$flag"
+         arg="$arg $wl$func_quote_for_eval_result"
+         compiler_flags="$compiler_flags $wl$func_quote_for_eval_result"
+         linker_flags="$linker_flags $func_quote_for_eval_result"
+       done
+       IFS="$save_ifs"
+       func_stripname ' ' '' "$arg"
+       arg=$func_stripname_result
+       ;;
+
+      -Xcompiler)
+       prev=xcompiler
+       continue
+       ;;
+
+      -Xlinker)
+       prev=xlinker
+       continue
+       ;;
+
+      -XCClinker)
+       prev=xcclinker
+       continue
+       ;;
+
+      # -msg_* for osf cc
+      -msg_*)
+       func_quote_for_eval "$arg"
+       arg="$func_quote_for_eval_result"
+       ;;
+
+      # -64, -mips[0-9] enable 64-bit mode on the SGI compiler
+      # -r[0-9][0-9]* specifies the processor on the SGI compiler
+      # -xarch=*, -xtarget=* enable 64-bit mode on the Sun compiler
+      # +DA*, +DD* enable 64-bit mode on the HP compiler
+      # -q* pass through compiler args for the IBM compiler
+      # -m*, -t[45]*, -txscale* pass through architecture-specific
+      # compiler args for GCC
+      # -F/path gives path to uninstalled frameworks, gcc on darwin
+      # -p, -pg, --coverage, -fprofile-* pass through profiling flag for GCC
+      # @file GCC response files
+      -64|-mips[0-9]|-r[0-9][0-9]*|-xarch=*|-xtarget=*|+DA*|+DD*|-q*|-m*| \
+      -t[45]*|-txscale*|-p|-pg|--coverage|-fprofile-*|-F*|@*)
+        func_quote_for_eval "$arg"
+       arg="$func_quote_for_eval_result"
+        func_append compile_command " $arg"
+        func_append finalize_command " $arg"
+        compiler_flags="$compiler_flags $arg"
+        continue
+        ;;
+
+      # Some other compiler flag.
+      -* | +*)
+        func_quote_for_eval "$arg"
+       arg="$func_quote_for_eval_result"
+       ;;
+
+      *.$objext)
+       # A standard object.
+       objs="$objs $arg"
+       ;;
+
+      *.lo)
+       # A libtool-controlled object.
+
+       # Check to see that this really is a libtool object.
+       if func_lalib_unsafe_p "$arg"; then
+         pic_object=
+         non_pic_object=
+
+         # Read the .lo file
+         func_source "$arg"
+
+         if test -z "$pic_object" ||
+            test -z "$non_pic_object" ||
+            test "$pic_object" = none &&
+            test "$non_pic_object" = none; then
+           func_fatal_error "cannot find name of object for \`$arg'"
+         fi
+
+         # Extract subdirectory from the argument.
+         func_dirname "$arg" "/" ""
+         xdir="$func_dirname_result"
+
+         if test "$pic_object" != none; then
+           # Prepend the subdirectory the object is found in.
+           pic_object="$xdir$pic_object"
+
+           if test "$prev" = dlfiles; then
+             if test "$build_libtool_libs" = yes && test "$dlopen_support" = yes; then
+               dlfiles="$dlfiles $pic_object"
+               prev=
+               continue
+             else
+               # If libtool objects are unsupported, then we need to preload.
+               prev=dlprefiles
+             fi
+           fi
+
+           # CHECK ME:  I think I busted this.  -Ossama
+           if test "$prev" = dlprefiles; then
+             # Preload the old-style object.
+             dlprefiles="$dlprefiles $pic_object"
+             prev=
+           fi
+
+           # A PIC object.
+           func_append libobjs " $pic_object"
+           arg="$pic_object"
+         fi
+
+         # Non-PIC object.
+         if test "$non_pic_object" != none; then
+           # Prepend the subdirectory the object is found in.
+           non_pic_object="$xdir$non_pic_object"
+
+           # A standard non-PIC object
+           func_append non_pic_objects " $non_pic_object"
+           if test -z "$pic_object" || test "$pic_object" = none ; then
+             arg="$non_pic_object"
+           fi
+         else
+           # If the PIC object exists, use it instead.
+           # $xdir was prepended to $pic_object above.
+           non_pic_object="$pic_object"
+           func_append non_pic_objects " $non_pic_object"
+         fi
+       else
+         # Only an error if not doing a dry-run.
+         if $opt_dry_run; then
+           # Extract subdirectory from the argument.
+           func_dirname "$arg" "/" ""
+           xdir="$func_dirname_result"
+
+           func_lo2o "$arg"
+           pic_object=$xdir$objdir/$func_lo2o_result
+           non_pic_object=$xdir$func_lo2o_result
+           func_append libobjs " $pic_object"
+           func_append non_pic_objects " $non_pic_object"
+         else
+           func_fatal_error "\`$arg' is not a valid libtool object"
+         fi
+       fi
+       ;;
+
+      *.$libext)
+       # An archive.
+       deplibs="$deplibs $arg"
+       old_deplibs="$old_deplibs $arg"
+       continue
+       ;;
+
+      *.la)
+       # A libtool-controlled library.
+
+       if test "$prev" = dlfiles; then
+         # This library was specified with -dlopen.
+         dlfiles="$dlfiles $arg"
+         prev=
+       elif test "$prev" = dlprefiles; then
+         # The library was specified with -dlpreopen.
+         dlprefiles="$dlprefiles $arg"
+         prev=
+       else
+         deplibs="$deplibs $arg"
+       fi
+       continue
+       ;;
+
+      # Some other compiler argument.
+      *)
+       # Unknown arguments in both finalize_command and compile_command need
+       # to be aesthetically quoted because they are evaled later.
+       func_quote_for_eval "$arg"
+       arg="$func_quote_for_eval_result"
+       ;;
+      esac # arg
+
+      # Now actually substitute the argument into the commands.
+      if test -n "$arg"; then
+       func_append compile_command " $arg"
+       func_append finalize_command " $arg"
+      fi
+    done # argument parsing loop
+
+    test -n "$prev" && \
+      func_fatal_help "the \`$prevarg' option requires an argument"
+
+    if test "$export_dynamic" = yes && test -n "$export_dynamic_flag_spec"; then
+      eval arg=\"$export_dynamic_flag_spec\"
+      func_append compile_command " $arg"
+      func_append finalize_command " $arg"
+    fi
+
+    oldlibs=
+    # calculate the name of the file, without its directory
+    func_basename "$output"
+    outputname="$func_basename_result"
+    libobjs_save="$libobjs"
+
+    if test -n "$shlibpath_var"; then
+      # get the directories listed in $shlibpath_var
+      eval shlib_search_path=\`\$ECHO \"X\${$shlibpath_var}\" \| \$Xsed -e \'s/:/ /g\'\`
+    else
+      shlib_search_path=
+    fi
+    eval sys_lib_search_path=\"$sys_lib_search_path_spec\"
+    eval sys_lib_dlsearch_path=\"$sys_lib_dlsearch_path_spec\"
+
+    func_dirname "$output" "/" ""
+    output_objdir="$func_dirname_result$objdir"
+    # Create the object directory.
+    func_mkdir_p "$output_objdir"
+
+    # Determine the type of output
+    case $output in
+    "")
+      func_fatal_help "you must specify an output file"
+      ;;
+    *.$libext) linkmode=oldlib ;;
+    *.lo | *.$objext) linkmode=obj ;;
+    *.la) linkmode=lib ;;
+    *) linkmode=prog ;; # Anything else should be a program.
+    esac
+
+    specialdeplibs=
+
+    libs=
+    # Find all interdependent deplibs by searching for libraries
+    # that are linked more than once (e.g. -la -lb -la)
+    for deplib in $deplibs; do
+      if $opt_duplicate_deps ; then
+       case "$libs " in
+       *" $deplib "*) specialdeplibs="$specialdeplibs $deplib" ;;
+       esac
+      fi
+      libs="$libs $deplib"
+    done
+
+    if test "$linkmode" = lib; then
+      libs="$predeps $libs $compiler_lib_search_path $postdeps"
+
+      # Compute libraries that are listed more than once in $predeps
+      # $postdeps and mark them as special (i.e., whose duplicates are
+      # not to be eliminated).
+      pre_post_deps=
+      if $opt_duplicate_compiler_generated_deps; then
+       for pre_post_dep in $predeps $postdeps; do
+         case "$pre_post_deps " in
+         *" $pre_post_dep "*) specialdeplibs="$specialdeplibs $pre_post_deps" ;;
+         esac
+         pre_post_deps="$pre_post_deps $pre_post_dep"
+       done
+      fi
+      pre_post_deps=
+    fi
+
+    deplibs=
+    newdependency_libs=
+    newlib_search_path=
+    need_relink=no # whether we're linking any uninstalled libtool libraries
+    notinst_deplibs= # not-installed libtool libraries
+    notinst_path= # paths that contain not-installed libtool libraries
+
+    case $linkmode in
+    lib)
+       passes="conv dlpreopen link"
+       for file in $dlfiles $dlprefiles; do
+         case $file in
+         *.la) ;;
+         *)
+           func_fatal_help "libraries can \`-dlopen' only libtool libraries: $file"
+           ;;
+         esac
+       done
+       ;;
+    prog)
+       compile_deplibs=
+       finalize_deplibs=
+       alldeplibs=no
+       newdlfiles=
+       newdlprefiles=
+       passes="conv scan dlopen dlpreopen link"
+       ;;
+    *)  passes="conv"
+       ;;
+    esac
+
+    for pass in $passes; do
+      # The preopen pass in lib mode reverses $deplibs; put it back here
+      # so that -L comes before libs that need it for instance...
+      if test "$linkmode,$pass" = "lib,link"; then
+       ## FIXME: Find the place where the list is rebuilt in the wrong
+       ##        order, and fix it there properly
+        tmp_deplibs=
+       for deplib in $deplibs; do
+         tmp_deplibs="$deplib $tmp_deplibs"
+       done
+       deplibs="$tmp_deplibs"
+      fi
+
+      if test "$linkmode,$pass" = "lib,link" ||
+        test "$linkmode,$pass" = "prog,scan"; then
+       libs="$deplibs"
+       deplibs=
+      fi
+      if test "$linkmode" = prog; then
+       case $pass in
+       dlopen) libs="$dlfiles" ;;
+       dlpreopen) libs="$dlprefiles" ;;
+       link)
+         libs="$deplibs %DEPLIBS%"
+         test "X$link_all_deplibs" != Xno && libs="$libs $dependency_libs"
+         ;;
+       esac
+      fi
+      if test "$linkmode,$pass" = "lib,dlpreopen"; then
+       # Collect and forward deplibs of preopened libtool libs
+       for lib in $dlprefiles; do
+         # Ignore non-libtool-libs
+         dependency_libs=
+         case $lib in
+         *.la) func_source "$lib" ;;
+         esac
+
+         # Collect preopened libtool deplibs, except any this library
+         # has declared as weak libs
+         for deplib in $dependency_libs; do
+            deplib_base=`$ECHO "X$deplib" | $Xsed -e "$basename"`
+           case " $weak_libs " in
+           *" $deplib_base "*) ;;
+           *) deplibs="$deplibs $deplib" ;;
+           esac
+         done
+       done
+       libs="$dlprefiles"
+      fi
+      if test "$pass" = dlopen; then
+       # Collect dlpreopened libraries
+       save_deplibs="$deplibs"
+       deplibs=
+      fi
+
+      for deplib in $libs; do
+       lib=
+       found=no
+       case $deplib in
+       -mt|-mthreads|-kthread|-Kthread|-pthread|-pthreads|--thread-safe|-threads)
+         if test "$linkmode,$pass" = "prog,link"; then
+           compile_deplibs="$deplib $compile_deplibs"
+           finalize_deplibs="$deplib $finalize_deplibs"
+         else
+           compiler_flags="$compiler_flags $deplib"
+           if test "$linkmode" = lib ; then
+               case "$new_inherited_linker_flags " in
+                   *" $deplib "*) ;;
+                   * ) new_inherited_linker_flags="$new_inherited_linker_flags $deplib" ;;
+               esac
+           fi
+         fi
+         continue
+         ;;
+       -l*)
+         if test "$linkmode" != lib && test "$linkmode" != prog; then
+           func_warning "\`-l' is ignored for archives/objects"
+           continue
+         fi
+         func_stripname '-l' '' "$deplib"
+         name=$func_stripname_result
+         if test "$linkmode" = lib; then
+           searchdirs="$newlib_search_path $lib_search_path $compiler_lib_search_dirs $sys_lib_search_path $shlib_search_path"
+         else
+           searchdirs="$newlib_search_path $lib_search_path $sys_lib_search_path $shlib_search_path"
+         fi
+         for searchdir in $searchdirs; do
+           for search_ext in .la $std_shrext .so .a; do
+             # Search the libtool library
+             lib="$searchdir/lib${name}${search_ext}"
+             if test -f "$lib"; then
+               if test "$search_ext" = ".la"; then
+                 found=yes
+               else
+                 found=no
+               fi
+               break 2
+             fi
+           done
+         done
+         if test "$found" != yes; then
+           # deplib doesn't seem to be a libtool library
+           if test "$linkmode,$pass" = "prog,link"; then
+             compile_deplibs="$deplib $compile_deplibs"
+             finalize_deplibs="$deplib $finalize_deplibs"
+           else
+             deplibs="$deplib $deplibs"
+             test "$linkmode" = lib && newdependency_libs="$deplib $newdependency_libs"
+           fi
+           continue
+         else # deplib is a libtool library
+           # If $allow_libtool_libs_with_static_runtimes && $deplib is a stdlib,
+           # We need to do some special things here, and not later.
+           if test "X$allow_libtool_libs_with_static_runtimes" = "Xyes" ; then
+             case " $predeps $postdeps " in
+             *" $deplib "*)
+               if func_lalib_p "$lib"; then
+                 library_names=
+                 old_library=
+                 func_source "$lib"
+                 for l in $old_library $library_names; do
+                   ll="$l"
+                 done
+                 if test "X$ll" = "X$old_library" ; then # only static version available
+                   found=no
+                   func_dirname "$lib" "" "."
+                   ladir="$func_dirname_result"
+                   lib=$ladir/$old_library
+                   if test "$linkmode,$pass" = "prog,link"; then
+                     compile_deplibs="$deplib $compile_deplibs"
+                     finalize_deplibs="$deplib $finalize_deplibs"
+                   else
+                     deplibs="$deplib $deplibs"
+                     test "$linkmode" = lib && newdependency_libs="$deplib $newdependency_libs"
+                   fi
+                   continue
+                 fi
+               fi
+               ;;
+             *) ;;
+             esac
+           fi
+         fi
+         ;; # -l
+       *.ltframework)
+         if test "$linkmode,$pass" = "prog,link"; then
+           compile_deplibs="$deplib $compile_deplibs"
+           finalize_deplibs="$deplib $finalize_deplibs"
+         else
+           deplibs="$deplib $deplibs"
+           if test "$linkmode" = lib ; then
+               case "$new_inherited_linker_flags " in
+                   *" $deplib "*) ;;
+                   * ) new_inherited_linker_flags="$new_inherited_linker_flags $deplib" ;;
+               esac
+           fi
+         fi
+         continue
+         ;;
+       -L*)
+         case $linkmode in
+         lib)
+           deplibs="$deplib $deplibs"
+           test "$pass" = conv && continue
+           newdependency_libs="$deplib $newdependency_libs"
+           func_stripname '-L' '' "$deplib"
+           newlib_search_path="$newlib_search_path $func_stripname_result"
+           ;;
+         prog)
+           if test "$pass" = conv; then
+             deplibs="$deplib $deplibs"
+             continue
+           fi
+           if test "$pass" = scan; then
+             deplibs="$deplib $deplibs"
+           else
+             compile_deplibs="$deplib $compile_deplibs"
+             finalize_deplibs="$deplib $finalize_deplibs"
+           fi
+           func_stripname '-L' '' "$deplib"
+           newlib_search_path="$newlib_search_path $func_stripname_result"
+           ;;
+         *)
+           func_warning "\`-L' is ignored for archives/objects"
+           ;;
+         esac # linkmode
+         continue
+         ;; # -L
+       -R*)
+         if test "$pass" = link; then
+           func_stripname '-R' '' "$deplib"
+           dir=$func_stripname_result
+           # Make sure the xrpath contains only unique directories.
+           case "$xrpath " in
+           *" $dir "*) ;;
+           *) xrpath="$xrpath $dir" ;;
+           esac
+         fi
+         deplibs="$deplib $deplibs"
+         continue
+         ;;
+       *.la) lib="$deplib" ;;
+       *.$libext)
+         if test "$pass" = conv; then
+           deplibs="$deplib $deplibs"
+           continue
+         fi
+         case $linkmode in
+         lib)
+           # Linking convenience modules into shared libraries is allowed,
+           # but linking other static libraries is non-portable.
+           case " $dlpreconveniencelibs " in
+           *" $deplib "*) ;;
+           *)
+             valid_a_lib=no
+             case $deplibs_check_method in
+               match_pattern*)
+                 set dummy $deplibs_check_method; shift
+                 match_pattern_regex=`expr "$deplibs_check_method" : "$1 \(.*\)"`
+                 if eval "\$ECHO \"X$deplib\"" 2>/dev/null | $Xsed -e 10q \
+                   | $EGREP "$match_pattern_regex" > /dev/null; then
+                   valid_a_lib=yes
+                 fi
+               ;;
+               pass_all)
+                 valid_a_lib=yes
+               ;;
+             esac
+             if test "$valid_a_lib" != yes; then
+               $ECHO
+               $ECHO "*** Warning: Trying to link with static lib archive $deplib."
+               $ECHO "*** I have the capability to make that library automatically link in when"
+               $ECHO "*** you link to this library.  But I can only do this if you have a"
+               $ECHO "*** shared version of the library, which you do not appear to have"
+               $ECHO "*** because the file extensions .$libext of this argument makes me believe"
+               $ECHO "*** that it is just a static archive that I should not use here."
+             else
+               $ECHO
+               $ECHO "*** Warning: Linking the shared library $output against the"
+               $ECHO "*** static library $deplib is not portable!"
+               deplibs="$deplib $deplibs"
+             fi
+             ;;
+           esac
+           continue
+           ;;
+         prog)
+           if test "$pass" != link; then
+             deplibs="$deplib $deplibs"
+           else
+             compile_deplibs="$deplib $compile_deplibs"
+             finalize_deplibs="$deplib $finalize_deplibs"
+           fi
+           continue
+           ;;
+         esac # linkmode
+         ;; # *.$libext
+       *.lo | *.$objext)
+         if test "$pass" = conv; then
+           deplibs="$deplib $deplibs"
+         elif test "$linkmode" = prog; then
+           if test "$pass" = dlpreopen || test "$dlopen_support" != yes || test "$build_libtool_libs" = no; then
+             # If there is no dlopen support or we're linking statically,
+             # we need to preload.
+             newdlprefiles="$newdlprefiles $deplib"
+             compile_deplibs="$deplib $compile_deplibs"
+             finalize_deplibs="$deplib $finalize_deplibs"
+           else
+             newdlfiles="$newdlfiles $deplib"
+           fi
+         fi
+         continue
+         ;;
+       %DEPLIBS%)
+         alldeplibs=yes
+         continue
+         ;;
+       esac # case $deplib
+
+       if test "$found" = yes || test -f "$lib"; then :
+       else
+         func_fatal_error "cannot find the library \`$lib' or unhandled argument \`$deplib'"
+       fi
+
+       # Check to see that this really is a libtool archive.
+       func_lalib_unsafe_p "$lib" \
+         || func_fatal_error "\`$lib' is not a valid libtool archive"
+
+       func_dirname "$lib" "" "."
+       ladir="$func_dirname_result"
+
+       dlname=
+       dlopen=
+       dlpreopen=
+       libdir=
+       library_names=
+       old_library=
+       inherited_linker_flags=
+       # If the library was installed with an old release of libtool,
+       # it will not redefine variables installed, or shouldnotlink
+       installed=yes
+       shouldnotlink=no
+       avoidtemprpath=
+
+
+       # Read the .la file
+       func_source "$lib"
+
+       # Convert "-framework foo" to "foo.ltframework"
+       if test -n "$inherited_linker_flags"; then
+         tmp_inherited_linker_flags=`$ECHO "X$inherited_linker_flags" | $Xsed -e 's/-framework \([^ $]*\)/\1.ltframework/g'`
+         for tmp_inherited_linker_flag in $tmp_inherited_linker_flags; do
+           case " $new_inherited_linker_flags " in
+             *" $tmp_inherited_linker_flag "*) ;;
+             *) new_inherited_linker_flags="$new_inherited_linker_flags $tmp_inherited_linker_flag";;
+           esac
+         done
+       fi
+       dependency_libs=`$ECHO "X $dependency_libs" | $Xsed -e 's% \([^ $]*\).ltframework% -framework \1%g'`
+       if test "$linkmode,$pass" = "lib,link" ||
+          test "$linkmode,$pass" = "prog,scan" ||
+          { test "$linkmode" != prog && test "$linkmode" != lib; }; then
+         test -n "$dlopen" && dlfiles="$dlfiles $dlopen"
+         test -n "$dlpreopen" && dlprefiles="$dlprefiles $dlpreopen"
+       fi
+
+       if test "$pass" = conv; then
+         # Only check for convenience libraries
+         deplibs="$lib $deplibs"
+         if test -z "$libdir"; then
+           if test -z "$old_library"; then
+             func_fatal_error "cannot find name of link library for \`$lib'"
+           fi
+           # It is a libtool convenience library, so add in its objects.
+           convenience="$convenience $ladir/$objdir/$old_library"
+           old_convenience="$old_convenience $ladir/$objdir/$old_library"
+         elif test "$linkmode" != prog && test "$linkmode" != lib; then
+           func_fatal_error "\`$lib' is not a convenience library"
+         fi
+         tmp_libs=
+         for deplib in $dependency_libs; do
+           deplibs="$deplib $deplibs"
+           if $opt_duplicate_deps ; then
+             case "$tmp_libs " in
+             *" $deplib "*) specialdeplibs="$specialdeplibs $deplib" ;;
+             esac
+           fi
+           tmp_libs="$tmp_libs $deplib"
+         done
+         continue
+       fi # $pass = conv
+
+
+       # Get the name of the library we link against.
+       linklib=
+       for l in $old_library $library_names; do
+         linklib="$l"
+       done
+       if test -z "$linklib"; then
+         func_fatal_error "cannot find name of link library for \`$lib'"
+       fi
+
+       # This library was specified with -dlopen.
+       if test "$pass" = dlopen; then
+         if test -z "$libdir"; then
+           func_fatal_error "cannot -dlopen a convenience library: \`$lib'"
+         fi
+         if test -z "$dlname" ||
+            test "$dlopen_support" != yes ||
+            test "$build_libtool_libs" = no; then
+           # If there is no dlname, no dlopen support or we're linking
+           # statically, we need to preload.  We also need to preload any
+           # dependent libraries so libltdl's deplib preloader doesn't
+           # bomb out in the load deplibs phase.
+           dlprefiles="$dlprefiles $lib $dependency_libs"
+         else
+           newdlfiles="$newdlfiles $lib"
+         fi
+         continue
+       fi # $pass = dlopen
+
+       # We need an absolute path.
+       case $ladir in
+       [\\/]* | [A-Za-z]:[\\/]*) abs_ladir="$ladir" ;;
+       *)
+         abs_ladir=`cd "$ladir" && pwd`
+         if test -z "$abs_ladir"; then
+           func_warning "cannot determine absolute directory name of \`$ladir'"
+           func_warning "passing it literally to the linker, although it might fail"
+           abs_ladir="$ladir"
+         fi
+         ;;
+       esac
+       func_basename "$lib"
+       laname="$func_basename_result"
+
+       # Find the relevant object directory and library name.
+       if test "X$installed" = Xyes; then
+         if test ! -f "$libdir/$linklib" && test -f "$abs_ladir/$linklib"; then
+           func_warning "library \`$lib' was moved."
+           dir="$ladir"
+           absdir="$abs_ladir"
+           libdir="$abs_ladir"
+         else
+           dir="$libdir"
+           absdir="$libdir"
+         fi
+         test "X$hardcode_automatic" = Xyes && avoidtemprpath=yes
+       else
+         if test ! -f "$ladir/$objdir/$linklib" && test -f "$abs_ladir/$linklib"; then
+           dir="$ladir"
+           absdir="$abs_ladir"
+           # Remove this search path later
+           notinst_path="$notinst_path $abs_ladir"
+         else
+           dir="$ladir/$objdir"
+           absdir="$abs_ladir/$objdir"
+           # Remove this search path later
+           notinst_path="$notinst_path $abs_ladir"
+         fi
+       fi # $installed = yes
+       func_stripname 'lib' '.la' "$laname"
+       name=$func_stripname_result
+
+       # This library was specified with -dlpreopen.
+       if test "$pass" = dlpreopen; then
+         if test -z "$libdir" && test "$linkmode" = prog; then
+           func_fatal_error "only libraries may -dlpreopen a convenience library: \`$lib'"
+         fi
+         # Prefer using a static library (so that no silly _DYNAMIC symbols
+         # are required to link).
+         if test -n "$old_library"; then
+           newdlprefiles="$newdlprefiles $dir/$old_library"
+           # Keep a list of preopened convenience libraries to check
+           # that they are being used correctly in the link pass.
+           test -z "$libdir" && \
+               dlpreconveniencelibs="$dlpreconveniencelibs $dir/$old_library"
+         # Otherwise, use the dlname, so that lt_dlopen finds it.
+         elif test -n "$dlname"; then
+           newdlprefiles="$newdlprefiles $dir/$dlname"
+         else
+           newdlprefiles="$newdlprefiles $dir/$linklib"
+         fi
+       fi # $pass = dlpreopen
+
+       if test -z "$libdir"; then
+         # Link the convenience library
+         if test "$linkmode" = lib; then
+           deplibs="$dir/$old_library $deplibs"
+         elif test "$linkmode,$pass" = "prog,link"; then
+           compile_deplibs="$dir/$old_library $compile_deplibs"
+           finalize_deplibs="$dir/$old_library $finalize_deplibs"
+         else
+           deplibs="$lib $deplibs" # used for prog,scan pass
+         fi
+         continue
+       fi
+
+
+       if test "$linkmode" = prog && test "$pass" != link; then
+         newlib_search_path="$newlib_search_path $ladir"
+         deplibs="$lib $deplibs"
+
+         linkalldeplibs=no
+         if test "$link_all_deplibs" != no || test -z "$library_names" ||
+            test "$build_libtool_libs" = no; then
+           linkalldeplibs=yes
+         fi
+
+         tmp_libs=
+         for deplib in $dependency_libs; do
+           case $deplib in
+           -L*) func_stripname '-L' '' "$deplib"
+                newlib_search_path="$newlib_search_path $func_stripname_result"
+                ;;
+           esac
+           # Need to link against all dependency_libs?
+           if test "$linkalldeplibs" = yes; then
+             deplibs="$deplib $deplibs"
+           else
+             # Need to hardcode shared library paths
+             # or/and link against static libraries
+             newdependency_libs="$deplib $newdependency_libs"
+           fi
+           if $opt_duplicate_deps ; then
+             case "$tmp_libs " in
+             *" $deplib "*) specialdeplibs="$specialdeplibs $deplib" ;;
+             esac
+           fi
+           tmp_libs="$tmp_libs $deplib"
+         done # for deplib
+         continue
+       fi # $linkmode = prog...
+
+       if test "$linkmode,$pass" = "prog,link"; then
+         if test -n "$library_names" &&
+            { { test "$prefer_static_libs" = no ||
+                test "$prefer_static_libs,$installed" = "built,yes"; } ||
+              test -z "$old_library"; }; then
+           # We need to hardcode the library path
+           if test -n "$shlibpath_var" && test -z "$avoidtemprpath" ; then
+             # Make sure the rpath contains only unique directories.
+             case "$temp_rpath:" in
+             *"$absdir:"*) ;;
+             *) temp_rpath="$temp_rpath$absdir:" ;;
+             esac
+           fi
+
+           # Hardcode the library path.
+           # Skip directories that are in the system default run-time
+           # search path.
+           case " $sys_lib_dlsearch_path " in
+           *" $absdir "*) ;;
+           *)
+             case "$compile_rpath " in
+             *" $absdir "*) ;;
+             *) compile_rpath="$compile_rpath $absdir"
+             esac
+             ;;
+           esac
+           case " $sys_lib_dlsearch_path " in
+           *" $libdir "*) ;;
+           *)
+             case "$finalize_rpath " in
+             *" $libdir "*) ;;
+             *) finalize_rpath="$finalize_rpath $libdir"
+             esac
+             ;;
+           esac
+         fi # $linkmode,$pass = prog,link...
+
+         if test "$alldeplibs" = yes &&
+            { test "$deplibs_check_method" = pass_all ||
+              { test "$build_libtool_libs" = yes &&
+                test -n "$library_names"; }; }; then
+           # We only need to search for static libraries
+           continue
+         fi
+       fi
+
+       link_static=no # Whether the deplib will be linked statically
+       use_static_libs=$prefer_static_libs
+       if test "$use_static_libs" = built && test "$installed" = yes; then
+         use_static_libs=no
+       fi
+       if test -n "$library_names" &&
+          { test "$use_static_libs" = no || test -z "$old_library"; }; then
+         case $host in
+         *cygwin* | *mingw* | *cegcc*)
+             # No point in relinking DLLs because paths are not encoded
+             notinst_deplibs="$notinst_deplibs $lib"
+             need_relink=no
+           ;;
+         *)
+           if test "$installed" = no; then
+             notinst_deplibs="$notinst_deplibs $lib"
+             need_relink=yes
+           fi
+           ;;
+         esac
+         # This is a shared library
+
+         # Warn about portability, can't link against -module's on some
+         # systems (darwin).  Don't bleat about dlopened modules though!
+         dlopenmodule=""
+         for dlpremoduletest in $dlprefiles; do
+           if test "X$dlpremoduletest" = "X$lib"; then
+             dlopenmodule="$dlpremoduletest"
+             break
+           fi
+         done
+         if test -z "$dlopenmodule" && test "$shouldnotlink" = yes && test "$pass" = link; then
+           $ECHO
+           if test "$linkmode" = prog; then
+             $ECHO "*** Warning: Linking the executable $output against the loadable module"
+           else
+             $ECHO "*** Warning: Linking the shared library $output against the loadable module"
+           fi
+           $ECHO "*** $linklib is not portable!"
+         fi
+         if test "$linkmode" = lib &&
+            test "$hardcode_into_libs" = yes; then
+           # Hardcode the library path.
+           # Skip directories that are in the system default run-time
+           # search path.
+           case " $sys_lib_dlsearch_path " in
+           *" $absdir "*) ;;
+           *)
+             case "$compile_rpath " in
+             *" $absdir "*) ;;
+             *) compile_rpath="$compile_rpath $absdir"
+             esac
+             ;;
+           esac
+           case " $sys_lib_dlsearch_path " in
+           *" $libdir "*) ;;
+           *)
+             case "$finalize_rpath " in
+             *" $libdir "*) ;;
+             *) finalize_rpath="$finalize_rpath $libdir"
+             esac
+             ;;
+           esac
+         fi
+
+         if test -n "$old_archive_from_expsyms_cmds"; then
+           # figure out the soname
+           set dummy $library_names
+           shift
+           realname="$1"
+           shift
+           libname=`eval "\\$ECHO \"$libname_spec\""`
+           # use dlname if we got it. it's perfectly good, no?
+           if test -n "$dlname"; then
+             soname="$dlname"
+           elif test -n "$soname_spec"; then
+             # bleh windows
+             case $host in
+             *cygwin* | mingw* | *cegcc*)
+               func_arith $current - $age
+               major=$func_arith_result
+               versuffix="-$major"
+               ;;
+             esac
+             eval soname=\"$soname_spec\"
+           else
+             soname="$realname"
+           fi
+
+           # Make a new name for the extract_expsyms_cmds to use
+           soroot="$soname"
+           func_basename "$soroot"
+           soname="$func_basename_result"
+           func_stripname 'lib' '.dll' "$soname"
+           newlib=libimp-$func_stripname_result.a
+
+           # If the library has no export list, then create one now
+           if test -f "$output_objdir/$soname-def"; then :
+           else
+             func_verbose "extracting exported symbol list from \`$soname'"
+             func_execute_cmds "$extract_expsyms_cmds" 'exit $?'
+           fi
+
+           # Create $newlib
+           if test -f "$output_objdir/$newlib"; then :; else
+             func_verbose "generating import library for \`$soname'"
+             func_execute_cmds "$old_archive_from_expsyms_cmds" 'exit $?'
+           fi
+           # make sure the library variables are pointing to the new library
+           dir=$output_objdir
+           linklib=$newlib
+         fi # test -n "$old_archive_from_expsyms_cmds"
+
+         if test "$linkmode" = prog || test "$mode" != relink; then
+           add_shlibpath=
+           add_dir=
+           add=
+           lib_linked=yes
+           case $hardcode_action in
+           immediate | unsupported)
+             if test "$hardcode_direct" = no; then
+               add="$dir/$linklib"
+               case $host in
+                 *-*-sco3.2v5.0.[024]*) add_dir="-L$dir" ;;
+                 *-*-sysv4*uw2*) add_dir="-L$dir" ;;
+                 *-*-sysv5OpenUNIX* | *-*-sysv5UnixWare7.[01].[10]* | \
+                   *-*-unixware7*) add_dir="-L$dir" ;;
+                 *-*-darwin* )
+                   # if the lib is a (non-dlopened) module then we can not
+                   # link against it, someone is ignoring the earlier warnings
+                   if /usr/bin/file -L $add 2> /dev/null |
+                        $GREP ": [^:]* bundle" >/dev/null ; then
+                     if test "X$dlopenmodule" != "X$lib"; then
+                       $ECHO "*** Warning: lib $linklib is a module, not a shared library"
+                       if test -z "$old_library" ; then
+                         $ECHO
+                         $ECHO "*** And there doesn't seem to be a static archive available"
+                         $ECHO "*** The link will probably fail, sorry"
+                       else
+                         add="$dir/$old_library"
+                       fi
+                     elif test -n "$old_library"; then
+                       add="$dir/$old_library"
+                     fi
+                   fi
+               esac
+             elif test "$hardcode_minus_L" = no; then
+               case $host in
+               *-*-sunos*) add_shlibpath="$dir" ;;
+               esac
+               add_dir="-L$dir"
+               add="-l$name"
+             elif test "$hardcode_shlibpath_var" = no; then
+               add_shlibpath="$dir"
+               add="-l$name"
+             else
+               lib_linked=no
+             fi
+             ;;
+           relink)
+             if test "$hardcode_direct" = yes &&
+                test "$hardcode_direct_absolute" = no; then
+               add="$dir/$linklib"
+             elif test "$hardcode_minus_L" = yes; then
+               add_dir="-L$dir"
+               # Try looking first in the location we're being installed to.
+               if test -n "$inst_prefix_dir"; then
+                 case $libdir in
+                   [\\/]*)
+                     add_dir="$add_dir -L$inst_prefix_dir$libdir"
+                     ;;
+                 esac
+               fi
+               add="-l$name"
+             elif test "$hardcode_shlibpath_var" = yes; then
+               add_shlibpath="$dir"
+               add="-l$name"
+             else
+               lib_linked=no
+             fi
+             ;;
+           *) lib_linked=no ;;
+           esac
+
+           if test "$lib_linked" != yes; then
+             func_fatal_configuration "unsupported hardcode properties"
+           fi
+
+           if test -n "$add_shlibpath"; then
+             case :$compile_shlibpath: in
+             *":$add_shlibpath:"*) ;;
+             *) compile_shlibpath="$compile_shlibpath$add_shlibpath:" ;;
+             esac
+           fi
+           if test "$linkmode" = prog; then
+             test -n "$add_dir" && compile_deplibs="$add_dir $compile_deplibs"
+             test -n "$add" && compile_deplibs="$add $compile_deplibs"
+           else
+             test -n "$add_dir" && deplibs="$add_dir $deplibs"
+             test -n "$add" && deplibs="$add $deplibs"
+             if test "$hardcode_direct" != yes &&
+                test "$hardcode_minus_L" != yes &&
+                test "$hardcode_shlibpath_var" = yes; then
+               case :$finalize_shlibpath: in
+               *":$libdir:"*) ;;
+               *) finalize_shlibpath="$finalize_shlibpath$libdir:" ;;
+               esac
+             fi
+           fi
+         fi
+
+         if test "$linkmode" = prog || test "$mode" = relink; then
+           add_shlibpath=
+           add_dir=
+           add=
+           # Finalize command for both is simple: just hardcode it.
+           if test "$hardcode_direct" = yes &&
+              test "$hardcode_direct_absolute" = no; then
+             add="$libdir/$linklib"
+           elif test "$hardcode_minus_L" = yes; then
+             add_dir="-L$libdir"
+             add="-l$name"
+           elif test "$hardcode_shlibpath_var" = yes; then
+             case :$finalize_shlibpath: in
+             *":$libdir:"*) ;;
+             *) finalize_shlibpath="$finalize_shlibpath$libdir:" ;;
+             esac
+             add="-l$name"
+           elif test "$hardcode_automatic" = yes; then
+             if test -n "$inst_prefix_dir" &&
+                test -f "$inst_prefix_dir$libdir/$linklib" ; then
+               add="$inst_prefix_dir$libdir/$linklib"
+             else
+               add="$libdir/$linklib"
+             fi
+           else
+             # We cannot seem to hardcode it, guess we'll fake it.
+             add_dir="-L$libdir"
+             # Try looking first in the location we're being installed to.
+             if test -n "$inst_prefix_dir"; then
+               case $libdir in
+                 [\\/]*)
+                   add_dir="$add_dir -L$inst_prefix_dir$libdir"
+                   ;;
+               esac
+             fi
+             add="-l$name"
+           fi
+
+           if test "$linkmode" = prog; then
+             test -n "$add_dir" && finalize_deplibs="$add_dir $finalize_deplibs"
+             test -n "$add" && finalize_deplibs="$add $finalize_deplibs"
+           else
+             test -n "$add_dir" && deplibs="$add_dir $deplibs"
+             test -n "$add" && deplibs="$add $deplibs"
+           fi
+         fi
+       elif test "$linkmode" = prog; then
+         # Here we assume that one of hardcode_direct or hardcode_minus_L
+         # is not unsupported.  This is valid on all known static and
+         # shared platforms.
+         if test "$hardcode_direct" != unsupported; then
+           test -n "$old_library" && linklib="$old_library"
+           compile_deplibs="$dir/$linklib $compile_deplibs"
+           finalize_deplibs="$dir/$linklib $finalize_deplibs"
+         else
+           compile_deplibs="-l$name -L$dir $compile_deplibs"
+           finalize_deplibs="-l$name -L$dir $finalize_deplibs"
+         fi
+       elif test "$build_libtool_libs" = yes; then
+         # Not a shared library
+         if test "$deplibs_check_method" != pass_all; then
+           # We're trying link a shared library against a static one
+           # but the system doesn't support it.
+
+           # Just print a warning and add the library to dependency_libs so
+           # that the program can be linked against the static library.
+           $ECHO
+           $ECHO "*** Warning: This system can not link to static lib archive $lib."
+           $ECHO "*** I have the capability to make that library automatically link in when"
+           $ECHO "*** you link to this library.  But I can only do this if you have a"
+           $ECHO "*** shared version of the library, which you do not appear to have."
+           if test "$module" = yes; then
+             $ECHO "*** But as you try to build a module library, libtool will still create "
+             $ECHO "*** a static module, that should work as long as the dlopening application"
+             $ECHO "*** is linked with the -dlopen flag to resolve symbols at runtime."
+             if test -z "$global_symbol_pipe"; then
+               $ECHO
+               $ECHO "*** However, this would only work if libtool was able to extract symbol"
+               $ECHO "*** lists from a program, using \`nm' or equivalent, but libtool could"
+               $ECHO "*** not find such a program.  So, this module is probably useless."
+               $ECHO "*** \`nm' from GNU binutils and a full rebuild may help."
+             fi
+             if test "$build_old_libs" = no; then
+               build_libtool_libs=module
+               build_old_libs=yes
+             else
+               build_libtool_libs=no
+             fi
+           fi
+         else
+           deplibs="$dir/$old_library $deplibs"
+           link_static=yes
+         fi
+       fi # link shared/static library?
+
+       if test "$linkmode" = lib; then
+         if test -n "$dependency_libs" &&
+            { test "$hardcode_into_libs" != yes ||
+              test "$build_old_libs" = yes ||
+              test "$link_static" = yes; }; then
+           # Extract -R from dependency_libs
+           temp_deplibs=
+           for libdir in $dependency_libs; do
+             case $libdir in
+             -R*) func_stripname '-R' '' "$libdir"
+                  temp_xrpath=$func_stripname_result
+                  case " $xrpath " in
+                  *" $temp_xrpath "*) ;;
+                  *) xrpath="$xrpath $temp_xrpath";;
+                  esac;;
+             *) temp_deplibs="$temp_deplibs $libdir";;
+             esac
+           done
+           dependency_libs="$temp_deplibs"
+         fi
+
+         newlib_search_path="$newlib_search_path $absdir"
+         # Link against this library
+         test "$link_static" = no && newdependency_libs="$abs_ladir/$laname $newdependency_libs"
+         # ... and its dependency_libs
+         tmp_libs=
+         for deplib in $dependency_libs; do
+           newdependency_libs="$deplib $newdependency_libs"
+           if $opt_duplicate_deps ; then
+             case "$tmp_libs " in
+             *" $deplib "*) specialdeplibs="$specialdeplibs $deplib" ;;
+             esac
+           fi
+           tmp_libs="$tmp_libs $deplib"
+         done
+
+         if test "$link_all_deplibs" != no; then
+           # Add the search paths of all dependency libraries
+           for deplib in $dependency_libs; do
+             case $deplib in
+             -L*) path="$deplib" ;;
+             *.la)
+               func_dirname "$deplib" "" "."
+               dir="$func_dirname_result"
+               # We need an absolute path.
+               case $dir in
+               [\\/]* | [A-Za-z]:[\\/]*) absdir="$dir" ;;
+               *)
+                 absdir=`cd "$dir" && pwd`
+                 if test -z "$absdir"; then
+                   func_warning "cannot determine absolute directory name of \`$dir'"
+                   absdir="$dir"
+                 fi
+                 ;;
+               esac
+               if $GREP "^installed=no" $deplib > /dev/null; then
+               case $host in
+               *-*-darwin*)
+                 depdepl=
+                 eval deplibrary_names=`${SED} -n -e 's/^library_names=\(.*\)$/\1/p' $deplib`
+                 if test -n "$deplibrary_names" ; then
+                   for tmp in $deplibrary_names ; do
+                     depdepl=$tmp
+                   done
+                   if test -f "$absdir/$objdir/$depdepl" ; then
+                     depdepl="$absdir/$objdir/$depdepl"
+                     darwin_install_name=`${OTOOL} -L $depdepl | awk '{if (NR == 2) {print $1;exit}}'`
+                      if test -z "$darwin_install_name"; then
+                          darwin_install_name=`${OTOOL64} -L $depdepl  | awk '{if (NR == 2) {print $1;exit}}'`
+                      fi
+                     compiler_flags="$compiler_flags ${wl}-dylib_file ${wl}${darwin_install_name}:${depdepl}"
+                     linker_flags="$linker_flags -dylib_file ${darwin_install_name}:${depdepl}"
+                     path=
+                   fi
+                 fi
+                 ;;
+               *)
+                 path="-L$absdir/$objdir"
+                 ;;
+               esac
+               else
+                 eval libdir=`${SED} -n -e 's/^libdir=\(.*\)$/\1/p' $deplib`
+                 test -z "$libdir" && \
+                   func_fatal_error "\`$deplib' is not a valid libtool archive"
+                 test "$absdir" != "$libdir" && \
+                   func_warning "\`$deplib' seems to be moved"
+
+                 path="-L$absdir"
+               fi
+               ;;
+             esac
+             case " $deplibs " in
+             *" $path "*) ;;
+             *) deplibs="$path $deplibs" ;;
+             esac
+           done
+         fi # link_all_deplibs != no
+       fi # linkmode = lib
+      done # for deplib in $libs
+      if test "$pass" = link; then
+       if test "$linkmode" = "prog"; then
+         compile_deplibs="$new_inherited_linker_flags $compile_deplibs"
+         finalize_deplibs="$new_inherited_linker_flags $finalize_deplibs"
+       else
+         compiler_flags="$compiler_flags "`$ECHO "X $new_inherited_linker_flags" | $Xsed -e 's% \([^ $]*\).ltframework% -framework \1%g'`
+       fi
+      fi
+      dependency_libs="$newdependency_libs"
+      if test "$pass" = dlpreopen; then
+       # Link the dlpreopened libraries before other libraries
+       for deplib in $save_deplibs; do
+         deplibs="$deplib $deplibs"
+       done
+      fi
+      if test "$pass" != dlopen; then
+       if test "$pass" != conv; then
+         # Make sure lib_search_path contains only unique directories.
+         lib_search_path=
+         for dir in $newlib_search_path; do
+           case "$lib_search_path " in
+           *" $dir "*) ;;
+           *) lib_search_path="$lib_search_path $dir" ;;
+           esac
+         done
+         newlib_search_path=
+       fi
+
+       if test "$linkmode,$pass" != "prog,link"; then
+         vars="deplibs"
+       else
+         vars="compile_deplibs finalize_deplibs"
+       fi
+       for var in $vars dependency_libs; do
+         # Add libraries to $var in reverse order
+         eval tmp_libs=\"\$$var\"
+         new_libs=
+         for deplib in $tmp_libs; do
+           # FIXME: Pedantically, this is the right thing to do, so
+           #        that some nasty dependency loop isn't accidentally
+           #        broken:
+           #new_libs="$deplib $new_libs"
+           # Pragmatically, this seems to cause very few problems in
+           # practice:
+           case $deplib in
+           -L*) new_libs="$deplib $new_libs" ;;
+           -R*) ;;
+           *)
+             # And here is the reason: when a library appears more
+             # than once as an explicit dependence of a library, or
+             # is implicitly linked in more than once by the
+             # compiler, it is considered special, and multiple
+             # occurrences thereof are not removed.  Compare this
+             # with having the same library being listed as a
+             # dependency of multiple other libraries: in this case,
+             # we know (pedantically, we assume) the library does not
+             # need to be listed more than once, so we keep only the
+             # last copy.  This is not always right, but it is rare
+             # enough that we require users that really mean to play
+             # such unportable linking tricks to link the library
+             # using -Wl,-lname, so that libtool does not consider it
+             # for duplicate removal.
+             case " $specialdeplibs " in
+             *" $deplib "*) new_libs="$deplib $new_libs" ;;
+             *)
+               case " $new_libs " in
+               *" $deplib "*) ;;
+               *) new_libs="$deplib $new_libs" ;;
+               esac
+               ;;
+             esac
+             ;;
+           esac
+         done
+         tmp_libs=
+         for deplib in $new_libs; do
+           case $deplib in
+           -L*)
+             case " $tmp_libs " in
+             *" $deplib "*) ;;
+             *) tmp_libs="$tmp_libs $deplib" ;;
+             esac
+             ;;
+           *) tmp_libs="$tmp_libs $deplib" ;;
+           esac
+         done
+         eval $var=\"$tmp_libs\"
+       done # for var
+      fi
+      # Last step: remove runtime libs from dependency_libs
+      # (they stay in deplibs)
+      tmp_libs=
+      for i in $dependency_libs ; do
+       case " $predeps $postdeps $compiler_lib_search_path " in
+       *" $i "*)
+         i=""
+         ;;
+       esac
+       if test -n "$i" ; then
+         tmp_libs="$tmp_libs $i"
+       fi
+      done
+      dependency_libs=$tmp_libs
+    done # for pass
+    if test "$linkmode" = prog; then
+      dlfiles="$newdlfiles"
+    fi
+    if test "$linkmode" = prog || test "$linkmode" = lib; then
+      dlprefiles="$newdlprefiles"
+    fi
+
+    case $linkmode in
+    oldlib)
+      if test -n "$dlfiles$dlprefiles" || test "$dlself" != no; then
+       func_warning "\`-dlopen' is ignored for archives"
+      fi
+
+      case " $deplibs" in
+      *\ -l* | *\ -L*)
+       func_warning "\`-l' and \`-L' are ignored for archives" ;;
+      esac
+
+      test -n "$rpath" && \
+       func_warning "\`-rpath' is ignored for archives"
+
+      test -n "$xrpath" && \
+       func_warning "\`-R' is ignored for archives"
+
+      test -n "$vinfo" && \
+       func_warning "\`-version-info/-version-number' is ignored for archives"
+
+      test -n "$release" && \
+       func_warning "\`-release' is ignored for archives"
+
+      test -n "$export_symbols$export_symbols_regex" && \
+       func_warning "\`-export-symbols' is ignored for archives"
+
+      # Now set the variables for building old libraries.
+      build_libtool_libs=no
+      oldlibs="$output"
+      objs="$objs$old_deplibs"
+      ;;
+
+    lib)
+      # Make sure we only generate libraries of the form `libNAME.la'.
+      case $outputname in
+      lib*)
+       func_stripname 'lib' '.la' "$outputname"
+       name=$func_stripname_result
+       eval shared_ext=\"$shrext_cmds\"
+       eval libname=\"$libname_spec\"
+       ;;
+      *)
+       test "$module" = no && \
+         func_fatal_help "libtool library \`$output' must begin with \`lib'"
+
+       if test "$need_lib_prefix" != no; then
+         # Add the "lib" prefix for modules if required
+         func_stripname '' '.la' "$outputname"
+         name=$func_stripname_result
+         eval shared_ext=\"$shrext_cmds\"
+         eval libname=\"$libname_spec\"
+       else
+         func_stripname '' '.la' "$outputname"
+         libname=$func_stripname_result
+       fi
+       ;;
+      esac
+
+      if test -n "$objs"; then
+       if test "$deplibs_check_method" != pass_all; then
+         func_fatal_error "cannot build libtool library \`$output' from non-libtool objects on this host:$objs"
+       else
+         $ECHO
+         $ECHO "*** Warning: Linking the shared library $output against the non-libtool"
+         $ECHO "*** objects $objs is not portable!"
+         libobjs="$libobjs $objs"
+       fi
+      fi
+
+      test "$dlself" != no && \
+       func_warning "\`-dlopen self' is ignored for libtool libraries"
+
+      set dummy $rpath
+      shift
+      test "$#" -gt 1 && \
+       func_warning "ignoring multiple \`-rpath's for a libtool library"
+
+      install_libdir="$1"
+
+      oldlibs=
+      if test -z "$rpath"; then
+       if test "$build_libtool_libs" = yes; then
+         # Building a libtool convenience library.
+         # Some compilers have problems with a `.al' extension so
+         # convenience libraries should have the same extension an
+         # archive normally would.
+         oldlibs="$output_objdir/$libname.$libext $oldlibs"
+         build_libtool_libs=convenience
+         build_old_libs=yes
+       fi
+
+       test -n "$vinfo" && \
+         func_warning "\`-version-info/-version-number' is ignored for convenience libraries"
+
+       test -n "$release" && \
+         func_warning "\`-release' is ignored for convenience libraries"
+      else
+
+       # Parse the version information argument.
+       save_ifs="$IFS"; IFS=':'
+       set dummy $vinfo 0 0 0
+       shift
+       IFS="$save_ifs"
+
+       test -n "$7" && \
+         func_fatal_help "too many parameters to \`-version-info'"
+
+       # convert absolute version numbers to libtool ages
+       # this retains compatibility with .la files and attempts
+       # to make the code below a bit more comprehensible
+
+       case $vinfo_number in
+       yes)
+         number_major="$1"
+         number_minor="$2"
+         number_revision="$3"
+         #
+         # There are really only two kinds -- those that
+         # use the current revision as the major version
+         # and those that subtract age and use age as
+         # a minor version.  But, then there is irix
+         # which has an extra 1 added just for fun
+         #
+         case $version_type in
+         darwin|linux|osf|windows|none)
+           func_arith $number_major + $number_minor
+           current=$func_arith_result
+           age="$number_minor"
+           revision="$number_revision"
+           ;;
+         freebsd-aout|freebsd-elf|sunos)
+           current="$number_major"
+           revision="$number_minor"
+           age="0"
+           ;;
+         irix|nonstopux)
+           func_arith $number_major + $number_minor
+           current=$func_arith_result
+           age="$number_minor"
+           revision="$number_minor"
+           lt_irix_increment=no
+           ;;
+         *)
+           func_fatal_configuration "$modename: unknown library version type \`$version_type'"
+           ;;
+         esac
+         ;;
+       no)
+         current="$1"
+         revision="$2"
+         age="$3"
+         ;;
+       esac
+
+       # Check that each of the things are valid numbers.
+       case $current in
+       0|[1-9]|[1-9][0-9]|[1-9][0-9][0-9]|[1-9][0-9][0-9][0-9]|[1-9][0-9][0-9][0-9][0-9]) ;;
+       *)
+         func_error "CURRENT \`$current' must be a nonnegative integer"
+         func_fatal_error "\`$vinfo' is not valid version information"
+         ;;
+       esac
+
+       case $revision in
+       0|[1-9]|[1-9][0-9]|[1-9][0-9][0-9]|[1-9][0-9][0-9][0-9]|[1-9][0-9][0-9][0-9][0-9]) ;;
+       *)
+         func_error "REVISION \`$revision' must be a nonnegative integer"
+         func_fatal_error "\`$vinfo' is not valid version information"
+         ;;
+       esac
+
+       case $age in
+       0|[1-9]|[1-9][0-9]|[1-9][0-9][0-9]|[1-9][0-9][0-9][0-9]|[1-9][0-9][0-9][0-9][0-9]) ;;
+       *)
+         func_error "AGE \`$age' must be a nonnegative integer"
+         func_fatal_error "\`$vinfo' is not valid version information"
+         ;;
+       esac
+
+       if test "$age" -gt "$current"; then
+         func_error "AGE \`$age' is greater than the current interface number \`$current'"
+         func_fatal_error "\`$vinfo' is not valid version information"
+       fi
+
+       # Calculate the version variables.
+       major=
+       versuffix=
+       verstring=
+       case $version_type in
+       none) ;;
+
+       darwin)
+         # Like Linux, but with the current version available in
+         # verstring for coding it into the library header
+         func_arith $current - $age
+         major=.$func_arith_result
+         versuffix="$major.$age.$revision"
+         # Darwin ld doesn't like 0 for these options...
+         func_arith $current + 1
+         minor_current=$func_arith_result
+         xlcverstring="${wl}-compatibility_version ${wl}$minor_current ${wl}-current_version ${wl}$minor_current.$revision"
+         verstring="-compatibility_version $minor_current -current_version $minor_current.$revision"
+         ;;
+
+       freebsd-aout)
+         major=".$current"
+         versuffix=".$current.$revision";
+         ;;
+
+       freebsd-elf)
+         major=".$current"
+         versuffix=".$current"
+         ;;
+
+       irix | nonstopux)
+         if test "X$lt_irix_increment" = "Xno"; then
+           func_arith $current - $age
+         else
+           func_arith $current - $age + 1
+         fi
+         major=$func_arith_result
+
+         case $version_type in
+           nonstopux) verstring_prefix=nonstopux ;;
+           *)         verstring_prefix=sgi ;;
+         esac
+         verstring="$verstring_prefix$major.$revision"
+
+         # Add in all the interfaces that we are compatible with.
+         loop=$revision
+         while test "$loop" -ne 0; do
+           func_arith $revision - $loop
+           iface=$func_arith_result
+           func_arith $loop - 1
+           loop=$func_arith_result
+           verstring="$verstring_prefix$major.$iface:$verstring"
+         done
+
+         # Before this point, $major must not contain `.'.
+         major=.$major
+         versuffix="$major.$revision"
+         ;;
+
+       linux)
+         func_arith $current - $age
+         major=.$func_arith_result
+         versuffix="$major.$age.$revision"
+         ;;
+
+       osf)
+         func_arith $current - $age
+         major=.$func_arith_result
+         versuffix=".$current.$age.$revision"
+         verstring="$current.$age.$revision"
+
+         # Add in all the interfaces that we are compatible with.
+         loop=$age
+         while test "$loop" -ne 0; do
+           func_arith $current - $loop
+           iface=$func_arith_result
+           func_arith $loop - 1
+           loop=$func_arith_result
+           verstring="$verstring:${iface}.0"
+         done
+
+         # Make executables depend on our current version.
+         verstring="$verstring:${current}.0"
+         ;;
+
+       qnx)
+         major=".$current"
+         versuffix=".$current"
+         ;;
+
+       sunos)
+         major=".$current"
+         versuffix=".$current.$revision"
+         ;;
+
+       windows)
+         # Use '-' rather than '.', since we only want one
+         # extension on DOS 8.3 filesystems.
+         func_arith $current - $age
+         major=$func_arith_result
+         versuffix="-$major"
+         ;;
+
+       *)
+         func_fatal_configuration "unknown library version type \`$version_type'"
+         ;;
+       esac
+
+       # Clear the version info if we defaulted, and they specified a release.
+       if test -z "$vinfo" && test -n "$release"; then
+         major=
+         case $version_type in
+         darwin)
+           # we can't check for "0.0" in archive_cmds due to quoting
+           # problems, so we reset it completely
+           verstring=
+           ;;
+         *)
+           verstring="0.0"
+           ;;
+         esac
+         if test "$need_version" = no; then
+           versuffix=
+         else
+           versuffix=".0.0"
+         fi
+       fi
+
+       # Remove version info from name if versioning should be avoided
+       if test "$avoid_version" = yes && test "$need_version" = no; then
+         major=
+         versuffix=
+         verstring=""
+       fi
+
+       # Check to see if the archive will have undefined symbols.
+       if test "$allow_undefined" = yes; then
+         if test "$allow_undefined_flag" = unsupported; then
+           func_warning "undefined symbols not allowed in $host shared libraries"
+           build_libtool_libs=no
+           build_old_libs=yes
+         fi
+       else
+         # Don't allow undefined symbols.
+         allow_undefined_flag="$no_undefined_flag"
+       fi
+
+      fi
+
+      func_generate_dlsyms "$libname" "$libname" "yes"
+      libobjs="$libobjs $symfileobj"
+      test "X$libobjs" = "X " && libobjs=
+
+      if test "$mode" != relink; then
+       # Remove our outputs, but don't remove object files since they
+       # may have been created when compiling PIC objects.
+       removelist=
+       tempremovelist=`$ECHO "$output_objdir/*"`
+       for p in $tempremovelist; do
+         case $p in
+           *.$objext | *.gcno)
+              ;;
+           $output_objdir/$outputname | $output_objdir/$libname.* | $output_objdir/${libname}${release}.*)
+              if test "X$precious_files_regex" != "X"; then
+                if $ECHO "$p" | $EGREP -e "$precious_files_regex" >/dev/null 2>&1
+                then
+                  continue
+                fi
+              fi
+              removelist="$removelist $p"
+              ;;
+           *) ;;
+         esac
+       done
+       test -n "$removelist" && \
+         func_show_eval "${RM}r \$removelist"
+      fi
+
+      # Now set the variables for building old libraries.
+      if test "$build_old_libs" = yes && test "$build_libtool_libs" != convenience ; then
+       oldlibs="$oldlibs $output_objdir/$libname.$libext"
+
+       # Transform .lo files to .o files.
+       oldobjs="$objs "`$ECHO "X$libobjs" | $SP2NL | $Xsed -e '/\.'${libext}'$/d' -e "$lo2o" | $NL2SP`
+      fi
+
+      # Eliminate all temporary directories.
+      #for path in $notinst_path; do
+      #        lib_search_path=`$ECHO "X$lib_search_path " | $Xsed -e "s% $path % %g"`
+      #        deplibs=`$ECHO "X$deplibs " | $Xsed -e "s% -L$path % %g"`
+      #        dependency_libs=`$ECHO "X$dependency_libs " | $Xsed -e "s% -L$path % %g"`
+      #done
+
+      if test -n "$xrpath"; then
+       # If the user specified any rpath flags, then add them.
+       temp_xrpath=
+       for libdir in $xrpath; do
+         temp_xrpath="$temp_xrpath -R$libdir"
+         case "$finalize_rpath " in
+         *" $libdir "*) ;;
+         *) finalize_rpath="$finalize_rpath $libdir" ;;
+         esac
+       done
+       if test "$hardcode_into_libs" != yes || test "$build_old_libs" = yes; then
+         dependency_libs="$temp_xrpath $dependency_libs"
+       fi
+      fi
+
+      # Make sure dlfiles contains only unique files that won't be dlpreopened
+      old_dlfiles="$dlfiles"
+      dlfiles=
+      for lib in $old_dlfiles; do
+       case " $dlprefiles $dlfiles " in
+       *" $lib "*) ;;
+       *) dlfiles="$dlfiles $lib" ;;
+       esac
+      done
+
+      # Make sure dlprefiles contains only unique files
+      old_dlprefiles="$dlprefiles"
+      dlprefiles=
+      for lib in $old_dlprefiles; do
+       case "$dlprefiles " in
+       *" $lib "*) ;;
+       *) dlprefiles="$dlprefiles $lib" ;;
+       esac
+      done
+
+      if test "$build_libtool_libs" = yes; then
+       if test -n "$rpath"; then
+         case $host in
+         *-*-cygwin* | *-*-mingw* | *-*-pw32* | *-*-os2* | *-*-beos* | *-cegcc*)
+           # these systems don't actually have a c library (as such)!
+           ;;
+         *-*-rhapsody* | *-*-darwin1.[012])
+           # Rhapsody C library is in the System framework
+           deplibs="$deplibs System.ltframework"
+           ;;
+         *-*-netbsd*)
+           # Don't link with libc until the a.out ld.so is fixed.
+           ;;
+         *-*-openbsd* | *-*-freebsd* | *-*-dragonfly*)
+           # Do not include libc due to us having libc/libc_r.
+           ;;
+         *-*-sco3.2v5* | *-*-sco5v6*)
+           # Causes problems with __ctype
+           ;;
+         *-*-sysv4.2uw2* | *-*-sysv5* | *-*-unixware* | *-*-OpenUNIX*)
+           # Compiler inserts libc in the correct place for threads to work
+           ;;
+         *)
+           # Add libc to deplibs on all other systems if necessary.
+           if test "$build_libtool_need_lc" = "yes"; then
+             deplibs="$deplibs -lc"
+           fi
+           ;;
+         esac
+       fi
+
+       # Transform deplibs into only deplibs that can be linked in shared.
+       name_save=$name
+       libname_save=$libname
+       release_save=$release
+       versuffix_save=$versuffix
+       major_save=$major
+       # I'm not sure if I'm treating the release correctly.  I think
+       # release should show up in the -l (ie -lgmp5) so we don't want to
+       # add it in twice.  Is that correct?
+       release=""
+       versuffix=""
+       major=""
+       newdeplibs=
+       droppeddeps=no
+       case $deplibs_check_method in
+       pass_all)
+         # Don't check for shared/static.  Everything works.
+         # This might be a little naive.  We might want to check
+         # whether the library exists or not.  But this is on
+         # osf3 & osf4 and I'm not really sure... Just
+         # implementing what was already the behavior.
+         newdeplibs=$deplibs
+         ;;
+       test_compile)
+         # This code stresses the "libraries are programs" paradigm to its
+         # limits. Maybe even breaks it.  We compile a program, linking it
+         # against the deplibs as a proxy for the library.  Then we can check
+         # whether they linked in statically or dynamically with ldd.
+         $opt_dry_run || $RM conftest.c
+         cat > conftest.c <<EOF
+         int main() { return 0; }
+EOF
+         $opt_dry_run || $RM conftest
+         if $LTCC $LTCFLAGS -o conftest conftest.c $deplibs; then
+           ldd_output=`ldd conftest`
+           for i in $deplibs; do
+             case $i in
+             -l*)
+               func_stripname -l '' "$i"
+               name=$func_stripname_result
+               if test "X$allow_libtool_libs_with_static_runtimes" = "Xyes" ; then
+                 case " $predeps $postdeps " in
+                 *" $i "*)
+                   newdeplibs="$newdeplibs $i"
+                   i=""
+                   ;;
+                 esac
+               fi
+               if test -n "$i" ; then
+                 libname=`eval "\\$ECHO \"$libname_spec\""`
+                 deplib_matches=`eval "\\$ECHO \"$library_names_spec\""`
+                 set dummy $deplib_matches; shift
+                 deplib_match=$1
+                 if test `expr "$ldd_output" : ".*$deplib_match"` -ne 0 ; then
+                   newdeplibs="$newdeplibs $i"
+                 else
+                   droppeddeps=yes
+                   $ECHO
+                   $ECHO "*** Warning: dynamic linker does not accept needed library $i."
+                   $ECHO "*** I have the capability to make that library automatically link in when"
+                   $ECHO "*** you link to this library.  But I can only do this if you have a"
+                   $ECHO "*** shared version of the library, which I believe you do not have"
+                   $ECHO "*** because a test_compile did reveal that the linker did not use it for"
+                   $ECHO "*** its dynamic dependency list that programs get resolved with at runtime."
+                 fi
+               fi
+               ;;
+             *)
+               newdeplibs="$newdeplibs $i"
+               ;;
+             esac
+           done
+         else
+           # Error occurred in the first compile.  Let's try to salvage
+           # the situation: Compile a separate program for each library.
+           for i in $deplibs; do
+             case $i in
+             -l*)
+               func_stripname -l '' "$i"
+               name=$func_stripname_result
+               $opt_dry_run || $RM conftest
+               if $LTCC $LTCFLAGS -o conftest conftest.c $i; then
+                 ldd_output=`ldd conftest`
+                 if test "X$allow_libtool_libs_with_static_runtimes" = "Xyes" ; then
+                   case " $predeps $postdeps " in
+                   *" $i "*)
+                     newdeplibs="$newdeplibs $i"
+                     i=""
+                     ;;
+                   esac
+                 fi
+                 if test -n "$i" ; then
+                   libname=`eval "\\$ECHO \"$libname_spec\""`
+                   deplib_matches=`eval "\\$ECHO \"$library_names_spec\""`
+                   set dummy $deplib_matches; shift
+                   deplib_match=$1
+                   if test `expr "$ldd_output" : ".*$deplib_match"` -ne 0 ; then
+                     newdeplibs="$newdeplibs $i"
+                   else
+                     droppeddeps=yes
+                     $ECHO
+                     $ECHO "*** Warning: dynamic linker does not accept needed library $i."
+                     $ECHO "*** I have the capability to make that library automatically link in when"
+                     $ECHO "*** you link to this library.  But I can only do this if you have a"
+                     $ECHO "*** shared version of the library, which you do not appear to have"
+                     $ECHO "*** because a test_compile did reveal that the linker did not use this one"
+                     $ECHO "*** as a dynamic dependency that programs can get resolved with at runtime."
+                   fi
+                 fi
+               else
+                 droppeddeps=yes
+                 $ECHO
+                 $ECHO "*** Warning!  Library $i is needed by this library but I was not able to"
+                 $ECHO "*** make it link in!  You will probably need to install it or some"
+                 $ECHO "*** library that it depends on before this library will be fully"
+                 $ECHO "*** functional.  Installing it before continuing would be even better."
+               fi
+               ;;
+             *)
+               newdeplibs="$newdeplibs $i"
+               ;;
+             esac
+           done
+         fi
+         ;;
+       file_magic*)
+         set dummy $deplibs_check_method; shift
+         file_magic_regex=`expr "$deplibs_check_method" : "$1 \(.*\)"`
+         for a_deplib in $deplibs; do
+           case $a_deplib in
+           -l*)
+             func_stripname -l '' "$a_deplib"
+             name=$func_stripname_result
+             if test "X$allow_libtool_libs_with_static_runtimes" = "Xyes" ; then
+               case " $predeps $postdeps " in
+               *" $a_deplib "*)
+                 newdeplibs="$newdeplibs $a_deplib"
+                 a_deplib=""
+                 ;;
+               esac
+             fi
+             if test -n "$a_deplib" ; then
+               libname=`eval "\\$ECHO \"$libname_spec\""`
+               for i in $lib_search_path $sys_lib_search_path $shlib_search_path; do
+                 potential_libs=`ls $i/$libname[.-]* 2>/dev/null`
+                 for potent_lib in $potential_libs; do
+                     # Follow soft links.
+                     if ls -lLd "$potent_lib" 2>/dev/null |
+                        $GREP " -> " >/dev/null; then
+                       continue
+                     fi
+                     # The statement above tries to avoid entering an
+                     # endless loop below, in case of cyclic links.
+                     # We might still enter an endless loop, since a link
+                     # loop can be closed while we follow links,
+                     # but so what?
+                     potlib="$potent_lib"
+                     while test -h "$potlib" 2>/dev/null; do
+                       potliblink=`ls -ld $potlib | ${SED} 's/.* -> //'`
+                       case $potliblink in
+                       [\\/]* | [A-Za-z]:[\\/]*) potlib="$potliblink";;
+                       *) potlib=`$ECHO "X$potlib" | $Xsed -e 's,[^/]*$,,'`"$potliblink";;
+                       esac
+                     done
+                     if eval $file_magic_cmd \"\$potlib\" 2>/dev/null |
+                        $SED -e 10q |
+                        $EGREP "$file_magic_regex" > /dev/null; then
+                       newdeplibs="$newdeplibs $a_deplib"
+                       a_deplib=""
+                       break 2
+                     fi
+                 done
+               done
+             fi
+             if test -n "$a_deplib" ; then
+               droppeddeps=yes
+               $ECHO
+               $ECHO "*** Warning: linker path does not have real file for library $a_deplib."
+               $ECHO "*** I have the capability to make that library automatically link in when"
+               $ECHO "*** you link to this library.  But I can only do this if you have a"
+               $ECHO "*** shared version of the library, which you do not appear to have"
+               $ECHO "*** because I did check the linker path looking for a file starting"
+               if test -z "$potlib" ; then
+                 $ECHO "*** with $libname but no candidates were found. (...for file magic test)"
+               else
+                 $ECHO "*** with $libname and none of the candidates passed a file format test"
+                 $ECHO "*** using a file magic. Last file checked: $potlib"
+               fi
+             fi
+             ;;
+           *)
+             # Add a -L argument.
+             newdeplibs="$newdeplibs $a_deplib"
+             ;;
+           esac
+         done # Gone through all deplibs.
+         ;;
+       match_pattern*)
+         set dummy $deplibs_check_method; shift
+         match_pattern_regex=`expr "$deplibs_check_method" : "$1 \(.*\)"`
+         for a_deplib in $deplibs; do
+           case $a_deplib in
+           -l*)
+             func_stripname -l '' "$a_deplib"
+             name=$func_stripname_result
+             if test "X$allow_libtool_libs_with_static_runtimes" = "Xyes" ; then
+               case " $predeps $postdeps " in
+               *" $a_deplib "*)
+                 newdeplibs="$newdeplibs $a_deplib"
+                 a_deplib=""
+                 ;;
+               esac
+             fi
+             if test -n "$a_deplib" ; then
+               libname=`eval "\\$ECHO \"$libname_spec\""`
+               for i in $lib_search_path $sys_lib_search_path $shlib_search_path; do
+                 potential_libs=`ls $i/$libname[.-]* 2>/dev/null`
+                 for potent_lib in $potential_libs; do
+                   potlib="$potent_lib" # see symlink-check above in file_magic test
+                   if eval "\$ECHO \"X$potent_lib\"" 2>/dev/null | $Xsed -e 10q | \
+                      $EGREP "$match_pattern_regex" > /dev/null; then
+                     newdeplibs="$newdeplibs $a_deplib"
+                     a_deplib=""
+                     break 2
+                   fi
+                 done
+               done
+             fi
+             if test -n "$a_deplib" ; then
+               droppeddeps=yes
+               $ECHO
+               $ECHO "*** Warning: linker path does not have real file for library $a_deplib."
+               $ECHO "*** I have the capability to make that library automatically link in when"
+               $ECHO "*** you link to this library.  But I can only do this if you have a"
+               $ECHO "*** shared version of the library, which you do not appear to have"
+               $ECHO "*** because I did check the linker path looking for a file starting"
+               if test -z "$potlib" ; then
+                 $ECHO "*** with $libname but no candidates were found. (...for regex pattern test)"
+               else
+                 $ECHO "*** with $libname and none of the candidates passed a file format test"
+                 $ECHO "*** using a regex pattern. Last file checked: $potlib"
+               fi
+             fi
+             ;;
+           *)
+             # Add a -L argument.
+             newdeplibs="$newdeplibs $a_deplib"
+             ;;
+           esac
+         done # Gone through all deplibs.
+         ;;
+       none | unknown | *)
+         newdeplibs=""
+         tmp_deplibs=`$ECHO "X $deplibs" | $Xsed \
+             -e 's/ -lc$//' -e 's/ -[LR][^ ]*//g'`
+         if test "X$allow_libtool_libs_with_static_runtimes" = "Xyes" ; then
+           for i in $predeps $postdeps ; do
+             # can't use Xsed below, because $i might contain '/'
+             tmp_deplibs=`$ECHO "X $tmp_deplibs" | $Xsed -e "s,$i,,"`
+           done
+         fi
+         if $ECHO "X $tmp_deplibs" | $Xsed -e 's/[      ]//g' |
+            $GREP . >/dev/null; then
+           $ECHO
+           if test "X$deplibs_check_method" = "Xnone"; then
+             $ECHO "*** Warning: inter-library dependencies are not supported in this platform."
+           else
+             $ECHO "*** Warning: inter-library dependencies are not known to be supported."
+           fi
+           $ECHO "*** All declared inter-library dependencies are being dropped."
+           droppeddeps=yes
+         fi
+         ;;
+       esac
+       versuffix=$versuffix_save
+       major=$major_save
+       release=$release_save
+       libname=$libname_save
+       name=$name_save
+
+       case $host in
+       *-*-rhapsody* | *-*-darwin1.[012])
+         # On Rhapsody replace the C library with the System framework
+         newdeplibs=`$ECHO "X $newdeplibs" | $Xsed -e 's/ -lc / System.ltframework /'`
+         ;;
+       esac
+
+       if test "$droppeddeps" = yes; then
+         if test "$module" = yes; then
+           $ECHO
+           $ECHO "*** Warning: libtool could not satisfy all declared inter-library"
+           $ECHO "*** dependencies of module $libname.  Therefore, libtool will create"
+           $ECHO "*** a static module, that should work as long as the dlopening"
+           $ECHO "*** application is linked with the -dlopen flag."
+           if test -z "$global_symbol_pipe"; then
+             $ECHO
+             $ECHO "*** However, this would only work if libtool was able to extract symbol"
+             $ECHO "*** lists from a program, using \`nm' or equivalent, but libtool could"
+             $ECHO "*** not find such a program.  So, this module is probably useless."
+             $ECHO "*** \`nm' from GNU binutils and a full rebuild may help."
+           fi
+           if test "$build_old_libs" = no; then
+             oldlibs="$output_objdir/$libname.$libext"
+             build_libtool_libs=module
+             build_old_libs=yes
+           else
+             build_libtool_libs=no
+           fi
+         else
+           $ECHO "*** The inter-library dependencies that have been dropped here will be"
+           $ECHO "*** automatically added whenever a program is linked with this library"
+           $ECHO "*** or is declared to -dlopen it."
+
+           if test "$allow_undefined" = no; then
+             $ECHO
+             $ECHO "*** Since this library must not contain undefined symbols,"
+             $ECHO "*** because either the platform does not support them or"
+             $ECHO "*** it was explicitly requested with -no-undefined,"
+             $ECHO "*** libtool will only create a static version of it."
+             if test "$build_old_libs" = no; then
+               oldlibs="$output_objdir/$libname.$libext"
+               build_libtool_libs=module
+               build_old_libs=yes
+             else
+               build_libtool_libs=no
+             fi
+           fi
+         fi
+       fi
+       # Done checking deplibs!
+       deplibs=$newdeplibs
+      fi
+      # Time to change all our "foo.ltframework" stuff back to "-framework foo"
+      case $host in
+       *-*-darwin*)
+         newdeplibs=`$ECHO "X $newdeplibs" | $Xsed -e 's% \([^ $]*\).ltframework% -framework \1%g'`
+         new_inherited_linker_flags=`$ECHO "X $new_inherited_linker_flags" | $Xsed -e 's% \([^ $]*\).ltframework% -framework \1%g'`
+         deplibs=`$ECHO "X $deplibs" | $Xsed -e 's% \([^ $]*\).ltframework% -framework \1%g'`
+         ;;
+      esac
+
+      # move library search paths that coincide with paths to not yet
+      # installed libraries to the beginning of the library search list
+      new_libs=
+      for path in $notinst_path; do
+       case " $new_libs " in
+       *" -L$path/$objdir "*) ;;
+       *)
+         case " $deplibs " in
+         *" -L$path/$objdir "*)
+           new_libs="$new_libs -L$path/$objdir" ;;
+         esac
+         ;;
+       esac
+      done
+      for deplib in $deplibs; do
+       case $deplib in
+       -L*)
+         case " $new_libs " in
+         *" $deplib "*) ;;
+         *) new_libs="$new_libs $deplib" ;;
+         esac
+         ;;
+       *) new_libs="$new_libs $deplib" ;;
+       esac
+      done
+      deplibs="$new_libs"
+
+      # All the library-specific variables (install_libdir is set above).
+      library_names=
+      old_library=
+      dlname=
+
+      # Test again, we may have decided not to build it any more
+      if test "$build_libtool_libs" = yes; then
+       if test "$hardcode_into_libs" = yes; then
+         # Hardcode the library paths
+         hardcode_libdirs=
+         dep_rpath=
+         rpath="$finalize_rpath"
+         test "$mode" != relink && rpath="$compile_rpath$rpath"
+         for libdir in $rpath; do
+           if test -n "$hardcode_libdir_flag_spec"; then
+             if test -n "$hardcode_libdir_separator"; then
+               if test -z "$hardcode_libdirs"; then
+                 hardcode_libdirs="$libdir"
+               else
+                 # Just accumulate the unique libdirs.
+                 case $hardcode_libdir_separator$hardcode_libdirs$hardcode_libdir_separator in
+                 *"$hardcode_libdir_separator$libdir$hardcode_libdir_separator"*)
+                   ;;
+                 *)
+                   hardcode_libdirs="$hardcode_libdirs$hardcode_libdir_separator$libdir"
+                   ;;
+                 esac
+               fi
+             else
+               eval flag=\"$hardcode_libdir_flag_spec\"
+               dep_rpath="$dep_rpath $flag"
+             fi
+           elif test -n "$runpath_var"; then
+             case "$perm_rpath " in
+             *" $libdir "*) ;;
+             *) perm_rpath="$perm_rpath $libdir" ;;
+             esac
+           fi
+         done
+         # Substitute the hardcoded libdirs into the rpath.
+         if test -n "$hardcode_libdir_separator" &&
+            test -n "$hardcode_libdirs"; then
+           libdir="$hardcode_libdirs"
+           if test -n "$hardcode_libdir_flag_spec_ld"; then
+             eval dep_rpath=\"$hardcode_libdir_flag_spec_ld\"
+           else
+             eval dep_rpath=\"$hardcode_libdir_flag_spec\"
+           fi
+         fi
+         if test -n "$runpath_var" && test -n "$perm_rpath"; then
+           # We should set the runpath_var.
+           rpath=
+           for dir in $perm_rpath; do
+             rpath="$rpath$dir:"
+           done
+           eval "$runpath_var='$rpath\$$runpath_var'; export $runpath_var"
+         fi
+         test -n "$dep_rpath" && deplibs="$dep_rpath $deplibs"
+       fi
+
+       shlibpath="$finalize_shlibpath"
+       test "$mode" != relink && shlibpath="$compile_shlibpath$shlibpath"
+       if test -n "$shlibpath"; then
+         eval "$shlibpath_var='$shlibpath\$$shlibpath_var'; export $shlibpath_var"
+       fi
+
+       # Get the real and link names of the library.
+       eval shared_ext=\"$shrext_cmds\"
+       eval library_names=\"$library_names_spec\"
+       set dummy $library_names
+       shift
+       realname="$1"
+       shift
+
+       if test -n "$soname_spec"; then
+         eval soname=\"$soname_spec\"
+       else
+         soname="$realname"
+       fi
+       if test -z "$dlname"; then
+         dlname=$soname
+       fi
+
+       lib="$output_objdir/$realname"
+       linknames=
+       for link
+       do
+         linknames="$linknames $link"
+       done
+
+       # Use standard objects if they are pic
+       test -z "$pic_flag" && libobjs=`$ECHO "X$libobjs" | $SP2NL | $Xsed -e "$lo2o" | $NL2SP`
+       test "X$libobjs" = "X " && libobjs=
+
+       delfiles=
+       if test -n "$export_symbols" && test -n "$include_expsyms"; then
+         $opt_dry_run || cp "$export_symbols" "$output_objdir/$libname.uexp"
+         export_symbols="$output_objdir/$libname.uexp"
+         delfiles="$delfiles $export_symbols"
+       fi
+
+       orig_export_symbols=
+       case $host_os in
+       cygwin* | mingw* | cegcc*)
+         if test -n "$export_symbols" && test -z "$export_symbols_regex"; then
+           # exporting using user supplied symfile
+           if test "x`$SED 1q $export_symbols`" != xEXPORTS; then
+             # and it's NOT already a .def file. Must figure out
+             # which of the given symbols are data symbols and tag
+             # them as such. So, trigger use of export_symbols_cmds.
+             # export_symbols gets reassigned inside the "prepare
+             # the list of exported symbols" if statement, so the
+             # include_expsyms logic still works.
+             orig_export_symbols="$export_symbols"
+             export_symbols=
+             always_export_symbols=yes
+           fi
+         fi
+         ;;
+       esac
+
+       # Prepare the list of exported symbols
+       if test -z "$export_symbols"; then
+         if test "$always_export_symbols" = yes || test -n "$export_symbols_regex"; then
+           func_verbose "generating symbol list for \`$libname.la'"
+           export_symbols="$output_objdir/$libname.exp"
+           $opt_dry_run || $RM $export_symbols
+           cmds=$export_symbols_cmds
+           save_ifs="$IFS"; IFS='~'
+           for cmd in $cmds; do
+             IFS="$save_ifs"
+             eval cmd=\"$cmd\"
+             func_len " $cmd"
+             len=$func_len_result
+             if test "$len" -lt "$max_cmd_len" || test "$max_cmd_len" -le -1; then
+               func_show_eval "$cmd" 'exit $?'
+               skipped_export=false
+             else
+               # The command line is too long to execute in one step.
+               func_verbose "using reloadable object file for export list..."
+               skipped_export=:
+               # Break out early, otherwise skipped_export may be
+               # set to false by a later but shorter cmd.
+               break
+             fi
+           done
+           IFS="$save_ifs"
+           if test -n "$export_symbols_regex" && test "X$skipped_export" != "X:"; then
+             func_show_eval '$EGREP -e "$export_symbols_regex" "$export_symbols" > "${export_symbols}T"'
+             func_show_eval '$MV "${export_symbols}T" "$export_symbols"'
+           fi
+         fi
+       fi
+
+       if test -n "$export_symbols" && test -n "$include_expsyms"; then
+         tmp_export_symbols="$export_symbols"
+         test -n "$orig_export_symbols" && tmp_export_symbols="$orig_export_symbols"
+         $opt_dry_run || eval '$ECHO "X$include_expsyms" | $Xsed | $SP2NL >> "$tmp_export_symbols"'
+       fi
+
+       if test "X$skipped_export" != "X:" && test -n "$orig_export_symbols"; then
+         # The given exports_symbols file has to be filtered, so filter it.
+         func_verbose "filter symbol list for \`$libname.la' to tag DATA exports"
+         # FIXME: $output_objdir/$libname.filter potentially contains lots of
+         # 's' commands which not all seds can handle. GNU sed should be fine
+         # though. Also, the filter scales superlinearly with the number of
+         # global variables. join(1) would be nice here, but unfortunately
+         # isn't a blessed tool.
+         $opt_dry_run || $SED -e '/[ ,]DATA/!d;s,\(.*\)\([ \,].*\),s|^\1$|\1\2|,' < $export_symbols > $output_objdir/$libname.filter
+         delfiles="$delfiles $export_symbols $output_objdir/$libname.filter"
+         export_symbols=$output_objdir/$libname.def
+         $opt_dry_run || $SED -f $output_objdir/$libname.filter < $orig_export_symbols > $export_symbols
+       fi
+
+       tmp_deplibs=
+       for test_deplib in $deplibs; do
+         case " $convenience " in
+         *" $test_deplib "*) ;;
+         *)
+           tmp_deplibs="$tmp_deplibs $test_deplib"
+           ;;
+         esac
+       done
+       deplibs="$tmp_deplibs"
+
+       if test -n "$convenience"; then
+         if test -n "$whole_archive_flag_spec" &&
+           test "$compiler_needs_object" = yes &&
+           test -z "$libobjs"; then
+           # extract the archives, so we have objects to list.
+           # TODO: could optimize this to just extract one archive.
+           whole_archive_flag_spec=
+         fi
+         if test -n "$whole_archive_flag_spec"; then
+           save_libobjs=$libobjs
+           eval libobjs=\"\$libobjs $whole_archive_flag_spec\"
+           test "X$libobjs" = "X " && libobjs=
+         else
+           gentop="$output_objdir/${outputname}x"
+           generated="$generated $gentop"
+
+           func_extract_archives $gentop $convenience
+           libobjs="$libobjs $func_extract_archives_result"
+           test "X$libobjs" = "X " && libobjs=
+         fi
+       fi
+
+       if test "$thread_safe" = yes && test -n "$thread_safe_flag_spec"; then
+         eval flag=\"$thread_safe_flag_spec\"
+         linker_flags="$linker_flags $flag"
+       fi
+
+       # Make a backup of the uninstalled library when relinking
+       if test "$mode" = relink; then
+         $opt_dry_run || eval '(cd $output_objdir && $RM ${realname}U && $MV $realname ${realname}U)' || exit $?
+       fi
+
+       # Do each of the archive commands.
+       if test "$module" = yes && test -n "$module_cmds" ; then
+         if test -n "$export_symbols" && test -n "$module_expsym_cmds"; then
+           eval test_cmds=\"$module_expsym_cmds\"
+           cmds=$module_expsym_cmds
+         else
+           eval test_cmds=\"$module_cmds\"
+           cmds=$module_cmds
+         fi
+       else
+         if test -n "$export_symbols" && test -n "$archive_expsym_cmds"; then
+           eval test_cmds=\"$archive_expsym_cmds\"
+           cmds=$archive_expsym_cmds
+         else
+           eval test_cmds=\"$archive_cmds\"
+           cmds=$archive_cmds
+         fi
+       fi
+
+       if test "X$skipped_export" != "X:" &&
+          func_len " $test_cmds" &&
+          len=$func_len_result &&
+          test "$len" -lt "$max_cmd_len" || test "$max_cmd_len" -le -1; then
+         :
+       else
+         # The command line is too long to link in one step, link piecewise
+         # or, if using GNU ld and skipped_export is not :, use a linker
+         # script.
+
+         # Save the value of $output and $libobjs because we want to
+         # use them later.  If we have whole_archive_flag_spec, we
+         # want to use save_libobjs as it was before
+         # whole_archive_flag_spec was expanded, because we can't
+         # assume the linker understands whole_archive_flag_spec.
+         # This may have to be revisited, in case too many
+         # convenience libraries get linked in and end up exceeding
+         # the spec.
+         if test -z "$convenience" || test -z "$whole_archive_flag_spec"; then
+           save_libobjs=$libobjs
+         fi
+         save_output=$output
+         output_la=`$ECHO "X$output" | $Xsed -e "$basename"`
+
+         # Clear the reloadable object creation command queue and
+         # initialize k to one.
+         test_cmds=
+         concat_cmds=
+         objlist=
+         last_robj=
+         k=1
+
+         if test -n "$save_libobjs" && test "X$skipped_export" != "X:" && test "$with_gnu_ld" = yes; then
+           output=${output_objdir}/${output_la}.lnkscript
+           func_verbose "creating GNU ld script: $output"
+           $ECHO 'INPUT (' > $output
+           for obj in $save_libobjs
+           do
+             $ECHO "$obj" >> $output
+           done
+           $ECHO ')' >> $output
+           delfiles="$delfiles $output"
+         elif test -n "$save_libobjs" && test "X$skipped_export" != "X:" && test "X$file_list_spec" != X; then
+           output=${output_objdir}/${output_la}.lnk
+           func_verbose "creating linker input file list: $output"
+           : > $output
+           set x $save_libobjs
+           shift
+           firstobj=
+           if test "$compiler_needs_object" = yes; then
+             firstobj="$1 "
+             shift
+           fi
+           for obj
+           do
+             $ECHO "$obj" >> $output
+           done
+           delfiles="$delfiles $output"
+           output=$firstobj\"$file_list_spec$output\"
+         else
+           if test -n "$save_libobjs"; then
+             func_verbose "creating reloadable object files..."
+             output=$output_objdir/$output_la-${k}.$objext
+             eval test_cmds=\"$reload_cmds\"
+             func_len " $test_cmds"
+             len0=$func_len_result
+             len=$len0
+
+             # Loop over the list of objects to be linked.
+             for obj in $save_libobjs
+             do
+               func_len " $obj"
+               func_arith $len + $func_len_result
+               len=$func_arith_result
+               if test "X$objlist" = X ||
+                  test "$len" -lt "$max_cmd_len"; then
+                 func_append objlist " $obj"
+               else
+                 # The command $test_cmds is almost too long, add a
+                 # command to the queue.
+                 if test "$k" -eq 1 ; then
+                   # The first file doesn't have a previous command to add.
+                   eval concat_cmds=\"$reload_cmds $objlist $last_robj\"
+                 else
+                   # All subsequent reloadable object files will link in
+                   # the last one created.
+                   eval concat_cmds=\"\$concat_cmds~$reload_cmds $objlist $last_robj~\$RM $last_robj\"
+                 fi
+                 last_robj=$output_objdir/$output_la-${k}.$objext
+                 func_arith $k + 1
+                 k=$func_arith_result
+                 output=$output_objdir/$output_la-${k}.$objext
+                 objlist=$obj
+                 func_len " $last_robj"
+                 func_arith $len0 + $func_len_result
+                 len=$func_arith_result
+               fi
+             done
+             # Handle the remaining objects by creating one last
+             # reloadable object file.  All subsequent reloadable object
+             # files will link in the last one created.
+             test -z "$concat_cmds" || concat_cmds=$concat_cmds~
+             eval concat_cmds=\"\${concat_cmds}$reload_cmds $objlist $last_robj\"
+             if test -n "$last_robj"; then
+               eval concat_cmds=\"\${concat_cmds}~\$RM $last_robj\"
+             fi
+             delfiles="$delfiles $output"
+
+           else
+             output=
+           fi
+
+           if ${skipped_export-false}; then
+             func_verbose "generating symbol list for \`$libname.la'"
+             export_symbols="$output_objdir/$libname.exp"
+             $opt_dry_run || $RM $export_symbols
+             libobjs=$output
+             # Append the command to create the export file.
+             test -z "$concat_cmds" || concat_cmds=$concat_cmds~
+             eval concat_cmds=\"\$concat_cmds$export_symbols_cmds\"
+             if test -n "$last_robj"; then
+               eval concat_cmds=\"\$concat_cmds~\$RM $last_robj\"
+             fi
+           fi
+
+           test -n "$save_libobjs" &&
+             func_verbose "creating a temporary reloadable object file: $output"
+
+           # Loop through the commands generated above and execute them.
+           save_ifs="$IFS"; IFS='~'
+           for cmd in $concat_cmds; do
+             IFS="$save_ifs"
+             $opt_silent || {
+                 func_quote_for_expand "$cmd"
+                 eval "func_echo $func_quote_for_expand_result"
+             }
+             $opt_dry_run || eval "$cmd" || {
+               lt_exit=$?
+
+               # Restore the uninstalled library and exit
+               if test "$mode" = relink; then
+                 ( cd "$output_objdir" && \
+                   $RM "${realname}T" && \
+                   $MV "${realname}U" "$realname" )
+               fi
+
+               exit $lt_exit
+             }
+           done
+           IFS="$save_ifs"
+
+           if test -n "$export_symbols_regex" && ${skipped_export-false}; then
+             func_show_eval '$EGREP -e "$export_symbols_regex" "$export_symbols" > "${export_symbols}T"'
+             func_show_eval '$MV "${export_symbols}T" "$export_symbols"'
+           fi
+         fi
+
+          if ${skipped_export-false}; then
+           if test -n "$export_symbols" && test -n "$include_expsyms"; then
+             tmp_export_symbols="$export_symbols"
+             test -n "$orig_export_symbols" && tmp_export_symbols="$orig_export_symbols"
+             $opt_dry_run || eval '$ECHO "X$include_expsyms" | $Xsed | $SP2NL >> "$tmp_export_symbols"'
+           fi
+
+           if test -n "$orig_export_symbols"; then
+             # The given exports_symbols file has to be filtered, so filter it.
+             func_verbose "filter symbol list for \`$libname.la' to tag DATA exports"
+             # FIXME: $output_objdir/$libname.filter potentially contains lots of
+             # 's' commands which not all seds can handle. GNU sed should be fine
+             # though. Also, the filter scales superlinearly with the number of
+             # global variables. join(1) would be nice here, but unfortunately
+             # isn't a blessed tool.
+             $opt_dry_run || $SED -e '/[ ,]DATA/!d;s,\(.*\)\([ \,].*\),s|^\1$|\1\2|,' < $export_symbols > $output_objdir/$libname.filter
+             delfiles="$delfiles $export_symbols $output_objdir/$libname.filter"
+             export_symbols=$output_objdir/$libname.def
+             $opt_dry_run || $SED -f $output_objdir/$libname.filter < $orig_export_symbols > $export_symbols
+           fi
+         fi
+
+         libobjs=$output
+         # Restore the value of output.
+         output=$save_output
+
+         if test -n "$convenience" && test -n "$whole_archive_flag_spec"; then
+           eval libobjs=\"\$libobjs $whole_archive_flag_spec\"
+           test "X$libobjs" = "X " && libobjs=
+         fi
+         # Expand the library linking commands again to reset the
+         # value of $libobjs for piecewise linking.
+
+         # Do each of the archive commands.
+         if test "$module" = yes && test -n "$module_cmds" ; then
+           if test -n "$export_symbols" && test -n "$module_expsym_cmds"; then
+             cmds=$module_expsym_cmds
+           else
+             cmds=$module_cmds
+           fi
+         else
+           if test -n "$export_symbols" && test -n "$archive_expsym_cmds"; then
+             cmds=$archive_expsym_cmds
+           else
+             cmds=$archive_cmds
+           fi
+         fi
+       fi
+
+       if test -n "$delfiles"; then
+         # Append the command to remove temporary files to $cmds.
+         eval cmds=\"\$cmds~\$RM $delfiles\"
+       fi
+
+       # Add any objects from preloaded convenience libraries
+       if test -n "$dlprefiles"; then
+         gentop="$output_objdir/${outputname}x"
+         generated="$generated $gentop"
+
+         func_extract_archives $gentop $dlprefiles
+         libobjs="$libobjs $func_extract_archives_result"
+         test "X$libobjs" = "X " && libobjs=
+       fi
+
+       save_ifs="$IFS"; IFS='~'
+       for cmd in $cmds; do
+         IFS="$save_ifs"
+         eval cmd=\"$cmd\"
+         $opt_silent || {
+           func_quote_for_expand "$cmd"
+           eval "func_echo $func_quote_for_expand_result"
+         }
+         $opt_dry_run || eval "$cmd" || {
+           lt_exit=$?
+
+           # Restore the uninstalled library and exit
+           if test "$mode" = relink; then
+             ( cd "$output_objdir" && \
+               $RM "${realname}T" && \
+               $MV "${realname}U" "$realname" )
+           fi
+
+           exit $lt_exit
+         }
+       done
+       IFS="$save_ifs"
+
+       # Restore the uninstalled library and exit
+       if test "$mode" = relink; then
+         $opt_dry_run || eval '(cd $output_objdir && $RM ${realname}T && $MV $realname ${realname}T && $MV ${realname}U $realname)' || exit $?
+
+         if test -n "$convenience"; then
+           if test -z "$whole_archive_flag_spec"; then
+             func_show_eval '${RM}r "$gentop"'
+           fi
+         fi
+
+         exit $EXIT_SUCCESS
+       fi
+
+       # Create links to the real library.
+       for linkname in $linknames; do
+         if test "$realname" != "$linkname"; then
+           func_show_eval '(cd "$output_objdir" && $RM "$linkname" && $LN_S "$realname" "$linkname")' 'exit $?'
+         fi
+       done
+
+       # If -module or -export-dynamic was specified, set the dlname.
+       if test "$module" = yes || test "$export_dynamic" = yes; then
+         # On all known operating systems, these are identical.
+         dlname="$soname"
+       fi
+      fi
+      ;;
+
+    obj)
+      if test -n "$dlfiles$dlprefiles" || test "$dlself" != no; then
+       func_warning "\`-dlopen' is ignored for objects"
+      fi
+
+      case " $deplibs" in
+      *\ -l* | *\ -L*)
+       func_warning "\`-l' and \`-L' are ignored for objects" ;;
+      esac
+
+      test -n "$rpath" && \
+       func_warning "\`-rpath' is ignored for objects"
+
+      test -n "$xrpath" && \
+       func_warning "\`-R' is ignored for objects"
+
+      test -n "$vinfo" && \
+       func_warning "\`-version-info' is ignored for objects"
+
+      test -n "$release" && \
+       func_warning "\`-release' is ignored for objects"
+
+      case $output in
+      *.lo)
+       test -n "$objs$old_deplibs" && \
+         func_fatal_error "cannot build library object \`$output' from non-libtool objects"
+
+       libobj=$output
+       func_lo2o "$libobj"
+       obj=$func_lo2o_result
+       ;;
+      *)
+       libobj=
+       obj="$output"
+       ;;
+      esac
+
+      # Delete the old objects.
+      $opt_dry_run || $RM $obj $libobj
+
+      # Objects from convenience libraries.  This assumes
+      # single-version convenience libraries.  Whenever we create
+      # different ones for PIC/non-PIC, this we'll have to duplicate
+      # the extraction.
+      reload_conv_objs=
+      gentop=
+      # reload_cmds runs $LD directly, so let us get rid of
+      # -Wl from whole_archive_flag_spec and hope we can get by with
+      # turning comma into space..
+      wl=
+
+      if test -n "$convenience"; then
+       if test -n "$whole_archive_flag_spec"; then
+         eval tmp_whole_archive_flags=\"$whole_archive_flag_spec\"
+         reload_conv_objs=$reload_objs\ `$ECHO "X$tmp_whole_archive_flags" | $Xsed -e 's|,| |g'`
+       else
+         gentop="$output_objdir/${obj}x"
+         generated="$generated $gentop"
+
+         func_extract_archives $gentop $convenience
+         reload_conv_objs="$reload_objs $func_extract_archives_result"
+       fi
+      fi
+
+      # Create the old-style object.
+      reload_objs="$objs$old_deplibs "`$ECHO "X$libobjs" | $SP2NL | $Xsed -e '/\.'${libext}$'/d' -e '/\.lib$/d' -e "$lo2o" | $NL2SP`" $reload_conv_objs" ### testsuite: skip nested quoting test
+
+      output="$obj"
+      func_execute_cmds "$reload_cmds" 'exit $?'
+
+      # Exit if we aren't doing a library object file.
+      if test -z "$libobj"; then
+       if test -n "$gentop"; then
+         func_show_eval '${RM}r "$gentop"'
+       fi
+
+       exit $EXIT_SUCCESS
+      fi
+
+      if test "$build_libtool_libs" != yes; then
+       if test -n "$gentop"; then
+         func_show_eval '${RM}r "$gentop"'
+       fi
+
+       # Create an invalid libtool object if no PIC, so that we don't
+       # accidentally link it into a program.
+       # $show "echo timestamp > $libobj"
+       # $opt_dry_run || eval "echo timestamp > $libobj" || exit $?
+       exit $EXIT_SUCCESS
+      fi
+
+      if test -n "$pic_flag" || test "$pic_mode" != default; then
+       # Only do commands if we really have different PIC objects.
+       reload_objs="$libobjs $reload_conv_objs"
+       output="$libobj"
+       func_execute_cmds "$reload_cmds" 'exit $?'
+      fi
+
+      if test -n "$gentop"; then
+       func_show_eval '${RM}r "$gentop"'
+      fi
+
+      exit $EXIT_SUCCESS
+      ;;
+
+    prog)
+      case $host in
+       *cygwin*) func_stripname '' '.exe' "$output"
+                 output=$func_stripname_result.exe;;
+      esac
+      test -n "$vinfo" && \
+       func_warning "\`-version-info' is ignored for programs"
+
+      test -n "$release" && \
+       func_warning "\`-release' is ignored for programs"
+
+      test "$preload" = yes \
+        && test "$dlopen_support" = unknown \
+       && test "$dlopen_self" = unknown \
+       && test "$dlopen_self_static" = unknown && \
+         func_warning "\`LT_INIT([dlopen])' not used. Assuming no dlopen support."
+
+      case $host in
+      *-*-rhapsody* | *-*-darwin1.[012])
+       # On Rhapsody replace the C library is the System framework
+       compile_deplibs=`$ECHO "X $compile_deplibs" | $Xsed -e 's/ -lc / System.ltframework /'`
+       finalize_deplibs=`$ECHO "X $finalize_deplibs" | $Xsed -e 's/ -lc / System.ltframework /'`
+       ;;
+      esac
+
+      case $host in
+      *-*-darwin*)
+       # Don't allow lazy linking, it breaks C++ global constructors
+       # But is supposedly fixed on 10.4 or later (yay!).
+       if test "$tagname" = CXX ; then
+         case ${MACOSX_DEPLOYMENT_TARGET-10.0} in
+           10.[0123])
+             compile_command="$compile_command ${wl}-bind_at_load"
+             finalize_command="$finalize_command ${wl}-bind_at_load"
+           ;;
+         esac
+       fi
+       # Time to change all our "foo.ltframework" stuff back to "-framework foo"
+       compile_deplibs=`$ECHO "X $compile_deplibs" | $Xsed -e 's% \([^ $]*\).ltframework% -framework \1%g'`
+       finalize_deplibs=`$ECHO "X $finalize_deplibs" | $Xsed -e 's% \([^ $]*\).ltframework% -framework \1%g'`
+       ;;
+      esac
+
+
+      # move library search paths that coincide with paths to not yet
+      # installed libraries to the beginning of the library search list
+      new_libs=
+      for path in $notinst_path; do
+       case " $new_libs " in
+       *" -L$path/$objdir "*) ;;
+       *)
+         case " $compile_deplibs " in
+         *" -L$path/$objdir "*)
+           new_libs="$new_libs -L$path/$objdir" ;;
+         esac
+         ;;
+       esac
+      done
+      for deplib in $compile_deplibs; do
+       case $deplib in
+       -L*)
+         case " $new_libs " in
+         *" $deplib "*) ;;
+         *) new_libs="$new_libs $deplib" ;;
+         esac
+         ;;
+       *) new_libs="$new_libs $deplib" ;;
+       esac
+      done
+      compile_deplibs="$new_libs"
+
+
+      compile_command="$compile_command $compile_deplibs"
+      finalize_command="$finalize_command $finalize_deplibs"
+
+      if test -n "$rpath$xrpath"; then
+       # If the user specified any rpath flags, then add them.
+       for libdir in $rpath $xrpath; do
+         # This is the magic to use -rpath.
+         case "$finalize_rpath " in
+         *" $libdir "*) ;;
+         *) finalize_rpath="$finalize_rpath $libdir" ;;
+         esac
+       done
+      fi
+
+      # Now hardcode the library paths
+      rpath=
+      hardcode_libdirs=
+      for libdir in $compile_rpath $finalize_rpath; do
+       if test -n "$hardcode_libdir_flag_spec"; then
+         if test -n "$hardcode_libdir_separator"; then
+           if test -z "$hardcode_libdirs"; then
+             hardcode_libdirs="$libdir"
+           else
+             # Just accumulate the unique libdirs.
+             case $hardcode_libdir_separator$hardcode_libdirs$hardcode_libdir_separator in
+             *"$hardcode_libdir_separator$libdir$hardcode_libdir_separator"*)
+               ;;
+             *)
+               hardcode_libdirs="$hardcode_libdirs$hardcode_libdir_separator$libdir"
+               ;;
+             esac
+           fi
+         else
+           eval flag=\"$hardcode_libdir_flag_spec\"
+           rpath="$rpath $flag"
+         fi
+       elif test -n "$runpath_var"; then
+         case "$perm_rpath " in
+         *" $libdir "*) ;;
+         *) perm_rpath="$perm_rpath $libdir" ;;
+         esac
+       fi
+       case $host in
+       *-*-cygwin* | *-*-mingw* | *-*-pw32* | *-*-os2* | *-cegcc*)
+         testbindir=`${ECHO} "$libdir" | ${SED} -e 's*/lib$*/bin*'`
+         case :$dllsearchpath: in
+         *":$libdir:"*) ;;
+         ::) dllsearchpath=$libdir;;
+         *) dllsearchpath="$dllsearchpath:$libdir";;
+         esac
+         case :$dllsearchpath: in
+         *":$testbindir:"*) ;;
+         ::) dllsearchpath=$testbindir;;
+         *) dllsearchpath="$dllsearchpath:$testbindir";;
+         esac
+         ;;
+       esac
+      done
+      # Substitute the hardcoded libdirs into the rpath.
+      if test -n "$hardcode_libdir_separator" &&
+        test -n "$hardcode_libdirs"; then
+       libdir="$hardcode_libdirs"
+       eval rpath=\" $hardcode_libdir_flag_spec\"
+      fi
+      compile_rpath="$rpath"
+
+      rpath=
+      hardcode_libdirs=
+      for libdir in $finalize_rpath; do
+       if test -n "$hardcode_libdir_flag_spec"; then
+         if test -n "$hardcode_libdir_separator"; then
+           if test -z "$hardcode_libdirs"; then
+             hardcode_libdirs="$libdir"
+           else
+             # Just accumulate the unique libdirs.
+             case $hardcode_libdir_separator$hardcode_libdirs$hardcode_libdir_separator in
+             *"$hardcode_libdir_separator$libdir$hardcode_libdir_separator"*)
+               ;;
+             *)
+               hardcode_libdirs="$hardcode_libdirs$hardcode_libdir_separator$libdir"
+               ;;
+             esac
+           fi
+         else
+           eval flag=\"$hardcode_libdir_flag_spec\"
+           rpath="$rpath $flag"
+         fi
+       elif test -n "$runpath_var"; then
+         case "$finalize_perm_rpath " in
+         *" $libdir "*) ;;
+         *) finalize_perm_rpath="$finalize_perm_rpath $libdir" ;;
+         esac
+       fi
+      done
+      # Substitute the hardcoded libdirs into the rpath.
+      if test -n "$hardcode_libdir_separator" &&
+        test -n "$hardcode_libdirs"; then
+       libdir="$hardcode_libdirs"
+       eval rpath=\" $hardcode_libdir_flag_spec\"
+      fi
+      finalize_rpath="$rpath"
+
+      if test -n "$libobjs" && test "$build_old_libs" = yes; then
+       # Transform all the library objects into standard objects.
+       compile_command=`$ECHO "X$compile_command" | $SP2NL | $Xsed -e "$lo2o" | $NL2SP`
+       finalize_command=`$ECHO "X$finalize_command" | $SP2NL | $Xsed -e "$lo2o" | $NL2SP`
+      fi
+
+      func_generate_dlsyms "$outputname" "@PROGRAM@" "no"
+
+      # template prelinking step
+      if test -n "$prelink_cmds"; then
+       func_execute_cmds "$prelink_cmds" 'exit $?'
+      fi
+
+      wrappers_required=yes
+      case $host in
+      *cygwin* | *mingw* )
+        if test "$build_libtool_libs" != yes; then
+          wrappers_required=no
+        fi
+        ;;
+      *cegcc)
+        # Disable wrappers for cegcc, we are cross compiling anyway.
+        wrappers_required=no
+        ;;
+      *)
+        if test "$need_relink" = no || test "$build_libtool_libs" != yes; then
+          wrappers_required=no
+        fi
+        ;;
+      esac
+      if test "$wrappers_required" = no; then
+       # Replace the output file specification.
+       compile_command=`$ECHO "X$compile_command" | $Xsed -e 's%@OUTPUT@%'"$output"'%g'`
+       link_command="$compile_command$compile_rpath"
+
+       # We have no uninstalled library dependencies, so finalize right now.
+       exit_status=0
+       func_show_eval "$link_command" 'exit_status=$?'
+
+       # Delete the generated files.
+       if test -f "$output_objdir/${outputname}S.${objext}"; then
+         func_show_eval '$RM "$output_objdir/${outputname}S.${objext}"'
+       fi
+
+       exit $exit_status
+      fi
+
+      if test -n "$compile_shlibpath$finalize_shlibpath"; then
+       compile_command="$shlibpath_var=\"$compile_shlibpath$finalize_shlibpath\$$shlibpath_var\" $compile_command"
+      fi
+      if test -n "$finalize_shlibpath"; then
+       finalize_command="$shlibpath_var=\"$finalize_shlibpath\$$shlibpath_var\" $finalize_command"
+      fi
+
+      compile_var=
+      finalize_var=
+      if test -n "$runpath_var"; then
+       if test -n "$perm_rpath"; then
+         # We should set the runpath_var.
+         rpath=
+         for dir in $perm_rpath; do
+           rpath="$rpath$dir:"
+         done
+         compile_var="$runpath_var=\"$rpath\$$runpath_var\" "
+       fi
+       if test -n "$finalize_perm_rpath"; then
+         # We should set the runpath_var.
+         rpath=
+         for dir in $finalize_perm_rpath; do
+           rpath="$rpath$dir:"
+         done
+         finalize_var="$runpath_var=\"$rpath\$$runpath_var\" "
+       fi
+      fi
+
+      if test "$no_install" = yes; then
+       # We don't need to create a wrapper script.
+       link_command="$compile_var$compile_command$compile_rpath"
+       # Replace the output file specification.
+       link_command=`$ECHO "X$link_command" | $Xsed -e 's%@OUTPUT@%'"$output"'%g'`
+       # Delete the old output file.
+       $opt_dry_run || $RM $output
+       # Link the executable and exit
+       func_show_eval "$link_command" 'exit $?'
+       exit $EXIT_SUCCESS
+      fi
+
+      if test "$hardcode_action" = relink; then
+       # Fast installation is not supported
+       link_command="$compile_var$compile_command$compile_rpath"
+       relink_command="$finalize_var$finalize_command$finalize_rpath"
+
+       func_warning "this platform does not like uninstalled shared libraries"
+       func_warning "\`$output' will be relinked during installation"
+      else
+       if test "$fast_install" != no; then
+         link_command="$finalize_var$compile_command$finalize_rpath"
+         if test "$fast_install" = yes; then
+           relink_command=`$ECHO "X$compile_var$compile_command$compile_rpath" | $Xsed -e 's%@OUTPUT@%\$progdir/\$file%g'`
+         else
+           # fast_install is set to needless
+           relink_command=
+         fi
+       else
+         link_command="$compile_var$compile_command$compile_rpath"
+         relink_command="$finalize_var$finalize_command$finalize_rpath"
+       fi
+      fi
+
+      # Replace the output file specification.
+      link_command=`$ECHO "X$link_command" | $Xsed -e 's%@OUTPUT@%'"$output_objdir/$outputname"'%g'`
+
+      # Delete the old output files.
+      $opt_dry_run || $RM $output $output_objdir/$outputname $output_objdir/lt-$outputname
+
+      func_show_eval "$link_command" 'exit $?'
+
+      # Now create the wrapper script.
+      func_verbose "creating $output"
+
+      # Quote the relink command for shipping.
+      if test -n "$relink_command"; then
+       # Preserve any variables that may affect compiler behavior
+       for var in $variables_saved_for_relink; do
+         if eval test -z \"\${$var+set}\"; then
+           relink_command="{ test -z \"\${$var+set}\" || $lt_unset $var || { $var=; export $var; }; }; $relink_command"
+         elif eval var_value=\$$var; test -z "$var_value"; then
+           relink_command="$var=; export $var; $relink_command"
+         else
+           func_quote_for_eval "$var_value"
+           relink_command="$var=$func_quote_for_eval_result; export $var; $relink_command"
+         fi
+       done
+       relink_command="(cd `pwd`; $relink_command)"
+       relink_command=`$ECHO "X$relink_command" | $Xsed -e "$sed_quote_subst"`
+      fi
+
+      # Quote $ECHO for shipping.
+      if test "X$ECHO" = "X$SHELL $progpath --fallback-echo"; then
+       case $progpath in
+       [\\/]* | [A-Za-z]:[\\/]*) qecho="$SHELL $progpath --fallback-echo";;
+       *) qecho="$SHELL `pwd`/$progpath --fallback-echo";;
+       esac
+       qecho=`$ECHO "X$qecho" | $Xsed -e "$sed_quote_subst"`
+      else
+       qecho=`$ECHO "X$ECHO" | $Xsed -e "$sed_quote_subst"`
+      fi
+
+      # Only actually do things if not in dry run mode.
+      $opt_dry_run || {
+       # win32 will think the script is a binary if it has
+       # a .exe suffix, so we strip it off here.
+       case $output in
+         *.exe) func_stripname '' '.exe' "$output"
+                output=$func_stripname_result ;;
+       esac
+       # test for cygwin because mv fails w/o .exe extensions
+       case $host in
+         *cygwin*)
+           exeext=.exe
+           func_stripname '' '.exe' "$outputname"
+           outputname=$func_stripname_result ;;
+         *) exeext= ;;
+       esac
+       case $host in
+         *cygwin* | *mingw* )
+           func_dirname_and_basename "$output" "" "."
+           output_name=$func_basename_result
+           output_path=$func_dirname_result
+           cwrappersource="$output_path/$objdir/lt-$output_name.c"
+           cwrapper="$output_path/$output_name.exe"
+           $RM $cwrappersource $cwrapper
+           trap "$RM $cwrappersource $cwrapper; exit $EXIT_FAILURE" 1 2 15
+
+           func_emit_cwrapperexe_src > $cwrappersource
+
+           # The wrapper executable is built using the $host compiler,
+           # because it contains $host paths and files. If cross-
+           # compiling, it, like the target executable, must be
+           # executed on the $host or under an emulation environment.
+           $opt_dry_run || {
+             $LTCC $LTCFLAGS -o $cwrapper $cwrappersource
+             $STRIP $cwrapper
+           }
+
+           # Now, create the wrapper script for func_source use:
+           func_ltwrapper_scriptname $cwrapper
+           $RM $func_ltwrapper_scriptname_result
+           trap "$RM $func_ltwrapper_scriptname_result; exit $EXIT_FAILURE" 1 2 15
+           $opt_dry_run || {
+             # note: this script will not be executed, so do not chmod.
+             if test "x$build" = "x$host" ; then
+               $cwrapper --lt-dump-script > $func_ltwrapper_scriptname_result
+             else
+               func_emit_wrapper no > $func_ltwrapper_scriptname_result
+             fi
+           }
+         ;;
+         * )
+           $RM $output
+           trap "$RM $output; exit $EXIT_FAILURE" 1 2 15
+
+           func_emit_wrapper no > $output
+           chmod +x $output
+         ;;
+       esac
+      }
+      exit $EXIT_SUCCESS
+      ;;
+    esac
+
+    # See if we need to build an old-fashioned archive.
+    for oldlib in $oldlibs; do
+
+      if test "$build_libtool_libs" = convenience; then
+       oldobjs="$libobjs_save $symfileobj"
+       addlibs="$convenience"
+       build_libtool_libs=no
+      else
+       if test "$build_libtool_libs" = module; then
+         oldobjs="$libobjs_save"
+         build_libtool_libs=no
+       else
+         oldobjs="$old_deplibs $non_pic_objects"
+         if test "$preload" = yes && test -f "$symfileobj"; then
+           oldobjs="$oldobjs $symfileobj"
+         fi
+       fi
+       addlibs="$old_convenience"
+      fi
+
+      if test -n "$addlibs"; then
+       gentop="$output_objdir/${outputname}x"
+       generated="$generated $gentop"
+
+       func_extract_archives $gentop $addlibs
+       oldobjs="$oldobjs $func_extract_archives_result"
+      fi
+
+      # Do each command in the archive commands.
+      if test -n "$old_archive_from_new_cmds" && test "$build_libtool_libs" = yes; then
+       cmds=$old_archive_from_new_cmds
+      else
+
+       # Add any objects from preloaded convenience libraries
+       if test -n "$dlprefiles"; then
+         gentop="$output_objdir/${outputname}x"
+         generated="$generated $gentop"
+
+         func_extract_archives $gentop $dlprefiles
+         oldobjs="$oldobjs $func_extract_archives_result"
+       fi
+
+       # POSIX demands no paths to be encoded in archives.  We have
+       # to avoid creating archives with duplicate basenames if we
+       # might have to extract them afterwards, e.g., when creating a
+       # static archive out of a convenience library, or when linking
+       # the entirety of a libtool archive into another (currently
+       # not supported by libtool).
+       if (for obj in $oldobjs
+           do
+             func_basename "$obj"
+             $ECHO "$func_basename_result"
+           done | sort | sort -uc >/dev/null 2>&1); then
+         :
+       else
+         $ECHO "copying selected object files to avoid basename conflicts..."
+         gentop="$output_objdir/${outputname}x"
+         generated="$generated $gentop"
+         func_mkdir_p "$gentop"
+         save_oldobjs=$oldobjs
+         oldobjs=
+         counter=1
+         for obj in $save_oldobjs
+         do
+           func_basename "$obj"
+           objbase="$func_basename_result"
+           case " $oldobjs " in
+           " ") oldobjs=$obj ;;
+           *[\ /]"$objbase "*)
+             while :; do
+               # Make sure we don't pick an alternate name that also
+               # overlaps.
+               newobj=lt$counter-$objbase
+               func_arith $counter + 1
+               counter=$func_arith_result
+               case " $oldobjs " in
+               *[\ /]"$newobj "*) ;;
+               *) if test ! -f "$gentop/$newobj"; then break; fi ;;
+               esac
+             done
+             func_show_eval "ln $obj $gentop/$newobj || cp $obj $gentop/$newobj"
+             oldobjs="$oldobjs $gentop/$newobj"
+             ;;
+           *) oldobjs="$oldobjs $obj" ;;
+           esac
+         done
+       fi
+       eval cmds=\"$old_archive_cmds\"
+
+       func_len " $cmds"
+       len=$func_len_result
+       if test "$len" -lt "$max_cmd_len" || test "$max_cmd_len" -le -1; then
+         cmds=$old_archive_cmds
+       else
+         # the command line is too long to link in one step, link in parts
+         func_verbose "using piecewise archive linking..."
+         save_RANLIB=$RANLIB
+         RANLIB=:
+         objlist=
+         concat_cmds=
+         save_oldobjs=$oldobjs
+         oldobjs=
+         # Is there a better way of finding the last object in the list?
+         for obj in $save_oldobjs
+         do
+           last_oldobj=$obj
+         done
+         eval test_cmds=\"$old_archive_cmds\"
+         func_len " $test_cmds"
+         len0=$func_len_result
+         len=$len0
+         for obj in $save_oldobjs
+         do
+           func_len " $obj"
+           func_arith $len + $func_len_result
+           len=$func_arith_result
+           func_append objlist " $obj"
+           if test "$len" -lt "$max_cmd_len"; then
+             :
+           else
+             # the above command should be used before it gets too long
+             oldobjs=$objlist
+             if test "$obj" = "$last_oldobj" ; then
+               RANLIB=$save_RANLIB
+             fi
+             test -z "$concat_cmds" || concat_cmds=$concat_cmds~
+             eval concat_cmds=\"\${concat_cmds}$old_archive_cmds\"
+             objlist=
+             len=$len0
+           fi
+         done
+         RANLIB=$save_RANLIB
+         oldobjs=$objlist
+         if test "X$oldobjs" = "X" ; then
+           eval cmds=\"\$concat_cmds\"
+         else
+           eval cmds=\"\$concat_cmds~\$old_archive_cmds\"
+         fi
+       fi
+      fi
+      func_execute_cmds "$cmds" 'exit $?'
+    done
+
+    test -n "$generated" && \
+      func_show_eval "${RM}r$generated"
+
+    # Now create the libtool archive.
+    case $output in
+    *.la)
+      old_library=
+      test "$build_old_libs" = yes && old_library="$libname.$libext"
+      func_verbose "creating $output"
+
+      # Preserve any variables that may affect compiler behavior
+      for var in $variables_saved_for_relink; do
+       if eval test -z \"\${$var+set}\"; then
+         relink_command="{ test -z \"\${$var+set}\" || $lt_unset $var || { $var=; export $var; }; }; $relink_command"
+       elif eval var_value=\$$var; test -z "$var_value"; then
+         relink_command="$var=; export $var; $relink_command"
+       else
+         func_quote_for_eval "$var_value"
+         relink_command="$var=$func_quote_for_eval_result; export $var; $relink_command"
+       fi
+      done
+      # Quote the link command for shipping.
+      relink_command="(cd `pwd`; $SHELL $progpath $preserve_args --mode=relink $libtool_args @inst_prefix_dir@)"
+      relink_command=`$ECHO "X$relink_command" | $Xsed -e "$sed_quote_subst"`
+      if test "$hardcode_automatic" = yes ; then
+       relink_command=
+      fi
+
+      # Only create the output if not a dry run.
+      $opt_dry_run || {
+       for installed in no yes; do
+         if test "$installed" = yes; then
+           if test -z "$install_libdir"; then
+             break
+           fi
+           output="$output_objdir/$outputname"i
+           # Replace all uninstalled libtool libraries with the installed ones
+           newdependency_libs=
+           for deplib in $dependency_libs; do
+             case $deplib in
+             *.la)
+               func_basename "$deplib"
+               name="$func_basename_result"
+               eval libdir=`${SED} -n -e 's/^libdir=\(.*\)$/\1/p' $deplib`
+               test -z "$libdir" && \
+                 func_fatal_error "\`$deplib' is not a valid libtool archive"
+               newdependency_libs="$newdependency_libs $libdir/$name"
+               ;;
+             *) newdependency_libs="$newdependency_libs $deplib" ;;
+             esac
+           done
+           dependency_libs="$newdependency_libs"
+           newdlfiles=
+
+           for lib in $dlfiles; do
+             case $lib in
+             *.la)
+               func_basename "$lib"
+               name="$func_basename_result"
+               eval libdir=`${SED} -n -e 's/^libdir=\(.*\)$/\1/p' $lib`
+               test -z "$libdir" && \
+                 func_fatal_error "\`$lib' is not a valid libtool archive"
+               newdlfiles="$newdlfiles $libdir/$name"
+               ;;
+             *) newdlfiles="$newdlfiles $lib" ;;
+             esac
+           done
+           dlfiles="$newdlfiles"
+           newdlprefiles=
+           for lib in $dlprefiles; do
+             case $lib in
+             *.la)
+               # Only pass preopened files to the pseudo-archive (for
+               # eventual linking with the app. that links it) if we
+               # didn't already link the preopened objects directly into
+               # the library:
+               func_basename "$lib"
+               name="$func_basename_result"
+               eval libdir=`${SED} -n -e 's/^libdir=\(.*\)$/\1/p' $lib`
+               test -z "$libdir" && \
+                 func_fatal_error "\`$lib' is not a valid libtool archive"
+               newdlprefiles="$newdlprefiles $libdir/$name"
+               ;;
+             esac
+           done
+           dlprefiles="$newdlprefiles"
+         else
+           newdlfiles=
+           for lib in $dlfiles; do
+             case $lib in
+               [\\/]* | [A-Za-z]:[\\/]*) abs="$lib" ;;
+               *) abs=`pwd`"/$lib" ;;
+             esac
+             newdlfiles="$newdlfiles $abs"
+           done
+           dlfiles="$newdlfiles"
+           newdlprefiles=
+           for lib in $dlprefiles; do
+             case $lib in
+               [\\/]* | [A-Za-z]:[\\/]*) abs="$lib" ;;
+               *) abs=`pwd`"/$lib" ;;
+             esac
+             newdlprefiles="$newdlprefiles $abs"
+           done
+           dlprefiles="$newdlprefiles"
+         fi
+         $RM $output
+         # place dlname in correct position for cygwin
+         tdlname=$dlname
+         case $host,$output,$installed,$module,$dlname in
+           *cygwin*,*lai,yes,no,*.dll | *mingw*,*lai,yes,no,*.dll | *cegcc*,*lai,yes,no,*.dll) tdlname=../bin/$dlname ;;
+         esac
+         $ECHO > $output "\
+# $outputname - a libtool library file
+# Generated by $PROGRAM (GNU $PACKAGE$TIMESTAMP) $VERSION
+#
+# Please DO NOT delete this file!
+# It is necessary for linking the library.
+
+# The name that we can dlopen(3).
+dlname='$tdlname'
+
+# Names of this library.
+library_names='$library_names'
+
+# The name of the static archive.
+old_library='$old_library'
+
+# Linker flags that can not go in dependency_libs.
+inherited_linker_flags='$new_inherited_linker_flags'
+
+# Libraries that this one depends upon.
+dependency_libs='$dependency_libs'
+
+# Names of additional weak libraries provided by this library
+weak_library_names='$weak_libs'
+
+# Version information for $libname.
+current=$current
+age=$age
+revision=$revision
+
+# Is this an already installed library?
+installed=$installed
+
+# Should we warn about portability when linking against -modules?
+shouldnotlink=$module
+
+# Files to dlopen/dlpreopen
+dlopen='$dlfiles'
+dlpreopen='$dlprefiles'
+
+# Directory that this library needs to be installed in:
+libdir='$install_libdir'"
+         if test "$installed" = no && test "$need_relink" = yes; then
+           $ECHO >> $output "\
+relink_command=\"$relink_command\""
+         fi
+       done
+      }
+
+      # Do a symbolic link so that the libtool archive can be found in
+      # LD_LIBRARY_PATH before the program is installed.
+      func_show_eval '( cd "$output_objdir" && $RM "$outputname" && $LN_S "../$outputname" "$outputname" )' 'exit $?'
+      ;;
+    esac
+    exit $EXIT_SUCCESS
+}
+
+{ test "$mode" = link || test "$mode" = relink; } &&
+    func_mode_link ${1+"$@"}
+
+
+# func_mode_uninstall arg...
+func_mode_uninstall ()
+{
+    $opt_debug
+    RM="$nonopt"
+    files=
+    rmforce=
+    exit_status=0
+
+    # This variable tells wrapper scripts just to set variables rather
+    # than running their programs.
+    libtool_install_magic="$magic"
+
+    for arg
+    do
+      case $arg in
+      -f) RM="$RM $arg"; rmforce=yes ;;
+      -*) RM="$RM $arg" ;;
+      *) files="$files $arg" ;;
+      esac
+    done
+
+    test -z "$RM" && \
+      func_fatal_help "you must specify an RM program"
+
+    rmdirs=
+
+    origobjdir="$objdir"
+    for file in $files; do
+      func_dirname "$file" "" "."
+      dir="$func_dirname_result"
+      if test "X$dir" = X.; then
+       objdir="$origobjdir"
+      else
+       objdir="$dir/$origobjdir"
+      fi
+      func_basename "$file"
+      name="$func_basename_result"
+      test "$mode" = uninstall && objdir="$dir"
+
+      # Remember objdir for removal later, being careful to avoid duplicates
+      if test "$mode" = clean; then
+       case " $rmdirs " in
+         *" $objdir "*) ;;
+         *) rmdirs="$rmdirs $objdir" ;;
+       esac
+      fi
+
+      # Don't error if the file doesn't exist and rm -f was used.
+      if { test -L "$file"; } >/dev/null 2>&1 ||
+        { test -h "$file"; } >/dev/null 2>&1 ||
+        test -f "$file"; then
+       :
+      elif test -d "$file"; then
+       exit_status=1
+       continue
+      elif test "$rmforce" = yes; then
+       continue
+      fi
+
+      rmfiles="$file"
+
+      case $name in
+      *.la)
+       # Possibly a libtool archive, so verify it.
+       if func_lalib_p "$file"; then
+         func_source $dir/$name
+
+         # Delete the libtool libraries and symlinks.
+         for n in $library_names; do
+           rmfiles="$rmfiles $objdir/$n"
+         done
+         test -n "$old_library" && rmfiles="$rmfiles $objdir/$old_library"
+
+         case "$mode" in
+         clean)
+           case "  $library_names " in
+           # "  " in the beginning catches empty $dlname
+           *" $dlname "*) ;;
+           *) rmfiles="$rmfiles $objdir/$dlname" ;;
+           esac
+           test -n "$libdir" && rmfiles="$rmfiles $objdir/$name $objdir/${name}i"
+           ;;
+         uninstall)
+           if test -n "$library_names"; then
+             # Do each command in the postuninstall commands.
+             func_execute_cmds "$postuninstall_cmds" 'test "$rmforce" = yes || exit_status=1'
+           fi
+
+           if test -n "$old_library"; then
+             # Do each command in the old_postuninstall commands.
+             func_execute_cmds "$old_postuninstall_cmds" 'test "$rmforce" = yes || exit_status=1'
+           fi
+           # FIXME: should reinstall the best remaining shared library.
+           ;;
+         esac
+       fi
+       ;;
+
+      *.lo)
+       # Possibly a libtool object, so verify it.
+       if func_lalib_p "$file"; then
+
+         # Read the .lo file
+         func_source $dir/$name
+
+         # Add PIC object to the list of files to remove.
+         if test -n "$pic_object" &&
+            test "$pic_object" != none; then
+           rmfiles="$rmfiles $dir/$pic_object"
+         fi
+
+         # Add non-PIC object to the list of files to remove.
+         if test -n "$non_pic_object" &&
+            test "$non_pic_object" != none; then
+           rmfiles="$rmfiles $dir/$non_pic_object"
+         fi
+       fi
+       ;;
+
+      *)
+       if test "$mode" = clean ; then
+         noexename=$name
+         case $file in
+         *.exe)
+           func_stripname '' '.exe' "$file"
+           file=$func_stripname_result
+           func_stripname '' '.exe' "$name"
+           noexename=$func_stripname_result
+           # $file with .exe has already been added to rmfiles,
+           # add $file without .exe
+           rmfiles="$rmfiles $file"
+           ;;
+         esac
+         # Do a test to see if this is a libtool program.
+         if func_ltwrapper_p "$file"; then
+           if func_ltwrapper_executable_p "$file"; then
+             func_ltwrapper_scriptname "$file"
+             relink_command=
+             func_source $func_ltwrapper_scriptname_result
+             rmfiles="$rmfiles $func_ltwrapper_scriptname_result"
+           else
+             relink_command=
+             func_source $dir/$noexename
+           fi
+
+           # note $name still contains .exe if it was in $file originally
+           # as does the version of $file that was added into $rmfiles
+           rmfiles="$rmfiles $objdir/$name $objdir/${name}S.${objext}"
+           if test "$fast_install" = yes && test -n "$relink_command"; then
+             rmfiles="$rmfiles $objdir/lt-$name"
+           fi
+           if test "X$noexename" != "X$name" ; then
+             rmfiles="$rmfiles $objdir/lt-${noexename}.c"
+           fi
+         fi
+       fi
+       ;;
+      esac
+      func_show_eval "$RM $rmfiles" 'exit_status=1'
+    done
+    objdir="$origobjdir"
+
+    # Try to remove the ${objdir}s in the directories where we deleted files
+    for dir in $rmdirs; do
+      if test -d "$dir"; then
+       func_show_eval "rmdir $dir >/dev/null 2>&1"
+      fi
+    done
+
+    exit $exit_status
+}
+
+{ test "$mode" = uninstall || test "$mode" = clean; } &&
+    func_mode_uninstall ${1+"$@"}
+
+test -z "$mode" && {
+  help="$generic_help"
+  func_fatal_help "you must specify a MODE"
+}
+
+test -z "$exec_cmd" && \
+  func_fatal_help "invalid operation mode \`$mode'"
+
+if test -n "$exec_cmd"; then
+  eval exec "$exec_cmd"
+  exit $EXIT_FAILURE
+fi
+
+exit $exit_status
+
+
+# The TAGs below are defined such that we never get into a situation
+# in which we disable both kinds of libraries.  Given conflicting
+# choices, we go for a static library, that is the most portable,
+# since we can't tell whether shared libraries were disabled because
+# the user asked for that or because the platform doesn't support
+# them.  This is particularly important on AIX, because we don't
+# support having both static and shared libraries enabled at the same
+# time on that platform, so we default to a shared-only configuration.
+# If a disable-shared tag is given, we'll fallback to a static-only
+# configuration.  But we'll never go from static-only to shared-only.
+
+# ### BEGIN LIBTOOL TAG CONFIG: disable-shared
+build_libtool_libs=no
+build_old_libs=yes
+# ### END LIBTOOL TAG CONFIG: disable-shared
+
+# ### BEGIN LIBTOOL TAG CONFIG: disable-static
+build_old_libs=`case $build_libtool_libs in yes) echo no;; *) echo yes;; esac`
+# ### END LIBTOOL TAG CONFIG: disable-static
+
+# Local Variables:
+# mode:shell-script
+# sh-indentation:2
+# End:
+# vi:sw=2
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/m4/ax_openmp.m4 b/binaries/src/clustalo/m4/ax_openmp.m4
new file mode 100644 (file)
index 0000000..7ea794b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,99 @@
+# ===========================================================================
+#         http://www.gnu.org/software/autoconf-archive/ax_openmp.html
+# ===========================================================================
+#
+# SYNOPSIS
+#
+#   AX_OPENMP([ACTION-IF-FOUND[, ACTION-IF-NOT-FOUND]])
+#
+# DESCRIPTION
+#
+#   This macro tries to find out how to compile programs that use OpenMP a
+#   standard API and set of compiler directives for parallel programming
+#   (see http://www-unix.mcs/)
+#
+#   On success, it sets the OPENMP_CFLAGS/OPENMP_CXXFLAGS/OPENMP_F77FLAGS
+#   output variable to the flag (e.g. -omp) used both to compile *and* link
+#   OpenMP programs in the current language.
+#
+#   NOTE: You are assumed to not only compile your program with these flags,
+#   but also link it with them as well.
+#
+#   If you want to compile everything with OpenMP, you should set:
+#
+#     CFLAGS="$CFLAGS $OPENMP_CFLAGS"
+#     #OR#  CXXFLAGS="$CXXFLAGS $OPENMP_CXXFLAGS"
+#     #OR#  FFLAGS="$FFLAGS $OPENMP_FFLAGS"
+#
+#   (depending on the selected language).
+#
+#   The user can override the default choice by setting the corresponding
+#   environment variable (e.g. OPENMP_CFLAGS).
+#
+#   ACTION-IF-FOUND is a list of shell commands to run if an OpenMP flag is
+#   found, and ACTION-IF-NOT-FOUND is a list of commands to run it if it is
+#   not found. If ACTION-IF-FOUND is not specified, the default action will
+#   define HAVE_OPENMP.
+#
+# LICENSE
+#
+#   Copyright (c) 2008 Steven G. Johnson <stevenj@alum.mit.edu>
+#
+#   This program is free software: you can redistribute it and/or modify it
+#   under the terms of the GNU General Public License as published by the
+#   Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your
+#   option) any later version.
+#
+#   This program is distributed in the hope that it will be useful, but
+#   WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+#   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General
+#   Public License for more details.
+#
+#   You should have received a copy of the GNU General Public License along
+#   with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#
+#   As a special exception, the respective Autoconf Macro's copyright owner
+#   gives unlimited permission to copy, distribute and modify the configure
+#   scripts that are the output of Autoconf when processing the Macro. You
+#   need not follow the terms of the GNU General Public License when using
+#   or distributing such scripts, even though portions of the text of the
+#   Macro appear in them. The GNU General Public License (GPL) does govern
+#   all other use of the material that constitutes the Autoconf Macro.
+#
+#   This special exception to the GPL applies to versions of the Autoconf
+#   Macro released by the Autoconf Archive. When you make and distribute a
+#   modified version of the Autoconf Macro, you may extend this special
+#   exception to the GPL to apply to your modified version as well.
+
+#serial 8
+
+AC_DEFUN([AX_OPENMP], [
+AC_PREREQ(2.59) dnl for _AC_LANG_PREFIX
+
+AC_CACHE_CHECK([for OpenMP flag of _AC_LANG compiler], ax_cv_[]_AC_LANG_ABBREV[]_openmp, [save[]_AC_LANG_PREFIX[]FLAGS=$[]_AC_LANG_PREFIX[]FLAGS
+ax_cv_[]_AC_LANG_ABBREV[]_openmp=unknown
+# Flags to try:  -fopenmp (gcc), -openmp (icc), -mp (SGI & PGI),
+#                -xopenmp (Sun), -omp (Tru64), -qsmp=omp (AIX), none
+ax_openmp_flags="-fopenmp -openmp -mp -xopenmp -omp -qsmp=omp none"
+if test "x$OPENMP_[]_AC_LANG_PREFIX[]FLAGS" != x; then
+  ax_openmp_flags="$OPENMP_[]_AC_LANG_PREFIX[]FLAGS $ax_openmp_flags"
+fi
+for ax_openmp_flag in $ax_openmp_flags; do
+  case $ax_openmp_flag in
+    none) []_AC_LANG_PREFIX[]FLAGS=$save[]_AC_LANG_PREFIX[] ;;
+    *) []_AC_LANG_PREFIX[]FLAGS="$save[]_AC_LANG_PREFIX[]FLAGS $ax_openmp_flag" ;;
+  esac
+  AC_TRY_LINK_FUNC(omp_set_num_threads,
+       [ax_cv_[]_AC_LANG_ABBREV[]_openmp=$ax_openmp_flag; break])
+done
+[]_AC_LANG_PREFIX[]FLAGS=$save[]_AC_LANG_PREFIX[]FLAGS
+])
+if test "x$ax_cv_[]_AC_LANG_ABBREV[]_openmp" = "xunknown"; then
+  m4_default([$2],:)
+else
+  if test "x$ax_cv_[]_AC_LANG_ABBREV[]_openmp" != "xnone"; then
+    OPENMP_[]_AC_LANG_PREFIX[]FLAGS=$ax_cv_[]_AC_LANG_ABBREV[]_openmp
+  fi
+  m4_default([$1], [AC_DEFINE(HAVE_OPENMP,1,[Define if OpenMP is enabled])])
+fi
+])dnl AX_OPENMP
diff --git a/binaries/src/clustalo/m4/ax_prefix_config_h.m4 b/binaries/src/clustalo/m4/ax_prefix_config_h.m4
new file mode 100644 (file)
index 0000000..43a3906
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,209 @@
+# ===========================================================================
+#    http://www.gnu.org/software/autoconf-archive/ax_prefix_config_h.html
+# ===========================================================================
+#
+# SYNOPSIS
+#
+#   AX_PREFIX_CONFIG_H [(OUTPUT-HEADER [,PREFIX [,ORIG-HEADER]])]
+#
+# DESCRIPTION
+#
+#   This is a new variant from ac_prefix_config_ this one will use a
+#   lowercase-prefix if the config-define was starting with a
+#   lowercase-char, e.g. "#define const", "#define restrict", or "#define
+#   off_t", (and this one can live in another directory, e.g.
+#   testpkg/config.h therefore I decided to move the output-header to be the
+#   first arg)
+#
+#   takes the usual config.h generated header file; looks for each of the
+#   generated "#define SOMEDEF" lines, and prefixes the defined name (ie.
+#   makes it "#define PREFIX_SOMEDEF". The result is written to the output
+#   config.header file. The PREFIX is converted to uppercase for the
+#   conversions.
+#
+#   Defaults:
+#
+#     OUTPUT-HEADER = $PACKAGE-config.h
+#     PREFIX = $PACKAGE
+#     ORIG-HEADER, from AM_CONFIG_HEADER(config.h)
+#
+#   Your configure.ac script should contain both macros in this order, and
+#   unlike the earlier variations of this prefix-macro it is okay to place
+#   the AX_PREFIX_CONFIG_H call before the AC_OUTPUT invokation.
+#
+#   Example:
+#
+#     AC_INIT(config.h.in)        # config.h.in as created by "autoheader"
+#     AM_INIT_AUTOMAKE(testpkg, 0.1.1)    # makes #undef VERSION and PACKAGE
+#     AM_CONFIG_HEADER(config.h)          # prep config.h from config.h.in
+#     AX_PREFIX_CONFIG_H(mylib/_config.h) # prep mylib/_config.h from it..
+#     AC_MEMORY_H                         # makes "#undef NEED_MEMORY_H"
+#     AC_C_CONST_H                        # makes "#undef const"
+#     AC_OUTPUT(Makefile)                 # creates the "config.h" now
+#                                         # and also mylib/_config.h
+#
+#   if the argument to AX_PREFIX_CONFIG_H would have been omitted then the
+#   default outputfile would have been called simply "testpkg-config.h", but
+#   even under the name "mylib/_config.h" it contains prefix-defines like
+#
+#     #ifndef TESTPKG_VERSION
+#     #define TESTPKG_VERSION "0.1.1"
+#     #endif
+#     #ifndef TESTPKG_NEED_MEMORY_H
+#     #define TESTPKG_NEED_MEMORY_H 1
+#     #endif
+#     #ifndef _testpkg_const
+#     #define _testpkg_const _const
+#     #endif
+#
+#   and this "mylib/_config.h" can be installed along with other
+#   header-files, which is most convenient when creating a shared library
+#   (that has some headers) where some functionality is dependent on the
+#   OS-features detected at compile-time. No need to invent some
+#   "mylib-confdefs.h.in" manually. :-)
+#
+#   Note that some AC_DEFINEs that end up in the config.h file are actually
+#   self-referential - e.g. AC_C_INLINE, AC_C_CONST, and the AC_TYPE_OFF_T
+#   say that they "will define inline|const|off_t if the system does not do
+#   it by itself". You might want to clean up about these - consider an
+#   extra mylib/conf.h that reads something like:
+#
+#     #include <mylib/_config.h>
+#     #ifndef _testpkg_const
+#     #define _testpkg_const const
+#     #endif
+#
+#   and then start using _testpkg_const in the header files. That is also a
+#   good thing to differentiate whether some library-user has starting to
+#   take up with a different compiler, so perhaps it could read something
+#   like this:
+#
+#     #ifdef _MSC_VER
+#     #include <mylib/_msvc.h>
+#     #else
+#     #include <mylib/_config.h>
+#     #endif
+#     #ifndef _testpkg_const
+#     #define _testpkg_const const
+#     #endif
+#
+# LICENSE
+#
+#   Copyright (c) 2008 Guido U. Draheim <guidod@gmx.de>
+#   Copyright (c) 2008 Marten Svantesson
+#   Copyright (c) 2008 Gerald Point <Gerald.Point@labri.fr>
+#
+#   This program is free software; you can redistribute it and/or modify it
+#   under the terms of the GNU General Public License as published by the
+#   Free Software Foundation; either version 3 of the License, or (at your
+#   option) any later version.
+#
+#   This program is distributed in the hope that it will be useful, but
+#   WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+#   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General
+#   Public License for more details.
+#
+#   You should have received a copy of the GNU General Public License along
+#   with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#
+#   As a special exception, the respective Autoconf Macro's copyright owner
+#   gives unlimited permission to copy, distribute and modify the configure
+#   scripts that are the output of Autoconf when processing the Macro. You
+#   need not follow the terms of the GNU General Public License when using
+#   or distributing such scripts, even though portions of the text of the
+#   Macro appear in them. The GNU General Public License (GPL) does govern
+#   all other use of the material that constitutes the Autoconf Macro.
+#
+#   This special exception to the GPL applies to versions of the Autoconf
+#   Macro released by the Autoconf Archive. When you make and distribute a
+#   modified version of the Autoconf Macro, you may extend this special
+#   exception to the GPL to apply to your modified version as well.
+
+#serial 11
+
+AC_DEFUN([AX_PREFIX_CONFIG_H],[dnl
+AC_PREREQ([2.62])
+AC_BEFORE([AC_CONFIG_HEADERS],[$0])dnl
+AC_CONFIG_COMMANDS([ifelse($1,,$PACKAGE-config.h,$1)],[dnl
+AS_VAR_PUSHDEF([_OUT],[ac_prefix_conf_OUT])dnl
+AS_VAR_PUSHDEF([_DEF],[ac_prefix_conf_DEF])dnl
+AS_VAR_PUSHDEF([_PKG],[ac_prefix_conf_PKG])dnl
+AS_VAR_PUSHDEF([_LOW],[ac_prefix_conf_LOW])dnl
+AS_VAR_PUSHDEF([_UPP],[ac_prefix_conf_UPP])dnl
+AS_VAR_PUSHDEF([_INP],[ac_prefix_conf_INP])dnl
+m4_pushdef([_script],[conftest.prefix])dnl
+m4_pushdef([_symbol],[m4_cr_Letters[]m4_cr_digits[]_])dnl
+_OUT=`echo ifelse($1, , $PACKAGE-config.h, $1)`
+_DEF=`echo _$_OUT | sed -e "y:m4_cr_letters:m4_cr_LETTERS[]:" -e "s/@<:@^m4_cr_Letters@:>@/_/g"`
+_PKG=`echo ifelse($2, , $PACKAGE, $2)`
+_LOW=`echo _$_PKG | sed -e "y:m4_cr_LETTERS-:m4_cr_letters[]_:"`
+_UPP=`echo $_PKG | sed -e "y:m4_cr_letters-:m4_cr_LETTERS[]_:"  -e "/^@<:@m4_cr_digits@:>@/s/^/_/"`
+_INP=`echo "ifelse($3,,,$3)" | sed -e 's/ *//'`
+if test ".$_INP" = "."; then
+   for ac_file in : $CONFIG_HEADERS; do test "_$ac_file" = _: && continue
+     case "$ac_file" in
+        *.h) _INP=$ac_file ;;
+        *)
+     esac
+     test ".$_INP" != "." && break
+   done
+fi
+if test ".$_INP" = "."; then
+   case "$_OUT" in
+      */*) _INP=`basename "$_OUT"`
+      ;;
+      *-*) _INP=`echo "$_OUT" | sed -e "s/@<:@_symbol@:>@*-//"`
+      ;;
+      *) _INP=config.h
+      ;;
+   esac
+fi
+if test -z "$_PKG" ; then
+   AC_MSG_ERROR([no prefix for _PREFIX_PKG_CONFIG_H])
+else
+  if test ! -f "$_INP" ; then if test -f "$srcdir/$_INP" ; then
+     _INP="$srcdir/$_INP"
+  fi fi
+  AC_MSG_NOTICE(creating $_OUT - prefix $_UPP for $_INP defines)
+  if test -f $_INP ; then
+    AS_ECHO(["s/^@%:@undef  *\\(@<:@m4_cr_LETTERS[]_@:>@\\)/@%:@undef $_UPP""_\\1/"]) > _script
+    AS_ECHO(["s/^@%:@undef  *\\(@<:@m4_cr_letters@:>@\\)/@%:@undef $_LOW""_\\1/"]) >> _script
+    AS_ECHO(["s/^@%:@def[]ine  *\\(@<:@m4_cr_LETTERS[]_@:>@@<:@_symbol@:>@*\\)\\(.*\\)/@%:@ifndef $_UPP""_\\1\\"]) >> _script
+    AS_ECHO(["@%:@def[]ine $_UPP""_\\1\\2\\"]) >> _script
+    AS_ECHO(["@%:@endif/"]) >> _script
+    AS_ECHO(["s/^@%:@def[]ine  *\\(@<:@m4_cr_letters@:>@@<:@_symbol@:>@*\\)\\(.*\\)/@%:@ifndef $_LOW""_\\1\\"]) >> _script
+    AS_ECHO(["@%:@define $_LOW""_\\1\\2\\"]) >> _script
+    AS_ECHO(["@%:@endif/"]) >> _script
+    # now executing _script on _DEF input to create _OUT output file
+    echo "@%:@ifndef $_DEF"      >$tmp/pconfig.h
+    echo "@%:@def[]ine $_DEF 1" >>$tmp/pconfig.h
+    echo ' ' >>$tmp/pconfig.h
+    echo /'*' $_OUT. Generated automatically at end of configure. '*'/ >>$tmp/pconfig.h
+
+    sed -f _script $_INP >>$tmp/pconfig.h
+    echo ' ' >>$tmp/pconfig.h
+    echo '/* once:' $_DEF '*/' >>$tmp/pconfig.h
+    echo "@%:@endif" >>$tmp/pconfig.h
+    if cmp -s $_OUT $tmp/pconfig.h 2>/dev/null; then
+      AC_MSG_NOTICE([$_OUT is unchanged])
+    else
+      ac_dir=`AS_DIRNAME(["$_OUT"])`
+      AS_MKDIR_P(["$ac_dir"])
+      rm -f "$_OUT"
+      mv $tmp/pconfig.h "$_OUT"
+    fi
+    cp _script _configs.sed
+  else
+    AC_MSG_ERROR([input file $_INP does not exist - skip generating $_OUT])
+  fi
+  rm -f conftest.*
+fi
+m4_popdef([_symbol])dnl
+m4_popdef([_script])dnl
+AS_VAR_POPDEF([_INP])dnl
+AS_VAR_POPDEF([_UPP])dnl
+AS_VAR_POPDEF([_LOW])dnl
+AS_VAR_POPDEF([_PKG])dnl
+AS_VAR_POPDEF([_DEF])dnl
+AS_VAR_POPDEF([_OUT])dnl
+],[PACKAGE="$PACKAGE"])])
diff --git a/binaries/src/clustalo/m4/libtool.m4 b/binaries/src/clustalo/m4/libtool.m4
new file mode 100644 (file)
index 0000000..2ca1c1f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,7373 @@
+# libtool.m4 - Configure libtool for the host system. -*-Autoconf-*-
+#
+#   Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2003, 2004, 2005,
+#                 2006, 2007, 2008 Free Software Foundation, Inc.
+#   Written by Gordon Matzigkeit, 1996
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation gives
+# unlimited permission to copy and/or distribute it, with or without
+# modifications, as long as this notice is preserved.
+
+m4_define([_LT_COPYING], [dnl
+#   Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2003, 2004, 2005,
+#                 2006, 2007, 2008 Free Software Foundation, Inc.
+#   Written by Gordon Matzigkeit, 1996
+#
+#   This file is part of GNU Libtool.
+#
+# GNU Libtool is free software; you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License as
+# published by the Free Software Foundation; either version 2 of
+# the License, or (at your option) any later version.
+#
+# As a special exception to the GNU General Public License,
+# if you distribute this file as part of a program or library that
+# is built using GNU Libtool, you may include this file under the
+# same distribution terms that you use for the rest of that program.
+#
+# GNU Libtool is distributed in the hope that it will be useful,
+# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+# GNU General Public License for more details.
+#
+# You should have received a copy of the GNU General Public License
+# along with GNU Libtool; see the file COPYING.  If not, a copy
+# can be downloaded from http://www.gnu.org/licenses/gpl.html, or
+# obtained by writing to the Free Software Foundation, Inc.,
+# 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
+])
+
+# serial 56 LT_INIT
+
+
+# LT_PREREQ(VERSION)
+# ------------------
+# Complain and exit if this libtool version is less that VERSION.
+m4_defun([LT_PREREQ],
+[m4_if(m4_version_compare(m4_defn([LT_PACKAGE_VERSION]), [$1]), -1,
+       [m4_default([$3],
+                  [m4_fatal([Libtool version $1 or higher is required],
+                            63)])],
+       [$2])])
+
+
+# _LT_CHECK_BUILDDIR
+# ------------------
+# Complain if the absolute build directory name contains unusual characters
+m4_defun([_LT_CHECK_BUILDDIR],
+[case `pwd` in
+  *\ * | *\    *)
+    AC_MSG_WARN([Libtool does not cope well with whitespace in `pwd`]) ;;
+esac
+])
+
+
+# LT_INIT([OPTIONS])
+# ------------------
+AC_DEFUN([LT_INIT],
+[AC_PREREQ([2.58])dnl We use AC_INCLUDES_DEFAULT
+AC_BEFORE([$0], [LT_LANG])dnl
+AC_BEFORE([$0], [LT_OUTPUT])dnl
+AC_BEFORE([$0], [LTDL_INIT])dnl
+m4_require([_LT_CHECK_BUILDDIR])dnl
+
+dnl Autoconf doesn't catch unexpanded LT_ macros by default:
+m4_pattern_forbid([^_?LT_[A-Z_]+$])dnl
+m4_pattern_allow([^(_LT_EOF|LT_DLGLOBAL|LT_DLLAZY_OR_NOW|LT_MULTI_MODULE)$])dnl
+dnl aclocal doesn't pull ltoptions.m4, ltsugar.m4, or ltversion.m4
+dnl unless we require an AC_DEFUNed macro:
+AC_REQUIRE([LTOPTIONS_VERSION])dnl
+AC_REQUIRE([LTSUGAR_VERSION])dnl
+AC_REQUIRE([LTVERSION_VERSION])dnl
+AC_REQUIRE([LTOBSOLETE_VERSION])dnl
+m4_require([_LT_PROG_LTMAIN])dnl
+
+dnl Parse OPTIONS
+_LT_SET_OPTIONS([$0], [$1])
+
+# This can be used to rebuild libtool when needed
+LIBTOOL_DEPS="$ltmain"
+
+# Always use our own libtool.
+LIBTOOL='$(SHELL) $(top_builddir)/libtool'
+AC_SUBST(LIBTOOL)dnl
+
+_LT_SETUP
+
+# Only expand once:
+m4_define([LT_INIT])
+])# LT_INIT
+
+# Old names:
+AU_ALIAS([AC_PROG_LIBTOOL], [LT_INIT])
+AU_ALIAS([AM_PROG_LIBTOOL], [LT_INIT])
+dnl aclocal-1.4 backwards compatibility:
+dnl AC_DEFUN([AC_PROG_LIBTOOL], [])
+dnl AC_DEFUN([AM_PROG_LIBTOOL], [])
+
+
+# _LT_CC_BASENAME(CC)
+# -------------------
+# Calculate cc_basename.  Skip known compiler wrappers and cross-prefix.
+m4_defun([_LT_CC_BASENAME],
+[for cc_temp in $1""; do
+  case $cc_temp in
+    compile | *[[\\/]]compile | ccache | *[[\\/]]ccache ) ;;
+    distcc | *[[\\/]]distcc | purify | *[[\\/]]purify ) ;;
+    \-*) ;;
+    *) break;;
+  esac
+done
+cc_basename=`$ECHO "X$cc_temp" | $Xsed -e 's%.*/%%' -e "s%^$host_alias-%%"`
+])
+
+
+# _LT_FILEUTILS_DEFAULTS
+# ----------------------
+# It is okay to use these file commands and assume they have been set
+# sensibly after `m4_require([_LT_FILEUTILS_DEFAULTS])'.
+m4_defun([_LT_FILEUTILS_DEFAULTS],
+[: ${CP="cp -f"}
+: ${MV="mv -f"}
+: ${RM="rm -f"}
+])# _LT_FILEUTILS_DEFAULTS
+
+
+# _LT_SETUP
+# ---------
+m4_defun([_LT_SETUP],
+[AC_REQUIRE([AC_CANONICAL_HOST])dnl
+AC_REQUIRE([AC_CANONICAL_BUILD])dnl
+_LT_DECL([], [host_alias], [0], [The host system])dnl
+_LT_DECL([], [host], [0])dnl
+_LT_DECL([], [host_os], [0])dnl
+dnl
+_LT_DECL([], [build_alias], [0], [The build system])dnl
+_LT_DECL([], [build], [0])dnl
+_LT_DECL([], [build_os], [0])dnl
+dnl
+AC_REQUIRE([AC_PROG_CC])dnl
+AC_REQUIRE([LT_PATH_LD])dnl
+AC_REQUIRE([LT_PATH_NM])dnl
+dnl
+AC_REQUIRE([AC_PROG_LN_S])dnl
+test -z "$LN_S" && LN_S="ln -s"
+_LT_DECL([], [LN_S], [1], [Whether we need soft or hard links])dnl
+dnl
+AC_REQUIRE([LT_CMD_MAX_LEN])dnl
+_LT_DECL([objext], [ac_objext], [0], [Object file suffix (normally "o")])dnl
+_LT_DECL([], [exeext], [0], [Executable file suffix (normally "")])dnl
+dnl
+m4_require([_LT_FILEUTILS_DEFAULTS])dnl
+m4_require([_LT_CHECK_SHELL_FEATURES])dnl
+m4_require([_LT_CMD_RELOAD])dnl
+m4_require([_LT_CHECK_MAGIC_METHOD])dnl
+m4_require([_LT_CMD_OLD_ARCHIVE])dnl
+m4_require([_LT_CMD_GLOBAL_SYMBOLS])dnl
+
+_LT_CONFIG_LIBTOOL_INIT([
+# See if we are running on zsh, and set the options which allow our
+# commands through without removal of \ escapes INIT.
+if test -n "\${ZSH_VERSION+set}" ; then
+   setopt NO_GLOB_SUBST
+fi
+])
+if test -n "${ZSH_VERSION+set}" ; then
+   setopt NO_GLOB_SUBST
+fi
+
+_LT_CHECK_OBJDIR
+
+m4_require([_LT_TAG_COMPILER])dnl
+_LT_PROG_ECHO_BACKSLASH
+
+case $host_os in
+aix3*)
+  # AIX sometimes has problems with the GCC collect2 program.  For some
+  # reason, if we set the COLLECT_NAMES environment variable, the problems
+  # vanish in a puff of smoke.
+  if test "X${COLLECT_NAMES+set}" != Xset; then
+    COLLECT_NAMES=
+    export COLLECT_NAMES
+  fi
+  ;;
+esac
+
+# Sed substitution that helps us do robust quoting.  It backslashifies
+# metacharacters that are still active within double-quoted strings.
+sed_quote_subst='s/\([["`$\\]]\)/\\\1/g'
+
+# Same as above, but do not quote variable references.
+double_quote_subst='s/\([["`\\]]\)/\\\1/g'
+
+# Sed substitution to delay expansion of an escaped shell variable in a
+# double_quote_subst'ed string.
+delay_variable_subst='s/\\\\\\\\\\\$/\\\\\\$/g'
+
+# Sed substitution to delay expansion of an escaped single quote.
+delay_single_quote_subst='s/'\''/'\'\\\\\\\'\''/g'
+
+# Sed substitution to avoid accidental globbing in evaled expressions
+no_glob_subst='s/\*/\\\*/g'
+
+# Global variables:
+ofile=libtool
+can_build_shared=yes
+
+# All known linkers require a `.a' archive for static linking (except MSVC,
+# which needs '.lib').
+libext=a
+
+with_gnu_ld="$lt_cv_prog_gnu_ld"
+
+old_CC="$CC"
+old_CFLAGS="$CFLAGS"
+
+# Set sane defaults for various variables
+test -z "$CC" && CC=cc
+test -z "$LTCC" && LTCC=$CC
+test -z "$LTCFLAGS" && LTCFLAGS=$CFLAGS
+test -z "$LD" && LD=ld
+test -z "$ac_objext" && ac_objext=o
+
+_LT_CC_BASENAME([$compiler])
+
+# Only perform the check for file, if the check method requires it
+test -z "$MAGIC_CMD" && MAGIC_CMD=file
+case $deplibs_check_method in
+file_magic*)
+  if test "$file_magic_cmd" = '$MAGIC_CMD'; then
+    _LT_PATH_MAGIC
+  fi
+  ;;
+esac
+
+# Use C for the default configuration in the libtool script
+LT_SUPPORTED_TAG([CC])
+_LT_LANG_C_CONFIG
+_LT_LANG_DEFAULT_CONFIG
+_LT_CONFIG_COMMANDS
+])# _LT_SETUP
+
+
+# _LT_PROG_LTMAIN
+# ---------------
+# Note that this code is called both from `configure', and `config.status'
+# now that we use AC_CONFIG_COMMANDS to generate libtool.  Notably,
+# `config.status' has no value for ac_aux_dir unless we are using Automake,
+# so we pass a copy along to make sure it has a sensible value anyway.
+m4_defun([_LT_PROG_LTMAIN],
+[m4_ifdef([AC_REQUIRE_AUX_FILE], [AC_REQUIRE_AUX_FILE([ltmain.sh])])dnl
+_LT_CONFIG_LIBTOOL_INIT([ac_aux_dir='$ac_aux_dir'])
+ltmain="$ac_aux_dir/ltmain.sh"
+])# _LT_PROG_LTMAIN
+
+
+## ------------------------------------- ##
+## Accumulate code for creating libtool. ##
+## ------------------------------------- ##
+
+# So that we can recreate a full libtool script including additional
+# tags, we accumulate the chunks of code to send to AC_CONFIG_COMMANDS
+# in macros and then make a single call at the end using the `libtool'
+# label.
+
+
+# _LT_CONFIG_LIBTOOL_INIT([INIT-COMMANDS])
+# ----------------------------------------
+# Register INIT-COMMANDS to be passed to AC_CONFIG_COMMANDS later.
+m4_define([_LT_CONFIG_LIBTOOL_INIT],
+[m4_ifval([$1],
+          [m4_append([_LT_OUTPUT_LIBTOOL_INIT],
+                     [$1
+])])])
+
+# Initialize.
+m4_define([_LT_OUTPUT_LIBTOOL_INIT])
+
+
+# _LT_CONFIG_LIBTOOL([COMMANDS])
+# ------------------------------
+# Register COMMANDS to be passed to AC_CONFIG_COMMANDS later.
+m4_define([_LT_CONFIG_LIBTOOL],
+[m4_ifval([$1],
+          [m4_append([_LT_OUTPUT_LIBTOOL_COMMANDS],
+                     [$1
+])])])
+
+# Initialize.
+m4_define([_LT_OUTPUT_LIBTOOL_COMMANDS])
+
+
+# _LT_CONFIG_SAVE_COMMANDS([COMMANDS], [INIT_COMMANDS])
+# -----------------------------------------------------
+m4_defun([_LT_CONFIG_SAVE_COMMANDS],
+[_LT_CONFIG_LIBTOOL([$1])
+_LT_CONFIG_LIBTOOL_INIT([$2])
+])
+
+
+# _LT_FORMAT_COMMENT([COMMENT])
+# -----------------------------
+# Add leading comment marks to the start of each line, and a trailing
+# full-stop to the whole comment if one is not present already.
+m4_define([_LT_FORMAT_COMMENT],
+[m4_ifval([$1], [
+m4_bpatsubst([m4_bpatsubst([$1], [^ *], [# ])],
+              [['`$\]], [\\\&])]m4_bmatch([$1], [[!?.]$], [], [.])
+)])
+
+
+
+## ------------------------ ##
+## FIXME: Eliminate VARNAME ##
+## ------------------------ ##
+
+
+# _LT_DECL([CONFIGNAME], VARNAME, VALUE, [DESCRIPTION], [IS-TAGGED?])
+# -------------------------------------------------------------------
+# CONFIGNAME is the name given to the value in the libtool script.
+# VARNAME is the (base) name used in the configure script.
+# VALUE may be 0, 1 or 2 for a computed quote escaped value based on
+# VARNAME.  Any other value will be used directly.
+m4_define([_LT_DECL],
+[lt_if_append_uniq([lt_decl_varnames], [$2], [, ],
+    [lt_dict_add_subkey([lt_decl_dict], [$2], [libtool_name],
+       [m4_ifval([$1], [$1], [$2])])
+    lt_dict_add_subkey([lt_decl_dict], [$2], [value], [$3])
+    m4_ifval([$4],
+       [lt_dict_add_subkey([lt_decl_dict], [$2], [description], [$4])])
+    lt_dict_add_subkey([lt_decl_dict], [$2],
+       [tagged?], [m4_ifval([$5], [yes], [no])])])
+])
+
+
+# _LT_TAGDECL([CONFIGNAME], VARNAME, VALUE, [DESCRIPTION])
+# --------------------------------------------------------
+m4_define([_LT_TAGDECL], [_LT_DECL([$1], [$2], [$3], [$4], [yes])])
+
+
+# lt_decl_tag_varnames([SEPARATOR], [VARNAME1...])
+# ------------------------------------------------
+m4_define([lt_decl_tag_varnames],
+[_lt_decl_filter([tagged?], [yes], $@)])
+
+
+# _lt_decl_filter(SUBKEY, VALUE, [SEPARATOR], [VARNAME1..])
+# ---------------------------------------------------------
+m4_define([_lt_decl_filter],
+[m4_case([$#],
+  [0], [m4_fatal([$0: too few arguments: $#])],
+  [1], [m4_fatal([$0: too few arguments: $#: $1])],
+  [2], [lt_dict_filter([lt_decl_dict], [$1], [$2], [], lt_decl_varnames)],
+  [3], [lt_dict_filter([lt_decl_dict], [$1], [$2], [$3], lt_decl_varnames)],
+  [lt_dict_filter([lt_decl_dict], $@)])[]dnl
+])
+
+
+# lt_decl_quote_varnames([SEPARATOR], [VARNAME1...])
+# --------------------------------------------------
+m4_define([lt_decl_quote_varnames],
+[_lt_decl_filter([value], [1], $@)])
+
+
+# lt_decl_dquote_varnames([SEPARATOR], [VARNAME1...])
+# ---------------------------------------------------
+m4_define([lt_decl_dquote_varnames],
+[_lt_decl_filter([value], [2], $@)])
+
+
+# lt_decl_varnames_tagged([SEPARATOR], [VARNAME1...])
+# ---------------------------------------------------
+m4_define([lt_decl_varnames_tagged],
+[m4_assert([$# <= 2])dnl
+_$0(m4_quote(m4_default([$1], [[, ]])),
+    m4_ifval([$2], [[$2]], [m4_dquote(lt_decl_tag_varnames)]),
+    m4_split(m4_normalize(m4_quote(_LT_TAGS)), [ ]))])
+m4_define([_lt_decl_varnames_tagged],
+[m4_ifval([$3], [lt_combine([$1], [$2], [_], $3)])])
+
+
+# lt_decl_all_varnames([SEPARATOR], [VARNAME1...])
+# ------------------------------------------------
+m4_define([lt_decl_all_varnames],
+[_$0(m4_quote(m4_default([$1], [[, ]])),
+     m4_if([$2], [],
+          m4_quote(lt_decl_varnames),
+       m4_quote(m4_shift($@))))[]dnl
+])
+m4_define([_lt_decl_all_varnames],
+[lt_join($@, lt_decl_varnames_tagged([$1],
+                       lt_decl_tag_varnames([[, ]], m4_shift($@))))dnl
+])
+
+
+# _LT_CONFIG_STATUS_DECLARE([VARNAME])
+# ------------------------------------
+# Quote a variable value, and forward it to `config.status' so that its
+# declaration there will have the same value as in `configure'.  VARNAME
+# must have a single quote delimited value for this to work.
+m4_define([_LT_CONFIG_STATUS_DECLARE],
+[$1='`$ECHO "X$][$1" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'])
+
+
+# _LT_CONFIG_STATUS_DECLARATIONS
+# ------------------------------
+# We delimit libtool config variables with single quotes, so when
+# we write them to config.status, we have to be sure to quote all
+# embedded single quotes properly.  In configure, this macro expands
+# each variable declared with _LT_DECL (and _LT_TAGDECL) into:
+#
+#    <var>='`$ECHO "X$<var>" | $Xsed -e "$delay_single_quote_subst"`'
+m4_defun([_LT_CONFIG_STATUS_DECLARATIONS],
+[m4_foreach([_lt_var], m4_quote(lt_decl_all_varnames),
+    [m4_n([_LT_CONFIG_STATUS_DECLARE(_lt_var)])])])
+
+
+# _LT_LIBTOOL_TAGS
+# ----------------
+# Output comment and list of tags supported by the script
+m4_defun([_LT_LIBTOOL_TAGS],
+[_LT_FORMAT_COMMENT([The names of the tagged configurations supported by this script])dnl
+available_tags="_LT_TAGS"dnl
+])
+
+
+# _LT_LIBTOOL_DECLARE(VARNAME, [TAG])
+# -----------------------------------
+# Extract the dictionary values for VARNAME (optionally with TAG) and
+# expand to a commented shell variable setting:
+#
+#    # Some comment about what VAR is for.
+#    visible_name=$lt_internal_name
+m4_define([_LT_LIBTOOL_DECLARE],
+[_LT_FORMAT_COMMENT(m4_quote(lt_dict_fetch([lt_decl_dict], [$1],
+                                          [description])))[]dnl
+m4_pushdef([_libtool_name],
+    m4_quote(lt_dict_fetch([lt_decl_dict], [$1], [libtool_name])))[]dnl
+m4_case(m4_quote(lt_dict_fetch([lt_decl_dict], [$1], [value])),
+    [0], [_libtool_name=[$]$1],
+    [1], [_libtool_name=$lt_[]$1],
+    [2], [_libtool_name=$lt_[]$1],
+    [_libtool_name=lt_dict_fetch([lt_decl_dict], [$1], [value])])[]dnl
+m4_ifval([$2], [_$2])[]m4_popdef([_libtool_name])[]dnl
+])
+
+
+# _LT_LIBTOOL_CONFIG_VARS
+# -----------------------
+# Produce commented declarations of non-tagged libtool config variables
+# suitable for insertion in the LIBTOOL CONFIG section of the `libtool'
+# script.  Tagged libtool config variables (even for the LIBTOOL CONFIG
+# section) are produced by _LT_LIBTOOL_TAG_VARS.
+m4_defun([_LT_LIBTOOL_CONFIG_VARS],
+[m4_foreach([_lt_var],
+    m4_quote(_lt_decl_filter([tagged?], [no], [], lt_decl_varnames)),
+    [m4_n([_LT_LIBTOOL_DECLARE(_lt_var)])])])
+
+
+# _LT_LIBTOOL_TAG_VARS(TAG)
+# -------------------------
+m4_define([_LT_LIBTOOL_TAG_VARS],
+[m4_foreach([_lt_var], m4_quote(lt_decl_tag_varnames),
+    [m4_n([_LT_LIBTOOL_DECLARE(_lt_var, [$1])])])])
+
+
+# _LT_TAGVAR(VARNAME, [TAGNAME])
+# ------------------------------
+m4_define([_LT_TAGVAR], [m4_ifval([$2], [$1_$2], [$1])])
+
+
+# _LT_CONFIG_COMMANDS
+# -------------------
+# Send accumulated output to $CONFIG_STATUS.  Thanks to the lists of
+# variables for single and double quote escaping we saved from calls
+# to _LT_DECL, we can put quote escaped variables declarations
+# into `config.status', and then the shell code to quote escape them in
+# for loops in `config.status'.  Finally, any additional code accumulated
+# from calls to _LT_CONFIG_LIBTOOL_INIT is expanded.
+m4_defun([_LT_CONFIG_COMMANDS],
+[AC_PROVIDE_IFELSE([LT_OUTPUT],
+       dnl If the libtool generation code has been placed in $CONFIG_LT,
+       dnl instead of duplicating it all over again into config.status,
+       dnl then we will have config.status run $CONFIG_LT later, so it
+       dnl needs to know what name is stored there:
+        [AC_CONFIG_COMMANDS([libtool],
+            [$SHELL $CONFIG_LT || AS_EXIT(1)], [CONFIG_LT='$CONFIG_LT'])],
+    dnl If the libtool generation code is destined for config.status,
+    dnl expand the accumulated commands and init code now:
+    [AC_CONFIG_COMMANDS([libtool],
+        [_LT_OUTPUT_LIBTOOL_COMMANDS], [_LT_OUTPUT_LIBTOOL_COMMANDS_INIT])])
+])#_LT_CONFIG_COMMANDS
+
+
+# Initialize.
+m4_define([_LT_OUTPUT_LIBTOOL_COMMANDS_INIT],
+[
+
+# The HP-UX ksh and POSIX shell print the target directory to stdout
+# if CDPATH is set.
+(unset CDPATH) >/dev/null 2>&1 && unset CDPATH
+
+sed_quote_subst='$sed_quote_subst'
+double_quote_subst='$double_quote_subst'
+delay_variable_subst='$delay_variable_subst'
+_LT_CONFIG_STATUS_DECLARATIONS
+LTCC='$LTCC'
+LTCFLAGS='$LTCFLAGS'
+compiler='$compiler_DEFAULT'
+
+# Quote evaled strings.
+for var in lt_decl_all_varnames([[ \
+]], lt_decl_quote_varnames); do
+    case \`eval \\\\\$ECHO "X\\\\\$\$var"\` in
+    *[[\\\\\\\`\\"\\\$]]*)
+      eval "lt_\$var=\\\\\\"\\\`\\\$ECHO \\"X\\\$\$var\\" | \\\$Xsed -e \\"\\\$sed_quote_subst\\"\\\`\\\\\\""
+      ;;
+    *)
+      eval "lt_\$var=\\\\\\"\\\$\$var\\\\\\""
+      ;;
+    esac
+done
+
+# Double-quote double-evaled strings.
+for var in lt_decl_all_varnames([[ \
+]], lt_decl_dquote_varnames); do
+    case \`eval \\\\\$ECHO "X\\\\\$\$var"\` in
+    *[[\\\\\\\`\\"\\\$]]*)
+      eval "lt_\$var=\\\\\\"\\\`\\\$ECHO \\"X\\\$\$var\\" | \\\$Xsed -e \\"\\\$double_quote_subst\\" -e \\"\\\$sed_quote_subst\\" -e \\"\\\$delay_variable_subst\\"\\\`\\\\\\""
+      ;;
+    *)
+      eval "lt_\$var=\\\\\\"\\\$\$var\\\\\\""
+      ;;
+    esac
+done
+
+# Fix-up fallback echo if it was mangled by the above quoting rules.
+case \$lt_ECHO in
+*'\\\[$]0 --fallback-echo"')dnl "
+  lt_ECHO=\`\$ECHO "X\$lt_ECHO" | \$Xsed -e 's/\\\\\\\\\\\\\\\[$]0 --fallback-echo"\[$]/\[$]0 --fallback-echo"/'\`
+  ;;
+esac
+
+_LT_OUTPUT_LIBTOOL_INIT
+])
+
+
+# LT_OUTPUT
+# ---------
+# This macro allows early generation of the libtool script (before
+# AC_OUTPUT is called), incase it is used in configure for compilation
+# tests.
+AC_DEFUN([LT_OUTPUT],
+[: ${CONFIG_LT=./config.lt}
+AC_MSG_NOTICE([creating $CONFIG_LT])
+cat >"$CONFIG_LT" <<_LTEOF
+#! $SHELL
+# Generated by $as_me.
+# Run this file to recreate a libtool stub with the current configuration.
+
+lt_cl_silent=false
+SHELL=\${CONFIG_SHELL-$SHELL}
+_LTEOF
+
+cat >>"$CONFIG_LT" <<\_LTEOF
+AS_SHELL_SANITIZE
+_AS_PREPARE
+
+exec AS_MESSAGE_FD>&1
+exec AS_MESSAGE_LOG_FD>>config.log
+{
+  echo
+  AS_BOX([Running $as_me.])
+} >&AS_MESSAGE_LOG_FD
+
+lt_cl_help="\
+\`$as_me' creates a local libtool stub from the current configuration,
+for use in further configure time tests before the real libtool is
+generated.
+
+Usage: $[0] [[OPTIONS]]
+
+  -h, --help      print this help, then exit
+  -V, --version   print version number, then exit
+  -q, --quiet     do not print progress messages
+  -d, --debug     don't remove temporary files
+
+Report bugs to <bug-libtool@gnu.org>."
+
+lt_cl_version="\
+m4_ifset([AC_PACKAGE_NAME], [AC_PACKAGE_NAME ])config.lt[]dnl
+m4_ifset([AC_PACKAGE_VERSION], [ AC_PACKAGE_VERSION])
+configured by $[0], generated by m4_PACKAGE_STRING.
+
+Copyright (C) 2008 Free Software Foundation, Inc.
+This config.lt script is free software; the Free Software Foundation
+gives unlimited permision to copy, distribute and modify it."
+
+while test $[#] != 0
+do
+  case $[1] in
+    --version | --v* | -V )
+      echo "$lt_cl_version"; exit 0 ;;
+    --help | --h* | -h )
+      echo "$lt_cl_help"; exit 0 ;;
+    --debug | --d* | -d )
+      debug=: ;;
+    --quiet | --q* | --silent | --s* | -q )
+      lt_cl_silent=: ;;
+
+    -*) AC_MSG_ERROR([unrecognized option: $[1]
+Try \`$[0] --help' for more information.]) ;;
+
+    *) AC_MSG_ERROR([unrecognized argument: $[1]
+Try \`$[0] --help' for more information.]) ;;
+  esac
+  shift
+done
+
+if $lt_cl_silent; then
+  exec AS_MESSAGE_FD>/dev/null
+fi
+_LTEOF
+
+cat >>"$CONFIG_LT" <<_LTEOF
+_LT_OUTPUT_LIBTOOL_COMMANDS_INIT
+_LTEOF
+
+cat >>"$CONFIG_LT" <<\_LTEOF
+AC_MSG_NOTICE([creating $ofile])
+_LT_OUTPUT_LIBTOOL_COMMANDS
+AS_EXIT(0)
+_LTEOF
+chmod +x "$CONFIG_LT"
+
+# configure is writing to config.log, but config.lt does its own redirection,
+# appending to config.log, which fails on DOS, as config.log is still kept
+# open by configure.  Here we exec the FD to /dev/null, effectively closing
+# config.log, so it can be properly (re)opened and appended to by config.lt.
+if test "$no_create" != yes; then
+  lt_cl_success=:
+  test "$silent" = yes &&
+    lt_config_lt_args="$lt_config_lt_args --quiet"
+  exec AS_MESSAGE_LOG_FD>/dev/null
+  $SHELL "$CONFIG_LT" $lt_config_lt_args || lt_cl_success=false
+  exec AS_MESSAGE_LOG_FD>>config.log
+  $lt_cl_success || AS_EXIT(1)
+fi
+])# LT_OUTPUT
+
+
+# _LT_CONFIG(TAG)
+# ---------------
+# If TAG is the built-in tag, create an initial libtool script with a
+# default configuration from the untagged config vars.  Otherwise add code
+# to config.status for appending the configuration named by TAG from the
+# matching tagged config vars.
+m4_defun([_LT_CONFIG],
+[m4_require([_LT_FILEUTILS_DEFAULTS])dnl
+_LT_CONFIG_SAVE_COMMANDS([
+  m4_define([_LT_TAG], m4_if([$1], [], [C], [$1]))dnl
+  m4_if(_LT_TAG, [C], [
+    # See if we are running on zsh, and set the options which allow our
+    # commands through without removal of \ escapes.
+    if test -n "${ZSH_VERSION+set}" ; then
+      setopt NO_GLOB_SUBST
+    fi
+
+    cfgfile="${ofile}T"
+    trap "$RM \"$cfgfile\"; exit 1" 1 2 15
+    $RM "$cfgfile"
+
+    cat <<_LT_EOF >> "$cfgfile"
+#! $SHELL
+
+# `$ECHO "$ofile" | sed 's%^.*/%%'` - Provide generalized library-building support services.
+# Generated automatically by $as_me ($PACKAGE$TIMESTAMP) $VERSION
+# Libtool was configured on host `(hostname || uname -n) 2>/dev/null | sed 1q`:
+# NOTE: Changes made to this file will be lost: look at ltmain.sh.
+#
+_LT_COPYING
+_LT_LIBTOOL_TAGS
+
+# ### BEGIN LIBTOOL CONFIG
+_LT_LIBTOOL_CONFIG_VARS
+_LT_LIBTOOL_TAG_VARS
+# ### END LIBTOOL CONFIG
+
+_LT_EOF
+
+  case $host_os in
+  aix3*)
+    cat <<\_LT_EOF >> "$cfgfile"
+# AIX sometimes has problems with the GCC collect2 program.  For some
+# reason, if we set the COLLECT_NAMES environment variable, the problems
+# vanish in a puff of smoke.
+if test "X${COLLECT_NAMES+set}" != Xset; then
+  COLLECT_NAMES=
+  export COLLECT_NAMES
+fi
+_LT_EOF
+    ;;
+  esac
+
+  _LT_PROG_LTMAIN
+
+  # We use sed instead of cat because bash on DJGPP gets confused if
+  # if finds mixed CR/LF and LF-only lines.  Since sed operates in
+  # text mode, it properly converts lines to CR/LF.  This bash problem
+  # is reportedly fixed, but why not run on old versions too?
+  sed '/^# Generated shell functions inserted here/q' "$ltmain" >> "$cfgfile" \
+    || (rm -f "$cfgfile"; exit 1)
+
+  _LT_PROG_XSI_SHELLFNS
+
+  sed -n '/^# Generated shell functions inserted here/,$p' "$ltmain" >> "$cfgfile" \
+    || (rm -f "$cfgfile"; exit 1)
+
+  mv -f "$cfgfile" "$ofile" ||
+    (rm -f "$ofile" && cp "$cfgfile" "$ofile" && rm -f "$cfgfile")
+  chmod +x "$ofile"
+],
+[cat <<_LT_EOF >> "$ofile"
+
+dnl Unfortunately we have to use $1 here, since _LT_TAG is not expanded
+dnl in a comment (ie after a #).
+# ### BEGIN LIBTOOL TAG CONFIG: $1
+_LT_LIBTOOL_TAG_VARS(_LT_TAG)
+# ### END LIBTOOL TAG CONFIG: $1
+_LT_EOF
+])dnl /m4_if
+],
+[m4_if([$1], [], [
+    PACKAGE='$PACKAGE'
+    VERSION='$VERSION'
+    TIMESTAMP='$TIMESTAMP'
+    RM='$RM'
+    ofile='$ofile'], [])
+])dnl /_LT_CONFIG_SAVE_COMMANDS
+])# _LT_CONFIG
+
+
+# LT_SUPPORTED_TAG(TAG)
+# ---------------------
+# Trace this macro to discover what tags are supported by the libtool
+# --tag option, using:
+#    autoconf --trace 'LT_SUPPORTED_TAG:$1'
+AC_DEFUN([LT_SUPPORTED_TAG], [])
+
+
+# C support is built-in for now
+m4_define([_LT_LANG_C_enabled], [])
+m4_define([_LT_TAGS], [])
+
+
+# LT_LANG(LANG)
+# -------------
+# Enable libtool support for the given language if not already enabled.
+AC_DEFUN([LT_LANG],
+[AC_BEFORE([$0], [LT_OUTPUT])dnl
+m4_case([$1],
+  [C],                 [_LT_LANG(C)],
+  [C++],               [_LT_LANG(CXX)],
+  [Java],              [_LT_LANG(GCJ)],
+  [Fortran 77],                [_LT_LANG(F77)],
+  [Fortran],           [_LT_LANG(FC)],
+  [Windows Resource],  [_LT_LANG(RC)],
+  [m4_ifdef([_LT_LANG_]$1[_CONFIG],
+    [_LT_LANG($1)],
+    [m4_fatal([$0: unsupported language: "$1"])])])dnl
+])# LT_LANG
+
+
+# _LT_LANG(LANGNAME)
+# ------------------
+m4_defun([_LT_LANG],
+[m4_ifdef([_LT_LANG_]$1[_enabled], [],
+  [LT_SUPPORTED_TAG([$1])dnl
+  m4_append([_LT_TAGS], [$1 ])dnl
+  m4_define([_LT_LANG_]$1[_enabled], [])dnl
+  _LT_LANG_$1_CONFIG($1)])dnl
+])# _LT_LANG
+
+
+# _LT_LANG_DEFAULT_CONFIG
+# -----------------------
+m4_defun([_LT_LANG_DEFAULT_CONFIG],
+[AC_PROVIDE_IFELSE([AC_PROG_CXX],
+  [LT_LANG(CXX)],
+  [m4_define([AC_PROG_CXX], defn([AC_PROG_CXX])[LT_LANG(CXX)])])
+
+AC_PROVIDE_IFELSE([AC_PROG_F77],
+  [LT_LANG(F77)],
+  [m4_define([AC_PROG_F77], defn([AC_PROG_F77])[LT_LANG(F77)])])
+
+AC_PROVIDE_IFELSE([AC_PROG_FC],
+  [LT_LANG(FC)],
+  [m4_define([AC_PROG_FC], defn([AC_PROG_FC])[LT_LANG(FC)])])
+
+dnl The call to [A][M_PROG_GCJ] is quoted like that to stop aclocal
+dnl pulling things in needlessly.
+AC_PROVIDE_IFELSE([AC_PROG_GCJ],
+  [LT_LANG(GCJ)],
+  [AC_PROVIDE_IFELSE([A][M_PROG_GCJ],
+    [LT_LANG(GCJ)],
+    [AC_PROVIDE_IFELSE([LT_PROG_GCJ],
+      [LT_LANG(GCJ)],
+      [m4_ifdef([AC_PROG_GCJ],
+       [m4_define([AC_PROG_GCJ], defn([AC_PROG_GCJ])[LT_LANG(GCJ)])])
+       m4_ifdef([A][M_PROG_GCJ],
+       [m4_define([A][M_PROG_GCJ], defn([A][M_PROG_GCJ])[LT_LANG(GCJ)])])
+       m4_ifdef([LT_PROG_GCJ],
+       [m4_define([LT_PROG_GCJ], defn([LT_PROG_GCJ])[LT_LANG(GCJ)])])])])])
+
+AC_PROVIDE_IFELSE([LT_PROG_RC],
+  [LT_LANG(RC)],
+  [m4_define([LT_PROG_RC], defn([LT_PROG_RC])[LT_LANG(RC)])])
+])# _LT_LANG_DEFAULT_CONFIG
+
+# Obsolete macros:
+AU_DEFUN([AC_LIBTOOL_CXX], [LT_LANG(C++)])
+AU_DEFUN([AC_LIBTOOL_F77], [LT_LANG(Fortran 77)])
+AU_DEFUN([AC_LIBTOOL_FC], [LT_LANG(Fortran)])
+AU_DEFUN([AC_LIBTOOL_GCJ], [LT_LANG(Java)])
+dnl aclocal-1.4 backwards compatibility:
+dnl AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_CXX], [])
+dnl AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_F77], [])
+dnl AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_FC], [])
+dnl AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_GCJ], [])
+
+
+# _LT_TAG_COMPILER
+# ----------------
+m4_defun([_LT_TAG_COMPILER],
+[AC_REQUIRE([AC_PROG_CC])dnl
+
+_LT_DECL([LTCC], [CC], [1], [A C compiler])dnl
+_LT_DECL([LTCFLAGS], [CFLAGS], [1], [LTCC compiler flags])dnl
+_LT_TAGDECL([CC], [compiler], [1], [A language specific compiler])dnl
+_LT_TAGDECL([with_gcc], [GCC], [0], [Is the compiler the GNU compiler?])dnl
+
+# If no C compiler was specified, use CC.
+LTCC=${LTCC-"$CC"}
+
+# If no C compiler flags were specified, use CFLAGS.
+LTCFLAGS=${LTCFLAGS-"$CFLAGS"}
+
+# Allow CC to be a program name with arguments.
+compiler=$CC
+])# _LT_TAG_COMPILER
+
+
+# _LT_COMPILER_BOILERPLATE
+# ------------------------
+# Check for compiler boilerplate output or warnings with
+# the simple compiler test code.
+m4_defun([_LT_COMPILER_BOILERPLATE],
+[m4_require([_LT_DECL_SED])dnl
+ac_outfile=conftest.$ac_objext
+echo "$lt_simple_compile_test_code" >conftest.$ac_ext
+eval "$ac_compile" 2>&1 >/dev/null | $SED '/^$/d; /^ *+/d' >conftest.err
+_lt_compiler_boilerplate=`cat conftest.err`
+$RM conftest*
+])# _LT_COMPILER_BOILERPLATE
+
+
+# _LT_LINKER_BOILERPLATE
+# ----------------------
+# Check for linker boilerplate output or warnings with
+# the simple link test code.
+m4_defun([_LT_LINKER_BOILERPLATE],
+[m4_require([_LT_DECL_SED])dnl
+ac_outfile=conftest.$ac_objext
+echo "$lt_simple_link_test_code" >conftest.$ac_ext
+eval "$ac_link" 2>&1 >/dev/null | $SED '/^$/d; /^ *+/d' >conftest.err
+_lt_linker_boilerplate=`cat conftest.err`
+$RM -r conftest*
+])# _LT_LINKER_BOILERPLATE
+
+# _LT_REQUIRED_DARWIN_CHECKS
+# -------------------------
+m4_defun_once([_LT_REQUIRED_DARWIN_CHECKS],[
+  case $host_os in
+    rhapsody* | darwin*)
+    AC_CHECK_TOOL([DSYMUTIL], [dsymutil], [:])
+    AC_CHECK_TOOL([NMEDIT], [nmedit], [:])
+    AC_CHECK_TOOL([LIPO], [lipo], [:])
+    AC_CHECK_TOOL([OTOOL], [otool], [:])
+    AC_CHECK_TOOL([OTOOL64], [otool64], [:])
+    _LT_DECL([], [DSYMUTIL], [1],
+      [Tool to manipulate archived DWARF debug symbol files on Mac OS X])
+    _LT_DECL([], [NMEDIT], [1],
+      [Tool to change global to local symbols on Mac OS X])
+    _LT_DECL([], [LIPO], [1],
+      [Tool to manipulate fat objects and archives on Mac OS X])
+    _LT_DECL([], [OTOOL], [1],
+      [ldd/readelf like tool for Mach-O binaries on Mac OS X])
+    _LT_DECL([], [OTOOL64], [1],
+      [ldd/readelf like tool for 64 bit Mach-O binaries on Mac OS X 10.4])
+
+    AC_CACHE_CHECK([for -single_module linker flag],[lt_cv_apple_cc_single_mod],
+      [lt_cv_apple_cc_single_mod=no
+      if test -z "${LT_MULTI_MODULE}"; then
+       # By default we will add the -single_module flag. You can override
+       # by either setting the environment variable LT_MULTI_MODULE
+       # non-empty at configure time, or by adding -multi_module to the
+       # link flags.
+       rm -rf libconftest.dylib*
+       echo "int foo(void){return 1;}" > conftest.c
+       echo "$LTCC $LTCFLAGS $LDFLAGS -o libconftest.dylib \
+-dynamiclib -Wl,-single_module conftest.c" >&AS_MESSAGE_LOG_FD
+       $LTCC $LTCFLAGS $LDFLAGS -o libconftest.dylib \
+         -dynamiclib -Wl,-single_module conftest.c 2>conftest.err
+        _lt_result=$?
+       if test -f libconftest.dylib && test ! -s conftest.err && test $_lt_result = 0; then
+         lt_cv_apple_cc_single_mod=yes
+       else
+         cat conftest.err >&AS_MESSAGE_LOG_FD
+       fi
+       rm -rf libconftest.dylib*
+       rm -f conftest.*
+      fi])
+    AC_CACHE_CHECK([for -exported_symbols_list linker flag],
+      [lt_cv_ld_exported_symbols_list],
+      [lt_cv_ld_exported_symbols_list=no
+      save_LDFLAGS=$LDFLAGS
+      echo "_main" > conftest.sym
+      LDFLAGS="$LDFLAGS -Wl,-exported_symbols_list,conftest.sym"
+      AC_LINK_IFELSE([AC_LANG_PROGRAM([],[])],
+       [lt_cv_ld_exported_symbols_list=yes],
+       [lt_cv_ld_exported_symbols_list=no])
+       LDFLAGS="$save_LDFLAGS"
+    ])
+    case $host_os in
+    rhapsody* | darwin1.[[012]])
+      _lt_dar_allow_undefined='${wl}-undefined ${wl}suppress' ;;
+    darwin1.*)
+      _lt_dar_allow_undefined='${wl}-flat_namespace ${wl}-undefined ${wl}suppress' ;;
+    darwin*) # darwin 5.x on
+      # if running on 10.5 or later, the deployment target defaults
+      # to the OS version, if on x86, and 10.4, the deployment
+      # target defaults to 10.4. Don't you love it?
+      case ${MACOSX_DEPLOYMENT_TARGET-10.0},$host in
+       10.0,*86*-darwin8*|10.0,*-darwin[[91]]*)
+         _lt_dar_allow_undefined='${wl}-undefined ${wl}dynamic_lookup' ;;
+       10.[[012]]*)
+         _lt_dar_allow_undefined='${wl}-flat_namespace ${wl}-undefined ${wl}suppress' ;;
+       10.*)
+         _lt_dar_allow_undefined='${wl}-undefined ${wl}dynamic_lookup' ;;
+      esac
+    ;;
+  esac
+    if test "$lt_cv_apple_cc_single_mod" = "yes"; then
+      _lt_dar_single_mod='$single_module'
+    fi
+    if test "$lt_cv_ld_exported_symbols_list" = "yes"; then
+      _lt_dar_export_syms=' ${wl}-exported_symbols_list,$output_objdir/${libname}-symbols.expsym'
+    else
+      _lt_dar_export_syms='~$NMEDIT -s $output_objdir/${libname}-symbols.expsym ${lib}'
+    fi
+    if test "$DSYMUTIL" != ":"; then
+      _lt_dsymutil='~$DSYMUTIL $lib || :'
+    else
+      _lt_dsymutil=
+    fi
+    ;;
+  esac
+])
+
+
+# _LT_DARWIN_LINKER_FEATURES
+# --------------------------
+# Checks for linker and compiler features on darwin
+m4_defun([_LT_DARWIN_LINKER_FEATURES],
+[
+  m4_require([_LT_REQUIRED_DARWIN_CHECKS])
+  _LT_TAGVAR(archive_cmds_need_lc, $1)=no
+  _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=no
+  _LT_TAGVAR(hardcode_automatic, $1)=yes
+  _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=unsupported
+  _LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)=''
+  _LT_TAGVAR(link_all_deplibs, $1)=yes
+  _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)="$_lt_dar_allow_undefined"
+  case $cc_basename in
+     ifort*) _lt_dar_can_shared=yes ;;
+     *) _lt_dar_can_shared=$GCC ;;
+  esac
+  if test "$_lt_dar_can_shared" = "yes"; then
+    output_verbose_link_cmd=echo
+    _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)="\$CC -dynamiclib \$allow_undefined_flag -o \$lib \$libobjs \$deplibs \$compiler_flags -install_name \$rpath/\$soname \$verstring $_lt_dar_single_mod${_lt_dsymutil}"
+    _LT_TAGVAR(module_cmds, $1)="\$CC \$allow_undefined_flag -o \$lib -bundle \$libobjs \$deplibs \$compiler_flags${_lt_dsymutil}"
+    _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)="sed 's,^,_,' < \$export_symbols > \$output_objdir/\${libname}-symbols.expsym~\$CC -dynamiclib \$allow_undefined_flag -o \$lib \$libobjs \$deplibs \$compiler_flags -install_name \$rpath/\$soname \$verstring ${_lt_dar_single_mod}${_lt_dar_export_syms}${_lt_dsymutil}"
+    _LT_TAGVAR(module_expsym_cmds, $1)="sed -e 's,^,_,' < \$export_symbols > \$output_objdir/\${libname}-symbols.expsym~\$CC \$allow_undefined_flag -o \$lib -bundle \$libobjs \$deplibs \$compiler_flags${_lt_dar_export_syms}${_lt_dsymutil}"
+    m4_if([$1], [CXX],
+[   if test "$lt_cv_apple_cc_single_mod" != "yes"; then
+      _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)="\$CC -r -keep_private_externs -nostdlib -o \${lib}-master.o \$libobjs~\$CC -dynamiclib \$allow_undefined_flag -o \$lib \${lib}-master.o \$deplibs \$compiler_flags -install_name \$rpath/\$soname \$verstring${_lt_dsymutil}"
+      _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)="sed 's,^,_,' < \$export_symbols > \$output_objdir/\${libname}-symbols.expsym~\$CC -r -keep_private_externs -nostdlib -o \${lib}-master.o \$libobjs~\$CC -dynamiclib \$allow_undefined_flag -o \$lib \${lib}-master.o \$deplibs \$compiler_flags -install_name \$rpath/\$soname \$verstring${_lt_dar_export_syms}${_lt_dsymutil}"
+    fi
+],[])
+  else
+  _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+  fi
+])
+
+# _LT_SYS_MODULE_PATH_AIX
+# -----------------------
+# Links a minimal program and checks the executable
+# for the system default hardcoded library path. In most cases,
+# this is /usr/lib:/lib, but when the MPI compilers are used
+# the location of the communication and MPI libs are included too.
+# If we don't find anything, use the default library path according
+# to the aix ld manual.
+m4_defun([_LT_SYS_MODULE_PATH_AIX],
+[m4_require([_LT_DECL_SED])dnl
+AC_LINK_IFELSE(AC_LANG_PROGRAM,[
+lt_aix_libpath_sed='
+    /Import File Strings/,/^$/ {
+       /^0/ {
+           s/^0  *\(.*\)$/\1/
+           p
+       }
+    }'
+aix_libpath=`dump -H conftest$ac_exeext 2>/dev/null | $SED -n -e "$lt_aix_libpath_sed"`
+# Check for a 64-bit object if we didn't find anything.
+if test -z "$aix_libpath"; then
+  aix_libpath=`dump -HX64 conftest$ac_exeext 2>/dev/null | $SED -n -e "$lt_aix_libpath_sed"`
+fi],[])
+if test -z "$aix_libpath"; then aix_libpath="/usr/lib:/lib"; fi
+])# _LT_SYS_MODULE_PATH_AIX
+
+
+# _LT_SHELL_INIT(ARG)
+# -------------------
+m4_define([_LT_SHELL_INIT],
+[ifdef([AC_DIVERSION_NOTICE],
+            [AC_DIVERT_PUSH(AC_DIVERSION_NOTICE)],
+        [AC_DIVERT_PUSH(NOTICE)])
+$1
+AC_DIVERT_POP
+])# _LT_SHELL_INIT
+
+
+# _LT_PROG_ECHO_BACKSLASH
+# -----------------------
+# Add some code to the start of the generated configure script which
+# will find an echo command which doesn't interpret backslashes.
+m4_defun([_LT_PROG_ECHO_BACKSLASH],
+[_LT_SHELL_INIT([
+# Check that we are running under the correct shell.
+SHELL=${CONFIG_SHELL-/bin/sh}
+
+case X$lt_ECHO in
+X*--fallback-echo)
+  # Remove one level of quotation (which was required for Make).
+  ECHO=`echo "$lt_ECHO" | sed 's,\\\\\[$]\\[$]0,'[$]0','`
+  ;;
+esac
+
+ECHO=${lt_ECHO-echo}
+if test "X[$]1" = X--no-reexec; then
+  # Discard the --no-reexec flag, and continue.
+  shift
+elif test "X[$]1" = X--fallback-echo; then
+  # Avoid inline document here, it may be left over
+  :
+elif test "X`{ $ECHO '\t'; } 2>/dev/null`" = 'X\t' ; then
+  # Yippee, $ECHO works!
+  :
+else
+  # Restart under the correct shell.
+  exec $SHELL "[$]0" --no-reexec ${1+"[$]@"}
+fi
+
+if test "X[$]1" = X--fallback-echo; then
+  # used as fallback echo
+  shift
+  cat <<_LT_EOF
+[$]*
+_LT_EOF
+  exit 0
+fi
+
+# The HP-UX ksh and POSIX shell print the target directory to stdout
+# if CDPATH is set.
+(unset CDPATH) >/dev/null 2>&1 && unset CDPATH
+
+if test -z "$lt_ECHO"; then
+  if test "X${echo_test_string+set}" != Xset; then
+    # find a string as large as possible, as long as the shell can cope with it
+    for cmd in 'sed 50q "[$]0"' 'sed 20q "[$]0"' 'sed 10q "[$]0"' 'sed 2q "[$]0"' 'echo test'; do
+      # expected sizes: less than 2Kb, 1Kb, 512 bytes, 16 bytes, ...
+      if { echo_test_string=`eval $cmd`; } 2>/dev/null &&
+        { test "X$echo_test_string" = "X$echo_test_string"; } 2>/dev/null
+      then
+        break
+      fi
+    done
+  fi
+
+  if test "X`{ $ECHO '\t'; } 2>/dev/null`" = 'X\t' &&
+     echo_testing_string=`{ $ECHO "$echo_test_string"; } 2>/dev/null` &&
+     test "X$echo_testing_string" = "X$echo_test_string"; then
+    :
+  else
+    # The Solaris, AIX, and Digital Unix default echo programs unquote
+    # backslashes.  This makes it impossible to quote backslashes using
+    #   echo "$something" | sed 's/\\/\\\\/g'
+    #
+    # So, first we look for a working echo in the user's PATH.
+
+    lt_save_ifs="$IFS"; IFS=$PATH_SEPARATOR
+    for dir in $PATH /usr/ucb; do
+      IFS="$lt_save_ifs"
+      if (test -f $dir/echo || test -f $dir/echo$ac_exeext) &&
+         test "X`($dir/echo '\t') 2>/dev/null`" = 'X\t' &&
+         echo_testing_string=`($dir/echo "$echo_test_string") 2>/dev/null` &&
+         test "X$echo_testing_string" = "X$echo_test_string"; then
+        ECHO="$dir/echo"
+        break
+      fi
+    done
+    IFS="$lt_save_ifs"
+
+    if test "X$ECHO" = Xecho; then
+      # We didn't find a better echo, so look for alternatives.
+      if test "X`{ print -r '\t'; } 2>/dev/null`" = 'X\t' &&
+         echo_testing_string=`{ print -r "$echo_test_string"; } 2>/dev/null` &&
+         test "X$echo_testing_string" = "X$echo_test_string"; then
+        # This shell has a builtin print -r that does the trick.
+        ECHO='print -r'
+      elif { test -f /bin/ksh || test -f /bin/ksh$ac_exeext; } &&
+          test "X$CONFIG_SHELL" != X/bin/ksh; then
+        # If we have ksh, try running configure again with it.
+        ORIGINAL_CONFIG_SHELL=${CONFIG_SHELL-/bin/sh}
+        export ORIGINAL_CONFIG_SHELL
+        CONFIG_SHELL=/bin/ksh
+        export CONFIG_SHELL
+        exec $CONFIG_SHELL "[$]0" --no-reexec ${1+"[$]@"}
+      else
+        # Try using printf.
+        ECHO='printf %s\n'
+        if test "X`{ $ECHO '\t'; } 2>/dev/null`" = 'X\t' &&
+          echo_testing_string=`{ $ECHO "$echo_test_string"; } 2>/dev/null` &&
+          test "X$echo_testing_string" = "X$echo_test_string"; then
+         # Cool, printf works
+         :
+        elif echo_testing_string=`($ORIGINAL_CONFIG_SHELL "[$]0" --fallback-echo '\t') 2>/dev/null` &&
+            test "X$echo_testing_string" = 'X\t' &&
+            echo_testing_string=`($ORIGINAL_CONFIG_SHELL "[$]0" --fallback-echo "$echo_test_string") 2>/dev/null` &&
+            test "X$echo_testing_string" = "X$echo_test_string"; then
+         CONFIG_SHELL=$ORIGINAL_CONFIG_SHELL
+         export CONFIG_SHELL
+         SHELL="$CONFIG_SHELL"
+         export SHELL
+         ECHO="$CONFIG_SHELL [$]0 --fallback-echo"
+        elif echo_testing_string=`($CONFIG_SHELL "[$]0" --fallback-echo '\t') 2>/dev/null` &&
+            test "X$echo_testing_string" = 'X\t' &&
+            echo_testing_string=`($CONFIG_SHELL "[$]0" --fallback-echo "$echo_test_string") 2>/dev/null` &&
+            test "X$echo_testing_string" = "X$echo_test_string"; then
+         ECHO="$CONFIG_SHELL [$]0 --fallback-echo"
+        else
+         # maybe with a smaller string...
+         prev=:
+
+         for cmd in 'echo test' 'sed 2q "[$]0"' 'sed 10q "[$]0"' 'sed 20q "[$]0"' 'sed 50q "[$]0"'; do
+           if { test "X$echo_test_string" = "X`eval $cmd`"; } 2>/dev/null
+           then
+             break
+           fi
+           prev="$cmd"
+         done
+
+         if test "$prev" != 'sed 50q "[$]0"'; then
+           echo_test_string=`eval $prev`
+           export echo_test_string
+           exec ${ORIGINAL_CONFIG_SHELL-${CONFIG_SHELL-/bin/sh}} "[$]0" ${1+"[$]@"}
+         else
+           # Oops.  We lost completely, so just stick with echo.
+           ECHO=echo
+         fi
+        fi
+      fi
+    fi
+  fi
+fi
+
+# Copy echo and quote the copy suitably for passing to libtool from
+# the Makefile, instead of quoting the original, which is used later.
+lt_ECHO=$ECHO
+if test "X$lt_ECHO" = "X$CONFIG_SHELL [$]0 --fallback-echo"; then
+   lt_ECHO="$CONFIG_SHELL \\\$\[$]0 --fallback-echo"
+fi
+
+AC_SUBST(lt_ECHO)
+])
+_LT_DECL([], [SHELL], [1], [Shell to use when invoking shell scripts])
+_LT_DECL([], [ECHO], [1],
+    [An echo program that does not interpret backslashes])
+])# _LT_PROG_ECHO_BACKSLASH
+
+
+# _LT_ENABLE_LOCK
+# ---------------
+m4_defun([_LT_ENABLE_LOCK],
+[AC_ARG_ENABLE([libtool-lock],
+  [AS_HELP_STRING([--disable-libtool-lock],
+    [avoid locking (might break parallel builds)])])
+test "x$enable_libtool_lock" != xno && enable_libtool_lock=yes
+
+# Some flags need to be propagated to the compiler or linker for good
+# libtool support.
+case $host in
+ia64-*-hpux*)
+  # Find out which ABI we are using.
+  echo 'int i;' > conftest.$ac_ext
+  if AC_TRY_EVAL(ac_compile); then
+    case `/usr/bin/file conftest.$ac_objext` in
+      *ELF-32*)
+       HPUX_IA64_MODE="32"
+       ;;
+      *ELF-64*)
+       HPUX_IA64_MODE="64"
+       ;;
+    esac
+  fi
+  rm -rf conftest*
+  ;;
+*-*-irix6*)
+  # Find out which ABI we are using.
+  echo '[#]line __oline__ "configure"' > conftest.$ac_ext
+  if AC_TRY_EVAL(ac_compile); then
+    if test "$lt_cv_prog_gnu_ld" = yes; then
+      case `/usr/bin/file conftest.$ac_objext` in
+       *32-bit*)
+         LD="${LD-ld} -melf32bsmip"
+         ;;
+       *N32*)
+         LD="${LD-ld} -melf32bmipn32"
+         ;;
+       *64-bit*)
+         LD="${LD-ld} -melf64bmip"
+       ;;
+      esac
+    else
+      case `/usr/bin/file conftest.$ac_objext` in
+       *32-bit*)
+         LD="${LD-ld} -32"
+         ;;
+       *N32*)
+         LD="${LD-ld} -n32"
+         ;;
+       *64-bit*)
+         LD="${LD-ld} -64"
+         ;;
+      esac
+    fi
+  fi
+  rm -rf conftest*
+  ;;
+
+x86_64-*kfreebsd*-gnu|x86_64-*linux*|ppc*-*linux*|powerpc*-*linux*| \
+s390*-*linux*|s390*-*tpf*|sparc*-*linux*)
+  # Find out which ABI we are using.
+  echo 'int i;' > conftest.$ac_ext
+  if AC_TRY_EVAL(ac_compile); then
+    case `/usr/bin/file conftest.o` in
+      *32-bit*)
+       case $host in
+         x86_64-*kfreebsd*-gnu)
+           LD="${LD-ld} -m elf_i386_fbsd"
+           ;;
+         x86_64-*linux*)
+           LD="${LD-ld} -m elf_i386"
+           ;;
+         ppc64-*linux*|powerpc64-*linux*)
+           LD="${LD-ld} -m elf32ppclinux"
+           ;;
+         s390x-*linux*)
+           LD="${LD-ld} -m elf_s390"
+           ;;
+         sparc64-*linux*)
+           LD="${LD-ld} -m elf32_sparc"
+           ;;
+       esac
+       ;;
+      *64-bit*)
+       case $host in
+         x86_64-*kfreebsd*-gnu)
+           LD="${LD-ld} -m elf_x86_64_fbsd"
+           ;;
+         x86_64-*linux*)
+           LD="${LD-ld} -m elf_x86_64"
+           ;;
+         ppc*-*linux*|powerpc*-*linux*)
+           LD="${LD-ld} -m elf64ppc"
+           ;;
+         s390*-*linux*|s390*-*tpf*)
+           LD="${LD-ld} -m elf64_s390"
+           ;;
+         sparc*-*linux*)
+           LD="${LD-ld} -m elf64_sparc"
+           ;;
+       esac
+       ;;
+    esac
+  fi
+  rm -rf conftest*
+  ;;
+
+*-*-sco3.2v5*)
+  # On SCO OpenServer 5, we need -belf to get full-featured binaries.
+  SAVE_CFLAGS="$CFLAGS"
+  CFLAGS="$CFLAGS -belf"
+  AC_CACHE_CHECK([whether the C compiler needs -belf], lt_cv_cc_needs_belf,
+    [AC_LANG_PUSH(C)
+     AC_LINK_IFELSE([AC_LANG_PROGRAM([[]],[[]])],[lt_cv_cc_needs_belf=yes],[lt_cv_cc_needs_belf=no])
+     AC_LANG_POP])
+  if test x"$lt_cv_cc_needs_belf" != x"yes"; then
+    # this is probably gcc 2.8.0, egcs 1.0 or newer; no need for -belf
+    CFLAGS="$SAVE_CFLAGS"
+  fi
+  ;;
+sparc*-*solaris*)
+  # Find out which ABI we are using.
+  echo 'int i;' > conftest.$ac_ext
+  if AC_TRY_EVAL(ac_compile); then
+    case `/usr/bin/file conftest.o` in
+    *64-bit*)
+      case $lt_cv_prog_gnu_ld in
+      yes*) LD="${LD-ld} -m elf64_sparc" ;;
+      *)
+       if ${LD-ld} -64 -r -o conftest2.o conftest.o >/dev/null 2>&1; then
+         LD="${LD-ld} -64"
+       fi
+       ;;
+      esac
+      ;;
+    esac
+  fi
+  rm -rf conftest*
+  ;;
+esac
+
+need_locks="$enable_libtool_lock"
+])# _LT_ENABLE_LOCK
+
+
+# _LT_CMD_OLD_ARCHIVE
+# -------------------
+m4_defun([_LT_CMD_OLD_ARCHIVE],
+[AC_CHECK_TOOL(AR, ar, false)
+test -z "$AR" && AR=ar
+test -z "$AR_FLAGS" && AR_FLAGS=cru
+_LT_DECL([], [AR], [1], [The archiver])
+_LT_DECL([], [AR_FLAGS], [1])
+
+AC_CHECK_TOOL(STRIP, strip, :)
+test -z "$STRIP" && STRIP=:
+_LT_DECL([], [STRIP], [1], [A symbol stripping program])
+
+AC_CHECK_TOOL(RANLIB, ranlib, :)
+test -z "$RANLIB" && RANLIB=:
+_LT_DECL([], [RANLIB], [1],
+    [Commands used to install an old-style archive])
+
+# Determine commands to create old-style static archives.
+old_archive_cmds='$AR $AR_FLAGS $oldlib$oldobjs'
+old_postinstall_cmds='chmod 644 $oldlib'
+old_postuninstall_cmds=
+
+if test -n "$RANLIB"; then
+  case $host_os in
+  openbsd*)
+    old_postinstall_cmds="$old_postinstall_cmds~\$RANLIB -t \$oldlib"
+    ;;
+  *)
+    old_postinstall_cmds="$old_postinstall_cmds~\$RANLIB \$oldlib"
+    ;;
+  esac
+  old_archive_cmds="$old_archive_cmds~\$RANLIB \$oldlib"
+fi
+_LT_DECL([], [old_postinstall_cmds], [2])
+_LT_DECL([], [old_postuninstall_cmds], [2])
+_LT_TAGDECL([], [old_archive_cmds], [2],
+    [Commands used to build an old-style archive])
+])# _LT_CMD_OLD_ARCHIVE
+
+
+# _LT_COMPILER_OPTION(MESSAGE, VARIABLE-NAME, FLAGS,
+#              [OUTPUT-FILE], [ACTION-SUCCESS], [ACTION-FAILURE])
+# ----------------------------------------------------------------
+# Check whether the given compiler option works
+AC_DEFUN([_LT_COMPILER_OPTION],
+[m4_require([_LT_FILEUTILS_DEFAULTS])dnl
+m4_require([_LT_DECL_SED])dnl
+AC_CACHE_CHECK([$1], [$2],
+  [$2=no
+   m4_if([$4], , [ac_outfile=conftest.$ac_objext], [ac_outfile=$4])
+   echo "$lt_simple_compile_test_code" > conftest.$ac_ext
+   lt_compiler_flag="$3"
+   # Insert the option either (1) after the last *FLAGS variable, or
+   # (2) before a word containing "conftest.", or (3) at the end.
+   # Note that $ac_compile itself does not contain backslashes and begins
+   # with a dollar sign (not a hyphen), so the echo should work correctly.
+   # The option is referenced via a variable to avoid confusing sed.
+   lt_compile=`echo "$ac_compile" | $SED \
+   -e 's:.*FLAGS}\{0,1\} :&$lt_compiler_flag :; t' \
+   -e 's: [[^ ]]*conftest\.: $lt_compiler_flag&:; t' \
+   -e 's:$: $lt_compiler_flag:'`
+   (eval echo "\"\$as_me:__oline__: $lt_compile\"" >&AS_MESSAGE_LOG_FD)
+   (eval "$lt_compile" 2>conftest.err)
+   ac_status=$?
+   cat conftest.err >&AS_MESSAGE_LOG_FD
+   echo "$as_me:__oline__: \$? = $ac_status" >&AS_MESSAGE_LOG_FD
+   if (exit $ac_status) && test -s "$ac_outfile"; then
+     # The compiler can only warn and ignore the option if not recognized
+     # So say no if there are warnings other than the usual output.
+     $ECHO "X$_lt_compiler_boilerplate" | $Xsed -e '/^$/d' >conftest.exp
+     $SED '/^$/d; /^ *+/d' conftest.err >conftest.er2
+     if test ! -s conftest.er2 || diff conftest.exp conftest.er2 >/dev/null; then
+       $2=yes
+     fi
+   fi
+   $RM conftest*
+])
+
+if test x"[$]$2" = xyes; then
+    m4_if([$5], , :, [$5])
+else
+    m4_if([$6], , :, [$6])
+fi
+])# _LT_COMPILER_OPTION
+
+# Old name:
+AU_ALIAS([AC_LIBTOOL_COMPILER_OPTION], [_LT_COMPILER_OPTION])
+dnl aclocal-1.4 backwards compatibility:
+dnl AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_COMPILER_OPTION], [])
+
+
+# _LT_LINKER_OPTION(MESSAGE, VARIABLE-NAME, FLAGS,
+#                  [ACTION-SUCCESS], [ACTION-FAILURE])
+# ----------------------------------------------------
+# Check whether the given linker option works
+AC_DEFUN([_LT_LINKER_OPTION],
+[m4_require([_LT_FILEUTILS_DEFAULTS])dnl
+m4_require([_LT_DECL_SED])dnl
+AC_CACHE_CHECK([$1], [$2],
+  [$2=no
+   save_LDFLAGS="$LDFLAGS"
+   LDFLAGS="$LDFLAGS $3"
+   echo "$lt_simple_link_test_code" > conftest.$ac_ext
+   if (eval $ac_link 2>conftest.err) && test -s conftest$ac_exeext; then
+     # The linker can only warn and ignore the option if not recognized
+     # So say no if there are warnings
+     if test -s conftest.err; then
+       # Append any errors to the config.log.
+       cat conftest.err 1>&AS_MESSAGE_LOG_FD
+       $ECHO "X$_lt_linker_boilerplate" | $Xsed -e '/^$/d' > conftest.exp
+       $SED '/^$/d; /^ *+/d' conftest.err >conftest.er2
+       if diff conftest.exp conftest.er2 >/dev/null; then
+         $2=yes
+       fi
+     else
+       $2=yes
+     fi
+   fi
+   $RM -r conftest*
+   LDFLAGS="$save_LDFLAGS"
+])
+
+if test x"[$]$2" = xyes; then
+    m4_if([$4], , :, [$4])
+else
+    m4_if([$5], , :, [$5])
+fi
+])# _LT_LINKER_OPTION
+
+# Old name:
+AU_ALIAS([AC_LIBTOOL_LINKER_OPTION], [_LT_LINKER_OPTION])
+dnl aclocal-1.4 backwards compatibility:
+dnl AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_LINKER_OPTION], [])
+
+
+# LT_CMD_MAX_LEN
+#---------------
+AC_DEFUN([LT_CMD_MAX_LEN],
+[AC_REQUIRE([AC_CANONICAL_HOST])dnl
+# find the maximum length of command line arguments
+AC_MSG_CHECKING([the maximum length of command line arguments])
+AC_CACHE_VAL([lt_cv_sys_max_cmd_len], [dnl
+  i=0
+  teststring="ABCD"
+
+  case $build_os in
+  msdosdjgpp*)
+    # On DJGPP, this test can blow up pretty badly due to problems in libc
+    # (any single argument exceeding 2000 bytes causes a buffer overrun
+    # during glob expansion).  Even if it were fixed, the result of this
+    # check would be larger than it should be.
+    lt_cv_sys_max_cmd_len=12288;    # 12K is about right
+    ;;
+
+  gnu*)
+    # Under GNU Hurd, this test is not required because there is
+    # no limit to the length of command line arguments.
+    # Libtool will interpret -1 as no limit whatsoever
+    lt_cv_sys_max_cmd_len=-1;
+    ;;
+
+  cygwin* | mingw* | cegcc*)
+    # On Win9x/ME, this test blows up -- it succeeds, but takes
+    # about 5 minutes as the teststring grows exponentially.
+    # Worse, since 9x/ME are not pre-emptively multitasking,
+    # you end up with a "frozen" computer, even though with patience
+    # the test eventually succeeds (with a max line length of 256k).
+    # Instead, let's just punt: use the minimum linelength reported by
+    # all of the supported platforms: 8192 (on NT/2K/XP).
+    lt_cv_sys_max_cmd_len=8192;
+    ;;
+
+  amigaos*)
+    # On AmigaOS with pdksh, this test takes hours, literally.
+    # So we just punt and use a minimum line length of 8192.
+    lt_cv_sys_max_cmd_len=8192;
+    ;;
+
+  netbsd* | freebsd* | openbsd* | darwin* | dragonfly*)
+    # This has been around since 386BSD, at least.  Likely further.
+    if test -x /sbin/sysctl; then
+      lt_cv_sys_max_cmd_len=`/sbin/sysctl -n kern.argmax`
+    elif test -x /usr/sbin/sysctl; then
+      lt_cv_sys_max_cmd_len=`/usr/sbin/sysctl -n kern.argmax`
+    else
+      lt_cv_sys_max_cmd_len=65536      # usable default for all BSDs
+    fi
+    # And add a safety zone
+    lt_cv_sys_max_cmd_len=`expr $lt_cv_sys_max_cmd_len \/ 4`
+    lt_cv_sys_max_cmd_len=`expr $lt_cv_sys_max_cmd_len \* 3`
+    ;;
+
+  interix*)
+    # We know the value 262144 and hardcode it with a safety zone (like BSD)
+    lt_cv_sys_max_cmd_len=196608
+    ;;
+
+  osf*)
+    # Dr. Hans Ekkehard Plesser reports seeing a kernel panic running configure
+    # due to this test when exec_disable_arg_limit is 1 on Tru64. It is not
+    # nice to cause kernel panics so lets avoid the loop below.
+    # First set a reasonable default.
+    lt_cv_sys_max_cmd_len=16384
+    #
+    if test -x /sbin/sysconfig; then
+      case `/sbin/sysconfig -q proc exec_disable_arg_limit` in
+        *1*) lt_cv_sys_max_cmd_len=-1 ;;
+      esac
+    fi
+    ;;
+  sco3.2v5*)
+    lt_cv_sys_max_cmd_len=102400
+    ;;
+  sysv5* | sco5v6* | sysv4.2uw2*)
+    kargmax=`grep ARG_MAX /etc/conf/cf.d/stune 2>/dev/null`
+    if test -n "$kargmax"; then
+      lt_cv_sys_max_cmd_len=`echo $kargmax | sed 's/.*[[        ]]//'`
+    else
+      lt_cv_sys_max_cmd_len=32768
+    fi
+    ;;
+  *)
+    lt_cv_sys_max_cmd_len=`(getconf ARG_MAX) 2> /dev/null`
+    if test -n "$lt_cv_sys_max_cmd_len"; then
+      lt_cv_sys_max_cmd_len=`expr $lt_cv_sys_max_cmd_len \/ 4`
+      lt_cv_sys_max_cmd_len=`expr $lt_cv_sys_max_cmd_len \* 3`
+    else
+      # Make teststring a little bigger before we do anything with it.
+      # a 1K string should be a reasonable start.
+      for i in 1 2 3 4 5 6 7 8 ; do
+        teststring=$teststring$teststring
+      done
+      SHELL=${SHELL-${CONFIG_SHELL-/bin/sh}}
+      # If test is not a shell built-in, we'll probably end up computing a
+      # maximum length that is only half of the actual maximum length, but
+      # we can't tell.
+      while { test "X"`$SHELL [$]0 --fallback-echo "X$teststring$teststring" 2>/dev/null` \
+                = "XX$teststring$teststring"; } >/dev/null 2>&1 &&
+             test $i != 17 # 1/2 MB should be enough
+      do
+        i=`expr $i + 1`
+        teststring=$teststring$teststring
+      done
+      # Only check the string length outside the loop.
+      lt_cv_sys_max_cmd_len=`expr "X$teststring" : ".*" 2>&1`
+      teststring=
+      # Add a significant safety factor because C++ compilers can tack on
+      # massive amounts of additional arguments before passing them to the
+      # linker.  It appears as though 1/2 is a usable value.
+      lt_cv_sys_max_cmd_len=`expr $lt_cv_sys_max_cmd_len \/ 2`
+    fi
+    ;;
+  esac
+])
+if test -n $lt_cv_sys_max_cmd_len ; then
+  AC_MSG_RESULT($lt_cv_sys_max_cmd_len)
+else
+  AC_MSG_RESULT(none)
+fi
+max_cmd_len=$lt_cv_sys_max_cmd_len
+_LT_DECL([], [max_cmd_len], [0],
+    [What is the maximum length of a command?])
+])# LT_CMD_MAX_LEN
+
+# Old name:
+AU_ALIAS([AC_LIBTOOL_SYS_MAX_CMD_LEN], [LT_CMD_MAX_LEN])
+dnl aclocal-1.4 backwards compatibility:
+dnl AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_SYS_MAX_CMD_LEN], [])
+
+
+# _LT_HEADER_DLFCN
+# ----------------
+m4_defun([_LT_HEADER_DLFCN],
+[AC_CHECK_HEADERS([dlfcn.h], [], [], [AC_INCLUDES_DEFAULT])dnl
+])# _LT_HEADER_DLFCN
+
+
+# _LT_TRY_DLOPEN_SELF (ACTION-IF-TRUE, ACTION-IF-TRUE-W-USCORE,
+#                      ACTION-IF-FALSE, ACTION-IF-CROSS-COMPILING)
+# ----------------------------------------------------------------
+m4_defun([_LT_TRY_DLOPEN_SELF],
+[m4_require([_LT_HEADER_DLFCN])dnl
+if test "$cross_compiling" = yes; then :
+  [$4]
+else
+  lt_dlunknown=0; lt_dlno_uscore=1; lt_dlneed_uscore=2
+  lt_status=$lt_dlunknown
+  cat > conftest.$ac_ext <<_LT_EOF
+[#line __oline__ "configure"
+#include "confdefs.h"
+
+#if HAVE_DLFCN_H
+#include <dlfcn.h>
+#endif
+
+#include <stdio.h>
+
+#ifdef RTLD_GLOBAL
+#  define LT_DLGLOBAL          RTLD_GLOBAL
+#else
+#  ifdef DL_GLOBAL
+#    define LT_DLGLOBAL                DL_GLOBAL
+#  else
+#    define LT_DLGLOBAL                0
+#  endif
+#endif
+
+/* We may have to define LT_DLLAZY_OR_NOW in the command line if we
+   find out it does not work in some platform. */
+#ifndef LT_DLLAZY_OR_NOW
+#  ifdef RTLD_LAZY
+#    define LT_DLLAZY_OR_NOW           RTLD_LAZY
+#  else
+#    ifdef DL_LAZY
+#      define LT_DLLAZY_OR_NOW         DL_LAZY
+#    else
+#      ifdef RTLD_NOW
+#        define LT_DLLAZY_OR_NOW       RTLD_NOW
+#      else
+#        ifdef DL_NOW
+#          define LT_DLLAZY_OR_NOW     DL_NOW
+#        else
+#          define LT_DLLAZY_OR_NOW     0
+#        endif
+#      endif
+#    endif
+#  endif
+#endif
+
+void fnord() { int i=42;}
+int main ()
+{
+  void *self = dlopen (0, LT_DLGLOBAL|LT_DLLAZY_OR_NOW);
+  int status = $lt_dlunknown;
+
+  if (self)
+    {
+      if (dlsym (self,"fnord"))       status = $lt_dlno_uscore;
+      else if (dlsym( self,"_fnord")) status = $lt_dlneed_uscore;
+      /* dlclose (self); */
+    }
+  else
+    puts (dlerror ());
+
+  return status;
+}]
+_LT_EOF
+  if AC_TRY_EVAL(ac_link) && test -s conftest${ac_exeext} 2>/dev/null; then
+    (./conftest; exit; ) >&AS_MESSAGE_LOG_FD 2>/dev/null
+    lt_status=$?
+    case x$lt_status in
+      x$lt_dlno_uscore) $1 ;;
+      x$lt_dlneed_uscore) $2 ;;
+      x$lt_dlunknown|x*) $3 ;;
+    esac
+  else :
+    # compilation failed
+    $3
+  fi
+fi
+rm -fr conftest*
+])# _LT_TRY_DLOPEN_SELF
+
+
+# LT_SYS_DLOPEN_SELF
+# ------------------
+AC_DEFUN([LT_SYS_DLOPEN_SELF],
+[m4_require([_LT_HEADER_DLFCN])dnl
+if test "x$enable_dlopen" != xyes; then
+  enable_dlopen=unknown
+  enable_dlopen_self=unknown
+  enable_dlopen_self_static=unknown
+else
+  lt_cv_dlopen=no
+  lt_cv_dlopen_libs=
+
+  case $host_os in
+  beos*)
+    lt_cv_dlopen="load_add_on"
+    lt_cv_dlopen_libs=
+    lt_cv_dlopen_self=yes
+    ;;
+
+  mingw* | pw32* | cegcc*)
+    lt_cv_dlopen="LoadLibrary"
+    lt_cv_dlopen_libs=
+    ;;
+
+  cygwin*)
+    lt_cv_dlopen="dlopen"
+    lt_cv_dlopen_libs=
+    ;;
+
+  darwin*)
+  # if libdl is installed we need to link against it
+    AC_CHECK_LIB([dl], [dlopen],
+               [lt_cv_dlopen="dlopen" lt_cv_dlopen_libs="-ldl"],[
+    lt_cv_dlopen="dyld"
+    lt_cv_dlopen_libs=
+    lt_cv_dlopen_self=yes
+    ])
+    ;;
+
+  *)
+    AC_CHECK_FUNC([shl_load],
+         [lt_cv_dlopen="shl_load"],
+      [AC_CHECK_LIB([dld], [shl_load],
+           [lt_cv_dlopen="shl_load" lt_cv_dlopen_libs="-ldld"],
+       [AC_CHECK_FUNC([dlopen],
+             [lt_cv_dlopen="dlopen"],
+         [AC_CHECK_LIB([dl], [dlopen],
+               [lt_cv_dlopen="dlopen" lt_cv_dlopen_libs="-ldl"],
+           [AC_CHECK_LIB([svld], [dlopen],
+                 [lt_cv_dlopen="dlopen" lt_cv_dlopen_libs="-lsvld"],
+             [AC_CHECK_LIB([dld], [dld_link],
+                   [lt_cv_dlopen="dld_link" lt_cv_dlopen_libs="-ldld"])
+             ])
+           ])
+         ])
+       ])
+      ])
+    ;;
+  esac
+
+  if test "x$lt_cv_dlopen" != xno; then
+    enable_dlopen=yes
+  else
+    enable_dlopen=no
+  fi
+
+  case $lt_cv_dlopen in
+  dlopen)
+    save_CPPFLAGS="$CPPFLAGS"
+    test "x$ac_cv_header_dlfcn_h" = xyes && CPPFLAGS="$CPPFLAGS -DHAVE_DLFCN_H"
+
+    save_LDFLAGS="$LDFLAGS"
+    wl=$lt_prog_compiler_wl eval LDFLAGS=\"\$LDFLAGS $export_dynamic_flag_spec\"
+
+    save_LIBS="$LIBS"
+    LIBS="$lt_cv_dlopen_libs $LIBS"
+
+    AC_CACHE_CHECK([whether a program can dlopen itself],
+         lt_cv_dlopen_self, [dnl
+         _LT_TRY_DLOPEN_SELF(
+           lt_cv_dlopen_self=yes, lt_cv_dlopen_self=yes,
+           lt_cv_dlopen_self=no, lt_cv_dlopen_self=cross)
+    ])
+
+    if test "x$lt_cv_dlopen_self" = xyes; then
+      wl=$lt_prog_compiler_wl eval LDFLAGS=\"\$LDFLAGS $lt_prog_compiler_static\"
+      AC_CACHE_CHECK([whether a statically linked program can dlopen itself],
+         lt_cv_dlopen_self_static, [dnl
+         _LT_TRY_DLOPEN_SELF(
+           lt_cv_dlopen_self_static=yes, lt_cv_dlopen_self_static=yes,
+           lt_cv_dlopen_self_static=no,  lt_cv_dlopen_self_static=cross)
+      ])
+    fi
+
+    CPPFLAGS="$save_CPPFLAGS"
+    LDFLAGS="$save_LDFLAGS"
+    LIBS="$save_LIBS"
+    ;;
+  esac
+
+  case $lt_cv_dlopen_self in
+  yes|no) enable_dlopen_self=$lt_cv_dlopen_self ;;
+  *) enable_dlopen_self=unknown ;;
+  esac
+
+  case $lt_cv_dlopen_self_static in
+  yes|no) enable_dlopen_self_static=$lt_cv_dlopen_self_static ;;
+  *) enable_dlopen_self_static=unknown ;;
+  esac
+fi
+_LT_DECL([dlopen_support], [enable_dlopen], [0],
+        [Whether dlopen is supported])
+_LT_DECL([dlopen_self], [enable_dlopen_self], [0],
+        [Whether dlopen of programs is supported])
+_LT_DECL([dlopen_self_static], [enable_dlopen_self_static], [0],
+        [Whether dlopen of statically linked programs is supported])
+])# LT_SYS_DLOPEN_SELF
+
+# Old name:
+AU_ALIAS([AC_LIBTOOL_DLOPEN_SELF], [LT_SYS_DLOPEN_SELF])
+dnl aclocal-1.4 backwards compatibility:
+dnl AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_DLOPEN_SELF], [])
+
+
+# _LT_COMPILER_C_O([TAGNAME])
+# ---------------------------
+# Check to see if options -c and -o are simultaneously supported by compiler.
+# This macro does not hard code the compiler like AC_PROG_CC_C_O.
+m4_defun([_LT_COMPILER_C_O],
+[m4_require([_LT_DECL_SED])dnl
+m4_require([_LT_FILEUTILS_DEFAULTS])dnl
+m4_require([_LT_TAG_COMPILER])dnl
+AC_CACHE_CHECK([if $compiler supports -c -o file.$ac_objext],
+  [_LT_TAGVAR(lt_cv_prog_compiler_c_o, $1)],
+  [_LT_TAGVAR(lt_cv_prog_compiler_c_o, $1)=no
+   $RM -r conftest 2>/dev/null
+   mkdir conftest
+   cd conftest
+   mkdir out
+   echo "$lt_simple_compile_test_code" > conftest.$ac_ext
+
+   lt_compiler_flag="-o out/conftest2.$ac_objext"
+   # Insert the option either (1) after the last *FLAGS variable, or
+   # (2) before a word containing "conftest.", or (3) at the end.
+   # Note that $ac_compile itself does not contain backslashes and begins
+   # with a dollar sign (not a hyphen), so the echo should work correctly.
+   lt_compile=`echo "$ac_compile" | $SED \
+   -e 's:.*FLAGS}\{0,1\} :&$lt_compiler_flag :; t' \
+   -e 's: [[^ ]]*conftest\.: $lt_compiler_flag&:; t' \
+   -e 's:$: $lt_compiler_flag:'`
+   (eval echo "\"\$as_me:__oline__: $lt_compile\"" >&AS_MESSAGE_LOG_FD)
+   (eval "$lt_compile" 2>out/conftest.err)
+   ac_status=$?
+   cat out/conftest.err >&AS_MESSAGE_LOG_FD
+   echo "$as_me:__oline__: \$? = $ac_status" >&AS_MESSAGE_LOG_FD
+   if (exit $ac_status) && test -s out/conftest2.$ac_objext
+   then
+     # The compiler can only warn and ignore the option if not recognized
+     # So say no if there are warnings
+     $ECHO "X$_lt_compiler_boilerplate" | $Xsed -e '/^$/d' > out/conftest.exp
+     $SED '/^$/d; /^ *+/d' out/conftest.err >out/conftest.er2
+     if test ! -s out/conftest.er2 || diff out/conftest.exp out/conftest.er2 >/dev/null; then
+       _LT_TAGVAR(lt_cv_prog_compiler_c_o, $1)=yes
+     fi
+   fi
+   chmod u+w . 2>&AS_MESSAGE_LOG_FD
+   $RM conftest*
+   # SGI C++ compiler will create directory out/ii_files/ for
+   # template instantiation
+   test -d out/ii_files && $RM out/ii_files/* && rmdir out/ii_files
+   $RM out/* && rmdir out
+   cd ..
+   $RM -r conftest
+   $RM conftest*
+])
+_LT_TAGDECL([compiler_c_o], [lt_cv_prog_compiler_c_o], [1],
+       [Does compiler simultaneously support -c and -o options?])
+])# _LT_COMPILER_C_O
+
+
+# _LT_COMPILER_FILE_LOCKS([TAGNAME])
+# ----------------------------------
+# Check to see if we can do hard links to lock some files if needed
+m4_defun([_LT_COMPILER_FILE_LOCKS],
+[m4_require([_LT_ENABLE_LOCK])dnl
+m4_require([_LT_FILEUTILS_DEFAULTS])dnl
+_LT_COMPILER_C_O([$1])
+
+hard_links="nottested"
+if test "$_LT_TAGVAR(lt_cv_prog_compiler_c_o, $1)" = no && test "$need_locks" != no; then
+  # do not overwrite the value of need_locks provided by the user
+  AC_MSG_CHECKING([if we can lock with hard links])
+  hard_links=yes
+  $RM conftest*
+  ln conftest.a conftest.b 2>/dev/null && hard_links=no
+  touch conftest.a
+  ln conftest.a conftest.b 2>&5 || hard_links=no
+  ln conftest.a conftest.b 2>/dev/null && hard_links=no
+  AC_MSG_RESULT([$hard_links])
+  if test "$hard_links" = no; then
+    AC_MSG_WARN([`$CC' does not support `-c -o', so `make -j' may be unsafe])
+    need_locks=warn
+  fi
+else
+  need_locks=no
+fi
+_LT_DECL([], [need_locks], [1], [Must we lock files when doing compilation?])
+])# _LT_COMPILER_FILE_LOCKS
+
+
+# _LT_CHECK_OBJDIR
+# ----------------
+m4_defun([_LT_CHECK_OBJDIR],
+[AC_CACHE_CHECK([for objdir], [lt_cv_objdir],
+[rm -f .libs 2>/dev/null
+mkdir .libs 2>/dev/null
+if test -d .libs; then
+  lt_cv_objdir=.libs
+else
+  # MS-DOS does not allow filenames that begin with a dot.
+  lt_cv_objdir=_libs
+fi
+rmdir .libs 2>/dev/null])
+objdir=$lt_cv_objdir
+_LT_DECL([], [objdir], [0],
+         [The name of the directory that contains temporary libtool files])dnl
+m4_pattern_allow([LT_OBJDIR])dnl
+AC_DEFINE_UNQUOTED(LT_OBJDIR, "$lt_cv_objdir/",
+  [Define to the sub-directory in which libtool stores uninstalled libraries.])
+])# _LT_CHECK_OBJDIR
+
+
+# _LT_LINKER_HARDCODE_LIBPATH([TAGNAME])
+# --------------------------------------
+# Check hardcoding attributes.
+m4_defun([_LT_LINKER_HARDCODE_LIBPATH],
+[AC_MSG_CHECKING([how to hardcode library paths into programs])
+_LT_TAGVAR(hardcode_action, $1)=
+if test -n "$_LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)" ||
+   test -n "$_LT_TAGVAR(runpath_var, $1)" ||
+   test "X$_LT_TAGVAR(hardcode_automatic, $1)" = "Xyes" ; then
+
+  # We can hardcode non-existent directories.
+  if test "$_LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)" != no &&
+     # If the only mechanism to avoid hardcoding is shlibpath_var, we
+     # have to relink, otherwise we might link with an installed library
+     # when we should be linking with a yet-to-be-installed one
+     ## test "$_LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)" != no &&
+     test "$_LT_TAGVAR(hardcode_minus_L, $1)" != no; then
+    # Linking always hardcodes the temporary library directory.
+    _LT_TAGVAR(hardcode_action, $1)=relink
+  else
+    # We can link without hardcoding, and we can hardcode nonexisting dirs.
+    _LT_TAGVAR(hardcode_action, $1)=immediate
+  fi
+else
+  # We cannot hardcode anything, or else we can only hardcode existing
+  # directories.
+  _LT_TAGVAR(hardcode_action, $1)=unsupported
+fi
+AC_MSG_RESULT([$_LT_TAGVAR(hardcode_action, $1)])
+
+if test "$_LT_TAGVAR(hardcode_action, $1)" = relink ||
+   test "$_LT_TAGVAR(inherit_rpath, $1)" = yes; then
+  # Fast installation is not supported
+  enable_fast_install=no
+elif test "$shlibpath_overrides_runpath" = yes ||
+     test "$enable_shared" = no; then
+  # Fast installation is not necessary
+  enable_fast_install=needless
+fi
+_LT_TAGDECL([], [hardcode_action], [0],
+    [How to hardcode a shared library path into an executable])
+])# _LT_LINKER_HARDCODE_LIBPATH
+
+
+# _LT_CMD_STRIPLIB
+# ----------------
+m4_defun([_LT_CMD_STRIPLIB],
+[m4_require([_LT_DECL_EGREP])
+striplib=
+old_striplib=
+AC_MSG_CHECKING([whether stripping libraries is possible])
+if test -n "$STRIP" && $STRIP -V 2>&1 | $GREP "GNU strip" >/dev/null; then
+  test -z "$old_striplib" && old_striplib="$STRIP --strip-debug"
+  test -z "$striplib" && striplib="$STRIP --strip-unneeded"
+  AC_MSG_RESULT([yes])
+else
+# FIXME - insert some real tests, host_os isn't really good enough
+  case $host_os in
+  darwin*)
+    if test -n "$STRIP" ; then
+      striplib="$STRIP -x"
+      old_striplib="$STRIP -S"
+      AC_MSG_RESULT([yes])
+    else
+      AC_MSG_RESULT([no])
+    fi
+    ;;
+  *)
+    AC_MSG_RESULT([no])
+    ;;
+  esac
+fi
+_LT_DECL([], [old_striplib], [1], [Commands to strip libraries])
+_LT_DECL([], [striplib], [1])
+])# _LT_CMD_STRIPLIB
+
+
+# _LT_SYS_DYNAMIC_LINKER([TAG])
+# -----------------------------
+# PORTME Fill in your ld.so characteristics
+m4_defun([_LT_SYS_DYNAMIC_LINKER],
+[AC_REQUIRE([AC_CANONICAL_HOST])dnl
+m4_require([_LT_DECL_EGREP])dnl
+m4_require([_LT_FILEUTILS_DEFAULTS])dnl
+m4_require([_LT_DECL_OBJDUMP])dnl
+m4_require([_LT_DECL_SED])dnl
+AC_MSG_CHECKING([dynamic linker characteristics])
+m4_if([$1],
+       [], [
+if test "$GCC" = yes; then
+  case $host_os in
+    darwin*) lt_awk_arg="/^libraries:/,/LR/" ;;
+    *) lt_awk_arg="/^libraries:/" ;;
+  esac
+  lt_search_path_spec=`$CC -print-search-dirs | awk $lt_awk_arg | $SED -e "s/^libraries://" -e "s,=/,/,g"`
+  if $ECHO "$lt_search_path_spec" | $GREP ';' >/dev/null ; then
+    # if the path contains ";" then we assume it to be the separator
+    # otherwise default to the standard path separator (i.e. ":") - it is
+    # assumed that no part of a normal pathname contains ";" but that should
+    # okay in the real world where ";" in dirpaths is itself problematic.
+    lt_search_path_spec=`$ECHO "$lt_search_path_spec" | $SED -e 's/;/ /g'`
+  else
+    lt_search_path_spec=`$ECHO "$lt_search_path_spec" | $SED  -e "s/$PATH_SEPARATOR/ /g"`
+  fi
+  # Ok, now we have the path, separated by spaces, we can step through it
+  # and add multilib dir if necessary.
+  lt_tmp_lt_search_path_spec=
+  lt_multi_os_dir=`$CC $CPPFLAGS $CFLAGS $LDFLAGS -print-multi-os-directory 2>/dev/null`
+  for lt_sys_path in $lt_search_path_spec; do
+    if test -d "$lt_sys_path/$lt_multi_os_dir"; then
+      lt_tmp_lt_search_path_spec="$lt_tmp_lt_search_path_spec $lt_sys_path/$lt_multi_os_dir"
+    else
+      test -d "$lt_sys_path" && \
+       lt_tmp_lt_search_path_spec="$lt_tmp_lt_search_path_spec $lt_sys_path"
+    fi
+  done
+  lt_search_path_spec=`$ECHO $lt_tmp_lt_search_path_spec | awk '
+BEGIN {RS=" "; FS="/|\n";} {
+  lt_foo="";
+  lt_count=0;
+  for (lt_i = NF; lt_i > 0; lt_i--) {
+    if ($lt_i != "" && $lt_i != ".") {
+      if ($lt_i == "..") {
+        lt_count++;
+      } else {
+        if (lt_count == 0) {
+          lt_foo="/" $lt_i lt_foo;
+        } else {
+          lt_count--;
+        }
+      }
+    }
+  }
+  if (lt_foo != "") { lt_freq[[lt_foo]]++; }
+  if (lt_freq[[lt_foo]] == 1) { print lt_foo; }
+}'`
+  sys_lib_search_path_spec=`$ECHO $lt_search_path_spec`
+else
+  sys_lib_search_path_spec="/lib /usr/lib /usr/local/lib"
+fi])
+library_names_spec=
+libname_spec='lib$name'
+soname_spec=
+shrext_cmds=".so"
+postinstall_cmds=
+postuninstall_cmds=
+finish_cmds=
+finish_eval=
+shlibpath_var=
+shlibpath_overrides_runpath=unknown
+version_type=none
+dynamic_linker="$host_os ld.so"
+sys_lib_dlsearch_path_spec="/lib /usr/lib"
+need_lib_prefix=unknown
+hardcode_into_libs=no
+
+# when you set need_version to no, make sure it does not cause -set_version
+# flags to be left without arguments
+need_version=unknown
+
+case $host_os in
+aix3*)
+  version_type=linux
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix $libname.a'
+  shlibpath_var=LIBPATH
+
+  # AIX 3 has no versioning support, so we append a major version to the name.
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  ;;
+
+aix[[4-9]]*)
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  hardcode_into_libs=yes
+  if test "$host_cpu" = ia64; then
+    # AIX 5 supports IA64
+    library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major ${libname}${release}${shared_ext}$versuffix $libname${shared_ext}'
+    shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  else
+    # With GCC up to 2.95.x, collect2 would create an import file
+    # for dependence libraries.  The import file would start with
+    # the line `#! .'.  This would cause the generated library to
+    # depend on `.', always an invalid library.  This was fixed in
+    # development snapshots of GCC prior to 3.0.
+    case $host_os in
+      aix4 | aix4.[[01]] | aix4.[[01]].*)
+      if { echo '#if __GNUC__ > 2 || (__GNUC__ == 2 && __GNUC_MINOR__ >= 97)'
+          echo ' yes '
+          echo '#endif'; } | ${CC} -E - | $GREP yes > /dev/null; then
+       :
+      else
+       can_build_shared=no
+      fi
+      ;;
+    esac
+    # AIX (on Power*) has no versioning support, so currently we can not hardcode correct
+    # soname into executable. Probably we can add versioning support to
+    # collect2, so additional links can be useful in future.
+    if test "$aix_use_runtimelinking" = yes; then
+      # If using run time linking (on AIX 4.2 or later) use lib<name>.so
+      # instead of lib<name>.a to let people know that these are not
+      # typical AIX shared libraries.
+      library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+    else
+      # We preserve .a as extension for shared libraries through AIX4.2
+      # and later when we are not doing run time linking.
+      library_names_spec='${libname}${release}.a $libname.a'
+      soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+    fi
+    shlibpath_var=LIBPATH
+  fi
+  ;;
+
+amigaos*)
+  case $host_cpu in
+  powerpc)
+    # Since July 2007 AmigaOS4 officially supports .so libraries.
+    # When compiling the executable, add -use-dynld -Lsobjs: to the compileline.
+    library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+    ;;
+  m68k)
+    library_names_spec='$libname.ixlibrary $libname.a'
+    # Create ${libname}_ixlibrary.a entries in /sys/libs.
+    finish_eval='for lib in `ls $libdir/*.ixlibrary 2>/dev/null`; do libname=`$ECHO "X$lib" | $Xsed -e '\''s%^.*/\([[^/]]*\)\.ixlibrary$%\1%'\''`; test $RM /sys/libs/${libname}_ixlibrary.a; $show "cd /sys/libs && $LN_S $lib ${libname}_ixlibrary.a"; cd /sys/libs && $LN_S $lib ${libname}_ixlibrary.a || exit 1; done'
+    ;;
+  esac
+  ;;
+
+beos*)
+  library_names_spec='${libname}${shared_ext}'
+  dynamic_linker="$host_os ld.so"
+  shlibpath_var=LIBRARY_PATH
+  ;;
+
+bsdi[[45]]*)
+  version_type=linux
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  finish_cmds='PATH="\$PATH:/sbin" ldconfig $libdir'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  sys_lib_search_path_spec="/shlib /usr/lib /usr/X11/lib /usr/contrib/lib /lib /usr/local/lib"
+  sys_lib_dlsearch_path_spec="/shlib /usr/lib /usr/local/lib"
+  # the default ld.so.conf also contains /usr/contrib/lib and
+  # /usr/X11R6/lib (/usr/X11 is a link to /usr/X11R6), but let us allow
+  # libtool to hard-code these into programs
+  ;;
+
+cygwin* | mingw* | pw32* | cegcc*)
+  version_type=windows
+  shrext_cmds=".dll"
+  need_version=no
+  need_lib_prefix=no
+
+  case $GCC,$host_os in
+  yes,cygwin* | yes,mingw* | yes,pw32* | yes,cegcc*)
+    library_names_spec='$libname.dll.a'
+    # DLL is installed to $(libdir)/../bin by postinstall_cmds
+    postinstall_cmds='base_file=`basename \${file}`~
+      dlpath=`$SHELL 2>&1 -c '\''. $dir/'\''\${base_file}'\''i; echo \$dlname'\''`~
+      dldir=$destdir/`dirname \$dlpath`~
+      test -d \$dldir || mkdir -p \$dldir~
+      $install_prog $dir/$dlname \$dldir/$dlname~
+      chmod a+x \$dldir/$dlname~
+      if test -n '\''$stripme'\'' && test -n '\''$striplib'\''; then
+        eval '\''$striplib \$dldir/$dlname'\'' || exit \$?;
+      fi'
+    postuninstall_cmds='dldll=`$SHELL 2>&1 -c '\''. $file; echo \$dlname'\''`~
+      dlpath=$dir/\$dldll~
+       $RM \$dlpath'
+    shlibpath_overrides_runpath=yes
+
+    case $host_os in
+    cygwin*)
+      # Cygwin DLLs use 'cyg' prefix rather than 'lib'
+      soname_spec='`echo ${libname} | sed -e 's/^lib/cyg/'``echo ${release} | $SED -e 's/[[.]]/-/g'`${versuffix}${shared_ext}'
+      sys_lib_search_path_spec="/usr/lib /lib/w32api /lib /usr/local/lib"
+      ;;
+    mingw* | cegcc*)
+      # MinGW DLLs use traditional 'lib' prefix
+      soname_spec='${libname}`echo ${release} | $SED -e 's/[[.]]/-/g'`${versuffix}${shared_ext}'
+      sys_lib_search_path_spec=`$CC -print-search-dirs | $GREP "^libraries:" | $SED -e "s/^libraries://" -e "s,=/,/,g"`
+      if $ECHO "$sys_lib_search_path_spec" | [$GREP ';[c-zC-Z]:/' >/dev/null]; then
+        # It is most probably a Windows format PATH printed by
+        # mingw gcc, but we are running on Cygwin. Gcc prints its search
+        # path with ; separators, and with drive letters. We can handle the
+        # drive letters (cygwin fileutils understands them), so leave them,
+        # especially as we might pass files found there to a mingw objdump,
+        # which wouldn't understand a cygwinified path. Ahh.
+        sys_lib_search_path_spec=`$ECHO "$sys_lib_search_path_spec" | $SED -e 's/;/ /g'`
+      else
+        sys_lib_search_path_spec=`$ECHO "$sys_lib_search_path_spec" | $SED  -e "s/$PATH_SEPARATOR/ /g"`
+      fi
+      ;;
+    pw32*)
+      # pw32 DLLs use 'pw' prefix rather than 'lib'
+      library_names_spec='`echo ${libname} | sed -e 's/^lib/pw/'``echo ${release} | $SED -e 's/[[.]]/-/g'`${versuffix}${shared_ext}'
+      ;;
+    esac
+    ;;
+
+  *)
+    library_names_spec='${libname}`echo ${release} | $SED -e 's/[[.]]/-/g'`${versuffix}${shared_ext} $libname.lib'
+    ;;
+  esac
+  dynamic_linker='Win32 ld.exe'
+  # FIXME: first we should search . and the directory the executable is in
+  shlibpath_var=PATH
+  ;;
+
+darwin* | rhapsody*)
+  dynamic_linker="$host_os dyld"
+  version_type=darwin
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${major}$shared_ext ${libname}$shared_ext'
+  soname_spec='${libname}${release}${major}$shared_ext'
+  shlibpath_overrides_runpath=yes
+  shlibpath_var=DYLD_LIBRARY_PATH
+  shrext_cmds='`test .$module = .yes && echo .so || echo .dylib`'
+m4_if([$1], [],[
+  sys_lib_search_path_spec="$sys_lib_search_path_spec /usr/local/lib"])
+  sys_lib_dlsearch_path_spec='/usr/local/lib /lib /usr/lib'
+  ;;
+
+dgux*)
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname$shared_ext'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  ;;
+
+freebsd1*)
+  dynamic_linker=no
+  ;;
+
+freebsd* | dragonfly*)
+  # DragonFly does not have aout.  When/if they implement a new
+  # versioning mechanism, adjust this.
+  if test -x /usr/bin/objformat; then
+    objformat=`/usr/bin/objformat`
+  else
+    case $host_os in
+    freebsd[[123]]*) objformat=aout ;;
+    *) objformat=elf ;;
+    esac
+  fi
+  version_type=freebsd-$objformat
+  case $version_type in
+    freebsd-elf*)
+      library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext} $libname${shared_ext}'
+      need_version=no
+      need_lib_prefix=no
+      ;;
+    freebsd-*)
+      library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix $libname${shared_ext}$versuffix'
+      need_version=yes
+      ;;
+  esac
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  case $host_os in
+  freebsd2*)
+    shlibpath_overrides_runpath=yes
+    ;;
+  freebsd3.[[01]]* | freebsdelf3.[[01]]*)
+    shlibpath_overrides_runpath=yes
+    hardcode_into_libs=yes
+    ;;
+  freebsd3.[[2-9]]* | freebsdelf3.[[2-9]]* | \
+  freebsd4.[[0-5]] | freebsdelf4.[[0-5]] | freebsd4.1.1 | freebsdelf4.1.1)
+    shlibpath_overrides_runpath=no
+    hardcode_into_libs=yes
+    ;;
+  *) # from 4.6 on, and DragonFly
+    shlibpath_overrides_runpath=yes
+    hardcode_into_libs=yes
+    ;;
+  esac
+  ;;
+
+gnu*)
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}${major} ${libname}${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  hardcode_into_libs=yes
+  ;;
+
+hpux9* | hpux10* | hpux11*)
+  # Give a soname corresponding to the major version so that dld.sl refuses to
+  # link against other versions.
+  version_type=sunos
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  case $host_cpu in
+  ia64*)
+    shrext_cmds='.so'
+    hardcode_into_libs=yes
+    dynamic_linker="$host_os dld.so"
+    shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+    shlibpath_overrides_runpath=yes # Unless +noenvvar is specified.
+    library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+    soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+    if test "X$HPUX_IA64_MODE" = X32; then
+      sys_lib_search_path_spec="/usr/lib/hpux32 /usr/local/lib/hpux32 /usr/local/lib"
+    else
+      sys_lib_search_path_spec="/usr/lib/hpux64 /usr/local/lib/hpux64"
+    fi
+    sys_lib_dlsearch_path_spec=$sys_lib_search_path_spec
+    ;;
+  hppa*64*)
+    shrext_cmds='.sl'
+    hardcode_into_libs=yes
+    dynamic_linker="$host_os dld.sl"
+    shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH # How should we handle SHLIB_PATH
+    shlibpath_overrides_runpath=yes # Unless +noenvvar is specified.
+    library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+    soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+    sys_lib_search_path_spec="/usr/lib/pa20_64 /usr/ccs/lib/pa20_64"
+    sys_lib_dlsearch_path_spec=$sys_lib_search_path_spec
+    ;;
+  *)
+    shrext_cmds='.sl'
+    dynamic_linker="$host_os dld.sl"
+    shlibpath_var=SHLIB_PATH
+    shlibpath_overrides_runpath=no # +s is required to enable SHLIB_PATH
+    library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+    soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+    ;;
+  esac
+  # HP-UX runs *really* slowly unless shared libraries are mode 555.
+  postinstall_cmds='chmod 555 $lib'
+  ;;
+
+interix[[3-9]]*)
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major ${libname}${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  dynamic_linker='Interix 3.x ld.so.1 (PE, like ELF)'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=no
+  hardcode_into_libs=yes
+  ;;
+
+irix5* | irix6* | nonstopux*)
+  case $host_os in
+    nonstopux*) version_type=nonstopux ;;
+    *)
+       if test "$lt_cv_prog_gnu_ld" = yes; then
+               version_type=linux
+       else
+               version_type=irix
+       fi ;;
+  esac
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major ${libname}${release}${shared_ext} $libname${shared_ext}'
+  case $host_os in
+  irix5* | nonstopux*)
+    libsuff= shlibsuff=
+    ;;
+  *)
+    case $LD in # libtool.m4 will add one of these switches to LD
+    *-32|*"-32 "|*-melf32bsmip|*"-melf32bsmip ")
+      libsuff= shlibsuff= libmagic=32-bit;;
+    *-n32|*"-n32 "|*-melf32bmipn32|*"-melf32bmipn32 ")
+      libsuff=32 shlibsuff=N32 libmagic=N32;;
+    *-64|*"-64 "|*-melf64bmip|*"-melf64bmip ")
+      libsuff=64 shlibsuff=64 libmagic=64-bit;;
+    *) libsuff= shlibsuff= libmagic=never-match;;
+    esac
+    ;;
+  esac
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY${shlibsuff}_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=no
+  sys_lib_search_path_spec="/usr/lib${libsuff} /lib${libsuff} /usr/local/lib${libsuff}"
+  sys_lib_dlsearch_path_spec="/usr/lib${libsuff} /lib${libsuff}"
+  hardcode_into_libs=yes
+  ;;
+
+# No shared lib support for Linux oldld, aout, or coff.
+linux*oldld* | linux*aout* | linux*coff*)
+  dynamic_linker=no
+  ;;
+
+# This must be Linux ELF.
+linux* | k*bsd*-gnu)
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  finish_cmds='PATH="\$PATH:/sbin" ldconfig -n $libdir'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=no
+  # Some binutils ld are patched to set DT_RUNPATH
+  save_LDFLAGS=$LDFLAGS
+  save_libdir=$libdir
+  eval "libdir=/foo; wl=\"$_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)\"; \
+       LDFLAGS=\"\$LDFLAGS $_LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)\""
+  AC_LINK_IFELSE([AC_LANG_PROGRAM([],[])],
+    [AS_IF([ ($OBJDUMP -p conftest$ac_exeext) 2>/dev/null | grep "RUNPATH.*$libdir" >/dev/null],
+       [shlibpath_overrides_runpath=yes])])
+  LDFLAGS=$save_LDFLAGS
+  libdir=$save_libdir
+
+  # This implies no fast_install, which is unacceptable.
+  # Some rework will be needed to allow for fast_install
+  # before this can be enabled.
+  hardcode_into_libs=yes
+
+  # Append ld.so.conf contents to the search path
+  if test -f /etc/ld.so.conf; then
+    lt_ld_extra=`awk '/^include / { system(sprintf("cd /etc; cat %s 2>/dev/null", \[$]2)); skip = 1; } { if (!skip) print \[$]0; skip = 0; }' < /etc/ld.so.conf | $SED -e 's/#.*//;/^[  ]*hwcap[        ]/d;s/[:,      ]/ /g;s/=[^=]*$//;s/=[^= ]* / /g;/^$/d' | tr '\n' ' '`
+    sys_lib_dlsearch_path_spec="/lib /usr/lib $lt_ld_extra"
+  fi
+
+  # We used to test for /lib/ld.so.1 and disable shared libraries on
+  # powerpc, because MkLinux only supported shared libraries with the
+  # GNU dynamic linker.  Since this was broken with cross compilers,
+  # most powerpc-linux boxes support dynamic linking these days and
+  # people can always --disable-shared, the test was removed, and we
+  # assume the GNU/Linux dynamic linker is in use.
+  dynamic_linker='GNU/Linux ld.so'
+  ;;
+
+netbsdelf*-gnu)
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major ${libname}${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=no
+  hardcode_into_libs=yes
+  dynamic_linker='NetBSD ld.elf_so'
+  ;;
+
+netbsd*)
+  version_type=sunos
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  if echo __ELF__ | $CC -E - | $GREP __ELF__ >/dev/null; then
+    library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${shared_ext}$versuffix'
+    finish_cmds='PATH="\$PATH:/sbin" ldconfig -m $libdir'
+    dynamic_linker='NetBSD (a.out) ld.so'
+  else
+    library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major ${libname}${shared_ext}'
+    soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+    dynamic_linker='NetBSD ld.elf_so'
+  fi
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=yes
+  hardcode_into_libs=yes
+  ;;
+
+newsos6)
+  version_type=linux
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=yes
+  ;;
+
+*nto* | *qnx*)
+  version_type=qnx
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=no
+  hardcode_into_libs=yes
+  dynamic_linker='ldqnx.so'
+  ;;
+
+openbsd*)
+  version_type=sunos
+  sys_lib_dlsearch_path_spec="/usr/lib"
+  need_lib_prefix=no
+  # Some older versions of OpenBSD (3.3 at least) *do* need versioned libs.
+  case $host_os in
+    openbsd3.3 | openbsd3.3.*) need_version=yes ;;
+    *)                         need_version=no  ;;
+  esac
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${shared_ext}$versuffix'
+  finish_cmds='PATH="\$PATH:/sbin" ldconfig -m $libdir'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  if test -z "`echo __ELF__ | $CC -E - | $GREP __ELF__`" || test "$host_os-$host_cpu" = "openbsd2.8-powerpc"; then
+    case $host_os in
+      openbsd2.[[89]] | openbsd2.[[89]].*)
+       shlibpath_overrides_runpath=no
+       ;;
+      *)
+       shlibpath_overrides_runpath=yes
+       ;;
+      esac
+  else
+    shlibpath_overrides_runpath=yes
+  fi
+  ;;
+
+os2*)
+  libname_spec='$name'
+  shrext_cmds=".dll"
+  need_lib_prefix=no
+  library_names_spec='$libname${shared_ext} $libname.a'
+  dynamic_linker='OS/2 ld.exe'
+  shlibpath_var=LIBPATH
+  ;;
+
+osf3* | osf4* | osf5*)
+  version_type=osf
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  sys_lib_search_path_spec="/usr/shlib /usr/ccs/lib /usr/lib/cmplrs/cc /usr/lib /usr/local/lib /var/shlib"
+  sys_lib_dlsearch_path_spec="$sys_lib_search_path_spec"
+  ;;
+
+rdos*)
+  dynamic_linker=no
+  ;;
+
+solaris*)
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=yes
+  hardcode_into_libs=yes
+  # ldd complains unless libraries are executable
+  postinstall_cmds='chmod +x $lib'
+  ;;
+
+sunos4*)
+  version_type=sunos
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${shared_ext}$versuffix'
+  finish_cmds='PATH="\$PATH:/usr/etc" ldconfig $libdir'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=yes
+  if test "$with_gnu_ld" = yes; then
+    need_lib_prefix=no
+  fi
+  need_version=yes
+  ;;
+
+sysv4 | sysv4.3*)
+  version_type=linux
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  case $host_vendor in
+    sni)
+      shlibpath_overrides_runpath=no
+      need_lib_prefix=no
+      runpath_var=LD_RUN_PATH
+      ;;
+    siemens)
+      need_lib_prefix=no
+      ;;
+    motorola)
+      need_lib_prefix=no
+      need_version=no
+      shlibpath_overrides_runpath=no
+      sys_lib_search_path_spec='/lib /usr/lib /usr/ccs/lib'
+      ;;
+  esac
+  ;;
+
+sysv4*MP*)
+  if test -d /usr/nec ;then
+    version_type=linux
+    library_names_spec='$libname${shared_ext}.$versuffix $libname${shared_ext}.$major $libname${shared_ext}'
+    soname_spec='$libname${shared_ext}.$major'
+    shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  fi
+  ;;
+
+sysv5* | sco3.2v5* | sco5v6* | unixware* | OpenUNIX* | sysv4*uw2*)
+  version_type=freebsd-elf
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext} $libname${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=yes
+  hardcode_into_libs=yes
+  if test "$with_gnu_ld" = yes; then
+    sys_lib_search_path_spec='/usr/local/lib /usr/gnu/lib /usr/ccs/lib /usr/lib /lib'
+  else
+    sys_lib_search_path_spec='/usr/ccs/lib /usr/lib'
+    case $host_os in
+      sco3.2v5*)
+        sys_lib_search_path_spec="$sys_lib_search_path_spec /lib"
+       ;;
+    esac
+  fi
+  sys_lib_dlsearch_path_spec='/usr/lib'
+  ;;
+
+tpf*)
+  # TPF is a cross-target only.  Preferred cross-host = GNU/Linux.
+  version_type=linux
+  need_lib_prefix=no
+  need_version=no
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  shlibpath_overrides_runpath=no
+  hardcode_into_libs=yes
+  ;;
+
+uts4*)
+  version_type=linux
+  library_names_spec='${libname}${release}${shared_ext}$versuffix ${libname}${release}${shared_ext}$major $libname${shared_ext}'
+  soname_spec='${libname}${release}${shared_ext}$major'
+  shlibpath_var=LD_LIBRARY_PATH
+  ;;
+
+*)
+  dynamic_linker=no
+  ;;
+esac
+AC_MSG_RESULT([$dynamic_linker])
+test "$dynamic_linker" = no && can_build_shared=no
+
+variables_saved_for_relink="PATH $shlibpath_var $runpath_var"
+if test "$GCC" = yes; then
+  variables_saved_for_relink="$variables_saved_for_relink GCC_EXEC_PREFIX COMPILER_PATH LIBRARY_PATH"
+fi
+
+if test "${lt_cv_sys_lib_search_path_spec+set}" = set; then
+  sys_lib_search_path_spec="$lt_cv_sys_lib_search_path_spec"
+fi
+if test "${lt_cv_sys_lib_dlsearch_path_spec+set}" = set; then
+  sys_lib_dlsearch_path_spec="$lt_cv_sys_lib_dlsearch_path_spec"
+fi
+
+_LT_DECL([], [variables_saved_for_relink], [1],
+    [Variables whose values should be saved in libtool wrapper scripts and
+    restored at link time])
+_LT_DECL([], [need_lib_prefix], [0],
+    [Do we need the "lib" prefix for modules?])
+_LT_DECL([], [need_version], [0], [Do we need a version for libraries?])
+_LT_DECL([], [version_type], [0], [Library versioning type])
+_LT_DECL([], [runpath_var], [0],  [Shared library runtime path variable])
+_LT_DECL([], [shlibpath_var], [0],[Shared library path variable])
+_LT_DECL([], [shlibpath_overrides_runpath], [0],
+    [Is shlibpath searched before the hard-coded library search path?])
+_LT_DECL([], [libname_spec], [1], [Format of library name prefix])
+_LT_DECL([], [library_names_spec], [1],
+    [[List of archive names.  First name is the real one, the rest are links.
+    The last name is the one that the linker finds with -lNAME]])
+_LT_DECL([], [soname_spec], [1],
+    [[The coded name of the library, if different from the real name]])
+_LT_DECL([], [postinstall_cmds], [2],
+    [Command to use after installation of a shared archive])
+_LT_DECL([], [postuninstall_cmds], [2],
+    [Command to use after uninstallation of a shared archive])
+_LT_DECL([], [finish_cmds], [2],
+    [Commands used to finish a libtool library installation in a directory])
+_LT_DECL([], [finish_eval], [1],
+    [[As "finish_cmds", except a single script fragment to be evaled but
+    not shown]])
+_LT_DECL([], [hardcode_into_libs], [0],
+    [Whether we should hardcode library paths into libraries])
+_LT_DECL([], [sys_lib_search_path_spec], [2],
+    [Compile-time system search path for libraries])
+_LT_DECL([], [sys_lib_dlsearch_path_spec], [2],
+    [Run-time system search path for libraries])
+])# _LT_SYS_DYNAMIC_LINKER
+
+
+# _LT_PATH_TOOL_PREFIX(TOOL)
+# --------------------------
+# find a file program which can recognize shared library
+AC_DEFUN([_LT_PATH_TOOL_PREFIX],
+[m4_require([_LT_DECL_EGREP])dnl
+AC_MSG_CHECKING([for $1])
+AC_CACHE_VAL(lt_cv_path_MAGIC_CMD,
+[case $MAGIC_CMD in
+[[\\/*] |  ?:[\\/]*])
+  lt_cv_path_MAGIC_CMD="$MAGIC_CMD" # Let the user override the test with a path.
+  ;;
+*)
+  lt_save_MAGIC_CMD="$MAGIC_CMD"
+  lt_save_ifs="$IFS"; IFS=$PATH_SEPARATOR
+dnl $ac_dummy forces splitting on constant user-supplied paths.
+dnl POSIX.2 word splitting is done only on the output of word expansions,
+dnl not every word.  This closes a longstanding sh security hole.
+  ac_dummy="m4_if([$2], , $PATH, [$2])"
+  for ac_dir in $ac_dummy; do
+    IFS="$lt_save_ifs"
+    test -z "$ac_dir" && ac_dir=.
+    if test -f $ac_dir/$1; then
+      lt_cv_path_MAGIC_CMD="$ac_dir/$1"
+      if test -n "$file_magic_test_file"; then
+       case $deplibs_check_method in
+       "file_magic "*)
+         file_magic_regex=`expr "$deplibs_check_method" : "file_magic \(.*\)"`
+         MAGIC_CMD="$lt_cv_path_MAGIC_CMD"
+         if eval $file_magic_cmd \$file_magic_test_file 2> /dev/null |
+           $EGREP "$file_magic_regex" > /dev/null; then
+           :
+         else
+           cat <<_LT_EOF 1>&2
+
+*** Warning: the command libtool uses to detect shared libraries,
+*** $file_magic_cmd, produces output that libtool cannot recognize.
+*** The result is that libtool may fail to recognize shared libraries
+*** as such.  This will affect the creation of libtool libraries that
+*** depend on shared libraries, but programs linked with such libtool
+*** libraries will work regardless of this problem.  Nevertheless, you
+*** may want to report the problem to your system manager and/or to
+*** bug-libtool@gnu.org
+
+_LT_EOF
+         fi ;;
+       esac
+      fi
+      break
+    fi
+  done
+  IFS="$lt_save_ifs"
+  MAGIC_CMD="$lt_save_MAGIC_CMD"
+  ;;
+esac])
+MAGIC_CMD="$lt_cv_path_MAGIC_CMD"
+if test -n "$MAGIC_CMD"; then
+  AC_MSG_RESULT($MAGIC_CMD)
+else
+  AC_MSG_RESULT(no)
+fi
+_LT_DECL([], [MAGIC_CMD], [0],
+        [Used to examine libraries when file_magic_cmd begins with "file"])dnl
+])# _LT_PATH_TOOL_PREFIX
+
+# Old name:
+AU_ALIAS([AC_PATH_TOOL_PREFIX], [_LT_PATH_TOOL_PREFIX])
+dnl aclocal-1.4 backwards compatibility:
+dnl AC_DEFUN([AC_PATH_TOOL_PREFIX], [])
+
+
+# _LT_PATH_MAGIC
+# --------------
+# find a file program which can recognize a shared library
+m4_defun([_LT_PATH_MAGIC],
+[_LT_PATH_TOOL_PREFIX(${ac_tool_prefix}file, /usr/bin$PATH_SEPARATOR$PATH)
+if test -z "$lt_cv_path_MAGIC_CMD"; then
+  if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+    _LT_PATH_TOOL_PREFIX(file, /usr/bin$PATH_SEPARATOR$PATH)
+  else
+    MAGIC_CMD=:
+  fi
+fi
+])# _LT_PATH_MAGIC
+
+
+# LT_PATH_LD
+# ----------
+# find the pathname to the GNU or non-GNU linker
+AC_DEFUN([LT_PATH_LD],
+[AC_REQUIRE([AC_PROG_CC])dnl
+AC_REQUIRE([AC_CANONICAL_HOST])dnl
+AC_REQUIRE([AC_CANONICAL_BUILD])dnl
+m4_require([_LT_DECL_SED])dnl
+m4_require([_LT_DECL_EGREP])dnl
+
+AC_ARG_WITH([gnu-ld],
+    [AS_HELP_STRING([--with-gnu-ld],
+       [assume the C compiler uses GNU ld @<:@default=no@:>@])],
+    [test "$withval" = no || with_gnu_ld=yes],
+    [with_gnu_ld=no])dnl
+
+ac_prog=ld
+if test "$GCC" = yes; then
+  # Check if gcc -print-prog-name=ld gives a path.
+  AC_MSG_CHECKING([for ld used by $CC])
+  case $host in
+  *-*-mingw*)
+    # gcc leaves a trailing carriage return which upsets mingw
+    ac_prog=`($CC -print-prog-name=ld) 2>&5 | tr -d '\015'` ;;
+  *)
+    ac_prog=`($CC -print-prog-name=ld) 2>&5` ;;
+  esac
+  case $ac_prog in
+    # Accept absolute paths.
+    [[\\/]]* | ?:[[\\/]]*)
+      re_direlt='/[[^/]][[^/]]*/\.\./'
+      # Canonicalize the pathname of ld
+      ac_prog=`$ECHO "$ac_prog"| $SED 's%\\\\%/%g'`
+      while $ECHO "$ac_prog" | $GREP "$re_direlt" > /dev/null 2>&1; do
+       ac_prog=`$ECHO $ac_prog| $SED "s%$re_direlt%/%"`
+      done
+      test -z "$LD" && LD="$ac_prog"
+      ;;
+  "")
+    # If it fails, then pretend we aren't using GCC.
+    ac_prog=ld
+    ;;
+  *)
+    # If it is relative, then search for the first ld in PATH.
+    with_gnu_ld=unknown
+    ;;
+  esac
+elif test "$with_gnu_ld" = yes; then
+  AC_MSG_CHECKING([for GNU ld])
+else
+  AC_MSG_CHECKING([for non-GNU ld])
+fi
+AC_CACHE_VAL(lt_cv_path_LD,
+[if test -z "$LD"; then
+  lt_save_ifs="$IFS"; IFS=$PATH_SEPARATOR
+  for ac_dir in $PATH; do
+    IFS="$lt_save_ifs"
+    test -z "$ac_dir" && ac_dir=.
+    if test -f "$ac_dir/$ac_prog" || test -f "$ac_dir/$ac_prog$ac_exeext"; then
+      lt_cv_path_LD="$ac_dir/$ac_prog"
+      # Check to see if the program is GNU ld.  I'd rather use --version,
+      # but apparently some variants of GNU ld only accept -v.
+      # Break only if it was the GNU/non-GNU ld that we prefer.
+      case `"$lt_cv_path_LD" -v 2>&1 </dev/null` in
+      *GNU* | *'with BFD'*)
+       test "$with_gnu_ld" != no && break
+       ;;
+      *)
+       test "$with_gnu_ld" != yes && break
+       ;;
+      esac
+    fi
+  done
+  IFS="$lt_save_ifs"
+else
+  lt_cv_path_LD="$LD" # Let the user override the test with a path.
+fi])
+LD="$lt_cv_path_LD"
+if test -n "$LD"; then
+  AC_MSG_RESULT($LD)
+else
+  AC_MSG_RESULT(no)
+fi
+test -z "$LD" && AC_MSG_ERROR([no acceptable ld found in \$PATH])
+_LT_PATH_LD_GNU
+AC_SUBST([LD])
+
+_LT_TAGDECL([], [LD], [1], [The linker used to build libraries])
+])# LT_PATH_LD
+
+# Old names:
+AU_ALIAS([AM_PROG_LD], [LT_PATH_LD])
+AU_ALIAS([AC_PROG_LD], [LT_PATH_LD])
+dnl aclocal-1.4 backwards compatibility:
+dnl AC_DEFUN([AM_PROG_LD], [])
+dnl AC_DEFUN([AC_PROG_LD], [])
+
+
+# _LT_PATH_LD_GNU
+#- --------------
+m4_defun([_LT_PATH_LD_GNU],
+[AC_CACHE_CHECK([if the linker ($LD) is GNU ld], lt_cv_prog_gnu_ld,
+[# I'd rather use --version here, but apparently some GNU lds only accept -v.
+case `$LD -v 2>&1 </dev/null` in
+*GNU* | *'with BFD'*)
+  lt_cv_prog_gnu_ld=yes
+  ;;
+*)
+  lt_cv_prog_gnu_ld=no
+  ;;
+esac])
+with_gnu_ld=$lt_cv_prog_gnu_ld
+])# _LT_PATH_LD_GNU
+
+
+# _LT_CMD_RELOAD
+# --------------
+# find reload flag for linker
+#   -- PORTME Some linkers may need a different reload flag.
+m4_defun([_LT_CMD_RELOAD],
+[AC_CACHE_CHECK([for $LD option to reload object files],
+  lt_cv_ld_reload_flag,
+  [lt_cv_ld_reload_flag='-r'])
+reload_flag=$lt_cv_ld_reload_flag
+case $reload_flag in
+"" | " "*) ;;
+*) reload_flag=" $reload_flag" ;;
+esac
+reload_cmds='$LD$reload_flag -o $output$reload_objs'
+case $host_os in
+  darwin*)
+    if test "$GCC" = yes; then
+      reload_cmds='$LTCC $LTCFLAGS -nostdlib ${wl}-r -o $output$reload_objs'
+    else
+      reload_cmds='$LD$reload_flag -o $output$reload_objs'
+    fi
+    ;;
+esac
+_LT_DECL([], [reload_flag], [1], [How to create reloadable object files])dnl
+_LT_DECL([], [reload_cmds], [2])dnl
+])# _LT_CMD_RELOAD
+
+
+# _LT_CHECK_MAGIC_METHOD
+# ----------------------
+# how to check for library dependencies
+#  -- PORTME fill in with the dynamic library characteristics
+m4_defun([_LT_CHECK_MAGIC_METHOD],
+[m4_require([_LT_DECL_EGREP])
+m4_require([_LT_DECL_OBJDUMP])
+AC_CACHE_CHECK([how to recognize dependent libraries],
+lt_cv_deplibs_check_method,
+[lt_cv_file_magic_cmd='$MAGIC_CMD'
+lt_cv_file_magic_test_file=
+lt_cv_deplibs_check_method='unknown'
+# Need to set the preceding variable on all platforms that support
+# interlibrary dependencies.
+# 'none' -- dependencies not supported.
+# `unknown' -- same as none, but documents that we really don't know.
+# 'pass_all' -- all dependencies passed with no checks.
+# 'test_compile' -- check by making test program.
+# 'file_magic [[regex]]' -- check by looking for files in library path
+# which responds to the $file_magic_cmd with a given extended regex.
+# If you have `file' or equivalent on your system and you're not sure
+# whether `pass_all' will *always* work, you probably want this one.
+
+case $host_os in
+aix[[4-9]]*)
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+
+beos*)
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+
+bsdi[[45]]*)
+  lt_cv_deplibs_check_method='file_magic ELF [[0-9]][[0-9]]*-bit [[ML]]SB (shared object|dynamic lib)'
+  lt_cv_file_magic_cmd='/usr/bin/file -L'
+  lt_cv_file_magic_test_file=/shlib/libc.so
+  ;;
+
+cygwin*)
+  # func_win32_libid is a shell function defined in ltmain.sh
+  lt_cv_deplibs_check_method='file_magic ^x86 archive import|^x86 DLL'
+  lt_cv_file_magic_cmd='func_win32_libid'
+  ;;
+
+mingw* | pw32*)
+  # Base MSYS/MinGW do not provide the 'file' command needed by
+  # func_win32_libid shell function, so use a weaker test based on 'objdump',
+  # unless we find 'file', for example because we are cross-compiling.
+  if ( file / ) >/dev/null 2>&1; then
+    lt_cv_deplibs_check_method='file_magic ^x86 archive import|^x86 DLL'
+    lt_cv_file_magic_cmd='func_win32_libid'
+  else
+    lt_cv_deplibs_check_method='file_magic file format pei*-i386(.*architecture: i386)?'
+    lt_cv_file_magic_cmd='$OBJDUMP -f'
+  fi
+  ;;
+
+cegcc)
+  # use the weaker test based on 'objdump'. See mingw*.
+  lt_cv_deplibs_check_method='file_magic file format pe-arm-.*little(.*architecture: arm)?'
+  lt_cv_file_magic_cmd='$OBJDUMP -f'
+  ;;
+
+darwin* | rhapsody*)
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+
+freebsd* | dragonfly*)
+  if echo __ELF__ | $CC -E - | $GREP __ELF__ > /dev/null; then
+    case $host_cpu in
+    i*86 )
+      # Not sure whether the presence of OpenBSD here was a mistake.
+      # Let's accept both of them until this is cleared up.
+      lt_cv_deplibs_check_method='file_magic (FreeBSD|OpenBSD|DragonFly)/i[[3-9]]86 (compact )?demand paged shared library'
+      lt_cv_file_magic_cmd=/usr/bin/file
+      lt_cv_file_magic_test_file=`echo /usr/lib/libc.so.*`
+      ;;
+    esac
+  else
+    lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  fi
+  ;;
+
+gnu*)
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+
+hpux10.20* | hpux11*)
+  lt_cv_file_magic_cmd=/usr/bin/file
+  case $host_cpu in
+  ia64*)
+    lt_cv_deplibs_check_method='file_magic (s[[0-9]][[0-9]][[0-9]]|ELF-[[0-9]][[0-9]]) shared object file - IA64'
+    lt_cv_file_magic_test_file=/usr/lib/hpux32/libc.so
+    ;;
+  hppa*64*)
+    [lt_cv_deplibs_check_method='file_magic (s[0-9][0-9][0-9]|ELF-[0-9][0-9]) shared object file - PA-RISC [0-9].[0-9]']
+    lt_cv_file_magic_test_file=/usr/lib/pa20_64/libc.sl
+    ;;
+  *)
+    lt_cv_deplibs_check_method='file_magic (s[[0-9]][[0-9]][[0-9]]|PA-RISC[[0-9]].[[0-9]]) shared library'
+    lt_cv_file_magic_test_file=/usr/lib/libc.sl
+    ;;
+  esac
+  ;;
+
+interix[[3-9]]*)
+  # PIC code is broken on Interix 3.x, that's why |\.a not |_pic\.a here
+  lt_cv_deplibs_check_method='match_pattern /lib[[^/]]+(\.so|\.a)$'
+  ;;
+
+irix5* | irix6* | nonstopux*)
+  case $LD in
+  *-32|*"-32 ") libmagic=32-bit;;
+  *-n32|*"-n32 ") libmagic=N32;;
+  *-64|*"-64 ") libmagic=64-bit;;
+  *) libmagic=never-match;;
+  esac
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+
+# This must be Linux ELF.
+linux* | k*bsd*-gnu)
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+
+netbsd* | netbsdelf*-gnu)
+  if echo __ELF__ | $CC -E - | $GREP __ELF__ > /dev/null; then
+    lt_cv_deplibs_check_method='match_pattern /lib[[^/]]+(\.so\.[[0-9]]+\.[[0-9]]+|_pic\.a)$'
+  else
+    lt_cv_deplibs_check_method='match_pattern /lib[[^/]]+(\.so|_pic\.a)$'
+  fi
+  ;;
+
+newos6*)
+  lt_cv_deplibs_check_method='file_magic ELF [[0-9]][[0-9]]*-bit [[ML]]SB (executable|dynamic lib)'
+  lt_cv_file_magic_cmd=/usr/bin/file
+  lt_cv_file_magic_test_file=/usr/lib/libnls.so
+  ;;
+
+*nto* | *qnx*)
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+
+openbsd*)
+  if test -z "`echo __ELF__ | $CC -E - | $GREP __ELF__`" || test "$host_os-$host_cpu" = "openbsd2.8-powerpc"; then
+    lt_cv_deplibs_check_method='match_pattern /lib[[^/]]+(\.so\.[[0-9]]+\.[[0-9]]+|\.so|_pic\.a)$'
+  else
+    lt_cv_deplibs_check_method='match_pattern /lib[[^/]]+(\.so\.[[0-9]]+\.[[0-9]]+|_pic\.a)$'
+  fi
+  ;;
+
+osf3* | osf4* | osf5*)
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+
+rdos*)
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+
+solaris*)
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+
+sysv5* | sco3.2v5* | sco5v6* | unixware* | OpenUNIX* | sysv4*uw2*)
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+
+sysv4 | sysv4.3*)
+  case $host_vendor in
+  motorola)
+    lt_cv_deplibs_check_method='file_magic ELF [[0-9]][[0-9]]*-bit [[ML]]SB (shared object|dynamic lib) M[[0-9]][[0-9]]* Version [[0-9]]'
+    lt_cv_file_magic_test_file=`echo /usr/lib/libc.so*`
+    ;;
+  ncr)
+    lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+    ;;
+  sequent)
+    lt_cv_file_magic_cmd='/bin/file'
+    lt_cv_deplibs_check_method='file_magic ELF [[0-9]][[0-9]]*-bit [[LM]]SB (shared object|dynamic lib )'
+    ;;
+  sni)
+    lt_cv_file_magic_cmd='/bin/file'
+    lt_cv_deplibs_check_method="file_magic ELF [[0-9]][[0-9]]*-bit [[LM]]SB dynamic lib"
+    lt_cv_file_magic_test_file=/lib/libc.so
+    ;;
+  siemens)
+    lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+    ;;
+  pc)
+    lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+    ;;
+  esac
+  ;;
+
+tpf*)
+  lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
+  ;;
+esac
+])
+file_magic_cmd=$lt_cv_file_magic_cmd
+deplibs_check_method=$lt_cv_deplibs_check_method
+test -z "$deplibs_check_method" && deplibs_check_method=unknown
+
+_LT_DECL([], [deplibs_check_method], [1],
+    [Method to check whether dependent libraries are shared objects])
+_LT_DECL([], [file_magic_cmd], [1],
+    [Command to use when deplibs_check_method == "file_magic"])
+])# _LT_CHECK_MAGIC_METHOD
+
+
+# LT_PATH_NM
+# ----------
+# find the pathname to a BSD- or MS-compatible name lister
+AC_DEFUN([LT_PATH_NM],
+[AC_REQUIRE([AC_PROG_CC])dnl
+AC_CACHE_CHECK([for BSD- or MS-compatible name lister (nm)], lt_cv_path_NM,
+[if test -n "$NM"; then
+  # Let the user override the test.
+  lt_cv_path_NM="$NM"
+else
+  lt_nm_to_check="${ac_tool_prefix}nm"
+  if test -n "$ac_tool_prefix" && test "$build" = "$host"; then
+    lt_nm_to_check="$lt_nm_to_check nm"
+  fi
+  for lt_tmp_nm in $lt_nm_to_check; do
+    lt_save_ifs="$IFS"; IFS=$PATH_SEPARATOR
+    for ac_dir in $PATH /usr/ccs/bin/elf /usr/ccs/bin /usr/ucb /bin; do
+      IFS="$lt_save_ifs"
+      test -z "$ac_dir" && ac_dir=.
+      tmp_nm="$ac_dir/$lt_tmp_nm"
+      if test -f "$tmp_nm" || test -f "$tmp_nm$ac_exeext" ; then
+       # Check to see if the nm accepts a BSD-compat flag.
+       # Adding the `sed 1q' prevents false positives on HP-UX, which says:
+       #   nm: unknown option "B" ignored
+       # Tru64's nm complains that /dev/null is an invalid object file
+       case `"$tmp_nm" -B /dev/null 2>&1 | sed '1q'` in
+       */dev/null* | *'Invalid file or object type'*)
+         lt_cv_path_NM="$tmp_nm -B"
+         break
+         ;;
+       *)
+         case `"$tmp_nm" -p /dev/null 2>&1 | sed '1q'` in
+         */dev/null*)
+           lt_cv_path_NM="$tmp_nm -p"
+           break
+           ;;
+         *)
+           lt_cv_path_NM=${lt_cv_path_NM="$tmp_nm"} # keep the first match, but
+           continue # so that we can try to find one that supports BSD flags
+           ;;
+         esac
+         ;;
+       esac
+      fi
+    done
+    IFS="$lt_save_ifs"
+  done
+  : ${lt_cv_path_NM=no}
+fi])
+if test "$lt_cv_path_NM" != "no"; then
+  NM="$lt_cv_path_NM"
+else
+  # Didn't find any BSD compatible name lister, look for dumpbin.
+  AC_CHECK_TOOLS(DUMPBIN, ["dumpbin -symbols" "link -dump -symbols"], :)
+  AC_SUBST([DUMPBIN])
+  if test "$DUMPBIN" != ":"; then
+    NM="$DUMPBIN"
+  fi
+fi
+test -z "$NM" && NM=nm
+AC_SUBST([NM])
+_LT_DECL([], [NM], [1], [A BSD- or MS-compatible name lister])dnl
+
+AC_CACHE_CHECK([the name lister ($NM) interface], [lt_cv_nm_interface],
+  [lt_cv_nm_interface="BSD nm"
+  echo "int some_variable = 0;" > conftest.$ac_ext
+  (eval echo "\"\$as_me:__oline__: $ac_compile\"" >&AS_MESSAGE_LOG_FD)
+  (eval "$ac_compile" 2>conftest.err)
+  cat conftest.err >&AS_MESSAGE_LOG_FD
+  (eval echo "\"\$as_me:__oline__: $NM \\\"conftest.$ac_objext\\\"\"" >&AS_MESSAGE_LOG_FD)
+  (eval "$NM \"conftest.$ac_objext\"" 2>conftest.err > conftest.out)
+  cat conftest.err >&AS_MESSAGE_LOG_FD
+  (eval echo "\"\$as_me:__oline__: output\"" >&AS_MESSAGE_LOG_FD)
+  cat conftest.out >&AS_MESSAGE_LOG_FD
+  if $GREP 'External.*some_variable' conftest.out > /dev/null; then
+    lt_cv_nm_interface="MS dumpbin"
+  fi
+  rm -f conftest*])
+])# LT_PATH_NM
+
+# Old names:
+AU_ALIAS([AM_PROG_NM], [LT_PATH_NM])
+AU_ALIAS([AC_PROG_NM], [LT_PATH_NM])
+dnl aclocal-1.4 backwards compatibility:
+dnl AC_DEFUN([AM_PROG_NM], [])
+dnl AC_DEFUN([AC_PROG_NM], [])
+
+
+# LT_LIB_M
+# --------
+# check for math library
+AC_DEFUN([LT_LIB_M],
+[AC_REQUIRE([AC_CANONICAL_HOST])dnl
+LIBM=
+case $host in
+*-*-beos* | *-*-cygwin* | *-*-pw32* | *-*-darwin*)
+  # These system don't have libm, or don't need it
+  ;;
+*-ncr-sysv4.3*)
+  AC_CHECK_LIB(mw, _mwvalidcheckl, LIBM="-lmw")
+  AC_CHECK_LIB(m, cos, LIBM="$LIBM -lm")
+  ;;
+*)
+  AC_CHECK_LIB(m, cos, LIBM="-lm")
+  ;;
+esac
+AC_SUBST([LIBM])
+])# LT_LIB_M
+
+# Old name:
+AU_ALIAS([AC_CHECK_LIBM], [LT_LIB_M])
+dnl aclocal-1.4 backwards compatibility:
+dnl AC_DEFUN([AC_CHECK_LIBM], [])
+
+
+# _LT_COMPILER_NO_RTTI([TAGNAME])
+# -------------------------------
+m4_defun([_LT_COMPILER_NO_RTTI],
+[m4_require([_LT_TAG_COMPILER])dnl
+
+_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_no_builtin_flag, $1)=
+
+if test "$GCC" = yes; then
+  _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_no_builtin_flag, $1)=' -fno-builtin'
+
+  _LT_COMPILER_OPTION([if $compiler supports -fno-rtti -fno-exceptions],
+    lt_cv_prog_compiler_rtti_exceptions,
+    [-fno-rtti -fno-exceptions], [],
+    [_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_no_builtin_flag, $1)="$_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_no_builtin_flag, $1) -fno-rtti -fno-exceptions"])
+fi
+_LT_TAGDECL([no_builtin_flag], [lt_prog_compiler_no_builtin_flag], [1],
+       [Compiler flag to turn off builtin functions])
+])# _LT_COMPILER_NO_RTTI
+
+
+# _LT_CMD_GLOBAL_SYMBOLS
+# ----------------------
+m4_defun([_LT_CMD_GLOBAL_SYMBOLS],
+[AC_REQUIRE([AC_CANONICAL_HOST])dnl
+AC_REQUIRE([AC_PROG_CC])dnl
+AC_REQUIRE([LT_PATH_NM])dnl
+AC_REQUIRE([LT_PATH_LD])dnl
+m4_require([_LT_DECL_SED])dnl
+m4_require([_LT_DECL_EGREP])dnl
+m4_require([_LT_TAG_COMPILER])dnl
+
+# Check for command to grab the raw symbol name followed by C symbol from nm.
+AC_MSG_CHECKING([command to parse $NM output from $compiler object])
+AC_CACHE_VAL([lt_cv_sys_global_symbol_pipe],
+[
+# These are sane defaults that work on at least a few old systems.
+# [They come from Ultrix.  What could be older than Ultrix?!! ;)]
+
+# Character class describing NM global symbol codes.
+symcode='[[BCDEGRST]]'
+
+# Regexp to match symbols that can be accessed directly from C.
+sympat='\([[_A-Za-z]][[_A-Za-z0-9]]*\)'
+
+# Define system-specific variables.
+case $host_os in
+aix*)
+  symcode='[[BCDT]]'
+  ;;
+cygwin* | mingw* | pw32* | cegcc*)
+  symcode='[[ABCDGISTW]]'
+  ;;
+hpux*)
+  if test "$host_cpu" = ia64; then
+    symcode='[[ABCDEGRST]]'
+  fi
+  ;;
+irix* | nonstopux*)
+  symcode='[[BCDEGRST]]'
+  ;;
+osf*)
+  symcode='[[BCDEGQRST]]'
+  ;;
+solaris*)
+  symcode='[[BDRT]]'
+  ;;
+sco3.2v5*)
+  symcode='[[DT]]'
+  ;;
+sysv4.2uw2*)
+  symcode='[[DT]]'
+  ;;
+sysv5* | sco5v6* | unixware* | OpenUNIX*)
+  symcode='[[ABDT]]'
+  ;;
+sysv4)
+  symcode='[[DFNSTU]]'
+  ;;
+esac
+
+# If we're using GNU nm, then use its standard symbol codes.
+case `$NM -V 2>&1` in
+*GNU* | *'with BFD'*)
+  symcode='[[ABCDGIRSTW]]' ;;
+esac
+
+# Transform an extracted symbol line into a proper C declaration.
+# Some systems (esp. on ia64) link data and code symbols differently,
+# so use this general approach.
+lt_cv_sys_global_symbol_to_cdecl="sed -n -e 's/^T .* \(.*\)$/extern int \1();/p' -e 's/^$symcode* .* \(.*\)$/extern char \1;/p'"
+
+# Transform an extracted symbol line into symbol name and symbol address
+lt_cv_sys_global_symbol_to_c_name_address="sed -n -e 's/^: \([[^ ]]*\) $/  {\\\"\1\\\", (void *) 0},/p' -e 's/^$symcode* \([[^ ]]*\) \([[^ ]]*\)$/  {\"\2\", (void *) \&\2},/p'"
+lt_cv_sys_global_symbol_to_c_name_address_lib_prefix="sed -n -e 's/^: \([[^ ]]*\) $/  {\\\"\1\\\", (void *) 0},/p' -e 's/^$symcode* \([[^ ]]*\) \(lib[[^ ]]*\)$/  {\"\2\", (void *) \&\2},/p' -e 's/^$symcode* \([[^ ]]*\) \([[^ ]]*\)$/  {\"lib\2\", (void *) \&\2},/p'"
+
+# Handle CRLF in mingw tool chain
+opt_cr=
+case $build_os in
+mingw*)
+  opt_cr=`$ECHO 'x\{0,1\}' | tr x '\015'` # option cr in regexp
+  ;;
+esac
+
+# Try without a prefix underscore, then with it.
+for ac_symprfx in "" "_"; do
+
+  # Transform symcode, sympat, and symprfx into a raw symbol and a C symbol.
+  symxfrm="\\1 $ac_symprfx\\2 \\2"
+
+  # Write the raw and C identifiers.
+  if test "$lt_cv_nm_interface" = "MS dumpbin"; then
+    # Fake it for dumpbin and say T for any non-static function
+    # and D for any global variable.
+    # Also find C++ and __fastcall symbols from MSVC++,
+    # which start with @ or ?.
+    lt_cv_sys_global_symbol_pipe="$AWK ['"\
+"     {last_section=section; section=\$ 3};"\
+"     /Section length .*#relocs.*(pick any)/{hide[last_section]=1};"\
+"     \$ 0!~/External *\|/{next};"\
+"     / 0+ UNDEF /{next}; / UNDEF \([^|]\)*()/{next};"\
+"     {if(hide[section]) next};"\
+"     {f=0}; \$ 0~/\(\).*\|/{f=1}; {printf f ? \"T \" : \"D \"};"\
+"     {split(\$ 0, a, /\||\r/); split(a[2], s)};"\
+"     s[1]~/^[@?]/{print s[1], s[1]; next};"\
+"     s[1]~prfx {split(s[1],t,\"@\"); print t[1], substr(t[1],length(prfx))}"\
+"     ' prfx=^$ac_symprfx]"
+  else
+    lt_cv_sys_global_symbol_pipe="sed -n -e 's/^.*[[    ]]\($symcode$symcode*\)[[       ]][[    ]]*$ac_symprfx$sympat$opt_cr$/$symxfrm/p'"
+  fi
+
+  # Check to see that the pipe works correctly.
+  pipe_works=no
+
+  rm -f conftest*
+  cat > conftest.$ac_ext <<_LT_EOF
+#ifdef __cplusplus
+extern "C" {
+#endif
+char nm_test_var;
+void nm_test_func(void);
+void nm_test_func(void){}
+#ifdef __cplusplus
+}
+#endif
+int main(){nm_test_var='a';nm_test_func();return(0);}
+_LT_EOF
+
+  if AC_TRY_EVAL(ac_compile); then
+    # Now try to grab the symbols.
+    nlist=conftest.nm
+    if AC_TRY_EVAL(NM conftest.$ac_objext \| $lt_cv_sys_global_symbol_pipe \> $nlist) && test -s "$nlist"; then
+      # Try sorting and uniquifying the output.
+      if sort "$nlist" | uniq > "$nlist"T; then
+       mv -f "$nlist"T "$nlist"
+      else
+       rm -f "$nlist"T
+      fi
+
+      # Make sure that we snagged all the symbols we need.
+      if $GREP ' nm_test_var$' "$nlist" >/dev/null; then
+       if $GREP ' nm_test_func$' "$nlist" >/dev/null; then
+         cat <<_LT_EOF > conftest.$ac_ext
+#ifdef __cplusplus
+extern "C" {
+#endif
+
+_LT_EOF
+         # Now generate the symbol file.
+         eval "$lt_cv_sys_global_symbol_to_cdecl"' < "$nlist" | $GREP -v main >> conftest.$ac_ext'
+
+         cat <<_LT_EOF >> conftest.$ac_ext
+
+/* The mapping between symbol names and symbols.  */
+const struct {
+  const char *name;
+  void       *address;
+}
+lt__PROGRAM__LTX_preloaded_symbols[[]] =
+{
+  { "@PROGRAM@", (void *) 0 },
+_LT_EOF
+         $SED "s/^$symcode$symcode* \(.*\) \(.*\)$/  {\"\2\", (void *) \&\2},/" < "$nlist" | $GREP -v main >> conftest.$ac_ext
+         cat <<\_LT_EOF >> conftest.$ac_ext
+  {0, (void *) 0}
+};
+
+/* This works around a problem in FreeBSD linker */
+#ifdef FREEBSD_WORKAROUND
+static const void *lt_preloaded_setup() {
+  return lt__PROGRAM__LTX_preloaded_symbols;
+}
+#endif
+
+#ifdef __cplusplus
+}
+#endif
+_LT_EOF
+         # Now try linking the two files.
+         mv conftest.$ac_objext conftstm.$ac_objext
+         lt_save_LIBS="$LIBS"
+         lt_save_CFLAGS="$CFLAGS"
+         LIBS="conftstm.$ac_objext"
+         CFLAGS="$CFLAGS$_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_no_builtin_flag, $1)"
+         if AC_TRY_EVAL(ac_link) && test -s conftest${ac_exeext}; then
+           pipe_works=yes
+         fi
+         LIBS="$lt_save_LIBS"
+         CFLAGS="$lt_save_CFLAGS"
+       else
+         echo "cannot find nm_test_func in $nlist" >&AS_MESSAGE_LOG_FD
+       fi
+      else
+       echo "cannot find nm_test_var in $nlist" >&AS_MESSAGE_LOG_FD
+      fi
+    else
+      echo "cannot run $lt_cv_sys_global_symbol_pipe" >&AS_MESSAGE_LOG_FD
+    fi
+  else
+    echo "$progname: failed program was:" >&AS_MESSAGE_LOG_FD
+    cat conftest.$ac_ext >&5
+  fi
+  rm -rf conftest* conftst*
+
+  # Do not use the global_symbol_pipe unless it works.
+  if test "$pipe_works" = yes; then
+    break
+  else
+    lt_cv_sys_global_symbol_pipe=
+  fi
+done
+])
+if test -z "$lt_cv_sys_global_symbol_pipe"; then
+  lt_cv_sys_global_symbol_to_cdecl=
+fi
+if test -z "$lt_cv_sys_global_symbol_pipe$lt_cv_sys_global_symbol_to_cdecl"; then
+  AC_MSG_RESULT(failed)
+else
+  AC_MSG_RESULT(ok)
+fi
+
+_LT_DECL([global_symbol_pipe], [lt_cv_sys_global_symbol_pipe], [1],
+    [Take the output of nm and produce a listing of raw symbols and C names])
+_LT_DECL([global_symbol_to_cdecl], [lt_cv_sys_global_symbol_to_cdecl], [1],
+    [Transform the output of nm in a proper C declaration])
+_LT_DECL([global_symbol_to_c_name_address],
+    [lt_cv_sys_global_symbol_to_c_name_address], [1],
+    [Transform the output of nm in a C name address pair])
+_LT_DECL([global_symbol_to_c_name_address_lib_prefix],
+    [lt_cv_sys_global_symbol_to_c_name_address_lib_prefix], [1],
+    [Transform the output of nm in a C name address pair when lib prefix is needed])
+]) # _LT_CMD_GLOBAL_SYMBOLS
+
+
+# _LT_COMPILER_PIC([TAGNAME])
+# ---------------------------
+m4_defun([_LT_COMPILER_PIC],
+[m4_require([_LT_TAG_COMPILER])dnl
+_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)=
+_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)=
+_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)=
+
+AC_MSG_CHECKING([for $compiler option to produce PIC])
+m4_if([$1], [CXX], [
+  # C++ specific cases for pic, static, wl, etc.
+  if test "$GXX" = yes; then
+    _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+    _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-static'
+
+    case $host_os in
+    aix*)
+      # All AIX code is PIC.
+      if test "$host_cpu" = ia64; then
+       # AIX 5 now supports IA64 processor
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-Bstatic'
+      fi
+      ;;
+
+    amigaos*)
+      case $host_cpu in
+      powerpc)
+            # see comment about AmigaOS4 .so support
+            _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-fPIC'
+        ;;
+      m68k)
+            # FIXME: we need at least 68020 code to build shared libraries, but
+            # adding the `-m68020' flag to GCC prevents building anything better,
+            # like `-m68040'.
+            _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-m68020 -resident32 -malways-restore-a4'
+        ;;
+      esac
+      ;;
+
+    beos* | irix5* | irix6* | nonstopux* | osf3* | osf4* | osf5*)
+      # PIC is the default for these OSes.
+      ;;
+    mingw* | cygwin* | os2* | pw32* | cegcc*)
+      # This hack is so that the source file can tell whether it is being
+      # built for inclusion in a dll (and should export symbols for example).
+      # Although the cygwin gcc ignores -fPIC, still need this for old-style
+      # (--disable-auto-import) libraries
+      m4_if([$1], [GCJ], [],
+       [_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-DDLL_EXPORT'])
+      ;;
+    darwin* | rhapsody*)
+      # PIC is the default on this platform
+      # Common symbols not allowed in MH_DYLIB files
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-fno-common'
+      ;;
+    *djgpp*)
+      # DJGPP does not support shared libraries at all
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)=
+      ;;
+    interix[[3-9]]*)
+      # Interix 3.x gcc -fpic/-fPIC options generate broken code.
+      # Instead, we relocate shared libraries at runtime.
+      ;;
+    sysv4*MP*)
+      if test -d /usr/nec; then
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)=-Kconform_pic
+      fi
+      ;;
+    hpux*)
+      # PIC is the default for 64-bit PA HP-UX, but not for 32-bit
+      # PA HP-UX.  On IA64 HP-UX, PIC is the default but the pic flag
+      # sets the default TLS model and affects inlining.
+      case $host_cpu in
+      hppa*64*)
+       ;;
+      *)
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-fPIC'
+       ;;
+      esac
+      ;;
+    *qnx* | *nto*)
+      # QNX uses GNU C++, but need to define -shared option too, otherwise
+      # it will coredump.
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-fPIC -shared'
+      ;;
+    *)
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-fPIC'
+      ;;
+    esac
+  else
+    case $host_os in
+      aix[[4-9]]*)
+       # All AIX code is PIC.
+       if test "$host_cpu" = ia64; then
+         # AIX 5 now supports IA64 processor
+         _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-Bstatic'
+       else
+         _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-bnso -bI:/lib/syscalls.exp'
+       fi
+       ;;
+      chorus*)
+       case $cc_basename in
+       cxch68*)
+         # Green Hills C++ Compiler
+         # _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)="--no_auto_instantiation -u __main -u __premain -u _abort -r $COOL_DIR/lib/libOrb.a $MVME_DIR/lib/CC/libC.a $MVME_DIR/lib/classix/libcx.s.a"
+         ;;
+       esac
+       ;;
+      dgux*)
+       case $cc_basename in
+         ec++*)
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-KPIC'
+           ;;
+         ghcx*)
+           # Green Hills C++ Compiler
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-pic'
+           ;;
+         *)
+           ;;
+       esac
+       ;;
+      freebsd* | dragonfly*)
+       # FreeBSD uses GNU C++
+       ;;
+      hpux9* | hpux10* | hpux11*)
+       case $cc_basename in
+         CC*)
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='${wl}-a ${wl}archive'
+           if test "$host_cpu" != ia64; then
+             _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='+Z'
+           fi
+           ;;
+         aCC*)
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='${wl}-a ${wl}archive'
+           case $host_cpu in
+           hppa*64*|ia64*)
+             # +Z the default
+             ;;
+           *)
+             _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='+Z'
+             ;;
+           esac
+           ;;
+         *)
+           ;;
+       esac
+       ;;
+      interix*)
+       # This is c89, which is MS Visual C++ (no shared libs)
+       # Anyone wants to do a port?
+       ;;
+      irix5* | irix6* | nonstopux*)
+       case $cc_basename in
+         CC*)
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-non_shared'
+           # CC pic flag -KPIC is the default.
+           ;;
+         *)
+           ;;
+       esac
+       ;;
+      linux* | k*bsd*-gnu)
+       case $cc_basename in
+         KCC*)
+           # KAI C++ Compiler
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='--backend -Wl,'
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-fPIC'
+           ;;
+         ecpc* )
+           # old Intel C++ for x86_64 which still supported -KPIC.
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-KPIC'
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-static'
+           ;;
+         icpc* )
+           # Intel C++, used to be incompatible with GCC.
+           # ICC 10 doesn't accept -KPIC any more.
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-fPIC'
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-static'
+           ;;
+         pgCC* | pgcpp*)
+           # Portland Group C++ compiler
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-fpic'
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-Bstatic'
+           ;;
+         cxx*)
+           # Compaq C++
+           # Make sure the PIC flag is empty.  It appears that all Alpha
+           # Linux and Compaq Tru64 Unix objects are PIC.
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)=
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-non_shared'
+           ;;
+         xlc* | xlC*)
+           # IBM XL 8.0 on PPC
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-qpic'
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-qstaticlink'
+           ;;
+         *)
+           case `$CC -V 2>&1 | sed 5q` in
+           *Sun\ C*)
+             # Sun C++ 5.9
+             _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-KPIC'
+             _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-Bstatic'
+             _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Qoption ld '
+             ;;
+           esac
+           ;;
+       esac
+       ;;
+      lynxos*)
+       ;;
+      m88k*)
+       ;;
+      mvs*)
+       case $cc_basename in
+         cxx*)
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-W c,exportall'
+           ;;
+         *)
+           ;;
+       esac
+       ;;
+      netbsd* | netbsdelf*-gnu)
+       ;;
+      *qnx* | *nto*)
+        # QNX uses GNU C++, but need to define -shared option too, otherwise
+        # it will coredump.
+        _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-fPIC -shared'
+        ;;
+      osf3* | osf4* | osf5*)
+       case $cc_basename in
+         KCC*)
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='--backend -Wl,'
+           ;;
+         RCC*)
+           # Rational C++ 2.4.1
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-pic'
+           ;;
+         cxx*)
+           # Digital/Compaq C++
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+           # Make sure the PIC flag is empty.  It appears that all Alpha
+           # Linux and Compaq Tru64 Unix objects are PIC.
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)=
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-non_shared'
+           ;;
+         *)
+           ;;
+       esac
+       ;;
+      psos*)
+       ;;
+      solaris*)
+       case $cc_basename in
+         CC*)
+           # Sun C++ 4.2, 5.x and Centerline C++
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-KPIC'
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-Bstatic'
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Qoption ld '
+           ;;
+         gcx*)
+           # Green Hills C++ Compiler
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-PIC'
+           ;;
+         *)
+           ;;
+       esac
+       ;;
+      sunos4*)
+       case $cc_basename in
+         CC*)
+           # Sun C++ 4.x
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-pic'
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-Bstatic'
+           ;;
+         lcc*)
+           # Lucid
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-pic'
+           ;;
+         *)
+           ;;
+       esac
+       ;;
+      sysv5* | unixware* | sco3.2v5* | sco5v6* | OpenUNIX*)
+       case $cc_basename in
+         CC*)
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-KPIC'
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-Bstatic'
+           ;;
+       esac
+       ;;
+      tandem*)
+       case $cc_basename in
+         NCC*)
+           # NonStop-UX NCC 3.20
+           _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-KPIC'
+           ;;
+         *)
+           ;;
+       esac
+       ;;
+      vxworks*)
+       ;;
+      *)
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_can_build_shared, $1)=no
+       ;;
+    esac
+  fi
+],
+[
+  if test "$GCC" = yes; then
+    _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+    _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-static'
+
+    case $host_os in
+      aix*)
+      # All AIX code is PIC.
+      if test "$host_cpu" = ia64; then
+       # AIX 5 now supports IA64 processor
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-Bstatic'
+      fi
+      ;;
+
+    amigaos*)
+      case $host_cpu in
+      powerpc)
+            # see comment about AmigaOS4 .so support
+            _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-fPIC'
+        ;;
+      m68k)
+            # FIXME: we need at least 68020 code to build shared libraries, but
+            # adding the `-m68020' flag to GCC prevents building anything better,
+            # like `-m68040'.
+            _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-m68020 -resident32 -malways-restore-a4'
+        ;;
+      esac
+      ;;
+
+    beos* | irix5* | irix6* | nonstopux* | osf3* | osf4* | osf5*)
+      # PIC is the default for these OSes.
+      ;;
+
+    mingw* | cygwin* | pw32* | os2* | cegcc*)
+      # This hack is so that the source file can tell whether it is being
+      # built for inclusion in a dll (and should export symbols for example).
+      # Although the cygwin gcc ignores -fPIC, still need this for old-style
+      # (--disable-auto-import) libraries
+      m4_if([$1], [GCJ], [],
+       [_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-DDLL_EXPORT'])
+      ;;
+
+    darwin* | rhapsody*)
+      # PIC is the default on this platform
+      # Common symbols not allowed in MH_DYLIB files
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-fno-common'
+      ;;
+
+    hpux*)
+      # PIC is the default for 64-bit PA HP-UX, but not for 32-bit
+      # PA HP-UX.  On IA64 HP-UX, PIC is the default but the pic flag
+      # sets the default TLS model and affects inlining.
+      case $host_cpu in
+      hppa*64*)
+       # +Z the default
+       ;;
+      *)
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-fPIC'
+       ;;
+      esac
+      ;;
+
+    interix[[3-9]]*)
+      # Interix 3.x gcc -fpic/-fPIC options generate broken code.
+      # Instead, we relocate shared libraries at runtime.
+      ;;
+
+    msdosdjgpp*)
+      # Just because we use GCC doesn't mean we suddenly get shared libraries
+      # on systems that don't support them.
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_can_build_shared, $1)=no
+      enable_shared=no
+      ;;
+
+    *nto* | *qnx*)
+      # QNX uses GNU C++, but need to define -shared option too, otherwise
+      # it will coredump.
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-fPIC -shared'
+      ;;
+
+    sysv4*MP*)
+      if test -d /usr/nec; then
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)=-Kconform_pic
+      fi
+      ;;
+
+    *)
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-fPIC'
+      ;;
+    esac
+  else
+    # PORTME Check for flag to pass linker flags through the system compiler.
+    case $host_os in
+    aix*)
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+      if test "$host_cpu" = ia64; then
+       # AIX 5 now supports IA64 processor
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-Bstatic'
+      else
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-bnso -bI:/lib/syscalls.exp'
+      fi
+      ;;
+
+    mingw* | cygwin* | pw32* | os2* | cegcc*)
+      # This hack is so that the source file can tell whether it is being
+      # built for inclusion in a dll (and should export symbols for example).
+      m4_if([$1], [GCJ], [],
+       [_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-DDLL_EXPORT'])
+      ;;
+
+    hpux9* | hpux10* | hpux11*)
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+      # PIC is the default for IA64 HP-UX and 64-bit HP-UX, but
+      # not for PA HP-UX.
+      case $host_cpu in
+      hppa*64*|ia64*)
+       # +Z the default
+       ;;
+      *)
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='+Z'
+       ;;
+      esac
+      # Is there a better lt_prog_compiler_static that works with the bundled CC?
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='${wl}-a ${wl}archive'
+      ;;
+
+    irix5* | irix6* | nonstopux*)
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+      # PIC (with -KPIC) is the default.
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-non_shared'
+      ;;
+
+    linux* | k*bsd*-gnu)
+      case $cc_basename in
+      # old Intel for x86_64 which still supported -KPIC.
+      ecc*)
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-KPIC'
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-static'
+        ;;
+      # icc used to be incompatible with GCC.
+      # ICC 10 doesn't accept -KPIC any more.
+      icc* | ifort*)
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-fPIC'
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-static'
+        ;;
+      # Lahey Fortran 8.1.
+      lf95*)
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='--shared'
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='--static'
+       ;;
+      pgcc* | pgf77* | pgf90* | pgf95*)
+        # Portland Group compilers (*not* the Pentium gcc compiler,
+       # which looks to be a dead project)
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-fpic'
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-Bstatic'
+        ;;
+      ccc*)
+        _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+        # All Alpha code is PIC.
+        _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-non_shared'
+        ;;
+      xl*)
+       # IBM XL C 8.0/Fortran 10.1 on PPC
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-qpic'
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-qstaticlink'
+       ;;
+      *)
+       case `$CC -V 2>&1 | sed 5q` in
+       *Sun\ C*)
+         # Sun C 5.9
+         _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-KPIC'
+         _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-Bstatic'
+         _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+         ;;
+       *Sun\ F*)
+         # Sun Fortran 8.3 passes all unrecognized flags to the linker
+         _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-KPIC'
+         _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-Bstatic'
+         _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)=''
+         ;;
+       esac
+       ;;
+      esac
+      ;;
+
+    newsos6)
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-KPIC'
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-Bstatic'
+      ;;
+
+    *nto* | *qnx*)
+      # QNX uses GNU C++, but need to define -shared option too, otherwise
+      # it will coredump.
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-fPIC -shared'
+      ;;
+
+    osf3* | osf4* | osf5*)
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+      # All OSF/1 code is PIC.
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-non_shared'
+      ;;
+
+    rdos*)
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-non_shared'
+      ;;
+
+    solaris*)
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-KPIC'
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-Bstatic'
+      case $cc_basename in
+      f77* | f90* | f95*)
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Qoption ld ';;
+      *)
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,';;
+      esac
+      ;;
+
+    sunos4*)
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Qoption ld '
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-PIC'
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-Bstatic'
+      ;;
+
+    sysv4 | sysv4.2uw2* | sysv4.3*)
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-KPIC'
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-Bstatic'
+      ;;
+
+    sysv4*MP*)
+      if test -d /usr/nec ;then
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-Kconform_pic'
+       _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-Bstatic'
+      fi
+      ;;
+
+    sysv5* | unixware* | sco3.2v5* | sco5v6* | OpenUNIX*)
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-KPIC'
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-Bstatic'
+      ;;
+
+    unicos*)
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_can_build_shared, $1)=no
+      ;;
+
+    uts4*)
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-pic'
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-Bstatic'
+      ;;
+
+    *)
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_can_build_shared, $1)=no
+      ;;
+    esac
+  fi
+])
+case $host_os in
+  # For platforms which do not support PIC, -DPIC is meaningless:
+  *djgpp*)
+    _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)=
+    ;;
+  *)
+    _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)="$_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)@&t@m4_if([$1],[],[ -DPIC],[m4_if([$1],[CXX],[ -DPIC],[])])"
+    ;;
+esac
+AC_MSG_RESULT([$_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)])
+_LT_TAGDECL([wl], [lt_prog_compiler_wl], [1],
+       [How to pass a linker flag through the compiler])
+
+#
+# Check to make sure the PIC flag actually works.
+#
+if test -n "$_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)"; then
+  _LT_COMPILER_OPTION([if $compiler PIC flag $_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1) works],
+    [_LT_TAGVAR(lt_cv_prog_compiler_pic_works, $1)],
+    [$_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)@&t@m4_if([$1],[],[ -DPIC],[m4_if([$1],[CXX],[ -DPIC],[])])], [],
+    [case $_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1) in
+     "" | " "*) ;;
+     *) _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)=" $_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)" ;;
+     esac],
+    [_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)=
+     _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_can_build_shared, $1)=no])
+fi
+_LT_TAGDECL([pic_flag], [lt_prog_compiler_pic], [1],
+       [Additional compiler flags for building library objects])
+
+#
+# Check to make sure the static flag actually works.
+#
+wl=$_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1) eval lt_tmp_static_flag=\"$_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)\"
+_LT_LINKER_OPTION([if $compiler static flag $lt_tmp_static_flag works],
+  _LT_TAGVAR(lt_cv_prog_compiler_static_works, $1),
+  $lt_tmp_static_flag,
+  [],
+  [_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)=])
+_LT_TAGDECL([link_static_flag], [lt_prog_compiler_static], [1],
+       [Compiler flag to prevent dynamic linking])
+])# _LT_COMPILER_PIC
+
+
+# _LT_LINKER_SHLIBS([TAGNAME])
+# ----------------------------
+# See if the linker supports building shared libraries.
+m4_defun([_LT_LINKER_SHLIBS],
+[AC_REQUIRE([LT_PATH_LD])dnl
+AC_REQUIRE([LT_PATH_NM])dnl
+m4_require([_LT_FILEUTILS_DEFAULTS])dnl
+m4_require([_LT_DECL_EGREP])dnl
+m4_require([_LT_DECL_SED])dnl
+m4_require([_LT_CMD_GLOBAL_SYMBOLS])dnl
+m4_require([_LT_TAG_COMPILER])dnl
+AC_MSG_CHECKING([whether the $compiler linker ($LD) supports shared libraries])
+m4_if([$1], [CXX], [
+  _LT_TAGVAR(export_symbols_cmds, $1)='$NM $libobjs $convenience | $global_symbol_pipe | $SED '\''s/.* //'\'' | sort | uniq > $export_symbols'
+  case $host_os in
+  aix[[4-9]]*)
+    # If we're using GNU nm, then we don't want the "-C" option.
+    # -C means demangle to AIX nm, but means don't demangle with GNU nm
+    if $NM -V 2>&1 | $GREP 'GNU' > /dev/null; then
+      _LT_TAGVAR(export_symbols_cmds, $1)='$NM -Bpg $libobjs $convenience | awk '\''{ if (((\$ 2 == "T") || (\$ 2 == "D") || (\$ 2 == "B")) && ([substr](\$ 3,1,1) != ".")) { print \$ 3 } }'\'' | sort -u > $export_symbols'
+    else
+      _LT_TAGVAR(export_symbols_cmds, $1)='$NM -BCpg $libobjs $convenience | awk '\''{ if (((\$ 2 == "T") || (\$ 2 == "D") || (\$ 2 == "B")) && ([substr](\$ 3,1,1) != ".")) { print \$ 3 } }'\'' | sort -u > $export_symbols'
+    fi
+    ;;
+  pw32*)
+    _LT_TAGVAR(export_symbols_cmds, $1)="$ltdll_cmds"
+  ;;
+  cygwin* | mingw* | cegcc*)
+    _LT_TAGVAR(export_symbols_cmds, $1)='$NM $libobjs $convenience | $global_symbol_pipe | $SED -e '\''/^[[BCDGRS]][[ ]]/s/.*[[ ]]\([[^ ]]*\)/\1 DATA/;/^.*[[ ]]__nm__/s/^.*[[ ]]__nm__\([[^ ]]*\)[[ ]][[^ ]]*/\1 DATA/;/^I[[ ]]/d;/^[[AITW]][[ ]]/s/.* //'\'' | sort | uniq > $export_symbols'
+  ;;
+  linux* | k*bsd*-gnu)
+    _LT_TAGVAR(link_all_deplibs, $1)=no
+  ;;
+  *)
+    _LT_TAGVAR(export_symbols_cmds, $1)='$NM $libobjs $convenience | $global_symbol_pipe | $SED '\''s/.* //'\'' | sort | uniq > $export_symbols'
+  ;;
+  esac
+  _LT_TAGVAR(exclude_expsyms, $1)=['_GLOBAL_OFFSET_TABLE_|_GLOBAL__F[ID]_.*']
+], [
+  runpath_var=
+  _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)=
+  _LT_TAGVAR(always_export_symbols, $1)=no
+  _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)=
+  _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)=
+  _LT_TAGVAR(compiler_needs_object, $1)=no
+  _LT_TAGVAR(enable_shared_with_static_runtimes, $1)=no
+  _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)=
+  _LT_TAGVAR(export_symbols_cmds, $1)='$NM $libobjs $convenience | $global_symbol_pipe | $SED '\''s/.* //'\'' | sort | uniq > $export_symbols'
+  _LT_TAGVAR(hardcode_automatic, $1)=no
+  _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=no
+  _LT_TAGVAR(hardcode_direct_absolute, $1)=no
+  _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)=
+  _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec_ld, $1)=
+  _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=
+  _LT_TAGVAR(hardcode_minus_L, $1)=no
+  _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=unsupported
+  _LT_TAGVAR(inherit_rpath, $1)=no
+  _LT_TAGVAR(link_all_deplibs, $1)=unknown
+  _LT_TAGVAR(module_cmds, $1)=
+  _LT_TAGVAR(module_expsym_cmds, $1)=
+  _LT_TAGVAR(old_archive_from_new_cmds, $1)=
+  _LT_TAGVAR(old_archive_from_expsyms_cmds, $1)=
+  _LT_TAGVAR(thread_safe_flag_spec, $1)=
+  _LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)=
+  # include_expsyms should be a list of space-separated symbols to be *always*
+  # included in the symbol list
+  _LT_TAGVAR(include_expsyms, $1)=
+  # exclude_expsyms can be an extended regexp of symbols to exclude
+  # it will be wrapped by ` (' and `)$', so one must not match beginning or
+  # end of line.  Example: `a|bc|.*d.*' will exclude the symbols `a' and `bc',
+  # as well as any symbol that contains `d'.
+  _LT_TAGVAR(exclude_expsyms, $1)=['_GLOBAL_OFFSET_TABLE_|_GLOBAL__F[ID]_.*']
+  # Although _GLOBAL_OFFSET_TABLE_ is a valid symbol C name, most a.out
+  # platforms (ab)use it in PIC code, but their linkers get confused if
+  # the symbol is explicitly referenced.  Since portable code cannot
+  # rely on this symbol name, it's probably fine to never include it in
+  # preloaded symbol tables.
+  # Exclude shared library initialization/finalization symbols.
+dnl Note also adjust exclude_expsyms for C++ above.
+  extract_expsyms_cmds=
+
+  case $host_os in
+  cygwin* | mingw* | pw32* | cegcc*)
+    # FIXME: the MSVC++ port hasn't been tested in a loooong time
+    # When not using gcc, we currently assume that we are using
+    # Microsoft Visual C++.
+    if test "$GCC" != yes; then
+      with_gnu_ld=no
+    fi
+    ;;
+  interix*)
+    # we just hope/assume this is gcc and not c89 (= MSVC++)
+    with_gnu_ld=yes
+    ;;
+  openbsd*)
+    with_gnu_ld=no
+    ;;
+  esac
+
+  _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=yes
+  if test "$with_gnu_ld" = yes; then
+    # If archive_cmds runs LD, not CC, wlarc should be empty
+    wlarc='${wl}'
+
+    # Set some defaults for GNU ld with shared library support. These
+    # are reset later if shared libraries are not supported. Putting them
+    # here allows them to be overridden if necessary.
+    runpath_var=LD_RUN_PATH
+    _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-rpath ${wl}$libdir'
+    _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)='${wl}--export-dynamic'
+    # ancient GNU ld didn't support --whole-archive et. al.
+    if $LD --help 2>&1 | $GREP 'no-whole-archive' > /dev/null; then
+      _LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)="$wlarc"'--whole-archive$convenience '"$wlarc"'--no-whole-archive'
+    else
+      _LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)=
+    fi
+    supports_anon_versioning=no
+    case `$LD -v 2>&1` in
+      *\ [[01]].* | *\ 2.[[0-9]].* | *\ 2.10.*) ;; # catch versions < 2.11
+      *\ 2.11.93.0.2\ *) supports_anon_versioning=yes ;; # RH7.3 ...
+      *\ 2.11.92.0.12\ *) supports_anon_versioning=yes ;; # Mandrake 8.2 ...
+      *\ 2.11.*) ;; # other 2.11 versions
+      *) supports_anon_versioning=yes ;;
+    esac
+
+    # See if GNU ld supports shared libraries.
+    case $host_os in
+    aix[[3-9]]*)
+      # On AIX/PPC, the GNU linker is very broken
+      if test "$host_cpu" != ia64; then
+       _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+       cat <<_LT_EOF 1>&2
+
+*** Warning: the GNU linker, at least up to release 2.9.1, is reported
+*** to be unable to reliably create shared libraries on AIX.
+*** Therefore, libtool is disabling shared libraries support.  If you
+*** really care for shared libraries, you may want to modify your PATH
+*** so that a non-GNU linker is found, and then restart.
+
+_LT_EOF
+      fi
+      ;;
+
+    amigaos*)
+      case $host_cpu in
+      powerpc)
+            # see comment about AmigaOS4 .so support
+            _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+            _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)=''
+        ;;
+      m68k)
+            _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$RM $output_objdir/a2ixlibrary.data~$ECHO "#define NAME $libname" > $output_objdir/a2ixlibrary.data~$ECHO "#define LIBRARY_ID 1" >> $output_objdir/a2ixlibrary.data~$ECHO "#define VERSION $major" >> $output_objdir/a2ixlibrary.data~$ECHO "#define REVISION $revision" >> $output_objdir/a2ixlibrary.data~$AR $AR_FLAGS $lib $libobjs~$RANLIB $lib~(cd $output_objdir && a2ixlibrary -32)'
+            _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='-L$libdir'
+            _LT_TAGVAR(hardcode_minus_L, $1)=yes
+        ;;
+      esac
+      ;;
+
+    beos*)
+      if $LD --help 2>&1 | $GREP ': supported targets:.* elf' > /dev/null; then
+       _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)=unsupported
+       # Joseph Beckenbach <jrb3@best.com> says some releases of gcc
+       # support --undefined.  This deserves some investigation.  FIXME
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -nostart $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+      else
+       _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+      fi
+      ;;
+
+    cygwin* | mingw* | pw32* | cegcc*)
+      # _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1) is actually meaningless,
+      # as there is no search path for DLLs.
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='-L$libdir'
+      _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)=unsupported
+      _LT_TAGVAR(always_export_symbols, $1)=no
+      _LT_TAGVAR(enable_shared_with_static_runtimes, $1)=yes
+      _LT_TAGVAR(export_symbols_cmds, $1)='$NM $libobjs $convenience | $global_symbol_pipe | $SED -e '\''/^[[BCDGRS]][[ ]]/s/.*[[ ]]\([[^ ]]*\)/\1 DATA/'\'' | $SED -e '\''/^[[AITW]][[ ]]/s/.*[[ ]]//'\'' | sort | uniq > $export_symbols'
+
+      if $LD --help 2>&1 | $GREP 'auto-import' > /dev/null; then
+        _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags -o $output_objdir/$soname ${wl}--enable-auto-image-base -Xlinker --out-implib -Xlinker $lib'
+       # If the export-symbols file already is a .def file (1st line
+       # is EXPORTS), use it as is; otherwise, prepend...
+       _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='if test "x`$SED 1q $export_symbols`" = xEXPORTS; then
+         cp $export_symbols $output_objdir/$soname.def;
+       else
+         echo EXPORTS > $output_objdir/$soname.def;
+         cat $export_symbols >> $output_objdir/$soname.def;
+       fi~
+       $CC -shared $output_objdir/$soname.def $libobjs $deplibs $compiler_flags -o $output_objdir/$soname ${wl}--enable-auto-image-base -Xlinker --out-implib -Xlinker $lib'
+      else
+       _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+      fi
+      ;;
+
+    interix[[3-9]]*)
+      _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=no
+      _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-rpath,$libdir'
+      _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)='${wl}-E'
+      # Hack: On Interix 3.x, we cannot compile PIC because of a broken gcc.
+      # Instead, shared libraries are loaded at an image base (0x10000000 by
+      # default) and relocated if they conflict, which is a slow very memory
+      # consuming and fragmenting process.  To avoid this, we pick a random,
+      # 256 KiB-aligned image base between 0x50000000 and 0x6FFC0000 at link
+      # time.  Moving up from 0x10000000 also allows more sbrk(2) space.
+      _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared $pic_flag $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-h,$soname ${wl}--image-base,`expr ${RANDOM-$$} % 4096 / 2 \* 262144 + 1342177280` -o $lib'
+      _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='sed "s,^,_," $export_symbols >$output_objdir/$soname.expsym~$CC -shared $pic_flag $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-h,$soname ${wl}--retain-symbols-file,$output_objdir/$soname.expsym ${wl}--image-base,`expr ${RANDOM-$$} % 4096 / 2 \* 262144 + 1342177280` -o $lib'
+      ;;
+
+    gnu* | linux* | tpf* | k*bsd*-gnu)
+      tmp_diet=no
+      if test "$host_os" = linux-dietlibc; then
+       case $cc_basename in
+         diet\ *) tmp_diet=yes;;       # linux-dietlibc with static linking (!diet-dyn)
+       esac
+      fi
+      if $LD --help 2>&1 | $EGREP ': supported targets:.* elf' > /dev/null \
+        && test "$tmp_diet" = no
+      then
+       tmp_addflag=
+       tmp_sharedflag='-shared'
+       case $cc_basename,$host_cpu in
+        pgcc*)                         # Portland Group C compiler
+         _LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)='${wl}--whole-archive`for conv in $convenience\"\"; do test  -n \"$conv\" && new_convenience=\"$new_convenience,$conv\"; done; $ECHO \"$new_convenience\"` ${wl}--no-whole-archive'
+         tmp_addflag=' $pic_flag'
+         ;;
+       pgf77* | pgf90* | pgf95*)       # Portland Group f77 and f90 compilers
+         _LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)='${wl}--whole-archive`for conv in $convenience\"\"; do test  -n \"$conv\" && new_convenience=\"$new_convenience,$conv\"; done; $ECHO \"$new_convenience\"` ${wl}--no-whole-archive'
+         tmp_addflag=' $pic_flag -Mnomain' ;;
+       ecc*,ia64* | icc*,ia64*)        # Intel C compiler on ia64
+         tmp_addflag=' -i_dynamic' ;;
+       efc*,ia64* | ifort*,ia64*)      # Intel Fortran compiler on ia64
+         tmp_addflag=' -i_dynamic -nofor_main' ;;
+       ifc* | ifort*)                  # Intel Fortran compiler
+         tmp_addflag=' -nofor_main' ;;
+       lf95*)                          # Lahey Fortran 8.1
+         _LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)=
+         tmp_sharedflag='--shared' ;;
+       xl[[cC]]*)                      # IBM XL C 8.0 on PPC (deal with xlf below)
+         tmp_sharedflag='-qmkshrobj'
+         tmp_addflag= ;;
+       esac
+       case `$CC -V 2>&1 | sed 5q` in
+       *Sun\ C*)                       # Sun C 5.9
+         _LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)='${wl}--whole-archive`new_convenience=; for conv in $convenience\"\"; do test -z \"$conv\" || new_convenience=\"$new_convenience,$conv\"; done; $ECHO \"$new_convenience\"` ${wl}--no-whole-archive'
+         _LT_TAGVAR(compiler_needs_object, $1)=yes
+         tmp_sharedflag='-G' ;;
+       *Sun\ F*)                       # Sun Fortran 8.3
+         tmp_sharedflag='-G' ;;
+       esac
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC '"$tmp_sharedflag""$tmp_addflag"' $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+
+        if test "x$supports_anon_versioning" = xyes; then
+          _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='echo "{ global:" > $output_objdir/$libname.ver~
+           cat $export_symbols | sed -e "s/\(.*\)/\1;/" >> $output_objdir/$libname.ver~
+           echo "local: *; };" >> $output_objdir/$libname.ver~
+           $CC '"$tmp_sharedflag""$tmp_addflag"' $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname ${wl}-version-script ${wl}$output_objdir/$libname.ver -o $lib'
+        fi
+
+       case $cc_basename in
+       xlf*)
+         # IBM XL Fortran 10.1 on PPC cannot create shared libs itself
+         _LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)='--whole-archive$convenience --no-whole-archive'
+         _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)=
+         _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec_ld, $1)='-rpath $libdir'
+         _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$LD -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags -soname $soname -o $lib'
+         if test "x$supports_anon_versioning" = xyes; then
+           _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='echo "{ global:" > $output_objdir/$libname.ver~
+             cat $export_symbols | sed -e "s/\(.*\)/\1;/" >> $output_objdir/$libname.ver~
+             echo "local: *; };" >> $output_objdir/$libname.ver~
+             $LD -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags -soname $soname -version-script $output_objdir/$libname.ver -o $lib'
+         fi
+         ;;
+       esac
+      else
+        _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+      fi
+      ;;
+
+    netbsd* | netbsdelf*-gnu)
+      if echo __ELF__ | $CC -E - | $GREP __ELF__ >/dev/null; then
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$LD -Bshareable $libobjs $deplibs $linker_flags -o $lib'
+       wlarc=
+      else
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+       _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname ${wl}-retain-symbols-file $wl$export_symbols -o $lib'
+      fi
+      ;;
+
+    solaris*)
+      if $LD -v 2>&1 | $GREP 'BFD 2\.8' > /dev/null; then
+       _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+       cat <<_LT_EOF 1>&2
+
+*** Warning: The releases 2.8.* of the GNU linker cannot reliably
+*** create shared libraries on Solaris systems.  Therefore, libtool
+*** is disabling shared libraries support.  We urge you to upgrade GNU
+*** binutils to release 2.9.1 or newer.  Another option is to modify
+*** your PATH or compiler configuration so that the native linker is
+*** used, and then restart.
+
+_LT_EOF
+      elif $LD --help 2>&1 | $GREP ': supported targets:.* elf' > /dev/null; then
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+       _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname ${wl}-retain-symbols-file $wl$export_symbols -o $lib'
+      else
+       _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+      fi
+      ;;
+
+    sysv5* | sco3.2v5* | sco5v6* | unixware* | OpenUNIX*)
+      case `$LD -v 2>&1` in
+        *\ [[01]].* | *\ 2.[[0-9]].* | *\ 2.1[[0-5]].*)
+       _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+       cat <<_LT_EOF 1>&2
+
+*** Warning: Releases of the GNU linker prior to 2.16.91.0.3 can not
+*** reliably create shared libraries on SCO systems.  Therefore, libtool
+*** is disabling shared libraries support.  We urge you to upgrade GNU
+*** binutils to release 2.16.91.0.3 or newer.  Another option is to modify
+*** your PATH or compiler configuration so that the native linker is
+*** used, and then restart.
+
+_LT_EOF
+       ;;
+       *)
+         # For security reasons, it is highly recommended that you always
+         # use absolute paths for naming shared libraries, and exclude the
+         # DT_RUNPATH tag from executables and libraries.  But doing so
+         # requires that you compile everything twice, which is a pain.
+         if $LD --help 2>&1 | $GREP ': supported targets:.* elf' > /dev/null; then
+           _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-rpath ${wl}$libdir'
+           _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+           _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname ${wl}-retain-symbols-file $wl$export_symbols -o $lib'
+         else
+           _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+         fi
+       ;;
+      esac
+      ;;
+
+    sunos4*)
+      _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$LD -assert pure-text -Bshareable -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+      wlarc=
+      _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=yes
+      _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+      ;;
+
+    *)
+      if $LD --help 2>&1 | $GREP ': supported targets:.* elf' > /dev/null; then
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+       _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname ${wl}-retain-symbols-file $wl$export_symbols -o $lib'
+      else
+       _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+      fi
+      ;;
+    esac
+
+    if test "$_LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)" = no; then
+      runpath_var=
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)=
+      _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)=
+      _LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)=
+    fi
+  else
+    # PORTME fill in a description of your system's linker (not GNU ld)
+    case $host_os in
+    aix3*)
+      _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)=unsupported
+      _LT_TAGVAR(always_export_symbols, $1)=yes
+      _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$LD -o $output_objdir/$soname $libobjs $deplibs $linker_flags -bE:$export_symbols -T512 -H512 -bM:SRE~$AR $AR_FLAGS $lib $output_objdir/$soname'
+      # Note: this linker hardcodes the directories in LIBPATH if there
+      # are no directories specified by -L.
+      _LT_TAGVAR(hardcode_minus_L, $1)=yes
+      if test "$GCC" = yes && test -z "$lt_prog_compiler_static"; then
+       # Neither direct hardcoding nor static linking is supported with a
+       # broken collect2.
+       _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=unsupported
+      fi
+      ;;
+
+    aix[[4-9]]*)
+      if test "$host_cpu" = ia64; then
+       # On IA64, the linker does run time linking by default, so we don't
+       # have to do anything special.
+       aix_use_runtimelinking=no
+       exp_sym_flag='-Bexport'
+       no_entry_flag=""
+      else
+       # If we're using GNU nm, then we don't want the "-C" option.
+       # -C means demangle to AIX nm, but means don't demangle with GNU nm
+       if $NM -V 2>&1 | $GREP 'GNU' > /dev/null; then
+         _LT_TAGVAR(export_symbols_cmds, $1)='$NM -Bpg $libobjs $convenience | awk '\''{ if (((\$ 2 == "T") || (\$ 2 == "D") || (\$ 2 == "B")) && ([substr](\$ 3,1,1) != ".")) { print \$ 3 } }'\'' | sort -u > $export_symbols'
+       else
+         _LT_TAGVAR(export_symbols_cmds, $1)='$NM -BCpg $libobjs $convenience | awk '\''{ if (((\$ 2 == "T") || (\$ 2 == "D") || (\$ 2 == "B")) && ([substr](\$ 3,1,1) != ".")) { print \$ 3 } }'\'' | sort -u > $export_symbols'
+       fi
+       aix_use_runtimelinking=no
+
+       # Test if we are trying to use run time linking or normal
+       # AIX style linking. If -brtl is somewhere in LDFLAGS, we
+       # need to do runtime linking.
+       case $host_os in aix4.[[23]]|aix4.[[23]].*|aix[[5-9]]*)
+         for ld_flag in $LDFLAGS; do
+         if (test $ld_flag = "-brtl" || test $ld_flag = "-Wl,-brtl"); then
+           aix_use_runtimelinking=yes
+           break
+         fi
+         done
+         ;;
+       esac
+
+       exp_sym_flag='-bexport'
+       no_entry_flag='-bnoentry'
+      fi
+
+      # When large executables or shared objects are built, AIX ld can
+      # have problems creating the table of contents.  If linking a library
+      # or program results in "error TOC overflow" add -mminimal-toc to
+      # CXXFLAGS/CFLAGS for g++/gcc.  In the cases where that is not
+      # enough to fix the problem, add -Wl,-bbigtoc to LDFLAGS.
+
+      _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)=''
+      _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=yes
+      _LT_TAGVAR(hardcode_direct_absolute, $1)=yes
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=':'
+      _LT_TAGVAR(link_all_deplibs, $1)=yes
+      _LT_TAGVAR(file_list_spec, $1)='${wl}-f,'
+
+      if test "$GCC" = yes; then
+       case $host_os in aix4.[[012]]|aix4.[[012]].*)
+       # We only want to do this on AIX 4.2 and lower, the check
+       # below for broken collect2 doesn't work under 4.3+
+         collect2name=`${CC} -print-prog-name=collect2`
+         if test -f "$collect2name" &&
+          strings "$collect2name" | $GREP resolve_lib_name >/dev/null
+         then
+         # We have reworked collect2
+         :
+         else
+         # We have old collect2
+         _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=unsupported
+         # It fails to find uninstalled libraries when the uninstalled
+         # path is not listed in the libpath.  Setting hardcode_minus_L
+         # to unsupported forces relinking
+         _LT_TAGVAR(hardcode_minus_L, $1)=yes
+         _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='-L$libdir'
+         _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=
+         fi
+         ;;
+       esac
+       shared_flag='-shared'
+       if test "$aix_use_runtimelinking" = yes; then
+         shared_flag="$shared_flag "'${wl}-G'
+       fi
+       _LT_TAGVAR(link_all_deplibs, $1)=no
+      else
+       # not using gcc
+       if test "$host_cpu" = ia64; then
+       # VisualAge C++, Version 5.5 for AIX 5L for IA-64, Beta 3 Release
+       # chokes on -Wl,-G. The following line is correct:
+         shared_flag='-G'
+       else
+         if test "$aix_use_runtimelinking" = yes; then
+           shared_flag='${wl}-G'
+         else
+           shared_flag='${wl}-bM:SRE'
+         fi
+       fi
+      fi
+
+      _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)='${wl}-bexpall'
+      # It seems that -bexpall does not export symbols beginning with
+      # underscore (_), so it is better to generate a list of symbols to export.
+      _LT_TAGVAR(always_export_symbols, $1)=yes
+      if test "$aix_use_runtimelinking" = yes; then
+       # Warning - without using the other runtime loading flags (-brtl),
+       # -berok will link without error, but may produce a broken library.
+       _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)='-berok'
+        # Determine the default libpath from the value encoded in an
+        # empty executable.
+        _LT_SYS_MODULE_PATH_AIX
+        _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-blibpath:$libdir:'"$aix_libpath"
+        _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -o $output_objdir/$soname $libobjs $deplibs '"\${wl}$no_entry_flag"' $compiler_flags `if test "x${allow_undefined_flag}" != "x"; then $ECHO "X${wl}${allow_undefined_flag}" | $Xsed; else :; fi` '"\${wl}$exp_sym_flag:\$export_symbols $shared_flag"
+      else
+       if test "$host_cpu" = ia64; then
+         _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-R $libdir:/usr/lib:/lib'
+         _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)="-z nodefs"
+         _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)="\$CC $shared_flag"' -o $output_objdir/$soname $libobjs $deplibs '"\${wl}$no_entry_flag"' $compiler_flags ${wl}${allow_undefined_flag} '"\${wl}$exp_sym_flag:\$export_symbols"
+       else
+        # Determine the default libpath from the value encoded in an
+        # empty executable.
+        _LT_SYS_MODULE_PATH_AIX
+        _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-blibpath:$libdir:'"$aix_libpath"
+         # Warning - without using the other run time loading flags,
+         # -berok will link without error, but may produce a broken library.
+         _LT_TAGVAR(no_undefined_flag, $1)=' ${wl}-bernotok'
+         _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)=' ${wl}-berok'
+         # Exported symbols can be pulled into shared objects from archives
+         _LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)='$convenience'
+         _LT_TAGVAR(archive_cmds_need_lc, $1)=yes
+         # This is similar to how AIX traditionally builds its shared libraries.
+         _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)="\$CC $shared_flag"' -o $output_objdir/$soname $libobjs $deplibs ${wl}-bnoentry $compiler_flags ${wl}-bE:$export_symbols${allow_undefined_flag}~$AR $AR_FLAGS $output_objdir/$libname$release.a $output_objdir/$soname'
+       fi
+      fi
+      ;;
+
+    amigaos*)
+      case $host_cpu in
+      powerpc)
+            # see comment about AmigaOS4 .so support
+            _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+            _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)=''
+        ;;
+      m68k)
+            _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$RM $output_objdir/a2ixlibrary.data~$ECHO "#define NAME $libname" > $output_objdir/a2ixlibrary.data~$ECHO "#define LIBRARY_ID 1" >> $output_objdir/a2ixlibrary.data~$ECHO "#define VERSION $major" >> $output_objdir/a2ixlibrary.data~$ECHO "#define REVISION $revision" >> $output_objdir/a2ixlibrary.data~$AR $AR_FLAGS $lib $libobjs~$RANLIB $lib~(cd $output_objdir && a2ixlibrary -32)'
+            _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='-L$libdir'
+            _LT_TAGVAR(hardcode_minus_L, $1)=yes
+        ;;
+      esac
+      ;;
+
+    bsdi[[45]]*)
+      _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)=-rdynamic
+      ;;
+
+    cygwin* | mingw* | pw32* | cegcc*)
+      # When not using gcc, we currently assume that we are using
+      # Microsoft Visual C++.
+      # hardcode_libdir_flag_spec is actually meaningless, as there is
+      # no search path for DLLs.
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)=' '
+      _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)=unsupported
+      # Tell ltmain to make .lib files, not .a files.
+      libext=lib
+      # Tell ltmain to make .dll files, not .so files.
+      shrext_cmds=".dll"
+      # FIXME: Setting linknames here is a bad hack.
+      _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -o $lib $libobjs $compiler_flags `$ECHO "X$deplibs" | $Xsed -e '\''s/ -lc$//'\''` -link -dll~linknames='
+      # The linker will automatically build a .lib file if we build a DLL.
+      _LT_TAGVAR(old_archive_from_new_cmds, $1)='true'
+      # FIXME: Should let the user specify the lib program.
+      _LT_TAGVAR(old_archive_cmds, $1)='lib -OUT:$oldlib$oldobjs$old_deplibs'
+      _LT_TAGVAR(fix_srcfile_path, $1)='`cygpath -w "$srcfile"`'
+      _LT_TAGVAR(enable_shared_with_static_runtimes, $1)=yes
+      ;;
+
+    darwin* | rhapsody*)
+      _LT_DARWIN_LINKER_FEATURES($1)
+      ;;
+
+    dgux*)
+      _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$LD -G -h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='-L$libdir'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+      ;;
+
+    freebsd1*)
+      _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+      ;;
+
+    # FreeBSD 2.2.[012] allows us to include c++rt0.o to get C++ constructor
+    # support.  Future versions do this automatically, but an explicit c++rt0.o
+    # does not break anything, and helps significantly (at the cost of a little
+    # extra space).
+    freebsd2.2*)
+      _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$LD -Bshareable -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags /usr/lib/c++rt0.o'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='-R$libdir'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=yes
+      _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+      ;;
+
+    # Unfortunately, older versions of FreeBSD 2 do not have this feature.
+    freebsd2*)
+      _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$LD -Bshareable -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=yes
+      _LT_TAGVAR(hardcode_minus_L, $1)=yes
+      _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+      ;;
+
+    # FreeBSD 3 and greater uses gcc -shared to do shared libraries.
+    freebsd* | dragonfly*)
+      _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='-R$libdir'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=yes
+      _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+      ;;
+
+    hpux9*)
+      if test "$GCC" = yes; then
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$RM $output_objdir/$soname~$CC -shared -fPIC ${wl}+b ${wl}$install_libdir -o $output_objdir/$soname $libobjs $deplibs $compiler_flags~test $output_objdir/$soname = $lib || mv $output_objdir/$soname $lib'
+      else
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$RM $output_objdir/$soname~$LD -b +b $install_libdir -o $output_objdir/$soname $libobjs $deplibs $linker_flags~test $output_objdir/$soname = $lib || mv $output_objdir/$soname $lib'
+      fi
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}+b ${wl}$libdir'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=:
+      _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=yes
+
+      # hardcode_minus_L: Not really in the search PATH,
+      # but as the default location of the library.
+      _LT_TAGVAR(hardcode_minus_L, $1)=yes
+      _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)='${wl}-E'
+      ;;
+
+    hpux10*)
+      if test "$GCC" = yes -a "$with_gnu_ld" = no; then
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared -fPIC ${wl}+h ${wl}$soname ${wl}+b ${wl}$install_libdir -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+      else
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$LD -b +h $soname +b $install_libdir -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+      fi
+      if test "$with_gnu_ld" = no; then
+       _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}+b ${wl}$libdir'
+       _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec_ld, $1)='+b $libdir'
+       _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=:
+       _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=yes
+       _LT_TAGVAR(hardcode_direct_absolute, $1)=yes
+       _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)='${wl}-E'
+       # hardcode_minus_L: Not really in the search PATH,
+       # but as the default location of the library.
+       _LT_TAGVAR(hardcode_minus_L, $1)=yes
+      fi
+      ;;
+
+    hpux11*)
+      if test "$GCC" = yes -a "$with_gnu_ld" = no; then
+       case $host_cpu in
+       hppa*64*)
+         _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared ${wl}+h ${wl}$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         ;;
+       ia64*)
+         _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared -fPIC ${wl}+h ${wl}$soname ${wl}+nodefaultrpath -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         ;;
+       *)
+         _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared -fPIC ${wl}+h ${wl}$soname ${wl}+b ${wl}$install_libdir -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         ;;
+       esac
+      else
+       case $host_cpu in
+       hppa*64*)
+         _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -b ${wl}+h ${wl}$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         ;;
+       ia64*)
+         _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -b ${wl}+h ${wl}$soname ${wl}+nodefaultrpath -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         ;;
+       *)
+         _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -b ${wl}+h ${wl}$soname ${wl}+b ${wl}$install_libdir -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         ;;
+       esac
+      fi
+      if test "$with_gnu_ld" = no; then
+       _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}+b ${wl}$libdir'
+       _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=:
+
+       case $host_cpu in
+       hppa*64*|ia64*)
+         _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=no
+         _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+         ;;
+       *)
+         _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=yes
+         _LT_TAGVAR(hardcode_direct_absolute, $1)=yes
+         _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)='${wl}-E'
+
+         # hardcode_minus_L: Not really in the search PATH,
+         # but as the default location of the library.
+         _LT_TAGVAR(hardcode_minus_L, $1)=yes
+         ;;
+       esac
+      fi
+      ;;
+
+    irix5* | irix6* | nonstopux*)
+      if test "$GCC" = yes; then
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname ${wl}$soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X${wl}-set_version ${wl}$verstring" | $Xsed` ${wl}-update_registry ${wl}${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+       # Try to use the -exported_symbol ld option, if it does not
+       # work, assume that -exports_file does not work either and
+       # implicitly export all symbols.
+        save_LDFLAGS="$LDFLAGS"
+        LDFLAGS="$LDFLAGS -shared ${wl}-exported_symbol ${wl}foo ${wl}-update_registry ${wl}/dev/null"
+        AC_LINK_IFELSE(int foo(void) {},
+          _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname ${wl}$soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X${wl}-set_version ${wl}$verstring" | $Xsed` ${wl}-update_registry ${wl}${output_objdir}/so_locations ${wl}-exports_file ${wl}$export_symbols -o $lib'
+        )
+        LDFLAGS="$save_LDFLAGS"
+      else
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags -soname $soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X-set_version $verstring" | $Xsed` -update_registry ${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+       _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -shared $libobjs $deplibs $compiler_flags -soname $soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X-set_version $verstring" | $Xsed` -update_registry ${output_objdir}/so_locations -exports_file $export_symbols -o $lib'
+      fi
+      _LT_TAGVAR(archive_cmds_need_lc, $1)='no'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-rpath ${wl}$libdir'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=:
+      _LT_TAGVAR(inherit_rpath, $1)=yes
+      _LT_TAGVAR(link_all_deplibs, $1)=yes
+      ;;
+
+    netbsd* | netbsdelf*-gnu)
+      if echo __ELF__ | $CC -E - | $GREP __ELF__ >/dev/null; then
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$LD -Bshareable -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'  # a.out
+      else
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$LD -shared -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'      # ELF
+      fi
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='-R$libdir'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=yes
+      _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+      ;;
+
+    newsos6)
+      _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$LD -G -h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=yes
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-rpath ${wl}$libdir'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=:
+      _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+      ;;
+
+    *nto* | *qnx*)
+      ;;
+
+    openbsd*)
+      if test -f /usr/libexec/ld.so; then
+       _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=yes
+       _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+       _LT_TAGVAR(hardcode_direct_absolute, $1)=yes
+       if test -z "`echo __ELF__ | $CC -E - | $GREP __ELF__`" || test "$host_os-$host_cpu" = "openbsd2.8-powerpc"; then
+         _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared $pic_flag -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -shared $pic_flag -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-retain-symbols-file,$export_symbols'
+         _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-rpath,$libdir'
+         _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)='${wl}-E'
+       else
+         case $host_os in
+          openbsd[[01]].* | openbsd2.[[0-7]] | openbsd2.[[0-7]].*)
+            _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$LD -Bshareable -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+            _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='-R$libdir'
+            ;;
+          *)
+            _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared $pic_flag -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+            _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-rpath,$libdir'
+            ;;
+         esac
+       fi
+      else
+       _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+      fi
+      ;;
+
+    os2*)
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='-L$libdir'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_minus_L, $1)=yes
+      _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)=unsupported
+      _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$ECHO "LIBRARY $libname INITINSTANCE" > $output_objdir/$libname.def~$ECHO "DESCRIPTION \"$libname\"" >> $output_objdir/$libname.def~$ECHO DATA >> $output_objdir/$libname.def~$ECHO " SINGLE NONSHARED" >> $output_objdir/$libname.def~$ECHO EXPORTS >> $output_objdir/$libname.def~emxexp $libobjs >> $output_objdir/$libname.def~$CC -Zdll -Zcrtdll -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags $output_objdir/$libname.def'
+      _LT_TAGVAR(old_archive_from_new_cmds, $1)='emximp -o $output_objdir/$libname.a $output_objdir/$libname.def'
+      ;;
+
+    osf3*)
+      if test "$GCC" = yes; then
+       _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)=' ${wl}-expect_unresolved ${wl}\*'
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared${allow_undefined_flag} $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname ${wl}$soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X${wl}-set_version ${wl}$verstring" | $Xsed` ${wl}-update_registry ${wl}${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+      else
+       _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)=' -expect_unresolved \*'
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared${allow_undefined_flag} $libobjs $deplibs $compiler_flags -soname $soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X-set_version $verstring" | $Xsed` -update_registry ${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+      fi
+      _LT_TAGVAR(archive_cmds_need_lc, $1)='no'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-rpath ${wl}$libdir'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=:
+      ;;
+
+    osf4* | osf5*)     # as osf3* with the addition of -msym flag
+      if test "$GCC" = yes; then
+       _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)=' ${wl}-expect_unresolved ${wl}\*'
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared${allow_undefined_flag} $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-msym ${wl}-soname ${wl}$soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X${wl}-set_version ${wl}$verstring" | $Xsed` ${wl}-update_registry ${wl}${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+       _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-rpath ${wl}$libdir'
+      else
+       _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)=' -expect_unresolved \*'
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared${allow_undefined_flag} $libobjs $deplibs $compiler_flags -msym -soname $soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X-set_version $verstring" | $Xsed` -update_registry ${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+       _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='for i in `cat $export_symbols`; do printf "%s %s\\n" -exported_symbol "\$i" >> $lib.exp; done; printf "%s\\n" "-hidden">> $lib.exp~
+       $CC -shared${allow_undefined_flag} ${wl}-input ${wl}$lib.exp $compiler_flags $libobjs $deplibs -soname $soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X-set_version $verstring" | $Xsed` -update_registry ${output_objdir}/so_locations -o $lib~$RM $lib.exp'
+
+       # Both c and cxx compiler support -rpath directly
+       _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='-rpath $libdir'
+      fi
+      _LT_TAGVAR(archive_cmds_need_lc, $1)='no'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=:
+      ;;
+
+    solaris*)
+      _LT_TAGVAR(no_undefined_flag, $1)=' -z defs'
+      if test "$GCC" = yes; then
+       wlarc='${wl}'
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared ${wl}-z ${wl}text ${wl}-h ${wl}$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+       _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='echo "{ global:" > $lib.exp~cat $export_symbols | $SED -e "s/\(.*\)/\1;/" >> $lib.exp~echo "local: *; };" >> $lib.exp~
+         $CC -shared ${wl}-z ${wl}text ${wl}-M ${wl}$lib.exp ${wl}-h ${wl}$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags~$RM $lib.exp'
+      else
+       case `$CC -V 2>&1` in
+       *"Compilers 5.0"*)
+         wlarc=''
+         _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$LD -G${allow_undefined_flag} -h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+         _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='echo "{ global:" > $lib.exp~cat $export_symbols | $SED -e "s/\(.*\)/\1;/" >> $lib.exp~echo "local: *; };" >> $lib.exp~
+         $LD -G${allow_undefined_flag} -M $lib.exp -h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags~$RM $lib.exp'
+         ;;
+       *)
+         wlarc='${wl}'
+         _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -G${allow_undefined_flag} -h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='echo "{ global:" > $lib.exp~cat $export_symbols | $SED -e "s/\(.*\)/\1;/" >> $lib.exp~echo "local: *; };" >> $lib.exp~
+         $CC -G${allow_undefined_flag} -M $lib.exp -h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags~$RM $lib.exp'
+         ;;
+       esac
+      fi
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='-R$libdir'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+      case $host_os in
+      solaris2.[[0-5]] | solaris2.[[0-5]].*) ;;
+      *)
+       # The compiler driver will combine and reorder linker options,
+       # but understands `-z linker_flag'.  GCC discards it without `$wl',
+       # but is careful enough not to reorder.
+       # Supported since Solaris 2.6 (maybe 2.5.1?)
+       if test "$GCC" = yes; then
+         _LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)='${wl}-z ${wl}allextract$convenience ${wl}-z ${wl}defaultextract'
+       else
+         _LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)='-z allextract$convenience -z defaultextract'
+       fi
+       ;;
+      esac
+      _LT_TAGVAR(link_all_deplibs, $1)=yes
+      ;;
+
+    sunos4*)
+      if test "x$host_vendor" = xsequent; then
+       # Use $CC to link under sequent, because it throws in some extra .o
+       # files that make .init and .fini sections work.
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -G ${wl}-h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+      else
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$LD -assert pure-text -Bstatic -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+      fi
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='-L$libdir'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=yes
+      _LT_TAGVAR(hardcode_minus_L, $1)=yes
+      _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+      ;;
+
+    sysv4)
+      case $host_vendor in
+       sni)
+         _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$LD -G -h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+         _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=yes # is this really true???
+       ;;
+       siemens)
+         ## LD is ld it makes a PLAMLIB
+         ## CC just makes a GrossModule.
+         _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$LD -G -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+         _LT_TAGVAR(reload_cmds, $1)='$CC -r -o $output$reload_objs'
+         _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=no
+        ;;
+       motorola)
+         _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$LD -G -h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+         _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=no #Motorola manual says yes, but my tests say they lie
+       ;;
+      esac
+      runpath_var='LD_RUN_PATH'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+      ;;
+
+    sysv4.3*)
+      _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$LD -G -h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+      _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)='-Bexport'
+      ;;
+
+    sysv4*MP*)
+      if test -d /usr/nec; then
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$LD -G -h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+       _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+       runpath_var=LD_RUN_PATH
+       hardcode_runpath_var=yes
+       _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=yes
+      fi
+      ;;
+
+    sysv4*uw2* | sysv5OpenUNIX* | sysv5UnixWare7.[[01]].[[10]]* | unixware7* | sco3.2v5.0.[[024]]*)
+      _LT_TAGVAR(no_undefined_flag, $1)='${wl}-z,text'
+      _LT_TAGVAR(archive_cmds_need_lc, $1)=no
+      _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+      runpath_var='LD_RUN_PATH'
+
+      if test "$GCC" = yes; then
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+       _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -shared ${wl}-Bexport:$export_symbols ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+      else
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -G ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+       _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -G ${wl}-Bexport:$export_symbols ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+      fi
+      ;;
+
+    sysv5* | sco3.2v5* | sco5v6*)
+      # Note: We can NOT use -z defs as we might desire, because we do not
+      # link with -lc, and that would cause any symbols used from libc to
+      # always be unresolved, which means just about no library would
+      # ever link correctly.  If we're not using GNU ld we use -z text
+      # though, which does catch some bad symbols but isn't as heavy-handed
+      # as -z defs.
+      _LT_TAGVAR(no_undefined_flag, $1)='${wl}-z,text'
+      _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)='${wl}-z,nodefs'
+      _LT_TAGVAR(archive_cmds_need_lc, $1)=no
+      _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-R,$libdir'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=':'
+      _LT_TAGVAR(link_all_deplibs, $1)=yes
+      _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)='${wl}-Bexport'
+      runpath_var='LD_RUN_PATH'
+
+      if test "$GCC" = yes; then
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+       _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -shared ${wl}-Bexport:$export_symbols ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+      else
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -G ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+       _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -G ${wl}-Bexport:$export_symbols ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+      fi
+      ;;
+
+    uts4*)
+      _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$LD -G -h $soname -o $lib $libobjs $deplibs $linker_flags'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='-L$libdir'
+      _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+      ;;
+
+    *)
+      _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+      ;;
+    esac
+
+    if test x$host_vendor = xsni; then
+      case $host in
+      sysv4 | sysv4.2uw2* | sysv4.3* | sysv5*)
+       _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)='${wl}-Blargedynsym'
+       ;;
+      esac
+    fi
+  fi
+])
+AC_MSG_RESULT([$_LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)])
+test "$_LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)" = no && can_build_shared=no
+
+_LT_TAGVAR(with_gnu_ld, $1)=$with_gnu_ld
+
+_LT_DECL([], [libext], [0], [Old archive suffix (normally "a")])dnl
+_LT_DECL([], [shrext_cmds], [1], [Shared library suffix (normally ".so")])dnl
+_LT_DECL([], [extract_expsyms_cmds], [2],
+    [The commands to extract the exported symbol list from a shared archive])
+
+#
+# Do we need to explicitly link libc?
+#
+case "x$_LT_TAGVAR(archive_cmds_need_lc, $1)" in
+x|xyes)
+  # Assume -lc should be added
+  _LT_TAGVAR(archive_cmds_need_lc, $1)=yes
+
+  if test "$enable_shared" = yes && test "$GCC" = yes; then
+    case $_LT_TAGVAR(archive_cmds, $1) in
+    *'~'*)
+      # FIXME: we may have to deal with multi-command sequences.
+      ;;
+    '$CC '*)
+      # Test whether the compiler implicitly links with -lc since on some
+      # systems, -lgcc has to come before -lc. If gcc already passes -lc
+      # to ld, don't add -lc before -lgcc.
+      AC_MSG_CHECKING([whether -lc should be explicitly linked in])
+      $RM conftest*
+      echo "$lt_simple_compile_test_code" > conftest.$ac_ext
+
+      if AC_TRY_EVAL(ac_compile) 2>conftest.err; then
+        soname=conftest
+        lib=conftest
+        libobjs=conftest.$ac_objext
+        deplibs=
+        wl=$_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)
+       pic_flag=$_LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)
+        compiler_flags=-v
+        linker_flags=-v
+        verstring=
+        output_objdir=.
+        libname=conftest
+        lt_save_allow_undefined_flag=$_LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)
+        _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)=
+        if AC_TRY_EVAL(_LT_TAGVAR(archive_cmds, $1) 2\>\&1 \| $GREP \" -lc \" \>/dev/null 2\>\&1)
+        then
+         _LT_TAGVAR(archive_cmds_need_lc, $1)=no
+        else
+         _LT_TAGVAR(archive_cmds_need_lc, $1)=yes
+        fi
+        _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)=$lt_save_allow_undefined_flag
+      else
+        cat conftest.err 1>&5
+      fi
+      $RM conftest*
+      AC_MSG_RESULT([$_LT_TAGVAR(archive_cmds_need_lc, $1)])
+      ;;
+    esac
+  fi
+  ;;
+esac
+
+_LT_TAGDECL([build_libtool_need_lc], [archive_cmds_need_lc], [0],
+    [Whether or not to add -lc for building shared libraries])
+_LT_TAGDECL([allow_libtool_libs_with_static_runtimes],
+    [enable_shared_with_static_runtimes], [0],
+    [Whether or not to disallow shared libs when runtime libs are static])
+_LT_TAGDECL([], [export_dynamic_flag_spec], [1],
+    [Compiler flag to allow reflexive dlopens])
+_LT_TAGDECL([], [whole_archive_flag_spec], [1],
+    [Compiler flag to generate shared objects directly from archives])
+_LT_TAGDECL([], [compiler_needs_object], [1],
+    [Whether the compiler copes with passing no objects directly])
+_LT_TAGDECL([], [old_archive_from_new_cmds], [2],
+    [Create an old-style archive from a shared archive])
+_LT_TAGDECL([], [old_archive_from_expsyms_cmds], [2],
+    [Create a temporary old-style archive to link instead of a shared archive])
+_LT_TAGDECL([], [archive_cmds], [2], [Commands used to build a shared archive])
+_LT_TAGDECL([], [archive_expsym_cmds], [2])
+_LT_TAGDECL([], [module_cmds], [2],
+    [Commands used to build a loadable module if different from building
+    a shared archive.])
+_LT_TAGDECL([], [module_expsym_cmds], [2])
+_LT_TAGDECL([], [with_gnu_ld], [1],
+    [Whether we are building with GNU ld or not])
+_LT_TAGDECL([], [allow_undefined_flag], [1],
+    [Flag that allows shared libraries with undefined symbols to be built])
+_LT_TAGDECL([], [no_undefined_flag], [1],
+    [Flag that enforces no undefined symbols])
+_LT_TAGDECL([], [hardcode_libdir_flag_spec], [1],
+    [Flag to hardcode $libdir into a binary during linking.
+    This must work even if $libdir does not exist])
+_LT_TAGDECL([], [hardcode_libdir_flag_spec_ld], [1],
+    [[If ld is used when linking, flag to hardcode $libdir into a binary
+    during linking.  This must work even if $libdir does not exist]])
+_LT_TAGDECL([], [hardcode_libdir_separator], [1],
+    [Whether we need a single "-rpath" flag with a separated argument])
+_LT_TAGDECL([], [hardcode_direct], [0],
+    [Set to "yes" if using DIR/libNAME${shared_ext} during linking hardcodes
+    DIR into the resulting binary])
+_LT_TAGDECL([], [hardcode_direct_absolute], [0],
+    [Set to "yes" if using DIR/libNAME${shared_ext} during linking hardcodes
+    DIR into the resulting binary and the resulting library dependency is
+    "absolute", i.e impossible to change by setting ${shlibpath_var} if the
+    library is relocated])
+_LT_TAGDECL([], [hardcode_minus_L], [0],
+    [Set to "yes" if using the -LDIR flag during linking hardcodes DIR
+    into the resulting binary])
+_LT_TAGDECL([], [hardcode_shlibpath_var], [0],
+    [Set to "yes" if using SHLIBPATH_VAR=DIR during linking hardcodes DIR
+    into the resulting binary])
+_LT_TAGDECL([], [hardcode_automatic], [0],
+    [Set to "yes" if building a shared library automatically hardcodes DIR
+    into the library and all subsequent libraries and executables linked
+    against it])
+_LT_TAGDECL([], [inherit_rpath], [0],
+    [Set to yes if linker adds runtime paths of dependent libraries
+    to runtime path list])
+_LT_TAGDECL([], [link_all_deplibs], [0],
+    [Whether libtool must link a program against all its dependency libraries])
+_LT_TAGDECL([], [fix_srcfile_path], [1],
+    [Fix the shell variable $srcfile for the compiler])
+_LT_TAGDECL([], [always_export_symbols], [0],
+    [Set to "yes" if exported symbols are required])
+_LT_TAGDECL([], [export_symbols_cmds], [2],
+    [The commands to list exported symbols])
+_LT_TAGDECL([], [exclude_expsyms], [1],
+    [Symbols that should not be listed in the preloaded symbols])
+_LT_TAGDECL([], [include_expsyms], [1],
+    [Symbols that must always be exported])
+_LT_TAGDECL([], [prelink_cmds], [2],
+    [Commands necessary for linking programs (against libraries) with templates])
+_LT_TAGDECL([], [file_list_spec], [1],
+    [Specify filename containing input files])
+dnl FIXME: Not yet implemented
+dnl _LT_TAGDECL([], [thread_safe_flag_spec], [1],
+dnl    [Compiler flag to generate thread safe objects])
+])# _LT_LINKER_SHLIBS
+
+
+# _LT_LANG_C_CONFIG([TAG])
+# ------------------------
+# Ensure that the configuration variables for a C compiler are suitably
+# defined.  These variables are subsequently used by _LT_CONFIG to write
+# the compiler configuration to `libtool'.
+m4_defun([_LT_LANG_C_CONFIG],
+[m4_require([_LT_DECL_EGREP])dnl
+lt_save_CC="$CC"
+AC_LANG_PUSH(C)
+
+# Source file extension for C test sources.
+ac_ext=c
+
+# Object file extension for compiled C test sources.
+objext=o
+_LT_TAGVAR(objext, $1)=$objext
+
+# Code to be used in simple compile tests
+lt_simple_compile_test_code="int some_variable = 0;"
+
+# Code to be used in simple link tests
+lt_simple_link_test_code='int main(){return(0);}'
+
+_LT_TAG_COMPILER
+# Save the default compiler, since it gets overwritten when the other
+# tags are being tested, and _LT_TAGVAR(compiler, []) is a NOP.
+compiler_DEFAULT=$CC
+
+# save warnings/boilerplate of simple test code
+_LT_COMPILER_BOILERPLATE
+_LT_LINKER_BOILERPLATE
+
+## CAVEAT EMPTOR:
+## There is no encapsulation within the following macros, do not change
+## the running order or otherwise move them around unless you know exactly
+## what you are doing...
+if test -n "$compiler"; then
+  _LT_COMPILER_NO_RTTI($1)
+  _LT_COMPILER_PIC($1)
+  _LT_COMPILER_C_O($1)
+  _LT_COMPILER_FILE_LOCKS($1)
+  _LT_LINKER_SHLIBS($1)
+  _LT_SYS_DYNAMIC_LINKER($1)
+  _LT_LINKER_HARDCODE_LIBPATH($1)
+  LT_SYS_DLOPEN_SELF
+  _LT_CMD_STRIPLIB
+
+  # Report which library types will actually be built
+  AC_MSG_CHECKING([if libtool supports shared libraries])
+  AC_MSG_RESULT([$can_build_shared])
+
+  AC_MSG_CHECKING([whether to build shared libraries])
+  test "$can_build_shared" = "no" && enable_shared=no
+
+  # On AIX, shared libraries and static libraries use the same namespace, and
+  # are all built from PIC.
+  case $host_os in
+  aix3*)
+    test "$enable_shared" = yes && enable_static=no
+    if test -n "$RANLIB"; then
+      archive_cmds="$archive_cmds~\$RANLIB \$lib"
+      postinstall_cmds='$RANLIB $lib'
+    fi
+    ;;
+
+  aix[[4-9]]*)
+    if test "$host_cpu" != ia64 && test "$aix_use_runtimelinking" = no ; then
+      test "$enable_shared" = yes && enable_static=no
+    fi
+    ;;
+  esac
+  AC_MSG_RESULT([$enable_shared])
+
+  AC_MSG_CHECKING([whether to build static libraries])
+  # Make sure either enable_shared or enable_static is yes.
+  test "$enable_shared" = yes || enable_static=yes
+  AC_MSG_RESULT([$enable_static])
+
+  _LT_CONFIG($1)
+fi
+AC_LANG_POP
+CC="$lt_save_CC"
+])# _LT_LANG_C_CONFIG
+
+
+# _LT_PROG_CXX
+# ------------
+# Since AC_PROG_CXX is broken, in that it returns g++ if there is no c++
+# compiler, we have our own version here.
+m4_defun([_LT_PROG_CXX],
+[
+pushdef([AC_MSG_ERROR], [_lt_caught_CXX_error=yes])
+AC_PROG_CXX
+if test -n "$CXX" && ( test "X$CXX" != "Xno" &&
+    ( (test "X$CXX" = "Xg++" && `g++ -v >/dev/null 2>&1` ) ||
+    (test "X$CXX" != "Xg++"))) ; then
+  AC_PROG_CXXCPP
+else
+  _lt_caught_CXX_error=yes
+fi
+popdef([AC_MSG_ERROR])
+])# _LT_PROG_CXX
+
+dnl aclocal-1.4 backwards compatibility:
+dnl AC_DEFUN([_LT_PROG_CXX], [])
+
+
+# _LT_LANG_CXX_CONFIG([TAG])
+# --------------------------
+# Ensure that the configuration variables for a C++ compiler are suitably
+# defined.  These variables are subsequently used by _LT_CONFIG to write
+# the compiler configuration to `libtool'.
+m4_defun([_LT_LANG_CXX_CONFIG],
+[AC_REQUIRE([_LT_PROG_CXX])dnl
+m4_require([_LT_FILEUTILS_DEFAULTS])dnl
+m4_require([_LT_DECL_EGREP])dnl
+
+AC_LANG_PUSH(C++)
+_LT_TAGVAR(archive_cmds_need_lc, $1)=no
+_LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)=
+_LT_TAGVAR(always_export_symbols, $1)=no
+_LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)=
+_LT_TAGVAR(compiler_needs_object, $1)=no
+_LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)=
+_LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=no
+_LT_TAGVAR(hardcode_direct_absolute, $1)=no
+_LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)=
+_LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec_ld, $1)=
+_LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=
+_LT_TAGVAR(hardcode_minus_L, $1)=no
+_LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=unsupported
+_LT_TAGVAR(hardcode_automatic, $1)=no
+_LT_TAGVAR(inherit_rpath, $1)=no
+_LT_TAGVAR(module_cmds, $1)=
+_LT_TAGVAR(module_expsym_cmds, $1)=
+_LT_TAGVAR(link_all_deplibs, $1)=unknown
+_LT_TAGVAR(old_archive_cmds, $1)=$old_archive_cmds
+_LT_TAGVAR(no_undefined_flag, $1)=
+_LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)=
+_LT_TAGVAR(enable_shared_with_static_runtimes, $1)=no
+
+# Source file extension for C++ test sources.
+ac_ext=cpp
+
+# Object file extension for compiled C++ test sources.
+objext=o
+_LT_TAGVAR(objext, $1)=$objext
+
+# No sense in running all these tests if we already determined that
+# the CXX compiler isn't working.  Some variables (like enable_shared)
+# are currently assumed to apply to all compilers on this platform,
+# and will be corrupted by setting them based on a non-working compiler.
+if test "$_lt_caught_CXX_error" != yes; then
+  # Code to be used in simple compile tests
+  lt_simple_compile_test_code="int some_variable = 0;"
+
+  # Code to be used in simple link tests
+  lt_simple_link_test_code='int main(int, char *[[]]) { return(0); }'
+
+  # ltmain only uses $CC for tagged configurations so make sure $CC is set.
+  _LT_TAG_COMPILER
+
+  # save warnings/boilerplate of simple test code
+  _LT_COMPILER_BOILERPLATE
+  _LT_LINKER_BOILERPLATE
+
+  # Allow CC to be a program name with arguments.
+  lt_save_CC=$CC
+  lt_save_LD=$LD
+  lt_save_GCC=$GCC
+  GCC=$GXX
+  lt_save_with_gnu_ld=$with_gnu_ld
+  lt_save_path_LD=$lt_cv_path_LD
+  if test -n "${lt_cv_prog_gnu_ldcxx+set}"; then
+    lt_cv_prog_gnu_ld=$lt_cv_prog_gnu_ldcxx
+  else
+    $as_unset lt_cv_prog_gnu_ld
+  fi
+  if test -n "${lt_cv_path_LDCXX+set}"; then
+    lt_cv_path_LD=$lt_cv_path_LDCXX
+  else
+    $as_unset lt_cv_path_LD
+  fi
+  test -z "${LDCXX+set}" || LD=$LDCXX
+  CC=${CXX-"c++"}
+  compiler=$CC
+  _LT_TAGVAR(compiler, $1)=$CC
+  _LT_CC_BASENAME([$compiler])
+
+  if test -n "$compiler"; then
+    # We don't want -fno-exception when compiling C++ code, so set the
+    # no_builtin_flag separately
+    if test "$GXX" = yes; then
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_no_builtin_flag, $1)=' -fno-builtin'
+    else
+      _LT_TAGVAR(lt_prog_compiler_no_builtin_flag, $1)=
+    fi
+
+    if test "$GXX" = yes; then
+      # Set up default GNU C++ configuration
+
+      LT_PATH_LD
+
+      # Check if GNU C++ uses GNU ld as the underlying linker, since the
+      # archiving commands below assume that GNU ld is being used.
+      if test "$with_gnu_ld" = yes; then
+        _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared -nostdlib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+        _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -shared -nostdlib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname ${wl}-retain-symbols-file $wl$export_symbols -o $lib'
+
+        _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-rpath ${wl}$libdir'
+        _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)='${wl}--export-dynamic'
+
+        # If archive_cmds runs LD, not CC, wlarc should be empty
+        # XXX I think wlarc can be eliminated in ltcf-cxx, but I need to
+        #     investigate it a little bit more. (MM)
+        wlarc='${wl}'
+
+        # ancient GNU ld didn't support --whole-archive et. al.
+        if eval "`$CC -print-prog-name=ld` --help 2>&1" |
+         $GREP 'no-whole-archive' > /dev/null; then
+          _LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)="$wlarc"'--whole-archive$convenience '"$wlarc"'--no-whole-archive'
+        else
+          _LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)=
+        fi
+      else
+        with_gnu_ld=no
+        wlarc=
+
+        # A generic and very simple default shared library creation
+        # command for GNU C++ for the case where it uses the native
+        # linker, instead of GNU ld.  If possible, this setting should
+        # overridden to take advantage of the native linker features on
+        # the platform it is being used on.
+        _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared -nostdlib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags -o $lib'
+      fi
+
+      # Commands to make compiler produce verbose output that lists
+      # what "hidden" libraries, object files and flags are used when
+      # linking a shared library.
+      output_verbose_link_cmd='$CC -shared $CFLAGS -v conftest.$objext 2>&1 | $GREP "\-L"'
+
+    else
+      GXX=no
+      with_gnu_ld=no
+      wlarc=
+    fi
+
+    # PORTME: fill in a description of your system's C++ link characteristics
+    AC_MSG_CHECKING([whether the $compiler linker ($LD) supports shared libraries])
+    _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=yes
+    case $host_os in
+      aix3*)
+        # FIXME: insert proper C++ library support
+        _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+        ;;
+      aix[[4-9]]*)
+        if test "$host_cpu" = ia64; then
+          # On IA64, the linker does run time linking by default, so we don't
+          # have to do anything special.
+          aix_use_runtimelinking=no
+          exp_sym_flag='-Bexport'
+          no_entry_flag=""
+        else
+          aix_use_runtimelinking=no
+
+          # Test if we are trying to use run time linking or normal
+          # AIX style linking. If -brtl is somewhere in LDFLAGS, we
+          # need to do runtime linking.
+          case $host_os in aix4.[[23]]|aix4.[[23]].*|aix[[5-9]]*)
+           for ld_flag in $LDFLAGS; do
+             case $ld_flag in
+             *-brtl*)
+               aix_use_runtimelinking=yes
+               break
+               ;;
+             esac
+           done
+           ;;
+          esac
+
+          exp_sym_flag='-bexport'
+          no_entry_flag='-bnoentry'
+        fi
+
+        # When large executables or shared objects are built, AIX ld can
+        # have problems creating the table of contents.  If linking a library
+        # or program results in "error TOC overflow" add -mminimal-toc to
+        # CXXFLAGS/CFLAGS for g++/gcc.  In the cases where that is not
+        # enough to fix the problem, add -Wl,-bbigtoc to LDFLAGS.
+
+        _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)=''
+        _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=yes
+        _LT_TAGVAR(hardcode_direct_absolute, $1)=yes
+        _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=':'
+        _LT_TAGVAR(link_all_deplibs, $1)=yes
+        _LT_TAGVAR(file_list_spec, $1)='${wl}-f,'
+
+        if test "$GXX" = yes; then
+          case $host_os in aix4.[[012]]|aix4.[[012]].*)
+          # We only want to do this on AIX 4.2 and lower, the check
+          # below for broken collect2 doesn't work under 4.3+
+         collect2name=`${CC} -print-prog-name=collect2`
+         if test -f "$collect2name" &&
+            strings "$collect2name" | $GREP resolve_lib_name >/dev/null
+         then
+           # We have reworked collect2
+           :
+         else
+           # We have old collect2
+           _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=unsupported
+           # It fails to find uninstalled libraries when the uninstalled
+           # path is not listed in the libpath.  Setting hardcode_minus_L
+           # to unsupported forces relinking
+           _LT_TAGVAR(hardcode_minus_L, $1)=yes
+           _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='-L$libdir'
+           _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=
+         fi
+          esac
+          shared_flag='-shared'
+         if test "$aix_use_runtimelinking" = yes; then
+           shared_flag="$shared_flag "'${wl}-G'
+         fi
+        else
+          # not using gcc
+          if test "$host_cpu" = ia64; then
+         # VisualAge C++, Version 5.5 for AIX 5L for IA-64, Beta 3 Release
+         # chokes on -Wl,-G. The following line is correct:
+         shared_flag='-G'
+          else
+           if test "$aix_use_runtimelinking" = yes; then
+             shared_flag='${wl}-G'
+           else
+             shared_flag='${wl}-bM:SRE'
+           fi
+          fi
+        fi
+
+        _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)='${wl}-bexpall'
+        # It seems that -bexpall does not export symbols beginning with
+        # underscore (_), so it is better to generate a list of symbols to
+       # export.
+        _LT_TAGVAR(always_export_symbols, $1)=yes
+        if test "$aix_use_runtimelinking" = yes; then
+          # Warning - without using the other runtime loading flags (-brtl),
+          # -berok will link without error, but may produce a broken library.
+          _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)='-berok'
+          # Determine the default libpath from the value encoded in an empty
+          # executable.
+          _LT_SYS_MODULE_PATH_AIX
+          _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-blibpath:$libdir:'"$aix_libpath"
+
+          _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -o $output_objdir/$soname $libobjs $deplibs '"\${wl}$no_entry_flag"' $compiler_flags `if test "x${allow_undefined_flag}" != "x"; then $ECHO "X${wl}${allow_undefined_flag}" | $Xsed; else :; fi` '"\${wl}$exp_sym_flag:\$export_symbols $shared_flag"
+        else
+          if test "$host_cpu" = ia64; then
+           _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-R $libdir:/usr/lib:/lib'
+           _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)="-z nodefs"
+           _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)="\$CC $shared_flag"' -o $output_objdir/$soname $libobjs $deplibs '"\${wl}$no_entry_flag"' $compiler_flags ${wl}${allow_undefined_flag} '"\${wl}$exp_sym_flag:\$export_symbols"
+          else
+           # Determine the default libpath from the value encoded in an
+           # empty executable.
+           _LT_SYS_MODULE_PATH_AIX
+           _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-blibpath:$libdir:'"$aix_libpath"
+           # Warning - without using the other run time loading flags,
+           # -berok will link without error, but may produce a broken library.
+           _LT_TAGVAR(no_undefined_flag, $1)=' ${wl}-bernotok'
+           _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)=' ${wl}-berok'
+           # Exported symbols can be pulled into shared objects from archives
+           _LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)='$convenience'
+           _LT_TAGVAR(archive_cmds_need_lc, $1)=yes
+           # This is similar to how AIX traditionally builds its shared
+           # libraries.
+           _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)="\$CC $shared_flag"' -o $output_objdir/$soname $libobjs $deplibs ${wl}-bnoentry $compiler_flags ${wl}-bE:$export_symbols${allow_undefined_flag}~$AR $AR_FLAGS $output_objdir/$libname$release.a $output_objdir/$soname'
+          fi
+        fi
+        ;;
+
+      beos*)
+       if $LD --help 2>&1 | $GREP ': supported targets:.* elf' > /dev/null; then
+         _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)=unsupported
+         # Joseph Beckenbach <jrb3@best.com> says some releases of gcc
+         # support --undefined.  This deserves some investigation.  FIXME
+         _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -nostart $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+       else
+         _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+       fi
+       ;;
+
+      chorus*)
+        case $cc_basename in
+          *)
+         # FIXME: insert proper C++ library support
+         _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+         ;;
+        esac
+        ;;
+
+      cygwin* | mingw* | pw32* | cegcc*)
+        # _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1) is actually meaningless,
+        # as there is no search path for DLLs.
+        _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='-L$libdir'
+        _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)=unsupported
+        _LT_TAGVAR(always_export_symbols, $1)=no
+        _LT_TAGVAR(enable_shared_with_static_runtimes, $1)=yes
+
+        if $LD --help 2>&1 | $GREP 'auto-import' > /dev/null; then
+          _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared -nostdlib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags -o $output_objdir/$soname ${wl}--enable-auto-image-base -Xlinker --out-implib -Xlinker $lib'
+          # If the export-symbols file already is a .def file (1st line
+          # is EXPORTS), use it as is; otherwise, prepend...
+          _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='if test "x`$SED 1q $export_symbols`" = xEXPORTS; then
+           cp $export_symbols $output_objdir/$soname.def;
+          else
+           echo EXPORTS > $output_objdir/$soname.def;
+           cat $export_symbols >> $output_objdir/$soname.def;
+          fi~
+          $CC -shared -nostdlib $output_objdir/$soname.def $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags -o $output_objdir/$soname ${wl}--enable-auto-image-base -Xlinker --out-implib -Xlinker $lib'
+        else
+          _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+        fi
+        ;;
+      darwin* | rhapsody*)
+        _LT_DARWIN_LINKER_FEATURES($1)
+       ;;
+
+      dgux*)
+        case $cc_basename in
+          ec++*)
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+           ;;
+          ghcx*)
+           # Green Hills C++ Compiler
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+           ;;
+          *)
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+           ;;
+        esac
+        ;;
+
+      freebsd[[12]]*)
+        # C++ shared libraries reported to be fairly broken before
+       # switch to ELF
+        _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+        ;;
+
+      freebsd-elf*)
+        _LT_TAGVAR(archive_cmds_need_lc, $1)=no
+        ;;
+
+      freebsd* | dragonfly*)
+        # FreeBSD 3 and later use GNU C++ and GNU ld with standard ELF
+        # conventions
+        _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=yes
+        ;;
+
+      gnu*)
+        ;;
+
+      hpux9*)
+        _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}+b ${wl}$libdir'
+        _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=:
+        _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)='${wl}-E'
+        _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=yes
+        _LT_TAGVAR(hardcode_minus_L, $1)=yes # Not in the search PATH,
+                                            # but as the default
+                                            # location of the library.
+
+        case $cc_basename in
+          CC*)
+            # FIXME: insert proper C++ library support
+            _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+            ;;
+          aCC*)
+            _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$RM $output_objdir/$soname~$CC -b ${wl}+b ${wl}$install_libdir -o $output_objdir/$soname $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags~test $output_objdir/$soname = $lib || mv $output_objdir/$soname $lib'
+            # Commands to make compiler produce verbose output that lists
+            # what "hidden" libraries, object files and flags are used when
+            # linking a shared library.
+            #
+            # There doesn't appear to be a way to prevent this compiler from
+            # explicitly linking system object files so we need to strip them
+            # from the output so that they don't get included in the library
+            # dependencies.
+            output_verbose_link_cmd='templist=`($CC -b $CFLAGS -v conftest.$objext 2>&1) | $EGREP "\-L"`; list=""; for z in $templist; do case $z in conftest.$objext) list="$list $z";; *.$objext);; *) list="$list $z";;esac; done; $ECHO "X$list" | $Xsed'
+            ;;
+          *)
+            if test "$GXX" = yes; then
+              _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$RM $output_objdir/$soname~$CC -shared -nostdlib -fPIC ${wl}+b ${wl}$install_libdir -o $output_objdir/$soname $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags~test $output_objdir/$soname = $lib || mv $output_objdir/$soname $lib'
+            else
+              # FIXME: insert proper C++ library support
+              _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+            fi
+            ;;
+        esac
+        ;;
+
+      hpux10*|hpux11*)
+        if test $with_gnu_ld = no; then
+         _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}+b ${wl}$libdir'
+         _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=:
+
+          case $host_cpu in
+            hppa*64*|ia64*)
+              ;;
+            *)
+             _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)='${wl}-E'
+              ;;
+          esac
+        fi
+        case $host_cpu in
+          hppa*64*|ia64*)
+            _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=no
+            _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+            ;;
+          *)
+            _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=yes
+            _LT_TAGVAR(hardcode_direct_absolute, $1)=yes
+            _LT_TAGVAR(hardcode_minus_L, $1)=yes # Not in the search PATH,
+                                                # but as the default
+                                                # location of the library.
+            ;;
+        esac
+
+        case $cc_basename in
+          CC*)
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+           ;;
+          aCC*)
+           case $host_cpu in
+             hppa*64*)
+               _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -b ${wl}+h ${wl}$soname -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags'
+               ;;
+             ia64*)
+               _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -b ${wl}+h ${wl}$soname ${wl}+nodefaultrpath -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags'
+               ;;
+             *)
+               _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -b ${wl}+h ${wl}$soname ${wl}+b ${wl}$install_libdir -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags'
+               ;;
+           esac
+           # Commands to make compiler produce verbose output that lists
+           # what "hidden" libraries, object files and flags are used when
+           # linking a shared library.
+           #
+           # There doesn't appear to be a way to prevent this compiler from
+           # explicitly linking system object files so we need to strip them
+           # from the output so that they don't get included in the library
+           # dependencies.
+           output_verbose_link_cmd='templist=`($CC -b $CFLAGS -v conftest.$objext 2>&1) | $GREP "\-L"`; list=""; for z in $templist; do case $z in conftest.$objext) list="$list $z";; *.$objext);; *) list="$list $z";;esac; done; $ECHO "X$list" | $Xsed'
+           ;;
+          *)
+           if test "$GXX" = yes; then
+             if test $with_gnu_ld = no; then
+               case $host_cpu in
+                 hppa*64*)
+                   _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared -nostdlib -fPIC ${wl}+h ${wl}$soname -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags'
+                   ;;
+                 ia64*)
+                   _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared -nostdlib -fPIC ${wl}+h ${wl}$soname ${wl}+nodefaultrpath -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags'
+                   ;;
+                 *)
+                   _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared -nostdlib -fPIC ${wl}+h ${wl}$soname ${wl}+b ${wl}$install_libdir -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags'
+                   ;;
+               esac
+             fi
+           else
+             # FIXME: insert proper C++ library support
+             _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+           fi
+           ;;
+        esac
+        ;;
+
+      interix[[3-9]]*)
+       _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=no
+       _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+       _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-rpath,$libdir'
+       _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)='${wl}-E'
+       # Hack: On Interix 3.x, we cannot compile PIC because of a broken gcc.
+       # Instead, shared libraries are loaded at an image base (0x10000000 by
+       # default) and relocated if they conflict, which is a slow very memory
+       # consuming and fragmenting process.  To avoid this, we pick a random,
+       # 256 KiB-aligned image base between 0x50000000 and 0x6FFC0000 at link
+       # time.  Moving up from 0x10000000 also allows more sbrk(2) space.
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared $pic_flag $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-h,$soname ${wl}--image-base,`expr ${RANDOM-$$} % 4096 / 2 \* 262144 + 1342177280` -o $lib'
+       _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='sed "s,^,_," $export_symbols >$output_objdir/$soname.expsym~$CC -shared $pic_flag $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-h,$soname ${wl}--retain-symbols-file,$output_objdir/$soname.expsym ${wl}--image-base,`expr ${RANDOM-$$} % 4096 / 2 \* 262144 + 1342177280` -o $lib'
+       ;;
+      irix5* | irix6*)
+        case $cc_basename in
+          CC*)
+           # SGI C++
+           _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared -all -multigot $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags -soname $soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X-set_version $verstring" | $Xsed` -update_registry ${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+
+           # Archives containing C++ object files must be created using
+           # "CC -ar", where "CC" is the IRIX C++ compiler.  This is
+           # necessary to make sure instantiated templates are included
+           # in the archive.
+           _LT_TAGVAR(old_archive_cmds, $1)='$CC -ar -WR,-u -o $oldlib $oldobjs'
+           ;;
+          *)
+           if test "$GXX" = yes; then
+             if test "$with_gnu_ld" = no; then
+               _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared -nostdlib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname ${wl}$soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X${wl}-set_version ${wl}$verstring" | $Xsed` ${wl}-update_registry ${wl}${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+             else
+               _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared -nostdlib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname ${wl}$soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X${wl}-set_version ${wl}$verstring" | $Xsed` -o $lib'
+             fi
+           fi
+           _LT_TAGVAR(link_all_deplibs, $1)=yes
+           ;;
+        esac
+        _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-rpath ${wl}$libdir'
+        _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=:
+        _LT_TAGVAR(inherit_rpath, $1)=yes
+        ;;
+
+      linux* | k*bsd*-gnu)
+        case $cc_basename in
+          KCC*)
+           # Kuck and Associates, Inc. (KAI) C++ Compiler
+
+           # KCC will only create a shared library if the output file
+           # ends with ".so" (or ".sl" for HP-UX), so rename the library
+           # to its proper name (with version) after linking.
+           _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='tempext=`echo $shared_ext | $SED -e '\''s/\([[^()0-9A-Za-z{}]]\)/\\\\\1/g'\''`; templib=`echo $lib | $SED -e "s/\${tempext}\..*/.so/"`; $CC $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags --soname $soname -o \$templib; mv \$templib $lib'
+           _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='tempext=`echo $shared_ext | $SED -e '\''s/\([[^()0-9A-Za-z{}]]\)/\\\\\1/g'\''`; templib=`echo $lib | $SED -e "s/\${tempext}\..*/.so/"`; $CC $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags --soname $soname -o \$templib ${wl}-retain-symbols-file,$export_symbols; mv \$templib $lib'
+           # Commands to make compiler produce verbose output that lists
+           # what "hidden" libraries, object files and flags are used when
+           # linking a shared library.
+           #
+           # There doesn't appear to be a way to prevent this compiler from
+           # explicitly linking system object files so we need to strip them
+           # from the output so that they don't get included in the library
+           # dependencies.
+           output_verbose_link_cmd='templist=`$CC $CFLAGS -v conftest.$objext -o libconftest$shared_ext 2>&1 | $GREP "ld"`; rm -f libconftest$shared_ext; list=""; for z in $templist; do case $z in conftest.$objext) list="$list $z";; *.$objext);; *) list="$list $z";;esac; done; $ECHO "X$list" | $Xsed'
+
+           _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-rpath,$libdir'
+           _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)='${wl}--export-dynamic'
+
+           # Archives containing C++ object files must be created using
+           # "CC -Bstatic", where "CC" is the KAI C++ compiler.
+           _LT_TAGVAR(old_archive_cmds, $1)='$CC -Bstatic -o $oldlib $oldobjs'
+           ;;
+         icpc* | ecpc* )
+           # Intel C++
+           with_gnu_ld=yes
+           # version 8.0 and above of icpc choke on multiply defined symbols
+           # if we add $predep_objects and $postdep_objects, however 7.1 and
+           # earlier do not add the objects themselves.
+           case `$CC -V 2>&1` in
+             *"Version 7."*)
+               _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+               _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -shared $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname ${wl}-retain-symbols-file $wl$export_symbols -o $lib'
+               ;;
+             *)  # Version 8.0 or newer
+               tmp_idyn=
+               case $host_cpu in
+                 ia64*) tmp_idyn=' -i_dynamic';;
+               esac
+               _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared'"$tmp_idyn"' $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+               _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -shared'"$tmp_idyn"' $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname ${wl}-retain-symbols-file $wl$export_symbols -o $lib'
+               ;;
+           esac
+           _LT_TAGVAR(archive_cmds_need_lc, $1)=no
+           _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-rpath,$libdir'
+           _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)='${wl}--export-dynamic'
+           _LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)='${wl}--whole-archive$convenience ${wl}--no-whole-archive'
+           ;;
+          pgCC* | pgcpp*)
+            # Portland Group C++ compiler
+           case `$CC -V` in
+           *pgCC\ [[1-5]]* | *pgcpp\ [[1-5]]*)
+             _LT_TAGVAR(prelink_cmds, $1)='tpldir=Template.dir~
+               rm -rf $tpldir~
+               $CC --prelink_objects --instantiation_dir $tpldir $objs $libobjs $compile_deplibs~
+               compile_command="$compile_command `find $tpldir -name \*.o | $NL2SP`"'
+             _LT_TAGVAR(old_archive_cmds, $1)='tpldir=Template.dir~
+               rm -rf $tpldir~
+               $CC --prelink_objects --instantiation_dir $tpldir $oldobjs$old_deplibs~
+               $AR $AR_FLAGS $oldlib$oldobjs$old_deplibs `find $tpldir -name \*.o | $NL2SP`~
+               $RANLIB $oldlib'
+             _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='tpldir=Template.dir~
+               rm -rf $tpldir~
+               $CC --prelink_objects --instantiation_dir $tpldir $predep_objects $libobjs $deplibs $convenience $postdep_objects~
+               $CC -shared $pic_flag $predep_objects $libobjs $deplibs `find $tpldir -name \*.o | $NL2SP` $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname ${wl}$soname -o $lib'
+             _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='tpldir=Template.dir~
+               rm -rf $tpldir~
+               $CC --prelink_objects --instantiation_dir $tpldir $predep_objects $libobjs $deplibs $convenience $postdep_objects~
+               $CC -shared $pic_flag $predep_objects $libobjs $deplibs `find $tpldir -name \*.o | $NL2SP` $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname ${wl}$soname ${wl}-retain-symbols-file ${wl}$export_symbols -o $lib'
+             ;;
+           *) # Version 6 will use weak symbols
+             _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared $pic_flag $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname ${wl}$soname -o $lib'
+             _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -shared $pic_flag $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname ${wl}$soname ${wl}-retain-symbols-file ${wl}$export_symbols -o $lib'
+             ;;
+           esac
+
+           _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}--rpath ${wl}$libdir'
+           _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)='${wl}--export-dynamic'
+           _LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)='${wl}--whole-archive`for conv in $convenience\"\"; do test  -n \"$conv\" && new_convenience=\"$new_convenience,$conv\"; done; $ECHO \"$new_convenience\"` ${wl}--no-whole-archive'
+            ;;
+         cxx*)
+           # Compaq C++
+           _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+           _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -shared $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname  -o $lib ${wl}-retain-symbols-file $wl$export_symbols'
+
+           runpath_var=LD_RUN_PATH
+           _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='-rpath $libdir'
+           _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=:
+
+           # Commands to make compiler produce verbose output that lists
+           # what "hidden" libraries, object files and flags are used when
+           # linking a shared library.
+           #
+           # There doesn't appear to be a way to prevent this compiler from
+           # explicitly linking system object files so we need to strip them
+           # from the output so that they don't get included in the library
+           # dependencies.
+           output_verbose_link_cmd='templist=`$CC -shared $CFLAGS -v conftest.$objext 2>&1 | $GREP "ld"`; templist=`$ECHO "X$templist" | $Xsed -e "s/\(^.*ld.*\)\( .*ld .*$\)/\1/"`; list=""; for z in $templist; do case $z in conftest.$objext) list="$list $z";; *.$objext);; *) list="$list $z";;esac; done; $ECHO "X$list" | $Xsed'
+           ;;
+         xl*)
+           # IBM XL 8.0 on PPC, with GNU ld
+           _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-rpath ${wl}$libdir'
+           _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)='${wl}--export-dynamic'
+           _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -qmkshrobj $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname -o $lib'
+           if test "x$supports_anon_versioning" = xyes; then
+             _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='echo "{ global:" > $output_objdir/$libname.ver~
+               cat $export_symbols | sed -e "s/\(.*\)/\1;/" >> $output_objdir/$libname.ver~
+               echo "local: *; };" >> $output_objdir/$libname.ver~
+               $CC -qmkshrobj $libobjs $deplibs $compiler_flags ${wl}-soname $wl$soname ${wl}-version-script ${wl}$output_objdir/$libname.ver -o $lib'
+           fi
+           ;;
+         *)
+           case `$CC -V 2>&1 | sed 5q` in
+           *Sun\ C*)
+             # Sun C++ 5.9
+             _LT_TAGVAR(no_undefined_flag, $1)=' -zdefs'
+             _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -G${allow_undefined_flag} -h$soname -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags'
+             _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -G${allow_undefined_flag} -h$soname -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-retain-symbols-file ${wl}$export_symbols'
+             _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='-R$libdir'
+             _LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)='${wl}--whole-archive`new_convenience=; for conv in $convenience\"\"; do test -z \"$conv\" || new_convenience=\"$new_convenience,$conv\"; done; $ECHO \"$new_convenience\"` ${wl}--no-whole-archive'
+             _LT_TAGVAR(compiler_needs_object, $1)=yes
+
+             # Not sure whether something based on
+             # $CC $CFLAGS -v conftest.$objext -o libconftest$shared_ext 2>&1
+             # would be better.
+             output_verbose_link_cmd='echo'
+
+             # Archives containing C++ object files must be created using
+             # "CC -xar", where "CC" is the Sun C++ compiler.  This is
+             # necessary to make sure instantiated templates are included
+             # in the archive.
+             _LT_TAGVAR(old_archive_cmds, $1)='$CC -xar -o $oldlib $oldobjs'
+             ;;
+           esac
+           ;;
+       esac
+       ;;
+
+      lynxos*)
+        # FIXME: insert proper C++ library support
+       _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+       ;;
+
+      m88k*)
+        # FIXME: insert proper C++ library support
+        _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+       ;;
+
+      mvs*)
+        case $cc_basename in
+          cxx*)
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+           ;;
+         *)
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+           ;;
+       esac
+       ;;
+
+      netbsd*)
+        if echo __ELF__ | $CC -E - | $GREP __ELF__ >/dev/null; then
+         _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$LD -Bshareable  -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $linker_flags'
+         wlarc=
+         _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='-R$libdir'
+         _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=yes
+         _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+       fi
+       # Workaround some broken pre-1.5 toolchains
+       output_verbose_link_cmd='$CC -shared $CFLAGS -v conftest.$objext 2>&1 | $GREP conftest.$objext | $SED -e "s:-lgcc -lc -lgcc::"'
+       ;;
+
+      *nto* | *qnx*)
+        _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=yes
+       ;;
+
+      openbsd2*)
+        # C++ shared libraries are fairly broken
+       _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+       ;;
+
+      openbsd*)
+       if test -f /usr/libexec/ld.so; then
+         _LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=yes
+         _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+         _LT_TAGVAR(hardcode_direct_absolute, $1)=yes
+         _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared $pic_flag $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags -o $lib'
+         _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-rpath,$libdir'
+         if test -z "`echo __ELF__ | $CC -E - | grep __ELF__`" || test "$host_os-$host_cpu" = "openbsd2.8-powerpc"; then
+           _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -shared $pic_flag $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-retain-symbols-file,$export_symbols -o $lib'
+           _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)='${wl}-E'
+           _LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)="$wlarc"'--whole-archive$convenience '"$wlarc"'--no-whole-archive'
+         fi
+         output_verbose_link_cmd=echo
+       else
+         _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+       fi
+       ;;
+
+      osf3* | osf4* | osf5*)
+        case $cc_basename in
+          KCC*)
+           # Kuck and Associates, Inc. (KAI) C++ Compiler
+
+           # KCC will only create a shared library if the output file
+           # ends with ".so" (or ".sl" for HP-UX), so rename the library
+           # to its proper name (with version) after linking.
+           _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='tempext=`echo $shared_ext | $SED -e '\''s/\([[^()0-9A-Za-z{}]]\)/\\\\\1/g'\''`; templib=`echo "$lib" | $SED -e "s/\${tempext}\..*/.so/"`; $CC $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags --soname $soname -o \$templib; mv \$templib $lib'
+
+           _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-rpath,$libdir'
+           _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=:
+
+           # Archives containing C++ object files must be created using
+           # the KAI C++ compiler.
+           case $host in
+             osf3*) _LT_TAGVAR(old_archive_cmds, $1)='$CC -Bstatic -o $oldlib $oldobjs' ;;
+             *) _LT_TAGVAR(old_archive_cmds, $1)='$CC -o $oldlib $oldobjs' ;;
+           esac
+           ;;
+          RCC*)
+           # Rational C++ 2.4.1
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+           ;;
+          cxx*)
+           case $host in
+             osf3*)
+               _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)=' ${wl}-expect_unresolved ${wl}\*'
+               _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared${allow_undefined_flag} $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname $soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X${wl}-set_version $verstring" | $Xsed` -update_registry ${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+               _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-rpath ${wl}$libdir'
+               ;;
+             *)
+               _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)=' -expect_unresolved \*'
+               _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared${allow_undefined_flag} $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags -msym -soname $soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X-set_version $verstring" | $Xsed` -update_registry ${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+               _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='for i in `cat $export_symbols`; do printf "%s %s\\n" -exported_symbol "\$i" >> $lib.exp; done~
+                 echo "-hidden">> $lib.exp~
+                 $CC -shared$allow_undefined_flag $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags -msym -soname $soname ${wl}-input ${wl}$lib.exp  `test -n "$verstring" && $ECHO "X-set_version $verstring" | $Xsed` -update_registry ${output_objdir}/so_locations -o $lib~
+                 $RM $lib.exp'
+               _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='-rpath $libdir'
+               ;;
+           esac
+
+           _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=:
+
+           # Commands to make compiler produce verbose output that lists
+           # what "hidden" libraries, object files and flags are used when
+           # linking a shared library.
+           #
+           # There doesn't appear to be a way to prevent this compiler from
+           # explicitly linking system object files so we need to strip them
+           # from the output so that they don't get included in the library
+           # dependencies.
+           output_verbose_link_cmd='templist=`$CC -shared $CFLAGS -v conftest.$objext 2>&1 | $GREP "ld" | $GREP -v "ld:"`; templist=`$ECHO "X$templist" | $Xsed -e "s/\(^.*ld.*\)\( .*ld.*$\)/\1/"`; list=""; for z in $templist; do case $z in conftest.$objext) list="$list $z";; *.$objext);; *) list="$list $z";;esac; done; $ECHO "X$list" | $Xsed'
+           ;;
+         *)
+           if test "$GXX" = yes && test "$with_gnu_ld" = no; then
+             _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)=' ${wl}-expect_unresolved ${wl}\*'
+             case $host in
+               osf3*)
+                 _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared -nostdlib ${allow_undefined_flag} $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-soname ${wl}$soname `test -n "$verstring" && $ECHO "X${wl}-set_version ${wl}$verstring" | $Xsed` ${wl}-update_registry ${wl}${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+                 ;;
+               *)
+                 _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared -nostdlib ${allow_undefined_flag} $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-msym ${wl}-soname ${wl}$soname `test -n "$verstring" && $ECHO "${wl}-set_version ${wl}$verstring" | $Xsed` ${wl}-update_registry ${wl}${output_objdir}/so_locations -o $lib'
+                 ;;
+             esac
+
+             _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-rpath ${wl}$libdir'
+             _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=:
+
+             # Commands to make compiler produce verbose output that lists
+             # what "hidden" libraries, object files and flags are used when
+             # linking a shared library.
+             output_verbose_link_cmd='$CC -shared $CFLAGS -v conftest.$objext 2>&1 | $GREP "\-L"'
+
+           else
+             # FIXME: insert proper C++ library support
+             _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+           fi
+           ;;
+        esac
+        ;;
+
+      psos*)
+        # FIXME: insert proper C++ library support
+        _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+        ;;
+
+      sunos4*)
+        case $cc_basename in
+          CC*)
+           # Sun C++ 4.x
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+           ;;
+          lcc*)
+           # Lucid
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+           ;;
+          *)
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+           ;;
+        esac
+        ;;
+
+      solaris*)
+        case $cc_basename in
+          CC*)
+           # Sun C++ 4.2, 5.x and Centerline C++
+            _LT_TAGVAR(archive_cmds_need_lc,$1)=yes
+           _LT_TAGVAR(no_undefined_flag, $1)=' -zdefs'
+           _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -G${allow_undefined_flag}  -h$soname -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags'
+           _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='echo "{ global:" > $lib.exp~cat $export_symbols | $SED -e "s/\(.*\)/\1;/" >> $lib.exp~echo "local: *; };" >> $lib.exp~
+             $CC -G${allow_undefined_flag} ${wl}-M ${wl}$lib.exp -h$soname -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags~$RM $lib.exp'
+
+           _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='-R$libdir'
+           _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+           case $host_os in
+             solaris2.[[0-5]] | solaris2.[[0-5]].*) ;;
+             *)
+               # The compiler driver will combine and reorder linker options,
+               # but understands `-z linker_flag'.
+               # Supported since Solaris 2.6 (maybe 2.5.1?)
+               _LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)='-z allextract$convenience -z defaultextract'
+               ;;
+           esac
+           _LT_TAGVAR(link_all_deplibs, $1)=yes
+
+           output_verbose_link_cmd='echo'
+
+           # Archives containing C++ object files must be created using
+           # "CC -xar", where "CC" is the Sun C++ compiler.  This is
+           # necessary to make sure instantiated templates are included
+           # in the archive.
+           _LT_TAGVAR(old_archive_cmds, $1)='$CC -xar -o $oldlib $oldobjs'
+           ;;
+          gcx*)
+           # Green Hills C++ Compiler
+           _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-h $wl$soname -o $lib'
+
+           # The C++ compiler must be used to create the archive.
+           _LT_TAGVAR(old_archive_cmds, $1)='$CC $LDFLAGS -archive -o $oldlib $oldobjs'
+           ;;
+          *)
+           # GNU C++ compiler with Solaris linker
+           if test "$GXX" = yes && test "$with_gnu_ld" = no; then
+             _LT_TAGVAR(no_undefined_flag, $1)=' ${wl}-z ${wl}defs'
+             if $CC --version | $GREP -v '^2\.7' > /dev/null; then
+               _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared -nostdlib $LDFLAGS $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-h $wl$soname -o $lib'
+               _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='echo "{ global:" > $lib.exp~cat $export_symbols | $SED -e "s/\(.*\)/\1;/" >> $lib.exp~echo "local: *; };" >> $lib.exp~
+                 $CC -shared -nostdlib ${wl}-M $wl$lib.exp -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags~$RM $lib.exp'
+
+               # Commands to make compiler produce verbose output that lists
+               # what "hidden" libraries, object files and flags are used when
+               # linking a shared library.
+               output_verbose_link_cmd='$CC -shared $CFLAGS -v conftest.$objext 2>&1 | $GREP "\-L"'
+             else
+               # g++ 2.7 appears to require `-G' NOT `-shared' on this
+               # platform.
+               _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -G -nostdlib $LDFLAGS $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags ${wl}-h $wl$soname -o $lib'
+               _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='echo "{ global:" > $lib.exp~cat $export_symbols | $SED -e "s/\(.*\)/\1;/" >> $lib.exp~echo "local: *; };" >> $lib.exp~
+                 $CC -G -nostdlib ${wl}-M $wl$lib.exp -o $lib $predep_objects $libobjs $deplibs $postdep_objects $compiler_flags~$RM $lib.exp'
+
+               # Commands to make compiler produce verbose output that lists
+               # what "hidden" libraries, object files and flags are used when
+               # linking a shared library.
+               output_verbose_link_cmd='$CC -G $CFLAGS -v conftest.$objext 2>&1 | $GREP "\-L"'
+             fi
+
+             _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-R $wl$libdir'
+             case $host_os in
+               solaris2.[[0-5]] | solaris2.[[0-5]].*) ;;
+               *)
+                 _LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)='${wl}-z ${wl}allextract$convenience ${wl}-z ${wl}defaultextract'
+                 ;;
+             esac
+           fi
+           ;;
+        esac
+        ;;
+
+    sysv4*uw2* | sysv5OpenUNIX* | sysv5UnixWare7.[[01]].[[10]]* | unixware7* | sco3.2v5.0.[[024]]*)
+      _LT_TAGVAR(no_undefined_flag, $1)='${wl}-z,text'
+      _LT_TAGVAR(archive_cmds_need_lc, $1)=no
+      _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+      runpath_var='LD_RUN_PATH'
+
+      case $cc_basename in
+        CC*)
+         _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -G ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -G ${wl}-Bexport:$export_symbols ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         ;;
+       *)
+         _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -shared ${wl}-Bexport:$export_symbols ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+         ;;
+      esac
+      ;;
+
+      sysv5* | sco3.2v5* | sco5v6*)
+       # Note: We can NOT use -z defs as we might desire, because we do not
+       # link with -lc, and that would cause any symbols used from libc to
+       # always be unresolved, which means just about no library would
+       # ever link correctly.  If we're not using GNU ld we use -z text
+       # though, which does catch some bad symbols but isn't as heavy-handed
+       # as -z defs.
+       _LT_TAGVAR(no_undefined_flag, $1)='${wl}-z,text'
+       _LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)='${wl}-z,nodefs'
+       _LT_TAGVAR(archive_cmds_need_lc, $1)=no
+       _LT_TAGVAR(hardcode_shlibpath_var, $1)=no
+       _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)='${wl}-R,$libdir'
+       _LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=':'
+       _LT_TAGVAR(link_all_deplibs, $1)=yes
+       _LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)='${wl}-Bexport'
+       runpath_var='LD_RUN_PATH'
+
+       case $cc_basename in
+          CC*)
+           _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -G ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+           _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -G ${wl}-Bexport:$export_symbols ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+           ;;
+         *)
+           _LT_TAGVAR(archive_cmds, $1)='$CC -shared ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+           _LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)='$CC -shared ${wl}-Bexport:$export_symbols ${wl}-h,$soname -o $lib $libobjs $deplibs $compiler_flags'
+           ;;
+       esac
+      ;;
+
+      tandem*)
+        case $cc_basename in
+          NCC*)
+           # NonStop-UX NCC 3.20
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+           ;;
+          *)
+           # FIXME: insert proper C++ library support
+           _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+           ;;
+        esac
+        ;;
+
+      vxworks*)
+        # FIXME: insert proper C++ library support
+        _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+        ;;
+
+      *)
+        # FIXME: insert proper C++ library support
+        _LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)=no
+        ;;
+    esac
+
+    AC_MSG_RESULT([$_LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)])
+    test "$_LT_TAGVAR(ld_shlibs, $1)" = no && can_build_shared=no
+
+    _LT_TAGVAR(GCC, $1)="$GXX"
+    _LT_TAGVAR(LD, $1)="$LD"
+
+    ## CAVEAT EMPTOR:
+    ## There is no encapsulation within the following macros, do not change
+    ## the running order or otherwise move them around unless you know exactly
+    ## what you are doing...
+    _LT_SYS_HIDDEN_LIBDEPS($1)
+    _LT_COMPILER_PIC($1)
+    _LT_COMPILER_C_O($1)
+    _LT_COMPILER_FILE_LOCKS($1)
+    _LT_LINKER_SHLIBS($1)
+    _LT_SYS_DYNAMIC_LINKER($1)
+    _LT_LINKER_HARDCODE_LIBPATH($1)
+
+    _LT_CONFIG($1)
+  fi # test -n "$compiler"
+
+  CC=$lt_save_CC
+  LDCXX=$LD
+  LD=$lt_save_LD
+  GCC=$lt_save_GCC
+  with_gnu_ld=$lt_save_with_gnu_ld
+  lt_cv_path_LDCXX=$lt_cv_path_LD
+  lt_cv_path_LD=$lt_save_path_LD
+  lt_cv_prog_gnu_ldcxx=$lt_cv_prog_gnu_ld
+  lt_cv_prog_gnu_ld=$lt_save_with_gnu_ld
+fi # test "$_lt_caught_CXX_error" != yes
+
+AC_LANG_POP
+])# _LT_LANG_CXX_CONFIG
+
+
+# _LT_SYS_HIDDEN_LIBDEPS([TAGNAME])
+# ---------------------------------
+# Figure out "hidden" library dependencies from verbose
+# compiler output when linking a shared library.
+# Parse the compiler output and extract the necessary
+# objects, libraries and library flags.
+m4_defun([_LT_SYS_HIDDEN_LIBDEPS],
+[m4_require([_LT_FILEUTILS_DEFAULTS])dnl
+# Dependencies to place before and after the object being linked:
+_LT_TAGVAR(predep_objects, $1)=
+_LT_TAGVAR(postdep_objects, $1)=
+_LT_TAGVAR(predeps, $1)=
+_LT_TAGVAR(postdeps, $1)=
+_LT_TAGVAR(compiler_lib_search_path, $1)=
+
+dnl we can't use the lt_simple_compile_test_code here,
+dnl because it contains code intended for an executable,
+dnl not a library.  It's possible we should let each
+dnl tag define a new lt_????_link_test_code variable,
+dnl but it's only used here...
+m4_if([$1], [], [cat > conftest.$ac_ext <<_LT_EOF
+int a;
+void foo (void) { a = 0; }
+_LT_EOF
+], [$1], [CXX], [cat > conftest.$ac_ext <<_LT_EOF
+class Foo
+{
+public:
+  Foo (void) { a = 0; }
+private:
+  int a;
+};
+_LT_EOF
+], [$1], [F77], [cat > conftest.$ac_ext <<_LT_EOF
+      subroutine foo
+      implicit none
+      integer*4 a
+      a=0
+      return
+      end
+_LT_EOF
+], [$1], [FC], [cat > conftest.$ac_ext <<_LT_EOF
+      subroutine foo
+      implicit none
+      integer a
+      a=0
+      return
+      end
+_LT_EOF
+], [$1], [GCJ], [cat > conftest.$ac_ext <<_LT_EOF
+public class foo {
+  private int a;
+  public void bar (void) {
+    a = 0;
+  }
+};
+_LT_EOF
+])
+dnl Parse the compiler output and extract the necessary
+dnl objects, libraries and library flags.
+if AC_TRY_EVAL(ac_compile); then
+  # Parse the compiler output and extract the necessary
+  # objects, libraries and library flags.
+
+  # Sentinel used to keep track of whether or not we are before
+  # the conftest object file.
+  pre_test_object_deps_done=no
+
+  for p in `eval "$output_verbose_link_cmd"`; do
+    case $p in
+
+    -L* | -R* | -l*)
+       # Some compilers place space between "-{L,R}" and the path.
+       # Remove the space.
+       if test $p = "-L" ||
+          test $p = "-R"; then
+        prev=$p
+        continue
+       else
+        prev=
+       fi
+
+       if test "$pre_test_object_deps_done" = no; then
+        case $p in
+        -L* | -R*)
+          # Internal compiler library paths should come after those
+          # provided the user.  The postdeps already come after the
+          # user supplied libs so there is no need to process them.
+          if test -z "$_LT_TAGVAR(compiler_lib_search_path, $1)"; then
+            _LT_TAGVAR(compiler_lib_search_path, $1)="${prev}${p}"
+          else
+            _LT_TAGVAR(compiler_lib_search_path, $1)="${_LT_TAGVAR(compiler_lib_search_path, $1)} ${prev}${p}"
+          fi
+          ;;
+        # The "-l" case would never come before the object being
+        # linked, so don't bother handling this case.
+        esac
+       else
+        if test -z "$_LT_TAGVAR(postdeps, $1)"; then
+          _LT_TAGVAR(postdeps, $1)="${prev}${p}"
+        else
+          _LT_TAGVAR(postdeps, $1)="${_LT_TAGVAR(postdeps, $1)} ${prev}${p}"
+        fi
+       fi
+       ;;
+
+    *.$objext)
+       # This assumes that the test object file only shows up
+       # once in the compiler output.
+       if test "$p" = "conftest.$objext"; then
+        pre_test_object_deps_done=yes
+        continue
+       fi
+
+       if test "$pre_test_object_deps_done" = no; then
+        if test -z "$_LT_TAGVAR(predep_objects, $1)"; then
+          _LT_TAGVAR(predep_objects, $1)="$p"
+        else
+          _LT_TAGVAR(predep_objects, $1)="$_LT_TAGVAR(predep_objects, $1) $p"
+        fi
+       else
+        if test -z "$_LT_TAGVAR(postdep_objects, $1)"; then
+          _LT_TAGVAR(postdep_objects, $1)="$p"
+        else
+          _LT_TAGVAR(postdep_objects, $1)="$_LT_TAGVAR(postdep_objects, $1) $p"
+        fi
+       fi
+       ;;
+
+    *) ;; # Ignore the rest.
+
+    esac
+  done
+
+  # Clean up.
+  rm -f a.out a.exe
+else
+  echo "libtool.m4: error: problem compiling $1 test program"
+fi
+
+$RM -f confest.$objext
+
+# PORTME: override above test on systems where it is broken
+m4_if([$1], [CXX],
+[case $host_os in
+interix[[3-9]]*)
+  # Interix 3.5 installs completely hosed .la files for C++, so rather than
+  # hack all around it, let's just trust "g++" to DTRT.
+  _LT_TAGVAR(predep_objects,$1)=
+  _LT_TAGVAR(postdep_objects,$1)=
+  _LT_TAGVAR(postdeps,$1)=
+  ;;
+
+linux*)
+  case `$CC -V 2>&1 | sed 5q` in
+  *Sun\ C*)
+    # Sun C++ 5.9
+
+    # The more standards-conforming stlport4 library is
+    # incompatible with the Cstd library. Avoid specifying
+    # it if it's in CXXFLAGS. Ignore libCrun as
+    # -library=stlport4 depends on it.
+    case " $CXX $CXXFLAGS " in
+    *" -library=stlport4 "*)
+      solaris_use_stlport4=yes
+      ;;
+    esac
+
+    if test "$solaris_use_stlport4" != yes; then
+      _LT_TAGVAR(postdeps,$1)='-library=Cstd -library=Crun'
+    fi
+    ;;
+  esac
+  ;;
+
+solaris*)
+  case $cc_basename in
+  CC*)
+    # The more standards-conforming stlport4 library is
+    # incompatible with the Cstd library. Avoid specifying
+    # it if it's in CXXFLAGS. Ignore libCrun as
+    # -library=stlport4 depends on it.
+    case " $CXX $CXXFLAGS " in
+    *" -library=stlport4 "*)
+      solaris_use_stlport4=yes
+      ;;
+    esac
+
+    # Adding this requires a known-good setup of shared libraries for
+    # Sun compiler versions before 5.6, else PIC objects from an old
+    # archive will be linked into the output, leading to subtle bugs.
+    if test "$solaris_use_stlport4" != yes; then
+      _LT_TAGVAR(postdeps,$1)='-library=Cstd -library=Crun'
+    fi
+    ;;
+  esac
+  ;;
+esac
+])
+
+case " $_LT_TAGVAR(postdeps, $1) " in
+*" -lc "*) _LT_TAGVAR(archive_cmds_need_lc, $1)=no ;;
+esac
+ _LT_TAGVAR(compiler_lib_search_dirs, $1)=
+if test -n "${_LT_TAGVAR(compiler_lib_search_path, $1)}"; then
+ _LT_TAGVAR(compiler_lib_search_dirs, $1)=`echo " ${_LT_TAGVAR(compiler_lib_search_path, $1)}" | ${SED} -e 's! -L! !g' -e 's!^ !!'`
+fi
+_LT_TAGDECL([], [compiler_lib_search_dirs], [1],
+    [The directories searched by this compiler when creating a shared library])
+_LT_TAGDECL([], [predep_objects], [1],
+    [Dependencies to place before and after the objects being linked to
+    create a shared library])
+_LT_TAGDECL([], [postdep_objects], [1])
+_LT_TAGDECL([], [predeps], [1])
+_LT_TAGDECL([], [postdeps], [1])
+_LT_TAGDECL([], [compiler_lib_search_path], [1],
+    [The library search path used internally by the compiler when linking
+    a shared library])
+])# _LT_SYS_HIDDEN_LIBDEPS
+
+
+# _LT_PROG_F77
+# ------------
+# Since AC_PROG_F77 is broken, in that it returns the empty string
+# if there is no fortran compiler, we have our own version here.
+m4_defun([_LT_PROG_F77],
+[
+pushdef([AC_MSG_ERROR], [_lt_disable_F77=yes])
+AC_PROG_F77
+if test -z "$F77" || test "X$F77" = "Xno"; then
+  _lt_disable_F77=yes
+fi
+popdef([AC_MSG_ERROR])
+])# _LT_PROG_F77
+
+dnl aclocal-1.4 backwards compatibility:
+dnl AC_DEFUN([_LT_PROG_F77], [])
+
+
+# _LT_LANG_F77_CONFIG([TAG])
+# --------------------------
+# Ensure that the configuration variables for a Fortran 77 compiler are
+# suitably defined.  These variables are subsequently used by _LT_CONFIG
+# to write the compiler configuration to `libtool'.
+m4_defun([_LT_LANG_F77_CONFIG],
+[AC_REQUIRE([_LT_PROG_F77])dnl
+AC_LANG_PUSH(Fortran 77)
+
+_LT_TAGVAR(archive_cmds_need_lc, $1)=no
+_LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)=
+_LT_TAGVAR(always_export_symbols, $1)=no
+_LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)=
+_LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)=
+_LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=no
+_LT_TAGVAR(hardcode_direct_absolute, $1)=no
+_LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)=
+_LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec_ld, $1)=
+_LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=
+_LT_TAGVAR(hardcode_minus_L, $1)=no
+_LT_TAGVAR(hardcode_automatic, $1)=no
+_LT_TAGVAR(inherit_rpath, $1)=no
+_LT_TAGVAR(module_cmds, $1)=
+_LT_TAGVAR(module_expsym_cmds, $1)=
+_LT_TAGVAR(link_all_deplibs, $1)=unknown
+_LT_TAGVAR(old_archive_cmds, $1)=$old_archive_cmds
+_LT_TAGVAR(no_undefined_flag, $1)=
+_LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)=
+_LT_TAGVAR(enable_shared_with_static_runtimes, $1)=no
+
+# Source file extension for f77 test sources.
+ac_ext=f
+
+# Object file extension for compiled f77 test sources.
+objext=o
+_LT_TAGVAR(objext, $1)=$objext
+
+# No sense in running all these tests if we already determined that
+# the F77 compiler isn't working.  Some variables (like enable_shared)
+# are currently assumed to apply to all compilers on this platform,
+# and will be corrupted by setting them based on a non-working compiler.
+if test "$_lt_disable_F77" != yes; then
+  # Code to be used in simple compile tests
+  lt_simple_compile_test_code="\
+      subroutine t
+      return
+      end
+"
+
+  # Code to be used in simple link tests
+  lt_simple_link_test_code="\
+      program t
+      end
+"
+
+  # ltmain only uses $CC for tagged configurations so make sure $CC is set.
+  _LT_TAG_COMPILER
+
+  # save warnings/boilerplate of simple test code
+  _LT_COMPILER_BOILERPLATE
+  _LT_LINKER_BOILERPLATE
+
+  # Allow CC to be a program name with arguments.
+  lt_save_CC="$CC"
+  lt_save_GCC=$GCC
+  CC=${F77-"f77"}
+  compiler=$CC
+  _LT_TAGVAR(compiler, $1)=$CC
+  _LT_CC_BASENAME([$compiler])
+  GCC=$G77
+  if test -n "$compiler"; then
+    AC_MSG_CHECKING([if libtool supports shared libraries])
+    AC_MSG_RESULT([$can_build_shared])
+
+    AC_MSG_CHECKING([whether to build shared libraries])
+    test "$can_build_shared" = "no" && enable_shared=no
+
+    # On AIX, shared libraries and static libraries use the same namespace, and
+    # are all built from PIC.
+    case $host_os in
+      aix3*)
+        test "$enable_shared" = yes && enable_static=no
+        if test -n "$RANLIB"; then
+          archive_cmds="$archive_cmds~\$RANLIB \$lib"
+          postinstall_cmds='$RANLIB $lib'
+        fi
+        ;;
+      aix[[4-9]]*)
+       if test "$host_cpu" != ia64 && test "$aix_use_runtimelinking" = no ; then
+         test "$enable_shared" = yes && enable_static=no
+       fi
+        ;;
+    esac
+    AC_MSG_RESULT([$enable_shared])
+
+    AC_MSG_CHECKING([whether to build static libraries])
+    # Make sure either enable_shared or enable_static is yes.
+    test "$enable_shared" = yes || enable_static=yes
+    AC_MSG_RESULT([$enable_static])
+
+    _LT_TAGVAR(GCC, $1)="$G77"
+    _LT_TAGVAR(LD, $1)="$LD"
+
+    ## CAVEAT EMPTOR:
+    ## There is no encapsulation within the following macros, do not change
+    ## the running order or otherwise move them around unless you know exactly
+    ## what you are doing...
+    _LT_COMPILER_PIC($1)
+    _LT_COMPILER_C_O($1)
+    _LT_COMPILER_FILE_LOCKS($1)
+    _LT_LINKER_SHLIBS($1)
+    _LT_SYS_DYNAMIC_LINKER($1)
+    _LT_LINKER_HARDCODE_LIBPATH($1)
+
+    _LT_CONFIG($1)
+  fi # test -n "$compiler"
+
+  GCC=$lt_save_GCC
+  CC="$lt_save_CC"
+fi # test "$_lt_disable_F77" != yes
+
+AC_LANG_POP
+])# _LT_LANG_F77_CONFIG
+
+
+# _LT_PROG_FC
+# -----------
+# Since AC_PROG_FC is broken, in that it returns the empty string
+# if there is no fortran compiler, we have our own version here.
+m4_defun([_LT_PROG_FC],
+[
+pushdef([AC_MSG_ERROR], [_lt_disable_FC=yes])
+AC_PROG_FC
+if test -z "$FC" || test "X$FC" = "Xno"; then
+  _lt_disable_FC=yes
+fi
+popdef([AC_MSG_ERROR])
+])# _LT_PROG_FC
+
+dnl aclocal-1.4 backwards compatibility:
+dnl AC_DEFUN([_LT_PROG_FC], [])
+
+
+# _LT_LANG_FC_CONFIG([TAG])
+# -------------------------
+# Ensure that the configuration variables for a Fortran compiler are
+# suitably defined.  These variables are subsequently used by _LT_CONFIG
+# to write the compiler configuration to `libtool'.
+m4_defun([_LT_LANG_FC_CONFIG],
+[AC_REQUIRE([_LT_PROG_FC])dnl
+AC_LANG_PUSH(Fortran)
+
+_LT_TAGVAR(archive_cmds_need_lc, $1)=no
+_LT_TAGVAR(allow_undefined_flag, $1)=
+_LT_TAGVAR(always_export_symbols, $1)=no
+_LT_TAGVAR(archive_expsym_cmds, $1)=
+_LT_TAGVAR(export_dynamic_flag_spec, $1)=
+_LT_TAGVAR(hardcode_direct, $1)=no
+_LT_TAGVAR(hardcode_direct_absolute, $1)=no
+_LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec, $1)=
+_LT_TAGVAR(hardcode_libdir_flag_spec_ld, $1)=
+_LT_TAGVAR(hardcode_libdir_separator, $1)=
+_LT_TAGVAR(hardcode_minus_L, $1)=no
+_LT_TAGVAR(hardcode_automatic, $1)=no
+_LT_TAGVAR(inherit_rpath, $1)=no
+_LT_TAGVAR(module_cmds, $1)=
+_LT_TAGVAR(module_expsym_cmds, $1)=
+_LT_TAGVAR(link_all_deplibs, $1)=unknown
+_LT_TAGVAR(old_archive_cmds, $1)=$old_archive_cmds
+_LT_TAGVAR(no_undefined_flag, $1)=
+_LT_TAGVAR(whole_archive_flag_spec, $1)=
+_LT_TAGVAR(enable_shared_with_static_runtimes, $1)=no
+
+# Source file extension for fc test sources.
+ac_ext=${ac_fc_srcext-f}
+
+# Object file extension for compiled fc test sources.
+objext=o
+_LT_TAGVAR(objext, $1)=$objext
+
+# No sense in running all these tests if we already determined that
+# the FC compiler isn't working.  Some variables (like enable_shared)
+# are currently assumed to apply to all compilers on this platform,
+# and will be corrupted by setting them based on a non-working compiler.
+if test "$_lt_disable_FC" != yes; then
+  # Code to be used in simple compile tests
+  lt_simple_compile_test_code="\
+      subroutine t
+      return
+      end
+"
+
+  # Code to be used in simple link tests
+  lt_simple_link_test_code="\
+      program t
+      end
+"
+
+  # ltmain only uses $CC for tagged configurations so make sure $CC is set.
+  _LT_TAG_COMPILER
+
+  # save warnings/boilerplate of simple test code
+  _LT_COMPILER_BOILERPLATE
+  _LT_LINKER_BOILERPLATE
+
+  # Allow CC to be a program name with arguments.
+  lt_save_CC="$CC"
+  lt_save_GCC=$GCC
+  CC=${FC-"f95"}
+  compiler=$CC
+  GCC=$ac_cv_fc_compiler_gnu
+
+  _LT_TAGVAR(compiler, $1)=$CC
+  _LT_CC_BASENAME([$compiler])
+
+  if test -n "$compiler"; then
+    AC_MSG_CHECKING([if libtool supports shared libraries])
+    AC_MSG_RESULT([$can_build_shared])
+
+    AC_MSG_CHECKING([whether to build shared libraries])
+    test "$can_build_shared" = "no" && enable_shared=no
+
+    # On AIX, shared libraries and static libraries use the same namespace, and
+    # are all built from PIC.
+    case $host_os in
+      aix3*)
+        test "$enable_shared" = yes && enable_static=no
+        if test -n "$RANLIB"; then
+          archive_cmds="$archive_cmds~\$RANLIB \$lib"
+          postinstall_cmds='$RANLIB $lib'
+        fi
+        ;;
+      aix[[4-9]]*)
+       if test "$host_cpu" != ia64 && test "$aix_use_runtimelinking" = no ; then
+         test "$enable_shared" = yes && enable_static=no
+       fi
+        ;;
+    esac
+    AC_MSG_RESULT([$enable_shared])
+
+    AC_MSG_CHECKING([whether to build static libraries])
+    # Make sure either enable_shared or enable_static is yes.
+    test "$enable_shared" = yes || enable_static=yes
+    AC_MSG_RESULT([$enable_static])
+
+    _LT_TAGVAR(GCC, $1)="$ac_cv_fc_compiler_gnu"
+    _LT_TAGVAR(LD, $1)="$LD"
+
+    ## CAVEAT EMPTOR:
+    ## There is no encapsulation within the following macros, do not change
+    ## the running order or otherwise move them around unless you know exactly
+    ## what you are doing...
+    _LT_SYS_HIDDEN_LIBDEPS($1)
+    _LT_COMPILER_PIC($1)
+    _LT_COMPILER_C_O($1)
+    _LT_COMPILER_FILE_LOCKS($1)
+    _LT_LINKER_SHLIBS($1)
+    _LT_SYS_DYNAMIC_LINKER($1)
+    _LT_LINKER_HARDCODE_LIBPATH($1)
+
+    _LT_CONFIG($1)
+  fi # test -n "$compiler"
+
+  GCC=$lt_save_GCC
+  CC="$lt_save_CC"
+fi # test "$_lt_disable_FC" != yes
+
+AC_LANG_POP
+])# _LT_LANG_FC_CONFIG
+
+
+# _LT_LANG_GCJ_CONFIG([TAG])
+# --------------------------
+# Ensure that the configuration variables for the GNU Java Compiler compiler
+# are suitably defined.  These variables are subsequently used by _LT_CONFIG
+# to write the compiler configuration to `libtool'.
+m4_defun([_LT_LANG_GCJ_CONFIG],
+[AC_REQUIRE([LT_PROG_GCJ])dnl
+AC_LANG_SAVE
+
+# Source file extension for Java test sources.
+ac_ext=java
+
+# Object file extension for compiled Java test sources.
+objext=o
+_LT_TAGVAR(objext, $1)=$objext
+
+# Code to be used in simple compile tests
+lt_simple_compile_test_code="class foo {}"
+
+# Code to be used in simple link tests
+lt_simple_link_test_code='public class conftest { public static void main(String[[]] argv) {}; }'
+
+# ltmain only uses $CC for tagged configurations so make sure $CC is set.
+_LT_TAG_COMPILER
+
+# save warnings/boilerplate of simple test code
+_LT_COMPILER_BOILERPLATE
+_LT_LINKER_BOILERPLATE
+
+# Allow CC to be a program name with arguments.
+lt_save_CC="$CC"
+lt_save_GCC=$GCC
+GCC=yes
+CC=${GCJ-"gcj"}
+compiler=$CC
+_LT_TAGVAR(compiler, $1)=$CC
+_LT_TAGVAR(LD, $1)="$LD"
+_LT_CC_BASENAME([$compiler])
+
+# GCJ did not exist at the time GCC didn't implicitly link libc in.
+_LT_TAGVAR(archive_cmds_need_lc, $1)=no
+
+_LT_TAGVAR(old_archive_cmds, $1)=$old_archive_cmds
+
+## CAVEAT EMPTOR:
+## There is no encapsulation within the following macros, do not change
+## the running order or otherwise move them around unless you know exactly
+## what you are doing...
+if test -n "$compiler"; then
+  _LT_COMPILER_NO_RTTI($1)
+  _LT_COMPILER_PIC($1)
+  _LT_COMPILER_C_O($1)
+  _LT_COMPILER_FILE_LOCKS($1)
+  _LT_LINKER_SHLIBS($1)
+  _LT_LINKER_HARDCODE_LIBPATH($1)
+
+  _LT_CONFIG($1)
+fi
+
+AC_LANG_RESTORE
+
+GCC=$lt_save_GCC
+CC="$lt_save_CC"
+])# _LT_LANG_GCJ_CONFIG
+
+
+# _LT_LANG_RC_CONFIG([TAG])
+# -------------------------
+# Ensure that the configuration variables for the Windows resource compiler
+# are suitably defined.  These variables are subsequently used by _LT_CONFIG
+# to write the compiler configuration to `libtool'.
+m4_defun([_LT_LANG_RC_CONFIG],
+[AC_REQUIRE([LT_PROG_RC])dnl
+AC_LANG_SAVE
+
+# Source file extension for RC test sources.
+ac_ext=rc
+
+# Object file extension for compiled RC test sources.
+objext=o
+_LT_TAGVAR(objext, $1)=$objext
+
+# Code to be used in simple compile tests
+lt_simple_compile_test_code='sample MENU { MENUITEM "&Soup", 100, CHECKED }'
+
+# Code to be used in simple link tests
+lt_simple_link_test_code="$lt_simple_compile_test_code"
+
+# ltmain only uses $CC for tagged configurations so make sure $CC is set.
+_LT_TAG_COMPILER
+
+# save warnings/boilerplate of simple test code
+_LT_COMPILER_BOILERPLATE
+_LT_LINKER_BOILERPLATE
+
+# Allow CC to be a program name with arguments.
+lt_save_CC="$CC"
+lt_save_GCC=$GCC
+GCC=
+CC=${RC-"windres"}
+compiler=$CC
+_LT_TAGVAR(compiler, $1)=$CC
+_LT_CC_BASENAME([$compiler])
+_LT_TAGVAR(lt_cv_prog_compiler_c_o, $1)=yes
+
+if test -n "$compiler"; then
+  :
+  _LT_CONFIG($1)
+fi
+
+GCC=$lt_save_GCC
+AC_LANG_RESTORE
+CC="$lt_save_CC"
+])# _LT_LANG_RC_CONFIG
+
+
+# LT_PROG_GCJ
+# -----------
+AC_DEFUN([LT_PROG_GCJ],
+[m4_ifdef([AC_PROG_GCJ], [AC_PROG_GCJ],
+  [m4_ifdef([A][M_PROG_GCJ], [A][M_PROG_GCJ],
+    [AC_CHECK_TOOL(GCJ, gcj,)
+      test "x${GCJFLAGS+set}" = xset || GCJFLAGS="-g -O2"
+      AC_SUBST(GCJFLAGS)])])[]dnl
+])
+
+# Old name:
+AU_ALIAS([LT_AC_PROG_GCJ], [LT_PROG_GCJ])
+dnl aclocal-1.4 backwards compatibility:
+dnl AC_DEFUN([LT_AC_PROG_GCJ], [])
+
+
+# LT_PROG_RC
+# ----------
+AC_DEFUN([LT_PROG_RC],
+[AC_CHECK_TOOL(RC, windres,)
+])
+
+# Old name:
+AU_ALIAS([LT_AC_PROG_RC], [LT_PROG_RC])
+dnl aclocal-1.4 backwards compatibility:
+dnl AC_DEFUN([LT_AC_PROG_RC], [])
+
+
+# _LT_DECL_EGREP
+# --------------
+# If we don't have a new enough Autoconf to choose the best grep
+# available, choose the one first in the user's PATH.
+m4_defun([_LT_DECL_EGREP],
+[AC_REQUIRE([AC_PROG_EGREP])dnl
+AC_REQUIRE([AC_PROG_FGREP])dnl
+test -z "$GREP" && GREP=grep
+_LT_DECL([], [GREP], [1], [A grep program that handles long lines])
+_LT_DECL([], [EGREP], [1], [An ERE matcher])
+_LT_DECL([], [FGREP], [1], [A literal string matcher])
+dnl Non-bleeding-edge autoconf doesn't subst GREP, so do it here too
+AC_SUBST([GREP])
+])
+
+
+# _LT_DECL_OBJDUMP
+# --------------
+# If we don't have a new enough Autoconf to choose the best objdump
+# available, choose the one first in the user's PATH.
+m4_defun([_LT_DECL_OBJDUMP],
+[AC_CHECK_TOOL(OBJDUMP, objdump, false)
+test -z "$OBJDUMP" && OBJDUMP=objdump
+_LT_DECL([], [OBJDUMP], [1], [An object symbol dumper])
+AC_SUBST([OBJDUMP])
+])
+
+
+# _LT_DECL_SED
+# ------------
+# Check for a fully-functional sed program, that truncates
+# as few characters as possible.  Prefer GNU sed if found.
+m4_defun([_LT_DECL_SED],
+[AC_PROG_SED
+test -z "$SED" && SED=sed
+Xsed="$SED -e 1s/^X//"
+_LT_DECL([], [SED], [1], [A sed program that does not truncate output])
+_LT_DECL([], [Xsed], ["\$SED -e 1s/^X//"],
+    [Sed that helps us avoid accidentally triggering echo(1) options like -n])
+])# _LT_DECL_SED
+
+m4_ifndef([AC_PROG_SED], [
+############################################################
+# NOTE: This macro has been submitted for inclusion into   #
+#  GNU Autoconf as AC_PROG_SED.  When it is available in   #
+#  a released version of Autoconf we should remove this    #
+#  macro and use it instead.                               #
+############################################################
+
+m4_defun([AC_PROG_SED],
+[AC_MSG_CHECKING([for a sed that does not truncate output])
+AC_CACHE_VAL(lt_cv_path_SED,
+[# Loop through the user's path and test for sed and gsed.
+# Then use that list of sed's as ones to test for truncation.
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  for lt_ac_prog in sed gsed; do
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+      if $as_executable_p "$as_dir/$lt_ac_prog$ac_exec_ext"; then
+        lt_ac_sed_list="$lt_ac_sed_list $as_dir/$lt_ac_prog$ac_exec_ext"
+      fi
+    done
+  done
+done
+IFS=$as_save_IFS
+lt_ac_max=0
+lt_ac_count=0
+# Add /usr/xpg4/bin/sed as it is typically found on Solaris
+# along with /bin/sed that truncates output.
+for lt_ac_sed in $lt_ac_sed_list /usr/xpg4/bin/sed; do
+  test ! -f $lt_ac_sed && continue
+  cat /dev/null > conftest.in
+  lt_ac_count=0
+  echo $ECHO_N "0123456789$ECHO_C" >conftest.in
+  # Check for GNU sed and select it if it is found.
+  if "$lt_ac_sed" --version 2>&1 < /dev/null | grep 'GNU' > /dev/null; then
+    lt_cv_path_SED=$lt_ac_sed
+    break
+  fi
+  while true; do
+    cat conftest.in conftest.in >conftest.tmp
+    mv conftest.tmp conftest.in
+    cp conftest.in conftest.nl
+    echo >>conftest.nl
+    $lt_ac_sed -e 's/a$//' < conftest.nl >conftest.out || break
+    cmp -s conftest.out conftest.nl || break
+    # 10000 chars as input seems more than enough
+    test $lt_ac_count -gt 10 && break
+    lt_ac_count=`expr $lt_ac_count + 1`
+    if test $lt_ac_count -gt $lt_ac_max; then
+      lt_ac_max=$lt_ac_count
+      lt_cv_path_SED=$lt_ac_sed
+    fi
+  done
+done
+])
+SED=$lt_cv_path_SED
+AC_SUBST([SED])
+AC_MSG_RESULT([$SED])
+])#AC_PROG_SED
+])#m4_ifndef
+
+# Old name:
+AU_ALIAS([LT_AC_PROG_SED], [AC_PROG_SED])
+dnl aclocal-1.4 backwards compatibility:
+dnl AC_DEFUN([LT_AC_PROG_SED], [])
+
+
+# _LT_CHECK_SHELL_FEATURES
+# ------------------------
+# Find out whether the shell is Bourne or XSI compatible,
+# or has some other useful features.
+m4_defun([_LT_CHECK_SHELL_FEATURES],
+[AC_MSG_CHECKING([whether the shell understands some XSI constructs])
+# Try some XSI features
+xsi_shell=no
+( _lt_dummy="a/b/c"
+  test "${_lt_dummy##*/},${_lt_dummy%/*},"${_lt_dummy%"$_lt_dummy"}, \
+      = c,a/b,, \
+    && eval 'test $(( 1 + 1 )) -eq 2 \
+    && test "${#_lt_dummy}" -eq 5' ) >/dev/null 2>&1 \
+  && xsi_shell=yes
+AC_MSG_RESULT([$xsi_shell])
+_LT_CONFIG_LIBTOOL_INIT([xsi_shell='$xsi_shell'])
+
+AC_MSG_CHECKING([whether the shell understands "+="])
+lt_shell_append=no
+( foo=bar; set foo baz; eval "$[1]+=\$[2]" && test "$foo" = barbaz ) \
+    >/dev/null 2>&1 \
+  && lt_shell_append=yes
+AC_MSG_RESULT([$lt_shell_append])
+_LT_CONFIG_LIBTOOL_INIT([lt_shell_append='$lt_shell_append'])
+
+if ( (MAIL=60; unset MAIL) || exit) >/dev/null 2>&1; then
+  lt_unset=unset
+else
+  lt_unset=false
+fi
+_LT_DECL([], [lt_unset], [0], [whether the shell understands "unset"])dnl
+
+# test EBCDIC or ASCII
+case `echo X|tr X '\101'` in
+ A) # ASCII based system
+    # \n is not interpreted correctly by Solaris 8 /usr/ucb/tr
+  lt_SP2NL='tr \040 \012'
+  lt_NL2SP='tr \015\012 \040\040'
+  ;;
+ *) # EBCDIC based system
+  lt_SP2NL='tr \100 \n'
+  lt_NL2SP='tr \r\n \100\100'
+  ;;
+esac
+_LT_DECL([SP2NL], [lt_SP2NL], [1], [turn spaces into newlines])dnl
+_LT_DECL([NL2SP], [lt_NL2SP], [1], [turn newlines into spaces])dnl
+])# _LT_CHECK_SHELL_FEATURES
+
+
+# _LT_PROG_XSI_SHELLFNS
+# ---------------------
+# Bourne and XSI compatible variants of some useful shell functions.
+m4_defun([_LT_PROG_XSI_SHELLFNS],
+[case $xsi_shell in
+  yes)
+    cat << \_LT_EOF >> "$cfgfile"
+
+# func_dirname file append nondir_replacement
+# Compute the dirname of FILE.  If nonempty, add APPEND to the result,
+# otherwise set result to NONDIR_REPLACEMENT.
+func_dirname ()
+{
+  case ${1} in
+    */*) func_dirname_result="${1%/*}${2}" ;;
+    *  ) func_dirname_result="${3}" ;;
+  esac
+}
+
+# func_basename file
+func_basename ()
+{
+  func_basename_result="${1##*/}"
+}
+
+# func_dirname_and_basename file append nondir_replacement
+# perform func_basename and func_dirname in a single function
+# call:
+#   dirname:  Compute the dirname of FILE.  If nonempty,
+#             add APPEND to the result, otherwise set result
+#             to NONDIR_REPLACEMENT.
+#             value returned in "$func_dirname_result"
+#   basename: Compute filename of FILE.
+#             value retuned in "$func_basename_result"
+# Implementation must be kept synchronized with func_dirname
+# and func_basename. For efficiency, we do not delegate to
+# those functions but instead duplicate the functionality here.
+func_dirname_and_basename ()
+{
+  case ${1} in
+    */*) func_dirname_result="${1%/*}${2}" ;;
+    *  ) func_dirname_result="${3}" ;;
+  esac
+  func_basename_result="${1##*/}"
+}
+
+# func_stripname prefix suffix name
+# strip PREFIX and SUFFIX off of NAME.
+# PREFIX and SUFFIX must not contain globbing or regex special
+# characters, hashes, percent signs, but SUFFIX may contain a leading
+# dot (in which case that matches only a dot).
+func_stripname ()
+{
+  # pdksh 5.2.14 does not do ${X%$Y} correctly if both X and Y are
+  # positional parameters, so assign one to ordinary parameter first.
+  func_stripname_result=${3}
+  func_stripname_result=${func_stripname_result#"${1}"}
+  func_stripname_result=${func_stripname_result%"${2}"}
+}
+
+# func_opt_split
+func_opt_split ()
+{
+  func_opt_split_opt=${1%%=*}
+  func_opt_split_arg=${1#*=}
+}
+
+# func_lo2o object
+func_lo2o ()
+{
+  case ${1} in
+    *.lo) func_lo2o_result=${1%.lo}.${objext} ;;
+    *)    func_lo2o_result=${1} ;;
+  esac
+}
+
+# func_xform libobj-or-source
+func_xform ()
+{
+  func_xform_result=${1%.*}.lo
+}
+
+# func_arith arithmetic-term...
+func_arith ()
+{
+  func_arith_result=$(( $[*] ))
+}
+
+# func_len string
+# STRING may not start with a hyphen.
+func_len ()
+{
+  func_len_result=${#1}
+}
+
+_LT_EOF
+    ;;
+  *) # Bourne compatible functions.
+    cat << \_LT_EOF >> "$cfgfile"
+
+# func_dirname file append nondir_replacement
+# Compute the dirname of FILE.  If nonempty, add APPEND to the result,
+# otherwise set result to NONDIR_REPLACEMENT.
+func_dirname ()
+{
+  # Extract subdirectory from the argument.
+  func_dirname_result=`$ECHO "X${1}" | $Xsed -e "$dirname"`
+  if test "X$func_dirname_result" = "X${1}"; then
+    func_dirname_result="${3}"
+  else
+    func_dirname_result="$func_dirname_result${2}"
+  fi
+}
+
+# func_basename file
+func_basename ()
+{
+  func_basename_result=`$ECHO "X${1}" | $Xsed -e "$basename"`
+}
+
+dnl func_dirname_and_basename
+dnl A portable version of this function is already defined in general.m4sh
+dnl so there is no need for it here.
+
+# func_stripname prefix suffix name
+# strip PREFIX and SUFFIX off of NAME.
+# PREFIX and SUFFIX must not contain globbing or regex special
+# characters, hashes, percent signs, but SUFFIX may contain a leading
+# dot (in which case that matches only a dot).
+# func_strip_suffix prefix name
+func_stripname ()
+{
+  case ${2} in
+    .*) func_stripname_result=`$ECHO "X${3}" \
+           | $Xsed -e "s%^${1}%%" -e "s%\\\\${2}\$%%"`;;
+    *)  func_stripname_result=`$ECHO "X${3}" \
+           | $Xsed -e "s%^${1}%%" -e "s%${2}\$%%"`;;
+  esac
+}
+
+# sed scripts:
+my_sed_long_opt='1s/^\(-[[^=]]*\)=.*/\1/;q'
+my_sed_long_arg='1s/^-[[^=]]*=//'
+
+# func_opt_split
+func_opt_split ()
+{
+  func_opt_split_opt=`$ECHO "X${1}" | $Xsed -e "$my_sed_long_opt"`
+  func_opt_split_arg=`$ECHO "X${1}" | $Xsed -e "$my_sed_long_arg"`
+}
+
+# func_lo2o object
+func_lo2o ()
+{
+  func_lo2o_result=`$ECHO "X${1}" | $Xsed -e "$lo2o"`
+}
+
+# func_xform libobj-or-source
+func_xform ()
+{
+  func_xform_result=`$ECHO "X${1}" | $Xsed -e 's/\.[[^.]]*$/.lo/'`
+}
+
+# func_arith arithmetic-term...
+func_arith ()
+{
+  func_arith_result=`expr "$[@]"`
+}
+
+# func_len string
+# STRING may not start with a hyphen.
+func_len ()
+{
+  func_len_result=`expr "$[1]" : ".*" 2>/dev/null || echo $max_cmd_len`
+}
+
+_LT_EOF
+esac
+
+case $lt_shell_append in
+  yes)
+    cat << \_LT_EOF >> "$cfgfile"
+
+# func_append var value
+# Append VALUE to the end of shell variable VAR.
+func_append ()
+{
+  eval "$[1]+=\$[2]"
+}
+_LT_EOF
+    ;;
+  *)
+    cat << \_LT_EOF >> "$cfgfile"
+
+# func_append var value
+# Append VALUE to the end of shell variable VAR.
+func_append ()
+{
+  eval "$[1]=\$$[1]\$[2]"
+}
+
+_LT_EOF
+    ;;
+  esac
+])
diff --git a/binaries/src/clustalo/m4/ltoptions.m4 b/binaries/src/clustalo/m4/ltoptions.m4
new file mode 100644 (file)
index 0000000..34151a3
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,368 @@
+# Helper functions for option handling.                    -*- Autoconf -*-
+#
+#   Copyright (C) 2004, 2005, 2007, 2008 Free Software Foundation, Inc.
+#   Written by Gary V. Vaughan, 2004
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation gives
+# unlimited permission to copy and/or distribute it, with or without
+# modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# serial 6 ltoptions.m4
+
+# This is to help aclocal find these macros, as it can't see m4_define.
+AC_DEFUN([LTOPTIONS_VERSION], [m4_if([1])])
+
+
+# _LT_MANGLE_OPTION(MACRO-NAME, OPTION-NAME)
+# ------------------------------------------
+m4_define([_LT_MANGLE_OPTION],
+[[_LT_OPTION_]m4_bpatsubst($1__$2, [[^a-zA-Z0-9_]], [_])])
+
+
+# _LT_SET_OPTION(MACRO-NAME, OPTION-NAME)
+# ---------------------------------------
+# Set option OPTION-NAME for macro MACRO-NAME, and if there is a
+# matching handler defined, dispatch to it.  Other OPTION-NAMEs are
+# saved as a flag.
+m4_define([_LT_SET_OPTION],
+[m4_define(_LT_MANGLE_OPTION([$1], [$2]))dnl
+m4_ifdef(_LT_MANGLE_DEFUN([$1], [$2]),
+        _LT_MANGLE_DEFUN([$1], [$2]),
+    [m4_warning([Unknown $1 option `$2'])])[]dnl
+])
+
+
+# _LT_IF_OPTION(MACRO-NAME, OPTION-NAME, IF-SET, [IF-NOT-SET])
+# ------------------------------------------------------------
+# Execute IF-SET if OPTION is set, IF-NOT-SET otherwise.
+m4_define([_LT_IF_OPTION],
+[m4_ifdef(_LT_MANGLE_OPTION([$1], [$2]), [$3], [$4])])
+
+
+# _LT_UNLESS_OPTIONS(MACRO-NAME, OPTION-LIST, IF-NOT-SET)
+# -------------------------------------------------------
+# Execute IF-NOT-SET unless all options in OPTION-LIST for MACRO-NAME
+# are set.
+m4_define([_LT_UNLESS_OPTIONS],
+[m4_foreach([_LT_Option], m4_split(m4_normalize([$2])),
+           [m4_ifdef(_LT_MANGLE_OPTION([$1], _LT_Option),
+                     [m4_define([$0_found])])])[]dnl
+m4_ifdef([$0_found], [m4_undefine([$0_found])], [$3
+])[]dnl
+])
+
+
+# _LT_SET_OPTIONS(MACRO-NAME, OPTION-LIST)
+# ----------------------------------------
+# OPTION-LIST is a space-separated list of Libtool options associated
+# with MACRO-NAME.  If any OPTION has a matching handler declared with
+# LT_OPTION_DEFINE, dispatch to that macro; otherwise complain about
+# the unknown option and exit.
+m4_defun([_LT_SET_OPTIONS],
+[# Set options
+m4_foreach([_LT_Option], m4_split(m4_normalize([$2])),
+    [_LT_SET_OPTION([$1], _LT_Option)])
+
+m4_if([$1],[LT_INIT],[
+  dnl
+  dnl Simply set some default values (i.e off) if boolean options were not
+  dnl specified:
+  _LT_UNLESS_OPTIONS([LT_INIT], [dlopen], [enable_dlopen=no
+  ])
+  _LT_UNLESS_OPTIONS([LT_INIT], [win32-dll], [enable_win32_dll=no
+  ])
+  dnl
+  dnl If no reference was made to various pairs of opposing options, then
+  dnl we run the default mode handler for the pair.  For example, if neither
+  dnl `shared' nor `disable-shared' was passed, we enable building of shared
+  dnl archives by default:
+  _LT_UNLESS_OPTIONS([LT_INIT], [shared disable-shared], [_LT_ENABLE_SHARED])
+  _LT_UNLESS_OPTIONS([LT_INIT], [static disable-static], [_LT_ENABLE_STATIC])
+  _LT_UNLESS_OPTIONS([LT_INIT], [pic-only no-pic], [_LT_WITH_PIC])
+  _LT_UNLESS_OPTIONS([LT_INIT], [fast-install disable-fast-install],
+                  [_LT_ENABLE_FAST_INSTALL])
+  ])
+])# _LT_SET_OPTIONS
+
+
+## --------------------------------- ##
+## Macros to handle LT_INIT options. ##
+## --------------------------------- ##
+
+# _LT_MANGLE_DEFUN(MACRO-NAME, OPTION-NAME)
+# -----------------------------------------
+m4_define([_LT_MANGLE_DEFUN],
+[[_LT_OPTION_DEFUN_]m4_bpatsubst(m4_toupper([$1__$2]), [[^A-Z0-9_]], [_])])
+
+
+# LT_OPTION_DEFINE(MACRO-NAME, OPTION-NAME, CODE)
+# -----------------------------------------------
+m4_define([LT_OPTION_DEFINE],
+[m4_define(_LT_MANGLE_DEFUN([$1], [$2]), [$3])[]dnl
+])# LT_OPTION_DEFINE
+
+
+# dlopen
+# ------
+LT_OPTION_DEFINE([LT_INIT], [dlopen], [enable_dlopen=yes
+])
+
+AU_DEFUN([AC_LIBTOOL_DLOPEN],
+[_LT_SET_OPTION([LT_INIT], [dlopen])
+AC_DIAGNOSE([obsolete],
+[$0: Remove this warning and the call to _LT_SET_OPTION when you
+put the `dlopen' option into LT_INIT's first parameter.])
+])
+
+dnl aclocal-1.4 backwards compatibility:
+dnl AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_DLOPEN], [])
+
+
+# win32-dll
+# ---------
+# Declare package support for building win32 dll's.
+LT_OPTION_DEFINE([LT_INIT], [win32-dll],
+[enable_win32_dll=yes
+
+case $host in
+*-*-cygwin* | *-*-mingw* | *-*-pw32* | *-cegcc*)
+  AC_CHECK_TOOL(AS, as, false)
+  AC_CHECK_TOOL(DLLTOOL, dlltool, false)
+  AC_CHECK_TOOL(OBJDUMP, objdump, false)
+  ;;
+esac
+
+test -z "$AS" && AS=as
+_LT_DECL([], [AS],      [0], [Assembler program])dnl
+
+test -z "$DLLTOOL" && DLLTOOL=dlltool
+_LT_DECL([], [DLLTOOL], [0], [DLL creation program])dnl
+
+test -z "$OBJDUMP" && OBJDUMP=objdump
+_LT_DECL([], [OBJDUMP], [0], [Object dumper program])dnl
+])# win32-dll
+
+AU_DEFUN([AC_LIBTOOL_WIN32_DLL],
+[AC_REQUIRE([AC_CANONICAL_HOST])dnl
+_LT_SET_OPTION([LT_INIT], [win32-dll])
+AC_DIAGNOSE([obsolete],
+[$0: Remove this warning and the call to _LT_SET_OPTION when you
+put the `win32-dll' option into LT_INIT's first parameter.])
+])
+
+dnl aclocal-1.4 backwards compatibility:
+dnl AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_WIN32_DLL], [])
+
+
+# _LT_ENABLE_SHARED([DEFAULT])
+# ----------------------------
+# implement the --enable-shared flag, and supports the `shared' and
+# `disable-shared' LT_INIT options.
+# DEFAULT is either `yes' or `no'.  If omitted, it defaults to `yes'.
+m4_define([_LT_ENABLE_SHARED],
+[m4_define([_LT_ENABLE_SHARED_DEFAULT], [m4_if($1, no, no, yes)])dnl
+AC_ARG_ENABLE([shared],
+    [AS_HELP_STRING([--enable-shared@<:@=PKGS@:>@],
+       [build shared libraries @<:@default=]_LT_ENABLE_SHARED_DEFAULT[@:>@])],
+    [p=${PACKAGE-default}
+    case $enableval in
+    yes) enable_shared=yes ;;
+    no) enable_shared=no ;;
+    *)
+      enable_shared=no
+      # Look at the argument we got.  We use all the common list separators.
+      lt_save_ifs="$IFS"; IFS="${IFS}$PATH_SEPARATOR,"
+      for pkg in $enableval; do
+       IFS="$lt_save_ifs"
+       if test "X$pkg" = "X$p"; then
+         enable_shared=yes
+       fi
+      done
+      IFS="$lt_save_ifs"
+      ;;
+    esac],
+    [enable_shared=]_LT_ENABLE_SHARED_DEFAULT)
+
+    _LT_DECL([build_libtool_libs], [enable_shared], [0],
+       [Whether or not to build shared libraries])
+])# _LT_ENABLE_SHARED
+
+LT_OPTION_DEFINE([LT_INIT], [shared], [_LT_ENABLE_SHARED([yes])])
+LT_OPTION_DEFINE([LT_INIT], [disable-shared], [_LT_ENABLE_SHARED([no])])
+
+# Old names:
+AC_DEFUN([AC_ENABLE_SHARED],
+[_LT_SET_OPTION([LT_INIT], m4_if([$1], [no], [disable-])[shared])
+])
+
+AC_DEFUN([AC_DISABLE_SHARED],
+[_LT_SET_OPTION([LT_INIT], [disable-shared])
+])
+
+AU_DEFUN([AM_ENABLE_SHARED], [AC_ENABLE_SHARED($@)])
+AU_DEFUN([AM_DISABLE_SHARED], [AC_DISABLE_SHARED($@)])
+
+dnl aclocal-1.4 backwards compatibility:
+dnl AC_DEFUN([AM_ENABLE_SHARED], [])
+dnl AC_DEFUN([AM_DISABLE_SHARED], [])
+
+
+
+# _LT_ENABLE_STATIC([DEFAULT])
+# ----------------------------
+# implement the --enable-static flag, and support the `static' and
+# `disable-static' LT_INIT options.
+# DEFAULT is either `yes' or `no'.  If omitted, it defaults to `yes'.
+m4_define([_LT_ENABLE_STATIC],
+[m4_define([_LT_ENABLE_STATIC_DEFAULT], [m4_if($1, no, no, yes)])dnl
+AC_ARG_ENABLE([static],
+    [AS_HELP_STRING([--enable-static@<:@=PKGS@:>@],
+       [build static libraries @<:@default=]_LT_ENABLE_STATIC_DEFAULT[@:>@])],
+    [p=${PACKAGE-default}
+    case $enableval in
+    yes) enable_static=yes ;;
+    no) enable_static=no ;;
+    *)
+     enable_static=no
+      # Look at the argument we got.  We use all the common list separators.
+      lt_save_ifs="$IFS"; IFS="${IFS}$PATH_SEPARATOR,"
+      for pkg in $enableval; do
+       IFS="$lt_save_ifs"
+       if test "X$pkg" = "X$p"; then
+         enable_static=yes
+       fi
+      done
+      IFS="$lt_save_ifs"
+      ;;
+    esac],
+    [enable_static=]_LT_ENABLE_STATIC_DEFAULT)
+
+    _LT_DECL([build_old_libs], [enable_static], [0],
+       [Whether or not to build static libraries])
+])# _LT_ENABLE_STATIC
+
+LT_OPTION_DEFINE([LT_INIT], [static], [_LT_ENABLE_STATIC([yes])])
+LT_OPTION_DEFINE([LT_INIT], [disable-static], [_LT_ENABLE_STATIC([no])])
+
+# Old names:
+AC_DEFUN([AC_ENABLE_STATIC],
+[_LT_SET_OPTION([LT_INIT], m4_if([$1], [no], [disable-])[static])
+])
+
+AC_DEFUN([AC_DISABLE_STATIC],
+[_LT_SET_OPTION([LT_INIT], [disable-static])
+])
+
+AU_DEFUN([AM_ENABLE_STATIC], [AC_ENABLE_STATIC($@)])
+AU_DEFUN([AM_DISABLE_STATIC], [AC_DISABLE_STATIC($@)])
+
+dnl aclocal-1.4 backwards compatibility:
+dnl AC_DEFUN([AM_ENABLE_STATIC], [])
+dnl AC_DEFUN([AM_DISABLE_STATIC], [])
+
+
+
+# _LT_ENABLE_FAST_INSTALL([DEFAULT])
+# ----------------------------------
+# implement the --enable-fast-install flag, and support the `fast-install'
+# and `disable-fast-install' LT_INIT options.
+# DEFAULT is either `yes' or `no'.  If omitted, it defaults to `yes'.
+m4_define([_LT_ENABLE_FAST_INSTALL],
+[m4_define([_LT_ENABLE_FAST_INSTALL_DEFAULT], [m4_if($1, no, no, yes)])dnl
+AC_ARG_ENABLE([fast-install],
+    [AS_HELP_STRING([--enable-fast-install@<:@=PKGS@:>@],
+    [optimize for fast installation @<:@default=]_LT_ENABLE_FAST_INSTALL_DEFAULT[@:>@])],
+    [p=${PACKAGE-default}
+    case $enableval in
+    yes) enable_fast_install=yes ;;
+    no) enable_fast_install=no ;;
+    *)
+      enable_fast_install=no
+      # Look at the argument we got.  We use all the common list separators.
+      lt_save_ifs="$IFS"; IFS="${IFS}$PATH_SEPARATOR,"
+      for pkg in $enableval; do
+       IFS="$lt_save_ifs"
+       if test "X$pkg" = "X$p"; then
+         enable_fast_install=yes
+       fi
+      done
+      IFS="$lt_save_ifs"
+      ;;
+    esac],
+    [enable_fast_install=]_LT_ENABLE_FAST_INSTALL_DEFAULT)
+
+_LT_DECL([fast_install], [enable_fast_install], [0],
+        [Whether or not to optimize for fast installation])dnl
+])# _LT_ENABLE_FAST_INSTALL
+
+LT_OPTION_DEFINE([LT_INIT], [fast-install], [_LT_ENABLE_FAST_INSTALL([yes])])
+LT_OPTION_DEFINE([LT_INIT], [disable-fast-install], [_LT_ENABLE_FAST_INSTALL([no])])
+
+# Old names:
+AU_DEFUN([AC_ENABLE_FAST_INSTALL],
+[_LT_SET_OPTION([LT_INIT], m4_if([$1], [no], [disable-])[fast-install])
+AC_DIAGNOSE([obsolete],
+[$0: Remove this warning and the call to _LT_SET_OPTION when you put
+the `fast-install' option into LT_INIT's first parameter.])
+])
+
+AU_DEFUN([AC_DISABLE_FAST_INSTALL],
+[_LT_SET_OPTION([LT_INIT], [disable-fast-install])
+AC_DIAGNOSE([obsolete],
+[$0: Remove this warning and the call to _LT_SET_OPTION when you put
+the `disable-fast-install' option into LT_INIT's first parameter.])
+])
+
+dnl aclocal-1.4 backwards compatibility:
+dnl AC_DEFUN([AC_ENABLE_FAST_INSTALL], [])
+dnl AC_DEFUN([AM_DISABLE_FAST_INSTALL], [])
+
+
+# _LT_WITH_PIC([MODE])
+# --------------------
+# implement the --with-pic flag, and support the `pic-only' and `no-pic'
+# LT_INIT options.
+# MODE is either `yes' or `no'.  If omitted, it defaults to `both'.
+m4_define([_LT_WITH_PIC],
+[AC_ARG_WITH([pic],
+    [AS_HELP_STRING([--with-pic],
+       [try to use only PIC/non-PIC objects @<:@default=use both@:>@])],
+    [pic_mode="$withval"],
+    [pic_mode=default])
+
+test -z "$pic_mode" && pic_mode=m4_default([$1], [default])
+
+_LT_DECL([], [pic_mode], [0], [What type of objects to build])dnl
+])# _LT_WITH_PIC
+
+LT_OPTION_DEFINE([LT_INIT], [pic-only], [_LT_WITH_PIC([yes])])
+LT_OPTION_DEFINE([LT_INIT], [no-pic], [_LT_WITH_PIC([no])])
+
+# Old name:
+AU_DEFUN([AC_LIBTOOL_PICMODE],
+[_LT_SET_OPTION([LT_INIT], [pic-only])
+AC_DIAGNOSE([obsolete],
+[$0: Remove this warning and the call to _LT_SET_OPTION when you
+put the `pic-only' option into LT_INIT's first parameter.])
+])
+
+dnl aclocal-1.4 backwards compatibility:
+dnl AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_PICMODE], [])
+
+## ----------------- ##
+## LTDL_INIT Options ##
+## ----------------- ##
+
+m4_define([_LTDL_MODE], [])
+LT_OPTION_DEFINE([LTDL_INIT], [nonrecursive],
+                [m4_define([_LTDL_MODE], [nonrecursive])])
+LT_OPTION_DEFINE([LTDL_INIT], [recursive],
+                [m4_define([_LTDL_MODE], [recursive])])
+LT_OPTION_DEFINE([LTDL_INIT], [subproject],
+                [m4_define([_LTDL_MODE], [subproject])])
+
+m4_define([_LTDL_TYPE], [])
+LT_OPTION_DEFINE([LTDL_INIT], [installable],
+                [m4_define([_LTDL_TYPE], [installable])])
+LT_OPTION_DEFINE([LTDL_INIT], [convenience],
+                [m4_define([_LTDL_TYPE], [convenience])])
diff --git a/binaries/src/clustalo/m4/ltsugar.m4 b/binaries/src/clustalo/m4/ltsugar.m4
new file mode 100644 (file)
index 0000000..9000a05
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,123 @@
+# ltsugar.m4 -- libtool m4 base layer.                         -*-Autoconf-*-
+#
+# Copyright (C) 2004, 2005, 2007, 2008 Free Software Foundation, Inc.
+# Written by Gary V. Vaughan, 2004
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation gives
+# unlimited permission to copy and/or distribute it, with or without
+# modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# serial 6 ltsugar.m4
+
+# This is to help aclocal find these macros, as it can't see m4_define.
+AC_DEFUN([LTSUGAR_VERSION], [m4_if([0.1])])
+
+
+# lt_join(SEP, ARG1, [ARG2...])
+# -----------------------------
+# Produce ARG1SEPARG2...SEPARGn, omitting [] arguments and their
+# associated separator.
+# Needed until we can rely on m4_join from Autoconf 2.62, since all earlier
+# versions in m4sugar had bugs.
+m4_define([lt_join],
+[m4_if([$#], [1], [],
+       [$#], [2], [[$2]],
+       [m4_if([$2], [], [], [[$2]_])$0([$1], m4_shift(m4_shift($@)))])])
+m4_define([_lt_join],
+[m4_if([$#$2], [2], [],
+       [m4_if([$2], [], [], [[$1$2]])$0([$1], m4_shift(m4_shift($@)))])])
+
+
+# lt_car(LIST)
+# lt_cdr(LIST)
+# ------------
+# Manipulate m4 lists.
+# These macros are necessary as long as will still need to support
+# Autoconf-2.59 which quotes differently.
+m4_define([lt_car], [[$1]])
+m4_define([lt_cdr],
+[m4_if([$#], 0, [m4_fatal([$0: cannot be called without arguments])],
+       [$#], 1, [],
+       [m4_dquote(m4_shift($@))])])
+m4_define([lt_unquote], $1)
+
+
+# lt_append(MACRO-NAME, STRING, [SEPARATOR])
+# ------------------------------------------
+# Redefine MACRO-NAME to hold its former content plus `SEPARATOR'`STRING'.
+# Note that neither SEPARATOR nor STRING are expanded; they are appended
+# to MACRO-NAME as is (leaving the expansion for when MACRO-NAME is invoked).
+# No SEPARATOR is output if MACRO-NAME was previously undefined (different
+# than defined and empty).
+#
+# This macro is needed until we can rely on Autoconf 2.62, since earlier
+# versions of m4sugar mistakenly expanded SEPARATOR but not STRING.
+m4_define([lt_append],
+[m4_define([$1],
+          m4_ifdef([$1], [m4_defn([$1])[$3]])[$2])])
+
+
+
+# lt_combine(SEP, PREFIX-LIST, INFIX, SUFFIX1, [SUFFIX2...])
+# ----------------------------------------------------------
+# Produce a SEP delimited list of all paired combinations of elements of
+# PREFIX-LIST with SUFFIX1 through SUFFIXn.  Each element of the list
+# has the form PREFIXmINFIXSUFFIXn.
+# Needed until we can rely on m4_combine added in Autoconf 2.62.
+m4_define([lt_combine],
+[m4_if(m4_eval([$# > 3]), [1],
+       [m4_pushdef([_Lt_sep], [m4_define([_Lt_sep], m4_defn([lt_car]))])]]dnl
+[[m4_foreach([_Lt_prefix], [$2],
+            [m4_foreach([_Lt_suffix],
+               ]m4_dquote(m4_dquote(m4_shift(m4_shift(m4_shift($@)))))[,
+       [_Lt_sep([$1])[]m4_defn([_Lt_prefix])[$3]m4_defn([_Lt_suffix])])])])])
+
+
+# lt_if_append_uniq(MACRO-NAME, VARNAME, [SEPARATOR], [UNIQ], [NOT-UNIQ])
+# -----------------------------------------------------------------------
+# Iff MACRO-NAME does not yet contain VARNAME, then append it (delimited
+# by SEPARATOR if supplied) and expand UNIQ, else NOT-UNIQ.
+m4_define([lt_if_append_uniq],
+[m4_ifdef([$1],
+         [m4_if(m4_index([$3]m4_defn([$1])[$3], [$3$2$3]), [-1],
+                [lt_append([$1], [$2], [$3])$4],
+                [$5])],
+         [lt_append([$1], [$2], [$3])$4])])
+
+
+# lt_dict_add(DICT, KEY, VALUE)
+# -----------------------------
+m4_define([lt_dict_add],
+[m4_define([$1($2)], [$3])])
+
+
+# lt_dict_add_subkey(DICT, KEY, SUBKEY, VALUE)
+# --------------------------------------------
+m4_define([lt_dict_add_subkey],
+[m4_define([$1($2:$3)], [$4])])
+
+
+# lt_dict_fetch(DICT, KEY, [SUBKEY])
+# ----------------------------------
+m4_define([lt_dict_fetch],
+[m4_ifval([$3],
+       m4_ifdef([$1($2:$3)], [m4_defn([$1($2:$3)])]),
+    m4_ifdef([$1($2)], [m4_defn([$1($2)])]))])
+
+
+# lt_if_dict_fetch(DICT, KEY, [SUBKEY], VALUE, IF-TRUE, [IF-FALSE])
+# -----------------------------------------------------------------
+m4_define([lt_if_dict_fetch],
+[m4_if(lt_dict_fetch([$1], [$2], [$3]), [$4],
+       [$5],
+    [$6])])
+
+
+# lt_dict_filter(DICT, [SUBKEY], VALUE, [SEPARATOR], KEY, [...])
+# --------------------------------------------------------------
+m4_define([lt_dict_filter],
+[m4_if([$5], [], [],
+  [lt_join(m4_quote(m4_default([$4], [[, ]])),
+           lt_unquote(m4_split(m4_normalize(m4_foreach(_Lt_key, lt_car([m4_shiftn(4, $@)]),
+                     [lt_if_dict_fetch([$1], _Lt_key, [$2], [$3], [_Lt_key ])])))))])[]dnl
+])
diff --git a/binaries/src/clustalo/m4/ltversion.m4 b/binaries/src/clustalo/m4/ltversion.m4
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b8e154f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,23 @@
+# ltversion.m4 -- version numbers                      -*- Autoconf -*-
+#
+#   Copyright (C) 2004 Free Software Foundation, Inc.
+#   Written by Scott James Remnant, 2004
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation gives
+# unlimited permission to copy and/or distribute it, with or without
+# modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# Generated from ltversion.in.
+
+# serial 3012 ltversion.m4
+# This file is part of GNU Libtool
+
+m4_define([LT_PACKAGE_VERSION], [2.2.6])
+m4_define([LT_PACKAGE_REVISION], [1.3012])
+
+AC_DEFUN([LTVERSION_VERSION],
+[macro_version='2.2.6'
+macro_revision='1.3012'
+_LT_DECL(, macro_version, 0, [Which release of libtool.m4 was used?])
+_LT_DECL(, macro_revision, 0)
+])
diff --git a/binaries/src/clustalo/m4/lt~obsolete.m4 b/binaries/src/clustalo/m4/lt~obsolete.m4
new file mode 100644 (file)
index 0000000..637bb20
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,92 @@
+# lt~obsolete.m4 -- aclocal satisfying obsolete definitions.    -*-Autoconf-*-
+#
+#   Copyright (C) 2004, 2005, 2007 Free Software Foundation, Inc.
+#   Written by Scott James Remnant, 2004.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation gives
+# unlimited permission to copy and/or distribute it, with or without
+# modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# serial 4 lt~obsolete.m4
+
+# These exist entirely to fool aclocal when bootstrapping libtool.
+#
+# In the past libtool.m4 has provided macros via AC_DEFUN (or AU_DEFUN)
+# which have later been changed to m4_define as they aren't part of the
+# exported API, or moved to Autoconf or Automake where they belong.
+#
+# The trouble is, aclocal is a bit thick.  It'll see the old AC_DEFUN
+# in /usr/share/aclocal/libtool.m4 and remember it, then when it sees us
+# using a macro with the same name in our local m4/libtool.m4 it'll
+# pull the old libtool.m4 in (it doesn't see our shiny new m4_define
+# and doesn't know about Autoconf macros at all.)
+#
+# So we provide this file, which has a silly filename so it's always
+# included after everything else.  This provides aclocal with the
+# AC_DEFUNs it wants, but when m4 processes it, it doesn't do anything
+# because those macros already exist, or will be overwritten later.
+# We use AC_DEFUN over AU_DEFUN for compatibility with aclocal-1.6. 
+#
+# Anytime we withdraw an AC_DEFUN or AU_DEFUN, remember to add it here.
+# Yes, that means every name once taken will need to remain here until
+# we give up compatibility with versions before 1.7, at which point
+# we need to keep only those names which we still refer to.
+
+# This is to help aclocal find these macros, as it can't see m4_define.
+AC_DEFUN([LTOBSOLETE_VERSION], [m4_if([1])])
+
+m4_ifndef([AC_LIBTOOL_LINKER_OPTION],  [AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_LINKER_OPTION])])
+m4_ifndef([AC_PROG_EGREP],             [AC_DEFUN([AC_PROG_EGREP])])
+m4_ifndef([_LT_AC_PROG_ECHO_BACKSLASH],        [AC_DEFUN([_LT_AC_PROG_ECHO_BACKSLASH])])
+m4_ifndef([_LT_AC_SHELL_INIT],         [AC_DEFUN([_LT_AC_SHELL_INIT])])
+m4_ifndef([_LT_AC_SYS_LIBPATH_AIX],    [AC_DEFUN([_LT_AC_SYS_LIBPATH_AIX])])
+m4_ifndef([_LT_PROG_LTMAIN],           [AC_DEFUN([_LT_PROG_LTMAIN])])
+m4_ifndef([_LT_AC_TAGVAR],             [AC_DEFUN([_LT_AC_TAGVAR])])
+m4_ifndef([AC_LTDL_ENABLE_INSTALL],    [AC_DEFUN([AC_LTDL_ENABLE_INSTALL])])
+m4_ifndef([AC_LTDL_PREOPEN],           [AC_DEFUN([AC_LTDL_PREOPEN])])
+m4_ifndef([_LT_AC_SYS_COMPILER],       [AC_DEFUN([_LT_AC_SYS_COMPILER])])
+m4_ifndef([_LT_AC_LOCK],               [AC_DEFUN([_LT_AC_LOCK])])
+m4_ifndef([AC_LIBTOOL_SYS_OLD_ARCHIVE],        [AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_SYS_OLD_ARCHIVE])])
+m4_ifndef([_LT_AC_TRY_DLOPEN_SELF],    [AC_DEFUN([_LT_AC_TRY_DLOPEN_SELF])])
+m4_ifndef([AC_LIBTOOL_PROG_CC_C_O],    [AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_PROG_CC_C_O])])
+m4_ifndef([AC_LIBTOOL_SYS_HARD_LINK_LOCKS], [AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_SYS_HARD_LINK_LOCKS])])
+m4_ifndef([AC_LIBTOOL_OBJDIR],         [AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_OBJDIR])])
+m4_ifndef([AC_LTDL_OBJDIR],            [AC_DEFUN([AC_LTDL_OBJDIR])])
+m4_ifndef([AC_LIBTOOL_PROG_LD_HARDCODE_LIBPATH], [AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_PROG_LD_HARDCODE_LIBPATH])])
+m4_ifndef([AC_LIBTOOL_SYS_LIB_STRIP],  [AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_SYS_LIB_STRIP])])
+m4_ifndef([AC_PATH_MAGIC],             [AC_DEFUN([AC_PATH_MAGIC])])
+m4_ifndef([AC_PROG_LD_GNU],            [AC_DEFUN([AC_PROG_LD_GNU])])
+m4_ifndef([AC_PROG_LD_RELOAD_FLAG],    [AC_DEFUN([AC_PROG_LD_RELOAD_FLAG])])
+m4_ifndef([AC_DEPLIBS_CHECK_METHOD],   [AC_DEFUN([AC_DEPLIBS_CHECK_METHOD])])
+m4_ifndef([AC_LIBTOOL_PROG_COMPILER_NO_RTTI], [AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_PROG_COMPILER_NO_RTTI])])
+m4_ifndef([AC_LIBTOOL_SYS_GLOBAL_SYMBOL_PIPE], [AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_SYS_GLOBAL_SYMBOL_PIPE])])
+m4_ifndef([AC_LIBTOOL_PROG_COMPILER_PIC], [AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_PROG_COMPILER_PIC])])
+m4_ifndef([AC_LIBTOOL_PROG_LD_SHLIBS], [AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_PROG_LD_SHLIBS])])
+m4_ifndef([AC_LIBTOOL_POSTDEP_PREDEP], [AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_POSTDEP_PREDEP])])
+m4_ifndef([LT_AC_PROG_EGREP],          [AC_DEFUN([LT_AC_PROG_EGREP])])
+m4_ifndef([LT_AC_PROG_SED],            [AC_DEFUN([LT_AC_PROG_SED])])
+m4_ifndef([_LT_CC_BASENAME],           [AC_DEFUN([_LT_CC_BASENAME])])
+m4_ifndef([_LT_COMPILER_BOILERPLATE],  [AC_DEFUN([_LT_COMPILER_BOILERPLATE])])
+m4_ifndef([_LT_LINKER_BOILERPLATE],    [AC_DEFUN([_LT_LINKER_BOILERPLATE])])
+m4_ifndef([_AC_PROG_LIBTOOL],          [AC_DEFUN([_AC_PROG_LIBTOOL])])
+m4_ifndef([AC_LIBTOOL_SETUP],          [AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_SETUP])])
+m4_ifndef([_LT_AC_CHECK_DLFCN],                [AC_DEFUN([_LT_AC_CHECK_DLFCN])])
+m4_ifndef([AC_LIBTOOL_SYS_DYNAMIC_LINKER],     [AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_SYS_DYNAMIC_LINKER])])
+m4_ifndef([_LT_AC_TAGCONFIG],          [AC_DEFUN([_LT_AC_TAGCONFIG])])
+m4_ifndef([AC_DISABLE_FAST_INSTALL],   [AC_DEFUN([AC_DISABLE_FAST_INSTALL])])
+m4_ifndef([_LT_AC_LANG_CXX],           [AC_DEFUN([_LT_AC_LANG_CXX])])
+m4_ifndef([_LT_AC_LANG_F77],           [AC_DEFUN([_LT_AC_LANG_F77])])
+m4_ifndef([_LT_AC_LANG_GCJ],           [AC_DEFUN([_LT_AC_LANG_GCJ])])
+m4_ifndef([AC_LIBTOOL_RC],             [AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_RC])])
+m4_ifndef([AC_LIBTOOL_LANG_C_CONFIG],  [AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_LANG_C_CONFIG])])
+m4_ifndef([_LT_AC_LANG_C_CONFIG],      [AC_DEFUN([_LT_AC_LANG_C_CONFIG])])
+m4_ifndef([AC_LIBTOOL_LANG_CXX_CONFIG],        [AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_LANG_CXX_CONFIG])])
+m4_ifndef([_LT_AC_LANG_CXX_CONFIG],    [AC_DEFUN([_LT_AC_LANG_CXX_CONFIG])])
+m4_ifndef([AC_LIBTOOL_LANG_F77_CONFIG],        [AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_LANG_F77_CONFIG])])
+m4_ifndef([_LT_AC_LANG_F77_CONFIG],    [AC_DEFUN([_LT_AC_LANG_F77_CONFIG])])
+m4_ifndef([AC_LIBTOOL_LANG_GCJ_CONFIG],        [AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_LANG_GCJ_CONFIG])])
+m4_ifndef([_LT_AC_LANG_GCJ_CONFIG],    [AC_DEFUN([_LT_AC_LANG_GCJ_CONFIG])])
+m4_ifndef([AC_LIBTOOL_LANG_RC_CONFIG], [AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_LANG_RC_CONFIG])])
+m4_ifndef([_LT_AC_LANG_RC_CONFIG],     [AC_DEFUN([_LT_AC_LANG_RC_CONFIG])])
+m4_ifndef([AC_LIBTOOL_CONFIG],         [AC_DEFUN([AC_LIBTOOL_CONFIG])])
+m4_ifndef([_LT_AC_FILE_LTDLL_C],       [AC_DEFUN([_LT_AC_FILE_LTDLL_C])])
diff --git a/binaries/src/clustalo/missing b/binaries/src/clustalo/missing
new file mode 100644 (file)
index 0000000..28055d2
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,376 @@
+#! /bin/sh
+# Common stub for a few missing GNU programs while installing.
+
+scriptversion=2009-04-28.21; # UTC
+
+# Copyright (C) 1996, 1997, 1999, 2000, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006,
+# 2008, 2009 Free Software Foundation, Inc.
+# Originally by Fran,cois Pinard <pinard@iro.umontreal.ca>, 1996.
+
+# This program is free software; you can redistribute it and/or modify
+# it under the terms of the GNU General Public License as published by
+# the Free Software Foundation; either version 2, or (at your option)
+# any later version.
+
+# This program is distributed in the hope that it will be useful,
+# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+# GNU General Public License for more details.
+
+# You should have received a copy of the GNU General Public License
+# along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+
+# As a special exception to the GNU General Public License, if you
+# distribute this file as part of a program that contains a
+# configuration script generated by Autoconf, you may include it under
+# the same distribution terms that you use for the rest of that program.
+
+if test $# -eq 0; then
+  echo 1>&2 "Try \`$0 --help' for more information"
+  exit 1
+fi
+
+run=:
+sed_output='s/.* --output[ =]\([^ ]*\).*/\1/p'
+sed_minuso='s/.* -o \([^ ]*\).*/\1/p'
+
+# In the cases where this matters, `missing' is being run in the
+# srcdir already.
+if test -f configure.ac; then
+  configure_ac=configure.ac
+else
+  configure_ac=configure.in
+fi
+
+msg="missing on your system"
+
+case $1 in
+--run)
+  # Try to run requested program, and just exit if it succeeds.
+  run=
+  shift
+  "$@" && exit 0
+  # Exit code 63 means version mismatch.  This often happens
+  # when the user try to use an ancient version of a tool on
+  # a file that requires a minimum version.  In this case we
+  # we should proceed has if the program had been absent, or
+  # if --run hadn't been passed.
+  if test $? = 63; then
+    run=:
+    msg="probably too old"
+  fi
+  ;;
+
+  -h|--h|--he|--hel|--help)
+    echo "\
+$0 [OPTION]... PROGRAM [ARGUMENT]...
+
+Handle \`PROGRAM [ARGUMENT]...' for when PROGRAM is missing, or return an
+error status if there is no known handling for PROGRAM.
+
+Options:
+  -h, --help      display this help and exit
+  -v, --version   output version information and exit
+  --run           try to run the given command, and emulate it if it fails
+
+Supported PROGRAM values:
+  aclocal      touch file \`aclocal.m4'
+  autoconf     touch file \`configure'
+  autoheader   touch file \`config.h.in'
+  autom4te     touch the output file, or create a stub one
+  automake     touch all \`Makefile.in' files
+  bison        create \`y.tab.[ch]', if possible, from existing .[ch]
+  flex         create \`lex.yy.c', if possible, from existing .c
+  help2man     touch the output file
+  lex          create \`lex.yy.c', if possible, from existing .c
+  makeinfo     touch the output file
+  tar          try tar, gnutar, gtar, then tar without non-portable flags
+  yacc         create \`y.tab.[ch]', if possible, from existing .[ch]
+
+Version suffixes to PROGRAM as well as the prefixes \`gnu-', \`gnu', and
+\`g' are ignored when checking the name.
+
+Send bug reports to <bug-automake@gnu.org>."
+    exit $?
+    ;;
+
+  -v|--v|--ve|--ver|--vers|--versi|--versio|--version)
+    echo "missing $scriptversion (GNU Automake)"
+    exit $?
+    ;;
+
+  -*)
+    echo 1>&2 "$0: Unknown \`$1' option"
+    echo 1>&2 "Try \`$0 --help' for more information"
+    exit 1
+    ;;
+
+esac
+
+# normalize program name to check for.
+program=`echo "$1" | sed '
+  s/^gnu-//; t
+  s/^gnu//; t
+  s/^g//; t'`
+
+# Now exit if we have it, but it failed.  Also exit now if we
+# don't have it and --version was passed (most likely to detect
+# the program).  This is about non-GNU programs, so use $1 not
+# $program.
+case $1 in
+  lex*|yacc*)
+    # Not GNU programs, they don't have --version.
+    ;;
+
+  tar*)
+    if test -n "$run"; then
+       echo 1>&2 "ERROR: \`tar' requires --run"
+       exit 1
+    elif test "x$2" = "x--version" || test "x$2" = "x--help"; then
+       exit 1
+    fi
+    ;;
+
+  *)
+    if test -z "$run" && ($1 --version) > /dev/null 2>&1; then
+       # We have it, but it failed.
+       exit 1
+    elif test "x$2" = "x--version" || test "x$2" = "x--help"; then
+       # Could not run --version or --help.  This is probably someone
+       # running `$TOOL --version' or `$TOOL --help' to check whether
+       # $TOOL exists and not knowing $TOOL uses missing.
+       exit 1
+    fi
+    ;;
+esac
+
+# If it does not exist, or fails to run (possibly an outdated version),
+# try to emulate it.
+case $program in
+  aclocal*)
+    echo 1>&2 "\
+WARNING: \`$1' is $msg.  You should only need it if
+         you modified \`acinclude.m4' or \`${configure_ac}'.  You might want
+         to install the \`Automake' and \`Perl' packages.  Grab them from
+         any GNU archive site."
+    touch aclocal.m4
+    ;;
+
+  autoconf*)
+    echo 1>&2 "\
+WARNING: \`$1' is $msg.  You should only need it if
+         you modified \`${configure_ac}'.  You might want to install the
+         \`Autoconf' and \`GNU m4' packages.  Grab them from any GNU
+         archive site."
+    touch configure
+    ;;
+
+  autoheader*)
+    echo 1>&2 "\
+WARNING: \`$1' is $msg.  You should only need it if
+         you modified \`acconfig.h' or \`${configure_ac}'.  You might want
+         to install the \`Autoconf' and \`GNU m4' packages.  Grab them
+         from any GNU archive site."
+    files=`sed -n 's/^[ ]*A[CM]_CONFIG_HEADER(\([^)]*\)).*/\1/p' ${configure_ac}`
+    test -z "$files" && files="config.h"
+    touch_files=
+    for f in $files; do
+      case $f in
+      *:*) touch_files="$touch_files "`echo "$f" |
+                                      sed -e 's/^[^:]*://' -e 's/:.*//'`;;
+      *) touch_files="$touch_files $f.in";;
+      esac
+    done
+    touch $touch_files
+    ;;
+
+  automake*)
+    echo 1>&2 "\
+WARNING: \`$1' is $msg.  You should only need it if
+         you modified \`Makefile.am', \`acinclude.m4' or \`${configure_ac}'.
+         You might want to install the \`Automake' and \`Perl' packages.
+         Grab them from any GNU archive site."
+    find . -type f -name Makefile.am -print |
+          sed 's/\.am$/.in/' |
+          while read f; do touch "$f"; done
+    ;;
+
+  autom4te*)
+    echo 1>&2 "\
+WARNING: \`$1' is needed, but is $msg.
+         You might have modified some files without having the
+         proper tools for further handling them.
+         You can get \`$1' as part of \`Autoconf' from any GNU
+         archive site."
+
+    file=`echo "$*" | sed -n "$sed_output"`
+    test -z "$file" && file=`echo "$*" | sed -n "$sed_minuso"`
+    if test -f "$file"; then
+       touch $file
+    else
+       test -z "$file" || exec >$file
+       echo "#! /bin/sh"
+       echo "# Created by GNU Automake missing as a replacement of"
+       echo "#  $ $@"
+       echo "exit 0"
+       chmod +x $file
+       exit 1
+    fi
+    ;;
+
+  bison*|yacc*)
+    echo 1>&2 "\
+WARNING: \`$1' $msg.  You should only need it if
+         you modified a \`.y' file.  You may need the \`Bison' package
+         in order for those modifications to take effect.  You can get
+         \`Bison' from any GNU archive site."
+    rm -f y.tab.c y.tab.h
+    if test $# -ne 1; then
+        eval LASTARG="\${$#}"
+       case $LASTARG in
+       *.y)
+           SRCFILE=`echo "$LASTARG" | sed 's/y$/c/'`
+           if test -f "$SRCFILE"; then
+                cp "$SRCFILE" y.tab.c
+           fi
+           SRCFILE=`echo "$LASTARG" | sed 's/y$/h/'`
+           if test -f "$SRCFILE"; then
+                cp "$SRCFILE" y.tab.h
+           fi
+         ;;
+       esac
+    fi
+    if test ! -f y.tab.h; then
+       echo >y.tab.h
+    fi
+    if test ! -f y.tab.c; then
+       echo 'main() { return 0; }' >y.tab.c
+    fi
+    ;;
+
+  lex*|flex*)
+    echo 1>&2 "\
+WARNING: \`$1' is $msg.  You should only need it if
+         you modified a \`.l' file.  You may need the \`Flex' package
+         in order for those modifications to take effect.  You can get
+         \`Flex' from any GNU archive site."
+    rm -f lex.yy.c
+    if test $# -ne 1; then
+        eval LASTARG="\${$#}"
+       case $LASTARG in
+       *.l)
+           SRCFILE=`echo "$LASTARG" | sed 's/l$/c/'`
+           if test -f "$SRCFILE"; then
+                cp "$SRCFILE" lex.yy.c
+           fi
+         ;;
+       esac
+    fi
+    if test ! -f lex.yy.c; then
+       echo 'main() { return 0; }' >lex.yy.c
+    fi
+    ;;
+
+  help2man*)
+    echo 1>&2 "\
+WARNING: \`$1' is $msg.  You should only need it if
+        you modified a dependency of a manual page.  You may need the
+        \`Help2man' package in order for those modifications to take
+        effect.  You can get \`Help2man' from any GNU archive site."
+
+    file=`echo "$*" | sed -n "$sed_output"`
+    test -z "$file" && file=`echo "$*" | sed -n "$sed_minuso"`
+    if test -f "$file"; then
+       touch $file
+    else
+       test -z "$file" || exec >$file
+       echo ".ab help2man is required to generate this page"
+       exit $?
+    fi
+    ;;
+
+  makeinfo*)
+    echo 1>&2 "\
+WARNING: \`$1' is $msg.  You should only need it if
+         you modified a \`.texi' or \`.texinfo' file, or any other file
+         indirectly affecting the aspect of the manual.  The spurious
+         call might also be the consequence of using a buggy \`make' (AIX,
+         DU, IRIX).  You might want to install the \`Texinfo' package or
+         the \`GNU make' package.  Grab either from any GNU archive site."
+    # The file to touch is that specified with -o ...
+    file=`echo "$*" | sed -n "$sed_output"`
+    test -z "$file" && file=`echo "$*" | sed -n "$sed_minuso"`
+    if test -z "$file"; then
+      # ... or it is the one specified with @setfilename ...
+      infile=`echo "$*" | sed 's/.* \([^ ]*\) *$/\1/'`
+      file=`sed -n '
+       /^@setfilename/{
+         s/.* \([^ ]*\) *$/\1/
+         p
+         q
+       }' $infile`
+      # ... or it is derived from the source name (dir/f.texi becomes f.info)
+      test -z "$file" && file=`echo "$infile" | sed 's,.*/,,;s,.[^.]*$,,'`.info
+    fi
+    # If the file does not exist, the user really needs makeinfo;
+    # let's fail without touching anything.
+    test -f $file || exit 1
+    touch $file
+    ;;
+
+  tar*)
+    shift
+
+    # We have already tried tar in the generic part.
+    # Look for gnutar/gtar before invocation to avoid ugly error
+    # messages.
+    if (gnutar --version > /dev/null 2>&1); then
+       gnutar "$@" && exit 0
+    fi
+    if (gtar --version > /dev/null 2>&1); then
+       gtar "$@" && exit 0
+    fi
+    firstarg="$1"
+    if shift; then
+       case $firstarg in
+       *o*)
+           firstarg=`echo "$firstarg" | sed s/o//`
+           tar "$firstarg" "$@" && exit 0
+           ;;
+       esac
+       case $firstarg in
+       *h*)
+           firstarg=`echo "$firstarg" | sed s/h//`
+           tar "$firstarg" "$@" && exit 0
+           ;;
+       esac
+    fi
+
+    echo 1>&2 "\
+WARNING: I can't seem to be able to run \`tar' with the given arguments.
+         You may want to install GNU tar or Free paxutils, or check the
+         command line arguments."
+    exit 1
+    ;;
+
+  *)
+    echo 1>&2 "\
+WARNING: \`$1' is needed, and is $msg.
+         You might have modified some files without having the
+         proper tools for further handling them.  Check the \`README' file,
+         it often tells you about the needed prerequisites for installing
+         this package.  You may also peek at any GNU archive site, in case
+         some other package would contain this missing \`$1' program."
+    exit 1
+    ;;
+esac
+
+exit 0
+
+# Local variables:
+# eval: (add-hook 'write-file-hooks 'time-stamp)
+# time-stamp-start: "scriptversion="
+# time-stamp-format: "%:y-%02m-%02d.%02H"
+# time-stamp-time-zone: "UTC"
+# time-stamp-end: "; # UTC"
+# End:
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/Makefile.am b/binaries/src/clustalo/src/Makefile.am
new file mode 100644 (file)
index 0000000..9eb57b9
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,31 @@
+EXTRA_DIST = clustalo-api-test.c
+
+SUBDIRS = hhalign squid kmpp clustal
+
+AM_LDFLAGS = @AM_LDFLAGS@
+AM_CXXFLAGS = @AM_CXXFLAGS@ @OPENMP_CXXFLAGS@
+AM_CFLAGS = @AM_CFLAGS@ @OPENMP_CFLAGS@
+
+
+# the following is the clustalo convenience library which wraps all
+# the other noinst libraries
+
+lib_LTLIBRARIES = libclustalo.la
+
+libclustalo_la_SOURCES = clustal-omega.c
+libclustalo_la_LIBADD = clustal/libclustal.la \
+       hhalign/libhhalign.la \
+       squid/libsquid.la       \
+       kmpp/libkmpp.la 
+libclustalo_la_LDFLAGS = -static
+library_includedir=$(includedir)/clustalo/
+library_include_HEADERS = clustal-omega-config.h clustal-omega.h
+
+
+
+bin_PROGRAMS = clustalo
+
+clustalo_SOURCES =  main.cpp \
+       mymain.c mymain.h
+
+clustalo_LDADD = libclustalo.la
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/Makefile.in b/binaries/src/clustalo/src/Makefile.in
new file mode 100644 (file)
index 0000000..1a741b5
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,730 @@
+# Makefile.in generated by automake 1.10.2 from Makefile.am.
+# @configure_input@
+
+# Copyright (C) 1994, 1995, 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2002,
+# 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008  Free Software Foundation, Inc.
+# This Makefile.in is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# This program is distributed in the hope that it will be useful,
+# but WITHOUT ANY WARRANTY, to the extent permitted by law; without
+# even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A
+# PARTICULAR PURPOSE.
+
+@SET_MAKE@
+
+
+
+VPATH = @srcdir@
+pkgdatadir = $(datadir)/@PACKAGE@
+pkglibdir = $(libdir)/@PACKAGE@
+pkgincludedir = $(includedir)/@PACKAGE@
+am__cd = CDPATH="$${ZSH_VERSION+.}$(PATH_SEPARATOR)" && cd
+install_sh_DATA = $(install_sh) -c -m 644
+install_sh_PROGRAM = $(install_sh) -c
+install_sh_SCRIPT = $(install_sh) -c
+INSTALL_HEADER = $(INSTALL_DATA)
+transform = $(program_transform_name)
+NORMAL_INSTALL = :
+PRE_INSTALL = :
+POST_INSTALL = :
+NORMAL_UNINSTALL = :
+PRE_UNINSTALL = :
+POST_UNINSTALL = :
+build_triplet = @build@
+host_triplet = @host@
+bin_PROGRAMS = clustalo$(EXEEXT)
+subdir = src
+DIST_COMMON = $(library_include_HEADERS) $(srcdir)/Makefile.am \
+       $(srcdir)/Makefile.in $(srcdir)/config.h.in
+ACLOCAL_M4 = $(top_srcdir)/aclocal.m4
+am__aclocal_m4_deps = $(top_srcdir)/m4/ax_prefix_config_h.m4 \
+       $(top_srcdir)/m4/libtool.m4 $(top_srcdir)/m4/ltoptions.m4 \
+       $(top_srcdir)/m4/ltsugar.m4 $(top_srcdir)/m4/ltversion.m4 \
+       $(top_srcdir)/m4/lt~obsolete.m4 $(top_srcdir)/m4/ax_openmp.m4 \
+       $(top_srcdir)/configure.ac
+am__configure_deps = $(am__aclocal_m4_deps) $(CONFIGURE_DEPENDENCIES) \
+       $(ACLOCAL_M4)
+mkinstalldirs = $(install_sh) -d
+CONFIG_HEADER = config.h
+CONFIG_CLEAN_FILES =
+am__vpath_adj_setup = srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's|.|.|g'`;
+am__vpath_adj = case $$p in \
+    $(srcdir)/*) f=`echo "$$p" | sed "s|^$$srcdirstrip/||"`;; \
+    *) f=$$p;; \
+  esac;
+am__strip_dir = `echo $$p | sed -e 's|^.*/||'`;
+am__installdirs = "$(DESTDIR)$(libdir)" "$(DESTDIR)$(bindir)" \
+       "$(DESTDIR)$(library_includedir)"
+libLTLIBRARIES_INSTALL = $(INSTALL)
+LTLIBRARIES = $(lib_LTLIBRARIES)
+libclustalo_la_DEPENDENCIES = clustal/libclustal.la \
+       hhalign/libhhalign.la squid/libsquid.la kmpp/libkmpp.la
+am_libclustalo_la_OBJECTS = clustal-omega.lo
+libclustalo_la_OBJECTS = $(am_libclustalo_la_OBJECTS)
+libclustalo_la_LINK = $(LIBTOOL) --tag=CC $(AM_LIBTOOLFLAGS) \
+       $(LIBTOOLFLAGS) --mode=link $(CCLD) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) \
+       $(libclustalo_la_LDFLAGS) $(LDFLAGS) -o $@
+binPROGRAMS_INSTALL = $(INSTALL_PROGRAM)
+PROGRAMS = $(bin_PROGRAMS)
+am_clustalo_OBJECTS = main.$(OBJEXT) mymain.$(OBJEXT)
+clustalo_OBJECTS = $(am_clustalo_OBJECTS)
+clustalo_DEPENDENCIES = libclustalo.la
+DEFAULT_INCLUDES = -I.@am__isrc@
+depcomp = $(SHELL) $(top_srcdir)/depcomp
+am__depfiles_maybe = depfiles
+COMPILE = $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) \
+       $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS)
+LTCOMPILE = $(LIBTOOL) --tag=CC $(AM_LIBTOOLFLAGS) $(LIBTOOLFLAGS) \
+       --mode=compile $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) \
+       $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS)
+CCLD = $(CC)
+LINK = $(LIBTOOL) --tag=CC $(AM_LIBTOOLFLAGS) $(LIBTOOLFLAGS) \
+       --mode=link $(CCLD) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) $(AM_LDFLAGS) \
+       $(LDFLAGS) -o $@
+CXXCOMPILE = $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) \
+       $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS)
+LTCXXCOMPILE = $(LIBTOOL) --tag=CXX $(AM_LIBTOOLFLAGS) $(LIBTOOLFLAGS) \
+       --mode=compile $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) \
+       $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS)
+CXXLD = $(CXX)
+CXXLINK = $(LIBTOOL) --tag=CXX $(AM_LIBTOOLFLAGS) $(LIBTOOLFLAGS) \
+       --mode=link $(CXXLD) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) $(AM_LDFLAGS) \
+       $(LDFLAGS) -o $@
+SOURCES = $(libclustalo_la_SOURCES) $(clustalo_SOURCES)
+DIST_SOURCES = $(libclustalo_la_SOURCES) $(clustalo_SOURCES)
+RECURSIVE_TARGETS = all-recursive check-recursive dvi-recursive \
+       html-recursive info-recursive install-data-recursive \
+       install-dvi-recursive install-exec-recursive \
+       install-html-recursive install-info-recursive \
+       install-pdf-recursive install-ps-recursive install-recursive \
+       installcheck-recursive installdirs-recursive pdf-recursive \
+       ps-recursive uninstall-recursive
+library_includeHEADERS_INSTALL = $(INSTALL_HEADER)
+HEADERS = $(library_include_HEADERS)
+RECURSIVE_CLEAN_TARGETS = mostlyclean-recursive clean-recursive        \
+  distclean-recursive maintainer-clean-recursive
+ETAGS = etags
+CTAGS = ctags
+DIST_SUBDIRS = $(SUBDIRS)
+DISTFILES = $(DIST_COMMON) $(DIST_SOURCES) $(TEXINFOS) $(EXTRA_DIST)
+ACLOCAL = @ACLOCAL@
+AMTAR = @AMTAR@
+AM_CFLAGS = @AM_CFLAGS@ @OPENMP_CFLAGS@
+AM_CXXFLAGS = @AM_CXXFLAGS@ @OPENMP_CXXFLAGS@
+AM_LDFLAGS = @AM_LDFLAGS@
+AR = @AR@
+AUTOCONF = @AUTOCONF@
+AUTOHEADER = @AUTOHEADER@
+AUTOMAKE = @AUTOMAKE@
+AWK = @AWK@
+CC = @CC@
+CCDEPMODE = @CCDEPMODE@
+CFLAGS = @CFLAGS@
+CPP = @CPP@
+CPPFLAGS = @CPPFLAGS@
+CXX = @CXX@
+CXXCPP = @CXXCPP@
+CXXDEPMODE = @CXXDEPMODE@
+CXXFLAGS = @CXXFLAGS@
+CYGPATH_W = @CYGPATH_W@
+DEFS = @DEFS@
+DEPDIR = @DEPDIR@
+DSYMUTIL = @DSYMUTIL@
+DUMPBIN = @DUMPBIN@
+ECHO_C = @ECHO_C@
+ECHO_N = @ECHO_N@
+ECHO_T = @ECHO_T@
+EGREP = @EGREP@
+EXEEXT = @EXEEXT@
+FGREP = @FGREP@
+GREP = @GREP@
+INSTALL = @INSTALL@
+INSTALL_DATA = @INSTALL_DATA@
+INSTALL_PROGRAM = @INSTALL_PROGRAM@
+INSTALL_SCRIPT = @INSTALL_SCRIPT@
+INSTALL_STRIP_PROGRAM = @INSTALL_STRIP_PROGRAM@
+LD = @LD@
+LDFLAGS = @LDFLAGS@
+LIBOBJS = @LIBOBJS@
+LIBS = @LIBS@
+LIBTOOL = @LIBTOOL@
+LIPO = @LIPO@
+LN_S = @LN_S@
+LTLIBOBJS = @LTLIBOBJS@
+MAKEINFO = @MAKEINFO@
+MKDIR_P = @MKDIR_P@
+NM = @NM@
+NMEDIT = @NMEDIT@
+OBJDUMP = @OBJDUMP@
+OBJEXT = @OBJEXT@
+OPENMP_CFLAGS = @OPENMP_CFLAGS@
+OPENMP_CXXFLAGS = @OPENMP_CXXFLAGS@
+OTOOL = @OTOOL@
+OTOOL64 = @OTOOL64@
+PACKAGE = @PACKAGE@
+PACKAGE_BUGREPORT = @PACKAGE_BUGREPORT@
+PACKAGE_CODENAME = @PACKAGE_CODENAME@
+PACKAGE_NAME = @PACKAGE_NAME@
+PACKAGE_STRING = @PACKAGE_STRING@
+PACKAGE_TARNAME = @PACKAGE_TARNAME@
+PACKAGE_VERSION = @PACKAGE_VERSION@
+PATH_SEPARATOR = @PATH_SEPARATOR@
+RANLIB = @RANLIB@
+SED = @SED@
+SET_MAKE = @SET_MAKE@
+SHELL = @SHELL@
+STRIP = @STRIP@
+VERSION = @VERSION@
+abs_builddir = @abs_builddir@
+abs_srcdir = @abs_srcdir@
+abs_top_builddir = @abs_top_builddir@
+abs_top_srcdir = @abs_top_srcdir@
+ac_ct_CC = @ac_ct_CC@
+ac_ct_CXX = @ac_ct_CXX@
+ac_ct_DUMPBIN = @ac_ct_DUMPBIN@
+am__include = @am__include@
+am__leading_dot = @am__leading_dot@
+am__quote = @am__quote@
+am__tar = @am__tar@
+am__untar = @am__untar@
+bindir = @bindir@
+build = @build@
+build_alias = @build_alias@
+build_cpu = @build_cpu@
+build_os = @build_os@
+build_vendor = @build_vendor@
+builddir = @builddir@
+datadir = @datadir@
+datarootdir = @datarootdir@
+docdir = @docdir@
+dvidir = @dvidir@
+exec_prefix = @exec_prefix@
+host = @host@
+host_alias = @host_alias@
+host_cpu = @host_cpu@
+host_os = @host_os@
+host_vendor = @host_vendor@
+htmldir = @htmldir@
+includedir = @includedir@
+infodir = @infodir@
+install_sh = @install_sh@
+libdir = @libdir@
+libexecdir = @libexecdir@
+localedir = @localedir@
+localstatedir = @localstatedir@
+lt_ECHO = @lt_ECHO@
+mandir = @mandir@
+mkdir_p = @mkdir_p@
+oldincludedir = @oldincludedir@
+pdfdir = @pdfdir@
+prefix = @prefix@
+program_transform_name = @program_transform_name@
+psdir = @psdir@
+sbindir = @sbindir@
+sharedstatedir = @sharedstatedir@
+srcdir = @srcdir@
+sysconfdir = @sysconfdir@
+target_alias = @target_alias@
+top_build_prefix = @top_build_prefix@
+top_builddir = @top_builddir@
+top_srcdir = @top_srcdir@
+EXTRA_DIST = clustalo-api-test.c
+SUBDIRS = hhalign squid kmpp clustal
+
+# the following is the clustalo convenience library which wraps all
+# the other noinst libraries
+lib_LTLIBRARIES = libclustalo.la
+libclustalo_la_SOURCES = clustal-omega.c
+libclustalo_la_LIBADD = clustal/libclustal.la \
+       hhalign/libhhalign.la \
+       squid/libsquid.la       \
+       kmpp/libkmpp.la 
+
+libclustalo_la_LDFLAGS = -static
+library_includedir = $(includedir)/clustalo/
+library_include_HEADERS = clustal-omega-config.h clustal-omega.h
+clustalo_SOURCES = main.cpp \
+       mymain.c mymain.h
+
+clustalo_LDADD = libclustalo.la
+all: config.h
+       $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) all-recursive
+
+.SUFFIXES:
+.SUFFIXES: .c .cpp .lo .o .obj
+$(srcdir)/Makefile.in:  $(srcdir)/Makefile.am  $(am__configure_deps)
+       @for dep in $?; do \
+         case '$(am__configure_deps)' in \
+           *$$dep*) \
+             ( cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh ) \
+               && { if test -f $@; then exit 0; else break; fi; }; \
+             exit 1;; \
+         esac; \
+       done; \
+       echo ' cd $(top_srcdir) && $(AUTOMAKE) --gnu  src/Makefile'; \
+       cd $(top_srcdir) && \
+         $(AUTOMAKE) --gnu  src/Makefile
+.PRECIOUS: Makefile
+Makefile: $(srcdir)/Makefile.in $(top_builddir)/config.status
+       @case '$?' in \
+         *config.status*) \
+           cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh;; \
+         *) \
+           echo ' cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $(subdir)/$@ $(am__depfiles_maybe)'; \
+           cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $(subdir)/$@ $(am__depfiles_maybe);; \
+       esac;
+
+$(top_builddir)/config.status: $(top_srcdir)/configure $(CONFIG_STATUS_DEPENDENCIES)
+       cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
+
+$(top_srcdir)/configure:  $(am__configure_deps)
+       cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
+$(ACLOCAL_M4):  $(am__aclocal_m4_deps)
+       cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
+
+config.h: stamp-h1
+       @if test ! -f $@; then \
+         rm -f stamp-h1; \
+         $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) stamp-h1; \
+       else :; fi
+
+stamp-h1: $(srcdir)/config.h.in $(top_builddir)/config.status
+       @rm -f stamp-h1
+       cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status src/config.h
+$(srcdir)/config.h.in:  $(am__configure_deps) 
+       cd $(top_srcdir) && $(AUTOHEADER)
+       rm -f stamp-h1
+       touch $@
+
+distclean-hdr:
+       -rm -f config.h stamp-h1
+install-libLTLIBRARIES: $(lib_LTLIBRARIES)
+       @$(NORMAL_INSTALL)
+       test -z "$(libdir)" || $(MKDIR_P) "$(DESTDIR)$(libdir)"
+       @list='$(lib_LTLIBRARIES)'; for p in $$list; do \
+         if test -f $$p; then \
+           f=$(am__strip_dir) \
+           echo " $(LIBTOOL) $(AM_LIBTOOLFLAGS) $(LIBTOOLFLAGS) --mode=install $(libLTLIBRARIES_INSTALL) $(INSTALL_STRIP_FLAG) '$$p' '$(DESTDIR)$(libdir)/$$f'"; \
+           $(LIBTOOL) $(AM_LIBTOOLFLAGS) $(LIBTOOLFLAGS) --mode=install $(libLTLIBRARIES_INSTALL) $(INSTALL_STRIP_FLAG) "$$p" "$(DESTDIR)$(libdir)/$$f"; \
+         else :; fi; \
+       done
+
+uninstall-libLTLIBRARIES:
+       @$(NORMAL_UNINSTALL)
+       @list='$(lib_LTLIBRARIES)'; for p in $$list; do \
+         p=$(am__strip_dir) \
+         echo " $(LIBTOOL) $(AM_LIBTOOLFLAGS) $(LIBTOOLFLAGS) --mode=uninstall rm -f '$(DESTDIR)$(libdir)/$$p'"; \
+         $(LIBTOOL) $(AM_LIBTOOLFLAGS) $(LIBTOOLFLAGS) --mode=uninstall rm -f "$(DESTDIR)$(libdir)/$$p"; \
+       done
+
+clean-libLTLIBRARIES:
+       -test -z "$(lib_LTLIBRARIES)" || rm -f $(lib_LTLIBRARIES)
+       @list='$(lib_LTLIBRARIES)'; for p in $$list; do \
+         dir="`echo $$p | sed -e 's|/[^/]*$$||'`"; \
+         test "$$dir" != "$$p" || dir=.; \
+         echo "rm -f \"$${dir}/so_locations\""; \
+         rm -f "$${dir}/so_locations"; \
+       done
+libclustalo.la: $(libclustalo_la_OBJECTS) $(libclustalo_la_DEPENDENCIES) 
+       $(libclustalo_la_LINK) -rpath $(libdir) $(libclustalo_la_OBJECTS) $(libclustalo_la_LIBADD) $(LIBS)
+install-binPROGRAMS: $(bin_PROGRAMS)
+       @$(NORMAL_INSTALL)
+       test -z "$(bindir)" || $(MKDIR_P) "$(DESTDIR)$(bindir)"
+       @list='$(bin_PROGRAMS)'; for p in $$list; do \
+         p1=`echo $$p|sed 's/$(EXEEXT)$$//'`; \
+         if test -f $$p \
+            || test -f $$p1 \
+         ; then \
+           f=`echo "$$p1" | sed 's,^.*/,,;$(transform);s/$$/$(EXEEXT)/'`; \
+          echo " $(INSTALL_PROGRAM_ENV) $(LIBTOOL) $(AM_LIBTOOLFLAGS) $(LIBTOOLFLAGS) --mode=install $(binPROGRAMS_INSTALL) '$$p' '$(DESTDIR)$(bindir)/$$f'"; \
+          $(INSTALL_PROGRAM_ENV) $(LIBTOOL) $(AM_LIBTOOLFLAGS) $(LIBTOOLFLAGS) --mode=install $(binPROGRAMS_INSTALL) "$$p" "$(DESTDIR)$(bindir)/$$f" || exit 1; \
+         else :; fi; \
+       done
+
+uninstall-binPROGRAMS:
+       @$(NORMAL_UNINSTALL)
+       @list='$(bin_PROGRAMS)'; for p in $$list; do \
+         f=`echo "$$p" | sed 's,^.*/,,;s/$(EXEEXT)$$//;$(transform);s/$$/$(EXEEXT)/'`; \
+         echo " rm -f '$(DESTDIR)$(bindir)/$$f'"; \
+         rm -f "$(DESTDIR)$(bindir)/$$f"; \
+       done
+
+clean-binPROGRAMS:
+       @list='$(bin_PROGRAMS)'; for p in $$list; do \
+         f=`echo $$p|sed 's/$(EXEEXT)$$//'`; \
+         echo " rm -f $$p $$f"; \
+         rm -f $$p $$f ; \
+       done
+clustalo$(EXEEXT): $(clustalo_OBJECTS) $(clustalo_DEPENDENCIES) 
+       @rm -f clustalo$(EXEEXT)
+       $(CXXLINK) $(clustalo_OBJECTS) $(clustalo_LDADD) $(LIBS)
+
+mostlyclean-compile:
+       -rm -f *.$(OBJEXT)
+
+distclean-compile:
+       -rm -f *.tab.c
+
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/clustal-omega.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/main.Po@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/mymain.Po@am__quote@
+
+.c.o:
+@am__fastdepCC_TRUE@   $(COMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ $<
+@am__fastdepCC_TRUE@   mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@      source='$<' object='$@' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
+@am__fastdepCC_FALSE@  $(COMPILE) -c $<
+
+.c.obj:
+@am__fastdepCC_TRUE@   $(COMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ `$(CYGPATH_W) '$<'`
+@am__fastdepCC_TRUE@   mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@      source='$<' object='$@' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
+@am__fastdepCC_FALSE@  $(COMPILE) -c `$(CYGPATH_W) '$<'`
+
+.c.lo:
+@am__fastdepCC_TRUE@   $(LTCOMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ $<
+@am__fastdepCC_TRUE@   mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Plo
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@      source='$<' object='$@' libtool=yes @AMDEPBACKSLASH@
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
+@am__fastdepCC_FALSE@  $(LTCOMPILE) -c -o $@ $<
+
+.cpp.o:
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXXCOMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ $<
+@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='$<' object='$@' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
+@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXXCOMPILE) -c -o $@ $<
+
+.cpp.obj:
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXXCOMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ `$(CYGPATH_W) '$<'`
+@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='$<' object='$@' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
+@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXXCOMPILE) -c -o $@ `$(CYGPATH_W) '$<'`
+
+.cpp.lo:
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(LTCXXCOMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ $<
+@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Plo
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='$<' object='$@' libtool=yes @AMDEPBACKSLASH@
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
+@am__fastdepCXX_FALSE@ $(LTCXXCOMPILE) -c -o $@ $<
+
+mostlyclean-libtool:
+       -rm -f *.lo
+
+clean-libtool:
+       -rm -rf .libs _libs
+install-library_includeHEADERS: $(library_include_HEADERS)
+       @$(NORMAL_INSTALL)
+       test -z "$(library_includedir)" || $(MKDIR_P) "$(DESTDIR)$(library_includedir)"
+       @list='$(library_include_HEADERS)'; for p in $$list; do \
+         if test -f "$$p"; then d=; else d="$(srcdir)/"; fi; \
+         f=$(am__strip_dir) \
+         echo " $(library_includeHEADERS_INSTALL) '$$d$$p' '$(DESTDIR)$(library_includedir)/$$f'"; \
+         $(library_includeHEADERS_INSTALL) "$$d$$p" "$(DESTDIR)$(library_includedir)/$$f"; \
+       done
+
+uninstall-library_includeHEADERS:
+       @$(NORMAL_UNINSTALL)
+       @list='$(library_include_HEADERS)'; for p in $$list; do \
+         f=$(am__strip_dir) \
+         echo " rm -f '$(DESTDIR)$(library_includedir)/$$f'"; \
+         rm -f "$(DESTDIR)$(library_includedir)/$$f"; \
+       done
+
+# This directory's subdirectories are mostly independent; you can cd
+# into them and run `make' without going through this Makefile.
+# To change the values of `make' variables: instead of editing Makefiles,
+# (1) if the variable is set in `config.status', edit `config.status'
+#     (which will cause the Makefiles to be regenerated when you run `make');
+# (2) otherwise, pass the desired values on the `make' command line.
+$(RECURSIVE_TARGETS):
+       @failcom='exit 1'; \
+       for f in x $$MAKEFLAGS; do \
+         case $$f in \
+           *=* | --[!k]*);; \
+           *k*) failcom='fail=yes';; \
+         esac; \
+       done; \
+       dot_seen=no; \
+       target=`echo $@ | sed s/-recursive//`; \
+       list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
+         echo "Making $$target in $$subdir"; \
+         if test "$$subdir" = "."; then \
+           dot_seen=yes; \
+           local_target="$$target-am"; \
+         else \
+           local_target="$$target"; \
+         fi; \
+         (cd $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) $$local_target) \
+         || eval $$failcom; \
+       done; \
+       if test "$$dot_seen" = "no"; then \
+         $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) "$$target-am" || exit 1; \
+       fi; test -z "$$fail"
+
+$(RECURSIVE_CLEAN_TARGETS):
+       @failcom='exit 1'; \
+       for f in x $$MAKEFLAGS; do \
+         case $$f in \
+           *=* | --[!k]*);; \
+           *k*) failcom='fail=yes';; \
+         esac; \
+       done; \
+       dot_seen=no; \
+       case "$@" in \
+         distclean-* | maintainer-clean-*) list='$(DIST_SUBDIRS)' ;; \
+         *) list='$(SUBDIRS)' ;; \
+       esac; \
+       rev=''; for subdir in $$list; do \
+         if test "$$subdir" = "."; then :; else \
+           rev="$$subdir $$rev"; \
+         fi; \
+       done; \
+       rev="$$rev ."; \
+       target=`echo $@ | sed s/-recursive//`; \
+       for subdir in $$rev; do \
+         echo "Making $$target in $$subdir"; \
+         if test "$$subdir" = "."; then \
+           local_target="$$target-am"; \
+         else \
+           local_target="$$target"; \
+         fi; \
+         (cd $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) $$local_target) \
+         || eval $$failcom; \
+       done && test -z "$$fail"
+tags-recursive:
+       list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
+         test "$$subdir" = . || (cd $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) tags); \
+       done
+ctags-recursive:
+       list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
+         test "$$subdir" = . || (cd $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) ctags); \
+       done
+
+ID: $(HEADERS) $(SOURCES) $(LISP) $(TAGS_FILES)
+       list='$(SOURCES) $(HEADERS) $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
+       unique=`for i in $$list; do \
+           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
+         done | \
+         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
+             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
+       mkid -fID $$unique
+tags: TAGS
+
+TAGS: tags-recursive $(HEADERS) $(SOURCES) config.h.in $(TAGS_DEPENDENCIES) \
+               $(TAGS_FILES) $(LISP)
+       tags=; \
+       here=`pwd`; \
+       if ($(ETAGS) --etags-include --version) >/dev/null 2>&1; then \
+         include_option=--etags-include; \
+         empty_fix=.; \
+       else \
+         include_option=--include; \
+         empty_fix=; \
+       fi; \
+       list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
+         if test "$$subdir" = .; then :; else \
+           test ! -f $$subdir/TAGS || \
+             tags="$$tags $$include_option=$$here/$$subdir/TAGS"; \
+         fi; \
+       done; \
+       list='$(SOURCES) $(HEADERS) config.h.in $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
+       unique=`for i in $$list; do \
+           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
+         done | \
+         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
+             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
+       if test -z "$(ETAGS_ARGS)$$tags$$unique"; then :; else \
+         test -n "$$unique" || unique=$$empty_fix; \
+         $(ETAGS) $(ETAGSFLAGS) $(AM_ETAGSFLAGS) $(ETAGS_ARGS) \
+           $$tags $$unique; \
+       fi
+ctags: CTAGS
+CTAGS: ctags-recursive $(HEADERS) $(SOURCES) config.h.in $(TAGS_DEPENDENCIES) \
+               $(TAGS_FILES) $(LISP)
+       tags=; \
+       list='$(SOURCES) $(HEADERS) config.h.in $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
+       unique=`for i in $$list; do \
+           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
+         done | \
+         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
+             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
+       test -z "$(CTAGS_ARGS)$$tags$$unique" \
+         || $(CTAGS) $(CTAGSFLAGS) $(AM_CTAGSFLAGS) $(CTAGS_ARGS) \
+            $$tags $$unique
+
+GTAGS:
+       here=`$(am__cd) $(top_builddir) && pwd` \
+         && cd $(top_srcdir) \
+         && gtags -i $(GTAGS_ARGS) $$here
+
+distclean-tags:
+       -rm -f TAGS ID GTAGS GRTAGS GSYMS GPATH tags
+
+distdir: $(DISTFILES)
+       @srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
+       topsrcdirstrip=`echo "$(top_srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
+       list='$(DISTFILES)'; \
+         dist_files=`for file in $$list; do echo $$file; done | \
+         sed -e "s|^$$srcdirstrip/||;t" \
+             -e "s|^$$topsrcdirstrip/|$(top_builddir)/|;t"`; \
+       case $$dist_files in \
+         */*) $(MKDIR_P) `echo "$$dist_files" | \
+                          sed '/\//!d;s|^|$(distdir)/|;s,/[^/]*$$,,' | \
+                          sort -u` ;; \
+       esac; \
+       for file in $$dist_files; do \
+         if test -f $$file || test -d $$file; then d=.; else d=$(srcdir); fi; \
+         if test -d $$d/$$file; then \
+           dir=`echo "/$$file" | sed -e 's,/[^/]*$$,,'`; \
+           if test -d $(srcdir)/$$file && test $$d != $(srcdir); then \
+             cp -pR $(srcdir)/$$file $(distdir)$$dir || exit 1; \
+           fi; \
+           cp -pR $$d/$$file $(distdir)$$dir || exit 1; \
+         else \
+           test -f $(distdir)/$$file \
+           || cp -p $$d/$$file $(distdir)/$$file \
+           || exit 1; \
+         fi; \
+       done
+       list='$(DIST_SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
+         if test "$$subdir" = .; then :; else \
+           test -d "$(distdir)/$$subdir" \
+           || $(MKDIR_P) "$(distdir)/$$subdir" \
+           || exit 1; \
+           distdir=`$(am__cd) $(distdir) && pwd`; \
+           top_distdir=`$(am__cd) $(top_distdir) && pwd`; \
+           (cd $$subdir && \
+             $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) \
+               top_distdir="$$top_distdir" \
+               distdir="$$distdir/$$subdir" \
+               am__remove_distdir=: \
+               am__skip_length_check=: \
+               distdir) \
+             || exit 1; \
+         fi; \
+       done
+check-am: all-am
+check: check-recursive
+all-am: Makefile $(LTLIBRARIES) $(PROGRAMS) $(HEADERS) config.h
+install-binPROGRAMS: install-libLTLIBRARIES
+
+installdirs: installdirs-recursive
+installdirs-am:
+       for dir in "$(DESTDIR)$(libdir)" "$(DESTDIR)$(bindir)" "$(DESTDIR)$(library_includedir)"; do \
+         test -z "$$dir" || $(MKDIR_P) "$$dir"; \
+       done
+install: install-recursive
+install-exec: install-exec-recursive
+install-data: install-data-recursive
+uninstall: uninstall-recursive
+
+install-am: all-am
+       @$(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) install-exec-am install-data-am
+
+installcheck: installcheck-recursive
+install-strip:
+       $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) INSTALL_PROGRAM="$(INSTALL_STRIP_PROGRAM)" \
+         install_sh_PROGRAM="$(INSTALL_STRIP_PROGRAM)" INSTALL_STRIP_FLAG=-s \
+         `test -z '$(STRIP)' || \
+           echo "INSTALL_PROGRAM_ENV=STRIPPROG='$(STRIP)'"` install
+mostlyclean-generic:
+
+clean-generic:
+
+distclean-generic:
+       -test -z "$(CONFIG_CLEAN_FILES)" || rm -f $(CONFIG_CLEAN_FILES)
+
+maintainer-clean-generic:
+       @echo "This command is intended for maintainers to use"
+       @echo "it deletes files that may require special tools to rebuild."
+clean: clean-recursive
+
+clean-am: clean-binPROGRAMS clean-generic clean-libLTLIBRARIES \
+       clean-libtool mostlyclean-am
+
+distclean: distclean-recursive
+       -rm -rf ./$(DEPDIR)
+       -rm -f Makefile
+distclean-am: clean-am distclean-compile distclean-generic \
+       distclean-hdr distclean-tags
+
+dvi: dvi-recursive
+
+dvi-am:
+
+html: html-recursive
+
+info: info-recursive
+
+info-am:
+
+install-data-am: install-library_includeHEADERS
+
+install-dvi: install-dvi-recursive
+
+install-exec-am: install-binPROGRAMS install-libLTLIBRARIES
+
+install-html: install-html-recursive
+
+install-info: install-info-recursive
+
+install-man:
+
+install-pdf: install-pdf-recursive
+
+install-ps: install-ps-recursive
+
+installcheck-am:
+
+maintainer-clean: maintainer-clean-recursive
+       -rm -rf ./$(DEPDIR)
+       -rm -f Makefile
+maintainer-clean-am: distclean-am maintainer-clean-generic
+
+mostlyclean: mostlyclean-recursive
+
+mostlyclean-am: mostlyclean-compile mostlyclean-generic \
+       mostlyclean-libtool
+
+pdf: pdf-recursive
+
+pdf-am:
+
+ps: ps-recursive
+
+ps-am:
+
+uninstall-am: uninstall-binPROGRAMS uninstall-libLTLIBRARIES \
+       uninstall-library_includeHEADERS
+
+.MAKE: $(RECURSIVE_CLEAN_TARGETS) $(RECURSIVE_TARGETS) install-am \
+       install-strip
+
+.PHONY: $(RECURSIVE_CLEAN_TARGETS) $(RECURSIVE_TARGETS) CTAGS GTAGS \
+       all all-am check check-am clean clean-binPROGRAMS \
+       clean-generic clean-libLTLIBRARIES clean-libtool ctags \
+       ctags-recursive distclean distclean-compile distclean-generic \
+       distclean-hdr distclean-libtool distclean-tags distdir dvi \
+       dvi-am html html-am info info-am install install-am \
+       install-binPROGRAMS install-data install-data-am install-dvi \
+       install-dvi-am install-exec install-exec-am install-html \
+       install-html-am install-info install-info-am \
+       install-libLTLIBRARIES install-library_includeHEADERS \
+       install-man install-pdf install-pdf-am install-ps \
+       install-ps-am install-strip installcheck installcheck-am \
+       installdirs installdirs-am maintainer-clean \
+       maintainer-clean-generic mostlyclean mostlyclean-compile \
+       mostlyclean-generic mostlyclean-libtool pdf pdf-am ps ps-am \
+       tags tags-recursive uninstall uninstall-am \
+       uninstall-binPROGRAMS uninstall-libLTLIBRARIES \
+       uninstall-library_includeHEADERS
+
+# Tell versions [3.59,3.63) of GNU make to not export all variables.
+# Otherwise a system limit (for SysV at least) may be exceeded.
+.NOEXPORT:
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal-omega-config.h b/binaries/src/clustalo/src/clustal-omega-config.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..765f97f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,348 @@
+#ifndef _SRC_CLUSTAL_OMEGA_CONFIG_H
+#define _SRC_CLUSTAL_OMEGA_CONFIG_H 1
+/* src/clustal-omega-config.h. Generated automatically at end of configure. */
+/* src/config.h.  Generated from config.h.in by configure.  */
+/* src/config.h.in.  Generated from configure.ac by autoheader.  */
+
+/* Define if building universal (internal helper macro) */
+/* #undef AC_APPLE_UNIVERSAL_BUILD */
+
+/* Let all files know they are being used inside Clustal Omega */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_CLUSTALO
+#define CLUSTAL_OMEGA_CLUSTALO 1
+#endif
+
+/* This is a CYGWIN system */
+/* #undef CYGWIN */
+
+/* This is a Darwin system */
+/* #undef DARWIN */
+
+/* Define to 1 if you have the <argtable2.h> header file. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_ARGTABLE2_H
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_ARGTABLE2_H 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the <assert.h> header file. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_ASSERT_H
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_ASSERT_H 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the <ctype.h> header file. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_CTYPE_H
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_CTYPE_H 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the <dlfcn.h> header file. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_DLFCN_H
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_DLFCN_H 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the <float.h> header file. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_FLOAT_H
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_FLOAT_H 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the `fseek64' function. */
+/* #undef HAVE_FSEEK64 */
+
+/* Define to 1 if you have the `fseeko' function. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_FSEEKO
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_FSEEKO 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the `fseeko64' function. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_FSEEKO64
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_FSEEKO64 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the `ftell64' function. */
+/* #undef HAVE_FTELL64 */
+
+/* Define to 1 if you have the `ftello' function. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_FTELLO
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_FTELLO 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the `ftello64' function. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_FTELLO64
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_FTELLO64 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the <inttypes.h> header file. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_INTTYPES_H
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_INTTYPES_H 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the `argtable2' library (-largtable2). */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_LIBARGTABLE2
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_LIBARGTABLE2 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the `m' library (-lm). */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_LIBM
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_LIBM 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the <limits.h> header file. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_LIMITS_H
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_LIMITS_H 1
+#endif
+
+/* Has log2() */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_LOG2
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_LOG2 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the <math.h> header file. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_MATH_H
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_MATH_H 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the <memory.h> header file. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_MEMORY_H
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_MEMORY_H 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the `ntohl' function. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_NTOHL
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_NTOHL 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the `ntohs' function. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_NTOHS
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_NTOHS 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the `ntonl' function. */
+/* #undef HAVE_NTONL */
+
+/* Define to 1 if you have the `ntons' function. */
+/* #undef HAVE_NTONS */
+
+/* Defined if OpenMP should and can be used */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_OPENMP
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_OPENMP 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the <stdarg.h> header file. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_STDARG_H
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_STDARG_H 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the <stdint.h> header file. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_STDINT_H
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_STDINT_H 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the <stdio.h> header file. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_STDIO_H
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_STDIO_H 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the <stdlib.h> header file. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_STDLIB_H
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_STDLIB_H 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the <strings.h> header file. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_STRINGS_H
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_STRINGS_H 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the <string.h> header file. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_STRING_H
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_STRING_H 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the `stroul' function. */
+/* #undef HAVE_STROUL */
+
+/* Define to 1 if you have the `strtoull' function. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_STRTOULL
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_STRTOULL 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the <sys/stat.h> header file. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_SYS_STAT_H
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_SYS_STAT_H 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the <sys/types.h> header file. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_SYS_TYPES_H
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_SYS_TYPES_H 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the <time.h> header file. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_TIME_H
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_TIME_H 1
+#endif
+
+/* Define to 1 if you have the <unistd.h> header file. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_HAVE_UNISTD_H
+#define CLUSTAL_OMEGA_HAVE_UNISTD_H 1
+#endif
+
+/* This is a LINUX system */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_LINUX
+#define CLUSTAL_OMEGA_LINUX 1
+#endif
+
+/* Define to the sub-directory in which libtool stores uninstalled libraries.
+   */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_LT_OBJDIR
+#define CLUSTAL_OMEGA_LT_OBJDIR ".libs/"
+#endif
+
+/* This is a MinGW system */
+/* #undef MINGW */
+
+/* No-debug Mode */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_NDEBUG
+#define CLUSTAL_OMEGA_NDEBUG /**/
+#endif
+
+/* Some strange OS */
+/* #undef OTHEROS */
+
+/* Name of package */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_PACKAGE
+#define CLUSTAL_OMEGA_PACKAGE "clustal-omega"
+#endif
+
+/* Define to the address where bug reports for this package should be sent. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_PACKAGE_BUGREPORT
+#define CLUSTAL_OMEGA_PACKAGE_BUGREPORT "clustalw@ucd.ie"
+#endif
+
+/* The package code name */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_PACKAGE_CODENAME
+#define CLUSTAL_OMEGA_PACKAGE_CODENAME "DeshilHollesEamus"
+#endif
+
+/* Define to the full name of this package. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_PACKAGE_NAME
+#define CLUSTAL_OMEGA_PACKAGE_NAME "Clustal Omega"
+#endif
+
+/* Define to the full name and version of this package. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_PACKAGE_STRING
+#define CLUSTAL_OMEGA_PACKAGE_STRING "Clustal Omega 1.0.2"
+#endif
+
+/* Define to the one symbol short name of this package. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_PACKAGE_TARNAME
+#define CLUSTAL_OMEGA_PACKAGE_TARNAME "clustal-omega"
+#endif
+
+/* Define to the version of this package. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_PACKAGE_VERSION
+#define CLUSTAL_OMEGA_PACKAGE_VERSION "1.0.2"
+#endif
+
+/* The size of `fpos_t', as computed by sizeof. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_SIZEOF_FPOS_T
+#define CLUSTAL_OMEGA_SIZEOF_FPOS_T 16
+#endif
+
+/* The size of `unsigned int', as computed by sizeof. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_SIZEOF_UNSIGNED_INT
+#define CLUSTAL_OMEGA_SIZEOF_UNSIGNED_INT 4
+#endif
+
+/* The size of `unsigned long', as computed by sizeof. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_SIZEOF_UNSIGNED_LONG
+#define CLUSTAL_OMEGA_SIZEOF_UNSIGNED_LONG 8
+#endif
+
+/* The size of `unsigned long long', as computed by sizeof. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_SIZEOF_UNSIGNED_LONG_LONG
+#define CLUSTAL_OMEGA_SIZEOF_UNSIGNED_LONG_LONG 8
+#endif
+
+/* The size of `unsigned short', as computed by sizeof. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_SIZEOF_UNSIGNED_SHORT
+#define CLUSTAL_OMEGA_SIZEOF_UNSIGNED_SHORT 2
+#endif
+
+/* This is a Solaris system */
+/* #undef SOLARIS */
+
+/* This is a BSD system */
+/* #undef SOMEBSD */
+
+/* Define to 1 if you have the ANSI C header files. */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_STDC_HEADERS
+#define CLUSTAL_OMEGA_STDC_HEADERS 1
+#endif
+
+/* Enable extensions on AIX 3, Interix.  */
+#ifndef _ALL_SOURCE
+# define _ALL_SOURCE 1
+#endif
+/* Enable GNU extensions on systems that have them.  */
+#ifndef _GNU_SOURCE
+# define _GNU_SOURCE 1
+#endif
+/* Enable threading extensions on Solaris.  */
+#ifndef _POSIX_PTHREAD_SEMANTICS
+# define _POSIX_PTHREAD_SEMANTICS 1
+#endif
+/* Enable extensions on HP NonStop.  */
+#ifndef _TANDEM_SOURCE
+# define _TANDEM_SOURCE 1
+#endif
+/* Enable general extensions on Solaris.  */
+#ifndef __EXTENSIONS__
+# define __EXTENSIONS__ 1
+#endif
+
+
+/* Version number of package */
+#ifndef CLUSTAL_OMEGA_VERSION
+#define CLUSTAL_OMEGA_VERSION "1.0.2"
+#endif
+
+/* Define if using the dmalloc debugging malloc package */
+/* #undef WITH_DMALLOC */
+
+/* Define WORDS_BIGENDIAN to 1 if your processor stores words with the most
+   significant byte first (like Motorola and SPARC, unlike Intel). */
+#if defined AC_APPLE_UNIVERSAL_BUILD
+# if defined __BIG_ENDIAN__
+#  define WORDS_BIGENDIAN 1
+# endif
+#else
+# ifndef WORDS_BIGENDIAN
+/* #  undef WORDS_BIGENDIAN */
+# endif
+#endif
+
+/* Define to 1 if on MINIX. */
+/* #undef _MINIX */
+
+/* Define to 2 if the system does not provide POSIX.1 features except with
+   this defined. */
+/* #undef _POSIX_1_SOURCE */
+
+/* Define to 1 if you need to in order for `stat' and other things to work. */
+/* #undef _POSIX_SOURCE */
+
+/* Define to empty if `const' does not conform to ANSI C. */
+/* #undef const */
+
+/* Define to `__inline__' or `__inline' if that's what the C compiler
+   calls it, or to nothing if 'inline' is not supported under any name.  */
+#ifndef __cplusplus
+/* #undef inline */
+#endif
+
+/* Define to `long int' if <sys/types.h> does not define. */
+/* #undef off_t */
+
+/* Define to `unsigned int' if <sys/types.h> does not define. */
+/* #undef size_t */
+/* once: _SRC_CLUSTAL_OMEGA_CONFIG_H */
+#endif
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal-omega.c b/binaries/src/clustalo/src/clustal-omega.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..376e078
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1385 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4;  indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: clustal-omega.c 254 2011-06-21 13:07:50Z andreas $
+ */
+
+#ifdef HAVE_CONFIG_H
+#include "config.h"
+#endif
+
+#include <assert.h>
+
+#include "clustal-omega.h"
+#include "hhalign/general.h"
+
+/* The following comment block contains the frontpage/mainpage of the doxygen
+ *  documentation. Please add some more info. FIXME add more
+ */
+
+/**
+ *
+ * @mainpage Clustal-Omega Documentation
+ *
+ * @section intro_sec Introduction
+ *
+ * For more information see http://www.clustal.org/
+ *
+ * @section api_section API
+ *
+ * @subsection example_prog_subsection An Example Program
+ *
+ * To use libclustalo you will have to include the clustal-omega.h header and
+ * link against libclustalo. For linking against libclustalo you will have to
+ * use a C++ compiler, no matter if your program was written in C or C++.
+ *
+ * First compile (no linking) your source (for an example see section "\ref
+ * example_src_subsubsec"):
+ *
+ * @code
+ * $ gcc -c -ansi -Wall clustalo-api-test.c
+ * @endcode
+ *
+ * Then link against libclustalo (we recommend the use of pkg-config as
+ * explained in \ref pkgconfig_subsubsec). Assuming Clustal Omega was installed
+ * in system-wide default directory (e.g. /usr) just type:
+ *
+ * @code
+ * $ g++  -ansi -Wall -o clustalo-api-test clustalo-api-test.o  -lclustalo
+ * @endcode
+ *
+ * Voila! Now you have your own alignment program which can be run with
+ *
+ * @code
+ * $ ./clustalo-api-test <your-sequence-input>
+ * @endcode
+ *  
+ * It's best to use the same compiler that you used for compiling libclustal.
+ * If libclustal was compiled with OpenMP support, you will have to use OpenMP
+ * flags for you program as well.
+ *
+ *
+ * @subsubsection pkgconfig_subsubsec Using pkg-config / Figuring out compiler flags
+ *
+ * Clustal Omega comes with support for <a
+ * href="http://pkg-config.freedesktop.org">pkg-config</a>, which means you
+ * can run
+ *
+ * @code
+ * $ pkg-config --cflags --libs clustalo
+ * @endcode
+ *
+ * to figure out cflags and library flags needed to compile and link against
+ * libclustalo. This is especially handy if Clustal Omega was installed to a
+ * non-standard directory.
+ *  
+ * You might have to change PKG_CONFIG_PATH. For example, if you used the prefix $HOME/local/ for
+ * installation then you will first need to set PKG_CONFIG_PATH:
+ *
+ * @code
+ * $ export PKG_CONFIG_PATH=$HOME/local/lib/pkgconfig
+ * $ pkg-config --cflags --libs clustalo
+ * @endcode
+ *  
+ *  
+ * To compile your source use:
+ *  
+ * @code
+ * $ export PKG_CONFIG_PATH=$HOME/local/lib/pkgconfig
+ * $ gcc -c -ansi -Wall clustalo-api-test.c  $(pkg-config --cflags clustalo)
+ * $ g++  -ansi -Wall -o clustalo-api-test clustalo-api-test.o $(pkg-config --libs clustalo)
+ * @endcode
+ *
+ *
+ * @subsubsection example_src_subsubsec Example Source Code
+ *
+ * @include "clustalo-api-test.c"
+ *
+ *
+ */
+
+
+
+
+/* FIXME: doc */
+/* the following are temporary flags while the code is still under construction;
+   had problems internalising hhmake, so as temporary crutch 
+   write alignment to file and get external hmmer/hhmake via system call 
+   to read alignment and convert into HMM
+   All this will go, once hhmake is properly internalised */
+#define INDIRECT_HMM 0 /* temp flag: (1) write aln to file, use system(hmmer/hhmake), (0) internal hhmake */
+#define USEHMMER 1 /* temp flag: use system(hmmer) to build HMM */
+#define USEHHMAKE (!USEHMMER) /* temp flag: use system(hhmake) to build HMM */
+
+
+/* shuffle order of input sequences */
+#define SHUFFLE_INPUT_SEQ_ORDER 0
+
+/* sort input sequences by length */
+#define SORT_INPUT_SEQS 0
+
+
+int iNumberOfThreads;
+
+/* broken, unused and lonely */
+static const int ITERATION_SCORE_IMPROVEMENT_THRESHOLD = 0.01;
+
+
+/**
+ * @brief Print Long version information to pre-allocated char. 
+ *
+ * @note short version
+ * information is equivalent to PACKAGE_VERSION
+ *
+ * @param[out] pcStr
+ * char pointer to write to preallocated to hold iSize chars.
+ * @param[in] iSize
+ * size of pcStr
+ */
+void 
+PrintLongVersion(char *pcStr, int iSize)
+{
+    snprintf(pcStr, iSize, "version %s; code-name '%s'; build date %s",
+             PACKAGE_VERSION, PACKAGE_CODENAME, __DATE__);
+}
+/* end of PrintLongVersion() */
+
+
+
+/**
+ * @brief free aln opts members
+ *
+ */
+void
+FreeAlnOpts(opts_t *prAlnOpts) {
+    if (NULL != prAlnOpts->pcGuidetreeInfile) {
+        CKFREE(prAlnOpts->pcGuidetreeInfile);
+    }
+    if (NULL != prAlnOpts->pcGuidetreeOutfile) {
+        CKFREE(prAlnOpts->pcGuidetreeOutfile);
+    }
+    if (NULL  != prAlnOpts->pcDistmatOutfile) {
+        CKFREE(prAlnOpts->pcDistmatOutfile);
+    }
+    if (NULL != prAlnOpts->pcDistmatInfile) {
+        CKFREE(prAlnOpts->pcDistmatInfile);
+    }
+}
+/* end of FreeAlnOpts() */
+
+
+
+/**
+ * @brief Sets members of given user opts struct to default values
+ *
+ * @param[out] prOpts
+ * User opt struct to initialise
+ *
+ */
+void
+SetDefaultAlnOpts(opts_t *prOpts) {
+    prOpts->bAutoOptions = FALSE;
+    
+    prOpts->pcDistmatInfile = NULL;
+    prOpts->pcDistmatOutfile = NULL;
+       
+    prOpts->iClusteringType = CLUSTERING_UPGMA;
+    prOpts->iPairDistType = PAIRDIST_KTUPLE;
+    prOpts->bUseMbed = TRUE; /* FS, r250 -> */
+    prOpts->bUseMbedForIteration = TRUE; /* FS, r250 -> */
+    prOpts->pcGuidetreeOutfile = NULL;
+    prOpts->pcGuidetreeInfile = NULL;
+       
+    prOpts->ppcHMMInput = NULL;
+    prOpts->iHMMInputFiles = 0;
+               
+    prOpts->iNumIterations = 0;
+    prOpts->bIterationsAuto = FALSE;
+    prOpts->iMaxGuidetreeIterations = INT_MAX;
+    prOpts->iMaxHMMIterations = INT_MAX;
+    prOpts->iMacRam = 2048; /* give 2GB to MAC algorithm. FS, r240 -> r241 */
+ }
+/* end of SetDefaultAlnOpts() */
+
+
+
+/**
+ * @brief Check logic of parsed user options. Will exit (call Log(&rLog, LOG_FATAL, ))
+ * on Fatal logic error
+ *
+ * @param[in] prOpts
+ * Already parsed user options
+ * 
+ */    
+void
+AlnOptsLogicCheck(opts_t *prOpts)
+{
+    /* guide-tree & distmat
+     *
+     */
+    if (prOpts->pcDistmatInfile && prOpts->pcGuidetreeInfile) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Read distances *and* guide-tree from file doesn't make sense.");
+    }
+
+    if (prOpts->pcDistmatOutfile && prOpts->pcGuidetreeInfile) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Won't be able to save distances to file, because I got a guide-tree as input.");
+    }
+
+    /* combination of options that don't make sense when not iterating
+     */
+    if (prOpts->iNumIterations==0 && prOpts->bIterationsAuto != TRUE)  {
+        
+        if (prOpts->pcGuidetreeInfile && prOpts->pcGuidetreeOutfile) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Got a guide-tree as input and output which doesn't make sense when not iterating.");            
+        }
+        /*
+          if (prOpts->pcGuidetreeInfile && prOpts->bUseMbed > 0) {
+          Log(&rLog, LOG_FATAL, "Got a guide-tree as input and was requested to cluster with mBed, which doesn't make sense when not iterating.");            
+          }
+        */
+        /*
+          AW: bUseMbedForIteration default since at least R252
+          if (prOpts->bUseMbedForIteration > 0) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "No iteration requested, but mbed for iteration was set. Paranoia exit.");
+          }        
+        */
+    }
+    
+    if (prOpts->iMacRam < 512) {
+
+        Log(&rLog, LOG_INFO, "Memory for MAC Algorithm quite low, Viterbi Algorithm may be triggered.");
+
+        if (prOpts->iMacRam < 1) {
+
+            Log(&rLog, LOG_WARN, "Viterbi Algorithm always turned on, increase MAC-RAM to turn on MAC.");
+        }
+    }
+
+    return; 
+}
+/* end of AlnOptsLogicCheck() */
+
+
+/**
+ * @brief FIXME doc
+ */
+void
+PrintAlnOpts(FILE *prFile, opts_t *prOpts)
+{
+    int iAux;
+
+
+    /* keep in same order as struct */
+    fprintf(prFile, "option: auto-options = %d\n", prOpts->bAutoOptions);
+    fprintf(prFile, "option: distmat-infile = %s\n", 
+            NULL != prOpts->pcDistmatInfile? prOpts->pcDistmatInfile: "(null)");
+       fprintf(prFile, "option: distmat-outfile = %s\n",
+            NULL != prOpts->pcDistmatOutfile? prOpts->pcDistmatOutfile: "(null)");
+       fprintf(prFile, "option: clustering-type = %d\n", prOpts->iClusteringType);
+       fprintf(prFile, "option: pair-dist-type = %d\n", prOpts->iPairDistType);
+       fprintf(prFile, "option: use-mbed = %d\n", prOpts->bUseMbed);
+       fprintf(prFile, "option: use-mbed-for-iteration = %d\n", prOpts->bUseMbedForIteration);
+       fprintf(prFile, "option: guidetree-outfile = %s\n", 
+            NULL != prOpts->pcGuidetreeOutfile? prOpts->pcGuidetreeOutfile: "(null)");
+       fprintf(prFile, "option: guidetree-infile = %s\n",
+            NULL != prOpts->pcGuidetreeInfile? prOpts->pcGuidetreeInfile: "(null)");
+    for (iAux=0; iAux<prOpts->iHMMInputFiles; iAux++) {
+        fprintf(prFile, "option: hmm-input no %d = %s\n", iAux, prOpts->ppcHMMInput[iAux]);
+    }
+       fprintf(prFile, "option: hmm-input-files = %d\n", prOpts->iHMMInputFiles);
+       fprintf(prFile, "option: num-iterations = %d\n", prOpts->iNumIterations);
+       fprintf(prFile, "option: iterations-auto = %d\n", prOpts->bIterationsAuto);
+       fprintf(prFile, "option: max-hmm-iterations = %d\n", prOpts->iMaxHMMIterations);
+       fprintf(prFile, "option: max-guidetree-iterations = %d\n", prOpts->iMaxGuidetreeIterations);
+}
+/* end of PrintAlnOpts() */
+
+
+
+/**
+ * @brief Returns major version of HMMER. Whichever hmmbuild version
+ * is found first in your PATH will be used
+ *
+ * @return -1 on error, major hmmer version otherwise
+ *
+ */
+int
+HmmerVersion()
+{
+    char zcHmmerTestCall[] = "hmmbuild -h";
+    FILE *fp = NULL;
+    int iMajorVersion = 0;
+    char zcLine[16384];
+
+    if (NULL == (fp = popen(zcHmmerTestCall, "r"))) {
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "Couldn't exec %s", zcHmmerTestCall);
+        return -1;
+    }
+    while (fgets(zcLine, sizeof(zcLine), fp)) {
+        char *pcLocate;
+        if ((pcLocate = strstr(zcLine, "HMMER "))) {
+            iMajorVersion = atoi(&pcLocate[6]);
+            break;
+        }
+    }
+    pclose(fp);
+
+    return iMajorVersion;
+}
+/* end of HmmerVersion() */
+
+
+
+/**
+ * @brief Create a HHM file from aligned sequences
+ *
+ * @warning Should be eliminated in the future 
+ * as building routine should not create intermediate files
+ *
+ * @param[in] prMSeq
+ * Aligned mseq_t
+ * @param[in] pcHMMOut
+ * HMM output file name
+ *
+ * @return Non-zero on error
+ *
+ */
+int
+AlnToHHMFile(mseq_t *prMSeq, char *pcHMMOut)
+{
+    char *tmp_aln = NULL;
+    int retcode = OK;
+
+    assert(NULL!=prMSeq);
+    assert(NULL!=pcHMMOut);
+
+    if (FALSE == prMSeq->aligned) {
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "Sequences need to be aligned to create an HMM");
+        return FAILURE;
+    }
+
+    /* Convert alignment to a2m, and call hhmake
+     *
+     * can't be static templates, or mktemp fails (at least on os x
+     * (with a bus error))
+     * 
+     * gcc says we should use mkstemp to avoid race conditions, 
+     * but that returns a file descriptor, which is of no use to 
+     * us  
+     */
+    /* NOTE: the following won't work on windows: missing /tmp/ */
+    tmp_aln = CkStrdup("/tmp/clustalo_tmpaln_XXXXXX");
+    if (NULL == mktemp(tmp_aln)) {
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "Could not create temporary alignment filename");
+        retcode = FAILURE;
+        goto cleanup_and_return;
+    }
+    if (WriteAlignment(prMSeq, tmp_aln, MSAFILE_A2M)) {
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "Could not save alignment to %s", tmp_aln);
+        retcode = FAILURE;
+        goto cleanup_and_return;
+    }
+
+    if (HHMake_Wrapper(tmp_aln, pcHMMOut)){
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "Could not convert alignment %s into HHM", tmp_aln);
+        retcode = FAILURE;
+        goto cleanup_and_return;
+    }
+
+
+ cleanup_and_return:
+
+    if (NULL != tmp_aln) {
+        if (FileExists(tmp_aln)) {
+            if (remove(tmp_aln)) {
+                Log(&rLog, LOG_WARN, "Removing %s failed. Continuing anyway", tmp_aln);
+            }
+        }
+        CKFREE(tmp_aln);
+    }
+
+    return retcode; 
+
+} /* end of AlnToHHMFile() */
+
+
+
+/**
+ * @brief Create a HMM file from aligned sequences
+ *
+ * @warning Should be replaced in the future by some internal HMM
+ * building routine that does not call external programs
+ *
+ * @param[in] prMSeq
+ * Aligned mseq_t
+ * @param[in] pcHMMOut
+ * HMM output file name
+ *
+ * @return Non-zero on error
+ *
+
+ */
+int
+AlnToHMMFile(mseq_t *prMSeq, const char *pcHMMOut)
+{
+    char *tmp_aln = NULL;
+    char *tmp_hmm = NULL; /* only needed for hmmer3 to hmmer2 conversion */
+    char cmdbuf[16384];
+    int iHmmerVersion = 0;
+    int retcode = OK;
+    
+    assert(NULL!=prMSeq);
+    assert(NULL!=pcHMMOut);
+
+    if (FALSE == prMSeq->aligned) {
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "Sequences need to be aligned to create an HMM");
+        return FAILURE;
+    }
+
+    iHmmerVersion = HmmerVersion();
+    if (2 != iHmmerVersion && 3 != iHmmerVersion) {
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "Could not find suitable HMMER binaries");
+        return FAILURE;
+    }
+
+    /* Convert alignment to stockholm, call hmmbuild and then
+     * either hmmconvert (hmmer3) or hmmcalibrate (hmmer2)
+     *
+     * can't be static templates, or mktemp fails (at least on os x
+     * (with a bus error))
+     *
+     * gcc says we should use mkstemp to avoid race conditions,
+     * but that returns a file descriptor, which is of no use to
+     * us
+     */
+    /* NOTE: the following won't work on windows: missing /tmp/ */
+    tmp_aln = CkStrdup("/tmp/clustalo_tmpaln_XXXXXX");
+    if (NULL == mktemp(tmp_aln)) {
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "Could not create temporary alignment filename");
+        retcode = FAILURE;
+        goto cleanup_and_return;
+    }
+    if (WriteAlignment(prMSeq, tmp_aln, MSAFILE_STOCKHOLM)) {
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "Could not save alignment to %s", tmp_aln);
+        retcode = FAILURE;
+        goto cleanup_and_return;
+    }
+
+    if (2 == iHmmerVersion) {
+        sprintf(cmdbuf, "hmmbuild %s %s >/dev/null && hmmcalibrate %s >/dev/null",
+                pcHMMOut, tmp_aln, pcHMMOut);
+        if (system(cmdbuf)) {
+            Log(&rLog, LOG_ERROR, "Command '%s' failed", cmdbuf);
+            retcode = FAILURE;
+            goto cleanup_and_return;
+        }
+    } else if (3 == iHmmerVersion) {
+        /* NOTE: the following won't work on windows: missing /tmp/ */
+        tmp_hmm = CkStrdup("/tmp/clustalo_tmphmm2_XXXXXX");
+        if (NULL == mktemp(tmp_hmm)) {
+            Log(&rLog, LOG_ERROR, "Could not create temporary hmm filename");
+            retcode = FAILURE;
+            goto cleanup_and_return;
+        }
+        sprintf(cmdbuf, "hmmbuild %s %s >/dev/null && hmmconvert -2 %s > %s",
+                tmp_hmm, tmp_aln, tmp_hmm, pcHMMOut);
+        if (system(cmdbuf)) {
+            Log(&rLog, LOG_ERROR, "Command '%s' failed", cmdbuf);
+            retcode = FAILURE;
+            goto cleanup_and_return;
+        }
+    } else {
+        CKFREE(tmp_aln);
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Internal error: Unknown Hmmer version %d", iHmmerVersion);
+    }
+
+
+ cleanup_and_return:
+
+    if (NULL != tmp_aln) {
+        if (FileExists(tmp_aln)) {
+            if (remove(tmp_aln)) {
+                Log(&rLog, LOG_WARN, "Removing %s failed. Continuing anyway", tmp_aln);
+            }
+        }
+        CKFREE(tmp_aln);
+    }
+    if (NULL != tmp_hmm) {
+        if (FileExists(tmp_hmm)) {
+            if (remove(tmp_hmm)) {
+                Log(&rLog, LOG_WARN, "Removing %s failed. Continuing anyway", tmp_hmm);
+            }
+        }
+        CKFREE(tmp_hmm);
+    }
+
+    return retcode;
+}
+/* end of AlnToHMMFile() */
+
+
+
+/**
+ * @brief Convert a multiple sequence structure into a HMM
+ *
+ * @param[out] prHMM
+ * Pointer to preallocted HMM which will be set here
+ * @param[in] prMSeq
+ * Pointer to an alignment
+ *
+ * @return 0 on error, non-0 otherwise
+ *
+ * @see AlnToHMMFile()
+ * 
+ */    
+int
+AlnToHMM(hmm_light *prHMM, mseq_t *prMSeq)
+{
+    char *pcHMM; /* temp hmm file */
+
+    Log(&rLog, LOG_INFO,
+        "Using HMMER version %d to calculate a new HMM.",
+         HmmerVersion());
+    /* FIXME replace all this with internal HMM computation (HHmake) */
+
+    /**
+     * @warning the following probably won't work on windows: missing
+     * /tmp/. Should be ok on Cygwin though
+     */
+    pcHMM = CkStrdup("/tmp/clustalo-hmm-iter_XXXXXX");
+    if (NULL == mktemp(pcHMM)) {
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "Could not create temporary hmm filename");
+        CKFREE(pcHMM);
+        return FAILURE;
+    }
+    
+    /* Create a HMM representing the current alignment
+     */
+#if USEHMMER
+    if (AlnToHMMFile(prMSeq, pcHMM)) {
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "AlnToHMMFile() on %s failed.", pcHMM);
+        CKFREE(pcHMM);
+        return FAILURE;
+    }
+#elif USEHHMAKE
+    if (AlnToHHMFile(prMSeq, pcHMM)) {
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "AlnToHHMFile() on %s failed.", pcHMM);
+        CKFREE(pcHMM);
+        return FAILURE;
+    }
+    /* Log(&rLog, LOG_FATAL, "Method to create HHM (HMM using hhmake) not installed yet"); */
+#else
+    Log(&rLog, LOG_FATAL, "Unknown method to create temporary HMM");
+#endif
+    
+    /* Read HMM information
+     */
+    if (OK != readHMMWrapper(prHMM, pcHMM)){
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "Processing of HMM file %s failed", pcHMM);
+        CKFREE(pcHMM);
+        return FAILURE;
+    }
+
+    if (remove(pcHMM)) {
+        Log(&rLog, LOG_WARN, "Removing %s failed. Continuing anyway", pcHMM);
+    }
+    CKFREE(pcHMM);
+        
+    return OK; 
+}
+/* end of AlnToHMM() */
+
+
+
+/**
+ * @brief FIXME
+ *
+ */
+void
+InitClustalOmega(int iNumThreadsRequested)
+{
+
+#ifdef HAVE_OPENMP
+    iNumberOfThreads = iNumThreadsRequested;
+    omp_set_num_threads(iNumberOfThreads);
+#else
+    if (iNumThreadsRequested>1) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Cannot change number of threads to %d. %s was build without OpenMP support.",
+              iNumThreadsRequested, PACKAGE_NAME);
+    }
+    iNumberOfThreads = 1; /* need to set this, even if build without support */
+#endif
+
+    Log(&rLog, LOG_INFO, "Using %d threads",
+         iNumberOfThreads);
+
+}
+/* end of InitClustalOmega() */
+
+
+
+/**
+ * @brief Defines an alignment order, which adds sequences
+ * sequentially, i.e. one at a time starting with seq 1 & 2
+ *
+ * @param[out] piOrderLR_p
+ * order in which nodes/profiles are to be merged/aligned
+ * @param[in] iNumSeq
+ * Number of sequences
+ *
+ * @see TraverseTree()
+ *
+ */
+void
+SequentialAlignmentOrder(int **piOrderLR_p, int iNumSeq)
+{
+    unsigned int uNodes = iNumSeq*2-1;
+    unsigned int uNodeCounter = 0;
+    unsigned int uSeqCounter = 0;
+
+    Log(&rLog, LOG_FATAL, "FIXME: Untested...");
+    
+    (*piOrderLR_p) = (int *)CKCALLOC(DIFF_NODE * uNodes, sizeof(int));
+    /* loop over merge nodes, which have per definition even indices
+     * and set up children which have odd indices
+     */
+    uSeqCounter = 0;
+    for (uNodeCounter=iNumSeq; uNodeCounter<uNodes; uNodeCounter+=1) {
+         unsigned int uLeftChildNodeIndex = uNodeCounter-1;
+         unsigned int uRightChildNodeIndex = uNodeCounter-iNumSeq+1;
+         unsigned int uParentNodeIndex = uNodeCounter+1;
+
+         /* merge node setup */
+        (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*uNodeCounter+LEFT_NODE] = uLeftChildNodeIndex;
+        (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*uNodeCounter+RGHT_NODE] = uRightChildNodeIndex;
+        (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*uNodeCounter+PRNT_NODE] = uParentNodeIndex;
+        /* only setup left child if at first merge node, all other left childs
+         * should be merge nodes that are already set up. also correct
+         * left node number here.
+         */
+        if (uNodeCounter==iNumSeq) {
+            (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*uNodeCounter+LEFT_NODE] = 0;
+
+            (*piOrderLR_p)[0+LEFT_NODE] = 0;
+            (*piOrderLR_p)[0+RGHT_NODE] = 0;
+            (*piOrderLR_p)[0+PRNT_NODE] = uNodeCounter;
+            uSeqCounter++;
+
+            Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Set up first leaf with node counter %d: left=%d right=%d parent=%d",
+                      0,
+                      (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*uLeftChildNodeIndex+LEFT_NODE],
+                      (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*uLeftChildNodeIndex+RGHT_NODE],
+                      (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*uLeftChildNodeIndex+PRNT_NODE]);
+        }
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Set up merge node with node counter %d: left=%d right=%d parent=%d",
+                  uNodeCounter, (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*uNodeCounter+LEFT_NODE],
+                  (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*uNodeCounter+RGHT_NODE],
+                  (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*uNodeCounter+PRNT_NODE]);
+        
+        /* right child */
+        (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*uRightChildNodeIndex+LEFT_NODE] = uSeqCounter;
+        (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*uRightChildNodeIndex+RGHT_NODE] = uSeqCounter;
+        (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*uRightChildNodeIndex+PRNT_NODE] = uNodeCounter;
+        uSeqCounter++;
+
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Set up leaf with node counter %d: left=%d right=%d parent=%d",
+                  uRightChildNodeIndex, (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*uRightChildNodeIndex+LEFT_NODE],
+                  (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*uRightChildNodeIndex+RGHT_NODE],
+                  (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*uRightChildNodeIndex+PRNT_NODE]);
+    }
+}
+/* end of SequentialAlignmentOrder() */
+
+
+
+/**
+ * @brief Defines the alignment order by calculating a guide tree. In
+ * a first-step pairwise distances will be calculated (or read from a
+ * file). In a second step those distances will be clustered and a
+ * guide-tree created. Steps 1 and 2 will be skipped if a guide-tree
+ * file was given, in which case the guide-tree will be just read from
+ * the file.
+ *
+ * @param[out] piOrderLR_p
+ * order in which nodes/profiles are to be merged/aligned
+ * @param[out] pdSeqWeights_p
+ * Sequence weights
+ * @param[out] pdSeqWeights_p
+ * Sequence weights
+ * @param[in] prMSeq
+ * The sequences from which the alignment order is to be calculated
+ * @param[in] iPairDistType
+ * Method of pairwise distance comparison
+ * @param[in] pcDistmatInfile
+ * If not NULL distances will be read from this file instead of being
+ * calculated
+ * @param[in] pcDistmatOutfile
+ * If not NULL computed pairwise distances will be written to this file
+ * @param[in] iClusteringType
+ * Clustering method to be used to cluster the pairwise distances
+ * @param[in] pcGuidetreeInfile
+ * If not NULL guidetree will be read from this file. Skips pairwise
+ * distance and guidetree computation
+ * @param[in] pcGuidetreeOutfile
+ * If not NULL computed guidetree will be written to this file
+ * @param[in] bUseMbed
+ * If TRUE, fast mBed guidetree computation will be employed
+ *
+ * @return Non-zero on error
+ *
+ */
+int
+AlignmentOrder(int **piOrderLR_p, double **pdSeqWeights_p, mseq_t *prMSeq,
+               int iPairDistType, char *pcDistmatInfile, char *pcDistmatOutfile,
+               int iClusteringType, char *pcGuidetreeInfile, char *pcGuidetreeOutfile,
+               bool bUseMbed)
+{
+    /* pairwise distance matrix (tmat in 1.83) */
+    symmatrix_t *distmat = NULL;
+    /* guide tree */
+    tree_t *prTree = NULL;
+    int i = 0;
+
+    
+    /* Shortcut for only two sequences: Do not compute k-tuple
+     * distances. Use the same logic as in TraverseTree() to setup
+     * piOrderLR_p. Changes there will have to be reflected here as
+     * well. */
+    if (2==prMSeq->nseqs) {
+        Log(&rLog, LOG_VERBOSE,
+            "Have only two sequences: No need to compute pairwise score and compute a tree.");
+        
+        (*piOrderLR_p) = (int*) CKMALLOC(DIFF_NODE * 3 * sizeof(int));
+        (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*0+LEFT_NODE] = 0;
+        (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*0+RGHT_NODE] = 0;
+        (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*0+PRNT_NODE] = 0;
+
+        (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*1+LEFT_NODE] = 1;
+        (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*1+RGHT_NODE] = 1;
+        (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*1+PRNT_NODE] = 1;
+
+        /* root */
+        (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*2+LEFT_NODE] = 0;
+        (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*2+RGHT_NODE] = 1;
+        (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*2+PRNT_NODE] = 2;
+
+        /* Same logic as CalcClustalWeights(). Changes there will
+           have to be reflected here as well. */
+#if USE_WEIGHTS
+         (*pdWeights_p) = (double *) CKMALLOC(uNodeCount * sizeof(double));
+         (*pdWeights_p)[0] = 0.5;
+         (*pdWeights_p)[1] = 0.5;
+#endif
+        
+        return OK;
+    }
+
+        
+    /* compute distance & guide tree, alternatively read distances or
+     * guide tree from file
+     *
+     */
+    if (NULL != pcGuidetreeInfile) {
+        Log(&rLog, LOG_INFO, "Reading guide-tree from %s", pcGuidetreeInfile);
+        if (GuideTreeFromFile(&prTree, prMSeq, pcGuidetreeInfile)) {
+            Log(&rLog, LOG_ERROR, "Reading of guide tree %s failed.", pcGuidetreeInfile);
+            return FAILURE;
+        }
+
+    } else {
+
+        if (bUseMbed) {
+            if (Mbed(&prTree, prMSeq, iPairDistType, pcGuidetreeOutfile)) {
+                Log(&rLog, LOG_ERROR, "mbed execution failed.");
+                return FAILURE;
+            }
+            Log(&rLog, LOG_INFO, "Guide-tree computation (mBed) done.");
+            if (NULL != pcDistmatOutfile) {
+                Log(&rLog, LOG_INFO,
+                    "Ignoring request to write distance matrix (am in mBed mode)");
+            }
+        } else {
+
+            if (PairDistances(&distmat, prMSeq, iPairDistType,
+                              0, prMSeq->nseqs, 0, prMSeq->nseqs,
+                              pcDistmatInfile, pcDistmatOutfile)) {
+                Log(&rLog, LOG_ERROR, "Couldn't compute pair distances");
+                return FAILURE;
+            }
+
+            /* clustering of distances to get guide tree
+             */
+            if (CLUSTERING_UPGMA == iClusteringType) {
+                char **labels;
+                labels = (char**) CKMALLOC(prMSeq->nseqs * sizeof(char*));
+                for (i=0; i<prMSeq->nseqs; i++) {
+                    labels[i] = prMSeq->sqinfo[i].name;
+                }
+
+                GuideTreeUpgma(&prTree, labels, distmat, pcGuidetreeOutfile);
+                Log(&rLog, LOG_INFO, "Guide-tree computation done.");
+
+                CKFREE(labels);
+            } else {
+                Log(&rLog, LOG_FATAL, "INTERNAL ERROR %s",
+                      "clustering method should have been checked before");
+            }
+        }
+    }
+
+#if USE_WEIGHTS
+    /* derive sequence weights from tree
+     *
+     */
+    Log(&rLog, LOG_INFO, "Calculating sequence weights");
+    CalcClustalWeights(pdSeqWeights_p, prTree);
+    for (i = 0; i < GetLeafCount(prTree); i++) {
+        Log(&rLog, LOG_VERBOSE,
+            "Weight for seq no %d: %s = %f",
+             i, prMSeq->sqinfo[i].name, (*pdSeqWeights_p)[i]);
+    }
+#else
+    Log(&rLog, LOG_DEBUG, "Not using weights");
+#endif
+
+    
+    /* define traversing order of tree
+     *
+     */
+    TraverseTree(piOrderLR_p, prTree, prMSeq);
+    if (rLog.iLogLevelEnabled <= LOG_DEBUG) {
+        /* FIXME: debug only, FS */
+        uint uNodeIndex;
+        FILE *fp = LogGetFP(&rLog, LOG_INFO);
+        Log(&rLog, LOG_DEBUG, "left/right order after tree traversal");
+        for (uNodeIndex = 0; uNodeIndex < GetNodeCount(prTree); uNodeIndex++) {
+            fprintf(fp, "%3d:\t%2d/%2d -> %d\n", i,
+                   (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*uNodeIndex+LEFT_NODE],
+                   (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*uNodeIndex+RGHT_NODE],
+                   (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*uNodeIndex+PRNT_NODE]);
+        }
+    }
+
+    FreeMuscleTree(prTree);
+    FreeSymMatrix(&distmat);
+
+#if 0
+    Log(&rLog, LOG_FATAL, "DEBUG EXIT before leaving %s", __FUNCTION__);
+#endif
+    return OK;
+}
+/* end of AlignmentOrder() */
+
+
+
+/**
+ * @brief Set some options automatically based on number of sequences. Might
+ * overwrite some user-set options.
+ *
+ * @param[out] prOpts
+ * Pointer to alignment options structure
+ * @param[in] iNumSeq
+ * Number of sequences to align
+ */
+void
+SetAutoOptions(opts_t *prOpts, int iNumSeq) {
+
+    Log(&rLog, LOG_INFO,
+        "Setting options automatically based on input sequence characteristics (might overwrite some of your options).");
+
+    /* AW: new version of mbed is always good (uses subclusters) */
+    if (FALSE == prOpts->bUseMbed) {
+        Log(&rLog, LOG_INFO, "Auto settings: Enabling mBed.");
+        prOpts->bUseMbed = TRUE;
+    }
+    
+    if (iNumSeq >= 1000) {
+        if (0 != prOpts->iNumIterations) {
+            Log(&rLog, LOG_INFO, "Auto settings: Disabling iterations.");
+            prOpts->iNumIterations = 0;
+        }
+        
+    } else if (iNumSeq < 1000) {
+        if (1 != prOpts->iNumIterations) {
+            Log(&rLog, LOG_INFO, "Auto settings: Setting iteration to 1.");
+            prOpts->iNumIterations = 1;
+        }        
+    }
+}
+/* end of */
+
+
+
+/**
+ * @brief The main alignment function which wraps everything else.
+ *
+ * @param[out] prMSeq
+ * *the* multiple sequences structure
+ * @param[in] prMSeqProfile
+ * optional profile to align against
+ * @param[in] prOpts
+ * alignmemnt options to use
+ *
+ * @return 0 on success, -1 on failure
+ *
+ */
+int
+Align(mseq_t *prMSeq, 
+      mseq_t *prMSeqProfile,
+      opts_t *prOpts,
+      hhalign_para rHhalignPara) {
+   
+    /* HMM
+     */
+    /* structs with pseudocounts etc; one for each HMM infile, i.e.
+     * index range: 0..iHMMInputFiles */
+    hmm_light *prHMMs = NULL;
+
+    /* MSA order in which nodes/profiles are to be merged/aligned
+       (order of nodes in guide tree (left/right)*/
+    int *piOrderLR = NULL;
+
+    /* weights per sequence */
+    double *pdSeqWeights = NULL;
+
+    /* Iteration
+     */
+    int iIterationCounter = 0;
+    double dAlnScore;
+    /* last dAlnScore for iteration */
+    double dLastAlnScore = -666.666;
+
+    int i, j; /* aux */
+
+    assert(NULL != prMSeq);
+    if (NULL != prMSeqProfile) {
+        assert(TRUE == prMSeqProfile->aligned);
+    }
+
+
+    /* automatic setting of options
+     *
+     */
+    if (prOpts->bAutoOptions) {
+        SetAutoOptions(prOpts, prMSeq->nseqs);
+    }
+
+
+#if SHUFFLE_INPUT_SEQ_ORDER
+    /* 
+     * shuffle input:  only useful for testing/debugging 
+     */
+    Log(&rLog, LOG_WARN, "Shuffling input sequences! (Will also change output order)");
+    ShuffleMSeq(prMSeq);
+#endif
+        
+
+#if SORT_INPUT_SEQS
+    /* 
+     * sort input:
+     *
+     * would ensure we *always* (unless we get into the mbed k-means stage)
+     * get the same answer. usually you don't, because most pairwise alignment
+     * scores are in theory not symmetric, therefore sequence ordering might
+     * have an effect on the guide-tree. Sorting by length should get rid of
+     * this (and takes no time even for 100k seqs). Benchmark results on
+     * Balibase show almost no difference after sorting.
+     */
+    Log(&rLog, LOG_WARN, "Sorting input seq by length! This will also change the output order");
+    SortMSeqByLength(prMSeq, 'd');
+
+#endif
+
+
+    /* Read backgrounds HMMs and store in prHMMs
+     *
+     */
+    if (0 < prOpts->iHMMInputFiles) {
+        int iHMMInfileIndex;
+        
+        /**
+         * @warning old structure used to be initialised like this:
+         * hmm_light rHMM = {0};
+         */
+        prHMMs = (hmm_light *) CKMALLOC(prOpts->iHMMInputFiles * sizeof(hmm_light));
+        
+        for (iHMMInfileIndex=0; iHMMInfileIndex<prOpts->iHMMInputFiles; iHMMInfileIndex++) {
+            char *pcHMMInput = prOpts->ppcHMMInput[iHMMInfileIndex];
+            if (OK != readHMMWrapper(&prHMMs[iHMMInfileIndex], pcHMMInput)){
+                Log(&rLog, LOG_ERROR, "Processing of HMM file %s failed", pcHMMInput);
+                return -1;
+            }
+            
+#if 0
+            Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "HMM length is %d", prHMMs[iHMMInfileIndex].L);
+            Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "n-display  is %d", prHMMs[iHMMInfileIndex].n_display);
+            for (i = 0; NULL != prHMMs[prOpts->iHMMInputFiles].seq[i]; i++){
+                printf("seq[%d]: %s\n", i, prHMMs[iHMMInfileIndex].seq[i]);
+            }
+            Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Neff_HMM   is %f", prHMMs[iHMMInfileIndex].Neff_HMM);
+#endif
+            if (rLog.iLogLevelEnabled <= LOG_DEBUG){
+                Log(&rLog, LOG_DEBUG, "print frequencies");
+                for (i = 0; i < prHMMs[iHMMInfileIndex].L; i++){
+#define PRINT_TAIL 5
+                    if ( (PRINT_TAIL+1 == i) && (prHMMs[iHMMInfileIndex].L-PRINT_TAIL != i) ){
+                        printf("....\n");
+                    }
+                    if ( (i > PRINT_TAIL) && (i < prHMMs[iHMMInfileIndex].L-PRINT_TAIL) ){
+                        continue;
+                    }
+                    printf("%3d:", i);
+                    for (j = 0; j < 20; j++){
+                        printf("\t%1.3f", prHMMs[iHMMInfileIndex].f[i][j]);
+                    }
+                    printf("\n");
+                }
+            } /* debug print block */
+            
+            CKFREE(prOpts->ppcHMMInput[iHMMInfileIndex]);
+        } /* for each background HMM file */
+        CKFREE(prOpts->ppcHMMInput);
+    } /* there were background HMM files */
+    
+
+    
+    /* If the input ("non-profile") sequences are aligned, then turn
+     * the alignment into a HMM and add to the list of background HMMs
+     *
+     */
+    if (TRUE == prMSeq->aligned) {
+        /* FIXME: gcc warns about missing initialiser here (-Wall -Wextra -pedantic) */
+        hmm_light rHMMLocal = {0};
+        
+        Log(&rLog, LOG_INFO,
+            "Input sequences are aligned. Will turn alignment into HMM and add it to the user provided background HMMs.");
+        if (OK !=
+#if INDIRECT_HMM 
+            AlnToHMM(&rHMMLocal, prMSeq)
+#else
+            AlnToHMM2(&rHMMLocal, prMSeq->seq, prMSeq->nseqs)
+#endif
+            ) {
+            Log(&rLog, LOG_ERROR, "Couldn't convert aligned input sequences to HMM. Will try to continue");
+        } else {
+            prHMMs = (hmm_light *) CKREALLOC(prHMMs, ((prOpts->iHMMInputFiles+1) * sizeof(hmm_light)));
+            memcpy(&(prHMMs[prOpts->iHMMInputFiles]), &rHMMLocal, sizeof(hmm_light));
+            prOpts->iHMMInputFiles++;
+        }
+    }
+
+    
+    /* If we have a profile turn it into a HMM and add to
+     * the list of background HMMs.
+     *
+     */
+    if (NULL != prMSeqProfile) {
+        /* FIXME: gcc warns about missing initialiser here (-Wall -Wextra -pedantic) */
+        hmm_light rHMMLocal = {0};
+        Log(&rLog, LOG_INFO,
+            "Turning profile1 into HMM and will use it during progressive alignment.");
+        if (OK !=
+#if INDIRECT_HMM 
+            AlnToHMM(&rHMMLocal, prMSeqProfile)
+#else 
+            AlnToHMM2(&rHMMLocal, prMSeqProfile->seq, prMSeqProfile->nseqs)
+#endif
+            ) {
+            Log(&rLog, LOG_ERROR, "Couldn't convert profile1 to HMM. Will try to continue");
+        } else {
+            prHMMs = (hmm_light *) CKREALLOC(prHMMs, ((prOpts->iHMMInputFiles+1) * sizeof(hmm_light)));
+            memcpy(&(prHMMs[prOpts->iHMMInputFiles]), &rHMMLocal, sizeof(hmm_light));
+            prOpts->iHMMInputFiles++;
+        }
+    }
+
+
+    /* Now do a first alignment of the input sequences (prMSeq) adding
+     * all collected background HMMs
+     *
+     */
+    /* Determine progressive alignment order
+     */
+    if (TRUE == prMSeq->aligned) {
+        Log(&rLog, LOG_INFO, "%s %s",
+             "Input sequences are aligned.",
+             "Will use Kimura distances of aligned sequences.");
+        prOpts->iPairDistType = PAIRDIST_SQUIDID_KIMURA;
+    }
+
+#if 0
+    Log(&rLog, LOG_WARN, "Using a sequential alignment order.");
+    SequentialAlignmentOrder(&piOrderLR, prMSeq->nseqs);
+#else
+    if (OK != AlignmentOrder(&piOrderLR, &pdSeqWeights, prMSeq,
+                             prOpts->iPairDistType,
+                             prOpts->pcDistmatInfile, prOpts->pcDistmatOutfile,
+                             prOpts->iClusteringType,
+                             prOpts->pcGuidetreeInfile, prOpts->pcGuidetreeOutfile,
+                             prOpts->bUseMbed)) {
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "AlignmentOrder() failed. Cannot continue");
+        return -1;
+    }
+#endif
+
+    /* Progressive alignment of input sequences. Order defined by
+     * branching of guide tree (piOrderLR). Use optional
+     * background HMM information (prHMMs[0..prOpts->iHMMInputFiles-1])
+     *
+     */
+    dAlnScore = HHalignWrapper(prMSeq, piOrderLR, pdSeqWeights,
+                               2*prMSeq->nseqs -1/* nodes */,
+                               prHMMs, prOpts->iHMMInputFiles, -1, rHhalignPara);
+    dLastAlnScore = dAlnScore;
+    Log(&rLog, LOG_VERBOSE,
+        "Alignment score for first alignment = %f", dAlnScore);        
+
+
+
+
+    /* ------------------------------------------------------------
+     *
+     * prMSeq is aligned now. Now start iterations if requested and save the
+     * alignment at the very end.
+     *
+     * @note We discard the background HMM information at this point,
+     * because it was already used. Could consider to make this choice
+     * optional.  FIXME
+     *
+     * ------------------------------------------------------------ */
+
+    
+    /* iteration after first alignment was computed (if not profile-profile
+     * alignment)
+     *
+     */
+    for (iIterationCounter=0;
+         (iIterationCounter < prOpts->iNumIterations || prOpts->bIterationsAuto);
+         iIterationCounter++) {
+
+        hmm_light rHMMLocal = {0};
+        /* FIXME Keep copy of old alignment in case new one sucks? */
+
+
+        if (iIterationCounter >= prOpts->iMaxHMMIterations
+            &&
+            iIterationCounter >= prOpts->iMaxGuidetreeIterations) {
+            Log(&rLog, LOG_VERBOSE, "Reached maximum number of HMM and guide-tree iterations");
+            break;
+        }
+        
+        if (! prOpts->bIterationsAuto) {
+            Log(&rLog, LOG_INFO, "Iteration step %d out of %d", 
+                 iIterationCounter+1, prOpts->iNumIterations);
+        } else {
+            Log(&rLog, LOG_INFO, "Iteration step %d out of <auto>", 
+                 iIterationCounter+1);
+        }
+#if 0
+        if (rLog.iLogLevelEnabled <= LOG_VERBOSE) {
+            char zcIntermediate[1000] = {0};
+            char *pcFormat = "fasta";
+            sprintf(zcIntermediate, "clustalo-aln-iter~%d~", iIterationCounter);
+            if (WriteAlignment(prMSeq, zcIntermediate, MSAFILE_A2M)) {
+                Log(&rLog, LOG_ERROR, "Could not save alignment to %s", zcIntermediate);
+                return -1;
+            }
+        }
+#endif
+
+
+        /* new guide-tree
+         *
+         */
+        if (iIterationCounter < prOpts->iMaxGuidetreeIterations) {
+            /* determine progressive alignment order
+             *
+             * few things are different now when calling AlignmentOrder:
+             * - we have to ignore prOpts->pcDistmatInfile and pcGuidetreeInfile
+             *   as they were used before
+             * - the corresponding outfiles are still valid though
+             */
+            /* Free stuff that has already been allocated by or further
+             * downstream of AlignmentOrder()
+             */
+            if (NULL != piOrderLR)
+                CKFREE(piOrderLR);
+            if (NULL != pdSeqWeights)
+                CKFREE(pdSeqWeights);
+            if (AlignmentOrder(&piOrderLR, &pdSeqWeights, prMSeq,
+                               PAIRDIST_SQUIDID_KIMURA /* override */, NULL, prOpts->pcDistmatOutfile,
+                               prOpts->iClusteringType, NULL, prOpts->pcGuidetreeOutfile,
+                               prOpts->bUseMbedForIteration)) {
+                Log(&rLog, LOG_ERROR, "AlignmentOrder() failed. Cannot continue");
+                return -1;
+            }
+        } else {
+            Log(&rLog, LOG_INFO, "Skipping guide-tree iteration at iteration step %d (reached maximum)", 
+                iIterationCounter);
+        }
+
+
+        /* new local hmm iteration
+         *
+         */
+        if (iIterationCounter < prOpts->iMaxHMMIterations) {
+            if (OK !=
+#if INDIRECT_HMM 
+                AlnToHMM(&rHMMLocal, prMSeq)
+#else
+                AlnToHMM2(&rHMMLocal, prMSeq->seq, prMSeq->nseqs)
+#endif
+                ) {
+                Log(&rLog, LOG_ERROR, "Couldn't convert alignment to HMM. Will stop iterating now...");
+                break;
+            }
+        } else {
+            Log(&rLog, LOG_INFO, "Skipping HMM iteration at iteration step %d (reached maximum)", 
+                 iIterationCounter);
+        }
+
+        
+        /* align the sequences (again)
+         */
+        dAlnScore = HHalignWrapper(prMSeq, piOrderLR, pdSeqWeights,
+                                   2*prMSeq->nseqs -1/* nodes */, &rHMMLocal, 1, -1, rHhalignPara);
+        Log(&rLog, LOG_VERBOSE,
+            "Alignment score for alignmnent in hmm-iteration no %d = %f (last score = %f)",
+             iIterationCounter+1, dAlnScore, dLastAlnScore);
+        
+        
+        FreeHMMstruct(&rHMMLocal);
+
+#if 0
+        /* FIXME: need a better score for automatic iteration */
+        if (prOpts->bIterationsAuto) {
+            /* automatic iteration: break if score improvement was not
+             * big enough
+             */
+            double dScoreImprovement = (dAlnScore-dLastAlnScore)/dLastAlnScore;
+            if (dScoreImprovement < ITERATION_SCORE_IMPROVEMENT_THRESHOLD) {
+                Log(&rLog, LOG_INFO,
+                    "Stopping after %d guide-tree iterations. No further alignment score improvement achieved.",
+                     iIterationCounter+1);
+                /* use previous alignment */
+                FreeMSeq(&prMSeq);
+                Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "FIXME: %s", "CopyMSeq breaks things in this context");
+                CopyMSeq(&prMSeq, prMSeqCopy);
+                /* FIXME: prOpts->pcDistmatOutfile and pcGuidetreeOutfile
+                 * might have been updated, but then discarded here?
+                 */
+                break;
+            } else {
+                Log(&rLog, LOG_INFO,
+                    "Got a %d%% better score in iteration step %d",
+                     (int)dScoreImprovement*100, iIterationCounter+1);
+                FreeMSeq(&prMSeqCopy);
+            }
+        }
+        dLastAlnScore = dAlnScore;
+#endif
+
+    }
+    /* end of iterations */
+
+
+
+    /* Last step: if a profile was also provided then align now-aligned mseq
+     * with this profile
+     *
+     * Don't use the backgrounds HMMs anymore and don't iterate.
+     * (which was done before).
+     *
+     */
+    if (NULL != prMSeqProfile) {
+        if (AlignProfiles(prMSeq, prMSeqProfile, rHhalignPara)) {
+            Log(&rLog, LOG_ERROR, "An error occured during the profile/profile alignment");
+            return -1;
+        }
+    }
+
+    
+    if (NULL != piOrderLR) {
+        CKFREE(piOrderLR);
+    }
+    if (NULL != pdSeqWeights) {
+        CKFREE(pdSeqWeights);
+    }
+    if (0 < prOpts->iHMMInputFiles) {
+        for (i=0; i<prOpts->iHMMInputFiles; i++) {
+            FreeHMMstruct(&prHMMs[i]);
+        }
+        CKFREE(prHMMs);
+    }
+
+    return 0;
+}
+/* end of Align() */
+
+
+
+
+/**
+ * @brief Align two profiles, ie two sets of prealigned sequences. Already
+ * aligned columns won't be changed.
+ *
+ * @param[out] prMSeqProfile1
+ * First profile/aligned set of sequences. Merged alignment will be found in
+ * here.
+ * @param[in] prMSeqProfile2
+ * First profile/aligned set of sequences
+ *
+ * @return 0 on success, -1 on failure
+ *
+ */
+int
+AlignProfiles(mseq_t *prMSeqProfile1, 
+      mseq_t *prMSeqProfile2, hhalign_para rHhalignPara) {
+   
+    double dAlnScore;
+
+    /* number of seqs in first half of joined profile */
+    int iProfProfSeparator = prMSeqProfile1->nseqs;
+
+    assert(TRUE == prMSeqProfile1->aligned);
+    assert(TRUE == prMSeqProfile2->aligned);
+
+    Log(&rLog, LOG_INFO, "Performing profile/profile alignment");
+
+    /* Combine the available mseqs into prMSeq
+     * which will be aligned afterwards.
+     */
+    JoinMSeqs(&prMSeqProfile1, prMSeqProfile2);
+
+        
+    /* set alignment flag explicitly to FALSE */
+    prMSeqProfile1->aligned = FALSE;
+                    
+    dAlnScore = HHalignWrapper(prMSeqProfile1,
+                               NULL, /* no order */
+                               NULL, /* no weights */
+                               3, /* nodes: root+2profiles */
+                               NULL, 0 /* no bg-hmms */,
+                               iProfProfSeparator, rHhalignPara);
+        
+    Log(&rLog, LOG_VERBOSE, "Alignment score is = %f", dAlnScore);
+
+    return 0;
+}
+/* end of AlignProfiles() */
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal-omega.h b/binaries/src/clustalo/src/clustal-omega.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..4f38e6f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,167 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4;  indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: clustal-omega.h 212 2011-03-10 15:09:46Z andreas $
+ */
+
+#ifndef CLUSTALO_H
+#define CLUSTALO_H
+
+
+
+#ifdef HAVE_OPENMP
+#include <omp.h>
+#endif
+
+#include "clustal-omega-config.h"
+
+/* the following needs to be kept in sync with library_include_HEADERS of all
+ * subdir Makefile.am's 
+ */
+
+/* hhalign */
+#include "hhalign/general.h"
+#include "hhalign/hhfunc.h"
+
+
+/* clustal */
+#include "clustal/log.h"
+#include "clustal/util.h"
+#include "clustal/symmatrix.h"
+#include "clustal/tree.h"
+#include "clustal/seq.h"
+#include "clustal/mbed.h"
+#include "clustal/weights.h"
+#include "clustal/pair_dist.h"
+#include "clustal/hhalign_wrapper.h"
+
+
+
+#define CLUSTERING_UNKNOWN 0
+#define CLUSTERING_UPGMA 1
+
+/* weights will be computed if 1. but are not really used for now and they
+ * might slow things down. also, mbed's screws up branch lengths which will
+ * have a negative effect on weights 
+*/
+#define USE_WEIGHTS 0
+
+extern int iNumberOfThreads;
+
+
+/** user/commandline options
+ *
+ * changes here will have to be reflected in ParseCommandLine()
+ * and during setup of the default opts
+ *
+ */
+typedef struct {
+    /* auto: Clustal (know what) is good for you
+     */
+    bool bAutoOptions;
+
+    /* Distance matrix
+     */
+    /** distance matrix input file */
+    char *pcDistmatInfile;
+    /** distance matrix output file */
+    char *pcDistmatOutfile;
+    
+    /* Clustering / guide-tree
+     */
+    /** clustering type (from cmdline arg) */
+    int iClusteringType;
+    /** pairwise distance method */
+    int iPairDistType;
+    /** use mbed-like clustering */
+    bool bUseMbed;
+    /** use mbed-like clustering also during iteration */
+    bool bUseMbedForIteration;
+    /** guidetree output file */
+    char *pcGuidetreeOutfile;
+    /** guidetree input file */
+    char *pcGuidetreeInfile;
+    
+    /* HMMs
+     */
+    /** HMM input files. index range: 0..iHMMInputFiles */
+    char **ppcHMMInput;
+    /** number of provided HMM input files. not really a user
+       option but need for ppcHMMInput */
+    int iHMMInputFiles;
+
+    /* Iteration
+     */
+    /** number of iterations */
+    int iNumIterations;
+    /** determine number of iterations automatically */
+       bool bIterationsAuto;
+    /** maximum number of hmm iterations */
+    int iMaxHMMIterations;
+    /** max number of guidetree iterations */
+       int iMaxGuidetreeIterations;
+    
+    /** max MAC RAM (maximum amount of RAM set aside for MAC algorithm) */
+    int iMacRam; /* FS, r240 -> */
+
+    /* changes here will have to be reflected in FreeAlnOpts(),
+        * SetDefaultAlnOpts(), AlnOptsLogicCheck() etc 
+        */
+} opts_t;
+
+
+
+
+
+extern void 
+PrintLongVersion(char *pcStr, int iSize);
+
+extern void
+SetDefaultAlnOpts(opts_t *opts);
+
+extern void
+FreeAlnOpts(opts_t *aln_opts);
+
+extern void
+AlnOptsLogicCheck(opts_t *opts);
+
+extern void
+PrintAlnOpts(FILE *prFile, opts_t *opts);
+
+extern void
+InitClustalOmega(int iNumThreadsToUse);
+
+extern void
+SequentialAlignmentOrder(int **piOrderLR_p, int iNumSeq);
+
+extern int
+AlignmentOrder(int **piOrderLR_p, double **pdSeqWeights_p, mseq_t *prMSeq,
+               int iPairDistType, char *pcDistmatInfile, char *pcDistmatOutfile,
+               int iClusteringType, char *pcGuidetreeInfile, char *pcGuidetreeOutfile,
+               bool bUseMBed);
+
+extern int
+Align(mseq_t *prMSeq, 
+      mseq_t *prMSeqProfile,
+         opts_t *prOpts,
+      hhalign_para rHhalignPara);
+
+extern int
+AlignProfiles(mseq_t *prMSeqProfile1, 
+                         mseq_t *prMSeqProfile2, hhalign_para rHhalignPara);
+
+#endif
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/Makefile.am b/binaries/src/clustalo/src/clustal/Makefile.am
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b348384
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,38 @@
+AM_CFLAGS = @OPENMP_CFLAGS@ @AM_CFLAGS@
+AM_LDFLAGS = @AM_LDFLAGS@
+
+noinst_LTLIBRARIES = libclustal.la
+
+libclustal_la_SOURCES = \
+        hhalign_wrapper.c hhalign_wrapper.h \
+               ktuple_pair.c ktuple_pair.h \
+        list.c list.h \
+               log.c log.h \
+        muscle_upgma.c muscle_upgma.h \
+        muscle_tree.c muscle_tree.h \
+        mbed.c mbed.h \
+        pair_dist.h pair_dist.c \
+        progress.c progress.h \
+        queue.h \
+        seq.c seq.h \
+        symmatrix.c symmatrix.h \
+        tree.c tree.h \
+        util.c util.h \
+        weights.c weights.h
+
+library_includedir=$(includedir)/clustalo/clustal
+
+library_include_HEADERS = \
+       hhalign_wrapper.h \
+       ktuple_pair.h \
+       log.h \
+       mbed.h \
+       muscle_tree.h \
+       pair_dist.h \
+       progress.h \
+       seq.h \
+       symmatrix.h \
+       tree.h \
+       util.h \
+       weights.h
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/Makefile.in b/binaries/src/clustalo/src/clustal/Makefile.in
new file mode 100644 (file)
index 0000000..5077ca7
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,527 @@
+# Makefile.in generated by automake 1.10.2 from Makefile.am.
+# @configure_input@
+
+# Copyright (C) 1994, 1995, 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2002,
+# 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008  Free Software Foundation, Inc.
+# This Makefile.in is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# This program is distributed in the hope that it will be useful,
+# but WITHOUT ANY WARRANTY, to the extent permitted by law; without
+# even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A
+# PARTICULAR PURPOSE.
+
+@SET_MAKE@
+
+
+VPATH = @srcdir@
+pkgdatadir = $(datadir)/@PACKAGE@
+pkglibdir = $(libdir)/@PACKAGE@
+pkgincludedir = $(includedir)/@PACKAGE@
+am__cd = CDPATH="$${ZSH_VERSION+.}$(PATH_SEPARATOR)" && cd
+install_sh_DATA = $(install_sh) -c -m 644
+install_sh_PROGRAM = $(install_sh) -c
+install_sh_SCRIPT = $(install_sh) -c
+INSTALL_HEADER = $(INSTALL_DATA)
+transform = $(program_transform_name)
+NORMAL_INSTALL = :
+PRE_INSTALL = :
+POST_INSTALL = :
+NORMAL_UNINSTALL = :
+PRE_UNINSTALL = :
+POST_UNINSTALL = :
+build_triplet = @build@
+host_triplet = @host@
+subdir = src/clustal
+DIST_COMMON = $(library_include_HEADERS) $(srcdir)/Makefile.am \
+       $(srcdir)/Makefile.in
+ACLOCAL_M4 = $(top_srcdir)/aclocal.m4
+am__aclocal_m4_deps = $(top_srcdir)/m4/ax_prefix_config_h.m4 \
+       $(top_srcdir)/m4/libtool.m4 $(top_srcdir)/m4/ltoptions.m4 \
+       $(top_srcdir)/m4/ltsugar.m4 $(top_srcdir)/m4/ltversion.m4 \
+       $(top_srcdir)/m4/lt~obsolete.m4 $(top_srcdir)/m4/ax_openmp.m4 \
+       $(top_srcdir)/configure.ac
+am__configure_deps = $(am__aclocal_m4_deps) $(CONFIGURE_DEPENDENCIES) \
+       $(ACLOCAL_M4)
+mkinstalldirs = $(install_sh) -d
+CONFIG_HEADER = $(top_builddir)/src/config.h
+CONFIG_CLEAN_FILES =
+LTLIBRARIES = $(noinst_LTLIBRARIES)
+libclustal_la_LIBADD =
+am_libclustal_la_OBJECTS = hhalign_wrapper.lo ktuple_pair.lo list.lo \
+       log.lo muscle_upgma.lo muscle_tree.lo mbed.lo pair_dist.lo \
+       progress.lo seq.lo symmatrix.lo tree.lo util.lo weights.lo
+libclustal_la_OBJECTS = $(am_libclustal_la_OBJECTS)
+DEFAULT_INCLUDES = -I.@am__isrc@ -I$(top_builddir)/src
+depcomp = $(SHELL) $(top_srcdir)/depcomp
+am__depfiles_maybe = depfiles
+COMPILE = $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) \
+       $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS)
+LTCOMPILE = $(LIBTOOL) --tag=CC $(AM_LIBTOOLFLAGS) $(LIBTOOLFLAGS) \
+       --mode=compile $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) \
+       $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS)
+CCLD = $(CC)
+LINK = $(LIBTOOL) --tag=CC $(AM_LIBTOOLFLAGS) $(LIBTOOLFLAGS) \
+       --mode=link $(CCLD) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) $(AM_LDFLAGS) \
+       $(LDFLAGS) -o $@
+SOURCES = $(libclustal_la_SOURCES)
+DIST_SOURCES = $(libclustal_la_SOURCES)
+am__vpath_adj_setup = srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's|.|.|g'`;
+am__vpath_adj = case $$p in \
+    $(srcdir)/*) f=`echo "$$p" | sed "s|^$$srcdirstrip/||"`;; \
+    *) f=$$p;; \
+  esac;
+am__strip_dir = `echo $$p | sed -e 's|^.*/||'`;
+am__installdirs = "$(DESTDIR)$(library_includedir)"
+library_includeHEADERS_INSTALL = $(INSTALL_HEADER)
+HEADERS = $(library_include_HEADERS)
+ETAGS = etags
+CTAGS = ctags
+DISTFILES = $(DIST_COMMON) $(DIST_SOURCES) $(TEXINFOS) $(EXTRA_DIST)
+ACLOCAL = @ACLOCAL@
+AMTAR = @AMTAR@
+AM_CFLAGS = @OPENMP_CFLAGS@ @AM_CFLAGS@
+AM_CXXFLAGS = @AM_CXXFLAGS@
+AM_LDFLAGS = @AM_LDFLAGS@
+AR = @AR@
+AUTOCONF = @AUTOCONF@
+AUTOHEADER = @AUTOHEADER@
+AUTOMAKE = @AUTOMAKE@
+AWK = @AWK@
+CC = @CC@
+CCDEPMODE = @CCDEPMODE@
+CFLAGS = @CFLAGS@
+CPP = @CPP@
+CPPFLAGS = @CPPFLAGS@
+CXX = @CXX@
+CXXCPP = @CXXCPP@
+CXXDEPMODE = @CXXDEPMODE@
+CXXFLAGS = @CXXFLAGS@
+CYGPATH_W = @CYGPATH_W@
+DEFS = @DEFS@
+DEPDIR = @DEPDIR@
+DSYMUTIL = @DSYMUTIL@
+DUMPBIN = @DUMPBIN@
+ECHO_C = @ECHO_C@
+ECHO_N = @ECHO_N@
+ECHO_T = @ECHO_T@
+EGREP = @EGREP@
+EXEEXT = @EXEEXT@
+FGREP = @FGREP@
+GREP = @GREP@
+INSTALL = @INSTALL@
+INSTALL_DATA = @INSTALL_DATA@
+INSTALL_PROGRAM = @INSTALL_PROGRAM@
+INSTALL_SCRIPT = @INSTALL_SCRIPT@
+INSTALL_STRIP_PROGRAM = @INSTALL_STRIP_PROGRAM@
+LD = @LD@
+LDFLAGS = @LDFLAGS@
+LIBOBJS = @LIBOBJS@
+LIBS = @LIBS@
+LIBTOOL = @LIBTOOL@
+LIPO = @LIPO@
+LN_S = @LN_S@
+LTLIBOBJS = @LTLIBOBJS@
+MAKEINFO = @MAKEINFO@
+MKDIR_P = @MKDIR_P@
+NM = @NM@
+NMEDIT = @NMEDIT@
+OBJDUMP = @OBJDUMP@
+OBJEXT = @OBJEXT@
+OPENMP_CFLAGS = @OPENMP_CFLAGS@
+OPENMP_CXXFLAGS = @OPENMP_CXXFLAGS@
+OTOOL = @OTOOL@
+OTOOL64 = @OTOOL64@
+PACKAGE = @PACKAGE@
+PACKAGE_BUGREPORT = @PACKAGE_BUGREPORT@
+PACKAGE_CODENAME = @PACKAGE_CODENAME@
+PACKAGE_NAME = @PACKAGE_NAME@
+PACKAGE_STRING = @PACKAGE_STRING@
+PACKAGE_TARNAME = @PACKAGE_TARNAME@
+PACKAGE_VERSION = @PACKAGE_VERSION@
+PATH_SEPARATOR = @PATH_SEPARATOR@
+RANLIB = @RANLIB@
+SED = @SED@
+SET_MAKE = @SET_MAKE@
+SHELL = @SHELL@
+STRIP = @STRIP@
+VERSION = @VERSION@
+abs_builddir = @abs_builddir@
+abs_srcdir = @abs_srcdir@
+abs_top_builddir = @abs_top_builddir@
+abs_top_srcdir = @abs_top_srcdir@
+ac_ct_CC = @ac_ct_CC@
+ac_ct_CXX = @ac_ct_CXX@
+ac_ct_DUMPBIN = @ac_ct_DUMPBIN@
+am__include = @am__include@
+am__leading_dot = @am__leading_dot@
+am__quote = @am__quote@
+am__tar = @am__tar@
+am__untar = @am__untar@
+bindir = @bindir@
+build = @build@
+build_alias = @build_alias@
+build_cpu = @build_cpu@
+build_os = @build_os@
+build_vendor = @build_vendor@
+builddir = @builddir@
+datadir = @datadir@
+datarootdir = @datarootdir@
+docdir = @docdir@
+dvidir = @dvidir@
+exec_prefix = @exec_prefix@
+host = @host@
+host_alias = @host_alias@
+host_cpu = @host_cpu@
+host_os = @host_os@
+host_vendor = @host_vendor@
+htmldir = @htmldir@
+includedir = @includedir@
+infodir = @infodir@
+install_sh = @install_sh@
+libdir = @libdir@
+libexecdir = @libexecdir@
+localedir = @localedir@
+localstatedir = @localstatedir@
+lt_ECHO = @lt_ECHO@
+mandir = @mandir@
+mkdir_p = @mkdir_p@
+oldincludedir = @oldincludedir@
+pdfdir = @pdfdir@
+prefix = @prefix@
+program_transform_name = @program_transform_name@
+psdir = @psdir@
+sbindir = @sbindir@
+sharedstatedir = @sharedstatedir@
+srcdir = @srcdir@
+sysconfdir = @sysconfdir@
+target_alias = @target_alias@
+top_build_prefix = @top_build_prefix@
+top_builddir = @top_builddir@
+top_srcdir = @top_srcdir@
+noinst_LTLIBRARIES = libclustal.la
+libclustal_la_SOURCES = \
+        hhalign_wrapper.c hhalign_wrapper.h \
+               ktuple_pair.c ktuple_pair.h \
+        list.c list.h \
+               log.c log.h \
+        muscle_upgma.c muscle_upgma.h \
+        muscle_tree.c muscle_tree.h \
+        mbed.c mbed.h \
+        pair_dist.h pair_dist.c \
+        progress.c progress.h \
+        queue.h \
+        seq.c seq.h \
+        symmatrix.c symmatrix.h \
+        tree.c tree.h \
+        util.c util.h \
+        weights.c weights.h
+
+library_includedir = $(includedir)/clustalo/clustal
+library_include_HEADERS = \
+       hhalign_wrapper.h \
+       ktuple_pair.h \
+       log.h \
+       mbed.h \
+       muscle_tree.h \
+       pair_dist.h \
+       progress.h \
+       seq.h \
+       symmatrix.h \
+       tree.h \
+       util.h \
+       weights.h
+
+all: all-am
+
+.SUFFIXES:
+.SUFFIXES: .c .lo .o .obj
+$(srcdir)/Makefile.in:  $(srcdir)/Makefile.am  $(am__configure_deps)
+       @for dep in $?; do \
+         case '$(am__configure_deps)' in \
+           *$$dep*) \
+             ( cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh ) \
+               && { if test -f $@; then exit 0; else break; fi; }; \
+             exit 1;; \
+         esac; \
+       done; \
+       echo ' cd $(top_srcdir) && $(AUTOMAKE) --gnu  src/clustal/Makefile'; \
+       cd $(top_srcdir) && \
+         $(AUTOMAKE) --gnu  src/clustal/Makefile
+.PRECIOUS: Makefile
+Makefile: $(srcdir)/Makefile.in $(top_builddir)/config.status
+       @case '$?' in \
+         *config.status*) \
+           cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh;; \
+         *) \
+           echo ' cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $(subdir)/$@ $(am__depfiles_maybe)'; \
+           cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $(subdir)/$@ $(am__depfiles_maybe);; \
+       esac;
+
+$(top_builddir)/config.status: $(top_srcdir)/configure $(CONFIG_STATUS_DEPENDENCIES)
+       cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
+
+$(top_srcdir)/configure:  $(am__configure_deps)
+       cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
+$(ACLOCAL_M4):  $(am__aclocal_m4_deps)
+       cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
+
+clean-noinstLTLIBRARIES:
+       -test -z "$(noinst_LTLIBRARIES)" || rm -f $(noinst_LTLIBRARIES)
+       @list='$(noinst_LTLIBRARIES)'; for p in $$list; do \
+         dir="`echo $$p | sed -e 's|/[^/]*$$||'`"; \
+         test "$$dir" != "$$p" || dir=.; \
+         echo "rm -f \"$${dir}/so_locations\""; \
+         rm -f "$${dir}/so_locations"; \
+       done
+libclustal.la: $(libclustal_la_OBJECTS) $(libclustal_la_DEPENDENCIES) 
+       $(LINK)  $(libclustal_la_OBJECTS) $(libclustal_la_LIBADD) $(LIBS)
+
+mostlyclean-compile:
+       -rm -f *.$(OBJEXT)
+
+distclean-compile:
+       -rm -f *.tab.c
+
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/hhalign_wrapper.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/ktuple_pair.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/list.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/log.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/mbed.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/muscle_tree.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/muscle_upgma.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/pair_dist.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/progress.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/seq.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/symmatrix.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/tree.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/util.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/weights.Plo@am__quote@
+
+.c.o:
+@am__fastdepCC_TRUE@   $(COMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ $<
+@am__fastdepCC_TRUE@   mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@      source='$<' object='$@' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
+@am__fastdepCC_FALSE@  $(COMPILE) -c $<
+
+.c.obj:
+@am__fastdepCC_TRUE@   $(COMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ `$(CYGPATH_W) '$<'`
+@am__fastdepCC_TRUE@   mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@      source='$<' object='$@' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
+@am__fastdepCC_FALSE@  $(COMPILE) -c `$(CYGPATH_W) '$<'`
+
+.c.lo:
+@am__fastdepCC_TRUE@   $(LTCOMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ $<
+@am__fastdepCC_TRUE@   mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Plo
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@      source='$<' object='$@' libtool=yes @AMDEPBACKSLASH@
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
+@am__fastdepCC_FALSE@  $(LTCOMPILE) -c -o $@ $<
+
+mostlyclean-libtool:
+       -rm -f *.lo
+
+clean-libtool:
+       -rm -rf .libs _libs
+install-library_includeHEADERS: $(library_include_HEADERS)
+       @$(NORMAL_INSTALL)
+       test -z "$(library_includedir)" || $(MKDIR_P) "$(DESTDIR)$(library_includedir)"
+       @list='$(library_include_HEADERS)'; for p in $$list; do \
+         if test -f "$$p"; then d=; else d="$(srcdir)/"; fi; \
+         f=$(am__strip_dir) \
+         echo " $(library_includeHEADERS_INSTALL) '$$d$$p' '$(DESTDIR)$(library_includedir)/$$f'"; \
+         $(library_includeHEADERS_INSTALL) "$$d$$p" "$(DESTDIR)$(library_includedir)/$$f"; \
+       done
+
+uninstall-library_includeHEADERS:
+       @$(NORMAL_UNINSTALL)
+       @list='$(library_include_HEADERS)'; for p in $$list; do \
+         f=$(am__strip_dir) \
+         echo " rm -f '$(DESTDIR)$(library_includedir)/$$f'"; \
+         rm -f "$(DESTDIR)$(library_includedir)/$$f"; \
+       done
+
+ID: $(HEADERS) $(SOURCES) $(LISP) $(TAGS_FILES)
+       list='$(SOURCES) $(HEADERS) $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
+       unique=`for i in $$list; do \
+           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
+         done | \
+         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
+             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
+       mkid -fID $$unique
+tags: TAGS
+
+TAGS:  $(HEADERS) $(SOURCES)  $(TAGS_DEPENDENCIES) \
+               $(TAGS_FILES) $(LISP)
+       tags=; \
+       here=`pwd`; \
+       list='$(SOURCES) $(HEADERS)  $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
+       unique=`for i in $$list; do \
+           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
+         done | \
+         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
+             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
+       if test -z "$(ETAGS_ARGS)$$tags$$unique"; then :; else \
+         test -n "$$unique" || unique=$$empty_fix; \
+         $(ETAGS) $(ETAGSFLAGS) $(AM_ETAGSFLAGS) $(ETAGS_ARGS) \
+           $$tags $$unique; \
+       fi
+ctags: CTAGS
+CTAGS:  $(HEADERS) $(SOURCES)  $(TAGS_DEPENDENCIES) \
+               $(TAGS_FILES) $(LISP)
+       tags=; \
+       list='$(SOURCES) $(HEADERS)  $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
+       unique=`for i in $$list; do \
+           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
+         done | \
+         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
+             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
+       test -z "$(CTAGS_ARGS)$$tags$$unique" \
+         || $(CTAGS) $(CTAGSFLAGS) $(AM_CTAGSFLAGS) $(CTAGS_ARGS) \
+            $$tags $$unique
+
+GTAGS:
+       here=`$(am__cd) $(top_builddir) && pwd` \
+         && cd $(top_srcdir) \
+         && gtags -i $(GTAGS_ARGS) $$here
+
+distclean-tags:
+       -rm -f TAGS ID GTAGS GRTAGS GSYMS GPATH tags
+
+distdir: $(DISTFILES)
+       @srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
+       topsrcdirstrip=`echo "$(top_srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
+       list='$(DISTFILES)'; \
+         dist_files=`for file in $$list; do echo $$file; done | \
+         sed -e "s|^$$srcdirstrip/||;t" \
+             -e "s|^$$topsrcdirstrip/|$(top_builddir)/|;t"`; \
+       case $$dist_files in \
+         */*) $(MKDIR_P) `echo "$$dist_files" | \
+                          sed '/\//!d;s|^|$(distdir)/|;s,/[^/]*$$,,' | \
+                          sort -u` ;; \
+       esac; \
+       for file in $$dist_files; do \
+         if test -f $$file || test -d $$file; then d=.; else d=$(srcdir); fi; \
+         if test -d $$d/$$file; then \
+           dir=`echo "/$$file" | sed -e 's,/[^/]*$$,,'`; \
+           if test -d $(srcdir)/$$file && test $$d != $(srcdir); then \
+             cp -pR $(srcdir)/$$file $(distdir)$$dir || exit 1; \
+           fi; \
+           cp -pR $$d/$$file $(distdir)$$dir || exit 1; \
+         else \
+           test -f $(distdir)/$$file \
+           || cp -p $$d/$$file $(distdir)/$$file \
+           || exit 1; \
+         fi; \
+       done
+check-am: all-am
+check: check-am
+all-am: Makefile $(LTLIBRARIES) $(HEADERS)
+installdirs:
+       for dir in "$(DESTDIR)$(library_includedir)"; do \
+         test -z "$$dir" || $(MKDIR_P) "$$dir"; \
+       done
+install: install-am
+install-exec: install-exec-am
+install-data: install-data-am
+uninstall: uninstall-am
+
+install-am: all-am
+       @$(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) install-exec-am install-data-am
+
+installcheck: installcheck-am
+install-strip:
+       $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) INSTALL_PROGRAM="$(INSTALL_STRIP_PROGRAM)" \
+         install_sh_PROGRAM="$(INSTALL_STRIP_PROGRAM)" INSTALL_STRIP_FLAG=-s \
+         `test -z '$(STRIP)' || \
+           echo "INSTALL_PROGRAM_ENV=STRIPPROG='$(STRIP)'"` install
+mostlyclean-generic:
+
+clean-generic:
+
+distclean-generic:
+       -test -z "$(CONFIG_CLEAN_FILES)" || rm -f $(CONFIG_CLEAN_FILES)
+
+maintainer-clean-generic:
+       @echo "This command is intended for maintainers to use"
+       @echo "it deletes files that may require special tools to rebuild."
+clean: clean-am
+
+clean-am: clean-generic clean-libtool clean-noinstLTLIBRARIES \
+       mostlyclean-am
+
+distclean: distclean-am
+       -rm -rf ./$(DEPDIR)
+       -rm -f Makefile
+distclean-am: clean-am distclean-compile distclean-generic \
+       distclean-tags
+
+dvi: dvi-am
+
+dvi-am:
+
+html: html-am
+
+info: info-am
+
+info-am:
+
+install-data-am: install-library_includeHEADERS
+
+install-dvi: install-dvi-am
+
+install-exec-am:
+
+install-html: install-html-am
+
+install-info: install-info-am
+
+install-man:
+
+install-pdf: install-pdf-am
+
+install-ps: install-ps-am
+
+installcheck-am:
+
+maintainer-clean: maintainer-clean-am
+       -rm -rf ./$(DEPDIR)
+       -rm -f Makefile
+maintainer-clean-am: distclean-am maintainer-clean-generic
+
+mostlyclean: mostlyclean-am
+
+mostlyclean-am: mostlyclean-compile mostlyclean-generic \
+       mostlyclean-libtool
+
+pdf: pdf-am
+
+pdf-am:
+
+ps: ps-am
+
+ps-am:
+
+uninstall-am: uninstall-library_includeHEADERS
+
+.MAKE: install-am install-strip
+
+.PHONY: CTAGS GTAGS all all-am check check-am clean clean-generic \
+       clean-libtool clean-noinstLTLIBRARIES ctags distclean \
+       distclean-compile distclean-generic distclean-libtool \
+       distclean-tags distdir dvi dvi-am html html-am info info-am \
+       install install-am install-data install-data-am install-dvi \
+       install-dvi-am install-exec install-exec-am install-html \
+       install-html-am install-info install-info-am \
+       install-library_includeHEADERS install-man install-pdf \
+       install-pdf-am install-ps install-ps-am install-strip \
+       installcheck installcheck-am installdirs maintainer-clean \
+       maintainer-clean-generic mostlyclean mostlyclean-compile \
+       mostlyclean-generic mostlyclean-libtool pdf pdf-am ps ps-am \
+       tags uninstall uninstall-am uninstall-library_includeHEADERS
+
+# Tell versions [3.59,3.63) of GNU make to not export all variables.
+# Otherwise a system limit (for SysV at least) may be exceeded.
+.NOEXPORT:
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/hhalign_wrapper.c b/binaries/src/clustalo/src/clustal/hhalign_wrapper.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..637edb0
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1122 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: hhalign_wrapper.c 256 2011-06-23 13:57:28Z fabian $
+ */
+
+#ifdef HAVE_CONFIG_H
+#include "config.h"
+#endif
+
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+#include <assert.h>
+#include <ctype.h>
+
+#include "seq.h"
+#include "tree.h"
+#include "progress.h"
+#include "hhalign/general.h"
+#include "hhalign/hhfunc.h"
+#include "hhalign/hhalign.h"
+
+/* up to this level (from leaf) will background HMM info be applied */
+#define APPLY_BG_HMM_UP_TO_TREE_DEPTH 10
+
+#define TIMING 0
+
+#define TRACE 0
+
+/**
+ * @brief get rid of unknown residues
+ *
+ * @note HHalignWrapper can be entered in 2 different ways: (i) all
+ * sequences are un-aligned (ii) there are 2 (aligned) profiles.  in
+ * the un-aligned case (i) the sequences come straight from Squid,
+ * that is, they have been sanitised, all non-alphabetic residues 
+ * have been rendered as X's. In profile mode (ii) one profile may 
+ * have been produced internally. In that case residues may have 
+ * been translated back into their 'native' form, that is, they may
+ * contain un-sanitised residues. These will cause trouble  during
+ * alignment
+ * FS, r213->214
+ */
+void
+SanitiseUnknown(mseq_t *mseq)
+{
+
+    int iS; /* iterator for sequence */
+    int iR; /* iterator for residue */
+    int iLen; /* length of sequence */
+    char *pcRes = NULL;
+
+
+    for (iS = 0; iS < mseq->nseqs; iS++){
+
+        for (pcRes = mseq->seq[iS]; '\0' != *pcRes; pcRes++){
+
+            if (isgap(*pcRes)){
+                continue;
+            }
+
+            if (mseq->seqtype==SEQTYPE_PROTEIN) {
+                if (NULL == strchr(AMINO_ALPHABET, toupper(*pcRes))) {
+                    *pcRes = AMINOACID_ANY;
+                }
+            } else if (mseq->seqtype==SEQTYPE_DNA) {
+                if (NULL == strchr(DNA_ALPHABET, toupper(*pcRes))) {
+                    *pcRes = NUCLEOTIDE_ANY;
+                }
+            } else if (mseq->seqtype==SEQTYPE_RNA) {
+                if (NULL == strchr(RNA_ALPHABET, toupper(*pcRes))) {
+                    *pcRes = NUCLEOTIDE_ANY;
+                }
+            }
+
+        } /* !EO String */
+
+    } /* 0 <= iS < mseq->nseqs */
+
+    return;
+
+} /*** end:  SanitiseUnknown()  ***/
+
+/**
+ * @brief translate unknown residues back to ambiguity codes;
+ * hhalign translates ambiguity codes (B,Z) into unknown residue (X).
+ * we still have the original (un-aligned) residue information,
+ * by iterating along the original and aligned sequences we can
+ * reconstruct where codes have been changed and restore them
+ * to their original value
+ *
+ * @param[in,out] mseq
+ * sequence/profile data, mseq->seq [in,out] is changed to conform
+ * with mseq->orig_seq [in]
+ *
+ */
+void
+TranslateUnknown2Ambiguity(mseq_t *mseq)
+{
+
+    int iS; /* iterator for sequence */
+    int iR, iRo; /* iterator for residue (original) */
+    int iChange, iCase, iAmbi; /* counts how many replacements */
+    static int siOffset = 'a' - 'A';
+
+    for (iS = 0; iS < mseq->nseqs; iS++){
+
+        iR = iRo = 0;
+        iChange = iCase = iAmbi = 0;
+
+        while(('\0' != mseq->seq[iS][iR]) &&
+              ('\0' != mseq->orig_seq[iS][iRo])) {
+
+            /* skip gaps in aligned sequences */
+            while(isgap(mseq->seq[iS][iR])) {
+                iR++;
+            } /* was gap in unaligned seq
+               * this should probably not happen */
+            while(isgap(mseq->orig_seq[iS][iRo])) {
+                iRo++;
+            } /* was gap in aligned seq */
+
+            /* check if we reached the end of the sequence after
+             * skipping the gaps */
+            if ( ('\0' == mseq->seq[iS][iR]) ||
+                 ('\0' == mseq->orig_seq[iS][iRo]) ){
+                break;
+            }
+
+
+            if (mseq->seq[iS][iR] != mseq->orig_seq[iS][iRo]){
+                /* FIXME: count replacements, discard case changes */
+                iChange++;
+                if ( (mseq->seq[iS][iR] == mseq->orig_seq[iS][iRo]+siOffset) ||
+                     (mseq->seq[iS][iR] == mseq->orig_seq[iS][iRo]-siOffset) ){
+                    iCase++;
+                }
+                else {
+                    iAmbi++;
+                }
+#if TRACE
+                Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "seq=%d, pos=(%d:%d), (%c:%c)",
+                     iS, iR, iRo,
+                     mseq->seq[iS][iR], mseq->orig_seq[iS][iRo]);
+#endif
+                mseq->seq[iS][iR] = mseq->orig_seq[iS][iRo];
+            }
+
+            iR++;
+            iRo++;
+
+        } /* !EO seq */
+
+        Log(&rLog, LOG_DEBUG,
+             "in seq %d re-translated %d residue codes (%d true, %d case)",
+             iS, iChange, iAmbi, iCase);
+
+        /* assert that both sequences (un/aligned) have terminated */
+        /* skip gaps in aligned sequences */
+        while(isgap(mseq->seq[iS][iR])) {
+            iR++;
+        } /* was gap in unaligned seq
+           * this should probably not happen */
+        while(isgap(mseq->orig_seq[iS][iRo])) {
+            iRo++;
+        } /* was gap in aligned seq */
+
+
+        if ( ('\0' != mseq->seq[iS][iR]) ||
+             ('\0' != mseq->orig_seq[iS][iRo]) ){
+
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "inconsistency in un/aligned sequence %d\n>%s\n>%s\n",
+                  iS, mseq->seq[iS], mseq->orig_seq[iS]);
+        }
+
+    } /* 0 <= iS < mseq->nseqs */
+
+} /*** end: TranslateUnknown2Ambiguity() ***/
+
+
+/**
+ * @brief re-attach leading and trailing gaps to alignment
+ *
+ * @param[in,out] prMSeq,
+ * alignment structure (at this stage there should be no un-aligned sequences)
+ * @param[in] iProfProfSeparator
+ * gives sizes of input profiles, -1 if no input-profiles but un-aligned sequences
+ *
+ * @note leading and tailing profile columns 
+ * that only contain gaps have no effect on the alignment 
+ * and are removed during the alignment. if they are 
+ * encountered a warning message is printed to screen.
+ * some users like to preserve these gap columns
+ * FS, r213->214
+ */
+void
+ReAttachLeadingGaps(mseq_t *prMSeq, int  iProfProfSeparator)
+{
+
+    int i, j;
+    int iSize1 = 0; /* #seqs in 1st profile */
+    int iSize2 = 0; /* #seqs in 2nd profile */
+    int iPPS   = iProfProfSeparator;
+    int iLeadO1  = 0; /* leading  gaps in 1st seq of 1st profile */
+    int iLeadO2  = 0; /* leading  gaps in 1st seq of 2nd profile */
+    int iLeadA1  = 0; /* leading  gaps in 1st seq of final alignment */
+    int iLeadA2  = 0; /* leading  gaps in PPS seq of final alignment */
+    int iTrailO1 = 0; /* trailing gaps in 1st seq of 1st profile */
+    int iTrailO2 = 0; /* trailing gaps in 1st seq of 2nd profile */
+    int iTrailA1 = 0; /* trailing gaps in 1st seq of final alignment */
+    int iTrailA2 = 0; /* trailing gaps in PPS seq of final alignment */
+    int iLen  = 0; /* length of final alignment */
+    int iLen1 = 0; /* length of 1st profile */
+    int iLen2 = 0; /* length of 2nd profile */
+    int iCutHead = 0; /* make up truncation at head */
+    int iCutTail = 0; /* make up truncation at tail */
+    char *pcIter = NULL;
+
+    if (-1 == iProfProfSeparator){
+        return;
+    }
+    else {
+        assert(prMSeq->aligned);
+        assert(prMSeq->nseqs > iProfProfSeparator);
+    }
+    iSize1 = iProfProfSeparator;
+    iSize2 = prMSeq->nseqs - iProfProfSeparator;
+    iLen  = strlen(prMSeq->seq[0]);
+    iLen1 = strlen(prMSeq->orig_seq[0]);
+    iLen2 = strlen(prMSeq->orig_seq[iPPS]);
+
+    /* count leading/trailing gaps in 1st sequence of 1st/2nd profile and final alignmant */
+    for (iLeadO1  = 0, pcIter =  prMSeq->orig_seq[0];             isgap(*pcIter); pcIter++, iLeadO1++);
+    for (iLeadO2  = 0, pcIter =  prMSeq->orig_seq[iPPS];          isgap(*pcIter); pcIter++, iLeadO2++);
+    for (iLeadA1  = 0, pcIter =  prMSeq->seq[0];                  isgap(*pcIter); pcIter++, iLeadA1++);
+    for (iLeadA2  = 0, pcIter =  prMSeq->seq[iPPS];               isgap(*pcIter); pcIter++, iLeadA2++);
+    for (iTrailO1 = 0, pcIter = &prMSeq->orig_seq[0][iLen1-1];    isgap(*pcIter); pcIter--, iTrailO1++);
+    for (iTrailO2 = 0, pcIter = &prMSeq->orig_seq[iPPS][iLen2-1]; isgap(*pcIter); pcIter--, iTrailO2++);
+    for (iTrailA1 = 0, pcIter = &prMSeq->seq[0][iLen-1];          isgap(*pcIter); pcIter--, iTrailA1++);
+    for (iTrailA2 = 0, pcIter = &prMSeq->seq[iPPS][iLen-1];       isgap(*pcIter); pcIter--, iTrailA2++);
+
+
+    /* turn leading/trailing gaps into truncation */
+    iLeadO1  = iLeadO1  > iLeadA1  ? iLeadO1-iLeadA1   : 0;
+    iLeadO2  = iLeadO2  > iLeadA2  ? iLeadO2-iLeadA2   : 0;
+    iTrailO1 = iTrailO1 > iTrailA1 ? iTrailO1-iTrailA1 : 0;
+    iTrailO2 = iTrailO2 > iTrailA2 ? iTrailO2-iTrailA2 : 0;
+    iCutHead = iLeadO1  > iLeadO2  ? iLeadO1  : iLeadO2;
+    iCutTail = iTrailO1 > iTrailO2 ? iTrailO1 : iTrailO2;
+
+    /* re-allocate and shift memory */
+    if ( (iCutHead > 0) || (iCutTail > 0) ){ /* skip if no re-attachment, FS, r244 -> r245 */
+        for (i = 0; i < prMSeq->nseqs; i++){
+            
+            CKREALLOC(prMSeq->seq[i], iLen+iCutHead+iCutTail+2);
+            if (iCutHead > 0){ /* skip if no re-attachment, FS, r244 -> r245 */
+                memmove(prMSeq->seq[i]+iCutHead, prMSeq->seq[i], iLen);
+            }
+            for (j = 0; j < iCutHead; j++){
+                prMSeq->seq[i][j] = '-';
+            }
+            for (j = iLen+iCutHead; j < iLen+iCutHead+iCutTail; j++){
+                prMSeq->seq[i][j] = '-';
+            }
+            prMSeq->seq[i][j] = '\0';
+        }
+    } /* (iCutHead > 0) || (iCutTail > 0) */
+
+} /***  end: ReAttachLeadingGaps()  ***/
+
+/**
+ * @brief reallocate enough memory for alignment and
+ * attach sequence pointers to profiles
+ *
+ * @param[in,out] mseq
+ * sequence/profile data, increase memory for sequences in profiles
+ * @param[out] ppcProfile1
+ * pointers to sequencese in 1st profile
+ * @param[out] ppcProfile2
+ * pointers to sequencese in 2nd profile
+ * @param[out] pdWeightsL
+ * weights (normalised to 1.0) for sequences in left  profile
+ * @param[out] pdWeightsR
+ * weights (normalised to 1.0) for sequences in right profile
+ * @param[in] pdSeqWeights
+ * weights for _all_ sequences in alignment
+ * @param[in] iLeafCountL
+ * number of sequences in 1st profile
+ * @param[in] piLeafListL
+ * array of integer IDs of sequences in 1st profile
+ * @param[in] iLeafCountR
+ * number of sequences in 2nd profile
+ * @param[in] piLeafListR
+ * array of integer IDs of sequences in 2nd profile
+ *
+ */
+void
+PrepareAlignment(mseq_t *mseq, char **ppcProfile1, char **ppcProfile2,
+                 double *pdWeightsL, double *pdWeightsR, double *pdSeqWeights,
+                 int iLeafCountL, int *piLeafListL,
+                 int iLeafCountR, int *piLeafListR)
+{
+
+    int iLenL = 0; /* length of 1st profile */
+    int iLenR = 0; /* length of 2nd profile */
+    int iMaxLen = 0; /* maximum possible length of alignment */
+    int i; /* aux */
+    double dWeight = 0.00;
+    double dWeightInv = 0.00;
+
+    assert(NULL!=mseq);
+    assert(NULL!=ppcProfile1);
+    assert(NULL!=ppcProfile2);
+    assert(NULL!=piLeafListL);
+    assert(NULL!=piLeafListR);
+
+    /* get length of profiles,
+     * in a profile all sequences should have same length so only look at 1st
+     */
+    iLenL = strlen(mseq->seq[piLeafListL[0]]);
+    iLenR = strlen(mseq->seq[piLeafListR[0]]);
+    iMaxLen = iLenL + iLenR + 1;
+
+    /* reallocate enough memory for sequences in alignment (for adding
+     * gaps)
+     */
+    for (i = 0; i < iLeafCountL; i++){
+        mseq->seq[piLeafListL[i]] =
+            CKREALLOC(mseq->seq[piLeafListL[i]], iMaxLen);
+    }
+    for (i = 0; i < iLeafCountR; i++){
+        mseq->seq[piLeafListR[i]] =
+            CKREALLOC(mseq->seq[piLeafListR[i]], iMaxLen);
+    }
+
+    /* attach sequences to profiles
+     */
+    for (i = 0; i < iLeafCountL; i++){
+        ppcProfile1[i] = mseq->seq[piLeafListL[i]];
+    }
+    ppcProfile1[i] = NULL;
+
+    for (i = 0; i < iLeafCountR; i++){
+        ppcProfile2[i] = mseq->seq[piLeafListR[i]];
+    }
+    ppcProfile2[i] = NULL;
+
+
+    /* remove terminal 'X' for single sequences:
+     * it is a quirk of hhalign() to delete 2 individual sequences
+     * if 2 terminal X's meet during alignment,
+     * just replace (one of) them.
+     * this can be undone at the end.
+     * profiles -consisting of more than 1 sequence-
+     * appear to be all-right.
+     * there seems to be no problem with B's and Z's
+     */
+    if ( (1 == iLeafCountL) && (1 == iLeafCountR) ){
+
+        if ( ('X' == ppcProfile1[0][0]) && ('X' == ppcProfile2[0][0]) ){
+#define NOTX 'N'
+            ppcProfile1[0][0] = NOTX; /* FIXME: arbitrary assignment */
+            ppcProfile2[0][0] = NOTX; /* FIXME: arbitrary assignment */
+        }
+        if ( ('X' == ppcProfile1[0][iLenL-1]) && ('X' == ppcProfile2[0][iLenR-1]) ){
+            ppcProfile1[0][iLenL-1] = NOTX; /* FIXME: arbitrary assignment */
+            ppcProfile2[0][iLenR-1] = NOTX; /* FIXME: arbitrary assignment */
+        }
+    }
+
+    /* obtain sequence weights
+     */
+    if (NULL != pdSeqWeights){
+
+        dWeight = 0.00;
+        for (i = 0; i < iLeafCountL; i++){
+            register double dAux = pdSeqWeights[piLeafListL[i]];
+#ifndef NDEBUG
+            if (dAux <= 0.00){
+                Log(&rLog, LOG_DEBUG, "seq-weight %d = %f", piLeafListL[i], dAux);
+            }
+#endif
+            pdWeightsL[i] = dAux;
+            dWeight      += dAux;
+        } /* 0 <= i < iLeafCountL */
+        dWeightInv = 1.00 / dWeight;
+        for (i = 0; i < iLeafCountL; i++){
+            pdWeightsL[i] *= dWeightInv;
+        }
+
+        dWeight = 0.00;
+        for (i = 0; i < iLeafCountR; i++){
+            register double dAux = pdSeqWeights[piLeafListR[i]];
+#ifndef NDEBUG
+            if (dAux <= 0.00){
+                Log(&rLog, LOG_DEBUG, "seq-weight %d = %f", piLeafListR[i], dAux);
+            }
+#endif
+            pdWeightsR[i] = dAux;
+            dWeight      += dAux;
+        } /* 0 <= i < iLeafCountL */
+        dWeightInv = 1.00 / dWeight;
+        for (i = 0; i < iLeafCountR; i++){
+            pdWeightsR[i] *= dWeightInv;
+        }
+    } /* (NULL != pdSeqWeights) */
+    else {
+        pdWeightsL[0] = pdWeightsR[0] = -1.00;
+    }
+
+#if TRACE
+    for (i = 0; i < iLeafCountL; i++){
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "ppcProfile1[%d/%d] pointing to mseq %d = %s",
+                  i, iLeafCountR, piLeafListL[i], ppcProfile1[i]);
+    }
+    for (i = 0; i < iLeafCountR; i++){
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "ppcProfile2[%d/%d] pointing to mseq %d = %s",
+                  i, iLeafCountR, piLeafListR[i], ppcProfile2[i]);
+    }
+#endif
+    
+    return;
+
+} /*** end: PrepareAlignment() ***/
+
+
+/**
+ * @brief wrapper for hhalign. This is a frontend function to
+ * the ported hhalign code.
+ *
+ * @param[in,out] prMSeq
+ * holds the unaligned sequences [in] and the final alignment [out]
+ * @param[in] piOrderLR
+ * holds order in which sequences/profiles are to be aligned,
+ * even elements specify left nodes, odd elements right nodes,
+ * if even and odd are same then it is a leaf
+ * @param[in] pdSeqWeights
+ * Weight per sequence. No weights used if NULL
+ * @param[in] iNodeCount
+ * number of nodes in tree, piOrderLR has 2*iNodeCount elements
+ * @param[in] prHMMList
+ * List of background HMMs (transition/emission probabilities)
+ * @param[in] iHMMCount
+ * Number of input background HMMs
+ * @param[in] iProfProfSeparator
+ * Gives the number of sequences in the first profile, if in
+ * profile/profile alignment mode (iNodeCount==3). That assumes mseqs
+ * holds the sequences of profile 1 and profile 2.
+ * @param[in] rHhalignPara
+ * various parameters read from commandline
+ *
+ * @return score of the alignment FIXME what is this?
+ *
+ * @note complex function. could use some simplification, more and
+ * documentation and a struct'uring of piOrderLR
+ * 
+ * @note HHalignWrapper can be entered in 2 different ways:
+ * (i) all sequences are un-aligned (ii) there are 2 (aligned) profiles.
+ * in the un-aligned case (i) the sequences come straight from Squid, 
+ * that is, they have been sanitised, all non-alphabetic residues 
+ * have been rendered as X's. In profile mode (ii) one profile may 
+ * have been produced internally. In that case residues may have 
+ * been translated back into their 'native' form, that is, they 
+ * may contain un-sanitised residues. These will cause trouble 
+ * during alignment
+ *
+ * @note: introduced argument hhalign_para rHhalignPara; FS, r240 -> r241
+ * @note: if hhalign() fails then try with Viterbi by setting MAC-RAM=0; FS, r241 -> r243
+ */
+
+double
+HHalignWrapper(mseq_t *prMSeq, int *piOrderLR,
+               double *pdSeqWeights, int iNodeCount,
+               hmm_light *prHMMList, int iHMMCount,
+               int iProfProfSeparator, hhalign_para rHhalignPara)
+{
+    int iN; /* node iterator */
+    int *piLeafCount = NULL; /* number of leaves beneath a certain node */
+    int **ppiLeafList = NULL; /* list of leaves beneath a certain node */
+    char **ppcProfile1 = NULL; /* pointer to sequences in profile */
+    char **ppcProfile2 = NULL; /* pointer to sequences in profile */
+    char *pcReprsnt1 = NULL; /* representative of HMM aligned to left */
+    char *pcReprsnt2 = NULL; /* representative of HMM aligned to right */
+    char **ppcReprsnt1 = &pcReprsnt1; /* representative of HMM aligned to L */
+    char **ppcReprsnt2 = &pcReprsnt2; /* representative of HMM aligned to R */
+    char *pcConsens1 = NULL; /* copy of  left sequence */
+    char *pcConsens2 = NULL; /* copy of right sequence */
+    char **ppcCopy1 = /*&pcCopy1*/NULL; /* copy of  left sequences */
+    char **ppcCopy2 = /*&pcCopy2*/NULL; /* copy of right sequences */
+    double *pdScores = NULL; /* alignment scores (seq/HMM) */
+    double dScore = 0.0; /* alignment score (seq/HMM) */
+    int iAux_FS = 0;
+    char zcAux[10000] = {0};
+    char zcError[10000] = {0};
+    int i; /* aux */
+    progress_t *prProgress;
+    int iAlnLen; /* alignment length */
+    double *pdWeightsL = NULL; /* sequence weights of left  profile */
+    double *pdWeightsR = NULL; /* sequence weights of right profile */
+    int iMergeNodeCounter = 0;
+    hmm_light *prHMM = NULL;
+    bool bPrintCR = (rLog.iLogLevelEnabled<=LOG_VERBOSE) ? FALSE : TRUE;
+#if TIMING
+    char zcStopwatchMsg[1024];
+    Stopwatch_t *stopwatch = StopwatchCreate();
+    StopwatchZero(stopwatch);
+    StopwatchStart(stopwatch);
+#endif
+    
+    
+    if (NULL != prHMMList) {
+        if (iHMMCount>1) {
+            Log(&rLog, LOG_WARN, "FIXME: Using only first of %u HMMs (needs implementation)", iHMMCount);
+        }
+        prHMM = &(prHMMList[0]);
+    } else {
+        /* FIXME: prHMM not allowed to be NULL and therefore pseudo allocated here */
+        prHMM = (hmm_light *) CKCALLOC(1, sizeof(hmm_light));
+    }
+    
+    assert(NULL!=prMSeq);
+    
+    if (NULL==piOrderLR) {
+        assert(3==iNodeCount);
+    }
+    SanitiseUnknown(prMSeq);
+
+    /* hhalign was not made for DNA/RNA. So warn if sequences are not
+     * protein
+     */
+    if (SEQTYPE_PROTEIN != prMSeq->seqtype) {
+        Log(&rLog, LOG_WARN, "Sequence type is %s. HHalign has only been tested on protein.",
+             SeqTypeToStr(prMSeq->seqtype));
+    }
+
+    /* hhalign produces funny results if sequences contain gaps, so
+     * dealign. Only way to use alignment info is to use it as a
+     * background HMM
+     */
+    if (TRUE == prMSeq->aligned) {
+        Log(&rLog, LOG_DEBUG, "Dealigning aligned sequences (inside %s)", __FUNCTION__);
+        DealignMSeq(prMSeq);
+    }
+
+#if TRACE
+    Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "iNodeCount = %d", iNodeCount);
+#endif
+
+    
+    /* allocate top-level memory for leaf tracking arrays and profiles,
+     * and sequence weights*/
+    piLeafCount = CKCALLOC(iNodeCount, sizeof(int));
+    ppiLeafList = CKCALLOC(iNodeCount, sizeof(int *));
+    ppcProfile1 = CKCALLOC(prMSeq->nseqs*2-1, sizeof(char *));
+    ppcProfile2 = CKCALLOC(prMSeq->nseqs*2-1, sizeof(char *));
+    pdScores    = CKCALLOC(iNodeCount, sizeof(double));
+    pdWeightsL  = CKCALLOC(iNodeCount, sizeof(double));
+    pdWeightsR  = CKCALLOC(iNodeCount, sizeof(double));
+
+    NewProgress(&prProgress, LogGetFP(&rLog, LOG_INFO),
+                "Progressive alignment progress", bPrintCR);
+
+    
+    /* Profile-profile alignment? Then setup piLeafCount and
+     * piLeafList here. FIXME this is just an awful haaaack
+     */
+    if (iNodeCount==3 && NULL==piOrderLR) {
+        int iSizeProf1 = iProfProfSeparator;
+        int iSizeProf2 = prMSeq->nseqs - iProfProfSeparator;
+
+        piLeafCount[0] = iSizeProf1;
+        ppiLeafList[0] = (int *)CKMALLOC(iSizeProf1 * sizeof(int));
+        for (i=0;i<iSizeProf1;i++) {
+            ppiLeafList[0][i] = i;
+        }
+        piLeafCount[1] = iSizeProf2;
+        ppiLeafList[1] = (int *)CKMALLOC(iSizeProf2 * sizeof(int));
+        for (i=0;i<iSizeProf2;i++) {
+            ppiLeafList[1][i] = i+iSizeProf1;
+        }
+        
+        /* awful hack inside an awful hack: we had to setup piLeafCount
+         * and piLeafList outside the node iteration. this which is
+         * normally done at leaf level inside the node iteration. to
+         * avoid overwriting the already setup vars set...
+         */
+        iNodeCount=1;
+
+        piOrderLR =  (int *)CKCALLOC(DIFF_NODE, sizeof(int));
+        piOrderLR[LEFT_NODE] = 0;
+        piOrderLR[RGHT_NODE] = 1;
+        piOrderLR[PRNT_NODE] = 2;
+    }
+    
+
+
+    iMergeNodeCounter = 0;
+    for (iN = 0; iN < iNodeCount; iN++){
+
+        register int riAux = DIFF_NODE * iN;
+
+        /*LOG_DEBUG("node %d ", iN);*/
+
+        if (piOrderLR[riAux+LEFT_NODE] == piOrderLR[riAux+RGHT_NODE]){
+
+            register int riLeaf = piOrderLR[riAux+LEFT_NODE];
+#if TRACE
+            if (NULL == pdSeqWeights) {
+                Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "node %d is a leaf with entry %d (seq %s)",
+                          iN, riLeaf, prMSeq->sqinfo[riLeaf].name);
+            } else {
+                Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "node %d is a leaf with entry %d  (seq %s) and weight %f",
+                          iN, riLeaf, prMSeq->sqinfo[riLeaf].name, pdSeqWeights[riLeaf]);
+            }
+#endif
+            /* left/right entry same, this is a leaf */
+            piLeafCount[piOrderLR[riAux+PRNT_NODE]] = 1; /* number of leaves is '1' */
+            ppiLeafList[piOrderLR[riAux+PRNT_NODE]] = (int *)CKMALLOC(1 * sizeof(int));
+            ppiLeafList[piOrderLR[riAux+PRNT_NODE]][0] = riLeaf;
+
+        } /* was a leaf */
+        else {
+            int iL, iR, iP; /* ID of left/right nodes, parent */
+            int i, j; /* aux */
+
+            Log(&rLog, LOG_DEBUG,
+                "merge profiles at node %d", iN, piOrderLR[riAux]);
+
+            /* iNodeCount - prMSeq->nseqs = total # of merge-nodes 
+             * unless in profile/profile alignment mode
+             */
+            if (1 == iNodeCount) {
+                ProgressLog(prProgress, ++iMergeNodeCounter,
+                            1, FALSE);
+            } else {
+                ProgressLog(prProgress, ++iMergeNodeCounter,
+                            iNodeCount - prMSeq->nseqs, FALSE);                
+            }
+
+            /* left/right entry are not same, this is a merge node */
+            iL = piOrderLR[riAux+LEFT_NODE];
+            iR = piOrderLR[riAux+RGHT_NODE];
+            iP = piOrderLR[riAux+PRNT_NODE];
+            piLeafCount[iP] = piLeafCount[iL] + piLeafCount[iR];
+            ppiLeafList[iP] = (int *)CKMALLOC(piLeafCount[iP] * sizeof(int));
+
+            for (i = j = 0; i < piLeafCount[iL]; i++, j++){
+                ppiLeafList[iP][j] = ppiLeafList[iL][i];
+            }
+            for (i = 0; i < piLeafCount[iR]; i++, j++){
+                ppiLeafList[iP][j] = ppiLeafList[iR][i];
+            }
+
+            /* prepare simulation arena:
+             * - make sure enough memory in sequences
+             * - attach sequence pointers to profiles
+             */
+            /* idea: switch template and query according to nseq? */
+
+            PrepareAlignment(prMSeq, ppcProfile1, ppcProfile2,
+                             pdWeightsL, pdWeightsR, pdSeqWeights,
+                             piLeafCount[iL], ppiLeafList[iL],
+                             piLeafCount[iR], ppiLeafList[iR]);
+            if (rLog.iLogLevelEnabled <= LOG_DEBUG){
+                int i;
+                FILE *fp = LogGetFP(&rLog, LOG_DEBUG);
+                Log(&rLog, LOG_DEBUG, "merging profiles %d & %d", iL, iR);
+                for (i = 0; i < piLeafCount[iL]; i++){
+                    fprintf(fp, "L/#=%3d (ID=%3d, w=%f): %s\n",
+                           i, ppiLeafList[iL][i], pdWeightsL[i], ppcProfile1[i]);
+                }
+                for (i = 0; i < piLeafCount[iR]; i++){
+                    fprintf(fp, "R/#=%3d (ID=%3d, w=%f): %s\n",
+                           i, ppiLeafList[iR][i], pdWeightsR[i], ppcProfile2[i]);
+                }
+            }
+
+
+            
+            /* align individual sequences to HMM;
+             * - use representative sequence to get gapping
+             * - create copies of both, individual/representative sequences
+             *   as we don't want to introduce gaps into original
+             *
+             * FIXME: representative sequence is crutch, should use
+             * full HMM but that does not seem to work at all
+             * -- try harder! Fail better!
+             */
+            if ( (piLeafCount[iL] <= APPLY_BG_HMM_UP_TO_TREE_DEPTH) && (0 != prHMM->L) ){
+                int i, j;
+                pcReprsnt1 = CKCALLOC(prHMM->L+strlen(ppcProfile1[0])+1, sizeof(char));
+                for (i = 0; i < prHMM->L; i++){
+                    pcReprsnt1[i] = prHMM->seq[prHMM->ncons][i+1];
+                }
+                ppcCopy1 = CKCALLOC(piLeafCount[iL], sizeof(char *));
+                for (j = 0; j < piLeafCount[iL]; j++){
+                    ppcCopy1[j] = CKCALLOC(prHMM->L+strlen(ppcProfile1[0])+1, sizeof(char));
+                    for (i = 0; i < (int) strlen(ppcProfile1[0]); i++){
+                        ppcCopy1[j][i] = ppcProfile1[j][i];
+                    }
+                }
+
+                {
+                    /* the size of the elements in the forward/backward matrices 
+                       depends very much on the lengths of the profiles _and_ 
+                       in which position (1st/2nd) the longer/shorter profile/HMM is.
+                       the matrix elements can easily exceed the size of a (long?) double
+                       if the longer profile/HMM is associated with the query (q) and the 
+                       shorter with the target (t). 
+                       FIXME: however, pseudo-count adding may also depend on position, 
+                       this is only really tested for the HMM being in the 1st position (q)
+                       MUST TEST THIS MORE THOROUGHLY
+
+                       this switch appears to be most easily (although unelegantly) 
+                       effected here. Don't want to do it (upstairs) in PrepareAlignment() 
+                       because it might jumble up the nodes. Don't want to do it in hhalign() 
+                       either because ppcProfile1/2 and q/t may be used independently.
+                       FS, r236 -> r237
+                    */
+                    int iLenA = strlen(ppcCopy1[0]);
+                    int iLenH = prHMM->L;
+                    int iHHret = 0;
+                    
+                    if (iLenH < iLenA){
+                        iHHret = hhalign(ppcReprsnt1, 0/* only one representative seq*/, NULL,
+                                         ppcCopy1, piLeafCount[iL], pdWeightsL,
+                                         &dScore, prHMM,
+                                         NULL, NULL, NULL, NULL,
+                                         rHhalignPara, 
+                                         iAux_FS++, /* DEBUG ARGUMENT */
+                                         zcAux, zcError);
+                    }
+                    else {
+                        iHHret = hhalign(ppcCopy1, piLeafCount[iL], pdWeightsL,
+                                         ppcReprsnt1, 0/* only one representative seq*/, NULL,
+                                         &dScore, prHMM,
+                                         NULL, NULL, NULL, NULL,
+                                         rHhalignPara, 
+                                         iAux_FS++, /* DEBUG ARGUMENT */
+                                         zcAux, zcError);
+                    }
+                    if (0 != iHHret){ /* FS, r255 -> */
+                        fprintf(stderr, "%s:%s:%d: (not essential) HMM pre-alignment failed, error %d, \n"
+                                "\t#=%d (len=%d), lead-seq=%s, len(HMM)=%d\tCARRY ON REGARDLESS\n", 
+                                __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, iHHret, 
+                                piLeafCount[iL], (int)strlen(ppcCopy1[0]), prMSeq->sqinfo[ppiLeafList[iL][0]].name, (int)strlen(ppcReprsnt1[0]));
+                    }
+                }
+                pdScores[ppiLeafList[iL][0]] = dScore;
+#if 0
+                printf("score: %f\nL: %s\nH: %s\n",
+                       dScore, ppcCopy1[0], ppcReprsnt1[0]);
+#endif
+                /* assemble 'consensus';
+                 * this is not a real consensus, it is more a gap indicator,
+                 * for each position it consists of residues/gaps in the 1st sequences,
+                 * or a residue (if any) of the other sequences.
+                 * it only contains a gap if all sequences of the profile
+                 * have a gap at this position
+                 */
+                pcConsens1 = CKCALLOC(prHMM->L+strlen(ppcProfile1[0])+1, sizeof(char));
+                for (i = 0; i < prHMM->L; i++){
+                    for (j = 0, pcConsens1[i] = '-'; (j < piLeafCount[iL]) && ('-' == pcConsens1[i]); j++){
+                        pcConsens1[i] = ppcCopy1[j][i];
+                    }
+                }
+#if 0
+                for (j = 0; (j < piLeafCount[iL]); j++){
+                    printf("L%d:%s\n", j, ppcCopy1[j]);
+                }
+                printf("LC:%s\n", pcConsens1);
+#endif
+            } /* ( (1 == piLeafCount[iL]) && (0 != prHMM->L) ) */
+
+            if ( (piLeafCount[iR] <= APPLY_BG_HMM_UP_TO_TREE_DEPTH) && (0 != prHMM->L) ){
+                int i, j;
+
+                pcReprsnt2 = CKCALLOC(prHMM->L+strlen(ppcProfile2[0])+1, sizeof(char));
+                for (i = 0; i < prHMM->L; i++){
+                    pcReprsnt2[i] = prHMM->seq[prHMM->ncons][i+1];
+                }
+                ppcCopy2 = CKCALLOC(piLeafCount[iR], sizeof(char *));
+                for (j = 0; j < piLeafCount[iR]; j++){
+                    ppcCopy2[j] = CKCALLOC(prHMM->L+strlen(ppcProfile2[0])+1, sizeof(char));
+                    for (i = 0; i < (int) strlen(ppcProfile2[0]); i++){
+                        ppcCopy2[j][i] = ppcProfile2[j][i];
+                    }
+                }
+
+                {
+                    /* the size of the elements in the forward/backward matrices 
+                       depends very much on the lengths of the profiles _and_ 
+                       in which position (1st/2nd) the longer/shorter profile/HMM is.
+                       the matrix elements can easily exceed the size of a (long?) double
+                       if the longer profile/HMM is associated with the query (q) and the 
+                       shorter with the target (t). 
+                       FIXME: however, pseudo-count adding may also depend on position, 
+                       this is only really tested for the HMM being in the 1st position (q)
+                       MUST TEST THIS MORE THOROUGHLY
+                       
+                       this switch appears to be most easily (although unelegantly) 
+                       effected here. Don't want to do it (upstairs) in PrepareAlignment() 
+                       because it might jumble up the nodes. Don't want to do it in hhalign() 
+                       either because ppcProfile1/2 and q/t may be used independently.
+                       FS, r236 -> r237
+                    */
+                    int iLenA = strlen(ppcCopy2[0]);
+                    int iLenH = prHMM->L;
+                    int iHHret = 0;
+
+                    if (iLenH < iLenA){
+                        iHHret = hhalign(ppcReprsnt2, 0/* only one representative seq */, NULL,
+                                         ppcCopy2,    piLeafCount[iR], pdWeightsR,
+                                         &dScore, prHMM,
+                                         NULL, NULL, NULL, NULL,
+                                         rHhalignPara, 
+                                         iAux_FS++, /* DEBUG ARGUMENT */
+                                         zcAux, zcError);
+                    }
+                    else {
+                        iHHret = hhalign(ppcCopy2,    piLeafCount[iR], pdWeightsR,
+                                         ppcReprsnt2, 0/* only one representative seq */, NULL,
+                                         &dScore, prHMM,
+                                         NULL, NULL, NULL, NULL,
+                                         rHhalignPara, 
+                                         iAux_FS++, /* DEBUG ARGUMENT */
+                                         zcAux, zcError);
+                    }
+                    if (0 != iHHret){ /* FS, r255 -> */
+                        fprintf(stderr, "%s:%s:%d: (not essential) HMM pre-alignment failed, error %d, \n"
+                                "\t#=%d (len=%d), lead-seq=%s, len(HMM)=%d\tCARRY ON REGARDLESS\n", 
+                                __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, iHHret, 
+                                piLeafCount[iR], (int)strlen(ppcCopy2[0]), prMSeq->sqinfo[ppiLeafList[iR][0]].name, (int)strlen(ppcReprsnt2[0]));
+                    }
+                }
+                pdScores[ppiLeafList[iR][0]] = dScore;
+#if 0
+                printf("H: %s\nR: %s\nscore: %f\n",
+                       ppcReprsnt2[0], ppcCopy2[0], dScore);
+#endif
+                /* assemble 'consensus';
+                 * this is not a real consensus, it is more a gap indicator,
+                 * for each position it consists of residues/gaps in the 1st sequences,
+                 * or a residue (if any) of the other sequences.
+                 * it only contains a gap if all sequences of the profile
+                 * have a gap at this position
+                 */
+                pcConsens2 = CKCALLOC(prHMM->L+strlen(ppcProfile2[0])+1, sizeof(char));
+                for (i = 0; i < prHMM->L; i++){
+                    for (j = 0, pcConsens2[i] = '-'; (j < piLeafCount[iR]) && ('-' == pcConsens2[i]); j++){
+                        pcConsens2[i] = ppcCopy2[j][i];
+                    }
+                }
+#if 0
+                for (j = 0; (j < piLeafCount[iR]); j++){
+                    printf("R%d:%s\n", j, ppcCopy2[j]);
+                }
+                printf("RC:%s\n", pcConsens2);
+#endif
+            } /*  ( (1 == piLeafCount[iR]) && (0 != prHMM->L) ) */
+
+            
+
+            /* do alignment here (before free)
+             */
+            {
+                /* the size of the elements in the forward/backward matrices 
+                   depends very much on the lengths of the profiles _and_ 
+                   in which position (1st/2nd) the longer/shorter profile is.
+                   the matrix elements can easily exceed the size of a (long?) double
+                   if the longer profile is associated with the query (q) and the 
+                   shorter with the target (t). 
+                   this switch appears to be most easily (although unelegantly) 
+                   effected here. Don't want to do it (upstairs) in PrepareAlignment() 
+                   because it might jumble up the nodes. Don't want to do it in hhalign() 
+                   either because ppcProfile1/2 and q/t may be used independently.
+                   FS, r228 -> 229
+                 */
+                int iLen1 = strlen(ppcProfile1[0]);
+                int iLen2 = strlen(ppcProfile2[0]);
+                /* potential problem with empty profiles, FS, r249 -> r250 */
+                if ( (0 == iLen1) || (0 == iLen2) ){
+                    Log(&rLog, LOG_FATAL, "strlen(prof1)=%d, strlen(prof2)=%d -- nothing to align\n", 
+                        iLen1, iLen2);
+                }
+                   
+
+                if (iLen1 < iLen2){
+                    int iHHret = 0;
+                    int iOldMacRam = rHhalignPara.iMacRamMB;
+                    iHHret = hhalign(ppcProfile1, piLeafCount[iL], pdWeightsL,
+                                     ppcProfile2, piLeafCount[iR], pdWeightsR,
+                                     &dScore, prHMM,
+                                     pcConsens1, pcReprsnt1,
+                                     pcConsens2, pcReprsnt2,
+                                     rHhalignPara, 
+                                     iAux_FS++, /* DEBUG ARGUMENT */
+                                     zcAux, zcError);
+
+                    if (RETURN_OK != iHHret){ /* FS, r241 -> */
+                        fprintf(stderr, 
+                                "%s:%s:%d: problem in alignment (profile sizes: %d + %d) (%s + %s), forcing Viterbi\n"
+                                "\thh-error-code=%d (mac-ram=%d)\n",
+                                __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, piLeafCount[iL], piLeafCount[iR],
+                                prMSeq->sqinfo[ppiLeafList[iL][0]].name, prMSeq->sqinfo[ppiLeafList[iR][0]].name,
+                                iHHret, rHhalignPara.iMacRamMB);
+                        /* at this stage hhalign() has failed, 
+                           the only thing we can do (easily) is to re-run it in Viterbi mode, 
+                           for this set MAC-RAM=0, set it back to its original value after 2nd try. 
+                           FS, r241 -> r243 */
+                        if (RETURN_FROM_MAC == iHHret){
+                            /* Note: the default way to run hhalign() is to initially select MAC 
+                               by giving it all the memory it needs. MAC may fail due to overflow (repeats?).
+                               alternatively, the problem may be (genuinely) too big for MAC.
+                               in thses cases it is legitimate to switch to Viterbi. 
+                               However, selecting Viterbi from the outset is an abuse (abomination!), 
+                               should this 1st invocation of Viterbi fail, then we (FS) will overrule 
+                               the user and hammer the system with a massive memory request. 
+                               (Jos 2:19) If anyone goes outside your house into the street, 
+                               his blood will be on his own head; we will not be responsible. FS, r246 -> r247 */
+                            rHhalignPara.iMacRamMB = 0;
+                        }
+                        else {
+                            rHhalignPara.iMacRamMB = REALLY_BIG_MEMORY_MB;
+                        }
+
+                        iHHret = hhalign(ppcProfile1, piLeafCount[iL], pdWeightsL,
+                                         ppcProfile2, piLeafCount[iR], pdWeightsR,
+                                         &dScore, prHMM,
+                                         pcConsens1, pcReprsnt1,
+                                         pcConsens2, pcReprsnt2,
+                                         rHhalignPara, 
+                                         iAux_FS++, /* DEBUG ARGUMENT */
+                                         zcAux, zcError);
+                        if (RETURN_OK != iHHret){ /* at this stage hhalign() has failed twice, 
+                                             1st time MAC, 2nd time Viterbi, don't know what to do else. FS, r241 -> r243 */
+                            fprintf(stderr, "%s:%s:%d: problem in alignment, even Viterbi did not work\n"
+                                    "\thh-error-code=%d (mac-ram=%d)\n",
+                                    __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, iHHret, rHhalignPara.iMacRamMB);
+                            Log(&rLog, LOG_FATAL, "could not perform alignment -- bailing out\n");
+                        }
+                        else {
+                            fprintf(stderr, "%s:%s:%d: 2nd attempt worked", __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__);
+                        }
+                        rHhalignPara.iMacRamMB = iOldMacRam; 
+                    } /* 1st invocation failed */
+
+                } /* 1st profile was shorter than 2nd */
+                else {
+                    int iHHret = 0;
+                    int iOldMacRam = rHhalignPara.iMacRamMB;
+                    iHHret = hhalign(ppcProfile2, piLeafCount[iR], pdWeightsR,
+                                     ppcProfile1, piLeafCount[iL], pdWeightsL,
+                                     &dScore, prHMM,
+                                     pcConsens2, pcReprsnt2,
+                                     pcConsens1, pcReprsnt1,
+                                     rHhalignPara, 
+                                     iAux_FS++, /* DEBUG ARGUMENT */
+                                     zcAux, zcError);
+
+                    if (RETURN_OK != iHHret){ /* FS, r241 -> r243 */
+                        fprintf(stderr, 
+                                "%s:%s:%d: problem in alignment (profile sizes: %d + %d) (%s + %s), forcing Viterbi\n"
+                                "\thh-error-code=%d (mac-ram=%d)\n",
+                                __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, piLeafCount[iL], piLeafCount[iR],
+                                prMSeq->sqinfo[ppiLeafList[iL][0]].name, prMSeq->sqinfo[ppiLeafList[iR][0]].name,
+                                iHHret, rHhalignPara.iMacRamMB);
+                        /* at this stage hhalign() has failed, 
+                           the only thing we can do (easily) is to re-run it in Viterbi mode, 
+                           for this set MAC-RAM=0, set it back to its original value after 2nd try. 
+                           FS, r241 -> r243 */
+                        if (RETURN_FROM_MAC == iHHret){
+                            /* see above */
+                            rHhalignPara.iMacRamMB = 0;
+                        }
+                        else {
+                            rHhalignPara.iMacRamMB = REALLY_BIG_MEMORY_MB;
+                        }
+
+                        iHHret = hhalign(ppcProfile2, piLeafCount[iR], pdWeightsR,
+                                         ppcProfile1, piLeafCount[iL], pdWeightsL,
+                                         &dScore, prHMM,
+                                         pcConsens2, pcReprsnt2,
+                                         pcConsens1, pcReprsnt1,
+                                         rHhalignPara, 
+                                         iAux_FS++, /* DEBUG ARGUMENT */
+                                         zcAux, zcError);
+                        if (RETURN_OK != iHHret){ /* at this stage hhalign() has failed twice, 
+                                             1st time MAC, 2nd time Viterbi, don't know what to do else. FS, r241 -> r243 */
+                            fprintf(stderr, "%s:%s:%d: problem in alignment, even Viterbi did not work\n"
+                                    "\thh-error-code=%d (mac-ram=%d)\n",
+                                    __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, iHHret, rHhalignPara.iMacRamMB);
+                            Log(&rLog, LOG_FATAL, "could not perform alignment -- bailing out\n");
+                        }
+                        else {
+                            fprintf(stderr, "%s:%s:%d: 2nd attempt worked", __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__);
+                        }
+                        rHhalignPara.iMacRamMB = iOldMacRam; 
+                    } /* 1st invocation failed */
+
+                } /* 2nd profile was shorter than 1st */
+                
+            }
+            /* free left/right node lists,
+             * after alignment left/right profiles no longer needed
+             */
+            if (NULL != ppcCopy1){
+                int i;
+                for (i = 0; i <  piLeafCount[iL]; i++){
+                    CKFREE(ppcCopy1[i]);
+                }
+                CKFREE(ppcCopy1);
+                CKFREE(pcReprsnt1);
+                CKFREE(pcConsens1);
+            }
+            if (NULL != ppcCopy2){
+                int i;
+                for (i = 0; i <  piLeafCount[iR]; i++){
+                    CKFREE(ppcCopy2[i]);
+                }
+                CKFREE(ppcCopy2);
+                CKFREE(pcReprsnt2);
+                CKFREE(pcConsens2);
+            }
+            ppiLeafList[iL] = CKFREE(ppiLeafList[iL]);
+            ppiLeafList[iR] = CKFREE(ppiLeafList[iR]);
+            piLeafCount[iL] = piLeafCount[iR] = 0;
+
+        } /* was a merge node */
+
+        if (rLog.iLogLevelEnabled <= LOG_DEBUG){
+            int i, j;
+            FILE *fp = LogGetFP(&rLog, LOG_DEBUG);
+            for (i = 0; i < iNodeCount; i++){
+                if (0 == piLeafCount[i]){
+                    continue;
+                }
+                fprintf(fp, "node %3d, #leaves=%d:\t", i, piLeafCount[i]);
+                for (j = 0; ppiLeafList && (j < piLeafCount[i]); j++){
+                    fprintf(fp, "%d,", ppiLeafList[i][j]);
+                }
+                fprintf(fp, "\n");
+            }
+        }
+
+
+    } /* 0 <= iN < iNodeCount */
+    ProgressDone(prProgress);
+
+
+    /* check length and set length info
+     */
+    iAlnLen = strlen(prMSeq->seq[0]);
+    for (i=0; i<prMSeq->nseqs; i++) {
+#if 0
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "seq no %d: name %s; len %d; %s",
+                  i, prMSeq->sqinfo[i].name, strlen(prMSeq->seq[i]), prMSeq->seq[i]);
+#endif
+        
+#ifndef NDEBUG
+        assert(iAlnLen == strlen(prMSeq->seq[i]));
+#endif
+        prMSeq->sqinfo[i].len = iAlnLen;
+    }
+    prMSeq->aligned = TRUE;
+
+
+    if (rLog.iLogLevelEnabled <= LOG_DEBUG){
+        if (0 != prHMM->L){
+            int i;
+            Log(&rLog, LOG_DEBUG, "Alignment scores with HMM:");
+            for (i = 0; /*pdScores[i] > 0.0*/i < prMSeq->nseqs; i++){
+                Log(&rLog, LOG_DEBUG, "%2d:\t%f\n", i, pdScores[i]);
+            }
+        }
+    }
+
+
+    /** translate back ambiguity residues
+     * hhalign translates ambiguity codes (B,Z) into unknown residues (X).
+     * as we still have the original input we can substitute them back
+     */
+    TranslateUnknown2Ambiguity(prMSeq);
+    ReAttachLeadingGaps(prMSeq, iProfProfSeparator);
+
+    if (NULL == prHMMList){
+        CKFREE(prHMM);
+    }
+    CKFREE(ppcProfile2);
+    CKFREE(ppcProfile1);
+    CKFREE(ppiLeafList[piOrderLR[DIFF_NODE*(iNodeCount-1)+PRNT_NODE]]);
+    CKFREE(ppiLeafList);
+    CKFREE(piLeafCount);
+    CKFREE(pdScores);
+    FreeProgress(&prProgress);
+    CKFREE(pdWeightsL);
+    CKFREE(pdWeightsR);
+
+#if TIMING
+    StopwatchStop(stopwatch);
+    StopwatchDisplay(stdout, "Total time for HHalignWrapper():" , stopwatch);
+    StopwatchFree(stopwatch);
+#endif
+
+    return dScore; /* FIXME alternative: return averaged pdScores */
+
+}
+/***   end: HHalignWrapper() ***/
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/hhalign_wrapper.h b/binaries/src/clustalo/src/clustal/hhalign_wrapper.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..385a7ec
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,24 @@
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: hhalign_wrapper.h 241 2011-05-04 14:37:17Z fabian $
+ */
+
+
+extern double
+HHalignWrapper(mseq_t *mseq, int *piOrderLR,
+               double *pdSeqWeights, int iNodeCount,
+               hmm_light *prHMMList, int iHMMCount,
+               int iProfProfSeparator, hhalign_para rHhalignPara);
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/ktuple_pair.c b/binaries/src/clustalo/src/clustal/ktuple_pair.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..3ea9ca9
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,842 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: ktuple_pair.c 230 2011-04-09 15:37:50Z andreas $
+ *
+ *
+ * K-Tuple code for pairwise alignment (Wilbur and Lipman, 1983; PMID
+ * 6572363). Most code taken from showpair.c (Clustal 1.83)
+ * DD: some functions now have lots of parameters as static variables
+ * were removed to make code OpenMP-friendly
+ *
+ */
+
+#ifdef HAVE_CONFIG_H
+#include "config.h"
+#endif
+
+
+#include <stdio.h>
+#include <string.h>
+#include <ctype.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <math.h>
+#include <assert.h>
+
+#ifdef HAVE_OPENMP
+#include <omp.h>
+#endif
+
+#include "squid/squid.h"
+#include "util.h"
+#include "symmatrix.h"
+#include "ktuple_pair.h"
+#include "log.h"
+#include "progress.h"
+
+#define END_MARK -3 /* see interface.c in 1.83 */
+#define NUMRES 32 /* max size of comparison matrix */
+
+/* see notes below */
+#undef SORT_LAST_ELEMENT_AS_WELL
+
+/* gap_pos1 = NUMRES-2; /@ code for gaps inserted by clustalw @/ */
+static const int GAP_POS2 = NUMRES-1; /* code for gaps already in alignment */
+static bool DNAFLAG = FALSE;
+
+static const char *AMINO_ACID_CODES = "ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWXYZ-";
+static const char *NUCLEIC_ACID_CODES = "ACGTUN-";
+/* As far as I understand the gap symbol should not be necessary here,
+ * because we use isgap for testing later anyway. But changing this,
+ * will affect max_res_code and max_nuc as well. So I leave it for now
+ * as it is. AW
+ */
+
+static bool percent = TRUE;
+
+static void make_ptrs(int *tptr, int *pl, const int naseq, const int l, const int ktup, const int max_res_code, char **seq_array);
+static void put_frag(const int fs, const int v1, const int v2, const int flen, const int curr_frag, int *next, int *maxsf, int **accum);
+static bool frag_rel_pos(int a1, int b1, int a2, int b2, int ktup);
+static void des_quick_sort(int *array1, int *array2, const int array_size);
+static void pair_align(int seq_no, int l1, int l2, int max_res_code, ktuple_param_t *aln_param,
+    char **seq_array, int *maxsf, int **accum, int max_aln_length,
+    int *zza, int *zzb, int *zzc, int *zzd);
+static void encode(char *seq, char *naseq, int l, const char *res_codes);
+static int res_index(const char *lookup, char c);
+
+
+typedef struct {
+    int i1;
+    int i2;
+} two_ints_t;
+
+
+
+/* default ktuple pairwise alignment parameters
+ *
+ */
+/* protein
+ */
+/* designated initializer */
+const ktuple_param_t default_protein_param = {
+     .ktup = 1,
+     .wind_gap = 3,
+     .signif = 5,
+     .window = 5,
+};
+/* dna
+ */
+/* designated initializer */
+const ktuple_param_t default_dna_param = {
+    .ktup = 2,
+    .wind_gap = 5,
+    .signif = 4,
+    .window = 4,
+};
+
+
+/**
+ * note: naseq should be unit-offset
+ */
+static void
+encode(char *seq, char *naseq, int l, const char *res_codes)
+{
+    /* code seq as ints .. use GAP_POS2 for gap */
+    register int i;
+    bool seq_contains_unknown_char = FALSE;
+    /*LOG_DEBUG("seq=%s naseq=%p l=%d", &(seq[1]), naseq, l); */
+
+
+    for (i=1; i<=l; i++) {
+        char res = toupper(seq[i]);
+        if (isgap(res)) {
+            naseq[i] = GAP_POS2; /* gap in input */
+        } else {
+            naseq[i] = res_index(res_codes, res);
+        }
+
+        /*LOG_DEBUG("Character '%c' at pos %d", res, i);*/
+        if (-1 == naseq[i]) {
+            seq_contains_unknown_char = TRUE;
+            /*LOG_DEBUG("Unknown character '%c' at pos %d", res, i);*/
+        }
+        /*LOG_DEBUG("na_seq[%d]=%d", i, naseq[i]);*/
+    }
+
+    if (TRUE == seq_contains_unknown_char)
+        Log(&rLog, LOG_WARN, "Unknown character in seq '%s'", &(seq[1]));
+
+    naseq[i] = END_MARK;
+
+    return;
+}
+/* end of encode */
+
+
+/**
+ *
+ */
+static int
+res_index(const char *t, char c)
+{
+    register int i;
+    for (i=0; t[i] && t[i] != c; i++)
+        ;
+    if (t[i]) {
+        return (i);
+    } else {
+        return -1;
+    }
+}
+/* end of res_index */
+
+
+/**
+ *
+ */
+static void
+make_ptrs(int *tptr, int *pl, const int naseq, const int l, const int ktup, const int max_res_code, char **seq_array)
+{
+    /* FIXME make 10 a constant and give it a nice name */
+    static int a[10];
+    int i, j, code, flag;
+    char residue;
+    const int limit = (int) pow((double)(max_res_code+1),(double)ktup);
+
+    for (i=1;i<=ktup;i++)
+        a[i] = (int) pow((double)(max_res_code+1),(double)(i-1));
+
+    for (i=1; i<=limit; ++i)
+        pl[i]=0;
+    for (i=1; i<=l; ++i)
+        tptr[i]=0;
+
+    for (i=1; i<=(l-ktup+1); ++i) {
+        code=0;
+        flag=FALSE;
+        for (j=1; j<=ktup; ++j) {
+            /* Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "naseq=%d i=%d j=%d seq_array[naseq]=%p",
+             * naseq, i, j, seq_array[naseq]);
+             */
+            residue = seq_array[naseq][i+j-1];
+            /* Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "residue = %d", residue); */
+            if ((residue<0) || (residue > max_res_code)){
+                flag=TRUE;
+                break;
+            }
+            code += ((residue) * a[j]);
+        }
+        if (flag)
+            continue;
+        ++code;
+        if (0 != pl[code])
+            tptr[i] =pl[code];
+        pl[code] = i;
+    }
+
+    return;
+}
+/* end of make_ptrs */
+
+
+/**
+ *
+ * FIXME Why hardcoding of 5?
+ */
+static void
+put_frag(const int fs, const int v1, const int v2, const int flen, const int curr_frag, int *next, int *maxsf, int **accum)
+{
+    int end;
+    accum[0][curr_frag]=fs;
+    accum[1][curr_frag]=v1;
+    accum[2][curr_frag]=v2;
+    accum[3][curr_frag]=flen;
+
+    if (!*maxsf) {
+        *maxsf=1;
+        accum[4][curr_frag]=0;
+        return;
+    }
+
+    if (fs >= accum[0][*maxsf]) {
+        accum[4][curr_frag]=*maxsf;
+        *maxsf=curr_frag;
+        return;
+    } else {
+        *next=*maxsf;
+        while (TRUE) {
+            end=*next;
+            *next=accum[4][*next];
+            if (fs>=accum[0][*next])
+                break;
+        }
+        accum[4][curr_frag]=*next;
+        accum[4][end]=curr_frag;
+    }
+
+    return;
+}
+/* end of put_frag */
+
+
+/**
+ *
+ */
+static bool
+frag_rel_pos(int a1, int b1, int a2, int b2, int ktup)
+{
+    if (a1-b1 == a2-b2) {
+        if (a2<a1) {
+            return TRUE;
+        }
+    } else {
+        if (a2+ktup-1<a1 && b2+ktup-1<b1) {
+            return TRUE;
+        }
+    }
+    return FALSE;
+}
+/* end of frag_rel_pos */
+
+
+
+
+/**
+ *
+ * @note: This is together with des_quick_sort most time consuming
+ * routine according to gprof on r110. Tried to replace it with qsort
+ * and/or QSortAndTrackIndex(), which is always slower! So we keep the
+ * original.
+ *
+ * Original doc: Quicksort routine, adapted from chapter 4, page 115
+ * of software tools by Kernighan and Plauger, (1986). Sort the
+ * elements of array1 and sort the elements of array2 accordingly
+ *
+ * There might be a bug here. The original function apparently never
+ * touches the last element and keeps it as is. Tried to fix this (see
+ * SORT_LAST_ELEMENT_AS_WELL) which gives slightly worse performance
+ * (-0.5% on BB). My fix might not be working or it's not a bug at
+ * all...
+ *
+ *
+ *
+ */
+static void
+des_quick_sort(int *array1, int *array2, const int array_size)
+{
+    int temp1, temp2;
+    int p, pivlin;
+    int i, j;
+    int lst[50], ust[50];       /* the maximum no. of elements must be*/
+                                /* < log(base2) of 50 */
+
+#if 0
+    for (i=1; i<=array_size; i++) {
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "b4 sort array1[%d]=%d array2[%d]=%d", i, array1[i], i, array2[i]);
+    }
+#endif
+    lst[1] = 1;
+
+#ifdef SORT_LAST_ELEMENT_AS_WELL
+    ust[1] = array_size;
+#else
+    /* original */
+    ust[1] = array_size-1;
+#endif
+    p = 1;
+
+
+    while (p > 0) {
+        if (lst[p] >= ust[p]) {
+            p--;
+        } else {
+            i = lst[p] - 1;
+            j = ust[p];
+            pivlin = array1[j];
+            while (i < j) {
+                for (i=i+1; array1[i] < pivlin; i++)
+                    ;
+                for (j=j-1; j > i; j--)
+                    if (array1[j] <= pivlin) break;
+                if (i < j) {
+                    temp1     = array1[i];
+                    array1[i] = array1[j];
+                    array1[j] = temp1;
+
+                    temp2     = array2[i];
+                    array2[i] = array2[j];
+                    array2[j] = temp2;
+                }
+            }
+
+            j = ust[p];
+
+            temp1     = array1[i];
+            array1[i] = array1[j];
+            array1[j] = temp1;
+
+            temp2     = array2[i];
+            array2[i] = array2[j];
+            array2[j] = temp2;
+
+            if (i-lst[p] < ust[p] - i) {
+                lst[p+1] = lst[p];
+                ust[p+1] = i - 1;
+                lst[p]   = i + 1;
+
+            } else {
+                lst[p+1] = i + 1;
+                ust[p+1] = ust[p];
+                ust[p]   = i - 1;
+            }
+            p = p + 1;
+        }
+    }
+
+#if 0
+    for (i=1; i<=array_size; i++) {
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "after sort array1[%d]=%d array2[%d]=%d", i, array1[i], i, array2[i]);
+    }
+#endif
+
+    return;
+}
+/* end of des_quick_sort */
+
+
+
+/**
+ *
+ * FIXME together with des_quick_sort most time consuming routine
+ * according to gprof on r110
+ *
+ */
+static void
+pair_align(int seq_no, int l1, int l2, int max_res_code, ktuple_param_t *aln_param,
+    char **seq_array, int *maxsf, int **accum, int max_aln_length,
+    int *zza, int *zzb, int *zzc, int *zzd)
+{
+    int next; /* forrmerly static */
+    int pot[8],i, j, l, m, flag, limit, pos, vn1, vn2, flen, osptr, fs;
+    int tv1, tv2, encrypt, subt1, subt2, rmndr;
+    char residue;
+    int *diag_index;
+    int *displ;
+    char *slopes;
+    int curr_frag;
+    const int tl1 = (l1+l2)-1;
+
+    assert(NULL!=aln_param);
+
+    /*
+      Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "DNAFLAG=%d seq_no=%d l1=%d l2=%d window=%d ktup=%d signif=%d wind_gap=%d",
+      DNAFLAG, seq_no, l1, l2, window, ktup, signif,
+      wind_gap);
+    */
+
+    slopes = (char *) CKCALLOC(tl1+1, sizeof(char));
+    displ = (int *) CKCALLOC(tl1+1, sizeof(int));
+    diag_index = (int *) CKMALLOC((tl1+1) * sizeof(int));
+
+    for (i=1; i<=tl1; ++i) {
+        /* unnecessary, because we calloced: slopes[i] = displ[i] = 0; */
+        diag_index[i] = i;
+    }
+
+    for (i=1;i<=aln_param->ktup;i++)
+        pot[i] = (int) pow((double)(max_res_code+1),(double)(i-1));
+    limit = (int) pow((double)(max_res_code+1),(double)aln_param->ktup);
+
+
+
+    /* increment diagonal score for each k_tuple match */
+
+    for (i=1; i<=limit; ++i) {
+        vn1=zzc[i];
+        while (TRUE) {
+            if (!vn1) break;
+            vn2 = zzd[i];
+            while (0 != vn2) {
+                osptr = vn1-vn2+l2;
+                ++displ[osptr];
+                vn2 = zzb[vn2];
+            }
+            vn1=zza[vn1];
+        }
+    }
+
+
+    /* choose the top SIGNIF diagonals
+     */
+
+#ifdef QSORT_REPLACEMENT
+    /* This was an attempt to replace des_quick_sort with qsort(),
+     * which turns out to be much slower, so don't use this
+     */
+
+    /* FIXME: if we use this branch, we don't need to init diag_index
+     * before, because that is done in QSortAndTrackIndex()
+     * automatically.
+     */
+#if 0
+    for (i=1; i<=tl1; i++) {
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "b4 sort disp[%d]=%d diag_index[%d]=%d", i, diag_index[i], i, displ[i]);
+    }
+#endif
+
+    QSortAndTrackIndex(&(diag_index[1]), &(displ[1]), tl1, 'a', TRUE);
+
+#if 0
+    for (i=1; i<=tl1; i++) {
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "after sort disp[%d]=%d diag_index[%d]=%d", i, diag_index[i], i, displ[i]);
+    }
+#endif
+
+#else
+
+    des_quick_sort(displ, diag_index, tl1);
+
+#endif
+
+    j = tl1 - aln_param->signif + 1;
+
+    if (j < 1) {
+        j = 1;
+    }
+
+    /* flag all diagonals within WINDOW of a top diagonal */
+
+    for (i=tl1; i>=j; i--)  {
+        if (displ[i] > 0) {
+            pos = diag_index[i];
+            l = (1   > pos - aln_param->window) ?
+                1 :  pos - aln_param->window;
+            m = (tl1 < pos + aln_param->window) ?
+                tl1 : pos + aln_param->window;
+            for (; l <= m; l++)
+                slopes[l] = 1;
+        }
+    }
+
+    for (i=1; i<=tl1; i++) {
+        displ[i] = 0;
+    }
+
+    curr_frag=*maxsf=0;
+
+    for (i=1; i<=(l1-aln_param->ktup+1); ++i) {
+        encrypt=flag=0;
+        for (j=1; j<=aln_param->ktup; ++j) {
+            residue = seq_array[seq_no][i+j-1];
+            if ((residue<0) || (residue>max_res_code)) {
+                flag=TRUE;
+                break;
+            }
+            encrypt += ((residue)*pot[j]);
+        }
+        if (flag) {
+            continue;
+        }
+        ++encrypt;
+
+        vn2=zzd[encrypt];
+
+        flag=FALSE;
+        while (TRUE) {
+            if (!vn2) {
+                flag=TRUE;
+                break;
+            }
+            osptr=i-vn2+l2;
+            if (1 != slopes[osptr]) {
+                vn2=zzb[vn2];
+                continue;
+            }
+            flen=0;
+            fs=aln_param->ktup;
+            next=*maxsf;
+
+            /*
+             * A-loop
+             */
+
+            while (TRUE) {
+                if (!next) {
+                    ++curr_frag;
+                    if (curr_frag >= 2*max_aln_length) {
+                        Log(&rLog, LOG_VERBOSE, "(Partial alignment)");
+                        goto free_and_exit; /* Yesss! Always wanted to
+                                             * use a goto (AW) */
+                    }
+                    displ[osptr]=curr_frag;
+                    put_frag(fs, i, vn2, flen, curr_frag, &next, maxsf, accum);
+
+                } else {
+                    tv1=accum[1][next];
+                    tv2=accum[2][next];
+
+                    if (frag_rel_pos(i, vn2, tv1, tv2, aln_param->ktup)) {
+                        if (i-vn2 == accum[1][next]-accum[2][next]) {
+                            if (i > accum[1][next]+(aln_param->ktup-1)) {
+                                fs = accum[0][next]+aln_param->ktup;
+                            } else {
+                                rmndr = i-accum[1][next];
+                                fs = accum[0][next]+rmndr;
+                            }
+                            flen=next;
+                            next=0;
+                            continue;
+
+                        } else {
+                            if (0 == displ[osptr]) {
+                                subt1=aln_param->ktup;
+                            } else {
+                                if (i > accum[1][displ[osptr]]+(aln_param->ktup-1)) {
+                                    subt1=accum[0][displ[osptr]]+aln_param->ktup;
+                                } else {
+                                    rmndr=i-accum[1][displ[osptr]];
+                                    subt1=accum[0][displ[osptr]]+rmndr;
+                                }
+                            }
+                            subt2=accum[0][next] - aln_param->wind_gap + aln_param->ktup;
+                            if (subt2>subt1) {
+                                flen=next;
+                                fs=subt2;
+                            } else {
+                                flen=displ[osptr];
+                                fs=subt1;
+                            }
+                            next=0;
+                            continue;
+                        }
+                    } else {
+                        next=accum[4][next];
+                        continue;
+                    }
+                }
+                break;
+            }
+            /*
+             * End of Aloop
+             */
+
+            vn2=zzb[vn2];
+        }
+    }
+
+free_and_exit:
+    CKFREE(displ);
+    CKFREE(slopes);
+    CKFREE(diag_index);
+
+    return;
+}
+/* end of pair_align */
+
+
+
+/**
+ *
+ * Will compute ktuple scores and store in tmat
+ * Following values will be set: tmat[i][j], where
+ * istart <= i <iend
+ * and
+ * jstart <= j < jend
+ * i.e. zero-offset
+ * tmat data members have to be preallocated
+ *
+ * if ktuple_param_t *aln_param == NULL defaults will be used
+ */
+void
+KTuplePairDist(symmatrix_t *tmat, mseq_t *mseq,
+               int istart, int iend,
+               int jstart, int jend,
+               ktuple_param_t *param_override,
+               progress_t *prProgress, 
+               unsigned long int *ulStepNo, unsigned long int ulTotalStepNo)
+{
+    /* this first group of variables were previously static
+       and hence un-parallelisable */
+    char **seq_array;
+    int maxsf;
+    int **accum;
+    int max_aln_length;
+    /* divide score with length of smallest sequence */
+    int *zza, *zzb, *zzc, *zzd;
+    int private_step_no = 0;
+
+    int i, j, dsr;
+    double calc_score;
+    int max_res_code = -1;
+
+    int max_seq_len;
+    int *seqlen_array;
+    /* progress_t *prProgress; */
+    /* int uStepNo, uTotalStepNo; */
+    ktuple_param_t aln_param = default_protein_param;
+    bool bPrintCR = (rLog.iLogLevelEnabled<=LOG_VERBOSE) ? FALSE : TRUE;
+
+
+    if(prProgress == NULL) {
+        NewProgress(&prProgress, LogGetFP(&rLog, LOG_INFO), 
+                    "Ktuple-distance calculation progress", bPrintCR);
+    }
+
+    /* conversion to old style data types follows
+     *
+     */
+
+    seqlen_array = (int*) CKMALLOC((mseq->nseqs+1) * sizeof(int));
+    for (i=0; i<mseq->nseqs; i++) {
+        seqlen_array[i+1] = mseq->sqinfo[i].len;
+    }
+
+    /* setup alignment parameters
+     */
+    if (SEQTYPE_PROTEIN == mseq->seqtype) {
+        DNAFLAG = FALSE;
+        max_res_code = strlen(AMINO_ACID_CODES)-2;
+        aln_param = default_protein_param;
+
+    } else if (SEQTYPE_RNA == mseq->seqtype || SEQTYPE_DNA == mseq->seqtype) {
+        DNAFLAG = TRUE;
+        max_res_code = strlen(NUCLEIC_ACID_CODES)-2;
+        aln_param = default_dna_param;
+
+    } else {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Internal error in %s: Unknown sequence type.", __FUNCTION__);
+    }
+
+    if (NULL!=param_override) {
+        aln_param.ktup = param_override->ktup;
+        aln_param.wind_gap = param_override->wind_gap;
+        aln_param.signif = param_override->signif;
+        aln_param.window = param_override->window;
+    }
+
+    /*LOG_DEBUG("DNAFLAG = %d max_res_code = %d", DNAFLAG, max_res_code);*/
+
+    /* convert mseq to clustal's old-style int encoded sequences (unit-offset)
+     */
+    max_aln_length = 0;
+    max_seq_len = 0;
+    seq_array =  (char **) CKMALLOC((mseq->nseqs+1) * sizeof(char *));
+    seq_array[0] = NULL;
+    /* FIXME check that non of the seqs is smaller than ktup (?).
+     * Otherwise segfault occurs
+     */
+    for (i=0; i<mseq->nseqs; i++) {
+        seq_array[i+1] = (char *) CKMALLOC((seqlen_array[i+1]+2) * sizeof (char));;
+    }
+    for (i=0; i<mseq->nseqs; i++) {
+        /*LOG_DEBUG("calling encode with seq_array[%d+1] len=%d and seq=%s",
+          i, seqlen_array[i+1], mseq->seq[i]);*/
+        if (TRUE == DNAFLAG) {
+            encode(&(mseq->seq[i][-1]), seq_array[i+1],
+                   seqlen_array[i+1], NUCLEIC_ACID_CODES);
+        } else  {
+            encode(&(mseq->seq[i][-1]), seq_array[i+1],
+                   seqlen_array[i+1], AMINO_ACID_CODES);
+        }
+
+        if (seqlen_array[i+1]>max_seq_len) {
+            max_seq_len = seqlen_array[i+1];
+        }
+    }
+    max_aln_length = max_seq_len * 2;
+    /* see sequence.c in old source */
+
+    /* FIXME: short sequences can cause seg-fault 
+     * because max_aln_length can get shorter 
+     * than (max_res_code+1)^k 
+     * FS, r222->r223 */
+    max_aln_length = max_aln_length > pow((max_res_code+1), aln_param.ktup)+1 ? 
+        max_aln_length : pow((max_res_code+1), aln_param.ktup)+1;
+
+    /*
+     *
+     * conversion to old style clustal done (in no time) */
+
+
+    accum = (int **) CKCALLOC(5, sizeof (int *));
+    for (i=0;i<5;i++) {
+        accum[i] = (int *) CKCALLOC((2*max_aln_length+1), sizeof(int));
+    }
+    zza = (int *) CKCALLOC( (max_aln_length+1), sizeof(int));
+    zzb = (int *) CKCALLOC( (max_aln_length+1), sizeof(int));
+    zzc = (int *) CKCALLOC( (max_aln_length+1), sizeof(int));
+    zzd = (int *) CKCALLOC( (max_aln_length+1), sizeof(int));
+
+    /* estimation of total number of steps (if istart and jstart are
+     * both 0) (now handled in the calling routine)
+     */
+    /* uTotalStepNo = iend*jend - iend*iend/2 + iend/2;
+    uStepNo = 0; */
+    /*LOG_DEBUG("istart=%d iend=%d jstart=%d jend=%d", istart, iend, jstart, jend);*/
+
+    for (i=istart+1; i<=iend; ++i) {
+        /* by definition a sequence compared to itself should give
+           a score of 0. AW */
+        SymMatrixSetValue(tmat, i-1, i-1, 0.0);
+        make_ptrs(zza, zzc, i, seqlen_array[i], aln_param.ktup, max_res_code, seq_array);
+
+#ifdef HAVE_OPENMP
+        #pragma omp critical(ktuple)
+#endif
+        {
+            ProgressLog(prProgress, *ulStepNo, ulTotalStepNo, FALSE);
+        }
+
+        for (j=MAX(i+1, jstart+1); j<=jend; ++j) {
+            (*ulStepNo)++;
+            private_step_no++;
+            /*LOG_DEBUG("comparing pair %d:%d", i, j);*/
+
+            make_ptrs(zzb, zzd, j, seqlen_array[j], aln_param.ktup, max_res_code, seq_array);
+            pair_align(i, seqlen_array[i], seqlen_array[j], max_res_code, &aln_param,
+                seq_array, &maxsf, accum, max_aln_length, zza, zzb, zzc, zzd);
+
+            if (!maxsf) {
+                calc_score=0.0;
+            } else {
+                calc_score=(double)accum[0][maxsf];
+                if (percent) {
+                    dsr=(seqlen_array[i]<seqlen_array[j]) ?
+                        seqlen_array[i] : seqlen_array[j];
+                    calc_score = (calc_score/(double)dsr) * 100.0;
+                }
+            }
+
+            /* printf("%d %d %d\n", i-1, j-1, (100.0 - calc_score)/100.0); */
+            SymMatrixSetValue(tmat, i-1, j-1, (100.0 - calc_score)/100.0);
+
+            /* the function allows you not to compute the full matrix.
+             * here we explicitely make the resulting matrix a
+             * rectangle, i.e. we always set full rows. in other
+             * words, if we don't complete the full matrix then we
+             * don't have a full symmetry. so only use the defined
+             * symmetric part. AW
+             */
+            /*LOG_DEBUG("setting %d : %d = %f", j, i, tmat[i][j]);*/
+            /* not needed anymore since we use symmatrix_t
+               if (j<=iend) {
+               tmat[j][i] = tmat[i][j];
+               }
+            */
+#ifdef HAVE_OPENMP
+            #pragma omp critical(ktuple)
+#endif
+            {
+                Log(&rLog, LOG_DEBUG, "K-tuple distance for sequence pair %d:%d = %lg",
+                    i, j, SymMatrixGetValue(tmat, i-1, j-1));
+            }
+        }
+    }
+    /*
+      Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "uTotalStepNo=%d for istart=%d iend=%d jstart=%d jend=%d", uStepNo, istart, iend, jstart, jend);
+      Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Fabian = %d", iend*jend - iend*iend/2 + iend/2);
+    */
+
+/*    printf("\n\n%d\t%d\t%d\t%d\n\n", omp_get_thread_num(), uStepNo, istart, iend); */
+
+    for (i=0;i<5;i++) {
+        CKFREE(accum[i]);
+    }
+    CKFREE(accum);
+
+#ifdef HAVE_OPENMP
+    #pragma omp critical(ktuple)
+#if 0
+    {
+    printf("steps: %d\n", private_step_no);
+    }
+#endif
+#endif
+
+    CKFREE(zza);
+    CKFREE(zzb);
+    CKFREE(zzc);
+    CKFREE(zzd);
+
+    free(seqlen_array);
+
+    for (i=1; i<=mseq->nseqs; i++) {
+        CKFREE(seq_array[i]);
+    }
+    CKFREE(seq_array);
+}
+/* end of KTuplePairDist */
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/ktuple_pair.h b/binaries/src/clustalo/src/clustal/ktuple_pair.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..013248f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,47 @@
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: ktuple_pair.h 193 2011-02-07 15:45:21Z andreas $
+ */
+
+/* K-Tuple code for pairwise alignment (Wilbur and Lipman (1983)
+ * Most code taken from showpair (Clustal 1.83)
+ */
+
+
+#ifndef CLUSTALO_KTUPLE_PAIR_H
+#define CLUSTALO_KTUPLE_PAIR_H
+
+#include "seq.h"
+#include "symmatrix.h"
+#include "progress.h"
+
+typedef struct {
+    int ktup;
+    int window;
+    int wind_gap;
+    int signif;
+} ktuple_param_t;
+
+
+extern void
+KTuplePairDist(symmatrix_t *tmat, mseq_t *mseq,
+               int istart, int iend,
+               int jstart, int jend,
+               ktuple_param_t *aln_param,
+               progress_t *prProgress, 
+                          unsigned long int *ulStepNo, unsigned long int ulTotalStepNo);
+
+#endif
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/list.c b/binaries/src/clustalo/src/clustal/list.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..29c6a35
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,389 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4;  indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: list.c 156 2010-11-18 10:52:40Z andreas $
+ *
+ * Single linked list and FIFO/Queue
+ *
+ * Based on Kyle Loudon's Mastering Algorithms with C
+ * http://oreilly.com/catalog/9781565924536
+ *
+ * Allows generic data types by using void* pointers, which works fine
+ * as long as your data is just pointers.
+ *
+ */
+
+
+#ifdef HAVE_CONFIG_H
+#include "config.h"
+#endif
+
+#include <assert.h>
+#include <string.h> /* for memset */
+
+#include "list.h"
+
+#ifdef LIST_TEST
+#include <stdio.h>
+#include "queue.h"
+#include "time.h"
+#endif
+
+/**
+ * @brief Initialise data members of a list
+ *
+ * @param[in] prList
+ * List to initialise
+ * @param[in] destroy
+ * A function to be called with pointer to data when destroying the
+ * list. NULL if in doubt, free in most other cases.
+ * Note: doxygen will always fail to parse this...
+ */
+void
+ListInit(list_t *prList, void (*destroy)(void *data)) {
+    prList->size = 0;
+    prList->destroy = destroy;
+    prList->head = NULL;
+    prList->tail = NULL;
+    
+    return;
+}
+/* end of ListInit() */
+
+
+
+/**
+ * @brief Calls user defined function to free data in list and resets
+ * the list to NULL. Call even if your destroy function is NULL.
+ *
+ * @param[in] prList
+ * The list to destroy
+ *
+ */
+void
+ListDestroy(list_t *prList) {
+    void *pvData;
+
+    while (LIST_SIZE(prList) > 0) {
+        if (0 == ListRemoveNext(prList, NULL, (void **)&pvData)
+            &&
+            NULL != prList->destroy) {
+            prList->destroy(pvData);
+        }
+    }
+    /* precaution */
+    memset(prList, 0, sizeof(list_t));
+    
+    return;
+}
+/* end of ListDestroy() */
+
+
+
+/**
+ *
+ * @brief Insert data next to given element
+ *
+ * @param[in] prList
+ * List into which to insert
+ * @param[in] prElement
+ * Current position/element. Element after which to insert. If NULL
+ * head is used.
+ * @param[in] pvData
+ * Pointer to data to store
+ *
+ * @return Non-zero on failure
+ */
+int
+ListInsertNext(list_t *prList, list_elem_t *prElement, const void *pvData)
+{
+    list_elem_t *prNewElement;
+
+    if (NULL == (prNewElement = (list_elem_t *) malloc(sizeof(list_elem_t))))
+        return -1;
+
+    prNewElement->data = (void *)pvData;
+    if (NULL == prElement) {
+        /* insertion at head */
+        if (LIST_SIZE(prList) == 0)
+            prList->tail = prNewElement;
+        prNewElement->next = prList->head;
+        prList->head = prNewElement;
+        
+    } else {
+        /* insert somewhere other than at head */
+        if (NULL == prElement->next)
+            prList->tail = prNewElement;
+        prNewElement->next = prElement->next;
+        prElement->next = prNewElement;
+    }
+
+    prList->size++;
+
+    return 0;
+}
+/* end of ListInsertNext() */
+
+
+
+/**
+ * @brief Remove next element from current element/position.
+ *
+ * @param[in] prList
+ * List from which an element is to be removed.
+ * @param[in] prElement
+ * Current element/position. Next item will be removed. If NULL head
+ * is used.
+ * @param[out] pvData_p
+ * Will be pointed to removed elements data.
+ *
+ * @return Non-zero on failure
+ */
+int
+ListRemoveNext(list_t *prList, list_elem_t *prElement, void **pvData_p)
+{
+    list_elem_t *prOldElement;
+
+    if (0 == LIST_SIZE(prList))
+        return -1;
+
+    if (NULL == prElement) {
+        /* handle removal from the head of the list */
+        *pvData_p = prList->head->data;
+        prOldElement = prList->head;
+        prList->head = prList->head->next;
+        if (1 == LIST_SIZE(prList))
+            prList->tail = NULL;
+        
+    } else {
+        /* handle removal from somewhere other than the head */        
+        if (NULL == prElement->next)
+            return -1;
+
+        *pvData_p = prElement->next->data;
+        prOldElement = prElement->next;
+        prElement->next = prElement->next->next;
+        
+        if (NULL == prElement->next)
+            prList->tail = prElement;
+    }
+
+    free(prOldElement);
+
+    prList->size--;
+
+    return 0;
+}
+/* end of ListRemoveNext() */
+
+
+
+/**
+ * @brief Insert int next to given element
+ *
+ * @param[in] prList
+ * List into which to insert
+ * @param[in] prElement
+ * Current position/element. Element after which to insert. If NULL
+ * head is used.
+ * @param[in] data
+ * int to store
+ *
+ * @return Non-zero on failure
+ *
+ */
+int
+IntListInsertNext(list_t *prList, list_elem_t *prElement, const int data)
+{
+    int *piInt;
+
+    if (NULL == (piInt = malloc(sizeof(int)))) {
+        return -1;
+    }
+    *piInt = data;
+    
+    return ListInsertNext(prList, prElement, piInt);
+ }
+/* end if IntListInsertNext() */
+
+
+/**
+ * @brief Remove next element from current element/position.
+ *
+ * @param[in] prList
+ * List from which an element is to be removed.
+ * @param[in] prElement
+ * Current element/position. Next item will be removed. If NULL head
+ * is used.
+ * @param[out] iData_p
+ * Will be pointed to removed elements data.
+ *
+ * @return Non-zero on failure
+ *
+ */
+int
+IntListRemoveNext(list_t *prList, list_elem_t *prElement, int *iData_p)
+{
+    int *piData;
+    int res;
+    res = ListRemoveNext(prList, prElement, (void **)&piData);
+    *iData_p = *piData;
+    prList->destroy(piData);
+    return res;
+}
+/* end of IntListRemoveNext */
+
+
+
+
+#ifdef LIST_TEST
+/* gcc list.c -o list_test -ansi -Wall -DLIST_TEST */
+   
+int main(int argc, char **argv)
+{
+
+    int i;
+    list_t *mylist;
+    int_list_t *myintlist;
+    queue_t *myqueue;
+    int_queue_t *myintqueue;
+    int res;
+
+    int iSeed = (int)time(NULL);
+    srand((unsigned int)iSeed);
+    
+    printf("%s", "list test! also delete #include!\n");
+        
+
+    mylist = malloc(sizeof(list_t));
+    ListInit(mylist, NULL);
+
+    printf("LIST test\n");
+
+    for (i=0; i<argc; i++) {
+        res = LIST_APPEND(mylist, argv[i]);
+        printf("LIST Result for appending '%s' was %d\n", argv[i], res);
+    }
+
+    while (LIST_SIZE(mylist)) {
+        char *argv_ptr;
+        if (ListRemoveNext(mylist, NULL, (void **)&argv_ptr))
+            perror("ListRemoveNext() failed");
+        printf("LIST Popped %s\n", argv_ptr);
+    }
+    printf("LIST %s", "No more elements to pop");
+        
+    /* could become list_free */
+    ListDestroy(mylist);
+    free(mylist);
+
+        
+
+
+    myintlist = malloc(sizeof(list_t));
+    INT_LIST_INIT(myintlist);
+
+    printf("\n");
+    printf("%s", "INT_LIST test");
+
+    for (i=0; i<argc; i++) {
+        int data = 666-i;
+        res = INT_LIST_APPEND(myintlist, data);
+        printf("INT_LIST Result for appending '%d' was %d\n", data, res);
+    }
+
+    while (INT_LIST_SIZE(myintlist)) {
+        int data;
+        if (IntListRemoveNext(myintlist, NULL, &data))
+            perror("ListRemoveNext() failed\n");
+        printf("INT_LIST Popped %d\n", data);
+    }
+    printf("INT_LIST %s\n", "No more elements to pop");
+        
+    /* could become list_free */
+    INT_LIST_DESTROY(myintlist);
+    free(myintlist);
+
+
+
+
+    
+    myqueue = malloc(sizeof(queue_t));
+    QUEUE_INIT(myqueue, NULL);
+
+    printf("\n");
+    printf("%s", "QUEUE test\n");
+
+    for (i=0; i<argc; i++) {
+        res = QUEUE_PUSH(myqueue, argv[i]);
+        printf("QUEUE Result for pushing '%s' was %d\n", argv[i], res);
+    }
+
+    while (! QUEUE_EMPTY(myqueue)) {
+        char *argv_ptr;
+        if (QUEUE_POP(myqueue, (void **)&argv_ptr))
+            perror("QUEUE_POP() failed\n");
+        printf("QUEUE Popped %s\n", argv_ptr);
+    }
+    printf("QUEUE %s\n", "QUEUE No more elements to pop");
+        
+    /* could become list_free */
+    QUEUE_DESTROY(myqueue);
+    free(myqueue);
+
+
+
+
+    myintqueue = malloc(sizeof(queue_t));
+    INT_QUEUE_INIT(myintqueue);
+
+    printf("\n");
+    printf("%s\n", "INT_QUEUE test");
+
+    for (i=0; i<argc; i++) {
+        res = INT_QUEUE_PUSH(myintqueue, i);
+        printf("INT_QUEUE Result for appending '%d' was %d\n", i, res);
+    }
+
+    while (! INT_QUEUE_EMPTY(myintqueue)) {
+        int data;
+        int rand_data;
+        if (INT_QUEUE_POP(myintqueue, &data))
+            perror("INT_QUEUE_POP() failed\n");
+        printf("INT_QUEUE Popped %d\n", data);
+
+        rand_data = (int)( 10.0 * rand() / ( RAND_MAX+1.0));
+        if (! (rand_data%3)) {
+            res = INT_QUEUE_PUSH(myintqueue, rand_data);
+            printf("INT_QUEUE Result for pushing random number '%d' was %d\n", rand_data, res);            
+        }
+    }
+    printf("INT_QUEUE %s\n", "INT_QUEUE No more elements to pop");
+        
+    /* could become list_free */
+    INT_QUEUE_DESTROY(myintqueue);
+    free(myintqueue);
+    
+
+    exit(0);
+}
+
+#endif
+
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/list.h b/binaries/src/clustalo/src/clustal/list.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..9c82605
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,105 @@
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ * RCS $Id: list.h 193 2011-02-07 15:45:21Z andreas $
+ *
+ * Generic single linked list storing pointers to data
+ *
+ */
+
+#ifndef CLUSTALO_LIST_H
+#define CLUSTALO_LIST_H
+
+#include <stdlib.h>
+
+typedef struct list_elem_s {
+    void  *data;
+    struct list_elem_s *next;
+} list_elem_t;
+
+typedef struct {
+    /* size of list */
+    int size;
+    /* user defined function for freeing data */
+    void (*destroy)(void *data);
+    list_elem_t *head;
+    list_elem_t *tail;
+} list_t;
+
+void ListInit(list_t *prList, void (*destroy)(void *data));
+
+void ListDestroy(list_t *prList);
+
+int ListInsertNext(list_t *prList, list_elem_t *prElement, const void *data);
+
+#define LIST_APPEND(prList, data)  ListInsertNext((prList), LIST_TAIL(prList), (data))
+
+#define LIST_PREPEND(prList, data)  ListInsertNext((prList), CLUSTALO_LIST_HEAD(prList), (data))
+
+int ListRemoveNext(list_t *prList, list_elem_t *prElement, void **data);
+
+#define LIST_SIZE(prList) ((prList)->size)
+
+#define CLUSTALO_LIST_HEAD(prList) ((prList)->head)
+
+#define LIST_TAIL(prList) ((prList)->tail)
+
+#define LIST_IS_HEAD(prList, prElement) ((prElement) == (prList)->head ? 1 : 0)
+
+#define LIST_IS_TAIL(prElement) ((prElement)->next == NULL ? 1 : 0)
+
+#define LIST_DATA(prElement) ((prElement)->data)
+
+#define LIST_NEXT(prElement) ((prElement)->next)
+
+
+
+
+
+/* special int list: stores ints by copying them (instead of storing
+ * pointers as generic list)
+ *
+ */
+
+typedef list_t int_list_t;
+
+#define INT_LIST_INIT(prList)  ListInit((prList), free)
+
+#define INT_LIST_DESTROY(prList) ListDestroy((prList));
+
+int IntListInsertNext(list_t *prList, list_elem_t *prElement, const int data);
+
+#define INT_LIST_APPEND(prList, data) IntListInsertNext((prList), LIST_TAIL(prList), (data))
+
+#define INT_LIST_PREPEND(prList, data) IntListInsertNext((prList), CLUSTALO_LIST_HEAD(prList), (data))
+
+int IntListRemoveNext(list_t *prList, list_elem_t *prElement, int *data);
+
+#define INT_LIST_SIZE(prList)   LIST_SIZE(prList)
+
+#define INT_CLUSTALO_LIST_HEAD(prList) CLUSTALO_LIST_HEAD_INT((prList))
+
+#define INT_LIST_TAIL(prList)  LIST_TAIL_INT((prList) )
+
+#define INT_LIST_IS_HEAD(prList, prElement) LIST_IS_HEAD(prList, prElement) 
+
+#define INT_LIST_IS_TAIL(prElement) LIST_IS_TAIL((prElement))
+
+#define INT_LIST_DATA(prElement) LIST_DATA((prElement))
+
+#define INT_LIST_NEXT(prElement) LIST_NEXT((prElement))
+
+
+#endif
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/log.c b/binaries/src/clustalo/src/clustal/log.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..e503303
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,379 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4;  indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id$
+ */
+
+#ifdef HAVE_CONFIG_H
+#include "config.h"
+#endif
+
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <stdarg.h>
+#include <assert.h>
+
+#include "log.h"
+
+/* a default standard logger */
+log_t rLog;
+
+
+
+void
+LogVfprintf(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList);
+void
+LogWarn(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList);
+void
+LogError(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList);
+void
+LogCritical(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList);
+void
+LogFatal(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList);
+void
+LogForcedDebug(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList);
+
+
+
+
+/**
+ * @brief Plain, default print function
+ *
+ * Newline character is automatically appended to message.
+ *
+ */
+void
+LogVfprintf(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList)
+{
+       /* print prefix */
+    vfprintf(prFP, pcFmt, rVArgList);
+    fprintf(prFP,"\n");
+
+#ifndef NDEBUG
+    fflush(prFP);
+#endif
+}
+/* end of LogVfprintf() */
+
+
+
+/**
+ * @brief 
+ *
+ */
+void
+LogWarn(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList)
+{
+       fprintf(prFP, "WARNING: ");
+    LogVfprintf(prFP, pcFmt, rVArgList);
+}
+/* end of LogWarn() */
+
+
+
+/**
+ * @brief 
+ *
+ */
+void
+LogError(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList)
+{
+       fprintf(prFP, "ERROR: ");
+    LogVfprintf(prFP, pcFmt, rVArgList);
+}
+/* end of LogError() */
+
+
+
+/**
+ * @brief 
+ *
+ */
+void
+LogCritical(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList)
+{
+       fprintf(prFP, "CRITICAL ERROR: ");
+    LogVfprintf(prFP, pcFmt, rVArgList);
+}
+/* end of LogCritical() */
+
+
+
+/**
+ * @brief Will also exit!
+ */
+void
+LogFatal(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList)
+{
+       fprintf(prFP, "FATAL: ");
+    LogVfprintf(prFP, pcFmt, rVArgList);
+    
+    exit(EXIT_FAILURE);
+}
+/* end of LogFatal() */
+
+
+
+/**
+ * @brief 
+ *
+ */
+void
+LogForcedDebug(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList)
+{
+       fprintf(prFP, "FORCED DEBUG: ");
+    LogVfprintf(prFP, pcFmt, rVArgList);
+}
+/* end of LogForcedDebug() */
+
+
+
+/**
+ *
+ * @brief Sets up default function pointers
+ *
+ */
+void
+LogDefaultSetup(log_t *log)
+{
+    log->iLogLevelEnabled = LOG_WARN;
+
+       log->prFP[LOG_DEBUG] = stdout;
+       log->prFP[LOG_INFO] = stdout;
+       log->prFP[LOG_WARN] = stderr;
+       log->prFP[LOG_ERROR] = stderr;
+       log->prFP[LOG_CRITICAL] = stderr;
+       log->prFP[LOG_FATAL] = stderr;
+       log->prFP[LOG_FORCED_DEBUG] = stderr;
+
+       log->prFunc[LOG_DEBUG] = &LogVfprintf;
+       log->prFunc[LOG_INFO] = &LogVfprintf;
+       log->prFunc[LOG_WARN] = &LogWarn;
+       log->prFunc[LOG_ERROR] = &LogError;
+       log->prFunc[LOG_CRITICAL] = &LogCritical;
+       log->prFunc[LOG_FATAL] = &LogFatal;
+       log->prFunc[LOG_FORCED_DEBUG] = &LogForcedDebug;
+}
+/* end of LogDefaultSetup() */
+
+
+
+/**
+ * @brief Log to certain level
+ *
+ * See also comp.lang.c FAQ list Â· Question 15.12
+ * http://c-faq.com/varargs/handoff.html How can I write a function which
+ * takes a variable number of arguments and passes them to some other function
+ * (which takes a variable number of arguments)?
+ *
+ */
+void
+Log(log_t *prLog, int iLevel, char *pcFmt, ...) 
+{
+       va_list rVArgList;
+    void (*prFunc) (FILE *prFP, char *pcFormat, va_list rVArgList);
+       FILE *prFP;
+
+       assert(iLevel>=0 && iLevel<=LOG_NUM_LEVELS);
+
+    /* fprintf(stderr, "DEBUG: iLevel=%d and iLogLevelEnabled=%d\n", iLevel, prLog->iLogLevelEnabled); */
+
+       /* return if below current loglevel */
+       if (iLevel < prLog->iLogLevelEnabled) {
+               return;
+       }
+
+       prFunc = prLog->prFunc[iLevel];
+       prFP = prLog->prFP[iLevel];
+
+       /* return if muted */
+       if (NULL == prFunc) {
+               return;
+       }
+
+       va_start(rVArgList, pcFmt);
+       prFunc(prFP, pcFmt, rVArgList);
+       va_end(rVArgList);
+}
+/* end of Log() */
+
+
+
+/**
+ *
+ * @brief Change file pointer for certain level
+ *
+ */
+void
+LogSetFP(log_t *prLog, int iLevel, FILE *prFP)
+{
+       assert(iLevel>=0 && iLevel<=LOG_NUM_LEVELS);
+
+       prLog->prFP[iLevel] = prFP;
+}
+/* end of LogSetFP() */
+
+
+
+/**
+ *
+ * @brief Return file pointer for certain level
+ *
+ */
+FILE *
+LogGetFP(log_t *prLog, int iLevel)
+{
+       assert(iLevel>=0 && iLevel<=LOG_NUM_LEVELS);
+
+       return prLog->prFP[iLevel];
+}
+/* end of LogGetFP() */
+
+
+
+
+
+/**
+ *
+ * @brief Change file pointer for all levels
+ *
+ */
+void
+LogSetFPForAll(log_t *prLog, FILE *prFP)
+{
+       int iAux;
+
+       for (iAux=0; iAux<LOG_NUM_LEVELS; iAux++) {
+               prLog->prFP[iAux] = prFP;
+       }
+}
+/* end of LogSetFP() */
+
+
+
+/**
+ *
+ * @brief Mute certain level (i.e set the corresponding function to NULL)
+ *
+ */
+void
+LogMute(log_t *prLog, int iLevel)
+{
+       assert(iLevel>=0 && iLevel<=LOG_NUM_LEVELS);
+
+       prLog->prFunc[iLevel] = NULL;
+}
+/* end of LogMute() */
+
+
+/**
+ *
+ * @brief Mute all channels
+ *
+ */
+void
+LogMuteAll(log_t *prLog)
+{
+       int iAux;
+
+       for (iAux=0; iAux<LOG_NUM_LEVELS; iAux++) {
+               LogMute(prLog, iAux);
+       }
+}
+/* end of LogMuteAll() */
+
+
+
+/**
+ * @brief
+ *
+ */
+void
+LogFuncOverwrite(log_t *prLog, int iLevel, 
+                 void (*Func) (FILE *prFP, char *pcFormat, va_list rVArgList))
+{
+       assert(iLevel>=0 && iLevel<=LOG_NUM_LEVELS);
+
+    prLog->prFunc[iLevel] = Func;
+
+}
+/* end of LogFuncOverwrite() */
+
+
+
+#ifdef LOG_TEST
+
+
+#define TEXT "Lorem ipsum dolor sit amet"
+
+void
+PrintSomeTextToAll(log_t *prLog) {
+       int iAux;
+       for (iAux=0; iAux<LOG_NUM_LEVELS; iAux++) {
+               Log(prLog, iAux, TEXT);
+       }
+}
+
+
+int
+main(int argc, char**argv) {
+       log_t prLog;
+       log_t pr2ndLog;
+       FILE *prFP;
+       char *pcTmpFileName = "schmock.txt";
+
+       prFP = fopen(pcTmpFileName, "w");
+
+        
+       LogDefaultSetup(&prLog);
+       LogDefaultSetup(&pr2ndLog);
+
+       printf("Printing to log:\n");
+       PrintSomeTextToAll(&prLog);
+       printf("---\n");
+
+       printf("Printing to pr2ndLog:\n");
+       PrintSomeTextToAll(&prLog);
+       printf("---\n");
+
+
+       
+       printf("Changing second log's FP to write to '%s'\n", pcTmpFileName);
+       LogSetFPForAll(&pr2ndLog, prFP);
+
+       printf("Printing to pr2ndLog:\n");
+       PrintSomeTextToAll(&pr2ndLog);
+       printf("---\n");
+
+
+       printf("Changing Info() to new function (Fatal()) in log:\n");
+    LogFuncOverwrite(&prLog, LOG_INFO, &LogFatal);
+
+       printf("Printing to log:\n");
+       PrintSomeTextToAll(&prLog);
+       printf("---\n");
+
+
+   
+       fclose(prFP);
+
+       return 0;
+}
+
+
+#endif
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/log.h b/binaries/src/clustalo/src/clustal/log.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..8c670e9
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,81 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4;  indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id$
+ */
+
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdarg.h>
+
+#ifndef LOG_H
+#define LOG_H
+
+
+#define LOG_DEBUG 0
+#define LOG_VERBOSE 1
+#define LOG_INFO 2
+#define LOG_WARN 3
+#define LOG_FORCED_DEBUG 4
+#define LOG_ERROR 5
+#define LOG_CRITICAL 6
+#define LOG_FATAL 7
+
+#define LOG_NUM_LEVELS 8
+
+
+typedef struct {
+    /* the higher the level, the more priority it has. numbers must be
+     *  sequential 
+     */
+    
+    /* array of function pointers */
+    void (*prFunc[LOG_NUM_LEVELS]) (FILE *prFP, char *pcFormat, va_list rVArgList);
+    FILE *prFP[LOG_NUM_LEVELS];
+    char *prPrefix[LOG_NUM_LEVELS];
+
+    /* everything above this level will be printed */
+    int iLogLevelEnabled;
+} log_t;
+
+
+
+/* a standard logger */
+extern log_t rLog;
+
+
+
+void
+LogDefaultSetup(log_t *log);
+void
+Log(log_t *prLog, int iLevel, char *pcFmt, ...);
+void
+LogSetFP(log_t *log, int level, FILE *fp);
+void
+LogSetFPForAll(log_t *log, FILE *fp);
+FILE *
+LogGetFP(log_t *prLog, int iLevel);
+void
+LogMute(log_t *log, int level);
+void
+LogMuteAll(log_t *log);
+void
+LogFuncOverwrite(log_t *prLog, int iLevel, 
+                 void (*Func) (FILE *prFP, char *pcFormat, va_list rVArgList));
+
+
+#endif
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/mbed.c b/binaries/src/clustalo/src/clustal/mbed.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f143fe0
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1574 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4;  indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: mbed.c 254 2011-06-21 13:07:50Z andreas $
+ *
+ *
+ * Reimplementation from scratch of mBed:
+ * Blackshields et al. (2010); PMID 20470396
+ *
+ *
+ */
+
+#ifdef HAVE_CONFIG_H
+#include "config.h"
+#endif
+
+#include <assert.h>
+#include <float.h>
+
+#include "mbed.h"
+#include "pair_dist.h"
+#include "symmatrix.h"
+#include "ktuple_pair.h"
+#include "tree.h"
+#include "util.h"
+#include "progress.h"
+#include "queue.h"
+
+#include "log.h"
+#include "kmpp/KMeans.h"
+#include "mbed.h"
+
+#define TIMING 0
+#if TIMING
+#include "squid/stopwatch.h"
+#endif
+
+
+/* If FULL_WITHIN_CLUSTER_DISTANCES is not 0, distances within each
+ * bisecting kmeans subcluster are not estimated using the vectors,
+ * but calculated normally (using ktuple or kimura). Surprisingly this
+ * results in 3% loss on a Homfam p24-h2010-08-09 subset (100-5000
+ * seqs in test, at least 5 ref seqs; MAX_SEQ 100 vs 10000; NUM_SEEDS
+ * log2 instead of log2^2). And of course it slows things down.
+ */
+#define FULL_WITHIN_CLUSTER_DISTANCES 1
+
+#define COMPUTE_WITHIN_SUBCLUSTER_AVERAGE 0
+
+/* Cluster size limits. Maximum is a soft limit, which might be
+ * exceeded if a K-Means split was unsuccesful, where unsuccesful
+ * might also mean that the minimum required number seqs. was not
+ * reached */
+#if FULL_WITHIN_CLUSTER_DISTANCES
+static const int MAX_ALLOWED_SEQ_PER_PRECLUSTER = 100;
+static const int MIN_REQUIRED_SEQ_PER_PRECLUSTER = 1;
+#else
+static const int MAX_ALLOWED_SEQ_PER_PRECLUSTER = 10000;
+static const int MIN_REQUIRED_SEQ_PER_PRECLUSTER = 100;
+#endif
+
+/* How many restarts per bisecting kmeans split. 10 give 0.5% increase
+ * in quality on original HOMFAM over just 1. It also increases kmeans
+ * time by a factor of ~3, but overall time is insignificant
+ * compared to pairdist/progressive alignment part.
+ */
+static const int RESTARTS_PER_SPLIT = 10;
+
+
+/* Use standard kmeans (lloyds) or kmeans++. Both are almost
+ * indistinguishable here, although kmeans++ is slightly ahead the
+ * fewer seeds you pick (and it should be better in theory)
+ */
+#define USE_KMEANS_LLOYDS 0
+
+
+#ifndef HAVE_LOG2
+#define log2(x)  (log(x) / 0.69314718055994530942)
+#endif
+#define NUMBER_OF_SEEDS(n) pow(log2(((double)n)), 2)
+
+
+/* Seed selection method: SAMPLE_SEEDS_BY_LENGTH is the original mBed
+ * approach: Sample iSeeds sequence with constant stride from length-sorted X.
+ * It might be better to pick the seeds randomly, because length sorting might
+ * be more prone to including outliers (e.g. very long and very short seqs).
+ * However, we could never observer such a thing. So just stick to the
+ * original version as this also removes the random element.
+ */
+enum SEED_SELECTION_TYPE {
+    SELECT_SEEDS_RANDOMLY,
+    SELECT_SEEDS_BY_LENGTH
+};
+#define SEED_SELECTION SELECT_SEEDS_BY_LENGTH
+
+
+/* Tests on BAliBase (RV11,12,20,30,40,50; 10 runs each) show there is
+ * no difference between mbed-trees created from cosine or euclidean
+ * distances (simple version, just using disparities).
+ */
+#define USE_EUCLIDEAN_DISTANCE 1
+
+
+/* print some mbed pre-cluster usage to screen */
+#define PRINT_CLUSTER_DISTRIBUTION 0
+
+
+#define TRACE 0
+
+
+typedef struct {
+    /* Number of final clusters
+     */
+    int iNClusters;
+
+    /* Coordinates (columns) for each cluster (rows)
+     * valid indices: [0...iNClusters][0...dim-1]
+     */
+    double **ppdClusterCenters;
+
+    /* Dimensionality of input data and cluster center coordinates
+     */
+    int iDim;
+
+    /* Number of objects per cluster
+     */
+    int *piNObjsPerCluster;
+
+    /* Objects (indices) for each cluster. [i][j] will point to (index
+     * of) object j in cluster i
+     */
+    int **ppiObjIndicesPerCluster;
+} bisecting_kmeans_result_t;
+
+
+
+/**
+ * @brief Free KMeans result structure.
+ *
+ * @param[out]  prResult_p
+ * K-Means result to free
+ *
+ * @see NewKMeansResult()
+ */
+void
+FreeKMeansResult(bisecting_kmeans_result_t **prResult_p)
+{
+    int iAux;
+    CKFREE((*prResult_p)->piNObjsPerCluster);
+    for (iAux=0; iAux<(*prResult_p)->iNClusters; iAux++) {
+        CKFREE((*prResult_p)->ppiObjIndicesPerCluster[iAux]);
+        CKFREE((*prResult_p)->ppdClusterCenters[iAux]);
+    }
+    CKFREE((*prResult_p)->ppiObjIndicesPerCluster);
+    CKFREE((*prResult_p)->ppdClusterCenters);
+    (*prResult_p)->iNClusters = 0;
+    (*prResult_p)->iDim = 0;
+    CKFREE(*prResult_p);
+}
+/***   end: FreeKMeansResult()   ***/
+
+
+
+/**
+ * @brief Allocate new KMeans result
+ *
+ * @param[out] prKMeansResult_p
+ * K-Means result to free
+ *
+ * @see NewKMeansResult()
+ */
+void
+NewKMeansResult(bisecting_kmeans_result_t **prKMeansResult_p)
+{
+    (*prKMeansResult_p) = (bisecting_kmeans_result_t *)
+        CKCALLOC(1, sizeof(bisecting_kmeans_result_t));
+    (*prKMeansResult_p)->iNClusters = 0;
+    (*prKMeansResult_p)->iDim = 0;
+    (*prKMeansResult_p)->ppdClusterCenters = NULL;
+    (*prKMeansResult_p)->piNObjsPerCluster = NULL;
+    (*prKMeansResult_p)->ppiObjIndicesPerCluster = NULL;
+
+}
+/***   end: NewKMeansResult()   ***/
+
+
+
+/**
+ * @brief Calculate the euclidean distance between two vectors
+ *
+ * @param[in] v1
+ * First vector with dim dimensions
+ * @param[in] v2
+ * Second vector with dim dimensions
+ * @param[in] dim
+ * Dimensionality of v1 and v2
+ *
+ * @return euclidean distance as double
+ *
+ * @note Could probably be inlined. Also perfect for SSE
+ */
+double
+EuclDist(const double *v1, const double *v2, const int dim)
+{
+    int i; /* aux */
+    double dist; /* returned distance */
+
+    assert(v1!=NULL);
+    assert(v2!=NULL);
+
+    dist = 0.0;
+    for (i=0; i<dim; i++) {
+        dist += pow(v1[i]-v2[i], 2.0);
+    }
+
+    return sqrt(dist);
+}
+/***   end: EuclDist()   ***/
+
+
+
+/**
+ * @brief Calculate the cosine distance between two vectors
+ *
+ * @param[in] v1
+ * First vector with dim dimensions
+ * @param[in] v2
+ * Second vector with dim dimensions
+ * @param[in] dim
+ * Dimensionality of v1 and v2
+ *
+ * @return cosine distance as double
+ *
+ * @note Could probably be inlined. Also perfect for SSE
+ */
+double
+CosDist(const double *v1, const double *v2, const int dim)
+{
+    int i; /* aux */
+    double dist; /* returned distance */
+    double s, sq1, sq2;
+
+    assert(v1!=NULL);
+    assert(v2!=NULL);
+
+    s = 0.0;
+    sq1 = 0.0;
+    sq2 = 0.0;
+    for (i=0; i<dim; i++) {
+        s += (v1[i]*v2[i]);
+        sq1 += pow(v1[i], 2.0);
+        sq2 += pow(v2[i], 2.0);
+    }
+    sq1 = sqrt(sq1);
+    sq2 = sqrt(sq2);
+
+    if ((sq1 * sq2) < DBL_EPSILON) {
+        dist = 1 - s / (sq1 * sq2);
+    } else {
+        /* if the denominator gets small, the fraction gets big, hence dist
+           gets small: */
+        dist = 0.0;
+    }
+    return dist;
+}
+/***   end: CosDist()   ***/
+
+
+
+/**
+ * @brief convert sequences into mbed-like (distance) vector
+ * representation. Seeds (prMSeq sequence indices) have to be picked before
+ *
+ * @param[out] ppdSeqVec
+ * Pointer to preallocated matrix of size nseqs x iSeeds
+ * @param[in] prMSeq
+ * Sequences which are to be converted
+ * @param[in] piSeeds
+ * Array of sequences in prMSeq which are to be used as seeds.
+ * @param[in] iNumSeeds
+ * Number of seeds/elements in piSeeds
+ * @param[in] iPairDistType
+ * Type of pairwise distance comparison
+ *
+ */
+int
+SeqToVec(double **ppdSeqVec, mseq_t *prMSeq, 
+         int *piSeeds, const int iNumSeeds,
+         const int iPairDistType)
+{
+    symmatrix_t *prDistmat = NULL;
+    int iSeqIndex;
+    int iSeedIndex;
+   /* indices for restoring order */
+    int *restore; 
+    /* sorted copy of piSeeds */
+    int *piSortedSeeds; 
+
+#if TIMING
+    Stopwatch_t *stopwatch = StopwatchCreate();
+    StopwatchZero(stopwatch);
+    StopwatchStart(stopwatch);
+#endif
+    
+    assert(NULL != ppdSeqVec);
+    assert(iNumSeeds>0 && iNumSeeds<=prMSeq->nseqs);
+
+    piSortedSeeds = CKMALLOC(iNumSeeds * sizeof(int));
+    memcpy(piSortedSeeds, piSeeds, iNumSeeds*sizeof(int));
+
+    /* need them sorted, otherwise the swapping approach below might
+     * break 
+     */
+    qsort(piSortedSeeds, iNumSeeds, sizeof(int), IntCmp);
+
+
+    /* rearrange mseq order so that we can use ktuple_pairdist code as
+     * is. That is, swap seeds and non-seeds such that the seeds end
+     * up in front of mseq. This way we can use the KTuplePairDist()
+     * code, without making a copy of mseq. Also, keep an array of
+     * indices which serves to restore the original sequence order
+     * after putting the seeds in front
+     *
+     */
+    restore = (int *) CKMALLOC(prMSeq->nseqs * sizeof(int));
+    for (iSeqIndex=0; iSeqIndex<prMSeq->nseqs; iSeqIndex++) {
+        restore[iSeqIndex] = iSeqIndex;
+    }
+    for (iSeedIndex=0; iSeedIndex<iNumSeeds; iSeedIndex++) {
+#if TRACE
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Swapping seqs %d and %u", piSortedSeeds[iSeedIndex], iSeedIndex);
+#endif
+        if (piSortedSeeds[iSeedIndex]!=iSeedIndex) {
+            int swap;
+            SeqSwap(prMSeq, piSortedSeeds[iSeedIndex], iSeedIndex);
+
+            swap = restore[iSeedIndex];
+            restore[iSeedIndex] = restore[piSortedSeeds[iSeedIndex]];
+            restore[piSortedSeeds[iSeedIndex]] = swap;
+        }
+    }
+#if TRACE
+    printf("DEBUG(%s|%s():%d): restore indices =",
+           __FILE__, __FUNCTION__, __LINE__);
+    for (iSeqIndex=0; iSeqIndex<prMSeq->nseqs; iSeqIndex++) {
+        printf(" %u:%u", iSeqIndex, restore[iSeqIndex]);
+    }
+    printf("\n");
+
+    for (iSeqIndex=0; iSeqIndex<prMSeq->nseqs; iSeqIndex++) {
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "swapped seq no %d now:  seq = %s",
+                  iSeqIndex, prMSeq->sqinfo[iSeqIndex].name);
+    }
+#endif
+
+
+    /* convert sequences into vectors of distances by calling pairwise
+     * distance function for each seq/seed pair
+     *
+     */
+    if (0 != PairDistances(&prDistmat, prMSeq, iPairDistType,
+                           0, iNumSeeds, 0, prMSeq->nseqs,
+                           NULL, NULL)) {
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "Could not compute pairwise distances for mbed.");
+        FreeSymMatrix(&prDistmat);
+        CKFREE(piSortedSeeds);
+        CKFREE(restore);
+        return -1;
+    }
+#if TRACE
+    {
+        char **labels;
+        labels = (char **) CKMALLOC(prMSeq->nseqs * sizeof(char *));
+        for (iSeqIndex=0; iSeqIndex<prMSeq->nseqs; iSeqIndex++) {
+            labels[iSeqIndex] = prMSeq->sqinfo[iSeqIndex].name;
+        }
+        SymMatrixPrint(prDistmat, labels, NULL);
+        CKFREE(labels);
+    }
+#endif
+
+
+    /* update ppdSeqVec according to prDistmat. keep in mind that we
+     * changed mseq order
+     *
+     */
+    for (iSeqIndex=0; iSeqIndex<prMSeq->nseqs; iSeqIndex++) {
+        for (iSeedIndex=0; iSeedIndex<iNumSeeds; iSeedIndex++) {
+            ppdSeqVec[restore[iSeqIndex]][iSeedIndex] =
+                SymMatrixGetValue(prDistmat, iSeqIndex, iSeedIndex);
+        }
+    }
+
+
+    /* restore mseq order by reverse swapping
+     *
+     * need reverse order now, so start from top index
+     */
+    iSeedIndex=iNumSeeds-1;
+    do {
+#if TRACE
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Swapping seqs %d and %d", piSortedSeeds[iSeedIndex], iSeedIndex);
+#endif
+        if (piSortedSeeds[iSeedIndex]!=iSeedIndex) {
+            int swap;
+
+            SeqSwap(prMSeq, piSortedSeeds[iSeedIndex], iSeedIndex);
+
+            swap = restore[iSeedIndex];
+            restore[iSeedIndex] = restore[piSortedSeeds[iSeedIndex]];
+            restore[piSortedSeeds[iSeedIndex]] = swap;
+        }
+    } while (0 != iSeedIndex--);
+#if TRACE
+     for (iSeqIndex=0; iSeqIndex<prMSeq->nseqs; iSeqIndex++) {
+         Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "restored seq no %d:  seq = %s %s",
+                   iSeqIndex, prMSeq->sqinfo[iSeqIndex].name, prMSeq->seq[iSeqIndex]);
+     }
+#endif
+
+#if TRACE
+    for (iSeqIndex=0; iSeqIndex<prMSeq->nseqs; iSeqIndex++) {
+        printf("DEBUG: seq %-4u as distance vector =", iSeqIndex);
+        for (iSeedIndex=0; iSeedIndex<iNumSeeds; iSeedIndex++) {
+            printf(" %f", ppdSeqVec[iSeqIndex][iSeedIndex]);
+        }
+        printf("\n");
+    }
+#endif
+
+    
+    FreeSymMatrix(&prDistmat);
+    CKFREE(restore);
+#if TIMING
+    StopwatchStop(stopwatch);
+    StopwatchDisplay(stdout, "Total time for SeqToVec(): ", stopwatch);
+    StopwatchFree(stopwatch);
+#endif
+
+
+    return 0;
+}
+/***   end: SeqToVec()   ***/
+
+
+
+/**
+ * @brief Select seeds to be used from an prMSeq
+ *
+ * @param[out] piSeeds
+ * Will store the indices of prMSeqs seqs used to be as seeds here. Must be preallocated.
+ * @param[in] iNumSeeds
+ * Number of seeds to be picked
+ * @param[in] iSelectionMethod
+ * Seed selection method to be used
+ * @param[in] prMSeq
+ * The prMSeq structure to pick sequences from
+ *
+ * @return: Non-zero on failure
+ *
+ */    
+int
+SeedSelection(int *piSeeds, int iNumSeeds, int iSelectionMethod,  mseq_t *prMSeq)
+{
+    /* seed iterator */
+    int iSeedIndex;
+    /* sequence iterator */
+    int iSeqIndex;
+
+    if (SELECT_SEEDS_RANDOMLY == iSelectionMethod) {
+        int *piPermArray;
+
+        Log(&rLog, LOG_INFO,
+             "Using %d seeds (randomly chosen) for mBed (from a total of %d sequences)",
+             iNumSeeds, prMSeq->nseqs);
+
+        PermutationArray(&piPermArray, iNumSeeds);
+        /* copy to piSeeds */
+        for (iSeedIndex=0; iSeedIndex<iNumSeeds; iSeedIndex++) {
+            piSeeds[iSeedIndex] = piPermArray[iSeedIndex];
+        }
+        CKFREE(piPermArray);
+        
+    }  else if (SELECT_SEEDS_BY_LENGTH == iSelectionMethod) {
+
+        /* step size for picking with constant stride */
+        int iStep;
+        int *piSeqLen =  CKMALLOC(prMSeq->nseqs * sizeof(int));
+        int *piOrder = CKMALLOC(prMSeq->nseqs * sizeof(int));
+
+        Log(&rLog, LOG_INFO,
+             "Using %d seeds (chosen with constant stride from length sorted seqs) for mBed (from a total of %d sequences)",
+             iNumSeeds, prMSeq->nseqs);
+
+        iStep = prMSeq->nseqs / iNumSeeds; /* iStep will never get too big
+                                            * due to rounding */
+        /* first get an array of seq indices order according to
+           corresponding sequence length: piOrder */
+        for (iSeqIndex=0; iSeqIndex<prMSeq->nseqs; iSeqIndex++) {
+            piSeqLen[iSeqIndex] = prMSeq->sqinfo[iSeqIndex].len;
+        }
+        QSortAndTrackIndex(piOrder, piSeqLen, prMSeq->nseqs, 'd', FALSE);
+#if 0
+        for (iSeqIndex=0; iSeqIndex<prMSeq->nseqs; iSeqIndex++) {
+            Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Descending order (no %d): seq %d has len %d)",
+                      iSeqIndex, piOrder[iSeqIndex], piSeqLen[piOrder[iSeqIndex]]);
+        }
+#endif
+        CKFREE(piSeqLen);
+        iSeedIndex = 0;
+        for (iSeqIndex=0; iSeedIndex<iNumSeeds; iSeqIndex+=iStep) {
+            piSeeds[iSeedIndex++] = piOrder[iSeqIndex];
+        }
+        CKFREE(piOrder);
+
+    } else {
+        
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "Internal error: unknown seed selection type");
+        return -1;
+    }
+
+
+#ifdef PICK_SEEDS_FROM_KMEANS_CLUSTERS
+    /* do initial mbedding and kmeans. then pick seeds from each cluster and
+       do full mbed with these seeds. idea is that those seeds represent the
+       sequence space better than random seeds. however, this reduces the
+       quality slightly. random is almost always better.
+    */
+
+    if (1) {
+        /* seqs represented as distance vectors */
+        double **ppdSeqVec;
+        double dCost = -1.0;
+        /* assignments for each seq to the K newly created clusters */
+        int *piKMeansClusterAssignments = CKMALLOC(prMSeq->nseqs * sizeof(int));
+        double *pdKMeansClusterCenters = CKCALLOC(iNumSeeds * iNumSeeds, sizeof(double));
+        /* create a copy of ppdSeqVec suitable for KMeans */
+        double *pdKMeansVectors = CKMALLOC(prMSeq->nseqs * iNumSeeds * sizeof(double));
+        bool *pbClusterUsed = CKCALLOC(iNumSeeds, sizeof(bool));
+
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "%s", "FIXME Experimental feature: K-means on first round embedding to get better seeds");
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "%s", "FIXME Reuse seeds from clusters");
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "%s", "FIXME Could try log(n) instead of log(n)^2 in first round");
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "%s", "FIXME hardcoded iPairDistType PAIRDIST_KTUPLE");
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "%s", "FIXME Show that this is fast *and* good");
+
+        /*
+          Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "%s", "Overriding iNumSeeds");
+          iNumSeeds = (int) pow(log2((double)prMSeq->nseqs), 2);
+        */
+
+        ppdSeqVec = (double **) CKMALLOC(prMSeq->nseqs * sizeof(double *));
+        for (iSeqIndex=0; iSeqIndex<prMSeq->nseqs; iSeqIndex++) {
+            ppdSeqVec[iSeqIndex] = (double *) CKMALLOC(iNumSeeds * sizeof(double));
+        }
+        if (0 != SeqToVec(ppdSeqVec, prMSeq, piSeeds, iNumSeeds, PAIRDIST_KTUPLE)) {
+            Log(&rLog, LOG_ERROR, "Could not convert sequences into vectors for mbed");
+            return -1;
+        }
+
+        for (iSeqIndex=0; iSeqIndex<prMSeq->nseqs; iSeqIndex++) {
+            int iDim;
+            for (iDim=0; iDim<iNumSeeds; ++iDim) {
+                pdKMeansVectors[iDim*iSeqIndex + iDim] = ppdSeqVec[iSeqIndex][iDim];
+            }
+        }
+
+
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "%s\n", "FIXME hardcoded RESTARTS_PER_SPLIT");
+        dCost = KMeans(prMSeq->nseqs, iNumSeeds, iNumSeeds,
+                       pdKMeansVectors,
+                       RESTARTS_PER_SPLIT, USE_KMEANS_LLOYDS,
+                       pdKMeansClusterCenters, piKMeansClusterAssignments);
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Best split cost = %f", dCost);
+        
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "%s", "FIXME Check for Nan in cluster centers");
+
+#if TRACE
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "%s", "K-Means output:");
+        for (iSeqIndex=0; iSeqIndex<prMSeq->nseqs; iSeqIndex++) {
+            Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, " Raw assignment: Seq %u (%s) to cluster %d",
+                      iSeqIndex,  prMSeq->sqinfo[iSeqIndex].name,
+                      piKMeansClusterAssignments[iSeqIndex]);
+        }
+#endif
+
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "FIXME %s", "proof of concept implementation: Pick first sequences from each clusters instead of reusing seeds");
+        iSeedIndex = 0;
+        for (iSeqIndex=0; iSeqIndex<prMSeq->nseqs; iSeqIndex++) {
+            int iAssignedCluster = piKMeansClusterAssignments[iSeqIndex];
+            if (pbClusterUsed[iAssignedCluster]) {
+                continue;
+            } else {
+                /*LOG_DEBUG("Picked seed %d from cluster %d", iSeqIndex,iAssignedCluster);*/
+                piSeeds[iSeedIndex++] = iSeqIndex;
+                pbClusterUsed[iAssignedCluster] = TRUE;
+            }
+        }
+        CKFREE(pbClusterUsed);
+
+        CKFREE(pdKMeansVectors);
+        CKFREE(pdKMeansClusterCenters);
+        CKFREE(piKMeansClusterAssignments);
+        
+    }
+    /* if (1) */
+#endif
+
+
+    if (LOG_DEBUG <= rLog.iLogLevelEnabled) {
+        for (iSeedIndex=0; iSeedIndex<iNumSeeds; iSeedIndex++) {
+            Log(&rLog, LOG_DEBUG, "Picked sequence %d (%s) as seed no %d",
+                 piSeeds[iSeedIndex], prMSeq->sqinfo[piSeeds[iSeedIndex]].name, iSeedIndex);
+        }
+    }
+    
+    return 0; 
+}
+/* end of SeedSelection() */
+
+
+
+
+/**
+ * @brief Bisecting K-Means clustering. Repeatedly calls K-Means with
+ * a K of 2 until no cluster has more than iMaxAllowedObjsPerCluster.
+ *
+ * @param[out] prKMeansResult_p
+ * Result of Bisecting KMeans. Will be allocated here.
+ * Caller has to free. See @see FreeKMeansResult()
+ * @param[in] iNObjs
+ * Number of objects/sequences to cluster
+ * @param[in] iDim
+ * Dimensionality of input data
+ * @param[in] ppdVectors
+ * each row holds iDim points for this object's coordinates
+ * @param[in] iMinRequiredObjsPerCluster
+ * Minimum number of objects per Cluster (inclusive)/
+ * @param[in] iMaxAllowedObjsPerCluster
+ * Maximum number of objects per Cluster (inclusive). Function returns once no
+ * cluster contains more then this number of objects. Soft limit!
+ *
+ * @note Convoluted code. Could use some restructuring. My apologies.
+ * AW
+ *
+ */
+void
+BisectingKmeans(bisecting_kmeans_result_t **prKMeansResult_p,
+                const int iNObjs, const int iDim, double **ppdVectors,
+                const int iMinRequiredObjsPerCluster,
+                const int iMaxAllowedObjsPerCluster)
+{
+    int iN, iD;
+    /* cluster centers for each cluster created at each split */
+    double *pdKClusterCenters;
+    /* keep track of updated object indices per newly created
+     * cluster */
+    int *piCurObjToUpdate;
+    /* number of times we called 2-means */
+    int iNRounds;
+    /* flag for unsuccessful cluster split */
+    bool bNaNDetected = FALSE;
+    /* flag for detected small cluster after split  */
+    bool bSmallClusterDetected;
+    /* queue of clusters which are to be split */
+    int_queue_t rClusterSplitQueue;
+    
+#if TIMING
+    Stopwatch_t *stopwatch = StopwatchCreate();
+#endif
+
+
+    piCurObjToUpdate = (int *) CKMALLOC(2 * sizeof(int));
+
+    NewKMeansResult(prKMeansResult_p);
+
+    /* new cluster centers created at each split/KMeans run
+     */
+    pdKClusterCenters = (double *) CKCALLOC(2 * iDim, sizeof(double));
+
+    /* init results by setting a first cluster that contains all objects
+     */
+    (*prKMeansResult_p)->iNClusters = 1;
+    (*prKMeansResult_p)->iDim = iDim;
+    /* fake center coordinates of first cluster */
+    (*prKMeansResult_p)->ppdClusterCenters =
+        (double **) CKMALLOC(1 * sizeof(double *));
+    (*prKMeansResult_p)->ppdClusterCenters[0] =
+        (double *) CKMALLOC(iDim * sizeof(double));
+    /* objects per cluster */
+    (*prKMeansResult_p)->piNObjsPerCluster =
+        (int *) CKMALLOC(1 * sizeof(int));
+    (*prKMeansResult_p)->piNObjsPerCluster[0] = iNObjs;
+    /* object indices per cluster */
+    (*prKMeansResult_p)->ppiObjIndicesPerCluster =
+        (int **) CKMALLOC(1 * sizeof(int *));
+    (*prKMeansResult_p)->ppiObjIndicesPerCluster[0] = (int *)
+        CKMALLOC(iNObjs * sizeof(int));
+    for (iN=0; iN<iNObjs; iN++) {
+        (*prKMeansResult_p)->ppiObjIndicesPerCluster[0][iN] = iN;
+    }
+
+
+
+    /* Starting with the first cluster that now contains all the
+     * sequences keep splitting until no cluster contains more than
+     * iMaxAllowedObjsPerCluster
+     *
+     * Keep a queue of clusters (rClusterSplitQueue) to split
+     *
+     * At each split values/memory of the just split cluster will be
+     * reused and exactly one new only allocated.
+     *
+     * Example:
+     * Given the following cluster assignments
+     * 0 0 0 0 1 1 2 2 2 3 3 3 3 3 3 3 4 4
+     * and a K-Means split in cluster 3 at |:
+     * 0 0 0 0 1 1 2 2 2 3 3 3 | 3 3 3 3 4 4
+     * The result should be this:
+     * 0 0 0 0 1 1 2 2 2 3 3 3 | 5 5 5 5 4 4
+     *
+     *
+     */
+    INT_QUEUE_INIT(&rClusterSplitQueue);
+    if (iNObjs>iMaxAllowedObjsPerCluster) {
+        /* pish fake first cluster index */
+        INT_QUEUE_PUSH(&rClusterSplitQueue, 0); 
+    }
+    iNRounds = 0;
+    while (! INT_QUEUE_EMPTY(&rClusterSplitQueue)) {
+        /* assignments for each seq to the K newly created clusters */
+        int *piKClusterAssignments;
+        /* number of objects in cluster that is to be split */
+        int iNObjsInClusterToSplit;
+        /* coordinates of points in cluster that is to be split
+         * array of size n*d where [d*i + j] gives coordinate j of point i
+         */
+        double *pdVectorsInClusterToSplit;
+        /* copy of object indices in split cluster */
+        int *piObjIndicesOfSplitCluster;
+        /* best cost of kmeans rounds */
+        double dCost = -1.0;
+
+        /*  indices for the two created clusters
+         */
+        /* index of cluster to split */
+        int iClusterToSplot;
+        /* index of newly created cluster at each round. data for the
+           other created cluster goes to the one just split,
+           i.e. (*piClusterToSplot) */
+        int iNewClusterIdx;
+
+#if TIMING
+        StopwatchZero(stopwatch);
+        StopwatchStart(stopwatch);
+#endif
+
+        INT_QUEUE_POP(&rClusterSplitQueue, &iClusterToSplot);
+        
+        iNObjsInClusterToSplit = (*prKMeansResult_p)->piNObjsPerCluster[iClusterToSplot];
+        piKClusterAssignments = (int *)
+            CKMALLOC(iNObjsInClusterToSplit * sizeof(int));
+
+        pdVectorsInClusterToSplit = (double *)
+            CKMALLOC(iNObjsInClusterToSplit * iDim * sizeof(double));
+        for (iN=0; iN<iNObjsInClusterToSplit; iN++) {
+            for (iD=0; iD<iDim; ++iD) {
+                int iThisObjIdx =
+                    (*prKMeansResult_p)->ppiObjIndicesPerCluster[iClusterToSplot][iN];
+                pdVectorsInClusterToSplit[iDim*iN + iD] = ppdVectors[iThisObjIdx][iD];
+            }
+        }
+
+#if TRACE
+        Log(&rLog, LOG_FOCRED_DEBUG, "Round %d: Will split cluster %d which has %d objects",
+                  iNRounds, iClusterToSplot, iNObjsInClusterToSplit);
+        fprintf(stderr, "DEBUG(%s|%s():%d): Object indices in cluster to split are:",
+                __FILE__, __FUNCTION__, __LINE__);
+        for (iN=0; iN<iNObjsInClusterToSplit; iN++) {
+            fprintf(stderr, " %u",
+                    (*prKMeansResult_p)->ppiObjIndicesPerCluster[iClusterToSplot][iN]);
+        }
+        fprintf(stderr, "\n");
+        (void) fflush(stderr);
+#endif
+
+#if TRACE
+        for (iN=0; iN<iNObjsInClusterToSplit; iN++) {
+            fprintf(stderr,
+                    "DEBUG(%s|%s():%d): Coordinate of object %u (real index %u) in cluster to split:",
+                    __FILE__, __FUNCTION__, __LINE__, iN,
+                    (*prKMeansResult_p)->ppiObjIndicesPerCluster[iClusterToSplot][iN]);
+            for (iD=0; iD<iDim; iD++) {
+                fprintf(stderr, " %f", pdVectorsInClusterToSplit[iDim*iN + iD]);
+            }
+            fprintf(stderr, "\n");
+            (void) fflush(stderr);
+        }
+#endif
+        
+       /* KMeans(1 "The number of points in the data set",
+        *        2 "The number of clusters to look for",
+        *        3 "The number of dimensions that the data set lives in",
+        *        4 "points: An array of size n*d where points[d*i + j] gives coordinate j of point i",
+        *        5 "attempts: The number of times to independently run k-means",
+        *        6 "use_lloyds_method: uses kmpp if false, otherwise lloyds method",
+        *        7 "centers: This can either be null or an array of size k*d.
+        *           In the latter case, centers[d*i + j] will give coordinate j of center i.
+        *           If the cluster is unused, it will contain NaN instead.",
+        *        8 "assignments: This can either be null or an array of size n.
+        *           In the latter case, it will be filled with the cluster that each point is assigned to
+        *           (an integer between 0 and k-1 inclusive).");
+        */
+        dCost = KMeans(iNObjsInClusterToSplit, 2, iDim,
+                       pdVectorsInClusterToSplit,
+                       RESTARTS_PER_SPLIT, USE_KMEANS_LLOYDS,
+                       pdKClusterCenters, piKClusterAssignments);
+
+#if TRACE
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "%s", "Raw K-Means output:");
+        for (iN=0; iN<2; iN++) {
+            fprintf(stderr, "DEBUG(%s|%s():%d): Cluster Center %u =",
+                    __FILE__, __FUNCTION__, __LINE__, iN);
+            for (iD=0; iD<iDim; iD++) {
+                fprintf(stderr, " %f", pdKClusterCenters[iN*iDim+iD]);
+            }
+            fprintf(stderr, "\n");
+            (void) fflush(stderr);
+        }
+        for (iN=0; iN<iNObjsInClusterToSplit; iN++) {
+            Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, " Raw assignment: Seq %u to cluster %d (of #%u)",
+                      iN,  piKClusterAssignments[iN], 2);
+        }
+#endif
+        
+        /* real index of one of the newly created clusters. the other
+         * one is iClusterToSplot */
+        iNewClusterIdx = (*prKMeansResult_p)->iNClusters;
+
+        
+        /* We don't want Clusters which are too small. Check here if a
+         * split created a small cluster and if yes, discard the
+         * solution. Because the cluster has already been removed from
+         * the queue, we can just continue.
+         */
+        bSmallClusterDetected = FALSE;
+        if (iMinRequiredObjsPerCluster>1) {
+            int iNObjsCluster[2];
+            iNObjsCluster[0] = 0; /* first cluster */
+            iNObjsCluster[1] = 0; /* second cluster */
+            for (iN=0; iN<iNObjsInClusterToSplit; iN++) {
+                iNObjsCluster[piKClusterAssignments[iN]]+=1;
+            }
+            
+            if (iNObjsCluster[0]<iMinRequiredObjsPerCluster
+                ||
+                iNObjsCluster[1]<iMinRequiredObjsPerCluster) {
+                bSmallClusterDetected = TRUE;
+                Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Skipping this split because objs in 1st/2nd cluster = %d/%d < %d",
+                          iNObjsCluster[0], iNObjsCluster[1], iMinRequiredObjsPerCluster);
+            }
+        }
+        
+        /* Same logic as for small clusters applies if KMeans couldn't
+         * split the cluster. In this case one of its center
+         * coordinates will be NaN, which we check for in the
+         * following.
+         */
+        if (! bSmallClusterDetected) {
+            for (iN=0; iN<2; iN++) {
+                bNaNDetected = FALSE;
+                for (iD=0; iD<iDim; iD++) {
+                    if (0 != isnan(pdKClusterCenters[iN*iDim+iN])) {
+                        /* Got NaN as coordinate after splitting */
+                        Log(&rLog, LOG_WARN, "%s(): Can't split cluster no. %d which has %d objects any further. %s",
+                             __FUNCTION__,
+                             iClusterToSplot, iNObjsInClusterToSplit,
+                         "Hope it's not too big and doesn't slow things down."
+                            );
+                        bNaNDetected = TRUE;
+                        break;
+                    }
+                }
+                if (bNaNDetected) {
+                    break;
+                }
+            }
+        }
+        
+        /* Discarding split of this cluster. It has been removed from the
+         * queue already. so just continue
+         */
+        if (bNaNDetected || bSmallClusterDetected) {
+            CKFREE(piKClusterAssignments);
+            CKFREE(pdVectorsInClusterToSplit);
+            continue;
+        }
+
+
+        /* update cluster centers: pdClusterCenters
+         *
+         */
+        /* reuse memory of existing/old/split cluster
+         */
+        for (iN=0; iN<iDim; iN++) {
+            double dCoord = pdKClusterCenters[0*iDim+iN];
+            (*prKMeansResult_p)->ppdClusterCenters[iClusterToSplot][iN] = dCoord;
+        }
+        /* realloc and set new one
+         */
+        (*prKMeansResult_p)->ppdClusterCenters = (double **)
+            CKREALLOC((*prKMeansResult_p)->ppdClusterCenters,
+                      ((*prKMeansResult_p)->iNClusters+1)  * sizeof(double *));
+        (*prKMeansResult_p)->ppdClusterCenters[iNewClusterIdx] = (double *)
+            CKMALLOC(iDim * sizeof(double));
+        for (iD=0; iD<iDim; iD++) {
+            double dCoord = pdKClusterCenters[1*iDim+iD];
+            (*prKMeansResult_p)->ppdClusterCenters[iNewClusterIdx][iD] = dCoord;
+        }
+#if TRACE
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "%s", "* Update of cluster centers done. Cluster centers so far:");
+        for (iN=0; iN<(*prKMeansResult_p)->iNClusters+1; iN++) {
+            fprintf(stderr, "DEBUG(%s|%s():%d): Center %u =",
+                    __FILE__, __FUNCTION__, __LINE__, iN);
+            for (iD=0; iD<iDim; iD++) {
+                fprintf(stderr, " %f", (*prKMeansResult_p)->ppdClusterCenters[iN][iD]);
+            }
+            fprintf(stderr, "\n");
+            (void) fflush(stderr);
+        }
+#endif
+
+
+        /* update #seqs per cluster: piNObjsPerCluster
+         *
+         */
+        (*prKMeansResult_p)->piNObjsPerCluster = (int *)
+            CKREALLOC((*prKMeansResult_p)->piNObjsPerCluster,
+                      ((*prKMeansResult_p)->iNClusters+1) * sizeof(int));
+        /* init new and old one to zero */
+        (*prKMeansResult_p)->piNObjsPerCluster[iClusterToSplot] = 0;
+        (*prKMeansResult_p)->piNObjsPerCluster[iNewClusterIdx] = 0;
+        /* now update values */
+        for (iN=0; iN<iNObjsInClusterToSplit; iN++) {
+            if (0 == piKClusterAssignments[iN]) {
+                (*prKMeansResult_p)->piNObjsPerCluster[iClusterToSplot] += 1;
+            } else if (1 == piKClusterAssignments[iN]) {
+                (*prKMeansResult_p)->piNObjsPerCluster[iNewClusterIdx] += 1;
+            } else {
+                /* there used to be code for iK>=2 in r101 */
+                Log(&rLog, LOG_FATAL, "Internal error: split into more than two clusters (got assignment %d)",
+                      piKClusterAssignments[iN]);
+            }
+        }
+#if TRACE
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "%s", "* Update of NObjs per cluster done:");
+        for (iN=0; iN<(*prKMeansResult_p)->iNClusters+1; iN++) {
+            Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Cluster %d contains %d sequences",
+                      iN, (*prKMeansResult_p)->piNObjsPerCluster[iN]);
+        }
+#endif
+        /* queue clusters if still they are still too big
+         */
+        if ((*prKMeansResult_p)->piNObjsPerCluster[iClusterToSplot] > iMaxAllowedObjsPerCluster) {
+            INT_QUEUE_PUSH(&rClusterSplitQueue, iClusterToSplot);
+        }
+        if ((*prKMeansResult_p)->piNObjsPerCluster[iNewClusterIdx] > iMaxAllowedObjsPerCluster) {
+            INT_QUEUE_PUSH(&rClusterSplitQueue, iNewClusterIdx);
+        }
+        
+        
+
+        /* update which objects belong to which cluster:
+         *
+         * note:  piNObjsPerCluster needs to be already updated
+         *
+         */
+        /* create a copy of the object indices in the split cluster
+         * (original will be overwritten)
+         */
+        piObjIndicesOfSplitCluster = (int *) CKMALLOC(iNObjsInClusterToSplit * sizeof(int));
+        memcpy(piObjIndicesOfSplitCluster,
+               (*prKMeansResult_p)->ppiObjIndicesPerCluster[iClusterToSplot],
+               iNObjsInClusterToSplit * sizeof(int));
+
+        (*prKMeansResult_p)->ppiObjIndicesPerCluster = (int **)
+            CKREALLOC((*prKMeansResult_p)->ppiObjIndicesPerCluster,
+                      ((*prKMeansResult_p)->iNClusters+1) * sizeof(int *));
+
+
+        (*prKMeansResult_p)->ppiObjIndicesPerCluster[iClusterToSplot] =
+            (int *) CKREALLOC((*prKMeansResult_p)->ppiObjIndicesPerCluster[iClusterToSplot],
+                              (*prKMeansResult_p)->piNObjsPerCluster[iClusterToSplot] * sizeof(int));
+
+        (*prKMeansResult_p)->ppiObjIndicesPerCluster[iNewClusterIdx] =
+            (int *) CKMALLOC((*prKMeansResult_p)->piNObjsPerCluster[iNewClusterIdx] * sizeof(int));
+
+
+        /* now reassign the object indices to the assigned cluster
+         */
+        piCurObjToUpdate[0] = 0;
+        piCurObjToUpdate[1] = 0;
+        for (iN=0; iN<iNObjsInClusterToSplit; iN++) {
+            int iThisObjIdx = piObjIndicesOfSplitCluster[iN];
+            int iThisClusterAssignment =  piKClusterAssignments[iN];
+            int iThisOffset = piCurObjToUpdate[iThisClusterAssignment];
+            int iThisClusterIndex = 0;
+
+            if (0 == iThisClusterAssignment) {
+                iThisClusterIndex = iClusterToSplot;
+            } else if (1 == iThisClusterAssignment) {
+                iThisClusterIndex = iNewClusterIdx;
+            } else {
+                /* there used to be code for iK>=2 in r101 */
+                Log(&rLog, LOG_FATAL, "Internal error: split into more than two clusters (got assignment %d)",
+                      piKClusterAssignments[iN]);
+            }
+#if 0
+            Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Setting (*prKMeansResult_p)->ppiObjIndicesPerCluster[%d][%d] = %d",
+                      iThisClusterIndex, iThisOffset, iThisObjIdx);
+#endif
+            (*prKMeansResult_p)->ppiObjIndicesPerCluster[iThisClusterIndex][iThisOffset] = iThisObjIdx;
+            piCurObjToUpdate[iThisClusterAssignment]+=1;
+        }
+        CKFREE(piObjIndicesOfSplitCluster);
+#if TRACE
+        for (iN=0; iN<(*prKMeansResult_p)->iNClusters+1; iN++) {
+            int iObj;
+            fprintf(stderr, "DEBUG(%s|%s():%d): Objects in cluster %u: ",
+                    __FILE__, __FUNCTION__, __LINE__, iN);
+            for (iObj=0; iObj<(*prKMeansResult_p)->piNObjsPerCluster[iN]; iObj++) {
+                fprintf(stderr, " %u", (*prKMeansResult_p)->ppiObjIndicesPerCluster[iN][iObj]);
+            }
+            fprintf(stderr, "\n");
+            (void) fflush(stderr);
+        }
+#endif
+
+
+#if TIMING
+        StopwatchStop(stopwatch);
+        StopwatchDisplay(stdout, "Total time after next round in Bisecting-KMeans: ", stopwatch);
+#endif
+
+
+        /* finally: increase number of clusters
+         */
+        (*prKMeansResult_p)->iNClusters += 1;
+        iNRounds += 1;
+        CKFREE(piKClusterAssignments);
+        CKFREE(pdVectorsInClusterToSplit);
+
+    } /* while */
+    INT_QUEUE_DESTROY(&rClusterSplitQueue);
+
+
+    Log(&rLog, LOG_DEBUG,
+         "Bisecting K-means finished after %d rounds (no more clusters to split)",
+         iNRounds);
+         
+#if TIMING
+    StopwatchFree(stopwatch);
+#endif
+
+    /* @note could use progress/timer */
+
+    CKFREE(pdKClusterCenters);
+    CKFREE(piCurObjToUpdate);
+
+    return;
+}
+/***   end: BisectingKmeans()   ***/
+
+
+
+/**
+ *
+ * @brief From scratch reimplementation of mBed: Blackshields et al.
+ * (2010); PMID 20470396.
+ *
+ * Idea is a follows:
+ * - convert sequences into vectors of distances
+ * - cluster the vectors using k-means
+ * - cluster each of the k clusters using upgma (used cached distances
+ *    from above?)
+ * - join the sub-clusters to create on tree (use UPGMA on k-means
+ *   medoids)
+ *
+ *
+ * @param[out] prMbedTree_p
+ * Created upgma tree. will be allocated here. use FreeMuscleTree()
+ * to free
+ * @param[in] prMSeq
+ * Multiple sequences
+ * @param[in] iPairDistType
+ * Distance measure for pairwise alignments
+ * @param[in] pcGuidetreeOut
+ * Passed down to GuideTreeUpgma()
+ *
+ * @return Zero on success, non-zero on error
+ *
+ */
+int
+Mbed(tree_t **prMbedTree_p, mseq_t *prMSeq, const int iPairDistType,
+     const char *pcGuidetreeOut)
+{
+    /* number of seeds */
+    int iNumSeeds;
+    /* seed indices matching prMSeq */
+    int *piSeeds; 
+    /* seqs represented as distance vectors */
+    double **ppdSeqVec;
+    /* kmeans result */
+    bisecting_kmeans_result_t *prKMeansResult = NULL;
+    /* distance matrix of kmeans (pre-)cluster centers */
+    symmatrix_t *prPreClusterDistmat = NULL;
+    /* auxiliary for symmetric matrix output; tree routines etc */
+    char **ppcLabels;
+    int iNodeIndex;
+    /* mapping of cluster-center tree node indices to corresponding
+       cluster */
+    int *piClusterToTreeNode;
+    int iClusterIndex;
+    int iI, iJ;
+    FILE *pfOut;
+    progress_t *prSubClusterDistanceProgress;
+    bool bPrintCR = (rLog.iLogLevelEnabled<=LOG_VERBOSE) ? FALSE : TRUE;
+
+#if FULL_WITHIN_CLUSTER_DISTANCES
+    Log(&rLog, LOG_DEBUG, "Computing real distances within subclusters for mBed.");
+#else
+    Log(&rLog, LOG_DEBUG, "Computing vector distances within subclusters for mBed.");
+#endif
+    
+#if MBED_TIMING
+    Stopwatch_t *stopwatch = StopwatchCreate();
+#endif
+
+    assert(NULL != prMbedTree_p);
+    assert(NULL != prMSeq);
+
+
+    iNumSeeds = (int) NUMBER_OF_SEEDS(prMSeq->nseqs);
+    if (iNumSeeds >= prMSeq->nseqs) {
+        /* -1 is condition for RandomUniqueIntArray */
+        iNumSeeds = prMSeq->nseqs-1; 
+        Log(&rLog, LOG_DEBUG,
+             "Automatically determined number of seeds is bigger (or equal) the number of sequences. Will set it to %d",
+             iNumSeeds);
+    }
+
+       
+    /* Turn sequences into vectors of distances to the seeds
+     *
+     */
+    piSeeds = (int *) CKMALLOC(iNumSeeds * sizeof(int));
+    if (0 != SeedSelection(piSeeds, iNumSeeds, SEED_SELECTION, prMSeq)) {
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "Something went wrong during seed selection for mbed");
+        return -1;
+    }
+    ppdSeqVec = (double **) CKMALLOC(prMSeq->nseqs * sizeof(double *));
+    for (iI=0; iI<prMSeq->nseqs; iI++) {
+        ppdSeqVec[iI] = (double *) CKMALLOC(iNumSeeds * sizeof(double));
+    }
+    if (0 != SeqToVec(ppdSeqVec, prMSeq, piSeeds, iNumSeeds, iPairDistType)) {
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "Could not convert sequences into vectors for mbed");
+        return -1;
+    }
+    CKFREE(piSeeds);
+
+    
+    /* Calculate (pre-)clusters of sequence vectors by applying
+     * bisecting kmeans
+     *
+     */
+#if MBED_TIMING
+    /* start clock only here, to make sure we don't include pairwise
+     * distance computation */
+    StopwatchZero(stopwatch);
+    StopwatchStart(stopwatch);
+#endif
+
+    BisectingKmeans(&prKMeansResult, prMSeq->nseqs, iNumSeeds, ppdSeqVec,
+                    MIN_REQUIRED_SEQ_PER_PRECLUSTER,
+                    MAX_ALLOWED_SEQ_PER_PRECLUSTER);
+    Log(&rLog, LOG_INFO,
+         "mBed created %u cluster/s (with a minimum of %d and a soft maximum of %d sequences each)",
+         prKMeansResult->iNClusters,
+         MIN_REQUIRED_SEQ_PER_PRECLUSTER,
+         MAX_ALLOWED_SEQ_PER_PRECLUSTER);
+
+
+#if PRINT_CLUSTER_DISTRIBUTION
+    Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Bisecting Kmeans returned %d clusters", prKMeansResult->iNClusters);
+    for (iI=0; iI<prKMeansResult->iNClusters; iI++) {
+#if TRACE
+        int iD;
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Diagnostic output for cluster %d follows:", iI);
+        fprintf(stderr, "DEBUG(%s|%s():%d): center coordinates =",
+                __FILE__, __FUNCTION__, __LINE__);
+        for (iD=0; iD<iNumSeeds; iD++) {
+            fprintf(stderr, " %f", prKMeansResult->ppdClusterCenters[iI][iD]);
+        }
+        fprintf(stderr, "\n");
+        fflush(stderr);
+#endif
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Cluster %d has %d objects assigned",
+                  iI, prKMeansResult->piNObjsPerCluster[iI]);
+#if TRACE
+        for (iJ=0; iJ<prKMeansResult->piNObjsPerCluster[iI]; iJ++) {
+            int iRealIndex = prKMeansResult->ppiObjIndicesPerCluster[iI][iJ];
+            
+            Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Cluster %u: object %u has index %u (= seq %s)",
+                      iI, iJ,  iRealIndex, prMSeq->sqinfo[iRealIndex].name);
+        }
+#endif
+    }
+#endif
+
+    
+    /* Cluster pre-clusters produced by k-means.
+     *
+     * Do this by calculating the vector distances of the cluster
+     * centers and applying UPGMA.
+     *
+     * @note could try to force-balance the tree here
+     *
+     */
+    if (0 != NewSymMatrix(&prPreClusterDistmat,
+                     prKMeansResult->iNClusters, prKMeansResult->iNClusters)) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "%s", "Memory allocation for pre-cluster distance-matrix failed");
+    }
+    for (iI=0; iI<prKMeansResult->iNClusters; iI++) {
+        for (iJ=iI+1; iJ<prKMeansResult->iNClusters; iJ++) {
+            double dDist;
+            dDist = EuclDist(prKMeansResult->ppdClusterCenters[iI],
+                             prKMeansResult->ppdClusterCenters[iJ],
+                             iNumSeeds);
+            SymMatrixSetValue(prPreClusterDistmat, iI, iJ, dDist);
+            /* Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Euclidean distance between clusters %d and %d = %f",
+               iI, iJ, dDist); */
+        }
+    }
+    
+
+    /* labels needed for the guide tree building routine only */
+    ppcLabels = (char **) CKMALLOC(prKMeansResult->iNClusters * sizeof(char*));
+    for (iI=0; iI<prKMeansResult->iNClusters; iI++) {
+        ppcLabels[iI] = (char *) CKMALLOC(32 * sizeof(char));
+        (void) snprintf(ppcLabels[iI], 32, "Subcluster-%u", iI);
+    }
+#if TRACE
+    Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "%s", "Distance matrix for pre-cluster centers:");
+    SymMatrixPrint(prPreClusterDistmat, ppcLabels, NULL);
+#endif
+
+    GuideTreeUpgma(prMbedTree_p,
+                   ppcLabels, prPreClusterDistmat, NULL);
+
+    for (iI=0; iI<prKMeansResult->iNClusters; iI++) {
+        CKFREE(ppcLabels[iI]);
+    }
+    CKFREE(ppcLabels);
+#if TRACE
+    Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "%s", "Cluster-center guide-tree:");
+    LogTree(*prMbedTree_p);
+#endif
+
+
+
+    /* Now replace each leaf in the pre-cluster-center tree
+     * appropriately, i.e. with the corresponding sub-cluster.
+     *
+     * For each leaf/sub-cluster, create a distance matrix for the
+     * corresponding sequences. Use distances between vectors as
+     * approximated distances between sequences. Then create a
+     * guide-tree by applying UPGMA.
+     *
+     */
+
+    /* Get a mapping of (pre)cluster number and leaf-node indices in
+     * the cluster-center tree. We can add trees to prMbedTree_p
+     * because AppendTrees() guarantees that no other than the node to
+     * append to changes.
+     */
+    piClusterToTreeNode = (int*)
+        CKMALLOC(prKMeansResult->iNClusters * sizeof(int));
+    iNodeIndex = FirstDepthFirstNode(*prMbedTree_p);
+    do {
+        if (IsLeaf(iNodeIndex, *prMbedTree_p)) {
+            int iLeafId = GetLeafId(iNodeIndex, *prMbedTree_p);
+            piClusterToTreeNode[iLeafId] = iNodeIndex;
+        }
+        iNodeIndex =  NextDepthFirstNode(iNodeIndex, *prMbedTree_p);
+    } while (NULL_NEIGHBOR != iNodeIndex);
+
+
+
+
+    /* Now step through all the leafs and replace them with the
+     * corresponding sub-trees
+     */
+    NewProgress(&prSubClusterDistanceProgress, LogGetFP(&rLog, LOG_INFO),
+                "Distance calculation within sub-clusters", bPrintCR);
+    /* for each cluster */
+    for (iClusterIndex=0;
+         iClusterIndex < prKMeansResult->iNClusters; iClusterIndex++) {
+        /* distance matrix for the sub-cluster */
+        symmatrix_t *prWithinClusterDistances = NULL;
+        int iNSeqInCluster;
+        tree_t *prSubClusterTree = NULL;
+        
+        ProgressLog(prSubClusterDistanceProgress,
+                    iClusterIndex, prKMeansResult->iNClusters, FALSE);
+
+#if FULL_WITHIN_CLUSTER_DISTANCES
+        mseq_t *prSubClusterMSeq;
+        int iPairDistType;
+        int iSeqIndex;
+        int iOldLogLevel;
+
+        Log(&rLog, LOG_DEBUG, 
+            "%s\n", "Calling new Mbed use makes only sense if nseq>MAX_ALLOWED_SEQ_PER_PRECLUSTER");
+
+        if (TRUE == prMSeq->aligned)  {
+            iPairDistType = PAIRDIST_SQUIDID_KIMURA;
+        } else {
+            iPairDistType = PAIRDIST_KTUPLE;
+        }
+#endif
+            
+        iNSeqInCluster = prKMeansResult->piNObjsPerCluster[iClusterIndex];
+#if TRACE
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "#seqs in subcluster no %d = %d",
+                  iClusterIndex, iNSeqInCluster);
+#endif
+
+#if FULL_WITHIN_CLUSTER_DISTANCES
+        /* create an mseq structure for sequences in this cluster
+         * don't need most of the members (e.g. orig_seq) but copy
+         * them anyway for the sake of completeness
+         */
+        NewMSeq(&prSubClusterMSeq);
+    
+        prSubClusterMSeq->nseqs = iNSeqInCluster;
+        prSubClusterMSeq->seqtype = prMSeq->seqtype;
+        if (NULL!=prMSeq->filename) {
+            prSubClusterMSeq->filename = CkStrdup(prMSeq->filename);
+        }
+        prSubClusterMSeq->aligned = prMSeq->aligned; /* FS, r252 */
+        prSubClusterMSeq->seq =  (char **)
+            CKMALLOC(prSubClusterMSeq->nseqs * sizeof(char *));
+        prSubClusterMSeq->orig_seq =  (char **)
+            CKMALLOC(prSubClusterMSeq->nseqs * sizeof(char *));
+        prSubClusterMSeq->sqinfo =  (SQINFO *)
+            CKMALLOC(prSubClusterMSeq->nseqs * sizeof(SQINFO));
+        
+        for (iSeqIndex=0; iSeqIndex<iNSeqInCluster; iSeqIndex++) {
+            int iRealSeqIndex = prKMeansResult->ppiObjIndicesPerCluster[iClusterIndex][iSeqIndex];
+            prSubClusterMSeq->seq[iSeqIndex] = CkStrdup(prMSeq->seq[iRealSeqIndex]);
+            prSubClusterMSeq->orig_seq[iSeqIndex] = CkStrdup(prMSeq->orig_seq[iRealSeqIndex]);
+            SeqinfoCopy(&prSubClusterMSeq->sqinfo[iSeqIndex], &prMSeq->sqinfo[iRealSeqIndex]);
+#if TRACE
+            Log(&rLog, LOG_DEBUG, "seq no %d in cluster %d is %s (real index = %d)",
+                iSeqIndex, iClusterIndex, prSubClusterMSeq->sqinfo[iSeqIndex].name,
+                iRealSeqIndex);
+#endif
+        }
+#endif
+
+        
+        /* Create a distance matrix for this sub-cluster
+         * (prWithinClusterDistances) by using the vector distances or
+         * ktuple distances.
+         *
+         * Then apply UPGMA to get a subcluster tree
+         * (prSubClusterTree) and append created tree to the
+         * pre-cluster-tree (prMbedTree_p)
+         *
+         */
+#if FULL_WITHIN_CLUSTER_DISTANCES
+        
+        iOldLogLevel = rLog.iLogLevelEnabled;
+        rLog.iLogLevelEnabled = LOG_WARN;
+        /* compute distances, but be quiet */
+        if (PairDistances(&prWithinClusterDistances, prSubClusterMSeq, iPairDistType,
+                          0, prSubClusterMSeq->nseqs, 0, prSubClusterMSeq->nseqs,
+                          NULL, NULL)) {
+            Log(&rLog, LOG_ERROR, "Couldn't compute pair distances");
+            return -1;
+        }
+        rLog.iLogLevelEnabled = iOldLogLevel;
+
+#if COMPUTE_WITHIN_SUBCLUSTER_AVERAGE
+        {
+            double dSum = 0.0;
+            for (iI=0; iI<prSubClusterMSeq->nseqs; iI++) {
+                for (iJ=iI+1; iJ<prSubClusterMSeq->nseqs; iJ++) {
+                    dSum += SymMatrixGetValue(prWithinClusterDistances, iI, iJ);
+                }
+            }
+            Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG,
+                "mean pair-wise distance within subcluster %d of %d = %f", 
+                iClusterIndex, prKMeansResult->iNClusters, dSum/prSubClusterMSeq->nseqs);
+        }
+#endif
+
+#else
+        if (NewSymMatrix(&prWithinClusterDistances, iNSeqInCluster, iNSeqInCluster)!=0) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "%s", "Memory allocation for disparity matrix failed");
+        }
+        for (iI=0; iI<iNSeqInCluster; iI++) {
+            int iRealIndexI = prKMeansResult->ppiObjIndicesPerCluster[iClusterIndex][iI];
+
+            for (iJ=iI+1; iJ<iNSeqInCluster; iJ++) {
+                int iRealIndexJ = prKMeansResult->ppiObjIndicesPerCluster[iClusterIndex][iJ];
+                double dist;
+
+                /* Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Cluster %d: compute distance between %d:%s and %d:%s",
+                   iClusterIndex, i, prMSeq->sqinfo[iRealIndexI].name,
+                   iJ, prMSeq->sqinfo[iRealIndexJ].name); */
+
+                if (1 == USE_EUCLIDEAN_DISTANCE) {
+                    dist = EuclDist(ppdSeqVec[iRealIndexI],
+                                    ppdSeqVec[iRealIndexJ], iNumSeeds);
+                } else {
+                    dist = CosDist(ppdSeqVec[iRealIndexI],
+                                   ppdSeqVec[iRealIndexJ], iNumSeeds);
+                }
+                SymMatrixSetValue(prWithinClusterDistances, iI, iJ, dist);
+            }
+        }
+#endif
+
+        /* labels needed for the guide tree building routine only */
+        ppcLabels = (char**) CKMALLOC(iNSeqInCluster * sizeof(char*));
+        for (iI=0; iI<iNSeqInCluster; iI++) {
+#if FULL_WITHIN_CLUSTER_DISTANCES
+            ppcLabels[iI] = prSubClusterMSeq->sqinfo[iI].name;
+#else       
+            int iRealIndex = prKMeansResult->ppiObjIndicesPerCluster[iClusterIndex][iI];
+            ppcLabels[iI] = prMSeq->sqinfo[iRealIndex].name;
+#endif
+        }        
+#if TRACE
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Distance matrix for seqs within sub cluster %d/%d",
+                  iClusterIndex, prKMeansResult->iNClusters);
+        SymMatrixPrint(prWithinClusterDistances, ppcLabels, NULL);
+#endif
+
+        
+        GuideTreeUpgma(&prSubClusterTree, ppcLabels,
+                       prWithinClusterDistances, NULL);
+
+        CKFREE(ppcLabels); /* don't free members, they just point */
+#if 0
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Cluster %d guide-tree:", iClusterIndex);
+        LogTree(prSubClusterTree);
+#endif
+
+        
+        /* The guide tree id's (that point to the sequences) now start
+         * from 0, i.e. the association with the prMSeq numbering is
+         * broken and fixed in the following
+         */
+        for (iNodeIndex = 0; iNodeIndex < (int)GetNodeCount(prSubClusterTree); iNodeIndex++) {
+            if (IsLeaf(iNodeIndex, prSubClusterTree)) {
+                int iLeafId = GetLeafId(iNodeIndex, prSubClusterTree);
+                int iRealId = prKMeansResult->ppiObjIndicesPerCluster[iClusterIndex][iLeafId];
+#if 0
+                Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Correcting leaf node %d which has (wrong) id %d and name %s to id %d (prMSeq name %s)",
+                          iNodeIndex, iLeafId,
+                          GetLeafName(iNodeIndex, prSubClusterTree),
+                          iRealId, prMSeq->sqinfo[iRealId].name);
+#endif
+                SetLeafId(prSubClusterTree, iNodeIndex, iRealId);
+            }
+        }
+
+
+        /* Append the newly created tree (prSubClusterTree) to the
+         * corresponding node index of prMbedTree_p.
+         */
+#if TRACE
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Will join trees at leaf node %d = %s",
+                  piClusterToTreeNode[iClusterIndex],
+                  GetLeafName(piClusterToTreeNode[iClusterIndex], *prMbedTree_p));
+#endif
+
+        AppendTree(*prMbedTree_p,
+                   piClusterToTreeNode[iClusterIndex],
+                   prSubClusterTree);
+        /* Note: piClusterToTreeNode is still valid, because
+         * AppendTrees() guarantees that no other than the node to
+         * append to changes. */
+
+#if 0
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "%s", "prMbedTree_p after cluster %d has appended:", iClusterIndex);
+        LogTree(*prMbedTree_p);
+
+        if (0) {
+            char fname[] = "mbed-joined-tree.dnd";
+            FILE *pfOut;
+            if (NULL == (pfOut = fopen(fname, "w"))) {
+                Log(&rLog, LOG_FATAL, "Couldn't open %s for writing", fname);
+            }
+            MuscleTreeToFile(pfOut, *prMbedTree_p);
+            Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Joined tree written to %s", fname);
+            fclose(pfOut);
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "DEBUG EXIT");
+        }
+#endif
+
+        /* cleanup
+         */
+        FreeMuscleTree(prSubClusterTree);
+        FreeSymMatrix(&prWithinClusterDistances);
+#if FULL_WITHIN_CLUSTER_DISTANCES
+        FreeMSeq(&prSubClusterMSeq);
+#endif
+    } /* end for each cluster */
+    ProgressDone(prSubClusterDistanceProgress);
+    FreeProgress(&prSubClusterDistanceProgress);
+
+    
+    if (NULL != pcGuidetreeOut) {
+        if (NULL == (pfOut = fopen(pcGuidetreeOut, "w"))) {
+            Log(&rLog, LOG_ERROR, "Couldn't open %s for writing", pcGuidetreeOut);
+        } else {
+            MuscleTreeToFile(pfOut, *prMbedTree_p);
+            Log(&rLog, LOG_INFO, "Guide tree written to %s", pcGuidetreeOut);
+            (void) fclose(pfOut);
+        }
+    }
+
+    
+    /* cleanup
+     *
+     */
+#if MBED_TIMING
+    StopwatchStop(stopwatch);
+    StopwatchDisplay(stdout, "mBed time (without pairwise distance computation): ", stopwatch);
+    StopwatchFree(stopwatch);
+#endif
+
+    FreeKMeansResult(&prKMeansResult);
+    FreeSymMatrix(&prPreClusterDistmat);
+    for (iI=0; iI<prMSeq->nseqs; iI++) {
+        CKFREE(ppdSeqVec[iI]);
+    }
+    CKFREE(ppdSeqVec);
+    CKFREE(piClusterToTreeNode);
+
+#ifndef NDEBUG
+    TreeValidate(*prMbedTree_p);
+#endif
+    
+    return 0;
+}
+/***   end: Mbed()   ***/
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/mbed.h b/binaries/src/clustalo/src/clustal/mbed.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..84b7a3a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,30 @@
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: mbed.h 193 2011-02-07 15:45:21Z andreas $
+ */
+
+#ifndef CLUSTALO_MBED_H
+#define CLUSTALO_MBED_H
+
+#include "muscle_tree.h"
+#include "seq.h"
+
+
+extern int
+Mbed(tree_t **tree, mseq_t *prMSeq,
+     const int iPairDistType, const char *pcGuidetreeOutfile);
+
+#endif
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/muscle_tree.c b/binaries/src/clustalo/src/clustal/muscle_tree.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c4ba70d
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,2017 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4;  indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/* This a mix of tree functions and data-structures from
+ * Bob Edgar's Muscle (version 3.7) ported to pure C, topped up with
+ * some of our own stuff.
+ *
+ * Used files: phy.cpp, tree.h, phytofile.cpp and phyfromclust.cpp
+ *
+ * Muscle's code is public domain and so is this code here.
+
+ * From http://www.drive5.com/muscle/license.htm:
+ * """
+ * MUSCLE is public domain software
+ *
+ * The MUSCLE software, including object and source code and
+ * documentation, is hereby donated to the public domain.
+ *
+ * Disclaimer of warranty
+ * THIS SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,
+ * EITHER EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING WITHOUT LIMITATION IMPLIED
+ * WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
+ * """
+ *
+ */
+
+/*
+ *  RCS $Id: muscle_tree.c 230 2011-04-09 15:37:50Z andreas $
+ */
+
+#include <stdlib.h>
+#include <stdio.h>
+#include <string.h>
+#include <limits.h>
+#include <assert.h>
+#include <ctype.h>
+
+#include "util.h"
+#include "log.h"
+#include "muscle_tree.h"
+
+
+static const double VERY_NEGATIVE_DOUBLE = -9e29;
+/*const double dInsane = VERY_NEGATIVE_DOUBLE;*/
+static const double dInsane = -9e29;
+static const unsigned uInsane = 8888888;
+
+typedef enum 
+{
+    NTT_Unknown,
+
+    /* Returned from Tree::GetToken: */
+    NTT_Lparen,
+    NTT_Rparen,
+    NTT_Colon,
+    NTT_Comma,
+    NTT_Semicolon,
+    NTT_String,
+    
+    /* Following are never returned from Tree::GetToken: */
+    NTT_SingleQuotedString,
+    NTT_DoubleQuotedString,
+    NTT_Comment
+} NEWICK_TOKEN_TYPE;
+
+
+static void
+InitCache(uint uCacheCount, tree_t *tree);
+static void
+TreeZero(tree_t *tree);
+static uint
+GetNeighborCount(unsigned uNodeIndex, tree_t *tree);
+static bool
+IsEdge(unsigned uNodeIndex1, unsigned uNodeIndex2, tree_t *tree);
+static bool
+HasEdgeLength(uint uNodeIndex1, uint uNodeIndex2, tree_t *tree);
+static void
+TreeToFileNodeRooted(tree_t *tree, uint m_uRootNodeIndex, FILE *fp);
+static void
+ValidateNode(uint uNodeIndex, tree_t *tree);
+static void
+AssertAreNeighbors(unsigned uNodeIndex1, unsigned uNodeIndex2, tree_t *tree);
+static void
+ExpandCache(tree_t *tree);
+static void
+TreeCreateRooted(tree_t *tree);
+static bool
+GetGroupFromFile(FILE *fp, uint uNodeIndex, double *ptrdEdgeLength, tree_t *tree);
+static NEWICK_TOKEN_TYPE
+GetToken(FILE *fp, char szToken[], uint uBytes);
+/* stuff from textfile.cpp */
+static void
+FileSkipWhite(FILE *fp);
+static bool
+FileSkipWhiteX(FILE *fp);
+static void
+SetLeafName(uint uNodeIndex, const char *ptrName, tree_t *tree);
+uint
+AppendBranch(tree_t *tree, uint uExistingLeafIndex);
+static void
+SetEdgeLength(uint uNodeIndex1, uint uNodeIndex2,
+              double dLength, tree_t *tree);
+static uint
+UnrootFromFile(tree_t *tree);
+uint
+GetNeighbor(uint uNodeIndex, uint uNeighborSubscript, tree_t *tree);
+static void
+InitNode(tree_t *prTree, uint uNodeIndex);
+
+
+/**
+ * @param[in] uNodeIndex
+ * node to examine
+ * @param[in] tree
+ * tree to examine
+ * @return id of left node
+ * @note called GetRight in Muscle3.7
+ */
+uint
+GetLeft(uint uNodeIndex, tree_t *tree) 
+{
+    assert(NULL != tree);
+    assert(tree->m_bRooted && uNodeIndex < tree->m_uNodeCount);
+    return tree->m_uNeighbor2[uNodeIndex];
+}
+/***   end: GetLeft   ***/
+
+
+
+/**
+ * @param[in] uNodeIndex
+ * node to examine
+ * @param[in] tree
+ * tree to examine
+ * @return id of right node
+ * @note called GetRight in Muscle3.7
+ */
+uint
+GetRight(uint uNodeIndex, tree_t *tree)
+{
+    assert(NULL != tree);
+    assert(tree->m_bRooted && uNodeIndex < tree->m_uNodeCount);
+    return tree->m_uNeighbor3[uNodeIndex];
+}
+/***   end: GetRight   ***/
+
+
+
+/**
+ * @param[in] uNodeIndex
+ * node to examine
+ * @param[in] tree
+ * tree to examine
+ * @return leaf id of current node
+ */
+uint
+GetLeafId(uint uNodeIndex, tree_t *tree)
+{
+    assert(NULL != tree);
+    assert(uNodeIndex < tree->m_uNodeCount);
+    assert(IsLeaf(uNodeIndex, tree));
+    
+    return tree->m_Ids[uNodeIndex];
+}
+/***   end: GetLeafId   ***/
+
+
+
+/**
+ * @note originally called GetLeafName
+ *
+ */
+char *
+GetLeafName(unsigned uNodeIndex, tree_t *tree)
+{
+    assert(NULL != tree);
+    assert(uNodeIndex < tree->m_uNodeCount);
+    assert(IsLeaf(uNodeIndex, tree));
+    return tree->m_ptrName[uNodeIndex];
+}
+/***   end: GetLeafName   ***/
+
+
+
+/**
+ * @brief returns first leaf node for a depth-first traversal of tree
+ *
+ * @param[in] tree
+ * tree to traverse
+ *
+ * @return node index of first leaf node for depth-first traversal
+ *
+ * @note called FirstDepthFirstNode in Muscle3.7
+ *
+ */
+uint
+FirstDepthFirstNode(tree_t *tree)
+{
+    uint uNodeIndex;
+        
+    assert(NULL != tree);
+    assert(IsRooted(tree));    
+    
+    /* Descend via left branches until we hit a leaf */
+    uNodeIndex =  tree->m_uRootNodeIndex;
+    while (!IsLeaf(uNodeIndex, tree))
+        uNodeIndex = GetLeft(uNodeIndex, tree);
+    return uNodeIndex;
+}
+/***   end: FirstDepthFirstNode   ***/
+
+
+/**
+ * @brief returns next leaf node index for depth-first traversal of
+ * tree
+ *
+ * @param[in] tree
+ * tree to traverse
+ * @param[in] uNodeIndex
+ * Current node index
+ *
+ * @return node index of next leaf node during depth-first traversal
+ *
+ * @note called NextDepthFirstNode in Muscle3.7
+ */
+uint
+NextDepthFirstNode(uint uNodeIndex, tree_t *tree)
+{
+    uint uParent;
+    
+    assert(NULL != tree);
+    assert(IsRooted(tree));
+    assert(uNodeIndex < tree->m_uNodeCount);
+    
+    if (IsRoot(uNodeIndex, tree))
+    {
+        /* Node uNodeIndex is root, end of traversal */
+        return NULL_NEIGHBOR;
+    }
+    
+    uParent = GetParent(uNodeIndex, tree);
+    if (GetRight(uParent, tree) == uNodeIndex) {
+        /* Is right branch, return parent=uParent */
+        return uParent;
+    }
+    
+    uNodeIndex = GetRight(uParent, tree);
+    /* Descend left from right sibling uNodeIndex */
+    while (!IsLeaf(uNodeIndex, tree)) {
+        uNodeIndex = GetLeft(uNodeIndex, tree);
+    }
+    
+    /*  bottom out at leaf uNodeIndex */
+    return uNodeIndex;
+}
+/***   end: NextDepthFirstNode   ***/
+
+
+
+/**
+ * @brief check if tree is a rooted tree
+ * @param[in] tree
+ * tree to check
+ * @return TRUE if given tree is rooted, FALSE otherwise
+ *
+ */
+bool
+IsRooted(tree_t *tree) 
+{
+    assert(NULL != tree);
+    return tree->m_bRooted;
+}
+/***   end: IsRooted   ***/
+
+
+/**
+ *
+ */
+void
+FreeMuscleTree(tree_t *tree)
+{
+    uint i;
+
+    assert(tree!=NULL);
+    
+
+    /* FIXME use GetLeafNodeIndex? or
+       for (unsigned uNodeIndex = 0; uNodeIndex < m_uNodeCount; ++uNodeIndex)
+       {
+       if (tree.IsLeaf(uNodeIndex))
+       {
+       const char *ptrName =
+       tree.GetLeafName(uNodeIndex);
+    */
+    /* IsLeaf needs m_uNodeCount and all m_uNeighbor's
+     * so free first
+     */
+    for (i=0; i<tree->m_uNodeCount; i++) {
+        /* IsLeaf needs neighbour count, so free those guys later */
+        if (IsLeaf(i, tree)) {
+            CKFREE(tree->m_ptrName[i]);
+        }
+    }
+    CKFREE(tree->m_ptrName);
+
+    CKFREE(tree->m_uNeighbor1);
+    CKFREE(tree->m_uNeighbor2);
+    CKFREE(tree->m_uNeighbor3);
+    
+    CKFREE(tree->m_Ids);
+    
+    CKFREE(tree->m_dEdgeLength1);
+    CKFREE(tree->m_dEdgeLength2);
+    CKFREE(tree->m_dEdgeLength3);
+#if USE_HEIGHT
+    CKFREE(tree->m_dHeight);
+    CKFREE(tree->m_bHasHeight);
+#endif 
+    CKFREE(tree->m_bHasEdgeLength1);
+    CKFREE(tree->m_bHasEdgeLength2);
+    CKFREE(tree->m_bHasEdgeLength3);
+    
+    TreeZero(tree);
+
+    free(tree);
+}
+/***   end: FreeMuscleTree   ***/
+
+
+
+/**
+ * @brief create a muscle tree
+ *
+ * @note Original comment in Muscle code: "Create rooted tree from a
+ * vector description. Node indexes are 0..N-1 for leaves, N..2N-2 for
+ * internal nodes. Vector subscripts are i-N and have values for
+ * internal nodes only, but those values are node indexes 0..2N-2. So
+ * e.g. if N=6 and Left[2]=1, this means that the third internal node
+ * (node index 8) has the second leaf (node index 1) as its left
+ * child. uRoot gives the vector subscript of the root, so add N to
+ * get the node index."
+ *
+ * @param[out] tree
+ * newly created tree
+ * @param[in] uLeafCount
+ * number of leaf nodes
+ * @param[in] uRoot
+ * Internal node index of root node
+ * @param[in] Left
+ * Node index of left sibling of an internal node.
+ * Index range: 0--uLeafCount-1
+ * @param[in] Right
+ * Node index of right sibling of an internal node.
+ * Index range: 0--uLeafCount-1
+ * @param[in] LeftLength
+ * Branch length of left branch of an internal node.
+ * Index range: 0--uLeafCount-1
+ * @param[in] RightLength
+ * Branch length of right branch of an internal node.
+ * Index range: 0--uLeafCount-1
+ * @param[in] LeafIds
+ * Leaf id. Index range: 0--uLeafCount
+ * @param[in] LeafNames
+ * Leaf label. Index range: 0--uLeafCount
+ *
+ */
+void
+MuscleTreeCreate(tree_t *tree,
+                  uint uLeafCount, uint uRoot,
+                  const uint *Left, const uint *Right,
+                  const float *LeftLength, const float* RightLength,
+                  const uint *LeafIds, char **LeafNames)
+{
+    uint uNodeIndex;
+
+       TreeZero(tree);
+    tree->m_uNodeCount = 2*uLeafCount - 1;
+       InitCache(tree->m_uNodeCount, tree);
+    
+       for (uNodeIndex = 0; uNodeIndex < uLeafCount; ++uNodeIndex) {
+               tree->m_Ids[uNodeIndex] = LeafIds[uNodeIndex];
+               tree->m_ptrName[uNodeIndex] = CkStrdup(LeafNames[uNodeIndex]);
+    }
+
+       for (uNodeIndex = uLeafCount; uNodeIndex < tree->m_uNodeCount; ++uNodeIndex) {
+               uint v = uNodeIndex - uLeafCount;
+               uint uLeft = Left[v];
+               uint uRight = Right[v];
+               float fLeft = LeftLength[v];
+               float fRight = RightLength[v];
+        
+               tree->m_uNeighbor2[uNodeIndex] = uLeft;
+               tree->m_uNeighbor3[uNodeIndex] = uRight;
+        
+               tree->m_bHasEdgeLength2[uNodeIndex] = TRUE;
+               tree->m_bHasEdgeLength3[uNodeIndex] = TRUE;
+
+               tree->m_dEdgeLength2[uNodeIndex] = fLeft;
+               tree->m_dEdgeLength3[uNodeIndex] = fRight;
+
+               tree->m_uNeighbor1[uLeft] = uNodeIndex;
+               tree->m_uNeighbor1[uRight] = uNodeIndex;
+
+               tree->m_dEdgeLength1[uLeft] = fLeft;
+               tree->m_dEdgeLength1[uRight] = fRight;
+
+               tree->m_bHasEdgeLength1[uLeft] = TRUE;
+               tree->m_bHasEdgeLength1[uRight] = TRUE;
+    }
+
+       tree->m_bRooted = TRUE;
+       tree->m_uRootNodeIndex = uRoot + uLeafCount;
+#ifndef NDEBUG
+       TreeValidate(tree);
+#endif
+}
+/***   end: MuscleTreeCreate   ***/
+
+
+
+/**
+ * @param[in] tree
+ * tree to write
+ * @param[out] fp
+ * filepointer to write to2
+ * 
+ * @brief write a muscle tree to a file in newick format (distances
+ * and all names)
+ *
+ * 
+ */
+void
+MuscleTreeToFile(FILE *fp, tree_t *tree)
+{
+    assert(NULL != tree);
+    if (IsRooted(tree)) {
+        TreeToFileNodeRooted(tree, tree->m_uRootNodeIndex, fp);
+        fprintf(fp, ";\n");
+        return;
+    } else {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "FIXME: output of unrooted muscle trees not implemented");
+    }
+}
+/***   end: MuscleTreeToFile   ***/
+
+
+
+/**
+ * @brief check if given node is a leaf node
+ *
+ * @param[in] uNodeIndex
+ * the node index
+ * @param tree
+ * the tree
+ *
+ * @return TRUE if given node is a leaf, FALSE otherwise
+ *
+ * @note called IsLeaf in Muscle3.7. See tree.h in original code
+ */
+bool
+IsLeaf(uint uNodeIndex, tree_t *tree)
+{
+    assert(NULL != tree);
+    assert(uNodeIndex < tree->m_uNodeCount);
+    if (1 == tree->m_uNodeCount)
+        return TRUE;
+    return 1 == GetNeighborCount(uNodeIndex, tree);
+}
+/***   end: IsLeaf   ***/
+
+
+
+/**
+ */
+bool
+IsRoot(uint uNodeIndex, tree_t *tree)
+{
+    assert(NULL != tree);
+    return IsRooted(tree) && tree->m_uRootNodeIndex == uNodeIndex;
+}
+/***   end: IsRoot   ***/
+
+
+
+/**
+ */
+uint
+GetNeighborCount(uint uNodeIndex, tree_t *tree)
+{
+    uint n1, n2, n3;
+    assert(uNodeIndex < tree->m_uNodeCount);
+    assert(NULL != tree);
+    assert(NULL != tree->m_uNeighbor1);
+    assert(NULL != tree->m_uNeighbor2);
+    assert(NULL != tree->m_uNeighbor3);
+    n1 = tree->m_uNeighbor1[uNodeIndex];
+    n2 = tree->m_uNeighbor2[uNodeIndex];
+    n3 = tree->m_uNeighbor3[uNodeIndex];
+    return (NULL_NEIGHBOR != n1) + (NULL_NEIGHBOR != n2) + (NULL_NEIGHBOR != n3);
+}
+/***   end: GetNeighborCount   ***/
+
+
+/**
+ */
+uint
+GetParent(unsigned uNodeIndex, tree_t *tree)
+{
+    assert(NULL != tree);
+    assert(tree->m_bRooted && uNodeIndex < tree->m_uNodeCount);
+    return tree->m_uNeighbor1[uNodeIndex];
+}
+/***   end: GetParent   ***/
+
+
+
+/**
+ */
+bool
+IsEdge(unsigned uNodeIndex1, unsigned uNodeIndex2, tree_t *tree)
+{
+    assert(uNodeIndex1 < tree->m_uNodeCount && uNodeIndex2 < tree->m_uNodeCount);
+    assert(NULL != tree);
+    
+    return tree->m_uNeighbor1[uNodeIndex1] == uNodeIndex2 ||
+        tree->m_uNeighbor2[uNodeIndex1] == uNodeIndex2 ||
+        tree->m_uNeighbor3[uNodeIndex1] == uNodeIndex2;
+}
+/***   end: IsEdge   ***/
+
+
+
+/**
+ */
+bool
+HasEdgeLength(uint uNodeIndex1, uint uNodeIndex2, tree_t *tree)
+{
+    assert(NULL != tree);
+    assert(uNodeIndex1 < tree->m_uNodeCount);
+    assert(uNodeIndex2 < tree->m_uNodeCount);
+    assert(IsEdge(uNodeIndex1, uNodeIndex2, tree));
+    
+    if (tree->m_uNeighbor1[uNodeIndex1] == uNodeIndex2)
+        return tree->m_bHasEdgeLength1[uNodeIndex1];
+    else if (tree->m_uNeighbor2[uNodeIndex1] == uNodeIndex2)
+        return tree->m_bHasEdgeLength2[uNodeIndex1];
+    assert(tree->m_uNeighbor3[uNodeIndex1] == uNodeIndex2);
+    return tree->m_bHasEdgeLength3[uNodeIndex1];
+}
+/***   end:   ***/
+
+
+/**
+ */
+double
+GetEdgeLength(uint uNodeIndex1, uint uNodeIndex2, tree_t *tree)
+{
+    assert(NULL != tree);
+    assert(uNodeIndex1 < tree->m_uNodeCount && uNodeIndex2 < tree->m_uNodeCount);
+    if (!HasEdgeLength(uNodeIndex1, uNodeIndex2, tree))
+    {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Missing edge length in tree %u-%u", uNodeIndex1, uNodeIndex2);
+    }
+    
+    if (tree->m_uNeighbor1[uNodeIndex1] == uNodeIndex2)
+        return tree->m_dEdgeLength1[uNodeIndex1];
+    else if (tree->m_uNeighbor2[uNodeIndex1] == uNodeIndex2)
+        return tree->m_dEdgeLength2[uNodeIndex1];
+    assert(tree->m_uNeighbor3[uNodeIndex1] == uNodeIndex2);
+    return tree->m_dEdgeLength3[uNodeIndex1];
+}
+/***   end: GetEdgeLength   ***/
+
+
+/**
+ *
+ */
+void
+InitNode(tree_t *prTree, uint uNodeIndex)
+{
+    prTree->m_uNeighbor1[uNodeIndex] = NULL_NEIGHBOR;
+    prTree->m_uNeighbor2[uNodeIndex] = NULL_NEIGHBOR;
+    prTree->m_uNeighbor3[uNodeIndex] = NULL_NEIGHBOR;
+    prTree->m_bHasEdgeLength1[uNodeIndex] = FALSE;
+    prTree->m_bHasEdgeLength2[uNodeIndex] = FALSE;
+    prTree->m_bHasEdgeLength3[uNodeIndex] = FALSE;
+#if USE_HEIGHT
+    prTree->m_bHasHeight[uNodeIndex] = FALSE;
+    prTree->m_dHeight[uNodeIndex] = dInsane;
+#endif
+    prTree->m_dEdgeLength1[uNodeIndex] = dInsane;
+    prTree->m_dEdgeLength2[uNodeIndex] = dInsane;
+    prTree->m_dEdgeLength3[uNodeIndex] = dInsane;
+    
+    prTree->m_ptrName[uNodeIndex] = NULL;
+    prTree->m_Ids[uNodeIndex] = uInsane;
+}
+/***   end: InitNode   ***/
+
+
+/**
+ *
+ */
+void
+InitCache(uint uCacheCount, tree_t *tree)
+{
+    uint uNodeIndex;
+    
+    tree->m_uCacheCount = uCacheCount;
+    
+    tree->m_uNeighbor1 = (uint *) CKMALLOC(sizeof(uint) * tree->m_uCacheCount);
+    tree->m_uNeighbor2 = (uint *) CKMALLOC(sizeof(uint) * tree->m_uCacheCount);
+    tree->m_uNeighbor3 = (uint *) CKMALLOC(sizeof(uint) * tree->m_uCacheCount);
+    
+    tree->m_Ids = (uint *) CKMALLOC(sizeof(uint) * tree->m_uCacheCount);
+    
+    tree->m_dEdgeLength1 = (double *) CKMALLOC(sizeof(double) * tree->m_uCacheCount);
+    tree->m_dEdgeLength2 = (double *) CKMALLOC(sizeof(double) * tree->m_uCacheCount);
+    tree->m_dEdgeLength3 = (double *) CKMALLOC(sizeof(double) * tree->m_uCacheCount);
+#if USE_HEIGHT
+    tree->m_dHeight = (double *) CKMALLOC(sizeof(double) * tree->m_uCacheCount);
+    tree->m_bHasHeight = (bool *) CKMALLOC(sizeof(bool) * tree->m_uCacheCount);
+#endif    
+    tree->m_bHasEdgeLength1 = (bool *) CKMALLOC(sizeof(bool) * tree->m_uCacheCount);
+    tree->m_bHasEdgeLength2 = (bool *) CKMALLOC(sizeof(bool) * tree->m_uCacheCount);
+    tree->m_bHasEdgeLength3 = (bool *) CKMALLOC(sizeof(bool) * tree->m_uCacheCount);
+
+    tree->m_ptrName = (char **) CKMALLOC(sizeof(char *) * tree->m_uCacheCount);
+    
+    for (uNodeIndex = 0; uNodeIndex < tree->m_uNodeCount; ++uNodeIndex) {
+        InitNode(tree, uNodeIndex);
+    }
+}
+/***   end: InitCache   ***/
+
+
+
+
+/**
+ *
+ * @note Replacing Tree::Clear but no freeing of memory! Just setting
+ * everything to 0/NULL
+ */
+void
+TreeZero(tree_t *tree)
+{
+    assert(NULL != tree);
+    tree->m_uNodeCount = 0;
+    tree->m_uCacheCount = 0;
+
+    tree->m_uNeighbor1 = NULL;
+    tree->m_uNeighbor2 = NULL;
+    tree->m_uNeighbor3 = NULL;
+    
+    tree->m_dEdgeLength1 = NULL;
+    tree->m_dEdgeLength2 = NULL;
+    tree->m_dEdgeLength3 = NULL;
+    
+#if USE_HEIGHT
+    tree->m_dHeight = NULL;
+    tree->m_bHasHeight = NULL;
+#endif
+    tree->m_bHasEdgeLength1 = NULL;
+    tree->m_bHasEdgeLength2 = NULL;
+    tree->m_bHasEdgeLength3 = NULL;
+
+    tree->m_ptrName = NULL;
+    tree->m_Ids = NULL;
+    
+    tree->m_bRooted = FALSE;
+    tree->m_uRootNodeIndex = 0;
+}
+/* end: TreeZero */
+
+
+
+/**
+ *
+ */
+void
+TreeToFileNodeRooted(tree_t *tree, uint uNodeIndex, FILE *fp)
+{
+    bool bGroup;
+    
+    assert(IsRooted(tree));
+    assert(NULL != tree);
+    bGroup = !IsLeaf(uNodeIndex, tree) || IsRoot(uNodeIndex, tree);
+    
+    if (bGroup) 
+        fprintf(fp, "(\n");
+    
+
+    if (IsLeaf(uNodeIndex, tree)) {
+        /* File.PutString(GetName(uNodeIndex)); */
+        fprintf(fp, "%s", tree->m_ptrName[uNodeIndex]);
+    } else {
+        TreeToFileNodeRooted(tree, GetLeft(uNodeIndex, tree), fp);
+        fprintf(fp, ",\n");
+        TreeToFileNodeRooted(tree, GetRight(uNodeIndex, tree), fp);
+    }
+
+    if (bGroup)
+        fprintf(fp, ")");
+
+    if (!IsRoot(uNodeIndex, tree)) {
+        uint uParent = GetParent(uNodeIndex, tree);
+        if (HasEdgeLength(uNodeIndex, uParent, tree))
+            fprintf(fp, ":%g", GetEdgeLength(uNodeIndex, uParent, tree));
+    }
+    fprintf(fp, "\n");
+}
+/***   end: TreeToFileNodeRooted   ***/
+
+
+/**
+ *
+ *
+ */
+void
+TreeValidate(tree_t *tree)
+{
+    uint uNodeIndex;
+    assert(NULL != tree);
+    for (uNodeIndex = 0; uNodeIndex < tree->m_uNodeCount; ++uNodeIndex) {
+        ValidateNode(uNodeIndex, tree);
+    }
+    /* FIXME: maybe set negative length to zero? What impact would
+     * that have? */
+}
+/***   end TreeValidate   ***/
+
+
+
+/**
+ *
+ *
+ */
+void
+ValidateNode(uint uNodeIndex, tree_t *tree)
+{
+    uint uNeighborCount;
+    uint n1, n2, n3;
+    assert(NULL != tree);
+    
+    if (uNodeIndex >= tree->m_uNodeCount)
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "ValidateNode(%u), %u nodes", uNodeIndex, tree->m_uNodeCount);
+
+    uNeighborCount = GetNeighborCount(uNodeIndex, tree);
+    
+
+    if (2 == uNeighborCount) {
+        if (!tree->m_bRooted) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Tree::ValidateNode: Node %u has two neighbors, tree is not rooted",
+                  uNodeIndex);
+        }
+        if (uNodeIndex != tree->m_uRootNodeIndex) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Tree::ValidateNode: Node %u has two neighbors, but not root node=%u",
+                  uNodeIndex, tree->m_uRootNodeIndex);
+        }
+    }
+
+    n1 = tree->m_uNeighbor1[uNodeIndex];
+    n2 = tree->m_uNeighbor2[uNodeIndex];
+    n3 = tree->m_uNeighbor3[uNodeIndex];
+    
+    if (NULL_NEIGHBOR == n2 && NULL_NEIGHBOR != n3) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Tree::ValidateNode, n2=null, n3!=null", uNodeIndex);
+    }
+    if (NULL_NEIGHBOR == n3 && NULL_NEIGHBOR != n2) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Tree::ValidateNode, n3=null, n2!=null", uNodeIndex);
+    }
+    
+    if (n1 != NULL_NEIGHBOR)
+        AssertAreNeighbors(uNodeIndex, n1, tree);
+    if (n2 != NULL_NEIGHBOR)
+        AssertAreNeighbors(uNodeIndex, n2, tree);
+    if (n3 != NULL_NEIGHBOR)
+        AssertAreNeighbors(uNodeIndex, n3, tree);
+
+
+    
+    if (n1 != NULL_NEIGHBOR && (n1 == n2 || n1 == n3)) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Tree::ValidateNode, duplicate neighbors in node %u", uNodeIndex);
+    }
+    if (n2 != NULL_NEIGHBOR && (n2 == n1 || n2 == n3)) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Tree::ValidateNode, duplicate neighbors in node %u", uNodeIndex);
+    }
+    if (n3 != NULL_NEIGHBOR && (n3 == n1 || n3 == n2)) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Tree::ValidateNode, duplicate neighbors in node %u", uNodeIndex);
+    }
+
+
+    if (IsRooted(tree)) {
+        if (NULL_NEIGHBOR == GetParent(uNodeIndex, tree)) {
+            if (uNodeIndex != tree->m_uRootNodeIndex) {
+                Log(&rLog, LOG_FATAL, "Tree::ValiateNode(%u), no parent", uNodeIndex);
+            }
+        } else if (GetLeft(GetParent(uNodeIndex, tree), tree) != uNodeIndex &&
+                   GetRight(GetParent(uNodeIndex, tree), tree) != uNodeIndex) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Tree::ValidateNode(%u), parent / child mismatch", uNodeIndex);
+        }
+    }
+}
+/***   end: ValidateNode   ***/
+
+
+/**
+ *
+ *
+ */
+void
+AssertAreNeighbors(unsigned uNodeIndex1, unsigned uNodeIndex2, tree_t *tree)
+{
+    bool Has12, Has21;
+    assert(NULL != tree);
+
+    if (uNodeIndex1 >= tree->m_uNodeCount || uNodeIndex2 >= tree->m_uNodeCount)
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "AssertAreNeighbors(%u,%u), are %u nodes",
+              uNodeIndex1, uNodeIndex2, tree->m_uNodeCount);
+
+    if (tree->m_uNeighbor1[uNodeIndex1] != uNodeIndex2 &&
+        tree->m_uNeighbor2[uNodeIndex1] != uNodeIndex2 &&
+        tree->m_uNeighbor3[uNodeIndex1] != uNodeIndex2) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "AssertAreNeighbors(%u,%u) failed", uNodeIndex1, uNodeIndex2);
+    }
+
+    
+    if (tree->m_uNeighbor1[uNodeIndex2] != uNodeIndex1 &&
+        tree->m_uNeighbor2[uNodeIndex2] != uNodeIndex1 &&
+        tree->m_uNeighbor3[uNodeIndex2] != uNodeIndex1) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "AssertAreNeighbors(%u,%u) failed", uNodeIndex1, uNodeIndex2);
+    }
+
+
+    Has12 = HasEdgeLength(uNodeIndex1, uNodeIndex2, tree);
+    Has21 = HasEdgeLength(uNodeIndex2, uNodeIndex1, tree);
+    if (Has12 != Has21) {
+        HasEdgeLength(uNodeIndex1, uNodeIndex2, tree);
+        HasEdgeLength(uNodeIndex2, uNodeIndex1, tree);
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "HasEdgeLength(%u, %u)=%c HasEdgeLength(%u, %u)=%c\n",
+              uNodeIndex1,
+              uNodeIndex2,
+              Has12 ? 'T' : 'F',
+              uNodeIndex2,
+              uNodeIndex1,
+              Has21 ? 'T' : 'F');
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Tree::AssertAreNeighbors, HasEdgeLength not symmetric");
+    }
+
+    
+    if (Has12) {
+        double d12 = GetEdgeLength(uNodeIndex1, uNodeIndex2, tree);
+        double d21 = GetEdgeLength(uNodeIndex2, uNodeIndex1, tree);
+        if (d12 != d21) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Tree::AssertAreNeighbors, Edge length disagrees %u-%u=%.3g, %u-%u=%.3g",
+                  uNodeIndex1, uNodeIndex2, d12,
+                  uNodeIndex2, uNodeIndex1, d21);
+        }
+    }
+}
+/***   end: AssertAreNeighbors   ***/
+
+
+
+/**
+ *
+ * @note see phyfromfile.cpp in Muscle3.7. Tree has to be a pointer to
+ * an already allocated tree structure.
+ *
+ * return non-Zero on failure
+ *
+ * leafids will not be set here (FIXME:CHECK if true)
+ */
+int
+MuscleTreeFromFile(tree_t *tree, char *ftree)
+{
+    double dEdgeLength;
+    bool bEdgeLength;
+    char szToken[16];
+    NEWICK_TOKEN_TYPE NTT;
+    unsigned uThirdNode;
+    FILE *fp = NULL;
+
+    assert(tree!=NULL);
+    assert(ftree!=NULL);
+
+    if (NULL == (fp=fopen(ftree, "r"))) {
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "Couldn't open tree-file '%s' for reading. Skipping", ftree);
+        return -1;
+    }
+    
+    /* Assume rooted.
+     * If we discover that it is unrooted, will convert on the fly.
+     */
+    TreeCreateRooted(tree);
+
+    bEdgeLength = GetGroupFromFile(fp, 0, &dEdgeLength, tree);
+
+
+    /* Next token should be either ';' for rooted tree or ',' for
+     * unrooted.
+     */
+    NTT = GetToken(fp, szToken, sizeof(szToken));
+
+    /* If rooted, all done. */
+    if (NTT_Semicolon == NTT) {
+        if (bEdgeLength)
+            Log(&rLog, LOG_WARN, " *** Warning *** edge length on root group in Newick file %s\n", ftree);
+        TreeValidate(tree);
+        fclose(fp);
+        return 0;
+    }
+
+    if (NTT_Comma != NTT)
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Tree::FromFile, expected ';' or ',', got '%s'", szToken);
+
+    uThirdNode = UnrootFromFile(tree);
+    bEdgeLength = GetGroupFromFile(fp, uThirdNode, &dEdgeLength, tree);
+    if (bEdgeLength)
+        SetEdgeLength(0, uThirdNode, dEdgeLength, tree);
+    TreeValidate(tree);
+
+    fclose(fp);
+    return 0;
+}
+/***   end MuscleTreeFromFile   ***/
+
+
+
+/**
+ *
+ */
+void
+ExpandCache(tree_t *tree)
+{
+    const uint uNodeCount = 100;
+    uint uNewCacheCount;
+    uint *uNewNeighbor1, *uNewNeighbor2, *uNewNeighbor3;
+    uint *uNewIds;
+    double *dNewEdgeLength1, *dNewEdgeLength2, *dNewEdgeLength3;
+#if USE_HEIGHT
+    double *dNewHeight;
+    bool *bNewHasHeight;
+#endif
+    bool *bNewHasEdgeLength1, *bNewHasEdgeLength2, *bNewHasEdgeLength3;
+    char **ptrNewName;
+
+    assert(NULL != tree);
+    uNewCacheCount = tree->m_uCacheCount + uNodeCount;
+    uNewNeighbor1 = (uint *) CKMALLOC(
+        uNewCacheCount * sizeof(uint));
+    uNewNeighbor2 = (uint *) CKMALLOC(
+        uNewCacheCount * sizeof(uint));
+    uNewNeighbor3 = (uint *) CKMALLOC(
+        uNewCacheCount * sizeof(uint));
+
+    uNewIds = (uint *) CKCALLOC(
+        uNewCacheCount, sizeof(uint));
+    
+    dNewEdgeLength1 = (double *) CKMALLOC(
+        uNewCacheCount * sizeof(double));
+    dNewEdgeLength2 =  (double *) CKMALLOC(
+        uNewCacheCount * sizeof(double));
+    dNewEdgeLength3 = (double *) CKMALLOC(
+        uNewCacheCount * sizeof(double));
+#if USE_HEIGHT
+    dNewHeight = (double *) CKMALLOC(
+        uNewCacheCount * sizeof(double));
+    bNewHasHeight = (bool *) CKMALLOC(
+        uNewCacheCount * sizeof(bool));
+#endif
+     
+    bNewHasEdgeLength1 = (bool *) CKMALLOC(
+        uNewCacheCount * sizeof(bool));
+    bNewHasEdgeLength2 = (bool *) CKMALLOC(
+        uNewCacheCount * sizeof(bool));
+    bNewHasEdgeLength3 = (bool *) CKMALLOC(
+        uNewCacheCount * sizeof(bool));
+    ptrNewName = (char **) CKCALLOC(uNewCacheCount, sizeof(char*));
+
+    if (tree->m_uCacheCount > 0) {
+        uint uUnsignedBytes, uEdgeBytes;
+        uint uBoolBytes, uNameBytes;
+
+        uUnsignedBytes = tree->m_uCacheCount*sizeof(uint);
+        
+        memcpy(uNewNeighbor1, tree->m_uNeighbor1, uUnsignedBytes);
+        memcpy(uNewNeighbor2, tree->m_uNeighbor2, uUnsignedBytes);
+        memcpy(uNewNeighbor3, tree->m_uNeighbor3, uUnsignedBytes);
+
+        memcpy(uNewIds, tree->m_Ids, uUnsignedBytes);
+
+        uEdgeBytes = tree->m_uCacheCount*sizeof(double);
+        memcpy(dNewEdgeLength1, tree->m_dEdgeLength1, uEdgeBytes);
+        memcpy(dNewEdgeLength2, tree->m_dEdgeLength2, uEdgeBytes);
+        memcpy(dNewEdgeLength3, tree->m_dEdgeLength3, uEdgeBytes);
+#if USE_HEIGHT
+        memcpy(dNewHeight, tree->m_dHeight, uEdgeBytes);
+#endif        
+          
+        uBoolBytes = tree->m_uCacheCount*sizeof(bool);
+        memcpy(bNewHasEdgeLength1, tree->m_bHasEdgeLength1, uBoolBytes);
+        memcpy(bNewHasEdgeLength2, tree->m_bHasEdgeLength2, uBoolBytes);
+        memcpy(bNewHasEdgeLength3, tree->m_bHasEdgeLength3, uBoolBytes);
+#if USE_HEIGHT
+        memcpy(bNewHasHeight, tree->m_bHasHeight, uBoolBytes);
+#endif
+        uNameBytes = tree->m_uCacheCount*sizeof(char *);
+        memcpy(ptrNewName, tree->m_ptrName, uNameBytes);
+
+        /* similiar to FreeMuscleTree
+         */
+        
+        /* IsLeaf needs m_uNodeCount and all m_uNeighbor's
+         * so free first
+         */
+#if 0
+        for (i=0; i<tree->m_uNodeCount; i++) {
+            if (IsLeaf(i, tree)) {
+#ifndef NDEBUG
+                if (NULL==tree->m_ptrName[i]) {
+                    Log(&rLog, LOG_WARN, "FIXME tree->m_ptrName[%d] is already NULL", i);
+                }
+#endif
+                CKFREE(tree->m_ptrName[i]);
+            }
+        }
+#endif
+        CKFREE(tree->m_ptrName);
+
+        CKFREE(tree->m_uNeighbor1);
+        CKFREE(tree->m_uNeighbor2);
+        CKFREE(tree->m_uNeighbor3);
+
+        CKFREE(tree->m_Ids);
+
+        CKFREE(tree->m_dEdgeLength1);
+        CKFREE(tree->m_dEdgeLength2);
+        CKFREE(tree->m_dEdgeLength3);
+
+        CKFREE(tree->m_bHasEdgeLength1);
+        CKFREE(tree->m_bHasEdgeLength2);
+        CKFREE(tree->m_bHasEdgeLength3);
+#if USE_HEIGHT
+        CKFREE(tree->m_bHasHeight);
+        CKFREE(tree->m_dHeight);
+#endif
+    }
+    
+    tree->m_uCacheCount = uNewCacheCount;
+    tree->m_uNeighbor1 = uNewNeighbor1;
+    tree->m_uNeighbor2 = uNewNeighbor2;
+    tree->m_uNeighbor3 = uNewNeighbor3;
+    tree->m_Ids = uNewIds;
+    tree->m_dEdgeLength1 = dNewEdgeLength1;
+    tree->m_dEdgeLength2 = dNewEdgeLength2;
+    tree->m_dEdgeLength3 = dNewEdgeLength3;
+        
+#ifdef USE_HEIGHT
+    tree->m_dHeight = dNewHeight;
+    tree->m_bHasHeight = bNewHasHeight;
+#endif
+    tree->m_bHasEdgeLength1 = bNewHasEdgeLength1;
+    tree->m_bHasEdgeLength2 = bNewHasEdgeLength2;
+    tree->m_bHasEdgeLength3 = bNewHasEdgeLength3;
+        
+    tree->m_ptrName = ptrNewName;
+
+}
+/***   end: ExpandCache   ***/
+
+
+
+/**
+ *
+ * Tree must be pointer to an already allocated tree structure
+ *
+ */
+void
+TreeCreateRooted(tree_t *tree)
+{
+    TreeZero(tree);
+    ExpandCache(tree);
+    tree->m_uNodeCount = 1;
+
+    tree->m_uNeighbor1[0] = NULL_NEIGHBOR;
+    tree->m_uNeighbor2[0] = NULL_NEIGHBOR;
+    tree->m_uNeighbor3[0] = NULL_NEIGHBOR;
+    
+    tree->m_bHasEdgeLength1[0] = FALSE;
+    tree->m_bHasEdgeLength2[0] = FALSE;
+    tree->m_bHasEdgeLength3[0] = FALSE;
+#if USE_HEIGHT
+    tree->m_bHasHeight[0] = FALSE;
+#endif
+    
+    tree->m_uRootNodeIndex = 0;
+    tree->m_bRooted = TRUE;
+    
+#ifndef NDEBUG
+    TreeValidate(tree);
+#endif
+}
+/***   end: TreeCreateRooted   ***/
+
+
+/**
+ *
+ */
+uint
+UnrootFromFile(tree_t *tree)
+{
+    uint uThirdNode;
+#if TRACE
+    Log("Before unroot:\n");
+    LogMe();
+#endif
+    
+    if (!tree->m_bRooted)
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Tree::Unroot, not rooted");
+    
+    /* Convention: root node is always node zero */
+    assert(IsRoot(0, tree));
+    assert(NULL_NEIGHBOR == tree->m_uNeighbor1[0]);
+
+    uThirdNode = tree->m_uNodeCount++;
+    
+    tree->m_uNeighbor1[0] = uThirdNode;
+    tree->m_uNeighbor1[uThirdNode] = 0;
+    
+    tree->m_uNeighbor2[uThirdNode] = NULL_NEIGHBOR;
+    tree->m_uNeighbor3[uThirdNode] = NULL_NEIGHBOR;
+    
+    tree->m_dEdgeLength1[0] = 0;
+    tree->m_dEdgeLength1[uThirdNode] = 0;
+    tree->m_bHasEdgeLength1[uThirdNode] = TRUE;
+    
+    tree->m_bRooted = FALSE;
+    
+#if TRACE
+    Log("After unroot:\n");
+    LogMe();
+#endif
+
+    return uThirdNode;
+}
+/***   end: UnrootFromFile   ***/
+
+
+
+/**
+ *
+ *
+ */
+bool
+GetGroupFromFile(FILE *fp, uint uNodeIndex, double *ptrdEdgeLength, tree_t *tree)
+{
+    char szToken[1024];
+    NEWICK_TOKEN_TYPE NTT = GetToken(fp, szToken, sizeof(szToken));
+    bool bRightLength;
+    bool bEof;
+    char c;
+
+    /* Group is either leaf name or (left, right). */
+    if (NTT_String == NTT) {
+        SetLeafName(uNodeIndex, szToken, tree);
+#if TRACE
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Group is leaf '%s'", szToken);
+#endif
+    } else if (NTT_Lparen == NTT) {
+        const unsigned uLeft = AppendBranch(tree, uNodeIndex);
+        const unsigned uRight = uLeft + 1;
+        double dEdgeLength;
+        bool bLeftLength = GetGroupFromFile(fp, uLeft, &dEdgeLength, tree);
+        
+        /* Left sub-group...
+         */
+#if TRACE
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "%s", "Got '(', group is compound, expect left sub-group");
+
+        if (bLeftLength) {
+            Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Edge length for left sub-group: %.3g", dEdgeLength);
+        } else {
+            Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "%s", "No edge length for left sub-group");
+        }
+#endif
+        if (bLeftLength)
+            SetEdgeLength(uNodeIndex, uLeft, dEdgeLength, tree);
+
+        /* ... then comma ...
+         */
+#if TRACE
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "%s", "Expect comma");
+#endif
+        NTT = GetToken(fp, szToken, sizeof(szToken));
+        if (NTT_Comma != NTT)
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Tree::GetGroupFromFile, expected ',', got '%s'", szToken);
+        
+        /* ...then right sub-group...
+         */
+#if TRACE
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "%s", "Expect right sub-group");
+#endif
+        bRightLength = GetGroupFromFile(fp, uRight, &dEdgeLength, tree);
+        if (bRightLength)
+            SetEdgeLength(uNodeIndex, uRight, dEdgeLength, tree);
+        
+#if TRACE
+        if (bRightLength)
+            Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Edge length for right sub-group: %.3g", dEdgeLength);
+        else
+            Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "%s", "No edge length for right sub-group");
+#endif
+
+        /* ... then closing parenthesis.
+         */
+#if TRACE
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "%s", "Expect closing parenthesis (or comma if > 2-ary)");
+#endif
+        NTT = GetToken(fp, szToken, sizeof(szToken));
+        if (NTT_Rparen == NTT)
+            ;
+        else if (NTT_Comma == NTT) {
+            if (ungetc(',', fp)==EOF)
+                Log(&rLog, LOG_FATAL, "%s" "ungetc failed");
+            return FALSE;
+        } else
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Tree::GetGroupFromFile, expected ')' or ',', got '%s'", szToken);
+    } else {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Tree::GetGroupFromFile, expected '(' or leaf name, got '%s'",
+              szToken);
+    }
+    
+    /* Group may optionally be followed by edge length.
+     */
+    bEof = FileSkipWhiteX(fp);
+    if (bEof)
+        return FALSE;
+    if ((c = fgetc(fp))==EOF) /* GetCharX */
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "%s", "fgetc reached end of file");
+#if TRACE
+    Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Character following group, could be colon, is '%c'", c);
+#endif
+    if (':' == c) {
+        NTT = GetToken(fp, szToken, sizeof(szToken));
+        if (NTT_String != NTT)
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Tree::GetGroupFromFile, expected edge length, got '%s'", szToken);
+        *ptrdEdgeLength = atof(szToken);
+        return TRUE;
+    }
+    if (ungetc(c, fp)==EOF)
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "%s" "ungetc failed");
+    
+    return FALSE;
+}
+/***   end: GetGroupFromFile   ***/
+
+
+
+
+/**
+ *
+ */
+void
+FileSkipWhite(FILE *fp)
+{
+    bool bEof = FileSkipWhiteX(fp);
+    if (bEof)
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "%s", "End-of-file skipping white space");
+}
+/***   end: FileSkipWhite   ***/
+
+
+
+
+/**
+ *
+ */
+bool
+FileSkipWhiteX(FILE *fp)
+{
+    for (;;) {
+        int c;
+        bool bEof;
+        
+        /* GetChar */
+        if ((c = fgetc(fp))==EOF) {
+            bEof = TRUE;
+        } else {
+            bEof = FALSE;
+        }
+
+        if (bEof)
+            return TRUE;
+        if (!isspace(c)) {
+            if (ungetc(c, fp)==EOF)
+                Log(&rLog, LOG_FATAL, "%s" "ungetc failed");
+            break;
+        }
+    }
+    return FALSE;
+}
+/***   end: FileSkipWhiteX   ***/
+
+
+
+
+/**
+ *
+ */
+NEWICK_TOKEN_TYPE
+GetToken(FILE *fp, char szToken[], uint uBytes)
+{
+    char c;
+    unsigned uBytesCopied = 0;
+    NEWICK_TOKEN_TYPE TT;
+
+    /* Skip leading white space */
+    FileSkipWhite(fp);
+
+    if ((c = fgetc(fp))==EOF) /* GetCharX */
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "%s", "fgetc reached end of file");
+    
+    /* In case a single-character token */
+    szToken[0] = c;
+    szToken[1] = 0;
+
+    switch (c) {
+
+    case '(':
+        return NTT_Lparen;
+        
+    case ')':
+        return NTT_Rparen;
+        
+    case ':':
+        return NTT_Colon;
+        
+    case ';':
+        return NTT_Semicolon;
+        
+    case ',':
+        return NTT_Comma;
+        
+    case '\'':
+        TT = NTT_SingleQuotedString;
+        if ((c = fgetc(fp))==EOF) /* GetCharX */
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "%s", "fgetc reached end of file");
+        break;
+        
+    case '"':
+        TT = NTT_DoubleQuotedString;
+        if ((c = fgetc(fp))==EOF) /* GetCharX */
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "%s", "fgetc reached end of file");
+        break;
+        
+    case '[':
+        TT = NTT_Comment;
+        break;
+        
+    default:
+        TT = NTT_String;
+        break;
+    }
+    
+    for (;;)
+    {
+        bool bEof;
+        if (TT != NTT_Comment) {
+            if (uBytesCopied < uBytes - 2)  {
+                szToken[uBytesCopied++] = c;
+                szToken[uBytesCopied] = 0;
+            } else {
+                Log(&rLog, LOG_FATAL, "Tree::GetToken: input buffer too small, token so far='%s'", szToken);
+            }
+        }
+        c = fgetc(fp); /* GetChar */
+        bEof = (c==EOF ? TRUE : FALSE);
+        if (bEof)
+            return TT;
+        
+        switch (TT) {
+
+        case NTT_String:
+            if (0 != strchr("():;,", c)) {
+                if (ungetc(c, fp)==EOF)
+                    Log(&rLog, LOG_FATAL, "%s" "ungetc failed");
+                return NTT_String;
+            }
+            if (isspace(c))
+                return NTT_String;
+            break;
+            
+        case NTT_SingleQuotedString:
+            if ('\'' == c)
+                return NTT_String;
+            break;
+            
+        case NTT_DoubleQuotedString:
+            if ('"' == c)
+                return NTT_String;
+            break;
+            
+        case NTT_Comment:
+            if (']' == c)
+                return GetToken(fp, szToken, uBytes);
+            break;
+            
+        default:
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Tree::GetToken, invalid TT=%u", TT);
+        }
+    }
+}
+/***   end: GetToken   ***/
+
+
+
+/***   SetLeafName
+ *
+ */
+void
+SetLeafName(unsigned uNodeIndex, const char *ptrName, tree_t *tree)
+{
+    assert(uNodeIndex < tree->m_uNodeCount);
+    assert(IsLeaf(uNodeIndex, tree));
+    free(tree->m_ptrName[uNodeIndex]);
+    /*LOG_DEBUG("Setting tree->m_ptrName[uNodeIndex=%d] to %s", uNodeIndex, ptrName);*/
+    tree->m_ptrName[uNodeIndex] = CkStrdup(ptrName);
+}
+/***   end: SetLeafName   ***/
+
+
+
+
+/**
+ *
+ * Append a new branch. This adds two new nodes and joins them to an
+ * existing leaf node. Return value is k, new nodes have indexes k and
+ * k+1 respectively.
+ *
+ */
+uint
+AppendBranch(tree_t *tree, uint uExistingLeafIndex)
+{
+    uint uNewLeaf1;
+    uint uNewLeaf2;
+    
+    assert(tree!=NULL);
+    if (0 == tree->m_uNodeCount) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "%s(): %s", __FUNCTION__, "tree has not been created");
+    }
+    assert(NULL_NEIGHBOR == tree->m_uNeighbor2[uExistingLeafIndex]);
+    assert(NULL_NEIGHBOR == tree->m_uNeighbor3[uExistingLeafIndex]);
+    assert(uExistingLeafIndex < tree->m_uNodeCount);
+#ifndef NDEBUG
+    if (!IsLeaf(uExistingLeafIndex, tree)) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "AppendBranch(%u): not leaf", uExistingLeafIndex);
+    }
+#endif
+
+    if (tree->m_uNodeCount >= tree->m_uCacheCount - 2) {
+        ExpandCache(tree);
+    }
+    uNewLeaf1 = tree->m_uNodeCount;
+    uNewLeaf2 = tree->m_uNodeCount + 1;
+
+    tree->m_uNodeCount += 2;
+    
+    tree->m_uNeighbor2[uExistingLeafIndex] = uNewLeaf1;
+    tree->m_uNeighbor3[uExistingLeafIndex] = uNewLeaf2;
+    
+    tree->m_uNeighbor1[uNewLeaf1] = uExistingLeafIndex;
+    tree->m_uNeighbor1[uNewLeaf2] = uExistingLeafIndex;
+    
+    tree->m_uNeighbor2[uNewLeaf1] = NULL_NEIGHBOR;
+    tree->m_uNeighbor2[uNewLeaf2] = NULL_NEIGHBOR;
+    
+    tree->m_uNeighbor3[uNewLeaf1] = NULL_NEIGHBOR;
+    tree->m_uNeighbor3[uNewLeaf2] = NULL_NEIGHBOR;
+    
+    tree->m_dEdgeLength2[uExistingLeafIndex] = 0;
+    tree->m_dEdgeLength3[uExistingLeafIndex] = 0;
+    
+    tree->m_dEdgeLength1[uNewLeaf1] = 0;
+    tree->m_dEdgeLength2[uNewLeaf1] = 0;
+    tree->m_dEdgeLength3[uNewLeaf1] = 0;
+    
+    tree->m_dEdgeLength1[uNewLeaf2] = 0;
+    tree->m_dEdgeLength2[uNewLeaf2] = 0;
+    tree->m_dEdgeLength3[uNewLeaf2] = 0;
+    
+    tree->m_bHasEdgeLength1[uNewLeaf1] = FALSE;
+    tree->m_bHasEdgeLength2[uNewLeaf1] = FALSE;
+    tree->m_bHasEdgeLength3[uNewLeaf1] = FALSE;
+    
+    tree->m_bHasEdgeLength1[uNewLeaf2] = FALSE;
+    tree->m_bHasEdgeLength2[uNewLeaf2] = FALSE;
+    tree->m_bHasEdgeLength3[uNewLeaf2] = FALSE;
+    
+#if USE_HEIGHT
+    tree->m_bHasHeight[uNewLeaf1] = FALSE;
+    tree->m_bHasHeight[uNewLeaf2] = FALSE;
+#endif 
+    tree->m_Ids[uNewLeaf1] = uInsane;
+    tree->m_Ids[uNewLeaf2] = uInsane;
+    
+    return uNewLeaf1;
+}
+/***   end: AppendBranch   ***/
+
+
+/**
+ *
+ *
+ */
+void
+SetEdgeLength(uint uNodeIndex1, uint uNodeIndex2,
+              double dLength, tree_t *tree)
+{
+    assert(uNodeIndex1 < tree->m_uNodeCount && uNodeIndex2 < tree->m_uNodeCount);
+    assert(IsEdge(uNodeIndex1, uNodeIndex2, tree));
+    
+    if (tree->m_uNeighbor1[uNodeIndex1] == uNodeIndex2) {
+        tree->m_dEdgeLength1[uNodeIndex1] = dLength;
+        tree->m_bHasEdgeLength1[uNodeIndex1] = TRUE;
+    } else if (tree->m_uNeighbor2[uNodeIndex1] == uNodeIndex2) {
+        tree->m_dEdgeLength2[uNodeIndex1] = dLength;
+        tree->m_bHasEdgeLength2[uNodeIndex1] = TRUE;
+        
+    } else {
+        assert(tree->m_uNeighbor3[uNodeIndex1] == uNodeIndex2);
+        tree->m_dEdgeLength3[uNodeIndex1] = dLength;
+        tree->m_bHasEdgeLength3[uNodeIndex1] = TRUE;
+    }
+    
+    if (tree->m_uNeighbor1[uNodeIndex2] == uNodeIndex1) {
+        tree->m_dEdgeLength1[uNodeIndex2] = dLength;
+        tree->m_bHasEdgeLength1[uNodeIndex2] = TRUE;
+    } else if (tree->m_uNeighbor2[uNodeIndex2] == uNodeIndex1) {
+        tree->m_dEdgeLength2[uNodeIndex2] = dLength;
+        tree->m_bHasEdgeLength2[uNodeIndex2] = TRUE;
+    } else {
+        assert(tree->m_uNeighbor3[uNodeIndex2] == uNodeIndex1);
+        tree->m_dEdgeLength3[uNodeIndex2] = dLength;
+        tree->m_bHasEdgeLength3[uNodeIndex2] = TRUE;
+    }
+}
+/***   end: SetEdgeLength   ***/
+
+
+
+/**
+ *
+ * Debug output
+ *
+ * LogMe in phy.cpp
+ *
+ */
+void
+LogTree(tree_t *tree, FILE *fp)
+{
+    uint uNodeIndex;
+    uint n1, n2, n3;
+    char *ptrName;
+    
+    fprintf(fp, "This is a tree with %u nodes, which is ", tree->m_uNodeCount);
+    
+    if (IsRooted(tree)) {
+        fprintf(fp, "rooted:\n");
+        fprintf(fp, "Index  Parnt  LengthP  Left   LengthL  Right  LengthR     Id  Name\n");
+        fprintf(fp, "-----  -----  -------  ----   -------  -----  -------  -----  ----\n");
+
+    } else {
+        fprintf(fp, "unrooted;\n");
+        fprintf(fp, "Index  Nbr_1  Length1  Nbr_2  Length2  Nbr_3  Length3     Id  Name\n");
+        fprintf(fp, "-----  -----  -------  -----  -------  -----  -------  -----  ----\n");
+    }
+    
+    for (uNodeIndex = 0; uNodeIndex < tree->m_uNodeCount; ++uNodeIndex) {
+        fprintf(fp, "%5u  ", uNodeIndex);
+        n1 = tree->m_uNeighbor1[uNodeIndex];
+        n2 = tree->m_uNeighbor2[uNodeIndex];
+        n3 = tree->m_uNeighbor3[uNodeIndex];
+        
+        if (NULL_NEIGHBOR != n1) {
+            fprintf(fp, "%5u  ", n1);
+            if (tree->m_bHasEdgeLength1[uNodeIndex])
+                fprintf(fp, "%7.3g  ", tree->m_dEdgeLength1[uNodeIndex]);
+            else
+                fprintf(fp, "      *  ");
+        } else {
+            fprintf(fp, "                ");
+        }
+        
+        if (NULL_NEIGHBOR != n2) {
+            fprintf(fp, "%5u  ", n2);
+            if (tree->m_bHasEdgeLength2[uNodeIndex])
+                fprintf(fp, "%7.3g  ", tree->m_dEdgeLength2[uNodeIndex]);
+            else
+                fprintf(fp, "      *  ");
+        } else {
+            fprintf(fp, "                ");
+        }
+        
+        if (NULL_NEIGHBOR != n3) {
+            fprintf(fp, "%5u  ", n3);
+            if (tree->m_bHasEdgeLength3[uNodeIndex])
+                fprintf(fp, "%7.3g  ", tree->m_dEdgeLength3[uNodeIndex]);
+            else
+                fprintf(fp, "      *  ");
+        } else {
+            fprintf(fp, "                ");
+        }
+        
+        if (tree->m_Ids != 0 && IsLeaf(uNodeIndex, tree)) {
+            unsigned uId = tree->m_Ids[uNodeIndex];
+            if (uId == uInsane)
+                fprintf(fp, "    *");
+            else
+                fprintf(fp, "%5u", uId);
+        } else {
+            fprintf(fp, "     ");
+        }
+        
+        if (tree->m_bRooted && uNodeIndex == tree->m_uRootNodeIndex)
+            fprintf(fp, "  [ROOT] ");
+        ptrName = tree->m_ptrName[uNodeIndex];
+        if (ptrName != 0)
+            fprintf(fp, "  %s", ptrName);
+        
+        fprintf(fp, "\n");
+    }     
+}
+/***   end: LogTree   ***/
+
+
+
+/**
+ *
+ * replaces m_uLeafCount
+ */
+uint
+GetLeafCount(tree_t *tree)
+{
+    assert(tree!=NULL);
+    
+    return (tree->m_uNodeCount+1)/2;
+}
+/***   GetLeafCount   ***/
+
+
+
+/**
+ *
+ */
+uint
+GetNodeCount(tree_t *tree)
+{
+    assert(tree!=NULL);
+    
+    return 2*(GetLeafCount(tree)) - 1;
+}
+/***   end: GetNodeCount   ***/
+
+
+/**
+ *
+ */
+uint
+GetNeighbor(uint uNodeIndex, uint uNeighborSubscript, tree_t *prTree)
+{
+    assert(uNodeIndex < prTree->m_uNodeCount);
+    switch (uNeighborSubscript)
+    {
+    case 0:
+        return prTree->m_uNeighbor1[uNodeIndex];
+    case 1:
+        return prTree->m_uNeighbor2[uNodeIndex];
+    case 2:
+        return prTree->m_uNeighbor3[uNodeIndex];
+    }
+    Log(&rLog, LOG_FATAL, "Internal error in %s: sub=%u", __FUNCTION__, uNeighborSubscript);
+    return NULL_NEIGHBOR;
+}
+/***   end: GetNeighbor   ***/
+
+
+
+
+
+/**
+ *
+ */
+void
+SetLeafId(tree_t *tree, uint uNodeIndex, uint uId)
+{
+    assert(uNodeIndex < tree->m_uNodeCount);
+    assert(IsLeaf(uNodeIndex, tree));
+    tree->m_Ids[uNodeIndex] = uId;
+}
+/***   end: SetLeafId    ***/
+
+
+/**
+ *
+ */
+uint
+GetRootNodeIndex(tree_t *tree)
+{
+    assert(NULL!=tree);
+    return tree->m_uRootNodeIndex;
+}
+/***   end: GetRootNodeIndex   ***/
+
+
+
+/**
+ * @note avoid usage if you want to iterate over all indices, because
+ * this will be slow
+ *
+ */
+uint
+LeafIndexToNodeIndex(uint uLeafIndex, tree_t *prTree) {
+    uint uLeafCount = 0;
+    unsigned uNodeCount = GetNodeCount(prTree);
+    uint uNodeIndex;
+    
+    for (uNodeIndex = 0; uNodeIndex < uNodeCount; uNodeIndex++) {
+        if (IsLeaf(uNodeIndex, prTree)) {
+            if (uLeafCount == uLeafIndex) {
+                return uNodeIndex;
+            } else {
+                uLeafCount++;
+            }
+        }
+    }
+    Log(&rLog, LOG_FATAL, "Internal error: node index out of range");
+    return 0;
+}
+/***   end: LeafIndexToNodeIndex   ***/
+
+
+
+
+/**
+ * @brief Append a (source) tree to a (dest) tree to a given node
+ * which will be replaced. All other nodes in that tree will stay the
+ * same.
+ *
+ * @param[out] prDstTree
+ * The tree to append to
+ * @param[in] uDstTreeReplaceNodeIndex
+ * Dest tree node to which source tree will be appended
+ * @param[in] prSrcTree
+ * The tree to append
+ * 
+ * @note No nodes inside prDstTree will change except
+ * uDstTreeReplaceNodeIndex
+ *
+ *
+ * @warning: Function won't check or touch the m_Ids/leaf-indices!
+ * That means if you want to join two trees with leaf indices 1-10 and
+ * 1-10 your m_Ids/leaf-indices won't be unique anymore and the
+ * association between your sequences and the tree are broken. Make
+ * sure m_Ids are unique before calling me.
+ *
+ * The easiest would have been to do this by recursively calling
+ * AppendBranch() (after adding uSrcTreeNodeIndex as extra argument to
+ * this function). But recursion is evil. Yet another version would be
+ * to setup all the data and call MuscleTreeCreate() to create a third
+ * tree, which seems complicated and wasteful. The approach taken here
+ * is the following: increase dest tree memory, copy over each src
+ * tree node data and update the indices and counters. This is tricky
+ * and has a lot of potential for bugs if tree interface is changed
+ * (and even if it isn't).
+ *
+ */
+void
+AppendTree(tree_t *prDstTree, uint uDstTreeReplaceNodeIndex, tree_t *prSrcTree)
+{
+    uint uSrcTreeNodeIndex;
+    uint uOrgDstTreeNodeCount;
+
+    assert(NULL!=prDstTree);
+    assert(NULL!=prSrcTree);
+    assert(uDstTreeReplaceNodeIndex < prDstTree->m_uNodeCount);
+    assert(IsLeaf(uDstTreeReplaceNodeIndex, prDstTree));
+    assert(IsRooted(prDstTree) && IsRooted(prSrcTree));
+
+    
+    uOrgDstTreeNodeCount = prDstTree->m_uNodeCount;
+
+    
+    /* increase dest tree memory
+     */
+    while (prDstTree->m_uCacheCount
+           <
+           (GetNodeCount(prDstTree) + GetNodeCount(prSrcTree))) {
+        ExpandCache(prDstTree);
+    }
+
+
+    /* copy all src tree nodes
+     *
+     */
+    for (uSrcTreeNodeIndex=0;
+         uSrcTreeNodeIndex<GetNodeCount(prSrcTree); uSrcTreeNodeIndex++) {
+        uint uNewDstNodeIndex = prDstTree->m_uNodeCount;
+        
+        /* distinguish 4 cases for src nodes to copy:
+         *
+         * 1. src node is the only node, i.e. root & leaf
+         *
+         * 2. src node is root: set only left & right, but not parent
+         * and just replace the given dest index
+         *
+         * 3. src node is leaf: set only parent
+         *
+         * 4. src node is internal node: update all three neighbours
+         *
+         * FIXME: this is messy. Is there a cleaner way to do this by
+         * merging all cases?
+         *
+         */
+        if (IsRoot(uSrcTreeNodeIndex, prSrcTree) && IsLeaf(uSrcTreeNodeIndex, prSrcTree)) {
+            /* special case: if this is the only member in
+             * tree, i.e. it's root and leaf. Copy leaf name and leaf
+             * id. No neighbours to update
+             */
+
+            /* free dst node name if set */
+            if (NULL != prDstTree->m_ptrName[uDstTreeReplaceNodeIndex]) {
+                CKFREE(prDstTree->m_ptrName[uDstTreeReplaceNodeIndex]);
+            }
+
+            prDstTree->m_ptrName[uDstTreeReplaceNodeIndex] =
+                CkStrdup(GetLeafName(uSrcTreeNodeIndex, prSrcTree));
+
+            prDstTree->m_Ids[uDstTreeReplaceNodeIndex] =
+                prSrcTree->m_Ids[uSrcTreeNodeIndex];
+
+            /* no updated of uNodeCount, because we used the replace node */
+
+#if TRACE
+            Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Updated dst rpl node %d with the only src leaf node: parent=%d (%f)",
+                      uDstTreeReplaceNodeIndex,
+                      prDstTree->m_uNeighbor1[uDstTreeReplaceNodeIndex], prDstTree->m_dEdgeLength1[uDstTreeReplaceNodeIndex]);
+#endif
+            
+        } else if (IsRoot(uSrcTreeNodeIndex, prSrcTree)) {
+            /* src node is root: replace uDstTreeReplaceNodeIndex
+             * (not uNewDstNodeIndex) with src root, i.e. the
+             * uDstTreeReplaceNodeIndex becomes an internal node now.
+             *
+             * We only have two neighbours 2 & 3 (no parent). Keep old
+             * parent info (neighbor 1).
+             */
+
+            /* free dst node name if set */
+            if (NULL != prDstTree->m_ptrName[uDstTreeReplaceNodeIndex]) {
+                CKFREE(prDstTree->m_ptrName[uDstTreeReplaceNodeIndex]);
+            }
+            
+            prDstTree->m_uNeighbor2[uDstTreeReplaceNodeIndex] =
+                prSrcTree->m_uNeighbor2[uSrcTreeNodeIndex] + uOrgDstTreeNodeCount;
+            prDstTree->m_uNeighbor3[uDstTreeReplaceNodeIndex] =
+                prSrcTree->m_uNeighbor3[uSrcTreeNodeIndex] + uOrgDstTreeNodeCount;          
+            
+            prDstTree->m_bHasEdgeLength2[uDstTreeReplaceNodeIndex] =
+                prSrcTree->m_bHasEdgeLength2[uSrcTreeNodeIndex];
+            prDstTree->m_bHasEdgeLength3[uDstTreeReplaceNodeIndex] =
+                prSrcTree->m_bHasEdgeLength3[uSrcTreeNodeIndex];            
+
+            prDstTree->m_dEdgeLength2[uDstTreeReplaceNodeIndex] =
+                prSrcTree->m_dEdgeLength2[uSrcTreeNodeIndex];
+            prDstTree->m_dEdgeLength3[uDstTreeReplaceNodeIndex] =
+                prSrcTree->m_dEdgeLength3[uSrcTreeNodeIndex];
+
+            /* make Id invalid */
+            prDstTree->m_Ids[uDstTreeReplaceNodeIndex] = uInsane;
+
+            /* no updated of uNodeCount, because we used the replace node */
+
+#if TRACE
+            Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Updated dst rpl node %d with the src root node: (untouched) parent=%d (%f) left=%d (%f) right=%d (%f)",
+                      uDstTreeReplaceNodeIndex,
+                      prDstTree->m_uNeighbor1[uDstTreeReplaceNodeIndex], prDstTree->m_dEdgeLength1[uDstTreeReplaceNodeIndex],
+                      prDstTree->m_uNeighbor2[uDstTreeReplaceNodeIndex], prDstTree->m_dEdgeLength2[uDstTreeReplaceNodeIndex],
+                      prDstTree->m_uNeighbor3[uDstTreeReplaceNodeIndex], prDstTree->m_dEdgeLength3[uDstTreeReplaceNodeIndex]);
+#endif
+            
+        } else if (IsLeaf(uSrcTreeNodeIndex, prSrcTree)) {
+            /* src node is a leaf, which means we only have one
+             * neighbour, and that is its parent, i.e. n1
+             *
+             */
+
+            /* initialise/zero new node to default values
+             */
+            InitNode(prDstTree, uNewDstNodeIndex);
+
+        
+            /*  update m_ptrName/leaf name
+             */
+            prDstTree->m_ptrName[uNewDstNodeIndex] =
+                CkStrdup(GetLeafName(uSrcTreeNodeIndex, prSrcTree));
+
+            /* update parent node (beware of special case: parent was
+               src tree root */
+            if (IsRoot(prSrcTree->m_uNeighbor1[uSrcTreeNodeIndex], prSrcTree)) {
+                    prDstTree->m_uNeighbor1[uNewDstNodeIndex] =
+                        uDstTreeReplaceNodeIndex;
+            } else {
+                prDstTree->m_uNeighbor1[uNewDstNodeIndex] =
+                    prSrcTree->m_uNeighbor1[uSrcTreeNodeIndex] + uOrgDstTreeNodeCount;
+            }
+
+            /* update edge length info to parent
+             */
+            prDstTree->m_bHasEdgeLength1[uNewDstNodeIndex] =
+                prSrcTree->m_bHasEdgeLength1[uSrcTreeNodeIndex];
+            prDstTree->m_dEdgeLength1[uNewDstNodeIndex] =
+                prSrcTree->m_dEdgeLength1[uSrcTreeNodeIndex];
+
+            /* update sequence/object id
+             */
+            prDstTree->m_Ids[uNewDstNodeIndex] =
+                prSrcTree->m_Ids[uSrcTreeNodeIndex];            
+
+            /* we used a new node so increase their count */
+            prDstTree->m_uNodeCount += 1;
+            
+#if TRACE
+            Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Updated dst node %d with a src leaf node: parent=%d (%f)",
+                      uNewDstNodeIndex,
+                      prDstTree->m_uNeighbor1[uNewDstNodeIndex], prDstTree->m_dEdgeLength1[uNewDstNodeIndex]);
+#endif
+            
+        } else  {
+            /* src node is not root neither leaf, means we have an
+             * internal node. Update all neighbour info
+             * 
+             */
+
+            /* initialise/zero node values to default values
+             */
+            InitNode(prDstTree, uNewDstNodeIndex);
+          
+            /* update neigbours
+             */
+            /* parent: special case if parent was src tree root */
+            if (IsRoot(prSrcTree->m_uNeighbor1[uSrcTreeNodeIndex], prSrcTree)) {
+                    prDstTree->m_uNeighbor1[uNewDstNodeIndex] =
+                        uDstTreeReplaceNodeIndex;
+            } else {
+                prDstTree->m_uNeighbor1[uNewDstNodeIndex] =
+                    prSrcTree->m_uNeighbor1[uSrcTreeNodeIndex] + uOrgDstTreeNodeCount;
+            }
+            /* left */
+            prDstTree->m_uNeighbor2[uNewDstNodeIndex] =
+                prSrcTree->m_uNeighbor2[uSrcTreeNodeIndex] + uOrgDstTreeNodeCount;
+            /* right */
+            prDstTree->m_uNeighbor3[uNewDstNodeIndex] =
+                prSrcTree->m_uNeighbor3[uSrcTreeNodeIndex] + uOrgDstTreeNodeCount;
+
+            /* update edge length info
+             */
+            /* parent */
+            prDstTree->m_bHasEdgeLength1[uNewDstNodeIndex] =
+                prSrcTree->m_bHasEdgeLength1[uSrcTreeNodeIndex];
+            prDstTree->m_dEdgeLength1[uNewDstNodeIndex] =
+                prSrcTree->m_dEdgeLength1[uSrcTreeNodeIndex];
+            /* left */
+            prDstTree->m_bHasEdgeLength2[uNewDstNodeIndex] =
+                prSrcTree->m_bHasEdgeLength2[uSrcTreeNodeIndex];
+            prDstTree->m_dEdgeLength2[uNewDstNodeIndex] =
+                prSrcTree->m_dEdgeLength2[uSrcTreeNodeIndex];
+            /* right */
+            prDstTree->m_bHasEdgeLength3[uNewDstNodeIndex] =
+                prSrcTree->m_bHasEdgeLength3[uSrcTreeNodeIndex];
+            prDstTree->m_dEdgeLength3[uNewDstNodeIndex] =
+                prSrcTree->m_dEdgeLength3[uSrcTreeNodeIndex];
+
+            /* we used a new node so increase their count */
+            prDstTree->m_uNodeCount += 1;
+            
+#if TRACE
+            Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Updated dst node %d with an internal src node: parent=%d (%f) left=%d (%f) right=%d (%f)",
+                      uNewDstNodeIndex,
+                      prDstTree->m_uNeighbor1[uNewDstNodeIndex], prDstTree->m_dEdgeLength1[uNewDstNodeIndex],
+                      prDstTree->m_uNeighbor2[uNewDstNodeIndex], prDstTree->m_dEdgeLength2[uNewDstNodeIndex],
+                      prDstTree->m_uNeighbor3[uNewDstNodeIndex], prDstTree->m_dEdgeLength3[uNewDstNodeIndex]);
+#endif
+        }
+
+    }
+    /* end for each src tree node */
+
+    
+    /*
+     * m_uRootNodeIndex stays the same.
+     *
+     * No need to touch m_uCacheCount.
+     *
+     */    
+#if USE_HEIGHT
+    Log(&rLog, LOG_FATAL, "Internal error: Height usage not implemented in %s", __FUNCTION__);
+#endif 
+
+    
+#ifndef NDEBUG
+    TreeValidate(prDstTree);
+#endif
+        
+    return;
+}
+/***   end: AppendTree()   ***/
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/muscle_tree.h b/binaries/src/clustalo/src/clustal/muscle_tree.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..ff8a782
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,173 @@
+/* This a mix of tree functions and data-structures from
+ * Bob Edgar's Muscle (version 3.7) ported to pure C.
+ *
+ * Used files: phy.cpp, tree.h, phytofile.cpp and phyfromclust.cpp
+ *
+ * Muscle's code is public domain and so is this code here.
+
+ * From http://www.drive5.com/muscle/license.htm:
+ * """
+ * MUSCLE is public domain software
+ *
+ * The MUSCLE software, including object and source code and
+ * documentation, is hereby donated to the public domain.
+ *
+ * Disclaimer of warranty
+ * THIS SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,
+ * EITHER EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING WITHOUT LIMITATION IMPLIED
+ * WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
+ * """
+ *
+ */
+
+/*
+ *  RCS $Id: muscle_tree.h 230 2011-04-09 15:37:50Z andreas $
+ */
+
+
+#ifndef CLUSTALO_MUSCLE_CLUSTALO_TREE_H
+#define CLUSTALO_MUSCLE_CLUSTALO_TREE_H
+
+#include <stdio.h>
+#include "util.h"
+
+#ifndef uint
+/* limit use of uint (see coding_style_guideline.txt) */
+typedef unsigned int uint;
+#endif
+
+static const uint NULL_NEIGHBOR = UINT_MAX;
+
+/**
+ * @brief guide-tree structure
+ *     
+ * @note We kept the original variable names here, to make it easy to
+ * search through Muscle's source code.
+ * From phy.cpp:
+ *    Node has 0 to 3 neighbors:
+ *    0 neighbors: singleton root
+ *    1 neighbor:  leaf, neighbor is parent
+ *    2 neigbors:  non-singleton root
+ *    3 neighbors: internal node (other than root)
+ *    
+ *    Minimal rooted tree is single node.
+ *    Minimal unrooted tree is single edge.
+ *    Leaf node always has nulls in neighbors 2 and 3, neighbor 1 is parent.
+ *    When tree is rooted, neighbor 1=parent, 2=left, 3=right.
+ *
+ */
+typedef struct {
+    uint m_uNodeCount;/**< number of nodes */
+    uint m_uCacheCount;/**< reserved memory */
+    
+    uint *m_uNeighbor1;/**< parent node */
+    uint *m_uNeighbor2;/**< left node */
+    uint *m_uNeighbor3;/**< right node */
+    
+    /* do we have edge lengths info stored (m_dEdgeLength[123]) */
+    bool *m_bHasEdgeLength1;
+    bool *m_bHasEdgeLength2;
+    bool *m_bHasEdgeLength3;
+
+    double *m_dEdgeLength1;
+    double *m_dEdgeLength2;
+    double *m_dEdgeLength3;
+    
+#if USE_HEIGHT
+    /* unused in our version of the code. we might need it at some
+     * stage so keep it in here, but disable via USE_HEIGHT throughout
+     * the code */
+    double *m_dHeight;
+    bool *m_bHasHeight;
+#endif
+
+    /**
+     * leaf labels.
+     * index range: 0 -- (m_uNodeCount+1)/2
+     */
+    char **m_ptrName;
+    
+    /**
+     * node id.
+     * index range: 0 -- m_uNodeCount
+     */
+    uint *m_Ids;
+    
+    bool m_bRooted; /**< tree is rooted */
+    uint m_uRootNodeIndex;
+} tree_t;
+
+
+extern void
+MuscleTreeCreate(tree_t *tree, uint uLeafCount, uint uRoot, const uint *Left,
+           const uint  *Right, const float *LeftLength, const float* RightLength,
+           const uint *LeafIds, char **LeafNames);
+
+extern void
+MuscleTreeToFile(FILE *fp, tree_t *tree);
+
+extern int
+MuscleTreeFromFile(tree_t *tree, char *ftree);
+
+extern void
+FreeMuscleTree(tree_t *tree);
+
+extern void
+LogTree(tree_t *tree, FILE *fp);
+
+extern bool
+IsRooted(tree_t *tree);
+
+extern uint
+GetNodeCount(tree_t *tree);
+
+extern uint
+GetLeafCount(tree_t *tree);
+        
+extern uint
+FirstDepthFirstNode(tree_t *tree);
+
+extern uint
+NextDepthFirstNode(uint nodeindex, tree_t *tree);
+
+extern bool
+IsLeaf(uint nodeindex, tree_t *tree);
+
+extern void
+SetLeafId(tree_t *tree, uint uNodeIndex, uint uId);
+    
+extern uint
+GetLeafId(uint nodeindex, tree_t *tree);
+
+extern char *
+GetLeafName(unsigned uNodeIndex, tree_t *tree);
+
+extern uint
+GetLeft(uint nodeindex, tree_t *tree);
+
+extern uint
+GetRight(uint nodeindex, tree_t *tree);
+
+extern uint
+GetRootNodeIndex(tree_t *tree);
+
+extern bool
+IsRoot(uint uNodeIndex, tree_t *tree);
+
+extern uint
+GetParent(unsigned uNodeIndex, tree_t *tree);
+
+extern double
+GetEdgeLength(uint uNodeIndex1, uint uNodeIndex2, tree_t *tree);
+
+extern uint
+LeafIndexToNodeIndex(uint uLeafIndex, tree_t *prTree);
+
+extern void
+AppendTree(tree_t *prDstTree,
+          uint uDstTreeNodeIndex, tree_t *prSrcTree);
+
+extern void
+TreeValidate(tree_t *tree);
+
+#endif
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/muscle_upgma.c b/binaries/src/clustalo/src/clustal/muscle_upgma.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..7e4b5df
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,502 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4;  indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/* This the fast UPGMA algorithm (O(N^2)) as implemented in Bob Edgar's
+ * Muscle (UPGMA2.cpp; version 3.7) ported to pure C.
+ *
+ * Muscle's code is public domain and so is this code here.
+ *
+ * From http://www.drive5.com/muscle/license.htm:
+ * """
+ * MUSCLE is public domain software
+ *
+ * The MUSCLE software, including object and source code and
+ * documentation, is hereby donated to the public domain.
+ *
+ * Disclaimer of warranty
+ * THIS SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,
+ * EITHER EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING WITHOUT LIMITATION IMPLIED
+ * WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
+ * """
+ *
+ */
+
+/*
+ *  RCS $Id: muscle_upgma.c 230 2011-04-09 15:37:50Z andreas $
+ *
+ *
+ * Notes:
+ * ------
+ * LINKAGE become linkage_t here
+ *
+ * Replaced the the following member functions for DistCalc DC:
+ * DC.GetId = sequence id as int
+ * DC.GetName = sequence name
+ * DC.GetCount = matrix dim
+ * DC.DistRange = vector / matrix row for object i with index j<i
+ *
+ * Log() has been replaced with Clustal's Info(), Quiet() with Log(&rLog, LOG_FATAL)
+ *
+ * Made TriangleSubscript() and g_ulTriangleSize ulong to prevent overflow for many sequences
+ */
+
+#ifndef ulint
+/* limit use of unsigned vars (see coding_style_guideline.txt) */
+typedef unsigned long int ulong;
+#endif
+
+
+
+#include <stdlib.h>
+#include <stdio.h>
+#include <assert.h>
+
+#include "util.h"
+#include "log.h"
+#include "symmatrix.h"
+
+#include "muscle_tree.h"
+#include "muscle_upgma.h"
+
+/* from distcalc.h */
+typedef float dist_t;
+static const dist_t BIG_DIST = (dist_t) 1e29;
+/* from muscle.h */
+static const unsigned uInsane = 8888888;
+
+
+
+
+/*static inline*/
+ulong TriangleSubscript(uint uIndex1, uint uIndex2);
+
+
+
+
+#define TRACE   0
+
+#ifndef MIN
+#define MIN(x, y)   ((x) < (y) ? (x) : (y))
+#endif
+#ifndef MIN
+#define MAX(x, y)   ((x) > (y) ? (x) : (y))
+#endif
+#define AVG(x, y)   (((x) + (y))/2)
+
+static uint g_uLeafCount;
+static ulong g_ulTriangleSize;
+static uint g_uInternalNodeCount;
+static uint g_uInternalNodeIndex;
+
+/* Triangular distance matrix is g_Dist, which is allocated
+ * as a one-dimensional vector of length g_ulTriangleSize.
+ * TriangleSubscript(i,j) maps row,column=i,j to the subscript
+ * into this vector.
+ * Row / column coordinates are a bit messy.
+ * Initially they are leaf indexes 0..N-1.
+ * But each time we create a new node (=new cluster, new subtree),
+ * we re-use one of the two rows that become available (the children
+ * of the new node). This saves memory.
+ * We keep track of this through the g_uNodeIndex vector.
+ */
+static dist_t *g_Dist;
+
+/* Distance to nearest neighbor in row i of distance matrix.
+ * Subscript is distance matrix row.
+ */
+static dist_t *g_MinDist;
+
+/* Nearest neighbor to row i of distance matrix.
+ * Subscript is distance matrix row.
+ */
+static uint *g_uNearestNeighbor;
+
+/* Node index of row i in distance matrix.
+ * Node indexes are 0..N-1 for leaves, N..2N-2 for internal nodes.
+ * Subscript is distance matrix row.
+ */
+static uint *g_uNodeIndex;
+
+/* The following vectors are defined on internal nodes,
+ * subscripts are internal node index 0..N-2.
+ * For g_uLeft/Right, value is the node index 0 .. 2N-2
+ * because a child can be internal or leaf.
+ */
+static uint *g_uLeft;
+static uint *g_uRight;
+static dist_t *g_Height;
+static dist_t *g_LeftLength;
+static dist_t *g_RightLength;
+
+
+/***   CalcDistRange
+ *
+ * Imitation of DistCalc.DistRange
+ *
+ * Sets values of row (vector / matrix row) to distances for object i with index j<i
+ *
+ * row must be preallocated
+ */
+void CalcDistRange(symmatrix_t *distmat, uint i, dist_t *row)
+{
+    uint j;
+    for (j = 0; j < i; ++j) {
+        row[j] = SymMatrixGetValue(distmat, i, j);
+    }
+}
+/* end of CalcDistRange */
+
+
+
+/*static inline*/
+ulong
+TriangleSubscript(uint uIndex1, uint uIndex2)
+{
+    ulong v;
+#ifndef NDEBUG
+    if (uIndex1 >= g_uLeafCount || uIndex2 >= g_uLeafCount)
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "TriangleSubscript(%u,%u) %u", uIndex1, uIndex2, g_uLeafCount);
+#endif
+    if (uIndex1 >= uIndex2)
+        v = uIndex2 + (uIndex1*(uIndex1 - 1))/2;
+    else
+        v = uIndex1 + (uIndex2*(uIndex2 - 1))/2;
+    assert(v < (g_uLeafCount*(g_uLeafCount - 1))/2);
+    return v;
+}
+
+#ifdef UNUSED
+static void ListState()
+{
+    uint i, j;
+    Info("Dist matrix\n");
+    Info("     ");
+    for (i = 0; i < g_uLeafCount; ++i)
+    {
+        if (uInsane == g_uNodeIndex[i])
+            continue;
+        Info("  %5u", g_uNodeIndex[i]);
+    }
+    Info("\n");
+
+    for (i = 0; i < g_uLeafCount; ++i)
+    {
+        if (uInsane == g_uNodeIndex[i])
+            continue;
+        Info("%5u  ", g_uNodeIndex[i]);
+        for (j = 0; j < g_uLeafCount; ++j)
+        {
+            if (uInsane == g_uNodeIndex[j])
+                continue;
+            if (i == j)
+                Info("       ");
+            else
+            {
+                ulong v = TriangleSubscript(i, j);
+                Info("%5.2g  ", g_Dist[v]);
+            }
+        }
+        Info("\n");
+    }
+
+    Info("\n");
+    Info("    i   Node   NrNb      Dist\n");
+    Info("-----  -----  -----  --------\n");
+    for (i = 0; i < g_uLeafCount; ++i)
+    {
+        if (uInsane == g_uNodeIndex[i])
+            continue;
+        Info("%5u  %5u  %5u  %8.3f\n",
+             i,
+             g_uNodeIndex[i],
+             g_uNearestNeighbor[i],
+             g_MinDist[i]);
+    }
+
+    Info("\n");
+    Info(" Node      L      R  Height  LLength  RLength\n");
+    Info("-----  -----  -----  ------  -------  -------\n");
+    for (i = 0; i <= g_uInternalNodeIndex; ++i)
+        Info("%5u  %5u  %5u  %6.2g  %6.2g  %6.2g\n",
+             i,
+             g_uLeft[i],
+             g_uRight[i],
+             g_Height[i],
+             g_LeftLength[i],
+             g_RightLength[i]);
+}
+#endif
+/* ifdef UNUSED */
+
+/**
+ * @brief Creates a UPGMA in O(N^2) tree from given distmat
+ *
+ * @param[out] tree
+ * newly created rooted UPGMA tree
+ * @param[in] distmat
+ * distance matrix to be clustered
+ * @param[in] linkage
+ * linkage type
+ * @param[in] names
+ * leaf names, will be copied
+ *
+ * @note called UPGMA2() in Muscle3.7.
+ * caller has to free with FreeMuscleTree()
+ *
+ * @see FreeMuscleTree()
+ */
+void
+MuscleUpgma2(tree_t *tree, symmatrix_t *distmat, linkage_t linkage, char **names)
+{
+    int i, j;
+    uint *Ids;
+
+    /* only works on full symmetric matrices */
+    assert (distmat->nrows==distmat->ncols);
+   
+    g_uLeafCount = distmat->ncols;    
+    g_ulTriangleSize = (g_uLeafCount*(g_uLeafCount - 1))/2;
+    g_uInternalNodeCount = g_uLeafCount - 1;
+
+    g_Dist = (dist_t *) CKMALLOC(g_ulTriangleSize * sizeof(dist_t));
+
+    g_uNodeIndex = (uint*) CKMALLOC(sizeof(uint) * g_uLeafCount);
+    g_uNearestNeighbor = (uint*) CKMALLOC(sizeof(uint) * g_uLeafCount);
+    g_MinDist = (dist_t *) CKMALLOC(sizeof(dist_t) * g_uLeafCount);
+    Ids = (uint*) CKMALLOC(sizeof(uint) * g_uLeafCount);
+    /* NOTE: we replaced Names with argument names */
+
+    /**
+     * left and right node indices, as well as left and right
+     * branch-length and height for for internal nodes
+     */
+    g_uLeft =  (uint*) CKMALLOC(sizeof(uint) * g_uInternalNodeCount);
+    g_uRight =  (uint*) CKMALLOC(sizeof(uint) * g_uInternalNodeCount);
+    g_Height =  (dist_t*) CKMALLOC(sizeof(dist_t) * g_uInternalNodeCount);
+    g_LeftLength =  (dist_t*) CKMALLOC(sizeof(dist_t) * g_uInternalNodeCount);
+    g_RightLength =  (dist_t*) CKMALLOC(sizeof(dist_t) * g_uInternalNodeCount);
+    
+    for (i = 0; i < g_uLeafCount; ++i) {
+        g_MinDist[i] = BIG_DIST;
+        g_uNodeIndex[i] = i;
+        g_uNearestNeighbor[i] = uInsane;
+        Ids[i] = i;
+    }
+    
+    for (i = 0; i < g_uInternalNodeCount; ++i) {
+        g_uLeft[i] = uInsane;
+        g_uRight[i] = uInsane;
+        g_LeftLength[i] = BIG_DIST;
+        g_RightLength[i] = BIG_DIST;
+        g_Height[i] = BIG_DIST;
+    }
+    
+/* Compute initial NxN triangular distance matrix.
+ * Store minimum distance for each full (not triangular) row.
+ * Loop from 1, not 0, because "row" is 0, 1 ... i-1,
+ * so nothing to do when i=0.
+ */
+    for (i = 1; i < g_uLeafCount; ++i) {
+        dist_t *Row = g_Dist + TriangleSubscript(i, 0);
+        CalcDistRange(distmat, i, Row);
+        for (j = 0; j < i; ++j) {
+            const dist_t d = Row[j];
+            if (d < g_MinDist[i]) {
+                g_MinDist[i] = d;
+                g_uNearestNeighbor[i] = j;
+            }
+            if (d < g_MinDist[j]) {
+                g_MinDist[j] = d;
+                g_uNearestNeighbor[j] = i;
+            }
+        }
+    }
+
+#if TRACE
+    Info("Initial state:\n");
+    ListState();
+#endif
+
+    for (g_uInternalNodeIndex = 0;
+         g_uInternalNodeIndex < g_uLeafCount - 1;
+         ++g_uInternalNodeIndex) {
+
+        dist_t dtNewMinDist = BIG_DIST;
+        uint uNewNearestNeighbor = uInsane;
+
+#if TRACE
+        Info("\n");
+        Info("Internal node index %5u\n", g_uInternalNodeIndex);
+        Info("-------------------------\n");
+#endif
+
+        /* Find nearest neighbors */
+        uint Lmin = uInsane;
+        uint Rmin = uInsane;
+        dist_t dtMinDist = BIG_DIST;
+        for (j = 0; j < g_uLeafCount; ++j) {
+            dist_t d;
+            if (uInsane == g_uNodeIndex[j])
+                continue;
+
+            d = g_MinDist[j];
+            if (d < dtMinDist) {
+                dtMinDist = d;
+                Lmin = j;
+                Rmin = g_uNearestNeighbor[j];
+                assert(uInsane != Rmin);
+                assert(uInsane != g_uNodeIndex[Rmin]);
+            }
+        }
+
+        assert(Lmin != uInsane);
+        assert(Rmin != uInsane);
+        assert(dtMinDist != BIG_DIST);
+
+#if TRACE
+        Info("Nearest neighbors Lmin %u[=%u] Rmin %u[=%u] dist %.3g\n",
+             Lmin,
+             g_uNodeIndex[Lmin],
+             Rmin,
+             g_uNodeIndex[Rmin],
+             dtMinDist);
+#endif
+
+        /* Compute distances to new node
+         * New node overwrites row currently assigned to Lmin
+         */
+        for ( j = 0; j < g_uLeafCount; ++j) {
+            ulong vL, vR;
+            dist_t dL, dR;
+            dist_t dtNewDist;
+            
+            if (j == Lmin || j == Rmin)
+                continue;
+            if (uInsane == g_uNodeIndex[j])
+                continue;
+
+            vL = TriangleSubscript(Lmin, j);
+            vR = TriangleSubscript(Rmin, j);
+            dL = g_Dist[vL];
+            dR = g_Dist[vR];
+            dtNewDist = 0.0;
+
+            switch (linkage) {
+            case LINKAGE_AVG:
+                dtNewDist = AVG(dL, dR);
+                break;
+
+            case LINKAGE_MIN:
+                dtNewDist = MIN(dL, dR);
+                break;
+
+            case LINKAGE_MAX:
+                dtNewDist = MAX(dL, dR);
+                break;
+/* couldn't be arsed to figure out proper usage of g_dSUEFF */
+#if 0
+            case LINKAGE_BIASED:
+                dtNewDist = g_dSUEFF*AVG(dL, dR) + (1 - g_dSUEFF)*MIN(dL, dR);
+                break;
+#endif
+            default:
+                Log(&rLog, LOG_FATAL, "UPGMA2: Invalid LINKAGE_%u", linkage);
+            }
+
+            /* Nasty special case.
+             * If nearest neighbor of j is Lmin or Rmin, then make the new
+             * node (which overwrites the row currently occupied by Lmin)
+             * the nearest neighbor. This situation can occur when there are
+             * equal distances in the matrix. If we don't make this fix,
+             * the nearest neighbor pointer for j would become invalid.
+             * (We don't need to test for == Lmin, because in that case
+             * the net change needed is zero due to the change in row
+             * numbering).
+             */
+            if (g_uNearestNeighbor[j] == Rmin)
+                g_uNearestNeighbor[j] = Lmin;
+
+#if TRACE
+            Info("New dist to %u = (%u/%.3g + %u/%.3g)/2 = %.3g\n",
+                 j, Lmin, dL, Rmin, dR, dtNewDist);
+#endif
+            g_Dist[vL] = dtNewDist;
+            if (dtNewDist < dtNewMinDist) {
+                dtNewMinDist = dtNewDist;
+                uNewNearestNeighbor = j;
+            }
+        }
+
+        assert(g_uInternalNodeIndex < g_uLeafCount - 1 || BIG_DIST != dtNewMinDist);
+        assert(g_uInternalNodeIndex < g_uLeafCount - 1 || uInsane != uNewNearestNeighbor);
+
+        const ulong v = TriangleSubscript(Lmin, Rmin);
+        const dist_t dLR = g_Dist[v];
+        const dist_t dHeightNew = dLR/2;
+        const uint uLeft = g_uNodeIndex[Lmin];
+        const uint uRight = g_uNodeIndex[Rmin];
+        const dist_t HeightLeft =
+            uLeft < g_uLeafCount ? 0 : g_Height[uLeft - g_uLeafCount];
+        const dist_t HeightRight =
+            uRight < g_uLeafCount ? 0 : g_Height[uRight - g_uLeafCount];
+
+        g_uLeft[g_uInternalNodeIndex] = uLeft;
+        g_uRight[g_uInternalNodeIndex] = uRight;
+        g_LeftLength[g_uInternalNodeIndex] = dHeightNew - HeightLeft;
+        g_RightLength[g_uInternalNodeIndex] = dHeightNew - HeightRight;
+        g_Height[g_uInternalNodeIndex] = dHeightNew;
+
+        /* Row for left child overwritten by row for new node */
+        g_uNodeIndex[Lmin] = g_uLeafCount + g_uInternalNodeIndex;
+        g_uNearestNeighbor[Lmin] = uNewNearestNeighbor;
+        g_MinDist[Lmin] = dtNewMinDist;
+
+        /* Delete row for right child */
+        g_uNodeIndex[Rmin] = uInsane;
+
+#if TRACE
+        Info("\nInternalNodeIndex=%u Lmin=%u Rmin=%u\n",
+             g_uInternalNodeIndex, Lmin, Rmin);
+        ListState();
+#endif
+    }
+
+    uint uRoot = g_uLeafCount - 2;
+
+#if TRACE
+    Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "uRoot=%d g_uLeafCount=%d g_uInternalNodeCount=%d", uRoot, g_uLeafCount, g_uInternalNodeCount);
+    for (i=0; i<g_uInternalNodeCount; i++) {
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "internal node=%d:  g_uLeft=%d g_uRight=%d g_LeftLength=%f g_RightLength=%f g_Height=%f",
+                  i, g_uLeft[i], g_uRight[i],
+                  g_LeftLength[i], g_RightLength[i],
+                  g_Height[i]);
+    }
+    for (i=0; i<g_uLeafCount; i++) {
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "leaf node=%d:  Ids=%d names=%s",
+                  i, Ids[i], names[i]);
+    }
+#endif
+    
+    MuscleTreeCreate(tree, g_uLeafCount, uRoot,
+                      g_uLeft, g_uRight,
+                      g_LeftLength, g_RightLength,
+                      Ids, names);
+#if TRACE
+    tree.LogMe();
+#endif
+
+    free(g_Dist);
+
+    free(g_uNodeIndex);
+    free(g_uNearestNeighbor);
+    free(g_MinDist);
+    free(g_Height);
+
+    free(g_uLeft);
+    free(g_uRight);
+    free(g_LeftLength);
+    free(g_RightLength);
+
+    /* NOTE: Muscle's "Names" variable is here the argument "names" */
+    free(Ids);
+}
+/***   end of UPGMA2   ***/
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/muscle_upgma.h b/binaries/src/clustalo/src/clustal/muscle_upgma.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..64d8352
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,43 @@
+/* This the fast UPGMA algorithm (O(N^2)) as implemented in Bob Edgar's
+ * Muscle (UPGMA2.cpp; version 3.7) ported to pure C.
+ *
+ * Muscle's code is public domain and so is this code here.
+ *
+ * From http://www.drive5.com/muscle/license.htm:
+ * """
+ * MUSCLE is public domain software
+ *
+ * The MUSCLE software, including object and source code and
+ * documentation, is hereby donated to the public domain.
+ *
+ * Disclaimer of warranty
+ * THIS SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,
+ * EITHER EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING WITHOUT LIMITATION IMPLIED
+ * WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
+ * """
+ *
+ */
+
+/*
+ *  RCS $Id: muscle_upgma.h 193 2011-02-07 15:45:21Z andreas $
+ */
+
+#ifndef CLUSTALO_UPGMA_H
+#define CLUSTALO_UPGMA_H
+
+#include "symmatrix.h"
+#include "muscle_tree.h"
+
+enum linkage_e {
+    LINKAGE_MIN,
+    LINKAGE_AVG,
+    LINKAGE_MAX,
+    LINKAGE_NEIGHBORJOINING,
+    LINKAGE_BIASED
+};
+typedef enum linkage_e linkage_t;
+
+void MuscleUpgma2(tree_t *tree, symmatrix_t *distmat,
+                   linkage_t linkage, char **names);
+
+#endif
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/pair_dist.c b/binaries/src/clustalo/src/clustal/pair_dist.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..4cfa229
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,425 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4;  indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: pair_dist.c 242 2011-05-27 14:04:21Z andreas $
+ */
+
+#ifdef HAVE_CONFIG_H
+#include "config.h"
+#endif
+
+#include <stdlib.h>
+#include <ctype.h>
+#include <assert.h>
+#include <time.h>
+
+/* only neededfor iNumberOfThreads */
+#include "clustal-omega.h"
+
+#include "ktuple_pair.h"
+#include "pair_dist.h"
+#include "progress.h"
+#include "util.h"
+
+
+/* Up to rev 173 we had a USE_SYM_KTUPLE switch implemented here. When active
+ * ktuple distances were computed twice for each pair and averaged. Idea was
+ * to avoid assymmetries in the pairwise scores (score(a, b) is often not the
+ * same as score(b, a)). Results on BAliBASE indicate that this is overkill:
+ *
+ * r92_default            core columns: avg-sp=0.800656 avg-tc=0.47711  (of total 218)
+ * r93-mod--norm-ktuple/  core columns: avg-sp=0.800656 avg-tc=0.47711  (of total 218)
+ * r93-mod--sym-ktuple/   core columns: avg-sp=0.801083 avg-tc=0.476544 (of total 217)
+ * r93-mod--rand-ktuple-1 core columns: avg-sp=0.799289 avg-tc=0.468028 (of total 218)
+ * r93-mod--rand-ktuple-2 core columns: avg-sp=0.801654 avg-tc=0.47659  (of total 217)
+ * r93-mod--rand-ktuple-3 core columns: avg-sp=0.800234 avg-tc=0.474908 (of total 218)
+ * r93-mod--rand-ktuple-4 core columns: avg-sp=0.800573 avg-tc=0.476514 (of total 218)
+ * r93-mod--rand-ktuple-5 core columns: avg-sp=0.799679 avg-tc=0.468716 (of total 218)
+ *
+ */
+
+static double
+KimuraCorrection(double frac_id);
+
+static int
+SquidIdPairDist(symmatrix_t *tmat, mseq_t *mseq,
+                int istart, int iend,
+                int jstart, int jend,
+                bool use_KimuraCorrection, progress_t *prProgress,
+                unsigned long int *ulStepNo, unsigned long int ulTotalStepNo);
+
+/* Taken from Muscle's msadistkimura.cpp */
+static int DAYHOFF_PAMS[]={
+  195,   /* 75.0% observed d; 195 PAMs estimated = 195% estimated d */
+  196,   /* 75.1% observed d; 196 PAMs estimated */
+                  197,    198,    199,    200,    200,    201,    202,  203,
+  204,    205,    206,    207,    208,    209,    209,    210,    211,  212,
+  213,    214,    215,    216,    217,    218,    219,    220,    221,  222,
+  223,    224,    226,    227,    228,    229,    230,    231,    232,  233,
+  234,    236,    237,    238,    239,    240,    241,    243,    244,  245,
+  246,    248,    249,    250,    /* 250 PAMs = 80.3% observed d */
+                                  252,    253,    254,    255,    257,  258,
+  260,    261,    262,    264,    265,    267,    268,    270,    271,  273,
+  274,    276,    277,    279,    281,    282,    284,    285,    287,  289,
+  291,    292,    294,    296,    298,    299,    301,    303,    305,  307,
+  309,    311,    313,    315,    317,    319,    321,    323,    325,  328,
+  330,    332,    335,    337,    339,    342,    344,    347,    349,  352,
+  354,    357,    360,    362,    365,    368,    371,    374,    377,  380,
+  383,    386,    389,    393,    396,    399,    403,    407,    410,  414,
+  418,    422,    426,    430,    434,    438,    442,    447,    451,  456,
+  461,    466,    471,    476,    482,    487,    493,    498,    504,  511,
+  517,    524,    531,    538,    545,    553,    560,    569,    577,  586,
+  595,    605,    615,    626,    637,    649,    661,    675,    688,  703,
+  719,    736,    754,    775,    796,    819,    845,    874,    907,  945,
+         /* 92.9% observed; 945 PAMs */
+  988    /* 93.0% observed; 988 PAMs */
+};
+static int DAYHOFF_TABLE_ENTRIES = sizeof(DAYHOFF_PAMS)/sizeof(DAYHOFF_PAMS[0]);
+
+
+
+/**
+ *
+ * @brief Compute Kimura corrected distance.
+ *
+ * Original Muscle documentation following:
+ * """
+ * This is defined to be:
+ *     log_e(1 - p - p*p/5)
+ * where p is the fraction of residues that differ, i.e.:
+ *     p = (1 - fractional_conservation)
+ * This measure is infinite for p = 0.8541 and is considered
+ * unreliable for p >= 0.75 (according to the ClustalW docs).
+ * ClustalW uses a table lookup for values > 0.75. The following table
+ * was copied from the ClustalW file dayhoff.h.
+ * """
+ *
+ * @note copied from Muscle's msadistkimura.cpp:KimuraDist()
+ *
+ * @warning For protein only (uses Dayhoff substitution parameters)
+ *
+ * @param[in] p
+ * distance, e.g. 1.0 - fractional/relative identity
+ *
+ * @return The Kimura corrected distance
+ *
+ */
+double
+KimuraCorrection(double p)
+{
+    int table_index;
+
+    /* Typical case: use Kimura's empirical formula */
+    if (p < 0.75)
+        return -log(1 - p - (p*p)/5);
+
+    /* Per ClustalW, return 10.0 for anything over 93% */
+    if (p > 0.93)
+        return 10.0;
+
+    /* If 0.75 >= p <= 0.93, use table lookup */
+    table_index = (int) ((p - 0.75)*1000 + 0.5);
+    if (table_index < 0 || table_index >= DAYHOFF_TABLE_ENTRIES)
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Internal error in %s:%s", __FILE__, __FUNCTION__);
+
+    return DAYHOFF_PAMS[table_index] / 100.0;
+}
+/***   end: KimuraCorrection()   ***/
+
+
+
+
+/**
+ * @brief Compute distances between all aligned sequence pairs using
+ * squid's PairwiseIdentity, which is: idents / MIN(len1, len2)
+ *
+ * @param[out] tmat
+ * Where to store the computed distances
+ * @param[in] mseq
+ * The aligned sequences
+ * @param[in] istart
+ * For distances [i][j] i>=istart, i<j
+ * @param[in] iend
+ * For distances [i][j] i<iend, i<j
+ * @param[in] jstart
+ * For distances [i][j] j>=jstart, i<j
+ * @param[in] jend
+ * For distances [i][j] i<j<jend, i<j
+ * @param[in] use_kimura
+ * Use Kimura corrected values (Proteins only)
+ *
+ * @return Non-zero on error
+ *
+ */
+int
+SquidIdPairDist(symmatrix_t *tmat, mseq_t *mseq,
+                int istart, int iend,
+                int jstart, int jend,
+                bool use_kimura, progress_t *prProgress,
+                unsigned long int *ulStepNo, unsigned long int ulTotalStepNo)
+{
+    int i, j; /* aux */
+    /* progress_t *prProgress; */
+    bool bPrintCR = (rLog.iLogLevelEnabled<=LOG_VERBOSE) ? FALSE : TRUE;
+    /* unsigned long int ulStepNo;
+    unsigned long ulTotalStepNo; */
+
+    assert(NULL != tmat);
+    assert(NULL != mseq);
+
+    if (TRUE != mseq->aligned) {
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "Sequences need to be aligned (%s)", __FUNCTION__);
+        return -1;
+    }
+    if (SEQTYPE_PROTEIN != mseq->seqtype && TRUE == use_kimura) {
+        Log(&rLog, LOG_WARN, "Using Kimura distance corretion which includes Dayhoff substitution table lookup for non-protein sequences");
+    }
+
+    NewProgress(&prProgress, LogGetFP(&rLog, LOG_INFO),
+                "Pairwise distance calculation progress", bPrintCR);
+    /* estimation of total number of steps (if istart and jstart are
+     * both 0)
+     */
+    /* ulTotalStepNo = iend*jend - iend*iend/2 + iend/2;
+    ulStepNo = 0; */
+    /*LOG_DEBUG("istart=%d iend=%d jstart=%d jend=%d", istart, iend, jstart, jend);*/
+    for (i=istart; i<iend; ++i) {
+        /* by definition a sequence compared to itself should give a
+           score of 0 */
+        SymMatrixSetValue(tmat, i, i, 0.0);
+#ifdef HAVE_OPENMP
+        #pragma omp critical(squidid)
+#endif
+        {
+            ProgressLog(prProgress, *ulStepNo, ulTotalStepNo, FALSE);
+        }
+
+        for (j=MAX(i+1, jstart); j<jend; ++j) {
+            float dist;
+            dist = 1.0 - PairwiseIdentity(mseq->seq[i], mseq->seq[j]);
+
+
+#ifdef HAVE_OPENMP
+        #pragma omp atomic
+#endif
+            (*ulStepNo)++;
+            /*LOG_DEBUG("%d:%d raw dist = %f", i, j, dist);*/
+            if (use_kimura) {
+                dist = KimuraCorrection(dist);
+                /*LOG_DEBUG("cor dist = %f", dist);*/
+            }
+            SymMatrixSetValue(tmat, i, j, dist);
+#ifdef HAVE_OPENMP
+            #pragma omp critical(squidid)
+#endif
+            {
+                Log(&rLog, LOG_DEBUG, "Aligned distance for sequence pair %d:%d= %lg",
+                     i+1, j+1, dist);
+            }
+        }
+    }
+
+    return 0;
+}
+/***   end: SquidIdPairDist()   ***/
+
+
+
+
+/**
+ * @brief compute or read precomputed distances for given sequences
+ *
+ * @param[out] distmat
+ * Distances will be written to this matrix. will be allocated here as
+ * well. Caller must free with FreeSymMatrix()
+ * @param[in] mseq
+ * Distances will be computed for these sequences
+ * @param[in] pairdist_type
+ * Type of pairwise distance comparison
+ * @param[in] fdist_in
+ * If not NULL, sequences will be written from this file instead of
+ * computing them
+ * @param[in] istart
+ * Compute distances for sequences i:j, i>=istart, i<j.
+ * Usually 0.
+ * @param[in] iend
+ * Compute distances for sequences i:j, i<iend, i<j
+ * Usually mseq->nseqs.
+ * @param[in] jstart
+ * Compute distances for sequences i:j, j>=jstart, i<j
+ * Usually 0.
+ * @param[in] jend
+ * Compute distances for sequences i:j, j<iend, i<j
+ * Usually mseq->nseqs.
+ * @param[in] fdist_out
+ * If not NULL, distances will be written to this files
+ *
+ *
+ */
+int
+PairDistances(symmatrix_t **distmat, mseq_t *mseq, int pairdist_type,
+              int istart, int iend,
+              int jstart, int jend,
+              char *fdist_in, char *fdist_out)
+{
+    int uSeqIndex;
+    unsigned long int ulStepNo = 0, ulTotalStepNo; /* DD: moved from SquidIdPairDist so progress bar works multithreaded */
+    int iChunk, iChunkStart, iChunkEnd;
+    int iChunkStarts[iNumberOfThreads];
+    int iChunkEnds[iNumberOfThreads];
+    progress_t *prProgress = NULL;
+    int iSquidSuccess = 0;
+    bool bPrintCR = (rLog.iLogLevelEnabled<=LOG_VERBOSE) ? FALSE : TRUE;
+
+    assert(NULL!=distmat);
+    assert(NULL!=mseq);
+    assert(istart<iend);
+    assert(jstart<jend);
+
+    if (NewSymMatrix(distmat, iend, jend)!=0) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "%s", "Memory allocation for distance matrix failed");
+    }
+
+
+    /* compute pairwise distances or read from file
+     *
+     */
+#if 0
+#include "random-dist.h"
+#else
+    if (NULL != fdist_in) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "FIXME: reading of distance matrix from file not implemented");
+
+    } else {
+
+        /* break into chunks, one for each thread
+           matrix is a triangle, not a square
+           hence making even chunk sizes is slightly fiddlier
+           */
+        ulTotalStepNo = iend*jend - iend*iend/2 + iend/2;
+
+        /* FIXME: can get rid of iChunkStart, iChunkEnd now that we're using the arrays */
+        iChunkStart = iend;
+        for(iChunk = 0; iChunk <= iNumberOfThreads; iChunk++)
+        {
+            iChunkEnd = iChunkStart;
+            if(iChunk == iNumberOfThreads - 1)
+                iChunkStart = 0;
+            else
+                iChunkStart = iend - ((double)(iend - istart) * sqrt(((double)iChunk + 1.0)/(double)iNumberOfThreads));
+            iChunkStarts[iChunk] = iChunkStart;
+            iChunkEnds[iChunk] = iChunkEnd;
+        }
+
+        if (PAIRDIST_KTUPLE == pairdist_type) {
+
+            Log(&rLog, LOG_INFO, "Calculating pairwise ktuple-distances...");
+
+            NewProgress(&prProgress, LogGetFP(&rLog, LOG_INFO),
+                        "Ktuple-distance calculation progress", bPrintCR);
+#ifdef HAVE_OPENMP
+            #pragma omp parallel for private(iChunk) schedule(dynamic)
+#endif
+            for(iChunk = 0; iChunk < iNumberOfThreads; iChunk++)
+            {
+                KTuplePairDist((*distmat), mseq, iChunkStarts[iChunk], 
+                    iChunkEnds[iChunk], jstart, jend, NULL, prProgress, 
+                    &ulStepNo, ulTotalStepNo);
+            }
+
+#if 0
+            printf("total ops %d\n", ulStepNo);
+#endif
+            /* old format:
+            KTuplePairDist((*distmat), mseq,
+                istart, iend,
+                jstart, jend, NULL); */
+
+        } else if (PAIRDIST_SQUIDID == pairdist_type) {
+            Log(&rLog, LOG_INFO, "Calculating pairwise aligned identity distances...");
+
+            NewProgress(&prProgress, LogGetFP(&rLog, LOG_INFO),
+                        "Pairwise identity calculation progress", bPrintCR);
+#ifdef HAVE_OPENMP
+            #pragma omp parallel for private(iChunk) schedule(dynamic)
+#endif
+            for(iChunk = 0; iChunk < iNumberOfThreads; iChunk++)
+            {
+                 iSquidSuccess = SquidIdPairDist((*distmat), mseq,
+                                    iChunkStarts[iChunk], iChunkEnds[iChunk],
+                                    jstart, jend, FALSE, prProgress,
+                                    &ulStepNo, ulTotalStepNo);
+            }
+            if(iSquidSuccess != 0)
+                return -1;
+
+        } else if (PAIRDIST_SQUIDID_KIMURA == pairdist_type) {
+            Log(&rLog, LOG_INFO, "Calculating Kimura-corrected pairwise aligned identity distances...");
+            NewProgress(&prProgress, LogGetFP(&rLog, LOG_INFO),
+                        "Pairwise identity calculation progress", bPrintCR);
+#ifdef HAVE_OPENMP
+            #pragma omp parallel for private(iChunk) schedule(dynamic)
+#endif
+            for(iChunk = 0; iChunk < iNumberOfThreads; iChunk++)
+            {
+                iSquidSuccess = SquidIdPairDist((*distmat), mseq,
+                                    iChunkStarts[iChunk], iChunkEnds[iChunk],
+                                    jstart, jend, TRUE, prProgress,
+                                    &ulStepNo, ulTotalStepNo);
+            }
+            if(iSquidSuccess != 0)
+                return -1;
+        } else {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "INTERNAL ERROR: don't know about pairdist_type %d",
+                  pairdist_type);
+        }
+    }
+#endif /* random/proper distance calculation */
+
+
+    /* optional printing of matrix to file
+     */
+    if (NULL != fdist_out) {
+        /* need a copy of sequence names for printing */
+        char **names;
+        names = (char **)CKMALLOC(mseq->nseqs * sizeof(char*));
+        for (uSeqIndex=0; uSeqIndex<mseq->nseqs; uSeqIndex++) {
+            names[uSeqIndex] = mseq->sqinfo[uSeqIndex].name;
+        }
+
+        SymMatrixPrint((*distmat), names, fdist_out);
+
+        Log(&rLog, LOG_INFO, "Pairwise distance matrix written to %s",
+             fdist_out);
+        CKFREE(names);
+    }
+
+#if 0
+#include "distance-distrib.h" 
+#endif
+
+    if (NULL != prProgress) {
+        ProgressDone(prProgress);
+        FreeProgress(&prProgress);
+    }
+
+    return 0;
+}
+/***   end: PairDistances()   ***/
+
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/pair_dist.h b/binaries/src/clustalo/src/clustal/pair_dist.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..65047ef
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,42 @@
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: pair_dist.h 193 2011-02-07 15:45:21Z andreas $
+ */
+
+
+#ifndef CLUSTALO_PAIR_DIST_H
+#define CLUSTALO_PAIR_DIST_H
+
+#define PAIRDIST_UNKNOWN 0
+/* k-tuple distances: Wilbur and Lipman (1983) */
+#define PAIRDIST_KTUPLE 1
+/* fractional identity between aligned sequences. denominator is
+ * minimum seq len (see squid:aligneval.c) */
+#define PAIRDIST_SQUIDID 2
+/* SQUIDID + Kimura correction */
+#define PAIRDIST_SQUIDID_KIMURA 3
+
+#include "seq.h"
+#include "symmatrix.h"
+
+extern int
+PairDistances(symmatrix_t **distmat, mseq_t *mseq, const int pairdist_type,
+              const int istart, const int iend,
+              const int jstart, const int jend,
+              char *fdist_in, char *fdist_out);
+
+#endif
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/progress.c b/binaries/src/clustalo/src/clustal/progress.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..57c99f5
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,177 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4;  indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: progress.c 230 2011-04-09 15:37:50Z andreas $
+ */
+
+#ifdef HAVE_CONFIG_H
+#include "config.h"
+#endif
+
+#include <stdlib.h>
+#include <stdio.h>
+#include <assert.h>
+
+#include "util.h"
+#include "log.h"
+#include "progress.h"
+
+#define LOGLEVEL_THRESHOLD LOG_INFO
+
+/**
+ * @brief Allocates a new progress structure and initialises its members.
+ * Free with FreeProgress()
+ *
+ * @note Starts the internal stopwatch immediatly!
+ *
+ * @see FreeProgress()
+ *
+ * @param[out] pprProgress
+ * Pointer pointer to progress structure. Progress structure will be
+ * allocated here. 
+ * @param[in] prFile
+ * Where to log messages to
+ * @param[in] pcPrefix
+ * What prefix to use for messages
+ * @param[in] bPrintCR
+ * If TRUE carriage return instead of newline will be printed between log messages
+ */    
+void
+NewProgress(progress_t **pprProgress, FILE *prFile,
+            char *pcPrefix, bool bPrintCR)
+{
+    assert(NULL!=pprProgress);
+    assert(NULL!=prFile);
+    assert(NULL!=pcPrefix);
+    
+    (*pprProgress) = (progress_t *) CKMALLOC(1*sizeof(progress_t));
+    (*pprProgress)->prFile = prFile;
+    (*pprProgress)->bPrintCR = bPrintCR;    
+    (*pprProgress)->pcPrefix = CkStrdup(pcPrefix);
+    strcpy((*pprProgress)->pcLastLogMsg, "\0");
+    (*pprProgress)->prStopwatch = StopwatchCreate();
+    StopwatchZero((*pprProgress)->prStopwatch);
+    StopwatchStart((*pprProgress)->prStopwatch);
+    
+    return; 
+}
+/***   end: NewProgress()   ***/
+
+
+
+/**
+ * @brief Frees progress structure and its members
+ *
+ * @param[out] pprProgress
+ * Pointer pointer to progress structure
+ *
+ * @see NewProgress()
+ * 
+ */    
+void
+FreeProgress(progress_t **pprProgress)
+{
+    (*pprProgress)->prFile = NULL;
+    CKFREE((*pprProgress)->pcPrefix);
+    StopwatchFree((*pprProgress)->prStopwatch);
+
+    CKFREE(*pprProgress);
+    return; 
+}
+/***   end: FreeProgress()   ***/
+
+
+
+
+/**
+ * @brief Prints a progress update (and a carriage return)
+ *
+ * @param[in] prProgress
+ * Pointer to the progress structure
+ * @param[in] iStep
+ * Current step number
+ * @param[in] iTotalSteps
+ * Total step number
+ * @param[in] bForceOutput
+ * If percentage hasn't changed output is normally supressed
+ * normally. Output can be forced with this flag.
+ *
+ */    
+void
+ProgressLog(progress_t *prProgress, 
+            unsigned long int iStep, unsigned long int iTotalSteps, 
+            bool bForceOutput)
+{
+    char pcLogMsg[1024];
+    assert(0!=iTotalSteps);
+    
+    if (rLog.iLogLevelEnabled>LOGLEVEL_THRESHOLD) {
+        return;
+    }
+    
+    (void) snprintf(pcLogMsg, sizeof(pcLogMsg), "%s: %lu %%",
+                    prProgress->pcPrefix, (unsigned long int)(iStep/(float)iTotalSteps*100.0));
+
+    if (! bForceOutput) {
+        /* Skip logging, if we've just logged the same message */
+        if (STR_EQ(pcLogMsg, prProgress->pcLastLogMsg)) {
+            return;
+        }
+    }
+
+    strncpy(prProgress->pcLastLogMsg, pcLogMsg,
+            sizeof(prProgress->pcLastLogMsg));
+    
+    fprintf(prProgress->prFile, "%s (%lu out of %lu)", pcLogMsg, iStep, iTotalSteps);
+    if (prProgress->bPrintCR) {
+        fprintf(prProgress->prFile, "\r");
+    } else {
+        fprintf(prProgress->prFile, "\n");
+
+    }
+    (void) fflush(prProgress->prFile);
+
+    return; 
+}
+/***   end: ProgressLog()   ***/
+
+
+/**
+ * @brief Finishes progress output by printing the elapsed time
+ *
+ * @param[in] prProgress
+ * Pointer to the progress structure
+ *
+ */    
+void
+ProgressDone(progress_t *prProgress)
+{
+    char pcBuf[1024];
+
+    if (rLog.iLogLevelEnabled>LOGLEVEL_THRESHOLD) {
+        return;
+    }
+
+    (void) snprintf(pcBuf, sizeof(pcBuf), "%s done. CPU time: ", 
+                    prProgress->pcPrefix);
+    StopwatchStop(prProgress->prStopwatch);
+    StopwatchDisplay(prProgress->prFile, pcBuf, prProgress->prStopwatch);
+    (void) fflush(prProgress->prFile);
+
+    return; 
+}
+/***   end: ProgressDone()   ***/
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/progress.h b/binaries/src/clustalo/src/clustal/progress.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..8ebca56
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,50 @@
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: progress.h 193 2011-02-07 15:45:21Z andreas $
+ */
+
+
+#ifndef CLUSTALO_PROGRESS_H
+#define CLUSTALO_PROGRESS_H
+
+#include "squid/stopwatch.h"
+
+typedef struct {
+    /* where to write to */
+    FILE *prFile;
+    /* prefix printed before each step */
+    char *pcPrefix;
+    bool bPrintCR;
+    char pcLastLogMsg[1024];
+    Stopwatch_t *prStopwatch;
+} progress_t;
+
+
+extern void
+NewProgress(progress_t **pprProgress, FILE *prFile, char *pcPrefix, bool bPrintCR);
+
+extern void
+FreeProgress(progress_t **pprProgress);
+
+extern void
+ProgressLog(progress_t *prProgress, 
+                       unsigned long int iStep, unsigned long int iTotalSteps,
+                       bool bForceOutput);
+
+extern void
+ProgressDone(progress_t *pprProgress);
+
+#endif
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/queue.h b/binaries/src/clustalo/src/clustal/queue.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..7140740
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,75 @@
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ * RCS $Id: queue.h 193 2011-02-07 15:45:21Z andreas $
+ *
+ * Functions/Macros for FIFOs/Queues
+ *
+ */
+
+#ifndef CLUSTALO_QUEUE_H
+#define CLUSTALO_QUEUE_H
+
+#include "list.h"
+
+
+
+/*  FIFO/Queue as list_t, storing data pointers
+ * 
+ */
+
+typedef list_t queue_t;
+
+/* setup queue */
+#define QUEUE_INIT(prQueue, destroy_func) ListInit((prQueue), (destroy_func))
+
+/* free all elements from queue */
+#define QUEUE_DESTROY(prQueue) ListDestroy((prQueue))
+
+/* enqueue */
+#define QUEUE_PUSH(prQueue, data) LIST_APPEND((prQueue), (data))
+
+/* dequeue */
+#define QUEUE_POP(prQueue, data) ListRemoveNext((prQueue), NULL, (data))
+
+/* is queue empty ? */
+#define QUEUE_EMPTY(prQueue) (0==LIST_SIZE((prQueue)))
+
+
+
+/* Special int FIF/Queue, storing ints by copying them instead of
+ * keeping pointers only
+ */
+
+typedef queue_t int_queue_t;
+
+/* setup queue */
+#define INT_QUEUE_INIT(prQueue) INT_LIST_INIT((prQueue))
+
+/* free all elements from queue */
+#define INT_QUEUE_DESTROY(prQueue) INT_LIST_DESTROY((prQueue))
+
+/* enqueue */
+#define INT_QUEUE_PUSH(prQueue, data) INT_LIST_APPEND((prQueue), (data))
+
+/* dequeue */
+#define INT_QUEUE_POP(prQueue, data) IntListRemoveNext((prQueue), NULL, (data))
+
+/* is queue empty ? */
+#define INT_QUEUE_EMPTY(prQueue) (0==INT_LIST_SIZE((prQueue)))
+
+
+
+#endif
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/seq.c b/binaries/src/clustalo/src/clustal/seq.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..8b21ee8
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1185 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4;  indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: seq.c 245 2011-06-15 12:38:53Z fabian $
+ *
+ *
+ * Module for sequence/alignment IO and misc.
+ *
+ * This depends heavily on Sean Eddy's squid library, which is obsoleted by
+ * HMMER3's Easel. However, easel doesn't support that many non-aligned input
+ * formats.
+ *
+ */
+
+#ifdef HAVE_CONFIG_H
+#include "config.h"
+#endif
+
+#include <assert.h>
+#include "squid/squid.h"
+#include <ctype.h>
+
+#include "util.h"
+#include "log.h"
+#include "seq.h"
+
+
+#define ALLOW_ONLY_PROTEIN 0 /* requested by Hamish, FS, r244 -> r245 */
+
+
+
+
+/**
+ * @brief Stripped down version of squid's alistat
+ *
+ *
+ * @param[in] prMSeq
+ * The alignment to analyse
+ * @param[in] bSampling
+ * For many sequences: samples from pool
+ * @param[in] bReportAll
+ * Report identities for all sequence pairs
+ *
+ * Don't have to worry about sequence case because our version of PairwiseIdentity is case insensitive
+ */
+void
+AliStat(mseq_t *prMSeq, bool bSampling, bool bReportAll) {
+
+    /*
+     * bSampling = squid's do_fast
+     * bReportAll = squid's allreport
+     */
+    float  **ppdIdentMx;  /* identity matrix (squid: imx) */
+    const int iNumSample = 1000; /* sample size (squid: nsample) */
+    int iAux;
+
+    MSA *msa; /* squid's alignment structure */
+    int small, large;  
+    int bestj, worstj;
+    float sum;
+    float worst_worst, worst_best, best_best;
+    float avgid;
+    int i, j;
+    int nres; /* number of residues */
+
+    if (bSampling && bReportAll) {
+        Log(&rLog, LOG_WARN,
+            "Cannot report all and sample at the same time. Skipping %s()", __FUNCTION__);
+        return;
+    }
+    if (FALSE == prMSeq->aligned) {
+        Log(&rLog, LOG_WARN,
+            "Sequences are not aligned. Skipping %s()", __FUNCTION__);
+        return;
+    }
+
+    /* silence gcc warnings about uninitialized variables
+     */
+    worst_worst = worst_best = best_best = 0.0;
+    bestj = worstj = -1;
+
+
+    /** mseq to squid msa
+     *
+     * FIXME code overlap with WriteAlignment. Make it a function and take
+     * code there (contains more comments) as template
+     *
+     */
+    msa  = MSAAlloc(prMSeq->nseqs, 
+                    /* derive alignment length from first seq */
+                    strlen(prMSeq->seq[0]));
+    for (i=0; i<prMSeq->nseqs; i++) {
+        int key; /* MSA struct internal index for sequence */
+        char *this_name = prMSeq->sqinfo[i].name; /* prMSeq sequence name */
+        char *this_seq = prMSeq->seq[i]; /* prMSeq sequence */
+        SQINFO *this_sqinfo = &prMSeq->sqinfo[i]; /* prMSeq sequence name */
+
+        key = GKIStoreKey(msa->index, this_name);
+        msa->sqname[key] = sre_strdup(this_name, strlen(this_name));
+        /* setting msa->sqlen[idx] and msa->aseq[idx] */
+        msa->sqlen[key] = sre_strcat(&(msa->aseq[key]), msa->sqlen[key],
+                                     this_seq, strlen(this_seq));
+        if (this_sqinfo->flags & SQINFO_DESC) {
+            MSASetSeqDescription(msa, key, this_sqinfo->desc);
+        }           
+        msa->nseq++;
+    }    
+    
+
+
+    nres = 0;
+    small = large = -1;
+    for (i = 0; i < msa->nseq; i++) {
+        int rlen;              /* raw sequence length           */
+        rlen  = DealignedLength(msa->aseq[i]);
+        nres +=  rlen;
+        if (small == -1 || rlen < small) small = rlen;
+        if (large == -1 || rlen > large) large = rlen;
+    }
+
+
+    if (bSampling) {
+        avgid = AlignmentIdentityBySampling(msa->aseq, msa->alen, 
+                                            msa->nseq, iNumSample);
+
+       } else {
+        float best, worst;
+
+        /* this might be slow...could use openmp inside squid */
+        MakeIdentityMx(msa->aseq, msa->nseq, &ppdIdentMx);
+        if (bReportAll) {
+            printf("  %-15s %5s %7s %-15s %7s %-15s\n",
+                   "NAME", "LEN", "HIGH ID", "(TO)", "LOW ID", "(TO)");
+            printf("  --------------- ----- ------- --------------- ------- ---------------\n");
+        }
+
+        sum = 0.0;
+        worst_best  = 1.0;
+        best_best   = 0.0;
+        worst_worst = 1.0;
+        for (i = 0; i < msa->nseq; i++) {
+            worst = 1.0;
+            best  = 0.0;
+            for (j = 0; j < msa->nseq; j++) {
+                /* closest seq to this one = best */
+                if (i != j && ppdIdentMx[i][j] > best)  {
+                    best  = ppdIdentMx[i][j]; bestj = j; 
+                }
+                if (ppdIdentMx[i][j] < worst) {
+                    worst = ppdIdentMx[i][j]; worstj = j; 
+                }
+            }
+
+            if (bReportAll)  {
+                printf("* %-15s %5d %7.1f %-15s %7.1f %-15s\n",
+                       msa->sqname[i], DealignedLength(msa->aseq[i]),
+                       best * 100.,  msa->sqname[bestj],
+                       worst * 100., msa->sqname[worstj]);
+            }
+            if (best > best_best)    best_best = best;
+            if (best < worst_best)   worst_best = best;
+            if (worst < worst_worst) worst_worst = worst;
+            for (j = 0; j < i; j++)
+                sum += ppdIdentMx[i][j];
+           }
+        avgid = sum / (float) (msa->nseq * (msa->nseq-1)/2.0);
+        if (bReportAll)
+            puts("");
+        FMX2Free(ppdIdentMx);
+    } /* else bSampling */
+
+
+    
+    /* Print output
+     */
+    if (msa->name != NULL)
+        printf("Alignment name:      %s\n", msa->name); 
+    /*printf("Format:              %s\n",     SeqfileFormat2String(afp->format));*/
+    printf("Number of sequences: %d\n", msa->nseq);
+    printf("Total # residues:    %d\n", nres);
+    printf("Smallest:            %d\n", small);
+    printf("Largest:             %d\n", large);
+    printf("Average length:      %.1f\n", (float) nres / (float) msa->nseq);
+    printf("Alignment length:    %d\n", msa->alen);
+    printf("Average identity:    %.2f%%\n", 100.*avgid);
+
+    if (! bSampling) {
+        printf("Most related pair:   %.2f%%\n", 100.*best_best);
+        printf("Most unrelated pair: %.2f%%\n", 100.*worst_worst);
+        printf("Most distant seq:    %.2f%%\n", 100.*worst_best);
+    }
+
+    /*
+       char *cs;
+       cs = MajorityRuleConsensus(msa->aseq, msa->nseq, msa->alen);
+    printf cs;
+    */
+
+    MSAFree(msa);
+}
+/* end of AliStat() */
+
+
+
+
+
+/**
+ * @brief Shuffle mseq order
+ *
+ * @param[out] mseq
+ * mseq structure to shuffle
+ *
+ */
+void
+ShuffleMSeq(mseq_t *mseq)
+{
+    int iSeqIndex;
+    int *piPermArray;
+
+
+    /* quick and dirty: create an array with permuted indices and
+     * swap accordingly (which amounts to shuffling twice)
+     */
+
+    PermutationArray(&piPermArray, mseq->nseqs);
+
+    for (iSeqIndex=0; iSeqIndex<mseq->nseqs; iSeqIndex++) {    
+        SeqSwap(mseq, piPermArray[iSeqIndex], iSeqIndex);
+    }
+
+    CKFREE(piPermArray);
+}
+/***   end: ShuffleMSeq()   ***/
+
+
+/**
+ * @brief Swap two sequences in an mseq_t structure.
+ *
+ * @param[out] prMSeq
+ * Multiple sequence struct
+ * @param[in] i
+ * Index of first sequence
+ * @param[in] j
+ * Index of seconds sequence
+ *
+ * 
+ */    
+void
+SeqSwap(mseq_t *prMSeq, int i, int j)
+{
+    char *pcTmp;
+    SQINFO rSqinfoTmp;
+
+    assert(NULL!=prMSeq);
+    assert(i<prMSeq->nseqs && j<prMSeq->nseqs);
+
+    if (i==j) {
+        return;
+    }
+    
+    pcTmp = prMSeq->seq[i];
+    prMSeq->seq[i] = prMSeq->seq[j];
+    prMSeq->seq[j] = pcTmp;
+
+    pcTmp = prMSeq->orig_seq[i];
+    prMSeq->orig_seq[i] = prMSeq->orig_seq[j];
+    prMSeq->orig_seq[j] = pcTmp;
+
+    rSqinfoTmp = prMSeq->sqinfo[i];
+    prMSeq->sqinfo[i] = prMSeq->sqinfo[j];
+    prMSeq->sqinfo[j] = rSqinfoTmp;
+    
+    return; 
+}
+/***   end: SeqSwap()   ***/
+
+
+
+
+/**
+ * @brief Dealigns all sequences in mseq structure, updates the
+ * sequence length info and sets aligned to FALSE
+ *
+ * @param[out] mseq
+ * The mseq structure to dealign
+ * 
+ */    
+void
+DealignMSeq(mseq_t *mseq)
+{
+    int i; /* aux */
+    for (i=0; i<mseq->nseqs; i++) {
+        DealignSeq(mseq->seq[i]);
+        mseq->sqinfo[i].len = strlen(mseq->seq[i]);
+    }
+    mseq->aligned = FALSE;
+    
+    return; 
+}
+/***   end: DealinMSeq()   ***/
+
+
+
+/**
+ * @brief debug output of sqinfo struct
+ *
+ * @param[in] sqinfo
+ * Squid's SQINFO struct for a certain seqeuence
+ *
+ * @note useful for debugging only
+ * 
+ */    
+void
+LogSqInfo(SQINFO *sqinfo)
+{
+    
+    /*LOG_DEBUG("sqinfo->flags = %d", sqinfo->flags);*/
+    if (sqinfo->flags & SQINFO_NAME)
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "sqinfo->name = %s", sqinfo->name);
+
+    if (sqinfo->flags & SQINFO_ID)
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "sqinfo->id = %s", sqinfo->id);
+        
+    if (sqinfo->flags & SQINFO_ACC)
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "sqinfo->acc = %s", sqinfo->acc);
+        
+    if (sqinfo->flags & SQINFO_DESC)
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "sqinfo->desc = %s", sqinfo->desc);
+
+    if (sqinfo->flags & SQINFO_LEN)
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "sqinfo->len = %d", sqinfo->len);
+
+    if (sqinfo->flags & SQINFO_START)
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "sqinfo->start = %d", sqinfo->start);
+        
+    if (sqinfo->flags & SQINFO_STOP)
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "sqinfo->stop = %d", sqinfo->stop);
+
+    if (sqinfo->flags & SQINFO_OLEN)
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "sqinfo->olen = %d", sqinfo->olen);
+
+    if (sqinfo->flags & SQINFO_TYPE)
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "sqinfo->type = %d", sqinfo->type);
+        
+    if (sqinfo->flags & SQINFO_SS) 
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "sqinfo->ss = %s", sqinfo->ss);
+    
+    if (sqinfo->flags & SQINFO_SA)
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "sqinfo->sa = %s", sqinfo->sa);
+}
+/***   end: log_sqinfo   ***/
+
+
+/**
+ * @brief convert int-encoded seqtype to string
+ *
+ * @param[in] seqtype int-encoded sequence type
+ *
+ * @return character pointer describing the sequence type
+ *
+ */
+const char*
+SeqTypeToStr(int seqtype)
+{
+    switch (seqtype)  {
+    case SEQTYPE_DNA:
+        return "DNA";
+    case SEQTYPE_RNA:
+        return "RNA";
+    case SEQTYPE_PROTEIN:
+        return "Protein";
+    case SEQTYPE_UNKNOWN:
+        return "UNKNOWN";
+    default:
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Internal error in %s", __FUNCTION__);
+    }
+    return "Will never get here";
+}
+/***   end: seqtype_to_str   ***/
+
+
+
+/**
+ * @brief reads sequences from file
+ *
+ * @param[out] prMSeq
+ * Multiple sequence struct. Must be preallocated.
+ * FIXME: would make more sense to allocate it here.
+ * @param[in] seqfile
+ * Sequence file name. If '-' sequence will be read from stdin. 
+ * @param[in] seqtype
+ * int-encoded sequence type. Set to
+ * SEQTYPE_UNKNOWN for autodetect (guessed from first sequence)
+ * @param[in] iMaxNumSeq
+ * Return an error, if more than iMaxNumSeq have been read
+ * @param[in] iMaxSeqLen 
+ * Return an error, if a seq longer than iMaxSeqLen has been read
+ *
+ * @return 0 on success, -1 on error
+ *
+ * @note
+ *  - Depends heavily on squid
+ *  - Sequence file format will be guessed
+ *  - If supported by squid, gzipped files can be read as well.
+ */
+int
+ReadSequences(mseq_t *prMSeq, char *seqfile, int seqtype,
+              int iMaxNumSeq, int iMaxSeqLen)
+{
+    int fmt = SQFILE_UNKNOWN; /* file format: auto detect if unknown */
+    SQFILE *dbfp; /* sequence file descriptor */
+    char *cur_seq;
+    SQINFO cur_sqinfo;
+    int iSeqIdx; /* sequence counter */
+    int iSeqPos; /* sequence string position counter */
+    
+    assert(NULL!=seqfile);
+
+    
+    /* Try to work around inability to autodetect from a pipe or .gz:
+     * assume FASTA format
+     */
+    if (SQFILE_UNKNOWN == fmt  &&
+        (Strparse("^.*\\.gz$", seqfile, 0) || strcmp(seqfile, "-") == 0)) {
+        fmt = SQFILE_FASTA;
+    }
+  
+    /* Using squid routines to read input. taken from seqstat_main.c. we don't
+     * know if input is aligned, so we use SeqfileOpen instead of MSAFileOpen
+     * etc. NOTE this also means we discard some information, e.g. when
+     * reading from and writing to a stockholm file, all extra MSA
+     * info/annotation will be lost.
+     *
+     */
+
+    if (NULL == (dbfp = SeqfileOpen(seqfile, fmt, NULL))) {
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "Failed to open sequence file %s for reading", seqfile);
+        return -1;
+    }
+
+    
+    /* FIXME squid's ReadSeq() will exit with fatal error if format is
+     * unknown. This will be a problem for a GUI. Same is true for many squid
+     * other functions.
+     *
+     * The original squid:ReadSeq() dealigns sequences on input. We
+     * use a patched version.
+     *
+     */
+    while (ReadSeq(dbfp, dbfp->format,
+                   &cur_seq,
+                   &cur_sqinfo)) {
+
+        if (prMSeq->nseqs+1>iMaxNumSeq) {
+            Log(&rLog, LOG_ERROR, "Maximum number of sequences (=%d) exceeded after reading sequence '%s' from '%s'",
+                  iMaxNumSeq, cur_sqinfo.name, seqfile);
+            return -1;
+        }
+        if ((int)strlen(cur_seq)>iMaxSeqLen) {
+            Log(&rLog, LOG_ERROR, "Sequence '%s' has %d residues and is therefore longer than allowed (max. sequence length is %d)",
+                  cur_sqinfo.name, strlen(cur_seq), iMaxSeqLen);
+            return -1;
+        }
+            
+        /* FIXME: use modified version of AddSeq() that allows handing down SqInfo
+         */
+
+        prMSeq->seq =  (char **)
+            CKREALLOC(prMSeq->seq, (prMSeq->nseqs+1) * sizeof(char *));
+        prMSeq->seq[prMSeq->nseqs] = CkStrdup(cur_seq);
+        
+
+        prMSeq->sqinfo =  (SQINFO *)
+            CKREALLOC(prMSeq->sqinfo, (prMSeq->nseqs+1) * sizeof(SQINFO));
+        SeqinfoCopy(&prMSeq->sqinfo[prMSeq->nseqs], &cur_sqinfo);
+
+#ifdef TRACE
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "seq no %d: seq = %s", prMSeq->nseqs, prMSeq->seq[prMSeq->nseqs]);
+        LogSqInfo(&prMSeq->sqinfo[prMSeq->nseqs]);
+#endif
+        /* always guess type from first seq. use squid function and
+         * convert value
+         */
+        if (0 == prMSeq->nseqs) {
+            int type = Seqtype(prMSeq->seq[prMSeq->nseqs]);
+            switch (type)  {
+            case kDNA:
+                prMSeq->seqtype = SEQTYPE_DNA;
+                break;
+            case kRNA:
+                prMSeq->seqtype = SEQTYPE_RNA;
+                break;
+            case kAmino:
+                prMSeq->seqtype = SEQTYPE_PROTEIN;
+                break;
+            case kOtherSeq:
+                prMSeq->seqtype = SEQTYPE_UNKNOWN;
+                break;
+            default:
+                Log(&rLog, LOG_FATAL, "Internal error in %s", __FUNCTION__);
+            }
+
+            /* override with given sequence type but check with
+             * automatically detected type and warn if necessary
+             */
+            if (SEQTYPE_UNKNOWN != seqtype) {
+                if (prMSeq->seqtype != seqtype) { 
+                    Log(&rLog, LOG_WARN, "Overriding automatically determined seq-type %s to %s as requested",
+                         SeqTypeToStr(prMSeq->seqtype), SeqTypeToStr(seqtype));
+                    prMSeq->seqtype = seqtype;
+                }
+            }
+            /* if type could not be determined and was not set return error */
+            if (SEQTYPE_UNKNOWN == seqtype && SEQTYPE_UNKNOWN == prMSeq->seqtype) {
+                Log(&rLog, LOG_ERROR, "Couldn't guess sequence type from first sequence");
+                FreeSequence(cur_seq, &cur_sqinfo);        
+                SeqfileClose(dbfp);
+                return -1;
+            }
+        }
+
+        Log(&rLog, LOG_DEBUG, "seq-no %d: type=%s name=%s len=%d seq=%s",
+             prMSeq->nseqs, SeqTypeToStr(prMSeq->seqtype),
+             prMSeq->sqinfo[prMSeq->nseqs].name, prMSeq->sqinfo[prMSeq->nseqs].len,
+             prMSeq->seq[prMSeq->nseqs]);
+        
+        /* FIXME IPUAC and/or case conversion? If yes see
+         * corresponding squid functions. Special treatment of
+         * Stockholm tilde-gaps for ktuple code?
+         */
+
+        prMSeq->nseqs++;
+
+        FreeSequence(cur_seq, &cur_sqinfo);        
+    }
+    SeqfileClose(dbfp);
+
+#if ALLOW_ONLY_PROTEIN
+    if (SEQTYPE_PROTEIN != prMSeq->seqtype) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Sequence type is %s. %s only works on protein.",
+              SeqTypeToStr(prMSeq->seqtype), PACKAGE_NAME);
+    }
+#endif
+    
+    /* Check if sequences are aligned */
+    prMSeq->aligned = SeqsAreAligned(prMSeq);
+
+    
+    /* keep original sequence as copy and convert "working" sequence
+     *
+     */
+    prMSeq->orig_seq = (char**) CKMALLOC(prMSeq->nseqs * sizeof(char *));
+    for (iSeqIdx=0; iSeqIdx<prMSeq->nseqs; iSeqIdx++) {
+
+        prMSeq->orig_seq[iSeqIdx] = CkStrdup(prMSeq->seq[iSeqIdx]);
+
+        
+        /* convert unknown characters according to set seqtype
+         * be conservative, i.e. don't allow any fancy ambiguity
+         * characters to make sure that ktuple code etc. works.
+         */
+
+        /* first on the fly conversion between DNA and RNA
+         */
+        if (prMSeq->seqtype==SEQTYPE_DNA)
+            ToDNA(prMSeq->seq[iSeqIdx]);
+        if (prMSeq->seqtype==SEQTYPE_RNA)
+            ToRNA(prMSeq->seq[iSeqIdx]);
+        
+        /* then check of each character
+         */
+        for (iSeqPos=0; iSeqPos<(int)strlen(prMSeq->seq[iSeqIdx]); iSeqPos++) {
+            char *res = &(prMSeq->seq[iSeqIdx][iSeqPos]);
+            if (isgap(*res))
+                continue;
+            
+            if (prMSeq->seqtype==SEQTYPE_PROTEIN) {
+                if (NULL == strchr(AMINO_ALPHABET, toupper(*res))) {
+                    *res = AMINOACID_ANY;
+                }
+            } else if (prMSeq->seqtype==SEQTYPE_DNA) {                    
+                if (NULL == strchr(DNA_ALPHABET, toupper(*res))) {
+                    *res = NUCLEOTIDE_ANY;
+                }
+            } else if (prMSeq->seqtype==SEQTYPE_RNA) {
+                if (NULL == strchr(RNA_ALPHABET, toupper(*res))) {
+                    *res = NUCLEOTIDE_ANY;
+                }
+            }
+        }
+    }
+
+    
+    prMSeq->filename = CkStrdup(seqfile);
+    Log(&rLog, LOG_INFO, "Read %d sequences (type: %s) from %s",
+         prMSeq->nseqs, SeqTypeToStr(prMSeq->seqtype), prMSeq->filename);
+
+    return 0;
+}
+/***   end: ReadSequences   ***/
+
+
+/**
+ * @brief allocate and initialise new mseq_t
+ *
+ * @param[out] prMSeq
+ * newly allocated and initialised mseq_t
+ *
+ * @note caller has to free by calling FreeMSeq()
+ *
+ * @see FreeMSeq
+ *
+ */
+void
+NewMSeq(mseq_t **prMSeq)
+{
+    *prMSeq = (mseq_t *) CKMALLOC(1 * sizeof(mseq_t));
+
+    (*prMSeq)->nseqs = 0;
+       (*prMSeq)->seq = NULL;
+       (*prMSeq)->orig_seq = NULL;
+       (*prMSeq)->seqtype = SEQTYPE_UNKNOWN;
+       (*prMSeq)->sqinfo = NULL;
+       (*prMSeq)->filename = NULL;
+}
+/***   end: NewMSeq   ***/
+
+
+
+/**
+ * @brief copies an mseq structure
+ *
+ * @param[out] prMSeqDest_p
+ * Copy of mseq structure
+ * @param[in]  prMSeqSrc
+ * Source mseq structure to copy
+ *
+ * @note caller has to free copy by calling FreeMSeq()
+ *
+ */
+void
+CopyMSeq(mseq_t **prMSeqDest_p, mseq_t *prMSeqSrc)
+{
+    int i;
+    assert(prMSeqSrc != NULL && prMSeqDest_p != NULL);
+    
+    NewMSeq(prMSeqDest_p);
+    
+    (*prMSeqDest_p)->nseqs = prMSeqSrc->nseqs;
+    (*prMSeqDest_p)->seqtype = prMSeqSrc->seqtype;
+    if (prMSeqSrc->filename!=NULL) {
+        (*prMSeqDest_p)->filename = CkStrdup(prMSeqSrc->filename);
+    }
+
+    (*prMSeqDest_p)->seq =  (char **)
+        CKMALLOC((*prMSeqDest_p)->nseqs * sizeof(char *));
+    (*prMSeqDest_p)->orig_seq =  (char **)
+        CKMALLOC((*prMSeqDest_p)->nseqs * sizeof(char *));
+    (*prMSeqDest_p)->sqinfo =  (SQINFO *)
+        CKMALLOC((*prMSeqDest_p)->nseqs * sizeof(SQINFO));
+    
+
+        
+    for (i=0; i<(*prMSeqDest_p)->nseqs; i++) {
+        (*prMSeqDest_p)->seq[i] = CkStrdup(prMSeqSrc->seq[i]);
+        (*prMSeqDest_p)->orig_seq[i] = CkStrdup(prMSeqSrc->orig_seq[i]);
+        SeqinfoCopy(&(*prMSeqDest_p)->sqinfo[i], &prMSeqSrc->sqinfo[i]);
+    }
+}
+/***   end: CopyMSeq   ***/
+
+
+
+/**
+ * @brief
+ *
+ * @param[in] seqname
+ * The sequence name to search for
+ * @param[in] mseq
+ * The multiple sequence structure to search in
+ *
+ * @return -1 on failure, sequence index of matching name otherwise
+ *
+ * @warning If sequence name happens to be used twice, only the first
+ * one will be reported back
+ * 
+ */    
+int
+FindSeqName(char *seqname, mseq_t *mseq)
+{
+    int i; /* aux */
+
+    assert(NULL!=mseq);
+
+    for (i=0; i<mseq->nseqs; i++) {
+        if (STR_EQ(mseq->sqinfo[i].name, seqname)) {
+            return i;
+        }
+    }
+    
+    return -1;
+}
+/***   end: FindSeqName()   ***/
+
+    
+/**
+ * @brief Frees an mseq_t and it's members and zeros all members
+ *
+ * @param[in] mseq mseq_to to free
+ *
+ * @note use in conjunction with NewMSeq()
+ * @see new_mseq
+ */
+void
+FreeMSeq(mseq_t **mseq)
+{
+    int i;
+    
+    if (NULL==(*mseq)) {
+        return;
+    }
+        
+       if ((*mseq)->filename) {
+        (*mseq)->filename = CKFREE((*mseq)->filename);
+    }
+
+    for (i=0; i<(*mseq)->nseqs; i++) {
+        FreeSequence((*mseq)->seq[i], &(*mseq)->sqinfo[i]);
+        CKFREE((*mseq)->orig_seq[i]);
+    }
+    if ((*mseq)->seq) {
+        CKFREE((*mseq)->seq);
+    }
+    if ((*mseq)->orig_seq) {  /* FIXME (FS): only ptr to ptr freed, actual sequences NOT freed*/
+        CKFREE((*mseq)->orig_seq);
+    }
+    if ((*mseq)->sqinfo) {
+        CKFREE((*mseq)->sqinfo);
+    }
+
+       (*mseq)->seqtype = SEQTYPE_UNKNOWN;
+       (*mseq)->nseqs = 0;
+
+    CKFREE((*mseq));
+}
+/***   end: FreeMSeq   ***/
+
+
+/**
+ * @brief Write alignment to file.
+ *
+ * @param[in] mseq
+ * The mseq_t struct containing the aligned sequences
+ * @param[in] pcAlnOutfile
+ * The name of the output file
+ * @param[in] outfmt
+ * The alignment output format (defined in squid.h)
+ *
+ * @return Non-zero on error
+ *
+ * @note We create a temporary squid MSA struct in here because we never
+ * use it within clustal. We might be better of using the old clustal
+ * output routines instead.
+ * 
+ */    
+int
+WriteAlignment(mseq_t *mseq, const char *pcAlnOutfile, int outfmt)
+{
+    int i; /* aux */
+    MSA *msa; /* squid's alignment structure */
+    FILE *pfOut = NULL;
+    int key; /* MSA struct internal index for sequence */
+    int alen; /* alignment length */
+    bool use_stdout;
+    
+    assert(mseq!=NULL);
+
+    if (MSAFILE_UNKNOWN == outfmt) {
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "Unknown output format chosen");
+        return -1;
+    }
+
+    if (NULL == pcAlnOutfile) {
+        pfOut = stdout;
+        use_stdout = TRUE;
+    } else {
+        use_stdout = FALSE;
+        if (NULL == (pfOut = fopen(pcAlnOutfile, "w"))) {
+            Log(&rLog, LOG_ERROR, "Could not open file %s for writing", pcAlnOutfile);
+            return -1;
+        }
+    }
+    
+
+    /* derive alignment length from first seq */
+    alen = strlen(mseq->seq[0]);
+    
+    msa  = MSAAlloc(mseq->nseqs, alen);
+
+    /* basic structure borrowed code from squid-1.9g/a2m.c:ReadA2M()
+     * we actually create a copy of mseq. keeping the pointers becomes
+     * messy when calling MSAFree()
+     */
+    for (i=0; i<mseq->nseqs; i++) {
+        char *this_name = mseq->sqinfo[i].name; /* mseq sequence name */
+        char *this_seq = mseq->seq[i]; /* mseq sequence */
+        SQINFO *this_sqinfo = &mseq->sqinfo[i]; /* mseq sequence name */
+
+        key = GKIStoreKey(msa->index, this_name);
+        msa->sqname[key] = sre_strdup(this_name, strlen(this_name));
+
+        /* setting msa->sqlen[idx] and msa->aseq[idx] */
+        msa->sqlen[key] = sre_strcat(&(msa->aseq[key]), msa->sqlen[key],
+                                     this_seq, strlen(this_seq));
+        
+        if (this_sqinfo->flags & SQINFO_DESC) {
+            /* FIXME never get here ... */
+            MSASetSeqDescription(msa, key, this_sqinfo->desc);
+        }           
+        /* FIXME extend this by copying more stuff according to flags.
+         * See MSAFileRead() in msa.c and used functions there
+         *
+         * Problem is that we never parse MSA information as we use squid'sSeqFile
+         */
+
+        msa->nseq++;
+    }    
+
+
+    /* FIXME Would like to, but can't use MSAVerifyParse(msa) here, as it
+     * will die on error. Need to implement our own version
+     */
+#if 0
+    MSAVerifyParse(msa);
+#endif
+
+    /* The below is copy of MSAFileWrite() which originally only writes to stdout.
+     */
+
+    /* Be sloppy and make a2m and fasta the same. same for vienna (which is
+       the same). same same. can can. boleh boleh */
+    if (outfmt==SQFILE_FASTA)
+        outfmt = MSAFILE_A2M;
+    if (outfmt==SQFILE_VIENNA)
+        outfmt = MSAFILE_VIENNA;
+    
+    switch (outfmt) {
+    case MSAFILE_A2M:
+        WriteA2M(pfOut, msa, 0);
+        break;
+    case MSAFILE_VIENNA:
+        WriteA2M(pfOut, msa, 1);
+        break;
+    case MSAFILE_CLUSTAL:
+        WriteClustal(pfOut, msa);
+        break;
+    case MSAFILE_MSF:
+        WriteMSF(pfOut, msa);
+        break;
+    case MSAFILE_PHYLIP:
+        WritePhylip(pfOut, msa);
+        break;
+    case MSAFILE_SELEX:
+        WriteSELEX(pfOut, msa);
+        break;
+    case MSAFILE_STOCKHOLM:
+        WriteStockholm(pfOut, msa);
+        break;
+    default:
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "internal error: %s",
+              "invalid output format should have been detected before");
+    }
+
+    if (use_stdout == FALSE) {
+        (void) fclose(pfOut);
+        Log(&rLog, LOG_INFO,
+             "Alignment written to %s", pcAlnOutfile);
+    }
+    MSAFree(msa);
+    
+    return 0; 
+}
+/***   end of WriteAlignment()   ***/
+
+
+/**
+ * @brief Removes all gap-characters from a sequence.
+ *
+ * @param[out] seq
+ * Sequence to dealign
+ *
+ * @note seq will not be reallocated
+ */    
+void
+DealignSeq(char *seq)
+{
+    int aln_pos;
+    int dealn_pos;
+
+    assert(seq!=NULL);
+
+    dealn_pos=0;
+    for (aln_pos=0; aln_pos<(int)strlen(seq); aln_pos++) {
+        if (! isgap(seq[aln_pos])) {
+            seq[dealn_pos++] = seq[aln_pos];
+        }
+    }
+    seq[dealn_pos] = '\0';
+
+    return; 
+}
+/***   end: DealignSeq()   ***/
+
+
+
+/**
+ * @brief Sort sequences by length
+ *
+ * @param[out] prMSeq
+ * mseq to sort by length
+ * @param[out] cOrder
+ * Sorting order. 'd' for descending, 'a' for ascending.
+ *
+ * 
+ */    
+void
+SortMSeqByLength(mseq_t *prMSeq, const char cOrder)
+{
+    int *piSeqLen;
+    int *piOrder;
+    int iSeqIndex;
+    mseq_t *prMSeqCopy = NULL;
+
+    assert('a'==cOrder || 'd'==cOrder);
+
+    Log(&rLog, LOG_WARN, 
+        "FIXME: This modifies sequence ordering. Might not be what user wants. Will change output order as well");
+
+    piSeqLen = (int *) CKMALLOC(prMSeq->nseqs * sizeof(int));
+    piOrder = (int *) CKMALLOC(prMSeq->nseqs * sizeof(int));
+    for (iSeqIndex=0; iSeqIndex<prMSeq->nseqs; iSeqIndex++) {
+        piSeqLen[iSeqIndex] = prMSeq->sqinfo[iSeqIndex].len;
+    }
+    QSortAndTrackIndex(piOrder, piSeqLen, prMSeq->nseqs, cOrder, FALSE);
+    
+    CopyMSeq(&prMSeqCopy, prMSeq);
+    for (iSeqIndex=0; iSeqIndex<prMSeq->nseqs; iSeqIndex++) {    
+        /* copy mseq entry
+         */
+        CKFREE(prMSeq->seq[iSeqIndex]);
+        prMSeq->seq[iSeqIndex] = CkStrdup(prMSeqCopy->seq[piOrder[iSeqIndex]]);
+        
+        CKFREE(prMSeq->orig_seq[iSeqIndex]);
+        prMSeq->orig_seq[iSeqIndex] = CkStrdup(prMSeqCopy->orig_seq[piOrder[iSeqIndex]]);
+        
+        SeqinfoCopy(&prMSeq->sqinfo[iSeqIndex], &prMSeqCopy->sqinfo[piOrder[iSeqIndex]]);
+    }
+
+    CKFREE(piSeqLen);
+    CKFREE(piOrder);
+    FreeMSeq(&prMSeqCopy);
+    
+    return; 
+}
+/***   end: SortMSeqByLength()   ***/
+
+
+
+/**
+ * @brief Checks if sequences in given mseq structure are aligned. By
+ * definition this is only true, if sequences are of the same length
+ * and at least one gap was found
+ *
+ * @param[in] prMSeq
+ * Sequences to check
+ *
+ * @return TRUE if sequences are aligned, FALSE if not
+ *
+ * 
+ */    
+bool
+SeqsAreAligned(mseq_t *prMSeq)
+{
+    bool bGapFound, bSameLength;
+    int iSeqIdx; /* sequence counter */
+    int iSeqPos; /* sequence string position counter */
+
+    /* Special case of just one sequence:
+     * it is arguable that a single sequence qualifies as a profile, 
+     * however, this is what we do at the first stage of MSA anyway. 
+     * So, if there is only 1 sequence it is a 1-profile 
+     * and it is (defined to be) aligned (with itself). FS, r240 -> 241
+     */
+    if (1 == prMSeq->nseqs) {
+        return TRUE;
+    }
+
+
+    /* Check if sequences are aligned. For being aligned, the
+     * sequences have to be of same length (bSameLength) and at least
+     * one of them has to contain at least one gap (bGapFound)
+     */
+    bGapFound = FALSE;
+    bSameLength = TRUE;
+    for (iSeqIdx=0; iSeqIdx<prMSeq->nseqs; iSeqIdx++) {
+        if (FALSE == bGapFound) {
+            for (iSeqPos=0;
+                 iSeqPos<prMSeq->sqinfo[iSeqIdx].len && false==bGapFound;
+                 iSeqPos++) {
+                if  (isgap(prMSeq->seq[iSeqIdx][iSeqPos])) {
+                    bGapFound = TRUE;
+                    /* skip rest of sequence */
+                    break;
+                }
+            }
+        }
+
+        if (iSeqIdx>0) {
+            if (prMSeq->sqinfo[iSeqIdx].len != prMSeq->sqinfo[iSeqIdx-1].len) {
+                bSameLength = FALSE;
+                /* no need to continue search, bSameLength==FALSE is
+                 * sufficient condition */
+                break;
+            }
+        }
+    }
+#if 0
+    Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "bSameLength=%d bGapFound=%d", bSameLength, bGapFound);
+#endif
+    if (TRUE == bSameLength && TRUE == bGapFound) {
+        return TRUE;
+    } else {
+        return FALSE;
+    }   
+
+}
+/***   end: SeqsAreAligned()   ***/
+
+
+
+/**
+ * @brief Creates a new sequence entry and appends it to an existing mseq
+ * structure.
+ *
+ * @param[out] prMSeqDest_p
+ * Already existing and initialised mseq structure
+ * @param[in] pcSeqName
+ * sequence name of the sequence to add
+ * @param[in] pcSeqRes
+ * the actual sequence (residues) to add
+ * 
+ * @note Don't forget to update the align and type flag if necessary!
+ *
+ * FIXME allow adding of more features
+ *
+ */    
+void
+AddSeq(mseq_t **prMSeqDest_p, char *pcSeqName, char *pcSeqRes)
+{
+    int iSeqIdx = 0;
+    SQINFO sqinfo;
+
+    assert(NULL != prMSeqDest_p);
+    assert(NULL != pcSeqName);
+    assert(NULL != pcSeqRes);
+
+    iSeqIdx = (*prMSeqDest_p)->nseqs;
+
+    (*prMSeqDest_p)->seq =  (char **)
+        CKREALLOC((*prMSeqDest_p)->seq, (iSeqIdx+1) * sizeof(char *));
+    (*prMSeqDest_p)->orig_seq =  (char **)
+        CKREALLOC((*prMSeqDest_p)->orig_seq, (iSeqIdx+1) * sizeof(char *));
+    (*prMSeqDest_p)->sqinfo =  (SQINFO *)
+        CKREALLOC((*prMSeqDest_p)->sqinfo, (iSeqIdx+1) * sizeof(SQINFO));
+
+
+    (*prMSeqDest_p)->seq[iSeqIdx] = CkStrdup(pcSeqRes);
+    (*prMSeqDest_p)->orig_seq[iSeqIdx] = CkStrdup(pcSeqRes);
+
+    /* should probably get ri of SqInfo altogether in the long run and just
+       transfer the intersting members into our own struct
+     */
+    sqinfo.flags = 0; /* init */
+
+    sqinfo.len = strlen(pcSeqRes);
+    sqinfo.flags |= SQINFO_LEN;
+
+    /* name is an array of SQINFO_NAMELEN length */
+    strncpy(sqinfo.name, pcSeqName, SQINFO_NAMELEN-1);
+    sqinfo.name[SQINFO_NAMELEN-1] = '\0';
+    sqinfo.flags |= SQINFO_NAME;
+    
+    SeqinfoCopy(&(*prMSeqDest_p)->sqinfo[iSeqIdx],
+                & sqinfo);
+
+    (*prMSeqDest_p)->nseqs++;
+
+    return; 
+}
+/* end of  AddSeq() */
+
+
+
+
+/**
+ * @brief Appends an mseq structure to an already existing one.
+ * filename will be left untouched.
+ *
+ * @param[in] prMSeqDest_p
+ * MSeq structure to which to append to
+ * @param[out] prMSeqToAdd
+ * MSeq structure which is to append
+ *
+ * 
+ */    
+void
+JoinMSeqs(mseq_t **prMSeqDest_p, mseq_t *prMSeqToAdd)
+{
+    int iSrcSeqIndex;
+    int iNewNSeq;
+    
+    assert(NULL != prMSeqDest_p && NULL != (*prMSeqDest_p));
+    assert(NULL != prMSeqToAdd);
+    
+    if (0 == prMSeqToAdd->nseqs) {
+        Log(&rLog, LOG_WARN, "Was asked to add 0 sequences");
+        return;
+    }
+    
+    /* warn on seqtype mismatch and keep original seqtype */
+    if ((*prMSeqDest_p)->seqtype != prMSeqToAdd->seqtype) {
+        Log(&rLog, LOG_WARN, "Joining sequences of different type");
+    }
+    
+    /* leave filename as it is */
+
+    /*
+     * copy new seq/s, orig_seq/s, sqinfo/s
+     */
+    iNewNSeq = (*prMSeqDest_p)->nseqs + prMSeqToAdd->nseqs;
+    
+    (*prMSeqDest_p)->seq =  (char **)
+        CKREALLOC((*prMSeqDest_p)->seq, iNewNSeq * sizeof(char *));
+    
+    (*prMSeqDest_p)->orig_seq =  (char **)
+        CKREALLOC((*prMSeqDest_p)->orig_seq, iNewNSeq * sizeof(char *));
+    
+    (*prMSeqDest_p)->sqinfo =  (SQINFO *)
+        CKREALLOC((*prMSeqDest_p)->sqinfo, iNewNSeq * sizeof(SQINFO));
+    
+    
+    for (iSrcSeqIndex=0; iSrcSeqIndex < prMSeqToAdd->nseqs; iSrcSeqIndex++) {
+        int iDstSeqIndex = (*prMSeqDest_p)->nseqs++;
+        
+        (*prMSeqDest_p)->seq[iDstSeqIndex] =
+            CkStrdup(prMSeqToAdd->seq[iSrcSeqIndex]);
+        
+        (*prMSeqDest_p)->orig_seq[iDstSeqIndex] =
+            CkStrdup(prMSeqToAdd->orig_seq[iSrcSeqIndex]);
+        
+        SeqinfoCopy(&(*prMSeqDest_p)->sqinfo[iDstSeqIndex],
+                    & prMSeqToAdd->sqinfo[iSrcSeqIndex]);
+    }
+
+    (*prMSeqDest_p)->nseqs = iNewNSeq;
+    
+    (*prMSeqDest_p)->aligned = SeqsAreAligned(*prMSeqDest_p);
+    
+    return; 
+}
+/***   end: JoinMSeqs()   ***/
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/seq.h b/binaries/src/clustalo/src/clustal/seq.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..af2c98a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,164 @@
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: seq.h 234 2011-04-13 05:26:16Z andreas $
+ */
+
+#ifndef CLUSTALO_SEQ_H
+#define CLUSTALO_SEQ_H
+
+#include "squid/squid.h"
+
+#include "util.h"
+
+
+/**
+ * int-encoded sequence types.
+ * these are in sync with squid's seqtypes and only used for
+ * convenience here
+ */
+#define SEQTYPE_UNKNOWN kOtherSeq
+#define SEQTYPE_DNA kDNA
+#define SEQTYPE_RNA kRNA
+#define SEQTYPE_PROTEIN kAmino
+
+/* Alphabets are defined in squid.h: AMINO_ALPHABET, DNA_ALPHABET,
+ * RNA_ALPHABET (all uppercase)
+ */
+#define AMINOACID_ANY 'X'
+#define NUCLEOTIDE_ANY 'N'
+
+/**
+ * @brief structure for storing multiple sequences
+ *
+ */
+typedef struct {
+    int nseqs; /**< number of sequences */
+    int seqtype; /**< sequence type */
+    char *filename; /**< input file / source of sequences */
+    bool aligned; /**< true if all seqs are same length **/
+    
+    /** (working) sequence residues as char pointer.
+     * range for first index: 0--nseq-1.
+     * changes during alignment.
+     */
+    char **seq;
+    
+    /** original sequence residues as char pointer.
+     * range for first index: 0--nseq-1.
+     * only set during input
+     */
+    char **orig_seq;
+    
+    /**
+     * @brief Squid's sequence info structure.
+     * Index range: 0--nseq-1.
+     *
+     * extra data are available:
+     * int flags;
+     *
+     * name:
+     * char name[SQINFO_NAMELEN];
+     *
+     * database identifier:
+     * char id[SQINFO_NAMELEN];
+     *
+     * database accession no:
+     * char acc[SQINFO_NAMELEN];
+     *
+     * description:      
+     * char desc[SQINFO_DESCLEN];
+     *
+     * length of this seq, incl gaps in our case!:
+     * int len;
+     *
+     * start position on source seq (valid range: 1..len):
+     * int start;
+     *
+     * end position on source seq (valid range: 1..len):
+     * int stop;
+     *
+     * original length of source seq:
+     * int olen;
+     *
+     * kRNA, kDNA, kAmino, or kOther:
+     * int type;
+     *
+     * secondary structure string (index range: 0..len-1):
+     * char *ss;
+     *
+     * percent side chain surface access (index range: 0..len-1):
+     * char *sa;                  
+     * 
+     * @see squid.h
+     * @see LogSqInfo()
+     *
+     */
+    SQINFO *sqinfo; 
+} mseq_t;
+
+extern void
+AliStat(mseq_t *prMSeq, bool bSampling, bool bReportAll);
+
+extern void
+AddSeq(mseq_t **prMSeqDest_p, char *pcSeqName, char *pcSeqRes);
+
+extern void
+SeqSwap(mseq_t *mseq, int i, int j);
+
+extern void
+DealignMSeq(mseq_t *mseq);
+
+extern const char *
+SeqTypeToStr(int seqtype);
+
+extern int
+ReadSequences(mseq_t *prMSeq_p, char *pcSeqFile, int iSeqType,
+  int iMaxNumSeq, int iMaxSeqLen);
+
+extern void
+NewMSeq(mseq_t **mseq);
+
+extern void
+FreeMSeq(mseq_t **mseq);
+
+extern void
+CopyMSeq(mseq_t **prMSeqDest_p, mseq_t *prMSeqSrc);
+
+extern void
+LogSqInfo(SQINFO *sqinfo);
+
+extern int
+FindSeqName(char *seqname, mseq_t *mseq);
+
+extern int
+WriteAlignment(mseq_t *mseq, const char *aln_outfile, int msafile_format);
+
+extern void
+DealignSeq(char *seq);
+
+extern void
+ShuffleMSeq(mseq_t *prMSeq);
+
+extern void
+SortMSeqByLength(mseq_t *prMSeq, const char cOrder);
+
+void
+JoinMSeqs(mseq_t **prMSeqDest_p, mseq_t *prMSeqToAdd);
+
+bool
+SeqsAreAligned(mseq_t *prMSeq);
+
+#endif
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/symmatrix.c b/binaries/src/clustalo/src/clustal/symmatrix.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..169ee91
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,496 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4;  indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: symmatrix.c 230 2011-04-09 15:37:50Z andreas $
+ *
+ *
+ * Functions for symmetric (square) matrices including diagonal.
+ * supports the notion of non-square sub-matrices of a symmetric
+ * matrix, i.e. where |rows|<|cols|.
+ *
+ * FIXME Allocating one big chunk of memory is probably
+ * much faster and also easier to maintain.
+ */
+
+#ifdef HAVE_CONFIG_H
+#include "config.h"
+#endif
+
+#include <stdlib.h>
+#include <stdio.h>
+#include <ctype.h>
+#include <string.h>
+#include <assert.h>
+#include "symmatrix.h"
+
+
+#if 0
+#define DEBUG
+#endif
+
+#define MAX_BUF_SIZE 65536
+
+/**
+ * @brief Allocates symmat and its members and initialises them. Data
+ * will be calloced, i.e. initialised with zeros.
+ *
+ * @param[out] symmat
+ * newly allocated and initialised symmatrix instance
+ * @param[in] nrows
+ * number of rows
+ * @param[in]
+ * ncols number of columns
+ *
+ * @return: non-zero on error
+ *
+ * @see FreeSymMatrix()
+ *
+ * @note: symmat data will be of fake shape nrows x ncols
+ *
+ */
+int
+NewSymMatrix(symmatrix_t **symmat, int nrows, int ncols)
+{
+    int i; /* aux */
+    
+    assert(nrows>0 && ncols>0 && ncols>=nrows);
+    assert(ncols>0 && ncols>=nrows);
+
+    (*symmat) = (symmatrix_t *) malloc(1*sizeof(symmatrix_t));
+    if (NULL == (*symmat)) {
+        fprintf(stderr, "Couldn't allocate memory (%s|%s)\n",
+                __FILE__, __FUNCTION__);
+        return -1;
+    }
+    
+    (*symmat)->data = (double **) malloc(nrows * sizeof(double *));
+    if (NULL == (*symmat)->data) {
+        fprintf(stderr, "Couldn't allocate memory (%s|%s)\n",
+                __FILE__, __FUNCTION__);
+        free(*symmat);
+        *symmat = NULL;
+        return -1;
+    }
+    for (i=0; i<nrows; i++) {
+        (*symmat)->data[i] = (double *) calloc((ncols-i), sizeof(double));
+        if (NULL == (*symmat)->data[i]) {
+            fprintf(stderr, "Couldn't allocate memory (%s|%s)\n",
+                    __FILE__, __FUNCTION__); 
+            while (0!=--i) {
+                free((*symmat)->data[i]);
+            }           
+            free((*symmat)->data);
+            free(*symmat);
+            *symmat = NULL;
+            return -1;
+        }
+#ifdef TRACE
+        fprintf(stderr, "DEBUG(%s|%s():%d) initialising symmat with the number of the beast\n",
+                __FILE__, __FUNCTION__, __LINE__);
+        {
+            int j;
+            for (j=0; j<ncols-i; j++) {
+                (*symmat)->data[i][j] = -666.0;
+            }
+
+        }
+#endif
+    }
+    
+    (*symmat)->nrows = nrows;
+    (*symmat)->ncols = ncols;
+
+    return 0;
+}
+/***   end: new_symmatrix   ***/
+
+
+/**
+ * @brief Sets symmat data of given index to given value
+ *
+ * @param[in] symmat
+ * symmatrix_t whose data is to be set
+ * @param[in] i
+ * first index 
+ * @param[in] j
+ * second index 
+ * @param[in] value
+ * value used to set data point
+ *
+ * @see SymMatrixGetValue()
+ *
+ * @note This is a convenience function that checks index order.
+ *
+ */
+void
+SymMatrixSetValue(symmatrix_t *symmat, const int i, const int j, const double value)
+{
+    assert(NULL != symmat);
+
+    if (i<=j) {
+        assert(i < symmat->nrows && j < symmat->ncols);
+        symmat->data[i][j-i] = value;
+    } else {
+        assert(j < symmat->nrows && i < symmat->ncols);
+        symmat->data[j][i-j] = value;
+    }
+}
+/***   end: symmatrix_setvalue   ***/
+
+
+
+/**
+ * @brief Returns element of symmat corresponding to given indices
+ *
+ * @param[in] symmat
+ * symmatrix_t of question
+ * @param[in] i
+ * index i
+ * @param[in] j
+ * index j
+ *
+ * @return requested value
+ *
+ * @see SymMatrixSetValue()
+ *
+ * @note This is a convenience function that checks index order.
+ */
+double
+SymMatrixGetValue(symmatrix_t *symmat, const int i, const int j)
+{
+    assert(NULL != symmat);
+
+    if (i<=j) {
+        assert(i < symmat->nrows && j < symmat->ncols);
+        return symmat->data[i][j-i];
+    } else {
+        assert(j < symmat->nrows && i < symmat->ncols);
+        return symmat->data[j][i-j];
+    }
+}
+/***   end: symmatrix_getvalue   ***/
+
+
+
+
+
+/**
+ * @brief Returns a pointer to an element of symmat corresponding to
+ * given indices
+ *
+ * @param[out] val
+ * Value to be set
+ * @param[in] symmat
+ * symmatrix_t of question
+ * @param[in] i
+ * index i
+ * @param[in] j
+ * index j
+ *
+ * @return pointer to value
+ *
+ * @see SymMatrixGetValue()
+ *
+ * @note This is a convenience function that checks index order.
+ *
+ */
+void
+SymMatrixGetValueP(double **val, symmatrix_t *symmat,
+                   const int i, const int j)
+{
+    assert(NULL != symmat);
+    
+    if (i<=j) {
+        assert(i < symmat->nrows && j < symmat->ncols);
+        *val = &(symmat->data[i][j-i]);
+    } else {
+        assert(j < symmat->nrows && i < symmat->ncols);
+        *val = &(symmat->data[j][i-j]);
+    }
+}
+/***   end: symmatrix_getvaluep   ***/
+
+
+/**
+ * @brief Frees memory allocated by data members of symmat and symmat
+ * itself. 
+ *
+ * @param[in] symmat
+ * symmatrix_t to be freed
+ *
+ * @note Use in conjunction with NewSymMatrix()
+ *
+ * @see NewSymMatrix()
+ *
+ */
+void
+FreeSymMatrix(symmatrix_t **symmat)
+{
+    int i;
+    if (NULL != (*symmat)) {
+        if (NULL != (*symmat)->data) {
+            for (i=0; i<(*symmat)->nrows; i++) {
+                free((*symmat)->data[i]);
+            }
+            free((*symmat)->data);
+        }
+    }
+    free(*symmat);
+    *symmat = NULL;
+}
+/***   end: free_symmatrix   ***/
+
+
+
+/**
+ * @brief Print out a symmat in phylip style. Distances are printed on
+ * one line per sequence/object. Since we also support matrices with
+ * rows\<cols, the first line can also be nrows by ncolumns instead
+ * of just nrows
+ *
+ * @param[in] symmat
+ * the symmatrix_t to print
+ * @param[in] labels
+ * sequence/objects labels/names. must be at least of length symmat nrows
+ * @param[in] path
+ * filename or NULL. If NULL stdout will be used.
+ *
+ */
+void
+SymMatrixPrint(symmatrix_t *symmat, char **labels,  const char *path)
+{
+    FILE *fp = NULL;
+    int i, j; /* aux */
+    int max_label_len = 0;
+    
+    if (NULL==symmat || NULL==labels) {
+        fprintf(stderr,
+                "One of the provided arguments is empty or NULL (print_matrix)\n");
+        return;
+    }
+    if (NULL==path) {
+        fp = stdout;
+    } else {
+        if (NULL==(fp=fopen(path, "w"))) {
+            fprintf(stderr, "Couldn't open %s for writing.", path);
+            return;
+        }
+    }
+
+    /* find maximum label length for pretty printing
+     */
+    for (i=0; i<symmat->nrows; i++) {
+        int this_len;
+        assert(NULL != labels[i]);
+        this_len = strlen(labels[i]);
+        if (this_len>max_label_len)
+            max_label_len = this_len;
+    }
+
+    if (symmat->ncols==symmat->nrows) {
+        fprintf(fp, "%u\n", symmat->ncols);
+    } else {
+        /* this is not standard phylip, but necessary to indicate
+           seed matrices */
+        fprintf(fp, "%u x %u\n", symmat->nrows, symmat->ncols);
+    }
+    for (i=0; i<symmat->nrows; i++) {
+        /* phylip restriction is 10 characters. we don't care here
+         */
+        fprintf(fp, "%-*s", max_label_len, labels[i]);
+        /* we are lazy and do it like fastdist: write all distances
+         *  for one seq to one line
+         */
+        for (j=0; j<symmat->ncols; j++) {
+            fprintf(fp, " %f", SymMatrixGetValue(symmat, i, j));
+        }
+        fprintf(fp, "%s", "\n");
+    }
+    if (NULL != path) {
+        (void) fclose(fp);
+    } else {
+        (void) fflush(fp);
+    }
+}
+/***   end: SymMatrixPrint   ***/
+
+
+
+/**
+ *
+ * @brief Read a distance matrix in phylip format
+ *
+ * @param[in] pcFileIn
+ * distance matrix filename 
+ * @param[out] prSymMat_p
+ * the symmatrix_t. will be allocated here.
+ * @return:
+ * non-zero on error
+ *
+ * @note:
+ * FIXME untested code
+ */
+int
+SymMatrixRead(char *pcFileIn, symmatrix_t **prSymMat_p)
+{    
+    FILE *prFilePointer;
+    char *buf;
+    /* number of parsed sequences */
+    int iNParsedSeq = 0; 
+    /* number of parsed distances per sequence */
+    int iNParsedDists = 0;
+    /* total number of sequences/objects */
+    int iTotalNSeq = 0; 
+    int iRetCode = 0;
+
+    assert(NULL!=pcFileIn);
+
+    /* FIXME: test correctness and implement label checking */
+    fprintf(stderr, "WARNING: Reading of distance matrix from file not thoroughly tested!\n");
+    fprintf(stderr, "WARNING: Assuming same order of sequences in sequence file and distance matrix file (matching of labels not implemented)\n");
+
+    if (NULL == (buf = (char *) malloc(MAX_BUF_SIZE * sizeof(char)))) {
+        fprintf(stderr, "ERROR: couldn't allocate memory at %s:%s:%d\n",
+                __FILE__, __FUNCTION__, __LINE__);
+        return -1;
+    }
+    
+    if (NULL == (prFilePointer = fopen(pcFileIn, "r"))) {
+        fprintf(stderr, "ERROR: Couldn't open %s for reading\n", pcFileIn);
+        free(buf);
+        return -1;
+    }
+    
+    /* get number of sequences from first line and allocate memory for
+     * distance matrix
+     *
+     */
+    if (NULL == fgets(buf, MAX_BUF_SIZE, prFilePointer) ) {
+        fprintf(stderr, "Couldn't read first line from %s\n", pcFileIn);
+        iRetCode = -1;
+        goto closefile_and_freebuf;
+    }
+    if (strlen(buf)==MAX_BUF_SIZE-1) {
+        fprintf(stderr, "%s\n", "Looks like I couldn't read complete line. Wrong format (or too small MAX_BUF_SIZE)");
+        iRetCode = -1;
+        goto closefile_and_freebuf;
+    }
+    if (sscanf(buf, "%d", &iTotalNSeq)!=1) {
+        fprintf(stderr, "ERROR: couldn't parse number of sequences from first line of %s\n", pcFileIn); 
+        iRetCode = -1;
+        goto closefile_and_freebuf;
+    }
+
+#if TRACE
+    Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "iTotalNSeq parsed from %s is %d\n", pcFileIn, iTotalNSeq);
+#endif
+    
+    if (NewSymMatrix(prSymMat_p, iTotalNSeq, iTotalNSeq)) {
+        fprintf(stderr, "FATAL %s", "Memory allocation for distance matrix failed");
+        iRetCode = -1;
+        goto closefile_and_freebuf;
+    }
+
+
+    /* parse file line by line
+     *
+     */
+    while (NULL != fgets(buf, MAX_BUF_SIZE, prFilePointer)) {
+        char *szToken;
+        int is_newseq;
+
+        if (MAX_BUF_SIZE-1 == strlen(buf)) {
+            fprintf(stderr, "%s\n", "Looks like I couldn't read complete line. Wrong format (or too small MAX_BUF_SIZE)");
+            iRetCode = -1;
+            goto closefile_and_freebuf;
+        }
+
+#ifdef DEBUG
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Got line: %s\n", buf);
+#endif
+
+        /* new sequence label at beginning of line?
+         */
+        if (isblank(buf[0])) {
+            is_newseq = 0;
+        } else {
+            is_newseq = 1;
+        }
+
+        /* tokenise line and treat new sequence specially
+         */
+        szToken = strtok(buf, " \t");
+        if (is_newseq==1) {
+            iNParsedSeq++;
+            iNParsedDists=0;
+
+            /* if format is lower dimensional matrix then first
+             * sequence has no distances but might have newline
+             * character at it's end.
+             */
+            while (isspace(szToken[strlen(szToken)-1])) {
+                szToken[strlen(szToken)-1]='\0';
+            }
+            /* FIXME save label? */
+            szToken = strtok(NULL, " \t");
+        }
+        /* from here on it's only parsing of distances */
+        while (szToken != NULL) {
+            double dist;
+            iNParsedDists++;
+
+            /* only parse what's needed */
+            if (iNParsedDists!=iNParsedSeq) {
+                /* parse and store distance
+                 */
+                if (sscanf(szToken, "%lf", &dist)!=1) {
+                    fprintf(stderr, "Couldn't parse float from entry '%s'\n", szToken);
+                    iRetCode = -1;
+                    goto closefile_and_freebuf;
+                }
+#if TRACE
+                Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Parsed distance %d for seq %d = %f\n", iNParsedDists-1, iNParsedSeq-1, dist);
+#endif
+                SymMatrixSetValue(*prSymMat_p, iNParsedSeq-1, iNParsedDists-1, dist);
+                SymMatrixSetValue(*prSymMat_p, iNParsedDists-1, iNParsedSeq-1, dist);
+            }
+            szToken = strtok(NULL, " \t");
+        }        
+    }
+
+    if (iTotalNSeq!=iNParsedSeq) {
+        fprintf(stderr, "expected %d seqs, but only parsed %d\n", iTotalNSeq, iNParsedSeq);
+        iRetCode = -1;
+        goto closefile_and_freebuf;
+    }
+#if TRACE
+    for (i=0; i<iNParsedSeq; i++) {
+        int j;
+        for (j=0; j<iNParsedSeq; j++) {
+            Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "prSymMat_p[%d][%d]=%f\n", i, j, (*prSymMat_p)[i][j]);
+        }
+    }
+#endif
+
+closefile_and_freebuf:
+    fclose(prFilePointer);
+    free(buf);
+    
+    return iRetCode;
+}
+/***   end: SymMatrixRead   ***/
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/symmatrix.h b/binaries/src/clustalo/src/clustal/symmatrix.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..8f80922
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,80 @@
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: symmatrix.h 216 2011-03-19 10:11:53Z andreas $
+ */
+
+/**
+ * Functions for symmetric (square) matrices including diagonal.
+ *
+ * Supports the notion of non-square sub-matrices of a symmetric
+ * matrix, i.e. where |rows|<|cols| and the corresponding full matrix
+ * would be |cols|x|cols|
+ *
+ * Instead of making this one big chunk of memory we keep pointers to
+ * pointers, so that we can easily realloc (the project where this file
+ * originated from needed this for growing a "seed" matrix).
+ *
+ * FIXME Allocating one big chunk of memory is probably
+ * much faster and also easier to maintain.
+ * 
+ * 
+ */
+
+#ifndef CLUSTALO_SYMMATRIX_H
+#define CLUSTALO_SYMMATRIX_H
+
+
+/**
+ * @brief symmetric matrix structure
+ */
+typedef struct {
+    int nrows; /**< number of rows */
+    int ncols; /**< number of columns */
+    /**
+     * stored data
+     *
+     * @note indices range: [i][j-i] i<=j. use getvalue() and
+     * setvalue() instead of accessing directly
+     *
+     * @see SymMatrixGetValue(), SymMatrixSetValue()
+     */
+    double **data; 
+} symmatrix_t;
+
+
+
+extern int
+NewSymMatrix(symmatrix_t **symmat, const int nrows, const int ncols);
+
+extern void
+SymMatrixSetValue(symmatrix_t *symmat, const int i, const int j, const double value);
+
+extern double
+SymMatrixGetValue(symmatrix_t *symmat, const int i, const int j);
+
+extern void
+SymMatrixGetValueP(double **value, symmatrix_t *symmat, const int i, const int j);
+
+extern void
+FreeSymMatrix(symmatrix_t **symmat);
+
+extern void
+SymMatrixPrint(symmatrix_t *symmat, char **labels,  const char *path);
+
+extern int
+SymMatrixRead(char *pcFileIn, symmatrix_t **prSymMat_p);
+
+#endif
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/tree.c b/binaries/src/clustalo/src/clustal/tree.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..cd14b0d
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,234 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4;  indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: tree.c 230 2011-04-09 15:37:50Z andreas $
+ */
+
+#ifdef HAVE_CONFIG_H
+#include "config.h"
+#endif
+
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+#include <assert.h>
+
+#include "util.h"
+#include "log.h"
+#include "muscle_upgma.h"
+#include "tree.h"
+
+/**
+ *
+ * @brief Creates a UPGMA guide tree. This is a frontend function to
+ * the ported Muscle UPGMA code ().
+ *
+ * @param[out] tree
+ * created upgma tree. will be allocated here. use FreeMuscleTree()
+ * to free
+ * @param[in] labels
+ * pointer to nseq sequence names
+ * @param[in] distmat
+ * distance matrix
+ * @param[in] ftree
+ * optional: if non-NULL, tree will be written to this files
+ *
+ * @see FreeMuscleTree()
+ * @see MuscleUpgma2()
+ *
+ */
+void
+GuideTreeUpgma(tree_t **tree, char **labels,
+                symmatrix_t *distmat, char *ftree)
+{
+    linkage_t linkage = LINKAGE_AVG;
+    FILE *fp = NULL;
+
+    if (NULL != ftree) {
+        if (NULL == (fp=fopen(ftree, "w"))) {
+            Log(&rLog, LOG_ERROR, "Couldn't open tree-file '%s' for writing. Skipping", ftree);
+        }
+        /* fp NULL is handled later */
+    }
+
+    (*tree) = (tree_t *) CKMALLOC(1 * sizeof(tree_t));
+    MuscleUpgma2((*tree), distmat, linkage, labels);
+
+    if (rLog.iLogLevelEnabled <= LOG_DEBUG) {
+        Log(&rLog, LOG_DEBUG, "tree logging...");
+        LogTree((*tree), LogGetFP(&rLog, LOG_DEBUG));
+    }
+    
+    if (NULL != fp) {
+        MuscleTreeToFile(fp, (*tree));
+        Log(&rLog, LOG_INFO, "Guide tree written to %s", ftree);
+        fclose(fp);
+    }
+}
+/***   end: guidetree_upgma   ***/
+
+
+
+/**
+ *
+ * @brief
+ *
+ * @param[out] tree
+ * created upgma tree. will be allocated here. use FreeMuscleTree()
+ * to free
+ * @param[in] mseq
+ * @param[in] ftree
+ *
+ * @return non-zero on error
+ *
+ */    
+int
+GuideTreeFromFile(tree_t **tree, mseq_t *mseq, char *ftree)
+{
+    int iNodeCount;
+    int iNodeIndex;
+    
+    (*tree) = (tree_t *) CKMALLOC(1 * sizeof(tree_t));
+    if (MuscleTreeFromFile((*tree), ftree)!=0) {
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "%s", "MuscleTreeFromFile failed");
+        return -1;
+    }
+
+    /* Make sure tree is rooted */
+    if (!IsRooted((*tree))) {
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "User tree must be rooted");
+        return -1;
+    }
+    
+    if ((int)GetLeafCount((*tree)) != mseq->nseqs) {
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "User tree does not match input sequences");
+        return -1;
+    }
+
+    /* compare tree labels and sequence names and set leaf-ids */
+    iNodeCount = GetNodeCount((*tree));
+    for (iNodeIndex = 0; iNodeIndex < iNodeCount; ++iNodeIndex) {
+        char *LeafName;
+        int iSeqIndex;
+        
+        if (!IsLeaf(iNodeIndex, (*tree)))
+            continue;
+        LeafName = GetLeafName(iNodeIndex, (*tree));
+
+        if ((iSeqIndex=FindSeqName(LeafName, mseq))==-1) {
+            Log(&rLog, LOG_ERROR, "Label '%s' in tree could not be found in sequence names", LeafName);
+            return -1;
+        }
+        
+        SetLeafId((*tree), iNodeIndex, iSeqIndex);
+    }
+
+    if (rLog.iLogLevelEnabled <= LOG_DEBUG) {
+        Log(&rLog, LOG_DEBUG, "tree logging...");
+        LogTree((*tree),  LogGetFP(&rLog, LOG_DEBUG));
+    }
+    
+    return 0;
+}
+/***   end: GuideTreeFromFile()   ***/
+
+
+
+/**
+ *
+ * @brief Depth first traversal of tree, i.e. leaf nodes (sequences)
+ * will be visited first. Order can be used to guide progressive
+ * alignment order.
+ * 
+ * @param[out] piOrderLR_p
+ * order in which left/right nodes (profiles) are to be aligned.
+ * allocated here; caller must free.
+ * @param[in] tree
+ * The tree to traverse; has to be rooted
+ * @param[in] mseq
+ * corresponding multiple sequence structure
+ *
+ */    
+void
+TraverseTree(int **piOrderLR_p, 
+              tree_t *tree, mseq_t *mseq)
+{
+    int tree_nodeindex = 0;
+    int order_index = 0;
+  
+    assert(NULL!=tree);
+    assert(NULL!=mseq);    
+    assert(IsRooted(tree));
+    
+    /* allocate memory for node/profile alignment order;
+     * for every node allocate DIFF_NODE (3) int (1 left, 1 right, 1 parent)
+     */
+    *piOrderLR_p = (int *)CKCALLOC(DIFF_NODE * GetNodeCount(tree), sizeof(int));
+  
+    /* Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "print tree->m_iNodeCount=%d", tree->m_iNodeCount); */
+  
+  
+    tree_nodeindex = FirstDepthFirstNode(tree);
+    /*LOG_DEBUG("Starting with treenodeindex = %d", tree_nodeindex);*/
+  
+    order_index = 0;
+  
+    do {
+        if (IsLeaf(tree_nodeindex, tree)) {
+            int leafid = GetLeafId(tree_nodeindex, tree);
+            if (leafid >= mseq->nseqs)
+                Log(&rLog, LOG_FATAL, "Sequence index out of range during tree traversal (leafid=%d nseqs=%d)",
+                      leafid, mseq->nseqs);
+      
+            /* this is a leaf node, 
+             * indicate this by registering same leafid for left/right
+             */
+      
+            (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*order_index+LEFT_NODE] = leafid;
+            (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*order_index+RGHT_NODE] = leafid;
+            (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*order_index+PRNT_NODE] = tree_nodeindex;
+      
+            Log(&rLog, LOG_DEBUG, "Tree traversal: Visited leaf-node %d (leaf-id %d = Seq '%s')",
+                 tree_nodeindex, leafid, mseq->sqinfo[leafid].name);
+      
+        } else {
+            int merge_nodeindex;
+            int left;
+            int right;
+      
+            merge_nodeindex = tree_nodeindex;
+            left  = GetLeft(tree_nodeindex, tree);
+            right = GetRight(tree_nodeindex, tree);
+      
+            /* this is not a leaf node but a merge node, 
+             * register left node (even) and right node (odd)
+             */
+            (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*order_index+LEFT_NODE] = left;
+            (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*order_index+RGHT_NODE] = right;
+            (*piOrderLR_p)[DIFF_NODE*order_index+PRNT_NODE] = merge_nodeindex;
+      
+            Log(&rLog, LOG_DEBUG, "Tree traversal: Visited non-leaf node %d with siblings %d (L) and %d (R)",
+                 merge_nodeindex, left, right);
+        }
+        tree_nodeindex = NextDepthFirstNode(tree_nodeindex, tree);
+    
+        order_index++;
+    
+    } while (NULL_NEIGHBOR != tree_nodeindex);
+  
+    return;
+}
+/***   end: TraverseTree   ***/
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/tree.h b/binaries/src/clustalo/src/clustal/tree.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..cc85990
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,40 @@
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: tree.h 193 2011-02-07 15:45:21Z andreas $
+ */
+
+#ifndef CLUSTALO_TREE_H
+#define CLUSTALO_TREE_H
+
+#include "symmatrix.h"
+#include "muscle_tree.h"
+#include "seq.h"
+
+enum {LEFT_NODE = 0, RGHT_NODE, PRNT_NODE, DIFF_NODE};
+
+extern void
+GuideTreeUpgma(tree_t **tree,
+               char **labels, symmatrix_t *tmat, char *ftree);
+
+extern int
+GuideTreeFromFile(tree_t **tree,
+                  mseq_t *mseq, char *ftree);
+    
+extern void
+TraverseTree(int **piOrderLR_p, 
+             tree_t *tree, mseq_t *mseq);
+
+#endif
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/util.c b/binaries/src/clustalo/src/clustal/util.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f3e0d89
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,505 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4;  indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: util.c 235 2011-04-13 14:13:19Z andreas $
+ */
+
+#ifdef HAVE_CONFIG_H
+#include "config.h"
+#endif
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+#include <assert.h>
+#include <time.h>
+
+#include "log.h"
+#include "util.h"
+
+
+
+
+/* struct for QSortAndTrackIndex and SortAndTrackIndexCmp[Asc|Desc] */
+typedef struct {
+    int piIndex;
+    int piValue;
+} sortwithindex_t;
+
+
+
+
+/**
+ * @brief Copy of squid's FileExists(). Copied here to make squid independent.
+ */
+int
+CheckIfFileExists(char *pcFilename)
+{
+  FILE *prFile;
+  if ((prFile = fopen(pcFilename, "r"))) { 
+      fclose(prFile);
+      return TRUE; 
+  }
+  return FALSE;
+}
+/* end of CheckIfFileExists */
+
+
+/**
+ * @brief Allocates memory (malloc)
+ *
+ * @param[in] bytes
+ * bytes to allocated
+ * @param[in] function
+ * calling function name
+ * @param[in] line
+ * calling function line
+ *
+ * @return void pointer to the newly allocated memory
+ *
+ * @note use provided macro CKMALLOC() which automatically adds
+ * function name and line number
+ *
+ */
+void *
+CkMalloc(size_t bytes, const char *function, const int line)
+{
+    void *ret;
+    
+    if(NULL == (ret = malloc(bytes * sizeof(char)))) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Out of memory (requested from %s:%d)\n", function, line);
+    }
+
+    return ret; 
+}
+/***   end: ckmalloc   ***/
+
+
+
+/**
+ * @brief Allocates memory (calloc). Memory will be
+ * set to zero.
+ *
+ * @param[in] count
+ * Allocate space for count objects
+ * @param[in] size
+ * Objects are of this size
+ * @param[in] function
+ * calling function name
+ * @param[in] line
+ * calling function line
+ *
+ * @return void pointer to the newly allocated and zeroed memory (calloc).
+ *
+ * @note use provided macro CKCALLOC() which automatically adds
+ * function name and line number
+ *
+ *
+ */
+void *
+CkCalloc(size_t count, size_t size, const char *function, const int line)
+{
+    void *ret;
+    
+    if(NULL == (ret = calloc(count, size))) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Out of memory (requested from %s:%d)\n",
+                function, line);
+        exit(EXIT_FAILURE);
+    }
+    
+    return ret; 
+}
+/***   end: CkCalloc   ***/
+
+
+/**
+* @brief Reallocates memory
+ *
+ * @param[in] ptr
+ * Pointer to memory to be reallocated
+ * @param[in] bytes
+ * bytes to allocated
+ * @param[in] function
+ * calling function name
+ * @param[in] line
+ * calling function line
+ *
+ * @return void pointer to the newly allocated memory
+ *
+ * @note use provided macro CKREALLOC() which automatically adds
+ * function name and line number   
+ *
+ */
+void *
+CkRealloc(void *ptr, size_t bytes, const char *function, const int line)
+{
+    void *ret=NULL;
+
+    if(NULL == (ret = realloc(ptr, bytes))) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "FATAL: Out of memory (requested from %s:%d)\n",
+                function, line);
+    }
+
+    return ret; 
+}
+/***   end: ckrealloc   ***/
+
+
+
+/**
+ *
+ * @brief Frees memory
+ *
+ * @param[in] ptr
+ * Pointer to memory to be freed
+ * @param[in] function
+ * calling function name
+ * @param[in] line
+ * calling function line
+ *
+ * @return void pointer to the now zeroed memory
+ *
+ * @note use provided macro CKFREE()
+ *
+ */
+void *
+CkFree(void *ptr, const char *function, const int line)
+{
+    if (ptr == NULL) {
+        Log(&rLog, LOG_WARN, "Bad call to CkFree from %s:%d (pointer was NULL)\n", function, line);
+    } else {
+        free(ptr);
+        ptr = NULL;
+    }
+    return ptr;
+}
+/***   end: CkFree   ***/
+
+
+
+
+/**
+ * @brief safe version of strdup
+ *
+ * @param[in] src
+ * String to copy from
+ *
+ * @return copy of string
+ *
+ * @note src is not allowed to be NULL. 
+ *
+ */
+char *
+CkStrdup(const char *src)
+{
+    char *cp;
+    assert(NULL!=src);
+    
+    /*cp = strdup(src); always makes trouble... */
+    cp = (char *) CKMALLOC(strlen(src) +1);
+    strcpy(cp, src);
+
+    return cp;
+}
+/***   end: CkStrdup   ***/
+
+
+
+
+/**
+ * @brief Creates an int array of size len with len-1 random but unique
+ * integers with values 0--len-1. This is "a modified version of
+ * Fisher-Yates known as Durstenfeld-Fisher-Yates or
+ * Knuth-Fisher-Yates". See
+ * http://stackoverflow.com/questions/196017/unique-random-numbers-in-o1
+ * 
+ * @param[in] perm
+ * The permutation array. Has to be preallocated
+ * @param[out] len
+ * Length of the permutation array
+ *
+ */    
+void
+PermutationArray(int **perm, const int len)
+{
+    int max, i;
+
+    assert(len>0);
+    
+    srand((unsigned int) time(0));
+    (*perm) = (int *) CKMALLOC(len * sizeof(int));
+    max = len-1;
+    for (i=0; i<len; i++) {
+        (*perm)[i] = i;
+    }
+
+    while (max>=0) {
+        int tmp, randno;
+        /* randno = addrand((unsigned long) len); / returns 0--n-1 */
+        randno = (rand()%len);
+        
+        /* swap */
+        tmp = (*perm)[randno];
+        (*perm)[randno] = (*perm)[max];
+        (*perm)[max] = tmp;
+
+        max--;
+    }
+    return;
+}
+/***   end: PermutationArray()   ***/
+
+
+
+/**
+ * @brief Creates an array filled with random, but unique ints of
+ * given range. Implementation of the Floyd algorithm. See
+ * http://stackoverflow.com/questions/1608181/unique-random-numbers-in-an-integer-array-in-the-c-programming-language
+ * Assuming M is the length of the desired array and N is the numeric
+ * range: "This approach has the complexity of about O(M) (depends on
+ * the search structure used), so it is better suitable when M << N.
+ * This approach keeps track of already generated random numbers, so
+ * it requires extra memory. However, the beauty of it is that it does
+ * not make any of those horrendous "trial and error" iterations,
+ * trying to find an unused random number. This algorithm is
+ * guaranteed to generate one unique random number after each single
+ * call to the random number generator."
+ *
+ * @warning This won't work if max_value<=array_len. Only use for
+ * cases where array_len<<max_value
+ *
+ * @param[in] array
+ * Preallocated int array whose values will be set
+ * @param[in] array_len
+ * Size of array
+ * @param[in] max_value
+ * 
+ */    
+void
+RandomUniqueIntArray(int *array, const int array_len, const int max_value)
+{
+    bool *is_used;
+    int in, im;
+
+    assert(array_len<max_value);
+    srand((unsigned int) time(0));
+    is_used = (bool *) CKCALLOC(max_value, sizeof(bool));
+    
+    im = 0;
+
+    for (in = max_value - array_len; in < max_value && im < array_len; ++in) {
+        int r = rand() % (in + 1);
+        if (is_used[r]==TRUE) {
+            r = in; /* use 'in' instead of generated number */
+        }
+        assert(! is_used[r]);
+        array[im++] = r;
+        is_used[r] = TRUE;
+    }
+    
+    assert(im == array_len);
+    
+    free(is_used);
+    
+    return; 
+}
+/***   end: RandomUniqueIntArray()   ***/
+
+
+
+/**
+ * @brief int comparison function for qsort
+ *
+ */
+int
+IntCmp(const void *a, const void *b)
+{
+    const int *ia = (const int *)a;
+    const int *ib = (const int *)b;
+    return *ia  - *ib; 
+}
+/***   end: IntCmp()   ***/
+
+
+
+
+
+/**
+ * @brief Compare two sortwithindex_t pointers and return the
+ * difference between the int value of the 1st sortwithindex_t and the
+ * 2nd. Used for ascending sort order in QSortWithIndexes()/
+ *
+ * @see SortAndTrackIndexCmpDesc() and QSortAndTrackIndex()
+ */
+int
+SortAndTrackIndexCmpAsc(const void *a, const void *b)
+{
+    const sortwithindex_t *a_t = (const sortwithindex_t *)a;
+    const sortwithindex_t *b_t = (const sortwithindex_t *)b;
+    
+    const int ia = (const int) a_t->piValue;
+    const int ib = (const int) b_t->piValue;
+    return ia  - ib;     
+}
+/***   end: SortAndTrackIndexCmpAsc   ***/
+
+
+
+
+/**
+ * @brief Compare two sortwithindex_t pointers and return the
+ * difference between the int value of the 2nd sortwithindex_t and the
+ * 1st. Used for descending sort order in QSortWithIndexes()
+ *
+ * @see SortAndTrackIndexCmpDesc() and QSortAndTrackIndex()
+ */
+int
+SortAndTrackIndexCmpDesc(const void *a, const void *b)
+{
+    const sortwithindex_t *a_t = (const sortwithindex_t *)a;
+    const sortwithindex_t *b_t = (const sortwithindex_t *)b;
+    
+    const int ia = (const int) a_t->piValue;
+    const int ib = (const int) b_t->piValue;
+    return ib - ia;
+}
+/***   end: SortAndTrackIndexCmpDesc   ***/
+
+
+
+
+/**
+ * @brief Sort a given int array in ascending or descending order,
+ * while keeping track of the element order.
+ *
+ * @param[out] piSortedIndices
+ * Will contain the indices of the sorted elements. Has to be preallocated.
+ * @param[out] piArrayToSort
+ * Array with values to sort. Will only be overwritten if
+ * bOverwriteArrayToSort it true.
+ * @param[in] iArrayLen
+ * Number of elements in piArrayToSort.
+ * @param[in] cOrder
+ * Sort order. 'a' for ascending, 'd' for descending.
+ * @param[in] bOverwriteArrayToSort
+ * If false do not overwrite the array to sort.
+ *
+ */    
+void
+QSortAndTrackIndex(int *piSortedIndices, int *piArrayToSort,
+                   const int iArrayLen, const char cOrder,
+                   const bool bOverwriteArrayToSort)
+{
+    int iCtr; /**< aux */
+    sortwithindex_t *prSort;
+
+    
+    assert(NULL!=piSortedIndices);
+    assert(iArrayLen>0);
+    assert(NULL!=piArrayToSort);
+    assert('a'==cOrder || 'd'==cOrder);
+
+    prSort = (sortwithindex_t *) CKMALLOC(iArrayLen * sizeof(sortwithindex_t));
+    
+    for (iCtr=0; iCtr<iArrayLen; iCtr++) {
+        prSort[iCtr].piIndex = iCtr;
+        prSort[iCtr].piValue = piArrayToSort[iCtr];
+#if 0
+        LOG_DEBUG("b4 sort: prSort idx %d = val %d",
+                  prSort[iCtr].piIndex, prSort[iCtr].piValue);
+#endif
+    }
+
+    if ('a'==cOrder) {
+        qsort(prSort, iArrayLen, sizeof(sortwithindex_t), SortAndTrackIndexCmpAsc);
+    } else if ('d'==cOrder) {
+        qsort(prSort, iArrayLen, sizeof(sortwithindex_t), SortAndTrackIndexCmpDesc);
+    } else {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Internal error: unknown order %c", cOrder);
+    }
+
+    for (iCtr=0; iCtr<iArrayLen; iCtr++) {
+        piSortedIndices[iCtr] = prSort[iCtr].piIndex;
+        
+        if (bOverwriteArrayToSort) {
+            piArrayToSort[iCtr] = prSort[iCtr].piValue;
+        }
+#if 0
+        LOG_DEBUG("after sort: prSort idx %d = val %d",
+                  prSort[iCtr].piIndex, prSort[iCtr].piValue);
+#endif
+    }
+    free(prSort);
+    
+    return; 
+}
+/***   end: QSortWithIndexes()   ***/
+
+
+
+
+/**
+ * @brief Test if file is writable. File may or may not exist.
+ *
+ * @param[in] pcFileName
+ * Filename to check
+ *
+ * @return True if file is writable at the time of calling
+ *
+ */    
+bool
+FileIsWritable(char *pcFileName)
+{
+    bool bFileAlreadyExisted;
+    FILE *prFilePointer;
+    bool bIsWritable;
+    
+    if (0 != CheckIfFileExists(pcFileName)) {
+        bFileAlreadyExisted = TRUE;
+    } else {
+        bFileAlreadyExisted = FALSE;
+    }
+
+    if (NULL == (prFilePointer=fopen(pcFileName, "a"))) {
+        bIsWritable = FALSE;
+    } else {
+        bIsWritable = TRUE;
+        if (0 != fclose(prFilePointer)) {
+            Log(&rLog, LOG_ERROR, "Couldn't close temporily created file %s. Expect trouble...");
+        }
+    }
+    
+#if 0
+    LOG_DEBUG("%s existed?=%d writable=%d", pcFileName,
+              (TRUE==bFileAlreadyExisted? 1 : 0),
+              (TRUE==bIsWritable? 1:0));
+#endif
+    
+    /* delete if file didn't exist before and was created here
+     * temporarily
+     */
+    if (FALSE==bFileAlreadyExisted && TRUE==bIsWritable) {
+        if (0 != remove(pcFileName)) {
+            Log(&rLog, LOG_ERROR, "Removing of temporarily created file %s failed. Expect trouble...");
+        }
+    }
+    return bIsWritable; 
+}
+/***   end: FileIsWritable()   ***/
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/util.h b/binaries/src/clustalo/src/clustal/util.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..2d29115
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,76 @@
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: util.h 230 2011-04-09 15:37:50Z andreas $
+ */
+
+#include <limits.h>
+#include <string.h>
+#include <strings.h>
+#include <stdarg.h>
+#include <stdbool.h>
+
+#ifndef CLUSTALO_UTIL_H
+#define CLUSTALO_UTIL_H
+
+
+#define CKMALLOC(b) CkMalloc((b), __FUNCTION__, __LINE__)
+#define CKCALLOC(c, s) CkCalloc((c), (s), __FUNCTION__, __LINE__)
+#define CKREALLOC(p, b) CkRealloc((p), (b), __FUNCTION__, __LINE__)
+#define CKFREE(b) ((b)=CkFree((b), __FUNCTION__, __LINE__))
+
+#ifndef MAX
+#define MAX(a,b) ((a)>(b)?(a):(b))
+#endif
+#ifndef MIN
+#define MIN(a,b) ((a)<(b)?(a):(b))
+#endif
+
+/* STR_EQ: strings are equal, case sensitive */
+#define STR_EQ(a,b)         (strcmp((a),(b)) == 0)
+/*  STR_NC_EQ: strings are equal, ignoring case */
+#define STR_NC_EQ(a,b)      (strcasecmp((a),(b)) == 0)
+
+
+/* type boolean and false and true defined in stdbool.h */
+#ifndef TRUE
+#define TRUE true
+#endif
+#ifndef FALSE
+#define FALSE false
+#endif
+
+/* clashes with hhalign
+#define FAIL -1
+#define OK 0
+*/
+
+
+
+/* don't use the following directly; use macros provided above instead
+ */
+void *CkMalloc(size_t size, const char *function, const int line);
+void *CkCalloc(size_t count, size_t size, const char *function, const int line);
+void *CkRealloc(void *ptr, size_t bytes, const char *function, const int line);
+void *CkFree(void *ptr, const char *function, const int line);
+char *CkStrdup(const char *s);
+void PermutationArray(int **array, const int len);
+void RandomUniqueIntArray(int *array, const int array_len, const int max_value);
+int IntCmp(const void *a, const void *b);
+bool FileIsWritable(char *pcFileName);
+void QSortAndTrackIndex(int *piSortedIndices, int *piArrayToSort,
+                        const int uArrayLen, const char cOrder, const bool bOverwriteArrayToSort);
+
+#endif
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/weights.c b/binaries/src/clustalo/src/clustal/weights.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..fa37d6b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,337 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4;  indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/* Module for deriving sequence weights from a tree. Largely based on
+ * Bob Edgar's Muscle (mainly clwwt.cpp; version 3.7). Ported to pure
+ * C. Most functions where apparently based on Clustal 1.8 anyway.
+ *
+ * Muscle's code is public domain and so is this code here.
+ *
+ * From http://www.drive5.com/muscle/license.htm:
+ * """
+ * MUSCLE is public domain software
+ *
+ * The MUSCLE software, including object and source code and
+ * documentation, is hereby donated to the public domain.
+ *
+ * Disclaimer of warranty
+ * THIS SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,
+ * EITHER EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING WITHOUT LIMITATION IMPLIED
+ * WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
+ * """
+ *
+ */
+/*
+ * RCS $Id: weights.c 231 2011-04-09 17:13:06Z andreas $
+ */
+
+/*
+ * Documentation from Muscle
+ *
+ * """
+ *  Compute weights by the CLUSTALW method.
+ *  Thompson, Higgins and Gibson (1994), CABIOS (10) 19-29;
+ *  see also CLUSTALW paper.
+ *   
+ *  Weights are computed from the edge lengths of a rooted tree.
+ *   
+ *  Define the strength of an edge to be its length divided by the number
+ *  of leaves under that edge. The weight of a sequence is then the sum
+ *  of edge strengths on the path from the root to the leaf.
+ *   
+ *  Example.
+ *   
+ *          0.2
+ *         -----A     0.1
+ *           -x         ------- B     0.7
+ *             --------y           ----------- C
+ *              0.3     ----------z
+ *                      0.4    -------------- D
+ *                                   0.8
+ *   
+ *  Edge    Length  Leaves  Strength
+ *  ----    -----   ------  --------
+ *  xy              0.3             3               0.1
+ *  xA              0.2             1               0.2
+ *  yz              0.4             2               0.2
+ *  yB              0.1             1               0.1
+ *  zC              0.7             1               0.7
+ *  zD              0.8             1               0.8
+ *   
+ *  Leaf    Path            Strengths                       Weight
+ *  ----    ----            ---------                       ------
+ *  A               xA                      0.2                                     0.2
+ *  B               xy-yB           0.1 + 0.1                       0.2
+ *  C               xy-yz-zC        0.1 + 0.2 + 0.7         1.0
+ *  D               xy-yz-zD        0.1 + 0.2 + 0.8         1.1
+ * """
+ *
+ */
+
+#ifdef HAVE_CONFIG_H
+#include "config.h"
+#endif
+
+#include <assert.h>
+#include "log.h"
+#include "muscle_tree.h"
+#include "weights.h"
+
+
+/* 
+   #undef DEBUG 
+*/
+
+
+/**
+ * @brief FIXME
+ *
+ * @param[out] puLeavesUnderNode
+ * FIXME
+ * @param[in] prTree
+ * FIXME
+ * @param[in] uNodeIndex
+ * FIXME
+ *
+ * @return The return value
+ *
+ * @note see Muscle3.7:clwwt.cpp
+ * 
+ */    
+uint
+CountLeaves(uint *puLeavesUnderNode, tree_t *prTree, uint uNodeIndex)
+{
+    uint uLeft;
+    uint uRight;
+    uint uRightCount;
+    uint uLeftCount;
+    uint uCount;
+
+
+    if (IsLeaf(uNodeIndex, prTree)) {
+               puLeavesUnderNode[uNodeIndex] = 1;
+               return 1;
+    }
+
+    uLeft = GetLeft(uNodeIndex, prTree);
+    uRight = GetRight(uNodeIndex, prTree);
+    uRightCount = CountLeaves(puLeavesUnderNode, prTree, uRight);
+    uLeftCount = CountLeaves(puLeavesUnderNode, prTree, uLeft);
+    uCount = uRightCount + uLeftCount;
+
+    puLeavesUnderNode[uNodeIndex] = uCount;
+        
+    return uCount;    
+}
+/***   end: CountLeaves()   ***/
+
+
+
+
+/**
+ * @brief Normalise values in a double array to values between 0 and 1.
+ *
+ * @param[out] p
+ * double array with n elements
+ * @param[in] n
+ * number of elements in p
+ *
+ * @note From Muscle3.7: intmath.cpp:Normalize()
+ * 
+ */    
+void
+Normalise(double *p, uint n) {
+    unsigned i;
+    double dSum = 0.0;
+    for (i = 0; i < n; ++i) {
+        dSum += p[i];
+    }
+    if (0.0 == dSum) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Normalise, sum=0");
+    }
+    for (i = 0; i < n; ++i) {
+        p[i] /= dSum;
+    }
+}
+/***   end: Normalise()   ***/
+
+
+
+/**
+ * @brief Calculate "Clustal" weights from a tree.
+ *
+ * FIXME see doc in muscle:clwwt.cpp
+ *
+ * @param[out] pdWeights_p
+ * Will contain a weight for each leaf/sequence. Allocated here. User
+ * has to free
+ * @param[in] prTree
+ * Tree to derive weights from
+ *
+ * @return 0 on success, non-zero otherwise
+ *
+ * @note Largely copied from Muscle3.7: clwwt.cpp:CalcClustalWWeights()
+ * 
+ * @warning FIXME Not sure if Muscle routines are most efficient here.
+ * Couldn't we do all this while traversing the tree and thereby safe
+ * time?
+ *
+ */    
+int
+CalcClustalWeights(double **pdWeights_p, tree_t *prTree)
+{
+    int i; /* aux */
+    uint uLeafCount;
+    uint uNodeCount;
+       uint *puLeavesUnderNode;
+       uint uLeavesUnderRoot;
+    uint uRootNodeIndex;
+    double *pdStrengths;
+    uint uNodeIndex;
+    bool bLogWeights = FALSE; /* verbose output of weights */
+
+    
+    assert(NULL != pdWeights_p);
+    assert(NULL != prTree);
+
+    if (rLog.iLogLevelEnabled <= LOG_DEBUG) {
+        bLogWeights = TRUE;
+    }
+    
+    uLeafCount = GetLeafCount(prTree);
+    uNodeCount = GetNodeCount(prTree);
+
+
+    (*pdWeights_p) = (double *) CKMALLOC(uNodeCount * sizeof(double));
+
+    if (0 == uLeafCount) {
+               return 0;
+    } else if (1 == uLeafCount) {
+               (*pdWeights_p)[0] = 1.0;
+               return 0;
+    } else if (2 == uLeafCount) {
+               (*pdWeights_p)[0] = 0.5;
+               (*pdWeights_p)[1] = 0.5;
+               return 0;
+    }
+    
+    if (!IsRooted(prTree)) {
+        Log(&rLog, LOG_ERROR, "Tree must be rooted to get weights");
+        CKFREE(pdWeights_p);
+        return -1;
+    }
+
+
+#ifdef TRACE
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "%s", "Weights follow");
+        fprintf(stderr, "Node  Leaves    Length  Strength\n");
+        fprintf(stderr, "----  ------  --------  --------\n");
+        /*    1234  123456  12345678  12345678 */
+#endif
+    
+    uRootNodeIndex = GetRootNodeIndex(prTree);
+    puLeavesUnderNode = (uint *) CKCALLOC(uNodeCount, sizeof(uint));
+
+    uLeavesUnderRoot = CountLeaves(puLeavesUnderNode, prTree, uRootNodeIndex);
+       if (uLeavesUnderRoot != uLeafCount) {
+               Log(&rLog, LOG_FATAL, "Internal error, root count %u %u",
+              uLeavesUnderRoot, uLeafCount);
+    }
+#if 0
+    for (uNodeIndex=0; uNodeIndex<uNodeCount; uNodeIndex++) {
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "LeavesUnderNode[%d]=%d", uNodeIndex, puLeavesUnderNode[uNodeIndex]);
+    }
+#endif
+
+    pdStrengths = (double *) CKMALLOC(uNodeCount * sizeof(double));
+                                      
+    for (uNodeIndex=0; uNodeIndex < uNodeCount; uNodeIndex++) {
+        uint uParent;
+        double dLength;
+        uint uLeaves;
+        double dStrength;
+        
+        if (IsRoot(uNodeIndex, prTree)) {
+            pdStrengths[uNodeIndex] = 0.0;
+            continue;
+        }
+        
+        uParent = GetParent(uNodeIndex, prTree);
+        dLength = GetEdgeLength(uNodeIndex, uParent, prTree);
+        uLeaves = puLeavesUnderNode[uNodeIndex];
+        dStrength = dLength / (double) uLeaves;
+        pdStrengths[uNodeIndex] = dStrength;
+        
+#ifdef TRACE
+        fprintf(stderr, "%4u  %6u  %8g  %8g\n", uNodeIndex, uLeaves, dLength, dStrength);
+#endif        
+    }
+
+
+
+
+    
+    if (bLogWeights){
+        fprintf(stderr, "\n");
+        fprintf(stderr, "                 Seq  Path..Weight\n");
+        fprintf(stderr, "--------------------  ------------\n");
+    }
+       for (i=0; i<uLeafCount; i++) {
+               double dWeight = 0.0;
+               unsigned uLeafNodeIndex;
+               unsigned uNode;
+
+        uLeafNodeIndex = LeafIndexToNodeIndex(i, prTree);
+        uNode = uLeafNodeIndex;
+
+        if (bLogWeights){
+            fprintf(stderr, "%20.20s  %4u ", GetLeafName(uLeafNodeIndex, prTree), uLeafNodeIndex);
+        }
+               if (! IsLeaf(uLeafNodeIndex, prTree)) {
+                       Log(&rLog, LOG_FATAL, 
+                "Internal error: non-leaf-node %d", uLeafNodeIndex);
+        }
+            
+        /*LOG_DEBUG("dWeight = %f", dWeight);*/
+               while (! IsRoot(uNode, prTree)) {
+                       dWeight += pdStrengths[uNode];
+            /*LOG_DEBUG("dWeight +== %f", pdStrengths[uNode]);*/
+                       uNode = GetParent(uNode, prTree);
+            if (bLogWeights){
+                fprintf(stderr, "->%u(%g)", uNode, pdStrengths[uNode]);
+            }
+        }
+        /* AW: no idea what this is, but it's done like this in Muscle */
+               if (dWeight < 0.0001) {
+#ifdef TRACE
+                       fprintf(stderr, "zero->one");
+#endif
+                       dWeight = 1.0;
+        }
+
+        /* @note: the only difference to the muscle code is here: we
+         * use the input index for storing weights, instead of the
+         * tree leaf index
+         */
+        (*pdWeights_p)[GetLeafId(uLeafNodeIndex, prTree)] = dWeight;
+        if (bLogWeights){
+            fprintf(stderr, " = %g\n", dWeight);
+        }
+    }
+
+#if 0
+    for (i=0; i<uLeafCount; i++) {
+        Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "Weights before normalisation: pdWeights_p[%d]=%f", i, (*pdWeights_p)[i]);
+        /*LOG_DEBUG("Should be %d", GetLeafId(LeafIndexToNodeIndex(i, prTree), prTree));*/
+    }
+#endif
+
+       Normalise((*pdWeights_p), uLeafCount);
+    
+
+    CKFREE(puLeavesUnderNode);
+    CKFREE(pdStrengths);
+    
+    return 0;
+}
+/***   end: CalcWeights()   ***/
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustal/weights.h b/binaries/src/clustalo/src/clustal/weights.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..471ad3a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,26 @@
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: weights.h 193 2011-02-07 15:45:21Z andreas $
+ */
+
+#ifndef CLUSTALO_WEIGHTS_H
+#define CLUSTALO_WEIGHTS_H
+
+extern int
+CalcClustalWeights(double **pdWeights_p, tree_t *prTree);
+
+
+#endif
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/clustalo-api-test.c b/binaries/src/clustalo/src/clustalo-api-test.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..90ae3a0
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,102 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4;  indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: clustalo-api-test.c 213 2011-03-11 16:10:15Z andreas $
+ */
+
+
+#include <stdio.h>
+
+/* Include clustal-omega's header. That's all you need 
+ *
+ * If you developing in C++, use the following instead:
+ * extern "C" {
+ * #include "clustal-omega.h"
+ * }
+ */
+#include "clustal-omega.h"
+
+
+int
+main(int argc, char **argv)
+{
+    /* the multiple sequence structure */
+    mseq_t *prMSeq = NULL;
+    /* for openmp: number of threads to use */
+    int iThreads = 1;
+    /* alignment options to use */
+    opts_t rAlnOpts;
+    /* an input file */
+    char *pcSeqInfile;
+    int iAux;
+
+    /* use LOGLEVEL_QUIET to make Clustal shut up */
+    iVerbosityLevel = LOGLEVEL_INFO;
+
+    SetDefaultAlnOpts(&rAlnOpts);
+
+    InitClustalOmega(iThreads);
+
+    /* Get sequence input file name from command line
+     */
+    if (argc!=2) {
+        Fatal("Need sequence file as argument");
+    }
+    pcSeqInfile = argv[1];
+
+    /* Read sequence file
+     */
+    NewMSeq(&prMSeq);
+    if (ReadSequences(prMSeq, pcSeqInfile,
+                      SEQTYPE_UNKNOWN,
+                      INT_MAX, INT_MAX)) {
+        Fatal("Reading sequence file '%s' failed", pcSeqInfile);
+    }
+
+    /* Dump some info about the sequences
+     */
+    for (iAux=0; iAux<prMSeq->nseqs; iAux++) {
+        Info(LOGLEVEL_INFO, 
+             "Sequence no %d has the following name: %s",
+             iAux, prMSeq->sqinfo[iAux].name);
+        Info(LOGLEVEL_INFO, 
+             "Sequence no %d has the following residues: %s",
+             iAux, prMSeq->seq[iAux]);
+        /* more info can be found in prMSeq->sqinfo[iAux] */
+    }
+
+
+    /* Align the sequences without a profile (NULL)
+     */
+    if (Align(prMSeq, NULL, & rAlnOpts)) {
+        Fatal("A fatal error happended during the alignment process");
+    }
+
+
+    /* Output of final alignment to stdout (NULL) as aligned fasta/a2m
+     */
+    if (WriteAlignment(prMSeq, NULL, MSAFILE_A2M)) {
+        Fatal("Could not save alignment");
+    } 
+
+    FreeMSeq(&prMSeq);
+
+    Info(LOGLEVEL_INFO, "Successfull program exit");
+
+    return EXIT_SUCCESS;
+}
+/***   end of main()   ***/
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/config.h.in b/binaries/src/clustalo/src/config.h.in
new file mode 100644 (file)
index 0000000..1603f2c
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,244 @@
+/* src/config.h.in.  Generated from configure.ac by autoheader.  */
+
+/* Define if building universal (internal helper macro) */
+#undef AC_APPLE_UNIVERSAL_BUILD
+
+/* Let all files know they are being used inside Clustal Omega */
+#undef CLUSTALO
+
+/* This is a CYGWIN system */
+#undef CYGWIN
+
+/* This is a Darwin system */
+#undef DARWIN
+
+/* Define to 1 if you have the <argtable2.h> header file. */
+#undef HAVE_ARGTABLE2_H
+
+/* Define to 1 if you have the <assert.h> header file. */
+#undef HAVE_ASSERT_H
+
+/* Define to 1 if you have the <ctype.h> header file. */
+#undef HAVE_CTYPE_H
+
+/* Define to 1 if you have the <dlfcn.h> header file. */
+#undef HAVE_DLFCN_H
+
+/* Define to 1 if you have the <float.h> header file. */
+#undef HAVE_FLOAT_H
+
+/* Define to 1 if you have the `fseek64' function. */
+#undef HAVE_FSEEK64
+
+/* Define to 1 if you have the `fseeko' function. */
+#undef HAVE_FSEEKO
+
+/* Define to 1 if you have the `fseeko64' function. */
+#undef HAVE_FSEEKO64
+
+/* Define to 1 if you have the `ftell64' function. */
+#undef HAVE_FTELL64
+
+/* Define to 1 if you have the `ftello' function. */
+#undef HAVE_FTELLO
+
+/* Define to 1 if you have the `ftello64' function. */
+#undef HAVE_FTELLO64
+
+/* Define to 1 if you have the <inttypes.h> header file. */
+#undef HAVE_INTTYPES_H
+
+/* Define to 1 if you have the `argtable2' library (-largtable2). */
+#undef HAVE_LIBARGTABLE2
+
+/* Define to 1 if you have the `m' library (-lm). */
+#undef HAVE_LIBM
+
+/* Define to 1 if you have the <limits.h> header file. */
+#undef HAVE_LIMITS_H
+
+/* Has log2() */
+#undef HAVE_LOG2
+
+/* Define to 1 if you have the <math.h> header file. */
+#undef HAVE_MATH_H
+
+/* Define to 1 if you have the <memory.h> header file. */
+#undef HAVE_MEMORY_H
+
+/* Define to 1 if you have the `ntohl' function. */
+#undef HAVE_NTOHL
+
+/* Define to 1 if you have the `ntohs' function. */
+#undef HAVE_NTOHS
+
+/* Define to 1 if you have the `ntonl' function. */
+#undef HAVE_NTONL
+
+/* Define to 1 if you have the `ntons' function. */
+#undef HAVE_NTONS
+
+/* Defined if OpenMP should and can be used */
+#undef HAVE_OPENMP
+
+/* Define to 1 if you have the <stdarg.h> header file. */
+#undef HAVE_STDARG_H
+
+/* Define to 1 if you have the <stdint.h> header file. */
+#undef HAVE_STDINT_H
+
+/* Define to 1 if you have the <stdio.h> header file. */
+#undef HAVE_STDIO_H
+
+/* Define to 1 if you have the <stdlib.h> header file. */
+#undef HAVE_STDLIB_H
+
+/* Define to 1 if you have the <strings.h> header file. */
+#undef HAVE_STRINGS_H
+
+/* Define to 1 if you have the <string.h> header file. */
+#undef HAVE_STRING_H
+
+/* Define to 1 if you have the `stroul' function. */
+#undef HAVE_STROUL
+
+/* Define to 1 if you have the `strtoull' function. */
+#undef HAVE_STRTOULL
+
+/* Define to 1 if you have the <sys/stat.h> header file. */
+#undef HAVE_SYS_STAT_H
+
+/* Define to 1 if you have the <sys/types.h> header file. */
+#undef HAVE_SYS_TYPES_H
+
+/* Define to 1 if you have the <time.h> header file. */
+#undef HAVE_TIME_H
+
+/* Define to 1 if you have the <unistd.h> header file. */
+#undef HAVE_UNISTD_H
+
+/* This is a LINUX system */
+#undef LINUX
+
+/* Define to the sub-directory in which libtool stores uninstalled libraries.
+   */
+#undef LT_OBJDIR
+
+/* This is a MinGW system */
+#undef MINGW
+
+/* No-debug Mode */
+#undef NDEBUG
+
+/* Some strange OS */
+#undef OTHEROS
+
+/* Name of package */
+#undef PACKAGE
+
+/* Define to the address where bug reports for this package should be sent. */
+#undef PACKAGE_BUGREPORT
+
+/* The package code name */
+#undef PACKAGE_CODENAME
+
+/* Define to the full name of this package. */
+#undef PACKAGE_NAME
+
+/* Define to the full name and version of this package. */
+#undef PACKAGE_STRING
+
+/* Define to the one symbol short name of this package. */
+#undef PACKAGE_TARNAME
+
+/* Define to the version of this package. */
+#undef PACKAGE_VERSION
+
+/* The size of `fpos_t', as computed by sizeof. */
+#undef SIZEOF_FPOS_T
+
+/* The size of `unsigned int', as computed by sizeof. */
+#undef SIZEOF_UNSIGNED_INT
+
+/* The size of `unsigned long', as computed by sizeof. */
+#undef SIZEOF_UNSIGNED_LONG
+
+/* The size of `unsigned long long', as computed by sizeof. */
+#undef SIZEOF_UNSIGNED_LONG_LONG
+
+/* The size of `unsigned short', as computed by sizeof. */
+#undef SIZEOF_UNSIGNED_SHORT
+
+/* This is a Solaris system */
+#undef SOLARIS
+
+/* This is a BSD system */
+#undef SOMEBSD
+
+/* Define to 1 if you have the ANSI C header files. */
+#undef STDC_HEADERS
+
+/* Enable extensions on AIX 3, Interix.  */
+#ifndef _ALL_SOURCE
+# undef _ALL_SOURCE
+#endif
+/* Enable GNU extensions on systems that have them.  */
+#ifndef _GNU_SOURCE
+# undef _GNU_SOURCE
+#endif
+/* Enable threading extensions on Solaris.  */
+#ifndef _POSIX_PTHREAD_SEMANTICS
+# undef _POSIX_PTHREAD_SEMANTICS
+#endif
+/* Enable extensions on HP NonStop.  */
+#ifndef _TANDEM_SOURCE
+# undef _TANDEM_SOURCE
+#endif
+/* Enable general extensions on Solaris.  */
+#ifndef __EXTENSIONS__
+# undef __EXTENSIONS__
+#endif
+
+
+/* Version number of package */
+#undef VERSION
+
+/* Define if using the dmalloc debugging malloc package */
+#undef WITH_DMALLOC
+
+/* Define WORDS_BIGENDIAN to 1 if your processor stores words with the most
+   significant byte first (like Motorola and SPARC, unlike Intel). */
+#if defined AC_APPLE_UNIVERSAL_BUILD
+# if defined __BIG_ENDIAN__
+#  define WORDS_BIGENDIAN 1
+# endif
+#else
+# ifndef WORDS_BIGENDIAN
+#  undef WORDS_BIGENDIAN
+# endif
+#endif
+
+/* Define to 1 if on MINIX. */
+#undef _MINIX
+
+/* Define to 2 if the system does not provide POSIX.1 features except with
+   this defined. */
+#undef _POSIX_1_SOURCE
+
+/* Define to 1 if you need to in order for `stat' and other things to work. */
+#undef _POSIX_SOURCE
+
+/* Define to empty if `const' does not conform to ANSI C. */
+#undef const
+
+/* Define to `__inline__' or `__inline' if that's what the C compiler
+   calls it, or to nothing if 'inline' is not supported under any name.  */
+#ifndef __cplusplus
+#undef inline
+#endif
+
+/* Define to `long int' if <sys/types.h> does not define. */
+#undef off_t
+
+/* Define to `unsigned int' if <sys/types.h> does not define. */
+#undef size_t
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/Makefile.am b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/Makefile.am
new file mode 100644 (file)
index 0000000..e54211b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Some useful automake documentation:
+# http://www.openismus.com/documents/linux/automake/automake.shtml
+# http://www.bioinf.uni-freiburg.de/~mmann/HowTo/automake.html
+
+#SUBDIRS = 
+#EXTRA_DIST =
+# LDADD = foofiles/libfoo.a
+
+AM_CXXFLAGS = -fno-strict-aliasing -DCLUSTALO -DCLUSTALO_NOFILE -DDEFAULT_FILTER=90 @OPENMP_CXXFLAGS@ @AM_CXXFLAGS@ 
+
+noinst_LTLIBRARIES = libhhalign.la
+
+libhhalign_la_SOURCES =  hhalign.cpp hhalign.h \
+       hash-C.h hash.h hhdecl-C.h hhfunc-C.h hhfunc.h \
+       hhmatrices-C.h hhutil-C.h \
+       hhalignment-C.h hhalignment.h \
+       hhfullalignment-C.h hhfullalignment.h \
+       hhhalfalignment-C.h hhhalfalignment.h \
+       hhhit-C.h hhhit.h hhhitlist-C.h hhhitlist.h \
+       hhhmm-C.h hhhmm.h \
+       util-C.h list-C.h list.h \
+       general.h
+
+library_includedir=$(includedir)/clustalo/hhalign
+
+library_include_HEADERS = general.h hhfunc.h
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/Makefile.in b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/Makefile.in
new file mode 100644 (file)
index 0000000..36d5b55
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,510 @@
+# Makefile.in generated by automake 1.10.2 from Makefile.am.
+# @configure_input@
+
+# Copyright (C) 1994, 1995, 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2002,
+# 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008  Free Software Foundation, Inc.
+# This Makefile.in is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# This program is distributed in the hope that it will be useful,
+# but WITHOUT ANY WARRANTY, to the extent permitted by law; without
+# even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A
+# PARTICULAR PURPOSE.
+
+@SET_MAKE@
+
+# Some useful automake documentation:
+# http://www.openismus.com/documents/linux/automake/automake.shtml
+# http://www.bioinf.uni-freiburg.de/~mmann/HowTo/automake.html
+
+#SUBDIRS = 
+#EXTRA_DIST =
+# LDADD = foofiles/libfoo.a
+
+
+VPATH = @srcdir@
+pkgdatadir = $(datadir)/@PACKAGE@
+pkglibdir = $(libdir)/@PACKAGE@
+pkgincludedir = $(includedir)/@PACKAGE@
+am__cd = CDPATH="$${ZSH_VERSION+.}$(PATH_SEPARATOR)" && cd
+install_sh_DATA = $(install_sh) -c -m 644
+install_sh_PROGRAM = $(install_sh) -c
+install_sh_SCRIPT = $(install_sh) -c
+INSTALL_HEADER = $(INSTALL_DATA)
+transform = $(program_transform_name)
+NORMAL_INSTALL = :
+PRE_INSTALL = :
+POST_INSTALL = :
+NORMAL_UNINSTALL = :
+PRE_UNINSTALL = :
+POST_UNINSTALL = :
+build_triplet = @build@
+host_triplet = @host@
+subdir = src/hhalign
+DIST_COMMON = $(library_include_HEADERS) $(srcdir)/Makefile.am \
+       $(srcdir)/Makefile.in
+ACLOCAL_M4 = $(top_srcdir)/aclocal.m4
+am__aclocal_m4_deps = $(top_srcdir)/m4/ax_prefix_config_h.m4 \
+       $(top_srcdir)/m4/libtool.m4 $(top_srcdir)/m4/ltoptions.m4 \
+       $(top_srcdir)/m4/ltsugar.m4 $(top_srcdir)/m4/ltversion.m4 \
+       $(top_srcdir)/m4/lt~obsolete.m4 $(top_srcdir)/m4/ax_openmp.m4 \
+       $(top_srcdir)/configure.ac
+am__configure_deps = $(am__aclocal_m4_deps) $(CONFIGURE_DEPENDENCIES) \
+       $(ACLOCAL_M4)
+mkinstalldirs = $(install_sh) -d
+CONFIG_HEADER = $(top_builddir)/src/config.h
+CONFIG_CLEAN_FILES =
+LTLIBRARIES = $(noinst_LTLIBRARIES)
+libhhalign_la_LIBADD =
+am_libhhalign_la_OBJECTS = hhalign.lo
+libhhalign_la_OBJECTS = $(am_libhhalign_la_OBJECTS)
+DEFAULT_INCLUDES = -I.@am__isrc@ -I$(top_builddir)/src
+depcomp = $(SHELL) $(top_srcdir)/depcomp
+am__depfiles_maybe = depfiles
+CXXCOMPILE = $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) \
+       $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS)
+LTCXXCOMPILE = $(LIBTOOL) --tag=CXX $(AM_LIBTOOLFLAGS) $(LIBTOOLFLAGS) \
+       --mode=compile $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) \
+       $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS)
+CXXLD = $(CXX)
+CXXLINK = $(LIBTOOL) --tag=CXX $(AM_LIBTOOLFLAGS) $(LIBTOOLFLAGS) \
+       --mode=link $(CXXLD) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) $(AM_LDFLAGS) \
+       $(LDFLAGS) -o $@
+COMPILE = $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) \
+       $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS)
+LTCOMPILE = $(LIBTOOL) --tag=CC $(AM_LIBTOOLFLAGS) $(LIBTOOLFLAGS) \
+       --mode=compile $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) \
+       $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS)
+CCLD = $(CC)
+LINK = $(LIBTOOL) --tag=CC $(AM_LIBTOOLFLAGS) $(LIBTOOLFLAGS) \
+       --mode=link $(CCLD) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) $(AM_LDFLAGS) \
+       $(LDFLAGS) -o $@
+SOURCES = $(libhhalign_la_SOURCES)
+DIST_SOURCES = $(libhhalign_la_SOURCES)
+am__vpath_adj_setup = srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's|.|.|g'`;
+am__vpath_adj = case $$p in \
+    $(srcdir)/*) f=`echo "$$p" | sed "s|^$$srcdirstrip/||"`;; \
+    *) f=$$p;; \
+  esac;
+am__strip_dir = `echo $$p | sed -e 's|^.*/||'`;
+am__installdirs = "$(DESTDIR)$(library_includedir)"
+library_includeHEADERS_INSTALL = $(INSTALL_HEADER)
+HEADERS = $(library_include_HEADERS)
+ETAGS = etags
+CTAGS = ctags
+DISTFILES = $(DIST_COMMON) $(DIST_SOURCES) $(TEXINFOS) $(EXTRA_DIST)
+ACLOCAL = @ACLOCAL@
+AMTAR = @AMTAR@
+AM_CFLAGS = @AM_CFLAGS@
+AM_CXXFLAGS = -fno-strict-aliasing -DCLUSTALO -DCLUSTALO_NOFILE -DDEFAULT_FILTER=90 @OPENMP_CXXFLAGS@ @AM_CXXFLAGS@ 
+AM_LDFLAGS = @AM_LDFLAGS@
+AR = @AR@
+AUTOCONF = @AUTOCONF@
+AUTOHEADER = @AUTOHEADER@
+AUTOMAKE = @AUTOMAKE@
+AWK = @AWK@
+CC = @CC@
+CCDEPMODE = @CCDEPMODE@
+CFLAGS = @CFLAGS@
+CPP = @CPP@
+CPPFLAGS = @CPPFLAGS@
+CXX = @CXX@
+CXXCPP = @CXXCPP@
+CXXDEPMODE = @CXXDEPMODE@
+CXXFLAGS = @CXXFLAGS@
+CYGPATH_W = @CYGPATH_W@
+DEFS = @DEFS@
+DEPDIR = @DEPDIR@
+DSYMUTIL = @DSYMUTIL@
+DUMPBIN = @DUMPBIN@
+ECHO_C = @ECHO_C@
+ECHO_N = @ECHO_N@
+ECHO_T = @ECHO_T@
+EGREP = @EGREP@
+EXEEXT = @EXEEXT@
+FGREP = @FGREP@
+GREP = @GREP@
+INSTALL = @INSTALL@
+INSTALL_DATA = @INSTALL_DATA@
+INSTALL_PROGRAM = @INSTALL_PROGRAM@
+INSTALL_SCRIPT = @INSTALL_SCRIPT@
+INSTALL_STRIP_PROGRAM = @INSTALL_STRIP_PROGRAM@
+LD = @LD@
+LDFLAGS = @LDFLAGS@
+LIBOBJS = @LIBOBJS@
+LIBS = @LIBS@
+LIBTOOL = @LIBTOOL@
+LIPO = @LIPO@
+LN_S = @LN_S@
+LTLIBOBJS = @LTLIBOBJS@
+MAKEINFO = @MAKEINFO@
+MKDIR_P = @MKDIR_P@
+NM = @NM@
+NMEDIT = @NMEDIT@
+OBJDUMP = @OBJDUMP@
+OBJEXT = @OBJEXT@
+OPENMP_CFLAGS = @OPENMP_CFLAGS@
+OPENMP_CXXFLAGS = @OPENMP_CXXFLAGS@
+OTOOL = @OTOOL@
+OTOOL64 = @OTOOL64@
+PACKAGE = @PACKAGE@
+PACKAGE_BUGREPORT = @PACKAGE_BUGREPORT@
+PACKAGE_CODENAME = @PACKAGE_CODENAME@
+PACKAGE_NAME = @PACKAGE_NAME@
+PACKAGE_STRING = @PACKAGE_STRING@
+PACKAGE_TARNAME = @PACKAGE_TARNAME@
+PACKAGE_VERSION = @PACKAGE_VERSION@
+PATH_SEPARATOR = @PATH_SEPARATOR@
+RANLIB = @RANLIB@
+SED = @SED@
+SET_MAKE = @SET_MAKE@
+SHELL = @SHELL@
+STRIP = @STRIP@
+VERSION = @VERSION@
+abs_builddir = @abs_builddir@
+abs_srcdir = @abs_srcdir@
+abs_top_builddir = @abs_top_builddir@
+abs_top_srcdir = @abs_top_srcdir@
+ac_ct_CC = @ac_ct_CC@
+ac_ct_CXX = @ac_ct_CXX@
+ac_ct_DUMPBIN = @ac_ct_DUMPBIN@
+am__include = @am__include@
+am__leading_dot = @am__leading_dot@
+am__quote = @am__quote@
+am__tar = @am__tar@
+am__untar = @am__untar@
+bindir = @bindir@
+build = @build@
+build_alias = @build_alias@
+build_cpu = @build_cpu@
+build_os = @build_os@
+build_vendor = @build_vendor@
+builddir = @builddir@
+datadir = @datadir@
+datarootdir = @datarootdir@
+docdir = @docdir@
+dvidir = @dvidir@
+exec_prefix = @exec_prefix@
+host = @host@
+host_alias = @host_alias@
+host_cpu = @host_cpu@
+host_os = @host_os@
+host_vendor = @host_vendor@
+htmldir = @htmldir@
+includedir = @includedir@
+infodir = @infodir@
+install_sh = @install_sh@
+libdir = @libdir@
+libexecdir = @libexecdir@
+localedir = @localedir@
+localstatedir = @localstatedir@
+lt_ECHO = @lt_ECHO@
+mandir = @mandir@
+mkdir_p = @mkdir_p@
+oldincludedir = @oldincludedir@
+pdfdir = @pdfdir@
+prefix = @prefix@
+program_transform_name = @program_transform_name@
+psdir = @psdir@
+sbindir = @sbindir@
+sharedstatedir = @sharedstatedir@
+srcdir = @srcdir@
+sysconfdir = @sysconfdir@
+target_alias = @target_alias@
+top_build_prefix = @top_build_prefix@
+top_builddir = @top_builddir@
+top_srcdir = @top_srcdir@
+noinst_LTLIBRARIES = libhhalign.la
+libhhalign_la_SOURCES = hhalign.cpp hhalign.h \
+       hash-C.h hash.h hhdecl-C.h hhfunc-C.h hhfunc.h \
+       hhmatrices-C.h hhutil-C.h \
+       hhalignment-C.h hhalignment.h \
+       hhfullalignment-C.h hhfullalignment.h \
+       hhhalfalignment-C.h hhhalfalignment.h \
+       hhhit-C.h hhhit.h hhhitlist-C.h hhhitlist.h \
+       hhhmm-C.h hhhmm.h \
+       util-C.h list-C.h list.h \
+       general.h
+
+library_includedir = $(includedir)/clustalo/hhalign
+library_include_HEADERS = general.h hhfunc.h
+all: all-am
+
+.SUFFIXES:
+.SUFFIXES: .cpp .lo .o .obj
+$(srcdir)/Makefile.in:  $(srcdir)/Makefile.am  $(am__configure_deps)
+       @for dep in $?; do \
+         case '$(am__configure_deps)' in \
+           *$$dep*) \
+             ( cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh ) \
+               && { if test -f $@; then exit 0; else break; fi; }; \
+             exit 1;; \
+         esac; \
+       done; \
+       echo ' cd $(top_srcdir) && $(AUTOMAKE) --gnu  src/hhalign/Makefile'; \
+       cd $(top_srcdir) && \
+         $(AUTOMAKE) --gnu  src/hhalign/Makefile
+.PRECIOUS: Makefile
+Makefile: $(srcdir)/Makefile.in $(top_builddir)/config.status
+       @case '$?' in \
+         *config.status*) \
+           cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh;; \
+         *) \
+           echo ' cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $(subdir)/$@ $(am__depfiles_maybe)'; \
+           cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $(subdir)/$@ $(am__depfiles_maybe);; \
+       esac;
+
+$(top_builddir)/config.status: $(top_srcdir)/configure $(CONFIG_STATUS_DEPENDENCIES)
+       cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
+
+$(top_srcdir)/configure:  $(am__configure_deps)
+       cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
+$(ACLOCAL_M4):  $(am__aclocal_m4_deps)
+       cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
+
+clean-noinstLTLIBRARIES:
+       -test -z "$(noinst_LTLIBRARIES)" || rm -f $(noinst_LTLIBRARIES)
+       @list='$(noinst_LTLIBRARIES)'; for p in $$list; do \
+         dir="`echo $$p | sed -e 's|/[^/]*$$||'`"; \
+         test "$$dir" != "$$p" || dir=.; \
+         echo "rm -f \"$${dir}/so_locations\""; \
+         rm -f "$${dir}/so_locations"; \
+       done
+libhhalign.la: $(libhhalign_la_OBJECTS) $(libhhalign_la_DEPENDENCIES) 
+       $(CXXLINK)  $(libhhalign_la_OBJECTS) $(libhhalign_la_LIBADD) $(LIBS)
+
+mostlyclean-compile:
+       -rm -f *.$(OBJEXT)
+
+distclean-compile:
+       -rm -f *.tab.c
+
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/hhalign.Plo@am__quote@
+
+.cpp.o:
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXXCOMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ $<
+@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='$<' object='$@' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
+@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXXCOMPILE) -c -o $@ $<
+
+.cpp.obj:
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXXCOMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ `$(CYGPATH_W) '$<'`
+@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='$<' object='$@' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
+@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXXCOMPILE) -c -o $@ `$(CYGPATH_W) '$<'`
+
+.cpp.lo:
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(LTCXXCOMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ $<
+@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Plo
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='$<' object='$@' libtool=yes @AMDEPBACKSLASH@
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
+@am__fastdepCXX_FALSE@ $(LTCXXCOMPILE) -c -o $@ $<
+
+mostlyclean-libtool:
+       -rm -f *.lo
+
+clean-libtool:
+       -rm -rf .libs _libs
+install-library_includeHEADERS: $(library_include_HEADERS)
+       @$(NORMAL_INSTALL)
+       test -z "$(library_includedir)" || $(MKDIR_P) "$(DESTDIR)$(library_includedir)"
+       @list='$(library_include_HEADERS)'; for p in $$list; do \
+         if test -f "$$p"; then d=; else d="$(srcdir)/"; fi; \
+         f=$(am__strip_dir) \
+         echo " $(library_includeHEADERS_INSTALL) '$$d$$p' '$(DESTDIR)$(library_includedir)/$$f'"; \
+         $(library_includeHEADERS_INSTALL) "$$d$$p" "$(DESTDIR)$(library_includedir)/$$f"; \
+       done
+
+uninstall-library_includeHEADERS:
+       @$(NORMAL_UNINSTALL)
+       @list='$(library_include_HEADERS)'; for p in $$list; do \
+         f=$(am__strip_dir) \
+         echo " rm -f '$(DESTDIR)$(library_includedir)/$$f'"; \
+         rm -f "$(DESTDIR)$(library_includedir)/$$f"; \
+       done
+
+ID: $(HEADERS) $(SOURCES) $(LISP) $(TAGS_FILES)
+       list='$(SOURCES) $(HEADERS) $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
+       unique=`for i in $$list; do \
+           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
+         done | \
+         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
+             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
+       mkid -fID $$unique
+tags: TAGS
+
+TAGS:  $(HEADERS) $(SOURCES)  $(TAGS_DEPENDENCIES) \
+               $(TAGS_FILES) $(LISP)
+       tags=; \
+       here=`pwd`; \
+       list='$(SOURCES) $(HEADERS)  $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
+       unique=`for i in $$list; do \
+           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
+         done | \
+         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
+             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
+       if test -z "$(ETAGS_ARGS)$$tags$$unique"; then :; else \
+         test -n "$$unique" || unique=$$empty_fix; \
+         $(ETAGS) $(ETAGSFLAGS) $(AM_ETAGSFLAGS) $(ETAGS_ARGS) \
+           $$tags $$unique; \
+       fi
+ctags: CTAGS
+CTAGS:  $(HEADERS) $(SOURCES)  $(TAGS_DEPENDENCIES) \
+               $(TAGS_FILES) $(LISP)
+       tags=; \
+       list='$(SOURCES) $(HEADERS)  $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
+       unique=`for i in $$list; do \
+           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
+         done | \
+         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
+             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
+       test -z "$(CTAGS_ARGS)$$tags$$unique" \
+         || $(CTAGS) $(CTAGSFLAGS) $(AM_CTAGSFLAGS) $(CTAGS_ARGS) \
+            $$tags $$unique
+
+GTAGS:
+       here=`$(am__cd) $(top_builddir) && pwd` \
+         && cd $(top_srcdir) \
+         && gtags -i $(GTAGS_ARGS) $$here
+
+distclean-tags:
+       -rm -f TAGS ID GTAGS GRTAGS GSYMS GPATH tags
+
+distdir: $(DISTFILES)
+       @srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
+       topsrcdirstrip=`echo "$(top_srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
+       list='$(DISTFILES)'; \
+         dist_files=`for file in $$list; do echo $$file; done | \
+         sed -e "s|^$$srcdirstrip/||;t" \
+             -e "s|^$$topsrcdirstrip/|$(top_builddir)/|;t"`; \
+       case $$dist_files in \
+         */*) $(MKDIR_P) `echo "$$dist_files" | \
+                          sed '/\//!d;s|^|$(distdir)/|;s,/[^/]*$$,,' | \
+                          sort -u` ;; \
+       esac; \
+       for file in $$dist_files; do \
+         if test -f $$file || test -d $$file; then d=.; else d=$(srcdir); fi; \
+         if test -d $$d/$$file; then \
+           dir=`echo "/$$file" | sed -e 's,/[^/]*$$,,'`; \
+           if test -d $(srcdir)/$$file && test $$d != $(srcdir); then \
+             cp -pR $(srcdir)/$$file $(distdir)$$dir || exit 1; \
+           fi; \
+           cp -pR $$d/$$file $(distdir)$$dir || exit 1; \
+         else \
+           test -f $(distdir)/$$file \
+           || cp -p $$d/$$file $(distdir)/$$file \
+           || exit 1; \
+         fi; \
+       done
+check-am: all-am
+check: check-am
+all-am: Makefile $(LTLIBRARIES) $(HEADERS)
+installdirs:
+       for dir in "$(DESTDIR)$(library_includedir)"; do \
+         test -z "$$dir" || $(MKDIR_P) "$$dir"; \
+       done
+install: install-am
+install-exec: install-exec-am
+install-data: install-data-am
+uninstall: uninstall-am
+
+install-am: all-am
+       @$(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) install-exec-am install-data-am
+
+installcheck: installcheck-am
+install-strip:
+       $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) INSTALL_PROGRAM="$(INSTALL_STRIP_PROGRAM)" \
+         install_sh_PROGRAM="$(INSTALL_STRIP_PROGRAM)" INSTALL_STRIP_FLAG=-s \
+         `test -z '$(STRIP)' || \
+           echo "INSTALL_PROGRAM_ENV=STRIPPROG='$(STRIP)'"` install
+mostlyclean-generic:
+
+clean-generic:
+
+distclean-generic:
+       -test -z "$(CONFIG_CLEAN_FILES)" || rm -f $(CONFIG_CLEAN_FILES)
+
+maintainer-clean-generic:
+       @echo "This command is intended for maintainers to use"
+       @echo "it deletes files that may require special tools to rebuild."
+clean: clean-am
+
+clean-am: clean-generic clean-libtool clean-noinstLTLIBRARIES \
+       mostlyclean-am
+
+distclean: distclean-am
+       -rm -rf ./$(DEPDIR)
+       -rm -f Makefile
+distclean-am: clean-am distclean-compile distclean-generic \
+       distclean-tags
+
+dvi: dvi-am
+
+dvi-am:
+
+html: html-am
+
+info: info-am
+
+info-am:
+
+install-data-am: install-library_includeHEADERS
+
+install-dvi: install-dvi-am
+
+install-exec-am:
+
+install-html: install-html-am
+
+install-info: install-info-am
+
+install-man:
+
+install-pdf: install-pdf-am
+
+install-ps: install-ps-am
+
+installcheck-am:
+
+maintainer-clean: maintainer-clean-am
+       -rm -rf ./$(DEPDIR)
+       -rm -f Makefile
+maintainer-clean-am: distclean-am maintainer-clean-generic
+
+mostlyclean: mostlyclean-am
+
+mostlyclean-am: mostlyclean-compile mostlyclean-generic \
+       mostlyclean-libtool
+
+pdf: pdf-am
+
+pdf-am:
+
+ps: ps-am
+
+ps-am:
+
+uninstall-am: uninstall-library_includeHEADERS
+
+.MAKE: install-am install-strip
+
+.PHONY: CTAGS GTAGS all all-am check check-am clean clean-generic \
+       clean-libtool clean-noinstLTLIBRARIES ctags distclean \
+       distclean-compile distclean-generic distclean-libtool \
+       distclean-tags distdir dvi dvi-am html html-am info info-am \
+       install install-am install-data install-data-am install-dvi \
+       install-dvi-am install-exec install-exec-am install-html \
+       install-html-am install-info install-info-am \
+       install-library_includeHEADERS install-man install-pdf \
+       install-pdf-am install-ps install-ps-am install-strip \
+       installcheck installcheck-am installdirs maintainer-clean \
+       maintainer-clean-generic mostlyclean mostlyclean-compile \
+       mostlyclean-generic mostlyclean-libtool pdf pdf-am ps ps-am \
+       tags uninstall uninstall-am uninstall-library_includeHEADERS
+
+# Tell versions [3.59,3.63) of GNU make to not export all variables.
+# Otherwise a system limit (for SysV at least) may be exceeded.
+.NOEXPORT:
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/general.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/general.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b8a4a22
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,101 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ * RCS $Id: general.h 247 2011-06-16 11:41:15Z fabian $
+ */
+
+
+#ifndef GENERAL_H
+#define GENERAL_H
+
+
+#include "../clustal/log.h"
+
+/*
+***** Omega definitions************************************
+ FS, 2010-02-19
+*/
+enum {NO = 0, YES};
+enum {BASE10 = 10};
+enum {AMINOACIDS = 20, STATE_TRANSITIONS = 7};
+enum {MAXWORD = 100, MAXLEN = 10000};
+enum {OVER_ALLOCATE = 2};
+enum {FAILURE = -1, OK};
+enum {RETURN_OK = 0, RETURN_FROM_MAC, RETURN_FROM_VITERBI, RETURN_FROM_PRINT_ALI, RETURN_FROM_RNP, RETURN_UNKNOWN};
+enum {REALLY_BIG_MEMORY_MB = 64000};
+enum {F_OFFSET = 1};
+enum {INTERN_ALN_2_HMM = 0, READ_ALN_2_HMM, READ_HMM_2_HMM, INTERN_HMM_2_HMM};
+#define UNITY 1.00
+
+/*#define MIN(a,b) ((a)<(b)?(a):(b))*/
+
+
+/* parameters passed from Clustal-Omega to hhalign; FS, r240 -> */
+typedef struct {
+
+    int iMacRamMB; /* dedicated amount of RAM for Maximum Accuracy (in MB) */
+
+} hhalign_para;
+
+typedef struct {
+  /***public***/
+  int n_display;
+  char **sname;
+  char **seq;
+  int ncons;
+  int nfirst;
+  int nss_dssp;
+  int nsa_dssp;
+  int nss_pred;
+  int nss_conf;
+  int L;
+  int N_in;
+  int N_filtered;
+  float *Neff_M;
+  float *Neff_I;
+  float *Neff_D;
+  float Neff_HMM;
+  char *longname;
+  char name[511];
+  char file[511];
+  char fam[511];
+  char sfam[511];
+  char fold[511];
+  char cl[511];
+  float lamda;
+  float mu;
+  /***private***/
+  float **f;
+  float **g;
+  float **p;
+  float **tr;
+  float **linTr;
+  char trans_lin;
+  char *ss_dssp;
+  char *sa_dssp;
+  char *ss_pred;
+  char *ss_conf;
+  char *Xcons;
+  float pav[20];
+  float pnul[20];
+  int *l;
+
+} hmm_light;
+
+
+#endif
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hash-C.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hash-C.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..24b7815
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,594 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ * RCS $Id: hash-C.h 143 2010-10-14 13:11:14Z andreas $
+ */
+
+// hash.C
+// Class for Hash data structure 
+// * works in the same way as a hash in Perl
+// * keys are strings of type char*
+// * data elements are of type Typ 
+// * objects have to be declared with maximal size, e.g. Hash hash1(10000) (num_slots should not be a power of 2)
+// * works also if maximal size is exceeded, but gets slower by a factor ~num_keys/num_slots 
+
+/*
+ * RCS $Id: hash-C.h 143 2010-10-14 13:11:14Z andreas $
+ */
+
+#ifndef HASH
+#define HASH
+
+#ifndef MAIN
+#include <iostream>   // cin, cout, cerr
+#include <cstdio>     // printf
+#include <stdlib.h>   // exit
+#include <string>     // strcmp, strstr
+#include <math.h>     // sqrt, pow
+#include <limits.h>   // INT_MIN
+#include <float.h>    // FLT_MIN
+#include <ctype.h>    // islower, isdigit etc
+#include <time.h>     // clock
+#include <errno.h>    // perror()
+using std::cout;
+using std::cerr;
+using std::endl;
+using std::ios;
+using std::ifstream;
+using std::ofstream;
+#endif
+
+#ifndef JLIST
+#define JLIST
+#include "list.h"       // List<Typ>
+#include "list-C.h"    ////////////////////////////////// DEBUG
+#endif
+
+#include "hash.h"
+
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+////////////////////// Methods of class Hash /////////////////////////////////
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//                                Private Methods
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//                        Constructor and Destructor of Hash
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Constructor of class Hash
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template<class Typ> 
+Hash<Typ>::Hash()
+{
+  num_keys=0; max_len=0; prev=curr=num_slots = 0; slot=NULL;
+}
+
+template<class Typ> 
+Hash<Typ>::Hash(int nslots)
+{
+  num_keys=0; max_len=0; prev=curr=num_slots = nslots;
+  slot = new Slot<Typ>*[num_slots];             //Create array of num_slots slots
+  for (int i=0; i<num_slots; i++) slot[i]=NULL; //set pointers to NULL
+  fail = static_cast<Typ>(0);
+}
+
+template<class Typ> 
+Hash<Typ>::Hash(int nslots, Typ f)
+{
+  num_keys=0; max_len=0; prev=curr=num_slots = nslots;
+  slot = new Slot<Typ>*[num_slots];             //Create array of num_slots slots
+  for (int i=0; i<num_slots; i++) slot[i]=NULL; //set pointers to NULL
+  fail=f;
+}
+
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Destructor of class Hash
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template<class Typ> 
+Hash<Typ>::~Hash()
+{
+  RemoveAll();
+  delete[] slot; slot = NULL;
+}
+
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Hash function
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template<class Typ> 
+inline unsigned int Hash<Typ>::HashValue(char* key)  //returns the hash value for key 
+    {
+      // Calculate a hash value by the division method: 
+      // Transform key into a natural number k = sum ( key[i]*128^(L-i) ) and calculate i= k % num_slots. 
+      // Since calculating k would lead to an overflow, i is calculated iteratively 
+      // and at each iteration the part divisible by num_slots is subtracted, i.e. (% num_slots is taken).
+      if (key==NULL) {printf("Warning from hash.C: key=NULL\n"); return 0;}
+      unsigned int i=0;     // Start of iteration: k is zero
+      char* c = key;
+      while(*c) i = ((i<<7) + *(c++)) % num_slots; 
+      key_len = c - key;
+      //   cerr<<"      Hash value for \'"<<key<<"\' is "<<i<<"\n";
+      return i;
+    }
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Create new hash (and delete any data present)
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template<class Typ> 
+void Hash<Typ>::New(int nslots, Typ f)
+{
+  fail=f; 
+  RemoveAll(); 
+  delete[] slot; slot = NULL;
+  num_keys=0; max_len=0; prev=curr=num_slots = nslots;
+  slot = new Slot<Typ>*[num_slots];             //Create array of num_slots slots
+  for (int i=0; i<num_slots; i++) slot[i]=NULL; //set pointers to NULL
+}
+
+
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//                  Methods that work with a key supplied as an argument 
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Return data element for key. Returns 'fail' if key does not exist 
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template<class Typ> 
+Typ Hash<Typ>::Show(char* key)
+{
+  Slot<Typ>* pslot;
+  int i = HashValue(key);
+
+  pslot = slot[i];
+  if (!pslot) return fail;
+  pslot->Reset();
+  do{
+    if(!strcmp(pslot->ReadNext().key,key)) return pslot->ReadCurrent().data;
+  } while(!pslot->End());
+  return fail;
+}
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Add/replace key/data pair to hash and return address of data element
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template<class Typ>
+Typ* Hash<Typ>::Add(char* key, Typ data)
+{
+  Pair<Typ>* pairp;
+  Slot<Typ>* pslot;
+  int i = HashValue(key);
+
+  pslot = slot[i];
+  if (!pslot) { num_keys++; KeyLen(); slot[i]=new(Slot<Typ>); return slot[i]->Push(key_len,key,data);}
+  pslot->Reset();
+  do
+    {
+      pairp = pslot->ReadNextAddress();
+      if(!strcmp(pairp->key,key))
+        {
+          pairp->data=data;
+          pslot->Overwrite(*pairp);
+          return &(pairp->data);
+        }
+    } while(!pslot->End());
+  num_keys++;
+  KeyLen();
+  return pslot->Push(key_len,key,data);
+}
+
+
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Add key to hash and return address of data element. 
+// If key exists leave data element unchanged, else set it to 'fail'.
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template<class Typ>
+Typ* Hash<Typ>::Add(char* key)
+{
+  Slot<Typ>* pslot;
+  int i = HashValue(key);
+
+  pslot = slot[i];
+  if (!pslot) { num_keys++; KeyLen(); slot[i]=new(Slot<Typ>); return slot[i]->Push(key_len,key,fail);}
+  pslot->Reset();
+  do
+    {
+      if(!strcmp(pslot->ReadNext().key,key))
+        {
+          return &((pslot->ReadCurrentAddress())->data);
+        }
+    } while(!pslot->End());
+  num_keys++;
+  KeyLen();
+  return pslot->Push(key_len,key,fail);
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Remove key from hash and return data element for key ('fail' if key does not exist)
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template<class Typ> 
+Typ Hash<Typ>::Remove(char* key)
+{
+  Slot<Typ>* pslot;
+  int i = HashValue(key);
+
+  pslot = slot[i];
+  if (!pslot) return fail;
+  pslot->Reset();
+  do
+    {
+      if(!strcmp(pslot->ReadNext().key,key)) 
+       {
+         num_keys--; 
+         pslot->Delete();
+         // if key was the only element in pslot then delete whole list
+         if (pslot->Size()==0) {delete pslot; pslot = NULL;slot[i]=0;} 
+         return pslot->ReadCurrent().data;
+       } 
+    } while(!pslot->End()); 
+  return fail;
+}
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Remove all keys from hash;
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template<class Typ> 
+void Hash<Typ>::RemoveAll()
+{
+  for(int i=0; i<num_slots; i++) 
+    if(slot[i]) {delete slot[i]; slot[i]=NULL;}
+  num_keys=0;
+  max_len=0;
+  curr=prev=num_slots;
+}
+
+
+
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//                  Methods that work with an internal "current key":
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Return data of next key. Return 'fail' data and empty key if at end  
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template<class Typ> 
+Typ Hash<Typ>::ReadNext()
+{
+  Pair<Typ>* pairp;
+  Slot<Typ>* pslot;
+
+  if (curr>=num_slots) {return fail;}
+  pslot = slot[curr];  // current list is never empty, except when current=num_slots
+  pairp = pslot->ReadNextAddress(); 
+  if (pslot->End()) {
+    prev=curr;
+    do   // move on to next non-empty list
+      {
+       if (++curr>=num_slots) return pairp->data;
+       pslot = slot[curr];
+      } while (!pslot);
+    pslot->Reset();
+  }
+  return pairp->data;
+}
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Write next key into variable key and return data. Return 'fail' data and empty key if at end  
+// Attention: 'key' must have memory of at least char[MaxLen()+1] allocated!
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template<class Typ> 
+Typ Hash<Typ>::ReadNext(char* key)
+{
+  Pair<Typ>* pairp;
+  Slot<Typ>* pslot;
+
+  if (curr>=num_slots) {*key='\0'; return fail;}
+  pslot = slot[curr];  // current list is never empty, except when current=num_slots
+  pairp = pslot->ReadNextAddress(); 
+  strcpy(key,pairp->key);
+  if (pslot->End()) {
+    prev=curr;
+    do   // move on to next non-empty list
+      {
+       if (++curr>=num_slots) return pairp->data;
+       pslot = slot[curr];
+      } while (!pslot);
+    pslot->Reset();
+  }
+  return pairp->data;
+}
+
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Return data of current key 
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template<class Typ> 
+Typ Hash<Typ>::ReadCurrent()
+{
+  Pair<Typ>* pairp;
+  Slot<Typ>* pslot;
+
+  curr=prev;
+  if (curr>=num_slots) {return fail;}
+  pslot = slot[curr];  // current list is never empty, except when current=num_slots
+  pairp = &(pslot->ReadCurrent()); 
+  if (pslot->End()) {
+    do   // move on to next non-empty list
+      {
+       if (++curr>=num_slots) return pairp->data;
+       pslot = slot[curr];
+      } while (!pslot);
+    pslot->Reset();
+  }
+  return pairp->data;
+}
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Write key last read into variable key and return data
+// Attention: 'key' must have memory of at least char[MaxLen()+1] allocated!
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template<class Typ> 
+Typ Hash<Typ>::ReadCurrent(char* key)
+{
+  Pair<Typ>* pairp;
+  Slot<Typ>* pslot;
+
+  curr=prev;
+  if (curr>=num_slots) {*key='\0'; return fail;}
+  pslot = slot[curr];  // current list is never empty, except when current=num_slots
+  pairp = &(pslot->ReadCurrent()); 
+  strcpy(key,pairp->key);
+  if (pslot->End()) {
+    do   // move on to next non-empty list
+      {
+       if (++curr>=num_slots) return pairp->data;
+       pslot = slot[curr];
+      } while (!pslot);
+    pslot->Reset();
+  }
+  return pairp->data;
+}
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Remove current key, return data, and advance to next key (after Reset() remove first element)
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template<class Typ> 
+Typ Hash<Typ>::RemoveCurrent()
+{
+  Pair<Typ>* pairp;
+  Slot<Typ>* pslot;
+  curr=prev;
+
+  if (curr>=num_slots) {return fail;}
+  pslot = slot[curr];  // current list is never empty, except when current=num_slots
+  pairp = &(pslot->Delete()); 
+  num_keys--;
+  // if key was the only element in pslot then delete whole list
+  if (pslot->Size()==0) {delete pslot; pslot = NULL; slot[curr]=0;}  
+  if (!pslot || pslot->End()) {
+    do   // move on to next non-empty list
+      {
+       if (++curr>=num_slots) {prev=curr; return pairp->data;}
+       pslot = slot[curr];
+      } while (!pslot);
+    pslot->Reset();
+  }
+  prev=curr;
+  return pairp->data;
+}
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Remove current key, return data, copy current key into key, and advance to next key 
+// (After Reset() remove first element)
+// Attention: 'key' must have memory of at least char[MaxLen()+1] allocated!
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template<class Typ> 
+Typ Hash<Typ>::RemoveCurrent(char* key)
+{
+  Pair<Typ>* pairp;
+  Slot<Typ>* pslot;
+
+  curr=prev;
+  if (curr>=num_slots) {*key='\0'; return fail;}
+  pslot = slot[curr];  // current list is never empty, except when current=num_slots
+  pairp = &(pslot->Delete()); 
+  strcpy(key,pairp->key);
+  num_keys--;
+  // if key was the only element in pslot then delete whole list
+  if (pslot->Size()==0) {delete pslot; pslot = NULL; slot[curr]=0;}  
+  if (!pslot || pslot->End()) {
+    do   // move on to next non-empty list
+      {
+       if (++curr>=num_slots) {prev=curr; return pairp->data;}
+       pslot = slot[curr];
+      } while (!pslot);
+    pslot->Reset();
+  }
+  prev=curr;
+  return pairp->data;
+}
+
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Reset current position to beginning of hash
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template<class Typ> 
+void Hash<Typ>::Reset()
+  {
+    curr=-1;
+    Slot<Typ>* pslot;
+    do
+      {
+       curr++;
+       if (curr>=num_slots) {prev=curr; return;}
+       pslot = slot[curr];
+      } while (!pslot);
+     pslot->Reset();
+     prev=curr;
+     return;
+  }
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//            Methods that return usefull information about the data stored in Hash:
+
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Returns 1 if the hash contains key, 0 otherwise 
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template<class Typ> 
+int Hash<Typ>::Contains(char* key)
+{
+  Slot<Typ>* pslot;
+  int i = HashValue(key);
+
+  pslot = slot[i];
+  if (!pslot) return 0;
+  pslot->Reset();
+  do{
+    if(!strcmp(pslot->ReadNext().key,key)) return 1;
+  } while(!pslot->End());
+  return 0;
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//print out list of keys and data
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template<class Typ> 
+void Hash<Typ>::Print()
+{
+  char key[MaxLen()+1];
+
+  cout<<"\nPrint hash:\n";
+  Reset();
+  while(!End()) 
+    cout<<key<<"->"<<ReadNext(key)<<"\n";
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//Print out hash with internal representation as array 
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template<class Typ> 
+void Hash<Typ>::DebugPrint()
+{
+  Pair<Typ>* pairp;
+  Slot<Typ>* pslot;
+
+  cout<<"\n";
+  cout<<"Debug-print hash:";
+  for(int i=0; i<num_slots; i++)
+    {
+      pslot = slot[i];
+      if (pslot) 
+       {
+         cout<<"\nhash value "<<i;
+         pslot->Reset();
+         while(!pslot->End())
+           {
+             pairp = pslot->ReadNextAddress(); 
+             cout<<"  "<<pairp->key<<"->"<<pairp->data;
+           }
+       }
+    }
+  cout<<"\n\n";
+  return;
+}
+
+
+
+#endif /* HASH */
+
+
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Main program: test class Hash
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//  int main()
+//  {
+//    Hash<int> ihash(5);
+//    char* key=new char[128];
+//    int data;
+
+//    ihash.Fail(1000);
+//    ihash.Add("So many monsters",36);
+//    ihash.Add("So many chickens",25);
+
+// //    cerr<<"Address of ihash(\"So many monsters\") is "<<ihash("So many monsters")<<"\n";
+// //    cerr<<"Address of ihash(\"So many monsters\") is "<<ihash("So many monsters")<<"\n";
+// //    *ihash("So many monsters")=2;
+// //    (*ihash("So many monsters"))++;
+// //    (*ihash("So many monsters"))++;
+//    cout<<"Size of hash="<<ihash.Size()<<"\n";
+//    ihash.DebugPrint();
+//    ihash.Print();
+   
+//    strcpy(key,"Some more monsters");
+//    ihash.Add(key,3);
+//    strcpy(key,"Even more monsters");
+//    ihash.Add(key,7);
+//    cout<<"Size of hash="<<ihash.Size()<<"\n";
+//    cout<<"Maximum key length = "<<ihash.MaxLen()<<"\n";
+//    ihash.Print();
+   
+//    cout<<"ihash.Remove(\"Even more monsters\") returns "<<ihash.Remove("Even more monsters")<<"\n";
+//    ihash.Print();
+
+
+//    cout<<"ihash.Remove(\"More monsters\") returns "<<ihash.Remove("More monsters")<<"\n";
+//    ihash.Add("So many chickens",999);
+//    ihash.Add("So many monster",1);
+//    ihash.Print();
+
+//    cout<<"So many chickens:"<<ihash.Show("So many chickens")<<"\n";
+//    cout<<"Size of hash="<<ihash.Size()<<"\n";
+
+
+
+//    ihash.Reset();
+//    while (!ihash.End())
+//      {
+//        data = ihash.ReadNext(key);
+//        cout<<" "<<key<<"->"<<data<<endl;
+//        data = ihash.ReadCurrent(key);
+//        cout<<" "<<key<<"->"<<data<<endl;
+//      }
+//    cout<<"Removing all keys..."<<endl;
+//    cout<<"Size of hash="<<ihash.Size()<<"\n";
+//    ihash.Reset();
+//    while (ihash.Size())
+//      {
+//        data = ihash.RemoveCurrent(key);
+//        cout<<" "<<key<<"->"<<data<<"\n";
+//        cout<<"Size of hash="<<ihash.Size()<<"\n";
+//      }
+
+//    ihash.ReadCurrent(key);
+
+//    ihash.Print();
+//    return 0;
+//  }
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hash.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hash.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..d15eef1
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,199 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ * RCS $Id: hash.h 143 2010-10-14 13:11:14Z andreas $
+ */
+
+// Class for Hash data structure 
+// * works in the same way as a hash in Perl
+// * keys are strings of type char*
+// * data elements are of type Typ 
+// * objects have to be declared with maximal size, e.g. Hash hash1(10000) (num_slots should not be a power of 2)
+// * works also if maximal size is exceeded, but gets slower by a factor ~num_keys/num_slots 
+//
+// Applications
+// * fast storage and retrieval of data by a key
+// * fast check if a string occurs in a list of strings (data field not used)
+//
+// Time complexity: (L is the length of the key string)
+// * Show(key), Add(key), Remove(key): O(L) for calculating hash value & compare keys in slot list
+// * ReadNext, ReadCurrent, RemoveCurrent: O(L) for copying key into returned string
+// * Contains: O(L) for calculating hash value
+// * Size, MaxLen, Reset: O(1)
+// * RemoveAll(), Hash() and ~Hash(): O(num_slots)
+//
+// Memory complexity: ~3*num_keys*(datasize+12bytes) + num_slots*4bytes + total added length of keys (including \0)
+//
+// Implementation:
+// Hash is an array of pointers to lists of size num_slots. The lists, called slots, contain key/data pairs. 
+// When a key/data pair is added (e.g. with Add()) the array index i for the key (0<=i<num_slots) 
+// is calculated with the HashValue() function. 
+// When data is to be retrieved for key (e.g. with Show()) the hash value for key is calculated and
+// the corresponding list (=slot) is searched for the occurence of the key. 
+// Array elements of hash values that have no keys associated yet contain the null pointer 
+// for faster rejection of undefined keys.
+// 
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Declaration of Pair, consisting of a key string and a data element of type Typ 
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+template<class Typ> 
+class Pair
+{
+public:
+  char* key;             //hash key
+  Typ data;              //data for key
+  Pair() {}
+  Pair(char* k, Typ& d) {key = new char[strlen(k)+1]; strcpy(key,k); data=d;}
+  Pair(int& l, char* k, Typ& d) {key = new char[l+1]; strcpy(key,k); data=d;}
+};
+
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Declaration of Slot, a list of key/data pairs
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template<class Typ>
+class Slot : public List< Pair<Typ> >
+{
+public:
+  //Destructor of Slot deletes whole list TOGETHER WITH THE KEY STRINGS
+  ~Slot() {this->Reset(); while (!this->End()) delete[] this->Pop().key; }
+  
+  // Push key/data pair onto slot list and return address of data element
+  // Attention: l must be at least length of key
+  inline Typ* Push(int& l, char* key, Typ& data)
+  {
+    Pair<Typ> pair(l,key,data);  //create a pair with key/data
+    return &(List<Pair<Typ> >::Push(pair)->data);
+  }
+};
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Declaration of Hash, an array of slots, i.e. pointers to lists of key/data 
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+template<class Typ> 
+class Hash  
+{
+private:
+  int num_slots;         //number of slots in slot[]. num_slots is set with the constructor
+  int curr;              //index of current slot
+  int prev;              //index of slot from previous ReadNext() 
+  int num_keys;          //total number of keys in hash
+  int max_len;           //length of longest key in hash
+  int key_len;           //length of key in argument
+  Typ fail;
+  
+  Slot<Typ>** slot;      //each slot[i] (i<num_slots) points to a list of key/data pairs for this slot
+
+  inline unsigned int HashValue(char* key);  //returns the hash value for key 
+
+public:
+  Hash();
+  Hash(int nslots);
+  Hash(int nslots, Typ n);
+  ~Hash();
+
+  // Set Fail element to be returned when the current key or supplied key are not defined
+  inline void Null(Typ f) {fail=f;}
+  inline void Fail(Typ f) {fail=f;}
+
+  // Set 'fail' element to be returned when the current key or supplied key are not defined (default: 0)
+  void New(int nslots, Typ n=static_cast<Typ>(0)); 
+
+  // Update maximum key length and caculate key_len;
+  inline void KeyLen() {if(key_len>max_len) max_len=key_len; return;}
+
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//                 Methods that work with a key supplied as an argument
+
+  // Return data element for key. Returns 'fail' if key does not exist
+  Typ Show(char* key);
+  inline Typ operator[](char* key) {return Show(key);}
+
+  // Add/replace key/data pair to hash and return address of data element for key
+  Typ* Add(char* key, Typ data);
+
+  // Add key to hash and return address of data element. If key exists leave data element unchanged, else set it to 'fail'.
+  Typ* Add(char* key);
+  inline Typ* operator()(char* key) {return Add(key);} 
+
+  // Remove key from hash and return data element for key ('fail' if key does not exist)
+  Typ Remove(char* key);
+
+  // Remove all keys from hash
+  void RemoveAll();
+
+
+///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//                  Methods that work with an internal "current key":
+// It is set to the first key by Reset() and moves to the next key with ReadNext or RemoveCurrent
+// Note:the methods above (e.g. Store, Show, [], Add, (), etc. DO NOT CHANGE the current key
+
+  // Return data of next key. Return 'fail' data and empty key if at end  
+  Typ ReadNext();
+
+  // Write next key into variable key and return data. Return 'fail' data and empty key if at end  
+  // Attention: 'key' must have memory of at least char[MaxLen()+1] allocated!
+  Typ ReadNext(char* key);
+
+  // Return data of current key 
+  Typ ReadCurrent();
+
+  // Write key last read into variable key and return data
+  // Attention: 'key' must have memory of at least char[MaxLen()+1] allocated!
+  Typ ReadCurrent(char* key);
+
+  // Remove current key, return data and advance to next key 
+  Typ RemoveCurrent();
+
+  // Remove current key, return data, copy current key into key, and advance to next key 
+  // (After Reset() remove first element)
+  // Attention: 'key' must have memory of at least char[MaxLen()+1] allocated!
+  Typ RemoveCurrent(char* key);
+
+  // Reset readout of keys to beginning of hash
+  void Reset(); 
+
+  // Returns 1 if the current key has arrived at the end, 0 otherwise
+  int End() {return (curr>=num_slots);}
+
+
+
+///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//            Methods that return usefull information about the data stored in Hash:
+
+  // Returns 1 if the hash contains key, 0 otherwise 
+  int Contains(char* key);
+
+  // Return number of slots
+  int Size()  {return num_keys;}  
+
+  // Return length of longest key INCLUDING DELETED KEYS (excluding \0)
+  int MaxLen()  {return max_len;}  
+
+  //print out list of keys and data
+  void Print();
+
+  //Print out hash with internal representation as array 
+  void DebugPrint();
+};
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhalign.cpp b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhalign.cpp
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c2f7329
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1375 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: hhalign.cpp 250 2011-06-17 13:06:20Z fabian $
+ */
+
+/* hhalign.C: 
+ * Align a multiple alignment to an alignment or HMM 
+ * Print out aligned input sequences in a3m format
+ * Compile:              g++ hhalign.C -o hhalign -I/usr/include/ -L/usr/lib -lpng -lz -O3 -fno-strict-aliasing 
+ * Compile with efence:  g++ hhalign.C -o hhalign -I/usr/include/ -lefence -L/usr/lib -lpng -lz -O -g  
+ * 
+ * Error codes: 0: ok  1: file format error  2: file access error  
+ *              3: memory error  4: internal numeric error  
+ *              5: command line error
+ */
+#undef PNG           /* include options for making png files? 
+                       (will need the png library) */
+#define MAIN
+#include <iostream>   // cin, cout, cerr
+#include <fstream>    // ofstream, ifstream 
+#include <string.h>     // strcmp, strstr
+#include <stdio.h>    // printf
+#include <stdlib.h>   // exit
+#include <math.h>     // sqrt, pow
+#include <limits.h>   // INT_MIN
+#include <float.h>    // FLT_MIN
+#include <time.h>     // clock
+#include <ctype.h>    // islower, isdigit etc
+
+using std::cout;
+using std::cerr;
+using std::endl;
+using std::ios;
+using std::ifstream;
+using std::ofstream;
+
+int iAux_GLOBAL;
+
+#include "general.h"
+#include "util-C.h"     /* imax, fmax, iround, iceil, ifloor, strint, strscn, 
+                        strcut, substr, uprstr, uprchr, Basename etc. */
+#include "list-C.h"     // list data structure
+#include "hash-C.h"     // hash data structure
+
+#include "hhdecl-C.h"      // Constants, global variables, struct Parameters
+#include "hhutil-C.h"      /* MatchChr, InsertChr, aa2i, i2aa, log2, 
+                           fast_log2, WriteToScreen, */
+#include "hhmatrices-C.h"  // BLOSUM50, GONNET, HSDM
+#include "hhhmm.h"       // class HMM
+#include "hhhit.h"       // class Hit
+#include "hhalignment.h" // class Alignment
+#include "hhhalfalignment.h" // class HalfAlignment
+#include "hhfullalignment.h" // class FullAlignment
+#include "hhhitlist.h"   // class Hit
+#include "hhhmm-C.h"       // class HMM
+#include "hhalignment-C.h" // class Alignment
+#include "hhhit-C.h"       // class Hit
+#include "hhhalfalignment-C.h" // class HalfAlignment
+#include "hhfullalignment-C.h" // class FullAlignment
+#include "hhhitlist-C.h"   // class HitList 
+#include "hhfunc-C.h"      // some functions common to hh programs
+
+#ifdef PNG
+#include "pngwriter.h"   //PNGWriter (http://pngwriter.sourceforge.net/)
+#include "pngwriter.cc"  //PNGWriter (http://pngwriter.sourceforge.net/)
+#endif     
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Global variables 
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+HMM *q;                 // Create query HMM with maximum of MAXRES match states
+HMM *t;                 /* Create template HMM with maximum of MAXRES 
+                         match states  */
+Alignment *qali;        /* (query alignment might be needed outside of hhfunc.C 
+                         for -a option) */
+Hit hit;               // Ceate new hit object pointed at by hit
+HitList hitlist;       /* list of hits with one Hit object for each 
+                         pairwise comparison done */
+char aliindices[256];  /* hash containing indices of all alignments 
+                         which to show in dot plot */
+char* dmapfile=NULL;   /* where to write the coordinates for the HTML map file 
+                         (to click the alignments) */
+char* alitabfile=NULL; // where to write pairs of aligned residues
+char* strucfile=NULL;  // where to read structure scores
+char* pngfile=NULL;    // pointer to pngfile
+char* tcfile=NULL;     // TCoffee output file name
+float probmin_tc=0.05; /* 5% minimum posterior probability for printing 
+                         pairs of residues for TCoffee */
+
+int dotW=10;           // average score of dot plot over window [i-W..i+W]
+float dotthr=0.5;      // score threshold for dot plot
+int dotscale=600;      // size scale of dotplot
+char dotali=0;         // show no alignments in dotplot
+float dotsat=0.3;      // saturation of grid and alignments in dot plot
+float pself=0.001;     // maximum p-value of 2nd and following self-alignments
+int Nstochali=0;       // # of stochastically traced alignments in dot plot
+float** Pstruc=NULL;   /* structure matrix which can be multiplied to prob 
+                         ratios from aa column comparisons in Forward() */
+float** Sstruc=NULL;   /* structure matrix which can be added to log odds 
+                         from aa column comparisons in Forward() */
+
+
+
+
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Help functions
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief  general help function, not accessible in Clustal-Omega
+ */
+#if 0
+void 
+help()
+{
+  printf("\n");
+  printf("HHalign %s\n",VERSION_AND_DATE);
+  printf("Align a query alignment/HMM to a template alignment/HMM by HMM-HMM alignment\n");
+  printf("If only one alignment/HMM is given it is compared to itself and the best\n");
+  printf("off-diagonal alignment plus all further non-overlapping alignments above \n");
+  printf("significance threshold are shown.\n");
+  printf("%s",REFERENCE);
+  printf("%s",COPYRIGHT);
+  printf("\n");
+  printf("Usage: %s -i query [-t template] [options]  \n",program_name);
+  printf(" -i <file>     input query alignment  (fasta/a2m/a3m) or HMM file (.hhm)\n");
+  printf(" -t <file>     input template alignment (fasta/a2m/a3m) or HMM file (.hhm)\n");
+#ifdef PNG
+  printf(" -png <file>   write dotplot into PNG-file (default=none)           \n");
+#endif
+  printf("\n");         
+  printf("Output options:                                                           \n");
+  printf(" -o <file>     write output alignment to file\n"); 
+  printf(" -ofas <file>  write alignments in FASTA, A2M (-oa2m) or A3M (-oa3m) format   \n"); 
+  printf(" -a <file>     write query alignment in a3m format to file (default=none)\n");
+  printf(" -aa <file>    append query alignment in a3m format to file (default=none)\n");
+  printf(" -atab <file>  write alignment as a table (with posteriors) to file (default=none)\n");
+  printf(" -v <int>      verbose mode: 0:no screen output  1:only warings  2: verbose\n");
+  printf(" -seq  [1,inf[ max. number of query/template sequences displayed  (def=%i)  \n",par.nseqdis);
+  printf(" -nocons       don't show consensus sequence in alignments (default=show) \n");
+  printf(" -nopred       don't show predicted 2ndary structure in alignments (default=show) \n");
+  printf(" -nodssp       don't show DSSP 2ndary structure in alignments (default=show) \n");
+  printf(" -aliw int     number of columns per line in alignment list (def=%i)\n",par.aliwidth);
+  printf(" -P <float>    for self-comparison: max p-value of alignments (def=%.2g\n",pself);
+  printf(" -p <float>    minimum probability in summary and alignment list (def=%G) \n",par.p);
+  printf(" -E <float>    maximum E-value in summary and alignment list (def=%G)     \n",par.E);
+  printf(" -Z <int>      maximum number of lines in summary hit list (def=%i)       \n",par.Z);
+  printf(" -z <int>      minimum number of lines in summary hit list (def=%i)       \n",par.z);
+  printf(" -B <int>      maximum number of alignments in alignment list (def=%i)    \n",par.B);
+  printf(" -b <int>      minimum number of alignments in alignment list (def=%i)    \n",par.b);
+  printf(" -rank int     specify rank of alignment to write with -a or -aa option (default=1)\n");
+  printf("\n");         
+#ifdef PNG
+  printf("Dotplot options:\n");
+  printf(" -dwin <int>   average score in dotplot over window [i-W..i+W] (def=%i)      \n",dotW);
+  printf(" -dthr <float> score threshold for dotplot (default=%.2f)                    \n",dotthr);
+  printf(" -dsca <int>   if value <= 20: size of dot plot unit box in pixels           \n");
+  printf("               if value > 20: maximum dot plot size in pixels (default=%i)   \n",dotscale);
+  printf(" -dali <list>  show alignments with indices in <list> in dot plot            \n");
+  printf("               <list> = <index1> ... <indexN>  or  <list> = all              \n");
+  printf("\n");         
+#endif
+  printf("Filter input alignment (options can be combined):                         \n");
+  printf(" -id   [0,100] maximum pairwise sequence identity (%%) (def=%i)   \n",par.max_seqid);
+  printf(" -diff [0,inf[ filter most diverse set of sequences, keeping at least this    \n");
+  printf("               many sequences in each block of >50 columns (def=%i)\n",par.Ndiff);
+  printf(" -cov  [0,100] minimum coverage with query (%%) (def=%i) \n",par.coverage);
+  printf(" -qid  [0,100] minimum sequence identity with query (%%) (def=%i) \n",par.qid);
+  printf(" -qsc  [0,100] minimum score per column with query  (def=%.1f)\n",par.qsc);
+//   printf(" -csc  [0,100] minimum score per column with core alignment (def=%-.2f)\n",par.coresc);
+//   printf(" -qscc [0,100] minimum score per column of core sequence with query (def=%-.2f)\n",par.qsc_core);
+  printf("\n");         
+  printf("Input alignment format:                                                     \n");
+  printf(" -M a2m        use A2M/A3M (default): upper case = Match; lower case = Insert;\n");         
+  printf("               '-' = Delete; '.' = gaps aligned to inserts (may be omitted)   \n");
+  printf(" -M first      use FASTA: columns with residue in 1st sequence are match states\n");
+  printf(" -M [0,100]    use FASTA: columns with fewer than X%% gaps are match states   \n");
+  printf("\n");    
+  printf("HMM-HMM alignment options:                                                  \n");
+  printf(" -glob/-loc    global or local alignment mode (def=local)         \n");
+  printf(" -alt <int>    show up to this number of alternative alignments (def=%i)    \n",par.altali);
+  printf(" -vit          use Viterbi algorithm for alignment instead of MAC algorithm \n");
+  printf(" -mac          use Maximum Accuracy (MAC) alignment (default)  \n");
+  printf(" -mact [0,1[   posterior probability threshold for MAC alignment (def=%.3f) \n",par.mact);
+  printf("               A threshold value of 0.0 yields global alignments.\n");
+  printf(" -sto <int>    use global stochastic sampling algorithm to sample this many alignments\n");
+  printf(" -excl <range> exclude query positions from the alignment, e.g. '1-33,97-168'\n");
+  printf(" -shift [-1,1] score offset (def=%-.3f)                                      \n",par.shift);
+  printf(" -corr [0,1]   weight of term for pair correlations (def=%.2f)               \n",par.corr);
+  printf(" -ssm  0-4     0:no ss scoring [default=%i]               \n",par.ssm);
+  printf("               1:ss scoring after alignment                                  \n");
+  printf("               2:ss scoring during alignment                                 \n");
+  printf(" -ssw  [0,1]   weight of ss score  (def=%-.2f)                               \n",par.ssw);
+  printf("\n");
+  printf(" -def          read default options from ./.hhdefaults or <home>/.hhdefault. \n");
+  printf("\n");
+  printf("Example: %s -i T0187.a3m -t d1hz4a_.hhm -png T0187pdb.png \n",program_name);
+  cout<<endl;
+//   printf("More help:                                                         \n");
+//   printf(" -h out        output options                                      \n");
+//   printf(" -h hmm        options for building HMM from multiple alignment    \n");
+//   printf(" -h gap        options for setting gap penalties                   \n");
+//   printf(" -h ali        options for HMM-HMM alignment                       \n");
+//   printf(" -h all        all options \n");
+}
+#endif
+
+/**
+ * @brief  helpt for output, not accessible in Clustal-Omega
+ */
+#if 0
+void 
+help_out()
+{
+  printf("\n");
+  printf("Output options: \n");
+  printf(" -v            verbose mode (default: show only warnings)                 \n");
+  printf(" -v 0          suppress all screen output                                 \n");
+  printf(" -nocons       don't show consensus sequence in alignments (default=show) \n");
+  printf(" -nopred       don't show predicted 2ndary structure in alignments (default=show) \n");
+  printf(" -nodssp       don't show DSSP SS 2ndary structure in alignments (default=show) \n");
+  printf(" -seq  [1,inf[ max. number of query/template sequences displayed  (def=%i)  \n",par.nseqdis);
+  printf(" -aliw [40,..[ number of columns per line in alignment list (def=%i)\n",par.aliwidth);
+  printf(" -P <float>    for self-comparison: max p-value of alignments (def=%.2g\n",pself);
+  printf(" -p <float>    minimum probability in summary and alignment list (def=%G) \n",par.p);
+  printf(" -E <float>    maximum E-value in summary and alignment list (def=%G)     \n",par.E);
+  printf(" -Z <int>      maximum number of lines in summary hit list (def=%i)       \n",par.Z);
+  printf(" -z <int>      minimum number of lines in summary hit list (def=%i)       \n",par.z);
+  printf(" -B <int>      maximum number of alignments in alignment list (def=%i)    \n",par.B);
+  printf(" -b <int>      minimum number of alignments in alignment list (def=%i)    \n",par.b);
+  printf(" -rank int     specify rank of alignment to write with -a or -aa option (def=1)\n");
+  printf(" -tc <file>    write a TCoffee library file for the pairwise comparison   \n");         
+  printf(" -tct [0,100]  min. probobability of residue pairs for TCoffee (def=%i%%)\n",iround(100*probmin_tc));         
+  printf("\n");         
+#ifdef PNG
+  printf("Dotplot options:\n");
+  printf(" -dwin int     average score in dotplot over window [i-W..i+W] (def=%i)   \n",dotW);
+  printf(" -dthr float   score threshold for dotplot (default=%.2f)                 \n",dotthr);
+  printf(" -dsca int     size of dot plot box in pixels  (default=%i)               \n",dotscale);
+  printf(" -dali <list>  show alignments with indices in <list> in dot plot\n");
+  printf("               <list> = <index1> ... <indexN>  or  <list> = all              \n");
+  printf(" -dmap <file>  print list of coordinates in png plot  \n");
+#endif
+}
+#endif
+
+/**
+ * @brief  help hit HMM options, not accessible in Clustal-Omega
+ */
+#if 0
+void 
+help_hmm()
+{
+  printf("\n");
+  printf("Options to filter input alignment (options can be combined):              \n");
+  printf(" -id   [0,100] maximum pairwise sequence identity (%%) (def=%i)   \n",par.max_seqid);
+  printf(" -diff [0,inf[ filter most diverse set of sequences, keeping at least this    \n");
+  printf("               many sequences in each block of >50 columns (def=%i)\n",par.Ndiff);
+  printf(" -cov  [0,100] minimum coverage with query (%%) (def=%i) \n",par.coverage);
+  printf(" -qid  [0,100] minimum sequence identity with query (%%) (def=%i) \n",par.qid);
+  printf(" -qsc  [0,100] minimum score per column with query  (def=%.1f)\n",par.qsc);
+//   printf(" -csc  [0,100] minimum score per column with core alignment (def=%-.2f)\n",par.coresc);
+//   printf(" -qscc [0,100] minimum score per column of core sequence with query (def=%-.2f)\n",par.qsc_core);
+  printf("                                                                          \n");
+  printf("HMM-building options:                                                     \n");
+  printf(" -M a2m        use A2M/A3M (default): upper case = Match; lower case = Insert;\n");         
+  printf("               '-' = Delete; '.' = gaps aligned to inserts (may be omitted)   \n");
+  printf(" -M first      use FASTA: columns with residue in 1st sequence are match states\n");
+  printf(" -M [0,100]    use FASTA: columns with fewer than X%% gaps are match states   \n");
+  printf(" -tags         do NOT neutralize His-, C-myc-, FLAG-tags, and \n");
+  printf("               trypsin recognition sequence to background distribution    \n");
+  printf("                                                                          \n");
+  printf("Pseudocount options:                                                      \n");
+  printf(" -Gonnet       use the Gonnet substitution matrix (default)               \n");
+  printf(" -Blosum50     use the Blosum50 substitution matrix                       \n");
+  printf(" -Blosum62     use the Blosum62 substitution matrix                       \n");
+  printf(" -HSDM         use the structure-derived HSDM substitution matrix         \n");
+  printf(" -pcm  0-3     Pseudocount mode (default=%-i)                             \n",par.pcm);
+  printf("               tau = substitution matrix pseudocount admixture            \n");
+  printf("               0: no pseudo counts:     tau = 0                           \n");
+  printf("               1: constant              tau = a                           \n");
+  printf("               2: divergence-dependent: tau = a/(1 + ((Neff-1)/b)^c)       \n");
+  printf("                  Neff=( (Neff_q^d+Neff_t^d)/2 )^(1/d)                       \n");
+  printf("                  Neff_q = av number of different AAs per column in query  \n");
+  printf("               3: column-specific:      tau = \'2\' * (Neff(i)/Neff)^(w*Neff/20)\n");
+  printf(" -pca  [0,1]   set a (overall admixture) (def=%-.1f)                      \n",par.pca);
+  printf(" -pcb  [1,inf[ set b (threshold for Neff) (def=%-.1f)                      \n",par.pcb);
+  printf(" -pcc  [0,3]   set c (extinction exponent for tau(Neff))  (def=%-.1f)      \n",par.pcc);
+  printf(" -pcw  [0,3]   set w (weight of pos-specificity for pcs) (def=%-.1f)      \n",par.pcw);
+}
+#endif
+
+/**
+ * @brief  help with gap handling, not accessible in Clustal-Omega
+ */
+#if 0
+void 
+help_gap()
+{
+  printf("\n");
+  printf("Gap cost options:                                                         \n");
+  printf(" -gapb [0,inf[ transition pseudocount admixture (def=%-.2f)               \n",par.gapb);
+  printf(" -gapd [0,inf[ Transition pseudocount admixture for opening gap (default=%-.2f)\n",par.gapd);
+  printf(" -gape [0,1.5] Transition pseudocount admixture for extending gap (def=%-.1f)\n",par.gape);
+  printf(" -gapf ]0,inf] factor for increasing/reducing the gap open penalty for deletes (def=%-.2f)\n",par.gapf);
+  printf(" -gapg ]0,inf] factor for increasing/reducing the gap open penalty for deletes (def=%-.2f)\n",par.gapg);
+  printf(" -gaph ]0,inf] factor for increasing/reducing the gap extension penalty for deletes(def=%-.2f)\n",par.gaph);
+  printf(" -gapi ]0,inf] factor for increasing/reducing the gap extension penalty for inserts(def=%-.2f)\n",par.gapi);
+  printf(" -egq  [0,inf[ penalty (bits) for end gaps aligned to query residues (def=%-.2f)\n",par.egq);
+  printf(" -egt  [0,inf[ penalty (bits) for end gaps aligned to template residues (def=%-.2f)\n",par.egt);
+}
+#endif
+
+/**
+ * @brief  help with alignment options, not accessible in Clustal-Omega
+ */
+#if 0
+void 
+help_ali()
+{
+  printf("\n");
+  printf("Alignment options:  \n");
+  printf(" -glob/-loc    global or local alignment mode (def=global)                \n");
+  printf(" -mac          use Maximum Accuracy (MAC) alignment instead of Viterbi\n");
+  printf(" -mact [0,1]   posterior prob threshold for MAC alignment (def=%.3f)      \n",par.mact);
+  printf(" -sto <int>    use global stochastic sampling algorithm to sample this many alignments\n");
+  printf(" -sc   <int>   amino acid score         (tja: template HMM at column j) (def=%i)\n",par.columnscore);
+  printf("        0      = log2 Sum(tja*qia/pa)   (pa: aa background frequencies)    \n");
+  printf("        1      = log2 Sum(tja*qia/pqa)  (pqa = 1/2*(pa+ta) )               \n");
+  printf("        2      = log2 Sum(tja*qia/ta)   (ta: av. aa freqs in template)     \n");
+  printf("        3      = log2 Sum(tja*qia/qa)   (qa: av. aa freqs in query)        \n");
+   printf(" -corr [0,1]   weight of term for pair correlations (def=%.2f)            \n",par.corr);
+  printf(" -shift [-1,1] score offset (def=%-.3f)                                   \n",par.shift);
+  printf(" -r            repeat identification: multiple hits not treated as independent\n");
+  printf(" -ssm  0-2     0:no ss scoring [default=%i]               \n",par.ssm);
+  printf("               1:ss scoring after alignment                               \n");
+  printf("               2:ss scoring during alignment                              \n");
+  printf(" -ssw  [0,1]   weight of ss score compared to column score (def=%-.2f)    \n",par.ssw);
+  printf(" -ssa  [0,1]   ss confusion matrix = (1-ssa)*I + ssa*psipred-confusion-matrix [def=%-.2f)\n",par.ssa);
+}
+#endif
+
+/**
+ * @brief  general help menu, not accessible in Clustal-Omega
+ */
+#if 0
+void 
+help_all()
+{
+  help();
+  help_out();
+  help_hmm();
+  help_gap();
+  help_ali();
+  printf("\n");
+  printf("Default options can be specified in './.hhdefaults' or '~/.hhdefaults'\n");
+}
+#endif
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//// Processing input options from command line and .hhdefaults file
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief  process arguments from commandline, not accessible from Clustal-Omega
+ */
+#if 0
+void 
+ProcessArguments(int argc, char** argv)
+{
+  //Processing command line input
+  for (int i=1; i<argc; i++)
+    { 
+      if (v>=4) cout<<i<<"  "<<argv[i]<<endl; //PRINT
+      if (!strcmp(argv[i],"-i"))
+       {
+         if (++i>=argc || argv[i][0]=='-') 
+           {help(); cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no query file following -i\n"; exit(4);}
+         else strcpy(par.infile,argv[i]);
+       }
+      else if (!strcmp(argv[i],"-t"))
+       {
+         if (++i>=argc || argv[i][0]=='-') 
+           {help(); cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no template file following -d\n"; exit(4);}
+         else strcpy(par.tfile,argv[i]); /* FS, ProcessArguments */
+       }
+      else if (!strcmp(argv[i],"-o"))
+       {
+         if (++i>=argc) 
+           {help(); cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no filename following -o\n"; exit(4);}
+         else strcpy(par.outfile,argv[i]);
+       }
+      else if (!strcmp(argv[i],"-ofas"))
+       {
+         par.outformat=1;
+         if (++i>=argc || argv[i][0]=='-') 
+           {help() ; cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no output file following -o\n"; exit(4);}
+         else strcpy(par.pairwisealisfile,argv[i]);
+       }
+      else if (!strcmp(argv[i],"-oa2m"))
+       {
+         par.outformat=2;
+         if (++i>=argc || argv[i][0]=='-') 
+           {help() ; cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no output file following -o\n"; exit(4);}
+         else strcpy(par.pairwisealisfile,argv[i]);
+       }
+      else if (!strcmp(argv[i],"-oa3m"))
+       {
+         par.outformat=3;
+         if (++i>=argc || argv[i][0]=='-') 
+           {help() ; cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no output file following -o\n"; exit(4);}
+         else strcpy(par.pairwisealisfile,argv[i]);
+       }
+      else if (!strcmp(argv[i],"-rank") && (i<argc-1)) par.hitrank=atoi(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-Oa3m"))
+       {
+         par.append=0;
+         if (++i>=argc || argv[i][0]=='-') 
+           {help() ; cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no output file following -Oa3m\n"; exit(4);}
+         else strcpy(par.alnfile,argv[i]);
+       }
+      else if (!strcmp(argv[i],"-Aa3m"))
+       {
+         par.append=1;
+         if (++i>=argc || argv[i][0]=='-') 
+           {help() ; cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no output file following -Aa3m\n"; exit(4);}
+         else strcpy(par.alnfile,argv[i]);
+       }
+      else if (!strcmp(argv[i],"-Ohhm"))
+       {
+         par.append=0;
+         if (++i>=argc || argv[i][0]=='-') 
+           {help() ; cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no output file following -Ohhm\n"; exit(4);}
+         else strcpy(par.hhmfile,argv[i]);
+       }
+      else if (!strcmp(argv[i],"-Ahhm"))
+       {
+         par.append=1;
+         if (++i>=argc || argv[i][0]=='-') 
+           {help() ; cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no output file following -Ahhm\n"; exit(4);}
+         else strcpy(par.hhmfile,argv[i]);
+       }
+      else if (!strcmp(argv[i],"-Opsi"))
+       {
+         par.append=0;
+         if (++i>=argc || argv[i][0]=='-') 
+           {help() ; cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no output file following -Opsi\n"; exit(4);}
+         else strcpy(par.psifile,argv[i]);
+       }
+      else if (!strcmp(argv[i],"-Apsi"))
+       {
+         par.append=1;
+         if (++i>=argc || argv[i][0]=='-') 
+           {help() ; cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no output file following -Apsi\n"; exit(4);}
+         else strcpy(par.psifile,argv[i]);
+       }
+      else if (!strcmp(argv[i],"-png"))
+       {
+         if (++i>=argc) 
+           {help(); cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no filename following -png\n"; exit(4);}
+         else 
+           {
+             pngfile = new(char[strlen(argv[i])+1]);
+             strcpy(pngfile,argv[i]);
+           }
+       }
+      else if (!strcmp(argv[i],"-Struc"))
+       {
+         if (++i>=argc || argv[i][0]=='-') 
+           {help(); cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no query file following -Struc\n"; exit(4);}
+         else 
+           {
+             strucfile = new(char[strlen(argv[i])+1]);
+             strcpy(strucfile,argv[i]);
+           }
+       }
+      else if (!strcmp(argv[i],"-atab") || !strcmp(argv[i],"-Aliout"))
+       {
+         if (++i>=argc || argv[i][0]=='-') 
+           {help(); cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no query file following -Struc\n"; exit(4);}
+         else 
+           {
+             alitabfile = new(char[strlen(argv[i])+1]);
+             strcpy(alitabfile,argv[i]);
+           }
+       }
+      else if (!strcmp(argv[i],"-tc"))
+       {
+         if (++i>=argc || argv[i][0]=='-') 
+           {help() ; cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no output file following -Opsi\n"; exit(4);}
+         else 
+           {
+             tcfile = new(char[strlen(argv[i])+1]);
+             strcpy(tcfile,argv[i]);
+           }
+       }
+      else if (!strcmp(argv[i],"-h")|| !strcmp(argv[i],"--help"))
+       {
+         if (++i>=argc) {help(); exit(0);} 
+         if (!strcmp(argv[i],"out")) {help_out(); exit(0);} 
+         if (!strcmp(argv[i],"hmm")) {help_hmm(); exit(0);} 
+         if (!strcmp(argv[i],"gap")) {help_gap(); exit(0);} 
+         if (!strcmp(argv[i],"ali")) {help_ali(); exit(0);} 
+         if (!strcmp(argv[i],"all")) {help_all(); exit(0);} 
+         else {help(); exit(0);}
+       }
+      else if (!strcmp(argv[i],"-excl"))
+       {
+         if (++i>=argc) {help(); exit(4);} 
+         par.exclstr = new(char[strlen(argv[i])+1]);
+         strcpy(par.exclstr,argv[i]);
+       }
+      else if (!strcmp(argv[i],"-v") && (i<argc-1) && argv[i+1][0]!='-' ) v=atoi(argv[++i]);
+      else if (!strcmp(argv[i],"-v"))  v=2;
+      else if (!strcmp(argv[i],"-v0")) v=0;
+      else if (!strcmp(argv[i],"-v1")) v=1;
+      else if (!strcmp(argv[i],"-v2")) v=2;
+      else if (!strcmp(argv[i],"-v3")) v=3;
+      else if (!strcmp(argv[i],"-v4")) v=4;
+      else if (!strcmp(argv[i],"-v5")) v=5;
+      else if (!strcmp(argv[i],"-P") && (i<argc-1)) pself=atof(argv[++i]);
+      else if (!strcmp(argv[i],"-p") && (i<argc-1)) par.p = atof(argv[++i]);
+      else if (!strcmp(argv[i],"-e") && (i<argc-1)) par.E = atof(argv[++i]);
+      else if (!strcmp(argv[i],"-E") && (i<argc-1)) par.E = atof(argv[++i]);
+      else if (!strcmp(argv[i],"-b") && (i<argc-1)) par.b = atoi(argv[++i]);
+      else if (!strcmp(argv[i],"-B") && (i<argc-1)) par.B = atoi(argv[++i]);
+      else if (!strcmp(argv[i],"-z") && (i<argc-1)) par.z = atoi(argv[++i]);
+      else if (!strcmp(argv[i],"-Z") && (i<argc-1)) par.Z = atoi(argv[++i]);
+      else if (!strncmp(argv[i],"-nocons",7)) par.showcons=0;
+      else if (!strncmp(argv[i],"-nopred",7)) par.showpred=0;
+      else if (!strncmp(argv[i],"-nodssp",7)) par.showdssp=0;
+      else if (!strncmp(argv[i],"-mark",7)) par.mark=1;
+      else if (!strcmp(argv[i],"-seq") && (i<argc-1))  par.nseqdis=atoi(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-aliw") && (i<argc-1)) par.aliwidth=atoi(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-id") && (i<argc-1))   par.max_seqid=atoi(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-tct") && (i<argc-1))  probmin_tc=atoi(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-dwin") && (i<argc-1)) dotW=atoi(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-dsca") && (i<argc-1)) dotscale=atoi(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-dthr") && (i<argc-1)) dotthr=atof(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-dali") && (i<argc-1))  
+       {
+         dotali=1; 
+         for (int index=0; index<256; index++) aliindices[index]=0;
+         while (i+1<argc && argv[i+1][0]!='-') // adds index to hash aliindices
+           {
+             i++;
+             if (strcmp(argv[i],"all")) aliindices[atoi(argv[i])]=1;         
+             else dotali=2;
+           }
+       }
+      else if (!strcmp(argv[i],"-dmap"))  
+       {
+         if (++i>=argc) 
+           {help(); cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no filename following -o\n"; exit(4);}
+         else 
+           {
+             dmapfile = new(char[strlen(argv[i])+1]);
+             strcpy(dmapfile,argv[i]);
+           }
+       }
+      else if (!strcmp(argv[i],"-dsat") && (i<argc-1)) dotsat=atof(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-qid") && (i<argc-1))  par.qid=atoi(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-qsc") && (i<argc-1))  par.qsc=atof(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-cov") && (i<argc-1))  par.coverage=atoi(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-diff") && (i<argc-1)) par.Ndiff=atoi(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-qscc") && (i<argc-1))    par.qsc_core=atof(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-csc") && (i<argc-1))     par.coresc=atof(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-Gonnet")) par.matrix=0; 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-HSDM")) par.matrix=1; 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-BLOSUM50")) par.matrix=2; 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-Blosum50")) par.matrix=2; 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-B50")) par.matrix=2; 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-BLOSUM62")) par.matrix=3; 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-Blosum62")) par.matrix=3; 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-B62")) par.matrix=3; 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-pcm") && (i<argc-1)) par.pcm=atoi(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-pca") && (i<argc-1)) par.pca=atof(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-pcb") && (i<argc-1)) par.pcb=atof(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-pcc") && (i<argc-1)) par.pcc=atof(argv[++i]);  
+      else if (!strcmp(argv[i],"-pcw") && (i<argc-1)) par.pcw=atof(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-gapb") && (i<argc-1)) { par.gapb=atof(argv[++i]); if (par.gapb<=0.01) par.gapb=0.01;} 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-gapd") && (i<argc-1)) par.gapd=atof(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-gape") && (i<argc-1)) par.gape=atof(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-gapf") && (i<argc-1)) par.gapf=atof(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-gapg") && (i<argc-1)) par.gapg=atof(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-gaph") && (i<argc-1)) par.gaph=atof(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-gapi") && (i<argc-1)) par.gapi=atof(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-egq") && (i<argc-1)) par.egq=atof(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-egt") && (i<argc-1)) par.egt=atof(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-ssgap")) par.ssgap=1;
+      else if (!strcmp(argv[i],"-ssgapd") && (i<argc-1)) par.ssgapd=atof(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-ssgape") && (i<argc-1)) par.ssgape=atof(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-ssgapi") && (i<argc-1)) par.ssgapi=atoi(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-ssm") && (i<argc-1)) par.ssm=atoi(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-ssw") && (i<argc-1)) par.ssw=atof(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-ssa") && (i<argc-1)) par.ssa=atof(argv[++i]); 
+      else if (!strncmp(argv[i],"-glo",3)) {par.loc=0; if (par.mact>0.3 && par.mact<0.301) {par.mact=0;} }
+      else if (!strncmp(argv[i],"-loc",3)) par.loc=1;
+      else if (!strncmp(argv[i],"-alt",4) && (i<argc-1)) par.altali=atoi(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-map") || !strcmp(argv[i],"-MAP")) par.forward=2; 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-mac") || !strcmp(argv[i],"-MAC")) par.forward=2; 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-vit")) par.forward=0; 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-sto") && (i<argc-1))  {Nstochali=atoi(argv[++i]); par.forward=1;}
+      else if (!strcmp(argv[i],"-r")) par.repmode=1; 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-M") && (i<argc-1)) 
+       if (!strcmp(argv[++i],"a2m") || !strcmp(argv[i],"a3m"))  par.M=1; 
+       else if(!strcmp(argv[i],"first"))  par.M=3; 
+       else if (argv[i][0]>='0' && argv[i][0]<='9') {par.Mgaps=atoi(argv[i]); par.M=2;}
+       else cerr<<endl<<"WARNING: Ignoring unknown argument: -M "<<argv[i]<<"\n";
+      else if (!strcmp(argv[i],"-shift") && (i<argc-1)) par.shift=atof(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-mact") && (i<argc-1)) {par.mact=atof(argv[++i]); par.forward=2;}
+      else if (!strcmp(argv[i],"-wstruc") && (i<argc-1)) par.wstruc=atof(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-opt") && (i<argc-1)) par.opt=atoi(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-sc") && (i<argc-1)) par.columnscore=atoi(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-corr") && (i<argc-1)) par.corr=atof(argv[++i]); 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-def")) par.readdefaultsfile=1; 
+      else if (!strcmp(argv[i],"-ovlp") && (i<argc-1)) par.min_overlap=atoi(argv[++i]);
+      else if (!strcmp(argv[i],"-tags")) par.notags=0;
+      else if (!strcmp(argv[i],"-notags")) par.notags=1;
+      else cerr<<endl<<"WARNING: Ignoring unknown option "<<argv[i]<<" ...\n";
+      if (v>=4) cout<<i<<"  "<<argv[i]<<endl; //PRINT
+    } // end of for-loop for command line input
+}
+#endif
+
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//// MAIN PROGRAM
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ *
+ * hhalign()
+ *
+ * @param[in,out] ppcFirstProf
+ * first profile to be aligned
+ * @param[in] iFirstCnt
+ * number of sequences in 1st profile
+ * @param[in,out] ppcSecndProf
+ * second profile to be aligned
+ * @param[in] iSecndCnt
+ * number of sequences in 2nd profile
+ * @param[out] dScore_p
+ * score of alignment
+ * @param[in] prHMM
+ * HMM info of external HMM (background)
+ * @param[in] pcPrealigned1
+ * (gapped) 1st sequence aligned to background HMM
+ * @param[in] pcRepresent1
+ * (gapped) sequence representing background HMM aligned to 1st sequence
+ * @param[in] pcPrealigned2
+ * (gapped) 2nd sequence aligned to background HMM
+ * @param[in] pcRepresent2
+ * (gapped) sequence representing background HMM aligned to 2nd sequence
+ * @param[in] rHhalignPara,
+ * various parameters passed down from commandline
+ * e.g., iMaxRamMB
+ *
+ * iFlag,zcAux,zcError are debugging arguments
+ *
+ * @return Non-zero on error
+ */
+extern "C" int 
+hhalign(char **ppcFirstProf, int iFirstCnt, double *pdWeightsL,
+        char **ppcSecndProf, int iSecndCnt, double *pdWeightsR,
+        double *dScore_p, hmm_light *prHMM,
+        char *pcPrealigned1, char *pcRepresent1, 
+        char *pcPrealigned2, char *pcRepresent2, 
+        hhalign_para rHhalignPara, 
+        int iFlag,
+        char zcAux[], char zcError[]) {
+
+
+#ifdef CLUSTALO
+    int iRetVal = RETURN_OK;
+    iAux_GLOBAL = iFlag;
+#ifndef CLUSTALO_NOFILE
+    int argc = 0;
+    char **argv = NULL;
+    argv = (char **)malloc(argc*sizeof(char *));
+    for (int i = 0; i < argc; i++){
+        argv[i] = (char *)malloc(100);
+    }
+    strcpy(argv[0], "./hhalign");
+    strcpy(argv[1], "-t");
+    strcpy(argv[2], "hhalign.C");
+    strcpy(argv[3], "-i");
+    strcpy(argv[4], "hhalign.C");
+    strcpy(argv[5], "-ofas");
+    strcpy(argv[6], "out");
+#endif
+#endif
+    /*char* argv_conf[MAXOPT];*/ /* Input arguments from .hhdefaults file 
+      (first=1: argv_conf[0] is not used) */
+    /*int argc_conf;*/           // Number of arguments in argv_conf 
+    /*char inext[IDLEN]="";*/    // Extension of query input file (hhm or a3m) 
+    /*char text[IDLEN]="";*/     // Extension of template input file (hhm or a3m)
+    /*int** ali=NULL;*/          // ali[i][j]=1 if (i,j) is part of an alignment
+    /*int** alisto=NULL;*/       // ali[i][j]=1 if (i,j) is part of an alignment
+    int Nali;                    /* number of normally backtraced alignments 
+                                    in dot plot */
+    
+    SetDefaults(); 
+    strcpy(par.tfile,""); /* FS, Initialise Argument */
+    strcpy(par.alnfile,""); 
+    par.p=0.0 ;                  /* minimum threshold for inclusion in hit list 
+                                    and alignment listing */
+    par.E=1e6;                   /* maximum threshold for inclusion in hit list 
+                                    and alignment listing */
+    par.b=1;                     // min number of alignments
+    par.B=100;                   // max number of alignments
+    par.z=1;                     // min number of lines in hit list
+    par.Z=100;                   // max number of lines in hit list
+    par.append=0;                /* append alignment to output file 
+                                    with -a option */
+    par.altali=1;                /* find only ONE (possibly overlapping) 
+                                    subalignment  */
+    par.hitrank=0;               /* rank of hit to be printed as a3m alignment 
+                                    (default=0) */
+    par.outformat=3;             // default output format for alignment is a3m
+    hit.self=0;                  // no self-alignment
+    par.forward=2;               /* 0: Viterbi algorithm; 
+                                    1: Viterbi+stochastic sampling; 
+                                    2:Maximum Accuracy (MAC) algorithm */
+    
+    // Make command line input globally available
+#ifndef CLUSTALO_NOFILE
+    par.argv=argv; 
+    par.argc=argc;
+    RemovePathAndExtension(program_name,argv[0]); 
+#endif
+    
+#ifndef CLUSTALO_NOFILE
+    /* Enable changing verbose mode before defaults file 
+       and command line are processed */
+    for (int i=1; i<argc; i++)
+        { 
+            if (!strcmp(argv[i],"-def")) par.readdefaultsfile=1;
+            else if (argc>1 && !strcmp(argv[i],"-v0")) v=0;
+            else if (argc>1 && !strcmp(argv[i],"-v1")) v=1;
+            else if (argc>2 && !strcmp(argv[i],"-v")) v=atoi(argv[i+1]);
+        }
+    
+    // Read .hhdefaults file?
+    if (par.readdefaultsfile) 
+        {
+            // Process default otpions from .hhconfig file
+            ReadDefaultsFile(argc_conf,argv_conf);
+            ProcessArguments(argc_conf,argv_conf);
+        }
+#endif
+    /* Process command line options 
+       (they override defaults from .hhdefaults file) */
+#ifndef CLUSTALO_NOFILE
+    ProcessArguments(argc,argv);
+#endif
+    
+    
+#ifdef CLUSTALO
+    int iAuxLen1 = strlen(ppcFirstProf[0]);
+    int iAuxLen2 = strlen(ppcSecndProf[0]); 
+    if ( (0 == iAuxLen1) || (0 == iAuxLen2) ){ /* problem with empty profiles, FS, r249 -> r250 */
+        sprintf(zcError, "%s:%s:%d: strlen(prof1)=%d, strlen(prof2)=%d -- Nothing to align!\n",
+                __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, iAuxLen1, iAuxLen2);
+        iRetVal = RETURN_UNKNOWN;
+        /* Note: at this stage cannot do   'goto this_is_the_end;' 
+           because would cross initialisation of several variables   */
+        return iRetVal;
+    }
+    par.maxResLen  = iAuxLen1 > iAuxLen2 ? iAuxLen1 : iAuxLen2;
+    const int ciGoodMeasureSeq = 10;
+    par.maxResLen += ciGoodMeasureSeq;
+    par.maxColCnt  = iAuxLen1 + iAuxLen2 + ciGoodMeasureSeq;
+    //par.max_seqid=iFirstCnt+iSecndCnt+3; /* -id     */
+    par.max_seqid=DEFAULT_FILTER;        /* -id     */
+    par.loc=0; par.mact=0;              /* -glob   */
+    par.nseqdis=iFirstCnt+iSecndCnt;   /* -seq    */
+    par.showcons=0;                   /* -nocons */
+    par.showdssp=0;                  /* -nodssp */
+    par.Mgaps=100;                  /* -M      */
+    par.M=2;                       /* -M      */
+    par.pdWg1=pdWeightsL;         /* tree wg */
+    par.pdWg2=pdWeightsR;        /* tree wg */
+    v = 0;                      /* -v0     */
+    /* NOTE: *qali declared globally but only created here,
+       pass in number of sequences to get rid of statically 
+       defined MAXSEQ (FS)
+    */
+    Alignment qali(iFirstCnt+iSecndCnt);
+    HMM q(iFirstCnt+iSecndCnt);
+    HMM t(iFirstCnt+iSecndCnt);
+#endif
+    
+    
+#ifndef CLUSTALO_NOFILE
+    // Check command line input and default values
+    if (!*par.infile) 
+        {help(); cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no query alignment file given (-i file)\n"; exit(4);}
+    if (par.forward==2 && par.loc==0) 
+        {
+            if (par.mact<0.301 || par.mact>0.300) 
+                if (v>=1) fprintf(stderr,"REMARK: in -mac -global mode -mact is forced to 0\n");
+            par.mact=0;
+            //       par.loc=1; // global forward-backward algorithm seems to work fine! use it in place of local version.
+        }
+    
+    // Get rootname (no directory path, no extension) and extension of infile
+    RemoveExtension(q.file,par.infile);
+    RemoveExtension(t.file,par.tfile); /* FS, NOFILE2 (commented out) */
+    Extension(inext,par.infile); 
+    Extension(text,par.tfile); /*FS, NOFILE2 (commented out) */
+    
+    // Check option compatibilities
+    if (par.nseqdis>MAXSEQDIS-3-par.showcons) par.nseqdis=MAXSEQDIS-3-par.showcons; //3 reserved for secondary structure
+    if (par.aliwidth<20) par.aliwidth=20; 
+    if (par.pca<0.001) par.pca=0.001; // to avoid log(0)
+    if (par.b>par.B) par.B=par.b;
+    if (par.z>par.Z) par.Z=par.z;
+    if (par.hitrank>0) par.altali=0;
+    
+    // Input parameters
+    if (v>=3) 
+        {
+            cout<<"query file : "<<par.infile<<"\n";
+            cout<<"template file: "<<par.tfile<<"\n";/*FS, NOFILE2 (commented out) */
+            cout<<"Output file:  "<<par.outfile<<"\n";
+            cout<<"Alignment file:  "<<par.alnfile<<"\n";
+        }
+#endif /* NOFILE2 */
+    
+    
+    // Set (global variable) substitution matrix and derived matrices
+    SetSubstitutionMatrix();
+    
+    
+    // Set secondary structure substitution matrix
+    SetSecStrucSubstitutionMatrix();
+
+
+    /* moved Viterbi switch from after RnP() to here, 
+       switch after RnP() ineffectual as RnP decides log/lin of transition, 
+       however log/lin of transitions depends on MAC/Viterbi,
+       FS, r228 -> r229 */
+    int qL, tL; 
+    if (iFirstCnt > 0) {
+        qL = strlen(ppcFirstProf[0]);
+    }
+    else {
+        qL = prHMM->L;
+    }
+    if (iSecndCnt > 0) {
+        tL = strlen(ppcSecndProf[0]);
+    }
+    else {
+        tL = prHMM->L;
+    }
+    
+
+    //  const float MEMSPACE_DYNPROG = 512*1024*1024;
+    /* determine amount of memory available for MAC on command-line; FS, r240 -> r241 */
+    const float MEMSPACE_DYNPROG = (double)1024*1024*rHhalignPara.iMacRamMB;
+    // longest allowable length of database HMM
+    int Lmaxmem=(int)((float)MEMSPACE_DYNPROG/qL/6/8); 
+    if (par.forward==2 && tL+2>=Lmaxmem) {
+        if (v>=1)
+            cerr<<"WARNING: Not sufficient memory to realign with MAC algorithm. Using Viterbi algorithm."<<endl;
+        par.forward=0;
+
+        /* use different 'fudge' parameters for Viterbi, FS, r228 -> r229 */
+        par.pca = par.pcaV;
+        par.pcb = par.pcbV;
+        par.pcc = par.pccV;
+        par.pcw = par.pcwV;
+        
+        par.gapb = par.gapbV;
+        par.gapd = par.gapdV;
+        par.gape = par.gapeV;
+        par.gapf = par.gapfV;
+        par.gapg = par.gapgV;
+        par.gaph = par.gaphV;
+        par.gapi = par.gapiV;
+
+    }
+    
+    
+    // Read input file (HMM, HHM, or alignment format), and add pseudocounts etc.
+    q.cQT = 'q';
+    if (OK != ReadAndPrepare(INTERN_ALN_2_HMM,
+                             ppcFirstProf, iFirstCnt, prHMM, 
+                             pcPrealigned1, pcRepresent1, pdWeightsL, 
+                             (char*)(""), q, &qali)) {
+        sprintf(zcError, "%s:%s:%d: Problem Reading/Preparing q-profile (len=%d)\n",
+                __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, qL);
+        iRetVal = RETURN_FROM_RNP;
+        goto this_is_the_end;
+    }
+    // Set query columns in His-tags etc to Null model distribution
+    if (par.notags) q.NeutralizeTags();
+    
+    // Do self-comparison?
+    if (0 /* !*par.tfile // FS, 2010-03-10 */) 
+        {
+            // Deep-copy q into t
+            t = q;
+            
+            // Find overlapping alternative alignments
+            hit.self=1;
+        } 
+    // Read template alignment/HMM t and add pseudocounts
+    else 
+        {
+            char infile[] = "";
+            /* Read input file (HMM, HHM, or alignment format), 
+               and add pseudocounts etc. */
+            t.cQT = 't';
+            if (OK != ReadAndPrepare(INTERN_ALN_2_HMM,
+                                     ppcSecndProf, iSecndCnt, prHMM, 
+                                     pcPrealigned2, pcRepresent2, pdWeightsR, 
+                                     infile, t)) {
+                sprintf(zcError, "%s:%s:%d: Problem Reading/Preparing t-profile (len=%d)\n",
+                        __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, tL);
+                iRetVal = RETURN_FROM_RNP;
+                goto this_is_the_end;
+            }
+        }
+    
+  // Factor Null model into HMM t
+  t.IncludeNullModelInHMM(q,t); 
+
+  /* switch at this stage is ineffectual as log/lin already decided in RnP(). 
+     FS, r228 -> r229 */
+  /*const float MEMSPACE_DYNPROG = 512*1024*1024;
+  // longest allowable length of database HMM
+  int Lmaxmem=(int)((float)MEMSPACE_DYNPROG/q.L/6/8); 
+  if (par.forward==2 && t.L+2>=Lmaxmem) 
+  {
+  if (v>=1)
+  cerr<<"WARNING: Not sufficient memory to realign with MAC algorithm. Using Viterbi algorithm."<<endl;
+  par.forward=0;
+  }*/
+
+  // Allocate memory for dynamic programming matrix
+  hit.AllocateBacktraceMatrix(q.L+2,t.L+2); // ...with a separate dynamic programming matrix (memory!!)
+  if (par.forward>=1 || Nstochali) 
+    hit.AllocateForwardMatrix(q.L+2,t.L+2);
+  if (par.forward==2)     
+    hit.AllocateBackwardMatrix(q.L+2,t.L+2);
+
+#ifndef CLUSTALO_NOFILE
+  // Read structure file for Forward() function?
+  if (strucfile && par.wstruc>0) 
+    {
+      float PMIN=1E-20;
+      Pstruc = new(float*[q.L+2]);
+      for (int i=0; i<q.L+2; i++) Pstruc[i] = new(float[t.L+2]);
+      Sstruc = new(float*[q.L+2]);
+      for (int i=0; i<q.L+2; i++) Sstruc[i] = new(float[t.L+2]);
+      FILE* strucf=NULL;
+      if (strcmp(strucfile,"stdin"))
+       {
+         strucf = fopen(strucfile, "r");
+         if (!strucf) OpenFileError(strucfile);
+       }
+      else 
+       {
+         strucf = stdin;
+         if (v>=2) printf("Reading structure matrix from standard input ... (for UNIX use ^D for 'end-of-file')\n");
+       }
+      for (int i=1; i<=q.L; i++)
+       {
+         for (int j=1; j<=t.L; j++)
+           {
+             float f;
+             if (fscanf(strucf,"%f",&f) <=0 )
+             {
+               fprintf(stderr,"Error: too few numbers in file %s while reading line %i, column %i\n",strucfile,i,j);
+               exit(1);
+             } 
+             if (par.wstruc==1)
+               Pstruc[i][j]=fmax(f,PMIN);
+             else 
+               Pstruc[i][j]=fmax(pow(f,par.wstruc),PMIN);
+//           printf("%10.2E ",f);
+             Sstruc[i][j] = par.wstruc * log2(f);
+           }
+//       printf("\n");
+       }
+      fclose(strucf);
+    } /* (strucfile && par.wstruc>0) */
+#endif
+  
+  /* Do (self-)comparison, store results if score>SMIN, 
+     and try next best alignment */
+  /* FIXME very ambigous and possibly faulty if-else */
+  if (v>=2) {
+      if (par.forward==2) {
+          printf("Using maximum accuracy (MAC) alignment algorithm ...\n");
+      }
+    else if (par.forward==0) {
+        printf("Using Viterbi algorithm ...\n");
+    }
+    else if (par.forward==1) {
+        printf("Using stochastic sampling algorithm ...\n");
+    }
+    else {
+        printf("\nWhat alignment algorithm are we using??\n");
+    }
+  }
+
+
+  for (hit.irep=1; hit.irep<=imax(par.hitrank,par.altali); hit.irep++)
+      {
+          if (par.forward==0)        
+              {
+                  // generate Viterbi alignment
+                  hit.Viterbi(q,t,Sstruc);
+                  hit.Backtrace(q,t);
+              } 
+          else if (par.forward==1)   
+              {
+                  // generate a single stochastically sampled alignment
+                  hit.Forward(q,t,Pstruc); 
+                  srand( time(NULL) );   // initialize random generator 
+                  hit.StochasticBacktrace(q,t);
+                  hitlist.Push(hit);      /* insert hit at beginning of list 
+                                             (last repeats first!) */
+                  (hit.irep)++;
+                  break;
+              }
+          else if (par.forward==2)   
+              {
+                  // generate forward alignment
+                  if (OK != hit.Forward(q,t,Pstruc)){
+                      fprintf(stderr, "%s:%s:%d: cannot complete hit.Forward\n", 
+                              __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__);
+                      iRetVal = RETURN_FROM_MAC; /* spot double overflow in Forward(). FS, r241 -> r243 */
+                      goto this_is_the_end;
+                  }
+                  if (OK != hit.Backward(q,t)){
+                      fprintf(stderr, "%s:%s:%d: cannot complete hit.backward\n", 
+                              __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__);
+                      iRetVal = RETURN_FROM_MAC; /* spot double overflow in hit.Backward(). FS, r241 -> r243 */
+                      goto this_is_the_end;
+                  }
+                  hit.MACAlignment(q,t);
+                  if ((isnan(hit.score)) || (isnan(hit.Pforward))){
+                      printf("nan after MAC\n");
+                  }
+                  hit.BacktraceMAC(q,t);
+                  if ((isnan(hit.score)) || (isnan(hit.Pforward))){
+                      printf("nan after backtrace\n");
+                  }
+              } /* use MAC algorithm */
+          //       printf ("%-12.12s  %-12.12s   irep=%-2i  score=%6.2f hit.Pvalt=%.2g\n",hit.name,hit.fam,hit.irep,hit.score,hit.Pvalt);
+          *dScore_p = hit.score;
+          
+          if (hit.irep<=par.hitrank || hit.score>SMIN || (hit.Pvalt<pself && hit.score>0 )) 
+              hitlist.Push(hit);      // insert hit at beginning of list (last repeats first!) and do next alignment
+          else 
+              {
+                  if (hit.irep==1) hitlist.Push(hit); // first hit will be inserted into hitlist anyway, even if not significant
+                  hit = hitlist.ReadLast(); // last alignment was not significant => read last (significant) hit from list
+                  break;
+                  /* FIXME: memory leak during normal alignment: both push'es above are not freed:
+                   * valgrind --leak-check=full --show-reachable=yes ./src/clustalo -i ~/void/protein.fa -o /dev/null -v
+                   ==9506== 1,456 bytes in 1 blocks are still reachable in loss record 4 of 5
+                   ==9506==    at 0x4C2726C: operator new(unsigned long) (vg_replace_malloc.c:230)
+                   ==9506==    by 0x4618C5: List<Hit>::Push(Hit) (list-C.h:134)
+                   ==9506==    by 0x45E87A: hhalign (hhalign.cpp:914)
+                   ==9506==    by 0x413F8C: HhalignWrapper (hhalign_wrapper.c:405)
+                   ==9506==    by 0x41A7B5: MyMain (mymain.c:676)
+                   ==9506==    by 0x4031A6: main (main.cpp:37)
+                   ==9506== 
+                   ==9506== 
+                   ==9506== 4,442 (4,368 direct, 74 indirect) bytes in 3 blocks are definitely lost in loss record 5 of 5
+                   ==9506==    at 0x4C2726C: operator new(unsigned long) (vg_replace_malloc.c:230)
+                   ==9506==    by 0x4618C5: List<Hit>::Push(Hit) (list-C.h:134)
+                   ==9506==    by 0x45E7C0: hhalign (hhalign.cpp:911)
+                   ==9506==    by 0x413F8C: HhalignWrapper (hhalign_wrapper.c:405)
+                   ==9506==    by 0x41A7B5: MyMain (mymain.c:676)
+                   ==9506==    by 0x4031A6: main (main.cpp:37)
+                  */
+              }
+      } /* 1 <= hit.irep <= imax(par.hitrank,par.altali) */
+  Nali = hit.irep;
+  
+  
+#ifndef CLUSTALO_NOFILE
+  // Write posterior probability matrix as TCoffee library file
+  if (tcfile) 
+      {
+          if (v>=2) printf("Writing TCoffee library file to %s\n",tcfile);
+          int i,j; 
+          FILE* tcf=NULL;
+          if (strcmp(tcfile,"stdout")) tcf = fopen(tcfile, "w"); else tcf = stdout;
+          if (!tcf) OpenFileError(tcfile);
+          fprintf(tcf,"! TC_LIB_FORMAT_01\n");
+          fprintf(tcf,"%i\n",2); // two sequences in library file
+          fprintf(tcf,"%s %i %s\n",q.name,q.L,q.seq[q.nfirst]+1);
+          fprintf(tcf,"%s %i %s\n",hit.name,hit.L,hit.seq[hit.nfirst]+1);
+          fprintf(tcf,"#1 2\n");
+          for (i=1; i<=q.L; i++)  // print all pairs (i,j) with probability above PROBTCMIN
+              for (j=1; j<=t.L; j++)
+                  if (hit.B_MM[i][j]>probmin_tc) 
+                      fprintf(tcf,"%5i %5i %5i\n",i,j,iround(100.0*hit.B_MM[i][j]));
+          for (int step=hit.nsteps; step>=1; step--)  // print all pairs on MAC alignment which were not yet printed
+              {
+                  i=hit.i[step]; j=hit.j[step];
+                  //     printf("%5i %5i %5i  %i\n",i,j,iround(100.0*hit.B_MM[i][j]),hit.states[step]);
+                  if (hit.states[step]>=MM && hit.B_MM[i][j]<=probmin_tc) 
+                      fprintf(tcf,"%5i %5i %5i\n",i,j,iround(100.0*hit.B_MM[i][j]));
+              }
+          
+          
+          fprintf(tcf,"! SEQ_1_TO_N\n");
+          fclose(tcf);
+          //       for (i=1; i<=q.L; i++)
+          //           {
+          //             double sum=0.0;
+          //             for (j=1; j<=t.L; j++) sum+=hit.B_MM[i][j];
+          //     printf("i=%-3i sum=%7.4f\n",i,sum);
+          //           }
+          //        printf("\n");
+      } /* if (tcfile) */
+
+  // Write last alignment into alitabfile
+  if (alitabfile) 
+      {
+          FILE* alitabf=NULL;
+          if (strcmp(alitabfile,"stdout")) alitabf = fopen(alitabfile, "w"); else alitabf = stdout;
+          if (!alitabf) OpenFileError(alitabfile);
+          if (par.forward==2) 
+              {
+                  fprintf(alitabf,"    i     j  score     SS  probab\n");
+                  for (int step=hit.nsteps; step>=1; step--)
+                      if (hit.states[step]>=MM) 
+                          fprintf(alitabf,"%5i %5i %6.2f %6.2f %7.4f\n",hit.i[step],hit.j[step],hit.S[step],hit.S_ss[step],hit.P_posterior[step]);
+              } 
+          else 
+              {
+                  fprintf(alitabf,"    i     j  score     SS\n");
+                  for (int step=hit.nsteps; step>=1; step--)
+                      if (hit.states[step]>=MM) 
+                          fprintf(alitabf,"%5i %5i %6.2f %6.2f\n",hit.i[step],hit.j[step],hit.S[step],hit.S_ss[step]);
+              }
+          fclose(alitabf);
+      } /* if (alitabfile) */
+#endif
+  
+  // Do Stochastic backtracing?
+  if (par.forward==1)
+      for (int i=1; i<Nstochali; i++) 
+          {
+              hit.StochasticBacktrace(q,t);
+              hitlist.Push(hit);      //insert hit at beginning of list (last repeats first!)
+              (hit.irep)++;
+          }
+  else // Set P-value, E-value and probability
+      {
+          if (q.mu) hitlist.GetPvalsFromCalibration(q);
+          else if (t.mu) hitlist.GetPvalsFromCalibration(t);
+      }
+  
+  // Print FASTA or A2M alignments?
+#ifndef CLUSTALO_NOFILE
+  if (*par.pairwisealisfile) 
+#endif
+      {
+          if (v>=2) {
+              cout<<"Printing alignments in " <<
+                  (par.outformat==1? "FASTA" : par.outformat==2?"A2M" :"A3M") <<
+                  " format to "<<par.pairwisealisfile<<"\n"; 
+          }
+          int iPrAliRtn = hitlist.PrintAlignments(
+#ifdef CLUSTALO
+                                                  ppcFirstProf, ppcSecndProf, 
+#endif
+                                                  q, par.pairwisealisfile, par.outformat);
+          if (OK != iPrAliRtn){
+              fprintf(stderr, "%s:%s:%d: Could not print alignments\n",
+                      __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__);
+              iRetVal = RETURN_FROM_PRINT_ALI; /* this is where mis-alignment was originally spotted, 
+                                    hope to trap it now earlier. FS, r241 -> r243 */
+              goto this_is_the_end;
+          }
+      } /* if (*par.pairwisealisfile) */
+  
+#ifndef CLUSTALO_NOFILE
+  // Print hit list and  alignments
+  if (*par.outfile) 
+      {
+          hitlist.PrintHitList(q, par.outfile); 
+          hitlist.PrintAlignments(
+#ifdef CLUSTALO
+                                  ppcFirstProf, ppcSecndProf, 
+#endif
+                                  q, par.outfile);
+          if (v>=2) {
+              WriteToScreen(par.outfile,1000); //write only hit list to screen
+          }
+      }
+#endif
+  
+
+  ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
+#ifndef CLUSTALO_NOFILE
+  // Show results for hit with rank par.hitrank
+  if (par.hitrank==0) hit=hitlist.Read(1); else hit=hitlist.Read(par.hitrank);
+  
+  // Generate output alignment or HMM file?
+  if (*par.alnfile || *par.psifile || *par.hhmfile) 
+      {
+          if (par.append==0) 
+              {
+                  if (v>=2 && *par.alnfile) printf("Merging template to query alignment and writing resulting alignment in A3M format to %s...\n",par.alnfile);
+                  if (v>=2 && *par.psifile) printf("Merging template to query alignment and writing resulting alignment in PSI format to %s...\n",par.psifile);
+              }
+          else 
+              {
+                  if (v>=2 && *par.alnfile) printf("Merging template to query alignment and appending template alignment in A3M format to %s...\n",par.alnfile);
+                  if (v>=2 && *par.psifile) printf("Merging template to query alignment and appending template alignment in PSI format to %s...\n",par.psifile);
+              }
+          
+          // Read query alignment into Qali
+          Alignment Qali;  // output A3M generated by merging A3M alignments for significant hits to the query alignment
+          char qa3mfile[NAMELEN];
+          RemoveExtension(qa3mfile,par.infile); // directory??
+          strcat(qa3mfile,".a3m");
+          FILE* qa3mf=fopen(qa3mfile,"r");
+          if (!qa3mf) OpenFileError(qa3mfile);
+          Qali.Read(qa3mf,qa3mfile);
+          fclose(qa3mf);
+          
+          // Align query with template in master-slave mode 
+          Qali.MergeMasterSlave(hit,par.tfile); /*FS, NOFILE2 (commented out) */
+          
+          // Write output A3M alignment?
+          if (*par.alnfile) {
+              Qali.WriteToFile(par.alnfile,"a3m");
+          }
+          
+          if (*par.psifile) 
+              {
+                  /* Convert ASCII to int (0-20),throw out all insert states, 
+                     record their number in I[k][i]  */
+                  Qali.Compress("merged A3M file");
+                  
+                  // Write output PSI-BLAST-formatted alignment?
+                  Qali.WriteToFile(par.psifile,"psi");
+              }
+      } /* if (*par.alnfile || *par.psifile || *par.hhmfile) */
+#endif  /* NOFILE2 */
+  //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+  
+  
+  
+  
+  //   double log2Pvalue;
+  //   if (par.ssm && (par.ssm1 || par.ssm2))
+  //     {
+  //       log2Pvalue=hit.logPval/0.693147181+0.45*(4.0*par.ssw/0.15-hit.score_ss);
+  //       if (v>=2) 
+  //   printf("Aligned %s with %s:\nApproximate P-value INCLUDING SS SCORE = %7.2g\n",q.name,t.name,pow(2.0,log2Pvalue));
+  //     } else {
+  //       if (v>=2) 
+  //   printf("Aligned %s with %s:\nApproximate P-value (without SS score) = %7.2g\n",q.name,t.name,hit.Pval);
+  //    }
+  
+  if (v>=2)
+      {
+          if (par.hitrank==0)
+              printf("Aligned %s with %s: Score = %-7.2f  P-value = %-7.2g\n",
+                     q.name,t.name,hit.score,hit.Pval);
+          else
+              printf("Aligned %s with %s (rank %i): Score = %-7.2f  P-value = %-7.2g\n",
+                     q.name,t.name,par.hitrank,hit.score,hit.Pval);
+      }
+  
+  
+ this_is_the_end: 
+
+  // Delete memory for dynamic programming matrix
+  hit.DeleteBacktraceMatrix(q.L+2);
+  if (par.forward>=1 || Nstochali) 
+      hit.DeleteForwardMatrix(q.L+2);
+  if (par.forward==2) 
+      hit.DeleteBackwardMatrix(q.L+2);
+  /*   if (Pstruc) { 
+       for (int i=0; i<q.L+2; i++) delete[](Pstruc[i]); delete[](Pstruc);}
+  */
+  
+  // Delete content of hits in hitlist
+  hitlist.Reset();
+  while (!hitlist.End()) 
+      hitlist.ReadNext().Delete(); // Delete content of hit object
+  
+  if (strucfile && par.wstruc>0) 
+      {
+          for (int i=0; i<q.L+2; i++){
+              delete[] Pstruc[i]; Pstruc[i] = NULL;
+          }
+          delete[] Pstruc; Pstruc = NULL;
+          for (int i=0; i<q.L+2; i++){
+              delete[] Sstruc[i]; Sstruc[i] = NULL;
+          }
+          delete[] Sstruc; Sstruc = NULL;
+          delete[] strucfile; strucfile = NULL;
+      }
+  
+  if (pngfile){
+      delete[] pngfile; pngfile = NULL;
+  }
+  if (alitabfile){
+      delete[] alitabfile; alitabfile = NULL;
+  }
+  if (tcfile){
+      delete[] tcfile; tcfile = NULL;
+  }
+  if (par.exclstr){
+      delete[] par.exclstr; par.exclstr = NULL;
+  }
+  
+#ifndef CLUSTALO_NOFILE
+  // Print 'Done!'
+  FILE* outf=NULL;
+  if (!strcmp(par.outfile,"stdout")) printf("Done!\n");
+  else
+      {
+          if (*par.outfile)
+              {
+                  outf=fopen(par.outfile,"a"); //open for append
+                  fprintf(outf,"Done!\n");
+                  fclose(outf);
+              }
+          if (v>=2) printf("Done\n");
+      }
+#endif
+  
+  //qali.ClobberGlobal();
+  hit.ClobberGlobal();
+  if (iFirstCnt > 0){
+      q.ClobberGlobal();
+  }
+  if (iSecndCnt > 0){
+      t.ClobberGlobal();
+  }
+  hitlist.ClobberGlobal();
+  
+  return iRetVal;
+
+} /* this is the end of hhalign() //end main */
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// END OF MAIN
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+/*
+ * EOF hhalign.C
+ */
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhalign.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhalign.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..34ac78e
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,30 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ * RCS $Id: hhalign.h 241 2011-05-04 14:37:17Z fabian $
+ */
+
+
+extern int 
+hhalign(char **ppcFirstProf, int iFirstCnt, double *pdWeightsL, 
+        char **ppcSecndProf, int iSecndCnt, double *pdWeightsR, 
+        double *dScore_p, hmm_light *prHMM, 
+        char *pcPrealigned1, char *pcRepresent1,
+        char *pcPrealigned2, char *pcRepresent2,
+        hhalign_para rHhalignPara,
+        int iFlag,
+        char zcAux[], char zcError[]);
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhalignment-C.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhalignment-C.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c89aa45
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,3028 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: hhalignment-C.h 236 2011-04-14 11:30:04Z fabian $
+ */
+
+
+/*
+ * Changelog: Michael Remmert made changes to hhalign stand-alone code
+ * FS implemented some of the changes on 2010-10-28 -> MR1
+ *
+ * Note: MR seems to have changed all [aijk]++ to ++[aijk],
+ * FS did not do that on 2010-10-28
+ */
+
+// hhalignment.C
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//// Class Alignment
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+// hhalignment.C
+
+#ifndef MAIN
+#define MAIN
+#include <iostream> // cin, cout, cerr
+#include <fstream> // ofstream, ifstream
+#include <stdio.h> // printf
+using std::cout;
+using std::cerr;
+using std::endl;
+using std::ios;
+using std::ifstream;
+using std::ofstream;
+#include <stdlib.h> // exit
+#include <string> // strcmp, strstr
+#include <math.h> // sqrt, pow
+#include <limits.h> // INT_MIN
+#include <float.h> // FLT_MIN
+#include <time.h> // clock
+#include <ctype.h> // islower, isdigit etc
+#include "util-C.h" // imax, fmax, iround, iceil, ifloor, strint, strscn, strcut, substr, uprstr, uprchr, Basename etc.
+#include "list.h" // list data structure
+#include "hash.h" // hash data structure
+#include "hhdecl-C.h"
+#include "hhutil-C.h" // imax, fmax, iround, iceil, ifloor, strint, strscn, strcut, substr, uprstr, uprchr, Basename etc.
+#include "hhhmm.h"
+#endif
+
+
+enum {KEEP_NOT = 0, KEEP_CONDITIONALLY, KEEP_ALWAYS};
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Class Alignment
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Object constructor
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+Alignment::Alignment(int maxseq, int maxres)
+{
+
+    //printf(">>>>>>>>%s:%s:%d: maxseq=%d, maxres=%d\n", __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, maxseq, maxres); /* (FS) */
+  longname = new(char[DESCLEN]);
+  sname = new(char*[maxseq+2]); /* MR1 */
+  seq = new(char*[maxseq+2]); /* MR1 */
+  l = new(int[maxres]);
+  X = new(char*[maxseq+2]);  /* MR1 */
+  I = new(short unsigned int*[maxseq+2]); /* MR1 */
+  keep = new(char[maxseq+2]); /* MR1 */
+  display = new(char[maxseq+2]); /* MR1 */
+  wg = new(float[maxseq+2]); /* MR1 */
+  nseqs = new(int[maxres+2]); /* MR1 */
+  N_in=L=0;
+  nres=NULL; // number of residues per sequence k
+  first=NULL; // first residue in sequence k
+  last=NULL; // last residue in sequence k
+  ksort=NULL; // sequence indices sorted by descending nres[k]
+  name[0]='\0'; // no name defined yet
+  longname[0]='\0'; // no name defined yet
+  fam[0]='\0'; // no name defined yet
+  file[0]='\0'; // no name defined yet
+  readCommentLine = '0'; /* MR1 */
+}
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Object destructor
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+Alignment::~Alignment()
+{
+  delete[] longname; longname = NULL;
+  for(int k=0; k<N_in; k++)
+    {
+      delete[] sname[k]; sname[k] = NULL;
+      delete[] seq[k]; seq[k] = NULL;
+      delete[] X[k]; X[k] = NULL;
+      delete[] I[k]; I[k] = NULL;
+    }
+  delete[] sname; sname = NULL;
+  delete[] seq; seq = NULL;
+  delete[] X; X = NULL;
+  delete[] I; I = NULL;
+  delete[] l; l = NULL;
+  delete[] keep; keep = NULL;
+  delete[] display; display = NULL;
+  delete[] wg; wg = NULL;
+  delete[] nseqs; nseqs = NULL;
+  delete[] nres; nres = NULL;
+  delete[] first; first = NULL;
+  delete[] last; last = NULL;
+  delete[] ksort; ksort = NULL;
+}
+
+
+/**
+ * @brief Reads in an alignment from file into matrix seq[k][l] as ASCII
+ */
+void 
+Alignment::Read(FILE* inf, char infile[], char* firstline)
+{
+  int l; // Postion in alignment incl. gaps (first=1)
+  int h; // Position in input line (first=0)
+  int k; // Index of sequence being read currently (first=0)
+  char line[LINELEN]=""; // input line
+  //char cur_seq[MAXCOL]; // Sequence currently read in
+  char *cur_seq=new(char[par.maxColCnt]);
+  char* cur_name; // Sequence currently read in
+  int linenr=0; // current line number in input file
+  char skip_sequence=0;
+  RemoveExtension(file,infile); //copy rootname (w/o path) of infile into file variable of class object
+
+  kss_dssp=ksa_dssp=kss_pred=kss_conf=kfirst=-1;
+  n_display=0;
+  N_in=0;
+  N_filtered=0;
+  N_ss=0;
+  cur_seq[0]=' '; // overwrite '\0' character at beginning to be able to do strcpy(*,cur_seq)
+  l=1; k=-1;
+
+  // Does firstline already contain first line of file?
+  if (firstline!= NULL) strcpy(line,firstline);
+
+  /////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+  // Read infile line by line
+  /* FIXME: not safe to use MAXSEQ, however, don't think we ever get here (FS) */
+  while(firstline || (fgetline(line,LINELEN,inf) && (k<MAXSEQ))) /* FIXME: FS introduced () around &&, precedence! MR1 */
+      {
+          linenr++;
+          firstline=NULL;
+          if (line[0]=='>') //line contains sequence name
+              {
+                  if (k>=MAXSEQ-1)
+                      {
+                          if (v>=1 && k>=MAXSEQ)
+                              cerr<<endl<<"WARNING: maximum number "<<MAXSEQ<<" of sequences exceded in file "<<infile<<"\n";
+                          break;
+                      }
+                  cur_name=line+1; //beginning of current sequence name
+                  if (k>=0) //if this is at least the second name line
+                      {
+                          if (strlen(cur_seq)==0)
+                              {
+                                  cerr<<endl<<"Error: sequence "<<sname[k]<<" contains no residues."<<endl;
+                                  exit(1);
+                              }
+
+                          // Create space for residues and paste new sequence in
+                          seq[k]=new(char[strlen(cur_seq)+2]);
+                          if (!seq[k]) MemoryError("array for input sequences");
+                          X[k]=new(char[strlen(cur_seq)+2]);
+                          if (!X[k]) MemoryError("array for input sequences");
+                          I[k]=new(short unsigned int[strlen(cur_seq)+2]);
+                          if (!I[k]) MemoryError("array for input sequences");
+                          strcpy(seq[k],cur_seq);
+                      }
+                  skip_sequence=0;
+
+                  k++;
+                  l=1; //position in current sequence (first=1)
+
+                  // display[k]= 0: do not show in Q-T alignments 1: show if not filtered out later 2: show in any case (do not filter out)
+                  // keep[k] = 0: do not include in profile 1: include if not filtered out later 2: include in any case (do not filter out)
+                  /* {KEEP_NOT=0, KEEP_CONDITIONALLY=1, KEEP_ALWAYS=2} */
+                  if (line[1]=='@') cur_name++; //skip @-character in name
+                  if (!strncmp(line,">ss_dssp",8)) {
+                      if (kss_dssp<0) {display[k]=2; n_display++; keep[k]=KEEP_NOT; kss_dssp=k; N_ss++;} else {skip_sequence=1; k--; continue;}
+                  }
+                  else if (!strncmp(line,">sa_dssp",8)) {
+                      if (ksa_dssp<0) {display[k]=KEEP_ALWAYS; n_display++; keep[k]=KEEP_NOT; ksa_dssp=k; N_ss++;} else {skip_sequence=1; k--; continue;}
+                  }
+                  else if (!strncmp(line,">ss_pred",8)) {
+                      if (kss_pred<0) {display[k]=KEEP_ALWAYS; n_display++; keep[k]=KEEP_NOT; kss_pred=k; N_ss++;} else {skip_sequence=1; k--; continue;}
+                  }
+                  else if (!strncmp(line,">ss_conf",8)) {
+                      if (kss_conf<0) {display[k]=KEEP_ALWAYS; n_display++; keep[k]=KEEP_NOT; kss_conf=k; N_ss++;} else {skip_sequence=1; k--; continue;}
+                  }
+                  else if (!strncmp(line,">ss_",4) || !strncmp(line,">sa_",4)) {
+                      display[k]=KEEP_ALWAYS; n_display++; keep[k]=KEEP_NOT; N_ss++;
+                  }
+                  else if (!strncmp(line,">aa_",4)) { // ignore sequences beginning with ">aa_"
+                      skip_sequence=1; k--; continue;
+                  }
+                  //store first real seq
+                  else if (kfirst<0)
+                      {
+                          char word[NAMELEN];
+                          strwrd(word,line); // Copies first word in ptr to str
+                          if (strstr(word,"_consensus"))
+                              {display[k]=2; keep[k]=0; n_display++; kfirst=k;} /* MR1 */
+                          else
+                              {display[k]=keep[k]=KEEP_ALWAYS; n_display++; kfirst=k;}
+                      }
+                  //store all sequences
+                  else if (par.mark==0) {display[k]=keep[k]=KEEP_CONDITIONALLY; n_display++;}
+                  //store sequences up to nseqdis
+                  else if (line[1]=='@'&& n_display-N_ss<par.nseqdis) {display[k]=keep[k]=KEEP_ALWAYS; n_display++;}
+                  else {display[k]=KEEP_NOT; keep[k]=KEEP_CONDITIONALLY;}
+
+                  // store sequence name
+                  if (v>=4) printf("Reading seq %-16.16s k=%3i n_displ=%3i display[k]=%i keep[k]=%i\n",cur_name,k,n_display,display[k],keep[k]);
+                  sname[k] = new(char[strlen(cur_name)+1]);
+                  if (!sname[k]) {MemoryError("array for sequence names");}
+                  strcpy(sname[k],cur_name);
+              } // end if(line contains sequence name)
+
+          else if (line[0]=='#') // Commentary line?
+              {
+                  // #PF01367.9 5_3_exonuc: 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold; PDB 1taq, 1bgx (T:271-174), 1taq (271-174)
+                  if (name[0]) continue; // if already name defined: skip commentary line
+                  char *ptr1, *ptr2;
+                  ptr1=strscn_(line+1); // set ptr1 to first non-whitespace character after '#' -> AC number
+                  strncpy(longname,ptr1,DESCLEN-1); // copy whole commentary line after '# ' into longname
+                  longname[DESCLEN-1]='\0';
+                  strtr(longname,""," ");
+                  ptr2=strcut_(ptr1); // cut after AC number and set ptr2 to first non-whitespace character after AC number
+                  // strcpy(fam,ptr1); // copy AC number to fam
+                  // if (!strncmp(fam,"PF",2)) strcut_(fam,'.'); // if PFAM identifier contains '.' cut it off
+                  // strcut_(ptr2); // cut after first word ...
+                  strcpy(name,ptr1); // ... and copy first word into name
+                  readCommentLine = '1'; /* MR1 */
+              }
+
+          //line contains sequence residues or SS information and does not belong to a >aa_ sequence
+          else if (!skip_sequence)
+              {
+                  if (v>=4) cout<<line<<"\n"; //DEBUG
+                  if (k==-1 && v)
+                      {
+                          cerr<<endl<<"WARNING: No sequence name preceding following line in "<<infile<<":\n\'"<<line<<"\'\n";
+                          continue;
+                      }
+
+                  h=0; //counts characters in current line
+
+                  // Check whether all characters are correct; store into cur_seq
+                  if (keep[k] || (k == kfirst) ) // normal line containing residues /* MR1 */
+                      {
+                          while (h<LINELEN && line[h]>'\0' && l</*MAXCOL*/par.maxColCnt-1)
+                              {
+                                  if (aa2i(line[h])>=0) // ignore white-space characters ' ', \t and \n (aa2i()==-1)
+                                      {cur_seq[l]=line[h]; l++;}
+                                  else if (aa2i(line[h])==-2 && v)
+                                      cerr<<endl<<"WARNING: invalid symbol \'"<<line[h]<<"\' at pos. "<<h<<" in line "<<linenr<<" of "<<infile<<"\n";
+                                  h++;
+                              }
+                      }
+                  else if (k==kss_dssp) // lines with dssp secondary structure states (. - H E C S T G B)
+                      {
+                          while (h<LINELEN && line[h]>'\0' && l</*MAXCOL*/par.maxColCnt-1)
+                              {
+                                  if (ss2i(line[h])>=0 && ss2i(line[h])<=7)
+                                      {cur_seq[l]=ss2ss(line[h]); l++;}
+                                  else if (v)
+                                      cerr<<endl<<"WARNING: invalid symbol \'"<<line[h]<<"\' at pos. "<<h<<" in line "<<linenr<<" of "<<infile<<"\n";
+                                  h++;
+                              }
+                      }
+                  else if (k==ksa_dssp) // lines with dssp solvent accessibility states (. - ???)
+                      {
+                          while (h<LINELEN && line[h]>'\0' && l</*MAXCOL*/par.maxColCnt-1)
+                              {
+                                  if (sa2i(line[h])>=0)
+                                      cur_seq[l++]=line[h];
+                                  else if (v)
+                                      cerr<<endl<<"WARNING: invalid symbol \'"<<line[h]<<"\' at pos. "<<h<<" in line "<<linenr<<" of "<<infile<<"\n";
+                                  h++;
+                              }
+                      }
+                  else if (k==kss_pred) // lines with predicted secondary structure (. - H E C)
+                      {
+                          while (h<LINELEN && line[h]>'\0' && l</*MAXCOL*/par.maxColCnt-1)
+                              {
+                                  if (ss2i(line[h])>=0 && ss2i(line[h])<=3)
+                                      {cur_seq[l]=ss2ss(line[h]); l++;}
+                                  else if (v)
+                                      cerr<<endl<<"WARNING: invalid symbol \'"<<line[h]<<"\' at pos. "<<h<<" in line "<<linenr<<" of "<<infile<<"\n";
+                                  h++;
+                              }
+                      }
+                  else if (k==kss_conf) // lines with confidence values should contain only 0-9, '-', or '.'
+                      {
+                          while (h<LINELEN && line[h]>'\0' && l</*MAXCOL*/par.maxColCnt-1)
+                              {
+                                  if (line[h]=='-' || line[h]=='.' || (line[h]>='0' && line[h]<='9'))
+                                      {cur_seq[l]=line[h]; l++;}
+                                  else if (v)
+                                      cerr<<endl<<"WARNING: invalid symbol \'"<<line[h]<<"\' at pos. "<<l<<" in line "<<linenr<<" of "<<infile<<"\n";
+                                  h++;
+                              }
+                      }
+                  else if (display[k]) // other lines such as >sa_pred etc
+                      {
+                          while (h<LINELEN && line[h]>'\0' && l</*MAXCOL*/par.maxColCnt-1)
+                              {
+                                  if (line[h]=='-' || line[h]=='.' || (line[h]>='0' && line[h]<='9') || (line[h]>='A' && line[h]<='B'))
+                                      {cur_seq[l]=line[h]; l++;}
+                                  else if (v)
+                                      cerr<<endl<<"WARNING: invalid symbol \'"<<line[h]<<"\' at pos. "<<l<<" in line "<<linenr<<" of "<<infile<<"\n";
+                                  h++;
+                              }
+                      }
+                  if (v && l>=/*MAXCOL*/par.maxColCnt-1) 
+                      {
+                          cerr<<endl<<"WARNING: maximum number of residues "<</*MAXCOL*/par.maxColCnt-2<<" exceded in sequence "<<sname[k]<<"\n";
+                          skip_sequence=1;
+                      }
+                  cur_seq[l]='\0'; //Ensure that cur_seq ends with a '\0' character
+              } //end else
+
+      }
+  /////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+
+  if (k>=0) //if at least one sequence was read in
+      {
+          seq[k]=new(char[strlen(cur_seq)+2]);
+          if (!seq[k]) MemoryError("array for input sequences");
+          X[k]=new(char[strlen(cur_seq)+2]);
+          if (!X[k]) MemoryError("array for input sequences");
+          I[k]=new(short unsigned int[strlen(cur_seq)+2]);
+          if (!I[k]) MemoryError("array for input sequences");
+          strcpy(seq[k],cur_seq);
+      }
+  else
+      {cerr<<endl<<"Error: no sequences found in file "<<infile<<"\n"; exit(1);}
+
+  N_in = k+1;
+
+  // Set name, longname, fam
+  if (!*name) // longname, name and family were not set by '#...' line yet -> extract from first sequence
+      {
+          char* ptr;
+          // strtr(sname[kfirst],"~"," "); // 'transpose': replaces the tilde with a blanc everywhere in sname[kfirst]
+          strncpy(longname,sname[kfirst],DESCLEN-1); // longname is name of first sequence
+          longname[DESCLEN-1]='\0';
+          strncpy(name,sname[kfirst],NAMELEN-1); // Shortname is first word of longname...
+          name[NAMELEN-1]='\0';
+          ptr = strcut(name); // ...until first white-space character
+          if (ptr && islower(ptr[0]) && ptr[1]=='.' && isdigit(ptr[2])) //Scop family code present as second word?
+              {
+                  lwrstr(name); // Transform upper case to lower case
+                  strcut(ptr); // Non-white-space characters until next white-space character..
+                  strcpy(fam,ptr); // ...are the SCOP familiy code
+              }
+          else if (name[0]=='P' && name[1]=='F' && isdigit(name[2]) && isdigit(name[3]) ) //Pfam code
+              {
+                  strcpy(fam,name); // set family name = Pfam code
+              }
+      }
+  
+  
+  
+  delete[] cur_seq; cur_seq = NULL;
+  
+  // Checking for warning messages
+  if (v==0) return;
+  if (v>=2) cout<<"Read "<<infile<<" with "<<N_in<<" sequences\n";
+  if (v>=3) cout<<"Query sequence for alignment has number "<<kfirst<<" (0 is first)\n";
+  return;
+}
+
+/*
+ * At this point GetSeqsFromHMM() slots in, however,
+ * only needed in hhbliys.C, so will skip it for moment, MR1
+ */
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief  Convert ASCII in seq[k][l] to int (0-20) in X[k][i],
+ *  throw out all insert states, record their number in I[k][i]
+ *  and store sequences to be displayed in seq[k] */
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+void 
+Alignment::Compress(const char infile[])
+{
+    int i; // Index for match state (first=1)
+    int l; // Postion in alignment incl. gaps (first=1)
+    int k; // Index for sequences (first=0)
+    int a; // amino acid index
+    char c;
+    int unequal_lengths=0; /* k: seq k doesn't have same number
+                              of match states as seq 0 => WARNING */
+    /* points to next character in seq[k] to be written */
+    /*static short unsigned int h[MAXSEQ];*/
+    /*short*/ unsigned int *h = NULL; /* short may lead to overflow for long alignments, FS, r235 -> r236 */
+
+    h = new(/*short*/ unsigned int[N_in+2]); /* short -> overflow, FS, r235 -> r236 */
+    float *percent_gaps = NULL; /* FS, 2010-Nov */
+    char *match_state = NULL;  /* FS, 2010-Nov */
+
+
+    // Initialize 
+    for (k=0;k<N_in; k++) 
+        {I[k][0]=0;}
+
+    if (v>=3)
+        {
+            if (par.M==1)
+                cout<<"Using match state assignment by capital letters (a2m format)\n";
+            else if (par.M==2) cout<<"Using percentage-rule match state assignment\n";
+            else if (par.M==3) cout<<"Using residues of first sequence as match states\n";
+        }
+
+    // Create matrices X and I with amino acids represented by integer numbers
+    switch(par.M)
+        {
+
+            /////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+            /* a2m/a3m format: match states capital case,
+               inserts lower case, delete states '-', inserted gaps '.'
+               The confidence values for ss prediction are interpreted as follows:
+               0-9:match states(!) '-' :match state '.':insert */
+        case 1:
+        default:
+
+            // Warn if alignment is ment to be -M first or -M NN instead of A2M/A3M
+            if (v>=2 && strchr(seq[kfirst],'-') ) // Seed/query sequence contains a gap ...
+                {
+                    for (k=1; k<N_in; k++)
+                        if (strpbrk(seq[k],"abcdefghiklmnpqrstuvwxyz.")) break;
+                    if (k==N_in) // ... but alignment contains no lower case residue
+                        printf("WARNING: input alignment %s looks like aligned FASTA instead of A2M/A3M format. Consider using '-M first' or '-M 50'\n",infile);
+                }
+
+            // Remove '.' characters from seq[k]
+            for(k=0; k<N_in; k++)
+                {
+                    char* ptrS=seq[k]; // pointer to source: character in seq[k]
+                    char* ptrD=seq[k]; // pointer to destination: seq[k]
+                    while(1) // omit '.' symbols
+                        {
+                            if (*ptrS!='.') {*ptrD=*ptrS; ptrD++;} //leave out '.' symbols
+                            if (!*ptrS) break;
+                            ptrS++;
+                        }
+                }
+            L=/*MAXRES*/par.maxResLen-2; // needed because L=imin(L,i)
+            for (k=0; k<N_in; k++)
+                {
+                    i=1; l=1; // start at i=1, not i=0!
+                    if (keep[k]) //skip >ss_dssp, >ss_pred, >ss_conf, >aa_... sequences
+                        {
+                            while((c=seq[k][l++])) // assign residue to c at same time
+                                {
+                                    if (c>='a' && c<='z') I[k][i-1]++;//insert state = lower case character
+                                    else if (c!='.') //match state = upper case character
+                                        {
+                                            X[k][i]=aa2i(c);
+                                            I[k][i]=0;
+                                            i++;
+                                        }
+                                }
+                        }
+                    else if (k==kss_dssp || k==kss_pred) // does alignment contain sequence of secondary structure states?
+                        {
+                            while((c=seq[k][l++])) // assign residue to c at same time
+                                if (c!='.' && !(c>='a' && c<='z')) X[k][i++]=ss2i(c); //match state = upper case character
+                        }
+                    else if (k==ksa_dssp) // does alignment contain sequence of prediction confidence values?
+                        {
+                            while((c=seq[k][l++])) // assign residue to c at same time
+                                if (c!='.' && !(c>='a' && c<='z')) X[k][i++]=sa2i(c); //match state = upper case character
+                        }
+                    else if (k==kss_conf) // does alignment contain sequence of prediction confidence values?
+                        {
+                            while((c=seq[k][l++])) // assign residue to c at same time
+                                if (c!='.') X[k][i++]=cf2i(c); //match state = 0-9 or '-'
+                        }
+                    else if (k==kfirst)        // does alignment contain sequence of prediction confidence values?
+                        {
+                            while((c=seq[k][l++]))  // assign residue to c at same time
+                                if (c!='.')
+                                    {
+                                        X[k][i]=aa2i(c);
+                                        I[k][i]=0;
+                                        ++i;
+                                    }
+                        }
+                    else continue;
+                    i--;
+                    if (L!=i && L!=/*MAXRES*/par.maxResLen-2 && !unequal_lengths) unequal_lengths=k; //sequences have different lengths
+                    L=imin(L,i);
+                }
+            if (unequal_lengths) break;
+
+            //Replace GAP with ENDGAP for all end gaps /* MR1 */
+            for (k=0; k<N_in; ++k)
+                {
+                    if (!keep[k]) continue;
+                    for (i=1; i<=L && X[k][i]==GAP; i++) X[k][i]=ENDGAP; /* MR1: NOTE i++ <- ++i */
+                    for (i=L; i>=1 && X[k][i]==GAP; i--) X[k][i]=ENDGAP; /* MR1 */
+                }
+
+            for (i=1; i<=L; i++) this->l[i]=i; //assign column indices to match states
+            if (L<=0)
+                {
+                    cout<<"\nError: Alignment in "<<infile<<" contains no match states. Consider using -M first or -M <int> option"<<endl;
+                    exit(1);
+                }
+            
+            if (L==/*MAXRES*/par.maxResLen-2 && v>=2) 
+                {
+                    printf("WARNING: Number of match columns too large. Only first %i match columns will be kept!\n",L);
+                    break;
+                }
+            if (v>=2) cout<<"Alignment in "<<infile<<" contains "<<L<<" match states\n";
+            break;
+
+            /////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+            // gap-rule assignment of match states
+        case 2:
+            int nl[NAA+2]; //nl[a] = number of seq's with amino acid a at position l
+            /* Note: allocating statically is fine most of the time 
+               but when the sequences/profiles get really long 
+               we might run out of memory, so must really do it dynamically. 
+               had to move declaration of float *percent_gaps out of switch()
+            */
+            //float percent_gaps[MAXCOL]; //percentage of gaps in column k (with weighted sequences)
+            percent_gaps = new(float[par.maxColCnt]);
+
+            //determine number of columns L in alignment
+            L=strlen(seq[kfirst])-1;
+
+            // Conversion to integer representation, checking for unequal lengths and initialization
+            if (nres==NULL) nres=new(int[N_in]);
+            for (k=0; k<N_in; k++)
+                {
+                    if (!keep[k]) continue;
+                    int nr=0;
+                    wg[k]=0; nres[k]=0;
+                    for (l=1; l<=L; l++)
+                        {
+                            X[k][l]=aa2i(seq[k][l]);
+                            if (X[k][l]<NAA) nr++;
+                        }
+                    nres[k]=nr;
+                    if (seq[k][L+1]!='\0' && !unequal_lengths) unequal_lengths=k;
+                }
+            if (unequal_lengths) break;
+
+            // Quick and dirty calculation of the weight per sequence wg[k]
+            for (l=1; l<=L; l++) // for all positions l in alignment
+                {
+                    int naa=0; //number of different amino acids
+                    for (a=0; a<20; a++) nl[a]=0;
+                    for (k=0; k<N_in; k++) if (keep[k]) nl[ (int)X[k][l]]++;
+                    for (a=0; a<20; a++) if(nl[a]) naa++;
+                    if (!naa) naa=1; //naa=0 when column consists of only gaps and Xs (=ANY)
+                    for (k=0; k<N_in; k++)
+                        if (keep[k] && (X[k][l]<20) )
+                            {
+                                //wg[k]+=1.0/float(nl[ (int)X[k][l]]*naa*nres[k]+30.0); /* original version */
+                                wg[k] += 1.0/float(nl[ (int)X[k][l]]*naa*(nres[k]+30.0)); /* MR1 */
+                                // wg[k] += 1.0/float(nl[ (int)X[k][l]]*(nres[k]+30.0)); /* MR1 commented out */
+                                // wg[k] += (naa-1.0)/float(nl[ (int)X[k][l]]*(nres[k]+30.0)); /* MR1 commented out */
+                            }
+                } /* 1=l<=L*/
+
+            //Replace GAP with ENDGAP for all end gaps
+            for (k=0; k<N_in; ++k)
+                {
+                    if (!keep[k]) continue;
+                    for (i=1; i<=L && X[k][i]==GAP; i++) X[k][i]=ENDGAP; /* MR1: NOTE i++ <- ++i */
+                    for (i=L; i>=1 && X[k][i]==GAP; i--) X[k][i]=ENDGAP; /* MR1 */
+                }
+
+            // Add up percentage of gaps
+            for (l=1; l<=L; l++)
+                {
+                    float res=0;
+                    float gap=0;
+                    for (k=0; k< N_in; k++){
+                        if (keep[k]){
+                            if ( X[k][l]<GAP) res+=wg[k]; /* MR1, AA or ANY, changed from <ANY */
+                            else if ( X[k][l] != ENDGAP) gap+=wg[k];  /* MR1, else: GAP. ENDGAPs are ignored for counting percentage */
+                        }
+                    }
+                    percent_gaps[l]=100.*gap/(res+gap);
+                    if (v>=4) cout<<"percent gaps["<<l<<"]="<<percent_gaps[l]<<" first seq:"<<seq[0][l]<<"\n";
+                }
+
+            /* Insert states 'bloat' the HMM,
+               throwing them out 'slims' down the HMM.
+               A slimmer HMM takes less time to construct.
+               However, the marriage of Clustal and Hhalign
+               is particularly sensitive to residues
+               at the very end of the profile; these I call
+               'telomeres'. Telomeres must not be shed when
+               throwing out insert states, for the telomeres
+               we set the match threshold to 100%.
+             */
+#define MGAP_LOGIC 0
+#define TELOMERE_LOGIC 1
+#define TELOMERE_DYNAMIC 0
+
+#define ALWAYS_ACCEPT 101.0 /* do NOT change this parameter, must be >=100,
+                               make slightly bigger than 100% -- to be sure to be sure */
+#define DEFAULT_MGAPS 100.0 /* Soeding's default is 50, omega default prior to telomere logic was 100
+                               FIXME: this used to be par.Mgaps,
+                               in a later version re-introduce par.Mgaps to keep this value flexible */
+#define TELOMER_LENGTH 10   /* this parameter must be > 0 (unless DEFAULT_MGAPS=100),
+                               if it is too big (L/2) then telomere logic has no effect,
+                               don't think it should be changed (much) */
+#define TELOMER_FRACTION 0.10
+            //#define HMM_MIN_LENGTH 0.923
+#define HMM_MIN_LENGTH 0.950
+#define FORTRAN_OFFSET 1
+            double dDefaultMgaps;
+            dDefaultMgaps = DEFAULT_MGAPS;
+
+#if TELOMERE_LOGIC /* turn telomere logic on (1) or off (0) */
+            int iTelomereLength;
+
+#if TELOMERE_DYNAMIC /* keep telomere length 'dynamic' */
+            iTelomereLength = TELOMER_LENGTH > (int)(L*TELOMER_FRACTION) ? TELOMER_LENGTH : (int)(L*TELOMER_FRACTION);
+#else
+            iTelomereLength = TELOMER_LENGTH;
+#endif /* this was dynamic telomere */
+#endif /* this was telomere logic */
+
+            /* if HMMs get too small (much smaller than profile length L)
+               then one is liable to get a back-tracking error.
+               So we should ensure that the DEFAULT_MGAPS parameter does NOT
+               shrink the HMM too much.
+               take percentage-gap vector, sort it, and fix dDefaultMgaps,
+               such that at least (HMM_MIN_LENGTH)*(L) are left
+             */
+#if MGAP_LOGIC /* try to adapt Mgaps to size of final HMM */
+            {
+                float *pfPercentGaps = NULL;
+                if (NULL == (pfPercentGaps = (float *)malloc((L+1)*sizeof(float)))){
+                    printf("%s:%s:%d: could not malloc %d float for sorted percent-gaps\n",
+                           __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, L+1);
+                    dDefaultMgaps = DEFAULT_MGAPS;
+                }
+                else {
+                    for (l = 0; l < L; l++) {
+                        pfPercentGaps[l] = percent_gaps[l+FORTRAN_OFFSET];
+                    }
+                    qsort(pfPercentGaps, L, sizeof(float), CompFltAsc);
+
+                    dDefaultMgaps = pfPercentGaps[(int)(HMM_MIN_LENGTH*L)];
+                    if (dDefaultMgaps < DEFAULT_MGAPS){
+                        //printf("Mgaps = %f <- %f\n", DEFAULT_MGAPS, dDefaultMgaps);
+                        dDefaultMgaps = DEFAULT_MGAPS;
+                    }
+                    else {
+                        //printf("Mgaps = %f\n", dDefaultMgaps);
+                    }
+
+                    free(pfPercentGaps); pfPercentGaps = NULL;
+                }
+            }
+#endif /* tried to adapt Mgaps to size of final HMM */
+
+            // Throw out insert states and keep only match states
+            i=0;
+            for (k=0; k<N_in; k++) {h[k]=1; seq[k][0]='-';}
+            for (l=1; l<=L; l++)
+                {
+#if TELOMERE_LOGIC
+                    float fMgaps = ALWAYS_ACCEPT;
+                    if ( (l < iTelomereLength) || (L-l < iTelomereLength) ){
+                        /* residue is in telomere, always retain this position */
+                        fMgaps = ALWAYS_ACCEPT;
+                    }
+                    else if (0){
+                        /* FIXME: would like to put a transition phase in here,
+                           where the Mgap value gradually goes down from 100 to DEFAULT_MGAPS,
+                           however, may not be necessary and will make code more clunky */
+                    }
+                    else {
+                        /* position is in centre of sequence,
+                           retain position if less than DEFAULT_MGAPS% gaps at this position,
+                           for example, if DEFAULT_MGAPS=30 throw out if more than 30% gap.
+                           conversely, if DEFAULT_MGAPS=100 throw out if more than 100% gaps,
+                           which can never happen, so always retain */
+                        fMgaps = dDefaultMgaps;
+                    }
+                    if (percent_gaps[l] <= fMgaps)
+#else /* this was telomere logic */
+                    if (percent_gaps[l]<=float(par.Mgaps))
+#endif /* this was Soeding default */
+                        {
+                            if (i>=/*MAXRES*/par.maxResLen-2) {
+                                if (v>=1)
+                                    printf("WARNING: Number of match columns too large. Only first %i match columns will be kept!\n",i);
+                                break;
+                            }
+                            i++;
+                            this->l[i]=l;
+                            for (k=0; k<N_in; k++)
+                                {
+                                    if (keep[k])
+                                        {
+                                            seq[k][h[k]++]=MatchChr(seq[k][l]);
+                                            X[k][i]=X[k][l];
+                                            I[k][i]=0;
+                                        }
+                                    else if (k==kss_dssp || k==kss_pred)
+                                        {
+                                            seq[k][h[k]++]=MatchChr(seq[k][l]);
+                                            X[k][i]=ss2i(seq[k][l]);
+                                        }
+                                    else if (k==ksa_dssp)
+                                        {
+                                            seq[k][h[k]++]=MatchChr(seq[k][l]);
+                                            X[k][i]=sa2i(seq[k][l]);
+                                        }
+                                    else if (k==kss_conf)
+                                        {
+                                            seq[k][h[k]++]=seq[k][l];
+                                            X[k][i]=cf2i(seq[k][l]);
+                                        }
+                                }
+                        }
+                    else
+                        {
+                            for (k=0; k<N_in; k++)
+                                if (keep[k] && X[k][l]<GAP)
+                                    {
+                                        I[k][i]++;
+                                        seq[k][h[k]++]=InsertChr(seq[k][l]);
+                                    }
+                        }
+                }
+            for (k=0; k<N_in; k++) seq[k][h[k]]='\0';
+
+            //printf("%d\t%d\t%d\tN/L/M\n", N_in, L, i); /* -------- FIXME  */
+
+            if (v>=2) cout<<"Alignment in "<<infile<<" contains "<<L<<" columns and "<<i<<" match states\n";
+            L = i; //Number of match states
+
+            delete[] percent_gaps; percent_gaps = NULL;
+            break;
+
+
+            ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+            // Using residues of first sequence as match states
+        case 3:
+            /* Note: allocating statically is fine most of the time 
+               but when the sequences/profiles get really long 
+               we might run out of memory, so must really do it dynamically. 
+               had to move declaration of float *percent_gaps out of switch()
+            */
+            //char match_state[MAXCOL]; //1: column assigned to match state 0: insert state
+            match_state = new(char[par.maxColCnt]);
+
+            // Determine number of columns L in alignment
+            L=strlen(seq[0]+1);
+            if (v>=3) printf("Length of first seq = %i\n",L);
+            // Check for sequences with unequal lengths
+            for (k=1; k<N_in; k++)
+                if (int(strlen(seq[k]+1))!=L) {unequal_lengths=k; break;}
+            if (unequal_lengths) break;
+
+            // Determine match states: seq kfirst has residue at pos l -> match state
+            for (l=1; l<=L; l++)
+                if (isalpha(seq[kfirst][l])) match_state[l]=1; else match_state[l]=0;
+            // Throw out insert states and keep only match states
+            for (k=0; k<N_in; k++) {h[k]=1; seq[k][0]='-';}
+            i=0;
+            for (l=1; l<=L; l++)
+                {
+                    if (match_state[l]) // does sequence 0 have residue at position l?
+                        {
+                            if (i>=/*MAXRES*/par.maxResLen-2) {
+                                if (v>=1)
+                                    printf("WARNING: Number of match columns too large. Only first %i match columns will be kept!\n",i);
+                                break;
+                            }
+                            i++;
+                            this->l[i]=l;
+                            for (k=0; k<N_in; k++)
+                                {
+                                    if (keep[k])
+                                        {
+                                            seq[k][h[k]++]=MatchChr(seq[k][l]);
+                                            X[k][i]=aa2i(seq[k][l]);
+                                            I[k][i]=0;
+                                        }
+                                    else if (k==kss_dssp || k==kss_pred)
+                                        {
+                                            seq[k][h[k]++]=MatchChr(seq[k][l]);
+                                            X[k][i]=ss2i(seq[k][l]);
+                                        }
+                                    else if (k==ksa_dssp)
+                                        {
+                                            seq[k][h[k]++]=MatchChr(seq[k][l]);
+                                            X[k][i]=sa2i(seq[k][l]);
+                                        }
+                                    else if (k==kss_conf)
+                                        {
+                                            seq[k][h[k]++]=seq[k][l];
+                                            X[k][i]=cf2i(seq[k][l]);
+                                        }
+                                }
+                        }
+                    else
+                        {
+                            for (k=0; k<N_in; k++)
+                                if (keep[k] && aa2i(seq[k][l])<GAP)
+                                    {
+                                        I[k][i]++;
+                                        seq[k][h[k]++]=InsertChr(seq[k][l]);
+                                    }
+                        }
+                }
+            for (k=0; k<N_in; k++) seq[k][h[k]]='\0';
+
+            //Replace GAP with ENDGAP for all end gaps /* MR1 */
+            for (k=0; k<N_in; ++k)
+                {
+                    if (!keep[k]) continue;
+                    for (i=1; i<=L && X[k][i]==GAP; i++) X[k][i]=ENDGAP; /* MR1, note i++ <- ++i */
+                    for (i=L; i>=1 && X[k][i]==GAP; i--) X[k][i]=ENDGAP; /* MR1 */
+                }
+
+            if (v>=2) cout<<"Alignment in "<<infile<<" contains "<<L<<" columns and "<<i<<" match states\n";
+            L = i; //Number of match states
+
+            delete[] match_state; match_state = NULL;
+            break;
+
+        } //end switch()
+    ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+
+    // Error
+    if (unequal_lengths)
+        {
+            strcut(sname[unequal_lengths]);
+            cerr<<endl<<"Error: sequences in "<<infile<<" do not all have the same number of columns, \ne.g. first sequence and sequence "<<sname[unequal_lengths]<<".\n";
+            if(par.M==1) cerr<<".\nCheck input format for '-M a2m' option and consider using '-M first' or '-M 50'\n";
+            exit(1);
+        }
+
+    // Avert user about -cons option?
+    if (v>=2 && !par.cons)
+        {
+            for (i=1; i<=L; i++)
+                if (X[kfirst][i]==GAP)
+                    {
+                        printf("NOTE: Use the '-cons' option to calculate a consensus sequence as first sequence of the alignment.\n");
+                        break;
+                    }
+        }
+    /* MR1
+    //Replace GAP with ENDGAP for all end gaps
+    for (k=0; k<N_in; k++)
+    {
+    if (!keep[k]) continue;
+    for (i=1; i<=L && X[k][i]==GAP; i++) X[k][i]=ENDGAP;
+    for (i=L; i>=1 && X[k][i]==GAP; i--) X[k][i]=ENDGAP;
+    }*/
+
+    // DEBUG
+    if (v>=4)
+        for (k=0; k<N_in; k++)
+            {
+                if (!display[k]) continue;
+                cout<<">"<<sname[k]<<"\n";
+                if (k==kss_dssp || k==kss_pred) {for (i=1; i<=L; i++) cout<<char(i2ss(X[k][i]));}
+                else if (k==kss_conf) {for (i=1; i<=L; i++) cout<<char(i2cf(X[k][i]));}
+                else if (k==ksa_dssp) {for (i=1; i<=L; i++) cout<<char(i2sa(X[k][i]));}
+                else
+                    {
+                        for (i=1; i<=L; i++) cout<<char(i2aa(X[k][i]));
+                        cout<<"\n";
+                        for (i=1; i<=L; i++)
+                            if (I[k][i]==0) cout<<"-"; else if (I[k][i]>9) cout<<"X"; else cout<<I[k][i];
+                    }
+                cout<<"\n";
+            }
+
+    delete[](h); h = NULL;
+}
+
+
+/**
+ * @brief Remove sequences with seq. identity larger than seqid percent
+ *(remove the shorter of two) or coverage<cov_thr
+ *
+ * FIXME: originally max_seqid is a variable that is the cutoff
+ *  above which sequences are thrown out. We want to throw out sequences
+ *  when building the HMM but not for display, there we want to keep all.
+ *  This should be really easy, but there is some hidden stuff going on
+ *  in this function, so I did a minimal-invasive change and just stuck
+ *  (effectively) a hard-wired 100 instead of the variable.
+ *  At a later stage we should get rid of this function alltogether
+ *  as it does gobble up some time (and is quadratic in noof sequences, I think)
+ *  FS, 2010-10-04
+ */
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/*
+ */
+inline int 
+Alignment::FilterForDisplay(int max_seqid, int coverage, int qid, float qsc, int N)
+{
+
+    /* FIXME
+     * by just returning n_display and not doing anything
+     * I think we display everything and not do any work for it
+     */
+    return n_display; /* FS, 2010-10-04*/
+
+
+    if (par.mark) return n_display;
+    char *dummy = new(char[N_in+1]);
+    int vtmp=v, seqid;
+    v=0;
+    n_display=0;
+    if (kss_dssp>=0) display[kss_dssp]=KEEP_NOT;
+    if (ksa_dssp>=0) display[ksa_dssp]=KEEP_NOT;
+    if (kss_pred>=0) display[kss_pred]=KEEP_NOT;
+    if (kss_conf>=0) display[kss_conf]=KEEP_NOT;
+    for (seqid=imin(10,max_seqid); n_display<N && seqid<=max_seqid; seqid++)
+        {
+            for (int k=0; k<N_in; k++) dummy[k]=display[k];
+            n_display = Filter2(dummy,coverage,qid,qsc,20,seqid,0);
+            // printf("Seqid=%3i n_display=%4i\n",seqid,n_display);
+        }
+    if (n_display>N)
+        {
+            for (int k=0; k<N_in; k++) dummy[k]=display[k];
+            n_display = Filter2(dummy,coverage,qid,qsc,20,--(--seqid),0);
+        }
+    v=vtmp;
+    for (int k=0; k<N_in; k++) display[k]=dummy[k];
+    if (kss_dssp>=0) {display[kss_dssp]=KEEP_CONDITIONALLY; n_display++;}
+    if (ksa_dssp>=0) {display[ksa_dssp]=KEEP_CONDITIONALLY; n_display++;}
+    if (kss_pred>=0) {display[kss_pred]=KEEP_CONDITIONALLY; n_display++;}
+    if (kss_conf>=0) {display[kss_conf]=KEEP_CONDITIONALLY; n_display++;}
+    delete[] dummy; dummy = NULL;
+    return n_display;
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Remove sequences with seq. identity larger than seqid percent (remove the shorter of two) or coverage<cov_thr
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+inline int Alignment::Filter(int max_seqid, int coverage, int qid, float qsc, int N)
+{
+    return Filter2(keep,coverage,qid,qsc,20,max_seqid,N);
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/*
+ * @brief Select set of representative sequences in the multiple sequence alignment
+ *
+ * Filter criteria:
+ * Remove sequences with coverage of query less than "coverage" percent
+ * Remove sequences with sequence identity to query of less than "qid" percent
+ * If Ndiff==0, remove sequences with seq. identity larger than seqid2(=max_seqid) percent
+ * If Ndiff>0, remove sequences with minimum-sequence-identity filter of between seqid1
+ * and seqid2 (%), where the minimum seqid threshold is determined such that,
+ * in all column blocks of at least WMIN=25 residues, at least Ndiff sequences are left.
+ * This ensures that in multi-domain proteins sequences covering one domain are not
+ * removed completely because sequences covering other domains are more diverse.
+ *
+ * Allways the shorter of two compared sequences is removed (=> sort sequences by length first).
+ * Please note: sequence identity of sequence x with y when filtering x is calculated as
+ * number of residues in sequence x that are identical to an aligned residue in y / number of residues in x
+ * Example: two sequences x and y are 100% identical in their overlapping region but one overlaps by 10% of its
+ * length on the left and the other by 20% on the right. Then x has 10% seq.id with y and y has 20% seq.id. with x.
+ */
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+int 
+Alignment::Filter2(char keep[], int coverage, int qid, float qsc, int seqid1, int seqid2, int Ndiff)
+{
+    // In the beginnning, keep[k] is 1 for all regular amino acid sequences and 0 for all others (ss_conf, ss_pred,...)
+    // In the end, keep[k] will be 1 for all regular representative sequences kept in the alignment, 0 for all others
+    char* in=new(char[N_in+1]); // in[k]=1: seq k has been accepted; in[k]=0: seq k has not yet been accepted at current seqid
+    char* inkk=new(char[N_in+1]); // inkk[k]=1 iff in[ksort[k]]=1 else 0;
+    int* Nmax=new(int[L+2]); // position-dependent maximum-sequence-identity threshold for filtering /* MR1, used to be called idmax*/
+    int* idmaxwin=new(int[L+2]); // minimum value of idmax[i-WFIL,i+WFIL]
+    int* seqid_prev=new(int[N_in+1]); // maximum-sequence-identity threshold used in previous round of filtering (with lower seqid)
+    int* N=new(int[L+2]); // N[i] number of already accepted sequences at position i
+    const int WFIL=25; // see previous line
+
+    int diffNmax=Ndiff;       // current  maximum difference of Nmax[i] and Ndiff /* MR1 */
+    int diffNmax_prev=0;      // previous maximum difference of Nmax[i] and Ndiff /* MR1 */
+
+    int seqid; // current maximum value for the position-dependent maximum-sequence-identity thresholds in idmax[]
+    int seqid_step=0;         // previous increment of seqid /* MR1 */
+
+    float diff_min_frac; // minimum fraction of differing positions between sequence j and k needed to accept sequence k
+    float qdiff_max_frac=0.9999-0.01*qid; // maximum allowable number of residues different from query sequence
+    int diff; // number of differing positions between sequences j and k (counted so far)
+    int diff_suff; // number of differing positions between sequences j and k that would be sufficient
+    int qdiff_max; // maximum number of residues required to be different from query
+    int cov_kj; // upper limit of number of positions where both sequence k and j have a residue
+    int first_kj; // first non-gap position in sequence j AND k
+    int last_kj; // last non-gap position in sequence j AND k
+    int kk, jj; // indices for sequence from 1 to N_in
+    int k, j; // kk=ksort[k], jj=ksort[j]
+    int i; // counts residues
+    int n; // number of sequences accepted so far
+
+
+    // Initialize in[k]
+    for (n=k=0; k<N_in; k++) if (keep[k]==KEEP_ALWAYS) {in[k]=2/*KEEP_ALWAYS??*/; n++;} else in[k]=0;
+
+    // Determine first[k], last[k]?
+    if (first==NULL)
+        {
+            first=new(int[N_in]);// first non-gap position in sequence k
+            last =new(int[N_in]);// last  non-gap position in sequence k
+            for (k=0; k<N_in; k++) // do this for ALL sequences, not only those with in[k]==1 (since in[k] may be display[k])
+                {
+                    for (i=1; i<=L; i++) if (X[k][i]<NAA) break;
+                    first[k]=i;
+                    for (i=L; i>=1; i--) if (X[k][i]<NAA) break;
+                    last[k]=i;
+                }
+        }
+
+    // Determine number of residues nres[k]?
+    if ( (nres==NULL)  || (sizeof(nres)<N_in*sizeof(int)) )
+        {
+            nres=new(int[N_in]);
+            for (k=0; k<N_in; k++) // do this for ALL sequences, not only those with in[k]==1 (since in[k] may be display[k])
+                {
+                    int nr=0;
+                    for (i=first[k]; i<=last[k]; i++)
+                        if (X[k][i]<NAA) nr++;
+                    nres[k]=nr;
+                    // printf("%20.20s nres=%3i first=%3i last=%3i\n",sname[k],nr,first[k],last[k]);
+                }
+        }
+
+    // Sort sequences according to length; afterwards, nres[ksort[kk]] is sorted by size
+    if (ksort==NULL)
+        {
+            ksort=new(int[N_in]); // never reuse alignment object for new alignment with more sequences
+            for (k=0; k<N_in; k++) ksort[k]=k;
+            QSortInt(nres,ksort,kfirst+1,N_in-1,-1); //Sort sequences after kfirst (query) in descending order
+        }
+    for (kk=0; kk<N_in; kk++) inkk[kk]=in[ksort[kk]];
+
+    // Initialize N[i], idmax[i], idprev[i]
+    for (i=1; i<first[kfirst]; i++) N[i]=0;
+    for (i=first[kfirst]; i<=last[kfirst]; i++) N[i]=1;
+    for (i=last[kfirst]+1; i<=L; i++) N[i]=0;
+    //for (i=1; i<=L; i++) {idmax[i]=seqid1; idmaxwin[i]=-1;}
+    for (i=1; i<=L; ++i) {Nmax[i]=0; idmaxwin[i]=-1;} /* MR1 */
+    for (k=0; k<N_in; k++) seqid_prev[k]=-1;
+    if (Ndiff<=0 || Ndiff>=N_in) {seqid1=seqid2; Ndiff=N_in; diffNmax=Ndiff;}
+
+    // Check coverage and sim-to-query criteria for each sequence k
+    for (k=0; k<N_in; k++)
+        {
+            if (keep[k]==KEEP_NOT || keep[k]==KEEP_ALWAYS) continue; // seq k not regular sequence OR is marked sequence
+            if (100*nres[k]<coverage*L) {keep[k]=KEEP_NOT; continue;} // coverage too low? => reject once and for all
+
+            float qsc_sum=0.0;
+
+            // Check if score-per-column with query is at least qsc
+            if (qsc>-10)
+                {
+                    float qsc_min = qsc*nres[k]; // minimum total score of seq k with query
+
+                    int gapq=0, gapk=0; // number of consecutive gaps in query or k'th sequence at position i
+                    for (int i=first[k]; i<=last[k]; i++)
+                        {
+                            if (X[k][i]<20)
+                                {
+                                    gapk=0;
+                                    if (X[kfirst][i]<20)
+                                        {
+                                            gapq=0;
+                                            qsc_sum += S[(int)X[kfirst][i]][(int)X[k][i]];
+                                        }
+                                    else if (gapq++) qsc_sum-=PLTY_GAPEXTD; else qsc_sum-=PLTY_GAPOPEN;
+                                }
+                            else if (X[kfirst][i]<20)
+                                {
+                                    gapq=0;
+                                    if (gapk++) qsc_sum-=PLTY_GAPEXTD; else qsc_sum-=PLTY_GAPOPEN;
+                                }
+                        }
+                    // printf("k=%3i qsc=%6.2f\n",k,qsc_sum);
+                    if (qsc_sum<qsc_min) {keep[k]=KEEP_NOT; continue;} // too different from query? => reject once and for all
+                }
+
+            //Check if sequence similarity with query at least qid?
+            if (qdiff_max_frac<0.999)
+                {
+                    qdiff_max=int(qdiff_max_frac*nres[k]+0.9999);
+                    // printf("k=%-4i nres=%-4i qdiff_max=%-4i first=%-4i last=%-4i",k,nres[k],qdiff_max,first[k],last[k]);
+                    diff=0;
+                    for (int i=first[k]; i<=last[k]; i++)
+                        // enough different residues to reject based on minimum qid with query? => break
+                        if (X[k][i]<20 && X[k][i]!=X[kfirst][i] && ++diff>=qdiff_max) break;
+                    // printf(" diff=%4i\n",diff);
+                    if (diff>=qdiff_max) {keep[k]=KEEP_NOT; continue;} // too different from query? => reject once and for all
+                }
+            // printf(" qsc=%6.2f qid=%6.2f \n",qsc_sum/nres[k],100.0*(1.0-(float)(diff)/nres[k]));
+        }
+
+    if (seqid1>seqid2)
+        {
+            for (n=k=0; k<N_in; k++) if (keep[k]>KEEP_NOT) n++;
+            return n;
+        }
+
+    // Successively increment idmax[i] at positons where N[i]<Ndiff
+    //for (seqid=seqid1; seqid<=seqid2; seqid+=1+(seqid>=50)) /* MR1 */
+    seqid=seqid1;
+    while (seqid<=seqid2)
+        {
+            /*
+            // Update idmax[i]
+            for (i=1; i<=L; i++) if (N[i]<Ndiff) idmax[i]=seqid;
+
+            // Update idmaxwin[i] as minimum of idmax[i-WFIL,i+WFIL]. If idmaxwin[] has not changed then stop
+            char stop=1;
+            for (i=1; i<=L; i++)
+            {
+            int idmax_min=seqid2;
+            for (j=imax(1,imin(L-2*WFIL+1,i-WFIL)); j<=imin(L,imax(2*WFIL,i+WFIL)); j++)
+            if (idmax[j]<idmax_min) idmax_min=idmax[j];
+            if (idmax_min>idmaxwin[i]) stop=0; // idmaxwin[i] has changed => do not stop
+            idmaxwin[i]=idmax_min;
+            }
+            */
+            char stop=1;
+            // Update Nmax[i]
+            diffNmax_prev = diffNmax;
+            diffNmax = 0;
+            for (i=1; i<=L; ++i)
+                {
+                    int max=0;
+                    for (j=imax(1,imin(L-2*WFIL+1,i-WFIL)); j<=imin(L,imax(2*WFIL,i+WFIL)); ++j)
+                        if (N[j]>max) max=N[j];
+                    if (Nmax[i]<max) Nmax[i]=max;
+                    if (Nmax[i]<Ndiff)
+                        {
+                            stop=0;
+                            idmaxwin[i]=seqid;
+                            if (diffNmax<Ndiff-Nmax[i]) diffNmax=Ndiff-Nmax[i];
+                        }
+
+                }
+
+            //printf("seqid=%3i  diffNmax_prev= %-4i   diffNmax= %-4i   n=%-5i  N_in-N_ss=%-5i\n",seqid,diffNmax_prev,diffNmax,n,N_in-N_ss);
+
+            if (stop) break;
+
+            // // DEBUG
+            // printf("idmax ");
+            // for (i=1; i<=L; i++) printf("%2i ",idmax[i]);
+            // printf("\n");
+            // printf("idmaxwin ");
+            // for (i=1; i<=L; i++) printf("%2i ",idmaxwin[i]);
+            // printf("\n");
+            // printf("N[i] ");
+            // for (i=1; i<=L; i++) printf("%2i ",N[i]);
+            // printf("\n");
+
+            // Loop over all candidate sequences kk (-> k)
+            for (kk=0; kk<N_in; kk++)
+                {
+                    if (inkk[kk]) continue; // seq k already accepted
+                    k=ksort[kk];
+                    if (!keep[k]) continue; // seq k is not regular aa sequence or already suppressed by coverage or qid criterion
+                    if (keep[k]==KEEP_ALWAYS) {inkk[kk]=2; continue;} // accept all marked sequences (no n++, since this has been done already)
+
+                    // Calculate max-seq-id threshold seqidk for sequence k (as maximum over idmaxwin[i])
+                    if (seqid>=100) {in[k]=inkk[kk]=1; n++; continue;}
+                    float seqidk=seqid1;
+                    for (i=first[k]; i<=last[k]; i++)
+                        if (idmaxwin[i]>seqidk) seqidk=idmaxwin[i];
+                    if (seqid==seqid_prev[k]) continue; // sequence has already been rejected at this seqid threshold => reject this time
+                    seqid_prev[k]=seqid;
+                    diff_min_frac =0.9999-0.01*seqidk; // min fraction of differing positions between sequence j and k needed to accept sequence k
+
+                    // Loop over already accepted sequences
+                    for (jj=0; jj<kk; jj++)
+                        {
+                            if (!inkk[jj]) continue;
+                            j=ksort[jj];
+                            first_kj=imax(first[k],first[j]);
+                            last_kj =imin(last[k],last[j]);
+                            cov_kj = last_kj-first_kj+1;
+                            diff_suff=int(diff_min_frac*imin(nres[k],cov_kj)+0.999); // nres[j]>nres[k] anyway because of sorting /* MR1 0.999 */
+                            diff=0;
+                            for (int i=first_kj; i<=last_kj; i++)
+                                {
+                                    // enough different residues to accept? => break
+                                    if (X[k][i]>=NAA || X[j][i]>=NAA)
+                                        cov_kj--;
+                                    else
+                                        if (X[k][i]!=X[j][i] && ++diff>=diff_suff) break; // accept (k,j)
+                                }
+                            // // DEBUG
+                            // printf("%20.20s with %20.20s: diff=%i diff_min_frac*cov_kj=%f diff_suff=%i nres=%i cov_kj=%i\n",sname[k],sname[j],diff,diff_min_frac*cov_kj,diff_suff,nres[k],cov_kj);
+                            // printf("%s\n%s\n\n",seq[k],seq[j]);
+
+                            //if (float(diff)<fmin(diff_min_frac*cov_kj,diff_suff)) break; //similarity > acceptace threshold? Reject! /* MR1 */
+                            if (diff<diff_suff && float(diff)<=diff_min_frac*cov_kj) break; //dissimilarity < acceptace threshold? Reject! /* MR1 */
+
+
+                        }
+                    if (jj>=kk) // did loop reach end? => accept k. Otherwise reject k (the shorter of the two)
+                        {
+                            in[k]=inkk[kk]=1;
+                            n++;
+                            for (i=first[k]; i<=last[k]; i++) N[i]++; // update number of sequences at position i
+                            // printf("%i %20.20s accepted\n",k,sname[k]);
+                        }
+                    // else
+                    // {
+                    // printf("%20.20s rejected: too similar with seq %20.20s diff=%i diff_min_frac*cov_kj=%f diff_suff=%i nres=%i cov_kj=%i\n",sname[k],sname[j],diff,diff_min_frac*cov_kj,diff_suff,nres[k],cov_kj);
+                    // printf("%s\n%s\n\n",seq[k],seq[j]);
+                    // }
+
+                } // End Loop over all candidate sequences kk
+
+            // // DEBUG
+            // printf("\n");
+            // printf("seqid_prev[k]= \n");
+            // for (k=0; k<N_in; k++) printf("%2i ",seqid_prev[k]);
+            // printf("\n");
+
+            // Increment seqid /* MR1 */
+            seqid_step = imax(1,imin(5,diffNmax/(diffNmax_prev-diffNmax+1)*seqid_step/2));
+            seqid += seqid_step;
+
+        } // End Loop over seqid
+
+    if (v>=2)
+        {
+            printf("%i out of %i sequences passed filter (",n,N_in-N_ss);
+            if (par.coverage)
+                printf("%i%% min coverage, ",coverage);
+            if (qid)
+                printf("%i%% min sequence identity to query, ",qid);
+            if (qsc>-10)
+                printf("%.2f bits min score per column to query, ",qsc);
+            if (Ndiff<N_in && Ndiff>0)
+                printf("up to %i%% position-dependent max pairwise sequence identity)\n",seqid);
+            else
+                printf("%i%% max pairwise sequence identity)\n",seqid1);
+        }
+
+    for (k=0; k<N_in; k++) keep[k]=in[k];
+    delete[] in; in = NULL;
+    delete[] inkk; inkk = NULL;
+    //delete[] idmax; idmax = NULL;
+    delete[] Nmax; /* MR1 */
+    delete[] idmaxwin; idmaxwin = NULL;
+    delete[] seqid_prev; seqid_prev = NULL;
+    delete[] N; N = NULL;
+#if 0
+    printf("%s:%s:%d: sequences accepted = %d/%d\n", __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, n, N_in-N_ss);
+#endif
+    return n;
+}
+
+
+
+/* MR1: the Alignment::HomologyFilter is no longer needed in hhalign-stand-alone */
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Filter for min score per column coresc with core query profile,
+ *   defined by coverage_core and qsc_core 
+ */
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+int 
+Alignment::HomologyFilter(int coverage_core, float qsc_core, float coresc)
+{
+    const int seqid_core=90; //maximum sequence identity in core alignment
+    const int qid_core=0;
+    const int Ndiff_core=0;
+    int n;
+    HMM qcore;
+    char* coreseq=new(char[N_in]); // coreseq[k]=1 if sequence belongs to core of alignment (i.e. it is very similar to query)
+    for (int k=0; k<N_in; k++) coreseq[k]=keep[k]; // Copy keep[] into coreseq[]
+
+    // Remove sequences with seq. identity larger than seqid percent (remove the shorter of two)
+    int v1=v; v=1;
+    n = Filter2(coreseq,coverage_core,qid_core,qsc_core,seqid_core,seqid_core,Ndiff_core);
+    v=v1;
+    if (v>=2)
+        {
+            printf("%i out of %i core alignment sequences passed filter (",n,N_in-N_ss);
+            if (par.coverage_core)
+                printf("%i%% min coverage, ",coverage_core);
+            if (qid_core)
+                printf("%i%% min sequence identity to query, ",qid_core);
+            if (qsc_core>-10)
+                printf("%.2f bits min score per column to query, ",qsc_core);
+            printf("%i%% max pairwise sequence identity)\n",seqid_core);
+        }
+
+    // Calculate bare AA frequencies and transition probabilities -> qcore.f[i][a], qcore.tr[i][a]
+    FrequenciesAndTransitions(qcore,coreseq);
+
+    // Add transition pseudocounts to query -> q.p[i][a] (gapd=1.0, gape=0.333, gapf=gapg=1.0, gaph=gapi=1.0, gapb=1.0
+    qcore.AddTransitionPseudocounts(1.0,0.333,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0);
+
+    // Generate an amino acid frequency matrix from f[i][a] with full pseudocount admixture (tau=1) -> g[i][a]
+    qcore.PreparePseudocounts();
+
+    // Add amino acid pseudocounts to query: qcore.p[i][a] = (1-tau)*f[i][a] + tau*g[i][a]
+    qcore.AddAminoAcidPseudocounts(2,1.5,2.0,1.0); // pcm=2, pca=1.0, pcb=2.5, pcc=1.0
+
+    // Filter out all sequences below min score per column with qcore
+    n=FilterWithCoreHMM(keep, coresc, qcore);
+
+    if (v>=2) cout<<n<<" out of "<<N_in-N_ss<<" sequences filtered by minimum score-per-column threshold of "<<qsc_core<<"\n";
+    delete[] coreseq; coreseq = NULL;
+    return n;
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Filter out all sequences below a minimum score per column with profile qcore
+ */
+int 
+Alignment::FilterWithCoreHMM(char in[], float coresc, HMM& qcore)
+{
+    int k; // count sequences in alignment
+    int i; // column in query alignment
+    int a; // amino acid (0..19)
+    int n=1; // number of sequences that passed filter
+    float** logodds=new(float*[L+1]); // log-odds ratios for HMM qcore
+    char gap; // 1: previous state in seq k was a gap 0: previous state in seq k was an amino acid
+    float score; // score of sequence k aligned with qcore
+
+    for (i=1; i<=L; i++) logodds[i]=new(float[21]);
+
+    // Determine first[k], last[k]?
+    if (first==NULL)
+        {
+            first=new(int[N_in]);// first non-gap position in sequence k
+            last =new(int[N_in]);// last non-gap position in sequence k
+            for (k=0; k<N_in; k++) // do this for ALL sequences, not only those with in[k]==1 (since in[k] may be display[k])
+                {
+                    for (i=1; i<=L; i++) if (X[k][i]<NAA) break;
+                    first[k]=i;
+                    for (i=L; i>=1; i--) if (X[k][i]<NAA) break;
+                    last[k]=i;
+                }
+        }
+
+    // Determine number of residues nres[k]?
+    if (nres==NULL)
+        {
+            nres=new(int[N_in]);
+            for (k=0; k<N_in; k++) // do this for ALL sequences, not only those with in[k]==1 (since in[k] may be display[k])
+                {
+                    int nr=0;
+                    for (i=first[k]; i<=last[k]; i++)
+                        if (X[k][i]<NAA) nr++;
+                    nres[k]=nr;
+                    // printf("%20.20s nres=%3i first=%3i last=%3i\n",sname[k],nr,f,l);
+                }
+        }
+
+    // Precalculate the log-odds for qcore
+    for (i=1; i<=L; i++)
+        {
+            for (a=0; a<NAA; a++)
+                logodds[i][a]=fast_log2(qcore.p[i][a]/pb[a]);
+            logodds[i][ANY]=-0.5; // half a bit penalty for X
+
+            // printf(" A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V\n");
+            // printf("%6i ",i);
+            // for (a=0; a<20; ++a) fprintf(stdout,"%5.1f ",100*qcore.f[i][a]);
+            // printf("\n");
+            // printf(" ");
+            // for (a=0; a<20; ++a) fprintf(stdout,"%5.1f ",100*qcore.g[i][a]);
+            // printf("\n");
+            // printf(" ");
+            // for (a=0; a<20; ++a) fprintf(stdout,"%5.1f ",100*qcore.p[i][a]);
+            // printf("\n");
+            // printf(" ");
+            // for (a=0; a<20; ++a) fprintf(stdout,"%5.1f ",100*pb[a]);
+            // printf("\n");
+            // printf(" ");
+            // for (a=0; a<20; ++a) fprintf(stdout,"%5.2f ",fast_log2(qcore.p[i][a]/pb[a]));
+            // printf("\n");
+        }
+
+    // Main loop: test all sequences k
+    for (k=kfirst+1; k<N_in; k++)
+        {
+            if (!in[k]) continue; // if in[k]==0 sequence k will be suppressed directly
+
+            float score_M=0.0;
+            float score_prev=0.0;
+
+            // Calculate score of sequence k with core HMM
+            score=0; gap=0;
+            for (i=first[k]; i<=last[k]; i++)
+                {
+                    score_M=0.0;
+                    if (X[k][i]<=ANY) // current state is Match
+                        {
+                            score_M=logodds[i][ (int)X[k][i]];
+                            score+=logodds[i][ (int)X[k][i]];
+                            if (gap) score+=qcore.tr[i][D2M]; else score+=qcore.tr[i][M2M];
+                            gap=0;
+                        }
+                    else if (X[k][i]==GAP) // current state is Delete (ignore ENDGAPs)
+                        {
+                            if (gap) score+=qcore.tr[i][D2D]; else score+=qcore.tr[i][M2D];
+                            gap=1;
+                        }
+                    if (I[k][i]) score+=qcore.tr[i][M2I]+(I[k][i]-1)*qcore.tr[i][I2I]+qcore.tr[i][I2M];
+                    // if (k==2) printf("i=%3i %c:%c score_M=%6.2f score=%6.2f score_sum=%6.2f \n",i,i2aa(X[kfirst][i]),i2aa(X[k][i]),score_M,score-score_prev,score);
+                    score_prev=score;
+                }
+
+            printf("k=%3i score=%6.2f\n",k,score);
+            if (score<nres[k]*coresc) in[k]=0; else n++;// reject sequence k?
+        }
+    for (i=1; i<=L; i++){
+        delete[] logodds[i]; logodds[i] = NULL;
+    }
+    delete[] logodds; logodds = NULL;
+    return n;
+}
+
+
+/* MR1 */
+#if 0
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Filter alignment to given diversity/Neff
+ */
+bool 
+Alignment::FilterNeff()
+{
+    int v1=v;
+    v=v1-1;
+    const float TOLX=0.001;
+    const float TOLY=0.02;
+    char dummy[N_in+1];
+    for (int k=0; k<N_in; ++k) dummy[k]=keep[k];
+    float x=0.0,y=0.0;
+    float x0=-1.0;
+    float x1=+2.0;
+    float y0=filter_by_qsc(x0,dummy);
+    float y1=filter_by_qsc(x1,dummy);
+    int i=2;
+    while (y0-par.Neff>0 && par.Neff-y1>0)
+        {
+            x = x0 + (par.Neff-y0)*(x1-x0)/(y1-y0); // linear interpolation between (x0,y0) and (x1,y1)
+            y = filter_by_qsc(x,dummy);
+            if (v>=2) printf(" %3i  x0=%6.3f -> %6.3f     x=%6.3f -> %6.3f     x1=%6.3f -> %6.3f \n",++i,x0,y0,x,y,x1,y1);
+            if (y>par.Neff) {x0=x; y0=y;} else {x1=x; y1=y;}
+            if (fabs(par.Neff-y)<TOLY || x1-x0<TOLX) break;
+        }
+    v=v1;
+
+    if (y0>=par.Neff && y1<=par.Neff)
+        {
+            // Write filtered alignment WITH insert states (lower case) to alignment file
+            if (v>=2) printf("Found Neff=%6.3f at filter threshold qsc=%6.3f\n",y,x);
+            return true;
+        }
+    else if (v>=1)
+        printf("Diversity of unfiltered alignment %.2f is below target diversity %.2f. No alignment written\n",y0,par.Neff);
+
+    return false;
+}
+
+float Alignment::filter_by_qsc(float qsc, char* dummy)
+{
+    HMM q;
+    for (int k=0; k<N_in; ++k) keep[k]=dummy[k];
+    Filter2(keep,par.coverage,0,qsc,par.max_seqid+1,par.max_seqid,0);
+    FrequenciesAndTransitions(q);
+    //   printf("qsc=%4.1f  N_filtered=%-3i  Neff=%6.3f\n",qsc,n,q.Neff_HMM);
+    return q.Neff_HMM;
+}
+#endif
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief  Calculate AA frequencies q.p[i][a] and transition probabilities q.tr[i][a] from alignment
+ */
+void 
+Alignment::FrequenciesAndTransitions(HMM& q, char* in)
+{
+    int k; // index of sequence
+    int i; // position in alignment
+    int a; // amino acid (0..19)
+    int ni[NAA+3]; // number of times amino acid a occurs at position i
+    int naa; // number of different amino acids
+
+    if (v>=3)
+        cout<<"Calculating position-dependent weights on subalignments\n";
+
+    if (in==NULL) in=keep; // what's this good for?
+
+    if (N_filtered>1)
+        {
+            for (k=0; k<N_in; k++) wg[k]=0.0; // initialized wg[k]
+            // Calculate global weights
+            for (i=1; i<=L; i++) // for all positions i in alignment
+                {
+                    for (a=0; a<20; a++) ni[a]=0;
+                    for (k=0; k<N_in; k++) if (in[k]) ni[ (int)X[k][i]]++;
+                    naa=0; for (a=0; a<20; a++) if(ni[a]) naa++;
+                    if (!naa) naa=1; //naa=0 when column consists of only gaps and Xs (=ANY)
+                    for (k=0; k<N_in; k++)
+                        if (in[k] && X[k][i]<20)
+                            wg[k] += 1.0/float(ni[ (int)X[k][i]]*naa*(nres[k]+30));
+                    // ensure that each residue of a short sequence contributes as much as a residue of a long sequence:
+                    // contribution is proportional to one over sequence length nres[k] plus 30.
+                }
+            NormalizeTo1(wg,N_in);
+
+
+            // Do pos-specific sequence weighting and calculate amino acid frequencies and transitions
+            for (k=0; k<N_in; k++) X[k][0]=ENDGAP; // make sure that sequences ENTER subalignment j for j=1
+            for (k=0; k<N_in; k++) X[k][L+1]=ENDGAP; // does it have an influence?
+
+#ifdef HAVE_OPENMP
+            if(par.wg != 1)
+            {
+                #pragma omp parallel sections
+                {
+                    #pragma omp section
+                    Amino_acid_frequencies_and_transitions_from_M_state(q,in); // use subalignments of seqs with residue in i
+                    #pragma omp section
+                    Transitions_from_I_state(q,in); // use subalignments of seqs with insert in i
+                    #pragma omp section
+                    Transitions_from_D_state(q,in); // use subalignments of seqs with delete in i. Must be last of these three calls if par.wg==1!
+                }
+            }
+            else
+            {
+                #pragma omp parallel sections
+                {
+                    #pragma omp section
+                    Amino_acid_frequencies_and_transitions_from_M_state(q,in); // use subalignments of seqs with residue in i
+                    #pragma omp section
+                    Transitions_from_I_state(q,in); // use subalignments of seqs with insert in i
+                }
+                Transitions_from_D_state(q,in); // use subalignments of seqs with delete in i. Must be last of these three calls if par.wg==1!
+            }
+#else
+            Amino_acid_frequencies_and_transitions_from_M_state(q,in);
+            Transitions_from_I_state(q,in);
+            Transitions_from_D_state(q,in);
+#endif
+        }
+    else // N_filtered==1
+        {
+            X[kfirst][0]=X[kfirst][L+1]=ANY; // (to avoid anallowed access within loop)
+            q.Neff_HMM=1.0f;
+            for (i=0; i<=L+1; i++) // for all positions i in alignment
+                {
+                    q.Neff_M[i]=1.0f;
+                    q.Neff_I[i]=q.Neff_D[i]=0.0f;
+                    for (a=0; a<20; a++) q.f[i][a]=0.0;
+                    /* this is the crucial change that makes terminal-X work */
+                    //q.f[i][ (int)(X[kfirst][i]) ] = 1.0; /* MR1 */
+                    if (X[kfirst][i] < ANY) /* MR1 */
+                        q.f[i][(unsigned int) X[kfirst][i] ] = 1.0;
+                    else
+                        for (a=0; a<20; ++a) q.f[i][a]=pb[a];
+                    q.tr[i][M2M]=0;
+                    q.tr[i][M2I]=-100000.0;
+                    q.tr[i][M2D]=-100000.0;
+                    q.tr[i][I2M]=-100000.0;
+                    q.tr[i][I2I]=-100000.0;
+                    q.tr[i][D2M]=-100000.0;
+                    q.tr[i][D2D]=-100000.0;
+                }
+            q.tr[0][I2M]=0;
+            q.tr[L][I2M]=0;
+            q.tr[0][D2M]=0;
+            q.Neff_M[0]=q.Neff_I[0]=q.Neff_D[0]=99.999; // Neff_av[0] is used for calculation of transition pseudocounts for the start state
+        }
+
+    if (v>=3)
+        {
+            printf("\nMatches:\n");
+            printf("col Neff nseqs\n");
+            for (i=1; i<=imin(L,100); i++)
+                printf("%3i %5.2f %3i\n",i,q.Neff_M[i],nseqs[i]);
+
+            printf("\nInserts:\n");
+            printf("col Neff nseqs\n");
+            for (i=1; i<=imin(L,100); i++)
+                printf("%3i %5.2f %3i\n",i,q.Neff_I[i],nseqs[i]);
+
+            printf("\nDeletes:\n");
+            printf("col Neff nseqs\n");
+            for (i=1; i<=imin(L,100); i++)
+                printf("%3i %5.2f %3i\n",i,q.Neff_D[i],nseqs[i]);
+        }
+
+    // Copy column information into HMM q
+    q.L=L;
+    q.N_in=N_in;
+    q.N_filtered=N_filtered;
+    for (i=1; i<=L; i++) q.l[i]=l[i];
+
+    // Set names in HMM q
+    if (strlen(q.name)==0) strcpy(q.name,name);
+    if (strlen(q.longname)==0) strcpy(q.longname,longname);
+    if (strlen(q.fam)==0) strcpy(q.fam,fam);
+    ScopID(q.cl,q.fold,q.sfam,q.fam); // derive superfamily, fold and class code from family name
+    strcpy(q.file,file); // Store basename of alignment file name in q.file
+
+    // Copy sequences to be displayed into HMM
+    q.nss_dssp=q.nsa_dssp=q.nss_pred=q.nss_conf=q.nfirst=-1;
+    int n=0;
+    if (kss_dssp>=0) q.nss_dssp=n++; // copy dssp sequence?
+    if (ksa_dssp>=0) q.nsa_dssp=n++; // copy dssp sequence?
+    if (kss_pred>=0) q.nss_pred=n++; // copy psipred sequence?
+    if (kss_conf>=0) q.nss_conf=n++; // copy confidence value sequence?
+
+    // Calculate consensus sequence?
+    if (par.showcons || par.cons)
+        {
+            float maxw;
+            int maxa;
+            if (par.showcons)
+                {
+                    // Reserve space for consensus/conservation sequence as Q-T alignment mark-up
+                    q.ncons=n++;
+                    q.sname[q.ncons]=new(char[10]);
+                    if (!q.sname[q.ncons]) {MemoryError("array of names for displayed sequences");}
+                    strcpy(q.sname[q.ncons],"Consensus");
+                    q.seq[q.ncons]=new(char[L+2]);
+                    if (!q.seq[q.ncons]) {MemoryError("array of names for displayed sequences");}
+                }
+            if (par.cons)
+                {
+                    // Reserve space for consensus sequence as first sequence in alignment
+                    q.nfirst=n++; kfirst=-1;
+                    q.sname[q.nfirst]=new(char[strlen(name)+11]);
+                    if (!q.sname[q.nfirst]) {MemoryError("array of names for displayed sequences");}
+                    strcpy(q.sname[q.nfirst],name);
+                    strcat(q.sname[q.nfirst],"_consensus");
+                    q.seq[q.nfirst]=new(char[L+2]);
+                    if (!q.seq[q.nfirst]) {MemoryError("array of names for displayed sequences");}
+                }
+            // Calculate consensus amino acids using similarity matrix
+            for (i=1; i<=L; i++)
+                {
+                    maxw=0.0; maxa=0;
+                    for (a=0; a<20; a++)
+                        if (q.f[i][a]-pb[a]>maxw) {maxw = q.f[i][a]-pb[a]; maxa = a;}
+
+                    if (par.showcons)
+                        {
+                            maxw =0.0;
+                            for (int b=0; b<20; b++) maxw += q.f[i][b]*Sim[maxa][b]*Sim[maxa][b];
+                            maxw *= q.Neff_M[i]/(q.Neff_HMM+1); // columns with many gaps don't get consensus symbol
+                            if (maxw>0.6) q.seq[q.ncons][i] = uprchr(i2aa(maxa));
+                            else if (maxw>0.4) q.seq[q.ncons][i] = lwrchr(i2aa(maxa));
+                            else q.seq[q.ncons][i] = 'x';
+                        }
+                    if (par.cons) q.seq[q.nfirst][i] = uprchr(i2aa(maxa));
+                }
+            if (par.showcons)
+                {
+                    q.seq[q.ncons][0]='-';
+                    q.seq[q.ncons][L+1]='\0';
+                }
+            if (par.cons)
+                {
+                    q.seq[q.nfirst][0]='-';
+                    q.seq[q.nfirst][L+1]='\0';
+                }
+        }
+
+    // Copy sequences to be displayed from alignment to HMM
+    for (k=0; k<N_in; k++)
+        {
+            int nn;
+            if (display[k])
+                {
+                    if (0 && (n>=MAXSEQDIS)) {
+                        /* FIXME: the test was if(n>=MAXSEQDIS),
+                           this test was necessary because alignment memory was static,
+                           now it should be dynamic, and should always have the right size,
+                           there are at least number-of-sequences plus a 'bit' more
+                           however, I do not know what that 'bit' is likely to be (in the future).
+                           at the moment it is 1 for the consnseus and 1 for structure,
+                           but this might change (FS)
+                         */
+                        if (par.mark) cerr<<"WARNING: maximum number "<<MAXSEQDIS<<" of sequences for display of alignment exceeded\n";
+                        break;
+                    }
+                    if (k==kss_dssp) nn=q.nss_dssp; // copy dssp sequence to nss_dssp
+                    else if (k==ksa_dssp) nn=q.nsa_dssp;
+                    else if (k==kss_pred) nn=q.nss_pred;
+                    else if (k==kss_conf) nn=q.nss_conf;
+                    else if (k==kfirst) nn=q.nfirst=n++;
+                    else nn=n++;
+                    // strcut(sname[k]," "); // delete rest of name line beginning with two spaces " " // Why this?? Problem for pdb seqs without chain
+                    q.sname[nn]=new(char[strlen(sname[k])+1]);
+                    if (!q.sname[nn]) {MemoryError("array of names for displayed sequences");}
+                    strcpy(q.sname[nn],sname[k]);
+                    q.seq[nn]=new(char[strlen(seq[k])+1]);
+                    if (!q.seq[nn]) {MemoryError("array of names for displayed sequences");}
+                    strcpy(q.seq[nn],seq[k]);
+                }
+        }
+    q.n_display=n; // how many sequences to be displayed in alignments?
+
+    // Copy secondary structure information into HMM
+    if (kss_dssp>=0)
+        for (i=1; i<=L; i++) q.ss_dssp[i]=X[kss_dssp][i];
+    if (ksa_dssp>=0)
+        for (i=1; i<=L; i++) q.sa_dssp[i]=X[ksa_dssp][i];
+    if (kss_pred>=0)
+        {
+            for (i=1; i<=L; i++) q.ss_pred[i]=X[kss_pred][i];
+            if (kss_conf>=0)
+                for (i=1; i<=L; i++) q.ss_conf[i]=X[kss_conf][i];
+            else
+                for (i=1; i<=L; i++) q.ss_conf[i]=5;
+        }
+
+    q.lamda=0.0;
+    q.mu=0.0;
+
+    // Debug: print occurence of amino acids for each position i
+    if (v>=2) printf("Effective number of sequences exp(entropy) = %-4.1f\n",q.Neff_HMM); //PRINT
+    if (v>=3)
+        {
+            cout<<"\nMatr: ";
+            for (a=0; a<20; a++) printf("%4.1f ",100*pb[a]);
+            cout<<"\nAmino acid frequencies without pseudocounts:\n";
+            cout<<" A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V\n";
+            for (i=1; i<=L; i++)
+                {
+                    printf("%3i: ",i);
+                    for (a=0; a<20; a++) printf("%4.0f ",100*q.f[i][a]);
+                    cout<<endl;
+                }
+            cout<<"\n";
+
+            printf("\nListing transition probabilities without pseudocounts:\n");
+            printf(" i M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff_M Neff_I Neff_D\n");
+            for (i=0; i<=L; i++)
+                {
+                    printf("%4i %6.3f %6.3f %6.3f ",i,pow(2.0,q.tr[i][M2M]),pow(2.0,q.tr[i][M2I]),pow(2.0,q.tr[i][M2D]));
+                    printf("%6.3f %6.3f ",pow(2.0,q.tr[i][I2M]),pow(2.0,q.tr[i][I2I]));
+                    printf("%6.3f %6.3f ",pow(2.0,q.tr[i][D2M]),pow(2.0,q.tr[i][D2D]));
+                    printf("%6.3f %6.3f %6.3f\n",q.Neff_M[i],q.Neff_I[i],q.Neff_D[i]);
+                }
+        }
+    q.trans_lin=0;
+    q.has_pseudocounts=false; /* MR1 */
+
+    return;
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/*
+ * FIXME: one of the most time consuming routines (according to gprof on r112)
+ */
+/**
+ * @brief Calculate freqs q.f[i][a] and transitions q.tr[i][a] (a=MM,MI,MD) with pos-specific subalignments
+ * Pos-specific weights are calculated like in "GetPositionSpecificWeights()"
+ */
+void 
+Alignment::Amino_acid_frequencies_and_transitions_from_M_state(HMM& q, char* in)
+{
+  // Calculate position-dependent weights wi[k] for each i.
+  // For calculation of weights in column i use sub-alignment
+  // over sequences which have a *residue* in column i (no gap, no end gap)
+  // and over columns where none of these sequences has an end gap.
+  // This is done by updating the arrays n[j][a] at each step i-1->i while letting i run from 1 to L.
+  // n[j][a] = number of occurences of amino acid a at column j of the subalignment,
+  // => only columns with n[j][ENDGAP]=0 are contained in the subalignment!
+  // If no sequences enter or leave the subalignment at the step i-1 -> i (i.e. change=0)
+  // then the old values wi[k], Neff[i-1], and ncol are used for the new position i.
+  // Index a can be an amino acid (0-19), ANY=20, GAP=21, or ENDGAP=22
+
+  int k; // index of sequence
+  int i,j; // position in alignment
+  int a; // amino acid (0..19)
+  int naa; // number of different amino acids
+  int** n; // n[j][a] = number of seq's with some residue at column i AND a at position j
+  //float wi[MAXSEQ]; // weight of sequence k in column i, calculated from subalignment i
+  float *wi=NULL; // weight of sequence k in column i, calculated from subalignment i
+  //float Neff[MAXRES]; // diversity of subalignment i
+  float *Neff = new(float[par.maxResLen]); // diversity of subalignment i
+  int nseqi=0; // number of sequences in subalignment i
+  int ncol=0; // number of columns j that contribute to Neff[i]
+  char change; // has the set of sequences in subalignment changed? 0:no 1:yes
+  float fj[NAA+3]; // to calculate entropy
+  float sum;
+
+  wi = new(float[N_in+2]);
+
+  // Global weights?
+  if (par.wg==1)
+    for (k=0; k<N_in; k++) wi[k]=wg[k];
+
+  // Initialization
+  q.Neff_HMM=0.0f;
+  Neff[0]=0.0; // if the first column has no residues (i.e. change==0), Neff[i]=Neff[i-1]=Neff[0]
+  n = new(int*[L+2]);
+  for (j=1; j<=L; j++) n[j]=new(int[NAA+3]);
+  for (j=1; j<=L; j++)
+    for (a=0; a<NAA+3; a++) n[j][a]=0;
+
+
+  //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+  // Main loop through alignment columns
+  for (i=1; i<=L; i++) // Calculate wi[k] at position i as well as Neff[i]
+    {
+
+      if (par.wg==0)
+       {
+
+         change=0;
+         // Check all sequences k and update n[j][a] and ri[j] if necessary
+         for (k=0; k<N_in; k++)
+           {
+             if (!in[k]) continue;
+             if (X[k][i-1]>=ANY && X[k][i]<ANY)
+               { // ... if sequence k was NOT included in i-1 and has to be included for column i
+                 change=1;
+                 nseqi++;
+                 for (int j=1; j<=L; j++) n[j][ (int)X[k][j]]++;
+               }
+             else if (X[k][i-1]<ANY && X[k][i]>=ANY)
+               { // ... if sequence k WAS included in i-1 and has to be thrown out for column i
+                 change=1;
+                 nseqi--;
+                 for (int j=1; j<=L; j++) n[j][ (int)X[k][j]]--;
+               }
+           } //end for (k)
+         nseqs[i]=nseqi;
+
+         // If subalignment changed: update weights wi[k] and Neff[i]
+         if (change)
+           {
+             // Initialize weights and numbers of residues for subalignment i
+             ncol=0;
+             for (k=0; k<N_in; k++) wi[k]=1E-8; // for pathological alignments all wi[k] can get 0; /* MR1 */
+
+             // sum wi[k] over all columns j and sequences k of subalignment
+             for (j=1; j<=L; j++)
+               {
+                 // do at least a fraction MAXENDGAPFRAC of sequences in subalignment contain an end gap in j?
+                 if (n[j][ENDGAP]>MAXENDGAPFRAC*nseqi) continue;
+                 naa=0; for (a=0; a<20; a++) if(n[j][a]) naa++;
+                 if (naa==0) continue;
+                 ncol++;
+                 for (k=0; k<N_in; k++)
+                   {
+                     if (in[k] && X[k][i]<ANY && X[k][j]<ANY)
+                       {
+                         // if (!n[j][ (int)X[k][j]]) {fprintf(stderr,"Error: Mi=%i: n[%i][X[%i]]=0! (X[%i]=%i)\n",i,j,k,k,X[k][j]);}
+                         wi[k]+=1.0/float(n[j][ (int)X[k][j] ]*naa);
+                       }
+                   }
+               }
+
+             // Check whether number of columns in subalignment is sufficient
+             if (ncol<NCOLMIN)
+               // Take global weights
+               for (k=0; k<N_in; k++)
+                 if(in[k] && X[k][i]<ANY) wi[k]=wg[k]; else wi[k]=0.0;
+
+             // Calculate Neff[i]
+             Neff[i]=0.0;
+             for (j=1; j<=L; j++)
+               {
+                 // do at least a fraction MAXENDGAPFRA of sequences in subalignment contain an end gap in j?
+                 if (n[j][ENDGAP]>MAXENDGAPFRAC*nseqi) continue;
+                 for (a=0; a<20; a++) fj[a]=0;
+                 for (k=0; k<N_in; k++)
+                   if (in[k] && X[k][i]<ANY && X[k][j]<ANY)
+                     fj[ (int)X[k][j] ]+=wi[k];
+                 NormalizeTo1(fj,NAA);
+                 for (a=0; a<20; a++)
+                   if (fj[a]>1E-10) Neff[i]-=fj[a]*fast_log2(fj[a]);
+               }
+             if (ncol>0) Neff[i]=pow(2.0,Neff[i]/ncol); else Neff[i]=1.0;
+
+           }
+
+         else //no update was necessary; copy values for i-1
+           {
+             Neff[i]=Neff[i-1];
+           }
+       }
+
+
+      // Calculate amino acid frequencies q.f[i][a] from weights wi[k]
+      for (a=0; a<20; a++) q.f[i][a]=0;
+      for (k=0; k<N_in; k++) if (in[k]) q.f[i][ (int)X[k][i] ]+=wi[k];
+      NormalizeTo1(q.f[i],NAA,pb);
+
+      // Calculate transition probabilities from M state
+      q.tr[i][M2M]=q.tr[i][M2D]=q.tr[i][M2I]=0.0;
+      for (k=0; k<N_in; k++) //for all sequences
+       {
+         if (!in[k]) continue;
+         //if input alignment is local ignore transitions from and to end gaps
+         if (X[k][i]<ANY) //current state is M
+           {
+             if (I[k][i]) //next state is I
+               q.tr[i][M2I]+=wi[k];
+             else if (X[k][i+1]<=ANY) //next state is M
+               q.tr[i][M2M]+=wi[k];
+             else if (X[k][i+1]==GAP) //next state is D
+               q.tr[i][M2D]+=wi[k];
+           }
+       } // end for(k)
+      // Normalize and take log
+      sum = q.tr[i][M2M]+q.tr[i][M2I]+q.tr[i][M2D]+FLT_MIN;
+      q.tr[i][M2M]=log2(q.tr[i][M2M]/sum);
+      q.tr[i][M2I]=log2(q.tr[i][M2I]/sum);
+      q.tr[i][M2D]=log2(q.tr[i][M2D]/sum);
+
+      // for (k=0; k<N_in; k++) if (in[k]) w[k][i]=wi[k];
+    }
+    // DD TODO:fill in all the missing Neff values
+
+
+  // end loop through alignment columns i
+  //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+  delete[](wi); wi=NULL;
+  // delete n[][]
+  for (j=1; j<=L; j++){
+    delete[](n[j]); (n[j]) = NULL;
+  }
+  delete[](n); (n) = NULL;
+
+  q.tr[0][M2M]=0;
+  q.tr[0][M2I]=-100000;
+  q.tr[0][M2D]=-100000;
+  q.tr[L][M2M]=0;
+  q.tr[L][M2I]=-100000; 
+  q.tr[L][M2D]=-100000;
+  q.Neff_M[0]=99.999; // Neff_av[0] is used for calculation of transition pseudocounts for the start state
+
+  // Set emission probabilities of zero'th (begin) state and L+1st (end) state to background probabilities
+  for (a=0; a<20; a++) q.f[0][a]=q.f[L+1][a]=pb[a];
+
+  // Assign Neff_M[i] and calculate average over alignment, Neff_M[0]
+  if (par.wg==1)
+    {
+      for (i=1; i<=L; i++)
+       {
+         float sum=0.0f;
+         for (a=0; a<20; a++)
+           if (q.f[i][a]>1E-10) sum -= q.f[i][a]*fast_log2(q.f[i][a]);
+         q.Neff_HMM+=pow(2.0,sum);
+       }
+      q.Neff_HMM/=L;
+      float Nlim=fmax(10.0,q.Neff_HMM+1.0); // limiting Neff
+      float scale=log2((Nlim-q.Neff_HMM)/(Nlim-1.0)); // for calculating Neff for those seqs with inserts at specific pos
+      for (i=1; i<=L; i++)
+       {
+         float w_M=-1.0/N_filtered;
+         for (k=0; k<N_in; k++)
+           if (in[k] && X[k][i]<=ANY) w_M+=wg[k];
+         if (w_M<0) q.Neff_M[i]=1.0;
+         else q.Neff_M[i] = Nlim - (Nlim-1.0)*fpow2(scale*w_M);
+         // fprintf(stderr,"M i=%3i ncol=--- Neff_M=%5.2f Nlim=%5.2f w_M=%5.3f Neff_M=%5.2f\n",i,q.Neff_HMM,Nlim,w_M,q.Neff_M[i]);
+       }
+    }
+  else
+    {
+      for (i=1; i<=L; i++)
+       {
+         q.Neff_HMM+=Neff[i];
+         q.Neff_M[i]=Neff[i];
+      if (q.Neff_M[i] == 0) { q.Neff_M[i] = 1; } /* MR1 */
+       }
+      q.Neff_HMM/=L;
+    }
+
+  delete[] Neff; Neff = NULL;
+
+  return;
+
+} /* this is the end of Alignment::Amino_acid_frequencies_and_transitions_from_M_state() */
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Calculate transitions q.tr[i][a] (a=DM,DD) with pos-specific subalignments
+ */
+void 
+Alignment::Transitions_from_I_state(HMM& q, char* in)
+{
+    // Calculate position-dependent weights wi[k] for each i.
+    // For calculation of weights in column i use sub-alignment
+    // over sequences which have a INSERT in column i
+    // and over columns where none of these sequences has an end gap.
+    // This is done by calculating the arrays n[j][a] and rj[j] at each step i-1->i while letting i run from 1 to L.
+    // n[j][a] = number of occurences of amino acid a at column j of the subalignment,
+    // => only columns with n[j][ENDGAP]=0 are contained in the subalignment!
+    // If no sequences enter or leave the subalignment at the step i-1 -> i (i.e. change=0)
+    // then the old values wi[k], Neff[i-1], and ncol are used for the new position i.
+    // Index a can be an amino acid (0-19), ANY=20, GAP=21, or ENDGAP=22
+
+    int k; // index of sequence
+    int i,j; // position in alignment
+    int a; // amino acid (0..19)
+    int naa; // number of different amino acids
+    int** n; // n[j][a] = number of seq's with some residue at column i AND a at position j
+    //float wi[MAXSEQ]; // weight of sequence k in column i, calculated from subalignment i
+    float *wi = NULL; // weight of sequence k in column i, calculated from subalignment i
+    //float Neff[MAXRES]; // diversity of subalignment i
+    float *Neff = new(float[par.maxResLen]); // diversity of subalignment i
+    int nseqi; // number of sequences in subalignment i
+    int ncol; // number of columns j that contribute to Neff[i]
+    float fj[NAA+3]; // to calculate entropy
+    float sum;
+    float Nlim=0.0; // only for global weights
+    float scale=0.0; // only for global weights
+
+    wi = new(float[N_in+2]);
+
+    // Global weights?
+    if (par.wg==1)
+        {
+            for (k=0; k<N_in; k++) wi[k]=wg[k];
+            Nlim=fmax(10.0,q.Neff_HMM+1.0); // limiting Neff
+            scale=log2((Nlim-q.Neff_HMM)/(Nlim-1.0)); // for calculating Neff for those seqs with inserts at specific pos
+        }
+
+    // Initialization
+    n = new(int*[L+2]);
+    for (j=1; j<=L; j++) n[j]=new(int[NAA+3]);
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // Main loop through alignment columns
+    for (i=1; i<=L; i++) // Calculate wi[k] at position i as well as Neff[i]
+        {
+            if (par.wg==0) // local weights?
+                {
+
+                    // Calculate n[j][a] and ri[j]
+                    nseqi=0;
+                    for (k=0; k<N_in; k++)
+                        {
+                            if (in[k] && I[k][i]>0)
+                                {
+                                    if (nseqi==0) // Initialize only if inserts present! Otherwise O(L*L) even for single sequences!
+                                        {
+                                            // Initialization of n[j][a]
+                                            for (j=1; j<=L; j++)
+                                                for (a=0; a<NAA+3; a++) n[j][a]=0;
+                                        }
+                                    nseqi++;
+                                    for (int j=1; j<=L; j++) n[j][ (int)X[k][j]]++;
+                                }
+                        } //end for (k)
+                    nseqs[i]=nseqi;
+
+                    // If there is no sequence in subalignment j ...
+                    if (nseqi==0)
+                        {
+                            ncol=0;
+                            Neff[i]=0.0; // effective number of sequence = 0!
+                            q.tr[i][I2M]=-100000;
+                            q.tr[i][I2I]=-100000;
+                            continue;
+                        }
+
+                    // update weights wi[k] and Neff[i]
+                    // if (1)
+                    {
+                        // Initialize weights and numbers of residues for subalignment i
+                        ncol=0;
+                        for (k=0; k<N_in; k++) wi[k]=0.0;
+
+                        // sum wi[k] over all columns j and sequences k of subalignment
+                        for (j=1; j<=L; j++)
+                            {
+                                if (n[j][ENDGAP]>MAXENDGAPFRAC*nseqi) continue;
+                                naa=0; for (a=0; a<20; a++) if(n[j][a]) naa++;
+                                if (naa==0) continue;
+                                ncol++;
+                                for (k=0; k<N_in; k++)
+                                    {
+                                        if (in[k] && I[k][i]>0 && X[k][j]<ANY)
+                                            {
+                                                if (!n[j][ (int)X[k][j]]) {fprintf(stderr,"Error: Ii=%i: n[%i][X[%i]]=0! (X[%i]=%i)\n",i,j,k,k,X[k][j]);}
+                                                wi[k]+=1.0/float(n[j][ (int)X[k][j] ]*naa);
+                                            }
+                                    }
+                            }
+
+                        // Check whether number of columns in subalignment is sufficient
+                        if (ncol>=NCOLMIN)
+                            // Take global weights
+                            for (k=0; k<N_in; k++)
+                                if(in[k] && I[k][i]>0) wi[k]=wg[k]; else wi[k]=0.0;
+
+                        // Calculate Neff[i]
+                        Neff[i]=0.0;
+                        for (j=1; j<=L; j++)
+                            {
+                                if (n[j][ENDGAP]>MAXENDGAPFRAC*nseqi) continue;
+                                for (a=0; a<20; a++) fj[a]=0;
+                                for (k=0; k<N_in; k++)
+                                    if (in[k] && I[k][i]>0 && X[k][j]<ANY)
+                                        fj[ (int)X[k][j] ]+=wi[k];
+                                NormalizeTo1(fj,NAA);
+                                for (a=0; a<20; a++)
+                                    if (fj[a]>1E-10) Neff[i]-=fj[a]*fast_log2(fj[a]);
+                            }
+                        if (ncol>0) Neff[i]=pow(2.0,Neff[i]/ncol); else Neff[i]=1.0;
+
+                    }
+                    // Calculate transition probabilities from I state
+                    q.tr[i][I2M]=q.tr[i][I2I]=0.0;
+                    for (k=0; k<N_in; k++) //for all sequences
+                        {
+                            if (in[k] && I[k][i]>0) //current state is I
+                                {
+                                    q.tr[i][I2M]+=wi[k];
+                                    q.tr[i][I2I]+=wi[k]*(I[k][i]-1);
+                                }
+                        } // end for(k)
+                }
+
+            else // fast global weights?
+                {
+                    float w_I=-1.0/N_filtered;
+                    ncol=0;
+                    q.tr[i][I2M]=q.tr[i][I2I]=0.0;
+                    // Calculate amino acid frequencies fj[a] from weights wg[k]
+                    for (k=0; k<N_in; k++)
+                        if (in[k] && I[k][i]>0)
+                            {
+                                ncol++;
+                                w_I+=wg[k];
+                                q.tr[i][I2M]+=wi[k];
+                                q.tr[i][I2I]+=wi[k]*(I[k][i]-1);
+                            }
+                    if (ncol>0)
+                        {
+                            if (w_I<0) Neff[i]=1.0;
+                            else Neff[i] = Nlim - (Nlim-1.0)*fpow2(scale*w_I);
+                            // fprintf(stderr,"I i=%3i ncol=%3i Neff_M=%5.2f Nlim=%5.2f w_I=%5.3f Neff_I=%5.2f\n",i,ncol,q.Neff_HMM,Nlim,w_I,Neff[i]);
+                        }
+                    else
+                        {
+                            Neff[i]=0.0;
+                            q.tr[i][I2M]=-100000;
+                            q.tr[i][I2I]=-100000;
+                            continue;
+                        }
+                }
+
+            // Normalize and take log
+            sum = q.tr[i][I2M]+q.tr[i][I2I];
+            q.tr[i][I2M]=log2(q.tr[i][I2M]/sum);
+            q.tr[i][I2I]=log2(q.tr[i][I2I]/sum);
+
+        }
+    // end loop through alignment columns i
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    delete[](wi); wi = NULL;
+    // delete n[][]
+    for (j=1; j<=L; j++){
+        delete[](n[j]); (n[j]) = NULL;
+    }
+    delete[](n); (n) = NULL;
+
+    q.tr[0][I2M]=0;
+    q.tr[0][I2I]=-100000;
+    q.tr[L][I2M]=0;
+    q.tr[L][I2I]=-100000;
+    q.Neff_I[0]=99.999;
+
+    // Assign Neff_I[i]
+    for (i=1; i<=L; i++) // Calculate wi[k] at position i as well as Neff[i] and Neff[i]
+        q.Neff_I[i]=Neff[i];
+
+    delete[] Neff; Neff = NULL;
+    return;
+
+} /* this is the end of Alignment::Transitions_from_I_state() */
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Calculate transitions q.tr[i][a] (a=DM,DD) with pos-specific subalignments
+ */
+void 
+Alignment::Transitions_from_D_state(HMM& q, char* in)
+{
+    // Calculate position-dependent weights wi[k] for each i.
+    // For calculation of weights in column i use sub-alignment
+    // over sequences which have a DELETE in column i
+    // and over columns where none of these sequences has an end gap.
+    // This is done by updating the arrays n[j][a] and rj[j] at each step i-1->i while letting i run from 1 to L.
+    // n[j][a] = number of occurences of index a at column j of the subalignment,
+    // => only columns with n[j][ENDGAP]=0 are contained in the subalignment!
+    // If no sequences enter or leave the subalignment at the step i-1 -> i (i.e. change=0)
+    // then the old values wi[k], Neff[i-1], and ncol are used for the new position i.
+    // Index a can be an amino acid (0-19), ANY=20, GAP=21, or ENDGAP=22
+
+    int k; // index of sequence
+    int i,j; // position in alignment
+    int a; // amino acid (0..19)
+    int naa; // number of different amino acids
+    int** n; // n[j][a] = number of seq's with some residue at column i AND a at position j
+    //float wi[MAXSEQ]; // weight of sequence k in column i, calculated from subalignment i
+    float *wi=NULL; // weight of sequence k in column i, calculated from subalignment i
+    //float Neff[MAXRES]; // diversity of subalignment i 
+    float *Neff = new(float[par.maxResLen]); // diversity of subalignment i 
+    int nseqi=0; // number of sequences in subalignment i (for DEBUGGING)
+    int ncol=0; // number of columns j that contribute to Neff[i]
+    char change; // has the set of sequences in subalignment changed? 0:no 1:yes
+    float fj[NAA+3]; // to calculate entropy
+    float sum;
+    float Nlim=0.0; // only for global weights
+    float scale=0.0; // only for global weights
+
+    wi = new(float[N_in+2]); /* FIXME: FS */
+    // Global weights?
+    if (par.wg==1)
+        {
+            for (k=0; k<N_in; k++) wi[k]=wg[k];
+            Nlim=fmax(10.0,q.Neff_HMM+1.0); // limiting Neff
+            scale=log2((Nlim-q.Neff_HMM)/(Nlim-1.0)); // for calculating Neff for those seqs with dels at specific pos
+        }
+
+    // Initialization
+    n = new(int*[L+2]);
+    for (j=1; j<=L; j++) n[j]=new(int[NAA+3]);
+    for (j=1; j<=L; j++)
+        for (a=0; a<NAA+3; a++) n[j][a]=0;
+
+
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // Main loop through alignment columns
+    for (i=1; i<=L; i++) // Calculate wi[k] at position i as well as Neff[i]
+        {
+            if (par.wg==0) // if local weights
+                {
+                    change=0;
+                    // Check all sequences k and update n[j][a] and ri[j] if necessary
+                    for (k=0; k<N_in; k++)
+                        {
+                            if (!in[k]) continue;
+                            if (X[k][i-1]!=GAP && X[k][i]==GAP)
+                                { // ... if sequence k was NOT included in i-1 and has to be included for column i
+                                    change=1;
+                                    nseqi++;
+                                    for (int j=1; j<=L; j++) n[j][ (int)X[k][j]]++;
+                                }
+                            else if (X[k][i-1]==GAP && X[k][i]!=GAP)
+                                { // ... if sequence k WAS included in i-1 and has to be thrown out for column i
+                                    change=1;
+                                    nseqi--;
+                                    for (int j=1; j<=L; j++) n[j][ (int)X[k][j]]--;
+                                }
+                        } //end for (k)
+                    nseqs[i]=nseqi;
+
+                    // If there is no sequence in subalignment j ...
+                    if (nseqi==0)
+                        {
+                            ncol=0;
+                            Neff[i]=0.0; // effective number of sequences = 0!
+                            q.tr[i][D2M]=-100000;
+                            q.tr[i][D2D]=-100000;
+                            continue;
+                        }
+
+                    // If subalignment changed: update weights wi[k] and Neff[i]
+                    if (change)
+                        {
+                            // Initialize weights and numbers of residues for subalignment i
+                            ncol=0;
+                            for (k=0; k<N_in; k++) wi[k]=0.0;
+
+                            // sum wg[k][i] over all columns j and sequences k of subalignment
+                            for (j=1; j<=L; j++)
+                                {
+                                    if (n[j][ENDGAP]>MAXENDGAPFRAC*nseqi) continue;
+                                    naa=0; for (a=0; a<20; a++) if(n[j][a]) naa++;
+                                    if (naa==0) continue;
+                                    ncol++;
+                                    for (k=0; k<N_in; k++)
+                                        {
+                                            if (in[k] && X[k][i]==GAP && X[k][j]<ANY)
+                                                {
+                                                    if (!n[j][ (int)X[k][j]]) {fprintf(stderr,"Error: Di=%i: n[%i][X[%i]]=0! (X[%i]=%i)\n",i,j,k,k,X[k][j]);}
+                                                    wi[k]+=1.0/float(n[j][ (int)X[k][j] ]*naa);
+                                                }
+                                        }
+                                }
+
+                            // Check whether number of columns in subalignment is sufficient
+                            if (ncol<NCOLMIN)
+                                // Take global weights
+                                for (k=0; k<N_in; k++)
+                                    if(in[k] && X[k][i]==GAP) wi[k]=wg[k]; else wi[k]=0.0;
+
+                            // Calculate Neff[i]
+                            Neff[i]=0.0;
+                            for (j=1; j<=L; j++)
+                                {
+                                    if (n[j][ENDGAP]>MAXENDGAPFRAC*nseqi) continue;
+                                    for (a=0; a<20; a++) fj[a]=0;
+                                    for (k=0; k<N_in; k++)
+                                        if (in[k] && X[k][i]==GAP && X[k][j]<ANY)
+                                            fj[ (int)X[k][j] ]+=wi[k];
+                                    NormalizeTo1(fj,NAA);
+                                    for (a=0; a<20; a++)
+                                        if (fj[a]>1E-10) Neff[i]-=fj[a]*fast_log2(fj[a]);
+                                }
+                            if (ncol>0) Neff[i]=pow(2.0,Neff[i]/ncol); else Neff[i]=1.0;
+
+                        }
+
+                    else //no update was necessary; copy values for i-1
+                        {
+                            Neff[i]=Neff[i-1];
+                        }
+
+                    // Calculate transition probabilities from D state
+                    q.tr[i][D2M]=q.tr[i][D2D]=0.0;
+                    for (k=0; k<N_in; k++) //for all sequences
+                        {
+                            if (in[k] && X[k][i]==GAP) //current state is D
+                                {
+                                    if (X[k][i+1]==GAP) //next state is D
+                                        q.tr[i][D2D]+=wi[k];
+                                    else if (X[k][i+1]<=ANY) //next state is M
+                                        q.tr[i][D2M]+=wi[k];
+                                }
+                        } // end for(k)
+                }
+
+            else // fast global weights?
+                {
+                    float w_D=-1.0/N_filtered;
+                    ncol=0;
+                    q.tr[i][D2M]=q.tr[i][D2D]=0.0;
+                    // Calculate amino acid frequencies fj[a] from weights wg[k]
+                    for (k=0; k<N_in; k++) //for all sequences
+                        if (in[k] && X[k][i]==GAP) //current state is D
+                            {
+                                ncol++;
+                                w_D+=wg[k];
+                                if (X[k][i+1]==GAP) //next state is D
+                                    q.tr[i][D2D]+=wi[k];
+                                else if (X[k][i+1]<=ANY) //next state is M
+                                    q.tr[i][D2M]+=wi[k];
+                            }
+                    if (ncol>0)
+                        {
+                            if (w_D<0) Neff[i]=1.0;
+                            else Neff[i] = Nlim - (Nlim-1.0)*fpow2(scale*w_D);
+                            // fprintf(stderr,"D i=%3i ncol=%3i Neff_M=%5.2f Nlim=%5.2f w_D=%5.3f Neff_D=%5.2f\n",i,ncol,q.Neff_HMM,Nlim,w_D,Neff[i]);
+                        }
+                    else
+                        {
+                            Neff[i]=0.0; // effective number of sequences = 0!
+                            q.tr[i][D2M]=-100000;
+                            q.tr[i][D2D]=-100000;
+                            continue;
+                        }
+                }
+
+            // Normalize and take log
+            sum = q.tr[i][D2M]+q.tr[i][D2D];
+            q.tr[i][D2M]=log2(q.tr[i][D2M]/sum);
+            q.tr[i][D2D]=log2(q.tr[i][D2D]/sum);
+
+        }
+    // end loop through alignment columns i
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    q.tr[0][D2M]=0;
+    q.tr[0][D2D]=-100000;
+    q.Neff_D[0]=99.999;
+
+    // Assign Neff_D[i]
+    for (i=1; i<=L; i++)
+        q.Neff_D[i]=Neff[i];
+
+    delete[](wi); wi = NULL;/* FIXME: FS */
+    // delete n[][]
+    for (j=1; j<=L; j++){
+        delete[](n[j]); (n[j]) = NULL;
+    }
+    delete[](n); (n) = NULL;
+
+    delete[] Neff; Neff = NULL;
+    return;
+
+} /* this is the end of Alignment::Transitions_from_D_state() */
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Write alignment without insert states (lower case) to alignment file?
+ */
+void 
+Alignment::WriteWithoutInsertsToFile(char* alnfile)
+{
+    if (v>=2) cout<<"Writing alignment to "<<alnfile<<"\n";
+    FILE* alnf;
+    if (!par.append) alnf = fopen(alnfile,"w"); else alnf = fopen(alnfile,"a");
+    if (!alnf) OpenFileError(alnfile);
+    // If alignment name is different from that of query: write name into commentary line
+    if (strncmp(longname,sname[kfirst],DESCLEN-1)) fprintf(alnf,"#%s\n",longname);
+    if (v>=2) cout<<"Writing alignment to "<<alnfile<<"\n";
+    for (int k=0; k<N_in; k++)
+        if (keep[k] || display[k]==KEEP_ALWAYS) // print if either in profile (keep[k]>0) or display is obligatory (display[k]==2)
+            {
+                fprintf(alnf,">%s\n",sname[k]);
+                for (int i=1; i<=L; i++) fprintf(alnf,"%c",i2aa(X[k][i]));
+                fprintf(alnf,"\n");
+            }
+    fclose(alnf);
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Write stored,filtered sequences WITH insert states (lower case) to alignment file?
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+void Alignment::WriteToFile(char* alnfile, const char format[])
+{
+    FILE* alnf;
+    if (!par.append) alnf = fopen(alnfile,"w"); else alnf = fopen(alnfile,"a");
+    if (!alnf) OpenFileError(alnfile);
+    // If alignment name is different from that of query: write name into commentary line
+    if (strncmp(longname,sname[kfirst],DESCLEN-1)) fprintf(alnf,"#%s\n",longname);
+    if (!format || !strcmp(format,"a3m"))
+        {
+            if (v>=2) cout<<"Writing A3M alignment to "<<alnfile<<"\n";
+            for (int k=0; k<N_in; k++)
+                if (keep[k] || display[k]==KEEP_ALWAYS) // print if either in profile (keep[k]>0) or display obligatory (display[k]==2)
+                    fprintf(alnf,">%s\n%s\n",sname[k],seq[k]+1);
+        }
+    else // PSI-BLAST format
+        {
+            if (v>=2) cout<<"Writing PSI-BLAST-formatted alignment to "<<alnfile<<"\n";
+            for (int k=kfirst; k<N_in; k++) // skip sequences before kfirst!!
+                if (keep[k] || display[k]==KEEP_ALWAYS) // print if either in profile (keep[k]>0) or display obligatory (display[k]==2)
+                    {
+                        strcut(sname[k]);
+                        fprintf(alnf,"%-20.20s ",sname[k]);
+                        // for (int i=1; i<=L; i++) fprintf(alnf,"%c",i2aa(X[k][i]));
+                        // fprintf(alnf,"\n");
+                        char* ptr=seq[k];
+                        for (; *ptr!='\0'; ptr++)
+                            if (*ptr==45 || (*ptr>=65 && *ptr<=90)) fprintf(alnf,"%c",*ptr);
+                        fprintf(alnf,"\n");
+                    }
+        }
+
+    fclose(alnf);
+}
+
+
+
+/* 
+ * FIXME: this function contains a reference to MAXSEQ & MAXCOL
+ * however, this may not be accessed  (FS) 
+ */
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Read a3m slave alignment of hit from file and merge into (query) master alignment
+ */
+void 
+Alignment::MergeMasterSlave(Hit& hit, char ta3mfile[])
+{
+ Alignment Tali;
+ char* cur_seq = new(char[MAXCOL]); // Sequence currently read in
+ int maxcol=MAXCOL;
+ int l,ll; // position in unaligned template (T) sequence Tali.seq[l]
+ int i; // counts match states in query (Q) HMM
+ int j; // counts match states in T sequence Tali.seq[l]
+ int h; // position in aligned T sequence cur_seq[h]
+ int k; // sequence index
+ char c; //
+ printf("****************%s:%s:%d: did get into MergeMasterSlave\n", __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__);
+ if (v>=3) printf("Merging %s to query alignment\n",ta3mfile);
+
+ // If par.append==1 do not print query alignment
+ if (par.append) for (k=0; k<N_in; k++) keep[k]=display[k]=KEEP_NOT;
+
+ // Read template alignment into Tali
+ FILE* ta3mf=fopen(ta3mfile,"r");
+ if (!ta3mf) OpenFileError(ta3mfile);
+ Tali.Read(ta3mf,ta3mfile);
+ fclose(ta3mf);
+
+ // Filter Tali alignment
+ Tali.Compress(ta3mfile);
+ N_filtered = Tali.Filter(par.max_seqid,par.coverage,par.qid,par.qsc,par.Ndiff);
+
+ // Record imatch[j]
+ int* imatch=new(int[hit.j2+1]);
+ int step = hit.nsteps;
+ for (j=hit.j1; j<=hit.j2; j++)
+ {
+ // Advance to position of next T match state j
+ while (hit.j[step]<j) step--;
+ imatch[j] = hit.i[step];
+// printf("step=%-3i i=%-3i j=%-3i\n",step,imatch[j],j);
+ }
+
+ // Determine number of match states of Qali
+ for (L=0,l=1; seq[kfirst][l]>'\0'; l++)
+ if ((seq[kfirst][l]>='A' && seq[kfirst][l]<='Z') || seq[kfirst][l]=='-') L++;
+
+ // For each sequence in T alignment: align to Qali
+ for (k=0; k<Tali.N_in; k++)
+ {
+ if (!Tali.keep[k]) continue;
+ if (N_in>=MAXSEQ)
+ {
+ fprintf(stderr,"WARNING in %s: maximum number of %i sequences exceeded while reading %s. Skipping all following sequences\n",program_name,MAXSEQ,ta3mfile);
+ break;
+ }
+ cur_seq[0]=' '; // 0'th position not used
+
+ // Add the hit.i1-1 left end gaps to aligned sequence
+ for (h=1; h<hit.i1; h++) cur_seq[h]='-';
+
+ // Advance to match state hit.j1 of Tali.seq[k]
+ for (j=0, l=1; (c=Tali.seq[k][l])>'\0'; l++)
+ if ((c>='A' && c<='Z') || c=='-') // match state at position l?
+ if ((++j)==hit.j1) break; // yes: increment j. Reached hit,j1? yes: break
+
+ if (j<hit.j1)
+ {printf("Error: did not find %i match states in sequence %i of %s. Sequence:\n%s\n",hit.j1,k,Tali.name,Tali.seq[k]); exit(1);}
+
+ // Write first match state to cur_seq
+ int iprev=hit.i1; // index of previous query match state
+ int lprev=l; // previous T match state in Tali.seq[k][l]
+ cur_seq[h++] = Tali.seq[k][l]; // first column of alignment is Match-Match state
+
+ // For each further match state j in alignment
+ step = hit.nsteps;
+ for (j=hit.j1+1; j<=hit.j2; j++)
+ {
+ // Advance to position of next T match state j
+ i=imatch[j];
+
+ // Advance to position of next T match state j
+ while ((c=Tali.seq[k][++l])>'\0' && ((c>='a' && c<='z') || c=='.')) ;
+
+ int di=i-iprev; // number of Match states in Q between T match state j-1 and j
+ int dl=l-lprev; // 1 + number of inserted residues in T sequence between T match state j-1 and j
+ if (di==1)
+ {
+ // One Q match state for one T match state (treated as special case for speed reasons)
+ // i: i-1 i di=1
+ // Q: XXXXXX.....XXXXXX
+ // T: YYYYYYyyyyyYYYYYY
+ // j: j-1 j
+ // l: lprev l dl=6
+
+ // Inserts in lower case
+ for (ll=lprev+1; ll<l; ll++)
+ if (Tali.seq[k][ll]!='-' && Tali.seq[k][ll]!='.') cur_seq[h++] = lwrchr(Tali.seq[k][ll]);
+
+ // Template Match state -> upper case
+ cur_seq[h++] = Tali.seq[k][ll];
+ }
+ else if (di==0)
+ {
+ // Gap in query: no Q match state for on T match state (special case for speed reasons)
+ // i: i-1 i-1 di=0
+ // Q: XXXXXX.....~~~XXX
+ // T: YYYYYYyyyyyYYYYYY
+ // j: j-1 j
+ // l: lprev l dl=6
+
+ // All T residues (including T match state) in lower case
+ for (ll=lprev+1; ll<=l; ll++)
+ if (Tali.seq[k][ll]!='-' && Tali.seq[k][ll]!='.') cur_seq[h++] = lwrchr(Tali.seq[k][ll]);
+ }
+ else if (di>=dl)
+ {
+ // More Match states in Q than Inserts in the T sequence
+ // => half T inserts y left, half right-aligned in uc, gaps to fill up
+ // Number of T insert residues to be left-aligned: (int)(dl/2)
+ // i: iprev i di=7
+ // Q: XXXXXXXXXXXXXXXXXX
+ // T: YYYYYYYyyy-yyYYYYY
+ // j: j-1 j
+ // l: lprev l dl=6
+
+ // Add left-bounded template residues
+ for (ll=lprev+1; ll<=lprev+(int)(dl/2); ll++)
+ cur_seq[h++]=uprchr(Tali.seq[k][ll]);
+
+ // Add central gaps
+ for (int gap=1; gap<=di-dl; gap++) cur_seq[h++]='-';
+
+ // Add right-bounded residues
+ for (; ll<=l; ll++)
+ cur_seq[h++]=uprchr(Tali.seq[k][ll]);
+ }
+ else if (di<dl)
+ {
+ // Fewer Match states in Q than inserts in T sequence
+ // => half of available space di for left- half for right-aligned T inserts, rest in lc
+ // number of T inserts to be left-aligned in uc: (int)(di/2),
+ // i: iprev i di=5
+ // Q: XXXXXXXXX.XXXXXXX
+ // T: YYYYYYYyyyyyYYYYY
+ // j: j-1 j
+ // l: lprev l dl=6
+
+ // Add left-bounded template residues
+ for (ll=lprev+1; ll<=lprev+(int)(di/2); ll++)
+ cur_seq[h++]=uprchr(Tali.seq[k][ll]);
+
+ // Add central inserts
+ for (int ins=1; ins<=dl-di; ins++,ll++)
+ if (Tali.seq[k][ll]!='-' && Tali.seq[k][ll]!='.') cur_seq[h++] = lwrchr(Tali.seq[k][ll]);
+
+ // Add right-bounded residues
+ for (; ll<=l; ll++)
+ cur_seq[h++]=uprchr(Tali.seq[k][ll]);
+ }
+// printf("i=%-3i j=%-3i l=%-3i cur_seq=%s\n",i,j,l,cur_seq);
+
+ iprev=i; lprev=l;
+ if (h>=maxcol-1000) // too few columns? Reserve double space
+ {
+ char* new_seq=new(char[2*maxcol]);
+ strncpy(new_seq,cur_seq,maxcol); //////// check: maxcol-1 ????
+ delete[](cur_seq); (cur_seq) = NULL;
+ cur_seq=new_seq;
+ maxcol*=2;
+ }
+ }
+
+ // Add the remaining gaps '-' to the end of the template sequence
+ for (i=hit.i2+1; i<=L; i++) cur_seq[h++]='-';
+ cur_seq[h++]='\0';
+
+ keep[N_in] = display[N_in] = KEEP_CONDITIONALLY;
+ seq[N_in]=new(char[h]);
+ if (!seq[N_in]) MemoryError("array for input sequences");
+ strcpy(seq[N_in],cur_seq);
+ X[N_in]=new(char[h]);
+ if (!X[N_in]) MemoryError("array for input sequences");
+ I[N_in]=new(short unsigned int[h]);
+ if (!I[N_in]) MemoryError("array for input sequences");
+ sname[N_in]=new(char[strlen(Tali.sname[k])+1]);
+ if (!sname[N_in]) MemoryError("array for input sequences");
+ strcpy(sname[N_in],Tali.sname[k]);
+ N_in++;
+
+// printf("k=%-3i %s\n",k,Tali.seq[k]);
+// printf("Query %s\n",seq[kfirst]);
+// printf("k=%-3i %s\n\n",k,cur_seq);
+
+ } // end for (k)
+
+// printf("N_in=%-5i HMM=%s with %i sequences\n",N_in,ta3mfile,N_filtered);
+
+ delete[] cur_seq; cur_seq = NULL;
+ delete[] imatch; imatch = NULL;
+ delete[] ksort; ksort=NULL; // if ksort already existed it will be to short for merged alignment
+ delete[] first; first=NULL; // if first already existed it will be to short for merged alignment
+ delete[] last; last=NULL; // if last already existed it will be to short for merged alignment
+
+} /* this is the end of Alignment::MergeMasterSlave() */
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Add a sequence to Qali
+ */
+void 
+Alignment::AddSequence(char Xk[], int Ik[])
+{
+ int i; // position in query and target
+ if (L<=0) InternalError("L is not set in AddSequence()");
+ X[N_in]=new(char[L+2]);
+ for (i=0; i<=L+1; i++) X[N_in][i]=Xk[i];
+ if (Ik==NULL)
+ for (i=0; i<=L+1; i++) I[N_in][i]=0;
+ else
+ for (i=0; i<=L+1; i++) I[N_in][i]=Ik[i];
+ N_in++;
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Determine matrix of position-specific weights w[k][i] for multiple alignment
+ * Pos-specific weights are calculated like in "Amino_acid_frequencies_and_transitions_from_M_state()"
+ */
+void 
+Alignment::GetPositionSpecificWeights(float* w[])
+{
+ // Calculate position-dependent weights wi[k] for each i.
+ // For calculation of weights in column i use sub-alignment
+ // over sequences which have a *residue* in column i (no gap, no end gap)
+ // and over columns where none of these sequences has an end gap.
+ // This is done by updating the arrays n[j][a] at each step i-1->i while letting i run from 1 to L.
+ // n[j][a] = number of occurences of amino acid a at column j of the subalignment,
+ // => only columns with n[j][ENDGAP]=0 are contained in the subalignment!
+ // If no sequences enter or leave the subalignment at the step i-1 -> i (i.e. change=0)
+ // then the old values w[k][i] and ncol are used for the new position i.
+ // Index a can be an amino acid (0-19), ANY=20, GAP=21, or ENDGAP=22
+
+ char* in=keep; // to keep the code similar to Amino_acid_frequencies_and_transitions_from_M_state()
+ int k; // index of sequence
+ int i,j; // position in alignment
+ int a; // amino acid (0..19)
+ int naa; // number of different amino acids
+ int** n; // n[j][a] = number of seq's with some residue at column i AND a at position j
+ int nseqi=0; // number of sequences in subalignment i
+ int ncol=0; // number of columns j that contribute to Neff[i]
+ char change; // has the set of sequences in subalignment changed? 0:no 1:yes
+
+
+ // Global weights?
+ if (par.wg==1)
+ {
+ for (k=0; k<N_in; k++)
+ for (i=1; i<=L; i++) w[k][i]=wg[k];
+ }
+ else
+ {
+
+ // Initialization
+ n = new(int*[L+2]);
+ for (j=1; j<=L; j++) n[j]=new(int[NAA+3]);
+ for (j=1; j<=L; j++)
+ for (a=0; a<NAA+3; a++) n[j][a]=0;
+
+ //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+ // Main loop through alignment columns
+ for (i=1; i<=L; i++) // Calculate w[k][i]
+ {
+ change=0;
+ // Check all sequences k and update n[j][a] and ri[j] if necessary
+ for (k=0; k<N_in; k++)
+ {
+ if (!in[k]) continue;
+ if (X[k][i-1]>=ANY && X[k][i]<ANY)
+ { // ... if sequence k was NOT included in i-1 and has to be included for column i
+ change=1;
+ nseqi++;
+ for (int j=1; j<=L; j++) n[j][ (int)X[k][j]]++;
+ }
+ else if (X[k][i-1]<ANY && X[k][i]>=ANY)
+ { // ... if sequence k WAS included in i-1 and has to be thrown out for column i
+ change=1;
+ nseqi--;
+ for (int j=1; j<=L; j++) n[j][ (int)X[k][j]]--;
+ }
+ } //end for (k)
+ nseqs[i]=nseqi;
+
+ // If subalignment changed: update weights w[k][i] and Neff[i]
+ if (change)
+ {
+ // Initialize weights and numbers of residues for subalignment i
+ ncol=0;
+ for (k=0; k<N_in; k++) w[k][i]=0.0;
+
+ // sum wi[k] over all columns j and sequences k of subalignment
+ for (j=1; j<=L; j++)
+ {
+ // do at least a fraction MAXENDGAPFRAC of sequences in subalignment contain an end gap in j?
+ if (n[j][ENDGAP]>MAXENDGAPFRAC*nseqi) continue;
+ naa=0; for (a=0; a<20; a++) if(n[j][a]) naa++;
+ if (naa==0) continue;
+ ncol++;
+ for (k=0; k<N_in; k++)
+ {
+ if (in[k] && X[k][i]<ANY && X[k][j]<ANY)
+ {
+// if (!n[j][ (int)X[k][j]]) {fprintf(stderr,"Error: Mi=%i: n[%i][X[%i]]=0! (X[%i]=%i)\n",i,j,k,k,X[k][j]);}
+ w[k][i]+=1.0/float(n[j][ (int)X[k][j] ]*naa);
+ }
+ }
+ }
+
+ // Check whether number of columns in subalignment is sufficient
+ if (ncol<NCOLMIN)
+ // Take global weights
+ for (k=0; k<N_in; k++)
+ if(in[k]) {if(X[k][i]<ANY) w[k][i]=wg[k]; else w[k][i]=0.0;}
+ }
+ }
+ // end loop through alignment columns i
+ ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+ // delete n[][]
+ for (j=1; j<=L; j++){
+ delete[](n[j]); (n[j]) = NULL;
+ }
+ delete[](n); (n) = NULL;
+
+ }
+ return;
+}
+
+#ifdef CLUSTALO
+/* @* Transfer
+ *
+ * take sequence data from Clustal and transfer it into
+ * hhalign accessible information (structure/class)
+ *
+ * Note that hhalign does not see all sequences/profiles
+ * but only sequences that are elements of the 2 profiles
+ * to be aligned.
+ *
+ * References to the required sequences are passed into hhalign
+ * through auxilliary pointers that are shallow copies of the
+ * sequence/profile data available to Clustal.
+ *
+ * Re-allocating memory for these auxilliary pointers
+ * would be desaterous, as it might detach the memory
+ * seen by Clustal.
+ */
+void 
+Alignment::Transfer(char **ppcProf, int iCnt){
+
+    /* @<variables local to Transfer@> */
+    int iLen; /* length of profile */
+    int k; /* generic iterator */
+
+    /* @<initialisation@> */
+    N_in = iCnt;
+    N_filtered = N_ss = 0;
+    kss_dssp = ksa_dssp = kss_pred = kss_conf = -1;
+    kfirst = 0;
+    strcpy(longname, "unknown_long_seq_name");
+    strcpy(name, "unknown_seq_name");
+    strcpy(file, "unknown_file_name");
+    n_display = iCnt;
+
+    /* @<determine length of profile@>
+       all sequences in profile should have same length,
+       so only do it for 1st */
+    for (iLen = 0; '\0' != ppcProf[0][iLen]; iLen++);
+
+    /* @<allocate memory for sequences etc@> */
+    for (k = 0; k < iCnt; k++){
+#define GOOD_MEASURE 1000 /* Temporary -- can be removed once rest in place */
+        I[k] = new(short unsigned int[iLen+2+GOOD_MEASURE]);
+        X[k] = new(char[iLen+2+GOOD_MEASURE]);
+        seq[k] = new(char[iLen+2+GOOD_MEASURE]);
+        seq[k][0] = ' ';
+        seq[k][1] = '\0';
+        if (NULL == ppcProf[k]){
+            printf("%s:%d: Arena[%d]=NULL, cnt=%d\n", __FILE__, __LINE__, k, iCnt);
+            exit(-1);
+        }
+        strcat(seq[k], ppcProf[k]);
+        keep[k] = KEEP_CONDITIONALLY;
+        display[k] = KEEP_CONDITIONALLY;
+        sname[k] = new(char[GOOD_MEASURE]);
+        strcpy(sname[k], "unknown_sname");
+    } /* (0 <= k < iCnt) */
+    /* FIXME: Soeding always makes 1st sequence permanent */
+    /*keep[0] = KEEP_ALWAYS;
+      display[k] = KEEP_ALWAYS;*/
+#if 1
+    /* Believe that the first and last positions are
+       most important in stability of this algorithm.
+       Must make sure that at least 2 sequences with
+       residues in these positions are kept.
+       Think any sequence will do, but better to keep
+       the one with the longest 'contig'
+    */
+    int iSeq; /* sequence iterator */
+    int iHeadLen = 0, iHeadID = -1; /* length & ID of longest head contig */
+    int iTailLen = 0, iTailID = -1; /* length & ID of longest head contig */
+    int iCont = -1;
+    char *pcFind = NULL;
+
+#if 0
+    printf("%s:%s:%d: NEW PROFILE (%d seq) ================\n",
+           __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, iCnt);
+#endif
+    for (iSeq = 0; iSeq < iCnt; iSeq++){
+#if 0
+        printf("%s:%s:%d: consider seq %d ------------------\n",
+               __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, iSeq);
+#endif
+        pcFind = strchr(&seq[iSeq][1], '-');
+        if (NULL == pcFind){
+            /* no gap at all in this sequences, spans entire profile */
+            iHeadID = iTailID = iSeq;
+            iHeadLen = iTailLen = iLen;
+            break;
+        }
+        iCont = (int)(pcFind - &seq[iSeq][1]);
+        if (iCont > iHeadLen){
+            iHeadLen = iCont;
+            iHeadID  = iSeq;
+        }
+        pcFind = strrchr(seq[iSeq], '-');
+        iCont = iLen - (int)(pcFind - seq[iSeq]);
+        if (iCont > iTailLen){
+            iTailLen = iCont;
+            iTailID  = iSeq;
+        }
+
+#if 0
+        printf("%s:%s:%d: seq %3d: len = %d(%d) %s\n",
+               __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, iSeq, iCont, iLen, seq[iSeq]);
+#endif
+    } /* 0 <= iSeq < iCnt */
+#if 0
+    printf("%s:%s:%d: seq %d is winner with head contig of %d, seq %d tail contig of %d\n"
+           , __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, iHeadID, iHeadLen, iTailID, iTailLen);
+#endif
+    if ( (-1 == iHeadID) || (-1 == iTailID) ){
+        printf("%s:%s:%d: profile has no leading and/or trailing residues (h=%d:t=%d:#=%d)\n",
+               __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, iHeadID, iTailID, iCnt);
+    }
+    else{
+        keep[iHeadID] = KEEP_ALWAYS;
+        keep[iTailID] = KEEP_ALWAYS;
+    }
+#endif
+    /* @= */
+    return;
+
+} /* this is the end of Transfer() */
+#endif
+
+#ifdef CLUSTALO
+/* @* Alignment::ClobberGlobal (eg: qali)
+ *
+ * Note: originally hhalign() was stand-alone code,
+ * there are a couple of GLOBAL (!) variables,
+ * which would have been destroyed on exit.
+ * However, now there is no 'exit' from hhalign(),
+ * and on re-entry the global variable must be clean again.
+ */
+void 
+Alignment::ClobberGlobal(void){
+
+ /* @<essentials@>
+ these are essential to re-set (as some of them are used as flags) */
+ for(int k=0; k<N_in; k++)
+ {
+ delete[] sname[k]; sname[k] = NULL;
+ delete[] seq[k]; seq[k] = NULL;
+ delete[] X[k]; X[k] = NULL;
+ delete[] I[k]; I[k] = NULL;
+ }
+ delete[] nres; nres = NULL;
+ delete[] first; first = NULL;
+ delete[] last; last = NULL;
+ delete[] ksort; ksort = NULL;
+ N_in = N_filtered = n_display = 0;
+ L = 0;
+ kss_dssp = ksa_dssp = kss_pred = kss_conf = kfirst = -1;
+
+ /* @<re-set but keep memory@>
+ do not free the memory but re-set content */
+ longname[0] = '\0'; //delete[] longname; longname = NULL;
+ keep[0] = '\0'; //delete[] keep; keep = NULL;
+ display[0] = '\0'; //delete[] display; display = NULL;
+ wg[0] = 0; //delete[] wg; wg = NULL;
+ nseqs[0] = 0; //delete[] nseqs; nseqs = NULL;
+ name[0]='\0';
+ fam[0]='\0';
+ file[0]='\0';
+ //delete[] sname; sname = NULL;
+ //delete[] seq; seq = NULL;
+ //delete[] X; X = NULL;
+ //delete[] I; I = NULL;
+ //delete[] l; l = NULL;
+
+ /* @= */
+ return;
+}
+#endif
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhalignment.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhalignment.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..1afb37c
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,129 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ * RCS $Id: hhalignment.h 154 2010-11-09 18:29:05Z fabian $
+ */
+
+// hhalignment.h
+
+class Alignment
+{
+public:
+  int L;              // number of match states of alignment
+  int N_in;           // total number of sequences in alignment
+  int N_filtered;     /* number of sequences after sequence identity 
+                        filtering */
+  int N_ss;           // number of >ss_ or >sa sequences
+
+  int kss_dssp;       /* index of sequence with secondary structure 
+                        by dssp      -1:no >ss_dssp line found */
+  int ksa_dssp;       /* index of sequence with solvent accessibility 
+                        by dssp    -1:no >sa_dssp line found */
+  int kss_pred;       /* index of sequence with predicted secondary 
+                        structure    -1:no >ss_pred line found */
+  int kss_conf;       /* index of sequence with confidence values of 
+                        prediction  -1:no >ss_conf line found */
+  int kfirst;         // index of first real sequence
+
+  char* longname;     /* Full name of first sequence of original alignment 
+                        (NAME field) */
+  char name[NAMELEN]; // HMM name = first word in longname in lower case
+  char fam[NAMELEN];  // family ID (derived from name) (FAM field)
+  char file[NAMELEN]; /* Rootname (w/o path, with extension) of alignment 
+                        file that is used to construct the HMM */
+
+  int n_display;      /* number of sequences to be displayed 
+                        (INCLUDING >ss_pred, >ss_conf, >ss_dssp sequences) */
+  char** sname;       // names of display sequences (first seq=0, first char=0)
+  char** seq;         // residues of display sequences (first char=1)
+  int* l;             // l[i] = position of i'th match state in alignment 
+
+  char* keep;         /* keep[k]=1 if sequence is included in amino acid 
+                        frequencies; 0 otherwise (first=0) */
+
+  double *pdExWeight; /* external sequence weight as given by tree FIXME (FS) */
+
+  Alignment(int maxseq=MAXSEQ, int maxres=/*MAXRES*/par.maxResLen);
+  ~Alignment();
+
+  // Read alignment into X (uncompressed) in ASCII characters
+  void Read(FILE* inf, char infile[NAMELEN], char* line=NULL);
+#ifdef CLUSTALO
+  void Transfer(char **ppcProf, int iCnt);
+  void ClobberGlobal();
+#endif
+
+  /* Convert ASCII to numbers between 0 and 20, throw out all insert states, 
+     record their number in I[k][i] and store sequences to be displayed 
+     in sname[k] and seq[k] */
+  void Compress(const char infile[NAMELEN]);
+
+  // Apply sequence identity filter
+  inline int FilterForDisplay(int max_seqid, int coverage=0, int qid=0, float qsc=0, int N=0);
+  inline int Filter(int max_seqid, int coverage=0, int qid=0, float qsc=0, int N=0);
+  int Filter2(char keep[], int coverage, int qid, float qsc, int seqid1, int seqid2, int Ndiff);
+
+  bool FilterNeff(); /* MR1 */
+  float filter_by_qsc(float qsc, char* dummy); /* MR1 */
+
+  // Filter alignment for min score per column with core query profile, defined by min_coverage_core and min_seqid_core
+  int HomologyFilter(int coverage_core, float qsc_core, float coresc);
+
+  // Calculate AA frequencies q.p[i][a] and transition probabilities q.tr[i][a] from alignment
+  void FrequenciesAndTransitions(HMM& q, char* in=NULL);
+
+  // Calculate freqs q.f[i][a] and transitions q.tr[i][a] (a=MM,MI,MD) with pos-specific subalignments
+  void Amino_acid_frequencies_and_transitions_from_M_state(HMM& q, char* in);
+
+  // Calculate transitions q.tr[i][a] (a=DM,DD) with pos-specific subalignments
+  void Transitions_from_D_state(HMM& q, char* in);
+
+  // Calculate transitions q.tr[i][a] (a=DM,DD) with pos-specific subalignments
+  void Transitions_from_I_state(HMM& q, char* in);
+  
+  // Write alignment without insert states to alignment file
+  void WriteWithoutInsertsToFile(char* alnfile);
+
+  // Write alignment to alignment file
+  void WriteToFile(char* alnfile, const char format[]=NULL);
+
+  // Read a3m slave alignment of hit from ta3mfile and merge into (query) master alignment
+  void MergeMasterSlave(Hit& hit, char ta3mfile[]);
+
+  // Read a3m alignment of hit from ta3mfile and merge-combine with query alignment
+  void Merge(Hit& hit, char ta3mfile[]);
+
+  // Add a sequence to Qali
+  void AddSequence(char Xk[], int Ik[]=NULL);
+
+  // Determine matrix of position-specific weights w[k][i] for multiple alignment
+  void GetPositionSpecificWeights(float* w[]);
+
+  char readCommentLine;   // Set to 1, if a comment line with '#' is read /* MR1 */
+
+private:
+  char** X;               // X[k][i] contains column i of sequence k in alignment (first seq=0, first char=1) (0-3: ARND ..., 20:X, 21:GAP)
+  short unsigned int** I; // I[k][i] contains the number of inserts AFTER match state i (first=0)
+  char* display;          // display[k]=1 if sequence will be displayed in output alignments; 0 otherwise (first=0)
+  float* wg;              // w[k] = global weight of sequence k
+  int* nseqs;             // number of sequences in subalignment i (only for DEBUGGING)
+  int* nres;              // number of residues in sequence k
+  int* first;             // first residue in sequence k
+  int* last;              // last  residue in sequence k
+  int* ksort;             // index for sorting sequences: X[ksort[k]]
+  int FilterWithCoreHMM(char in[], float coresc, HMM& qcore);
+};
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhdecl-C.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhdecl-C.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..ffb4978
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,243 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ * RCS $Id: hhdecl-C.h 227 2011-03-28 17:03:09Z fabian $
+ */
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//// Constants
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+const char VERSION_AND_DATE[]="version 1.5.1.3 (November 2008)";
+const char REFERENCE[]="Soding, J. Protein homology detection by HMM-HMM comparison. Bioinformatics 2005, 21, 951-960.\n";
+const char COPYRIGHT[]="(C) Johannes Soeding (see LICENSE file)\n";
+const int MAXSEQ=65535; //max number of sequences in input alignment (must be <~30000 on cluster nodes)
+#if 0
+const int MAXCOL=32765; //max number of residues in input files; must be <= LINELEN and >= MAXRES
+const int MAXRES=15002; //max number of columns in HMM; must be <= LINELEN
+#else
+const int MAXCOL=2/*131072*/; //max number of residues in input files; must be <= LINELEN and >= MAXRES
+const int MAXRES=1/*65536*/; //max number of columns in HMM; must be <= LINELEN
+#endif
+const int LINELEN=262144; //max length of line read in from input files; must be >= MAXCOL 
+const int MAXSEQDIS=3; //10238;//max number of sequences stored in 'hit' objects and displayed in output alignment 
+const int IDLEN=255;     //max length of scop hierarchy id and pdb-id
+const int DESCLEN=32765;//max length of sequence description (longname)
+const int NAMELEN=511;  //max length of file names etc.
+const int MAXOPT=127;   //Maximum number of options to be read in from .hhconfig or command line
+const int NAA=20;       //number of amino acids (0-19)
+const int NTRANS=10;    //number of transitions recorded in HMM (M2M,M2I,M2D,I2M,I2I,D2M,D2D,M2M_GAPOPEN,GAPOPEN,GAPEXTD)
+const int NCOLMIN=10;   //min number of cols in subalignment for calculating pos-specific weights w[k][i]
+const int ANY=20;       //number representing an X (any amino acid) internally
+const int GAP=21;       //number representing a gap internally 
+const int ENDGAP=22;    //Important to distinguish because end gaps do not contribute to tansition counts 
+const int HMMSCALE=1000;//Scaling number for log2-values in HMMs
+const int NFAMMAX=5119; //Size of hash for counting number of HMMs in each family
+const int MAXPROF=32766;//Maximum number of HMM scores for fitting EVD
+const float MAXENDGAPFRAC=0.1; //For weighting: include only columns into subalignment i that have a max fraction of seqs with endgap
+const float SMIN= 20.;  //Minimum score of hit needed to search for another repeat of same profile: p=exp(-(4-mu)/lamda)=0.01
+const float LAMDA=0.388; //lamda in score EVD used for -local mode in length correction: S = S-log(Lq*Lt)/LAMDA) 
+const float LAMDA_GLOB=0.42; //lamda in score EVD used for -global mode
+const float PMAX=1E-2;  //Maximum single-repeat p-value that can contribute to whole-protein p-value
+const float MINEVALEXCL=0.5; //above this E-value from first ML fit hits are not used for final ML fit of EVD
+const int SELFEXCL=3;   // exclude self-alignments with j-i<SELFEXCL
+const float PLTY_GAPOPEN=6.0f; // for -qsc option (filter for min similarity to query): 6 bits to open gap
+const float PLTY_GAPEXTD=1.0f; // for -qsc option (filter for min similarity to query): 1 bit to extend gap
+const int MINCOLS_REALIGN=6; // hits with MAC alignments with fewer matched columns will be deleted in hhsearch hitlist
+
+enum transitions {M2M,M2I,M2D,I2M,I2I,D2M,D2D,M2M_GAPOPEN,GAPOPEN,GAPEXTD}; // index for transitions within a HMM
+enum pair_states {STOP=0,SAME=1,GD=2,IM=3,DG=4,MI=5,MS=6,ML=7,SM=8,LM=9,MM=10}; 
+
+// const char aa[]="ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX-";
+//Amino acids Sorted by alphabet     -> internal numbers a 
+//                0  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
+//                A  C  D  E  F  G  H  I  K  L  M  N  P  Q  R  S  T  V  W  Y  X
+const int s2a[]={ 0, 4, 3, 6,13, 7, 8, 9,11,10,12, 2,14, 5, 1,15,16,19,17,18,20};
+//Internal numbers a for amino acids -> amino acids Sorted by alphabet: 
+//                0  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
+//                A  R  N  D  C  Q  E  G  H  I  L  K  M  F  P  S  T  W  Y  V  X
+const int a2s[]={ 0,14,11, 2, 1,13, 3, 5, 6, 7, 9, 8,10, 4,12,15,16,18,19,17,20};
+
+// Secondary structure
+const int NDSSP=8;      //number of different ss states determined by dssp: 0-7 (0: no state available)
+const int NSSPRED=4;    //number of different ss states predicted by psipred: 0-3 (0: no prediction availabe)
+const int MAXCF=11;     //number of different confidence values: 0-10 (0: no prediction availabe)
+const int NSA=7;        //number of classes relative solvent accesiblity (0:no coord,  1:<2%, 2:<14%, 3:<33%, 4:<55%, 5:>55%, 6:S-S bridge)
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+// Input parameters
+class Parameters          // Parameters for gap penalties and pseudocounts
+{
+public:
+  char** argv;            //command line parameters
+  char argc;              //dimension of argv
+
+  char infile[NAMELEN];   // input filename
+  char outfile[NAMELEN];  // output filename
+  char pairwisealisfile[NAMELEN]; // output filename with pairwise alignments
+  char alnfile[NAMELEN];  // name of output alignment file in A3M format (for iterative search)
+  char hhmfile[NAMELEN];  // name of output HHM file for (iterative search)
+  char psifile[NAMELEN];  // name of output alignmen file in PSI-BLAST format (iterative search)
+  char scorefile[NAMELEN];// table of scores etc for all HMMs in searched database
+  char tfile[NAMELEN];    // template filename (in hhalign)
+  char buffer[NAMELEN];   // buffer to write results for other programs into
+  char pngfile[NAMELEN];  // png image file for dotplot
+  char wfile[NAMELEN];    // weights file generated with hhformat
+  char* blafile;          // output of 'blastpgp -m 8' with PSI-BLAST E-values for HHblast  
+  char* dbfiles;          // database filenames, separated by colons
+  char* exclstr;          // optional string containing list of excluded residues, e.g. '1-33,97-168'
+  int aliwidth;           // number of characters per line in output alignments for HMM search
+  char append;            // append to output file? (hhmake)
+  float p;                // minimum probability for inclusion in hit list and alignments
+  float E;                // maximum E-value for inclusion in hit list and alignment list
+  float e;                // maximum E-value for inclusion in output alignment, output HMM, and PSI-BLAST checkpoint model
+  int Z;                  // max number of lines in hit list
+  int z;                  // min number of lines in hit list
+  int B;                  // max number of lines in alignment list
+  int b;                  // min number of lines in alignment list
+  int showcons;           // 0: don't show consensus sequence in alignments  1:show
+  int showdssp;           // 0: don't show consensus sequence in alignments  1:show
+  int showpred;           // 0: don't show consensus sequence in alignments  1:show
+  int nseqdis;          // maximum number of query or template sequences in output alignments
+  char cons;              // if set to 1, include consensus as first representative sequence of HMM
+  char mark;              // which sequences to mark for display in output alignments? 0: auto; 1:all
+  char outformat;         // 0: hhr  1: FASTA  2:A2M   3:A3M 
+  char mode;              // 
+                          //0:MAC alignment, master-slave  1:MAC blending, master-slave  2:MAC alignment, combining
+
+  int max_seqid;          // Maximum sequence identity with all other sequences in alignment
+  int qid;                // Minimum sequence identity with query sequence (sequence 0)
+  float qsc;              // Minimum score per column with query sequence (sequence 0)
+  int coverage;           // Minimum coverage threshold
+  int Ndiff;              // Pick Ndiff most different sequences that passed the other filter thresholds
+  int coverage_core;      // Minimum coverage for sequences in core alignment
+  float qsc_core;         // Minimum sequence identity with query for sequences in core alignment
+  float coresc;           // Minimum score per column with core alignment (HMM)
+       
+  int maxResLen;          /* length of longest sequence/profile, FS 2010-11-05 */
+  int maxColCnt;          /* maximum number of columns in HMM, FS 2010-11-05 */
+
+  int Mgaps;              // Maximum percentage of gaps for match states
+  int M;                  // Match state assignment by  1:upper/lower case  2:percentage rule  3:marked sequence
+  char matrix;            // Subst.matrix 0: Gonnet, 1: HSDM, 2: BLOSUM50
+     
+  char wg;                // 0: use local sequence weights   1: use local ones
+  double *pdWg1;          /* seq weights 1st profile, derived from tree */
+  double *pdWg2;          /* seq weights 2nd profile, derived from tree */
+
+  char pcm;               // 0:no pseudocounts, 1:pos-specific pcs, 2:PSIBLAST pcs
+  /* pseudo-count parameters for MAC*/
+  float pca;              // Pseudocount matrix = (1-tau(i))*I + tau(i)*S
+  float pcb;              // tau(i) = pca/(1 + ((Neff-1)/pcb)^pcc
+  float pcc;              // 
+  float pcw;              // Decrease pseudocounts for conserved columns 
+                    
+  /* gap parameters for MAC*/
+  float gapb;             // Diversity threshold for adding pseudocounts to transitions from M state
+  float gapd;             // Gap open penalty factor for deletions
+  float gape;             // Gap extend penalty: factor to multiply hmmer values (def=1)
+  float gapf;             // factor for increasing/reducing the gap opening penalty for deletes
+  float gapg;             // factor for increasing/reducing the gap opening penalty for inserts
+  float gaph;             // factor for increasing/reducing the gap extension penalty for deletes
+  float gapi;             // factor for increasing/reducing the gap extension penalty for inserts
+                     
+  /* pseudo-count parameters for Viterbi, FS, r226->r227 */
+  float pcaV;              // Pseudocount matrix = (1-tau(i))*I + tau(i)*S
+  float pcbV;              // tau(i) = pca/(1 + ((Neff-1)/pcb)^pcc
+  float pccV;              // 
+  float pcwV;              // Decrease pseudocounts for conserved columns 
+                    
+  /* gap parameters for Viterbi, FS, r226->r227 */
+  float gapbV;             // Diversity threshold for adding pseudocounts to transitions from M state
+  float gapdV;             // Gap open penalty factor for deletions
+  float gapeV;             // Gap extend penalty: factor to multiply hmmer values (def=1)
+  float gapfV;             // factor for increasing/reducing the gap opening penalty for deletes
+  float gapgV;             // factor for increasing/reducing the gap opening penalty for inserts
+  float gaphV;             // factor for increasing/reducing the gap extension penalty for deletes
+  float gapiV;             // factor for increasing/reducing the gap extension penalty for inserts
+                     
+  float egq;              // penalty for end gaps when query not fully covered
+  float egt;              // penalty for end gaps when template not fully covered 
+
+  float neffa;            // Coefficients to estimate Neff-dependent weights for HMM merging procedure
+  float neffb;            // Coefficients to estimate Neff-dependent weights for HMM merging procedure
+                     
+  char ssgap;             // 1: add secondary structure-dependent gap penalties  0:off
+  float ssgapd;           // secondary structure-dependent gap-opening penalty (per residue)
+  float ssgape;           // secondary structure-dependent gap-extension penalty (per residue)
+  char ssgapi;            // max. number of inside-integer(ii); gap-open-penalty= -ii*ssgapd
+                     
+  char ssm;               // SS comparison mode: 0:no ss scoring  1:ss scoring AFTER alignment  2:ss score in column score
+  float ssw;              // SS weight as compared to column score
+  float ssa;              // SS state evolution matrix M1 = (1-ssa)*I + ssa*M0
+                     
+  char loc;               // 0: local alignment (wrt. query), 1: global alignement 
+  char forward;           // 0:Viterbi algorithm  1:Forward algorithm  2: MAC
+  char realign;           // realign database hits to be displayed with MAC algorithm
+  char altali;            // find up to this many possibly overlapping alignments
+  int columnscore;        // 0: no aa comp corr  1: 1/2(qav+tav) 2: template av freqs 3: query av freqs 4:...
+  float corr;             // Weight of correlations between scores with |i-j|<=4
+  float shift;            // Score offset for match-match states
+  float mact;             // Score threshold (negative offset) in MAC alignment
+                      
+  char calibrate;         // calibration of query HMM?  0:no, 1:yes (write lamda,mu into query profile)
+  char calm;              // derive P-values from: 0:query calibration  1:template calibration  2:both
+  int opt;                // for optimization: compare only every opt'th negative; 0: mode off
+  int readdefaultsfile ;  // read defaults file ./.hhdefaults or HOME/.hhdefaults?
+  int min_overlap;        // all cells of dyn. programming matrix with L_T-j+i or L_Q-i+j < min_overlap will be ignored
+  int hitrank;            // rank of hit to be printed as a3m alignment
+  char notags;            // neutralize His-tags, FLAG tags, C-myc tags?
+  unsigned int maxdbstrlen; // maximum length of database string to be printed in 'Command' line of hhr file
+                      
+  char trans;             // 0: normal pairwise scoring; 1:transitive scoring 
+  float Emax_trans;       // max E-value for intermediate HMMs in transitive scoring (i.e. l is intermediate HMM if E_lq, E_lk <Emax_trans)
+  float wtrans;           // Ztot[k] = Zq[k] + wtrans * (Zforward[k]+Zreverse[k])
+
+
+  // SCRAP THE FOLLOWING VARIABLES?
+
+  float wstruc;          // weight of structure scores
+  char repmode;          // 1:repeat identification: multiple hits not treated as independent 0: repeat mode off
+
+  int idummy;
+  int jdummy;
+  float fdummy;      
+};
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//// Global variable declarations
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+char v=1;             // 1: show only warnings 2:verbose mode  
+Parameters par;
+char program_name[NAMELEN]; //name of program executed (e.g. hhmake of hhsearch)
+
+// substitution matrix flavours
+float P[21][21];      // P[a][b] = combined probability for a aligned to b
+float R[21][21];      // R[a][b]=P[a][b]/p[b]=P(a|b); precalculated for pseudocounts
+float Sim[21][21];    // Similarity matrix Sim[a][b]: how similar are a and b?
+float S[21][21];      // Substitution score matrix S[a][b] = log2(Pab/pa/pb)
+float pb[21];         // pb[a] = background amino acid probabilities for chosen substitution matrix
+float qav[21];        // qav[a] = background amino acid probabilities for query HMM (needed for rate matrix rescaling)
+
+// secondary structure matrices
+float S73[NDSSP][NSSPRED][MAXCF];           // P[A][B][cf]       =  log2 P(A,B,cf)/P(A)/P(B,cf)
+float S33[NSSPRED][MAXCF][NSSPRED][MAXCF];  // P[B][cf][B'][cf'] =  log2 sum_B' P(A,B',cf)/P(A)/P(B,cf) * P_b(B'|B)
+// float S77[NDSSP][DSSP];                  // P[A][B]           =  log2 P(A,B)/P(A)/P(B)
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhfullalignment-C.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhfullalignment-C.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..23d5cc5
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,639 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: hhfullalignment-C.h 243 2011-05-31 13:49:19Z fabian $
+ */
+
+// hhfullalignment.C
+
+#ifndef MAIN
+#define MAIN
+#include <iostream>   // cin, cout, cerr
+#include <fstream>    // ofstream, ifstream 
+#include <stdio.h>    // printf
+#include <stdlib.h>   // exit
+#include <string>     // strcmp, strstr
+#include <math.h>     // sqrt, pow
+#include <limits.h>   // INT_MIN
+#include <float.h>    // FLT_MIN
+#include <time.h>     // clock
+#include <ctype.h>    // islower, isdigit etc
+using std::ios;
+using std::ifstream;
+using std::ofstream;
+using std::cout;
+using std::cerr;
+using std::endl;
+#include "util-C.h"     // imax, fmax, iround, iceil, ifloor, strint, strscn, strcut, substr, uprstr, uprchr, Basename etc.
+#include "list.h"     // list data structure
+#include "hash.h"     // hash data structure
+#include "hhdecl-C.h"      // constants, class 
+#include "hhutil-C.h"      // imax, fmax, iround, iceil, ifloor, strint, strscn, strcut, substr, uprstr, uprchr, Basename etc.
+#include "hhhmm.h"       // class HMM
+#include "hhalignment.h" // class Alignment
+#include "hhhit.h"
+#include "hhhalfalignment.h"
+#endif
+
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Methods of class FullAlignment
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+  
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Output Results: use classes HalfAlignment and FullAlignment
+//
+// Example:
+// Each column list contains at least a match state 
+// Insert states between the match states are omitted
+//
+//  step 19 18 17 16 15 14 13 12 11 10  9  8  7  6  5  4  3  2  1
+//     i  0  0  1  2  3  4  5  6  7  8  9  9  9  9 10 11 12 13 14
+// 
+//     Q  ~  ~  X  X  X  X  X  X  X  X  X  ~  ~  ~  X  X  X  X  X
+//     T  Y  Y  Y  Y  Y  Y  Y  Y  ~  Y  Y  Y  Y  Y  Y  Y  Y  ~  ~
+//
+//     j  7  8  9 10 11 12 13 14 14 15 16 17 18 19 20 21 22 22 22
+// state IM IM MM MM MM MM MM MM DG MM MM GD GD GD MM MM MM MI MI
+//
+// nsteps=19
+//
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Constructor
+FullAlignment::FullAlignment(int maxseqdis) 
+{
+  qa = new HalfAlignment(maxseqdis);
+  ta = new HalfAlignment(maxseqdis);
+  for (int h=0; h<LINELEN-1; h++) symbol[h]=' ';
+}
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Destructor
+FullAlignment::~FullAlignment() 
+{
+  delete qa; qa = NULL;
+  delete ta; ta = NULL;
+}
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Free memory of arrays s[][], l[][], and m[][] in HalfAlignment
+void FullAlignment::FreeMemory()
+{
+  qa->Unset();
+  ta->Unset();
+}
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Add columns for match (and delete) states. 
+ */
+void 
+FullAlignment::AddColumns(int i, int j, char prev_state, char state, float S)
+{
+  switch(state)
+    {
+    case MM:  //MM pair state (both query and template in Match state)
+      AddGaps(); //fill up gaps until query and template parts have same length
+      symbol[qa->pos] =ScoreChr(S);
+      qa->AddColumn(i);
+      ta->AddColumn(j);
+      qa->AddInsertsAndFillUpGaps(i);
+      ta->AddInsertsAndFillUpGaps(j);
+      break;
+
+    case GD: //-D state
+      if (prev_state==DG) AddGaps();
+      symbol[ta->pos]='Q';
+      ta->AddColumn(j); //query has gap -> add nothing
+      ta->AddInsertsAndFillUpGaps(j);
+      break;
+    case IM: //IM state
+      if (prev_state==MI) AddGaps();
+      symbol[ta->pos]='Q';
+      ta->AddColumn(j); //query has gap -> add nothing
+      ta->AddInsertsAndFillUpGaps(j);
+      break;
+
+    case DG: //D- state
+      if (prev_state==GD) AddGaps();
+      symbol[qa->pos]='T';
+      qa->AddColumn(i);//template has gap -> add nothing
+      qa->AddInsertsAndFillUpGaps(i);
+      break;
+    case MI: //MI state
+      if (prev_state==IM) AddGaps();
+      symbol[qa->pos]='T';
+      qa->AddColumn(i);//template has gap -> add nothing
+      qa->AddInsertsAndFillUpGaps(i);
+      break;
+    }
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Fill up gaps until query and template parts have same length
+ */
+void 
+FullAlignment::AddGaps()
+{
+  while (qa->pos<ta->pos) qa->AddChar('.');
+  while (ta->pos<qa->pos) ta->AddChar('.');
+}
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Build full alignment -> qa->s[k][h] and ta->s[k][h]
+ */
+int
+FullAlignment::Build(HMM& q, Hit& hit)
+{
+  int step;
+  char prev_state=MM, state=MM;  
+  int n;
+  int hh;
+  int k;
+  identities=0;  // number of identical residues in query and template sequence
+  score_sim=0.0f;// substitution matrix similarity score between query and template
+
+  ClearSymbols();
+  
+  // Set up half-alignments 
+  // n is the sequence index up to which sequences are prepared for display
+  n = imin(  q.n_display,par.nseqdis+(  q.nss_dssp>=0)+(  q.nsa_dssp>=0)+(  q.nss_pred>=0)+(  q.nss_conf>=0)+(  q.ncons>=0));
+  qa->Set(  q.name,  q.seq,  q.sname, n,  q.L,  q.nss_dssp , q.nss_pred , q.nss_conf,  q.nsa_dssp, q.ncons, hit.L/*<--FS*/);
+  n = imin(hit.n_display,par.nseqdis+(hit.nss_dssp>=0)+(hit.nsa_dssp>=0)+(hit.nss_pred>=0)+(hit.nss_conf>=0)+(hit.ncons>=0));
+  ta->Set(hit.name,hit.seq,hit.sname, n,hit.L,hit.nss_dssp,hit.nss_pred,hit.nss_conf,hit.nsa_dssp, hit.ncons, q.L/*<--FS*/);
+
+
+//   printf("HMM: %s\nstep nst   i   j state hq  ht\n",hit.name);
+
+#ifdef CLUSTALO
+  if ((1 == hit.i1) && (1 == hit.j1)){
+    /* do nothing */
+  }
+  else if ((1 == hit.i1) && (1 != hit.j1)){
+    for (int j = 1; j < hit.j1; j++){
+      AddColumns(0, j, MM, IM, 0.0);
+    }
+    if (rLog.iLogLevelEnabled <= LOG_DEBUG){
+      int iK, iL;
+      printf("%d: j1=%d -> temp has leading gaps\n", __LINE__, hit.j1);
+      for (iK = 0; iK < ta->n; iK++){
+       //printf("T%d: %s\n", iK, ta->s[iK]);
+       for (iL = 0; iL < hit.j1; iL++){
+         ta->s[iK][iL] = tolower(ta->s[iK][iL]);
+       }
+      }
+    }
+  }
+  else if ((1 != hit.i1) && (1 == hit.j1)){
+    for (int i = 1; i < hit.i1; i++){
+      AddColumns(i, 0, MM, MI, 0.0);
+    }
+    if (rLog.iLogLevelEnabled <= LOG_DEBUG){
+        FILE *fp = rLog.prFP[LOG_DEBUG];
+        
+        fprintf(fp, "%d: i1=%d -> query has leading gaps\n", __LINE__, hit.i1);
+        int iK, iL;
+        for (iK = 0; iK < qa->n; iK++){
+            //printf("Q%d: %s\n", iK, qa->s[iK]);
+            for (iL = 0; iL < hit.i1; iL++){
+                qa->s[iK][iL] = tolower(qa->s[iK][iL]);
+            }
+        }
+    }
+  }
+  else {
+      fprintf(stderr, 
+              "+-------------------------------+\n"
+              "| both sequences truncated left |\n"
+              "+-------------------------------+\n"
+              "i1 = %d, j1 = %d\n", hit.i1, hit.j1); 
+      return FAILURE; /* FS, r241 -> r243 */
+  }
+#endif
+
+  for (step=hit.nsteps; step>=1; step--) 
+  {
+    prev_state = state;
+    state = hit.states[step];
+    
+    // Add column to alignment and compute identities and sequence-sequence similarity score
+    AddColumns(hit.i[step],hit.j[step],prev_state,state,hit.S[step]);
+    if (state==MM) 
+        {
+            char qc=qa->seq[  q.nfirst][ qa->m[  q.nfirst][hit.i[step]] ];
+            char tc=ta->seq[hit.nfirst][ ta->m[hit.nfirst][hit.j[step]] ];
+            if (qc==tc) identities++;  // count identical amino acids
+            score_sim += S[(int)aa2i(qc)][(int)aa2i(tc)];
+            //         fprintf(stderr,"%3i %3i  %3i %3i  %3i %1c %1c %6.2f %6.2f %6.2f %6.2f  \n",step,hit.nsteps,hit.i[step],hit.j[step],int(state),qc,tc,S[(int)aa2i(qc)][(int)aa2i(tc)],score_sim,hit.P_posterior[step],hit.sum_of_probs); //DEBUG
+        }    
+  }
+  
+#ifdef CLUSTALO
+  if ((qa->L == hit.i2) && (ta->L == hit.j2)){
+    /* do nothing */
+  }
+  else if ((qa->L == hit.i2) && (ta->L != hit.j2)){
+    for (int j = hit.j2+1; j <= ta->L; j++){
+      AddColumns(0, j, MM, IM, 0.0);
+    }
+    if (rLog.iLogLevelEnabled <= LOG_DEBUG){
+      int iK;
+      unsigned int uiL;
+      FILE *fp = rLog.prFP[LOG_DEBUG];
+
+      fprintf(fp, "%d: j2=%d (%d) -> temp has trailing gaps\n", __LINE__, hit.j2, ta->L);
+      for (iK = 0; iK < ta->n; iK++){
+       //printf("T%d: %s\n", iK, ta->s[iK]+strlen(ta->s[iK])-(ta->L-hit.j2));
+       for (uiL = strlen(ta->s[iK])-(ta->L-hit.j2); uiL < strlen(ta->s[iK]); uiL++){
+         ta->s[iK][uiL] = tolower(ta->s[iK][uiL]);
+       }
+      }
+    }
+  }
+  else if ((qa->L != hit.i2) && (ta->L == hit.j2)){
+    for (int i = hit.i2+1; i <= qa->L; i++){
+      AddColumns(i, 0, MM, MI, 0.0);
+    }
+    if (rLog.iLogLevelEnabled <= LOG_DEBUG){
+      int iK;
+      unsigned int uiL;
+      printf("%d: i2=%d (%d)-> query has trailing gaps\n", __LINE__, hit.i2, qa->L);
+      for (iK = 0; iK < qa->n; iK++){
+       //printf("Q%d: %s\n", iK, qa->s[iK]+strlen(qa->s[iK])-(qa->L-hit.i2));
+       for (uiL = strlen(qa->s[iK])-(qa->L-hit.i2); uiL < strlen(qa->s[iK]); uiL++){
+         qa->s[iK][uiL] = tolower(qa->s[iK][uiL]);
+       }
+      }
+    }
+  }
+  else{
+      fprintf(stderr, 
+              "+--------------------------------+\n"
+              "| both sequences truncated right |\n"
+              "+--------------------------------+\n"
+              "i2 = %d != %d = qa->L, j2 = %d != %d = ta->L\n", 
+              hit.i2, qa->L, hit.j2, ta->L); 
+      return FAILURE; /* FS, r241 -> r243 */
+  }
+  
+#endif
+
+  AddGaps(); //fill up gaps until query and template parts have same length
+  qa->AddChar('\0');
+  ta->AddChar('\0');
+
+  // Change gap symbol '.' (gap aligned to insert) to '~' if one HMM has gap with respect to other HMM
+  for (hh=1; hh<qa->pos; hh++) 
+      {  
+          if (symbol[hh]=='Q')
+              {
+                  // Gap in query (IM or GD state)
+                  symbol[hh]=' ';
+                  for (k=0; k<qa->n; k++) if (qa->s[k][hh]=='.') qa->s[k][hh]='-';
+              } 
+          else if (symbol[hh]=='T') 
+              {
+                  // Gap in target (MI or DG state)
+                  symbol[hh]=' ';
+                  for (k=0; k<ta->n; k++) if (ta->s[k][hh]=='.') ta->s[k][hh]='-';
+              }
+      }
+  return OK;
+} /* this is the end of FullAlignment::Build() */
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Print out header before full alignment 
+ */
+void 
+FullAlignment::PrintHeader(FILE* outf, HMM& q, Hit& hit)
+{
+  fprintf(outf,">%s\n",hit.longname); 
+  fprintf(outf,"Probab=%-.2f  E-value=%-.2g  Score=%-.2f  Aligned_cols=%i  Identities=%i%%  Similarity=%-.3f  Sum_probs=%.1f\n\n",
+     hit.Probab,hit.Eval,hit.score,hit.matched_cols,iround(100.0*identities/hit.matched_cols),score_sim/hit.matched_cols,hit.sum_of_probs);
+}
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Print out full alignment in HHR format
+ */
+void 
+FullAlignment::PrintHHR(FILE* outf, Hit& hit)
+{
+  const int NLEN=14;  //Length of name field in front of multiple alignment
+  int h=0;    //counts position (column) in alignment
+  int hh=0;   //points to column at start of present output block of alignment
+  int k;      //counts sequences in query and template 
+  //short unsigned int lq[MAXSEQ]; // lq[k] counts index of residue from query sequence k to be printed next;
+  short unsigned int *lq = NULL; // lq[k] counts index of residue from query sequence k to be printed next;
+  //short unsigned int lt[MAXSEQ]; // lt[k] counts index of residue from template sequence k to be printed next;
+  short unsigned int *lt = NULL; // lt[k] counts index of residue from template sequence k to be printed next;
+  char namestr[NAMELEN]; //name of sequence
+  int iq=hit.i1;  // match state counter for query HMM (displayed in consensus line)
+  int jt=hit.j1;  // match state counter for template HMM (displayed in consensus line)
+
+  lq = new(short unsigned int[qa->n+2]);
+  lt = new(short unsigned int[ta->n+2]);
+
+  for (k=0; k<qa->n; k++) lq[k]=qa->l[k][hit.i1];
+  for (k=0; k<ta->n; k++) lt[k]=ta->l[k][hit.j1];
+  
+  while (hh<ta->pos-1) // print alignment block 
+    {
+      // Print query secondary structure sequences
+      for (k=0; k<qa->n; k++)
+       {
+         if (k==qa->nsa_dssp) continue;
+         if (!(k==qa->nss_dssp || k==qa->nsa_dssp || k==qa->nss_pred || k==qa->nss_conf)) continue;
+         if (k==qa->nss_dssp && !par.showdssp) continue;
+         if ((k==qa->nss_pred || k==qa->nss_conf) && !par.showpred) continue;
+         strncpy(namestr,qa->sname[k],NAMELEN-2);
+         namestr[NAMELEN-1]='\0';
+         strcut(namestr);
+         fprintf(outf,"Q %-*.*s      ",NLEN,NLEN,namestr);
+         for (h=hh; h<imin(hh+par.aliwidth,qa->pos-1); h++) fprintf(outf,"%1c",qa->s[k][h]);
+         fprintf(outf,"\n");
+       }
+
+      // Print query sequences
+      for (k=0; k<qa->n; k++)
+       {
+         if (k==qa->nss_dssp || k==qa->nsa_dssp || k==qa->nss_pred || k==qa->nss_conf || k==qa->ncons) continue;
+         strncpy(namestr,qa->sname[k],NAMELEN-2);
+         namestr[NAMELEN-1]='\0';
+         strcut(namestr);
+         fprintf(outf,"Q %-*.*s %4i ",NLEN,NLEN,namestr,lq[k]);
+         for (h=hh; h<imin(hh+par.aliwidth,qa->pos-1); h++) 
+           {fprintf(outf,"%1c",qa->s[k][h]); lq[k]+=WordChr(qa->s[k][h]);}  //WordChr() returns 1 if a-z or A-Z; 0 otherwise
+         fprintf(outf," %4i (%i)\n",lq[k]-1,qa->l[k][qa->L+1]);
+       }
+
+      // Print query consensus sequence
+      if (par.showcons && qa->ncons>=0)
+       {
+         k=qa->ncons; 
+         strncpy(namestr,qa->sname[k],NAMELEN-2);
+         namestr[NAMELEN-1]='\0';
+         strcut(namestr);
+         fprintf(outf,"Q %-*.*s %4i ",NLEN,NLEN,namestr,iq);
+         for (h=hh; h<imin(hh+par.aliwidth,qa->pos-1); h++) 
+           {
+             if (qa->s[k][h]=='x') qa->s[k][h]='~'; 
+             if (qa->s[k][h]!='-' && qa->s[k][h]!='.') iq++;
+             fprintf(outf,"%1c",qa->s[k][h]); 
+           }
+         fprintf(outf," %4i (%i)\n",iq-1,qa->L);
+       }
+
+
+      // Print symbols representing the score
+      fprintf(outf,"  %*.*s      ",NLEN,NLEN," ");
+      for (h=hh; h<imin(hh+par.aliwidth,qa->pos-1); h++) fprintf(outf,"%1c",symbol[h]);
+      fprintf(outf,"\n");
+
+      // Print template consensus sequence
+      if (par.showcons && ta->ncons>=0)
+       {
+         k=ta->ncons; 
+         strncpy(namestr,ta->sname[k],NAMELEN-2);
+         namestr[NAMELEN-1]='\0';
+         strcut(namestr);
+         fprintf(outf,"T %-*.*s %4i ",NLEN,NLEN,namestr,jt);
+         for (h=hh; h<imin(hh+par.aliwidth,ta->pos-1); h++) 
+           {
+             if (ta->s[k][h]=='x') ta->s[k][h]='~'; 
+             if (ta->s[k][h]!='-' && ta->s[k][h]!='.') jt++;
+             fprintf(outf,"%1c",ta->s[k][h]); 
+           }
+         fprintf(outf," %4i (%i)\n",jt-1,ta->L);
+       }
+      // Print template sequences
+      for (k=0; k<ta->n; k++)
+       {
+         if (k==ta->nss_dssp || k==ta->nsa_dssp || k==ta->nss_pred || k==ta->nss_conf || k==ta->ncons) continue;
+         strncpy(namestr,ta->sname[k],NAMELEN-2);
+         namestr[NAMELEN-1]='\0';
+         strcut(namestr);
+         fprintf(outf,"T %-*.*s %4i ",NLEN,NLEN,namestr,lt[k]);
+         for (h=hh; h<imin(hh+par.aliwidth,ta->pos-1); h++) 
+           {fprintf(outf,"%1c",ta->s[k][h]); lt[k]+=WordChr(ta->s[k][h]);}  //WordChr() returns 1 if a-z or A-Z; 0 otherwise
+         fprintf(outf," %4i (%i)\n",lt[k]-1,ta->l[k][ta->L+1]);
+       }
+
+      // Print template secondary structure sequences
+      for (k=0; k<ta->n; k++)
+       {
+         if (k==ta->nsa_dssp) continue;
+         if (!(k==ta->nss_dssp || k==ta->nss_pred || k==ta->nss_conf)) continue;
+         if (k==ta->nss_dssp && !par.showdssp) continue;
+         if ((k==ta->nss_pred || k==ta->nss_conf)&& !par.showpred) continue;
+         strncpy(namestr,ta->sname[k],NAMELEN-2);
+         namestr[NAMELEN-1]='\0';
+         strcut(namestr);
+         fprintf(outf,"T %-*.*s      ",NLEN,NLEN,namestr);
+         for (h=hh; h<imin(hh+par.aliwidth,ta->pos-1); h++) fprintf(outf,"%1c",ta->s[k][h]); 
+         fprintf(outf,"\n");
+       }
+
+      hh=h;
+      fprintf(outf,"\n\n");
+    } 
+
+  delete[](lq); lq = NULL;
+  delete[](lt); lt = NULL;
+
+} /* this is the rnd of PrintHHR() */
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Print out full alignment in A2M format
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+#define TELOMER_PRINT 0
+void FullAlignment::PrintA2M(FILE* outf, Hit& hit)
+{
+  int k;      //counts sequences in query and template 
+  int h,hh; 
+#if TELOMER_PRINT
+  int iTelomerLeft = hit.i1 - hit.j1;
+  int iTelomerRght = (qa->L - hit.i2) - (ta->L - hit.j2);
+#endif
+
+  // Print query sequences
+  for (k=0; k<qa->n; k++)
+    {
+      if (k==qa->nsa_dssp) continue;
+      if (k==qa->nss_dssp && !par.showdssp) continue;
+      if ((k==qa->nss_pred || k==qa->nss_conf) && !par.showpred) continue;
+      if (k==qa->ncons && !par.showcons) continue;
+      fprintf(outf,">%s\n",qa->sname[k]);
+#if TELOMER_PRINT
+      /* @<print left cut-off@> */
+      if (iTelomerLeft > 0){
+       for (int iI = 1; iI <= iTelomerLeft; iI++){
+         fprintf(outf, "%1c", qa->seq[k][iI]);
+       }
+       /* this may be unnecessary */
+       for (int iI = iTelomerLeft+1; iI < hit.i1; iI++){
+         fprintf(outf, "%1c", qa->seq[k][iI]);
+       }
+      }
+      else {
+       for (int iI = iTelomerLeft; iI < 0; iI++){
+         fprintf(outf, "%1c", '-');
+       }
+       /* this may be unnecessary */
+       /* think about it */
+      }
+      /* @<print consensus@> */
+      for (h = 0; qa->s[k][h] > 0; h++){
+       fprintf(outf, "%1c", qa->s[k][h]);
+      }
+      /* @<print out rght cut-off@> */
+      for (int iI = hit.i2+1; iI <= qa->L; iI++){
+       fprintf(outf, "%1c", qa->seq[k][iI]);
+      }
+      for (int iI = 0; iI > iTelomerRght; iI--){
+       fprintf(outf, "%1c", '-');
+      }
+#else
+      for (h=0,hh=-par.aliwidth; qa->s[k][h]>0; h++,hh++) 
+       {
+         if (!hh) {fprintf(outf,"\n"); hh-=par.aliwidth;}
+         fprintf(outf,"%1c",qa->s[k][h]); 
+       }
+#endif
+      fprintf(outf,"\n");
+    }
+  
+  // Print template sequences
+  for (k=0; k<ta->n; k++)
+    {
+      if (k==ta->nsa_dssp) continue;
+      if (k==ta->nss_dssp && !par.showdssp) continue;
+      if ((k==ta->nss_pred || k==ta->nss_conf) && !par.showpred) continue;
+      if (k==ta->ncons && !par.showcons) continue;
+      fprintf(outf,">%s\n",ta->sname[k]);
+#if TELOMER_PRINT
+      /* @<print left cut-off@> */
+      if (iTelomerLeft > 0){
+       for (int iI = 1; iI <= iTelomerLeft; iI++){
+         fprintf(outf, "%1c", '-');
+       }
+       /* this may be unnecessary */
+       for (int iI = iTelomerLeft+1; iI < hit.j1; iI++){
+         fprintf(outf, "%1c", ta->seq[k][iI]);
+       }
+      }
+      else{
+       for (int iI = 1; iI <= -iTelomerLeft; iI++){
+          fprintf(outf, "%1c", ta->seq[k][iI]);
+        }
+       /* this may be unnecessary */
+       /* think about it */
+      }
+      /* @<print consensus@> */
+      for (h = 0; ta->s[k][h] > 0; h++){
+        fprintf(outf, "%1c", ta->s[k][h]);
+      }
+
+      /* @<print out rght cut-off@> */
+      for (int iI = hit.j2+1; iI <= ta->L; iI++){
+        fprintf(outf, "%1c", ta->seq[k][iI]);
+      }
+      for (int iI = 0; iI < iTelomerRght; iI++){
+        fprintf(outf, "%1c", '-');
+      }
+
+#else
+      for (h=0,hh=-par.aliwidth; ta->s[k][h]>0; h++,hh++) 
+       {
+         if (!hh) {fprintf(outf,"\n"); hh-=par.aliwidth;}
+         fprintf(outf,"%1c",ta->s[k][h]); 
+       }
+#endif 
+      fprintf(outf,"\n");
+    }
+  fprintf(outf,"\n");
+
+} /* this is the end of PrintA2M() */
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Print out full alignment in A2M format
+ */
+void 
+FullAlignment::PrintFASTA(FILE* outf, Hit& hit)
+{
+  // Transform sequences to uppercase and '.' to '-'
+  qa->ToFASTA();
+  ta->ToFASTA();
+  PrintA2M(outf,hit);
+}
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Print out full alignment in A2M format
+ */
+void 
+FullAlignment::PrintA3M(FILE* outf, Hit& hit)
+{
+  // Remove all '.' from sequences
+  qa->RemoveChars('.');
+  ta->RemoveChars('.');
+  PrintA2M(outf,hit);
+}
+
+
+/* 
+ * @* OverWriteSeqs()
+ */
+void 
+FullAlignment::OverWriteSeqs(char **ppcFirstProf, char **ppcSecndProf){
+
+  int iS, iR;
+  char cRes;
+
+  for (iS = 0; iS < qa->n; iS++){
+    for (iR = 0; iR < qa->pos; iR++){
+      cRes = qa->s[iS][iR];
+      ppcFirstProf[iS][iR] = ('.' == cRes) ? '-' : cRes;
+      
+    } /* 0 <= iR < qa.L */
+    ppcFirstProf[iS][iR] = '\0';
+  } /* 0 <= iS < qa.n */
+  
+  for (iS = 0; iS < ta->n; iS++){
+    for (iR = 0; iR < ta->pos; iR++){
+      cRes = ta->s[iS][iR];
+      ppcSecndProf[iS][iR] = ('.' == cRes) ? '-' : cRes;
+      
+    } /* 0 <= iR < ta.L */
+    ppcSecndProf[iS][iR] = '\0';
+  } /* 0 <= iS < ta.n */
+  
+} /* this is the end of OverWriteSeqs() */
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhfullalignment.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhfullalignment.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..43c1cbd
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,49 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ * RCS $Id: hhfullalignment.h 243 2011-05-31 13:49:19Z fabian $
+ */
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Class for output alignment of query against template sequences
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+class FullAlignment
+{
+public:
+  FullAlignment(int maxseqdis=MAXSEQDIS);
+  ~FullAlignment();
+  void FreeMemory();
+  int Build(HMM& q, Hit& hit);
+  void PrintHeader(FILE* outf, HMM& q, Hit& hit);
+  void PrintHHR(FILE* outf, Hit& hit);
+  void PrintA2M(FILE* outf, Hit& hit);
+  void PrintFASTA(FILE* outf, Hit& hit);
+  void PrintA3M(FILE* outf, Hit& hit);
+  void OverWriteSeqs(char **ppcFirstProf, char **ppcSecndProf);
+  int identities;      // number of identical residues in query and template sequence
+  float score_sim;     // substitution matrix similarity score between query and template
+
+private:
+  HalfAlignment* qa; //query and template parts of the alignment
+  HalfAlignment* ta; //query and template parts of the alignment
+  char symbol[LINELEN];         //symbol[h] = symbol (= - . + |) indicating match score for col h of alignment    
+  void ClearSymbols()      {for (int h=0; h<LINELEN-1; h++) symbol[h]=' ';}
+  void AddColumns(int i, int j, char prev_state, char state, float S);
+  void AddGaps();
+  int ScoreChr(float S) {return (S<-1.5?'=':(S<-0.5?'-':(S<0.5?'.':(S<1.5?'+':'|'))));}
+};
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhfunc-C.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhfunc-C.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..5de3a58
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1216 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: hhfunc-C.h 256 2011-06-23 13:57:28Z fabian $
+ */
+
+/*
+ * Changelog: Michael Remmert made changes to hhalign stand-alone code 
+ * FS implemented some of the changes on 2010-11-11 -> MR1
+ *
+ * did not incorporate SS prediction PSIpred (yet); functions are: 
+ * CalculateSS(3), 
+ */
+
+
+// hhfunc.C
+
+
+/**
+ * AddBackgroundFrequencies()
+ *
+ * @brief add background frequencies (derived from HMM) to 
+ * sequence/profile
+ *
+ * @param[in,out] ppfFreq,
+ * [in] residue frequencies of sequence/profile, 
+ * [out] overlayed with HMM background frequencies
+ * @param[in,out] ppfPseudoF,
+ * [in] residue frequencies+pseudocounts of sequence/profile, 
+ * [out] overlayed with HMM background frequencies+pseudocounts
+ * @param[in] iSeqLen,
+ * length of sequence/profile (not aligned to HMM)
+ * @pram[in] prHMM, 
+ * background HMM
+ * @param[in] ppcSeq,
+ * sequences/profile to be 'softened'
+ * @param[in] pcPrealigned,
+ * sequence aligned to HMM, this is not quite a consensus,
+ * it is identical to 1st sequence but over-writes gap information, 
+ * if other sequences in profile have (non-gap) residues
+ * @param[in] iPreCnt
+ * number of sequences pre-aligned (pcPrealigned is 'consensus' of these sequences) 
+ * @param[in] pcRepresent
+ * sequence representative of HMM, aligned to pcSeq0
+ */
+void 
+AddBackgroundFrequencies(float **ppfFreq, float **ppfPseudoF, float **ppfPseudoTr, 
+                         int iSeqLen, hmm_light *prHMM,
+                         char **ppcSeq, char *pcPrealigned, int iPreCnt, char *pcRepresent)
+{
+
+    char *pcS = pcPrealigned; /* current residue in pre-aligned sequence */
+    char *pcH = pcRepresent;  /* current residue in pre-aligned HMM */
+    int iS = 0; /* position in un-aligned sequence (corresponds to pcS) */
+    int iH = 0; /* position in un-aligned HMM (corresponds to pcH) */
+    int iA; /* residue iterator */
+    int iT; /* transition state iterator */
+    float fFWeight = 0.50 / sqrt((float)(iPreCnt)); /* weight of backgroud frequencies */ /* FIXME: tune value, 0.50 default */
+    //float fFWeight = 0.75;
+    float fFThgiew = UNITY - fFWeight; /* weight of 'true' frequencies */
+    float fGWeight = 0.50 / sqrt((float)(iPreCnt)); /* weight of backgroud transitions */ /* FIXME: tune value, 0.50 default */
+    //float fGWeight = 0.50 /*/ (float)(iPreCnt)*/; /* weight of backgroud transitions */ /* FIXME: tune value, 0.50 default */
+    float fGThgiew = UNITY - fGWeight; /* weight of 'true' transitions */
+    float fAux; 
+    /* zf1SeqTrans[] are the (phenomenological) transition probabilities (+ pseudo-counts)
+       for a single sequence. It is almost certain (0.99) to stay in a match state, and very 
+    unlikely (0.05) to go from match to insertion/deletion */
+    float zf1SeqTrans[] = {0.98, 0.01, 0.01, 0.25, 0.75, 0.25, 0.75};
+    float zf1SeqInit[]  = {0.98, 0.01, 0.01, 0.99, 0.01, 0.99, 0.01};
+    float zf1SeqDel[]   = {0.24, 0.01, 0.75, 0.01, 0.01, 0.01, 0.01};
+    float zf1SeqRevrt[] = {0.98, 0.01, 0.01, 0.01, 0.01, 0.99, 0.01};
+
+    if ( (NULL == pcPrealigned) || (NULL == pcRepresent) ){
+        /*printf("%s/%s:%d: WARNING HMM=NULL -- didn't think I would get here (carry on, no danger)\n",
+          __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__);*/
+        return;
+    }
+
+    if (NULL == prHMM->p){
+        printf("%s:%s:%d: WARNING -- Background Pseudocounts point to NULL\n"
+               "\tthis is not intended - don't add background but CONTINUE\n", 
+               __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__);
+        return;
+
+    }
+    
+    /* FIXME: should be 0 (FS thinks) but -1 gives better results */
+    iH = iS = 0/*-1*//*+1*/; 
+    while ( ('\0' != *pcS) && ('\0' != *pcH) ){
+        
+        if ( ('-' != *pcH) && ('-' != *pcS) ){
+            iH++;
+            iS++;
+     
+#if 0       
+            /* match state 
+             * - HMM had a gap in previous position (now closed)
+             * FIXME: this does not really work */
+            if ((iH > 0) && ('-' == *(pcH-1))){
+
+                for (iT = 0; iT < STATE_TRANSITIONS; iT++){
+                    ppfPseudoTr[iS-1][iT] = log2f(zf1SeqRevrt[iT]);
+                }
+            }
+#endif
+
+#if 1
+            /* do frequencies -- this is not really useful; 
+               frequencies are derived from HMM 
+               and contain already pseudocounts (PCs), 
+               adding frequencies and then PCs will add PCs _twice_
+               results are better than not to add them, 
+               but not as good as PCs */
+            for (iA = 0; iA < AMINOACIDS; iA++){
+                fAux = fFThgiew * ppfFreq[iS][iA] + fFWeight * prHMM->f[iH][iA];
+                ppfFreq[iS][iA] = fAux;
+            }
+#endif
+            /* do pseudo-counts */
+            for (iA = 0; iA < AMINOACIDS; iA++){
+                fAux = 
+                    fFThgiew * ppfPseudoF[iS][iA] + fFWeight * prHMM->p[iH][iA];
+                ppfPseudoF[iS][iA] = fAux;
+            }
+#if 0 /* do state transitions */
+            for (iT = 0; iT < STATE_TRANSITIONS; iT++){
+#if 1
+                /* this is a very crude method, 
+                   which averages the logarithms of the transitions, 
+                   effectively performing a geometric mean - 
+                   this presumably violates normalisation.
+                   however, results are surprisingly good */
+                fAux = 
+                    fGThgiew * ppfPseudoTr[iS][iT] + 
+                    fGWeight * prHMM->tr[iH][iT];
+                ppfPseudoTr[iS][iT] = fAux;
+#else /* crude averaging */
+                /* There are 2 things to consider:
+                   (1) one should really blend the probabilities of 
+                   the transitions, however, by default we have 
+                   the logarithms thereof. 
+                   So must exponentiate, blend, and then take log again.
+                   This is expensive, and does not seem to lead to better 
+                   results than blending the logarithms 
+                   (and violating normalisation)
+                   (2) transition probabilities for a single sequence 
+                   are really easy, there are no insert/delete transitions. 
+                   However, there is a begin state that is different 
+                   from the main body. 
+                   But again, this does not seem to make a blind bit 
+                   of difference
+                 */
+                if (iS > 0){
+                    fAux = 
+                        fGThgiew * zf1SeqTrans[iT] + 
+                        fGWeight * prHMM->linTr[iH][iT];
+                    ppfPseudoTr[iS][iT] = log2f(fAux);
+                }
+                else {
+                    fAux = 
+                        fGThgiew * zf1SeqInit[iT]  + 
+                        fGWeight * prHMM->linTr[iH][iT];
+                    ppfPseudoTr[iS][iT] = log2f(fAux);
+                }
+#endif /* mixing of linear/log */
+            } /* 0 <= iT < STATE_TRANSITIONS */
+#endif /* did state transitions */
+        } /* was Match -- neither HMM nor sequence have gap */
+        
+        else if ('-' == *pcH){
+            /* sequence opened up gap in HMM */
+#if 0
+            if ((iH > 0) && ('-' != *(pcH-1)) && (iS > 0)){
+                /* this is the first gap in HMM
+                 * FIXME: this does not really work */
+                for (iT = 0; iT < STATE_TRANSITIONS; iT++){
+                    ppfPseudoTr[iS-1][iT] = log2f(zf1SeqDel[iT]);
+                }
+            }
+            else {
+                /* do nothing, keep single sequence values exactly as they are*/
+            }
+#endif
+            iS++;
+        }
+        else if ('-' == *pcS){
+            /* here the single sequence has a gap, 
+               and the HMM (as a whole) does not. There may be individual gaps 
+               in the HMM at this stage. By ignoring this we say that the HMM
+               dominates the overall behaviour - as in the M2M state as well
+             */
+            iH++;
+        }
+
+        pcH++; 
+        pcS++; 
+        
+    } /* !EO[seq/hmm] */
+    
+    return;
+    
+} /* this is the end of AddBackgroundFrequencies() */
+
+
+
+/**
+ * ReadAndPrepare()
+ *
+ * @brief Read HMM input file or transfer alignment 
+ * and add pseudocounts etc.
+ *
+ * @param[in] iRnPtype
+ * type of read/prepare 
+ * enum {INTERN_ALN_2_HMM = 0, READ_ALN_2_HMM, READ_HMM_2_HMM};
+ * @param[in] ppcProf 
+ * alignment
+ * @param[in] iCnt
+ * number of seqs in alignment
+ * @param[in,out] prHMM,
+ * [in] if sequences read/prepared, [out] if HMM from file
+ * @param[in] pcPrealigned,
+ * (single) sequence aligned to background HMM
+ * @param[in] pcRepresent,
+ * sequence representing HMM aligned to individual sequence
+ * param[in] pdExWeights
+ * (external) sequence weights, derived from tree
+ * @param[in] infile
+ * name of file with HMM info (formerly also alignment)
+ * @param[out] q
+ * HMM structure with transition probabilities, residue frequencies etc
+ * @param[???] qali
+ * FIXME: what is qali?
+ *
+ * @return FAILURE on error, OK otherwise
+ */
+int
+ReadAndPrepare(int iRnPtype, 
+               char **ppcProf, int iCnt, hmm_light *prHMM, 
+               char *pcPrealigned, char *pcRepresent, double *pdExWeights, 
+               char* infile, HMM& q, Alignment* qali=NULL) {
+  
+  //#ifndef CLUSTALO_NOFILE
+  char path[NAMELEN];
+  
+  /* NOTE: there are different scenarios:
+
+     (i) ("" != infile) - read HMM from file, 
+     transfer frequency/transition/pseudo-count (f/t/p) info into prHMM
+
+     (ii) ('\0' != ppcProf[0]) - transfer sequence/alignment into q/qali,
+     don't save f/t/p into prHMM, 
+     on the contrary, if prior f/t/p available then add it to q/qali, 
+     this is only done if (1==iCnt)
+
+     (iii) ('\0' == ppcProf[0]) - re-cycle old HMM information
+     recreate a HMM from previous data
+  */
+
+  /********************************/
+  /*** (o) Recycle internal HMM ***/
+  /********************************/
+  if ( (INTERN_ALN_2_HMM == iRnPtype) && (iCnt <= 0) ){
+
+      /* NOTE: here we are writing into a HMM structure/class;
+         memory has been allocated for this in hhalign.cpp;
+         however, as iCnt<=0, there may not be memory for 
+         prHMM->n_display sequences/names. 
+         But then, there doesn't have to be. 
+         At this stage we are just copying one HMM into another HMM, 
+         sequences are irrelevant. The only sequence of (marginal) 
+         interest is the consensus sequence */
+      /* FIXME: check that prHMM is valid -- how? */
+
+      const int ciCons = 0;
+      const int ciNoof = ciCons+1;
+      const int ciInvalid = -1;
+      q.n_display = ciNoof; /* only consensus */
+      q.sname = NULL;
+      q.ncons      = ciCons;  
+      q.nfirst     = ciCons;//prHMM->nfirst;     
+      q.nss_dssp   = ciInvalid;//prHMM->nss_dssp;   
+      q.nsa_dssp   = ciInvalid;//prHMM->nsa_dssp;   
+      q.nss_pred   = ciInvalid;//prHMM->nss_pred;   
+      q.nss_conf   = ciInvalid;//prHMM->nss_conf;   
+      q.L          = prHMM->L;          
+      q.N_in       = prHMM->N_in;       
+      q.N_filtered = prHMM->N_filtered; 
+      /* NOTE: I (FS) think that only ever 1 sequence will be transferred here,
+         that is, the consensus sequence. However, we might want to allow 
+         (in the future) to transfer more sequences, 
+         hence the awkward for() loop */
+#if 0
+      for (int i = prHMM->ncons+0; i < prHMM->ncons+q.n_display; i++){
+          /* NOTE: In the original hhalign code the first position
+             is kept open ('\0'). This makes it difficult to use  
+             string functions like strlen/strdup etc.
+             Insert a temporary gap (.) to facilitate string operations */
+          char cHead  = prHMM->seq[i][0];
+          prHMM->seq[i][0] = '.';
+          q.seq[i] = strdup(prHMM->seq[i]);
+          prHMM->seq[i][0] = q.seq[i][0] = cHead;
+      }
+#else
+      {
+          char cHead  = prHMM->seq[prHMM->ncons][0];
+          prHMM->seq[prHMM->ncons][0] = '.';
+          q.seq[q.ncons] = strdup(prHMM->seq[prHMM->ncons]);
+          prHMM->seq[prHMM->ncons][0] = q.seq[q.ncons][0] = cHead;
+      }
+#endif
+      const int NEFF_SCORE = 10; /* FIXME: Magic Number */
+      for (int i = 0; i < prHMM->L+1; i++){
+          q.Neff_M[i] = prHMM->Neff_M[i];
+          q.Neff_I[i] = prHMM->Neff_I[i];
+          q.Neff_D[i] = prHMM->Neff_D[i];
+      }
+      q.Neff_HMM = prHMM->Neff_HMM;
+      /* skip longname,name,file,fam,sfam,fold,cl */
+      q.lamda = prHMM->lamda;
+      q.mu    = prHMM->mu;
+
+      HMMshadow rShadow = {0}; /* friend of HMM to access private members */
+      rShadow.copyShadowToHMM(q, *prHMM);
+
+      /* skip trans_lin,ss_dssp,sa_dssp,ss_pred,ss_conf,Xcons */
+      /* pav already done in copyShadowToHMM */
+      /* skip pnul */
+
+      return OK;
+
+
+  } /* INTERN_ALN_2_HMM && iCnt<=0 */
+
+  /******************************/
+  /*** (i) Read HMM from file ***/
+  /******************************/
+  char line[LINELEN] = {0}; // input line
+  FILE *inf = NULL;  
+  //if ( (0 != strcmp(infile,"")) /*&& (iCnt > 0)*/ ) 
+  if ( (READ_HMM_2_HMM == iRnPtype) || (READ_ALN_2_HMM == iRnPtype)) {
+
+      if (0 == strcmp(infile,"")){
+          printf("%s:%s:%d:\n"
+                 "\texpected to re %s from file but no file specified\n"
+                 ""
+                 , __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__
+                 , (READ_HMM_2_HMM==iRnPtype?"HMM":"alignment"));
+          return FAILURE;
+      }
+    inf = fopen(infile, "r");
+    if (!inf) OpenFileError(infile);
+    Pathname(path,infile);
+
+    //}
+    //else {
+    //inf = stdin;
+    //if (v>=2) printf("Reading HMM / multiple alignment from standard input ...\n(To get a help list instead, quit and type %s -h.)\n",program_name);
+    //*path='\0';
+    //} 
+
+    fgetline(line,LINELEN-1,inf);  
+  }
+
+  //if  ( (0 != strcmp(infile,"")) && (iCnt > 0) )
+  if ( (READ_HMM_2_HMM == iRnPtype) ){
+      
+      if (0 == strcmp(infile,"")){
+          printf("%s:%s:%d: expected to read HMM from file but no file-name\n", 
+                 __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__);
+      }
+      
+      // Is infile a HMMER3 file? /* MR1 */
+      if (!strncmp(line,"HMMER3",6))
+          {
+              if (v>=2) {
+                  cout<<"Query file is in HMMER3 format\n";
+                  cout<<"WARNING! Use of HMMER3 format as input results in dramatically loss of sensitivity!\n";
+              }
+              
+              // Read 'query HMMER file                                                                                            
+              rewind(inf);
+              q.ReadHMMer3(inf,path);
+
+              // Don't add transition pseudocounts to query!!
+              
+              // Generate an amino acid frequency matrix from f[i][a] with full pseudocount admixture (tau=1) -> g[i][a] 
+              q.PreparePseudocounts();
+              
+              // DON'T ADD amino acid pseudocounts to query: pcm=0!  q.p[i][a] = f[i][a]
+              q.AddAminoAcidPseudocounts(0, par.pca, par.pcb, par.pcc);
+              
+              /* further down there is a q.Log2LinTransitionProbs 
+                 but only if (iCnt>0), however, we still need it it here (i think), 
+                 there is no danger of doing this twice, as trans_lin is checked 
+                 FIXME (FS, 2011-01-12) */
+              /* further down there is a q.Log2LinTransitionProbs 
+                 but only if (iCnt>0), however, we still need it it here (i think), 
+                 there is no danger of doing this twice, as trans_lin is checked 
+                 FIXME (FS, 2011-01-12) */
+              //if (par.forward >= 1) 
+              {
+                  q.Log2LinTransitionProbs(1.0);
+              }
+
+          }
+      // ... or Is infile an old HMMER file?
+      else if (!strncmp(line,"HMMER",5)) {
+          if (v>=2) {
+              cout<<"Query file is in HMMER format\n";
+              cout<<"WARNING! Use of HMMER format as input results in dramatically loss of sensitivity!\n";
+          }
+          
+          // Read 'query HMMER file
+          q.ReadHMMer(inf,path);
+          if (v>=2 && q.Neff_HMM>11.0) 
+              fprintf(stderr,"WARNING: HMM %s looks too diverse (Neff=%.1f>11). Better check the underlying alignment... \n",q.name,q.Neff_HMM);
+          
+          // Don't add transition pseudocounts to query!!
+          
+          // Generate an amino acid frequency matrix from f[i][a] with full pseudocount admixture (tau=1) -> g[i][a] 
+          q.PreparePseudocounts();
+          
+          // DON'T ADD amino acid pseudocounts to query: pcm=0!  q.p[i][a] = f[i][a]
+          q.AddAminoAcidPseudocounts(0, par.pca, par.pcb, par.pcc);
+
+          /* further down there is a q.Log2LinTransitionProbs 
+             but only if (iCnt>0), however, we still need it it here (i think), 
+             there is no danger of doing this twice, as trans_lin is checked 
+             FIXME (FS, 2011-01-12) */
+          //if (par.forward >= 1) 
+              {
+                  q.Log2LinTransitionProbs(1.0);
+              }
+
+      } /* it was a HMMer file */
+      
+      // ... or is it an hhm file?
+      else if (!strncmp(line,"NAME",4) || !strncmp(line,"HH",2)) {
+          
+          if (v>=2) cout<<"Query file is in HHM format\n";
+          
+          // Rewind to beginning of line and read query hhm file
+          rewind(inf);
+          q.Read(inf,path);
+          if (v>=2 && q.Neff_HMM>11.0) 
+              fprintf(stderr,"WARNING: HMM %s looks too diverse (Neff=%.1f>11). Better check the underlying alignment... \n",q.name,q.Neff_HMM);
+          
+          // Add transition pseudocounts to query -> q.p[i][a]
+          q.AddTransitionPseudocounts();
+          
+          // Generate an amino acid frequency matrix from f[i][a] with full pseudocount admixture (tau=1) -> g[i][a] 
+          q.PreparePseudocounts();
+          
+          // Add amino acid pseudocounts to query:  q.p[i][a] = (1-tau)*f[i][a] + tau*g[i][a]
+          q.AddAminoAcidPseudocounts();
+          
+      } /* it was a HHM file */
+      else {
+          fprintf(stderr, "%s:%s:%d: Unknown HMM format in infile\n"
+                  "infile=%s, #seq=%d\n"
+                  , __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__
+                  , infile, iCnt);
+          return FAILURE;
+      }
+      
+      /*fclose(inf);*/
+      
+      /*** transfer class info to struct */
+      prHMM->n_display = q.n_display;
+      /* ignore sname*/
+      prHMM->seq = (char **)calloc((q.n_display+1), sizeof(char *));
+      /* FIXME valgrind says bytes get lost in the above calloc during
+       * hmm-iteration
+       */
+      for (int i = 0; i < q.n_display; i++){
+          /* NOTE: In the original hhalign code the first position 
+             is kept open ('\0'). This makes it difficult to use 
+             string functions like strlen/strdup etc. 
+             Insert a temporary gap (.) to facilitate string operations */
+          char cHead  = q.seq[i][0];
+          q.seq[i][0] = '.';
+          prHMM->seq[i] = strdup(q.seq[i]);
+          q.seq[i][0] = prHMM->seq[i][0] = cHead; 
+      }
+      prHMM->ncons      = q.ncons;
+      prHMM->nfirst     = q.nfirst;
+      prHMM->nss_dssp   = q.nss_dssp;
+      prHMM->nsa_dssp   = q.nsa_dssp;
+      prHMM->nss_pred   = q.nss_pred;
+      prHMM->nss_conf   = q.nss_conf;
+      prHMM->L          = q.L;
+      prHMM->N_in       = q.N_in;
+      prHMM->N_filtered = q.N_filtered;
+      const int NEFF_SCORE = 10; /* FIXME: Magic Number */
+      prHMM->Neff_M = (float *)calloc(prHMM->L+1, sizeof(float));
+      prHMM->Neff_I = (float *)calloc(prHMM->L+1, sizeof(float));
+      prHMM->Neff_D = (float *)calloc(prHMM->L+1, sizeof(float));
+      /*for (int i = 0; i < prHMM->L+1; i++){
+        prHMM->Neff_M[i] = prHMM->Neff_I[i] = prHMM->Neff_D[i] = NEFF_SCORE;
+        }*/
+      prHMM->Neff_HMM = q.Neff_HMM;
+      /* skip longname,name,file,fam,sfam,fold,cl */
+      prHMM->lamda = q.lamda;
+      prHMM->mu    = q.mu;
+      
+      HMMshadow rShadow = {0}; /* friend of HMM to access private members */
+      rShadow.copyHMMtoShadow(q);
+      
+      prHMM->f     = (float **)calloc(prHMM->L+1, sizeof(float *));
+      prHMM->g     = (float **)calloc(prHMM->L+1, sizeof(float *));
+      prHMM->p     = (float **)calloc(prHMM->L+1, sizeof(float *));
+      prHMM->tr    = (float **)calloc(prHMM->L+1, sizeof(float *));
+      prHMM->linTr = (float **)calloc(prHMM->L+1, sizeof(float *));
+      for (int i = 0; i < prHMM->L+1; i++){
+          prHMM->f[i] = (float *)calloc(AMINOACIDS, sizeof(float));
+          prHMM->g[i] = (float *)calloc(AMINOACIDS, sizeof(float));
+          prHMM->p[i] = (float *)calloc(AMINOACIDS, sizeof(float));
+          for (int j = 0; j < AMINOACIDS; j++){
+              prHMM->f[i][j] = (float)rShadow.f[i][j];
+              prHMM->g[i][j] = (float)rShadow.g[i][j];
+              prHMM->p[i][j] = (float)rShadow.p[i][j];
+          }
+          prHMM->tr[i]    = (float *)calloc(STATE_TRANSITIONS, sizeof(float));
+          prHMM->linTr[i] = (float *)calloc(STATE_TRANSITIONS, sizeof(float));
+          for (int j = 0; j< STATE_TRANSITIONS; j++){
+              prHMM->tr[i][j]    = (float)rShadow.tr[i][j];
+              prHMM->linTr[i][j] =  fpow2(rShadow.tr[i][j]);
+          }
+      } /*0 <= i < prHMM->L+1 */
+      /* skip trans_lin,ss_dssp,sa_dssp,ss_pred,ss_conf,Xcons */
+      for (int j = 0; j < AMINOACIDS; j++){
+          prHMM->pav[j] = (float)rShadow.pav[j];
+      }
+      /* skip pnul */
+      
+  } /* have read HHM from file */
+  /*else if ( ((NULL != ppcProf) && (iCnt > 0) && ('\0' != ppcProf[0][0])) || 
+    ( (0 != strcmp(infile,"") && (0 == iCnt) )) )*/
+  else if ( (INTERN_ALN_2_HMM == iRnPtype) || (READ_ALN_2_HMM == iRnPtype) ) {
+      
+      if ( (INTERN_ALN_2_HMM == iRnPtype) && 
+           ( (NULL == ppcProf) || (iCnt <= 0) ||  ('\0' == ppcProf[0][0]) ) ){
+          printf("%s:%s:%d: was expecting internal alignment but\n"
+                 "\tppcProf=%p, #seq=%d, ppcProf[0][0]=%c\n"
+                 , __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__
+                 , ppcProf, iCnt, ppcProf[0][0]);
+          return FAILURE;
+      }
+      else if ( (READ_ALN_2_HMM == iRnPtype) &&
+                (0 == strcmp(infile,"")) ){
+          printf("%s:%s:%d: was expecting to read alignment from file but no filename\n"
+                 , __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__);
+          return FAILURE;
+      }
+
+    /*******************************/
+    /*** (ii) it is an alignment ***/
+    /*******************************/
+    /* transfer alignment information from clustal character array
+       into pali/q/t classes */
+      /* 
+       * NOTE that emissions in HMMer file format contain pseudo-counts.
+       * HHM file format does not contain emission pseudo-counts. 
+       * the structure that stores background HMM information does contain pseudo-counts
+       */
+    Alignment* pali;
+    if (qali==NULL){ 
+        pali=new Alignment(iCnt); /* FIXME: pass in iCnt to get rid of MAXSEQ */
+    }
+    else{
+        pali=qali;
+    }
+
+    if (par.calibrate) {
+      printf("\nError in %s: only HHM files can be calibrated.\n",program_name); 
+      printf("Build an HHM file from your alignment with 'hhmake -i %s' and rerun hhsearch with the hhm file\n\n",infile); 
+      exit(1);
+    }
+    
+    if (v>=2 && strcmp(infile,"stdin")) cout<<infile<<" is in A2M, A3M or FASTA format\n";
+    
+    /* Read alignment from infile into matrix X[k][l] as ASCII 
+       (and supply first line as extra argument) */ 
+    //if (iCnt > 0)
+    if (INTERN_ALN_2_HMM == iRnPtype){
+        pali->Transfer(ppcProf, iCnt);
+    }
+    //else if (0 == iCnt)
+    else if (READ_ALN_2_HMM == iRnPtype){
+        pali->Read(inf, infile, line);
+    }
+    else {
+        printf("%s:%s:%d: FATAL problem\n"
+               "infile = (%s), #seq = %d\n"
+               , __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__
+               , infile, iCnt); 
+        return FAILURE;
+    }
+    
+    /* Convert ASCII to int (0-20), throw out all insert states, 
+       record their number in I[k][i] 
+       and store marked sequences in name[k] and seq[k] */ 
+    pali->Compress(infile);
+    
+    /* Sort out the nseqdis most dissimilar sequences for display 
+       in the output alignments */ 
+    pali->FilterForDisplay(par.max_seqid, par.coverage, par.qid,
+                           par.qsc,par.nseqdis);
+    
+    // Filter alignment for min score per column with core query profile, defined by coverage_core and qsc_core
+    //if (par.coresc>-10) pali->HomologyFilter(par.coverage_core, par.qsc_core, par.coresc);
+    
+    /* Remove sequences with seq. identity larger than seqid percent 
+       (remove the shorter of two) */ 
+    pali->N_filtered = pali->Filter(par.max_seqid, par.coverage,
+                                    par.qid, par.qsc, par.Ndiff);  
+    
+    /* Calculate pos-specific weights, 
+       AA frequencies and transitions -> f[i][a], tr[i][a] */ 
+    pali->FrequenciesAndTransitions(q);
+    if (v>=2 && q.Neff_HMM>11.0) 
+      fprintf(stderr,"WARNING: alignment %s looks too diverse (Neff=%.1f>11). Better check it with an alignment viewer... \n",q.name,q.Neff_HMM);
+
+    /*printf("%d %d %f %d (N,Nf,Neff,L) %s:%s:%d\n"
+      , q.N_in, q.N_filtered, q.Neff_HMM, q.L, __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__);*/
+
+    // Add transition pseudocounts to query -> p[i][a] 
+    q.AddTransitionPseudocounts();
+    
+    /* Generate an amino acid frequency matrix from f[i][a] 
+       with full pseudocount admixture (tau=1) -> g[i][a] */ 
+    q.PreparePseudocounts();
+    
+    /* Add amino acid pseudocounts to query:  
+       p[i][a] = (1-tau)*f[i][a] + tau*g[i][a] */ 
+    q.AddAminoAcidPseudocounts();      
+    
+    /* ****** add aligned background pseudocounts ***** */
+    HMMshadow rShadowQ = {0};
+    rShadowQ.copyHMMtoShadow(q);
+
+    AddBackgroundFrequencies(rShadowQ.f, rShadowQ.p, rShadowQ.tr,
+                             q.L, prHMM, 
+                             q.seq, pcPrealigned, iCnt, pcRepresent);
+
+
+    if (qali==NULL){
+        delete(pali); pali = NULL;
+    }
+
+  } /* else if (NULL != ppcProf) // not hmmer/hhalign but alignment */
+
+  //else if ((prHMM->L > 0) && ('\0' == ppcProf[0][0]))
+  else if (INTERN_HMM_2_HMM == iRnPtype){
+
+    /******************************************/
+    /*** (iii) re-cycle old HMM information ***/
+    /******************************************/
+
+      if (prHMM->L <= 0){
+          printf("%s:%s:%d: was expecting to copy HMM structure but L=%d\n"
+                 , __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, prHMM->L);
+      }
+
+    printf("%s:%s:%d: RE-CYCLING HMM\n", __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__);
+
+#if 0
+    q.n_display = prHMM->n_display;
+    /* ignore sname*/
+    for (int i = 0; i < q.n_display; i++){
+      /* NOTE: In the original hhalign code the first position
+         is kept open ('\0'). This makes it difficult to use
+         string functions like strlen/strdup etc.
+         Insert a temporary gap (.) to facilitate string operations */
+      char cHead  = prHMM->seq[i][0];
+      prHMM->seq[i][0] = '.';
+      q.seq[i] = strdup(prHMM->seq[i]);
+      q.seq[i][0] = prHMM->seq[i][0] = cHead;
+    }
+    q.nfirst     = prHMM->nfirst;
+#else
+    q.n_display  = 1; 
+    q.nfirst     = 0;
+    char cHead  = prHMM->seq[prHMM->nfirst][0];
+    prHMM->seq[prHMM->nfirst][0] = '.';
+    q.seq[0] = strdup(prHMM->seq[prHMM->nfirst]);
+    q.seq[q.n_display-1][0] = prHMM->seq[prHMM->nfirst][0] = cHead;
+#endif
+    q.ncons      = prHMM->ncons;
+    q.nss_dssp   = prHMM->nss_dssp;
+    q.nsa_dssp   = prHMM->nsa_dssp;
+    q.nss_pred   = prHMM->nss_pred;
+    q.nss_conf   = prHMM->nss_conf;
+    q.L          = prHMM->L;
+    q.N_in       = prHMM->N_in;
+    q.N_filtered = prHMM->N_filtered;
+#define NEFF_SCORE 10 /* FIXME: Magic Number */
+    /*for (int i; i < prHMM->L+1; i++){
+      q.Neff_M[i] = q.Neff_I[i] = q.Neff_D[i] = NEFF_SCORE;
+      }*/
+    q.Neff_HMM = prHMM->Neff_HMM;
+    /* skip longname,name,file,fam,sfam,fold,cl */
+    q.lamda    = prHMM->lamda;
+    q.mu       = prHMM->mu;
+
+    HMMshadow rShadow = {0}; /* friend of HMM to access private members */
+    rShadow.copyShadowToHMM(q, *prHMM);
+
+  }
+
+  if (iCnt > 0){
+      if (par.forward>=1) q.Log2LinTransitionProbs(1.0);
+  }
+
+  if (NULL != inf){
+      fclose(inf);
+  }
+
+  return OK;
+
+} /*** end: ReadAndPrepare() ***/
+
+/**
+ * FreeHMMstruct()
+ *
+ * @brief FIXME
+ *
+ * @param[in,out]
+ */
+extern "C" void
+FreeHMMstruct(hmm_light *prHMM)
+{
+    int i;
+
+    if (NULL != prHMM->f){
+        for (i = 0; i < prHMM->L+1; i++){
+            if (NULL != prHMM->f[i]){
+                free(prHMM->f[i]); prHMM->f[i] = NULL;
+            }
+        } /* 0 <= i < prHMM->L+1 */
+        free(prHMM->f); prHMM->f = NULL;
+    }
+    if (NULL != prHMM->g){
+        for (i = 0; i < prHMM->L+1; i++){
+            if (NULL != prHMM->g[i]){
+                free(prHMM->g[i]); prHMM->g[i] = NULL;
+            }
+        } /* 0 <= i < prHMM->L+1 */
+        free(prHMM->g); prHMM->g = NULL;
+    }
+    if (NULL != prHMM->p){
+        for (i = 0; i < prHMM->L+1; i++){
+            if (NULL != prHMM->p[i]){
+                free(prHMM->p[i]); prHMM->p[i] = NULL;
+            }
+        } /* 0 <= i < prHMM->L+1 */
+        free(prHMM->p); prHMM->p = NULL;
+    }
+    if (NULL != prHMM->tr){
+        for (i = 0; i < prHMM->L+1; i++){
+            if (NULL != prHMM->tr[i]){
+                free(prHMM->tr[i]); prHMM->tr[i] = NULL;
+            }
+        } /* 0 <= i < prHMM->L+1 */
+        free(prHMM->tr); prHMM->tr = NULL;
+    }
+    if (NULL != prHMM->linTr){
+        for (i = 0; i < prHMM->L+1; i++){
+            if (NULL != prHMM->linTr[i]){
+                free(prHMM->linTr[i]); prHMM->linTr[i] = NULL;
+            }
+        } /* 0 <= i < prHMM->L+1 */
+        free(prHMM->linTr); prHMM->linTr = NULL;
+    }
+    
+    if (NULL != prHMM->Neff_M){
+        free(prHMM->Neff_M); prHMM->Neff_M = NULL;
+    }
+    if (NULL != prHMM->Neff_I){
+        free(prHMM->Neff_I); prHMM->Neff_I = NULL;
+    }
+    if (NULL != prHMM->Neff_D){
+        free(prHMM->Neff_D); prHMM->Neff_D = NULL;
+    }
+
+    if (NULL != prHMM->seq){
+        for (i = 0; i < prHMM->n_display; i++){
+            if (NULL != prHMM->seq[i]){
+                free(prHMM->seq[i]); prHMM->seq[i] = NULL;
+            }
+        }
+        free(prHMM->seq); prHMM->seq = NULL;
+    }
+
+    memset(prHMM, 0, sizeof(hmm_light));
+
+} /*** end: FreeHMMstruct() ***/
+
+
+/**
+ * @brief comparisin function for ascending qsort() of doubles
+ */
+int 
+CompDblAsc(const void *pv1, const void *pv2){
+
+    double d1 = *(double *)pv1;
+    double d2 = *(double *)pv2;
+
+    if      (d1 > d2) { return +1; }
+    else if (d1 < d2) { return -1; }
+    else {              return  0; }
+
+} /*** end: CompDblAsc() ***/
+
+
+/**
+ * AlnToHMM2()
+ *
+ * @brief convert alignment into HMM (hhmake)
+ *
+ * @param[out] prHMM
+ * structure with pseudocounts etc
+ * @param[in] pcHMM_input
+ * name of file with HMM
+ *
+ */
+extern "C" int
+AlnToHMM2(hmm_light *rHMM_p,
+              char **ppcSeq, int iN){
+
+    if (0 == par.M){
+        SetDefaults();
+        SetSubstitutionMatrix();
+        par.cons = 1;
+        par.M = 2;
+        par.forward=2;
+        par.Mgaps=100;
+        const int ciGoodMeasureSeq = 10;
+        int iAuxLen = strlen(ppcSeq[0]);
+        par.maxResLen  = iAuxLen;
+        par.maxResLen += ciGoodMeasureSeq;
+        par.maxColCnt  = iAuxLen + ciGoodMeasureSeq;
+        par.max_seqid=DEFAULT_FILTER;
+        par.loc=0; par.mact=0;
+        /* some minor parameters, affecting alignment (i think) */
+        par.p = 0.0; /* minimum threshold for inclusion in hit list */
+        par.Z = 100; /* minimum threshold for inclusion in hit list and alignment listing */
+        par.z = 1;   /* min number of lines in hit list */
+        par.B = 100; /* max number of alignments */
+        par.b = 1;   /* min number of alignments */
+        par.E = 1e6; /* maximum threshold for inclusion in hit list and alignment listing */
+        par.altali=1;par.hitrank=0;par.showcons=1; par.showdssp=1;par.showpred=1;par.nseqdis=iN;par.cons=1;
+    }
+
+    const int ciGoodMeasure = 10;
+    int iLen = strlen(ppcSeq[0]) + ciGoodMeasure;
+    if (iLen > par.maxResLen){
+        par.maxResLen = par.maxColCnt = iLen;
+    }
+    HMM rTemp(iN+2, iLen); /* temporary template */
+    Alignment rTempAli(iN+2, iLen); /* temporary alignment */
+    int iParCons = par.cons;
+
+    /*printf(">>>>>>>>>>> %s:%s:%d: there are %d sequences\n", __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, iN);*/
+
+    par.cons = 1;
+    if (OK != ReadAndPrepare(INTERN_ALN_2_HMM, 
+                             ppcSeq, iN, rHMM_p, 
+                             NULL/*prealigned*/, NULL/*representative*/, NULL/*weights*/, //YES/*transfer*/,
+                             (char*)("")/*in-file*/, rTemp, &rTempAli)) {
+        return FAILURE;
+    }
+    par.cons = iParCons;
+
+    /******/
+    /*** transfer class info to struct */
+    rHMM_p->n_display = rTemp.n_display;
+    rHMM_p->sname = NULL;
+    rHMM_p->seq = (char **)calloc((rTemp.n_display+1), sizeof(char *));
+
+    for (int i = 0; i < rTemp.n_display; i++){
+        /* NOTE: In the original hhalign code the first position
+         is kept open ('\0'). This makes it difficult to use 
+         string functions like strlen/strdup etc. 
+         Insert a temporary gap (.) to facilitate string operations */
+        char cHead  = rTemp.seq[i][0];
+        rTemp.seq[i][0] = '.';
+        rHMM_p->seq[i] = strdup(rTemp.seq[i]);
+        rTemp.seq[i][0] = rHMM_p->seq[i][0] = cHead;
+    }
+    rHMM_p->ncons      = rTemp.ncons;
+    rHMM_p->nfirst     = rTemp.nfirst;
+    if (-1 == rHMM_p->ncons){
+        /* ncons needed later for alignment of 
+           representative sequence and copy of profile.
+           ncons not always set (-1 default), 
+           this will cause segmentation fault. 
+           nfirst (probably) right index - 
+           no problem if not */
+        rHMM_p->ncons = rTemp.nfirst;
+    }
+    rHMM_p->nss_dssp   = rTemp.nss_dssp;
+    rHMM_p->nsa_dssp   = rTemp.nsa_dssp;
+    rHMM_p->nss_pred   = rTemp.nss_pred;
+    rHMM_p->nss_conf   = rTemp.nss_conf;
+    rHMM_p->L          = rTemp.L;
+    rHMM_p->N_in       = rTemp.N_in;
+    rHMM_p->N_filtered = rTemp.N_filtered;
+#define NEFF_SCORE 10 /* FIXME: Magic Number */  //// get rid of that, FS, 2010-12-22
+    rHMM_p->Neff_M = (float *)calloc(rHMM_p->L+1, sizeof(float));
+    rHMM_p->Neff_I = (float *)calloc(rHMM_p->L+1, sizeof(float));
+    rHMM_p->Neff_D = (float *)calloc(rHMM_p->L+1, sizeof(float));
+    for (int i = 0; i < rHMM_p->L+1; i++){
+        rHMM_p->Neff_M[i] = rHMM_p->Neff_I[i] = rHMM_p->Neff_D[i] = NEFF_SCORE; //// get rid of that, FS, 2010-12-22
+    }
+    rHMM_p->Neff_HMM = rTemp.Neff_HMM;
+    /* skip longname,name,file,fam,sfam,fold,cl */
+    rHMM_p->lamda = rTemp.lamda;
+    rHMM_p->mu    = rTemp.mu;
+
+    HMMshadow rShadow = {0}; /* friend of HMM to access private members */
+    rShadow.copyHMMtoShadow(rTemp);
+
+    rHMM_p->Neff_M = (float *)calloc(rHMM_p->L+1, sizeof(float));
+    rHMM_p->Neff_I = (float *)calloc(rHMM_p->L+1, sizeof(float));
+    rHMM_p->Neff_D = (float *)calloc(rHMM_p->L+1, sizeof(float));
+    rHMM_p->f     = (float **)calloc(rHMM_p->L+1, sizeof(float *));
+    rHMM_p->g     = (float **)calloc(rHMM_p->L+1, sizeof(float *));
+    rHMM_p->p     = (float **)calloc(rHMM_p->L+1, sizeof(float *));
+    rHMM_p->tr    = (float **)calloc(rHMM_p->L+1, sizeof(float *));
+    rHMM_p->linTr = (float **)calloc(rHMM_p->L+1, sizeof(float *));
+
+    for (int i = 0; i < rHMM_p->L+1; i++){
+        rHMM_p->Neff_M[i] = (float)rShadow.Neff_M[i];
+        rHMM_p->Neff_I[i] = (float)rShadow.Neff_I[i];
+        rHMM_p->Neff_D[i] = (float)rShadow.Neff_D[i];
+      rHMM_p->f[i] = (float *)calloc(AMINOACIDS, sizeof(float));
+      rHMM_p->g[i] = (float *)calloc(AMINOACIDS, sizeof(float));
+      rHMM_p->p[i] = (float *)calloc(AMINOACIDS, sizeof(float));
+      for (int j = 0; j < AMINOACIDS; j++){
+          rHMM_p->f[i][j] = (float)rShadow.f[i][j];
+          rHMM_p->g[i][j] = (float)rShadow.g[i][j];
+          rHMM_p->p[i][j] = (float)rShadow.p[i][j];
+      }
+      rHMM_p->tr[i]    = (float *)calloc(STATE_TRANSITIONS, sizeof(float));
+      rHMM_p->linTr[i] = (float *)calloc(STATE_TRANSITIONS, sizeof(float));
+      for (int j = 0; j< STATE_TRANSITIONS; j++){
+          rHMM_p->tr[i][j]    = (float)rShadow.tr[i][j];
+          rHMM_p->linTr[i][j] =  fpow2(rShadow.tr[i][j]);
+      }
+    } /*0 <= i < prHMM->L+1 */
+    /* skip trans_lin,ss_dssp,sa_dssp,ss_pred,ss_conf,Xcons */
+    for (int j = 0; j < AMINOACIDS; j++){
+      rHMM_p->pav[j] = (float)rShadow.pav[j];
+    }
+    /* skip pnul */
+
+
+    /******/
+
+
+    rTemp.ClobberGlobal();
+    rTempAli.ClobberGlobal();
+
+    return OK;
+
+} /*** end of AlnToHMM2() ***/
+
+
+/**
+ * HHMake_Wrapper()
+ *
+ * @brief turn alignment (from file) into HHM (HMM) on file
+ *
+ * @param[out] hmm_out
+ * name of file with HMM info corresponding to tmp_aln
+ * @param[in] tmp_aln
+ * name of file with alignment, to be turned into HMM (HHM)
+ *
+ */
+extern "C" int 
+HHMake_Wrapper(char *tmp_aln, char *hmm_out)
+{
+
+    HMM rTemp; /* temporary template */
+    Alignment rTempAli; /* temporary alignment */
+    hmm_light *rHMM_p = NULL;
+
+    /** Note:
+        this is a wrapper for a stand-alone program hhmake.
+        hhmake uses a different set of parameters than hhalign.
+        However, all parameters are GLOBAL. 
+        So at this point we register the hhalign settings, 
+        reset them to hhmake settings and set them back 
+        at the end of the function
+     */
+
+    /* save settings from hhalign */
+    int iParShowcons=par.showcons;
+    int iParAppend=par.append;
+    int iParNseqdis=par.nseqdis;
+    int iParMark=par.mark;
+    int iParMaxSeqid=par.max_seqid;
+    int iParQid=par.qid;
+    double dParQsc=par.qsc;
+    int iParCoverage=par.coverage;
+    int iParNdiff=par.Ndiff;
+    int iParCoverageCore=par.coverage_core;
+    double dParQscCore=par.qsc_core;
+    double dParCoresc=par.coresc;
+    int iParM=par.M;
+    int iParMgaps=par.Mgaps;
+    int iParMatrix=par.matrix;
+    int iParPcm=par.pcm;
+    double dParPcw=par.pcw;
+    double dParGapb=par.gapb;
+    int iParWg=par.wg;
+
+    /* these are settings suitable for hhmake */
+    par.showcons=1;              // write consensus sequence into hhm file
+    par.append=0;                // overwrite output file                
+    par.nseqdis=10;              // maximum number of query or template sequences to be recoreded in HMM and diplayed in output alignments 
+    par.mark=0;                  // 1: only marked sequences (or first) get displayed; 0: most divergent ones get displayed 
+    par.max_seqid=90;            // default for maximum sequence identity threshold
+    par.qid=0;                   // default for maximum sequence identity threshold
+    par.qsc=-20.0f;              // default for minimum score per column with query
+    par.coverage=0;              // default for minimum coverage threshold         
+    par.Ndiff=100;               // pick Ndiff most different sequences from alignment
+    par.coverage_core=30;        // Minimum coverage for sequences in core alignment  
+    par.qsc_core=0.3f;           // Minimum score per column with core alignment (HMM)
+    par.coresc=-20.0f;           // Minimum score per column with core alignment (HMM)
+    par.M=1;                     // match state assignment is by A2M/A3M              
+    par.Mgaps=50;                // above this percentage of gaps, columns are assigned to insert states
+    par.matrix=0;                // Subst.matrix 0: Gonnet, 1: HSDM, 2: BLOSUM50 3: BLOSUM62            
+    par.pcm=0;                   // no amino acid and transition pseudocounts added                     
+    par.pcw=0;                   // wc>0 weighs columns according to their intra-clomun similarity      
+    par.gapb=0.0;                // default values for transition pseudocounts; 0.0: add no transition pseudocounts!
+    par.wg=0;                    // 0: use local sequence weights   1: use local ones                               
+
+    
+    if (OK != ReadAndPrepare(READ_ALN_2_HMM, 
+                             NULL, 0, rHMM_p, NULL, NULL, NULL,
+                             tmp_aln, rTemp, &rTempAli)) {
+        return FAILURE;
+    }
+
+    rTemp.WriteToFile(hmm_out);
+
+
+
+    /* restore settings from hhalign */
+    par.showcons=iParShowcons;
+    par.append=iParAppend;
+    par.nseqdis=iParNseqdis;
+    par.mark=iParMark;
+    par.max_seqid=iParMaxSeqid;
+    par.qid=iParQid;
+    par.qsc=dParQsc;
+    par.coverage=iParCoverage;
+    par.Ndiff=iParNdiff;
+    par.coverage_core=iParCoverageCore;
+    par.qsc_core=dParQscCore;
+    par.coresc=dParCoresc;
+    par.M=iParM;
+    par.Mgaps=iParMgaps;
+    par.matrix=iParMatrix;
+    par.pcm=iParPcm;
+    par.pcw=dParPcw;
+    par.gapb=dParGapb;
+    par.wg=iParWg;
+
+
+    /* prepare exit */
+    rTemp.ClobberGlobal();
+    rTempAli.ClobberGlobal();
+
+    return OK;
+}
+
+/**
+ * readHMMWrapper()
+ *
+ * @brief read HMM from file, copy (relevant) info into struct
+ *
+ * @param[out] prHMM
+ * structure with pseudocounts etc, probably uninitialised on entry
+ * @param[in] pcHMM_input
+ * name of file with HMM
+ *
+ */
+extern "C" int
+readHMMWrapper(hmm_light *rHMM_p, 
+                 char *pcHMM_input)
+{
+    par.maxResLen = 15002;
+    HMM rTemp(1000,par.maxResLen); /* temporary template */
+    Alignment rTempAli; /* temporary alignment */
+    /* AW changed init from {0} to 0 because it failed to compile with
+     * gcc 4.3.3 with the following error:
+     * error: braces around initializer for non-aggregate type 
+     */
+    /* FS taken out initialiser alltogether */    
+
+    /* 0th arg of RnP is the type of RnP, ie, 
+       enum {INTERN_ALN_2_HMM = 0, READ_ALN_2_HMM, READ_HMM_2_HMM};*/
+    /* 1st arg of ReadAndPrepare() is ppcSeqs, 2nd is #seq */
+    /* FIXME: at this stage the 3rd arg, rHMM_p, only acts as a dummy.
+       this is rather silly, as it is the actual struct that will 
+       carry the HMM info at the end. 
+       If we write it already in ReadAndPrepare() then we could 
+       dispense with all this friend-class nonsense */
+    if (OK != ReadAndPrepare(READ_HMM_2_HMM, 
+                             NULL, 0, rHMM_p, NULL, NULL, NULL, 
+                             pcHMM_input, rTemp, &rTempAli)) {
+        return FAILURE;
+    }
+
+    /* an important piece of information I want to get out of here 
+       is the consenssus sequence. there are however certain 
+       Pfam HMMs that don't trigger consensus calculation.
+       at the moment I (FS) don't understand why this is 
+       (or rather why this is not). The proper place to do this 
+       should be inside ReadAndPrepare():ReadHMMer(), but 
+       I have not quite penetrated the logic there. 
+       Therefore I try to catch this condition at this point (here) 
+       and rectify it. 
+     */
+    if (-1 == rHMM_p->ncons){
+        int i, iA;
+        rHMM_p->ncons = rHMM_p->nfirst;
+
+        for (i = 0; i < rHMM_p->L; i++){
+            double dPmax = 0.00;
+            int iAmax = -1;
+            for (iA = 0; iA < AMINOACIDS; iA++){
+                if (rHMM_p->f[i][iA] > dPmax){
+                    iAmax = iA;
+                    dPmax = rHMM_p->f[i][iA];
+                }
+            } /* (0 <= iA < AMINOACIDS) */
+            rHMM_p->seq[rHMM_p->ncons][i] = i2aa(iAmax);
+        } /* (0 <= i < rHMM_p->L) */
+
+    } /* ncons not set */
+
+
+    rTemp.ClobberGlobal();
+    rTempAli.ClobberGlobal();
+
+  return OK;
+
+}  /*** end: readHMMWrapper() ***/
+
+
+
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Do precalculations for q and t to prepare comparison
+ */
+void 
+PrepareTemplate(HMM& q, HMM& t, int format)
+{
+  if (format==0) // HHM format
+    {
+      // Add transition pseudocounts to template
+      t.AddTransitionPseudocounts();
+
+      // Generate an amino acid frequency matrix from t.f[i][a] with max pseudocounts (tau=1) -> t.g[i][a] 
+      t.PreparePseudocounts();
+
+      // Add amino acid pseudocounts to template: t.p[i][a] = (1-tau)*f[i][a] + tau*g[i][a]
+      t.AddAminoAcidPseudocounts();
+    }
+  else // HHMER format
+    {
+      // Don't add transition pseudocounts to template
+      // t.AddTransitionPseudocounts(par.gapd, par.gape, par.gapf, par.gapg, par.gaph, par.gapi, 0.0);
+      
+      // Generate an amino acid frequency matrix from f[i][a] with full pseudocount admixture (tau=1) -> g[i][a] 
+      t.PreparePseudocounts();
+
+      // DON'T ADD amino acid pseudocounts to temlate: pcm=0!  t.p[i][a] = t.f[i][a]
+      t.AddAminoAcidPseudocounts(0, par.pca, par.pcb, par.pcc);
+     }
+
+  // Modify transition probabilities to include SS-dependent penalties
+  if (par.ssgap) t.UseSecStrucDependentGapPenalties();
+
+  if (par.forward>=1) t.Log2LinTransitionProbs(1.0);  
+
+  // Factor Null model into HMM t
+  // ATTENTION! t.p[i][a] is divided by pnul[a] (for reasons of efficiency) => do not reuse t.p
+  t.IncludeNullModelInHMM(q,t);  // Can go BEFORE the loop if not dependent on template
+  
+  return;
+}
+
+
+/***    end of hhfunc-C.h   ***/
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhfunc.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhfunc.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..be2cd9a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,25 @@
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: hhfunc.h 143 2010-10-14 13:11:14Z andreas $
+ */
+
+
+int readHMMWrapper(hmm_light *rHMM_p,
+                    char *pcHMM_input);
+void FreeHMMstruct(hmm_light *prHMM);
+int AlnToHMM2(hmm_light *rHMM_p,
+              char **ppcSeq, int iN);
+int HHMake_Wrapper(char *tmp_aln, char *hmm_out);
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhalfalignment-C.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhalfalignment-C.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..25c4e3c
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,450 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: hhhalfalignment-C.h 227 2011-03-28 17:03:09Z fabian $
+ */
+
+// hhfullalignment.C
+
+#ifndef MAIN
+#define MAIN
+#include <iostream>   // cin, cout, cerr
+#include <fstream>    // ofstream, ifstream 
+#include <stdio.h>    // printf
+#include <stdlib.h>   // exit
+#include <string>     // strcmp, strstr
+#include <math.h>     // sqrt, pow
+#include <limits.h>   // INT_MIN
+#include <float.h>    // FLT_MIN
+#include <time.h>     // clock
+#include <ctype.h>    // islower, isdigit etc
+using std::ios;
+using std::ifstream;
+using std::ofstream;
+using std::cout;
+using std::cerr;
+using std::endl;
+#include "util-C.h"     // imax, fmax, iround, iceil, ifloor, strint, strscn, strcut, substr, uprstr, uprchr, Basename etc.
+#include "list.h"     // list data structure
+#include "hash.h"     // hash data structure
+#include "hhdecl-C.h"      // constants, class 
+#include "hhutil-C.h"      // imax, fmax, iround, iceil, ifloor, strint, strscn, strcut, substr, uprstr, uprchr, Basename etc.
+#include "hhhmm.h"       // class HMM
+#include "hhalignment.h" // class Alignment
+#include "hhhit.h"
+#endif
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Methods of class HalfAlignment
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+  
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Constructor
+HalfAlignment::HalfAlignment(int maxseqdis)
+{
+  n=0; 
+  sname=seq=NULL; 
+  nss_dssp = nss_pred = nss_conf = nsa_dssp = ncons= -1;
+  h = new(int[maxseqdis]);   //h[k] = next position of sequence k to be written
+  s = new(char*[maxseqdis]);  //s[k][h] = character in column h, sequence k of output alignment
+  l = new(int*[maxseqdis]);   //counts non-gap residues: l[k][i] = index of last residue AT OR BEFORE match state i in seq k
+  m = new(int*[maxseqdis]);   //counts positions:        m[k][i] = position of match state i in string seq[k]  
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Destructor
+HalfAlignment::~HalfAlignment()
+{
+  Unset();
+  delete[] h; h = NULL;
+  delete[] s; s = NULL;
+  delete[] l; l = NULL;
+  delete[] m; m = NULL;
+}
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Free memory in HalfAlignment arrays s[][], l[][], and m[][]
+ */
+void 
+HalfAlignment::Unset()
+{
+   // Free memory for alignment characters and residue counts
+  for (int k=0; k<n; k++) 
+    {
+      delete[] s[k]; s[k] = NULL;
+      delete[] l[k]; l[k] = NULL;
+      delete[] m[k]; m[k] = NULL;
+    }
+  n=0; 
+  sname=seq=NULL; 
+  nss_dssp = nss_pred = nss_conf = nsa_dssp = ncons= -1;
+}
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Prepare a2m/a3m alignment: 
+ * Calculate l[k][i] (residue indices) and m[k][i] (position in seq[k]) 
+*/
+void 
+HalfAlignment::Set(char* name, char** seq_in, char** sname_in, int n_in, int L_in, int n1, int n2, int n3, int n4, int nc, int L_in2/*<--FS*/)
+{
+    int i;     /* counts match states in seq[k] */
+    int ll;    /* counts residues LEFT from or at current position in seq[k] */
+    int mm;    /* counts postions in string seq[k] */
+    int k;     /* counts sequences */
+    char c;
+    char warned=0;
+    
+    nss_dssp=n1; nss_pred=n2; nss_conf=n3; nsa_dssp=n4; ncons=nc;
+    seq=seq_in;     /* flat copy of sequences */
+    sname=sname_in; /* flat copy of sequence names */
+    n=n_in;
+    L=L_in;    
+    pos=0;
+
+    /* Allocate memory for alignment characters and residue counts */
+    for (k=0; k<n; k++)  {
+        s[k]=new char[LINELEN];
+        l[k]=new int[L+10+L_in2/*<--FS*/]; 
+        m[k]=new int[L+10+L_in2/*<--FS*/];
+        if (!s[k] || !l[k] || !m[k]) MemoryError("space for formatting HMM-HMM alignment");
+        h[k]=0; //starting positions in alignment = 0
+    } /* k <= 0 < n (= n_in) */
+
+  for (k=0; k<n; k++) {
+      m[k][0]=0;  // 0'th match state (virtual) is begin state at 0
+      //if k is consensus sequence 
+      if (k==nc) {
+          for (i=1; i<=L; i++) m[k][i]=l[k][i]=i; 
+          m[k][L+1]=l[k][L+1]=L; 
+          continue;
+      }
+      i=1; mm=1; ll=1;
+      while ((c=seq[k][mm]))
+          {
+              if (MatchChr(c)==c)    //count match/delete states
+                  {
+                      l[k][i]=ll;
+                      m[k][i]=mm;
+                      i++;
+                  }
+              if (WordChr(c)) ll++;  //index of next residue
+              mm++;
+          }
+      l[k][i]=ll-1; //set l[k][L+1] eq number of residues in seq k (-1 since there is no residue at L+1st match state)
+      m[k][i]=mm;   //set m[k][L+1]
+
+      if ((i-1)!=L && !warned) 
+          {
+              cerr<<"Warning: sequence "<<sname[k]<<" in HMM "<<name<<" has "<<i<<" match states but should have "<<L<<"\n"; 
+              warned=1;
+          }
+  } /* k <= 0 < n (= n_in) */
+  //DEBUG
+  if (v>=5)
+      {
+          printf("  i chr   m   l\n");
+          for(i=0;i<=L+1;i++) printf("%3i   %1c %3i %3i\n",i,seq[0][m[0][i]],m[0][i],l[0][i]);
+          printf("\n");
+      }
+
+} /*** end HalfAlignment::Set() ***/
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Fill in insert states following match state i (without inserting '.' to fill up)
+ */
+void 
+HalfAlignment::AddInserts(int i)
+{
+  for (int k=0; k<n; k++)                        // for all sequences...
+    for (int mm=m[k][i]+1; mm<m[k][i+1]; mm++)   // for all inserts between match state i and i+1...
+      s[k][h[k]++]=seq[k][mm];                   // fill inserts into output alignment s[k]
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Fill up alignment with gaps '.' to generate flush end (all h[k] equal)
+ */
+void 
+HalfAlignment::FillUpGaps()
+{ 
+  int k;      //counts sequences
+  pos=0;
+
+  // Determine max position h[k]
+  for (k=0; k<n; k++) pos = imax(h[k],pos);
+  
+  // Fill in gaps up to pos
+  for (k=0; k<n; k++) 
+    {
+      for (int hh=h[k]; hh<pos; hh++) s[k][hh]='.';
+      h[k]=pos;
+    }
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Fill in insert states following match state i and fill up gaps with '.' 
+ */
+void 
+HalfAlignment::AddInsertsAndFillUpGaps(int i) 
+{ 
+  AddInserts(i); 
+  FillUpGaps(); 
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Add gap column '.'
+ */
+void 
+HalfAlignment::AddChar(char c)  
+{ 
+  for (int k=0; k<n; k++) s[k][h[k]++]=c;                
+  pos++;
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Add match state column i as is
+ */
+void 
+HalfAlignment::AddColumn(int i) 
+{ 
+  for (int k=0; k<n; k++) s[k][h[k]++]=seq[k][m[k][i]];  
+  pos++;
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Add match state column i as insert state
+ */
+void 
+HalfAlignment::AddColumnAsInsert(int i) 
+{ 
+  char c; 
+  for (int k=0; k<n; k++) 
+    if ((c=seq[k][m[k][i]])!='-' && (c<'0' || c>'9')) 
+      s[k][h[k]++]=InsertChr(c); 
+  pos++;
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Remove all characters c from template sequences
+ */
+void 
+HalfAlignment::RemoveChars(char c)
+{ 
+  int k,h,hh;
+  for (k=0; k<n; k++)
+    {
+      for (h=hh=0; h<pos; h++)
+       if (s[k][h]!=c) s[k][hh++]=s[k][h];
+      s[k][++hh]='\0';
+    }
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Transform alignment sequences from A3M to A2M (insert ".")
+ */
+void 
+HalfAlignment::BuildFASTA()
+{
+  AddInserts(0); 
+  FillUpGaps();
+  for (int i=1; i<=L; i++)
+    {
+      AddColumn(i); 
+      AddInserts(i); 
+      FillUpGaps();
+    }
+  ToFASTA();
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Transform alignment sequences from A3M to A2M (insert ".")
+ */
+void 
+HalfAlignment::BuildA2M()
+{
+  AddInserts(0); 
+  FillUpGaps();
+  for (int i=1; i<=L; i++)
+    {
+      AddColumn(i); 
+      AddInserts(i); 
+      FillUpGaps();
+    }
+  AddChar('\0');
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Transform alignment sequences from A3M to A2M (insert ".")
+ */
+void 
+HalfAlignment::BuildA3M()
+{
+  AddInserts(0); 
+  for (int i=1; i<=L; i++)
+    {
+      AddColumn(i); 
+      AddInserts(i); 
+    }
+  AddChar('\0');
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Transform alignment sequences from A2M to FASTA ( lowercase to uppercase and '.' to '-')
+ */
+void 
+HalfAlignment::ToFASTA()
+{
+  for (int k=0; k<n; k++)
+    {
+      uprstr(s[k]);
+      strtr(s[k],".","-");
+    }
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Align query (HalfAlignment) to template (i.e. hit) match state structure
+ */
+void 
+HalfAlignment::AlignToTemplate(Hit& hit)
+{
+  int i,j;
+  int step;    // column of the HMM-HMM alignment (first:nstep, last:1)
+  char state;
+
+  if(0) {  //par.loc==0) { //////////////////////////////////////////// STILL NEEDED??
+    // If in global mode: Add part of alignment before first MM state
+    AddInserts(0); // Fill in insert states before first match state
+    for (i=1; i<hit.i[hit.nsteps]; i++)
+      {
+       AddColumnAsInsert(i);
+       AddInserts(i);
+       if (par.outformat<=2) FillUpGaps();
+      }
+  }
+
+  // Add endgaps (First state must be an MM state!!)
+  for (j=1; j<hit.j[hit.nsteps]; j++)    
+    {
+      AddChar('-');
+    }
+
+  // Add alignment between first and last MM state
+  for (step=hit.nsteps; step>=1; step--) 
+  {
+    state = hit.states[step];
+    i = hit.i[step];
+
+    switch(state)
+      {
+      case MM:  //MM pair state (both query and template in Match state)
+       AddColumn(i);
+       AddInserts(i);
+       break;
+      case DG: //D- state
+      case MI: //MI state
+       AddColumnAsInsert(i);
+       AddInserts(i);
+       break;
+      case GD: //-D state
+      case IM: //IM state
+       AddChar('-');
+       break;
+      }
+    if (par.outformat<=2) FillUpGaps();
+
+  }
+
+  if(0) { //par.loc==0) { //////////////////////////////////////////// STILL NEEDED??
+
+    // If in global mode: Add part of alignment after last MM state
+    for (i=hit.i[1]+1; i<=L; i++)    
+      {
+       AddColumnAsInsert(i);
+       AddInserts(i);
+       if (par.outformat==2) FillUpGaps();
+      }
+  }
+
+  // Add endgaps 
+  for (j=hit.j[1]+1; j<=hit.L; j++)    
+    {
+      AddChar('-');
+    }
+
+  // Add end-of-string character
+  AddChar('\0');
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Write the a2m/a3m alignment into alnfile 
+ */
+void 
+HalfAlignment::Print(char* alnfile)
+{
+  int k;      //counts sequences
+  int omitted=0; // counts number of sequences with no residues in match states
+  FILE *outf;
+  if (strcmp(alnfile,"stdout"))
+    {
+      if (par.append) outf=fopen(alnfile,"a"); else outf=fopen(alnfile,"w");
+      if (!outf) OpenFileError(alnfile);
+    } 
+  else
+    outf = stdout;
+  if (v>=3) cout<<"Writing alignment to "<<alnfile<<"\n";
+
+  for (k=0; k<n; k++)
+    {
+      // Print sequence only if it contains at least one residue in a match state
+      if (1) //strpbrk(s[k],"ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWXYZ1234567890")) 
+       {
+         fprintf(outf,">%s\n",sname[k]);
+         fprintf(outf,"%s\n",s[k]);
+       } else {
+         omitted++;
+         if (v>=3) printf("%-14.14s contains no residue in match state. Omitting sequence\n",sname[k]);
+       }
+    }
+  if (v>=2 && omitted) printf("Omitted %i sequences in %s which contained no residue in match state\n",omitted,alnfile);
+  fclose(outf);
+}
+
+
+/** EOF hhhalfalignment-C.h **/
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhalfalignment.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhalfalignment.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..5284e54
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,101 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ * RCS $Id: hhhalfalignment.h 143 2010-10-14 13:11:14Z andreas $
+ */
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Class representing a2m/a3m-formatted alignment corresponding to one HMM
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+
+class HalfAlignment
+{
+public:
+  HalfAlignment(int maxseqdis=MAXSEQDIS);
+  ~HalfAlignment();
+
+  // Initialize HalfAlignment; create index arrays s [],l[], m[]
+  void Set(char* name, char** seq_in, char** sname_in, int n_in, int L_in, int n1, int n2, int n3, int n4, int nc, int L_in2/*<--FS*/);
+
+  // Free memory in HalfAlignment arrays s[][], l[][], and m[][]
+  void Unset();
+
+  // Align query (HalfAlignment) to template (i.e. hit) match state structure
+  void AlignToTemplate(Hit& hit); 
+
+  // Write the a2m/a3m query alignment into alnfile 
+  void Print(char* outfile);
+
+  // Fill in insert states following match state i
+  void AddInserts(int i);
+
+  // Fill up alignment with gaps '.' to generate flush end (all h[k] equal)
+  void FillUpGaps();
+
+  // Fill in insert states following match state i and fill up gaps with '.' 
+  void AddInsertsAndFillUpGaps(int i);
+
+  // Add gap column '.' or character column
+  void AddChar(char c);
+
+  // Add match state column i as is
+  void AddColumn(int i);
+
+  // Add match state column i as insert state
+  void AddColumnAsInsert(int i);
+
+  // Build alignment in FASTA format
+  void BuildFASTA();
+
+  // Build alignment in A2M format
+  void BuildA2M();
+
+  // Build alignment in A3M format
+  void BuildA3M();
+
+  // Transform alignment sequences from A2M to FASTA ( lowercase to uppercase and '.' to '-')
+  void ToFASTA();
+
+  // Remove all characters c from template sequences
+  void RemoveChars(char c);
+
+private:
+  friend class FullAlignment;
+
+  int n;           //number of sequences in half-alignment
+  char** seq;      //sequences (in ASCII) in alignment
+  char** sname;    //names of sequences in alignment
+  int nss_dssp;    //index of sequence with dssp sec structure states
+  int nsa_dssp;    //index of sequence with dssp solvent accessiblity states
+  int nss_pred;    //index of sequence with predicted sec structure states
+  int nss_conf;    //index of sequence with prediction confidence values
+  int ncons;       //index of consensus sequence
+    
+  int pos;         //After FillUpGaps() all h[k] have value pos 
+  int L;           //number of match states in corresponding profile
+  int* h;          //h[k] = next position of sequence k to be written
+  char** s;        //s[k][h] = column h, sequence k of output alignment
+  int** l;         //counts non-gap residues: l[k][i] = index of last residue AT OR BEFORE match state i in seq k 
+  int** m;         //counts positions:        m[k][i] = position of match state i in string seq[k]
+/*   int h[MAXSEQ];   //h[k] = next position of sequence k to be written */
+/*   char* s[MAXSEQ]; //s[k][h] = column h, sequence k of output alignment */
+/*   int* l[MAXSEQ];  //counts non-gap residues: l[k][i] = index of last residue AT OR BEFORE match state i in seq k  */
+/*   int* m[MAXSEQ];  //counts positions:        m[k][i] = position of match state i in string seq[k] */
+};
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhit-C.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhit-C.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..cd200f9
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,2236 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ * RCS $Id: hhhit-C.h 245 2011-06-15 12:38:53Z fabian $
+ */
+
+// hhhit.C
+
+#ifndef MAIN
+#define MAIN
+#include <iostream>   // cin, cout, cerr
+#include <fstream>    // ofstream, ifstream 
+#include <stdio.h>    // printf
+using std::cout;
+using std::cerr;
+using std::endl;
+using std::ios;
+using std::ifstream;
+using std::ofstream;
+#include <stdlib.h>   // exit
+#include <string>     // strcmp, strstr
+#include <math.h>     // sqrt, pow
+#include <limits.h>   // INT_MIN
+#include <float.h>    // FLT_MIN
+#include <time.h>     // clock
+#include <ctype.h>    // islower, isdigit etc
+#include "util-C.h"     // imax, fmax, iround, iceil, ifloor, strint, strscn, strcut, substr, uprstr, uprchr, Basename etc.
+#include "list.h"     // list data structure
+#include "hash.h"     // hash data structure
+#include "hhdecl-C.h"      // constants, class 
+#include "hhutil-C.h"      // imax, fmax, iround, iceil, ifloor, strint, strscn, strcut, substr, uprstr, uprchr, Basename etc.
+#include "hhhmm.h"       // class HMM
+#include "hhalignment.h" // class Alignment
+#include "hhhitlist.h"   // class HitList
+#endif
+
+#define CALCULATE_MAX6(max, var1, var2, var3, var4, var5, var6, varb) \
+if (var1>var2) { max=var1; varb=STOP;} \
+else           { max=var2; varb=MM;}; \
+if (var3>max)  { max=var3; varb=GD;}; \
+if (var4>max)  { max=var4; varb=IM;}; \
+if (var5>max)  { max=var5; varb=DG;}; \
+if (var6>max)  { max=var6; varb=MI;}; 
+
+#define CALCULATE_SUM6(sum, var1, var2, var3, var4, var5, var6, varb) \
+if (var1>var2) { sum=var1; varb=STOP;} \
+else           { sum=var2; varb=MM;}; \
+if (var3>sum)  { sum=var3; varb=GD;}; \
+if (var4>sum)  { sum=var4; varb=IM;}; \
+if (var5>sum)  { sum=var5; varb=DG;}; \
+if (var6>sum)  { sum=var6; varb=MI;}; \
+sum = var1 + var2 + var3 + var4 + var5 + var6;
+
+#define CALCULATE_MAX4(max, var1, var2, var3, var4, varb) \
+if (var1>var2) { max=var1; varb=STOP;} \
+else           { max=var2; varb=MM;}; \
+if (var3>max)  { max=var3; varb=MI;}; \
+if (var4>max)  { max=var4; varb=IM;}; 
+
+// Generate random number in [0,1[
+#define frand() ((float) rand()/(RAND_MAX+1.0))
+
+
+// Function declarations
+inline float Score(float* qi, float* tj);
+inline float ProbFwd(float* qi, float* tj);
+inline float max2(const float& xMM, const float& xX, char& b); 
+inline int pickprob2(const double& xMM, const double& xX, const int& state); 
+inline int pickprob3_GD(const double& xMM, const double& xDG, const double& xGD); 
+inline int pickprob3_IM(const double& xMM, const double& xMI, const double& xIM); 
+inline int pickprob6(const double& x0, const double& xMM, const double& xGD, const double& xIM, const double& xDG, const double& xMI); 
+inline int pickmax2(const double& xMM, const double& xX, const int& state); 
+inline int pickmax3_GD(const double& xMM, const double& xDG, const double& xGD); 
+inline int pickmax3_IM(const double& xMM, const double& xMI, const double& xIM); 
+inline int pickmax6(const double& x0, const double& xMM, const double& xGD, const double& xIM, const double& xDG, const double& xMI); 
+inline double Pvalue(double x, double a[]);
+inline double Pvalue(float x, float lamda, float mu);
+inline double logPvalue(float x, float lamda, float mu);
+inline double logPvalue(float x, double a[]);
+inline double Probab(Hit& hit);
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//// Constructor
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+Hit::Hit()
+{
+  longname = name = file = dbfile = NULL;
+  sname = NULL;
+  seq = NULL;  
+  bMM = bGD = bDG = bIM = bMI = NULL;
+  self = 0;
+  i = j = NULL;
+  states = NULL;
+  S = S_ss = P_posterior = NULL;
+  Xcons = NULL;
+  B_MM=B_MI=B_IM=B_DG=B_GD=NULL;
+  F_MM=F_MI=F_IM=F_DG=F_GD=NULL;
+  cell_off = NULL;
+  scale = NULL;
+  sum_of_probs=0.0; 
+  Neff_HMM=0.0;
+  score_ss = Pval = logPval = Eval = Probab = Pforward = 0.0;
+  nss_conf = nfirst = i1 = i2 = j1 = j2 = matched_cols = ssm1 = ssm2 = 0;
+}
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Free all allocated memory (to delete list of hits)
+ */
+void 
+Hit::Delete()
+{
+  if (i){
+    delete[] i; i = NULL;
+  }
+  if (j){
+    delete[] j; j = NULL;
+  }
+  if (states){
+    delete[] states; states = NULL;
+  }
+  if (S){
+    delete[] S; S = NULL;
+  }
+  if (S_ss){
+    delete[] S_ss; S_ss = NULL;
+  }
+  if (P_posterior){
+    delete[] P_posterior; P_posterior = NULL;
+  }
+  if (Xcons){
+    delete[] Xcons; Xcons = NULL;
+  }
+  //  delete[] l;    l = NULL;
+  i = j = NULL;
+  states = NULL;
+  S = S_ss = P_posterior = NULL;
+  Xcons = NULL;
+  if (irep==1) // if irep>1 then longname etc point to the same memory locations as the first repeat. 
+    {          // but these have already been deleted.
+      //       printf("Delete name = %s\n",name);//////////////////
+      delete[] longname; longname = NULL;
+      delete[] name; name = NULL;
+      delete[] file; file = NULL;
+      delete[] dbfile; dbfile = NULL;
+      for (int k=0; k<n_display; k++) 
+          {
+              //delete[] sname[k]; sname[k] = NULL;
+              delete[] seq[k]; seq[k] = NULL;
+          }
+      //delete[] sname; sname = NULL;
+      delete[] seq; seq = NULL;
+    }
+}
+
+
+///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Allocate/delete memory for dynamic programming matrix
+ */
+void 
+Hit::AllocateBacktraceMatrix(int Nq, int Nt)
+{
+  int i;
+  bMM=new(char*[Nq]);
+  bMI=new(char*[Nq]);
+  bIM=new(char*[Nq]);
+  bDG=new(char*[Nq]);
+  bGD=new(char*[Nq]);
+  cell_off=new(char*[Nq]);
+  for (i=0; i<Nq; i++) 
+    {
+      bMM[i]=new(char[Nt]);
+      bMI[i]=new(char[Nt]);
+      bIM[i]=new(char[Nt]);
+      bGD[i]=new(char[Nt]);
+      bDG[i]=new(char[Nt]);
+      cell_off[i]=new(char[Nt]);
+      if (!bMM[i] || !bMI[i] || !bIM[i] || !bGD[i] || !bDG[i] || !cell_off[i]) 
+       {
+         fprintf(stderr,"Error: out of memory while allocating row %i (out of %i) for dynamic programming matrices \n",i+1,Nq);
+         fprintf(stderr,"Suggestions:\n");
+         fprintf(stderr,"1. Cut query sequence into shorter segments\n");
+         fprintf(stderr,"2. Check stack size limit (Linux: ulimit -a)\n");
+         fprintf(stderr,"3. Run on a computer with bigger memory\n");
+         exit(3);
+       } 
+    }
+}
+
+/**
+ * @brief
+ */
+void 
+Hit::DeleteBacktraceMatrix(int Nq)
+{
+  int i;
+  for (i=0; i<Nq; i++) 
+    {
+      delete[] bMM[i]; bMM[i] = NULL;
+      delete[] bMI[i]; bMI[i] = NULL;
+      delete[] bIM[i]; bIM[i] = NULL;
+      delete[] bGD[i]; bGD[i] = NULL;
+      delete[] bDG[i]; bDG[i] = NULL;
+      delete[] cell_off[i]; cell_off[i] = NULL;
+    }
+  delete[] bMM; bMM = NULL;
+  delete[] bMI; bMI = NULL;
+  delete[] bIM; bIM = NULL;
+  delete[] bDG; bDG = NULL;
+  delete[] bGD; bGD = NULL;
+  delete[] cell_off; cell_off = NULL;
+}
+
+
+///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Allocate/delete memory for Forward dynamic programming matrix
+ */
+void 
+Hit::AllocateForwardMatrix(int Nq, int Nt)
+{
+  F_MM=new(double*[Nq]);
+  F_MI=new(double*[Nq]);
+  F_DG=new(double*[Nq]);
+  F_IM=new(double*[Nq]);
+  F_GD=new(double*[Nq]);
+  scale=new(double[Nq+1]); // need Nq+3?
+  for (int i=0; i<Nq; i++) 
+    {
+      F_MM[i] = new(double[Nt]);
+      F_MI[i] = new(double[Nt]);
+      F_DG[i] = new(double[Nt]);
+      F_IM[i] = new(double[Nt]);
+      F_GD[i] = new(double[Nt]);
+      if (!F_MM[i] || !F_MI[i] || !F_IM[i] || !F_GD[i] || !F_DG[i]) 
+       {
+         fprintf(stderr,"Error: out of memory while allocating row %i (out of %i) for dynamic programming matrices \n",i+1,Nq);
+         fprintf(stderr,"Suggestions:\n");
+         fprintf(stderr,"1. Cut query sequence into shorter segments\n");
+         fprintf(stderr,"2. Check stack size limit (Linux: ulimit -a)\n");
+         fprintf(stderr,"3. Run on a computer with bigger memory\n");
+         exit(3);
+       } 
+
+    }
+}
+
+/**
+ * @brief
+ */
+void 
+Hit::DeleteForwardMatrix(int Nq)
+{
+  for (int i=0; i<Nq; i++) 
+    {
+      delete[] F_MM[i]; F_MM[i] = NULL;
+      delete[] F_MI[i]; F_MI[i] = NULL;
+      delete[] F_IM[i]; F_IM[i] = NULL;
+      delete[] F_GD[i]; F_GD[i] = NULL;
+      delete[] F_DG[i]; F_DG[i] = NULL;
+    }
+  delete[] F_MM; F_MM = NULL;
+  delete[] F_MI; F_MI = NULL;
+  delete[] F_IM; F_IM = NULL;
+  delete[] F_DG; F_DG = NULL;
+  delete[] F_GD; F_GD = NULL;
+  delete[] scale; scale = NULL;
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Allocate/delete memory for Backward dynamic programming matrix (DO ONLY AFTER FORWARD MATRIX HAS BEEN ALLOCATED)
+ */
+void 
+Hit::AllocateBackwardMatrix(int Nq, int Nt)
+{
+  B_MM=new(double*[Nq]);
+  B_MI=F_MI; 
+  B_DG=F_DG; 
+  B_IM=F_IM; 
+  B_GD=F_GD; 
+  for (int i=0; i<Nq; i++) 
+    {
+      B_MM[i] = new(double[Nt]);
+      if (!B_MM[i]) 
+       {
+         fprintf(stderr,"Error: out of memory while allocating row %i (out of %i) for dynamic programming matrices \n",i+1,Nq);
+         fprintf(stderr,"Suggestions:\n");
+         fprintf(stderr,"1. Cut query sequence into shorter segments\n");
+         fprintf(stderr,"2. Check stack size limit (Linux: ulimit -a)\n");
+         fprintf(stderr,"3. Run on a computer with bigger memory\n");
+         exit(3);
+       } 
+    }
+}
+
+void Hit::DeleteBackwardMatrix(int Nq)
+{
+  for (int i=0; i<Nq; i++) 
+    {
+      delete[] B_MM[i]; B_MM[i] = NULL;  /* is this all? FS */
+    }
+  delete[] B_MM; B_MM = NULL;
+  B_MM=B_MI=B_IM=B_DG=B_GD=NULL;
+}
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Compare HMMs with one another and look for sub-optimal alignments that share no pair with previous ones
+ * The function is called with q and t
+ * If q and t are equal (self==1), only the upper right part of the matrix is calculated: j>=i+3
+ */
+void 
+Hit::Viterbi(HMM& q, HMM& t, float** Sstruc)
+{
+  
+    // Linear topology of query (and template) HMM:
+    // 1. The HMM HMM has L+2 columns. Columns 1 to L contain 
+    //    a match state, a delete state and an insert state each.
+    // 2. The Start state is M0, the virtual match state in column i=0 (j=0). (Therefore X[k][0]=ANY)
+    //    This column has only a match state and it has only a transitions to the next match state.
+    // 3. The End state is M(L+1), the virtual match state in column i=L+1.(j=L+1) (Therefore X[k][L+1]=ANY)
+    //    Column L has no transitions to the delete state: tr[L][M2D]=tr[L][D2D]=0.
+    // 4. Transitions I->D and D->I are ignored, since they do not appear in PsiBlast alignments 
+    //    (as long as the gap opening penalty d is higher than the best match score S(a,b)). 
+    
+    // Pairwise alignment of two HMMs:
+    // 1. Pair-states for the alignment of two HMMs are 
+    //    MM (Q:Match T:Match) , GD (Q:Gap T:Delete), IM (Q:Insert T:Match),  DG (Q:Delelte, T:Match) , MI (Q:Match T:Insert) 
+    // 2. Transitions are allowed only between the MM-state and each of the four other states.
+    
+    // Saving space:
+    // The best score ending in pair state XY sXY[i][j] is calculated from left to right (j=1->t.L) 
+    // and top to bottom (i=1->q.L). To save space, only the last row of scores calculated is kept in memory.
+    // (The backtracing matrices are kept entirely in memory [O(t.L*q.L)]).
+    // When the calculation has proceeded up to the point where the scores for cell (i,j) are caculated,
+    //    sXY[i-1][j'] = sXY[j']   for j'>=j (A below)  
+    //    sXY[i][j']   = sXY[j']   for j'<j  (B below)
+    //    sXY[i-1][j-1]= sXY_i_1_j_1         (C below) 
+    //    sXY[i][j]    = sXY_i_j             (D below)
+    //                   j-1   
+    //                     j
+    // i-1:               CAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+    //  i :   BBBBBBBBBBBBBD
+    
+    
+    // Variable declarations
+    //float sMM[MAXRES];          // sMM[i][j] = score of best alignment up to indices (i,j) ending in (Match,Match) 
+    //float sGD[MAXRES];          // sGD[i][j] = score of best alignment up to indices (i,j) ending in (Gap,Delete) 
+    //float sDG[MAXRES];          // sDG[i][j] = score of best alignment up to indices (i,j) ending in (Delete,Gap)
+    //float sIM[MAXRES];          // sIM[i][j] = score of best alignment up to indices (i,j) ending in (Ins,Match)
+    //float sMI[MAXRES];          // sMI[i][j] = score of best alignment up to indices (i,j) ending in (Match,Ins) 
+    float *sMM = new(float[par.maxResLen]);   // sMM[i][j] = score of best alignment up to indices (i,j) ending in (Match,Match) 
+    float *sGD = new(float[par.maxResLen]);   // sGD[i][j] = score of best alignment up to indices (i,j) ending in (Gap,Delete) 
+    float *sDG = new(float[par.maxResLen]);   // sDG[i][j] = score of best alignment up to indices (i,j) ending in (Delete,Gap)
+    float *sIM = new(float[par.maxResLen]);   // sIM[i][j] = score of best alignment up to indices (i,j) ending in (Ins,Match)
+    float *sMI = new(float[par.maxResLen]);   // sMI[i][j] = score of best alignment up to indices (i,j) ending in (Match,Ins) 
+  float smin=(par.loc? 0:-FLT_MAX);  //used to distinguish between SW and NW algorithms in maximization         
+  int i,j;      //query and template match state indices
+  float sMM_i_j=0,sMI_i_j,sIM_i_j,sGD_i_j,sDG_i_j;
+  float sMM_i_1_j_1,sMI_i_1_j_1,sIM_i_1_j_1,sGD_i_1_j_1,sDG_i_1_j_1;
+  int jmin,jmax;
+
+  // Reset crossed out cells?
+  if(irep==1) InitializeForAlignment(q,t);
+
+  // Initialization of top row, i.e. cells (0,j)
+  for (j=0; j<=t.L; j++) 
+    {
+      sMM[j] = (self? 0 : -j*par.egt);
+      sIM[j] = sMI[j] = sDG[j] = sGD[j] = -FLT_MAX; 
+    }
+  score=-INT_MAX; i2=j2=0; bMM[0][0]=STOP;
+
+  // Viterbi algorithm
+  for (i=1; i<=q.L; i++) // Loop through query positions i
+    {
+//       if (v>=5) printf("\n");
+
+      
+      if (self) 
+       {
+         // If q is compared to itself, ignore cells below diagonal+SELFEXCL
+         jmin = i+SELFEXCL; 
+         jmax = t.L;
+         if (jmin>jmax) continue;
+       }
+      else
+       {
+         // If q is compared to t, exclude regions where overlap of q with t < min_overlap residues
+         jmin=imax( 1, i+min_overlap-q.L);  // Lq-i+j>=Ovlap => j>=i+Ovlap-Lq => jmin=max{1, i+Ovlap-Lq} 
+         jmax=imin(t.L,i-min_overlap+t.L);  // Lt-j+i>=Ovlap => j<=i-Ovlap+Lt => jmax=min{Lt,i-Ovlap+Lt} 
+       }      
+
+      // Initialize cells
+      if (jmin==1) 
+       {
+         sMM_i_1_j_1 = -(i-1)*par.egq;  // initialize at (i-1,0)
+         sMM[0] = -i*par.egq;           // initialize at (i,0)
+         sIM_i_1_j_1 = sMI_i_1_j_1 = sDG_i_1_j_1 = sGD_i_1_j_1 = -FLT_MAX; // initialize at (i-1,jmin-1)
+       } 
+      else 
+       {
+         // Initialize at (i-1,jmin-1) if lower left triagonal is excluded due to min overlap
+         sMM_i_1_j_1 = sMM[jmin-1];     // initialize at (i-1,jmin-1)
+         sIM_i_1_j_1 = sIM[jmin-1];     // initialize at (i-1,jmin-1)
+         sMI_i_1_j_1 = sMI[jmin-1];     // initialize at (i-1,jmin-1)
+         sDG_i_1_j_1 = sDG[jmin-1];     // initialize at (i-1,jmin-1)
+         sGD_i_1_j_1 = sGD[jmin-1];     // initialize at (i-1,jmin-1)
+         sMM[jmin-1] = -FLT_MAX;        // initialize at (i,jmin-1)
+       }
+      if (jmax<t.L) // initialize at (i-1,jmmax) if upper right triagonal is excluded due to min overlap
+       sMM[jmax] = sIM[jmax] = sMI[jmax] = sDG[jmax] = sGD[jmax] = -FLT_MAX; 
+      sIM[jmin-1] = sMI[jmin-1] = sDG[jmin-1] = sGD[jmin-1] = -FLT_MAX; // initialize at (i,jmin-1)
+      
+      for (j=jmin; j<=jmax; j++) // Loop through template positions j
+       {
+
+         if (cell_off[i][j])
+           {
+             sMM_i_1_j_1 = sMM[j]; // sMM_i_1_j_1 (for j->j+1) = sMM(i-1,(j+1)-1) = sMM[j] 
+             sGD_i_1_j_1 = sGD[j];
+             sIM_i_1_j_1 = sIM[j];
+             sDG_i_1_j_1 = sDG[j];
+             sMI_i_1_j_1 = sMI[j];
+             sMM[j]=sMI[j]=sIM[j]=sDG[j]=sGD[j]=-FLT_MAX; // sMM[j] = sMM(i,j) is cell_off
+           }
+         else 
+           {
+             // Recursion relations
+//           printf("S[%i][%i]=%4.1f  ",i,j,Score(q.p[i],t.p[j])); // DEBUG!!
+
+             CALCULATE_MAX6( sMM_i_j,
+                             smin,
+                             sMM_i_1_j_1 + q.tr[i-1][M2M] + t.tr[j-1][M2M], 
+                             sGD_i_1_j_1 + q.tr[i-1][M2M] + t.tr[j-1][D2M],
+                             sIM_i_1_j_1 + q.tr[i-1][I2M] + t.tr[j-1][M2M],
+                             sDG_i_1_j_1 + q.tr[i-1][D2M] + t.tr[j-1][M2M],
+                             sMI_i_1_j_1 + q.tr[i-1][M2M] + t.tr[j-1][I2M],
+                             bMM[i][j]
+                             );
+             sMM_i_j += Score(q.p[i],t.p[j]) + ScoreSS(q,t,i,j) + par.shift 
+               + (Sstruc==NULL? 0: Sstruc[i][j]); 
+             
+
+             sGD_i_j = max2
+                     (
+                      sMM[j-1] + t.tr[j-1][M2D], // MM->GD gap opening in query 
+                      sGD[j-1] + t.tr[j-1][D2D], // GD->GD gap extension in query 
+                      bGD[i][j]
+                      );
+             sIM_i_j = max2
+                     (
+//                    sMM[j-1] + q.tr[i][M2I] + t.tr[j-1][M2M] ,
+                      sMM[j-1] + q.tr[i][M2I] + t.tr[j-1][M2M_GAPOPEN], // MM->IM gap opening in query 
+                      sIM[j-1] + q.tr[i][I2I] + t.tr[j-1][M2M], // IM->IM gap extension in query 
+                      bIM[i][j]
+                      );
+             sDG_i_j = max2
+                     (
+//                    sMM[j] + q.tr[i-1][M2D],
+//                    sDG[j] + q.tr[i-1][D2D], //gap extension (DD) in query
+                      sMM[j] + q.tr[i-1][M2D] + t.tr[j][GAPOPEN], // MM->DG gap opening in template 
+                      sDG[j] + q.tr[i-1][D2D] + t.tr[j][GAPEXTD], // DG->DG gap extension in template 
+                      bDG[i][j]
+                      );
+             sMI_i_j = max2
+                     (
+                      sMM[j] + q.tr[i-1][M2M] + t.tr[j][M2I], // MM->MI gap opening M2I in template 
+                      sMI[j] + q.tr[i-1][M2M] + t.tr[j][I2I], // MI->MI gap extension I2I in template 
+                      bMI[i][j]
+                      );
+
+             sMM_i_1_j_1 = sMM[j];
+             sGD_i_1_j_1 = sGD[j];
+             sIM_i_1_j_1 = sIM[j];
+             sDG_i_1_j_1 = sDG[j];
+             sMI_i_1_j_1 = sMI[j];
+             sMM[j] = sMM_i_j;
+             sGD[j] = sGD_i_j;
+             sIM[j] = sIM_i_j;
+             sDG[j] = sDG_i_j;
+             sMI[j] = sMI_i_j;
+
+          //if (isnan(sMM_i_j)||isinf(sMM_i_j)){
+          //  printf("."); /* <DEBUG> FS*/
+          //}
+             // Find maximum score; global alignment: maxize only over last row and last column
+             if(sMM_i_j>score && (par.loc || i==q.L)) { i2=i; j2=j; score=sMM_i_j; }
+
+           } // end if 
+      //printf("i= %d\tj= %d\ti2= %d\tj2= %d\tsMM= %f\tscore= %f\n", i, j, i2, j2, sMM_i_j, score);
+       } //end for j
+      
+      // if global alignment: look for best cell in last column
+      if (!par.loc && sMM_i_j>score) { i2=i; j2=jmax; score=sMM_i_j; }
+      
+    } // end for i
+
+  state=MM; // state with maximum score is MM state
+
+  // If local alignment do length correction: -log(length)
+  if (par.loc)
+    {
+      if (self)
+       score=score-log(0.5*t.L*q.L/200.0/200.0)/LAMDA - 11.2; // offset of -11.2 to get approx same mean as for -global
+      else 
+       if (par.idummy==0 && q.lamda>0) //////////////////////////////////////////////
+         score=score-log(t.L*q.L/200.0/200.0)/q.lamda - 11.2; // offset of -11.2 to get approx same mean as for -global
+      else if (par.idummy<=1) //////////////////////////////////////////////
+         score=score-log(t.L*q.L/200.0/200.0)/LAMDA - 11.2; // offset of -11.2 to get approx same mean as for -global
+    }  
+//   printf("Template=%-12.12s  i=%-4i j=%-4i score=%6.3f\n",t.name,i2,j2,score);
+
+  delete[] sMM; sMM = NULL;
+  delete[] sGD; sGD = NULL;
+  delete[] sDG; sDG = NULL;
+  delete[] sIM; sIM = NULL;
+  delete[] sMI; sMI = NULL;
+
+  return;
+
+} /* this is the end of Hit::Viterbi() */
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Compare two HMMs with Forward Algorithm in lin-space (~ 2x faster than in log-space)
+ */
+int  
+Hit::Forward(HMM& q, HMM& t, float** Pstruc)
+{
+
+    // Variable declarations
+    int i,j;      // query and template match state indices
+    double pmin=(par.loc? 1.0: 0.0);    // used to distinguish between SW and NW algorithms in maximization         
+    double Cshift = pow(2.0,par.shift);   // score offset transformed into factor in lin-space
+    double Pmax_i;                        // maximum of F_MM in row i
+    double scale_prod=1.0;                // Prod_i=1^i (scale[i])
+    int jmin;  
+    
+    // First alignment of this pair of HMMs?
+    if(irep==1) 
+        {
+            q.tr[0][M2D] = q.tr[0][M2I] = 0.0;
+            q.tr[0][I2M] = q.tr[0][I2I] = 0.0;
+            q.tr[0][D2M] = q.tr[0][D2D] = 0.0;
+            t.tr[0][M2M] = 1.0;
+            t.tr[0][M2D] = t.tr[0][M2I] = 0.0;
+            t.tr[0][I2M] = t.tr[0][I2I] = 0.0;
+            t.tr[0][D2M] = t.tr[0][D2D] = 0.0;
+            q.tr[q.L][M2M] = 1.0;
+            q.tr[q.L][M2D] = q.tr[q.L][M2I] = 0.0;
+            q.tr[q.L][I2M] = q.tr[q.L][I2I] = 0.0;
+            q.tr[q.L][D2M] = 1.0;
+            q.tr[q.L][D2D] = 0.0;
+            t.tr[t.L][M2M] = 1.0;
+            t.tr[t.L][M2D] = t.tr[t.L][M2I] = 0.0;
+            t.tr[t.L][I2M] = t.tr[t.L][I2I] = 0.0;
+            t.tr[t.L][D2M] = 1.0;
+            t.tr[t.L][D2D] = 0.0;
+            InitializeForAlignment(q,t);
+        }      
+    
+    
+    // Initialization of top row, i.e. cells (0,j)
+    F_MM[1][0] = F_IM[1][0] = F_GD[1][0] =  F_MM[0][1] = F_MI[0][1] = F_DG[0][1] = 0.0;
+    for (j=1; j<=t.L; j++) 
+        {
+            if (cell_off[1][j]) 
+                F_MM[1][j] = F_MI[1][j] = F_DG[1][j] = F_IM[1][j] = F_GD[1][j] = 0.0;
+            else 
+                {
+                    F_MM[1][j] = ProbFwd(q.p[1],t.p[j]) * fpow2(ScoreSS(q,t,1,j)) * Cshift * (Pstruc==NULL? 1: Pstruc[1][j]) ;
+                    F_MI[1][j] = F_DG[1][j] = 0.0;
+                    F_IM[1][j] = F_MM[1][j-1] * q.tr[1][M2I] * t.tr[j-1][M2M] + F_IM[1][j-1] * q.tr[1][I2I] * t.tr[j-1][M2M];
+                    F_GD[1][j] = F_MM[1][j-1] * t.tr[j-1][M2D]                + F_GD[1][j-1] * t.tr[j-1][D2D];
+                }
+        }
+    scale[0]=scale[1]=scale[2]=1.0;
+    
+    // Forward algorithm
+    for (i=2; i<=q.L; i++) // Loop through query positions i
+        {
+            //       if (v>=5) printf("\n");
+            
+            if (self) jmin = imin(i+SELFEXCL+1,t.L); else jmin=1;
+            
+            if (scale_prod<DBL_MIN*100) scale_prod = 0.0; else scale_prod *= scale[i];
+            
+            // Initialize cells at (i,0)
+            if (cell_off[i][jmin]) 
+                F_MM[i][jmin] = F_MI[i][jmin] = F_DG[i][jmin] = F_IM[i][jmin] = F_GD[i][jmin] = 0.0;
+            else 
+                {
+                    F_MM[i][jmin] = scale_prod * ProbFwd(q.p[i],t.p[jmin]) * fpow2(ScoreSS(q,t,i,jmin)) * Cshift * (Pstruc==NULL? 1: Pstruc[i][jmin]);
+                    F_IM[i][jmin] = F_GD[i][jmin] = 0.0; 
+                    F_MI[i][jmin] = scale[i] * (F_MM[i-1][jmin] * q.tr[i-1][M2M] * t.tr[jmin][M2I] + F_MI[i-1][jmin] * q.tr[i-1][M2M] * t.tr[jmin][I2I]);
+                    F_DG[i][jmin] = scale[i] * (F_MM[i-1][jmin] * q.tr[i-1][M2D]                   + F_DG[i-1][jmin] * q.tr[i-1][D2D]);
+                }
+            Pmax_i=0;
+            
+            for (j=jmin+1; j<=t.L; j++) // Loop through template positions j
+                {
+                    // Recursion relations
+                    //       printf("S[%i][%i]=%4.1f  ",i,j,Score(q.p[i],t.p[j]));
+                    
+                    if (cell_off[i][j]) 
+                        F_MM[i][j] = F_MI[i][j] = F_DG[i][j] = F_IM[i][j] = F_GD[i][j] = 0.0;
+                    else
+                        {
+                            F_MM[i][j] = ProbFwd(q.p[i],t.p[j]) * fpow2(ScoreSS(q,t,i,j)) * Cshift * (Pstruc==NULL? 1: Pstruc[i][j]) * scale[i] *
+                                ( pmin
+                                  + F_MM[i-1][j-1] * q.tr[i-1][M2M] * t.tr[j-1][M2M] // BB -> MM (BB = Begin/Begin, for local alignment)
+                                  + F_GD[i-1][j-1] * q.tr[i-1][M2M] * t.tr[j-1][D2M] // GD -> MM
+                                  + F_IM[i-1][j-1] * q.tr[i-1][I2M] * t.tr[j-1][M2M] // IM -> MM
+                                  + F_DG[i-1][j-1] * q.tr[i-1][D2M] * t.tr[j-1][M2M] // DG -> MM
+                                  + F_MI[i-1][j-1] * q.tr[i-1][M2M] * t.tr[j-1][I2M] // MI -> MM
+                                  );
+                            F_GD[i][j] = 
+                                ( F_MM[i][j-1] * t.tr[j-1][M2D]                    // GD -> MM
+                                  + F_GD[i][j-1] * t.tr[j-1][D2D]                    // GD -> GD
+                                  + (Pstruc==NULL? 0 : F_DG[i][j-1] * t.tr[j-1][M2D] * q.tr[i][D2M] ) // DG -> GD (only when structure scores given)
+                                  );
+                            F_IM[i][j] = 
+                                ( F_MM[i][j-1] * q.tr[i][M2I] * t.tr[j-1][M2M]     // MM -> IM
+                                  + F_IM[i][j-1] * q.tr[i][I2I] * t.tr[j-1][M2M]     // IM -> IM
+                                  + (Pstruc==NULL? 0 : F_MI[i][j-1] * q.tr[i][M2I] * t.tr[j-1][I2M] ) // MI -> IM (only when structure scores given)
+                                  );
+                            F_DG[i][j] = scale[i] * 
+                                ( F_MM[i-1][j] * q.tr[i-1][M2D]                    // DG -> MM
+                                  + F_DG[i-1][j] * q.tr[i-1][D2D]                    // DG -> DG
+                                  ) ;
+                            F_MI[i][j] = scale[i] * 
+                                ( F_MM[i-1][j] * q.tr[i-1][M2M] * t.tr[j][M2I]     // MI -> MM 
+                                  + F_MI[i-1][j] * q.tr[i-1][M2M] * t.tr[j][I2I]     // MI -> MI
+                                  );
+                            
+                            if(F_MM[i][j]>Pmax_i) Pmax_i=F_MM[i][j];
+                            
+                        } // end else            
+                    
+                } //end for j
+            
+            pmin *= scale[i];
+            scale[i+1] = 1.0/(Pmax_i+1.0);
+            //      scale[i+1] = 1.0;
+            
+        } // end for i
+    
+    // Calculate P_forward * Product_{i=1}^{Lq+1}(scale[i])
+    if (par.loc) 
+        {
+            Pforward = 1.0; // alignment contains no residues (see Mueckstein, Stadler et al.)
+            for (i=1; i<=q.L; i++) // Loop through query positions i
+                {
+                    for (j=1; j<=t.L; j++) // Loop through template positions j
+                        Pforward += F_MM[i][j];
+                    Pforward *= scale[i+1];
+                }
+        }
+    else  // global alignment
+        {
+            Pforward = 0.0;
+            for (i=1; i<q.L; i++) {
+                Pforward = (Pforward + F_MM[i][t.L]) * scale[i+1];
+            }
+            for (j=1; j<=t.L; j++) {
+                Pforward += F_MM[q.L][j];
+            }
+            Pforward *= scale[q.L+1];
+        }
+    
+    // Calculate log2(P_forward)
+    score = log2(Pforward)-10.0f;
+    for (i=1; i<=q.L+1; i++) score -= log2(scale[i]);
+    //   state = MM;
+    
+    if (par.loc) 
+        {
+            if (self)
+                score=score-log(0.5*t.L*q.L)/LAMDA+14.; // +14.0 to get approx same mean as for -global
+            else 
+                score=score-log(t.L*q.L)/LAMDA+14.; // +14.0 to get approx same mean as for -global
+        }
+    
+    // Debugging output
+    if (v>=6) 
+        {
+            const int i0=0, i1=q.L;
+            const int j0=0, j1=t.L;
+            scale_prod=1;
+            printf("\nFwd      scale     ");
+            for (j=j0; j<=j1; j++) printf("%3i     ",j);
+            printf("\n");
+            for (i=i0; i<=i1; i++) 
+                {
+                    scale_prod *= scale[i];
+                    printf("%3i: %9.3G ",i,1/scale_prod);
+                    for (j=j0; j<=j1; j++) 
+                        printf("%7.4f ",(F_MM[i][j]+F_MI[i][j]+F_IM[i][j]+F_DG[i][j]+F_GD[i][j]));
+                    printf("\n");
+                    //           printf(" MM  %9.5f ",1/scale[i]);
+                    //           for (j=j0; j<=j1; j++) 
+                    //             printf("%7.4f ",F_MM[i][j]);
+                    //           printf("\n");
+                }
+        }
+    //   printf("Template=%-12.12s  score=%6.3f i2=%i  j2=%i \n",t.name,score,i2,j2);
+
+    /* check for NaN and or infinities, FS, r241 -> r243 */
+    if (isnan(score) || isinf(score) || isnan(Pforward) || isinf(Pforward) ){
+        fprintf(stderr, "%s:%s:%d: Forward score is %g, Pforward is %g\n",
+                __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, score, Pforward);
+        return FAILURE;
+    }
+    i = q.L-1; j = t.L-1; /* FS, r241 -> r243 */
+    if (isinf(F_MM[i][j]+F_MI[i][j]+F_IM[i][j]+F_DG[i][j]+F_GD[i][j])){
+        fprintf(stderr, "%s:%s:%d: F_MM[i][j]=%g, F_IM[i][j]=%g, F_MI[i][j]=%g, F_DG[i][j]=%g, F_GD[i][j]=%g (i=%d,j=%d)\n", 
+                __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, F_MM[i][j], F_MI[i][j], F_IM[i][j], F_DG[i][j], F_GD[i][j], i, j);
+        return FAILURE;
+    }
+    return OK;
+
+} /* this is the end of Hit::Forward() */
+
+
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Compare two HMMs with Backward Algorithm (in lin-space, 2x faster), for use in MAC alignment 
+ */
+int 
+Hit::Backward(HMM& q, HMM& t)
+{
+    
+    // Variable declarations
+    int i,j;      // query and template match state indices
+    double pmin=(par.loc? 1.0: 0.0);    // used to distinguish between SW and NW algorithms in maximization         
+    double Cshift = pow(2.0,par.shift);   // score offset transformed into factor in lin-space
+    double scale_prod=scale[q.L+1];
+    int jmin;
+    //double dMaxB = -1.0;
+    
+    // Initialization of top row, i.e. cells (0,j)
+    for (j=t.L; j>=1; j--) 
+        {
+            if (cell_off[q.L][j]) 
+                B_MM[q.L][j] = 0.0;
+            else 
+                B_MM[q.L][j] = scale[q.L+1];
+            //dMaxB = dMaxB>B_MM[q.L][j]?dMaxB:B_MM[q.L][j];
+            B_IM[q.L][j] = B_MI[q.L][j] = B_DG[q.L][j] = B_GD[q.L][j] = 0.0;
+        }
+    if (par.loc) pmin = scale[q.L+1]; // transform pmin (for local alignment) to scale of present (i'th) row 
+    
+    // Backward algorithm
+    for (i=q.L-1; i>=1; i--) // Loop through query positions i
+        {
+            //       if (v>=5) printf("\n");
+            
+            if (self) jmin = imin(i+SELFEXCL,t.L); else jmin=1; // jmin = i+SELFEXCL and not (i+SELFEXCL+1) to set matrix element at boundary to zero
+            
+            // Initialize cells at (i,t.L+1)
+            scale_prod *= scale[i+1];
+            if (cell_off[i][t.L]) 
+                B_MM[i][t.L] = 0.0;  
+            else 
+                B_MM[i][t.L] = scale_prod; 
+            //if (isnan(B_MM[i][t.L])||isinf(B_MM[i][t.L])){
+            //  printf("."); /* <DEBUG> FS*/
+            //}
+            //dMaxB = dMaxB>B_MM[i][t.L]?dMaxB:B_MM[i][t.L];
+            B_IM[i][t.L] = B_MI[i][t.L] = B_DG[i][t.L] = B_GD[i][t.L] = 0.0; 
+            pmin *= scale[i+1]; // transform pmin (for local alignment) to scale of present (i'th) row 
+            
+            for (j=t.L-1; j>=jmin; j--) // Loop through template positions j
+                {
+                    // Recursion relations
+                    //       printf("S[%i][%i]=%4.1f  ",i,j,Score(q.p[i],t.p[j]));
+                    if (cell_off[i][j]) 
+                        B_MM[i][j] = B_GD[i][j] = B_IM[i][j] = B_DG[i][j] = B_MI[i][j] = 0.0;  
+                    else 
+                        {
+                            double pmatch = B_MM[i+1][j+1] * ProbFwd(q.p[i+1],t.p[j+1]) * fpow2(ScoreSS(q,t,i+1,j+1)) * Cshift * scale[i+1];
+                            //if (isnan(pmatch)||isinf(pmatch)){
+                            //  printf("."); /* <DEBUG> FS*/
+                            //}
+                            B_MM[i][j] =  
+                                (
+                                 + pmin                                                    // MM -> EE (End/End, for local alignment)
+                                 + pmatch       * q.tr[i][M2M] * t.tr[j][M2M]              // MM -> MM
+                                 + B_GD[i][j+1]                * t.tr[j][M2D]              // MM -> GD (q.tr[i][M2M] is already contained in GD->MM)
+                                 + B_IM[i][j+1] * q.tr[i][M2I] * t.tr[j][M2M]              // MM -> IM
+                                 + B_DG[i+1][j] * q.tr[i][M2D]                * scale[i+1] // MM -> DG (t.tr[j][M2M] is already contained in DG->MM)
+                                 + B_MI[i+1][j] * q.tr[i][M2M] * t.tr[j][M2I] * scale[i+1] // MM -> MI
+                                 );
+                            //if (isnan(B_MM[i][j])||isinf(B_MM[i][j])){
+                            //  printf("."); /* <DEBUG> FS*/
+                            //}
+                            //dMaxB = dMaxB>B_MM[i][j]?dMaxB:B_MM[i][j];
+
+                            B_GD[i][j] = 
+                                (
+                                 + pmatch       * q.tr[i][M2M] * t.tr[j][D2M]              // GD -> MM 
+                                 + B_GD[i][j+1]                * t.tr[j][D2D]              // DG -> DG   
+                                 );
+                            B_IM[i][j] = 
+                                (
+                                 + pmatch       * q.tr[i][I2M] * t.tr[j][M2M]              // IM -> MM
+                                 + B_IM[i][j+1] * q.tr[i][I2I] * t.tr[j][M2M]              // IM -> IM
+                                 );
+                            B_DG[i][j] =  
+                                (
+                                 + pmatch       * q.tr[i][D2M] * t.tr[j][M2M]              // DG -> MM
+                                 + B_DG[i+1][j] * q.tr[i][D2D]                * scale[i+1] // DG -> DG
+                                 //             + B_GD[i][j+1] * q.tr[i][D2M] * t.tr[j][M2D]              // DG -> GD
+                                 );
+                            B_MI[i][j] = 
+                                (
+                                 + pmatch       * q.tr[i][M2M] * t.tr[j][I2M]              // MI -> MM       
+                                 + B_MI[i+1][j] * q.tr[i][M2M] * t.tr[j][I2I] * scale[i+1] // MI -> MI
+                                 //             + B_IM[i][j+1] * q.tr[i][M2I] * t.tr[j][I2M]              // MI -> IM    
+                                 );
+                            
+                        } // end else        
+                    
+                } //end for j
+            
+        } // end for i
+    
+    // Debugging output
+    if (v>=6)
+        {
+            const int i0=0, i1=q.L;
+            const int j0=0, j1=t.L;
+            double scale_prod[q.L+2];
+            scale_prod[q.L] = scale[q.L+1];
+            for (i=q.L-1; i>=1; i--) scale_prod[i] = scale_prod[i+1] * scale[i+1];
+            
+            printf("\nBwd      scale     ");
+            for (j=j0; j<=j1; j++) printf("%3i     ",j);
+            printf("\n");
+            for (i=i0; i<=i1; i++) 
+                {
+                    printf("%3i: %9.3G ",i,1/scale_prod[i]);
+                    for (j=j0; j<=j1; j++)
+                        printf("%7.4f ",(B_MM[i][j]+B_MI[i][j]+B_IM[i][j]+B_DG[i][j]+B_GD[i][j]) * (ProbFwd(q.p[i],t.p[j])*fpow2(ScoreSS(q,t,i,j)) * Cshift));
+                    printf("\n");
+                    
+                    //           printf("MM   %9.5f ",1/scale[i]);
+                    //           for (j=j0; j<=j1; j++)
+                    //             printf("%7.4f ",B_MM[i][j] * (ProbFwd(q.p[i],t.p[j])*fpow2(ScoreSS(q,t,i,j)) * Cshift));
+                    //           printf("\n");
+                }
+            printf("\nPost     scale     ");
+            for (j=j0; j<=j1; j++) printf("%3i     ",j);
+            printf("\n");
+            for (i=i0; i<=i1; i++) 
+                {
+                    printf("%3i: %9.3G ",i,1/scale_prod[i]);
+                    for (j=j0; j<=j1; j++) 
+                        printf("%7.4f ",B_MM[i][j]*F_MM[i][j]/Pforward);
+                    printf("\n");
+                }
+            printf("\n");
+        }
+    
+    if (v>=4) printf("\nForward total probability ratio: %8.3G\n",Pforward);
+    
+    // Calculate Posterior matrix and overwrite Backward matrix with it
+    for (i=1; i<=q.L; i++) {
+        for (j=1; j<=t.L; j++) { 
+            B_MM[i][j] *= F_MM[i][j]/Pforward;
+            //if (isnan(B_MM[i][j]) || isinf(B_MM[i][j])){
+            //  printf("."); /* <DEBUG> FS*/
+            //}
+            //dMaxB = dMaxB>B_MM[i][j]?dMaxB:B_MM[i][j];
+        }
+    }
+
+    //printf("Max-B_MM = %f\n", dMaxB);
+
+    /* check for NaN and or infinities, FS, r241 -> r243 */
+    if (isnan(score) || isinf(score)){
+        fprintf(stderr, "%s:%s:%d: Backward score is %g\n",
+                __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, score);
+        return FAILURE;
+    }
+    i = j = 1;
+    if (isinf(B_MM[i][j]+B_MI[i][j]+B_IM[i][j]+B_DG[i][j]+B_GD[i][j])){
+        fprintf(stderr, "%s:%s:%d: B_MM[1][1]=%g, B_IM[1][1]=%g, B_MI[1][1]=%g, B_DG[1][1]=%g, B_GD[1][1]=%g\n", 
+                __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, B_MM[i][j], B_MI[i][j], B_IM[i][j], B_DG[i][j], B_GD[i][j]);
+        for (i = 1; (i < q.L) && isinf(B_MM[i][1]); i++);
+        i--;
+        for (j = 1; (j < t.L) && isinf(B_MM[i][j]); j++);
+        j--;
+        fprintf(stderr, "%s:%s:%d: B_MM[%d][%d]=%g, B_MM[%d][%d]=%g, B_MM[%d][%d]=%g\n",
+                __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, 
+                i, j, B_MM[i][j], i+1, 1, B_MM[i+1][1], i, j+1, B_MM[i][j+1]);
+        return FAILURE;
+    }
+    return OK;
+    
+} /* this is the end of Hit::Backward() */
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Maximum Accuracy alignment 
+ */
+void 
+Hit::MACAlignment(HMM& q, HMM& t)
+{
+  // Use Forward and Backward matrices to find that alignment which 
+  // maximizes the expected number of correctly aligned pairs of residues (mact=0)
+  // or, more generally, which maximizes the expectation value of the number of 
+  // correctly aligned pairs minus (mact x number of aligned pairs)
+  // "Correctly aligned" can be based on posterior probabilities calculated with
+  // a local or a global version of the Forward-Backward algorithm.
+
+  int i,j;           // query and template match state indices
+  int jmin,jmax;     // range of dynamic programming for j
+  double** S=F_MI;    // define alias for new score matrix
+  double score_MAC;   // score of the best MAC alignment
+
+  // Initialization of top row, i.e. cells (0,j)
+  for (j=0; j<=t.L; j++) S[0][j] = 0.0;
+  score_MAC=-INT_MAX; i2=j2=0; bMM[0][0]=STOP;
+
+  // Dynamic programming 
+  for (i=1; i<=q.L; i++) // Loop through query positions i
+    {
+      
+      if (self) 
+       {
+         // If q is compared to itself, ignore cells below diagonal+SELFEXCL
+         jmin = i+SELFEXCL; 
+         jmax = t.L;
+         if (jmin>jmax) continue;
+       }
+      else
+       {
+         // If q is compared to t, exclude regions where overlap of q with t < min_overlap residues
+         jmin=imax( 1, i+min_overlap-q.L);  // Lq-i+j>=Ovlap => j>=i+Ovlap-Lq => jmin=max{1, i+Ovlap-Lq} 
+         jmax=imin(t.L,i-min_overlap+t.L);  // Lt-j+i>=Ovlap => j<=i-Ovlap+Lt => jmax=min{Lt,i-Ovlap+Lt} 
+       }      
+
+      // Initialize cells
+      S[i][jmin-1] = 0.0;
+      if (jmax<t.L) S[i-1][jmax] = 0.0; // initialize at (i-1,jmax) if upper right triagonal is excluded due to min overlap
+      
+      for (j=jmin; j<=jmax; j++) // Loop through template positions j
+       {
+
+         if (cell_off[i][j]) 
+           S[i][j] = -FLT_MIN;
+         else 
+           {
+             // Recursion
+            
+             // NOT the state before the first MM state)
+             CALCULATE_MAX4(
+                S[i][j],
+                B_MM[i][j] - par.mact,  // STOP signifies the first MM state, NOT the state before the first MM state (as in Viterbi)
+                S[i-1][j-1] + B_MM[i][j] - par.mact, // B_MM[i][j] contains posterior probability
+                S[i-1][j] - 0.5*par.mact,  // gap penalty prevents alignments such as this: XX--xxXX
+                S[i][j-1] - 0.5*par.mact,  //                                               YYyy--YY  
+                bMM[i][j]   // backtracing matrix
+                );
+
+//           if (i==6 && j==8) 
+//             printf("i=%i  j=%i  S[i][j]=%8.3f  MM:%7.3f  MI:%7.3f  IM:%7.3f  b:%i\n",i,j,S[i][j],S[i-1][j-1]+B_MM[i][j]-par.mact,S[i-1][j],S[i][j-1],bMM[i][j]);
+             
+             // Find maximum score; global alignment: maximize only over last row and last column
+             if(S[i][j]>score_MAC && (par.loc || i==q.L)) { i2=i; j2=j; score_MAC=S[i][j]; }         
+             
+           } // end if 
+         
+       } //end for j
+      
+         // if global alignment: look for best cell in last column
+      if (!par.loc && S[i][jmax]>score_MAC) { i2=i; j2=jmax; score_MAC=S[i][jmax]; }
+      
+    } // end for i
+  
+  // DEBUG
+  if (v>=5) 
+    {
+      printf("\nScore  ");
+      for (j=0; j<=t.L; j++) printf("%3i   ",j);
+      printf("\n");
+      for (i=0; i<=q.L; i++) 
+       {
+         printf("%2i:    ",i);
+         for (j=0; j<=t.L; j++) 
+           printf("%5.2f ",S[i][j]);
+         printf("\n");
+       }
+      printf("\n");
+      printf("Template=%-12.12s  i=%-4i j=%-4i score=%6.3f\n",t.name,i2,j2,score);
+    }  
+
+  return;
+
+} /* this is the end of Hit::MACAlignment() */
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Trace back alignment of two profiles based on matrices bXX[][]
+ */
+void 
+Hit::Backtrace(HMM& q, HMM& t)
+{
+  // Trace back trough the matrices bXY[i][j] until first match state is found (STOP-state)
+
+  int step;      // counts steps in path through 5-layered dynamic programming matrix
+  int i,j;       // query and template match state indices
+
+  InitializeBacktrace(q,t);
+  
+  // Make sure that backtracing stops when t:M1 or q:M1 is reached (Start state), e.g. sMM[i][1], or sIM[i][1] (M:MM, B:IM)
+  for (i=0; i<=q.L; i++) bMM[i][1]=bGD[i][1]=bIM[i][1] = STOP;
+  for (j=1; j<=t.L; j++) bMM[1][j]=bDG[1][j]=bMI[1][j] = STOP;
+  
+
+  // Back-tracing loop
+  matched_cols=0; // for each MACTH (or STOP) state matched_col is incremented by 1
+  step=0;         // steps through the matrix correspond to alignment columns (from 1 to nsteps)
+  //  state=MM;       // state with maximum score must be MM state  // already set at the end of Viterbi()
+  i=i2; j=j2;     // last aligned pair is (i2,j2)
+  while (state)   // while (state!=STOP)  because STOP=0
+    {
+      step++;
+      states[step] = state;
+      this->i[step] = i;
+      this->j[step] = j;
+      // Exclude cells in direct neighbourhood from all further alignments
+      for (int ii=imax(i-2,1); ii<=imin(i+2,q.L); ii++)
+       cell_off[ii][j]=1;     
+      for (int jj=imax(j-2,1); jj<=imin(j+2,t.L); jj++)
+       cell_off[i][jj]=1;     
+      
+      switch (state)
+       {
+       case MM: // current state is MM, previous state is bMM[i][j]
+         matched_cols++; 
+         state = bMM[i--][j--];
+         break;              
+       case GD: // current state is GD
+         switch (bGD[i][j--])
+           {
+           case STOP: state = STOP; break; // current state does not have predecessor
+           case MM:   state = MM;   break; // previous state is Match state
+           }                               // default: previous state is same state (GD)
+         break;              
+       case IM: 
+         switch (bIM[i][j--]) 
+           {
+           case STOP: state = STOP; break; // current state does not have predecessor
+           case MM:   state = MM;   break; // previous state is Match state
+           }                               // default: previous state is same state (IM)
+         break;              
+       case DG:
+         switch (bDG[i--][j])
+           {
+           case STOP: state = STOP; break; // current state does not have predecessor
+           case MM:   state = MM;   break; // previous state is Match state
+           }                               // default: previous state is same state (DG)
+         break;              
+       case MI:
+         switch (bMI[i--][j])
+           {
+           case STOP: state = STOP; break; // current state does not have predecessor
+           case MM:   state = MM;   break; // previous state is Match state
+               }                               // default: previous state is same state (MI)
+         break;
+       default:
+         fprintf(stderr,"Error: unallowed state value %i occurred during backtracing at step %i, (i,j)=(%i,%i)\n",state,step,i,j);
+         state=0;
+         v=4;
+         break;
+       } //end switch (state)
+    } //end while (state)
+  i1 = this->i[step];
+  j1 = this->j[step];
+  states[step] = MM;  // first state (STOP state) is set to MM state
+  nsteps=step; 
+  
+  // Allocate new space for alignment scores
+  if (t.Xcons) Xcons = new( char[q.L+2]); // for template consensus sequence aligned to query
+  S    = new( float[nsteps+1]);
+  S_ss = new( float[nsteps+1]);
+  if (!S_ss) MemoryError("space for HMM-HMM alignments");
+
+  // Add contribution from secondary structure score, record score along alignment,
+  // and record template consensus sequence in master-slave-alignment to query sequence
+  score_ss=0.0f;
+  int ssm=ssm1+ssm2;
+  for (step=1; step<=nsteps; step++)
+    {
+      switch(states[step])
+       {
+       case MM: 
+         i = this->i[step];
+         j = this->j[step];
+         S[step] = Score(q.p[i],t.p[j]);
+         S_ss[step] = ScoreSS(q,t,i,j,ssm);
+         score_ss += S_ss[step];
+         if (Xcons) Xcons[i]=t.Xcons[j]; //record database consensus sequence
+         break;
+       case MI: //if gap in template  
+       case DG:   
+         if (Xcons) Xcons[this->i[step]]=GAP; //(no break hereafter)
+       default: //if gap in T or Q
+         S[step]=S_ss[step]=0.0f;
+         break;
+       }
+    }
+  if (ssm2>=1) score-=score_ss;    // subtract SS score added during alignment!!!!
+  if (Xcons) 
+    {
+      for (i=0; i<i1; i++) Xcons[i]=ENDGAP; // set end gap code at beginning and end of template consensus sequence
+      for (i=i2+1; i<=q.L+1; i++) Xcons[i]=ENDGAP;
+    }
+  
+  // Add contribution from correlation of neighboring columns to score
+  float Scorr=0;
+  if (nsteps)
+    {
+      for (step=2; step<=nsteps; step++) Scorr+=S[step]*S[step-1];
+      for (step=3; step<=nsteps; step++) Scorr+=S[step]*S[step-2];
+      for (step=4; step<=nsteps; step++) Scorr+=S[step]*S[step-3];
+      for (step=5; step<=nsteps; step++) Scorr+=S[step]*S[step-4];
+      score+=par.corr*Scorr;
+    }
+  
+  // Set score, P-value etc.
+  score_sort = score_aass = -score;
+  logPval=0; Pval=1;
+  if (t.mu)
+    {
+      logPvalt=logPvalue(score,t.lamda,t.mu); 
+      Pvalt=Pvalue(score,t.lamda,t.mu); 
+    }
+  else { logPvalt=0; Pvalt=1;}
+  //   printf("%-10.10s lamda=%-9f  score=%-9f  logPval=%-9g\n",name,t.lamda,score,logPvalt);
+  
+
+  //DEBUG: Print out Viterbi path
+  if (v>=4) 
+    {
+      printf("NAME=%7.7s score=%7.3f  score_ss=%7.3f\n",name,score,score_ss);
+      printf("step  Q T    i    j  state   score    T Q cf ss-score\n");
+      for (step=nsteps; step>=1; step--)
+       {
+         switch(states[step])
+           {
+           case MM: 
+             printf("%4i  %1c %1c ",step,q.seq[q.nfirst][this->i[step]],seq[nfirst][this->j[step]]); 
+             break;
+           case GD: 
+           case IM: 
+             printf("%4i  - %1c ",step,seq[nfirst][this->j[step]]); 
+             break;
+           case DG:
+           case MI: 
+             printf("%4i  %1c - ",step,q.seq[q.nfirst][this->i[step]]); 
+             break;
+           }
+         printf("%4i %4i     %2i %7.2f    ",this->i[step],this->j[step],(int)states[step],S[step]); 
+         printf("%c %c %1i %7.2f\n",i2ss(t.ss_dssp[this->j[step]]),i2ss(q.ss_pred[this->i[step]]),q.ss_conf[this->i[step]]-1,S_ss[step]); 
+       }
+    }
+
+ return;
+
+} /* this is the end of Hit::Backtrace() */
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief GLOBAL stochastic trace back through the forward matrix of probability ratios
+ */
+void 
+Hit::StochasticBacktrace(HMM& q, HMM& t, char maximize)
+{
+  int step;        // counts steps in path through 5-layered dynamic programming matrix
+  int i,j;         // query and template match state indices
+//  float pmin=(par.loc? 1.0: 0.0);    // used to distinguish between SW and NW algorithms in maximization         
+  const float pmin=0;
+  double* scale_cum = new(double[q.L+2]);
+  
+
+  scale_cum[0]=1;
+  for (i=1; i<=q.L+1; i++) scale_cum[i] = scale_cum[i-1]*scale[i];
+
+  // Select start cell for GLOBAL alignment
+  // (Implementing this in a local version would make this method work for local backtracing as well)
+  if (maximize) 
+    {
+      double F_max=0;
+      for (i=q.L-1; i>=1; i--) 
+       if (F_MM[i][t.L]/scale_cum[i]>F_max) {i2=i; j2=t.L; F_max=F_MM[i][t.L]/scale_cum[i];}
+      for (j=t.L; j>=1; j--) 
+       if (F_MM[q.L][j]/scale_cum[q.L]>F_max) {i2=q.L; j2=j; F_max=F_MM[q.L][j]/scale_cum[q.L];}
+    }
+  else 
+    {
+//      float sumF[q.L+t.L];
+      double* sumF=new(double[q.L+t.L]);
+      sumF[0]=0.0;
+      for (j=1; j<=t.L; j++)        sumF[j] = sumF[j-1] + F_MM[q.L][j]/scale_cum[q.L];;
+      for (j=t.L+1; j<t.L+q.L; j++) sumF[j] = sumF[j-1] + F_MM[j-t.L][t.L]/scale_cum[j-t.L];;
+      float x = sumF[t.L+q.L-1]*frand(); // generate random number between 0 and sumF[t.L+q.L-1]
+      for (j=1; j<t.L+q.L; j++) 
+       if (x<sumF[j]) break;
+      if (j<=t.L) {i2=q.L; j2=j;} else {i2=j-t.L; j2=t.L;}
+      delete[] sumF; sumF = NULL;
+    }
+
+  InitializeBacktrace(q,t);
+
+  int (*pick2)(const double&, const double&, const int&);
+  int (*pick3_GD)(const double&, const double&, const double&);
+  int (*pick3_IM)(const double&, const double&, const double&);
+  int (*pick6)(const double&, const double&, const double&, const double&, const double&, const double&);
+  if (maximize) 
+    {
+      pick2 = &pickmax2;
+      pick3_GD = &pickmax3_GD;      
+      pick3_IM = &pickmax3_IM;
+      pick6 = &pickmax6;
+    }
+  else 
+    {
+      pick2 = &pickprob2;
+      pick3_GD = &pickprob3_GD;
+      pick3_IM = &pickprob3_IM;
+      pick6 = &pickprob6;
+    }
+
+  // Back-tracing loop
+  matched_cols=0;     // for each MACTH (or STOP) state matched_col is incremented by 1
+  step=0;             // steps through the matrix correspond to alignment columns (from 1 to nsteps)
+  state = MM;
+  i=i2; j=j2;    // start at end of query and template
+  while (state)  // while not reached STOP state or upper or left border 
+    {
+      step++;
+      states[step] = state;
+      this->i[step] = i;
+      this->j[step] = j;
+
+      switch (state)
+       {
+         
+       case MM: // current state is MM, previous state is state
+//       fprintf(stderr,"%4i  %1c %1c %4i %4i     MM %7.2f\n",step,q.seq[q.nfirst][i],seq[nfirst][j],i,j,Score(q.p[i],t.p[j])); 
+//       printf("0:%7.3f   MM:%7.3f   GD:%7.3f   IM:%7.3f   DG:%7.3f   MI:%7.3f \n",
+//                     pmin*scale_cum[i-1],
+//                     F_MM[i-1][j-1] * q.tr[i-1][M2M] * t.tr[j-1][M2M], 
+//                     F_GD[i-1][j-1] * q.tr[i-1][M2M] * t.tr[j-1][D2M],
+//                     F_IM[i-1][j-1] * q.tr[i-1][I2M] * t.tr[j-1][M2M],
+//                     F_DG[i-1][j-1] * q.tr[i-1][D2M] * t.tr[j-1][M2M],
+//                     F_MI[i-1][j-1] * q.tr[i-1][M2M] * t.tr[j-1][I2M]);
+         matched_cols++; 
+         if (j>1 && i>1)
+           state = (*pick6)( 
+                       pmin*scale_cum[i-1],
+                       F_MM[i-1][j-1] * q.tr[i-1][M2M] * t.tr[j-1][M2M], 
+                       F_GD[i-1][j-1] * q.tr[i-1][M2M] * t.tr[j-1][D2M],
+                       F_IM[i-1][j-1] * q.tr[i-1][I2M] * t.tr[j-1][M2M],
+                       F_DG[i-1][j-1] * q.tr[i-1][D2M] * t.tr[j-1][M2M],
+                       F_MI[i-1][j-1] * q.tr[i-1][M2M] * t.tr[j-1][I2M]
+                       );
+         else state=0;   
+         i--; j--;
+         break;              
+       case GD: // current state is GD
+//       fprintf(stderr,"%4i  - %1c %4i %4i     GD %7.2f\n",step,q.seq[q.nfirst][j],i,j,Score(q.p[i],t.p[j])); 
+         if (j>1) 
+           state = (*pick3_GD)(
+                       F_MM[i][j-1] * t.tr[j-1][M2D],
+                        F_DG[i][j-1] * t.tr[j-1][M2D] * q.tr[i][D2M],   // DG -> GD
+                       F_GD[i][j-1] * t.tr[j-1][D2D]                   // gap extension (DD) in template
+                       );
+         else state=0;   
+         j--;
+         break;              
+       case IM: 
+//       fprintf(stderr,"%4i  - %1c %4i %4i     IM %7.2f\n",step,q.seq[q.nfirst][j],i,j,Score(q.p[i],t.p[j])); 
+         if (j>1) 
+           state = (*pick3_IM)(
+                       F_MM[i][j-1] * q.tr[i][M2I] * t.tr[j-1][M2M_GAPOPEN],
+                       F_MI[i][j-1] * q.tr[i][M2I] * t.tr[j-1][I2M],  // MI -> IM
+                       F_IM[i][j-1] * q.tr[i][I2I] * t.tr[j-1][M2M]   // gap extension (II) in query
+                       ); 
+         else state=0;   
+         j--;
+         break;              
+       case DG:
+//       fprintf(stderr,"%4i  %1c - %4i %4i     DG %7.2f\n",step,q.seq[q.nfirst][i],i,j,Score(q.p[i],t.p[j])); 
+         if (i>1) 
+           state = (*pick2)(
+                       F_MM[i-1][j] * q.tr[i-1][M2D] * t.tr[j][GAPOPEN],
+                       F_DG[i-1][j] * q.tr[i-1][D2D] * t.tr[j][GAPEXTD], //gap extension (DD) in query
+                       DG
+                       );
+         else state=0;   
+         i--; 
+         break;              
+       case MI:
+//       fprintf(stderr,"%4i  %1c - %4i %4i     MI %7.2f\n",step,q.seq[q.nfirst][i],i,j,Score(q.p[i],t.p[j])); 
+         if (i>1) 
+           state = (*pick2)(
+                       F_MM[i-1][j] * q.tr[i-1][M2M] * t.tr[j][M2I],
+                       F_MI[i-1][j] * q.tr[i-1][M2M] * t.tr[j][I2I], //gap extension (II) in template
+                       MI
+                       );
+         else state=0;
+         i--; 
+         break;
+
+       } //end switch (state)
+
+    } //end while (state)
+  i1 = this->i[step];
+  j1 = this->j[step];
+  states[step] = MM;  // first state (STOP state) is set to MM state
+  nsteps=step; 
+
+  // Allocate new space for alignment scores
+  if (t.Xcons) Xcons = new( char[q.L+2]); // for template consensus sequence aligned to query
+  S    = new( float[nsteps+1]);
+  S_ss = new( float[nsteps+1]);
+  if (!S_ss) MemoryError("space for HMM-HMM alignments");
+
+  // Add contribution from secondary structure score, record score along alignment,
+  // and record template consensus sequence in master-slave-alignment to query sequence
+  score_ss=0.0f;
+  int ssm=ssm1+ssm2;
+  for (step=1; step<=nsteps; step++)
+    {
+      switch(states[step])
+       {
+       case MM: 
+         i = this->i[step];
+         j = this->j[step];
+         S[step] = Score(q.p[i],t.p[j]);
+         S_ss[step] = ScoreSS(q,t,i,j,ssm);
+         score_ss += S_ss[step];
+         if (Xcons) Xcons[i]=t.Xcons[j]; //record database consensus sequence
+         break;
+       case MI: //if gap in template  
+       case DG:   
+         if (Xcons) Xcons[this->i[step]]=GAP; //(no break hereafter)
+       default: //if gap in T or Q
+         S[step]=S_ss[step]=0.0f;
+         break;
+       }
+    }
+  if (ssm2>=1) score-=score_ss;    // subtract SS score added during alignment!!!!
+  if (Xcons) 
+    {
+      for (i=0; i<i1; i++) Xcons[i]=ENDGAP; // set end gap code at beginning and end of template consensus sequence
+      for (i=i2+1; i<=q.L+1; i++) Xcons[i]=ENDGAP;
+    }
+
+  delete[] scale_cum; scale_cum = NULL;
+
+  return;
+}
+
+
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Trace back alignment of two profiles based on matrices bXX[][]
+ */
+void 
+Hit::BacktraceMAC(HMM& q, HMM& t)
+{
+  // Trace back trough the matrix b[i][j] until STOP state is found
+
+  char** b=bMM;  // define alias for backtracing matrix
+  int step;      // counts steps in path through 5-layered dynamic programming matrix
+  int i,j;       // query and template match state indices
+
+  InitializeBacktrace(q,t);
+  
+  // Make sure that backtracing stops when t:M1 or q:M1 is reached (Start state), e.g. sMM[i][1], or sIM[i][1] (M:MM, B:IM)
+  for (i=0; i<=q.L; i++) b[i][1] = STOP;
+  for (j=1; j<=t.L; j++) b[1][j] = STOP;
+  
+
+  // Back-tracing loop
+  // In contrast to the Viterbi-Backtracing, STOP signifies the first Match-Match state, NOT the state before the first MM state
+  matched_cols=1; // for each MACTH (or STOP) state matched_col is incremented by 1
+  state=MM;       // lowest state with maximum score must be match-match state 
+  step=0;         // steps through the matrix correspond to alignment columns (from 1 to nsteps)
+  i=i2; j=j2;     // last aligned pair is (i2,j2)
+  while (state!=STOP) 
+    {
+      step++;
+      states[step] = state = b[i][j];
+      this->i[step] = i;
+      this->j[step] = j;
+      // Exclude cells in direct neighbourhood from all further alignments
+      for (int ii=imax(i-2,1); ii<=imin(i+2,q.L); ii++)
+       cell_off[ii][j]=1;     
+      for (int jj=imax(j-2,1); jj<=imin(j+2,t.L); jj++)
+       cell_off[i][jj]=1;     
+      if (state==MM) matched_cols++; 
+
+      switch (state)
+       {
+       case MM: i--; j--; break;
+       case IM: j--; break;
+       case MI: i--; break;
+       case STOP: break;
+       default:
+         fprintf(stderr,"Error: unallowed state value %i occurred during backtracing at step %i, (i,j)=(%i,%i)\n",state,step,i,j);
+         state=0;
+         v=4;
+         break;
+       } //end switch (state)
+    } //end while (state)
+  i1 = this->i[step];
+  j1 = this->j[step];
+  states[step] = MM;  // first state (STOP state) is set to MM state
+  nsteps=step; 
+    
+  // Allocate new space for alignment scores
+  if (t.Xcons) Xcons = new( char[q.L+2]); // for template consensus sequence aligned to query
+  S    = new( float[nsteps+1]);
+  S_ss = new( float[nsteps+1]);
+  P_posterior = new( float[nsteps+1]);
+  if (!P_posterior) MemoryError("space for HMM-HMM alignments");
+
+  // Add contribution from secondary structure score, record score along alignment,
+  // and record template consensus sequence in master-slave-alignment to query sequence
+  score_ss=0.0f;
+  sum_of_probs=0.0;       // number of identical residues in query and template sequence
+  int ssm=ssm1+ssm2;
+//   printf("Hit=%s\n",name); /////////////////////////////////////////////////////////////
+  for (step=1; step<=nsteps; step++)
+    {
+      switch(states[step])
+       {
+       case MM: 
+         i = this->i[step];
+         j = this->j[step];
+         S[step] = Score(q.p[i],t.p[j]);
+         S_ss[step] = ScoreSS(q,t,i,j,ssm);
+         score_ss += S_ss[step];
+         P_posterior[step] = B_MM[this->i[step]][this->j[step]];
+         // Add probability to sum of probs if no dssp states given or dssp states exist and state is resolved in 3D structure
+         if (t.nss_dssp<0 || t.ss_dssp[j]>0) sum_of_probs += P_posterior[step]; 
+//       printf("j=%-3i  dssp=%1i  P=%4.2f  sum=%6.2f\n",j,t.ss_dssp[j],P_posterior[step],sum_of_probs); //////////////////////////
+         if (Xcons) Xcons[i]=t.Xcons[j]; //record database consensus sequence
+         break;
+       case MI: //if gap in template  
+       case DG:   
+         if (Xcons) Xcons[this->i[step]]=GAP; //(no break hereafter)
+       default: //if gap in T or Q
+         S[step] = S_ss[step] = P_posterior[step] = 0.0;
+         break;
+       }
+    }
+//   printf("\n"); /////////////////////////////////////////////////////////////
+  if (ssm2>=1) score-=score_ss;    // subtract SS score added during alignment!!!!
+  if (Xcons) 
+    {
+      for (i=0; i<i1; i++) Xcons[i]=ENDGAP; // set end gap code at beginning and end of template consensus sequence
+      for (i=i2+1; i<=q.L+1; i++) Xcons[i]=ENDGAP;
+    }
+
+  // Add contribution from correlation of neighboring columns to score
+  float Scorr=0;
+  if (nsteps)
+    {
+      for (step=1; step<=nsteps-1; step++) Scorr+=S[step]*S[step+1];
+      for (step=1; step<=nsteps-2; step++) Scorr+=S[step]*S[step+2];
+      for (step=1; step<=nsteps-3; step++) Scorr+=S[step]*S[step+3];
+      for (step=1; step<=nsteps-4; step++) Scorr+=S[step]*S[step+4];
+      score+=par.corr*Scorr;
+    }
+  
+  // Set score, P-value etc.
+  score_sort = score_aass = -score;
+  logPval=0; Pval=1;
+  if (t.mu)
+    {
+      logPvalt=logPvalue(score,t.lamda,t.mu); 
+      Pvalt=Pvalue(score,t.lamda,t.mu); 
+    }
+  else { logPvalt=0; Pvalt=1;}
+//   printf("%-10.10s lamda=%-9f  score=%-9f  logPval=%-9g\n",name,t.lamda,score,logPvalt);
+
+
+  //DEBUG: Print out MAC alignment path
+  if (v>=4) 
+    {
+      float sum_post=0.0;
+      printf("NAME=%7.7s score=%7.3f  score_ss=%7.3f\n",name,score,score_ss);
+      printf("step  Q T    i    j  state   score    T Q cf ss-score   P_post Sum_post\n");
+      for (step=nsteps; step>=1; step--)
+       {
+         switch(states[step])
+           {
+           case MM: 
+             sum_post+=P_posterior[step];
+             printf("%4i  %1c %1c ",step,q.seq[q.nfirst][this->i[step]],seq[nfirst][this->j[step]]); 
+             break;
+           case IM: 
+             printf("%4i  - %1c ",step,seq[nfirst][this->j[step]]); 
+             break;
+           case MI: 
+             printf("%4i  %1c - ",step,q.seq[q.nfirst][this->i[step]]); 
+             break;
+           }
+         printf("%4i %4i     %2i %7.1f    ",this->i[step],this->j[step],(int)states[step],S[step]); 
+         printf("%c %c  %1i  %7.1f  ",i2ss(t.ss_dssp[this->j[step]]),i2ss(q.ss_pred[this->i[step]]),q.ss_conf[this->i[step]]-1,S_ss[step]); 
+         printf("%7.5f  %7.2f\n",P_posterior[step],sum_post); 
+       }
+    }
+
+ return;
+}
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Functions that calculate probabilities
+ */
+void 
+Hit::InitializeForAlignment(HMM& q, HMM& t)
+{
+  int i,j;
+
+  // SS scoring during (ssm2>0) or after (ssm1>0) alignment? Query SS known or Template SS known?
+  switch (par.ssm) 
+    {
+    case 0:
+      ssm1=0;
+      ssm2=0;
+      break;
+    case 1:
+      ssm2=0;  // SS scoring after alignment
+      if (t.nss_dssp>=0 && q.nss_pred>=0) ssm1=1;
+      else if (q.nss_dssp>=0 && t.nss_pred>=0) ssm1=2;    
+      else if (q.nss_pred>=0 && t.nss_pred>=0) ssm1=3;
+      else ssm1=0;
+      break;
+    case 2:
+      ssm1=0;  // SS scoring during alignment
+      if (t.nss_dssp>=0 && q.nss_pred>=0) ssm2=1;
+      else if (q.nss_dssp>=0 && t.nss_pred>=0) ssm2=2;   
+      else if (q.nss_pred>=0 && t.nss_pred>=0) ssm2=3;
+      else ssm2=0;
+      break;
+    case 3:
+      ssm2=0;  // SS scoring after alignment
+      if (q.nss_pred>=0 && t.nss_pred>=0) ssm1=3; else ssm1=0;  
+      break;
+    case 4:
+      ssm1=0;  // SS scoring during alignment
+      if (q.nss_pred>=0 && t.nss_pred>=0) ssm2=3; else ssm2=0;
+      break;
+      //     case 5:
+      //       ssm2=0;  // SS scoring after alignment
+      //       if (q.nss_dssp>=0 && t.nss_dssp>=0) ssm1=4; else ssm1=0;  
+      //       break;
+      //     case 6:
+      //       ssm1=0;  // SS scoring during alignment
+      //       if (q.nss_dssp>=0 && t.nss_dssp>=0) ssm2=4; else ssm2=0;
+      //       break;
+    }
+
+  if (self)  
+    {
+      // Cross out cells in lower diagonal for self-comparison?
+      for (i=1; i<=q.L; i++) 
+       {
+         int jmax = imin(i+SELFEXCL,t.L);
+         for (j=1; j<=jmax; j++) 
+           cell_off[i][j]=1;   // cross out cell near diagonal
+         for (j=jmax+1; j<=t.L+1; j++)  
+           cell_off[i][j]=0;   // no other cells crossed out yet
+       }
+    }
+  else 
+    // Compare two different HMMs Q and T
+    {
+      // Activate all cells in dynamic programming matrix
+      for (i=1; i<=q.L; i++) 
+       for (j=1; j<=t.L; j++) 
+         cell_off[i][j]=0;   // no other cells crossed out yet
+
+      // Cross out cells that are excluded by the minimum-overlap criterion
+      if (par.min_overlap==0) 
+       min_overlap = imin(60, (int)(0.333f*imin(q.L,t.L))+1); // automatic minimum overlap
+      else 
+       min_overlap = imin(par.min_overlap, (int)(0.8f*imin(q.L,t.L)));
+
+      for (i=0; i<min_overlap; i++) 
+       for (j=i-min_overlap+t.L+1; j<=t.L; j++) // Lt-j+i>=Ovlap => j<=i-Ovlap+Lt => jmax=min{Lt,i-Ovlap+Lt} 
+         cell_off[i][j]=1;
+      for (i=q.L-min_overlap+1; i<=q.L; i++) 
+       for (j=1; j<i+min_overlap-q.L; j++)      // Lq-i+j>=Ovlap => j>=i+Ovlap-Lq => jmin=max{1, i+Ovlap-Lq} 
+         cell_off[i][j]=1;
+    }
+
+  // Cross out rows which are contained in range given by exclstr ("3-57,238-314")
+  if (par.exclstr) 
+    {
+      char* ptr=par.exclstr;
+      int i0, i1;
+      while (1) 
+       {
+         i0 = abs(strint(ptr));
+         i1 = abs(strint(ptr));
+         if (!ptr) break;
+         for (i=i0; i<=imin(i1,q.L); i++) 
+           for (j=1; j<=t.L; j++) 
+             cell_off[i][j]=1; 
+       }
+    }
+}
+       
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Allocate memory for data of new alignment (sequence names, alignment, scores,...)
+ */
+void 
+Hit::InitializeBacktrace(HMM& q, HMM& t)
+{
+  if (irep==1) //if this is the first single repeat repeat hit with this template
+    {
+      //Copy information about template profile to hit and reset template pointers to avoid destruction
+      longname=new(char[strlen(t.longname)+1]);
+      name    =new(char[strlen(t.name)+1]);
+      file    =new(char[strlen(t.file)+1]);
+      if (!file) MemoryError("space for alignments with database HMMs. \nNote that all alignments have to be kept in memory");
+      strcpy(longname,t.longname);
+      strcpy(name,t.name);
+      strcpy(fam ,t.fam);
+      strcpy(sfam ,t.sfam);
+      strcpy(fold ,t.fold);
+      strcpy(cl ,t.cl);
+      strcpy(file,t.file);
+      sname=new(char*[t.n_display]);   // Call Compare only once with irep=1
+      seq  =new(char*[t.n_display]);   // Call Compare only once with irep=1
+      if (!sname || !seq) 
+       MemoryError("space for alignments with database HMMs.\nNote that all sequences for display have to be kept in memory");
+
+      for (int k=0; k<t.n_display; k++)        {
+          if (NULL != t.sname){
+              sname[k]=t.sname[k]; t.sname[k]=NULL;
+          }
+          else {
+              sname[k]=NULL;
+          }
+          seq[k]  =t.seq[k];   t.seq[k]=NULL;
+      }
+
+      n_display=t.n_display; t.n_display=0;
+      ncons  = t.ncons;
+      nfirst = t.nfirst;
+      nss_dssp = t.nss_dssp;
+      nsa_dssp = t.nsa_dssp;
+      nss_pred = t.nss_pred;
+      nss_conf = t.nss_conf;
+      L = t.L;
+      Neff_HMM = t.Neff_HMM;
+      Eval   = 1.0;
+      Pval   = 1.0;
+      Pvalt  = 1.0;
+      logPval = 0.0;
+      logPvalt= 0.0;
+      Probab = 1.0;
+    }    
+
+  // Allocate new space
+  this->i = new( int[i2+j2+2]);
+  this->j = new( int[i2+j2+2]);
+  states  = new( char[i2+j2+2]);
+  S = S_ss = P_posterior = NULL; // set to NULL to avoid deleting data from irep=1 when hit with irep=2 is removed 
+  Xcons = NULL;
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Some score functions 
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+
+/**
+ * @brief Calculate score between columns i and j of two HMMs (query and template)
+ */
+inline float 
+Score(float* qi, float* tj)
+{
+//   if (par.columnscore==9)
+//     return (tj[0] *qi[0] +tj[1] *qi[1] +tj[2] *qi[2] +tj[3] *qi[3] +tj[4]*qi[4]
+//            +tj[5] *qi[5] +tj[6] *qi[6] +tj[7] *qi[7] +tj[8] *qi[8] +tj[9]*qi[9]
+//            +tj[10]*qi[10]+tj[11]*qi[11]+tj[12]*qi[12]+tj[13]*qi[13]+tj[14]*qi[14]
+//            +tj[15]*qi[15]+tj[16]*qi[16]+tj[17]*qi[17]+tj[18]*qi[18]+tj[19]*qi[19]);
+//   else
+  return fast_log2(
+          tj[0] *qi[0] +tj[1] *qi[1] +tj[2] *qi[2] +tj[3] *qi[3] +tj[4] *qi[4]
+         +tj[5] *qi[5] +tj[6] *qi[6] +tj[7] *qi[7] +tj[8] *qi[8] +tj[9] *qi[9]
+         +tj[10]*qi[10]+tj[11]*qi[11]+tj[12]*qi[12]+tj[13]*qi[13]+tj[14]*qi[14]
+         +tj[15]*qi[15]+tj[16]*qi[16]+tj[17]*qi[17]+tj[18]*qi[18]+tj[19]*qi[19]
+         );
+}
+
+/**
+ * @brief Calculate score between columns i and j of two HMMs (query and template)
+ */
+inline float 
+ProbFwd(float* qi, float* tj)
+{
+  return  tj[0] *qi[0] +tj[1] *qi[1] +tj[2] *qi[2] +tj[3] *qi[3] +tj[4] *qi[4]
+         +tj[5] *qi[5] +tj[6] *qi[6] +tj[7] *qi[7] +tj[8] *qi[8] +tj[9] *qi[9]
+         +tj[10]*qi[10]+tj[11]*qi[11]+tj[12]*qi[12]+tj[13]*qi[13]+tj[14]*qi[14]
+         +tj[15]*qi[15]+tj[16]*qi[16]+tj[17]*qi[17]+tj[18]*qi[18]+tj[19]*qi[19];
+}
+
+
+/**
+ * @brief Calculate secondary structure score between columns i and j of two HMMs (query and template)
+ */
+inline float 
+Hit::ScoreSS(HMM& q, HMM& t, int i, int j, int ssm)
+{
+  switch (ssm) //SS scoring during alignment 
+    {
+    case 0: // no SS scoring during alignment 
+      return 0.0;
+    case 1: // t has dssp information, q has psipred information 
+      return par.ssw * S73[ (int)t.ss_dssp[j]][ (int)q.ss_pred[i]][ (int)q.ss_conf[i]];
+    case 2: // q has dssp information, t has psipred information 
+      return par.ssw * S73[ (int)q.ss_dssp[i]][ (int)t.ss_pred[j]][ (int)t.ss_conf[j]];
+    case 3: // q has dssp information, t has psipred information 
+      return par.ssw * S33[ (int)q.ss_pred[i]][ (int)q.ss_conf[i]][ (int)t.ss_pred[j]][ (int)t.ss_conf[j]];
+//     case 4: // q has dssp information, t has dssp information 
+//       return par.ssw*S77[ (int)t.ss_dssp[j]][ (int)t.ss_conf[j]];
+    }
+  return 0.0;
+}
+
+/**
+ * @brief Calculate secondary structure score between columns i and j of two HMMs (query and template)
+ */
+inline float 
+Hit::ScoreSS(HMM& q, HMM& t, int i, int j)
+{
+  return ScoreSS(q,t,i,j,ssm2);
+}
+
+
+/**
+ * @brief Calculate score between columns i and j of two HMMs (query and template)
+ */
+inline float 
+Hit::ScoreTot(HMM& q, HMM& t, int i, int j)
+{
+  return Score(q.p[i],t.p[j]) + ScoreSS(q,t,i,j) + par.shift;
+}
+
+/*
+ * Calculate score between columns i and j of two HMMs (query and template)
+ */
+inline float 
+Hit::ScoreAA(HMM& q, HMM& t, int i, int j)
+{
+  return Score(q.p[i],t.p[j]);
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/*
+ * Function for Viterbi()
+ */
+inline float 
+max2(const float& xMM, const float& xX, char& b) 
+{
+  if (xMM>xX) { b=MM; return xMM;} else { b=SAME;  return xX;}
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/*
+ * Functions for StochasticBacktrace()
+ */
+
+inline int 
+pickprob2(const double& xMM, const double& xX, const int& state) 
+{
+  if ( (xMM+xX)*frand() < xMM) return MM; else return state; 
+}
+
+inline int 
+pickprob3_GD(const double& xMM, const double& xDG, const double& xGD) 
+{
+  double x = (xMM+xDG+xGD)*frand();
+  if ( x<xMM) return MM; 
+  else if ( x<xMM+xDG) return DG; 
+  else return GD;
+}
+
+inline int 
+pickprob3_IM(const double& xMM, const double& xMI, const double& xIM) 
+{
+  double x = (xMM+xMI+xIM)*frand();
+  if ( x<xMM) return MM; 
+  else if ( x<xMM+xMI) return MI; 
+  else return IM;
+}
+
+inline int 
+pickprob6(const double& x0, const double& xMM, const double& xGD, const double& xIM, const double& xDG, const double& xMI) 
+{
+  double x = (x0+xMM+xGD+xIM+xDG+xMI)*frand();
+  x-=xMM; if (x<0) return MM; 
+  x-=x0;  if (x<0) return STOP; 
+  x-=xGD; if (x<0) return GD;
+  x-=xIM; if (x<0) return IM;
+  if (x < xDG) return DG; else return MI;
+}
+
+inline int 
+pickmax2(const double& xMM, const double& xX, const int& state) 
+{
+  if (xMM > xX) return MM; else return state; 
+}
+
+inline int 
+pickmax3_GD(const double& xMM, const double& xDG, const double& xGD) 
+{
+  char state;
+  double x;
+  if ( xMM>xDG) {state=MM; x=xMM;} 
+  else          {state=DG; x=xDG;}
+  if ( xGD>x)   {state=GD; x=xGD;}
+  return state;
+}
+
+inline int 
+pickmax3_IM(const double& xMM, const double& xMI, const double& xIM) 
+{
+  char state;
+  double x;
+  if ( xMM>xMI) {state=MM; x=xMM;}
+  else          {state=MI; x=xMI;}
+  if ( xIM>x)   {state=IM; x=xIM;}
+  return state;
+}
+
+inline int 
+pickmax6(const double& x0, const double& xMM, const double& xGD, const double& xIM, const double& xDG, const double& xMI) 
+{
+  char state;
+  double x;
+  if ( x0 >xMM) {state=STOP; x=x0;} 
+  else          {state=MM; x=xMM;}
+  if ( xGD>x)   {state=GD; x=xGD;}
+  if ( xIM>x)   {state=IM; x=xIM;}
+  if ( xDG>x)   {state=DG; x=xDG;}
+  if ( xMI>x)   {state=MI; x=xMI;}
+  return state;
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//// Functions that calculate P-values and probabilities 
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+
+//// Evaluate the CUMULATIVE extreme value distribution at point x
+//// p(s)ds = lamda * exp{ -exp[-lamda*(s-mu)] - lamda*(s-mu) } ds = exp( -exp(-x) - x) dx = p(x) dx
+//// => P(s>S) = integral_-inf^inf {p(x) dx}  = 1 - exp{ -exp[-lamda*(S-mu)] }
+inline double 
+Pvalue(double x, double a[])
+{
+  //a[0]=lamda, a[1]=mu
+  double h = a[0]*(x-a[1]);
+  return (h>10)? exp(-h) : double(1.0)-exp( -exp(-h));
+}
+
+inline double 
+Pvalue(float x, float lamda, float mu)
+{
+  double h = lamda*(x-mu);
+  return (h>10)? exp(-h) : (double(1.0)-exp( -exp(-h)));
+}
+
+inline double 
+logPvalue(float x, float lamda, float mu)
+{
+  double h = lamda*(x-mu);
+  return (h>10)? -h : (h<-2.5)? -exp(-exp(-h)): log( ( double(1.0) - exp(-exp(-h)) ) );
+}
+
+inline double 
+logPvalue(float x, double a[])
+{
+  double h = a[0]*(x-a[1]);
+  return (h>10)? -h : (h<-2.5)? -exp(-exp(-h)): log( ( double(1.0) - exp(-exp(-h)) ) );
+}
+
+// Calculate probability of true positive : p_TP(score)/( p_TP(score)+p_FP(score) )
+// TP: same superfamily OR MAXSUB score >=0.1
+inline double 
+Probab(Hit& hit)
+{
+  double s=-hit.score_aass;
+  double t;
+  if (s>200) return 100.0; 
+  if (par.loc) 
+    {
+      if (par.ssm && (hit.ssm1 || hit.ssm2) && par.ssw>0) 
+       {
+         // local with SS
+         const double a=sqrt(6000.0);
+         const double b=2.0*2.5;
+         const double c=sqrt(0.12);
+         const double d=2.0*32.0;
+         t = a*exp(-s/b) + c*exp(-s/d);
+       }
+      else
+       {
+         // local no SS
+         const double a=sqrt(4000.0);
+         const double b=2.0*2.5;
+         const double c=sqrt(0.15);
+         const double d=2.0*34.0;
+         t = a*exp(-s/b) + c*exp(-s/d);
+       }
+    }
+  else
+    {
+      if ( (par.ssm>0) && (par.ssw>0) ) /* FIXME: was '&', should be '&&' (or not?) */
+       {
+         // global with SS
+         const double a=sqrt(4000.0);
+         const double b=2.0*3.0;
+         const double c=sqrt(0.13);
+         const double d=2.0*34.0;
+         t = a*exp(-s/b) + c*exp(-s/d);
+       }
+      else
+       {
+         // global no SS
+         const double a=sqrt(6000.0);
+         const double b=2.0*2.5;
+         const double c=sqrt(0.10);
+         const double d=2.0*37.0;
+         t = a*exp(-s/b) + c*exp(-s/d);
+       }
+
+    }
+
+  return 100.0/(1.0+t*t);
+}
+
+// #define Weff(Neff) (1.0+par.neffa*(Neff-1.0)+(par.neffb-4.0*par.neffa)/16.0*(Neff-1.0)*(Neff-1.0))
+
+// /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// // Merge HMM with next aligned HMM  
+// /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// void Hit::MergeHMM(HMM& Q, HMM& t, float wk[])
+// {
+//   int i,j;    // position in query and target
+//   int a;      // amino acid
+//   int step;   // alignment position (step=1 is end)
+//   float Weff_M, Weff_D, Weff_I;
+//   for (step=nsteps; step>=2; step--) // iterate only to one before last alignment column
+//     {
+//       i = this->i[step];
+//       j = this->j[step];
+//       switch(states[step])
+//     {
+//     case MM: 
+//       Weff_M = Weff(t.Neff_M[j]-1.0);
+//       Weff_D = Weff(t.Neff_D[j]-1.0);
+//       Weff_I = Weff(t.Neff_I[j]-1.0);
+//       for (a=0; a<20; a++) Q.f[i][a] += t.f[j][a]*wk[j]*Weff_M;
+//       switch(states[step-1])
+//         {
+//         case MM:  // MM->MM
+//           Q.tr_lin[i][M2M]+= t.tr_lin[j][M2M]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][M2D]+= t.tr_lin[j][M2D]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][M2I]+= t.tr_lin[j][M2I]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][D2M]+= t.tr_lin[j][D2M]*wk[j]*Weff_D;
+//           Q.tr_lin[i][D2D]+= t.tr_lin[j][D2D]*wk[j]*Weff_D;
+//           Q.tr_lin[i][I2M]+= t.tr_lin[j][I2M]*wk[j]*Weff_I;
+//           Q.tr_lin[i][I2I]+= t.tr_lin[j][I2I]*wk[j]*Weff_I;
+//           break; 
+//         case MI: // MM->MI
+//           Q.tr_lin[i][M2D]+= t.tr_lin[j][M2M]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][M2D]+= t.tr_lin[j][M2D]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][M2M]+= t.tr_lin[j][M2I]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][D2D]+= t.tr_lin[j][D2M]*wk[j]*Weff_D;
+//           Q.tr_lin[i][D2D]+= t.tr_lin[j][D2D]*wk[j]*Weff_D;
+//           Q.tr_lin[i][I2M]+= t.tr_lin[j][I2M]*wk[j]*Weff_I;
+//           Q.tr_lin[i][I2I]+= t.tr_lin[j][I2I]*wk[j]*Weff_I;
+//           break;
+//         case DG: // MM->DG
+//           Q.tr_lin[i][M2D]+= t.tr_lin[j][M2M]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][M2D]+= t.tr_lin[j][M2D]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][M2M]+= t.tr_lin[j][M2I]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][D2D]+= t.tr_lin[j][D2M]*wk[j]*Weff_D;
+//           Q.tr_lin[i][D2D]+= t.tr_lin[j][D2D]*wk[j]*Weff_D;
+//           Q.tr_lin[i][I2M]+= t.tr_lin[j][I2M]*wk[j]*Weff_I;
+//           Q.tr_lin[i][I2I]+= t.tr_lin[j][I2I]*wk[j]*Weff_I;
+//           break;
+//         case IM: // MM->IM
+//           Q.tr_lin[i][M2I]+= t.tr_lin[j][M2M]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][M2M]+= t.tr_lin[j][M2D]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][M2I]+= t.tr_lin[j][M2I]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][D2M]+= t.tr_lin[j][D2M]*wk[j]*Weff_D;
+//           Q.tr_lin[i][D2D]+= t.tr_lin[j][D2D]*wk[j]*Weff_D;
+//           Q.tr_lin[i][I2M]+= t.tr_lin[j][I2M]*wk[j]*Weff_I;
+//           Q.tr_lin[i][I2I]+= t.tr_lin[j][I2I]*wk[j]*Weff_I;
+//           break;
+//         case GD: // MM->GD
+//           Q.tr_lin[i][M2I]+= t.tr_lin[j][M2M]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][M2M]+= t.tr_lin[j][M2D]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][M2I]+= t.tr_lin[j][M2I]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][D2M]+= t.tr_lin[j][D2M]*wk[j]*Weff_D;
+//           Q.tr_lin[i][D2D]+= t.tr_lin[j][D2D]*wk[j]*Weff_D;
+//           Q.tr_lin[i][I2M]+= t.tr_lin[j][I2M]*wk[j]*Weff_I;
+//           Q.tr_lin[i][I2I]+= t.tr_lin[j][I2I]*wk[j]*Weff_I;
+//           break;
+//         }
+//       break;
+
+//     case MI: // if gap in template  
+//       Weff_I = Weff(t.Neff_I[j]-1.0);
+//       switch(states[step-1])
+//         {
+//         case MI:  // MI->MI
+//           Q.tr_lin[i][M2M]+= t.tr_lin[j][I2I]*wk[j]*Weff_I;
+//           break;
+//         case MM:  // MI->MM
+//           Q.tr_lin[i][M2M]+= t.tr_lin[j][I2M]*wk[j]*Weff_I;
+//           break;
+//         }
+//       break;
+
+//     case DG:   
+//       Weff_M = Weff(t.Neff_M[j]-1.0);
+//       Weff_D = Weff(t.Neff_D[j]-1.0);
+//       Weff_I = Weff(t.Neff_I[j]-1.0);
+//       switch(states[step-1])
+//         {
+//         case DG:  // DG->DG
+//           Q.tr_lin[i][D2D]+= t.tr_lin[j][M2M]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][D2D]+= t.tr_lin[j][D2M]*wk[j]*Weff_D;
+//           Q.tr_lin[i][D2D]+= t.tr_lin[j][D2D]*wk[j]*Weff_D;
+//           Q.tr_lin[i][M2M]+= t.tr_lin[j][I2I]*wk[j]*Weff_I;
+//           Q.tr_lin[i][M2D]+= t.tr_lin[j][I2M]*wk[j]*Weff_I;
+//           break;
+//         case MM:  // DG->MM
+//           Q.tr_lin[i][D2M]+= t.tr_lin[j][M2M]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][D2D]+= t.tr_lin[j][M2D]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][D2M]+= t.tr_lin[j][D2M]*wk[j]*Weff_D;
+//           Q.tr_lin[i][D2D]+= t.tr_lin[j][D2D]*wk[j]*Weff_D;
+//           Q.tr_lin[i][I2I]+= t.tr_lin[j][I2I]*wk[j]*Weff_I;
+//           Q.tr_lin[i][M2M]+= t.tr_lin[j][I2M]*wk[j]*Weff_I;
+//           break;
+//         }
+//       break;
+         
+//     case IM: // if gap in query  
+//       Weff_M = Weff(t.Neff_M[j]-1.0);
+//       switch(states[step-1])
+//         {
+//         case IM:  // IM->IM
+//           Q.tr_lin[i][I2I]+= t.tr_lin[j][M2M]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][I2M]+= t.tr_lin[j][M2D]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][I2I]+= t.tr_lin[j][M2I]*wk[j]*Weff_M;
+//           break;
+//         case MM:  // IM->MM
+//           Weff_D = Weff(t.Neff_D[j]-1.0);
+//           Weff_I = Weff(t.Neff_I[j]-1.0);
+//           Q.tr_lin[i][I2M]+= t.tr_lin[j][M2M]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][I2M]+= t.tr_lin[j][M2D]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][I2I]+= t.tr_lin[j][M2I]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][I2M]+= t.tr_lin[j][D2M]*wk[j]*Weff_D;
+//           Q.tr_lin[i][D2D]+= t.tr_lin[j][D2D]*wk[j]*Weff_D;
+//           Q.tr_lin[i][I2M]+= t.tr_lin[j][I2M]*wk[j]*Weff_I;
+//           Q.tr_lin[i][I2I]+= t.tr_lin[j][I2I]*wk[j]*Weff_I;
+//           break;
+//         }
+//       break;
+         
+//     case GD:   
+//       Weff_M = Weff(t.Neff_M[j]-1.0);
+//       switch(states[step-1])
+//         {
+//         case GD:  // GD->GD
+//           Weff_I = Weff(t.Neff_I[j]-1.0);
+//           Q.tr_lin[i][I2I]+= t.tr_lin[j][M2M]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][I2M]+= t.tr_lin[j][M2D]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][I2I]+= t.tr_lin[j][M2I]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][I2I]+= t.tr_lin[j][I2M]*wk[j]*Weff_I;
+//           Q.tr_lin[i][I2I]+= t.tr_lin[j][I2I]*wk[j]*Weff_I;
+//           break;
+//         case MM:  // GD->MM
+//           Weff_D = Weff(t.Neff_D[j]-1.0);
+//           Weff_I = Weff(t.Neff_I[j]-1.0);
+//           Q.tr_lin[i][I2M]+= t.tr_lin[j][M2M]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][I2M]+= t.tr_lin[j][M2D]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][I2I]+= t.tr_lin[j][M2I]*wk[j]*Weff_M;
+//           Q.tr_lin[i][D2D]+= t.tr_lin[j][D2D]*wk[j]*Weff_D;
+//           Q.tr_lin[i][I2M]+= t.tr_lin[j][I2M]*wk[j]*Weff_I;
+//           Q.tr_lin[i][I2I]+= t.tr_lin[j][I2I]*wk[j]*Weff_I;
+//           break;
+//         }
+//       break;
+
+//     }
+//     }
+//   i = this->i[step];
+//   j = this->j[step];
+//   Weff_M = Weff(t.Neff_M[j]-1.0);
+//   for (a=0; a<20; a++) Q.f[i][a] += t.f[j][a]*wk[j]*Weff_M;
+// }
+
+
+#ifdef CLUSTALO
+/* @* Hit::ClobberGlobal (eg, hit)
+ *
+ */
+void 
+Hit::ClobberGlobal(void){
+
+    if (i){
+      //delete[] i; 
+      i = NULL;
+    }
+    if (j){
+      //delete[] j; 
+      j = NULL;
+    }
+    if (states){
+      //delete[] states; 
+      states = NULL;
+    }
+    if (S){
+      //delete[] S; 
+      S = NULL;
+    }
+    if (S_ss){
+      //delete[] S_ss; 
+      S_ss = NULL;
+    }
+    if (P_posterior){
+      //delete[] P_posterior; 
+      P_posterior = NULL;
+    }
+    if (Xcons){
+      //delete[] Xcons; 
+      Xcons = NULL;
+    }
+    //  delete[] l;    l = NULL;
+    i = j = NULL;
+    states = NULL;
+    S = S_ss = P_posterior = NULL;
+    Xcons = NULL;
+    if (irep==1) // if irep>1 then longname etc point to the same memory locations as the first repeat. 
+      {          // but these have already been deleted.
+       //      printf("Delete name = %s\n",name);//////////////////////////
+       //delete[] longname; 
+       longname = NULL;
+       //delete[] name; 
+       name = NULL;
+       //delete[] file; 
+       file = NULL;
+       //delete[] dbfile; 
+       dbfile = NULL;
+       /*for (int k=0; k<n_display; k++) 
+         {
+         delete[] sname[k]; sname[k] = NULL;
+         delete[] seq[k]; seq[k] = NULL;
+         }*/
+       //delete[] sname; 
+       sname = NULL;
+       //delete[] seq; 
+       seq = NULL;
+      }
+
+    score = score_sort = score_aass = 0.0;
+    Pval = Pvalt = Eval = Probab = 0;
+    Pforward = sum_of_probs = 0.00;
+    L = irep = nrep = n_display = nsteps = 0;
+    i1 = i2 = j1 = j2 = matched_cols = min_overlap = 0;
+}
+#endif
+
+
+/*
+ * EOF hhhit-C.h
+ */
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhit.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhit.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..676195b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,192 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ * RCS $Id: hhhit.h 243 2011-05-31 13:49:19Z fabian $
+ */
+
+// hhhit.h
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/* Describes an alignment of two profiles. 
+   Used as list element in Hits : List<Hit> */
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+class Hit
+{
+ public:  
+  char* longname;       // Name of HMM
+  char* name;           // One-word name of HMM
+  char* file;           // Basename (with path, without extension) of alignment file that was used to construct the HMM
+                        // (path from db-file is prepended to FILE record in HMM file!)
+  char fam[IDLEN];      // family ID (derived from name) (FAM field)
+  char sfam[IDLEN];     // superfamily ID (derived from name) 
+  char fold[IDLEN];     // fold ID (derived from name)
+  char cl[IDLEN];       // class ID (derived from name)
+  int index;            // index of HMM in order of reading in (first=0)
+  char* dbfile;         // full database file name from which HMM was read
+  long ftellpos;        // start position of HMM in database file
+
+  float score;          // Score of alignment (i.e. of Viterbi path)
+  float score_sort;     // score to sort hits in output list (negative means first/best!)
+  float score_aass;     // first: just hit.score, then hit.logPval-SSSCORE2NATLOG*hit.score_ss;(negative means best!)
+  float score_ss;       // Part of score due to secondary structure
+  float Pval;           // P-value for whole protein based on score distribution of query
+  float Pvalt;          // P-value for whole protein based on score distribution of template
+  float logPval;        // natural logarithm of Pval
+  float logPvalt;       // natural logarithm of Pvalt
+  float Eval;           // E-value for whole protein
+  float Probab;         // probability in % for a positive (depends only on score)
+  float weight;         // weight of hit for P-value calculation (= 1/#HMMs-in-family/#families-in-superfamily)
+  double Pforward;      // scaled total forward probability : Pforward * Product_{i=1}^{Lq+1}(scale[i])
+  
+/*   float score_comp;     // compositional similarity score */
+/*   float logPcomp;       // natural logarithm of Pvalue for compositional similarity score */
+/*   float Prep;           // P-value for single-repeat hit */
+/*   float Erep;           // E-value for single-repeat hit */
+/*   float logPrep;        // natural logarithm of P-value for single-repeat hit */
+  float E1val;          // E-value for whole protein from transitive scoring
+  float logP1val;       // natural logarithm of P1val, the transitive P-value
+
+  int L;                // Number of match states in template
+  int irep;             // Index  of single-repeat hit (1: highest scoring repeat hit)
+  int nrep;             // Number of single-repeat hits with one template
+  
+  int n_display;        // number of sequences stored for display of alignment 
+  char** sname;         // names of stored sequences 
+  char** seq;           // residues of stored sequences (first at pos 1)
+  int nss_dssp;         // index of dssp secondary structure sequence in seq[]
+  int nsa_dssp;         // index of of dssp solvent accessibility in seq[]
+  int nss_pred;         // index of dssp secondary structure sequence in seq[]
+  int nss_conf;         // index of dssp secondary structure sequence in seq[]
+  int nfirst;           // index of query sequence in seq[]
+  int ncons;            // index of consensus sequence
+  
+  int nsteps;           // index for last step in Viterbi path; (first=1)
+  int* i;               // i[step] = query match state at step of Viterbi path
+  int* j;               // j[step] = template match state at step of Viterbi path
+  char* states;         // state at step of Viterbi path  0: Start  1: M(MM)  2: A(-D)  3: B(IM)  4: C(D-)  5 D(MI)
+  float* S;             // S[step] = match-match score contribution at alignment step
+  float* S_ss;          // S_ss[step] = secondary structure score contribution
+  float* P_posterior;   // P_posterior[step] = posterior prob for MM states (otherwise zero)
+  char* Xcons;          // consensus sequence for aligned states in internal representation (A=0 R=1 N=2 D=3 ...)
+  int i1;               // First aligned residue in query
+  int i2;               // Last aligned residue in query
+  int j1;               // First aligned residue in template 
+  int j2;               // Last aligned residue in template
+  int matched_cols;     // number of matched columns in alignment against query
+  int ssm1;             // SS scoring AFTER  alignment? 0:no  1:yes; t->dssp q->psipred  2:yes; q->dssp t->psipred
+  int ssm2;             // SS scoring DURING alignment? 0:no  1:yes; t->dssp q->psipred  2:yes; q->dssp t->psipred
+  char self;            // 0: align two different HMMs  1: align HMM with itself
+  int min_overlap;      // Minimum overlap between query and template
+  float sum_of_probs;   // sum of probabilities for Maximum ACcuracy alignment (if dssp states defined, only aligned pairs with defined dssp state contribute to sum)
+  float Neff_HMM;       // Diversity of underlying alignment
+
+  // Constructor (only set pointers to NULL)
+  Hit();
+  ~Hit(){};
+  
+  // Free all allocated memory (to delete list of hits)
+  void Delete();
+
+  // Allocate/delete memory for dynamic programming matrix
+  void AllocateBacktraceMatrix(int Nq, int Nt);
+  void DeleteBacktraceMatrix(int Nq);
+  void AllocateForwardMatrix(int Nq, int Nt);
+  void DeleteForwardMatrix(int Nq);
+  void AllocateBackwardMatrix(int Nq, int Nt);
+  void DeleteBackwardMatrix(int Nq);
+  
+  // Compare an HMM with overlapping subalignments
+  void Viterbi(HMM& q, HMM& t, float** Sstruc=NULL);
+
+  // Compare two HMMs with each other in lin space
+  int Forward(HMM& q, HMM& t, float** Pstruc=NULL);
+
+  // Compare two HMMs with each other in lin space
+  int Backward(HMM& q, HMM& t);
+
+   // Find maximum accuracy alignment (after running Forward and Backward algorithms)
+  void MACAlignment(HMM& q, HMM& t);
+
+  // Trace back alignment of two profiles based on matrices bXX[][]
+  void Backtrace(HMM& q, HMM& t);
+
+  // Trace back alignment of two profiles based on matrices bXX[][]
+  void StochasticBacktrace(HMM& q, HMM& t, char maximize=0);
+
+  // Trace back MAC alignment of two profiles based on matrix bMM[][]
+  void BacktraceMAC(HMM& q, HMM& t);
+
+  // Calculate secondary structure score between columns i and j of two HMMs (query and template)
+  inline float ScoreSS(HMM& q, HMM& t, int i, int j, int ssm);
+
+  // Calculate secondary structure score between columns i and j of two HMMs (query and template)
+  inline float ScoreSS(HMM& q, HMM& t, int i, int j);
+
+  // Calculate total score (including secondary structure score and compositional bias correction
+  inline float ScoreTot(HMM& q, HMM& t, int i, int j);
+
+  // Calculate score (excluding secondary structure score and compositional bias correction
+  inline float ScoreAA(HMM& q, HMM& t, int i, int j);
+
+  // Comparison (used to sort list of hits)
+  int operator<(const Hit& hit2)  {return score_sort<hit2.score_sort;}
+
+  // Merge HMM with next aligned HMM  
+  void MergeHMM(HMM& Q, HMM& t, float wk[]);
+
+#ifdef CLUSTALO
+  void ClobberGlobal(void);
+#endif  
+
+
+  double** B_MM;        // Backward matrices
+  
+private:
+  char state;          // 0: Start/STOP state  1: MM state  2: GD state (-D)  3: IM state  4: DG state (D-)  5 MI state
+  char** bMM;          // (backtracing) bMM[i][j] = STOP:start of alignment  MM:prev was MM  GD:prev was GD etc
+  char** bGD;          // (backtracing) bMM[i][j] = STOP:start of alignment  MM:prev was MM  SAME:prev was GD
+  char** bDG;          // (backtracing)
+  char** bIM;          // (backtracing)
+  char** bMI;          // (backtracing)
+  char** cell_off;     // cell_off[i][j]=1 means this cell will get score -infinity
+
+  double** F_MM;        // Forward matrices 
+  double** F_GD;        // F_XY[i][j] * Prod_1^i(scale[i]) 
+  double** F_DG;        //   = Sum_x1..xl{ P(HMMs aligned up to Xi||Yj co-emmitted x1..xl ) / (Prod_k=1^l f(x_k)) }   
+  double** F_IM;        // end gaps are not penalized!
+  double** F_MI;        // 
+  double* scale;        // 
+
+  double** B_GD;        // B_XY[i][j] * Prod_i+1^(L+1) (scale[i])
+  double** B_DG;        //   = Sum_x2..xl{ P(HMMs aligned from Xi||Yj to end co-emmitted x2..xl ) / (Prod_k=2^l f(x_k)) }   
+  double** B_IM;        // end gaps are not penalized!
+  double** B_MI;        // 
+
+  void InitializeBacktrace(HMM& q, HMM& t);
+  void InitializeForAlignment(HMM& q, HMM& t);
+};
+
+
+double Pvalue(double x, double a[]);
+double Pvalue(float x, float lamda, float mu);
+double logPvalue(float x, float lamda, float mu);
+double logPvalue(float x, double a[]);
+double Probab(Hit& hit);
+
+
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhitlist-C.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhitlist-C.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..949540a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,3206 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ * RCS $Id: hhhitlist-C.h 243 2011-05-31 13:49:19Z fabian $
+ */
+
+// hhhitlist.C
+
+#ifndef MAIN
+#define MAIN
+#include <iostream>   // cin, cout, cerr
+#include <fstream>    // ofstream, ifstream 
+#include <stdio.h>    // printf
+#include <stdlib.h>   // exit
+#include <string>     // strcmp, strstr
+#include <math.h>     // sqrt, pow
+#include <limits.h>   // INT_MIN
+#include <float.h>    // FLT_MIN
+#include <time.h>     // clock
+#include <ctype.h>    // islower, isdigit etc
+using std::ios;
+using std::ifstream;
+using std::ofstream;
+using std::cout;
+using std::cerr;
+using std::endl;
+#include "util-C.h"     // imax, fmax, iround, iceil, ifloor, strint, strscn, strcut, substr, uprstr, uprchr, Basename etc.
+#include "list.h"     // list data structure
+#include "hash.h"     // hash data structure
+#include "hhdecl-C.h"      // constants, class 
+#include "hhutil-C.h"      // imax, fmax, iround, iceil, ifloor, strint, strscn, strcut, substr, uprstr, uprchr, Basename etc.
+#include "hhhmm.h"       // class HMM
+#include "hhalignment.h" // class Alignment
+#include "hhhit.h"
+#include "hhhalfalignment.h"
+#include "hhfullalignment.h"
+#endif
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//// Methods of class HitList
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Print summary listing of hits
+ */
+void 
+HitList::PrintHitList(HMM& q, char* outfile)
+{
+  Hit hit;
+  int nhits=0;
+  char str[NAMELEN]="";
+
+  FILE* outf=NULL;
+  if (strcmp(outfile,"stdout"))
+    {
+      outf=fopen(outfile,"w");
+      if (!outf) OpenFileError(outfile);
+    }
+  else
+    outf = stdout;
+
+
+  fprintf(outf,"Query         %s\n",q.longname); 
+//  fprintf(outf,"Family        %s\n",q.fam); 
+  fprintf(outf,"Match_columns %i\n",q.L);
+  fprintf(outf,"No_of_seqs    %i out of %i\n",q.N_filtered,q.N_in);
+  fprintf(outf,"Neff          %-4.1f\n",q.Neff_HMM);
+  fprintf(outf,"Searched_HMMs %i\n",N_searched);
+  
+  // Print date stamp
+  time_t* tp=new(time_t);
+  *tp=time(NULL);
+  fprintf(outf,"Date          %s",ctime(tp));
+  delete (tp); (tp) = NULL;
+  
+  // Print command line
+  fprintf(outf,"Command       "); 
+  for (int i=0; i<par.argc; i++) 
+    if (strlen(par.argv[i])<=par.maxdbstrlen)
+      fprintf(outf,"%s ",par.argv[i]);
+    else
+      fprintf(outf,"<%i characters> ",(int)strlen(par.argv[i]));
+  fprintf(outf,"\n\n"); 
+   
+#ifdef WINDOWS   
+  if (par.trans) 
+    fprintf(outf," No Hit                             Prob  E-trans  E-value  Score    SS Cols Query HMM  Template HMM\n");
+  else 
+    fprintf(outf," No Hit                             Prob  E-value  P-value  Score    SS Cols Query HMM  Template HMM\n");
+#else
+  if (par.trans) 
+    fprintf(outf," No Hit                             Prob E-trans E-value  Score    SS Cols Query HMM  Template HMM\n");
+  else 
+    fprintf(outf," No Hit                             Prob E-value P-value  Score    SS Cols Query HMM  Template HMM\n");
+#endif
+
+  Reset();
+  while (!End()) // print hit list
+    {
+      hit = ReadNext();
+      if (nhits>=par.Z) break;       //max number of lines reached?
+      if (nhits>=par.z && hit.Probab < par.p) break;
+      if (nhits>=par.z && hit.Eval > par.E) continue;
+//       if (hit.matched_cols <=1) continue; // adding this might get to intransparent... analogous statement in PrintAlignments
+       nhits++;
+       sprintf(str,"%3i %-30.30s    ",nhits,hit.longname);
+       
+        
+#ifdef WINDOWS      
+       if (par.trans) // Transitive scoring 
+        fprintf(outf,"%-34.34s %5.1f %8.2G %8.2G %6.1f %5.1f %4i ",str,hit.Probab,hit.E1val,hit.Eval,hit.score,hit.score_ss,hit.matched_cols);
+       else // Normal scoring
+        fprintf(outf,"%-34.34s %5.1f %8.2G %8.2G %6.1f %5.1f %4i ",str,hit.Probab,hit.Eval,hit.Pval,hit.score,hit.score_ss,hit.matched_cols);
+#else
+       if (par.trans) // Transitive scoring 
+         fprintf(outf,"%-34.34s %5.1f %7.2G %7.2G %6.1f %5.1f %4i ",str,hit.Probab,hit.E1val,hit.Eval,hit.score,hit.score_ss,hit.matched_cols);
+       else // Normal scoring
+        fprintf(outf,"%-34.34s %5.1f %7.2G %7.2G %6.1f %5.1f %4i ",str,hit.Probab,hit.Eval,hit.Pval,hit.score,hit.score_ss,hit.matched_cols);
+#endif
+
+      sprintf(str,"%4i-%-4i ",hit.i1,hit.i2);
+      fprintf(outf,"%-10.10s",str);
+      sprintf(str,"%4i-%-4i",hit.j1,hit.j2);
+      fprintf(outf,"%-9.9s(%i)\n",str,hit.L);
+   } //end print hit list 
+  fprintf(outf,"\n");
+  if (strcmp(outfile,"stdout")) fclose(outf);
+}
+
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Print alignments of query sequences against hit sequences 
+ */
+int 
+HitList::PrintAlignments(
+
+
+#ifdef CLUSTALO
+                             char **ppcFirstProf, char **ppcSecndProf, 
+#endif
+                             HMM& q, char* outfile, char outformat)
+{
+  Hit hit;
+  FullAlignment qt_ali(par.nseqdis+10); // maximum 10 annotation (pseudo) sequences (ss_dssp, sa_dssp, ss_pred, ss_conf, consens,...)
+  int nhits=0;
+
+#ifndef CLUSTALO_NOFILE
+  FILE* outf=NULL;
+  if (strcmp(outfile,"stdout"))
+    {
+      if (outformat==0)
+       outf=fopen(outfile,"a"); //append to summary hitlist
+      else 
+       outf=fopen(outfile,"w"); //open for writing
+      if (!outf) OpenFileError(outfile);
+    }
+  else
+    outf = stdout;
+#endif
+
+  Reset();
+  while (!End()) // print hit list
+    {
+      if (nhits>=par.B) break;       //max number of lines reached?
+      hit = ReadNext();
+      if (nhits>=par.b && hit.Probab < par.p) break;
+      if (nhits>=par.b && hit.Eval > par.E) continue;
+      //      // adding this might get to intransparent... 
+      //      // analogous statement in PrintHitlist and hhalign.C
+      //       if (hit.matched_cols <=1) continue; 
+      nhits++;
+      
+      // Build double alignment of query against template sequences
+      int iBuildRet = qt_ali.Build(q,hit);  
+      if (iBuildRet != OK){ /* FS, r241 -> r243 */
+          fprintf(stderr, "%s:%s:%d: qt_ali.Build failed\n", 
+                 __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__);
+          return FAILURE;
+      }
+
+#ifndef CLUSTALO
+      // Print out alignment 
+      if (outformat==0) // HHR format
+       {
+         fprintf(outf,"No %-3i\n",nhits);
+         qt_ali.PrintHeader(outf,q,hit);
+         qt_ali.PrintHHR(outf,hit);
+       }
+      else if (outformat==1) // FASTA format
+       {
+         fprintf(outf,"# No %-3i\n",nhits);
+         qt_ali.PrintFASTA(outf,hit);
+       }
+      else if(outformat==2) // A2M format
+       {
+         fprintf(outf,"# No %-3i\n",nhits);
+         qt_ali.PrintA2M(outf,hit);
+       }
+      else // A3m format
+       {
+         fprintf(outf,"# No %-3i\n",nhits);
+         qt_ali.PrintA3M(outf,hit);
+       }       
+#else
+      qt_ali.OverWriteSeqs(ppcFirstProf, ppcSecndProf);
+#endif
+
+      qt_ali.FreeMemory();
+    }
+#ifndef CLUSTALO_NOFILE
+  if (strcmp(outfile,"stdout")) fclose(outf);
+#endif
+
+  return OK;
+
+} /* this is the end of HitList::PrintAlignments() */
+
+
+
+
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Return the ROC_5 score for optimization
+ * (changed 28.3.08 by Michael & Johannes)
+ */
+void 
+HitList::Optimize(HMM& q, char* buffer)
+{
+  const int NFAM =5;   // calculate ROC_5 score 
+  const int NSFAM=5;   // calculate ROC_5 score 
+  int roc=0;           // ROC score
+  int fam=0;           // number of hits from same family (at current threshold)
+  int not_fam=0;       // number of hits not from same family
+  int sfam=0;          // number of hits from same suporfamily (at current threshold)
+  int not_sfam=0;      // number of hits not from same superfamily
+  Hit hit;
+  
+  SortList();
+  Reset();
+  while (!End()) 
+    {
+      hit = ReadNext();
+      if (!strcmp(hit.fam,q.fam)) fam++;       // query and template from same superfamily? => positive
+      else if (not_fam<NFAM) // query and template from different family? => negative
+       {
+         not_fam++;
+         roc += fam;
+       }
+      if (!strcmp(hit.sfam,q.sfam)) sfam++;       // query and template from same superfamily? => positive
+      else if (not_sfam<NSFAM) // query and template from different superfamily?   => negative
+       {
+         not_sfam++;
+         roc += sfam;
+       }
+//       printf("qfam=%s tfam=%s qsfam=%s tsfam=%s  fam=%-2i  not_fam=%3i  sfam=%-3i  not_sfam=%-5i  roc=%-3i\n",q.fam,hit.fam,q.sfam,hit.sfam,fam,not_fam,sfam,not_sfam,roc);
+    }
+
+  // Write ROC score to file or stdout
+  FILE* buf=NULL;
+  if (strcmp(par.buffer,"stdout"))
+    {
+      buf=fopen(buffer,"w");
+      if (!buf) OpenFileError(par.buffer);
+    }
+  else
+    buf = stdout;
+
+  fprintf(buf,"%f\n",float(roc)/float(fam*NFAM+sfam*NSFAM)); // must be between 0 and 1
+  if (v>=2) printf("ROC=%f\n",float(roc)/float(fam*NFAM+sfam*NSFAM)); 
+  fclose(buf);
+} 
+
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Print score distribution into file score_dist
+ */
+void 
+HitList::PrintScoreFile(HMM& q)
+{
+  int i=0, n;
+  FILE* scoref=NULL;
+  Hit hit;
+  Hash<int> twice(10000); // make sure only one hit per HMM is listed
+  twice.Null(-1);      
+
+  if (strcmp(par.scorefile,"stdout"))
+    {
+      scoref=fopen(par.scorefile,"w");
+      if (!scoref)
+       {cerr<<endl<<"WARNING from "<<par.argv[0]<<": could not open \'"<<par.scorefile<<"\'\n"; return;}
+    }
+  else
+    scoref = stdout;
+  Reset();
+  fprintf(scoref,"NAME  %s\n",q.longname);
+  fprintf(scoref,"FAM   %s\n",q.fam);
+  fprintf(scoref,"FILE  %s\n",q.file);
+  fprintf(scoref,"LENG  %i\n",q.L);
+  fprintf(scoref,"\n");
+//fprintf(scoref,"TARGET      REL LEN COL LOG-PVA   S-TOT     MS NALI\n");
+
+//For hhformat, the PROBAB field has to start at position 41 !!
+//                ----+----1----+----2----+----3----+----4----+---- 
+  fprintf(scoref,"TARGET     FAMILY   REL LEN COL LOG-PVA  S-AASS PROBAB SCORE\n");
+  //              d153l__               5 185 185  287.82  464.22 100.00 
+  //              d1qsaa2               3 168 124  145.55  239.22  57.36
+  while (!End()) 
+    {
+      i++;
+      hit = ReadNext();
+      if (twice[hit.name]==1) continue; // better hit with same HMM has been listed already
+      twice.Add(hit.name,1);
+     //if template and query are from the same superfamily
+      if (!strcmp(hit.name,q.name)) n=5;
+      else if (!strcmp(hit.fam,q.fam)) n=4;
+      else if (!strcmp(hit.sfam,q.sfam)) n=3;
+      else if (!strcmp(hit.fold,q.fold)) n=2;
+      else if (!strcmp(hit.cl,q.cl)) n=1;
+      else n=0;
+      fprintf(scoref,"%-10s %-10s %1i %3i %3i %s %7.2f %6.2f %7.2f\n",hit.name,hit.fam,n,hit.L,hit.matched_cols,sprintg(-1.443*hit.logPval,7),-hit.score_aass,hit.Probab,hit.score);     
+    }      
+  fclose(scoref);
+}
+
+
+inline double 
+logPvalue_HHblast(double s, double corr)
+{
+   return -s*(1.0-0.5*corr) + (1.0-corr)*log(1.0+s);
+// return -s*(1.0-0.5*corr) + log( 1.0+(1.0-corr)*s );
+// return -s*(1.0-0.5*corr) + log( 1.0+(1.0-corr)*(1.0-0.5*corr)*s );
+}
+
+inline double 
+Pvalue_HHblast(double s, double corr)
+{
+   return exp(-s*(1.0-0.5*corr)) * pow(1.0+s,1.0-corr);
+// return exp(-s*(1.0-0.5*corr)) * ( 1.0+(1.0-corr)*s );
+// return exp(-s*(1.0-0.5*corr)) * ( 1.0+(1.0-corr)*(1.0-0.5*corr)*s ); 
+}
+
+inline double 
+logLikelihood_HHblast(double s, double corr)
+{
+  if (s<0.0) { s=0.0; if (corr<1E-5) corr=1E-5; else if (corr>0.99999) corr=0.99999; } 
+  else       {        if (corr<0.0)  corr=0.0;  else if (corr>1.0) corr=1.0; }
+  return -s*(1.0-0.5*corr) - corr*log(1.0+s) + log(s*(1.0-0.5*corr)+0.5*corr);
+  // return -s*(1.0-0.5*corr) + log( s*(1.0-corr)*(1.0-0.5*corr)+0.5*corr );
+  // return -s*(1.0-0.5*corr) + log((s*(1.0-corr)*(1.0-0.5*corr)+corr)*(1.0-0.5*corr));
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Evaluate the *negative* log likelihood for the order statistic of the uniform distribution
+ * for the best 10% of hits (vertex v = (corr,offset) )
+ *  The k'th order statistic for X~Uniform is p:=X^(k)~Beta(k,n-k+1) = const*p^(k-1)*(1-p)^(n-k)
+ * Needed to fit the correlation and score offset in HHblast
+*/
+double 
+HitList::RankOrderFitCorr(double* v)
+{  
+  double sum=0.0;
+//   printf("%8.2G  %8.2G  %i\n",v[0],v[1],Nprof);
+  int i1 = imin(Nprof,imax(50,int(0.05*Nprof)));
+  for (int i=0; i<i1; i++)
+    {
+      double p = Pvalue_HHblast(score[i]+v[1],v[0]);
+//       sum -= (1.0-double(i)/double(i1)) * weight[i] * ( double(i)*log(p) + (Nprof-i-1.0)*log(1.0-p) );
+      float diff = p-(float(i)+1.0)/(Nprof+1.0);
+      sum += (1.0-double(i)/double(i1)) * weight[i]*diff*diff*(Nprof+1.0)*(Nprof+1.0)*(Nprof+2.0)/(i+10.0)/(Nprof-i);
+//       printf("%-3i  Pval=%7.5f  Preal=%7.5f  diff=%7.5f  sum=%7.5f\n",i,p,float(i+1)/(1.0+Nprof),diff,sum);
+    }
+  return sum;
+}
+
+/**
+ * @brief Static wrapper-function for calling the nonstatic member function RankOrderFitCorr() 
+ * ( see http://www.newty.de/fpt/callback.html#member )
+ */
+double 
+HitList::RankOrderFitCorr_static(void* pt2hitlist, double* v)
+{
+  HitList* mySelf = (HitList*) pt2hitlist;  // explicitly cast to a pointer to Hitlist
+  return mySelf->RankOrderFitCorr(v); // call member function
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Evaluate the *negative* log likelihood of the data at the vertex v = (corr,offset)
+ * Needed to fit the correlation and score offset in HHblast
+ */
+double 
+HitList::LogLikelihoodCorr(double* v)
+{  
+  double sum=0.0;
+//   printf("%8.2G  %8.2G  %i\n",v[0],v[1],Nprof);
+  for (int i=0; i<Nprof; i++)
+    {
+      sum -= weight[i]*logLikelihood_HHblast(score[i]+v[1],v[0]);
+//    printf("%-3i  Pval=%7.5f  Preal=%7.5f  diff=%7.5f  rmsd=%7.5f  sum=%7.5f\n",i,Pvalue_HHblast(score[i],v[0]),float(i)/(1.0+Nprof),x,sqrt(sum/sumw),sum);
+    }
+  return sum;
+}
+
+/**
+ * @brief Static wrapper-function for calling the nonstatic member function LogLikelihoodCorr() 
+ * ( see http://www.newty.de/fpt/callback.html#member )
+ */
+double 
+HitList::LogLikelihoodCorr_static(void* pt2hitlist, double* v)
+{
+  HitList* mySelf = (HitList*) pt2hitlist;  // explicitly cast to a pointer to Hitlist
+  return mySelf->LogLikelihoodCorr(v); // call member function
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/** 
+ * @brief Evaluate the *negative* log likelihood of the data at the vertex v = (lamda,mu)
+ *    p(s) = lamda * exp{ -exp[-lamda*(s-mu)] - lamda*(s-mu) } = lamda * exp( -exp(-x) - x) 
+ */
+double 
+HitList::LogLikelihoodEVD(double* v)
+{  
+  double sum=0.0, sumw=0.0;
+  for (int i=0; i<Nprof; i++)
+    {
+      double x = v[0]*(score[i]-v[1]);
+      sum += weight[i]*(exp(-x)+x);
+      sumw += weight[i];
+    }
+  return sum - sumw*log(v[0]);
+}
+
+/**
+ * @brief Static wrapper-function for calling the nonstatic member function LogLikelihoodEVD() 
+ * ( see http://www.newty.de/fpt/callback.html#member )
+ */
+double 
+HitList::LogLikelihoodEVD_static(void* pt2hitlist, double* v)
+{
+  HitList* mySelf = (HitList*) pt2hitlist; // explicitly cast to a pointer to Hitlist
+  return mySelf->LogLikelihoodEVD(v);                // call member function
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Subroutine to FindMin: try new point given by highest point ihigh and fac and replace ihigh if it is lower 
+ */
+double 
+HitList::TryPoint(const int ndim, double* p, double* y, double* psum, int ihigh, double fac, double (*Func)(void* pt2hitlist, double* v))
+{
+  // New point p_try = p_c + fac*(p_high-p_c),
+  // where p_c = ( sum_i (p_i) - p_high)/ndim is the center of ndim other points
+  // => p_try = fac1*sum_i(p_i) + fac2*p_high
+  double fac1=(1.-fac)/ndim;
+  double fac2=fac-fac1;
+  double ptry[ndim];   //new point to try out
+  double ytry;         //function value of new point 
+  int j;               //index for the ndim parameters
+
+  for (j=0; j<ndim; j++)
+    ptry[j]=psum[j]*fac1+p[ihigh*ndim+j]*fac2;
+  ytry = (*Func)(this,ptry);
+  if (ytry<=y[ihigh]) 
+    {
+//       if (v>=4) printf("Trying:                  %-7.3f %-7.3f %-7.3f -> accept\n",ptry[0],ptry[1],ytry);
+      y[ihigh]=ytry;
+      for (j=0; j<ndim; j++)
+       {
+         psum[j] += ptry[j]-p[ihigh*ndim+j]; //update psum[j]
+         p[ihigh*ndim+j]=ptry[j];            //replace p[ihigh] with ptry
+       }                                     //Note: ihigh is now not highest point anymore!
+    }
+//   else if (v>=4) printf("Trying:                  %-7.3f %-7.3f %-7.3f -> reject\n",ptry[0],ptry[1],ytry);
+
+  return ytry;
+}
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Find minimum with simplex method of Nelder and Mead (1965)
+ */
+float 
+HitList::FindMin(const int ndim, double* p, double* y, double tol, int& nfunc, double (*Func)(void* pt2hitlist, double* v))
+{
+  const int MAXNFUNC=99; //maximum allowed number of function evaluations
+  int ihigh;    //index of highest point on simplex
+  int inext;    //index of second highest point on simplex
+  int ilow;     //index of lowest point on simplex
+  int i;        //index for the ndim+1 points
+  int j;        //index for the ndim parameters
+  double rtol;  //tolerance: difference of function value between highest and lowest point of simplex
+  double temp;   //dummy
+  double ytry;   //function value of trial point
+  double psum[ndim]; //psum[j] = j'th coordinate of sum vector (sum over all vertex vectors)
+
+  nfunc=0;    //number of function evaluations =0
+  //Calculate sum vector psum[j]
+  for (j=0; j<ndim; j++)
+    {
+      psum[j]=p[j];
+      for (i=1; i<ndim+1; i++)
+       psum[j]+=p[i*ndim+j];
+    }
+  
+  // Repeat finding better points in simplex until rtol<tol
+  while(1)
+    {
+      // Find indices for highest, next highest and lowest point
+      ilow=0;
+      if (y[0]>y[1]) {inext=1; ihigh=0;} else {inext=0; ihigh=1;}
+      for (i=0; i<ndim+1; i++)
+       {
+         if (y[i]<=y[ilow]) ilow=i;
+         if (y[i]>y[ihigh]) {inext=ihigh; ihigh=i;}
+         else if (y[i]>y[inext] && i!= ihigh) inext=i;
+       }
+      
+      // If tolerance in y is smaller than tol swap lowest point to index 0 and break -> return
+      rtol = 2.*fabs(y[ihigh]-y[ilow]) / (fabs(y[ihigh])+fabs(y[ilow])+1E-10);
+      if (rtol<tol) 
+       {
+         temp=y[ilow]; y[ilow]=y[0]; y[0]=temp;
+         for (j=0; j<ndim; j++)
+           {
+             temp=p[ilow*ndim+j]; p[ilow*ndim+j]=p[j]; p[j]=temp; 
+           }
+         break;
+       }
+
+      // Max number of function evaluations exceeded?
+      if (nfunc>=MAXNFUNC ) 
+       {
+         if (v) fprintf(stderr,"\nWARNING: maximum likelihood fit of score distribution did not converge.\n");
+         return 1;
+       }
+
+      nfunc+=2;
+      // Point-reflect highest point on the center of gravity p_c of the other ndim points of the simplex
+      if (v>=3) printf("%3i  %-7.3f  %-7.3f %-12.8f %-9.3E\n",nfunc,p[ilow*ndim],p[ilow*ndim+1],y[ilow],rtol);
+//       if (v>=2) printf("           %3i %-9.3E   %-7.3f %-7.3f %-7.3f   %-7.3f %-7.3f %-7.3f   %-7.3f %-7.3f %-7.3f\n",nfunc,rtol,p[ilow*ndim],p[ilow*ndim+1],y[ilow],p[inext*ndim],p[inext*ndim+1],y[inext],p[ihigh*ndim],p[ihigh*ndim+1],y[ihigh]);
+      ytry = TryPoint(ndim,p,y,psum,ihigh,-1.0,Func); //reflect highest point on p_c 
+
+      if (ytry<=y[ilow])  
+       {
+         ytry = TryPoint(ndim,p,y,psum,ihigh,2.0,Func); //expand: try new point 2x further away from p_c
+//       if (v>=2) printf("Expanded:  %3i %-9.3E   %-7.3f %-7.3f %-7.3f   %-7.3f %-7.3f %-7.3f   %-7.3f %-7.3f %-7.3f\n",nfunc,rtol,p[ilow*ndim],p[ilow*ndim+1],y[ilow],p[inext*ndim],p[inext*ndim+1],y[inext],p[ihigh*ndim],p[ihigh*ndim+1],y[ihigh]);
+       }
+      else if (ytry>=y[inext]) 
+       {
+         // The new point is worse than the second worst point
+         temp=y[ihigh];
+         ytry=TryPoint(ndim,p,y,psum,ihigh,0.5,Func); //contract simplex by 0.5 along (p_high-p_c
+//       if (v>=2) printf("Compressed:%3i %-9.3E   %-7.3f %-7.3f %-7.3f   %-7.3f %-7.3f %-7.3f   %-7.3f %-7.3f %-7.3f\n",nfunc,rtol,p[ilow*ndim],p[ilow*ndim+1],y[ilow],p[inext*ndim],p[inext*ndim+1],y[inext],p[ihigh*ndim],p[ihigh*ndim+1],y[ihigh]);
+         if (ytry>=temp) 
+           {
+             // Trial point is larger than worst point => contract simplex by 0.5 towards lowest point
+             for (i=0; i<ndim+1; i++)
+               {
+                 if (i!=ilow)
+                   {
+                     for (j=0; j<ndim; j++)
+                       p[i*ndim+j]=0.5*(p[i*ndim+j]+p[ilow+j]);
+                     y[i] = (*Func)(this,p+i*ndim);
+//                   y[i] = (*Func)(p+i*ndim);
+                   }
+               }
+             nfunc+=ndim;
+//           if (v>=2) printf("Contracted:%3i %-9.3E   %-7.3f %-7.3f  %-7.3f  %-7.3f %-7.3f  %-7.3f  %-7.3f %-7.3f  %-7.3f\n",nfunc,rtol,p[ilow*ndim],p[ilow*ndim+1],y[ilow],p[inext*ndim],p[inext*ndim+1],y[inext],p[ihigh*ndim],p[ihigh*ndim+1],y[ihigh]);
+
+             //Calculate psum[j]
+             for (j=0; j<ndim; j++)
+               {
+                 psum[j]=p[j];
+                 for (i=1; i<ndim+1; i++)
+                   psum[j]+=p[i*ndim+j];
+               }
+           }
+       }
+      else nfunc--;
+    }
+  return (float)rtol;
+}
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Do a maximum likelihod fit of the scores with an EV distribution with parameters lamda and mu 
+ */
+void 
+HitList::MaxLikelihoodEVD(HMM& q, int nbest)
+{  
+  double tol=1E-6;                 // Maximum relative tolerance when minimizing -log(P)/N (~likelihood)
+  static char first_call=1;
+  static Hash<int> size_fam(MAXPROF/10);  // Hash counts number of HMMs in family
+  static Hash<int> size_sfam(MAXPROF/10); // Hash counts number of families in superfamily
+  Hash<int> excluded(50);          // Hash containing names of superfamilies to be excluded from fit
+  size_fam.Null(0);                // Set int value to return when no data can be retrieved
+  size_sfam.Null(0);               // Set int value to return when no data can be retrieved
+  excluded.Null(0);                // Set int value to return when no data can be retrieved
+  Hit hit; 
+
+  double mu;                       // EVD[mu,lam](x) = exp(-exp(-(x-mu)/lam)) = P(score<=x)
+  double vertex[2*3];              // three vertices of the simplex in lamda-mu plane
+  double yvertex[3];               // log likelihood values at the three vertices of the simplex
+  int nfunc=0;                     // number of function calls
+  double sum_weights=0.0;
+  float sum_scores=0.0;
+  float rtol;
+
+  if (first_call==1) 
+    {
+      first_call=0;
+      // Count how many HMMs are in each family; set number of multiple hits per template nrep 
+      if (v>=4) printf("  count number of profiles in each family and families in each superfamily ...\n");
+      Reset();
+      while (!End()) 
+       {
+         hit = ReadNext();
+         if (!size_fam.Contains(hit.fam)) (*size_sfam(hit.sfam))++; //Add one to hash element for superfamily 
+        (*size_fam(hit.fam))++;              //Add one to hash element for family 
+         //      printf("size(%s)=%i name=%s\n",hit.fam,*size_fam(hit.fam),hit.name)
+       }
+      fams=size_fam.Size();
+      sfams=size_sfam.Size();
+      if (v>=3) 
+       printf("%-3i HMMs from %i families and %i superfamilies searched. Found %i hits\n",N_searched,fams,sfams,Size());
+    }
+
+  // Query has SCOP family identifier?
+  if (q.fam && q.fam[0]>='a' && q.fam[0]<='k' && q.fam[1]=='.')
+    { 
+      char sfamid[NAMELEN];
+      char* ptr_in_fam=q.fam;
+      while ((ptr_in_fam=strwrd(sfamid,ptr_in_fam,'-')))
+       {
+         char* ptr=strrchr(sfamid,'.');
+         if (ptr) *ptr='\0';
+         excluded.Add(sfamid); 
+//       fprintf(stderr,"Exclude SCOP superfamily %s  ptr_in_fam='%s'\n",sfamid,ptr_in_fam);
+      }
+    }
+  // Exclude best superfamilies from fit
+  else if (nbest>0) 
+    {
+      if (sfams<97+nbest) return;
+
+      // Find the nbest best-scoring superfamilies for exclusion from first ML fit
+      if (v>=4) printf("  find %i best-scoring superfamilies to exclude from first fit  ...\n",nbest);
+      hit = Smallest();
+      excluded.Add(hit.sfam);
+//       printf("Exclude in first round: %s %8.2f %s\n",hit.name,hit.score_aass,hit.sfam);
+      while (excluded.Size()<nbest)
+       {
+         Reset();
+         while (!End() && excluded.Contains(ReadNext().sfam)) ;
+         hit=ReadCurrent();
+         while (!End()) 
+           {
+             if (ReadNext()<hit && !excluded.Contains(ReadCurrent().sfam)) 
+               hit=ReadCurrent();
+           }
+         excluded.Add(hit.sfam);
+//       printf("Exclude in first round: %s %8.2f %s %i %i\n",hit.name,hit.score_aass,hit.sfam,excluded.Size(),excluded.Contains(hit.sfam));
+       }
+      tol = 0.01/size_sfam.Size(); // tol=1/N would lead to delta(log-likelihood)~1 (where N ~ number of superfamilies) since (1+1/N)^N = e
+    } 
+  else 
+    {
+      // Find the best-scoring superfamilies from first fit for exclusion from second ML fit
+      if (v>=4) printf("  find best-scoring superfamilies to exclude from second fit  ...\n");
+      Reset();
+      while (!End()) 
+       {
+         hit = ReadNext();
+         if (hit.Eval < 0.05) excluded.Add(hit.sfam); // changed from 0.5 !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
+       }
+      tol = 0.001/size_sfam.Size(); // tol=1/N would lead to delta(log-likelihood)~1 (where N ~ number of superfamilies) since (1+1/N)^N = e
+    }
+
+  // Put scores into score[] and weights into weight[]
+  if (v>=3) printf("  generate scores and weights array for ML fitting ...\n");
+  Nprof=0;
+  Reset();
+  while (!End()) 
+    {
+      hit = ReadNext();
+      if (hit.irep > 1) continue;                   //Use only best hit per template
+      if (Nprof>=MAXPROF) break;
+
+      char sfamid[NAMELEN];
+      char* ptr_in_fam=hit.fam;
+      while ((ptr_in_fam=strwrd(sfamid,ptr_in_fam,'-')))
+      {
+       char* ptr=strrchr(sfamid,'.');
+       if (ptr) *ptr='\0';
+       if (excluded.Contains(sfamid)) break;    //HMM is among superfamilies to be excluded 
+      }
+      if (excluded.Contains(sfamid)) {
+       if (v>=3) fprintf(stderr,"Exclude hit %s (family %s contains %s)\n",hit.name,hit.fam,sfamid); 
+       continue;
+      }
+//       ScopID(hit.cl,hit.fold,hit.sfam,hit.fam);     //Get scop superfamily code for template
+//       if (*hit.sfam=='\0' || excluded.Contains(hit.sfam)) continue;    // skip HMM
+
+      score[Nprof] = hit.score;
+      weight[Nprof]=1./size_fam[hit.fam]/size_sfam[hit.sfam];
+      sum_scores +=hit.score*weight[Nprof];
+      sum_weights+=weight[Nprof];
+
+      //DEBUG
+//       if (v>=4) printf("%-10.10s   %-12.12s %-3i   %-12.12s %-3i   %6.4f   %6.4f  %7.1f\n",hit.name,hit.fam,size_fam[hit.fam],hit.sfam,size_sfam[hit.sfam],1./size_fam[hit.fam]/size_sfam[hit.sfam],sum,hit.score);
+      Nprof++;
+    }
+  //DEBUG
+  if (v>=3) 
+    printf("%i hits used for score distribution\n",Nprof);
+   // for (int i=0; i<Nprof; i++) printf("%3i  score=%8.3f  weight=%7.5f\n",i,score[i],weight[i]);
+
+  // Set simplex vertices and function values
+  mu = sum_scores/sum_weights - 0.584/LAMDA;
+  if (par.loc) // fit only in local mode; in global mode use fixed value LAMDA and mu mean score
+    {
+      double (*Func)(void*, double*); 
+      Func = HitList::LogLikelihoodEVD_static;
+
+      if (nbest>0) {vertex[0]=LAMDA;   vertex[1]=mu;}  /////////////////////////////////////////// DEBUG
+      else         {vertex[0]=q.lamda; vertex[1]=mu;}
+      vertex[2]=vertex[0]+0.1; vertex[3]=vertex[1]; 
+      vertex[4]=vertex[0];     vertex[5]=vertex[1]+0.2; 
+      yvertex[0]=Func(this,vertex  );
+      yvertex[1]=Func(this,vertex+2);
+      yvertex[2]=Func(this,vertex+4);
+
+      // Find lam and mu that minimize negative log likelihood of data
+      if (v>=3) printf("Fitting to EVD by maximum likelihood...\niter lamda       mu    -log(P)/N   tol\n");
+      rtol = FindMin(2,vertex,yvertex,tol,nfunc,Func);
+      if (v>=3) printf("%3i  %-7.3f  %-7.2f     %-7.3f %-7.1E\n\n",nfunc,vertex[0],vertex[1],yvertex[0]-(1.5772-log(vertex[0])),rtol);
+//       printf("HHsearch lamda=%-6.3f   mu=%-6.3f\n",vertex[0],vertex[1]);
+    }
+  else 
+    {
+      vertex[0]=LAMDA_GLOB; vertex[1]=mu; 
+    }
+  
+  // Set lamda and mu of profile
+  q.lamda = vertex[0]; 
+  q.mu = vertex[1];
+
+  // Set P-values and E-values
+  // CHECK UPDATE FROM score=-logpval to score=-logpval+SSSCORE2NATLOG*score_ss !!!!
+  Reset();
+  while (!End()) 
+    {
+      hit = ReadNext();
+      
+      // Calculate total score in raw score units: P-value = 1- exp(-exp(-lamda*(Saa-mu))) 
+      hit.weight=1./size_fam[hit.fam]/size_sfam[hit.sfam];   // needed for transitive scoring
+      hit.logPval = logPvalue(hit.score,vertex);
+      hit.Pval=Pvalue(hit.score,vertex);
+      hit.Eval=exp(hit.logPval+log(N_searched));
+//    hit.score_aass = hit.logPval/0.45-3.0 - hit.score_ss;  // median(lamda)~0.45, median(mu)~4.0 in EVDs for scop20.1.63 HMMs
+      hit.score_aass = -q.lamda*(hit.score-q.mu)/0.45-3.0 - fmin(hit.score_ss,fmax(0.0,0.5*hit.score-5.0)); // median(lamda)~0.45, median(mu)~3.0 in EVDs for scop20.1.63 HMMs
+      hit.Probab = Probab(hit);
+      if (nbest>0 && par.loc) // correct length correction (not needed for second round of fitting, since lamda very similar)
+       if (par.idummy==0) ////////////////////////////////////////////
+         hit.score += log(q.L*hit.L)*(1/LAMDA-1/vertex[0]);
+      hit.score_sort = hit.score_aass;
+      Overwrite(hit);                     // copy hit object into current position of hitlist
+
+      if (nbest==0 && par.trans==1)       // if in transitive scoring mode (weights file given)
+       TransitiveScoring();
+      else if (nbest==0 && par.trans==2)  // if in transitive scoring mode (weights file given)
+       TransitiveScoring2();
+      else if (nbest==0 && par.trans==3)  // if in transitive scoring mode (weights file given)
+       TransitiveScoring3();
+      else if (nbest==0 && par.trans==4)  // if in transitive scoring mode (weights file given)
+       TransitiveScoring4();
+    }
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Calculate correlation and score offset for HHblast composite E-values 
+ */
+void 
+HitList::CalculateHHblastCorrelation(HMM& q)
+{
+  int nfunc=0;                     // number of function calls
+  double tol;                      // Maximum relative tolerance when minimizing -log(P)/N (~likelihood)
+  double vertex[2*3];              // three vertices of the simplex in lamda-mu plane
+  double yvertex[3];               // log likelihood values at the three vertices of the simplex
+  Hit hit; 
+  Hash<int> excluded(50);          // Hash containing names of superfamilies to be excluded from fit
+  excluded.Null(0);                // Set int value to return when no data can be retrieved
+  
+  // Set sum of HHsearch and PSI-BLAST score for calculating correlation 
+  Reset();
+  while (!End()) 
+    {
+      hit = ReadNext();
+      hit.score_sort = hit.logPval + blast_logPvals->Show(hit.name); // if template not in hash, return log Pval = 0, i.e. Pvalue = 1!
+      Overwrite(hit);   // copy hit object into current position of hitlist
+    }
+  
+  // Query has SCOP family identifier?
+  if (q.fam && q.fam[0]>='a' && q.fam[0]<='k' && q.fam[1]=='.')
+    { 
+      char sfamid[NAMELEN];
+      char* ptr_in_fam=q.fam;
+      while ((ptr_in_fam=strwrd(sfamid,ptr_in_fam,'-')))
+       {
+         char* ptr=strrchr(sfamid,'.');
+         if (ptr) *ptr='\0';
+         excluded.Add(sfamid); 
+         fprintf(stderr,"Exclude SCOP superfamily %s  ptr_in_fam='%s'\n",sfamid,ptr_in_fam);
+      }
+    }
+
+  // Resort list by sum of log P-values
+  ResortList(); // use InsertSort to resort list according to sum of minus-log-Pvalues
+  Nprof=0;
+  Reset();
+  ReadNext(); // skip best hit
+  while (!End()) 
+    {
+      hit = ReadNext();
+      if (hit.irep>=2) continue; // use only best alignments
+//       if (hit.Eval<0.005) {if (v>=3) printf("Fitting HHblast correlation coefficient: skipping %s with Evalue=%9.1g\n",hit.name,hit.Eval); continue;}
+      if (Nprof>=MAXPROF) break;
+
+      char sfamid[NAMELEN];
+      char* ptr_in_fam=hit.fam;
+      while ((ptr_in_fam=strwrd(sfamid,ptr_in_fam,'-')))
+      {
+       char* ptr=strrchr(sfamid,'.');
+       if (ptr) *ptr='\0';
+       if (excluded.Contains(sfamid)) break;    //HMM is among superfamilies to be excluded 
+      }
+      if (excluded.Contains(sfamid)) {
+       if (v>=1) fprintf(stderr,"Exclude hit %s (family %s contains %s)\n",hit.name,hit.fam,sfamid); 
+       continue;
+      }
+      score[Nprof]  = -hit.score_sort;
+      weight[Nprof] = 1.0; // = hit.weight;
+//       printf("%3i  %-12.12s  %7.3f + %7.3f = %7.3f \n",Nprof,hit.name,hit.logPval,blast_logPvals->Show(hit.name),-hit.score_sort); //////////////////////
+      printf("%3i  %7.3f %7.3f\n",Nprof,hit.Pval,exp(blast_logPvals->Show(hit.name))); //////////////////////
+      Nprof++;
+    }
+  
+  // Fit correlation
+  vertex[0]=0.5;           vertex[1]=0.2;
+  vertex[2]=vertex[0]+0.2; vertex[3]=vertex[1]; 
+  vertex[4]=vertex[0];     vertex[5]=vertex[1]+0.2; 
+
+  yvertex[0]=RankOrderFitCorr(vertex  );
+  yvertex[1]=RankOrderFitCorr(vertex+2);
+  yvertex[2]=RankOrderFitCorr(vertex+4);
+//   yvertex[0]=LogLikelihoodCorr(vertex  );
+//   yvertex[1]=LogLikelihoodCorr(vertex+2);
+//   yvertex[2]=LogLikelihoodCorr(vertex+4);
+  tol = 1e-6;
+  v=3;//////////////////////////////////
+  // Find correlation and offset that minimize mean square deviation of reported composite Pvalues from actual
+  if (v>=2) printf("Fitting correlation coefficient for HHblast...\niter  corr       offset logLikelihood  tol\n");
+  float rtol = FindMin(2,vertex,yvertex,tol,nfunc, HitList::RankOrderFitCorr_static);
+  if (v>=2) printf("%3i  %-7.3f  %-7.2f     %-7.3f %-7.1E\n\n",nfunc,vertex[0],vertex[1],yvertex[0],rtol);
+  if (vertex[0]<0) vertex[0]=0.0;
+
+  // Print correlation and offset for profile
+  printf("HHblast correlation=%-6.3f   score offset=%-6.3f\n",vertex[0],vertex[1]);
+  v=2;//////////////////////////////////
+}
+
+
+/**
+ * @brief Calculate HHblast composite E-values 
+ */
+inline double 
+corr_HHblast(float Nq, float Nt)
+{
+  return 0.5;
+}
+
+/**
+ * @brief Calculate HHblast composite E-values 
+ */
+inline double 
+offset_HHblast(float Nq, float Nt)
+{
+  return 0.0;
+}
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Calculate HHblast composite E-values 
+ */
+void 
+HitList::CalculateHHblastEvalues(HMM& q)
+{
+  Hit hit; 
+  float corr, offset;  // correlation coefficient and offset for calculating composite HHblast P-values  
+
+  Reset();
+  while (!End()) 
+    {
+      hit = ReadNext();
+      corr = corr_HHblast(q.Neff_HMM,hit.Neff_HMM);
+      offset = offset_HHblast(q.Neff_HMM,hit.Neff_HMM);
+      hit.score_sort = hit.logPval + blast_logPvals->Show(hit.name);
+      hit.logPval = logPvalue_HHblast(-hit.score_sort+offset,corr); // overwrite logPval from HHsearch with composite logPval from HHblast
+      hit.Pval = Pvalue_HHblast(-hit.score_sort+offset,corr);  // overwrite P-value from HHsearch with composite P-value from HHblast
+      hit.Eval = exp(hit.logPval+log(N_searched));             // overwrite E-value from HHsearch with composite E-value from HHblast
+      hit.Probab = Probab(hit);
+      Overwrite(hit);   // copy hit object into current position of hitlist
+    }
+  ResortList(); // use InsertSort to resort list according to sum of minus-log-Pvalues
+}
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Read file generated by blastpgp (default output) and store P-values in hash
+ */
+void 
+HitList::ReadBlastFile(HMM& q)
+{
+  char line[LINELEN]="";    // input line
+  int Ndb;       // number of sequences in database
+  int Ldb=0;     // size of database in number of amino acids
+  char* templ;
+  int i;
+  if (!blast_logPvals) { blast_logPvals = new(Hash<float>); blast_logPvals->New(16381,0); }
+  
+  FILE* blaf = NULL;
+  if (!strcmp(par.blafile,"stdin")) blaf=stdin;
+  else
+    {
+      blaf = fopen(par.blafile,"rb");
+      if (!blaf) OpenFileError(par.blafile);
+    }
+  
+  // Read number of sequences and size of database
+  while (fgetline(line,LINELEN-1,blaf) && !strstr(line,"sequences;"));
+  if (!strstr(line,"sequences;")) FormatError(par.blafile,"No 'Database:' string found.");
+  char* ptr=line;
+  Ndb = strint(ptr);
+  if (Ndb==INT_MIN) FormatError(par.blafile,"No integer for number of sequences in database found.");
+  while ((i=strint(ptr))>INT_MIN) Ldb = 1000*Ldb + i;
+  if (Ldb==0) FormatError(par.blafile,"No integer for size of database found.");
+  printf("\nNumber of sequences in database = %i    Size of database = %i\n",Ndb,Ldb);
+
+  // Read all E-values and sequence lengths
+  while (fgetline(line,LINELEN-1,blaf))
+    {
+      if (line[0]=='>')
+       {
+         // Read template name
+         templ = new(char[255]);
+         ptr = line+1;
+         strwrd(templ,ptr); 
+         if (!blast_logPvals->Contains(templ)) // store logPval only for best HSP with template 
+           {
+             // Read length
+             while (fgetline(line,LINELEN-1,blaf) && !strstr(line,"Length ="));
+             ptr = line+18;
+             int length = strint(ptr);
+             // Read E-value
+             fgetline(line,LINELEN-1,blaf);
+             fgetline(line,LINELEN-1,blaf);
+             float EvalDB; // E-value[seq-db]  = Evalue for comparison Query vs. database, from PSI-BLAST
+             float EvalQT; // E-value[seq-seq] = Evalue for comparison Query vs. template (seq-seq)
+             double logPval;
+             ptr = strstr(line+20,"Expect =");
+             if (!ptr) FormatError(par.blafile,"No 'Expect =' string found.");
+             if (sscanf(ptr+8,"%g",&EvalDB)<1) 
+               {
+                 ptr[7]='1';
+                 if (sscanf(ptr+7,"%g",&EvalDB)<1) 
+                   FormatError(par.blafile,"No Evalue found after 'Expect ='.");
+               }
+             // Calculate P-value[seq-seq] = 1 -  exp(-E-value[seq-seq]) = 1 - exp(-Lt/Ldb*E-value[seq-db])
+             EvalQT = length/double(Ldb)*double(EvalDB);
+             if (EvalQT>1E-3) logPval = log(1.0-exp(-EvalQT)); else logPval=log(double(EvalQT)+1.0E-99); 
+             blast_logPvals->Add(templ,logPval);
+             printf("template=%-10.10s  length=%-3i  EvalDB=%8.2g  EvalQT=%8.2g  P-value=%8.2g log Pval=%8.2g\n",templ,length,EvalDB,EvalQT,exp(logPval),logPval);
+           } 
+         else {
+           delete[] templ; templ = NULL;
+         }
+       }
+    }
+  fclose(blaf);
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Calculate output of hidden neural network units
+ */
+inline float 
+calc_hidden_output(const float* weights, const float* bias, float Lqnorm, float Ltnorm, float Nqnorm, float Ntnorm)
+{
+  float res;
+  // Calculate activation of hidden unit = sum of all inputs * weights + bias
+  res = Lqnorm*weights[0] + Ltnorm*weights[1] + Nqnorm*weights[2] + Ntnorm*weights[3] + *bias;
+  res = 1.0 / (1.0 + exp(-(res ))); // logistic function
+  return res;
+}
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Neural network regressions of lamda for EVD
+ */
+inline float 
+lamda_NN(float Lqnorm, float Ltnorm, float Nqnorm, float Ntnorm)
+{
+  const int inputs = 4;
+  const int hidden = 4;
+  const float biases[] = {-0.73195, -1.43792, -1.18839, -3.01141}; // bias for all hidden units
+  const float weights[] = { // Weights for the neural networks (column = start unit, row = end unit)
+    -0.52356, -3.37650, 1.12984, -0.46796,
+    -4.71361, 0.14166, 1.66807, 0.16383,
+    -0.94895, -1.24358, -1.20293, 0.95434,
+    -0.00318, 0.53022, -0.04914, -0.77046,
+    2.45630, 3.02905, 2.53803, 2.64379
+  };
+  float lamda=0.0;
+  for (int h = 0; h<hidden; h++) {
+    lamda += calc_hidden_output( weights+inputs*h, biases+h, Lqnorm,Ltnorm,Nqnorm,Ntnorm ) * weights[hidden*inputs+h]; 
+  }
+  return lamda;
+}
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Neural network regressions of mu for EVD
+ */
+inline float 
+mu_NN(float Lqnorm, float Ltnorm, float Nqnorm, float Ntnorm)
+{
+  const int inputs = 4;
+  const int hidden = 6;
+  const float biases[] = {-4.25264, -3.63484, -5.86653, -4.78472, -2.76356, -2.21580};  // bias for all hidden units
+  const float weights[] = { // Weights for the neural networks (column = start unit, row = end unit)
+    1.96172, 1.07181, -7.41256, 0.26471, 
+    0.84643, 1.46777, -1.04800, -0.51425,
+    1.42697, 1.99927, 0.64647, 0.27834,
+    1.34216, 1.64064, 0.35538, -8.08311,
+    2.30046, 1.31700, -0.46435, -0.46803,
+    0.90090, -3.53067, 0.59212, 1.47503,
+    -1.26036, 1.52812, 1.58413, -1.90409, 0.92803, -0.66871
+  };
+  float mu=0.0;
+  for (int h = 0; h<hidden; h++) { 
+    mu += calc_hidden_output( weights+inputs*h, biases+h, Lqnorm,Ltnorm,Nqnorm,Ntnorm ) * weights[hidden*inputs+h]; 
+  }
+  return 20.0*mu;
+}
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Calculate Pvalues as a function of query and template lengths and diversities
+ */
+void 
+HitList::CalculatePvalues(HMM& q)
+{  
+  Hit hit; 
+  float lamda=0.4, mu=3.0;
+  const float log1000=log(1000.0);
+
+  if (par.idummy!=2) 
+    {
+      printf("WARNING: idummy should have been ==2 (no length correction)\n");
+      exit(4); 
+    }
+
+  if(N_searched==0) N_searched=1;
+  if (v>=2) 
+    printf("Calculate Pvalues as a function of query and template lengths and diversities...\n");
+  Reset();
+  while (!End()) 
+    {
+      hit = ReadNext();
+
+      if (par.loc)
+       {
+         lamda = lamda_NN( log(q.L)/log1000, log(hit.L)/log1000, q.Neff_HMM/10.0, hit.Neff_HMM/10.0 ); 
+         mu    =    mu_NN( log(q.L)/log1000, log(hit.L)/log1000, q.Neff_HMM/10.0, hit.Neff_HMM/10.0 ); 
+//       if (v>=3 && nhits++<20) 
+//          printf("hit=%-10.10s Lq=%-4i  Lt=%-4i  Nq=%5.2f  Nt=%5.2f  =>  lamda=%-6.3f  mu=%-6.3f\n",hit.name,q.L,hit.L,q.Neff_HMM,hit.Neff_HMM,lamda,mu);
+       }
+      else 
+       {
+         printf("WARNING: global calibration not yet implemented!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!\n");
+       }
+      hit.logPval = logPvalue(hit.score,lamda,mu);
+      hit.Pval    = Pvalue(hit.score,lamda,mu);
+      hit.Eval=exp(hit.logPval+log(N_searched));
+//    hit.score_aass = hit.logPval/LAMDA-3.0 - hit.score_ss;  // median(lamda)~0.45, median(mu)~3.0 in EVDs for scop20.1.63 HMMs
+      // P-value = 1- exp(-exp(-lamda*(Saa-mu))) => -lamda*(Saa-mu) = log(-log(1-Pvalue))
+      hit.score_aass = (hit.logPval<-10.0? hit.logPval : log(-log(1-hit.Pval)) )/0.45 - fmin(lamda*hit.score_ss,fmax(0.0,0.2*(hit.score-8.0)))/0.45 - 3.0;
+      hit.score_sort = hit.score_aass;
+      hit.Probab = Probab(hit);
+      Overwrite(hit);
+    }
+  SortList();
+  Reset();
+  return;
+}
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief  Calculate Pvalues from calibration of  0: query HMM, 1:template HMMs, 2: both
+ */
+void 
+HitList::GetPvalsFromCalibration(HMM& q)
+{  
+  Hit hit; 
+  char warn=0;
+  if(N_searched==0) N_searched=1;
+  if (v>=2) 
+    {
+      switch (par.calm) 
+       {
+       case 0: 
+         printf("Using lamda=%-5.3f and mu=%-5.2f from calibrated query HMM %s. \n",q.lamda,q.mu,q.name);
+         printf("Note that HMMs need to be recalibrated when changing HMM-HMM alignment options.\n");
+         break;
+       case 1:
+         printf("Using score distribution parameters lamda and mu from database HMMs \n");
+         break;
+       case 2:
+         printf("Combining score distribution parameters lamda and mu from query and database HMMs\n");
+         printf("Note that HMMs need to be recalibrated when changing HMM-HMM alignment options.\n");
+         break;
+       }
+    }
+  Reset();
+  while (!End()) 
+    {
+      hit = ReadNext();
+      if (par.calm==0 || (hit.logPvalt==0) )
+       {
+         hit.logPval = logPvalue(hit.score,q.lamda,q.mu);
+         hit.Pval    = Pvalue(hit.score,q.lamda,q.mu);
+         if (par.calm>0 && warn++<1 && v>=1) 
+           printf("Warning: some template HMM (e.g. %s) are not calibrated. Using query calibration.\n",hit.name);
+       } 
+      else if (par.calm==1) 
+       {
+         hit.logPval = hit.logPvalt;
+         hit.Pval    = hit.Pvalt;
+       }
+      else if (par.calm==2) 
+       {
+         hit.logPval = 0.5*( logPvalue(hit.score,q.lamda,q.mu) + hit.logPvalt);
+         hit.Pval    = sqrt( Pvalue(hit.score,q.lamda,q.mu) * hit.Pvalt);
+         if (v>=5) printf("Score: %7.1f  lamda: %7.1f  mu: %7.1f  P-values:  query-calibrated: %8.2G   template-calibrated: %8.2G   geometric mean: %8.2G\n",hit.score,q.lamda,q.mu,Pvalue(hit.score,q.lamda,q.mu),hit.Pvalt,hit.Pval);
+       }
+
+      hit.Eval=exp(hit.logPval+log(N_searched));
+//    hit.score_aass = hit.logPval/LAMDA-3.0 - hit.score_ss;  // median(lamda)~0.45, median(mu)~3.0 in EVDs for scop20.1.63 HMMs
+      // P-value = 1- exp(-exp(-lamda*(Saa-mu))) => -lamda*(Saa-mu) = log(-log(1-Pvalue))
+      hit.score_aass = (hit.logPval<-10.0? hit.logPval : log(-log(1-hit.Pval)) ) / 0.45-3.0 - fmin(hit.score_ss,fmax(0.0,0.5*hit.score-5.0));
+      hit.score_sort = hit.score_aass;
+      hit.Probab = Probab(hit);
+      Overwrite(hit);
+    }
+  SortList();
+  Reset();
+  return;
+}
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Transitive scoring
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+
+
+
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Calculate P-values and Probabilities from transitive scoring over whole database
+ */
+void 
+HitList::TransitiveScoring()
+{
+  void PrintMatrix(float** V, int N);
+  void PrintMatrix(double** V, int N);
+
+  float** Z;    // matrix of intra-db Z-scores Z_kl
+  float** C;    // covariance matrix for Z_k: C_kl = sum_m=1^N (Z_km * Z_lm)
+  char** fold;  // fold name of HMM k
+  char** fam;   // family of HMM k
+  float* Prob;  // probability of HMM k
+  float* Zq;    // Zq[k] = Z-score between query and database HMM k
+  float* Ztq;   // Ztq[k] = transitive Z-score from query to database HMM k: Ztq[k] = sum_l[ w_ql * Z_lk] / normalization_q
+  float* Zrq;   // Zrq[k] = transitive Z-score from database HMM k to query: Zrq[k] = sum_l[ w_kl * Z_lq] / normalization_k
+  float* w;     // unnormalized weight matrix; w[l] is w_ql or w_kl, respectively
+  int* ll;      // ll[m] is the m'th index l for which Z_lq, Z_lk > Zmin_trans
+  int N;        // dimension of weight matrix is NxN
+  int M;        // number of HMMs l with Z_ql>Ztrans_min (or Z_lk>Ztrans_min, respectively)
+  int k,l,m,n;  // indices for database HMMs 
+  char name[NAMELEN];
+  Hash<int> index(MAXPROF+7);  // index{name} = index of HMM name in {1,...,N} 
+  index.Null(-1);              // Set int value to return when no data can be retrieved
+  Hash<int> excluded(13);      // Hash containing names of superfamilies to be excluded from fit
+  excluded.Null(0);            // Set int value to return when no data can be retrieved
+  Hit hit; 
+  size_t unused; /* disable fread gcc warning */
+
+  // Read weights matrix W with index hash and names array
+  fprintf(stderr,"Reading in weights file\n");
+  FILE* wfile = fopen(par.wfile,"rb");
+  if (v>=1 && wfile==NULL) 
+    {
+      fprintf(stderr,"Error: %s could not be opened: (N_searched=%i) ",par.wfile,N_searched);
+      perror("fopen");
+      fprintf(stderr,"Skipping caclulation of transitive P-values\n"); 
+      par.trans=0;
+      return;
+    }
+  unused = fread(&N,sizeof(int),1,wfile);  // read matrix dimension (i.e. number of HMMs in database)
+  if (v>=1 && N!=N_searched) 
+    {
+      fprintf(stderr,"Error: Number %i of HMMs in weight file is different from number %i of HMMs in searched databases. \n",N,N_searched);
+      fprintf(stderr,"Skipping caclulation of transitive P-values\n"); 
+      par.trans=0;
+      return;
+    }
+  if (v>=2) fprintf(stderr,"Calculating transitive P-values for %i HMMs\n",N);
+  // Read names of HMMs (to specify mapping of HMM to matrix indices)
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {
+      unused = fread(name,sizeof(char),IDLEN,wfile);
+      index.Add(name,k);
+    }
+  // Read symmetric Z-scores matrix
+  Z = new(float*[N]);
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {
+      Z[k] = new(float[N]);
+      for (l=0; l<k; l++) Z[k][l] = Z[l][k];
+      unused = fread(Z[k]+k,sizeof(float),N-k,wfile);   
+    }
+  // Read symmetric covariance matrix
+  C = new(float*[N]);
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {
+      C[k] = new(float[N]);
+      for (l=0; l<k; l++) C[k][l] = C[l][k];
+      unused = fread(C[k]+k,sizeof(float),N-k,wfile);
+    }
+  fclose(wfile);
+
+  // Allocate memory
+  Zq = new(float[N]);
+  Ztq = new(float[N]);
+  Zrq = new(float[N]);
+  fold = new(char*[N]);
+  fam = new(char*[N]);
+  Prob = new(float[N]);
+  ll = new(int[N]);
+  w = new(float[N]);
+
+  // Transform P-values to normally distributed Z-scores and store in Zq vector
+  fprintf(stderr,"Transform P-values to Z-scores\n");
+  float Zmax_neg   = Score2Z( -log(MINEVALEXCL) + log(N_searched) ); // calculate Z-score corresponding to E-value MINEVALEXCL
+  float Zmin_trans = Score2Z( -log(par.Emax_trans) + log(N_searched) ); // calculate Z-score corresponding to E-value par.Emax_trans
+  printf("Zmax = %6.2f   Zmin = %6.2f \n",Zmax_neg,Zmin_trans);
+
+  Reset();
+  while (!End()) 
+    {
+      hit = ReadNext();
+      if (hit.irep>1) continue;
+      k = index.Show(hit.name);
+      if (k<0) {fprintf(stderr,"Error: no index found in weights file for domain %s\n",hit.name); exit(1);}      
+      if (hit.logPvalt<0)
+       Zq[k] = 0.5*Score2Z(fabs(hit.logPval)) + 0.5*Score2Z(fabs(hit.logPvalt));  // Zq[k] = 0.5*(Zkq + Zqk)
+      else 
+       Zq[k] = Score2Z(fabs(hit.logPval));                           // Zq[k] = Zqk 
+//      printf("%4i  %-10.10s logPvalt=%9g  Zq=%9f\n",k,hit.name,hit.logPvalt,Zq[k]);
+//       if (isnan(Zq[k])) {
+//     fprintf(stderr,"Error: a floating point exception occurred. Skipping transitive scoring\n"); 
+//     printf("%4i  %-10.10s logPval=%9g  logPvalt=%9g  Zq=%9f\n",k,hit.name,hit.logPval,hit.logPvalt,Zq[k]);
+//     par.trans=0;
+//     return;
+//       }
+      if (Zq[k]>Zmax_neg) excluded.Add(hit.fold);
+      fold[k] = new(char[IDLEN]);
+      fam[k] = new(char[IDLEN]);
+      strcpy(fold[k],hit.fold);
+      strcpy(fam[k],hit.fam);
+      weight[k] = hit.weight;
+      Prob[k] = hit.Probab;
+   }
+  
+  if (v>=3) 
+    {
+      excluded.Reset();
+      while (!excluded.End())
+       {
+         excluded.ReadNext(name);
+         printf("Excluded fold %s from fitting to Ztq\n",name);
+       }
+    }
+
+
+  ////////////////////////////////////////////////////////////////
+  // Calculate transitive score (query->l) Zt[l]
+  
+  // Construct vector ll of indices l for which Z_lq > Zmin_trans
+  m = 0;
+  for (l=0; l<N; l++)
+    if (Zq[l]>=Zmin_trans) ll[m++]=l;
+  M = m;  // number of indices l for which Z_lq,Z_lk > Zmin_trans
+  
+//   for (m=0; m<M; m++)
+//     fprintf(stderr,"m=%-4i l=%-4i  %-10.10s  Zq[l]=%7f\n",m,ll[m],fam[ll[m]],Zq[ll[m]]);
+
+  if (M<=1) 
+    for (k=0; k<N; k++) Ztq[k]=0.0;
+  else
+    {
+      // Generate submatrix of C for indices l for which Z_lq,Z_lk > Zmin_trans 
+      double** Csub = new(double*[M]);
+      double** Cinv = new(double*[M]);
+      for (m=0; m<M; m++) 
+       {
+         Csub[m] = new(double[M]);
+         Cinv[m] = new(double[M]);
+         for (n=0; n<M; n++)
+           Csub[m][n] = double(C[ll[m]][ll[n]]);
+       }
+      
+      if (v>=3) 
+       {
+         fprintf(stderr,"Covariance matrix\n");
+         PrintMatrix(Csub,M);
+       }
+      
+      // Invert Csub
+      fprintf(stderr,"Calculate inverse of covariance submatrix\n");
+      InvertMatrix(Cinv,Csub,M);
+      
+      if (v>=3) 
+       {
+         fprintf(stderr,"Inverse covariance matrix\n");
+         PrintMatrix(Cinv,M);
+       }
+      
+      // Calculate weights w[l] 
+      for (m=0; m<M; m++) 
+       {
+         double sum = 0.0;
+         for (n=0; n<M; n++)
+           sum += 1.0 * Cinv[m][n]; 
+         w[m] = fmax(sum,0.0);
+       }
+      for (l=0; l<M; l++){
+       delete[](Cinv[l]); (Cinv[l]) = NULL;
+      }
+      delete[](Cinv); (Cinv) = NULL;
+      
+      // Calculate Ztq[k] for all HMMs k
+      fprintf(stderr,"Calculate Ztq vector of transitive Z-scores\n");
+      float norm = NormalizationFactor(Csub,w,M);
+      for (k=0; k<N; k++) 
+       {
+         double sumZ = 0.0;
+         for (m=0; m<M; m++) 
+           sumZ += w[m] * Z[ll[m]][k];
+         Ztq[k] = sumZ/norm;   
+       }
+      
+      for (l=0; l<M; l++){
+       delete[](Csub[l]); (Csub[l]) = NULL;
+      }
+      delete[](Csub); (Csub) = NULL;
+    }
+
+  ////////////////////////////////////////////////////////////////
+  // Calculate reverse transitive score (l->query-) Zrq[l]
+
+  fprintf(stderr,"Calculate Zrq vector of transitive Z-scores\n");
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {
+      // Construct vector ll of indices l for which Z_lk > Zmin_tran
+      m = 0;
+      for (l=0; l<N; l++)
+         if (Z[l][k]+Z[k][l]>=2*Zmin_trans) ll[m++]=l;
+      int M = m;  // number of indices l for which Z_lq,Z_lk > Zmin_tran
+
+
+//    fprintf(stderr,"\nfam[k]: %s\n",fam[k]);
+//    for (m=0; m<M; m++)
+//    printf(stderr,"m=%-4i k=%-4i  l=%-4i  %-10.10s  Zq[l]=%7f  Z_lk=%7f  \n",m,k,ll[m],fold[ll[m]],Zq[ll[m]],Z[k][ll[m]]);
+           
+      if (M<=1) 
+       {
+         Zrq[k] = Zq[k];
+       }
+      else 
+       {
+         // Generate submatrix of C for indices l for which Z_lq,Z_lk > Zmin_trans 
+         double** Csub = new(double*[M]);
+         for (m=0; m<M; m++) 
+           {
+             Csub[m] = new(double[M]);
+             for (n=0; n<M; n++)
+               Csub[m][n] = double(C[ll[m]][ll[n]]);
+           }
+//        fprintf(stderr,"Covariance matrix\n");
+//        PrintMatrix(Csub,M);
+             
+         if (M==2) 
+           {
+             for (m=0; m<M; m++) w[m] = 1.0/M;
+           }
+         else 
+           {
+             
+             double** Cinv = new(double*[M]);
+             for (m=0; m<M; m++) Cinv[m] = new(double[M]);
+
+             // Invert Csub
+             InvertMatrix(Cinv,Csub,M);
+             
+             //         fprintf(stderr,"Inverse covariance matrix\n");
+             //         PrintMatrix(Cinv,M);
+             
+             // Calculate weights w[l] 
+             for (m=0; m<M; m++) 
+               {
+                 double sum = 0.0;
+                 for (n=0; n<M; n++)
+                   sum += 1.0 * Cinv[m][n]; 
+                 w[m] = fmax(sum,0.0);
+               }
+
+//            for (m=0; m<M; m++) fprintf(stderr,"w[%i]=%8.2g\n",m,w[m]);
+
+             for (l=0; l<M; l++){
+               delete[](Cinv[l]); (Cinv[l]) = NULL;
+             }
+             delete[](Cinv); (Cinv) = NULL;
+           }
+
+         // Calculate Zrq[k] and normalize
+         float norm = NormalizationFactor(Csub,w,M);
+         double sumZ = 0.0;
+         for (m=0; m<M; m++) 
+           sumZ += w[m] * Zq[ll[m]];
+         Zrq[k] = sumZ/norm;   
+         
+         for (l=0; l<M; l++){
+           delete[](Csub[l]); (Csub[l]) = NULL;
+         }
+         delete[](Csub); (Csub) = NULL;
+       } 
+
+//    fprintf(stderr,"\nZq[k]=%8.2g  Zq1[k]=%8.2g\n",Zq[k],Zrq[k]);
+    }
+
+  // Total Z-score = weighted sum over original Z-score, forward transitive and reverse transitive Z-score
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {
+      float Zqtot =  Zq[k] + par.wtrans*(Ztq[k]+Zrq[k]);
+//       if (isnan(Zqtot))
+//     {
+//       fprintf(stderr,"Error: a floating point exception occurred. Skipping transitive scoring\n"); 
+//       printf("%4i  %-10.10s Zq=%6.2f  Ztq=%6.2f  Zrq=%6.2f  Zqtot=%6.2f\n",k,fam[k],Zq[k],Ztq[k],Zrq[k],Zqtot);
+//       par.trans=0;
+//       return;
+//     }
+      if (v>=2 &&  Zq[k] + Zqtot > 2*Zmin_trans) {
+       printf("%4i  %-10.10s Zq=%6.2f  Ztq=%6.2f  Zrq=%6.2f  -> Zqtot=%6.2f\n",k,fam[k],Zq[k],Ztq[k],Zrq[k],Zqtot);
+      }
+      Ztq[k] = Zqtot;
+    }
+
+  // Calculate mean and standard deviation of Z1q
+  fprintf(stderr,"Calculate mean and standard deviation of Ztq\n");
+  double sumw=0.0;
+  double sumZ=0.0;
+  double sumZ2=0.0;
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {  
+      if (excluded.Contains(fold[k])) continue;
+      sumw  += weight[k];
+      sumZ  += weight[k]*Ztq[k];
+      sumZ2 += weight[k]*Ztq[k]*Ztq[k];
+//       if (isnan(sumZ)) 
+//     {
+//       fprintf(stderr,"Error: a floating point exception occurred. Skipping transitive scoring\n"); 
+//       printf("%4i  %-10.10s Zq=%9f  Zrq=%9f  Ztq=%9f\n",k,fam[k],Zq[k],Zrq[k],Ztq[k]);
+//       par.trans=0;
+//       return;
+//     }
+    }
+  float mu = sumZ/sumw;  
+  float sigma = sqrt(sumZ2/sumw-mu*mu);
+  if (v>=2) printf("mu(Ztq)=%6.3f  sigma(Ztq)=%6.2f\n",mu,sigma);
+  sigma *= 1.01;// correct different fitting of EVD and normal variables
+
+  // Normalize Ztq and calculate P1-values
+  fprintf(stderr,"Normalize Ztq and calculate P1-values\n");
+  Reset();
+  while (!End()) 
+    {
+      hit = ReadNext();
+      hit.logPval = -Z2Score((Ztq[index.Show(hit.name)]-mu)/sigma);
+      hit.E1val = N_searched*(hit.logPval<-100.0? 0.0 : exp(hit.logPval));
+      // P-value = 1- exp(-exp(-lamda*(Saa-mu))) => -lamda*(Saa-mu) = log(-log(1-Pvalue))
+      hit.score_aass = (hit.logPval<-10.0? hit.logPval : log(-log(1-exp(hit.logPval))) ) / 0.45-3.0 - hit.score_ss;
+      hit.Probab = Probab(hit);
+      hit.score_sort = hit.logPval;
+      Overwrite(hit);                                        // copy hit object into current position of hitlist
+   }
+
+  for (k=0; k<N; k++){
+    delete[](Z[k]); (Z[k]) = NULL;
+  }
+  for (k=0; k<N; k++){
+    delete[](C[k]); (C[k]) = NULL;
+  }
+  for (k=0; k<N; k++){
+    delete[](fold[k]); (fold[k]) = NULL;
+  }
+  for (k=0; k<N; k++){
+    delete[](fam[k]); (fam[k]) = NULL;
+  }
+  delete[](C); (C) = NULL;
+  delete[](Z); (Z) = NULL;
+  delete[](fold); (fold) = NULL;
+  delete[](fam); (fam) = NULL;
+  delete[](Prob); (Prob) = NULL;
+  delete[](ll); (ll) = NULL;
+  delete[](Zq); (Zq) = NULL;
+  delete[](Ztq); (Ztq) = NULL;
+}
+
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Calculate P-values and Probabilities from transitive scoring over whole database
+ */
+void 
+HitList::TransitiveScoring2()
+{
+  void PrintMatrix(float** V, int N);
+  void PrintMatrix(double** V, int N);
+
+  float** Z;    // matrix of intra-db Z-scores Z_kl
+  float** C;    // covariance matrix for Z_k: C_kl = sum_m=1^N (Z_km * Z_lm)
+  char** fold;  // fold name of HMM k
+  char** fam;   // family of HMM k
+  float* Prob;  // probability of HMM k
+  float* Zq;    // Zq[k] = Z-score between query and database HMM k
+  float* Ztq;   // Ztq[k] = transitive Z-score from query to database HMM k: Ztq[k] = sum_l[ w_ql * Z_lk] / normalization_q
+  float* Zrq;   // Zrq[k] = transitive Z-score from database HMM k to query: Zrq[k] = sum_l[ w_kl * Z_lq] / normalization_k
+  float* w;     // unnormalized weight matrix; w[l] is w_ql or w_kl, respectively
+  int* ll;      // ll[m] is the m'th index l for which Z_lq, Z_lk > Zmin_trans
+  int N;        // dimension of weight matrix is NxN
+  int M;        // number of HMMs l with Z_ql>Ztrans_min (or Z_lk>Ztrans_min, respectively)
+  int k,l,m,n;  // indices for database HMMs 
+  char name[NAMELEN];
+  Hash<int> index(MAXPROF+7);  // index{name} = index of HMM name in {1,...,N} 
+  index.Null(-1);              // Set int value to return when no data can be retrieved
+  Hash<int> excluded(13);      // Hash containing names of superfamilies to be excluded from fit
+  excluded.Null(0);            // Set int value to return when no data can be retrieved
+  Hit hit; 
+  size_t unused; /* disable fread gcc warning */
+  
+  // Read weights matrix W with index hash and names array
+  fprintf(stderr,"Reading in weights file\n");
+  FILE* wfile = fopen(par.wfile,"rb");
+  if (v>=1 && wfile==NULL) 
+    {
+      fprintf(stderr,"Error: %s could not be opened: (N_searched=%i) ",par.wfile,N_searched);
+      perror("fopen");
+      fprintf(stderr,"Skipping caclulation of transitive P-values\n"); 
+      par.trans=0;
+      return;
+    }
+  unused = fread(&N,sizeof(int),1,wfile);  // read matrix dimension (i.e. number of HMMs in database)
+  if (v>=1 && N!=N_searched) 
+    {
+      fprintf(stderr,"Error: Number %i of HMMs in weight file is different from number %i of HMMs in searched databases. \n",N,N_searched);
+      fprintf(stderr,"Skipping caclulation of transitive P-values\n"); 
+      par.trans=0;
+      return;
+    }
+  if (v>=2) fprintf(stderr,"Calculating transitive P-values for %i HMMs\n",N);
+  // Read names of HMMs (to specify mapping of HMM to matrix indices)
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {
+      unused = fread(name,sizeof(char),IDLEN,wfile);
+      index.Add(name,k);
+    }
+  // Read symmetric Z-scores matrix
+  Z = new(float*[N]);
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {
+      Z[k] = new(float[N]);
+      for (l=0; l<k; l++) Z[k][l] = Z[l][k];
+      unused = fread(Z[k]+k,sizeof(float),N-k,wfile);   
+    }
+  // Read symmetric covariance matrix
+  C = new(float*[N]);
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {
+      C[k] = new(float[N]);
+      for (l=0; l<k; l++) C[k][l] = C[l][k];
+      unused = fread(C[k]+k,sizeof(float),N-k,wfile);
+    }
+  fclose(wfile);
+
+  // Allocate memory
+  Zq = new(float[N]);
+  Ztq = new(float[N]);
+  Zrq = new(float[N]);
+  fold = new(char*[N]);
+  fam = new(char*[N]);
+  Prob = new(float[N]);
+  ll = new(int[N]);
+  w = new(float[N]);
+
+  // Transform P-values to normally distributed Z-scores and store in Zq vector
+  fprintf(stderr,"Transform P-values to Z-scores\n");
+  float Zmax_neg   = Score2Z( -log(MINEVALEXCL) + log(N_searched) ); // calculate Z-score corresponding to E-value MINEVALEXCL
+  float Zmin_trans = Score2Z( -log(par.Emax_trans) + log(N_searched) ); // calculate Z-score corresponding to E-value par.Emax_trans
+  printf("Zmax = %6.2f   Zmin = %6.2f \n",Zmax_neg,Zmin_trans);
+
+  Reset();
+  while (!End()) 
+    {
+      hit = ReadNext();
+      if (hit.irep>1) continue;
+      k = index.Show(hit.name);
+      if (k<0) {fprintf(stderr,"Error: no index found in weights file for domain %s\n",hit.name); exit(1);}      
+      if (hit.logPvalt<0)
+       Zq[k] = 0.5*Score2Z(fabs(hit.logPval)) + 0.5*Score2Z(fabs(hit.logPvalt));  // Zq[k] = 0.5*(Zkq + Zqk)
+      else 
+       Zq[k] = Score2Z(fabs(hit.logPval));                           // Zq[k] = Zqk 
+//      printf("%4i  %-10.10s logPvalt=%9g  Zq=%9f\n",k,hit.name,hit.logPvalt,Zq[k]);
+//      if (isnan(Zq[k])) 
+//       {
+//     fprintf(stderr,"Error: a floating point exception occurred. Skipping transitive scoring\n"); 
+//     printf("%4i  %-10.10s logPval=%9g  logPvalt=%9g  Zq=%9f\n",k,hit.name,hit.logPval,hit.logPvalt,Zq[k]);
+//     par.trans=0;
+//     return;
+//       }
+      if (Zq[k]>Zmax_neg) excluded.Add(hit.fold);
+      fold[k] = new(char[IDLEN]);
+      fam[k] = new(char[IDLEN]);
+      strcpy(fold[k],hit.fold);
+      strcpy(fam[k],hit.fam);
+      weight[k] = hit.weight;
+      Prob[k] = hit.Probab;
+   }
+  
+  if (v>=3) 
+    {
+      excluded.Reset();
+      while (!excluded.End())
+       {
+         excluded.ReadNext(name);
+         printf("Excluded fold %s from fitting to Ztq\n",name);
+       }
+    }
+
+
+  ////////////////////////////////////////////////////////////////
+  // Calculate transitive score (query->l) Zt[l]
+  
+  // Construct vector ll of indices l for which Z_lq > Zmin_trans
+  m = 0;
+  for (l=0; l<N; l++)
+    if (Zq[l]>=Zmin_trans) ll[m++]=l;
+  M = m;  // number of indices l for which Z_lq,Z_lk > Zmin_trans
+  
+//   for (m=0; m<M; m++)
+//     fprintf(stderr,"m=%-4i l=%-4i  %-10.10s  Zq[l]=%7f\n",m,ll[m],fam[ll[m]],Zq[ll[m]]);
+
+  if (M<=1) 
+    for (k=0; k<N; k++) Ztq[k]=0.0;
+  else
+    {
+      // Generate submatrix of C for indices l for which Z_lq,Z_lk > Zmin_trans 
+      double** Csub = new(double*[M]);
+      double** Cinv = new(double*[M]);
+      for (m=0; m<M; m++) 
+       {
+         Csub[m] = new(double[M]);
+         Cinv[m] = new(double[M]);
+         for (n=0; n<M; n++)
+           Csub[m][n] = double(C[ll[m]][ll[n]]);
+       }
+      
+      if (v>=3) 
+       {
+         fprintf(stderr,"Covariance matrix\n");
+         PrintMatrix(Csub,M);
+       }
+      
+//       // Invert Csub
+//       fprintf(stderr,"Calculate inverse of covariance submatrix\n");
+//       InvertMatrix(Cinv,Csub,M);
+      
+//       if (v>=3) 
+//     {
+//       fprintf(stderr,"Inverse covariance matrix\n");
+//       PrintMatrix(Cinv,M);
+//     }
+      
+
+      // Calculate weights w[l] 
+      for (m=0; m<M; m++) 
+       {
+         double sum = 0.0;
+         for (n=0; n<M; n++)
+           sum += 1.0 * Csub[m][n]; 
+         printf("w[%4i] = %-8.5f\n",ll[m],1.0/sum);
+         w[m] = (sum>0? Zq[ll[m]] / sum : 0.0);
+       }
+      for (l=0; l<M; l++){
+       delete[](Cinv[l]); (Cinv[l]) = NULL;
+      }
+      delete[](Cinv); (Cinv) = NULL;
+      
+      // Calculate Ztq[k] for all HMMs k
+      fprintf(stderr,"Calculate Ztq vector of transitive Z-scores\n");
+      float norm = NormalizationFactor(Csub,w,M);
+      for (k=0; k<N; k++) 
+       {
+         double sumZ = 0.0;
+         for (m=0; m<M; m++) 
+           sumZ += w[m] * Z[ll[m]][k];
+         Ztq[k] = sumZ/norm;   
+       }
+      
+      for (l=0; l<M; l++){
+       delete[](Csub[l]); (Csub[l]) = NULL;
+      }
+      delete[](Csub); (Csub) = NULL;
+    }
+
+  ////////////////////////////////////////////////////////////////
+  // Calculate reverse transitive score (l->query-) Zrq[l]
+
+  fprintf(stderr,"Calculate Zrq vector of transitive Z-scores\n");
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {
+      // Construct vector ll of indices l for which Z_lk > Zmin_tran
+      m = 0;
+      for (l=0; l<N; l++)
+         if (Z[l][k]+Z[k][l]>=2*Zmin_trans) ll[m++]=l;  
+      int M = m;  // number of indices l for which Z_lq,Z_lk > Zmin_tran
+
+
+//    fprintf(stderr,"\nfam[k]: %s\n",fam[k]);
+//    for (m=0; m<M; m++)
+//    printf(stderr,"m=%-4i k=%-4i  l=%-4i  %-10.10s  Zq[l]=%7f  Z_lk=%7f  \n",m,k,ll[m],fold[ll[m]],Zq[ll[m]],Z[k][ll[m]]);
+           
+      if (M<=1) 
+       {
+         Zrq[k] = Zq[k];
+       }
+      else 
+       {
+         // Generate submatrix of C for indices l for which Z_lq,Z_lk > Zmin_trans 
+         double** Csub = new(double*[M]);
+         for (m=0; m<M; m++) 
+           {
+             Csub[m] = new(double[M]);
+             for (n=0; n<M; n++)
+               Csub[m][n] = double(C[ll[m]][ll[n]]);
+           }
+//        fprintf(stderr,"Covariance matrix\n");
+//        PrintMatrix(Csub,M);
+             
+         if (M<=2) 
+           {
+             for (m=0; m<M; m++) w[m] = 1.0/M;
+           }
+         else 
+           {
+             
+             double** Cinv = new(double*[M]);
+             for (m=0; m<M; m++) Cinv[m] = new(double[M]);
+
+//           // Invert Csub
+//           InvertMatrix(Cinv,Csub,M);
+             
+// //        fprintf(stderr,"Inverse covariance matrix\n");
+// //        PrintMatrix(Cinv,M);
+             
+             // Calculate weights w[l] 
+             for (m=0; m<M; m++) 
+               {
+                 double sum = 0.0;
+                 for (n=0; n<M; n++)
+                   sum += 1.0 * Csub[m][n]; 
+                 w[m] = (sum>0? Z[ll[m]][k] / sum : 0.0);
+               }
+
+//            for (m=0; m<M; m++) fprintf(stderr,"w[%i]=%8.2g\n",m,w[m]);
+
+             for (l=0; l<M; l++){
+               delete[](Cinv[l]); (Cinv[l]) = NULL;
+             }
+             delete[](Cinv); (Cinv) = NULL;
+           }
+
+         // Calculate Zrq[k] and normalize
+         float norm = NormalizationFactor(Csub,w,M);
+         double sumZ = 0.0;
+         for (m=0; m<M; m++) 
+           sumZ += w[m] * Zq[ll[m]];
+         Zrq[k] = sumZ/norm;   
+         
+         for (l=0; l<M; l++){
+           delete[](Csub[l]); (Csub[l]) = NULL;
+         }
+         delete[](Csub); (Csub) = NULL;
+       } 
+
+//    fprintf(stderr,"\nZq[k]=%8.2g  Zq1[k]=%8.2g\n",Zq[k],Zrq[k]);
+    }
+
+  // Total Z-score = weighted sum over original Z-score, forward transitive and reverse transitive Z-score
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {
+      float Zqtot =  Zq[k] + par.wtrans*(Ztq[k]+Zrq[k]);
+//        if (isnan(Zqtot))
+//     {
+//       fprintf(stderr,"Error: a floating point exception occurred. Skipping transitive scoring\n"); 
+//       printf("%4i  %-10.10s Zq=%6.2f  Ztq=%6.2f  Zrq=%6.2f  Zqtot=%6.2f\n",k,fam[k],Zq[k],Ztq[k],Zrq[k],Zqtot);
+//       par.trans=0;
+//       return;
+//     }
+      if (v>=2 &&  Zq[k] + Zqtot > 2*Zmin_trans) {
+       printf("%4i  %-10.10s Zq=%6.2f  Ztq=%6.2f  Zrq=%6.2f  -> Zqtot=%6.2f\n",k,fam[k],Zq[k],Ztq[k],Zrq[k],Zqtot);
+      }
+      Ztq[k] = Zqtot;
+    }
+
+  // Calculate mean and standard deviation of Z1q
+  fprintf(stderr,"Calculate mean and standard deviation of Ztq\n");
+  double sumw=0.0;
+  double sumZ=0.0;
+  double sumZ2=0.0;
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {  
+      if (excluded.Contains(fold[k])) continue;
+      sumw  += weight[k];
+      sumZ  += weight[k]*Ztq[k];
+      sumZ2 += weight[k]*Ztq[k]*Ztq[k];
+//       if (isnan(sumZ)) 
+//     {
+//       fprintf(stderr,"Error: a floating point exception occurred. Skipping transitive scoring\n"); 
+//       printf("%4i  %-10.10s Zq=%9f  Zrq=%9f  Ztq=%9f\n",k,fam[k],Zq[k],Zrq[k],Ztq[k]);
+//       par.trans=0;
+//       return;
+//     }
+    }
+  float mu = sumZ/sumw;  
+  float sigma = sqrt(sumZ2/sumw-mu*mu);
+  if (v>=2) printf("mu(Ztq)=%6.3f  sigma(Ztq)=%6.2f\n",mu,sigma);
+  sigma *= 1.01;// correct different fitting of EVD and normal variables
+
+  // Normalize Ztq and calculate P1-values
+  fprintf(stderr,"Normalize Ztq and calculate P1-values\n");
+  Reset();
+  while (!End()) 
+    {
+      hit = ReadNext();
+      hit.logPval = -Z2Score((Ztq[index.Show(hit.name)]-mu)/sigma);
+      hit.E1val = N_searched*(hit.logPval<-100? 0.0 : exp(hit.logPval));
+      // P-value = 1- exp(-exp(-lamda*(Saa-mu))) => -lamda*(Saa-mu) = log(-log(1-Pvalue))
+      hit.score_aass = (hit.logPval<-10.0? hit.logPval : log(-log(1-exp(hit.logPval))) ) / 0.45-3.0 - hit.score_ss;
+      hit.Probab = Probab(hit);
+      hit.score_sort = hit.logPval;
+      Overwrite(hit);                                        // copy hit object into current position of hitlist
+   }
+
+  for (k=0; k<N; k++){
+    delete[](Z[k]); (Z[k]) = NULL;
+  }
+  for (k=0; k<N; k++){
+    delete[](C[k]); (C[k]) = NULL;
+  }
+  for (k=0; k<N; k++){
+    delete[](fold[k]); (fold[k]) = NULL;
+  }
+  for (k=0; k<N; k++){
+    delete[](fam[k]); (fam[k]) = NULL;
+  }
+  delete[](C); (C) = NULL;
+  delete[](Z); (Z) = NULL;
+  delete[](fold); (fold) = NULL;
+  delete[](fam); (fam) = NULL;
+  delete[](Prob); (Prob) = NULL;
+  delete[](ll); (ll) = NULL;
+  delete[](Zq); (Zq) = NULL;
+  delete[](Ztq); (Ztq) = NULL;
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Calculate P-values and Probabilities from transitive scoring over whole database
+ * Like TransitiveScoring(), 
+ * but in transitive scoring, Z1_qk = sum_l w_l*Z_lk,  use all  l:E_ql<=E_qk
+ * and in reverse    scoring, Z1_kr = sum_l w_l*Z_lq,  use all  l:E_kl<=E_kq
+ */
+void 
+HitList::TransitiveScoring3()
+{
+  void PrintMatrix(float** V, int N);
+  void PrintMatrix(double** V, int N);
+
+  float** Z;    // matrix of intra-db Z-scores Z_kl
+  float** C;    // covariance matrix for Z_k: C_kl = sum_m=1^N (Z_km * Z_lm)
+  char** fold;  // fold name of HMM k
+  char** fam;   // family of HMM k
+  float* Prob;  // probability of HMM k
+  float* Zq;    // Zq[k] = Z-score between query and database HMM k
+  float* Ztq;   // Ztq[k] = transitive Z-score from query to database HMM k: Ztq[k] = sum_l[ w_ql * Z_lk] / normalization_q
+  float* Zrq;   // Zrq[k] = transitive Z-score from database HMM k to query: Zrq[k] = sum_l[ w_kl * Z_lq] / normalization_k
+  float* w;     // unnormalized weight matrix; w[l] is w_ql or w_kl, respectively
+  int* ll;      // ll[m] is the m'th index l for which Z_lq, Z_lk > Zmin_trans
+  int N;        // dimension of weight matrix is NxN
+  int M;        // number of HMMs l with Z_ql>Ztrans_min (or Z_lk>Ztrans_min, respectively)
+  int k,l,m,n;  // indices for database HMMs 
+  char name[NAMELEN];
+  Hash<int> index(MAXPROF+7);  // index{name} = index of HMM name in {1,...,N} 
+  index.Null(-1);              // Set int value to return when no data can be retrieved
+  Hash<int> excluded(13);      // Hash containing names of superfamilies to be excluded from fit
+  excluded.Null(0);            // Set int value to return when no data can be retrieved
+  Hit hit; 
+  size_t unused; /* disable fread gcc warning */
+  
+  // Read weights matrix W with index hash and names array
+  fprintf(stderr,"Reading in weights file\n");
+  FILE* wfile = fopen(par.wfile,"rb");
+  if (v>=1 && wfile==NULL) 
+    {
+      fprintf(stderr,"Error: %s could not be opened: (N_searched=%i) ",par.wfile,N_searched);
+      perror("fopen");
+      fprintf(stderr,"Skipping caclulation of transitive P-values\n"); 
+      par.trans=0;
+      return;
+    }
+  unused = fread(&N,sizeof(int),1,wfile);  // read matrix dimension (i.e. number of HMMs in database)
+  if (v>=1 && N!=N_searched) 
+    {
+      fprintf(stderr,"Error: Number %i of HMMs in weight file is different from number %i of HMMs in searched databases. \n",N,N_searched);
+      fprintf(stderr,"Skipping caclulation of transitive P-values\n"); 
+      par.trans=0;
+      return;
+    }
+  if (v>=2) fprintf(stderr,"Calculating transitive P-values for %i HMMs\n",N);
+  // Read names of HMMs (to specify mapping of HMM to matrix indices)
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {
+      unused = fread(name,sizeof(char),IDLEN,wfile);
+      index.Add(name,k);
+    }
+  // Read symmetric Z-scores matrix
+  Z = new(float*[N]);
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {
+      Z[k] = new(float[N]);
+      for (l=0; l<k; l++) Z[k][l] = Z[l][k];
+      unused = fread(Z[k]+k,sizeof(float),N-k,wfile);   
+    }
+  // Read symmetric covariance matrix
+  C = new(float*[N]);
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {
+      C[k] = new(float[N]);
+      for (l=0; l<k; l++) C[k][l] = C[l][k];
+      unused = fread(C[k]+k,sizeof(float),N-k,wfile);
+    }
+  fclose(wfile);
+
+  // Allocate memory
+  Zq = new(float[N]);
+  Ztq = new(float[N]);
+  Zrq = new(float[N]);
+  fold = new(char*[N]);
+  fam = new(char*[N]);
+  Prob = new(float[N]);
+  ll = new(int[N]);
+  w = new(float[N]);
+
+  // Transform P-values to normally distributed Z-scores and store in Zq vector
+  fprintf(stderr,"Transform P-values to Z-scores\n");
+  float Zmax_neg   = Score2Z( -log(MINEVALEXCL) + log(N_searched) ); // calculate Z-score corresponding to E-value MINEVALEXCL
+  float Zmin_trans = Score2Z( -log(par.Emax_trans) + log(N_searched) ); // calculate Z-score corresponding to E-value par.Emax_trans
+  printf("Zmax = %6.2f   Zmin = %6.2f \n",Zmax_neg,Zmin_trans);
+
+  Reset();
+  while (!End()) 
+    {
+      hit = ReadNext();
+      if (hit.irep>1) continue;
+      k = index.Show(hit.name);
+      if (k<0) {fprintf(stderr,"Error: no index found in weights file for domain %s\n",hit.name); exit(1);}      
+      if (hit.logPvalt<0)
+       Zq[k] = 0.5*Score2Z(fabs(hit.logPval)) + 0.5*Score2Z(fabs(hit.logPvalt));  // Zq[k] = 0.5*(Zkq + Zqk)
+      else 
+       Zq[k] = Score2Z(fabs(hit.logPval));                           // Zq[k] = Zqk 
+//      printf("%4i  %-10.10s logPvalt=%9g  Zq=%9f\n",k,hit.name,hit.logPvalt,Zq[k]);
+//       if (isnan(Zq[k])) 
+//     {
+//       fprintf(stderr,"Error: a floating point exception occurred. Skipping transitive scoring\n"); 
+//       printf("%4i  %-10.10s logPval=%9g  logPvalt=%9g  Zq=%9f\n",k,hit.name,hit.logPval,hit.logPvalt,Zq[k]);
+//       par.trans=0;
+//       return;
+//     }
+      if (Zq[k]>Zmax_neg) excluded.Add(hit.fold);
+      fold[k] = new(char[IDLEN]);
+      fam[k] = new(char[IDLEN]);
+      strcpy(fold[k],hit.fold);
+      strcpy(fam[k],hit.fam);
+      weight[k] = hit.weight;
+      Prob[k] = hit.Probab;
+   }
+  
+  if (v>=3) 
+    {
+      excluded.Reset();
+      while (!excluded.End())
+       {
+         excluded.ReadNext(name);
+         printf("Excluded fold %s from fitting to Ztq\n",name);
+       }
+    }
+
+
+  ////////////////////////////////////////////////////////////////
+  // Calculate transitive score (query->l) Ztq[l]
+
+  fprintf(stderr,"Calculate Ztq vector of transitive Z-scores\n");
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {
+      // Construct vector ll of indices l for which Z_lq OR Z_lk >= max(Z_kq,Zmin_trans)
+      float Zmink = fmax(Zq[k],Zmin_trans);
+      for (m=l=0; l<N; l++)
+       if (Zq[l]>=Zmink) ll[m++]=l;
+      M = m;  // number of indices l for which  Z_lq OR Z_lk >= max(Z_kq,Zmin_trans)
+  
+//    for (m=0; m<M; m++)
+//    fprintf(stderr,"m=%-4i l=%-4i  %-10.10s  Zq[l]=%7f\n",m,ll[m],fam[ll[m]],Zq[ll[m]]);
+
+      if (M<=1) 
+       {
+         Ztq[k]=Zq[k];
+       }
+      else
+       {
+         // Generate submatrix of C for indices l for which Z_lq,Z_lk > Zmin_trans 
+         double** Csub = new(double*[M]);
+         double** Cinv = new(double*[M]);
+         for (m=0; m<M; m++) 
+           {
+             Csub[m] = new(double[M]);
+             Cinv[m] = new(double[M]);
+             for (n=0; n<M; n++)
+               Csub[m][n] = double(C[ll[m]][ll[n]]);
+           }
+         
+//       fprintf(stderr,"Covariance matrix\n");
+//       PrintMatrix(Csub,M);
+         
+         // Invert Csub
+//       fprintf(stderr,"Calculate inverse of covariance submatrix\n");
+         InvertMatrix(Cinv,Csub,M);  
+         
+//       fprintf(stderr,"Inverse covariance matrix\n");
+//       PrintMatrix(Cinv,M);
+         
+         // Calculate weights w[l] 
+         for (m=0; m<M; m++) 
+           {
+             double sum = 0.0;
+             for (n=0; n<M; n++)
+               sum += 1.0 * Cinv[m][n]; // signal ~ sum_l w_l*Z_lq !
+             w[m] = fmax(sum,0.0);
+           }
+         for (l=0; l<M; l++){
+           delete[](Cinv[l]); (Cinv[l]) = NULL;
+         }
+         delete[](Cinv); (Cinv) = NULL;
+         
+         // Calculate Ztq[k]
+         float norm = NormalizationFactor(Csub,w,M);
+         double sumZ = 0.0;
+         for (m=0; m<M; m++) 
+           sumZ += w[m] * fmin(Zq[ll[m]],Z[ll[m]][k]);
+//         sumZ += w[m] * Z[ll[m]][k];
+         Ztq[k] = sumZ/norm;   
+      
+         for (l=0; l<M; l++){
+           delete[](Csub[l]); (Csub[l]) = NULL;
+         }
+         delete[](Csub); (Csub) = NULL;
+       }
+    }
+
+  ////////////////////////////////////////////////////////////////
+  // Calculate reverse transitive score (l->query-) Zrq[l]
+
+  fprintf(stderr,"Calculate Zrq vector of transitive Z-scores\n");
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {
+      // Construct vector ll of indices l for which Z_lk > Zmin_tran
+      float Zmink = fmax(Zq[k],Zmin_trans);
+      for (m=l=0; l<N; l++)
+       if (Z[l][k]>=Zmink) ll[m++]=l;
+      int M = m;  // number of indices l for which Z_lq,Z_lk > Zmin_tran
+
+
+//    fprintf(stderr,"\nfam[k]: %s\n",fam[k]);
+//    for (m=0; m<M; m++)
+//    printf(stderr,"m=%-4i k=%-4i  l=%-4i  %-10.10s  Zq[l]=%7f  Z_lk=%7f  \n",m,k,ll[m],fold[ll[m]],Zq[ll[m]],Z[k][ll[m]]);
+           
+     if (M<=1) 
+       {
+         Zrq[k] = Zq[k];
+       }
+      else 
+       {
+         // Generate submatrix of C for indices l for which Z_lq,Z_lk > Zmin_trans 
+         double** Csub = new(double*[M]);
+         for (m=0; m<M; m++) 
+           {
+             Csub[m] = new(double[M]);
+             for (n=0; n<M; n++)
+               Csub[m][n] = double(C[ll[m]][ll[n]]);
+           }
+//        fprintf(stderr,"Covariance matrix\n");
+//        PrintMatrix(Csub,M);
+             
+         if (M==2) 
+           {
+             for (m=0; m<M; m++) w[m] = 1.0/M;
+           }
+         else 
+           {
+             
+             double** Cinv = new(double*[M]);
+             for (m=0; m<M; m++) Cinv[m] = new(double[M]);
+
+             // Invert Csub
+             InvertMatrix(Cinv,Csub,M); 
+             
+             //         fprintf(stderr,"Inverse covariance matrix\n");
+             //         PrintMatrix(Cinv,M);
+             
+             // Calculate weights w[l] 
+             for (m=0; m<M; m++) 
+               {
+                 double sum = 0.0;
+                 for (n=0; n<M; n++)
+                   sum += 1.0 * Cinv[m][n]; // signal ~ sum_l w_l*Z_lq !
+                 w[m] = fmax(sum,0.0);
+               }
+//            for (m=0; m<M; m++) fprintf(stderr,"w[%i]=%8.2g\n",m,w[m]);
+             for (l=0; l<M; l++){
+               delete[](Cinv[l]); (Cinv[l]) = NULL;
+             }
+             delete[](Cinv); (Cinv) = NULL;
+           }
+
+         // Calculate Zrq[k] and normalize
+         float norm = NormalizationFactor(Csub,w,M);
+         double sumZ = 0.0;
+         for (m=0; m<M; m++) 
+           sumZ += w[m] * fmin(Zq[ll[m]],Z[ll[m]][k]);
+//         sumZ += w[m] * Zq[ll[m]];
+         Zrq[k] = sumZ/norm;   
+         
+         for (l=0; l<M; l++){
+           delete[](Csub[l]); (Csub[l]) = NULL;
+         }
+         delete[](Csub); (Csub) = NULL;
+       } 
+
+//    fprintf(stderr,"\nZq[k]=%8.2g  Zq1[k]=%8.2g\n",Zq[k],Zrq[k]);
+    }
+
+  // Total Z-score = weighted sum over original Z-score, forward transitive and reverse transitive Z-score
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    { 
+
+      float Zqtot = Zq[k] + par.wtrans*(Ztq[k]+Zrq[k]);
+//       if (isnan(Zqtot))
+//     {
+//       fprintf(stderr,"Error: a floating point exception occurred. Skipping transitive scoring\n"); 
+//       printf("%4i  %-10.10s Zq=%6.2f  Ztq=%6.2f  Zrq=%6.2f  ->  Zqtot=%6.2f\n",k,fam[k],Zq[k],Ztq[k],Zrq[k],Zqtot);
+//       par.trans=0;
+//       return;
+//     }
+      if (v>=3 && Zqtot > 2*Zmin_trans) {
+       printf("%4i  %-10.10s Zq=%6.2f  Ztq=%6.2f  Zrq=%6.2f  ->  Zqtot=%6.2f\n",k,fam[k],Zq[k],Ztq[k],Zrq[k],Zqtot);
+      }
+      Ztq[k] = Zqtot;
+    }
+
+  // Calculate mean and standard deviation of Z1q
+  fprintf(stderr,"Calculate mean and standard deviation of Ztq\n");
+  double sumw=0.0;
+  double sumZ=0.0;
+  double sumZ2=0.0;
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {  
+      if (excluded.Contains(fold[k])) continue;
+      sumw  += weight[k];
+      sumZ  += weight[k]*Ztq[k];
+      sumZ2 += weight[k]*Ztq[k]*Ztq[k];
+//       if (isnan(sumZ)) 
+//     {
+//       fprintf(stderr,"Error: a floating point exception occurred. Skipping transitive scoring\n"); 
+//       printf("%4i  %-10.10s Zq=%9f  Zrq=%9f  Ztq=%9f\n",k,fam[k],Zq[k],Zrq[k],Ztq[k]);
+//       par.trans=0;
+//       return;
+//     }
+    }
+  float mu = sumZ/sumw;  
+  float sigma = sqrt(sumZ2/sumw-mu*mu);
+  if (v>=2) printf("mu(Ztq)=%6.3f  sigma(Ztq)=%6.2f\n",mu,sigma);
+  sigma *= 1.01;// correct different fitting of EVD and normal variables
+
+  // Normalize Ztq and calculate P1-values
+  fprintf(stderr,"Normalize Ztq and calculate P1-values\n");
+  Reset();
+  while (!End()) 
+    {
+      hit = ReadNext();
+      hit.logPval = -Z2Score((Ztq[index.Show(hit.name)]-mu)/sigma);
+      hit.E1val = N_searched*(hit.logPval<-100? 0.0 : exp(hit.logPval));
+      // P-value = 1- exp(-exp(-lamda*(Saa-mu))) => -lamda*(Saa-mu) = log(-log(1-Pvalue))
+      hit.score_aass = (hit.logPval<-10.0? hit.logPval : log(-log(1-exp(hit.logPval))) ) / 0.45-3.0 - hit.score_ss;
+      hit.Probab = Probab(hit);
+      hit.score_sort = hit.logPval;
+      Overwrite(hit);                                        // copy hit object into current position of hitlist
+   }
+
+  for (k=0; k<N; k++){
+    delete[](Z[k]); (Z[k]) = NULL;
+  }
+  for (k=0; k<N; k++){
+    delete[](C[k]); (C[k]) = NULL;
+  }
+  for (k=0; k<N; k++){
+    delete[](fold[k]); (fold[k]) = NULL;
+  }
+  for (k=0; k<N; k++){
+    delete[](fam[k]); (fam[k]) = NULL;
+  }
+  delete[](C); (C) = NULL;
+  delete[](Z); (Z) = NULL;
+  delete[](fold); (fold) = NULL;
+  delete[](fam); (fam) = NULL;
+  delete[](Prob); (Prob) = NULL;
+  delete[](ll); (ll) = NULL;
+  delete[](Zq); (Zq) = NULL;
+  delete[](Ztq); (Ztq) = NULL;
+
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief  Calculate P-values and Probabilities from transitive scoring over whole database
+ * Best tested scheme. Use fmin(Zq[ll[m]],Z[ll[m]][k]) 
+ * and fast approximation for weights (not inverse covariance matrix)
+ */
+void 
+HitList::TransitiveScoring4()
+{
+  void PrintMatrix(float** V, int N);
+  void PrintMatrix(double** V, int N);
+
+  float** Z;    // matrix of intra-db Z-scores Z_kl
+  float** C;    // covariance matrix for Z_k: C_kl = sum_m=1^N (Z_km * Z_lm)
+  char** fold;  // fold name of HMM k
+  char** fam;   // family of HMM k
+  float* Prob;  // probability of HMM k
+  float* Zq;    // Zq[k] = Z-score between query and database HMM k
+  float* Ztq;   // Ztq[k] = transitive Z-score from query to database HMM k: Ztq[k] = sum_l[ w_ql * Z_lk] / normalization_q
+  float* Zrq;   // Zrq[k] = transitive Z-score from database HMM k to query: Zrq[k] = sum_l[ w_kl * Z_lq] / normalization_k
+  float* w;     // unnormalized weight matrix; w[l] is w_ql or w_kl, respectively
+  int* ll;      // ll[m] is the m'th index l for which Z_lq, Z_lk > Zmin_trans
+  int N;        // dimension of weight matrix is NxN
+  int M;        // number of HMMs l with Z_ql>Ztrans_min (or Z_lk>Ztrans_min, respectively)
+  int k,l,m,n;  // indices for database HMMs 
+  char name[NAMELEN];
+  Hash<int> index(MAXPROF+7);  // index{name} = index of HMM name in {1,...,N} 
+  index.Null(-1);              // Set int value to return when no data can be retrieved
+  Hash<int> excluded(13);      // Hash containing names of superfamilies to be excluded from fit
+  excluded.Null(0);            // Set int value to return when no data can be retrieved
+  Hit hit; 
+  size_t unused; /* disable fread gcc warning */
+     
+  // Read weights matrix W with index hash and names array
+  fprintf(stderr,"Reading in weights file\n");
+  FILE* wfile = fopen(par.wfile,"rb");
+  if (v>=1 && wfile==NULL) 
+    {
+      fprintf(stderr,"Error: %s could not be opened: (N_searched=%i) ",par.wfile,N_searched);
+      perror("fopen");
+      fprintf(stderr,"Skipping caclulation of transitive P-values\n"); 
+      par.trans=0;
+      return;
+    }
+  unused = fread(&N,sizeof(int),1,wfile);  // read matrix dimension (i.e. number of HMMs in database)
+  if (v>=1 && N!=N_searched) 
+    {
+      fprintf(stderr,"Error: Number %i of HMMs in weight file is different from number %i of HMMs in searched databases. \n",N,N_searched);
+      fprintf(stderr,"Skipping caclulation of transitive P-values\n"); 
+      par.trans=0;
+      return;
+    }
+  if (v>=2) fprintf(stderr,"Calculating transitive P-values for %i HMMs\n",N);
+  // Read names of HMMs (to specify mapping of HMM to matrix indices)
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {
+      unused = fread(name,sizeof(char),IDLEN,wfile);
+      index.Add(name,k);
+    }
+  // Read symmetric Z-scores matrix
+  Z = new(float*[N]);
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {
+      Z[k] = new(float[N]);
+      for (l=0; l<k; l++) Z[k][l] = Z[l][k];
+      unused = fread(Z[k]+k,sizeof(float),N-k,wfile);   
+    }
+  // Read symmetric covariance matrix
+  C = new(float*[N]);
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {
+      C[k] = new(float[N]);
+      for (l=0; l<k; l++) C[k][l] = C[l][k];
+      unused = fread(C[k]+k,sizeof(float),N-k,wfile);
+    }
+  fclose(wfile);
+
+  // Allocate memory
+  Zq = new(float[N]);
+  Ztq = new(float[N]);
+  Zrq = new(float[N]);
+  fold = new(char*[N]);
+  fam = new(char*[N]);
+  Prob = new(float[N]);
+  ll = new(int[N]);
+  w = new(float[N]);
+
+  // Transform P-values to normally distributed Z-scores and store in Zq vector
+  fprintf(stderr,"Transform P-values to Z-scores\n");
+  float Zmax_neg   = Score2Z( -log(MINEVALEXCL) + log(N_searched) ); // calculate Z-score corresponding to E-value MINEVALEXCL
+  float Zmin_trans = Score2Z( -log(par.Emax_trans) + log(N_searched) ); // calculate Z-score corresponding to E-value par.Emax_trans
+  printf("Zmax = %6.2f   Zmin = %6.2f \n",Zmax_neg,Zmin_trans);
+
+  Reset();
+  while (!End()) 
+    {
+      hit = ReadNext();
+      if (hit.irep>1) continue;
+      k = index.Show(hit.name);
+      if (k<0) {fprintf(stderr,"Error: no index found in weights file for domain %s\n",hit.name); exit(1);}      
+      if (hit.logPvalt<0)
+       Zq[k] = 0.5*Score2Z(fabs(hit.logPval)) + 0.5*Score2Z(fabs(hit.logPvalt));  // Zq[k] = 0.5*(Zkq + Zqk)
+      else 
+       Zq[k] = Score2Z(fabs(hit.logPval));                           // Zq[k] = Zqk 
+//      printf("%4i  %-10.10s logPvalt=%9g  Zq=%9f\n",k,hit.name,hit.logPvalt,Zq[k]);
+//      if (isnan(Zq[k])) {
+//     fprintf(stderr,"Error: a floating point exception occurred. Skipping transitive scoring\n"); 
+//     printf("%4i  %-10.10s logPval=%9g  logPvalt=%9g  Zq=%9f\n",k,hit.name,hit.logPval,hit.logPvalt,Zq[k]);
+//     par.trans=0;
+//     return;
+//       }
+      if (Zq[k]>Zmax_neg) excluded.Add(hit.fold);
+      fold[k] = new(char[IDLEN]);
+      fam[k] = new(char[IDLEN]);
+      strcpy(fold[k],hit.fold);
+      strcpy(fam[k],hit.fam);
+      weight[k] = hit.weight;
+      Prob[k] = hit.Probab;
+   }
+  
+  if (v>=3) 
+    {
+      excluded.Reset();
+      while (!excluded.End())
+       {
+         excluded.ReadNext(name);
+         printf("Excluded fold %s from fitting to Ztq\n",name);
+       }
+    }
+
+  ////////////////////////////////////////////////////////////////
+  // Calculate transitive score (query->l) Zt[l]
+  
+  // Construct vector ll of indices l for which Z_lq > Zmin_trans
+  m = 0;
+  for (l=0; l<N; l++)
+    if (Zq[l]>=Zmin_trans) ll[m++]=l;
+  M = m;  // number of indices l for which Z_lq,Z_lk > Zmin_trans
+  
+//   for (m=0; m<M; m++)
+//     fprintf(stderr,"m=%-4i l=%-4i  %-10.10s  Zq[l]=%7f\n",m,ll[m],fam[ll[m]],Zq[ll[m]]);
+
+  if (M<=1) 
+    for (k=0; k<N; k++) Ztq[k]=0.0;
+  else
+    {
+      // Generate submatrix of C for indices l for which Z_lq,Z_lk > Zmin_trans 
+      double** Csub = new(double*[M]);
+      for (m=0; m<M; m++) 
+       {
+         Csub[m] = new(double[M]);
+         for (n=0; n<M; n++)
+           Csub[m][n] = double(C[ll[m]][ll[n]]);
+       }
+      
+      if (v>=3) 
+       {
+         fprintf(stderr,"Covariance matrix\n");
+         PrintMatrix(Csub,M);
+       }
+      
+
+      // Calculate weights w[l] 
+      for (m=0; m<M; m++) 
+       {
+         double sum = 0.0;
+         for (n=0; n<M; n++)
+           sum += fmax(0.0,Csub[m][n]);
+         printf("w[%4i] = %-8.5f\n",ll[m],1.0/sum);
+         w[m] = 1.0/sum;
+       }
+      
+      // Calculate Ztq[k] for all HMMs k
+      fprintf(stderr,"Calculate Ztq vector of transitive Z-scores\n");
+      float norm = NormalizationFactor(Csub,w,M);
+      for (k=0; k<N; k++) 
+       {
+         double sumZ = 0.0;
+         for (m=0; m<M; m++) 
+           sumZ += w[m] * fmin(Zq[ll[m]],Z[ll[m]][k]);
+         Ztq[k] = sumZ/norm;   
+       }
+      
+      for (l=0; l<M; l++){
+       delete[](Csub[l]); (Csub[l]) = NULL;
+      }
+      delete[](Csub); (Csub) = NULL;
+    }
+
+  ////////////////////////////////////////////////////////////////
+  // Calculate reverse transitive score (l->query-) Zrq[l]
+
+  fprintf(stderr,"Calculate Zrq vector of transitive Z-scores\n");
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {
+      // Construct vector ll of indices l for which Z_lk > Zmin_tran
+      m = 0;
+      for (l=0; l<N; l++)
+         if (Z[k][l]>=Zmin_trans) ll[m++]=l;  
+      int M = m;  // number of indices l for which Z_lq,Z_lk > Zmin_tran
+
+
+//    fprintf(stderr,"\nfam[k]: %s\n",fam[k]);
+//    for (m=0; m<M; m++)
+//    printf(stderr,"m=%-4i k=%-4i  l=%-4i  %-10.10s  Zq[l]=%7f  Z_lk=%7f  \n",m,k,ll[m],fold[ll[m]],Zq[ll[m]],Z[k][ll[m]]);
+           
+      if (M<=1) 
+       {
+         Zrq[k] = Zq[k];
+       }
+      else 
+       {
+         // Generate submatrix of C for indices l for which Z_lq,Z_lk > Zmin_trans 
+         double** Csub = new(double*[M]);
+         for (m=0; m<M; m++) 
+           {
+             Csub[m] = new(double[M]);
+             for (n=0; n<M; n++)
+               Csub[m][n] = double(C[ll[m]][ll[n]]);
+           }
+//        fprintf(stderr,"Covariance matrix\n");
+//        PrintMatrix(Csub,M);
+             
+         // Calculate weights w[l] 
+         for (m=0; m<M; m++) 
+           {
+             double sum = 0.0;
+             for (n=0; n<M; n++)
+               sum += fmax(0.0,Csub[m][n]);
+             w[m] = 1.0/sum; 
+           }
+         
+//        for (m=0; m<M; m++) fprintf(stderr,"w[%i]=%8.2g\n",m,w[m]);
+
+
+         // Calculate Zrq[k] and normalize
+         float norm = NormalizationFactor(Csub,w,M);
+         double sumZ = 0.0;
+         for (m=0; m<M; m++) 
+           sumZ += w[m] * fmin(Zq[ll[m]],Z[ll[m]][k]);
+         Zrq[k] = sumZ/norm;   
+         
+         for (l=0; l<M; l++){
+           delete[](Csub[l]); (Csub[l]) = NULL;
+         }
+         delete[](Csub); (Csub) = NULL;
+       } 
+
+//    fprintf(stderr,"\nZq[k]=%8.2g  Zq1[k]=%8.2g\n",Zq[k],Zrq[k]);
+    }
+
+  // Total Z-score = weighted sum over original Z-score, forward transitive and reverse transitive Z-score
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {
+      float Zqtot =  Zq[k] + par.wtrans*(Ztq[k]+Zrq[k]);
+//        if (isnan(Zqtot))
+//     {
+//       fprintf(stderr,"Error: a floating point exception occurred. Skipping transitive scoring\n"); 
+//       printf("%4i  %-10.10s Zq=%6.2f  Ztq=%6.2f  Zrq=%6.2f  Zqtot=%6.2f\n",k,fam[k],Zq[k],Ztq[k],Zrq[k],Zqtot);
+//       par.trans=0;
+//       return;
+//     }
+      if (v>=3 &&  Zq[k] + Zqtot > 2*Zmin_trans) {
+       printf("%4i  %-10.10s Zq=%6.2f  Ztq=%6.2f  Zrq=%6.2f  -> Zqtot=%6.2f\n",k,fam[k],Zq[k],Ztq[k],Zrq[k],Zqtot);
+      }
+      Ztq[k] = Zqtot;
+    }
+
+  // Calculate mean and standard deviation of Z1q
+  fprintf(stderr,"Calculate mean and standard deviation of Ztq\n");
+  double sumw=0.0;
+  double sumZ=0.0;
+  double sumZ2=0.0;
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {  
+      if (excluded.Contains(fold[k])) continue;
+      sumw  += weight[k];
+      sumZ  += weight[k]*Ztq[k];
+      sumZ2 += weight[k]*Ztq[k]*Ztq[k];
+//       if (isnan(sumZ)) 
+//     {
+//       fprintf(stderr,"Error: a floating point exception occurred. Skipping transitive scoring\n"); 
+//       printf("%4i  %-10.10s Zq=%9f  Zrq=%9f  Ztq=%9f\n",k,fam[k],Zq[k],Zrq[k],Ztq[k]);
+//       par.trans=0;
+//       return;
+//     }
+    }
+  float mu = sumZ/sumw;  
+  float sigma = sqrt(sumZ2/sumw-mu*mu);
+  if (v>=2) printf("mu(Ztq)=%6.3f  sigma(Ztq)=%6.2f\n",mu,sigma);
+  sigma *= 1.01;// correct different fitting of EVD and normal variables
+
+  // Normalize Ztq and calculate P1-values
+  fprintf(stderr,"Normalize Ztq and calculate P1-values\n");
+  Reset();
+  while (!End()) 
+    {
+      hit = ReadNext();
+      hit.logPval = -Z2Score((Ztq[index.Show(hit.name)]-mu)/sigma);
+      hit.E1val = N_searched*(hit.logPval<-100? 0.0 : exp(hit.logPval));
+      // P-value = 1- exp(-exp(-lamda*(Saa-mu))) => -lamda*(Saa-mu) = log(-log(1-Pvalue))
+      hit.score_aass = (hit.logPval<-10.0? hit.logPval : log(-log(1-exp(hit.logPval))) ) / 0.45-3.0 - hit.score_ss;
+      hit.Probab = Probab(hit);
+      hit.score_sort = hit.logPval;
+      Overwrite(hit);                                        // copy hit object into current position of hitlist
+   }
+
+  for (k=0; k<N; k++){
+    delete[](Z[k]); (Z[k]) = NULL;
+  }
+  for (k=0; k<N; k++){
+    delete[](C[k]); (C[k]) = NULL;
+  }
+  for (k=0; k<N; k++){
+    delete[](fold[k]); (fold[k]) = NULL;
+  }
+  for (k=0; k<N; k++){
+    delete[](fam[k]); (fam[k]) = NULL;
+  }
+  delete[](C); (C) = NULL;
+  delete[](Z); (Z) = NULL;
+  delete[](fold); (fold) = NULL;
+  delete[](fam); (fam) = NULL;
+  delete[](Prob); (Prob) = NULL;
+  delete[](ll); (ll) = NULL;
+  delete[](Zq); (Zq) = NULL;
+  delete[](Ztq); (Ztq) = NULL;
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Score2Z transforms the -log(P-value) score into a Z-score for 0 < S
+ * Score2Z(S) = sqrt(2)*dierfc(2*e^(-S)), where dierfc is the inverse of the complementary error function
+ */
+double 
+HitList::Score2Z(double S)
+{
+  double s, t, u, w, x, y, z;
+  if (S<=0) return double(-100000);
+  y = ( S>200 ? 0.0 : 2.0*exp(-S) );
+  if (y > 1) 
+    {
+      z =  (S<1e-6? 2*S : 2-y);
+      w = 0.916461398268964 - log(z);
+    }
+  else 
+    {
+      z = y; 
+      w = 0.916461398268964 - (0.69314718056-S);
+    }
+
+  u = sqrt(w);
+  s = (log(u) + 0.488826640273108) / w;
+  t = 1 / (u + 0.231729200323405);
+
+  x = u * (1 - s * (s * 0.124610454613712 + 0.5)) - 
+    ((((-0.0728846765585675 * t + 0.269999308670029) * t + 
+       0.150689047360223) * t + 0.116065025341614) * t + 
+     0.499999303439796) * t;
+  t = 3.97886080735226 / (x + 3.97886080735226);
+  u = t - 0.5;
+  s = (((((((((0.00112648096188977922 * u + 
+       1.05739299623423047e-4) * u - 0.00351287146129100025) * u - 
+       7.71708358954120939e-4) * u + 0.00685649426074558612) * u + 
+       0.00339721910367775861) * u - 0.011274916933250487) * u - 
+       0.0118598117047771104)  * u + 0.0142961988697898018) * u + 
+        0.0346494207789099922)  * u + 0.00220995927012179067;
+  s = ((((((((((((s * u - 0.0743424357241784861) * u - 
+       0.105872177941595488) * u + 0.0147297938331485121) * u + 
+       0.316847638520135944) * u + 0.713657635868730364) * u + 
+       1.05375024970847138)  * u + 1.21448730779995237) * u + 
+       1.16374581931560831)  * u + 0.956464974744799006) * u + 
+       0.686265948274097816) * u + 0.434397492331430115) * u + 
+        0.244044510593190935) * t - 
+    (z==0? 0: z * exp(x * x - 0.120782237635245222));
+  x += s * (x * s + 1);
+  if (y > 1) {
+    x = -x;
+  }
+  return double (1.41421356237*x);
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Z2Score transforms the Z-score into a -log(P-value) value
+ * Z2Score(Z) = log(2) - log( erfc(Z/sqrt(2)) ) , where derfc is the complementary error function
+ */
+double 
+HitList::Z2Score(double Z)
+{
+    double t, u, x, y;
+    x = 0.707106781188*Z;
+    if (x>10) return 0.69314718056 - (-x*x - log( (1-0.5/x/x)/x/1.772453851) );
+    t = 3.97886080735226 / (fabs(x) + 3.97886080735226);
+    u = t - 0.5;
+    y = (((((((((0.00127109764952614092 * u + 1.19314022838340944e-4) * u - 
+        0.003963850973605135)   * u - 8.70779635317295828e-4) * u + 
+        0.00773672528313526668) * u + 0.00383335126264887303) * u - 
+        0.0127223813782122755)  * u - 0.0133823644533460069) * u + 
+        0.0161315329733252248)  * u + 0.0390976845588484035) * u + 
+        0.00249367200053503304;
+    y = ((((((((((((y * u - 0.0838864557023001992) * u - 
+        0.119463959964325415) * u + 0.0166207924969367356) * u + 
+        0.357524274449531043) * u + 0.805276408752910567) * u + 
+        1.18902982909273333)  * u + 1.37040217682338167) * u + 
+        1.31314653831023098)  * u + 1.07925515155856677) * u + 
+        0.774368199119538609) * u + 0.490165080585318424) * u + 
+        0.275374741597376782) * t * (x>10? 0.0 : exp(-x * x));
+    return 0.69314718056 - log( x < 0 ? 2 - y : y );
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief
+ */
+void 
+PrintMatrix(float** V, int N)
+{
+  int k,l;
+  for (k=0; k<N; k++)
+    {
+      fprintf(stderr,"k=%4i \n",k);
+      for (l=0; l<N; l++)
+       {
+         fprintf(stderr,"%4i:%6.3f ",l,V[k][l]);
+         if ((l+1)%10==0) fprintf(stderr,"\n");
+       }
+      fprintf(stderr,"\n");
+    }
+  fprintf(stderr,"\n");
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief
+ */
+void 
+PrintMatrix(double** V, int N)
+{
+  int k,l;
+  for (k=0; k<N; k++)
+    {
+      fprintf(stderr,"k=%4i \n",k);
+      for (l=0; l<N; l++)
+       {
+         fprintf(stderr,"%4i:%6.3f ",l,V[k][l]);
+         if ((l+1)%10==0) fprintf(stderr,"\n");
+       }
+      fprintf(stderr,"\n");
+    }
+  fprintf(stderr,"\n");
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief
+ */
+void 
+HitList::Normalize(float* Ztq, char** fold, Hash<int>& excluded) 
+{ 
+  double sumw=0.0;
+  double sumZ=0.0;
+  double sumZ2=0.0;
+  for (int k=0; k<N_searched; k++) 
+    {  
+      if (excluded.Contains(fold[k])) continue;
+      sumw  += weight[k];
+      sumZ  += weight[k]*Ztq[k];
+      sumZ2 += weight[k]*Ztq[k]*Ztq[k];
+    }
+  float mu = sumZ/sumw;  
+  float sigma = sqrt(sumZ2/sumw-mu*mu);
+  printf("Transitive score Ztq: mu=%8.3g  sigma=%8.3g\n",mu,sigma);
+  for (int k=0; k<N_searched; k++) Ztq[k] = (Ztq[k]-mu)/sigma;
+  return;
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Calculate standard deviation of Z1 = sum_m [ w_m * Z_m ], where Csub_mn = cov(Z_m,Z_n)  
+ */
+float 
+HitList::NormalizationFactor(double** Csub, float* w, int M)
+  {
+    double sum=0.0;
+    for (int m=0; m<M; m++) 
+      {
+       double summ=0.0;
+       for (int n=0; n<M; n++) summ += Csub[m][n]*w[n];
+       sum += w[m]*summ;
+      }
+    return sqrt(sum);  
+  }
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Calculate inverse of matrix A and store result in B
+ */
+void 
+HitList::InvertMatrix(double** B, double** A, int N)
+{
+  if (N==0) 
+    {
+      printf("Error: InvertMatrix called with matrix of dimension 0\n");
+      exit(6);
+    }
+  if (N==1) 
+    {
+      B[0][0] = (A[0][0]==0.0? 0 :1.0/A[0][0]);
+      return;
+    }
+
+  int k,l,m;
+  double** V = new(double*[N]);
+  double* s  = new(double[N]);
+  for (k=0; k<N; k++) V[k] = new(double[N]);
+
+  // Copy original matrix A into B since B will be overwritten by SVD()
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    for (l=0; l<N; l++) 
+      B[k][l] = A[k][l];
+
+  SVD(B, N, s, V);  // U replaces B on output; s[] contains singluar values
+  
+  // Calculate inverse of A: A^-1 = V * diag(1/s) * U^t
+  double** U = B;
+  // Calculate V[k][m] -> V[k][m] *diag(1/s)
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    for (m=0; m<N; m++) 
+      if (s[m]!=0.0) V[k][m] /= s[m]; else V[k][m] = 0.0;
+  // Calculate V[k][l] -> (V * U^t)_kl
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    {
+      if (v>=4 && k%100==0) printf("%i\n",k); 
+      for (l=0; l<N; l++) 
+       {
+         s[l] = 0.0; // use s[] as temporary memory to avoid overwriting B[k][] as long as it is needed
+         for (m=0; m<N; m++) 
+           s[l] += V[k][m]*U[l][m];
+       }
+      for (l=0; l<N; l++) V[k][l]=s[l];
+    }  
+  for (k=0; k<N; k++) 
+    for (l=0; l<N; l++) 
+      B[k][l] = V[k][l];
+
+  for (k=0; k<N; k++){
+    delete[](V[k]); (V[k]) = NULL;
+  }
+  delete[](V); (V) = NULL;
+  return;
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief
+ */
+void 
+HitList::TransposeMatrix(double** V, int N)
+{
+  int k,l;
+  for (k=0; k<N; k++) // transpose Z for efficiency of ensuing matrix multiplication
+    for (l=0; l<k; l++) 
+      {
+       double buf = V[k][l];
+       V[k][l] = V[l][k];
+       V[l][k] = buf;
+      }
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+static double sqrarg;
+#define SQR(a) ((sqrarg=(a)) == 0.0 ? 0.0 : sqrarg*sqrarg) 
+static double maxarg1,maxarg2;
+#define FMAX(a,b) (maxarg1=(a),maxarg2=(b),(maxarg1) > (maxarg2) ? (maxarg1) : (maxarg2)) 
+static int iminarg1,iminarg2;
+#define IMIN(a,b) (iminarg1=(a),iminarg2=(b),(iminarg1) < (iminarg2) ? (iminarg1) : (iminarg2)) 
+#define SIGN(a,b) ((b) >= 0.0 ? fabs(a) : -fabs(a)) 
+
+/**
+ * @brief This is a version of the Golub and Reinsch algorithm for singular value decomposition for a quadratic 
+ * (n x n) matrix A. It is sped up by transposing A amd V matrices at various places in the algorithm.
+ * On a 400x400 matrix it runs in 1.6 s or 2.3 times faster than the original (n x m) version.
+ * On a 4993x4993 matrix it runs in 2h03 or 4.5 times faster than the original (n x m) version.
+ *
+ * Given a matrix a[0..n-1][0..n-1], this routine computes its singular value decomposition, A = U Â· W Â· V^t . 
+ * The matrix U replaces a on output. The diagonal matrix of singular values W is out-put as a vector w[0..n-1]. 
+ * The matrix V (not the transpose V^t) is output as V[0..n-1][0..n-1] ./
+ */
+void 
+HitList::SVD(double **A, int n, double w[], double **V)
+{
+  int m=n; // in general algorithm A is an (m x n) matrix instead of (n x n)
+  double pythag(double a, double b);
+  int flag,i,its,j,jj,k,l=1,nm=1;
+  double anorm,c,f,g,h,s,scale,x,y,z,*rv1;
+  rv1=new(double[n]);
+  g=scale=anorm=0.0;    
+  
+  // Householder reduction to bidiagonal form.
+  if (v>=5) printf("\nHouseholder reduction to bidiagonal form\n");
+  for (i=0;i<n;i++) {
+    if (v>=4 && i%100==0) printf("i=%i\n",i);
+    if (v>=4) fprintf(stderr,".");
+    l=i+1;
+    rv1[i]=scale*g;
+    g=s=scale=0.0;
+    if (i < m) {
+      for (k=i;k<m;k++) scale += fabs(A[k][i]);
+      if (scale) {
+       for (k=i;k<m;k++) {
+         A[k][i] /= scale;
+         s += A[k][i]*A[k][i];
+       }
+       f=A[i][i];
+       g = -SIGN(sqrt(s),f);
+       h=f*g-s;
+       A[i][i]=f-g;
+       for (j=l;j<n;j++) {
+         for (s=0.0,k=i;k<m;k++) s += A[k][i]*A[k][j];
+         f=s/h;
+         for (k=i;k<m;k++) A[k][j] += f*A[k][i];
+       }
+       for (k=i;k<m;k++) A[k][i] *= scale;
+      }
+    }
+    w[i]=scale *g;
+    g=s=scale=0.0;
+    if (i < m && i != n-1) {
+      for (k=l;k<n;k++) scale += fabs(A[i][k]);
+      if (scale) {
+       for (k=l;k<n;k++) {
+         A[i][k] /= scale;
+         s += A[i][k]*A[i][k];
+       }
+       f=A[i][l];
+       g = -SIGN(sqrt(s),f);
+       h=f*g-s;
+       A[i][l]=f-g;
+       for (k=l;k<n;k++) rv1[k]=A[i][k]/h;
+       for (j=l;j<m;j++) {
+         for (s=0.0,k=l;k<n;k++) s += A[j][k]*A[i][k];
+         for (k=l;k<n;k++) A[j][k] += s*rv1[k];
+       }
+       for (k=l;k<n;k++) A[i][k] *= scale;
+      }
+    }
+    anorm=FMAX(anorm,(fabs(w[i])+fabs(rv1[i])));
+  }
+  // Accumulation of right-hand transformations.
+  if (v>=5) printf("\nAccumulation of right-hand transformations\n");
+  TransposeMatrix(V,n);
+  for (i=n-1;i>=0;i--) {
+    if (v>=4 && i%100==0) printf("i=%i\n",i);
+    if (v>=4) fprintf(stderr,".");
+    if (i < n-1) {
+      if (g) {
+       // Double division to avoid possible underflow.
+       for (j=l;j<n;j++)
+         V[i][j]=(A[i][j]/A[i][l])/g;
+       for (j=l;j<n;j++) {
+         for (s=0.0,k=l;k<n;k++) s += A[i][k]*V[j][k];
+         for (k=l;k<n;k++) V[j][k] += s*V[i][k];
+       }
+      }
+      for (j=l;j<n;j++) V[j][i]=V[i][j]=0.0;
+    }
+    V[i][i]=1.0;
+    g=rv1[i];
+    l=i;
+  }
+  // Accumulation of left-hand transformations.
+  if (v>=5) printf("\nAccumulation of left-hand transformations\n");
+  TransposeMatrix(A,n);
+  for (i=IMIN(m,n)-1;i>=0;i--) {
+    if (v>=4 && i%100==0) printf("i=%i\n",i);
+    if (v>=4) fprintf(stderr,".");
+    l=i+1;
+    g=w[i];
+    for (j=l;j<n;j++) A[j][i]=0.0;
+    if (g) {
+      g=1.0/g;
+      for (j=l;j<n;j++) {
+       for (s=0.0,k=l;k<m;k++) s += A[i][k]*A[j][k];
+       f=(s/A[i][i])*g;
+       for (k=i;k<m;k++) A[j][k] += f*A[i][k];
+      }
+      for (j=i;j<m;j++) A[i][j] *= g;
+    } else for (j=i;j<m;j++) A[i][j]=0.0;
+    ++A[i][i];
+  }
+
+  // Diagonalization of the bidiagonal form: Loop over singular values, and over allowed iterations.
+  if (v>=5) printf("\nDiagonalization of the bidiagonal form\n");
+  for (k=n-1;k>=0;k--) {
+    if (v>=4 && k%100==0) printf("k=%i\n",k);
+    if (v>=4) fprintf(stderr,".");
+    for (its=1;its<=30;its++) {
+      flag=1;
+      // Test for splitting. Note that rv1[1] is always zero.
+      for (l=k;l>=0;l--) {
+       nm=l-1;
+       if ((double)(fabs(rv1[l])+anorm) == anorm) {
+         flag=0;
+         break;
+       }
+       if ((double)(fabs(w[nm])+anorm) == anorm) break;
+      }
+      if (flag) {
+       // Cancellation of rv1[l], if l > 1.
+       c=0.0;
+       s=1.0;
+       for (i=l;i<=k;i++) {
+         f=s*rv1[i];
+         rv1[i]=c*rv1[i];
+         if ((double)(fabs(f)+anorm) == anorm) break;
+         g=w[i];
+         h=pythag(f,g);
+         w[i]=h;
+         h=1.0/h;
+         c=g*h;
+         s = -f*h;
+         for (j=0;j<m;j++) {
+           y=A[nm][j];
+           z=A[i][j];
+           A[nm][j]=y*c+z*s;
+           A[i][j]=z*c-y*s;
+         }
+       }
+      }
+      z=w[k];
+      // Convergence.
+      if (l == k) {
+       // Singular value is made nonnegative.
+       if (z < 0.0) {
+         w[k] = -z;
+         for (j=0;j<n;j++) V[k][j] = -V[k][j];
+       }
+       break;
+      }
+      if (its == 30) {printf("Error in SVD: no convergence in 30 iterations\n"); exit(7);}
+      // Shift from bottom 2-by-2 minor.
+      x=w[l];
+      nm=k-1;
+      y=w[nm];
+      g=rv1[nm];
+      h=rv1[k];
+      f=((y-z)*(y+z)+(g-h)*(g+h))/(2.0*h*y);
+      g=pythag(f,1.0);
+      f=((x-z)*(x+z)+h*((y/(f+SIGN(g,f)))-h))/x;
+      // Next QR transformation:
+      c=s=1.0;
+      for (j=l;j<=nm;j++) {
+       i=j+1;
+       g=rv1[i];
+       y=w[i];
+       h=s*g;
+       g=c*g;
+       z=pythag(f,h);
+       rv1[j]=z;
+       c=f/z;
+       s=h/z;
+       f=x*c+g*s;
+       g = g*c-x*s;
+       h=y*s;
+       y *= c;
+       for (jj=0;jj<n;jj++) {
+         x=V[j][jj];
+         z=V[i][jj];
+         V[j][jj]=x*c+z*s;
+         V[i][jj]=z*c-x*s;
+       }
+       z=pythag(f,h);
+       // Rotation can be arbitrary if z = 0.
+       w[j]=z;
+       if (z) {
+         z=1.0/z;
+         c=f*z;
+         s=h*z;
+       }
+       f=c*g+s*y;
+       x=c*y-s*g;
+       
+       for (jj=0;jj<m;jj++) {
+         y=A[j][jj];
+         z=A[i][jj];
+         A[j][jj]=y*c+z*s;
+         A[i][jj]=z*c-y*s;
+       }
+      }
+      rv1[l]=0.0;
+      rv1[k]=f;
+      w[k]=x;
+    }
+  }
+  TransposeMatrix(V,n);
+  TransposeMatrix(A,n);
+  delete[](rv1); (rv1) = NULL;
+}
+
+/**
+ * @brief Computes (a2 + b2 )^1/2 without destructive underflow or overflow.
+ */
+double 
+pythag(double a, double b)
+{
+  double absa,absb;
+  absa=fabs(a);
+  absb=fabs(b);
+  if (absa > absb) 
+    return absa*sqrt(1.0+SQR(absb/absa));
+  else 
+    return (absb == 0.0 ? 0.0 : absb*sqrt(1.0+SQR(absa/absb)));
+}
+
+
+/* @* HitList::ClobberGlobal(void)
+ */
+void 
+HitList::ClobberGlobal(void){
+
+
+  /* @<variables local to HitList::ClobberGlobal@> */
+  class List<Hit>::ListEl<Hit>  *pvIter = head;
+
+  /* NOTE: no free/delete-ing of data to be done here 
+     hitlist only holds a shallow copy of hit; 
+     hit is being cleared off properly.
+     just reset everything to 0/0.0/NULL.
+     The only important thing to do at this stage 
+     is to attach head and tail and set size = 0
+     (FS, 2010-02-18)
+
+     NOTE: I only ever saw 1 (one) in-between element, 
+     but there may ctually be a real linked list 
+     of more than 1 element (FS, 2010-02-18)
+  */
+
+  //  printf("POINTER:\t%p\t=HEAD\n", head);
+  while (pvIter->next != tail){
+
+    //    printf("POINTER:\t%p->\t%p\n", pvIter, pvIter->next);
+    pvIter = pvIter->next;
+
+#if 1
+    pvIter->data.longname = pvIter->data.name = 
+      pvIter->data.file = pvIter->data.dbfile = NULL;
+    pvIter->data.sname = NULL;
+    pvIter->data.seq = NULL;
+    pvIter->data.self = 0;
+    pvIter->data.i = pvIter->data.j = NULL;
+    pvIter->data.states = NULL;
+    pvIter->data.S = pvIter->data.S_ss = pvIter->data.P_posterior = NULL;
+    pvIter->data.Xcons = NULL;
+    pvIter->data.sum_of_probs = 0.0;
+    pvIter->data.Neff_HMM = 0.0;
+    pvIter->data.score_ss = pvIter->data.Pval = pvIter->data.logPval = 
+      pvIter->data.Eval = pvIter->data.Probab = pvIter->data.Pforward = 0.0;
+    pvIter->data.nss_conf = pvIter->data.nfirst = 
+      pvIter->data.i1 = pvIter->data.i2 = pvIter->data.j1 = pvIter->data.j2 = 
+      pvIter->data.matched_cols = pvIter->data.ssm1 = pvIter->data.ssm2 = 0;
+#endif
+  }
+  //  printf("POINTER:\t\t\t%p=TAIL\n", tail);
+
+
+  head->next = tail;
+  tail->prev = head;
+  size = 0;
+
+  /* @= */
+  return;
+
+} /* this is the end of HitList::ClobberGlobal() */
+
+
+/*
+ * EOF hhhitlist-C.h
+ */
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhitlist.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhitlist.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..1846b61
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,140 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ * RCS $Id: hhhitlist.h 243 2011-05-31 13:49:19Z fabian $
+ */
+
+// hhhitlist.h
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// HitList is a list of hits of type Hit 
+// which can be operated upon by several anaylsis methods 
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+class HitList : public List<Hit>
+{
+private:
+  double score[MAXPROF];        // HHsearch score of each HMM for ML fit
+  double weight[MAXPROF];       // weight of each HMM = 1/(size_fam[tfam]*size_sfam[hit.sfam]) for ML fit
+  int Nprof;                    // Number of HMMs for ML fit
+
+public:
+  int fams;                   // number of families found found in hitlist
+  int sfams;                  // number of superfamilies found in hitlist
+  int N_searched;             // number of sequences searched from HMM database
+  Hash<float>* blast_logPvals;/* Hash containing names and log(P-values) 
+                                read from BLAST file (needed for HHblast) */
+
+  HitList() {blast_logPvals=NULL;}
+  ~HitList() {if (blast_logPvals) delete blast_logPvals;}
+
+  // Print summary listing of hits
+  void PrintHitList(HMM& q, char* outfile);
+
+#ifdef CLUSTALO
+  void ClobberGlobal(void);
+#endif
+
+  // Print alignments of query sequences against hit sequences 
+  int PrintAlignments(
+#ifdef CLUSTALO
+                      char **ppcFirstProf, char **ppcSecndProf, 
+#endif
+                      HMM& q, char* outfile, char outformat=0);
+
+  // Return a figure of merit for distinction of the score with positive from the scores with negatives
+  void Optimize(HMM& q, char* buffer);
+
+  // Print score distribution into file score_dist
+  void PrintScoreFile(HMM& q);
+  
+  // Log likelihood for fitting the EVD to the score distribution
+  double RankOrderFitCorr(double* v);
+  // Static wrapper-function for calling the nonstatic member function RankOrderFitCorr()
+  static double RankOrderFitCorr_static(void* pt2hitlist, double* v);
+
+  // Log likelihood for fitting the EVD to the score distribution
+  double LogLikelihoodCorr(double* v);
+  // Static wrapper-function for calling the nonstatic member function LogLikelihoodCorr()
+  static double LogLikelihoodCorr_static(void* pt2hitlist, double* v);
+
+  // Log likelihood for fitting the EVD to the score distribution
+  double LogLikelihoodEVD(double* v);
+  // Static wrapper-function for calling the nonstatic member function LogLikelihoodEVD()
+  static double LogLikelihoodEVD_static(void* pt2hitlist, double* v);
+
+
+  // Subroutine to FindMin: new point given by highest point ihigh, fac and replaces ihigh if it is lower 
+  double TryPoint(int ndim, double* p, double* y, double* psum, int ihigh, double fac, double (*Func)(void* pt2hitlist, double* v));
+  
+  // Find minimum with simplex method of Nelder and Mead (1965)
+  float FindMin(int ndim, double* p, double* y, double tol, int& nfunc, double (*Func)(void* pt2hitlist, double* v));
+  
+  // Do a maximum likelihood fit of the scores with an EV distribution with parameters lamda and mu 
+  void MaxLikelihoodEVD(HMM& q, int nbest);
+  
+  // Calculate correlation and score offset for HHblast composite E-values 
+  void CalculateHHblastCorrelation(HMM& q);
+
+  // Calculate HHblast composite E-values 
+  void CalculateHHblastEvalues(HMM& q);
+
+  // Calculate Pvalues as a function of query and template lengths and diversities
+  void CalculatePvalues(HMM& q);
+
+  // Set P-values, E-values and scores according to q.lamda and q.mu (if calibration from database scan is impossible)  
+  void GetPvalsFromCalibration(HMM& q);
+
+  // HHblast: read PSI-BLAST E-values to determine correlation
+  void ReadBlastFile(HMM& q);
+
+  // Print first 20 hits of hitlist
+  void Debug() 
+    {
+      Hit hit;
+      int i=0;
+      Reset();
+      printf("TARGET     FAMILY     LEN COL LOG-PVA  S-AASS PROBAB SCORE_SORT\n");
+      while (++i<=20 && !End()) 
+       {
+         hit = ReadNext();
+         printf("%-10.10s %-10.10s %3i %3i %s %7.2f %6.2f %6.2f\n",hit.name,hit.fam,hit.L,hit.matched_cols,sprintg(-1.443*hit.logPval,7),-hit.score_aass,hit.Probab,hit.score_sort);
+       }      
+    }
+
+  // Calculate P-values and Probabilities from transitive scoring over whole database
+  void TransitiveScoring();
+  void TransitiveScoring2();
+  void TransitiveScoring3();
+  void TransitiveScoring4();
+
+  // Score2Z transforms the -log(P-value) score into a Z-score for 0 < S
+  double Score2Z(double S);
+
+  // Z2Score transforms the Z-score into a -log(P-value) value
+  double Z2Score(double Z);
+
+  // Matrix manipulation
+  void PrintMatrix(float** V, int N);
+  void PrintMatrix(double** V, int N);
+  float NormalizationFactor(double** Csub,float* w, int M);
+  void Normalize(float* Ztq, char** fold, Hash<int>& excluded);
+  void InvertMatrix(double** B, double** A, int N);
+  void TransposeMatrix(double** V, int N);
+  void SVD(double **A, int n, double w[], double **V);
+
+};
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhmm-C.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhmm-C.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..a36ef6f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,2637 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ * RCS $Id: hhhmm-C.h 224 2011-03-23 12:13:33Z fabian $
+ */
+
+
+// hhhmm.C
+
+#ifndef MAIN
+#define MAIN
+#include <iostream>   // cin, cout, cerr
+#include <fstream>    // ofstream, ifstream 
+#include <stdio.h>    // printf
+using std::cout;
+using std::cerr;
+using std::endl;
+using std::ios;
+using std::ifstream;
+using std::ofstream;
+#include <stdlib.h>   // exit
+#include <string>     // strcmp, strstr
+#include <math.h>     // sqrt, pow
+#include <limits.h>   // INT_MIN
+#include <float.h>    // FLT_MIN
+#include <time.h>     // clock
+#include <ctype.h>    // islower, isdigit etc
+#include "util-C.h"     // imax, fmax, iround, iceil, ifloor, strint, strscn, strcut, substr, uprstr, uprchr, Basename etc.
+#include "list.h"     // list data structure
+#include "hash.h"     // hash data structure
+#include "hhdecl-C.h"
+#include "hhutil-C.h"   // imax, fmax, iround, iceil, ifloor, strint, strscn, strcut, substr, uprstr, uprchr, Basename etc.
+#endif
+
+// #ifndef WNLIB
+// #define WNLIB
+// #include "wnconj.h"   // Will Naylor's wnlib for optimization in C 
+// #endif
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//// Class HMM
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Object constructor
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+HMM::HMM(int maxseqdis, int maxres)
+{
+  sname = new char*[maxseqdis];   // names of stored sequences 
+  for (int i = 0; i < maxseqdis; i++){ sname[i] = NULL;}
+  seq = new char*[maxseqdis];     // residues of stored sequences (first at pos 1!)
+  for (int i = 0; i < maxseqdis; i++){ seq[i] = NULL;}
+  Neff_M = new float[maxres];     // Neff_M[i] = diversity of subalignment of seqs that have residue in col i
+  Neff_I = new float[maxres];     // Neff_I[i] = diversity of subalignment of seqs that have insert in col i
+  Neff_D = new float[maxres];     // Neff_D[i] = diversity of subalignment of seqs that have delete in col i
+  longname = new char[DESCLEN];   // Full name of first sequence of original alignment (NAME field)
+  ss_dssp = new char[maxres];     // secondary structure determined by dssp 0:-  1:H  2:E  3:C  4:S  5:T  6:G  7:B
+  sa_dssp = new char[maxres];     // solvent accessibility state determined by dssp 0:-  1:A (absolutely buried) 2:B  3:C  4:D  5:E (exposed)
+  ss_pred = new char[maxres];     // predicted secondary structure          0:-  1:H  2:E  3:C
+  ss_conf = new char[maxres];     // confidence value of prediction         0:-  1:0 ... 10:9
+  Xcons   = NULL;                 // create only when needed: consensus sequence in internal representation (A=0 R=1 N=2 D=3 ...)
+  l = new int[maxres];            // l[i] = pos. of j'th match state in aligment
+  /* FS introduced sentinel, NULL terminates loop in destructor, FS, r221->222 */
+  f = new float*[maxres+1];   f[maxres] = NULL;  // f[i][a] = prob of finding amino acid a in column i WITHOUT pseudocounts
+  g = new float*[maxres+1];   g[maxres] = NULL;  // f[i][a] = prob of finding amino acid a in column i WITH pseudocounts
+  p = new float*[maxres+1];   p[maxres] = NULL;  // p[i][a] = prob of finding amino acid a in column i WITH OPTIMUM pseudocounts
+  tr = new float*[maxres+1]; tr[maxres] = NULL;  // log2 of transition probabilities M2M M2I M2D I2M I2I D2M D2D M2M_GAPOPEN GAPOPEN GAPEXTD
+//   tr_lin = new float*[maxres];    // linear transition probabilities M2M M2I M2D I2M I2I D2M D2D M2M_GAPOPEN GAPOPEN GAPEXTD
+  for (int i=0; i<maxres; i++) {f[i]=new(float[NAA+3]);}
+  for (int i=0; i<maxres; i++) {g[i]=new(float[NAA]);}  
+  for (int i=0; i<maxres; i++) {p[i]=new(float[NAA]);}  
+  for (int i=0; i<maxres; i++) {tr[i]=new(float[NTRANS]);}
+//   for (int i=0; i<maxres; i++) tr_lin[i]=new(float[NTRANS]);
+  L=0; 
+  Neff_HMM=0; 
+  n_display=N_in=N_filtered=0; 
+  nss_dssp=nsa_dssp=nss_pred=nss_conf=nfirst=ncons=-1;
+//   lamda_hash.New(37,0.0); // Set size and NULL element for hash
+//   mu_hash.New(37,0.0);    // Set size and NULL element for hash
+  lamda=0.0; mu=0.0;
+  name[0]=longname[0]=fam[0]='\0';
+  trans_lin=0; // transition probs in log space
+}
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Object destructor
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+HMM::~HMM()
+{
+  //Delete name and seq matrices
+    if (NULL != sname){
+        for (int k=0; (k < n_display) && (NULL != sname[k]); k++){
+            delete[] sname[k]; sname[k] = NULL;
+        }
+        delete[] sname;    sname = NULL;
+    }
+    if (NULL != seq){
+        for (int k=0; (k < n_display) && (NULL != seq[k]); k++){
+            delete[] seq[k];  seq[k] = NULL;
+        }
+        delete[] seq;    seq = NULL;
+    }
+  delete[] Neff_M;    Neff_M = NULL;
+  delete[] Neff_D;    Neff_D = NULL;
+  delete[] Neff_I;    Neff_I = NULL;
+  delete[] longname;    longname = NULL;
+  delete[] ss_dssp;  ss_dssp = NULL;
+  delete[] sa_dssp;  sa_dssp = NULL;
+  delete[] ss_pred;  ss_pred = NULL;
+  delete[] ss_conf;  ss_conf = NULL;
+  delete[] Xcons;  Xcons = NULL;
+  delete[] l;  l = NULL;
+  for (int i=0; i</*MAXRES*/par.maxResLen; i++){
+    if (f[i]){
+      delete[] f[i];   f[i] = NULL;
+    }
+    else break;
+  }
+  for (int i=0; i</*MAXRES*/par.maxResLen; i++){
+    if (g[i]){
+      delete[] g[i];   g[i] = NULL;
+    }
+    else break;
+  }
+  for (int i=0; i</*MAXRES*/par.maxResLen; i++){
+    if (p[i]){
+      delete[] p[i];  p[i] = NULL;
+    }
+    else break;
+  }
+  for (int i=0; i</*MAXRES*/par.maxResLen; i++){
+    if (tr[i]){
+      delete[] tr[i];  tr[i] = NULL;
+    }
+    else break;
+  }
+  //   for (int i=0; i</*MAXRES*/par.maxResLen; i++) if (tr_lin[i]) delete[] tr_lin[i]; else break;
+  delete[] f;  f = NULL;
+  delete[] g;  g = NULL;
+  delete[] p;  p = NULL;
+  delete[] tr;  tr = NULL;
+//   delete[] tr_lin;
+}
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Deep-copy constructor 
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+HMM& HMM::operator=(HMM& q)
+{
+  L=q.L;
+  for (int i=0; i<=L+1; ++i)
+    {
+      for (int a=0; a<NAA; ++a)
+       {
+         f[i][a]=q.f[i][a];
+         g[i][a]=q.g[i][a];
+         p[i][a]=q.p[i][a];
+       }
+      for (int a=0; a<NTRANS; ++a)
+       tr[i][a]=q.tr[i][a];
+      ss_dssp[i]=q.ss_dssp[i];
+      sa_dssp[i]=q.sa_dssp[i];
+      ss_pred[i]=q.ss_pred[i];
+      ss_conf[i]=q.ss_conf[i];
+      l[i]=q.l[i];
+    }
+  if (q.Xcons) 
+    for (int i=0; i<=L+1; ++i)
+      Xcons[i]  =q.Xcons[i];
+  
+  n_display=q.n_display;
+  for (int k=0; k<n_display; k++) {
+    sname[k]=new(char[strlen(q.sname[k])+1]);
+    if (!sname[k]) MemoryError("array of names for sequences to display");
+    strcpy(sname[k],q.sname[k]);
+  }
+  for (int k=0; k<n_display; k++) {
+    seq[k]=new(char[strlen(q.seq[k])+1]); 
+    if (!seq[k]) MemoryError("array of names for sequences to display");
+    strcpy(seq[k],q.seq[k]);
+  }
+  ncons=q.ncons;
+  nfirst=q.nfirst;
+  nss_dssp=q.nss_dssp;
+  nsa_dssp=q.nsa_dssp;
+  nss_pred=q.nss_pred;
+  nss_conf=q.nss_conf;
+
+  for (int i=0; i<=L+1; ++i) Neff_M[i]=q.Neff_M[i];
+  for (int i=0; i<=L+1; ++i) Neff_I[i]=q.Neff_I[i];
+  for (int i=0; i<=L+1; ++i) Neff_D[i]=q.Neff_D[i];
+  Neff_HMM=q.Neff_HMM;
+
+  strcpy(longname,q.longname);
+  strcpy(name,q.name);
+  strcpy(fam,q.fam);
+  strcpy(sfam,q.sfam);
+  strcpy(fold,q.fold);
+  strcpy(cl,q.cl);
+  strcpy(file,q.file);
+
+  lamda=q.lamda;
+  mu=q.mu;
+
+  for (int a=0; a<NAA; ++a) pav[a]=q.pav[a];
+  N_in=q.N_in;
+  N_filtered=q.N_filtered;
+  trans_lin=q.trans_lin;
+  return (HMM&) (*this);
+}
+
+
+///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Read an HMM from an HHsearch .hhm file; return 0 at end of file
+ */
+int 
+HMM::Read(FILE* dbf, char* path)
+{
+  char line[LINELEN]="";    // input line
+  char str3[8]="",str4[8]=""; // first 3 and 4 letters of input line
+  char* ptr;                // pointer for string manipulation
+  int i=0;                  // index for match state (first=1)
+  int a;                    // amino acid index
+  static int warn=0;
+
+  trans_lin=0;
+  L=0; 
+  Neff_HMM=0; 
+  n_display=N_in=N_filtered=0; 
+  nss_dssp=nsa_dssp=nss_pred=nss_conf=nfirst=ncons=-1;
+  lamda=mu=0.0;
+  trans_lin=0; // transition probs in log space
+  name[0]=longname[0]=fam[0]='\0';
+  //If at the end of while-loop L is still 0 then we have reached end of db file
+
+  //Do not delete name and seq vectors because their adresses are transferred to hitlist as part of a hit!!
+
+  while (fgetline(line,LINELEN-1,dbf) && !(line[0]=='/' && line[1]=='/'))
+    {
+      
+      if (strscn(line)==NULL) continue;    // skip lines that contain only white space
+      substr(str3,line,0,2);               // copy the first three characters into str3
+      substr(str4,line,0,3);               // copy the first four characters into str4
+
+      if (!strncmp("HH",line,2)) continue;
+
+      if (!strcmp("NAME",str4))
+       {
+         ptr=strscn(line+4);              //advance to first non-white-space character
+         if (ptr)        
+           {
+             strncpy(longname,ptr,DESCLEN-1); //copy full name to longname
+             longname[DESCLEN-1]='\0';
+             strncpy(name,ptr,NAMELEN-1);     //copy longname to name...
+             strcut(name);                    //...cut after first word...
+           }
+         else
+           {
+             strcpy(longname,"undefined");
+             strcpy(name,"undefined");
+           }
+         if (v>=4) cout<<"Reading in HMM "<<name<<":\n";
+       }
+
+      else if (!strcmp("FAM",str3))
+       {
+         ptr=strscn(line+3);              //advance to first non-white-space character
+         if (ptr) strncpy(fam,ptr,IDLEN-1); else strcpy(fam,""); //copy family name to basename
+         ScopID(cl,fold,sfam,fam);        //get scop classification from basename (e.g. a.1.2.3.4)
+       }
+
+      else if (!strcmp("FILE",str4))
+       {
+         if (path) strncpy(file,path,NAMELEN-1); else *file='\0'; // copy path to file variable
+         ptr=strscn(line+4);              //advance to first non-white-space character
+         if (ptr) 
+           strncat(file,ptr,NAMELEN-1-strlen(file));   // append file name read from file to path
+         else strcat(file,"*");
+       }
+
+      else if (!strcmp("LENG",str4)) 
+       { 
+         ptr=line+4; 
+         L=strint(ptr);                   //read next integer (number of match states)
+       }
+      else if (!strcmp("FILT",str4) || !strcmp("NSEQ",str4)) 
+       {
+         ptr=line+4; 
+         N_filtered=strint(ptr);          //read next integer: number of sequences after filtering
+         N_in=strint(ptr);                //read next integer: number of sequences in alignment
+       }
+
+      else if (!strcmp("NEFF",str4) || !strcmp("NAA",str3)) sscanf(line+6,"%f",&Neff_HMM);
+
+      else if (!strcmp("EVD",str3)) 
+       {
+//       char key[IDLEN];
+         sscanf(line+6,"%f %f",&lamda,&mu);
+//       sscanf(line+22,"%s",key);
+//       lamda_hash.Add(key,lamda);
+//       mu_hash.Add(key,mu);
+       }
+
+      else if (!strcmp("DESC",str4)) continue;
+      else if (!strcmp("COM",str3))  continue;
+      else if (!strcmp("DATE",str4)) continue;
+
+      /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+      // Read template sequences that should get displayed in output alignments 
+      else if (!strcmp("SEQ",str3))
+       {
+        //char cur_seq[MAXCOL]=""; //Sequence currently read in
+        char *cur_seq = new(char[par.maxColCnt]); //Sequence currently read in
+         int k;                // sequence index; start with -1; after reading name of n'th sequence-> k=n
+         int h;                // index for character in input line
+         int l=1;              // index of character in sequence seq[k]
+         int i=1;              // index of match states in ss_dssp[i] and ss_pred[i] sequence 
+         int n_seq=0;          // number of sequences to be displayed EXCLUDING ss sequences 
+         cur_seq[0]='-';       // overwrite '\0' character at beginning to be able to do strcpy(*,cur_seq)
+         k=-1;
+         while (fgetline(line,LINELEN-1,dbf) && line[0]!='#')
+           {
+             if (v>=4) cout<<"Read from file:"<<line<<"\n"; //DEBUG
+             if (line[0]=='>') //line contains sequence name
+               {
+                 if (k>=MAXSEQDIS-1) //maximum number of allowable sequences exceeded
+                   {while (fgetline(line,LINELEN-1,dbf) && line[0]!='#'); break;}
+                 k++; 
+                 if      (!strncmp(line,">ss_dssp",8)) nss_dssp=k;
+                 else if (!strncmp(line,">sa_dssp",8)) nsa_dssp=k;
+                 else if (!strncmp(line,">ss_pred",8)) nss_pred=k;
+                 else if (!strncmp(line,">ss_conf",8)) nss_conf=k;
+                 else if (!strncmp(line,">Cons-",6) || !strncmp(line,">Consensus",10)) ncons=k;
+                 else 
+                   {
+                     if (nfirst==-1) nfirst=k;
+                     if (n_seq>=par.nseqdis)
+                       {while (fgetline(line,LINELEN-1,dbf) && line[0]!='#'); k--; break;}
+                     n_seq++;
+                   }
+
+                 //If this is not the first sequence then store residues of previous sequence
+                 if (k>0) {
+                   seq[k-1]=new(char[strlen(cur_seq)+1]); 
+                   if (!seq[k-1]) MemoryError("array of sequences to display");
+                   strcpy(seq[k-1],cur_seq);
+                 }
+
+                 // store sequence name
+                 strcut(line+1); //find next white-space character and overwrite it with end-of-string character
+                 sname[k] = new (char[strlen(line+1)+1]); //+1 for terminating '\0'
+                 if (!sname[k]) MemoryError("array of names for sequences to display");
+                 strcpy(sname[k],line+1);           //store sequence name in **name
+                 l=1; i=1;             
+               }
+             else //line contains sequence residues
+               {
+                 if (k==-1) 
+                   {
+                     cerr<<endl<<"WARNING: Ignoring following line while reading HMM"<<name<<":\n\'"<<line<<"\'\n"; 
+                     continue;
+                   }
+
+                 h=0; //counts characters in current line
+
+                 // Check whether all characters are correct; store into cur_seq
+                 if (k==nss_dssp) // lines with dssp secondary structure states (. - H E C S T G B)
+                   {
+                     while (h<LINELEN && line[h]>'\0' && l</*MAXCOL*/par.maxColCnt-1)
+                       {
+                         if (ss2i(line[h])>=0 && line[h]!='.') 
+                           {
+                             char c=ss2ss(line[h]);
+                             cur_seq[l]=c; 
+                             if (c!='.' && !(c>='a' && c<='z')) ss_dssp[i++]=ss2i(c); 
+                             l++;
+                           }
+                         else if (v && ss2i(line[h])==-2) 
+                           cerr<<endl<<"WARNING: invalid symbol \'"<<line[h]<<"\' at pos. "<<h<<" in line '"<<line<<"' of HMM "<<name<<"\n";
+                         h++;
+                       } 
+                   }
+                 if (k==nsa_dssp) // lines with dssp secondary solvent accessibility (- A B C D E)
+                   {
+                     while (h<LINELEN && line[h]>'\0' && l</*MAXCOL*/par.maxColCnt-1)
+                       {
+                         if (sa2i(line[h])>=0) 
+                           {
+                             char c=line[h];
+                             cur_seq[l]=c; 
+                             if (c!='.' && !(c>='a' && c<='z')) sa_dssp[i++]=sa2i(c); 
+                             l++;
+                           }
+                         else if (v && sa2i(line[h])==-2) 
+                           cerr<<endl<<"WARNING: invalid symbol \'"<<line[h]<<"\' at pos. "<<h<<" in line '"<<line<<"' of HMM "<<name<<"\n";
+                         h++;
+                       } 
+                   }
+                 else if (k==nss_pred) // lines with predicted secondary structure (. - H E C)
+                   {
+                     while (h<LINELEN && line[h]>'\0' && l</*MAXCOL*/par.maxColCnt-1)
+                       {
+                         if (ss2i(line[h])>=0 && ss2i(line[h])<=3 && line[h]!='.') 
+                           {
+                             char c=ss2ss(line[h]);
+                             cur_seq[l]=c; 
+                             if (c!='.' && !(c>='a' && c<='z')) ss_pred[i++]=ss2i(c); 
+                             l++;
+                           }
+                         else if (v && ss2i(line[h])==-2) 
+                           cerr<<endl<<"WARNING: invalid symbol \'"<<line[h]<<"\' at pos. "<<h<<" in line '"<<line<<"' of HMM "<<name<<"\n";
+                         h++;
+                       } 
+                   }
+                 else if (k==nss_conf) // lines with confidence values should contain only 0-9, '-', or '.'
+                   {
+                     while (h<LINELEN && line[h]>'\0' && l</*MAXCOL*/par.maxColCnt-1)
+                       {
+                         if (line[h]=='-' || (line[h]>='0' && line[h]<='9')) 
+                           {
+                             cur_seq[l]=line[h]; 
+                             ss_conf[l]=cf2i(line[h]); 
+                             l++;
+                           }
+                         else if (v && cf2i(line[h])==-2) 
+                           cerr<<endl<<"WARNING: invalid symbol \'"<<line[h]<<"\' at pos. "<<h<<" in line '"<<line<<"' of HMM "<<name<<"\n";
+                         h++;
+                       } 
+                   }
+                 else // normal line containing residues
+                   {
+                     while (h<LINELEN && line[h]>'\0' && l</*MAXCOL*/par.maxColCnt-1)
+                       {
+                         if (aa2i(line[h])>=0 && line[h]!='.') // ignore '.' and white-space characters ' ', \t and \n (aa2i()==-1)
+                           {cur_seq[l]=line[h]; l++;}
+                         else if (aa2i(line[h])==-2 && v) 
+                           cerr<<endl<<"WARNING: invalid symbol \'"<<line[h]<<"\' at pos. "<<h<<" in line '"<<line<<"' of HMM "<<name<<"\n";
+                         h++;
+                       } 
+                   }
+                 cur_seq[l]='\0';  //Ensure that cur_seq ends with a '\0' character
+
+               } //end else
+           } //while(getline)
+         //If this is not the first sequence some residues have already been read in
+         if (k>=0) {
+           seq[k]=new(char[strlen(cur_seq)+1]); 
+           if (!seq[k]) MemoryError("array of sequences to display");
+           strcpy(seq[k],cur_seq);
+         }
+         n_display=k+1;
+         
+         // DEBUG
+         if (v>=4)
+           {
+             printf("nss_dssp=%i  nsa_dssp=%i  nss_pred=%i  nss_conf=%i  nfirst=%i\n",nss_dssp,nsa_dssp,nss_pred,nss_conf,nfirst);
+             for (k=0; k<n_display; k++)
+               {
+                 int j;
+                 cout<<">"<<sname[k]<<"(k="<<k<<")\n";
+                 if      (k==nss_dssp) {for (j=1; j<=L; j++) cout<<char(i2ss(ss_dssp[j]));}
+                 else if (k==nsa_dssp) {for (j=1; j<=L; j++) cout<<char(i2sa(sa_dssp[j]));}
+                 else if (k==nss_pred) {for (j=1; j<=L; j++) cout<<char(i2ss(ss_pred[j]));}
+                 else if (k==nss_conf) {for (j=1; j<=L; j++) cout<<int(ss_conf[j]-1);}
+                 else                  {for (j=1; j<=L; j++) cout<<seq[k][j];}
+                 cout<<"\n";
+               }
+           }
+
+       } //end if("SEQ")
+
+      /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+      // Read average amino acid frequencies for HMM
+      else if (!strcmp("FREQ",str4)) 
+       {
+         fprintf(stderr,"Error: hhm file has obsolete format.\n"); 
+         fprintf(stderr,"Please use hhmake version > 1.1 to generate hhm files.\n"); 
+         exit(1);
+       }
+      
+      else if (!strcmp("AVER",str4)) {} // AVER line scrapped
+      else if (!strcmp("NULL",str4))
+       {
+         ptr=line+4;
+         for (a=0; a<20 && ptr; ++a)
+           //s2[a]: transform amino acids Sorted by alphabet -> internal numbers for amino acids  
+           pb[s2a[a]] = (float) fpow2(float(-strinta(ptr))/HMMSCALE); 
+         if (!ptr) return Warning(dbf,line,name);
+         if (v>=4) 
+           {
+             printf("\nNULL  ");
+             for (a=0; a<20; ++a) printf("%5.1f ",100.*pb[s2a[a]]); 
+             printf("\n");
+           }
+       }
+
+      /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+      // Read transition probabilities from start state
+      else if (!strcmp("HMM",str3))
+       {
+         fgetline(line,LINELEN-1,dbf); // Skip line with amino acid labels
+         fgetline(line,LINELEN-1,dbf); // Skip line with transition labels
+         ptr=line;
+         for (a=0; a<=D2D && ptr; ++a)
+           tr[0][a] = float(-strinta(ptr))/HMMSCALE; //store transition probabilites as log2 values
+           // strinta returns next integer in string and puts ptr to first char 
+           // after the integer. Returns -99999 if '*' is found.
+           // ptr is set to 0 if no integer is found after ptr.
+         Neff_M[0] = float(strinta(ptr))/HMMSCALE;  // Read eff. number of sequences with M->? transition
+         Neff_I[0] = float(strinta(ptr))/HMMSCALE;  // Read eff. number of sequences with I->? transition
+         Neff_D[0] = float(strinta(ptr))/HMMSCALE;  // Read eff. number of sequences with D->? transition
+         if (!ptr) return Warning(dbf,line,name);
+
+         /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+         // Read columns of HMM
+         int next_i=0;  // index of next column
+         while (fgetline(line,LINELEN-2,dbf) &&  !(line[0]=='/' && line[1]=='/') && line[0]!='#')
+           {
+             if (strscn(line)==NULL) continue; // skip lines that contain only white space
+
+             // Read in AA probabilities
+             ptr=line+1;
+             int prev_i = next_i;
+             next_i = strint(ptr); ++i;
+             if (v && next_i!=prev_i+1) 
+               if (++warn<=5)
+                 {
+                   cerr<<endl<<"WARNING: in HMM "<<name<<" state "<<prev_i<<" is followed by state "<<next_i<<"\n";
+                   if (warn==5) cerr<<endl<<"WARNING: further warnings while reading HMMs will be suppressed.\n"; 
+                 }
+             if (i>L)
+               {
+                 cerr<<endl<<"WARNING: in HMM "<<name<<" there are more columns than the stated length "<<L<<". Skipping HMM\n";
+                 return 2;
+               }
+             if (i>=/*MAXRES*/par.maxResLen-2) 
+               {
+                 fgetline(line,LINELEN-1,dbf); // Skip line
+                 continue;
+               }
+
+             for (a=0; a<20 && ptr; ++a)
+//             f[i][s2a[a]] = (float)pow(2.,float(-strinta(ptr))/HMMSCALE); 
+               f[i][s2a[a]] = fpow2(float(-strinta(ptr))/HMMSCALE);       // speed-up ~5 s for 10000 SCOP domains
+
+             //s2a[a]: transform amino acids Sorted by alphabet -> internal numbers for amino acids  
+             l[i]=strint(ptr);   
+             if (!ptr) return Warning(dbf,line,name);
+             if (v>=4) 
+               {
+                 printf("%s",line);
+                 printf("%6i ",i);
+                 for (a=0; a<20; ++a) printf("%5.1f ",100*f[i][s2a[a]]); 
+                 printf("%5i",l[i]);
+                 printf("\n");
+               }
+             
+             // Read transition probabilities
+             fgetline(line,LINELEN-1,dbf); // Skip line with amino acid labels
+             if (line[0]!=' ' && line[0]!='\t') return Warning(dbf,line,name);
+             ptr=line;
+             for (a=0; a<=D2D && ptr; ++a)  
+               tr[i][a] = float(-strinta(ptr))/HMMSCALE; //store transition prob's as log2-values 
+             Neff_M[i] = float(strinta(ptr))/HMMSCALE;  // Read eff. number of sequences with M->? transition
+             Neff_I[i] = float(strinta(ptr))/HMMSCALE;  // Read eff. number of sequences with I->? transition
+             Neff_D[i] = float(strinta(ptr))/HMMSCALE;  // Read eff. number of sequences with D->? transition
+             if (!ptr) return Warning(dbf,line,name);
+             if (v>=4) 
+               {
+                 printf("       ");
+                 for (a=0; a<=D2D; ++a) printf("%5.1f ",100*fpow2(tr[i][a]));
+                 printf("%5.1f %5.1f %5.1f \n",Neff_M[i],Neff_I[i],Neff_D[i]);
+               }
+           }
+         if (line[0]=='/' && line[1]=='/') break;
+       }
+      else if (v) cerr<<endl<<"WARNING: Ignoring line\n\'"<<line<<"\'\nin HMM "<<name<<"\n";
+      
+    } //while(getline)
+
+  if (L==0) return 0; //End of db file -> stop reading in
+
+  // Set coefficients of EVD (= 0.0 if not calibrated for these parameters)
+//   lamda = lamda_hash.Show(par.Key());
+//   mu    = mu_hash.Show(par.Key());
+  if (lamda && v>=3) printf("HMM %s is already calibrated: lamda=%-5.3f, mu=%-5.2f\n",name,lamda,mu);
+
+  if (v && i!=L) cerr<<endl<<"Warning: in HMM "<<name<<" there are only "<<i<<" columns while the stated length is "<<L<<"\n";
+  if (v && i>/*MAXRES*/par.maxResLen-2) {i=/*MAXRES*/par.maxResLen-2; cerr<<endl<<"WARNING: maximum number "<</*MAXRES*/par.maxResLen-2<<" of residues exceeded while reading HMM "<<name<<"\n";}
+  if (v && !i)  cerr<<endl<<"WARNING: HMM "<<name<<" contains no match states. Check the alignment that gave rise to this HMM.\n";
+  if (v>=2) cout<<"Read in HMM "<<name<<" with "<<L<<" match states and effective number of sequences = "<<Neff_HMM<<"\n";
+  L = i;
+
+  // Set emission probabilities of zero'th (begin) state and L+1st (end) state to background probabilities
+  for (a=0; a<20; ++a) f[0][a]=f[L+1][a]=pb[a];
+  Neff_M[L+1]=1.0f;
+  Neff_I[L+1]=Neff_D[L+1]=0.0f;
+
+  return 1; //return status: ok
+
+} /* this is the end of HMM::Read() */
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Read an HMM from a HMMer .hmm file; return 0 at end of file
+ */
+int 
+HMM::ReadHMMer(FILE* dbf, char* filestr)
+{
+  char line[LINELEN]="";    // input line
+  char desc[DESCLEN]="";    // description of family
+  char str4[5]="";          // first 4 letters of input line
+  char* ptr;                // pointer for string manipulation
+  int i=0;                  // index for match state (first=1)
+  int a;                    // amino acid index
+  char dssp=0;              // 1 if a consensus SS has been found in the transition prob lines
+  char annot=0;             // 1 if at least one annotation character in insert lines is ne '-' or ' '
+  int k=0;                  // index for seq[k]
+  static char ignore_hmmer_cal = 0;
+  char* annotchr;           // consensus amino acids in ASCII format, or, in HMMER format, the reference annotation character in insert line
+  //annotchr = new char[MAXRES]; // consensus amino acids in ASCII format, or, in HMMER format, the reference annotation character in insert line
+  annotchr = new char[par.maxResLen]; // consensus amino acids in ASCII format, or, in HMMER format, the reference annotation character in insert line
+  static int warn=0;
+  int iAlpha = 20; /* size of alphabet, default is protein = 20 */
+  double dAlphaInv = 1.00 / (double)(iAlpha); /* weight of AA */
+
+  trans_lin=0;
+  L=0; 
+  Neff_HMM=0; 
+  n_display=N_in=N_filtered=0; 
+  nss_dssp=nsa_dssp=nss_pred=nss_conf=nfirst=ncons=-1;
+  lamda=mu=0.0;
+  trans_lin=0; // transition probs in log space
+  name[0]=longname[0]=desc[0]=fam[0]='\0';
+  //If at the end of while-loop L is still 0 then we have reached end of db file
+
+  // Do not delete name and seq vectors because their adresses are transferred to hitlist as part of a hit!!
+
+  while (fgetline(line,LINELEN-1,dbf) && !(line[0]=='/' && line[1]=='/'))
+    {
+      
+      if (strscn(line)==NULL) continue;   // skip lines that contain only white space
+      if (!strncmp("HMMER",line,5)) continue;
+
+      substr(str4,line,0,3);              // copy the first four characters into str4
+      if (!strcmp("NAME",str4) && name[0]=='\0')
+       {
+         ptr=strscn(line+4);             // advance to first non-white-space character
+         strncpy(name,ptr,NAMELEN-1);    // copy full name to name
+         strcut(name);                   // ...cut after first word...
+         if (v>=4) cout<<"Reading in HMM "<<name<<":\n";
+       }
+
+      else if (!strcmp("ACC ",str4))
+       {
+         ptr=strscn(line+4);              // advance to first non-white-space character
+         strncpy(longname,ptr,DESCLEN-1); // copy Accession id to longname...
+       }
+
+      else if (!strcmp("DESC",str4))
+       {
+         ptr=strscn(line+4);             // advance to first non-white-space character
+         if (ptr)
+           {
+             strncpy(desc,ptr,DESCLEN-1);   // copy description to name...
+             desc[DESCLEN-1]='\0';
+             strcut(ptr);                   // ...cut after first word...
+           }
+         if (!ptr || ptr[1]!='.' || strchr(ptr+3,'.')==NULL) strcpy(fam,""); else strcpy(fam,ptr); // could not find two '.' in name?
+       }
+
+      else if (!strcmp("LENG",str4)) 
+       { 
+         ptr=line+4; 
+         L=strint(ptr);                  //read next integer (number of match states)
+       }
+
+      else if (!strcmp("ALPH",str4)) {
+
+          ptr=strscn(line+4);
+          
+          if (0 == strcmp(ptr, "Amino")){
+              iAlpha = 20;
+          }
+          else if (0 == strcmp(ptr, "Nucleic")){
+              iAlpha = 4;
+              printf("%s:%s:%d: WARNING: HMM reading does not work for DNA/RNA\n", 
+                     __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__);
+          }
+          else {
+              return Warning(dbf,line,name);
+          }
+          dAlphaInv = 1.00 / (double)(iAlpha);
+          //continue;
+      }
+      else if (!strcmp("RF  ",str4)) continue;
+      else if (!strcmp("CS  ",str4)) continue;
+      else if (!strcmp("MAP ",str4)) continue;
+      else if (!strcmp("COM ",str4)) continue;
+      else if (!strcmp("NSEQ",str4)) 
+       {
+         ptr=line+4; 
+         N_in=N_filtered=strint(ptr);    //read next integer: number of sequences after filtering
+       }
+
+      else if (!strcmp("DATE",str4)) continue;
+      else if (!strncmp("CKSUM ",line,5)) continue;
+      else if (!strcmp("GA  ",str4)) continue;
+      else if (!strcmp("TC  ",str4)) continue;
+      else if (!strcmp("NC  ",str4)) continue;
+
+      else if (!strncmp("SADSS",line,5)) 
+       {
+         if (nsa_dssp<0) 
+           {
+             nsa_dssp=k++;
+             seq[nsa_dssp] = new(char[/*MAXRES*/par.maxResLen+2]);
+             sname[nsa_dssp] = new(char[15]);
+             strcpy(seq[nsa_dssp]," ");
+             strcpy(sname[nsa_dssp],"sa_dssp");
+             
+           }
+         ptr=strscn(line+5);
+         if (ptr) 
+           {
+             strcut(ptr);
+             if (strlen(seq[nsa_dssp])+strlen(ptr)>=(unsigned)(/*MAXRES*/par.maxResLen)) 
+               printf("\nWARNING: HMM %s has SADSS records with more than %i residues.\n",name,/*MAXRES*/par.maxResLen);
+             else strcat(seq[nsa_dssp],ptr);
+           }
+       }
+      
+      else if (!strncmp("SSPRD",line,5)) 
+       {
+         if (nss_pred<0) 
+           {
+             nss_pred=k++;
+             seq[nss_pred] = new(char[/*MAXRES*/par.maxResLen+2]);
+             sname[nss_pred] = new(char[15]);
+             strcpy(seq[nss_pred]," ");
+             strcpy(sname[nss_pred],"ss_pred");
+             
+           }
+         ptr=strscn(line+5);
+         if (ptr) 
+           {
+             strcut(ptr);
+             if (strlen(seq[nss_pred])+strlen(ptr)>=(unsigned)(/*MAXRES*/par.maxResLen)) 
+               printf("\nWARNING: HMM %s has SSPRD records with more than %i residues.\n",name,/*MAXRES*/par.maxResLen);
+             else strcat(seq[nss_pred],ptr);
+           }
+       }
+      
+      else if (!strncmp("SSCON",line,5)) 
+       {
+         if (nss_conf<0) 
+           {
+             nss_conf=k++;
+             seq[nss_conf] = new(char[/*MAXRES*/par.maxResLen+2]);
+             sname[nss_conf] = new(char[15]);
+             strcpy(seq[nss_conf]," ");
+             strcpy(sname[nss_conf],"ss_conf");
+           }
+         ptr=strscn(line+5);
+         if (ptr) 
+           {
+             strcut(ptr);
+             if (strlen(seq[nss_conf])+strlen(ptr)>=(unsigned)(/*MAXRES*/par.maxResLen)) 
+               printf("\nWARNING: HMM %s has SSPRD records with more than %i residues.\n",name,/*MAXRES*/par.maxResLen);
+             else strcat(seq[nss_conf],ptr);
+           }
+       }
+
+      else if (!strncmp("SSCIT",line,5)) continue; 
+      else if (!strcmp("XT  ",str4)) continue;
+      else if (!strcmp("NULT",str4)) continue;
+
+      else if (!strcmp("NULE",str4))
+       {
+         ptr=line+4;
+         for (a=0; (a < iAlpha) && ptr; ++a){ 
+           /* FIXME: FS introduced alphabet size (was '20') 
+              and dAlphaInv (was '0.05' = 1/20) */
+           //s2a[a]: transform amino acids Sorted by alphabet -> internal numbers for amino acids  
+           pb[s2a[a]] = (float) dAlphaInv * fpow2(float(strinta(ptr,-99999))/HMMSCALE);  /* dAlphaInv */
+         }
+         for (a = iAlpha; a < 20; a++){
+           pb[s2a[a]] = 0.0;
+         }
+         if (!ptr) return Warning(dbf,line,name);
+         if (v>=4) 
+           {
+             printf("\nNULL  ");
+             for (a=0; a<iAlpha; ++a) { /* FIXME: FS introduced iAlpha, was '20' */
+               printf("%5.1f ",100.*pb[s2a[a]]); 
+             }
+             printf("\n");
+           }
+       }
+
+      else if (!strcmp("EVD ",str4)) 
+       {
+         char* ptr=line+4;
+         ptr = strscn(ptr);
+         sscanf(ptr,"%f",&lamda);
+         ptr = strscn(ptr);
+         sscanf(ptr,"%f",&mu);
+         if (lamda<0) 
+           {
+             if (v>=2 && ignore_hmmer_cal==0) 
+               cerr<<endl<<"Warning: some HMMs have been calibrated with HMMER's 'hmmcalibrate'. These calibrations will be ignored\n"; 
+             ignore_hmmer_cal=1;
+             mu = lamda = 0.0;
+           }
+       }
+
+      /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+      // Read transition probabilities from start state
+      else if (!strncmp("HMM",line,3))
+       {
+         fgetline(line,LINELEN-1,dbf); // Skip line with amino acid labels
+         fgetline(line,LINELEN-1,dbf); // Skip line with transition labels
+         ptr=line;
+         for (a=0; a<=M2D && ptr; ++a)
+           tr[0][a] = float(strinta(ptr,-99999))/HMMSCALE; //store transition probabilites as log2 values
+           // strinta returns next integer in string and puts ptr to first char 
+           // after the integer. Returns -99999 if '*' is found.
+           // ptr is set to 0 if no integer is found after ptr.
+         tr[0][I2M] = tr[0][D2M] = 0.0;
+         tr[0][I2I] = tr[0][D2D] = -99999.0;
+         if (!ptr) return Warning(dbf,line,name);
+         if (v>=4)
+           {
+             printf("       ");
+             for (a=0; a<=D2D && ptr; ++a) printf("%5.1f ",100*fpow2(tr[i][a]));
+             printf("\n");
+           }
+
+         // Prepare to store DSSP states (if there are none, delete afterwards)
+         nss_dssp=k++;
+         seq[nss_dssp] = new(char[/*MAXRES*/par.maxResLen+2]);
+         sname[nss_dssp] = new(char[15]);
+         strcpy(sname[nss_dssp],"ss_dssp");
+
+         /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+         // Read columns of HMM
+         int next_i=0;  // index of next column
+         while (fgetline(line,LINELEN-1,dbf) &&  !(line[0]=='/' && line[1]=='/') && line[0]!='#')
+           {
+             if (strscn(line)==NULL) continue; // skip lines that contain only white space
+
+             // Read in AA probabilities
+             ptr=line;
+             int prev_i = next_i;
+             next_i = strint(ptr); ++i;
+             if (v && next_i!=prev_i+1) 
+               if (++warn<5)
+                 {
+                   cerr<<endl<<"WARNING: in HMM "<<name<<" state "<<prev_i<<" is followed by state "<<next_i<<"\n";
+                   if (warn==5) cerr<<endl<<"WARNING: further warnings while reading HMMs will be suppressed.\n"; 
+                 }
+             if (i>L)
+               {
+                 cerr<<endl<<"Error: in HMM "<<name<<" there are more columns than the stated length "<<L<<"\n";
+                 return 2;
+               }
+             if (i>L && v)
+               cerr<<endl<<"WARNING: in HMM "<<name<<" there are more columns than the stated length "<<L<<"\n";
+             if (i>=/*MAXRES*/par.maxResLen-2) 
+               {
+                 fgetline(line,LINELEN-1,dbf); // Skip two lines
+                 fgetline(line,LINELEN-1,dbf); 
+                 continue;
+               }
+
+             for (a=0; (a<iAlpha) && ptr; ++a){ /* FIXME: FS introduced iAlpha, was '20' */
+              f[i][s2a[a]] = (float) pb[s2a[a]]*fpow2(float(strinta(ptr,-99999))/HMMSCALE); 
+              //s2a[a]: transform amino acids Sorted by alphabet -> internal numbers for amino acids  
+             } 
+             for (a = iAlpha; a < 20; a++){
+              f[i][s2a[a]] = 0.0;
+             }
+             if (!ptr) return Warning(dbf,line,name);
+             if (v>=4) 
+              {
+                  printf("%6i ",i);
+                  for (a=0; a<iAlpha; ++a) { /* FIXME: FS introduced iAlpha, was '20' */
+                      printf("%5.1f ",100*f[i][s2a[a]]); 
+                  }
+                  printf("\n");
+              }
+             
+             // Read insert emission line
+             fgetline(line,LINELEN-1,dbf); 
+             ptr = strscn(line);
+             if (!ptr) return Warning(dbf,line,name);
+             annotchr[i]=uprchr(*ptr);
+             if (*ptr!='-' && *ptr!=' ') annot=1;
+             
+             // Read annotation character and seven transition probabilities
+             fgetline(line,LINELEN-1,dbf);
+             ptr = strscn(line);
+             switch (*ptr)
+               {
+               case 'H':
+                 ss_dssp[i]=1;
+                 seq[nss_dssp][i]=*ptr;
+                 dssp=1;
+                 break;
+               case 'E':
+                 ss_dssp[i]=2;
+                 seq[nss_dssp][i]=*ptr;
+                 dssp=1;
+                 break;
+               case 'C':
+                 ss_dssp[i]=3;
+                 seq[nss_dssp][i]=*ptr;
+                 dssp=1;
+                 break;
+               case 'S':
+                 ss_dssp[i]=4;
+                 seq[nss_dssp][i]=*ptr;
+                 dssp=1;
+                 break;
+               case 'T':
+                 ss_dssp[i]=5;
+                 seq[nss_dssp][i]=*ptr;
+                 dssp=1;
+                 break;
+               case 'G':
+                 ss_dssp[i]=6;
+                 seq[nss_dssp][i]=*ptr;
+                 dssp=1;
+                 break;
+               case 'B':
+                 ss_dssp[i]=7;
+                 seq[nss_dssp][i]=*ptr;
+                 dssp=1;
+                 break;
+               case 'I':
+                 dssp=1;
+               case '~':
+                 ss_dssp[i]=3;
+                 seq[nss_dssp][i]=*ptr;
+                 break;
+               case '-':
+               default: 
+                 ss_dssp[i]=0;
+                 seq[nss_dssp][i]=*ptr;
+                 break;
+                 
+               }
+
+             ptr+=2;
+             for (a=0; a<=D2D && ptr; ++a)  
+               tr[i][a] = float(strinta(ptr,-99999))/HMMSCALE; //store transition prob's as log2-values 
+             if (!ptr) return Warning(dbf,line,name);
+             if (v>=4) 
+               {
+                 printf("       ");
+                 for (a=0; a<=D2D; ++a) printf("%5.1f ",100*fpow2(tr[i][a]));
+                 printf("\n");
+               }
+           }
+
+         if (line[0]=='/' && line[1]=='/') break;
+
+       } /* strncmp("HMM") */
+      
+    } //while(getline)
+  
+  if (L==0) return 0; //End of db file -> stop reading in
+  
+  // Set coefficients of EVD (= 0.0 if not calibrated for these parameters)
+  //   lamda = lamda_hash.Show(par.Key());
+  //   mu    = mu_hash.Show(par.Key());
+  if (lamda && v>=2) printf("HMM %s is already calibrated: lamda=%-5.3f, mu=%-5.2f\n",name,lamda,mu);
+  
+  if (v && i!=L) cerr<<endl<<"Warning: in HMM "<<name<<" there are only "<<i<<" columns while the stated length is "<<L<<"\n";
+  if (v && i>=/*MAXRES*/par.maxResLen-2) {i=/*MAXRES*/par.maxResLen-2; cerr<<endl<<"WARNING: maximum number "<</*MAXRES*/par.maxResLen-2<<" of residues exceeded while reading HMM "<<name<<"\n";}
+  if (v && !i)  cerr<<endl<<"WARNING: HMM "<<name<<" contains no match states. Check the alignment that gave rise to this HMM.\n";
+  L = i;
+  
+  if (strlen(longname)>0) strcat(longname," ");
+  strncat(longname,name,DESCLEN-strlen(longname)-1);  // longname = ACC NAME DESC
+  if (strlen(name)>0) strcat(longname," ");
+  strncat(longname,desc,DESCLEN-strlen(longname)-1);
+  longname[DESCLEN-1]='\0';
+  ScopID(cl,fold,sfam,fam);// get scop classification from basename (e.g. a.1.2.3.4)
+  RemoveExtension(file,filestr); // copy name of dbfile without extension into 'file'
+
+  // Secondary structure
+  if (!dssp)
+    {
+      // remove dssp sequence
+      // memory that had been allocated in case ss_dssp was given needs to be freed  
+      delete[] seq[nss_dssp];    seq[nss_dssp] = NULL;
+      // memory that had been allocated in case ss_dssp was given needs to be freed
+      delete[] sname[nss_dssp];    sname[nss_dssp] = NULL;
+      nss_dssp=-1;
+      k--;
+    }
+  if (nss_pred>=0) 
+    {
+      for (i=1; i<=L; ++i) ss_pred[i] = ss2i(seq[nss_pred][i]);
+      if (nss_conf>=0) 
+       for (i=1; i<=L; ++i) ss_conf[i] = cf2i(seq[nss_conf][i]);
+      else
+       for (i=1; i<=L; ++i) ss_conf[i] = 5;
+    }
+
+  // Copy query (first sequence) and consensus  residues?
+  if (par.showcons) 
+    {
+      sname[k]=new(char[10]);
+      strcpy(sname[k],"Consensus");
+      sname[k+1]=new(char[strlen(longname)+1]);
+      strcpy(sname[k+1],longname);
+      seq[k]=new(char[L+2]); 
+      seq[k][0]=' '; 
+      seq[k][L+1]='\0'; 
+      seq[k+1]=new(char[L+2]); 
+      seq[k+1][0]=' '; 
+      seq[k+1][L+1]='\0'; 
+      for (i=1; i<=L; ++i)
+       {  
+         float pmax=0.0; 
+         int amax=0;
+         for (a=0; a<NAA; ++a) 
+           if (f[i][a]>pmax) {amax=a; pmax=f[i][a];}
+         if (pmax>0.6) seq[k][i]=i2aa(amax);
+         else if (pmax>0.4) seq[k][i]=lwrchr(i2aa(amax));
+         else seq[k][i]='x';
+         seq[k+1][i]=i2aa(amax);
+       }
+      ncons=k++; // nfirst is set later!
+    } 
+  else 
+    {
+      sname[k]=new(char[strlen(longname)+1]);
+      /* FIXME valgrind says bytes get lost here during hmm iteration --
+         fixed in HMM::ClobberGlobal(), I (FS) think */
+      strcpy(sname[k],longname);
+      seq[k]=new(char[L+2]); 
+      seq[k][0]=' '; 
+      seq[k][L+1]='\0'; 
+    }
+  
+  if (annot) // read in some annotation characters?
+    { 
+      annotchr[0]=' ';      
+      annotchr[L+1]='\0';      
+      strcpy(seq[k],annotchr); // overwrite the consensus sequence with the annotation characters
+    }
+  else if (!par.showcons)  // we have not yet calculated the consensus, but we need it now as query (first sequence)
+    {
+      /* FIXME: FS set ncons=k 
+        don't understand why it is not set but seem to need it */
+      ncons = k;
+      for (i=1; i<=L; ++i)
+       {  
+         float pmax=0.0; 
+         int amax=0;
+         for (a=0; a<NAA; ++a) 
+           if (f[i][a]>pmax) {amax=a; pmax=f[i][a];}
+         seq[k][i]=i2aa(amax);
+       }
+    }
+//   printf("%i query name=%s  seq=%s\n",n,sname[n],seq[n]);
+  nfirst=k++;
+
+  n_display=k;
+
+  // Calculate overall Neff_HMM
+  Neff_HMM=0;
+  for (i=1; i<=L; ++i)
+    {
+      float S=0.0;
+      for (a=0; a<iAlpha; ++a) { /* FIXME: FS introduced iAlpha, was '20' */
+       if (f[i][a]>1E-10) S-=f[i][a]*fast_log2(f[i][a]); 
+      }
+      Neff_HMM+=(float) fpow2(S);
+    }
+  Neff_HMM/=L;
+  for (i=0; i<=L; ++i) Neff_M[i] = Neff_I[i] = Neff_D[i] = 10.0; // to add only little additional pseudocounts!
+  if (v>=2) 
+    cout<<"Read in HMM "<<name<<" with "<<L<<" match states and effective number of sequences = "<<Neff_HMM<<"\n";
+  
+  // Set emission probabilities of zero'th (begin) state and L+1st (end) state to background probabilities
+  for (a=0; a<iAlpha; ++a) { /* FIXME: FS introduced iAlpha, was '20' */
+    f[0][a]=f[L+1][a]=pb[a];
+  }
+  delete[] annotchr;    annotchr = NULL;
+
+  return 1; //return status: ok
+
+} /* this is the end of HMM::ReadHMMer() */
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////                                        
+/**
+ * @brief Read an HMM from a HMMER3 .hmm file; return 0 at end of file
+ */
+int 
+HMM::ReadHMMer3(FILE* dbf, char* filestr)
+{
+    char line[LINELEN]="";    // input line                                                                                    
+    char desc[DESCLEN]="";    // description of family                                                                         
+    char str4[5]="";          // first 4 letters of input line                                                                 
+    char* ptr;                // pointer for string manipulation                                                               
+    int i=0;                  // index for match state (first=1)                                                               
+    int a;                    // amino acid index                                                                              
+    char dssp=0;              // 1 if a consensus SS has been found in the transition prob lines                               
+    char annot=0;             // 1 if at least one annotation character in insert lines is ne '-' or ' '                       
+    int k=0;                  // index for seq[k]                                                                              
+    char* annotchr;           // consensus amino acids in ASCII format, or, in HMMER format, the reference annotation character in insert line
+    //annotchr = new char[MAXRES]; // consensus amino acids in ASCII format, or, in HMMER format, the reference annotation character in insert line 
+    annotchr = new char[par.maxResLen]; // consensus amino acids in ASCII format, or, in HMMER format, the reference annotation character in insert line 
+    static int warn=0;
+    int iAlpha = 20; /* size of alphabet, default is protein = 20 */
+    double dAlphaInv = 1.00 / (double)(iAlpha); /* weight of AA */
+
+ trans_lin=0;
+ L=0;
+ Neff_HMM=0;
+ n_seqs=n_display=N_in=N_filtered=0;
+ nss_dssp=nsa_dssp=nss_pred=nss_conf=nfirst=ncons=-1;
+ lamda=mu=0.0;
+ trans_lin=0; // transition probs in log space                                                                              
+ name[0]=longname[0]=desc[0]=fam[0]='\0';
+ //If at the end of while-loop L is still 0 then we have reached end of db file                                             
+
+ // Do not delete name and seq vectors because their adresses are transferred to hitlist as part of a hit!!
+
+
+ while (fgetline(line,LINELEN-1,dbf) && !(line[0]=='/' && line[1]=='/'))
+     {
+
+         if (strscn(line)==NULL) continue;   // skip lines that contain only white space
+         if (!strncmp("HMMER",line,5)) continue;
+
+         substr(str4,line,0,3);              // copy the first four characters into str4
+
+         if (!strcmp("NAME",str4) && name[0]=='\0')
+             {
+                 ptr=strscn(line+4);             // advance to first non-white-space character
+                 strncpy(name,ptr,NAMELEN-1);    // copy full name to name                    
+                 strcut(name);                   // ...cut after first word...
+                 if (v>=4) cout<<"Reading in HMM "<<name<<":\n";
+             }
+
+         else if (!strcmp("ACC ",str4))
+             {
+                 ptr=strscn(line+4);              // advance to first non-white-space character
+                 strncpy(longname,ptr,DESCLEN-1); // copy Accession id to longname...
+             }
+
+         else if (!strcmp("DESC",str4))
+             {
+                 ptr=strscn(line+4);             // advance to first non-white-space character
+                 if (ptr)
+                     {
+                         strncpy(desc,ptr,DESCLEN-1);   // copy description to name...       
+                         desc[DESCLEN-1]='\0';
+                         strcut(ptr);                   // ...cut after first word...        
+                     }
+                 if (!ptr || ptr[1]!='.' || strchr(ptr+3,'.')==NULL) strcpy(fam,""); else strcpy(fam,ptr); // could not find two '.' in name?
+             }
+
+         else if (!strcmp("LENG",str4))
+             {
+                 ptr=line+4;
+                 L=strint(ptr);                  //read next integer (number of match states)
+             }
+
+         else if (!strcmp("ALPH",str4)) {
+
+             ptr=strscn(line+4);
+
+             if (0 == strcmp(ptr, "amino")){
+                 iAlpha = 20;
+             }
+             else if (0 == strcmp(ptr, "Nucleic")){
+                 iAlpha = 4;
+                 printf("%s:%s:%d: WARNING: HMM reading does not work for DNA/RNA\n",
+                        __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__);
+             }
+             else {
+                 return Warning(dbf,line,name);
+             }
+             dAlphaInv = 1.00 / (double)(iAlpha);
+             //continue;
+         }
+         else if (!strcmp("RF  ",str4)) continue;
+         else if (!strcmp("CS  ",str4)) continue;
+         else if (!strcmp("MAP ",str4)) continue;
+         else if (!strcmp("COM ",str4)) continue;
+         else if (!strcmp("NSEQ",str4))
+             {
+                 ptr=line+4;
+                 N_in=N_filtered=strint(ptr);    //read next integer: number of sequences after filtering
+             }
+
+         else if (!strcmp("DATE",str4)) continue;
+         else if (!strncmp("CKSUM ",line,5)) continue;
+         else if (!strcmp("GA  ",str4)) continue;
+         else if (!strcmp("TC  ",str4)) continue;
+         else if (!strcmp("NC  ",str4)) continue;
+
+         //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+         // Still needed??? 
+
+         else if (!strncmp("SADSS",line,5))
+             {
+                 if (nsa_dssp<0)
+                     {
+                         nsa_dssp=k++;
+                         seq[nsa_dssp] = new(char[/*MAXRES*/par.maxResLen+2]);
+                         sname[nsa_dssp] = new(char[15]);
+                         strcpy(seq[nsa_dssp]," ");
+                         strcpy(sname[nsa_dssp],"sa_dssp");
+
+                     }
+                 ptr=strscn(line+5);
+                 if (ptr)
+                     {
+                         strcut(ptr);
+                         if (strlen(seq[nsa_dssp])+strlen(ptr)>=(unsigned)(/*MAXRES*/par.maxResLen))
+                             printf("\nWARNING: HMM %s has SADSS records with more than %i residues.\n",name,/*MAXRES*/par.maxResLen);
+                         else strcat(seq[nsa_dssp],ptr);
+                     }
+             }
+
+         else if (!strncmp("SSPRD",line,5))
+             {
+                 if (nss_pred<0)
+                     {
+                         nss_pred=k++;
+                         seq[nss_pred] = new(char[/*MAXRES*/par.maxResLen+2]);
+                         sname[nss_pred] = new(char[15]);
+                         strcpy(seq[nss_pred]," ");
+                         strcpy(sname[nss_pred],"ss_pred");
+
+                     }
+                 ptr=strscn(line+5);
+                 if (ptr)
+                     {
+                         strcut(ptr);
+                         if (strlen(seq[nss_pred])+strlen(ptr)>=(unsigned)(/*MAXRES*/par.maxResLen))
+                             printf("\nWARNING: HMM %s has SSPRD records with more than %i residues.\n",name,/*MAXRES*/par.maxResLen);
+                         else strcat(seq[nss_pred],ptr);
+                     }
+             }
+
+         else if (!strncmp("SSCON",line,5))
+             {
+                 if (nss_conf<0)
+                     {
+                         nss_conf=k++;
+                         seq[nss_conf] = new(char[/*MAXRES*/par.maxResLen+2]);
+                         sname[nss_conf] = new(char[15]);
+                         strcpy(seq[nss_conf]," ");
+                         strcpy(sname[nss_conf],"ss_conf");
+                     }
+                 ptr=strscn(line+5);
+                 if (ptr)
+                     {
+                         strcut(ptr);
+                         if (strlen(seq[nss_conf])+strlen(ptr)>=(unsigned)(/*MAXRES*/par.maxResLen))
+                             printf("\nWARNING: HMM %s has SSPRD records with more than %i residues.\n",name,/*MAXRES*/par.maxResLen);
+                         else strcat(seq[nss_conf],ptr);
+                     }
+             }
+
+         else if (!strncmp("SSCIT",line,5)) continue;
+         else if (!strcmp("XT  ",str4)) continue;
+         //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+         else if (!strncmp("STATS LOCAL",line,11)) continue;
+
+         else if (!strcmp("EFFN",str4))
+             {
+                 ptr=line+4;
+                 float effn = strflt(ptr);
+                 // Calculate Neff_HMM by using f(x) = ax^0.1 + bx^0.5 + cx + d  (fitted with scop25 dataset)
+                 Neff_HMM = -1.403534 * pow(effn, 0.1) + 4.428118 * pow(effn, 0.5) - 0.2885410 * effn - 1.108568;
+             }
+
+         /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+         // Read transition probabilities from start state
+         else if (!strncmp("HMM",line,3))
+             {
+                 fgetline(line,LINELEN-1,dbf); // Skip line with amino acid labels
+                 fgetline(line,LINELEN-1,dbf); // Skip line with transition labels
+                 ptr=strscn(line);
+
+                 if (!strncmp("COMPO",ptr,5))
+                     {
+                         ptr=ptr+5;
+                         for (a=0; a<20 && ptr; ++a)
+                             //s2a[a]: transform amino acids Sorted by alphabet -> internal numbers for amino acids
+                             pb[s2a[a]] = (float) exp(-1.0*strflta(ptr,99999));
+                         if (!ptr) return Warning(dbf,line,name);
+                         if (v>=4)
+                             {
+                                 printf("\nNULL ");
+                                 for (a=0; a<20; ++a) printf("%6.3g ",100.*pb[s2a[a]]);
+                                 printf("\n");
+                             }
+                         fgetline(line,LINELEN-1,dbf); // Read next line
+                     }
+
+                 fgetline(line,LINELEN-1,dbf); // Skip line with 0-states insert probabilities 
+
+                 ptr = strscn(line);
+                 for (a=0; a<=D2D && ptr; ++a)
+                     tr[0][a] = log2((float) exp(-1.0*strflta(ptr,99999))); //store transition probabilites as log2 values
+                 // strinta returns next integer in string and puts ptr to first char
+                 // after the integer. Returns -99999 if '*' is found.
+                 // ptr is set to 0 if no integer is found after ptr. 
+                 if (!ptr) return Warning(dbf,line,name);
+                 if (v>=4)
+                     {
+                         printf("       ");
+                         for (a=0; a<=D2D && ptr; ++a) printf("%6.3g ",100*fpow2(tr[i][a]));
+                         printf("\n");
+                     }
+
+                 // Prepare to store DSSP states (if there are none, delete afterwards) 
+                 nss_dssp=k++;
+                 seq[nss_dssp] = new(char[/*MAXRES*/par.maxResLen+2]);
+                 sname[nss_dssp] = new(char[15]);
+                 strcpy(sname[nss_dssp],"ss_dssp");
+
+                 /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+                 // Read columns of HMM 
+                 int next_i=0;  // index of next column 
+                 while (fgetline(line,LINELEN-1,dbf) &&  !(line[0]=='/' && line[1]=='/') && line[0]!='#')
+                     {
+                         if (strscn(line)==NULL) continue; // skip lines that contain only white space  
+
+                         // Read in AA probabilities
+                         ptr=line;
+                         int prev_i = next_i;
+                         next_i = strint(ptr); ++i;
+                         if (v && next_i!=prev_i+1)
+                             if (++warn<5)
+                                 {
+                                     cerr<<endl<<"WARNING: in HMM "<<name<<" state "<<prev_i<<" is followed by state "<<next_i<<"\n";
+                                     if (warn==5) cerr<<endl<<"WARNING: further warnings while reading HMMs will be suppressed.\n";
+                                 }
+                         if (i>L)
+                             {
+                                 cerr<<endl<<"Error: in HMM "<<name<<" there are more columns than the stated length "<<L<<"\n";
+                                 return 2;
+                             }
+                         if (i>L && v)
+                             cerr<<endl<<"WARNING: in HMM "<<name<<" there are more columns than the stated length "<<L<<"\n";
+                         if (i>=/*MAXRES*/par.maxResLen-2)
+                             {
+                                 fgetline(line,LINELEN-1,dbf); // Skip two lines 
+                                 fgetline(line,LINELEN-1,dbf);
+                                 continue;
+                             }
+
+                         for (a=0; a<iAlpha && ptr; ++a){ /* FIXME: FS introduced iAlpha, was '20' */
+                             f[i][s2a[a]] = (float) exp(-1.0*strflta(ptr,99999));
+                             //s2a[a]: transform amino acids Sorted by alphabet -> internal numbers for amino acids
+                         }
+                         for (a = iAlpha; a < 20; a++){
+                             f[i][s2a[a]] = 0.0;
+                         }
+                         if (!ptr) return Warning(dbf,line,name);
+                         if (v>=4)
+                             {
+                                 printf("%6i ",i);
+                                 for (a=0; a<iAlpha; ++a) printf("%6.3g ",100*f[i][s2a[a]]);
+                                 printf("\n");
+                             }
+
+                         // Ignore MAP annotation                                                                              
+                         ptr = strscn(line); //find next word 
+                         ptr = strscn_ws(line); // ignore word
+
+                         // Read RF and CS annotation 
+                         ptr = strscn(line);
+                         if (!ptr) return Warning(dbf,line,name);
+                         annotchr[i]=uprchr(*ptr);
+                         if (*ptr!='-' && *ptr!=' ') annot=1;
+
+                         ptr = strscn(line);
+                         switch (*ptr)
+                             {
+                             case 'H':
+                                 ss_dssp[i]=1;
+                                 seq[nss_dssp][i]=*ptr;
+                                 dssp=1;
+                                 break;
+                             case 'E':
+                                 ss_dssp[i]=2;
+                                 seq[nss_dssp][i]=*ptr;
+                                 dssp=1;
+                                 break;
+                             case 'C':
+                                 ss_dssp[i]=3;
+                                 seq[nss_dssp][i]=*ptr;
+                                 dssp=1;
+                                 break;
+                             case 'S':
+                                 ss_dssp[i]=4;
+                                 seq[nss_dssp][i]=*ptr;
+                                 dssp=1;
+                                 break;
+                             case 'T':
+                                 ss_dssp[i]=5;
+                                 seq[nss_dssp][i]=*ptr;
+                                 dssp=1;
+                                 break;
+                             case 'G':
+                                 ss_dssp[i]=6;
+                                 seq[nss_dssp][i]=*ptr;
+                                 dssp=1;
+                                 break;
+                             case 'B':
+                                 ss_dssp[i]=7;
+                                 seq[nss_dssp][i]=*ptr;
+                                 dssp=1;
+                                 break;
+                             case 'I':
+                                 dssp=1;
+                             case '~':
+                                 ss_dssp[i]=3;
+                                 seq[nss_dssp][i]=*ptr;
+                                 break;
+                             case '-': // no SS available from any template 
+                             case '.': // no clear consensus SS structure   
+                             case 'X': // no clear consensus SS structure  
+                                 ss_dssp[i]=0;
+                                 seq[nss_dssp][i]='-';
+                                 break;
+                             default:
+                                 ss_dssp[i]=0;
+                                 seq[nss_dssp][i]=*ptr;
+                                 break;
+                             }
+
+                         // Read insert emission line 
+                         fgetline(line,LINELEN-1,dbf);
+
+                         // Read seven transition probabilities 
+                         fgetline(line,LINELEN-1,dbf);
+
+                         ptr+=2;
+                         for (a=0; a<=D2D && ptr; ++a)
+                             tr[i][a] = log2((float) exp(-1.0*strflta(ptr,99999))); //store transition prob's as log2-values 
+                         if (!ptr) return Warning(dbf,line,name);
+                         if (v>=4)
+                             {
+                                 printf("       ");
+                                 for (a=0; a<=D2D; ++a) printf("%6.3g ",100*fpow2(tr[i][a]));
+                                 printf("\n");
+                             }
+                     }
+
+                 if (line[0]=='/' && line[1]=='/') break;
+
+             } /* strncmp("HMM") */
+
+     } //while(getline) 
+
+ if (L==0) return 0; //End of db file -> stop reading in
+
+ if (v && i!=L) cerr<<endl<<"Warning: in HMM "<<name<<" there are only "<<i<<" columns while the stated length is "<<L<<"\n";
+ if (v && i>=/*MAXRES*/par.maxResLen-2) {i=/*MAXRES*/par.maxResLen-2; cerr<<endl<<"WARNING: maximum number "<</*MAXRES*/par.maxResLen-2<<" of residues exceeded while reading HMM "<<name<<"\n";}
+ if (v && !i)  cerr<<endl<<"WARNING: HMM "<<name<<" contains no match states. Check the alignment that gave rise to this HMM.\n";
+ L = i;
+
+ if (strlen(longname)>0) strcat(longname," ");
+ strncat(longname,name,DESCLEN-strlen(longname)-1);  // longname = ACC NAME DESC
+ if (strlen(name)>0) strcat(longname," ");
+ strncat(longname,desc,DESCLEN-strlen(longname)-1);
+ longname[DESCLEN-1]='\0';
+ ScopID(cl,fold,sfam,fam);// get scop classification from basename (e.g. a.1.2.3.4)
+ RemoveExtension(file,filestr); // copy name of dbfile without extension into 'file'
+
+ // Secondary structure 
+ if (!dssp)
+     {
+         // remove dssp sequence
+         delete[] seq[nss_dssp];    // memory that had been allocated in case ss_dssp was given needs to be freed
+         delete[] sname[nss_dssp];  // memory that had been allocated in case ss_dssp was given needs to be freed
+         nss_dssp=-1;
+         k--;
+     }
+ else { seq[nss_dssp][0]='-'; seq[nss_dssp][L+1]='\0'; }
+
+ if (nss_pred>=0)
+     {
+         for (i=1; i<=L; ++i) ss_pred[i] = ss2i(seq[nss_pred][i]);
+         if (nss_conf>=0)
+             for (i=1; i<=L; ++i) ss_conf[i] = cf2i(seq[nss_conf][i]);
+         else
+             for (i=1; i<=L; ++i) ss_conf[i] = 5;
+     }
+
+ // Copy query (first sequence) and consensus  residues? 
+ if (par.showcons)
+     {
+         sname[k]=new(char[10]);
+         strcpy(sname[k],"Consensus");
+         sname[k+1]=new(char[strlen(longname)+1]);
+         strcpy(sname[k+1],longname);
+         seq[k]=new(char[L+2]);
+         seq[k][0]=' ';
+         seq[k][L+1]='\0';
+         seq[k+1]=new(char[L+2]);
+         seq[k+1][0]=' ';
+         seq[k+1][L+1]='\0';
+         for (i=1; i<=L; ++i)
+             {
+                 float pmax=0.0;
+                 int amax=0;
+                 for (a=0; a<NAA; ++a)
+                     if (f[i][a]>pmax) {amax=a; pmax=f[i][a];}
+                 if (pmax>0.6) seq[k][i]=i2aa(amax);
+                 else if (pmax>0.4) seq[k][i]=lwrchr(i2aa(amax));
+                 else seq[k][i]='x';
+                 seq[k+1][i]=i2aa(amax);
+             }
+         ncons=k++; // nfirst is set later! 
+     }
+ else
+     {
+         sname[k]=new(char[strlen(longname)+1]);
+         strcpy(sname[k],longname);
+         seq[k]=new(char[L+2]);
+         seq[k][0]=' ';
+         seq[k][L+1]='\0';
+     }
+
+ if (annot) // read in some annotation characters? 
+     {
+         annotchr[0]=' ';
+         annotchr[L+1]='\0';
+         strcpy(seq[k],annotchr); // overwrite the consensus sequence with the annotation characters 
+     }
+ else if (!par.showcons)  // we have not yet calculated the consensus, but we need it now as query (first sequence)
+     {
+         for (i=1; i<=L; ++i)
+             {
+                 float pmax=0.0;
+                 int amax=0;
+                 for (a=0; a<NAA; ++a)
+                     if (f[i][a]>pmax) {amax=a; pmax=f[i][a];}
+                 seq[k][i]=i2aa(amax);
+             }
+     }
+ //   printf("%i query name=%s  seq=%s\n",n,sname[n],seq[n]);
+ nfirst=k++;
+
+ n_display=k;
+ n_seqs=k;
+
+ // If no effektive number of sequences is given, calculate Neff_HMM by given profile
+ if (Neff_HMM == 0) {
+     for (i=1; i<=L; ++i)
+         {
+             float S=0.0;
+             for (a=0; a<20; ++a)
+                 if (f[i][a]>1E-10) S-=f[i][a]*fast_log2(f[i][a]);
+             Neff_HMM+=(float) fpow2(S);
+         }
+     Neff_HMM/=L;
+ }
+
+ for (i=0; i<=L; ++i) Neff_M[i] = Neff_I[i] = Neff_D[i] = 10.0; // to add only little additional pseudocounts!
+ Neff_M[L+1]=1.0f;
+ Neff_I[L+1]=Neff_D[L+1]=0.0f;
+
+ if (v>=2)
+     cout<<"Read in HMM "<<name<<" with "<<L<<" match states and effective number of sequences = "<<Neff_HMM<<"\n";
+
+ ///////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+ // Set emission probabilities of zero'th (begin) state and L+1st (end) state to background probabilities
+ for (a=0; a<20; ++a) f[0][a]=f[L+1][a]=pb[a];
+ delete[] annotchr;
+
+ has_pseudocounts=true;
+
+ return 1; //return status: ok
+
+
+} /* this is the end of HMM::ReadHMMer3() */
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Add transition pseudocounts to HMM (and calculate lin-space transition probs)
+ */
+void 
+HMM::AddTransitionPseudocounts(float gapd, float gape, float gapf, float gapg, float gaph, float gapi, float gapb)
+{
+  int i;               //position in alignment
+  float sum;
+  float pM2M, pM2I, pM2D, pI2I, pI2M, pD2D, pD2M;
+  float p0,p1,p2;
+  if (par.gapb<=0) return;
+  if (trans_lin==1) {fprintf(stderr,"Error: Adding transition pseudocounts to linear representation of %s not allowed. Please report this error to the HHsearch developers.\n",name); exit(6);}
+  if (trans_lin==2) {fprintf(stderr,"Error: Adding transition pseudocounts twice is %s not allowed. Please report this error to the HHsearch developers.\n",name); exit(6);}
+  trans_lin=2;
+  // Calculate pseudocount transition probabilities
+  pM2D=pM2I=gapd*0.0286;     //a-priori probability for inserts and deletions
+  pM2M=1-pM2D-pM2I;
+  // gape=0 -> pI2I=0   gape=1 -> pI2I=0.75    gape=inf -> pI2I=1. 
+  pI2I=1.0*gape/(gape-1+1.0/0.75); 
+  pI2M=1-pI2I;
+  // gape=0 -> pD2D=0   gape=1 -> pD2D=0.75    gape=inf -> pD2D=1. 
+  pD2D=1.0*gape/(gape-1+1.0/0.75); 
+  pD2M=1-pD2D;
+  
+  for (i=0; i<=L; ++i) //for all columns in HMM 
+    {
+      // Transitions from M state
+      p0 = (Neff_M[i]-1)*fpow2(tr[i][M2M]) + gapb*pM2M;   
+      p1 = (Neff_M[i]-1)*fpow2(tr[i][M2D]) + gapb*pM2D;
+      p2 = (Neff_M[i]-1)*fpow2(tr[i][M2I]) + gapb*pM2I; 
+      if (i==0) p1=p2=0;       //from M(0) no transition to D(1) and I(0) possible 
+      if (i==L) p1=p2=0;       //from M(L) no transition to D(L+1) and I(L+1) possible 
+      sum = p0+p1+p2+FLT_MIN; 
+
+//       p0 = p0/sum ;
+//       p1 = pow(p1/sum,gapf);
+//       p2 = pow(p2/sum,gapg);
+//       sum = p0+p1+p2+FLT_MIN; 
+//       tr[i][M2M] = fast_log2(p0/sum);
+//       tr[i][M2D] = fast_log2(p1/sum);
+//       tr[i][M2I] = fast_log2(p2/sum);
+
+      tr[i][M2M] = fast_log2(p0/sum);
+      tr[i][M2D] = fast_log2(p1/sum)*gapf;
+      tr[i][M2I] = fast_log2(p2/sum)*gapg;
+
+      // Transitions from I state
+      p0 = Neff_I[i]*fpow2(tr[i][I2M]) + gapb*pI2M; 
+      p1 = Neff_I[i]*fpow2(tr[i][I2I]) + gapb*pI2I;   
+      sum = p0+p1+FLT_MIN;
+      
+//       p0 = pow(p0/sum,gapg);
+//       p1 = pow(p1/sum,gapi);
+//       sum = p0+p1+FLT_MIN;
+//       tr[i][I2M] = fast_log2(p0/sum);
+//       tr[i][I2I] = fast_log2(p1/sum);
+
+      tr[i][I2M] = fast_log2(p0/sum);
+      tr[i][I2I] = fast_log2(p1/sum)*gapi;
+
+      // Transitions from D state
+      p0 = Neff_D[i]*fpow2(tr[i][D2M]) + gapb*pD2M;   
+      p1 = Neff_D[i]*fpow2(tr[i][D2D]) + gapb*pD2D;  
+      if (i==L) p1=0;          //from D(L) no transition to D(L+1) possible  
+      sum = p0+p1+FLT_MIN;
+
+//       p0 = pow(p0/sum,gapf);
+//       p1 = pow(p1/sum,gaph);
+//       sum = p0+p1+FLT_MIN;
+//       tr[i][D2M] = fast_log2(p0/sum);
+//       tr[i][D2D] = fast_log2(p1/sum);
+
+      tr[i][D2M] = fast_log2(p0/sum);
+      tr[i][D2D] = fast_log2(p1/sum)*gaph;
+
+      // SS-dependent gap penalties
+      tr[i][M2M_GAPOPEN]=tr[i][M2M];
+      tr[i][GAPOPEN]=0.0;
+      tr[i][GAPEXTD]=0.0;
+    }
+
+  if (v>=4) 
+    {
+      printf("\nPseudocount transition probabilities:\n");
+      printf("pM2M=%4.1f%%, pM2I=%4.1f%%, pM2D=%4.1f%%, ",100*pM2M,100*pM2I,100*pM2D);
+      printf("pI2M=%4.1f%%, pI2I=%4.1f%%, ",100*pI2M,100*pI2I);
+      printf("pD2M=%4.1f%%, pD2D=%4.1f%% ",100*pD2M,100*pD2D);
+      printf("tau = %4.1f%%\n\n",100.*gapb/(Neff_HMM-1+gapb));
+      printf("Listing transition probabilities WITH pseudocounts:\n");
+      printf("   i dssp pred sacc     M->M   M->I   M->D   I->M   I->I   D->M   D->D\n");
+
+      for (i=1; i<=L; ++i) //for all columns in HMM
+       {
+         printf("%4i  %1c    %1c    %1c    %6.3f %6.3f %6.3f ",i,i2ss(ss_dssp[i]),i2ss(ss_pred[i]),i2sa(sa_dssp[i]),fpow2(tr[i][M2M]),fpow2(tr[i][M2I]),fpow2(tr[i][M2D]));
+         printf("%6.3f %6.3f ",fpow2(tr[i][I2M]),fpow2(tr[i][I2I]));
+         printf("%6.3f %6.3f ",fpow2(tr[i][D2M]),fpow2(tr[i][D2D]));
+         printf("%1i %2i  %1i\n",ss_pred[i],ss_conf[i],ss_dssp[i]);
+       }
+      printf("\n");
+      printf("nss_dssp=%i  nss_pred=%i\n",nss_dssp,nss_pred);
+    }
+  return;
+}
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Use secondary structure-dependent gap penalties 
+ *    on top of the HMM transition penalties
+ */
+void 
+HMM::UseSecStrucDependentGapPenalties()
+{
+  int i;   // column in HMM
+  int ii;
+  //unsigned char iis[MAXRES]; // inside-integer array
+  unsigned char iis[par.maxResLen]; // inside-integer array
+  float d; // Additional penalty for opening gap whithin SS element
+  float e; // Additional penalty for extending gap whithin SS element
+      
+  // Determine inside-integers:
+  // CCSTCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCSBGGGCCCCEECC
+  // 0000000123444432100000012210000000000001000
+  ii=0;
+  for (i=0; i<=L; ++i) // forward run 
+    {
+      if (ss_dssp[i]==1 || ss_dssp[i]==2) {ii+=(ii<par.ssgapi);} else ii=0;
+      iis[i]=ii;
+    }  for (i=0; i<=L; ++i) 
+  ii=0;
+  iis[0]=iis[L]=0;
+  for (i=L; i>=0; i--) // backward run 
+    {
+      if (ss_dssp[i]==1 || ss_dssp[i]==2) {ii+=(ii<par.ssgapi);} else ii=0; 
+      iis[i-1]=imin(ii,iis[i-1]);
+    }
+  // Add SS-dependent gap penalties to HMM transition penalties
+  for (i=0; i<=L; ++i) //for all columns in HMM 
+    {
+      d=-iis[i]*par.ssgapd;
+      e=-iis[i]*par.ssgape;
+      tr[i][GAPOPEN]=d;
+      tr[i][GAPEXTD]=e;
+      tr[i][M2M_GAPOPEN]+=d;
+      tr[i][M2I]+=d;
+      tr[i][I2M]+=d;
+      tr[i][I2I]+=e;
+      tr[i][M2D]+=d;
+      tr[i][D2M]+=d;
+      tr[i][D2D]+=e;
+    }
+
+  if (v>=3) 
+    {
+      printf("Col SS II\n");
+      for (i=0; i<=L; ++i) printf("%3i  %c %2i\n",i,i2ss(ss_dssp[i]),iis[i]);
+    }
+  return;
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Generate an amino acid frequency matrix g[][] with full pseudocount admixture (tau=1)
+ */
+void 
+HMM::PreparePseudocounts()
+{
+  for (int i=0; i<=L+1; ++i) 
+    for (int a=0; a<20; ++a)
+      g[i][a] = // produces fast code
+       R[a][0]*f[i][0]  +R[a][1]*f[i][1]  +R[a][2]*f[i][2]  +R[a][3]*f[i][3]  +R[a][4]*f[i][4]
+      +R[a][5]*f[i][5]  +R[a][6]*f[i][6]  +R[a][7]*f[i][7]  +R[a][8]*f[i][8]  +R[a][9]*f[i][9]
+      +R[a][10]*f[i][10]+R[a][11]*f[i][11]+R[a][12]*f[i][12]+R[a][13]*f[i][13]+R[a][14]*f[i][14]
+      +R[a][15]*f[i][15]+R[a][16]*f[i][16]+R[a][17]*f[i][17]+R[a][18]*f[i][18]+R[a][19]*f[i][19];
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Add amino acid pseudocounts to HMM and calculate average protein aa probabilities pav[a]
+ * Pseudocounts: t.p[i][a] = (1-tau)*f[i][a] + tau*g[i][a]
+ */
+void 
+HMM::AddAminoAcidPseudocounts(char pcm, float pca, float pcb, float pcc)
+{
+  int i;               //position in HMM
+  int a;               //amino acid (0..19)
+  float sum;
+  float tau;           //tau = pseudocount admixture
+
+  for (a=0; a<20; ++a) pav[a]=pb[a]*100.0f/Neff_HMM; // initialize vector of average aa freqs with pseudocounts
+
+  // Calculate amino acid frequencies p[i][a] = (1-tau(i))*f[i][a] + tau(i)*g[i][a]
+  switch (pcm)
+    {
+    case 0: //no pseudocounts whatsoever: tau=0
+      for (i=1; i<=L; ++i) 
+       for (a=0; a<20; ++a)
+         pav[a] += ( p[i][a]=f[i][a] );
+      break;
+    case 1: //constant pseudocounts (for optimization): tau = pca
+      tau = pca;
+      for (i=1; i<=L; ++i) 
+       for (a=0; a<20; ++a) 
+         pav[a] += ( p[i][a] = (1.-tau)*f[i][a] + tau * g[i][a] );
+      break;
+    case 2: //divergence-dependent pseudocounts
+    case 4: //divergence-dependent pseudocounts and rate matrix rescaling
+      if (par.pcc==1.0f) 
+       for (i=1; i<=L; ++i) 
+         {
+           tau = fmin(1.0, pca/(1. + Neff_M[i]/pcb ) );
+           for (a=0; a<20; ++a) 
+             pav[a] += ( p[i][a] = (1.-tau)*f[i][a] + tau * g[i][a] );
+         }
+      else 
+       for (i=1; i<=L; ++i) 
+         {
+           tau = fmin(1.0, pca/(1. + pow((Neff_M[i])/pcb,pcc)));
+           for (a=0; a<20; ++a) 
+             pav[a] += ( p[i][a] = (1.-tau)*f[i][a] + tau * g[i][a] );
+         }
+      break;
+    case 3: // constant-divergence pseudocounts
+      for (i=1; i<=L; ++i) 
+       {
+         float x = Neff_M[i]/pcb;
+         pca = 0.793 + 0.048*(pcb-10.0); 
+         tau = fmax(0.0, pca*(1-x + pcc*x*(1-x)) );
+         for (a=0; a<20; ++a) 
+           pav[a] += ( p[i][a] = (1.-tau)*f[i][a] + tau * g[i][a] );
+       }
+      if (v>=2) { printf("Divergence before / after addition of amino acid pseudocounts: %5.2f / %5.2f\n",Neff_HMM, CalcNeff()); }
+     break;
+    } //end switch (pcm)
+
+
+  // Normalize vector of average aa frequencies pav[a]
+  NormalizeTo1(pav,NAA);
+
+  for (a=0; a<20; ++a) 
+    p[0][a] = p[L+1][a] = pav[a];
+
+  // DEBUGGING output
+  if (v>=3) 
+    {
+      switch (pcm)
+       {
+       case 0:
+         cout<<"No pseudocounts added (-pcm 0)\n";
+         return;
+       case 1:
+         cout<<"Adding constant AA pseudocount admixture of "<<pca<<" to HMM "<<name<<"\n";
+         break;
+       case 2: 
+         cout<<"Adding divergence-dependent AA pseudocounts (-pcm 2) with admixture of "
+             <<pca/(1.+pow((Neff_HMM-1.)/pcb,pcc))<<" to HMM "<<name<<"\n";
+         break;
+       } //end switch (pcm)
+      cout<<"\nAverage amino acid frequencies WITH pseudocounts in HMM: \nProf: ";
+      for (a=0; a<20; ++a) printf("%4.1f ",100*pav[a]);
+      cout<<"\n";
+      if (v>=4) 
+       {
+         cout<<"\nAmino acid frequencies WITHOUT pseudocounts:\n       A    R    N    D    C    Q    E    G    H    I    L    K    M    F    P    S    T    W    Y    V\n";
+         for (i=1; i<=L; ++i) 
+           {
+             printf("%3i:  ",i);
+             sum=0;
+             for (a=0; a<20; ++a)  
+               {
+                 sum+=f[i][a];
+                 printf("%4.1f ",100*f[i][a]);
+               }
+             printf("  sum=%5.3f\n",sum);
+           }  
+         cout<<"\nAmino acid frequencies WITH pseudocounts:\n       A    R    N    D    C    Q    E    G    H    I    L    K    M    F    P    S    T    W    Y    V\n";
+         for (i=1; i<=L; ++i) 
+           {
+             printf("%3i:  ",i);
+             sum=0;
+             for (a=0; a<20; ++a)  
+               {
+                 sum+=p[i][a];
+                 printf("%4.1f ",100*p[i][a]);
+               }
+             printf("  sum=%5.3f\n",sum);
+           }  
+       }
+   }
+  return;
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Factor Null model into HMM t
+ */
+void 
+HMM::IncludeNullModelInHMM(HMM& q, HMM& t)
+{
+
+  int i,j;        //query and template match state indices
+  int a;          //amino acid index
+
+  switch (par.columnscore)
+    {
+    default:
+    case 0: // Null model with background prob. from database 
+      for (a=0; a<20; ++a) pnul[a]=pb[a];
+      break;
+
+    case 1: // Null model with background prob. equal average from query and template
+      for (a=0; a<20; ++a) pnul[a]=0.5*(q.pav[a]+t.pav[a]);
+      break;
+
+    case 2: // Null model with background prob. from template protein
+      for (a=0; a<20; ++a) pnul[a]=t.pav[a];
+      break;
+
+    case 3: // Null model with background prob. from query protein
+      for (a=0; a<20; ++a) pnul[a]=q.pav[a];
+      break;
+
+    case 4: // Null model with background prob. equal average from query and template
+      for (a=0; a<20; ++a) pnul[a]=sqrt(q.pav[a]*t.pav[a]);
+      break;
+
+   case 10: // Separated column scoring for Stochastic Backtracing (STILL USED??)
+      for (i=0; i<=q.L+1; ++i)
+       {
+         float sum = 0.0;
+         for (a=0; a<20; ++a) sum += pb[a]*q.p[i][a];
+         sum = 1.0/sqrt(sum);
+         for (a=0; a<20; ++a) q.p[i][a]*=sum;
+       }
+      for (j=0; j<=t.L+1; j++)
+       {
+         float sum = 0.0;
+         for (a=0; a<20; ++a) sum += pb[a]*t.p[j][a];
+         sum = 1.0/sqrt(sum);
+         for (a=0; a<20; ++a) t.p[j][a]*=sum;
+       }
+      break;
+
+    case 11:  // log co-emission probability (no null model)
+      for (a=0; a<20; ++a) pnul[a]=0.05;
+      break;
+
+   }
+
+  // !!!!! ATTENTION!!!!!!!  after this t.p is not the same as after adding pseudocounts !!!
+  //Introduce amino acid weights into template (for all but SOP scores) 
+  if (par.columnscore!=10)
+    for (a=0; a<20; ++a) 
+      for (j=0; j<=t.L+1; j++)
+       t.p[j][a]/=pnul[a];
+
+  if (v>=5) 
+    {
+      cout<<"\nAverage amino acid frequencies\n";
+      cout<<"         A    R    N    D    C    Q    E    G    H    I    L    K    M    F    P    S    T    W    Y    V\n";  
+      cout<<"Q:    ";
+      for (a=0; a<20; ++a) printf("%4.1f ",100*q.pav[a]);
+      cout<<"\nT:    ";
+      for (a=0; a<20; ++a) printf("%4.1f ",100*t.pav[a]);
+      cout<<"\nNull: ";
+      for (a=0; a<20; ++a) printf("%4.1f ",100*pnul[a]);
+      cout<<"\npb:   ";
+      for (a=0; a<20; ++a) printf("%4.1f ",100*pb[a]);
+    }
+
+
+  return;
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Write HMM to output file 
+ */
+void 
+HMM::WriteToFile(char* outfile)
+{
+  const int SEQLEN=100;      // number of residues per line for sequences to be displayed
+  int i,a;
+
+  if (trans_lin) {fprintf(stderr,"Error: Writing transition pseudocounts in linear representation not allowed. Please report this error to the HHsearch developers.\n"); exit(6);}
+
+  FILE *outf=NULL;
+  if (strcmp(outfile,"stdout"))
+    {
+      if (par.append) outf=fopen(outfile,"a"); else outf=fopen(outfile,"w");
+      if (!outf) OpenFileError(outfile);
+    } 
+  else
+    outf = stdout;
+  if (v>=2) cout<<"Writing HMM to "<<outfile<<"\n";
+
+//   fprintf(outf,"HHsearch HHM format 1.5\n"); 
+  fprintf(outf,"HHsearch 1.5\n");         // format specification
+  fprintf(outf,"NAME  %s\n",longname);    // name of first sequence
+  fprintf(outf,"FAM   %s\n",fam);         // family name
+  char file_nopath[NAMELEN];
+  RemovePath(file_nopath,file);
+  fprintf(outf,"FILE  %s\n",file_nopath); // base name of alignment file
+    
+  // Print command line
+  fprintf(outf,"COM   "); 
+  for (int i=0; i<par.argc; i++) 
+    if (strlen(par.argv[i])<=100)
+      fprintf(outf,"%s ",par.argv[i]);
+    else
+      fprintf(outf,"<%i characters> ",(int)strlen(par.argv[i]));
+  fprintf(outf,"\n"); 
+
+  // print out date stamp
+  time_t* tp=new(time_t);
+  *tp=time(NULL);
+  fprintf(outf,"DATE  %s",ctime(tp));
+  delete tp; tp = NULL; /* really? FS */
+
+  // Print out some statistics of alignment
+  fprintf(outf,"LENG  %i match states, %i columns in multiple alignment\n",L,l[L]);
+  fprintf(outf,"FILT  %i out of %i sequences passed filter (-id %i -cov %i -qid %i -qsc %.2f -diff %i)\n",N_filtered,N_in,par.max_seqid,par.coverage,par.qid,par.qsc,par.Ndiff);
+  fprintf(outf,"NEFF  %-4.1f\n",Neff_HMM);
+  
+  // Print selected sequences from alignment (including secondary structure and confidence values, if known)
+  fprintf(outf,"SEQ\n");
+  for (int n=0; n<n_display; n++)
+    {
+      fprintf(outf,">%s\n",sname[n]);
+      //first sequence character starts at 1; 0 not used.
+      for(unsigned int j=0; j<strlen(seq[n]+1); j+=SEQLEN) fprintf(outf,"%-.*s\n",SEQLEN,seq[n]+1+j); 
+    }
+  fprintf(outf,"#\n");
+
+  // print null model background probabilities from substitution matrix 
+  fprintf(outf,"NULL   ");
+  for (a=0; a<20; ++a) fout(outf,-iround(fast_log2(pb[s2a[a]])*HMMSCALE ));
+  fprintf(outf,"\n");
+
+  // print table header line with amino acids
+  fprintf(outf,"HMM    ");
+  for (a=0; a<20; ++a) fprintf(outf,"%1c\t",i2aa(s2a[a]));
+  fprintf(outf,"\n");
+  // print table header line with state transitions
+  fprintf(outf,"       M->M\tM->I\tM->D\tI->M\tI->I\tD->M\tD->D\tNeff\tNeff_I\tNeff_D\n");
+
+  // print out transition probabilities from begin state (virtual match state)
+  fprintf(outf,"       ");
+  for (a=0; a<=D2D; ++a) fout(outf,-iround(tr[0][a]*HMMSCALE));
+  fout(outf,iround(Neff_M[0]*HMMSCALE));
+  fout(outf,iround(Neff_I[0]*HMMSCALE));
+  fout(outf,iround(Neff_D[0]*HMMSCALE));
+  fprintf(outf,"\n");
+
+  // Start loop for printing HMM columns
+  int h=1;
+  for (i=1; i<=L; ++i) 
+    {
+
+      while(islower(seq[nfirst][h]) && seq[nfirst][h]) h++;
+      fprintf(outf,"%1c %-4i ",seq[nfirst][h++],i);
+    
+      // Print emission probabilities for match state
+      for (a=0; a<20; ++a) fout(outf,-iround(fast_log2(p[i][s2a[a]])*HMMSCALE )); 
+      fprintf(outf,"%-i",l[i]);
+      fprintf(outf,"\n");
+
+      // Print transition probabilities
+      fprintf(outf,"       ");
+      for (a=0; a<=D2D; ++a) fout(outf,-iround(tr[i][a]*HMMSCALE));
+      fout(outf,iround(Neff_M[i]*HMMSCALE));
+      fout(outf,iround(Neff_I[i]*HMMSCALE));
+      fout(outf,iround(Neff_D[i]*HMMSCALE));
+      fprintf(outf,"\n\n");
+    } // end for(i)-loop for printing HMM columns
+
+  fprintf(outf,"//\n");
+  fclose(outf);
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Write HMM to output file 
+ */
+void 
+HMM::InsertCalibration(char* infile)
+{
+  char* line =  new(char[LINELEN]);    // input line
+  char** lines = new(char*[3*L+100000]);
+  int nline=0;
+  int l;
+  char done=0;   // inserted new 'EVD mu sigma' line?
+
+  // Read from infile all lines and insert the EVD line with lamda and mu coefficients
+  ifstream inf;
+  inf.open(infile, ios::in);
+  if (!inf) OpenFileError(infile);
+  if (v>=2) cout<<"Recording calibration coefficients in "<<infile<<"\n";
+  
+  while (inf.getline(line,LINELEN) && !(line[0]=='/' && line[1]=='/') && nline<2*/*MAXRES*/par.maxResLen)
+    {
+
+      // Found an EVD lamda mu line? -> remove
+      while (!done && !strncmp(line,"EVD ",3) && !(line[0]=='/' && line[1]=='/') && nline<2*/*MAXRES*/par.maxResLen) 
+       inf.getline(line,LINELEN);
+      if ((line[0]=='/' && line[1]=='/') || nline>=2*/*MAXRES*/par.maxResLen) 
+       {fprintf(stderr,"Error: wrong format in %s. Expecting hhm format\n",infile); exit(1);}
+
+      // Found the SEQ line? -> insert calibration before this line
+      if (!done && (!strncmp("SEQ",line,3) || !strncmp("HMM",line,3)) && (isspace(line[3]) || line[3]=='\0'))
+       {
+         done=1;
+         lines[nline]=new(char[128]);
+         if (!lines[nline]) MemoryError("space to read in HHM file for calibration");
+         sprintf(lines[nline],"EVD   %-7.4f %-7.4f",lamda,mu);
+         nline++;
+       }
+      lines[nline]=new(char[strlen(line)+1]); 
+      if (!lines[nline]) MemoryError("space to read in HHM file for calibration");
+      strcpy (lines[nline],line);
+      nline++;
+    }
+  inf.close();
+
+  // Write to infile all lines
+  FILE* infout=fopen(infile,"w");
+  if (!infout) {
+    cerr<<endl<<"WARNING in "<<program_name<<": no calibration coefficients written to "<<infile<<":\n";
+    cerr<<"Could not open file for writing.\n"; 
+    return;
+  }
+  for (l=0; l<nline; l++) {
+    fprintf(infout,"%s\n",lines[l]); 
+    delete[] lines[l];  lines[l] = NULL;
+  }
+  fprintf(infout,"//\n");
+  fclose(infout); 
+  delete[] line;  line = NULL;
+  delete[] lines;  lines = NULL;
+  return;
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Write HMM to output file in HMMER format 
+ */
+void 
+HMM::WriteToFileHMMER(char* outfile)
+{
+  const int INTSCALE=1000;  //scaling factor in HMMER files
+  const float pBD=0.50;
+  const int LOG2pBD=iround(fast_log2(pBD)*INTSCALE);
+  const int LOG2pBM=iround(fast_log2(1-pBD)*INTSCALE);
+  const float pJB=1.0/350;
+  const int LOG2pJB=iround(fast_log2(pJB)*INTSCALE);
+  const int LOG2pJJ=iround(fast_log2(1-pJB)*INTSCALE);
+  const float pEJ=0.5;
+  const int LOG2pEJ=iround(fast_log2(pEJ)*INTSCALE);
+  const int LOG2pEC=iround(fast_log2(1-pEJ)*INTSCALE);
+  char c;
+  int i,a;
+
+  if (trans_lin) {fprintf(stderr,"Error: Writing transition pseudocounts in linear representation not allowed. Please report this error to the HHsearch developers.\n"); exit(6);}
+
+  FILE *outf=NULL;
+  if (strcmp(outfile,"stdout"))
+    {
+      if (par.append) outf=fopen(outfile,"a"); else outf=fopen(outfile,"w");
+      if (!outf) OpenFileError(outfile);
+    } 
+  else
+    outf = stdout;
+  if (v>=2) cout<<"Writing HMM to "<<outfile<<"\n";
+
+  fprintf(outf,"HMMER2.0  [hhmake %s]\n",VERSION_AND_DATE); 
+  fprintf(outf,"NAME  %s\n",file);       // base name of alignment file
+  fprintf(outf,"DESC  %s\n",longname);
+  fprintf(outf,"LENG  %i\n",L); 
+  fprintf(outf,"ALPH  Amino\n");         // amino acid seuqences (not DNA)
+  fprintf(outf,"RF    yes\n");            // reference annotation flag
+  fprintf(outf,"CS    yes\n");           // consensus structure annotation flag
+  fprintf(outf,"MAP   yes\n");           // write MA column number after each line of aa probabilities
+    
+  fprintf(outf,"COM   ");                // print out command line 
+  for (i=0; i<=par.argc-1; ++i) fprintf(outf,"%s ",par.argv[i]); fprintf(outf,"\n");
+
+  fprintf(outf,"NSEQ  %i\n",N_filtered); // print number of sequences after filtering
+  
+  // Date stamp
+  time_t* tp=new(time_t);
+  *tp=time(NULL);
+  fprintf(outf,"DATE  %s",ctime(tp));
+  delete tp; tp = NULL; /* really? FS */
+  
+  // Print out secondary structure
+  if (nss_dssp>=0) 
+    fprintf(outf,"SSDSS %s\n",seq[nss_dssp]);
+  if (nsa_dssp>=0) 
+    fprintf(outf,"SADSS %s\n",seq[nsa_dssp]);
+  if (nss_pred>=0)
+    fprintf(outf,"SSPRD %s\n",seq[nss_pred]);
+  if (nss_conf>=0)
+    fprintf(outf,"SSCNF %s\n",seq[nss_conf]);
+  
+
+  // Special Plan7 transitions that control repeated detection of profile HMM within sequence
+  fprintf(outf,"XT     %6i %6i %6i %6i %6i %6i %6i %6i\n",LOG2pJB,LOG2pJJ,LOG2pEC,LOG2pEJ,LOG2pJB,LOG2pJJ,LOG2pJB,LOG2pJJ);
+  fprintf(outf,"NULT      -4  -8455\n");
+
+
+  // Null model background probabilities from substitution matrix 
+  fprintf(outf,"NULE  ");
+  for (a=0; a<20; ++a) 
+    {
+      float lg2=fast_log2(pb[s2a[a]]*20.0);
+      if (lg2<-99.999) fprintf(outf,"      *"); else fprintf(outf," %6i",iround(lg2*INTSCALE));
+    }
+  fprintf(outf,"\n");
+  
+  // Table header line with amino acids
+  fprintf(outf,"HMM    ");
+  for (a=0; a<20; ++a) fprintf(outf,"     %1c ",i2aa(s2a[a]));
+  fprintf(outf,"\n");
+  // Table header line with state transitions
+  fprintf(outf,"         m->m   m->i   m->d   i->m   i->i   d->m   d->d   b->m   m->e\n");
+
+  // Transition probabilities from begin state
+  fprintf(outf,"       %6i      * %6i\n",LOG2pBM,LOG2pBD);
+
+  // Start loop for printing HMM columns
+  int h=1, hss=1;
+  for (i=1; i<=L; ++i) 
+    {
+
+      // Emission probabilities for match state
+      fprintf(outf," %5i",i);
+      for (a=0; a<20; ++a) fprintf(outf," %6i",imax(-9999,iround(fast_log2(p[i][s2a[a]]/pb[s2a[a]])*INTSCALE))); 
+      fprintf(outf," %5i",l[i]);
+      fprintf(outf,"\n");
+
+      // Emission probabilities (relative to null model) for insert state
+      while(islower(seq[nfirst][h]) && seq[nfirst][h]) h++;
+      if (i==L)  
+       fprintf(outf,"     %1c      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *\n",seq[nfirst][h++]);
+      else 
+       fprintf(outf,"     %1c      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0\n",seq[nfirst][h++]);
+    
+      // Transition probabilities
+      if (nss_dssp>=0) 
+       {
+         while(islower(seq[nss_dssp][hss]) && seq[nss_dssp][hss]) hss++;
+         c=seq[nss_dssp][hss++];
+       }
+      else c=' ';
+      fprintf(outf,"     %1c",c);
+      if (i==1) 
+       {
+         for (a=0; a<=D2D; ++a) fprintf(outf," %6i",imax(-9999,iround(tr[i][a]*INTSCALE)));
+         fprintf(outf," %6i      *\n",LOG2pBM); 
+       }
+      else if (i==L) 
+       {
+         for (a=0; a<=D2D; ++a) fprintf(outf,"     *");
+         fprintf(outf,"      *      0\n");
+       }
+      else 
+       {
+         for (a=0; a<=D2D; ++a) fprintf(outf," %6i",imax(-9999,iround(tr[i][a]*INTSCALE)));
+         fprintf(outf,"      *      *\n");
+       }
+    } 
+
+  fprintf(outf,"//\n");
+  fclose(outf);
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Transform log to lin transition probs
+ */
+void 
+HMM::Log2LinTransitionProbs(float beta)
+{
+  if (trans_lin==1) return; 
+  trans_lin=1;
+  for (int i=0; i<=L; ++i)
+    {
+      for (int a=0; a<NTRANS; ++a)
+       tr[i][a] = fpow2(beta*tr[i][a]);
+/* FIXME valgrind says: "Conditional jump or move depends on
+ * uninitialised value(s)" when using hmm iteration
+ */
+    }
+}
+
+
+/**
+ * @brief Set query columns in His-tags etc to Null model distribution
+ */
+void 
+HMM::NeutralizeTags()
+{
+  char* qseq = seq[nfirst];
+  char* pt;
+  int a,i;
+
+  if (NULL == qseq){
+      return;
+  }
+  
+  // Neutralize His tag
+  if ( (pt=strstr(qseq,"HHHHH")) )  
+    {
+      int i0 = pt-qseq+1;
+      if (v>=2) printf("Neutralized His-tag at position %i\n",i0);
+      for (i=imax(i0-5,1); i<i0; ++i)   // neutralize leading 5 columns
+       for (a=0; a<NAA; ++a) p[i][a]=pb[a];      
+      for (; (*pt)!='H'; ++i,++pt)      // neutralize His columns     
+       for (a=0; a<NAA; ++a) p[i][a]=pb[a]; 
+      i0=i;
+       for (; i<imin(i0+5,L+1); ++i)    // neutralize trailing 5 columns     
+       for (a=0; a<NAA; ++a) p[i][a]=pb[a]; 
+       if (v>=3) printf("start:%i  end:%i\n",imax(i0-5,1),i-1);
+    }
+
+  // Neutralize C-myc tag
+  if ( (pt=strstr(qseq,"EQKLISEEDL")) )  
+    {
+      if (v>=2) printf("Neutralized C-myc-tag at position %i\n",int(pt-qseq)+1);
+      for (i=pt-qseq+1; i<=pt-qseq+10; ++i)
+       for (a=0; a<NAA; ++a) p[i][a]=pb[a]; 
+    }
+  // Neutralize FLAG tag
+  if ( (pt=strstr(qseq,"DYKDDDDK")) )  
+    {
+      if (v>=2) printf("Neutralized FLAG-tag at position %i\n",int(pt-qseq)+1);
+      for (i=pt-qseq+1; i<=pt-qseq+8; ++i)
+       for (a=0; a<NAA; ++a) p[i][a]=pb[a]; 
+    }
+}
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Calculate effective number of sequences using profiles INCLUDING pseudocounts
+ */
+float 
+HMM::CalcNeff()
+{      
+  float Neff=0;
+  for (int i=1; i<=L; ++i) 
+    for (int a=0; a<20; ++a) 
+      if (p[i][a]>1E-10) Neff-=p[i][a]*fast_log2(p[i][a]); 
+  return fpow2(Neff/L);
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Calculate consensus of HMM (needed to merge HMMs later)
+ */
+void 
+HMM::CalculateConsensus()
+{
+  int i;      // position in query
+  int a;      // amino acid
+  if (!Xcons) Xcons = new char[/*MAXRES*/par.maxResLen+2]; 
+  for (i=1; i<=L; ++i)
+    {
+      float max=f[i][0]-pb[0];
+      for (a=1; a<20; ++a) 
+       if (f[i][a]-pb[a]>max) Xcons[i]=a;
+    }
+  Xcons[0]=Xcons[L+1]=ENDGAP;
+}
+
+// /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// // Store linear transition probabilities
+// /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// void HMM::StoreLinearTransitionProbs()
+// {
+//   int i;      // position in query
+//   for (i=0; i<=L+1; ++i) if (!tr_lin[i]) tr_lin[i] = new(float[NTRANS]);
+//   for (i=0; i<=L+1; ++i)
+//     {
+//       tr_lin[i][M2M] = fpow2(tr[i][M2M]);
+//       tr_lin[i][M2I] = fpow2(tr[i][M2I]);
+//       tr_lin[i][M2D] = fpow2(tr[i][M2D]);
+//       tr_lin[i][D2M] = fpow2(tr[i][M2D]);
+//       tr_lin[i][D2D] = fpow2(tr[i][D2D]);
+//       tr_lin[i][I2M] = fpow2(tr[i][I2M]);
+//       tr_lin[i][I2I] = fpow2(tr[i][I2I]);
+//     }
+// }
+
+
+// #define Weff(Neff) (1.0+par.neffa*(Neff-1.0)+(par.neffb-4.0*par.neffa)/16.0*(Neff-1.0)*(Neff-1.0))
+
+// /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// // Initialize f[i][a] with query HMM
+// /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// void HMM::MergeQueryHMM(HMM& q, float wk[])
+// {
+//   int i;      // position in query
+//   int a;      // amino acid
+//   float Weff_M, Weff_D, Weff_I;
+//   for (i=1; i<=L; i++)
+//     {
+//       Weff_M = Weff(q.Neff_M[i]-1.0);
+//       Weff_D = Weff(q.Neff_D[i]-1.0);
+//       Weff_I = Weff(q.Neff_I[i]-1.0);
+//       for (a=0; a<20; a++) f[i][a] = q.f[i][a]*wk[i]*Weff_M;
+//       tr_lin[i][M2M] = q.tr_lin[i][M2M]*wk[i]*Weff_M;
+//       tr_lin[i][M2I] = q.tr_lin[i][M2I]*wk[i]*Weff_M;
+//       tr_lin[i][M2D] = q.tr_lin[i][M2D]*wk[i]*Weff_M;
+//       tr_lin[i][D2M] = q.tr_lin[i][D2M]*wk[i]*Weff_D;
+//       tr_lin[i][D2D] = q.tr_lin[i][D2D]*wk[i]*Weff_D;
+//       tr_lin[i][I2M] = q.tr_lin[i][I2M]*wk[i]*Weff_I;
+//       tr_lin[i][I2I] = q.tr_lin[i][I2I]*wk[i]*Weff_I;
+//     }
+// }
+
+
+
+// /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// // Normalize probabilities in total merged super-HMM 
+// /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// void HMM::NormalizeHMMandTransitionsLin2Log()
+// {
+//   int i;      // position in query
+//   int a;      // amino acid
+//   for (i=0; i<=L+1; i++)
+//     {
+//       float sum=0.0;
+//       for (a=0; a<20; a++) sum += f[i][a];
+//       for (a=0; a<20; a++) f[i][a]/=sum;
+//       sum = tr_lin[i][M2M] + tr_lin[i][M2I] + tr_lin[i][M2D];
+//       tr_lin[i][M2M] /= sum;
+//       tr_lin[i][M2I] /= sum;
+//       tr_lin[i][M2D] /= sum;
+//       tr[i][M2M] = fast_log2(tr_lin[i][M2M]);
+//       tr[i][M2I] = fast_log2(tr_lin[i][M2I]);
+//       tr[i][M2D] = fast_log2(tr_lin[i][M2D]);
+//       sum = tr_lin[i][D2M] + tr_lin[i][D2D];
+//       tr_lin[i][D2M] /= sum;
+//       tr_lin[i][D2D] /= sum;
+//       tr[i][D2M] = fast_log2(tr_lin[i][D2M]);
+//       tr[i][D2D] = fast_log2(tr_lin[i][D2D]);
+//       sum = tr_lin[i][I2M] + tr_lin[i][I2I];
+//       tr_lin[i][I2M] /= sum;
+//       tr_lin[i][I2I] /= sum;
+//       tr[i][I2M] = fast_log2(tr_lin[i][I2M]);
+//       tr[i][I2I] = fast_log2(tr_lin[i][I2I]);
+//    }
+// }
+
+
+// UNCOMMENT TO ACTIVATE COMPOSITIONALLY BIASED PSEUDOCOUNTS BY RESCALING THE RATE MATRIX
+
+// /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// //// Function to minimize
+// /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// double RescaleMatrixFunc(double x[])
+// {
+//   double sum=0.0;
+//   for (int a=0; a<20; ++a)      
+//     {
+//       double za=0.0;
+//       for (int b=0; b<20; ++b) za+=P[a][b]*x[b];
+//       sum += (x[a]*za-qav[a])*(x[a]*za-qav[a]);
+//     }
+//   return sum;
+// }
+
+// /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// //// Gradient of function to minimize
+// /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// void RescaleMatrixFuncGrad(double grad[], double x[])
+// {
+//   double z[20] = {0.0};
+//   double w[20];
+//   double tmp;
+//   for (int a=0; a<20; ++a)
+//     for (int b=0; b<20; ++b) z[a] += P[a][b]*x[b];
+  
+//   for (int a=0; a<20; ++a) w[a] = x[a]*z[a]-qav[a];
+//   for (int a=0; a<20; ++a)
+//     {
+//       tmp = w[a]*z[a];
+//       for (int b=0; b<20; ++b) tmp += P[a][b]*x[b]*w[b];
+//       grad[a] = 2.0*tmp;
+//     }
+//   return;
+// }
+
+
+// /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// //// Rescale a substitution matrix to biased aa frequencies in global vector qav[a]
+// /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// void HMM::RescaleMatrix() 
+// {
+//   int a,b;
+//   int code;
+//   double x[21];     // scaling factor
+//   double val_min;
+//   const int len=20;
+//   const int max_iterations=50;
+
+//   if (v>=2) printf("Adjusting rate matrix to query amino acid composition ...\n");
+
+//   // Put amino acid frequencies into global array (needed to call WNLIB's conjugate gradient method)
+//   for (a=0; a<20; ++a) qav[a] = pav[a];
+
+//   // Initialize scaling factors x[a]
+//   for (a=0; a<20; ++a) x[a]=pow(qav[a]/pb[a],0.73);  // Initialize    
+
+//   // Call conjugate gradient minimization method from WNLIB
+//   wn_conj_gradient_method(&code,&val_min,x,len,&RescaleMatrixFunc,&RescaleMatrixFuncGrad,max_iterations);
+
+
+//   // Calculate z[a] = sum_b Pab*xb
+//   float sum_err=0.0f;  
+//   float sum = 0.0f;
+//   for (a=0; a<20; ++a)      
+//     {
+//       float za=0.0f; // za = sum_b Pab*xb
+//       for (b=0; b<20; ++b) za+=P[a][b]*x[b];
+//       sum_err += (x[a]*za/qav[a]-1)*(x[a]*za/qav[a]-1);
+//       sum += x[a]*za;
+//    }
+//   if (sum_err>1e-3 & v>=1) fprintf(stderr,"WARNING: adjusting rate matrix by CG resulted in residual error of %5.3f.\n",sum_err);
+//   // Rescale rate matrix
+//   for (a=0; a<20; ++a)      
+//     for (b=0; b<20; ++b) 
+//       {
+//     P[a][b] *= x[a]*x[b]/sum;
+//     R[a][b] = P[a][b]/qav[b];
+//       }
+
+//   // How well approximated?
+//   if (v>=3) 
+//     {
+//       // Calculate z[a] = sum_b Pab*xb
+//       float z[21];  
+//       for (a=0; a<20; ++a)      
+//     for (z[a]=0.0, b=0; b<20; ++b) z[a]+=P[a][b];
+//       printf("Adjust   A    R    N    D    C    Q    E    G    H    I    L    K    M    F    P    S    T    W    Y    V\nErr?  ");
+//       for (a=0; a<20; ++a) printf("%4.0f ",1000*z[a]/qav[a]);
+//       cout<<endl<<"xa    ";
+//       for (a=0; a<20; ++a) fprintf(stdout,"%4.2f ",x[a]);
+//       cout<<endl;
+//     }
+
+//   // Evaluate sequence identity underlying substitution matrix
+//   if (v>=3)
+//     {
+//       float id=0.0f;
+//       float entropy=0.0f; 
+//       float entropy_qav=0.0f;
+//       float mut_info=0.0f;
+//       for (a=0; a<20; ++a) id += P[a][a];
+//       for (a=0; a<20; ++a)  entropy_qav-=qav[a]*fast_log2(qav[a]);
+//       for (a=0; a<20; ++a) 
+//       for (b=0; b<20; ++b) 
+//         {
+//           entropy-=P[a][b]*fast_log2(R[a][b]);
+//           mut_info += P[a][b]*fast_log2(P[a][b]/qav[a]/qav[b]);
+//         }
+
+//       fprintf(stdout,"Rescaling rate matrix: sequence identity = %2.0f%%; entropy per column = %4.2f bits (out of %4.2f); mutual information = %4.2f bits\n",100*id,entropy,entropy_qav,mut_info);
+//     }
+//   return;
+// }
+
+
+/* @* HMM::ClobberGlobal (eg, q,t)
+ */
+void 
+HMM::ClobberGlobal(void){
+
+  for (int i = 0; i < n_display; i++){
+    if (sname[i]){
+      delete[] sname[i]; sname[i] = NULL;
+    }
+    if (seq[i]){
+      delete[] seq[i]; seq[i] = NULL;
+    }
+  } 
+  Neff_M[0] = Neff_I[0] = Neff_D[0] = 0.0;
+  longname[0] = '\0'; file[0] = '\0';
+  ss_dssp[0] = sa_dssp[0] = ss_pred[0] = ss_conf[0] = '\0';
+  Xcons   = NULL;
+  l[0] = 0;
+  L = 0;
+  Neff_HMM = 0;
+  n_display = N_in = N_filtered = 0;
+  nss_dssp = nsa_dssp = nss_pred = nss_conf = nfirst = ncons = -1;
+  lamda = 0.0; mu = 0.0;
+  name[0] = longname[0] = fam[0] = '\0';
+
+  for (int i = 0; i < NAA; i++){
+    pav[i] = 0;
+  }
+
+  /* @= */
+  return;
+
+} /* this is the end of ClobberGlobal() */
+
+
+/* 
+ * EOF hhhmm-C.h
+ */
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhmm.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhhmm.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..1a6d10a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,204 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ * RCS $Id: hhhmm.h 165 2010-12-22 16:24:48Z fabian $
+ */
+
+// hhhmm.h
+
+
+class HMM
+{
+ public:
+  HMM(int maxseqdis=MAXSEQDIS, int maxres=/*MAXRES*/par.maxResLen);
+  ~HMM();
+  HMM& operator=(HMM&);
+  
+  int n_display;            // number of sequences stored for display of alignment (INCLUDING >ss_ and >cf_ sequences)
+  int n_seqs;               // number of sequences read in (INCLUDING >ss_ and >cf_ sequences)
+  char** sname;             // names of stored sequences 
+  char** seq;               // residues of stored sequences (first at pos 1!)
+  int ncons;                // index of consensus sequence
+  int nfirst;               // index of first sequence (query sequence of HMM)
+  int nss_dssp;             // index of seq[] with secondary structure by dssp
+  int nsa_dssp;             // index of seq[] with solvent accessibility by dssp
+  int nss_pred;             // index of seq[] with predicted secondary structure
+  int nss_conf;             // index of seq[] with confidence values for secondary structure prediction
+  
+  int L;                    // length of HMM = number of match states; set in declaration of HMM object
+  int N_in;                 // number of sequences in alignment
+  int N_filtered;           // number of sequences after filtering
+  float* Neff_M;            // Neff_M[i] = diversity of subalignment of seqs that have residue in col i
+  float* Neff_I;            // Neff_I[i] = diversity of subalignment of seqs that have insert in col i
+  float* Neff_D;            // Neff_D[i] = diversity of subalignment of seqs that have delete in col i
+  float Neff_HMM;           // average number of Neff over total length of HMM
+   
+  char* longname;           // Full name of first sequence of original alignment (NAME field)
+  char name[NAMELEN];       // HMM name = first word in longname in lower case
+  char file[NAMELEN];       // Basename (with path, without extension) of alignment file that was used to construct the HMM
+  char fam[NAMELEN];        // family ID (derived from name) (FAM field)
+  char sfam[NAMELEN];       // superfamily ID (derived from name) 
+  char fold[NAMELEN];       // fold ID (derived from name)
+  char cl[NAMELEN];         // class ID (derived from name)
+
+  float lamda, mu;          // coefficients for aa score distribution of HMM using parameters in 'Parameters par'
+  bool has_pseudocounts;    // set to true if HMM contains pseudocounts
+
+  // Make a flat copy of q 
+  void FlatCopyTo(HMM& t);
+
+  // Read an HMM from a HHsearch .hhm file and return 0 at end of file
+  int Read(FILE* dbf, char* path=NULL);
+
+  // Read an HMM from a HMMer .hmm file; return 0 at end of file
+  int ReadHMMer(FILE* dbf, char* filestr=NULL);
+
+  // Read an HMM from a HMMer3 .hmm file; return 0 at end of file                                                          
+  int ReadHMMer3(FILE* dbf, char* filestr=NULL);
+
+  // Add transition pseudocounts to HMM
+  void AddTransitionPseudocounts(float gapd=par.gapd, float gape=par.gape, float gapf=par.gapf, float gapg=par.gapg, float gaph=par.gaph, float gapi=par.gapi, float gapb=par.gapb);
+
+  // Use secondary structure-dependent gap penalties on top of the HMM transition penalties
+  void UseSecStrucDependentGapPenalties();
+
+  // Generate an amino acid frequency matrix g[][] with full pseudocount admixture (tau=1)
+  void PreparePseudocounts();
+
+  // Add amino acid pseudocounts to HMM: t.p[i][a] = (1-tau)*f[i][a] + tau*g[i][a]
+  void AddAminoAcidPseudocounts(char pcm=par.pcm, float pca=par.pca, float pcb=par.pcb, float pcc=par.pcc);
+
+  // Add no amino acid pseudocounts to HMM: copy  t.p[i][a] = f[i][a]
+  void NoAminoAcidPseudocounts() {for(int i=1; i<=L; i++) for(int a=0; a<20; a++) p[i][a]=f[i][a];};
+
+  // Factor Null model into HMM t
+  void IncludeNullModelInHMM(HMM& q, HMM& t);
+  
+  // Write HMM to output file 
+  void WriteToFile(char* outfile);
+
+  // Insert calibration line 'EVD   lamda   mu      hashvalue' into HMM file
+  void InsertCalibration(char* infile);
+
+  // Write HMM to output file in HMMER format 
+  void WriteToFileHMMER(char* outfile);
+
+  // Transform log to lin transition probs
+  void Log2LinTransitionProbs(float beta=1.0);
+  
+  // Set query columns in His-tags etc to Null model distribution
+  void NeutralizeTags();
+  
+  // Calculate effective number of sequences using profiles INCLUDING pseudocounts
+  float CalcNeff();
+
+  // Calculate consensus of HMM (needed to merge HMMs later)
+  void CalculateConsensus();
+
+  // Store linear transition probabilities
+  void StoreLinearTransitionProbs();
+
+  // Initialize f[i][a] with query HMM
+  void MergeQueryHMM(HMM& q, float wk[]);
+  
+  // Normalize probabilities in total merged super-HMM 
+  void NormalizeHMMandTransitionsLin2Log();
+
+  // Rescale rate matrices P[a][b], R[a][b] according to HMM av. aa composition in pav[a]
+  void RescaleMatrix();
+
+#ifdef CLUSTALO
+  void ClobberGlobal(void);
+  char cQT; /* query or template */
+#endif
+
+private:
+  float** f;                // f[i][a] = prob of finding amino acid a in column i WITHOUT pseudocounts
+  float** g;                // f[i][a] = prob of finding amino acid a in column i WITH pseudocounts
+  float** p;                // p[i][a] = prob of finding amino acid a in column i WITH OPTIMUM pseudocounts
+  float** tr;               // log2 of transition probabilities M2M M2I M2D I2M I2I D2M D2D M2M_GAPOPEN GAPOPEN GAPEXTD
+/*   float** tr_lin;           // transition probs in log space */
+  char trans_lin;           // transition probs are given in log or lin space? (0: p_tr  1: log(p_tr) 
+
+  char* ss_dssp;            // secondary structure determined by dssp 0:-  1:H  2:E  3:C  4:S  5:T  6:G  7:B
+  char* sa_dssp;            // solvent accessibility state determined by dssp 0:-  1:A (absolutely buried) 2:B  3:C  4:D  5:E (exposed)
+  char* ss_pred;            // predicted secondary structure          0:-  1:H  2:E  3:C
+  char* ss_conf;            // confidence value of prediction         0:-  1:0 ... 10:9
+  char* Xcons;              // consensus sequence in internal representation (A=0 R=1 N=2 D=3 ...)
+  float pav[NAA];           // pav[a] = average freq of amino acids in HMM (including subst matrix pseudocounts)
+  float pnul[NAA];          // null model probabilities used in comparison (only set in template/db HMMs)
+  int* l;                   // l[i] = pos. of j'th match state in aligment
+/*   char trans_lin;           // transition probs are given in log or lin space? (0: p_tr  1: log(p_tr)  */
+
+  // Utility for Read()
+  int Warning(FILE* dbf, char line[], char name[])
+    {
+      if (v) cerr<<"\nWARNING: could not read line\n\'"<<line<<"\'\nin HMM "<<name<<" in "<<file<<"\n";
+      while (fgetline(line,LINELEN,dbf) && !(line[0]=='/' && line[1]=='/'));
+      if (line) return 2;  //return status: skip HMM
+      return 0;            //return status: end of database file
+    }
+
+  friend class Hit;
+  friend class Alignment;
+  friend class HMMshadow;
+};
+
+class HMMshadow {
+
+ public: 
+    float *Neff_M;
+    float *Neff_I;
+    float *Neff_D;
+    float **f;
+    float **g;
+    float **p;
+    float **tr;
+    float pav[20];
+    
+    void copyHMMtoShadow(const HMM &hmm) { 
+        Neff_M = hmm.Neff_M;
+        Neff_I = hmm.Neff_I;
+        Neff_D = hmm.Neff_D;
+        f  = hmm.f; 
+        g  = hmm.g; 
+        p  = hmm.p;
+        tr = hmm.tr;
+        memcpy(pav, hmm.pav, 20*sizeof(float));
+    } 
+    
+    void copyShadowToHMM(const HMM &hmm, const hmm_light rShadow) {
+        
+        int i, j;
+        
+        for (i = 0; i < rShadow.L+1; i++){
+            hmm.Neff_M[i] = rShadow.Neff_M[i];
+            hmm.Neff_I[i] = rShadow.Neff_I[i];
+            hmm.Neff_D[i] = rShadow.Neff_D[i];
+            for (j = 0; j < 20; j++){
+                hmm.f[i][j] = rShadow.f[i][j];
+                hmm.g[i][j] = rShadow.g[i][j];
+                hmm.p[i][j] = rShadow.p[i][j];
+            }
+            for (j = 0; j < 7; j++){
+                hmm.tr[i][j] = rShadow.tr[i][j];
+            }
+            memcpy((void *)hmm.pav, rShadow.pav, 20*sizeof(float));
+        }
+    } /* this is the end of copyShadowToHMM() */
+
+} /* class HMMshadow */;
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhmatrices-C.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhmatrices-C.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..ab5538a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,474 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ * RCS $Id: hhmatrices-C.h 199 2011-02-21 18:24:49Z fabian $
+ */
+
+// Substitution matrices and their background frequencies
+
+// The following background frequencies were calculated by the formula pa = (P[a,b]/(pa*pb))^(-1) * (1,...,1)
+// For the Blousum50-matrix this becomes  pb[a]= SUM_(b=1,20) (2^(BLOSUM50[a,b]/3))^(-1) 
+//                     A    R    N    D    C    Q    E    G    H    I    L     K    M    F    P    S    T    W    Y    V 
+// Gonnet            7.68,5.14,4.02,5.41,1.89,3.27,5.99,7.56,3.69,5.06,10.01,5.97,2.20,3.50,4.54,4.67,7.12,1.25,3.95,7.28
+// BLOSUM50          8.24,6.24,4.46,4.77,2.03,2.90,6.78,6.69,2.53,6.89,10.7 ,5.04,1.49,4.93,3.97,5.95,6.13,1.34,3.45,6.28
+
+const float Gonnet[]={
+//  A     R     N     D     C     Q     E     G     H     I     L     K     M     F     P     S     T     W     Y     V 
+ 10227, 3430, 2875, 3869, 1625, 2393, 4590, 6500, 2352, 3225, 5819, 4172, 1435, 1579, 3728, 4610, 6264,  418, 1824, 5709, // A
+  3430, 7780, 2209, 2589,  584, 2369, 3368, 3080, 2173, 1493, 3093, 5701,  763,  859, 1893, 2287, 3487,  444, 1338, 2356, // R 
+  2875, 2209, 3868, 3601,  501, 1541, 2956, 3325, 1951, 1065, 2012, 2879,  532,  688, 1480, 2304, 3204,  219, 1148, 1759, // N
+  3869, 2589, 3601, 8618,  488, 2172, 6021, 4176, 2184, 1139, 2151, 3616,  595,  670, 2086, 2828, 3843,  204, 1119, 2015, // D
+  1625,  584,  501,  488, 5034,  355,  566,  900,  516,  741, 1336,  591,  337,  549,  419,  901, 1197,  187,  664, 1373, // C
+  2393, 2369, 1541, 2172,  355, 1987, 2891, 1959, 1587, 1066, 2260, 2751,  570,  628, 1415, 1595, 2323,  219,  871, 1682, // Q
+  4590, 3368, 2956, 6021,  566, 2891, 8201, 3758, 2418, 1624, 3140, 4704,  830,  852, 2418, 2923, 4159,  278, 1268, 2809, // E
+  6500, 3080, 3325, 4176,  900, 1959, 3758,26066, 2016, 1354, 2741, 3496,  741,  797, 2369, 3863, 4169,  375, 1186, 2569, // G
+  2352, 2173, 1951, 2184,  516, 1587, 2418, 2016, 5409, 1123, 2380, 2524,  600, 1259, 1298, 1642, 2446,  383,  876, 1691, // H
+  3225, 1493, 1065, 1139,  741, 1066, 1624, 1354, 1123, 6417, 9630, 1858, 1975, 2225, 1260, 1558, 3131,  417, 1697, 7504, // I
+  5819, 3093, 2012, 2151, 1336, 2260, 3140, 2741, 2380, 9630,25113, 3677, 4187, 5540, 2670, 2876, 5272, 1063, 3945,11005, // L
+  4172, 5701, 2879, 3616,  591, 2751, 4704, 3496, 2524, 1858, 3677, 7430,  949,  975, 2355, 2847, 4340,  333, 1451, 2932, // K
+  1435,  763,  532,  595,  337,  570,  830,  741,  600, 1975, 4187,  949, 1300, 1111,  573,  743, 1361,  218,  828, 2310, // M
+  1579,  859,  688,  670,  549,  628,  852,  797, 1259, 2225, 5540,  975, 1111, 6126,  661,  856, 1498, 1000, 4464, 2602, // F
+  3728, 1893, 1480, 2086,  419, 1415, 2418, 2369, 1298, 1260, 2670, 2355,  573,  661,11834, 2320, 3300,  179,  876, 2179, // P
+  4610, 2287, 2304, 2828,  901, 1595, 2923, 3863, 1642, 1558, 2876, 2847,  743,  856, 2320, 3611, 4686,  272, 1188, 2695, // S
+  6264, 3487, 3204, 3843, 1197, 2323, 4159, 4169, 2446, 3131, 5272, 4340, 1361, 1498, 3300, 4686, 8995,  397, 1812, 5172, // T
+   418,  444,  219,  204,  187,  219,  278,  375,  383,  417, 1063,  333,  218, 1000,  179,  272,  397, 4101, 1266,  499, // W
+  1824, 1338, 1148, 1119,  664,  871, 1268, 1186,  876, 1697, 3945, 1451,  828, 4464,  876, 1188, 1812, 1266, 9380, 2227, // Y
+  5709, 2356, 1759, 2015, 1373, 1682, 2809, 2569, 1691, 7504,11005, 2932, 2310, 2602, 2179, 2695, 5172,  499, 2227,11569};// V
+
+const float Blosum30[]= {
+//    A      R      N      D      C      Q      E      G      H      I      L      K      M      F      P      S      T      W      Y      V 
+  0.0096,
+  0.0038,0.0109,
+  0.0031,0.0019,0.0055,
+  0.0043,0.0026,0.0027,0.0095,
+  0.0014,0.0011,0.0010,0.0010,0.0070,
+  0.0031,0.0031,0.0014,0.0018,0.0007,0.0039,
+  0.0044,0.0031,0.0024,0.0037,0.0018,0.0028,0.0094,
+  0.0052,0.0032,0.0032,0.0035,0.0011,0.0020,0.0035,0.0173,
+  0.0016,0.0014,0.0011,0.0011,0.0004,0.0010,0.0018,0.0015,0.0060,
+  0.0040,0.0022,0.0024,0.0018,0.0012,0.0016,0.0023,0.0036,0.0012,0.0072,
+  0.0056,0.0039,0.0032,0.0043,0.0023,0.0027,0.0051,0.0051,0.0022,0.0066,0.0139,
+  0.0044,0.0043,0.0027,0.0032,0.0010,0.0021,0.0053,0.0039,0.0013,0.0026,0.0044,0.0063,
+  0.0018,0.0012,0.0009,0.0008,0.0004,0.0007,0.0012,0.0013,0.0008,0.0014,0.0027,0.0017,0.0012,
+  0.0027,0.0023,0.0017,0.0011,0.0008,0.0010,0.0016,0.0022,0.0008,0.0027,0.0055,0.0023,0.0008,0.0077,
+  0.0028,0.0021,0.0012,0.0021,0.0007,0.0015,0.0030,0.0030,0.0014,0.0017,0.0027,0.0029,0.0005,0.0011,0.0091,
+  0.0056,0.0035,0.0028,0.0034,0.0013,0.0021,0.0038,0.0051,0.0017,0.0033,0.0047,0.0042,0.0010,0.0027,0.0024,0.0075,
+  0.0040,0.0019,0.0024,0.0024,0.0009,0.0016,0.0023,0.0028,0.0010,0.0027,0.0046,0.0025,0.0010,0.0016,0.0020,0.0041,0.0046,
+  0.0005,0.0007,0.0002,0.0004,0.0003,0.0004,0.0007,0.0011,0.0002,0.0005,0.0009,0.0006,0.0002,0.0007,0.0004,0.0005,0.0003,0.0027,
+  0.0014,0.0022,0.0008,0.0015,0.0004,0.0011,0.0016,0.0016,0.0010,0.0018,0.0045,0.0017,0.0007,0.0024,0.0011,0.0017,0.0014,0.0009,0.0044,
+  0.0056,0.0031,0.0022,0.0027,0.0012,0.0015,0.0026,0.0033,0.0012,0.0063,0.0074,0.0030,0.0015,0.0032,0.0017,0.0036,0.0036,0.0005,0.0024,0.0083};
+
+const float Blosum40[]= {
+//    A      R      N      D      C      Q      E      G      H      I      L      K      M      F      P      S      T      W      Y      V 
+  0.0148,
+  0.0029,0.0109,
+  0.0029,0.0019,0.0069,
+  0.0032,0.0021,0.0031,0.0126,
+  0.0015,0.0007,0.0007,0.0009,0.0093,
+  0.0026,0.0024,0.0017,0.0016,0.0004,0.0048,
+  0.0040,0.0026,0.0023,0.0048,0.0010,0.0032,0.0118,
+  0.0066,0.0023,0.0035,0.0031,0.0012,0.0020,0.0028,0.0260,
+  0.0014,0.0012,0.0013,0.0014,0.0003,0.0010,0.0015,0.0014,0.0060,
+  0.0037,0.0017,0.0017,0.0016,0.0008,0.0012,0.0018,0.0024,0.0009,0.0105,
+  0.0050,0.0030,0.0021,0.0027,0.0015,0.0023,0.0036,0.0034,0.0017,0.0082,0.0209,
+  0.0041,0.0051,0.0027,0.0030,0.0010,0.0026,0.0045,0.0035,0.0013,0.0023,0.0037,0.0099,
+  0.0017,0.0010,0.0007,0.0007,0.0003,0.0007,0.0010,0.0013,0.0007,0.0018,0.0037,0.0012,0.0018,
+  0.0022,0.0016,0.0013,0.0013,0.0008,0.0008,0.0015,0.0021,0.0009,0.0031,0.0055,0.0018,0.0011,0.0105,
+  0.0027,0.0014,0.0014,0.0019,0.0005,0.0013,0.0026,0.0028,0.0008,0.0020,0.0021,0.0023,0.0007,0.0010,0.0151,
+  0.0060,0.0025,0.0030,0.0030,0.0013,0.0026,0.0034,0.0052,0.0013,0.0025,0.0034,0.0034,0.0011,0.0019,0.0022,0.0089,
+  0.0040,0.0019,0.0022,0.0024,0.0011,0.0015,0.0025,0.0029,0.0009,0.0028,0.0039,0.0029,0.0011,0.0019,0.0022,0.0043,0.0070,
+  0.0007,0.0005,0.0003,0.0003,0.0001,0.0004,0.0005,0.0008,0.0002,0.0005,0.0009,0.0005,0.0002,0.0008,0.0003,0.0004,0.0003,0.0045,
+  0.0019,0.0016,0.0010,0.0011,0.0004,0.0010,0.0014,0.0017,0.0012,0.0020,0.0031,0.0017,0.0010,0.0032,0.0009,0.0015,0.0014,0.0008,0.0060,
+  0.0054,0.0023,0.0017,0.0022,0.0012,0.0014,0.0025,0.0028,0.0008,0.0083,0.0082,0.0027,0.0018,0.0031,0.0018,0.0032,0.0040,0.0005,0.0020,0.0113};
+const float Blosum50[]= {
+//    A      R      N      D      C      Q      E      G      H      I      L      K      M      F      P      S      T      W      Y      V 
+  0.0192,
+  0.0027,0.0152,
+  0.0024,0.0020,0.0101,
+  0.0026,0.0019,0.0035,0.0161,
+  0.0015,0.0005,0.0006,0.0005,0.0091,
+  0.0022,0.0025,0.0016,0.0017,0.0004,0.0057,
+  0.0034,0.0029,0.0023,0.0048,0.0006,0.0033,0.0141,
+  0.0062,0.0020,0.0031,0.0028,0.0009,0.0017,0.0023,0.0316,
+  0.0012,0.0013,0.0015,0.0011,0.0003,0.0010,0.0013,0.0011,0.0064,
+  0.0035,0.0015,0.0013,0.0012,0.0008,0.0011,0.0015,0.0018,0.0007,0.0140,
+  0.0048,0.0028,0.0017,0.0018,0.0014,0.0019,0.0026,0.0027,0.0013,0.0104,0.0304,
+  0.0033,0.0064,0.0027,0.0026,0.0006,0.0029,0.0043,0.0028,0.0014,0.0017,0.0027,0.0130,
+  0.0016,0.0009,0.0007,0.0005,0.0004,0.0008,0.0008,0.0009,0.0005,0.0022,0.0042,0.0010,0.0029,
+  0.0020,0.0012,0.0009,0.0008,0.0006,0.0007,0.0012,0.0015,0.0009,0.0030,0.0058,0.0012,0.0012,0.0154,
+  0.0022,0.0011,0.0011,0.0015,0.0004,0.0011,0.0019,0.0019,0.0006,0.0013,0.0017,0.0018,0.0005,0.0007,0.0171,
+  0.0062,0.0025,0.0032,0.0028,0.0011,0.0022,0.0030,0.0044,0.0012,0.0021,0.0029,0.0031,0.0010,0.0016,0.0018,0.0111,
+  0.0039,0.0021,0.0026,0.0022,0.0010,0.0015,0.0024,0.0025,0.0009,0.0029,0.0038,0.0026,0.0011,0.0015,0.0016,0.0047,0.0100,
+  0.0005,0.0004,0.0002,0.0002,0.0001,0.0003,0.0004,0.0005,0.0002,0.0005,0.0008,0.0004,0.0003,0.0009,0.0002,0.0003,0.0004,0.0059,
+  0.0015,0.0013,0.0009,0.0009,0.0004,0.0009,0.0012,0.0012,0.0013,0.0018,0.0027,0.0013,0.0007,0.0039,0.0006,0.0013,0.0012,0.0008,0.0077,
+  0.0054,0.0020,0.0015,0.0016,0.0013,0.0014,0.0020,0.0022,0.0007,0.0107,0.0092,0.0022,0.0021,0.0030,0.0016,0.0029,0.0041,0.0005,0.0018,0.0164};
+
+const float Blosum65[]= {
+//  A      R      N      D      C      Q      E      G      H      I      L      K      M      F      P      S      T      W      Y      V
+  0.0222,
+  0.0022,0.0181,
+  0.0019,0.0019,0.0148,
+  0.0021,0.0015,0.0037,0.0225,
+  0.0016,0.0004,0.0004,0.0004,0.0127,
+  0.0018,0.0024,0.0015,0.0016,0.0003,0.0076,
+  0.0029,0.0025,0.0021,0.0049,0.0003,0.0034,0.0168,
+  0.0057,0.0016,0.0027,0.0024,0.0007,0.0013,0.0018,0.0396,
+  0.0010,0.0013,0.0014,0.0009,0.0002,0.0010,0.0013,0.0009,0.0096,
+  0.0031,0.0012,0.0009,0.0011,0.0012,0.0008,0.0012,0.0013,0.0006,0.0191,
+  0.0043,0.0023,0.0013,0.0014,0.0016,0.0016,0.0019,0.0020,0.0009,0.0115,0.0388,
+  0.0032,0.0062,0.0024,0.0024,0.0005,0.0030,0.0040,0.0024,0.0012,0.0015,0.0024,0.0166,
+  0.0013,0.0007,0.0005,0.0004,0.0004,0.0007,0.0006,0.0007,0.0003,0.0025,0.0052,0.0008,0.0045,
+  0.0016,0.0009,0.0007,0.0007,0.0005,0.0005,0.0008,0.0011,0.0008,0.0030,0.0056,0.0009,0.0012,0.0186,
+  0.0021,0.0009,0.0008,0.0011,0.0003,0.0008,0.0014,0.0013,0.0005,0.0009,0.0013,0.0015,0.0004,0.0005,0.0195,
+  0.0065,0.0022,0.0030,0.0027,0.0011,0.0018,0.0029,0.0037,0.0011,0.0017,0.0024,0.0030,0.0008,0.0012,0.0016,0.0137,
+  0.0037,0.0017,0.0022,0.0019,0.0009,0.0013,0.0021,0.0022,0.0007,0.0027,0.0033,0.0023,0.0010,0.0012,0.0013,0.0048,0.0133,
+  0.0004,0.0003,0.0002,0.0001,0.0002,0.0002,0.0002,0.0004,0.0002,0.0004,0.0007,0.0003,0.0002,0.0009,0.0001,0.0003,0.0003,0.0074,
+  0.0013,0.0009,0.0007,0.0006,0.0004,0.0006,0.0008,0.0008,0.0016,0.0015,0.0023,0.0010,0.0006,0.0043,0.0004,0.0010,0.0009,0.0010,0.0113,
+  0.0049,0.0015,0.0011,0.0012,0.0014,0.0011,0.0016,0.0017,0.0006,0.0120,0.0094,0.0019,0.0023,0.0025,0.0012,0.0023,0.0035,0.0004,0.0015,0.0206};
+
+
+const float Blosum80[]= {
+//  A      R      N      D      C      Q      E      G      H      I      L      K      M      F      P      S      T      W      Y      V
+  0.0252,
+  0.0020,0.0210,
+  0.0016,0.0017,0.0166,
+  0.0018,0.0013,0.0037,0.0262,
+  0.0015,0.0003,0.0004,0.0003,0.0172,
+  0.0017,0.0024,0.0014,0.0014,0.0003,0.0094,
+  0.0028,0.0023,0.0019,0.0048,0.0003,0.0035,0.0208,
+  0.0053,0.0015,0.0025,0.0022,0.0006,0.0011,0.0017,0.0463,
+  0.0009,0.0012,0.0012,0.0008,0.0002,0.0011,0.0012,0.0008,0.0104,
+  0.0027,0.0010,0.0007,0.0008,0.0011,0.0007,0.0010,0.0009,0.0004,0.0220,
+  0.0036,0.0018,0.0011,0.0011,0.0014,0.0014,0.0015,0.0016,0.0008,0.0111,0.0442,
+  0.0029,0.0061,0.0022,0.0020,0.0004,0.0028,0.0036,0.0020,0.0010,0.0012,0.0019,0.0190,
+  0.0011,0.0006,0.0004,0.0003,0.0004,0.0007,0.0006,0.0005,0.0003,0.0025,0.0052,0.0007,0.0053,
+  0.0014,0.0007,0.0006,0.0006,0.0005,0.0005,0.0006,0.0009,0.0007,0.0027,0.0052,0.0007,0.0010,0.0211,
+  0.0021,0.0009,0.0007,0.0009,0.0003,0.0007,0.0012,0.0010,0.0004,0.0007,0.0012,0.0012,0.0003,0.0004,0.0221,
+  0.0064,0.0020,0.0029,0.0024,0.0010,0.0017,0.0026,0.0034,0.0010,0.0015,0.0021,0.0026,0.0007,0.0010,0.0014,0.0167,
+  0.0036,0.0015,0.0020,0.0016,0.0009,0.0012,0.0019,0.0019,0.0007,0.0024,0.0028,0.0020,0.0009,0.0011,0.0011,0.0048,0.0156,
+  0.0003,0.0002,0.0001,0.0001,0.0001,0.0002,0.0002,0.0003,0.0001,0.0003,0.0006,0.0002,0.0002,0.0007,0.0001,0.0002,0.0002,0.0087,
+  0.0011,0.0007,0.0006,0.0005,0.0003,0.0005,0.0006,0.0006,0.0016,0.0013,0.0020,0.0008,0.0005,0.0046,0.0003,0.0009,0.0008,0.0010,0.0148,
+  0.0046,0.0013,0.0009,0.0010,0.0013,0.0010,0.0015,0.0014,0.0005,0.0123,0.0089,0.0015,0.0022,0.0022,0.0010,0.0021,0.0033,0.0004,0.0012,0.0246};
+
+
+// prediction accuracy of Psipred: 
+// Ppred[cf][B][A] = P(A,B,cf)/P(A)/P(B,cf) = P(A|B,cf)/P(A)
+// A = observed ss state  B = predicted ss state  cf = confidence value of prediction 
+//float Ppred[MAXCF][NSSPRED][NDSSP]= 
+const float Ppred[]= 
+  {
+//pred/obs  -      H      E      ~      S      T      G      B
+        1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // - conf=-
+        1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // H
+        1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // E
+        1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // ~
+        1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // - conf=0
+        1.000, 1.128, 0.519, 0.834, 0.957, 1.488, 2.106, 1.085 , // H
+        1.000, 0.233, 2.240, 1.216, 0.913, 0.519, 0.923, 1.759 , // E
+        1.000, 0.640, 1.017, 1.122, 1.069, 1.242, 2.140, 1.999 , // ~
+        1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // - conf=1
+        1.000, 1.251, 0.485, 0.771, 0.847, 1.371, 2.266, 0.864 , // H
+        1.000, 0.222, 2.542, 1.069, 0.804, 0.428, 0.671, 1.728 , // E
+        1.000, 0.474, 1.103, 1.295, 1.232, 1.214, 1.835, 1.989 , // ~
+        1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // - conf=2
+        1.000, 1.383, 0.426, 0.637, 0.778, 1.349, 2.436, 0.824 , // H
+        1.000, 0.202, 2.769, 0.999, 0.714, 0.320, 0.551, 1.566 , // E
+        1.000, 0.395, 1.005, 1.407, 1.376, 1.336, 1.725, 2.063 , // ~
+        1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // - conf=3
+        1.000, 1.531, 0.369, 0.552, 0.682, 1.280, 2.420, 0.698 , // H
+        1.000, 0.169, 2.970, 0.954, 0.556, 0.273, 0.489, 1.504 , // E
+        1.000, 0.352, 0.843, 1.515, 1.542, 1.456, 1.684, 1.958 , // ~
+        1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // - conf=4
+        1.000, 1.750, 0.305, 0.444, 0.537, 1.134, 2.295, 0.600 , // H
+        1.000, 0.124, 3.179, 0.847, 0.513, 0.228, 0.413, 1.897 , // E
+        1.000, 0.282, 0.718, 1.664, 1.630, 1.577, 1.625, 1.877 , // ~
+        1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // - conf=5
+        1.000, 1.952, 0.250, 0.353, 0.456, 0.982, 2.050, 0.466 , // H
+        1.000, 0.102, 3.464, 0.699, 0.453, 0.174, 0.284, 1.357 , // E
+        1.000, 0.227, 0.574, 1.782, 1.846, 1.681, 1.418, 1.885 , // ~
+        1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // - conf=6
+        1.000, 2.183, 0.171, 0.263, 0.319, 0.792, 1.933, 0.345 , // H
+        1.000, 0.079, 3.712, 0.612, 0.281, 0.133, 0.196, 1.089 , // E
+        1.000, 0.173, 0.458, 1.915, 2.007, 1.766, 1.220, 1.704 , // ~
+        1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // - conf=7
+        1.000, 2.389, 0.132, 0.192, 0.224, 0.605, 1.605, 0.183 , // H
+        1.000, 0.053, 3.997, 0.449, 0.201, 0.072, 0.141, 0.919 , // E
+        1.000, 0.109, 0.328, 2.013, 2.304, 1.882, 0.960, 1.512 , // ~
+        1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // - conf=8
+        1.000, 2.668, 0.065, 0.098, 0.144, 0.354, 1.059, 0.102 , // H
+        1.000, 0.029, 4.285, 0.284, 0.113, 0.044, 0.059, 0.522 , // E
+        1.000, 0.053, 0.200, 2.099, 2.444, 2.133, 0.671, 1.290 , // ~
+        1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // - conf=9
+        1.000, 2.966, 0.009, 0.023, 0.036, 0.113, 0.214, 0.017 , // H
+        1.000, 0.010, 4.555, 0.119, 0.027, 0.010, 0.013, 0.209 , // E
+        1.000, 0.026, 0.101, 2.576, 1.853, 2.204, 0.308, 0.499   // ~
+  };
+
+// float Ppred[]= 
+//   {
+// //pred/obs  -      H      E      ~      S      T      G      B
+//         1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // - conf=-
+//         1.000, 2.000, 0.500, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 0.500,  // H
+//         1.000, 0.500, 2.000, 0.500, 1.000, 1.000, 0.500, 1.000,  // E
+//         1.000, 1.000, 1.000, 2.000, 2.000, 2.000, 1.000, 1.000,  // ~
+//         1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // - conf=0
+//         1.000, 2.000, 0.500, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 0.500,  // H
+//         1.000, 0.500, 2.000, 0.500, 1.000, 1.000, 0.500, 1.000,  // E
+//         1.000, 1.000, 1.000, 2.000, 2.000, 2.000, 1.000, 1.000,  // ~
+//         1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // - conf=1
+//         1.000, 2.000, 0.500, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 0.500,  // H
+//         1.000, 0.500, 2.000, 0.500, 1.000, 1.000, 0.500, 1.000,  // E
+//         1.000, 1.000, 1.000, 2.000, 2.000, 2.000, 1.000, 1.000,  // ~
+//         1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // - conf=2
+//         1.000, 2.000, 0.500, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 0.500,  // H
+//         1.000, 0.500, 2.000, 0.500, 1.000, 1.000, 0.500, 1.000,  // E
+//         1.000, 1.000, 1.000, 2.000, 2.000, 2.000, 1.000, 1.000,  // ~
+//         1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // - conf=3
+//         1.000, 2.000, 0.500, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 0.500,  // H
+//         1.000, 0.500, 2.000, 0.500, 1.000, 1.000, 0.500, 1.000,  // E
+//         1.000, 1.000, 1.000, 2.000, 2.000, 2.000, 1.000, 1.000,  // ~
+//         1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // - conf=4
+//         1.000, 2.000, 0.500, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 0.500,  // H
+//         1.000, 0.500, 2.000, 0.500, 1.000, 1.000, 0.500, 1.000,  // E
+//         1.000, 1.000, 1.000, 2.000, 2.000, 2.000, 1.000, 1.000,  // ~
+//         1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // - conf=5
+//         1.000, 2.000, 0.500, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 0.500,  // H
+//         1.000, 0.500, 2.000, 0.500, 1.000, 1.000, 0.500, 1.000,  // E
+//         1.000, 1.000, 1.000, 2.000, 2.000, 2.000, 1.000, 1.000,  // ~
+//         1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // - conf=6
+//         1.000, 2.000, 0.500, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 0.500,  // H
+//         1.000, 0.500, 2.000, 0.500, 1.000, 1.000, 0.500, 1.000,  // E
+//         1.000, 1.000, 1.000, 2.000, 2.000, 2.000, 1.000, 1.000,  // ~
+//         1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // - conf=7
+//         1.000, 2.000, 0.500, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 0.500,  // H
+//         1.000, 0.500, 2.000, 0.500, 1.000, 1.000, 0.500, 1.000,  // E
+//         1.000, 1.000, 1.000, 2.000, 2.000, 2.000, 1.000, 1.000,  // ~
+//         1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // - conf=8
+//         1.000, 2.000, 0.500, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 0.500,  // H
+//         1.000, 0.500, 2.000, 0.500, 1.000, 1.000, 0.500, 1.000,  // E
+//         1.000, 1.000, 1.000, 2.000, 2.000, 2.000, 1.000, 1.000,  // ~
+//         1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000 , // - conf=9
+//         1.000, 2.000, 0.500, 1.000, 1.000, 1.000, 1.000, 0.500,  // H
+//         1.000, 0.500, 2.000, 0.500, 1.000, 1.000, 0.500, 1.000,  // E
+//         1.000, 1.000, 1.000, 2.000, 2.000, 2.000, 1.000, 1.000,  // ~
+
+
+float Pobs[]={0, 0.3268,0.2119,0.2061,0.0913,0.1143,0.0376,0.0120};
+
+float Pevo_full[]=
+  {
+//     -     H     E     C    
+    1.00, 0.00, 0.00, 0.00,
+    0.00, 0.94, 0.00, 0.04,  
+    0.00, 0.00, 0.92, 0.04,
+    0.00, 0.06, 0.08, 0.92
+  };
+
+//psipred accuracy for confidence values 0-9
+const float p_acc[]={0.00,0.47,0.53,0.56,0.58,0.62,0.69,0.74,0.82,0.88,0.96}; 
+
+/**
+ * @brief
+ */
+void 
+SetBlosumMatrix(const float BlosumXX[])
+{
+  int a,b,n=0;
+  if (v>=3) printf("Using the BLOSUM%2i matrix\n",par.matrix);
+  for (a=0; a<20; ++a)
+    for (pb[a]=0.0f, b=0; b<=a; ++b,++n)
+      P[a][b] = BlosumXX[n];
+  for (a=0; a<19; a++)
+    for (b=a+1; b<20; ++b)
+      P[a][b] = P[b][a];
+  for (a=0; a<20; ++a) P[a][20]=P[20][a]=1.0f;
+  return;
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Set (global variable) substitution matrix with derived matrices and background frequencies
+ */
+void 
+SetSubstitutionMatrix()
+{
+  int a,b;
+  switch (par.matrix)
+    {
+    default:
+    case 0:  //Gonnet matrix
+      if (v>=3) cout<<"Using the Gonnet matrix ";
+      for (a=0; a<20; ++a)
+       for (pb[a]=0.0f, b=0; b<20; ++b)
+         P[a][b] = 0.000001f*Gonnet[a*20+b];
+      for (a=0; a<20; ++a) P[a][20]=P[20][a]=1.0f;
+      break;
+
+    case 30:  //BLOSUM30
+      SetBlosumMatrix(Blosum30);
+      break;
+    case 40:  //BLOSUM40
+      SetBlosumMatrix(Blosum40);
+      break;
+    case 50:  //BLOSUM50
+      SetBlosumMatrix(Blosum50);
+      break;
+    case 65:  //BLOSUM65
+      SetBlosumMatrix(Blosum65);
+      break;
+    case 80:  //BLOSUM80
+      SetBlosumMatrix(Blosum80);
+      break;
+   }
+  
+  // Check transition probability matrix, renormalize P and calculate pb[a]
+  float sumab=0.0f;
+  for (a=0; a<20; a++)
+    for (b=0; b<20; ++b) sumab+=P[a][b];
+  for (a=0; a<20; a++)
+    for (b=0; b<20; ++b) P[a][b]/=sumab;
+  for (a=0; a<20; a++)
+    for (pb[a]=0.0f, b=0; b<20; ++b) pb[a]+=P[a][b];
+
+  //Compute similarity matrix for amino acid pairs (for calculating consensus sequence)
+  for (a=0; a<20; ++a)
+    for (b=0; b<20; ++b)
+      Sim[a][b] = P[a][b]*P[a][b]/P[a][a]/P[b][b];
+
+  //Precompute matrix R for amino acid pseudocounts:
+  for (a=0; a<20; ++a)
+    for (b=0; b<20; ++b)   
+      R[a][b] = P[a][b]/pb[b]; //R[a][b]=P(a|b)
+  
+  //Precompute matrix R for amino acid pseudocounts:
+  for (a=0; a<20; ++a)
+    for (b=0; b<20; ++b)   
+      S[a][b] = log2(R[a][b]/pb[a]); // S[a][b] = log2(P(a,b)/P(a)/P(b))
+  
+  // Evaluate sequence identity underlying substitution matrix
+  if (v>=3)
+    {
+      float id=0.0f;
+      float entropy=0.0f; 
+      float entropy_pb=0.0f;
+      float mut_info=0.0f;
+      for (a=0; a<20; ++a) id+=P[a][a];
+      for (a=0; a<20; ++a) entropy_pb-=pb[a]*log2(pb[a]);
+      for (a=0; a<20; ++a) 
+         for (b=0; b<20; ++b) 
+           {
+             entropy-=P[a][b]*log2(R[a][b]);
+             mut_info += P[a][b]*S[a][b];
+           }
+      
+      printf(": sequence identity = %2.0f%%; entropy per column = %4.2f bits (out of %4.2f); mutual information = %4.2f bits\n",100*id,entropy,entropy_pb,mut_info);
+    }
+
+  if (v>=4) //Debugging: probability matrix and dissimilarity matrix 
+    {
+      cout<<"Check matrix: before renormalization sum P(a,b)= "<<sumab<<"...\n";//PRINT
+      cout<<"      A    R    N    D    C    Q    E    G    H    I    L    K    M    F    P    S    T    W    Y    V\n";
+      cout<<"p[] ";
+      for (a=0; a<20; a++)  printf("%4.1f ",100*pb[a]);
+      cout<<endl<<"\nSubstitution matrix log2( P(a,b)/p(a)/p(b) ) (in bits):\n";
+      cout<<"      A    R    N    D    C    Q    E    G    H    I    L    K    M    F    P    S    T    W    Y    V\n";
+      for (b=0; b<20; b++)
+       {
+         cout<<i2aa(b)<<"   ";
+         for (a=0; a<20; a++)  printf("%4.1f ",S[a][b]);
+         cout<<endl;
+       }
+      cout<<endl<<"\nOdds matrix P(a,b)/p(a)/p(b):\n";
+      cout<<"      A    R    N    D    C    Q    E    G    H    I    L    K    M    F    P    S    T    W    Y    V\n";
+      for (b=0; b<20; b++)
+       {
+         cout<<i2aa(b)<<"   ";
+         for (a=0; a<20; a++)  printf("%4.1f ",P[b][a]/pb[a]/pb[b]);
+         cout<<endl;
+       }
+      cout<<endl<<"\nMatrix of conditional probabilities P(a|b) = P(a,b)/p(b) (in %):\n";
+      cout<<"      A    R    N    D    C    Q    E    G    H    I    L    K    M    F    P    S    T    W    Y    V\n";
+      for (b=0; b<20; b++)
+       {
+         cout<<i2aa(b)<<"   ";
+         for (a=0; a<20; a++)  printf("%4.1f ",100*R[b][a]);
+         cout<<endl;
+       }
+      cout<<endl<<"\nProbability matrix P(a,b) (in %):\n";
+      cout<<"      A     R     N     D     C     Q     E     G     H     I     L     K     M     F     P     S     T     W     Y     V\n";
+      for (b=0; b<20; b++)
+       {
+         cout<<i2aa(b)<<"   ";
+         for (a=0; a<20; a++)  printf("%5.0f ",1000000*P[b][a]);
+         cout<<endl;
+       }
+      cout<<endl<<"Similarity matrix P(a,b)^2/P(a,a,)/P(b,b) (in %):\n";
+      cout<<"      A    R    N    D    C    Q    E    G    H    I    L    K    M    F    P    S    T    W    Y    V\n";
+      for (b=0; b<20; b++)
+       {
+         cout<<i2aa(b)<<"   ";
+         for (a=0; a<20; a++)  printf("%4.0f ",100*Sim[b][a]);
+         cout<<endl;
+       }
+      cout<<endl;
+
+
+    }
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Set secondary structure substitution matrix
+ */
+void 
+SetSecStrucSubstitutionMatrix()
+{
+  int A;        //observed ss state (determined dssp)
+  int B,BB;     //predicted ss states (by psipred)
+  int cf,ccf;   //confidence value of prediction
+  float P73[NDSSP][NSSPRED][MAXCF];  //P73[cf][B][A] = P(A,B,cf)/P(A)/P(B,cf) = P(A|B,cf)/P(A)
+  float sum;
+
+  // S73[A][B][cf][b] = score for matching observed ss state A in query with state B in template
+  // predicted with confidence cf, when query and template columns are diverged by b units 
+  for (cf=0; cf<MAXCF; cf++)
+    for (A=0; A<NDSSP; A++)
+      for (B=0; B<NSSPRED; B++)
+       {
+         P73[A][B][cf] = 1.-par.ssa + par.ssa*Ppred[cf*NSSPRED*NDSSP + B*NDSSP + A];
+         S73[A][B][cf] = log2(P73[A][B][cf]);
+       }
+
+  for (B=0; B<NSSPRED; B++)
+    for (cf=0; cf<MAXCF; cf++)
+      for (BB=0; BB<NSSPRED; BB++)
+       for (ccf=0; ccf<MAXCF; ccf++)
+         {
+           sum=0;
+           for (A=1; A<NDSSP; A++)
+             sum += P73[A][B][cf] * P73[A][BB][ccf] * Pobs[A];
+           S33[B][cf][BB][ccf] = log2(sum);
+         }  
+} /* this is the end of SetSecStrucSubstitutionMatrix() */
+
+
+
+/*
+ * EOF hhmatrices-C.h
+ */
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhutil-C.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhutil-C.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..9c87a69
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,674 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ * RCS $Id: hhutil-C.h 246 2011-06-15 12:41:04Z fabian $
+ */
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Transform a character to lower case and '.' to '-' and vice versa
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+
+inline char 
+MatchChr(char c)  {return ((c>='a' && c<='z')? c-'a'+'A' : (c=='.'? '-':c) );}
+
+inline char 
+InsertChr(char c) {return ((c>='A' && c<='Z')? c+'a'-'A' : ((c>='0' && c<='9') || c=='-')? '.':c );}
+
+inline int  
+WordChr(char c) {return (int)((c>='A' && c<='Z') || (c>='a' && c<='z'));}
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Transforms the one-letter amino acid code into an integer between 0 and 22
+ */
+inline char 
+aa2i(char c)
+{
+  //A  R  N  D  C  Q  E  G  H  I  L  K  M  F  P  S  T  W  Y  V
+  if (c>='a' && c<='z') c+='A'-'a';
+  switch (c)
+    {
+    case 'A': return 0;
+    case 'R': return 1;
+    case 'N': return 2;
+    case 'D': return 3;
+    case 'C': return 4;
+    case 'Q': return 5;
+    case 'E': return 6;
+    case 'G': return 7;
+    case 'H': return 8;
+    case 'I': return 9;
+    case 'L': return 10;
+    case 'K': return 11;
+    case 'M': return 12;
+    case 'F': return 13;
+    case 'P': return 14;
+    case 'S': return 15;
+    case 'T': return 16;
+    case 'W': return 17;
+    case 'Y': return 18;
+    case 'V': return 19;
+    case 'X': return ANY;
+    case 'J': return ANY;
+    case 'O': return ANY;
+    case 'U': return 4;  //Selenocystein -> Cystein
+    case 'B': return 3;  //D (or N)
+    case 'Z': return 6;  //E (or Q)
+    case '-': return GAP;
+    case '.': return GAP;
+    case '_': return GAP;
+    }
+  if (c>=0 && c<=32) return -1; // white space and control characters
+  return -2;
+}
+
+///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Transforms integers between 0 and 22 into the one-letter amino acid code
+ */
+inline char 
+i2aa(char c)
+{
+  //A  R  N  D  C  Q  E  G  H  I  L  K  M  F  P  S  T  W  Y  V
+  switch (c)
+    {
+    case 0: return 'A';
+    case 1: return 'R';
+    case 2: return 'N';
+    case 3: return 'D';
+    case 4: return 'C';
+    case 5: return 'Q';
+    case 6: return 'E';
+    case 7: return 'G';
+    case 8: return 'H';
+    case 9: return 'I';
+    case 10: return 'L';
+    case 11: return 'K';
+    case 12: return 'M';
+    case 13: return 'F';
+    case 14: return 'P';
+    case 15: return 'S';
+    case 16: return 'T';
+    case 17: return 'W';
+    case 18: return 'Y';
+    case 19: return 'V';
+    case ANY: return 'X';
+    case GAP: return '-';
+    case ENDGAP: return '-';
+    }
+  return '?';
+}
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Transforms the dssp/psipred secondary structure code into an integer number
+ */
+inline char 
+ss2i(char c)
+{
+  //- H E C S T G B
+  if (c>='a' && c<='z') c+='A'-'a';
+  switch (c)
+    {
+    case '.': return 0;
+    case '-': return 0;
+    case 'X': return 0;
+    case 'H': return 1;
+    case 'E': return 2;
+    case 'C': return 3;
+    case '~': return 3;
+    case 'S': return 4;
+    case 'T': return 5;
+    case 'G': return 6;
+    case 'B': return 7;
+    case 'I': return 3;
+    case ' ': return -1;
+    case '\t': return -1;
+    case '\n': return -1;
+    }
+  return -2;
+}
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Transforms integers between 0 and 8 into the dssp/psipred secondary structure code
+ */
+inline char 
+i2ss(int c)
+{
+  //- H E C S T G B
+  switch (c)
+    {
+    case 0: return '-';
+    case 1: return 'H';
+    case 2: return 'E';
+    case 3: return 'C';
+    case 4: return 'S'; 
+    case 5: return 'T';
+    case 6: return 'G';
+    case 7: return 'B';
+    case 8: return 'I';
+    }
+  return '?';
+}
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Transforms the solvend accessiblity code into an integer number
+ */
+inline char 
+sa2i(char c)
+{
+  //- A B C D E 
+  if (c>='a' && c<='z') c+='A'-'a';
+  switch (c)
+    {
+    case '.': return 0;
+    case '-': return 0;
+    case 'A': return 1;
+    case 'B': return 2;
+    case 'C': return 3;
+    case 'D': return 4;
+    case 'E': return 5;
+    case 'F': return 6;
+    case ' ': return -1;
+    case '\t': return -1;
+    case '\n': return -1;
+    }
+  return -2;
+}
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Transforms integers between 0 and 5 into the solvent accessibility code
+ */
+inline char i2sa(int c)
+{
+  //- H E C S T G B
+  switch (c)
+    {
+    case 0: return '-';
+    case 1: return 'A';
+    case 2: return 'B';
+    case 3: return 'C';
+    case 4: return 'D'; 
+    case 5: return 'E';
+    case 6: return 'F';
+    }
+  return '?';
+}
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Transforms alternative secondary structure symbols into symbols 
+ */
+inline char 
+ss2ss(char c)
+{
+  //- H E C S T G B
+  switch (c)
+    {
+    case '~': return 'C';
+    case 'I': return 'C';
+    case 'i': return 'c';      
+    case 'H': 
+    case 'E': 
+    case 'C': 
+    case 'S': 
+    case 'T': 
+    case 'G': 
+    case 'B': 
+    case 'h': 
+    case 'e': 
+    case 'c': 
+    case 's': 
+    case 't': 
+    case 'g': 
+    case 'b': 
+    case '.': 
+      return c;
+    }
+  return '-';
+}
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Transforms confidence values of psipred into internal code
+ */
+inline char 
+cf2i(char c)
+{
+  switch (c)
+    {
+    case '-': return 0;
+    case '.': return 0;
+    case '0': return 1;
+    case '1': return 2;
+    case '2': return 3;
+    case '3': return 4;
+    case '4': return 5;
+    case '5': return 6;
+    case '6': return 7;
+    case '7': return 8;
+    case '8': return 9;
+    case '9': return 10;
+    }
+  return 0;
+}
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Transforms internal representation of psipred confidence values into printable chars
+ */
+inline char 
+i2cf(char c)
+{
+  switch (c)
+    {
+    case 0: return '-';
+    case 1: return '0';
+    case 2: return '1';
+    case 3: return '2';
+    case 4: return '3';
+    case 5: return '4';
+    case 6: return '5';
+    case 7: return '6';
+    case 8: return '7';
+    case 9: return '8';
+    case 10: return '9';
+    }
+  return '-';
+}
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Fast lookup of log2(1+2^(-x)) for x>=0 (precision < 0.35%)
+ */
+inline float 
+fast_addscore(float x) 
+{
+  static float val[2001];         // val[i]=log2(1+2^(-x))
+  static char initialized;
+  if (x>20) return 0.0;
+  if (x<0) 
+    {
+      fprintf(stderr,"Error in function fast_addscore: argument %g is negative\n",x);
+      exit(7);
+    }
+  if (!initialized)   //First fill in the log2-vector
+    {
+      for (int i=0; i<=2000; i++) val[i]=log2(1.0+pow(2,-0.01*(i+0.5)));
+      initialized=1;
+    }  
+  return val[(int)(100.0*x)];
+}
+
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Little utilities for output
+ */
+inline void 
+fout(FILE* outf, int d)
+{
+  if (d>=99999) fprintf(outf,"*\t"); else fprintf(outf,"%i\t",d); 
+  return;
+}
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Errors
+ */
+int 
+FormatError(const char infile[], const char details[]="")
+{
+  cerr<<"Error in "<</*par.argv[0],FS*/__FILE__<<": wrong format while reading file \'"<<infile<<". "<<details<<"\n"; 
+  exit(1);
+}
+
+int 
+OpenFileError(const char outfile[])
+{
+  cerr<<endl<<"Error in "<</*par.argv[0],FS*/__FILE__<<": could not open file \'"<<outfile<<"\'\n"; 
+  exit(2);
+}
+
+int 
+MemoryError(const char arrayname[])
+{
+  cerr<<"Error in "<</*par.argv[0],FS*/__FILE__<<": Memory overflow while creating \'"<<arrayname<<"\'. Please report this bug to developers\n"; 
+  exit(3);
+}
+
+int 
+InternalError(const char errstr[])
+{
+  cerr<<"Error in "<</*par.argv[0],FS*/__FILE__<<":  "<<errstr<<". Please report this bug to developers\n"; 
+  exit(6);
+}
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Takes family code (eg. a.1.2.3) and returns strings 'a', 'a.1', and 'a.1.2'
+ */
+inline void  
+ScopID(char cl[], char fold[], char sfam[], const char fam[])
+{
+  char* ptr;
+
+  //get scop class ID 
+  strcpy(cl,fam); 
+  ptr = strchr(cl,'.');               //return adress of next '.' in name
+  if(ptr) ptr[0]='\0';  
+
+  //get scop fold ID
+  strcpy(fold,fam); 
+  ptr = strchr(fold,'.');             //return adress of next '.' in name
+  if(ptr) ptr = strchr(ptr+1,'.');    //return adress of next '.' in name
+  if(ptr) ptr[0]='\0';
+
+  //get scop superfamily ID
+  strcpy(sfam,fam); 
+  ptr = strchr(sfam,'.');            //return adress of next '.' in name
+  if(ptr) ptr = strchr(ptr+1,'.');   //return adress of next '.' in name
+  if(ptr) ptr = strchr(ptr+1,'.');   //return adress of next '.' in name
+  if(ptr) ptr[0]='\0';
+  return;
+}
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Read up to n lines of outfile and write to screen (STDERR)
+ */
+void 
+WriteToScreen(char* outfile, int n)
+{
+  char line[LINELEN]="";
+  ifstream outf;
+  outf.open(outfile, ios::in);
+  if (!outf) {OpenFileError(outfile);}
+  cout<<"\n";
+  for(; n>0 && outf.getline(line,LINELEN); n--) cout<<line<<"\n";
+  outf.close();
+  cout<<"\n";
+}
+  
+inline void 
+WriteToScreen(char* outfile) {WriteToScreen(outfile,INT_MAX);}
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Read .hhdefaults file into array argv_conf (beginning at argv_conf[1])
+ */
+void 
+ReadDefaultsFile(int& argc_conf, char** argv_conf)
+{
+  char line[LINELEN]="";
+  char filename[NAMELEN];
+  char* c_first;   //pointer to first character of argument string
+  char* c;         //pointer to scan line read in for end of argument
+  //  ifstream configf;
+  FILE* configf=NULL;
+  argc_conf=1;     //counts number of arguments read in 
+
+  // Open config file
+  strcpy(filename,"./.hhdefaults");
+  configf = fopen(filename,"r");
+  if (!configf && getenv("HOME"))  
+    {
+      strcpy(filename,getenv("HOME"));
+      strcat(filename,"/.hhdefaults");
+      configf = fopen(filename,"r");
+      if (!configf)
+       {
+         if (v>=3) cerr<<"Warning: could not find ./.hhdefaults or "<<filename<<"\n";
+         return;
+       }
+    }
+  else if (!configf) return; // only webserver has no home directory => need no warning
+
+  // Scan file until line 'program_nameANYTHING'
+  while (fgets(line,LINELEN,configf))
+    if (!strncmp(line,program_name,6)) break;
+  // Found line 'program_nameANYTHING'?
+  if (!strncmp(line,program_name,6))
+    {
+      // Read in options until end-of-file or empty line
+       while (fgets(line,LINELEN,configf) && strcmp(line,"\n"))
+       {
+         // Analyze line
+         c=line;
+         do
+           {
+             // Find next word
+             while (*c==' ' || *c=='\t') c++; //Advance until next non-white space
+             if (*c=='\0' || *c=='\n' || *c=='#') break;  //Is next word empty string?
+             c_first=c;
+             while (*c!=' ' && *c!='\t'  && *c!='#' && *c!='\0' && *c!='\n' ) c++; //Advance until next white space or '#'
+             if (*c=='\0' || *c=='\n' || *c=='#')         //Is end of line reached?
+               {
+                 *c='\0'; 
+                 argv_conf[argc_conf]=new(char[strlen(c_first)+1]);
+                 strcpy(argv_conf[argc_conf++],c_first); 
+                 break;
+               }
+             *c='\0'; 
+             argv_conf[argc_conf]=new(char[strlen(c_first)+1]);
+             strcpy(argv_conf[argc_conf++],c_first);
+             printf("Argument: %s\n",c_first);
+             c++;
+           } while (1);
+       } //end read line
+     if (v>=3) 
+       {
+         cout<<"Arguments read in from .hhdefaults:";
+         for (int argc=1; argc<argc_conf; argc++) cout<<(argv_conf[argc][0]=='-'? " ":"")<<argv_conf[argc]<<" ";
+         cout<<"\n";
+       }
+     else if (v>=3) cout<<"Read in "<<argc_conf<<" default arguments for "<<program_name<<" from "<<filename<<"\n";
+     }
+  else //found no line 'program_name   anything"
+    {
+      if (v>=3) cerr<<endl<<"Warning: no default options for \'"<<program_name<<"\' found in "<<filename<<"\n";
+      return; //no line 'program_name   anything' found
+    }
+//   configf.close();
+  fclose(configf);
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * @brief Set default parameter values
+ */
+void 
+SetDefaults()
+{
+    
+  par.append=0;                // overwrite output file
+  par.outformat=0;             // 0: hhr  1: FASTA  2:A2M   3:A3M 
+  par.p=20.0f;                 // minimum threshold for inclusion in hit list and alignment listing
+  par.E=1e6f;                  // maximum threshold for inclusion in hit list and alignment listing
+  par.b=10;                    // min number of alignments
+  par.B=500;                   // max number of alignments
+  par.z=10;                    // min number of lines in hit list
+  par.Z=500;                   // max number of lines in hit list
+  par.e=1e-3f;                 // maximum E-value for inclusion in output alignment, output HMM, and PSI-BLAST checkpoint model
+  par.showcons=1;              // show consensus sequence
+  par.showdssp=1;              // show predicted secondary structure
+  par.showpred=1;              // show dssp secondary structure
+  par.cons=0;                  // show first non-SS sequence as main representative sequence (not consensus)
+  par.nseqdis=1;               // maximum number of query sequences for output alignment
+  par.mark=0;                  // 1: only marked sequences (or first) get displayed; 0: most divergent ones get displayed
+  par.aliwidth=80;             // number of characters per line in output alignments for HMM search
+  par.max_seqid=90;            // default for maximum sequence identity threshold
+  par.qid=0;                   // default for minimum sequence identity with query
+  par.qsc=-20.0f;              // default for minimum score per column with query
+  par.coverage=0;              // default for minimum coverage threshold
+  par.Ndiff=100;               // pick Ndiff most different sequences from alignment
+  par.coverage_core=80;        // Minimum coverage for sequences in core alignment
+  par.qsc_core=0.3f;           // Minimum score per column of core sequence with query
+  par.coresc=-20.0f;           // Minimum score per column with core alignment (HMM)
+
+  par.M=1;                     // match state assignment is by A2M/A3M
+  par.Mgaps=50;                // Above this percentage of gaps, columns are assigned to insert states (for par.M=2)
+  par.calibrate=0;             // default: no calibration
+  par.calm=0;                  // derive P-values from: 0:query calibration  1:template calibration  2:both
+  par.mode=0;                  // 
+  
+  par.wg=0;                    // 0: use local sequence weights   1: use local ones
+
+  par.matrix=0;                // Subst.matrix 0: Gonnet, 1: HSDM, 2: BLOSUM50 3: BLOSUM62 
+  par.pcm=2;                   // pseudocount mode: default=divergence-dependent (but not column-specific)
+#if 1 /* Nelder-Meade on Baliscore */
+  par.pca=1.712190f;                // default values for substitution matrix pseudocounts 
+  par.pcb=1.039640f;                // significant reduction of pcs by Neff_M starts around Neff_M-1=pcb
+  par.pcc=0.878067f;                // pcs are reduced prop. to 1/Neff^pcc
+  par.pcw=0.0f;                // wc>0 weighs columns according to their intra-clomun similarity
+
+  par.gapb=1.405220;                // default values for transition pseudocounts
+  par.gapd=1.316760;               // gap open penalty pseudocount; 0.25 corresponds to 7.1*gapf bits
+  par.gape=1.793780;                // gap extension penalty pseudocount
+  par.gapf=1.034710;                // factor for increasing gap open penalty for deletes
+  par.gapg=0.894772;                // factor for increasing gap open penalty for inserts
+  par.gaph=0.544072;                // factor for increasing gap extension penalty for deletes
+  par.gapi=0.862559;                // factor for increasing gap extension penalty for inserts
+#else  /* Soeding's default*/
+  par.pca=1.0f;                // default values for substitution matrix pseudocounts 
+  par.pcb=1.5f;                // significant reduction of pcs by Neff_M starts around Neff_M-1=pcb
+  par.pcc=1.0f;                // pcs are reduced prop. to 1/Neff^pcc
+  par.pcw=0.0f;                // wc>0 weighs columns according to their intra-clomun similarity
+
+  par.gapb=1.0;                // default values for transition pseudocounts
+  par.gapd=0.15;               // gap open penalty pseudocount; 0.25 corresponds to 7.1*gapf bits
+  par.gape=1.0;                // gap extension penalty pseudocount
+  par.gapf=0.6;                // factor for increasing gap open penalty for deletes
+  par.gapg=0.6;                // factor for increasing gap open penalty for inserts
+  par.gaph=0.6;                // factor for increasing gap extension penalty for deletes
+  par.gapi=0.6;                // factor for increasing gap extension penalty for inserts
+#endif
+
+#if 0
+  /* Viterbi parameters optimised on Sabre (R228), FS, r228 -> r229 */
+  par.pcaV=1.245150f;                // default values for substitution matrix pseudocounts 
+  par.pcbV=1.682110f;                // significant reduction of pcs by Neff_M starts around Neff_M-1=pcb
+  par.pccV=1.483840f;                // pcs are reduced prop. to 1/Neff^pcc
+  par.pcwV=0.0f;                // wc>0 weighs columns according to their intra-clomun similarity
+
+  par.gapbV=0.818625;                // default values for transition pseudocounts
+  par.gapdV=0.666110;               // gap open penalty pseudocount; 0.25 corresponds to 7.1*gapf bits
+  par.gapeV=1.028050;                // gap extension penalty pseudocount
+  par.gapfV=0.710760;                // factor for increasing gap open penalty for deletes
+  par.gapgV=1.649800;                // factor for increasing gap open penalty for inserts
+  par.gaphV=0.470604;                // factor for increasing gap extension penalty for deletes
+  par.gapiV=0.829479;                // factor for increasing gap extension penalty for inserts
+#elif 1
+  /* Viterbi parameters optimised on Balibase, r244 -> r245 */
+  par.pcaV=1.333860f;                // default values for substitution matrix pseudocounts 
+  par.pcbV=1.934480f;                // significant reduction of pcs by Neff_M starts around Neff_M-1=pcb
+  par.pccV=1.655610f;                // pcs are reduced prop. to 1/Neff^pcc
+  par.pcwV=0.0f;                // wc>0 weighs columns according to their intra-clomun similarity
+
+  par.gapbV=0.334525;                // default values for transition pseudocounts
+  par.gapdV=0.074534;               // gap open penalty pseudocount; 0.25 corresponds to 7.1*gapf bits
+  par.gapeV=0.320336;                // gap extension penalty pseudocount
+  par.gapfV=0.151634;                // factor for increasing gap open penalty for deletes
+  par.gapgV=0.641516;                // factor for increasing gap open penalty for inserts
+  par.gaphV=0.266434;                // factor for increasing gap extension penalty for deletes
+  par.gapiV=0.598414;                // factor for increasing gap extension penalty for inserts
+#else /* Soeding default*/ 
+  par.pcaV=1.0f;                // default values for substitution matrix pseudocounts 
+  par.pcbV=1.5f;                // significant reduction of pcs by Neff_M starts around Neff_M-1=pcb
+  par.pccV=1.0f;                // pcs are reduced prop. to 1/Neff^pcc
+  par.pcwV=0.0f;                // wc>0 weighs columns according to their intra-clomun similarity
+
+  par.gapbV=1.0;                // default values for transition pseudocounts
+  par.gapdV=0.15;               // gap open penalty pseudocount; 0.25 corresponds to 7.1*gapf bits
+  par.gapeV=1.0;                // gap extension penalty pseudocount
+  par.gapfV=0.6;                // factor for increasing gap open penalty for deletes
+  par.gapgV=0.6;                // factor for increasing gap open penalty for inserts
+  par.gaphV=0.6;                // factor for increasing gap extension penalty for deletes
+  par.gapiV=0.6;                // factor for increasing gap extension penalty for inserts
+#endif
+
+  par.ssm=2;                   // ss scoring mode: 0:no ss score  1:score after alignment  2:score during alignment
+  par.ssw=0.11f;               // weight of ss scoring
+  par.ssa=1.0f;                // weight of ss evolution matrix
+  par.shift=-0.01f;            // Shift match score up 
+  par.mact=0.3001f;            // Score threshold for MAC alignment in local mode (set to 0.5001 to track user modification)
+  par.corr=0.1f;               // Weight of correlations of scores for |i-j|<=4
+  par.wstruc=1.0f;             // Weight of structure scores
+
+  par.egq=0.0f;                // no charge for end gaps as default
+  par.egt=0.0f;                // no charge for end gaps as default
+
+  par.trans=0;                 // no transitive scoring as default
+  par.Emax_trans=100.0f;       // use intermediate HMMs with E-values up to 100 between query and database HMM
+  par.Emax_trans=100.0f;       // use intermediate HMMs with E-values up to 100 between query and database HMM
+  par.wtrans=1.0f;             // Ztot[k] = Zq[k] + wtrans * (Zforward[k]+Zreverse[k])
+  par.ssgap=0;                 // 1: add secondary structure-dependent gap penalties  0:off
+  par.ssgapd=1.0f;             // secondary structure-dependent gap-opening penalty (per residue)
+  par.ssgape=0.0f;             // secondary structure-dependent gap-extension penalty (per residue)
+  par.ssgapi=4;                // max. number of inside-integer(ii); gap-open-penalty= -ii*ssgapd
+
+  par.loc=1;                   // local vs. global alignment as default
+  par.altali=2;                // find up to two (possibly overlapping) subalignments 
+  par.forward=0;               // 0: Viterbi algorithm; 1: Viterbi+stochastic sampling; 3:Maximum Accuracy (MAC) algorithm
+  par.realign=1;               // realign with MAC algorithm
+
+  par.repmode=0;               // repeats score independently of one another
+  par.columnscore=1;           // Default column score is 1: null model pnul = 1/2 * (q_av(a)+p_av(a))
+  par.min_overlap=0;           // automatic minimum overlap used
+  par.opt=0;                   // Default = optimization mode off
+  par.readdefaultsfile=0;      // Default = do not read a defaults file ./.hhdefaults or HOME/.hhdefaults
+  par.maxdbstrlen=200;         // maximum length of database string to be printed in 'Command' line of hhr file
+  par.mode=0;
+  par.idummy=par.jdummy=0;     //
+
+  par.notags=1;                // neutralize His-tags, FLAG-tags, C-myc-tags
+
+  // Initialize strings
+  strcpy(par.infile,"stdin");
+  strcpy(par.outfile,"");
+  strcpy(par. pairwisealisfile,"");
+  strcpy(par.buffer,"buffer.txt"); 
+  strcpy(par.scorefile,""); 
+  strcpy(par.wfile,""); 
+  strcpy(par.alnfile,""); 
+  strcpy(par.hhmfile,""); 
+  strcpy(par.psifile,""); 
+  par.exclstr=NULL; 
+
+#if 0  /* read parameter file from home-dir */
+#include "hhutil-C-help.h"
+#endif /* read parameter file from home-dir */
+
+   return;
+} /** this is the end of SetDefaults() **/
+
+/*
+ * EOF hhutil-C.h
+ */
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/list-C.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/list-C.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..5cda100
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,600 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ * RCS $Id: list-C.h 143 2010-10-14 13:11:14Z andreas $
+ */
+
+// list.C
+// Class for double-linked list 
+
+
+
+#ifndef JLIST
+#define JLIST
+
+#ifndef MAIN
+#include <iostream>   // cin, cout
+#include <stdlib.h>   // 
+#include <stdio.h>    // 
+using std::cout;
+using std::cerr;
+#endif
+
+#include "list.h"
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Double-linked list implementation with head and tail dummy elements
+// We set head->prev=head and tail->next=tail.
+// This makes sure that repeated current=current->next; ends up in tail
+// and repeated current=current->prev; ends up in head.
+// head and tail optionally contain a NULL element of Typ defined by method Null(Typ)
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Constructors and destructor
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Creates empty List with two dummy elements
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ> 
+List<Typ>::List()
+{
+  head=new ListEl<Typ>();
+  if (!head) { cerr<<"Could not create new element\n"; return; }
+  tail=new ListEl<Typ>(head,NULL);
+  if (!tail) { cerr<<"Could not create new element\n"; return; }
+  tail->next = tail;
+  head->prev = head;
+  head->next = tail;
+  current = head;
+  size=0;
+}
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Creates List with one element 
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ> 
+List<Typ>::List(Typ d)
+{
+  head=new ListEl<Typ>();
+  if (!head) { cerr<<"Could not create new element\n"; return; }
+  tail=new ListEl<Typ>();
+  if (!tail) { cerr<<"Could not create new element\n"; return; }
+  ListEl<Typ>* el = new ListEl<Typ>(d,head,tail);
+  if (!el)   { cerr<<"Could not create new element\n"; return; }
+  head->prev = head;
+  head->next = el;
+  tail->prev = el;
+  tail->next = tail;
+  current = head;
+  size=1;
+}
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Destructor deletes List object
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ> 
+List<Typ>::~List()
+{
+  ListEl<Typ>* n=head->next;
+  while(head!=n)
+    {
+      delete(head); head = NULL;
+      head=n;
+      n=head->next;
+  }
+  delete(head); head = NULL;
+}
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Flat copy
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ> 
+List<Typ>& List<Typ>::operator=(List<Typ>& l)
+{
+  head = l.head;
+  tail = l.tail;
+  current = l.current;
+  size = l.size;
+}
+
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Reverse order of list
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ> 
+void List<Typ>::Reverse()
+{
+  ListEl<Typ> *n; // next list element; also for swapping
+  ListEl<Typ> *c; // current element to be sorted in. Everything to the left is already sorted
+  if (Size()<=1) return;
+  for (c=head; c!=tail; c=n)
+    {
+      // Swap prev and next pointers of all list elements
+      n = c->next;
+      c->next = c->prev;
+      c->prev = n;
+    }
+  
+  // Swap prev and next pointers of tail
+  tail->next = tail->prev;
+  tail->prev = tail;
+
+  // Swap head an tail
+  n = head;
+  head = tail;
+  tail = n;
+}
+
+
+
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Methods that act at the end of the list 
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Insert Element after LAST of list  (and return address of data element)
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ> 
+Typ* List<Typ>::Push(Typ d)
+{ 
+  ListEl<Typ>* t=new ListEl<Typ>(d,tail->prev,tail); 
+  if (!t) { cerr<<"Could not create new element\n"; return 0; }
+  tail->prev->next=t;
+  tail->prev = t;
+  size++;
+  return &(t->data);
+} 
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Remove and return LAST element of list. Returns head->data if empty
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ> 
+Typ List<Typ>::Pop()
+{
+  if (!size) return head->data;
+  ListEl<Typ>* t=tail->prev;
+  if (current==t) current=tail;
+  Typ d=t->data;
+  t->prev->next=tail;
+  tail->prev=t->prev;
+  delete t; t = NULL;
+  size--;
+  return d;
+}
+
+
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Methods that act at the beginning of the list
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Insert element as FIRST element of list (and return address of data element)
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ> 
+Typ* List<Typ>::Enqueue(Typ d)
+{
+  ListEl<Typ>* h = new ListEl<Typ>(d,head,head->next); 
+  if (!h) { cerr<<"Could not create new element\n"; return 0; }
+  h->next->prev = h;
+  head->next=h;
+  size++;
+  return &(h->data);
+} 
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Remove element at BEGINNING of list
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ> 
+Typ List<Typ>::Dequeue()
+{
+  if (!size) return head->data;
+  ListEl<Typ>* h=head->next;
+  if (current==h) current=head;
+  Typ d=h->data;
+  h->next->prev=head;
+  head->next=h->next;
+  delete h; h = NULL;
+  size--;
+  return d;
+} 
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Methods that work with 'current' position in the list
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Reads next element; advances current position by 1
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ> 
+inline Typ List<Typ>::ReadNext()
+{
+  current = current->next;
+  return current->data;
+}
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Reads current element again (NULL if nothing read yet)
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ> 
+inline Typ List<Typ>::ReadCurrent()
+{
+  return current->data;
+}
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Reads previous element; moves current position back by 1
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ> 
+inline Typ List<Typ>::ReadPrevious()
+{
+  current = current->prev;
+  return current->data;
+}
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Reads next element; advances current position by 1
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ> 
+inline Typ* List<Typ>::ReadNextAddress()
+{
+  current = current->next;
+  if (current==tail) return NULL;
+  return &(current->data);
+}
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Reads address of current element again, returns NULL if at end of list
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ> 
+inline Typ* List<Typ>::ReadCurrentAddress()
+{
+  if (current==tail) return NULL;
+  return &(current->data);
+}
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Sets current position to k and reads k'th element (first=1)
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ>
+Typ List<Typ>::Read(int pos)
+{
+  if (pos>size) {current = tail; return tail->data;}
+  if (pos<=0)   {current = head; return head->data;}
+  current = head->next;
+  for (; pos>1; pos--) current = current->next; //If pos==2 do 1 iteration
+  return current->data;
+}
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Inserts element d AFTER current element and sets current element to inserted
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ> 
+void List<Typ>::Insert(Typ d)
+{
+  ListEl<Typ>* el = new ListEl<Typ>(d,current,current->next); 
+  if (!el) { cerr<<"Could not create new element\n"; return; }
+  (current->next)->prev = el;
+  current->next = el;
+  current=el;
+  size++;
+}
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Deletes current element and returns content of deleted element. Current element 
+// will be previous one after Delete(). After Reset() delete first element (not 0'th)
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ> 
+Typ List<Typ>::Delete()
+{
+  Typ d;
+  ListEl<Typ>* p;
+  if (!size || current==tail) return tail->data;
+  if (current==head) current = head->next; // After Reset() delete first element (not 0'th)     
+  (current->prev)->next = current->next;
+  (current->next)->prev = current->prev;
+  d = current->data;
+  p = current->prev;
+  delete current; current = NULL;
+  current = p;
+  size--;
+  return d;
+}
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Methods that return useful information about the list
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Get current position within list (0 <= pos <= Size+1) 
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ>
+int List<Typ>::GetPos()
+{
+  int pos=0;
+  ListEl<Typ>* el;
+  for (el = head; el!=current; el=el->next) pos++; 
+  return pos;
+}
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//print out list
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ>
+void List<Typ>::PrintList()
+{
+  int j=0;
+  ListEl<Typ>* c=current;
+  Reset();
+  printf("List: ");
+  while (!End()) 
+    {
+      j++;
+      cout<<j<<" "<<ReadNext()<<"  ";
+      if (!(j%10)) cout<<"\n      ";
+    }
+  cout<<"\n";
+  current=c;
+}
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Get largest data element
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ>
+Typ List<Typ>::Largest()
+{
+  Typ* result= &((tail->prev)->data);
+  Reset();
+  while (!End()) 
+    {
+      if (*result<ReadNext()) result=ReadCurrentAddress();
+    }
+  return *result;
+}
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Get smallest data element
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ>
+Typ List<Typ>::Smallest()
+{
+  Typ* result= &((tail->prev)->data);
+  Reset();
+  while (!End()) 
+    {
+      if (ReadNext()<*result) result=ReadCurrentAddress();
+    }
+  return *result;
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Methods that manipulate the list as a whole
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Copies list 0 into list object
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ> 
+void List<Typ>::Copy(List<Typ>* list)
+{
+  if (list==this) return;
+  while (!End()) Pop(); //empty list
+  list->Reset();
+  while (!list->End()) Push(list->ReadNext());
+}
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Appends a copy of list2 to class object
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ> 
+void List<Typ>::AppendCopy(List<Typ>* list2)
+{
+  List<Typ>* cpy=new List<Typ>;
+  cpy->Copy(list2);
+  Append(cpy);
+  delete cpy; cpy = NULL;
+}
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Appends list2 to class object
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ> 
+void List<Typ>::Append(List<Typ>* list)
+{
+  if (this==list) { AppendCopy(list); return;}
+  (tail->prev)->next = list->head->next;
+  (list->head->next)->prev = tail->prev;
+  if (current==tail) current=tail->prev; 
+  ListEl<Typ>* t=tail;
+  tail = list->tail;
+  size += list->size;
+
+// Reuse old tail as new tail t for list2 and initialize pointers for empty list 
+  list->tail=t;
+  list->head->next=t;
+  t->prev=list->head;
+  t->next=t;
+  list->head->prev=list->head;
+  t->data=list->head->data;
+  list->current=list->head;
+  list->size = 0;
+}
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Use QUICKSORT to sort list in ascending order between two list elements
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ> 
+void List<Typ>::SortList(ListEl<Typ>* left, ListEl<Typ>* right, int sz) 
+{
+  if (sz<=1) return; // when SortList() is called, left=head->next, right=tail->prev
+  ListEl<Typ> *l=left->prev, *r=right->next;
+
+  // Choose *random* pivot element!! 
+  // (Otherwise, complexity for an already sorted list is N^2 => recursive calls may lead to stack overflow)
+  ListEl<Typ> *c=left;
+  for (int i=1; i<(int)(float(rand())*sz/(RAND_MAX+0.999)); i++) c = c->next; 
+  SwapContent(left,c);
+
+  Typ pivot = left->data;
+//   Typ* pivot= &(left->data);
+  int sz0=sz+1;
+  //  cout<<"Sorting between "<<left->data<<" and "<<right->data<<". Pivot="<<pivot<<endl;
+  while(1)
+    {
+//        PrintList();
+      do {r=r->prev; sz0--;} while (pivot < r->data); 
+      do l=l->next; while (l->data < pivot);
+      if (l==r || l->prev==r) break;
+      SwapContent(l,r);
+    }
+  SortList(left,r,sz0);
+  SortList(r->next,right,sz-sz0);
+  pivot = tail->data; // to avoid calling the destructor of Typ on some real data element
+ }
+
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Use QUICKSORT to sort list of POINTERS by comparing the objects the pointers point to
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+template <class Typ> 
+void List<Typ>::SortPointerList(ListEl<Typ>* left, ListEl<Typ>* right) 
+{
+  if (right==left || right->next==left) return;
+  ListEl<Typ> *l=left->prev, *r=right->next;
+  Typ pivot=left->data;
+//    cout<<"Sorting between "<<left->data<<" and "<<right->data<<". Pivot="<<pivot<<endl;
+  while(1)
+    {
+//        PrintList();
+      do
+       {
+         r=r->prev;
+//       cout<<"r=r->prev. r->data="<<r->data<<endl;
+       } while(*pivot < *(r->data)); 
+      do
+       {
+         l=l->next;
+//       cout<<"l=l->next l->data="<<l->data<<endl;
+       } while (*(l->data) < *pivot);
+      if (l==r || l->prev==r) break;
+      SwapContent(l,r);
+    }
+  SortPointerList(left,r);
+  SortPointerList(r->next,right);
+}
+
+// Use INSERTSORT to sort list in asscending order between two list elements. Use only for presorted lists, otherwise time O(N^2)!
+template <class Typ> 
+void List<Typ>::ResortList() 
+{
+  ListEl<Typ> *c; // current element to be sorted in. Everything to the left is already sorted
+  ListEl<Typ> *n; // next element to be sorted in
+  ListEl<Typ> *p; // pointer for looping through sorted part of list
+  ListEl<Typ> *pnext; // for swapping
+  if (Size()<=1) return;
+  c=head->next->next;
+  while (c!=tail) 
+    {
+      p=c->prev;
+      n=c->next;
+      if (c->data < p->data)
+       {
+         do {p=p->prev;} while (p!=head && c->data < p->data);
+         // Connect c->prev to c->next ...
+         c->next->prev=c->prev;
+         c->prev->next=c->next;
+         // ... and insert c between p and p->next ...
+         pnext=p->next;
+         p->next=c;
+         c->next=pnext;
+         pnext->prev=c;
+         c->prev=p;
+       }
+      c=n;
+    }
+}
+
+
+#endif /* JLIST */
+
+
+// //Main program: test class List
+
+//  int main()
+//  {
+//    int p;
+//    List<int>* plist=new List<int>(11);
+//    List<int> list(22);
+
+//    plist->Push(24);
+//    plist->Push(18);
+//    plist->Push(3);
+//    plist->Enqueue(17);
+//    plist->Enqueue(29);
+//    printf("List 1 with pushed and enqueued elements:\n");
+//    plist->PrintList();
+
+//    list.Push(222);
+//    printf("List 1 with list 2 appended:\n");
+//    plist->Append(&list);
+//    plist->PrintList();
+
+//    printf("Pushing one element three times into list 2:\n");
+//    list.Push(333);
+//    list.Push(444);
+//    list.Push(555);
+//    printf("Printing plist and list with three elements:\n");
+//    list.PrintList();
+//    plist->PrintList();
+  
+//    printf("list.Copy(plist). Printing list 1 and 2:\n");
+//    list.Copy(plist);
+//    plist->PrintList(); 
+//    list.PrintList();
+
+//    printf("Appending list 1 to itself:\n");
+//    plist->Append(plist);
+//    plist->PrintList();
+
+//    cout<<"Popping "<<plist->Pop()<<"\n";
+//    cout<<"Popping "<<plist->Pop()<<"\n";
+//    plist->PrintList();
+
+//    cout<<"Dequeing "<<plist->Dequeue()<<"\n";
+//    cout<<"Dequeing "<<plist->Dequeue()<<"\n";
+//    plist->PrintList();
+
+//    cout<<"Reversing list\n";
+//    plist->Reverse();
+//    plist->PrintList();
+
+//    cout<<"Reversing to original list\n";
+//    plist->Reverse();
+//    plist->PrintList();
+
+//    for (p=plist->Reset(); p>=5;p--)
+//      {cout<<plist->GetPos()<<": "<<plist->Read(p)<<"\n";}
+  
+//    cout<<"Deleting "<<plist->Delete()<<"\n";
+//    cout<<"Deleting "<<plist->Delete()<<"\n";
+//    plist->PrintList();
+
+//    plist->Append(plist);
+//    plist->PrintList();
+//    cout<<"List 1 sorted:\n";
+//    plist->SortList();
+//    plist->PrintList();
+
+//  }
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/list.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/list.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..7e54195
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,193 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ * RCS $Id: list.h 143 2010-10-14 13:11:14Z andreas $
+ */
+
+// list.h
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Double-linked list implementation with head and tail dummy elements
+// We set head->prev=head and tail->next=tail.
+// This makes sure that repeated current=current->next; ends up in tail
+// and repeated current=current->prev; ends up in head.
+// head and tail optionally contain a NULL element of Typ defined by method Null(Typ)
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+template<class Typ> 
+class List
+{
+protected:
+template<class Typ1> 
+class ListEl             //elements of List; essentially a data structure
+  {
+  public:
+    Typ1 data;           //Typ is type of data to be stored in list
+    ListEl* prev;        //points to previous list element
+    ListEl* next;        //points to next list element
+    ListEl() : prev(0), next(0) {}
+    ListEl(Typ1 d) : data(d), prev(0), next(0) {}
+    ListEl(ListEl* p, ListEl* n) : prev(p), next(n) {}
+    ListEl(Typ1 d, ListEl* p, ListEl* n) : data(d), prev(p), next(n) {}
+  };
+  
+  ListEl<Typ>* head;     //points to dummy element at beginning of list
+  ListEl<Typ>* tail;     //points to dummy element at end of list    
+  ListEl<Typ>* current;  //current element position within list
+  int size;              //Number of elements in list
+
+  // Use QUICKSORT to sort list in asscending order between two list elements
+  void SortList(ListEl<Typ>*, ListEl<Typ>*, int); 
+  // Use QUICKSORT to sort list of pointers by comparing elements they point to
+  void SortPointerList(ListEl<Typ>*, ListEl<Typ>*);
+
+  // Swap two list elements by making a flat copy (don't need two copies of data)
+  // Warning: Gets slow if Typ is composite type with many variables (>=5)
+  void SwapContent(ListEl<Typ>* e1, ListEl<Typ>* e2)
+  { Typ d; if (e1!=e2) {d=e1->data; e1->data=e2->data; e2->data=d;} }
+
+public:
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// General methods
+  List();
+  List(Typ d);
+  ~List();
+  List<Typ>& operator=(List<Typ>&);
+    
+  // Set Null element that will be returned when trying to read from an empty list
+  void Null(Typ null) {head->data = tail->data = null;}
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Methods that act at the end of the list 
+
+  // Insert Element after LAST element of list (and return address of data element)
+  Typ* Push(Typ);
+
+  // Remove and return LAST element of list. Returns head->data if list empty
+  Typ Pop();
+
+  // return LAST element of list. Returns null element in head->data if list empty
+  Typ ReadLast() {return tail->prev->data;}
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Methods that act at the beginning of the list
+
+  // Insert element as FIRST element of list (and return address of data element)
+  Typ* Enqueue(Typ);
+
+  // Remove and return element at BEGINNING of list. Returns head->data if list empty
+  Typ Dequeue();
+
+  // return FIRST element of list. Returns null element in head->data if list empty
+  Typ ReadFirst() {if (size) return head->next->data; else return head->data;}
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Methods that work with 'current' position in the list
+
+  // Advances current position by 1 and reads next element; returns head->data if at end of list.
+  Typ ReadNext(); 
+
+  // Reads current element again
+  Typ ReadCurrent(); 
+
+  // Moves current position back by 1 and reads previous element; returns head->data if at beginning of list.
+  Typ ReadPrevious(); 
+
+  // Advances current position by 1 and reads address of next element; returns NULL if at end of list.
+  Typ* ReadNextAddress(); 
+
+  // Reads address of current element again, returns NULL if at end of list
+  Typ* ReadCurrentAddress(); 
+
+  // Sets current position to k and reads k'th element (first=1). Returns head->data if current points to no data element
+  Typ Read(int);
+
+  // Inserts element AFTER CURRENT element; current element will be set to inserted element
+  void Insert(Typ);
+
+  // Removes and returns element at CURRENT position. New position is one BEFORE current position. 
+  // Returns head->data if current points to no data element. After Reset() delete first element (not 0'th)
+  Typ Delete();
+
+  // Overwrites data at current position with new data 
+  void Overwrite(Typ d) {current->data=d;} 
+
+  // Reset current position to 0 (one BEFORE the first)
+  int Reset() {current = head; return size;} 
+
+  // Reset current position to End (one AFTER the last)
+  int SetToEnd() {current = tail; return size;} 
+
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Methods that return information about the list
+
+  // Return number of list elements (size>=0)
+  int Size()  {return size;}  
+
+  // return true if end of list, i.e. ReadNext would give tail->data (i.e. current position >= Size)
+  char End()  {return (current==tail || current==tail->prev);}
+  char End(void* curr)  {return ( curr == tail || curr == tail->prev);}
+
+  // return true if start of list, i.e. ReadPrevious would give head->data (i.e. current position <=1)
+  char Start()  {return (current==head || current==head->next);}
+
+  // Get current position within list (0 <= pos <= Size+1) 
+  int GetPos();
+
+  //print out list (elements assumed int)
+  void PrintList();
+
+  // Get largest data element (Null element for empty list)
+  Typ Largest();
+
+  // Get smallest data element (Null element for empty list)
+  Typ Smallest();
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Methods that manipulate the list as a whole
+
+  // Reverse list 
+  void Reverse();
+
+  // Copies list into list object
+  void Copy(List<Typ>* list);
+
+  // Appends a copy of list to class object
+  void AppendCopy(List<Typ>* list);
+
+  // Appends list to class object list
+  void Append(List<Typ>* list); 
+
+  // Use QUICKSORT to sort list in ascending order. Use only for UNSORTED lists, otherwise time O(N^2) instead of O(N*log(N))
+/*   void SortList() {if (size>1) SortList(head->next, tail->prev);}  */
+  void SortList() {if (size>1) SortList(head->next, tail->prev, size);} 
+  void QuickSort() {if (size>1) SortList(head->next, tail->prev, size);} 
+
+  // Use QUICKSORT to sort list of pointers in ascending order. Use only for UNSORTED lists, otherwwise time O(N^2)!
+  void SortPointerList() {if (size>1) SortPointerList(head->next, tail->prev);} 
+  void QuickSortPointer() {if (size>1) SortPointerList(head->next, tail->prev);} 
+
+  // Use INSERTSORT to sort list in asscending order. Use only for PRESORTED lists, otherwise time O(N^2)!
+  void ResortList(); 
+};
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/hhalign/util-C.h b/binaries/src/clustalo/src/hhalign/util-C.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b422f35
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,879 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ * RCS $Id: util-C.h 155 2010-11-17 12:18:47Z fabian $
+ */
+
+// Utility subroutines
+
+
+#ifndef MAIN
+#include <iostream>   // cin, cout, cerr
+#include <fstream>    // ofstream, ifstream 
+#include <cstdio>     // printf
+#include <stdlib.h>   // exit
+#include <time.h>     // clock
+#endif
+#include <sys/time.h>
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Arithmetics
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+//// max and min
+inline double dmax(double x, double y) { return (x>y? x : y);}
+inline double dmin(double x, double y) { return (x<y? x : y);}
+inline int imax(int x, int y) { return (x>y? x : y);}
+inline int imin(int x, int y) { return (x<y? x : y);}
+inline int iabs(int x) { return (x>=0? x : -x);}
+
+// Rounding up, rounding down and rounding to nearest integer
+inline int iceil(double x)  {return int(ceil(x));}
+inline int ifloor(double x) {return int(floor(x));}
+inline int iround(double x) {return int(floor(x+0.5));}
+
+//// Generalized mean: d=0: sqrt(x*y)  d=1: (x+y)/2  d->-inf: min(x,y)  d->+inf: max(x,y)  
+inline double fmean(double x, double y, double d) { return pow( (pow(x,d)+pow(y,d))/2 ,1./d);}
+
+// log base 2
+inline float log2(float x)  {return (x<=0? (float)(-100000):1.442695041*log(x));}
+inline float log10(float x) {return (x<=0? (float)(-100000):0.434294481*log(x));}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// fast log base 2
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+// This function returns log2 with a max abolute deviation of +/- 1.5E-5 (typically 0.8E-5). 
+// It takes 1.42E-8 s  whereas log2(x) takes 9.5E-7 s. It is hence 9.4 times faster. 
+// It makes use of the representation of 4-byte floating point numbers:
+// seee eeee emmm mmmm mmmm mmmm mmmm mmmm
+// s is the sign, 
+// the following 8 bits, eee eee e, give the exponent + 127 (in hex: 0x7f).
+// The following 23 bits, m, give the mantisse, the binary digits behind the decimal point.
+// In summary: x = (-1)^s * 1.mmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmm * 2^(eeeeeee-127) 
+// The expression (((*(int *)&x) & 0x7f800000 ) >>23 )-0x7f is the exponent eeeeeeee, i.e. 
+// the largest integer that is smaller than log2(x) (e.g. -1 for 0.9). *(int *)&x is an integer which 
+// contains the bytes as the floating point variable x is represented in memory.
+// Check:  assert( sizeof(f) == sizeof(int) );
+// Check:  assert( sizeof(f) == 4 );
+inline float fast_log2(float x) 
+{
+  static float lg2[1025];         // lg2[i] = log2[1+x/1024]
+  static float diff[1025];        // diff[i]= (lg2[i+1]-lg2[i])/8096 (for interpolation)
+  static char initialized;
+  if (x<=0) return -100000;
+  if (!initialized)   //First fill in the arrays lg2[i] and diff[i]
+    {
+      float prev = 0.0f;
+      lg2[0] = 0.0f;
+      for (int i=1; i<=1024; ++i) 
+       {
+         lg2[i] = log(float(1024+i))*1.442695041-10.0f;
+         diff[i-1] = (lg2[i]-prev)*1.2352E-4;
+         prev = lg2[i];
+       }
+      initialized=1;
+    }  
+  int a = (((*((int *)&x)) & 0x7F800000) >>23 )-0x7f;
+  int b =  ((*((int *)&x)) & 0x007FE000) >>13;
+  int c =  ((*((int *)&x)) & 0x00001FFF);
+  return a + lg2[b] + diff[b]*(float)(c);
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// fast 2^x
+// ATTENTION: need to compile with g++ -fno-strict-aliasing when using -O2 or -O3!!!
+// Relative deviation < 1.5E-4
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+inline float fpow2(float x)
+{
+  if (x>=128) return FLT_MAX;
+  if (x<=-128) return FLT_MIN;
+  int *px = (int*)(&x);                 // store address of float as pointer to long
+  float tx = (x-0.5f) + (3<<22);        // temporary value for truncation: x-0.5 is added to a large integer (3<<22)
+  int lx = *((int*)&tx) - 0x4b400000;   // integer value of x
+  float dx = x-(float)(lx);             // float remainder of x
+  x = 1.0f + dx*(0.6960656421638072f          // cubic apporoximation of 2^x
+          + dx*(0.224494337302845f           // for x in the range [0, 1]
+           + dx*(0.07944023841053369f)));
+  *px += (lx<<23);                            // add integer power of 2 to exponent
+  return x;
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// ATTENTION: 
+// Can't be used with -O2/-O3 optimization on some compilers !
+// Works with g++ version 4.1, but not with 3.4, in which case it returns values 
+// that are a factor 1.002179942 too low 
+//
+// Fast pow2 routine (Johannes Soeding)  
+// Same speed as fpow2(), but *relative* deviation < 1.2E-7
+// Makes use of the binary representation of floats in memory:
+//   x = (-1)^s * 1.mmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmm * 2^(eeeeeee-127) 
+// is represented as
+// 31        23                   7654 3210
+//  seee eeee emmm mmmm mmmm mmmm mmmm mmmm
+// s is the sign, the 8 bits eee eee e are the exponent + 127 (in hex: 0x7f), 
+// and the following 23 bits m give the mantisse.
+// We decompose the argument x = a + b, with integer a and 0 <= b < 1
+// Therefore 2^x = 2^a * 2^b  where a is the binary exponent of 2^x 
+// and  1 <= 2^b < 2,  i.e. 2^b determines the mantisse uniquely. 
+// To calculate 2^b, we split b into the first 10 bits and the last 13 bits,
+// b = b' + c, and then look up the mantisse of 2^b' in a precomputed table.
+// We use the residual c to interpolate between the mantisse for 2^b' and 2(b'+1/1024) 
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+inline float fast_pow2(float x) 
+{
+  if (x<=-127) return 5.9E-39;
+  if (x>=128)  return 3.4E38;
+  static char initialized=0;
+  static unsigned int pow2[1025];
+  static unsigned int diff[1025];
+  static int y = 0;
+  if (!initialized)   //First fill in the pow2-vector
+    {
+      float f;
+      unsigned int prev = 0;
+      pow2[0] = 0;
+      for (int b=1; b<1024; b++) 
+       {
+         f=pow(2.0,float(b)/1024.0);  
+         pow2[b]=(*((unsigned int *)(&f)) & 0x7FFFFF); // store the mantisse of 2^(1+b/1024)
+         diff[b-1]=pow2[b]-prev;
+         prev=pow2[b];
+       }
+      pow2[1024]=0x7FFFFF;
+      diff[1023]=pow2[1024]-prev;
+      initialized=1;
+    }  
+      
+  int *px = (int *)(&x);                              // store address of float as pointer to int
+  int E = ((*px & 0x7F800000)>>23)-127;               // E is exponent of x and is <=6
+  unsigned int M=(*px & 0x007FFFFF) | 0x00800000;     // M is the mantisse 1.mmm mmmm mmmm mmmm mmmm mmmm
+  int a,b,c;
+  if (x>=0) 
+    {
+      if (E>=0) {
+       a = 0x3F800000 + ((M<<E) & 0x7F800000);       // a is exponent of 2^x, beginning at bit 23 
+       b = ((M<<E) & 0x007FE000)>>13;                
+       c = ((M<<E) & 0x00001FFF);
+      } else {
+       a =  0x3F800000;                              // a = exponent of 2^x = 0
+       b = ((M>>(-E)) & 0x007FE000)>>13;          
+       c = ((M>>(-E)) & 0x00001FFF);
+      }
+    } 
+  else 
+    {
+      if (E>=0) {
+       a = 0x3F000000 - ((M<<E) & 0x7F800000);       // a is exponent of 2^x
+       b = (0x00800000-(int)((M<<E) & 0x007FFFFF)) >>13;          
+       c = (0x00800000-(int)((M<<E) & 0x007FFFFF)) & 0x00001FFF;          
+      } else {
+       a = 0x3F000000;                               // a = exponent of 2^x = -1
+       b = (0x00800000-(int)((M>>(-E)) & 0x007FFFFF)) >>13;          
+       c = (0x00800000-(int)((M>>(-E)) & 0x007FFFFF)) & 0x00001FFF;          
+      }
+    }
+/*   printf("x=%0X\n",*px); */
+/*   printf("E=%0X\n",E); */
+/*   printf("M=%0X\n",M); */
+/*   printf("a=%0X\n",a); */
+/*   printf("b=%0X\n",b); */
+  y = a | (pow2[b] + ((diff[b]*c)>>13) );
+  /*   printf("2^x=%0X\n",*px); */
+  return *((float*)&y);
+}
+
+
+
+// Normalize a float array such that it sums to one
+// If it sums to 0 then assign def_array elements to array (optional)
+inline float NormalizeTo1(float* array, int length, float* def_array=NULL) 
+{
+  float sum=0.0f;
+  int k;
+  for (k=0; k<length; k++) sum+=array[k];
+  if (sum!=0.0f) 
+    {
+      float fac=1.0/sum;
+      for (k=0; k<length; k++) array[k]*=fac;
+    } 
+  else if (def_array)
+    for (k=0; k<length; k++) array[k]=def_array[k];
+  return sum;
+}
+
+// Normalize a float array such that it sums to x
+// If it sums to 0 then assign def_array elements to array (optional)
+inline float NormalizeToX(float* array, int length, float x, float* def_array=NULL) 
+{
+  float sum=0.0;
+  int k;
+  for (k=0; k<length; k++) sum+=array[k];
+  if (sum) 
+    {
+      float fac=x/sum;
+      for (k=0; k<length; k++) array[k]*=fac;
+    } 
+  else if (def_array)
+    for (k=0; k<length; k++) array[k]=def_array[k];
+  return sum;
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// Similar to spintf("%*g,w,val), but displays maximum number of digits within width w
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+inline char* sprintg(float val, int w)
+{
+  static char str[100];
+  float log10val = log10(fabs(val));
+  int neg = (val<0? 1: 0);
+  if (log10val >= w-neg-1 || -log10val > 3) 
+    {
+      // positive exponential 1.234E+06
+      // negative exponential 1.234E-06
+      int d = w-6-neg;
+      sprintf(str,"%*.*e",w,d<1?1:d,val);
+    }
+  else 
+    {
+      int d = log10val>0? w-2-neg-int(log10val): w-2-neg;
+      sprintf(str,"%#*.*f",w,d,val);
+    }
+  return str;
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+// String utilities
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+//the integer. If no integer is found, returns INT_MIN and sets ptr to NULL      /* MR1 */
+inline int strtoi(const char*& ptr)
+{
+    int i;
+    const char* ptr0=ptr;
+    if (!ptr) return INT_MIN;
+    while (*ptr!='\0' && !(*ptr>='0' && *ptr<='9')) ptr++;
+    if (*ptr=='\0') {
+        ptr=0;
+        return INT_MIN;
+    }
+    if (*(ptr-1)=='-' && ptr>ptr0) i=-atoi(ptr); else i=atoi(ptr);
+    while (*ptr>='0' && *ptr<='9') ptr++;
+    return i;
+}
+
+
+//Same as strint, but interpretes '*' as default /* MR1 */
+inline int strtoi_(const char*& ptr, int deflt=INT_MAX)
+{
+    int i;
+    if (!ptr) return INT_MIN;
+    while (*ptr!='\0' && !(*ptr>='0' && *ptr<='9') && *ptr!='*') ptr++;
+    if (*ptr=='\0') {
+        ptr=0;
+        return INT_MIN;
+    }
+    if (*ptr=='*') {
+        ptr++;
+        return deflt;
+    }
+    if (*(ptr-1)=='-') i=atoi(ptr-1);
+    else i=atoi(ptr);
+    while (*ptr>='0' && *ptr<='9') ptr++;
+    return i;
+}
+
+
+// Returns leftmost integer in ptr and sets the pointer to first char after 
+// the integer. If no integer is found, returns INT_MIN and sets pt to NULL
+int strint(char*& ptr)
+{
+  int i;
+  char* ptr0=ptr;
+  if (!ptr) return INT_MIN;
+  while (*ptr!='\0' && !(*ptr>='0' && *ptr<='9')) ptr++;
+  if (*ptr=='\0') 
+    {
+      ptr=0;
+      return INT_MIN;
+    }
+  if (*(ptr-1)=='-' && ptr>ptr0) i=-atoi(ptr); else i=atoi(ptr);
+  while (*ptr>='0' && *ptr<='9') ptr++;
+  return i;
+}
+
+// Same as strint, but interpretes '*' as default
+int strinta(char*& ptr, int deflt=99999)
+{
+  int i;
+  if (!ptr) return INT_MIN;
+  while (*ptr!='\0' && !(*ptr>='0' && *ptr<='9') && *ptr!='*') ptr++;
+  if (*ptr=='\0') 
+    {
+      ptr=0;
+      return INT_MIN;
+    }
+  if (*ptr=='*') 
+    {
+      ptr++;
+      return deflt;
+    }
+  if (*(ptr-1)=='-') i=atoi(ptr-1);
+  else i=atoi(ptr);
+  while (*ptr>='0' && *ptr<='9') ptr++;
+  return i;
+}
+
+// Returns leftmost float in ptr and sets the pointer to first char after  
+// the float. If no float is found, returns FLT_MIN and sets pt to NULL /* MR1 */
+float strflt(char*& ptr)
+{
+    float i;
+    char* ptr0=ptr;
+    if (!ptr) return FLT_MIN;
+    while (*ptr!='\0' && !(*ptr>='0' && *ptr<='9')) ptr++;
+    if (*ptr=='\0')
+        {
+            ptr=0;
+            return FLT_MIN;
+        }
+    if (ptr>ptr0 && *(ptr-1)=='-') i=-atof(ptr); else i=atof(ptr);
+    while ((*ptr>='0' && *ptr<='9') || *ptr=='.') ptr++;
+    return i;
+}
+
+// Same as strint, but interpretes '*' as default  /* MR1 */
+float strflta(char*& ptr, float deflt=99999)
+{
+    float i;
+    if (!ptr) return FLT_MIN;
+    while (*ptr!='\0' && !(*ptr>='0' && *ptr<='9') && *ptr!='*') ptr++;
+    if (*ptr=='\0')
+        {
+            ptr=0;
+            return FLT_MIN;
+        }
+    if (*ptr=='*')
+        {
+            ptr++;
+            return deflt;
+        }
+    if (*(ptr-1)=='-') i=-atof(ptr);
+    else i=atof(ptr);
+    while ((*ptr>='0' && *ptr<='9') || *ptr=='.') ptr++;
+    return i;
+}
+
+
+// Removes the newline and other control characters at the end of a string (if present)
+// and returns the new length of the string (-1 if str is NULL)
+inline int chomp(char str[]) 
+{
+  if (!str) return -1;
+  int l=0;
+  for (l=strlen(str)-1; l>=0 && str[l]<32; l--);
+  str[++l]='\0';
+  return l;
+}
+
+// Emulates the ifstream::getline method; similar to fgets(str,maxlen,FILE*), 
+// but removes the newline at the end and returns NULL if at end of file or read error
+inline char* fgetline(char str[], const int maxlen, FILE* file) 
+{
+  if (!fgets(str,maxlen,file)) return NULL;
+  if (chomp(str)+1>=maxlen)    // if line is cut after maxlen characters...
+    while (fgetc(file)!='\n'); // ... read in rest of line  
+  return(str);
+}
+
+// copies substring str[a,b] into substr and returns substr 
+char *substr(char* substr, char* str, int a, int b)
+{
+  if (b<a) {int i=b; b=a; a=i;}
+  if (b-a>1000) 
+    {printf("Function substr: >1000 chars to copy. Exiting.\n"); exit(6);} 
+  char* dest=substr;
+  char* source=str+a;
+  char* send=str+b;
+  while (*source!='\0' && source<=send) *(dest++) = *(source++); 
+  *dest='\0';
+  return substr;
+}
+
+
+// Returns pointer to first non-white-space character in str OR to NULL if none found
+inline char* strscn(char* str)
+{
+  if (!str) return NULL;
+  char* ptr=str;
+  while (*ptr!='\0' && *ptr<=32) ptr++;
+  return (*ptr=='\0')? NULL: ptr;
+}
+
+// Returns pointer to first white-space character in str OR to NULL if none found   /* MR1 */
+inline char* strscn_ws(char* str)
+{
+    if (!str) return NULL;
+    char* ptr=str;
+    while (*ptr!='\0' && *ptr>32) ptr++;
+    return (*ptr=='\0')? NULL: ptr;
+}
+
+//Returns pointer to first non-white-space character in str OR to NULL if none found  /* MR1 */
+inline const char* strscn_c(const char* str)
+{
+    if (!str) return NULL;
+    const char* ptr=str;
+    while (*ptr!='\0' && isspace(*ptr)) ptr++;
+    return (*ptr=='\0') ? NULL : ptr;
+}
+
+// Returns pointer to first  non-white-space character in str OR to end of string '\0' if none found
+inline char* strscn_(char* str)
+{
+  if (!str) return NULL;
+  char* ptr=str;
+  while (*ptr!='\0' && *ptr<=32) ptr++;
+  return ptr;
+}
+
+// Returns pointer to first non-c character in str OR to NULL if none found
+inline char* strscn(char* str, const char c)
+{
+  if (!str) return NULL;
+  char* ptr=str;
+  while (*ptr!='\0' && *ptr==c) ptr++;
+  return (*ptr=='\0')? NULL: ptr;
+}
+
+// Returns pointer to first  non-c character in str OR to end of string '\0' if none found
+inline char* strscn_(char* str, const char c)
+{
+  if (!str) return NULL;
+  char* ptr=str;
+  while (*ptr!='\0' && *ptr==c) ptr++;
+  return ptr;
+}
+
+// Cuts string at first white space character found by overwriting it with '\0'. 
+// Returns pointer to next non-white-space char OR to NULL if no such char found 
+inline char* strcut(char* str)
+{
+  if (!str) return NULL;
+  char* ptr=str;
+  while (*ptr!='\0' && *ptr>32) ptr++;
+  if (*ptr=='\0') return NULL;
+  *ptr='\0';
+  ptr++;
+  while (*ptr!='\0' && *ptr<=32) ptr++;
+  return (*ptr=='\0')? NULL:ptr;
+}
+
+// Cuts string at first white space character found by overwriting it with '\0'. 
+// Returns pointer to next non-white-space char OR to end of string '\0' if none found
+inline char* strcut_(char* str)
+{
+  if (!str) return NULL;
+  char* ptr=str;
+  while (*ptr!='\0' && *ptr>32) ptr++;
+  if (*ptr=='\0') return ptr;
+  *ptr='\0';
+  ptr++;
+  while (*ptr!='\0' && *ptr<=32) ptr++;
+  return ptr;
+}
+
+// Cuts string at first occurence of charcter c, by overwriting it with '\0'.
+// Returns pointer to next char not equal c, OR to NULL if none found
+inline char* strcut(char* str, const char c)
+{
+  if (!str) return NULL;
+  char* ptr=str;
+  while (*ptr!='\0' && *ptr!=c) ptr++;
+  if (*ptr=='\0') return NULL;
+  *ptr='\0';
+  ptr++;
+  while (*ptr!='\0' && *ptr==c) ptr++;
+  return (*ptr=='\0')? NULL:ptr;
+}
+
+// Cuts string at first occurence of charcter c, by overwriting it with '\0'.
+// Returns pointer to next char not equal c, OR to end of string '\0' if none found
+inline char* strcut_(char* str, const char c)
+{
+  if (!str) return NULL;
+  char* ptr=str;
+  while (*ptr!='\0' && *ptr!=c) ptr++;
+  if (*ptr=='\0') return ptr;
+  *ptr='\0';
+  ptr++;
+  while (*ptr!='\0' && *ptr==c) ptr++;
+  return ptr;
+}
+
+// Cuts string at first occurence of substr, by overwriting the first letter with '\0'.
+// Returns pointer to next char after occurence of substr, OR to NULL if no such char found 
+inline char* strcut(char* str, const char* substr)
+{
+  char* ptr;     //present location in str being compared to substr
+  const char* sptr=substr; //present location in substr being compared to substr
+  // while not at end of str and not all of substr is matched yet
+  while (1)
+    {
+      for (ptr=str, sptr=substr; *ptr==*sptr && *ptr!='\0';  ptr++, sptr++) ;
+      if (*sptr=='\0') {*str='\0'; return ptr;}
+      if (*ptr=='\0')  return NULL;
+      str++;
+    }
+}
+
+// Cuts string at first occurence of substr, by overwriting the first letter with '\0'.
+// Returns pointer to next char after occurence of substr, OR to end of string '\0' if no such char found 
+inline char* strcut_(char* str, const char* substr)
+{
+  char* ptr;         //present location in str being compared to substr
+  const char* sptr=substr; //present location in substr being compared to str
+  // while not at end of str and not all of substr is matched yet
+  while (1)
+    {
+      for (ptr=str, sptr=substr; *ptr==*sptr && *ptr!='\0';  ptr++, sptr++) ;
+      if (*sptr=='\0') {*str='\0'; return ptr;}
+      if (*ptr=='\0')  return ptr;
+      str++;
+    }
+}
+
+// Copies first word in ptr to str. In other words, copies first block of non whitespace characters, 
+// beginning at ptr, to str. If a word is found, returns address of second word in ptr or, if no second
+// word is found, returns address to end of word ('\0' character) in ptr string. If no word is found 
+// in ptr NULL is returned.
+inline char* strwrd(char* str, char* ptr)
+{
+  ptr=strscn(ptr);    // advance to beginning of next word
+  if (ptr) 
+    {
+      while (*ptr!='\0' && *ptr>32) *(str++) = *(ptr++);
+      *str='\0';
+      while (*ptr!='\0' && *ptr<=32) ptr++;
+      return ptr;
+    }
+  else return NULL;
+}
+
+// Copies first word ***delimited by char c*** in ptr to str. In other words, copies first block of non-c characters, 
+// beginning at ptr, to str. If a word is found, returns address of second word in ptr or, if no second
+// word is found, returns address to end of word ('\0' character) in ptr string. If no word is found 
+// in ptr NULL is returned.
+inline char* strwrd(char* str, char* ptr, const char c)
+{
+  ptr=strscn(ptr,c);    // advance to beginning of next word
+  if (ptr) 
+    {
+      while (*ptr!='\0' && *ptr!=c) *(str++) = *(ptr++);
+      *str='\0';
+      while (*ptr!='\0' && *ptr==c) ptr++;
+     return ptr;
+    }
+  else return NULL;
+}
+
+// Similar to Perl's tr/abc/ABC/: Replaces all chars in str found in one list with characters from the second list
+// Returns the number of replaced charactrs
+int strtr(char* str, const char oldchars[], const char newchars[])
+{
+  char* ptr;
+  const char *plist;
+  int ntr=0;
+  for (ptr=str; *ptr!='\0'; ptr++)
+    for (plist=oldchars; *plist!='\0'; plist++)
+      if (*ptr==*plist) 
+       {
+         *ptr=newchars[plist-oldchars]; 
+         ntr++;
+         break;
+       }
+  return ntr;
+}
+
+// Similar to Perl's tr/abc//d: deletes all chars in str found in the list
+// Returns number of removed characters
+int strtrd(char* str, const char chars[])
+{
+  char* ptr0=str;
+  char* ptr1=str;
+  const char *plist;
+  while (*ptr1!='\0')
+    {
+      for (plist=chars; *plist!='\0'; plist++)
+       if (*ptr1==*plist) break;
+      if (*plist=='\0') {*ptr0=*ptr1; ptr0++;}
+      ptr1++;
+    }
+  return ptr1-ptr0;
+}
+
+// Similar to Perl's tr/a-z//d: deletes all chars in str found in the list
+// Returns number of removed characters
+int strtrd(char* str, char char1, char char2)
+{
+  char* ptr0=str;
+  char* ptr1=str;
+  while (*ptr1!='\0')
+    {
+      if (*ptr1>=char1 && *ptr1<=char2) {*ptr0=*ptr1; ptr0++;}
+      ptr1++;
+    }
+  return ptr1-ptr0;
+}
+
+// transforms str into an all uppercase string
+char* uprstr(char* str)
+{
+  char* s=str;
+  while (*s !='\0') {if (*s>='a' && *s<='z') *s+='A'-'a';s++;}
+  return(str);
+}
+
+// transforms str into an all uppercase string
+char* lwrstr(char* str)
+{
+  char* s=str;
+  while (*s !='\0') {if (*s>='A' && *s<='Z') *s+='a'-'A'; s++;}
+  return(str);
+}
+
+// transforms chr into an uppercase character
+inline char uprchr(char chr)
+{
+  return (chr>='a' && chr<='z')? chr+'A'-'a' : chr;
+}
+
+// transforms chr into an lowercase character
+inline char lwrchr(char chr)
+{
+  return (chr>='A' && chr<='Z')? chr-'A'+'a' : chr;
+}
+
+
+// Replaces first occurence of str1 by str2 in str. Returns pointer to first occurence or NULL if not found 
+// ATTENTION: if str2 is longer than str1, allocated memory of str must be long enough!!
+inline char* strsubst(char* str, const char str1[], const char str2[])
+{
+  char* ptr = strstr(str,str1); 
+  strcpy(ptr,str2);
+  return ptr;
+}
+
+// Gives elapsed time since first call to this function
+inline void ElapsedTimeSinceFirstCall(const char str[]) 
+{
+  timeval t;
+  static double tfirst=0;
+  if (tfirst==0) 
+    {
+      gettimeofday(&t, NULL);
+      tfirst = 1E-6*t.tv_usec + t.tv_sec;
+    }
+  gettimeofday(&t, NULL);
+  printf("Elapsed time since first call:%12.3fs %s\n",1E-6*t.tv_usec + t.tv_sec - tfirst,str);
+}
+
+// Gives elapsed time since last call to this function
+inline void ElapsedTimeSinceLastCall(const char str[]) 
+{
+  timeval t;
+  static double tlast=0.0;
+  if (tlast==0.0) 
+    {
+      gettimeofday(&t, NULL);
+      tlast = 1.0E-6*t.tv_usec + t.tv_sec;
+    }
+  gettimeofday(&t, NULL);
+  printf("Elapsed time since last call:%12.3fs %s\n",1.0E-6*t.tv_usec + t.tv_sec - tlast,str);
+  tlast = 1.0E-6*t.tv_usec + t.tv_sec;
+}
+
+inline char* RemovePath(char outname[], char filename[])
+{
+  char* ptr;
+#ifdef WINDOWS
+  ptr=strrchr(filename,92);  //return adress for LAST \ (backslash) in name
+#else
+  ptr=strrchr(filename,'/'); //return adress for LAST / in name
+#endif
+  if (!ptr) ptr=filename; else ptr++;
+  strcpy(outname,ptr);
+  return outname;
+}
+
+inline char* RemoveExtension(char outname[], char filename[])
+{
+  char *ptr1;
+  ptr1=strrchr(filename,'.');       //return adress for LAST '.' in name
+  if (ptr1) {*ptr1='\0'; strcpy(outname,filename); *ptr1='.';} else strcpy(outname,filename);  
+  return outname;
+}
+
+inline char* RemovePathAndExtension(char outname[], char filename[])
+{
+  char *ptr, *ptr1;
+#ifdef WINDOWS
+  ptr=strrchr(filename,92);  //return adress for LAST \ (backslash) in name
+#else
+  ptr=strrchr(filename,'/'); //return adress for LAST / in name
+#endif
+  if (!ptr) ptr=filename; else ptr++;
+  ptr1=strrchr(filename,'.');       //return adress for LAST '.' in name
+  if (ptr1) {*ptr1='\0'; strcpy(outname,ptr); *ptr1='.';} else strcpy(outname,ptr);  
+  return outname;
+}
+
+inline char* Extension(char extension[], char filename[])
+{
+  char* ptr;
+  ptr=strrchr(filename,'.');      //return adress for LAST '.' in name
+  if (ptr) strcpy(extension,ptr+1); else *extension='\0';
+  return extension;
+}
+
+// Path includes last '/'
+inline char* Pathname(char pathname[], char filename[])
+{
+  char* ptr;
+  char chr;
+#ifdef WINDOWS
+  ptr=strrchr(filename,92);  //return adress for LAST \ (backslash) in name
+#else
+  ptr=strrchr(filename,'/'); //return adress for LAST / in name
+#endif
+  if (ptr) {chr=*(++ptr); *ptr='\0'; strcpy(pathname,filename); *ptr=chr;} else *pathname='\0';
+  return pathname;
+}
+
+// Swaps two integer elements in array k
+inline void swapi(int k[], int i, int j)
+{
+  int temp;
+  temp=k[i]; k[i]=k[j]; k[j]=temp;
+}
+
+// QSort sorting routine. time complexity of O(N ln(N)) on average
+// Sorts the index array k between elements i='left' and i='right' in such a way that afterwards 
+// v[k[i]] is sorted downwards (up=-1) or upwards (up=+1)
+void QSortInt(int v[], int k[], int left, int right, int up=+1)
+{
+  int i;      
+  int last;   // last element to have been swapped
+  
+  if (left>=right) return;        // do nothing if less then 2 elements to sort
+  // Put pivot element in the middle of the sort range to the side (to position 'left') ...
+  swapi(k,left,(left+right)/2);  
+  last=left; 
+  // ... and swap all elements i SMALLER than the pivot 
+  // with an element that is LARGER than the pivot (element last+1):
+  if (up==1)
+    {
+      for (i=left+1; i<=right; i++)
+       if (v[k[i]]<v[k[left]]) swapi(k,++last,i);
+    }
+  else
+    for (i=left+1; i<=right; i++)
+      if (v[k[i]]>v[k[left]]) swapi(k,++last,i);
+
+  // Put the pivot to the right of the elements which are SMALLER, left to elements which are LARGER
+  swapi(k,left,last);
+
+  // Sort the elements left from the pivot and right from the pivot
+  QSortInt(v,k,left,last-1,up);
+  QSortInt(v,k,last+1,right,up);
+}
+
+// QSort sorting routine. time complexity of O(N ln(N)) on average
+// Sorts the index array k between elements i='left' and i='right' in such a way that afterwards 
+// v[k[i]] is sorted downwards (up=-1) or upwards (up=+1)
+void QSortFloat(float v[], int k[], int left, int right, int up=+1)
+{
+  int i;      
+  int last;   // last element to have been swapped
+  void swapi(int k[], int i, int j);
+  
+  if (left>=right) return;        // do nothing if less then 2 elements to sort
+  // Put pivot element in the middle of the sort range to the side (to position 'left') ...
+  swapi(k,left,(left+right)/2);  
+  last=left; 
+  // ... and swap all elements i SMALLER than the pivot 
+  // with an element that is LARGER than the pivot (element last+1):
+  if (up==1)
+    {
+    for (i=left+1; i<=right; i++)
+      if (v[k[i]]<v[k[left]]) swapi(k,++last,i);
+    }
+  else
+    for (i=left+1; i<=right; i++)
+      if (v[k[i]]>v[k[left]]) swapi(k,++last,i);
+
+  // Put the pivot to the right of the elements which are SMALLER, left to elements which are LARGER
+  swapi(k,left,last);
+
+  // Sort the elements left from the pivot and right from the pivot
+  QSortFloat(v,k,left,last-1,up);
+  QSortFloat(v,k,last+1,right,up);
+}
+
+/**
+ * @brief comparison function for qsort,
+ * sorts floating point numbers ascendingly
+ *
+ * @param cv1 ponter to 1st entry to be sorted
+ * @param cv2 ponter to 2nd entry to be sorted
+ *
+ * @return 0 if entries are equal,
+ *  +/-1 if 1st greater/smaller than 2nd
+ */
+int CompFltAsc(const void *cv1, const void *cv2){
+
+  float f1 = *(float *)cv1;
+  float f2 = *(float *)cv2;
+
+  if      (f1 > f2) { return +1; }
+  else if (f1 < f2) { return -1; }
+  else              { return  0; }
+
+} /* this is the end of CompFltAsc() */
+
+//Return random number in the range [0,1]
+inline float frand() { return rand()/(RAND_MAX+1.0); }
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//// Execute system command
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+void runSystem(std::string cmd, int v = 2)
+{
+  if (v>2)
+    cout << "Command: " << cmd << "!\n";
+  int res = system(cmd.c_str());
+  if (res!=0) 
+    {
+      cerr << endl << "ERROR when executing: " << cmd << "!\n";
+      exit(1);
+    }
+    
+}
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/kmpp/KMeans.cpp b/binaries/src/clustalo/src/kmpp/KMeans.cpp
new file mode 100644 (file)
index 0000000..ca1c4f4
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,214 @@
+// See KMeans.h\r
+//\r
+// Author: David Arthur (darthur@gmail.com), 2009\r
+\r
+// Includes\r
+\r
+#ifdef CLUSTALO\r
+/* previously in KMeans.h */\r
+#include "KmUtils.h"\r
+#include <iostream>\r
+#include <stdio.h>\r
+\r
+// Sets preferences for how much logging is done and where it is outputted, when k-means is run.\r
+void ClearKMeansLogging();\r
+void AddKMeansLogging(std::ostream *out, bool verbose);\r
+\r
+/*\r
+// Runs k-means++ on the given set of points. Set RunKMeans for info on the parameters.\r
+*/\r
+Scalar\r
+RunKMeansPlusPlus(int n, int k, int d, Scalar *points, int attempts,\r
+                         Scalar *centers, int *assignments);\r
+\r
+Scalar\r
+RunKMeans(int n, int k, int d, Scalar *points, int attempts,\r
+                 Scalar *centers, int *assignments);\r
+#else\r
+#include "KMeans.h"\r
+#endif\r
+#include "KmTree.h"\r
+#include <sstream>\r
+#include <time.h>\r
+#include <vector>\r
+\r
+#ifdef CLUSTALO\r
+extern "C" double\r
+KMeans(int n, int k, int d, Scalar *points, int attempts, int use_lloyds_method,\r
+       double *centers, int *assignments)\r
+{\r
+    if (use_lloyds_method) {\r
+        /*fprintf(stderr, "FIXME using LLoyd's method\n");*/\r
+        return RunKMeans(n, k, d, points, attempts,\r
+                          centers, assignments);\r
+    } else {\r
+        /*fprintf(stderr, "FIXME using KMeansPP method\n");*/\r
+        return RunKMeansPlusPlus(n, k, d, points, attempts,\r
+                                  centers, assignments);\r
+    }\r
+}\r
+#endif\r
+\r
+using namespace std;\r
+\r
+// Logging\r
+static vector<ostream*> gLogOutputs;\r
+static vector<ostream*> gVerboseLogOutputs;\r
+#define LOG(verbose, text) {                                               \\r
+  vector<ostream*> &outputs = (verbose? gVerboseLogOutputs : gLogOutputs); \\r
+  if (outputs.size() > 0) {                                                \\r
+    ostringstream string_stream;                                           \\r
+    string_stream << text;                                                 \\r
+    for (int i = 0; i < (int)outputs.size(); i++)                          \\r
+      *(outputs[i]) << string_stream.str();                                \\r
+  }                                                                        \\r
+}\r
+void AddKMeansLogging(std::ostream *out, bool verbose) {\r
+  if (verbose)\r
+    gVerboseLogOutputs.push_back(out);\r
+  gLogOutputs.push_back(out);\r
+}\r
+void ClearKMeansLogging() {\r
+  gLogOutputs.clear();\r
+  gVerboseLogOutputs.clear();\r
+}\r
+\r
+// Returns the number of seconds since the program began execution.\r
+static double GetSeconds() {\r
+  return double(clock()) / CLOCKS_PER_SEC;\r
+}\r
+\r
+// See KMeans.h\r
+// Performs one full execution of k-means, logging any relevant information, and tracking meta\r
+// statistics for the run. If min or max values are negative, they are treated as unset.\r
+// best_centers and best_assignment can be 0, in which case they are not set.\r
+static void RunKMeansOnce(const KmTree &tree, int n, int k, int d, Scalar *points, Scalar *centers,\r
+                          Scalar *min_cost, Scalar *max_cost, Scalar *total_cost,\r
+                          double start_time, double *min_time, double *max_time,\r
+                          double *total_time, Scalar *best_centers, int *best_assignment) {\r
+  const Scalar kEpsilon = Scalar(1e-8);  // Used to determine when to terminate k-means\r
+\r
+  // Do iterations of k-means until the cost stabilizes\r
+  Scalar old_cost = 0;\r
+  bool is_done = false;\r
+  for (int iteration = 0; !is_done; iteration++) {\r
+    Scalar new_cost = tree.DoKMeansStep(k, centers, 0);\r
+    is_done = (iteration > 0 && new_cost >= (1 - kEpsilon) * old_cost);\r
+    old_cost = new_cost;\r
+    LOG(true, "Completed iteration #" << (iteration+1) << ", cost=" << new_cost << "..." << endl);\r
+  }\r
+  double this_time = GetSeconds() - start_time;\r
+\r
+  // Log the clustering we found\r
+  LOG(false, "Completed run: cost=" << old_cost << " (" << this_time << " seconds)" << endl);\r
+\r
+  // Handle a new min cost, updating best_centers and best_assignment as appropriate\r
+  if (*min_cost < 0 || old_cost < *min_cost) {\r
+    *min_cost = old_cost;\r
+    if (best_assignment != 0)\r
+      tree.DoKMeansStep(k, centers, best_assignment);\r
+    if (best_centers != 0)\r
+      memcpy(best_centers, centers, sizeof(Scalar)*k*d);\r
+  }\r
+\r
+  // Update all other aggregate stats\r
+  if (*max_cost < old_cost) *max_cost = old_cost;\r
+  *total_cost += old_cost;\r
+  if (*min_time < 0 || *min_time > this_time)\r
+    *min_time = this_time;\r
+  if (*max_time < this_time) *max_time = this_time;\r
+  *total_time += this_time;\r
+}\r
+\r
+// Outputs all meta-stats for a set of k-means or k-means++ runs.\r
+void LogMetaStats(Scalar min_cost, Scalar max_cost, Scalar total_cost,\r
+                  double min_time, double max_time, double total_time, int num_attempts) {\r
+  LOG(false, "Aggregate info over " << num_attempts << " runs:" << endl);\r
+  LOG(false, "  Cost: min=" << min_cost << " average=" << (total_cost / num_attempts)\r
+          << " max=" << max_cost << endl);\r
+  LOG(false, "  Time: min=" << min_time << " average=" << (total_time / num_attempts)\r
+          << " max=" << max_time << endl << endl);\r
+}\r
+\r
+// See KMeans.h\r
+Scalar RunKMeans(int n, int k, int d, Scalar *points, int attempts,\r
+                 Scalar *ret_centers, int *ret_assignment) {\r
+  KM_ASSERT(k >= 1);\r
+  \r
+  // Create the tree and log\r
+  LOG(false, "Running k-means..." << endl);\r
+  KmTree tree(n, d, points);\r
+  LOG(false, "Done preprocessing..." << endl);\r
+\r
+  // Initialization\r
+  Scalar *centers = (Scalar*)malloc(sizeof(Scalar)*k*d);\r
+  int *unused_centers = (int*)malloc(sizeof(int)*n);\r
+  KM_ASSERT(centers != 0 && unused_centers != 0);\r
+  Scalar min_cost = -1, max_cost = -1, total_cost = 0;\r
+  double min_time = -1, max_time = -1, total_time = 0;\r
+  \r
+  // Handle k > n\r
+  if (k > n) {\r
+    memset(centers + n*d, -1, (k-d)*sizeof(Scalar));\r
+    k = n;\r
+  }\r
+\r
+  // Run all the attempts\r
+  for (int attempt = 0; attempt < attempts; attempt++) {\r
+    double start_time = GetSeconds();\r
+\r
+    // Choose centers uniformly at random\r
+    for (int i = 0; i < n; i++)\r
+      unused_centers[i] = i;\r
+    int num_unused_centers = n;\r
+    for (int i = 0; i < k; i++) {\r
+      int j = GetRandom(num_unused_centers--);\r
+      memcpy(centers + i*d, points + unused_centers[j]*d, d*sizeof(Scalar));\r
+      unused_centers[j] = unused_centers[num_unused_centers];\r
+    }\r
+    \r
+    // Run k-means\r
+    RunKMeansOnce(tree, n, k, d, points, centers, &min_cost, &max_cost, &total_cost, start_time,\r
+                  &min_time, &max_time, &total_time, ret_centers, ret_assignment);\r
+  }\r
+  LogMetaStats(min_cost, max_cost, total_cost, min_time, max_time, total_time, attempts);\r
+\r
+  // Clean up and return\r
+  free(unused_centers);\r
+  free(centers);\r
+  return min_cost;\r
+}\r
+\r
+// See KMeans.h\r
+Scalar RunKMeansPlusPlus(int n, int k, int d, Scalar *points, int attempts,\r
+                         Scalar *ret_centers, int *ret_assignment) {\r
+  KM_ASSERT(k >= 1);\r
+\r
+  // Create the tree and log\r
+  LOG(false, "Running k-means++..." << endl);\r
+  KmTree tree(n, d, points);\r
+  LOG(false, "Done preprocessing..." << endl);\r
+\r
+  // Initialization\r
+  Scalar *centers = (Scalar*)malloc(sizeof(Scalar)*k*d);\r
+  KM_ASSERT(centers != 0);\r
+  Scalar min_cost = -1, max_cost = -1, total_cost = 0;\r
+  double min_time = -1, max_time = -1, total_time = 0;\r
+\r
+  // Run all the attempts\r
+  for (int attempt = 0; attempt < attempts; attempt++) {\r
+    double start_time = GetSeconds();\r
+\r
+    // Choose centers using k-means++ seeding\r
+    tree.SeedKMeansPlusPlus(k, centers);\r
+    \r
+    // Run k-means\r
+    RunKMeansOnce(tree, n, k, d, points, centers, &min_cost, &max_cost, &total_cost, start_time,\r
+                  &min_time, &max_time, &total_time, ret_centers, ret_assignment);\r
+  }\r
+  LogMetaStats(min_cost, max_cost, total_cost, min_time, max_time, total_time, attempts);\r
+\r
+  // Clean up and return\r
+  free(centers);\r
+  return min_cost;\r
+}\r
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/kmpp/KMeans.h b/binaries/src/clustalo/src/kmpp/KMeans.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..7074fb3
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,56 @@
+#ifndef CLUSTALO\r
+// BEWARE: BETA VERSION\r
+// --------------------\r
+//\r
+// The main set of utilities for runnning k-means and k-means++ on arbitrary data sets.\r
+//\r
+// Author: David Arthur (darthur@gmail.com), 2009\r
+#endif\r
+\r
+#ifndef KMEANS_H__\r
+#define KMEANS_H__\r
+\r
+#ifndef CLUSTALO\r
+// Includes\r
+#include "KmUtils.h"\r
+#include <iostream>\r
+\r
+// Sets preferences for how much logging is done and where it is outputted, when k-means is run.\r
+void ClearKMeansLogging();\r
+void AddKMeansLogging(std::ostream *out, bool verbose);\r
+\r
+// Runs k-means on the given set of points.\r
+//   - n: The number of points in the data set\r
+//   - k: The number of clusters to look for\r
+//   - d: The number of dimensions that the data set lives in\r
+//   - points: An array of size n*d where points[d*i + j] gives coordinate j of point i\r
+//   - attempts: The number of times to independently run k-means with different starting centers.\r
+//               The best result is always returned (as measured by the cost function).\r
+//   - centers: This can either be null or an array of size k*d. In the latter case, it will be\r
+//              filled with the locations of all final cluster centers. Specifically\r
+//              centers[d*i + j] will give coordinate j of center i. If the cluster is unused, it\r
+//              will contain NaN instead.\r
+//   - assignments: This can either be null or an array of size n. In the latter case, it will be\r
+//                  filled with the cluster that each point is assigned to (an integer between 0\r
+//                  and k-1 inclusive).\r
+// The final cost of the clustering is also returned.\r
+// The final cost of the clustering is also returned.\r
+Scalar RunKMeans(int n, int k, int d, Scalar *points, int attempts,\r
+                 Scalar *centers, int *assignments);\r
+\r
+// Runs k-means++ on the given set of points. Set RunKMeans for info on the parameters.\r
+Scalar RunKMeansPlusPlus(int n, int k, int d, Scalar *points, int attempts,\r
+                         Scalar *centers, int *assignments);\r
+\r
+#else\r
+\r
+/* CLUSTALO PATCH:\r
+ * same as above, with one addition: if use_lloyds_method is false, kmpp will be used\r
+ * otherwise the 'classical' i.e. Looyd's method will be used\r
+ */\r
+extern double\r
+KMeans(int n, int k, int d, double *points, int attempts, int use_lloyds_method,\r
+                 double *centers, int *assignments);\r
+\r
+#endif\r
+#endif\r
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/kmpp/KmTree.cpp b/binaries/src/clustalo/src/kmpp/KmTree.cpp
new file mode 100644 (file)
index 0000000..de3e960
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,363 @@
+// See KmTree.cpp
+//
+// Author: David Arthur (darthur@gmail.com), 2009
+
+// Includes
+#include "KmTree.h"
+#include <iostream>
+#include <stdlib.h>
+#include <stdio.h>
+using namespace std;
+
+KmTree::KmTree(int n, int d, Scalar *points): n_(n), d_(d), points_(points) {
+  // Initialize memory
+  // DD: need to cast to long otherwise malloc will fail
+  // if we need more than 2 gigabytes or so
+  int node_size = sizeof(Node) + d_ * 3 * sizeof(Scalar);
+  node_data_ = (char*)malloc((2*(long unsigned int)n-1) * node_size);
+  point_indices_ = (int*)malloc(n * sizeof(int));
+  for (int i = 0; i < n; i++)
+    point_indices_[i] = i;
+  KM_ASSERT(node_data_ != 0 && point_indices_ != 0);
+
+  // Calculate the bounding box for the points
+  Scalar *bound_v1 = PointAllocate(d_);
+  Scalar *bound_v2 = PointAllocate(d_);
+  KM_ASSERT(bound_v1 != 0 && bound_v2 != 0);
+  PointCopy(bound_v1, points, d_);
+  PointCopy(bound_v2, points, d_);
+  for (int i = 1; i < n; i++)
+  for (int j = 0; j < d; j++) {
+    if (bound_v1[j] > points[i*d_ + j]) bound_v1[j] = points[i*d_ + j];
+    if (bound_v2[j] < points[i*d_ + j]) bound_v1[j] = points[i*d_ + j];
+  }
+
+  // Build the tree
+  char *temp_node_data = node_data_;
+  top_node_ = BuildNodes(points, 0, n-1, &temp_node_data);
+
+  // Cleanup
+  PointFree(bound_v1);
+  PointFree(bound_v2);
+}
+
+KmTree::~KmTree() {
+  free(point_indices_);
+  free(node_data_);
+}
+
+Scalar KmTree::DoKMeansStep(int k, Scalar *centers, int *assignment) const {
+  // Create an invalid center for comparison purposes
+  Scalar *bad_center = PointAllocate(d_);
+  KM_ASSERT(bad_center != 0);
+  memset(bad_center, 0xff, d_ * sizeof(Scalar));
+
+  // Allocate data
+  Scalar *sums = (Scalar*)calloc(k * d_, sizeof(Scalar));
+  int *counts = (int*)calloc(k, sizeof(int));
+  int num_candidates = 0;
+  int *candidates = (int*)malloc(k * sizeof(int));
+  KM_ASSERT(sums != 0 && counts != 0 && candidates != 0);
+  for (int i = 0; i < k; i++)
+  if (memcmp(centers + i*d_, bad_center, d_ * sizeof(Scalar)) != 0)
+    candidates[num_candidates++] = i;
+
+  // Find nodes
+  Scalar result = DoKMeansStepAtNode(top_node_, num_candidates, candidates, centers, sums,
+                                     counts, assignment);
+
+  // Set the new centers
+  for (int i = 0; i < k; i++) {
+    if (counts[i] > 0) {
+      PointScale(sums + i*d_, Scalar(1) / counts[i], d_);
+      PointCopy(centers + i*d_, sums + i*d_, d_);
+    } else {
+      memcpy(centers + i*d_, bad_center, d_ * sizeof(Scalar));
+    }
+  }
+
+  // Cleanup memory
+  PointFree(bad_center);
+  free(candidates);
+  free(counts);
+  free(sums);
+  return result;
+}
+
+// Helper functions for constructor
+// ================================
+
+// Build a kd tree from the given set of points
+KmTree::Node *KmTree::BuildNodes(Scalar *points, int first_index, int last_index,
+                                 char **next_node_data) {
+  // Allocate the node
+  Node *node = (Node*)(*next_node_data);
+  (*next_node_data) += sizeof(Node);
+  node->sum = (Scalar*)(*next_node_data);
+  (*next_node_data) += sizeof(Scalar) * d_;
+  node->median = (Scalar*)(*next_node_data);
+  (*next_node_data) += sizeof(Scalar) * d_;
+  node->radius = (Scalar*)(*next_node_data);
+  (*next_node_data) += sizeof(Scalar) * d_;
+
+  // Fill in basic info
+  node->num_points = (last_index - first_index + 1);
+  node->first_point_index = first_index;
+
+  // Calculate the bounding box
+  Scalar *first_point = points + point_indices_[first_index] * d_;
+  Scalar *bound_p1 = PointAllocate(d_);
+  Scalar *bound_p2 = PointAllocate(d_);
+  KM_ASSERT(bound_p1 != 0 && bound_p2 != 0);
+  PointCopy(bound_p1, first_point, d_);
+  PointCopy(bound_p2, first_point, d_);
+  for (int i = first_index+1; i <= last_index; i++)
+  for (int j = 0; j < d_; j++) {
+    Scalar c = points[point_indices_[i]*d_ + j];
+    if (bound_p1[j] > c) bound_p1[j] = c;
+    if (bound_p2[j] < c) bound_p2[j] = c;
+  }
+
+  // Calculate bounding box stats and delete the bounding box memory
+  Scalar max_radius = -1;
+  int split_d = -1;
+  for (int j = 0; j < d_; j++) {
+    node->median[j] = (bound_p1[j] + bound_p2[j]) / 2;
+    node->radius[j] = (bound_p2[j] - bound_p1[j]) / 2;
+    if (node->radius[j] > max_radius) {
+      max_radius = node->radius[j];
+      split_d = j;
+    }
+  }
+  PointFree(bound_p2);
+  PointFree(bound_p1);
+
+  // If the max spread is 0, make this a leaf node
+  if (max_radius == 0) {
+    node->lower_node = node->upper_node = 0;
+    PointCopy(node->sum, first_point, d_);
+    if (last_index != first_index)
+      PointScale(node->sum, Scalar(last_index - first_index + 1), d_);
+    node->opt_cost = 0;
+    return node;
+  }
+
+  // Partition the points around the midpoint in this dimension. The partitioning is done in-place
+  // by iterating from left-to-right and right-to-left in the same way that partioning is done for
+  // quicksort.
+  Scalar split_pos = node->median[split_d];
+  int i1 = first_index, i2 = last_index, size1 = 0;
+  while (i1 <= i2) {
+    bool is_i1_good = (points[point_indices_[i1]*d_ + split_d] < split_pos);
+    bool is_i2_good = (points[point_indices_[i2]*d_ + split_d] >= split_pos);
+    if (!is_i1_good && !is_i2_good) {
+      int temp = point_indices_[i1];
+      point_indices_[i1] = point_indices_[i2];
+      point_indices_[i2] = temp;
+      is_i1_good = is_i2_good = true;
+    }
+    if (is_i1_good) {
+      i1++;
+      size1++;
+    }
+    if (is_i2_good) {
+      i2--;
+    }
+  }
+
+  // Create the child nodes
+  KM_ASSERT(size1 >= 1 && size1 <= last_index - first_index);
+  node->lower_node = BuildNodes(points, first_index, first_index + size1 - 1, next_node_data);
+  node->upper_node = BuildNodes(points, first_index + size1, last_index, next_node_data);
+
+  // Calculate the new sum and opt cost
+  PointCopy(node->sum, node->lower_node->sum, d_);
+  PointAdd(node->sum, node->upper_node->sum, d_);
+  Scalar *center = PointAllocate(d_);
+  KM_ASSERT(center != 0);
+  PointCopy(center, node->sum, d_);
+  PointScale(center, Scalar(1) / node->num_points, d_);
+  node->opt_cost = GetNodeCost(node->lower_node, center) + GetNodeCost(node->upper_node, center);
+  PointFree(center);
+  return node;
+}
+
+// Returns the total contribution of all points in the given kd-tree node, assuming they are all
+// assigned to a center at the given location. We need to return:
+//
+//   sum_{x \in node} ||x - center||^2.
+//
+// If c denotes the center of mass of the points in this node and n denotes the number of points in
+// it, then this quantity is given by
+//
+//   n * ||c - center||^2 + sum_{x \in node} ||x - c||^2
+//
+// The sum is precomputed for each node as opt_cost. This formula follows from expanding both sides
+// as dot products. See Kanungo/Mount for more info.
+Scalar KmTree::GetNodeCost(const Node *node, Scalar *center) const {
+  Scalar dist_sq = 0;
+  for (int i = 0; i < d_; i++) {
+    Scalar x = (node->sum[i] / node->num_points) - center[i];
+    dist_sq += x*x;
+  }
+  return node->opt_cost + node->num_points * dist_sq;
+}
+
+// Helper functions for DoKMeans step
+// ==================================
+
+// A recursive version of DoKMeansStep. This determines which clusters all points that are rooted
+// node will be assigned to, and updates sums, counts and assignment (if not null) accordingly.
+// candidates maintains the set of cluster indices which could possibly be the closest clusters
+// for points in this subtree.
+Scalar KmTree::DoKMeansStepAtNode(const Node *node, int k, int *candidates, Scalar *centers,
+                                  Scalar *sums, int *counts, int *assignment) const {
+  // Determine which center the node center is closest to
+  Scalar min_dist_sq = PointDistSq(node->median, centers + candidates[0]*d_, d_);
+  int closest_i = candidates[0];
+  for (int i = 1; i < k; i++) {
+    Scalar dist_sq = PointDistSq(node->median, centers + candidates[i]*d_, d_);
+    if (dist_sq < min_dist_sq) {
+      min_dist_sq = dist_sq;
+      closest_i = candidates[i];
+    }
+  }
+
+  // If this is a non-leaf node, recurse if necessary
+  if (node->lower_node != 0) {
+    // Build the new list of candidates
+    int new_k = 0;
+    int *new_candidates = (int*)malloc(k * sizeof(int));
+    KM_ASSERT(new_candidates != 0);
+    for (int i = 0; i < k; i++)
+    if (!ShouldBePruned(node->median, node->radius, centers, closest_i, candidates[i]))
+      new_candidates[new_k++] = candidates[i];
+
+    // Recurse if there's at least two
+    if (new_k > 1) {
+      Scalar result = DoKMeansStepAtNode(node->lower_node, new_k, new_candidates, centers,
+                                         sums, counts, assignment) +
+                      DoKMeansStepAtNode(node->upper_node, new_k, new_candidates, centers,
+                                         sums, counts, assignment);
+      free(new_candidates);
+      return result;
+    } else {
+      free(new_candidates);
+    }
+  }
+
+  // Assigns all points within this node to a single center
+  PointAdd(sums + closest_i*d_, node->sum, d_);
+  counts[closest_i] += node->num_points;
+  if (assignment != 0) {
+    for (int i = node->first_point_index; i < node->first_point_index + node->num_points; i++)
+      assignment[point_indices_[i]] = closest_i;
+  }
+  return GetNodeCost(node, centers + closest_i*d_);
+}
+
+// Determines whether every point in the box is closer to centers[best_index] than to
+// centers[test_index].
+//
+// If x is a point, c_0 = centers[best_index], c = centers[test_index], then:
+//       (x-c).(x-c) < (x-c_0).(x-c_0)
+//   <=> (c-c_0).(c-c_0) < 2(x-c_0).(c-c_0)
+//
+// The right-hand side is maximized for a vertex of the box where for each dimension, we choose
+// the low or high value based on the sign of x-c_0 in that dimension.
+bool KmTree::ShouldBePruned(Scalar *box_median, Scalar *box_radius, Scalar *centers,
+                            int best_index, int test_index) const {
+  if (best_index == test_index)
+    return false;
+  
+  Scalar *best = centers + best_index*d_;
+  Scalar *test = centers + test_index*d_;
+  Scalar lhs = 0, rhs = 0;
+  for (int i = 0; i < d_; i++) {
+    Scalar component = test[i] - best[i];
+    lhs += component * component;
+    if (component > 0)
+      rhs += (box_median[i] + box_radius[i] - best[i]) * component;
+    else
+      rhs += (box_median[i] - box_radius[i] - best[i]) * component;
+  }
+  return (lhs >= 2*rhs);
+}
+
+Scalar KmTree::SeedKMeansPlusPlus(int k, Scalar *centers) const {
+  Scalar *dist_sq = (Scalar*)malloc(n_ * sizeof(Scalar));
+  KM_ASSERT(dist_sq != 0);
+
+  // Choose an initial center uniformly at random
+  SeedKmppSetClusterIndex(top_node_, 0);
+  int i = GetRandom(n_);
+  memcpy(centers, points_ + point_indices_[i]*d_, d_*sizeof(Scalar));
+  Scalar total_cost = 0;
+  for (int j = 0; j < n_; j++) {
+    dist_sq[j] = PointDistSq(points_ + point_indices_[j]*d_, centers, d_);
+    total_cost += dist_sq[j];
+  }
+
+  // Repeatedly choose more centers
+  for (int new_cluster = 1; new_cluster < k; new_cluster++) {
+    while (1) {
+      Scalar cutoff = (rand() / Scalar(RAND_MAX)) * total_cost;
+      Scalar cur_cost = 0;
+      for (i = 0; i < n_; i++) {
+        cur_cost += dist_sq[i];
+        if (cur_cost >= cutoff)
+          break;
+      }
+      if (i < n_)
+        break;
+    }
+    memcpy(centers + new_cluster*d_, points_ + point_indices_[i]*d_, d_*sizeof(Scalar));
+    total_cost = SeedKmppUpdateAssignment(top_node_, new_cluster, centers, dist_sq);
+  }
+
+  // Clean up and return
+  free(dist_sq);
+  return total_cost;
+}
+
+// Helper functions for SeedKMeansPlusPlus
+// =======================================
+
+// Sets kmpp_cluster_index to 0 for all nodes
+void KmTree::SeedKmppSetClusterIndex(const Node *node, int value) const {
+  node->kmpp_cluster_index = value;
+  if (node->lower_node != 0) {
+    SeedKmppSetClusterIndex(node->lower_node, value);
+    SeedKmppSetClusterIndex(node->upper_node, value);
+  }
+}
+
+Scalar KmTree::SeedKmppUpdateAssignment(const Node *node, int new_cluster, Scalar *centers,
+                                        Scalar *dist_sq) const {
+  // See if we can assign all points in this node to one cluster
+  if (node->kmpp_cluster_index >= 0) {
+    if (ShouldBePruned(node->median, node->radius, centers, node->kmpp_cluster_index, new_cluster))
+      return GetNodeCost(node, centers + node->kmpp_cluster_index*d_);
+    if (ShouldBePruned(node->median, node->radius, centers, new_cluster,
+                       node->kmpp_cluster_index)) {
+      SeedKmppSetClusterIndex(node, new_cluster);
+      for (int i = node->first_point_index; i < node->first_point_index + node->num_points; i++)
+        dist_sq[i] = PointDistSq(points_ + point_indices_[i]*d_, centers + new_cluster*d_, d_);
+      return GetNodeCost(node, centers + new_cluster*d_);
+    }
+    
+    // It may be that the a leaf-node point is equidistant from the new center or old
+    if (node->lower_node == 0)
+      return GetNodeCost(node, centers + node->kmpp_cluster_index*d_);
+  }
+
+  // Recurse
+  Scalar cost = SeedKmppUpdateAssignment(node->lower_node, new_cluster, centers, dist_sq) +
+                SeedKmppUpdateAssignment(node->upper_node, new_cluster, centers, dist_sq);
+  int i1 = node->lower_node->kmpp_cluster_index, i2 = node->upper_node->kmpp_cluster_index;
+  if (i1 == i2 && i1 != -1)
+    node->kmpp_cluster_index = i1;
+  else
+    node->kmpp_cluster_index = -1;
+  return cost;
+}
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/kmpp/KmTree.h b/binaries/src/clustalo/src/kmpp/KmTree.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..48cf53e
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,77 @@
+// BEWARE: BETA VERSION\r
+// --------------------\r
+//\r
+// A k-d tree that vastly speeds up an iteration of k-means (in any number of dimensions). The main\r
+// idea for this data structure is from Kanungo/Mount. This is used internally by Kmeans.cpp, and\r
+// will most likely not need to be used directly.\r
+//\r
+// The stucture works as follows:\r
+//   - All data points are placed into a tree where we choose child nodes by partitioning all data\r
+//     points along a plane parallel to the axis.\r
+//   - We maintain for each node, the bounding box of all data points stored at that node.\r
+//   - To do a k-means iteration, we need to assign points to clusters and calculate the sum and\r
+//     the number of points assigned to each cluster. For each node in the tree, we can rule out\r
+//     some cluster centers as being too far away from every single point in that bounding box.\r
+//     Once only one cluster is left, all points in the node can be assigned to that cluster in\r
+//     batch.\r
+//\r
+// Author: David Arthur (darthur@gmail.com), 2009\r
+\r
+#ifndef KM_TREE_H__\r
+#define KM_TREE_H__\r
+\r
+// Includes\r
+#include "KmUtils.h"\r
+\r
+// KmTree class definition\r
+class KmTree {\r
+ public:\r
+  // Constructs a tree out of the given n data points living in R^d.\r
+  KmTree(int n, int d, Scalar *points);\r
+  ~KmTree();\r
+\r
+  // Given k cluster centers, this runs a full k-means iterations, choosing the next set of\r
+  // centers and returning the cost function for this set of centers. If assignment is not null,\r
+  // it should be an array of size n that will be filled with the index of the cluster (0 - k-1)\r
+  // that each data point is assigned to. The new center values will overwrite the old ones.\r
+  Scalar DoKMeansStep(int k, Scalar *centers, int *assignment) const;\r
+\r
+  // Choose k initial centers for k-means using the kmeans++ seeding procedure. The resulting\r
+  // centers are returned via the centers variable, which should be pre-allocated to size k*d.\r
+  // The cost of the initial clustering is returned.\r
+  Scalar SeedKMeansPlusPlus(int k, Scalar *centers) const;\r
+\r
+ private:\r
+  struct Node {\r
+    int num_points;                 // Number of points stored in this node\r
+    int first_point_index;          // The smallest point index stored in this node\r
+    Scalar *median, *radius;        // Bounding box center and half side-lengths\r
+    Scalar *sum;                    // Sum of the points stored in this node\r
+    Scalar opt_cost;                // Min cost for putting all points in this node in 1 cluster\r
+    Node *lower_node, *upper_node;  // Child nodes\r
+    mutable int kmpp_cluster_index; // The cluster these points are assigned to or -1 if variable\r
+  };\r
+\r
+  // Helper functions for constructor\r
+  Node *BuildNodes(Scalar *points, int first_index, int last_index, char **next_node_data);\r
+  Scalar GetNodeCost(const Node *node, Scalar *center) const;\r
+\r
+  // Helper functions for DoKMeans step\r
+  Scalar DoKMeansStepAtNode(const Node *node, int k, int *candidates, Scalar *centers,\r
+                            Scalar *sums, int *counts, int *assignment) const;\r
+  bool ShouldBePruned(Scalar *box_median, Scalar *box_radius, Scalar *centers, int best_index,\r
+                      int test_index) const;\r
+\r
+  // Helper functions for SeedKMeansPlusPlus\r
+  void SeedKmppSetClusterIndex(const Node *node, int index) const;\r
+  Scalar SeedKmppUpdateAssignment(const Node *node, int new_cluster, Scalar *centers,\r
+                                  Scalar *dist_sq) const;\r
+\r
+  int n_, d_;\r
+  Scalar *points_;\r
+  Node *top_node_;\r
+  char *node_data_;\r
+  int *point_indices_;\r
+};\r
+\r
+#endif\r
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/kmpp/KmUtils.cpp b/binaries/src/clustalo/src/kmpp/KmUtils.cpp
new file mode 100644 (file)
index 0000000..a439f53
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,13 @@
+// See KmUtils.h\r
+//\r
+// Author: David Arthur (darthur@gmail.com), 2009\r
+\r
+#include "KmUtils.h"\r
+#include <iostream>\r
+using namespace std;\r
+\r
+int __KMeansAssertionFailure(const char *file, int line, const char *expression) {\r
+  cout << "ASSERTION FAILURE, " << file << " line " << line << ":" << endl;\r
+  cout << "  " << expression << endl;\r
+  exit(-1);\r
+}\r
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/kmpp/KmUtils.h b/binaries/src/clustalo/src/kmpp/KmUtils.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..9e5b554
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,85 @@
+// BEWARE: BETA VERSION\r
+// --------------------\r
+//\r
+// Utilities for arbitrary dimensional points in space. All points are treated as simple value\r
+// arrays. This is done for two reasons:\r
+//   - Using value arrays instead of a point class makes all point operations very explicit, which\r
+//     makes their usage easier to optimize.\r
+//   - A value array is about as universal a format as possible, which makes it easier for\r
+//     people to use the k-means code in any project.\r
+// Also contains assertion code that can be disabled if desired.\r
+//\r
+// Author: David Arthur (darthur@gmail.com), 2009\r
+\r
+#ifndef KM_UTILS_H__\r
+#define KM_UTILS_H__\r
+\r
+// Includes\r
+#ifndef CLUSTALO\r
+#include <malloc.h>\r
+#endif\r
+#include <memory.h>\r
+#include <stdlib.h>\r
+\r
+// The data-type used for a single coordinate for points\r
+typedef double Scalar;\r
+\r
+// Point utilities\r
+// ===============\r
+\r
+// Point creation and deletion\r
+inline Scalar *PointAllocate(int d) {\r
+  return (Scalar*)malloc(d * sizeof(Scalar));\r
+}\r
+\r
+inline void PointFree(Scalar *p) {\r
+  free(p);\r
+}\r
+\r
+inline void PointCopy(Scalar *p1, const Scalar *p2, int d) {\r
+  memcpy(p1, p2, d * sizeof(Scalar));\r
+}\r
+\r
+// Point vector tools\r
+inline void PointAdd(Scalar *p1, const Scalar *p2, int d) {\r
+  for (int i = 0; i < d; i++)\r
+    p1[i] += p2[i];\r
+}\r
+\r
+inline void PointScale(Scalar *p, Scalar scale, int d) {\r
+  for (int i = 0; i < d; i++)\r
+    p[i] *= scale;\r
+}\r
+\r
+inline Scalar PointDistSq(const Scalar *p1, const Scalar *p2, int d) {\r
+  Scalar result = 0;\r
+  for (int i = 0; i < d; i++)\r
+    result += (p1[i] - p2[i]) * (p1[i] - p2[i]);\r
+  return result;\r
+}\r
+\r
+// Assertions\r
+// ==========\r
+\r
+// Comment out ENABLE_KMEANS_ASSERTS to turn off ASSERTS for added speed.\r
+#define ENABLE_KMEANS_ASSERTS\r
+#ifdef ENABLE_KMEANS_ASSERTS\r
+int __KMeansAssertionFailure(const char *file, int line, const char *expression);\r
+#define KM_ASSERT(expression) \\r
+  (void)((expression) != 0? 0 : __KMeansAssertionFailure(__FILE__, __LINE__, #expression))\r
+#else\r
+#define KM_ASSERT(expression)\r
+#endif\r
+\r
+// Miscellaneous utilities\r
+// =======================\r
+\r
+// Returns a random integer chosen uniformly from the range [0, n-1]. Note that RAND_MAX could be\r
+// less than n. On Visual Studio, it is only 32767. For larger values of RAND_MAX, we need to be\r
+// careful of overflow.\r
+inline int GetRandom(int n) {\r
+  int u = rand() * RAND_MAX + rand();\r
+  return ((u % n) + n) % n;\r
+}\r
+\r
+#endif\r
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/kmpp/Makefile.am b/binaries/src/clustalo/src/kmpp/Makefile.am
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b26248b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,18 @@
+# Replaces squids own automake files
+#
+# Some useful automake documentation:
+# http://www.openismus.com/documents/linux/automake/automake.shtml
+# http://www.bioinf.uni-freiburg.de/~mmann/HowTo/automake.html
+
+#SUBDIRS =
+#EXTRA_DIST = 
+#LDADD =
+
+# need DCLUSTALO here to enable Clustal specific squid patches
+AM_CXXFLAGS = -DCLUSTALO @AM_CXXFLAGS@ 
+
+noinst_LTLIBRARIES = libkmpp.la
+
+libkmpp_la_SOURCES =  KMeans.cpp KMeans.h \
+       KmTree.cpp KmTree.h \
+       KmUtils.cpp KmUtils.h
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/kmpp/Makefile.in b/binaries/src/clustalo/src/kmpp/Makefile.in
new file mode 100644 (file)
index 0000000..ba44f78
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,475 @@
+# Makefile.in generated by automake 1.10.2 from Makefile.am.
+# @configure_input@
+
+# Copyright (C) 1994, 1995, 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2002,
+# 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008  Free Software Foundation, Inc.
+# This Makefile.in is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# This program is distributed in the hope that it will be useful,
+# but WITHOUT ANY WARRANTY, to the extent permitted by law; without
+# even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A
+# PARTICULAR PURPOSE.
+
+@SET_MAKE@
+
+# Replaces squids own automake files
+#
+# Some useful automake documentation:
+# http://www.openismus.com/documents/linux/automake/automake.shtml
+# http://www.bioinf.uni-freiburg.de/~mmann/HowTo/automake.html
+
+#SUBDIRS =
+#EXTRA_DIST = 
+#LDADD =
+
+VPATH = @srcdir@
+pkgdatadir = $(datadir)/@PACKAGE@
+pkglibdir = $(libdir)/@PACKAGE@
+pkgincludedir = $(includedir)/@PACKAGE@
+am__cd = CDPATH="$${ZSH_VERSION+.}$(PATH_SEPARATOR)" && cd
+install_sh_DATA = $(install_sh) -c -m 644
+install_sh_PROGRAM = $(install_sh) -c
+install_sh_SCRIPT = $(install_sh) -c
+INSTALL_HEADER = $(INSTALL_DATA)
+transform = $(program_transform_name)
+NORMAL_INSTALL = :
+PRE_INSTALL = :
+POST_INSTALL = :
+NORMAL_UNINSTALL = :
+PRE_UNINSTALL = :
+POST_UNINSTALL = :
+build_triplet = @build@
+host_triplet = @host@
+subdir = src/kmpp
+DIST_COMMON = $(srcdir)/Makefile.am $(srcdir)/Makefile.in
+ACLOCAL_M4 = $(top_srcdir)/aclocal.m4
+am__aclocal_m4_deps = $(top_srcdir)/m4/ax_prefix_config_h.m4 \
+       $(top_srcdir)/m4/libtool.m4 $(top_srcdir)/m4/ltoptions.m4 \
+       $(top_srcdir)/m4/ltsugar.m4 $(top_srcdir)/m4/ltversion.m4 \
+       $(top_srcdir)/m4/lt~obsolete.m4 $(top_srcdir)/m4/ax_openmp.m4 \
+       $(top_srcdir)/configure.ac
+am__configure_deps = $(am__aclocal_m4_deps) $(CONFIGURE_DEPENDENCIES) \
+       $(ACLOCAL_M4)
+mkinstalldirs = $(install_sh) -d
+CONFIG_HEADER = $(top_builddir)/src/config.h
+CONFIG_CLEAN_FILES =
+LTLIBRARIES = $(noinst_LTLIBRARIES)
+libkmpp_la_LIBADD =
+am_libkmpp_la_OBJECTS = KMeans.lo KmTree.lo KmUtils.lo
+libkmpp_la_OBJECTS = $(am_libkmpp_la_OBJECTS)
+DEFAULT_INCLUDES = -I.@am__isrc@ -I$(top_builddir)/src
+depcomp = $(SHELL) $(top_srcdir)/depcomp
+am__depfiles_maybe = depfiles
+CXXCOMPILE = $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) \
+       $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS)
+LTCXXCOMPILE = $(LIBTOOL) --tag=CXX $(AM_LIBTOOLFLAGS) $(LIBTOOLFLAGS) \
+       --mode=compile $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) \
+       $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS)
+CXXLD = $(CXX)
+CXXLINK = $(LIBTOOL) --tag=CXX $(AM_LIBTOOLFLAGS) $(LIBTOOLFLAGS) \
+       --mode=link $(CXXLD) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) $(AM_LDFLAGS) \
+       $(LDFLAGS) -o $@
+COMPILE = $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) \
+       $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS)
+LTCOMPILE = $(LIBTOOL) --tag=CC $(AM_LIBTOOLFLAGS) $(LIBTOOLFLAGS) \
+       --mode=compile $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) \
+       $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS)
+CCLD = $(CC)
+LINK = $(LIBTOOL) --tag=CC $(AM_LIBTOOLFLAGS) $(LIBTOOLFLAGS) \
+       --mode=link $(CCLD) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) $(AM_LDFLAGS) \
+       $(LDFLAGS) -o $@
+SOURCES = $(libkmpp_la_SOURCES)
+DIST_SOURCES = $(libkmpp_la_SOURCES)
+ETAGS = etags
+CTAGS = ctags
+DISTFILES = $(DIST_COMMON) $(DIST_SOURCES) $(TEXINFOS) $(EXTRA_DIST)
+ACLOCAL = @ACLOCAL@
+AMTAR = @AMTAR@
+AM_CFLAGS = @AM_CFLAGS@
+
+# need DCLUSTALO here to enable Clustal specific squid patches
+AM_CXXFLAGS = -DCLUSTALO @AM_CXXFLAGS@ 
+AM_LDFLAGS = @AM_LDFLAGS@
+AR = @AR@
+AUTOCONF = @AUTOCONF@
+AUTOHEADER = @AUTOHEADER@
+AUTOMAKE = @AUTOMAKE@
+AWK = @AWK@
+CC = @CC@
+CCDEPMODE = @CCDEPMODE@
+CFLAGS = @CFLAGS@
+CPP = @CPP@
+CPPFLAGS = @CPPFLAGS@
+CXX = @CXX@
+CXXCPP = @CXXCPP@
+CXXDEPMODE = @CXXDEPMODE@
+CXXFLAGS = @CXXFLAGS@
+CYGPATH_W = @CYGPATH_W@
+DEFS = @DEFS@
+DEPDIR = @DEPDIR@
+DSYMUTIL = @DSYMUTIL@
+DUMPBIN = @DUMPBIN@
+ECHO_C = @ECHO_C@
+ECHO_N = @ECHO_N@
+ECHO_T = @ECHO_T@
+EGREP = @EGREP@
+EXEEXT = @EXEEXT@
+FGREP = @FGREP@
+GREP = @GREP@
+INSTALL = @INSTALL@
+INSTALL_DATA = @INSTALL_DATA@
+INSTALL_PROGRAM = @INSTALL_PROGRAM@
+INSTALL_SCRIPT = @INSTALL_SCRIPT@
+INSTALL_STRIP_PROGRAM = @INSTALL_STRIP_PROGRAM@
+LD = @LD@
+LDFLAGS = @LDFLAGS@
+LIBOBJS = @LIBOBJS@
+LIBS = @LIBS@
+LIBTOOL = @LIBTOOL@
+LIPO = @LIPO@
+LN_S = @LN_S@
+LTLIBOBJS = @LTLIBOBJS@
+MAKEINFO = @MAKEINFO@
+MKDIR_P = @MKDIR_P@
+NM = @NM@
+NMEDIT = @NMEDIT@
+OBJDUMP = @OBJDUMP@
+OBJEXT = @OBJEXT@
+OPENMP_CFLAGS = @OPENMP_CFLAGS@
+OPENMP_CXXFLAGS = @OPENMP_CXXFLAGS@
+OTOOL = @OTOOL@
+OTOOL64 = @OTOOL64@
+PACKAGE = @PACKAGE@
+PACKAGE_BUGREPORT = @PACKAGE_BUGREPORT@
+PACKAGE_CODENAME = @PACKAGE_CODENAME@
+PACKAGE_NAME = @PACKAGE_NAME@
+PACKAGE_STRING = @PACKAGE_STRING@
+PACKAGE_TARNAME = @PACKAGE_TARNAME@
+PACKAGE_VERSION = @PACKAGE_VERSION@
+PATH_SEPARATOR = @PATH_SEPARATOR@
+RANLIB = @RANLIB@
+SED = @SED@
+SET_MAKE = @SET_MAKE@
+SHELL = @SHELL@
+STRIP = @STRIP@
+VERSION = @VERSION@
+abs_builddir = @abs_builddir@
+abs_srcdir = @abs_srcdir@
+abs_top_builddir = @abs_top_builddir@
+abs_top_srcdir = @abs_top_srcdir@
+ac_ct_CC = @ac_ct_CC@
+ac_ct_CXX = @ac_ct_CXX@
+ac_ct_DUMPBIN = @ac_ct_DUMPBIN@
+am__include = @am__include@
+am__leading_dot = @am__leading_dot@
+am__quote = @am__quote@
+am__tar = @am__tar@
+am__untar = @am__untar@
+bindir = @bindir@
+build = @build@
+build_alias = @build_alias@
+build_cpu = @build_cpu@
+build_os = @build_os@
+build_vendor = @build_vendor@
+builddir = @builddir@
+datadir = @datadir@
+datarootdir = @datarootdir@
+docdir = @docdir@
+dvidir = @dvidir@
+exec_prefix = @exec_prefix@
+host = @host@
+host_alias = @host_alias@
+host_cpu = @host_cpu@
+host_os = @host_os@
+host_vendor = @host_vendor@
+htmldir = @htmldir@
+includedir = @includedir@
+infodir = @infodir@
+install_sh = @install_sh@
+libdir = @libdir@
+libexecdir = @libexecdir@
+localedir = @localedir@
+localstatedir = @localstatedir@
+lt_ECHO = @lt_ECHO@
+mandir = @mandir@
+mkdir_p = @mkdir_p@
+oldincludedir = @oldincludedir@
+pdfdir = @pdfdir@
+prefix = @prefix@
+program_transform_name = @program_transform_name@
+psdir = @psdir@
+sbindir = @sbindir@
+sharedstatedir = @sharedstatedir@
+srcdir = @srcdir@
+sysconfdir = @sysconfdir@
+target_alias = @target_alias@
+top_build_prefix = @top_build_prefix@
+top_builddir = @top_builddir@
+top_srcdir = @top_srcdir@
+noinst_LTLIBRARIES = libkmpp.la
+libkmpp_la_SOURCES = KMeans.cpp KMeans.h \
+       KmTree.cpp KmTree.h \
+       KmUtils.cpp KmUtils.h
+
+all: all-am
+
+.SUFFIXES:
+.SUFFIXES: .cpp .lo .o .obj
+$(srcdir)/Makefile.in:  $(srcdir)/Makefile.am  $(am__configure_deps)
+       @for dep in $?; do \
+         case '$(am__configure_deps)' in \
+           *$$dep*) \
+             ( cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh ) \
+               && { if test -f $@; then exit 0; else break; fi; }; \
+             exit 1;; \
+         esac; \
+       done; \
+       echo ' cd $(top_srcdir) && $(AUTOMAKE) --gnu  src/kmpp/Makefile'; \
+       cd $(top_srcdir) && \
+         $(AUTOMAKE) --gnu  src/kmpp/Makefile
+.PRECIOUS: Makefile
+Makefile: $(srcdir)/Makefile.in $(top_builddir)/config.status
+       @case '$?' in \
+         *config.status*) \
+           cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh;; \
+         *) \
+           echo ' cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $(subdir)/$@ $(am__depfiles_maybe)'; \
+           cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $(subdir)/$@ $(am__depfiles_maybe);; \
+       esac;
+
+$(top_builddir)/config.status: $(top_srcdir)/configure $(CONFIG_STATUS_DEPENDENCIES)
+       cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
+
+$(top_srcdir)/configure:  $(am__configure_deps)
+       cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
+$(ACLOCAL_M4):  $(am__aclocal_m4_deps)
+       cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
+
+clean-noinstLTLIBRARIES:
+       -test -z "$(noinst_LTLIBRARIES)" || rm -f $(noinst_LTLIBRARIES)
+       @list='$(noinst_LTLIBRARIES)'; for p in $$list; do \
+         dir="`echo $$p | sed -e 's|/[^/]*$$||'`"; \
+         test "$$dir" != "$$p" || dir=.; \
+         echo "rm -f \"$${dir}/so_locations\""; \
+         rm -f "$${dir}/so_locations"; \
+       done
+libkmpp.la: $(libkmpp_la_OBJECTS) $(libkmpp_la_DEPENDENCIES) 
+       $(CXXLINK)  $(libkmpp_la_OBJECTS) $(libkmpp_la_LIBADD) $(LIBS)
+
+mostlyclean-compile:
+       -rm -f *.$(OBJEXT)
+
+distclean-compile:
+       -rm -f *.tab.c
+
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/KMeans.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/KmTree.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/KmUtils.Plo@am__quote@
+
+.cpp.o:
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXXCOMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ $<
+@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='$<' object='$@' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
+@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXXCOMPILE) -c -o $@ $<
+
+.cpp.obj:
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXXCOMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ `$(CYGPATH_W) '$<'`
+@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='$<' object='$@' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
+@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXXCOMPILE) -c -o $@ `$(CYGPATH_W) '$<'`
+
+.cpp.lo:
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(LTCXXCOMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ $<
+@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Plo
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='$<' object='$@' libtool=yes @AMDEPBACKSLASH@
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
+@am__fastdepCXX_FALSE@ $(LTCXXCOMPILE) -c -o $@ $<
+
+mostlyclean-libtool:
+       -rm -f *.lo
+
+clean-libtool:
+       -rm -rf .libs _libs
+
+ID: $(HEADERS) $(SOURCES) $(LISP) $(TAGS_FILES)
+       list='$(SOURCES) $(HEADERS) $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
+       unique=`for i in $$list; do \
+           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
+         done | \
+         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
+             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
+       mkid -fID $$unique
+tags: TAGS
+
+TAGS:  $(HEADERS) $(SOURCES)  $(TAGS_DEPENDENCIES) \
+               $(TAGS_FILES) $(LISP)
+       tags=; \
+       here=`pwd`; \
+       list='$(SOURCES) $(HEADERS)  $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
+       unique=`for i in $$list; do \
+           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
+         done | \
+         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
+             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
+       if test -z "$(ETAGS_ARGS)$$tags$$unique"; then :; else \
+         test -n "$$unique" || unique=$$empty_fix; \
+         $(ETAGS) $(ETAGSFLAGS) $(AM_ETAGSFLAGS) $(ETAGS_ARGS) \
+           $$tags $$unique; \
+       fi
+ctags: CTAGS
+CTAGS:  $(HEADERS) $(SOURCES)  $(TAGS_DEPENDENCIES) \
+               $(TAGS_FILES) $(LISP)
+       tags=; \
+       list='$(SOURCES) $(HEADERS)  $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
+       unique=`for i in $$list; do \
+           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
+         done | \
+         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
+             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
+       test -z "$(CTAGS_ARGS)$$tags$$unique" \
+         || $(CTAGS) $(CTAGSFLAGS) $(AM_CTAGSFLAGS) $(CTAGS_ARGS) \
+            $$tags $$unique
+
+GTAGS:
+       here=`$(am__cd) $(top_builddir) && pwd` \
+         && cd $(top_srcdir) \
+         && gtags -i $(GTAGS_ARGS) $$here
+
+distclean-tags:
+       -rm -f TAGS ID GTAGS GRTAGS GSYMS GPATH tags
+
+distdir: $(DISTFILES)
+       @srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
+       topsrcdirstrip=`echo "$(top_srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
+       list='$(DISTFILES)'; \
+         dist_files=`for file in $$list; do echo $$file; done | \
+         sed -e "s|^$$srcdirstrip/||;t" \
+             -e "s|^$$topsrcdirstrip/|$(top_builddir)/|;t"`; \
+       case $$dist_files in \
+         */*) $(MKDIR_P) `echo "$$dist_files" | \
+                          sed '/\//!d;s|^|$(distdir)/|;s,/[^/]*$$,,' | \
+                          sort -u` ;; \
+       esac; \
+       for file in $$dist_files; do \
+         if test -f $$file || test -d $$file; then d=.; else d=$(srcdir); fi; \
+         if test -d $$d/$$file; then \
+           dir=`echo "/$$file" | sed -e 's,/[^/]*$$,,'`; \
+           if test -d $(srcdir)/$$file && test $$d != $(srcdir); then \
+             cp -pR $(srcdir)/$$file $(distdir)$$dir || exit 1; \
+           fi; \
+           cp -pR $$d/$$file $(distdir)$$dir || exit 1; \
+         else \
+           test -f $(distdir)/$$file \
+           || cp -p $$d/$$file $(distdir)/$$file \
+           || exit 1; \
+         fi; \
+       done
+check-am: all-am
+check: check-am
+all-am: Makefile $(LTLIBRARIES)
+installdirs:
+install: install-am
+install-exec: install-exec-am
+install-data: install-data-am
+uninstall: uninstall-am
+
+install-am: all-am
+       @$(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) install-exec-am install-data-am
+
+installcheck: installcheck-am
+install-strip:
+       $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) INSTALL_PROGRAM="$(INSTALL_STRIP_PROGRAM)" \
+         install_sh_PROGRAM="$(INSTALL_STRIP_PROGRAM)" INSTALL_STRIP_FLAG=-s \
+         `test -z '$(STRIP)' || \
+           echo "INSTALL_PROGRAM_ENV=STRIPPROG='$(STRIP)'"` install
+mostlyclean-generic:
+
+clean-generic:
+
+distclean-generic:
+       -test -z "$(CONFIG_CLEAN_FILES)" || rm -f $(CONFIG_CLEAN_FILES)
+
+maintainer-clean-generic:
+       @echo "This command is intended for maintainers to use"
+       @echo "it deletes files that may require special tools to rebuild."
+clean: clean-am
+
+clean-am: clean-generic clean-libtool clean-noinstLTLIBRARIES \
+       mostlyclean-am
+
+distclean: distclean-am
+       -rm -rf ./$(DEPDIR)
+       -rm -f Makefile
+distclean-am: clean-am distclean-compile distclean-generic \
+       distclean-tags
+
+dvi: dvi-am
+
+dvi-am:
+
+html: html-am
+
+info: info-am
+
+info-am:
+
+install-data-am:
+
+install-dvi: install-dvi-am
+
+install-exec-am:
+
+install-html: install-html-am
+
+install-info: install-info-am
+
+install-man:
+
+install-pdf: install-pdf-am
+
+install-ps: install-ps-am
+
+installcheck-am:
+
+maintainer-clean: maintainer-clean-am
+       -rm -rf ./$(DEPDIR)
+       -rm -f Makefile
+maintainer-clean-am: distclean-am maintainer-clean-generic
+
+mostlyclean: mostlyclean-am
+
+mostlyclean-am: mostlyclean-compile mostlyclean-generic \
+       mostlyclean-libtool
+
+pdf: pdf-am
+
+pdf-am:
+
+ps: ps-am
+
+ps-am:
+
+uninstall-am:
+
+.MAKE: install-am install-strip
+
+.PHONY: CTAGS GTAGS all all-am check check-am clean clean-generic \
+       clean-libtool clean-noinstLTLIBRARIES ctags distclean \
+       distclean-compile distclean-generic distclean-libtool \
+       distclean-tags distdir dvi dvi-am html html-am info info-am \
+       install install-am install-data install-data-am install-dvi \
+       install-dvi-am install-exec install-exec-am install-html \
+       install-html-am install-info install-info-am install-man \
+       install-pdf install-pdf-am install-ps install-ps-am \
+       install-strip installcheck installcheck-am installdirs \
+       maintainer-clean maintainer-clean-generic mostlyclean \
+       mostlyclean-compile mostlyclean-generic mostlyclean-libtool \
+       pdf pdf-am ps ps-am tags uninstall uninstall-am
+
+# Tell versions [3.59,3.63) of GNU make to not export all variables.
+# Otherwise a system limit (for SysV at least) may be exceeded.
+.NOEXPORT:
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/main.cpp b/binaries/src/clustalo/src/main.cpp
new file mode 100644 (file)
index 0000000..05fedee
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,477 @@
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omage - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: main.cpp 234 2011-04-13 05:26:16Z andreas $
+ */
+
+/*
+ * We are using a mix of C and C++, which means that linking has to be
+ * done with a C++ compiler. By using this "fake" main c++ function,
+ * automake is convinced to use a C++ compiler for linking.
+ *
+ */
+
+#ifdef HAVE_CONFIG_H
+    #include "config.h"
+#endif
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+
+extern "C" {
+#include "mymain.h"
+#include "clustal/util.h"
+#include "squid/squid.h"
+}
+
+
+/**
+ * @brief Convert an old Clustal command line parameter in the form of
+ * [-/]param[=value] to new parameter if possible
+ *
+ * @param[out] iNewArgC_p
+ * "argc" which will be incremented for each successfully converted option
+ * @param[out] ppcNewArgV_p
+ * "argv" to which each successfully converted options will be added
+ * (caller has to free)
+ * @param[in] pcOldArg
+ * The old parameter and value command line option
+ *
+ */
+void
+ConvertOldCmdLineArg(int *iNewArgC_p, char ***ppcNewArgV_p, char *pcOldArg)
+{
+    char *pcOldParam, *pcOldValue, *pcOldArgCopy;
+    char zcNotImplementedMsg[] = "WARNING: Invalid old command line option";
+    
+    pcOldArgCopy = CkStrdup(pcOldArg); 
+    pcOldParam = strtok(pcOldArgCopy, "=");
+    pcOldValue = strtok(NULL, "=");
+
+
+    /* go through all options in order of appearance in clustalw2 -help
+     *
+     */
+     
+        /* data
+         *
+         */
+    if (STR_NC_EQ("INFILE", &pcOldParam[1])) {
+        (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup("-i");
+        if (NULL != pcOldValue)
+            (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup(pcOldValue);
+
+    } else if (STR_NC_EQ("PROFILE1", &pcOldParam[1])) {
+        (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup("--profile1");
+        if (NULL != pcOldValue)
+            (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup(pcOldValue);
+
+    } else if (STR_NC_EQ("PROFILE2", &pcOldParam[1])) {
+        (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup("--profile2");
+        if (NULL != pcOldValue)
+            (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup(pcOldValue);
+
+        /* verbs
+         *
+         */
+
+        /* missing:
+         * OPTIONS
+         */
+        
+    } else if (STR_NC_EQ("HELP", &pcOldParam[1])
+               || STR_NC_EQ("CHECK", &pcOldParam[1])) {
+        (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup("-h");
+        
+    } else if (STR_NC_EQ("FULLHELP", &pcOldParam[1])) {
+        (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup("-h");
+        
+    } else if (STR_NC_EQ("ALIGN", &pcOldParam[1])) {
+        char msg[] = "WARNING: The ALIGN option is default in Clustal Omega";
+        fprintf(stderr, "%s\n", msg);
+
+        /* missing:
+         * TREE
+         * PIM
+         * BOOTSTRAP
+         * CONVERT
+         */
+        
+        /* parameters
+         *
+         */
+    } else if (STR_NC_EQ("INTERACTIVE", &pcOldParam[1])) {
+        char msg[] = "WARNING: There is no interactive command-line menu in Clustal Omega";
+        fprintf(stderr, "%s\n", msg);
+        /* trigger help */
+        (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup("-h");
+        
+    } else if (STR_NC_EQ("QUICKTREE", &pcOldParam[1])) {
+        char msg[] = "WARNING: The QUICKTREE (i.e. k-tuple distance) option is default in Clustal Omega";
+        fprintf(stderr, "%s\n", msg);
+        
+    } else if (STR_NC_EQ("TYPE", &pcOldParam[1])) {
+        (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup("-t");
+        if (NULL != pcOldValue)
+            (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup(pcOldValue);
+
+        /* NEGATIVE */
+        
+    } else if (STR_NC_EQ("OUTFILE", &pcOldParam[1])) {
+        (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup("-o");
+        if (NULL != pcOldValue)
+            (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup(pcOldValue);
+
+        
+    } else if (STR_NC_EQ("OUTPUT", &pcOldParam[1])) {
+        (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup("--outfmt");
+        if (NULL != pcOldValue)
+            (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup(pcOldValue);
+
+        /* missing:
+         * OUTORDER
+         * CASE
+         * SEQNOS
+         * SEQNO_RANGE
+         * RANGE
+         */
+                   
+    } else if (STR_NC_EQ("MAXSEQLEN", &pcOldParam[1])) {
+        (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup("--maxseqlen");
+        if (NULL != pcOldValue)
+            (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup(pcOldValue);
+        
+    } else if (STR_NC_EQ("QUIET", &pcOldParam[1])) {
+        char msg[] = "WARNING: The QUIET option is default in Clustal Omega";
+        fprintf(stderr, "%s\n", msg);
+
+        /* missing:
+         * STATS
+         */
+        
+        /* fast pariwise alignment
+         *
+         */
+
+        /* missing:
+         * KTUPLE
+         * TOPDIAGS
+         * WINDOW
+         * PAIRGAP
+         * SCORE
+         */
+        
+        /* slow pairwise alignments 
+         *
+         */
+
+        /* missing:
+         * PWMATRIX
+         * PWDNAMATRIX
+         * PWGAPOPEN
+         * PWGAPEXT
+         */
+        
+        /* multiple alignments
+         *
+         */
+    } else if (STR_NC_EQ("NEWTREE", &pcOldParam[1])) {
+        (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup("--guidetree-out");
+        if (NULL != pcOldValue)
+            (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup(pcOldValue);
+        
+    } else if (STR_NC_EQ("USETREE", &pcOldParam[1])) {
+        (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup("--guidetree-in");
+        if (NULL != pcOldValue)
+            (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup(pcOldValue);
+
+        /* missing:
+         * MATRIX
+         * DNAMATRIX
+         * GAPOPEN
+         * GAPEXT
+         * ENDGAPS
+         * GAPDIST
+         * NOGAP
+         * NOHGAP
+         * HGAPRESIDUES
+         * MAXDIV
+         * TYPE already handled above
+         * TRANSWEIGHT
+         * ITERATION
+         * NUMITER
+         * NOWEIGHTS
+         */
+
+        /* profile alignments
+         *
+         */
+
+        /* missing:
+         * PROFILE
+         * NEWTREE1
+         * NEWTREE2
+         * USETREE1
+         * USETREE2
+         */
+        
+        /* sequence to profile alignments 
+         *
+         */
+    } else if (STR_NC_EQ("SEQUENCES", &pcOldParam[1])) {
+        fprintf(stderr, "WARNING: %s: %s\n", zcNotImplementedMsg, pcOldArg);
+
+        /* SEQUENCES and NEWTREE already handled above */
+        
+        /* structure alignments
+         *
+         */
+
+        /* missing:
+         * NOSECSTR1
+         * NOSECSTR2
+         * SECSTROUT
+         * HELIXGAP
+         * STRANDGAP
+         * LOOPGAP
+         * TERMINALGAP
+         * HELIXENDIN
+         * HELIXENDOUT
+         * STRANDENDIN
+         * STRANDENDOUT
+         */
+        
+        /* trees
+         *
+         */
+
+        /* missing:
+         * OUTPUTTREE
+         * SEED
+         * KIMURA
+         * TOSSGAPS
+         * BOOTLABELS
+         */
+#if 0        
+    } else if (STR_NC_EQ("CLUSTERING", &pcOldParam[1])) {
+        (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup("-c");
+        if (NULL != pcOldValue)
+            (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup(pcOldValue);
+#endif
+        
+    } else {
+        fprintf(stderr,
+                "WARNING: Unsupported old command line option '%s' will be ignored\n",
+                pcOldArg);
+    }
+    
+       /* FIXME: if not outfile was given, than the old default was to create a
+        * filename based on the input filename but with its extension replaced by
+        * aln. If the input already had the extension aln then the input was
+        * overwritten. What to do here? Strictly mimic the old behaviour?
+        */
+       
+    free(pcOldArgCopy);
+}
+/* end ConvertOldCmdLineArg */
+
+
+
+/**
+ * @brief Convert old command line usage to new one. Mix of old and
+ * new style will be tolerated
+ *
+ * @param[out] iNewArgC_p
+ * The updated "argc"
+ * @param[out] ppcNewArgV_p
+ * The updated "argv". Caller has to free.
+ * @param[in] argc
+ * Original "argc"
+ * @param[in] argv
+ * Original argv
+ * 
+ * @note old style parameters look like this:
+ *  [/-]param[=value]
+ * new style parameters:
+ *  -p [value]
+ *  --param [value]
+ *
+ */
+void
+ConvertOldCmdline(int *iNewArgC_p, char ***ppcNewArgV_p, int argc, char **argv)
+{
+    bool bOldCmdlineDetected = false;
+    int i; /* aux */
+
+    /* we can have at most 2*argc converted arguments, plus the few
+     * that we set by default (.e.g --force)
+     */
+    (*ppcNewArgV_p) = (char **) CKCALLOC(argc*2+10, sizeof(char*));
+    
+    /* copy first arg which is program name */
+    (*ppcNewArgV_p)[0] = CkStrdup(argv[0]);
+    *iNewArgC_p = 1;
+        
+    for (i=1; i<argc; i++) {
+        bool bNewStyle = false;
+        
+        if (strlen(argv[i])<=2) {
+            /* e.g. -i (param) or just numbers (value) */
+            bNewStyle = true;
+            
+        } else if (strlen(argv[i])>2) {
+            if (argv[i][0] == '-' && argv[i][1] == '-') {
+                /* new style long opts */
+                bNewStyle = true;
+                
+            } else if (argv[i][0]=='/' && (NULL!=strchr(&argv[i][1], '/'))) {
+                /* Slash used to be a valid replacement for dash in
+                 * Clustal<=2, but could also be file in new style. If
+                 * we find at least two slashes, one at the beginning,
+                 * it should be a filename and therefore new style */
+                bNewStyle = true;
+                
+            } else if (argv[i][0] != '/' && argv[i][0] != '-') {
+                /* old style opts always start with slash or dash */
+                bNewStyle = true;
+                
+            }
+        }
+
+        /* copy and continue if new style arg or attempt to convert
+         * old style arg
+         */
+        if (bNewStyle) {
+            (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup(argv[i]);
+        } else {
+            ConvertOldCmdLineArg(iNewArgC_p, ppcNewArgV_p, argv[i]);
+            /*LOG_DEBUG("old command line arg: %s", argv[i]);*/
+            bOldCmdlineDetected = true;
+        }
+    }
+    
+    if (bOldCmdlineDetected) {
+        bool bOutfileOptSet = FALSE;
+        bool bOutFormatOptSet = FALSE;
+        
+        
+        /* old clustal used to write to a file called in.aln by
+         *  default. set if not
+         * explicitely requested otherwisee
+         */
+        for (i=0; i<*iNewArgC_p; i++) {
+            const char *pcOpt = "-o";
+            if (strlen(pcOpt) <= strlen((*ppcNewArgV_p)[i])) {
+                if (0 == strncmp((*ppcNewArgV_p)[i], pcOpt, strlen(pcOpt))) {
+                    bOutfileOptSet = TRUE;
+                    break;
+                }
+            }
+        }
+        if (FALSE == bOutfileOptSet) {
+#ifdef TOO_LAZY_TO_IMPLEMENT_JUST_USING_DEFAULT_NAME_INSTEAD
+            char *pcDotPos = NULL;
+            char *pcInfileOpt = NULL;
+
+            /* get infile arg and find last dot in it. if found replace
+             * everything after with "aln", otherwise just add "aln"
+             */
+            for (i=0; i<*iNewArgC_p; i++) {
+                const char *pcOpt = "-i";
+                if (strlen(pcOpt) <= strlen((*ppcNewArgV_p)[i])) {
+                    if (0 == strncmp((*ppcNewArgV_p)[i], pcOpt, strlen(pcOpt))) {
+                        if (*iNewArgC_p<= i+1) {
+                            fprintf(stderr,
+                                    "Oups...error while trying to convert old commandline (%s).\n",
+                                    "No more arguments left after -i");
+                            exit(1);
+                        }
+                        pcInfileOpt = (*ppcNewArgV_p)[i+1];
+                        break;
+                    }
+                }
+            }
+            if (NULL == pcInfileOpt) {
+                fprintf(stderr,
+                        "Oups...error while trying to convert old commandline (%s)\n",
+                        "No infile opt found");
+                exit(1);
+            }
+
+            fprintf(stderr, "FIXME: unfinished\n");
+            exit(1);
+#endif
+            (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup("-o");
+            (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup("clustal.aln");
+        }
+
+        
+        /* old clustal used the clustal format by default. set if not
+         * explicitely requested otherwisee
+         */
+        for (i=0; i<*iNewArgC_p; i++) {
+            const char *pcOpt = "--outfmt";
+            if (strlen(pcOpt) <= strlen((*ppcNewArgV_p)[i])) {
+                if (0 == strncmp((*ppcNewArgV_p)[i], pcOpt, strlen(pcOpt))) {
+                    bOutFormatOptSet = TRUE;
+                    break;
+                }
+            }
+        }
+        if (FALSE == bOutFormatOptSet) {
+            (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup("--outfmt=clustal");
+        }
+
+        
+        /* old clustal was verbose by default
+         */
+        (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup("-v");
+        
+        /* old clustal used to overwrite files by default
+         */
+        (*ppcNewArgV_p)[(*iNewArgC_p)++] = CkStrdup("--force");
+        
+        fprintf(stderr,
+                "WARNING: Your old-style command-line options were converted to: ");
+        for (i=0; i<*iNewArgC_p; i++) {
+            fprintf(stderr, " %s", (*ppcNewArgV_p)[i]);
+        }
+        fprintf(stderr, "\n");
+    }
+
+}
+/* end ConvertOldCmdline */
+
+
+
+int
+main(int argc, char **argv)
+{
+    int new_argc = 0;
+    char **new_argv = NULL;
+    int i; /* aux */
+    
+    ConvertOldCmdline(&new_argc, &new_argv, argc, argv);
+    
+    MyMain(new_argc, new_argv);
+    
+    for (i=0; i<new_argc; i++) {
+        free(new_argv[i]);
+    }
+    free(new_argv);
+    
+    return 0;
+}
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/mymain.c b/binaries/src/clustalo/src/mymain.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f6d1b17
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1019 @@
+/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4;  indent-tabs-mode: nil -*- */
+
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: mymain.c 255 2011-06-22 15:59:07Z fabian $
+ */
+
+#ifdef HAVE_CONFIG_H
+#include "config.h"
+#endif
+
+#include <stdio.h>
+#include <string.h>
+#include <assert.h>
+#include <unistd.h>
+#include <argtable2.h>
+#include <ctype.h>
+#include <limits.h>
+#include <libgen.h> /* for basename only */
+
+/* clustal */
+#include "clustal-omega.h"
+
+#include "mymain.h"
+
+/* hhalign (parameters) */
+#include "hhalign/general.h"
+
+typedef struct {
+
+    /* Sequence input
+     */
+    /** sequence type (from cmdline arg) */
+    int iSeqType;
+    /** sequence input file. not directly used by Align() */
+    char *pcSeqInfile;
+    /** Dealign sequences on input. Otherwise we use the alignment
+     * info for background-HMM creation */
+    bool bDealignInputSeqs;
+
+    /* profiles: : pre-aligned sequences, whose alignment will not be changed 
+     */
+    /** profile 1: pre-aligned sequence input. not directly used by Align() */
+    char *pcProfile1Infile ;
+    /** profile 2: pre-aligned sequence input. not directly used by Align() */
+    char *pcProfile2Infile;        
+    
+    /** Input limitations
+     */
+    /** maximum allowed number of input sequences */
+    int iMaxNumSeq;
+    /** maximum allowed input sequence length */
+    int iMaxSeqLen;
+
+    /* Alignment output
+     */
+    /** alignment output file */
+    char *pcAlnOutfile;
+    /** alignment output format */
+    int iAlnOutFormat;
+    /** force overwriting of files */
+    bool bForceFileOverwrite;
+
+    /* multithreading
+     */
+    /** number of threads */
+    int iThreads;
+
+    /* logging 
+     */
+    char *pcLogFile;
+
+    opts_t aln_opts;
+
+    /* changes here will have to be reflected in SetDefaultUserOpts(),
+     * FreeUserOpts(), PrintUserOpts() and UserOptsLogicCheck() etc
+     */
+} cmdline_opts_t;
+
+
+
+/* log-file used for non-essential logging in prLog */
+FILE *prLogFile = NULL;
+
+
+
+/**
+ * @brief Sets default user/commandline options
+ *
+ * @param[out] opts
+ * The option structure to initialise
+ *
+ */
+void
+SetDefaultUserOpts(cmdline_opts_t *opts)
+{
+
+    assert(NULL != opts);
+
+    opts->iSeqType = SEQTYPE_UNKNOWN;
+    opts->pcSeqInfile = NULL;
+    opts->bDealignInputSeqs = FALSE;        
+    opts->pcProfile1Infile = NULL;
+    opts->pcProfile2Infile = NULL;
+       
+    opts->iMaxNumSeq = INT_MAX;
+    opts->iMaxSeqLen = INT_MAX;
+    
+    opts->pcAlnOutfile = NULL;
+    opts->iAlnOutFormat =  MSAFILE_A2M;
+    opts->bForceFileOverwrite = FALSE;
+
+#ifdef HAVE_OPENMP
+    /* defaults to # of CPUs */
+    opts->iThreads = omp_get_max_threads();
+#else
+    opts->iThreads = 1;
+#endif
+    
+    opts->pcLogFile = NULL;
+
+    SetDefaultAlnOpts(& opts->aln_opts);
+}
+/* end of SetDefaultAlnOpts() */
+
+
+
+
+/**
+ * @brief FIXME add doc
+ *
+ */
+void
+PrintUserOpts(FILE *prFile, cmdline_opts_t *opts) {
+    
+    /* keep in same order as in struct. FIXME could this be derived from argtable?
+     */
+    /* we only allow protein anyway: fprintf(prFile, "seq-type = %s\n", SeqTypeToStr(opts->iSeqType)); */
+    fprintf(prFile, "option: seq-in = %s\n", 
+            NULL != opts->pcSeqInfile? opts->pcSeqInfile: "(null)");
+    fprintf(prFile, "option: dealign = %d\n", opts->bDealignInputSeqs);
+    fprintf(prFile, "option: profile1 = %s\n", 
+            NULL != opts->pcProfile1Infile? opts->pcProfile1Infile: "(null)");
+    fprintf(prFile, "option: profile2 = %s\n",
+            NULL != opts->pcProfile2Infile? opts->pcProfile2Infile: "(null)");
+    fprintf(prFile, "option: max-num-seq = %d\n", opts->iMaxNumSeq);
+    fprintf(prFile, "option: max-seq-len = %d\n", opts->iMaxSeqLen);
+    fprintf(prFile, "option: aln-out-file = %s\n", 
+            NULL != opts->pcAlnOutfile? opts->pcAlnOutfile: "(null)");
+    fprintf(prFile, "option: aln-out-format = %s\n", SeqfileFormat2String(opts->iAlnOutFormat));
+    fprintf(prFile, "option: force-file-overwrite = %d\n", opts->bForceFileOverwrite);
+    fprintf(prFile, "option: threads = %d\n", opts->iThreads);
+    fprintf(prFile, "option: logFile = %s\n", opts->pcLogFile);
+}
+/* end of PrintUserOpts */
+
+
+
+/**
+ * @brief Frees user opt members allocated during parsing
+ *
+ * @param[out] user_opts
+ * user options whose members are to free
+ *
+ * @see ParseCommandLine()
+ *
+ */    
+void
+FreeUserOpts(cmdline_opts_t *user_opts)
+{
+
+    if (NULL != user_opts->pcSeqInfile) {
+        CKFREE(user_opts->pcSeqInfile);
+    }
+    if (NULL != user_opts->pcProfile1Infile) {
+        CKFREE(user_opts->pcProfile1Infile);
+    }
+    if (NULL != user_opts->pcProfile2Infile) {
+        CKFREE(user_opts->pcProfile2Infile);
+    }
+    if (NULL != user_opts->pcAlnOutfile) {
+        CKFREE(user_opts->pcAlnOutfile);
+    }
+    if (NULL != user_opts->pcLogFile) {
+        CKFREE(user_opts->pcLogFile);
+    }
+
+    FreeAlnOpts(& user_opts->aln_opts);
+
+    return; 
+}
+/* end of FreeUserOpts() */
+
+
+
+
+/**
+ * @brief Do quick&dirty logic check of used options and call Log(&rLog, LOG_FATAL, ) in case
+ * of any inconsistencies
+ *
+ * @param[in] opts
+ * option structure to check
+ *
+ */
+void
+UserOptsLogicCheck(cmdline_opts_t *opts)
+{
+    /* sequence input
+     *
+     */
+    if (NULL == opts->pcSeqInfile) {
+        if (NULL == opts->pcProfile1Infile && NULL == opts->pcProfile2Infile) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "No sequence input was provided. For more information try: --help");
+        }
+    } else {
+        if (NULL != opts->pcProfile1Infile && NULL != opts->pcProfile2Infile) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Can't align two profile alignments AND a 'normal' sequence file");
+        }
+    }
+    /* if a profile was given it should always be no 1, not 2 */
+    if (NULL == opts->pcProfile1Infile && NULL != opts->pcProfile2Infile) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Got a second profile, but no first one.");
+    }
+
+    /* alignment output
+     */
+    if (rLog.iLogLevelEnabled < LOG_WARN && NULL==opts->pcAlnOutfile && NULL==opts->pcLogFile) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "%s %s",
+              "You requested alignment output to stdout and verbose logging.",
+              " Alignment and log messages would get mixed up.");
+    }
+    /* distance matrix output impossible in mbed mode, only have clusters, FS, r254 ->  */
+    if ( (NULL != opts->aln_opts.pcDistmatOutfile) && (TRUE == opts->aln_opts.bUseMbed) ) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "Distance Matrix output not possible in mBed mode.");
+    }
+}
+/* end of UserOptsLogicCheck */
+
+
+
+/**
+ * @brief Parse command line parameters. Will exit if help/usage etc
+ * are called or or call Log(&rLog, LOG_FATAL, ) if an error was detected.
+ *
+ * @param[out] user_opts
+ * User parameter struct, with defaults already set.
+ * @param[in] argc
+ * mains argc
+ * @param[in] argv
+ * mains argv
+ * 
+ */    
+void
+ParseCommandLine(cmdline_opts_t *user_opts, int argc, char **argv)
+{
+
+     /* argtable command line parsing:
+     * see
+     * http://argtable.sourceforge.net/doc/argtable2-intro.html
+     *
+     * basic structure is: arg_xxxN:
+     * xxx can be int, lit, db1, str, rex, file or date
+     * If N = 0, arguments may appear zero-or-once; N = 1 means
+     * exactly once, N = n means up to maxcount times
+     *
+     *
+     * @note: changes here, might also affect main.cpp:ConvertOldCmdLine()
+     *
+     */  
+   
+    struct arg_rem  *rem_seq_input  = arg_rem(NULL, "\nSequence Input:");
+    struct arg_file *opt_seqin = arg_file0("i", "in,infile",
+                                            "{<file>,-}",
+                                            "Multiple sequence input file (- for stdin)");
+    struct arg_file *opt_hmm_in = arg_filen(NULL, "hmm-in", "<file>",
+                                            /*min*/ 0, /*max*/ 128,
+                                            "HMM input files");
+    struct arg_lit *opt_dealign = arg_lit0(NULL, "dealign",
+                                           "Dealign input sequences");
+    struct arg_str *opt_seqtype = arg_str0("t", "seqtype",
+                                           "{Protein,RNA,DNA}",
+                                           "Force a sequence type (default: auto)");
+    struct arg_file *opt_profile1 = arg_file0(NULL, "profile1,p1",
+                                              "<file>",
+                                              "Pre-aligned multiple sequence file (aligned columns will be kept fix)");
+    struct arg_file *opt_profile2 = arg_file0(NULL, "profile2,p2",
+                                              "<file>",
+                                              "Pre-aligned multiple sequence file (aligned columns will be kept fix)");
+
+    
+    struct arg_rem  *rem_guidetree  = arg_rem(NULL, "\nClustering:");
+    struct arg_str *opt_pairdist = arg_str0("p", "pairdist",
+                                             "{ktuple}",
+                                             "Pairwise alignment distance measure");
+    struct arg_file *opt_distmat_in = arg_file0(NULL, "distmat-in",
+                                                "<file>",
+                                                "Pairwise distance matrix input file (skips distance computation)");
+    struct arg_file *opt_distmat_out = arg_file0(NULL, "distmat-out",
+                                                 "<file>",
+                                                 "Pairwise distance matrix output file");
+    struct arg_file *opt_guidetree_in = arg_file0(NULL, "guidetree-in",
+                                                  "<file>",
+                                                  "Guide tree input file (skips distance computation and guide-tree clustering step)");
+    struct arg_file *opt_guidetree_out = arg_file0(NULL, "guidetree-out",
+                                                   "<file>",
+                                                   "Guide tree output file");
+    /* AW: mbed is default since at least R253
+       struct arg_lit *opt_mbed = arg_lit0(NULL, "mbed",
+       "Fast, Mbed-like clustering for guide-tree calculation");
+       struct arg_lit *opt_mbed_iter = arg_lit0(NULL, "mbed-iter",
+       "Use Mbed-like clustering also during iteration");
+    */
+    /* Note: might be better to use arg_str (mbed=YES/NO) but I don't want to introduce an '=' into pipeline, FS, r250 -> */
+    struct arg_lit *opt_full = arg_lit0(NULL, "full",
+                                        "Use full distance matrix for guide-tree calculation (might be slow; mBed is default)");
+    struct arg_lit *opt_full_iter = arg_lit0(NULL, "full-iter",
+                                        "Use full distance matrix for guide-tree calculation during iteration (might be slowish; mBed is default)");
+
+    struct arg_str *opt_clustering = arg_str0("c", "clustering",
+                                              "{UPGMA}",
+                                              "Clustering method for guide tree");
+
+    
+    struct arg_rem *rem_aln_output  = arg_rem(NULL, "\nAlignment Output:");
+    struct arg_file *opt_outfile = arg_file0("o", "out,outfile",
+                                             "{file,-}",
+                                             "Multiple sequence alignment output file (default: stdout)");
+    struct arg_str *opt_outfmt = arg_str0(NULL, "outfmt",
+                                            "{a2m=fa[sta],clu[stal],msf,phy[lip],selex,st[ockholm],vie[nna]}",
+                                            "MSA output file format (default: fasta)");
+
+    
+    struct arg_rem *rem_iteration  = arg_rem(NULL, "\nIteration:");
+    struct arg_str *opt_num_iterations = arg_str0(NULL, "iterations,iter",
+                                                  /* FIXME "{<n>,auto}", "Number of combined guide-tree/HMM iterations"); */
+                                                  "<n>", "Number of (combined guide-tree/HMM) iterations");
+    struct arg_int *opt_max_guidetree_iterations = arg_int0(NULL, "max-guidetree-iterations",
+                                                            "<n>", "Maximum number guidetree iterations");
+    struct arg_int *opt_max_hmm_iterations = arg_int0(NULL, "max-hmm-iterations",
+                                                      "<n>", "Maximum number of HMM iterations");
+
+   
+    struct arg_rem *rem_limits  = arg_rem(NULL, "\nLimits (will exit early, if exceeded):");
+    struct arg_int *opt_max_seq = arg_int0(NULL, "maxnumseq", "<n>",
+                                           "Maximum allowed number of sequences");
+    struct arg_int *opt_max_seqlen = arg_int0(NULL, "maxseqlen", "<l>", 
+                                              "Maximum allowed sequence length");
+
+
+    struct arg_rem *rem_misc  = arg_rem(NULL, "\nMiscellaneous:");
+
+    struct arg_lit *opt_autooptions = arg_lit0(NULL, "auto",
+                                         "Set options automatically (might overwrite some of your options)");
+    struct arg_int *opt_threads = arg_int0(NULL, "threads", "<n>", 
+                                              "Number of processors to use");
+    struct arg_file *opt_logfile = arg_file0("l", "log",
+                                             "<file>",
+                                             "Log all non-essential output to this file");
+    struct arg_lit *opt_help = arg_lit0("h", "help",
+                                         "Print this help and exit");
+    struct arg_lit *opt_version = arg_lit0(NULL, "version",
+                                           "Print version information and exit");
+    struct arg_lit *opt_long_version = arg_lit0(NULL, "long-version",
+                                           "Print long version information and exit");
+    struct arg_lit *opt_verbose = arg_litn("v", "verbose",
+                                           0, 3,
+                                           "Verbose output (increases if given multiple times)");
+    struct arg_lit *opt_force = arg_lit0(NULL, "force",
+                                         "Force file overwriting");
+    struct arg_int *opt_macram = arg_int0(NULL, "MAC-RAM", "<n>", /* keep this quiet for the moment, FS r240 -> */
+                                          NULL/*"maximum amount of RAM to use for MAC algorithm (in MB)"*/);
+
+
+    struct arg_end *opt_end = arg_end(10); /* maximum number of errors
+                                            * to store */
+
+    void *argtable[] = {rem_seq_input,
+                        opt_seqin,
+                        opt_hmm_in,
+                        opt_dealign,
+#if 0
+                        /* unused since we only support protein for now */
+                        opt_seqtype,
+#endif
+                        opt_profile1,
+                        opt_profile2,
+
+                        rem_guidetree,
+#if 0
+                        /* no other options then default available or not implemented */
+                        opt_pairdist,
+#endif
+                        opt_distmat_in,
+                        opt_distmat_out,
+                        opt_guidetree_in,
+                        opt_guidetree_out,
+                        opt_full, /* FS, r250 -> */
+                        opt_full_iter, /* FS, r250 -> */
+#if 0
+                        /* no other options then default available */
+                        opt_clustering,
+#endif
+                        rem_aln_output,
+                        opt_outfile,
+                        opt_outfmt,
+
+                        rem_iteration,
+                        opt_num_iterations,
+                        opt_max_guidetree_iterations,
+                        opt_max_hmm_iterations,
+
+                        rem_limits,
+                        opt_max_seq,
+                        opt_max_seqlen,
+
+                        rem_misc,
+                        opt_autooptions,
+                        opt_threads,
+                        opt_logfile,
+                        opt_help,
+                        opt_verbose,
+                        opt_version,
+                        opt_long_version,
+                        opt_force,
+                        opt_macram, /* FS, r240 -> r241 */
+
+                        opt_end};
+    int nerrors;
+
+
+    /* Verify the argtable[] entries were allocated sucessfully
+     */
+    if (arg_nullcheck(argtable)) {
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "insufficient memory (for argtable allocation)");
+    }
+
+    /* Parse the command line as defined by argtable[]
+     */
+    nerrors = arg_parse(argc, argv, argtable);
+
+    /* Special case: '--help' takes precedence over error reporting
+     */
+    if (opt_help->count > 0) {
+        printf("%s - %s (%s)\n", PACKAGE_NAME, PACKAGE_VERSION, PACKAGE_CODENAME);
+
+        printf("\n");
+        printf("Check http://www.clustal.org for more information and updates.\n");
+
+        /*printf("\n");
+          printf("FIXME more info e.g. how it works, pointers to references etc...\n");
+          FIXME which paper to cite etc
+        */
+
+            
+        printf("\n");
+        printf("Usage: %s", basename(argv[0]));
+        arg_print_syntax(stdout,argtable, "\n");
+
+        printf("\n");
+        printf("A typical invocation would be: %s -i my-in-seqs.fa -o my-out-seqs.fa -v\n",
+               basename(argv[0]));
+        printf("See below for a list of all options.\n");
+
+        arg_print_glossary(stdout, argtable, "  %-25s %s\n");
+        arg_freetable(argtable, sizeof(argtable)/sizeof(argtable[0]));
+        exit(EXIT_SUCCESS);
+    }
+
+    /* Special case: '--version' takes precedence over error reporting
+     */
+    if (opt_version->count > 0) {
+        printf("%s\n", PACKAGE_VERSION);
+        arg_freetable(argtable,sizeof(argtable)/sizeof(argtable[0]));
+        exit(EXIT_SUCCESS);
+    }
+
+    /* Special case: '--long-version' takes precedence over error reporting
+     */
+    if (opt_long_version->count > 0) {
+        char zcLongVersion[1024];
+        PrintLongVersion(zcLongVersion, sizeof(zcLongVersion));
+        printf("%s\n", zcLongVersion);
+        arg_freetable(argtable,sizeof(argtable)/sizeof(argtable[0]));
+        exit(EXIT_SUCCESS);
+    }
+
+    /* If the parser returned any errors then display them and exit
+     */
+    if (nerrors > 0) {
+        /* Display the error details contained in the arg_end struct.*/
+        arg_print_errors(stdout, opt_end, PACKAGE);
+        fprintf(stderr, "For more information try: %s --help\n", argv[0]);
+        arg_freetable(argtable,sizeof(argtable)/sizeof(argtable[0]));
+        exit(EXIT_FAILURE);
+    }
+
+    
+    /* ------------------------------------------------------------
+     *
+     * Command line successfully parsed. Now transfer values to
+     * user_opts. While doing so, make sure that given input files
+     * exist and given output files are writable do not exist, or if
+     * they do, should be overwritten.
+     *
+     * No logic checks here! They are done in a different function
+     *
+     * ------------------------------------------------------------*/
+        
+    
+    /* not part of user_opts because it declared in src/util.h */
+    if (0 == opt_verbose->count) {
+        rLog.iLogLevelEnabled = LOG_WARN;
+    } else if (1 == opt_verbose->count) {
+        rLog.iLogLevelEnabled = LOG_INFO;
+    } else if (2 == opt_verbose->count) {
+        rLog.iLogLevelEnabled = LOG_VERBOSE;
+    } else if (3 == opt_verbose->count) {
+        rLog.iLogLevelEnabled = LOG_DEBUG;
+    }
+
+    user_opts->aln_opts.bAutoOptions = opt_autooptions->count;
+
+    user_opts->bDealignInputSeqs = opt_dealign->count;
+
+    /* NOTE: full distance matrix used to be default - there was
+       --mbed flag but no --full flag after r250 decided that mBed
+       should be default - now need --full flag to turn off mBed.
+       wanted to retain mBed Boolean, so simply added --full flag. if
+       both flags set (erroneously) want --mbed to overwrite --full,
+       therefore do --full 1st, the --mbed, FS, r250 */
+    if (opt_full->count){
+        user_opts->aln_opts.bUseMbed = FALSE;
+    }
+
+    if (opt_full_iter->count){
+        user_opts->aln_opts.bUseMbedForIteration = FALSE;
+    }
+
+    user_opts->bForceFileOverwrite = opt_force->count;
+
+
+
+    /* log-file
+     */
+    if (opt_logfile->count > 0) {
+        user_opts->pcLogFile = CkStrdup(opt_logfile->filename[0]);
+        
+        /* warn if already exists or not writable */
+        if (FileExists(user_opts->pcLogFile) && ! user_opts->bForceFileOverwrite) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "%s '%s'. %s",
+                  "Cowardly refusing to overwrite already existing file",
+                  user_opts->pcLogFile,
+                  "Use --force to force overwriting.");
+        }
+        if (! FileIsWritable(user_opts->pcLogFile)) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Sorry, I do not have permission to write to file '%s'.",
+                  user_opts->pcLogFile);
+        }
+    }
+
+
+    /* normal sequence input (no profile)
+     */
+    if (opt_seqin->count > 0) {
+        user_opts->pcSeqInfile = CkStrdup(opt_seqin->filename[0]);
+    }
+
+    /* Input limitations
+     */
+    /* maximum number of sequences */
+    if (opt_max_seq->count > 0) {
+        user_opts->iMaxNumSeq = opt_max_seq->ival[0];
+    }
+    
+    /* maximum sequence length */
+    if (opt_max_seqlen->count > 0) {
+        user_opts->iMaxSeqLen = opt_max_seqlen->ival[0];
+    }
+    
+    /* Sequence type
+     */
+    if (opt_seqtype->count > 0) {
+        if (STR_NC_EQ(opt_seqtype->sval[0], "protein")) {
+            user_opts->iSeqType = SEQTYPE_PROTEIN;
+        } else if (STR_NC_EQ(opt_seqtype->sval[0], "rna")) {
+            user_opts->iSeqType = SEQTYPE_RNA;
+        } else if  (STR_NC_EQ(opt_seqtype->sval[0], "dna")) {
+            user_opts->iSeqType = SEQTYPE_DNA;
+        } else {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Unknown sequence type '%s'", opt_seqtype->sval[0]);
+        }
+    }
+
+    /* Profile input
+     */
+    if (opt_profile1->count > 0) {
+        user_opts->pcProfile1Infile = CkStrdup(opt_profile1->filename[0]);
+        if (! FileExists(user_opts->pcProfile1Infile)) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "File '%s' does not exist.", user_opts->pcProfile1Infile);
+        }
+    }
+    
+    if (opt_profile2->count > 0) {
+        user_opts->pcProfile2Infile = CkStrdup(opt_profile2->filename[0]);
+        if (! FileExists(user_opts->pcProfile2Infile)) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "File '%s' does not exist.", user_opts->pcProfile2Infile);
+        }
+    }
+    
+    
+    /* HMM input
+     */
+    user_opts->aln_opts.iHMMInputFiles = 0;
+    user_opts->aln_opts.ppcHMMInput = NULL;
+    if (opt_hmm_in->count>0) {
+        int iAux;
+        user_opts->aln_opts.iHMMInputFiles = opt_hmm_in->count;
+        user_opts->aln_opts.ppcHMMInput = (char **) CKMALLOC(
+            user_opts->aln_opts.iHMMInputFiles * sizeof(char*));
+        for (iAux=0; iAux<opt_hmm_in->count; iAux++) {
+            user_opts->aln_opts.ppcHMMInput[iAux] = CkStrdup(opt_hmm_in->filename[iAux]);
+            if (! FileExists(user_opts->aln_opts.ppcHMMInput[iAux])) {
+                Log(&rLog, LOG_FATAL, "File '%s' does not exist.", user_opts->aln_opts.ppcHMMInput[iAux]);
+            }
+        }
+    }
+
+
+    /* Pair distance method
+     */
+    if (opt_pairdist->count > 0) {
+        if (STR_NC_EQ(opt_pairdist->sval[0], "ktuple")) {
+            user_opts->aln_opts.iPairDistType = PAIRDIST_KTUPLE;
+        } else {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Unknown pairdist method '%s'", opt_pairdist->sval[0]);
+        }
+    }
+
+
+    /* Distance matrix input
+     */
+    if (opt_distmat_in->count > 0) {
+        user_opts->aln_opts.pcDistmatInfile = CkStrdup(opt_distmat_in->filename[0]);
+        if (! FileExists(user_opts->aln_opts.pcDistmatInfile)) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "File '%s' does not exist.", user_opts->aln_opts.pcDistmatInfile);
+        }
+    }
+
+
+    /* Distance matrix output
+     */
+    if (opt_distmat_out->count > 0) {
+        user_opts->aln_opts.pcDistmatOutfile = CkStrdup(opt_distmat_out->filename[0]);
+        
+        /* warn if already exists or not writable */
+        if (FileExists(user_opts->aln_opts.pcDistmatOutfile) && ! user_opts->bForceFileOverwrite) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "%s '%s'. %s",
+                  "Cowardly refusing to overwrite already existing file",
+                  user_opts->aln_opts.pcDistmatOutfile,
+                  "Use --force to force overwriting.");
+        }
+        if (! FileIsWritable(user_opts->aln_opts.pcDistmatOutfile)) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Sorry, I do not have permission to write to file '%s'.",
+                user_opts->aln_opts.pcDistmatOutfile);
+        }
+    }
+
+    /* Clustering
+     *
+     */
+    if (opt_clustering->count > 0) {
+        if (STR_NC_EQ(opt_clustering->sval[0], "upgma")) {
+            user_opts->aln_opts.iClusteringType = CLUSTERING_UPGMA;
+        } else {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Unknown guide-tree clustering method '%s'", opt_clustering->sval[0]);
+        }
+    }
+
+    
+    /* Guidetree input
+     */
+    if (opt_guidetree_in->count > 0) {
+        user_opts->aln_opts.pcGuidetreeInfile = CkStrdup(opt_guidetree_in->filename[0]);
+        if (! FileExists(user_opts->aln_opts.pcGuidetreeInfile)) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "File '%s' does not exist.", user_opts->aln_opts.pcGuidetreeInfile);
+        }
+    }
+    
+    
+    /* Guidetree output
+     */
+    if (opt_guidetree_out->count > 0) {
+        user_opts->aln_opts.pcGuidetreeOutfile = CkStrdup(opt_guidetree_out->filename[0]);
+        
+        /* warn if already exists or not writable */
+        if (FileExists(user_opts->aln_opts.pcGuidetreeOutfile) && ! user_opts->bForceFileOverwrite) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "%s '%s'. %s",
+                  "Cowardly refusing to overwrite already existing file",
+                  user_opts->aln_opts.pcGuidetreeOutfile,
+                  "Use --force to force overwriting.");
+        }
+        if (! FileIsWritable(user_opts->aln_opts.pcGuidetreeOutfile)) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Sorry, I do not have permission to write to file '%s'.",
+                  user_opts->aln_opts.pcGuidetreeOutfile);
+        }
+    }
+    
+
+    /* max guidetree iterations
+     */
+    if (opt_max_guidetree_iterations->count > 0) {
+        user_opts->aln_opts.iMaxGuidetreeIterations = opt_max_guidetree_iterations->ival[0];
+    }
+
+
+    /* max guidetree iterations
+     */
+    if (opt_max_hmm_iterations->count > 0) {
+        user_opts->aln_opts.iMaxHMMIterations = opt_max_hmm_iterations->ival[0];
+    }
+
+     /* number of iterations
+      */
+     if (opt_num_iterations->count > 0) {
+        if (STR_NC_EQ(opt_num_iterations->sval[0], "auto")) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Automatic iteration not supported at the moment.");
+            user_opts->aln_opts.bIterationsAuto = TRUE;
+
+        } else {
+            int iAux;
+            user_opts->aln_opts.bIterationsAuto = FALSE;
+            for (iAux=0; iAux<(int)strlen(opt_num_iterations->sval[0]); iAux++) {
+                if (! isdigit(opt_num_iterations->sval[0][iAux])) {
+                    Log(&rLog, LOG_FATAL, "Couldn't iteration parameter: %s",
+                          opt_num_iterations->sval[0]);
+                }
+            }
+            user_opts->aln_opts.iNumIterations = atoi(opt_num_iterations->sval[0]);
+        }
+    }
+
+    
+    /* Alignment output
+     */
+    if (opt_outfile->count > 0) {
+        user_opts->pcAlnOutfile = CkStrdup(opt_outfile->filename[0]);
+
+        /* warn if already exists or not writable */
+        if (FileExists(user_opts->pcAlnOutfile) && ! user_opts->bForceFileOverwrite) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "%s '%s'. %s",
+                  "Cowardly refusing to overwrite already existing file",
+                  user_opts->pcAlnOutfile,
+                  "Use --force to force overwriting.");
+        }
+        if (! FileIsWritable(user_opts->pcAlnOutfile)) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Sorry, I do not have permission to write to file '%s'.",
+                  user_opts->pcAlnOutfile);
+        }
+    }
+    
+
+    /* Output format
+     */
+    if (opt_outfmt->count > 0) {
+        /* avoid gcc warning about discarded qualifier */
+        char *tmp = (char *)opt_outfmt->sval[0];
+        user_opts->iAlnOutFormat = String2SeqfileFormat(tmp);
+        if (SQFILE_UNKNOWN == user_opts->iAlnOutFormat) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Unknown output format '%s'", opt_outfmt->sval[0]);
+        }
+    }
+
+    /* Number of threads
+     */
+#ifdef HAVE_OPENMP
+    if (opt_threads->count > 0) {
+        if (opt_threads->ival[0] <= 0) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Changing number of threads to %d doesn't make sense.", 
+                  opt_threads->ival[0]);    
+        }
+        user_opts->iThreads = opt_threads->ival[0];
+    }
+
+#else
+    if (opt_threads->count > 0) {
+        if (opt_threads->ival[0] > 1) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Cannot change number of threads to %d. %s was build without OpenMP support.", 
+                  opt_threads->ival[0], PACKAGE_NAME);    
+        }
+    }
+#endif
+
+
+    /* max MAC RAM (maximum amount of RAM set aside for MAC algorithm)
+     */
+    if (opt_macram->count > 0) { /* FS, r240 -> r241 */
+        user_opts->aln_opts.iMacRam = opt_macram->ival[0];
+    }
+
+
+
+    arg_freetable(argtable,sizeof(argtable)/sizeof(argtable[0]));
+
+    UserOptsLogicCheck(user_opts);
+
+    return; 
+}
+/* end of ParseCommandLine() */
+
+
+
+
+/**
+ *
+ * @brief the 'real' main function
+ *
+ */
+int
+MyMain(int argc, char **argv)
+{
+    mseq_t *prMSeq = NULL;
+    mseq_t *prMSeqProfile1 = NULL;
+    mseq_t *prMSeqProfile2 = NULL;
+    cmdline_opts_t cmdline_opts;
+    hhalign_para rHhalignPara = {0};
+
+    /* Must happen first: setup logger */
+    LogDefaultSetup(&rLog);
+
+    /*Log(&rLog, LOG_WARN, "This is a non-public realase of %s. Please do not distribute.", PACKAGE_NAME);*/
+    Log(&rLog, LOG_WARN, "This is a beta version of %s, for protein only.", PACKAGE_NAME); /* FS, r237 -> 238 */
+
+    SetDefaultUserOpts(&(cmdline_opts));
+
+    ParseCommandLine(&cmdline_opts, argc, argv);
+    
+    if (NULL != cmdline_opts.pcLogFile) {
+        prLogFile = fopen(cmdline_opts.pcLogFile, "w");
+        LogSetFP(&rLog, LOG_INFO, prLogFile);
+        LogSetFP(&rLog, LOG_VERBOSE, prLogFile);
+        LogSetFP(&rLog, LOG_DEBUG, prLogFile);
+    }
+
+    InitClustalOmega(cmdline_opts.iThreads);
+
+    if (rLog.iLogLevelEnabled < LOG_INFO) {
+        PrintUserOpts(LogGetFP(&rLog, LOG_INFO), & cmdline_opts);
+        PrintAlnOpts(LogGetFP(&rLog, LOG_INFO), & (cmdline_opts.aln_opts));
+    }
+    /* write relevant command-line options for hhalign
+     *
+     */
+    rHhalignPara.iMacRamMB = cmdline_opts.aln_opts.iMacRam;
+
+    /* Read sequence file
+     *
+     */
+    if (NULL != cmdline_opts.pcSeqInfile) {
+        NewMSeq(&prMSeq);
+        if (ReadSequences(prMSeq, cmdline_opts.pcSeqInfile,
+                          cmdline_opts.iSeqType,
+                          cmdline_opts.iMaxNumSeq, cmdline_opts.iMaxSeqLen)) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Reading sequence file '%s' failed", cmdline_opts.pcSeqInfile);
+        }
+#if TRACE
+        {
+            int iAux;
+            for (iAux=0; iAux<prMSeq->nseqs; iAux++) {
+                Log(&rLog, LOG_FORCED_DEBUG, "seq no %d: seq = %s", iAux, prMSeq->seq[iAux]);
+                LogSqInfo(&prMSeq->sqinfo[iAux]);
+            }
+        }
+#endif
+    }
+    /* k-tuple pairwise distance calculation seg-faults if 
+     * only one sequence, simply exit early.
+     * note that for profile/profile alignment prMSeq is NULL 
+     * FS, r222->r223 */
+    if (prMSeq && (prMSeq->nseqs <= 1)){
+        Log(&rLog, LOG_FATAL, "File '%s' contains %d sequence%s, nothing to align",
+              cmdline_opts.pcSeqInfile, prMSeq->nseqs, 1==prMSeq->nseqs?"":"s");
+    }
+
+    /* Dealign if requested and neccessary
+     */
+    if (NULL != prMSeq) {
+        if (TRUE == prMSeq->aligned && cmdline_opts.bDealignInputSeqs) {
+            Log(&rLog, LOG_INFO, "Dealigning already aligned input sequences as requested.");
+            DealignMSeq(prMSeq);
+        }
+    }
+
+
+    /* Read profile1
+     *
+     */
+    if (NULL != cmdline_opts.pcProfile1Infile) {
+        NewMSeq(&prMSeqProfile1);
+        if (ReadSequences(prMSeqProfile1, cmdline_opts.pcProfile1Infile,
+                          cmdline_opts.iSeqType,
+                          cmdline_opts.iMaxNumSeq, cmdline_opts.iMaxSeqLen)) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Reading sequences from profile file '%s' failed",
+                  cmdline_opts.pcProfile1Infile);
+        }
+        /* FIXME: commented out. FS, r240 -> r241  
+         * for explanation see below */
+        /*if (1==prMSeqProfile1->nseqs) {
+          Log(&rLog, LOG_FATAL, "'%s' contains only one sequence and can therefore not be used as a profile",
+          cmdline_opts.pcProfile1Infile);
+          }*/
+        if (FALSE == prMSeqProfile1->aligned) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Sequences in '%s' are not aligned, i.e. this is not a profile",
+                  cmdline_opts.pcProfile1Infile);
+        }
+    }
+
+    
+
+    /* Read profile2
+     *
+     */
+    if (NULL != cmdline_opts.pcProfile2Infile) {
+        NewMSeq(&prMSeqProfile2);
+        if (ReadSequences(prMSeqProfile2, cmdline_opts.pcProfile2Infile,
+                          cmdline_opts.iSeqType,
+                          cmdline_opts.iMaxNumSeq, cmdline_opts.iMaxSeqLen)) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Reading sequences from profile file '%s' failed",
+                  cmdline_opts.pcProfile2Infile);
+        }
+        /* FIXME: there is no (clean) way to align a single sequence to a profile. 
+         * if we go down the -i route, it causes a seg-fault in the pair-wise 
+         * k-tuple distance calculation. However, single sequences can be 
+         * understood as 1-profiles. Therefore we have to allow for 1-profiles.
+         * FS, r240 -> r241 
+         */
+        /*if (1==prMSeqProfile2->nseqs) {
+          Log(&rLog, LOG_FATAL, "'%s' contains only one sequence and can therefore not be used as a profile",
+          cmdline_opts.pcProfile2Infile);
+          }*/
+        if (FALSE == prMSeqProfile1->aligned) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Sequences in '%s' are not aligned, i.e. this is not a profile",
+                  cmdline_opts.pcProfile2Infile);
+        }
+    }
+
+
+    /* Depending on the input we got perform
+     *
+     * (i) normal alignment: seq + optional profile
+     * or
+     * (ii) profile profile alignment
+     *
+     */
+    if (NULL != prMSeq) {
+        if (Align(prMSeq, prMSeqProfile1, & cmdline_opts.aln_opts, rHhalignPara)) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "An error occured during the alignment");
+        }
+
+        if (WriteAlignment(prMSeq, cmdline_opts.pcAlnOutfile, 
+                           cmdline_opts.iAlnOutFormat)) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Could not save alignment to %s", cmdline_opts.pcAlnOutfile);
+        }
+#if 0
+        {
+            bool bSampling = FALSE; /* better set to TRUE for many sequences */
+            bool bReportAll = TRUE;
+            AliStat(prMSeq, bSampling, bReportAll);
+        }
+#endif
+        
+
+    } else if (NULL != prMSeqProfile1 && NULL != prMSeqProfile2) {
+        if (AlignProfiles(prMSeqProfile1, prMSeqProfile2, rHhalignPara)) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "An error occured during the alignment");
+        }
+        if (WriteAlignment(prMSeqProfile1, cmdline_opts.pcAlnOutfile, 
+                           cmdline_opts.iAlnOutFormat)) {
+            Log(&rLog, LOG_FATAL, "Could not save alignment to %s", cmdline_opts.pcAlnOutfile);
+        }
+    }
+
+
+    /* cleanup
+     */
+    if (NULL != prMSeq) {
+        FreeMSeq(&prMSeq);
+    }
+    if (NULL != prMSeqProfile1) {
+        FreeMSeq(&prMSeqProfile1);
+    }
+    if (NULL != prMSeqProfile2) {
+        FreeMSeq(&prMSeqProfile2);
+    }
+
+    FreeUserOpts(&cmdline_opts);
+
+    Log(&rLog, LOG_DEBUG, "Successful program exit");
+
+    if (NULL != cmdline_opts.pcLogFile) {
+        fclose(prLogFile);
+    }
+    return EXIT_SUCCESS;
+}
+/*  end of MyMain() */
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/mymain.h b/binaries/src/clustalo/src/mymain.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..ecab66a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,23 @@
+/*********************************************************************
+ * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
+ *
+ * Copyright (C) 2010 University College Dublin
+ *
+ * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License as
+ * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+ * License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This file is part of Clustal-Omega.
+ *
+ ********************************************************************/
+
+/*
+ *  RCS $Id: mymain.h 97 2010-07-12 15:30:26Z andreas $
+ */
+
+
+extern int
+MyMain(int argc, char **argv);
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/00README b/binaries/src/clustalo/src/squid/00README
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f04ba50
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,39 @@
+SQUID - library of functions for biological sequence analysis
+Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+
+SQUID is a freely redistributable library of C code functions for
+sequence analysis. SQUID also includes a number of small utility
+programs.
+
+To install squid, see the file:
+  INSTALL      -- instructions for installing the programs
+
+If you have any questions about redistributing squid or using 
+squid code in your own work, see the files:
+  COPYRIGHT    -- copyright notice, and information on my distribution policy
+  LICENSE      -- version 2 of the GNU Public License (see COPYRIGHT)
+
+For a web page with more information on squid, see:
+  http://www.genetics.wustl.edu/eddy/software/#squid
+
+You can always download the latest stable release of squid from:
+  ftp://ftp.genetics.wustl.edu/pub/eddy/software/squid.tar.gz
+
+The development codebase is available by anonymous CVS:
+  cvs -d :pserver:anonymous@skynet.wustl.edu:/repository/sre login
+   (password "anonymous")
+  cvs -d :pserver:anonymous@skynet.wustl.edu:/repository/sre checkout squid
+
+If you encounter any bugs in this library, or you have any questions
+or comments, please e-mail me at the address below. Due to limited
+personal time, I may not respond, but I do read all my mail.
+
+   Sean Eddy
+   eddy@genetics.wustl.edu
+
+   HHMI/Dept. of Genetics
+   Washington University School of Medicine
+   660 South Euclid Box 8232
+   Saint Louis Missouri 63110
+   USA
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/COPYRIGHT b/binaries/src/clustalo/src/squid/COPYRIGHT
new file mode 100644 (file)
index 0000000..730b6e1
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,41 @@
+SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+All Rights Reserved
+
+This suite of programs is free software. You can redistribute it
+and/or modify it under the terms of the GNU General Public License as
+published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
+License, or (at your option) any later version.
+
+In other words, you are free to modify, copy, or redistribute this
+source code and its documentation in any way you like, but you must
+distribute all derivative versions as free software under the same
+terms that I've provided my code to you (i.e. the GNU General Public
+License). This precludes any use of the code in proprietary or
+commercial software unless your source code is made freely available.
+
+If you wish to use SQUID code under a different Open Source license
+that's not compatible with the GPL (like the Artistic License, BSD
+license, or the Netscape Public License), please contact me
+(eddy@genetics.wustl.edu) for permission.
+
+Incorporation into commercial software under non-GPL terms is
+possible, by arranging a license with the Washington University School
+of Medicine Center for Technology Management (CTM). For this purpose,
+the CTM is authorized to negotiate on behalf of the Howard Hughes
+Medical Institute, the other copyright holder on the code. Certain
+third party code modules may have to be removed from a non-GPL
+distribution. Contact Jack Pincus (jhpincus@cris.com) to arrange
+non-GPL licensing terms.
+
+This software is distributed in the hope that it will be useful, but
+WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
+General Public License for more details.
+
+You should have received a copy of the GNU General Public License
+along with this HMMER release, in the file LICENSE; if not, write to
+the Free Software Foundation, Inc., 675 Mass. Ave, Cambridge, MA 02139
+USA.
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/LICENSE b/binaries/src/clustalo/src/squid/LICENSE
new file mode 100644 (file)
index 0000000..a43ea21
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,339 @@
+                   GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
+                      Version 2, June 1991
+
+ Copyright (C) 1989, 1991 Free Software Foundation, Inc.
+                          675 Mass Ave, Cambridge, MA 02139, USA
+ Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
+ of this license document, but changing it is not allowed.
+
+                           Preamble
+
+  The licenses for most software are designed to take away your
+freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
+License is intended to guarantee your freedom to share and change free
+software--to make sure the software is free for all its users.  This
+General Public License applies to most of the Free Software
+Foundation's software and to any other program whose authors commit to
+using it.  (Some other Free Software Foundation software is covered by
+the GNU Library General Public License instead.)  You can apply it to
+your programs, too.
+
+  When we speak of free software, we are referring to freedom, not
+price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that you
+have the freedom to distribute copies of free software (and charge for
+this service if you wish), that you receive source code or can get it
+if you want it, that you can change the software or use pieces of it
+in new free programs; and that you know you can do these things.
+
+  To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
+anyone to deny you these rights or to ask you to surrender the rights.
+These restrictions translate to certain responsibilities for you if you
+distribute copies of the software, or if you modify it.
+
+  For example, if you distribute copies of such a program, whether
+gratis or for a fee, you must give the recipients all the rights that
+you have.  You must make sure that they, too, receive or can get the
+source code.  And you must show them these terms so they know their
+rights.
+
+  We protect your rights with two steps: (1) copyright the software, and
+(2) offer you this license which gives you legal permission to copy,
+distribute and/or modify the software.
+
+  Also, for each author's protection and ours, we want to make certain
+that everyone understands that there is no warranty for this free
+software.  If the software is modified by someone else and passed on, we
+want its recipients to know that what they have is not the original, so
+that any problems introduced by others will not reflect on the original
+authors' reputations.
+
+  Finally, any free program is threatened constantly by software
+patents.  We wish to avoid the danger that redistributors of a free
+program will individually obtain patent licenses, in effect making the
+program proprietary.  To prevent this, we have made it clear that any
+patent must be licensed for everyone's free use or not licensed at all.
+
+  The precise terms and conditions for copying, distribution and
+modification follow.
+\f
+                   GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
+   TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
+
+  0. This License applies to any program or other work which contains
+a notice placed by the copyright holder saying it may be distributed
+under the terms of this General Public License.  The "Program", below,
+refers to any such program or work, and a "work based on the Program"
+means either the Program or any derivative work under copyright law:
+that is to say, a work containing the Program or a portion of it,
+either verbatim or with modifications and/or translated into another
+language.  (Hereinafter, translation is included without limitation in
+the term "modification".)  Each licensee is addressed as "you".
+
+Activities other than copying, distribution and modification are not
+covered by this License; they are outside its scope.  The act of
+running the Program is not restricted, and the output from the Program
+is covered only if its contents constitute a work based on the
+Program (independent of having been made by running the Program).
+Whether that is true depends on what the Program does.
+
+  1. You may copy and distribute verbatim copies of the Program's
+source code as you receive it, in any medium, provided that you
+conspicuously and appropriately publish on each copy an appropriate
+copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact all the
+notices that refer to this License and to the absence of any warranty;
+and give any other recipients of the Program a copy of this License
+along with the Program.
+
+You may charge a fee for the physical act of transferring a copy, and
+you may at your option offer warranty protection in exchange for a fee.
+
+  2. You may modify your copy or copies of the Program or any portion
+of it, thus forming a work based on the Program, and copy and
+distribute such modifications or work under the terms of Section 1
+above, provided that you also meet all of these conditions:
+
+    a) You must cause the modified files to carry prominent notices
+    stating that you changed the files and the date of any change.
+
+    b) You must cause any work that you distribute or publish, that in
+    whole or in part contains or is derived from the Program or any
+    part thereof, to be licensed as a whole at no charge to all third
+    parties under the terms of this License.
+
+    c) If the modified program normally reads commands interactively
+    when run, you must cause it, when started running for such
+    interactive use in the most ordinary way, to print or display an
+    announcement including an appropriate copyright notice and a
+    notice that there is no warranty (or else, saying that you provide
+    a warranty) and that users may redistribute the program under
+    these conditions, and telling the user how to view a copy of this
+    License.  (Exception: if the Program itself is interactive but
+    does not normally print such an announcement, your work based on
+    the Program is not required to print an announcement.)
+\f
+These requirements apply to the modified work as a whole.  If
+identifiable sections of that work are not derived from the Program,
+and can be reasonably considered independent and separate works in
+themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
+sections when you distribute them as separate works.  But when you
+distribute the same sections as part of a whole which is a work based
+on the Program, the distribution of the whole must be on the terms of
+this License, whose permissions for other licensees extend to the
+entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote it.
+
+Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
+your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
+exercise the right to control the distribution of derivative or
+collective works based on the Program.
+
+In addition, mere aggregation of another work not based on the Program
+with the Program (or with a work based on the Program) on a volume of
+a storage or distribution medium does not bring the other work under
+the scope of this License.
+
+  3. You may copy and distribute the Program (or a work based on it,
+under Section 2) in object code or executable form under the terms of
+Sections 1 and 2 above provided that you also do one of the following:
+
+    a) Accompany it with the complete corresponding machine-readable
+    source code, which must be distributed under the terms of Sections
+    1 and 2 above on a medium customarily used for software interchange; or,
+
+    b) Accompany it with a written offer, valid for at least three
+    years, to give any third party, for a charge no more than your
+    cost of physically performing source distribution, a complete
+    machine-readable copy of the corresponding source code, to be
+    distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a medium
+    customarily used for software interchange; or,
+
+    c) Accompany it with the information you received as to the offer
+    to distribute corresponding source code.  (This alternative is
+    allowed only for noncommercial distribution and only if you
+    received the program in object code or executable form with such
+    an offer, in accord with Subsection b above.)
+
+The source code for a work means the preferred form of the work for
+making modifications to it.  For an executable work, complete source
+code means all the source code for all modules it contains, plus any
+associated interface definition files, plus the scripts used to
+control compilation and installation of the executable.  However, as a
+special exception, the source code distributed need not include
+anything that is normally distributed (in either source or binary
+form) with the major components (compiler, kernel, and so on) of the
+operating system on which the executable runs, unless that component
+itself accompanies the executable.
+
+If distribution of executable or object code is made by offering
+access to copy from a designated place, then offering equivalent
+access to copy the source code from the same place counts as
+distribution of the source code, even though third parties are not
+compelled to copy the source along with the object code.
+\f
+  4. You may not copy, modify, sublicense, or distribute the Program
+except as expressly provided under this License.  Any attempt
+otherwise to copy, modify, sublicense or distribute the Program is
+void, and will automatically terminate your rights under this License.
+However, parties who have received copies, or rights, from you under
+this License will not have their licenses terminated so long as such
+parties remain in full compliance.
+
+  5. You are not required to accept this License, since you have not
+signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
+distribute the Program or its derivative works.  These actions are
+prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
+modifying or distributing the Program (or any work based on the
+Program), you indicate your acceptance of this License to do so, and
+all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
+the Program or works based on it.
+
+  6. Each time you redistribute the Program (or any work based on the
+Program), the recipient automatically receives a license from the
+original licensor to copy, distribute or modify the Program subject to
+these terms and conditions.  You may not impose any further
+restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
+You are not responsible for enforcing compliance by third parties to
+this License.
+
+  7. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
+infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
+conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
+otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
+excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
+distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
+License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
+may not distribute the Program at all.  For example, if a patent
+license would not permit royalty-free redistribution of the Program by
+all those who receive copies directly or indirectly through you, then
+the only way you could satisfy both it and this License would be to
+refrain entirely from distribution of the Program.
+
+If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
+any particular circumstance, the balance of the section is intended to
+apply and the section as a whole is intended to apply in other
+circumstances.
+
+It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
+patents or other property right claims or to contest validity of any
+such claims; this section has the sole purpose of protecting the
+integrity of the free software distribution system, which is
+implemented by public license practices.  Many people have made
+generous contributions to the wide range of software distributed
+through that system in reliance on consistent application of that
+system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
+to distribute software through any other system and a licensee cannot
+impose that choice.
+
+This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
+be a consequence of the rest of this License.
+\f
+  8. If the distribution and/or use of the Program is restricted in
+certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
+original copyright holder who places the Program under this License
+may add an explicit geographical distribution limitation excluding
+those countries, so that distribution is permitted only in or among
+countries not thus excluded.  In such case, this License incorporates
+the limitation as if written in the body of this License.
+
+  9. The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions
+of the General Public License from time to time.  Such new versions will
+be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to
+address new problems or concerns.
+
+Each version is given a distinguishing version number.  If the Program
+specifies a version number of this License which applies to it and "any
+later version", you have the option of following the terms and conditions
+either of that version or of any later version published by the Free
+Software Foundation.  If the Program does not specify a version number of
+this License, you may choose any version ever published by the Free Software
+Foundation.
+
+  10. If you wish to incorporate parts of the Program into other free
+programs whose distribution conditions are different, write to the author
+to ask for permission.  For software which is copyrighted by the Free
+Software Foundation, write to the Free Software Foundation; we sometimes
+make exceptions for this.  Our decision will be guided by the two goals
+of preserving the free status of all derivatives of our free software and
+of promoting the sharing and reuse of software generally.
+
+                           NO WARRANTY
+
+  11. BECAUSE THE PROGRAM IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO WARRANTY
+FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.  EXCEPT WHEN
+OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES
+PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED
+OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF
+MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS
+TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU.  SHOULD THE
+PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING,
+REPAIR OR CORRECTION.
+
+  12. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING
+WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY AND/OR
+REDISTRIBUTE THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES,
+INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING
+OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED
+TO LOSS OF DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY
+YOU OR THIRD PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER
+PROGRAMS), EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE
+POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES.
+
+                    END OF TERMS AND CONDITIONS
+\f
+       Appendix: How to Apply These Terms to Your New Programs
+
+  If you develop a new program, and you want it to be of the greatest
+possible use to the public, the best way to achieve this is to make it
+free software which everyone can redistribute and change under these terms.
+
+  To do so, attach the following notices to the program.  It is safest
+to attach them to the start of each source file to most effectively
+convey the exclusion of warranty; and each file should have at least
+the "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
+
+    <one line to give the program's name and a brief idea of what it does.>
+    Copyright (C) 19yy  <name of author>
+
+    This program is free software; you can redistribute it and/or modify
+    it under the terms of the GNU General Public License as published by
+    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
+    (at your option) any later version.
+
+    This program is distributed in the hope that it will be useful,
+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+    GNU General Public License for more details.
+
+    You should have received a copy of the GNU General Public License
+    along with this program; if not, write to the Free Software
+    Foundation, Inc., 675 Mass Ave, Cambridge, MA 02139, USA.
+
+Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
+
+If the program is interactive, make it output a short notice like this
+when it starts in an interactive mode:
+
+    Gnomovision version 69, Copyright (C) 19yy name of author
+    Gnomovision comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type `show w'.
+    This is free software, and you are welcome to redistribute it
+    under certain conditions; type `show c' for details.
+
+The hypothetical commands `show w' and `show c' should show the appropriate
+parts of the General Public License.  Of course, the commands you use may
+be called something other than `show w' and `show c'; they could even be
+mouse-clicks or menu items--whatever suits your program.
+
+You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
+school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the program, if
+necessary.  Here is a sample; alter the names:
+
+  Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the program
+  `Gnomovision' (which makes passes at compilers) written by James Hacker.
+
+  <signature of Ty Coon>, 1 April 1989
+  Ty Coon, President of Vice
+
+This General Public License does not permit incorporating your program into
+proprietary programs.  If your program is a subroutine library, you may
+consider it more useful to permit linking proprietary applications with the
+library.  If this is what you want to do, use the GNU Library General
+Public License instead of this License.
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/Makefile.am b/binaries/src/clustalo/src/squid/Makefile.am
new file mode 100644 (file)
index 0000000..21e626d
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,43 @@
+# Replaces squids own automake files
+#
+# Some useful automake documentation:
+# http://www.openismus.com/documents/linux/automake/automake.shtml
+# http://www.bioinf.uni-freiburg.de/~mmann/HowTo/automake.html
+
+#SUBDIRS =
+EXTRA_DIST = COPYRIGHT LICENSE 00README clustalo.README squid-1.9g.tar.gz
+#LDADD =
+
+# need DCLUSTALO here to enable Clustal specific squid patches
+# CLUSTALO is also defined in ../config.h which is included by squid.h
+# but some files do not include squid.h
+AM_CFLAGS = -DCLUSTALO -DSRE_STRICT_ANSI @AM_CFLAGS@ 
+
+noinst_LTLIBRARIES = libsquid.la
+
+libsquid_la_SOURCES =  a2m.c aligneval.c alignio.c \
+       clustal.c cluster.c \
+       dayhoff.c \
+       eps.c \
+       file.c \
+       getopt.c gki.c gki.h gsi.c gsi.h gsi64.c gsi64.h \
+       hsregex.c \
+       iupac.c \
+       msa.c msa.h msf.c \
+       phylip.c \
+       revcomp.c rk.c rk.h \
+       selex.c seqencode.c shuffle.c sqerror.c sqfuncs.h sqio.c squid.h squidcore.c \
+       sre_ctype.c sre_math.c sre_random.c sre_random.h sre_string.c \
+       ssi.c ssi.h stack.c stockholm.c stockholm.h stopwatch.c stopwatch.h \
+       translate.c types.c vectorops.c \
+       vectorops.h version.h \
+       weight.c
+
+library_includedir=$(includedir)/clustalo/squid
+
+library_include_HEADERS = gki.h gsi64.h msa.h rk.h \
+       squid.h stopwatch.h sqfuncs.h \
+       sre_random.h ssi.h stockholm.h \
+       vectorops.h version.h
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/Makefile.in b/binaries/src/clustalo/src/squid/Makefile.in
new file mode 100644 (file)
index 0000000..fe4ec26
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,560 @@
+# Makefile.in generated by automake 1.10.2 from Makefile.am.
+# @configure_input@
+
+# Copyright (C) 1994, 1995, 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2002,
+# 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008  Free Software Foundation, Inc.
+# This Makefile.in is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# This program is distributed in the hope that it will be useful,
+# but WITHOUT ANY WARRANTY, to the extent permitted by law; without
+# even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A
+# PARTICULAR PURPOSE.
+
+@SET_MAKE@
+
+# Replaces squids own automake files
+#
+# Some useful automake documentation:
+# http://www.openismus.com/documents/linux/automake/automake.shtml
+# http://www.bioinf.uni-freiburg.de/~mmann/HowTo/automake.html
+
+
+VPATH = @srcdir@
+pkgdatadir = $(datadir)/@PACKAGE@
+pkglibdir = $(libdir)/@PACKAGE@
+pkgincludedir = $(includedir)/@PACKAGE@
+am__cd = CDPATH="$${ZSH_VERSION+.}$(PATH_SEPARATOR)" && cd
+install_sh_DATA = $(install_sh) -c -m 644
+install_sh_PROGRAM = $(install_sh) -c
+install_sh_SCRIPT = $(install_sh) -c
+INSTALL_HEADER = $(INSTALL_DATA)
+transform = $(program_transform_name)
+NORMAL_INSTALL = :
+PRE_INSTALL = :
+POST_INSTALL = :
+NORMAL_UNINSTALL = :
+PRE_UNINSTALL = :
+POST_UNINSTALL = :
+build_triplet = @build@
+host_triplet = @host@
+subdir = src/squid
+DIST_COMMON = $(library_include_HEADERS) $(srcdir)/Makefile.am \
+       $(srcdir)/Makefile.in
+ACLOCAL_M4 = $(top_srcdir)/aclocal.m4
+am__aclocal_m4_deps = $(top_srcdir)/m4/ax_prefix_config_h.m4 \
+       $(top_srcdir)/m4/libtool.m4 $(top_srcdir)/m4/ltoptions.m4 \
+       $(top_srcdir)/m4/ltsugar.m4 $(top_srcdir)/m4/ltversion.m4 \
+       $(top_srcdir)/m4/lt~obsolete.m4 $(top_srcdir)/m4/ax_openmp.m4 \
+       $(top_srcdir)/configure.ac
+am__configure_deps = $(am__aclocal_m4_deps) $(CONFIGURE_DEPENDENCIES) \
+       $(ACLOCAL_M4)
+mkinstalldirs = $(install_sh) -d
+CONFIG_HEADER = $(top_builddir)/src/config.h
+CONFIG_CLEAN_FILES =
+LTLIBRARIES = $(noinst_LTLIBRARIES)
+libsquid_la_LIBADD =
+am_libsquid_la_OBJECTS = a2m.lo aligneval.lo alignio.lo clustal.lo \
+       cluster.lo dayhoff.lo eps.lo file.lo getopt.lo gki.lo gsi.lo \
+       gsi64.lo hsregex.lo iupac.lo msa.lo msf.lo phylip.lo \
+       revcomp.lo rk.lo selex.lo seqencode.lo shuffle.lo sqerror.lo \
+       sqio.lo squidcore.lo sre_ctype.lo sre_math.lo sre_random.lo \
+       sre_string.lo ssi.lo stack.lo stockholm.lo stopwatch.lo \
+       translate.lo types.lo vectorops.lo weight.lo
+libsquid_la_OBJECTS = $(am_libsquid_la_OBJECTS)
+DEFAULT_INCLUDES = -I.@am__isrc@ -I$(top_builddir)/src
+depcomp = $(SHELL) $(top_srcdir)/depcomp
+am__depfiles_maybe = depfiles
+COMPILE = $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) \
+       $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS)
+LTCOMPILE = $(LIBTOOL) --tag=CC $(AM_LIBTOOLFLAGS) $(LIBTOOLFLAGS) \
+       --mode=compile $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) \
+       $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS)
+CCLD = $(CC)
+LINK = $(LIBTOOL) --tag=CC $(AM_LIBTOOLFLAGS) $(LIBTOOLFLAGS) \
+       --mode=link $(CCLD) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) $(AM_LDFLAGS) \
+       $(LDFLAGS) -o $@
+SOURCES = $(libsquid_la_SOURCES)
+DIST_SOURCES = $(libsquid_la_SOURCES)
+am__vpath_adj_setup = srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's|.|.|g'`;
+am__vpath_adj = case $$p in \
+    $(srcdir)/*) f=`echo "$$p" | sed "s|^$$srcdirstrip/||"`;; \
+    *) f=$$p;; \
+  esac;
+am__strip_dir = `echo $$p | sed -e 's|^.*/||'`;
+am__installdirs = "$(DESTDIR)$(library_includedir)"
+library_includeHEADERS_INSTALL = $(INSTALL_HEADER)
+HEADERS = $(library_include_HEADERS)
+ETAGS = etags
+CTAGS = ctags
+DISTFILES = $(DIST_COMMON) $(DIST_SOURCES) $(TEXINFOS) $(EXTRA_DIST)
+ACLOCAL = @ACLOCAL@
+AMTAR = @AMTAR@
+#LDADD =
+
+# need DCLUSTALO here to enable Clustal specific squid patches
+# CLUSTALO is also defined in ../config.h which is included by squid.h
+# but some files do not include squid.h
+AM_CFLAGS = -DCLUSTALO -DSRE_STRICT_ANSI @AM_CFLAGS@ 
+AM_CXXFLAGS = @AM_CXXFLAGS@
+AM_LDFLAGS = @AM_LDFLAGS@
+AR = @AR@
+AUTOCONF = @AUTOCONF@
+AUTOHEADER = @AUTOHEADER@
+AUTOMAKE = @AUTOMAKE@
+AWK = @AWK@
+CC = @CC@
+CCDEPMODE = @CCDEPMODE@
+CFLAGS = @CFLAGS@
+CPP = @CPP@
+CPPFLAGS = @CPPFLAGS@
+CXX = @CXX@
+CXXCPP = @CXXCPP@
+CXXDEPMODE = @CXXDEPMODE@
+CXXFLAGS = @CXXFLAGS@
+CYGPATH_W = @CYGPATH_W@
+DEFS = @DEFS@
+DEPDIR = @DEPDIR@
+DSYMUTIL = @DSYMUTIL@
+DUMPBIN = @DUMPBIN@
+ECHO_C = @ECHO_C@
+ECHO_N = @ECHO_N@
+ECHO_T = @ECHO_T@
+EGREP = @EGREP@
+EXEEXT = @EXEEXT@
+FGREP = @FGREP@
+GREP = @GREP@
+INSTALL = @INSTALL@
+INSTALL_DATA = @INSTALL_DATA@
+INSTALL_PROGRAM = @INSTALL_PROGRAM@
+INSTALL_SCRIPT = @INSTALL_SCRIPT@
+INSTALL_STRIP_PROGRAM = @INSTALL_STRIP_PROGRAM@
+LD = @LD@
+LDFLAGS = @LDFLAGS@
+LIBOBJS = @LIBOBJS@
+LIBS = @LIBS@
+LIBTOOL = @LIBTOOL@
+LIPO = @LIPO@
+LN_S = @LN_S@
+LTLIBOBJS = @LTLIBOBJS@
+MAKEINFO = @MAKEINFO@
+MKDIR_P = @MKDIR_P@
+NM = @NM@
+NMEDIT = @NMEDIT@
+OBJDUMP = @OBJDUMP@
+OBJEXT = @OBJEXT@
+OPENMP_CFLAGS = @OPENMP_CFLAGS@
+OPENMP_CXXFLAGS = @OPENMP_CXXFLAGS@
+OTOOL = @OTOOL@
+OTOOL64 = @OTOOL64@
+PACKAGE = @PACKAGE@
+PACKAGE_BUGREPORT = @PACKAGE_BUGREPORT@
+PACKAGE_CODENAME = @PACKAGE_CODENAME@
+PACKAGE_NAME = @PACKAGE_NAME@
+PACKAGE_STRING = @PACKAGE_STRING@
+PACKAGE_TARNAME = @PACKAGE_TARNAME@
+PACKAGE_VERSION = @PACKAGE_VERSION@
+PATH_SEPARATOR = @PATH_SEPARATOR@
+RANLIB = @RANLIB@
+SED = @SED@
+SET_MAKE = @SET_MAKE@
+SHELL = @SHELL@
+STRIP = @STRIP@
+VERSION = @VERSION@
+abs_builddir = @abs_builddir@
+abs_srcdir = @abs_srcdir@
+abs_top_builddir = @abs_top_builddir@
+abs_top_srcdir = @abs_top_srcdir@
+ac_ct_CC = @ac_ct_CC@
+ac_ct_CXX = @ac_ct_CXX@
+ac_ct_DUMPBIN = @ac_ct_DUMPBIN@
+am__include = @am__include@
+am__leading_dot = @am__leading_dot@
+am__quote = @am__quote@
+am__tar = @am__tar@
+am__untar = @am__untar@
+bindir = @bindir@
+build = @build@
+build_alias = @build_alias@
+build_cpu = @build_cpu@
+build_os = @build_os@
+build_vendor = @build_vendor@
+builddir = @builddir@
+datadir = @datadir@
+datarootdir = @datarootdir@
+docdir = @docdir@
+dvidir = @dvidir@
+exec_prefix = @exec_prefix@
+host = @host@
+host_alias = @host_alias@
+host_cpu = @host_cpu@
+host_os = @host_os@
+host_vendor = @host_vendor@
+htmldir = @htmldir@
+includedir = @includedir@
+infodir = @infodir@
+install_sh = @install_sh@
+libdir = @libdir@
+libexecdir = @libexecdir@
+localedir = @localedir@
+localstatedir = @localstatedir@
+lt_ECHO = @lt_ECHO@
+mandir = @mandir@
+mkdir_p = @mkdir_p@
+oldincludedir = @oldincludedir@
+pdfdir = @pdfdir@
+prefix = @prefix@
+program_transform_name = @program_transform_name@
+psdir = @psdir@
+sbindir = @sbindir@
+sharedstatedir = @sharedstatedir@
+srcdir = @srcdir@
+sysconfdir = @sysconfdir@
+target_alias = @target_alias@
+top_build_prefix = @top_build_prefix@
+top_builddir = @top_builddir@
+top_srcdir = @top_srcdir@
+
+#SUBDIRS =
+EXTRA_DIST = COPYRIGHT LICENSE 00README clustalo.README squid-1.9g.tar.gz
+noinst_LTLIBRARIES = libsquid.la
+libsquid_la_SOURCES = a2m.c aligneval.c alignio.c \
+       clustal.c cluster.c \
+       dayhoff.c \
+       eps.c \
+       file.c \
+       getopt.c gki.c gki.h gsi.c gsi.h gsi64.c gsi64.h \
+       hsregex.c \
+       iupac.c \
+       msa.c msa.h msf.c \
+       phylip.c \
+       revcomp.c rk.c rk.h \
+       selex.c seqencode.c shuffle.c sqerror.c sqfuncs.h sqio.c squid.h squidcore.c \
+       sre_ctype.c sre_math.c sre_random.c sre_random.h sre_string.c \
+       ssi.c ssi.h stack.c stockholm.c stockholm.h stopwatch.c stopwatch.h \
+       translate.c types.c vectorops.c \
+       vectorops.h version.h \
+       weight.c
+
+library_includedir = $(includedir)/clustalo/squid
+library_include_HEADERS = gki.h gsi64.h msa.h rk.h \
+       squid.h stopwatch.h sqfuncs.h \
+       sre_random.h ssi.h stockholm.h \
+       vectorops.h version.h
+
+all: all-am
+
+.SUFFIXES:
+.SUFFIXES: .c .lo .o .obj
+$(srcdir)/Makefile.in:  $(srcdir)/Makefile.am  $(am__configure_deps)
+       @for dep in $?; do \
+         case '$(am__configure_deps)' in \
+           *$$dep*) \
+             ( cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh ) \
+               && { if test -f $@; then exit 0; else break; fi; }; \
+             exit 1;; \
+         esac; \
+       done; \
+       echo ' cd $(top_srcdir) && $(AUTOMAKE) --gnu  src/squid/Makefile'; \
+       cd $(top_srcdir) && \
+         $(AUTOMAKE) --gnu  src/squid/Makefile
+.PRECIOUS: Makefile
+Makefile: $(srcdir)/Makefile.in $(top_builddir)/config.status
+       @case '$?' in \
+         *config.status*) \
+           cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh;; \
+         *) \
+           echo ' cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $(subdir)/$@ $(am__depfiles_maybe)'; \
+           cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $(subdir)/$@ $(am__depfiles_maybe);; \
+       esac;
+
+$(top_builddir)/config.status: $(top_srcdir)/configure $(CONFIG_STATUS_DEPENDENCIES)
+       cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
+
+$(top_srcdir)/configure:  $(am__configure_deps)
+       cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
+$(ACLOCAL_M4):  $(am__aclocal_m4_deps)
+       cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
+
+clean-noinstLTLIBRARIES:
+       -test -z "$(noinst_LTLIBRARIES)" || rm -f $(noinst_LTLIBRARIES)
+       @list='$(noinst_LTLIBRARIES)'; for p in $$list; do \
+         dir="`echo $$p | sed -e 's|/[^/]*$$||'`"; \
+         test "$$dir" != "$$p" || dir=.; \
+         echo "rm -f \"$${dir}/so_locations\""; \
+         rm -f "$${dir}/so_locations"; \
+       done
+libsquid.la: $(libsquid_la_OBJECTS) $(libsquid_la_DEPENDENCIES) 
+       $(LINK)  $(libsquid_la_OBJECTS) $(libsquid_la_LIBADD) $(LIBS)
+
+mostlyclean-compile:
+       -rm -f *.$(OBJEXT)
+
+distclean-compile:
+       -rm -f *.tab.c
+
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/a2m.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/aligneval.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/alignio.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/clustal.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/cluster.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/dayhoff.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/eps.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/file.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/getopt.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/gki.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/gsi.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/gsi64.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/hsregex.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/iupac.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/msa.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/msf.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/phylip.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/revcomp.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/rk.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/selex.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/seqencode.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/shuffle.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/sqerror.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/sqio.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/squidcore.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/sre_ctype.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/sre_math.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/sre_random.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/sre_string.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/ssi.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/stack.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/stockholm.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/stopwatch.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/translate.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/types.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/vectorops.Plo@am__quote@
+@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/weight.Plo@am__quote@
+
+.c.o:
+@am__fastdepCC_TRUE@   $(COMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ $<
+@am__fastdepCC_TRUE@   mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@      source='$<' object='$@' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
+@am__fastdepCC_FALSE@  $(COMPILE) -c $<
+
+.c.obj:
+@am__fastdepCC_TRUE@   $(COMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ `$(CYGPATH_W) '$<'`
+@am__fastdepCC_TRUE@   mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@      source='$<' object='$@' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
+@am__fastdepCC_FALSE@  $(COMPILE) -c `$(CYGPATH_W) '$<'`
+
+.c.lo:
+@am__fastdepCC_TRUE@   $(LTCOMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ $<
+@am__fastdepCC_TRUE@   mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Plo
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@      source='$<' object='$@' libtool=yes @AMDEPBACKSLASH@
+@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
+@am__fastdepCC_FALSE@  $(LTCOMPILE) -c -o $@ $<
+
+mostlyclean-libtool:
+       -rm -f *.lo
+
+clean-libtool:
+       -rm -rf .libs _libs
+install-library_includeHEADERS: $(library_include_HEADERS)
+       @$(NORMAL_INSTALL)
+       test -z "$(library_includedir)" || $(MKDIR_P) "$(DESTDIR)$(library_includedir)"
+       @list='$(library_include_HEADERS)'; for p in $$list; do \
+         if test -f "$$p"; then d=; else d="$(srcdir)/"; fi; \
+         f=$(am__strip_dir) \
+         echo " $(library_includeHEADERS_INSTALL) '$$d$$p' '$(DESTDIR)$(library_includedir)/$$f'"; \
+         $(library_includeHEADERS_INSTALL) "$$d$$p" "$(DESTDIR)$(library_includedir)/$$f"; \
+       done
+
+uninstall-library_includeHEADERS:
+       @$(NORMAL_UNINSTALL)
+       @list='$(library_include_HEADERS)'; for p in $$list; do \
+         f=$(am__strip_dir) \
+         echo " rm -f '$(DESTDIR)$(library_includedir)/$$f'"; \
+         rm -f "$(DESTDIR)$(library_includedir)/$$f"; \
+       done
+
+ID: $(HEADERS) $(SOURCES) $(LISP) $(TAGS_FILES)
+       list='$(SOURCES) $(HEADERS) $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
+       unique=`for i in $$list; do \
+           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
+         done | \
+         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
+             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
+       mkid -fID $$unique
+tags: TAGS
+
+TAGS:  $(HEADERS) $(SOURCES)  $(TAGS_DEPENDENCIES) \
+               $(TAGS_FILES) $(LISP)
+       tags=; \
+       here=`pwd`; \
+       list='$(SOURCES) $(HEADERS)  $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
+       unique=`for i in $$list; do \
+           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
+         done | \
+         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
+             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
+       if test -z "$(ETAGS_ARGS)$$tags$$unique"; then :; else \
+         test -n "$$unique" || unique=$$empty_fix; \
+         $(ETAGS) $(ETAGSFLAGS) $(AM_ETAGSFLAGS) $(ETAGS_ARGS) \
+           $$tags $$unique; \
+       fi
+ctags: CTAGS
+CTAGS:  $(HEADERS) $(SOURCES)  $(TAGS_DEPENDENCIES) \
+               $(TAGS_FILES) $(LISP)
+       tags=; \
+       list='$(SOURCES) $(HEADERS)  $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
+       unique=`for i in $$list; do \
+           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
+         done | \
+         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
+             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
+       test -z "$(CTAGS_ARGS)$$tags$$unique" \
+         || $(CTAGS) $(CTAGSFLAGS) $(AM_CTAGSFLAGS) $(CTAGS_ARGS) \
+            $$tags $$unique
+
+GTAGS:
+       here=`$(am__cd) $(top_builddir) && pwd` \
+         && cd $(top_srcdir) \
+         && gtags -i $(GTAGS_ARGS) $$here
+
+distclean-tags:
+       -rm -f TAGS ID GTAGS GRTAGS GSYMS GPATH tags
+
+distdir: $(DISTFILES)
+       @srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
+       topsrcdirstrip=`echo "$(top_srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
+       list='$(DISTFILES)'; \
+         dist_files=`for file in $$list; do echo $$file; done | \
+         sed -e "s|^$$srcdirstrip/||;t" \
+             -e "s|^$$topsrcdirstrip/|$(top_builddir)/|;t"`; \
+       case $$dist_files in \
+         */*) $(MKDIR_P) `echo "$$dist_files" | \
+                          sed '/\//!d;s|^|$(distdir)/|;s,/[^/]*$$,,' | \
+                          sort -u` ;; \
+       esac; \
+       for file in $$dist_files; do \
+         if test -f $$file || test -d $$file; then d=.; else d=$(srcdir); fi; \
+         if test -d $$d/$$file; then \
+           dir=`echo "/$$file" | sed -e 's,/[^/]*$$,,'`; \
+           if test -d $(srcdir)/$$file && test $$d != $(srcdir); then \
+             cp -pR $(srcdir)/$$file $(distdir)$$dir || exit 1; \
+           fi; \
+           cp -pR $$d/$$file $(distdir)$$dir || exit 1; \
+         else \
+           test -f $(distdir)/$$file \
+           || cp -p $$d/$$file $(distdir)/$$file \
+           || exit 1; \
+         fi; \
+       done
+check-am: all-am
+check: check-am
+all-am: Makefile $(LTLIBRARIES) $(HEADERS)
+installdirs:
+       for dir in "$(DESTDIR)$(library_includedir)"; do \
+         test -z "$$dir" || $(MKDIR_P) "$$dir"; \
+       done
+install: install-am
+install-exec: install-exec-am
+install-data: install-data-am
+uninstall: uninstall-am
+
+install-am: all-am
+       @$(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) install-exec-am install-data-am
+
+installcheck: installcheck-am
+install-strip:
+       $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) INSTALL_PROGRAM="$(INSTALL_STRIP_PROGRAM)" \
+         install_sh_PROGRAM="$(INSTALL_STRIP_PROGRAM)" INSTALL_STRIP_FLAG=-s \
+         `test -z '$(STRIP)' || \
+           echo "INSTALL_PROGRAM_ENV=STRIPPROG='$(STRIP)'"` install
+mostlyclean-generic:
+
+clean-generic:
+
+distclean-generic:
+       -test -z "$(CONFIG_CLEAN_FILES)" || rm -f $(CONFIG_CLEAN_FILES)
+
+maintainer-clean-generic:
+       @echo "This command is intended for maintainers to use"
+       @echo "it deletes files that may require special tools to rebuild."
+clean: clean-am
+
+clean-am: clean-generic clean-libtool clean-noinstLTLIBRARIES \
+       mostlyclean-am
+
+distclean: distclean-am
+       -rm -rf ./$(DEPDIR)
+       -rm -f Makefile
+distclean-am: clean-am distclean-compile distclean-generic \
+       distclean-tags
+
+dvi: dvi-am
+
+dvi-am:
+
+html: html-am
+
+info: info-am
+
+info-am:
+
+install-data-am: install-library_includeHEADERS
+
+install-dvi: install-dvi-am
+
+install-exec-am:
+
+install-html: install-html-am
+
+install-info: install-info-am
+
+install-man:
+
+install-pdf: install-pdf-am
+
+install-ps: install-ps-am
+
+installcheck-am:
+
+maintainer-clean: maintainer-clean-am
+       -rm -rf ./$(DEPDIR)
+       -rm -f Makefile
+maintainer-clean-am: distclean-am maintainer-clean-generic
+
+mostlyclean: mostlyclean-am
+
+mostlyclean-am: mostlyclean-compile mostlyclean-generic \
+       mostlyclean-libtool
+
+pdf: pdf-am
+
+pdf-am:
+
+ps: ps-am
+
+ps-am:
+
+uninstall-am: uninstall-library_includeHEADERS
+
+.MAKE: install-am install-strip
+
+.PHONY: CTAGS GTAGS all all-am check check-am clean clean-generic \
+       clean-libtool clean-noinstLTLIBRARIES ctags distclean \
+       distclean-compile distclean-generic distclean-libtool \
+       distclean-tags distdir dvi dvi-am html html-am info info-am \
+       install install-am install-data install-data-am install-dvi \
+       install-dvi-am install-exec install-exec-am install-html \
+       install-html-am install-info install-info-am \
+       install-library_includeHEADERS install-man install-pdf \
+       install-pdf-am install-ps install-ps-am install-strip \
+       installcheck installcheck-am installdirs maintainer-clean \
+       maintainer-clean-generic mostlyclean mostlyclean-compile \
+       mostlyclean-generic mostlyclean-libtool pdf pdf-am ps ps-am \
+       tags uninstall uninstall-am uninstall-library_includeHEADERS
+
+# Tell versions [3.59,3.63) of GNU make to not export all variables.
+# Otherwise a system limit (for SysV at least) may be exceeded.
+.NOEXPORT:
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/a2m.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/a2m.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..35d4a37
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,134 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* a2m.c
+ * 
+ * reading/writing A2M (aligned FASTA) files.
+ * 
+ * RCS $Id: a2m.c 242 2011-05-27 14:04:21Z andreas $ (Original squid RCS Id: a2m.c,v 1.1 1999/07/15 22:26:40 eddy Exp)
+ */
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+#include "squid.h"
+#include "msa.h"
+
+/* Function: ReadA2M()
+ * Date:     SRE, Sun Jun  6 17:11:29 1999 [bus from Madison 1999 worm mtg]
+ *
+ * Purpose:  Parse an alignment read from an open A2M format
+ *           alignment file. A2M is a single alignment format.
+ *           Return the alignment, or NULL if we've already
+ *           read the alignment.
+ *
+ * Args:     afp - open alignment file
+ *
+ * Returns:  MSA *  - an alignment object. 
+ *                    Caller responsible for an MSAFree()
+ */
+MSA *
+ReadA2M(MSAFILE *afp)
+{
+  MSA  *msa;
+  char *buf;
+  char *name;
+  char *desc;
+  char *seq;
+  int   idx;
+  int   len1, len2;
+  
+  if (feof(afp->f)) return NULL;
+
+  name = NULL;
+  msa  = MSAAlloc(10, 0);
+  idx  = 0;
+  while ((buf = MSAFileGetLine(afp)) != NULL) 
+    {
+      if (*buf == '>') 
+       {
+         buf++;                /* skip the '>' */
+         if ((name = sre_strtok(&buf, WHITESPACE, &len1)) == NULL)
+           Die("Blank name in A2M file %s (line %d)\n", afp->fname, afp->linenumber);
+         desc = sre_strtok(&buf, "\n", &len2);
+       
+         idx = GKIStoreKey(msa->index, name);
+         if (idx >= msa->nseqalloc) MSAExpand(msa);
+
+         msa->sqname[idx] = sre_strdup(name, len1);
+         if (desc != NULL) MSASetSeqDescription(msa, idx, desc);
+         msa->nseq++;
+       } 
+      else if (name != NULL) 
+       {
+         if ((seq = sre_strtok(&buf, WHITESPACE, &len1)) == NULL) continue; 
+         msa->sqlen[idx] = sre_strcat(&(msa->aseq[idx]), msa->sqlen[idx], seq, len1);
+       }
+    } 
+  if (name == NULL) { MSAFree(msa); return NULL; }
+
+  MSAVerifyParse(msa);
+  return msa;
+}
+
+
+/* Function: WriteA2M()
+ * Date:     SRE, Sun Jun  6 17:40:35 1999 [bus from Madison, 1999 worm mtg]
+ *
+ * Purpose:  Write an "aligned FASTA" (aka a2m, to UCSC) formatted
+ *           alignment.
+ *
+ * Args:     fp    - open FILE to write to.
+ *           msa   - alignment to write
+ * 
+ * Returns:  void
+ */
+void
+#ifdef CLUSTALO
+WriteA2M(FILE *fp, MSA *msa, int vienna)
+#else
+WriteA2M(FILE *fp, MSA *msa)
+#endif
+{
+  int  idx;                    /* sequence index */
+  int  pos;                    /* position in sequence */
+  char buf[64];                        /* buffer for individual lines */
+  int  cpl = 60;               /* char per line; must be < 64 unless buf is bigger */
+
+  buf[cpl] = '\0';
+  for (idx = 0; idx < msa->nseq; idx++)
+    {
+#ifdef CLUSTALO
+               /* most fasta sequences don't have a description, which
+         * leads to a trailing white space in the original code 
+                */
+               fprintf(fp, ">%s",  msa->sqname[idx]);
+
+        if (msa->sqdesc != NULL && msa->sqdesc[idx] != NULL && !vienna) {
+            fprintf(fp, " %s", msa->sqdesc[idx]);
+        }
+        fprintf(fp, "\n");
+#else
+        fprintf(fp, ">%s %s\n", 
+                msa->sqname[idx],
+                (msa->sqdesc != NULL && msa->sqdesc[idx] != NULL) ? msa->sqdesc[idx] : "");
+#endif
+        for (pos = 0; pos < msa->alen; pos+=cpl)
+        {
+            strncpy(buf, &(msa->aseq[idx][pos]), cpl);
+                       if (vienna)
+                           fprintf(fp, "%s", buf);
+                       else
+                               fprintf(fp, "%s\n", buf);
+        }
+               if (vienna)
+                   fprintf(fp, "\n");
+
+    }
+}
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/aligneval.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/aligneval.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..52fef61
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,527 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* aligneval.c
+ * 
+ * Comparison of multiple alignments. Three functions are
+ * provided, using subtly different scoring schemes:
+ *    CompareMultAlignments()    - basic scoring scheme
+ *    CompareRefMultAlignments() - only certain "canonical" columns 
+ *                                 are scored
+ *                                 
+ * The similarity measure is a fractional alignment identity averaged
+ * over all sequence pairs. The score for all pairs is:
+ *      (identically aligned symbols) / (total aligned columns in 
+ *      known alignment)
+ *      
+ * A column c is identically aligned for sequences i, j if:
+ *    1) both i,j have a symbol aligned in column c, and the
+ *       same pair of symbols is aligned somewhere in the test
+ *       alignment
+ *    2) S[i][c] is aligned to a gap in sequence j, and that symbol
+ *       is aligned to a gap in the test alignment
+ *    3) converse of 2)
+ *    
+ *    
+ * The algorithm is as follows:
+ *    1) For each known/test aligned pair of sequences (k1,k2 and t1,t2)
+ *        construct a list for each sequence, in which for every
+ *        counted symbol we record the raw index of the symbol in
+ *        the other sequence that it aligns to, or -1 if it aligns
+ *        to a gap or uncounted symbol.
+ *        
+ *    2)  Compare the list for k1 to the list for t1 and count an identity 
+ *        for each correct alignment.
+ *        
+ *    3) Repeat 2) for comparing k2 to t2. Note that this means correct sym/sym
+ *       alignments count for 2; correct sym/gap alignments count for 1.
+ *    
+ *    4) The score is (identities from 2 + identities from 3) / 
+ *       (totals from 2 + totals from 3).
+ *
+ * Written originally for koala's ss2 pairwise alignment package.
+ * 
+ * Sean Eddy, Sun Nov  1 12:45:11 1992
+ * SRE, Thu Jul 29 16:47:18 1993: major revision: all functions replaced by new algorithm
+ * CVS $Id: aligneval.c,v 1.7 2002/10/09 14:26:09 eddy Exp)
+ */
+
+
+#include <stdio.h>
+#include <string.h>
+#include <ctype.h>
+#include "squid.h"
+#include "sre_random.h"
+
+static int make_alilist(char *s1, char *s2, int **ret_s1_list, int *ret_listlen);
+static int make_ref_alilist(int *refcoords, char *k1, char *k2, char *s1, char *s2, 
+                           int **ret_s1_list, int *ret_listlen);
+static int compare_lists(int *k1, int *k2, int *t1, int *t2, int len1, int len2, float *ret_sc);
+
+
+/* Function: ComparePairAlignments
+ * 
+ * Purpose:  Calculate and return a number representing how well two different alignments
+ *           of a pair of sequences compare. The number is, roughly speaking,
+ *           the fraction of columns which are identically aligned.
+ * 
+ *           For all columns c in which either known1[c] or known2[c] 
+ *           is a non-gap, count an identity if those same symbols are
+ *           aligned somewhere in calc1/calc2. The score is identities/total
+ *           columns examined. (i.e. fully gapped columns don't count)
+ * 
+ *           more explicitly, identities come from:
+ *             both known and test aligned pairs have the same symbol in the first sequence aligned to
+ *               a gap in the second sequence;
+ *             both known and test aligned pairs have the same symbol in the second sequence
+ *               aligned to a gap in the first sequence;
+ *             the known alignment has symbols aligned at this column, and the test
+ *               alignment aligns the same two symbols.
+ * 
+ * Args:     known1, known2: trusted alignment of two sequences
+ *           calc1, calc2:   test alignment of two sequences
+ *  
+ * Return:   Returns -1.0 on internal failure.
+ */
+float
+ComparePairAlignments(char *known1, char *known2, char *calc1, char *calc2)
+{
+  int *klist1;
+  int *klist2;
+  int *tlist1;
+  int *tlist2;
+  int len1, len2;
+  float score;
+
+  if (! make_alilist(calc1,  calc2,  &tlist1, &len1)) return -1.0;
+  if (! make_alilist(calc2,  calc1,  &tlist2, &len2)) return -1.0;
+  if (! make_alilist(known1, known2, &klist1, &len1)) return -1.0;
+  if (! make_alilist(known2, known1, &klist2, &len2)) return -1.0;
+  if (! compare_lists(klist1, klist2, tlist1, tlist2, len1, len2, &score)) return -1.0;
+  
+  free(klist1);
+  free(klist2);
+  free(tlist1);
+  free(tlist2);
+  return score;
+}
+
+
+
+/* Function: CompareRefPairAlignments()
+ * 
+ * Same as above, but the only columns that count are the ones
+ * with indices in *refcoord. *refcoord and the known1, known2
+ * pair must be in sync with each other (come from the same
+ * multiple sequence alignment)
+ *
+ * Args:     ref           - 0..alen-1 array of 1 or 0 
+ *           known1,known2 - trusted alignment
+ *           calc1, calc2  - test alignment           
+ *
+ * Return:  the fractional alignment identity on success, -1.0 on failure.
+ */
+float
+CompareRefPairAlignments(int  *ref, char *known1, char *known2, char *calc1, char *calc2)
+{
+  int *klist1;
+  int *klist2;
+  int *tlist1;
+  int *tlist2;
+  int len1, len2;
+  float score;
+
+  if (! make_ref_alilist(ref, known1, known2, calc1,  calc2,  &tlist1, &len1)) return -1.0;
+  if (! make_ref_alilist(ref, known2, known1, calc2,  calc1,  &tlist2, &len2)) return -1.0;
+  if (! make_ref_alilist(ref, known1, known2, known1, known2, &klist1, &len1)) return -1.0;
+  if (! make_ref_alilist(ref, known2, known1, known2, known1, &klist2, &len2)) return -1.0;
+  if (! compare_lists(klist1, klist2, tlist1, tlist2, len1, len2, &score)) return -1.0;
+  
+  free(klist1);
+  free(klist2);
+  free(tlist1);
+  free(tlist2);
+  return score;
+}
+
+/* Function: make_alilist()
+ * 
+ * Purpose:  Construct a list (array) mapping the raw symbols of s1
+ *           onto the indexes of the aligned symbols in s2 (or -1
+ *           for gaps in s2). The list (s1_list) will be of the
+ *           length of s1's raw sequence.
+ *           
+ * Args:     s1          - sequence to construct the list for
+ *           s2          - sequence s1 is aligned to
+ *           ret_s1_list - RETURN: the constructed list (caller must free)
+ *           ret_listlen - RETURN: length of the list
+ *           
+ * Returns:  1 on success, 0 on failure
+ */
+static int
+make_alilist(char *s1, char *s2, int **ret_s1_list, int *ret_listlen)
+{
+  int *s1_list;
+  int  col;                    /* column position in alignment */
+  int  r1, r2;                 /* raw symbol index at current col in s1, s2 */
+  
+  /* Malloc for s1_list. It can't be longer than s1 itself; we just malloc
+   * for that (and waste a wee bit of space)
+   */
+  s1_list = (int *) MallocOrDie (sizeof(int) * strlen(s1));
+  r1 = r2 = 0;
+  for (col = 0; s1[col] != '\0'; col++)
+    {
+      /* symbol in s1? Record what it's aligned to, and bump
+       * the r1 counter.
+       */
+      if (! isgap(s1[col]))
+       {
+         s1_list[r1] = isgap(s2[col]) ? -1 : r2;
+         r1++;
+       }
+
+      /* symbol in s2? bump the r2 counter
+       */
+      if (! isgap(s2[col]))
+       r2++;
+    }
+
+  *ret_listlen = r1;
+  *ret_s1_list = s1_list;
+  return 1;
+}
+
+
+
+/* Function: make_ref_alilist()
+ * 
+ * Purpose:  Construct a list (array) mapping the raw symbols of s1
+ *           which are under canonical columns of the ref alignment
+ *           onto the indexes of the aligned symbols in s2 (or -1
+ *           for gaps in s2 or noncanonical symbols in s2). 
+ *           
+ * Args:     ref:        - array of indices of canonical coords (1 canonical, 0 non)
+ *           k1          - s1's known alignment (w/ respect to refcoords)
+ *           k2          - s2's known alignment (w/ respect to refcoords)
+ *           s1          - sequence to construct the list for
+ *           s2          - sequence s1 is aligned to
+ *           ret_s1_list - RETURN: the constructed list (caller must free)
+ *           ret_listlen - RETURN: length of the list
+ *           
+ * Returns:  1 on success, 0 on failure
+ */
+/*ARGSUSED*/
+static int
+make_ref_alilist(int *ref, char *k1, char *k2,
+                char *s1, char *s2, int **ret_s1_list, int *ret_listlen)
+{
+  int *s1_list;
+  int  col;                    /* column position in alignment */
+  int  r1, r2;                 /* raw symbol index at current col in s1, s2 */
+  int *canons1;                        /* flag array, 1 if position i in s1 raw seq is canonical */
+  int  lpos;                   /* position in list */
+  
+  /* Allocations. No arrays can exceed the length of their
+   * appropriate parent (s1 or s2)
+   */
+  s1_list = (int *) MallocOrDie (sizeof(int) * strlen(s1));
+  canons1 = (int *) MallocOrDie (sizeof(int) * strlen(s1));
+
+  /* First we use refcoords and k1,k2 to construct an array of 1's 
+   * and 0's, telling us whether s1's raw symbol number i is countable.
+   * It's countable simply if it's under a canonical column.
+   */
+  r1 =  0;
+  for (col = 0; k1[col] != '\0'; col++)
+    {
+      if (! isgap(k1[col]))
+       {
+         canons1[r1] = ref[col] ? 1 : 0;
+         r1++;
+       }
+    }
+
+  /* Now we can construct the list. We don't count pairs if the sym in s1
+   * is non-canonical.
+   * We have to keep separate track of our position in the list (lpos)
+   * from our positions in the raw sequences (r1,r2)
+   */
+  r1 = r2 = lpos = 0;
+  for (col = 0; s1[col] != '\0'; col++)
+    {
+      if (! isgap(s1[col]) && canons1[r1])
+       {
+         s1_list[lpos] = isgap(s2[col]) ? -1 : r2;
+         lpos++;
+       }
+      
+      if (! isgap(s1[col]))
+       r1++;
+      if (! isgap(s2[col]))
+       r2++;
+    }
+
+  free(canons1);
+  *ret_listlen = lpos;
+  *ret_s1_list = s1_list;
+  return 1;
+}
+
+/* Function: compare_lists()
+ * 
+ * Purpose:  Given four alignment lists (k1,k2, t1,t2), calculate the
+ *           alignment score.
+ *           
+ * Args:     k1   - list of k1's alignment to k2
+ *           k2   - list of k2's alignment to k1
+ *           t1   - list of t1's alignment to t2
+ *           t2   - list of t2's alignment to t2
+ *           len1 - length of k1, t1 lists (same by definition)
+ *           len2 - length of k2, t2 lists (same by definition)
+ *           ret_sc - RETURN: identity score of alignment
+ *
+ * Return:   1 on success, 0 on failure.
+ */           
+static int
+compare_lists(int *k1, int *k2, int *t1, int *t2, int len1, int len2, float *ret_sc)
+{
+  float id;
+  float tot;
+  int   i;
+
+  id = tot = 0.0;
+  for (i = 0; i < len1; i++)
+    {
+      tot += 1.0;
+      if (t1[i] == k1[i]) id += 1.0;
+    }
+
+  for ( i = 0; i < len2; i++)
+    {
+      tot += 1.0;
+      if (k2[i] == t2[i]) id += 1.0;
+    }
+
+  *ret_sc = id / tot;
+  return 1;
+}
+
+
+/* Function: CompareMultAlignments
+ * 
+ * Purpose:  Invokes pairwise alignment comparison for every possible pair,
+ *           and returns the average score over all N(N-1) of them or -1.0
+ *           on an internal failure.
+ * 
+ *           Can be slow for large N, since it's quadratic.
+ *
+ * Args:     kseqs  - trusted multiple alignment
+ *           tseqs  - test multiple alignment
+ *           N      - number of sequences
+ *           
+ * Return:   average identity score, or -1.0 on failure.          
+ */
+float
+CompareMultAlignments(char **kseqs, char **tseqs, int N)
+{
+  int    i, j;                 /* counters for sequences */
+  float  score;
+  float  tot_score = 0.0;
+                               /* do all pairwise comparisons */
+  for (i = 0; i < N; i++)
+    for (j = i+1; j < N; j++)
+      {
+       score = ComparePairAlignments(kseqs[i], kseqs[j], tseqs[i], tseqs[j]);
+       if (score < 0.0) return -1.0;
+       tot_score += score;
+      }
+  return ((tot_score * 2.0) / ((float) N * ((float) N - 1.0)));
+}
+
+
+
+/* Function: CompareRefMultAlignments()
+ * 
+ * Purpose:  Same as above, except an array of reference coords for
+ *           the canonical positions of the known alignment is also
+ *           provided.
+ *
+ * Args:     ref      : 0..alen-1 array of 1/0 flags, 1 if canon
+ *           kseqs    : trusted alignment
+ *           tseqs    : test alignment
+ *           N        : number of sequences
+ *
+ * Return:   average identity score, or -1.0 on failure
+ */
+float
+CompareRefMultAlignments(int   *ref, char **kseqs, char **tseqs, int N)
+{
+  int    i, j;                 /* counters for sequences */
+  float  score;
+  float  tot_score = 0.0;
+  
+                               /* do all pairwise comparisons */
+  for (i = 0; i < N; i++)
+    for (j = i+1; j < N; j++)
+      {
+       score = CompareRefPairAlignments(ref, kseqs[i], kseqs[j], tseqs[i], tseqs[j]);
+       if (score < 0.0) return -1.0;
+       tot_score += score;
+      }
+  return ((tot_score * 2.0)/ ((float) N * ((float) N - 1.0)));
+}
+
+/* Function: PairwiseIdentity()
+ * 
+ * Purpose:  Calculate the pairwise fractional identity between
+ *           two aligned sequences s1 and s2. This is simply
+ *           (idents / MIN(len1, len2)).
+ *
+ *           Note how many ways there are to calculate pairwise identity,
+ *           because of the variety of choices for the denominator:
+ *           idents/(idents+mismat) has the disadvantage that artifactual
+ *             gappy alignments would have high "identities".
+ *           idents/(AVG|MAX)(len1,len2) both have the disadvantage that 
+ *             alignments of fragments to longer sequences would have
+ *             artifactually low "identities".
+ *           
+ *  Original Case sensitive; also, watch out in nucleic acid alignments; 
+ *           U/T RNA/DNA alignments will be counted as mismatches!
+ *
+ *  Clustal Omega patch: Case insensitive and T and U are treated the same
+ */
+float
+PairwiseIdentity(char *s1, char *s2)
+{
+  int     idents;              /* total identical positions  */
+  int     len1, len2;          /* lengths of seqs            */
+  int     x;                   /* position in aligned seqs   */
+
+  idents = len1 = len2 = 0;
+  for (x = 0; s1[x] != '\0' && s2[x] != '\0'; x++) 
+    {
+#ifdef CLUSTALO
+      char c1 = toupper(s1[x]);
+      char c2 = toupper(s2[x]);
+      if (c1=='U')
+          c1 = 'T';
+      if (c2=='U')
+          c2 = 'T';
+      
+      if (!isgap(c1)) {
+          len1++;
+          if (c1 == c2)
+              idents++;
+      }
+      if (!isgap(c2))
+          len2++;        
+#else        
+      if (!isgap(s1[x])) {
+       len1++;
+       if (s1[x] == s2[x]) idents++; 
+      }
+      if (!isgap(s2[x])) len2++;
+#endif
+    }
+  if (len2 < len1) len1 = len2;
+  return (len1 == 0 ? 0.0 : (float) idents / (float) len1);
+}
+
+
+
+/* Function: AlignmentIdentityBySampling()
+ * Date:     SRE, Mon Oct 19 14:29:01 1998 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Estimate and return the average pairwise
+ *           fractional identity of an alignment,
+ *           using sampling.
+ *           
+ *           For use when there's so many sequences that
+ *           an all vs. all rigorous calculation will
+ *           take too long.
+ *           
+ *           Case sensitive!
+ *
+ * Args:     aseq       - aligned sequences
+ *           L          - length of alignment
+ *           N          - number of seqs in alignment
+ *           nsample    - number of samples                     
+ *
+ * Returns:  average fractional identity, 0..1.
+ */
+float
+AlignmentIdentityBySampling(char **aseq, int L, int N, int nsample)
+{
+  int x, i, j;                 /* counters */
+  float sum;
+
+  if (N < 2) return 1.0;
+
+  sum = 0.;
+  for (x = 0; x < nsample; x++)
+    {
+      i = CHOOSE(N);
+      do { j = CHOOSE(N); } while (j == i); /* make sure j != i */
+      sum += PairwiseIdentity(aseq[i], aseq[j]);
+    }
+  return sum / (float) nsample;
+}
+
+/* Function: MajorityRuleConsensus()
+ * Date:     SRE, Tue Mar  7 15:30:30 2000 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Given a set of aligned sequences, produce a
+ *           majority rule consensus sequence. If >50% nonalphabetic
+ *           (usually meaning gaps) in the column, ignore the column.
+ *
+ * Args:     aseq  - aligned sequences, [0..nseq-1][0..alen-1]
+ *           nseq  - number of sequences
+ *           alen  - length of alignment        
+ *
+ * Returns:  ptr to allocated consensus sequence.
+ *           Caller is responsible for free'ing this.
+ */
+char *
+MajorityRuleConsensus(char **aseq, int nseq, int alen)
+{
+  char *cs;                     /* RETURN: consensus sequence */
+  int count[27];               /* counts for a..z and gaps in a column */
+  int idx,apos;                        /* counters for seq, column */
+  int spos;                    /* position in cs */
+  int x;                       /* counter for characters */
+  int sym;
+  int max, bestx;
+  
+  cs = MallocOrDie(sizeof(char) * (alen+1));
+  
+  for (spos=0,apos=0; apos < alen; apos++)
+    {
+      for (x = 0; x < 27; x++) count[x] = 0;
+
+      for (idx = 0; idx < nseq; idx++)
+       {
+         if (isalpha(aseq[idx][apos])) {
+           sym = toupper(aseq[idx][apos]);
+           count[sym-'A']++;
+         } else {
+           count[26]++;
+         }
+       }
+
+      if ((float) count[26] / (float) nseq <= 0.5) {
+       max = bestx = -1;
+       for (x = 0; x < 26; x++) 
+         if (count[x] > max) { max = count[x]; bestx = x; }
+       cs[spos++] = (char) ('A' + bestx);
+      }
+    }
+  cs[spos] = '\0';
+  return cs;
+}
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/alignio.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/alignio.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..0831556
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,639 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* alignio.c
+ * SRE, Mon Jul 12 11:57:37 1993
+ * RCS $Id: alignio.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: alignio.c,v 1.11 2002/10/09 14:26:09 eddy Exp)
+ * 
+ * Input/output of sequence alignments.
+ */
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+#include <ctype.h>
+#include "squid.h"
+#include "sre_random.h"
+
+/* Function: AllocAlignment()
+ * 
+ * Purpose:  Allocate space for an alignment, given the number
+ *           of sequences and the alignment length in columns.
+ *           
+ * Args:     nseq     - number of sequences
+ *           alen     - width of alignment
+ *           ret_aseq - RETURN: alignment itself
+ *           ainfo    - RETURN: other info associated with alignment
+ *           
+ * Return:   (void)
+ *           aseq, ainfo free'd by caller: FreeAlignment(aseq, &ainfo).
+ *           note that ainfo itself is alloc'ed in caller, usually
+ *           just by a "AINFO ainfo" definition.
+ */
+void
+AllocAlignment(int nseq, int alen, char ***ret_aseq, AINFO *ainfo)
+{
+  char **aseq;
+  int idx;
+
+  InitAinfo(ainfo);
+
+  aseq = (char **) MallocOrDie (sizeof(char *) * nseq);
+  for (idx = 0; idx < nseq; idx++)
+    aseq[idx] = (char *) MallocOrDie (sizeof(char) * (alen+1));
+
+  ainfo->alen  = alen;
+  ainfo->nseq  = nseq;
+
+  ainfo->wgt   = (float *) MallocOrDie (sizeof(float) * nseq);
+  FSet(ainfo->wgt, nseq, 1.0);
+
+  ainfo->sqinfo = (SQINFO *) MallocOrDie (sizeof(SQINFO) * nseq);
+  for (idx = 0; idx < nseq; idx++)
+    ainfo->sqinfo[idx].flags = 0;
+
+  *ret_aseq = aseq;
+}
+
+/* Function: InitAinfo()
+ * Date:     SRE, Tue Jan 19 10:16:02 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Initialize the fields in ainfo structure to
+ *           default (null) values. Does nothing with 
+ *           fields that are dependent on nseq or alen.
+ *
+ * Args:     ainfo  - optional info structure for an alignment
+ *
+ * Returns:  (void). ainfo is modified.
+ */
+void
+InitAinfo(AINFO *ainfo)
+{
+  ainfo->name  = NULL;
+  ainfo->desc  = NULL;
+  ainfo->cs    = NULL;
+  ainfo->rf    = NULL;
+  ainfo->acc   = NULL;
+  ainfo->au    = NULL;
+  ainfo->flags = 0;
+
+  ainfo->tc1  = ainfo->tc2 = 0.0;
+  ainfo->nc1  = ainfo->nc2 = 0.0;
+  ainfo->ga1  = ainfo->ga2 = 0.0;
+}
+
+
+/* Function: FreeAlignment()
+ * 
+ * Purpose:  Free the space allocated to alignment, names, and optional
+ *           information. 
+ *           
+ * Args:     aseqs - sequence alignment
+ *           ainfo - associated alignment data.
+ */                  
+void
+FreeAlignment(char **aseqs, AINFO *ainfo)
+{
+  int i;
+
+  for (i = 0; i < ainfo->nseq; i++)
+    {
+      if (ainfo->sqinfo[i].flags & SQINFO_SS) free(ainfo->sqinfo[i].ss);
+      if (ainfo->sqinfo[i].flags & SQINFO_SA) free(ainfo->sqinfo[i].sa);
+    }
+  if (ainfo->cs   != NULL) free(ainfo->cs);
+  if (ainfo->rf   != NULL) free(ainfo->rf);
+  if (ainfo->name != NULL) free(ainfo->name);
+  if (ainfo->desc != NULL) free(ainfo->desc);
+  if (ainfo->acc  != NULL) free(ainfo->acc);
+  if (ainfo->au   != NULL) free(ainfo->au);
+
+  free(ainfo->sqinfo);
+  free(ainfo->wgt);
+  Free2DArray((void **) aseqs, ainfo->nseq);
+}
+
+
+
+/* Function: SAMizeAlignment()
+ * Date:     SRE, Tue Jun 30 09:49:40 1998 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Make a "best effort" attempt to convert an alignment
+ *           to SAM gap format: - in delete col, . in insert col.
+ *           Only works if alignment adheres to SAM's upper/lower
+ *           case convention, which is true for instance of old
+ *           HMMER alignments.
+ *
+ * Args:     aseq  - alignment to convert
+ *           nseq  - number of seqs in alignment
+ *           alen  - length of alignment
+ *
+ * Returns:  (void)
+ */
+void
+SAMizeAlignment(char **aseq, int nseq, int alen)
+{
+  int col;                     /* counter for aligned columns */
+  int i;                       /* counter for seqs */
+  int sawlower, sawupper, sawgap;
+  char gapchar;
+
+  for (col = 0; col < alen; col++)
+    {
+      sawlower = sawupper = sawgap = 0;
+                               /* pass 1: do we see only upper or lower? */
+      for (i = 0; i < nseq; i++)
+       {
+         if (isgap(aseq[i][col]))         { sawgap   = 1; continue; }
+         if (isupper((int) aseq[i][col])) { sawupper = 1; continue; }
+         if (islower((int) aseq[i][col]))   sawlower = 1;
+       }
+                               /* select gap character for column */
+      gapchar = '-';           /* default */
+      if (sawlower && ! sawupper) gapchar = '.';
+
+                               /* pass 2: set gap char */
+      for (i = 0; i < nseq; i++)
+       if (isgap(aseq[i][col])) aseq[i][col] = gapchar;
+    }
+}
+
+
+/* Function: SAMizeAlignmentByGapFrac()
+ * Date:     SRE, Tue Jun 30 10:58:38 1998 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Convert an alignment to SAM's gap and case
+ *           conventions, using gap fraction in a column
+ *           to choose match versus insert columns. In match columns,
+ *           residues are upper case and gaps are '-'.
+ *           In insert columns, residues are lower case and
+ *           gaps are '.'
+ *
+ * Args:     aseq   - aligned sequences
+ *           nseq   - number of sequences
+ *           alen   - length of alignment
+ *           maxgap - if more gaps than this fraction, column is insert.
+ *
+ * Returns:  (void) Characters in aseq may be altered.
+ */
+void
+SAMizeAlignmentByGapFrac(char **aseq, int nseq, int alen, float maxgap)
+{
+  int apos;                    /* counter over columns */
+  int idx;                     /* counter over sequences */
+  int ngap;                    /* number of gaps seen */
+
+  for (apos = 0; apos < alen; apos++)
+    {
+                               /* count gaps */
+      ngap = 0;
+      for (idx = 0; idx < nseq; idx++)
+       if (isgap(aseq[idx][apos])) ngap++;
+      
+                               /* convert to SAM conventions */
+      if ((float) ngap / (float) nseq > maxgap)
+       {                       /* insert column */
+         for (idx = 0; idx < nseq; idx++)
+           if (isgap(aseq[idx][apos])) aseq[idx][apos] = '.';
+           else aseq[idx][apos] = (char) tolower((int) aseq[idx][apos]);
+       }
+      else                     
+       {                       /* match column */
+         for (idx = 0; idx < nseq; idx++)
+           if (isgap(aseq[idx][apos])) aseq[idx][apos] = '-';
+           else aseq[idx][apos] = (char) toupper((int) aseq[idx][apos]);
+       }
+    }
+}
+
+
+
+
+/* Function: MakeAlignedString()
+ * 
+ * Purpose:  Given a raw string of some type (secondary structure, say),
+ *           align it to a given aseq by putting gaps wherever the
+ *           aseq has gaps. 
+ *           
+ * Args:     aseq:  template for alignment
+ *           alen:  length of aseq
+ *           ss:    raw string to align to aseq
+ *           ret_s: RETURN: aligned ss
+ *           
+ * Return:   1 on success, 0 on failure (and squid_errno is set.)
+ *           ret_ss is malloc'ed here and must be free'd by caller.
+ */
+int
+MakeAlignedString(char *aseq, int alen, char *ss, char **ret_s)
+{
+  char *new; 
+  int   apos, rpos;
+
+  new = (char *) MallocOrDie ((alen+1) * sizeof(char));
+  for (apos = rpos = 0; apos < alen; apos++)
+    if (! isgap(aseq[apos]))
+      {
+       new[apos] = ss[rpos];
+       rpos++;
+      }
+    else
+      new[apos] = '.';
+  new[apos] = '\0';
+
+  if (rpos != strlen(ss))
+    { squid_errno = SQERR_PARAMETER; free(new); return 0; }
+  *ret_s = new;
+  return 1;
+}
+
+
+/* Function: MakeDealignedString()
+ * 
+ * Purpose:  Given an aligned string of some type (either sequence or 
+ *           secondary structure, for instance), dealign it relative
+ *           to a given aseq. Return a ptr to the new string.
+ *           
+ * Args:     aseq  : template alignment 
+ *           alen  : length of aseq
+ *           ss:   : string to make dealigned copy of; same length as aseq
+ *           ret_s : RETURN: dealigned copy of ss
+ *           
+ * Return:   1 on success, 0 on failure (and squid_errno is set)
+ *           ret_s is alloc'ed here and must be freed by caller
+ */
+int
+MakeDealignedString(char *aseq, int alen, char *ss, char **ret_s)
+{
+  char *new; 
+  int   apos, rpos;
+
+  new = (char *) MallocOrDie ((alen+1) * sizeof(char));
+  for (apos = rpos = 0; apos < alen; apos++)
+    if (! isgap(aseq[apos]))
+      {
+       new[rpos] = ss[apos];
+       rpos++;
+      }
+  new[rpos] = '\0';
+  if (alen != strlen(ss))
+    { squid_errno = SQERR_PARAMETER; free(new); return 0; }
+  *ret_s = new;
+  return 1;
+}
+
+
+/* Function: DealignedLength()
+ *
+ * Purpose:  Count the number of non-gap symbols in seq.
+ *           (i.e. find the length of the unaligned sequence)
+ * 
+ * Args:     aseq - aligned sequence to count symbols in, \0 terminated
+ * 
+ * Return:   raw length of seq.
+ */
+int
+DealignedLength(char *aseq)
+{
+  int rlen; 
+  for (rlen = 0; *aseq; aseq++)
+    if (! isgap(*aseq)) rlen++;
+  return rlen;
+}
+
+
+/* Function: WritePairwiseAlignment()
+ * 
+ * Purpose:  Write a nice formatted pairwise alignment out,
+ *           with a BLAST-style middle line showing identities
+ *           as themselves (single letter) and conservative
+ *           changes as '+'.
+ *           
+ * Args:     ofp          - open fp to write to (stdout, perhaps)
+ *           aseq1, aseq2 - alignments to write (not necessarily 
+ *                          flushed right with gaps)
+ *           name1, name2 - names of sequences
+ *           spos1, spos2 - starting position in each (raw) sequence
+ *           pam          - PAM matrix; positive values define
+ *                          conservative changes
+ *           indent       - how many extra spaces to print on left
+ *           
+ * Return:  1 on success, 0 on failure
+ */
+int
+WritePairwiseAlignment(FILE *ofp,
+                      char *aseq1, char *name1, int spos1,
+                      char *aseq2, char *name2, int spos2,
+                      int **pam, int indent)
+{
+  char sname1[11];              /* shortened name               */
+  char sname2[11];             
+  int  still_going;            /* True if writing another block */
+  char buf1[61];               /* buffer for writing seq1; CPL+1*/
+  char bufmid[61];              /* buffer for writing consensus  */
+  char buf2[61];
+  char *s1, *s2;                /* ptrs into each sequence          */
+  int  count1, count2;         /* number of symbols we're writing  */
+  int  rpos1, rpos2;           /* position in raw seqs             */
+  int  rawcount1, rawcount2;   /* number of nongap symbols written */
+  int  apos;
+
+  strncpy(sname1, name1, 10);
+  sname1[10] = '\0';
+  strtok(sname1, WHITESPACE);
+
+  strncpy(sname2, name2, 10);
+  sname2[10] = '\0';
+  strtok(sname2, WHITESPACE);
+
+  s1 = aseq1; 
+  s2 = aseq2;
+  rpos1 = spos1;
+  rpos2 = spos2;
+
+  still_going = TRUE;
+  while (still_going)
+    {
+      still_going = FALSE;
+      
+                               /* get next line's worth from both */
+      strncpy(buf1, s1, 60); buf1[60] = '\0';
+      strncpy(buf2, s2, 60); buf2[60] = '\0';
+      count1 = strlen(buf1);
+      count2 = strlen(buf2);
+
+                               /* is there still more to go? */
+      if ((count1 == 60 && s1[60] != '\0') ||
+         (count2 == 60 && s2[60] != '\0'))
+       still_going = TRUE;
+
+                               /* shift seq ptrs by a line */
+      s1 += count1;
+      s2 += count2;
+
+                               /* assemble the consensus line */
+      for (apos = 0; apos < count1 && apos < count2; apos++)
+       {
+         if (!isgap(buf1[apos]) && !isgap(buf2[apos]))
+           {
+             if (buf1[apos] == buf2[apos])
+               bufmid[apos] = buf1[apos];
+             else if (pam[buf1[apos] - 'A'][buf2[apos] - 'A'] > 0)
+               bufmid[apos] = '+';
+             else
+               bufmid[apos] = ' ';
+           }
+         else
+           bufmid[apos] = ' ';
+       }
+      bufmid[apos] = '\0';
+
+      rawcount1 = 0;
+      for (apos = 0; apos < count1; apos++)
+       if (!isgap(buf1[apos])) rawcount1++;
+      
+      rawcount2 = 0;
+      for (apos = 0; apos < count2; apos++)
+       if (!isgap(buf2[apos])) rawcount2++;
+
+      (void) fprintf(ofp, "%*s%-10.10s %5d %s %5d\n", indent, "", 
+                    sname1, rpos1, buf1, rpos1 + rawcount1 -1);
+      (void) fprintf(ofp, "%*s                 %s\n", indent, "",
+                    bufmid);
+      (void) fprintf(ofp, "%*s%-10.10s %5d %s %5d\n", indent, "", 
+                    sname2, rpos2, buf2, rpos2 + rawcount2 -1);
+      (void) fprintf(ofp, "\n");
+
+      rpos1 += rawcount1;
+      rpos2 += rawcount2;
+    }
+
+  return 1;
+}
+
+
+/* Function: MingapAlignment()
+ * 
+ * Purpose:  Remove all-gap columns from a multiple sequence alignment
+ *           and its associated data. The alignment is assumed to be
+ *           flushed (all aseqs the same length).
+ */
+int
+MingapAlignment(char **aseqs, AINFO *ainfo)
+{
+  int apos;                    /* position in original alignment */
+  int mpos;                    /* position in new alignment      */
+  int idx;
+
+  /* We overwrite aseqs, using its allocated memory.
+   */
+  for (apos = 0, mpos = 0; aseqs[0][apos] != '\0'; apos++)
+    {
+                               /* check for all-gap in column */
+      for (idx = 0; idx < ainfo->nseq; idx++)
+       if (! isgap(aseqs[idx][apos]))
+         break;
+      if (idx == ainfo->nseq) continue;
+       
+                               /* shift alignment and ainfo */
+      if (mpos != apos)
+       {
+         for (idx = 0; idx < ainfo->nseq; idx++)
+           aseqs[idx][mpos] = aseqs[idx][apos];
+         
+         if (ainfo->cs != NULL) ainfo->cs[mpos] = ainfo->cs[apos];
+         if (ainfo->rf != NULL) ainfo->rf[mpos] = ainfo->rf[apos];
+       }
+      mpos++;
+    }
+                               /* null terminate everything */
+  for (idx = 0; idx < ainfo->nseq; idx++)
+    aseqs[idx][mpos] = '\0';
+  ainfo->alen = mpos;  /* set new length */
+  if (ainfo->cs != NULL) ainfo->cs[mpos] = '\0';
+  if (ainfo->rf != NULL) ainfo->rf[mpos] = '\0';
+  return 1;
+}
+
+
+
+/* Function: RandomAlignment()
+ * 
+ * Purpose:  Create a random alignment from raw sequences.
+ * 
+ *           Ideally, we would like to sample an alignment from the
+ *           space of possible alignments according to its probability,
+ *           given a prior probability distribution for alignments.
+ *           I don't see how to describe such a distribution, let alone
+ *           sample it.
+ *           
+ *           This is a rough approximation that tries to capture some
+ *           desired properties. We assume the alignment is generated
+ *           by a simple HMM composed of match and insert states.
+ *           Given parameters (pop, pex) for the probability of opening
+ *           and extending an insertion, we can find the expected number
+ *           of match states, M, in the underlying model for each sequence.
+ *           We use an average M taken over all the sequences (this is
+ *           an approximation. The expectation of M given all the sequence
+ *           lengths is a nasty-looking summation.)
+ *           
+ *           M = len / ( 1 + pop ( 1 + 1/ (1-pex) ) ) 
+ *           
+ *           Then, we assign positions in each raw sequence onto the M match
+ *           states and M+1 insert states of this "HMM", by rolling random
+ *           numbers and inserting the (rlen-M) inserted positions randomly
+ *           into the insert slots, taking into account the relative probability
+ *           of open vs. extend.
+ *           
+ *           The resulting alignment has two desired properties: insertions
+ *           tend to follow the HMM-like exponential distribution, and
+ *           the "sparseness" of the alignment is controllable through
+ *           pop and pex.
+ *           
+ * Args:     rseqs     - raw sequences to "align", 0..nseq-1
+ *           sqinfo    - array of 0..nseq-1 info structures for the sequences
+ *           nseq      - number of sequences   
+ *           pop       - probability to open insertion (0<pop<1)
+ *           pex       - probability to extend insertion (0<pex<1)
+ *           ret_aseqs - RETURN: alignment (flushed)
+ *           ainfo     - fill in: alignment info
+ * 
+ * Return:   1 on success, 0 on failure. Sets squid_errno to indicate cause
+ *           of failure.
+ */                      
+int
+RandomAlignment(char **rseqs, SQINFO *sqinfo, int nseq, float pop, float pex,
+               char ***ret_aseqs, AINFO *ainfo)
+{
+  char **aseqs;                 /* RETURN: alignment   */
+  int    alen;                 /* length of alignment */
+  int   *rlen;                  /* lengths of each raw sequence */
+  int    M;                    /* length of "model"   */
+  int  **ins;                   /* insertion counts, 0..nseq-1 by 0..M */
+  int   *master_ins;            /* max insertion counts, 0..M */
+  int    apos, rpos, idx;
+  int    statepos;
+  int    count;
+  int    minlen;
+
+  /* calculate expected length of model, M
+   */
+  rlen = (int *) MallocOrDie (sizeof(int) * nseq);
+  M = 0;
+  minlen = 9999999;
+  for (idx = 0; idx < nseq; idx++)
+    {
+      rlen[idx] = strlen(rseqs[idx]);
+      M += rlen[idx];
+      minlen = (rlen[idx] < minlen) ? rlen[idx] : minlen;
+    }
+  M = (int) ((float) M / (1.0 + pop * (1.0 + 1.0 / (1.0 - pex))));
+  M /= nseq;
+  if (M > minlen) M = minlen;
+
+  /* make arrays that count insertions in M+1 possible insert states
+   */
+  ins = (int **) MallocOrDie (sizeof(int *) * nseq);
+  master_ins = (int *) MallocOrDie (sizeof(int) * (M+1));
+  for (idx = 0; idx < nseq; idx++)
+    {
+      ins[idx] = (int *) MallocOrDie (sizeof(int) * (M+1));
+      for (rpos = 0; rpos <= M; rpos++)
+       ins[idx][rpos] = 0;
+    }
+                               /* normalize */
+  pop = pop / (pop+pex);
+  pex = 1.0 - pop;
+                               /* make insertions for individual sequences */
+  for (idx = 0; idx < nseq; idx++)
+    {
+      apos = -1;
+      for (rpos = 0; rpos < rlen[idx]-M; rpos++)
+       {
+         if (sre_random() < pop || apos == -1) /* open insertion */
+           apos = CHOOSE(M+1);        /* choose 0..M */
+         ins[idx][apos]++;
+       }
+    }
+                               /* calculate master_ins, max inserts */
+  alen = M;
+  for (apos = 0; apos <= M; apos++)
+    {
+      master_ins[apos] = 0;
+      for (idx = 0; idx < nseq; idx++)
+       if (ins[idx][apos] > master_ins[apos])
+         master_ins[apos] = ins[idx][apos];
+      alen += master_ins[apos];
+    }
+
+
+  /* Now, construct alignment
+   */
+  aseqs = (char **) MallocOrDie (sizeof (char *) * nseq);
+  for (idx = 0; idx < nseq; idx++)
+    aseqs[idx] = (char *) MallocOrDie (sizeof(char) * (alen+1));
+  for (idx = 0; idx < nseq; idx++)
+    {
+      apos = rpos = 0;
+
+      for (statepos = 0; statepos <= M; statepos++)
+       {
+         for (count = 0; count < ins[idx][statepos]; count++)
+           aseqs[idx][apos++] = rseqs[idx][rpos++];
+         for (; count < master_ins[statepos]; count++)
+           aseqs[idx][apos++] = ' ';
+
+         if (statepos != M)
+           aseqs[idx][apos++] = rseqs[idx][rpos++];
+       }
+      aseqs[idx][alen] = '\0';
+    }
+  ainfo->flags = 0;
+  ainfo->alen  = alen; 
+  ainfo->nseq  = nseq;
+  ainfo->sqinfo = (SQINFO *) MallocOrDie (sizeof(SQINFO) * nseq);
+  for (idx = 0; idx < nseq; idx++)
+    SeqinfoCopy(&(ainfo->sqinfo[idx]), &(sqinfo[idx]));
+
+  free(rlen);
+  free(master_ins);
+  Free2DArray((void **) ins, nseq);
+  *ret_aseqs = aseqs;
+  return 1;
+}
+
+/* Function: AlignmentHomogenousGapsym()
+ * Date:     SRE, Sun Mar 19 19:37:12 2000 [wren, St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Sometimes we've got to convert alignments to 
+ *           a lowest common denominator, and we need
+ *           a single specific gap character -- for example,
+ *           PSI-BLAST blastpgp -B takes a very simplistic
+ *           alignment input format which appears to only
+ *           allow '-' as a gap symbol.
+ *           
+ *           Anything matching the isgap() macro is
+ *           converted.
+ *
+ * Args:     aseq   - aligned character strings, [0..nseq-1][0..alen-1]
+ *           nseq   - number of aligned strings
+ *           alen   - length of alignment
+ *           gapsym - character to use for gaps.         
+ *
+ * Returns:  void ("never fails")
+ */
+void
+AlignmentHomogenousGapsym(char **aseq, int nseq, int alen, char gapsym)
+{
+  int i, apos;
+
+  for (i = 0; i < nseq; i++)
+    for (apos = 0; apos < alen; apos++)
+      if (isgap(aseq[i][apos])) aseq[i][apos] = gapsym;
+}
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/clustal.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/clustal.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..7077de9
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,329 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* clustal.c
+ * SRE, Sun Jun  6 17:50:45 1999 [bus from Madison, 1999 worm mtg]
+ * 
+ * Import/export of ClustalV/W multiple sequence alignment
+ * formatted files. Derivative of msf.c; MSF is a pretty
+ * generic interleaved format.   
+ * 
+ * RCS $Id: clustal.c 228 2011-03-29 14:05:27Z dave $ (Original squid RCS Id: clustal.c,v 1.1 1999/07/15 22:26:53 eddy Exp)
+ */
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+#include <ctype.h>
+#include "squid.h"
+#include "msa.h"
+
+#ifdef CLUSTALO
+/* needed for PACKAGE_VERSION */
+#include "../config.h"
+
+#ifndef min
+       #define min( a, b ) ( ((a) < (b)) ? (a) : (b) )
+#endif
+
+/*These are all the positively scoring groups that occur in the Gonnet Pam250
+matrix. There are strong and weak groups, defined as strong score >0.5 and
+weak score =<0.5. Strong matching columns to be assigned ':' and weak matches
+assigned '.' in the clustal output format.
+amino_strong = res_cat1
+amino_weak = res_cat2
+*/
+
+char *amino_strong[] = {"STA", "NEQK", "NHQK", "NDEQ", "QHRK", "MILV",
+    "MILF", "HY", "FYW", NULL};
+
+char *amino_weak[] = {"CSA", "ATV", "SAG", "STNK", "STPA", "SGND",
+    "SNDEQK", "NDEQHK", "NEQHRK", "FVLIM", "HFY", NULL};
+
+#endif
+
+#ifdef TESTDRIVE_CLUSTAL
+/*****************************************************************
+ * msf.c test driver: 
+ * cc -DTESTDRIVE_CLUSTAL -g -O2 -Wall -o test clustal.c msa.c gki.c sqerror.c sre_string.c file.c hsregex.c sre_math.c sre_ctype.c -lm
+ * 
+ */
+int
+main(int argc, char **argv)
+{
+  MSAFILE *afp;
+  MSA     *msa;
+  char    *file;
+  
+  file = argv[1];
+
+  if ((afp = MSAFileOpen(file, MSAFILE_CLUSTAL, NULL)) == NULL)
+    Die("Couldn't open %s\n", file);
+
+  while ((msa = ReadClustal(afp)) != NULL)
+    {
+      WriteClustal(stdout, msa);
+      MSAFree(msa); 
+    }
+  
+  MSAFileClose(afp);
+  exit(0);
+}
+/******************************************************************/
+#endif /* testdrive_clustal */
+
+
+/* Function: ReadClustal()
+ * Date:     SRE, Sun Jun  6 17:53:49 1999 [bus from Madison, 1999 worm mtg]
+ *
+ * Purpose:  Parse an alignment read from an open Clustal format
+ *           alignment file. Clustal is a single-alignment format.
+ *           Return the alignment, or NULL if we have no data.
+ *           
+ * Args:     afp  - open alignment file
+ *
+ * Returns:  MSA * - an alignment object
+ *                   caller responsible for an MSAFree()
+ *           NULL if no more alignments
+ *
+ * Diagnostics: 
+ *           Will Die() here with a (potentially) useful message
+ *           if a parsing error occurs.
+ */
+MSA *
+ReadClustal(MSAFILE *afp)
+{
+  MSA    *msa;
+  char   *s;
+  int     slen;
+  int     sqidx;
+  char   *name;
+  char   *seq;
+  char   *s2;
+
+  if (feof(afp->f)) return NULL;
+
+  /* Skip until we see the CLUSTAL header
+   */
+  while ((s = MSAFileGetLine(afp)) != NULL)
+    {
+      if (strncmp(s, "CLUSTAL", 7) == 0 &&
+         strstr(s, "multiple sequence alignment") != NULL)
+       break;
+    }
+  if (s == NULL) return NULL;
+
+  msa = MSAAlloc(10, 0);
+
+  /* Now we're in the sequence section. 
+   * As discussed above, if we haven't seen a sequence name, then we
+   * don't include the sequence in the alignment.
+   * Watch out for conservation markup lines that contain *.: chars
+   */
+  while ((s = MSAFileGetLine(afp)) != NULL) 
+    {
+      if ((name = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL))  == NULL) continue;
+      if ((seq  = sre_strtok(&s, WHITESPACE, &slen)) == NULL) continue;
+      s2 = sre_strtok(&s, "\n", NULL);
+
+      /* The test for a conservation markup line
+       */
+      if (strpbrk(name, ".*:") != NULL && strpbrk(seq, ".*:") != NULL)
+       continue;
+      if (s2 != NULL)
+       Die("Parse failed at line %d, file %s: possibly using spaces as gaps",
+           afp->linenumber, afp->fname);
+  
+      /* It's not blank, and it's not a coord line: must be sequence
+       */
+      sqidx = MSAGetSeqidx(msa, name, msa->lastidx+1);
+      msa->lastidx = sqidx;
+      msa->sqlen[sqidx] = sre_strcat(&(msa->aseq[sqidx]), msa->sqlen[sqidx], seq, slen); 
+    }
+
+  MSAVerifyParse(msa);         /* verifies, and also sets alen and wgt. */
+  return msa;
+}
+
+
+/* Function: WriteClustal()
+ * Date:     SRE, Sun Jun  6 18:12:47 1999 [bus from Madison, worm mtg 1999]
+ *
+ * Purpose:  Write an alignment in Clustal format to an open file.
+ *
+ * Args:     fp    - file that's open for writing.
+ *           msa   - alignment to write. 
+ *
+ * Returns:  (void)
+ */
+void
+WriteClustal(FILE *fp, MSA *msa)
+{
+  int    idx;                  /* counter for sequences         */
+  int    len;                  /* tmp variable for name lengths */
+  int    namelen;              /* maximum name length used      */
+  int    pos;                  /* position counter              */
+  char   buf[80];              /* buffer for writing seq        */
+  int    cpl = 60;             /* char per line (< 64)          */
+
+  /* consensus line stuff */
+  int subpos;
+  char first;
+  int bail;
+  int strong_bins[9];
+  int weak_bins[11];
+  int cons;
+  int bin;
+
+  /* calculate max namelen used */
+  namelen = 0;
+  for (idx = 0; idx < msa->nseq; idx++)
+    if ((len = strlen(msa->sqname[idx])) > namelen) 
+      namelen = len;
+
+#ifdef CLUSTALO
+  fprintf(fp, "CLUSTAL O(%s) multiple sequence alignment\n", PACKAGE_VERSION);
+#else
+  fprintf(fp, "CLUSTAL W(1.5) multiple sequence alignment\n");
+#endif
+  
+  /*****************************************************
+   * Write the sequences
+   *****************************************************/
+
+#ifdef CLUSTALO
+    fprintf(fp, "\n"); /* original had two blank lines */
+#endif
+
+  for (pos = 0; pos < msa->alen; pos += cpl)
+    {
+      fprintf(fp, "\n");       /* Blank line between sequence blocks */
+      for (idx = 0; idx < msa->nseq; idx++)
+      {
+        strncpy(buf, msa->aseq[idx] + pos, cpl);
+           buf[cpl] = '\0';
+#ifdef CLUSTALO
+           fprintf(fp, "%-*s %s\n", namelen+5, msa->sqname[idx], buf);
+#else
+           fprintf(fp, "%*s %s\n", namelen, msa->sqname[idx], buf);
+#endif
+         }
+#ifdef CLUSTALO
+      /* do consensus dots */
+
+      /* print namelen+5 spaces */
+      for(subpos = 0; subpos <= namelen+5; subpos++)
+        fprintf(fp, " ");
+
+      for(subpos = pos; subpos < min(pos + cpl, msa->alen); subpos++)
+      {
+          /* see if 100% conservation */
+          first = msa->aseq[0][subpos];
+          bail = 0;
+          for (idx = 1; idx < msa->nseq; idx++)
+          {
+            if(msa->aseq[idx][subpos] != first)
+            {
+              bail = 1;
+              break;
+            }
+          }
+          if(!bail)
+            fprintf(fp, "*");
+          else
+          {
+            /* if not then check strong */
+            for(bin = 0; bin < 9; bin++)
+              strong_bins[bin] = 0; /* clear the bins */
+
+            for(idx = 0; idx < msa->nseq; idx++)
+            {
+              switch(msa->aseq[idx][subpos])
+              {
+                case 'S': strong_bins[0]++; break;
+                case 'T': strong_bins[0]++; break;
+                case 'A': strong_bins[0]++; break;
+                case 'N': strong_bins[1]++; strong_bins[2]++; strong_bins[3]++; break;
+                case 'E': strong_bins[1]++; strong_bins[3]++; break;
+                case 'Q': strong_bins[1]++; strong_bins[2]++; strong_bins[3]++; strong_bins[4]++; break;
+                case 'K': strong_bins[1]++; strong_bins[2]++; strong_bins[4]++; break;
+                case 'D': strong_bins[3]++; break;
+                case 'R': strong_bins[4]++; break;
+                case 'H': strong_bins[4]++; strong_bins[7]++; break;
+                case 'M': strong_bins[5]++; strong_bins[6]++; break;
+                case 'I': strong_bins[5]++; strong_bins[6]++; break;
+                case 'L': strong_bins[5]++; strong_bins[6]++; break;
+                case 'V': strong_bins[5]++; break;
+                case 'F': strong_bins[6]++; strong_bins[8]++; break;
+                case 'Y': strong_bins[7]++; strong_bins[8]++; break;
+                case 'W': strong_bins[8]++; break;
+              }
+            }
+            bail = 0;
+            for(bin = 0; bin < 9; bin++)
+              if(strong_bins[bin] == msa->nseq)
+              {
+                  bail = 1;
+                  break;
+              }
+            if(bail)
+              fprintf(fp, ":");
+            else
+            {
+              /* check weak */
+              for(bin = 0; bin < 11; bin++)
+                weak_bins[bin] = 0; /* clear the bins */
+
+              for(idx = 0; idx < msa->nseq; idx++)
+              {
+                switch(msa->aseq[idx][subpos])
+                {
+                  case 'C': weak_bins[0]++; break;
+                  case 'S': weak_bins[0]++; weak_bins[2]++; weak_bins[3]++; weak_bins[4]++; weak_bins[5]++; weak_bins[6]++; break;
+                  case 'A': weak_bins[0]++; weak_bins[1]++; weak_bins[2]++; weak_bins[4]++; break;
+                  case 'T': weak_bins[1]++; weak_bins[3]++; weak_bins[4]++; break;
+                  case 'V': weak_bins[1]++; weak_bins[9]++; break;
+                  case 'G': weak_bins[2]++; break;
+                  case 'N': weak_bins[3]++; weak_bins[5]++; weak_bins[6]++; weak_bins[7]++; weak_bins[8]++; break;
+                  case 'K': weak_bins[3]++; weak_bins[6]++; weak_bins[7]++; weak_bins[8]++; break;
+                  case 'D': weak_bins[5]++; weak_bins[6]++; weak_bins[7]++; break;
+                  case 'E': weak_bins[6]++; weak_bins[7]++; weak_bins[8]++; break;
+                  case 'Q': weak_bins[6]++; weak_bins[7]++; weak_bins[8]++; break;
+                  case 'H': weak_bins[7]++; weak_bins[8]++; weak_bins[10]++; break;
+                  case 'R': weak_bins[8]++; break;
+                  case 'F': weak_bins[9]++; weak_bins[10]++; break;
+                  case 'L': weak_bins[9]++; break;
+                  case 'I': weak_bins[9]++; break;
+                  case 'M': weak_bins[9]++; break;
+                  case 'Y': weak_bins[10]++; break;
+                }
+              }
+              bail = 0;
+              for(bin = 0; bin < 11; bin++)
+                if(weak_bins[bin] == msa->nseq)
+                {
+                    bail = 1;
+                    break;
+                }
+              if(bail)
+                fprintf(fp, ".");
+              else
+                fprintf(fp, " ");
+            }
+          }
+      }
+      fprintf(fp,"\n");
+#endif
+    }
+
+  return;
+}
+
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/clustalo.README b/binaries/src/clustalo/src/squid/clustalo.README
new file mode 100644 (file)
index 0000000..a22874f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,9 @@
+This is a trimmed down and patched version of Sean Eddy's squid library version 1.9
+See squid-1.9g.tar.gz for the original files.
+Downloaded from  ftp://selab.janelia.org/pub/software/squid/
+
+changes in source code are all done via #ifdef CLUSTALO, which is set via Makefile
+
+We use our own config header instead of squidconf (see squid.h)
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/cluster.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/cluster.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..94ad6b1
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,543 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* cluster.c
+ * SRE, Sun Jul 18 09:49:47 1993
+ * moved to squid Thu Mar  3 08:42:57 1994
+ * RCS $Id: cluster.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: cluster.c,v 1.3 1999/07/15 22:32:16 eddy Exp)
+ *
+ * almost identical to bord.c, from fd
+ * also now contains routines for constructing difference matrices
+ * from alignments
+ * 
+ * "branch ordering": Input a symmetric or upper-right-diagonal 
+ * NxN difference matrix (usually constructed by pairwise alignment 
+ * and similarity calculations for N sequences). Use the simple 
+ * cluster analysis part of the Fitch/Margoliash tree-building algorithm
+ * (as described by Fitch and Margoliash 1967 as well as Feng
+ * and Doolittle 1987) to calculate the topology of an "evolutionary
+ * tree" consistent with the difference matrix. Returns an array
+ * which represents the tree.
+ * 
+ * The input difference matrix is just an NxN matrix of floats.
+ * A good match is a small difference score (the algorithm is going
+ * to search for minima among the difference scores). The original difference
+ * matrix remains unchanged by the calculations.
+ * 
+ * The output requires some explanation. A phylogenetic
+ * tree is a binary tree, with N "leaves" and N-1 "nodes". The
+ * topology of the tree may be completely described by N-1 structures
+ * containing two pointers; each pointer points to either a leaf
+ * or another node. Here, this is implemented with integer indices
+ * rather than pointers. An array of N-1 pairs of ints is returned.
+ * If the index is in the range (0..N-1), it is a "leaf" -- the
+ * number of one of the sequences. If the index is in the range
+ * (N..2N-2), it is another "node" -- (index-N) is the index
+ * of the node in the returned array.
+ * 
+ * If both indices of a member of the returned array point to
+ * nodes, the tree is "compound": composed of more than one
+ * cluster of related sequences.
+ * 
+ * The higher-numbered elements of the returned array were the
+ * first constructed, and hence represent the distal tips
+ * of the tree -- the most similar sequences. The root
+ * is node 0.
+ ******************************************************************
+ *
+ * Algorithm
+ * 
+ * INITIALIZATIONS:
+ *  - copy the difference matrix (otherwise the caller's copy would
+ *       get destroyed by the operations of this algorithm). If
+ *       it's asymmetric, make it symmetric.
+ *  - make a (0..N-1) array of ints to keep track of the indices in
+ *       the difference matrix as they get swapped around. Initialize
+ *       this matrix to 0..N-1.
+ *  - make a (0..N-2) array of int[2] to store the results (the tree
+ *       topology). Doesn't need to be initialized.
+ *  - keep track of a "N'", the current size of the difference
+ *       matrix being operated on.
+ *
+ * PROCESSING THE DIFFERENCE MATRIX:
+ *  - for N' = N down to N' = 2  (N-1 steps):
+ *    - in the half-diagonal N'xN' matrix, find the indices i,j at which
+ *      there's the minimum difference score
+ *      
+ *     Store the results:
+ *    - at position N'-2 of the result array, store coords[i] and 
+ *         coords[j].
+ *    
+ *     Move i,j rows, cols to the outside edges of the matrix:
+ *    - swap row i and row N'-2
+ *    - swap row j and row N'-1   
+ *    - swap column i and column N'-2
+ *    - swap column j and column N'-1
+ *    - swap indices i, N'-2 in the index array
+ *    - swap indices j, N'-1 in the index array
+ *    
+ *     Build a average difference score for differences to i,j:
+ *    - for all columns, find avg difference between rows i and j and store in row i: 
+ *       row[i][col] = (row[i][col] + row[j][col]) / 2.0
+ *    - copy the contents of row i to column i (it's a symmetric
+ *       matrix, no need to recalculate)
+ *    - store an index N'+N-2 at position N'-2 of the index array: means
+ *       that this row/column is now a node rather than a leaf, and
+ *       contains minimum values
+ *       
+ *     Continue:
+ *    - go to the next N'
+ *    
+ * GARBAGE COLLECTION & RETURN.
+ * 
+ **********************************************************************
+ *
+ * References:
+ * 
+ * Feng D-F and R.F. Doolittle. "Progressive sequence alignment as a
+ *    prerequisite to correct phylogenetic trees." J. Mol. Evol. 
+ *    25:351-360, 1987.
+ *    
+ * Fitch W.M. and Margoliash E. "Construction of phylogenetic trees."
+ *    Science 155:279-284, 1967.
+ *    
+ **********************************************************************
+ *
+ * SRE, 18 March 1992 (bord.c)
+ * SRE, Sun Jul 18 09:52:14 1993 (cluster.c)
+ * added to squid Thu Mar  3 09:13:56 1994
+ **********************************************************************
+ * Mon May  4 09:47:02 1992: keep track of difference scores at each node
+ */
+
+
+#include <stdio.h>
+#include <string.h>
+#include <math.h>
+
+#include "squid.h"
+#include "sqfuncs.h"
+
+#ifdef MEMDEBUG
+#include "dbmalloc.h"
+#endif
+
+/* Function: Cluster()
+ * 
+ * Purpose:  Cluster analysis on a distance matrix. Constructs a
+ *           phylogenetic tree which contains the topology
+ *           and info for each node: branch lengths, how many
+ *           sequences are included under the node, and which
+ *           sequences are included under the node.
+ *           
+ * Args:     dmx     - the NxN distance matrix ( >= 0.0, larger means more diverged)
+ *           N       - size of mx (number of sequences)
+ *           mode    - CLUSTER_MEAN, CLUSTER_MAX, or CLUSTER_MIN
+ *           ret_tree- RETURN: the tree 
+ *
+ * Return:   1 on success, 0 on failure.          
+ *           The caller is responsible for freeing the tree's memory,
+ *           by calling FreePhylo(tree, N).
+ */
+int
+Cluster(float **dmx, int N, enum clust_strategy mode, struct phylo_s **ret_tree)
+{
+  struct phylo_s *tree;         /* (0..N-2) phylogenetic tree          */
+  float    **mx;                /* copy of difference matrix           */
+  int       *coord;             /* (0..N-1), indices for matrix coords */
+  int        i, j;             /* coords of minimum difference        */
+  int        idx;              /* counter over seqs                   */
+  int        Np;                /* N', a working copy of N             */
+  int        row, col;          /* loop variables                      */
+  float      min;              /* best minimum score found            */
+  float     *trow;              /* tmp pointer for swapping rows       */
+  float      tcol;              /* tmp storage for swapping cols       */
+  float     *diff;             /* (0..N-2) difference scores at nodes */
+  int        swapfoo;          /* for SWAP() macro                    */
+
+  /**************************
+   * Initializations.
+   **************************/
+  /* We destroy the matrix we work on, so make a copy of dmx.
+   */
+  mx = MallocOrDie (sizeof(float *) * N);
+  for (i = 0; i < N; i++)
+    {
+      mx[i] = MallocOrDie (sizeof(float) * N);
+      for (j = 0; j < N; j++)
+       mx[i][j] = dmx[i][j];
+    }
+                               /* coord array alloc, (0..N-1) */
+  coord = MallocOrDie (N     * sizeof(int));
+  diff  = MallocOrDie ((N-1) * sizeof(float));
+                               /* init the coord array to 0..N-1 */
+  for (col = 0; col < N; col++)  coord[col] = col;
+  for (i = 0; i < N-1; i++)      diff[i] = 0.0;
+
+                               /* tree array alloc, (0..N-2) */
+  if ((tree = AllocPhylo(N)) == NULL)  Die("AllocPhylo() failed");
+
+  /*********************************
+   * Process the difference matrix
+   *********************************/
+  
+                               /* N-prime, for an NxN down to a 2x2 diffmx */
+  j= 0;                                /* just to silence gcc uninit warnings */
+  for (Np = N; Np >= 2; Np--)
+    {
+                               /* find a minimum on the N'xN' matrix*/
+      min = 999999.;
+      for (row = 0; row < Np; row++)
+       for (col = row+1; col < Np; col++)
+         if (mx[row][col] < min)
+           {
+             min = mx[row][col];
+             i   = row;
+             j   = col;
+           }
+
+      /* We're clustering row i with col j. write necessary
+       * data into a node on the tree
+       */
+                               /* topology info */
+      tree[Np-2].left  = coord[i];
+      tree[Np-2].right = coord[j];
+      if (coord[i] >= N) tree[coord[i]-N].parent = N + Np - 2;
+      if (coord[j] >= N) tree[coord[j]-N].parent = N + Np - 2;
+
+                               /* keep score info */
+      diff[Np-2] = tree[Np-2].diff = min;
+
+                               /* way-simple branch length estimation */
+      tree[Np-2].lblen = tree[Np-2].rblen = min;
+      if (coord[i] >= N) tree[Np-2].lblen -= diff[coord[i]-N];
+      if (coord[j] >= N) tree[Np-2].rblen -= diff[coord[j]-N];
+
+                               /* number seqs included at node */
+      if (coord[i] < N) 
+       {
+         tree[Np-2].incnum ++;
+         tree[Np-2].is_in[coord[i]] = 1;
+       }
+      else 
+       {
+         tree[Np-2].incnum += tree[coord[i]-N].incnum;
+         for (idx = 0; idx < N; idx++)
+           tree[Np-2].is_in[idx] |= tree[coord[i]-N].is_in[idx];
+       }
+      
+      if (coord[j] < N) 
+       {
+         tree[Np-2].incnum ++;
+         tree[Np-2].is_in[coord[j]] = 1;
+       }
+      else 
+       {
+         tree[Np-2].incnum += tree[coord[j]-N].incnum;
+         for (idx = 0; idx < N; idx++)
+           tree[Np-2].is_in[idx] |= tree[coord[j]-N].is_in[idx];
+       }
+
+
+      /* Now build a new matrix, by merging row i with row j and
+       * column i with column j; see Fitch and Margoliash
+       */
+                               /* Row and column swapping. */
+                               /* watch out for swapping i, j away: */
+      if (i == Np-1 || j == Np-2)
+       SWAP(i,j);
+
+      if (i != Np-2)
+       {
+                               /* swap row i, row N'-2 */
+         trow = mx[Np-2]; mx[Np-2] = mx[i]; mx[i] = trow;
+                               /* swap col i, col N'-2 */
+         for (row = 0; row < Np; row++) 
+           {
+             tcol = mx[row][Np-2];
+             mx[row][Np-2] = mx[row][i];
+             mx[row][i] = tcol;
+           }
+                               /* swap coord i, coord N'-2 */
+         SWAP(coord[i], coord[Np-2]);
+       }
+
+      if (j != Np-1)
+       {
+                               /* swap row j, row N'-1 */
+         trow = mx[Np-1]; mx[Np-1] = mx[j]; mx[j] = trow;
+                               /* swap col j, col N'-1 */
+         for (row = 0; row < Np; row++) 
+           {
+             tcol = mx[row][Np-1];
+             mx[row][Np-1] = mx[row][j];
+             mx[row][j] = tcol;
+           }
+                               /* swap coord j, coord N'-1 */
+         SWAP(coord[j], coord[Np-1]);
+       }
+
+                               /* average i and j together; they're now
+                                  at Np-2 and Np-1 though */
+      i = Np-2;
+      j = Np-1;
+                               /* merge by saving avg of cols of row i and row j */
+      for (col = 0; col < Np; col++)
+       {
+         switch (mode) {
+         case CLUSTER_MEAN:  mx[i][col] =(mx[i][col]+ mx[j][col]) / 2.0; break;
+         case CLUSTER_MIN:   mx[i][col] = MIN(mx[i][col], mx[j][col]);   break;
+         case CLUSTER_MAX:   mx[i][col] = MAX(mx[i][col], mx[j][col]);   break;
+         default:            mx[i][col] =(mx[i][col]+ mx[j][col]) / 2.0; break; 
+         }
+       }
+                               /* copy those rows to columns */
+      for (col = 0; col < Np; col++)
+       mx[col][i] = mx[i][col];
+                               /* store the node index in coords */
+      coord[Np-2] = Np+N-2;
+    }
+
+  /**************************
+   * Garbage collection and return
+   **************************/
+  Free2DArray((void **) mx, N);
+  free(coord);
+  free(diff);
+  *ret_tree = tree;
+  return 1;
+}
+
+/* Function: AllocPhylo()
+ * 
+ * Purpose:  Allocate space for a phylo_s array. N-1 structures
+ *           are allocated, one for each node; in each node, a 0..N
+ *           is_in flag array is also allocated and initialized to
+ *           all zeros.
+ *           
+ * Args:     N  - size; number of sequences being clustered
+ *                
+ * Return:   pointer to the allocated array
+ *           
+ */
+struct phylo_s *
+AllocPhylo(int N)
+{
+  struct phylo_s *tree;
+  int             i;   
+
+  if ((tree = (struct phylo_s *) malloc ((N-1) * sizeof(struct phylo_s))) == NULL)
+    return NULL;
+
+  for (i = 0; i < N-1; i++)
+    {
+      tree[i].diff   = 0.0;
+      tree[i].lblen  = tree[i].rblen = 0.0;
+      tree[i].left   = tree[i].right = tree[i].parent = -1;
+      tree[i].incnum = 0;
+      if ((tree[i].is_in = (char *) calloc (N, sizeof(char))) == NULL)
+       return NULL;
+    }
+  return tree;
+}
+
+
+/* Function: FreePhylo()
+ * 
+ * Purpose:  Free a clustree array that was built to cluster N sequences.
+ * 
+ * Args:     tree - phylogenetic tree to free
+ *           N    - size of clustree; number of sequences it clustered
+ *
+ * Return:   (void)               
+ */
+void
+FreePhylo(struct phylo_s *tree, int N)
+{
+  int idx;
+
+  for (idx = 0; idx < N-1; idx++)
+    free(tree[idx].is_in);
+  free(tree);
+}
+
+
+/* Function: MakeDiffMx()
+ * 
+ * Purpose:  Given a set of aligned sequences, construct
+ *           an NxN fractional difference matrix. (i.e. 1.0 is
+ *           completely different, 0.0 is exactly identical).
+ *           
+ * Args:     aseqs        - flushed, aligned sequences
+ *           num          - number of aseqs
+ *           ret_dmx      - RETURN: difference matrix 
+ *           
+ * Return:   1 on success, 0 on failure.
+ *           Caller must free diff matrix with FMX2Free(dmx)
+ */
+void
+MakeDiffMx(char **aseqs, int num, float ***ret_dmx)
+{
+  float **dmx;                  /* RETURN: distance matrix           */
+  int      i,j;                        /* counters over sequences           */
+
+  /* Allocate 2D float matrix
+   */
+  dmx = FMX2Alloc(num, num);
+
+  /* Calculate distances; symmetric matrix
+   * record difference, not identity (1 - identity)
+   */
+  for (i = 0; i < num; i++)
+    for (j = i; j < num; j++)
+      dmx[i][j] = dmx[j][i] = 1.0 - PairwiseIdentity(aseqs[i], aseqs[j]);
+
+  *ret_dmx = dmx;
+  return;
+}
+
+/* Function: MakeIdentityMx()
+ * 
+ * Purpose:  Given a set of aligned sequences, construct
+ *           an NxN fractional identity matrix. (i.e. 1.0 is
+ *           completely identical, 0.0 is completely different).
+ *           Virtually identical to MakeDiffMx(). It's
+ *           less confusing to have two distinct functions, I find.
+ *           
+ * Args:     aseqs        - flushed, aligned sequences
+ *           num          - number of aseqs
+ *           ret_imx      - RETURN: identity matrix (caller must free)
+ *           
+ * Return:   1 on success, 0 on failure.
+ *           Caller must free imx using FMX2Free(imx)
+ */
+void
+MakeIdentityMx(char **aseqs, int num, float ***ret_imx)
+{
+  float **imx;          /* RETURN: identity matrix           */
+  int     i,j;         /* counters over sequences           */
+
+  /* Allocate 2D float matrix
+   */
+  imx = FMX2Alloc(num, num);
+
+  /* Calculate distances, symmetric matrix
+   */
+  for (i = 0; i < num; i++)
+    for (j = i; j < num; j++)
+      imx[i][j] = imx[j][i] = PairwiseIdentity(aseqs[i], aseqs[j]);
+
+  *ret_imx = imx;
+  return;
+}
+
+
+
+/* Function: PrintNewHampshireTree()
+ * 
+ * Purpose:  Print out a tree in the "New Hampshire" standard
+ *           format. See PHYLIP's draw.doc for a definition of
+ *           the New Hampshire format.
+ *
+ *           Like a CFG, we generate the format string left to
+ *           right by a preorder tree traversal.
+ *           
+ * Args:     fp   - file to print to
+ *           ainfo- alignment info, including sequence names 
+ *           tree - tree to print
+ *           N    - number of leaves
+ *           
+ */
+void
+PrintNewHampshireTree(FILE *fp, AINFO *ainfo, struct phylo_s *tree, int N)
+{                 
+  struct intstack_s *stack;
+  int    code;
+  float *blen;
+  int    docomma; 
+
+  blen  = (float *) MallocOrDie (sizeof(float) * (2*N-1));
+  stack = InitIntStack();
+  PushIntStack(stack, N);      /* push root on stack */
+  docomma = FALSE;
+  
+  /* node index code:
+   *     0..N-1   = leaves; indexes of sequences.
+   *     N..2N-2  = interior nodes; node-N = index of node in tree structure.
+   *                code N is the root. 
+   *     2N..3N-2 = special flags for closing interior nodes; node-2N = index in tree
+   */
+  while (PopIntStack(stack, &code))
+    {
+      if (code < N)            /* we're a leaf. */
+       {
+                               /* 1) print name:branchlength */
+         if (docomma) fputs(",", fp);
+         fprintf(fp, "%s:%.5f", ainfo->sqinfo[code].name, blen[code]);
+         docomma = TRUE;
+       }
+
+      else if (code < 2*N)      /* we're an interior node */
+       {
+                               /* 1) print a '(' */
+         if (docomma) fputs(",\n", fp);
+         fputs("(", fp);
+                               /* 2) push on stack: ), rchild, lchild */
+         PushIntStack(stack, code+N);
+         PushIntStack(stack, tree[code-N].right);
+         PushIntStack(stack, tree[code-N].left);
+                               /* 3) record branch lengths */
+         blen[tree[code-N].right] = tree[code-N].rblen;
+         blen[tree[code-N].left]  = tree[code-N].lblen;
+         docomma = FALSE;
+       }
+
+      else                     /* we're closing an interior node */
+       {
+                               /* print a ):branchlength */
+         if (code == 2*N) fprintf(fp, ");\n");
+         else             fprintf(fp, "):%.5f", blen[code-N]);
+         docomma = TRUE;
+       }
+    }
+
+  FreeIntStack(stack);
+  free(blen);
+  return;
+}
+
+
+/* Function: PrintPhylo()
+ * 
+ * Purpose:  Debugging output of a phylogenetic tree structure.
+ */
+void
+PrintPhylo(FILE *fp, AINFO *ainfo, struct phylo_s *tree, int N)
+{
+  int idx;
+
+  for (idx = 0; idx < N-1; idx++)
+    {
+      fprintf(fp, "Interior node %d (code %d)\n", idx, idx+N);
+      fprintf(fp, "\tParent: %d (code %d)\n", tree[idx].parent-N, tree[idx].parent);
+      fprintf(fp, "\tLeft:   %d (%s) %f\n", 
+             tree[idx].left < N ? tree[idx].left-N : tree[idx].left,
+             tree[idx].left < N ? ainfo->sqinfo[tree[idx].left].name : "interior",
+             tree[idx].lblen);
+      fprintf(fp, "\tRight:   %d (%s) %f\n", 
+             tree[idx].right < N ? tree[idx].right-N : tree[idx].right,
+             tree[idx].right < N ? ainfo->sqinfo[tree[idx].right].name : "interior",
+             tree[idx].rblen);
+      fprintf(fp, "\tHeight:  %f\n", tree[idx].diff);
+      fprintf(fp, "\tIncludes:%d seqs\n", tree[idx].incnum);
+    }
+}
+      
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/dayhoff.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/dayhoff.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..439d14f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,174 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* dayhoff.c
+ * 
+ * Routines for dealing with PAM matrices.
+ * 
+ * Includes:
+ *    ParsePAMFile()  -- read a PAM matrix from disk.
+ *    
+ *    
+ * SRE - Fri Apr  2 11:23:45 1993   
+ * RCS $Id: dayhoff.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: dayhoff.c,v 1.5 2002/07/03 15:03:39 eddy Exp)
+ */
+
+
+#include <stdlib.h>
+#include <stdio.h>
+#include <string.h>
+#include <math.h>
+#include <ctype.h>
+#include "squid.h"
+
+/* Function: ParsePAMFile()
+ * 
+ * Purpose:  Given a pointer to an open file containing a PAM matrix,
+ *           parse the file and allocate and fill a 2D array of
+ *           floats containing the matrix. The PAM file is
+ *           assumed to be in the format that NCBI distributes
+ *           with BLAST. BLOSUM matrices also work fine, as
+ *           produced by Henikoff's program "MATBLAS".
+ *          
+ *           Parses both old format and new format BLAST matrices.
+ *           Old format just had rows of integers.
+ *           New format includes a leading character on each row.
+ *
+ *           The PAM matrix is a 27x27 matrix, 0=A..25=Z,26=*.
+ *           Note that it's not a 20x20 matrix as you might expect;
+ *           this is for speed of indexing as well as the ability
+ *           to deal with ambiguous characters.
+ *           
+ * Args:     fp        - open PAM file
+ *           ret_pam   - RETURN: pam matrix, integers                   
+ *           ret_scale - RETURN: scale factor for converting
+ *                       to real Sij. For instance, PAM120 is
+ *                       given in units of ln(2)/2. This may
+ *                       be passed as NULL if the caller
+ *                       doesn't care.
+ * 
+ * Returns:  1 on success; 0 on failure and sets squid_errno to
+ *           indicate the cause. ret_pam is allocated here and
+ *           must be freed by the caller (use FreePAM).
+ */
+int
+ParsePAMFile(FILE *fp, int ***ret_pam, float *ret_scale)
+{
+  int    **pam;
+  char     buffer[512];                /* input buffer from fp                  */
+  int      order[27];          /* order of fields, obtained from header */
+  int      nsymbols;           /* total number of symbols in matrix     */
+  char    *sptr;
+  int      idx;
+  int      row, col;
+  float    scale;
+  int      gotscale = FALSE;
+  
+  scale = 0.0;         /* just to silence gcc uninit warnings */
+  if (fp == NULL) { squid_errno = SQERR_NODATA; return 0; }
+  
+  /* Look at the first non-blank, non-comment line in the file.
+   * It gives single-letter codes in the order the PAM matrix
+   * is arrayed in the file. 
+   */
+  do {
+    if (fgets(buffer, 512, fp) == NULL) 
+      { squid_errno = SQERR_NODATA; return 0; }
+
+    /* Get the scale factor from the header.
+     * For BLOSUM files, we assume the line looks like:
+     *     BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
+     * and we assume that the fraction is always 1/x;
+     * 
+     * For PAM files, we assume the line looks like:
+     *     PAM 120 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574
+     * and we assume that the number following the final '=' is our scale
+     */
+    if (strstr(buffer, "BLOSUM Clustered Scoring Matrix") != NULL &&
+       (sptr = strchr(buffer, '/')) != NULL)
+      {
+       sptr++;
+       if (! isdigit((int) (*sptr))) { squid_errno = SQERR_FORMAT; return 0; }
+       scale = (float) (log(2.0) / atof(sptr));
+       gotscale = TRUE;
+      }
+    else if (strstr(buffer, "substitution matrix,") != NULL)
+      {
+       while ((sptr = strrchr(buffer, '=')) != NULL) {
+         sptr += 2;
+         if (IsReal(sptr)) {
+           scale = atof(sptr);
+           gotscale = TRUE;
+           break;
+         }
+       }
+      }
+  } while ((sptr = strtok(buffer, " \t\n")) == NULL || *sptr == '#');
+
+  idx = 0;
+  do {
+    order[idx] = (int) *sptr - (int) 'A';
+    if (order[idx] < 0 || order[idx] > 25) order[idx] = 26;
+    idx++;
+  } while ((sptr = strtok(NULL, " \t\n")) != NULL);
+  nsymbols = idx;
+  
+  /* Allocate a pam matrix. For speed of indexing, we use
+   * a 27x27 matrix so we can do lookups using the ASCII codes
+   * of amino acid single-letter representations, plus one
+   * extra field to deal with the "*" (terminators).
+   */
+  if ((pam = (int **) calloc (27, sizeof(int *))) == NULL)
+    Die("calloc failed");
+  for (idx = 0; idx < 27; idx++)
+    if ((pam[idx] = (int *) calloc (27, sizeof(int))) == NULL)
+      Die("calloc failed");
+
+  /* Parse the rest of the file.
+   */
+  for (row = 0; row < nsymbols; row++)
+    {
+      if (fgets(buffer, 512, fp) == NULL) 
+       { squid_errno = SQERR_NODATA; return 0; }
+
+      if ((sptr = strtok(buffer, " \t\n")) == NULL)
+       { squid_errno = SQERR_NODATA; return 0; }
+      for (col = 0; col < nsymbols; col++)
+       {
+         if (sptr == NULL) { squid_errno = SQERR_NODATA; return 0; }
+
+         /* Watch out for new BLAST format, with leading characters
+          */
+         if (*sptr == '*' || isalpha((int) *sptr))
+           col--;  /* hack hack */
+         else
+           pam [order[row]] [order[col]] = atoi(sptr);
+
+         sptr = strtok(NULL, " \t\n");
+       }
+    }
+  
+  /* Return
+   */
+  if (ret_scale != NULL)
+    {
+      if (gotscale) *ret_scale = scale;
+      else
+       {
+#ifdef CLUSTALO
+         Warning("Failed to parse PAM matrix scale factor. Defaulting to ln(2)/2!");
+#else
+         Warn("Failed to parse PAM matrix scale factor. Defaulting to ln(2)/2!");
+#endif
+         *ret_scale = log(2.0) / 2.0;
+       }
+    }
+  *ret_pam = pam;
+  return 1;
+}
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/eps.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/eps.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..a19cf33
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,115 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* eps.c
+ * SRE, Thu Jun 21 18:02:31 2001 [St. Louis]
+ * 
+ * Some crude support for Encapsulated PostScript (EPS) output,
+ * DSC compliant.
+ * 
+ * CVS $Id: eps.c,v 1.4 2002/02/24 19:39:27 eddy Exp)
+ */
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+
+#include "squid.h"
+#include "msa.h"       
+
+/* Function: EPSWriteSmallMSA()
+ * Date:     SRE, Thu Jun 21 18:15:21 2001 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Write an alignment in singleblock, Stockholm/SELEX like
+ *           format to an open file. Very crude.
+ *           Currently fails if the alignment is >50 columns long, because
+ *           it doesn't think it will fit on a single page.
+ *
+ * Args:     fp  - open file for writing
+ *           msa - alignment to write     
+ *
+ * Returns:  (void)
+ */
+void
+EPSWriteSmallMSA(FILE *fp, MSA *msa)
+{
+  int namewidth;               /* namewidth in PostScript units */
+  int fontwidth;               /* width of a character in this font */
+  int hspace;                  /* horizontal space between aligned chars */
+  int vspace;                  /* vertical space between sequences */
+  char *font;                   /* font name, e.g. "Courier" */
+  int fontsize;                        /* font size in pts */
+  int  i,j;                    /* counter over sequences, columns */
+  int  len;                    /* tmp var holding length of something */
+  int  width, height;          /* width and height of bounding box */
+  int  xpos, ypos;             /* x,y position */
+
+  /* Set some font characteristics; done here, so it'll
+   * be easy to change. Magic numbers for Courier 12 determined
+   * by trial and error.
+   */
+  fontwidth = 8;
+  hspace    = 9;
+  vspace    = 15;
+  font      = sre_strdup("Courier", -1);
+  fontsize  = 12;
+
+  /* Find the width of the longest sequence name in characters.
+   */
+  namewidth = 0;
+  for (i = 0; i < msa->nseq; i++)
+    if ((len = (int) strlen(msa->sqname[i])) > namewidth)
+      namewidth = len;
+  namewidth += 1;              /* add a space to separate name & aligned seq */
+  namewidth *= fontwidth;
+
+  /* Determine bounding box
+   */
+  if (msa->alen > 50) Die("No EPS fmt if alignment is >50 columns");
+  width = namewidth + hspace*msa->alen;
+  if (width > 612) Die("Alignment too wide to write in EPS");
+  height = vspace*msa->nseq;
+  if (height > 792) Die("Too many seqs to write in EPS");
+
+  /* Magic EPS header, bare-bones DSC-compliant.
+   */
+  fprintf(fp, "%%!PS-Adobe-3.0 EPSF-3.0\n");
+  fprintf(fp, "%%%%BoundingBox: %d %d %d %d\n", 0, 0, width, height);
+  fprintf(fp, "%%%%Pages: 1\n");
+  fprintf(fp, "%%%%EndComments\n");  
+
+  /* More postscript magic before we start the alignment
+   */
+  fprintf(fp, "/%s findfont\n", font);
+  fprintf(fp, "%d scalefont\n", fontsize);
+  fprintf(fp, "setfont\n");
+  fprintf(fp, "newpath\n");
+
+  /* Write the alignment in PostScript in a single block
+   */
+  for (i = 0; i < msa->nseq; i++)
+    {
+      ypos = (msa->nseq-i-1)*vspace;
+                               /* name first */
+      fprintf(fp, "%d %d moveto\n", 0, ypos);
+      fprintf(fp, "(%s) show\n", msa->sqname[i]);
+                               /* now seq */
+      xpos = namewidth;
+      for (j = 0; j < msa->alen; j++)
+       {
+         fprintf(fp, "%d %d moveto\n", xpos, ypos);
+         fprintf(fp, "(%c) show\n", msa->aseq[i][j]);
+         xpos+= hspace;
+       }
+    }
+
+  free(font);
+}
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/file.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/file.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..146ccdb
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,271 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+
+/* file.c
+ * SRE, Wed Jun 19 11:19:22 1996
+ * 
+ * File operation utilities, dealing with pathnames, directories,
+ * and environment variables.
+ * 
+ * The goal is to have these be platform-independent but they
+ * currently are UNIX-specific: i.e. this file is currently POSIX compliant
+ * but it is NOT ANSI C compliant. (The sole offender is getenv().)
+ *
+ * RCS $Id: file.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: file.c,v 1.8 2002/03/07 03:18:02 eddy Exp)
+ */
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+
+#include "squid.h"
+#include "sqfuncs.h"
+
+/* 
+ * VMS:    #define DIRSLASH ']'
+ * MacOS:  #define DIRSLASH ':'
+ * DOS:    #define DIRSLASH '\\'
+ * 
+ * The code assumes that '.' is used for file name extensions,
+ * such as "foo.bar".
+ */
+#define DIRSLASH '/'           /* UNIX directory paths have /foo/bar */
+
+
+
+/* Function: FileDirname()
+ * 
+ * Purpose:  Returns the path from a filename:
+ *             "/foo/bar/baz"  -> "/foo/bar"
+ *             "foo/bar"       -> "foo" 
+ *             "foo"           -> "."
+ *             "/"             -> "/" 
+ *           i.e. the string will be non-NULL; it will
+ *           contain the string up to but not including the
+ *           last '/' character; returns "." if
+ *           there are no '/' characters, and returns "/"
+ *           if the last slash is the first character.
+ *           Modeled on Tcl's "file dirname" command.
+ *
+ * Args:     file - name of file "/foo/bar/baz".
+ *           
+ * Return:   ptr to malloc'ed string "/foo/bar".          
+ */
+char *
+FileDirname(char *file)
+{
+  char *dirname;
+  char *lastslash;
+  int   len;
+  
+  lastslash = strrchr(file, DIRSLASH);
+  len =  (lastslash == NULL) ? 0 : (int) (lastslash - file);
+  dirname = (char *) MallocOrDie (sizeof(char) * (len+2));
+  if (len > 0)                strncpy(dirname, file, len);
+  else if (*file != DIRSLASH) { *dirname = '.';      len = 1; }
+  else                        { *dirname = DIRSLASH; len = 1; }
+  dirname[len] = '\0';
+  return dirname;
+}
+
+
+/* Function: FileTail()
+ * 
+ * Purpose:  Return everything after the DIRSLASH:
+ *             "/foo/bar/baz.1"  -> "baz.1"
+ *             "foo/bar"         -> "bar" 
+ *             "foo"             -> "foo"
+ *             "/"               -> "" 
+ *           If noextension is TRUE, removes a trailing ".foo" extension
+ *           too.
+ *           
+ * Args:     file        - name of file "/foo/bar/baz.1"         
+ *           noextension - TRUE to also remove extensions
+ *           
+ * Return:   ptr to malloc'ed string "baz.1"          
+ */      
+char * 
+FileTail(char *file, int noextension)
+{
+  char *tail;
+  char *lastslash;
+  char *lastdot;
+                               /* remove directory prefix */
+  lastslash = strrchr(file, DIRSLASH);
+  tail = (char *) MallocOrDie (sizeof(char) * (strlen(file)+1));
+  if (lastslash == NULL) strcpy(tail, file);
+  else                   strcpy(tail, lastslash+1);
+                               /* remove trailing suffix */
+  if (noextension) {
+    if ((lastdot = strrchr(tail, '.')) != NULL)
+      *lastdot = '\0';
+  }
+
+  return tail;
+}
+
+
+/* Function: FileSameDirectory()
+ * Date:     SRE, Wed Mar  6 20:03:23 2002 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Given a path to one file, and the 
+ *           name of another file in the same directory,
+ *           concat the path from file1 onto file2, and
+ *           return the result. Caller must free the ptr
+ *           that's returned. 
+ *           
+ *           Written for SSI - SSI indices contain filenames
+ *           without paths, and we will need to convert that
+ *           to a full path.
+ *
+ * Args:     file1 - a path to a file, e.g. "/foo/bar/baz.1"
+ *           file2 - a simple filename, e.g. "quux.2"
+ *           
+ * Returns:  path to file2: e.g. "/foo/bar/quux.2"
+ *           Returns NULL if file2 already has a path, and the result
+ *           would be a different place.
+ */
+char *
+FileSameDirectory(char *file1, char *file2)
+{
+  char *path;
+  char *tail;
+  char *result;
+  int   seems_ok = 1;
+
+  path  = FileDirname(file1);
+  tail  = FileTail(file2, FALSE);
+  if (strcmp(file2, tail) != 0) seems_ok = 0; /* ut-oh, file2 *had* a path */
+  result = FileConcat(path, tail);
+  if (! seems_ok && strcmp(result, file2) != 0) {
+    free(result); result = NULL; 
+  }
+  free(path);
+  free(tail);
+  return result;
+}
+
+/* Function: FileConcat()
+ * 
+ * Purpose:  Concatenate a directory path and a file name,
+ *           returning a pointer to a malloc'ed string with the
+ *           full filename. This isn't just a string concat,
+ *           because we're careful about the dir slash.
+ */
+char *
+FileConcat(char *dir, char *file)
+{
+  char *full;
+
+  full = (char *) MallocOrDie (sizeof(char) * (strlen(dir)+strlen(file)+2));
+  if (*file == DIRSLASH) strcpy(full, file); /* file = "/foo", ignore directory. */
+  else                   sprintf(full, "%s%c%s", dir, DIRSLASH, file);
+  return full;
+}
+
+
+/* Function: FileAddSuffix()
+ * Date:     SRE, Wed Aug  1 11:19:33 2001 [Pasadena]
+ *
+ * Purpose:  Add a suffix to a filename, return a malloc'ed
+ *           string containing the new filename.sfx name.
+ *           Example:
+ *             FileAddSuffix("genbank", "ssi")
+ *           returns "genbank.ssi".  
+ */
+char *
+FileAddSuffix(char *filename, char *sfx)
+{
+  char *new;
+  new = MallocOrDie(strlen(filename) + strlen(sfx) + 2);
+  sprintf(new, "%s.%s", filename, sfx);
+  return new;
+}
+
+/* Function: EnvFileOpen()
+ * Date:     Sun Feb 12 10:55:29 1995            
+ * 
+ * Purpose:  Open a file, given a file name and an environment
+ *           variable that contains a directory path. Files
+ *           are opened read-only. Does not look at current directory
+ *           unless "." is explicitly in the path specified by env.
+ *           
+ *           For instance: 
+ *             fp = EnvFileOpen("BLOSUM45", "BLASTMAT", NULL);
+ *           or:
+ *             fp = EnvFileOpen("swiss", "BLASTDB", NULL);  
+ *             
+ *           Environment variables may contain a colon-delimited
+ *           list of more than one path; e.g.
+ *             setenv BLASTDB /nfs/databases/foo:/nfs/databases/bar
+ *             
+ *           Sometimes a group of files may be found in
+ *           one directory; for instance, an index file with a
+ *           database. The caller can EnvFileOpen() the main
+ *           file, and ask to get the name of the
+ *           directory back in ret_dir, so it can construct
+ *           the other auxiliary file names and fopen() them. (If it called
+ *           EnvFileOpen(), it might get confused by 
+ *           file name clashes and open files in different
+ *           directories.
+ *             
+ * Args:     fname   - name of file to open
+ *           env     - name of environment variable containing path
+ *           ret_dir - if non-NULL, RETURN: name of dir that was used.
+ *  
+ * Return:   FILE * to open file, or NULL on failure -- same as fopen()
+ *           Caller must free ret_dir if it passed a non-NULL address.
+ */
+FILE *
+EnvFileOpen(char *fname, char *env, char **ret_dir)
+{
+  FILE *fp;
+  char *path;
+  char *s;                      /* ptr to indiv element in env list */
+  char  full[1024];             /* constructed file name */
+
+  if (env == NULL) return NULL;
+  if ((path = Strdup(getenv(env))) == NULL) return NULL;
+  
+  fp = NULL;
+  s  = strtok(path, ":");
+  while (s != NULL)
+    {
+      if (((int) strlen(fname) + (int) strlen(s) + 2) > 1024) 
+       { free(path); return NULL; }
+      sprintf(full, "%s%c%s", s, DIRSLASH, fname);
+      if ((fp = fopen(full, "r")) != NULL) break;
+      s = strtok(NULL, ":");
+    }
+
+  /* Return the path we used, if caller wants it
+   */
+  if (ret_dir != NULL) *ret_dir = Strdup(s);
+  free(path);
+  
+  return fp;
+}
+
+
+/* Function: FileExists()
+ * 
+ * Purpose:  Return TRUE if filename exists.
+ *           Testing fopen() is the only possible platform-independent test
+ *           I'm aware of.  
+ */
+int
+FileExists(char *filename)
+{
+  FILE *fp;
+  if ((fp = fopen(filename, "r"))) { fclose(fp); return TRUE; }
+  return FALSE;
+}
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/getopt.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/getopt.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b6518b7
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,250 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* RCS $Id: getopt.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: getopt.c,v 1.7 2001/02/21 21:09:10 eddy Exp)
+ */
+
+#include <stdio.h>
+#include <string.h>
+#include <stdlib.h>
+
+#include "squid.h"
+
+/* Function: Getopt()
+ * 
+ * Purpose:  Portable command line option parsing with abbreviated
+ *           option switches. Replaces UNIX getopt(). Using UNIX getopt()
+ *           hinders portability to non-UNIX platforms, and getopt()
+ *           is also limited to single letter options.
+ *
+ *           Getopt() implements a superset of UNIX getopt().
+ *           All of getopt()'s single-character switch behavior
+ *           is emulated, and "--" by itself terminates the options.
+ *           Additionally, Getopt() provides extended switches
+ *           like "--youroptionhere", and Getopt() type checks
+ *           arguments.  
+ * 
+ *           Extended options must start with "--", as in "--option1".
+ *           Normal options must start with "-", as in "-o".
+ *           Normal options may be concatenated, as in "-a -b" == "-ab".
+ *           
+ *           See bottom of this .c file after #fdef GETOPT_TESTDRIVER
+ *           for an example of calling Getopt().
+ *           
+ * Args:     argc  - from main(). number of elems in argv.
+ *           argv  - from main(). argv[0] is the name of the command.
+ *           opt   - array of opt_s structures, defining option switches
+ *           nopts - number of switches in opt
+ *           usage - a (possibly long) string to print if usage error.
+ *           ret_optind - RETURN: the index in argv[] of the next 
+ *                        valid command-line token.
+ *           ret_optname- RETURN: ptr to the name of option switch 
+ *                        seen, or NULL if no option was seen.
+ *           ret_optarg - RETURN: ptr to the optional argument, if any;
+ *                        NULL if option takes no argument.
+ *                        
+ * Return:   1 if a valid option was parsed.
+ *           0 if no option was found, and command-line parsing is complete.
+ *           Die()'s here if an error is detected.
+ */
+int
+Getopt(int argc, char **argv, struct opt_s *opt, int nopts, char *usage,
+       int *ret_optind, char **ret_optname, char **ret_optarg)
+{
+  int i;
+  int arglen;
+  int nmatch;
+  static int optind   = 1;        /* init to 1 on first call  */
+  static char *optptr = NULL;     /* ptr to next valid switch */
+  int opti = 0;                          /* init only to silence gcc uninit warnings */
+
+  /* Check to see if we've run out of options.
+   * A '-' by itself is an argument (e.g. "read from stdin")
+   * not an option.
+   */
+  if (optind >= argc || argv[optind][0] != '-' || strcmp(argv[optind], "-") == 0)
+    { 
+      *ret_optind  = optind; 
+      *ret_optarg  = NULL; 
+      *ret_optname = NULL; 
+      return 0; 
+    }
+
+  /* Check to see if we're being told that this is the end
+   * of the options with the special "--" flag.
+   */
+  if (strcmp(argv[optind], "--") == 0)
+    { 
+      optind++;
+      *ret_optind  = optind; 
+      *ret_optname = NULL;
+      *ret_optarg  = NULL; 
+      return 0; 
+    }
+
+  /* We have a real option. Find which one it is.
+   * We handle single letter switches "-o" separately
+   * from full switches "--option", based on the "-" vs. "--"
+   * prefix -- single letter switches can be concatenated
+   * as long as they don't have arguments.
+   */
+                               /* full option */
+  if (optptr == NULL && strncmp(argv[optind], "--", 2) == 0)
+    {
+      /* Use optptr to parse argument in options of form "--foo=666"
+       */
+      if ((optptr = strchr(argv[optind], '=')) != NULL)
+       { *optptr = '\0'; optptr++; }
+
+      arglen = strlen(argv[optind]);
+      nmatch = 0;
+      for (i = 0; i < nopts; i++)
+       if (opt[i].single == FALSE && 
+           strncmp(opt[i].name, argv[optind], arglen) == 0)
+         { 
+           nmatch++;
+           opti = i;
+           if (arglen == strlen(opt[i].name)) break; /* exact match, stop now */
+         }
+      if (nmatch > 1 && arglen != strlen(opt[i].name)) 
+       Die("Option \"%s\" is ambiguous; please be more specific.\n%s",
+           argv[optind], usage);
+      if (nmatch == 0)
+       Die("No such option \"%s\".\n%s", argv[optind], usage);
+
+      *ret_optname = opt[opti].name;
+
+      /* Set the argument, if there is one
+       */
+      if (opt[opti].argtype != sqdARG_NONE) 
+       {
+         if (optptr != NULL)
+           {                   /* --foo=666 style */
+             *ret_optarg = optptr;
+             optptr = NULL;
+             optind++;
+           }
+         else if (optind+1 >= argc)
+           Die("Option %s requires an argument\n%s", opt[opti].name, usage);
+         else                  /* "--foo 666" style */
+           {
+             *ret_optarg = argv[optind+1];
+             optind+=2;
+           }
+       }
+      else  /* sqdARG_NONE */
+       {
+         if (optptr != NULL) 
+           Die("Option %s does not take an argument\n%s", opt[opti].name, usage);
+         *ret_optarg = NULL;
+         optind++;
+       }
+    }
+  else                         /* else, a single letter option "-o" */
+    {
+                               /* find the option */
+      if (optptr == NULL) 
+       optptr = argv[optind]+1;
+      for (opti = -1, i = 0; i < nopts; i++)
+       if (opt[i].single == TRUE && *optptr == opt[i].name[1])
+         { opti = i; break; }
+      if (opti == -1)
+       Die("No such option \"%c\".\n%s", *optptr, usage);
+      *ret_optname = opt[opti].name;
+
+                               /* set the argument, if there is one */
+      if (opt[opti].argtype != sqdARG_NONE) 
+       {
+         if (*(optptr+1) != '\0')   /* attached argument */
+           {
+             *ret_optarg = optptr+1;
+             optind++;
+           }
+         else if (optind+1 < argc) /* unattached argument */
+           {
+             *ret_optarg = argv[optind+1];
+             optind+=2;              
+           }
+         else Die("Option %s requires an argument\n%s", opt[opti].name, usage);
+
+         optptr = NULL;        /* can't concatenate after an argument */
+       }
+      else  /* sqdARG_NONE */
+       {
+         *ret_optarg = NULL;
+         if (*(optptr+1) != '\0')   /* concatenation */
+           optptr++; 
+         else
+           {
+             optind++;                /* move to next field */
+             optptr = NULL;
+           }
+       }
+
+    }
+
+  /* Type check the argument, if there is one
+   */
+  if (opt[opti].argtype != sqdARG_NONE) 
+    {
+      if (opt[opti].argtype == sqdARG_INT && ! IsInt(*ret_optarg))
+       Die("Option %s requires an integer argument\n%s",
+           opt[opti].name, usage);
+      else if (opt[opti].argtype == sqdARG_FLOAT && ! IsReal(*ret_optarg))
+       Die("Option %s requires a numerical argument\n%s",
+           opt[opti].name, usage);
+      else if (opt[opti].argtype == sqdARG_CHAR && strlen(*ret_optarg) != 1)
+       Die("Option %s requires a single-character argument\n%s",
+           opt[opti].name, usage);
+      /* sqdARG_STRING is always ok, no type check necessary */
+    }
+
+  *ret_optind = optind;
+  return 1;
+}
+
+
+
+#ifdef GETOPT_TESTDRIVER 
+/* cc -DGETOPT_TESTDRIVER -L ~/lib/squid.linux/ getopt.c -lsquid
+ */
+struct opt_s OPTIONS[] = {
+  { "--test1", FALSE, sqdARG_INT    },
+  { "--test2", FALSE, sqdARG_FLOAT  },
+  { "--test3", FALSE, sqdARG_STRING },
+  { "--test4", FALSE, sqdARG_CHAR   },
+  { "-a",      TRUE,  sqdARG_NONE   },
+  { "-b",      TRUE,  sqdARG_INT    },
+};
+#define NOPTIONS (sizeof(OPTIONS) / sizeof(struct opt_s))
+    
+int
+main(int argc, char **argv)
+{
+  int   optind;
+  char *optarg;
+  char *optname;
+
+  while (Getopt(argc, argv, OPTIONS, NOPTIONS, "Usage/help here",
+               &optind, &optname, &optarg))
+    {
+      printf("Option:   index: %d name: %s argument: %s\n",
+            optind, optname, optarg);
+    }
+  while (optind < argc)
+    {
+      printf("Argument: index: %d name: %s\n", optind, argv[optind]);
+      optind++;
+    }
+
+
+}
+
+
+#endif /*GETOPT_TESTDRIVER*/
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/gki.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/gki.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..965823a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,389 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* gki.c
+ * SRE, Sat May  1 14:49:08 1999
+ * 
+ * "generic key index" module: emulation of Perl hashes.
+ * Maps keys (ASCII char strings) to array index. Dynamically
+ * resizes the hash table. 
+ * 
+ * Limitations:
+ *     - hash table can only grow; no provision for deleting keys
+ *       or downsizing the hash table.
+ *     - Maximum hash table size set at 100003. Performance 
+ *       will degrade for key sets much larger than this.
+ *     - Assumes that integers are 32 bits (or greater). 
+ * 
+ * Defines a typedef'd structure:
+ *     gki           - a key index hash table.
+ * Provides functions:
+ *     GKIInit()     - start a hash table.
+ *     GKIStoreKey() - store a new key, get a unique index.                        
+ *     GKIKeyIndex() - retrieve an existing key's index.
+ *     GKIFree()     - free a hash table.
+ *     GKIStatus()   - Debugging: prints internal status of a hash struct
+ *            
+ *
+ * Note that there are no dependencies on squid; the gki.c/gki.h
+ * pair are base ANSI C and can be reused anywhere.
+ *****************************************************************
+ * 
+ * API for storing/reading stuff: 
+ * moral equivalent of Perl's $foo{$key} = whatever, $bar{$key} = whatever:
+ *       #include "gki.h"
+ *     
+ *       gki  *hash;
+ *       int   idx;
+ *       char *key;
+ *       
+ *       hash = GKIInit();
+ * (Storing:) 
+ *       (foreach key) {
+ *          idx = GKIStoreKey(hash, key);       
+ *          (reallocate foo, bar as needed)
+ *          foo[idx] = whatever;
+ *          bar[idx] = whatever;
+ *       }     
+ * (Reading:)
+ *       (foreach key) {
+ *          idx = GKIKeyIndex(hash, key);
+ *          if (idx == -1) {no_such_key; }
+ *          (do something with) foo[idx];
+ *          (do something with) bar[idx];
+ *       }   
+ *       GKIFree();
+ *       
+ *****************************************************************
+ *
+ * Timings on wrasse for 45402 keys in /usr/dict/words using
+ * Tests/test_gki: 
+ *      250 msec store      (6 usec/store)
+ *      140 msec retrieve   (3 usec/retrieve)
+ * and using the 13408 names of Pfam's GP120.full alignment:
+ *       70 msec store      (5 usec/store)
+ *       50 msec retrieve   (4 usec/retrieve)     
+ * 
+ * RCS $Id: gki.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: gki.c,v 1.3 2000/12/21 23:42:59 eddy Exp)
+ */
+
+
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+#include <limits.h>
+#include "squid.h"
+#include "gki.h"
+
+/* 
+ *   Best hash table sizes are prime numbers (see Knuth vol 3, Sorting
+ * and Searching). 
+ *   gki_primes[] defines the ascending order of hash table sizes
+ * that we use in upsizing the hash table dynamically.
+ *   useful site for testing primes:
+ * http://www.idbsu.edu/people/jbrennan/algebra/numbers/sieve.html
+ *   Because of the way gki_hashvalue works, the largest number
+ * must be < INT_MAX / 128 / 128 : 131072 on a 32 bit machine.
+ */
+static int gki_primes[]  = { 101, 1009, 10007, 100003 };
+#define GKI_NPRIMES      4
+#define GKI_ALPHABETSIZE 128
+
+static GKI *gki_alloc(int primelevel);
+static int  gki_hashvalue(GKI *hash, char *key);
+static int  gki_upsize(GKI *old);
+
+
+/* Function: GKIInit()
+ * Date:     SRE, Sat May  1 11:12:24 1999 [May Day geek-out]
+ *
+ * Purpose:  Initialize a hash table for key indexing.  
+ *           Simply a wrapper around a level 0 gki_alloc().
+ *
+ * Args:     (void)
+ *
+ * Returns:  An allocated hash table structure.
+ *           Caller frees with GKIFree().
+ */
+GKI *
+GKIInit(void)
+{
+  GKI *hash;
+  hash = gki_alloc(0);
+  return hash;
+}
+
+/* Function: GKIFree()
+ * Date:     SRE, Sat May  1 11:13:26 1999 [May Day geek-out]
+ *
+ * Purpose:  Free a key index hash table.
+ *
+ * Args:     hash  - the gki structure
+ *
+ * Returns:  (void).
+ *           hash table is destroyed.
+ */
+void
+GKIFree(GKI *hash)
+{
+  struct gki_elem *ptr;
+  int       i;
+
+  if (hash == NULL) return;    /* tolerate a NULL */
+
+  for (i = 0; i < hash->nhash; i++)
+    while (hash->table[i] != NULL)
+      {
+       ptr = hash->table[i]->nxt;
+                               /* NULL keys can occur after we've gki_upsize'd */
+       if (hash->table[i]->key != NULL) free(hash->table[i]->key);
+       free(hash->table[i]);
+       hash->table[i] = ptr;
+      }
+  free(hash->table);
+  free(hash);
+}
+
+/* Function: GKIStoreKey()
+ * Date:     SRE, Sat May  1 11:16:48 1999 [May Day geek-out]
+ *
+ * Purpose:  Store a key in the key index hash table.
+ *           Associate it with a unique "key index", counting
+ *           from 0. (It's this index that lets us map
+ *           the hashed keys to indexed C arrays, (clumsily)
+ *           emulating Perl's hashes.)
+ *
+ *           Does *not* check to see if the key's already
+ *           in the table, so it's possible to store multiple
+ *           copies of a key with different indices; probably
+ *           not what you want, so if you're not sure the 
+ *           key is unique, check the table first with 
+ *           GKIKeyIndex().
+ *
+ * Args:     hash  - GKI structure to store the key in
+ *           key   - string to store
+ *
+ * Returns:  the new key's index. Since it's always the
+ *           last one in the current array, this index is
+ *           just hash->nkeys-1.
+ *           On a malloc failure, returns -1.
+ *           hash table is modified.
+ */
+int
+GKIStoreKey(GKI *hash, char *key)
+{
+  int val;
+  struct gki_elem *ptr;
+
+  val = gki_hashvalue(hash, key);
+  
+  ptr = hash->table[val];
+  hash->table[val]      = MallocOrDie(sizeof(struct gki_elem));
+  hash->table[val]->key = MallocOrDie(sizeof(char) * (strlen(key)+1));
+  strcpy(hash->table[val]->key, key);
+
+  hash->table[val]->idx = hash->nkeys;
+  hash->table[val]->nxt = ptr;
+
+  hash->nkeys++;
+                               /* time to upsize? */
+  if (hash->nkeys > 3*hash->nhash && hash->primelevel < GKI_NPRIMES-1)
+    gki_upsize(hash);
+
+  return hash->nkeys-1; 
+}
+
+/* Function: GKIKeyIndex()
+ * Date:     SRE, Sat May  1 11:20:42 1999 [May Day geek-out]
+ *
+ * Purpose:  Look up a key in the hash table. Return
+ *           its index (0..nkeys-1), else -1 if the key
+ *           isn't in the hash (yet).
+ *           
+ * Args:     hash  - the GKI hash table to search in
+ *           key   - the key to look up        
+ *
+ * Returns:  -1 if key is not found;
+ *           index of key if it is found (range 0..nkeys-1).
+ *           hash table is unchanged.
+ */
+int
+GKIKeyIndex(GKI *hash, char *key)
+{
+  struct gki_elem *ptr;
+  int val;
+  
+  val = gki_hashvalue(hash, key);
+  for (ptr = hash->table[val]; ptr != NULL; ptr = ptr->nxt)
+    if (strcmp(key, ptr->key) == 0) return ptr->idx;
+  return -1;
+}
+
+/* Function: GKIStatus()
+ * Date:     SRE, Sat May  1 11:11:13 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  (DEBUGGING) How are we doing? Calculate some
+ *           simple statistics for the hash table.
+ *
+ * Args:     hash - the GKI hash table to look at
+ *
+ * Returns:  (void) 
+ *           Prints diagnostics on stdout.
+ *           hash table is unchanged.
+ */
+void
+GKIStatus(GKI *hash)
+{
+  struct gki_elem *ptr;
+  int i;
+  int nkeys;
+  int nempty  = 0;
+  int maxkeys = -1;
+  int minkeys = INT_MAX;
+
+  for (i = 0; i < hash->nhash; i++)
+    {
+      nkeys = 0;
+      for (ptr = hash->table[i]; ptr != NULL; ptr = ptr->nxt)
+       nkeys++;
+
+      if (nkeys == 0)      nempty++;
+      if (nkeys > maxkeys) maxkeys = nkeys;
+      if (nkeys < minkeys) minkeys = nkeys;
+    }
+
+  printf("Total keys:        %d\n", hash->nkeys);
+  printf("Hash table size:   %d\n", hash->nhash);
+  printf("Average occupancy: %.1f\n", (float) hash->nkeys / (float) hash->nhash);
+  printf("Unoccupied slots:  %d\n", nempty);
+  printf("Most in one slot:  %d\n", maxkeys);
+  printf("Least in one slot: %d\n", minkeys);
+  
+}
+
+
+/* Function: gki_alloc()
+ * Date:     SRE, Sat May  1 11:55:47 1999 [May Day geek-out]
+ *
+ * Purpose:  Allocate a hash table structure with the
+ *           size given by primelevel.
+ *
+ * Args:     primelevel - level 0..GKI_NPRIMES-1, specifying
+ *                        the size of the table; see gki_primes[]
+ *                        array.
+ *
+ * Returns:  An allocated hash table structure. 
+ *           Caller frees with GKIFree().
+ */
+static GKI *
+gki_alloc(int primelevel)
+{
+  GKI *hash;
+  int  i;
+
+  if (primelevel < 0 || primelevel >= GKI_NPRIMES) 
+    Die("bad primelevel in gki_alloc()");
+  hash = MallocOrDie(sizeof(GKI));
+
+  hash->primelevel = primelevel;
+  hash->nhash      = gki_primes[hash->primelevel];
+  hash->table      = MallocOrDie(sizeof(struct gki_elem) * hash->nhash);
+  for (i = 0; i < hash->nhash; i++)
+    hash->table[i] = NULL;
+  hash->nkeys = 0;
+  return hash;
+}  
+
+
+/* Function: gki_hashvalue()
+ * Date:     SRE, Sat May  1 11:14:10 1999 [May Day geek-out]
+ *
+ * Purpose:  Calculate the hash value for a key. Usually
+ *           we expect a one-word key, but the function will
+ *           hash any ASCII string effectively. The hash function
+ *           is a simple one (see p. 233 of Sedgewick,
+ *           Algorithms in C).
+ *           Slightly optimized: does two characters at a time
+ *           before doing the modulo; this gives us a significant
+ *           speedup.  
+ *
+ * Args:     hash - the gki structure (we need to know the hash table size)
+ *           key  - a string to calculate the hash value for       
+ *
+ * Returns:  a hash value, in the range 0..hash->nhash-1.
+ *           hash table is unmodified.
+ */
+static int
+gki_hashvalue(GKI *hash, char *key)
+{
+  int val = 0;
+
+  for (; *key != '\0'; key++)
+    {
+      val = GKI_ALPHABETSIZE*val + *key; 
+      if (*(++key) == '\0') { val = val % hash->nhash; break; }
+      val = (GKI_ALPHABETSIZE*val + *key) % hash->nhash;
+    }
+  return val;
+}
+
+/* Function: gki_upsize()
+ * Date:     SRE, Sat May  1 11:46:07 1999 [May Day geek-out]
+ *
+ * Purpose:  Grow the hash table to the next available size.
+ *
+ * Args:     old - the GKI hash table to reallocate.
+ *
+ * Returns:  1 on success (the hash table is changed);
+ *           0 on failure; the table is already at its maximum size,
+ *              and the hash table is returned unchanged.
+ */
+static int
+gki_upsize(GKI *old)
+{
+  GKI      *new;
+  int       i;
+  struct gki_elem *optr;
+  struct gki_elem *nptr;
+  int       val;
+
+  if (old->primelevel >= GKI_NPRIMES-1)  return 0;
+  new = gki_alloc(old->primelevel+1);
+
+  /* Read the old, store in the new, while *not changing*
+   * any key indices. Because of the way the lists are
+   * treated as LIFO stacks, all the lists are reversed 
+   * in the new structure.
+   */
+  for (i = 0; i < old->nhash; i++)
+    {
+      optr = old->table[i];
+      while (optr != NULL)
+       {
+         val = gki_hashvalue(new, optr->key);
+
+         nptr = new->table[val];
+         new->table[val]      = optr;
+         optr                 = optr->nxt;
+         new->table[val]->nxt = nptr;
+       }
+    }
+  free(old->table);
+
+  /* Now swap within the interior of the structures, so the old
+   * structure is updated to the new structure.
+   * (nkeys is identical, so we don't need to swap that element.)
+   */
+  old->primelevel = new->primelevel;
+  old->nhash      = new->nhash;
+  old->table      = new->table;
+  free(new);
+  return 1;
+}
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/gki.h b/binaries/src/clustalo/src/squid/gki.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..1ffcdb7
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,50 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+#ifndef SQUID_GKI_INCLUDED
+#define SQUID_GKI_INCLUDED
+
+/* gki.h
+ * SRE, Sat May  1 15:07:22 1999
+ * 
+ * Declarations of structures, functions for generic key index
+ * module: emulation of Perl hashes. See gki.c.
+ * 
+ * RCS $Id: gki.h 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: gki.h,v 1.2 1999/07/15 22:30:45 eddy Exp)
+ */
+
+/* gki_elem:
+ *    key, array index pairs are kept in linked list structures.
+ */
+struct gki_elem {
+  char            *key;
+  int              idx;
+  struct gki_elem *nxt;
+};
+
+/* gki:
+ *    a dynamically resized hash structure; 
+ *    contains a hash table and associated data
+ */
+typedef struct {
+  struct gki_elem **table;
+  
+  int primelevel;
+  int nhash;
+  int nkeys;
+} GKI;
+
+GKI *GKIInit(void);
+void GKIFree(GKI *hash);
+int  GKIHashValue(GKI *hash, char *key);
+int  GKIStoreKey(GKI *hash, char *key);
+int  GKIKeyIndex(GKI *hash, char *key);
+void GKIStatus(GKI *hash);
+
+#endif /* SQUID_GKI_INCLUDED */
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/gsi.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/gsi.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f07839a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,387 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* gsi.c
+ * Interfaces for GSI "generic sequence index" files.
+ * broken away from sqio.c and extended: SRE, Wed Aug  5 10:32:53 1998
+ * 
+ * 
+ * GSI definition: 
+ *    1 + <nfiles> + <nkeys> total records.
+ *    Each record = 38 bytes.
+ *
+ *  one header record     :  <"GSI"    (32)> <nfiles (2)> <nkeys (4)> 
+ *  <nfiles> file records :  <filename (32)> <fileno (2)> <fmt   (4)> 
+ *  <nkeys>  key records  :  <key      (32)> <fileno (2)> <offset(4)> 
+ *
+ * Matches up with my Perl scripts that create GSI files.
+ * 
+ * RCS $Id: gsi.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: gsi.c,v 1.5 2001/08/04 20:15:42 eddy Exp)
+ */
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+#ifndef SEEK_SET
+#include <unistd.h>    /* needed for poor crippled SunOS */
+#endif
+
+#include "squid.h"
+#include "gsi.h"
+
+
+/*****************************************************************
+ * GSI index file access routines
+ *****************************************************************/
+
+/* Function: GSIOpen()
+ * 
+ * Purpose:  Open a GSI file. Returns the number of records in
+ *           the file and a file pointer. Returns NULL on failure.
+ *           The file pointer should be fclose()'d normally.
+ */
+GSIFILE *
+GSIOpen(char *gsifile)
+{
+  GSIFILE    *gsi;
+  char        magic[GSI_KEYSIZE];
+
+  gsi = (GSIFILE *) MallocOrDie (sizeof(GSIFILE));
+  if ((gsi->gsifp = fopen(gsifile, "r")) == NULL)
+    { free(gsi); squid_errno = SQERR_NOFILE; return NULL; }
+
+  if (! fread(magic, sizeof(char), GSI_KEYSIZE, gsi->gsifp))
+    { free(gsi); squid_errno = SQERR_NODATA; return NULL; }
+  if (strcmp(magic, "GSI") != 0) 
+    { free(gsi); squid_errno = SQERR_FORMAT; return NULL; }
+
+  if (! fread(&(gsi->nfiles), sizeof(sqd_uint16), 1, gsi->gsifp))
+    { free(gsi); squid_errno = SQERR_NODATA; return NULL; }
+  if (! fread(&(gsi->recnum), sizeof(sqd_uint32), 1, gsi->gsifp))
+    { free(gsi); squid_errno = SQERR_NODATA; return NULL; }
+
+  gsi->nfiles = sre_ntoh16(gsi->nfiles); /* convert from network short */
+  gsi->recnum = sre_ntoh32(gsi->recnum); /* convert from network long  */
+
+  return gsi;
+}
+
+/* Function: GSIGetRecord()
+ * 
+ * Purpose:  Each non-header record of a GSI index files consists
+ *           of 38 bytes: 32 bytes of character string, a 2 byte
+ *           short, and a 4 byte long. This function returns the
+ *           three values.
+ *           
+ * Args:     gsi  - open GSI index file, correctly positioned at a record
+ *           f1   - char[32], allocated by caller (or NULL if unwanted)
+ *           f2   - pointer to short (or NULL if unwanted)
+ *           f3   - pointer to long  (or NULL if unwanted)
+ *                  
+ * Return:   0 on failure and sets squid_errno.                  
+ */
+int
+GSIGetRecord(GSIFILE *gsi, char *f1, sqd_uint16 *f2, sqd_uint32 *f3)
+{
+  if (f1 == NULL) fseek(gsi->gsifp, GSI_KEYSIZE, SEEK_CUR);
+  else if (! fread(f1, GSI_KEYSIZE, 1, gsi->gsifp))
+    { squid_errno = SQERR_NODATA; return 0; }
+
+  if (f2 == NULL) fseek(gsi->gsifp, sizeof(sqd_uint16), SEEK_CUR);
+  else if (! fread(f2, sizeof(sqd_uint16), 1, gsi->gsifp))
+    { squid_errno = SQERR_NODATA; return 0; }
+
+  if (f3 == NULL) fseek(gsi->gsifp, sizeof(sqd_uint32), SEEK_CUR);
+  else if (! fread(f3, sizeof(sqd_uint32), 1, gsi->gsifp))
+    { squid_errno = SQERR_NODATA; return 0; }
+
+  if (f2 != NULL) *f2 = sre_ntoh16(*f2);
+  if (f3 != NULL) *f3 = sre_ntoh32(*f3);
+
+  return 1;
+}
+
+
+/* Function: GSIGetOffset()
+ * 
+ * Purpose:  From a key (sequence name), find a disk offset
+ *           in an open general sequence index file by binary
+ *           search. Presumably GSI indexing could be even faster
+ *           if we used hashing.
+ *   
+ * Args:     gsi         - GSI index file, opened by GSIOpen()
+ *           key         - name of key to retrieve indices for
+ *           ret_seqfile - pre-alloced char[32] array for seqfile name
+ *           ret_fmt     - format of seqfile
+ *           ret_offset  - return: disk offset in seqfile.         
+ */
+int
+GSIGetOffset(GSIFILE *gsi, char *key, char *ret_seqfile, 
+            int *ret_format, long *ret_offset)
+{
+  sqd_uint32  left, right, mid;
+  int         cmp;
+  char        name[GSI_KEYSIZE + 1];
+  sqd_uint32  offset;
+  sqd_uint16  filenum;
+  sqd_uint32  fmt;
+
+  name[GSI_KEYSIZE] = '\0';
+
+  left  = gsi->nfiles + 1;
+  right = gsi->nfiles + gsi->recnum;
+  mid   = (left + right) / 2;
+  fseek(gsi->gsifp, mid * GSI_RECSIZE, SEEK_SET);
+
+  while (GSIGetRecord(gsi, name, &filenum, &offset))
+    {
+      cmp = strcmp(name, key);
+      if      (cmp == 0)      break;          /* found it!              */
+      else if (left >= right) return 0;        /* oops, missed it; fail. */
+      else if (cmp < 0)       left = mid + 1;  /* it's right of mid      */
+      else if (cmp > 0)              right = mid - 1; /* it's left of mid       */ 
+      mid = (left + right) / 2;
+      fseek(gsi->gsifp, mid * GSI_RECSIZE, SEEK_SET);
+    }
+
+  /* Using file number, look up the sequence file and format.
+   */
+  fseek(gsi->gsifp, filenum * GSI_RECSIZE, SEEK_SET);
+  GSIGetRecord(gsi, ret_seqfile, NULL, &fmt);
+  *ret_format =  (int) fmt;
+  *ret_offset = (long) offset;
+  
+  return 1;
+}
+    
+/* Function: GSIClose()
+ * 
+ * Purpose:  Close an open GSI sequence index file.
+ */
+void
+GSIClose(GSIFILE *gsi)
+{
+  fclose(gsi->gsifp);
+  free(gsi);
+}
+
+
+/*****************************************************************
+ * GSI index construction routines
+ * SRE, Wed Nov 10 11:49:14 1999 [St. Louis]
+ * 
+ * API:
+ *       g = GSIAllocIndex();
+ *       
+ *       [foreach filename, <32 char, no directory path]
+ *          GSIAddFileToIndex(g, filename);
+ *          filenum++;
+ *          [foreach key, <32 char, w/ filenum 1..nfiles, w/ 32bit offset]
+ *             GSIAddKeyToIndex(g, key, filenum, offset);
+ *            
+ *       GSISortIndex(g);
+ *       GSIWriteIndex(fp, g);
+ *       GSIFreeIndex(g);
+ *****************************************************************/
+struct gsiindex_s *
+GSIAllocIndex(void)
+{
+  struct gsiindex_s *g;
+  
+  g = MallocOrDie(sizeof(struct gsiindex_s));
+  g->filenames = MallocOrDie(sizeof(char *) * 10);
+  g->fmt       = MallocOrDie(sizeof(int) * 10); 
+  g->elems     = MallocOrDie(sizeof(struct gsikey_s) * 100);
+  g->nfiles    = 0;
+  g->nkeys     = 0;
+  return g;
+}
+void
+GSIFreeIndex(struct gsiindex_s *g)
+{
+  int i;
+  for (i = 0; i < g->nfiles; i++) free(g->filenames[i]);
+  free(g->filenames);
+  free(g->fmt);
+  free(g->elems);
+  free(g);
+}
+void
+GSIAddFileToIndex(struct gsiindex_s *g, char *filename, int fmt)
+{
+  int len;
+
+  len = strlen(filename);
+  if (len >= GSI_KEYSIZE) Die("File name too long to be indexed.");
+  g->filenames[g->nfiles] = sre_strdup(filename, len);
+  g->fmt[g->nfiles]       = fmt;
+  g->nfiles++;
+  if (g->nfiles % 10 == 0) {
+    g->filenames = ReallocOrDie(g->filenames, sizeof(char *) * (g->nfiles + 10)); 
+    g->fmt       = ReallocOrDie(g->fmt,       sizeof(int)    * (g->nfiles + 10)); 
+  }
+}
+void
+GSIAddKeyToIndex(struct gsiindex_s *g, char *key, int filenum, long offset)
+{
+  if (strlen(key) >= GSI_KEYSIZE) Die("key too long in GSI index");
+  if (filenum > SQD_UINT16_MAX) Die("too many files in GSI index");
+  if (offset  > SQD_UINT32_MAX) Die("offset too big in GSI index");
+  
+  strncpy(g->elems[g->nkeys].key, key, GSI_KEYSIZE-1);
+  g->elems[g->nkeys].key[GSI_KEYSIZE-1] = '\0';
+  g->elems[g->nkeys].filenum = (sqd_uint16) filenum;
+  g->elems[g->nkeys].offset  = (sqd_uint32) offset;
+  g->nkeys++;
+
+  if (g->nkeys % 100 == 0)
+    g->elems = ReallocOrDie(g->elems, sizeof(struct gsikey_s) * (g->nkeys + 100));
+}
+static int 
+gsi_keysorter(const void *k1, const void *k2)
+{
+  struct gsikey_s *key1;
+  struct gsikey_s *key2;
+  key1 = (struct gsikey_s *) k1;
+  key2 = (struct gsikey_s *) k2;
+  return strcmp(key1->key, key2->key);
+}
+void
+GSISortIndex(struct gsiindex_s *g)
+{
+  qsort((void *) g->elems, g->nkeys, sizeof(struct gsikey_s), gsi_keysorter); 
+}
+void
+GSIWriteIndex(FILE *fp, struct gsiindex_s *g)
+{
+  sqd_uint32 i;
+
+  /* Range checking.
+   */
+  /* AW: gcc says: comparison always false die to limited range of data type */
+#ifndef CLUSTALO
+  if (g->nfiles > SQD_UINT16_MAX) Die("Too many files in GSI index.");
+#endif
+  if (g->nkeys  > SQD_UINT32_MAX) Die("Too many keys in GSI index.");
+
+  GSIWriteHeader(fp, g->nfiles, g->nkeys);
+  for (i = 0; i < g->nfiles; i++)
+    GSIWriteFileRecord(fp, g->filenames[i], i+1, g->fmt[i]);
+  for (i = 0; i < g->nkeys; i++)
+    GSIWriteKeyRecord(fp, g->elems[i].key, g->elems[i].filenum, g->elems[i].offset);
+}
+
+
+
+
+
+/* Function: GSIWriteHeader()
+ * Date:     SRE, Wed Aug  5 10:36:02 1998 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Write the first record to an open GSI file:
+ *           "GSI" <nfiles> <nkeys>
+ *
+ * Args:     fp      - open file to write to.
+ *           nfiles  - number of files indexed
+ *           nkeys   - number of keys indexed          
+ *
+ * Returns:  void
+ */
+void
+GSIWriteHeader(FILE *fp, int nfiles, long nkeys)
+{
+  char       key[GSI_KEYSIZE];
+  sqd_uint16 f1;
+  sqd_uint32 f2;
+
+  /* beware potential range errors!
+   */
+  if (nfiles > SQD_UINT16_MAX) Die("GSI: nfiles out of range");
+  if (nkeys > SQD_UINT32_MAX)  Die("GSI: nkeys out of range");
+
+  f1 = (sqd_uint16) nfiles;
+  f2 = (sqd_uint32) nkeys;
+  f1 = sre_hton16(f1);
+  f2 = sre_hton32(f2);
+  strcpy(key, "GSI");
+
+  if (fwrite(key,   1, GSI_KEYSIZE, fp) < GSI_KEYSIZE) PANIC;
+  if (fwrite(&f1,   2,  1, fp) < 1)  PANIC;
+  if (fwrite(&f2,   4,  1, fp) < 1)  PANIC;
+}
+
+
+/* Function: GSIWriteFileRecord()
+ * Date:     SRE, Wed Aug  5 10:45:51 1998 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Write a file record to an open GSI file.
+ *
+ * Args:     fp    - open GSI file
+ *           fname - file name (max 31 characters)
+ *           idx   - file number
+ *           fmt   - file format (e.g. kPearson, etc.)
+ *
+ * Returns:  0 on failure. 1 on success.
+ */
+int
+GSIWriteFileRecord(FILE *fp, char *fname, int idx, int fmt)
+{
+  sqd_uint16 f1;
+  sqd_uint32 f2;
+
+  if (strlen(fname) >= GSI_KEYSIZE) return 0;
+  if (idx > SQD_UINT16_MAX) Die("GSI: file index out of range");
+  if (fmt > SQD_UINT32_MAX) Die("GSI: format index out of range");
+
+  f1 = (sqd_uint16) idx;
+  f2 = (sqd_uint32) fmt;
+  f1 = sre_hton16(f1);
+  f2 = sre_hton32(f2);
+
+  if (fwrite(fname, 1, GSI_KEYSIZE, fp) < GSI_KEYSIZE) PANIC;
+  if (fwrite(&f1, 2, 1, fp) < 1)    PANIC;
+  if (fwrite(&f2, 4, 1, fp) < 1)    PANIC;
+  return 1;
+}
+
+
+/* Function: GSIWriteKeyRecord()
+ * Date:     SRE, Wed Aug  5 10:52:30 1998 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Write a key record to a GSI file.
+ *
+ * Args:     fp      - open GSI file for writing
+ *           key     - key (max 31 char + \0)
+ *           fileidx - which file number to find this key in
+ *           offset  - offset for this key       
+ * 
+ * Returns:  1 on success, else 0.
+ *           will fail if key >= 32 chars, for instance.
+ */
+int
+GSIWriteKeyRecord(FILE *fp, char *key, int fileidx, long offset)
+{
+  sqd_uint16 f1;
+  sqd_uint32 f2;
+
+  if (strlen(key) >= GSI_KEYSIZE) return 0;
+  if (fileidx > SQD_UINT16_MAX) Die("GSI: file index out of range");
+  if (offset  > SQD_UINT32_MAX) Die("GSI: offset out of range");
+
+  f1 = (sqd_uint16) fileidx;
+  f2 = (sqd_uint32) offset;
+  f1 = sre_hton16(f1);
+  f2 = sre_hton32(f2);
+  
+  if (fwrite(key, 1, GSI_KEYSIZE, fp) < GSI_KEYSIZE) PANIC;
+  if (fwrite(&f1, 2,  1, fp) < 1) PANIC;
+  if (fwrite(&f2, 4,  1, fp) < 1) PANIC;
+  return 1;
+}
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/gsi.h b/binaries/src/clustalo/src/squid/gsi.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..e0a4ff3
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,84 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+#ifndef GSIH_INCLUDED
+#define GSIH_INCLUDED
+
+/* gsi.h
+ * Database indexing (GSI format support)
+ * RCS $Id: gsi.h 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: gsi.h,v 1.3 2001/08/04 20:15:42 eddy Exp)
+ *
+ * A GSI (generic sequence index) file is composed of
+ * recnum + nfiles + 1 records. Each record contains
+ * three fields; key, file number, and disk offset.
+ * Record 0 contains:
+ *   [ "GSI" ]  [ nfiles ]  [ recnum ]
+ * Records 1..nfiles map file names to file numbers, and contain:
+ *   [ filename ] [ file number, 1..nfiles ] [ 0 (unused) ]
+ * Records nfiles+1 to recnum+nfiles+1 provide disk offset
+ * and file number indices for every key:
+ *   [ key ] [ file number ] [ offset]
+ *
+ * Because the file is binary, we take some (but not 
+ * complete) care to improve portability amongst platforms.
+ * This means using network order integers (see ntohl())
+ * and defining types for 16 and 32 bit integers.
+ * 
+ * Because we use 32-bit offsets, ftell(), and fseek(),
+ * there is an implicit 2 Gb file size maximum.
+ * AFAIK neither ANSI C nor POSIX provide a portable solution
+ * to this problem. fsetpos(), fgetpos() use an
+ * opaque fpos_t datatype that we can't write portably
+ * to a disk file. Suggestions welcomed.
+ */
+#define GSI_KEYSIZE    32         /* keys are 32 bytes long */  
+#define GSI_RECSIZE    38        /* 32 + 2 + 4 bytes       */
+#define SQD_UINT16_MAX 65535     /* 2^16-1 */
+#define SQD_UINT32_MAX 4294967295U/* 2^32-1 */
+
+struct gsi_s {
+  FILE        *gsifp;          /* open GSI index file            */
+  sqd_uint16   nfiles;         /* number of files = 16 bit int   */
+  sqd_uint32   recnum;         /* number of records = 32 bit int */
+};
+typedef struct gsi_s GSIFILE;
+
+struct gsikey_s {
+  char       key[GSI_KEYSIZE];
+  sqd_uint16 filenum;
+  sqd_uint32 offset;
+};
+struct gsiindex_s {
+  char           **filenames;
+  int             *fmt;
+  sqd_uint16       nfiles;
+
+  struct gsikey_s *elems;
+  int              nkeys;
+};  
+
+
+/* from gsi.c
+ */
+extern GSIFILE *GSIOpen(char *gsifile);
+extern int      GSIGetRecord(GSIFILE *gsi, char *f1, sqd_uint16 *f2, sqd_uint32 *f3);
+extern int      GSIGetOffset(GSIFILE *gsi, char *key, char *sqfile, 
+                         int *fmt, long *ret_offset);
+extern void     GSIClose(GSIFILE *gsi);
+extern struct gsiindex_s *GSIAllocIndex(void);
+extern void     GSIFreeIndex(struct gsiindex_s *g);
+extern void     GSIAddFileToIndex(struct gsiindex_s *g, char *filename, int fmt);
+extern void     GSIAddKeyToIndex(struct gsiindex_s *g, char *key, int filenum, long offset);
+extern void     GSISortIndex(struct gsiindex_s *g);
+extern void     GSIWriteIndex(FILE *fp, struct gsiindex_s *g);
+extern void     GSIWriteHeader(FILE *fp, int nfiles, long nkeys);
+extern int      GSIWriteFileRecord(FILE *fp, char *fname, int idx, int fmt);
+extern int      GSIWriteKeyRecord(FILE *fp, char *key, int fileidx, long offset);
+
+#endif /*GSIH_INCLUDED*/
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/gsi64.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/gsi64.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..7ada27e
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,394 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/ 
+#ifdef USE_GSI64
+
+/* gsi64.c
+ * Updated interfaces for GSI64 64-bit "generic sequence index" files.
+ * See gsi.c for old interfaces.
+ * This is a temporary hack! Needed for human genome project.
+ */
+
+/*    1 + <nfiles> + <nkeys> total records.
+ *    Each record = 42 bytes.
+ *
+ *  one header record     :  <"GSI64"  (32)> <nfiles (2)> <nkeys (8)> 
+ *  <nfiles> file records :  <filename (32)> <fileno (2)> <fmt   (8)> 
+ *  <nkeys>  key records  :  <key      (32)> <fileno (2)> <offset(8)> 
+ * 
+ * CVS $Id: gsi64.c,v 1.2 2000/12/21 23:42:59 eddy Exp)
+ */
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+#ifndef SEEK_SET
+#include <unistd.h>    /* needed for poor crippled SunOS */
+#endif
+
+#include "squid.h"
+#include "gsi64.h"
+
+/*****************************************************************
+ * GSI64 index file access routines
+ *****************************************************************/
+
+/* Function: GSI64Open()
+ * 
+ * Purpose:  Open a GSI64 file. Returns the number of records in
+ *           the file and a file pointer. Returns NULL on failure.
+ *           The file pointer should be fclose()'d normally.
+ */
+GSI64FILE *
+GSI64Open(char *gsifile)
+{
+  GSI64FILE  *gsi;
+  char        magic[GSI64_KEYSIZE];
+
+  gsi = (GSI64FILE *) MallocOrDie (sizeof(GSI64FILE));
+  if ((gsi->gsifp = fopen(gsifile, "r")) == NULL)
+    { free(gsi); squid_errno = SQERR_NOFILE; return NULL; }
+
+  if (! fread(magic, sizeof(char), GSI64_KEYSIZE, gsi->gsifp))
+    { free(gsi); squid_errno = SQERR_NODATA; return NULL; }
+  if (strcmp(magic, "GSI64") != 0) 
+    { free(gsi); squid_errno = SQERR_FORMAT; return NULL; }
+
+  if (! fread(&(gsi->nfiles), sizeof(sqd_uint16), 1, gsi->gsifp))
+    { free(gsi); squid_errno = SQERR_NODATA; return NULL; }
+  if (! fread(&(gsi->recnum), sizeof(sqd_uint64), 1, gsi->gsifp))
+    { free(gsi); squid_errno = SQERR_NODATA; return NULL; }
+
+#if 0                  /* HACK! we don't byteswap */
+  gsi->nfiles = sre_ntohs(gsi->nfiles); /* convert from network short */
+  gsi->recnum = sre_ntohl(gsi->recnum); /* convert from network long  */
+#endif
+
+  return gsi;
+}
+
+/* Function: GSI64GetRecord()
+ * 
+ * Purpose:  Each non-header record of a GSI64 index file consists
+ *           of 42 bytes: 32 bytes of character string, a 2 byte
+ *           short, and an 8 byte long long. This function returns the
+ *           three values.
+ *           
+ * Args:     gsi  - open GSI64 index file, correctly positioned at a record
+ *           f1   - char[32], allocated by caller (or NULL if unwanted)
+ *           f2   - pointer to short (or NULL if unwanted)
+ *           f3   - pointer to long long  (or NULL if unwanted)
+ *                  
+ * Return:   0 on failure and sets squid_errno.                  
+ */
+int
+GSI64GetRecord(GSI64FILE *gsi, char *f1, sqd_uint16 *f2, sqd_uint64 *f3)
+{
+  if (f1 == NULL) fseek64(gsi->gsifp, GSI64_KEYSIZE, SEEK_CUR);
+  else if (! fread(f1, GSI64_KEYSIZE, 1, gsi->gsifp))
+    { squid_errno = SQERR_NODATA; return 0; }
+
+  if (f2 == NULL) fseek64(gsi->gsifp, sizeof(sqd_uint16), SEEK_CUR);
+  else if (! fread(f2, sizeof(sqd_uint16), 1, gsi->gsifp))
+    { squid_errno = SQERR_NODATA; return 0; }
+
+  if (f3 == NULL) fseek64(gsi->gsifp, sizeof(sqd_uint64), SEEK_CUR);
+  else if (! fread(f3, sizeof(sqd_uint64), 1, gsi->gsifp))
+    { squid_errno = SQERR_NODATA; return 0; }
+
+#if 0 /* no byteswap yet! HACK! */
+  if (f2 != NULL) *f2 = sre_ntohs(*f2);
+  if (f3 != NULL) *f3 = sre_ntohl(*f3);
+#endif 
+
+  return 1;
+}
+
+
+/* Function: GSI64GetOffset()
+ * 
+ * Purpose:  From a key (sequence name), find a disk offset
+ *           in an open general sequence index file by binary
+ *           search. Presumably GSI64 indexing could be even faster
+ *           if we used hashing.
+ *   
+ * Args:     gsi         - GSI64 index file, opened by GSI64Open()
+ *           key         - name of key to retrieve indices for
+ *           ret_seqfile - pre-alloced char[32] array for seqfile name
+ *           ret_fmt     - format of seqfile
+ *           ret_offset  - return: disk offset in seqfile.         
+ */
+int
+GSI64GetOffset(GSI64FILE *gsi, char *key, char *ret_seqfile, 
+              int *ret_format, long long *ret_offset)
+{
+  sqd_uint64  left, right, mid;
+  int         cmp;
+  char        name[GSI64_KEYSIZE + 1];
+  sqd_uint64  offset;
+  sqd_uint16  filenum;
+  sqd_uint64  fmt;
+
+  name[GSI64_KEYSIZE] = '\0';
+
+  left  = gsi->nfiles + 1;
+  right = gsi->nfiles + gsi->recnum;
+  mid   = (left + right) / 2;
+  fseek64(gsi->gsifp, mid * GSI64_RECSIZE, SEEK_SET);
+
+  while (GSI64GetRecord(gsi, name, &filenum, &offset))
+    {
+      cmp = strcmp(name, key);
+      if      (cmp == 0)      break;          /* found it!              */
+      else if (left >= right) return 0;        /* oops, missed it; fail. */
+      else if (cmp < 0)       left = mid + 1;  /* it's right of mid      */
+      else if (cmp > 0)              right = mid - 1; /* it's left of mid       */ 
+      mid = (left + right) / 2;
+      fseek64(gsi->gsifp, mid * GSI64_RECSIZE, SEEK_SET);
+    }
+
+  /* Using file number, look up the sequence file and format.
+   */
+  fseek64(gsi->gsifp, filenum * GSI64_RECSIZE, SEEK_SET);
+  GSI64GetRecord(gsi, ret_seqfile, NULL, &fmt);
+  *ret_format =  (int) fmt;
+  *ret_offset = (long long) offset;
+  
+  return 1;
+}
+    
+/* Function: GSI64Close()
+ * 
+ * Purpose:  Close an open GSI64 sequence index file.
+ */
+void
+GSI64Close(GSI64FILE *gsi)
+{
+  fclose(gsi->gsifp);
+  free(gsi);
+}
+
+
+/*****************************************************************
+ * GSI64 index construction routines
+ * SRE, Wed Nov 10 11:49:14 1999 [St. Louis]
+ * 
+ * API:
+ *       g = GSI64AllocIndex();
+ *       
+ *       [foreach filename, <32 char, no directory path]
+ *          GSI64AddFileToIndex(g, filename);
+ *          filenum++;
+ *          [foreach key, <32 char, w/ filenum 1..nfiles, w/ 64bit offset]
+ *             GSI64AddKeyToIndex(g, key, filenum, offset);
+ *            
+ *       GSI64SortIndex(g);
+ *       GSI64WriteIndex(fp, g);
+ *       GSI64FreeIndex(g);
+ *****************************************************************/
+struct gsi64index_s *
+GSI64AllocIndex(void)
+{
+  struct gsi64index_s *g;
+  
+  g = MallocOrDie(sizeof(struct gsi64index_s));
+  g->filenames = MallocOrDie(sizeof(char *) * 10);
+  g->fmt       = MallocOrDie(sizeof(int) * 10); 
+  g->elems     = MallocOrDie(sizeof(struct gsi64key_s) * 100);
+  g->nfiles    = 0;
+  g->nkeys     = 0;
+  return g;
+}
+void
+GSI64FreeIndex(struct gsi64index_s *g)
+{
+  int i;
+  for (i = 0; i < g->nfiles; i++) free(g->filenames[i]);
+  free(g->filenames);
+  free(g->fmt);
+  free(g->elems);
+  free(g);
+}
+void
+GSI64AddFileToIndex(struct gsi64index_s *g, char *filename, int fmt)
+{
+  int len;
+
+  len = strlen(filename);
+  if (len >= GSI64_KEYSIZE) Die("File name too long to be indexed.");
+  g->filenames[g->nfiles] = sre_strdup(filename, len);
+  g->fmt[g->nfiles]       = fmt;
+  g->nfiles++;
+  if (g->nfiles % 10 == 0) {
+    g->filenames = ReallocOrDie(g->filenames, sizeof(char *) * (g->nfiles + 10)); 
+    g->fmt       = ReallocOrDie(g->fmt,       sizeof(int)    * (g->nfiles + 10)); 
+  }
+}
+void
+GSI64AddKeyToIndex(struct gsi64index_s *g, char *key, int filenum, long long offset)
+{
+  if (strlen(key) >= GSI64_KEYSIZE) Die("key too long in GSI64 index");
+  if (filenum > SQD_UINT16_MAX) Die("too many files in GSI64 index");
+  if (offset  > SQD_UINT64_MAX) Die("offset too big in GSI64 index");
+  
+  strncpy(g->elems[g->nkeys].key, key, GSI64_KEYSIZE-1);
+  g->elems[g->nkeys].key[GSI64_KEYSIZE-1] = '\0';
+  g->elems[g->nkeys].filenum = (sqd_uint16) filenum;
+  g->elems[g->nkeys].offset  = (sqd_uint64) offset;
+  g->nkeys++;
+
+  if (g->nkeys % 100 == 0)
+    g->elems = ReallocOrDie(g->elems, sizeof(struct gsi64key_s) * (g->nkeys + 100));
+}
+static int 
+gsi_keysorter(const void *k1, const void *k2)
+{
+  struct gsi64key_s *key1;
+  struct gsi64key_s *key2;
+  key1 = (struct gsi64key_s *) k1;
+  key2 = (struct gsi64key_s *) k2;
+  return strcmp(key1->key, key2->key);
+}
+void
+GSI64SortIndex(struct gsi64index_s *g)
+{
+  qsort((void *) g->elems, g->nkeys, sizeof(struct gsi64key_s), gsi_keysorter); 
+}
+void
+GSI64WriteIndex(FILE *fp, struct gsi64index_s *g)
+{
+  sqd_uint16 i;
+  sqd_uint64 j;
+
+  /* Range checking.
+   */
+  if (g->nfiles > SQD_UINT16_MAX) Die("Too many files in GSI64 index.");
+  if (g->nkeys  > SQD_UINT64_MAX) Die("Too many keys in GSI64 index.");
+
+  GSI64WriteHeader(fp, g->nfiles, g->nkeys);
+  for (i = 0; i < g->nfiles; i++)
+    GSI64WriteFileRecord(fp, g->filenames[i], i+1, g->fmt[i]);
+  for (j = 0; j < g->nkeys; j++)
+    GSI64WriteKeyRecord(fp, g->elems[j].key, g->elems[j].filenum, g->elems[j].offset);
+}
+
+
+
+
+
+/* Function: GSI64WriteHeader()
+ * Date:     SRE, Wed Aug  5 10:36:02 1998 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Write the first record to an open GSI64 file:
+ *           "GSI64" <nfiles> <nkeys>
+ *
+ * Args:     fp      - open file to write to.
+ *           nfiles  - number of files indexed
+ *           nkeys   - number of keys indexed          
+ *
+ * Returns:  void
+ */
+void
+GSI64WriteHeader(FILE *fp, int nfiles, long long nkeys)
+{
+  char       key[GSI64_KEYSIZE];
+  sqd_uint16 f1;
+  sqd_uint64 f2;
+
+  /* beware potential range errors!
+   */
+  if (nfiles > SQD_UINT16_MAX) Die("GSI64: nfiles out of range");
+  if (nkeys > SQD_UINT64_MAX)  Die("GSI64: nkeys out of range");
+
+  f1 = (sqd_uint16) nfiles;
+  f2 = (sqd_uint64) nkeys;
+#if 0 /* HACK no byteswap */
+  f1 = sre_htons(f1);
+  f2 = sre_htonl(f2);
+#endif
+  strcpy(key, "GSI64");
+
+  if (fwrite(key,   1, GSI64_KEYSIZE, fp) < GSI64_KEYSIZE) PANIC;
+  if (fwrite(&f1,   2,  1, fp) < 1)  PANIC;
+  if (fwrite(&f2,   8,  1, fp) < 1)  PANIC;
+}
+
+
+/* Function: GSI64WriteFileRecord()
+ * Date:     SRE, Wed Aug  5 10:45:51 1998 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Write a file record to an open GSI64 file.
+ *
+ * Args:     fp    - open GSI64 file
+ *           fname - file name (max 31 characters)
+ *           idx   - file number
+ *           fmt   - file format (e.g. kPearson, etc.)
+ *
+ * Returns:  0 on failure. 1 on success.
+ */
+int
+GSI64WriteFileRecord(FILE *fp, char *fname, int idx, int fmt)
+{
+  sqd_uint16 f1;
+  sqd_uint64 f2;
+
+  if (strlen(fname) >= GSI64_KEYSIZE) return 0;
+  if (idx > SQD_UINT16_MAX) Die("GSI64: file index out of range");
+  if (fmt > SQD_UINT64_MAX) Die("GSI64: format index out of range");
+
+  f1 = (sqd_uint16) idx;
+  f2 = (sqd_uint64) fmt;
+#if 0 /* hack : no byteswap */
+  f1 = sre_htons(f1);
+  f2 = sre_htonl(f2);
+#endif
+
+  if (fwrite(fname, 1, GSI64_KEYSIZE, fp) < GSI64_KEYSIZE) PANIC;
+  if (fwrite(&f1, 2, 1, fp) < 1)    PANIC;
+  if (fwrite(&f2, 8, 1, fp) < 1)    PANIC;
+  return 1;
+}
+
+
+/* Function: GSI64WriteKeyRecord()
+ * Date:     SRE, Wed Aug  5 10:52:30 1998 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Write a key record to a GSI64 file.
+ *
+ * Args:     fp      - open GSI64 file for writing
+ *           key     - key (max 31 char + \0)
+ *           fileidx - which file number to find this key in
+ *           offset  - offset for this key       
+ * 
+ * Returns:  1 on success, else 0.
+ *           will fail if key >= 32 chars, for instance.
+ */
+int
+GSI64WriteKeyRecord(FILE *fp, char *key, int fileidx, long long offset)
+{
+  sqd_uint16 f1;
+  sqd_uint64 f2;
+
+  if (strlen(key) >= GSI64_KEYSIZE) return 0;
+  if (fileidx > SQD_UINT16_MAX) Die("GSI64: file index out of range");
+  if (offset  > SQD_UINT64_MAX) Die("GSI64: offset out of range");
+
+  f1 = (sqd_uint16) fileidx;
+  f2 = (sqd_uint64) offset;
+#if 0 /* HACK! */
+  f1 = sre_htons(f1);
+  f2 = sre_htonl(f2);
+#endif 
+  
+  if (fwrite(key, 1, GSI64_KEYSIZE, fp) < GSI64_KEYSIZE) PANIC;
+  if (fwrite(&f1, 2,  1, fp) < 1) PANIC;
+  if (fwrite(&f2, 8,  1, fp) < 1) PANIC;
+  return 1;
+}
+
+#endif /*USE_GSI64 */
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/gsi64.h b/binaries/src/clustalo/src/squid/gsi64.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b451c1b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,95 @@
+/*****************************************************************
+ * @LICENSE@
+ *****************************************************************/
+
+#ifndef GSI64H_INCLUDED
+#define GSI64H_INCLUDED
+#ifdef USE_GSI64
+
+/* gsi64.h
+ * Database indexing (GSI64 format support)
+ * CVS $Id: gsi64.h,v 1.2 2000/12/21 23:42:59 eddy Exp)
+ *
+ * A GSI64 (generic sequence index, 64 bit hack) file is composed of
+ * recnum + nfiles + 1 records. Each record contains
+ * three fields; key, file number, and disk offset.
+ * Record 0 contains:
+ *   [ "GSI64" ]  [ nfiles ]  [ recnum ]
+ * Records 1..nfiles map file names to file numbers, and contain:
+ *   [ filename ] [ file number, 1..nfiles ] [ 0 (unused) ]
+ * Records nfiles+1 to recnum+nfiles+1 provide disk offset
+ * and file number indices for every key:
+ *   [ key ] [ file number ] [ offset]
+ *
+ * Because the file is binary, we take some (but not 
+ * complete) care to improve portability amongst platforms.
+ * This means using network order integers (see ntohl())
+ * and defining types for 16 and 64 bit integers.
+ * 
+ * A short test program that verifies the sizes of these
+ * data types would be a good idea...
+ * 
+ * Because we use 64-bit offsets, ftell64(), and fseek64(),
+ * we rely on the OS actually providing these. This is
+ * a temporary hack for human genome analysis.
+ */
+typedef unsigned long long  sqd_uint64; /* 64 bit integer. */
+
+#define GSI64_KEYSIZE    32         /* keys are 32 bytes long */  
+#define GSI64_RECSIZE    42        /* 32 + 2 + 8 bytes       */
+#define SQD_UINT16_MAX 65535       /* 2^16-1 */
+#define SQD_UINT64_MAX 18446744073709551615LU /* 2^64-1 */
+
+struct gsi64_s {
+  FILE        *gsifp;          /* open GSI index file            */
+  sqd_uint16   nfiles;         /* number of files = 16 bit int   */
+  sqd_uint64   recnum;         /* number of records = 64 bit int */
+};
+typedef struct gsi64_s GSI64FILE;
+
+struct gsi64key_s {
+  char       key[GSI64_KEYSIZE];
+  sqd_uint16 filenum;
+  sqd_uint64 offset;
+};
+struct gsi64index_s {
+  char           **filenames;
+  int             *fmt;
+  sqd_uint16       nfiles;
+
+  struct gsi64key_s *elems;
+  sqd_uint64         nkeys;
+};  
+
+
+
+/* if ntohl() and friends are not available, you
+ * can slip replacements in by providing sre_ntohl()
+ * functions. (i.e., there is a possible portability problem here.)
+ */
+#if 0
+#define sre_ntohl(x)  ntohl(x); 
+#define sre_ntohs(x)  ntohs(x);
+#define sre_htonl(x)  htonl(x); 
+#define sre_htons(x)  htons(x);
+#endif
+
+/* from gsi64.c
+ */
+extern GSI64FILE *GSI64Open(char *gsifile);
+extern int        GSI64GetRecord(GSI64FILE *gsi, char *f1, sqd_uint16 *f2, sqd_uint64 *f3);
+extern int        GSI64GetOffset(GSI64FILE *gsi, char *key, char *sqfile, 
+                                int *fmt, long long *ret_offset);
+extern void     GSI64Close(GSI64FILE *gsi);
+extern struct gsi64index_s *GSI64AllocIndex(void);
+extern void     GSI64FreeIndex(struct gsi64index_s *g);
+extern void     GSI64AddFileToIndex(struct gsi64index_s *g, char *filename, int fmt);
+extern void     GSI64AddKeyToIndex(struct gsi64index_s *g, char *key, int filenum, long long offset);
+extern void     GSI64SortIndex(struct gsi64index_s *g);
+extern void     GSI64WriteIndex(FILE *fp, struct gsi64index_s *g);
+extern void     GSI64WriteHeader(FILE *fp, int nfiles, long long nkeys);
+extern int      GSI64WriteFileRecord(FILE *fp, char *fname, int idx, int fmt);
+extern int      GSI64WriteKeyRecord(FILE *fp, char *key, int fileidx, long long offset);
+
+#endif /* USE_GSI64 */
+#endif /*GSIH_INCLUDED*/
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/hsregex.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/hsregex.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..52d4898
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1350 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/*****************************************************************
+ * This code is an altered version of Henry Spencer's
+ * regex library. Alterations are limited to minor streamlining,
+ * and some name changes to protect the SQUID namespace.
+ * Henry's copyright notice appears below.
+ * You can obtain the original from 
+ *    ftp://ftp.zoo.toronto.edu/pub/bookregex.tar.Z
+ * Thanks, Henry!
+ * 
+ * The magic word for compiling a testdriver: NBA_TEAM_IN_STL
+ * gcc -o test -g -DNBA_TEAM_IN_STL -L. hsregex.c -lsquid -lm
+ *  
+ * Usage: 
+ *  test <pattern> <ntok> <string>
+ *  
+ * SRE, Fri Aug 28 11:10:17 1998
+ * CVS $Id: hsregex.c,v 1.7 2001/08/09 17:50:17 eddy Exp)
+ *****************************************************************/    
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+#include <ctype.h>
+#include "squid.h"
+
+/* global sqd_parse[] are managed by Strparse().
+ * WARNING: TODO: this code is not threadsafe, and needs to be revised. 
+ */
+char *sqd_parse[10];
+
+/* Function: Strparse()
+ * 
+ * Purpose:  Match a regexp to a string. Returns 1 if pattern matches,
+ *           else 0.
+ *
+ *           Much like Perl, Strparse() makes copies of the matching
+ *           substrings available via globals, sqd_parse[].
+ *           sqd_parse[0] contains a copy of the complete matched
+ *           text. sqd_parse[1-9] contain copies of up to nine
+ *           different substrings matched within parentheses.
+ *           The memory for these strings is internally managed and
+ *           volatile; the next call to Strparse() may destroy them.
+ *           If the caller needs the matched substrings to persist
+ *           beyond a new Strparse() call, it must make its own 
+ *           copies.
+ *           
+ *           A minor drawback of the memory management is that
+ *           there will be a small amount of unfree'd memory being
+ *           managed by Strparse() when a program exits; this may
+ *           confuse memory debugging (Purify, dbmalloc). The
+ *           general cleanup function SqdClean() is provided;
+ *           you can call this before exiting.
+ *           
+ *           Uses an extended POSIX regular expression interface.
+ *           A copylefted GNU implementation is included in the squid
+ *           implementation (gnuregex.c) for use on non-POSIX compliant
+ *           systems. POSIX 1003.2-compliant systems (all UNIX,
+ *           some WinNT, I believe) can omit the GNU code if necessary.
+ *           
+ *           I built this for ease of use, not speed nor efficiency.
+ *
+ * Example:  Strparse("foo-...-baz", "foo-bar-baz")  returns 0
+ *           Strparse("foo-(...)-baz", "foo-bar-baz")
+ *              returns 0; sqd_parse[0] is "foo-bar-baz";
+ *              sqd_parse[1] is "bar".
+ *              
+ *           A real example:   
+ *            s   = ">gnl|ti|3 G10P69425RH2.T0 {SUB 81..737}  /len=657"
+ *            pat = "SUB ([0-9]+)"
+ *            Strparse(pat, s, 1)
+ *               returns 1; sqd_parse[1] is "81".
+ *              
+ * Args:     rexp  - regular expression, extended POSIX form
+ *           s     - string to match against
+ *           ntok  - number of () substrings we will save (maximum NSUBEXP-1)
+ *                   
+ * Return:   1 on match, 0 if no match
+ */
+int
+Strparse(char *rexp, char *s, int ntok)
+{
+  sqd_regexp *pat;
+  int         code;
+  int         len;
+  int         i;
+                               /* sanity check */
+  if (ntok >= NSUBEXP )  Die("Strparse(): ntok must be <= %d", NSUBEXP-1); 
+
+  /* Free previous global substring buffers
+   */
+  for (i = 0; i <= ntok; i++)
+    if (sqd_parse[i] != NULL) 
+      { 
+       free(sqd_parse[i]);
+       sqd_parse[i] = NULL;
+      }
+
+  /* Compile and match the pattern, using our modified 
+   * copy of Henry Spencer's regexp library
+   */
+  if ((pat = sqd_regcomp(rexp)) == NULL) 
+    Die("regexp compilation failed.");
+  code = sqd_regexec(pat, s);
+
+  /* Fill the global substring buffers
+   */
+  if (code == 1) 
+    for (i = 0; i <= ntok; i++)
+      if (pat->startp[i] != NULL && pat->endp[i] != NULL)
+       {
+         len = pat->endp[i] - pat->startp[i];
+         sqd_parse[i] = (char *) MallocOrDie(sizeof(char) * (len+1));
+         strncpy(sqd_parse[i], pat->startp[i], len);
+         sqd_parse[i][len] = '\0';
+       }
+
+  free(pat);
+  return code;
+}
+
+/* Function: SqdClean()
+ * Date:     SRE, Wed Oct 29 12:52:08 1997 [TWA 721]
+ * 
+ * Purpose:  Clean up any squid library allocations before exiting
+ *           a program, so we don't leave unfree'd memory around
+ *           and confuse a malloc debugger like Purify or dbmalloc.
+ */
+void
+SqdClean(void)
+{
+  int i;
+
+  /* Free global substring buffers that Strparse() uses
+   */
+  for (i = 0; i <= 9; i++)
+    if (sqd_parse[i] != NULL) {
+      free(sqd_parse[i]);
+      sqd_parse[i] = NULL;
+    }
+}
+
+
+
+/* all code below is:
+ * Copyright (c) 1986, 1993, 1995 by University of Toronto.
+ * Written by Henry Spencer.  Not derived from licensed software.
+ *
+ * Permission is granted to anyone to use this software for any
+ * purpose on any computer system, and to redistribute it in any way,
+ * subject to the following restrictions:
+ *
+ * 1. The author is not responsible for the consequences of use of
+ *     this software, no matter how awful, even if they arise
+ *     from defects in it.
+ *
+ * 2. The origin of this software must not be misrepresented, either
+ *     by explicit claim or by omission.
+ * 
+ * 3. Altered versions must be plainly marked as such, and must not
+ *     be misrepresented (by explicit claim or omission) as being
+ *     the original software.
+ *
+ * 4. This notice must not be removed or altered.
+ */
+
+/*
+ * sqd_regcomp and sqd_regexec -- sqd_regsub and sqd_regerror are elsewhere
+ */
+
+/*
+ * The first byte of the regexp internal "program" is actually this magic
+ * number; the start node begins in the second byte.
+ */
+#define        SQD_REGMAGIC    0234
+
+/*
+ * The "internal use only" fields in regexp.h are present to pass info from
+ * compile to execute that permits the execute phase to run lots faster on
+ * simple cases.  They are:
+ *
+ * regstart    char that must begin a match; '\0' if none obvious
+ * reganch     is the match anchored (at beginning-of-line only)?
+ * regmust     string (pointer into program) that match must include, or NULL
+ * regmlen     length of regmust string
+ *
+ * Regstart and reganch permit very fast decisions on suitable starting points
+ * for a match, cutting down the work a lot.  Regmust permits fast rejection
+ * of lines that cannot possibly match.  The regmust tests are costly enough
+ * that sqd_regcomp() supplies a regmust only if the r.e. contains something
+ * potentially expensive (at present, the only such thing detected is * or +
+ * at the start of the r.e., which can involve a lot of backup).  Regmlen is
+ * supplied because the test in sqd_regexec() needs it and sqd_regcomp() is computing
+ * it anyway.
+ */
+
+/*
+ * Structure for regexp "program".  This is essentially a linear encoding
+ * of a nondeterministic finite-state machine (aka syntax charts or
+ * "railroad normal form" in parsing technology).  Each node is an opcode
+ * plus a "next" pointer, possibly plus an operand.  "Next" pointers of
+ * all nodes except BRANCH implement concatenation; a "next" pointer with
+ * a BRANCH on both ends of it is connecting two alternatives.  (Here we
+ * have one of the subtle syntax dependencies:  an individual BRANCH (as
+ * opposed to a collection of them) is never concatenated with anything
+ * because of operator precedence.)  The operand of some types of node is
+ * a literal string; for others, it is a node leading into a sub-FSM.  In
+ * particular, the operand of a BRANCH node is the first node of the branch.
+ * (NB this is *not* a tree structure:  the tail of the branch connects
+ * to the thing following the set of BRANCHes.)  The opcodes are:
+ */
+
+/* definition  number  opnd?   meaning */
+#define        END     0       /* no   End of program. */
+#define        BOL     1       /* no   Match beginning of line. */
+#define        EOL     2       /* no   Match end of line. */
+#define        ANY     3       /* no   Match any character. */
+#define        ANYOF   4       /* str  Match any of these. */
+#define        ANYBUT  5       /* str  Match any but one of these. */
+#define        BRANCH  6       /* node Match this, or the next..\&. */
+#define        BACK    7       /* no   "next" ptr points backward. */
+#define        EXACTLY 8       /* str  Match this string. */
+#define        NOTHING 9       /* no   Match empty string. */
+#define        STAR    10      /* node Match this 0 or more times. */
+#define        PLUS    11      /* node Match this 1 or more times. */
+#define        OPEN    20      /* no   Sub-RE starts here. */
+                       /*      OPEN+1 is number 1, etc. */
+#define        CLOSE   30      /* no   Analogous to OPEN. */
+
+/*
+ * Opcode notes:
+ *
+ * BRANCH      The set of branches constituting a single choice are hooked
+ *             together with their "next" pointers, since precedence prevents
+ *             anything being concatenated to any individual branch.  The
+ *             "next" pointer of the last BRANCH in a choice points to the
+ *             thing following the whole choice.  This is also where the
+ *             final "next" pointer of each individual branch points; each
+ *             branch starts with the operand node of a BRANCH node.
+ *
+ * BACK                Normal "next" pointers all implicitly point forward; BACK
+ *             exists to make loop structures possible.
+ *
+ * STAR,PLUS   '?', and complex '*' and '+', are implemented as circular
+ *             BRANCH structures using BACK.  Simple cases (one character
+ *             per match) are implemented with STAR and PLUS for speed
+ *             and to minimize recursive plunges.
+ *
+ * OPEN,CLOSE  ...are numbered at compile time.
+ */
+
+/*
+ * A node is one char of opcode followed by two chars of "next" pointer.
+ * "Next" pointers are stored as two 8-bit pieces, high order first.  The
+ * value is a positive offset from the opcode of the node containing it.
+ * An operand, if any, simply follows the node.  (Note that much of the
+ * code generation knows about this implicit relationship.)
+ *
+ * Using two bytes for the "next" pointer is vast overkill for most things,
+ * but allows patterns to get big without disasters.
+ */
+#define        OP(p)           (*(p))
+#define        NEXT(p)         (((*((p)+1)&0177)<<8) + (*((p)+2)&0377))
+#define        OPERAND(p)      ((p) + 3)
+
+/*
+ * Utility definitions.
+ */
+#define        FAIL(m)         { sqd_regerror(m); return(NULL); }
+#define        ISREPN(c)       ((c) == '*' || (c) == '+' || (c) == '?')
+#define        META            "^$.[()|?+*\\"
+
+/*
+ * Flags to be passed up and down.
+ */
+#define        HASWIDTH        01      /* Known never to match null string. */
+#define        SIMPLE          02      /* Simple enough to be STAR/PLUS operand. */
+#define        SPSTART         04      /* Starts with * or +. */
+#define        WORST           0       /* Worst case. */
+
+/*
+ * Work-variable struct for sqd_regcomp().
+ */
+struct comp {
+       char *regparse;         /* Input-scan pointer. */
+       int regnpar;            /* () count. */
+       char *regcode;          /* Code-emit pointer; &regdummy = don't. */
+       char regdummy[3];       /* NOTHING, 0 next ptr */
+       long regsize;           /* Code size. */
+};
+#define        EMITTING(cp)    ((cp)->regcode != (cp)->regdummy)
+
+/*
+ * Forward declarations for sqd_regcomp()'s friends.
+ */
+static char *reg(struct comp *cp, int paren, int *flagp);
+static char *regbranch(struct comp *cp, int *flagp);
+static char *regpiece(struct comp *cp, int *flagp);
+static char *regatom(struct comp *cp, int *flagp);
+static char *regnode(struct comp *cp, int op);
+static char *regnext(char *node);
+static void regc(struct comp *cp, int c);
+static void reginsert(struct comp *cp, int op, char *opnd);
+static void regtail(struct comp *cp, char *p, char *val);
+static void regoptail(struct comp *cp, char *p, char *val);
+
+/*
+ - sqd_regcomp - compile a regular expression into internal code
+ *
+ * We can't allocate space until we know how big the compiled form will be,
+ * but we can't compile it (and thus know how big it is) until we've got a
+ * place to put the code.  So we cheat:  we compile it twice, once with code
+ * generation turned off and size counting turned on, and once "for real".
+ * This also means that we don't allocate space until we are sure that the
+ * thing really will compile successfully, and we never have to move the
+ * code and thus invalidate pointers into it.  (Note that it has to be in
+ * one piece because free() must be able to free it all.)
+ *
+ * Beware that the optimization-preparation code in here knows about some
+ * of the structure of the compiled regexp.
+ */
+sqd_regexp *
+sqd_regcomp(exp)
+const char *exp;
+{
+       register sqd_regexp *r;
+       register char *scan;
+       int flags;
+       struct comp co;
+
+       if (exp == NULL)
+               FAIL("NULL argument to sqd_regcomp");
+
+       /* First pass: determine size, legality. */
+       co.regparse = (char *)exp;
+       co.regnpar = 1;
+       co.regsize = 0L;
+       co.regdummy[0] = NOTHING;
+       co.regdummy[1] = co.regdummy[2] = 0;
+       co.regcode = co.regdummy;
+       regc(&co, SQD_REGMAGIC);
+       if (reg(&co, 0, &flags) == NULL)
+               return(NULL);
+
+       /* Small enough for pointer-storage convention? */
+       if (co.regsize >= 0x7fffL)      /* Probably could be 0xffffL. */
+               FAIL("regexp too big");
+
+       /* Allocate space. */
+       r = (sqd_regexp *)malloc(sizeof(sqd_regexp) + (size_t)co.regsize);
+       if (r == NULL)
+               FAIL("out of space");
+
+       /* Second pass: emit code. */
+       co.regparse = (char *)exp;
+       co.regnpar = 1;
+       co.regcode = r->program;
+       regc(&co, SQD_REGMAGIC);
+       if (reg(&co, 0, &flags) == NULL)
+               return(NULL);
+
+       /* Dig out information for optimizations. */
+       r->regstart = '\0';             /* Worst-case defaults. */
+       r->reganch = 0;
+       r->regmust = NULL;
+       r->regmlen = 0;
+       scan = r->program+1;            /* First BRANCH. */
+       if (OP(regnext(scan)) == END) { /* Only one top-level choice. */
+               scan = OPERAND(scan);
+
+               /* Starting-point info. */
+               if (OP(scan) == EXACTLY)
+                       r->regstart = *OPERAND(scan);
+               else if (OP(scan) == BOL)
+                       r->reganch = 1;
+
+               /*
+                * If there's something expensive in the r.e., find the
+                * longest literal string that must appear and make it the
+                * regmust.  Resolve ties in favor of later strings, since
+                * the regstart check works with the beginning of the r.e.
+                * and avoiding duplication strengthens checking.  Not a
+                * strong reason, but sufficient in the absence of others.
+                */
+               if (flags&SPSTART) {
+                       register char *longest = NULL;
+                       register size_t len = 0;
+
+                       for (; scan != NULL; scan = regnext(scan))
+                               if (OP(scan) == EXACTLY && strlen(OPERAND(scan)) >= len) {
+                                       longest = OPERAND(scan);
+                                       len = strlen(OPERAND(scan));
+                               }
+                       r->regmust = longest;
+                       r->regmlen = (int)len;
+               }
+       }
+
+       return(r);
+}
+
+/*
+ - reg - regular expression, i.e. main body or parenthesized thing
+ *
+ * Caller must absorb opening parenthesis.
+ *
+ * Combining parenthesis handling with the base level of regular expression
+ * is a trifle forced, but the need to tie the tails of the branches to what
+ * follows makes it hard to avoid.
+ */
+static char *
+reg(cp, paren, flagp)
+register struct comp *cp;
+int paren;                     /* Parenthesized? */
+int *flagp;
+{
+       register char *ret = NULL;   /* SRE: NULL init added to silence gcc */
+       register char *br;
+       register char *ender;
+       register int parno = 0; /* SRE: init added to silence gcc */
+       int flags;
+
+       *flagp = HASWIDTH;      /* Tentatively. */
+
+       if (paren) {
+               /* Make an OPEN node. */
+               if (cp->regnpar >= NSUBEXP)
+                       FAIL("too many ()");
+               parno = cp->regnpar;
+               cp->regnpar++;
+               ret = regnode(cp, OPEN+parno);
+       }
+
+       /* Pick up the branches, linking them together. */
+       br = regbranch(cp, &flags);
+       if (br == NULL)
+               return(NULL);
+       if (paren)
+               regtail(cp, ret, br);   /* OPEN -> first. */
+       else
+               ret = br;
+       *flagp &= ~(~flags&HASWIDTH);   /* Clear bit if bit 0. */
+       *flagp |= flags&SPSTART;
+       while (*cp->regparse == '|') {
+               cp->regparse++;
+               br = regbranch(cp, &flags);
+               if (br == NULL)
+                       return(NULL);
+               regtail(cp, ret, br);   /* BRANCH -> BRANCH. */
+               *flagp &= ~(~flags&HASWIDTH);
+               *flagp |= flags&SPSTART;
+       }
+
+       /* Make a closing node, and hook it on the end. */
+       ender = regnode(cp, (paren) ? CLOSE+parno : END);
+       regtail(cp, ret, ender);
+
+       /* Hook the tails of the branches to the closing node. */
+       for (br = ret; br != NULL; br = regnext(br))
+               regoptail(cp, br, ender);
+
+       /* Check for proper termination. */
+       if (paren && *cp->regparse++ != ')') {
+               FAIL("unterminated ()");
+       } else if (!paren && *cp->regparse != '\0') {
+               if (*cp->regparse == ')') {
+                       FAIL("unmatched ()");
+               } else
+                       FAIL("internal error: junk on end");
+               /* NOTREACHED */
+       }
+
+       return(ret);
+}
+
+/*
+ - regbranch - one alternative of an | operator
+ *
+ * Implements the concatenation operator.
+ */
+static char *
+regbranch(cp, flagp)
+register struct comp *cp;
+int *flagp;
+{
+       register char *ret;
+       register char *chain;
+       register char *latest;
+       int flags;
+       register int c;
+
+       *flagp = WORST;                         /* Tentatively. */
+
+       ret = regnode(cp, BRANCH);
+       chain = NULL;
+       while ((c = *cp->regparse) != '\0' && c != '|' && c != ')') {
+               latest = regpiece(cp, &flags);
+               if (latest == NULL)
+                       return(NULL);
+               *flagp |= flags&HASWIDTH;
+               if (chain == NULL)              /* First piece. */
+                       *flagp |= flags&SPSTART;
+               else
+                       regtail(cp, chain, latest);
+               chain = latest;
+       }
+       if (chain == NULL)                      /* Loop ran zero times. */
+               (void) regnode(cp, NOTHING);
+
+       return(ret);
+}
+
+/*
+ - regpiece - something followed by possible [*+?]
+ *
+ * Note that the branching code sequences used for ? and the general cases
+ * of * and + are somewhat optimized:  they use the same NOTHING node as
+ * both the endmarker for their branch list and the body of the last branch.
+ * It might seem that this node could be dispensed with entirely, but the
+ * endmarker role is not redundant.
+ */
+static char *
+regpiece(cp, flagp)
+register struct comp *cp;
+int *flagp;
+{
+       register char *ret;
+       register char op;
+       register char *next;
+       int flags;
+
+       ret = regatom(cp, &flags);
+       if (ret == NULL)
+               return(NULL);
+
+       op = *cp->regparse;
+       if (!ISREPN(op)) {
+               *flagp = flags;
+               return(ret);
+       }
+
+       if (!(flags&HASWIDTH) && op != '?')
+               FAIL("*+ operand could be empty");
+       switch (op) {
+       case '*':       *flagp = WORST|SPSTART;                 break;
+       case '+':       *flagp = WORST|SPSTART|HASWIDTH;        break;
+       case '?':       *flagp = WORST;                         break;
+       }
+
+       if (op == '*' && (flags&SIMPLE))
+               reginsert(cp, STAR, ret);
+       else if (op == '*') {
+               /* Emit x* as (x&|), where & means "self". */
+               reginsert(cp, BRANCH, ret);             /* Either x */
+               regoptail(cp, ret, regnode(cp, BACK));  /* and loop */
+               regoptail(cp, ret, ret);                /* back */
+               regtail(cp, ret, regnode(cp, BRANCH));  /* or */
+               regtail(cp, ret, regnode(cp, NOTHING)); /* null. */
+       } else if (op == '+' && (flags&SIMPLE))
+               reginsert(cp, PLUS, ret);
+       else if (op == '+') {
+               /* Emit x+ as x(&|), where & means "self". */
+               next = regnode(cp, BRANCH);             /* Either */
+               regtail(cp, ret, next);
+               regtail(cp, regnode(cp, BACK), ret);    /* loop back */
+               regtail(cp, next, regnode(cp, BRANCH)); /* or */
+               regtail(cp, ret, regnode(cp, NOTHING)); /* null. */
+       } else if (op == '?') {
+               /* Emit x? as (x|) */
+               reginsert(cp, BRANCH, ret);             /* Either x */
+               regtail(cp, ret, regnode(cp, BRANCH));  /* or */
+               next = regnode(cp, NOTHING);            /* null. */
+               regtail(cp, ret, next);
+               regoptail(cp, ret, next);
+       }
+       cp->regparse++;
+       if (ISREPN(*cp->regparse))
+               FAIL("nested *?+");
+
+       return(ret);
+}
+
+/*
+ - regatom - the lowest level
+ *
+ * Optimization:  gobbles an entire sequence of ordinary characters so that
+ * it can turn them into a single node, which is smaller to store and
+ * faster to run.  Backslashed characters are exceptions, each becoming a
+ * separate node; the code is simpler that way and it's not worth fixing.
+ */
+static char *
+regatom(cp, flagp)
+register struct comp *cp;
+int *flagp;
+{
+       register char *ret;
+       int flags;
+
+       *flagp = WORST;         /* Tentatively. */
+
+       switch (*cp->regparse++) {
+       case '^':
+               ret = regnode(cp, BOL);
+               break;
+       case '$':
+               ret = regnode(cp, EOL);
+               break;
+       case '.':
+               ret = regnode(cp, ANY);
+               *flagp |= HASWIDTH|SIMPLE;
+               break;
+       case '[': {
+               register int range;
+               register int rangeend;
+               register int c;
+
+               if (*cp->regparse == '^') {     /* Complement of range. */
+                       ret = regnode(cp, ANYBUT);
+                       cp->regparse++;
+               } else
+                       ret = regnode(cp, ANYOF);
+               if ((c = *cp->regparse) == ']' || c == '-') {
+                       regc(cp, c);
+                       cp->regparse++;
+               }
+               while ((c = *cp->regparse++) != '\0' && c != ']') {
+                       if (c != '-')
+                               regc(cp, c);
+                       else if ((c = *cp->regparse) == ']' || c == '\0')
+                               regc(cp, '-');
+                       else {
+                               range = (unsigned char)*(cp->regparse-2);
+                               rangeend = (unsigned char)c;
+                               if (range > rangeend)
+                                       FAIL("invalid [] range");
+                               for (range++; range <= rangeend; range++)
+                                       regc(cp, range);
+                               cp->regparse++;
+                       }
+               }
+               regc(cp, '\0');
+               if (c != ']')
+                       FAIL("unmatched []");
+               *flagp |= HASWIDTH|SIMPLE;
+               break;
+               }
+       case '(':
+               ret = reg(cp, 1, &flags);
+               if (ret == NULL)
+                       return(NULL);
+               *flagp |= flags&(HASWIDTH|SPSTART);
+               break;
+       case '\0':
+       case '|':
+       case ')':
+               /* supposed to be caught earlier */
+               FAIL("internal error: \\0|) unexpected");
+               break;
+       case '?':
+       case '+':
+       case '*':
+               FAIL("?+* follows nothing");
+               break;
+       case '\\':
+               if (*cp->regparse == '\0')
+                       FAIL("trailing \\");
+               ret = regnode(cp, EXACTLY);
+               regc(cp, *cp->regparse++);
+               regc(cp, '\0');
+               *flagp |= HASWIDTH|SIMPLE;
+               break;
+       default: {
+               register size_t len;
+               register char ender;
+
+               cp->regparse--;
+               len = strcspn(cp->regparse, META);
+               if (len == 0)
+                       FAIL("internal error: strcspn 0");
+               ender = *(cp->regparse+len);
+               if (len > 1 && ISREPN(ender))
+                       len--;          /* Back off clear of ?+* operand. */
+               *flagp |= HASWIDTH;
+               if (len == 1)
+                       *flagp |= SIMPLE;
+               ret = regnode(cp, EXACTLY);
+               for (; len > 0; len--)
+                       regc(cp, *cp->regparse++);
+               regc(cp, '\0');
+               break;
+               }
+       }
+
+       return(ret);
+}
+
+/*
+ - regnode - emit a node
+ */
+static char *                  /* Location. */
+regnode(cp, op)
+register struct comp *cp;
+char op;
+{
+       register char *const ret = cp->regcode;
+       register char *ptr;
+
+       if (!EMITTING(cp)) {
+               cp->regsize += 3;
+               return(ret);
+       }
+
+       ptr = ret;
+       *ptr++ = op;
+       *ptr++ = '\0';          /* Null next pointer. */
+       *ptr++ = '\0';
+       cp->regcode = ptr;
+
+       return(ret);
+}
+
+/*
+ - regc - emit (if appropriate) a byte of code
+ */
+static void
+regc(cp, b)
+register struct comp *cp;
+char b;
+{
+       if (EMITTING(cp))
+               *cp->regcode++ = b;
+       else
+               cp->regsize++;
+}
+
+/*
+ - reginsert - insert an operator in front of already-emitted operand
+ *
+ * Means relocating the operand.
+ */
+static void
+reginsert(cp, op, opnd)
+register struct comp *cp;
+char op;
+char *opnd;
+{
+       register char *place;
+
+       if (!EMITTING(cp)) {
+               cp->regsize += 3;
+               return;
+       }
+
+       (void) memmove(opnd+3, opnd, (size_t)(cp->regcode - opnd));
+       cp->regcode += 3;
+
+       place = opnd;           /* Op node, where operand used to be. */
+       *place++ = op;
+       *place++ = '\0';
+       *place++ = '\0';
+}
+
+/*
+ - regtail - set the next-pointer at the end of a node chain
+ */
+static void
+regtail(cp, p, val)
+register struct comp *cp;
+char *p;
+char *val;
+{
+       register char *scan;
+       register char *temp;
+       register int offset;
+
+       if (!EMITTING(cp))
+               return;
+
+       /* Find last node. */
+       for (scan = p; (temp = regnext(scan)) != NULL; scan = temp)
+               continue;
+
+       offset = (OP(scan) == BACK) ? scan - val : val - scan;
+       *(scan+1) = (offset>>8)&0177;
+       *(scan+2) = offset&0377;
+}
+
+/*
+ - regoptail - regtail on operand of first argument; nop if operandless
+ */
+static void
+regoptail(cp, p, val)
+register struct comp *cp;
+char *p;
+char *val;
+{
+       /* "Operandless" and "op != BRANCH" are synonymous in practice. */
+       if (!EMITTING(cp) || OP(p) != BRANCH)
+               return;
+       regtail(cp, OPERAND(p), val);
+}
+
+/*
+ * sqd_regexec and friends
+ */
+
+/*
+ * Work-variable struct for sqd_regexec().
+ */
+struct exec {
+       char *reginput;         /* String-input pointer. */
+       char *regbol;           /* Beginning of input, for ^ check. */
+       char **regstartp;       /* Pointer to startp array. */
+       char **regendp;         /* Ditto for endp. */
+};
+
+/*
+ * Forwards.
+ */
+static int regtry(struct exec *ep, sqd_regexp *rp, char *string);
+static int regmatch(struct exec *ep, char *prog);
+static size_t regrepeat(struct exec *ep, char *node);
+
+#ifdef DEBUG
+int regnarrate = 0;
+void regdump();
+static char *regprop();
+#endif
+
+/*
+ - sqd_regexec - match a regexp against a string
+ */
+int
+sqd_regexec(prog, str)
+register sqd_regexp *prog;
+const char *str;
+{
+       register char *string = (char *)str;    /* avert const poisoning */
+       register char *s;
+       struct exec ex;
+
+       /* Be paranoid. */
+       if (prog == NULL || string == NULL) {
+               sqd_regerror("NULL argument to sqd_regexec");
+               return(0);
+       }
+
+       /* Check validity of program. */
+       if ((unsigned char)*prog->program != SQD_REGMAGIC) {
+               sqd_regerror("corrupted regexp");
+               return(0);
+       }
+
+       /* If there is a "must appear" string, look for it. */
+       if (prog->regmust != NULL && strstr(string, prog->regmust) == NULL)
+               return(0);
+
+       /* Mark beginning of line for ^ . */
+       ex.regbol = string;
+       ex.regstartp = prog->startp;
+       ex.regendp = prog->endp;
+
+       /* Simplest case:  anchored match need be tried only once. */
+       if (prog->reganch)
+               return(regtry(&ex, prog, string));
+
+       /* Messy cases:  unanchored match. */
+       if (prog->regstart != '\0') {
+               /* We know what char it must start with. */
+               for (s = string; s != NULL; s = strchr(s+1, prog->regstart))
+                       if (regtry(&ex, prog, s))
+                               return(1);
+               return(0);
+       } else {
+               /* We don't -- general case. */
+               for (s = string; !regtry(&ex, prog, s); s++)
+                       if (*s == '\0')
+                               return(0);
+               return(1);
+       }
+       /* NOTREACHED */
+}
+
+/*
+ - regtry - try match at specific point
+ */
+static int                     /* 0 failure, 1 success */
+regtry(ep, prog, string)
+register struct exec *ep;
+sqd_regexp *prog;
+char *string;
+{
+       register int i;
+       register char **stp;
+       register char **enp;
+
+       ep->reginput = string;
+
+       stp = prog->startp;
+       enp = prog->endp;
+       for (i = NSUBEXP; i > 0; i--) {
+               *stp++ = NULL;
+               *enp++ = NULL;
+       }
+       if (regmatch(ep, prog->program + 1)) {
+               prog->startp[0] = string;
+               prog->endp[0] = ep->reginput;
+               return(1);
+       } else
+               return(0);
+}
+
+/*
+ - regmatch - main matching routine
+ *
+ * Conceptually the strategy is simple:  check to see whether the current
+ * node matches, call self recursively to see whether the rest matches,
+ * and then act accordingly.  In practice we make some effort to avoid
+ * recursion, in particular by going through "ordinary" nodes (that don't
+ * need to know whether the rest of the match failed) by a loop instead of
+ * by recursion.
+ */
+static int                     /* 0 failure, 1 success */
+regmatch(ep, prog)
+register struct exec *ep;
+char *prog;
+{
+       register char *scan;    /* Current node. */
+       char *next;             /* Next node. */
+
+#ifdef DEBUG
+       if (prog != NULL && regnarrate)
+               fprintf(stderr, "%s(\n", regprop(prog));
+#endif
+       for (scan = prog; scan != NULL; scan = next) {
+#ifdef DEBUG
+               if (regnarrate)
+                       fprintf(stderr, "%s...\n", regprop(scan));
+#endif
+               next = regnext(scan);
+
+               switch (OP(scan)) {
+               case BOL:
+                       if (ep->reginput != ep->regbol)
+                               return(0);
+                       break;
+               case EOL:
+                       if (*ep->reginput != '\0')
+                               return(0);
+                       break;
+               case ANY:
+                       if (*ep->reginput == '\0')
+                               return(0);
+                       ep->reginput++;
+                       break;
+               case EXACTLY: {
+                       register size_t len;
+                       register char *const opnd = OPERAND(scan);
+
+                       /* Inline the first character, for speed. */
+                       if (*opnd != *ep->reginput)
+                               return(0);
+                       len = strlen(opnd);
+                       if (len > 1 && strncmp(opnd, ep->reginput, len) != 0)
+                               return(0);
+                       ep->reginput += len;
+                       break;
+                       }
+               case ANYOF:
+                       if (*ep->reginput == '\0' ||
+                                       strchr(OPERAND(scan), *ep->reginput) == NULL)
+                               return(0);
+                       ep->reginput++;
+                       break;
+               case ANYBUT:
+                       if (*ep->reginput == '\0' ||
+                                       strchr(OPERAND(scan), *ep->reginput) != NULL)
+                               return(0);
+                       ep->reginput++;
+                       break;
+               case NOTHING:
+                       break;
+               case BACK:
+                       break;
+               case OPEN+1: case OPEN+2: case OPEN+3:
+               case OPEN+4: case OPEN+5: case OPEN+6:
+               case OPEN+7: case OPEN+8: case OPEN+9: {
+                       register const int no = OP(scan) - OPEN;
+                       register char *const input = ep->reginput;
+
+                       if (regmatch(ep, next)) {
+                               /*
+                                * Don't set startp if some later
+                                * invocation of the same parentheses
+                                * already has.
+                                */
+                               if (ep->regstartp[no] == NULL)
+                                       ep->regstartp[no] = input;
+                               return(1);
+                       } else
+                               return(0);
+                       break;
+                       }
+               case CLOSE+1: case CLOSE+2: case CLOSE+3:
+               case CLOSE+4: case CLOSE+5: case CLOSE+6:
+               case CLOSE+7: case CLOSE+8: case CLOSE+9: {
+                       register const int no = OP(scan) - CLOSE;
+                       register char *const input = ep->reginput;
+
+                       if (regmatch(ep, next)) {
+                               /*
+                                * Don't set endp if some later
+                                * invocation of the same parentheses
+                                * already has.
+                                */
+                               if (ep->regendp[no] == NULL)
+                                       ep->regendp[no] = input;
+                               return(1);
+                       } else
+                               return(0);
+                       break;
+                       }
+               case BRANCH: {
+                       register char *const save = ep->reginput;
+
+                       if (OP(next) != BRANCH)         /* No choice. */
+                               next = OPERAND(scan);   /* Avoid recursion. */
+                       else {
+                               while (OP(scan) == BRANCH) {
+                                       if (regmatch(ep, OPERAND(scan)))
+                                               return(1);
+                                       ep->reginput = save;
+                                       scan = regnext(scan);
+                               }
+                               return(0);
+                               /* NOTREACHED */
+                       }
+                       break;
+                       }
+               case STAR: case PLUS: {
+                       register const char nextch =
+                               (OP(next) == EXACTLY) ? *OPERAND(next) : '\0';
+                       register size_t no;
+                       register char *const save = ep->reginput;
+                       register const size_t min = (OP(scan) == STAR) ? 0 : 1;
+
+                       for (no = regrepeat(ep, OPERAND(scan)) + 1; no > min; no--) {
+                               ep->reginput = save + no - 1;
+                               /* If it could work, try it. */
+                               if (nextch == '\0' || *ep->reginput == nextch)
+                                       if (regmatch(ep, next))
+                                               return(1);
+                       }
+                       return(0);
+                       break;
+                       }
+               case END:
+                       return(1);      /* Success! */
+                       break;
+               default:
+                       sqd_regerror("regexp corruption");
+                       return(0);
+                       break;
+               }
+       }
+
+       /*
+        * We get here only if there's trouble -- normally "case END" is
+        * the terminating point.
+        */
+       sqd_regerror("corrupted pointers");
+       return(0);
+}
+
+/*
+ - regrepeat - report how many times something simple would match
+ */
+static size_t
+regrepeat(ep, node)
+register struct exec *ep;
+char *node;
+{
+       register size_t count;
+       register char *scan;
+       register char ch;
+
+       switch (OP(node)) {
+       case ANY:
+               return(strlen(ep->reginput));
+               break;
+       case EXACTLY:
+               ch = *OPERAND(node);
+               count = 0;
+               for (scan = ep->reginput; *scan == ch; scan++)
+                       count++;
+               return(count);
+               break;
+       case ANYOF:
+               return(strspn(ep->reginput, OPERAND(node)));
+               break;
+       case ANYBUT:
+               return(strcspn(ep->reginput, OPERAND(node)));
+               break;
+       default:                /* Oh dear.  Called inappropriately. */
+               sqd_regerror("internal error: bad call of regrepeat");
+               return(0);      /* Best compromise. */
+               break;
+       }
+       /* NOTREACHED */
+}
+
+/*
+ - regnext - dig the "next" pointer out of a node
+ */
+static char *
+regnext(p)
+register char *p;
+{
+       register const int offset = NEXT(p);
+
+       if (offset == 0)
+               return(NULL);
+
+       return((OP(p) == BACK) ? p-offset : p+offset);
+}
+
+#ifdef DEBUG
+
+static char *regprop();
+
+/*
+ - regdump - dump a regexp onto stdout in vaguely comprehensible form
+ */
+void
+regdump(r)
+sqd_regexp *r;
+{
+       register char *s;
+       register char op = EXACTLY;     /* Arbitrary non-END op. */
+       register char *next;
+
+
+       s = r->program + 1;
+       while (op != END) {     /* While that wasn't END last time... */
+               op = OP(s);
+               printf("%2d%s", s-r->program, regprop(s));      /* Where, what. */
+               next = regnext(s);
+               if (next == NULL)               /* Next ptr. */
+                       printf("(0)");
+               else 
+                       printf("(%d)", (s-r->program)+(next-s));
+               s += 3;
+               if (op == ANYOF || op == ANYBUT || op == EXACTLY) {
+                       /* Literal string, where present. */
+                       while (*s != '\0') {
+                               putchar(*s);
+                               s++;
+                       }
+                       s++;
+               }
+               putchar('\n');
+       }
+
+       /* Header fields of interest. */
+       if (r->regstart != '\0')
+               printf("start `%c' ", r->regstart);
+       if (r->reganch)
+               printf("anchored ");
+       if (r->regmust != NULL)
+               printf("must have \"%s\"", r->regmust);
+       printf("\n");
+}
+
+/*
+ - regprop - printable representation of opcode
+ */
+static char *
+regprop(op)
+char *op;
+{
+       register char *p;
+       static char buf[50];
+
+       (void) strcpy(buf, ":");
+
+       switch (OP(op)) {
+       case BOL:
+               p = "BOL";
+               break;
+       case EOL:
+               p = "EOL";
+               break;
+       case ANY:
+               p = "ANY";
+               break;
+       case ANYOF:
+               p = "ANYOF";
+               break;
+       case ANYBUT:
+               p = "ANYBUT";
+               break;
+       case BRANCH:
+               p = "BRANCH";
+               break;
+       case EXACTLY:
+               p = "EXACTLY";
+               break;
+       case NOTHING:
+               p = "NOTHING";
+               break;
+       case BACK:
+               p = "BACK";
+               break;
+       case END:
+               p = "END";
+               break;
+       case OPEN+1:
+       case OPEN+2:
+       case OPEN+3:
+       case OPEN+4:
+       case OPEN+5:
+       case OPEN+6:
+       case OPEN+7:
+       case OPEN+8:
+       case OPEN+9:
+               sprintf(buf+strlen(buf), "OPEN%d", OP(op)-OPEN);
+               p = NULL;
+               break;
+       case CLOSE+1:
+       case CLOSE+2:
+       case CLOSE+3:
+       case CLOSE+4:
+       case CLOSE+5:
+       case CLOSE+6:
+       case CLOSE+7:
+       case CLOSE+8:
+       case CLOSE+9:
+               sprintf(buf+strlen(buf), "CLOSE%d", OP(op)-CLOSE);
+               p = NULL;
+               break;
+       case STAR:
+               p = "STAR";
+               break;
+       case PLUS:
+               p = "PLUS";
+               break;
+       default:
+               sqd_regerror("corrupted opcode");
+               break;
+       }
+       if (p != NULL)
+               (void) strcat(buf, p);
+       return(buf);
+}
+#endif
+
+
+/*
+ - sqd_regsub - perform substitutions after a regexp match
+ */
+void
+sqd_regsub(rp, source, dest)
+const sqd_regexp *rp;
+const char *source;
+char *dest;
+{
+       register sqd_regexp * const prog = (sqd_regexp *)rp;
+       register char *src = (char *)source;
+       register char *dst = dest;
+       register char c;
+       register int no;
+       register size_t len;
+
+       if (prog == NULL || source == NULL || dest == NULL) {
+               sqd_regerror("NULL parameter to sqd_regsub");
+               return;
+       }
+       if ((unsigned char)*(prog->program) != SQD_REGMAGIC) {
+               sqd_regerror("damaged regexp");
+               return;
+       }
+
+       while ((c = *src++) != '\0') {
+               if (c == '&')
+                       no = 0;
+               else if (c == '\\' && isdigit((int) (*src)))
+                       no = *src++ - '0';
+               else
+                       no = -1;
+
+               if (no < 0) {   /* Ordinary character. */
+                       if (c == '\\' && (*src == '\\' || *src == '&'))
+                               c = *src++;
+                       *dst++ = c;
+               } else if (prog->startp[no] != NULL && prog->endp[no] != NULL &&
+                                       prog->endp[no] > prog->startp[no]) {
+                       len = prog->endp[no] - prog->startp[no];
+                       (void) strncpy(dst, prog->startp[no], len);
+                       dst += len;
+                       if (*(dst-1) == '\0') { /* strncpy hit NUL. */
+                               sqd_regerror("damaged match string");
+                               return;
+                       }
+               }
+       }
+       *dst++ = '\0';
+}
+
+
+void
+sqd_regerror(s)
+char *s;
+{
+  fprintf(stderr, "regexp(3): %s\n", s);
+  exit(EXIT_FAILURE);
+  /* NOTREACHED */
+}
+
+#ifdef NBA_TEAM_IN_STL
+int
+main(int argc, char **argv)
+{
+  char *pat;
+  int   ntok;
+  char *s;
+  int   status;
+
+  pat  = argv[1];
+  ntok = atoi(argv[2]);
+  s    = argv[3];
+
+  status = Strparse(pat, s, ntok);
+  if (status == 0) {
+    printf("no match\n");
+  } else {
+    int i;
+    printf("MATCH.\n");
+    for (i = 1; i <= ntok; i++) 
+      printf("matched token %1d:  %s\n", i, sqd_parse[i]);
+  }
+}
+#endif /*NBA_TEAM_IN_STL*/
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/iupac.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/iupac.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..daab99b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,219 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* iupac.c
+ * 
+ * Globally defines the IUPAC symbols for nucleic acid sequence
+ * Slowly evolving into a repository of globals. Tue Apr 20 1993
+ *
+ * RCS $Id: iupac.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: iupac.c,v 1.3 2001/02/21 21:09:10 eddy Exp)
+ */
+#include "squid.h"
+
+/* Default expected nucleotide occurrence frequencies, A/C/G/T.
+ * Used (for instance) as the default distribution for 
+ * i.i.d. random nucleotide sequences.
+ */
+float dnafq[4] = { 0.25, 0.25, 0.25, 0.25 };
+
+/* Dayhoff f(i) amino acid occurrence frequencies. 
+ * From SwissProt 34: 21,210,388 residues
+ * In alphabetic order by single-letter code.
+ * Used (for instance) as the default distribution for
+ * i.i.d. random protein sequences.
+ */
+float aafq[20] = {
+  0.075520,                    /* A */
+  0.016973,                    /* C */
+  0.053029,                    /* D */
+  0.063204,                    /* E */
+  0.040762,                    /* F */
+  0.068448,                    /* G */
+  0.022406,                    /* H */
+  0.057284,                    /* I */
+  0.059398,                    /* K */
+  0.093399,                    /* L */
+  0.023569,                    /* M */
+  0.045293,                    /* N */
+  0.049262,                    /* P */
+  0.040231,                    /* Q */
+  0.051573,                    /* R */
+  0.072214,                    /* S */
+  0.057454,                    /* T */
+  0.065252,                    /* V */
+  0.012513,                    /* W */
+  0.031985                     /* Y */
+};
+
+char aa_alphabet[] = AMINO_ALPHABET;
+                               /* aa_index converts to pam's 27x27 scheme */
+int  aa_index[20]  = { 0,  2,  3,  4,  5,  6,  7,  8, 10, 11, 
+                     12, 13, 15, 16, 17, 18, 19, 21, 22, 24 };
+
+                               /* IUPAC code translations */
+                               /* note: sequence chars are UPPER CASE */
+struct iupactype iupac[] = {
+  { 'A', 'T', NTA, NTT, },
+  { 'C', 'G', NTC, NTG, },
+  { 'G', 'C', NTG, NTC, },
+  { 'T', 'A', NTT, NTA, },
+  { 'U', 'A', NTU, NTA, },
+  { 'N', 'N', NTN, NTN, },
+  { ' ', ' ', NTGAP, NTGAP, },
+  { 'R', 'Y', NTR, NTY, },
+  { 'Y', 'R', NTY, NTR, },
+  { 'M', 'K', NTM, NTK, },
+  { 'K', 'M', NTK, NTM, },
+  { 'S', 'S', NTS, NTS, },
+  { 'W', 'W', NTW, NTW, },
+  { 'H', 'D', NTH, NTD, },
+  { 'B', 'V', NTB, NTV, },
+  { 'V', 'B', NTV, NTB, },
+  { 'D', 'H', NTD, NTH, },
+  };
+
+
+char *stdcode1[65] = {
+  "K",                         /* AAA */
+  "N",                         /* AAC */
+  "K",                         /* AAG */
+  "N",                         /* AAU */
+  "T",                         /* ACA */
+  "T",                         /* ACC */
+  "T",                         /* ACG */
+  "T",                         /* ACU */
+  "R",                         /* AGA */
+  "S",                         /* AGC */
+  "R",                         /* AGG */
+  "S",                         /* AGU */
+  "I",                         /* AUA */
+  "I",                         /* AUC */
+  "M",                         /* AUG */
+  "I",                         /* AUU */
+  "Q",                         /* CAA */
+  "H",                         /* CAC */
+  "Q",                         /* CAG */
+  "H",                         /* CAU */
+  "P",                         /* CCA */
+  "P",                         /* CCC */
+  "P",                         /* CCG */
+  "P",                         /* CCU */
+  "R",                         /* CGA */
+  "R",                         /* CGC */
+  "R",                         /* CGG */
+  "R",                         /* CGU */
+  "L",                         /* CUA */
+  "L",                         /* CUC */
+  "L",                         /* CUG */
+  "L",                         /* CUU */
+  "E",                         /* GAA */
+  "D",                         /* GAC */
+  "E",                         /* GAG */
+  "D",                         /* GAU */
+  "A",                         /* GCA */
+  "A",                         /* GCC */
+  "A",                         /* GCG */
+  "A",                         /* GCU */
+  "G",                         /* GGA */
+  "G",                         /* GGC */
+  "G",                         /* GGG */
+  "G",                         /* GGU */
+  "V",                         /* GUA */
+  "V",                         /* GUC */
+  "V",                         /* GUG */
+  "V",                         /* GUU */
+  "*",                         /* UAA */
+  "Y",                         /* UAC */
+  "*",                         /* UAG */
+  "Y",                         /* UAU */
+  "S",                         /* UCA */
+  "S",                         /* UCC */
+  "S",                         /* UCG */
+  "S",                         /* UCU */
+  "*",                         /* UGA */
+  "C",                         /* UGC */
+  "W",                         /* UGG */
+  "C",                         /* UGU */
+  "L",                         /* UUA */
+  "F",                         /* UUC */
+  "L",                         /* UUG */
+  "F",                         /* UUU */
+  "X",                         /* unknown */
+};
+
+
+
+
+char *stdcode3[65] = {
+  "Lys",                       /* AAA */
+  "Asn",                       /* AAC */
+  "Lys",                       /* AAG */
+  "Asn",                       /* AAU */
+  "Thr",                       /* ACA */
+  "Thr",                       /* ACC */
+  "Thr",                       /* ACG */
+  "Thr",                       /* ACU */
+  "Arg",                       /* AGA */
+  "Ser",                       /* AGC */
+  "Arg",                       /* AGG */
+  "Ser",                       /* AGU */
+  "Ile",                       /* AUA */
+  "Ile",                       /* AUC */
+  "Met",                       /* AUG */
+  "Ile",                       /* AUU */
+  "Gln",                       /* CAA */
+  "His",                       /* CAC */
+  "Gln",                       /* CAG */
+  "His",                       /* CAU */
+  "Pro",                       /* CCA */
+  "Pro",                       /* CCC */
+  "Pro",                       /* CCG */
+  "Pro",                       /* CCU */
+  "Arg",                       /* CGA */
+  "Arg",                       /* CGC */
+  "Arg",                       /* CGG */
+  "Arg",                       /* CGU */
+  "Leu",                       /* CUA */
+  "Leu",                       /* CUC */
+  "Leu",                       /* CUG */
+  "Leu",                       /* CUU */
+  "Glu",                       /* GAA */
+  "Asp",                       /* GAC */
+  "Glu",                       /* GAG */
+  "Asp",                       /* GAU */
+  "Ala",                       /* GCA */
+  "Ala",                       /* GCC */
+  "Ala",                       /* GCG */
+  "Ala",                       /* GCU */
+  "Gly",                       /* GGA */
+  "Gly",                       /* GGC */
+  "Gly",                       /* GGG */
+  "Gly",                       /* GGU */
+  "Val",                       /* GUA */
+  "Val",                       /* GUC */
+  "Val",                       /* GUG */
+  "Val",                       /* GUU */
+  "***",                       /* UAA */
+  "Tyr",                       /* UAC */
+  "***",                       /* UAG */
+  "Tyr",                       /* UAU */
+  "Ser",                       /* UCA */
+  "Ser",                       /* UCC */
+  "Ser",                       /* UCG */
+  "Ser",                       /* UCU */
+  "***",                       /* UGA */
+  "Cys",                       /* UGC */
+  "Trp",                       /* UGG */
+  "Cys",                       /* UGU */
+  "Leu",                       /* UUA */
+  "Phe",                       /* UUC */
+  "Leu",                       /* UUG */
+  "Trp",                       /* UUU */
+  "XXX",                       /* unknown */
+};
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/msa.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/msa.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..5427d2a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1442 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* msa.c
+ * SRE, Mon May 17 10:48:47 1999
+ * 
+ * SQUID's interface for multiple sequence alignment
+ * manipulation: access to the MSA object.
+ * 
+ * RCS $Id: msa.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: msa.c,v 1.18 2002/10/12 04:40:35 eddy Exp)
+ */
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+#include "squid.h"
+#include "msa.h"       /* multiple sequence alignment object support */
+#include "gki.h"       /* string indexing hashtable code  */
+#include "ssi.h"       /* SSI sequence file indexing code */
+
+/* Function: MSAAlloc()
+ * Date:     SRE, Tue May 18 10:45:47 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Allocate an MSA structure, return a pointer
+ *           to it.
+ *           
+ *           Designed to be used in three ways:
+ *           1) We know exactly the dimensions of the alignment:
+ *              both nseq and alen.
+ *                    msa = MSAAlloc(nseq, alen);
+ *                    
+ *           2) We know the number of sequences but not alen.
+ *              (We add sequences later.) 
+ *                    msa = MSAAlloc(nseq, 0);
+ *              
+ *           3) We even don't know the number of sequences, so
+ *              we'll have to dynamically expand allocations.
+ *              We provide a blocksize for the allocation expansion,
+ *              and expand when needed.
+ *                    msa = MSAAlloc(10, 0);
+ *                    if (msa->nseq == msa->nseqalloc) MSAExpand(msa);   
+ *
+ * Args:     nseq - number of sequences, or nseq allocation blocksize
+ *           alen - length of alignment in columns, or 0      
+ *
+ * Returns:  pointer to new MSA object, w/ all values initialized.
+ *           Note that msa->nseq is initialized to 0, though space
+ *           is allocated.
+ *           
+ * Diagnostics: "always works". Die()'s on memory allocation failure.
+ *             
+ */
+MSA *
+MSAAlloc(int nseq, int alen)
+{
+  MSA *msa;
+  int  i;
+
+  msa         = MallocOrDie(sizeof(MSA));
+  msa->aseq   = MallocOrDie(sizeof(char *) * nseq);
+  msa->sqname = MallocOrDie(sizeof(char *) * nseq);
+  msa->sqlen  = MallocOrDie(sizeof(int)    * nseq);
+  msa->wgt    = MallocOrDie(sizeof(float)  * nseq);
+
+  for (i = 0; i < nseq; i++)
+    {
+      msa->sqname[i] = NULL;
+      msa->sqlen[i]  = 0;
+      msa->wgt[i]    = -1.0;
+
+      if (alen != 0) msa->aseq[i] = MallocOrDie(sizeof(char) * (alen+1));
+      else           msa->aseq[i] = NULL;
+    }      
+
+  msa->alen      = alen;
+  msa->nseq      = 0;
+  msa->nseqalloc = nseq;
+  msa->nseqlump  = nseq;
+
+  msa->flags   = 0;
+  msa->type    = kOtherSeq;
+  msa->name    = NULL;
+  msa->desc    = NULL;
+  msa->acc     = NULL;
+  msa->au      = NULL;
+  msa->ss_cons = NULL;
+  msa->sa_cons = NULL;
+  msa->rf      = NULL;
+  msa->sqacc   = NULL;
+  msa->sqdesc  = NULL;
+  msa->ss      = NULL;
+  msa->sslen   = NULL;
+  msa->sa      = NULL;
+  msa->salen   = NULL;
+  msa->index   = GKIInit();
+  msa->lastidx = 0;
+
+  for (i = 0; i < MSA_MAXCUTOFFS; i++) {
+    msa->cutoff[i]        = 0.;
+    msa->cutoff_is_set[i] = FALSE;
+  }
+
+  /* Initialize unparsed optional markup
+   */
+  msa->comment        = NULL;
+  msa->ncomment       = 0;
+  msa->alloc_ncomment = 0;
+
+  msa->gf_tag         = NULL;
+  msa->gf             = NULL;
+  msa->ngf            = 0;
+
+  msa->gs_tag         = NULL;
+  msa->gs             = NULL;
+  msa->gs_idx         = NULL;
+  msa->ngs            = 0;
+
+  msa->gc_tag         = NULL;
+  msa->gc             = NULL;
+  msa->gc_idx         = NULL;
+  msa->ngc            = 0;
+
+  msa->gr_tag         = NULL;
+  msa->gr             = NULL;
+  msa->gr_idx         = NULL;
+  msa->ngr            = 0;
+
+  /* Done. Return the alloced, initialized structure
+   */ 
+  return msa;
+}
+
+/* Function: MSAExpand()
+ * Date:     SRE, Tue May 18 11:06:53 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Increase the sequence allocation in an MSA
+ *           by msa->nseqlump. (Typically used when we're reading
+ *           in an alignment sequentially from a file,
+ *           so we don't know nseq until we're done.)
+ *
+ * Args:     msa - the MSA object
+ *
+ * Returns:  (void)
+ *           
+ */
+void
+MSAExpand(MSA *msa)
+{
+  int i,j;
+
+  msa->nseqalloc += msa->nseqlump;
+
+  msa->aseq   = ReallocOrDie(msa->aseq,   sizeof(char *) * msa->nseqalloc);
+  msa->sqname = ReallocOrDie(msa->sqname, sizeof(char *) * msa->nseqalloc);
+  msa->sqlen  = ReallocOrDie(msa->sqlen,  sizeof(char *) * msa->nseqalloc);
+  msa->wgt    = ReallocOrDie(msa->wgt,    sizeof(float)  * msa->nseqalloc);
+
+  if (msa->ss != NULL) {
+    msa->ss    = ReallocOrDie(msa->ss,    sizeof(char *) * msa->nseqalloc);
+    msa->sslen = ReallocOrDie(msa->sslen, sizeof(int)    * msa->nseqalloc);
+  }
+  if (msa->sa != NULL) {
+    msa->sa    = ReallocOrDie(msa->sa,    sizeof(char *) * msa->nseqalloc);
+    msa->salen = ReallocOrDie(msa->salen, sizeof(int)    * msa->nseqalloc);
+  }
+  if (msa->sqacc != NULL)
+    msa->sqacc = ReallocOrDie(msa->sqacc, sizeof(char *) * msa->nseqalloc);
+  if (msa->sqdesc != NULL)
+    msa->sqdesc =ReallocOrDie(msa->sqdesc,sizeof(char *) * msa->nseqalloc);
+
+  for (i = msa->nseqalloc-msa->nseqlump; i < msa->nseqalloc; i++)
+    {
+      msa->sqname[i] = NULL;
+      msa->wgt[i]    = -1.0;
+
+      if (msa->sqacc  != NULL) msa->sqacc[i]  = NULL;
+      if (msa->sqdesc != NULL) msa->sqdesc[i] = NULL;
+
+      if (msa->alen != 0) 
+       msa->aseq[i] = ReallocOrDie(msa->aseq[i], sizeof(char) * (msa->alen+1));
+      else msa->aseq[i] = NULL;
+      msa->sqlen[i] = 0;
+
+      if (msa->ss != NULL) {
+       if (msa->alen != 0) 
+         msa->ss[i] = ReallocOrDie(msa->ss[i], sizeof(char) * (msa->alen+1));
+       else msa->ss[i] = NULL;
+       msa->sslen[i] = 0;
+      }
+      if (msa->sa != NULL) { 
+       if (msa->alen != 0) 
+         msa->sa[i] = ReallocOrDie(msa->ss[i], sizeof(char) * (msa->alen+1));
+       else 
+         msa->sa[i] = NULL;
+       msa->salen[i] = 0;
+      }
+    }
+
+  /* Reallocate and re-init for unparsed #=GS tags, if we have some.
+   * gs is [0..ngs-1][0..nseq-1][], so we're reallocing the middle
+   * set of pointers.
+   */
+  if (msa->gs != NULL)
+    for (i = 0; i < msa->ngs; i++)
+      {
+       if (msa->gs[i] != NULL)
+         {
+           msa->gs[i] = ReallocOrDie(msa->gs[i], sizeof(char *) * msa->nseqalloc);
+           for (j = msa->nseqalloc-msa->nseqlump; j < msa->nseqalloc; j++)
+             msa->gs[i][j] = NULL;
+         }
+      }
+
+  /* Reallocate and re-init for unparsed #=GR tags, if we have some.
+   * gr is [0..ngs-1][0..nseq-1][], so we're reallocing the middle
+   * set of pointers.
+   */
+  if (msa->gr != NULL)
+    for (i = 0; i < msa->ngr; i++)
+      {
+       if (msa->gr[i] != NULL)
+         {
+           msa->gr[i] = ReallocOrDie(msa->gr[i], sizeof(char *) * msa->nseqalloc);
+           for (j = msa->nseqalloc-msa->nseqlump; j < msa->nseqalloc; j++)
+             msa->gr[i][j] = NULL;
+         }
+      }
+
+  return;
+}
+
+/* Function: MSAFree()
+ * Date:     SRE, Tue May 18 11:20:16 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Free a multiple sequence alignment structure.
+ *
+ * Args:     msa - the alignment
+ *
+ * Returns:  (void)
+ */
+void
+MSAFree(MSA *msa)
+{
+  Free2DArray((void **) msa->aseq,   msa->nseq);
+  Free2DArray((void **) msa->sqname, msa->nseq);
+  Free2DArray((void **) msa->sqacc,  msa->nseq);
+  Free2DArray((void **) msa->sqdesc, msa->nseq);
+  Free2DArray((void **) msa->ss,     msa->nseq);
+  Free2DArray((void **) msa->sa,     msa->nseq);
+
+  if (msa->sqlen   != NULL) free(msa->sqlen);
+  if (msa->wgt     != NULL) free(msa->wgt);
+
+  if (msa->name    != NULL) free(msa->name);
+  if (msa->desc    != NULL) free(msa->desc);
+  if (msa->acc     != NULL) free(msa->acc);
+  if (msa->au      != NULL) free(msa->au);
+  if (msa->ss_cons != NULL) free(msa->ss_cons);
+  if (msa->sa_cons != NULL) free(msa->sa_cons);
+  if (msa->rf      != NULL) free(msa->rf);
+  if (msa->sslen   != NULL) free(msa->sslen);
+  if (msa->salen   != NULL) free(msa->salen);
+  
+  Free2DArray((void **) msa->comment, msa->ncomment);
+  Free2DArray((void **) msa->gf_tag,  msa->ngf);
+  Free2DArray((void **) msa->gf,      msa->ngf);
+  Free2DArray((void **) msa->gs_tag,  msa->ngs);
+  Free3DArray((void ***)msa->gs,      msa->ngs, msa->nseq);
+  Free2DArray((void **) msa->gc_tag,  msa->ngc);
+  Free2DArray((void **) msa->gc,      msa->ngc);
+  Free2DArray((void **) msa->gr_tag,  msa->ngr);
+  Free3DArray((void ***)msa->gr,      msa->ngr, msa->nseq);
+
+  GKIFree(msa->index);
+  GKIFree(msa->gs_idx);
+  GKIFree(msa->gc_idx);
+  GKIFree(msa->gr_idx);
+
+  free(msa);
+}
+
+
+/* Function: MSASetSeqAccession()
+ * Date:     SRE, Mon Jun 21 04:13:33 1999 [Sanger Centre]
+ *
+ * Purpose:  Set a sequence accession in an MSA structure.
+ *           Handles some necessary allocation/initialization.
+ *
+ * Args:     msa      - multiple alignment to add accession to
+ *           seqidx   - index of sequence to attach accession to
+ *           acc      - accession 
+ *
+ * Returns:  void
+ */
+void
+MSASetSeqAccession(MSA *msa, int seqidx, char *acc)
+{
+  int x;
+
+  if (msa->sqacc == NULL) {
+    msa->sqacc = MallocOrDie(sizeof(char *) * msa->nseqalloc);
+    for (x = 0; x < msa->nseqalloc; x++)
+      msa->sqacc[x] = NULL;
+  }
+  msa->sqacc[seqidx] = sre_strdup(acc, -1);
+}
+
+/* Function: MSASetSeqDescription()
+ * Date:     SRE, Mon Jun 21 04:21:09 1999 [Sanger Centre]
+ *
+ * Purpose:  Set a sequence description in an MSA structure.
+ *           Handles some necessary allocation/initialization.
+ *
+ * Args:     msa      - multiple alignment to add accession to
+ *           seqidx   - index of sequence to attach accession to
+ *           desc     - description
+ *
+ * Returns:  void
+ */
+void
+MSASetSeqDescription(MSA *msa, int seqidx, char *desc)
+{
+  int x;
+
+  if (msa->sqdesc == NULL) {
+    msa->sqdesc = MallocOrDie(sizeof(char *) * msa->nseqalloc);
+    for (x = 0; x < msa->nseqalloc; x++)
+      msa->sqdesc[x] = NULL;
+  }
+  msa->sqdesc[seqidx] = sre_strdup(desc, -1);
+}
+
+
+/* Function: MSAAddComment()
+ * Date:     SRE, Tue Jun  1 17:37:21 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Add an (unparsed) comment line to the MSA structure,
+ *           allocating as necessary.
+ *
+ * Args:     msa - a multiple alignment
+ *           s   - comment line to add
+ *
+ * Returns:  (void)
+ */
+void
+MSAAddComment(MSA *msa, char *s)
+{
+  /* If this is our first recorded comment, we need to malloc();
+   * and if we've filled available space, we need to realloc().
+   * Note the arbitrary lumpsize of 10 lines per allocation...
+   */
+  if (msa->comment == NULL) {
+    msa->comment        = MallocOrDie (sizeof(char *) * 10);
+    msa->alloc_ncomment = 10;
+  }
+  if (msa->ncomment == msa->alloc_ncomment) {
+    msa->alloc_ncomment += 10;
+    msa->comment = ReallocOrDie(msa->comment, sizeof(char *) * msa->alloc_ncomment);
+  }
+
+  msa->comment[msa->ncomment] = sre_strdup(s, -1);
+  msa->ncomment++;
+  return;
+}
+
+/* Function: MSAAddGF()
+ * Date:     SRE, Wed Jun  2 06:53:54 1999 [bus to Madison]
+ *
+ * Purpose:  Add an unparsed #=GF markup line to the MSA
+ *           structure, allocating as necessary. 
+ *
+ * Args:     msa   - a multiple alignment
+ *           tag   - markup tag (e.g. "AU")       
+ *           value - free text markup (e.g. "Alex Bateman")
+ *
+ * Returns:  (void)
+ */
+void
+MSAAddGF(MSA *msa, char *tag, char *value)
+{
+  /* If this is our first recorded unparsed #=GF line, we need to malloc();
+   * if we've filled availabl space If we already have a hash index, and the GF 
+   * Note the arbitrary lumpsize of 10 lines per allocation...
+   */
+  if (msa->gf_tag == NULL) {
+    msa->gf_tag    = MallocOrDie (sizeof(char *) * 10);
+    msa->gf        = MallocOrDie (sizeof(char *) * 10);
+    msa->alloc_ngf = 10;
+  }
+  if (msa->ngf == msa->alloc_ngf) {
+    msa->alloc_ngf += 10;
+    msa->gf_tag     = ReallocOrDie(msa->gf_tag, sizeof(char *) * msa->alloc_ngf);
+    msa->gf         = ReallocOrDie(msa->gf, sizeof(char *) * msa->alloc_ngf);
+  }
+
+  msa->gf_tag[msa->ngf] = sre_strdup(tag, -1);
+  msa->gf[msa->ngf]     = sre_strdup(value, -1);
+  msa->ngf++;
+
+  return;
+}
+
+
+/* Function: MSAAddGS()
+ * Date:     SRE, Wed Jun  2 06:57:03 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Add an unparsed #=GS markup line to the MSA
+ *           structure, allocating as necessary.
+ *           
+ *           It's possible that we could get more than one
+ *           of the same type of GS tag per sequence; for
+ *           example, "DR PDB;" structure links in Pfam.
+ *           Hack: handle these by appending to the string,
+ *           in a \n separated fashion. 
+ *
+ * Args:     msa    - multiple alignment structure
+ *           tag    - markup tag (e.g. "AC")
+ *           sqidx  - index of sequence to assoc markup with (0..nseq-1)
+ *           value  - markup (e.g. "P00666")
+ *
+ * Returns:  0 on success
+ */
+void
+MSAAddGS(MSA *msa, char *tag, int sqidx, char *value)
+{
+  int tagidx;
+  int i;
+
+  /* Is this an unparsed tag name that we recognize?
+   * If not, handle adding it to index, and reallocating
+   * as needed.
+   */
+  if (msa->gs_tag == NULL)     /* first tag? init w/ malloc  */
+    {
+      msa->gs_idx = GKIInit();
+      tagidx      = GKIStoreKey(msa->gs_idx, tag);
+      SQD_DASSERT1((tagidx == 0));
+      msa->gs_tag = MallocOrDie(sizeof(char *));
+      msa->gs     = MallocOrDie(sizeof(char **));
+      msa->gs[0]  = MallocOrDie(sizeof(char *) * msa->nseqalloc);
+      for (i = 0; i < msa->nseqalloc; i++)
+       msa->gs[0][i] = NULL;
+    }
+  else 
+    {
+                               /* new tag? */
+      tagidx  = GKIKeyIndex(msa->gs_idx, tag); 
+      if (tagidx < 0) {                /* it's a new tag name; realloc */
+       tagidx = GKIStoreKey(msa->gs_idx, tag);
+                               /* since we alloc in blocks of 1,
+                                  we always realloc upon seeing 
+                                  a new tag. */
+       SQD_DASSERT1((tagidx == msa->ngs));
+       msa->gs_tag =       ReallocOrDie(msa->gs_tag, (msa->ngs+1) * sizeof(char *));
+       msa->gs     =       ReallocOrDie(msa->gs, (msa->ngs+1) * sizeof(char **));
+       msa->gs[msa->ngs] = MallocOrDie(sizeof(char *) * msa->nseqalloc);
+       for (i = 0; i < msa->nseqalloc; i++) 
+         msa->gs[msa->ngs][i] = NULL;
+      }
+    }
+
+  if (tagidx == msa->ngs) {
+    msa->gs_tag[tagidx] = sre_strdup(tag, -1);
+    msa->ngs++;
+  }
+  
+  if (msa->gs[tagidx][sqidx] == NULL) /* first annotation of this seq with this tag? */
+    msa->gs[tagidx][sqidx] = sre_strdup(value, -1);
+  else {                       
+                               /* >1 annotation of this seq with this tag; append */
+    int len;
+    if ((len = sre_strcat(&(msa->gs[tagidx][sqidx]), -1, "\n", 1)) < 0)
+      Die("failed to sre_strcat()");
+    if (sre_strcat(&(msa->gs[tagidx][sqidx]), len, value, -1) < 0)
+      Die("failed to sre_strcat()");
+  }
+  return;
+} 
+
+/* Function: MSAAppendGC()
+ * Date:     SRE, Thu Jun  3 06:25:14 1999 [Madison]
+ *
+ * Purpose:  Add an unparsed #=GC markup line to the MSA
+ *           structure, allocating as necessary. 
+ *           
+ *           When called multiple times for the same tag,
+ *           appends value strings together -- used when
+ *           parsing multiblock alignment files, for
+ *           example.
+ *
+ * Args:     msa   - multiple alignment structure
+ *           tag   - markup tag (e.g. "CS")
+ *           value - markup, one char per aligned column      
+ *
+ * Returns:  (void)
+ */
+void
+MSAAppendGC(MSA *msa, char *tag, char *value)
+{
+  int tagidx;
+
+  /* Is this an unparsed tag name that we recognize?
+   * If not, handle adding it to index, and reallocating
+   * as needed.
+   */
+  if (msa->gc_tag == NULL)     /* first tag? init w/ malloc  */
+    {
+      msa->gc_tag = MallocOrDie(sizeof(char *));
+      msa->gc     = MallocOrDie(sizeof(char *));
+      msa->gc_idx = GKIInit();
+      tagidx      = GKIStoreKey(msa->gc_idx, tag);
+      SQD_DASSERT1((tagidx == 0));
+      msa->gc[0]  = NULL;
+    }
+  else
+    {                  /* new tag? */
+      tagidx  = GKIKeyIndex(msa->gc_idx, tag); 
+      if (tagidx < 0) {                /* it's a new tag name; realloc */
+       tagidx = GKIStoreKey(msa->gc_idx, tag);
+                               /* since we alloc in blocks of 1,
+                                  we always realloc upon seeing 
+                                  a new tag. */
+       SQD_DASSERT1((tagidx == msa->ngc));
+       msa->gc_tag = ReallocOrDie(msa->gc_tag, (msa->ngc+1) * sizeof(char **));
+       msa->gc     = ReallocOrDie(msa->gc, (msa->ngc+1) * sizeof(char **));
+       msa->gc[tagidx] = NULL;
+      }
+    }
+
+  if (tagidx == msa->ngc) {
+    msa->gc_tag[tagidx] = sre_strdup(tag, -1);
+    msa->ngc++;
+  }
+  sre_strcat(&(msa->gc[tagidx]), -1, value, -1);
+  return;
+}
+
+/* Function: MSAGetGC()
+ * Date:     SRE, Fri Aug 13 13:25:57 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Given a tagname for a miscellaneous #=GC column
+ *           annotation, return a pointer to the annotation
+ *           string. 
+ *
+ * Args:     msa  - alignment and its annotation
+ *           tag  - name of the annotation       
+ *
+ * Returns:  ptr to the annotation string. Caller does *not*
+ *           free; is managed by msa object still.
+ */
+char *
+MSAGetGC(MSA *msa, char *tag)
+{
+  int tagidx;
+
+  if (msa->gc_idx == NULL) return NULL;
+  if ((tagidx = GKIKeyIndex(msa->gc_idx, tag)) < 0) return NULL;
+  return msa->gc[tagidx];
+}
+
+
+/* Function: MSAAppendGR()
+ * Date:     SRE, Thu Jun  3 06:34:38 1999 [Madison]
+ *
+ * Purpose:  Add an unparsed #=GR markup line to the
+ *           MSA structure, allocating as necessary.
+ *           
+ *           When called multiple times for the same tag,
+ *           appends value strings together -- used when
+ *           parsing multiblock alignment files, for
+ *           example.
+ *
+ * Args:     msa    - multiple alignment structure
+ *           tag    - markup tag (e.g. "SS")
+ *           sqidx  - index of seq to assoc markup with (0..nseq-1)
+ *           value  - markup, one char per aligned column      
+ *
+ * Returns:  (void)
+ */
+void
+MSAAppendGR(MSA *msa, char *tag, int sqidx, char *value)
+{
+  int tagidx;
+  int i;
+
+  /* Is this an unparsed tag name that we recognize?
+   * If not, handle adding it to index, and reallocating
+   * as needed.
+   */
+  if (msa->gr_tag == NULL)     /* first tag? init w/ malloc  */
+    {
+      msa->gr_tag = MallocOrDie(sizeof(char *));
+      msa->gr     = MallocOrDie(sizeof(char **));
+      msa->gr[0]  = MallocOrDie(sizeof(char *) * msa->nseqalloc);
+      for (i = 0; i < msa->nseqalloc; i++) 
+       msa->gr[0][i] = NULL;
+      msa->gr_idx = GKIInit();
+      tagidx      = GKIStoreKey(msa->gr_idx, tag);
+      SQD_DASSERT1((tagidx == 0));
+    }
+  else 
+    {
+                               /* new tag? */
+      tagidx  = GKIKeyIndex(msa->gr_idx, tag); 
+      if (tagidx < 0) {                /* it's a new tag name; realloc */
+       tagidx = GKIStoreKey(msa->gr_idx, tag);
+                               /* since we alloc in blocks of 1,
+                                  we always realloc upon seeing 
+                                  a new tag. */
+       SQD_DASSERT1((tagidx == msa->ngr));
+       msa->gr_tag       = ReallocOrDie(msa->gr_tag, (msa->ngr+1) * sizeof(char *));
+       msa->gr           = ReallocOrDie(msa->gr, (msa->ngr+1) * sizeof(char **));
+       msa->gr[msa->ngr] = MallocOrDie(sizeof(char *) * msa->nseqalloc);
+       for (i = 0; i < msa->nseqalloc; i++) 
+         msa->gr[msa->ngr][i] = NULL;
+      }
+    }
+  
+  if (tagidx == msa->ngr) {
+    msa->gr_tag[tagidx] = sre_strdup(tag, -1);
+    msa->ngr++;
+  }
+  sre_strcat(&(msa->gr[tagidx][sqidx]), -1, value, -1);
+  return;
+}
+
+
+/* Function: MSAVerifyParse()
+ * Date:     SRE, Sat Jun  5 14:24:24 1999 [Madison, 1999 worm mtg]
+ *
+ * Purpose:  Last function called after a multiple alignment is
+ *           parsed. Checks that parse was successful; makes sure
+ *           required information is present; makes sure required
+ *           information is consistent. Some fields that are
+ *           only use during parsing may be freed (sqlen, for
+ *           example).
+ *           
+ *           Some fields in msa may be modified (msa->alen is set,
+ *           for example).
+ *
+ * Args:     msa - the multiple alignment
+ *                 sqname, aseq must be set
+ *                 nseq must be correct
+ *                 alen need not be set; will be set here.
+ *                 wgt will be set here if not already set
+ *
+ * Returns:  (void)
+ *           Will Die() here with diagnostics on error.
+ *
+ * Example:  
+ */
+void
+MSAVerifyParse(MSA *msa)
+{
+  int idx;
+
+  if (msa->nseq == 0) Die("Parse error: no sequences were found for alignment %s",
+                         msa->name != NULL ? msa->name : "");
+
+  msa->alen = msa->sqlen[0];
+
+  /* We can rely on msa->sqname[] being valid for any index,
+   * because of the way the line parsers always store any name
+   * they add to the index.
+   */
+  for (idx = 0; idx < msa->nseq; idx++)
+    {
+                               /* aseq is required. */
+      if (msa->aseq[idx] == NULL) 
+       Die("Parse error: No sequence for %s in alignment %s", msa->sqname[idx],
+           msa->name != NULL ? msa->name : "");
+                               /* either all weights must be set, or none of them */
+      if ((msa->flags & MSA_SET_WGT) && msa->wgt[idx] == -1.0)
+       Die("Parse error: some weights are set, but %s doesn't have one in alignment %s", 
+           msa->sqname[idx],
+           msa->name != NULL ? msa->name : "");
+                               /* all aseq must be same length. */
+      if (msa->sqlen[idx] != msa->alen)
+       Die("Parse error: sequence %s: length %d, expected %d in alignment %s",
+           msa->sqname[idx], msa->sqlen[idx], msa->alen,
+           msa->name != NULL ? msa->name : "");
+                               /* if SS is present, must have length right */
+      if (msa->ss != NULL && msa->ss[idx] != NULL && msa->sslen[idx] != msa->alen) 
+       Die("Parse error: #=GR SS annotation for %s: length %d, expected %d in alignment %s",
+           msa->sqname[idx], msa->sslen[idx], msa->alen,
+           msa->name != NULL ? msa->name : "");
+                               /* if SA is present, must have length right */
+      if (msa->sa != NULL && msa->sa[idx] != NULL && msa->salen[idx] != msa->alen) 
+       Die("Parse error: #=GR SA annotation for %s: length %d, expected %d in alignment %s",
+           msa->sqname[idx], msa->salen[idx], msa->alen,
+           msa->name != NULL ? msa->name : "");
+    }
+
+                       /* if cons SS is present, must have length right */
+  if (msa->ss_cons != NULL && strlen(msa->ss_cons) != msa->alen) 
+    Die("Parse error: #=GC SS_cons annotation: length %d, expected %d in alignment %s",
+       strlen(msa->ss_cons), msa->alen,
+       msa->name != NULL ? msa->name : "");
+
+                       /* if cons SA is present, must have length right */
+  if (msa->sa_cons != NULL && strlen(msa->sa_cons) != msa->alen) 
+    Die("Parse error: #=GC SA_cons annotation: length %d, expected %d in alignment %s",
+       strlen(msa->sa_cons), msa->alen,
+       msa->name != NULL ? msa->name : "");
+
+                               /* if RF is present, must have length right */
+  if (msa->rf != NULL && strlen(msa->rf) != msa->alen) 
+    Die("Parse error: #=GC RF annotation: length %d, expected %d in alignment %s",
+       strlen(msa->rf), msa->alen,
+       msa->name != NULL ? msa->name : "");
+
+                               /* Check that all or no weights are set */
+  if (!(msa->flags & MSA_SET_WGT))
+    FSet(msa->wgt, msa->nseq, 1.0); /* default weights */
+
+                               /* Clean up a little from the parser */
+  if (msa->sqlen != NULL) { free(msa->sqlen); msa->sqlen = NULL; }
+  if (msa->sslen != NULL) { free(msa->sslen); msa->sslen = NULL; }
+  if (msa->salen != NULL) { free(msa->salen); msa->salen = NULL; }
+
+  return;
+}
+
+
+
+
+/* Function: MSAFileOpen()
+ * Date:     SRE, Tue May 18 13:22:01 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Open an alignment database file and prepare
+ *           for reading one alignment, or sequentially
+ *           in the (rare) case of multiple MSA databases
+ *           (e.g. Stockholm format).
+ *           
+ * Args:     filename - name of file to open
+ *                      if "-", read stdin
+ *                      if it ends in ".gz", read from pipe to gunzip -dc
+ *           format   - format of file (e.g. MSAFILE_STOCKHOLM)
+ *           env      - environment variable for path (e.g. BLASTDB)
+ *
+ * Returns:  opened MSAFILE * on success.
+ *           NULL on failure: 
+ *             usually, because the file doesn't exist;
+ *             for gzip'ed files, may also mean that gzip isn't in the path.
+ */
+MSAFILE *
+MSAFileOpen(char *filename, int format, char *env)
+{
+  MSAFILE *afp;
+  
+  afp        = MallocOrDie(sizeof(MSAFILE));
+  if (strcmp(filename, "-") == 0)
+    {
+      afp->f         = stdin;
+      afp->do_stdin  = TRUE; 
+      afp->do_gzip   = FALSE;
+      afp->fname     = sre_strdup("[STDIN]", -1);
+      afp->ssi       = NULL;   /* can't index stdin because we can't seek*/
+    }
+#ifndef SRE_STRICT_ANSI                
+  /* popen(), pclose() aren't portable to non-POSIX systems; disable */
+  else if (Strparse("^.*\\.gz$", filename, 0))
+    {
+      char cmd[256];
+
+      /* Note that popen() will return "successfully"
+       * if file doesn't exist, because gzip works fine
+       * and prints an error! So we have to check for
+       * existence of file ourself.
+       */
+      if (! FileExists(filename))
+       Die("%s: file does not exist", filename);
+      if (strlen(filename) + strlen("gzip -dc ") >= 256)
+       Die("filename > 255 char in MSAFileOpen()"); 
+      sprintf(cmd, "gzip -dc %s", filename);
+      if ((afp->f = popen(cmd, "r")) == NULL)
+       return NULL;
+
+      afp->do_stdin = FALSE;
+      afp->do_gzip  = TRUE;
+      afp->fname    = sre_strdup(filename, -1);
+      /* we can't index a .gz file, because we can't seek in a pipe afaik */
+      afp->ssi      = NULL;    
+    }
+#endif /*SRE_STRICT_ANSI*/
+  else
+    {
+      char *ssifile;
+      char *dir;
+
+      /* When we open a file, it may be either in the current
+       * directory, or in the directory indicated by the env
+       * argument - and we have to construct the SSI filename accordingly.
+       */
+      if ((afp->f = fopen(filename, "r")) != NULL)
+       {
+         ssifile = MallocOrDie(sizeof(char) * (strlen(filename) + 5));
+         sprintf(ssifile, "%s.ssi", filename);
+       }
+      else if ((afp->f = EnvFileOpen(filename, env, &dir)) != NULL)
+       {
+         char *full;
+         full = FileConcat(dir, filename);
+         ssifile = MallocOrDie(sizeof(char) * (strlen(full) + strlen(filename)  + 5));
+         sprintf(ssifile, "%s.ssi", full);
+         free(dir);
+       }
+      else return NULL;
+
+      afp->do_stdin = FALSE;
+      afp->do_gzip  = FALSE;
+      afp->fname    = sre_strdup(filename, -1);
+      afp->ssi      = NULL;
+
+      /* Open the SSI index file. If it doesn't exist, or
+       * it's corrupt, or some error happens, afp->ssi stays NULL.
+       */
+      SSIOpen(ssifile, &(afp->ssi));
+      free(ssifile);
+    }
+
+  /* Invoke autodetection if we haven't already been told what
+   * to expect.
+   */
+  if (format == MSAFILE_UNKNOWN)
+    {
+      if (afp->do_stdin == TRUE || afp->do_gzip)
+       Die("Can't autodetect alignment file format from a stdin or gzip pipe");
+      format = MSAFileFormat(afp);
+      if (format == MSAFILE_UNKNOWN)
+       Die("Can't determine format of multiple alignment file %s", afp->fname);
+    }
+
+  afp->format     = format;
+  afp->linenumber = 0;
+  afp->buf        = NULL;
+  afp->buflen     = 0;
+
+  return afp;
+}
+
+
+/* Function: MSAFilePositionByKey()
+ *           MSAFilePositionByIndex()
+ *           MSAFileRewind()
+ * 
+ * Date:     SRE, Tue Nov  9 19:02:54 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Family of functions for repositioning in
+ *           open MSA files; analogous to a similarly
+ *           named function series in HMMER's hmmio.c.
+ *
+ * Args:     afp    - open alignment file
+ *           offset - disk offset in bytes
+ *           key    - key to look up in SSI indices 
+ *           idx    - index of alignment.
+ *
+ * Returns:  0 on failure.
+ *           1 on success.
+ *           If called on a non-fseek()'able file (e.g. a gzip'ed
+ *           or pipe'd alignment), returns 0 as a failure flag.
+ */
+int 
+MSAFileRewind(MSAFILE *afp)
+{
+  if (afp->do_gzip || afp->do_stdin) return 0;
+  rewind(afp->f);
+  return 1;
+}
+int 
+MSAFilePositionByKey(MSAFILE *afp, char *key)
+{
+  int       fh;                        /* filehandle is ignored       */
+  SSIOFFSET offset;            /* offset of the key alignment */
+
+  if (afp->ssi == NULL) return 0;
+  if (SSIGetOffsetByName(afp->ssi, key, &fh, &offset) != 0) return 0;
+  if (SSISetFilePosition(afp->f, &offset) != 0) return 0;
+  return 1;
+}
+int
+MSAFilePositionByIndex(MSAFILE *afp, int idx)
+{
+  int       fh;                        /* filehandled is passed but ignored */
+  SSIOFFSET offset;            /* disk offset of desired alignment  */
+
+  if (afp->ssi == NULL) return 0;
+  if (SSIGetOffsetByNumber(afp->ssi, idx, &fh, &offset) != 0) return 0;
+  if (SSISetFilePosition(afp->f, &offset) != 0) return 0;
+  return 1;
+}
+
+
+/* Function: MSAFileRead()
+ * Date:     SRE, Fri May 28 16:01:43 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Read the next msa from an open alignment file.
+ *           This is a wrapper around format-specific calls.
+ *
+ * Args:     afp     - open alignment file
+ *
+ * Returns:  next alignment, or NULL if out of alignments 
+ */
+MSA *
+MSAFileRead(MSAFILE *afp)
+{
+  MSA *msa = NULL;
+
+  switch (afp->format) {
+  case MSAFILE_STOCKHOLM: msa = ReadStockholm(afp); break;
+  case MSAFILE_MSF:       msa = ReadMSF(afp);       break;
+  case MSAFILE_A2M:       msa = ReadA2M(afp);       break;
+  case MSAFILE_CLUSTAL:   msa = ReadClustal(afp);   break;
+  case MSAFILE_SELEX:     msa = ReadSELEX(afp);     break;
+  case MSAFILE_PHYLIP:    msa = ReadPhylip(afp);    break;
+  default:
+    Die("MSAFILE corrupted: bad format index");
+  }
+  return msa;
+}
+
+/* Function: MSAFileClose()
+ * Date:     SRE, Tue May 18 14:05:28 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Close an open MSAFILE.
+ *
+ * Args:     afp  - ptr to an open MSAFILE.
+ *
+ * Returns:  void
+ */
+void
+MSAFileClose(MSAFILE *afp)
+{
+#ifndef SRE_STRICT_ANSI         /* gzip functionality only on POSIX systems */
+  if (afp->do_gzip)    pclose(afp->f);
+#endif
+  if (! afp->do_stdin) fclose(afp->f);
+  if (afp->buf  != NULL) free(afp->buf);
+  if (afp->ssi  != NULL) SSIClose(afp->ssi);
+  if (afp->fname != NULL) free(afp->fname);
+  free(afp);
+}
+
+char *
+MSAFileGetLine(MSAFILE *afp)
+{
+  char *s;
+  if ((s = sre_fgets(&(afp->buf), &(afp->buflen), afp->f)) == NULL)
+    return NULL;
+  afp->linenumber++;
+  return afp->buf;
+}
+
+void 
+MSAFileWrite(FILE *fp, MSA *msa, int outfmt, int do_oneline)
+{
+  switch (outfmt) {
+#ifdef CLUSTALO
+  case MSAFILE_A2M:       WriteA2M(stdout, msa, 0);     break;
+  case MSAFILE_VIENNA:    WriteA2M(stdout, msa, 1);     break;
+#else
+  case MSAFILE_A2M:       WriteA2M(stdout, msa);     break;
+#endif
+  case MSAFILE_CLUSTAL:   WriteClustal(stdout, msa); break;
+  case MSAFILE_MSF:       WriteMSF(stdout, msa);     break;
+  case MSAFILE_PHYLIP:    WritePhylip(stdout, msa);  break;
+  case MSAFILE_SELEX:     WriteSELEX(stdout, msa);   break;
+  case MSAFILE_STOCKHOLM:
+    if (do_oneline) WriteStockholmOneBlock(stdout, msa);
+    else            WriteStockholm(stdout, msa);
+    break;
+  default:
+    Die("can't write. no such alignment format %d\n", outfmt);
+  }
+}
+
+/* Function: MSAGetSeqidx()
+ * Date:     SRE, Wed May 19 15:08:25 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  From a sequence name, return seqidx appropriate
+ *           for an MSA structure.
+ *           
+ *           1) try to guess the index. (pass -1 if you can't guess)
+ *           2) Look up name in msa's hashtable.
+ *           3) If it's a new name, store in msa's hashtable;
+ *                                  expand allocs as needed;
+ *                                  save sqname.
+ *
+ * Args:     msa   - alignment object
+ *           name  - a sequence name
+ *           guess - a guess at the right index, or -1 if no guess.
+ *
+ * Returns:  seqidx
+ */
+int
+MSAGetSeqidx(MSA *msa, char *name, int guess)
+{
+  int seqidx;
+                               /* can we guess? */
+  if (guess >= 0 && guess < msa->nseq && strcmp(name, msa->sqname[guess]) == 0) 
+    return guess;
+                               /* else, a lookup in the index */
+  if ((seqidx = GKIKeyIndex(msa->index, name)) >= 0)
+    return seqidx;
+                               /* else, it's a new name */
+  seqidx = GKIStoreKey(msa->index, name);
+  if (seqidx >= msa->nseqalloc)  MSAExpand(msa);
+
+  msa->sqname[seqidx] = sre_strdup(name, -1);
+  msa->nseq++;
+  return seqidx;
+}
+
+
+/* Function: MSAFromAINFO()
+ * Date:     SRE, Mon Jun 14 11:22:24 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Convert the old aseq/ainfo alignment structure
+ *           to new MSA structure. Enables more rapid conversion
+ *           of codebase to the new world order.
+ *
+ * Args:     aseq  - [0..nseq-1][0..alen-1] alignment
+ *           ainfo - old-style optional info
+ *
+ * Returns:  MSA *
+ */
+MSA *
+MSAFromAINFO(char **aseq, AINFO *ainfo)
+{
+  MSA *msa;
+  int  i, j;
+
+  msa = MSAAlloc(ainfo->nseq, ainfo->alen);
+  for (i = 0; i < ainfo->nseq; i++)
+    {
+      strcpy(msa->aseq[i], aseq[i]);
+      msa->wgt[i]    = ainfo->wgt[i];
+      msa->sqname[i] = sre_strdup(ainfo->sqinfo[i].name, -1);
+      msa->sqlen[i]  = msa->alen;
+      GKIStoreKey(msa->index, msa->sqname[i]);
+
+      if (ainfo->sqinfo[i].flags & SQINFO_ACC) 
+       MSASetSeqAccession(msa, i, ainfo->sqinfo[i].acc);
+
+      if (ainfo->sqinfo[i].flags & SQINFO_DESC) 
+       MSASetSeqDescription(msa, i, ainfo->sqinfo[i].desc);
+
+      if (ainfo->sqinfo[i].flags & SQINFO_SS) {
+       if (msa->ss == NULL) {
+         msa->ss    = MallocOrDie(sizeof(char *) * msa->nseqalloc);
+         msa->sslen = MallocOrDie(sizeof(int)    * msa->nseqalloc);
+         for (j = 0; j < msa->nseqalloc; j++) {
+           msa->ss[j]    = NULL;
+           msa->sslen[j] = 0;
+         }
+       }
+       MakeAlignedString(msa->aseq[i], msa->alen, ainfo->sqinfo[i].ss, &(msa->ss[i]));
+       msa->sslen[i] = msa->alen;
+      }
+
+      if (ainfo->sqinfo[i].flags & SQINFO_SA) {
+       if (msa->sa == NULL) {
+         msa->sa    = MallocOrDie(sizeof(char *) * msa->nseqalloc);
+         msa->salen = MallocOrDie(sizeof(int)    * msa->nseqalloc);
+         for (j = 0; j < msa->nseqalloc; j++) {
+           msa->sa[j]    = NULL;
+           msa->salen[j] = 0;
+         }
+       }
+       MakeAlignedString(msa->aseq[i], msa->alen, ainfo->sqinfo[i].sa, &(msa->sa[i]));
+       msa->salen[i] = msa->alen;
+      }
+    }
+                       /* note that sre_strdup() returns NULL when passed NULL */
+  msa->name    = sre_strdup(ainfo->name, -1);
+  msa->desc    = sre_strdup(ainfo->desc, -1);
+  msa->acc     = sre_strdup(ainfo->acc,  -1);
+  msa->au      = sre_strdup(ainfo->au,   -1);
+  msa->ss_cons = sre_strdup(ainfo->cs,   -1);
+  msa->rf      = sre_strdup(ainfo->rf,   -1);
+  if (ainfo->flags & AINFO_TC) {
+    msa->cutoff[MSA_CUTOFF_TC1] = ainfo->tc1; msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_TC1] = TRUE;
+    msa->cutoff[MSA_CUTOFF_TC2] = ainfo->tc2; msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_TC2] = TRUE;
+  }
+  if (ainfo->flags & AINFO_NC) {
+    msa->cutoff[MSA_CUTOFF_NC1] = ainfo->nc1; msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_NC1] = TRUE;
+    msa->cutoff[MSA_CUTOFF_NC2] = ainfo->nc2; msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_NC2] = TRUE;
+  }
+  if (ainfo->flags & AINFO_GA) {
+    msa->cutoff[MSA_CUTOFF_GA1] = ainfo->ga1; msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_GA1] = TRUE;
+    msa->cutoff[MSA_CUTOFF_GA2] = ainfo->ga2; msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_GA2] = TRUE;
+  }
+  msa->nseq = ainfo->nseq;
+  msa->alen = ainfo->alen;
+  return msa;
+}
+
+
+
+
+/* Function: MSAFileFormat()
+ * Date:     SRE, Fri Jun 18 14:26:49 1999 [Sanger Centre]
+ *
+ * Purpose:  (Attempt to) determine the format of an alignment file.
+ *           Since it rewinds the file pointer when it's done,
+ *           cannot be used on a pipe or gzip'ed file. Works by
+ *           calling SeqfileFormat() from sqio.c, then making sure
+ *           that the format is indeed an alignment. If the format
+ *           comes back as FASTA, it assumes that the format as A2M 
+ *           (e.g. aligned FASTA).
+ *
+ * Args:     fname   - file to evaluate
+ *
+ * Returns:  format code; e.g. MSAFILE_STOCKHOLM
+ */
+int
+MSAFileFormat(MSAFILE *afp)
+{
+  int fmt;
+
+  fmt = SeqfileFormat(afp->f);
+
+  if (fmt == SQFILE_FASTA) fmt = MSAFILE_A2M;
+
+  if (fmt != MSAFILE_UNKNOWN && ! IsAlignmentFormat(fmt)) 
+    Die("File %s does not appear to be an alignment file;\n\
+rather, it appears to be an unaligned file in %s format.\n\
+I'm expecting an alignment file in this context.\n",
+       afp->fname,
+       SeqfileFormat2String(fmt));
+  return fmt;
+}
+
+
+/* Function: MSAMingap()
+ * Date:     SRE, Mon Jun 28 18:57:54 1999 [on jury duty, St. Louis Civil Court]
+ *
+ * Purpose:  Remove all-gap columns from a multiple sequence alignment
+ *           and its associated per-residue data.
+ *
+ * Args:     msa - the alignment
+ *
+ * Returns:  (void)
+ */
+void
+MSAMingap(MSA *msa)
+{
+  int *useme;                  /* array of TRUE/FALSE flags for which columns to keep */
+  int apos;                    /* position in original alignment */
+  int idx;                     /* sequence index */
+
+  useme = MallocOrDie(sizeof(int) * msa->alen);
+  for (apos = 0; apos < msa->alen; apos++)
+    {
+      for (idx = 0; idx < msa->nseq; idx++)
+       if (! isgap(msa->aseq[idx][apos]))
+         break;
+      if (idx == msa->nseq) useme[apos] = FALSE; else useme[apos] = TRUE;
+    }
+  MSAShorterAlignment(msa, useme);
+  free(useme);
+  return;
+}
+
+/* Function: MSANogap()
+ * Date:     SRE, Wed Nov 17 09:59:51 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Remove all columns from a multiple sequence alignment that
+ *           contain any gaps -- used for filtering before phylogenetic
+ *           analysis.
+ *
+ * Args:     msa - the alignment
+ *
+ * Returns:  (void). The alignment is modified, so if you want to keep
+ *           the original for something, make a copy.
+ */
+void
+MSANogap(MSA *msa)
+{
+  int *useme;                  /* array of TRUE/FALSE flags for which columns to keep */
+  int apos;                    /* position in original alignment */
+  int idx;                     /* sequence index */
+
+  useme = MallocOrDie(sizeof(int) * msa->alen);
+  for (apos = 0; apos < msa->alen; apos++)
+    {
+      for (idx = 0; idx < msa->nseq; idx++)
+       if (isgap(msa->aseq[idx][apos]))
+         break;
+      if (idx == msa->nseq) useme[apos] = TRUE; else useme[apos] = FALSE;
+    }
+  MSAShorterAlignment(msa, useme);
+  free(useme);
+  return;
+}
+
+
+/* Function: MSAShorterAlignment()
+ * Date:     SRE, Wed Nov 17 09:49:32 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Given an array "useme" (0..alen-1) of TRUE/FALSE flags,
+ *           where TRUE means "keep this column in the new alignment":
+ *           Remove all columns annotated as "FALSE" in the useme
+ *           array.
+ *
+ * Args:     msa   - the alignment. The alignment is changed, so
+ *                   if you don't want the original screwed up, make
+ *                   a copy of it first.
+ *           useme - TRUE/FALSE flags for columns to keep: 0..alen-1
+ *
+ * Returns:  (void)
+ */
+void
+MSAShorterAlignment(MSA *msa, int *useme)
+{
+  int apos;                    /* position in original alignment */
+  int mpos;                    /* position in new alignment      */
+  int idx;                     /* sequence index */
+  int i;                       /* markup index */
+
+  /* Since we're minimizing, we can overwrite, using already allocated
+   * memory.
+   */
+  for (apos = 0, mpos = 0; apos < msa->alen; apos++)
+    {
+      if (useme[apos] == FALSE) continue;
+
+                       /* shift alignment and associated per-column+per-residue markup */
+      if (mpos != apos)
+       {
+         for (idx = 0; idx < msa->nseq; idx++)
+           {
+             msa->aseq[idx][mpos] = msa->aseq[idx][apos];
+             if (msa->ss != NULL && msa->ss[idx] != NULL) msa->ss[idx][mpos] = msa->ss[idx][apos];
+             if (msa->sa != NULL && msa->sa[idx] != NULL) msa->sa[idx][mpos] = msa->sa[idx][apos];
+             
+             for (i = 0; i < msa->ngr; i++)
+               if (msa->gr[i][idx] != NULL) msa->gr[i][idx][mpos] = msa->gr[i][idx][apos];
+           }
+         
+         if (msa->ss_cons != NULL) msa->ss_cons[mpos] = msa->ss_cons[apos];
+         if (msa->sa_cons != NULL) msa->sa_cons[mpos] = msa->sa_cons[apos];
+         if (msa->rf      != NULL) msa->rf[mpos]      = msa->rf[apos];
+
+         for (i = 0; i < msa->ngc; i++)
+           msa->gc[i][mpos] = msa->gc[i][apos];
+       }
+      mpos++;
+    }
+               
+  msa->alen = mpos;            /* set new length */
+                               /* null terminate everything */
+  for (idx = 0; idx < msa->nseq; idx++)
+    {
+      msa->aseq[idx][mpos] = '\0';
+      if (msa->ss != NULL && msa->ss[idx] != NULL) msa->ss[idx][mpos] = '\0';
+      if (msa->sa != NULL && msa->sa[idx] != NULL) msa->sa[idx][mpos] = '\0';
+             
+      for (i = 0; i < msa->ngr; i++)
+       if (msa->gr[i][idx] != NULL) msa->gr[i][idx][mpos] = '\0';
+    }
+
+  if (msa->ss_cons != NULL) msa->ss_cons[mpos] = '\0';
+  if (msa->sa_cons != NULL) msa->sa_cons[mpos] = '\0';
+  if (msa->rf != NULL)      msa->rf[mpos] = '\0';
+
+  for (i = 0; i < msa->ngc; i++)
+    msa->gc[i][mpos] = '\0';
+
+  return;
+}
+
+
+/* Function: MSASmallerAlignment()
+ * Date:     SRE, Wed Jun 30 09:56:08 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Given an array "useme" of TRUE/FALSE flags for
+ *           each sequence in an alignment, construct
+ *           and return a new alignment containing only 
+ *           those sequences that are flagged useme=TRUE.
+ *           
+ *           Used by routines such as MSAFilterAlignment()
+ *           and MSASampleAlignment().
+ *           
+ * Limitations:
+ *           Does not copy unparsed Stockholm markup.
+ *
+ *           Does not make assumptions about meaning of wgt;
+ *           if you want the new wgt vector renormalized, do
+ *           it yourself with FNorm(new->wgt, new->nseq). 
+ *
+ * Args:     msa     -- the original (larger) alignment
+ *           useme   -- [0..nseq-1] array of TRUE/FALSE flags; TRUE means include 
+ *                      this seq in new alignment
+ *           ret_new -- RETURN: new alignment          
+ *
+ * Returns:  void
+ *           ret_new is allocated here; free with MSAFree() 
+ */
+void
+MSASmallerAlignment(MSA *msa, int *useme, MSA **ret_new)
+{
+  MSA *new;                     /* RETURN: new alignment */
+  int nnew;                    /* number of seqs in new msa (e.g. # of TRUEs) */
+  int oidx, nidx;              /* old, new indices */
+  int i;
+
+  nnew = 0;
+  for (oidx = 0; oidx < msa->nseq; oidx++)
+    if (useme[oidx]) nnew++;
+  if (nnew == 0) { *ret_new = NULL; return; }
+  
+  new  = MSAAlloc(nnew, 0);
+  nidx = 0;
+  for (oidx = 0; oidx < msa->nseq; oidx++)
+    if (useme[oidx])
+      {
+       new->aseq[nidx]   = sre_strdup(msa->aseq[oidx],   msa->alen);
+       new->sqname[nidx] = sre_strdup(msa->sqname[oidx], msa->alen);
+       GKIStoreKey(new->index, msa->sqname[oidx]);
+       new->wgt[nidx]    = msa->wgt[oidx];
+       if (msa->sqacc != NULL)
+         MSASetSeqAccession(new, nidx, msa->sqacc[oidx]);
+       if (msa->sqdesc != NULL)
+         MSASetSeqDescription(new, nidx, msa->sqdesc[oidx]);
+       if (msa->ss != NULL && msa->ss[oidx] != NULL)
+         {
+           if (new->ss == NULL) new->ss = MallocOrDie(sizeof(char *) * new->nseq);
+           new->ss[nidx] = sre_strdup(msa->ss[oidx], -1);
+         }
+       if (msa->sa != NULL && msa->sa[oidx] != NULL)
+         {
+           if (new->sa == NULL) new->sa = MallocOrDie(sizeof(char *) * new->nseq);
+           new->sa[nidx] = sre_strdup(msa->sa[oidx], -1);
+         }
+       nidx++;
+      }
+
+  new->nseq    = nnew;
+  new->alen    = msa->alen; 
+  new->flags   = msa->flags;
+  new->type    = msa->type;
+  new->name    = sre_strdup(msa->name, -1);
+  new->desc    = sre_strdup(msa->desc, -1);
+  new->acc     = sre_strdup(msa->acc, -1);
+  new->au      = sre_strdup(msa->au, -1);
+  new->ss_cons = sre_strdup(msa->ss_cons, -1);
+  new->sa_cons = sre_strdup(msa->sa_cons, -1);
+  new->rf      = sre_strdup(msa->rf, -1);
+  for (i = 0; i < MSA_MAXCUTOFFS; i++) {
+    new->cutoff[i]        = msa->cutoff[i];
+    new->cutoff_is_set[i] = msa->cutoff_is_set[i];
+  }
+  free(new->sqlen);
+
+  MSAMingap(new);
+  *ret_new = new;
+  return;
+}
+
+
+/*****************************************************************
+ * Retrieval routines
+ * 
+ * Access to MSA structure data is possible through these routines.
+ * I'm not doing this because of object oriented design, though
+ * it might work in my favor someday.
+ * I'm doing this because lots of MSA data is optional, and
+ * checking through the chain of possible NULLs is a pain.
+ *****************************************************************/
+
+char *
+MSAGetSeqAccession(MSA *msa, int idx)
+{
+  if (msa->sqacc != NULL && msa->sqacc[idx] != NULL)
+    return msa->sqacc[idx];
+  else
+    return NULL;
+}
+char *
+MSAGetSeqDescription(MSA *msa, int idx)
+{
+  if (msa->sqdesc != NULL && msa->sqdesc[idx] != NULL)
+    return msa->sqdesc[idx];
+  else
+    return NULL;
+}
+char *
+MSAGetSeqSS(MSA *msa, int idx)
+{
+  if (msa->ss != NULL && msa->ss[idx] != NULL)
+    return msa->ss[idx];
+  else
+    return NULL;
+}
+char *
+MSAGetSeqSA(MSA *msa, int idx)
+{
+  if (msa->sa != NULL && msa->sa[idx] != NULL)
+    return msa->sa[idx];
+  else
+    return NULL;
+}
+
+
+/*****************************************************************
+ * Information routines
+ * 
+ * Access information about the MSA.
+ *****************************************************************/
+
+/* Function: MSAAverageSequenceLength()
+ * Date:     SRE, Sat Apr  6 09:41:34 2002 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Return the average length of the (unaligned) sequences
+ *           in the MSA.
+ *
+ * Args:     msa  - the alignment
+ *
+ * Returns:  average length
+ */
+float
+MSAAverageSequenceLength(MSA *msa)
+{
+  int   i;
+  float avg;
+  
+  avg = 0.;
+  for (i = 0; i < msa->nseq; i++) 
+    avg += (float) DealignedLength(msa->aseq[i]);
+
+  if (msa->nseq == 0) return 0.;
+  else                return (avg / msa->nseq);
+}
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/msa.h b/binaries/src/clustalo/src/squid/msa.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..98216e5
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,302 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+#ifndef SQUID_MSA_INCLUDED
+#define SQUID_MSA_INCLUDED
+
+/* msa.h
+ * SRE, Mon May 17 10:24:30 1999
+ * 
+ * Header file for SQUID's multiple sequence alignment 
+ * manipulation code.
+ * 
+ * RCS $Id: msa.h 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: msa.h,v 1.12 2002/10/12 04:40:35 eddy Exp)
+ */
+
+#include <stdio.h>             /* FILE support */
+#include "gki.h"               /* hash table support */
+#include "ssi.h"               /* sequence file index support */
+#include "squid.h"             /* need SQINFO */
+
+/****************************************************
+ * Obsolete alignment information, AINFO
+ * Superceded by MSA structure further below; but we
+ * need AINFO for the near future for backwards
+ * compatibility.
+ ****************************************************/
+/* Structure: aliinfo_s
+ * 
+ * Purpose:   Optional information returned from an alignment file.
+ * 
+ *            flags: always used. Flags for which info is valid/alloced.
+ *       
+ *            alen: mandatory. Alignments are always flushed right
+ *                  with gaps so that all aseqs are the same length, alen.
+ *                  Available for all alignment formats.
+ *
+ *            nseq: mandatory. Aligned seqs are indexed 0..nseq-1. 
+ *                  
+ *            wgt:  0..nseq-1 vector of sequence weights. Mandatory.
+ *                  If not explicitly set, weights are initialized to 1.0.
+ *
+ *            cs:   0..alen-1, just like the alignment. Contains single-letter
+ *                  secondary structure codes for consensus structure; "<>^+"
+ *                  for RNA, "EHL." for protein. May be NULL if unavailable
+ *                  from seqfile. Only available for SELEX format files.
+ *                  
+ *            rf:   0..alen-1, just like the alignment. rf is an arbitrary string
+ *                  of characters, used for annotating columns. Blanks are
+ *                  interpreted as non-canonical columns and anything else is
+ *                  considered canonical. Only available from SELEX files.
+ *                  
+ *            sqinfo: mandatory. Array of 0..nseq-1 
+ *                  per-sequence information structures, carrying
+ *                  name, id, accession, coords.
+ *                  
+ */
+struct aliinfo_s {             
+  int               flags;      /* flags for what info is valid             */
+  int               alen;      /* length of alignment (columns)            */
+  int               nseq;       /* number of seqs in alignment              */
+  float            *wgt;       /* sequence weights [0..nseq-1]             */
+  char             *cs;         /* consensus secondary structure string     */
+  char             *rf;         /* reference coordinate system              */
+  struct seqinfo_s *sqinfo;     /* name, id, coord info for each sequence   */
+
+        /* Pfam/HMMER pick-ups */      
+  char  *name;                 /* name of alignment        */
+  char  *desc;                 /* description of alignment */
+  char  *acc;                  /* accession of alignment   */
+  char  *au;                   /* "author" information     */
+  float  tc1, tc2;             /* trusted score cutoffs (per-seq, per-domain) */
+  float  nc1, nc2;             /* noise score cutoffs (per-seq, per-domain)   */
+  float  ga1, ga2;             /* gathering cutoffs */
+};
+typedef struct aliinfo_s AINFO;
+#define AINFO_TC      (1 << 0)
+#define AINFO_NC      (1 << 1)
+#define AINFO_GA      (1 << 2)
+
+/*****************************************************************
+ * MSA  
+ * SRE, Sun Jun 27 15:03:35 1999 [TW 723 over Greenland]
+ * 
+ * Defines the new data structure and API for multiple
+ * sequence alignment i/o.
+ *****************************************************************/
+
+/* The following constants define the Pfam/Rfam cutoff set we'll propagate
+ * from msa's into HMMER and Infernal models.
+ */
+#define MSA_CUTOFF_TC1 0
+#define MSA_CUTOFF_TC2 1
+#define MSA_CUTOFF_GA1 2
+#define MSA_CUTOFF_GA2 3
+#define MSA_CUTOFF_NC1 4
+#define MSA_CUTOFF_NC2 5
+#define MSA_MAXCUTOFFS 6
+
+/* Structure: MSA
+ * SRE, Tue May 18 11:33:08 1999
+ * 
+ * Our object for a multiple sequence alignment.
+ */
+typedef struct msa_struct {
+  /* Mandatory information associated with the alignment.
+   */
+  char **aseq;                  /* the alignment itself, [0..nseq-1][0..alen-1] */
+  char **sqname;                /* names of sequences, [0..nseq-1][0..alen-1]   */
+  float *wgt;                  /* sequence weights [0..nseq-1]                 */
+  int    alen;                 /* length of alignment (columns)                */
+  int    nseq;                 /* number of seqs in alignment                  */
+
+  /* Optional information that we understand, and might have.
+   */
+  int    flags;                        /* flags for what optional info is valid    */
+  int    type;                 /* kOtherSeq, kRNA/hmmNUCLEIC, or kAmino/hmmAMINO */
+  char  *name;                 /* name of alignment, or NULL */
+  char  *desc;                 /* description of alignment, or NULL */
+  char  *acc;                  /* accession of alignment, or NULL */
+  char  *au;                   /* "author" information, or NULL */
+  char  *ss_cons;              /* consensus secondary structure string, or NULL */
+  char  *sa_cons;               /* consensus surface accessibility string, or NULL */
+  char  *rf;                    /* reference coordinate system, or NULL */
+  char **sqacc;                        /* accession numbers for individual sequences */
+  char **sqdesc;               /* description lines for individual sequences */
+  char **ss;                    /* per-seq secondary structure annotation, or NULL */
+  char **sa;                    /* per-seq surface accessibility annotation, or NULL */
+  float  cutoff[MSA_MAXCUTOFFS];       /* NC, TC, GA cutoffs propagated to Pfam/Rfam */
+  int    cutoff_is_set[MSA_MAXCUTOFFS];/* TRUE if a cutoff is set; else FALSE */
+
+  /* Optional information that we don't understand.
+   * That is, we know what type of information it is, but it's
+   * either (interpreted as) free-text comment, or it's Stockholm 
+   * markup with unfamiliar tags.
+   */
+  char  **comment;              /* free text comments, or NULL      */
+  int     ncomment;            /* number of comment lines          */
+  int     alloc_ncomment;      /* number of comment lines alloc'ed */
+
+  char  **gf_tag;               /* markup tags for unparsed #=GF lines  */
+  char  **gf;                   /* annotations for unparsed #=GF lines  */
+  int     ngf;                 /* number of unparsed #=GF lines        */
+  int     alloc_ngf;           /* number of gf lines alloc'ed          */
+
+  char  **gs_tag;               /* markup tags for unparsed #=GS lines     */
+  char ***gs;                   /* [0..ngs-1][0..nseq-1][free text] markup */
+  GKI    *gs_idx;               /* hash of #=GS tag types                  */
+  int     ngs;                  /* number of #=GS tag types                */
+  
+  char  **gc_tag;               /* markup tags for unparsed #=GC lines  */
+  char  **gc;                   /* [0..ngc-1][0..alen-1] markup         */
+  GKI    *gc_idx;               /* hash of #=GC tag types               */
+  int     ngc;                  /* number of #=GC tag types             */
+
+  char  **gr_tag;               /* markup tags for unparsed #=GR lines   */
+  char ***gr;                   /* [0..ngr][0..nseq-1][0..alen-1] markup */
+  GKI    *gr_idx;               /* hash of #=GR tag types                */
+  int     ngr;                 /* number of #=GR tag types              */
+
+  /* Stuff we need for our own maintenance of the data structure
+   */
+  GKI   *index;                        /* name ->seqidx hash table */
+  int    nseqalloc;            /* number of seqs currently allocated for   */
+  int    nseqlump;             /* lump size for dynamic expansions of nseq */
+  int   *sqlen;                 /* individual sequence lengths during parsing */
+  int   *sslen;                 /* individual ss lengths during parsing       */
+  int   *salen;                 /* individual sa lengths during parsing       */
+  int    lastidx;              /* last index we saw; use for guessing next   */
+} MSA;
+#define MSA_SET_WGT     (1 << 0)  /* track whether wgts were set, or left at default 1.0 */
+
+                                     
+/* Structure: MSAFILE
+ * SRE, Tue May 18 11:36:54 1999
+ * 
+ * Defines an alignment file that's open for reading.
+ */
+typedef struct msafile_struct {
+  FILE *f;                      /* open file pointer                         */
+  char *fname;                 /* name of file. used for diagnostic output  */
+  int   linenumber;            /* what line are we on in the file           */
+
+  char *buf;                   /* buffer for line input w/ sre_fgets() */
+  int   buflen;                        /* current allocated length for buf     */
+
+  SSIFILE *ssi;                        /* open SSI index file; or NULL, if none. */
+
+  int   do_gzip;               /* TRUE if f is a pipe from gzip -dc (need pclose(f))  */
+  int   do_stdin;              /* TRUE if f is stdin (don't close f, not our problem) */
+  int   format;                        /* format of alignment file we're reading */
+} MSAFILE;
+
+
+/* Alignment file formats.
+ * Must coexist with sqio.c/squid.h unaligned file format codes.
+ * Rules:
+ *     - 0 is an unknown/unassigned format 
+ *     - <100 reserved for unaligned formats
+ *     - >100 reserved for aligned formats
+ */
+#define MSAFILE_UNKNOWN   0    /* unknown format                          */
+#define MSAFILE_STOCKHOLM 101  /* Pfam/HMMER's Stockholm format           */
+#define MSAFILE_SELEX    102   /* Obsolete(!): old HMMER/SELEX format     */
+#define MSAFILE_MSF      103   /* GCG MSF format                          */
+#define MSAFILE_CLUSTAL          104   /* Clustal V/W format                      */
+#define MSAFILE_A2M      105   /* aligned FASTA (A2M is UCSC terminology) */
+#define MSAFILE_PHYLIP    106  /* Felsenstein's PHYLIP format             */
+#define MSAFILE_EPS       107  /* Encapsulated PostScript (output only)   */
+#ifdef CLUSTALO
+#define MSAFILE_VIENNA    108  /* Vienna: concatenated fasta   */
+#endif
+
+#define IsAlignmentFormat(fmt)  ((fmt) > 100)
+
+
+/* from msa.c
+ */
+extern MSAFILE *MSAFileOpen(char *filename, int format, char *env);
+extern MSA     *MSAFileRead(MSAFILE *afp);
+extern void     MSAFileClose(MSAFILE *afp);
+extern void     MSAFree(MSA *msa);
+extern void     MSAFileWrite(FILE *fp, MSA *msa, int outfmt, int do_oneline);
+
+extern int MSAFileRewind(MSAFILE *afp);
+extern int MSAFilePositionByKey(MSAFILE *afp, char *key);
+extern int MSAFilePositionByIndex(MSAFILE *afp, int idx);
+
+extern int   MSAFileFormat(MSAFILE *afp);
+extern MSA  *MSAAlloc(int nseq, int alen);
+extern void  MSAExpand(MSA *msa);
+extern char *MSAFileGetLine(MSAFILE *afp);
+extern void  MSASetSeqAccession(MSA *msa, int seqidx, char *acc);
+extern void  MSASetSeqDescription(MSA *msa, int seqidx, char *desc);
+extern void  MSAAddComment(MSA *msa, char *s);
+extern void  MSAAddGF(MSA *msa, char *tag, char *value);
+extern void  MSAAddGS(MSA *msa, char *tag, int seqidx, char *value);
+extern void  MSAAppendGC(MSA *msa, char *tag, char *value);
+extern char *MSAGetGC(MSA *msa, char *tag);
+extern void  MSAAppendGR(MSA *msa, char *tag, int seqidx, char *value);
+extern void  MSAVerifyParse(MSA *msa);
+extern int   MSAGetSeqidx(MSA *msa, char *name, int guess);
+
+extern MSA  *MSAFromAINFO(char **aseq, AINFO *ainfo);   
+
+extern void  MSAMingap(MSA *msa);
+extern void  MSANogap(MSA *msa);
+extern void  MSAShorterAlignment(MSA *msa, int *useme);
+extern void  MSASmallerAlignment(MSA *msa, int *useme, MSA **ret_new);
+
+extern char *MSAGetSeqAccession(MSA *msa, int idx);
+extern char *MSAGetSeqDescription(MSA *msa, int idx);
+extern char *MSAGetSeqSS(MSA *msa, int idx);
+extern char *MSAGetSeqSA(MSA *msa, int idx);
+
+extern float MSAAverageSequenceLength(MSA *msa);
+
+/* from a2m.c
+ */
+extern MSA  *ReadA2M(MSAFILE *afp);
+#ifdef CLUSTALO
+extern void  WriteA2M(FILE *fp, MSA *msa, int vienna);
+#else
+extern void  WriteA2M(FILE *fp, MSA *msa);
+#endif
+/* from clustal.c
+ */
+extern MSA  *ReadClustal(MSAFILE *afp);
+extern void  WriteClustal(FILE *fp, MSA *msa);
+
+/* from eps.c
+ */
+extern void EPSWriteSmallMSA(FILE *fp, MSA *msa);
+
+/* from msf.c
+ */
+extern MSA  *ReadMSF(MSAFILE *afp);
+extern void  WriteMSF(FILE *fp, MSA *msa);
+
+/* from phylip.c
+ */
+extern MSA  *ReadPhylip(MSAFILE *afp);
+extern void  WritePhylip(FILE *fp, MSA *msa);
+
+/* from selex.c
+ */
+extern MSA  *ReadSELEX(MSAFILE *afp);
+extern void  WriteSELEX(FILE *fp, MSA *msa);
+extern void  WriteSELEXOneBlock(FILE *fp, MSA *msa);
+
+/* from stockholm.c
+ */
+extern MSA  *ReadStockholm(MSAFILE *afp);
+extern void  WriteStockholm(FILE *fp, MSA *msa);
+extern void  WriteStockholmOneBlock(FILE *fp, MSA *msa);
+
+#endif /*SQUID_MSA_INCLUDED*/
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/msf.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/msf.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..6b59f91
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,388 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* msf.c
+ * SRE, Sun Jul 11 16:17:32 1993
+ * 
+ * Import/export of GCG MSF multiple sequence alignment
+ * formatted files. Designed using format specifications
+ * kindly provided by Steve Smith of Genetics Computer Group.
+ * 
+ * RCS $Id: msf.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: msf.c,v 1.4 2001/04/23 00:35:33 eddy Exp)
+ */
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+#include <ctype.h>
+#include  <time.h>
+#include "squid.h"
+#include "msa.h"
+
+#ifdef TESTDRIVE_MSF
+/*****************************************************************
+ * msf.c test driver: 
+ * cc -DTESTDRIVE_MSF -g -O2 -Wall -o test msf.c msa.c gki.c sqerror.c sre_string.c file.c hsregex.c sre_math.c sre_ctype.c sqio.c alignio.c selex.c interleaved.c types.c -lm
+ * 
+ */
+int
+main(int argc, char **argv)
+{
+  MSAFILE *afp;
+  MSA     *msa;
+  char    *file;
+  
+  file = argv[1];
+
+  if ((afp = MSAFileOpen(file, MSAFILE_STOCKHOLM, NULL)) == NULL)
+    Die("Couldn't open %s\n", file);
+
+  while ((msa = ReadMSF(afp)) != NULL)
+    {
+      WriteMSF(stdout, msa);
+      MSAFree(msa); 
+    }
+  
+  MSAFileClose(afp);
+  exit(0);
+}
+/******************************************************************/
+#endif /* testdrive_msf */
+
+
+
+/* Function: ReadMSF()
+ * Date:     SRE, Tue Jun  1 08:07:22 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Parse an alignment read from an open MSF format
+ *           alignment file. (MSF is a single-alignment format.)
+ *           Return the alignment, or NULL if we've already
+ *           read the alignment.
+ *           
+ * Args:     afp  - open alignment file
+ *
+ * Returns:  MSA * - an alignment object
+ *                   caller responsible for an MSAFree()
+ *           NULL if no more alignments
+ *
+ * Diagnostics: 
+ *           Will Die() here with a (potentially) useful message
+ *           if a parsing error occurs.
+ */
+MSA *
+ReadMSF(MSAFILE *afp)
+{
+  MSA    *msa;
+  char   *s;
+  int     alleged_alen;
+  int     alleged_type;
+  int     alleged_checksum;
+  char   *tok;
+  char   *sp;
+  int     slen;
+  int     sqidx;
+  char   *name;
+  char   *seq;
+
+  if (feof(afp->f)) return NULL;
+  if ((s = MSAFileGetLine(afp)) == NULL) return NULL;
+
+  /* The first line is the header.
+   * This is a new-ish GCG feature. Don't count on it, so
+   * we can be a bit more tolerant towards non-GCG software
+   * generating "MSF" files.
+   */
+  msa = MSAAlloc(10, 0);
+  if      (strncmp(s, "!!AA_MULTIPLE_ALIGNMENT", 23) == 0) {
+    msa->type = kAmino;
+    if ((s = MSAFileGetLine(afp)) == NULL) return NULL;
+  } else if (strncmp(s, "!!NA_MULTIPLE_ALIGNMENT", 23) == 0) {
+    msa->type = kRNA;
+    if ((s = MSAFileGetLine(afp)) == NULL) return NULL;
+  }
+
+  /* Now we're in the free text comment section of the MSF file.
+   * It ends when we see the "MSF: Type: Check: .." line.
+   * This line must be present. 
+   */
+  do
+    {
+      if ((strstr(s, "..") != NULL && strstr(s, "MSF:") != NULL) &&
+         Strparse("^.+MSF: +([0-9]+) +Type: +([PNX]).+Check: +([0-9]+) +\\.\\.", s, 3))
+       {
+         alleged_alen     = atoi(sqd_parse[0]);
+         switch (*(sqd_parse[1])) {
+         case 'N' : alleged_type = kRNA;      break;
+         case 'P' : alleged_type = kAmino;    break;  
+         case 'X' : alleged_type = kOtherSeq; break;
+         default  : alleged_type = kOtherSeq; 
+         }
+         alleged_checksum = atoi(sqd_parse[3]);
+         if (msa->type == kOtherSeq) msa->type = alleged_type;
+         break;                /* we're done with comment section. */
+       }
+      if (! IsBlankline(s)) 
+       MSAAddComment(msa, s);
+    } while ((s = MSAFileGetLine(afp)) != NULL); 
+
+  /* Now we're in the name section.
+   * GCG has a relatively poorly documented feature: only sequences that
+   * appear in this list will be read from the alignment section. Commenting
+   * out sequences in the name list (by preceding them with "!") is
+   * allowed as a means of manually defining subsets of sequences in
+   * the alignment section. We can support this feature reasonably
+   * easily because of the hash table for names in the MSA: we
+   * only add names to the hash table when we see 'em in the name section.
+   */
+  while ((s = MSAFileGetLine(afp)) != NULL) 
+    {
+      while ((*s == ' ' || *s == '\t') && *s) s++; /* skip leading whitespace */
+
+      if      (*s == '\n')   continue;                 /* skip blank lines */
+      else if (*s == '!')    MSAAddComment(msa, s);
+      else if ((sp  = strstr(s, "Name:")) != NULL) 
+       {
+                               /* We take the name and the weigh, and that's it */
+         sp   += 5;
+         tok   = sre_strtok(&sp, " \t", &slen); /* <sequence name> */
+         sqidx = GKIStoreKey(msa->index, tok);
+         if (sqidx >= msa->nseqalloc) MSAExpand(msa);
+         msa->sqname[sqidx] = sre_strdup(tok, slen);
+         msa->nseq++;
+
+         if ((sp = strstr(sp, "Weight:")) == NULL)
+           Die("No Weight: on line %d for %s in name section of MSF file %s\n",
+               afp->linenumber, msa->sqname[sqidx],  afp->fname);
+         sp += 7;
+         tok = sre_strtok(&sp, " \t", &slen);
+         msa->wgt[sqidx] = atof(tok);
+         msa->flags |= MSA_SET_WGT;
+       }
+      else if (strncmp(s, "//", 2) == 0)
+       break;
+      else
+       {
+         Die("Invalid line (probably %d) in name section of MSF file %s:\n%s\n",
+             afp->linenumber, afp->fname, s);
+         squid_errno = SQERR_FORMAT; /* NOT THREADSAFE */
+         return NULL;
+       }
+
+    }
+
+  /* And now we're in the sequence section. 
+   * As discussed above, if we haven't seen a sequence name, then we
+   * don't include the sequence in the alignment.
+   * Also, watch out for coordinate-only lines.
+   */
+  while ((s = MSAFileGetLine(afp)) != NULL) 
+    {
+      sp  = s;
+      if ((name = sre_strtok(&sp, " \t", NULL)) == NULL) continue;
+      if ((seq  = sre_strtok(&sp, "\n",  &slen)) == NULL) continue;
+      
+      /* The test for a coord line: digits starting both fields
+       */
+      if (isdigit(*name) && isdigit(*seq))
+       continue;
+  
+      /* It's not blank, and it's not a coord line: must be sequence
+       */
+      sqidx = GKIKeyIndex(msa->index, name);
+      if (sqidx < 0) continue; /* not a sequence we recognize */
+      
+      msa->sqlen[sqidx] = sre_strcat(&(msa->aseq[sqidx]), msa->sqlen[sqidx], seq, slen); 
+    }
+  
+  /* We've left blanks in the aseqs; take them back out.
+   */
+  for (sqidx = 0; sqidx <  msa->nseq; sqidx++)
+    {
+      if (msa->aseq[sqidx] == NULL)
+       Die("Didn't find a sequence for %s in MSF file %s\n", msa->sqname[sqidx], afp->fname);
+      
+      for (s = sp = msa->aseq[sqidx]; *s != '\0'; s++)
+       {
+         if (*s == ' ' || *s == '\t') {
+           msa->sqlen[sqidx]--;
+         } else {
+           *sp = *s;
+           sp++;
+         }
+       }
+      *sp = '\0';
+    }
+  
+  MSAVerifyParse(msa);         /* verifies, and also sets alen and wgt. */
+  return msa;
+}
+
+
+/* Function: WriteMSF()
+ * Date:     SRE, Mon May 31 11:25:18 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Write an alignment in MSF format to an open file.
+ *
+ * Args:     fp    - file that's open for writing.
+ *           msa   - alignment to write. 
+ *
+ *                   Note that msa->type, usually optional, must be
+ *                   set for WriteMSF to work. If it isn't, a fatal
+ *                   error is generated.
+ *
+ * Returns:  (void)
+ */
+void
+WriteMSF(FILE *fp, MSA *msa)
+{
+  time_t now;                  /* current time as a time_t */
+  char   date[64];             /* today's date in GCG's format "October 3, 1996 15:57" */
+  char **gcg_aseq;              /* aligned sequences with gaps converted to GCG format */
+  char **gcg_sqname;           /* sequence names with GCG-valid character sets */
+  int    idx;                  /* counter for sequences         */
+  char  *s;                     /* pointer into sqname or seq    */
+  int    len;                  /* tmp variable for name lengths */
+  int    namelen;              /* maximum name length used      */
+  int    pos;                  /* position counter              */
+  char   buffer[51];           /* buffer for writing seq        */
+  int    i;                    /* another position counter */
+
+  /*****************************************************************
+   * Make copies of sequence names and sequences.
+   *   GCG recommends that name characters should only contain
+   *   alphanumeric characters, -, or _
+   *   Some GCG and GCG-compatible software is sensitive to this.
+   *   We silently convert all other characters to '_'.
+   *   
+   *   For sequences, GCG allows only ~ and . for gaps.
+   *   Otherwise, everthing is interpreted as a residue;
+   *   so squid's IUPAC-restricted chars are fine. ~ means
+   *   an external gap. . means an internal gap.
+   *****************************************************************/ 
+   
+                               /* make copies that we can edit */
+   gcg_aseq   = MallocOrDie(sizeof(char *) * msa->nseq);
+   gcg_sqname = MallocOrDie(sizeof(char *) * msa->nseq);
+   for (idx = 0; idx < msa->nseq; idx++)
+     {
+       gcg_aseq[idx]   = sre_strdup(msa->aseq[idx],   msa->alen);
+       gcg_sqname[idx] = sre_strdup(msa->sqname[idx], -1);
+     }
+                               /* alter names as needed  */
+   for (idx = 0; idx < msa->nseq; idx++)
+     for (s = gcg_sqname[idx]; *s != '\0'; s++)
+       if (! isalnum((int) *s) && *s != '-' && *s != '_')
+        *s = '_';
+                               /* alter gap chars in seq  */
+   for (idx = 0; idx < msa->nseq; idx++)
+     {
+       for (s = gcg_aseq[idx]; *s != '\0' && isgap(*s); s++)
+        *s = '~';
+       for (; *s != '\0'; s++)
+        if (isgap(*s)) *s = '.';
+       for (pos = msa->alen-1; pos > 0 && isgap(gcg_aseq[idx][pos]); pos--)
+        gcg_aseq[idx][pos] = '~';
+     }
+                               /* calculate max namelen used */
+  namelen = 0;
+  for (idx = 0; idx < msa->nseq; idx++)
+    if ((len = strlen(msa->sqname[idx])) > namelen) 
+      namelen = len;
+
+  /*****************************************************
+   * Write the MSF header
+   *****************************************************/
+                               /* required file type line */
+  if (msa->type == kOtherSeq)
+    msa->type = GuessAlignmentSeqtype(msa->aseq, msa->nseq);
+
+  if      (msa->type == kRNA)   fprintf(fp, "!!NA_MULTIPLE_ALIGNMENT 1.0\n");
+  else if (msa->type == kDNA)   fprintf(fp, "!!NA_MULTIPLE_ALIGNMENT 1.0\n");
+  else if (msa->type == kAmino) fprintf(fp, "!!AA_MULTIPLE_ALIGNMENT 1.0\n");
+  else if (msa->type == kOtherSeq) 
+    Die("WriteMSF(): couldn't guess whether that alignment is RNA or protein.\n"); 
+  else    
+    Die("Invalid sequence type %d in WriteMSF()\n", msa->type); 
+
+                               /* free text comments */
+  if (msa->ncomment > 0)
+    {
+      for (idx = 0; idx < msa->ncomment; idx++)
+       fprintf(fp, "%s\n", msa->comment[idx]);
+      fprintf(fp, "\n");
+    }
+                               /* required checksum line */
+  now = time(NULL);
+  if (strftime(date, 64, "%B %d, %Y %H:%M", localtime(&now)) == 0)
+    Die("What time is it on earth? strftime() failed in WriteMSF().\n");
+  fprintf(fp, " %s  MSF: %d  Type: %c  %s  Check: %d  ..\n", 
+         msa->name != NULL ? msa->name : "squid.msf",
+         msa->alen,
+         msa->type == kRNA ? 'N' : 'P',
+         date,
+         GCGMultchecksum(gcg_aseq, msa->nseq));
+  fprintf(fp, "\n");
+
+  /*****************************************************
+   * Names/weights section
+   *****************************************************/
+
+  for (idx = 0; idx < msa->nseq; idx++)
+    {
+      fprintf(fp, " Name: %-*.*s  Len:  %5d  Check: %4d  Weight: %.2f\n",
+             namelen, namelen,
+             gcg_sqname[idx],
+             msa->alen,
+             GCGchecksum(gcg_aseq[idx], msa->alen),
+             msa->wgt[idx]);
+    }
+  fprintf(fp, "\n");
+  fprintf(fp, "//\n");
+
+  /*****************************************************
+   * Write the sequences
+   *****************************************************/
+
+  for (pos = 0; pos < msa->alen; pos += 50)
+    {
+      fprintf(fp, "\n");       /* Blank line between sequence blocks */
+
+                               /* Coordinate line */
+      len = (pos + 50) > msa->alen ? msa->alen - pos : 50;
+      if (len > 10)
+       fprintf(fp, "%*s  %-6d%*s%6d\n", namelen, "", 
+               pos+1,
+               len + ((len-1)/10) - 12, "",
+               pos + len);
+      else
+       fprintf(fp, "%*s  %-6d\n", namelen, "", pos+1);
+
+      for (idx = 0; idx < msa->nseq; idx++)
+       {
+         fprintf(fp, "%-*s ", namelen, gcg_sqname[idx]);
+                               /* get next line's worth of 50 from seq */
+         strncpy(buffer, gcg_aseq[idx] + pos, 50);
+         buffer[50] = '\0';
+                               /* draw the sequence line */
+         for (i = 0; i < len; i++)
+           {
+             if (! (i % 10)) fputc(' ', fp);
+             fputc(buffer[i], fp);
+           }
+         fputc('\n', fp);
+       }
+    }
+
+  Free2DArray((void **) gcg_aseq,   msa->nseq);
+  Free2DArray((void **) gcg_sqname, msa->nseq);
+  return;
+}
+
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/phylip.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/phylip.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..9b01e92
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,173 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* phylip.c
+ * SRE, Mon Jun 14 14:08:33 1999 [St. Louis]
+ * 
+ * Import/export of PHYLIP interleaved multiple sequence alignment
+ * format files.
+ * 
+ * RCS $Id: phylip.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: phylip.c,v 1.1 1999/07/15 22:29:20 eddy Exp)
+ */
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+#include <ctype.h>
+#include "squid.h"
+#include "msa.h"
+
+#ifdef TESTDRIVE_PHYLIP
+/*****************************************************************
+ * phylip.c test driver:
+ * 
+ */
+int 
+main(int argc, char **argv)
+{
+  MSAFILE *afp;
+  MSA     *msa;
+  char    *file;
+  
+  file = argv[1];
+
+  if ((afp = MSAFileOpen(file, MSAFILE_UNKNOWN, NULL)) == NULL)
+    Die("Couldn't open %s\n", file);
+
+  printf("format %d\n", afp->format);
+
+  while ((msa = ReadPhylip(afp)) != NULL)
+    {
+      WritePhylip(stdout, msa);
+      MSAFree(msa); 
+    }
+  
+  MSAFileClose(afp);
+  exit(0);
+}
+/******************************************************************/
+#endif /* testdrive_phylip */
+
+
+
+/* Function: ReadPhylip()
+ * Date:     SRE, Fri Jun 18 12:59:37 1999 [Sanger Centre]
+ *
+ * Purpose:  Parse an alignment from an open Phylip format
+ *           alignment file. Phylip is a single-alignment format.
+ *           Return the alignment, or NULL if we have no data.
+ *
+ * Args:     afp - open alignment file
+ *
+ * Returns:  MSA * - an alignment object
+ *                   Caller responsible for an MSAFree()
+ *           NULL if no more alignments        
+ */
+MSA *
+ReadPhylip(MSAFILE *afp)
+{
+  MSA  *msa;
+  char *s, *s1, *s2;
+  char  name[11];              /* seq name max len = 10 char */
+  int   nseq, alen;
+  int   idx;                   /* index of current sequence */
+  int   slen;
+  int   nblock;
+  
+  if (feof(afp->f)) return NULL;
+
+  /* Skip until we see a nonblank line; it's the header,
+   * containing nseq/alen
+   */
+  nseq = 0; alen = 0;
+  while ((s = MSAFileGetLine(afp)) != NULL)
+    {
+      if ((s1 = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL)) == NULL) continue;
+      if ((s2 = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL)) == NULL)
+       Die("Failed to parse nseq/alen from first line of PHYLIP file %s\n", afp->fname);
+      if (! IsInt(s1) || ! IsInt(s2))
+       Die("nseq and/or alen not an integer in first line of PHYLIP file %s\n", afp->fname);
+      nseq = atoi(s1);
+      alen = atoi(s2);
+      break;
+    }
+
+  msa = MSAAlloc(nseq, 0);
+  idx    = 0;
+  nblock = 0;
+  while ((s = MSAFileGetLine(afp)) != NULL) 
+    {
+      /* ignore blank lines. nonblank lines start w/ nonblank char */
+      if (isspace(*s)) continue;
+                               /* First block has seq names */
+      if (nblock == 0) {
+       strncpy(name, s, 10);
+       name[10] = '\0';
+       GKIStoreKey(msa->index, name);
+       msa->sqname[idx] = sre_strdup(name, -1);
+       s += 10;                
+      }
+                               /* be careful of trailing whitespace on lines */
+      if ((s1 = sre_strtok(&s, WHITESPACE, &slen)) == NULL)
+       Die("Failed to parse sequence at line %d of PHYLIP file %s\n", 
+           afp->linenumber, afp->fname);
+      msa->sqlen[idx] = sre_strcat(&(msa->aseq[idx]), msa->sqlen[idx], s1, slen);
+
+      idx++;
+      if (idx == nseq) { idx = 0; nblock++; }
+    }
+  msa->nseq = nseq;
+  MSAVerifyParse(msa);         /* verifies; sets alen, wgt; frees sqlen[] */
+  return msa;
+}
+
+
+
+/* Function: WritePhylip()
+ * Date:     SRE, Fri Jun 18 12:07:41 1999 [Sanger Centre]
+ *
+ * Purpose:  Write an alignment in Phylip format to an open file.
+ *
+ * Args:     fp    - file that's open for writing.
+ *           msa   - alignment to write. 
+ *
+ * Returns:  (void)
+ */
+void
+WritePhylip(FILE *fp, MSA *msa)
+{
+  int    idx;                  /* counter for sequences         */
+  int    cpl = 50;             /* 50 seq char per line          */
+  char   buf[51];              /* buffer for writing seq        */
+  int    pos;
+
+  /* First line has nseq, alen
+   */
+  fprintf(fp, " %d  %d\n", msa->nseq, msa->alen);
+
+  /* Alignment section.
+   * PHYLIP is a multiblock format, blocks (optionally) separated
+   * by blanks; names only attached to first block. Names are
+   * restricted to ten char; we achieve this by simple truncation (!).
+   * (Do we need to convert gap characters from our ./- convention?)
+   */
+  for (pos = 0; pos < msa->alen; pos += cpl)
+    {
+      if (pos > 0) fprintf(fp, "\n");
+
+      for (idx = 0; idx < msa->nseq; idx++)
+       {
+         strncpy(buf, msa->aseq[idx] + pos, cpl);
+         buf[cpl] = '\0';            
+         if (pos > 0) fprintf(fp, "%s\n", buf);
+         else         fprintf(fp, "%-10.10s%s\n", msa->sqname[idx], buf);
+       }
+    }
+  return;
+}
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/revcomp.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/revcomp.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..fed4981
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,87 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* revcomp.c
+ * 
+ * Reverse complement of a IUPAC character string
+ * RCS $Id: revcomp.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: revcomp.c,v 1.5 2002/06/25 20:06:06 eddy Exp)
+ */
+
+#include <stdio.h>
+#include <string.h>
+#include <ctype.h>
+#include "squid.h"
+
+/* Function: revcomp()
+ *
+ * Purpose:  Reverse complement seq; store in comp.
+ *           Can revcomp "in place" (revcomp(seq, seq)).
+ *
+ * Args:     comp  - destination for reverse complement of seq
+ *           seq   - sequence to reverse complement
+ *
+ * Returns:  NULL on failure; or a (useless) pointer to comp.
+ */
+char *
+revcomp(char *comp, char *seq)
+{
+  char *s;
+  char  c;
+
+  if (comp == NULL) return NULL;
+  if (seq == NULL)  return NULL;
+
+  StrReverse(comp, seq);
+  for (s = comp; *s != '\0'; s++)
+    {
+      c = *s;
+      c = sre_toupper(c);
+      switch (c) {
+      case 'A': c = 'T'; break;
+      case 'C': c = 'G'; break;
+      case 'G': c = 'C'; break;
+      case 'T': c = 'A'; break;
+      case 'U': c = 'A'; break;
+      case 'R': c = 'Y'; break;
+      case 'Y': c = 'R'; break;
+      case 'M': c = 'K'; break;
+      case 'K': c = 'M'; break;
+      case 'S': c = 'S'; break;
+      case 'W': c = 'W'; break;
+      case 'H': c = 'D'; break;
+      case 'D': c = 'H'; break;
+      case 'B': c = 'V'; break;
+      case 'V': c = 'B'; break;
+      default:  break;         /* anything else? leave it; it's prob a gap or an X */
+      }
+      if (islower((int) *s)) c = (char) sre_tolower((int) c);
+      *s = c;
+    }
+  return comp;
+}
+  
+#ifdef REVCOMP_TESTDRIVER
+/* gcc -g -DREVCOMP_TESTDRIVER revcomp.c sre_string.c shuffle.c sre_math.c sre_ctype.c sqerror.c -lm
+*/
+int
+main(void)
+{
+  float p[4]     = {0.25, 0.25, 0.25, 0.25};
+  char *alphabet = "ACGT";
+  int   len      = 10;
+  char *seq;
+
+  seq = RandomSequence(alphabet, p, 4, len);
+  printf("%s\n", seq);
+  revcomp(seq, seq);
+  printf("%s\n", seq);
+  free(seq);
+  exit(0);
+}
+#endif
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/rk.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/rk.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..e731393
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,133 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* rk.c (originally from rnabob's patsearch.c)
+ * 
+ * Contains a compiler and a search engine for Rabin-Karp
+ * based primary sequence pattern searching on encoded
+ * sequences.
+ * 
+ * See Sedgewick, _Algorithms_, for a general discussion of
+ * the Rabin-Karp algorithm. See the rkcomp or rkexec man
+ * pages for specific details.
+ * 
+ * RCS $Id: rk.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: rk.c,v 1.2 1998/10/09 18:07:16 eddy Exp)
+ */
+
+#include <stdio.h>
+#include <string.h>
+#include <ctype.h>
+#include "squid.h"             /* seq encoding utilities and typedefs */
+#include "rk.h"
+
+
+#ifdef MEMDEBUG
+#include "dbmalloc.h"
+#endif
+
+Hashseq
+rkcomp(char *probe)               /* A,C,G,T/U, N probe string, 0-8 nt long */
+{
+  Hashseq hashprobe = 0;
+  char    coded[RK_HASHSIZE + 1];
+  int     len;
+  int     i;
+                               /* check bounds violation on probe */
+  if ((len =  strlen(probe)) > RK_HASHSIZE) return 0;
+                               /* encode the probe */
+  if (seqencode(coded, probe) == 0) return 0;
+                               /* pack the probe into a Hashseq */
+  for (i = 0; i < len; i++)
+    {
+      hashprobe <<= 4;
+      hashprobe |= (Hashseq) coded[i];
+    }
+                               /* left adjust as needed */
+  for (; i < RK_HASHSIZE; i++)
+    {
+      hashprobe <<= 4;
+      hashprobe |= (Hashseq) NTN;
+    }
+                               /* return the compiled probe */
+  return hashprobe;
+}
+  
+int
+rkseq(Hashseq   hashprobe,     /* up to 8 nt packed into the probe */
+      char     *sequence)       /* encoded sequence                 */
+{
+  long     i;
+  long     pos = 0;
+  Hashseq  target = 0;
+  
+                               /* initialize the target hashseq */
+  for (i = 0; i < RK_HASHSIZE; i++)
+    {
+      if (*(sequence + i) == NTEND)
+       break;
+      target <<= 4;
+      target |=  (Hashseq) (*(sequence + i));
+    }
+
+  while (*(sequence + pos + RK_HASHSIZE -1) != NTEND)
+    {
+#ifdef DEBUG
+      printf("hashprobe: ");
+      writehash(hashprobe);
+      printf("\ttarget: ");
+      writehash(target);
+      printf("\nhashprobe & target: ");
+      writehash(hashprobe & target);
+      printf("\n");
+#endif
+      if ((hashprobe & target) == target)
+       return ((int) pos);
+      target <<= 4;
+      target |=  (Hashseq) (*(sequence + pos + RK_HASHSIZE));
+      pos++;
+    }
+                               /* now we deal with an end effect */
+  for (i = 0; i < RK_HASHSIZE; i++)
+    {
+      target |= (Hashseq) NTN;
+      if ((hashprobe & target) == target)
+       return ((int) pos);
+      target <<=4;
+      pos++;
+    }
+
+  return(-1);
+}
+
+
+#ifdef DEBUG                   /* Debugging aids */
+
+static void
+writehash(Hashseq   hashseq)
+{
+  int idx;
+  int sym;
+
+  if (hashseq/16)
+    writehash(hashseq/16);
+  
+  sym = (int) (hashseq % 16);
+  if (sym == 0)
+    putchar('-');
+  else
+    {
+      for (idx = 0; sym != iupac[idx].code && idx < IUPACSYMNUM; idx++);
+      if (idx > IUPACSYMNUM)
+        printf("(%d)", sym);
+      else
+        putchar(iupac[idx].sym);
+    }
+}
+
+#endif
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/rk.h b/binaries/src/clustalo/src/squid/rk.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..42e0375
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,39 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+#ifndef SQRKH_INCLUDED
+#define SQRKH_INCLUDED
+
+/* rk.h
+ * 
+ * Header file for Rabin-Karp pattern searching on encoded
+ * sequence strings.
+ * 
+ * Sean Eddy, Thu Oct  1 11:45:42 1992
+ * RCS $Id: rk.h 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: rk.h,v 1.2 1998/10/09 18:07:16 eddy Exp)
+ */
+
+
+                               /* expect 32 bits for 8 nt */
+typedef unsigned long Hashseq;
+                               /* but we count to be sure...
+                                  RK_HASHSIZE is the number of nt that fit
+                                  in one probe */
+#define RK_HASHSIZE  (sizeof(Hashseq)*2)
+                               /* empirically, how many nt minimum we require
+                                  in a pattern before we abandon rk and
+                                  go with something else */
+#define RK_REQUIRE    4
+
+extern int rkseq(Hashseq hashprobe, char *sequence);
+extern Hashseq rkcomp(char *probe);    /* compile a Hashseq from a pattern */
+
+
+
+#endif /* SQRKH_INCLUDED */
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/selex.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/selex.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..92cb1d2
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,833 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* selex.c 
+ * 
+ * SRE, Mon Jun 14 11:08:38 1999
+ * SELEX  obsolete as the preferred HMMER/SQUID format
+ * replaced by Stockholm format
+ * selex support retained for backwards compatibility
+ * kludged to use the MSA interface
+ * 
+ * SRE, Mon Jan 30 14:41:49 1995:
+ * #=SA side chain % surface accessibility annotation supported
+ * 
+ * SRE, Tue Nov  9 17:40:50 1993: 
+ * major revision. #= special comments and aliinfo_s optional
+ * alignment info support added. Support for #=CS (consensus
+ * secondary structure), #=SS (individual secondary structure),
+ * #=RF (reference coordinate system), #=SQ (per-sequence header info),
+ * and #=AU ("author") added.
+ *
+ * Fri Dec  4 17:43:24 1992, SRE:
+ * Reading and writing aligned sequences to/from disk files.
+ * Implements a new, broader specification of SELEX format
+ * and supercedes alignio.c.
+ *
+ * SELEX format is documented in Docs/formats.tex.
+ ****************************************************************************
+ * RCS $Id: selex.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: selex.c,v 1.11 2002/10/12 04:40:35 eddy Exp)
+ */
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+#include <ctype.h>
+#include <memory.h>
+#include "squid.h"
+#include "msa.h"
+
+static int  copy_alignment_line(char *aseq, int apos, int name_rcol, 
+                               char *buffer, int lcol, int rcol, char gapsym);
+static void actually_write_selex(FILE *fp, MSA *msa, int cpl);
+
+static char commentsyms[] = "%#";
+
+/* Function: ReadSELEX()
+ * Date:     SRE, Sun Jun  6 18:24:09 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Parse an alignment read from an open SELEX format
+ *           alignment file. (SELEX is a single alignment format).
+ *           Return the alignment, or NULL if we've already read the
+ *           alignment or there's no alignment data in the file.
+ *           
+ * Limitations: SELEX is the only remaining multipass parser for
+ *           alignment files. It cannot read from gzip or from stdin.
+ *           It Die()'s here if you try. The reason for this
+ *           that SELEX allows space characters as gaps, so we don't
+ *           know the borders of an alignment block until we've seen
+ *           the whole block. I could rewrite to allow single-pass
+ *           parsing (by storing the whole block in memory) but
+ *           since SELEX is now legacy, why bother.
+ *           
+ *           Note that the interface is totally kludged: fastest
+ *           possible adaptation of old ReadSELEX() to the new
+ *           MSA interface.  
+ *
+ * Args:     afp  - open alignment file
+ *
+ * Returns:  MSA *  - an alignment object
+ *                    caller responsible for an MSAFree()
+ *           NULL if no alignment data.          
+ */
+MSA *
+ReadSELEX(MSAFILE *afp)
+{
+  MSA     *msa;                 /* RETURN: mult seq alignment   */
+  FILE    *fp;                  /* ptr to opened seqfile        */
+  char   **aseqs;               /* aligned seqs                 */
+  int      num = 0;            /* number of seqs read          */
+  char     buffer[LINEBUFLEN]; /* input buffer for lines       */
+  char     bufcpy[LINEBUFLEN]; /* strtok'able copy of buffer   */
+  struct block_struc {          /** alignment data for a block: */
+    int lcol;                  /* furthest left aligned sym    */
+    int rcol;                  /* furthest right aligned sym   */
+  } *blocks = NULL;
+  int      blocknum;           /* number of blocks in file     */
+  char    *nptr;                /* ptr to start of name on line */
+  char    *sptr;                /* ptr into sequence on line    */
+  int      currnum;            /* num. seqs in given block     */
+  int      currblock;          /* index for blocks             */
+  int      i;                  /* loop counter                 */
+  int      seqidx;             /* counter for seqs             */
+  int      alen;                /* length of alignment          */
+  int      warn_names;          /* becomes TRUE if names don't match between blocks */
+  int      headnum;            /* seqidx in per-sequence header info */
+  int      currlen;
+  int      count;
+  int      have_cs = 0;
+  int      have_rf = 0;
+  AINFO    base_ainfo, *ainfo; /* hack: used to be passed ptr to AINFO */
+
+
+  /* Convert from MSA interface to what old ReadSELEX() did:
+   *     - copy our open fp, rather than opening file
+   *     - verify that we're not reading a gzip or stdin
+   */
+  if (feof(afp->f)) return NULL;
+  if (afp->do_gzip || afp->do_stdin)
+    Die("Can't read a SELEX format alignment from a pipe, stdin, or gzip'ed file"); 
+  fp    = afp->f;
+  ainfo = &base_ainfo;
+
+  /***************************************************
+   * First pass across file. 
+   * Count seqs, get names, determine column info
+   * Determine what sorts of info are active in this file.
+   ***************************************************/
+
+  InitAinfo(ainfo);
+                               /* get first line of the block 
+                                * (non-comment, non-blank) */
+  do
+    {
+      if (fgets(buffer, LINEBUFLEN, fp) == NULL)
+       { squid_errno = SQERR_NODATA; return 0; }
+      strcpy(bufcpy, buffer);
+      if (*buffer == '#')
+       {
+         if      (strncmp(buffer, "#=CS",    4) == 0) have_cs = 1;
+         else if (strncmp(buffer, "#=RF",    4) == 0) have_rf = 1;
+       }
+    }
+  while ((nptr = strtok(bufcpy, WHITESPACE)) == NULL || 
+        (strchr(commentsyms, *nptr) != NULL));
+
+  blocknum   = 0;
+  warn_names = FALSE;
+  while (!feof(fp))
+    {
+                               /* allocate for info about this block. */
+      if (blocknum == 0)
+       blocks = (struct block_struc *) MallocOrDie (sizeof(struct block_struc));
+      else 
+       blocks = (struct block_struc *) ReallocOrDie (blocks, (blocknum+1) * sizeof(struct block_struc));
+      blocks[blocknum].lcol = LINEBUFLEN+1;
+      blocks[blocknum].rcol = -1;
+       
+      currnum = 0;
+      while (nptr != NULL)     /* becomes NULL when this block ends. */
+      {
+                               /* First block only: save names */
+       if (blocknum == 0)
+         {
+           if (currnum == 0)
+             ainfo->sqinfo = (SQINFO *) MallocOrDie (sizeof(SQINFO));
+           else 
+             ainfo->sqinfo = (SQINFO *) ReallocOrDie (ainfo->sqinfo, (currnum + 1) * sizeof(SQINFO));
+
+           ainfo->sqinfo[currnum].flags = 0;
+           SetSeqinfoString(&(ainfo->sqinfo[currnum]), nptr, SQINFO_NAME);
+         }
+       else                    /* in each additional block: check names */
+         {
+           if (strcmp(ainfo->sqinfo[currnum].name, nptr) != 0)
+             warn_names = TRUE;
+         }
+       currnum++;
+
+                               /* check rcol, lcol */
+       if ((sptr = strtok(NULL, WHITESPACE)) != NULL)
+         {
+                               /* is this the furthest left we've
+                                  seen word 2 in this block? */
+           if (sptr - bufcpy < blocks[blocknum].lcol) 
+             blocks[blocknum].lcol = sptr - bufcpy;
+                               /* look for right side in buffer */
+           for (sptr = buffer + strlen(buffer) - 1;  
+                strchr(WHITESPACE, *sptr) != NULL;
+                sptr --)
+             /* do nothing */ ;
+           if (sptr - buffer > blocks[blocknum].rcol)
+             blocks[blocknum].rcol = sptr - buffer;
+         }
+
+                               /* get the next line; blank line means end of block */
+       do
+         {
+           if (fgets(buffer, LINEBUFLEN, fp) == NULL) 
+             { nptr = NULL; break; }
+           strcpy(bufcpy, buffer);
+
+           if      (strncmp(buffer, "#=SS",    4) == 0) ainfo->sqinfo[currnum-1].flags |= SQINFO_SS;
+           else if (strncmp(buffer, "#=SA",    4) == 0) ainfo->sqinfo[currnum-1].flags |= SQINFO_SA;
+           else if (strncmp(buffer, "#=CS",    4) == 0) have_cs = 1;
+           else if (strncmp(buffer, "#=RF",    4) == 0) have_rf = 1;
+
+           if ((nptr = strtok(bufcpy, WHITESPACE)) == NULL) 
+             break;
+         } while (strchr(commentsyms, *nptr) != NULL);
+      }
+
+
+                               /* check that number of sequences matches expected */
+      if (blocknum == 0)
+       num = currnum;
+      else if (currnum != num)
+       Die("Parse error in ReadSELEX()");
+      blocknum++;
+
+                               /* get first line of next block 
+                                * (non-comment, non-blank) */
+      do
+       {
+         if (fgets(buffer, LINEBUFLEN, fp) == NULL) { nptr = NULL; break; }
+         strcpy(bufcpy, buffer);
+       }
+      while ((nptr = strtok(bufcpy, WHITESPACE)) == NULL || 
+            (strchr(commentsyms, *nptr) != NULL));
+    }
+
+  
+  /***************************************************
+   * Get ready for second pass:
+   *   figure out the length of the alignment
+   *   malloc space
+   *   rewind the file
+   ***************************************************/
+
+  alen = 0;
+  for (currblock = 0; currblock < blocknum; currblock++)
+    alen += blocks[currblock].rcol - blocks[currblock].lcol + 1;
+
+  rewind(fp);
+
+  /* allocations. we can't use AllocateAlignment because of
+   * the way we already used ainfo->sqinfo.
+   */
+  aseqs     = (char **) MallocOrDie (num * sizeof(char *));
+  if (have_cs) 
+    ainfo->cs = (char *) MallocOrDie ((alen+1) * sizeof(char));
+  if (have_rf) 
+    ainfo->rf = (char *) MallocOrDie ((alen+1) * sizeof(char));
+
+  
+  
+  for (i = 0; i < num; i++)
+    {
+      aseqs[i]     = (char *) MallocOrDie ((alen+1) * sizeof(char));
+      if (ainfo->sqinfo[i].flags & SQINFO_SS)
+       ainfo->sqinfo[i].ss = (char *) MallocOrDie ((alen+1) * sizeof(char));
+      if (ainfo->sqinfo[i].flags & SQINFO_SA)
+       ainfo->sqinfo[i].sa = (char *) MallocOrDie ((alen+1) * sizeof(char));
+    }
+  
+  ainfo->alen = alen;
+  ainfo->nseq = num; 
+  ainfo->wgt  = (float *) MallocOrDie (sizeof(float) * num);
+  FSet(ainfo->wgt, num, 1.0);
+
+  /***************************************************
+   * Second pass across file. Parse header; assemble sequences
+   ***************************************************/
+  /* We've now made a complete first pass over the file. We know how
+   * many blocks it contains, we know the number of seqs in the first
+   * block, and we know every block has the same number of blocks;
+   * so we can be a bit more cavalier about error-checking as we
+   * make the second pass.
+   */
+
+  /* Look for header
+   */
+  headnum = 0;
+  for (;;)
+    {
+      if (fgets(buffer, LINEBUFLEN, fp) == NULL)
+       Die("Parse error in ReadSELEX()");
+      strcpy(bufcpy, buffer);
+      if ((nptr = strtok(bufcpy, WHITESPACE)) == NULL) continue; /* skip blank lines */
+
+      if (strcmp(nptr, "#=AU") == 0  && (sptr = strtok(NULL, "\n")) != NULL)
+       ainfo->au = Strdup(sptr);
+      else if (strcmp(nptr, "#=ID") == 0 && (sptr = strtok(NULL, "\n")) != NULL)
+       ainfo->name = Strdup(sptr);
+      else if (strcmp(nptr, "#=AC") == 0 && (sptr = strtok(NULL, "\n")) != NULL)
+       ainfo->acc  = Strdup(sptr);
+      else if (strcmp(nptr, "#=DE") == 0 && (sptr = strtok(NULL, "\n")) != NULL)
+       ainfo->desc = Strdup(sptr);
+      else if (strcmp(nptr, "#=GA") == 0)
+       {
+         if ((sptr = strtok(NULL, WHITESPACE)) == NULL) 
+           Die("Parse error in #=GA line in ReadSELEX()");
+         ainfo->ga1 = atof(sptr);
+
+         if ((sptr = strtok(NULL, WHITESPACE)) == NULL) 
+           Die("Parse error in #=GA line in ReadSELEX()");
+         ainfo->ga2 = atof(sptr);
+
+         ainfo->flags |= AINFO_GA;
+       }
+      else if (strcmp(nptr, "#=TC") == 0)
+       {
+         if ((sptr = strtok(NULL, WHITESPACE)) == NULL) 
+           Die("Parse error in #=TC line in ReadSELEX()");
+         ainfo->tc1 = atof(sptr);
+
+         if ((sptr = strtok(NULL, WHITESPACE)) == NULL) 
+           Die("Parse error in #=TC line in ReadSELEX()");
+         ainfo->tc2 = atof(sptr);
+
+         ainfo->flags |= AINFO_TC;
+       }
+      else if (strcmp(nptr, "#=NC") == 0)
+       {
+         if ((sptr = strtok(NULL, WHITESPACE)) == NULL) 
+           Die("Parse error in #=NC line in ReadSELEX()");
+         ainfo->nc1 = atof(sptr);
+
+         if ((sptr = strtok(NULL, WHITESPACE)) == NULL) 
+           Die("Parse error in #=NC line in ReadSELEX()");
+         ainfo->nc2 = atof(sptr);
+
+         ainfo->flags |= AINFO_NC;
+       }
+      else if (strcmp(nptr, "#=SQ") == 0)      /* per-sequence header info */
+       {
+                               /* first field is the name */
+         if ((sptr = strtok(NULL, WHITESPACE)) == NULL)
+           Die("Parse error in #=SQ line in ReadSELEX()");
+         if (strcmp(sptr, ainfo->sqinfo[headnum].name) != 0) warn_names = TRUE;
+
+                               /* second field is the weight */
+         if ((sptr = strtok(NULL, WHITESPACE)) == NULL)
+           Die("Parse error in #=SQ line in ReadSELEX()");
+         if (!IsReal(sptr)) 
+           Die("Parse error in #=SQ line in ReadSELEX(): weight is not a number");
+         ainfo->wgt[headnum] = atof(sptr);
+
+                               /* third field is database source id */
+         if ((sptr = strtok(NULL, WHITESPACE)) == NULL)
+           Die("Parse error in #=SQ line in ReadSELEX(): incomplete line");
+         SetSeqinfoString(&(ainfo->sqinfo[headnum]), sptr, SQINFO_ID);
+
+                               /* fourth field is database accession number */
+         if ((sptr = strtok(NULL, WHITESPACE)) == NULL)
+           Die("Parse error in #=SQ line in ReadSELEX(): incomplete line");
+         SetSeqinfoString(&(ainfo->sqinfo[headnum]), sptr, SQINFO_ACC);
+
+                               /* fifth field is start..stop::olen */
+         if ((sptr = strtok(NULL, ".:")) == NULL)
+           Die("Parse error in #=SQ line in ReadSELEX(): incomplete line");
+         SetSeqinfoString(&(ainfo->sqinfo[headnum]), sptr, SQINFO_START);
+
+         if ((sptr = strtok(NULL, ".:")) == NULL)
+           Die("Parse error in #=SQ line in ReadSELEX(): incomplete line");
+         SetSeqinfoString(&(ainfo->sqinfo[headnum]), sptr, SQINFO_STOP);
+         
+         if ((sptr = strtok(NULL, ":\t ")) == NULL)
+           Die("Parse error in #=SQ line in ReadSELEX(): incomplete line");
+         SetSeqinfoString(&(ainfo->sqinfo[headnum]), sptr, SQINFO_OLEN);
+
+                               /* rest of line is optional description */
+         if ((sptr = strtok(NULL, "\n")) != NULL)
+           SetSeqinfoString(&(ainfo->sqinfo[headnum]), sptr, SQINFO_DESC);
+         
+         headnum++;
+       }
+      else if (strcmp(nptr, "#=CS") == 0) break;
+      else if (strcmp(nptr, "#=RF") == 0) break;
+      else if (strchr(commentsyms, *nptr) == NULL) break; /* non-comment, non-header */
+    }
+  
+
+  currlen = 0;
+  for (currblock = 0 ; currblock < blocknum; currblock++)
+    {
+                               /* parse the block */
+      seqidx = 0;
+      while (nptr != NULL)
+       {
+                               /* Consensus structure */
+         if (strcmp(nptr, "#=CS") == 0)
+           {
+             if (! copy_alignment_line(ainfo->cs, currlen, strlen(nptr)-1, 
+                                       buffer, blocks[currblock].lcol, blocks[currblock].rcol, (char) '.'))
+               Die("Parse error in #=CS line in ReadSELEX()");
+           }
+
+                               /* Reference coordinates */
+         else if (strcmp(nptr, "#=RF") == 0)
+           {
+             if (! copy_alignment_line(ainfo->rf, currlen, strlen(nptr)-1, 
+                                       buffer, blocks[currblock].lcol, blocks[currblock].rcol, (char) '.'))
+               Die("Parse error in #=RF line in ReadSELEX()");
+           }
+                               /* Individual secondary structure */
+         else if (strcmp(nptr, "#=SS") == 0)
+           {
+             if (! copy_alignment_line(ainfo->sqinfo[seqidx-1].ss, currlen, strlen(nptr)-1,
+                                       buffer, blocks[currblock].lcol, 
+                                       blocks[currblock].rcol, (char) '.'))
+               Die("Parse error in #=SS line in ReadSELEX()");
+           }
+
+                               /* Side chain % surface accessibility code */
+         else if (strcmp(nptr, "#=SA") == 0)
+           {
+             if (! copy_alignment_line(ainfo->sqinfo[seqidx-1].sa, currlen, strlen(nptr)-1,
+                                       buffer, blocks[currblock].lcol, 
+                                       blocks[currblock].rcol, (char) '.'))
+               Die("Parse error in #=SA line in ReadSELEX()");
+           }
+                               /* Aligned sequence; avoid unparsed machine comments */
+         else if (strncmp(nptr, "#=", 2) != 0)
+           {
+             if (! copy_alignment_line(aseqs[seqidx], currlen, strlen(nptr)-1, 
+                                       buffer, blocks[currblock].lcol, blocks[currblock].rcol, (char) '.'))
+               Die("Parse error in alignment line in ReadSELEX()");
+             seqidx++;
+           }
+
+                               /* get next line */
+         for (;;)
+           {
+             nptr = NULL;
+             if (fgets(buffer, LINEBUFLEN, fp) == NULL) break; /* EOF */
+             strcpy(bufcpy, buffer);
+             if ((nptr = strtok(bufcpy, WHITESPACE)) == NULL) break; /* blank */
+             if (strncmp(buffer, "#=", 2) == 0) break;      /* machine comment */
+             if (strchr(commentsyms, *nptr) == NULL) break; /* data */
+           }
+       } /* end of a block */
+
+      currlen += blocks[currblock].rcol - blocks[currblock].lcol + 1;
+
+                               /* get line 1 of next block */
+      for (;;)
+       {
+         if (fgets(buffer, LINEBUFLEN, fp) == NULL) break; /* no data */
+         strcpy(bufcpy, buffer);
+         if ((nptr = strtok(bufcpy, WHITESPACE)) == NULL) continue; /* blank */
+         if (strncmp(buffer, "#=", 2) == 0)       break; /* machine comment */
+         if (strchr(commentsyms, *nptr) == NULL) break; /* non-comment */
+       }
+    } /* end of the file */
+
+  /* Lengths in sqinfo are for raw sequence (ungapped),
+   * and SS, SA are 0..rlen-1 not 0..alen-1.
+   * Only the seqs with structures come out of here with lengths set.
+   */
+  for (seqidx = 0; seqidx < num; seqidx++)
+    {
+      int apos, rpos;
+                               /* secondary structures */
+      if (ainfo->sqinfo[seqidx].flags & SQINFO_SS)
+       {
+         for (apos = rpos = 0; apos < alen; apos++)
+           if (! isgap(aseqs[seqidx][apos]))
+             {
+               ainfo->sqinfo[seqidx].ss[rpos] = ainfo->sqinfo[seqidx].ss[apos];
+               rpos++;
+             }
+         ainfo->sqinfo[seqidx].ss[rpos] = '\0';
+       }
+                               /* Surface accessibility */
+      if (ainfo->sqinfo[seqidx].flags & SQINFO_SA)
+       {
+         for (apos = rpos = 0; apos < alen; apos++)
+           if (! isgap(aseqs[seqidx][apos]))
+             {
+               ainfo->sqinfo[seqidx].sa[rpos] = ainfo->sqinfo[seqidx].sa[apos];
+               rpos++;
+             }
+         ainfo->sqinfo[seqidx].sa[rpos] = '\0';
+       }
+    }
+
+                               /* NULL-terminate all the strings */
+  if (ainfo->rf != NULL) ainfo->rf[alen] = '\0';
+  if (ainfo->cs != NULL) ainfo->cs[alen] = '\0';
+  for (seqidx = 0; seqidx < num; seqidx++)
+    aseqs[seqidx][alen]            = '\0';
+  
+                               /* find raw sequence lengths for sqinfo */
+  for (seqidx = 0; seqidx < num; seqidx++)
+    {
+      count = 0;
+      for (sptr = aseqs[seqidx]; *sptr != '\0'; sptr++)
+       if (!isgap(*sptr)) count++;
+      ainfo->sqinfo[seqidx].len    = count;
+      ainfo->sqinfo[seqidx].flags |= SQINFO_LEN;
+    }
+
+
+  /***************************************************
+   * Garbage collection and return
+   ***************************************************/
+  free(blocks);
+  if (warn_names)
+#ifdef CLUSTALO
+    Warning("sequences may be in different orders in blocks of %s?", afp->fname);
+#else
+    Warn("sequences may be in different orders in blocks of %s?", afp->fname);
+#endif
+  
+  /* Convert back to MSA structure. (Wasteful kludge.)
+   */
+  msa = MSAFromAINFO(aseqs, ainfo);
+  MSAVerifyParse(msa);
+  FreeAlignment(aseqs, ainfo);
+  return msa;
+}
+
+
+/* Function: WriteSELEX()
+ * Date:     SRE, Mon Jun 14 13:13:14 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Write a SELEX file in multiblock format.
+ *
+ * Args:     fp  - file that's open for writing
+ *           msa - multiple sequence alignment object  
+ *
+ * Returns:  (void)
+ */
+void
+WriteSELEX(FILE *fp, MSA *msa)
+{
+  actually_write_selex(fp, msa, 50); /* 50 char per block */
+}
+
+/* Function: WriteSELEXOneBlock()
+ * Date:     SRE, Mon Jun 14 13:14:56 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Write a SELEX alignment file in Pfam's single-block
+ *           format style. A wrapper for actually_write_selex().
+ *
+ * Args:     fp - file that's open for writing
+ *           msa- alignment to write
+ *
+ * Returns:  (void)
+ */
+void
+WriteSELEXOneBlock(FILE *fp, MSA *msa)
+{
+  actually_write_selex(fp, msa, msa->alen); /* one big block */
+}
+
+
+/* Function: actually_write_selex()
+ * Date:     SRE, Mon Jun 14 12:54:46 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Write an alignment in SELEX format to an open
+ *           file. This is the function that actually does
+ *           the work. The API's WriteSELEX() and 
+ *           WriteSELEXOneBlock() are wrappers.
+ *
+ * Args:     fp  - file that's open for writing
+ *           msa - alignment to write
+ *           cpl - characters to write per line in alignment block
+ *
+ * Returns:  (void)
+ */
+static void
+actually_write_selex(FILE *fp, MSA *msa, int cpl)
+{
+  int  i;
+  int  len = 0;
+  int  namewidth;
+  char *buf;
+  int  currpos;
+  
+  buf = malloc(sizeof(char) * (cpl+101)); /* 100 chars allowed for name, etc. */
+
+  /* Figure out how much space we need for name + markup
+   * to keep the alignment in register, for easier human viewing --
+   * even though Stockholm format doesn't care about visual
+   * alignment.
+   */
+  namewidth = 0;
+  for (i = 0; i < msa->nseq; i++)
+    if ((len = strlen(msa->sqname[i])) > namewidth) 
+      namewidth = len;
+  if (namewidth < 6) namewidth = 6; /* minimum space for markup tags */
+
+  /* Free text comments
+   */
+  for (i = 0;  i < msa->ncomment; i++)
+    fprintf(fp, "# %s\n", msa->comment[i]);
+  if (msa->ncomment > 0) fprintf(fp, "\n");
+
+  /* Per-file annotation
+   */
+  if (msa->name  != NULL)       fprintf(fp, "#=ID %s\n", msa->name);
+  if (msa->acc   != NULL)       fprintf(fp, "#=AC %s\n", msa->acc);
+  if (msa->desc  != NULL)       fprintf(fp, "#=DE %s\n", msa->desc);
+  if (msa->au    != NULL)       fprintf(fp, "#=AU %s\n", msa->au);
+
+  /* Thresholds are hacky. Pfam has two. Rfam has one.
+   */
+  if      (msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_GA1] && msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_GA2])
+    fprintf(fp, "#=GA %.1f %.1f\n", msa->cutoff[MSA_CUTOFF_GA1], msa->cutoff[MSA_CUTOFF_GA2]);
+  else if (msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_GA1])
+    fprintf(fp, "#=GA %.1f\n", msa->cutoff[MSA_CUTOFF_GA1]);
+  if      (msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_NC1] && msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_NC2])
+    fprintf(fp, "#=NC %.1f %.1f\n", msa->cutoff[MSA_CUTOFF_NC1], msa->cutoff[MSA_CUTOFF_NC2]);
+  else if (msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_NC1])
+    fprintf(fp, "#=NC %.1f\n", msa->cutoff[MSA_CUTOFF_NC1]);
+  if      (msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_TC1] && msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_TC2])
+    fprintf(fp, "#=TC %.1f %.1f\n", msa->cutoff[MSA_CUTOFF_TC1], msa->cutoff[MSA_CUTOFF_TC2]);
+  else if (msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_TC1])
+    fprintf(fp, "#=TC %.1f\n", msa->cutoff[MSA_CUTOFF_TC1]);
+
+  /* Per-sequence annotation
+   */
+  for (i = 0; i < msa->nseq; i++)
+    fprintf(fp, "#=SQ %-*.*s %6.4f %s %s %d..%d::%d %s\n", 
+           namewidth, namewidth, msa->sqname[i],
+           msa->wgt[i],
+           "-",                /* MSA has no ID field */
+           (msa->sqacc != NULL && msa->sqacc[i] != NULL) ? msa->sqacc[i] : "-",
+           0, 0, 0,            /* MSA has no start, stop, olen field */
+           (msa->sqdesc != NULL && msa->sqdesc[i] != NULL) ? msa->sqdesc[i] : "-");
+  fprintf(fp, "\n");
+
+  /* Alignment section:
+   */
+  for (currpos = 0; currpos < msa->alen; currpos += cpl)
+    {
+      if (currpos > 0) fprintf(fp, "\n");
+
+      if (msa->ss_cons != NULL) {
+       strncpy(buf, msa->ss_cons + currpos, cpl);
+       buf[cpl] = '\0';
+       fprintf(fp, "%-*.*s %s\n", namewidth, namewidth, "#=CS", buf);
+      }
+      if (msa->rf != NULL) {
+       strncpy(buf, msa->rf + currpos, cpl);
+       buf[cpl] = '\0';
+       fprintf(fp, "%-*.*s %s\n", namewidth, namewidth, "#=RF", buf);
+      }
+      for (i = 0; i < msa->nseq; i++)
+       {
+         strncpy(buf, msa->aseq[i] + currpos, cpl);
+         buf[cpl] = '\0';            
+         fprintf(fp, "%-*.*s %s\n", namewidth, namewidth, msa->sqname[i], buf);
+
+         if (msa->ss != NULL && msa->ss[i] != NULL) {
+           strncpy(buf, msa->ss[i] + currpos, cpl);
+           buf[cpl] = '\0';     
+           fprintf(fp, "%-*.*s %s\n", namewidth, namewidth, "#=SS", buf);
+         }
+         if (msa->sa != NULL && msa->sa[i] != NULL) {
+           strncpy(buf, msa->sa[i] + currpos, cpl);
+           buf[cpl] = '\0';
+           fprintf(fp, "%-*.*s %s\n", namewidth, namewidth, "#=SA", buf);
+         }
+       }
+    }
+  free(buf);
+}
+
+
+/* Function: copy_alignment_line()
+ * 
+ * Purpose:  Given a line from an alignment file, and bounds lcol,rcol
+ *           on what part of it may be sequence, save the alignment into
+ *           aseq starting at position apos.
+ *           
+ *           name_rcol is set to the rightmost column this aseqs's name
+ *           occupies; if name_rcol >= lcol, we have a special case in
+ *           which the name intrudes into the sequence zone.
+ */
+static int
+copy_alignment_line(char *aseq, int apos, int name_rcol, 
+                   char *buffer, int lcol, int rcol, char gapsym)
+{
+  char *s1, *s2;
+  int   i;
+  
+  s1 = aseq + apos;
+  s2 = buffer;                 /* be careful that buffer doesn't end before lcol! */
+  for (i = 0; i < lcol; i++)
+    if (*s2) s2++;
+
+  for (i = lcol; i <= rcol; i++)
+    {
+      if (*s2 == '\t') {
+#ifdef CLUSTALO
+       Warning("TAB characters will corrupt a SELEX alignment! Please remove them first.");
+#else
+       Warn("TAB characters will corrupt a SELEX alignment! Please remove them first.");
+#endif    
+       return 0;
+      }
+      if (name_rcol >= i)      /* name intrusion special case: pad left w/ gaps */
+       *s1 = gapsym;
+                               /* short buffer special case: pad right w/ gaps  */
+      else if (*s2 == '\0' || *s2 == '\n')
+       *s1 = gapsym;
+
+      else if (*s2 == ' ')     /* new: disallow spaces as gap symbols */
+       *s1 = gapsym;
+
+      else                     /* normal case: copy buffer into aseq */
+       *s1 = *s2;
+
+      s1++;
+      if (*s2) s2++;
+    }
+  return 1;
+}
+
+  
+      
+
+
+/* Function: DealignAseqs()
+ * 
+ * Given an array of (num) aligned sequences aseqs,
+ * strip the gaps. Store the raw sequences in a new allocated array.
+ * 
+ * Caller is responsible for free'ing the memory allocated to
+ * rseqs.
+ * 
+ * Returns 1 on success. Returns 0 and sets squid_errno on
+ * failure.
+ */
+int
+DealignAseqs(char **aseqs, int num, char ***ret_rseqs)
+{
+  char **rseqs;                 /* de-aligned sequence array   */
+  int    idx;                  /* counter for sequences       */
+  int    depos;                /* position counter for dealigned seq*/
+  int    apos;                 /* position counter for aligned seq */
+  int    seqlen;               /* length of aligned seq */
+
+                               /* alloc space */
+  rseqs = (char **) MallocOrDie (num * sizeof(char *));
+                               /* main loop */
+  for (idx = 0; idx < num; idx++)
+    {
+      seqlen = strlen(aseqs[idx]);
+                               /* alloc space */
+      rseqs[idx] = (char *) MallocOrDie ((seqlen + 1) * sizeof(char));
+
+                               /* strip gaps */
+      depos = 0;
+      for (apos = 0; aseqs[idx][apos] != '\0'; apos++)
+       if (!isgap(aseqs[idx][apos]))
+         {
+           rseqs[idx][depos] = aseqs[idx][apos];
+           depos++;
+         }
+      rseqs[idx][depos] = '\0';
+    }
+  *ret_rseqs = rseqs;
+  return 1;
+}
+
+
+/* Function: IsSELEXFormat()
+ * 
+ * Return TRUE if filename may be in SELEX format.
+ * 
+ * Accuracy is sacrificed for speed; a TRUE return does
+ * *not* guarantee that the file will pass the stricter
+ * error-checking of ReadSELEX(). All it checks is that
+ * the first 500 non-comment lines of a file are 
+ * blank, or if there's a second "word" on the line
+ * it looks like sequence (i.e., it's not kOtherSeq).
+ * 
+ * Returns TRUE or FALSE.
+ */
+int
+IsSELEXFormat(char *filename)
+{
+  FILE *fp;                     /* ptr to open sequence file */
+  char  buffer[LINEBUFLEN];
+  char *sptr;                   /* ptr to first word          */
+  int   linenum;
+
+
+  if ((fp = fopen(filename, "r")) == NULL)
+    { squid_errno = SQERR_NOFILE; return 0; }
+
+  linenum = 0;
+  while (linenum < 500 && 
+        fgets(buffer, LINEBUFLEN, fp) != NULL)
+    {
+      linenum++;
+                               /* dead giveaways for extended SELEX */
+      if      (strncmp(buffer, "#=AU", 4) == 0) goto DONE;
+      else if (strncmp(buffer, "#=ID", 4) == 0) goto DONE;
+      else if (strncmp(buffer, "#=AC", 4) == 0) goto DONE;
+      else if (strncmp(buffer, "#=DE", 4) == 0) goto DONE;
+      else if (strncmp(buffer, "#=GA", 4) == 0) goto DONE;
+      else if (strncmp(buffer, "#=TC", 4) == 0) goto DONE;
+      else if (strncmp(buffer, "#=NC", 4) == 0) goto DONE;
+      else if (strncmp(buffer, "#=SQ", 4) == 0) goto DONE;
+      else if (strncmp(buffer, "#=SS", 4) == 0) goto DONE;
+      else if (strncmp(buffer, "#=CS", 4) == 0) goto DONE;
+      else if (strncmp(buffer, "#=RF", 4) == 0) goto DONE;
+
+                               /* a comment? */
+      if (strchr(commentsyms, *buffer) != NULL) continue;
+
+                               /* a blank line? */
+      if ((sptr = strtok(buffer, WHITESPACE)) == NULL) continue;
+
+                               /* a one-word line (name only)
+                                  is possible, though rare */
+      if ((sptr = strtok(NULL, "\n")) == NULL) continue;
+      
+      if (Seqtype(sptr) == kOtherSeq) {fclose(fp); return 0;}
+    }
+
+ DONE:
+  fclose(fp);
+  return 1;
+}
+
+
+
+
+
+
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/seqencode.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/seqencode.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..72f9285
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,176 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* seqencode.c
+ * 
+ * Routines for creating and manipulating encoded sequence strings.
+ * RCS $Id: seqencode.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: seqencode.c,v 1.3 1999/05/02 21:55:27 eddy Exp)
+ */
+#include <stdio.h>
+#include <string.h>
+#include <ctype.h>
+#include "squid.h"
+
+                       
+#ifdef MEMDEBUG
+#include "dbmalloc.h"
+#endif
+                               /* seqcmp()
+                                  returns 0 if s1 == s2
+                                  mismatch number otherwise */
+int
+seqcmp(char *s1, char *s2, int allow)
+{
+  int mmat = 0;
+
+  while ((*s1 != NTEND) && (*s2 != NTEND) && (mmat <= allow)) 
+    {
+      if (!(ntmatch(*s1, *s2)))
+       mmat++;;
+      s1++;
+      s2++;
+    }
+  while ((*s1++ != NTEND) && (mmat <= allow))
+    mmat++;
+  return(mmat);
+}
+                               /* seqncmp()
+                                  same as seqcmp but it looks at,
+                                  at most, n positions */
+int
+seqncmp(char *s1, char *s2, int n, int allow)
+{
+  int mmat = 0;
+
+  while ((*s2 != NTEND) &&
+        (n-- != 0))
+    {
+      if ((!(ntmatch(*s1, *s2))) &&
+         (++mmat > allow))
+       return(mmat);
+      s1++;
+      s2++;
+    }
+  while ((n-- != 0) && (*s1++ != NTEND) && (mmat <= allow))
+    mmat++;
+  return (mmat);
+}
+      
+                               /* seqencode()
+                                  given a character text string str (A,C,G,T),
+                                  convert to an encoded seq string;
+                                  return 1 for success, 0 if fail */
+int
+seqencode(char *codeseq, /* pre-allocated space for answer */
+         char *str)     /* character string to convert    */
+{
+  char  *ptr;
+  int    idx;
+
+  ptr = codeseq;
+  while (*str != '\0')
+    {
+      if (islower((int) (*str))) *str = (char) toupper((int) (*str));
+      for (idx = 0; *str != iupac[idx].sym && idx <= IUPACSYMNUM; idx++)
+       ;
+      if (idx > IUPACSYMNUM)
+       {
+         *ptr = (char) NTEND;
+         return 0;
+       }
+      else
+       *ptr = iupac[idx].code;
+      ptr++;
+      str++;
+    }
+  *ptr = NTEND;
+  return 1;
+}
+
+
+int
+coded_revcomp(char *comp, char *seq)
+{
+  long  bases;
+  char *bckp, *fwdp;
+  int   idx;
+  long  pos;
+
+  bases = strlen(seq);
+
+  fwdp = comp;
+  bckp = seq + bases -1;
+  for (pos = 0; pos < bases; pos++)
+    {
+      for (idx = 0; *bckp != iupac[idx].code && idx < IUPACSYMNUM; idx++);
+      if (idx > IUPACSYMNUM)
+       {
+         *fwdp = NTEND;
+         return 0;
+       }
+      else
+       *fwdp = iupac[idx].comp;
+      fwdp++;
+      bckp--;
+    }
+  *fwdp = NTEND;
+  return(1);
+}
+  
+int
+seqdecode(char *str, char *codeseq)
+{
+  int idx;
+  int pos;
+
+  pos = 0;
+  while (*codeseq != NTEND)
+    {
+      for (idx = 0; *codeseq != iupac[idx].code && idx < IUPACSYMNUM; idx++)
+       ;
+      if (idx > IUPACSYMNUM)
+       {
+         str[pos] = 'X';
+         return 0;
+       }
+      else
+       str[pos] = iupac[idx].sym;
+      codeseq++;
+      pos++;
+    }
+  str[pos] = '\0';
+  return 1;
+}
+
+int
+seqndecode(
+     char       *str,          /* pre-allocated string to write into */
+     char *codeseq,            /* sequence to decode */
+     int         n)            /* how many bases to decode */
+{
+  int idx;
+  int pos = 0;
+
+  while (--n >= 0)
+    {
+      for (idx = 0; *codeseq != iupac[idx].code && idx < IUPACSYMNUM; idx++);
+      if (idx > IUPACSYMNUM)
+       {
+         str[pos]  = 'X';
+         return 0;
+       }
+      else
+       str[pos] = iupac[idx].sym;
+      codeseq++;
+      pos++;
+    }
+  str[pos] = '\0';
+  return 1;
+}
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/shuffle.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/shuffle.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..1196f99
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,638 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* shuffle.c
+ * 
+ * Routines for randomizing sequences.
+ *  
+ * All routines are alphabet-independent (DNA, protein, RNA, whatever);
+ * they assume that input strings are purely alphabetical [a-zA-Z], and
+ * will return strings in all upper case [A-Z].
+ *  
+ * All return 1 on success, and 0 on failure; 0 status invariably
+ * means the input string was not alphabetical.
+ * 
+ * StrShuffle()   - shuffled string, preserve mono-symbol composition.
+ * StrDPShuffle() - shuffled string, preserve mono- and di-symbol composition.
+ * 
+ * StrMarkov0()   - random string, same zeroth order Markov properties.
+ * StrMarkov1()   - random string, same first order Markov properties.
+ * 
+ * StrReverse()   - simple reversal of string
+ * StrRegionalShuffle() -  mono-symbol shuffled string in regional windows
+ *
+ * There are also similar routines for shuffling alignments:
+ *
+ * AlignmentShuffle()   - alignment version of StrShuffle().
+ * AlignmentBootstrap() - sample with replacement; a bootstrap dataset.
+ * QRNAShuffle()        - shuffle a pairwise alignment, preserving all gap positions.
+ * 
+ * CVS $Id: shuffle.c,v 1.6 2002/10/09 14:26:09 eddy Exp)
+ */
+
+#include <string.h>
+#include <ctype.h>
+
+#include "squid.h"
+#include "sre_random.h"
+
+/* Function: StrShuffle()
+ * 
+ * Purpose:  Returns a shuffled version of s2, in s1.
+ *           (s1 and s2 can be identical, to shuffle in place.)
+ *  
+ * Args:     s1 - allocated space for shuffled string.
+ *           s2 - string to shuffle.
+ *           
+ * Return:   1 on success.
+ */
+int
+StrShuffle(char *s1, char *s2)
+{
+  int  len;
+  int  pos;
+  char c;
+  
+  if (s1 != s2) strcpy(s1, s2);
+  for (len = strlen(s1); len > 1; len--)
+    {                          
+      pos       = CHOOSE(len);
+      c         = s1[pos];
+      s1[pos]   = s1[len-1];
+      s1[len-1] = c;
+    }
+  return 1;
+}
+
+/* Function: StrDPShuffle()
+ * Date:     SRE, Fri Oct 29 09:15:17 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Returns a shuffled version of s2, in s1.
+ *           (s1 and s2 may be identical; i.e. a string
+ *           may be shuffled in place.) The shuffle is a  
+ *           "doublet-preserving" (DP) shuffle. Both
+ *           mono- and di-symbol composition are preserved.
+ *           
+ *           Done by searching for a random Eulerian 
+ *           walk on a directed multigraph. 
+ *           Reference: S.F. Altschul and B.W. Erickson, Mol. Biol.
+ *           Evol. 2:526-538, 1985. Quoted bits in my comments
+ *           are from Altschul's outline of the algorithm.
+ *
+ * Args:     s1   - RETURN: the string after it's been shuffled
+ *                    (space for s1 allocated by caller)
+ *           s2   - the string to be shuffled
+ *
+ * Returns:  0 if string can't be shuffled (it's not all [a-zA-z]
+ *             alphabetic.
+ *           1 on success. 
+ */
+int
+StrDPShuffle(char *s1, char *s2)
+{
+  int    len;
+  int    pos;  /* a position in s1 or s2 */
+  int    x,y;   /* indices of two characters */
+  char **E;     /* edge lists: E[0] is the edge list from vertex A */
+  int   *nE;    /* lengths of edge lists */
+  int   *iE;    /* positions in edge lists */
+  int    n;    /* tmp: remaining length of an edge list to be shuffled */
+  char   sf;    /* last character in s2 */
+  char   Z[26]; /* connectivity in last edge graph Z */ 
+  int    keep_connecting; /* flag used in Z connectivity algorithm */
+  int    is_eulerian;          /* flag used for when we've got a good Z */
+  
+  /* First, verify that the string is entirely alphabetic.
+   */
+  len = strlen(s2);
+  for (pos = 0; pos < len; pos++)
+    if (! isalpha(s2[pos])) return 0;
+
+  /* "(1) Construct the doublet graph G and edge ordering E
+   *      corresponding to S."
+   * 
+   * Note that these also imply the graph G; and note,
+   * for any list x with nE[x] = 0, vertex x is not part
+   * of G.
+   */
+  E  = MallocOrDie(sizeof(char *) * 26);
+  nE = MallocOrDie(sizeof(int)    * 26);
+  for (x = 0; x < 26; x++)
+    {
+      E[x]  = MallocOrDie(sizeof(char) * (len-1));
+      nE[x] = 0; 
+    }
+
+  x = toupper(s2[0]) - 'A';
+  for (pos = 1; pos < len; pos++)
+    {
+      y = toupper(s2[pos]) - 'A';
+      E[x][nE[x]] = y;
+      nE[x]++;
+      x = y;
+    }
+  
+  /* Now we have to find a random Eulerian edge ordering.
+   */
+  sf = toupper(s2[len-1]) - 'A'; 
+  is_eulerian = 0;
+  while (! is_eulerian)
+    {
+      /* "(2) For each vertex s in G except s_f, randomly select
+       *      one edge from the s edge list of E(S) to be the
+       *      last edge of the s list in a new edge ordering."
+       *
+       * select random edges and move them to the end of each 
+       * edge list.
+       */
+      for (x = 0; x < 26; x++)
+       {
+         if (nE[x] == 0 || x == sf) continue;
+         
+         pos           = CHOOSE(nE[x]);
+         y             = E[x][pos];            
+         E[x][pos]     = E[x][nE[x]-1];
+         E[x][nE[x]-1] = y;
+       }
+
+      /* "(3) From this last set of edges, construct the last-edge
+       *      graph Z and determine whether or not all of its
+       *      vertices are connected to s_f."
+       * 
+       * a probably stupid algorithm for looking at the
+       * connectivity in Z: iteratively sweep through the
+       * edges in Z, and build up an array (confusing called Z[x])
+       * whose elements are 1 if x is connected to sf, else 0.
+       */
+      for (x = 0; x < 26; x++) Z[x] = 0;
+      Z[(int) sf] = keep_connecting = 1;
+
+      while (keep_connecting) {
+       keep_connecting = 0;
+       for (x = 0; x < 26; x++)
+         {
+           y = E[x][nE[x]-1];            /* xy is an edge in Z */
+           if (Z[x] == 0 && Z[y] == 1)   /* x is connected to sf in Z */
+             {
+               Z[x] = 1;
+               keep_connecting = 1;
+             }
+         }
+      }
+
+      /* if any vertex in Z is tagged with a 0, it's
+       * not connected to sf, and we won't have a Eulerian
+       * walk.
+       */
+      is_eulerian = 1;
+      for (x = 0; x < 26; x++)
+       {
+         if (nE[x] == 0 || x == sf) continue;
+         if (Z[x] == 0) {
+           is_eulerian = 0;
+           break;
+         }
+       }
+
+      /* "(4) If any vertex is not connected in Z to s_f, the
+       *      new edge ordering will not be Eulerian, so return to
+       *      (2). If all vertices are connected in Z to s_f, 
+       *      the new edge ordering will be Eulerian, so
+       *      continue to (5)."
+       *      
+       * e.g. note infinite loop while is_eulerian is FALSE.
+       */
+    }
+
+  /* "(5) For each vertex s in G, randomly permute the remaining
+   *      edges of the s edge list of E(S) to generate the s
+   *      edge list of the new edge ordering E(S')."
+   *      
+   * Essentially a StrShuffle() on the remaining nE[x]-1 elements
+   * of each edge list; unfortunately our edge lists are arrays,
+   * not strings, so we can't just call out to StrShuffle().
+   */
+  for (x = 0; x < 26; x++)
+    for (n = nE[x] - 1; n > 1; n--)
+      {
+       pos       = CHOOSE(n);
+       y         = E[x][pos];
+       E[x][pos] = E[x][n-1];
+       E[x][n-1] = y;
+      }
+
+  /* "(6) Construct sequence S', a random DP permutation of
+   *      S, from E(S') as follows. Start at the s_1 edge list.
+   *      At each s_i edge list, add s_i to S', delete the
+   *      first edge s_i,s_j of the edge list, and move to
+   *      the s_j edge list. Continue this process until
+   *      all edge lists are exhausted."
+   */ 
+  iE = MallocOrDie(sizeof(int) * 26);
+  for (x = 0; x < 26; x++) iE[x] = 0; 
+
+  pos = 0; 
+  x = toupper(s2[0]) - 'A';
+  while (1) 
+    {
+      s1[pos++] = 'A' + x;     /* add s_i to S' */
+      
+      y = E[x][iE[x]];
+      iE[x]++;                 /* "delete" s_i,s_j from edge list */
+  
+      x = y;                   /* move to s_j edge list. */
+
+      if (iE[x] == nE[x])
+       break;                  /* the edge list is exhausted. */
+    }
+  s1[pos++] = 'A' + sf;
+  s1[pos]   = '\0';  
+
+  /* Reality checks.
+   */
+  if (x   != sf)  Die("hey, you didn't end on s_f.");
+  if (pos != len) Die("hey, pos (%d) != len (%d).", pos, len);
+  
+  /* Free and return.
+   */
+  Free2DArray((void **) E, 26);
+  free(nE);
+  free(iE);
+  return 1;
+}
+
+  
+/* Function: StrMarkov0()
+ * Date:     SRE, Fri Oct 29 11:08:31 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Returns a random string s1 with the same
+ *           length and zero-th order Markov properties
+ *           as s2. 
+ *           
+ *           s1 and s2 may be identical, to randomize s2
+ *           in place.
+ *
+ * Args:     s1 - allocated space for random string
+ *           s2 - string to base s1's properties on.
+ *
+ * Returns:  1 on success; 0 if s2 doesn't look alphabetical.
+ */
+int 
+StrMarkov0(char *s1, char *s2)
+{
+  int   len;
+  int   pos; 
+  float p[26];                 /* symbol probabilities */
+
+  /* First, verify that the string is entirely alphabetic.
+   */
+  len = strlen(s2);
+  for (pos = 0; pos < len; pos++)
+    if (! isalpha(s2[pos])) return 0;
+
+  /* Collect zeroth order counts and convert to frequencies.
+   */
+  FSet(p, 26, 0.);
+  for (pos = 0; pos < len; pos++)
+    p[(int)(toupper(s2[pos]) - 'A')] += 1.0;
+  FNorm(p, 26);
+
+  /* Generate a random string using those p's.
+   */
+  for (pos = 0; pos < len; pos++)
+    s1[pos] = FChoose(p, 26) + 'A';
+  s1[pos] = '\0';
+
+  return 1;
+}
+
+
+/* Function: StrMarkov1()
+ * Date:     SRE, Fri Oct 29 11:22:20 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Returns a random string s1 with the same
+ *           length and first order Markov properties
+ *           as s2. 
+ *           
+ *           s1 and s2 may be identical, to randomize s2
+ *           in place.
+ *
+ * Args:     s1 - allocated space for random string
+ *           s2 - string to base s1's properties on.
+ *
+ * Returns:  1 on success; 0 if s2 doesn't look alphabetical.
+ */
+int 
+StrMarkov1(char *s1, char *s2)
+{
+  int   len;
+  int   pos; 
+  int   x,y;
+  int   i;                     /* initial symbol */
+  float p[26][26];             /* symbol probabilities */
+
+  /* First, verify that the string is entirely alphabetic.
+   */
+  len = strlen(s2);
+  for (pos = 0; pos < len; pos++)
+    if (! isalpha(s2[pos])) return 0;
+
+  /* Collect first order counts and convert to frequencies.
+   */
+  for (x = 0; x < 26; x++) FSet(p[x], 26, 0.);
+
+  i = x = toupper(s2[0]) - 'A';
+  for (pos = 1; pos < len; pos++)
+    {
+      y = toupper(s2[pos]) - 'A';
+      p[x][y] += 1.0; 
+      x = y;
+    }
+  for (x = 0; x < 26; x++) 
+    FNorm(p[x], 26);
+
+  /* Generate a random string using those p's.
+   */
+  x = i;
+  s1[0] = x + 'A';
+  for (pos = 1; pos < len; pos++)
+    {
+      y = FChoose(p[x], 26);
+      s1[pos] = y + 'A';
+      x = y;
+    } 
+  s1[pos] = '\0';
+
+  return 1;
+}
+
+
+
+/* Function: StrReverse()
+ * Date:     SRE, Thu Nov 20 10:54:52 1997 [St. Louis]
+ * 
+ * Purpose:  Returns a reversed version of s2, in s1.
+ *           (s1 and s2 can be identical, to reverse in place)
+ * 
+ * Args:     s1 - allocated space for reversed string.
+ *           s2 - string to reverse.
+ *           
+ * Return:   1.
+ */                
+int
+StrReverse(char *s1, char *s2)
+{
+  int  len;
+  int  pos;
+  char c;
+  
+  len = strlen(s2);
+  for (pos = 0; pos < len/2; pos++)
+    {                          /* swap ends */
+      c             = s2[len-pos-1];
+      s1[len-pos-1] = s2[pos];
+      s1[pos]       = c;
+    }
+  if (len%2) { s1[pos] = s2[pos]; } /* copy middle residue in odd-len s2 */
+  s1[len] = '\0';
+  return 1;
+}
+
+/* Function: StrRegionalShuffle()
+ * Date:     SRE, Thu Nov 20 11:02:34 1997 [St. Louis]
+ * 
+ * Purpose:  Returns a regionally shuffled version of s2, in s1.
+ *           (s1 and s2 can be identical to regionally 
+ *           shuffle in place.) See [Pearson88].
+ *           
+ * Args:     s1 - allocated space for regionally shuffled string.
+ *           s2 - string to regionally shuffle
+ *           w  - window size (typically 10 or 20)      
+ *           
+ * Return:   1.
+ */
+int
+StrRegionalShuffle(char *s1, char *s2, int w)
+{
+  int  len;
+  char c;
+  int  pos;
+  int  i, j;
+
+  if (s1 != s2) strcpy(s1, s2);
+  len = strlen(s1);
+
+  for (i = 0; i < len; i += w)
+    for (j = MIN(len-1, i+w-1); j > i; j--)
+      {
+       pos     = i + CHOOSE(j-i);
+       c       = s1[pos];
+       s1[pos] = s1[j];
+       s1[j]   = c;
+      }
+  return 1;
+}
+
+
+/* Function: AlignmentShuffle()
+ * Date:     SRE, Sun Apr 22 18:37:15 2001 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Returns a shuffled version of ali2, in ali1.
+ *           (ali1 and ali2 can be identical, to shuffle
+ *           in place.) The alignment columns are shuffled,
+ *           preserving % identity within the columns.
+ *
+ * Args:     ali1 - allocated space for shuffled alignment
+ *                  [0..nseq-1][0..alen-1]
+ *           ali2 - alignment to be shuffled
+ *           nseq - number of sequences in the alignment       
+ *           alen - length of alignment, in columns.
+ *
+ * Returns:  int
+ */
+int
+AlignmentShuffle(char **ali1, char **ali2, int nseq, int alen)
+{
+  int  i;
+  int  pos;
+  char c;
+
+  if (ali1 != ali2) 
+    {
+      for (i = 0; i < nseq; i++) strcpy(ali1[i], ali2[i]);
+    }
+
+  for (i = 0; i < nseq; i++)
+    ali1[i][alen] = '\0';
+
+  for (; alen > 1; alen--) 
+    {
+      pos = CHOOSE(alen);
+      for (i = 0; i < nseq; i++) 
+       {
+         c               = ali1[i][pos];
+         ali1[i][pos]    = ali1[i][alen-1];
+         ali1[i][alen-1] = c;
+       }
+    }
+
+  return 1;
+}
+
+/* Function: AlignmentBootstrap()
+ * Date:     SRE, Sun Apr 22 18:49:14 2001 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Returns a bootstrapped alignment sample in ali1, 
+ *           constructed from ali2 by sampling columns with 
+ *           replacement. 
+ *           
+ *           Unlike the other shuffling routines, ali1 and 
+ *           ali2 cannot be the same. ali2 is left unchanged.
+ *           ali1 must be a properly allocated space for an
+ *           alignment the same size as ali2.
+ *
+ * Args:     ali1 - allocated space for bootstrapped alignment
+ *                  [0..nseq-1][0..alen-1]
+ *           ali2 - alignment to be bootstrapped
+ *           nseq - number of sequences in the alignment       
+ *           alen - length of alignment, in columns. 
+ *                  
+ * Returns:  1 on success.                 
+ */
+int
+AlignmentBootstrap(char **ali1, char **ali2, int nseq, int alen)
+{
+  int  pos;
+  int  col;
+  int  i;
+
+  for (pos = 0; pos < alen; pos++)
+    {
+      col = CHOOSE(alen);
+      for (i = 0; i < nseq; i++) 
+       ali1[i][pos] = ali2[i][col];
+    }
+  for (i = 0; i < nseq; i++)
+    ali1[i][alen] = '\0';
+
+  return 1;
+}
+
+
+/* Function: QRNAShuffle()
+ * Date:     SRE, Mon Dec 10 10:14:12 2001 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Shuffle a pairwise alignment x,y while preserving the
+ *           position of gaps; return the shuffled alignment in xs,
+ *           ys.
+ *           
+ *           Works by doing three separate
+ *           shuffles, of (1) columns with residues in both
+ *           x and y, (2) columns with residue in x and gap in y,
+ *           and (3) columns with gap in x and residue in y.
+ *           
+ *           xs,x and ys,y may be identical: that is, to shuffle
+ *           an alignment "in place", destroying the original
+ *           alignment, just call:
+ *              QRNAShuffle(x,y,x,y);
+ *
+ * Args:     xs, ys: allocated space for shuffled pairwise ali of x,y [L+1]
+ *           x, y: pairwise alignment to be shuffled [0..L-1]
+ *
+ * Returns:  1 on success, 0 on failure.
+ *           The shuffled alignment is returned in xs, ys.
+ */
+int
+QRNAShuffle(char *xs, char *ys, char *x, char *y)
+{
+  int  L;
+  int *xycol, *xcol, *ycol;
+  int  nxy, nx, ny;
+  int  i;
+  int  pos, c;
+  char xsym, ysym;
+
+  if (xs != x) strcpy(xs, x);
+  if (ys != y) strcpy(ys, y);
+
+  /* First, construct three arrays containing lists of the column positions
+   * of the three types of columns. (If a column contains gaps in both x and y,
+   * we've already simply copied it to the shuffled sequence.)
+   */
+  L = strlen(x);
+  xycol = MallocOrDie(sizeof(int) * L);
+  xcol  = MallocOrDie(sizeof(int) * L);
+  ycol  = MallocOrDie(sizeof(int) * L);
+  nxy = nx = ny = 0;
+
+  for (i = 0; i < L; i++)
+    {
+      if      (isgap(x[i]) && isgap(y[i]))     { continue; }
+      else if (! isgap(x[i]) && ! isgap(y[i])) { xycol[nxy] = i; nxy++; }
+      else if (isgap(x[i]))                    { ycol[ny] = i;   ny++;  }
+      else if (isgap(y[i]))                    { xcol[nx] = i;   nx++;  }
+    }
+
+  /* Second, shuffle the sequences indirectly, via shuffling these arrays.
+   * Yow, careful with those indices, and with order of the statements...
+   */
+  for (; nxy > 1; nxy--) {
+    pos          = CHOOSE(nxy);
+    xsym             = xs[xycol[pos]];   ysym             = ys[xycol[pos]];    c            = xycol[pos];   
+    xs[xycol[pos]]   = xs[xycol[nxy-1]]; ys[xycol[pos]]   = ys[xycol[nxy-1]];  xycol[pos]   = xycol[nxy-1];
+    xs[xycol[nxy-1]] = xsym;             ys[xycol[nxy-1]] = ysym;              xycol[pos]   = xycol[nxy-1];
+  }
+  for (; nx > 1; nx--) {
+    pos        = CHOOSE(nx); 
+    xsym           = xs[xcol[pos]];  ysym           = ys[xcol[pos]];  c          = xcol[pos];  
+    xs[xcol[pos]]  = xs[xcol[nx-1]]; ys[xcol[pos]]  = ys[xcol[nx-1]]; xcol[pos]  = xcol[nx-1]; 
+    xs[xcol[nx-1]] = xsym;           ys[xcol[nx-1]] = ysym;           xcol[nx-1] = c;          
+  }
+  for (; ny > 1; ny--) {
+    pos        = CHOOSE(ny); 
+    xsym           = xs[ycol[pos]];  ysym           = ys[ycol[pos]];  c          = ycol[pos]; 
+    xs[ycol[pos]]  = xs[ycol[ny-1]]; ys[ycol[pos]]  = ys[ycol[ny-1]]; ycol[pos]  = ycol[ny-1];
+    xs[ycol[ny-1]] = xsym;           ys[ycol[ny-1]] = ysym;           ycol[ny-1] = c;          
+  }
+
+  free(xycol); free(xcol); free(ycol);
+  return 1;
+}
+
+
+#ifdef TESTDRIVER
+/*
+ * cc -g -o testdriver -DTESTDRIVER -L. shuffle.c -lsquid -lm
+ */
+int 
+main(int argc, char **argv)
+{
+  char s1[100];
+  char s2[100];
+
+  sre_srandom(42);
+  strcpy(s2, "GGGGGGGGGGCCCCCCCCCC");
+  /*  strcpy(s2, "AGACATAAAGTTCCGTACTGCCGGGAT");
+   */
+  StrDPShuffle(s1, s2);
+  printf("DPshuffle: %s\n", s1);
+  StrMarkov0(s1,s2);
+  printf("Markov 0 : %s\n", s1);
+  StrMarkov1(s1,s2);
+  printf("Markov 1 : %s\n", s1);
+
+  strcpy(s1, "ACGTACGT--------ACGTACGT----ACGTACGT");
+  strcpy(s2, "ACGTACGTACGTACGT------------ACGTACGT");
+  QRNAShuffle(s1,s2,s1,s2);
+  printf("QRNA : %s\n", s1);
+  printf("     : %s\n", s2);
+
+  return 0;
+}
+#endif
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/sqerror.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/sqerror.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..2437ada
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,98 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* sqerror.c
+ * 
+ * error handling for the squid library
+ * RCS $Id: sqerror.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: sqerror.c,v 1.4 1999/07/15 22:28:31 eddy Exp)
+ */
+
+                               /* a global errno equivalent */
+int squid_errno;
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <stdarg.h>
+
+#ifdef MEMDEBUG
+#include "dbmalloc.h"
+#endif
+
+/* Function: Die()
+ * 
+ * Purpose:  Print an error message and die. The arguments
+ *           are formatted exactly like arguments to printf().
+ *           
+ * Return:   None. Exits the program.
+ */          
+/* VARARGS0 */
+void
+Die(char *format, ...)
+{
+  va_list  argp;
+                               /* format the error mesg */
+  fprintf(stderr, "\nFATAL: ");
+  va_start(argp, format);
+  vfprintf(stderr, format, argp);
+  va_end(argp);
+  fprintf(stderr, "\n");
+  fflush(stderr);
+                               /* exit  */
+  exit(1);
+}
+
+
+
+/* Function: Warn()
+ * 
+ * Purpose:  Print an error message and return. The arguments
+ *           are formatted exactly like arguments to printf().
+ *           
+ * Return:   (void)
+ */          
+/* VARARGS0 */
+void
+#ifdef CLUSTALO
+Warning(char *format, ...)
+#else
+Warn(char *format, ...)
+#endif
+{
+  va_list  argp;
+                               /* format the error mesg */
+  fprintf(stderr, "WARNING: ");
+  va_start(argp, format);
+  vfprintf(stderr, format, argp);
+  va_end(argp);
+  fprintf(stderr, "\n");
+  fflush(stderr);
+}
+
+/* Function: Panic()
+ * 
+ * Purpose:  Die from a lethal error that's not my problem,
+ *           but instead a failure of a StdC/POSIX call that
+ *           shouldn't fail. Call perror() to get the
+ *           errno flag, then die.
+ *           
+ *           Usually called by the PANIC macro which adds
+ *           the __FILE__ and __LINE__ information; see
+ *           structs.h.
+ *           
+ *           Inspired by code in Donald Lewine's book, _POSIX 
+ *           Programmer's Guide_.
+ */
+void
+Panic(char *file, int line)
+{
+  (void) fprintf(stderr, "\nPANIC [%s line %d] ", file, line);
+  (void) perror("Unusual error");
+  exit(EXIT_FAILURE);
+}
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/sqfuncs.h b/binaries/src/clustalo/src/squid/sqfuncs.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..2b55f79
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,274 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+#ifndef SQFUNCSH_INCLUDED
+#define SQFUNCSH_INCLUDED
+/* sqfuncs.h
+ * 
+ * Prototypes for squid library functions;
+ * also makes a good reference list for what the package contains.
+ *
+ * Warning: squid is a slowly evolving beast. Some functions are
+ * obsolete. Some functions are probably just wrong, dating to
+ * a primordial era before I knew anything about what I was doing.
+ * Some functions are both obsolete and wrong but still necessary
+ * to get legacy code to compile.
+ *
+ * CVS $Id: sqfuncs.h,v 1.28 2002/10/09 14:26:09 eddy Exp)
+ */
+
+/* 
+ * from aligneval.c
+ */
+extern float ComparePairAlignments(char *known1, char *known2, char *calc1, char *calc2);
+extern float CompareRefPairAlignments(int *ref, char *known1, char *known2, char *calc1, char *calc2);
+extern float CompareMultAlignments(char **kseqs, char **tseqs, int    N);
+extern float CompareRefMultAlignments(int *ref, char **kseqs, char **tseqs, int    N);
+extern float PairwiseIdentity(char *s1, char *s2);
+extern float AlignmentIdentityBySampling(char **aseq, int L, int N, int nsample);
+extern char *MajorityRuleConsensus(char **aseq, int nseq, int alen);
+
+/* 
+ * from alignio.c
+ */
+extern void AllocAlignment(int nseq, int alen, char ***ret_aseq, AINFO *ainfo);
+extern void InitAinfo(AINFO *ainfo);
+extern void FreeAlignment(char **aseqs, AINFO *ainfo);
+extern void SAMizeAlignment(char **aseq, int nseq, int alen);
+extern void SAMizeAlignmentByGapFrac(char **aseq, int nseq, int alen, float maxgap);
+extern int  MakeAlignedString(char *aseq, int alen, char *ss, char **ret_s);
+extern int  MakeDealignedString(char *aseq, int alen, char *ss, char **ret_s);
+extern int  DealignedLength(char *aseq);
+extern int  WritePairwiseAlignment(FILE *ofp, char *aseq1, char *name1, int spos1,
+                                  char *aseq2, char *name2, int spos2,
+                                  int **pam, int indent);
+extern int  MingapAlignment(char **aseqs, AINFO *ainfo);
+extern int  RandomAlignment(char **rseqs, SQINFO *sqinfo, int nseq, float pop, float pex,
+                           char ***ret_aseqs, AINFO *ainfo);
+extern void AlignmentHomogenousGapsym(char **aseq, int nseq, int alen, char gapsym);
+
+/* from cluster.c
+ */
+extern int Cluster(float **mx, int N, enum clust_strategy mode, struct phylo_s **ret_tree);
+extern struct phylo_s *AllocPhylo(int N);
+extern void FreePhylo(struct phylo_s *tree, int N);
+extern void MakeDiffMx(char **aseqs, int num, float ***ret_dmx);
+extern void MakeIdentityMx(char **aseqs, int num, float ***ret_imx);
+extern void PrintNewHampshireTree(FILE *fp, AINFO *ainfo, struct phylo_s *tree, int N);
+extern void PrintPhylo(FILE *fp, AINFO *ainfo, struct phylo_s *tree, int N);
+
+/* 
+ * from dayhoff.c
+ */
+extern int  ParsePAMFile(FILE *fp, int ***ret_pam, float *ret_scale);
+extern void ScalePAM(int **pam, int scale);
+
+
+/* from file.c
+ */
+extern char *FileDirname(char *filename);
+extern char *FileTail(char *file, int noextension);
+extern char *FileSameDirectory(char *full, char *file);
+extern char *FileConcat(char *dir, char *file);
+extern char *FileAddSuffix(char *filename, char *sfx);
+extern FILE *EnvFileOpen(char *fname, char *env, char **ret_dir);
+extern int   FileExists(char *filename);
+
+
+/* from getopt.c
+ */
+extern int  Getopt(int argc, char **argv, 
+                  struct opt_s *opt, int nopts, char *usage,
+                  int *ret_optind, char **ret_optname, char **ret_optarg);
+
+
+/* from hsregex.c
+ * Henry Spencer's regex() code
+ */
+extern int         Strparse(char *rexp, char *s, int ntok);
+extern void        SqdClean(void);
+extern sqd_regexp *sqd_regcomp(const char *re);
+extern int         sqd_regexec(sqd_regexp *rp, const char *s);
+extern void        sqd_regsub(const sqd_regexp *rp, const char *src, char *dst);
+extern void        sqd_regerror(char *message);
+
+/* from interleaved.c
+ */
+extern int IsInterleavedFormat(int format);
+extern int ReadInterleaved(char *seqfile, 
+                          int (*skip_header)(FILE *),
+                          int (*parse_header)(FILE *, AINFO *),
+                          int (*is_dataline)(char *, char *), 
+                          char ***ret_aseqs, AINFO *ainfo);
+extern int ReadAlignment(char *seqfile, int format, char ***ret_aseqs, AINFO *ainfo);
+
+
+/* from revcomp.c
+ */
+extern char *revcomp(char *comp, char *seq);
+
+/* 
+ * from selex.c
+ */
+extern int  DealignAseqs(char **aseqs, int num, char ***ret_rseqs);
+extern int  IsSELEXFormat(char *filename);
+extern int  TruncateNames(char **names, int N); /* OBSOLETE? */
+
+/* 
+ * from seqencode.c
+ */
+extern int seqcmp(char *s1, char *s2, int allow);
+extern int seqncmp(char *s1, char *s2, int n, int allow);
+extern int seqencode(char *codeseq,char *str);
+extern int coded_revcomp(char *comp, char *seq);
+extern int seqdecode(char *str, char *codeseq);
+extern int seqndecode(char *str, char *codeseq, int n);
+
+/* 
+ * from shuffle.c
+ */
+extern int  StrShuffle(char *s1, char *s2);
+extern int  StrDPShuffle(char *s1, char *s2);
+extern int  StrMarkov0(char *s1, char *s2);
+extern int  StrMarkov1(char *s1, char *s2);
+extern int  StrReverse(char *s1, char *s2);
+extern int  StrRegionalShuffle(char *s1, char *s2, int w);
+extern int  AlignmentShuffle(char **ali1, char **ali2, int nseq, int alen);
+extern int  AlignmentBootstrap(char **ali1, char **ali2, int nseq, int alen);
+extern int  QRNAShuffle(char *xs, char *ys, char *x, char *y);
+
+/* 
+ * from sqerror.c
+ */
+extern void Die(char *format, ...);
+#ifdef CLUSTALO
+extern void Warning(char *format, ...);
+#else
+extern void Warn(char *format, ...);
+#endif
+extern void Panic(char *file, int line);
+
+
+/* 
+ * from sqio.c
+ */
+extern void  FreeSequence(char *seq, SQINFO *sqinfo);
+extern int   SetSeqinfoString(SQINFO *sqinfo, char *sptr, int flag);
+extern void  SeqinfoCopy(SQINFO *sq1, SQINFO *sq2);
+extern void  ToDNA(char *seq);
+extern void  ToRNA(char *seq);
+extern void  ToIUPAC(char *seq, int is_aseq);
+extern int   ReadMultipleRseqs(char *seqfile, int fformat, char ***ret_rseqs, 
+                              SQINFO **ret_sqinfo, int *ret_num);
+extern SQFILE *SeqfileOpen(char *filename, int format, char *env);
+extern SQFILE *SeqfileOpenForIndexing(char *filename, int format, char *env, int ssimode);
+extern int     SeqfileFormat(FILE *fp);
+extern void    SeqfilePosition(SQFILE *sfp, SSIOFFSET *offset);
+extern void    SeqfileRewind(SQFILE *sfp);
+extern void    SeqfileClose(SQFILE *sfp);
+
+extern int   ReadSeq(SQFILE *fp, int format, char **ret_seq, SQINFO *sqinfo);
+extern int   GCGBinaryToSequence(char *seq, int len);
+extern int   GCGchecksum(char *seq, int seqlen);
+extern int   GCGMultchecksum(char **seqs, int nseq);
+extern void  WriteSimpleFASTA(FILE *fp, char *seq, char *name, char *desc);
+extern int   WriteSeq(FILE *outf, int outfmt, char *seq, SQINFO *sqinfo);
+extern int   Seqtype(char *seq);
+extern int   GuessAlignmentSeqtype(char **aseq, int nseq);
+extern int   String2SeqfileFormat(char *s);
+extern char *SeqfileFormat2String(int code);
+extern SQINFO *MSAToSqinfo(MSA *msa); 
+
+/* from squidcore.c
+ */
+extern void Banner(FILE *fp, char *banner); 
+
+
+/* from sre_ctype.c
+ */
+extern int sre_tolower(int c);
+extern int sre_toupper(int c);
+
+/* from sre_math.c
+ */
+extern int      Linefit(float *x, float *y, int N, 
+                       float *ret_a, float *ret_b, float *ret_r);
+extern void     WeightedLinefit(float *x, float *y, float *var, int N,
+                            float *ret_m, float *ret_b);
+extern double   Gammln(double xx);
+extern float  **FMX2Alloc(int rows, int cols);
+extern void     FMX2Free(float **mx);
+extern double **DMX2Alloc(int rows, int cols);
+extern void     DMX2Free(double **mx);
+extern void     FMX2Multiply(float **A, float **B, float **C, int m, int p, int n);
+extern double   IncompleteGamma(double a, double x);
+
+/* from sre_string.c
+ */
+#ifdef NOSTR
+extern char *strstr(char *s, char *subs);
+#endif
+extern char *Strdup(char *s);
+extern void  StringChop(char *s);
+extern int   Strinsert(char *s1, char c, int pos);
+extern int   Strdelete(char *s1, int pos);
+extern void  s2lower(char *s);
+extern void  s2upper(char *s);
+extern void *sre_malloc(char *file, int line, size_t size);
+extern void *sre_realloc(char *file, int line, void *p, size_t size);
+extern void  Free2DArray(void **p, int dim1);
+extern void  Free3DArray(void ***p, int dim1, int dim2);
+extern char *RandomSequence(char *alphabet, float *p, int n, int len);
+extern char *sre_fgets(char **buf, int *n, FILE *fp);
+extern int   sre_strcat(char **dest, int ldest, char *src, int lsrc);
+extern char *sre_strtok(char **s, char *delim, int *len);
+extern char *sre_strdup(char *s, int n);
+extern char *sre_strncat(char *s1, char *s2, int n);
+extern int   IsBlankline(char *s);
+
+/* from stack.c
+ */
+extern struct intstack_s *InitIntStack(void);
+extern void PushIntStack(struct intstack_s *stack, int data);
+extern int  PopIntStack(struct intstack_s  *stack, int *ret_data);
+extern void ReverseIntStack(struct intstack_s *stack);
+extern int  FreeIntStack( struct intstack_s *stack );
+
+/* 
+ * from translate.c
+ */
+extern char *Translate(char *seq, char **code);
+
+/* 
+ * from types.c
+ */
+extern int  IsInt(char *s);
+extern int  IsReal(char *s);
+extern void Byteswap(char *swap, int nbytes);
+#ifndef USE_HOST_BYTESWAP_FUNCTIONS
+extern sqd_uint16 sre_ntoh16(sqd_uint16 netshort);
+extern sqd_uint32 sre_ntoh32(sqd_uint32 netlong);
+extern sqd_uint16 sre_hton16(sqd_uint16 hostshort);
+extern sqd_uint32 sre_hton32(sqd_uint32 hostlong);
+#endif /*!USE_HOST_BYTESWAP_FUNCTIONS*/
+extern sqd_uint64 sre_ntoh64(sqd_uint64 net_int64);
+extern sqd_uint64 sre_hton64(sqd_uint64 host_int64);
+
+/* 
+ * from weight.c
+ */
+extern void GSCWeights(char **aseq, int nseq, int alen, float *wgt);
+extern void VoronoiWeights(char **aseq, int nseq, int alen, float *wgt);
+extern void BlosumWeights(char **aseq, int nseq, int alen, float blosumlevel, float *wgt);
+extern void PositionBasedWeights(char **aseq, int nseq, int alen, float *wgt);
+extern void FilterAlignment(MSA *msa, float cutoff, MSA **ret_new);
+extern void SampleAlignment(MSA *msa, int sample,   MSA **ret_new);
+extern void SingleLinkCluster(char **aseq, int nseq, int alen, float maxid, 
+                 int **ret_c, int *ret_nc);
+#endif /* SQFUNCSH_INCLUDED */
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/sqio.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/sqio.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..fff500b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,2041 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* File: sqio.c
+ * From: ureadseq.c in Don Gilbert's sequence i/o package
+ *
+ * Reads and writes nucleic/protein sequence in various
+ * formats. Data files may have multiple sequences.
+ *
+ * Heavily modified from READSEQ package
+ * Copyright (C) 1990 by D.G. Gilbert
+ * Biology Dept., Indiana University, Bloomington, IN 47405
+ * email: gilbertd@bio.indiana.edu
+ * Thanks Don!
+ *
+ * SRE: Modifications as noted. Fri Jul  3 09:44:54 1992
+ *      Packaged for squid, Thu Oct  1 10:07:11 1992
+ *      ANSI conversion in full swing, Mon Jul 12 12:22:21 1993
+ *
+ * CVS $Id: sqio.c,v 1.29 2002/08/26 23:10:52 eddy Exp)
+ * 
+ *****************************************************************
+ * Basic API for single sequence reading:
+ * 
+ * SQFILE *sqfp;
+ * char   *seqfile;
+ * int     format;        - see squid.h for formats; example: SQFILE_FASTA
+ * char   *seq;
+ * SQINFO  sqinfo;
+ * 
+ * if ((sqfp = SeqfileOpen(seqfile, format, "BLASTDB")) == NULL)
+ *   Die("Failed to open sequence database file %s\n%s\n", seqfile, usage);
+ * while (ReadSeq(sqfp, sqfp->format, &seq, &sqinfo)) {
+ *   do_stuff;
+ *   FreeSequence(seq, &sqinfo);
+ * }
+ * SeqfileClose(sqfp);  
+ * 
+ *****************************************************************  
+ */
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+#include <ctype.h>
+
+#ifndef SEEK_SET
+#include <unistd.h>    
+#endif
+
+#include "squid.h"
+#include "msa.h"
+#include "ssi.h"
+
+static void SeqfileGetLine(SQFILE *V);
+
+#define kStartLength  500
+
+static char *aminos      = "ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZ*";
+static char *primenuc    = "ACGTUN";
+static char *protonly    = "EFIPQZ";
+
+static SQFILE *seqfile_open(char *filename, int format, char *env, int ssimode);
+
+/* Function: SeqfileOpen()
+ * 
+ * Purpose : Open a sequence database file and prepare for reading
+ *           sequentially.
+ *           
+ * Args:     filename - name of file to open
+ *           format   - format of file
+ *           env      - environment variable for path (e.g. BLASTDB)   
+ *           ssimode  - -1, SSI_OFFSET_I32, or SSI_OFFSET_I64
+ *
+ *           Returns opened SQFILE ptr, or NULL on failure.
+ */
+SQFILE *
+SeqfileOpen(char *filename, int format, char *env)
+{
+  return seqfile_open(filename, format, env, -1);
+}
+SQFILE *
+SeqfileOpenForIndexing(char *filename, int format, char *env, int ssimode)
+{
+  return seqfile_open(filename, format, env, ssimode);
+}
+static SQFILE *
+seqfile_open(char *filename, int format, char *env, int ssimode)
+{
+  SQFILE *dbfp;
+
+  dbfp = (SQFILE *) MallocOrDie (sizeof(SQFILE));
+
+  dbfp->ssimode  = ssimode;
+  dbfp->rpl      = -1;         /* flag meaning "unset" */
+  dbfp->lastrpl  = 0;
+  dbfp->maxrpl   = 0;
+  dbfp->bpl      = -1;         /* flag meaning "unset" */
+  dbfp->lastbpl  = 0;
+  dbfp->maxbpl   = 0;
+
+  /* Open our file handle.
+   * Three possibilities:
+   *    1. normal file open
+   *    2. filename = "-";    read from stdin
+   *    3. filename = "*.gz"; read thru pipe from gzip 
+   * If we're reading from stdin or a pipe, we can't reliably
+   * back up, so we can't do two-pass parsers like the interleaved alignment   
+   * formats.
+   */
+  if (strcmp(filename, "-") == 0)
+    {
+      dbfp->f         = stdin;
+      dbfp->do_stdin  = TRUE; 
+      dbfp->do_gzip   = FALSE;
+      dbfp->fname     = sre_strdup("[STDIN]", -1);
+    }
+#ifndef SRE_STRICT_ANSI
+  /* popen(), pclose() aren't portable to non-POSIX systems; disable */
+  else if (Strparse("^.*\\.gz$", filename, 0))
+    {
+      char cmd[256];
+
+      /* Note that popen() will return "successfully"
+       * if file doesn't exist, because gzip works fine
+       * and prints an error! So we have to check for
+       * existence of file ourself.
+       */
+      if (! FileExists(filename))
+       Die("%s: file does not exist", filename);
+
+      if (strlen(filename) + strlen("gzip -dc ") >= 256)
+       Die("filename > 255 char in SeqfileOpen()"); 
+      sprintf(cmd, "gzip -dc %s", filename);
+      if ((dbfp->f = popen(cmd, "r")) == NULL)
+       return NULL;
+
+      dbfp->do_stdin = FALSE;
+      dbfp->do_gzip  = TRUE;
+      dbfp->fname    = sre_strdup(filename, -1);
+    }
+#endif /*SRE_STRICT_ANSI*/
+  else
+    {
+      if ((dbfp->f = fopen(filename, "r")) == NULL &&
+         (dbfp->f = EnvFileOpen(filename, env, NULL)) == NULL)
+       return NULL;
+
+      dbfp->do_stdin = FALSE;
+      dbfp->do_gzip  = FALSE;
+      dbfp->fname    = sre_strdup(filename, -1);
+    }
+  
+
+  /* Invoke autodetection if we haven't already been told what
+   * to expect.
+   */
+  if (format == SQFILE_UNKNOWN)
+    {
+      if (dbfp->do_stdin == TRUE || dbfp->do_gzip)
+       Die("Can't autodetect sequence file format from a stdin or gzip pipe");
+      format = SeqfileFormat(dbfp->f);
+      if (format == SQFILE_UNKNOWN)
+       Die("Can't determine format of sequence file %s", dbfp->fname);
+    }
+
+  /* The hack for sequential access of an interleaved alignment file:
+   * read the alignment in, we'll copy sequences out one at a time.
+   */
+  dbfp->msa        = NULL;
+  dbfp->afp        = NULL;
+  dbfp->format     = format;
+  dbfp->linenumber = 0;
+  dbfp->buf        = NULL;
+  dbfp->buflen     = 0;
+  if (IsAlignmentFormat(format))       
+    {
+      /* We'll be reading from the MSA interface. Copy our data
+       * to the MSA afp's structure.
+       */
+      dbfp->afp           = MallocOrDie(sizeof(MSAFILE));
+      dbfp->afp->f        = dbfp->f;            /* just a ptr, don't close */
+      dbfp->afp->do_stdin = dbfp->do_stdin;
+      dbfp->afp->do_gzip  = dbfp->do_gzip;
+      dbfp->afp->fname    = dbfp->fname;        /* just a ptr, don't free */
+      dbfp->afp->format   = dbfp->format;       /* e.g. format */
+      dbfp->afp->linenumber = dbfp->linenumber;        /* e.g. 0 */
+      dbfp->afp->buf      = NULL;
+      dbfp->afp->buflen   = 0;
+
+      if ((dbfp->msa = MSAFileRead(dbfp->afp)) == NULL)
+       Die("Failed to read any alignment data from file %s", dbfp->fname);
+                               /* hack: overload/reuse msa->lastidx; indicates
+                                  next seq to return upon a ReadSeq() call */
+      dbfp->msa->lastidx = 0;
+
+      return dbfp;
+    }
+
+  /* Load the first line.
+   */
+  SeqfileGetLine(dbfp); 
+  return dbfp;
+}
+
+/* Function: SeqfilePosition()
+ * 
+ * Purpose:  Move to a particular offset in a seqfile.
+ *           Will not work on alignment files.
+ */
+void
+SeqfilePosition(SQFILE *sqfp, SSIOFFSET *offset)
+{
+  if (sqfp->do_stdin || sqfp->do_gzip || IsAlignmentFormat(sqfp->format))
+    Die("SeqfilePosition() failed: in a nonrewindable data file or stream");
+
+  if (SSISetFilePosition(sqfp->f, offset) != 0)
+    Die("SSISetFilePosition failed, but that shouldn't happen.");
+  SeqfileGetLine(sqfp);
+}
+
+
+/* Function: SeqfileRewind()
+ * 
+ * Purpose:  Set a sequence file back to the first sequence.
+ * 
+ *           Won't work on alignment files. Although it would
+ *           seem that it could (just set msa->lastidx back to 0),
+ *           that'll fail on "multiple multiple" alignment file formats
+ *           (e.g. Stockholm).
+ */
+void
+SeqfileRewind(SQFILE *sqfp)
+{
+  if (sqfp->do_stdin || sqfp->do_gzip)
+    Die("SeqfileRewind() failed: in a nonrewindable data file or stream");
+
+  rewind(sqfp->f);
+  SeqfileGetLine(sqfp);
+}
+
+/* Function: SeqfileLineParameters()
+ * Date:     SRE, Thu Feb 15 17:00:41 2001 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  After all the sequences have been read from the file,
+ *           but before closing it, retrieve overall bytes-per-line and
+ *           residues-per-line info. If non-zero, these mean that
+ *           the file contains homogeneous sequence line lengths (except
+ *           the last line in each record).  
+ *           
+ *           If either of bpl or rpl is determined to be inhomogeneous,
+ *           both are returned as 0.
+ *
+ * Args:     *sqfp   - an open but fully read sequence file
+ *           ret_bpl - RETURN: bytes per line, or 0 if inhomogeneous
+ *           ret_rpl - RETURN: residues per line, or 0 if inhomogenous.
+ *
+ * Returns:  void
+ */
+void
+SeqfileLineParameters(SQFILE *V, int *ret_bpl, int *ret_rpl)
+{
+  if (V->rpl > 0 && V->maxrpl == V->rpl &&
+      V->bpl > 0 && V->maxbpl == V->bpl) {
+    *ret_bpl = V->bpl;
+    *ret_rpl = V->rpl;
+  } else {
+    *ret_bpl = 0;
+    *ret_rpl = 0;
+  }
+}
+
+
+void
+SeqfileClose(SQFILE *sqfp)
+{
+  /* note: don't test for sqfp->msa being NULL. Now that
+   * we're holding afp open and allowing access to multi-MSA
+   * databases (e.g. Stockholm format, Pfam), msa ends
+   * up being NULL when we run out of alignments.
+   */
+  if (sqfp->afp != NULL) {
+    if (sqfp->msa      != NULL) MSAFree(sqfp->msa);
+    if (sqfp->afp->buf != NULL) free(sqfp->afp->buf);
+    free(sqfp->afp);
+  }
+#ifndef SRE_STRICT_ANSI        /* gunzip functionality only on POSIX systems */
+  if (sqfp->do_gzip)         pclose(sqfp->f);
+#endif  
+  else if (! sqfp->do_stdin) fclose(sqfp->f);
+  if (sqfp->buf   != NULL) free(sqfp->buf);
+  if (sqfp->fname != NULL) free(sqfp->fname);
+  free(sqfp);
+}
+
+
+/* Function: SeqfileGetLine()
+ * Date:     SRE, Tue Jun 22 09:15:49 1999 [Sanger Centre]
+ *
+ * Purpose:  read a line from a sequence file into V->buf
+ *           If the fgets() is NULL, sets V->buf[0] to '\0'.
+ *
+ * Args:     V
+ *
+ * Returns:  void
+ */
+static void 
+SeqfileGetLine(SQFILE *V)
+{
+  if (V->ssimode >= 0) 
+    if (0 != SSIGetFilePosition(V->f, V->ssimode, &(V->ssioffset)))
+      Die("SSIGetFilePosition() failed");
+  if (sre_fgets(&(V->buf), &(V->buflen), V->f) == NULL)
+    *(V->buf) = '\0';
+  V->linenumber++;
+}
+
+
+void
+FreeSequence(char *seq, SQINFO *sqinfo)
+{
+  if (seq != NULL) free(seq); /* FS, r244, here is potential problem in profile/profile */
+  if (sqinfo->flags & SQINFO_SS){
+    if (NULL != sqinfo->ss){ /* FS, r244 -> r245 */
+      free(sqinfo->ss);
+    }
+  }
+  if (sqinfo->flags & SQINFO_SA){
+    if (NULL != sqinfo->sa){ /* FS, r244 -> r245 */
+      free(sqinfo->sa);
+    }
+  }
+}
+
+int
+SetSeqinfoString(SQINFO *sqinfo, char *sptr, int flag)
+{
+  int len;
+  int pos;
+
+                               /* silently ignore NULL. */
+  if (sptr == NULL) return 1;
+
+  while (*sptr == ' ') sptr++; /* ignore leading whitespace */
+  for (pos = strlen(sptr)-1; pos >= 0; pos--)
+    if (! isspace((int) sptr[pos])) break;
+  sptr[pos+1] = '\0';         /* ignore trailing whitespace */
+
+  switch (flag) {
+  case SQINFO_NAME:
+    if (*sptr != '-')
+      { 
+       strncpy(sqinfo->name, sptr, SQINFO_NAMELEN-1);
+       sqinfo->name[SQINFO_NAMELEN-1] = '\0';
+       sqinfo->flags   |= SQINFO_NAME;
+      }
+    break;
+
+  case SQINFO_ID:
+    if (*sptr != '-')
+      { 
+       strncpy(sqinfo->id, sptr, SQINFO_NAMELEN-1);
+       sqinfo->id[SQINFO_NAMELEN-1] = '\0';
+       sqinfo->flags |= SQINFO_ID;
+      }
+    break;
+
+  case SQINFO_ACC:
+    if (*sptr != '-')
+      { 
+       strncpy(sqinfo->acc, sptr, SQINFO_NAMELEN-1);
+       sqinfo->acc[SQINFO_NAMELEN-1] = '\0';
+       sqinfo->flags   |= SQINFO_ACC;
+      }
+    break;
+
+  case SQINFO_DESC:
+    if (*sptr != '-')
+      { 
+       if (sqinfo->flags & SQINFO_DESC) /* append? */
+         {
+           len = strlen(sqinfo->desc);
+           if (len < SQINFO_DESCLEN-2) /* is there room? */
+             {
+               strncat(sqinfo->desc, " ", SQINFO_DESCLEN-1-len); len++;
+               strncat(sqinfo->desc, sptr, SQINFO_DESCLEN-1-len);
+             }
+         }
+       else                    /* else copy */
+         strncpy(sqinfo->desc, sptr, SQINFO_DESCLEN-1);
+       sqinfo->desc[SQINFO_DESCLEN-1] = '\0';
+       sqinfo->flags   |= SQINFO_DESC;
+      }
+    break;
+
+  case SQINFO_START:
+    if (!IsInt(sptr)) { squid_errno = SQERR_FORMAT; return 0; }
+    sqinfo->start = atoi(sptr);
+    if (sqinfo->start != 0) sqinfo->flags |= SQINFO_START;
+    break;
+
+  case SQINFO_STOP:
+    if (!IsInt(sptr)) { squid_errno = SQERR_FORMAT; return 0; }
+    sqinfo->stop = atoi(sptr);
+    if (sqinfo->stop != 0) sqinfo->flags |= SQINFO_STOP;
+    break;
+
+  case SQINFO_OLEN:
+    if (!IsInt(sptr)) { squid_errno = SQERR_FORMAT; return 0; }
+    sqinfo->olen = atoi(sptr);
+    if (sqinfo->olen != 0) sqinfo->flags |= SQINFO_OLEN;
+    break;
+
+  default:
+    Die("Invalid flag %d to SetSeqinfoString()", flag);
+  }
+  return 1;
+}
+
+void
+SeqinfoCopy(SQINFO *sq1, SQINFO *sq2)
+{
+  sq1->flags = sq2->flags;
+  if (sq2->flags & SQINFO_NAME)  strcpy(sq1->name, sq2->name);
+  if (sq2->flags & SQINFO_ID)    strcpy(sq1->id,   sq2->id);
+  if (sq2->flags & SQINFO_ACC)   strcpy(sq1->acc,  sq2->acc);
+  if (sq2->flags & SQINFO_DESC)  strcpy(sq1->desc, sq2->desc);
+  if (sq2->flags & SQINFO_LEN)   sq1->len    = sq2->len;
+  if (sq2->flags & SQINFO_START) sq1->start  = sq2->start;
+  if (sq2->flags & SQINFO_STOP)  sq1->stop   = sq2->stop;
+  if (sq2->flags & SQINFO_OLEN)  sq1->olen   = sq2->olen;
+  if (sq2->flags & SQINFO_TYPE)  sq1->type   = sq2->type;
+  if (sq2->flags & SQINFO_SS)    sq1->ss     = Strdup(sq2->ss);
+  if (sq2->flags & SQINFO_SA)    sq1->sa     = Strdup(sq2->sa);
+}
+
+/* Function: ToDNA()
+ * 
+ * Purpose:  Convert a sequence to DNA.
+ *           U --> T
+ */
+void
+ToDNA(char *seq)
+{
+  for (; *seq != '\0'; seq++)
+    {
+      if      (*seq == 'U') *seq = 'T';
+      else if (*seq == 'u') *seq = 't';
+    }
+}
+
+/* Function: ToRNA()
+ * 
+ * Purpose:  Convert a sequence to RNA.
+ *           T --> U
+ */
+void
+ToRNA(char *seq)
+{
+  for (; *seq != '\0'; seq++)
+    {
+      if      (*seq == 'T') *seq = 'U';
+      else if (*seq == 't') *seq = 'u';
+    }
+}
+
+
+/* Function: ToIUPAC()
+ * 
+ * Purpose:  Convert X's, o's, other junk in a nucleic acid sequence to N's,
+ *           to comply with IUPAC code. If is_aseq is TRUE, will allow gap
+ *           characters though, so we can call ToIUPAC() on aligned seqs.
+ *      
+ *           NUCLEOTIDES is defined in squid.h as:
+ *               "ACGTUNRYMKSWHBVDacgtunrymkswhbvd"
+ *           gap chars allowed by isgap() are defined in squid.h as:
+ *               " ._-~"
+ *
+ *           WU-BLAST's pressdb will
+ *           choke on X's, for instance, necessitating conversion
+ *           of certain genome centers' data. 
+ */
+void
+ToIUPAC(char *seq, int is_aseq) 
+{
+  if (is_aseq) {
+    for (; *seq != '\0'; seq++)
+      if (strchr(NUCLEOTIDES, *seq) == NULL && ! isgap(*seq)) *seq = 'N';
+  } else {
+    for (; *seq != '\0'; seq++)
+      if (strchr(NUCLEOTIDES, *seq) == NULL) *seq = 'N';
+  }
+}
+
+
+/* Function: addseq()
+ * 
+ * Purpose:  Add a line of sequence to the growing string in V.
+ *
+ *           In the seven supported unaligned formats, all sequence
+ *           lines may contain whitespace that must be filtered out;
+ *           four formats (PIR, EMBL, Genbank, GCG) include coordinates
+ *           that must be filtered out. Thus an (!isdigit && !isspace)
+ *           test on each character before we accept it.
+ */
+static void 
+addseq(char *s, struct ReadSeqVars *V)
+{
+  char *s0;
+  char *sq;
+  int   rpl;                   /* valid residues per line */
+  int   bpl;                   /* characters per line     */
+
+  if (V->ssimode == -1)
+    {                          /* Normal mode: keeping the seq */
+      /* Make sure we have enough room. We know that s is <= buflen,
+       * so just make sure we've got room for a whole new buflen worth
+       * of sequence.
+       */
+      if (V->seqlen + V->buflen > V->maxseq) {
+       V->maxseq += MAX(V->buflen, kStartLength);
+       V->seq = ReallocOrDie (V->seq, V->maxseq+1);
+      }
+
+      sq = V->seq + V->seqlen;
+      while (*s != 0) {
+#ifdef CLUSTALO
+    if (! isdigit((int) *s) && ! isspace((int) *s) && isprint((int) *s)) {     
+#else
+       if (! isdigit((int) *s) && ! isspace((int) *s)) { 
+#endif
+         *sq = *s;
+         sq++;
+       }
+       s++;
+      }
+      V->seqlen = sq - V->seq;
+    }
+  else                         /* else: indexing mode, discard the seq */
+    {
+      s0 = s;
+      rpl = 0;
+      while (*s != 0) {
+       if (! isdigit((int) *s) && ! isspace((int) *s)) {
+         rpl++;
+       }
+       s++;
+      }
+      V->seqlen += rpl;
+      bpl = s - s0;
+
+      /* Keep track of the global rpl, bpl for the file.
+       * This is overly complicated because we have to 
+       * allow the last line of each record (e.g. the last addseq() call
+       * on each sequence) to have a different length - and sometimes
+       * we'll have one-line sequence records, too.  Thus we only
+       * do something with the global V->rpl when we have *passed over*
+       * a line - we keep the last line's rpl in last_rpl. And because
+       * a file might consist entirely of single-line records, we keep
+       * a third guy, maxrpl, that tells us the maximum rpl of any line
+       * in the file. If we reach the end of file and rpl is still unset,
+       * we'll set it to maxrpl. If we reach eof and rpl is set, but is
+       * less than maxrpl, that's a weird case where a last line in some
+       * record is longer than every other line.
+       */
+      if (V->rpl != 0) {               /* 0 means we already know rpl is invalid       */
+       if (V->lastrpl > 0) {   /* we're on something that's not the first line */
+         if (V->rpl > 0 && V->lastrpl != V->rpl)  V->rpl = 0; 
+         else if (V->rpl == -1)                   V->rpl = V->lastrpl;
+       }      
+       V->lastrpl = rpl;
+       if (rpl > V->maxrpl) V->maxrpl = rpl; /* make sure we check max length of final lines */
+      }
+      if (V->bpl != 0) {               /* 0 means we already know bpl is invalid       */
+       if (V->lastbpl > 0) {   /* we're on something that's not the first line */
+         if (V->bpl > 0 && V->lastbpl != V->bpl)  V->bpl = 0; 
+         else if (V->bpl == -1)                   V->bpl = V->lastbpl;
+       }      
+       V->lastbpl = bpl;
+       if (bpl > V->maxbpl) V->maxbpl = bpl; /* make sure we check max length of final lines */
+      }
+    } /* end of indexing mode of addseq(). */
+
+}
+
+static void 
+readLoop(int addfirst, int (*endTest)(char *,int *), struct ReadSeqVars *V)
+{
+  int addend = 0;
+  int done   = 0;
+
+  V->seqlen = 0;
+  V->lastrpl = V->lastbpl = 0;
+  if (addfirst) {
+    if (V->ssimode >= 0) V->d_off = V->ssioffset;
+    addseq(V->buf, V);
+  } else if (V->ssimode >= 0)
+    if (0 != SSIGetFilePosition(V->f, V->ssimode, &(V->d_off)))
+      Die("SSIGetFilePosition() failed");
+
+  do {
+    SeqfileGetLine(V);
+       /* feof() alone is a bug; files not necessarily \n terminated */
+    if (*(V->buf) == '\0' && feof(V->f))
+      done = TRUE;
+    done |= (*endTest)(V->buf, &addend);
+    if (addend || !done)
+      addseq(V->buf, V);
+  } while (!done);
+}
+
+
+static int
+endPIR(char *s, int  *addend)
+{
+  *addend = 0;
+  if ((strncmp(s, "///", 3) == 0) || 
+      (strncmp(s, "ENTRY", 5) == 0))
+    return 1;
+  else
+    return 0;
+}
+
+static void
+readPIR(struct ReadSeqVars *V)
+{
+  char *sptr;
+                               /* load first line of entry  */
+  while (!feof(V->f) && strncmp(V->buf, "ENTRY", 5) != 0) {
+    SeqfileGetLine(V);
+  }
+  if (feof(V->f)) return;
+  if (V->ssimode >= 0) V->r_off = V->ssioffset;
+
+  if ((sptr = strtok(V->buf + 15, "\n\t ")) != NULL)
+    {
+      SetSeqinfoString(V->sqinfo, sptr, SQINFO_NAME);
+      SetSeqinfoString(V->sqinfo, sptr, SQINFO_ID);
+    }
+  do {
+    SeqfileGetLine(V);
+    if (!feof(V->f) && strncmp(V->buf, "TITLE", 5) == 0)
+      SetSeqinfoString(V->sqinfo, V->buf+15, SQINFO_DESC);
+    else if (!feof(V->f) && strncmp(V->buf, "ACCESSION", 9) == 0)
+      {
+       if ((sptr = strtok(V->buf+15, " \t\n")) != NULL)
+         SetSeqinfoString(V->sqinfo, sptr, SQINFO_ACC);
+      }
+  } while (! feof(V->f) && (strncmp(V->buf,"SEQUENCE", 8) != 0));
+  SeqfileGetLine(V);                   /* skip next line, coords */
+
+  readLoop(0, endPIR, V);
+
+  /* reading a real PIR-CODATA database file, we keep the source coords
+   */
+  V->sqinfo->start = 1;
+  V->sqinfo->stop  = V->seqlen;
+  V->sqinfo->olen  = V->seqlen;
+  V->sqinfo->flags |= SQINFO_START | SQINFO_STOP | SQINFO_OLEN;
+
+  /* get next line
+   */
+  while (!feof(V->f) && strncmp(V->buf, "ENTRY", 5) != 0) {
+    SeqfileGetLine(V);
+  }
+}
+
+
+
+static int 
+endIG(char *s, int  *addend)
+{
+  *addend = 1; /* 1 or 2 occur in line w/ bases */
+  return((strchr(s,'1')!=NULL) || (strchr(s,'2')!=NULL));
+}
+
+static void 
+readIG(struct ReadSeqVars *V)
+{
+  char *nm;
+                               /* position past ';' comments */
+  do {
+    SeqfileGetLine(V);
+  } while (! (feof(V->f) || ((*V->buf != 0) && (*V->buf != ';')) ));
+
+  if (!feof(V->f))
+    {
+      if ((nm = strtok(V->buf, "\n\t ")) != NULL)
+       SetSeqinfoString(V->sqinfo, nm, SQINFO_NAME);
+
+      readLoop(0, endIG, V);
+    }
+  
+  while (!(feof(V->f) || ((*V->buf != '\0') && (*V->buf == ';'))))
+    SeqfileGetLine(V);
+}
+
+static int 
+endStrider(char *s, int *addend)
+{
+  *addend = 0;
+  return (strstr( s, "//") != NULL);
+}
+
+static void 
+readStrider(struct ReadSeqVars *V)
+{ 
+  char *nm;
+  
+  while ((!feof(V->f)) && (*V->buf == ';')) 
+    {
+      if (strncmp(V->buf,"; DNA sequence", 14) == 0)
+       {
+         if ((nm = strtok(V->buf+16, ",\n\t ")) != NULL)
+           SetSeqinfoString(V->sqinfo, nm, SQINFO_NAME);
+       }
+      SeqfileGetLine(V);
+    }
+
+  if (! feof(V->f))
+    readLoop(1, endStrider, V);
+
+  /* load next line
+   */
+  while ((!feof(V->f)) && (*V->buf != ';')) 
+    SeqfileGetLine(V);
+}
+
+
+static int 
+endGB(char *s, int *addend)
+{
+  *addend = 0;
+  return ((strstr(s,"//") != NULL) || (strstr(s,"LOCUS") == s));
+}
+
+static void 
+readGenBank(struct ReadSeqVars *V)
+{
+  char *sptr;
+  int   in_definition;
+
+  /* We'll map three genbank identifiers onto names:
+   *     LOCUS     -> sqinfo.name
+   *     ACCESSION -> sqinfo.acc   [primary accession only]
+   *     VERSION   -> sqinfo.id
+   * We don't currently store the GI number, or secondary accessions.    
+   */
+  while (strncmp(V->buf, "LOCUS", 5) != 0) {
+    SeqfileGetLine(V);
+  }
+  if (V->ssimode >= 0) V->r_off = V->ssioffset;
+
+  if ((sptr = strtok(V->buf+12, "\n\t ")) != NULL)
+    SetSeqinfoString(V->sqinfo, sptr, SQINFO_NAME);
+
+  in_definition = FALSE;
+  while (! feof(V->f))
+    {
+      SeqfileGetLine(V);
+      if (! feof(V->f) && strstr(V->buf, "DEFINITION") == V->buf)
+       {
+         if ((sptr = strtok(V->buf+12, "\n")) != NULL)
+           SetSeqinfoString(V->sqinfo, sptr, SQINFO_DESC);
+         in_definition = TRUE;
+       }
+      else if (! feof(V->f) && strstr(V->buf, "ACCESSION") == V->buf)
+       {
+         if ((sptr = strtok(V->buf+12, "\n\t ")) != NULL)
+           SetSeqinfoString(V->sqinfo, sptr, SQINFO_ACC);
+         in_definition = FALSE;
+       }
+      else if (! feof(V->f) && strstr(V->buf, "VERSION") == V->buf)
+       {
+         if ((sptr = strtok(V->buf+12, "\n\t ")) != NULL)
+           SetSeqinfoString(V->sqinfo, sptr, SQINFO_ID);
+         in_definition = FALSE;
+       }
+      else if (strncmp(V->buf,"ORIGIN", 6) != 0)
+       {
+         if (in_definition)
+           SetSeqinfoString(V->sqinfo, V->buf, SQINFO_DESC);
+       }
+      else
+       break;
+    }
+
+  readLoop(0, endGB, V);
+
+  /* reading a real GenBank database file, we keep the source coords
+   */
+  V->sqinfo->start = 1;
+  V->sqinfo->stop  = V->seqlen;
+  V->sqinfo->olen  = V->seqlen;
+  V->sqinfo->flags |= SQINFO_START | SQINFO_STOP | SQINFO_OLEN;
+
+
+  while (!(feof(V->f) || ((*V->buf!=0) && (strstr(V->buf,"LOCUS") == V->buf))))
+    SeqfileGetLine(V);
+                               /* SRE: V->s now holds "//", so sequential
+                                  reads are wedged: fixed Tue Jul 13 1993 */
+  while (!feof(V->f) && strstr(V->buf, "LOCUS  ") != V->buf)
+    SeqfileGetLine(V);
+}
+
+static int
+endGCGdata(char *s, int *addend) 
+{
+  *addend = 0;
+  return (*s == '>');
+}
+
+static void
+readGCGdata(struct ReadSeqVars *V)
+{
+  int   binary = FALSE;                /* whether data are binary or not */
+  int   blen = 0;              /* length of binary sequence */
+  
+                               /* first line contains ">>>>" followed by name */
+  if (Strparse(">>>>([^ ]+) .+2BIT +Len: ([0-9]+)", V->buf, 2))
+    {
+      binary = TRUE;
+      SetSeqinfoString(V->sqinfo, sqd_parse[1], SQINFO_NAME);
+      blen = atoi(sqd_parse[2]);
+    } 
+  else if (Strparse(">>>>([^ ]+) .+ASCII +Len: [0-9]+", V->buf, 1))
+    SetSeqinfoString(V->sqinfo, sqd_parse[1], SQINFO_NAME);
+  else 
+    Die("bogus GCGdata format? %s", V->buf);
+
+                               /* second line contains free text description */
+  SeqfileGetLine(V);
+  SetSeqinfoString(V->sqinfo, V->buf, SQINFO_DESC);
+
+  if (binary) {
+    /* allocate for blen characters +3... (allow for 3 bytes of slop) */
+    if (blen >= V->maxseq) {
+      V->maxseq = blen;
+      if ((V->seq = (char *) realloc (V->seq, sizeof(char)*(V->maxseq+4)))==NULL)
+       Die("malloc failed");
+    }
+                               /* read (blen+3)/4 bytes from file */
+    if (fread(V->seq, sizeof(char), (blen+3)/4, V->f) < (size_t) ((blen+3)/4))
+      Die("fread failed");
+    V->seqlen = blen;
+                               /* convert binary code to seq */
+    GCGBinaryToSequence(V->seq, blen);
+  }
+  else readLoop(0, endGCGdata, V);
+  
+  while (!(feof(V->f) || ((*V->buf != 0) && (*V->buf == '>'))))
+    SeqfileGetLine(V);
+}
+
+static int
+endPearson(char *s, int *addend)
+{
+  *addend = 0;
+  return(*s == '>');
+}
+
+static void 
+readPearson(struct ReadSeqVars *V)
+{
+  char *sptr;
+
+  if (V->ssimode >= 0) V->r_off = V->ssioffset;
+
+  if (*V->buf != '>') 
+    Die("\
+File %s does not appear to be in FASTA format at line %d.\n\
+You may want to specify the file format on the command line.\n\
+Usually this is done with an option --informat <fmt>.\n", 
+       V->fname, V->linenumber);
+
+  if ((sptr = strtok(V->buf+1, "\n\t ")) != NULL)
+    SetSeqinfoString(V->sqinfo, sptr, SQINFO_NAME);
+  if ((sptr = strtok(NULL, "\n")) != NULL)
+    SetSeqinfoString(V->sqinfo, sptr, SQINFO_DESC);
+
+  readLoop(0, endPearson, V);
+
+  while (!(feof(V->f) || ((*V->buf != 0) && (*V->buf == '>')))) {
+    SeqfileGetLine(V);
+  }
+}
+
+
+static int
+endEMBL(char *s, int *addend)
+{
+  *addend = 0;
+  /* Some people (Berlin 5S rRNA database, f'r instance) use
+   * an extended EMBL format that attaches extra data after
+   * the sequence -- watch out for that. We use the fact that
+   * real EMBL sequence lines begin with five spaces.
+   * 
+   * We can use this as the sole end test because readEMBL() will
+   * advance to the next ID line before starting to read again.
+   */
+  return (strncmp(s,"     ",5) != 0);
+/*  return ((strstr(s,"//") != NULL) || (strstr(s,"ID   ") == s)); */
+}
+
+static void 
+readEMBL(struct ReadSeqVars *V)
+{
+  char *sptr;
+
+                               /* make sure we have first line */
+  while (!feof(V->f) && strncmp(V->buf, "ID  ", 4) != 0) {
+    SeqfileGetLine(V);
+  }
+  if (V->ssimode >= 0) V->r_off = V->ssioffset;
+
+  if ((sptr = strtok(V->buf+5, "\n\t ")) != NULL)
+    {
+      SetSeqinfoString(V->sqinfo, sptr, SQINFO_NAME);
+      SetSeqinfoString(V->sqinfo, sptr, SQINFO_ID);
+    }
+
+  do {
+    SeqfileGetLine(V);
+    if (!feof(V->f) && strstr(V->buf, "AC  ") == V->buf)
+      {
+       if ((sptr = strtok(V->buf+5, ";  \t\n")) != NULL)
+         SetSeqinfoString(V->sqinfo, sptr, SQINFO_ACC);
+      }
+    else if (!feof(V->f) && strstr(V->buf, "DE  ") == V->buf)
+      {
+       if ((sptr = strtok(V->buf+5, "\n")) != NULL)
+         SetSeqinfoString(V->sqinfo, sptr, SQINFO_DESC);
+      }
+  } while (! feof(V->f) && strncmp(V->buf,"SQ",2) != 0);
+  
+  readLoop(0, endEMBL, V);
+
+  /* Hack for Staden experiment files: convert - to N
+   */
+  if (V->ssimode == -1)                /* if we're in ssi mode, we're not keeping the seq */
+    for (sptr = V->seq; *sptr != '\0'; sptr++)
+      if (*sptr == '-') *sptr = 'N';
+
+  /* reading a real EMBL database file, we keep the source coords
+   */
+  V->sqinfo->start = 1;
+  V->sqinfo->stop  = V->seqlen;
+  V->sqinfo->olen  = V->seqlen;
+  V->sqinfo->flags |= SQINFO_START | SQINFO_STOP | SQINFO_OLEN;
+
+                               /* load next record's ID line */
+  while (!feof(V->f) && strncmp(V->buf, "ID  ", 4) != 0) {
+    SeqfileGetLine(V);
+  }    
+
+}
+
+
+static int
+endZuker(char *s, int *addend)
+{
+  *addend = 0;
+  return( *s == '(' );
+}
+
+static void
+readZuker(struct ReadSeqVars *V)
+{
+  char *sptr;
+
+  SeqfileGetLine(V);  /*s == "seqLen seqid string..."*/
+
+  if ((sptr = strtok(V->buf+6, " \t\n")) != NULL)
+    SetSeqinfoString(V->sqinfo, sptr, SQINFO_NAME);
+
+  if ((sptr = strtok(NULL, "\n")) != NULL)
+    SetSeqinfoString(V->sqinfo, sptr, SQINFO_DESC);
+
+  readLoop(0, endZuker, V);
+
+  while (!(feof(V->f) | ((*V->buf != '\0') & (*V->buf == '('))))
+    SeqfileGetLine(V);
+}
+
+static void 
+readUWGCG(struct ReadSeqVars *V)
+{
+  char  *si;
+  char  *sptr;
+  int    done;
+
+  V->seqlen = 0;
+
+  /*writeseq: "    %s  Length: %d  (today)  Check: %d  ..\n" */
+  /*drop above or ".." from id*/
+  if ((si = strstr(V->buf,"  Length: ")) != NULL) *si = 0;
+  else if ((si = strstr(V->buf,"..")) != NULL)    *si = 0;
+
+  if ((sptr = strtok(V->buf, "\n\t ")) != NULL)
+    SetSeqinfoString(V->sqinfo, sptr, SQINFO_NAME);
+
+  do {
+    done = feof(V->f);
+    SeqfileGetLine(V);
+    if (! done) addseq(V->buf, V);
+  } while (!done);
+}
+
+    
+/* Function: ReadSeq()
+ * 
+ * Purpose:  Read next sequence from an open database file.
+ *           Return the sequence and associated info.
+ *           
+ * Args:     fp      - open sequence database file pointer          
+ *           format  - format of the file (previously determined
+ *                      by call to SeqfileFormat()).
+ *                      Currently unused, since we carry it in V. 
+ *           ret_seq - RETURN: sequence
+ *           sqinfo  - RETURN: filled in w/ other information  
+ *                     
+ * Limitations: uses squid_errno, so it's not threadsafe.                    
+ *           
+ * Return:   1 on success, 0 on failure.
+ *           ret_seq and some field of sqinfo are allocated here,
+ *           The preferred call mechanism to properly free the memory is:
+ *           
+ *           SQINFO sqinfo;
+ *           char  *seq;
+ *           
+ *           ReadSeq(fp, format, &seq, &sqinfo);
+ *           ... do something...
+ *           FreeSequence(seq, &sqinfo);
+ */
+int
+ReadSeq(SQFILE *V, int format, char **ret_seq, SQINFO *sqinfo)
+{
+  int    gotuw;
+
+  squid_errno = SQERR_OK;
+
+  /* Here's the hack for sequential access of sequences from
+   * the multiple sequence alignment formats
+   */
+  if (IsAlignmentFormat(V->format))
+    {
+      if (V->msa->lastidx >= V->msa->nseq) 
+       { /* out of data. try to read another alignment */                              
+         MSAFree(V->msa);
+         if ((V->msa = MSAFileRead(V->afp)) == NULL)
+           return 0;
+         V->msa->lastidx = 0;
+       }
+                               /* copy and dealign the appropriate aligned seq */
+/* AW: stopping squid from dealigning sequences and corresponding info */
+#ifdef CLUSTALO
+      V->seq = sre_strdup(V->msa->aseq[V->msa->lastidx], V->msa->alen);
+#else
+      MakeDealignedString(V->msa->aseq[V->msa->lastidx], V->msa->alen, 
+                          V->msa->aseq[V->msa->lastidx], &(V->seq));
+#endif
+      V->seqlen = strlen(V->seq);
+
+      /* Extract sqinfo stuff for this sequence from the msa.
+       * Tedious; code that should be cleaned.
+       */
+      sqinfo->flags = 0;
+      if (V->msa->sqname[V->msa->lastidx] != NULL) 
+       SetSeqinfoString(sqinfo, V->msa->sqname[V->msa->lastidx], SQINFO_NAME);
+      if (V->msa->sqacc != NULL && V->msa->sqacc[V->msa->lastidx] != NULL) 
+       SetSeqinfoString(sqinfo, V->msa->sqacc[V->msa->lastidx], SQINFO_ACC);
+      if (V->msa->sqdesc != NULL && V->msa->sqdesc[V->msa->lastidx] != NULL) 
+       SetSeqinfoString(sqinfo, V->msa->sqdesc[V->msa->lastidx], SQINFO_DESC);
+      if (V->msa->ss != NULL && V->msa->ss[V->msa->lastidx] != NULL) {
+/* AW: stopping squid from dealigning sequences and corresponding info */
+#ifdef CLUSTALO
+          sqinfo->ss = sre_strdup(V->msa->ss[V->msa->lastidx], V->msa->alen);
+#else
+          MakeDealignedString(V->msa->aseq[V->msa->lastidx], V->msa->alen, 
+                              V->msa->ss[V->msa->lastidx], &(sqinfo->ss));
+#endif
+              sqinfo->flags |= SQINFO_SS;
+      }
+      if (V->msa->sa != NULL && V->msa->sa[V->msa->lastidx] != NULL) {
+/* AW: stopping squid from dealigning sequences and corresponding info */
+#ifdef CLUSTALO
+          sqinfo->sa = sre_strdup(V->msa->sa[V->msa->lastidx], V->msa->alen);
+#else
+          MakeDealignedString(V->msa->aseq[V->msa->lastidx], V->msa->alen, 
+                              V->msa->sa[V->msa->lastidx], &(sqinfo->sa));          
+#endif
+       sqinfo->flags |= SQINFO_SA;
+      }
+      V->msa->lastidx++;
+    } 
+  else {
+    if (feof(V->f)) return 0;
+
+    if (V->ssimode == -1) {    /* normal mode */
+      V->seq           = (char*) calloc (kStartLength+1, sizeof(char));
+      V->maxseq        = kStartLength;
+    } else {                   /* index mode: discarding seq */
+      V->seq           = NULL;
+      V->maxseq        = 0;
+    }
+    V->seqlen        = 0;
+    V->sqinfo        = sqinfo;
+    V->sqinfo->flags = 0;
+
+    switch (V->format) {
+    case SQFILE_IG      : readIG(V);      break;
+    case SQFILE_STRIDER : readStrider(V); break;
+    case SQFILE_GENBANK : readGenBank(V); break;
+    case SQFILE_FASTA   : readPearson(V); break;
+    case SQFILE_EMBL    : readEMBL(V);    break;
+    case SQFILE_ZUKER   : readZuker(V);   break;
+    case SQFILE_PIR     : readPIR(V);     break;
+    case SQFILE_GCGDATA : readGCGdata(V); break; 
+       
+    case SQFILE_GCG :
+      do {                     /* skip leading comments on GCG file */
+       gotuw = (strstr(V->buf,"..") != NULL);
+       if (gotuw) readUWGCG(V);
+       SeqfileGetLine(V);
+      } while (! feof(V->f));
+      break;
+
+    case SQFILE_IDRAW:   /* SRE: no attempt to read idraw postscript */
+    default:
+      squid_errno = SQERR_FORMAT;
+      free(V->seq);
+      return 0;
+    }
+    if (V->seq != NULL)                /* (it can be NULL in indexing mode) */
+      V->seq[V->seqlen] = 0; /* stick a string terminator on it */
+  }
+
+  /* Cleanup
+   */
+  sqinfo->len    = V->seqlen; 
+  sqinfo->flags |= SQINFO_LEN;
+  *ret_seq = V->seq;
+  if (squid_errno == SQERR_OK) return 1; else return 0;
+}  
+
+/* Function: SeqfileFormat()
+ * Date:     SRE, Tue Jun 22 10:58:58 1999 [Sanger Centre]
+ *
+ * Purpose:  Determine format of an open file.
+ *           Returns format code.
+ *           Rewinds the file.
+ *           
+ *           Autodetects the following unaligned formats:
+ *              SQFILE_FASTA
+ *              SQFILE_GENBANK
+ *              SQFILE_EMBL
+ *              SQFILE_GCG
+ *              SQFILE_GCGDATA
+ *              SQFILE_PIR
+ *           Also autodetects the following alignment formats:
+ *              MSAFILE_STOCKHOLM
+ *              MSAFILE_MSF
+ *              MSAFILE_CLUSTAL
+ *              MSAFILE_SELEX
+ *              MSAFILE_PHYLIP
+ *
+ *           Can't autodetect MSAFILE_A2M, calls it SQFILE_FASTA.
+ *           MSAFileFormat() does the opposite.
+ *
+ * Args:     sfp -  open SQFILE
+ *           
+ * Return:   format code, or SQFILE_UNKNOWN if unrecognized
+ */          
+int
+SeqfileFormat(FILE *fp)
+{
+  char *buf;
+  int   len;
+  int   fmt = SQFILE_UNKNOWN;
+  int   ndataline;
+  char *bufcpy, *s, *s1, *s2;
+  int   has_junk;
+
+  buf       = NULL;
+  len       = 0;
+  ndataline = 0;
+  has_junk  = FALSE;
+  while (sre_fgets(&buf, &len, fp) != NULL)
+    {
+      if (IsBlankline(buf)) continue;
+
+      /* Well-behaved formats identify themselves in first nonblank line.
+       */
+      if (ndataline == 0)
+       {
+         if (strncmp(buf, ">>>>", 4) == 0 && strstr(buf, "Len: "))
+           { fmt = SQFILE_GCGDATA; goto DONE; }
+
+         if (buf[0] == '>')
+           { fmt = SQFILE_FASTA; goto DONE; }
+
+         if (strncmp(buf, "!!AA_SEQUENCE", 13) == 0 ||
+             strncmp(buf, "!!NA_SEQUENCE", 13) == 0)
+           { fmt = SQFILE_GCG; goto DONE; }
+
+         if (strncmp(buf, "# STOCKHOLM 1.", 14) == 0)
+           { fmt = MSAFILE_STOCKHOLM; goto DONE; }
+
+         if (strncmp(buf, "CLUSTAL", 7) == 0 && 
+             strstr(buf, "multiple sequence alignment") != NULL)
+           { fmt = MSAFILE_CLUSTAL; goto DONE; }
+
+         if (strncmp(buf, "!!AA_MULTIPLE_ALIGNMENT", 23) == 0 ||
+             strncmp(buf, "!!NA_MULTIPLE_ALIGNMENT", 23) == 0)
+           { fmt = MSAFILE_MSF; goto DONE; }
+
+                               /* PHYLIP id: also just a good bet */
+         bufcpy = sre_strdup(buf, -1);
+         s = bufcpy;
+         if ((s1 = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL)) != NULL &&
+             (s2 = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL)) != NULL &&
+             IsInt(s1) && 
+             IsInt(s2))
+           { free(bufcpy); fmt = MSAFILE_PHYLIP; goto DONE; }
+         free(bufcpy);
+       }
+
+      /* We trust that other formats identify themselves soon.
+       */
+                               /* dead giveaways for extended SELEX */
+      if (strncmp(buf, "#=AU", 4) == 0 ||
+          strncmp(buf, "#=ID", 4) == 0 ||
+         strncmp(buf, "#=AC", 4) == 0 ||
+         strncmp(buf, "#=DE", 4) == 0 ||
+         strncmp(buf, "#=GA", 4) == 0 ||
+         strncmp(buf, "#=TC", 4) == 0 ||
+         strncmp(buf, "#=NC", 4) == 0 ||
+         strncmp(buf, "#=SQ", 4) == 0 ||
+         strncmp(buf, "#=SS", 4) == 0 ||
+         strncmp(buf, "#=CS", 4) == 0 ||
+         strncmp(buf, "#=RF", 4) == 0)
+       { fmt = MSAFILE_SELEX; goto DONE; }
+       
+      if (strncmp(buf, "///", 3) == 0 || strncmp(buf, "ENTRY ", 6) == 0)
+       { fmt = SQFILE_PIR; goto DONE; }
+
+                               /* a ha, diagnostic of an (old) MSF file */
+      if ((strstr(buf, "..")    != NULL) && 
+         (strstr(buf, "MSF:")  != NULL) &&
+         (strstr(buf, "Check:")!= NULL))
+       { fmt = MSAFILE_MSF; goto DONE; }
+
+                               /* unaligned GCG (must follow MSF test!) */
+      if (strstr(buf, " Check: ") != NULL && strstr(buf, "..") != NULL)
+       { fmt = SQFILE_GCG; goto DONE; }
+
+      if (strncmp(buf,"LOCUS ",6) == 0 || strncmp(buf,"ORIGIN ",6) == 0)
+       { fmt = SQFILE_GENBANK; goto DONE; }
+
+      if (strncmp(buf,"ID   ",5) == 0 || strncmp(buf,"SQ   ",5) == 0)
+       { fmt = SQFILE_EMBL; goto DONE; }
+
+      /* But past here, we're being desperate. A simple SELEX file is
+       * very difficult to detect; we can only try to disprove it.
+       */
+      s = buf;
+      if ((s1 = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL)) == NULL) continue; /* skip blank lines */
+      if (strchr("#%", *s1) != NULL) continue;   /* skip comment lines */
+
+      /* Disproof 1. Noncomment, nonblank lines in a SELEX file
+       * must have at least two space-delimited fields (name/seq)
+       */
+      if ((s2 = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL)) == NULL) 
+       has_junk = TRUE;
+
+      /* Disproof 2. 
+       * The sequence field should look like a sequence.
+       */
+      if (s2 != NULL && Seqtype(s2) == kOtherSeq) 
+       has_junk = TRUE;
+
+      ndataline++;
+      if (ndataline == 300) break; /* only look at first 300 lines */
+    }
+
+  if (ndataline == 0)
+    Die("Sequence file contains no data");
+
+  /* If we've made it this far, we've run out of data, but there
+   * was at least one line of it; check if we've
+   * disproven SELEX. If not, cross our fingers, pray, and guess SELEX. 
+   */
+  if (has_junk == TRUE) fmt = SQFILE_UNKNOWN;
+  else                  fmt = MSAFILE_SELEX;
+
+ DONE:
+  if (buf != NULL) free(buf);
+  rewind(fp);
+  return fmt;
+}
+
+/* Function: GCGBinaryToSequence()
+ * 
+ * Purpose:  Convert a GCG 2BIT binary string to DNA sequence.
+ *           0 = C  1 = T  2 = A  3 = G
+ *           4 nts/byte
+ *           
+ * Args:     seq  - binary sequence. Converted in place to DNA.
+ *           len  - length of DNA. binary is (len+3)/4 bytes
+ */
+int
+GCGBinaryToSequence(char *seq, int len)
+{
+  int   bpos;                  /* position in binary   */
+  int   spos;                  /* position in sequence */
+  char  twobit;
+  int   i;
+
+  for (bpos = (len-1)/4; bpos >= 0; bpos--) 
+    {
+      twobit = seq[bpos];
+      spos   = bpos*4;
+
+      for (i = 3; i >= 0; i--) 
+       {
+         switch (twobit & 0x3) {
+         case 0: seq[spos+i] = 'C'; break;
+         case 1: seq[spos+i] = 'T'; break;
+         case 2: seq[spos+i] = 'A'; break;
+         case 3: seq[spos+i] = 'G'; break;
+         }
+         twobit = twobit >> 2;
+       }
+    }
+  seq[len] = '\0';
+  return 1;
+}
+
+
+/* Function: GCGchecksum()
+ * Date:     SRE, Mon May 31 11:13:21 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Calculate a GCG checksum for a sequence.
+ *           Code provided by Steve Smith of Genetics
+ *           Computer Group.
+ *
+ * Args:     seq -  sequence to calculate checksum for.
+ *                  may contain gap symbols.
+ *           len -  length of sequence (usually known,
+ *                  so save a strlen() call)       
+ *
+ * Returns:  GCG checksum.
+ */
+int
+GCGchecksum(char *seq, int len)
+{
+  int i;                       /* position in sequence */
+  int chk = 0;                 /* calculated checksum  */
+
+  for (i = 0; i < len; i++) 
+    chk = (chk + (i % 57 + 1) * (sre_toupper((int) seq[i]))) % 10000;
+  return chk;
+}
+
+
+/* Function: GCGMultchecksum()
+ * 
+ * Purpose:  GCG checksum for a multiple alignment: sum of
+ *           individual sequence checksums (including their
+ *           gap characters) modulo 10000.
+ *
+ *           Implemented using spec provided by Steve Smith of
+ *           Genetics Computer Group.
+ *           
+ * Args:     seqs - sequences to be checksummed; aligned or not
+ *           nseq - number of sequences
+ *           
+ * Return:   the checksum, a number between 0 and 9999
+ */                      
+int
+GCGMultchecksum(char **seqs, int nseq)
+{
+  int chk = 0;
+  int idx;
+
+  for (idx = 0; idx < nseq; idx++)
+    chk = (chk + GCGchecksum(seqs[idx], strlen(seqs[idx]))) % 10000;
+  return chk;
+}
+
+
+
+
+/* Function: Seqtype()
+ * 
+ * Purpose:  Returns a (very good) guess about type of sequence:
+ *           kDNA, kRNA, kAmino, or kOtherSeq.
+ *           
+ *           Modified from, and replaces, Gilbert getseqtype().
+ */
+int
+Seqtype(char *seq)
+{
+  int  saw;                    /* how many non-gap characters I saw */
+  char c;
+  int  po = 0;                 /* count of protein-only */
+  int  nt = 0;                 /* count of t's */
+  int  nu = 0;                 /* count of u's */
+  int  na = 0;                 /* count of nucleotides */
+  int  aa = 0;                 /* count of amino acids */
+  int  no = 0;                 /* count of others */
+  
+  /* Look at the first 300 non-gap characters
+   */
+
+#ifdef CLUSTALO
+  /* VGGNGDDYLSGGTGNDTL is recognized as unknown using squid's default
+   * approach. 
+   * We change it to the following:
+
+   * 1. counting: ignore gaps and not alpha characters. if protein-only then
+   * count as such (po). otherwise decide if amino-acid (aa) or nucleic-acid
+   * (na) or unknown (no)
+   *
+   * 2. determine type: if we saw more unknown than aa or na, return unknown.
+   * if encountered protein-only return protein-only. otherwise decide based
+   * on majority. (if aa==na return na)
+   */
+  for (saw = 0; *seq != '\0' && saw < 300; seq++) {
+                 c = sre_toupper((int) *seq);
+                 int unknown = 1;
+
+                 if (isgap(c) ||  ! isalpha((int) c))  {
+                                 continue;
+                 }
+
+                 if (strchr(protonly, c)) {
+                                 po++;
+                                 unknown = 0;
+                 }
+
+                 if (strchr(aminos,c)) {
+                                 aa++;
+                                 unknown = 0;
+                 }
+
+                 if (strchr(primenuc,c)) {
+                                 na++;
+                                 unknown = 0;
+
+                                 if (c == 'T') 
+                                                 nt++;
+                                 else if (c == 'U') 
+                                                 nu++;
+                 } 
+
+                 if (unknown) {
+                                 no ++;
+                 }
+
+                 saw++;
+  }
+
+  if (no > aa && no > na)
+                 return kOtherSeq;
+
+ if (po > 0 || aa>na) 
+                 return kAmino;
+
+ if (na >= aa) {
+                if (nu > nt) 
+                                return kRNA;
+                else 
+                                return kDNA;
+  }
+
+  return kOtherSeq;
+
+
+#else
+  for (saw = 0; *seq != '\0' && saw < 300; seq++)
+    {
+      c = sre_toupper((int) *seq);
+      if (! isgap(c)) 
+       {
+         if (strchr(protonly, c)) po++;
+         else if (strchr(primenuc,c)) {
+           na++;
+           if (c == 'T') nt++;
+           else if (c == 'U') nu++;
+         }
+         else if (strchr(aminos,c)) aa++;
+         else if (isalpha((int) c)) no++;
+         saw++;
+       }
+    }
+
+  if (no > 0) return kOtherSeq;
+  else if (po > 0) return kAmino;
+  else if (na > aa) {
+    if (nu > nt) return kRNA;
+    else return kDNA;
+    }
+  else return kAmino;          /* ooooh. risky. */
+#endif
+
+}
+
+
+/* Function: GuessAlignmentSeqtype()
+ * Date:     SRE, Wed Jul  7 09:42:34 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Try to guess whether an alignment is protein 
+ *           or nucleic acid; return a code for the
+ *           type (kRNA, kDNA, or kAmino).
+ *
+ * Args:     aseq  - array of aligned sequences. (Could also
+ *                   be an rseq unaligned sequence array)
+ *           nseq  - number of aseqs
+ *
+ * Returns:  kRNA, kDNA, kAmino;
+ *           kOtherSeq if inconsistency is detected.
+ */
+int
+GuessAlignmentSeqtype(char **aseq, int nseq)
+{
+  int idx;
+  int nrna   = 0;
+  int ndna   = 0;
+  int namino = 0;
+  int nother = 0;
+
+  for (idx = 0; idx < nseq; idx++)
+    switch (Seqtype(aseq[idx])) {
+    case kRNA:   nrna++;   break;
+    case kDNA:   ndna++;   break;
+    case kAmino: namino++; break;
+    default:     nother++;
+    }
+
+  /* Unambiguous decisions:
+   */
+  if (nother)         return kOtherSeq;
+  if (namino == nseq) return kAmino;
+  if (ndna   == nseq) return kDNA;
+  if (nrna   == nseq) return kRNA;
+
+  /* Ambiguous decisions:
+   */
+  if (namino == 0)    return kRNA; /* it's nucleic acid, but seems mixed RNA/DNA */
+  return kAmino;                  /* some amino acid seen; others probably short seqs, some 
+                                     of which may be entirely ACGT (ala,cys,gly,thr). We 
+                                     could be a little more sophisticated: U would be a giveaway
+                                     that we're not in protein seqs */
+}
+
+/* Function: WriteSimpleFASTA()
+ * Date:     SRE, Tue Nov 16 18:06:00 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Just write a FASTA format sequence to a file;
+ *           minimal interface, mostly for quick and dirty programs.
+ *
+ * Args:     fp   - open file handle (stdout, possibly)
+ *           seq  - sequence to output
+ *           name - name for the sequence
+ *           desc - optional description line, or NULL.
+ *
+ * Returns:  void
+ */
+void
+WriteSimpleFASTA(FILE *fp, char *seq, char *name, char *desc)
+{
+  char buf[61];
+  int  len;
+  int  pos;
+  
+  len = strlen(seq);
+  buf[60] = '\0';
+  fprintf(fp, ">%s %s\n", name, desc != NULL ? desc : "");
+  for (pos = 0; pos < len; pos += 60)
+    {
+      strncpy(buf, seq+pos, 60);
+      fprintf(fp, "%s\n", buf);
+    }
+}
+
+int
+WriteSeq(FILE *outf, int outform, char *seq, SQINFO *sqinfo)
+{
+  int   numline = 0;
+  int   lines = 0, spacer = 0, width  = 50, tab = 0;
+  int   i, j, l, l1, ibase;
+  char  endstr[10];
+  char  s[100];                        /* buffer for sequence  */
+  char  ss[100];               /* buffer for structure */
+  int   checksum = 0;
+  int   seqlen;   
+  int   which_case;    /* 0 = do nothing. 1 = upper case. 2 = lower case */
+  int   dostruc;               /* TRUE to print structure lines*/
+
+  which_case = 0;
+  dostruc    = FALSE;          
+  seqlen     = (sqinfo->flags & SQINFO_LEN) ? sqinfo->len : strlen(seq);
+
+  if (IsAlignmentFormat(outform)) 
+    Die("Tried to write an aligned format with WriteSeq() -- bad, bad.");
+
+
+  strcpy( endstr,"");
+  l1 = 0;
+  checksum = GCGchecksum(seq, seqlen);
+
+  switch (outform) {
+  case SQFILE_UNKNOWN:    /* no header, just sequence */
+    strcpy(endstr,"\n"); /* end w/ extra blank line */
+    break;
+
+  case SQFILE_GENBANK:
+    fprintf(outf,"LOCUS       %s       %d bp\n", 
+           sqinfo->name, seqlen);
+    fprintf(outf,"ACCESSION   %s\n", 
+           (sqinfo->flags & SQINFO_ACC) ? sqinfo->acc : ".");
+    fprintf(outf,"DEFINITION  %s\n", 
+           (sqinfo->flags & SQINFO_DESC) ? sqinfo->desc : ".");
+    fprintf(outf,"VERSION     %s\n", 
+           (sqinfo->flags & SQINFO_ID) ? sqinfo->id : ".");
+    fprintf(outf,"ORIGIN      \n");
+    spacer = 11;
+    numline = 1;
+    strcpy(endstr, "\n//");
+    break;
+
+  case SQFILE_GCGDATA:
+    fprintf(outf, ">>>>%s  9/95  ASCII  Len: %d\n", sqinfo->name, seqlen);
+    fprintf(outf, "%s\n", (sqinfo->flags & SQINFO_DESC) ? sqinfo->desc : "-");
+    break;
+
+  case SQFILE_PIR:
+    fprintf(outf, "ENTRY          %s\n", 
+           (sqinfo->flags & SQINFO_ID) ? sqinfo->id : sqinfo->name);
+    fprintf(outf, "TITLE          %s\n", 
+           (sqinfo->flags & SQINFO_DESC) ? sqinfo->desc : "-");
+    fprintf(outf, "ACCESSION      %s\n",
+           (sqinfo->flags & SQINFO_ACC) ? sqinfo->acc : "-");
+    fprintf(outf, "SUMMARY                                #Length %d  #Checksum  %d\n",
+           sqinfo->len, checksum);
+    fprintf(outf, "SEQUENCE\n");
+    fprintf(outf, "                  5        10        15        20        25        30\n");
+    spacer  = 2;               /* spaces after every residue */
+    numline = 1;              /* number lines w/ coords     */
+    width   = 30;             /* 30 aa per line             */
+    strcpy(endstr, "\n///");
+    break;
+
+  case SQFILE_SQUID:
+    fprintf(outf, "NAM  %s\n", sqinfo->name);
+    if (sqinfo->flags & (SQINFO_ID | SQINFO_ACC | SQINFO_START | SQINFO_STOP | SQINFO_OLEN))
+      fprintf(outf, "SRC  %s %s %d..%d::%d\n",
+             (sqinfo->flags & SQINFO_ID)    ? sqinfo->id     : "-",
+             (sqinfo->flags & SQINFO_ACC)   ? sqinfo->acc    : "-",
+             (sqinfo->flags & SQINFO_START) ? sqinfo->start  : 0,
+             (sqinfo->flags & SQINFO_STOP)  ? sqinfo->stop   : 0,
+             (sqinfo->flags & SQINFO_OLEN)  ? sqinfo->olen   : 0);
+    if (sqinfo->flags & SQINFO_DESC)
+      fprintf(outf, "DES  %s\n", sqinfo->desc);
+    if (sqinfo->flags & SQINFO_SS)
+      {
+       fprintf(outf, "SEQ  +SS\n");
+       dostruc = TRUE; /* print structure lines too */
+      }
+    else
+      fprintf(outf, "SEQ\n");
+    numline = 1;                /* number seq lines w/ coords  */
+    strcpy(endstr, "\n++");
+    break;
+
+  case SQFILE_EMBL:
+    fprintf(outf,"ID   %s\n",
+           (sqinfo->flags & SQINFO_ID) ? sqinfo->id : sqinfo->name);
+    fprintf(outf,"AC   %s\n",
+           (sqinfo->flags & SQINFO_ACC) ? sqinfo->acc : "-");
+    fprintf(outf,"DE   %s\n", 
+           (sqinfo->flags & SQINFO_DESC) ? sqinfo->desc : "-");
+    fprintf(outf,"SQ             %d BP\n", seqlen);
+    strcpy(endstr, "\n//"); /* 11Oct90: bug fix*/
+    tab = 5;     /** added 31jan91 */
+    spacer = 11; /** added 31jan91 */
+    break;
+
+  case SQFILE_GCG:
+    fprintf(outf,"%s\n", sqinfo->name);
+    if (sqinfo->flags & SQINFO_ACC)
+      fprintf(outf,"ACCESSION   %s\n", sqinfo->acc); 
+    if (sqinfo->flags & SQINFO_DESC)
+      fprintf(outf,"DEFINITION  %s\n", sqinfo->desc);
+    fprintf(outf,"    %s  Length: %d  (today)  Check: %d  ..\n", 
+           sqinfo->name, seqlen, checksum);
+    spacer = 11;
+    numline = 1;
+    strcpy(endstr, "\n");  /* this is insurance to help prevent misreads at eof */
+    break;
+
+  case SQFILE_STRIDER: /* ?? map ?*/
+    fprintf(outf,"; ### from DNA Strider ;-)\n");
+    fprintf(outf,"; DNA sequence  %s, %d bases, %d checksum.\n;\n", 
+           sqinfo->name, seqlen, checksum);
+    strcpy(endstr, "\n//");
+    break;
+
+    /* SRE: Don had Zuker default to Pearson, which is not
+                          intuitive or helpful, since Zuker's MFOLD can't read
+                          Pearson format. More useful to use kIG */
+  case SQFILE_ZUKER:
+    which_case = 1;                    /* MFOLD requires upper case. */
+    /*FALLTHRU*/
+  case SQFILE_IG:
+    fprintf(outf,";%s %s\n", 
+           sqinfo->name,
+           (sqinfo->flags & SQINFO_DESC) ? sqinfo->desc : "");
+    fprintf(outf,"%s\n", sqinfo->name);
+    strcpy(endstr,"1"); /* == linear dna */
+    break;
+
+  case SQFILE_RAW:                     /* Raw: no header at all. */
+    break;
+
+  default :
+  case SQFILE_FASTA:
+    fprintf(outf,">%s %s\n", sqinfo->name,
+           (sqinfo->flags & SQINFO_DESC)  ? sqinfo->desc   : "");
+    break;
+  }
+
+  if (which_case == 1) s2upper(seq);
+  if (which_case == 2) s2lower(seq);
+
+
+  width = MIN(width,100);
+  for (i=0, l=0, ibase = 1, lines = 0; i < seqlen; ) {
+    if (l1 < 0) l1 = 0;
+    else if (l1 == 0) {
+      if (numline) fprintf(outf,"%8d ",ibase);
+      for (j=0; j<tab; j++) fputc(' ',outf);
+    }
+    if ((spacer != 0) && ((l+1) % spacer == 1)) 
+      { s[l] = ' '; ss[l] = ' '; l++; }
+    s[l]  = seq[i];
+    ss[l] = (sqinfo->flags & SQINFO_SS) ? sqinfo->ss[i] : '.';
+    l++; i++;
+    l1++;                 /* don't count spaces for width*/
+    if (l1 == width || i == seqlen) {
+      s[l] = ss[l] = '\0';
+      l = 0; l1 = 0;
+      if (dostruc)
+       {
+         fprintf(outf, "%s\n", s);
+         if (numline) fprintf(outf,"         ");
+         for (j=0; j<tab; j++) fputc(' ',outf);
+         if (i == seqlen) fprintf(outf,"%s%s\n",ss,endstr);
+         else fprintf(outf,"%s\n",ss);
+       }
+      else
+       {
+         if (i == seqlen) fprintf(outf,"%s%s\n",s,endstr);
+         else fprintf(outf,"%s\n",s);
+       }
+      lines++;
+      ibase = i+1;
+    }
+  }
+  return lines;
+} 
+
+
+/* Function: ReadMultipleRseqs()
+ * 
+ * Purpose:  Open a data file and
+ *           parse it into an array of rseqs (raw, unaligned
+ *           sequences).
+ * 
+ *           Caller is responsible for free'ing memory allocated
+ *           to ret_rseqs, ret_weights, and ret_names.
+ *           
+ *           Weights are currently only supported for MSF format.
+ *           Sequences read from all other formats will be assigned
+ *           weights of 1.0. If the caller isn't interested in
+ *           weights, it passes NULL as ret_weights.
+ * 
+ * Returns 1 on success. Returns 0 on failure and sets
+ * squid_errno to indicate the cause.
+ */
+int
+ReadMultipleRseqs(char              *seqfile,
+                 int                fformat,
+                 char            ***ret_rseqs,
+                 SQINFO **ret_sqinfo,
+                 int               *ret_num)
+{
+  SQINFO *sqinfo;               /* array of sequence optional info         */
+  SQFILE *dbfp;                 /* open ptr for sequential access of file  */
+  char  **rseqs;                /* sequence array                          */
+  int     numalloced;           /* num of seqs currently alloced for       */
+  int     num;
+
+
+  num        = 0;
+  numalloced = 16;
+  rseqs  = (char **) MallocOrDie (numalloced * sizeof(char *));
+  sqinfo = (SQINFO *) MallocOrDie (numalloced * sizeof(SQINFO));
+  if ((dbfp = SeqfileOpen(seqfile, fformat, NULL)) == NULL) return 0;      
+
+  while (ReadSeq(dbfp, dbfp->format, &rseqs[num], &(sqinfo[num])))
+    {
+      num++;
+      if (num == numalloced) /* more seqs coming, alloc more room */
+       {
+         numalloced += 16;
+         rseqs  = (char **) ReallocOrDie (rseqs, numalloced*sizeof(char *));
+         sqinfo = (SQINFO *) ReallocOrDie (sqinfo, numalloced * sizeof(SQINFO));
+       }
+    }
+  SeqfileClose(dbfp);
+
+  *ret_rseqs  = rseqs;
+  *ret_sqinfo = sqinfo;
+  *ret_num    = num;
+  return 1;
+}
+
+
+/* Function: String2SeqfileFormat()
+ * Date:     SRE, Sun Jun 27 15:25:54 1999 [TW 723 over Canadian Shield]
+ *
+ * Purpose:  Convert a string (e.g. from command line option arg)
+ *           to a format code. Case insensitive. Return
+ *           MSAFILE_UNKNOWN/SQFILE_UNKNOWN if string is bad.  
+ *           Uses codes defined in squid.h (unaligned formats) and
+ *           msa.h (aligned formats).
+ *
+ * Args:     s   - string to convert; e.g. "stockholm"
+ *
+ * Returns:  format code; e.g. MSAFILE_STOCKHOLM
+ */
+int
+String2SeqfileFormat(char *s)
+{
+  char *s2;
+  int   code = SQFILE_UNKNOWN;
+
+  if (s == NULL) return SQFILE_UNKNOWN;
+  s2 = sre_strdup(s, -1);
+  s2upper(s2);
+  
+  if      (strcmp(s2, "FASTA")     == 0) code = SQFILE_FASTA;
+#ifdef CLUSTALO
+  if      (strcmp(s2, "FA")        == 0) code = SQFILE_FASTA;
+  else if (strcmp(s2, "VIENNA")    == 0) code = SQFILE_VIENNA;
+  else if (strcmp(s2, "VIE")       == 0) code = SQFILE_VIENNA;
+#endif
+  else if (strcmp(s2, "GENBANK")   == 0) code = SQFILE_GENBANK;
+#ifdef CLUSTALO
+  else if (strcmp(s2, "GB")   == 0) code = SQFILE_GENBANK;
+#endif
+  else if (strcmp(s2, "EMBL")      == 0) code = SQFILE_EMBL;
+  else if (strcmp(s2, "GCG")       == 0) code = SQFILE_GCG;
+  else if (strcmp(s2, "GCGDATA")   == 0) code = SQFILE_GCGDATA;
+  else if (strcmp(s2, "RAW")       == 0) code = SQFILE_RAW;
+  else if (strcmp(s2, "IG")        == 0) code = SQFILE_IG;
+  else if (strcmp(s2, "STRIDER")   == 0) code = SQFILE_STRIDER;
+  else if (strcmp(s2, "IDRAW")     == 0) code = SQFILE_IDRAW;
+  else if (strcmp(s2, "ZUKER")     == 0) code = SQFILE_ZUKER;
+  else if (strcmp(s2, "PIR")       == 0) code = SQFILE_PIR;
+  else if (strcmp(s2, "SQUID")     == 0) code = SQFILE_SQUID;
+  else if (strcmp(s2, "STOCKHOLM") == 0) code = MSAFILE_STOCKHOLM;
+#ifdef CLUSTALO
+  else if (strcmp(s2, "ST") == 0) code = MSAFILE_STOCKHOLM;
+  else if (strcmp(s2, "STK") == 0) code = MSAFILE_STOCKHOLM;
+#endif
+  else if (strcmp(s2, "SELEX")     == 0) code = MSAFILE_SELEX; 
+  else if (strcmp(s2, "MSF")       == 0) code = MSAFILE_MSF; 
+  else if (strcmp(s2, "CLUSTAL")   == 0) code = MSAFILE_CLUSTAL; 
+#ifdef CLUSTALO
+  else if (strcmp(s2, "CLU")   == 0) code = MSAFILE_CLUSTAL; 
+#endif
+  else if (strcmp(s2, "A2M")       == 0) code = MSAFILE_A2M; 
+  else if (strcmp(s2, "PHYLIP")    == 0) code = MSAFILE_PHYLIP; 
+#ifdef CLUSTALO
+  else if (strcmp(s2, "PHY")    == 0) code = MSAFILE_PHYLIP; 
+#endif
+  else if (strcmp(s2, "EPS")       == 0) code = MSAFILE_EPS; 
+#ifdef CLUSTALO
+  else code = SQFILE_UNKNOWN;
+#endif
+  free(s2);
+  return code;
+}
+char *
+SeqfileFormat2String(int code)
+{
+  switch (code) {
+  case SQFILE_UNKNOWN:   return "unknown";
+  case SQFILE_FASTA:     return "FASTA";
+#ifdef CLUSTALO
+  case SQFILE_VIENNA:    return "Vienna";
+#endif
+  case SQFILE_GENBANK:   return "Genbank";
+  case SQFILE_EMBL:      return "EMBL"; 
+  case SQFILE_GCG:       return "GCG";
+  case SQFILE_GCGDATA:   return "GCG data library";
+  case SQFILE_RAW:       return "raw"; 
+  case SQFILE_IG:        return "Intelligenetics";
+  case SQFILE_STRIDER:   return "MacStrider";
+  case SQFILE_IDRAW:     return "Idraw Postscript";
+  case SQFILE_ZUKER:     return "Zuker"; 
+  case SQFILE_PIR:       return "PIR";
+  case SQFILE_SQUID:     return "SQUID";
+  case MSAFILE_STOCKHOLM: return "Stockholm";
+  case MSAFILE_SELEX:     return "SELEX";
+  case MSAFILE_MSF:       return "MSF";
+  case MSAFILE_CLUSTAL:   return "Clustal";
+  case MSAFILE_A2M:       return "a2m";
+  case MSAFILE_PHYLIP:    return "Phylip";
+  case MSAFILE_EPS:       return "EPS";
+  default:               
+    Die("Bad code passed to MSAFormat2String()");
+  }
+  /*NOTREACHED*/
+  return NULL;
+}
+
+
+/* Function: MSAToSqinfo()
+ * Date:     SRE, Tue Jul 20 14:36:56 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Take an MSA and generate a SQINFO array suitable
+ *           for use in annotating the unaligned sequences.
+ *           Return the array.
+ *           
+ *           Permanent temporary code. sqinfo was poorly designed.
+ *           it must eventually be replaced, but the odds
+ *           of this happening soon are nil, so I have to deal.
+ *
+ * Args:     msa   - the alignment
+ *
+ * Returns:  ptr to allocated sqinfo array.
+ *           Freeing is ghastly: free in each individual sqinfo[i] 
+ *           with FreeSequence(NULL, &(sqinfo[i])), then
+ *           free(sqinfo).
+ */
+SQINFO *
+MSAToSqinfo(MSA *msa)
+{
+  int     idx;
+  SQINFO *sqinfo;
+
+  sqinfo = MallocOrDie(sizeof(SQINFO) * msa->nseq);
+
+  for (idx = 0; idx < msa->nseq; idx++)
+    {
+      sqinfo[idx].flags = 0;
+      SetSeqinfoString(&(sqinfo[idx]), 
+                      msa->sqname[idx],                 SQINFO_NAME);
+      SetSeqinfoString(&(sqinfo[idx]), 
+                      MSAGetSeqAccession(msa, idx),     SQINFO_ACC);
+      SetSeqinfoString(&(sqinfo[idx]), 
+                      MSAGetSeqDescription(msa, idx),   SQINFO_DESC);
+
+      if (msa->ss != NULL && msa->ss[idx] != NULL) {
+       MakeDealignedString(msa->aseq[idx], msa->alen, 
+                           msa->ss[idx], &(sqinfo[idx].ss));
+       sqinfo[idx].flags |= SQINFO_SS;
+      }
+
+      if (msa->sa != NULL && msa->sa[idx] != NULL) {
+       MakeDealignedString(msa->aseq[idx], msa->alen, 
+                           msa->sa[idx], &(sqinfo[idx].sa));
+       sqinfo[idx].flags |= SQINFO_SA;
+      }
+
+      sqinfo[idx].len    = DealignedLength(msa->aseq[idx]);
+      sqinfo[idx].flags |= SQINFO_LEN;
+    }
+  return sqinfo;
+}
+
+
+
+/* cc -o sqio_test -DA_QUIET_DAY -L. sqio.c -lsquid */
+#ifdef A_QUIET_DAY
+#include "ssi.h"
+int
+main(int argc, char **argv)
+{
+  FILE *fp;
+  char *filename;
+  char *buf;
+  int   len;
+  int   mode = 3;
+  SSIOFFSET off;
+
+  filename = argv[1];
+
+  if (mode == 1) {
+    buf = malloc(sizeof(char) * 256);
+    if ((fp = fopen(filename, "r")) == NULL)
+      Die("open of %s failed", filename); 
+    while (fgets(buf, 255, fp) != NULL)
+      ;
+    fclose(fp);
+    free(buf);
+  } else if (mode == 2) {
+    if ((fp = fopen(filename, "r")) == NULL)
+      Die("open of %s failed", filename); 
+    buf = NULL; len = 0;
+    while (sre_fgets(&buf, &len, fp) != NULL)
+      SSIGetFilePosition(fp, SSI_OFFSET_I32, &off); 
+    fclose(fp);
+    free(buf);
+  } else if (mode == 3) {
+    SQFILE *dbfp;
+    SQINFO  info;
+
+    if ((dbfp = SeqfileOpen(filename, SQFILE_FASTA, NULL)) == NULL)
+      Die("open of %s failed", filename); 
+    while (ReadSeq(dbfp, dbfp->format, &buf, &info)) { 
+      SSIGetFilePosition(dbfp->f, SSI_OFFSET_I32, &off); 
+      FreeSequence(buf, &info);
+    }
+    SeqfileClose(dbfp);
+  }
+      
+}
+
+#endif
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/squid-1.9g.tar.gz b/binaries/src/clustalo/src/squid/squid-1.9g.tar.gz
new file mode 100644 (file)
index 0000000..25ee76b
Binary files /dev/null and b/binaries/src/clustalo/src/squid/squid-1.9g.tar.gz differ
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/squid.h b/binaries/src/clustalo/src/squid/squid.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..72b97d2
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,531 @@
+/* Generated automatically from squid.h.in by configure. */
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+#ifndef SQUIDH_INCLUDED
+#define SQUIDH_INCLUDED
+
+/* squid.h
+ * Header file for my library of sequence functions.
+ *
+ * CVS $Id: squid.h.in,v 1.5 2002/10/09 14:26:09 eddy Exp)
+ */
+
+#include <stdio.h>
+#include <math.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <unistd.h>            /* for sysconf() #define's       */
+
+
+#if DEBUGLEVEL > 0
+#include <assert.h>            /* for SQD_DASSERT1(), etc.      */
+#endif
+
+/* include clustal's config.h */
+#ifdef CLUSTALO
+#include "config.h"
+#define CLUSTALO 1
+#else
+#include "clustal-omega-config.h"
+#define CLUSTALO 1
+#endif
+
+#ifdef CLUSTALO
+/* we don't want squidconf.h but our own config header. but, there are
+ * some checks, espcially at the end of squidconf.h might be
+ * necessary for squid to work. They follow after the inclusion of
+ * config.h
+ */
+#undef DEBUG
+
+/* squidconf.h checks:
+ */
+#if defined HAVE_NTOHL && defined HAVE_NTOHS && defined HAVE_HTONS && defined HAVE_HTONL
+#define USE_HOST_BYTESWAP_FUNCTIONS 1
+#endif
+/* On 64-bit machines like Alphas, strtoull doesn't exist, strotul will work
+ */
+#if SIZEOF_UNSIGNED_LONG == 8 && defined HAVE_STRTOUL && ! defined HAVE_STRTOULL
+#define strtoull strtoul
+#endif
+
+#if   defined HAVE_FTELLO && defined HAVE_FSEEKO && SIZEOF_OFF_T == 8
+#define HAS_64BIT_FILE_OFFSETS 1
+#elif defined HAVE_FTELLO64 && defined HAVE_FSEEKO64 && SIZEOF_OFF64_T == 8
+#define HAS_64BIT_FILE_OFFSETS 1
+#elif defined HAVE_FTELL64 && defined HAVE_FSEEK64 
+#define HAS_64BIT_FILE_OFFSETS 1
+#elif defined ARITHMETIC_FPOS_T && SIZEOF_FPOS_T == 8
+#define HAS_64BIT_FILE_OFFSETS 1
+#else
+#undef HAS_64BIT_FILE_OFFSETS 
+#endif
+
+/* The following check seems like nonsense to me (AW), therefore */
+#if 0
+/* Stuff to work around Tru64 not having strtoull() -
+ * on systems with 64-bit longs, we can use strtoul()
+ */
+#undef HAVE_STRTOULL
+#if ! defined HAVE_STRTOULL && SIZEOF_UNSIGNED_LONG == 8
+#define strtoull strtoul
+#endif
+#endif
+
+#else /* CLUSTALO */
+#include "squidconf.h"         /* #define's generated by ./configure script */
+#endif
+
+/*****************************************************************
+ * Integers of guaranteed size. (used for instance in gsi.c, gsi2.c)
+ * These are set by the ./configure script; if they show up as FIXME,
+ * they must be manually edited to appropriate type definitions. You
+ * do need 64-bit integers in the current code; email me if this
+ * prevents you from compiling SQUID and tell me your system (I don't
+ * know of any systems that don't have 64-bit integers these days).
+ *****************************************************************/
+typedef unsigned short     sqd_uint16;
+typedef unsigned int       sqd_uint32;
+typedef unsigned long      sqd_uint64;
+
+#ifdef USE_HOST_BYTESWAP_FUNCTIONS
+#include <sys/types.h>         /* only for ntohl() and friends. */
+#include <netinet/in.h>                /* only for ntohl() and friends. */
+#define sre_ntoh16(x) ntohs(x);
+#define sre_ntoh32(x) ntohl(x);
+#define sre_hton16(x) htons(x);
+#define sre_hton32(x) htonl(x);
+#endif /* USE_HOST_BYTESWAP_FUNCTIONS */
+
+/* Library version info is made available as a global to
+ * any interested program. These are defined in iupac.c
+ * with the other globals.
+ */
+extern char squid_version[];   /* version number  */
+extern char squid_date[];      /* date of release */
+extern int  squid_errno;       /* error codes     */
+
+
+
+/****************************************************
+ * Error codes returned by squid library functions (squid_errno)
+ ****************************************************/
+
+#define SQERR_OK        0      /* no error                     */
+#define SQERR_UNKNOWN   1       /* generic error, unidentified  */
+#define SQERR_NODATA    2      /* unexpectedly NULL stream     */
+#define SQERR_MEM       3      /* malloc or realloc failed     */
+#define SQERR_NOFILE    4      /* file not found               */
+#define SQERR_FORMAT    5      /* file format not recognized   */
+#define SQERR_PARAMETER 6      /* bad parameter passed to func */
+#define SQERR_DIVZERO   7      /* error in sre_math.c          */
+#define SQERR_INCOMPAT  8      /* incompatible parameters      */
+#define SQERR_EOD       9      /* end-of-data (often normal)   */
+
+/****************************************************
+ * Single sequence information
+ ****************************************************/ 
+#define SQINFO_NAMELEN 64
+#define SQINFO_DESCLEN 128
+
+struct seqinfo_s {
+  int      flags;               /* what extra data are available         */
+  char     name[SQINFO_NAMELEN];/* up to 63 characters of name           */
+  char     id[SQINFO_NAMELEN]; /* up to 63 char of database identifier  */
+  char     acc[SQINFO_NAMELEN]; /* up to 63 char of database accession # */
+  char     desc[SQINFO_DESCLEN];/* up to 127 char of description         */
+  int      len;                 /* length of this seq                    */
+  int      start;              /* (1..len) start position on source seq */
+  int      stop;                /* (1..len) end position on source seq   */
+  int      olen;                /* original length of source seq         */
+  int      type;                /* kRNA, kDNA, kAmino, or kOther         */
+  char    *ss;                  /* 0..len-1 secondary structure string   */
+  char    *sa;                 /* 0..len-1 % side chain surface access. */
+};
+typedef struct seqinfo_s SQINFO;
+
+#define SQINFO_NAME  (1 << 0)
+#define SQINFO_ID    (1 << 1)
+#define SQINFO_ACC   (1 << 2)
+#define SQINFO_DESC  (1 << 3)
+#define SQINFO_START (1 << 4)
+#define SQINFO_STOP  (1 << 5)
+#define SQINFO_LEN   (1 << 6)
+#define SQINFO_TYPE  (1 << 7)
+#define SQINFO_OLEN  (1 << 8)
+#define SQINFO_SS    (1 << 9)
+#define SQINFO_SA    (1 << 10)
+
+
+/****************************************************
+ * Sequence alphabet: see also iupac.c
+ ****************************************************/
+                               /* IUPAC symbols defined globally in iupac.c */
+struct iupactype {
+  char       sym;              /* character representation */
+  char       symcomp;           /* complement (regular char */
+  char       code;             /* my binary rep */
+  char       comp;              /* binary encoded complement */
+};
+extern struct iupactype iupac[];
+#define IUPACSYMNUM 17
+
+extern char    *stdcode1[];    /* 1-letter amino acid translation code */
+extern char    *stdcode3[];    /* 3-letter amino acid translation code */
+extern float    dnafq[];        /* nucleotide occurrence frequencies    */
+extern float    aafq[];                /* amino acid occurrence frequencies    */
+extern char     aa_alphabet[];  /* amino acid alphabet                  */
+extern int      aa_index[];     /* convert 0..19 indices to 0..26       */
+
+                               /* valid symbols in IUPAC code */
+#define NUCLEOTIDES    "ACGTUNRYMKSWHBVDacgtunrymkswhbvd"
+#define AMINO_ALPHABET "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY"
+#define DNA_ALPHABET   "ACGT"
+#define RNA_ALPHABET   "ACGU"
+#define WHITESPACE     " \t\n"
+
+#define isgap(c) ((c) == ' ' || (c) == '.' || (c) == '_' || (c) == '-' || (c) == '~')
+
+
+/****************************************************
+ * Sequence i/o: originally from Don Gilbert's readseq 
+ ****************************************************/
+#include "msa.h"               /* for multiple sequence alignment support   */
+
+       /* buffer size for reading in lines from sequence files*/
+#define LINEBUFLEN  4096
+
+/* sequence types parsed by Seqtype()                          */
+/* note that these must match hmmAMINO and hmmNUCLEIC in HMMER */
+#define kOtherSeq   0          /* hmmNOTSETYET */
+#define kDNA        1
+#define kRNA        2          /* hmmNUCLEIC   */
+#define kAmino      3          /* hmmAMINO     */
+
+/* Unaligned sequence file formats recognized 
+ * Coexists with definitions of multiple alignment formats in msa.h:
+ *   >100 reserved for alignment formats
+ *   <100 reserved for unaligned formats
+ *   0 reserved for unknown
+ *   
+ * Some "legacy" formats are supported only when explicitly 
+ * requested; not autodetected by SeqfileFormat().
+ * 
+ * DON'T REASSIGN THESE CODES. They're written into
+ * GSI index files. You can use new ones, but reassigning
+ * the sense of old ones will break GSI indices.
+ * Alignment format codes were reassigned with the creation
+ * of msa.c, but before Stockholm format, there were no
+ * indexed alignment databases. 
+ */
+#define SQFILE_UNKNOWN  0      /* unknown format                  */
+#define SQFILE_IG       1      /* Intelligenetics (!)             */
+#define SQFILE_GENBANK  2      /* GenBank flatfile                */
+                               /* 3 was A2M. Now an alignment format  */
+#define SQFILE_EMBL     4      /* EMBL or Swissprot flatfile      */
+#define SQFILE_GCG      5      /* GCG single sequence files       */
+#define SQFILE_STRIDER  6      /* MacStrider (!!)                 */
+#define SQFILE_FASTA    7      /* FASTA format: default           */
+#define SQFILE_ZUKER    8      /* Zuker MFOLD format (legacy)     */
+#define SQFILE_IDRAW    9      /* Idraw-style PostScript (legacy) */
+                               /* 10 was SELEX. Now alignment format  */
+                               /* 11 was MSF. Now alignment format    */
+#define SQFILE_PIR      12     /* PIR format                      */
+#define SQFILE_RAW      13     /* raw sequence                    */
+#define SQFILE_SQUID    14     /* my obsolete squid format        */
+                               /* 15 was kXPearson, extended FASTA; withdrawn */
+#define SQFILE_GCGDATA  16     /* GCG data library file           */
+                               /* 17 was Clustal. Now alignment format*/
+#ifdef CLUSTALO
+#define SQFILE_VIENNA   18     /* Vienna format: concatenated fasta           */
+#endif
+#define IsUnalignedFormat(fmt)  ((fmt) && (fmt) < 100)
+
+#include "ssi.h"
+
+struct ReadSeqVars {
+  FILE   *f;                    /* open file pointer                  */
+  char   *fname;                /* name of file; used for diagnostics */
+  int     linenumber;           /* what line are we on in the file    */
+
+  char   *buf;                  /* dynamically allocated sre_fgets() buffer */
+  int     buflen;               /* allocation length for buf                */
+  
+  int       ssimode;           /* SSI_OFFSET_I32 or SSI_OFFSET_I64        */
+  SSIOFFSET ssioffset;         /* disk offset to last line read into buf  */
+  SSIOFFSET r_off;             /* offset to start of record               */
+  SSIOFFSET d_off;             /* offset to start of sequence data        */
+
+  int     rpl;                 /* residues per data line for this file; -1 if unset, 0 if invalid */
+  int     lastrpl;             /* rpl on last line seen */
+  int     maxrpl;              /* max rpl on any line of the file */
+  int     bpl;                 /* bytes per data line; -1 if unset, 0 if invalid */
+  int     lastbpl;             /* bpl on last line seen */
+  int     maxbpl;              /* max bpl on any line of the file */
+
+  char   *seq;                  /* growing sequence during parse */
+  SQINFO *sqinfo;              /* name, id, etc, gathered during parse */
+  char   *sp;
+  int     seqlen;              /* current sequence length */
+  int     maxseq;              /* current allocation length for seq */
+
+  int     format;              /* format of seqfile we're reading. */
+  int     do_gzip;             /* TRUE if f is a pipe from gzip -dc */
+  int     do_stdin;            /* TRUE if f is stdin */
+
+  /* An (important) hack for sequential access of multiple alignment files: 
+   * we read the whole alignment in,
+   * and then copy it one sequence at a time into seq and sqinfo.
+   * It is active if msa is non NULL. 
+   * msa->lastidx is reused/overloaded: used to keep track of what 
+   * seq we'll return next.
+   * afp->format is the real format, while SQFILE->format is kMSA.
+   * Because we keep it in the SQFILE structure,
+   * ReadSeq() and friends are always reentrant for multiple seqfiles.
+   */
+  MSA      *msa;
+  MSAFILE  *afp;
+};
+typedef struct ReadSeqVars SQFILE;
+
+
+/****************************************************
+ * Cluster analysis and phylogenetic tree support
+ ****************************************************/ 
+
+/* struct phylo_s - a phylogenetic tree
+ *                     
+ * For N sequences, there will generally be an array of 0..N-2
+ * phylo_s structures representing the nodes of a tree.
+ * [0] is the root. The indexes of left and
+ * right children are somewhat confusing so be careful. The
+ * indexes can have values of 0..2N-2. If they are 0..N-1, they 
+ * represent pointers to individual sequences. If they are
+ * >= N, they represent pointers to a phylo_s structure
+ * at (index - N).
+ */
+struct phylo_s {
+  int    parent;                /* index of parent, N..2N-2, or -1 for root */
+  int    left;                 /* index of one of the branches, 0..2N-2 */
+  int    right;                        /* index of other branch, 0..2N-2        */
+  float  diff;                 /* difference score between seqs         */
+  float  lblen;                /* left branch length                    */
+  float  rblen;                 /* right branch length                   */
+  char  *is_in;                 /* 0..N-1 flag array, 1 if seq included  */
+  int    incnum;                /* number of seqs included at this node  */
+};
+
+
+/* Strategies for cluster analysis; cluster by mean distance,
+ * minimum distance, or maximum distance.
+ */
+enum clust_strategy { CLUSTER_MEAN, CLUSTER_MAX, CLUSTER_MIN };
+
+/****************************************************
+ * Generic data structure support
+ ****************************************************/
+
+/* a struct intstack_s implements a pushdown stack for storing
+ * single integers.
+ */
+struct intstack_s {
+  int                data;
+  struct intstack_s *nxt;
+};
+
+/****************************************************
+ * Binary nucleotide alphabet support
+ ****************************************************/
+
+/* Binary encoding of the IUPAC code for nucleotides
+ * 
+ *    four-bit "word", permitting rapid degenerate matching
+ *         A  C  G  T/U
+ *         0  0  1  0
+ */
+#define NTA 8
+#define NTC 4
+#define NTG 2
+#define NTT 1
+#define NTU 1
+#define NTN 15                 /* A|C|G|T */
+#define NTR 10                 /* A|G */
+#define NTY 5                  /* C|T */
+#define NTM 12                 /* A|C */
+#define NTK 3                  /* G|T */
+#define NTS 6                  /* C|G */
+#define NTW 9                  /* A|T */
+#define NTH 13                 /* A|C|T */
+#define NTB 7                  /* C|G|T */
+#define NTV 14                 /* A|C|G */
+#define NTD 11                 /* A|G|T */
+#define NTGAP 16               /* GAP */
+#define NTEND 0                        /* null string terminator */
+
+/* ntmatch(): bitwise comparison of two nuc's 
+ * note that it's sensitive to the order;
+ * probe may be degenerate but target should not be 
+ */
+#define ntmatch(probe, target)  ((probe & target) == target)
+
+/****************************************************
+ * Support for a portable, flexible Getopt()
+ ****************************************************/
+
+/* Structure: opt_s
+ * 
+ * Structure for declaring options to a main().
+ */
+struct opt_s {
+  char *name;                  /* name of option, e.g. "--option1" or "-o" */
+  int   single;                        /* TRUE if a single letter option           */
+  int   argtype;               /* for typechecking, e.g. sqdARG_INT        */
+};
+                               /* acceptable argtype's...           */
+#define sqdARG_NONE   0                /* no argument                       */
+#define sqdARG_INT    1                /* something that atoi() can grok    */
+#define sqdARG_FLOAT  2                /* something that atof() can grok    */
+#define sqdARG_CHAR   3                /* require single character or digit */
+#define sqdARG_STRING 4                /* anything goes                     */
+
+/****************************************************
+ * Support for convenient Perl-y regexp matching
+ * See hsregexp.c for copyright notice: this code is derived
+ * from Henry Spencer's freely distributed regexp library.
+ ****************************************************/
+
+#define NSUBEXP  10
+typedef struct sqd_regexp {
+       char *startp[NSUBEXP];
+       char *endp[NSUBEXP];
+       char regstart;          /* Internal use only. */
+       char reganch;           /* Internal use only. */
+       char *regmust;          /* Internal use only. */
+       int regmlen;            /* Internal use only. */
+       char program[1];        /* Unwarranted chumminess with compiler. */
+} sqd_regexp;
+
+/* Strparse() defines and manages these. 
+ * sqd_parse[0] contains the substring that matched the pattern.
+ * sqd_parse[1-9] contain substrings matched with ()'s.
+ */
+extern char *sqd_parse[10];
+
+/****************************************************
+ * Portable detection of multiprocessor # of CPUs.
+ *      #include <unistd.h>
+ *      long foo = SQD_NPROC;
+ *      returns the number of available processors.
+ *      if foo == -1, we failed.
+ ****************************************************/
+
+/* Our problem here is that POSIX apparently doesn't specify
+ * a standard for how to get sysconf() to report the number of
+ * processors on-line. _SC_NPROCESSORS_ONLN is specified
+ * by SVR4.0MP. Thanks to W. Gish for help here.
+ */
+#undef SQD_NPROC
+#ifdef  _SC_NPROCESSORS_ONLN    /* Sun Solaris, Digital UNIX */
+#define SQD_NPROC  sysconf(_SC_NPROCESSORS_ONLN)
+#else
+#ifdef _SC_NPROC_ONLN          /* Silicon Graphics IRIX */
+#define SQD_NPROC  sysconf(_SC_NPROC_ONLN)
+#else   /* FreeBSD, Linux don't support getting ncpu via sysconf() */
+#define SQD_NPROC  -1
+#endif
+#endif
+
+/****************************************************
+ * Three levels of debugging printf's and assert's
+ *      level 1: little impact on verbosity or performance
+ *      level 2: moderate impact
+ *      level 3: high impact
+ * Example:
+ *    SQD_DPRINTF3(("Matrix row %d col %d = %f\n", i, j, val));
+ * Note the double parentheses; these are important.
+ ****************************************************/
+
+#ifndef DEBUGLEVEL
+#define DEBUGLEVEL 0
+#endif
+
+#if (DEBUGLEVEL >= 1)
+#define SQD_DPRINTF1(x)  printf x
+#define SQD_DASSERT1(x)  assert x
+#else
+#define SQD_DPRINTF1(x)  
+#define SQD_DASSERT1(x)
+#endif
+#if (DEBUGLEVEL >= 2)
+#define SQD_DPRINTF2(x)  printf x
+#define SQD_DASSERT2(x)  assert x
+#else
+#define SQD_DPRINTF2(x)  
+#define SQD_DASSERT2(x)
+#endif
+#if (DEBUGLEVEL >= 3)
+#define SQD_DPRINTF3(x)  printf x
+#define SQD_DASSERT3(x)  assert x
+#else
+#define SQD_DPRINTF3(x)  
+#define SQD_DASSERT3(x)
+#endif
+
+/* PANIC is called for failures of Std C/POSIX functions,
+ * instead of my own functions. Panic() calls perror() and exits
+ * abnormally.
+ */
+#define PANIC   Panic(__FILE__, __LINE__)
+
+/* Malloc/realloc calls are wrapped
+ */
+#define MallocOrDie(x)     sre_malloc(__FILE__, __LINE__, (x))
+#define ReallocOrDie(x,y)  sre_realloc(__FILE__, __LINE__, (x), (y))
+
+/****************************************************
+ * Miscellaneous macros and defines
+ ****************************************************/
+
+#define SQDCONST_E    2.71828182845904523536028747135
+#define SQDCONST_PI   3.14159265358979323846264338328
+
+                               /* must declare swapfoo to use SWAP() */
+#define SWAP(a,b) {swapfoo = b; b = a; a = swapfoo;}
+#define ScalarsEqual(a,b) (fabs((a)-(b)) < 1e-7)
+
+#ifndef MIN
+#define MIN(a,b)         (((a)<(b))?(a):(b))
+#endif
+#ifndef MAX
+#define MAX(a,b)         (((a)>(b))?(a):(b))
+#endif
+
+/* For convenience and (one hopes) clarity in boolean tests:
+ */
+#ifndef TRUE
+#define TRUE 1
+#endif
+#ifndef FALSE 
+#define FALSE 0
+#endif
+
+/* Somewhere, there is a universe in which Unix vendors comply
+ * with the ANSI C standard. Unfortunately, it is not ours:
+ */
+#ifndef EXIT_SUCCESS
+#define EXIT_SUCCESS 0
+#endif
+#ifndef EXIT_FAILURE
+#define EXIT_FAILURE 1
+#endif
+
+#include "sqfuncs.h"           /* squid function declarations */
+#include "sre_random.h"         /* random number generator and samplers */
+#include "vectorops.h"          /* vector operations  */
+#endif /* SQUIDH_INCLUDED */
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/squidcore.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/squidcore.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..8b07140
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,52 @@
+/************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ ************************************************************/
+
+/* squidcore.c
+ * SRE, Sun Jun 20 17:19:04 1999 [Graeme's kitchen]
+ * 
+ * Core functions for SQUID library.
+ * RCS $Id: squidcore.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: squidcore.c,v 1.1 1999/07/15 22:24:41 eddy Exp)
+ */
+
+#include <stdio.h>
+#include "version.h"
+
+/* Function: Banner()
+ * Date:     SRE, Sun Jun 20 17:19:41 1999 [Graeme's kitchen]
+ *
+ * Purpose:  Print a package version and copyright banner.
+ *           Used by all the main()'s.
+ *           
+ *           Expects to be able to pick up defined macros:
+ *           macro         example
+ *           ------        --------------  
+ *           PACKAGE       "HMMER"
+ *           RELEASE       "2.0.42"
+ *           RELEASEDATE   "April 1 1999"
+ *           COPYRIGHT     "Copyright (C) 1992-1999 Washington University School of Medicine"
+ *           LICENSE       "HMMER is freely distributed under the GNU General Public License (GPL)."
+ *           
+ *           This gives us a general mechanism to update release information
+ *           without changing multiple points in the code; we can also override
+ *           SQUID release data with another package's release data (e.g.
+ *           HMMER) just by redefining macros.
+ * 
+ * Args:     fp     - where to print it
+ *           banner - one-line program description, e.g.:
+ *                    "foobar - make bars from foo with elan" 
+ * Returns:  (void)
+ */
+void
+Banner(FILE *fp, char *banner)
+{
+  fprintf(fp, "%s\n%s %s (%s)\n%s\n%s\n", banner, PACKAGE, RELEASE, RELEASEDATE, COPYRIGHT, LICENSE);
+  fprintf(fp, "- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -\n");
+}
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/sre_ctype.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/sre_ctype.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c010ca7
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,34 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* sre_ctype.c
+ * 
+ * For portability. Some systems have functions tolower, toupper
+ * as macros (for instance, MIPS M-2000 RISC/os!)
+ * 
+ * RCS $Id: sre_ctype.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: sre_ctype.c,v 1.3 2001/09/02 23:43:19 eddy Exp)
+ */
+
+#include <ctype.h>
+#include "squid.h"
+
+int
+sre_tolower(int c)
+{
+  if (isupper(c)) return tolower(c);
+  else return c;
+}
+
+int
+sre_toupper(int c)
+{
+  if (islower(c)) return toupper(c);
+  else return c;
+}
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/sre_math.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/sre_math.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c4f1834
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,331 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* sre_math.c
+ * 
+ * Portability for and extensions to C math library.
+ * RCS $Id: sre_math.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: sre_math.c,v 1.12 2002/10/09 14:26:09 eddy Exp)
+ */
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <math.h>
+#include "squid.h"
+
+  
+/* Function: Linefit()
+ * 
+ * Purpose:  Given points x[0..N-1] and y[0..N-1], fit to
+ *           a straight line y = a + bx.
+ *           a, b, and the linear correlation coefficient r
+ *           are filled in for return.
+ *           
+ * Args:     x     - x values of data
+ *           y     - y values of data               
+ *           N     - number of data points
+ *           ret_a - RETURN: intercept
+ *           ret_b - RETURN: slope
+ *           ret_r - RETURN: correlation coefficient  
+ *           
+ * Return:   1 on success, 0 on failure.
+ */
+int          
+Linefit(float *x, float *y, int N, float *ret_a, float *ret_b, float *ret_r) 
+{                              
+  float xavg, yavg;
+  float sxx, syy, sxy;
+  int   i;
+  
+  /* Calculate averages, xavg and yavg
+   */
+  xavg = yavg = 0.0;
+  for (i = 0; i < N; i++)
+    {
+      xavg += x[i];
+      yavg += y[i];
+    }
+  xavg /= (float) N;
+  yavg /= (float) N;
+
+  sxx = syy = sxy = 0.0;
+  for (i = 0; i < N; i++)
+    {
+      sxx    += (x[i] - xavg) * (x[i] - xavg);
+      syy    += (y[i] - yavg) * (y[i] - xavg);
+      sxy    += (x[i] - xavg) * (y[i] - yavg);
+    }
+  *ret_b = sxy / sxx;
+  *ret_a = yavg - xavg*(*ret_b);
+  *ret_r = sxy / (sqrt(sxx) * sqrt(syy));
+  return 1;
+}
+
+
+/* Function: WeightedLinefit()
+ * 
+ * Purpose:  Given points x[0..N-1] and y[0..N-1] with
+ *           variances (measurement errors) var[0..N-1],  
+ *           fit to a straight line y = mx + b.
+ *           
+ * Method:   Algorithm from Numerical Recipes in C, [Press88].
+ *           
+ * Return:   (void)
+ *           ret_m contains slope; ret_b contains intercept 
+ */                
+void
+WeightedLinefit(float *x, float *y, float *var, int N, float *ret_m, float *ret_b) 
+{
+  int    i;
+  double s;
+  double sx, sy;
+  double sxx, sxy;
+  double delta;
+  double m, b;
+  
+  s = sx = sy = sxx = sxy = 0.;
+  for (i = 0; i < N; i++)
+    {
+      s   += 1./var[i];
+      sx  += x[i] / var[i];
+      sy  += y[i] / var[i];
+      sxx += x[i] * x[i] / var[i];
+      sxy += x[i] * y[i] / var[i];
+    }
+
+  delta = s * sxx - (sx * sx);
+  b = (sxx * sy - sx * sxy) / delta;
+  m = (s * sxy - sx * sy) / delta;
+
+  *ret_m = m;
+  *ret_b = b;
+}
+  
+
+/* Function: Gammln()
+ *
+ * Returns the natural log of the gamma function of x.
+ * x is > 0.0.  
+ *
+ * Adapted from a public domain implementation in the
+ * NCBI core math library. Thanks to John Spouge and
+ * the NCBI. (According to the NCBI, that's Dr. John
+ * "Gammas Galore" Spouge to you, pal.)
+ */
+double
+Gammln(double x)
+{
+  int i;
+  double xx, tx;
+  double tmp, value;
+  static double cof[11] = {
+    4.694580336184385e+04,
+    -1.560605207784446e+05,
+    2.065049568014106e+05,
+    -1.388934775095388e+05,
+    5.031796415085709e+04,
+    -9.601592329182778e+03,
+    8.785855930895250e+02,
+    -3.155153906098611e+01,
+    2.908143421162229e-01,
+    -2.319827630494973e-04,
+    1.251639670050933e-10
+  };
+  
+  /* Protect against x=0. We see this in Dirichlet code,
+   * for terms alpha = 0. This is a severe hack but it is effective
+   * and (we think?) safe. (due to GJM)
+   */ 
+  if (x <= 0.0) return 999999.; 
+
+  xx       = x - 1.0;
+  tx = tmp = xx + 11.0;
+  value    = 1.0;
+  for (i = 10; i >= 0; i--)    /* sum least significant terms first */
+    {
+      value += cof[i] / tmp;
+      tmp   -= 1.0;
+    }
+  value  = log(value);
+  tx    += 0.5;
+  value += 0.918938533 + (xx+0.5)*log(tx) - tx;
+  return value;
+}
+
+
+/* 2D matrix operations
+ */
+float **
+FMX2Alloc(int rows, int cols)
+{
+  float **mx;
+  int     r;
+  
+  mx    = (float **) MallocOrDie(sizeof(float *) * rows);
+  mx[0] = (float *)  MallocOrDie(sizeof(float) * rows * cols);
+  for (r = 1; r < rows; r++)
+    mx[r] = mx[0] + r*cols;
+  return mx;
+}
+void
+FMX2Free(float **mx)
+{
+  free(mx[0]);
+  free(mx);
+}
+double **
+DMX2Alloc(int rows, int cols)
+{
+  double **mx;
+  int      r;
+  
+  mx    = (double **) MallocOrDie(sizeof(double *) * rows);
+  mx[0] = (double *)  MallocOrDie(sizeof(double) * rows * cols);
+  for (r = 1; r < rows; r++)
+    mx[r] = mx[0] + r*cols;
+  return mx;
+}
+void
+DMX2Free(double **mx)
+{
+  free(mx[0]);
+  free(mx);
+}
+/* Function: FMX2Multiply()
+ * 
+ * Purpose:  Matrix multiplication.
+ *           Multiply an m x p matrix A by a p x n matrix B,
+ *           giving an m x n matrix C.
+ *           Matrix C must be a preallocated matrix of the right
+ *           size.
+ */
+void
+FMX2Multiply(float **A, float **B, float **C, int m, int p, int n)
+{
+  int i, j, k;
+
+  for (i = 0; i < m; i++)
+    for (j = 0; j < n; j++)
+      {
+       C[i][j] = 0.;
+       for (k = 0; k < p; k++)
+         C[i][j] += A[i][p] * B[p][j];
+      }
+}
+
+
+/* Function: IncompleteGamma()
+ * 
+ * Purpose:  Returns 1 - P(a,x) where:
+ *           P(a,x) = \frac{1}{\Gamma(a)} \int_{0}^{x} t^{a-1} e^{-t} dt
+ *                  = \frac{\gamma(a,x)}{\Gamma(a)}
+ *                  = 1 - \frac{\Gamma(a,x)}{\Gamma(a)}
+ *                  
+ *           Used in a chi-squared test: for a X^2 statistic x
+ *           with v degrees of freedom, call:
+ *                  p = IncompleteGamma(v/2., x/2.) 
+ *           to get the probability p that a chi-squared value
+ *           greater than x could be obtained by chance even for
+ *           a correct model. (i.e. p should be large, say 
+ *           0.95 or more).
+ *           
+ * Method:   Based on ideas from Numerical Recipes in C, Press et al.,
+ *           Cambridge University Press, 1988. 
+ *           
+ * Args:     a  - for instance, degrees of freedom / 2     [a > 0]
+ *           x  - for instance, chi-squared statistic / 2  [x >= 0] 
+ *           
+ * Return:   1 - P(a,x).
+ */          
+double
+IncompleteGamma(double a, double x)
+{
+  int iter;                    /* iteration counter */
+
+  if (a <= 0.) Die("IncompleteGamma(): a must be > 0");
+  if (x <  0.) Die("IncompleteGamma(): x must be >= 0");
+
+  /* For x > a + 1 the following gives rapid convergence;
+   * calculate 1 - P(a,x) = \frac{\Gamma(a,x)}{\Gamma(a)}:
+   *     use a continued fraction development for \Gamma(a,x).
+   */
+  if (x > a+1) 
+    {
+      double oldp;             /* previous value of p    */
+      double nu0, nu1;         /* numerators for continued fraction calc   */
+      double de0, de1;         /* denominators for continued fraction calc */
+
+      nu0 = 0.;                        /* A_0 = 0       */
+      de0 = 1.;                        /* B_0 = 1       */
+      nu1 = 1.;                        /* A_1 = 1       */
+      de1 = x;                 /* B_1 = x       */
+
+      oldp = nu1;
+      for (iter = 1; iter < 100; iter++)
+       {
+         /* Continued fraction development:
+          * set A_j = b_j A_j-1 + a_j A_j-2
+          *     B_j = b_j B_j-1 + a_j B_j-2
+           * We start with A_2, B_2.
+          */
+                               /* j = even: a_j = iter-a, b_j = 1 */
+                               /* A,B_j-2 are in nu0, de0; A,B_j-1 are in nu1,de1 */
+         nu0 = nu1 + ((double)iter - a) * nu0;
+         de0 = de1 + ((double)iter - a) * de0;
+
+                               /* j = odd: a_j = iter, b_j = x */
+                               /* A,B_j-2 are in nu1, de1; A,B_j-1 in nu0,de0 */
+         nu1 = x * nu0 + (double) iter * nu1;
+         de1 = x * de0 + (double) iter * de1;
+
+                               /* rescale */
+         if (de1 != 0.) 
+           { 
+             nu0 /= de1; 
+             de0 /= de1;
+             nu1 /= de1;
+             de1 =  1.;
+           }
+                               /* check for convergence */
+         if (fabs((nu1-oldp)/nu1) < 1.e-7)
+           return nu1 * exp(a * log(x) - x - Gammln(a));
+
+         oldp = nu1;
+       }
+      Die("IncompleteGamma(): failed to converge using continued fraction approx");
+    }
+  else /* x <= a+1 */
+    {
+      double p;                        /* current sum               */
+      double val;              /* current value used in sum */
+
+      /* For x <= a+1 we use a convergent series instead:
+       *   P(a,x) = \frac{\gamma(a,x)}{\Gamma(a)},
+       * where
+       *   \gamma(a,x) = e^{-x}x^a \sum_{n=0}{\infty} \frac{\Gamma{a}}{\Gamma{a+1+n}} x^n
+       * which looks appalling but the sum is in fact rearrangeable to
+       * a simple series without the \Gamma functions:
+       *   = \frac{1}{a} + \frac{x}{a(a+1)} + \frac{x^2}{a(a+1)(a+2)} ...
+       * and it's obvious that this should converge nicely for x <= a+1.
+       */
+      
+      p = val = 1. / a;
+      for (iter = 1; iter < 10000; iter++)
+       {
+         val *= x / (a+(double)iter);
+         p   += val;
+         
+         if (fabs(val/p) < 1.e-7)
+           return 1. - p * exp(a * log(x) - x - Gammln(a));
+       }
+      Die("IncompleteGamma(): failed to converge using series approx");
+    }
+  /*NOTREACHED*/
+  return 0.;
+}
+  
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/sre_random.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/sre_random.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..aff53db
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,313 @@
+/* sre_random.c
+ * 
+ * Portable random number generator, and sampling routines.
+ *
+ * SRE, Tue Oct  1 15:24:11 2002 [St. Louis]
+ * CVS $Id: sre_random.c,v 1.1 2002/10/09 14:26:09 eddy Exp)
+ */
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <math.h>
+#include "sre_random.h"
+
+static int sre_randseed = 42;  /* default seed for sre_random()   */
+
+/* Function: sre_random()
+ * 
+ * Purpose:  Return a uniform deviate x, 0.0 <= x < 1.0.
+ * 
+ *           sre_randseed is a static variable, set
+ *           by sre_srandom(). When it is non-zero, 
+ *           we re-seed.
+ *           
+ *           Implements L'Ecuyer's algorithm for combining output
+ *           of two linear congruential generators, plus a Bays-Durham
+ *           shuffle. This is essentially ran2() from Numerical Recipes,
+ *           sans their nonhelpful Rand/McNally-esque code obfuscation.
+ *           
+ *           Overflow errors are avoided by Schrage's algorithm:
+ *               az % m = a(z%q) - r(z/q) (+m if <0)
+ *           where q=m/a, r=m%a
+ *
+ *           Requires that long int's have at least 32 bits.
+ *           This function uses statics and is NOT THREADSAFE.
+ *           
+ * Reference: Press et al. Numerical Recipes in C, 1992. 
+ *
+ * Reliable and portable, but slow. Benchmarks on wrasse,
+ * using Linux gcc and Linux glibc rand() (see randspeed, in Testsuite):
+ *     sre_random():    0.5 usec/call
+ *     rand():          0.2 usec/call
+ */
+double
+sre_random(void)
+{
+  static long  rnd1;           /* random number from LCG1 */
+  static long  rnd2;            /* random number from LCG2 */
+  static long  rnd;             /* random number we return */
+  static long  tbl[64];                /* table for Bays/Durham shuffle */
+  long x,y;
+  int i;
+
+  /* Magic numbers a1,m1, a2,m2 from L'Ecuyer, for 2 LCGs.
+   * q,r derive from them (q=m/a, r=m%a) and are needed for Schrage's algorithm.
+   */
+  long a1 = 40014;             
+  long m1 = 2147483563;                
+  long q1 = 53668;
+  long r1 = 12211;
+
+  long a2 = 40692;
+  long m2 = 2147483399;
+  long q2 = 52774;
+  long r2 = 3791;
+
+  if (sre_randseed > 0) 
+    {
+      rnd1 = sre_randseed;
+      rnd2 = sre_randseed;
+                               /* Fill the table for Bays/Durham */
+      for (i = 0; i < 64; i++) {
+       x    = a1*(rnd1%q1);   /* LCG1 in action... */
+       y    = r1*(rnd1/q1);
+       rnd1 = x-y;
+       if (rnd1 < 0) rnd1 += m1;
+
+       x    = a2*(rnd2%q2);   /* LCG2 in action... */
+       y    = r2*(rnd2/q2);
+       rnd2 = x-y;
+       if (rnd2 < 0) rnd2 += m2;
+
+       tbl[i] = rnd1-rnd2;
+       if (tbl[i] < 0) tbl[i] += m1;
+      }
+      sre_randseed = 0;                /* drop the flag. */
+    }/* end of initialization*/
+
+
+  x    = a1*(rnd1%q1);   /* LCG1 in action... */
+  y    = r1*(rnd1/q1);
+  rnd1 = x-y;
+  if (rnd1 < 0) rnd1 += m1;
+
+  x    = a2*(rnd2%q2);   /* LCG2 in action... */
+  y    = r2*(rnd2/q2);
+  rnd2 = x-y;
+  if (rnd2 < 0) rnd2 += m2;
+
+                       /* Choose our random number from the table... */
+  i   = (int) (((double) rnd / (double) m1) * 64.);
+  rnd = tbl[i];
+                       /* and replace with a new number by L'Ecuyer. */
+  tbl[i] = rnd1-rnd2;
+  if (tbl[i] < 0) tbl[i] += m1;
+
+  return ((double) rnd / (double) m1);  
+}
+
+/* Function: sre_srandom()
+ * 
+ * Purpose:  Initialize with a random seed. Seed must be
+ *           >= 0 to work; we silently enforce this.
+ */
+void
+sre_srandom(int seed)
+{
+  if (seed < 0)  seed = -1 * seed;
+  if (seed == 0) seed = 42;
+  sre_randseed = seed;
+}
+
+/* Function: sre_random_positive()
+ * Date:     SRE, Wed Apr 17 13:34:32 2002 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Assure 0 < x < 1 (positive uniform deviate)
+ */
+double
+sre_random_positive(void)
+{
+  double x;
+  do { x = sre_random(); } while (x == 0.0);
+  return x;
+}
+
+/* Function: ExponentialRandom()
+ * Date:     SRE, Mon Sep  6 21:24:29 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Pick an exponentially distributed random variable
+ *           0 > x >= infinity
+ *           
+ * Args:     (void)
+ *
+ * Returns:  x
+ */
+double
+ExponentialRandom(void)
+{
+  double x;
+
+  do x = sre_random(); while (x == 0.0);
+  return -log(x);
+}    
+
+/* Function: Gaussrandom()
+ * 
+ * Pick a Gaussian-distributed random variable
+ * with some mean and standard deviation, and
+ * return it.
+ * 
+ * Based on RANLIB.c public domain implementation.
+ * Thanks to the authors, Barry W. Brown and James Lovato,
+ * University of Texas, M.D. Anderson Cancer Center, Houston TX.
+ * Their implementation is from Ahrens and Dieter, "Extensions 
+ * of Forsythe's method for random sampling from the normal
+ * distribution", Math. Comput. 27:927-937 (1973).
+ *
+ * Impenetrability of the code is to be blamed on its FORTRAN/f2c lineage.
+ * 
+ */
+double
+Gaussrandom(double mean, double stddev)
+{
+  static double a[32] = {
+    0.0,3.917609E-2,7.841241E-2,0.11777,0.1573107,0.1970991,0.2372021,0.2776904,    0.3186394,0.36013,0.4022501,0.4450965,0.4887764,0.5334097,0.5791322,
+    0.626099,0.6744898,0.7245144,0.7764218,0.8305109,0.8871466,0.9467818,
+    1.00999,1.077516,1.150349,1.229859,1.318011,1.417797,1.534121,1.67594,
+    1.862732,2.153875
+  };
+  static double d[31] = {
+    0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.2636843,0.2425085,0.2255674,0.2116342,0.1999243,
+    0.1899108,0.1812252,0.1736014,0.1668419,0.1607967,0.1553497,0.1504094,
+    0.1459026,0.14177,0.1379632,0.1344418,0.1311722,0.128126,0.1252791,
+    0.1226109,0.1201036,0.1177417,0.1155119,0.1134023,0.1114027,0.1095039
+  };
+  static double t[31] = {
+    7.673828E-4,2.30687E-3,3.860618E-3,5.438454E-3,7.0507E-3,8.708396E-3,
+    1.042357E-2,1.220953E-2,1.408125E-2,1.605579E-2,1.81529E-2,2.039573E-2,
+    2.281177E-2,2.543407E-2,2.830296E-2,3.146822E-2,3.499233E-2,3.895483E-2,
+    4.345878E-2,4.864035E-2,5.468334E-2,6.184222E-2,7.047983E-2,8.113195E-2,
+    9.462444E-2,0.1123001,0.136498,0.1716886,0.2276241,0.330498,0.5847031
+  };
+  static double h[31] = {
+    3.920617E-2,3.932705E-2,3.951E-2,3.975703E-2,4.007093E-2,4.045533E-2,
+    4.091481E-2,4.145507E-2,4.208311E-2,4.280748E-2,4.363863E-2,4.458932E-2,
+    4.567523E-2,4.691571E-2,4.833487E-2,4.996298E-2,5.183859E-2,5.401138E-2,
+    5.654656E-2,5.95313E-2,6.308489E-2,6.737503E-2,7.264544E-2,7.926471E-2,
+    8.781922E-2,9.930398E-2,0.11556,0.1404344,0.1836142,0.2790016,0.7010474
+  };
+  static long i;
+  static double snorm,u,s,ustar,aa,w,y,tt;
+
+  u = sre_random();
+  s = 0.0;
+  if(u > 0.5) s = 1.0;
+  u += (u-s);
+  u = 32.0*u;
+  i = (long) (u);
+  if(i == 32) i = 31;
+  if(i == 0) goto S100;
+  /*
+   * START CENTER
+   */
+  ustar = u-(double)i;
+  aa = *(a+i-1);
+S40:
+  if(ustar <= *(t+i-1)) goto S60;
+  w = (ustar-*(t+i-1))**(h+i-1);
+S50:
+  /*
+   * EXIT   (BOTH CASES)
+   */
+  y = aa+w;
+  snorm = y;
+  if(s == 1.0) snorm = -y;
+  return (stddev*snorm + mean);
+S60:
+  /*
+   * CENTER CONTINUED
+   */
+  u = sre_random();
+  w = u*(*(a+i)-aa);
+  tt = (0.5*w+aa)*w;
+  goto S80;
+S70:
+  tt = u;
+  ustar = sre_random();
+S80:
+  if(ustar > tt) goto S50;
+  u = sre_random();
+  if(ustar >= u) goto S70;
+  ustar = sre_random();
+  goto S40;
+S100:
+  /*
+   * START TAIL
+   */
+  i = 6;
+  aa = *(a+31);
+  goto S120;
+S110:
+  aa += *(d+i-1);
+  i += 1;
+S120:
+  u += u;
+  if(u < 1.0) goto S110;
+  u -= 1.0;
+S140:
+  w = u**(d+i-1);
+  tt = (0.5*w+aa)*w;
+  goto S160;
+S150:
+  tt = u;
+S160:
+  ustar = sre_random();
+  if(ustar > tt) goto S50;
+  u = sre_random();
+  if(ustar >= u) goto S150;
+  u = sre_random();
+  goto S140;
+}
+
+  
+/* Functions: DChoose(), FChoose()
+ *
+ * Purpose:   Make a random choice from a normalized distribution.
+ *            DChoose() is for double-precision vectors;
+ *            FChoose() is for single-precision float vectors.
+ *            Returns the number of the choice.
+ */
+int
+DChoose(double *p, int N)
+{
+  double roll;                  /* random fraction */
+  double sum;                   /* integrated prob */
+  int    i;                     /* counter over the probs */
+
+  roll    = sre_random();
+  sum     = 0.0;
+  for (i = 0; i < N; i++)
+    {
+      sum += p[i];
+      if (roll < sum) return i;
+    }
+  return (int) (sre_random() * N);         /* bulletproof */
+}
+int
+FChoose(float *p, int N)
+{
+  float roll;                   /* random fraction */
+  float sum;                   /* integrated prob */
+  int   i;                      /* counter over the probs */
+
+  roll    = sre_random();
+  sum     = 0.0;
+  for (i = 0; i < N; i++)
+    {
+      sum += p[i];
+      if (roll < sum) return i;
+    }
+  return (int) (sre_random() * N);           /* bulletproof */
+}
+
+  
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/sre_random.h b/binaries/src/clustalo/src/squid/sre_random.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..2c5c41b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,18 @@
+/* sre_random.h
+ * Header file for sre_random.c
+ *
+ * SRE, Tue Oct  1 15:24:29 2002
+ * CVS $Id: sre_random.h,v 1.1 2002/10/09 14:26:09 eddy Exp)
+ */
+
+extern double sre_random(void);
+extern void   sre_srandom(int seed);
+extern double sre_random_positive(void);
+extern double ExponentialRandom(void);
+extern double Gaussrandom(double mean, double stddev);
+extern int    DChoose(double *p, int N);
+extern int    FChoose(float *p, int N);
+
+#define CHOOSE(a)   ((int) (sre_random() * (a)))
+
+  
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/sre_string.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/sre_string.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..d739b01
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,523 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* sre_string.c
+ * 
+ * my library of extra string functions. Some for portability
+ * across UNIXes
+ *
+ * RCS $Id: sre_string.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: sre_string.c,v 1.11 2001/06/07 16:59:37 eddy Exp)
+ */
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+#include <stdarg.h>
+#include <ctype.h>
+#include "squid.h"
+
+/* Function: Strdup()
+ * 
+ * Purpose:  Implementation of the common (but non-ANSI) function
+ *           strdup(). Robust against being passed a NULL pointer.
+ *           
+ */
+char *
+Strdup(char *s)
+{
+  char *new;
+  if (s == NULL) return NULL;
+  if ((new = (char *) malloc (strlen(s) +1)) == NULL) return NULL;
+  strcpy(new, s);
+  return new;
+}
+
+/* Function: StringChop()
+ * Date:     SRE, Wed Oct 29 12:10:02 1997 [TWA 721]
+ * 
+ * Purpose:  Chop trailing whitespace off of a string.
+ */
+void
+StringChop(char *s)
+{
+  int   i;
+
+  i = strlen(s) - 1;                    /* set i at last char in string     */
+  while (i >= 0 && isspace((int) s[i])) i--;   /* i now at last non-whitespace char, or -1 */
+  s[i+1] = '\0';
+}
+
+int
+Strinsert(char  *s1,            /* string to insert a char into  */
+         char   c,             /* char to insert                */
+         int    pos)           /* position in s1 to insert c at */
+{
+  char    oldc;
+  char   *s;
+
+  for (s = s1 + pos; c; s++)
+    {
+                               /* swap current char for inserted one */
+      oldc = *s;               /* pick up current */
+      *s   = c;                /* put down inserted one    */
+      c    = oldc;             /* old becomes next to insert */
+    }
+  *s = '\0';
+
+  return 1;
+}
+
+
+int
+Strdelete(char *s1,             /* string to delete a char from       */
+         int   pos)            /* position of char to delete 0..n-1  */
+{
+  char *s;                      
+
+  for (s = s1 + pos; *s; s++)
+    *s = *(s + 1);
+
+  return 1;
+}
+
+void
+s2lower(char *s)
+{
+  for (; *s != '\0'; s++)
+    *s = sre_tolower((int) *s);
+}
+
+void
+s2upper(char *s)
+{
+  for (; *s != '\0'; s++)
+    *s = sre_toupper((int) *s);
+}
+
+
+void *
+sre_malloc(char *file, int line, size_t size)
+{
+  void *ptr;
+
+  SQD_DPRINTF3(("MALLOC: %d bytes (file %s line %d)\n", size, file, line));
+  if ((ptr = malloc (size)) == NULL)
+    Die("malloc of %ld bytes failed: file %s line %d", size, file, line);
+  return ptr;
+}
+
+void *
+sre_realloc(char *file, int line, void *p, size_t size)
+{
+  void *ptr;
+
+  if ((ptr = realloc(p, size)) == NULL)
+    Die("realloc of %ld bytes failed: file %s line %d", size, file, line);
+  return ptr;
+}
+
+
+
+/* Function: Free2DArray(), Free3DArray()
+ * Date:     SRE, Tue Jun  1 14:47:14 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Convenience functions for free'ing 2D
+ *           and 3D pointer arrays. Tolerates any of the
+ *           pointers being NULL, to allow "sparse" 
+ *           arrays.
+ *
+ * Args:     p     - array to be freed
+ *           dim1  - n for first dimension
+ *           dim2  - n for second dimension
+ *
+ *           e.g. a 2d array is indexed p[0..dim1-1][]
+ *                a 3D array is indexed p[0..dim1-1][0..dim2-1][]
+ *           
+ * Returns:  void
+ * 
+ * Diagnostics: (void)
+ *              "never fails"
+ */
+void
+Free2DArray(void **p, int dim1)
+{
+  int i;
+  
+  if (p != NULL) {
+    for (i = 0; i < dim1; i++)
+      if (p[i] != NULL) free(p[i]);
+    free(p);
+  }
+}
+void
+Free3DArray(void ***p, int dim1, int dim2)
+{
+  int i, j;
+
+  if (p != NULL) {
+    for (i = 0; i < dim1; i++)
+      if (p[i] != NULL) {
+       for (j = 0; j < dim2; j++)
+         if (p[i][j] != NULL) free(p[i][j]);
+       free(p[i]);
+      }
+    free(p);
+  }
+}
+
+
+/* Function: RandomSequence()
+ * 
+ * Purpose:  Generate an iid symbol sequence according
+ *           to some alphabet, alphabet_size, probability
+ *           distribution, and length. Return the
+ *           sequence.
+ *           
+ * Args:     alphabet  - e.g. "ACGT"
+ *           p         - probability distribution [0..n-1]
+ *           n         - number of symbols in alphabet
+ *           len       - length of generated sequence 
+ *           
+ * Return:   ptr to random sequence, or NULL on failure.
+ */
+char *
+RandomSequence(char *alphabet, float *p, int n, int len)
+{
+  char *s;
+  int   x;
+
+  s = (char *) MallocOrDie (sizeof(char) * (len+1));
+  for (x = 0; x < len; x++)
+    s[x] = alphabet[FChoose(p,n)];
+  s[x] = '\0';
+  return s;
+}
+
+/* Function: sre_fgets()
+ * Date:     SRE, Thu May 13 10:56:28 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Dynamic allocation version of fgets(),
+ *           capable of reading unlimited line lengths.
+ *
+ * Args:     buf - ptr to a string (may be reallocated)
+ *           n   - ptr to current allocated length of buf,
+ *                 (may be changed)
+ *           fp  - open file ptr for reading
+ *           
+ *           Before the first call to sre_fgets(), 
+ *           buf should be initialized to NULL and n to 0.
+ *           They're a linked pair, so don't muck with the
+ *           allocation of buf or the value of n while
+ *           you're still doing sre_fgets() calls with them.
+ *
+ * Returns:  ptr to the buffer on success. 
+ *           NULL on EOF (buf isn't to be used in this case)
+ *           sre_fgets() *always* results in an allocation
+ *           in buf.
+ *
+ *           The reason to have it return a ptr to buf
+ *           is that it makes wrapper macros easy; see
+ *           MSAFileGetLine() for an example.
+ *
+ * Example:  char *buf;
+ *           int   n;
+ *           FILE *fp;
+ *           
+ *           fp  = fopen("my_file", "r");
+ *           buf = NULL;
+ *           n   = 0;
+ *           while (sre_fgets(&buf, &n, fp) != NULL) 
+ *           {
+ *             do stuff with buf;
+ *           }
+ */
+char *
+sre_fgets(char **buf, int *n, FILE *fp)
+{
+  char *s;
+  int   len;
+  int   pos;
+
+  if (*n == 0) 
+    {
+      *buf = MallocOrDie(sizeof(char) * 128);
+      *n   = 128;
+    }
+
+  /* Simple case 1. We're sitting at EOF, or there's an error.
+   *                fgets() returns NULL, so we return NULL.
+   */
+  if (fgets(*buf, *n, fp) == NULL) return NULL;
+
+  /* Simple case 2. fgets() got a string, and it reached EOF.
+   *                return success status, so caller can use
+   *                the last line; on the next call we'll
+   *                return the 0 for the EOF.
+   */
+  if (feof(fp)) return *buf;
+
+  /* Simple case 3. We got a complete string, with \n,
+   *                and don't need to extend the buffer.
+   */
+  len = strlen(*buf);
+  if ((*buf)[len-1] == '\n') return *buf;
+
+  /* The case we're waiting for. We have an incomplete string,
+   * and we have to extend the buffer one or more times. Make
+   * sure we overwrite the previous fgets's \0 (hence +(n-1)
+   * in first step, rather than 128, and reads of 129, not 128).
+   */
+  pos = (*n)-1;
+  while (1) {
+    *n  += 128;
+    *buf = ReallocOrDie(*buf, sizeof(char) * (*n));
+    s = *buf + pos;
+    if (fgets(s, 129, fp) == NULL) return *buf;
+    len = strlen(s);
+    if (s[len-1] == '\n') return *buf;
+    pos += 128;
+  } 
+  /*NOTREACHED*/
+}
+
+/* Function: sre_strcat()
+ * Date:     SRE, Thu May 13 09:36:32 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Dynamic memory version of strcat().
+ *           appends src to the string that dest points to,
+ *           extending allocation for dest if necessary.
+ *           
+ *           One timing experiment (100 successive appends of 
+ *           1-255 char) shows sre_strcat() has about a 20%
+ *           overhead relative to strcat(). However, if optional
+ *           length info is passed, sre_strcat() is about 30%
+ *           faster than strcat().
+ *           
+ * Args:     dest  - ptr to string (char **), '\0' terminated
+ *           ldest - length of dest, if known; or -1 if length unknown.
+ *           src   - string to append to dest, '\0' terminated       
+ *           lsrc  - length of src, if known; or -1 if length unknown.
+ *
+ *           dest may be NULL, in which case this is
+ *           the equivalent of dest = Strdup(src).
+ *           
+ *           src may also be NULL, in which case
+ *           dest is unmodified (but why would you want to pass
+ *           a NULL src?)
+ *           
+ *           if both dest and src are NULL, dest is
+ *           unmodified; it stays NULL.
+ * 
+ *           the length parameters are optional. If a -1
+ *           is passed, sre_strcat() will call strlen() to
+ *           determine the length itself. Passing length
+ *           info saves the strlen() calls and can speed things
+ *           up if lots of successive appends need to be done.
+ *           
+ * Returns:  new length of dest (>=0 on success);
+ *           dest is (probably) reallocated, and modified
+ *           to a longer string, '\0' terminated.
+ */
+int
+sre_strcat(char **dest, int ldest, char *src, int lsrc)
+{
+  int   len1, len2;
+
+  if (ldest < 0) len1 = ((*dest == NULL) ? 0 : strlen(*dest));
+  else           len1 = ldest;
+
+  if (lsrc < 0)  len2 = ((  src == NULL) ? 0 : strlen(src)); 
+  else           len2 = lsrc;
+
+  if (len2 == 0) return len1;
+
+  if (*dest == NULL) *dest = MallocOrDie(sizeof(char) * (len2+1));
+  else               *dest = ReallocOrDie(*dest, sizeof(char) * (len1+len2+1));
+
+  memcpy((*dest)+len1, src, len2+1);
+  return len1+len2;
+}
+
+/* Function: sre_strtok()
+ * Date:     SRE, Wed May 19 16:30:20 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Thread-safe version of strtok().
+ *
+ *           Returns ptr to next token in a string: skips
+ *            until it reaches a character that is not in the delim
+ *            string, and sets beginning of token. Skips to
+ *            next delim character (or '\0') to set the end; replaces that
+ *            character with '\0'.
+ *           If there's still more string left, sets s to point to next 
+ *            character after the '\0' that was written, so successive 
+ *            calls extract tokens in succession. If there was no string
+ *            left, s points at the terminal '\0'. 
+ *            
+ *           If no token is found, returns NULL.
+ *            
+ *           Also returns the length of the token, which
+ *           may save us a strlen() call in some applications.
+ *           
+ * Limitations:
+ *           *s can't be a constant string, since we write to it.
+ *                      
+ * Example:  
+ *           char *tok;
+ *           int   len;
+ *           char *s;             
+ *           char  buf[50] = "This is  a sentence.";
+ *           
+ *           s = buf;  
+ *           tok = sre_strtok(&s, " ", &len);
+ *                tok is "This"; s is "is  a sentence."; len is 4.
+ *           tok = sre_strtok(&s, " ", &len);
+ *                tok is "is"; s is " a sentence."; len is 2.
+ *           tok = sre_strtok(&s, " ", &len);
+ *                tok is "a"; s is "sentence."; len is 1.
+ *           tok = sre_strtok(&s, " ", &len);
+ *                tok is "sentence."; s is "\0"; len is 9.
+ *           tok = sre_strtok(&s, " ", &len);
+ *                tok is NULL; s is "\0", len is undefined.
+ *       
+ * Args:     s     - a tmp, modifiable ptr to string
+ *           delim - characters that delimits tokens
+ *           len   - RETURN: length of token; pass NULL if not wanted
+ *
+ * Returns:  ptr to next token, or NULL if there aren't any.
+ */
+char *
+sre_strtok(char **s, char *delim, int *len)
+{
+  char *begin, *end;
+  int   n;
+
+  begin = *s;
+  begin += strspn(begin, delim);
+  if (! *begin) return NULL;
+
+  n = strcspn(begin, delim);
+  end  = begin + n;
+  if (*end == '\0') { *s = end;}
+  else {
+    *end = '\0';
+    *s   = end+1;
+  }
+
+  if (len != NULL) *len = n;
+  return begin;
+}
+
+
+
+/* Function: sre_strdup()
+ * Date:     SRE, Wed May 19 17:57:28 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  A version of the common but non-ANSI strdup()
+ *           function. Can pass len, if known, to save a
+ *           strlen() call.
+ *
+ * Args:     s  - string to duplicate
+ *           n  - length of string, if known; -1 if unknown.
+ *                
+ * Returns:  allocated copy of string.
+ *           NULL on failure.
+ */
+char *
+sre_strdup(char *s, int n)
+{
+  char *new;
+
+  if (s == NULL) return NULL;
+  if (n < 0) n = strlen(s);
+  new = MallocOrDie (sizeof(char) * (n+1));
+  strcpy(new, s);
+  return new;
+}
+
+
+/* Function: sre_strncpy()
+ * Date:     SRE, Tue Jun 22 10:10:46 1999 [Sanger Centre]
+ *
+ * Purpose:  a strncpy() that makes sure it adds a trailing \0.
+ *
+ * Args:     s1   - string to copy to (allocated n+1 or larger)
+ *           s2   - string to copy from
+ *           n    - number of chars to copy 
+ *
+ * Returns:  s1. 
+ *           Done only for consistency with strncpy(). Not clear
+ *           why it's useful for a strncpy() to return s1.
+ */
+char *
+sre_strncpy(char *s1, char *s2, int n)
+{
+  strncpy(s1,s2,n);
+  s1[n] = '\0';
+  return s1;
+}
+
+/* Function: IsBlankline()
+ * Date:     SRE, Fri Jun 18 14:36:08 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Returns TRUE if string consists solely of whitespace.
+ *
+ * Args:     s   - string to check
+ */
+int
+IsBlankline(char *s)
+{
+  for (; *s != '\0'; s++)
+    if (! isspace(*s)) return FALSE;
+  return TRUE;
+}
+
+
+
+#ifdef CUBS_WIN
+/* A timing test for sre_strcat()
+ * cc -O2 -g sre_string.c sre_ctype.c sqerror.c sre_math.c hsregex.c -lm 
+ * 15.200u - 5.360u = 9.84u if sre_strcat() with no length info passed
+ * 13.660u - 5.360u = 8.30u if strcat(), with a single malloc().
+ * 11.370u - 5.360u = 6.01u if sre_strcat() with length info passed.
+ */
+int main(void)
+{
+  float p[4] = {0.25, 0.25, 0.25, 0.25};
+  int   buflen;
+  int   len;
+  int   nappends;
+  int   nstrings;
+  char *s1 = NULL;
+  char *s2;
+  int   i;
+
+  nappends = 100;
+  nstrings = 1000;
+  while (nstrings--)
+    {
+      /* s1 = malloc(sizeof(char) * (255*nappends+1));
+        s1[0] = '\0';
+      */
+
+      s1 = NULL;
+      len = 0;
+      for (i = 0; i < nappends; i++)
+       {
+         buflen = CHOOSE(255) + 1;
+         s2 = RandomSequence("ACGT", p, 4, buflen);
+      
+         /* strcat(s1,s2); */
+         if ((len = sre_strcat(&s1, len, s2, buflen)) < 0) exit(1); 
+         free(s2);
+       }
+      free(s1); 
+    }
+  exit(0);
+}
+#endif /*CUBS_WIN*/
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/ssi.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/ssi.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..8a0fb17
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1537 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+#include <sys/stat.h>
+#include <sys/types.h>
+#include <unistd.h>
+#include "squid.h"
+#include "ssi.h"
+#ifdef CLUSTALO
+#include <limits.h>
+#endif
+
+static sqd_uint32 v20magic = 0xf3f3e9b1; /* SSI 1.0: "ssi1" + 0x80808080 */
+static sqd_uint32 v20swap  = 0xb1e9f3f3; /* byteswapped */
+
+static int read_i16(FILE *fp, sqd_uint16 *ret_result);
+static int read_i32(FILE *fp, sqd_uint32 *ret_result);
+static int read_i64(FILE *fp, sqd_uint64 *ret_result);
+static int read_offset(FILE *fp, char mode, SSIOFFSET *ret_offset);
+static int write_i16(FILE *fp, sqd_uint16 n);
+static int write_i32(FILE *fp, sqd_uint32 n);
+static int write_i64(FILE *fp, sqd_uint64 n);
+static int write_offset(FILE *fp, SSIOFFSET *offset);
+static int binary_search(SSIFILE *sfp, char *key, int klen, SSIOFFSET *base, 
+                        sqd_uint32 recsize, sqd_uint32 maxidx);
+static int indexfile_position(SSIFILE *sfp, SSIOFFSET *base, sqd_uint32 len,
+                             sqd_uint32 n);
+static void clear_ssifile(SSIFILE *sfp);
+static sqd_uint64 current_index_size(SSIINDEX *g);
+static int        activate_external_sort(SSIINDEX *g);
+static int        load_indexfile(SSIFILE *sfp);
+static int        parse_pkey_info(char *buf, char mode, struct ssipkey_s *pkey);
+static int        parse_skey_info(char *buf, struct ssiskey_s *skey);
+
+/* Function: SSIOpen()
+ * Date:     SRE, Sun Dec 31 12:40:03 2000 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Opens the SSI index file {filename} and returns
+ *           a SSIFILE * stream thru {ret_sfp}.
+ *           The caller must eventually close this stream using
+ *           SSIClose(). More than one index file can be open
+ *           at once.
+ *
+ * Args:     filename - full path to a SSI index file
+ *
+ * Returns:  Returns 0 on success, nonzero on failure.
+ */
+int
+SSIOpen(char *filename, SSIFILE **ret_sfp)
+{
+  SSIFILE  *sfp = NULL;
+  int       status;
+  if ((sfp = malloc(sizeof(SSIFILE))) == NULL)   return SSI_ERR_MALLOC;
+  if ((sfp->fp = fopen(filename, "rb")) == NULL) {
+    free(sfp);
+    return SSI_ERR_NOFILE;    
+  }
+  status = load_indexfile(sfp);
+  *ret_sfp = sfp;
+  return status;
+}
+/* load_indexfile(): given a SSIFILE structure with an open and positioned 
+ *    stream (fp) -- but no other data loaded -- read the next SSIFILE
+ *    in from disk. We use this routine without its SSIOpen() wrapper
+ *    as part of the external mergesort when creating large indices.
+ */
+static int
+load_indexfile(SSIFILE *sfp)
+{
+  sqd_uint32   magic;
+  sqd_uint16   i;              /* counter over files */
+  int          status;         /* overall return status if an error is thrown */
+
+  status = SSI_ERR_BADFORMAT; /* default: almost every kind of error is a bad format error */
+
+  sfp->filename   = NULL;
+  sfp->fileformat = NULL;
+  sfp->fileflags  = NULL;
+  sfp->bpl        = NULL;
+  sfp->rpl        = NULL;
+  sfp->nfiles     = 0;          
+  if (! read_i32(sfp->fp, &magic))               {status = SSI_ERR_BADMAGIC;  goto FAILURE; }
+  if (magic != v20magic && magic != v20swap)     {status = SSI_ERR_BADMAGIC;  goto FAILURE; }
+  if (! read_i32(sfp->fp, &(sfp->flags))) goto FAILURE; 
+
+  /* If we have 64-bit offsets, make sure we can deal with them.
+   */
+#ifndef HAS_64BIT_FILE_OFFSETS  
+  if ((sfp->flags & SSI_USE64_INDEX) ||
+      (sfp->flags & SSI_USE64))
+    { status = SSI_ERR_NO64BIT; goto FAILURE; }
+#endif
+
+  sfp->imode = (sfp->flags & SSI_USE64_INDEX) ? SSI_OFFSET_I64 : SSI_OFFSET_I32;
+  sfp->smode = (sfp->flags & SSI_USE64) ?       SSI_OFFSET_I64 : SSI_OFFSET_I32;
+
+  if (! read_i16(sfp->fp, &(sfp->nfiles)))     goto FAILURE;
+  if (! read_i32(sfp->fp, &(sfp->nprimary)))   goto FAILURE;
+  if (! read_i32(sfp->fp, &(sfp->nsecondary))) goto FAILURE;
+  if (! read_i32(sfp->fp, &(sfp->flen)))       goto FAILURE;
+  if (! read_i32(sfp->fp, &(sfp->plen)))       goto FAILURE;
+  if (! read_i32(sfp->fp, &(sfp->slen)))       goto FAILURE;
+  if (! read_i32(sfp->fp, &(sfp->frecsize)))   goto FAILURE;
+  if (! read_i32(sfp->fp, &(sfp->precsize)))   goto FAILURE;
+  if (! read_i32(sfp->fp, &(sfp->srecsize)))   goto FAILURE;
+  
+  if (! read_offset(sfp->fp, sfp->imode, &(sfp->foffset))) goto FAILURE;
+  if (! read_offset(sfp->fp, sfp->imode, &(sfp->poffset))) goto FAILURE;
+  if (! read_offset(sfp->fp, sfp->imode, &(sfp->soffset))) goto FAILURE;
+
+  /* Read the file information and keep it.
+   * We expect the number of files to be small, so reading it
+   * once should be advantageous overall. If SSI ever had to
+   * deal with large numbers of files, you'd probably want to
+   * read file information on demand.
+   */
+  if (sfp->nfiles == 0)                                                   goto FAILURE;
+  if ((sfp->filename=malloc(sizeof(char *)    *sfp->nfiles)) == NULL)   {status = SSI_ERR_MALLOC; goto FAILURE; }
+  for (i = 0; i < sfp->nfiles; i++) sfp->filename[i] = NULL; 
+  if ((sfp->fileformat=malloc(sizeof(sqd_uint32)*sfp->nfiles)) == NULL) {status = SSI_ERR_MALLOC; goto FAILURE; }
+  if ((sfp->fileflags =malloc(sizeof(sqd_uint32)*sfp->nfiles)) == NULL) {status = SSI_ERR_MALLOC; goto FAILURE; }
+  if ((sfp->bpl     =malloc(sizeof(sqd_uint32)*sfp->nfiles)) == NULL)   {status = SSI_ERR_MALLOC; goto FAILURE; }
+  if ((sfp->rpl     =malloc(sizeof(sqd_uint32)*sfp->nfiles)) == NULL)   {status = SSI_ERR_MALLOC; goto FAILURE; }
+
+  for (i = 0; i < sfp->nfiles; i++) 
+    {
+      /* We have to explicitly position, because header and file 
+       * records may expand in the future; frecsize and foffset 
+       * give us forwards compatibility. 
+       */ 
+      if (indexfile_position(sfp, &(sfp->foffset), sfp->frecsize, i) !=0)  goto FAILURE;
+      if ((sfp->filename[i] =malloc(sizeof(char)*sfp->flen)) == NULL)        {status = SSI_ERR_MALLOC; goto FAILURE; }
+      if (fread(sfp->filename[i],sizeof(char),sfp->flen, sfp->fp)!=sfp->flen) goto FAILURE;
+      if (! read_i32(sfp->fp, &(sfp->fileformat[i])))                             goto FAILURE;
+      if (! read_i32(sfp->fp, &(sfp->fileflags[i])))                              goto FAILURE;
+      if (! read_i32(sfp->fp, &(sfp->bpl[i])))                                    goto FAILURE;
+      if (! read_i32(sfp->fp, &(sfp->rpl[i])))                                    goto FAILURE;
+    }
+  
+  /* Success. Return 0.
+   */
+  return 0;                    
+
+ FAILURE:
+  /* Failure: free the damaged structure, return status code.
+   */
+  SSIClose(sfp);
+  return status;
+}
+
+
+
+/* Function: SSIGetOffsetByName()
+ * Date:     SRE, Sun Dec 31 13:55:31 2000 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Looks up the string {key} in the open index {sfp}.
+ *           {key} can be either a primary or secondary key. If {key}
+ *           is found, {*ret_fh} contains a unique handle on
+ *           the file that contains {key} (suitable for an SSIFileInfo()
+ *           call, or for comparison to the handle of the last file
+ *           that was opened for retrieval), and {offset} is filled 
+ *           in with the offset in that file.
+ *           
+ * Args:     sfp         - open index file
+ *           key         - string to search for
+ *           ret_fh      - RETURN: handle on file that key is in
+ *           ret_offset  - RETURN: offset of the start of that key's record
+ *
+ * Returns:  0 on success.
+ *           non-zero on error.
+ */
+int
+SSIGetOffsetByName(SSIFILE *sfp, char *key, int *ret_fh,
+                  SSIOFFSET *ret_offset)
+{
+  int         status;
+  sqd_uint16  fnum;
+
+  /* Look in the primary keys.
+   */
+  status = binary_search(sfp, key, sfp->plen, &(sfp->poffset), sfp->precsize,
+                        sfp->nprimary);
+  if (status == 0) {           
+    /* We found it as a primary key; get our data & return.
+     */
+    if (! read_i16(sfp->fp, &fnum)) return SSI_ERR_NODATA;
+    *ret_fh = (int) fnum;
+    if (! read_offset(sfp->fp, sfp->smode, ret_offset))  return SSI_ERR_NODATA;
+
+    return 0;  /* success! (we don't need the other key data) */
+  } else if (status == SSI_ERR_NO_SUCH_KEY) {
+    /* Not in the primary keys? OK, try the secondary keys.
+     */
+    if (sfp->nsecondary > 0) {
+      char *pkey;
+      status = binary_search(sfp, key, sfp->slen, &(sfp->soffset), sfp->srecsize,
+                            sfp->nsecondary);
+      if (status != 0) return status;
+      if ((pkey = malloc(sizeof(char) * sfp->plen)) == NULL) return SSI_ERR_MALLOC;
+      if (fread(pkey, sizeof(char), sfp->plen, sfp->fp) != sfp->plen) return SSI_ERR_NODATA;
+
+      status = SSIGetOffsetByName(sfp, pkey, ret_fh, ret_offset);
+      free(pkey);
+    }
+    return status;
+
+  } else return status;                
+  /*NOTREACHED*/
+}
+
+/* Function: SSIGetOffsetByNumber()
+ * Date:     SRE, Mon Jan  1 19:42:42 2001 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Looks up primary key #{n} in the open index {sfp}.
+ *           {n} ranges from 0..nprimary-1. When key #{n} 
+ *           is found, {*ret_fh} contains a unique 
+ *           handle on the file that contains {key} (suitable
+ *           for an SSIFileInfo() call, or for comparison to 
+ *           the handle of the last file that was opened for retrieval),
+ *           and {offset} is filled in with the offset in that file.
+ *           
+ * Args:     sfp        - open index file
+ *           n          - primary key number to retrieve.
+ *           ret_fh     - RETURN: handle on file that key is in
+ *           ret_offset - RETURN: offset of the start of that key's record
+ *
+ * Returns:  0 on success.
+ *           non-zero on error.
+ */
+int
+SSIGetOffsetByNumber(SSIFILE *sfp, int n, int *ret_fh, SSIOFFSET *ret_offset)
+{
+  sqd_uint16 fnum;
+  char      *pkey;
+
+  if (n >= sfp->nprimary) return SSI_ERR_NO_SUCH_KEY;
+  if (indexfile_position(sfp, &(sfp->poffset), sfp->precsize, n) != 0) 
+    return SSI_ERR_SEEK_FAILED;
+
+  if ((pkey = malloc(sizeof(char) * sfp->plen)) == NULL) return SSI_ERR_MALLOC;
+  if (fread(pkey, sizeof(char), sfp->plen, sfp->fp) != sfp->plen) return SSI_ERR_NODATA;
+  if (! read_i16(sfp->fp, &fnum))                      return SSI_ERR_NODATA;
+  if (! read_offset(sfp->fp, sfp->smode, ret_offset))  return SSI_ERR_NODATA;  
+  *ret_fh = fnum;
+  free(pkey);
+  return 0;
+}
+
+/* Function: SSIGetSubseqOffset()
+ * Date:     SRE, Mon Jan  1 19:49:31 2001 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Implements SSI_FAST_SUBSEQ.
+ * 
+ *           Looks up a primary or secondary {key} in the open
+ *           index {sfp}. Asks for the nearest offset to a
+ *           subsequence starting at position {requested_start}
+ *           in the sequence (numbering the sequence 1..L). 
+ *           If {key} is found, on return, {ret_fh}
+ *           contains a unique handle on the file that contains 
+ *           {key} (suitable for an SSIFileInfo() call, or for 
+ *           comparison to the handle of the last file that was 
+ *           opened for retrieval); {record_offset} contains the
+ *           disk offset to the start of the record; {data_offset}
+ *           contains the disk offset either exactly at the requested
+ *           residue, or at the start of the line containing the
+ *           requested residue; {ret_actual_start} contains the 
+ *           coordinate (1..L) of the first valid residue at or
+ *           after {data_offset}. {ret_actual_start} is <= 
+ *           {requested_start}. 
+ *
+ * Args:     sfp             - open index file
+ *           key             - primary or secondary key to find
+ *           requested_start - residue we'd like to start at (1..L)
+ *           ret_fh          - RETURN: handle for file the key is in
+ *           record_offset   - RETURN: offset of entire record
+ *           data_offset     - RETURN: offset of subseq (see above)
+ *           ret_actual_start- RETURN: coord (1..L) of residue at data_offset
+ *
+ * Returns:  0 on success, non-zero on failure.
+ */
+int
+SSIGetSubseqOffset(SSIFILE *sfp, char *key, int requested_start,
+                   int *ret_fh, SSIOFFSET *record_offset,
+                   SSIOFFSET *data_offset, int *ret_actual_start)
+{
+  int        status;
+  sqd_uint32 len;
+  int        r, b, i, l;       /* tmp variables for "clarity", to match docs */
+  
+  /* Look up the key. Rely on the fact that SSIGetOffsetByName()
+   * leaves the index file positioned at the rest of the data for this key.
+   */
+  status = SSIGetOffsetByName(sfp, key, ret_fh, record_offset);
+  if (status != 0) return status;
+
+  /* Check that we're allowed to do subseq lookup on that file.
+   */
+  if (! (sfp->fileflags[*ret_fh] & SSI_FAST_SUBSEQ))
+    return SSI_ERR_NO_SUBSEQS;
+
+  /* Read the data we need for subseq lookup
+   */
+  if (! read_offset(sfp->fp, sfp->smode, data_offset)) return SSI_ERR_NODATA;
+  if (! read_i32(sfp->fp, &len))                         return SSI_ERR_NODATA;
+
+  /* Set up tmp variables for clarity of equations below,
+   * and to make them match documentation (ssi-format.tex).
+   */
+  r = sfp->rpl[*ret_fh];    /* residues per line */
+  b = sfp->bpl[*ret_fh];    /* bytes per line    */
+  i = requested_start;     /* start position 1..L */
+  l = (i-1)/r;             /* data line # (0..) that the residue is on */
+  if (r == 0 || b == 0) return SSI_ERR_NO_SUBSEQS;
+  if (i < 0 || i > len) return SSI_ERR_RANGE;
+  
+  /* When b = r+1, there's nothing but sequence on each data line (and the \0),
+   * and we can find each residue precisely.
+   */
+  if (b == r+1) {
+    if (sfp->smode == SSI_OFFSET_I32) {
+      data_offset->mode    = SSI_OFFSET_I32;
+      data_offset->off.i32 = data_offset->off.i32 + l*b + (i-1)%r;
+    } else if (sfp->smode == SSI_OFFSET_I64) {
+      data_offset->mode    = SSI_OFFSET_I64;
+      data_offset->off.i64 = data_offset->off.i64 + l*b + (i-1)%r;
+    } 
+    *ret_actual_start = requested_start;
+  } else { 
+    /* else, there's other stuff on seq lines, so the best
+     * we can do easily is to position at start of relevant line.
+     */
+    if (sfp->smode == SSI_OFFSET_I32) {
+      data_offset->mode    = SSI_OFFSET_I32;
+      data_offset->off.i32 = data_offset->off.i32 + l*b;
+    } else if (sfp->smode == SSI_OFFSET_I64) {
+      data_offset->mode    = SSI_OFFSET_I64;
+      data_offset->off.i64 = data_offset->off.i64 + l*b;
+    } 
+    /* yes, the eq below is = 1 + (i-1)/r*r but it's not = i. that's an integer /. */
+    *ret_actual_start = 1 + l*r;
+  }
+  return 0;
+}
+
+/* Function: SSISetFilePosition()
+ * Date:     SRE, Tue Jan  2 09:13:46 2001 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Uses {offset} to sets the file position for {fp}, usually an
+ *           open sequence file, relative to the start of the file.
+ *           Hides the details of system-dependent shenanigans necessary for
+ *           file positioning in large (>2 GB) files. 
+ *           
+ *           Behaves just like fseek(fp, offset, SEEK_SET) for 32 bit
+ *           offsets and <2 GB files.
+ *           
+ *           Warning: if all else fails, in desperation, it will try to
+ *           use fsetpos(). This requires making assumptions about fpos_t
+ *           that may be unwarranted... assumptions that ANSI C prohibits
+ *           me from making... though I believe the ./configure
+ *           script robustly tests whether I can play with fpos_t like this.
+ *
+ * Args:     fp      - file to position.
+ *           offset  - SSI offset relative to file start.
+ *                 
+ * Returns:  0 on success, nonzero on error.
+ */
+int
+SSISetFilePosition(FILE *fp, SSIOFFSET *offset)
+{
+  if (offset->mode == SSI_OFFSET_I32) {
+    if (fseek(fp, offset->off.i32, SEEK_SET) != 0)       return SSI_ERR_SEEK_FAILED;
+  }
+#ifndef HAS_64BIT_FILE_OFFSETS
+  else return SSI_ERR_NO64BIT;
+#elif defined HAVE_FSEEKO && SIZEOF_OFF_T == 8
+  else if (fseeko(fp, offset->off.i64, SEEK_SET) != 0)   return SSI_ERR_SEEK_FAILED;
+#elif defined HAVE_FSEEKO64 && SIZEOF_OFF64_T == 8
+  else if (fseeko64(fp, offset->off.i64, SEEK_SET) != 0) return SSI_ERR_SEEK_FAILED;
+#elif defined HAVE_FSEEK64
+  else if (fseek64(fp, offset->off.i64, SEEK_SET) != 0)  return SSI_ERR_SEEK_FAILED;
+#elif defined ARITHMETIC_FPOS_T && SIZEOF_FPOS_T == 8
+  else if (fsetpos(fp, &(offset->off.i64)) != 0)         return SSI_ERR_SEEK_FAILED;
+#endif
+  return 0;
+}
+
+
+/* Function: SSIFileInfo()
+ * Date:     SRE, Tue Jan  2 10:31:01 2001 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Given a file number {fh} in an open index file
+ *           {sfp}, retrieve file name {ret_filename} and
+ *           the file format {ret_format}. 
+ *           
+ *           {ret_filename} is a pointer to a string maintained
+ *           internally by {sfp}. It should not be free'd; 
+ *           SSIClose(sfp) takes care of it.
+ *
+ * Args:     sfp          - open index file
+ *           fh           - handle on file to look up
+ *           ret_filename - RETURN: name of file n
+ *           ret_format   - RETURN: format of file n
+ *
+ * Returns:  0 on success, nonzero on failure.
+ */
+int
+SSIFileInfo(SSIFILE *sfp, int fh, char **ret_filename, int *ret_format)
+{
+  if (fh < 0 || fh >= sfp->nfiles) return SSI_ERR_BADARG;
+  *ret_filename = sfp->filename[fh];
+  *ret_format   = sfp->fileformat[fh];
+  return 0;
+}
+
+/* Function: SSIClose()
+ * Date:     SRE, Sun Dec 31 14:56:37 2000 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Close an open {SSIFILE *}.
+ *
+ * Args:     sfp - index file to close.
+ *
+ * Returns:  (void)
+ */
+void
+SSIClose(SSIFILE *sfp) 
+{
+  if (sfp != NULL) {
+    clear_ssifile(sfp);
+    if (sfp->fp       != NULL) fclose(sfp->fp);
+    free(sfp);
+  }
+}  
+/* clear_ssifile(): free the innards of SSIFILE, without 
+ * destroying the structure or closing the stream.
+ */
+static void
+clear_ssifile(SSIFILE *sfp)
+{
+  int i;
+
+  if (sfp->filename != NULL) {
+    for (i = 0; i < sfp->nfiles; i++) 
+      if (sfp->filename[i] != NULL) free(sfp->filename[i]);
+    free(sfp->filename);
+  }
+  if (sfp->fileformat   != NULL) free(sfp->fileformat);
+  if (sfp->fileflags    != NULL) free(sfp->fileflags);
+  if (sfp->bpl          != NULL) free(sfp->bpl);
+  if (sfp->rpl          != NULL) free(sfp->rpl);
+}
+  
+
+/* Function: SSIRecommendMode()
+ * Date:     SRE, Fri Feb 16 08:23:47 2001 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Examines the file and determines whether it should be
+ *           indexed with large file support or not; returns 
+ *           SSI_OFFSET_I32 for most files, SSI_OFFSET_I64 for large
+ *           files, or -1 on failure.
+ *
+ * Args:     file - name of file to check for size
+ *
+ * Returns:  -1 on failure (including case where file is too big)
+ *           SSI_OFFSET_I32 for most files (<= 2^31-1 bytes)
+ *           SSI_OFFSET_I64 for large files (> 2^31-1 bytes)
+ */
+int
+SSIRecommendMode(char *file)
+{
+#if HAVE_STAT64
+  struct stat64 s1;
+  if (stat64(file, &s1) == 0) {
+    if (s1.st_size <= 2146483647L) return SSI_OFFSET_I32;
+    else                           return SSI_OFFSET_I64;
+  }
+#else 
+  struct stat s2;
+  if (stat(file, &s2) == 0) {
+    if (s2.st_size <= 2146483647L) return SSI_OFFSET_I32;
+    else                           return SSI_OFFSET_I64;
+  }
+#endif
+  return -1;
+}
+
+/* Function: SSICreateIndex()
+ * Date:     SRE, Tue Jan  2 11:23:25 2001 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Creates and initializes a SSI index structure. 
+ *           Sequence file offset type is specified by {mode}.
+ *
+ * Args:     mode    - SSI_OFFSET_I32 or SSI_OFFSET_I64, sequence file index mode.
+ *
+ * Returns:  ptr to new index structure, or NULL on failure.
+ *           Caller is responsible for free'ing the returned
+ *           structure with SSIFreeIndex().
+ */
+SSIINDEX *
+SSICreateIndex(int mode)
+{
+  SSIINDEX *g;
+
+  g = NULL;
+  if ((g = malloc(sizeof(SSIINDEX))) == NULL)                               goto FAILURE;
+  g->smode    = mode;
+  g->imode    = SSI_OFFSET_I32;        /* index always starts as 32-bit; may get upgraded later */
+  g->external = FALSE;
+  g->max_ram  = SSI_MAXRAM;
+
+#ifndef HAS_64BIT_FILE_OFFSETS
+  if (mode == SSI_OFFSET_I64) 
+    Die("\
+Can't create a 64-bit SSI index on this system, sorry;\n\
+I don't have 64-bit file offset functions available.\n");
+#endif
+
+  g->filenames  = NULL;
+  g->fileformat = NULL;
+  g->bpl        = NULL;
+  g->rpl        = NULL;
+  g->flen       = 0;
+  g->nfiles     = 0;
+
+  g->pkeys         = NULL;
+  g->plen          = 0;
+  g->nprimary      = 0;
+  g->ptmpfile      = "tmp.ssi.1"; /* hardcoded, for now. */
+  g->ptmp          = NULL;
+  
+  g->skeys         = NULL;
+  g->slen          = 0;
+  g->nsecondary    = 0;
+  g->stmpfile      = "tmp.ssi.2"; /* hardcoded, for now. */
+  g->stmp          = NULL;
+
+  /* All mallocs must go after NULL initializations, because of the cleanup strategy;
+   * we'll try to free anything non-NULL if a malloc fails.
+   */
+  if ((g->filenames = malloc(sizeof(char *)     * SSI_FILE_BLOCK)) == NULL) goto FAILURE;
+  if ((g->fileformat= malloc(sizeof(sqd_uint32) * SSI_FILE_BLOCK)) == NULL) goto FAILURE; 
+  if ((g->bpl       = malloc(sizeof(sqd_uint32) * SSI_FILE_BLOCK)) == NULL) goto FAILURE; 
+  if ((g->rpl       = malloc(sizeof(sqd_uint32) * SSI_FILE_BLOCK)) == NULL) goto FAILURE; 
+  
+  if ((g->pkeys = malloc(sizeof(struct ssipkey_s)* SSI_KEY_BLOCK))== NULL)  goto FAILURE;
+  if ((g->skeys = malloc(sizeof(struct ssipkey_s)* SSI_KEY_BLOCK))== NULL)  goto FAILURE;
+
+  return g;
+
+ FAILURE:
+  SSIFreeIndex(g);             /* free the damaged structure */
+  return NULL;
+}
+
+/* Function: SSIGetFilePosition()
+ * Date:     SRE, Tue Jan  2 09:59:26 2001 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Fills {ret_offset} with the current disk
+ *           offset of {fp}, relative to the start of the file. 
+ *           {mode} is set to either SSI_OFFSET_I32 or 
+ *           SSI_OFFSET_I64. If {mode} is _I32 (32 bit), just wraps
+ *           a call to ftell(); otherwise deals with system-dependent
+ *           details of 64-bit file offsets.
+ *
+ * Args:     fp         - open stream
+ *           mode       - SSI_OFFSET_I32 or SSI_OFFSET_I64
+ *           ret_offset - RETURN: file position       
+ *
+ * Returns:  0 on success. nonzero on error.
+ */
+int 
+SSIGetFilePosition(FILE *fp, int mode, SSIOFFSET *ret_offset)
+{
+  if (mode == SSI_OFFSET_I32) 
+    {
+      ret_offset->mode    = SSI_OFFSET_I32;
+      ret_offset->off.i32 = ftell(fp);
+      if (ret_offset->off.i32 == -1) return SSI_ERR_TELL_FAILED;
+    }
+  else if (mode != SSI_OFFSET_I64) abort(); /* only happens on a coding error */
+  else {
+    ret_offset->mode    = SSI_OFFSET_I64;
+#ifndef HAS_64BIT_FILE_OFFSETS
+    return SSI_ERR_NO64BIT;
+#elif defined HAVE_FTELLO && SIZEOF_OFF_T == 8
+    if ((ret_offset->off.i64 = ftello(fp)) == -1)   return SSI_ERR_TELL_FAILED;
+#elif defined HAVE_FTELLO64 && SIZEOF_OFF64_T == 8
+    if ((ret_offset->off.i64 = ftello64(fp)) == -1) return SSI_ERR_TELL_FAILED;
+#elif defined HAVE_FTELL64
+    if ((ret_offset->off.i64 = ftell64(fp)) == -1)  return SSI_ERR_TELL_FAILED;
+#elif defined ARITHMETIC_FPOS_T && SIZEOF_FPOS_T == 8
+    if (fgetpos(fp, &(ret_offset->off.i64)) != 0)   return SSI_ERR_TELL_FAILED;
+#endif
+  }
+  return 0;
+}
+
+/* Function: SSIAddFileToIndex()
+ * Date:     SRE, Tue Jan  2 12:54:36 2001 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Adds the sequence file {filename}, which is known to 
+ *           be in format {fmt}, to the index {g}. Creates and returns
+ *           a unique filehandle {fh} for then associating primary keys
+ *           with this file using SSIAddPrimaryKeyToIndex().
+ *
+ * Args:     g         - active index
+ *           filename  - file to add 
+ *           fmt       - format code for this file (e.g. SQFILE_FASTA)
+ *           ret_fh    - RETURN: unique handle for this file
+ *
+ * Returns:  0 on success; nonzero on error.
+ */
+int
+SSIAddFileToIndex(SSIINDEX *g, char *filename, int fmt, int *ret_fh)
+{
+  int n;
+  
+  if (g->nfiles >= SSI_MAXFILES) return SSI_ERR_TOOMANY_FILES;
+
+  n = strlen(filename);
+  if ((n+1) > g->flen) g->flen = n+1;
+
+  g->filenames[g->nfiles]  = FileTail(filename, FALSE);
+  g->fileformat[g->nfiles] = fmt;
+  g->bpl[g->nfiles]        = 0;
+  g->rpl[g->nfiles]        = 0;
+  *ret_fh                  = g->nfiles;   /* handle is simply = file number */
+  g->nfiles++;
+
+  if (g->nfiles % SSI_FILE_BLOCK == 0) {
+    g->filenames = realloc(g->filenames,  sizeof(char *) * (g->nfiles+SSI_FILE_BLOCK));
+    if (g->filenames == NULL) return SSI_ERR_MALLOC;
+    g->fileformat= realloc(g->fileformat, sizeof(sqd_uint32) * (g->nfiles+SSI_FILE_BLOCK));
+    if (g->fileformat == NULL) return SSI_ERR_MALLOC;
+    g->bpl       = realloc(g->bpl,        sizeof(sqd_uint32) * (g->nfiles+SSI_FILE_BLOCK));
+    if (g->bpl == NULL) return SSI_ERR_MALLOC;
+    g->rpl       = realloc(g->rpl,        sizeof(sqd_uint32) * (g->nfiles+SSI_FILE_BLOCK));
+    if (g->rpl == NULL) return SSI_ERR_MALLOC;
+  }
+  return 0;
+}
+
+
+/* Function: SSISetFileForSubseq()
+ * Date:     SRE, Tue Jan  9 10:02:05 2001 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Set SSI_FAST_SUBSEQ for the file indicated by
+ *           filehandle {fh} in the index {g}, setting
+ *           parameters {bpl} and {rpl} to the values given.
+ *           {bpl} is the number of bytes per sequence data line.
+ *           {rpl} is the number of residues per sequence data line. 
+ *           Caller must be sure that {bpl} and {rpl} do not change
+ *           on any line of any sequence record in the file
+ *           (except for the last data line of each record). If
+ *           this is not the case in this file, SSI_FAST_SUBSEQ
+ *           will not work, and this routine should not be
+ *           called.
+ *
+ * Args:     g    - the active index
+ *           fh   - handle for file to set SSI_FAST_SUBSEQ on
+ *           bpl  - bytes per data line
+ *           rpl  - residues per data line
+ *
+ * Returns:  0 on success; 1 on error.
+ */
+int
+SSISetFileForSubseq(SSIINDEX *g, int fh, int bpl, int rpl)
+{
+  if (fh < 0 || fh >= g->nfiles) return SSI_ERR_BADARG;
+  if (bpl <= 0 || rpl <= 0)      return SSI_ERR_BADARG;
+  g->bpl[fh] = bpl;
+  g->rpl[fh] = rpl;
+  return 0;
+}
+
+
+/* Function: SSIAddPrimaryKeyToIndex()
+ * Date:     SRE, Tue Jan  2 11:50:54 2001 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Put primary key {key} in the index {g}, while telling
+ *           the index this primary key is in the file associated
+ *           with filehandle {fh} (returned by a previous call
+ *           to SSIAddFileToIndex()), and its record starts at 
+ *           position {r_off} in the file.
+ *           
+ *           {d_off} and {L} are optional; they may be left unset
+ *           by passing NULL and 0, respectively. (If one is
+ *           provided, both must be provided.) If they are provided,
+ *           {d_off} gives the position of the first line of sequence
+ *           data in the record, and {L} gives the length of
+ *           the sequence in residues. They are used when 
+ *           SSI_FAST_SUBSEQ is set for this file. If SSI_FAST_SUBSEQ
+ *           is not set for the file, {d_off} and {L} will be
+ *           ignored by the index reading API even if they are stored
+ *           by the index writing API, so it doesn't hurt for the 
+ *           indexing program to provide them; typically they
+ *           won't know whether it's safe to set SSI_FAST_SUBSEQ
+ *           for the whole file until the whole file has been
+ *           read and every key has already been added to the index.
+ *           
+ * Args:     g      - active index
+ *           key    - primary key to add
+ *           fh     - handle on file that this key's in 
+ *           r_off  - offset to start of record
+ *           d_off  - offset to start of sequence data
+ *           L      - length of sequence, or 0
+ *
+ * Returns:  0 on success, nonzero on error.
+ */
+int
+SSIAddPrimaryKeyToIndex(SSIINDEX *g, char *key, int fh,
+                       SSIOFFSET *r_off, SSIOFFSET *d_off, int L)
+{
+  int n;                       /* a string length */
+  
+  if (fh >= SSI_MAXFILES)         return SSI_ERR_TOOMANY_FILES;
+  if (g->nprimary >= SSI_MAXKEYS) return SSI_ERR_TOOMANY_KEYS;
+  if (L > 0 && d_off == NULL) abort(); /* need both. */
+
+  /* Before adding the key: check how big our index is.
+   * If it's getting too large, switch to external mode.
+   */
+  if (!g->external && current_index_size(g) >= g->max_ram) 
+    if (activate_external_sort(g) != 0)  return SSI_ERR_NOFILE;
+
+  /* Update maximum pkey length, if needed.
+   */
+  n = strlen(key);
+  if ((n+1) > g->plen) g->plen = n+1;
+
+  /* External mode? Simply append to disk...
+   */
+  if (g->external) {
+    if (g->smode == SSI_OFFSET_I32) {
+      fprintf(g->ptmp, "%s\t%d\t%lu\t%lu\t%lu\n", 
+             key, fh, (unsigned long) r_off->off.i32, 
+             (unsigned long) (d_off == NULL? 0 : d_off->off.i32),
+             (unsigned long) L);
+    } else {
+#ifdef CLUSTALO
+        fprintf(g->ptmp, "%s\t%d\t%llu\t%llu\t%lu\n", 
+                key, fh, (unsigned long long)r_off->off.i64, 
+                d_off == NULL? 0 : (unsigned long long) d_off->off.i64, 
+             (unsigned long) L);
+#else
+        fprintf(g->ptmp, "%s\t%d\t%llu\t%llu\t%lu\n", 
+             key, fh, r_off->off.i64, 
+             d_off == NULL? 0 : d_off->off.i64, 
+             (unsigned long) L);
+#endif
+    }
+    g->nprimary++;
+    return 0;
+  }
+
+  /* Else: internal mode, keep keys in memory...
+   */
+  if ((g->pkeys[g->nprimary].key = sre_strdup(key, n)) == NULL) return SSI_ERR_MALLOC;
+  g->pkeys[g->nprimary].fnum  = (sqd_uint16) fh;
+  g->pkeys[g->nprimary].r_off = *r_off;
+  if (d_off != NULL && L > 0) {
+    g->pkeys[g->nprimary].d_off = *d_off;
+    g->pkeys[g->nprimary].len   = L;
+  } else {
+       /* yeah, this looks stupid, but look: we have to give a valid
+           looking, non-NULL d_off of some sort, or writes will fail. 
+           It's going to be unused anyway. */
+    g->pkeys[g->nprimary].d_off = *r_off;
+    g->pkeys[g->nprimary].len   = 0;
+  }
+  g->nprimary++;
+
+  if (g->nprimary % SSI_KEY_BLOCK == 0) {
+    g->pkeys = realloc(g->pkeys, sizeof(struct ssipkey_s) * (g->nprimary+SSI_KEY_BLOCK));
+    if (g->pkeys == NULL) return SSI_ERR_MALLOC;
+  }
+  return 0;
+}
+
+
+/* Function: SSIAddSecondaryKeyToIndex()
+ * Date:     SRE, Tue Jan  2 12:44:40 2001 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Puts secondary key {key} in the index {g}, associating
+ *           it with primary key {pkey} that was previously
+ *           registered by SSIAddPrimaryKeyToIndex().
+ *
+ * Args:     g    - active index 
+ *           key  - secondary key to add             
+ *           pkey - primary key to associate this key with
+ *
+ * Returns:  0 on success, nonzero on failure.
+ */
+int
+SSIAddSecondaryKeyToIndex(SSIINDEX *g, char *key, char *pkey)
+{
+  int n;                       /* a string length */
+  
+  if (g->nsecondary >= SSI_MAXKEYS) return SSI_ERR_TOOMANY_KEYS;
+
+  /* Before adding the key: check how big our index is.
+   * If it's getting too large, switch to external mode.
+   */
+  if (!g->external && current_index_size(g) >= g->max_ram) 
+    if (activate_external_sort(g) != 0)  return SSI_ERR_NOFILE;
+
+  /* Update maximum secondary key length, if necessary.
+   */
+  n = strlen(key);
+  if ((n+1) > g->slen) g->slen = n+1;
+
+  /* if external mode: write info to disk.
+   */
+  if (g->external) {
+    fprintf(g->stmp, "%s\t%s\n", key, pkey);
+    g->nsecondary++;
+    return 0;
+  }
+
+  /* else, internal mode... store info in memory.
+   */
+  if ((g->skeys[g->nsecondary].key  = sre_strdup(key, n))   == NULL) return SSI_ERR_MALLOC;
+  if ((g->skeys[g->nsecondary].pkey = sre_strdup(pkey, -1)) == NULL) return SSI_ERR_MALLOC;
+  g->nsecondary++;
+
+  if (g->nsecondary % SSI_KEY_BLOCK == 0) {
+    g->skeys = realloc(g->skeys, sizeof(struct ssiskey_s) * (g->nsecondary+SSI_KEY_BLOCK));
+    if (g->skeys == NULL) return SSI_ERR_MALLOC;
+  }
+  return 0;
+}
+
+
+
+
+/* Function: SSIWriteIndex()
+ * Date:     SRE, Tue Jan  2 13:55:56 2001 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Writes complete index {g} in SSI format to a 
+ *           binary file {file}. Does all           
+ *           the overhead of sorting the primary and secondary keys, 
+ *           and maintaining the association of secondary keys
+ *           with primary keys during and after the sort.
+ *
+ * Args:     file  - file to write to
+ *           g     - index to sort & write out.      
+ *
+ * Returns:  0 on success, nonzero on error.
+ */
+/* needed for qsort() */
+static int 
+pkeysort(const void *k1, const void *k2)
+{
+  struct ssipkey_s *key1;
+  struct ssipkey_s *key2;
+  key1 = (struct ssipkey_s *) k1;
+  key2 = (struct ssipkey_s *) k2;
+  return strcmp(key1->key, key2->key);
+}
+static int 
+skeysort(const void *k1, const void *k2)
+{
+  struct ssiskey_s *key1;
+  struct ssiskey_s *key2;
+  key1 = (struct ssiskey_s *) k1;
+  key2 = (struct ssiskey_s *) k2;
+  return strcmp(key1->key, key2->key);
+}
+int
+SSIWriteIndex(char *file, SSIINDEX *g)
+{
+  FILE      *fp;
+  int        status;
+  int        i;
+  sqd_uint32 header_flags, file_flags;
+  sqd_uint32 frecsize, precsize, srecsize;
+  sqd_uint64 foffset, poffset, soffset;
+  char       *s, *s2;
+
+  if ((fp = fopen(file,"wb")) == NULL) return SSI_ERR_NOFILE;
+  status = 0;
+
+  /* How big is the index? If it's going to be > 2GB, we need
+   * to flip to 64-bit index mode. 2047 (instead of 2048) gives us
+   * some slop room.
+   * die'ing here is pretty brutal - if we flip to 64-bit index
+   * mode, we hve 100's of millions of keys, so we've processed
+   * a long time before reaching this point. Ah well.
+   */
+  if (current_index_size(g) >= 2047) {
+    g->imode = SSI_OFFSET_I64;
+#ifndef HAS_64BIT_FILE_OFFSETS
+    Die("\
+Can't switch to 64-bit SSI index mode on this system, sorry;\n\
+I don't have 64-bit file offset functions available.\n");
+#endif
+  }
+
+  /* Magic-looking numbers come from adding up sizes 
+   * of things in bytes
+   */
+  frecsize = 16 + g->flen;
+  precsize = (g->smode == SSI_OFFSET_I64) ? 22+g->plen : 14+g->plen;
+  srecsize = g->slen + g->plen;
+
+  header_flags = 0;
+  if (g->smode == SSI_OFFSET_I64) header_flags |= SSI_USE64;
+  if (g->imode == SSI_OFFSET_I64) header_flags |= SSI_USE64_INDEX;
+
+  /* Magic-looking numbers again come from adding up sizes 
+   * of things in bytes
+   */
+  foffset = (header_flags & SSI_USE64_INDEX) ? 66 : 54;
+  poffset = foffset + frecsize*g->nfiles;
+  soffset = poffset + precsize*g->nprimary;
+  
+  /* Sort the keys
+   * If external mode, make system calls to UNIX/POSIX "sort" in place, then
+   * open new sorted files for reading thru ptmp and stmp handles.
+   * If internal mode, call qsort.
+   * 
+   * Note that you'd better force a POSIX locale for the sort; else,
+   * some silly distro (e.g. Mandrake Linux >=8.1) may have specified
+   * LC_COLLATE=en_US, and this'll give a sort "bug" in which it doesn't
+   * sort by byte order.
+   */
+  if (g->external) {
+    char cmd[1024];
+
+    fclose(g->ptmp);
+    g->ptmp = NULL;
+    sprintf(cmd, "env LC_ALL=POSIX sort -o %s %s\n", g->ptmpfile, g->ptmpfile);
+    if ((status = system(cmd)) != 0) return SSI_ERR_EXTERNAL_SORT;
+    if ((g->ptmp = fopen(g->ptmpfile, "r")) == NULL) return SSI_ERR_EXTERNAL_SORT;
+
+    fclose(g->stmp);
+    g->stmp = NULL;
+    sprintf(cmd, "env LC_ALL=POSIX sort -o %s %s\n", g->stmpfile, g->stmpfile);
+    if ((status = system(cmd)) != 0) return SSI_ERR_EXTERNAL_SORT;
+    if ((g->stmp = fopen(g->stmpfile, "r")) == NULL) return SSI_ERR_EXTERNAL_SORT;
+  } else {
+    qsort((void *) g->pkeys, g->nprimary,   sizeof(struct ssipkey_s), pkeysort); 
+    qsort((void *) g->skeys, g->nsecondary, sizeof(struct ssiskey_s), skeysort); 
+  }
+
+  /* Write the header
+   */
+  if (! write_i32(fp, v20magic))      return SSI_ERR_FWRITE;
+  if (! write_i32(fp, header_flags))  return SSI_ERR_FWRITE;
+  if (! write_i16(fp, g->nfiles))     return SSI_ERR_FWRITE;
+  if (! write_i32(fp, g->nprimary))   return SSI_ERR_FWRITE;
+  if (! write_i32(fp, g->nsecondary)) return SSI_ERR_FWRITE;
+  if (! write_i32(fp, g->flen))       return SSI_ERR_FWRITE;
+  if (! write_i32(fp, g->plen))       return SSI_ERR_FWRITE;
+  if (! write_i32(fp, g->slen))       return SSI_ERR_FWRITE;
+  if (! write_i32(fp, frecsize))      return SSI_ERR_FWRITE;
+  if (! write_i32(fp, precsize))      return SSI_ERR_FWRITE;
+  if (! write_i32(fp, srecsize))      return SSI_ERR_FWRITE;
+  if (g->imode == SSI_OFFSET_I32) {
+    if (! write_i32(fp, foffset))     return SSI_ERR_FWRITE;
+    if (! write_i32(fp, poffset))     return SSI_ERR_FWRITE;
+    if (! write_i32(fp, soffset))     return SSI_ERR_FWRITE;
+  } else {
+    if (! write_i64(fp, foffset))     return SSI_ERR_FWRITE;
+    if (! write_i64(fp, poffset))     return SSI_ERR_FWRITE;
+    if (! write_i64(fp, soffset))     return SSI_ERR_FWRITE;
+  }
+
+  /* The file section
+   */
+  if ((s = malloc(sizeof(char) * g->flen)) == NULL) return SSI_ERR_MALLOC;
+  for (i = 0; i < g->nfiles; i++)
+    {
+      file_flags = 0;
+      if (g->bpl[i] > 0 && g->rpl[i] > 0) file_flags |= SSI_FAST_SUBSEQ;
+      
+      strcpy(s, g->filenames[i]);
+      if (fwrite(s, sizeof(char), g->flen, fp) != g->flen) return SSI_ERR_FWRITE;
+      if (! write_i32(fp, g->fileformat[i]))               return SSI_ERR_FWRITE;
+      if (! write_i32(fp, file_flags))                     return SSI_ERR_FWRITE;
+      if (! write_i32(fp, g->bpl[i]))                      return SSI_ERR_FWRITE;
+      if (! write_i32(fp, g->rpl[i]))                      return SSI_ERR_FWRITE;
+    }
+  free(s);
+
+  /* The primary key section
+   */
+  if ((s = malloc(sizeof(char) * g->plen)) == NULL) return SSI_ERR_MALLOC;
+  if (g->external) {
+    char *buf    = NULL;
+    int   buflen = 0;
+    struct ssipkey_s pkey;
+    for (i = 0; i < g->nprimary; i++) 
+      {
+       if (sre_fgets(&buf, &buflen, g->ptmp) == NULL)       return SSI_ERR_NODATA;
+       if (parse_pkey_info(buf, g->smode, &pkey) != 0)      return SSI_ERR_BADFORMAT;
+       strcpy(s, pkey.key);
+       if (fwrite(s, sizeof(char), g->plen, fp) != g->plen) return SSI_ERR_FWRITE;
+       if (! write_i16(   fp, pkey.fnum))                   return SSI_ERR_FWRITE;
+       if (! write_offset(fp, &(pkey.r_off)))               return SSI_ERR_FWRITE;
+       if (! write_offset(fp, &(pkey.d_off)))               return SSI_ERR_FWRITE;
+       if (! write_i32(   fp, pkey.len))                    return SSI_ERR_FWRITE;
+      }
+    free(buf);
+  } else {
+    for (i = 0; i < g->nprimary; i++)
+      {
+       strcpy(s, g->pkeys[i].key);
+       if (fwrite(s, sizeof(char), g->plen, fp) != g->plen) return SSI_ERR_FWRITE;
+       if (! write_i16(   fp, g->pkeys[i].fnum))            return SSI_ERR_FWRITE;
+       if (! write_offset(fp, &(g->pkeys[i].r_off)))        return SSI_ERR_FWRITE;
+       if (! write_offset(fp, &(g->pkeys[i].d_off)))        return SSI_ERR_FWRITE;
+       if (! write_i32(   fp, g->pkeys[i].len))             return SSI_ERR_FWRITE;
+      }
+  }
+
+  /* The secondary key section
+   */
+  if (g->nsecondary > 0) {
+    if ((s2  = malloc(sizeof(char) * g->slen)) == NULL) return SSI_ERR_MALLOC;
+
+    if (g->external) {
+      struct ssiskey_s skey;
+      char *buf  = NULL;
+      int   n    = 0;
+
+      for (i = 0; i < g->nsecondary; i++)
+       {
+         if (sre_fgets(&buf, &n, g->stmp) == NULL)  return SSI_ERR_NODATA;
+         if (parse_skey_info(buf, &skey) != 0)           return SSI_ERR_BADFORMAT;
+         strcpy(s2, skey.key);
+         strcpy(s,  skey.pkey);
+         if (fwrite(s2, sizeof(char), g->slen, fp) != g->slen) return SSI_ERR_FWRITE;
+         if (fwrite(s,  sizeof(char), g->plen, fp) != g->plen) return SSI_ERR_FWRITE;
+       }
+      free(buf);
+    } else {
+      for (i = 0; i < g->nsecondary; i++)
+       {
+         strcpy(s2, g->skeys[i].key);
+         strcpy(s,  g->skeys[i].pkey);
+         if (fwrite(s2, sizeof(char), g->slen, fp) != g->slen) return SSI_ERR_FWRITE;
+         if (fwrite(s,  sizeof(char), g->plen, fp) != g->plen) return SSI_ERR_FWRITE;
+       } 
+    }
+    free(s2);
+  }
+
+  free(s);
+  fclose(fp);
+  return status;
+}
+
+
+/* Function: SSIFreeIndex()
+ * Date:     SRE, Tue Jan  2 11:44:08 2001 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Free an index structure {g}.
+ *
+ * Args:     g  - ptr to an open index.
+ *
+ * Returns:  (void)
+ */
+void
+SSIFreeIndex(SSIINDEX *g) 
+{
+  int i;
+  if (g != NULL) 
+    {
+      if (g->external == FALSE) {
+       for (i = 0; i < g->nprimary;   i++) free(g->pkeys[i].key);
+       for (i = 0; i < g->nsecondary; i++) free(g->skeys[i].key);
+       for (i = 0; i < g->nsecondary; i++) free(g->skeys[i].pkey);
+       if (g->pkeys       != NULL)         free(g->pkeys);             
+       if (g->skeys       != NULL)         free(g->skeys);       
+      } else {
+       if (g->ptmp        != NULL)         fclose(g->ptmp);
+       if (g->stmp        != NULL)         fclose(g->stmp);       
+#if DEBUGLEVEL == 0
+       remove(g->ptmpfile);
+       remove(g->stmpfile);
+#endif
+      }
+      for (i = 0; i < g->nfiles;     i++) free(g->filenames[i]);
+      if (g->filenames   != NULL)         free(g->filenames);
+      if (g->fileformat  != NULL)         free(g->fileformat);
+      if (g->bpl         != NULL)         free(g->bpl);       
+      if (g->rpl         != NULL)         free(g->rpl);       
+      free(g);
+    }
+}
+
+
+/* Function: SSIErrorString()
+ * Date:     SRE, Tue Jan  2 10:38:10 2001 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Returns a ptr to an internal string corresponding
+ *           to error {n}, a code returned from any of the
+ *           functions in the API that return non-zero on error.
+ *
+ * Args:     n - error code
+ *
+ * Returns:  ptr to an internal string.
+ */
+char *
+SSIErrorString(int n)
+{
+  switch (n) {
+  case SSI_ERR_OK:            return "ok (no error)"; 
+  case SSI_ERR_NODATA:        return "no data, fread() failed";
+  case SSI_ERR_NO_SUCH_KEY:   return "no such key";
+  case SSI_ERR_MALLOC:        return "out of memory, malloc() failed";
+  case SSI_ERR_NOFILE:        return "file not found, fopen() failed";
+  case SSI_ERR_BADMAGIC:      return "not a SSI file? (bad magic)"; 
+  case SSI_ERR_BADFORMAT:     return "corrupt format? unexpected data";
+  case SSI_ERR_NO64BIT:       return "no large file support for this system";
+  case SSI_ERR_SEEK_FAILED:   return "failed to reposition on disk";
+  case SSI_ERR_TELL_FAILED:   return "failed to get file position on disk";
+  case SSI_ERR_NO_SUBSEQS:    return "no fast subseq support for this seqfile";
+  case SSI_ERR_RANGE:         return "subseq start is out of range";
+  case SSI_ERR_BADARG:        return "an argument is out of range";
+  case SSI_ERR_TOOMANY_FILES: return "number of files exceeds limit";
+  case SSI_ERR_TOOMANY_KEYS:  return "number of keys exceeds limit";
+  case SSI_ERR_FWRITE:        return "an fwrite() failed";
+  case SSI_ERR_EXTERNAL_SORT: return "some problem with external sorting";
+  default:                    return "unrecognized code";
+  }
+  /*NOTREACHED*/
+}
+
+static int
+read_i16(FILE *fp, sqd_uint16 *ret_result)
+{
+  sqd_uint16 result;
+  if (fread(&result, sizeof(sqd_uint16), 1, fp) != 1) return 0;
+  *ret_result = sre_ntoh16(result);
+  return 1;
+}
+static int
+write_i16(FILE *fp, sqd_uint16 n)
+{
+  n = sre_hton16(n);
+  if (fwrite(&n, sizeof(sqd_uint16), 1, fp) != 1) return 0;
+  return 1;
+}
+static int
+read_i32(FILE *fp, sqd_uint32 *ret_result)
+{
+  sqd_uint32 result;
+  if (fread(&result, sizeof(sqd_uint32), 1, fp) != 1) return 0;
+  *ret_result = sre_ntoh32(result);
+  return 1;
+}
+static int
+write_i32(FILE *fp, sqd_uint32 n)
+{
+  n = sre_hton32(n);
+  if (fwrite(&n, sizeof(sqd_uint32), 1, fp) != 1) return 0;
+  return 1;
+}
+static int
+read_i64(FILE *fp, sqd_uint64 *ret_result)
+{
+  sqd_uint64 result;
+  if (fread(&result, sizeof(sqd_uint64), 1, fp) != 1) return 0;
+  *ret_result = sre_ntoh64(result);
+  return 1;
+}
+static int
+write_i64(FILE *fp, sqd_uint64 n)
+{
+  n = sre_hton64(n);
+  if (fwrite(&n, sizeof(sqd_uint64), 1, fp) != 1) return 0;
+  return 1;
+}
+static int                     
+read_offset(FILE *fp, char mode, SSIOFFSET *ret_offset)
+{
+  if (mode == SSI_OFFSET_I32) {
+    ret_offset->mode = SSI_OFFSET_I32;
+    if (! read_i32(fp, &(ret_offset->off.i32))) return 0;
+  } else if (mode == SSI_OFFSET_I64) {
+    ret_offset->mode = SSI_OFFSET_I64;
+    if (! read_i64(fp, &(ret_offset->off.i64))) return 0;
+  } else return 0;
+
+  return 1;
+}
+static int
+write_offset(FILE *fp, SSIOFFSET *offset)
+{
+  if      (offset->mode == SSI_OFFSET_I32) return write_i32(fp, offset->off.i32);
+  else if (offset->mode == SSI_OFFSET_I64) return write_i64(fp, offset->off.i64);
+  else abort();
+  /*UNREACHED*/
+  return 1; /* silence bitchy compilers */
+}
+static int
+parse_pkey_info(char *buf, char mode, struct ssipkey_s *pkey)
+{
+  char *s, *tok;
+  int   n;
+  
+  s = buf;
+  if ((tok = sre_strtok(&s, "\t\n", &n)) == NULL) return SSI_ERR_BADFORMAT;  
+  pkey->key  = tok;
+  if ((tok = sre_strtok(&s, "\t\n", &n)) == NULL) return SSI_ERR_BADFORMAT;  
+  pkey->fnum = (sqd_uint16) atoi(tok);
+
+  if (mode == SSI_OFFSET_I32) {
+    if ((tok = sre_strtok(&s, "\t\n", &n)) == NULL) return SSI_ERR_BADFORMAT;  
+    pkey->r_off.mode = mode;
+    pkey->r_off.off.i32  = (sqd_uint32) strtoul(tok, NULL, 10);
+    if ((tok = sre_strtok(&s, "\t\n", &n)) == NULL) return SSI_ERR_BADFORMAT;  
+    pkey->d_off.mode = mode;
+    pkey->d_off.off.i32  = (sqd_uint32) strtoul(tok, NULL, 10);
+  }
+#ifdef HAS_64BIT_FILE_OFFSETS
+  else {
+    if ((tok = sre_strtok(&s, "\t\n", &n)) == NULL) return SSI_ERR_BADFORMAT;  
+    pkey->r_off.mode = mode;
+    pkey->r_off.off.i64  = (sqd_uint64) strtoull(tok, NULL, 10);
+    if ((tok = sre_strtok(&s, "\t\n", &n)) == NULL) return SSI_ERR_BADFORMAT;  
+    pkey->d_off.mode = mode;
+    pkey->d_off.off.i64  = (sqd_uint64) strtoull(tok, NULL, 10);
+  }
+#else
+  else {
+    return SSI_ERR_NO64BIT;
+  }
+#endif
+  if ((tok = sre_strtok(&s, "\t\n", &n)) == NULL) return SSI_ERR_BADFORMAT;
+  pkey->len = (sqd_uint32) strtoul(tok, NULL, 10);
+
+  return 0;
+}
+static int
+parse_skey_info(char *buf, struct ssiskey_s *skey)
+{
+  char *s, *tok;
+  int   n;
+  
+  s = buf;
+  if ((tok = sre_strtok(&s, "\t\n", &n)) == NULL) return SSI_ERR_BADFORMAT;
+  skey->key = tok;
+  if ((tok = sre_strtok(&s, "\t\n", &n)) == NULL) return SSI_ERR_BADFORMAT;
+  skey->pkey = tok;
+  return 0;
+}
+
+/* Function: binary_search()
+ * Date:     SRE, Sun Dec 31 16:05:03 2000 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Find a key in a SSI index, by a binary search
+ *           in an alphabetically sorted list of keys. If successful,
+ *           return 0, and the index file is positioned to read
+ *           the rest of the data for that key. Else returns nonzero.
+ *
+ * Args:     sfp    - an open SSIFILE
+ *           key    - key to find
+ *           klen   - key length to allocate (plen or slen from sfp)
+ *           base   - base offset (poffset or soffset)
+ *           recsize - size of each key record in bytes (precsize or srecsize)
+ *           maxidx  - # of keys (nprimary or nsecondary)
+ *
+ * Returns:  0 on success, and leaves file positioned for reading remaining
+ *           data for the key. 
+ *           Nonzero on failure:
+ *                SSI_ERR_NO_SUCH_KEY  - that key's not in the index
+ *                SSI_ERR_MALLOC       - a memory allocation failure
+ *                SSI_ERR_NODATA       - an fread() failed
+ */
+static int
+binary_search(SSIFILE *sfp, char *key, int klen, SSIOFFSET *base, 
+             sqd_uint32 recsize, sqd_uint32 maxidx)
+{
+  char        *name;
+  sqd_uint32   left, right, mid;
+  int          cmp;
+  int          status;
+  
+  if (maxidx == 0) return SSI_ERR_NO_SUCH_KEY; /* special case: empty index */
+  if ((name = malloc (sizeof(char)*klen)) == NULL) return SSI_ERR_MALLOC;
+  left  = 0;
+  right = maxidx-1;
+  while (1) {                  /* A binary search: */
+    mid   = (left+right) / 2;  /* careful here. only works because
+                                  we limit unsigned vars to signed ranges. */
+    if ((status = indexfile_position(sfp, base, recsize, mid)) != 0)
+      { free(name); return status; }
+    if (fread(name, sizeof(char), klen, sfp->fp) != klen) 
+      { free(name); return SSI_ERR_NODATA; }
+    cmp = strcmp(name, key);
+    if      (cmp == 0) break;            /* found it!              */
+    else if (left >= right)              /* oops, missed it; fail  */
+      { free(name); return SSI_ERR_NO_SUCH_KEY; }
+    else if (cmp < 0)       left  = mid+1; /* it's right of mid     */
+    else if (cmp > 0) {
+      if (mid == 0) { free(name); return SSI_ERR_NO_SUCH_KEY; } /* special case, beware */
+      else right = mid-1;                  /* it's left of mid      */
+    }
+  }
+  free(name);
+  return 0;                    /* and sfp->fp is positioned... */
+}
+
+/* Function: indexfile_position()
+ * Date:     SRE, Mon Jan  1 19:32:49 2001 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Position the open index file {sfp} at the start
+ *           of record {n} in a list of records that starts at
+ *           base offset {base}, where each record takes up {l}
+ *           bytes. (e.g. the position is byte (base + n*l)).
+ *
+ * Args:     sfp - open SSIFILE
+ *           base  - offset of record 0 (e.g. sfp->foffset)
+ *           len   - size of each record in bytes (e.g. sfp->frecsize)
+ *           n     - which record to get (e.g. 0..sfp->nfiles)
+ *
+ * Returns:  0 on success, non-zero on failure. 
+ */
+static int
+indexfile_position(SSIFILE *sfp, SSIOFFSET *base, sqd_uint32 len, sqd_uint32 n)
+{
+  SSIOFFSET pos;
+  int       status;
+
+  if (base->mode == SSI_OFFSET_I32) {
+    pos.mode    = SSI_OFFSET_I32;
+    pos.off.i32 = base->off.i32 + n*len;
+  } else if (base->mode == SSI_OFFSET_I64) {
+    pos.mode    = SSI_OFFSET_I64;
+    pos.off.i64 = base->off.i64 + n*len;
+  } else return 0;
+  if ((status = SSISetFilePosition(sfp->fp, &pos)) != 0) return status;
+  return 0;
+}
+
+/* Function: current_index_size()
+ * Date:     SRE, Tue Feb 20 18:23:30 2001 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Calculates the size of the current index,
+ *           in megabytes.
+ */
+static sqd_uint64 
+current_index_size(SSIINDEX *g) 
+{
+  sqd_uint64 frecsize, precsize, srecsize;
+  sqd_uint64 total;
+
+  /* Magic-looking numbers come from adding up sizes 
+   * of things in bytes
+   */
+  frecsize = 16 + g->flen;
+  precsize = (g->smode == SSI_OFFSET_I64) ? 22+g->plen : 14+g->plen;
+  srecsize = g->plen+g->slen;
+  total = (66L +                      /* header size, if 64bit index offsets */
+          frecsize * g->nfiles +      /* file section size                   */
+          precsize * g->nprimary +    /* primary key section size            */
+          srecsize * g->nsecondary) / /* secondary key section size          */
+          1048576L;
+  return total;
+}
+/* Function: activate_external_sort()
+ * Date:     SRE, Mon Feb  4 09:08:08 2002 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Switch to external sort mode.
+ *           Open file handles for external index files (ptmp, stmp).
+ *           Flush current index information to these files.
+ *           Free current memory, turn over control to the tmpfiles.
+ *           
+ * Return:   0 on success; non-zero on failure.
+ */
+static int
+activate_external_sort(SSIINDEX *g)
+{
+  int i;
+                               /* it's a bit late to be checking this, but... */
+  if (g->external)             return 0; /* we already are external, fool */
+  if (FileExists(g->ptmpfile)) return 1;        
+  if (FileExists(g->stmpfile)) return 1;
+  if ((g->ptmp = fopen(g->ptmpfile, "w")) == NULL) return 1;
+  if ((g->stmp = fopen(g->stmpfile, "w")) == NULL) return 1;
+
+  /* Flush the current indices.
+   */
+  SQD_DPRINTF1(("Switching to external sort - flushing ssiindex to disk...\n"));
+  for (i = 0; i < g->nprimary; i++) {
+    if (g->smode == SSI_OFFSET_I32) {
+      fprintf(g->ptmp, "%s\t%u\t%lu\t%lu\t%lu\n", 
+             g->pkeys[i].key, g->pkeys[i].fnum,
+             (unsigned long) g->pkeys[i].r_off.off.i32, 
+             (unsigned long) g->pkeys[i].d_off.off.i32, 
+             (unsigned long) g->pkeys[i].len);
+    } else {
+      fprintf(g->ptmp, "%s\t%u\t%llu\t%llu\t%lu\n", 
+             g->pkeys[i].key, g->pkeys[i].fnum,
+             (unsigned long long) g->pkeys[i].r_off.off.i64, 
+             (unsigned long long) g->pkeys[i].d_off.off.i64, 
+             (unsigned long) g->pkeys[i].len);
+    }
+  }
+  for (i = 0; i < g->nsecondary; i++)
+    fprintf(g->stmp, "%s\t%s\n", g->skeys[i].key, g->skeys[i].pkey);
+  
+  /* Free the memory now that we've flushed our lists to disk
+   */
+  for (i = 0; i < g->nprimary;   i++) free(g->pkeys[i].key);
+  for (i = 0; i < g->nsecondary; i++) free(g->skeys[i].key);
+  for (i = 0; i < g->nsecondary; i++) free(g->skeys[i].pkey);
+  if (g->pkeys       != NULL)         free(g->pkeys);          
+  if (g->skeys       != NULL)         free(g->skeys);       
+  g->pkeys = NULL;
+  g->skeys = NULL;
+
+  /* Turn control over to external accumulation mode.
+   */
+  g->external = TRUE;
+  return 0;
+}
+
+
+/*****************************************************************
+ * Debugging API
+ *****************************************************************/
+void
+SSIForceExternalSort(SSIINDEX *g)
+{
+  if (activate_external_sort(g) != 0)
+    Die("failed to turn external sorting on.");
+}
+
+
+/*****************************************************************
+ * Test driving mode
+ *****************************************************************/
+#ifdef MUGGINS_LETS_ME_SLEEP 
+/* Minimally: 
+   cc -g -Wall -o shiva -DDEBUGLEVEL=1 -DMUGGINS_LETS_ME_SLEEP ssi.c sqerror.c sre_string.c types.c sre_ctype.c sre_math.c file.c -lm 
+*/
+
+int
+main(int argc, char **argv)
+{
+  char      name[32], accession[32];
+  SSIINDEX *ssi;
+  int       mode;
+  SSIOFFSET r_off, d_off;
+  FILE     *ofp;
+  int       i;
+  int       fh;                        /* a file handle */
+  int       status;            /* return status from a SSI call */
+  
+  mode = SSI_OFFSET_I32;
+  if ((ssi = SSICreateIndex(mode)) == NULL)
+    Die("Failed to allocate SSI index");
+
+  /* Generate two FASTA files, tmp.0 and tmp.1, and index them.
+   */
+  if ((ofp = fopen("tmp.0", "w")) == NULL) 
+    Die("failed to open tmp.0");
+  if ((status = SSIAddFileToIndex(ssi, "tmp.0", SQFILE_FASTA, &fh)) != 0)
+    Die("SSIAddFileToIndex() failed: %s", SSIErrorString(status));
+  for (i = 0; i < 10; i++) {
+    if ((status = SSIGetFilePosition(ofp, mode, &r_off)) != 0)
+      Die("SSIGetFilePosition() failed: %s", SSIErrorString(status));
+    sprintf(name, "seq%d", i);
+    sprintf(accession, "ac%d", i);
+    fprintf(ofp, ">%s [%s] Description? we don't need no steenking description.\n", 
+           name, accession);
+    if ((status = SSIGetFilePosition(ofp, mode, &d_off)) != 0) 
+      Die("SSIGetFilePosition() failed: %s", SSIErrorString(status));
+    fprintf(ofp, "AAAAAAAAAA\n");
+    fprintf(ofp, "CCCCCCCCCC\n");
+    fprintf(ofp, "GGGGGGGGGG\n");
+    fprintf(ofp, "TTTTTTTTTT\n");
+
+    if ((status = SSIAddPrimaryKeyToIndex(ssi, name, fh, &r_off, &d_off, 40)) != 0)
+      Die("SSIAddPrimaryKeyToIndex() failed: %s", SSIErrorString(status));
+    if ((status = SSIAddSecondaryKeyToIndex(ssi, accession, name)) != 0)
+      Die("SSIAddSecondaryKeyToIndex() failed: %s", SSIErrorString(status));
+  }
+  SSISetFileForSubseq(ssi, fh, 11, 10);
+  fclose(ofp);
+  
+  if ((ofp = fopen("tmp.1", "w")) == NULL) 
+    Die("failed to open tmp.1");
+  if ((status = SSIAddFileToIndex(ssi, "tmp.1", SQFILE_FASTA, &fh)) != 0)
+    Die("SSIAddFileToIndex() failed: %s", SSIErrorString(status));
+  for (i = 10; i < 20; i++) {
+    if ((status = SSIGetFilePosition(ofp, mode, &r_off)) != 0)
+      Die("SSIGetFilePosition() failed: %s", SSIErrorString(status));
+    sprintf(name, "seq%d", i);
+    sprintf(accession, "ac%d", i);
+    fprintf(ofp, ">%s [%s] i/o, i/o, it's off to disk we go.\n", 
+           name, accession);
+    if ((status = SSIGetFilePosition(ofp, mode, &d_off)) != 0)
+      Die("SSIGetFilePosition() failed: %s", SSIErrorString(status));
+    fprintf(ofp, "AAAAAAAAAA 10\n");
+    fprintf(ofp, "CCCCCCCCCC 20\n");
+    fprintf(ofp, "GGGGGGGGGG 30\n");
+    fprintf(ofp, "TTTTTTTTTT 40\n");
+
+    if ((status = SSIAddPrimaryKeyToIndex(ssi, name, fh, &r_off, &d_off, 40)) != 0)
+      Die("SSIAddPrimaryKeyToIndex() failed: %s", SSIErrorString(status));
+    if ((status = SSIAddSecondaryKeyToIndex(ssi, accession, name)) != 0)
+      Die("SSIAddSecondaryKeyToIndex() failed: %s", SSIErrorString(status));
+  }
+  SSISetFileForSubseq(ssi, fh, 14, 10);
+  fclose(ofp);
+  
+  /* Write the index to tmp.ssi
+   */  
+  if ((status = SSIWriteIndex("tmp.ssi", ssi)) != 0) 
+    Die("SSIWriteIndex() failed: %s", SSIErrorString(status));
+  SSIFreeIndex(ssi);
+
+  /* Now reopen the index and run some tests.
+   */
+  exit(0);
+}
+
+
+#endif /* test driving code */
+
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/ssi.h b/binaries/src/clustalo/src/squid/ssi.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..ee797e4
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,189 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+#ifndef SSIH_INCLUDED
+#define SSIH_INCLUDED
+
+/* ssi.h
+ * Database indexing (SSI format support)
+ * CVS $Id: ssi.h,v 1.7 2002/02/24 19:39:27 eddy Exp)
+ *
+ * See: ssi_format.tex in Docs/
+ */
+
+#include <stdio.h>
+#include "squid.h"
+
+/* Limits
+ */
+#define SSI_MAXFILES 32767       /* 2^15-1 */
+#define SSI_MAXKEYS  2147483647L  /* 2^31-1 */
+#define SSI_MAXRAM   200         /* allow 200MB indexes before external sort mode */
+
+/* typedef: SSIOFFSET
+ * Use the union to save space, since the two offset types are
+ * mutually exclusive, controlled by "mode"
+ */
+struct ssioffset_s {
+  char mode;                   /* GSI_OFFSET_I32, for example */
+  union {
+    sqd_uint32   i32;           /* an offset that fseek() can use         */
+    sqd_uint64   i64;           /* an offset that e.g. fseeko64() can use */
+  } off;
+};
+typedef struct ssioffset_s SSIOFFSET;
+#define SSI_OFFSET_I32    0
+#define SSI_OFFSET_I64    1
+
+/* Structure: SSIFILE
+ * xref:      SSI API documentation in ssi-format.tex
+ */ 
+struct ssifile_s {
+  FILE        *fp;             /* open SSI index file                 */
+  sqd_uint32   flags;          /* optional behavior flags             */
+  sqd_uint16   nfiles;         /* number of files = 16 bit int        */
+  sqd_uint32   nprimary;       /* number of primary keys              */
+  sqd_uint32   nsecondary;     /* number of secondary keys            */
+  sqd_uint32   flen;           /* length of filenames (inc '\0')      */
+  sqd_uint32   plen;           /* length of primary keys (inc '\0')   */
+  sqd_uint32   slen;           /* length of secondary keys (inc '\0') */
+  sqd_uint32   frecsize;       /* # bytes in a file record            */
+  sqd_uint32   precsize;       /* # bytes in a primary key record     */
+  sqd_uint32   srecsize;       /* # bytes in a secondary key record   */
+  SSIOFFSET    foffset;                /* disk offset, start of file records  */
+  SSIOFFSET    poffset;                /* disk offset, start of pri key recs  */
+  SSIOFFSET    soffset;                /* disk offset, start of sec key recs  */
+  
+  char imode;                  /* mode for index file offsets, 32 v. 64 bit    */
+  char smode;                  /* mode for sequence file offsets, 32 v. 64 bit */
+
+  /* File information:
+   */
+  char       **filename;       /* list of file names [0..nfiles-1]    */
+  sqd_uint32  *fileformat;     /* file formats                        */
+  sqd_uint32  *fileflags;       /* optional per-file behavior flags    */
+  sqd_uint32  *bpl;            /* bytes per line in file              */
+  sqd_uint32  *rpl;            /* residues per line in file           */
+};
+typedef struct ssifile_s SSIFILE;
+
+/* optional per-index behavior flags in SSIFILE structure's flags:
+ */
+#define SSI_USE64        1<<0  /* seq offsets are 64-bit        */
+#define SSI_USE64_INDEX  1<<1  /* index file offsets are 64-bit */
+
+/* optional per-file behavior flags in fileflags
+ */
+#define SSI_FAST_SUBSEQ  1<<0  /* can do subseq lookup in this file */
+
+/* Structure: SSIINDEX
+ * 
+ * Used when building up an index and writing it to disk
+ */
+struct ssipkey_s {             /* Primary key data: */
+  char        *key;             /* key name          */
+  sqd_uint16   fnum;           /* file number       */
+  SSIOFFSET    r_off;          /* record offset     */
+  SSIOFFSET    d_off;          /* data offset       */
+  sqd_uint32   len;            /* sequence length   */
+};
+struct ssiskey_s {             /* Secondary key data: */
+  char        *key;             /* secondary key name  */
+  char        *pkey;            /* primary key name    */ 
+};
+struct ssiindex_s {
+  int           smode;         /* sequence mode: SSI_OFFSET_I32 or _I64 */
+  int           imode;         /* index mode:    SSI_OFFSET_I32 or _I64 */
+  int           external;      /* TRUE if pkeys and skeys are on disk   */
+  int           max_ram;       /* maximum RAM in MB before switching to external */
+
+  char        **filenames;
+  sqd_uint32   *fileformat;
+  sqd_uint32   *bpl;
+  sqd_uint32   *rpl;
+  sqd_uint32    flen;          /* length of longest filename, inc '\0' */
+  sqd_uint16    nfiles;
+  
+  struct ssipkey_s *pkeys;
+  sqd_uint32         plen;     /* length of longest pkey, including '\0' */
+  sqd_uint32         nprimary;
+  char              *ptmpfile; /* name of tmp file, for external sort mode */
+  FILE              *ptmp;     /* handle on open ptmpfile */
+
+  struct ssiskey_s *skeys;
+  sqd_uint32         slen;     /* length of longest skey, including '\0' */
+  sqd_uint32         nsecondary;
+  char              *stmpfile; /* name of tmp file, for external sort mode */
+  FILE              *stmp;     /* handle on open ptmpfile */
+};
+typedef struct ssiindex_s SSIINDEX;
+
+/* These control malloc and realloc chunk sizes in the index
+ * construction code.
+ */
+#define SSI_FILE_BLOCK    10
+#define SSI_KEY_BLOCK     100
+
+/* Error codes set by the API
+ */
+#define SSI_ERR_OK           0
+#define SSI_ERR_NODATA       1 /* no data? an fread() failed */
+#define SSI_ERR_NO_SUCH_KEY  2 /* that key's not in the index */
+#define SSI_ERR_MALLOC       3
+#define SSI_ERR_NOFILE       4 /* no such file? an fopen() failed */
+#define SSI_ERR_BADMAGIC     5 /* magic number mismatch in GSIOpen() */
+#define SSI_ERR_BADFORMAT    6 /* didn't read what I expected to fread() */
+#define SSI_ERR_NO64BIT      7 /* needed 64-bit support and didn't have it */
+#define SSI_ERR_SEEK_FAILED  8 /* an fseek() (or similar) failed */
+#define SSI_ERR_TELL_FAILED  9 /* an ftell() (or similar) failed */
+#define SSI_ERR_NO_SUBSEQS   10 /* fast subseq is disallowed */
+#define SSI_ERR_RANGE        11 /* subseq requested is out of range */
+#define SSI_ERR_BADARG       12 /* something wrong with a function argument */
+#define SSI_ERR_TOOMANY_FILES 13 /* ran out of range for files in an index */
+#define SSI_ERR_TOOMANY_KEYS  14 /* ran out of range for keys in an index */
+#define SSI_ERR_FWRITE        15
+#define SSI_ERR_EXTERNAL_SORT 16 /* external sort failed */
+
+/* The SSI file reading API:
+ */
+extern int  SSIOpen(char *filename, SSIFILE **ret_sfp);
+extern int  SSIGetOffsetByName(SSIFILE *sfp, char *key, int *ret_fh, 
+                               SSIOFFSET *ret_offset);
+extern int  SSIGetOffsetByNumber(SSIFILE *sfp, int n, int *ret_fh, 
+                                 SSIOFFSET *ret_offset);
+extern int  SSIGetSubseqOffset(SSIFILE *sfp, char *key, int requested_start,
+                               int *ret_fh, SSIOFFSET *record_offset,
+                               SSIOFFSET *data_offset, int *ret_actual_start);
+extern int  SSISetFilePosition(FILE *fp, SSIOFFSET *offset);
+extern int  SSIFileInfo(SSIFILE *sfp, int fh, char **ret_filename, int *ret_format);
+extern void SSIClose(SSIFILE *sfp);
+
+/* The SSI index file writing API:
+ */
+extern int       SSIRecommendMode(char *file);
+extern SSIINDEX *SSICreateIndex(int mode);
+extern int       SSIGetFilePosition(FILE *fp, int mode, SSIOFFSET *ret_offset);
+extern int       SSIAddFileToIndex(SSIINDEX *g, char *filename, int fmt, int *ret_fh);
+extern int       SSISetFileForSubseq(SSIINDEX *g, int fh, int bpl, int rpl);
+extern int       SSIAddPrimaryKeyToIndex(SSIINDEX *g, char *key, int fh, 
+                                        SSIOFFSET *r_off, SSIOFFSET *d_off, 
+                                        int L);
+extern int       SSIAddSecondaryKeyToIndex(SSIINDEX *g, char *key, char *pkey);
+extern int       SSIWriteIndex(char *file, SSIINDEX *g);
+extern void      SSIFreeIndex(SSIINDEX *g);
+
+/* The SSI misc. functions API:
+ */
+extern char      *SSIErrorString(int n);
+
+/* The SSI debugging API:
+ */
+extern void       SSIForceExternalSort(SSIINDEX *g);
+
+#endif /*SSIH_INCLUDED*/
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/stack.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/stack.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..66050d2
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,102 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* stack.c
+ * SRE, Thu Mar  3 10:08:48 1994
+ * 
+ * Implementation of generic stack structures.
+ * RCS $Id: stack.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: stack.c,v 1.2 1998/10/09 18:07:16 eddy Exp)
+ */
+
+#include <stdlib.h>
+#include "squid.h"
+
+#ifdef MEMDEBUG
+#include "dbmalloc.h"
+#endif
+
+
+/************************************************************
+ * intstack_s implementation.
+ * 
+ * Functions: InitIntStack() - returns ptr to new stack
+ *            PushIntStack() - (void)
+ *            PopIntStack()  - returns 1 on success, 0 if stack empty
+ *            FreeIntStack() - returns number of elements free'd, or 0 if 
+ *                             stack was empty.
+ *            
+ * Implementation of the pushdown stack for storing single
+ * integers.
+ *************************************************************/  
+struct intstack_s *
+InitIntStack(void)
+{
+  struct intstack_s *stack;
+
+  if ((stack = (struct intstack_s *) malloc (sizeof(struct intstack_s))) == NULL)
+    Die("Memory allocation failure at %s line %d", __FILE__, __LINE__);
+  stack->nxt = NULL;
+  return stack;
+}
+void 
+PushIntStack(struct intstack_s *stack, int data)
+{
+  struct intstack_s *new;
+
+  if ((new = (struct intstack_s *) malloc (sizeof(struct intstack_s))) == NULL)
+    Die("Memory allocation failure at %s line %d", __FILE__, __LINE__);
+  new->data = data;
+
+  new->nxt     = stack->nxt;
+  stack->nxt   = new;
+}
+
+int
+PopIntStack(struct intstack_s  *stack, int *ret_data)
+{
+  struct intstack_s *old;
+
+  if (stack->nxt == NULL) return 0;
+
+  old = stack->nxt;
+  stack->nxt = old->nxt;
+
+  *ret_data = old->data;
+  free(old); 
+  return 1;
+}
+
+void
+ReverseIntStack(struct intstack_s *stack)
+{
+  struct intstack_s *old;
+  struct intstack_s *new;
+
+  old        = stack->nxt;
+  stack->nxt = NULL;
+  while (old != NULL)
+    {
+      new        = old;                /* remove one from top of old stack */
+      old        = old->nxt;
+      new->nxt   = stack->nxt;  /* push it onto new stack */
+      stack->nxt = new;
+    }
+}
+
+int
+FreeIntStack( struct intstack_s *stack )
+{
+  int data;
+  int count = 0;
+
+  while (PopIntStack(stack, &data))
+    count++;
+  free(stack);
+  return count;
+}
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/stockholm.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/stockholm.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b5f0cb4
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,627 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* stockholm.c
+ * SRE, Fri May 28 15:46:41 1999
+ * 
+ * Reading/writing of Stockholm format multiple sequence alignments.
+ * 
+ * example of API:
+ * 
+ * MSA     *msa;
+ * FILE    *fp;        -- opened for write with fopen()
+ * MSAFILE *afp;       -- opened for read with MSAFileOpen()
+ *      
+ * while ((msa = ReadStockholm(afp)) != NULL)
+ *   {
+ *      WriteStockholm(fp, msa);
+ *      MSAFree(msa);
+ *   }
+ * 
+ * RCS $Id: stockholm.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: stockholm.c,v 1.7 2002/10/12 04:40:36 eddy Exp)
+ */
+#include <stdio.h>
+#include <string.h>
+#include "squid.h"
+#include "msa.h"
+
+static int  parse_gf(MSA *msa, char *buf);
+static int  parse_gs(MSA *msa, char *buf);
+static int  parse_gc(MSA *msa, char *buf);
+static int  parse_gr(MSA *msa, char *buf);
+static int  parse_comment(MSA *msa, char *buf);
+static int  parse_sequence(MSA *msa, char *buf);
+static void actually_write_stockholm(FILE *fp, MSA *msa, int cpl);
+
+#ifdef TESTDRIVE_STOCKHOLM
+/*****************************************************************
+ * stockholm.c test driver: 
+ * cc -DTESTDRIVE_STOCKHOLM -g -O2 -Wall -o test stockholm.c msa.c gki.c sqerror.c sre_string.c file.c hsregex.c sre_math.c sre_ctype.c -lm 
+ * 
+ */
+int
+main(int argc, char **argv)
+{
+  MSAFILE *afp;
+  MSA     *msa;
+  char    *file;
+  
+  file = argv[1];
+
+  if ((afp = MSAFileOpen(file, MSAFILE_STOCKHOLM, NULL)) == NULL)
+    Die("Couldn't open %s\n", file);
+
+  while ((msa = ReadStockholm(afp)) != NULL)
+    {
+      WriteStockholm(stdout, msa);
+      MSAFree(msa); 
+    }
+  
+  MSAFileClose(afp);
+  exit(0);
+}
+/******************************************************************/
+#endif /* testdriver */
+
+
+/* Function: ReadStockholm()
+ * Date:     SRE, Fri May 21 17:33:10 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Parse the next alignment from an open Stockholm
+ *           format alignment file. Return the alignment, or
+ *           NULL if there are no more alignments in the file.
+ *
+ * Args:     afp  - open alignment file
+ *
+ * Returns:  MSA *   - an alignment object. 
+ *                     caller responsible for an MSAFree() 
+ *           NULL if no more alignments
+ *
+ * Diagnostics:
+ *           Will Die() here with a (potentially) useful message
+ *           if a parsing error occurs 
+ */
+MSA *
+ReadStockholm(MSAFILE *afp)
+{
+  MSA   *msa;
+  char  *s;
+  int    status;
+
+  if (feof(afp->f)) return NULL;
+
+  /* Initialize allocation of the MSA.
+   */
+  msa = MSAAlloc(10, 0);
+
+  /* Check the magic Stockholm header line.
+   * We have to skip blank lines here, else we perceive
+   * trailing blank lines in a file as a format error when
+   * reading in multi-record mode.
+   */
+  do {
+    if ((s = MSAFileGetLine(afp)) == NULL) {
+      MSAFree(msa);
+      return NULL;
+    }
+  } while (IsBlankline(s));
+
+  if (strncmp(s, "# STOCKHOLM 1.", 14) != 0)
+    Die("\
+File %s doesn't appear to be in Stockholm format.\n\
+Assuming there isn't some other problem with your file (it is an\n\
+alignment file, right?), please either:\n\
+  a) use the Babelfish format autotranslator option (-B, usually);\n\
+  b) specify the file's format with the --informat option; or\n\
+  a) reformat the alignment to Stockholm format.\n", 
+       afp->fname);
+
+  /* Read the alignment file one line at a time.
+   */
+  while ((s = MSAFileGetLine(afp)) != NULL) 
+    {
+      while (*s == ' ' || *s == '\t') s++;  /* skip leading whitespace */
+
+      if (*s == '#') {
+       if      (strncmp(s, "#=GF", 4) == 0)   status = parse_gf(msa, s);
+       else if (strncmp(s, "#=GS", 4) == 0)   status = parse_gs(msa, s);
+       else if (strncmp(s, "#=GC", 4) == 0)   status = parse_gc(msa, s);
+       else if (strncmp(s, "#=GR", 4) == 0)   status = parse_gr(msa, s);
+       else                                   status = parse_comment(msa, s);
+      } 
+      else if (strncmp(s, "//",   2) == 0)   break;
+      else if (*s == '\n')                   continue;
+      else                                   status = parse_sequence(msa, s);
+
+      if (status == 0)  
+       Die("Stockholm format parse error: line %d of file %s while reading alignment %s",
+           afp->linenumber, afp->fname, msa->name == NULL? "" : msa->name);
+    }
+
+  if (s == NULL && msa->nseq != 0)
+    Die ("Didn't find // at end of alignment %s", msa->name == NULL ? "" : msa->name);
+
+  if (s == NULL && msa->nseq == 0) {
+                               /* probably just some junk at end of file */
+      MSAFree(msa); 
+      return NULL; 
+    }
+  
+  MSAVerifyParse(msa);
+  return msa;
+}
+
+
+/* Function: WriteStockholm()
+ * Date:     SRE, Mon May 31 19:15:22 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Write an alignment in standard multi-block 
+ *           Stockholm format to an open file. A wrapper
+ *           for actually_write_stockholm().
+ *
+ * Args:     fp  - file that's open for writing
+ *           msa - alignment to write    
+ *
+ * Returns:  (void)
+ */
+void
+WriteStockholm(FILE *fp, MSA *msa)
+{
+  actually_write_stockholm(fp, msa, 50); /* 50 char per block */
+}
+
+/* Function: WriteStockholmOneBlock()
+ * Date:     SRE, Mon May 31 19:15:22 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Write an alignment in Pfam's single-block
+ *           Stockholm format to an open file. A wrapper
+ *           for actually_write_stockholm().
+ *
+ * Args:     fp  - file that's open for writing
+ *           msa - alignment to write    
+ *
+ * Returns:  (void)
+ */
+void
+WriteStockholmOneBlock(FILE *fp, MSA *msa)
+{
+  actually_write_stockholm(fp, msa, msa->alen); /* one big block */
+}
+
+
+/* Function: actually_write_stockholm()
+ * Date:     SRE, Fri May 21 17:39:22 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Write an alignment in Stockholm format to 
+ *           an open file. This is the function that actually
+ *           does the work. The API's WriteStockholm()
+ *           and WriteStockholmOneBlock() are wrappers.
+ *
+ * Args:     fp    - file that's open for writing
+ *           msa   - alignment to write        
+ *           cpl   - characters to write per line in alignment block
+ *
+ * Returns:  (void)
+ */
+static void
+actually_write_stockholm(FILE *fp, MSA *msa, int cpl)
+{
+  int  i, j;
+  int  len = 0;
+  int  namewidth;
+  int  typewidth = 0;          /* markup tags are up to 5 chars long */
+  int  markupwidth = 0;                /* #=GR, #=GC are four char wide + 1 space */
+  char *buf;
+  int  currpos;
+  char *s, *tok;
+  
+  /* Figure out how much space we need for name + markup
+   * to keep the alignment in register. Required by Stockholm
+   * spec, even though our Stockholm parser doesn't care (Erik's does).
+   */
+  namewidth = 0;
+  for (i = 0; i < msa->nseq; i++)
+    if ((len = strlen(msa->sqname[i])) > namewidth) 
+      namewidth = len;
+
+  /* Figure out how much space we need for markup tags
+   *   markupwidth = always 4 if we're doing markup:  strlen("#=GR")
+   *   typewidth   = longest markup tag
+   */
+  if (msa->ss      != NULL) { markupwidth = 4; typewidth = 2; }
+  if (msa->sa      != NULL) { markupwidth = 4; typewidth = 2; }
+  for (i = 0; i < msa->ngr; i++)
+    if ((len = strlen(msa->gr_tag[i])) > typewidth) typewidth = len;
+
+  if (msa->rf      != NULL) { markupwidth = 4; if (typewidth < 2) typewidth = 2; }
+  if (msa->ss_cons != NULL) { markupwidth = 4; if (typewidth < 7) typewidth = 7; }
+  if (msa->sa_cons != NULL) { markupwidth = 4; if (typewidth < 7) typewidth = 7; }
+  for (i = 0; i < msa->ngc; i++)
+    if ((len = strlen(msa->gc_tag[i])) > typewidth) typewidth = len;
+  
+  buf = MallocOrDie(sizeof(char) * (cpl+namewidth+typewidth+markupwidth+61)); 
+
+  /* Magic Stockholm header
+   */
+  fprintf(fp, "# STOCKHOLM 1.0\n");
+
+  /* Free text comments
+   */
+  for (i = 0;  i < msa->ncomment; i++)
+    fprintf(fp, "# %s\n", msa->comment[i]);
+  if (msa->ncomment > 0) fprintf(fp, "\n");
+
+  /* GF section: per-file annotation
+   */
+  if (msa->name  != NULL)       fprintf(fp, "#=GF ID    %s\n", msa->name);
+  if (msa->acc   != NULL)       fprintf(fp, "#=GF AC    %s\n", msa->acc);
+  if (msa->desc  != NULL)       fprintf(fp, "#=GF DE    %s\n", msa->desc);
+  if (msa->au    != NULL)       fprintf(fp, "#=GF AU    %s\n", msa->au);
+  
+  /* Thresholds are hacky. Pfam has two. Rfam has one.
+   */
+  if      (msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_GA1] && msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_GA2])
+    fprintf(fp, "#=GF GA    %.1f %.1f\n", msa->cutoff[MSA_CUTOFF_GA1], msa->cutoff[MSA_CUTOFF_GA2]);
+  else if (msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_GA1])
+    fprintf(fp, "#=GF GA    %.1f\n", msa->cutoff[MSA_CUTOFF_GA1]);
+  if      (msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_NC1] && msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_NC2])
+    fprintf(fp, "#=GF NC    %.1f %.1f\n", msa->cutoff[MSA_CUTOFF_NC1], msa->cutoff[MSA_CUTOFF_NC2]);
+  else if (msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_NC1])
+    fprintf(fp, "#=GF NC    %.1f\n", msa->cutoff[MSA_CUTOFF_NC1]);
+  if      (msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_TC1] && msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_TC2])
+    fprintf(fp, "#=GF TC    %.1f %.1f\n", msa->cutoff[MSA_CUTOFF_TC1], msa->cutoff[MSA_CUTOFF_TC2]);
+  else if (msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_TC1])
+    fprintf(fp, "#=GF TC    %.1f\n", msa->cutoff[MSA_CUTOFF_TC1]);
+
+  for (i = 0; i < msa->ngf; i++)
+    fprintf(fp, "#=GF %-5s %s\n", msa->gf_tag[i], msa->gf[i]); 
+  fprintf(fp, "\n");
+
+
+  /* GS section: per-sequence annotation
+   */
+  if (msa->flags & MSA_SET_WGT) 
+    {
+      for (i = 0; i < msa->nseq; i++) 
+       fprintf(fp, "#=GS %-*.*s WT    %.2f\n", namewidth, namewidth, msa->sqname[i], msa->wgt[i]);
+      fprintf(fp, "\n");
+    }
+  if (msa->sqacc != NULL) 
+    {
+      for (i = 0; i < msa->nseq; i++) 
+       if (msa->sqacc[i] != NULL)
+         fprintf(fp, "#=GS %-*.*s AC    %s\n", namewidth, namewidth, msa->sqname[i], msa->sqacc[i]);
+      fprintf(fp, "\n");
+    }
+  if (msa->sqdesc != NULL) 
+    {
+      for (i = 0; i < msa->nseq; i++) 
+       if (msa->sqdesc[i] != NULL)
+         fprintf(fp, "#=GS %*.*s DE    %s\n", namewidth, namewidth, msa->sqname[i], msa->sqdesc[i]);
+      fprintf(fp, "\n");
+    }
+  for (i = 0; i < msa->ngs; i++)
+    {
+      /* Multiannotated GS tags are possible; for example, 
+       *     #=GS foo DR PDB; 1xxx;
+       *     #=GS foo DR PDB; 2yyy;
+       * These are stored, for example, as:
+       *     msa->gs[0][0] = "PDB; 1xxx;\nPDB; 2yyy;"
+       * and must be decomposed.
+       */
+      for (j = 0; j < msa->nseq; j++)
+       if (msa->gs[i][j] != NULL)
+         {
+           s = msa->gs[i][j];
+           while ((tok = sre_strtok(&s, "\n", NULL)) != NULL)
+             fprintf(fp, "#=GS %*.*s %5s %s\n", namewidth, namewidth,
+                     msa->sqname[j], msa->gs_tag[i], tok);
+         }
+      fprintf(fp, "\n");
+    }
+
+  /* Alignment section:
+   * contains aligned sequence, #=GR annotation, and #=GC annotation
+   */
+  for (currpos = 0; currpos < msa->alen; currpos += cpl)
+    {
+      if (currpos > 0) fprintf(fp, "\n");
+      for (i = 0; i < msa->nseq; i++)
+       {
+         strncpy(buf, msa->aseq[i] + currpos, cpl);
+         buf[cpl] = '\0';            
+         fprintf(fp, "%-*.*s  %s\n", namewidth+typewidth+markupwidth, namewidth+typewidth+markupwidth, 
+                 msa->sqname[i], buf);
+
+         if (msa->ss != NULL && msa->ss[i] != NULL) {
+           strncpy(buf, msa->ss[i] + currpos, cpl);
+           buf[cpl] = '\0';     
+           fprintf(fp, "#=GR %-*.*s SS     %s\n", namewidth, namewidth, msa->sqname[i], buf);
+         }
+         if (msa->sa != NULL && msa->sa[i] != NULL) {
+           strncpy(buf, msa->sa[i] + currpos, cpl);
+           buf[cpl] = '\0';
+           fprintf(fp, "#=GR %-*.*s SA     %s\n", namewidth, namewidth, msa->sqname[i], buf);
+         }
+         for (j = 0; j < msa->ngr; j++)
+           if (msa->gr[j][i] != NULL) {
+             strncpy(buf, msa->gr[j][i] + currpos, cpl);
+             buf[cpl] = '\0';
+             fprintf(fp, "#=GR %-*.*s %5s  %s\n", 
+                     namewidth, namewidth, msa->sqname[i], msa->gr_tag[j], buf);
+           }
+       }
+      if (msa->ss_cons != NULL) {
+       strncpy(buf, msa->ss_cons + currpos, cpl);
+       buf[cpl] = '\0';
+       fprintf(fp, "#=GC %-*.*s %s\n", namewidth+typewidth, namewidth+typewidth, "SS_cons", buf);
+      }
+
+      if (msa->sa_cons != NULL) {
+       strncpy(buf, msa->sa_cons + currpos, cpl);
+       buf[cpl] = '\0';
+       fprintf(fp, "#=GC %-*.*s %s\n", namewidth+typewidth, namewidth+typewidth, "SA_cons", buf);
+      }
+
+      if (msa->rf != NULL) {
+       strncpy(buf, msa->rf + currpos, cpl);
+       buf[cpl] = '\0';
+       fprintf(fp, "#=GC %-*.*s %s\n", namewidth+typewidth, namewidth+typewidth, "RF", buf);
+      }
+      for (j = 0; j < msa->ngc; j++) {
+       strncpy(buf, msa->gc[j] + currpos, cpl);
+       buf[cpl] = '\0';
+       fprintf(fp, "#=GC %-*.*s %s\n", namewidth+typewidth, namewidth+typewidth, 
+               msa->gc_tag[j], buf);
+      }
+    }
+  fprintf(fp, "//\n");
+  free(buf);
+}
+
+
+
+
+
+/* Format of a GF line:
+ *    #=GF <featurename> <text>
+ */
+static int
+parse_gf(MSA *msa, char *buf)
+{
+  char *gf;
+  char *featurename;
+  char *text;
+  char *s;
+
+  s = buf;
+  if ((gf          = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL)) == NULL) return 0;
+  if ((featurename = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL)) == NULL) return 0;
+  if ((text        = sre_strtok(&s, "\n",       NULL)) == NULL) return 0;
+  while (*text && (*text == ' ' || *text == '\t')) text++;
+
+  if      (strcmp(featurename, "ID") == 0) 
+    msa->name                 = sre_strdup(text, -1);
+  else if (strcmp(featurename, "AC") == 0) 
+    msa->acc                  = sre_strdup(text, -1);
+  else if (strcmp(featurename, "DE") == 0) 
+    msa->desc                 = sre_strdup(text, -1);
+  else if (strcmp(featurename, "AU") == 0) 
+    msa->au                   = sre_strdup(text, -1);
+  else if (strcmp(featurename, "GA") == 0) 
+    {                          /* Pfam has GA1, GA2. Rfam just has GA1. */
+      s = text;
+      if ((text = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL)) == NULL) return 0;
+      msa->cutoff[MSA_CUTOFF_GA1]        = atof(text);
+      msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_GA1] = TRUE;
+      if ((text = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL)) != NULL) {
+       msa->cutoff[MSA_CUTOFF_GA2]        = atof(text);
+       msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_GA2] = TRUE;
+      }
+    }
+  else if (strcmp(featurename, "NC") == 0) 
+    {
+      s = text;
+      if ((text = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL)) == NULL) return 0;
+      msa->cutoff[MSA_CUTOFF_NC1]        = atof(text);
+      msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_NC1] = TRUE;
+      if ((text = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL)) != NULL) {
+       msa->cutoff[MSA_CUTOFF_NC2]        = atof(text);
+       msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_NC2] = TRUE;
+      }
+    }
+  else if (strcmp(featurename, "TC") == 0) 
+    {
+      s = text;
+      if ((text = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL)) == NULL) return 0;
+      msa->cutoff[MSA_CUTOFF_TC1]        = atof(text);
+      msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_TC1] = TRUE;
+      if ((text = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL)) != NULL) {
+       msa->cutoff[MSA_CUTOFF_TC2]        = atof(text);
+       msa->cutoff_is_set[MSA_CUTOFF_TC2] = TRUE;
+      }
+    }
+  else 
+    MSAAddGF(msa, featurename, text);
+
+  return 1;
+}
+
+
+/* Format of a GS line:
+ *    #=GS <seqname> <featurename> <text>
+ */
+static int
+parse_gs(MSA *msa, char *buf)
+{
+  char *gs;
+  char *seqname;
+  char *featurename;
+  char *text; 
+  int   seqidx;
+  char *s;
+
+  s = buf;
+  if ((gs          = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL)) == NULL) return 0;
+  if ((seqname     = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL)) == NULL) return 0;
+  if ((featurename = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL)) == NULL) return 0;
+  if ((text        = sre_strtok(&s, "\n",       NULL)) == NULL) return 0;
+  while (*text && (*text == ' ' || *text == '\t')) text++;
+  
+  /* GS usually follows another GS; guess lastidx+1
+   */
+  seqidx = MSAGetSeqidx(msa, seqname, msa->lastidx+1);
+  msa->lastidx = seqidx;
+
+  if (strcmp(featurename, "WT") == 0)
+    {
+      msa->wgt[seqidx]          = atof(text);
+      msa->flags |= MSA_SET_WGT;
+    }
+
+  else if (strcmp(featurename, "AC") == 0)
+    MSASetSeqAccession(msa, seqidx, text);
+
+  else if (strcmp(featurename, "DE") == 0)
+    MSASetSeqDescription(msa, seqidx, text);
+
+  else                         
+    MSAAddGS(msa, featurename, seqidx, text);
+
+  return 1;
+}
+
+/* Format of a GC line:
+ *    #=GC <featurename> <text>
+ */
+static int 
+parse_gc(MSA *msa, char *buf)
+{
+  char *gc;
+  char *featurename;
+  char *text; 
+  char *s;
+  int   len;
+
+  s = buf;
+  if ((gc          = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL)) == NULL) return 0;
+  if ((featurename = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL)) == NULL) return 0;
+  if ((text        = sre_strtok(&s, WHITESPACE, &len)) == NULL) return 0;
+  
+  if (strcmp(featurename, "SS_cons") == 0)
+    sre_strcat(&(msa->ss_cons), -1, text, len);
+  else if (strcmp(featurename, "SA_cons") == 0)
+    sre_strcat(&(msa->sa_cons), -1, text, len);
+  else if (strcmp(featurename, "RF") == 0)
+    sre_strcat(&(msa->rf), -1, text, len);
+  else
+    MSAAppendGC(msa, featurename, text);
+
+  return 1;
+}
+
+/* Format of a GR line:
+ *    #=GR <seqname> <featurename> <text>
+ */
+static int
+parse_gr(MSA *msa, char *buf)
+{
+  char *gr;
+  char *seqname;
+  char *featurename;
+  char *text;
+  int   seqidx;
+  int   len;
+  int   j;
+  char *s;
+
+  s = buf;
+  if ((gr          = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL)) == NULL) return 0;
+  if ((seqname     = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL)) == NULL) return 0;
+  if ((featurename = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL)) == NULL) return 0;
+  if ((text        = sre_strtok(&s, WHITESPACE, &len)) == NULL) return 0;
+
+  /* GR usually follows sequence it refers to; guess msa->lastidx */
+  seqidx = MSAGetSeqidx(msa, seqname, msa->lastidx);
+  msa->lastidx = seqidx;
+
+  if (strcmp(featurename, "SS") == 0) 
+    {
+      if (msa->ss == NULL)
+       {
+         msa->ss    = MallocOrDie(sizeof(char *) * msa->nseqalloc);
+         msa->sslen = MallocOrDie(sizeof(int)    * msa->nseqalloc);
+         for (j = 0; j < msa->nseqalloc; j++)
+           {
+             msa->ss[j]    = NULL;
+             msa->sslen[j] = 0;
+           }
+       }
+      msa->sslen[seqidx] = sre_strcat(&(msa->ss[seqidx]), msa->sslen[seqidx], text, len);
+    }
+  else if (strcmp(featurename, "SA") == 0)
+    {
+      if (msa->sa == NULL)
+       {
+         msa->sa    = MallocOrDie(sizeof(char *) * msa->nseqalloc);
+         msa->salen = MallocOrDie(sizeof(int)    * msa->nseqalloc);
+         for (j = 0; j < msa->nseqalloc; j++) 
+           {
+             msa->sa[j]    = NULL;
+             msa->salen[j] = 0;
+           }
+       }
+      msa->salen[seqidx] = sre_strcat(&(msa->sa[seqidx]), msa->salen[seqidx], text, len);
+    }
+  else 
+    MSAAppendGR(msa, featurename, seqidx, text);
+
+  return 1;
+}
+
+
+/* comments are simply stored verbatim, not parsed
+ */
+static int
+parse_comment(MSA *msa, char *buf)
+{
+  char *s;
+  char *comment;
+
+  s = buf + 1;                                /* skip leading '#' */
+  if (*s == '\n') { *s = '\0'; comment = s; }  /* deal with blank comment */
+  else if ((comment = sre_strtok(&s, "\n", NULL)) == NULL) return 0;
+  
+  MSAAddComment(msa, comment);
+  return 1;
+}
+
+static int
+parse_sequence(MSA *msa, char *buf)
+{
+  char *s;
+  char *seqname;
+  char *text;
+  int   seqidx;
+  int   len;
+
+  s = buf;
+  if ((seqname     = sre_strtok(&s, WHITESPACE, NULL)) == NULL) return 0;
+  if ((text        = sre_strtok(&s, WHITESPACE, &len)) == NULL) return 0; 
+  
+  /* seq usually follows another seq; guess msa->lastidx +1 */
+  seqidx = MSAGetSeqidx(msa, seqname, msa->lastidx+1);
+  msa->lastidx = seqidx;
+
+  msa->sqlen[seqidx] = sre_strcat(&(msa->aseq[seqidx]), msa->sqlen[seqidx], text, len);
+  return 1;
+}
+
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/stockholm.h b/binaries/src/clustalo/src/squid/stockholm.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..a9cae55
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,51 @@
+#ifndef STOCKHOLM_H_INCLUDED
+#define STOCKHOLM_H_INCLUDED
+
+#include "gki.h"
+
+typedef struct {
+  int   *linetype;             /* e.g. STOCKHOLM_GF_LINE; always valid */
+  int   *featurecode;          /* all markup codes: e.g. STOCKHOLM_GF_ID; 
+                                  nonmarkup: always set to STOCKHOLM_UNPARSED */
+  char **featurename;          /* all unparsed markup codes: string, e.g. "ID";
+                                  all other lines: NULL */
+  int   *seqidx;               /* all GS, GR, GC, sequence lines: which sequence;
+                                  other lines: 0 */
+  int   *len;                  /* all GR, GC, sequence lines: length of text field;
+                                  other lines: 0 */
+  char **text;                 /* all unparsed nonblank lines: rest of data
+                                  other lines: NULL */
+  int    nseqalloc;            /* current nseqs allocated for in aseqs and ainfo */
+  int    nlines;               /* number of lines in this skel */
+  int    nlinealloc;           /* current # of lines allocated for in this skel */
+  int    overall_line;         /* line # in file (important in files w/ >1 ali)*/
+} alifile_skeleton;
+
+#define STOCKHOLM_GF_LINE      0
+#define STOCKHOLM_GS_LINE      1 
+#define STOCKHOLM_GC_LINE      2
+#define STOCKHOLM_GR_LINE      3
+#define STOCKHOLM_SEQ_LINE     4
+#define STOCKHOLM_BLANK_LINE   5
+#define STOCKHOLM_COMMENT_LINE 6
+
+#define STOCKHOLM_UNPARSED  0
+#define STOCKHOLM_GF_ID     1
+#define STOCKHOLM_GF_AC     2
+#define STOCKHOLM_GF_DE     3
+#define STOCKHOLM_GF_AU     4
+#define STOCKHOLM_GF_GA     5
+#define STOCKHOLM_GF_NC     6
+#define STOCKHOLM_GF_TC     7
+#define STOCKHOLM_GS_WT     100
+#define STOCKHOLM_GS_AC     101
+#define STOCKHOLM_GS_DE     102
+#define STOCKHOLM_GC_CS     200
+#define STOCKHOLM_GC_RF     201
+#define STOCKHOLM_GR_SS     300
+#define STOCKHOLM_GR_SA     301
+
+#define SKEL_NSEQLUMP       10    /* allocate for new seqs in blocks of this size */
+#define SKEL_LUMPSIZE       100           /* allocate for new lines in skel in blocks of this size */
+
+#endif /*STOCKHOLM_H_INCLUDED*/
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/stopwatch.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/stopwatch.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b28172a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,306 @@
+/************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ ************************************************************/
+
+/* stopwatch.c
+ * SRE, Fri Nov 26 14:54:21 1999 [St. Louis] [HMMER]
+ * SRE, Thu Aug  3 08:11:52 2000 [St. Louis] [moved to SQUID]
+ * 
+ * Reporting of cpu/system/elapsed time used by a process.
+ * thanks to Warren Gish for assistance.
+ * 
+ * Basic API:
+ * 
+ *   Stopwatch_t *w;
+ *   w = StopwatchCreate();
+ *   
+ *   StopwatchStart(w);
+ *   do_lots_of_stuff;
+ *   StopwatchStop(w);
+ *   StopwatchDisplay(stdout, "CPU time: ", w);
+ *   
+ *   StopwatchFree(w);
+ *   
+ * Some behavior can be controlled at compile time by #define's:
+ * 
+ *   SRE_STRICT_ANSI:  By default, stopwatch module assumes that a
+ *         machine is POSIX-compliant (e.g. has struct tms, sys/times.h, 
+ *         and times()). If compiled with -DSRE_STRICT_ANSI, reverts to 
+ *         pure ANSI C conformant implementation. This simpler system 
+ *         won't report system times, only user and elapsed times.
+ *         
+ *   SRE_ENABLE_PVM:   If compiled with -DSRE_ENABLE_PVM, the
+ *         functions StopwatchPVMPack() and StopwatchPVMUnpack()
+ *         are compiled, providing PVM communications ability.
+ *         
+ * One additional compile-time configuration note:        
+ *   PTHREAD_TIMES_HACK: Linux pthreads, as of RH6.0/glibc-devel-2.1.1-6, 
+ *         appears to interact poorly with times() -- usage times in all 
+ *         but the master thread are lost. A workaround for this bug is 
+ *         to run stopwatches in each worker thread, and accumulate those 
+ *         times back into the master stopwatch using StopwatchInclude().
+ *         (Just like a PVM implementation has to do.) In HMMER, this 
+ *         behavior is compiled in with -DPTHREAD_TIMES_HACK. No
+ *         changes are made in stopwatch functions themselves, though;
+ *         all the extra code is HMMER code. See hmmcalibrate.c for
+ *         an example.
+ * 
+ * See hmmcalibrate.c for examples of more complex usage
+ * in dealing with pthreads and PVM.
+ */
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <unistd.h>
+#ifdef SRE_ENABLE_PVM
+#include <pvm3.h>
+#endif
+
+#include "stopwatch.h"
+
+/* Function: format_time_string()
+ * Date:     SRE, Fri Nov 26 15:06:28 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Given a number of seconds, format into
+ *           hh:mm:ss.xx in a provided buffer.
+ *
+ * Args:     buf     - allocated space (128 is plenty!)
+ *           sec     - number of seconds
+ *           do_frac - TRUE (1) to include hundredths of a sec
+ */
+static void
+format_time_string(char *buf, double sec, int do_frac)
+{
+  int h, m, s, hs;
+  
+  h  = (int) (sec / 3600.);
+  m  = (int) (sec / 60.) - h * 60;
+  s  = (int) (sec) - h * 3600 - m * 60;
+  if (do_frac) {
+    hs = (int) (sec * 100.) - h * 360000 - m * 6000 - s * 100;
+    sprintf(buf, "%02d:%02d:%02d.%02d", h,m,s,hs);
+  } else {
+    sprintf(buf, "%02d:%02d:%02d", h,m,s);
+  }
+}
+
+/* Function: StopwatchStart()
+ * Date:     SRE, Fri Nov 26 15:07:48 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Start a stopwatch.
+ *
+ * Args:     w - the watch
+ */
+void
+StopwatchStart(Stopwatch_t *w)
+{
+  w->t0 = time(NULL);
+#ifdef SRE_STRICT_ANSI
+  w->cpu0 = clock();
+#else
+  (void) times(&(w->cpu0));
+#endif
+
+  w->elapsed = 0.;
+  w->user    = 0.;
+  w->sys     = 0.;
+}
+
+/* Function: StopwatchStop()
+ * Date:     SRE, Fri Nov 26 15:08:16 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Stop a stopwatch. 
+ *
+ *           The implementation allows "split times":
+ *           you can stop a watch multiple times, reporting
+ *           times at multiple points during program
+ *           execution.
+ *
+ * Args:     w - the watch
+ */
+void
+StopwatchStop(Stopwatch_t *w)
+{
+  time_t t1;
+#ifdef SRE_STRICT_ANSI
+  clock_t cpu1;
+#else
+  struct tms cpu1;
+  long       clk_tck;
+#endif
+
+  t1 = time(NULL);
+  w->elapsed = difftime(t1, w->t0);
+
+#ifdef SRE_STRICT_ANSI
+  cpu1    = clock();
+  w->user = (double) (cpu1- w->cpu0) / (double) CLOCKS_PER_SEC;
+  w->sys  = 0.;                /* no way to portably get system time in ANSI C */
+
+#else /* assume we're on a POSIX system by default */
+  (void) times(&cpu1);
+  
+  clk_tck = sysconf(_SC_CLK_TCK);
+  w->user = (double) (cpu1.tms_utime + cpu1.tms_cutime -
+                     w->cpu0.tms_utime - w->cpu0.tms_cutime) /
+            (double) clk_tck;
+
+  w->sys  = (double) (cpu1.tms_stime + cpu1.tms_cstime -
+                     w->cpu0.tms_stime - w->cpu0.tms_cstime) /
+            (double) clk_tck;
+#endif
+}
+
+/* Function: StopwatchInclude()
+ * Date:     SRE, Fri Nov 26 15:09:34 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Merge the cpu and system times from a slave into
+ *           a master stopwatch. Both watches must be
+ *           stopped, and should not be stopped again unless
+ *           You Know What You're Doing.
+ *           
+ *           Elapsed time is *not* merged; master is assumed
+ *           to be keeping track of the wall clock time,
+ *           and the slave/worker watch is ignored.
+ *           
+ *           Used in two cases:
+ *           1) PVM; merge in the stopwatch(es) from separate
+ *              process(es) in a cluster.
+ *           2) Threads, for broken pthreads/times() implementations
+ *              that lose track of cpu times used by spawned
+ *              threads.
+ *              
+ * Args:     w1 - the master stopwatch
+ *           w2 - the slave/worker watch
+ *
+ */
+void
+StopwatchInclude(Stopwatch_t *w1, Stopwatch_t *w2)
+{
+  w1->user    += w2->user;
+  w1->sys     += w2->sys;
+}
+
+/* Function: StopwatchAlloc(), StopwatchZero(), StopwatchCopy(), 
+ *           StopwatchFree()
+ * Date:     SRE, Fri Nov 26 15:13:14 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  The usual creation/manipulation/destruction routines
+ *           for a stopwatch object.
+ */
+Stopwatch_t *
+StopwatchCreate(void)
+{
+  Stopwatch_t *w;
+  w = malloc(sizeof(Stopwatch_t));
+  return w;
+}
+void
+StopwatchZero(Stopwatch_t *w)
+{
+  w->elapsed = 0.;
+  w->user    = 0.;
+  w->sys     = 0.;
+}
+void 
+StopwatchCopy(Stopwatch_t *w1, Stopwatch_t *w2)
+{
+  w1->t0   = w2->t0;
+#ifdef SRE_STRICT_ANSI
+  w1->cpu0 = w2->cpu0;
+#else
+  w1->cpu0.tms_utime = w2->cpu0.tms_utime;
+  w1->cpu0.tms_stime = w2->cpu0.tms_stime;
+  w1->cpu0.tms_cutime = w2->cpu0.tms_cutime;
+  w1->cpu0.tms_cstime = w2->cpu0.tms_cstime;
+#endif
+  w1->elapsed = w2->elapsed;
+  w1->user    = w2->user;
+  w1->sys     = w2->sys;
+}
+void
+StopwatchFree(Stopwatch_t *w)
+{
+  free(w);
+}
+
+
+/* Function: StopwatchDisplay()
+ * Date:     SRE, Fri Nov 26 15:14:12 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Output a usage summary line from a *stopped*
+ *           stopwatch (the times will reflect the last
+ *           time StopwatchStop() was called.)
+ *           
+ *           For s = "CPU Time: " an example output line is:
+ *           CPU Time: 142.55u 7.17s 149.72 Elapsed: 00:02:35.00
+ *
+ * Args:     fp - open file for writing (stdout, possibly)
+ *           s  - prefix for the report line
+ *           w  - a (recently stopped) stopwatch     
+ *
+ */
+void
+StopwatchDisplay(FILE *fp, char *s, Stopwatch_t *w)
+{
+  char buf[128];       /* (safely holds up to 10^14 years) */
+  
+  if (s == NULL)
+    fputs("CPU Time: ", fp);
+  else 
+    fputs(s, fp);
+
+  format_time_string(buf, w->user+w->sys, 1);
+#ifdef SRE_STRICT_ANSI
+  fprintf(fp, "%.2fu %s ", w->user, buf);
+#else
+  fprintf(fp, "%.2fu %.2fs %s ", w->user, w->sys, buf);
+#endif
+
+  format_time_string(buf, w->elapsed, 0);
+  fprintf(fp, "Elapsed: %s\n", buf);
+}
+  
+#ifdef SRE_ENABLE_PVM
+/* Function: StopwatchPVMPack(), StopwatchPVMUnpack()
+ * Date:     SRE, Fri Nov 26 15:22:04 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Transmission of stopwatch data in a PVM
+ *           cluster.
+ */
+void
+StopwatchPVMPack(Stopwatch_t *w)
+{
+  pvm_pkdouble(&(w->elapsed), 1, 1);
+  pvm_pkdouble(&(w->user),    1, 1);
+  pvm_pkdouble(&(w->sys),     1, 1);
+}
+void
+StopwatchPVMUnpack(Stopwatch_t *w)
+{
+  pvm_upkdouble(&(w->elapsed), 1, 1);
+  pvm_upkdouble(&(w->user),    1, 1);
+  pvm_upkdouble(&(w->sys),     1, 1);
+}
+#endif /*SRE_ENABLE_PVM*/
+
+
+#ifdef TESTDRIVER
+int
+main(int argc, char **argv)
+{
+  Stopwatch_t stopwatch;
+
+  StopwatchStart(&stopwatch);
+
+  sleep(5);
+
+  StopwatchStop(&stopwatch);
+  StopwatchDisplay(stdout, "CPU Time: ", &stopwatch);
+}
+#endif
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/stopwatch.h b/binaries/src/clustalo/src/squid/stopwatch.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..1f0d69a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,58 @@
+/* stopwatch.h
+ * SRE, Fri Nov 26 14:54:21 1999 [St. Louis] [HMMER]
+ * SRE, Thu Aug  3 08:00:35 2000 [St. Louis] [moved to SQUID]
+ * CVS $Id: stopwatch.h,v 1.2 2000/08/03 22:24:38 eddy Exp)
+ * 
+ * Header file for stopwatch.c module:
+ * reporting of cpu/system/elapsed time used by a process.
+ * See stopwatch.c comments for documentation of compile-time
+ * configuration options and API.
+ * 
+ *****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ ***************************************************************** 
+ */
+#include <stdio.h>
+#include <time.h>
+#ifndef SRE_STRICT_ANSI
+#include <sys/times.h>
+#endif
+
+#ifndef STOPWATCH_H_INCLUDED
+#define STOPWATCH_H_INCLUDED
+
+struct stopwatch_s {
+  time_t t0;                   /* Wall clock time, ANSI time()  */
+#ifdef SRE_STRICT_ANSI
+  clock_t cpu0;                        /* CPU time, ANSI clock()        */
+#else
+  struct tms cpu0;             /* CPU/system time, POSIX times()*/
+#endif
+
+  double elapsed;              /* elapsed time, seconds */
+  double user;                 /* CPU time, seconds */
+  double sys;                  /* system time, seconds */
+}; 
+typedef struct stopwatch_s Stopwatch_t;
+
+extern void StopwatchStart(Stopwatch_t *w);
+extern void StopwatchStop(Stopwatch_t *w);
+extern void StopwatchInclude(Stopwatch_t *w1, Stopwatch_t *w2);
+extern Stopwatch_t *StopwatchCreate(void);
+extern void StopwatchZero(Stopwatch_t *w);
+extern void StopwatchCopy(Stopwatch_t *w1, Stopwatch_t *w2);
+extern void StopwatchFree(Stopwatch_t *w);
+extern void StopwatchDisplay(FILE *fp, char *s, Stopwatch_t *w);
+
+#ifdef HMMER_PVM
+extern void StopwatchPVMPack(Stopwatch_t *w);
+extern void StopwatchPVMUnpack(Stopwatch_t *w);
+#endif
+
+#endif /*STOPWATCH_H_INCLUDED*/
+  
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/translate.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/translate.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..caf4319
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,86 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/*
+ * translate.c - functions for translating nucleic acid sequence
+ * created Tue Jan 12 11:27:29 1993, SRE
+ * 
+ * RCS $Id: translate.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: translate.c,v 1.2 1998/10/09 18:07:16 eddy Exp)
+ */
+
+#include <stdio.h>
+#include <string.h>
+#include "squid.h"
+
+
+#ifdef MEMDEBUG
+#include "dbmalloc.h"
+#endif
+
+
+
+/* Function: Translate(char *seq, char **code)
+ * 
+ * Given a ptr to the start of a nucleic acid sequence,
+ * and a genetic code, translate the sequence into
+ * amino acid sequence.
+ * 
+ * code is an array of 65 strings, representing
+ * the translations of the 64 codons, arranged
+ * in order AAA, AAC, AAG, AAU, ..., UUA, UUC, UUG, UUU.
+ * '*' or '***' is used to represent termination
+ * codons, usually. The final string, code[64],
+ * is the code for an ambiguous amino acid.
+ *
+ * Because of the way space is allocated for the amino
+ * acid sequence, the amino acid strings cannot be
+ * longer than 3 letters each. (I don't foresee using
+ * anything but the single- and triple- letter codes.)
+ * 
+ * Returns a ptr to the translation string on success,
+ * or NULL on failure.
+ */
+char *
+Translate(char *seq, char **code)
+{
+  int   codon;                 /* index for codon         */
+  char *aaseq;                  /* RETURN: the translation */
+  char *aaptr;                  /* ptr into aaseq */
+  int   i;
+  
+  if (seq == NULL) 
+    { squid_errno = SQERR_NODATA; return NULL; }
+  if ((aaseq = (char *) calloc (strlen(seq) + 1, sizeof(char))) == NULL)
+    Die("calloc failed");
+
+  aaptr = aaseq;
+  for (; *seq != '\0' && *(seq+1) != '\0' && *(seq+2) != '\0'; seq += 3)
+    {
+                               /* calculate the lookup value for
+                                  this codon */
+      codon = 0;
+      for (i = 0; i < 3; i++)
+       {
+         codon *= 4;
+         switch (*(seq + i)) {
+         case 'A': case 'a':             break;
+         case 'C': case 'c': codon += 1; break;
+         case 'G': case 'g': codon += 2; break;
+         case 'T': case 't': codon += 3; break;
+         case 'U': case 'u': codon += 3; break;
+         default: codon = 64; break;
+         }
+         if (codon == 64) break;
+       }
+
+      strcpy(aaptr, code[codon]);
+      aaptr += strlen(code[codon]);
+    }
+  return aaseq;
+}
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/types.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/types.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..67ba409
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,227 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* file: types.c
+ * 
+ * Finicky type checkers for strings. Return 1 (TRUE) if ok, 0 elsewise.
+ * Also, finicky type converters (sre_ntoh32() and friends)
+ *
+ * CVS $Id: types.c,v 1.5 2001/01/08 22:58:12 eddy Exp)
+ */
+
+#include <string.h>
+#include <ctype.h>
+#include "squid.h"
+
+/* Function: IsInt()
+ * 
+ * Returns TRUE if s points to something that atoi() will parse
+ * completely and convert to an integer.
+ */
+int
+IsInt(char *s)
+{
+  int hex = 0;
+
+  if (s == NULL) {squid_errno = SQERR_PARAMETER; return 0; }
+
+                               /* skip whitespace */
+  while (isspace((int) (*s))) s++;      
+                               /* skip leading sign */
+  if (*s == '-' || *s == '+') s++;
+                               /* skip leading conversion signals */
+  if ((strncmp(s, "0x", 2) == 0 && (int) strlen(s) > 2) ||
+      (strncmp(s, "0X", 2) == 0 && (int) strlen(s) > 2))
+    {
+      s += 2;
+      hex = 1;
+    }
+  else if (*s == '0' && (int) strlen(s) > 1)
+    s++;
+                               /* examine remainder for garbage chars */
+  if (!hex)
+    while (*s != '\0')
+      {
+       if (!isdigit((int) (*s))) return 0;
+       s++;
+      }
+  else
+    while (*s != '\0')
+      {
+       if (!isxdigit((int) (*s))) return 0;
+       s++;
+      }
+
+  return 1;
+}
+
+
+/* Function: IsReal()
+ * 
+ * Purpose:  Returns TRUE if s is a string representation
+ *           of a valid floating point number.
+ */
+int
+IsReal(char *s)
+{
+  int gotdecimal = 0;
+  int gotexp     = 0;
+  int gotreal    = 0;
+
+  if (s == NULL) return 0;
+
+  while (isspace((int) (*s))) s++;         /* skip leading whitespace */
+  if (*s == '-' || *s == '+') s++; /* skip leading sign */
+
+  /* Examine remainder for garbage. Allowed one '.' and
+   * one 'e' or 'E'; if both '.' and e/E occur, '.'
+   * must be first.
+   */
+  while (*s != '\0')
+    {
+      if (isdigit((int) (*s))) 
+       gotreal++;
+      else if (*s == '.')
+       {
+         if (gotdecimal) return 0; /* can't have two */
+         if (gotexp) return 0; /* e/E preceded . */
+         else gotdecimal++;
+       }
+      else if (*s == 'e' || *s == 'E')
+       {
+         if (gotexp) return 0; /* can't have two */
+         else gotexp++;
+       }
+      else if (isspace((int) (*s)))
+       break;
+
+      s++;
+    }
+
+  while (isspace((int) (*s))) s++;         /* skip trailing whitespace */
+  if (*s == '\0' && gotreal) return 1;
+  else return 0;
+}
+
+
+/* Function: Byteswap()
+ * 
+ * Purpose:  Swap between big-endian and little-endian.
+ *           For example:
+ *               int foo = 0x12345678;
+ *               byteswap((char *) &foo, sizeof(int));
+ *               printf("%x\n", foo)
+ *           gives 78563412.
+ *           
+ *           I don't fully understand byte-swapping issues.
+ *           However, I have tested this on chars through floats,
+ *           on various machines:
+ *               SGI IRIX 4.0.5, SunOS 4.1.3, DEC Alpha OSF/1, Alliant
+ *
+ * Date: Sun Feb 12 10:26:22 1995              
+ */
+void
+Byteswap(char *swap, int nbytes)
+{
+  int  x;
+  char byte;
+  
+  for (x = 0; x < nbytes / 2; x++)
+    {
+      byte = swap[nbytes - x - 1];
+      swap[nbytes - x - 1] = swap[x];
+      swap[x] = byte;
+    }
+}
+
+
+
+/* Functions: sre_ntoh16(), etc.
+ * Date:      SRE, Sun Dec 31 11:26:53 2000 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:   Provide functionality of ntohs(), etc; extended
+ *            to 64-bit unsigned ints, and explicitly provided
+ *            in case a machine doesn't have the ntohs()
+ *            family. 
+ *            
+ *            If we're using the host functions, 
+ *            USE_HOST_BYTESWAP_FUNCTIONS was set to 1 in
+ *            squidconf.h, and we #define'd sre_hton16(x)=hton(x), etc.
+ *            in squid.h. In doing this, we assumed that the
+ *            host functions work on 16- and 32-bit unsigned quantities.
+ *            If for some reason that's not true, set 
+ *            USE_HOST_BYTESWAP_FUNCTIONS to 0.
+ */
+#ifndef USE_HOST_BYTESWAP_FUNCTIONS
+sqd_uint16
+sre_ntoh16(sqd_uint16 netshort)
+{
+#ifdef WORDS_BIGENDIAN
+  return netshort;
+#else
+  Byteswap((char *) &netshort, 2);
+  return netshort;
+#endif
+}
+sqd_uint32
+sre_ntoh32(sqd_uint32 netlong)
+{
+#ifdef WORDS_BIGENDIAN
+  return netlong;
+#else
+  Byteswap((char *) &netlong, 4);
+  return netlong;
+#endif
+}
+sqd_uint16
+sre_hton16(sqd_uint16 hostshort)
+{
+#ifdef WORDS_BIGENDIAN
+  return hostshort;
+#else
+  Byteswap((char *) &hostshort, 2);
+  return hostshort;
+#endif
+}
+sqd_uint32
+sre_hton32(sqd_uint32 hostlong)
+{
+#ifdef WORDS_BIGENDIAN
+  return hostlong;
+#else
+  Byteswap((char *) &hostlong, 4);
+  return hostlong;
+#endif
+}
+#endif /*USE_HOST_BYTESWAP_FUNCTIONS*/
+
+sqd_uint64
+sre_ntoh64(sqd_uint64 net_int64)
+{
+#ifdef WORDS_BIGENDIAN
+  return net_int64;
+#else
+  Byteswap((char *) &net_int64, 8);
+  return net_int64;
+#endif
+}
+sqd_uint64
+sre_hton64(sqd_uint64 host_int64)
+{
+#ifdef WORDS_BIGENDIAN
+  return host_int64;
+#else
+  Byteswap((char *) &host_int64, 8);
+  return host_int64;
+#endif
+}
+
+
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/vectorops.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/vectorops.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..7e8740c
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,297 @@
+/* vectorops.c
+ * Operations on vectors of floats or doubles.
+ * 
+ * DSet(), FSet()       - set all items in vector to value.
+ * DScale(), FScale()   - multiply all items in vector by scale
+ * DSum(), FSum()       - return sum of values in vector
+ * DAdd(), FAdd()       - add vec2 to vec1.
+ * DCopy(), FCopy()     - set vec1 to be same as vec2. 
+ * DDot(), FDot()       - return dot product of two vectors.
+ * DMax(), FMax()       - return value of maximum element in vector
+ * DMin(), FMin()       - return value of minimum element in vector 
+ * DArgMax(), FArgMax() - return index of maximum element in vector
+ * DArgMin(), FArgMin() - return index of minimum element in vector
+ * 
+ * DNorm(), FNorm()     - normalize a probability vector of length n.
+ * DLog(), FLog()       - convert to log probabilities 
+ * DExp(), FExp()       - convert log p's back to probabilities
+ * DLogSum(), FLogSum() - given vector of log p's; return log of summed p's.
+ *                        
+ * SRE, Tue Oct  1 15:23:25 2002 [St. Louis]
+ * CVS $Id: vectorops.c,v 1.1 2002/10/09 14:26:09 eddy Exp)                       
+ */                      
+  
+#include <stdlib.h>
+#include <math.h>
+#include <float.h>
+#include "vectorops.h"
+
+void
+DSet(double *vec, int n, double value)
+{
+  int x; 
+  for (x = 0; x < n; x++) vec[x] = value;
+}
+
+void
+FSet(float *vec, int n, float value)
+{
+  int x; 
+  for (x = 0; x < n; x++) vec[x] = value;
+}
+
+void
+DScale(double *vec, int n, double scale)
+{
+  int x;
+  for (x = 0; x < n; x++) vec[x] *= scale;
+}
+
+void
+FScale(float *vec, int n, float scale)
+{
+  int x;
+  for (x = 0; x < n; x++) vec[x] *= scale;
+}
+
+double 
+DSum(double *vec, int n)
+{
+  double sum = 0.;
+  int    x;
+  for (x = 0; x < n; x++) sum += vec[x];
+  return sum;
+}
+
+float 
+FSum(float *vec, int n)
+{
+  float sum = 0.;
+  int   x;
+  for (x = 0; x < n; x++) sum += vec[x];
+  return sum;
+}
+
+void
+DAdd(double *vec1, double *vec2, int n)
+{
+  int x;
+  for (x = 0; x < n; x++) vec1[x] += vec2[x];
+}
+
+void
+FAdd(float *vec1, float *vec2, int n)
+{
+  int x;
+  for (x = 0; x < n; x++) vec1[x] += vec2[x];
+}
+
+void
+DCopy(double *vec1, double *vec2, int n)
+{
+  int x;
+  for (x = 0; x < n; x++) vec1[x] = vec2[x];
+}
+
+void
+FCopy(float *vec1, float *vec2, int n)
+{
+  int x;
+  for (x = 0; x < n; x++) vec1[x] = vec2[x];
+}
+
+double
+DDot(double *vec1, double *vec2, int n)
+{
+  double result = 0.;
+  int x;
+  for (x = 0; x < n; x++) result += vec1[x] * vec2[x];
+  return result;
+}
+
+float
+FDot(float *vec1, float *vec2, int n)
+{
+  float result = 0.;
+  int x;
+  for (x = 0; x < n; x++) result += vec1[x] * vec2[x];
+  return result;
+}
+
+double
+DMax(double *vec, int n)
+{
+  int i;
+  double best;
+
+  best = vec[0];
+  for (i = 1; i < n; i++)
+    if (vec[i] > best) best = vec[i];
+  return best;
+}
+
+float
+FMax(float *vec, int n)
+{
+  int   i;
+  float best;
+
+  best = vec[0];
+  for (i = 1; i < n; i++)
+    if (vec[i] > best) best = vec[i];
+  return best;
+}
+
+double
+DMin(double *vec, int n)
+{
+  int i;
+  double best;
+
+  best = vec[0];
+  for (i = 1; i < n; i++)
+    if (vec[i] < best) best = vec[i];
+  return best;
+}
+
+float
+FMin(float *vec, int n)
+{
+  int   i;
+  float best;
+
+  best = vec[0];
+  for (i = 1; i < n; i++)
+    if (vec[i] < best) best = vec[i];
+  return best;
+}
+
+double
+DArgMax(double *vec, int n)
+{
+  int i;
+  int best = 0;
+
+  for (i = 1; i < n; i++)
+    if (vec[i] > vec[best]) best = i;
+  return best;
+}
+
+float
+FArgMax(float *vec, int n)
+{
+  int i;
+  int best = 0;
+
+  for (i = 1; i < n; i++)
+    if (vec[i] > vec[best]) best = i;
+  return best;
+}
+
+double
+DArgMin(double *vec, int n)
+{
+  int i;
+  int best = 0;
+  for (i = 1; i < n; i++)
+    if (vec[i] < vec[best]) best = i;
+  return best;
+}
+
+float
+FArgMin(float *vec, int n)
+{
+  int   i;
+  int   best = 0;
+
+  for (i = 1; i < n; i++)
+    if (vec[i] < vec[best]) best = i;
+  return best;
+}
+
+void
+DNorm(double *vec, int n)
+{
+  int    x;
+  double sum;
+
+  sum = DSum(vec, n);
+  if (sum != 0.0) for (x = 0; x < n; x++) vec[x] /= sum;
+  else            for (x = 0; x < n; x++) vec[x] = 1. / (double) n;
+}
+
+void
+FNorm(float *vec, int n)
+{
+  int    x;
+  float  sum;
+
+  sum = FSum(vec, n);
+  if (sum != 0.0) for (x = 0; x < n; x++) vec[x] /= sum;
+  else            for (x = 0; x < n; x++) vec[x] = 1. / (float) n;
+}
+
+void
+DLog(double *vec, int n)
+{
+  int x;
+  for (x = 0; x < n; x++) 
+    if (vec[x] > 0.) vec[x] = log(vec[x]);
+    else vec[x] = -DBL_MAX;
+}
+
+void
+FLog(float *vec, int n)
+{
+  int x;
+  for (x = 0; x < n; x++) 
+    if (vec[x] > 0.) vec[x] = log(vec[x]);
+    else vec[x] = -FLT_MAX;
+}
+
+void
+DExp(double *vec, int n)
+{
+  int x;
+  for (x = 0; x < n; x++) vec[x] = exp(vec[x]);
+}
+
+void
+FExp(float *vec, int n)
+{
+  int x;
+  for (x = 0; x < n; x++) vec[x] = exp(vec[x]);
+}
+
+float
+DLogSum(double *vec, int n)
+{
+  int x;
+  double max, sum;
+  
+  max = DMax(vec, n);
+  sum = 0.0;
+  for (x = 0; x < n; x++)
+    if (vec[x] > max - 50.)
+      sum += exp(vec[x] - max);
+  sum = log(sum) + max;
+  return sum;
+}
+
+float
+FLogSum(float *vec, int n)
+{
+  int x;
+  float max, sum;
+  
+  max = FMax(vec, n);
+  sum = 0.0;
+  for (x = 0; x < n; x++)
+    if (vec[x] > max - 50.)
+      sum += exp(vec[x] - max);
+  sum = log(sum) + max;
+  return sum;
+}
+
+
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/vectorops.h b/binaries/src/clustalo/src/squid/vectorops.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..3068bd2
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,36 @@
+/* vectorops.h
+ * Header file for vectorops.c
+ * 
+ * SRE, Tue Oct  1 15:23:37 2002 [St. Louis]
+ * CVS $Id: vectorops.h,v 1.1 2002/10/09 14:26:09 eddy Exp)
+ */
+
+extern void   DSet(double *vec, int n, double value);
+extern void   FSet(float *vec, int n, float value);
+extern void   DScale(double *vec, int n, double scale);
+extern void   FScale(float *vec, int n, float scale);
+extern double DSum(double *vec, int n);
+extern float  FSum(float *vec, int n);
+extern void   DAdd(double *vec1, double *vec2, int n);
+extern void   FAdd(float *vec1, float *vec2, int n);
+extern void   DCopy(double *vec1, double *vec2, int n);
+extern void   FCopy(float *vec1, float *vec2, int n);
+extern double DDot(double *vec1, double *vec2, int n);
+extern float  FDot(float *vec1, float *vec2, int n);
+extern double DMax(double *vec, int n);
+extern float  FMax(float *vec, int n);
+extern double DMin(double *vec, int n);
+extern float  FMin(float *vec, int n);
+extern double DArgMax(double *vec, int n);
+extern float  FArgMax(float *vec, int n);
+extern double DArgMin(double *vec, int n);
+extern float  FArgMin(float *vec, int n);
+extern void   DNorm(double *vec, int n);
+extern void   FNorm(float *vec, int n);
+extern void   DLog(double *vec, int n);
+extern void   FLog(float *vec, int n);
+extern void   DExp(double *vec, int n);
+extern void   FExp(float *vec, int n);
+extern float  DLogSum(double *vec, int n);
+extern float  FLogSum(float *vec, int n);
+
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/version.h b/binaries/src/clustalo/src/squid/version.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f254dfa
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,6 @@
+/* version.h -- automatically generated by a Makefile. DO NOT EDIT. */
+#define PACKAGE     "SQUID"
+#define RELEASE     "1.9g"
+#define RELEASEDATE "Oct 2002"
+#define COPYRIGHT   "Copyright (C) 1992-2002 HHMI/Washington University School of Medicine"
+#define LICENSE     "Freely distributed under the GNU General Public License (GPL)"
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/weight.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/weight.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..df62838
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,748 @@
+/*****************************************************************
+ * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
+ * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
+ * 
+ *     This source code is freely distributed under the terms of the
+ *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
+ *     for details.
+ *****************************************************************/
+
+/* weight.c
+ * SRE, Thu Mar  3 07:56:01 1994
+ * 
+ * Calculate weights for sequences in an alignment.
+ * RCS $Id: weight.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: weight.c,v 1.9 2002/10/09 14:26:09 eddy Exp)
+ */
+
+#include <ctype.h>
+#include <string.h>
+#include "squid.h"
+#include "sre_random.h"
+
+static void upweight(struct phylo_s *tree, int nseq, float *lwt, float *rwt, int node);
+static void downweight(struct phylo_s *tree, int nseq, float *lwt, float *rwt, 
+                      float *fwt, int node);
+static float simple_distance(char *s1, char *s2);
+static int    simple_diffmx(char **aseqs,int num, float ***ret_dmx);
+
+/* Function: GSCWeights()
+ * 
+ * Purpose:  Use Erik's tree-based algorithm to set weights for
+ *           sequences in an alignment. upweight() and downweight()
+ *           are derived from Graeme Mitchison's code.
+ *           
+ * Args:     aseq        - array of (0..nseq-1) aligned sequences
+ *           nseq        - number of seqs in alignment  
+ *           alen        - length of alignment
+ *           wgt         - allocated [0..nseq-1] array of weights to be returned
+ *           
+ * Return:   (void)
+ *           wgt is filled in.
+ */
+void
+GSCWeights(char **aseq, int nseq, int alen, float *wgt)
+{
+  float **dmx;                 /* distance (difference) matrix */
+  struct phylo_s *tree;
+  float  *lwt, *rwt;           /* weight on left, right of this tree node */
+  float  *fwt;                 /* final weight assigned to this node */
+  int      i;
+  
+  /* Sanity check first
+   */
+  if (nseq == 1) { wgt[0] = 1.0; return; }
+
+  /* I use a simple fractional difference matrix derived by
+   * pairwise identity. Perhaps I should include a Poisson
+   * distance correction.
+   */
+  MakeDiffMx(aseq, nseq, &dmx);
+  if (! Cluster(dmx, nseq, CLUSTER_MIN, &tree))  Die("Cluster() failed");
+  
+  /* Allocations
+   */
+  lwt = MallocOrDie (sizeof(float) * (2 * nseq - 1));
+  rwt = MallocOrDie (sizeof(float) * (2 * nseq - 1));
+  fwt = MallocOrDie (sizeof(float) * (2 * nseq - 1));
+  
+  /* lwt and rwt are the total branch weight to the left and
+   * right of a node or sequence. They are 0..2N-2.  0..N-1 are 
+   * the sequences; these have weight 0. N..2N-2 are the actual
+   * tree nodes.
+   */
+  for (i = 0; i < nseq; i++)
+    lwt[i] = rwt[i] = 0.0;
+                               /* recursively calculate rwt, lwt, starting
+                                  at node nseq (the root) */
+  upweight(tree, nseq, lwt, rwt, nseq);
+
+                               /* recursively distribute weight across the
+                                  tree */
+  fwt[nseq] = nseq;
+  downweight(tree, nseq, lwt, rwt, fwt, nseq);
+                               /* collect the weights */
+  for (i = 0; i < nseq; i++)
+    wgt[i]  = fwt[i];
+
+  FMX2Free(dmx);
+  FreePhylo(tree, nseq);
+  free(lwt); free(rwt); free(fwt);
+}
+
+static void 
+upweight(struct phylo_s *tree, int nseq, float *lwt, float *rwt, int node)
+{
+  int ld,rd;
+
+  ld = tree[node-nseq].left;
+  if (ld >= nseq) upweight(tree, nseq, lwt, rwt, ld);
+  rd = tree[node-nseq].right;
+  if (rd >= nseq) upweight(tree, nseq, lwt, rwt, rd);
+  lwt[node] = lwt[ld] + rwt[ld] + tree[node-nseq].lblen;
+  rwt[node] = lwt[rd] + rwt[rd] + tree[node-nseq].rblen;
+}
+
+
+static void 
+downweight(struct phylo_s *tree, int nseq, float *lwt, float *rwt, float *fwt, int node)
+{
+  int ld,rd;
+  float lnum, rnum;
+
+  ld = tree[node-nseq].left;
+  rd = tree[node-nseq].right;
+  if (lwt[node] + rwt[node] > 0.0)
+    {
+      fwt[ld] = fwt[node] * (lwt[node] / (lwt[node] + rwt[node]));
+      fwt[rd] = fwt[node] * (rwt[node] / (lwt[node] + rwt[node]));
+    }
+  else
+    {
+      lnum = (ld >= nseq) ? tree[ld-nseq].incnum : 1.0;
+      rnum = (rd >= nseq) ? tree[rd-nseq].incnum : 1.0;
+      fwt[ld] = fwt[node] * lnum / (lnum + rnum);
+      fwt[rd] = fwt[node] * rnum / (lnum + rnum);
+    }
+
+  if (ld >= nseq) downweight(tree, nseq, lwt, rwt, fwt, ld);
+  if (rd >= nseq) downweight(tree, nseq, lwt, rwt, fwt, rd);
+}
+
+
+
+
+/* Function: VoronoiWeights()
+ * 
+ * Purpose:  Calculate weights using the scheme of Sibbald &
+ *           Argos (JMB 216:813-818 1990). The scheme is
+ *           slightly modified because the original algorithm
+ *           actually doesn't work on gapped alignments.
+ *           The sequences are assumed to be protein.
+ *           
+ * Args:     aseq  - array of (0..nseq-1) aligned sequences
+ *           nseq  - number of sequences
+ *           alen  - length of alignment
+ *           wgt   - allocated [0..nseq-1] array of weights to be returned
+ *
+ * Return:   void
+ *           wgt is filled in.
+ */
+void
+VoronoiWeights(char **aseq, int nseq, int alen, float *wgt)
+{
+  float **dmx;                 /* distance (difference) matrix    */
+  float  *halfmin;             /* 1/2 minimum distance to other seqs */
+  char   **psym;                /* symbols seen in each column     */
+  int     *nsym;                /* # syms seen in each column      */
+  int      symseen[27];         /* flags for observed syms         */
+  char    *randseq;             /* randomly generated sequence     */
+  int      acol;               /* pos in aligned columns          */
+  int      idx;                 /* index in sequences              */
+  int      symidx;              /* 0..25 index for symbol          */
+  int      i;                  /* generic counter                 */
+  float   min;                 /* minimum distance                */
+  float   dist;                /* distance between random and real */
+  float   challenge, champion; /* for resolving ties              */
+  int     itscale;             /* how many iterations per seq     */
+  int     iteration;           
+  int     best;                        /* index of nearest real sequence  */
+
+  /* Sanity check first
+   */
+  if (nseq == 1) { wgt[0] = 1.0; return; }
+
+  itscale = 50;
+
+  /* Precalculate 1/2 minimum distance to other
+   * sequences for each sequence
+   */
+  if (! simple_diffmx(aseq, nseq, &dmx)) 
+    Die("simple_diffmx() failed");
+  halfmin = MallocOrDie (sizeof(float) * nseq);
+  for (idx = 0; idx < nseq; idx++)
+    {
+      for (min = 1.0, i = 0; i < nseq; i++)
+       {
+         if (i == idx) continue;
+         if (dmx[idx][i] < min) min = dmx[idx][i];
+       }
+      halfmin[idx] = min / 2.0;
+    }
+  Free2DArray((void **) dmx, nseq);
+
+  /* Set up the random sequence generating model.
+   */
+  psym = MallocOrDie (alen * sizeof(char *));
+  nsym = MallocOrDie (alen * sizeof(int));
+  for (acol = 0; acol < alen; acol++)
+    psym[acol] = MallocOrDie (27 * sizeof(char));
+
+/* #ifdef ORIGINAL_SIBBALD_ALGORITHM_IS_BROKEN */
+  for (acol = 0; acol < alen; acol++)
+    {
+      memset(symseen, 0, sizeof(int) * 27);
+      for (idx = 0; idx < nseq; idx++)
+       if (! isgap(aseq[idx][acol]))
+         {
+           if (isupper((int) aseq[idx][acol])) 
+             symidx = aseq[idx][acol] - 'A';
+           else
+             symidx = aseq[idx][acol] - 'a';
+           if (symidx >= 0 && symidx < 26)
+             symseen[symidx] = 1;
+         }
+       else
+         symseen[26] = 1;      /* a gap */
+
+      for (nsym[acol] = 0, i = 0; i < 26; i++)
+       if (symseen[i]) 
+         {
+           psym[acol][nsym[acol]] = 'A'+i;
+           nsym[acol]++;
+         }
+      if (symseen[26]) { psym[acol][nsym[acol]] = ' '; nsym[acol]++; }
+    }
+/* #endif ORIGINAL_SIBBALD_ALGORITHM_IS_BROKEN */
+
+  /* Note: the original Sibbald&Argos algorithm calls for
+   * bounding the sampled space using a template-like random
+   * sequence generator. However, this leads to one minor
+   * and one major problem. The minor problem is that
+   * exceptional amino acids in a column can have a
+   * significant effect by altering the amount of sampled
+   * sequence space; the larger the data set, the worse
+   * this problem becomes. The major problem is that 
+   * there is no reasonable way to deal with gaps.
+   * Gapped sequences simply inhabit a different dimensionality
+   * and it's pretty painful to imagine calculating Voronoi
+   * volumes when the N in your N-space is varying.
+   * Note that all the examples shown by Sibbald and Argos
+   * are *ungapped* examples.
+   * 
+   * The best way I've found to circumvent this problem is
+   * just not to bound the sampled space; count gaps as
+   * symbols and generate completely random sequences.
+   */
+#ifdef ALL_SEQUENCE_SPACE
+  for (acol = 0; acol < alen; acol++)
+    {
+      strcpy(psym[acol], "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY ");
+      nsym[acol] = 21;
+    }
+#endif
+  
+  /* Sibbald and Argos algorithm:
+   *   1) assign all seqs weight 0.
+   *   2) generate a "random" sequence
+   *   3) calculate distance to every other sequence
+   *      (if we get a distance < 1/2 minimum distance
+   *       to other real seqs, we can stop)
+   *   4) if unique closest sequence, increment its weight 1.
+   *      if multiple closest seq, choose one randomly    
+   *   5) repeat 2-4 for lots of iterations
+   *   6) normalize all weights to sum to nseq.
+   */
+  randseq = MallocOrDie ((alen+1) * sizeof(char));
+
+  best = 42.;                  /* solely to silence GCC uninit warnings. */
+  FSet(wgt, nseq, 0.0);
+  for (iteration = 0; iteration < itscale * nseq; iteration++)
+    {
+      for (acol = 0; acol < alen; acol++)
+       randseq[acol] = (nsym[acol] == 0) ? ' ' : psym[acol][CHOOSE(nsym[acol])];
+      randseq[acol] = '\0';
+
+      champion = sre_random();
+      for (min = 1.0, idx = 0; idx < nseq; idx++)
+       {
+         dist = simple_distance(aseq[idx], randseq);
+         if (dist < halfmin[idx]) 
+           { 
+             best = idx; 
+             break;      
+           } 
+         if (dist < min)          
+           { champion = sre_random(); best = idx; min = dist; } 
+         else if (dist == min)    
+           { 
+             challenge = sre_random(); 
+             if (challenge > champion)
+               { champion = challenge; best = idx; min = dist; }
+           }
+       }
+      wgt[best] += 1.0;
+    }
+
+  for (idx = 0; idx < nseq; idx++)
+    wgt[idx] = wgt[idx] / (float) itscale;
+
+  free(randseq);
+  free(nsym);
+  free(halfmin);
+  Free2DArray((void **) psym, alen);
+}
+
+
+/* Function: simple_distance()
+ * 
+ * Purpose:  For two identical-length null-terminated strings, return
+ *           the fractional difference between them. (0..1)
+ *           (Gaps don't count toward anything.)
+ */
+static float
+simple_distance(char *s1, char *s2)
+{
+  int diff  = 0;
+  int valid = 0;
+
+  for (; *s1 != '\0'; s1++, s2++)
+    {
+      if (isgap(*s1) || isgap(*s2)) continue;
+      if (*s1 != *s2) diff++;
+      valid++;
+    }
+  return (valid > 0 ? ((float) diff / (float) valid) : 0.0);
+}
+    
+/* Function: simple_diffmx()
+ * 
+ * Purpose:  Given a set of flushed, aligned sequences, construct
+ *           an NxN fractional difference matrix using the
+ *           simple_distance rule.
+ *           
+ * Args:     aseqs        - flushed, aligned sequences
+ *           num          - number of aseqs
+ *           ret_dmx      - RETURN: difference matrix (caller must free)
+ *           
+ * Return:   1 on success, 0 on failure.
+ */
+static int
+simple_diffmx(char    **aseqs,
+             int       num,
+             float ***ret_dmx)
+{
+  float **dmx;                 /* RETURN: distance matrix           */
+  int      i,j;                        /* counters over sequences           */
+
+  /* Allocate
+   */
+  if ((dmx = (float **) malloc (sizeof(float *) * num)) == NULL)
+    Die("malloc failed");
+  for (i = 0; i < num; i++)
+    if ((dmx[i] = (float *) malloc (sizeof(float) * num)) == NULL)
+      Die("malloc failed");
+
+  /* Calculate distances, symmetric matrix
+   */
+  for (i = 0; i < num; i++)
+    for (j = i; j < num; j++)
+      dmx[i][j] = dmx[j][i] = simple_distance(aseqs[i], aseqs[j]);
+
+  /* Return
+   */
+  *ret_dmx = dmx;
+  return 1;
+}
+
+
+
+/* Function: BlosumWeights()
+ * Date:     SRE, Fri Jul 16 17:33:59 1999 (St. Louis)
+ * 
+ * Purpose:  Assign weights to a set of aligned sequences
+ *           using the BLOSUM rule:
+ *             - do single linkage clustering at some pairwise identity
+ *             - in each cluster, give each sequence 1/clustsize
+ *               total weight.
+ *
+ *           The clusters have no pairwise link >= maxid. 
+ *           
+ *           O(N) in memory. Probably ~O(NlogN) in time; O(N^2)
+ *           in worst case, which is no links between sequences
+ *           (e.g., values of maxid near 1.0).
+ * 
+ * Args:     aseqs - alignment
+ *           nseq  - number of seqs in alignment
+ *           alen  - # of columns in alignment
+ *           maxid - fractional identity (e.g. 0.62 for BLOSUM62)
+ *           wgt   - [0..nseq-1] array of weights to be returned
+ */               
+void
+BlosumWeights(char **aseqs, int nseq, int alen, float maxid, float *wgt)
+{
+  int  *c, nc;
+  int  *nmem;        /* number of seqs in each cluster */
+  int   i;           /* loop counter */
+
+  SingleLinkCluster(aseqs, nseq, alen, maxid, &c, &nc);
+
+  FSet(wgt, nseq, 1.0);
+  nmem = MallocOrDie(sizeof(int) * nc);
+
+  for (i = 0; i < nc;   i++) nmem[i] = 0;
+  for (i = 0; i < nseq; i++) nmem[c[i]]++;
+  for (i = 0; i < nseq; i++) wgt[i] = 1. / (float) nmem[c[i]];
+
+  free(nmem);
+  free(c);
+  return;
+}
+
+
+/* Function: PositionBasedWeights()
+ * Date:     SRE, Fri Jul 16 17:47:22 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Implementation of Henikoff and Henikoff position-based
+ *           weights (JMB 243:574-578, 1994) [Henikoff94b].
+ *           
+ *           A significant advantage of this approach that Steve and Jorja
+ *           don't point out is that it is O(N) in memory, unlike
+ *           many other approaches like GSC weights or Voronoi.
+ *           
+ *           A potential disadvantage that they don't point out
+ *           is that in the theoretical limit of infinite sequences
+ *           in the alignment, weights go flat: eventually every
+ *           column has at least one representative of each of 20 aa (or 4 nt)
+ *           in it.
+ *           
+ *           They also don't give a rule for how to handle gaps.
+ *           The rule used here seems the obvious and sensible one
+ *           (ignore them). This means that longer sequences
+ *           initially get more weight; hence a "double
+ *           normalization" in which the weights are first divided
+ *           by sequence length (to compensate for that effect),
+ *           then normalized to sum to nseq.
+ *           
+ * Limitations:
+ *           Implemented in a way that's alphabet-independent:
+ *           it uses the 26 upper case letters as "residues".
+ *           Any alphabetic character in aseq is interpreted as
+ *           a unique "residue" (case insensitively; lower case
+ *           mapped to upper case). All other characters are
+ *           interpreted as gaps.
+ *           
+ *           This way, we don't have to pass around any alphabet
+ *           type info (DNA vs. RNA vs. protein) and don't have
+ *           to deal with remapping IUPAC degenerate codes
+ *           probabilistically. However, on the down side,
+ *           a sequence with a lot of degenerate IUPAC characters
+ *           will get an artifactually high PB weight.
+ *           
+ * Args:     aseq   - sequence alignment to weight
+ *           nseq   - number of sequences in alignment
+ *           alen   - length of alignment
+ *           wgt    - RETURN: weights filled in (pre-allocated 0..nseq-1)
+ *
+ * Returns:  (void)
+ *           wgt is allocated (0..nseq-1) by caller, and filled in here.
+ */
+void
+PositionBasedWeights(char **aseq, int nseq, int alen, float *wgt)
+{
+  int  rescount[26];           /* count of A-Z residues in a column   */
+  int  nres;                   /* number of different residues in col */
+  int  idx, pos;                /* indices into aseq                   */
+  int  x;
+  float norm;
+
+  FSet(wgt, nseq, 0.0);
+  for (pos = 0; pos < alen; pos++)
+    {
+      for (x = 0; x < 26; x++) rescount[x] = 0;
+      for (idx = 0; idx < nseq; idx++)
+       if (isalpha(aseq[idx][pos]))
+         rescount[toupper(aseq[idx][pos]) - 'A'] ++;
+
+      nres = 0;
+      for (x = 0; x < 26; x++) 
+       if (rescount[x] > 0) nres++;
+
+      for (idx = 0; idx < nseq; idx++)
+       if (isalpha(aseq[idx][pos]))
+         wgt[idx] += 1. / (float) (nres * rescount[toupper(aseq[idx][pos]) - 'A']);
+    }
+
+  for (idx = 0; idx < nseq; idx++)
+    wgt[idx] /= (float) DealignedLength(aseq[idx]);
+  norm = (float) nseq / FSum(wgt, nseq);
+  FScale(wgt, nseq, norm);
+  return;
+}
+
+
+
+
+/* Function: FilterAlignment()
+ * Date:     SRE, Wed Jun 30 09:19:30 1999 [St. Louis]
+ * 
+ * Purpose:  Constructs a new alignment by removing near-identical 
+ *           sequences from a given alignment (where identity is 
+ *           calculated *based on the alignment*).
+ *           Does not affect the given alignment.
+ *           Keeps earlier sequence, discards later one. 
+ *           
+ *           Usually called as an ad hoc sequence "weighting" mechanism.
+ *           
+ * Limitations:
+ *           Unparsed Stockholm markup is not propagated into the
+ *           new alignment.
+ *           
+ * Args:     msa      -- original alignment
+ *           cutoff   -- fraction identity cutoff. 0.8 removes sequences > 80% id.
+ *           ret_new  -- RETURN: new MSA, usually w/ fewer sequences
+ *                         
+ * Return:   (void)
+ *           ret_new must be free'd by caller: MSAFree().
+ */
+void
+FilterAlignment(MSA *msa, float cutoff, MSA **ret_new)
+{
+  int     nnew;                        /* number of seqs in new alignment */
+  int    *list;
+  int    *useme;
+  float   ident;
+  int     i,j;
+  int     remove;
+
+                               /* find which seqs to keep (list) */
+                               /* diff matrix; allow ragged ends */
+  list  = MallocOrDie (sizeof(int) * msa->nseq);
+  useme = MallocOrDie (sizeof(int) * msa->nseq);
+  for (i = 0; i < msa->nseq; i++) useme[i] = FALSE;
+
+  nnew = 0;
+  for (i = 0; i < msa->nseq; i++)
+    {
+      remove = FALSE;
+      for (j = 0; j < nnew; j++)
+       {
+         ident = PairwiseIdentity(msa->aseq[i], msa->aseq[list[j]]);
+         if (ident > cutoff)
+           { 
+             remove = TRUE; 
+             printf("removing %12s -- fractional identity %.2f to %s\n", 
+                    msa->sqname[i], ident,
+                    msa->sqname[list[j]]);
+             break; 
+           }
+       }
+      if (remove == FALSE) {
+       list[nnew++] = i;
+       useme[i]     = TRUE;
+      }
+    }
+
+  MSASmallerAlignment(msa, useme, ret_new);
+  free(list);
+  free(useme);
+  return;
+}
+
+
+/* Function: SampleAlignment()
+ * Date:     SRE, Wed Jun 30 10:13:56 1999 [St. Louis]
+ * 
+ * Purpose:  Constructs a new, smaller alignment by sampling a given
+ *           number of sequences at random. Does not change the
+ *           alignment nor the order of the sequences.
+ *           
+ *           If you ask for a sample that is larger than nseqs,
+ *           it silently returns the original alignment.
+ *           
+ *           Not really a weighting method, but this is as good
+ *           a place as any to keep it, since it's similar in
+ *           construction to FilterAlignment().
+ *           
+ * Args:     msa      -- original alignment
+ *           sample   -- number of sequences in new alignment (0 < sample <= nseq)
+ *           ret_new  -- RETURN: new MSA 
+ *                         
+ * Return:   (void)
+ *           ret_new must be free'd by caller: MSAFree().
+ */
+void
+SampleAlignment(MSA *msa, int sample, MSA **ret_new)
+{
+  int    *list;                 /* array for random selection w/o replace */
+  int    *useme;                /* array of flags 0..nseq-1: TRUE to use */
+  int     i, idx;
+  int     len;
+
+  /* Allocations
+   */
+  list  = (int *) MallocOrDie (sizeof(int) * msa->nseq);
+  useme = (int *) MallocOrDie (sizeof(int) * msa->nseq);
+  for (i = 0; i < msa->nseq; i++)
+    {
+      list[i]  = i;
+      useme[i] = FALSE;
+    }
+
+  /* Sanity check.
+   */
+  if (sample >= msa->nseq) sample = msa->nseq;
+
+                               /* random selection w/o replacement */
+  for (len = msa->nseq, i = 0; i < sample; i++)
+    {
+      idx = CHOOSE(len);
+      printf("chose %d: %s\n", list[idx], msa->sqname[list[idx]]);
+      useme[list[idx]] = TRUE;
+      list[idx] = list[--len];
+    }
+
+  MSASmallerAlignment(msa, useme, ret_new);
+  free(list);
+  free(useme);
+  return;
+}
+
+
+/* Function: SingleLinkCluster()
+ * Date:     SRE, Fri Jul 16 15:02:57 1999 [St. Louis]
+ *
+ * Purpose:  Perform simple single link clustering of seqs in a
+ *           sequence alignment. A pairwise identity threshold
+ *           defines whether two sequences are linked or not.
+ *           
+ *           Important: runs in O(N) memory, unlike standard
+ *           graph decomposition algorithms that use O(N^2)
+ *           adjacency matrices or adjacency lists. Requires
+ *           O(N^2) time in worst case (which is when you have
+ *           no links at all), O(NlogN) in "average"
+ *           case, and O(N) in best case (when there is just
+ *           one cluster in a completely connected graph.
+ *           
+ *           (Developed because hmmbuild could no longer deal
+ *           with GP120, a 16,013 sequence alignment.)
+ *           
+ * Limitations: 
+ *           CASE-SENSITIVE. Assumes aseq have been put into
+ *           either all lower or all upper case; or at least,
+ *           within a column, there's no mixed case.
+ *           
+ * Algorithm: 
+ *           I don't know if this algorithm is published. I 
+ *           haven't seen it in graph theory books, but that might
+ *           be because it's so obvious that nobody's bothered.
+ *           
+ *           In brief, we're going to do a breadth-first search
+ *           of the graph, and we're going to calculate links
+ *           on the fly rather than precalculating them into
+ *           some sort of standard adjacency structure.
+ *           
+ *           While working, we keep two stacks of maximum length N:
+ *                a : list of vertices that are still unconnected.
+ *                b : list of vertices that we've connected to 
+ *                    in our current breadth level, but we haven't
+ *                    yet tested for other connections to a.
+ *           The current length (number of elements in) a and b are
+ *           kept in na, nb.
+ *                    
+ *           We store our results in an array of length N:
+ *                c : assigns each vertex to a component. for example
+ *                    c[4] = 1 means that vertex 4 is in component 1.
+ *                    nc is the number of components. Components
+ *                    are numbered from 0 to nc-1. We return c and nc
+ *                    to our caller.
+ *                    
+ *           The algorithm is:
+ *           
+ *           Initialisation: 
+ *                a  <-- all the vertices
+ *                na <-- N
+ *                b  <-- empty set
+ *                nb <-- 0
+ *                nc <-- 0
+ *                
+ *           Then:
+ *                while (a is not empty)
+ *                  pop a vertex off a, push onto b
+ *                  while (b is not empty)
+ *                    pop vertex v off b
+ *                    assign c[v] = nc
+ *                    for each vertex w in a:
+ *                       compare v,w. If w is linked to v, remove w
+ *                       from a, push onto b.
+ *                  nc++     
+ *           q.e.d. :)       
+ *
+ * Args:     aseq   - aligned sequences
+ *           nseq   - number of sequences in aseq
+ *           alen   - alignment length
+ *           maxid  - fractional identity threshold 0..1. if id >= maxid, seqs linked
+ *           ret_c  - RETURN: 0..nseq-1 assignments of seqs to components (clusters)
+ *           ret_nc - RETURN: number of components
+ *
+ * Returns:  void.
+ *           ret_c is allocated here. Caller free's with free(*ret_c)
+ */
+void
+SingleLinkCluster(char **aseq, int nseq, int alen, float maxid, 
+                 int **ret_c, int *ret_nc)
+{
+  int *a, na;                   /* stack of available vertices */
+  int *b, nb;                   /* stack of working vertices   */
+  int *c;                       /* array of results            */
+  int  nc;                     /* total number of components  */
+  int  v,w;                    /* index of a working vertices */
+  int  i;                      /* loop counter */
+
+  /* allocations and initializations
+   */
+  a = MallocOrDie (sizeof(int) * nseq);
+  b = MallocOrDie (sizeof(int) * nseq);
+  c = MallocOrDie (sizeof(int) * nseq);
+  for (i = 0; i < nseq; i++) a[i] = i;
+  na = nseq;
+  nb = 0;
+  nc = 0;
+
+  /* Main algorithm
+   */
+  while (na > 0)
+    {
+      v = a[na-1]; na--;       /* pop a vertex off a, */
+      b[nb] = v;   nb++;       /* and push onto b     */
+      while (nb > 0)
+       {
+         v    = b[nb-1]; nb--; /* pop vertex off b          */
+         c[v] = nc;            /* assign it to component nc */
+         for (i = na-1; i >= 0; i--)/* backwards, becase of deletion/swapping we do*/
+           if (simple_distance(aseq[v], aseq[a[i]]) <= 1. - maxid) /* linked? */
+             {                 
+               w = a[i]; a[i] = a[na-1]; na--; /* delete w from a (note swap) */
+               b[nb] = w; nb++;                /* push w onto b */
+             }
+       }
+      nc++;
+    }
+
+  /* Cleanup and return
+   */
+  free(a);
+  free(b);
+  *ret_c  = c;
+  *ret_nc = nc;
+  return;
+}
diff --git a/binaries/windows/clustalo/AUTHORS.txt b/binaries/windows/clustalo/AUTHORS.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..6e3d58f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,20 @@
+* Clustal Omega:\r
+Fabian Sievers   UCD Dublin, Ireland\r
+Andreas Wilm     UCD Dublin, Ireland\r
+David Dineen     UCD Dublin, Ireland\r
+Johannes Söding  Gene Center Munich, Germany\r
+Michael Remmert  Gene Center Munich, Germany\r
+\r
+* Clustal 2\r
+Mark Larkin      UCD Dublin, Ireland\r
+\r
+* Clustal 1.X\r
+Toby Gibson      EMBL Heidelberg, Germany\r
+Des Higgins      UCC Cork, Ireland\r
+Julie Thompson   IGBMC Strasbourg, France\r
+\r
+* Contributors:\r
+Chenna Ramu      EMBL Heidelberg, Germany\r
+Nigel Brown      EMBL Heidelberg, Germany\r
+\r
+\r
diff --git a/binaries/windows/clustalo/COPYING.txt b/binaries/windows/clustalo/COPYING.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..89e08fb
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,339 @@
+                    GNU GENERAL PUBLIC LICENSE\r
+                       Version 2, June 1991\r
+\r
+ Copyright (C) 1989, 1991 Free Software Foundation, Inc.,\r
+ 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA\r
+ Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies\r
+ of this license document, but changing it is not allowed.\r
+\r
+                            Preamble\r
+\r
+  The licenses for most software are designed to take away your\r
+freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public\r
+License is intended to guarantee your freedom to share and change free\r
+software--to make sure the software is free for all its users.  This\r
+General Public License applies to most of the Free Software\r
+Foundation's software and to any other program whose authors commit to\r
+using it.  (Some other Free Software Foundation software is covered by\r
+the GNU Lesser General Public License instead.)  You can apply it to\r
+your programs, too.\r
+\r
+  When we speak of free software, we are referring to freedom, not\r
+price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that you\r
+have the freedom to distribute copies of free software (and charge for\r
+this service if you wish), that you receive source code or can get it\r
+if you want it, that you can change the software or use pieces of it\r
+in new free programs; and that you know you can do these things.\r
+\r
+  To protect your rights, we need to make restrictions that forbid\r
+anyone to deny you these rights or to ask you to surrender the rights.\r
+These restrictions translate to certain responsibilities for you if you\r
+distribute copies of the software, or if you modify it.\r
+\r
+  For example, if you distribute copies of such a program, whether\r
+gratis or for a fee, you must give the recipients all the rights that\r
+you have.  You must make sure that they, too, receive or can get the\r
+source code.  And you must show them these terms so they know their\r
+rights.\r
+\r
+  We protect your rights with two steps: (1) copyright the software, and\r
+(2) offer you this license which gives you legal permission to copy,\r
+distribute and/or modify the software.\r
+\r
+  Also, for each author's protection and ours, we want to make certain\r
+that everyone understands that there is no warranty for this free\r
+software.  If the software is modified by someone else and passed on, we\r
+want its recipients to know that what they have is not the original, so\r
+that any problems introduced by others will not reflect on the original\r
+authors' reputations.\r
+\r
+  Finally, any free program is threatened constantly by software\r
+patents.  We wish to avoid the danger that redistributors of a free\r
+program will individually obtain patent licenses, in effect making the\r
+program proprietary.  To prevent this, we have made it clear that any\r
+patent must be licensed for everyone's free use or not licensed at all.\r
+\r
+  The precise terms and conditions for copying, distribution and\r
+modification follow.\r
+\r
+                    GNU GENERAL PUBLIC LICENSE\r
+   TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION\r
+\r
+  0. This License applies to any program or other work which contains\r
+a notice placed by the copyright holder saying it may be distributed\r
+under the terms of this General Public License.  The "Program", below,\r
+refers to any such program or work, and a "work based on the Program"\r
+means either the Program or any derivative work under copyright law:\r
+that is to say, a work containing the Program or a portion of it,\r
+either verbatim or with modifications and/or translated into another\r
+language.  (Hereinafter, translation is included without limitation in\r
+the term "modification".)  Each licensee is addressed as "you".\r
+\r
+Activities other than copying, distribution and modification are not\r
+covered by this License; they are outside its scope.  The act of\r
+running the Program is not restricted, and the output from the Program\r
+is covered only if its contents constitute a work based on the\r
+Program (independent of having been made by running the Program).\r
+Whether that is true depends on what the Program does.\r
+\r
+  1. You may copy and distribute verbatim copies of the Program's\r
+source code as you receive it, in any medium, provided that you\r
+conspicuously and appropriately publish on each copy an appropriate\r
+copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact all the\r
+notices that refer to this License and to the absence of any warranty;\r
+and give any other recipients of the Program a copy of this License\r
+along with the Program.\r
+\r
+You may charge a fee for the physical act of transferring a copy, and\r
+you may at your option offer warranty protection in exchange for a fee.\r
+\r
+  2. You may modify your copy or copies of the Program or any portion\r
+of it, thus forming a work based on the Program, and copy and\r
+distribute such modifications or work under the terms of Section 1\r
+above, provided that you also meet all of these conditions:\r
+\r
+    a) You must cause the modified files to carry prominent notices\r
+    stating that you changed the files and the date of any change.\r
+\r
+    b) You must cause any work that you distribute or publish, that in\r
+    whole or in part contains or is derived from the Program or any\r
+    part thereof, to be licensed as a whole at no charge to all third\r
+    parties under the terms of this License.\r
+\r
+    c) If the modified program normally reads commands interactively\r
+    when run, you must cause it, when started running for such\r
+    interactive use in the most ordinary way, to print or display an\r
+    announcement including an appropriate copyright notice and a\r
+    notice that there is no warranty (or else, saying that you provide\r
+    a warranty) and that users may redistribute the program under\r
+    these conditions, and telling the user how to view a copy of this\r
+    License.  (Exception: if the Program itself is interactive but\r
+    does not normally print such an announcement, your work based on\r
+    the Program is not required to print an announcement.)\r
+\r
+These requirements apply to the modified work as a whole.  If\r
+identifiable sections of that work are not derived from the Program,\r
+and can be reasonably considered independent and separate works in\r
+themselves, then this License, and its terms, do not apply to those\r
+sections when you distribute them as separate works.  But when you\r
+distribute the same sections as part of a whole which is a work based\r
+on the Program, the distribution of the whole must be on the terms of\r
+this License, whose permissions for other licensees extend to the\r
+entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote it.\r
+\r
+Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest\r
+your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to\r
+exercise the right to control the distribution of derivative or\r
+collective works based on the Program.\r
+\r
+In addition, mere aggregation of another work not based on the Program\r
+with the Program (or with a work based on the Program) on a volume of\r
+a storage or distribution medium does not bring the other work under\r
+the scope of this License.\r
+\r
+  3. You may copy and distribute the Program (or a work based on it,\r
+under Section 2) in object code or executable form under the terms of\r
+Sections 1 and 2 above provided that you also do one of the following:\r
+\r
+    a) Accompany it with the complete corresponding machine-readable\r
+    source code, which must be distributed under the terms of Sections\r
+    1 and 2 above on a medium customarily used for software interchange; or,\r
+\r
+    b) Accompany it with a written offer, valid for at least three\r
+    years, to give any third party, for a charge no more than your\r
+    cost of physically performing source distribution, a complete\r
+    machine-readable copy of the corresponding source code, to be\r
+    distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a medium\r
+    customarily used for software interchange; or,\r
+\r
+    c) Accompany it with the information you received as to the offer\r
+    to distribute corresponding source code.  (This alternative is\r
+    allowed only for noncommercial distribution and only if you\r
+    received the program in object code or executable form with such\r
+    an offer, in accord with Subsection b above.)\r
+\r
+The source code for a work means the preferred form of the work for\r
+making modifications to it.  For an executable work, complete source\r
+code means all the source code for all modules it contains, plus any\r
+associated interface definition files, plus the scripts used to\r
+control compilation and installation of the executable.  However, as a\r
+special exception, the source code distributed need not include\r
+anything that is normally distributed (in either source or binary\r
+form) with the major components (compiler, kernel, and so on) of the\r
+operating system on which the executable runs, unless that component\r
+itself accompanies the executable.\r
+\r
+If distribution of executable or object code is made by offering\r
+access to copy from a designated place, then offering equivalent\r
+access to copy the source code from the same place counts as\r
+distribution of the source code, even though third parties are not\r
+compelled to copy the source along with the object code.\r
+\r
+  4. You may not copy, modify, sublicense, or distribute the Program\r
+except as expressly provided under this License.  Any attempt\r
+otherwise to copy, modify, sublicense or distribute the Program is\r
+void, and will automatically terminate your rights under this License.\r
+However, parties who have received copies, or rights, from you under\r
+this License will not have their licenses terminated so long as such\r
+parties remain in full compliance.\r
+\r
+  5. You are not required to accept this License, since you have not\r
+signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or\r
+distribute the Program or its derivative works.  These actions are\r
+prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by\r
+modifying or distributing the Program (or any work based on the\r
+Program), you indicate your acceptance of this License to do so, and\r
+all its terms and conditions for copying, distributing or modifying\r
+the Program or works based on it.\r
+\r
+  6. Each time you redistribute the Program (or any work based on the\r
+Program), the recipient automatically receives a license from the\r
+original licensor to copy, distribute or modify the Program subject to\r
+these terms and conditions.  You may not impose any further\r
+restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.\r
+You are not responsible for enforcing compliance by third parties to\r
+this License.\r
+\r
+  7. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent\r
+infringement or for any other reason (not limited to patent issues),\r
+conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or\r
+otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not\r
+excuse you from the conditions of this License.  If you cannot\r
+distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this\r
+License and any other pertinent obligations, then as a consequence you\r
+may not distribute the Program at all.  For example, if a patent\r
+license would not permit royalty-free redistribution of the Program by\r
+all those who receive copies directly or indirectly through you, then\r
+the only way you could satisfy both it and this License would be to\r
+refrain entirely from distribution of the Program.\r
+\r
+If any portion of this section is held invalid or unenforceable under\r
+any particular circumstance, the balance of the section is intended to\r
+apply and the section as a whole is intended to apply in other\r
+circumstances.\r
+\r
+It is not the purpose of this section to induce you to infringe any\r
+patents or other property right claims or to contest validity of any\r
+such claims; this section has the sole purpose of protecting the\r
+integrity of the free software distribution system, which is\r
+implemented by public license practices.  Many people have made\r
+generous contributions to the wide range of software distributed\r
+through that system in reliance on consistent application of that\r
+system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing\r
+to distribute software through any other system and a licensee cannot\r
+impose that choice.\r
+\r
+This section is intended to make thoroughly clear what is believed to\r
+be a consequence of the rest of this License.\r
+\r
+  8. If the distribution and/or use of the Program is restricted in\r
+certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the\r
+original copyright holder who places the Program under this License\r
+may add an explicit geographical distribution limitation excluding\r
+those countries, so that distribution is permitted only in or among\r
+countries not thus excluded.  In such case, this License incorporates\r
+the limitation as if written in the body of this License.\r
+\r
+  9. The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions\r
+of the General Public License from time to time.  Such new versions will\r
+be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to\r
+address new problems or concerns.\r
+\r
+Each version is given a distinguishing version number.  If the Program\r
+specifies a version number of this License which applies to it and "any\r
+later version", you have the option of following the terms and conditions\r
+either of that version or of any later version published by the Free\r
+Software Foundation.  If the Program does not specify a version number of\r
+this License, you may choose any version ever published by the Free Software\r
+Foundation.\r
+\r
+  10. If you wish to incorporate parts of the Program into other free\r
+programs whose distribution conditions are different, write to the author\r
+to ask for permission.  For software which is copyrighted by the Free\r
+Software Foundation, write to the Free Software Foundation; we sometimes\r
+make exceptions for this.  Our decision will be guided by the two goals\r
+of preserving the free status of all derivatives of our free software and\r
+of promoting the sharing and reuse of software generally.\r
+\r
+                            NO WARRANTY\r
+\r
+  11. BECAUSE THE PROGRAM IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO WARRANTY\r
+FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.  EXCEPT WHEN\r
+OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES\r
+PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED\r
+OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF\r
+MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS\r
+TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU.  SHOULD THE\r
+PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING,\r
+REPAIR OR CORRECTION.\r
+\r
+  12. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING\r
+WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY AND/OR\r
+REDISTRIBUTE THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES,\r
+INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING\r
+OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED\r
+TO LOSS OF DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY\r
+YOU OR THIRD PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER\r
+PROGRAMS), EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE\r
+POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES.\r
+\r
+                     END OF TERMS AND CONDITIONS\r
+\r
+            How to Apply These Terms to Your New Programs\r
+\r
+  If you develop a new program, and you want it to be of the greatest\r
+possible use to the public, the best way to achieve this is to make it\r
+free software which everyone can redistribute and change under these terms.\r
+\r
+  To do so, attach the following notices to the program.  It is safest\r
+to attach them to the start of each source file to most effectively\r
+convey the exclusion of warranty; and each file should have at least\r
+the "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.\r
+\r
+    <one line to give the program's name and a brief idea of what it does.>\r
+    Copyright (C) <year>  <name of author>\r
+\r
+    This program is free software; you can redistribute it and/or modify\r
+    it under the terms of the GNU General Public License as published by\r
+    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or\r
+    (at your option) any later version.\r
+\r
+    This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+    GNU General Public License for more details.\r
+\r
+    You should have received a copy of the GNU General Public License along\r
+    with this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,\r
+    51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.\r
+\r
+Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.\r
+\r
+If the program is interactive, make it output a short notice like this\r
+when it starts in an interactive mode:\r
+\r
+    Gnomovision version 69, Copyright (C) year name of author\r
+    Gnomovision comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type `show w'.\r
+    This is free software, and you are welcome to redistribute it\r
+    under certain conditions; type `show c' for details.\r
+\r
+The hypothetical commands `show w' and `show c' should show the appropriate\r
+parts of the General Public License.  Of course, the commands you use may\r
+be called something other than `show w' and `show c'; they could even be\r
+mouse-clicks or menu items--whatever suits your program.\r
+\r
+You should also get your employer (if you work as a programmer) or your\r
+school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the program, if\r
+necessary.  Here is a sample; alter the names:\r
+\r
+  Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the program\r
+  `Gnomovision' (which makes passes at compilers) written by James Hacker.\r
+\r
+  <signature of Ty Coon>, 1 April 1989\r
+  Ty Coon, President of Vice\r
+\r
+This General Public License does not permit incorporating your program into\r
+proprietary programs.  If your program is a subroutine library, you may\r
+consider it more useful to permit linking proprietary applications with the\r
+library.  If this is what you want to do, use the GNU Lesser General\r
+Public License instead of this License.\r
diff --git a/binaries/windows/clustalo/ChangeLog.txt b/binaries/windows/clustalo/ChangeLog.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..1a772ed
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,15 @@
+2010-06-17 Release 0.0.1 (Dubliniensis)\r
+               \r
+               First "release" as program has been able for a while to perform\r
+               all basic tasks without problems.\r
+\r
+               Non-standard features already built-in include:\r
+               HMM-iteration (using HMMER for building an HMM) and guide-tree\r
+               iteration. On top of that HMM input works fine and\r
+               background-frequencies are added to the HHalign process.\r
+               \r
+               Known issues: RNA/DNA alignment is considered buggy. Aligned\r
+               sequences have to be dealigned for HHalign to work properly.\r
+               \r
+               The HMMER version message can be ignored if no HMM-iteration\r
+               was used.\r
diff --git a/binaries/windows/clustalo/INSTALL.txt b/binaries/windows/clustalo/INSTALL.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..1f3a5aa
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,400 @@
+The impatient can try:\r
+\r
+$ ./configure\r
+$ make\r
+$ make install\r
+\r
+\r
+Clustal-Omega needs argtable2 (http://argtable.sourceforge.net/). If\r
+argtable2 is installed in a non-standard directory you might have to\r
+point configure to its installation directory. For example, if you are\r
+on a Mac and have argtable installed via MacPorts then you should use\r
+the following command line:\r
+\r
+$ ./configure CFLAGS='-I/opt/local/include' LDFLAGS='-L/opt/local/lib'\r
+\r
+ClustalO will automatically support multi-threading if your compiler\r
+supports OpenMP. For some reason automake's OpenMP detection for\r
+Apple's gcc is broken. You can force OpenMP detection by calling configure \r
+like so:\r
+\r
+$ ./configure OPENMP_CFLAGS='-fopenmp' CFLAGS='-DHAVE_OPENMP'\r
+\r
+You could use a non-Apple gcc installed via MacPorts, adding\r
+\r
+CC=/opt/local/bin/gcc-mp-4.5\r
+\r
+to the configure call (you will have to change the exact string to match\r
+your gcc version).\r
+\r
+See below for generic installation instructions:\r
+\r
+----------------------------------------------------------------------\r
+\r
+\r
+\r
+Installation Instructions\r
+*************************\r
+\r
+Copyright (C) 1994, 1995, 1996, 1999, 2000, 2001, 2002, 2004, 2005,\r
+2006, 2007, 2008, 2009 Free Software Foundation, Inc.\r
+\r
+   Copying and distribution of this file, with or without modification,\r
+are permitted in any medium without royalty provided the copyright\r
+notice and this notice are preserved.  This file is offered as-is,\r
+without warranty of any kind.\r
+\r
+Basic Installation\r
+==================\r
+\r
+   Briefly, the shell commands `./configure; make; make install' should\r
+configure, build, and install this package.  The following\r
+more-detailed instructions are generic; see the `README' file for\r
+instructions specific to this package.  Some packages provide this\r
+`INSTALL' file but do not implement all of the features documented\r
+below.  The lack of an optional feature in a given package is not\r
+necessarily a bug.  More recommendations for GNU packages can be found\r
+in *note Makefile Conventions: (standards)Makefile Conventions.\r
+\r
+   The `configure' shell script attempts to guess correct values for\r
+various system-dependent variables used during compilation.  It uses\r
+those values to create a `Makefile' in each directory of the package.\r
+It may also create one or more `.h' files containing system-dependent\r
+definitions.  Finally, it creates a shell script `config.status' that\r
+you can run in the future to recreate the current configuration, and a\r
+file `config.log' containing compiler output (useful mainly for\r
+debugging `configure').\r
+\r
+   It can also use an optional file (typically called `config.cache'\r
+and enabled with `--cache-file=config.cache' or simply `-C') that saves\r
+the results of its tests to speed up reconfiguring.  Caching is\r
+disabled by default to prevent problems with accidental use of stale\r
+cache files.\r
+\r
+   If you need to do unusual things to compile the package, please try\r
+to figure out how `configure' could check whether to do them, and mail\r
+diffs or instructions to the address given in the `README' so they can\r
+be considered for the next release.  If you are using the cache, and at\r
+some point `config.cache' contains results you don't want to keep, you\r
+may remove or edit it.\r
+\r
+   The file `configure.ac' (or `configure.in') is used to create\r
+`configure' by a program called `autoconf'.  You need `configure.ac' if\r
+you want to change it or regenerate `configure' using a newer version\r
+of `autoconf'.\r
+\r
+   The simplest way to compile this package is:\r
+\r
+  1. `cd' to the directory containing the package's source code and type\r
+     `./configure' to configure the package for your system.\r
+\r
+     Running `configure' might take a while.  While running, it prints\r
+     some messages telling which features it is checking for.\r
+\r
+  2. Type `make' to compile the package.\r
+\r
+  3. Optionally, type `make check' to run any self-tests that come with\r
+     the package, generally using the just-built uninstalled binaries.\r
+\r
+  4. Type `make install' to install the programs and any data files and\r
+     documentation.  When installing into a prefix owned by root, it is\r
+     recommended that the package be configured and built as a regular\r
+     user, and only the `make install' phase executed with root\r
+     privileges.\r
+\r
+  5. Optionally, type `make installcheck' to repeat any self-tests, but\r
+     this time using the binaries in their final installed location.\r
+     This target does not install anything.  Running this target as a\r
+     regular user, particularly if the prior `make install' required\r
+     root privileges, verifies that the installation completed\r
+     correctly.\r
+\r
+  6. You can remove the program binaries and object files from the\r
+     source code directory by typing `make clean'.  To also remove the\r
+     files that `configure' created (so you can compile the package for\r
+     a different kind of computer), type `make distclean'.  There is\r
+     also a `make maintainer-clean' target, but that is intended mainly\r
+     for the package's developers.  If you use it, you may have to get\r
+     all sorts of other programs in order to regenerate files that came\r
+     with the distribution.\r
+\r
+  7. Often, you can also type `make uninstall' to remove the installed\r
+     files again.  In practice, not all packages have tested that\r
+     uninstallation works correctly, even though it is required by the\r
+     GNU Coding Standards.\r
+\r
+  8. Some packages, particularly those that use Automake, provide `make\r
+     distcheck', which can by used by developers to test that all other\r
+     targets like `make install' and `make uninstall' work correctly.\r
+     This target is generally not run by end users.\r
+\r
+Compilers and Options\r
+=====================\r
+\r
+   Some systems require unusual options for compilation or linking that\r
+the `configure' script does not know about.  Run `./configure --help'\r
+for details on some of the pertinent environment variables.\r
+\r
+   You can give `configure' initial values for configuration parameters\r
+by setting variables in the command line or in the environment.  Here\r
+is an example:\r
+\r
+     ./configure CC=c99 CFLAGS=-g LIBS=-lposix\r
+\r
+   *Note Defining Variables::, for more details.\r
+\r
+Compiling For Multiple Architectures\r
+====================================\r
+\r
+   You can compile the package for more than one kind of computer at the\r
+same time, by placing the object files for each architecture in their\r
+own directory.  To do this, you can use GNU `make'.  `cd' to the\r
+directory where you want the object files and executables to go and run\r
+the `configure' script.  `configure' automatically checks for the\r
+source code in the directory that `configure' is in and in `..'.  This\r
+is known as a "VPATH" build.\r
+\r
+   With a non-GNU `make', it is safer to compile the package for one\r
+architecture at a time in the source code directory.  After you have\r
+installed the package for one architecture, use `make distclean' before\r
+reconfiguring for another architecture.\r
+\r
+   On MacOS X 10.5 and later systems, you can create libraries and\r
+executables that work on multiple system types--known as "fat" or\r
+"universal" binaries--by specifying multiple `-arch' options to the\r
+compiler but only a single `-arch' option to the preprocessor.  Like\r
+this:\r
+\r
+     ./configure CC="gcc -arch i386 -arch x86_64 -arch ppc -arch ppc64" \\r
+                 CXX="g++ -arch i386 -arch x86_64 -arch ppc -arch ppc64" \\r
+                 CPP="gcc -E" CXXCPP="g++ -E"\r
+\r
+   This is not guaranteed to produce working output in all cases, you\r
+may have to build one architecture at a time and combine the results\r
+using the `lipo' tool if you have problems.\r
+\r
+Installation Names\r
+==================\r
+\r
+   By default, `make install' installs the package's commands under\r
+`/usr/local/bin', include files under `/usr/local/include', etc.  You\r
+can specify an installation prefix other than `/usr/local' by giving\r
+`configure' the option `--prefix=PREFIX', where PREFIX must be an\r
+absolute file name.\r
+\r
+   You can specify separate installation prefixes for\r
+architecture-specific files and architecture-independent files.  If you\r
+pass the option `--exec-prefix=PREFIX' to `configure', the package uses\r
+PREFIX as the prefix for installing programs and libraries.\r
+Documentation and other data files still use the regular prefix.\r
+\r
+   In addition, if you use an unusual directory layout you can give\r
+options like `--bindir=DIR' to specify different values for particular\r
+kinds of files.  Run `configure --help' for a list of the directories\r
+you can set and what kinds of files go in them.  In general, the\r
+default for these options is expressed in terms of `${prefix}', so that\r
+specifying just `--prefix' will affect all of the other directory\r
+specifications that were not explicitly provided.\r
+\r
+   The most portable way to affect installation locations is to pass the\r
+correct locations to `configure'; however, many packages provide one or\r
+both of the following shortcuts of passing variable assignments to the\r
+`make install' command line to change installation locations without\r
+having to reconfigure or recompile.\r
+\r
+   The first method involves providing an override variable for each\r
+affected directory.  For example, `make install\r
+prefix=/alternate/directory' will choose an alternate location for all\r
+directory configuration variables that were expressed in terms of\r
+`${prefix}'.  Any directories that were specified during `configure',\r
+but not in terms of `${prefix}', must each be overridden at install\r
+time for the entire installation to be relocated.  The approach of\r
+makefile variable overrides for each directory variable is required by\r
+the GNU Coding Standards, and ideally causes no recompilation.\r
+However, some platforms have known limitations with the semantics of\r
+shared libraries that end up requiring recompilation when using this\r
+method, particularly noticeable in packages that use GNU Libtool.\r
+\r
+   The second method involves providing the `DESTDIR' variable.  For\r
+example, `make install DESTDIR=/alternate/directory' will prepend\r
+`/alternate/directory' before all installation names.  The approach of\r
+`DESTDIR' overrides is not required by the GNU Coding Standards, and\r
+does not work on platforms that have drive letters.  On the other hand,\r
+it does better at avoiding recompilation issues, and works well even\r
+when some directory options were not specified in terms of `${prefix}'\r
+at `configure' time.\r
+\r
+Optional Features\r
+=================\r
+\r
+   If the package supports it, you can cause programs to be installed\r
+with an extra prefix or suffix on their names by giving `configure' the\r
+option `--program-prefix=PREFIX' or `--program-suffix=SUFFIX'.\r
+\r
+   Some packages pay attention to `--enable-FEATURE' options to\r
+`configure', where FEATURE indicates an optional part of the package.\r
+They may also pay attention to `--with-PACKAGE' options, where PACKAGE\r
+is something like `gnu-as' or `x' (for the X Window System).  The\r
+`README' should mention any `--enable-' and `--with-' options that the\r
+package recognizes.\r
+\r
+   For packages that use the X Window System, `configure' can usually\r
+find the X include and library files automatically, but if it doesn't,\r
+you can use the `configure' options `--x-includes=DIR' and\r
+`--x-libraries=DIR' to specify their locations.\r
+\r
+   Some packages offer the ability to configure how verbose the\r
+execution of `make' will be.  For these packages, running `./configure\r
+--enable-silent-rules' sets the default to minimal output, which can be\r
+overridden with `make V=1'; while running `./configure\r
+--disable-silent-rules' sets the default to verbose, which can be\r
+overridden with `make V=0'.\r
+\r
+Particular systems\r
+==================\r
+\r
+   On HP-UX, the default C compiler is not ANSI C compatible.  If GNU\r
+CC is not installed, it is recommended to use the following options in\r
+order to use an ANSI C compiler:\r
+\r
+     ./configure CC="cc -Ae -D_XOPEN_SOURCE=500"\r
+\r
+and if that doesn't work, install pre-built binaries of GCC for HP-UX.\r
+\r
+   On OSF/1 a.k.a. Tru64, some versions of the default C compiler cannot\r
+parse its `<wchar.h>' header file.  The option `-nodtk' can be used as\r
+a workaround.  If GNU CC is not installed, it is therefore recommended\r
+to try\r
+\r
+     ./configure CC="cc"\r
+\r
+and if that doesn't work, try\r
+\r
+     ./configure CC="cc -nodtk"\r
+\r
+   On Solaris, don't put `/usr/ucb' early in your `PATH'.  This\r
+directory contains several dysfunctional programs; working variants of\r
+these programs are available in `/usr/bin'.  So, if you need `/usr/ucb'\r
+in your `PATH', put it _after_ `/usr/bin'.\r
+\r
+   On Haiku, software installed for all users goes in `/boot/common',\r
+not `/usr/local'.  It is recommended to use the following options:\r
+\r
+     ./configure --prefix=/boot/common\r
+\r
+Specifying the System Type\r
+==========================\r
+\r
+   There may be some features `configure' cannot figure out\r
+automatically, but needs to determine by the type of machine the package\r
+will run on.  Usually, assuming the package is built to be run on the\r
+_same_ architectures, `configure' can figure that out, but if it prints\r
+a message saying it cannot guess the machine type, give it the\r
+`--build=TYPE' option.  TYPE can either be a short name for the system\r
+type, such as `sun4', or a canonical name which has the form:\r
+\r
+     CPU-COMPANY-SYSTEM\r
+\r
+where SYSTEM can have one of these forms:\r
+\r
+     OS\r
+     KERNEL-OS\r
+\r
+   See the file `config.sub' for the possible values of each field.  If\r
+`config.sub' isn't included in this package, then this package doesn't\r
+need to know the machine type.\r
+\r
+   If you are _building_ compiler tools for cross-compiling, you should\r
+use the option `--target=TYPE' to select the type of system they will\r
+produce code for.\r
+\r
+   If you want to _use_ a cross compiler, that generates code for a\r
+platform different from the build platform, you should specify the\r
+"host" platform (i.e., that on which the generated programs will\r
+eventually be run) with `--host=TYPE'.\r
+\r
+Sharing Defaults\r
+================\r
+\r
+   If you want to set default values for `configure' scripts to share,\r
+you can create a site shell script called `config.site' that gives\r
+default values for variables like `CC', `cache_file', and `prefix'.\r
+`configure' looks for `PREFIX/share/config.site' if it exists, then\r
+`PREFIX/etc/config.site' if it exists.  Or, you can set the\r
+`CONFIG_SITE' environment variable to the location of the site script.\r
+A warning: not all `configure' scripts look for a site script.\r
+\r
+Defining Variables\r
+==================\r
+\r
+   Variables not defined in a site shell script can be set in the\r
+environment passed to `configure'.  However, some packages may run\r
+configure again during the build, and the customized values of these\r
+variables may be lost.  In order to avoid this problem, you should set\r
+them in the `configure' command line, using `VAR=value'.  For example:\r
+\r
+     ./configure CC=/usr/local2/bin/gcc\r
+\r
+causes the specified `gcc' to be used as the C compiler (unless it is\r
+overridden in the site shell script).\r
+\r
+Unfortunately, this technique does not work for `CONFIG_SHELL' due to\r
+an Autoconf bug.  Until the bug is fixed you can use this workaround:\r
+\r
+     CONFIG_SHELL=/bin/bash /bin/bash ./configure CONFIG_SHELL=/bin/bash\r
+\r
+`configure' Invocation\r
+======================\r
+\r
+   `configure' recognizes the following options to control how it\r
+operates.\r
+\r
+`--help'\r
+`-h'\r
+     Print a summary of all of the options to `configure', and exit.\r
+\r
+`--help=short'\r
+`--help=recursive'\r
+     Print a summary of the options unique to this package's\r
+     `configure', and exit.  The `short' variant lists options used\r
+     only in the top level, while the `recursive' variant lists options\r
+     also present in any nested packages.\r
+\r
+`--version'\r
+`-V'\r
+     Print the version of Autoconf used to generate the `configure'\r
+     script, and exit.\r
+\r
+`--cache-file=FILE'\r
+     Enable the cache: use and save the results of the tests in FILE,\r
+     traditionally `config.cache'.  FILE defaults to `/dev/null' to\r
+     disable caching.\r
+\r
+`--config-cache'\r
+`-C'\r
+     Alias for `--cache-file=config.cache'.\r
+\r
+`--quiet'\r
+`--silent'\r
+`-q'\r
+     Do not print messages saying which checks are being made.  To\r
+     suppress all normal output, redirect it to `/dev/null' (any error\r
+     messages will still be shown).\r
+\r
+`--srcdir=DIR'\r
+     Look for the package's source code in directory DIR.  Usually\r
+     `configure' can determine that directory automatically.\r
+\r
+`--prefix=DIR'\r
+     Use DIR as the installation prefix.  *note Installation Names::\r
+     for more details, including other options available for fine-tuning\r
+     the installation locations.\r
+\r
+`--no-create'\r
+`-n'\r
+     Run the configure checks, but stop before creating any output\r
+     files.\r
+\r
+`configure' also accepts some other, not widely useful, options.  Run\r
+`configure --help' for more details.\r
+\r
diff --git a/binaries/windows/clustalo/README.txt b/binaries/windows/clustalo/README.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..109f65e
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,619 @@
+\r
+\r
+CLUSTAL-OMEGA is a general purpose multiple sequence alignment program\r
+for proteins.\r
+\r
+\r
+\r
+INTRODUCTION\r
+\r
+Clustal-Omega is a general purpose multiple sequence alignment (MSA)\r
+program for proteins. It produces high quality MSAs and is capable of\r
+handling data-sets of hundreds of thousands of sequences in reasonable\r
+time.\r
+\r
+In default mode, users give a file of sequences to be aligned and\r
+these are clustered to produce a guide tree and this is used to guide\r
+a "progressive alignment" of the sequences.  There are also facilities\r
+for aligning existing alignments to each other, aligning a sequence to\r
+an alignment and for using a hidden Markov model (HMM) to help guide\r
+an alignment of new sequences that are homologous to the sequences\r
+used to make the HMM.  This latter procedure is referred to as\r
+"external profile alignment" or EPA.\r
+\r
+Clustal-Omega uses HMMs for the alignment engine, based on the HHalign\r
+package from Johannes Soeding [1]. Guide trees are made using an\r
+enhanced version of mBed [2] which can cluster very large numbers of\r
+sequences in O(N*log(N)) time. Multiple alignment then proceeds by\r
+aligning larger and larger alignments using HHalign, following the\r
+clustering given by the guide tree.\r
+\r
+In its current form Clustal-Omega can only align protein sequences but\r
+not DNA/RNA sequences. It is envisioned that DNA/RNA will become\r
+available in a future version.\r
+\r
+\r
+\r
+SEQUENCE INPUT:\r
+\r
+-i, --in, --infile={<file>,-}\r
+       Multiple sequence input file (- for stdin)\r
+\r
+--hmm-in=<file>\r
+       HMM input files\r
+\r
+--dealign\r
+       Dealign input sequences\r
+\r
+--profile1, --p1=<file>\r
+       Pre-aligned multiple sequence file (aligned columns will be kept fixed)\r
+\r
+--profile2, --p2=<file>\r
+       Pre-aligned multiple sequence file (aligned columns will be kept fixed)\r
+\r
+\r
+For sequence and profile input Clustal-Omega uses the Squid library\r
+from Sean Eddy [3].\r
+\r
+\r
+Clustal-Omega accepts 3 types of sequence input: (i) a sequence file\r
+with un-aligned or aligned sequences, (ii) profiles (a multiple\r
+alignment in a file) of aligned sequences, (iii) a HMM. Valid\r
+combinations of the above are:\r
+\r
+(a) one file with un-aligned or aligned sequences (i); the sequences\r
+    will be aligned, and the alignment will be written out. For this\r
+    mode use the -i flag. If the sequences are aligned (all sequences\r
+    have the same length and at least one sequence has at least one\r
+    gap), then the alignment is turned into a HMM, the sequences are\r
+    de-aligned and the now un-aligned sequences are aligned using the\r
+    HMM as an External Profile for External Profile Alignment (EPA).\r
+    If no EPA is desired use the --dealign flag.\r
+\r
+    Use the above option to make a multiple alignment from a set of\r
+    sequences. A sequence file must contain more than one sequence (at\r
+    least two sequences).\r
+\r
+(b) two profiles (ii)+(ii); the columns in each profile will be kept\r
+    fixed and the alignment of the two profiles will be written\r
+    out. Use the --p1 and --p2 flags for this mode.\r
+\r
+    Use this option to align two alignments (profiles) together.\r
+\r
+(c) one file with un/aligned sequences (i) and one profile (ii); the\r
+    profile is converted into a HMM and the un-aligned sequences will\r
+    be multiply aligned (using the HMM background information) to form\r
+    a profile; this constructed profile is aligned with the input\r
+    profile; the columns in each profile (the original one and the one\r
+    created from the un-aligned sequences) will be kept fixed and the\r
+    alignment of the two profiles will be written out. Use the -i flag\r
+    in conjunction with the --p1 flag for this mode.\r
+      The un/aligned sequences file (i) must contain at least two\r
+    sequences. If a single sequence has to be aligned with a profile\r
+    the profile-profile option (b) has to be used.\r
+\r
+    Use the above option to add new sequences to an existing\r
+    alignment.\r
+\r
+(d) one file with un-aligned sequences (i) and one HMM (iii); the\r
+    un-aligned sequences will be aligned to form a profile, using the\r
+    HMM as an External Profile. So far only one HMM can be input and\r
+    only HMMer2 and HMMer3 formats are allowed. The alignment will be\r
+    written out; the HMM information is discarded. As, at the moment,\r
+    only one HMM can be used, no HMM is produced if the sequences are\r
+    already aligned. Use the -i flag in conjunction with the --hmm-in\r
+    flag for this mode. Multiple HMMs can be inputted, however, in the\r
+    current version all but the first HMM will be ignored.\r
+\r
+    Use this option to make a new multiple alignment of sequences from\r
+    the input file and use the HMM as a guide (EPA).\r
+\r
+\r
+Invalid combinations of the above are:\r
+\r
+(v) an un/aligned sequence file containing just one sequence (i)\r
+\r
+(w) an un/aligned sequence file containing just one sequence and a profile\r
+    (i)+(ii)\r
+\r
+(x) an un/aligned sequence file containing just one sequence and a HMM\r
+    (i)+(iii)\r
+\r
+(y) two or more HMMs (iii)+(iii)+... cannot be aligned to one another.\r
+\r
+(z) one profile (ii) cannot be aligned with a HMM (iii)\r
+\r
+\r
+The following MSA file formats are allowed:\r
+\r
+    a2m=fasta, (vienna)\r
+    clustal,\r
+    msf,\r
+    phylip,\r
+    selex,\r
+    stockholm\r
+\r
+\r
+Prior to MSA, Clustal-Omega de-aligns all sequence input (i). However,\r
+alignment information is automatically converted into a HMM and used\r
+during MSA, unless the --dealign flag is specifically set.  Profiles\r
+(ii) are not de-aligned.\r
+\r
+The Clustal-Omega alignment engine can at the moment not process\r
+DNA/RNA. If a sequence input file (i) or a profile (ii) is interpreted\r
+as DNA/RNA the program will terminate during the file input stage.\r
+\r
+\r
+\r
+CLUSTERING:\r
+\r
+  --distmat-in=<file>\r
+       Pairwise distance matrix input file (skips distance computation)\r
+\r
+  --distmat-out=<file>\r
+       Pairwise distance matrix output file\r
+\r
+  --guidetree-in=<file>\r
+       Guide tree input file\r
+       (skips distance computation and guide tree clustering step)\r
+\r
+  --guidetree-out=<file>\r
+       Guide tree output file\r
+\r
+  --full\r
+       Use full distance matrix for guide-tree calculation (slow; mBed is default)\r
+\r
+  --full-iter\r
+       Use full distance matrix for guide-tree calculation during iteration (mBed is default)\r
+\r
+\r
+In order to produce a multiple alignment Clustal-Omega requires a\r
+guide tree which defines the order in which sequences/profiles are\r
+aligned. A guide tree in turn is constructed, based on a distance\r
+matrix. Conventionally, this distance matrix is comprised of all the\r
+pair-wise distances of the sequences. The distance measure\r
+Clustal-Omega uses for pair-wise distances of un-aligned sequences is\r
+the k-tuple measure [4], which was also implemented in Clustal 1.83\r
+and ClustalW2 [5,6]. If the sequences inputted via -i are aligned\r
+Clustal-Omega uses the Kimura-corrected pairwise aligned identities\r
+[7]. The computational effort (time/memory) to calculate and store a\r
+full distance matrix grows quadratically with the number of sequences.\r
+Clustal-Omega can improve this scalability to N*log(N) by employing a\r
+fast clustering algorithm called mBed [2]; this option is\r
+automatically invoked (default). If a full distance matrix evaluation\r
+is desired, then the --full flag has to be set. The mBed mode\r
+calculates a reduced set of pair-wise distances. These distances are\r
+used in a k-means algorithm, that clusters at most 100 sequences. For\r
+each cluster a full distance matrix is calculated. No full distance\r
+matrix (of all input sequences) is calculated in mBed mode. If there\r
+are less than 100 sequences in the input, then in effect a full\r
+distance matrix is calculated in mBed mode, however, no distance\r
+matrix can be outputted (see below).\r
+\r
+\r
+Clustal-Omega uses Muscle's [8] fast UPGMA implementation to construct\r
+its guide trees from the distance matrix. By default, the distance\r
+matrix is used internally to construct the guide tree and is then\r
+discarded. By specifying --distmat-out the internal distance matrix\r
+can be written to file. This is only possible in --full mode. The\r
+guide trees by default are used internally to guide the multiple\r
+alignment and are then discarded. By specifying the --guidetree-out\r
+option these internal guide trees can be written out to\r
+file. Conversely, the distance calculation and/or guide tree building\r
+stage can be skipped, by reading in a pre-calculated distance matrix\r
+and/or pre-calculated guide tree. These options are invoked by\r
+specifying the --distmat-in and/or --guidetree-in flags,\r
+respectively. However, distance matrix reading is disabled in the\r
+current version. By default, distance matrix and guide tree files are\r
+not over-written, if a file with the specified name already exists. In\r
+this case Clustal-Omega aborts during the command-line processing\r
+stage. To force over-writing of already existing files use the --force\r
+flag (see MISCELLANEOUS).  In mBed mode a full distance matrix cannot\r
+be outputted, distance matrix output is only possible in --full mode.\r
+mBed or --full distance mode do not affect the ability to write out\r
+guide-trees.\r
+\r
+Guide trees can be iterated to refine the alignment (see section\r
+ITERATION). Clustal-Omega takes the alignment, that was produced\r
+initially and constructs a new distance matrix from this alignment.\r
+The distance measure used at this stage is the Kimura distance [7]. By\r
+default, Clustal-Omega constructs a reduced distance matrix at this\r
+stage using the mBed algorithm, which will then be used to create an\r
+improved (iterated) new guide tree. To turn off mBed-like clustering\r
+at this stage the --full-iter flag has to be set. While Kimura\r
+distances in general are much faster to calculate than k-tuple\r
+distances, time and memory requirements still scale quadratically with\r
+the number of sequences and --full-iter clustering should only be\r
+considered for smaller cases (<< 10,000 sequences).\r
+\r
+\r
+\r
+ALIGNMENT OUTPUT:\r
+\r
+  -o, --out, --outfile={file,-} Multiple sequence alignment output file (default: stdout)\r
+\r
+  --outfmt={a2m=fa[sta],clu[stal],msf,phy[lip],selex,st[ockholm],vie[nna]} MSA output file format (default: fasta)\r
+\r
+\r
+By default Clustal-Omega writes its results (alignments) to stdout. An\r
+output file can be specified with the -o flag. Output to stdout is not\r
+possible in verbose mode (-v, see MISCELLANEOUS) as verbose/debugging\r
+messages would interfere with the alignment output.  By default,\r
+alignment files are not over-written, if a file with the specified\r
+name already exists. In this case Clustal-Omega aborts during the\r
+command-line processing stage. To force over-writing of already\r
+existing files use the --force flag (see MISCELLANEOUS).\r
+\r
+Clustal-Omega can output alignments in various formats by setting the\r
+--outfmt flag:\r
+\r
+  * for Fasta format set: --outfmt=a2m  or  --outfmt=fa  or  --outfmt=fasta\r
+\r
+  * for Clustal format set: --outfmt=clu  or  --outfmt=clustal\r
+\r
+  * for Msf format: set --outfmt= msf\r
+\r
+  * for Phylip format set: --outfmt=phy  or  --outfmt=phylip\r
+\r
+  * for Selex format set: --outfmt=selex\r
+\r
+  * for Stockholm format set: --outfmt=st  or  --outfmt=stockholm\r
+\r
+  * for Vienna format set: --outfmt=vie  or  --outfmt=vienna\r
+\r
+\r
+ITERATION:\r
+\r
+  --iterations, --iter=<n>  Number of (combined guide tree/HMM) iterations\r
+\r
+  --max-guidetree-iterations=<n> Maximum guide tree iterations\r
+\r
+  --max-hmm-iterations=<n>  Maximum number of HMM iterations\r
+\r
+\r
+By default, Clustal-Omega calculates (or reads in) a guide tree and\r
+performs a multiple alignment in the order specified by this guide\r
+tree. This alignment is then outputted. Clustal-Omega can 'iterate'\r
+its guide tree. The hope is that the (Kimura) distances, that can be\r
+derived from the initial alignment, will give rise to a better guide\r
+tree, and by extension, to a better alignment.\r
+\r
+A similar rationale applies to HMM-iteration. MSAs in general are very\r
+'vulnerable' at their early stages. Sequences that are aligned at an\r
+early stage remain fixed for the rest of the MSA. Another way of\r
+putting this is: 'once a gap, always a gap'. This behaviour can be\r
+mitigated by HMM iteration. An initial alignment is created and turned\r
+into a HMM. This HMM can help in a new round of MSA to 'anticipate'\r
+where residues should align. This is using the HMM as an External\r
+Profile and carrying out iterative EPA.  In practice, individual\r
+sequences and profiles are aligned to the External HMM, derived after\r
+the initial alignment. Pseudo-count information is then transferred to\r
+the (internal) HMM, corresponding to the individual\r
+sequence/profile. The now somewhat 'softened' sequences/profiles are\r
+then in turn aligned in the order specified by the guide\r
+tree. Pseudo-count transfer is reduced with the size of the\r
+profile. Individual sequences attain the greatest pseudo-count\r
+transfer, larger profiles less so. Pseudo-count transfer to profiles\r
+larger than, say, 10 is negligible. The effect of HMM iteration is\r
+more pronounced in larger test sets (that is, with more sequences).\r
+\r
+Both, HMM- and guide tree-iteration come at a cost of increasing the\r
+run-time. One round of guide tree iteration adds on (roughly) the time\r
+it took to construct the initial alignment. If, for example, the\r
+initial alignment took 1min, then it will take (roughly) 2min to\r
+iterate the guide tree once, 3min to iterate the guide tree twice, and\r
+so on. HMM-iteration is more costly, as each round of iteration adds\r
+three times the time required for the alignment stage. For example, if\r
+the initial alignment took 1min, then each additional round of HMM\r
+iteration will add on 3min; so 4 iterations will take 13min\r
+(=1min+4*3min). The factor of 3 stems from the fact that at every\r
+stage both intermediate profiles have to be aligned with the\r
+background HMM, and finally the (softened) HMMs have to be aligned as\r
+well. All times are quoted for single processors.\r
+\r
+By default, guide tree iteration and HMM-iteration are coupled. This\r
+means, at each iteration step both, guide tree and HMM, are\r
+re-calculated. This is invoked by setting the --iter flag. For\r
+example, if --iter=1, then first an initial alignment is produced\r
+(without external HMM background information and using k-tuple\r
+distances to calculate the guide tree). This initial alignment is then\r
+used to re-calculate a new guide tree (using Kimura distances) and to\r
+create a HMM. The new guide tree and the HMM are then used to produce\r
+a new MSA.\r
+\r
+Iteration of guide tree and HMM can be de-coupled. This means that the\r
+number of guide tree iterations and HMM iterations can be\r
+different. This can be done by combining the --iter flag with the\r
+--max-guidetree-iterations and/or the --max-hmm-iterations flag.  The\r
+number of guide tree iterations is the minimum of --iter and\r
+--max-guidetree-iterations, while the number of HMM iterations is the\r
+minimum of --iter and --max-hmm-iterations.  If, for example, HMM\r
+iteration should be performed 5 times but guide tree iteration should\r
+be performed only 3 times, then one should set --iter=5 and\r
+--max-guidetree-iterations=3. All three flags can be specified at the\r
+same time (however, this makes no sense). It is not sufficient just to\r
+specify --max-guidetree-iterations and --max-hmm-iterations but not\r
+--iter. If any iteration is desired --iter has to be set.\r
+\r
+\r
+LIMITS (will exit early, if exceeded):\r
+\r
+  --maxnumseq=<n>           Maximum allowed number of sequences\r
+\r
+  --maxseqlen=<l>           Maximum allowed sequence length\r
+\r
+Limits can be imposed on the number of sequences in the input file\r
+and/or the lengths of the sequences. This cap can be set with the\r
+--maxnumseq and --maxseqlen flags, respectively. Clustal-Omega will\r
+exit early, if these limits are exceeded.\r
+\r
+\r
+MISCELLANEOUS:\r
+\r
+  --auto                    Set options automatically (might overwrite some of your options)\r
+\r
+  --threads=<n>             Number of processors to use\r
+\r
+  -l, --log=<file>          Log all non-essential output to this file\r
+\r
+  -h, --help                Print help and exit\r
+\r
+  -v, --verbose             Verbose output (increases if given multiple times)\r
+\r
+  --version                 Print version information and exit\r
+\r
+  --long-version            Print long version information and exit\r
+\r
+  --force                   Force file overwriting\r
+\r
+\r
+Users may feel unsure which options are appropriate in certain\r
+situations even though using ClustalO without any special options\r
+should give you the desired results. The --auto flag tries to\r
+alleviate this problem and selects accuracy/speed flags according to\r
+the number of sequences. For all cases will use mBed and thereby\r
+possibly overwrite the --full option. For more than 1,000 sequences\r
+the iteration is turned off as the effect of iteration is more\r
+noticeable for 'larger' problems. Otherwise iterations are set to 1 if\r
+not already set to a higher value by the user. Expert users may want\r
+to avoid this flag and exercise more fine tuned control by selecting\r
+the appropriate options manually.\r
+\r
+Certain parts of the MSA calculation have been parallelised. Most\r
+noticeably, the distance matrix calculation, and certain aspects of\r
+the HMM building stage. Clustal-Omega uses OpenMP. By default,\r
+Clustal-Omega will attempt to use as many threads as possible. For\r
+example, on a 4-core machine Clustal-Omega will attempt to use 4\r
+threads. The number of threads can be limited by setting the --threads\r
+flag. This may be desirable, for example, in the case of\r
+benchmarking/timing.\r
+\r
+Usually, non-essential (verbose) output is written to screen. This\r
+output can be written to file by specifying the --log flag.\r
+\r
+Help is available by specifying the -h flag.\r
+\r
+By default Clustal-Omega does not print any information to stdout\r
+(other than the final alignment, if no output file is\r
+specified). Information concerning the progress of the alignment can\r
+be obtained by specifying one verbosity flag (-v). This may be\r
+desirable, to verify what Clustal-Omega is actually doing at the\r
+moment. If two verbosity flags (-v -v) are specified, command-line\r
+flags (explicitly and implicitly set) are printed in addition to the\r
+progress report.  Triple verbose level (-v -v -v) is the most verbose\r
+level. In addition to single- and double-verbose information much more\r
+information is displayed: input sequences and names, details of the\r
+tree construction and intermediate alignments. Tree construction\r
+information includes pairwise distances. The number of pairwise\r
+distances scales with the square of the number of sequences, and\r
+double verbose mode is probably only useful for a small number of\r
+sequences.\r
+\r
+The current version number of Clustal-Omega can be displayed by\r
+setting the --version flag.\r
+\r
+The current version number of Clustal-Omega as well as the code-name\r
+and the build date can be displayed by setting the --long-version\r
+flag.\r
+\r
+By default, Clustal-Omega does not over-write files. These can be (i)\r
+alignment output, (ii) distance matrix and (iii) guide\r
+tree. Overwriting can be forced by setting the --force flag.\r
+\r
+\r
+EXAMPLES:\r
+\r
+./clustalo -i globin.fa\r
+\r
+Clustal-Omega reads the sequence file globin.fa, aligns the sequences\r
+and prints the result to screen in fasta/a2m format.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i globin.fa -o globin.sto --outfmt=st\r
+\r
+If the file globin.sto does not exist, then Clustal-Omega reads the\r
+sequence file globin.fa, aligns the sequences and prints the result to\r
+globin.sto in Stockholm format. If the file globin.sto does exist\r
+already, then Clustal-Omega terminates the alignment process before\r
+reading globin.fa.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i globin.fa        -o globin.aln --outfmt=clu --force\r
+\r
+Clustal-Omega reads the sequence file globin.fa, aligns the sequences\r
+and prints the result to globin.aln in Clustal format, overwriting the\r
+file globin.aln, if it already exists.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i globin.fa --distmat-out=globin.mat --guidetree-out=globin.dnd --force\r
+\r
+Clustal-Omega reads the sequence file globin.fa, aligns the sequences,\r
+prints the result to screen in fasta/a2m format (default), the guide\r
+tree to globin.dnd and the distance matrix to globin.mat, overwriting\r
+those files if they already exist.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i globin.fa        --guidetree-in=globin.dnd\r
+\r
+Clustal-Omega reads the files globin.fa and globin.dnd, skipping\r
+distance calculation and guide tree creation, using instead the guide\r
+tree specified in globin.dnd.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i globin.fa --hmm-in=PF00042.hmm\r
+\r
+Clustal-Omega reads the sequence file globin.fa and the HMM file\r
+PF00042.hmm (in HMMer2 or HMMer3 format).  It then performs the\r
+alignment, transferring pseudo-count information contained in\r
+PF00042.hmm to the sequences/profiles during the MSA.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i globin.sto\r
+\r
+Clustal-Omega reads the file globin.sto (of aligned sequences in\r
+Stockholm format). It converts the alignment into a HMM, de-aligns the\r
+sequences and re-aligns them, transferring pseudo-count information to\r
+the sequences/profiles during the MSA. The guide tree is constructed\r
+using a full distance matrix of Kimura distances.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i globin.sto  --dealign\r
+\r
+Clustal-Omega reads the file globin.sto (of aligned sequences in\r
+Stockholm format). It de-aligns the sequences and then re-aligns\r
+them. No HMM is produced in the process, no pseudo-count information\r
+is transferred. Consequently, the output must be the same as for\r
+unaligned output (like in the first example ./clustalo -i globin.fa)\r
+\r
+\r
+./clustalo -i globin.fa --iter=2\r
+\r
+Clustal-Omega reads the file globin.fa, creates a UPGMA guide tree\r
+built from k-tuple distances, and performs an initial alignment. This\r
+initial alignment is converted into a HMM and a new guide tree is\r
+built from the Kimura distances of the initial alignment. The\r
+un-aligned sequences are then aligned (for the second time but this\r
+time) using pseudo-count information from the HMM created after the\r
+initial alignment (and using the new guide tree). This second\r
+alignment is then again converted into a HMM and a new guide tree is\r
+constructed. The un-aligned sequences are then aligned (for a third\r
+time), again using pseudo-count information of the HMM from the\r
+previous step and the most recent guide tree. The final alignment is\r
+written to screen.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i globin.fa --iter=5 --max-guidetree-iterations=1\r
+\r
+Clustal-Omega reads the file globin.fa, creates a UPGMA guide tree\r
+built from k-tuple distances, and performs an initial alignment. This\r
+initial alignment is converted into a HMM and a new guide tree is\r
+built from the Kimura distances of the initial alignment. The\r
+un-aligned sequences are then aligned (for the second time but this\r
+time) using pseudo-count information from the HMM created after the\r
+initial alignment (and using the new guide tree). For the last 4\r
+iterations the guide tree is left unchanged and only HMM iteration is\r
+performed. This means that intermediate alignments are converted to\r
+HMMs, and these intermediate HMMs are used to guide the MSA during\r
+subsequent iteration stages.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i globin.fa -o globin.a2m -v\r
+\r
+In case the file globin.a2m does not exist, Clustal-Omega reads the\r
+file globin.fa, prints a progress report to screen and writes the\r
+alignment in (default) Fasta format to globin.a2m. The progress report\r
+consists of the number of threads used, the number of sequences read,\r
+the current progress in the k-tuple distance calculation, completion\r
+of the guide tree computation and current progress of the MSA stage.\r
+If the file globin.a2m already exists Clustal-Omega aborts before\r
+reading the file globin.fa. Note that in verbose mode an output file\r
+has to be specified, because progress/debugging information, which is\r
+printed to screen, would interfere with the alignment being printed to\r
+screen.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i PF00042_full.fa --dealign --full --outfmt=vie -o PF00042_full.vie --force\r
+\r
+Clustal-Omega reads the file PF00042_full.fa. This file contains\r
+several thousand aligned sequences. --dealign tells Clustal-Omega to\r
+erase all alignment information and re-align the sequences from\r
+scratch. As there are several thousand sequences calculating a full\r
+distance matrix may be slow. Setting the --full flag specifically\r
+selects the full distance mode over the default mBed mode. The\r
+alignment is then written out in Vienna format (fasta format all on\r
+one line, no line breaks per sequence) to file PF00042_full.vie.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i PF00042_full.fa --dealign --outfmt=vie -o PF00042_full.vie --force\r
+\r
+Clustal-Omega reads the file PF00042_full.fa. This file contains\r
+several thousand aligned sequences. --dealign tells Clustal-Omega to\r
+erase all alignment information and re-align the sequences from\r
+scratch. Calculating the distance matrix will be done by mBed\r
+(default). Clustal-Omega will calculate pairwise distances to a\r
+small number of reference sequences only. This will give a significant\r
+speed-up. The speed-up is greater for larger families (more\r
+sequences). The alignment is then written out in Vienna format (fasta\r
+format all on one line, no line breaks per sequence) to file\r
+PF00042_full.vie.\r
+\r
+\r
+./clustalo --p1=globin.sto --p2=PF00042_full.vie -o globin+pf00042.fa\r
+\r
+Clustal-Omega reads files globin.sto and PF00042_full.vie of aligned\r
+sequences (profiles). Both profiles are then aligned. The relative\r
+positions of residues in both profiles are not changed during this\r
+alignment, however, columns of gaps may be inserted into the profiles,\r
+respectively. The final alignment is written to file globin+pf00042.fa\r
+in fasta format.\r
+\r
+\r
+./clustalo -i globin.fa --p1=PF00042_full.vie -o pf00042+globin.fa\r
+\r
+Clustal-Omega reads file globin.fa of un-aligned sequences and the\r
+profile (of aligned sequences) in file PF00042_full.vie. A HMM is\r
+created from the profile. This HMM is used to guide the alignment of\r
+the un-aligned sequences in globin.fa. The profile that was generated\r
+during this alignment of un-aligned globin.fa sequences is then\r
+aligned to the input profile PF00042_full.vie. The relative positions\r
+of residues in profile PF00042_full.vie is not changed during this\r
+alignment, however, columns of gaps may be inserted into the\r
+profile. The final alignment is output to file pf00042+globin.fa in\r
+fasta format. The alignment in this example may be slightly different\r
+from the alignment in the previous example, because no HMM guidance\r
+was used generate the profile globin.sto. In this example HMM guidance\r
+was used to align the sequences in globin.fa; the hope being that this\r
+intermediate alignment will have profited from the bigger profile.\r
+\r
+\r
+\r
+LITERATURE:\r
+\r
+[1] Johannes Soding (2005) Protein homology detection by HMM-HMM\r
+    comparison. Bioinformatics 21 (7): 951–960.\r
+\r
+[2] Blackshields G, Sievers F, Shi W, Wilm A, Higgins DG.  Sequence\r
+    embedding for fast construction of guide trees for multiple\r
+    sequence alignment.  Algorithms Mol Biol. 2010 May 14;5:21.\r
+\r
+[3] http://www.genetics.wustl.edu/eddy/software/#squid\r
+\r
+[4] Wilbur and Lipman, 1983; PMID 6572363\r
+\r
+[5] Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ.  (1994). CLUSTAL W: improving\r
+    the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through\r
+    sequence weighting, position-specific gap penalties and weight\r
+    matrix choice. Nucleic Acids Res., 22, 4673-4680.\r
+\r
+[6] Larkin MA, Blackshields G, Brown NP, Chenna R, McGettigan PA,\r
+    McWilliam H, Valentin F, Wallace IM, Wilm A, Lopez R, Thompson JD,\r
+    Gibson TJ, Higgins DG.  (2007). Clustal W and Clustal X version\r
+    2.0. Bioinformatics, 23, 2947-2948.\r
+\r
+[7] Kimura M (1980). "A simple method for estimating evolutionary\r
+    rates of base substitutions through comparative studies of\r
+    nucleotide sequences". Journal of Molecular Evolution 16: 111–120.\r
+\r
+[8] Edgar, R.C. (2004) MUSCLE: multiple sequence alignment with high\r
+    accuracy and high throughput.Nucleic Acids Res. 32(5):1792-1797.\r
+\r
diff --git a/binaries/windows/clustalo/clustalo.exe b/binaries/windows/clustalo/clustalo.exe
new file mode 100644 (file)
index 0000000..7d97fd9
Binary files /dev/null and b/binaries/windows/clustalo/clustalo.exe differ
diff --git a/binaries/windows/clustalo/issues.txt b/binaries/windows/clustalo/issues.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b40b818
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,9 @@
+ISSUES: \r
+\r
+-auto \r
+\r
+WARNING: Unsupported old command line option '-auto' will be ignored\r
+WARNING: Your old-style command-line options were converted to:  D:\workspace\JABA2\binaries\windows\clustalo\clustalo.exe --outfmt=clustal --log=stat.log --infile=D:\workspace\JABA2\testsrc\testdata\TO1381.fasta --outfile=TO1381.clustal.out -o clustal.aln -v --force\r
+WARNING: This is a beta version of Clustal Omega, for protein only.\r
+For more information try: D:\workspace\JABA2\binaries\windows\clustalo\clustalo.exe --help\r
+\r
diff --git a/binaries/windows/clustalo/libgomp-1.dll b/binaries/windows/clustalo/libgomp-1.dll
new file mode 100644 (file)
index 0000000..fc62751
Binary files /dev/null and b/binaries/windows/clustalo/libgomp-1.dll differ
diff --git a/binaries/windows/clustalo/mingwm10.dll b/binaries/windows/clustalo/mingwm10.dll
new file mode 100644 (file)
index 0000000..926fb6c
Binary files /dev/null and b/binaries/windows/clustalo/mingwm10.dll differ
diff --git a/binaries/windows/clustalo/pthreadGC2.dll b/binaries/windows/clustalo/pthreadGC2.dll
new file mode 100644 (file)
index 0000000..7b3ae21
Binary files /dev/null and b/binaries/windows/clustalo/pthreadGC2.dll differ
index 5433d77..7471956 100644 (file)
@@ -72,6 +72,17 @@ clustalw.parameters.file=conf/settings/ClustalParameters.xml
 #clustalw.cluster.settings=-l h_cpu=24:00:00 -l h_vmem=6000M -l ram=6000M\r
 \r
 \r
+######                 CLUSTAL OMEGA CONFIGURATION                ######\r
+local.clustalo.bin.windows=binaries/windows/clustalo/clustalo.exe\r
+local.clustalo.bin=binaries/src/clustalo/clustalo\r
+#cluster.clustalo.bin=/homes/pvtroshin/workspace/jaba2/binaries/src/clustalo/clustalo\r
+## This parameters specifies the directory where the matrices files are stored   \r
+clustalo.presets.file=conf/settings/ClustalPresets.xml\r
+clustalo.parameters.file=conf/settings/ClustalParameters.xml\r
+#clustalo.limits.file=conf/settings/ClustalLimits.xml\r
+#clustalo.cluster.settings=-l h_cpu=24:00:00 -l h_vmem=6000M -l ram=6000M\r
+\r
+\r
 ######                 MUSCLE CONFIGURATION                 ######\r
 local.muscle.bin.windows=binaries/windows/muscle.exe\r
 local.muscle.bin=binaries/src/muscle/muscle\r
diff --git a/conf/settings/ClustaloLimits.xml b/conf/settings/ClustaloLimits.xml
new file mode 100644 (file)
index 0000000..ecb8148
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,21 @@
+<?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
+<limits>\r
+ <runnerClassName>compbio.runner.clustal.ClustalW</runnerClassName>\r
+       <limit isDefault="true">\r
+               <seqNumber>1000</seqNumber>\r
+               <seqLength>1000</seqLength>\r
+       </limit>\r
+       <limit isDefault="false">\r
+               <preset># LocalEngineExecutionLimit #</preset>\r
+               <seqNumber>30</seqNumber>\r
+               <seqLength>500</seqLength>\r
+       </limit>\r
+\r
+       <!-- Limits for presets -->\r
+       <limit isDefault="false">\r
+               <preset>Disable gap weighting (Speed-oriented)</preset>\r
+               <seqNumber>1000</seqNumber>\r
+               <seqLength>3000</seqLength>\r
+       </limit>\r
+\r
+</limits>\r
diff --git a/conf/settings/ClustaloParameters.xml b/conf/settings/ClustaloParameters.xml
new file mode 100644 (file)
index 0000000..711011e
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,59 @@
+<?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
+<runnerConfig>\r
+       <runnerClassName>compbio.runner.msa.ClustalO</runnerClassName>\r
+       <options>\r
+               <name>Dealign</name>\r
+               <description>Dealign input sequences</description>\r
+               <optionNames>--dealign</optionNames>\r
+               <furtherDetails>prog_docs/clustalo.txt</furtherDetails>\r
+       </options>\r
+       <options>\r
+               <name>Full distance matrix</name>\r
+               <description>Use full distance matrix for guide-tree calculation (slow; mBed is default)</description>\r
+               <optionNames>--full</optionNames>\r
+               <furtherDetails>prog_docs/clustalo.txt</furtherDetails>\r
+       </options>\r
+       <options>\r
+               <name>Full distance matrix for each iteration</name>\r
+               <description>Use full distance matrix for guide-tree calculation during iteration (mBed is default)</description>\r
+               <optionNames>--full-iter</optionNames>\r
+               <furtherDetails>prog_docs/clustalo.txt</furtherDetails>\r
+       </options>\r
+       <prmSeparator>=</prmSeparator>\r
+       <parameters>\r
+               <name>Max Guide tree iterations</name>\r
+               <description>Maximum number of HMM iterations</description>\r
+               <optionNames>--max-hmm-iterations</optionNames>\r
+               <furtherDetails>prog_docs/clustalo.txt</furtherDetails>\r
+               <defaultValue>1</defaultValue>\r
+               <validValue>\r
+                       <type>Integer</type>\r
+                       <min>1</min>\r
+                       <max>100</max>\r
+               </validValue>\r
+       </parameters>\r
+       <parameters>\r
+               <name>Number of iterations (combined)</name>\r
+               <description>Number of (combined guide tree/HMM) iterations</description>\r
+               <optionNames>--iter</optionNames>\r
+               <furtherDetails>prog_docs/clustalo.txt</furtherDetails>\r
+               <defaultValue>1</defaultValue>\r
+               <validValue>\r
+                       <type>Integer</type>\r
+                       <min>1</min>\r
+                       <max>100</max>\r
+               </validValue>\r
+       </parameters>\r
+       <parameters>\r
+               <name>Max Guide tree iterations</name>\r
+               <description>Maximum guide tree iterations</description>\r
+               <optionNames>--max-guidetree-iterations</optionNames>\r
+               <furtherDetails>prog_docs/clustalo.txt</furtherDetails>\r
+               <defaultValue>1</defaultValue>\r
+               <validValue>\r
+                       <type>Integer</type>\r
+                       <min>1</min>\r
+                       <max>100</max>\r
+               </validValue>\r
+       </parameters>\r
+</runnerConfig>\r
diff --git a/conf/settings/ClustaloPresets.xml b/conf/settings/ClustaloPresets.xml
new file mode 100644 (file)
index 0000000..3115006
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,13 @@
+<?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
+<presets>\r
+ <runnerClassName>compbio.runner.clustal.ClustalW</runnerClassName>\r
+       <preset>\r
+               <name>Disable gap weighting (Speed-oriented)</name>\r
+               <description></description>\r
+               <optlist>\r
+                       <option>-NOPGAP</option>\r
+                       <option>-NOWEIGHTS</option>\r
+                       <option>-NOHGAP</option>\r
+               </optlist>\r
+       </preset>\r
+</presets>\r
diff --git a/runner/compbio/runner/msa/ClustalO.java b/runner/compbio/runner/msa/ClustalO.java
new file mode 100644 (file)
index 0000000..e94dead
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,103 @@
+/* Copyright (c) 2009 Peter Troshin\r
+ *  \r
+ *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 1.0\r
+ * \r
+ *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
+ *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
+ * \r
+ *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
+ *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
+ *  License for more details.\r
+ * \r
+ *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
+ * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
+ * \r
+ * Any republication or derived work distributed in source code form\r
+ * must include this copyright and license notice.\r
+ */\r
+\r
+package compbio.runner.msa;\r
+\r
+import java.io.FileNotFoundException;\r
+import java.io.IOException;\r
+import java.util.Arrays;\r
+\r
+import org.apache.log4j.Logger;\r
+\r
+import compbio.data.sequence.Alignment;\r
+import compbio.data.sequence.UnknownFileFormatException;\r
+import compbio.engine.client.SkeletalExecutable;\r
+import compbio.metadata.ResultNotAvailableException;\r
+import compbio.runner.Util;\r
+\r
+public class ClustalO extends SkeletalExecutable<ClustalO> {\r
+\r
+       private static Logger log = Logger.getLogger(ClustalO.class);\r
+       private static final String EXEC_STAT_FILE = "stat.log";\r
+       private static final String TREE_FILE_EXT = ".dnd";\r
+\r
+       public static final String KEY_VALUE_SEPARATOR = "=";\r
+\r
+       /**\r
+        * \r
+        * --auto Set options automatically (might overwrite some of your options)\r
+        * \r
+        * --threads=<n> Number of processors to use\r
+        * \r
+        * -l, --log=<file> Log all non-essential output to this file\r
+        */\r
+       public ClustalO() {\r
+               super(KEY_VALUE_SEPARATOR);\r
+               addParameters(Arrays.asList("--outfmt=clustal", "-v", "--log="\r
+                               + EXEC_STAT_FILE));\r
+               // set default in, outs and err files\r
+               this.setInput(super.inputFile);\r
+               this.setOutput(super.outputFile);\r
+               this.setError(super.errorFile);\r
+       }\r
+\r
+       @Override\r
+       public ClustalO setOutput(String outFile) {\r
+               super.setOutput(outFile);\r
+               cbuilder.setParam("--outfile=" + outFile);\r
+               return this;\r
+       }\r
+\r
+       @Override\r
+       public ClustalO setInput(String inFile) {\r
+               super.setInput(inFile);\r
+               cbuilder.setParam("--infile=" + inFile);\r
+               return this;\r
+       }\r
+\r
+       @SuppressWarnings("unchecked")\r
+       public Alignment getResults(String workDirectory)\r
+                       throws ResultNotAvailableException {\r
+               try {\r
+                       return Util.readClustalFile(workDirectory, getOutput());\r
+               } catch (FileNotFoundException e) {\r
+                       log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
+                       throw new ResultNotAvailableException(e);\r
+               } catch (IOException e) {\r
+                       log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
+                       throw new ResultNotAvailableException(e);\r
+               } catch (UnknownFileFormatException e) {\r
+                       log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
+                       throw new ResultNotAvailableException(e);\r
+               } catch (NullPointerException e) {\r
+                       log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
+                       throw new ResultNotAvailableException(e);\r
+               }\r
+       }\r
+\r
+       public static String getStatFile() {\r
+               return EXEC_STAT_FILE;\r
+       }\r
+\r
+       @SuppressWarnings("unchecked")\r
+       @Override\r
+       public Class<ClustalO> getType() {\r
+               return (Class<ClustalO>) this.getClass();\r
+       }\r
+\r
+}\r
diff --git a/testsrc/compbio/runner/msa/ClustalOTester.java b/testsrc/compbio/runner/msa/ClustalOTester.java
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c02904d
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,472 @@
+/* Copyright (c) 2009 Peter Troshin\r
+ *  \r
+ *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 1.0     \r
+ * \r
+ *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
+ *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
+ * \r
+ *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
+ *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
+ *  License for more details.\r
+ * \r
+ *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
+ * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
+ * \r
+ * Any republication or derived work distributed in source code form\r
+ * must include this copyright and license notice.\r
+ */\r
+\r
+package compbio.runner.msa;\r
+\r
+import static org.testng.Assert.assertEquals;\r
+import static org.testng.Assert.assertFalse;\r
+import static org.testng.Assert.assertNotNull;\r
+import static org.testng.Assert.assertTrue;\r
+import static org.testng.Assert.fail;\r
+\r
+import java.io.File;\r
+import java.io.FileInputStream;\r
+import java.io.FileNotFoundException;\r
+import java.io.IOException;\r
+import java.text.ParseException;\r
+import java.util.ArrayList;\r
+import java.util.Collections;\r
+import java.util.List;\r
+\r
+import javax.xml.bind.JAXBException;\r
+import javax.xml.bind.ValidationException;\r
+\r
+import org.ggf.drmaa.DrmaaException;\r
+import org.ggf.drmaa.JobInfo;\r
+import org.testng.annotations.Test;\r
+\r
+import compbio.data.sequence.FastaSequence;\r
+import compbio.engine.AsyncExecutor;\r
+import compbio.engine.Configurator;\r
+import compbio.engine.FilePuller;\r
+import compbio.engine.SyncExecutor;\r
+import compbio.engine.client.ConfExecutable;\r
+import compbio.engine.client.ConfiguredExecutable;\r
+import compbio.engine.client.Executable;\r
+import compbio.engine.client.Executable.ExecProvider;\r
+import compbio.engine.client.RunConfiguration;\r
+import compbio.engine.cluster.drmaa.ClusterUtil;\r
+import compbio.engine.cluster.drmaa.JobRunner;\r
+import compbio.engine.cluster.drmaa.StatisticManager;\r
+import compbio.engine.conf.RunnerConfigMarshaller;\r
+import compbio.engine.local.AsyncLocalRunner;\r
+import compbio.engine.local.LocalExecutorService;\r
+import compbio.engine.local.LocalRunner;\r
+import compbio.metadata.AllTestSuit;\r
+import compbio.metadata.ChunkHolder;\r
+import compbio.metadata.JobExecutionException;\r
+import compbio.metadata.JobStatus;\r
+import compbio.metadata.JobSubmissionException;\r
+import compbio.metadata.LimitsManager;\r
+import compbio.metadata.PresetManager;\r
+import compbio.metadata.ResultNotAvailableException;\r
+import compbio.metadata.RunnerConfig;\r
+import compbio.runner.OptionCombinator;\r
+import compbio.runner.Util;\r
+import compbio.util.FileWatcher;\r
+import compbio.util.SysPrefs;\r
+\r
+public class ClustalOTester {\r
+\r
+       static final String clustalConfigFile = AllTestSuit.TEST_DATA_PATH\r
+                       + "ClustalParameters.xml";\r
+       public static String test_outfile = "TO1381.clustal.out";\r
+       public static String cluster_test_outfile = "TO1381.clustal.cluster.out";\r
+\r
+       @Test(groups = {AllTestSuit.test_group_cluster,\r
+                       AllTestSuit.test_group_runner})\r
+       public void testRunOnCluster() {\r
+               ClustalW clustal = new ClustalW();\r
+               assertFalse(SysPrefs.isWindows,\r
+                               "Cluster execution can only be in unix environment");\r
+               clustal.setInput(AllTestSuit.test_input)\r
+                               .setOutput(cluster_test_outfile);\r
+\r
+               try {\r
+\r
+                       ConfiguredExecutable<ClustalW> confClustal = Configurator\r
+                                       .configureExecutable(clustal);\r
+                       JobRunner runner = JobRunner.getInstance(confClustal);\r
+                       // ClusterSession csession = JobRunner.getSession();\r
+                       assertNotNull(runner);\r
+                       runner.executeJob();\r
+                       // assertNotNull("JobId is null", jobId1);\r
+                       JobStatus status = runner.getJobStatus();\r
+                       assertTrue(status == JobStatus.PENDING\r
+                                       || status == JobStatus.RUNNING);\r
+                       JobInfo info = runner.getJobInfo();\r
+                       assertNotNull(info);\r
+                       StatisticManager sm = new StatisticManager(info);\r
+                       assertNotNull(sm);\r
+                       try {\r
+                               String exits = sm.getExitStatus();\r
+                               assertNotNull("Exit status is null", exits);\r
+                               // cut 4 trailing zeros from the number\r
+                               int exitsInt = ClusterUtil.CLUSTER_STAT_IN_SEC.parse(exits)\r
+                                               .intValue();\r
+                               assertEquals(0, exitsInt);\r
+                               System.out.println(sm.getAllStats());\r
+\r
+                       } catch (ParseException e) {\r
+                               e.printStackTrace();\r
+                               fail("Parse Exception: " + e.getMessage());\r
+                       }\r
+                       // At present the task directory could not be completely removed\r
+                       // @see JobRunner.cleanup()\r
+                       assertFalse(runner.cleanup(),\r
+                                       "Could not remove some files whilst cleaning up ");\r
+                       assertTrue(sm.hasExited());\r
+                       assertFalse(sm.wasAborted());\r
+                       assertFalse(sm.hasDump());\r
+                       assertFalse(sm.hasSignaled());\r
+\r
+               } catch (JobSubmissionException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail("DrmaaException caught:" + e.getMessage());\r
+               } catch (JobExecutionException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail("DrmaaException caught:" + e.getMessage());\r
+               } catch (DrmaaException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail("DrmaaException caught:" + e.getMessage());\r
+               }\r
+       }\r
+\r
+       @Test(groups = {AllTestSuit.test_group_runner})\r
+       public void testRunLocally() {\r
+               ClustalO clustal = new ClustalO();\r
+               clustal.setInput(AllTestSuit.test_input).setOutput(test_outfile);\r
+               try {\r
+\r
+                       // For local execution use relavive\r
+                       ConfiguredExecutable<ClustalO> confClustal = Configurator\r
+                                       .configureExecutable(clustal, Executable.ExecProvider.Local);\r
+                       LocalRunner lr = new LocalRunner(confClustal);\r
+                       lr.executeJob();\r
+                       confClustal = (ConfiguredExecutable<ClustalO>) lr.waitForResult();\r
+                       assertNotNull(confClustal.getResults());\r
+               } catch (JobSubmissionException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getLocalizedMessage());\r
+               } catch (JobExecutionException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getLocalizedMessage());\r
+               } catch (ResultNotAvailableException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getLocalizedMessage());\r
+               }\r
+       }\r
+\r
+       @Test(groups = {AllTestSuit.test_group_runner})\r
+       public void testConfigurationLoading() {\r
+               try {\r
+                       RunnerConfig<ClustalW> clustalConfig = ConfExecutable\r
+                                       .getRunnerOptions(ClustalW.class);\r
+                       assertNotNull(clustalConfig);\r
+                       assertTrue(clustalConfig.getArguments().size() > 0);\r
+\r
+                       PresetManager<ClustalW> clustalPresets = ConfExecutable\r
+                                       .getRunnerPresets(ClustalW.class);\r
+                       assertNotNull(clustalPresets);\r
+                       assertTrue(clustalPresets.getPresets().size() > 0);\r
+                       clustalPresets.validate(clustalConfig);\r
+\r
+                       LimitsManager<ClustalW> clustalLimits = ConfExecutable\r
+                                       .getRunnerLimits(ClustalW.class);\r
+                       assertNotNull(clustalLimits);\r
+                       assertTrue(clustalLimits.getLimits().size() > 0);\r
+                       clustalLimits.validate(clustalPresets);\r
+\r
+               } catch (FileNotFoundException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getLocalizedMessage());\r
+               } catch (IOException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getLocalizedMessage());\r
+               } catch (ValidationException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getLocalizedMessage());\r
+               }\r
+       }\r
+\r
+       @Test(groups = {AllTestSuit.test_group_runner})\r
+       public void testOptionsLocally() {\r
+               try {\r
+\r
+                       RunnerConfigMarshaller<ClustalW> clustalmarsh = new RunnerConfigMarshaller<ClustalW>(\r
+                                       RunnerConfig.class);\r
+\r
+                       RunnerConfig<ClustalW> clustalConfig = clustalmarsh.read(\r
+                                       new FileInputStream(new File(clustalConfigFile)),\r
+                                       RunnerConfig.class);\r
+\r
+                       OptionCombinator clustalOpc = new OptionCombinator(clustalConfig);\r
+                       List<String> options = clustalOpc.getOptionsAtRandom();\r
+                       for (int i = 0; i < options.size(); i++) {\r
+                               System.out.println("Using options: " + options);\r
+                               ClustalW clustal = new ClustalW();\r
+                               clustal.setInput(AllTestSuit.test_input)\r
+                                               .setOutput(test_outfile);\r
+\r
+                               // For local execution use relavive\r
+                               ConfiguredExecutable<ClustalW> confClustal = Configurator\r
+                                               .configureExecutable(clustal, ExecProvider.Local);\r
+\r
+                               // Add options to the executable\r
+                               confClustal.addParameters(options);\r
+\r
+                               LocalRunner lr = new LocalRunner(confClustal);\r
+                               lr.executeJob();\r
+                               confClustal = (ConfiguredExecutable<ClustalW>) lr\r
+                                               .waitForResult();\r
+                               assertNotNull(confClustal.getResults());\r
+                               Collections.shuffle(options);\r
+                       }\r
+\r
+               } catch (JobSubmissionException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getLocalizedMessage());\r
+               } catch (JobExecutionException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getLocalizedMessage());\r
+               } catch (JAXBException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getLocalizedMessage());\r
+               } catch (ResultNotAvailableException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getLocalizedMessage());\r
+               } catch (FileNotFoundException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getLocalizedMessage());\r
+               }\r
+       }\r
+\r
+       public static final void main(String[] args) throws JobSubmissionException,\r
+                       JobExecutionException, InterruptedException {\r
+               ClustalW clustal = new ClustalW();\r
+               clustal.setInput(AllTestSuit.test_input).setOutput(test_outfile);\r
+               // For local execution use relavive\r
+               ConfiguredExecutable<ClustalW> confClustal = Configurator\r
+                               .configureExecutable(clustal);\r
+               AsyncExecutor lr = new AsyncLocalRunner();\r
+               lr.submitJob(confClustal);\r
+               Thread.sleep(3000);\r
+               LocalExecutorService.shutDown();\r
+       }\r
+\r
+       @Test(enabled = false)\r
+       public void testAddParameters() {\r
+               ArrayList<FastaSequence> seqs = new ArrayList<FastaSequence>();\r
+               FastaSequence fs = new FastaSequence("tests1",\r
+                               "aqtctcatcatctcatctgcccccgggttatgagtagtacgcatctacg");\r
+               FastaSequence fs2 = new FastaSequence("tests2",\r
+                               "aqtctcatcatctcatctgcccccgggttatgagtagtacgcatctacg");\r
+               FastaSequence fs3 = new FastaSequence("tests3",\r
+                               "aqtctcatcatctcatctgcccccgggttatgagtagtacgcatctacg");\r
+               seqs.add(fs);\r
+               seqs.add(fs2);\r
+               seqs.add(fs3);\r
+               ClustalW cl = new ClustalW();\r
+               cl.setInput("input.txt").setOutput("output.txt");\r
+               ConfiguredExecutable<ClustalW> confClustal;\r
+               try {\r
+                       confClustal = Configurator.configureExecutable(cl);\r
+                       Util.writeInput(seqs, confClustal);\r
+\r
+                       LocalRunner lr = new LocalRunner(confClustal);\r
+                       lr.executeJob();\r
+                       confClustal = (ConfiguredExecutable<ClustalW>) lr.waitForResult();\r
+                       assertNotNull(confClustal.getResults());\r
+\r
+                       assertTrue(confClustal.saveRunConfiguration());\r
+                       ConfiguredExecutable<ClustalW> cexec = (ConfiguredExecutable<ClustalW>) confClustal\r
+                                       .loadRunConfiguration(new FileInputStream(new File(\r
+                                                       confClustal.getWorkDirectory(),\r
+                                                       RunConfiguration.rconfigFile)));\r
+                       assertNotNull(cexec);\r
+\r
+                       lr = new LocalRunner(cexec);\r
+                       lr.executeJob();\r
+                       confClustal = (ConfiguredExecutable<ClustalW>) lr.waitForResult();\r
+                       assertNotNull(confClustal.getResults());\r
+\r
+                       System.out.println("CE:" + cexec);\r
+               } catch (JobSubmissionException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getMessage());\r
+               } catch (FileNotFoundException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getMessage());\r
+               } catch (JobExecutionException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getMessage());\r
+               } catch (ResultNotAvailableException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getMessage());\r
+               } catch (IOException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getMessage());\r
+               }\r
+       }\r
+\r
+       @Test(groups = {AllTestSuit.test_group_runner})\r
+       public void testPersistance() {\r
+               try {\r
+                       ClustalW clustal = new ClustalW();\r
+                       clustal.setError("errrr.txt").setInput(AllTestSuit.test_input)\r
+                                       .setOutput("outtt.txt");\r
+                       assertEquals(clustal.getInput(), AllTestSuit.test_input);\r
+                       assertEquals(clustal.getError(), "errrr.txt");\r
+                       assertEquals(clustal.getOutput(), "outtt.txt");\r
+                       ConfiguredExecutable<ClustalW> cClustal = Configurator\r
+                                       .configureExecutable(clustal, Executable.ExecProvider.Local);\r
+\r
+                       SyncExecutor sexec = Configurator.getSyncEngine(cClustal);\r
+                       sexec.executeJob();\r
+                       cClustal = (ConfiguredExecutable<ClustalW>) sexec.waitForResult();\r
+                       assertNotNull(cClustal.getResults());\r
+                       // Save run configuration\r
+                       assertTrue(cClustal.saveRunConfiguration());\r
+\r
+                       // See if loaded configuration is the same as saved\r
+                       RunConfiguration loadedRun = RunConfiguration\r
+                                       .load(new FileInputStream(new File(cClustal\r
+                                                       .getWorkDirectory(), RunConfiguration.rconfigFile)));\r
+                       assertTrue(((ConfExecutable<ClustalW>) cClustal)\r
+                                       .getRunConfiguration().equals(loadedRun));\r
+                       // Load run configuration as ConfExecutable\r
+                       ConfiguredExecutable<ClustalW> resurrectedCclustal = (ConfiguredExecutable<ClustalW>) cClustal\r
+                                       .loadRunConfiguration(new FileInputStream(new File(cClustal\r
+                                                       .getWorkDirectory(), RunConfiguration.rconfigFile)));\r
+                       assertNotNull(resurrectedCclustal);\r
+                       // See in details whether executables are the same\r
+                       assertEquals(resurrectedCclustal.getExecutable(), clustal);\r
+\r
+                       // Finally rerun the job in the new task directory\r
+                       ConfiguredExecutable<ClustalW> resclustal = Configurator\r
+                                       .configureExecutable(resurrectedCclustal.getExecutable(),\r
+                                                       Executable.ExecProvider.Local);\r
+\r
+                       sexec = Configurator.getSyncEngine(resclustal,\r
+                                       Executable.ExecProvider.Local);\r
+                       sexec.executeJob();\r
+                       cClustal = (ConfiguredExecutable<ClustalW>) sexec.waitForResult();\r
+                       assertNotNull(cClustal.getResults());\r
+\r
+               } catch (JobSubmissionException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getMessage());\r
+               } catch (JobExecutionException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getMessage());\r
+               } catch (FileNotFoundException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getMessage());\r
+               } catch (IOException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getMessage());\r
+               } catch (ResultNotAvailableException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getMessage());\r
+               }\r
+       }\r
+\r
+       @Test(groups = {AllTestSuit.test_group_runner})\r
+       public void readStatistics() {\r
+               try {\r
+                       ClustalW clustal = new ClustalW().setInput(AllTestSuit.test_input)\r
+                                       .setOutput(test_outfile);\r
+                       ConfiguredExecutable<ClustalW> confClustal = Configurator\r
+                                       .configureExecutable(clustal, Executable.ExecProvider.Local);\r
+\r
+                       AsyncExecutor sexec = Configurator.getAsyncEngine(confClustal);\r
+                       String jobId = sexec.submitJob(confClustal);\r
+                       FilePuller fw = FilePuller.newFilePuller(\r
+                                       confClustal.getWorkDirectory() + File.separator\r
+                                                       + ClustalW.getStatFile(),\r
+                                       FileWatcher.MIN_CHUNK_SIZE_BYTES);\r
+                       int count = 0;\r
+                       long position = 0;\r
+                       fw.waitForFile(4);\r
+                       while (!(sexec.getJobStatus(jobId) == JobStatus.FINISHED\r
+                                       || sexec.getJobStatus(jobId) == JobStatus.FAILED || sexec\r
+                                       .getJobStatus(jobId) == JobStatus.UNDEFINED)\r
+                                       || fw.hasMoreData()) {\r
+                               ChunkHolder ch = fw.pull(position);\r
+                               String chunk = ch.getChunk();\r
+                               position = ch.getNextPosition();\r
+                               System.out.print(chunk);\r
+                               count++;\r
+                       }\r
+                       assertTrue(count > 1);\r
+                       ConfiguredExecutable<?> al = sexec.getResults(jobId);\r
+                       assertNotNull(al.getResults());\r
+               } catch (JobSubmissionException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getMessage());\r
+               } catch (ResultNotAvailableException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getMessage());\r
+               } catch (IOException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getMessage());\r
+               }\r
+       }\r
+\r
+       @Test(groups = {AllTestSuit.test_group_cluster,\r
+                       AllTestSuit.test_group_runner})\r
+       public void readStatisticsClusterExecution() {\r
+               try {\r
+                       ClustalW clustal = new ClustalW().setInput(AllTestSuit.test_input)\r
+                                       .setOutput(test_outfile);\r
+                       ConfiguredExecutable<ClustalW> confClustal = Configurator\r
+                                       .configureExecutable(clustal,\r
+                                                       Executable.ExecProvider.Cluster);\r
+\r
+                       AsyncExecutor sexec = Configurator.getAsyncEngine(confClustal);\r
+                       String jobId = sexec.submitJob(confClustal);\r
+                       FilePuller fw = FilePuller.newFilePuller(\r
+                                       confClustal.getWorkDirectory() + File.separator\r
+                                                       + ClustalW.getStatFile(),\r
+                                       FileWatcher.MIN_CHUNK_SIZE_BYTES);\r
+                       int count = 0;\r
+                       long position = 0;\r
+                       fw.waitForFile(200);\r
+                       /*\r
+                        * Under certain circumstances DRMAA could report the status wrongly\r
+                        * thus this loop never ends TODO deal with this!\r
+                        */\r
+                       while (!(sexec.getJobStatus(jobId) == JobStatus.FINISHED || sexec\r
+                                       .getJobStatus(jobId) == JobStatus.FAILED)\r
+                                       || fw.hasMoreData()) {\r
+                               ChunkHolder ch = fw.pull(position);\r
+                               String chunk = ch.getChunk();\r
+                               position = ch.getNextPosition();\r
+                               System.out.print(chunk);\r
+                               count++;\r
+                               if (sexec.getJobStatus(jobId) == JobStatus.UNDEFINED) {\r
+                                       System.out.println("DRMAA reported wrong status for job + "\r
+                                                       + jobId + " continue anyway!");\r
+                                       break;\r
+                               }\r
+                       }\r
+                       assertTrue(count > 1);\r
+                       ConfiguredExecutable<?> al = sexec.getResults(jobId);\r
+                       assertNotNull(al.getResults());\r
+               } catch (JobSubmissionException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getMessage());\r
+               } catch (ResultNotAvailableException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getMessage());\r
+               } catch (IOException e) {\r
+                       e.printStackTrace();\r
+                       fail(e.getMessage());\r
+               }\r
+       }\r
+}\r