binaries/src/clustalo/src/clustal/ktuple_pair.h

   1 /*********************************************************************
   2  * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
   3  *
   4  * Copyright (C) 2010 University College Dublin
   5  *
   6  * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
   7  * modify it under the terms of the GNU General Public License as
   8  * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
   9  * License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * This file is part of Clustal-Omega.
  12  *
  13  ********************************************************************/
  14
  15 /*
  16  *  RCS $Id: ktuple_pair.h 193 2011-02-07 15:45:21Z andreas $
  17  */
  18
  19 /* K-Tuple code for pairwise alignment (Wilbur and Lipman (1983)
  20  * Most code taken from showpair (Clustal 1.83)
  21  */
  22
  23
  24 #ifndef CLUSTALO_KTUPLE_PAIR_H
  25 #define CLUSTALO_KTUPLE_PAIR_H
  26
  27 #include "seq.h"
  28 #include "symmatrix.h"
  29 #include "progress.h"
  30
  31 typedef struct {
  32     int ktup;
  33     int window;
  34     int wind_gap;
  35     int signif;
  36 } ktuple_param_t;
  37
  38
  39 extern void
  40 KTuplePairDist(symmatrix_t *tmat, mseq_t *mseq,
  41                int istart, int iend,
  42                int jstart, int jend,
  43                ktuple_param_t *aln_param,
  44                progress_t *prProgress,
  45                            unsigned long int *ulStepNo, unsigned long int ulTotalStepNo);
  46
  47 #endif