binaries/src/clustalo/src/clustal/muscle_upgma.h

   1 /* This the fast UPGMA algorithm (O(N^2)) as implemented in Bob Edgar's
   2  * Muscle (UPGMA2.cpp; version 3.7) ported to pure C.
   3  *
   4  * Muscle's code is public domain and so is this code here.
   5  *
   6  * From http://www.drive5.com/muscle/license.htm:
   7  * """
   8  * MUSCLE is public domain software
   9  *
  10  * The MUSCLE software, including object and source code and
  11  * documentation, is hereby donated to the public domain.
  12  *
  13  * Disclaimer of warranty
  14  * THIS SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,
  15  * EITHER EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING WITHOUT LIMITATION IMPLIED
  16  * WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
  17  * """
  18  *
  19  */
  20
  21 /*
  22  *  RCS $Id: muscle_upgma.h 193 2011-02-07 15:45:21Z andreas $
  23  */
  24
  25 #ifndef CLUSTALO_UPGMA_H
  26 #define CLUSTALO_UPGMA_H
  27
  28 #include "symmatrix.h"
  29 #include "muscle_tree.h"
  30
  31 enum linkage_e {
  32     LINKAGE_MIN,
  33     LINKAGE_AVG,
  34     LINKAGE_MAX,
  35     LINKAGE_NEIGHBORJOINING,
  36     LINKAGE_BIASED
  37 };
  38 typedef enum linkage_e linkage_t;
  39
  40 void MuscleUpgma2(tree_t *tree, symmatrix_t *distmat,
  41                    linkage_t linkage, char **names);
  42
  43 #endif