binaries/src/clustalo/src/clustalo-api-test.c

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4;  indent-tabs-mode: nil -*- */
   2
   3 /*********************************************************************
   4  * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
   5  *
   6  * Copyright (C) 2010 University College Dublin
   7  *
   8  * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License as
  10  * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
  11  * License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * This file is part of Clustal-Omega.
  14  *
  15  ********************************************************************/
  16
  17 /*
  18  *  RCS $Id: clustalo-api-test.c 213 2011-03-11 16:10:15Z andreas $
  19  */
  20
  21
  22 #include <stdio.h>
  23
  24 /* Include clustal-omega's header. That's all you need
  25  *
  26  * If you developing in C++, use the following instead:
  27  * extern "C" {
  28  * #include "clustal-omega.h"
  29  * }
  30  */
  31 #include "clustal-omega.h"
  32
  33
  34 int
  35 main(int argc, char **argv)
  36 {
  37     /* the multiple sequence structure */
  38     mseq_t *prMSeq = NULL;
  39     /* for openmp: number of threads to use */
  40     int iThreads = 1;
  41     /* alignment options to use */
  42     opts_t rAlnOpts;
  43     /* an input file */
  44     char *pcSeqInfile;
  45     int iAux;
  46
  47     /* use LOGLEVEL_QUIET to make Clustal shut up */
  48     iVerbosityLevel = LOGLEVEL_INFO;
  49
  50     SetDefaultAlnOpts(&rAlnOpts);
  51
  52     InitClustalOmega(iThreads);
  53
  54     /* Get sequence input file name from command line
  55      */
  56     if (argc!=2) {
  57         Fatal("Need sequence file as argument");
  58     }
  59     pcSeqInfile = argv[1];
  60
  61     /* Read sequence file
  62      */
  63     NewMSeq(&prMSeq);
  64     if (ReadSequences(prMSeq, pcSeqInfile,
  65                       SEQTYPE_UNKNOWN,
  66                       INT_MAX, INT_MAX)) {
  67         Fatal("Reading sequence file '%s' failed", pcSeqInfile);
  68     }
  69
  70     /* Dump some info about the sequences
  71      */
  72     for (iAux=0; iAux<prMSeq->nseqs; iAux++) {
  73         Info(LOGLEVEL_INFO,
  74              "Sequence no %d has the following name: %s",
  75              iAux, prMSeq->sqinfo[iAux].name);
  76         Info(LOGLEVEL_INFO,
  77              "Sequence no %d has the following residues: %s",
  78              iAux, prMSeq->seq[iAux]);
  79         /* more info can be found in prMSeq->sqinfo[iAux] */
  80     }
  81
  82
  83     /* Align the sequences without a profile (NULL)
  84      */
  85     if (Align(prMSeq, NULL, & rAlnOpts)) {
  86         Fatal("A fatal error happended during the alignment process");
  87     }
  88
  89
  90     /* Output of final alignment to stdout (NULL) as aligned fasta/a2m
  91      */
  92     if (WriteAlignment(prMSeq, NULL, MSAFILE_A2M)) {
  93         Fatal("Could not save alignment");
  94     }
  95
  96     FreeMSeq(&prMSeq);
  97
  98     Info(LOGLEVEL_INFO, "Successfull program exit");
  99
 100     return EXIT_SUCCESS;
 101 }
 102 /***   end of main()   ***/