binaries/src/clustalo/src/squid/stockholm.h

   1 #ifndef STOCKHOLM_H_INCLUDED
   2 #define STOCKHOLM_H_INCLUDED
   3
   4 #include "gki.h"
   5
   6 typedef struct {
   7   int   *linetype;              /* e.g. STOCKHOLM_GF_LINE; always valid */
   8   int   *featurecode;           /* all markup codes: e.g. STOCKHOLM_GF_ID;
   9                                    nonmarkup: always set to STOCKHOLM_UNPARSED */
  10   char **featurename;           /* all unparsed markup codes: string, e.g. "ID";
  11                                    all other lines: NULL */
  12   int   *seqidx;                /* all GS, GR, GC, sequence lines: which sequence;
  13                                    other lines: 0 */
  14   int   *len;                   /* all GR, GC, sequence lines: length of text field;
  15                                    other lines: 0 */
  16   char **text;                  /* all unparsed nonblank lines: rest of data
  17                                    other lines: NULL */
  18   int    nseqalloc;             /* current nseqs allocated for in aseqs and ainfo */
  19   int    nlines;                /* number of lines in this skel */
  20   int    nlinealloc;            /* current # of lines allocated for in this skel */
  21   int    overall_line;          /* line # in file (important in files w/ >1 ali)*/
  22 } alifile_skeleton;
  23
  24 #define STOCKHOLM_GF_LINE      0
  25 #define STOCKHOLM_GS_LINE      1
  26 #define STOCKHOLM_GC_LINE      2
  27 #define STOCKHOLM_GR_LINE      3
  28 #define STOCKHOLM_SEQ_LINE     4
  29 #define STOCKHOLM_BLANK_LINE   5
  30 #define STOCKHOLM_COMMENT_LINE 6
  31
  32 #define STOCKHOLM_UNPARSED  0
  33 #define STOCKHOLM_GF_ID     1
  34 #define STOCKHOLM_GF_AC     2
  35 #define STOCKHOLM_GF_DE     3
  36 #define STOCKHOLM_GF_AU     4
  37 #define STOCKHOLM_GF_GA     5
  38 #define STOCKHOLM_GF_NC     6
  39 #define STOCKHOLM_GF_TC     7
  40 #define STOCKHOLM_GS_WT     100
  41 #define STOCKHOLM_GS_AC     101
  42 #define STOCKHOLM_GS_DE     102
  43 #define STOCKHOLM_GC_CS     200
  44 #define STOCKHOLM_GC_RF     201
  45 #define STOCKHOLM_GR_SS     300
  46 #define STOCKHOLM_GR_SA     301
  47
  48 #define SKEL_NSEQLUMP       10     /* allocate for new seqs in blocks of this size */
  49 #define SKEL_LUMPSIZE       100    /* allocate for new lines in skel in blocks of this size */
  50
  51 #endif /*STOCKHOLM_H_INCLUDED*/