binaries/src/clustalw/src/alignment/ObjectiveScore.h

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   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
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   6 /**
   7  * This ObjectiveScore class is used to provide an objective function to score
   8  * an alignment.
   9  * It is used with iteration to improve an alignment.
  10  */
  11
  12 #ifndef OBJECTIVESCORE_H
  13 #define OBJECTIVESCORE_H
  14 #include "../general/clustalw.h"
  15 #include "../substitutionMatrix/globalmatrix.h"
  16 namespace clustalw
  17 {
  18
  19 class Alignment;
  20 typedef struct
  21 {
  22     int first;
  23     int second;
  24 } Pair;
  25
  26 class ObjectiveScore
  27 {
  28     public:
  29         ObjectiveScore();
  30         long getScore(const Alignment* alnToScore);
  31     private:
  32
  33         float scoreLetters(int seq1, int seq2);
  34         float scoreGaps(int seq1, int seq2);
  35         void calcNormalisedSeqWeights(const vector<int>* seqWeight,
  36                                       vector<float>* normSeqWeight);
  37         long score;
  38         int matrix[NUMRES][NUMRES];
  39         const Alignment* alignToScore;
  40         long scale;
  41         int weightScale;
  42         int sagaGapEx, sagaGapOp;
  43         int gapPos1, gapPos2;
  44         static const int BOTHGAPS = 0;
  45         static const int NOGAPS = -1;
  46         static const int GAPINSEQB = 1;
  47         static const int GAPINSEQA = 2;
  48 };
  49
  50 }
  51 #endif