binaries/src/clustalw/src/alignment/Sequence.h

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 /**
   7  * This class contains the sequence information. It should also contain
   8  * the sequence name, and the encoded version.
   9  * A vector of Sequences is passed to the Alignment object to set it up.
  10  * CHANGES:
  11  * Mark 22-1-2007: Added a unique sequence identifier to help with correct output
  12  * order of sequences.
  13  */
  14
  15 #ifndef SEQUENCE_H
  16 #define SEQUENCE_H
  17
  18 #include <vector>
  19 #include <string>
  20 #include "../general/userparams.h"
  21 #include "../general/utils.h"
  22
  23 namespace clustalw
  24 {
  25
  26 class Sequence
  27 {
  28     public:
  29         /* Functions */
  30         Sequence(std::string& seq, std::string& name, std::string& title);
  31         Sequence(std::string& seq, std::string& name, std::string& title,
  32                  unsigned long id);
  33         Sequence(std::vector<int>* encodedSequence, std::string& name, std::string& title,
  34                  unsigned long id);
  35         void encodeSequence();
  36         void printSequence();
  37         std::vector<int>* getSequence();
  38         bool isEmpty();
  39         std::string getName();
  40         std::string getTitle();
  41         bool checkDNAFlag();
  42         unsigned long getIdentifier(){return identifier;}
  43         /* Attributes */
  44
  45     private:
  46         /* Functions */
  47         void checkIntegrity();
  48         void copyStringIntoVector(std::vector<char>* _vectorTo, std::string* _stringFrom);
  49
  50         /* Attributes */
  51         std::vector<char> _sequence;
  52         std::vector<int> _encodedSequence;
  53         std::string _name;
  54         std::string _title;
  55         unsigned long identifier;
  56 };
  57
  58 }
  59 #endif