binaries/src/clustalw/src/fileInput/ClustalFileParser.h

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 #ifndef CLUSTALFILEPARSER_H
   7 #define CLUSTALFILEPARSER_H
   8
   9 #include <string>
  10 #include "FileParser.h"
  11
  12 namespace clustalw
  13 {
  14
  15 class ClustalFileParser : public FileParser
  16 {
  17     public:
  18         /* Functions */
  19         ClustalFileParser(string filePath);
  20         ~ClustalFileParser();
  21         virtual Sequence getSeq(int seqNum, string *offendingSeq=NULL);
  22         virtual vector<Sequence> getSeqRange(int firstSeq, int num, string *offendingSeq=NULL);
  23         virtual int countSeqs();
  24         virtual void getSecStructure(vector<char>& gapPenaltyMask,
  25                 vector<char>& secStructMask,
  26                string& secStructName, int &structPenalties, int length);
  27
  28         /* Attributes */
  29
  30     private:
  31         /* Functions */
  32         bool clustalBlankline(char* line); // Only used in this class!
  33         string fileName;
  34         /* Attributes */
  35
  36 };
  37
  38 }
  39 #endif