binaries/src/clustalw/src/fileInput/FileParser.cpp

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 /**
   7  * 10-02-07,Nigel Brown(EMBL): Removed delimiter and findDelimiter()
   8  * members, as functionality now handled by the stream class.
   9  */
  10
  11 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  12     #include "config.h"
  13 #endif
  14 #include "FileParser.h"
  15 const char LF = 0x0a;  //linefeed
  16 const char CR = 0x0d;  //carriage return
  17
  18
  19
  20
  21
  22 namespace clustalw
  23 {
  24 FileParser::FileParser()
  25 {
  26     parseExitCode = OK;
  27 }
  28
  29 FileParser::~FileParser()
  30 {
  31     // Dont do anything!!!!
  32 }
  33
  34
  35 void FileParser::fillCharTab(void)
  36 {
  37     register int i;
  38     register char c;
  39
  40     for (i = 0; i < 128; chartab[i++] = 0)
  41         ;
  42     for (i = 0; i <= userParameters->getMaxAA() + 1; i++)
  43     {
  44         c = userParameters->getAminoAcidCode(i);
  45         chartab[(int)c] = chartab[tolower(c)] = c;
  46     }
  47 }
  48
  49 void FileParser::freeFileResources(InFileStream* filePtr)
  50 {
  51     if(filePtr != 0)
  52     {
  53         filePtr->close();
  54         delete filePtr;
  55         filePtr = 0;
  56     }
  57 }
  58
  59
  60 char FileParser::getDelimiter(string filename)
  61 {
  62     ifstream in;
  63     int type = 0;
  64     char delim;
  65
  66     in.open(filename.c_str(), ios::in);
  67     in.seekg(0, ios::beg);
  68
  69     //look for CR or LF or CRLF (or LFCR)
  70     if (in.is_open()) {
  71         char c;
  72         while (in.get(c)) {
  73             if (c == CR)
  74                 type |= 1;
  75             else if (c == LF)
  76                 type |= 2;
  77             else if (type)
  78                 break;
  79         }
  80     }
  81     in.close();
  82
  83     switch (type) {
  84         case 1:
  85             //cout << "file is Mac System 9" << endl;
  86             delim = '\r';
  87             break;
  88         case 2:
  89             //cout << "file is UNIX" << endl;
  90             delim = '\n';
  91             break;
  92         case 3:
  93             //cout << "file is DOS" << endl;
  94             delim = '\n';
  95             break;
  96         default: //short or empty file
  97             //cout << "file is UNIX (default)" << endl;
  98             delim = '\n';
  99     }
 100     return delim;
 101 }
 102
 103 }