binaries/src/clustalw/src/fileInput/MSFFileParser.h

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 #ifndef MSFFILEPARSER_H
   7 #define MSFFILEPARSER_H
   8
   9 #include <string>
  10 #include "FileParser.h"
  11
  12 namespace clustalw
  13 {
  14
  15 class MSFFileParser : public FileParser
  16 {
  17     public:
  18         /* Functions */
  19         MSFFileParser(string filePath);
  20         virtual Sequence getSeq(int seqNum, string *offendingSeq=NULL);
  21         virtual vector<Sequence> getSeqRange(int firstSeq, int num, string *offendingSeq=NULL);
  22         virtual int countSeqs();
  23         virtual void getSecStructure(vector<char>& gapPenaltyMask,
  24                                      vector<char>& secStructMask, string& secStructName,
  25                                      int &structPenalties, int length);
  26
  27         /* Attributes */
  28
  29     private:
  30         /* Functions */
  31
  32         /* Attributes */
  33         string fileName;
  34 };
  35
  36 }
  37 #endif
  38
  39