binaries/src/clustalw/src/general/OutputFile.cpp

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 #ifdef HAVE_CONFIG_H
   7     #include "config.h"
   8 #endif
   9 #include "OutputFile.h"
  10 #include "utils.h"
  11 #include "userparams.h"
  12
  13 namespace clustalw
  14 {
  15
  16 OutputFile::OutputFile()
  17 {
  18
  19 }
  20
  21 OutputFile::~OutputFile()
  22 {
  23     // If it is open, close it and say that a file has been created!!!!!
  24     if(file.get())
  25     {
  26         file->close();
  27         utilityObject->info("%s file created:   [%s]\n", typeOfFileMsg.c_str(),
  28                                 name.c_str());
  29     }
  30 }
  31
  32 bool OutputFile::openFile(std::string* fileName, const std::string msg, const std::string* path,
  33                       const std::string ext, const std::string fileType)
  34 {
  35     if (fileName->empty())
  36     {
  37         *fileName = getOutputFileName(msg, *path, ext);
  38
  39         if(fileName->empty())
  40         {
  41             return false;
  42         }
  43     }
  44
  45     file.reset(new std::ofstream(fileName->c_str(), std::ofstream::trunc));
  46
  47     if(!file->is_open())
  48     {
  49         utilityObject->error("Cannot open output file [%s]\n", fileName->c_str());
  50         return false;
  51     }
  52     name = *fileName;
  53     typeOfFileMsg = fileType;
  54
  55     return true;
  56 }
  57
  58 bool OutputFile::isOpen()
  59 {
  60     return file->is_open();
  61 }
  62
  63 std::ofstream* OutputFile::getPtrToFile()
  64 {
  65     return file.get();
  66 }
  67
  68 std::string OutputFile::getOutputFileName(const std::string prompt, std::string path,
  69                                           const std::string fileExtension)
  70 {
  71     std::string temp;
  72     std::string _fileName; // Will return this name.
  73     std::string message;
  74     _fileName = path + fileExtension;
  75
  76     if(_fileName.compare(userParameters->getSeqName()) == 0)
  77     {
  78         cerr << "WARNING: Output file name is the same as input file.\n";
  79         if (userParameters->getMenuFlag())
  80         {
  81             message = "\n\nEnter new name to avoid overwriting  [" + _fileName + "]: ";
  82             utilityObject->getStr(message, temp);
  83             if(temp != "")
  84             {
  85                 _fileName = temp;
  86             }
  87         }
  88     }
  89     else if (userParameters->getMenuFlag())
  90     {
  91
  92         message = prompt + " [" + _fileName + "]";
  93         utilityObject->getStr(message, temp);
  94         if(temp != "")
  95         {
  96             _fileName = temp;
  97         }
  98     }
  99     return _fileName;
 100
 101 }
 102
 103 }
 104
 105