binaries/src/clustalw/src/general/SquareMat.h

   1
   2 /**
   3  * Author: Mark Larkin
   4  *
   5  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   6  */
   7 #include<iostream>
   8 #include <vector>
   9 #include <iomanip>
  10 namespace clustalw
  11 {
  12 using namespace std;
  13
  14 template <class T>
  15 class SquareMat
  16 {
  17 public:
  18    SquareMat():m_dimRow(0), m_dimCol(0){;}
  19    SquareMat(int size)
  20    {
  21        m_dimRow = size;
  22        m_dimCol = size;
  23        for (int i=0; i < size; i++)
  24        {
  25            vector<T> x(size);
  26            int y = x.size();
  27            m_2DVector.push_back(x);
  28        }
  29    }
  30    void SetAt(int nRow, int nCol, const T& value)
  31    {
  32        m_2DVector[nRow][nCol] = value;
  33    }
  34    T GetAt(int nRow, int nCol)
  35    {
  36        return m_2DVector[nRow][nCol];
  37    }
  38    void GrowRow(int newSize)
  39    {
  40        if (newSize <= m_dimRow)
  41            return;
  42        m_dimRow = newSize;
  43        for(int i = 0 ; i < newSize - m_dimCol; i++)
  44        {
  45            vector<T> x(m_dimRow);
  46            m_2DVector.push_back(x);
  47        }
  48    }
  49    void GrowCol(int newSize)
  50    {
  51        if(newSize <= m_dimCol)
  52            return;
  53        m_dimCol = newSize;
  54        for (int i=0; i <m_dimRow; i++)
  55            m_2DVector[i].resize(newSize);
  56    }
  57
  58    void ResizeRect(int size)
  59    {
  60        GrowRow(size);
  61        GrowCol(size);
  62    }
  63
  64    int getSize()
  65    {
  66        return m_dimRow;
  67    }
  68
  69    void clearArray()
  70    {
  71        int size = m_2DVector.size();
  72        for(int i = 0; i < size; i++)
  73        {
  74            m_2DVector[i].clear();
  75        }
  76        m_2DVector.clear();
  77        m_dimRow = 0;
  78        m_dimCol = 0;
  79
  80    }
  81
  82    void printArray()
  83    {
  84        for(int row=0; row < m_dimRow; row++)
  85        {
  86            for(int col=0; col < m_dimCol; col++)
  87            {
  88                cout << setprecision(20) << " "<< m_2DVector[row][col];
  89            }
  90            cout<<"\n";
  91        }
  92    }
  93
  94    vector<T>& operator[](int x)
  95    {
  96        return m_2DVector[x];
  97    }
  98
  99 private:
 100    vector< vector <T> > m_2DVector;
 101    unsigned int m_dimRow;
 102    unsigned int m_dimCol;
 103 };
 104
 105 }
 106