binaries/src/clustalw/src/main.cpp

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 #ifdef HAVE_CONFIG_H
   7     #include "config.h"
   8 #endif
   9 #include <iostream>
  10 #include "alignment/Alignment.h"
  11 #include "alignment/Sequence.h"
  12 #include "general/clustalw.h"
  13 #include "general/UserParameters.h"
  14 #include "substitutionMatrix/SubMatrix.h"
  15 #include "general/Utility.h"
  16 #include "fileInput/FileReader.h"
  17 #include "interface/InteractiveMenu.h"
  18 #include "interface/CommandLineParser.h"
  19 #include "general/DebugLog.h"
  20 #include "general/ClustalWResources.h"
  21 #include "general/Stats.h"
  22 #include <ctime>
  23 namespace clustalw
  24 {
  25     UserParameters* userParameters;
  26     Utility* utilityObject;
  27     SubMatrix *subMatrix;
  28     DebugLog* logObject;
  29     Stats* statsObject;
  30 }
  31 using namespace std;
  32 using namespace clustalw;
  33
  34 int main(int argc, char **argv)
  35 {
  36     userParameters = new UserParameters(false);
  37     utilityObject = new Utility();
  38     subMatrix = new SubMatrix();
  39     statsObject = new Stats();
  40     ClustalWResources *resources = ClustalWResources::Instance();
  41     resources->setPathToExecutable(string(argv[0]));
  42     userParameters->setDisplayInfo(true);
  43
  44
  45
  46     //userParameters->setDebug(5);
  47     #if DEBUGFULL
  48         if(DEBUGLOG)
  49         {
  50             cout << "debugging is on\n\n\n";
  51             logObject = new DebugLog("logfile.txt");
  52             logObject->logMsg("Loggin is on!");
  53         }
  54     #endif
  55
  56     if (argc > 1)
  57     {
  58         //time_t start, end;
  59         //double dif;
  60         //start = time (NULL);
  61         //userParameters->setDisplayInfo(false);
  62         vector<string> args;
  63         for (int i = 1; i < argc; ++i)
  64         {
  65             args.push_back(argv[i]);
  66         }
  67         CommandLineParser cmdLineParser(&args, false);
  68
  69         if (statsObject->isEnabled())
  70             statsObject->logCmdLine(argc,argv);
  71
  72         //end = time (NULL);
  73         //dif = difftime(end, start);
  74         //cout << "It took " << dif << " seconds\n";
  75     }
  76     if (argc<=1 || userParameters->getInteractive())
  77     {
  78         // FIXME: additional parameters like infile are ignored!
  79         InteractiveMenu menu;
  80         userParameters->setMenuFlag(true);
  81         userParameters->setInteractive(true);
  82         menu.mainMenu();
  83     }
  84     delete userParameters;
  85     delete utilityObject;
  86     delete subMatrix;
  87
  88     if(logObject)
  89     {
  90         delete logObject;
  91     }
  92     return 0;
  93 }
  94