binaries/src/clustalw/src/multipleAlign/Iteration.h

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 #ifndef ITERATION_H
   7 #define ITERATION_H
   8 #include "../alignment/Alignment.h"
   9 #include "../general/clustalw.h"
  10
  11 namespace clustalw
  12 {
  13
  14 class Iteration
  15 {
  16     public:
  17         //Iteration();
  18         bool iterationOnTreeNode(int numSeqsProf1, int numSeqsProf2, int& prfLength1,
  19                                     int& prfLength2, SeqArray* seqArray);
  20         bool removeFirstIterate(Alignment* alnPtr);
  21     private:
  22         void printSeqArray(SeqArray* arrayToPrint);
  23 };
  24
  25 }
  26
  27 #endif
  28