binaries/src/clustalw/src/multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.h

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 #ifndef MYERSMILLERPROFILEALIGN_H
   7 #define MYERSMILLERPROFILEALIGN_H
   8
   9 #include <vector>
  10 #include "ProfileAlignAlgorithm.h"
  11 #include "ProfileStandard.h"
  12 #include "ProfileWithSub.h"
  13 namespace clustalw
  14 {
  15
  16 class MyersMillerProfileAlign : public ProfileAlignAlgorithm
  17 {
  18     public:
  19   virtual ~MyersMillerProfileAlign(){};
  20
  21     /* Functions */
  22         MyersMillerProfileAlign();
  23         virtual int profileAlign(Alignment* alnPtr, DistMatrix* distMat,
  24                                  vector<int>* group, int* aligned);
  25     /* Attributes */
  26
  27     private:
  28     /* Functions */
  29         void addGGaps(Alignment* alnPtr, SeqArray* seqArray);
  30         void addGGapsMask(vector<char>* mask,int len, vector<int>* path1, vector<int>* path2);
  31         int prfScore(int n, int m);
  32         int progTracepath();
  33         void progDel(int k);
  34         void progAdd(int k);
  35         void progAlign();
  36         int progDiff(int A, int B, int M, int N, int go1, int go2);
  37         int openPenalty1(int i, int j);
  38         int extPenalty1(int i, int j);
  39         int gapPenalty1(int i, int j, int k);
  40         int openPenalty2(int i, int j);
  41         int extPenalty2(int i, int j);
  42         int gapPenalty2(int i, int j, int k);
  43     /* Attributes */
  44         ProfileWithSub* profileWithSub;
  45         ProfileStandard* profileStandard;
  46         int gapcoef1;
  47         int gapcoef2;
  48         int lencoef1;
  49         int lencoef2;
  50         vector<int> displ;
  51         vector<int> gS;
  52         vector<int> HH;
  53         vector<int> DD;
  54         vector<int> RR;
  55         vector<int> SS;
  56         vector<int> alnPath1;
  57         vector<int> alnPath2;
  58         int printPtr;
  59         int lastPrint;
  60         int matrix[32][32];
  61         vector<int> gaps;
  62         bool switchProfiles;
  63         const SeqArray* profile1;
  64         const SeqArray* profile2;
  65         int _gapPos1, _gapPos2;
  66         int alignmentLength;
  67 };
  68
  69 }
  70 #endif