binaries/src/clustalw/src/multipleAlign/ProfileAlignAlgorithm.h

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 #ifndef PROFILEALIGNALGORITHM_H
   7 #define PROFILEALIGNALGORITHM_H
   8
   9 #include <vector>
  10 #include "../alignment/Alignment.h"
  11 namespace clustalw
  12 {
  13
  14 class ProfileAlignAlgorithm
  15 {
  16     public:
  17   virtual ~ProfileAlignAlgorithm(){};
  18
  19     /* Functions */
  20     virtual int profileAlign(Alignment* alnPtr, DistMatrix* distMat, vector<int>* group,
  21                              int* aligned) = 0;
  22     /* Attributes */
  23
  24     protected:
  25     /* Attributes */
  26         int prfLength1;
  27         int prfLength2;
  28         SeqArray seqArray;
  29         vector<int> alnWeight;
  30         int nseqs1;
  31         int nseqs2;
  32     private:
  33     /* Functions */
  34
  35     /* Attributes */
  36
  37 };
  38
  39 }
  40 #endif