binaries/src/clustalw/src/multipleAlign/ProfileBase.h

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 /**
   7  * The reason why we have 2 different types of profiles is because one of them
   8  * (ProfileWithSub) has the substitution matrix information already in it. This
   9  * increases the performance when aligning 2 profile columns.
  10  */
  11 #ifndef PROFILEBASE_H
  12 #define PROFILEBASE_H
  13
  14 #include "../alignment/Alignment.h"
  15
  16 namespace clustalw
  17 {
  18
  19 class ProfileBase
  20 {
  21     public:
  22         /* Functions */
  23         ProfileBase(int prfLen, int firstS, int lastS);
  24         void calcGapCoeff(SeqArray* seqArray, vector<int>* gaps,  bool useStructPenalties,
  25                           vector<char>* gapPenaltyMask, int gapCoef, int lenCoef);
  26         const SeqArray* getProfilePtr(){return &profile;};
  27         void resetProfile(){for(int i = 0; i < (int)profile.size();i++)
  28                             {
  29                                 profile[i].clear();
  30                             }
  31                             profile.clear();
  32                             };
  33         /* Attributes */
  34
  35     protected:
  36         /* Functions */
  37         void calcVPenalties(SeqArray* aln, vector<int>* weight);
  38         void calcResidueSpecificPen(SeqArray* aln, vector<int>* weight);
  39         void calcHydrophilicPen(SeqArray* aln, vector<int>* weight);
  40         int localPenalty(int penalty, int n, vector<int>* resWeight, vector<int>* hydWeight,
  41                          vector<int>* vWeight);
  42         float percentId(vector<int>* s1, vector<int>* s2);
  43
  44         /* Attributes */
  45         vector<vector<int> > profile;
  46
  47         /* number of residues used for a window for the variable zone
  48            penalties */
  49         int vwindow;
  50         /* vll is the lower limit for the variable zone penalties
  51            (vll < pen < 1.0) */
  52         int vll;
  53
  54         /* "Pascarella and Argos" residue specific gap modification
  55            factors. See Table 1 in the ClustalW 1994 NAR paper
  56            http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7984417
  57         */
  58         string pascarellaRes;
  59         vector<int> pascarellaProb;
  60
  61         vector<vector<int> > vlut;
  62         static const int numLetters = 26;
  63         float reducedGap;
  64         bool nVarPen;
  65         bool nHydPen;
  66         bool nPrefPen;
  67         int gdist;
  68         int prfLength;
  69         int firstSeq, lastSeq;
  70     private:
  71         /* Functions */
  72
  73         /* Attributes */
  74
  75 };
  76
  77 }
  78 #endif