binaries/src/clustalw/src/multipleAlign/ProfileStandard.h

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 #ifndef PROFILESTANDARD_H
   7 #define PROFILESTANDARD_H
   8
   9 #include "../alignment/Alignment.h"
  10 #include "ProfileBase.h"
  11
  12 namespace clustalw
  13 {
  14
  15 class ProfileStandard : public ProfileBase
  16 {
  17     public:
  18         /* Functions */
  19         ProfileStandard(int prfLen, int firstS, int lastS);
  20         void resetPrf2();
  21         void calcStandardProfile(SeqArray* alignment, vector<int>* seqWeight);
  22
  23         /* Attributes */
  24
  25     private:
  26         /* Functions */
  27
  28         /* Attributes */
  29 };
  30
  31 }
  32 #endif