binaries/src/clustalw/src/multipleAlign/ProfileWithSub.h

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 #ifndef PROFILEWITHSUB_H
   7 #define PROFILEWITHSUB_H
   8
   9 #include "../alignment/Alignment.h"
  10 #include "ProfileBase.h"
  11
  12 namespace clustalw
  13 {
  14
  15 class ProfileWithSub : public ProfileBase
  16 {
  17     public:
  18         /* Functions */
  19         ProfileWithSub(int prfLen, int firstS, int lastS);
  20         void resetPrf1();
  21         void calcProfileWithSub(SeqArray* seqArray, vector<int>* gaps,
  22                                 int matrix[NUMRES][NUMRES], vector<int>* seqWeight);
  23
  24         /* Attributes */
  25
  26     private:
  27         /* Functions */
  28
  29         /* Attributes */
  30 };
  31
  32 }
  33
  34 #endif