binaries/src/clustalw/src/pairwise/FastPairwiseAlign.h

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 #ifndef FASTPAIRWISEALIGN_H
   7 #define FASTPAIRWISEALIGN_H
   8
   9 #include "PairwiseAlignBase.h"
  10
  11 namespace clustalw
  12 {
  13
  14 class FastPairwiseAlign : public PairwiseAlignBase
  15 {
  16     public:
  17         /* Functions */
  18         FastPairwiseAlign();
  19         virtual ~FastPairwiseAlign(){};
  20
  21         virtual void pairwiseAlign(Alignment *alignPtr, DistMatrix *distMat, int iStart,
  22                                    int iEnd, int jStart, int jEnd);
  23         /* Attributes */
  24
  25     private:
  26         /* Functions */
  27         void pairAlign(const vector<int>* seq, int l1, int l2);
  28         void makePPtrs(vector<int>& tptr, vector<int>& pl, const vector<int>* seq,
  29                        int length);
  30         void makeNPtrs(vector<int>& tptr, vector<int>& pl, const vector<int>* seq,
  31                        int length);
  32         void putFrag(int fs, int v1, int v2, int flen);
  33         int fragRelPos(int a1, int b1, int a2, int b2);
  34         void desQuickSort(vector<int>& array1, vector<int>& array2, int arraySize);
  35
  36         /* Attributes */
  37
  38         vector<int> displ;
  39         vector<int> zza;
  40         vector<int> zzb;
  41         vector<int> zzc;
  42         vector<int> zzd;
  43         int next;
  44         int currFrag;
  45         int maxSoFar;
  46         int vatend;
  47
  48         Array2D<int> accum;
  49         vector<int> diagIndex;
  50         vector<int> slopes;
  51         int _maxAlnLength;
  52 };
  53 }
  54 #endif