binaries/src/clustalw/src/pairwise/FullPairwiseAlign.h

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 #ifndef FULLPAIRWISEALIGN_H
   7 #define FULLPAIRWISEALIGN_H
   8
   9 #include "PairwiseAlignBase.h"
  10
  11 namespace clustalw
  12 {
  13
  14 class FullPairwiseAlign : public PairwiseAlignBase
  15 {
  16     public:
  17         /* Functions */
  18         FullPairwiseAlign();
  19         virtual ~FullPairwiseAlign(){};
  20
  21         virtual void pairwiseAlign(Alignment *alignPtr, DistMatrix *distMat, int iStart,
  22                                    int iEnd, int jStart, int jEnd);
  23         /* Attributes */
  24
  25     private:
  26         /* Functions */
  27         void add(int v);
  28         int calcScore(int iat, int jat, int v1, int v2);
  29         float tracePath(int tsb1, int tsb2);
  30         void forwardPass(const vector<int>* seq1, const vector<int>* seq2, int n, int m);
  31         void reversePass(const vector<int>* ia, const vector<int>* ib);
  32         int diff(int A, int B, int M, int N, int tb, int te);
  33         void del(int k);
  34         int gap(int k);
  35         int tbgap(int k, int tb);
  36         int tegap(int k, int te);
  37         /* Attributes */
  38         // I have constant pointers to the data. This allows for the fastest access.
  39         const vector<int>* _ptrToSeq1;
  40         const vector<int>* _ptrToSeq2;
  41         int _maxAlnLength;
  42         int intScale;
  43         float mmScore;
  44         int printPtr;
  45         int lastPrint;
  46         vector<int> displ;
  47         vector<int> HH;
  48         vector<int> DD;
  49         vector<int> RR;
  50         vector<int> SS;
  51
  52         int _gapOpen; // scaled to be an integer, this is not a mistake
  53         int _gapExtend; // scaled to be an integer, not a mistake
  54         int seq1;
  55         int seq2;
  56         int matrix[NUMRES][NUMRES];
  57         int maxScore;
  58         int sb1;
  59         int sb2;
  60         int se1;
  61         int se2;
  62
  63 };
  64
  65 }
  66 #endif