binaries/src/clustalw/src/tree/AlignmentSteps.cpp

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 #ifdef HAVE_CONFIG_H
   7     #include "config.h"
   8 #endif
   9 #include "AlignmentSteps.h"
  10
  11 namespace clustalw
  12 {
  13
  14 void AlignmentSteps::saveSet(int n, int *groups)
  15 {
  16     vector<int> tempVec;
  17     tempVec.resize(n + 1);
  18     tempVec[0] = 0;
  19     for(int i = 1; i < n + 1; i++)
  20     {
  21         tempVec[i] = groups[i - 1];
  22     }
  23     steps.push_back(tempVec);
  24     numSteps++;
  25 }
  26
  27 void AlignmentSteps::saveSet(vector<int>* groups)
  28 {
  29     steps.push_back(*groups);
  30     numSteps++;
  31 }
  32
  33 int AlignmentSteps::getNumSteps()
  34 {
  35     return numSteps;
  36 }
  37
  38 void AlignmentSteps::printAlignSteps()
  39 {
  40     int rows = steps.size();
  41     for(int i = 1; i < rows; i++)
  42     {
  43         for(int j = 1; j < (int)steps[i].size(); j++)
  44         {
  45             cout << " " << steps[i][j];
  46         }
  47         cout << "\n";
  48     }
  49     cout << "\n\n";
  50 }
  51
  52 void AlignmentSteps::clear()
  53 {
  54     int size = steps.size();
  55     for(int i = 0; i < size; i++)
  56     {
  57         steps[i].clear();
  58     }
  59     steps.clear();
  60     steps.push_back(vector<int>());
  61     numSteps = 0;
  62 }
  63
  64 }