binaries/src/clustalw/src/tree/RandomGenerator.cpp

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 #ifdef HAVE_CONFIG_H
   7     #include "config.h"
   8 #endif
   9 #include "RandomGenerator.h"
  10
  11 namespace clustalw
  12 {
  13
  14 /**
  15  * The contructor initialises the random algorithm.
  16  * @param s
  17  * @return
  18  */
  19 RandomGenerator::RandomGenerator(unsigned long s)
  20  : m(100000000), m1(10000)
  21 {
  22     a[0] = s;
  23     j = 0;
  24     do
  25     {
  26         ++j;
  27         a[j] = (mult(31, a[j - 1]) + 1) % m;
  28     }
  29     while (j < 54);
  30 }
  31
  32 /**
  33  * additive congruential method.
  34  * @param r
  35  * @return unsigned long random number in the range 0 to r-1
  36  */
  37 unsigned long RandomGenerator::addRand(unsigned long r)
  38 {
  39     int x, y;
  40     j = (j + 1) % 55;
  41     x = (j + 23) % 55;
  42     y = (j + 54) % 55;
  43     a[j] = (a[x] + a[y]) % m;
  44
  45     return (((a[j] / m1) *r) / m1);
  46 }
  47
  48 /**
  49  *
  50  * @param p
  51  * @param q
  52  * @return
  53  */
  54 unsigned long RandomGenerator::mult(unsigned long p, unsigned long q)
  55 {
  56     unsigned long p1, p0, q1, q0;
  57
  58     p1 = p / m1;
  59     p0 = p % m1;
  60     q1 = q / m1;
  61     q0 = q % m1;
  62     return ((((p0 *q1 + p1 * q0) % m1) *m1 + p0 * q0) % m);
  63 }
  64
  65 }