binaries/src/clustalw/src/tree/UPGMA/Node.h

   1 #ifndef _NODE_H
   2 #define _NODE_H
   3 #include <limits>
   4 #include <vector>
   5 #include <string>
   6 #include "upgmadata.h"
   7 namespace clustalw
   8 {
   9
  10 using namespace std;
  11
  12 class Node
  13 {
  14     public:
  15
  16         Node(int seqNum, double *aptrToDistMatRow, int numDists);
  17         double getDist(int index){return ptrToDistMatRow[index];}
  18         void setDist(int index, double dist){ptrToDistMatRow[index] = dist;}
  19         double* getPtrToDistMatRow(){return ptrToDistMatRow;}
  20         void setDistMatRowToNull(){ptrToDistMatRow = 0;}
  21         int getNumDists(){return numDists;}
  22         double getMinDist(){return minDist;}
  23         int getIndexToMinDist(){return indexToMinDist;}
  24         void setMinDist(int index, double d){indexToMinDist = index; minDist = d;}
  25         int getOrder(){return order;}
  26         void setOrder(int o){order = o;}
  27         int getSeqNum(){return seqNum;}
  28         void setSeqNum(int sNum){seqNum = sNum;}
  29         void printNodeInfo();
  30         void printDistMatRow();
  31         void printMinDist();
  32         string elementsToString();
  33         Node* getLeft(){return left;}
  34         Node* getRight(){return right;}
  35         void setLeft(Node* l){left = l;}
  36         void setRight(Node* r){right = r;}
  37         double getHeight(){return height;}
  38         void setHeight(double h){height = h;}
  39         vector<int>* getPtrToElements(){return &allElements;}
  40         int getFirstElement(){return allElements[0];}
  41         void clearElements(){allElements.clear();}
  42         int getFirstElem(){return allElements[0];}
  43         bool isLeafNode()
  44         {
  45             if(left == 0 && right == 0)
  46             {
  47                 return true;
  48             }
  49             else
  50             {
  51                 return false;
  52             }
  53         }
  54
  55         void merge(Node **rightNode, double _height);
  56         void findMinDist();
  57         void printElements();
  58         void makeEmpty();
  59         void makeEmpty(Node* t);
  60         /* Attributes */
  61         Node *next; // For linked list of nodes
  62         Node *left, *right;
  63         int size;
  64         int seqNum;
  65         double height;
  66         vector<int> allElements; // THis is for the groups!!!
  67         double *ptrToDistMatRow;
  68         double minDist; // minimal distance
  69         int indexToMinDist; // index of minimal distance
  70         int numDists;
  71         int order;
  72 };
  73
  74 }
  75
  76 #endif