binaries/src/fasta34/Makefile.fcom

   1
   2 #================ common .o files
   3
   4 doinit.o : doinit.c defs.h param.h upam.h structs.h uascii.h
   5         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c doinit.c
   6
   7 init_sw.o : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
   8         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DSSEARCH initfa.c -o init_sw.o
   9
  10 init_ssw.o : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  11         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DOSEARCH initfa.c -o init_ssw.o
  12
  13 init_rss.o : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  14         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DPRSS initfa.c -o init_rss.o
  15
  16 init_rfx.o : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  17         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DPRSS -DFASTX initfa.c -o init_rfx.o
  18
  19 init_fa.o : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  20         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTA initfa.c -o init_fa.o
  21
  22 init_ff.o : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  23         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF initfa.c -o init_ff.o
  24
  25 init_tf.o : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  26         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF -DTFAST initfa.c -o init_tf.o
  27
  28 init_fs.o : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  29         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTS initfa.c -o init_fs.o
  30
  31 init_fm.o : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  32         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTM initfa.c -o init_fm.o
  33
  34 init_tfs.o : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  35         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTS -DTFAST  initfa.c -o init_tfs.o
  36
  37 init_tfm.o : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  38         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTM -DTFAST  initfa.c -o init_tfm.o
  39
  40 init_tfa.o : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  41         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTA -DTFAST initfa.c -o init_tfa.o
  42
  43 init_fx.o : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  44         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTX initfa.c -o init_fx.o
  45
  46 init_tfx.o : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  47         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTX -DTFAST initfa.c -o init_tfx.o
  48
  49 init_fy.o : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  50         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTY initfa.c -o init_fy.o
  51
  52 init_tfy.o : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  53         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTY -DTFAST initfa.c -o init_tfy.o
  54
  55 #================ miscellaneous
  56
  57 htime.o : htime.c
  58         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c htime.c
  59
  60 compacc.o : compacc.c upam.h uascii.h param.h structs.h $(MWH) defs.h
  61         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c compacc.c
  62
  63 pssm_asn_subs.o : pssm_asn_subs.c defs.h
  64         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c pssm_asn_subs.c
  65
  66 #================ display list of best hits / alignments
  67
  68 showbest.o : $(SHOWBESTC) $(MWH) defs.h param.h structs.h  aln_structs.h drop_func.h
  69         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c $(SHOWBESTC) -o showbest.o
  70
  71 showrss.o : showrss.c $(MWH) defs.h param.h structs.h  aln_structs.h drop_func.h
  72         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c showrss.c
  73
  74 showun.o : mshowbest.c $(MWH) defs.h aln_structs.h drop_func.h
  75         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DSHOWUN mshowbest.c -o showun.o
  76
  77 showrel.o : $(SHOWBESTC) $(MWH) defs.h aln_structs.h drop_func.h
  78         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DSHOWREL $(SHOWBESTC) -o showrel.o
  79
  80 showsum.o : showsum.c $(MWH) defs.h drop_func.h
  81         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c showsum.c
  82
  83 $(SHOWALIGN).o : $(SHOWALIGN).c $(MWHP) defs.h structs.h param.h aln_structs.h drop_func.h
  84         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c $(SHOWALIGN).c -o $(SHOWALIGN).o
  85
  86 $(SHOWALIGN)_u.o : $(SHOWALIGN).c $(MWHP) defs.h structs.h param.h aln_structs.h drop_func.h
  87         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -DSHOWUN -c -o $(SHOWALIGN)_u.o $(SHOWALIGN).c
  88 re_getlib.o : re_getlib.c mw.h mm_file.h
  89         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c re_getlib.c
  90
  91 lib_sel.o : lib_sel.c defs.h structs.h
  92         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c lib_sel.c
  93
  94 c_dispn.o : c_dispn.c defs.h structs.h param.h
  95         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c c_dispn.c
  96
  97 #================ statistical functions
  98
  99 karlin.o : karlin.c param.h
 100         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c karlin.c
 101
 102 scaleswn.o : scaleswn.c defs.h param.h structs.h $(MWH) alt_parms.h
 103         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c scaleswn.c
 104
 105 scaleswtf.o : scaleswt.c defs.h param.h structs.h $(MWH) alt_parms.h
 106         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -DFASTF -c scaleswt.c -o scaleswtf.o
 107
 108 scaleswts.o : scaleswt.c defs.h param.h structs.h $(MWH) alt_parms.h
 109         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c scaleswt.c -o scaleswts.o
 110
 111 tatstats_fs.o : tatstats.c tatstats.h
 112         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTS tatstats.c -o tatstats_fs.o
 113
 114 tatstats_ff.o : tatstats.c tatstats.h
 115         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF tatstats.c -o tatstats_ff.o
 116
 117 tatstats_fm.o : tatstats.c tatstats.h
 118         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTM tatstats.c -o tatstats_fm.o
 119
 120 last_tat.o : last_tat.c defs.h mm_file.h structs.h param.h
 121         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c last_tat.c
 122
 123 #================ drop functions - actual scores/alignments
 124
 125 drop_nfa.o : dropnfa.c dropnfa.h param.h defs.h drop_func.h
 126         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c dropnfa.c -o drop_nfa.o
 127
 128 # drop_ff, _fs, _fm must define FASTF, FASTS, and FASTM to ensure
 129 # that tatstats.h is built appropriately
 130
 131 drop_ff.o : dropff2.c param.h defs.h tatstats.h drop_func.h
 132         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -DFASTF -c dropff2.c -o drop_ff.o
 133
 134 drop_tff.o : dropff2.c param.h defs.h tatstats.h drop_func.h
 135         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -DFASTF -DTFAST -c dropff2.c -o drop_tff.o
 136
 137 drop_ff2.o : dropff2.c param.h defs.h tatstats.h drop_func.h
 138         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF  dropff2.c -o drop_ff2.o
 139
 140 drop_tff2.o : dropff2.c param.h defs.h tatstats.h drop_func.h
 141         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF -DTFAST dropff2.c -o drop_tff.o
 142
 143 drop_fs.o : dropfs2.c param.h defs.h tatstats.h drop_func.h
 144         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -DFASTS -c dropfs2.c -o drop_fs.o
 145
 146 drop_tfs.o : dropfs2.c param.h defs.h drop_func.h
 147         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DTFAST -DFASTS dropfs2.c -o drop_tfs.o
 148
 149 drop_fm.o : dropfs2.c param.h defs.h drop_func.h
 150         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTM dropfs2.c -o drop_fm.o
 151
 152 drop_tfm.o : dropfs2.c param.h defs.h drop_func.h
 153         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DTFAST -DFASTM dropfs2.c -o drop_tfm.o
 154
 155 drop_tfa.o : dropnfa.c dropnfa.h upam.h param.h defs.h
 156         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DTFASTA dropnfa.c -o drop_tfa.o
 157
 158 drop_fx.o : dropfx.c upam.h param.h defs.h drop_func.h
 159         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c dropfx.c -o drop_fx.o
 160
 161 drop_tfx.o : dropfx.c upam.h param.h defs.h drop_func.h
 162         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DTFAST dropfx.c -o drop_tfx.o
 163
 164 drop_fz.o : dropfz2.c upam.h param.h defs.h aamap.h drop_func.h
 165         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c dropfz2.c -o drop_fz.o
 166
 167 drop_tfz.o : dropfz2.c upam.h param.h defs.h aamap.h drop_func.h
 168         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DTFAST dropfz2.c -o drop_tfz.o
 169
 170 dropnsw.o : dropnsw.c upam.h param.h structs.h drop_func.h
 171         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c dropnsw.c
 172
 173 dropgsw.o : dropgsw.c dropgsw.h upam.h param.h structs.h drop_func.h
 174         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c dropgsw.c
 175
 176 smith_waterman_altivec.o : smith_waterman_altivec.c smith_waterman_altivec.h dropgsw.h defs.h param.h
 177         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c smith_waterman_altivec.c
 178
 179 smith_waterman_sse2.o : smith_waterman_sse2.c smith_waterman_sse2.h dropgsw.h defs.h param.h
 180         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c smith_waterman_sse2.c
 181
 182 dropnw.o : dropnw.c upam.h param.h structs.h drop_func.h
 183         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c dropnw.c
 184
 185 #================ reading query, libraries
 186
 187 getseq.o : getseq.c defs.h uascii.h structs.h upam.h mm_file.h
 188         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c getseq.c
 189
 190 llgetaa.o : llgetaa.c upam.h uascii.h mm_file.h
 191         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DNOLIB llgetaa.c
 192
 193 lgetlib.o : $(NGETLIB).c altlib.h upam.h uascii.h mm_file.h
 194         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c $(NGETLIB).c -o lgetlib.o
 195
 196 lgetaa_m.o : mmgetaa.c altlib.h ncbl2_head.h upam.h uascii.h mm_file.h
 197         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c mmgetaa.c -o lgetaa_m.o
 198
 199 ncbl_lib.o : ncbl_lib.c ncbl_head.h
 200         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c ncbl_lib.c
 201
 202 ncbl2_mlib.o : ncbl2_mlib.c ncbl2_head.h mm_file.h
 203         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c ncbl2_mlib.c
 204
 205 mysql_lib.o : mysql_lib.c mm_file.h
 206         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c mysql_lib.c
 207
 208 pgsql_lib.o : pgsql_lib.c mm_file.h
 209         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c pgsql_lib.c
 210
 211 #================ threading functions
 212
 213 pthr_subs2.o : pthr_subs2.c thr.h pthr_subs.h
 214         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c pthr_subs2.c
 215
 216 uthr_subs.o : uthr_subs.c thr.h uthr_subs.h
 217         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c uthr_subs.c
 218
 219 #================ translation
 220
 221 faatran.o : faatran.c upam.h uascii.h
 222         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c faatran.c
 223
 224 url_subs.o : url_subs.c structs.h param.h
 225         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c url_subs.c
 226
 227 $(NRAND).o : $(NRAND).c
 228         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c $(NRAND).c
 229 #================ pvm/mpi specific functions
 230
 231 hostacc.o : hostacc.c upam.h uascii.h
 232         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) hostacc.c
 233
 234 workacc.o : workacc.c upam.h uascii.h param.h
 235         $(NCC) $(THR_CC) $(CFLAGS) workacc.c -o workacc.o