binaries/src/fasta34/Makefile.freebsd

   1 #
   2 # Makefile for building fasta3 on FreeBSD
   3 #
   4 # Fernan Aguero - <fernan@iib.unsam.edu.ar>
   5
   6 # we take care of doing variable assignment using the '?=' and '+='
   7 # operators to preserve the value of variables if they are already
   8 # defined. In FreeBSD this happens when fasta3 is build from the port or
   9 # when the user has set these variables -- most notably CC and/or CFLAGS
  10 # -- in /etc/make.conf
  11
  12 # Compiler executable, and optional flags
  13 CC?=            gcc
  14 CFLAGS?=        -g -O2
  15
  16 # your FASTA host
  17 FASTA_HOST?=    "your_fasta_host"
  18
  19 # common CFLAGS. These are the set of CFLAGS that are always used
  20 COMMON_CFLAGS=  -DSHOWSIM -DUNIX -DTIMES -DHZ=100 -c -DMAX_WORKERS=2 \
  21                 -DTHR_EXIT=pthread_exit -DPROGRESS -DUSE_MMAP -D_REENTRANT \
  22                 -D_LARGE_FILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -DUSE_FSEEKO \
  23                 -DHAS_INTTYPES -DSAMP_STATS
  24
  25 # standard options, these will be added to the common CFLAGS if
  26 # selected below
  27 STANDARD_CFLAGS=        -DSFCHAR="':'" -DFASTA_HOST='${FASTA_HOST}' \
  28                         -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -DPGM_DOC
  29
  30 # options for superfamily validations, these will be added to the common
  31 # CFLAGS if selected below
  32 SUPERFAMILY_CFLAGS=     -DSFCHAR="'|'" -DSUPERFAMNUM -DBIG_LIB64
  33
  34 # here we define CFLAGS to be the sum of common flags plus a subset of
  35 # optional flags that define our intended use.
  36 # The default standard flags are selected by default, although the user
  37 # can override this if s/he wants
  38 CFLAGS+=        ${COMMON_CFLAGS} ${STANDARD_CFLAGS}
  39
  40 XDIR?=          /usr/local/bin
  41
  42 LIB_M+=         -lm
  43
  44 HFLAGS+=        -o
  45 NFLAGS+=        -o
  46
  47 # FreeBSD users BEWARE! Different threading models ahead!
  48
  49 # The threading model has changed along the way from FreeBSD-4 to
  50 # FreeBSD-6. If you're building fasta3 on your own, you will need to
  51 # adjust this accordingly. The default works in FreeBSD-6x (currently
  52 # the recommended major version for use in production). Or better yet,
  53 # use the biology/fasta3 port from the ports collection, which will use
  54 # the correct threading library for your OSVERSION
  55
  56 THR_SUBS?=      pthr_subs2
  57 THR_LIBS?=      -lpthread
  58 THR_CC?=
  59
  60 DROPNFA_O = drop_nfa.o
  61 DROPGSW_O = dropgsw.o
  62 DROPRSS_O = dropnsw.o
  63 DROPTFA_O = drop_tfa.o
  64
  65 include Makefile34m.common