binaries/src/fasta34/Makefile.hpux_it

   1 #
   2 # makefile for fasta3, fasta3_t
   3 #
   4 # flags for HP-UX #
   5
   6 CC= cc -g -O2 +Onolimit -Wl,+pi,1M -Wl,+pd,1M -Wl,+mergeseg
   7 #CC = gcc -g -DDEBUG
   8
   9 #CC=gcc -Wall -pedantic -ansi -g -O
  10 #CC= /usr/local/parasoft/bin.linux2/insure -g -DDEBUG
  11
  12 # EBI uses the following with pgcc, -O3 does not work:
  13 # CC= pgcc -O2 -pipe -mcpu=pentiumpro -march=pentiumpro -fomit-frame-pointer
  14
  15 # this file works for x86 LINUX
  16
  17 # use options below for superfamily validations
  18 #CFLAGS= -DSHOWSIM -DUNIX -DTIMES -DHZ=100 -DSFCHAR="'|'" -c -DMAX_WORKERS=2 -DTHR_EXIT=pthread_exit -DPROGRESS -DSUPERFAMNUM -DUSE_MMAP -DBIG_LIB64 -D_LARGE_FILE_SOURCE -DUSE_FSEEKO -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -DHAS_INTTYPES -DSAMP_STATS
  19
  20 # standard options
  21 CFLAGS= -DSHOWSIM -DUNIX -DTIMES -DHZ=100 -DSFCHAR="':'" -c -DMAX_WORKERS=2 -DTHR_EXIT=pthread_exit -DPROGRESS -DFASTA_HOST='"your_fasta_host_here"' -DUSE_MMAP -DHAS_INTTYPES -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -DUSE_FSEEKO -DSAMP_STATS -DPGM_DOC
  22 # -I/usr/local/include/mysql -DMYSQL_DB
  23 #
  24 #(for mySQL databases)  (also requires change to Makefile34.common)
  25
  26 LIB_M = -lm
  27 #LIB_M = -L/usr/local/lib/mysql -lmysqlclient -lm
  28 # for mySQL databases
  29
  30 HFLAGS= -o
  31 NFLAGS= -o
  32
  33 # for Linux
  34 THR_SUBS = pthr_subs2
  35 THR_LIBS = -lpthread
  36 THR_CC =
  37
  38 XDIR = /seqprg/bin
  39
  40 DROPNFA_O = drop_nfa.o
  41 DROPGSW_O = dropgsw.o
  42 DROPRSS_O = dropnsw.o
  43 DROPTFA_O = drop_tfa.o
  44
  45 # renamed (fasta33)  programs
  46 include Makefile34m.common
  47 # conventional (fasta3) names
  48 # include Makefile.common
  49