binaries/src/fasta34/Makefile.linux_mysql

   1 #
   2 # makefile for fasta3, fasta3_t.  Use makefile.pvm for pvcompxx.
   3 #
   4 # On the version of linux that I use, MININT is defined and causes a warning
   5 # as dropnfa.c is compiled.  Unfortunately, using the Linux definition of
   6 # MININT causes the code to break. Do not change the MININT definition
   7 # in dropnfa.c  (wrp 3/19/1998)
   8 #
   9 # for DEC/Compaq Alpha/LINUX, use gcc -mieee -g to avoid buggy compilers
  10
  11 CC= gcc -g -O2
  12
  13 #CC= gcc -g -DDEBUG
  14 #CC=/opt/parasoft/bin.linux2/insure -g -DDEBUG
  15
  16 # this file works for x86 LINUX
  17
  18 # standard options
  19 CFLAGS= -DSHOWSIM -DUNIX -DTIMES -DHZ=100 -DSFCHAR="':'" -c -DMAX_WORKERS=2 -DTHR_EXIT=pthread_exit -DPROGRESS -DFASTA_HOST='"your_fasta_host_here"' -DUSE_MMAP -D_REENTRANT -I/usr/include/mysql -DMYSQL_DB -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -DUSE_FSEEKO -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DHAS_INTTYPES -DSAMP_STATS -DPGM_DOC -DM10_CONS
  20
  21 # use options below for superfamily validations
  22 #CFLAGS= -DSHOWSIM -DUNIX -DTIMES -DHZ=100 -DSFCHAR="'|'" -c -DMAX_WORKERS=2 -DTHR_EXIT=pthread_exit -DPROGRESS -DSUPERFAMNUM -DUSE_MMAP -D_REENTRANT
  23
  24 # -I/usr/local/include/mysql -DMYSQL_DB
  25 #
  26 #(for mySQL databases)  (also requires change to Makefile34.common)
  27
  28 #LIB_M = -lm
  29 #LIB_M = -L/usr/lib/mysql -lmysqlclient -lm
  30 # for mySQL databases
  31
  32 HFLAGS= -o
  33 NFLAGS= -o
  34
  35 # for Linux
  36 THR_SUBS = pthr_subs2
  37 THR_LIBS = -lpthread
  38 THR_CC =
  39
  40 XDIR = /seqprg/bin
  41
  42 DROPNFA_O = drop_nfa.o
  43 DROPGSW_O = dropgsw.o
  44 DROPRSS_O = dropnsw.o
  45 DROPTFA_O = drop_tfa.o
  46
  47 # renamed (fasta34)  programs
  48 include Makefile34m.common_mysql
  49 # conventional (fasta3) names
  50 # include Makefile.common