binaries/src/fasta34/Makefile.linux_pgsql

   1 #
   2 # makefile for fasta3, fasta3_t.  Use makefile.pvm for pvcompxx.
   3 #
   4 # On the version of linux that I use, MININT is defined and causes a warning
   5 # as dropnfa.c is compiled.  Unfortunately, using the Linux definition of
   6 # MININT causes the code to break. Do not change the MININT definition
   7 # in dropnfa.c  (wrp 3/19/1998)
   8 #
   9 # for DEC/Compaq Alpha/LINUX, use gcc -mieee -g to avoid buggy compilers
  10
  11 CC= gcc -g -O
  12 #CC= gcc -g -DDEBUG
  13 #CC=/opt/parasoft/bin.linux2/insure -g -DDEBUG
  14
  15 # this file works for x86 LINUX
  16
  17 # standard options
  18 CFLAGS= -DSHOWSIM -DUNIX -DTIMES -DHZ=100 -DSFCHAR="':'" -c -DMAX_WORKERS=2 -DTHR_EXIT=pthread_exit -DPROGRESS -DFASTA_HOST='"your_fasta_host_here"' -DUSE_MMAP -D_REENTRANT -I/usr/local/pgsql/include -DPGSQL_DB -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -DUSE_FSEEKO -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -DHAS_INTTYPES -DSAMP_STATS -DPGM_DOC -DM10_CONS
  19
  20 # use options below for superfamily validations
  21 #CFLAGS= -DSHOWSIM -DUNIX -DTIMES -DHZ=100 -DSFCHAR="'|'" -c -DMAX_WORKERS=2 -DTHR_EXIT=pthread_exit -DPROGRESS -DSUPERFAMNUM -DUSE_MMAP -D_REENTRANT
  22
  23 # -I/usr/local/include/mysql -DMYSQL_DB
  24 #
  25 #(for mySQL databases)  (also requires change to Makefile34.common)
  26
  27 #LIB_M = -lm
  28 #LIB_M = -L/usr/lib/mysql -lmysqlclient -lm
  29 # for mySQL databases
  30
  31 HFLAGS= -o
  32 NFLAGS= -o
  33
  34 # for Linux
  35 THR_SUBS = pthr_subs2
  36 THR_LIBS = -lpthread
  37 THR_CC =
  38
  39 XDIR = /seqprg/bin
  40
  41 DROPNFA_O = drop_nfa.o
  42 DROPGSW_O = dropgsw.o
  43 DROPRSS_O = dropnsw.o
  44 DROPTFA_O = drop_tfa.o
  45
  46 # renamed (fasta34)  programs
  47 include Makefile34m.common_pgsql
  48 # conventional (fasta3) names
  49 # include Makefile.common