binaries/src/fasta34/Makefile.mpcom

   1
   2 PROGS= mp34compfa mp34compsw mp34compfx mp34comptfx mp34compfy mp34comptfy mp34compfs mp34comptfs
   3
   4 # ms34compfa, etc provides a summaries of effectiveness, require
   5 # superfamily annotated database. ms34compss uses dropnsw.c instead of
   6 # dropgsw.c, thus allowing high gap penalties.
   7
   8 SPROGS = ms34compfa ms34compsw ms34compss ms34compfx ms34compfy ms34comptfx ms34comptfy
   9
  10 # report highest unrelated sequences
  11 UPROGS = mu34compfa mu34compsw mu34compfx mu34comptfx mu34compfy mu34comptfy
  12
  13 vall : $(PROGS) $(WPROGS)
  14
  15 uall : $(UPROGS) $(WPROGS)
  16
  17 sall : $(SPROGS) $(WPROGS)
  18
  19 all : $(PROGS) $(UPROGS) $(SPROGS) $(WPROGS)
  20
  21 clean-up:
  22         rm -f *.o $(PROGS) $(WPROGS) $(SPROGS) $(UPROGS)
  23
  24 install : $(PROGS) $(WPROGS)
  25         cp $(PROGS) $(WPROGS) $(XDIR)
  26
  27 sinstall : $(SPROGS) $(WPROGS)
  28         cp $(SPROGS) $(WPROGS) $(XDIR)
  29
  30 uinstall : $(UPROGS) $(WPROGS)
  31         cp $(UPROGS) $(WPROGS) $(XDIR)
  32
  33 mp34compfa : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o $(DROPNFA_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o
  34         $(LCC) $(LFLAGS) mp34compfa p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o  p2_workcomp.o $(DROPNFA_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o $(PLIB) $(LIB_M)
  35
  36 ms34compfa : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o $(DROPNFA_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o
  37         $(LCC) $(LFLAGS) ms34compfa p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o $(DROPNFA_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o $(PLIB) $(LIB_M)
  38
  39 mu34compfa : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o $(DROPNFA_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o c_dispn.o
  40         $(LCC) $(LFLAGS) mu34compfa p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o $(DROPNFA_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o c_dispn.o $(PLIB) $(LIB_M)
  41
  42 mr34compfa : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o manshowrel.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o $(DROPNFA_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o
  43         $(LCC) $(LFLAGS) mr34compfa p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o manshowrel.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o $(DROPNFA_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o $(PLIB) $(LIB_M)
  44
  45 mp34compsw : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o $(DROPGSW_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o
  46         $(LCC) $(LFLAGS) mp34compsw p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o $(DROPGSW_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o $(PLIB) $(LIB_M)
  47
  48 ms34compsw : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o $(DROPGSW_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o
  49         $(LCC) $(LFLAGS) ms34compsw p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o $(DROPGSW_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o $(PLIB) $(LIB_M)
  50
  51 mu34compsw : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o $(DROPGSW_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o c_dispn.o
  52         $(LCC) $(LFLAGS) mu34compsw p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o $(DROPGSW_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o c_dispn.o $(PLIB) $(LIB_M)
  53
  54 mp34compss : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o dropnsw.o workacc.o faatran.o $(NRAND).o
  55         $(LCC) $(LFLAGS) mp34compss p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o dropnsw.o workacc.o faatran.o $(NRAND).o $(PLIB) $(LIB_M)
  56
  57 ms34compss : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o dropnsw.o workacc.o faatran.o $(NRAND).o
  58         $(LCC) $(LFLAGS) ms34compss p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o dropnsw.o workacc.o faatran.o $(NRAND).o $(PLIB) $(LIB_M)
  59
  60 mu34compss : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o dropnsw.o workacc.o faatran.o $(NRAND).o c_dispn.o
  61         $(LCC) $(LFLAGS) mu34compss p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o dropnsw.o workacc.o faatran.o $(NRAND).o c_dispn.o $(PLIB) $(LIB_M)
  62
  63 mp34compfx : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_fx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
  64         $(LCC) $(LFLAGS) mp34compfx p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_fx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
  65
  66 ms34compfx : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o drop_fx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
  67         $(LCC) $(LFLAGS) ms34compfx p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o drop_fx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
  68
  69 mu34compfx : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_fx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
  70         $(LCC) $(LFLAGS) mu34compfx p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_fx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
  71
  72 mp34compfy : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_fz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
  73         $(LCC) $(LFLAGS) mp34compfy p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_fz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
  74
  75 ms34compfy : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o drop_fz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
  76         $(LCC) $(LFLAGS) ms34compfy p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o drop_fz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
  77
  78 mu34compfy : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_fz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
  79         $(LCC) $(LFLAGS) mu34compfy p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_fz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
  80
  81 mp34compfs : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fs.o scaleswts.o tatstats_fs.o last_tat.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_fs.o workacc.o faatran.o $(NRAND).o
  82         $(LCC) $(LFLAGS) mp34compfs p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fs.o scaleswts.o tatstats_fs.o last_tat.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_fs.o workacc.o faatran.o $(NRAND).o $(PLIB) $(LIB_M)
  83
  84 mp34comptfs : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfs.o scaleswts.o tatstats_fs.o last_tat.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_tfs.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
  85         $(LCC) $(LFLAGS) mp34comptfs p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fs.o scaleswts.o tatstats_fs.o last_tat.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_fz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
  86
  87 mp34comptfx : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_tfx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
  88         $(LCC) $(LFLAGS) mp34comptfx p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_tfx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
  89
  90 ms34comptfx : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o drop_tfx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
  91         $(LCC) $(LFLAGS) ms34comptfx p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o drop_tfx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
  92
  93 mu34comptfx : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_tfx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
  94         $(LCC) $(LFLAGS) mu34comptfx p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_tfx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
  95
  96 mp34comptfy : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_tfz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
  97         $(LCC) $(LFLAGS) mp34comptfy p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_tfz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
  98
  99 ms34comptfy : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o drop_tfz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
 100         $(LCC) $(LFLAGS) ms34comptfy p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o drop_tfz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
 101
 102 mu34comptfy : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_tfz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
 103         $(LCC) $(LFLAGS) mu34comptfy p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_tfz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
 104
 105 p2_complib.o : p2_complib.c msg.h defs.h upam.h uascii.h param.h structs.h
 106         $(CC) $(CFLAGS) p2_complib.c -o p2_complib.o
 107
 108 p2_workcomp.o : p2_workcomp.c structs.h msg.h defs.h mw.h upam.h uascii.h param.h
 109         $(NCC) $(CFLAGS) p2_workcomp.c