binaries/src/fasta34/Makefile.mpi4

   1 #
   2 # $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: Makefile.mpi4,v 1.26 2006/12/12 16:58:51 wrp Exp $
   3 #
   4 # 21 July, 2000
   5 #
   6 # Makefile for MPI versions of the parallel library comparison programs.
   7 # this file is derived from Makefile.pvm, with only a few differences:
   8 # (1) -DMPI_SRC instead of -DPVM_SRC
   9 # (2) programs are mp34comp*, ms34comp*, and mu34comp* rather than pv34comp*, etc.
  10 # (3) MPI does not require/allow a "worker" program, thus no c3.work*
  11 #
  12
  13 # setenv MPI_CC gcc-3.3 for best performance
  14
  15 MPI_ROOT = /m0/xshare/mpich2
  16 MPICC = ${MPI_ROOT}/bin/mpicc
  17
  18 CC= ${MPICC} -g -falign-loops=32 -O3 -mcpu=7450 -faltivec -DSW_ALTIVEC
  19 NCC= ${MPICC} -g -falign-loops=32 -O3 -mcpu=7450 -faltivec -DSW_ALTIVEC
  20 LCC= ${MPICC}
  21
  22 #ARCH   =       ALPHAMP  (get from $ARCH)
  23
  24 PLIB    =       -L${MPI_ROOT}/lib -lmpich
  25 XDIR    =       /home/slib/mpi/bin/
  26 SDIR    =       .
  27
  28 CFLAGS= -DMPI_SRC -DUNIX -DPCOMPLIB -DBFR=120 -DSHOWSIM -I${MPI_ROOT}/include -DSRAND=srand -DRAND=random -c -DHAS_INTTYPES -DSAMP_STATS -DSW_ALTIVEC
  29 # -DMYSQL_DB -I/usr/include/mysql
  30 # -DSFCHAR="'|'" -DSUPERFAMNUM
  31
  32 # standard nxgetaa, no memory mapping for 0 - 6
  33 #LGETLIB=getseq.o lgetlib.o
  34 #NGETLIB=nmgetlib
  35
  36 # memory mapping for 0FASTA, 5PIRVMS, 6GCGBIN
  37 LGETLIB=getseq.o lgetlib.o lgetaa_m.o
  38 NGETLIB=nmgetlib
  39
  40 NRAND=nrandom
  41
  42 SHOWBESTC = mshowbest.c
  43 SHOWALIGN = mshowalign
  44 MWH = p_mw.h
  45 MWHP = p_mw.h w_mw.h
  46
  47 #NCBL_LIB=ncbl2_mlib.o mysql_lib.o
  48 NCBL_LIB=ncbl2_mlib.o
  49 #LIB_M= -L/usr/lib/mysql -lmysqlclient -lz -lm
  50 LIB_M= -lm
  51
  52 LFLAGS= -o
  53
  54 DROPGSW_O = dropgsw.o smith_waterman_altivec.o
  55 DROPNFA_O = drop_nfa.o
  56
  57 include Makefile.mpcom
  58
  59 include Makefile.fcom
  60