binaries/src/fasta34/Makefile.os_x

   1 # makefile for fasta3, fasta3_t.  Use makefile.pvm for pvcompxx.
   2 # this file works for DEC Alphas
   3 #
   4 # this file supports mmap()'ed databases in BLAST2 format use -DUSE_MMAP
   5 # for mmap()ed BLAST2 format.
   6
   7 # the -DDEBUG option provides additional debugging information, particularly
   8 # with -D on the command line.
   9
  10 # use -DBIG_LIB64 to generate 64-bit offsets in map_db .xin files
  11
  12 # changed to gcc-3.3 for MacOSX Tiger because of problems with Altivec
  13 #
  14
  15 # in my hands, gcc-4.0 is about 40% slower than gcc-3.3 on the Altivec code
  16 #CC= gcc-4.0 -g -falign-loops=32 -O3 -mcpu=7450 -maltivec -mpim-altivec -DSW_ALTIVEC
  17
  18 CC= gcc-3.3 -g -falign-loops=32 -O3 -mcpu=7450 -faltivec -DSW_ALTIVEC
  19 #CC= gcc-3.3 -g -DDEBUG -mcpu=7450 -faltivec -DSW_ALTIVEC
  20 #CC= cc -g -Wall -pedantic -faltivec -DSW_ALTIVEC
  21 #
  22 # standard line for normal searching
  23 CFLAGS= -DSHOWSIM -DM10_CONS -DUNIX -DTIMES -DHZ=100 -DMAX_WORKERS=4 -DTHR_EXIT=pthread_exit -DPROGRESS -DFASTA_HOST='"xs00.achs.virginia.edu/fasta_www/cgi"' -DUSE_MMAP -DUSE_FSEEKO -DHAS_INTTYPES -DSAMP_STATS -DPGM_DOC
  24
  25 #CFLAGS= -DSHOWSIM -DM10_CONS -DUNIX -DTIMES -DHZ=60 -DMAX_WORKERS=2 -DTHR_EXIT=pthread_exit -DPROGRESS -DFASTA_HOST='"xs00.achs.virginia.edu/fasta_www/cgi"' -DUSE_MMAP -DUSE_FSEEKO -DHAS_INTTYPES -DSAMP_STATS -DPGM_DOC -DSUPERFAMNUM -DSFCHAR="'|'"
  26
  27 # add for MySQL support
  28 # -I/usr/local/mysql/include -DMYSQL_DB
  29
  30 HFLAGS= -o
  31 NFLAGS= -o
  32
  33 #for DEC Unix V4.0
  34 THR_SUBS = pthr_subs2
  35 THR_LIBS =
  36 THR_CC =
  37
  38 #for Sun
  39 #THR_SUBS = uthr_subs2
  40 #THR_LIBS = -lthread
  41 #THR_CC =
  42 #
  43 # for SGI with current pthreads
  44 #THR_SUBS = pthr_subs2
  45 #THR_LIBS = -lpthreads
  46 #THR_CC =
  47 #
  48 # for IBM with current pthreads
  49 #CC= xlc_r -v -g
  50 #THR_SUBS = ibm_pthr_subs2
  51 #THR_LIBS = -lpthreads
  52 #THR_CC =
  53
  54
  55 #XDIR = ${HOME}/bin
  56 #XDIR = /home/slib/bin/MACOSX/
  57 #XDIR = /Users/seqprg/bin
  58 XDIR = /seqprg/bin
  59 #XDIR = ./ppc
  60
  61 DROPNFA_O = drop_nfa.o
  62 DROPTFA_O = drop_tfa.o
  63 DROPGSW_O = dropgsw.o smith_waterman_altivec.o
  64 DROPRSS_O = dropgsw.o smith_waterman_altivec.o
  65 #DROPGSW_O = dropgsw.o
  66 #DROPRSS_O = dropgsw.o
  67
  68 # provide mysql function
  69 #include Makefile34m.common_sql
  70
  71 # no mysql
  72 include Makefile34m.common