binaries/src/fasta34/Makefile.os_x86

   1 # makefile for fasta3, fasta3_t.  Use makefile.pvm for pvcompxx.
   2 # this file works for DEC Alphas
   3 #
   4 # this file supports mmap()'ed databases in BLAST2 format use -DUSE_MMAP
   5 # for mmap()ed BLAST2 format.
   6
   7 # the -DDEBUG option provides additional debugging information, particularly
   8 # with -D on the command line.
   9
  10 # use -DBIG_LIB64 to generate 64-bit offsets in map_db .xin files
  11
  12 # changed to gcc-3.3 for MacOSX Tiger because of problems with Altivec
  13 #
  14
  15 CC= gcc -g -O3 -DSW_SSE2 -msse2 -arch i386 -isysroot /Developer/SDKs/MacOSX10.4u.sdk
  16 #CC= gcc -g -DDEBUG
  17 #CC= cc -g -Wall -pedantic
  18 #
  19 # standard line for normal searching
  20 CFLAGS= -DSHOWSIM -DM10_CONS -DUNIX -DTIMES -DHZ=100 -DMAX_WORKERS=4 -DTHR_EXIT=pthread_exit -DPROGRESS -DFASTA_HOST='"xs00.achs.virginia.edu/fasta_www/cgi"' -DIS_LITTLE_ENDIAN -DUSE_MMAP -DUSE_FSEEKO -DHAS_INTTYPES -DSAMP_STATS -DPGM_DOC
  21
  22 #CFLAGS= -DSHOWSIM -DM10_CONS -DUNIX -DTIMES -DHZ=60 -DMAX_WORKERS=4 -DTHR_EXIT=pthread_exit -DPROGRESS -DFASTA_HOST='"xs00.achs.virginia.edu/fasta_www/cgi"' -DIS_LITTLE_ENDIAN -DUSE_MMAP -DUSE_FSEEKO -DHAS_INTTYPES -DSAMP_STATS -DPGM_DOC -DSUPERFAMNUM -DSFCHAR="'|'"
  23
  24 LDFLAGS= -arch i386
  25
  26 # add for MySQL support
  27 # -I/usr/local/mysql/include -DMYSQL_DB
  28
  29 HFLAGS= -o
  30 NFLAGS= -o
  31
  32 #for DEC Unix V4.0
  33 THR_SUBS = pthr_subs2
  34 THR_LIBS =
  35 THR_CC =
  36
  37 #for Sun
  38 #THR_SUBS = uthr_subs2
  39 #THR_LIBS = -lthread
  40 #THR_CC =
  41 #
  42 # for SGI with current pthreads
  43 #THR_SUBS = pthr_subs2
  44 #THR_LIBS = -lpthreads
  45 #THR_CC =
  46 #
  47 # for IBM with current pthreads
  48 #CC= xlc_r -v -g
  49 #THR_SUBS = ibm_pthr_subs2
  50 #THR_LIBS = -lpthreads
  51 #THR_CC =
  52
  53
  54 #XDIR = ${HOME}/bin
  55 #XDIR = /home/slib/bin/MACOSX/
  56 #XDIR = /Users/seqprg/bin
  57 XDIR = /seqprg/bin
  58 #XDIR = ./i386
  59
  60 DROPNFA_O = drop_nfa.o
  61 DROPTFA_O = drop_tfa.o
  62 DROPGSW_O = dropgsw.o smith_waterman_sse2.o
  63 DROPRSS_O = dropgsw.o smith_waterman_sse2.o
  64
  65 # provide mysql function
  66 #include Makefile34m.common_sql
  67
  68 # no mysql
  69 include Makefile34m.common