binaries/src/fasta34/Makefile.pLinux

   1 # $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: Makefile.pLinux,v 1.4 2004/11/19 15:28:26 wrp Exp $
   2 #
   3 # makefile for fasta3, fasta3_t.  Use makefile.pvm for pvcompxx.
   4 # this file works for DEC Alphas
   5 #
   6 # this file supports mmap()'ed databases in BLAST2 format use -DUSE_MMAP
   7 # for mmap()ed BLAST2 format.
   8
   9 # the -DDEBUG option provides additional debugging information, particularly
  10 # with -D on the command line.
  11
  12 # use -DBIG_LIB64 to generate and use 64-bit offsets in map_db .xin
  13 # files
  14
  15 # for Tru64 4.0F, no "<inttypes.h>" 4.0G has inttypes.h
  16
  17 CC= xlc_r
  18
  19 #CC= cc -g3 -O -std1
  20 #CC= insure -g -DDEBUG
  21 #CC= cc -g -DDEBUG -std1
  22
  23 #CC= gcc -g -Wall
  24 #
  25 # standard line for normal searching
  26 CFLAGS= -O3 -qtune=auto -qarch=auto -DUNIX -DTIMES -DBIGMEM -DMAX_WORKERS=4 -DSFCHAR="':'" -DTHR_EXIT=pthread_exit -DPROGRESS -DUSE_MMAP -DIS_BIG_ENDIAN -DSAMP_STATS -DPGM_DOC -D_LARGE_FILES -DHAS_INTTYPES -D__pLinux__
  27 #
  28 #(-DMYSQL_DB for mySQL databases)  (also requires change to Makefile34.common)
  29
  30 # special options for SUPERFAMLIES
  31 #CFLAGS= -DM10_CONS -DUNIX -DTIMES -DHZ=60 -DBIGMEM -DSFCHAR="'|'" -DMAX_WORKERS=4 -DTHR_EXIT=pthread_exit -DPROGRESS -DSUPERFAMNUM -DIS_LITTLE_ENDIAN -DUSE_MMAP -DMAXBEST=200000
  32
  33 LIB_M = -lm
  34 #LIB_M = -L/usr/local/lib/mysql -lmysqlclient -lm
  35 # for mySQL databases
  36
  37 HFLAGS= -o
  38 NFLAGS= -o
  39
  40 #for DEC Unix V4.0
  41 #THR_SUBS = pthr_subs2
  42 #THR_LIBS = -lpthreads
  43 #THR_CC =
  44
  45 #for Sun
  46 #THR_SUBS = uthr_subs
  47 #THR_LIBS = -lthread
  48 #THR_CC =
  49 #
  50 # for SGI with current pthreads
  51 #THR_SUBS = pthr_subs
  52 #THR_LIBS = -lpthreads
  53 #THR_CC =
  54 #
  55 # for IBM with current pthreads
  56 #CC= xlc_r -v -g
  57 #THR_SUBS = ibm_pthr_subs
  58 #THR_LIBS = -lpthreads
  59 #THR_CC =
  60
  61
  62 # for IBM Linux with current pthreads
  63 THR_SUBS = pthr_subs2
  64 THR_LIBS = -lpthread
  65
  66 XDIR = /seqprg/slib/bin
  67
  68 DROPNFA_O = drop_nfa.o
  69 DROPGSW_O = dropgsw.o
  70 DROPRSS_O = dropnsw.o
  71 DROPTFA_O = drop_tfa.o
  72
  73 # renamed (fasta34)  programs
  74 #include Makefile34m.common_sql
  75 include Makefile34m.common
  76