binaries/src/fasta34/Makefile34.common_sql

   1 #
   2 # $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: Makefile34.common_sql,v 1.10 2005/12/07 17:22:02 wrp Exp $
   3 #
   4 # commands common to all architectures
   5 # if your architecture does not support "include", append at the end.
   6 #
   7
   8 # use for "normal" fasta34(_t) programs - only one query
   9 COMP_LIBO=comp_lib.o
  10 COMP_THRO=comp_thr.o
  11 GETSEQO = getseq.o
  12 # use for multiple query sequences, requires "-n" for DNA fasta, does not
  13 # work with prss34 (yet)
  14 #COMP_LIB=comp_mlib.o
  15 #COMP_THRO=comp_mthr.o
  16 #
  17 # standard nxgetaa, no memory mapping for 0 - 6
  18 LGETLIB=getseq.o lgetlib.o lgetaa_m.o
  19 NGETLIB=nmgetlib
  20
  21 # memory mapping for 0FASTA, 5PIRVMS, 6GCGBIN
  22 # LGETLIB=getseq.o lgetlib.o lgetaa_m.o
  23 # NGETLIB=nmgetlib
  24
  25 NRAND=nrandom
  26
  27 # use ncbl_lib.c for BLAST1.4 support instead of ncbl2_mlib.c
  28 #NCBL_LIB=ncbl_lib.o
  29
  30 # this option should support both formats (BLAST1.4 not currently supported):
  31 #NCBL_LIB=ncbl_lib.o ncbl2_mlib.o
  32
  33 # normally use ncbl2_mlib.c
  34 #NCBL_LIB=ncbl2_mlib.o
  35 #LIB_M= -lm
  36
  37 # this option supports NCBI BLAST2 and mySQL
  38 # it requires  "-I/usr/include/mysql -DMYSQL_DB" in CFLAGS
  39 # and "-L/usr/lib/mysql -lmysqlclient -lz" in LIB_M
  40 # some systems may also require a LD_LIBRARY_PATH change
  41 LIB_M= -L/usr/lib/mysql -lmysqlclient -lz -lm
  42 #LIB_M= -lm
  43 NCBL_LIB=ncbl2_mlib.o mysql_lib.o
  44 #NCBL_LIB=ncbl2_mlib.o
  45
  46 include Makefile.pcom
  47
  48 include Makefile.fcom
  49