binaries/src/fasta34/README.versions

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   2 August, 2002
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   4 The latest versions of the FASTA search programs are in fasta3.shar.Z.
   5 This file contains the fasta34 series of programs.  fasta34 also runs
   6 the exact same functions threaded (fasta33, fasta33_t) and in parallel
   7 using PVM and MPI.
   8
   9 Here is a list of the programs, and where they can be found:
  10
  11 program         fasta2          fasta34                 replaced by
  12
  13 fasta           yes             fasta34, fasta34_t
  14
  15 ssearch         yes             ssearch34, ssearch34_t
  16
  17 tfasta          yes             tfasta34, tfasta34_t    (tfastx34 preferred)
  18
  19 fastx           yes             fastx34, fastx34_t
  20 fasty           no              fasty34, fasty34_t
  21
  22 tfastx          yes             tfastx34, tfastx34_t
  23 tfasty          no              tfasty34, tfasty34_t
  24
  25 fasts/tfasts    no              fasts34(_t), tfasts34(_t)
  26
  27 fastf/tfastf    no              fastf34(_t), tfastf34(_t)
  28
  29 prss            yes             prss34
  30
  31 prfx            no              prfx34
  32
  33 ================
  34
  35 The following programs are part of the fasta2 program package.  The
  36 latest version of fasta2 is fasta20u66.shar.Z.
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  38 The most useful fasta2 programs are lalign and plalign, which calculate
  39 multiple non-intersecting local alignments using Webb Miller's "sim"
  40 implementation of the Waterman-Eggert algorithm.
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  42 You should not use the fasta2 programs for library searching; the
  43 fasta3 programs are more sensitive and have better statistics.
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  45 lalign          yes             no
  46
  47 plalign         yes             no
  48
  49 flalign         yes             no
  50
  51 align           yes             no
  52
  53 align0          yes             no
  54
  55 lfasta          yes             no
  56
  57 randseq         yes             no
  58
  59 crandseq        yes             no
  60
  61 aacomp          yes             no
  62
  63 bestscor        yes             no
  64
  65 grease          yes             no
  66
  67 tgrease         yes             no
  68
  69 garnier         yes             no
  70
  71 ================
  72
  73 The fasta3.shar.Z and fasta2.shar.Z files a Unix "shell archive" files.
  74 To unpack them, go into an empty directory and type:
  75
  76         zcat fasta3.shar.Z | sh
  77
  78 You can then make the programs by typing:
  79
  80         make all
  81
  82 Makefile's are available for many platforms, e.g.
  83
  84         make -f Makefile.linux
  85         make -f Makefile.sun
  86
  87 etc.  You are much better off using the pre-configured Makefile.???
  88 than trying to edit the Makefile (which is designed for a Compaq/HP
  89 Alpha).
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  91 Precompiled versions of the programs for Mac and Windows are available
  92 in the mac_fasta and win32_fasta directories.  If you are running
  93 MacOSX from the command line, use the Unix version (fasta3.shar.Z and
  94 Makefile.os_x).
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