binaries/src/fasta34/aln_structs.h

   1
   2 #ifndef A_STRUCT
   3 #define A_STRUCT
   4
   5 struct a_struct {
   6   int smin0;            /* coordinate of display start in seqc0 */
   7   int smin1;            /* coordinate of display start in seqc1 */
   8   int amin0, amax0;     /* coordinate of alignment start in seqc0 */
   9   int amin1, amax1;     /* coordinate of alignment start in seqc1 */
  10
  11   int llen;
  12   int llcntx, llcntx_flg, showall;
  13
  14   int qlrev, qlfact;
  15   int llrev, llfact, llmult;
  16   int frame;
  17
  18   int a_len;                    /* consensus alignment length */
  19   int nident, nsim, ngap_q, ngap_l, nfs;        /* number of identities, gaps in q, l */
  20   long d_start0,d_stop0;
  21   long d_start1,d_stop1;
  22 };
  23
  24 struct a_res_str {
  25   int min0, max0;       /* boundaries of alignment in aa0 */
  26   int min1, max1;       /* boundaries of alignment in aa1 */
  27   int *res;
  28   int nres;
  29 };
  30 #endif