binaries/src/fasta34/c_dispn.c

   1 /*      dispn.c associated subroutines for matching sequences */
   2
   3 /* $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: c_dispn.c,v 1.21 2005/10/25 20:22:52 wrp Exp $ */
   4
   5 #include <stdio.h>
   6 #include <stdlib.h>
   7 #include <string.h>
   8 #include <ctype.h>
   9
  10 #include "defs.h"
  11 #include "structs.h"
  12 #include "param.h"
  13
  14 #define XTERNAL
  15
  16 #define YES 1
  17 #define NO 0
  18
  19 #define MAXOUT 201
  20
  21 /* the seqca[] array has the following codes:
  22    0 - no alignment symbol
  23    1 - align; pam < 0
  24    2 - align; pam == 0
  25    3 - align; pam > 0
  26    4 - align; ident
  27    5 - align; del
  28
  29    the map_sym arrays determine the value to be displayed with each
  30    type of aligned residue
  31 */
  32
  33 static char *map_sym_0 ="  ..: ";
  34 static char *map_sym_1 =" Xxx  ";
  35 static char *map_sym_2 ="    . ";
  36 #ifdef M10_CONS_L
  37 static char *map_sym_10=" mzp=-";
  38 #else
  39 static char *map_sym_10="  ..:-";
  40 #endif
  41
  42 void
  43 discons(FILE *fd, struct mngmsg m_msg, struct pstruct pst,
  44         char *seqc0, char *seqc0a, char *seqc1, char *seqca, int nc,
  45         int n0, int n1, char *name0, char *name1, int nml,
  46         struct a_struct *aln, long loffset)
  47 {
  48   char line[3][MAXOUT], cline[2][MAXOUT+10], *clinep[2];
  49   int il, i, lend, loff, id;
  50   int del0, del1, ic, ll0, ll1, ll01, cl0, cl1, rl0, rl1;
  51   int ic_save;
  52   char *map_sym_p;
  53   int l_llen;
  54   int ioff0, ioff00, ioff1, ioff10;
  55   long qqoff, lloff, qoffset;
  56   int llsgn, llfact, qlsgn, qlfact, qfx0, qfxn, lfx0, lfxn;
  57   int have_res;
  58   char *name01, *sq;
  59   char blank[MAX_UID], afmt[32];
  60
  61   memset(blank,' ',sizeof(blank)-1);
  62   blank[sizeof(blank)-1]='\0';
  63
  64   if (nml > 6) {
  65     blank[nml-6]='\0';
  66     sprintf(afmt,"%%-%ds %%s\n",nml);
  67   }
  68   else {
  69     blank[0]='\0';
  70     strncpy(afmt,"%-6s %s\n",sizeof(afmt));
  71   }
  72   if (pst.ext_sq_set) sq = pst.sqx; else sq = pst.sq;
  73
  74   clinep[0]=cline[0]+1;
  75   clinep[1]=cline[1]+1;
  76
  77   if (aln->qlfact == 0) {qlfact = 1;}
  78   else qlfact = aln->qlfact;
  79   if (aln->qlrev == 1) {
  80     qoffset = n0;
  81     qlsgn = -1;
  82     qfx0 = 0;
  83     qfxn = 1;
  84   }
  85   else {
  86     qoffset = 0;
  87     qlsgn = 1;
  88     qfx0 = 1;
  89     qfxn = 0;
  90   }
  91
  92   if (aln->llfact == 0) {llfact = 1;}
  93   else llfact = aln->llfact;
  94
  95   if (aln->llrev == 1) {
  96     loffset += n1;
  97     llsgn = -1;
  98     lfx0 = 0;
  99     lfxn = 1;
 100   }
 101   else {
 102     llsgn = 1;
 103     lfx0 = 1;
 104     lfxn = 0;
 105   }
 106
 107   l_llen = aln->llen;
 108   if ((m_msg.markx & MX_M9SUMM) && m_msg.show_code != 1) { l_llen += 40; }
 109
 110   if ((m_msg.markx & MX_ATYPE)==2) name01=name1;
 111   else name01 = "\0";
 112
 113   ioff0=aln->smin0;
 114   ioff00 = ioff0;
 115   ioff1=aln->smin1;
 116   ioff10 = ioff1;
 117
 118   if (m_msg.markx& MX_AMAP && (m_msg.markx & MX_ATYPE)==7) return;
 119
 120   /* set *map_sym_p to correct match symbol */
 121   if ((m_msg.markx&MX_ATYPE)==1) {map_sym_p = map_sym_1;}
 122   else if ((m_msg.markx&MX_ATYPE)==2) {map_sym_p = map_sym_2;}
 123   else if (m_msg.markx&MX_M10FORM) {map_sym_p = map_sym_10;}
 124   else {map_sym_p = map_sym_0;}
 125
 126   if (m_msg.markx & MX_ASEP) {
 127     fprintf(fd,">%s ..\n",name0);
 128     for (i=0; i<nc && seqc0[i]; i++) {
 129    /* if (seqc0[i]=='-') fputc('.',fd); else */
 130       fputc(seqc0[i],fd);
 131       if (i%50 == 49) fputc('\n',fd);
 132     }
 133     if ((i-1)%50 != 49) fputc('\n',fd);
 134     fprintf(fd,">%s ..\n",name1);
 135     for (i=0; i<nc && seqc1[i]; i++) {
 136     /* if (seqc1[i]=='-') fputc('.',fd); else */
 137       fputc(seqc1[i],fd);
 138       if (i%50 == 49) fputc('\n',fd);
 139     }
 140     if ((i-1)%50 != 49) fputc('\n',fd);
 141     return;
 142   }
 143
 144   if (m_msg.markx & MX_M10FORM) {
 145     fprintf(fd,">%s ..\n",name0);
 146     fprintf(fd,"; sq_len: %d\n",n0);
 147     fprintf(fd,"; sq_offset: %ld\n",m_msg.sq0off);
 148     fprintf(fd,"; sq_type: %c\n",m_msg.sqtype[0]);
 149     fprintf(fd,"; al_start: %ld\n",aln->d_start0);
 150     fprintf(fd,"; al_stop: %ld\n",aln->d_stop0);
 151     fprintf(fd,"; al_display_start: %ld\n",
 152             qoffset+qlsgn*ioff0*aln->llmult+qfx0);
 153
 154     have_res = 0;
 155     for (i=0; i<nc && seqc0[i]; i++) {
 156       if (!have_res && seqc0[i]==' ') fputc('-',fd);
 157       else if (seqc0[i]==' ') break;
 158       else {
 159         have_res = 1;
 160         fputc(seqc0[i],fd);
 161       }
 162       if (i%50 == 49) fputc('\n',fd);
 163     }
 164     if ((i-1)%50!=49 || seqc0[i-1]==' ') fputc('\n',fd);
 165     fprintf(fd,">%s ..\n",name1);
 166     fprintf(fd,"; sq_len: %d\n",n1);
 167     fprintf(fd,"; sq_type: %c\n",m_msg.sqtype[0]);
 168     fprintf(fd,"; al_start: %ld\n",aln->d_start1);
 169     fprintf(fd,"; al_stop: %ld\n",aln->d_stop1);
 170     fprintf(fd,"; al_display_start: %ld\n",loffset+llsgn*ioff1+lfx0);
 171
 172     have_res = 0;
 173     for (i=0; i<nc && seqc1[i]; i++) {
 174       if (!have_res && seqc1[i]==' ') fputc('-',fd);
 175       else if (seqc1[i]==' ') break;
 176       else {
 177         have_res = 1;
 178         fputc(seqc1[i],fd);
 179       }
 180       if (i%50 == 49) fputc('\n',fd);
 181     }
 182     if ((i-1)%50!=49 || seqc1[i-1]==' ') fputc('\n',fd);
 183 #ifdef M10_CONS
 184     fprintf(fd,"; al_cons:\n");
 185     for (i=0,del0=0,id=ioff0; id-del0<aln->amax0 && i < nc; i++,id++) {
 186       if (seqc0[i] == '\0' || seqc1[i] == '\0') break;
 187       if (seqc0[i]=='-' || seqc0[i]==' ' || seqc0[i]=='\\') del0++;
 188       else if (seqc0[i]=='/') del0++;
 189       if (id-del0<aln->amin0) fputc(' ',fd);
 190       else if (seqc0[i]=='-'||seqc1[i]=='-') fputc('-',fd);
 191       else fputc(map_sym_10[seqca[i]],fd);
 192
 193       if (i%50 == 49) fputc('\n',fd);
 194     }
 195     if ((i-1)%50!=49 || seqc1[i-1]==' ') fputc('\n',fd);
 196 #endif
 197     return;
 198   }
 199
 200   memset(line[0],' ',MAXOUT);
 201   memset(line[1],' ',MAXOUT);
 202   memset(line[2],' ',MAXOUT);
 203
 204   /* cl0 indicates whether a coordinate should be printed over the first
 205      sequence; cl1 indicates a coordinate for the second;
 206   */
 207
 208   ic = 0; del0=del1=0;
 209   for (il=0; il<(nc+l_llen-1)/l_llen; il++) {
 210     loff=il*l_llen;
 211     lend=min(l_llen,nc-loff);
 212
 213     ll0 = NO; ll1 = NO;
 214
 215     memset(cline[0],' ',MAXOUT+1);
 216     memset(cline[1],' ',MAXOUT+1);
 217
 218     ic_save = ic;
 219     for (i=0; i<lend; i++, ic++,ioff0++,ioff1++) {
 220       cl0 =  cl1 = rl0 = rl1 = YES;
 221       if ((line[0][i]=seqc0[ic])=='-' || seqc0[ic]=='\\') {
 222         del0++; cl0=rl0=NO;
 223       }
 224       else if (seqc0[ic]=='/') {
 225         del0++; cl0=rl0=NO;
 226       }
 227       if ((line[2][i]=seqc1[ic])=='-' || seqc1[ic]=='\\') {
 228         del1++; cl1=rl1=NO;
 229       }
 230       else if (seqc1[ic]=='/') {
 231         del1++; cl1=rl1=NO;
 232       }
 233
 234       if (seqc0[ic]==' ') {del0++; cl0=rl0=NO;}
 235       else ll0 = YES;
 236       if (seqc1[ic]==' ') {del1++; cl1=rl1=NO;}
 237       else ll1 = YES;
 238
 239       qqoff = m_msg.sq0off - 1 + qoffset + (long)qlsgn*ioff00 +
 240         (long)qlsgn*qlfact*(ioff0-del0-ioff00);
 241       if (cl0 && qqoff%10 == 9)  {
 242         sprintf(&clinep[0][i-qfxn],"%8ld",qqoff+1l);
 243         clinep[0][i+8-qfxn]=' ';
 244         rl0 = NO;
 245       }
 246       else if (cl0 && qqoff== -1) {
 247         sprintf(&clinep[0][i-qfxn],"%8ld",0l);
 248         clinep[0][i+8-qfxn]=' ';
 249         rl0 = NO;
 250       }
 251       else if (rl0 && (qqoff+1)%10 == 0) {
 252         sprintf(&clinep[0][i-qfxn],"%8ld",qqoff+1);
 253         clinep[0][i+8-qfxn]=' ';
 254       }
 255
 256       /* the lloff coordinate of a residue is the sum of:
 257          m_msg.sq1off-1  - the user defined coordinate
 258          loffset        - the offset into the library sequence
 259          llsgn*ioff10   - the offset into the beginning of the alignment
 260                           (given in the "natural" coordinate system,
 261                            except for tfasta3 which provides context)
 262          llsgn*llfact*(ioff1-del1-ioff10)
 263                         - the position in the consensus aligment, -gaps
 264       */
 265
 266       lloff = m_msg.sq1off-1 + loffset + aln->frame +
 267         (long)llsgn*aln->llmult*ioff10 +
 268         (long)llsgn*llfact*(ioff1-del1-ioff10);
 269
 270       if (cl1 && lloff%10 == 9)  {
 271         sprintf(&clinep[1][i-lfxn],"%8ld",lloff+1l);
 272         clinep[1][i+8-lfxn]=' ';
 273         rl1 = NO;
 274       }
 275       else if (cl1 && lloff== -1) {
 276         sprintf(&clinep[1][i],"%8ld",0l);
 277         clinep[1][i+8-lfxn]=' ';
 278         rl1 = NO;
 279       }
 280       else if (rl1 && (lloff+1)%10 == 0) {
 281         sprintf(&clinep[1][i-lfxn],"%8ld",lloff+1);
 282         clinep[1][i+8-lfxn]=' ';
 283       }
 284
 285       line[1][i] = ' ';
 286       if (ioff0-del0 >= aln->amin0 && ioff0-del0 <= aln->amax0) {
 287         if (seqca[ic]==4) {line[1][i]=map_sym_p[4];}
 288         else if ((m_msg.markx&MX_ATYPE)==2) line[1][i]=line[2][i];
 289         else line[1][i] = map_sym_p[seqca[ic]];
 290       }
 291       else if ((m_msg.markx&MX_ATYPE)==2) line[1][i]=line[2][i];
 292     }
 293
 294     if (m_msg.ann_flg) {
 295       for (ic=ic_save,i=0; i<lend; ic++,i++) {
 296         if (seqc0a[ic]!= ' ') clinep[0][i+7-qfxn] = seqc0a[ic];
 297       }
 298     }
 299
 300     line[0][lend]=line[1][lend]=line[2][lend]=0;
 301     clinep[0][lend+7]=clinep[1][lend+7]=0;
 302
 303     ll01 = ll0&&ll1;
 304     if ((m_msg.markx&MX_ATYPE)==2 && (!aln->showall || ll0)) ll1=0;
 305     fprintf(fd,"\n");
 306     if (ll0) fprintf(fd,"%s%s\n",blank,clinep[0]);
 307     if (ll0) fprintf(fd,afmt,name0,line[0]);
 308     if (ll01) fprintf(fd,afmt,name01,line[1]);
 309     if (ll1) fprintf(fd,afmt,name1,line[2]);
 310     if (ll1) fprintf(fd,"%s%s\n",blank,clinep[1]);
 311   }
 312 }
 313
 314 static float gscale= -1.0;
 315
 316 void
 317 disgraph(FILE *fd, int n0,int n1, float percent, int score,
 318          int min0, int min1, int max0, int max1, long sq0off,
 319          char *name0, char *name1, int nml,
 320          int mlen, int markx)
 321 {
 322   int i, gstart, gstop, gend;
 323   int llen;
 324   char line[MAXOUT+1];
 325   char afmt[16], afmtf[64];
 326
 327   if (nml > 6) {
 328     sprintf(afmt,"%%-%ds",nml);
 329   }
 330   else {
 331     strncpy(afmt,"%-6s",sizeof(afmt));
 332   }
 333   strncpy(afmtf,afmt,sizeof(afmtf));
 334   strncat(afmtf," %4ld-%4ld:     %5.1f%%:%s:\n",sizeof(afmtf));
 335
 336   llen = mlen - 10;
 337   memset(line,' ',llen);
 338
 339   line[llen-1]='\0';
 340   if (gscale < 0.0) {
 341     gscale = (float)llen/(float)n0;
 342     if ((markx&MX_ATYPE) == 7 )
 343       fprintf(fd,afmtf,name0,sq0off,sq0off+n0-1,100.0,line);
 344   }
 345
 346   gstart = (int)(gscale*(float)min0+0.5);
 347   gstop = (int)(gscale*(float)max0+0.5);
 348   gend = gstop+(int)(gscale*(float)(n1-max1));
 349
 350   if (gstop >= llen) gstop = llen-1;
 351   if (gend >= llen) gend = llen-1;
 352   for (i=0; i<gstart; i++) line[i]=' ';
 353   for (; i<gstop; i++) line[i]='-';
 354   for (; i<llen; i++) line[i]=' ';
 355
 356   line[gend]=':';
 357   line[llen]='\0';
 358
 359   if (markx & MX_AMAP) {
 360     if ((markx & MX_ATYPE)==7) {        /* markx==4 - no alignment */
 361       strncpy(afmtf,afmt,sizeof(afmtf));
 362       strncat(afmtf," %4ld-%4ld:%4d %5.1f%%:%s\n",sizeof(afmtf));
 363       fprintf(fd,afmtf,name1,min0+sq0off,max0+sq0off-1,score,percent,line);
 364     }
 365     else {
 366       afmtf[0]='>';
 367       strncpy(&afmtf[1],afmt,sizeof(afmtf)-1);
 368       strncat(afmtf," %4ld-%4ld:%s\n",sizeof(afmtf));
 369       fprintf(fd,afmtf, name1,min0+sq0off,max0+sq0off-1,line);
 370     }
 371   }
 372 }
 373
 374 void
 375 aancpy(char *to, char *from, int count, struct pstruct pst)
 376 {
 377   char *tp, *sq;
 378   int nsq;
 379
 380   if (pst.ext_sq_set) {
 381     nsq = pst.nsqx;
 382     sq = pst.sqx;
 383   }
 384   else {
 385     nsq = pst.nsq;
 386     sq = pst.sq;
 387   }
 388
 389   tp=to;
 390   while (count-- && *from) {
 391     if (*from <= nsq) *tp++ = sq[*(from++)];
 392     else *tp++ = *from++;
 393   }
 394   *tp='\0';
 395 }
 396
 397 void
 398 r_memcpy(dest,src,cnt)
 399      char *dest, *src;
 400      int cnt;
 401 {
 402   while (cnt--) *dest++ = *src++;
 403 }
 404
 405 void
 406 l_memcpy(dest,src,cnt)
 407      char *dest, *src;
 408      int cnt;
 409 {
 410   dest = dest+cnt;
 411   src = src+cnt;
 412   while (cnt--) *--dest = *--src;
 413 }
 414
 415 /* this routine now indexs from 1 (rather than 0) because sq starts
 416    with a 0 */
 417
 418 #define MAXSQ 50        /* must be same as upam.h */
 419
 420 void cal_coord(int n0, int n1, long sq0off, long loffset,
 421                struct a_struct *aln)
 422 {
 423   long qoffset;
 424   int llsgn, qlsgn, qfx0, qfxn, lfx0, lfxn;
 425
 426   if (aln->qlrev == 1) {
 427     qoffset = sq0off -1 + n0;
 428     qlsgn = -1;
 429     qfx0 = 0;
 430     qfxn = 1;
 431   }
 432   else {
 433     qoffset = sq0off - 1;
 434     qlsgn = 1;
 435     qfx0 = 1;
 436     qfxn = 0;
 437   }
 438
 439   if (aln->llrev == 1) {
 440     loffset += n1;
 441     llsgn = -1;
 442     lfx0 = 0;
 443     lfxn = 1;
 444   }
 445   else {
 446     llsgn = 1;
 447     lfx0 = 1;
 448     lfxn = 0;
 449   }
 450   aln->d_start0 = qoffset+qlsgn*aln->amin0+qfx0;
 451   aln->d_stop0 = qoffset+qlsgn*aln->amax0+qfxn;
 452   aln->d_start1 = loffset+llsgn*aln->amin1*aln->llmult+lfx0+aln->frame;
 453   aln->d_stop1 = loffset+llsgn*aln->amax1*aln->llmult+lfxn+aln->frame;
 454 }