binaries/src/fasta34/defs.h

   1 /* Concurrent read version */
   2
   3 /* $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: defs.h,v 1.26 2006/06/22 02:35:05 wrp Exp $ */
   4
   5 #ifdef SUNOS
   6 #include <sys/stdtypes.h>
   7 #endif
   8
   9 #ifndef IS_BIG_ENDIAN
  10 #if defined(__BIG_ENDIAN__) || defined(_BIG_ENDIAN)
  11 #define IS_BIG_ENDIAN
  12 #else
  13 #undef IS_BIG_ENDIAN
  14 #endif
  15 #endif
  16
  17 #if !defined(MAX_WORKERS) && !defined(PCOMPLIB)
  18 #define MAX_WORKERS 1
  19 #endif
  20
  21 /* 3-Oct-2003 - we can now have 2 nucleotide query types, DNA
  22    and RNA.  pst.dnaseq can also be SEQT_RNA.
  23    ldnaseq can only be DNA */
  24
  25 #define SEQT_DNA 1
  26 #define SEQT_RNA 3      /* DNA and RNA seqtypes must be odd */
  27
  28 #define SEQT_PROT 0
  29 #define SEQT_UNK -1
  30 #define SEQT_OTHER 2
  31
  32 #ifndef DEF_NMLEN
  33 #define DEF_NMLEN 6
  34 #endif
  35
  36 /* unfortunately, there is an important relationship between MAXTRN and
  37    MAXTST+MAXLIB embedded here.  MAXTRN must be >= (MAXTST+MAXLIB)/3
  38    or it will be possible for a translated DNA sequence to be longer
  39    than the translation space available */
  40
  41 #define MAX_STR 512 /* standard label/message buffer */
  42 #define MAX_SSTR 32 /* short string */
  43 #define MAX_FN  120 /* maximum size of a file name */
  44 #define MAX_CH  40 /* maximum number of library choices */
  45 #ifndef SMALLMEM
  46 #define MAX_LF  500 /* maximum numer of library files */
  47 #else
  48 #define MAX_LF  80 /* maximum numer of library files */
  49 #endif
  50
  51 /* padding at the end of sequences for ALTIVEC, other vector
  52    processors */
  53 #define SEQ_PAD 16
  54
  55 #define MAX_UID 20 /* length of libstr, used for character keys with SQL */
  56
  57 #define AVE_AA_LEN 400
  58 #define AVE_NT_LEN 5000
  59 #define MAX_AA_BUF 5000         /* 5000 later */
  60 #define MAX_NT_BUF 1000         /* 2000 later */
  61
  62 #ifndef SMALLMEM
  63 #define MAXTST  40000           /* longest query */
  64 #define MAXLIB  120000          /* longest library */
  65 #define MAXPLIB 600000          /* longest library with p_comp* */
  66 #define MIN_RES 2000            /* minimum amount allocated for alignment */
  67 #ifndef TFAST
  68 #define MAXTRN  80000           /* buffer for fastx translation */
  69 #else
  70 #define MAXTRN 180000           /* buffer for tfastx translation */
  71 #endif
  72 #define SEQDUP  1200            /* future - overlap */
  73 #ifndef PCOMPLIB
  74 #ifndef MAXBEST
  75 #define MAXBEST 60000   /* max number of best scores */
  76 #endif
  77 #define MAXSTATS 60000
  78 #else
  79 #ifndef MAXBEST
  80 #define MAXBEST 60000   /* max number of best scores */
  81 #endif
  82 #define MAXSTATS 60000
  83 #endif
  84 #define BIGNUM  1000000000
  85 #ifndef MAXINT
  86 #define MAXINT 2147483647
  87 #endif
  88 #define MAXLN   120     /* size of a library name */
  89 #else
  90 #define MAXTST  1500
  91 #define MAXLIB  10000
  92 #define MAXPLIB 100000          /* longest library with p_comp* */
  93 #define MIN_RES 1000
  94 #ifndef TFAST
  95 #define MAXTRN  6000
  96 #else
  97 #define MAXTRN 11500
  98 #endif
  99 #define SEQDUP  300
 100 #define MAXBEST 2000
 101 #define MAXSTATS 20000
 102 #define BIGNUM  32767
 103 #define MAXINT  32767
 104 #define MAXLN   40      /* size of a library name */
 105 #endif
 106 #if !defined(TFAST)
 107 #define MAXTOT (MAXTST+MAXLIB)
 108 #define MAXDIAG (MAXTST+MAXLIB)
 109 #else
 110 #define MAXTOT (MAXTST+MAXTRN)
 111 #define MAXDIAG (MAXTST+MAXTRN)
 112 #endif
 113
 114 #define MAXPAM  600     /* maximum allowable size of the pam matrix */
 115 #define PROF_MAX 500
 116 #define ALF_MAX 30
 117
 118 #ifdef SUPERFAMNUM
 119 #define NSFCHAR '!'
 120 #endif
 121
 122 #define max(a,b) (((a) > (b)) ? (a) : (b))
 123 #define min(a,b) (((a) < (b)) ? (a) : (b))
 124
 125 #define MX_ATYPE 7      /* markx==0,1,2 7=> no alignment */
 126 #define MX_ASEP  8      /* markx==3  - separate lines */
 127 #define MX_AMAP  16     /* markx==4,5 - graphic map */
 128 #define MX_HTML  32     /* markx==6  - HTML */
 129 #define MX_M9SUMM 64    /* markx==9(c) */
 130 #define MX_M10FORM 128  /* markx==10 */
 131
 132 /* codes for -m 9 */
 133 #define SHOW_CODE_ID    1       /* identity only */
 134 #define SHOW_CODE_ALIGN 2       /* encoded alignment */