binaries/src/fasta34/doinit.c

   1 /*      doinit.c        general and function-specific initializations */
   2
   3 /* copyright (c) 1996, 1997, 1998  William R. Pearson and the U. of Virginia */
   4
   5 /* $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: doinit.c,v 1.62 2007/01/08 15:38:46 wrp Exp $ */
   6
   7 /* this file performs general initializations of search parameters
   8
   9    In addition, it calls several functions in init??.c that provide
  10    program-specific initializations:
  11
  12    f_initenv()  - called from initenv()
  13    f_getopt()   - called from initenv() during a getopt() scan
  14    f_getarg()   - called from initenv() after the getopt() scan
  15
  16 */
  17
  18 #include <stdio.h>
  19 #include <stdlib.h>
  20 #include <string.h>
  21
  22 #include "defs.h"
  23 #include "param.h"
  24 #include "upam.h"       /* required for 'U' option change of nascii */
  25
  26 #include "structs.h"
  27
  28 #define XTERNAL
  29 #include "uascii.h"
  30 #undef XTERNAL
  31
  32 extern char *s_optstr;
  33 extern int optind;              /* used by getopt() */
  34
  35 #ifdef PCOMPLIB
  36 #define PARALLEL
  37 #include "p_mw.h"
  38 extern char pgmdir[];
  39 extern char managepgm[];
  40 extern char workerpgm[];
  41 extern int max_buf_cnt;
  42 #define MAX_WORKERS MAXWRKR
  43 #endif
  44
  45 char prog_name[MAX_FN];
  46
  47 extern void f_initenv(struct mngmsg *, struct pstruct *, unsigned char **);
  48 extern void f_lastenv(struct mngmsg *, struct pstruct *);
  49 extern void f_getopt(char, char *, struct mngmsg *, struct pstruct *);
  50 extern void f_getarg(int, char **, int, struct mngmsg *, struct pstruct *);
  51 void ann_ascii(int *qascii, char *ann_arr);
  52 int set_markx(int markx, int val);
  53
  54 int optcnt;
  55 int max_workers=MAX_WORKERS;
  56 #ifdef PCOMPLIB
  57 int worker_1=0;
  58 int worker_n=0;
  59 #endif
  60 extern char *optarg;
  61
  62 /* initenv ()  initializes the environment */
  63 void initenv (int argc, char **argv, struct mngmsg *m_msg,
  64                  struct pstruct *ppst, unsigned char **aa0)
  65 {
  66    char   *cptr, ctmp;
  67    int     copt, itmp;
  68
  69    /* options for all search functions */
  70    char   *g_optstr = "ab:BC:d:DE:F:HiIJ:K:l:Lm:M:N:O:QqR:T:v:V:w:W:X:z:Z:";
  71    char    optstring[MAX_STR];
  72
  73 /*  these initializations will be used by all functions */
  74
  75    /* prog_name[] is only used for error messages */
  76    strncpy(prog_name,argv[0],sizeof(prog_name));
  77    prog_name[sizeof(prog_name)-1]='\0';
  78
  79 #ifdef PARALLEL
  80    if ((cptr = getenv ("MANAGEPGM")) != NULL) strncpy (managepgm, cptr, 120);
  81    if ((cptr = getenv ("WORKERPGM")) != NULL) strncpy (workerpgm, cptr, 120);
  82    if ((cptr = getenv ("PGMDIR")) != NULL) strncpy (pgmdir, cptr, 120);
  83 #endif
  84
  85    m_msg->ltitle[0] = '\0';
  86
  87    if ((cptr=getenv("FASTLIBS"))!=NULL) {
  88      strncpy(m_msg->flstr,cptr,MAX_FN);
  89      m_msg->flstr[MAX_FN-1] = '\0';
  90    }
  91    else m_msg->flstr[0]='\0';
  92
  93    m_msg->hist.hist_a = NULL;
  94    m_msg->outfile[0] = '\0';
  95    m_msg->ldnaseq = SEQT_PROT;  /* library is protein */
  96    m_msg->n1_low = 0;
  97    m_msg->n1_high = BIGNUM;
  98    m_msg->ql_start = 1; /* start with first query sequence */
  99    m_msg->ql_stop = BIGNUM;     /* end with the last query sequence */
 100
 101    m_msg->pamd1 = MAXSQ;
 102    m_msg->pamd2 = MAXSQ;
 103
 104    m_msg->term_code = 0;
 105    ppst->tr_type = 0;
 106    ppst->debug_lib = 0;
 107    m_msg->nshow = 20;
 108 #if defined(PCOMPLIB)
 109    m_msg->nohist = 1;
 110    m_msg->mshow = 20;
 111 #else
 112    m_msg->nohist = 0;
 113    m_msg->mshow = 50;
 114 #endif
 115    m_msg->ashow = -1;
 116    m_msg->nmlen = DEF_NMLEN;
 117    m_msg->z_bits = 1;
 118    m_msg->mshow_flg = 0;
 119    m_msg->aln.llen = 0;
 120    m_msg->aln.llcntx = 30;
 121    m_msg->aln.llcntx_flg = 0;
 122    m_msg->e_cut = 10.0;
 123    m_msg->e_low = 0.0;
 124    m_msg->e_cut_set = 0;
 125    m_msg->revcomp = 0;
 126    m_msg->self = 0;
 127    m_msg->long_info = 0;
 128    m_msg->maxn = 0;
 129    m_msg->dupn = SEQDUP;
 130    m_msg->dfile[0] = '\0';
 131    m_msg->tname[0] = '\0';
 132    m_msg->lname[0] = '\0';
 133    m_msg->show_code = 0;
 134    m_msg->aln.showall = 0;
 135    m_msg->markx = 0;
 136    m_msg->sq0off = m_msg->sq1off = 1;
 137    strncpy(m_msg->sqnam,"aa",4);
 138    strncpy(m_msg->sqtype,"protein",10);
 139    m_msg->ann_flg = 0;
 140    m_msg->ann_arr[0] = '\0';
 141    m_msg->aa0a = NULL;
 142
 143    ppst->zsflag = ppst->zsflag_f = 1;
 144    ppst->zs_win = 0;
 145
 146    ppst->zdb_size = -1;
 147    ppst->dnaseq = SEQT_PROT;    /* default is protein */
 148    ppst->nt_align = 0;
 149
 150    f_initenv (m_msg, ppst, aa0);
 151
 152    strncpy (optstring, g_optstr, sizeof (optstring));
 153    strncat (optstring, s_optstr, sizeof (optstring));
 154
 155    while ((copt = getopt (argc, argv, optstring)) != EOF)
 156    {
 157       if (strchr (g_optstr, copt) != NULL)
 158       {
 159         switch (copt) {  /* switches for all options */
 160         case 'a': m_msg->aln.showall = 1; break;
 161         case 'b':
 162           if (optarg[0] == '$') {
 163             m_msg->mshow = -1;
 164             m_msg->e_cut = 10000000.0;
 165             break;
 166           }
 167           else sscanf (optarg, "%d", &m_msg->mshow);
 168           m_msg->e_cut = 10000000.0;
 169           m_msg->e_cut_set = 1;
 170           m_msg->mshow_flg = 1;
 171           break;
 172         case 'B': m_msg->z_bits = 0; break;
 173         case 'C': sscanf(optarg,"%d",&m_msg->nmlen);
 174           if (m_msg->nmlen > MAX_UID-1) m_msg->nmlen = MAX_UID-1;
 175           break;
 176         case 'd': sscanf(optarg,"%d",&m_msg->ashow);
 177           if (m_msg->ashow > m_msg->mshow) m_msg->mshow=m_msg->ashow;
 178           /* m_msg->ashow_flg = 1; (ashow_flg not in structs.h, not used)*/
 179           break;
 180         case 'D': ppst->debug_lib = 1;
 181           break;
 182         case 'E':
 183           sscanf(optarg,"%lf",&m_msg->e_cut);
 184           m_msg->e_cut_set = 1;
 185           break;
 186         case 'F':
 187           sscanf(optarg,"%lg",&m_msg->e_low);
 188           m_msg->e_cut_set = 1;
 189           break;
 190         case 'H':
 191 #if defined(PCOMPLIB)
 192           m_msg->nohist = 0; break;
 193 #else
 194           m_msg->nohist = 1; break;
 195 #endif
 196         case 'i':
 197           m_msg->revcomp = 1; break;
 198 #ifdef PARALLEL
 199         case 'I':
 200           m_msg->self = 1; break;
 201         case 'J':
 202           if (optarg[0]==':') {
 203             m_msg->ql_start = 0;
 204             sscanf(optarg,":%d",&m_msg->ql_stop);
 205             m_msg->ql_stop++;
 206           }
 207           else if (!strchr(optarg,':')) {
 208             m_msg->ql_stop = BIGNUM;
 209             sscanf(optarg,"%d",&m_msg->ql_start);
 210           }
 211           else {
 212             sscanf(optarg,"%d:%d",&m_msg->ql_start,&m_msg->ql_stop);
 213             m_msg->ql_stop++;
 214           }
 215           break;
 216         case 'K':
 217           sscanf(optarg,"%d",&max_buf_cnt);
 218           break;
 219 #endif
 220         case 'l':
 221           strncpy(m_msg->flstr,optarg,MAX_FN);
 222           m_msg->flstr[MAX_FN-1]='\0';
 223           break;
 224         case 'L':
 225           m_msg->long_info = 1; break;
 226         case 'm':
 227           sscanf(optarg,"%d%c",&itmp,&ctmp);
 228           if (itmp==9 && ctmp=='c') {
 229             m_msg->show_code = SHOW_CODE_ALIGN;
 230           }
 231           else if (itmp==9 && ctmp=='i') {
 232             m_msg->show_code = SHOW_CODE_ID;
 233           }
 234           if (itmp > 6 && itmp != 10 && itmp != 9) itmp = 0;
 235           m_msg->markx = set_markx(m_msg->markx,itmp);
 236           break;
 237         case 'M':
 238           sscanf(optarg,"%d-%d",&m_msg->n1_low,&m_msg->n1_high);
 239           if (m_msg->n1_low < 0) {
 240             m_msg->n1_high = -m_msg->n1_low;
 241             m_msg->n1_low = 0;
 242           }
 243           if (m_msg->n1_high == 0) m_msg->n1_high = BIGNUM;
 244           if (m_msg->n1_low > m_msg->n1_high) {
 245             fprintf(stderr," low cutoff %d greater than high %d\n",
 246                     m_msg->n1_low, m_msg->n1_high);
 247             m_msg->n1_low = 0;
 248             m_msg->n1_high = BIGNUM;
 249           }
 250           break;
 251         case 'N':
 252           sscanf(optarg,"%d",&m_msg->maxn);
 253           break;
 254         case 'p':
 255           m_msg->qdnaseq = SEQT_PROT;
 256           ppst->dnaseq = SEQT_PROT;
 257           strncpy(m_msg->sqnam,"aa",4);
 258           break;
 259         case 'O':
 260           strncpy(m_msg->outfile,optarg,MAX_FN);
 261           m_msg->outfile[MAX_FN-1]='\0';
 262           break;
 263         case 'q':
 264         case 'Q':
 265           m_msg->quiet = 1;
 266           break;
 267         case 'R':
 268           strncpy (m_msg->dfile, optarg, MAX_FN);
 269           m_msg->dfile[MAX_FN-1]='\0';
 270           break;
 271         case 'T':
 272 #ifdef PCOMPLIB
 273           if (strchr(optarg,'-') != NULL) {
 274             sscanf(optarg,"%d-%d",&worker_1,&worker_n);
 275             if (worker_1 > worker_n) {
 276               worker_1 = worker_n = 0;
 277             }
 278           }
 279           else
 280 #endif
 281             sscanf (optarg, "%d", &max_workers);
 282           if (max_workers < 0) max_workers=1;
 283           break;
 284         case 'v':
 285           sscanf (optarg,"%d",&ppst->zs_win);
 286           break;
 287         case 'V':
 288           strncpy(m_msg->ann_arr+1,optarg,MAX_FN-2);
 289           m_msg->ann_arr[0]='\0';
 290           m_msg->ann_arr[MAX_FN-2]='\0';
 291           m_msg->ann_flg = 1;
 292           ann_ascii(qascii, m_msg->ann_arr);
 293           break;
 294 /*
 295         case 'V':
 296           fprintf(stderr," -V option not currently supported in parallel\n");
 297           break;
 298 */
 299         case 'w':
 300           sscanf (optarg,"%d",&m_msg->aln.llen);
 301           if (m_msg->aln.llen < 10) m_msg->aln.llen = 10;
 302           if (m_msg->aln.llen > 200) m_msg->aln.llen = 200;
 303           if (!m_msg->aln.llcntx_flg) m_msg->aln.llcntx = m_msg->aln.llen/2;
 304           break;
 305         case 'W':
 306           sscanf (optarg,"%d",&m_msg->aln.llcntx);
 307           m_msg->aln.llcntx_flg = 1;
 308           break;
 309         case 'X':
 310           sscanf (optarg,"%ld %ld",&m_msg->sq0off,&m_msg->sq1off); break;
 311         case 'z':
 312           sscanf(optarg,"%d",&ppst->zsflag);
 313           break;
 314         case 'Z':
 315           sscanf(optarg,"%ld",&ppst->zdb_size);
 316           break;
 317         }
 318       }
 319       else if (strchr (s_optstr, copt))
 320          f_getopt (copt, optarg, m_msg, ppst);
 321    }
 322    optind--;
 323
 324    f_lastenv (m_msg, ppst);
 325
 326    if (argc - optind < 3) return;
 327    m_msg->tnamesize = sizeof (m_msg->tname);
 328    if (argc - optind > 1) strncpy (m_msg->tname, argv[optind + 1],MAX_FN);
 329    if (argc - optind > 2) { strncpy(m_msg->lname, argv[optind + 2],MAX_FN); }
 330    f_getarg (argc, argv, optind, m_msg, ppst);
 331 }
 332
 333 int
 334 ann_scan(unsigned char *aa0, int n0, struct mngmsg *m_msg, int seqtype)
 335 {
 336   unsigned char *aa0p, *aa0d, *aa0ad;
 337   int n_n0;
 338
 339   /* count how many "real" residues */
 340
 341   if (seqtype==SEQT_UNK) {
 342     for (n_n0=0, aa0p = aa0; aa0p < aa0+n0; aa0p++) {
 343       if (*aa0p > '@' || *aa0p == ESS ) n_n0++;
 344     }
 345   }
 346   else {
 347     for (n_n0=0, aa0p = aa0; aa0p < aa0+n0; aa0p++) {
 348       if (*aa0p < NANN ) n_n0++;
 349     }
 350   }
 351
 352   aa0d = aa0;
 353   /* n_n0 has the real sequence length */
 354   if ((m_msg->aa0a = calloc(n_n0+2, sizeof(char)))==NULL) {
 355     fprintf(stderr," cannot allocate annotation sequence: %d\n",n_n0);
 356     m_msg->ann_flg = 0;
 357     if (seqtype==SEQT_UNK) {
 358       for (aa0p = aa0; aa0p < aa0+n0; aa0p++) {
 359         if (*aa0p > '@' || *aa0p == ESS) {*aa0d++ = *aa0p;}
 360       }
 361     }
 362     else {
 363       for (aa0p = aa0; aa0p < aa0+n0; aa0p++) {
 364         if (*aa0p < NANN) {*aa0d++ = *aa0p;}
 365       }
 366     }
 367       *aa0d = '\0';
 368     return n_n0;
 369   }
 370
 371   aa0ad = m_msg->aa0a;
 372   if (seqtype==SEQT_UNK) {
 373     for (aa0p = aa0; aa0p<aa0+n0; aa0p++) {
 374       if (*aa0p > '@' || *aa0p == ESS) {*aa0d++ = *aa0p; *aa0ad++='\0';}
 375       else if (aa0ad > m_msg->aa0a) { aa0ad[-1] = *aa0p - NANN;}
 376     }
 377   }
 378   else {
 379     for (aa0p = aa0; aa0p<aa0+n0; aa0p++) {
 380       if (*aa0p < NANN) {*aa0d++ = *aa0p; *aa0ad++='\0';}
 381       else if (aa0ad > m_msg->aa0a) { aa0ad[-1] = *aa0p - NANN;}
 382     }
 383   }
 384   *aa0ad = *aa0d = '\0';
 385   return n_n0;
 386 }
 387
 388 void
 389 ann_ascii(int *qascii, char *ann_arr)
 390 {
 391   char *ann_p;
 392   int ann_ix = NANN+1;
 393
 394   ann_arr[0] = ' ';
 395   if (strchr(ann_arr+1,'*')) {qascii['*'] = NA;}
 396
 397   for (ann_p = ann_arr+1; *ann_p; ann_p++) {
 398     if (qascii[*ann_p] == NA) { qascii[*ann_p] = ann_ix++;}
 399   }
 400 }
 401
 402 int
 403 set_markx(int markx, int val) {
 404
 405   if (val < 3) {
 406     return markx | (MX_ATYPE & val);
 407   }
 408   else if (val == 3) {
 409     markx |= (MX_ATYPE + MX_ASEP);
 410   }
 411   else if (val == 4) {
 412     markx |= (MX_ATYPE + MX_AMAP);
 413   }
 414   else if (val == 5) {
 415     markx |= MX_AMAP;
 416   }
 417   else if (val == 6) {
 418     markx |= (MX_HTML) ;
 419   }
 420   else if (val == 9) {
 421     markx |= MX_M9SUMM;
 422   }
 423   else if (val == 10) {
 424     markx |= MX_M10FORM;
 425   }
 426
 427   return markx;
 428 }