binaries/src/fasta34/dropgsw.h

   1
   2 /* global definitions shared by dropgsw.c and altivec.c */
   3
   4 /* definitions for SW */
   5
   6 struct f_struct {
   7   struct swstr *ss;
   8   struct swstr *f_ss, *r_ss;
   9   int *waa_s, *waa_a;
  10   int **pam2p[2];
  11   int *res;
  12   double aa0_f[MAXSQ];
  13   double *kar_p;
  14 #if defined(SW_ALTIVEC) || defined(SW_SSE2)
  15   unsigned char      bias;
  16   unsigned short *   word_score;
  17   unsigned char *    byte_score;
  18   void *             workspace;
  19   int                alphabet_size;
  20   void *             word_score_memory;
  21   void *             byte_score_memory;
  22   void *             workspace_memory;
  23   int                try_8bit;
  24   int                done_8bit;
  25   int                done_16bit;
  26 #endif
  27 };
  28