binaries/src/fasta34/dropnfa.h

   1
   2 /* global definitions shared by dropnfa.c and altivec.c */
   3
   4 #ifndef MAXSAV
   5 #define MAXSAV 10
   6 #endif
   7
   8
   9
  10 struct dstruct          /* diagonal structure for saving current run */
  11 {
  12    int     score;       /* hash score of current match */
  13    int     start;       /* start of current match */
  14    int     stop;        /* end of current match */
  15    struct savestr *dmax;   /* location in vmax[] where best score data saved */
  16 };
  17
  18 struct savestr
  19 {
  20    int     score;               /* pam score with segment optimization */
  21    int     score0;              /* pam score of best single segment */
  22    int     gscore;              /* score from global match */
  23    int     dp;                  /* diagonal of match */
  24    int     start;               /* start of match in lib seq */
  25    int     stop;                /* end of match in lib seq */
  26 };
  27
  28 struct bdstr { int CC, DD, CP, DP;};
  29
  30 struct f_struct {
  31   struct dstruct *diag;
  32   struct savestr vmax[MAXSAV];  /* best matches saved for one sequence */
  33   struct savestr *vptr[MAXSAV];
  34   struct savestr *lowmax;
  35   int ndo;
  36   int noff;
  37   int hmask;                    /* hash constants */
  38   int *pamh1;                   /* pam based array */
  39   int *pamh2;                   /* pam based kfact array */
  40   int *link, *harr;             /* hash arrays */
  41   int kshft;                    /* shift width */
  42   int nsav, lowscor;            /* number of saved runs, worst saved run */
  43 #ifdef TFASTA
  44   unsigned char *aa1x;
  45   int n10;
  46 #endif
  47   struct bdstr *bss;
  48   struct swstr *ss;
  49   struct swstr *f_ss, *r_ss;
  50   int *waa0;
  51   int *waa1;
  52   int *res;
  53   int max_res;
  54   double aa0_f[MAXSQ];
  55   double *kar_p;
  56
  57 #ifdef FA_ALTIVEC
  58   int vec_len;
  59   vecInt **vec_matrix;
  60   vector signed ALTIVEC_SIZE *vec_HH;
  61   vector signed ALTIVEC_SIZE *vec_EE;
  62
  63   int vec_len2;
  64   vecInt2 **vec_matrix2;
  65   vector signed ALTIVEC_SIZE2 *vec_HH2;
  66   vector signed ALTIVEC_SIZE2 *vec_EE2;
  67 #endif
  68 };
  69
  70 static int
  71 FLOCAL_ALIGN(const unsigned char *A, const unsigned char *B,
  72              int M, int N, int low, int up,
  73              int **W, int G,int H, int MW,
  74              struct f_struct *f_str);