binaries/src/fasta34/fasta.defaults

   1 #pgm    mol     matrix  g_open  g_ext   fr_shft e_cut   ktup
   2 #       -n/-p   -s      -e      -f      -h/-j   -E      argv[3]
   3 fasta   prot    bl50    -10     -2      -       10.0    2
   4 fasta   dna     +5/-4   -14     -4      -       2.0     6
   5 ssearch prot    bl50    -10     -2      -       10.0    -
   6 ssearch dna     +5/-4   -14     -4      -       2.0     -
   7 fastx   prot    BL50    -12     -2      -20     5.0     2
   8 fasty   prot    BL50    -12     -2      -20/-24 5.0     2
   9 tfastx  dna     BL50    -14     -2      -20     5.0     2
  10 tfasty  dna     BL50    -14     -2      -20/-24 5.0     2
  11 fasts   prot    MD20-MS -       -       -       5.0     -
  12 tfasts  prot    MD10-MS -       -       -       2.0     -
  13 fastf   prot    MD20    -       -       -       5.0     -
  14 tfastf  prot    MD10    -       -       -       2.0     -
  15 fastm   prot    MD20    -       -       -       5.0     -
  16 tfastm  prot    MD10    -       -       -       2.0     -