binaries/src/fasta34/fasta.options

   1 doinit.c
   2   case 'a': m_msg->aln.showall = 1;
   3   case 'B': m_msg->z_bits = 0;
   4   case 'b': m_msg->mshow
   5   case 'C': m_msg->nmlen
   6   case 'd': m_msg->ashow);
   7   case 'D': ppst->debug_lib = 1;
   8   case 'E': m_msg->e_cut
   9   case 'F': m_msg->e_low
  10   case 'f': ppst->gdelval
  11   case 'g': ppst->ggapval
  12   case 'H':  m_msg->nohist = 1; break;
  13   case 'i':  m_msg->revcomp = 1; break;
  14   case 'I':  m_msg->self = 1; break;
  15   case 'J':  m_msg->ql_start, ql_stop
  16   case 'K':  max_buf_cnt (PCOMPLIB)
  17   case 'l':  m_msg->flstr
  18   case 'L':  m_msg->long_info = 1
  19   case 'M':  m_msg->n1_low,&m_msg->n1_high
  20   case 'm':  m_msg->markx
  21   case 'n':  m_msg->qdnaseq = 1
  22   case 'N':  m_msg->maxn
  23   case 'p':  m_msg->qdnaseq = 0;
  24   case 'O':  m_msg->outfile
  25   case 'q':
  26   case 'Q':  m_msg->quiet = 1;
  27   case 'r':  ppst->p_d_mat,&ppst->p_d_mis
  28   case 'R':  m_msg->dfile
  29   case 's':  standard_pam(smstr); ppst->pamoff=atoi(bp+1);
  30   case 'S':  ppst->ext_sq_set = 1;
  31   case 't':  ppst->tr_type
  32   case 'T':  PCOMPLIB: worker_1,worker_n
  33              _t: max_workers
  34   case 'v':  ppst->zs_win
  35   case 'w':  m_msg->aln.llen
  36   case 'W':  m_msg->aln.llcntx);
  37   case 'X':  m_msg->sq0off,&m_msg->sq1off
  38   case 'x':  ppst->pam_x
  39   case 'z':  ppst->zsflag
  40   case 'Z':  ppst->zdb_size
  41
  42 initfa.c
  43   case '1': ppst->param_u.fa.iniflag=1;
  44   case '3': m_msg->nframe = 3; /* TFASTA */
  45             m_msg->nframe = 1;  /* for TFASTXY */
  46             m_msg->qframe = 1;  /* for FASTA, FASTX */
  47   case 'A': ppst->sw_flag= 1;
  48   case 'c': ppst->param_u.fa.optcut
  49   case 'h': ppst->gshift
  50   case 'j': ppst->gsubs
  51   case 'o': ppst->param_u.fa.optflag = 0;
  52   case 'y': ppst->param_u.fa.optwid
  53
  54 initsw.c
  55   case '3': m_msg->qframe = m_msg->nframe = 1;