binaries/src/fasta34/last_tat.c

   1
   2 /* copyright (c) 1996, 1997, 1998, 1999 William R. Pearson and the
   3    U. of Virginia */
   4
   5 /* $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: last_tat.c,v 1.8 2006/04/12 18:00:02 wrp Exp $ */
   6
   7 #include <stdio.h>
   8 #include <stdlib.h>
   9 #include <string.h>
  10
  11 #include "defs.h"
  12 #include "mm_file.h"
  13
  14 #include "structs.h"
  15 #include "param.h"
  16
  17 #ifndef PCOMPLIB
  18 #include "mw.h"
  19 #else
  20 #include "msg.h"
  21 #include "p_mw.h"
  22
  23 void do_stage2(struct beststr **bptr, int nbest, struct mngmsg m_msg0,
  24                int s_func, struct qmng_str *qm_msp);
  25 #endif
  26
  27
  28 extern int (*ranlib) (char *str, int cnt,
  29                fseek_t libpos, char *libstr,
  30                struct lmf_str *lm_fd);
  31
  32 #define RANLIB (m_fptr->ranlib)
  33
  34 #define MAX_BLINE 200
  35
  36 int
  37 re_getlib(unsigned char *, int, int, int, int, int, long *, long *,
  38           struct lmf_str *m_fptr);
  39
  40 void
  41 do_work(unsigned char *aa0, int n0, unsigned char *aa1, int n1, int frame,
  42         struct pstruct *ppst, void *f_str, int qr_flg, struct rstruct *rst);
  43
  44 extern void
  45 do_opt (unsigned char *aa0, int n0, unsigned char *aa1, int n1,
  46         int frame, struct pstruct *pst, void *f_str,
  47         struct rstruct *rst);
  48
  49 struct lmf_str *re_openlib(struct lmf_str *, int outtty);
  50
  51 void sortbestz (struct beststr **bptr, int nbest);
  52
  53 double zs_to_E(double zs,int n1, int isdna, long entries, struct db_str db);
  54
  55 double scale_one_score(int ipos, double escore, struct db_str db, void *rs_str);
  56
  57 void sortbests (struct beststr **bptr, int nbest)
  58 {
  59     int gap, i, j;
  60     struct beststr *tmp;
  61
  62     for (gap = nbest/2; gap > 0; gap /= 2)
  63         for (i = gap; i < nbest; i++)
  64             for (j = i - gap; j >= 0; j-= gap) {
  65               if (bptr[j]->score[0] >= bptr[j + gap]->score[0]) break;
  66               tmp = bptr[j];
  67               bptr[j] = bptr[j + gap];
  68               bptr[j + gap] = tmp;
  69             }
  70 }
  71
  72 int
  73 last_calc(
  74 #ifndef PCOMPLIB
  75           unsigned char **aa0, unsigned char *aa1, int maxn,
  76 #endif
  77           struct beststr **bptr, int nbest,
  78           struct mngmsg m_msg, struct pstruct *ppst
  79 #ifdef PCOMPLIB
  80           , struct qmng_str *qm_msp
  81 #else
  82           , void **f_str
  83 #endif
  84           , void *rstat_str)
  85 {
  86   int nopt, ib;
  87   struct beststr *bbp;
  88   long loffset, l_off;
  89   int n0, n1;
  90   struct rstruct rst;
  91   struct lmf_str *m_fptr;
  92   char bline[60];
  93   int tat_samp, tat_inc, loop_cnt, i;
  94   double min_escore, ess;
  95
  96   n0 = m_msg.n0;
  97
  98   sortbestz(bptr,nbest);
  99
 100   tat_inc = 500;
 101 /*
 102   if (zs_to_E(bptr[0]->zscore,bptr[0]->n1,0,ppst->zdb_size,m_msg.db)/
 103       zs_to_E(bptr[nbest-1]->zscore,bptr[nbest-1]->n1,0,ppst->zdb_size,m_msg.db)
 104         < 1e-20) { tat_inc /= 4 ;}
 105 */
 106
 107 /* || (zs_to_E(bptr[0]->zscore,bptr[0]->n1,0,ppst->zdb_size,m_msg.db)< 1e-5); */
 108
 109   ib = tat_samp = 0;
 110   for (loop_cnt = 0; loop_cnt < 5; loop_cnt++) {
 111     tat_samp += tat_inc;
 112     nopt = min(nbest,tat_samp);
 113     min_escore = 1000000.0;
 114 #ifndef PCOMPLIB
 115     for ( ; ib<nopt; ib++) {
 116       bbp = bptr[ib];
 117
 118       if (bbp->score[0] < 0) break;
 119
 120       if ((m_fptr=re_openlib(bbp->m_file_p,!m_msg.quiet))==NULL) {
 121         fprintf(stderr,"*** cannot re-open %s\n",bbp->m_file_p->lb_name);
 122         exit(1);
 123       }
 124       RANLIB(bline,sizeof(bline),bbp->lseek,bbp->libstr,m_fptr);
 125
 126       n1 = re_getlib(aa1,maxn,m_msg.maxt3,m_msg.loff,bbp->cont,m_msg.term_code,
 127                      &loffset,&l_off,bbp->m_file_p);
 128
 129       do_opt(aa0[bbp->frame],m_msg.n0,aa1,n1,bbp->frame,ppst,
 130              f_str[bbp->frame],&rst);
 131       bbp->score[0]=rst.score[0];
 132       bbp->score[1]=rst.score[1];
 133       bbp->score[2]=rst.score[2];
 134       bbp->escore=rst.escore;
 135       bbp->segnum = rst.segnum;
 136       bbp->seglen = rst.seglen;
 137
 138       if ((ess=scale_one_score(ib, bbp->escore, m_msg.db, rstat_str)) <
 139         min_escore) { min_escore = ess;}
 140       /*
 141       fprintf(stderr,"%d: %4d %2d %3d %.4g %.4g\n",
 142               ib, bbp->score[0], bbp->segnum,bbp->seglen,bbp->escore, ess);
 143       */
 144     }
 145 #else
 146     do_stage2(&bptr[ib], nopt-ib, m_msg, DO_CALC_FLG, qm_msp);
 147
 148     for ( ; ib < nopt; ib++) {
 149       if ((ess=scale_one_score(ib, bptr[ib]->escore, m_msg.db, rstat_str)) <
 150         min_escore) { min_escore = ess;}
 151       /*
 152       fprintf(stderr, "%d: %4d %2d %3d %.4g %.4g\n",
 153               ib,bptr[ib]->score[0],bptr[ib]->segnum,bptr[ib]->seglen,bptr[ib]->escore,ess);
 154       */
 155     }
 156 #endif
 157
 158
 159     if (min_escore > m_msg.e_cut) return ib;
 160   }
 161   return ib;
 162 }